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Reference ( gi|15 ) : GGGG--C--TTAACCTGA--ACAT-GGGTA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTGAACTTCA----AA-A-----C--T----G-A-G---GCA-TATA----C-TCTACATTGCAGCCT-A--A----AATT---T-GGTGGTC-A-AAAC-TC-TACATT----C--G-AAACC---A-A--T--------TA--TA--GGGGTCG-AAA---CA-C-TA--CAT----------T-C---A----AAC-C---A-------------A-T-------T--A--T--A----GG-GGTC---GAAAC----TCTA-CATTCAAACCAAT-------T--A---T--A--GG-GGT---AATT-TT---TTA-----CATTTAATCT----A--AATAAAACTT-T---GT----TTTA-A-CAA---TGACACA-------AGCTCTTGCA-TTTCCTTAAGAATAAAATACACGCGTC
gi|1 : GGGG--CACTTGACCTGA--AAAT-GGGTA-CAT----A----TAATTAATTATGCCCTGTGAACATCA----AA-A-----C--A----T-A-G---ACA-CAAA----C-TCTACATT---GCTT-A--A----ATTT---G-GGTGGTC-A-AAAC-TT-TACATT----C----AAACT---A-A--T--------TA--TA--GGGGTCG-ACA---CT-C-TA--CAT----------T-C---A----AACAC---A-------------T-TA------T--A--T--A----GG-GGTCACTGAAAC----TCGT-GACTGAAAC---------------------------------------T---CTA-----CATTGAATTC----A--AATAAAACTT-T---GT----CCAA-A-CAA---TGGCATC-------AGCTCTTGGA-TTTCGTTAATAACAAAA-ACACGTGTC
gi|11 : ggGGGG--CACTTAAGCTGA--AAAT-GGGTA-TAT----A----TG--------TACCGTGTAAACTTCA----AA-A-----C--A----C-A-G---GCA-CAAA----C-TTTACATTGCAGCCT-A--A----CAGT---T-GGTGGT------------TACATC---------AAACC---A-A--G--------GA--CG--TGTGTCT----------C-TA--TATAATTCCTTGAT-C---A----AAC-C---A-------------A-G-------T--A--T--A----GG-GATC---GAAAC----TCTT-CATTCAAACAAATTA-----T--A---T--A--GG-GGTC--AAAA-CT---CTA-----TACTTAATCT----A--AATAAAACTT-T---GT----CTGC-A-CAA---CGGCATAAGCAATGAGCTCTTGGA-TTTCATTAAGAATGACATACATGttatcaaggacttatataaatatatgttaagtatttgaagaaaatattttgcagtgaaaaacaataacacaactatacatttcaacatttttatt
gi|23 : agaggGGGG--CACTTGCCCTAA--AAAT-TGGTA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTAAACTTCA----AA-A-----C--A----T-A-G---ATA-CACA----C-GCTACATTGCTGCCT-A--A----AATT---T-GGTGGTC-A-AAAC-TC-TACATT----C----AAACA---A-A--T--------TA--AA--GGGATCG-AAA---CT-C-TT--TAT----------T-C---A----AAC-A---A-------------A-TTA-----T--A--T--A----GG-GGTC---AAAAC----TCTA-CTTTTAATCTAA-----------A---T--A--AA-AAA---AATT-GT---CTA-----CAC--------------AATGACA----------------TA-A----------------------GCTCTTGGA-TTTAATTAAGAATAAAATGCt
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gi|54 : aggtGA--C--TTGACCTGA--AAAT-GGGTA-CAT----A----TT--------GGCCCTGTTAACTTCA----AA-A-----C--A----T-A-G---GCA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttacatttaatctgttaaaatgaaactttgtctttgcagtggcataagctcttagatttcatcaagaataaaatacttgtgttttatggacaaaattcttttttgtata
gi|2 : acgaggtgacgggctggt--C--TTGACCTGC--AAAC-GGATA-CAC----A----TG--------TGTCCTGTAAACTTCA----AA-A-----C--A----T-A-G---GCA-CAAA----C-TCTACATTGCAGTCC-G--A----AGTG---T-GGGAGTC-A-AAAC-TC-TACATT----C----AAACC---A------------------------GTCG-AAA---CT-C-TA--CAT----------T-C---A----AAC-C---AGTCGAAACTCTACA-T-------TC-A--A--A----CC-AGTC---GAAAC----TCTA-CATTCAAAC-AAT-------T--TCTTT--A--GG-GGTC--AATA-CT---TTA-----CATTTAATCT----A--AATAAAACTT-T---GT----CTAC-A-CAA---TGGCATA-------AACTTTTGGA-GTTCATTAAGAATAAAATACATGTATCccgactgagctaatcggactcggctaaacaataaactaaatcatatattt
gi|34 : gatgggca--C--TTGACCTGC--ATAT-GGGTA-CAT----AATTATG--------TGCCCTGTGAACTTCA----AA-A-----C--A----T-A-G---GCA-CAAA----C-TCTACATTGCAGCCC-A--G----AATT---T-GTTGGTC-A-AACC-CC-TACATT----CTGA-AAATT---A-T--T--------TA--TA--GAGGTCA-AGA---CT-C-TA--CAT----------T-C---A----AAC-C---A-------------A-T-------T--A--T--A----GA-GGTC---AATAC----TCTA-CATTTAATCTAActatgaacaaaatataaaatgtattgcagtgaaaatattgacacaactaatcatttcaacattttt
gi|3 : ggaggca--C--TTGATCCGA--AAAT-GGATA-CAT----A----TG--------TGTCCTGTAAACTTCA----AA-A-----G--A----T-A-G---GCT-CAAA----C-TCTACATTGCAGCCT-A--A----AATT---T-GGCGGTC-A-AAAC-TT-TACATT----C----AAATC---A-A--T--------TA--TA--GAGGTAG-AAA---TT-C-AA--CAT----------T-C---G----AAC-A---A-------------A-TTA-----T--A--T--A----GG-GGTC---AAAAT----TCTA-CATT-AATCC--T-------A--A---T--A--A--------AACT-TT-----------------GTCT----A--CACAA-----------------------------TGGCAAA-------AGTTCTTGGC-TTTCATAAAGTATAAAATACACGTGTCatgaaactttg
gi|5 : gggattgca--C--TTGACTTTA--AAAT-GGGTA-CAC----A----TG--------TGCTCTGTGAACTTCA----AA-A-----C--A----T-A-G---GCA-CAAA----C-TCTACATTGTAGCCT-A--A----CATT---T-GGTGGTA-A-AAAC-TC-TACCTT----C----AAACA---A-A--T--------TA--TT--GGGGTCG-AAA---CT-T-TA--CAT----------T-C---A----AAC-A---A-------------A-T-------T--ATGT--A----CA-AGTC---CAAAT----CCTA-CATTTAATCTAAA-------T--A---taatgtatcttatgaacagacgaggaaggggcaggttcttggccaagaggttcctagactgaaatttctaggcaggagaggttga
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gi|6 : tgggagca--C--TTGACCTGA--AAAT-GGGTA-CAT----A----TG--------TGCCATGTGAACTTCA----AA-A-----C--A----T-A-G---GCA-CAAA----C-TCTACATTGCAGTCT-A--ATTTTATTT---T-GGTGGTC-A-AAAC-TC-TACATT----C----AAACC---A-A--TTA------TA--TA--GGGGTCA-AAA---CT-C-TA--CAT----------T-T---A----Attaaaatgaaactttgtctacacagtggcataacctctttcctagccaggagttcatgggcagg
gi|22 : gggaggct--C--TTGACCTGA--AAAT-AGGTA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTAAACTTCATTCAAA-A-----C--A----T-A-T---GCA-CAAA----C-TCTACATTGCAGCCT-T--A----AATT---T-GGTAGTC-A-AAAC-TC-TATATT----C-----AACC---A-A--T--------AA--TA--GGGGTGG-AAA---CT-C-TA--CAT----------T-C---A----AAC-A---A-------------A-T-------T--A---------------------AAAC----TCTC-CATTAAATCTAAA-------T--A---tcgaaataaaactttgtcttagcaatggcataagctcttggatttcattgggaataaaatacatgtgtcttgtgaacaaaatattatttttgtatttgaagaaaatgtaatttgcagtgaaaaacattgacacaactatacattttaccatttttat
gi|8 : ggagggca--C--TTGACCTGA--AAAAAGGGTA-CAT----A----TG--------TACCCTGTCAACTTCA----AA-A-----C--G----G-A-G---GCACTA-A----C-TCTACATTGCAGCCT-A--A----AATT---T-GGTGGGC---AAAT-TT-TTCTTT----C--ATATAC------A--C--------TA--TA--GTGGCCG--AA---CT-C-TA--CAT----------T-C---A----AAC-C---A-------------A-T-------TGAA--T--A----GG-GATC---AAAAC----TCTG-CATTTAATCTAAA-------T--A---aaactttgtctatacaatggcataagttctttcctagcctggggctctaaggcaggaggggatag
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gi|31 : gggagca--C--TTGACCTGA--AAGT-GGGTA-CAT----A----TA--------TGCCGTGTGAACTACA----AA-A-----T--A----T-A-G---GCA-CA-A------TCTACATTGCAGCCT----A----AATT---T-GTTGGTA-A-AATC-TC-TACATT----C----AAACC---A-A--C--------TA--TA--CGGGTCG-AAA---CT-C-AA--CTT----------T-C---A----AAC-A---A-------------A-TCA-----T--G--T--A----AA-GGTA---AAAAC----TCTA-CATTTAAtcgaaataaaactttcttggaattcatcaagaataaaagcctggagttccaaggcatgag
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gi|47 : gaggca--C--TTGACCTGA--AAAT-GGGTA-CAT----T----CG---------GCCCTGTAAACTTCA----AA-A-----C--A----T-A-G---GCA-CAAA----C-TCTACATTGCAGCTT-A--A----AA
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gi|37 : a--C--TTGACCTGAGAAAAT-G--TA-CAT----A----TG--------TTCCCTGTGAAC-----------A-----C---------A-G---GCA-CAAA----CTTTTACATTCAAACCT-----------TTTA-T-AGAGATC-A-AAAC-
