lowQualScore : 222222 111111 5555 22 3333333333333333 222222222222222222222222222222222 333333333 1111 1 11111 11
lowQualScore : 888888 000000 3333 44 9999999999999999 888888888888888888888888888888888 5 6666 6 3 3 9 1 222222222 2222 4 2 44 7777 44 3 33 66666 4 99999999 88 0 66
lowQualScore : ...... ...... .... .. ................ ................................. . .... . . . . . ......... .... . . .. .... .. . .. ..... . ........ .. . ..
lowQualScore : 888888 555555 8888 44 5555555555555555 222222222222222222222222222222222 0 5555 0 3 3 9 5 000000000 7777 6 3 66 1111 66 1 22 77777 2 99999999 33 9 11
consensus : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATACGGCATATCG----TAACGTGCCTTAATCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCTCAAGCAATACACGTAGCC------------C---TACA---------------AAA---------------TATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTGTCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAGTGTATG---------TATATAAAAAAA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCG
Reference ( gi|4 ) : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AAA---------------TATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAGTCTGTCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAGTATATG---------TATATAAAAAAA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCTCTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCG
gi|3 : AAAGAAAGTTTCCAACTAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGTGTTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCA
gi|2 : ggtaAAAAAAAGTTTTCAACCAGCAAGATTGTTGTGGATCTACTGGAAATTTAGGACTGTAGCAATACATGTA------TATTGAAATCGCGTTATACTACAATACGGCATATCG----TAAAGTGCCTTAATCAACtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctcaatcaatacacagccctacaaaatattttaattaagcctaatcggcaaaaagtatcaaatgaatggcatggtattaaatctgtttaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaacagttccaaccaatctgtctactctgcattttaaacaaattataataaaataagagtatatgtaagtaaaaaaagtaaggaaatgtgtggttgctaaatagaggtgatcatttcatatgttctactgttgtatctatgagaaatagcatgcagtttactttcatttcgaatacaatgattgaaaaaagatcactgtaaaatgtatttaagaagcaagttgctattagttgccttggtattttcatacagatgaaaacaaatatttctatacagatatgttttccctgtcttcaag
gi|1 : cAAAAAAAGTTTTCAACCAGCAAGATTGTTGTGGATCTACTGGAAATTTAGGACTGTAGCAATACATGTA------TATTGAAATCGCGTTATACTACAATACGGCATATCG----TAAAGTGCCTTAATCAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcaagcaataaatgtagcaacaaatacaaaatattttaattaagcctaaactgccaaaagtgtcgaatgaatggcatggtattacaactgtttaataatgttgcttttcaagtattgaatcagttccaaccaatctgtctactctgcattttaaacaaattataaaaacaaagaagtgtatgaatataatgtatataaaaaaaagaagaaatgtgtggttgctaaatagaggtgaactcttcatatgttctactgttgcagctatgagaaataacatgctgttcactttcttttcgaaattaatgattgaaaaaatatcactgtaaaatgttgttaaattatgaagcaatatggtattagttgccttggtattttcatacagataaaaacaaatatttttatataaagatatgttttccctgtctgcaag
gi|20 : cAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcaagcaataaatgtagcaacaaatacaaaatattttaattaagcctaaactgccaaaagtgtcgaatgaatggcatggtattacaactgtttaataatgttgcttttcaagtattgaatcagttccaaccaatctgtctactctgcattttaaacaaattataaaaacaaagaagtgtatgaatataatgtatataaaaaaaagaagaaatgtgtggttgctaaatagaggtgaactcttcatatgttctactgttgcagctatgagaaataacatgctgttcactttcttttcgaaattaatgattgaaaaaatatcactgtaaaatgttgttaaattatgaagcaatatggtattagttgccttggtattttcatacagataaaaacaaatatttttatataaagatatgttttccctgtctgcaagt
gi|6 : AAAAAAAGTTTCCAACCAACAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TAGTGAAATCGCATTATATCACAATACGGCATATCATATATAACATGCCTTAATCAAC
gi|21 : aAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGAATGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TG------TATTTAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCG----TAACATGCCTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctcaagcaatacacagccctacaaaagattttaattaagcctaaacggcaaaaatatcaaatgaatgacatggtattacaactgtttaatctaaatgctgcttttcaagtatttaaatagttaatatgttctact
gi|5 : gtAAAAATAGTTTCCAATCAGCAGAATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCATTATATCTAAATATGGCATATCGT----AACAAGCCTTAATCAACac
gi|18 : tAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATACATGTA------TATTGAAATTCCGTTATATCACAATACAGCATATCG----TAACGTGCCTTAATCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctcaatcaatacacagccctacaaaataatttaattaagcataatcggctaaaagtatcaaataaatggcatgttattaaaactgataaatctaaatgttgcttttgaagtatttaaacagttccaaccaatctgtctactcggcattttaaagaaattatagtaacaaaggagtat
gi|19 : atcAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGAAGCAA------TACATGTTTATTGAAATTCCGTTATATCACAATACAGCATATCG----TAACGTGCCTTAATCA
gi|24 : atcAAAAAGAGTTTCCAACCAGCAGGAT--------ATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTACATCACAATATGGCACATCG----TAACATGC
gi|27 : aaaAAAAAAA--TTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGAAA------
gi|28 : ataAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTAGAa
gi|22 : tAAGTTACCAACCAGCAGGAATGTTGCGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCG----TAACATGCCTTAA
gi|7 : gGAAATCGCATTATATCACAATACGGCATATCG----TAACGTGTCTTAATCAACa
gi|2 : TTTCTCAAGCAATAAATGTAGCAA-----------CAAATACA---------------AAA---------------TATTTTAATTAAGCCTAAACTGCCAAAAGTGTCGAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAAT---AATGTTGCTTTTCAAGTATTGAATCAG----TTCCAACCAATCTGTCTACTC-TG-CATTTTAAACAAATTATAAAAACAAAGAAGTGTATGAATATAATGTATATAAAAAAA-AG--AAGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGAACTCTTCATATGTTCTACTGTTGCAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCTTTTCGAAATTAATGATTG-AAAAAAT-ATCACTGTAAAATGTTGTTAAATTATGAAGCAATATGGTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---TATTTTTATATAAAGATA--TGTTTTCCCTGTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctcaagaaatatatgtagccctacaaaagcaacaaatacaaaatattttaattaagcctaaacagccaaaagtatcaaatgaatggcatggaattgcaactgtgtaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaatagttccaaccaatctgtccactctgcattttaaagaaa
gi|1 : caaaaaaagttttcaaccagcaagattgttgtggatctactggaaatttaggactgtagcaatacatgtatattgaaatcgcgttatactacaatacggcatatcgtaaagtgccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaTTTCTCAAGCAATAAATGTAGCAA-----------CAAATACA---------------AAA---------------TATTTTAATTAAGCCTAAACTGCCAAAAGTGTCGAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAAT---AATGTTGCTTTTCAAGTATTGAATCAG----TTCCAACCAATCTGTCTACTC-TG-CATTTTAAACAAATTATAAAAACAAAGAAGTGTATGAATATAATGTATATAAAAAAA-AG--AAGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGAACTCTTCATATGTTCTACTGTTGCAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCTTTTCGAAATTAATGATTG-AAAAAAT-ATCACTGTAAAATGTTGTTAAATTATGAAGCAATATGGTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---TATTTTTATATAAAGATA--TGTTTTCCCTGTCtgcaag
