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gi|2 : TTTCT------TCTTCTTCCGGTAAAG-TGCA---TCA--C---CA---TG-TAAGTGGT--AT--CCTC-GCA------CT------GT-----AGATTTA-----AACTTAGGACAAGTGAGGAAGGTCCATATGTACAAA--T-T-AAAAACAGTATAAAATCATCGCAACTGACAGT---CT-A-TGCGCAGAAAGCTGCTGCTGTCCCAGACTTGAATGGGTCAAGGGA--------GAGAGCGTTG---ATAATGCTGTCTGGAAGCTGATTCTACAAGTGAAT---ACCAGAAGGTATGAAGGACT--TTCGGTGTGTGTCTGTCCTGCTGTATGGGACCTTGAA------TTTGGACTGGTGTCTTCTTGTTGCTACAC---------CTATAGGATGGAGGTGAGG----AG-AC-GAAGGAATAGCTACCAGTGAG-TTCAC---TATCTGATACATCATGACA-----GCTTTGGCCTGTTGGCGGCGCTGCTGGAGACTTTCCCAATCAAGGGC---TCTCATCATAGCTGTGTCGCTGCTTGTTTGTTTAAAGTTGTTCTT---GACAAG--TCTTG--CAGT--GCGACGTTGGACAGCTTCCAGCTTTGCTTTGTTGAT---GT----CGG-------------TGTGTGGGTCCCATACTGTTGCCGCATATTCCAACTGGGGTCTGAAGTAGGTCTTGTAGCACATGTCTTTAATGTG----TTGGG--------GACAGG-------AAAGAAAAGCAGCAGTATTGTTGGCCCTCTGAGTC---GCTGTGTCTATGTGCGCATTCCACAACAGGGTGTCGCCAATCAGTACTCCCAGATATTTTG---TGTTCTTGGTATGT-CCAAGTTCTCTGGCATGTATGGTGt
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gi|21 : tgcgCTTTCTGGTCACTT--CTTTCAGCATCGATGCAGAACAG--C---TA---A--T--GTAGC--AT--TGTC-GCA---------------TTGT-ACTTTATG-----TAGATGAG-tg
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gi|25 : CCTTCT------TCTTCTTCCATTATCAATACAGAACCA--C---TA---T--T--GTA----ATTGTGTC-ACA------CC------GTTGTGAATATgtttgtattagctaactgaat
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gi|27 : TTCT------TT--TTTTTAGTATCGATGCAGAACCA------TAT--T--T--GTAGT--AT--TGTC-GCA------CC------GTT
gi|28 : ttcTTCT------TCTTCTTCCGGTATCAATACAGAACAA--C---TA---T--T--GTAGT--AT--AGTCTGCA------CC------GTT
gi|29 : TTCT------TC---TTCCAGTATTGATACAGAACCC--C---TA---T--T--GTTGC--AT--TG
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gi|3 : ttaTGGAGTATGGTACCACGTA------TCTCATCAAGTAACCTCTTGTTG--ACACTC------CCTGTGGA-TGTAAAAAAG-----TTCACTG--TGGATAGCAACGAGGTTG-TTGGC---AATCTTGTAAAGCATGATA-----GCCTTGGCCTCCTGCTGCCGCTGATGGAGTCTCGTCCAGCCATGTGT---GTTGagtatggtaccacgtatctcatcaagtaacctcttgttgacactccctgtggatgtaaaaaagttcactgtggatagcaacgaggttgttggcaatcttgtaaagcatgatagccttggcctcctgctgccgctgatggagtctcgtccagccatgtgtgttgtgttactgctttgttgatataaatttgtgtgtggggttccaaacagtaacggcatactcaacctgggcctgatgaagggcttgtagcaggcctcttcagttgcccttgggaaccacgtgatgttgtggcagaggaatgttgtagtatcgtcggccttttttctgttcatgtcaatgtgtgcgtttcaggacaggttgcagataataagtgccgcaagatatttggactgttgaattggccacagatggtgtattctttattgatctt
gi|3 : ttaccagtatcgataatgcagcattgtcacaccgttgtgaatatacatacatttacgagggagggtcctaagtgcaaaatgcaaaagcaggataaaaacatagtgcgacgtgatttacttcagggcagccgcaattccagccttgaaaggtagaggctgtgacgaggctctgttgcagctggttccacaagacgaGAG--TCTCGTCCAGCCATGTGTGTTGT---GTTACT------GCTTTGTTGAT---AT----AAA-T-TTGT-----GTGTG-GGGTTCCAAACAGTAACGGCATACTCAACCTGGG-CCTGATGAAGGGCTTGTAGCAGGCCTCTTCAGT-TG-CCCTTGGG--AACCACGTGATGTTGTGGCAGAGGAATGTTGTAGTATCGTCGGCCTTTTTTCTG---TTCATGTCAATGTGTGCGTTTCAGGACAGGTTGCAGATAATAAGTGCCGCAAGATATTTGG-ACTGTT-------------GAATT---GGCCACAGATGGTGTATTCTtgttactgctttgttgatataaatttgtgtgtggggttccaaacagtaacggcatactcaacctgggcctgatgaagggcttgtagcaggcctcttcagttgcccttgggaaccacgtgatgttgtggcagaggaatgttgtagtatcgtcggccttttttctgttcatgtcaatgtgtgcgtttcaggacaggttgcagataataagtgccgcaagatatttggactgttgaattggccacagatggtgtattctttattgatctt