gi|28 : tacttgca--C--TTGGTCTGC--AAAT-GGGAA-CAT----A----TG--------TACCCGGTAAACTTAA----Aatgtgtcttgtgaacaatttttttttgcagttgaagaaaatgtattgtagtgaaaatcattaacacaactatatatttcaacatgtttata
gi|35 : gtggaca--TTGACCTGA--AAGT-GGGTA-CAT----A----TA--------TGCCATGTGAACTACA----AA-A-----C--A----T-A-G---GCA-CA-A------TTTACATTGCAGCCT----A----AATT---T-GTTGGTA-A-AATC-TC-TACATT----C----AAACC---A-A--T--------TA--TA--GGGGTCT-AAA---------------------------C---A----AAT-C---A-----------------------C--G--T--A----GG-TGTC---AAATC----TCTA-CATTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatatttagtaagccctggtcacatttaatctaaataagacgttgtcagcaaaatggca
gi|50 : --TTGAACTAA--AATT-GAGTA-CAT----------G--------TGCCCTGTGAACTTCA----AA-A-----C---------A-T---ACA-TAAA----C-TCTACACTGCAGCCT-T--A----AATT---T-GTTGGTC-A-AATG-TC-TACATT----C----AAACC---G-A--T--------TA--TA--AGGGTCG-AAA---Ctgtgaatcaaactaagtttacaaaatgacatatgctct
gi|27 : ggggaggcaatACCTGA--A-AT-GGATA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTAAACTTCT----AA-A-----C--A----T-A-G---GCC-TTTA----C-TCTGTATTGCAGCCT----A----TGTT---T-GGGAGTC-A-ATAC-TC-TACATT----C----AAACA---A-A--TTA------TA--TA--GGGGCCA-AAA---CT-C-TA--TAT----------T-T---A----Atc
gi|4 : CTGA--AAAT-TGGTA-CAT----A----TG--------TACGTTGTGAACTTTA----AA-A-----C--T----T-A-G---GCA-TAAA----C-TCTGCATTGCAGCCT-A--A----AATT---T-GGTCGTC-A-AAGC-TT-TACATT----C----ATACA---A-A--T--------TA--TA--GGGATCT-TAA---CT-C-TA--TAT----------T-C---A----AAC-A---A-------------A-T-------T--G--T--------------------------------ATT-----CAAT-------T--A---T--A-----------------T---CTA------ATCTA-----------AATAAAACTT-G---GT----CTAC-A-CAA---TGGCATA-------AGCTCATGGA-TTCCACTAAAAATAAAATACATGTGTCtctagataaaactttgtcttgacaatggcataagctgtttggttttattaataataaaaaccaaatggttcctagcctggaggcaggagcggatt
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gi|25 : aaggcacttgacctgaaaaaagggtacatatgtaccctgtcaacttcaaaacggaggcactAC-GC-TACATTGC--C--G----CCTAAA-A--T--------T---TG--GTGGTCA-AAA---CT-C-TA--CAT----------T-C---A----AAC-A---A-------------A-T-------T--A--A--A----GG-GATC---GAAAC----TCTT-TATTCAAACAAAT-------T--A---T--ATAGG-GGTC--AAAA-CT---CTA-----CTTTTAATCT----A--AATAAAACTT-T---GT----CTTC-A-CAA---TGACATA-------AGCTCTTGGA-TTTAATTAAGAATAAAATGCttatgaaaaaaattgtttgtatttgaagaaaatgtattgcagtggaa
gi|36 : aggggcacttgccctaaaaattggtacatatgtgccctgtaaacttcaaaacatagatacacAC-TC-TTCATT-------G-CAGTCTA-A-A--A--------TA--TG--TTGGTAA-AAA---AA-TGTA--CAT----------C-C---A----AAC-C---A-------------A-T-------T--A--T--A----TG-GGTC---TAAAC----TCTA-CATTCAAACAAATGA-----T--A---T--A--GG-GGTA--AAAA-CT---ACA-----CATTTAATCT----A--AATAAAACTT-T---GT----CTAA-A-CAA---TGATA
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gi|35 : cttgacctgaaagtgggtacatatatgccgtgtgaactacaaaatataggcacaa-TT-TACATT-------G-CAGCCTA-A-A--T--------T---TG--TTGGTAA-AAT---CT-C-TA--CAT----------T-C---A----AAC-C---A-------------A-T-------T--A--T--A----GG-GGTC---TAAA--------------CAAATCA---------C--G---T--A--GG-TGTC--AAAT-CT---CTA-----CATTTAATGT----G--AATCAAACTA-A---GT----TTAC-A-AAA---TGACATA-------TGCTCTt
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gi|6 : atggggtggaggcacttggcctgtaaaggggtacatgtgtgcactgtaaacttcaaacattgtcacagaTT----C--A-AAAC-------------------A--TA--GG---CACAAA---CT-C-TA--CAT----------TGC---A----GTC-T---A-------------A-T-------T--T--T--ATTTTGGTGGTC---AAAAC----TCTA-CATTCAAACCAAT-------T--A---T--ATAGG-GGTC--AAAA-CT---CTA-----CATTTAATCG----A--AATAAAACTT-T---GT----CTTA-G-CAA---TGGCATA-------AGCTCTTGGA-TTTCATTGGGAATAAAATACATGTGTCtaatcatgttgaatgatgtgtttttttgcagcaaaatctctgtgctactgtgtctactctccaatctaccaataggttcttagcttggagttcataggtaggagcggattga
gi|32 : gggaggctcttgacctgaaaatgggtacatatgtgccatgtgaacTT----C--A-AAA-------------------TA--TA--GG---CACAAA---CT-C-TA--CAT----------T-G---C----AGC-CTA-A-------------A-G-------T--T--T--G----GG-GGCC---AAAAC----TCTG-CATTTAAACCAGTTA-----T--A---T--A--GG-GGTC--AAAA-CT---CTA-----CATTTAATCG----A--AATAAAACTT-T---CT----Tttgtgaacaaaatattatttttgtatttgaagaaaatgtaatttgcagtgaaaaacattgacacaactatacattttaccatttttat
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gi|14 : -A--T--------TT--TG--GTGGTCA-AAA---CT-C-TA--CAT----------T-C---A----AAC-T---T-------------A-T-------T--A--T--A----GG-GGTC---GAAAC----TCTA-CATTCAAACAAATTA-----T--A---T--A--GG-GGTCAAAATG-CT---ATA--------TTAATCT----A--AATAACACTT-T---GT----CTAC-A-CAA---TGGCGTA-------AGtctacataaaatattatcatcacaatggttcattaagaataaaagccgaaaggttctcagcctggagttcctgggcaggaggggattg
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gi|21 : atatatatatataaattgtcgaacagaatttatgccgactactgcaacatnnnnnnnnnnA-C-TA--CAT----------T-A---C----AGC-CTAAA-------------A-T-------T-----T--G----GT-GGTC---AAAAC----T--A-CATTCAAACCAAT-------T--A---T--A--GG-GGT---atatcttatgaacaaagtatttttttattattattattattttgaagaaaatctattgtagtaaaaacaactatacatttcatcatttttg
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gi|27 : ta--T--G----GG-AGTC---AATAC----TCTA-CATTCAAACAAAT-------T--A---T--ATAGG-GGCC--AAAA-CT---CTA-----TATTTAATCT----A--GATAAAACTT-T---GT----CTTG-A-CAA---TGGCATA-------AGCTGTTTGG-TTTTATTAATAATAAAAatataactttgtctaaacaatagtataagctcttgactttcattagcaatacattacatgtgttttatgaacaaaatgtatttttgtctaaagaaaatgtattgcaatgaaaaacattgacacaacgataccgttcaacatttttatt
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9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|10 : gggaggca-AAACTCTACAT----------TGCAG--CCT---A--AAC-T--T-----T--G----GT-GGTC---AAAACTCTATAT----TCAA-ACAAATATCATGTAT--A--T--G--GG-GTTCAAAACT--------CTA-------TATTT----AATCT----AA-----TAA-----------------TTTACACAA--TGACATA-------AGCTTTTGGATTTCATTAAGAATAGAATACAttacacaatgacataagcttttggatttcattaagaatagaatacaatcatgtgaacaaaatattgtattgcagtggaagacactgacacaacattactatacatttcaacattttcatt
gi|11 : gggaggcacttgacctgaaaataggtacattattatgtgccctgtgaacttcataacataggcacGGGG--CACTTAAGCT--GAAAAT-GGGTA-TAT----A----TG--------TACCGTGTAAACTTCA----AAA-C-AC-----A----GGCACAAAC-T-TTACATTGCAGCCTAA----CAGT--TGG-TGG-T---------------TACA---T--C---AAACC--AAG--------GA--CG-TGTGTC------TCTATATAATTCCTTGAT-CAA--ACC---A--A---G--T--A--T--A----GG-GATC---GAAACTCTTCAT----TCAA-ACAAAT--------T--A--T--ATAGG-GGTCAAAACT--------CTA-------TACTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTGCACAA--CGGCATAAGCAATGAGCTCTTGGATTTCATTAAGAATGACATACATGTatcatgtgaacaaaatattgtattgcagtggaagacactgacacaacattactatacatttcaacattttcatt
gi|12 : agaggGGGG--CAAGTGACCT--GACAAT-GGTTA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTAATTTTCA----AAA-C-AT-----A----CGCACAAAC-T-CTACGTTCCAGACTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-TA---AT-TC-TACA---TT-C---ATACC--AAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAACTCAACAT----------T-CAA--ACA---A--A---TTAT--A--T--A----GG-GGTC---AAAACTCTATAT----TTAA-TCTAA------------A--T------------AAAACT--------------------------------------------------T-T----G-----CCTACACAA--TGGCATA-------GACTGTTGGATTTCATAAAGAATAAAATACATGTATC