gi|7 : caaaaaaagttttcaaccagcaagattgttgtggatctactggaaatttaggactgtagcaatacatgtatattgaaatcgcgttatactacaatacggcatatcgtaaagtgccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaTTTCTCAAGAAATATATGTAGCC------------C---TACAAAAGCAACAAATACAAAA---------------TATTTTAATTAAGCCTAAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGAATTGCAACTGTGTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAATAG----TTCCAACCAATCTGTCCACTC-TG-CATTTTAAAGAAAtgcaagt
gi|6 : gaaatcgcattatatcacaatacggcatatcgtaacgtgtcttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AAA---------------GATTTTAATTAAGCCTAAACGGC-AAAAATATCAAATGAATGACATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTAAATAG----TT
gi|8 : aaaaaaaagtttccaaccaacaggattgttgtggatcaactggaaatgtaggactgtagcaatatagtgaaatcgcattatatcacaatacggcatatcatatataacatgccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCAAGCAATACAC--AACC------------C---TACA---------------AAA---------------GATTTTAATTAAGCCTCAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTC-AACCAATCTGTCTACTC-TG-CATTTTAAAAAAGTTATAGTAACATAGGAGTATATG---------TATATAAAAAA---GTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAAAGGTGATCACTTCATATGTT--ATTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAGTGATTG-GAGAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTGAGAAGCAAGATGCTTTTAGTTGCCTTGGTATTTTCACACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--AGTTTTCCCTGTCGaatatgttctact
gi|3 : TTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AAA---------------TATTTTAATTAAGCCTAATCGGCAAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTAAATCTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTGTCTACTC-TG-CATTTTAAACAAATTATAATAAAATAAGAGTATATG---------TAAGTAAAA-AA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCATTTCATATGTTCTACTGTTGTATCTATGAGAAATAG--CATGCA----GTTTAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ATTTAAGAAGCAAGTTGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATGAAAACAA----A---TATTTC--TATACAGATA--TGTTTTCCCTGTCtcaaata
gi|11 : ggtaaaagaaagtttccaactagcaggattgttgtggatcaactggaaatgtaggactgtagcaatatattgaaatcgtgttatatcacaatatggcatatcgtgtataacatgccttaatcatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCAAGCAATACATGTAGCCATAAAAAAGCAACAAATACA---------------AAA---------------TATTTTAATTAAGCCTTAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTGCAACTGTTTTATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAAACAATTCCAACCAATCTGTCTTCTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATCGAAACATAGAAGTGTATG---------TATATAAAA-AA-AGTAAAGAAATGTGTTGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCGTATGTTCTACTTTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GGTCAC--TTTCCTTTCGAATACATTGATTG--AAAAAT-ATCACTGTAAAATGT-----TCTAAAGAAGCAAGATGCTATttcaag
gi|9 : TTCTGAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AAAGCAACAGATACAAAACATTTTAACTAAGCCTAA------------------TGAATGGCATAGTATTAT----------------------TTTTCAAATATTGAAACAG----TTCCAACCAATCTGTCTACTA-TG-CATTTTAAAGAAATTGTAGAAACATAGGAGTGTATG---------TATATAGAAA--------GGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCATTTCATATGTTCTACTGTTGTAGTTATGAGAAAAAAAACATGCT----GTT------------TCGAATACTATGATTG-AAAGAAG-ATAACTGTAAAATGT-----TCTAAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATATTCATACAGATAATAACAA----A---CATTTC--TATATAGATATTTGTTTTCCCTGTC
gi|15 : TTCTCAAGCAATACAC--AGCT------------C---TACA---------------AAA---------------TATATAAATTA------------CAA--------------TGACATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTATTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTGTCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAGTtgcaaat
gi|14 : ------------C---TACA---------------ATT---------------TATTTTAATTAAGCTTAAACATCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCTATCTGTATACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTACAGAAACATAGAAGTATATA---------CATATAtcctaacacgaggataatg
gi|10 : ATTAAGCCTAAACAGCCACAAGTATCAAATGAACGGAATGGTATTACAATTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAGCCAATCTGCCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAATGTATG---------TATATAAAA--A-AGTAAGAAAATGTGTGGTTGTTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--AATGCT----GTTTAC--TTTCATTTCGTATACAATGATTG-AAAAAAA-ATCATTGAAATATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGATGCCTTGTTTTTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CCTTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCGtatatatctaatgaattaataaaaaa
gi|23 : ACAGCCAAACGTATAAAAAAAATGGCCTGATAATAAAA-TAATTAACCTAAATGTGACTTTACAAGT-TCCTAGCTG----TACCAACCAATTAGTCTATTCATGATATTTTgca
gi|12 : GTTTTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCTAACCAATCTGTCTACTC-TG-CACATCAAAGAAATTATAGAAACATAGGAATGTATG---------TATATAAAACAA-AGTAAGGAAATATGTGGTTGCTAAAAAGAGGTGATCACTTCATATATTCTTCTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTAAC--TTTCATTTCGAATGCAATGATTGAAAAAAAG-ATCACTATAAAATGT-----TCTTAAGAAGCAAGATGATATATGTTGTCTTGTTATTTTCATACAGATAAAtag
gi|13 : caaaagtttgcattgataaaaaaaaaaaagaatttacccgcTATAGAAACATAGAA-TGTATG---------TATATAAAAAAAGAGTAAAGCAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTAAGAGAAATAA--CATGCT----ATTCAC--TTTCATTTTGAATACAATGATTG-AAAAAAATATCACTGTAAAATGT-----TCTTAATAAGCAAGATGCTATAAGTTGCCTTGGTATTTTCATAGAGATAAAAACAA----A---CATTTCTATATAAAGATA--TGTTTTCCCTGTC
gi|25 : TAGTTACTCAATAGAGATGATTACTTCATAT-------------AGCTATAAGAAGAAA--CATGCTTCTGGCTCACATTTTTATTC---ATTCAA--A--A-AGAAAAG-ATCACT-TAAtgcaaat
gi|16 : TGTTAAATAGAGGTGAGCACCTCATATGATCTACTGTTGTACCAATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ACCACTGTAAAGTGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGC-ATTtagc
gi|17 : TTAATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAGTGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTCCCTCGGTATTTTCATATAGATAAtttatggaagtatgttttccctgtcgaca
gi|26 : ATGATTG-AAAAAAT-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGATAT
gi|16 : AGAAGCAA----GATGCATTTT--TATGGAAGTA--TGTTTTCCCTGTCGctatatagagatatgttttccttgttggcaag
gi|26 : tgttaaatagaggtgagcacctcatatgatctactgttgtaccaatgagaaataacatgctgttcactttcatttcgaatacaatgattgaaaaaagaccactgtaaagtgtacttaAGAAGCAAGATGA---TATCTA--TATAGAGATA--TGTTTTCCTTGTTGaca
Alignments
lowQualScore : 222222 1111 22 3333333333333333 22222222222222222222222222222222 222222222 11111 11
lowQualScore : 666666 999999 6666 9999 88 1111111111111111 55555555555555555555555555555555 2 0 5555 2 2 2 1 999999999 8888 3 44 6666 44 2 2 55555 8888 777 66 55
lowQualScore : ...... ...... .... .... .. ................ ................................ . . .... . . . . ......... .... . .. .... .. . . ..... .... ... .. ..
