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Reference ( gi|3 )            :             AATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATATATAT-CGGAAGCTTTAAAAATTAGACGCTCT-TTTCCGAACTTTATTTTA--AATTA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-G-----AAAAC----TATGTC---------------AA---A---TGT-TATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTG----AATTACTTTAT-TATAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TG--TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTGAACATTTTATAC--TTTTGCAAAATTTAATGT
gi|2                          :             AATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATATTCGGAAGCTTTAAAAATTTGACGCTCT-ATTCCGAACTTTATTTTA--AATAA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-G-----AAAGC----TATGTC---------------AA---A---TGT-TATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTA----AATTACTTTAT-TATAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TGT-TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTAAACAGACACGTCTA-----TAT------ATTAAACATTTTATAC--TTTTGCAAAATTTAATG
gi|1                          :             AATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATAT-CGAAAGCTTTAAAAATTAGACGCTCT-ATTCCGAACTTTATGTTA--AATTA--AT-GAATTAATAGTACATTTTCAC-G-----AAAGC----TATGTC---------------AA---A---TGT-TATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTG----AATTACTTTAT-TATAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAAACATA-TG--TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACTGACACGTCTA-----CAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTGAAAAAAATAATGT
gi|4                          :                   CAAACAAAACTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATAT-CGGAAGCTTTAAAAATTAGACGATCT-ATGCCGAACTTTATTTTA--TATAA--AT-GAATTACGGGTACATTCTCAC-G-----AAATC----TATGTC---------------AA---A---TGT-TATGTATGTGTTG-TT-AGTAA-ATAAACTG----AATTAATTTAT-TATAATTGGGTGGGAAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TGT-TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTTCAAAATTAAATGTttat
gi|5                          :                      ACAAAATCGAACT------A---AGCAAATATATAT-CAGAAGGTTTAGTA-TTATACACTAT-ATTCCGAACTTTATTTTA--GATTA--CT-GAA------------TCTCAC-C-----GAAGT----TATGCC---------------GAACTA---TTT-TACAGATGTGTTG-TTCAATAA-AGAAACTGCAGCAATTA---TAT-TGTTATTGAACAGGTAAAATTCTTACAGTTTATAT--GTAAACAATATTG--TA-TT------T-GTT--ACT--AAGTAT---Atta
gi|21                         : tataccattataatacaaatatattcgTTAAACTTGCTTAATTTGGCAACTGTATAC-CTGAAGCTTTAGTAAATGTACGCTCT-AGTTCGTACTTTATTATA--GATGA--AT-GACTCAATAGTACATTaaacttaatttaatgtattaaacaaattcaatttcata
gi|7                          :                                                             aatctTTTAAAAATTAGACGCTCT-ATTTCGAACTTTATTTTA--AATTA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-G-----AAAGC----TATGTC---------------AA---A---TGT-TTTGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTG----AATTACTTTAT-TATAATTGGTTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATG-T---TT-TT------T-GCT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACTTGTCTA-----TAT------ATTTAACATTTTATAC--TTTTGCCAAATTTAATGT
gi|8                          :                                                                       AAATTAAACGCTCT-ATTCCGAACTTCATTTTA--AATTATTATTGATTTGAAATTACATTCTCA--G-----AGAA------ACGTC---------------AA---AA--TGT-TATGTATGTGTTG-TT-AATAAGATA---T------ATTAATTTAT-TGCAATTGGTTTGGTACAATAC-TA-AGATTATATAGGTAAATCATA-TGACTT-AT------T-GTT--ATT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAATAGATACGTCTA-----TAT------ACTATACATTTTGTAC--TATTTCAAAt
gi|11                         :                                                                              ACGCCCTATTCCCGA--TTTAGTTTA--GATTA--AT-AAATAATTAGTATCTTATCACTG-----AAAA-----TATGCC---------------AG---A------------ATATGTT------ATAA-A-AA--TG----A--TACCT-----GTAACTGATTAGGTTTTATGC-TC-AGAGTATATGGATGAATACTA-TG--CTACT------T-GTA--ATT--TGATAT---tat
gi|10                         :                                                                                 CCCT-ATTCCCAA-TTTAGTTTA--GATTA--AT-AAATAATTAGTATCTTATCACTG-----AAAA-----TATGCC---------------AG---AATATGT-TATACATGTGGTA-TT-AA--A-ATGA----------------TATCTGTAACTGATTGGGTTTTATAC-TC-GGAGTATATGGATGAATACTA-CG--CTATT------T-GTT--ATT--TGATAT---gaaacctactataccatgttaaagagggacggttatataggttatacttcat