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gi|13 : aggtT--------TTA-------CATTT----AATCTGTTAAA----ATGAAACTT-T----G-----TCTTTGCAG--TGGCATA-------AGCTCTTAGATTTCATCAAGAATAAAATACTTGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttacatttaatctgttaaaatgaaactttgtctttgcagtggcataagctcttagatttcatcaagaataaaatacttgtgttttatggacaaaattcttttttgtata
gi|14 : aggtgggacttgaactaaacatgggtacatatgtgccctcgaaacttcaaaacatacgcacaaactgtacattgcagccttaaatttggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGGGG--CATTTGACCT--GAAAAT-GCATA-CAT----A----TG--------TAC--TGTA---------------------------------TAAAC-TTCAACATT----------------T--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-C---AAACT--TAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACA---A--A---TTAT--A--T--A----GG-GGTC---AAAATGCTATAT----T-AA-TCTAAA--------T--A--tttatggacaaaattcttttttgtata
gi|14 : t---TT-C---AA--C--ATT--------T---TG-GTGGTCA-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACT---T--A---T--T--A--T--A----GG-GGTC---GAAACTCTACAT----TCAA-ACAAATTA------T--A--T--A--GG-GGTCAAAATG--------CTA-------TA-TT----AATCT----AA----ATAACACTT-T----G-----TCTACACAA--TGGCGTA-------AGacactttgtctacacaatggcgtaagatgtgtttttgcggcaacatctctgtgccactgtgtctactctccaatctaccagaaggttcctagcctggagttcctaatcaagagggaattga
gi|15 : tggggcatttgacctgaaaatgcatacatatgtactgtataaacGGGG--C--TTAACCT--GAACAT-GGGTA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTGAACTTCA----AAA-C-TG-----A----GGCATATAC-T-CTACATTGCAGCCTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-CG--AAACC--AAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAACACTACAT----------T-CAA--ACC---A--A---T--T--A--T--A----GG-GGTC---GAAACTCTACAT----TCAA-ACCAAT--------T--A--T--A--GG-GGT-AATTTT--------TTA-------CATTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TTTTAACAA--TGACACA-------AGCTCTTGCATTTCCTTAAGAATAAAATACACGCGTCatgtgtttttgcggcaacatctctgtgccactgtgtctactctccaatctaccagaaggttcctagcctggagttcctaatcaagagggaattga
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gi|19 : ggtggtagca-AAACTCTACAT----------TGCAGCCATA---A--A---T--T-----C--G----GG-GGTC---AAACCTCAACAT----TCAA-ACCAAT--------T--A--C--A-----------AATT--------ATATAGATGTCATTT----AATCT----AA----ATAAAATTT-T----ACAATATCTATACAA--TGACATG-------AGCTCTTGAATTCCATT-AGAATAAAAaattatatagatgtcatttaatctaaataaaattttacaatatctatacaatgacatgagctcttgaattccattagaataaaagccaagaggttccgaacatggagttcctaggcagaatgggatta
gi|2 : ggtggtagcacttgacttgaaaatggggtcatatgtgccctgtaaacttcaaaacattgacac--C--TTGACCT--GCAAAC-GGATA-CAC----A----TG--------TGTCCTGTAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CTACATTGCAGTCCGA----AGTG--TGG-GAG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-C---AAACC--A--------------------GTCG-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACC---A---------------------------GTC---GAAACTCTACAT----TCAA-ACCA--------------------------GTCGAAACT--------CTA-------CATTC----AAgccaagaggttccgaacatggagttcctaggcagaatgggatta
gi|2 : gatgggcaAAAC-T-CTACATT-CAAACCA-----------------G-TC-G-AA---AC-TC-TACA---TT-C---AAACC--A--------------------GTCG-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACC---A---------------------------GTC---GAAACTCTACAT----TCAA-ACAATT--------T--C--TTTA--GG-GGTCAATACT--------TTA-------CATTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTACACAA--TGGCATA-------AACTTTTGGAGTTCATTAAGAATAAAATACATGTATCacaatttctttaggggtcaatactttacatttaatctaaataaaactttgtctacacaatggcataaacttttggagttcattaagaataaaatacatgtatcctatgaacaaaatataaaatgtattgcagtgaaaatattgacacaactaatcatttcaacattttt
gi|20 : gatgggcacttgacctgcaaacggatacacatgtgtcctgtaaacttcaaaacataggcacaaactctacattgcagtccgaagtgtgggagtcaGGGGTAC--TTGACCT--GAAAAT-GGGTA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTAAACTTCA----AAA-CCAT-----A----CGCACAAAA-T-CTACGTTGCAGTCTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TA-AACA---TT-C---AAACC--AAT--------TA--GG-GAGGTAA-AAACTCTACAT----------T-TAA--ACA---A--G---TTAT--A--T--A----GG-GGTC---AAAACTCTACAT----TTAA-TCTAAA--------T--A--ctatgaacaaaatataaaatgtattgcagtgaaaatattgacacaactaatcatttcaacattttt
gi|20 : a--------T--A--T--A--GG-GGTCAAAACT--------CTA-------CATTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTACACGA--TAGTAT--------ATCTCTTaaactttgtctacacgatagtatatctctttcctagtctggagttcctagacaggagggg
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gi|24 : tgggagca-AA---AC-TC-TACA---TTGC---AGCCT--AAA--------AAG-TG-GTGGTCA-AAAC-----AT----------T-TAA--ACC---A--AA--C--T--A--T--A----TG-GGTC---GAAACTCTACAT----TCAA-AAAAAT--------T--A--T--AAAGG-GATCAAAACT--------CTA-------CATTT----AATTA----AA----ATGAAACTT-T----G-----TCTACACAG--TGGCATA-------ACCTCTTttaaaatgaaactttgtctacacagtggcataacctctttcctagccaggagttcatgggcagg
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gi|26 : a--C--TTGACCT--GAAAAT-CGGTA-CAT----AATTATT--------TGCCATGTAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----AGCACAAAC-T-CTATATCGCAGCCTAA----AACT--C---TA---C-A------------TACA---TT-T---AAAAC--AAT--------CG--TA-GAGGTCG-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACA---A--A---T--T--A--T--A----
gi|26 : AAACTCTACATACATTTAA-AACAAT--------C--G--T--A--GA-GGTCGAAACT--------CTA-------CATTC----AAACA----AATTATATAAAACTT-G----G-----TCTTAACAA--TCGCATA-------AGCTCTTGGATTTCATTAAGAATAGAtaaaacttggtcttaacaatcgcataagctcttggatttcattaagaatagagcaaagatgttcctagcctggagttcctaggcaagagggggttg
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gi|27 : ACTCTGTAT----------TGCAG--CCT---AT-G---T--T-----T--G----GG-AGTC---AATACTCTACAT----TCAA-ACAAAT--------T--A--T--ATAGG-GGCCAAAACT--------CTA-------TATTT----AATCT----AG----ATAAAACTT-T----G-----TCTTGACAA--TGGCATA-------AGCTGTTTGGTTTTATTAATAATAAAAgataaaactttgtcttgacaatggcataagctgtttggttttattaataataaaaaccaaatggttcctagcctggaggcaggagcggatt
gi|28 : acctgaaatggatacatatgtgccctgtaaacttctaaacataggccttt--C--TTGGTCT--GCAAAT-GGGAA-CAT----A----TG--------TACCCGGTAAACTTAA----Aaccaaatggttcctagcctggaggcaggagcggatt
gi|28 : gtggacaA-------CATTT----AATCT----AA----ATAAGACGT-T----G-----TCAGCAAAA--TGGCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatatttagtaagccctggtcacatttaatctaaataagacgttgtcagcaaaatggca
gi|29 : gtggacacttggtctgcaaatgggaacatatgtacccggtaaacttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatatttagtaagccctggtcGGGG--CACTTGACAC--GAAAAT-GGGTA-CAT----A----TT--------TGCCCTGTAAACTTCA----AA------------------------C-T-CCACATTGCAGCCTAA----AATT--CGA-CGG-TC-A-AA----------ACA---TT-T---TAACC--AAT--------TA--AA-AGGGCCG-AAACTCTATAA----------T-CAA--ACA---A--A---TCAT--A--T--A----GG-GGTC---
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gi|3 : ggggcacttgacacgaaaatgggtacatatttgccctgtaaacttc--C--TTGATCC--GAAAAT-GGATA-CAT----A----TG--------TGTCCTGTAAACTTCA----AAA-G-AT-----A----GGCTCAAAC-T-CTACATTGCAGCCTAA----AATT--TGG-CGG-TC-A-AA---AC-TT-TACA---TT-C---AAATC--AAT--------TA--TA-GAGGTAG-AAATTCAACAT----------T-CGA--ACA---A--A---TTAT--A--T--A----GG-GGTC---AAAATTCTACAT----TAAT-CCTAAT---------------------------AAAACT--------TT-----------------------------------------------G-----TCTACACAA--TGGCAAA-------AGTTCTTGGCTTTCATAAAGTATAAAATACACGTGTCgccaagaggttcctagcctggtgttcttagacagtaggggatt