lowQualScore : 555555 666666 5555 6666 11 2222222222222222 88888888888888888888888888888888 9 1 7777 7 9 9 0 111111111 7777 2 22 5555 22 9 9 44444 5555 000 55 55
consensus : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATACGGCATATC----G----TAACGTGCCTTAATCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCTCAAGCAATACACG-AGCC------------C---TACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAGTGTATG---------TATATAAAAAAA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCG
Reference ( family-2415 ) : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATACGGCATATC----G----TAACGTGCCTTAATCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCTCAAGCAATACACGTAGCC------------C---TACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAGTGTATG---------TATATAAAAAAA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCG
gi|1 : AAAAAAAGTTTTCAACCAGCAAGATTGTTGTGGATCTACTGGAAATTTAGGACTGTAGCAATACATGTA------TATTGAAATCGCGTTATACTACAATACGGCATATC----G----TAAAGTGCCTTAATCAAC
gi|1 : cTTTCTCAAGCAATAAATGTAGCAA-----------CAAATACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACTGCCAAAAGTGTCGAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAAT---AATGTTGCTTTTCAAGTATTGAATCAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAACAAATTATAAAAACAAAGAAGTGTATGAATATAATGTATATAAAAAAA-AG--AAGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGAACTCTTCATATGTTCTACTGTTGCAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCTTTTCGAAATTAATGATTG-AAAAAAT-ATCACTGTAAAATGTTGTTAAATTATGAAGCAATATGGTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---TATTTTTATATAAAGATA--TGTTTTCCCTGTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcaagcaataaatgtagcaacaaatacaaaatattttaattaagcctaaactgccaaaagtgtcgaatgaatggcatggtattacaactgtttaataatgttgcttttcaagtattgaatcagttccaaccaatctgtctactctgcattttaaacaaattataaaaacaaagaagtgtatgaatataatgtatataaaaaaaagaagaaatgtgtggttgctaaatagaggtgaactcttcatatgttctactgttgcagctatgagaaataacatgctgttcactttcttttcgaaattaatgattgaaaaaatatcactgtaaaatgttgttaaattatgaagcaatatggtattagttgccttggtattttcatacagataaaaacaaatatttttatataaagatatgttttccctgtctgcaagt
gi|10 : caaaaaaagttttcaaccagcaagattgttgtggatctactggaaatttaggactgtagcaatacatgtatattgaaatcgcgttatactacaatacggcatatcgtaaagtgccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaATTAAGCCTAAACAGCCACAAGTATCAAATGAACGGAATGGTATTACAATTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAGCCAATCTG-CCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAATGTATG---------TATATAAAA--A-AGTAAGAAAATGTGTGGTTGTTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--AATGCT----GTTTAC--TTTCATTTCGTATACAATGATTG-AAAAAAA-ATCATTGAAATATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGATGCCTTGTTTTTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CCTTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCGtgcaagt
gi|11 : TTCTCAAGCAATACATGTAGCCATAAAAAAGCAACAAATACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTTAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTGCAACTGTTTTATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAAACAATTCCAACCAATCTG-TCTTCTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATCGAAACATAGAAGTGTATG---------TATATAAAA-AA-AGTAAAGAAATGTGTTGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCGTATGTTCTACTTTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GGTCAC--TTTCCTTTCGAATACATTGATTG--AAAAAT-ATCACTGTAAAATGT-----TCTAAAGAAGCAAGATGCTATgca
gi|12 : GTTTTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCTAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CACATCAAAGAAATTATAGAAACATAGGAATGTATG---------TATATAAAACAA-AGTAAGGAAATATGTGGTTGCTAAAAAGAGGTGATCACTTCATATATTCTTCTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTAAC--TTTCATTTCGAATGCAATGATTGAAAAAAAG-ATCACTATAAAATGT-----TCTTAAGAAGCAAGATGATATATGTTGTCTTGTTATTTTCATACAGATAAA
gi|13 : caaaagtttgcattgataaaaaaaaaaaagaatttacccgcTATAGAAACATA-GAATGTATG---------TATATAAAAAAAGAGTAAAGCAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTAAGAGAAATAA--CATGCT----ATTCAC--TTTCATTTTGAATACAATGATTG-AAAAAAATATCACTGTAAAATGT-----TCTTAATAAGCAAGATGCTATAAGTTGCCTTGGTATTTTCATAGAGATAAAAACAA----A---CATTTCTATATAAAGATA--TGTTTTCCCTGTC
gi|14 : ------------C---TACA---------------AT---------------TTATTTTAATTAAGCTTAAACATCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCTATCTG-TATACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTACAGAAACATAGAAGTATATA---------CATATAtgcaaat
gi|15 : TTCTCAAGCAATACAC--AGCT------------C---TACA---------------AA---------------ATAT----AT----------------AAATTAC------AATGACATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTATTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAGTtatatatctaatgaattaataaaaaa
gi|16 : TGTTAAATAGAGGTGAGCACCTCATATGATCTACTGTTGTACCAATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ACCACTGTAAAGTGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGC-ATTtcctaacacgaggataatg
gi|16 : AGAAGCAA----GATGCATTTT--TATGGAAGTA--TGTTTTCCCTGTCGtttatggaagtatgttttccctgtcgaca
gi|17 : tgttaaatagaggtgagcacctcatatgatctactgttgtaccaatgagaaataacatgctgttcactttcatttcgaatacaatgattgaaaaaagaccactgtaaagtgtacttaTTAATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAGTGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTCCCTCGGTATTTTCATATAGATAAaca
gi|18 : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATACATGTA------TATTGAAATTCCGTTATATCACAATACAGCATATC----G----TAACGTGCCTTAATCA
gi|19 : atcAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGAAGCAA------TACATGTTTATTGAAATTCCGTTATATCACAATACAGCATATC----G----TAACGTGCCTTAATCA
gi|2 : atcAAAAAAAGTTTTCAACCAGCAAGATTGTTGTGGATCTACTGGAAATTTAGGACTGTAGCAATACATGTA------TATTGAAATCGCGTTATACTACAATACGGCATATC----G----TAAAGTGCCTTAATCAAC
gi|2 : cTTTCTCAAGCAATAAATGTAGCAA-----------CAAATACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACTGCCAAAAGTGTCGAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAAT---AATGTTGCTTTTCAAGTATTGAATCAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAACAAATTATAAAAACAAAGAAGTGTATGAATATAATGTATATAAAAAAA-AG--AAGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGAACTCTTCATATGTTCTACTGTTGCAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCTTTTCGAAATTAATGATTG-AAAAAAT-ATCACTGTAAAATGTTGTTAAATTATGAAGCAATATGGTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---TATTTTTATATAAAGATA--TGTTTTCCCTGTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcaagcaataaatgtagcaacaaatacaaaatattttaattaagcctaaactgccaaaagtgtcgaatgaatggcatggtattacaactgtttaataatgttgcttttcaagtattgaatcagttccaaccaatctgtctactctgcattttaaacaaattataaaaacaaagaagtgtatgaatataatgtatataaaaaaaagaagaaatgtgtggttgctaaatagaggtgaactcttcatatgttctactgttgcagctatgagaaataacatgctgttcactttcttttcgaaattaatgattgaaaaaatatcactgtaaaatgttgttaaattatgaagcaatatggtattagttgccttggtattttcatacagataaaaacaaatatttttatataaagatatgttttccctgtctgcaag
gi|20 : caaaaaaagttttcaaccagcaagattgttgtggatctactggaaatttaggactgtagcaatacatgtatattgaaatcgcgttatactacaatacggcatatcgtaaagtgccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATC----GTGTATAACATGCCTTAATCAtgcaag