gi|6                          :                                                                                          CGAATTTTATTTCATCAAGTA--AT-CACTAAATGTCATTTTCTCAC-G-----AGTGG----CATGTCGGGAGTGAGATTTTCAA---A---TTT-TATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTG----ACTTAATTTAT-TATAATAAGGTGAGTAAAATAC-TA-AGGTCATATAGGTTAATCATA-TGT-TT-TT------T-GTT--ACA--CAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGAAACGTTTA-----TAT------ACTAAACATTTTATACTTTTTTTTAAAATTCAATgaaacctactatatcatgttaaagagggacactcatataggctatactt
gi|12                         :                                                                    tatagagaatatttgtttgtgtaaaatTCTATTGTA--GATTT--AT-GAATCAATAGTACATTCGCAC-T-----AAAGA----TATGTC---------------AA---AACCTGT-TACAGATAGGTTG-TTGAATAA-TTAATCTG------------------TAAATGATTTGGTAAAATAC-TC-AGA--------GTAAATAATA-TG--TT-ATAAATGAT-ATTAAACTTATAGTAT---ATCA-T-GTTAAAAGGATACATTTA-----TAT------AT---AC----TATAC--TTTTcttt
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gi|16                         :                                                                                                        --AATCA--AT-GCCTTAACTGTGCATTCTCACTGAAGCTAAAACATAATATGTT----------------T---A---TGTACATGTATGTGTCGATA-AATAA-AGAGGTTG----AAACAATGTCA-TGTAATTGAGTGTGTG--------------TATCCGGGTAAAACATA-TG--
gi|15                         :                                                                                                                                                 AAGC----AATGTC---------------AA---A---TGC-TATGTATGTGTTG-TT-AATTA-ATAAACTA----AATTAATTTGT-TGTAA----------AAAA-AC-TA-GGATTATATGGGTAAATCATA-TG------------------------------T---ATTT-T-ATTTAAAAGAAACGTCTA-----TATACAGTAACTAAACATTTTACAC--TTTTTCAAATTTTAATGTccatgaatgctatatattactgtata
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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTTGATAATAAGTATAAATTAGTGTGATTATATTTCAGTTAAAGCATTAAAATTAAACAATATAAGTGAAAAATACATAATATGAATATTATATGCTTGATTCAATTAATAATCCAAACAATCGTGTAAATTTAAAGGCAATTTACATCATTGAAATAAACTGTTGACAAACTTGAATCTTTCATTAATTTTTG
Unaligned ( gi|19 ): ATATATTTGATTTTACTTTAATACATGATAAATGTATCTGATGCCGAACGTAAATAGAAGAAATCATATGCTATTTATCATTTAATACGAAACATACTATATCATGTTAATAAAGACTATTATAGACATGTATTATACTTATA
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Alignments
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Reference ( family-2495 )     :                                       AATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATAT-CGGAAGCTTTAAAAATTAGACGCTCTATTCC-GAACTTTATTTTA--GATTA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-GAAAGCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGAATTAATT-TA-T-TGTAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TG--TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTTCAAAATTTAATGT
gi|1                          :                                       AATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATAT-CGAAAGCTTTAAAAATTAGACGCTCTATTCC-GAACTTTATGTTA--AATTA--AT-GAATTAATAGTACATTTTCAC-GAAAGCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGAATTACTT-TA-T-TATAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAAACATA-TG--TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACTGACACGTCTA-----CAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTGAAAAAAATAATGT
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gi|11                         :                                                                                                        ACGCCCTATTCCCGA--TTTAGTTTA--GATTA--AT-AAATAATTAGTATCTTATCACTGAAAA-T---ATGCC---------------AG-A------------------ATATGTT------ATAA-A-AA--TGA--------TACC-TGTAACTGATTAGGTTTTATGC-TC-AGAGTATATGGATGAATACTA-TG--CTACT------T-GTA--ATT--TGATAT---gaaacctactatatcatgttaaagagggacactcatataggctatactt
