lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                       1                        11                         1111            444444444444444444444444444444             2                11           3333333                           1111111   1                     1  1                    1                       11111111   11111111      11                                              22                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                       6               1     1  55     1               11  9999         1  222222222222222222222222222222 777         3   1  4     2   33  2  7 6   9999999 22 2 22     666666   999  4444444   5 22   4444   4444    1  5   33       2       3    4444          333  77777777   22222222      22         5555555   1      1   1        11     00 2           1   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                       .               .     .  ..     .               ..  ....         .  .............................. ...         .   .  .     .   ..  .  . .   ....... .. . ..     ......   ...  .......   . ..   ....   ....    .  .   ..       .       .    ....          ...  ........   ........      ..         .......   .      .   .        ..     .. .           .   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                       9               3     2  55     2               77  1111         6  111111111111111111111111111111 444         3   3  2     1   55  1  7 1   3333333 99 1 99     111111   555  0000000   3 99   7777   7777    6  0   11       2       1    2222          000  55555555   99999999      33         2222222   2      2   2        44     33 4           2   
consensus                     :                                                                                                                                                                                                 GTGGTATTCACCAACCATTCTT-AAGAA-TA-TTCTTA-GACTTGAGCTCGAGA--AT-G--AATTTTGAA-AA----ACAN--A-C-------T---------T-A-GAGACCATT-TTTGAGACCAAA-ATTT-GC-AAGCATGT-AGAG--A--C-A--CCTAA------TAT-A-TA--G----TCAAA--TAA----ACT----CTCACAATTAT--TCTATCT-GTCATGGTAAAC----TAGATATCTA---AGN-------TTG--------AAATTTGGATTTTCGAG-------CTC-AAGTCT-AAG-AATATTCTC-AAGAATGG-TTGGTGAATACGACC
Reference ( gi|7 )            :                                                                                                                                                                                                 GTGGTAATCACCAACCATTCTT-AAGAA-TA-GTCTTA-GACTTGAACTCAAGA--AT-T--AATTTTGAA-AA----ACAA--A-A-------C---------T-A-GAGACCATTGTTTGAGGCCAAA-ATTG-GC-AAACGTGT-TCAG--A--C-A--CCTAA------TAT-G-TA--A----TCATA--TAA----ACT----CTCAAAAGTAT--TCTATCT-GTCATGGGAAAC----TAGATATCTA---AGT-------TTG--------AAATTTGGATTTTCAAG-------CTC-AAGTCT-AAG-AATATTCTC-AAGAACTG-TTGGTGAATACGACC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                 