gi|21 : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGAATGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TG------TATTTAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATC----G----TAACATGCCTTAA
gi|22 : gtAAGTTACCAACCAGCAGGAATGTTGCGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATC----G----TAACATGCCTTAAac
gi|23 : gACAGCCAAACGTATAAAAAAAATGGCCTGATAATAAAA-TAATTAACCTAAATGTGACTTTACAAGT-TCCTAGCTG----TACCAACCAATTAG-TCTATTCATGATATTTTa
gi|24 : AAAAAGAGTTTCCAACCAGCAGGAT--------ATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTACATCACAATATGGCACATC----G----TAACATGCtag
gi|25 : aaaTAGTTACTCAATAGAGATGATTACTTCATAT-------------AGCTATAAGAAGAAA--CATGCTTCTGGCTCACATTTTTATTC---ATTCAA--A--A-AGAAAAG-ATCACT-TAA
gi|26 : ATGATTG-AAAAAAT-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGATATtagc
gi|26 : AGAAGCAAGATGA---TATCTA--TATAGAGATA--TGTTTTCCTTGTTGctatatagagatatgttttccttgttggcaag
gi|27 : atgattgaaaaaatatcactgtaaaatgtacttaAAAAAAA--TTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGAAA------gcaag
gi|28 : ataAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTAGAa
gi|3 : tAAAGAAAGTTTCCAACTAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGTGTTATATCACAATATGGCATATC----GTGTATAACATGCCTTAATCA
gi|3 : ggtaTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAATCGGCAAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTAAATCTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAACAAATTATAATAAAATAAGAGTATATG---------TAAGTAAAA-AA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCATTTCATATGTTCTACTGTTGTATCTATGAGAAATAG--CATGCA----GTTTAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ATTTAAGAAGCAAGTTGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATGAAAACAA----A---TATTTC--TATACAGATA--TGTTTTCCCTGTCtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctcaatcaatacacagccctacaaaatattttaattaagcctaatcggcaaaaagtatcaaatgaatggcatggtattaaatctgtttaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaacagttccaaccaatctgtctactctgcattttaaacaaattataataaaataagagtatatgtaagtaaaaaaagtaaggaaatgtgtggttgctaaatagaggtgatcatttcatatgttctactgttgtatctatgagaaatagcatgcagtttactttcatttcgaatacaatgattgaaaaaagatcactgtaaaatgtatttaagaagcaagttgctattagttgccttggtattttcatacagatgaaaacaaatatttctatacagatatgttttccctgtcttcaag
gi|4 : ggtaaaagaaagtttccaactagcaggattgttgtggatcaactggaaatgtaggactgtagcaatatattgaaatcgtgttatatcacaatatggcatatcgtgtataacatgccttaatcatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATC----GTGTATAACATGCCTTAATCAACttcaag
gi|4 : TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAGTCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAGTATATG---------TATATAAAAAAA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCTCTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctcaagcaatacacagccctacaaaatattttaattaagcctaaacggccaaaagtatcaaatgaatggcatggtattacaactgtttaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaacagttccaaccagtctgtctactctgcattttaaagaaattatagtaacataggagtatatgtatataaaaaaaagtaaggaaatgtgtggttgctaaatagaggtgatctcttcatatgttctactgttgtagctatgagaaataacatgctgttcactttcatttcgaatacaatgattgaaaaaagatcactgtaaaatgtacttaagaagcaagatgctattagttgcctcggtattttcatacagataaaaacaaacatttctatagagatatgttttccctgtcg
gi|5 : aaaaaaagtttccaaccagcaggattgttgtggatcaactggaaatgtaggactgtagcaatatattgaaatcgcgttatatcacaatatggcatatcgtgtataacatgccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAAATAGTTTCCAATCAGCAGAATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCATTATATCTAAATATGGCATATC----G----TAACAAGCCTTAATCAAC
gi|5 : tTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AA---------------ATAATTTAATTAAGCATAATCGGCTAAAAGTATCAAATAAATGGCATGTTATTAAAACTGATAAATCTAAATGTTGCTTTTGAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-GG-CATTTTAAAGAAATTATAGTAACAAAGGAGTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctcaatcaatacacagccctacaaaataatttaattaagcataatcggctaaaagtatcaaataaatggcatgttattaaaactgataaatctaaatgttgcttttgaagtatttaaacagttccaaccaatctgtctactcggcattttaaagaaattatagtaacaaaggagtat
gi|6 : taaaaatagtttccaatcagcagaattgttgtggatcaactggaaatgtaggactgtagcaatatattgaaatcgcattatatctaaatatggcatatcgtaacaagccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAAAAAGTTTCCAACCAACAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TAGTGAAATCGCATTATATCACAATACGGCATATCATATA----TAACATGCCTTAATCAAC
gi|6 : aTTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AA---------------AGATTTTAATTAAGCCTAAACGGC-AAAAATATCAAATGAATGACATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTAAATAG----TT------AATATGTTCTACTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctcaagcaatacacagccctacaaaagattttaattaagcctaaacggcaaaaatatcaaatgaatgacatggtattacaactgtttaatctaaatgctgcttttcaagtatttaaatagttaatatgttctact
gi|7 : aaaaaaaagtttccaaccaacaggattgttgtggatcaactggaaatgtaggactgtagcaatatagtgaaatcgcattatatcacaatacggcatatcatatataacatgccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAATCGCATTATATCACAATACGGCATATC----G----TAACGTGTCTTAATCAAC
gi|7 : TTTCTCAAGAAATATATGTAGCC------------C---TACAAAAGCAACAAATACAAA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGAATTGCAACTGTGTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAATAG----TTCCAACCAATCTG-TCCACTC-TG-CATTTTAAAGAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctcaagaaatatatgtagccctacaaaagcaacaaatacaaaatattttaattaagcctaaacagccaaaagtatcaaatgaatggcatggaattgcaactgtgtaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaatagttccaaccaatctgtccactctgcattttaaagaaa
gi|8 : gaaatcgcattatatcacaatacggcatatcgtaacgtgtcttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCAAGCAATACAC--AACC------------C---TACA---------------AA---------------AGATTTTAATTAAGCCTCAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTC-AACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAAAAGTTATAGTAACATAGGAGTATATG---------TATATAAAAAA---GTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAAAGGTGATCACTTCATATGTT--ATTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAGTGATTG-GAGAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTGAGAAGCAAGATGCTTTTAGTTGCCTTGGTATTTTCACACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--AGTTTTCCCTGTCG
gi|9 : TTCTGAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AAAGCAACAGATACAAAACATTTTAACTAAGCCTAA------------------TGAATGGCATAGTATTAT----------------------TTTTCAAATATTGAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTA-TG-CATTTTAAAGAAATTGTAGAAACATAGGAGTGTATG---------TATATAGAAA--------GGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCATTTCATATGTTCTACTGTTGTAGTTATGAGAAAAAAAACATGCT----GTT------------TCGAATACTATGATTG-AAAGAAG-ATAACTGTAAAATGT-----TCTAAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATATTCATACAGATAATAACAA----A---CATTTC--TATATAGATATTTGTTTTCCCTGTCtcaaata
Alignments
lowQualScore : 222222 1111 3333333333333333333333 22222222222222222222222222222222 222222222 11111 11
lowQualScore : 666666 999999 6666 9999 6666666666666666666666 55555555555555555555555555555555 2 0 5555 2 2 2 1 999999999 8888 3 44 6666 44 2 2 55555 8888 777 66 55
lowQualScore : ...... ...... .... .... ...................... ................................ . . .... . . . . ......... .... . .. .... .. . . ..... .... ... .. ..