gi|30 : gggattgcaGGGG--CACTTGACCT--GAAAAT-AGGTA-CAT----A----TA--------TACCATGTTAACTTCA----AAA-C-ATCACAAA----GGCACAAAT-T-CTACATTGCAGCCTAG----GATT--TGG-TAG-TT----A---AC-TC-TACA---TT-C---AAATC--AAT--------TA--TATGTGATCA-AAACTCTACAT----------T-TAA--taatgtatcttatgaacagacgaggaaggggcaggttcttggccaagaggttcctagactgaaatttctaggcaggagaggttga
gi|30 : cg---TT-C---AAAAC--A-T--------CA--CA-AAGGCAC-AAATTCTACAT----------TGCAG--CCT---AGGA---T--T-----T--G----GT-AGTT-----AACTCTACAT----TCAA-ATCAAT--------T--A--T--A--TGTGATCAAAACT--------CTA-------CATTT----AATCT----GA----ACAAAAATG-T----G-----TCTACACAA--TGGCATA-------AACTCTTtctgaacaaaaatgtgtctacacaatggcataaactctttcctagcctggagttcctaggcaggagggaattg
gi|31 : cgggggcacttgacctgaaaataggtacatatataccatgttaac--C--TTGACCT--GAAAGT-GGGTA-CAT----A----TA--------TGCCGTGTGAACTACA----AAA-T-AT-----A----GGCACAA---T-CTACATTGCAGCCTAA----A-TT--TGT-TGG-TA-A-AA---TC-TC-TACA---TT-C---AAACC--AAC--------TA--TA-CGGGTCG-AAACTCAACTT----------T-CAA--ACA---A--A---TCAT--G--T--A----AA-GGTA---AAAACTCTACAT----TTAATGTGAAT--------T--A--tcctagcctggagttcctaggcaggagggaattg
gi|31 : -TC-TACA---TT-G---CAGCCTAAAT--------T---TG-TTGGTAA-AATCTCTACAT----------T-CAA--ACC---A--A---C--T--A--T--A----CG-GGTC---GAAACTCAACTT----TCAA-ACAAATCA------T--G--T--A--AA-GGTAAAAACT--------CTA-------CATTT----AATGT----GA----ATTAAACTA-A----G-----TTTACAAAA--TGAAATA-------TGCTCTTaactaagtttacaaaatgaaatatgctcttt
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gi|32 : gggagca---TT-C---AAA-----AT---------A--TA-GG---CACAAACTCTACAT----------TGCAG--CCT---A--AAG-T--T-----T--G----GG-GGCC---AAAACTCTGCAT----TTAA-ACCAGT--------T--A--T--ATAGG-GGTCAAAACT--------CTA-------CATTT----AATCG----AA----ATAAAACTT----------------------------------------TCTTGGAATTCATCAAGAATAAAAaaactttcttggaattcatcaagaataaaagcctggagttccaaggcatgag
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gi|33 : -TC-TACA---TT-G---CAACCTAAAT--------T---TG-TTGGTAA-AATCTCTACAT----------T-CAA--ACC---A--A---T--T--A--T--A----GG-GGTC---GAAACTCAACTT----TCAA-ACAAATCA------T--G--T--A--AA-GGTAAAAACT--------CTA-------CATTT----AATGT----GA----CTTAAACTA-A----G-----TTTACAAAA--TGACATA-------TGCTCtgtgacttaaactaagtttacaaaatgacatatgctc
gi|34 : cttgaactgaaactgggtacatatatgccgtgtaaactacaaaacataggcacaa--C--TTGACCT--GCATAT-GGGTA-CAT----AATTATG--------TGCCCTGTGAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CTACATTGCAGCCCAG----AATT--TGT-TGG-TC-A-AA---CC-CC-TACA---TT-CTGAAAATT--ATT--------TA--TA-GAGGTCA-AGACTCTACAT----------T-CAA--ACC---A--A---T--T--A--T--A----GA-GGTC---AATACTCTACAT----TTAA-TCTAA
gi|35 : ggaggca--TTGACCT--GAAAGT-GGGTA-CAT----A----TA--------TGCCATGTGAACTACA----AAA-C-AT-----A----GGCACAA---T-TTACATTGCAGCCT-A----AATT--TGT-TGG-TA-A-AA---TC-TC-TACA---TT-C---AAACC--AAT--------TA--TA-GGGGTC-------------------------TAA--ACA---A--A---T--C--ACGT--A----GG-TGTC---AAATCTCTACAT----TTAA-atgaaactttg
gi|35 : -TT-TACA---TT-G---CAGCCTAAAT--------T---TG-TTGGTAA-AATCTCTACAT----------T-CAA--ACC---A--A---T--T--A--T--A----GG-GGTC--------------------TAA-ACAAAT--------C--ACGT--A--GG-TGTCAAATCT--------CTA-------CATTT----AATGT----GA----ATCAAACTA-A----G-----TTTACAAAA--TGACATA-------TGCTCTtgtgaatcaaactaagtttacaaaatgacatatgctct
gi|36 : ttgacctgaaagtgggtacatatatgccatgtgaactacaaaacataggcacaaAC-T-CTTCATTGCAGTCTAA----AATA--TGT-TGG-TA-A-AA---AAATG-TACA---TC-C---AAACC--AAT--------TA--TA-TGGGTCT-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACA---A--A---TGAT--A--T--A----GG-GGTA---AAAACTACACAT----TTAA-TCTAAA--------T--A--
gi|36 : -AAAATGTACAT----------C-CAA--ACC---A--A---T--T--A--T--A----TG-GGTC---TAAACTCTACAT----TCAA-ACAAATGA------T--A--T--A--GG-GGTAAAAACT--------ACA-------CATTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTAAACAA--TG--ATA-------aaactttgtctaaacaatgataacgaggttcctagtctgggttcctaggcagtatgggattg
gi|37 : actcttcattgcagtctaaaatatgttggtaaa--C--TTGACCTGAGAAAAT---GTA-CAT----A----TG--------TTCCCTGT------------GAA-C-AC-----A----GGCACAAACTT-TTACATTCAAACCT--------TTTATAG-AGA-TC-A-AA---AC-cgaggttcctagtctgggttcctaggcagtatgggattg
gi|38 : tacttgca--------T--A--T--A--GG-GGTCAAAACT--------CTA-------CTTTT----AAACT----AA----ATATAACTT-T----G-----TCTAAACAA--TAGTATA-------AGCTCTTGACTTTCATTAGCAATACATTACATGTGTatgtgtcttgtgaacaatttttttttgcagttgaagaaaatgtattgtagtgaaaatcattaacacaactatatatttcaacatgtttata
gi|39 : ta-GGGTA-CAC----A----TG--------TGCCATATAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-C-------------AA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---TC-TC-TACA---TT-C---AATCC--AAT--------TA--TA-TAG---G-AGACTCTACAT----------T-TAtttatgaacaaaatgtatttttgtctaaagaaaatgtattgcaatgaaaaacattgacacaacgataccgttcaacatttttatt
gi|39 : -CAA--ACTCAAA--A---T--T-----T--G----GT-GGTC---AAATCTCTACAT----TCAA-TCCAAT--------T--A--T--A--TA-GG---AGACT--------CTA-------CATTTATTTAATCT----AA----ATAAAACTT-T----A-----TCTAGAAAA--TGTCATA-------TGCACTTtttaatctaaataaaactttatctagaaaatgtcatatgcactttcctagtctggagttcataggcaggagaggat
gi|4 : gggtacacatgtgccatataaacttcaaaacataggcaCT--GAAAAT-TGGTA-CAT----A----TG--------TACGTTGTGAACTTTA----AAA-C-TT-----A----GGCATAAAC-T-CTGCATTGCAGCCTAA----AATT--TGG-TCG-TC-A-AA---GC-TT-TACA---TT-C---ATACA--AAT--------TA--TA-GGGATCT-TAACTCTATAT----------T-CAA--ACA---A--A---T--T--G--T---------------------------AT----TC------AAT--------T--A--T--A--------------T--------CTA-----------------ATCT----AA----ATAAAACTT-G----G-----TCTACACAA--TGGCATA-------AGCTCATGGATTCCACTAAAAATAAAATACATGTGTCtcctagtctggagttcataggcaggagaggat
gi|40 : ggagaggcacatgttGTA-CAT----G----TG--------TGCCCTGTAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CAACATTGCAGTCTAA----AATT--TGG--GG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-C---AAACA--CAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAACTCTACAT----------T-AAA--TCT---A--A---A--T--A--ttatgaacattttttttacattagaaaacattgtattgcagtgaaacactttgaaacaactatacatttcaacatttttta
gi|40 : ---TT-C---AAAAC--A--------------TA-GG---CACAAACTCAACAT----------TGCAG--TCT---A--AAATT--T-------------GG-GGTC---AAAACTCTACAT----TCAA-ACACAT--------T--A--T--A--GG-GGTCGAAACT--------CTA-------CATTA----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTGCACAA--CGACATA-------ACCTCTTGGATTTCATTAAAGATAAAaaactttgtctgcacaacgacataacctcttggatttcattaaagataaa
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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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lowQualScore : .. .. .. . . .... .... ........ .... . . ..... .... . . .... .. . . . . ... . . ... . ... .. ........ .. . .. .......... . .. .... .. ............ .. .... . .... .... . .. . ........................ . ........ ....... .... .... .... . .... ..... .. .......