GTGATATTCACCAAACATTCTT-AAGAA-TA-TTCTTA-GGCTTGGACTCAAGA--AC-G--AATTTTGAT-AA----ACAC--A-C-------T---------T-A-CAGACTGTTGTTTAAGACCAAA-ATTT-GC-AAGCTTGT-AGAG--A--C-A--CCTAA------TGA-A-TA--A----TCAAA--TAA----ACT----CTTATGATTAT--TATTTCT-GTCATGGGAAAC----TAGATATCTA---AGG-------TTG--------AAATTTGGATTTACAAG-------CTC-ATGTCT-AAA-AATATTTTC-AAGAACGA-TTGGTGAACACG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                               ggGTCGTATTCACCAACAATTCTT-AAGAA-TG-TTCTTA-AACTTAAGCTTGA-A--AT-C--AA
gi|10                         :   ggatggtattcaccaaccattcttatgtattctaagacttgaacacaagaatgaattttgagaaacatacttagagaccatgttttgagaccaaaatttgcaagcatgcagggacccctaatatatagtcaaatacactctcataattcttctatctgtcatagtaaactagatatctaagattgaaattGTGGTATTCACCAACCATTCTC-AAGAA-TA-TTCTTA-GACTTGAACTCAAGA--AT-C--AATTTTGAA-AT----ACCC--A-C-------T---------T-A-GAGACAATAATTTGAGGCCAAA-ACTT-GC-AAGCATGT-AGGG--A--C-A--CCTGA------TAT-A-TA--T----TTAAA--TTC----ATT----CTCACAATTGT--TCTATCT-GTCCTGGTACA-----TAGATATCTA---TGT-------TTG--------AAATTTAGATTTTCAAG-------CTT-AAGCTT-AAG-AATAAT-TC-AAGAATGG-TTGGTGAATACGAC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                gGTCGTATTCACCAACCATTCTT---GAATTA-TTCTTA-AGCTTAAGCTTGAAA--ATCT--AAATTTCAA-At
gi|9                          :            ggtggtattcaccaaccattctcaagaatattcttagacttgaactcaagaatcaattttgaaatacccacttagagacaataatttgaggccaaaacttgcaagcatgtagggacacctgatatatatttaaattcattctcacaattgttctatctgtcctggtacatagatatctatgGTGGTATTCACCAACCATTCTT-GAAAA-TA-TTCTTA-GACTTGATCTCAAGA--AT-G--ATTTTTGAA-AA----ACAC--A-C-------T---------T-A-GAGACCATT-TTTGAAACCAAA-ATTT-GT-AAGTATGT---AGGAA--C-A--CTTAA------ATT-A-TA--G----CCAAA--CAA----ATT----CTCACAGTTAT--TCTATCT-GTCATGGTAAAC----TAGAAATTTA---AGG-------TTG--------GTATTTGGATTTTCAAA-------CTC-AAGTTT-AAGAAATATTCTC-ATGAATGG-TTGGTGAATACt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                              aggGTGATATTCACCAACGATTCTT-AAGAA-TA-TTCTTA-GACTTGAGCTCAGGA--AT-G--AAGTTTGAA-AA----A-AG--C-A-------C---------TAA-GATACCATTA-TTGAGGCCAAA-ATTT-GC-AAGTATGT-AGGG--A--C-A--CCTAA------TAT-A-TA--G----TCAAG--CAC----ACT----CTCACAATTAT--TCGATTT-TTCATGGTAAGCTATATAGATATCTA---AGA-------TTG--------AAATTTAAATGATCAAG-------TTT-AAGTCA-AAG-ACTATTCTC-AAGAATTG-TTGAAGAATACG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                              gggGCGGTATTCTGCAACCATTCTT-AAGAA-TA-TTCTTA-GAATTGAATTCAAAA--AT-G--AATTT--AA-AATAGCACAA--ACA-------C---------TTG-GAGACCATT-TTTGAGACCAAA-ATTT-GC-AAGCATGT--AAC--A--CCA--CCTAA------TAT-G-TA--G----ACAGA--TTA----ACT----CTCATAATTGT--TATATCT-GTTATGATAGAC----TAGATGTCAC---CGT-------TTT--------AAATCTGGATTTTCAAG-------CTT-CAGTCT-AAG-AATATTCTCAAAAAAAAG-TTGGTGAATAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                               ggGTGGTATTAACCAACCATTATT-AAGAC-TA-TTCTTAAGACTTGAACTCAAGA--AT-G--AATTTTGAAGAA----AAAA--A-A-------CACACACACTT-A-GAGATAATT-TTTAAGAC-AAA-TTTT-GC-AAGCATGT-AACG--A--G-A--CCTAA------TAT-A-GA--G----TTGAA--TAA----ACT----TTCACAATAAC--TCCGTCTTGT-ATGGTAAAC----GAGATACCTG---AGG-------TTG--------AAATTTGGATTTCCATG-------CTC-AAATCG-AAG-AATATTCTC--AGGATTA-TTGGTGAATAta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                gGTCGTATTCACCAACCATTCTT-GAGAA-TA-TTCTTA-GGCTTGAGTTTGAAA--AT-CCAAATTT