lowQualScore : 555555 666666 5555 6666 1111111111111111111111 88888888888888888888888888888888 9 1 7777 7 9 9 0 111111111 7777 2 22 5555 22 9 9 44444 5555 000 55 55
consensus : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATACGGCATATC----G----TAACGTGCCTTAATCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCTCAAGCAATACACG-AGCC------------C---TACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAGTGTATG---------TATATAAAAAAA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCG
Reference ( family-2415 ) : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATACGGCATATC----G----TAACGTGCCTTAATCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCTCAAGCAATACACG-AGCC------------C---TACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAGTGTATG---------TATATAAAAAAA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCG
gi|1 : AAAAAAAGTTTTCAACCAGCAAGATTGTTGTGGATCTACTGGAAATTTAGGACTGTAGCAATACATGTA------TATTGAAATCGCGTTATACTACAATACGGCATATC----G----TAAAGTGCCTTAATCAAC
gi|1 : cTTTCTCAAGCAATAAATGTAGCAA-----------CAAATACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACTGCCAAAAGTGTCGAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAAT---AATGTTGCTTTTCAAGTATTGAATCAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAACAAATTATAAAAACAAAGAAGTGTATGAATATAATGTATATAAAAAAA-AG--AAGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGAACTCTTCATATGTTCTACTGTTGCAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCTTTTCGAAATTAATGATTG-AAAAAAT-ATCACTGTAAAATGTTGTTAAATTATGAAGCAATATGGTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---TATTTTTATATAAAGATA--TGTTTTCCCTGTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcaagcaataaatgtagcaacaaatacaaaatattttaattaagcctaaactgccaaaagtgtcgaatgaatggcatggtattacaactgtttaataatgttgcttttcaagtattgaatcagttccaaccaatctgtctactctgcattttaaacaaattataaaaacaaagaagtgtatgaatataatgtatataaaaaaaagaagaaatgtgtggttgctaaatagaggtgaactcttcatatgttctactgttgcagctatgagaaataacatgctgttcactttcttttcgaaattaatgattgaaaaaatatcactgtaaaatgttgttaaattatgaagcaatatggtattagttgccttggtattttcatacagataaaaacaaatatttttatataaagatatgttttccctgtctgcaagt
gi|10 : caaaaaaagttttcaaccagcaagattgttgtggatctactggaaatttaggactgtagcaatacatgtatattgaaatcgcgttatactacaatacggcatatcgtaaagtgccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaATTAAGCCTAAACAGCCACAAGTATCAAATGAACGGAATGGTATTACAATTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAGCCAATCTG-CCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAATGTATG---------TATATAAAA--A-AGTAAGAAAATGTGTGGTTGTTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--AATGCT----GTTTAC--TTTCATTTCGTATACAATGATTG-AAAAAAA-ATCATTGAAATATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGATGCCTTGTTTTTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CCTTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCGtgcaagt
gi|11 : TTCTCAAGCAATACATGTAGCCATAAAAAAGCAACAAATACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTTAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTGCAACTGTTTTATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAAACAATTCCAACCAATCTG-TCTTCTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATCGAAACATAGAAGTGTATG---------TATATAAAA-AA-AGTAAAGAAATGTGTTGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCGTATGTTCTACTTTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GGTCAC--TTTCCTTTCGAATACATTGATTG--AAAAAT-ATCACTGTAAAATGT-----TCTAAAGAAGCAAGATGCTATgca
gi|12 : GTTTTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCTAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CACATCAAAGAAATTATAGAAACATAGGAATGTATG---------TATATAAAACAA-AGTAAGGAAATATGTGGTTGCTAAAAAGAGGTGATCACTTCATATATTCTTCTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTAAC--TTTCATTTCGAATGCAATGATTGAAAAAAAG-ATCACTATAAAATGT-----TCTTAAGAAGCAAGATGATATATGTTGTCTTGTTATTTTCATACAGATAAA
gi|13 : caaaagtttgcattgataaaaaaaaaaaagaatttacccgcTATAGAAACATA-GAATGTATG---------TATATAAAAAAAGAGTAAAGCAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTAAGAGAAATAA--CATGCT----ATTCAC--TTTCATTTTGAATACAATGATTG-AAAAAAATATCACTGTAAAATGT-----TCTTAATAAGCAAGATGCTATAAGTTGCCTTGGTATTTTCATAGAGATAAAAACAA----A---CATTTCTATATAAAGATA--TGTTTTCCCTGTC
gi|14 : ------------C---TACA---------------AT---------------TTATTTTAATTAAGCTTAAACATCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCTATCTG-TATACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTACAGAAACATAGAAGTATATA---------CATATAtgcaaat
gi|15 : TTCTCAAGCAATACAC--AGCT------------C---TACA---------------AA---------------ATAT----AT----------------AAATTAC------AATGACATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTATTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAGTtatatatctaatgaattaataaaaaa
gi|16 : TGTTAAATAGAGGTGAGCACCTCATATGATCTACTGTTGTACCAATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ACCACTGTAAAGTGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGC-ATTtcctaacacgaggataatg
gi|16 : AGAAGCAA----GATGCATTTT--TATGGAAGTA--TGTTTTCCCTGTCGtttatggaagtatgttttccctgtcgaca
gi|17 : tgttaaatagaggtgagcacctcatatgatctactgttgtaccaatgagaaataacatgctgttcactttcatttcgaatacaatgattgaaaaaagaccactgtaaagtgtacttaTTAATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAGTGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTCCCTCGGTATTTTCATATAGATAAaca
gi|18 : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATACATGTA------TATTGAAATTCCGTTATATCACAATACAGCATATC----G----TAACGTGCCTTAATCA
gi|19 : atcAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGAAGCAA------TACATGTTTATTGAAATTCCGTTATATCACAATACAGCATATC----G----TAACGTGCCTTAATCA
gi|2 : atcAAAAAAAGTTTTCAACCAGCAAGATTGTTGTGGATCTACTGGAAATTTAGGACTGTAGCAATACATGTA------TATTGAAATCGCGTTATACTACAATACGGCATATC----G----TAAAGTGCCTTAATCAAC
gi|2 : cTTTCTCAAGCAATAAATGTAGCAA-----------CAAATACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACTGCCAAAAGTGTCGAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAAT---AATGTTGCTTTTCAAGTATTGAATCAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAACAAATTATAAAAACAAAGAAGTGTATGAATATAATGTATATAAAAAAA-AG--AAGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGAACTCTTCATATGTTCTACTGTTGCAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCTTTTCGAAATTAATGATTG-AAAAAAT-ATCACTGTAAAATGTTGTTAAATTATGAAGCAATATGGTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---TATTTTTATATAAAGATA--TGTTTTCCCTGTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcaagcaataaatgtagcaacaaatacaaaatattttaattaagcctaaactgccaaaagtgtcgaatgaatggcatggtattacaactgtttaataatgttgcttttcaagtattgaatcagttccaaccaatctgtctactctgcattttaaacaaattataaaaacaaagaagtgtatgaatataatgtatataaaaaaaagaagaaatgtgtggttgctaaatagaggtgaactcttcatatgttctactgttgcagctatgagaaataacatgctgttcactttcttttcgaaattaatgattgaaaaaatatcactgtaaaatgttgttaaattatgaagcaatatggtattagttgccttggtattttcatacagataaaaacaaatatttttatataaagatatgttttccctgtctgcaag
gi|20 : caaaaaaagttttcaaccagcaagattgttgtggatctactggaaatttaggactgtagcaatacatgtatattgaaatcgcgttatactacaatacggcatatcgtaaagtgccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATC----GTGTATAACATGCCTTAATCAtgcaag
gi|21 : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGAATGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TG------TATTTAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATC----G----TAACATGCCTTAA
gi|22 : gtAAGTTACCAACCAGCAGGAATGTTGCGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATC----G----TAACATGCCTTAAac
gi|23 : gACAGCCAAACGTATAAAAAAAATGGCCTGATAATAAAA-TAATTAACCTAAATGTGACTTTACAAGT-TCCTAGCTG----TACCAACCAATTAG-TCTATTCATGATATTTTa
gi|24 : AAAAAGAGTTTCCAACCAGCAGGAT--------ATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTACATCACAATATGGCACATC----G----TAACATGCtag
gi|25 : aaaTAGTTACTCAATAGAGATGATTACTTCATAT-------------AGCTATAAGAAGAAA--CATGCTTCTGGCTCACATTTTTATTC---ATTCAA--A--A-AGAAAAG-ATCACT-TAA
gi|26 : ATGATTG-AAAAAAT-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGATATtagc
gi|26 : AGAAGCAAGATGA---TATCTA--TATAGAGATA--TGTTTTCCTTGTTGctatatagagatatgttttccttgttggcaag