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gi|2                          : tgaataagataacatctggaaataaacttacattcaaaAATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATATTCGGAAGCTTTAAAAATTTGACGCTCTATTCC-GAACTTTATTTTA--AATAA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-GAAAGCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTAAATTACTT-TA-T-TATAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TGT-TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTAAACAGACACGTCTA-----TAT------ATTAAACATTTTATAC--TTTTGCAAAATTTAATGaa
gi|20                         :                                                                                                                              TTTA--AATTA--AT-GATTTCATATTACATTCT-----AAAGCT---ATGTT---------------AA-A---TGTT-------ATGCATGTGTTG-TT-AGTAA-ATAAGCTGAATTAATT-TA-T-TATAATTGGGTGGGAAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCAT
gi|21                         :                                                      TTAAACTTGCTTAATTTGGCAACTGTATAC-CTGAAGCTTTAGTAAATGTACGCTCTAGTTC-GTACTTTATTATA--GATGA--AT-GACTCAATAGTACATT
gi|3                          :                                  aatctAATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATATATAT-CGGAAGCTTTAAAAATTAGACGCTCTTTTCC-GAACTTTATTTTA--AATTA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-GAAAACT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGAATTACTT-TA-T-TATAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TG--TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTGAACATTTTATAC--TTTTGCAAAATTTAATGT
gi|4                          :                                             CAAACAAAACTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATAT-CGGAAGCTTTAAAAATTAGACGATCTATGCC-GAACTTTATTTTA--TATAA--AT-GAATTACGGGTACATTCTCAC-GAAATCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AGTAA-ATAAACTGAATTAATT-TA-T-TATAATTGGGTGGGAAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TGT-TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTTCAAAATTAAATGT
gi|5                          :                                                ACAAAATCGAACT------A---AGCAAATATATAT-CAGAAGGTTTAGTA-TTATACACTATATTCC-GAACTTTATTTTA--GATTA--CT-GAAT------------CTCAC-CGAAGTT---ATGCC---------------GA-ACTATTTT-------ACAGATGTGTTG-TTCAATAA-AGAAACTGCAGCAATTATA-T-TGTTATTGAACAGGTAAAATTCTTACAGTTTATAT--GTAAACAATATTG--TA-TT------T-GTT--ACT--AAGTAT---Atta
gi|6                          :                                                                                        tataccattataatacaaatatattcgC-GAATTTTATTTCATCAAGTA--AT-CACTAAATGTCATTTTCTCAC-GAGTGGC---ATGTCGGGAGTGAGATTTTCAA-A---TTTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGACTTAATT-TA-T-TATAATAAGGTGAGTAAAATAC-TA-AGGTCATATAGGTTAATCATA-TGT-TT-TT------T-GTT--ACA--CAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGAAACGTTTA-----TAT------ACTAAACATTTTATACTTTTTTTTAAAATTCAATaaacttaatttaatgtattaaacaaattcaatttcata
gi|7                          :                                                                 tatagagaatatttgtttgtgtaaaatTTTAAAAATTAGACGCTCTATTTC-GAACTTTATTTTA--AATTA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-GAAAGCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------TTGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGAATTACTT-TA-T-TATAATTGGTTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATG-T---TT-TT------T-GCT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACTTGTCTA-----TAT------ATTTAACATTTTATAC--TTTTGCCAAATTTAATGTcttt
gi|8                          :                                                                                                 AAATTAAACGCTCTATTCC-GAACTTCATTTTA--AATTATTATTGATTTGAAATTACATTCTCA--GAGAA-----ACGTC---------------AA-AA--TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAAGATA---T--ATTAATT-TA-T-TGCAATTGGTTTGGTACAATAC-TA-AGATTATATAGGTAAATCATA-TGACTT-AT------T-GTT--ATT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAATAGATACGTCTA-----TAT------ACTATACATTTTGTAC--TATTTCAAAt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                               -TGTAATTTGTTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TG--TT-TTT-----T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTGAAACAGATACGTCTA-----TAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTTTCAAATTTAAtat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTTGATAATAAGTATAAATTAGTGTGATTATATTTCAGTTAAAGCATTAAAATTAAACAATATAAGTGAAAAATACATAATATGAATATTATATGCTTGATTCAATTAATAATCCAAACAATCGTGTAAATTTAAAGGCAATTTACATCATTGAAATAAACTGTTGACAAACTTGAATCTTTCATTAATTTTTG