gi|17                         :                                                                                           ctcagagtagctataggcctgtgtagggacacctaatatatatagtcaaataaacactcacaatgattctatatgtcatggtaaactacatttctaaggtttGTGGTATTCATCAACCATTCTT-AAGAA-TA-TTCTTA-GACTTGAACTCAAGA--AT-G--AAATATGAA-AA----ACAC--A-C-------T---------T-G-GAGAC--------------AAACATTT-GC-AAGCATGT---AGTAA--T-C--CCTAA------CAT-A-AA--G----TCAAT--TAC----ACT----CTCACGCTTAT--TCTGTAT-GTCAGGATAAAC----TAGATATTGA---AGG-------TTG--------AAATTTGGATTATCAAG-------CTA-AAGTTT-AGG-AAT-TTCCT-AAccctgaagtgtaaatggcagtatttgcatagggtt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                gGTGATATTCACCAACCATTCTC-AAGAA-TA-TTCTTA-GACTTGAGGTCAAGA--AT-G--AATTTT------------------------------------T---GAGACCATTTTTTT-TGTCAAA-ATCT-TC-AA--GTAT-GCAGGGA--C-A--CCTAA------TAT-A-TA--G----TCAGA--TAA----ACT----CTTATAATTAT--TCTATAT-GCTATGGTATAC----TAGATATCTA---AGG-------TTG--------A
gi|13                         :                                                                                                                                                           ttgcaattttgtctatcaaacatttcttgaaaccaaggGTGGTATTCCCCAACCATTCTT-AATAA-TA-TTTGTA-AACTTGAACTCAAGA--AT-A--AATTATGAA-AA----AC-A--C-A-------C---------TAA-GAGACTATT-TTTAAATCCAAA-ACTA-AG-AAGCATTT-ATAG--A--C-A--CATAGCAATTTTAT-A-TA--G----TCAAA--TAttataataattctatatgtcatggtatactagatatctagaggatgcggtt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                               ggGTAGTATTCACAAACCATTCTT-A---------------GATTTGAGTTCAAAT--AT-G--TATTTTGAA-AA----A-----------------------------AAGATCATGTTTTGGGGCCAAA-ATTT-GC-AATCATA---CAGTGA--C-A--CCTAA------TAT-A-TA--tttttattcaaataatatcttccctagggaaggaagtagataaataacataagttcatttttttgtgattttttgaacttatagtataagctctca
gi|11                         :                                                                                                                                                                             ggcagtgaatgatcatctgggTGGTATTCACCAACCATTCTT-ATG---TA-TTCTAA-GACTTGAACACAAGA--AT-G--AATTTTGAG-AA----ACAT--A-C-------T---------T-A-GAGACCATGTTTTGAGACCAAA-ATTT-GC-AAGCATG---CAGGGA--C-C--CCTAA------TAT-A-TA--G----TCAAA--TAC----ACT----CTCATAATTCT--TCTATCT-GTCATAGTAAAC----TAGATATCTA---AGA-------TTG--------AAATTTTGA-TTTCAAG-------CTT-AAGTTT-AAG-AACATTCTT-AAGAATTG-TTGGTGAATACGACctattccttttccacttcttgtcct