gi|27 : atgattgaaaaaatatcactgtaaaatgtacttaAAAAAAA--TTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGAAA------gcaag
gi|28 : ataAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTAGAa
gi|3 : tAAAGAAAGTTTCCAACTAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGTGTTATATCACAATATGGCATATC----GTGTATAACATGCCTTAATCA
gi|3 : ggtaTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAATCGGCAAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTAAATCTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAACAAATTATAATAAAATAAGAGTATATG---------TAAGTAAAA-AA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCATTTCATATGTTCTACTGTTGTATCTATGAGAAATAG--CATGCA----GTTTAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ATTTAAGAAGCAAGTTGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATGAAAACAA----A---TATTTC--TATACAGATA--TGTTTTCCCTGTCtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctcaatcaatacacagccctacaaaatattttaattaagcctaatcggcaaaaagtatcaaatgaatggcatggtattaaatctgtttaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaacagttccaaccaatctgtctactctgcattttaaacaaattataataaaataagagtatatgtaagtaaaaaaagtaaggaaatgtgtggttgctaaatagaggtgatcatttcatatgttctactgttgtatctatgagaaatagcatgcagtttactttcatttcgaatacaatgattgaaaaaagatcactgtaaaatgtatttaagaagcaagttgctattagttgccttggtattttcatacagatgaaaacaaatatttctatacagatatgttttccctgtcttcaag
gi|4 : ggtaaaagaaagtttccaactagcaggattgttgtggatcaactggaaatgtaggactgtagcaatatattgaaatcgtgttatatcacaatatggcatatcgtgtataacatgccttaatcatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATC----GTGTATAACATGCCTTAATCAACttcaag
gi|4 : TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAGTCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAGTATATG---------TATATAAAAAAA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCTCTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctcaagcaatacacagccctacaaaatattttaattaagcctaaacggccaaaagtatcaaatgaatggcatggtattacaactgtttaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaacagttccaaccagtctgtctactctgcattttaaagaaattatagtaacataggagtatatgtatataaaaaaaagtaaggaaatgtgtggttgctaaatagaggtgatctcttcatatgttctactgttgtagctatgagaaataacatgctgttcactttcatttcgaatacaatgattgaaaaaagatcactgtaaaatgtacttaagaagcaagatgctattagttgcctcggtattttcatacagataaaaacaaacatttctatagagatatgttttccctgtcg
gi|5 : aaaaaaagtttccaaccagcaggattgttgtggatcaactggaaatgtaggactgtagcaatatattgaaatcgcgttatatcacaatatggcatatcgtgtataacatgccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAAATAGTTTCCAATCAGCAGAATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCATTATATCTAAATATGGCATATC----G----TAACAAGCCTTAATCAAC
gi|5 : tTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AA---------------ATAATTTAATTAAGCATAATCGGCTAAAAGTATCAAATAAATGGCATGTTATTAAAACTGATAAATCTAAATGTTGCTTTTGAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-GG-CATTTTAAAGAAATTATAGTAACAAAGGAGTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctcaatcaatacacagccctacaaaataatttaattaagcataatcggctaaaagtatcaaataaatggcatgttattaaaactgataaatctaaatgttgcttttgaagtatttaaacagttccaaccaatctgtctactcggcattttaaagaaattatagtaacaaaggagtat
gi|6 : taaaaatagtttccaatcagcagaattgttgtggatcaactggaaatgtaggactgtagcaatatattgaaatcgcattatatctaaatatggcatatcgtaacaagccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAAAAAGTTTCCAACCAACAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TAGTGAAATCGCATTATATCACAATACGGCATATCATATA----TAACATGCCTTAATCAAC
gi|6 : aTTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AA---------------AGATTTTAATTAAGCCTAAACGGC-AAAAATATCAAATGAATGACATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTAAATAG----TT------AATATGTTCTACTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctcaagcaatacacagccctacaaaagattttaattaagcctaaacggcaaaaatatcaaatgaatgacatggtattacaactgtttaatctaaatgctgcttttcaagtatttaaatagttaatatgttctact
gi|7 : aaaaaaaagtttccaaccaacaggattgttgtggatcaactggaaatgtaggactgtagcaatatagtgaaatcgcattatatcacaatacggcatatcatatataacatgccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAATCGCATTATATCACAATACGGCATATC----G----TAACGTGTCTTAATCAAC
gi|7 : TTTCTCAAGAAATATATGTAGCC------------C---TACAAAAGCAACAAATACAAA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGAATTGCAACTGTGTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAATAG----TTCCAACCAATCTG-TCCACTC-TG-CATTTTAAAGAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctcaagaaatatatgtagccctacaaaagcaacaaatacaaaatattttaattaagcctaaacagccaaaagtatcaaatgaatggcatggaattgcaactgtgtaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaatagttccaaccaatctgtccactctgcattttaaagaaa
gi|8 : gaaatcgcattatatcacaatacggcatatcgtaacgtgtcttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCAAGCAATACACA-A-CC------------C---TACA---------------AA---------------AGATTTTAATTAAGCCTCAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTC-AACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAAAAGTTATAGTAACATAGGAGTATATG---------TATATAAAAAA---GTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAAAGGTGATCACTTCATATGTT--ATTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAGTGATTG-GAGAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTGAGAAGCAAGATGCTTTTAGTTGCCTTGGTATTTTCACACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--AGTTTTCCCTGTCG
gi|9 : TTCTGAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AAAGCAACAGATACAAAACATTTTAACTAAGCCTAA------------------TGAATGGCATAGTATTAT----------------------TTTTCAAATATTGAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTA-TG-CATTTTAAAGAAATTGTAGAAACATAGGAGTGTATG---------TATATAGAAA--------GGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCATTTCATATGTTCTACTGTTGTAGTTATGAGAAAAAAAACATGCT----GTT------------TCGAATACTATGATTG-AAAGAAG-ATAACTGTAAAATGT-----TCTAAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATATTCATACAGATAATAACAA----A---CATTTC--TATATAGATATTTGTTTTCCCTGTCtcaaata
blockSeqs : TACATG CATGTT ATAT TGTA GTAGCCATAAAAAAGCAACAAA AAAGCAACAAATACAAA A ACAA T A A A AATATAATG AAAG T AA TCTG AT A T TGTTA GATG ATG TA TT
blockSeqs : TACATG . . TGTA GTAGCAACAAA AAAGCAACAGATACAAA A . . . . A . CAA T . . . . . . . . TA .
blockSeqs : . . . TGTA GTAGCCC AA A . . . . A . AAA T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGCTC AT T . . . . A . AAA T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGCCC AA A . . . . A . AA T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGCCC AA G . . . . T . AA T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGCCC AA G . . . . A . AA T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGCCC AA G . . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AACCC AA G . . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGCCC AA A . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AA G . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ****** AGCCC***************** ********* ***** **
originalCons : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATACGGCATATC----G----TAACGTGCCTTAATCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCTCAAGCAATACACG-AGCC------------C---TACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAGTGTATG---------TATATAAAAAAA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCG
finalCons : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATACGGCATATC----G----TAACGTGCCTTAATCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCTCAAGCAATACACAGCCC-----------------TACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAGTGTATG---------TATATAAAAAAA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCG
Alignments
lowQualScore : 222222 1111 22 3333333333333333 33333333333333333333333333333333 333333333 1111 11111 11
lowQualScore : 666666 999999 6666 6666 3333 44 9999999999999999 44444444444444444444444444444444 5 0 6666 3 3 3 222222222 2222 4 44 7777 44 3 33 66666 99999999 88 0 66
lowQualScore : ...... ...... .... .... .... .. ................ ................................ . . .... . . . ......... .... . .. .... .. . .. ..... ........ .. . ..