Unaligned ( gi|19 ): ATATATTTGATTTTACTTTAATACATGATAAATGTATCTGATGCCGAACGTAAATAGAAGAAATCATATGCTATTTATCATTTAATACGAAACATACTATATCATGTTAATAAAGACTATTATAGACATGTATTATACTTATA
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Alignments
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consensus                     :                                       AATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATAT-CGGAAGCTTTAAAAATTAGACGCTCTATTCC-GAACTTTATTTTA--GATTA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-GAAAGCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGAATTAATT-TA-T-TGTAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TG--TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTTCAAAATTTAATGT
Reference ( family-2495 )     :                                       AATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATAT-CGGAAGCTTTAAAAATTAGACGCTCTATTCC-GAACTTTATTTTA--GATTA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-GAAAGCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGAATTAATT-TA-T-TGTAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TG--TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTTCAAAATTTAATGT
gi|1                          :                                       AATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATAT-CGAAAGCTTTAAAAATTAGACGCTCTATTCC-GAACTTTATGTTA--AATTA--AT-GAATTAATAGTACATTTTCAC-GAAAGCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGAATTACTT-TA-T-TATAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAAACATA-TG--TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACTGACACGTCTA-----CAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTGAAAAAAATAATGT
gi|10                         :                                                                                                           CCCTATTCC-CAA-TTTAGTTTA--GATTA--AT-AAATAATTAGTATCTTATCACTGAAAA-T---ATGCC---------------AG-AATATGTT-------ATACATGTGGTA-TT-AA--A-ATGA-------------TA-TCTGTAACTGATTGGGTTTTATAC-TC-GGAGTATATGGATGAATACTA-CG--CTATT------T-GTT--ATT--TGATAT---ttat
gi|11                         :                                                                                                        ACGCCCTATTCCCGA--TTTAGTTTA--GATTA--AT-AAATAATTAGTATCTTATCACTGAAAA-T---ATGCC---------------AG-A------------------ATATGTT------ATAA-A-AA--TGA--------TACC-TGTAACTGATTAGGTTTTATGC-TC-AGAGTATATGGATGAATACTA-TG--CTACT------T-GTA--ATT--TGATAT---gaaacctactatatcatgttaaagagggacactcatataggctatactt
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gi|14                         :                                                                                                                                                                     ccttaa---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTCTTG-TT-AATAT-ATAATCTGAATTAATT-TA-T-TATAATCGGGTGGGTAAAATAC-AA-AGATTATATGGGTAAATTATA-TG--TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTTACAAACACGTCTA-----TAT------ACTCAACGTTTTATAC--TTTTTCAAAATTTAATGT
gi|15                         :                                                                                                                                                                      AAGCA---ATGTC---------------AA-A---TGCT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATTA-ATAAACTAAATTAATT-TG-T-TGTAA----------AAAA-AC-TA-GGATTATATGGGTAAATCATA-TG------------------------------T---ATTT-T-ATTTAAAAGAAACGTCTA-----TATACAGTAACTAAACATTTTACAC--TTTTTCAAATTTTAATGTtt
gi|16                         :                                                                                                                                     ATCA--AT-GCCTTAACTGTGCATTCTCAC-TGAAGCTAAAACATA---------------AT-A---TGTTTATGTACATGTATGTGTCGATA-AATAA-AGAGGTTGAAACAATG-TC-A-TGTAATTGAGTGTGTG--------------TATCCGGGTAAAACATA-TG--ttaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                         aT---ATGTCCA-------------AATA---TGTT-------ATAAATGTGTTG-GT-AGAGA-ATGACC--------------C-TGTAAATGACTGGGTAAAGTAC-TC-CGAGTGTATGAGTAAATCATA-TA--CTATT------T-CTT--ATT--TAATATGAAACTCAT-GTTGAAGAGAGACAATTACTTGGTGT------ACTTAACAccatgaatgctatatattactgtata