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Reference ( family-2435 ) : GGGG--C--TTGACCT--GAAAAT-GGGTA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CTACATTGCAGCCTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-C---AAACC--AAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACN---A--A---T--T--A--T--A----GG-GGTC---GAAACTCTACAT----TCAA-ACNAAT--------T--A--T--A--GG-GGTCAAAACT--------CTA-------CATTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTACACAA--TGGCATA-------AGCTCTTGGATTTCATTAAGAATAAAATACATGTGTC
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gi|10 : gggaggca-AAACTCTACAT----------TGCAG--CCT---A--AAC-T--T-----T--G----GT-GGTC---AAAACTCTATAT----TCAA-ACAAATATCATGTAT--A--T--G--GG-GTTCAAAACT--------CTA-------TATTT----AATCT----AA-----TAA-----------------TTTACACAA--TGACATA-------AGCTTTTGGATTTCATTAAGAATAGAATACAttacacaatgacataagcttttggatttcattaagaatagaatacaatcatgtgaacaaaatattgtattgcagtggaagacactgacacaacattactatacatttcaacattttcatt
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gi|21 : aggggtacttgacctgaaaatgggtacatatgtgccctgtaaacttcaaaaccatacgcacaaaatctacgttgcagtctaaaatttggtggtcaaaactaaacattcaaaccaattagggaggtaaaaactctacatttaaacaagtta--C--TTGGCCT--GTAAAG-GGGTA-CAT----G----TG--------TGCACTGTAAACTTCA----AA--C-AT-----T----GTCACAGAC-T---ACATTACAGCCTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---A---C-TACA---TT-C---AAACC--AAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAAtcctagtctggagttcctagacaggagggg
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gi|36 : ttgacctgaaagtgggtacatatatgccatgtgaactacaaaacataggcacaaAC-T-CTTCATTGCAGTCTAA----AATA--TGT-TGG-TA-A-AA---AAATG-TACA---TC-C---AAACC--AAT--------TA--TA-TGGGTCT-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACA---A--A---TGAT--A--T--A----GG-GGTA---AAAACTACACAT----TTAA-TCTAAA--------T--A--
gi|36 : -AAAATGTACAT----------C-CAA--ACC---A--A---T--T--A--T--A----TG-GGTC---TAAACTCTACAT----TCAA-ACAAATGA------T--A--T--A--GG-GGTAAAAACT--------ACA-------CATTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTAAACAA--TG--ATA-------aaactttgtctaaacaatgataacgaggttcctagtctgggttcctaggcagtatgggattg
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gi|39 : ta-GGGTA-CAC----A----TG--------TGCCATATAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-C-------------AA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---TC-TC-TACA---TT-C---AATCC--AAT--------TA--TA-TAG---G-AGACTCTACAT----------T-TAtttatgaacaaaatgtatttttgtctaaagaaaatgtattgcaatgaaaaacattgacacaacgataccgttcaacatttttatt
gi|39 : -CAA--ACTCAAA--A---T--T-----T--G----GT-GGTC---AAATCTCTACAT----TCAA-TCCAAT--------T--A--T--A--TA-GG---AGACT--------CTA-------CATTTATTTAATCT----AA----ATAAAACTT-T----A-----TCTAGAAAA--TGTCATA-------TGCACTTtttaatctaaataaaactttatctagaaaatgtcatatgcactttcctagtctggagttcataggcaggagaggat
gi|4 : gggtacacatgtgccatataaacttcaaaacataggcaCT--GAAAAT-TGGTA-CAT----A----TG--------TACGTTGTGAACTTTA----AAA-C-TT-----A----GGCATAAAC-T-CTGCATTGCAGCCTAA----AATT--TGG-TCG-TC-A-AA---GC-TT-TACA---TT-C---ATACA--AAT--------TA--TA-GGGATCT-TAACTCTATAT----------T-CAA--ACA---A--A---T--T--G--T---------------------------AT----TC------AAT--------T--A--T--A--------------T--------CTA-----------------ATCT----AA----ATAAAACTT-G----G-----TCTACACAA--TGGCATA-------AGCTCATGGATTCCACTAAAAATAAAATACATGTGTCtcctagtctggagttcataggcaggagaggat
gi|40 : ggagaggcacatgttGTA-CAT----G----TG--------TGCCCTGTAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CAACATTGCAGTCTAA----AATT--TGG--GG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-C---AAACA--CAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAACTCTACAT----------T-AAA--TCT---A--A---A--T--A--ttatgaacattttttttacattagaaaacattgtattgcagtgaaacactttgaaacaactatacatttcaacatttttta
gi|40 : ---TT-C---AAAAC--A--------------TA-GG---CACAAACTCAACAT----------TGCAG--TCT---A--AAATT--T-------------GG-GGTC---AAAACTCTACAT----TCAA-ACACAT--------T--A--T--A--GG-GGTCGAAACT--------CTA-------CATTA----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTGCACAA--CGACATA-------ACCTCTTGGATTTCATTAAAGATAAAaaactttgtctgcacaacgacataacctcttggatttcattaaagataaa
gi|41 : gtacatgtgtgccctgtaaacGGGGTAC--TTGACCT--AAAATT-GGGTA-CAT----A----TA--------TGCCCTGTAAACTTCA----AAC-T-AA-----G----GGCACAAAC-T-CTACATTGCAGTCTAA----AATT--TGG-TGG-TT-A-AA---AC-T-----------------------AAT--------TA--TA-GGGTTCA-AAATTCTACAT----------T-
gi|41 : tgCCTAA----AATT--GGG-TA---C-A-TATATGC-CC-TGTAAACTT-C---AAACT--AA-----------------GGGCAC-AAACTCTACAT----------TGCAG--TCT---A--AAA-T--T-----T--G----GT-GGTT---AAAACT------------------AAT--------T--A--T--A--GG-GTTCAAAATT--------CTA-------CATTT----GATAT----AT----ATAAAACTT-T----G-----TCTACACAA--TGGAATA-------AGCTCTTtgatatatataaaactttgtctacacaatggaataagctcttctagc
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gi|47 : --C--TTGACCT--GAAAAT-GGGTA-CAT----T----CG---------GCCCTGTAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CTACATTGCAGCTTAA----AAacatgttgaacgatgtgttcttgcagcagaatctctggccacggtgtcttactctccagtttaccgagaggttcctagccaggagatgttaggtagggggatgttaaa
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gi|50 : gggaggca--TTGAACT--AAAATT-GAGTA-CAT----------G--------TGCCCTGTGAACTTCA----AAA-C-AT-----A------CATAAAC-T-CTACACTGCAGCCTTA----AATT--TGT-TGG-TC-A-AA---TG-TC-TACA---TT-C---AAACC--GAT--------TA--TA-AGGGTCG-AAACTCacgtattgttttcgtatttgaaaaaaaatgtattgcagtggaaaatcattactacacatttcaaatgtttta
gi|51 : ggggaggcaatAAAACT--------ATA-------CATTT----AATCT----AA----ATAAACCTT-T----G-----TCTACACAA--TGACATA-------AACTCTTGGATTCCATCAAGAATAAA
gi|52 : TTT----AATAT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTACACAA--AGGCATA-------AGCTCTTGGATTTCATTCCGAATAAcagtcacggacgtattactgattcttttaaaaacaaaaacgtcataaacacaagtt
gi|53 : TGTAAACATCA----AA-----T-----A----TGCA-AAA--------ATTACAGCCTTA----A-TT--T-------------A---AC-TA-TGCA---TT-C---AAACA--CAT--------TA--T--GCTGTCA-AAACTCTACAT----------T-cgttatggacagactgggcaatgttttgggccaagaggttcctagtctggtgtcccaaggcagga
gi|53 : cttAACTATGCAT----TCAA-ACACAT--------T--A--T-----GC-TGTCAAAACT--------CTA-------CATTT----TATCT----AA----ATAAAACTT-T----------TCTACACAA--TGACATA-------AGCTCTTGGttatctaaataaaacttttctacacaatgacataagctcttgg
gi|54 : ctttgtaaacatcaaatatgcaaaaattacagccttaatttGA--C--TTGACCT--GAAAAT-GGGTA-CAT----A----TT--------GGCCCTGTTAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACCGAC-T-
gi|55 : acgaggtgacgggctggt--C--TTGACCT--GAAAAT-AGGTA-CAT----A----TT--------TGCCCTGTAAACTTTA----AAC-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CTGCATAGCAGTCTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---CT-C---AAACA--AAT--------Tgagctaatcggactcggctaaacaataaactaaatcatatattt
gi|56 : gggggtggcaT----AATCT----AA----ATAAAATCT-T----A-----TCTACATAA--TGGAATA-------AGCTCTTGTATTTCATTAAGATTAAAA
gi|58 : AA-GCAAAT--------T--A--T--ATAGG-TGCCAAAACCTGAAAACGCTA-------CAT-------AT-------A----ATAAAACTT-T----G-----TCTACACAA--TGGCATA-------AGTTCTTAGaccaagatctttctagcctggagtttctaggcaggaggggattg
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gi|6 : --C--TTGACCT--GAAAAT-GGGTA-CAT----A----TG--------TGCCATGTGAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CTACATTGCAGTCTAATTTTATTT--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-C---AAACC--AATTA------TA--TA-GGGGTCA-AAACTCTACAT----------T-TAA--TCG---A--A---A--T--A--caccaagaggttcctagccggaatacctaggtaggaggggattg
gi|6 : gggaggct---TT-C---AAAAC--A--------------TA-GG---CACAAACTCTACAT----------TGCAG--TCT---A--A---T--T--T--T--ATTTTGGTGGTC---AAAACTCTACAT----TCAA-ACCAAT--------T--A--T--ATAGG-GGTCAAAACT--------CTA-------CATTT----AATCG----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTTAGCAA--TGGCATA-------AGCTCTTGGATTTCATTGGGAATAAAATACATGTGTCaaactttgtcttagcaatggcataagctcttggatttcattgggaataaaatacatgtgtcttgtgaacaaaatattatttttgtatttgaagaaaatgtaatttgcagtgaaaaacattgacacaactatacattttaccatttttat