gi|4 : ttaccagtatcgataatgcagcattgtcacaccgttgtgaatatacatacatttacgagggagggtcctaagtgcaaaatgcaaaagcaggataaaaacatagtgcgacgtgatttacttcagggcagccgcaattccagccttgaaaggtagaggctgtgacgaggctctgttgcagctggttccacaagacgatggagtatggtaccacgtatctcatcaagtaacctcttgttgacactccctgtggatgtaaaaaagttcactgtggatagcaacgaggttgttggcaatcttgtaaagcatgatagccttggcctcctgctgccgctgatgAG---GAAGGGTCT-CAAGTGTAAAA-TGT-AAAAGCAGGATAAAAACATAGCG-CT--CCTAGG-TT-ACTTCA----GGGCAGCCGCAAT-------------GTGTCCAACGT--------GGGAGTTGTA---ACGAGGCTCTATGACAGCTGGTTCCATAAGACAGA---GGTGGTAGGGAAGAATGACTACTTCCGTAC-TGAC-GTCTTGCAGTATGGTACCAAGTA------CCTCATCGAGTGACCTCTTGTTA--ACACTC------CTTGTGGA-TGTGAGTAAGG----CACACTA--GGGATAGCAACAATGTTG-TTGGT---AATCTTGTAGTACATGACA-----GCCTTGGCCTCCTT-CTTCGCTGACGCAGACTCTCCCTGCCAAGT-----GTTGAGCATGGCGGTGACGCTAC-TTTACG---ACAGTTATCCCCAGATATAAA--TCTGG--CAGC--TCTGTGTTGTACCGCTTCT------ACTTAGTTGAT---CT----TGG-C-TTGA-----GGGTGAGGGTCCCATACAGTGGCTGAATACTCAATCTGGGGCCTGATGAAGGTCTTGTAACAGATCTCTTTAGTGGT-CC-TCAGA--CATGACGAAAGGTTGCGGCTGAGGAAGGCTGTGGTAATGTTGGCCATCTTCGTG---ATCATGTCAGTGttattgatctt
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gi|9 : cttcttcttcttccagcatcgatgcagaaccactaatataatgtagcatcatcgcaccgttgttgatatataagatataggcgaaagagggtcccagttaaaagcagggtaaaatcaaagtgctccgtgatttactgtgggggctgtgtcgtggctctgaggcagctggttccacaacacgacagaggtggnnnnnnnnnnggtggtggggaaggggaACAAA--TCTTG--CAAT--GCCGCATTGGATGACTTCCA-----GCTTTGTC-AT---GT----TGA-TATTG------GTGTGTGGGTCCCATACTGTTGCCATATATTCCAATTGGGGCCTGATGTAGGTTTTGTAACATGTGTCCTTAATGTG----TTGGGGACAGGAAGACAGGTTTCTGCAAAGAAAGGCAGTAGTATTGTTGGCCTTCTGAGTC---AACTTGTGTATATGCACATTCCATGATAGGGCATCACCAATCAGTTCTCCCAGGTATTTTG---CATTCTTGGTATGT-ACGAGTTCTCTGTTATGTATGTTGTA
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blockSeqs : . C . . A . . . . . . G TACA T T . . G . GT T . . T . A C . C . . G . T AC . . A . . . . A G T . . . TC T . A . T . C T T . . T A A A A G G G G C GGCCG G G T T A C T . T
blockSeqs : . C . . T . . . . . . G ACG C C . . G . AT A . . . . A C . . . . A . . T . . T . . . . T A G . . . CC T . A . G . A G T . . C A T T T T C T A G GTG C G G C T C C .
blockSeqs : . T . . T . . . . . . T T G . . . G . T A . . . . A . . . . . G . T . . . . A A T . . . T . . . T . T . T . . C . . T G GTG . . C . A T A .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . T . . . G . T T . . . . T . . . . . T . . . . A G G . . . . . A . . C .
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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