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        gGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTCAATCATA-TG--TT-TT------TTGTT--ACT--TAATAT---ATTT-TTGTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTAAACAGTTTATAC--TTTTGCAAAATTaat
gi|2                          : tgaataagataacatctggaaataaacttacattcaaaAATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATATTCGGAAGCTTTAAAAATTTGACGCTCTATTCC-GAACTTTATTTTA--AATAA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-GAAAGCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTAAATTACTT-TA-T-TATAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TGT-TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTAAACAGACACGTCTA-----TAT------ATTAAACATTTTATAC--TTTTGCAAAATTTAATGaa
gi|20                         :                                                                                                                              TTTA--AATTA--AT-GATTTCATATTACATTCT-----AAAGCT---ATGTT---------------AA-A---TGTT-------ATGCATGTGTTG-TT-AGTAA-ATAAGCTGAATTAATT-TA-T-TATAATTGGGTGGGAAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCAT
gi|21                         :                                                      TTAAACTTGCTTAATTTGGCAACTGTATAC-CTGAAGCTTTAGTAAATGTACGCTCTAGTTC-GTACTTTATTATA--GATGA--AT-GACTCAATAGTACATT
gi|3                          :                                  aatctAATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATATATAT-CGGAAGCTTTAAAAATTAGACGCTCTTTTCC-GAACTTTATTTTA--AATTA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-GAAAACT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGAATTACTT-TA-T-TATAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TG--TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTGAACATTTTATAC--TTTTGCAAAATTTAATGT
gi|4                          :                                             CAAACAAAACTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATAT-CGGAAGCTTTAAAAATTAGACGATCTATGCC-GAACTTTATTTTA--TATAA--AT-GAATTACGGGTACATTCTCAC-GAAATCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AGTAA-ATAAACTGAATTAATT-TA-T-TATAATTGGGTGGGAAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TGT-TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTTCAAAATTAAATGT
gi|5                          :                                                ACAAAATCGAACT------A---AGCAAATATATAT-CAGAAGGTTTAGTA-TTATACACTATATTCC-GAACTTTATTTTA--GATTA--CT-GAAT------------CTCAC-CGAAGTT---ATGCC---------------GA-ACTATTTT-------ACAGATGTGTTG-TTCAATAA-AGAAACTGCAGCAATTATA-T-TGTTATTGAACAGGTAAAATTCTTACAGTTTATAT--GTAAACAATATTG--TA-TT------T-GTT--ACT--AAGTAT---Atta
gi|6                          :                                                                                        tataccattataatacaaatatattcgC-GAATTTTATTTCATCAAGTA--AT-CACTAAATGTCATTTTCTCAC-GAGTGGC---ATGTCGGGAGTGAGATTTTCAA-A---TTTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGACTTAATT-TA-T-TATAATAAGGTGAGTAAAATAC-TA-AGGTCATATAGGTTAATCATA-TGT-TT-TT------T-GTT--ACA--CAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGAAACGTTTA-----TAT------ACTAAACATTTTATACTTTTTTTTAAAATTCAATaaacttaatttaatgtattaaacaaattcaatttcata
gi|7                          :                                                                 tatagagaatatttgtttgtgtaaaatTTTAAAAATTAGACGCTCTATTTC-GAACTTTATTTTA--AATTA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-GAAAGCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------TTGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGAATTACTT-TA-T-TATAATTGGTTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATG-T---TT-TT------T-GCT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACTTGTCTA-----TAT------ATTTAACATTTTATAC--TTTTGCCAAATTTAATGTcttt