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gi|7 : a--C--TTGACCT--GTAAAT-GTGTA-CAT----A----TG--------TGCACTGT------------AAA-C-TT-----A---------AAA------ACAT----------------------A-TAG-TC-ACAA---AC-TC-TACA---T--------------------------------AGGTAA-AAAGCCTACAT----------T-CAA--ACA---A--A---T--T--A--T--A----GG-GGTC---GAAACTATACAT----TTAA-ATAAAT--------T--A--TAAA--GG-GATCAAAACT--------CTAC------CATTT----AAGCG----TA----ATAAAACTT-T----G-----TCTAAACAA--AGGCATA-------AGC
gi|8 : ggggagtca--C--TTGACCT--GAAAAAAGGGTA-CAT----A----TG--------TACCCTGTCAACTTCA----AAA-C-GG-----A----GGCACTAAC-T-CTACATTGCAGCCTAA----AATT--TGG-TGG-GC---AA---AT-TT-TTCT---TT-C---ATATA--CAC--------TA--TA-GTGGCCG--AACTCTACAT----------T-CAA--ACC---A--A---T--TGAA--T--A----GG-GATC---AAAACTCTGCAT----TTAA-TCTAA------------A--T------------AAAACT--------GT------------------GTCT--------------AAC--------------------CAA--TGGCATA-------CGCTCTTGGATTCCATTAAGAATACAATACATGTGCCacatgttaaattatgtggttttaaagcaaaatatgtaccactgtgtctactctccaatctacacagaggttcctagtttggagttcctaggcaggaggggattga
gi|9 : aaggcaAACTTTGTAT----------T-CAA--ACC---A--A---T--T--G--T--A----GC-G-TC---GAAACTCTACAT----TCAA-ATTAAT--------TTTA--T--A--GG-GGTAAAAACT--------TTA-------CATTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTAAACAA--TTACGTA-------AGCTCTTGGATTTCAT--AAAATAATATttatgaaaaaaattgtttgtatttgaagaaaatgtattgcagtggaa
blockSeqs : TA AC GA T TATT ATTA . TTCA CACAA GCCG TTTT TA TAT AAC TGA TA ATCATGTA TG AC AATTCCTTGA G CC TCAA GG TTATA AA TTTT T A ACAT TG A TATCATGTATATGGG C TGAAAACG TAGATGT ATTT GTTA TTAT AGGG CAATA AA AGCAATG
blockSeqs : TA AA . A . ATTA . . . . . . . . G TA TA G AC . G . T T TTATA . T T G . A A TTATATAGG C . C . . . . . . .
blockSeqs : . AT . . . ATTA . . . . . . . . . TA TA . AC . G . T . TTATA . . . A . A T TTATATAGG C . . . . . . . . .
blockSeqs : . AC . . . . . . . . . . . . . A TA . A . G . C . TTATA . . . A . T T TTCTTTAGG C . . . . . . . . .
blockSeqs : . AC . . . . . . . . . . . . . . . . G . G . A . TTATA . . . G . T A TTATAAAGG C . . . . . . . . .
blockSeqs : . AC . . . . . . . . . . . . . . . . G . G . A . TCATA . . . G . A C TTATATAGG C . . . . . . . . .
blockSeqs : . AC . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . T . TTATA . . . G . A T TCATGTAAA C . . . . . . . . .
blockSeqs : . AC . . . . . . . . . . . . . . . . G . G . C . TCATG . . . A . A T TTATATAGG C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . G . A . TCATG . . . G . A C TCATGTAAA C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . TCACG . . . G . A C TCACGTAGG C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . TGATA . . . A . A A TGATATAGG C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . C . AATTT . . . A . T T TTATATGGG C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . TTATG . . . A . T T TTATATAGG C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . TTGAA . . . G . A A TTATATAGG A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . ACTT . . . A . T T TTATAAAGG C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . ACTA . . . A . A C TTTTATAGG A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . AATT . . . A . A A TTATATGT C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . AGTT . . . A . A C TTATAGG A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . AATT . . . A . C T TCGTAGA C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . TAA . . . G . A C TTAAAAG C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . GTA . . . A . A G TTATATA C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T . TTA . . . A . A A TTATAGG C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . TTA . . . G . A C TTATAGG C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . TTA . . . A . T A TATAGG C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . TTA . . . A . A T TTATGC C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T . TTA . . . A . T A TTACA C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . TTA . . . T . A T TTATA A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . CTA . . . A . T A ATA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . G . ATA . . . A . A C AT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . TTA . . . A . A A TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . TTA . . . G . T A AT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . TTA . . . C . A T AT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . TTA . . . A . G A AT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . TTG . . . G . A A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . ATA . . . A . A C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . TTT . . . G . T A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . ATA . . . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . TTT . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T . TTA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . TTG . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T . TT . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . C . TT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . TT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . G . TT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . T . TT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ** ******** TTA********* A*** A* TTATATAGG***************
originalCons : GGGG--C--TTGACCT--GAAAAT-GGGTA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CTACATTGCAGCCTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-C---AAACC--AAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACN---A--A---T--T--A--T--A----GG-GGTC---GAAACTCTACAT----TCAA-ACNAAT--------T--A--T--A--GG-GGTCAAAACT--------CTA-------CATTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTACACAA--TGGCATA-------AGCTCTTGGATTTCATTAAGAATAAAATACATGTGTC
finalCons : GGGG--C--TTGACCT--GAAAAT-GGGTA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CTACATTGCAGCCTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-C---AAACC--AAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACN---A--ATTA---------T--A----GG-GGTCA---AAACTCTACAT----TCAAA-CNAATTATATAGG---------------GGTCAAAACT--------CTA-------CATTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTACACAA--TGGCATA-------AGCTCTTGGATTTCATTAAGAATAAAATACATGTGTC
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|42 ): TGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACACTGTGTTTGAAGAAAATGCATTGAAGGGAAAAAGATTAACACAACTAAATGTTTCAACATTTTTATT
Unaligned ( gi|57 ): TAACCTAGATGTTGGCTATTTGGTTAACACTAGGGACATATCTCTATATAATTCCTTGGTTAACACCAAATACAAGTGTTGTTTACACTCACAGTGAACTTATATA
Unaligned ( gi|60 ): TCTCATAAACACATTTTTTTTTTGTATTTAAAGAAAATCATGTAGCAGTGTATTGTAGTGAAAAACATTGACACAACTATACATTTTAACATTTTTATTA
Unaligned ( gi|62 ): GCGTCTTATGAACAAAATATTTGTTTGTATTTGAAAAAAAATGTATTGCAGTGAAAACTTTTGACACAACTATACATTTCAGCATATTTATAA
Unaligned ( gi|65 ): AAAATACACGTGACTTATGAACATTTTTCATGTATTTAAAGAAAATGTATTGCAGTGAAAACTATGCATTTCAATATTTTTATTA
Unaligned ( gi|68 ): AATGTATTGAAGTTAAAAACATTGACATAACTATACATTTCAACATTTTATT
Unaligned ( gi|69 ): GCAGTGACAAACATTGACACAACTATATATTTTAACATTTTTATTA
Unaligned ( gi|70 ): CAGGTTTTTTTTGCGGTAAGTTGTCTGAGCTC
Alignments
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lowQualScore : 22 22 11 1 0 1111 5555 33333333 1111 0 0 22222 1111 0 0 1111 11 0 1 1 0 2222 0 0 111 0 222 44 66666666 11 0 22 3333333333 6 11 2222 11 444444444444 11 2222 1 111 111 1111 0 11 2 2222222 3333333 888 33333333 0 1111 1111 1111 0 1111 22222 11 2222222
lowQualScore : .. .. .. . . .... .... ........ .... . . ..... .... . . .... .. . . . . .... . . ... . ... .. ........ .. . .. .......... . .. .... .. ............ .. .... . ... ... .... . .. . ....... ....... ... ........ . .... .... .... . .... ..... .. .......