gi|6                          :                                                                                                                                                                                               ggaTGTTATTCACCTACCATTCTT-AAGAA-TA-TTCTTA-GACATGAACTCAATA--AT-G--AACTTTGAA-A------CAATCA-C-------T---------T-A-GATACTATT-TTT-AGATCAAA-ATGT-CC-AAACATGT-AGGG--A--C-A--ACTAA------TAT-AATA--AAG--TCAAA--TAA----ACT----CTCACAATTAT--TATAACT-GCCATGGTAAAA----TAGATATCTA---AGG-------TTG--------AATTTTGGATTTTCTAG-------CTC-GAGTCT-AAG-AATATTCTC-AAGAATGG-TTGGTGAATACG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                gtTAGTATTCACCAACTTTTTTTTGAGAA-TA-TTCTTA-GACTGAAGCTTGAAA--AT-CCAGATTT---A-AA----AC
gi|12                         :         gggcggtattctgcaaccattcttaagaatattcttagaattgaattcaaaaatgaatttaaaatagcacaaacacttggagaccatttttgagaccaaaatttgcaagcatgtaacaccacctaatatgtagacagattaactctcataattgttatatctgttatgatagactagatgtcaccTGATATTCACCAACCATTCTA-AATAA-TA-TTCTTA-GACTTGAACTCAAGA--GT-G--AGTTTTGAA-AA----A-AA--A-A-------CATACT----T-A-AAGACCATT-TTTATGACCATC-ATGT-GT-ACGCATGTAGGAG--A----A--CCTAA------TAT-A-TA--G----TCAAA--TAA----ACT----ATCACAATTAT--TCTATCC-GCCATGGTAAAC----TAGATATCTA---AGG-------TTG--------TAAATTGGATTTTCAAA-------CTT-AAGCCT-ATG-AATAT-----AAGAATGA-TTGGCAAATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                  TGGTATTTACCTACCATTCTT-AAAAA-TA-TTCT--------------AAAA--AC-TG-AATTTTGAA-AA----ACAC--A-C-------G---------T-A-GAGGCCATATTTTGAAGCCAAA-A-TG-TCTAAGCCTGT-AGGG--A--C-A--CTTAA------TATAG-TT--ACAGTTCA-A--TAA----ATT----CTCAAAATTAT--TCTATCC-GTCATGATAAAC----TAGATATCTA---AGG-------TTG--------AAATTTGGG-TTTCAAG-------TTC-AGGTCT-ACG-AAAGTTCTT-AAGAATGG-TTTGGGAATACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                 cTAGTATCCACCAACCATTCTT-AA-AA-TA-TTCTTA-GAt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                    GTATTCACCAACCATTCAT-GAGAA-TATTTCTTA-AACTTGAGTTTGAAA--AT-aaaaaaggtctgtaagtgtaggttttttttttttttttcaaaaatgattttgaaaaaaaaaagctacacttacagaccttttttttctttcaaattgtgcaagcatgtaggcatacctaacataattatagtcaattgcactctcaaaattattctgtctgtcatggaaaactagttatgtaaggttttcaagcttaagtcttagaatatttccaaggatggtcggtgaatacgac
gi|4                          : agggtggtattcaccaaccattcttgaaaatattcttagacttgatctcaagaatgatttttgaaaaacacacttagagaccatttttgaaaccaaaatttgtaagtatgtaggaacacttaaattatagccaaacaaattctcacagttattctatctgtcatggtaaactagaaatttaaggttggtatttggGTATTCTTCAACAATTCTT-GAGAA-TA-GTCTTT-GACTTAAACTTGATC--AT-TTAAATTT
gi|6                          :     ggggtgatattcaccaacgattcttaagaatattcttagacttgagctcaggaatgaagtttgaaaaaagcactaagataccattattgaggccaaaatttgcaagtatgtagggacacctaatatatagtcaagcacactctcacaattattcgatttttcatggtaagctatatagatatctaagattgGTATTCACCAACCATTCTT-GAGAA-TA-TTCTTA-GACTCGAGCTAGAAA--AT-ga
gi|15                         : gttgttattcacctaccattcttaagaatattcttagacatgaactcaataatgaactttgaaacaatcacttagatactatttttagatcaaaatgtccaaacatgtagggacaactaatataataaagtcaaataaactctcacaattattataactgccatggtaaaatagatatctaaggttgaattttggGTATTCACCAACCATTCTT-GAGAA-TA-TTCTTA-GACTTAAGCTTGAAAATAT-T--AATTTga