gi|8                          :                                                                                                 AAATTAAACGCTCTATTCC-GAACTTCATTTTA--AATTATTATTGATTTGAAATTACATTCTCA--GAGAA-----ACGTC---------------AA-AA--TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAAGATA---T--ATTAATT-TA-T-TGCAATTGGTTTGGTACAATAC-TA-AGATTATATAGGTAAATCATA-TGACTT-AT------T-GTT--ATT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAATAGATACGTCTA-----TAT------ACTATACATTTTGTAC--TATTTCAAAt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                               -TGTAATTTGTTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TG--TT-TTT-----T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTGAAACAGATACGTCTA-----TAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTTTCAAATTTAAtat


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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|19 ): ATATATTTGATTTTACTTTAATACATGATAAATGTATCTGATGCCGAACGTAAATAGAAGAAATCATATGCTATTTATCATTTAATACGAAACATACTATATCATGTTAATAAAGACTATTATAGACATGTATTATACTTATA
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consensus                     :                                       AATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATAT-CGGAAGCTTTAAAAATTAGACGCTCTATTCC-GAACTTTATTTTA--GATTA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-GAAAGCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGAATTAATT-TA-T-TGTAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TG--TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTTCAAAATTTAATGT
Reference ( family-2495 )     :                                       AATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATAT-CGGAAGCTTTAAAAATTAGACGCTCTATTCC-GAACTTTATTTTA--GATTA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-GAAAGCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGAATTAATT-TA-T-TGTAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TG--TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTTCAAAATTTAATGT
gi|1                          :                                       AATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATAT-CGAAAGCTTTAAAAATTAGACGCTCTATTCC-GAACTTTATGTTA--AATTA--AT-GAATTAATAGTACATTTTCAC-GAAAGCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGAATTACTT-TA-T-TATAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAAACATA-TG--TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACTGACACGTCTA-----CAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTGAAAAAAATAATGT
gi|10                         :                                                                                                           CCCTATTCC-CAA-TTTAGTTTA--GATTA--AT-AAATAATTAGTATCTTATCACTGAAAA-T---ATGCC---------------AG-AATATGTT-------ATACATGTGGTA-TT-AA--A-ATGA-------------TA-TCTGTAACTGATTGGGTTTTATAC-TC-GGAGTATATGGATGAATACTA-CG--CTATT------T-GTT--ATT--TGATAT---ttat
gi|11                         :                                                                                                        ACGCCCTATTCCCGA--TTTAGTTTA--GATTA--AT-AAATAATTAGTATCTTATCACTGAAAA-T---ATGCC---------------AG-A------------------ATATGTT------ATAA-A-AA--TGA--------TACC-TGTAACTGATTAGGTTTTATGC-TC-AGAGTATATGGATGAATACTA-TG--CTACT------T-GTA--ATT--TGATAT---gaaacctactatatcatgttaaagagggacactcatataggctatactt
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gi|15                         :                                                                                                                                                                      AAGCA---ATGTC---------------AA-A---TGCT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATTA-ATAAACTAAATTAATT-TG-T-TGTAA----------AAAA-AC-TA-GGATTATATGGGTAAATCATA-TG------------------------------T---ATTT-T-ATTTAAAAGAAACGTCTA-----TATACAGTAACTAAACATTTTACAC--TTTTTCAAATTTTAATGTtt
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        gGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTCAATCATA-TG--TT-TT------TTGTT--ACT--TAATAT---ATTT-TTGTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTAAACAGTTTATAC--TTTTGCAAAATTaat
gi|2                          : tgaataagataacatctggaaataaacttacattcaaaAATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATATTCGGAAGCTTTAAAAATTTGACGCTCTATTCC-GAACTTTATTTTA--AATAA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-GAAAGCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTAAATTACTT-TA-T-TATAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TGT-TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTAAACAGACACGTCTA-----TAT------ATTAAACATTTTATAC--TTTTGCAAAATTTAATGaa
