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Reference ( gi|1 ) : GACGACGCGCACGGTAATGGTACCT---CTAAGCGCAAA----ACGACGTTA---ACGTTAAAGTTGTATAAAATGTAAAATGA-CG---T-TTT-A-TTCATGT--AT---T-----T-CGTGTA--ATTTATTTTACAA-C-AAATT-G-CCAAATATCGGAATATCAATA-ACTGCAA--TG-GAATCATGATTTTCT-GCGGATATAAAATGGATCAAAA-CCAATGATATTACTGTA--CCTATGTA---AAC--TATGAGAATACAGTATACCATGTACATA---ACTA----G---C---G----TCCAT-AGGTTT-TCGCCGTATTAAA-AGAACGTCAAACTGACGT-TGTAAATACTTGATAAAGGACATCGGAAATG-----CTTGATACGAGGTGTAATTGATTTTCC---A---TTTTTTCTCAATATTTTGGGATACTAACAGAAACT--------AAATTTACTCGT---TAATATAATTTTCAAAAGTC---AATATTCCGCGT-TAAAATTATGGTAAATATGGCCAAAATGTGAGGACAGACGTTATTTTTTGGT-AAAAA----TGCTAAG-GGGCGGCAAATCATAGA--GGA--T-TTTTCAAATACGAAAT-CGTTACCATTCA-G-AGCAAAGT-G-AATATATTTCATTCCACATAAGCATGTTCCACTGAACAT-TT-ACTTTAGTATGATATGATTTTAAAATTTATATGTTCGCGAT-TTTTTTTT--AAATAATTAAATTAATCAAATACATTTCAATTATTTCTTTCAAATAACGTT---GGCG---AACACC-TT-------------A--A--A-----TGTAATATCTCATAATCGCAATA-TG-AAA-AA-G-TCATCGAGTACCAA-ATAAT--AAAACAACGAA----TATATAC-A----TAC-A----T-TTTTTAA-TGCAATACTAACCA-TTA-T-TT-T-CATCTTGACTGTTCAGTATGG-TT-TTAACGACGAGTCGTTTG--T--------ACTTCGGGAC-ATTTAGCGTATTCGTAATGAACCGCGTGTTCCGTAATGGCTGTTAAGTTTGTTGTAATAAAACACA
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gi|27 : agaaTCTCATAATCGCAATA-TG-AAA-AA-G-TCATCAAGTACTAT-ATAAT--TAAACAGTGA------ACATAC-A----TA---------TTTTTAA-TGCAATACTAACCA-TTATT-TT-T-CATCTTGA
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Alignments
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lowQualScore : ... . ... .. . .. ..... .. ... . . .. . . . . . . . . . . . . . ..... ... ... . .. ........ . ... . ... . . .... . .. . . . . . . .. . .. . ........... ... . . . . . . .. . . ........ ... . . ... ...... .
lowQualScore : 444 7 111 11 2 11 66666 11 999 0 8 11 4 4 4 4 5 1 4 1 2 9 9 1 8 77777 777 999 9 99 55555555 9 999 8 999 2 5 3333 0 77 9 6 5 5 5 5 44 5 77 7 00000000000 333 4 1 4 1 4 4 44 1 5 55555555 444 5 3 777 777777 9
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Reference ( family-2504 ) : GACGTCGCGCACGGTAATGGTACCT---CTAAGCGT-AAC---ACGACGTTAACGTTAAAATTGTATAAAATGTAATATGACGT--TTTTATTCATG-T--A-----TT--T---CGTATCATTTATTTTACAAGAAAANAGCCGAATATCGGAATATCAATTACTGCAA--TG-GAATCATGATTTTCT-GCGGATATTAAATGGATCAAAA-CCAATGATATTACTGTA-C-CTACGTAAACTATGAGAATACAGTATACCATGTACATAACTA-GCGGCGTCCAT-AGGTTT-TCGCCGTATTAAA-AGAACGTCAAACTGACGT-TGTCAATATTTGATAGAGGACATCGGAAATG-----CTTGATACGAGGTGTAAATGATTTTCC---A-TTTTTT-TC--AATATTTTGGGACACTAACAGAAACT--------AAATTTACTCGTTA---ATATAATTTTCAAAAGAC---AATATTCTGCGT-TAAAAATATGGTAAATATGGTCAAAATGTGAGGACAGACGTTATTTTTTGGT-AAAAA----TGCTAAG-GGGCGGCAAATCATAGA--GGACATTTTAAATACGAAATCTGTACCATTC-AG-AGCAAAGT-G-AATATATTTCATTCCACATAAGCATGTTCCACTGAAATTTTACTTTAGTATGATATGATTTTAAAATTTATATGTTCGCGA--T-TTTTTCTAAAATAATTAAATTAATCAAATACGTTTCAATTATTTCTTTCAAATAACGTTGGCGGACAACACC-TT-----------AAAAA---TGTAATATCTCATAATCGCAATA-TG-AAA-AA-G-TCATCAAGTACC-ATATAAT--AAAACAATGAACATATAC-A--------TACA---TA-TTTTTAATGCAATACTAACCATTATTTTTCATCTTGACTGTTCAGTATGACTTTATTGACGAGTCGTTTG--TTTT------TCGGGAC-ATTTAGCATATACGTAATGAACCGCGTGTTCCGTAATGGCCGTTAAGTTTGTTGTAATAAAACACA
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gi|13 : GTAA---ACATAATTTTCAAAAAA-----ATGTTCTCTAT-TAGCAATATGGTAAATATGGTCAAAATGGGATGACAAACGTTAATTTCCGAT-AAAAA----TGCCAAG-GGGCAGTAAATCATATACAGGATATTTTAAATACGAGATATGAACAATTT-AG-AGCAAAGAAG-ATTATATTCCGTTCCACATAAGCATGTTCTACTTTACTTTTACTGTGATGTGATATGATTTTAAAACGTATATGTTCACGG--T-TTTT-CTAAAATAATTAGATAAATCAAATATGTTTCAATTCTTCTTTTCAAAATACGTTCCCGGAAAACACCGTTTTTCGGTGAG-AAAAC---TGTAATATCTAATAATGGCAATG-TG-AA--------CAT-AAGTA-C-ATATAGTAAAAAACAATGA------AC-A--------TACA---AA-GTTTCAATGCAATGTTAACCATTATTTATCATCCTGACAGTTTAGTATGACTTTATTGACGAGTTGTCTG--TTTT------TCATGAC-ATTTATTATGTGCGTAATCAACCGCATTTTACGTAATGGCCATTTAGTTTGTTGTAATAAAAc
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gi|7 : --TTTTAC-CGTG-TTTA-----CT--T---TAAATAAATTAATTAACAAGAAAAAAGCCGAATATCGGAATATCGTTTACTTCAA--TG-GAGCCATGATACTTT-ATGGATACTAAATGTATCAAAAACCAGCGATATT-CTTTAGT-CTACGTGAACTACTAGAATACATTATACCATGTACATATTTA-GCAGCGTCCATTAGTTTT-TTGCCATATCAAA-A---CGTCAAACTGGTGT-TATTAATATTTGATAGAAGACGCCGGAAATG-----CTCGAACCGAGGTGTTAATACTTTTCCA-TTTTT-T---TAATATCTTGCGACATCAACAGAAACT--------ACATTTACTCTTAA---ACATAACTTTCAAGACAC---AATGTTACGTGT-TAAAA-TACGGTAAACATGTTCAAAATGTGAAGACAGACGTCATTATCCGAA-AAAAA-----GCGACGAGGGTGGCAAATCATACA--GGACATTTTGAATACAAAATCTGAACAATTC-AG-AGCAAAGT-G-AATGTATTCCATTCCACATAAGCATGTTCAATTGAAATTTTACTTTAGAATGATATGACTTTAAAATTTATATG---AAAA--T-TTG----AAAATAATTAAATTTATCAAATATGTTTCCATTATATCTTTTAAATAACGTTGCCGGA-AACACT-TTTTTTCTATGAGAAAAA---TGTAATATCTCTTAATCGTGATA-AG-AAA-AA-A-TCATTAAGTGCC-GCATAGT--AAAACAATGAACATATGC-A--------TACA---TA-GTTTTAATGCCATACTAACTAGTATTTTTCATTTTGTCTTTTCAGTATGACTTTATTGACGAGTCGTCTG--TTTT------TCGTGAC-ATCTAGCATGTGCATAATGAGCCGCGTGTTGCGTAATGACCGCTAAGTTTGTTGTGATAAAA