lowQualScore : 555555 666666 5555 5555 1111 44 5555555555555555 66666666666666666666666666666666 0 4 5555 1 3 3 000000000 7777 6 66 1111 66 1 22 77777 99999999 33 9 11
consensus : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATACGGCATATC----G----T----AACGTGCCTTAATCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCTCAAGCAATACACGTAGCC------------C---TACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAGTGTATG---------TATATAAAAAAA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCG
Reference ( family-2415 ) : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATACGGCATATC----G----T----AACGTGCCTTAATCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAGTGTATG---------TATATAAAAAAA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCG
gi|1 : AAAAAAAGTTTTCAACCAGCAAGATTGTTGTGGATCTACTGGAAATTTAGGACTGTAGCAATACATGTA------TATTGAAATCGCGTTATACTACAATACGGCATATC----G----T----AAAGTGCCTTAATCAAC
gi|1 : cTTTCTCAAGCAATAAATGTAGCAA-----------CAAATACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACTGCCAAAAGTGTCGAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAAT---AATGTTGCTTTTCAAGTATTGAATCAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAACAAATTATAAAAACAAAGAAGTGTATGAATATAATGTATATAAAAAAA-AG--AAGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGAACTCTTCATATGTTCTACTGTTGCAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCTTTTCGAAATTAATGATTG-AAAAAAT-ATCACTGTAAAATGTTGTTAAATTATGAAGCAATATGGTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---TATTTTTATATAAAGATA--TGTTTTCCCTGTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcaagcaataaatgtagcaacaaatacaaaatattttaattaagcctaaactgccaaaagtgtcgaatgaatggcatggtattacaactgtttaataatgttgcttttcaagtattgaatcagttccaaccaatctgtctactctgcattttaaacaaattataaaaacaaagaagtgtatgaatataatgtatataaaaaaaagaagaaatgtgtggttgctaaatagaggtgaactcttcatatgttctactgttgcagctatgagaaataacatgctgttcactttcttttcgaaattaatgattgaaaaaatatcactgtaaaatgttgttaaattatgaagcaatatggtattagttgccttggtattttcatacagataaaaacaaatatttttatataaagatatgttttccctgtctgcaagt
gi|10 : caaaaaaagttttcaaccagcaagattgttgtggatctactggaaatttaggactgtagcaatacatgtatattgaaatcgcgttatactacaatacggcatatcgtaaagtgccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaATTAAGCCTAAACAGCCACAAGTATCAAATGAACGGAATGGTATTACAATTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAGCCAATCTG-CCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAATGTATG---------TATATAAAA--A-AGTAAGAAAATGTGTGGTTGTTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--AATGCT----GTTTAC--TTTCATTTCGTATACAATGATTG-AAAAAAA-ATCATTGAAATATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGATGCCTTGTTTTTTTCATACAGATAAAAACAA----A---CCTTTC--TATAGAGATA--TGTTTTCCCTGTCGtgcaagt
gi|11 : TTCTCAAGCAATACATGTAGCCATAAAAAAGCAACAAATACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTTAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTGCAACTGTTTTATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAAACAATTCCAACCAATCTG-TCTTCTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATCGAAACATAGAAGTGTATG---------TATATAAAA-AA-AGTAAAGAAATGTGTTGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCGTATGTTCTACTTTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GGTCAC--TTTCCTTTCGAATACATTGATTG--AAAAAT-ATCACTGTAAAATGT-----TCTAAAGAAGCAAGATGCTATgca
gi|12 : GTTTTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCTAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CACATCAAAGAAATTATAGAAACATAGGAATGTATG---------TATATAAAACAA-AGTAAGGAAATATGTGGTTGCTAAAAAGAGGTGATCACTTCATATATTCTTCTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTAAC--TTTCATTTCGAATGCAATGATTGAAAAAAAG-ATCACTATAAAATGT-----TCTTAAGAAGCAAGATGATATATGTTGTCTTGTTATTTTCATACAGATAAA
gi|13 : caaaagtttgcattgataaaaaaaaaaaagaatttacccgcTATAGAAACATA-GAATGTATG---------TATATAAAAAAAGAGTAAAGCAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCACTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTAAGAGAAATAA--CATGCT----ATTCAC--TTTCATTTTGAATACAATGATTG-AAAAAAATATCACTGTAAAATGT-----TCTTAATAAGCAAGATGCTATAAGTTGCCTTGGTATTTTCATAGAGATAAAAACAA----A---CATTTCTATATAAAGATA--TGTTTTCCCTGTC
gi|14 : ------------C---TACA---------------AT---------------TTATTTTAATTAAGCTTAAACATCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCTATCTG-TATACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTACAGAAACATAGAAGTATATA---------CATATAtgcaaat
gi|15 : TTCTCAAGCAATACAC--AGCT------------C---TACA---------------AA---------------ATAT----AT----------------AAATTAC------AATGACATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTATTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAGTtatatatctaatgaattaataaaaaa
gi|16 : TGTTAAATAGAGGTGAGCACCTCATATGATCTACTGTTGTACCAATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ACCACTGTAAAGTGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGC-ATTtcctaacacgaggataatg
gi|16 : AGAAGCAA----GATGCATTTT--TATGGAAGTA--TGTTTTCCCTGTCGtttatggaagtatgttttccctgtcgaca
gi|17 : tgttaaatagaggtgagcacctcatatgatctactgttgtaccaatgagaaataacatgctgttcactttcatttcgaatacaatgattgaaaaaagaccactgtaaagtgtacttaTTAATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAGTGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTCCCTCGGTATTTTCATATAGATAAaca
gi|18 : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATACATGTA------TATTGAAATTCCGTTATATCACAATACAGCATATC----G----T----AACGTGCCTTAATCA
gi|19 : atcAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGAAGCAA------TACATGTTTATTGAAATTCCGTTATATCACAATACAGCATATC----G----T----AACGTGCCTTAATCA
gi|2 : atcAAAAAAAGTTTTCAACCAGCAAGATTGTTGTGGATCTACTGGAAATTTAGGACTGTAGCAATACATGTA------TATTGAAATCGCGTTATACTACAATACGGCATATC----G----T----AAAGTGCCTTAATCAAC
gi|2 : cTTTCTCAAGCAATAAATGTAGCAA-----------CAAATACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACTGCCAAAAGTGTCGAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAAT---AATGTTGCTTTTCAAGTATTGAATCAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAACAAATTATAAAAACAAAGAAGTGTATGAATATAATGTATATAAAAAAA-AG--AAGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGAACTCTTCATATGTTCTACTGTTGCAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCTTTTCGAAATTAATGATTG-AAAAAAT-ATCACTGTAAAATGTTGTTAAATTATGAAGCAATATGGTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAACAA----A---TATTTTTATATAAAGATA--TGTTTTCCCTGTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcaagcaataaatgtagcaacaaatacaaaatattttaattaagcctaaactgccaaaagtgtcgaatgaatggcatggtattacaactgtttaataatgttgcttttcaagtattgaatcagttccaaccaatctgtctactctgcattttaaacaaattataaaaacaaagaagtgtatgaatataatgtatataaaaaaaagaagaaatgtgtggttgctaaatagaggtgaactcttcatatgttctactgttgcagctatgagaaataacatgctgttcactttcttttcgaaattaatgattgaaaaaatatcactgtaaaatgttgttaaattatgaagcaatatggtattagttgccttggtattttcatacagataaaaacaaatatttttatataaagatatgttttccctgtctgcaag