gi|20                         :                                                                                                                              TTTA--AATTA--AT-GATTTCATATTACATTCT-----AAAGCT---ATGTT---------------AA-A---TGTT-------ATGCATGTGTTG-TT-AGTAA-ATAAGCTGAATTAATT-TA-T-TATAATTGGGTGGGAAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCAT
gi|21                         :                                                      TTAAACTTGCTTAATTTGGCAACTGTATAC-CTGAAGCTTTAGTAAATGTACGCTCTAGTTC-GTACTTTATTATA--GATGA--AT-GACTCAATAGTACATT
gi|3                          :                                  aatctAATCTTCAAACAAAATTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATATATAT-CGGAAGCTTTAAAAATTAGACGCTCTTTTCC-GAACTTTATTTTA--AATTA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-GAAAACT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGAATTACTT-TA-T-TATAATTGGGTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TG--TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTGAACATTTTATAC--TTTTGCAAAATTTAATGT
gi|4                          :                                             CAAACAAAACTGAACTTGCTAAACTTAGCAAATACATAT-CGGAAGCTTTAAAAATTAGACGATCTATGCC-GAACTTTATTTTA--TATAA--AT-GAATTACGGGTACATTCTCAC-GAAATCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AGTAA-ATAAACTGAATTAATT-TA-T-TATAATTGGGTGGGAAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TGT-TT-TT------T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACACGTCTA-----TAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTTCAAAATTAAATGT
gi|5                          :                                                ACAAAATCGAACT------A---AGCAAATATATAT-CAGAAGGTTTAGTA-TTATACACTATATTCC-GAACTTTATTTTA--GATTA--CT-GAAT------------CTCAC-CGAAGTT---ATGCC---------------GA-ACTATTTT-------ACAGATGTGTTG-TTCAATAA-AGAAACTGCAGCAATTATA-T-TGTTATTGAACAGGTAAAATTCTTACAGTTTATAT--GTAAACAATATTG--TA-TT------T-GTT--ACT--AAGTAT---Atta
gi|6                          :                                                                                        tataccattataatacaaatatattcgC-GAATTTTATTTCATCAAGTA--AT-CACTAAATGTCATTTTCTCAC-GAGTGGC---ATGTCGGGAGTGAGATTTTCAA-A---TTTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGACTTAATT-TA-T-TATAATAAGGTGAGTAAAATAC-TA-AGGTCATATAGGTTAATCATA-TGT-TT-TT------T-GTT--ACA--CAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGAAACGTTTA-----TAT------ACTAAACATTTTATACTTTTTTTTAAAATTCAATaaacttaatttaatgtattaaacaaattcaatttcata
gi|7                          :                                                                 tatagagaatatttgtttgtgtaaaatTTTAAAAATTAGACGCTCTATTTC-GAACTTTATTTTA--AATTA--AT-GAATTAATAGTACATTCTCAC-GAAAGCT---ATGTC---------------AA-A---TGTT-------TTGTATGTGTTG-TT-AATAA-ATAAGCTGAATTACTT-TA-T-TATAATTGGTTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATG-T---TT-TT------T-GCT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAACAGACTTGTCTA-----TAT------ATTTAACATTTTATAC--TTTTGCCAAATTTAATGTcttt
gi|8                          :                                                                                                 AAATTAAACGCTCTATTCC-GAACTTCATTTTA--AATTATTATTGATTTGAAATTACATTCTCA--GAGAA-----ACGTC---------------AA-AA--TGTT-------ATGTATGTGTTG-TT-AATAAGATA---T--ATTAATT-TA-T-TGCAATTGGTTTGGTACAATAC-TA-AGATTATATAGGTAAATCATA-TGACTT-AT------T-GTT--ATT--TAATAT---ATTT-T-GTTTAATAGATACGTCTA-----TAT------ACTATACATTTTGTAC--TATTTCAAAt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                               -TGTAATTTGTTGGGTAAAATAC-TA-AGATTATATGGGTAAATCATA-TG--TT-TTT-----T-GTT--ACT--TAATAT---ATTT-T-GTGAAACAGATACGTCTA-----TAT------ACTAAACATTTTATAC--TTTTTTCAAATTTAAtat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTTGATAATAAGTATAAATTAGTGTGATTATATTTCAGTTAAAGCATTAAAATTAAACAATATAAGTGAAAAATACATAATATGAATATTATATGCTTGATTCAATTAATAATCCAAACAATCGTGTAAATTTAAAGGCAATTTACATCATTGAAATAAACTGTTGACAAACTTGAATCTTTCATTAATTTTTG
Unaligned ( gi|19 ): ATATATTTGATTTTACTTTAATACATGATAAATGTATCTGATGCCGAACGTAAATAGAAGAAATCATATGCTATTTATCATTTAATACGAAACATACTATATCATGTTAATAAAGACTATTATAGACATGTATTATACTTATA
Unaligned ( gi|22 ): TTAATACGAAACTTACTCTATCATGTTAAAGATAGACACTTTTATACTATACTTTTGCAAATGTTCC