gi|8 : ACGTTGCGCACGGTAATGGTACCT---CTAAGCGT-AAC---ACGTCGTTAACGGTAAAATTGTATAAAATGTAATATGACGT--TTTTATTCATG-T--A-----TT--T---CATATCGTTTATTTTACAAGAAAATAGCTGATTACCGGAAAATCAATTACTGCAA--TG-GAATCATGATTATCT-GCGGATATTAAATGGATCAAAA-CCAATGATATTACTGTA-C-CTACGT------T---AATACAGTATACCAT--ACAT----------------------TT-TCGCAGTATTAAA-AGAACGTCAAACTGAAGA-TGTCATTATTTGATAGAGGACATCGGAAACG-----CTTTATACAAGGTGTAAATAATTTTCCAAACTTT-T---CAATATTTTAGGACATTAACAGAAACT--------AAAGTTACTCGTTA---ATATATTTTTCAAAAGACAATAATATTCTGCGT-TAAAAATATGGTTAATATGGTCAAAATGAGAAGACAGACGTTATTTTT--GT-AAAAA----TGCTAAG-GGTTGGCAAATCTTAGA--GGACATTTTAAATACGAAAT------CATTC------CACA-T-A-AGCATGTTCCA--------------------CTGAAATTTTACTTAAGTTTGATATGCTTTTAAAATTTATATGTTCGCGA--T-TTTTTC--------TTAGAT-----AAATACGTTTAAATTATTTCTTTCAAATAACGTTTGCGGACAACACC-TT-----------AAAAA---TGTACTATCTCATAATCGCAATA-TG-AAA-----------AAGTGCC-ATATAAT--AAAACAATGAACATATAC-G--------TACA---AA-TAGTTAATGCAATACTAACCACTATTTTTCATCTTGACTGTTCAGTATGACTTTATTGACGAGTCGTTTG--TTTT------TCGGGAC-ATATAACATATACGCAATGAACCGCGTGTTCCGTAATGGCCGTTAAGTTTGTTGTAATAAAACACAac
gi|9 : GACGTCGCGCACAGTAATGGTTCCT---TAAAGCGT-AAT---ACGACGTTAACGTTAAA-TTGTATAAAATGTAATATGACGT--TTTTATTCATG-T--A-----TT--T---CGTATCATTTATTTTACAAGTAAATAGCCGAATATCGGAAAATCAATAACTGCAAACTGTAAACTATGAc
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blockSeqs : AAG A GTG TA T TT TTGGT GA TTA AC T T A G A T G G C A T A C AGATT A . TCC TACTCGTA CTA AAT A A AAAA A CA T T A A TT A AC G TTTTCTATTGG ATG T A T T T A AA T TAGAGGTC TTT G C TTT TTTTTA A
blockSeqs : . . . TA . . . . . . T . . . . A A . T . . . A . T . . . . . . . . A . . . . . . . AC . TTTTCTATGAG T . A . T . . . . GT . . T T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T G . . . . . C . A . . . . . . . . . . . . . . . . AA . TTTCGGTGAG . . A . T . . . . . . . T T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A G . . . . . C . A . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . T T . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AATAGTCCAGTAAGTCGGTTAATATACCTAAAATTTACTGCAAAAGAAATGGTTTTGCATAAATAATGTTGAACTTGATCCTGTGATCAACATAAAAAAGTCTAGAAAAATCTAGATA
Unaligned ( gi|30 ): AATAGTCCAGTTAGTTTGTTAATATACCTAACACTGATTGCAAATGATATGGTTTTGCATAAATAATGTT
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lowQualScore : 444 7 111 11 2 11 66666 11 999 8 11 4 4 4 4 5 1 4 1 2 9 9 1 0 77777 0 7 777 55555555 9 999 8 999 2 5 3333 0 77 9 6 5 5 5 5 44 5 77 7 00000000000 333 4 1 4 1 4 4 44 1 5 55555555 444 5 3 777 777777 9
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Reference ( family-2504 ) : GACGTCGCGCACGGTAATGGTACCT---CTAAGCGT-AAC---ACGACGTTAACGTTAAAATTGTATAAAATGTAATATGACGT--TTTTATTCATG-T--A-----TT--T---CGTATCATTTATTTTACAAGAAAATAGCCGAATATCGGAATATCAATTACTGCAA--TG-GAATCATGATTTTCT-GCGGATATTAAATGGATCAAAA-CCAATGATATTACTGTA-C-CTACGTAAACTATGAGAATACAGTATACCATGTACATAACTA-GCGGCGTCCAT-AGGTTT-TCGCCGTATTAAA-AGAACGTCAAACTGACGT-TGTNAATATTTGATAGAGGACATCGGAAATG-----CTTGATACGAGGTGTAAATGATTTTCCAANTTTT-T---CAATATTTTGGGACACTAACAGAAACT--------AAATTTACTCGTTA---ATATAATTTTCAAAAGAC---AATATTCTGCGT-TAAAAATATGGTAAATATGGTCAAAATGTGAGGACAGACGTTATTTTTTGGT-AAAAA----TGCTAAG-GGGCGGCAAATCATAGA--GGACATTTTAAATACGAAATCTGTACCATTC-AG-AGCAAAGT-G-AATATATTTCATTCCACATAAGCATGTTCCACTGAAATTTTACTTTAGTATGATATGATTTTAAAATTTATATGTTCGCGA--T-TTTTTCTAAAATAATTAAATTAATCAAATACGTTTCAATTATTTCTTTCAAATAACGTTGGCGGACAACACC-TT-----------AAAAA---TGTAATATCTCATAATCGCAATA-TG-AAA-AA-G-TCATCAAGTACC-ATATAAT--AAAACAATGAACATATAC-A--------TACA---TA-TTTTTAATGCAATACTAACCATTATTTTTCATCTTGACTGTTCAGTATGACTTTATTGACGAGTCGTTTG--TTTT------TCGGGAC-ATTTAGCATATACGTAATGAACCGCGTGTTCCGTAATGGCCGTTAAGTTTGTTGTAATAAAACACA
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gi|13 : GTAA---ACATAATTTTCAAAAAA-----ATGTTCTCTAT-TAGCAATATGGTAAATATGGTCAAAATGGGATGACAAACGTTAATTTCCGAT-AAAAA----TGCCAAG-GGGCAGTAAATCATATACAGGATATTTTAAATACGAGATATGAACAATTT-AG-AGCAAAGAAG-ATTATATTCCGTTCCACATAAGCATGTTCTACTTTACTTTTACTGTGATGTGATATGATTTTAAAACGTATATGTTCACGG--T-TTTT-CTAAAATAATTAGATAAATCAAATATGTTTCAATTCTTCTTTTCAAAATACGTTCCCGGAAAACACCGTTTTTCGGTGAG-AAAAC---TGTAATATCTAATAATGGCAATG-TG-AA--------CAT-AAGTA-C-ATATAGTAAAAAACAATGA------AC-A--------TACA---AA-GTTTCAATGCAATGTTAACCATTATTTATCATCCTGACAGTTTAGTATGACTTTATTGACGAGTTGTCTG--TTTT------TCATGAC-ATTTATTATGTGCGTAATCAACCGCATTTTACGTAATGGCCATTTAGTTTGTTGTAATAAAAc
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gi|21 : gacgtcgcgcatggtaatggttcctcttagcgtaacacgacgttaacgttaaaattgtataaaatgtaatatgacgtttttattcatgtatttagtataatttattttacaagaaaatagccgaatacttgaaaatcaattactgcaatggaatcatgattttctgcggatattaaatggatcaaaaccaataatattactgtacctacgtaaactaGACGTCGCTCGCGGTAATGGTACCT---CTA
gi|21 : atatgtttgcatttaatttgcataTA-TG-AAA-AT-G-TCATCAAATACT-TTATAAT--AAAACAATGACCATATAC-A--------TACA---TA-TGTTTAATGCAATATCAACATTTGTTTTTCATCTTGACTGTTCTGTATGACTTTATTGTCGAGTCGTTTG---TTT------TCGGGAC-ATTAAGTAAAAACGTAATGAACCGCGTGTTCCGTAAAGACCGTTAAGTTTGTTGTAATAAAACACtgaaaatgtcatcaaatactttataataaaacaatgaccatatacatacatatgtttaatgcaatatcaacatttgtttttcatcttgactgttctgtatgactttattgtcgagtcgtttgttttcgggacattaagtaaaaacgtaatgaaccgcgtgttccgtaaagaccgttaagtttgttgtaataaaacac
gi|22 : atatgtttgcatttaatttgcatagacgtcgctcgcggtaatggtacctcATGTCGTGCACGGTAATGGGACC--------------------CGACGTTAACGTCAAAATTGTATAAA-------ACGACGTTATTTTATTCATG-T--ATTGGTTT--T---CGATTCATTTAATTTGTAAGGAAATAGCCGAATTTCGGAATATCGGTTACTTCAG--TG-GAATCATGATACTTT-GTGGGTATCAAATGTATCAAAA-CCAATGATAGTCGTCTA-T-CTACGTGGACTATTAGAATGCATTATACCATGTACATA
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