gi|14                         :                                   attcttatacttgaactcaagaatgaatttgaaaaaatacacttagagacaatattttgagataaaaatgttcaagcatctaaggacaactaatatatagtcaaataaactaactctcaaacttattctatctgtcatggtaaaccagatttctaaggttgGTATTCCCAAACCATTCTT-AAGAA-CT-TTCGTA-GACCTGAACTTGAAA--CC-C--AAATTTCAA-
gi|25                         :                       ctggtatttacctaccattcttaaaaatattctaaaaactgaattttgaaaaacacacgtagaggccatattttgaagccaaaatgtctaagcctgtagggacacttaatatagttacagttcaataaattctcaaaattattctatccgtcatgataaactagatatctaaggTACTCACCAAACATGCTT-AAGAA-TA-TTCTTA-G------ACTCGGGA--AT-G--ATTTTTGAA-AA----Aaat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                              gtggtaggatTCACCAATCGTTCTT-GAAAA-TA-TTTTTA-GACATGAGCTTGTAA--AT-CCAAATTT
gi|16                         :             gggtgatattcaccaaacattcttaagaatattcttaggcttggactcaagaacgaattttgataaacacacttacagactgttgtttaagaccaaaatttgcaagcttgtagagacacctaatgaataatcaaataaactcttatgattattatttctgtcatgggaaactagatatctaaggttgTCACTAACCATTCTT-GACTA-TA-TACTTA-TATTCGAGCTAGAAA--AT-T--AAacacga
gi|27                         :                                     tattttttgacttgaagtcaagaatgaattttgagaaacacactaagaggccatttttgaaccaatatttgcaagcatgtaggtacacctaatatatggccaaatacattctcacaattatcatctatctgtaatggtaaccttgatatctaactttgacagtTCACCAACAAGTCTT-GAAAA-TA-TTCTTA-GATTTattcg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                    catgctaCCAATCATTCTT-GAGAA-TA-TTCTTA-G-CTTat
gi|23                         :                                          tcgtattcacctttcttaagaatattcttagacttgaactcaagaactatttgcaagcatgtacagcgtcatctaatatgaaggcaagtaagctatcataattactccacatgtcatggtaaactaaatatcttaggtggaaatatggatttgcaagatctCTAACCATTTTT-AAGAA-TA-TTCATA-AACTTGAACTCAAGA--AT-G--AATTTTGAA-AA----A-AA--A-A-------T---------T-A-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                           ttcACCTTTCTT-AAGAA-TA-TTCTTA-GACTTGAACTCAAGA--AC-T--A--TTTGCA-Acttac
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                     tcgtattc-TA-TTTTTT-GACTTGAAGTCAAGA--AT-G--AATTTTGAG-AA----ACAC--A---------C---------T-AAGAGGCCATT-TTTGAA-CCAAT-ATTT-GC-AAGCATGT---AGGTA--C-A--CCTAA------TAT-A-TG--G----CCAAA--TAC----ATT----CTCACAATTATCATCTATCT-GTAATGGTAACC----TTGATATCTA---ACT-------TTG--------ACAGTTTAATTTTCTAG-------CTC-GAATAT-AAG-TATATAGTC-AAGAATGG-TTAGTGAATTCGgcatgtacagcgtcatctaatatgaaggcaagtaagctatcataattactccacatgtcatggtaaactaaatatcttaggtggaaatatggatttgcaagatctaagctaagaatattctcaagaatgattgg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                  TCTTA-TACTTGAACTCAAGA--AT-G--AATTTGAAA-AA----ATAC--A-C-------T---------T-A-GAGACAATATTTTGAGATAAAA-ATGT-TC-AAGCATCT-AAGG--A--C-A--ACTAA------TAT-A-TA--G----TCAAA--TAA----ACTAACTCTCAAACTTAT--TCTATCT-GTCATGGTAAAC----CAGATTTCTA---AGG-------TTG--------AAATTAATATTTTCAAG-------CTT-AAGTCT-AAG-AATATTCTC-AAGAATGG-TTGGTGAATAC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                   