lowQualScore : 88 11 22 8 9 8888 5555 22222222 8888 9 9 22222 9999 9 9 8888 22 9 0 0 9 6666 9 9 444 8 222 11 22222222 99 8 88 4444444444 9 11 7777 99 111111111111 22 8888 8 666 666 9999 4 77 0 8888888 0000000 111 44444444 9 8888 8888 7777 8 7777 00000 11 7777777
consensus : GGGG--C--TTGACCT--GAAAAT-GGGTA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CTACATTGCAGCCTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-C---AAACC--AAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACN---A--A---T--T--A--T--A----GG-GGTCG---A---AACTCTACAT----TCAA-ACNAAT------TA-------TATAGGGGTCAAAACT--------CTA-CATTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTACACAA--TGGCATA-------AGCTCTTGGATTTCATTAAGAATAAAATACATGTGTC
Reference ( family-2435 ) : GGGG--C--TTGACCT--GAAAAT-GGGTA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CTACATTGCAGCCTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-C---AAACC--AAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACN---A--A---T--T--A--T--A----GG-GGTCA---A---AACTCTACAT----TCAA-ACNAAT------TA-------TATAGGGGTCAAAACT--------CTA-CATTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTACACAA--TGGCATA-------AGCTCTTGGATTTCATTAAGAATAAAATACATGTGTC
gi|1 : GGGG--CACTTGACCT--GAAAAT-GGGTA-CAT----A----TAATTAATTATGCCCTGTGAACATCA----AAA-C-AT-----A----GACACAAAC-T-CTACATTGC----TTA----AATT--TGGGTGG-TC-A-AA---AC-TT-TACA---TT-C---AAACT--AAT--------TA--TA-GGGGTCG-ACACTCTACAT----------T-CAA--ACA---C--A---TTAT--A--T--A----GG-GGTCACTGA---AACTC---------------------------------------GTGACTGAAACT--------CTA-CATTG----AATTC----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCCAAACAA--TGGCATC-------AGCTCTTGGATTTCGTTAATAACAAAA-ACACGTGTC
gi|10 : gg--C--TTGACCT--GAAAAT-AGGTA-CATTATTA----TG--------TGCCCTGTGAACTTCA----TAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CTACATTGCAGCCTAA----ACTT--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TC-TATA---TT-C---AAACA--AATATCATGTATA--TG-GGGTTCA-AAACTCTATAT----------T-TAA--TCT---A--A---T--A--A--T--ttatcaaggacttatataaatatatgttaagtatttgaagaaaatattttgcagtgaaaaacaataacacaactatacatttcaacatttttatt
gi|10 : gggaggca-AAACTCTACAT----------TGCAG--CCT---A--AAC-T--T-----T--G----GT-GGTCA---A---AACTCTATAT----TCAA-ACAAATATCATGTA-------TATGGGGTTCAAAACT--------CTA-TATTT----AATCT----AA-----TAA-----------------TTTACACAA--TGACATA-------AGCTTTTGGATTTCATTAAGAATAGAATACAttacacaatgacataagcttttggatttcattaagaatagaatacaatcatgtgaacaaaatattgtattgcagtggaagacactgacacaacattactatacatttcaacattttcatt
gi|11 : gggaggcacttgacctgaaaataggtacattattatgtgccctgtgaacttcataacataggcacGGGG--CACTTAAGCT--GAAAAT-GGGTA-TAT----A----TG--------TACCGTGTAAACTTCA----AAA-C-AC-----A----GGCACAAAC-T-TTACATTGCAGCCTAA----CAGT--TGG-TGG-T---------------TACA---T--C---AAACC--AAG--------GA--CG-TGTGTC------TCTATATAATTCCTTGAT-CAA--ACC---A--A---G--T--A--T--A----GG-GATCG---A---AACTCTTCAT----TCAA-ACAAAT------TA-------TATAGGGGTCAAAACT--------CTA-TACTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTGCACAA--CGGCATAAGCAATGAGCTCTTGGATTTCATTAAGAATGACATACATGTatcatgtgaacaaaatattgtattgcagtggaagacactgacacaacattactatacatttcaacattttcatt
gi|12 : agaggGGGG--CAAGTGACCT--GACAAT-GGTTA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTAATTTTCA----AAA-C-AT-----A----CGCACAAAC-T-CTACGTTCCAGACTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-TA---AT-TC-TACA---TT-C---ATACC--AAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAACTCAACAT----------T-CAA--ACA---A--A---TTAT--A--T--A----GG-GGTCA---A---AACTCTATAT----TTAA-TCTAA--------A-------T---------AAAACT--------TTG-C-----------CT----A------------------------------CACAA--TGGCATA-------GACTGTTGGATTTCATAAAGAATAAAATACATGTATC
gi|13 : ggGGGA--C--TTGAACT--AAACAT-GGGTA-CAT----A----TG--------TGCCCTCGAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----CGCACAAAC-T-GTACATTGCAGCCTTA----AATT--TGG-Ttcgtcttttgtttgtatttgatgaaaatatagt
gi|13 : aggtT--------TTA-CATTT----AATCTGTTAAA----ATGAAACTT-T----G-----TCTTTGCAG--TGGCATA-------AGCTCTTAGATTTCATCAAGAATAAAATACTTGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttacatttaatctgttaaaatgaaactttgtctttgcagtggcataagctcttagatttcatcaagaataaaatacttgtgttttatggacaaaattcttttttgtata
gi|14 : aggtgggacttgaactaaacatgggtacatatgtgccctcgaaacttcaaaacatacgcacaaactgtacattgcagccttaaatttggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGGGG--CATTTGACCT--GAAAAT-GCATA-CAT----A----TG--------TAC--TGTA---------------------------------TAAAC-TTCAACATT----------------T--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-C---AAACT--TAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACA---A--A---TTAT--A--T--A----GG-GGTCA---A---AATGCTATAT----T-AA-TCTAAA------TA-------tttatggacaaaattcttttttgtata
gi|14 : t---TT-C---AA--C--ATT--------T---TG-GTGGTCA-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACT---T--A---T--T--A--T--A----GG-GGTCG---A---AACTCTACAT----TCAA-ACAAAT------TA-------TATAGGGGTCAAAATG--------CTA-TA-TT----AATCT----AA----ATAACACTT-T----G-----TCTACACAA--TGGCGTA-------AGacactttgtctacacaatggcgtaagatgtgtttttgcggcaacatctctgtgccactgtgtctactctccaatctaccagaaggttcctagcctggagttcctaatcaagagggaattga
gi|15 : tggggcatttgacctgaaaatgcatacatatgtactgtataaacGGGG--C--TTAACCT--GAACAT-GGGTA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTGAACTTCA----AAA-C-TG-----A----GGCATATAC-T-CTACATTGCAGCCTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-CG--AAACC--AAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAACACTACAT----------T-CAA--ACC---A--A---T--T--A--T--A----GG-GGTCG---A---AACTCTACAT----TCAA-ACCAAT---------------TATAGGGGT-AATTTT--------TTA-CATTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TTTTAACAA--TGACACA-------AGCTCTTGCATTTCCTTAAGAATAAAATACACGCGTCatgtgtttttgcggcaacatctctgtgccactgtgtctactctccaatctaccagaaggttcctagcctggagttcctaatcaagagggaattga
gi|16 : GGGG--CACTTGACCG--CAAAAA-GAGAA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTAAACTTCA----AAA-C-AT-----T----GGC-CAAAC-T-TTACATTTCAGCCTAA----CATT--TGG-TGG-TC-A-AA---AC------------T-C---AAACC--AAT--------TA--TA-GGGGTAG-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACA---A--A---T--T--------------------------------------------AA-ATTA--------TA-------T--AGGAGTCAAAAGT--------CTA-CATTT----AATTT----AA----ATAAAACAT-T----G-----TCT-----A--TGGGATA-------AGC
gi|17 : gT--GAAAAT-TGTTAACAT----A----TG--------TGCCCTGTAAACTTCA----AAA-C-AA-----A----GGCACAAAG-C-CTACATTGAAGCCTTA----AATT--TGG-GGGGTC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-C---TAACT--AAT--------TA--TA-GGAGTTG-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACA---A--A---T--T--A--T--AT---GGTGGTCG---A---AACTCTA--------------TAAT------T--------TATA---------------------------TT----AA--------------TAAAACCT-T----G-----TCTACACAA--TGGCATA-------AGCTCTCGGATTTCATTAAGAATAAAAgtgtaagttgcataatgtgtttttgtagcacaatctctgtgcaaatgcatctactctctgatt
gi|18 : AAT------TA-------TATAGGGGTCAAAACA--------CTA-CATTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTACACAA--TGGCATA-------AGCTCTTAAATTTTATTAAGAATAAAATACATGTGTCgccaagaggttcccaacctagagtttcttggcagaag
gi|19 : aaattatttctttttaaacataaaacacagcttctggcgtccaattgtaaagtacaaattagt--C--TTGACTT--GAAAAT-GGGGT-CAT----A----TG--------TGCCCTGTAAACTTCA----AAA-C-AT-----T----GACACAAAC-T-CTACATTGCAGCCATA----AATT--CGG-GGG-TC-A-AA---CC-TC-AACA---TT-C---AAACC--AAT--------TA--CA-atataaacaatttatttttgtacttggaagaaaatgtattgcagtgaaaaacatcgacacagctatatatttcaacattgttatcaag
gi|19 : ggtggtagca-AAACTCTACAT----------TGCAGCCATA---A--A---T--T-----C--G----GG-GGTCA---A---ACCTCAACAT----TCAA-ACCAAT------TACAAATTATATAGATGTCA-------------------TTT----AATCT----AA----ATAAAATTT-T----ACAATATCTATACAA--TGACATG-------AGCTCTTGAATTCCATT-AGAATAAAAaattatatagatgtcatttaatctaaataaaattttacaatatctatacaatgacatgagctcttgaattccattagaataaaagccaagaggttccgaacatggagttcctaggcagaatgggatta