gi|20 : caaaaaaagttttcaaccagcaagattgttgtggatctactggaaatttaggactgtagcaatacatgtatattgaaatcgcgttatactacaatacggcatatcgtaaagtgccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATC----GTGTAT----AACATGCCTTAATCAtgcaag
gi|21 : AAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGAATGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TG------TATTTAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATC----G----T----AACATGCCTTAA
gi|22 : gtAAGTTACCAACCAGCAGGAATGTTGCGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATC----G----T----AACATGCCTTAAac
gi|23 : gACAGCCAAACGTATAAAAAAAATGGCCTGATAATAAAA-TAATTAACCTAAATGTGACTTTACAAGT-TCCTAGCTG----TACCAACCAATTAG-TCTATTCATGATATTTTa
gi|24 : AAAAAGAGTTTCCAACCAGCAGGAT--------ATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTACATCACAATATGGCACATC----G----T----AACATGCtag
gi|25 : aaaTAGTTACTCAATAGAGATGATTACTTCATAT-------------AGCTATAAGAAGAAA--CATGCTTCTGGCTCACATTTTTATTC---ATTCAA--A--A-AGAAAAG-ATCACT-TAA
gi|26 : ATGATTG-AAAAAAT-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTAAGAAGCAAGATGATATtagc
gi|26 : AGAAGCAAGATGA---TATCTA--TATAGAGATA--TGTTTTCCTTGTTGctatatagagatatgttttccttgttggcaag
gi|27 : atgattgaaaaaatatcactgtaaaatgtacttaAAAAAAA--TTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGAAA------gcaag
gi|28 : ataAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTAGAa
gi|3 : tAAAGAAAGTTTCCAACTAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGTGTTATATCACAATATGGCATATC----G----TGTATAACATGCCTTAATCA
gi|3 : ggtaTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAATCGGCAAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTAAATCTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAACAAATTATAATAAAATAAGAGTATATG---------TAAGTAAAA-AA-AGTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCATTTCATATGTTCTACTGTTGTATCTATGAGAAATAG--CATGCA----GTTTAC--TTTCATTTCGAATACAATGATTG-AAAAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ATTTAAGAAGCAAGTTGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATGAAAACAA----A---TATTTC--TATACAGATA--TGTTTTCCCTGTCtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctcaatcaatacacagccctacaaaatattttaattaagcctaatcggcaaaaagtatcaaatgaatggcatggtattaaatctgtttaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaacagttccaaccaatctgtctactctgcattttaaacaaattataataaaataagagtatatgtaagtaaaaaaagtaaggaaatgtgtggttgctaaatagaggtgatcatttcatatgttctactgttgtatctatgagaaatagcatgcagtttactttcatttcgaatacaatgattgaaaaaagatcactgtaaaatgtatttaagaagcaagttgctattagttgccttggtattttcatacagatgaaaacaaatatttctatacagatatgttttccctgtcttcaag
gi|4 : ggtaaaagaaagtttccaactagcaggattgttgtggatcaactggaaatgtaggactgtagcaatatattgaaatcgtgttatatcacaatatggcatatcgtgtataacatgccttaatcatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATC----G----TGTATAACATGCCTTAATCAACttcaag
gi|5 : AAAAATAGTTTCCAATCAGCAGAATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TATTGAAATCGCATTATATCTAAATATGGCATATC----G----T----AACAAGCCTTAATCAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctcaagcaatacacagccctacaaaatattttaattaagcctaaacggccaaaagtatcaaatgaatggcatggtattacaactgtttaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaacagttccaaccagtctgtctactctgcattttaaagaaattatagtaacataggagtatatgtatataaaaaaaagtaaggaaatgtgtggttgctaaatagaggtgatctcttcatatgttctactgttgtagctatgagaaataacatgctgttcactttcatttcgaatacaatgattgaaaaaagatcactgtaaaatgtacttaagaagcaagatgctattagttgcctcggtattttcatacagataaaaacaaacatttctatagagatatgttttccctgtcg
gi|6 : tAAAAAAAGTTTCCAACCAACAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAA------TA------TAGTGAAATCGCATTATATCACAATACGGCATATCATATA----T----AACATGCCTTAATCAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctcaatcaatacacagccctacaaaataatttaattaagcataatcggctaaaagtatcaaataaatggcatgttattaaaactgataaatctaaatgttgcttttgaagtatttaaacagttccaaccaatctgtctactcggcattttaaagaaattatagtaacaaaggagtat
gi|6 : aTTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AA---------------AGATTTTAATTAAGCCTAAACGGC-AAAAATATCAAATGAATGACATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTAAATAG----TT------AATATGTTCTACTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctcaagcaatacacagccctacaaaagattttaattaagcctaaacggcaaaaatatcaaatgaatgacatggtattacaactgtttaatctaaatgctgcttttcaagtatttaaatagttaatatgttctact
gi|7 : aaaaaaaagtttccaaccaacaggattgttgtggatcaactggaaatgtaggactgtagcaatatagtgaaatcgcattatatcacaatacggcatatcatatataacatgccttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAATCGCATTATATCACAATACGGCATATC----G----T----AACGTGTCTTAATCAAC
gi|7 : TTTCTCAAGAAATATATGTAGCC------------C---TACAAAAGCAACAAATACAAA---------------ATATTTTAATTAAGCCTAAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGAATTGCAACTGTGTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAATAG----TTCCAACCAATCTG-TCCACTC-TG-CATTTTAAAGAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctcaagaaatatatgtagccctacaaaagcaacaaatacaaaatattttaattaagcctaaacagccaaaagtatcaaatgaatggcatggaattgcaactgtgtaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaatagttccaaccaatctgtccactctgcattttaaagaaa
gi|8 : gaaatcgcattatatcacaatacggcatatcgtaacgtgtcttaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCAAGCAATACAC--AACC------------C---TACA---------------AA---------------AGATTTTAATTAAGCCTCAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----TTC-AACCAATCTG-TCTACTC-TG-CATTTTAAAAAAGTTATAGTAACATAGGAGTATATG---------TATATAAAAAA---GTAAGGAAATGTGTGGTTGCTAAATAAAGGTGATCACTTCATATGTT--ATTGTTGTAGCTATGAGAAATAA--CATGCT----GTTCAC--TTTCATTTCGAATACAGTGATTG-GAGAAAG-ATCACTGTAAAATGT-----ACTTGAGAAGCAAGATGCTTTTAGTTGCCTTGGTATTTTCACACAGATAAAAACAA----A---CATTTC--TATAGAGATA--AGTTTTCCCTGTCG
gi|9 : TTCTGAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACA---------------AAAGCAACAGATACAAAACATTTTAACTAAGCCTAA------------------TGAATGGCATAGTATTAT----------------------TTTTCAAATATTGAAACAG----TTCCAACCAATCTG-TCTACTA-TG-CATTTTAAAGAAATTGTAGAAACATAGGAGTGTATG---------TATATAGAAA--------GGAAATGTGTGGTTGCTAAATAGAGGTGATCATTTCATATGTTCTACTGTTGTAGTTATGAGAAAAAAAACATGCT----GTT------------TCGAATACTATGATTG-AAAGAAG-ATAACTGTAAAATGT-----TCTAAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATATTCATACAGATAATAACAA----A---CATTTC--TATATAGATATTTGTTTTCCCTGTCtcaaata