gi|2 : ggtggtagcacttgacttgaaaatggggtcatatgtgccctgtaaacttcaaaacattgacac--C--TTGACCT--GCAAAC-GGATA-CAC----A----TG--------TGTCCTGTAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CTACATTGCAGTCCGA----AGTG--TGG-GAG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-C---AAACC--A--------------------GTCG-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACC---A---------------------------GTCG---A---AACTCTACAT----TCAA-ACCA------------------------GTCGAAACT--------CTA-CATTC----AAgccaagaggttccgaacatggagttcctaggcagaatgggatta
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gi|20 : gatgggcacttgacctgcaaacggatacacatgtgtcctgtaaacttcaaaacataggcacaaactctacattgcagtccgaagtgtgggagtcaGGGGTAC--TTGACCT--GAAAAT-GGGTA-CAT----A----TG--------TGCCCTGTAAACTTCA----AAA-CCAT-----A----CGCACAAAA-T-CTACGTTGCAGTCTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TA-AACA---TT-C---AAACC--AAT--------TA--GG-GAGGTAA-AAACTCTACAT----------T-TAA--ACA---A--G---TTAT--A--T--A----GG-GGTCA---A---AACTCTACAT----TTAA-TCTAAA------TA-------ctatgaacaaaatataaaatgtattgcagtgaaaatattgacacaactaatcatttcaacattttt
gi|20 : aT------TA-------TATAGGGGTCAAAACT--------CTA-CATTT----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTACACGA--TAGTAT--------ATCTCTTaaactttgtctacacgatagtatatctctttcctagtctggagttcctagacaggagggg
gi|21 : aggggtacttgacctgaaaatgggtacatatgtgccctgtaaacttcaaaaccatacgcacaaaatctacgttgcagtctaaaatttggtggtcaaaactaaacattcaaaccaattagggaggtaaaaactctacatttaaacaag--C--TTGGCCT--GTAAAG-GGGTA-CAT----G----TG--------TGCACTGTAAACTTCA----AA--C-AT-----T----GTCACAGAC-T---ACATTACAGCCTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---A---C-TACA---TT-C---AAACC--AAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAAtcctagtctggagttcctagacaggagggg
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gi|36 : ttgacctgaaagtgggtacatatatgccatgtgaactacaaaacataggcacaaAC-T-CTTCATTGCAGTCTAA----AATA--TGT-TGG-TA-A-AA---AAATG-TACA---TC-C---AAACC--AAT--------TA--TA-TGGGTCT-AAACTCTACAT----------T-CAA--ACA---A--A---TGAT--A--T--A----GG-GGTAA---A---AACTACACAT----TTAA-TCTAAA------TA-------
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gi|37 : actcttcattgcagtctaaaatatgttggtaaa--C--TTGACCTGAGAAAAT---GTA-CAT----A----TG--------TTCCCTGT------------GAA-C-AC-----A----GGCACAAACTT-TTACATTCAAACCT--------TTTATAG-AGA-TC-A-AA---AC-cgaggttcctagtctgggttcctaggcagtatgggattg
gi|38 : tacttgca------TA-------TATAGGGGTCAAAACT--------CTA-CTTTT----AAACT----AA----ATATAACTT-T----G-----TCTAAACAA--TAGTATA-------AGCTCTTGACTTTCATTAGCAATACATTACATGTGTatgtgtcttgtgaacaatttttttttgcagttgaagaaaatgtattgtagtgaaaatcattaacacaactatatatttcaacatgtttata
gi|39 : -GGGTA-CAC----A----TG--------TGCCATATAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-C-------------AA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---TC-TC-TACA---TT-C---AATCC--AAT--------TA--TA-TAG---G-AGACTCTACAT----------T-TAtttatgaacaaaatgtatttttgtctaaagaaaatgtattgcaatgaaaaacattgacacaacgataccgttcaacatttttatt
gi|39 : -CAA--ACTCAAA--A---T--T-----T--G----GT-GGTCA---A---ATCTCTACAT----TCAA-TCCAAT------TA-------TATAGGAG-----ACT--------CTA-CATTTATTTAATCT----AA----ATAAAACTT-T----A-----TCTAGAAAA--TGTCATA-------TGCACTTtttaatctaaataaaactttatctagaaaatgtcatatgcactttcctagtctggagttcataggcaggagaggat
gi|4 : gggtacacatgtgccatataaacttcaaaacataggcaCT--GAAAAT-TGGTA-CAT----A----TG--------TACGTTGTGAACTTTA----AAA-C-TT-----A----GGCATAAAC-T-CTGCATTGCAGCCTAA----AATT--TGG-TCG-TC-A-AA---GC-TT-TACA---TT-C---ATACA--AAT--------TA--TA-GGGATCT-TAACTCTATAT----------T-CAA--ACA---A--A---T--T--G--T------------------------------AT----TC------AAT------TA-------TA-------------T--------CTA--ATCT----A---------A----ATAAAACTT-G----G-----TCTACACAA--TGGCATA-------AGCTCATGGATTCCACTAAAAATAAAATACATGTGTCtcctagtctggagttcataggcaggagaggat
gi|40 : ggagaggcacatgttGTA-CAT----G----TG--------TGCCCTGTAAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CAACATTGCAGTCTAA----AATT--TGG--GG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---TT-C---AAACA--CAT--------TA--TA-GGGGTCG-AAACTCTACAT----------T-AAA--TCT---A--A---A--T--A--ttatgaacattttttttacattagaaaacattgtattgcagtgaaacactttgaaacaactatacatttcaacatttttta
gi|40 : ---TT-C---AAAAC--A--------------TA-GG---CACAAACTCAACAT----------TGCAG--TCT---A--AAATT--T-------------GG-GGTCA---A---AACTCTACAT----TCAA-ACACAT------TA-------TA--GGGGTCGAAACT--------CTA-CATTA----AATCT----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTGCACAA--CGACATA-------ACCTCTTGGATTTCATTAAAGATAAAaaactttgtctgcacaacgacataacctcttggatttcattaaagataaa
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gi|43 : tgggggtacttgaAA--ATC---A--A---T--T--T--T--A----GG-AGTCG---A---AACCCTACAT----TCAA-ACAAAT------TA-------TATGGGGGTCAAAACT--------CTA-CATTT----AATCT----AC----ATAAAATAT-T----A-----TCATCACAA--TGG----------------------TTCATTAAGAATAAAActagc
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gi|51 : ggggaggcaatAAAACT--------ATA-CATTT----AATCT----AA----ATAAACCTT-T----G-----TCTACACAA--TGACATA-------AACTCTTGGATTCCATCAAGAATAAA
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gi|53 : ATAT----------G-CAA--A-----A--A---T--T--A--C--A----GC-C-TTA---ATTTAACTATGCAT----TCAA-ACACAT------TA-------T---GCTGTCAAAACT--------CTA-CATTT----TATCT----AA----ATAAAACTT-T----------TCTACACAA--TGACATA-------AGCTCTTGGcgttatggacagactgggcaatgttttgggccaagaggttcctagtctggtgtcccaaggcagga
gi|54 : ctttgtaaacatcaaGA--C--TTGACCT--GAAAAT-GGGTA-CAT----A----TT--------GGCCCTGTTAACTTCA----AAA-C-AT-----A----GGCACCGAC-T-
gi|55 : acgaggtgacgggctggt--C--TTGACCT--GAAAAT-AGGTA-CAT----A----TT--------TGCCCTGTAAACTTTA----AAC-C-AT-----A----GGCACAAAC-T-CTGCATAGCAGTCTAA----AATT--TGG-TGG-TC-A-AA---AC-TC-TACA---CT-C---AAACA--AAT--------Tgagctaatcggactcggctaaacaataaactaaatcatatattt
gi|56 : gggggtggcaT----AATCT----AA----ATAAAATCT-T----A-----TCTACATAA--TGGAATA-------AGCTCTTGTATTTCATTAAGATTAAAA
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gi|6 : gggaggct---TT-C---AAAAC--A--------------TA-GG---CACAAACTCTACAT----------TGCAG--TCT---A--A---T--T--T--T--ATTTTGGTGGTCA---A---AACTCTACAT----TCAA-ACCAAT------TA-------TATAGGGGTCAAAACT--------CTA-CATTT----AATCG----AA----ATAAAACTT-T----G-----TCTTAGCAA--TGGCATA-------AGCTCTTGGATTTCATTGGGAATAAAATACATGTGTCaaactttgtcttagcaatggcataagctcttggatttcattgggaataaaatacatgtgtcttgtgaacaaaatattatttttgtatttgaagaaaatgtaatttgcagtgaaaaacattgacacaactatacattttaccatttttat
gi|61 : gggaggctcttgacctgaaaatgggtacatatgtgccatgtgaacA----ATAAAACTT-T----G-----TCTGCACAA--TGGCATA-------AGCTGTTAGATTTCATCAAAAATAAAATACATGTGTCttgtgaacaaaatattatttttgtatttgaagaaaatgtaatttgcagtgaaaaacattgacacaactatacattttaccatttttat
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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|42 ): TGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACACTGTGTTTGAAGAAAATGCATTGAAGGGAAAAAGATTAACACAACTAAATGTTTCAACATTTTTATT
Unaligned ( gi|57 ): TAACCTAGATGTTGGCTATTTGGTTAACACTAGGGACATATCTCTATATAATTCCTTGGTTAACACCAAATACAAGTGTTGTTTACACTCACAGTGAACTTATATA
Unaligned ( gi|60 ): TCTCATAAACACATTTTTTTTTTGTATTTAAAGAAAATCATGTAGCAGTGTATTGTAGTGAAAAACATTGACACAACTATACATTTTAACATTTTTATTA
Unaligned ( gi|62 ): GCGTCTTATGAACAAAATATTTGTTTGTATTTGAAAAAAAATGTATTGCAGTGAAAACTTTTGACACAACTATACATTTCAGCATATTTATAA
Unaligned ( gi|65 ): AAAATACACGTGACTTATGAACATTTTTCATGTATTTAAAGAAAATGTATTGCAGTGAAAACTATGCATTTCAATATTTTTATTA
Unaligned ( gi|68 ): AATGTATTGAAGTTAAAAACATTGACATAACTATACATTTCAACATTTTATT
Unaligned ( gi|69 ): GCAGTGACAAACATTGACACAACTATATATTTTAACATTTTTATTA
Unaligned ( gi|70 ): CAGGTTTTTTTTGCGGTAAGTTGTCTGAGCTC