atTA-GATTTAATCTCAAGA--AT-G--AATTTTGAA-AA----GC-T--A-T-------T---------T-T-TAGACCATTTTTTTTGGCCA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                 TCAAAA--AT----GATTTTGAA-AA----AAAA--A-AGCTACACT---------T-A-CAGACCTTTTTTTTCTTTCAAA--TTGTGC-AAGCATGT---AG--G--C-ATACCTAA------CAT----A--A----TTATAGTCAATTGCACT----CTCAAAATTAT--TCTGTCT-GTCATGGAAAAC----TAGTTATGTA---AG---------------------------GTTTTCAAG-------CTT-AAGTCT-TAG-AATATTTCC-AAGGATGG-TCGGTGAATACGACtttttatagaccacttttaggccaaaatttgtaattaagtcgattaaactctcacattcatattttcattagtca
gi|26                         :                                                                                                                                                                            tagtatccaccaaccattcttaaaatattcttagaaaaaaaggtctgtaagtgtaggtttttttttttttttAGA--AT-G--ATTTTTGAA-AAC---GCA-------------C---------T-AAGAGACTATT-TTTGATACCAAA-ATTA-GT-A
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -ATTT-GC-AAGCATGT-ACAG--CGTC-A--TCTAA------TAT-G-AA--G----GCAAG--TAA----GCT----ATCATAATTAC--TCCACAT-GTCATGGTAAAC----TAAATATCTT---AGG-------TGG--------AAATATGGATTTGCAAG-------ATCTAAG-CT-AAG-AATATTCTC-AAGAATGA-TTGG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tcgtattcacctttcttaagaatattcttagacttgaactcaagaactG--A--C-A--CCTAA------TAT-A-TATAG----TCAAA--TAA----ACA----CTCACAATGAT--TCTATAT-GTCATGGTAAAC----TACATTTCTA---AGG-------TTT--------AAATTTGGATTTTCAAA-------CTC-AAGCCT-AAG-AATATTCTC-AAGAATGG-TTGGTGAATACGACC
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ctcagagtagctataggcctgtgtaggTA--TAA----GCT----CTCACAATAAG--TCTATCT-GTCATCATAATC----TAGATAGCTAAGGAGG-------TTG--------TAATTTAGATTTTCATG-----------------------ATTTTCTC-AAGAA-----TGGTGGATAcctgaagtgtaaatggcagtatttgcatagggtt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gAAAC----ATGGTCTCTA---AGT-------ATGTTTCTCA-AAATTC--ATTCTTGTG-------TTC-AAGTCT-TAG-AATA--CAT-AAGAATGG-TTGGTGAATACg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ggatgAAAA----TAG-TATCTA---AGTGA-----TTGTTTC----AAAGTTC-ATTATTGAG-------TTC-ATGTCT-AAG-AATATTCTT-AAGAATGG-TAGGTGAATAtgagaccaaaatttgcaagcatgcagggacccctaatatatagtcaaatacactctcataattcttctatctgtcatagtaaactagatatctaagattgaaattttgatttcaagcttaagtttaagaacattcttaagaattgttggtgaatacgac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gttgtGGTATCTT---AGTGCTTTT-TTC--------AAACTTC-ATTCCTGAG-------CTC-AAGTCT-AAG-AATATTCTT-AAGAATCG-TTGGTGAATATCACCtagatcaaaatgtccaaacatgtagggacaactaatataataaagtcaaataaactctcacaattattataactgccatggtaaaatagatatctaaggttgaattttggattttctagctcgagtctaagaatattctcaagaatggttggtgaatacga
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ggTCTA---AGTGGGTATTTCA--------AAATT--GATTCTTGAG-------TTC-AAGTCT-AAG-AATATTCTT-GAGAATGG-TTGGTGAATACCACCattattgaggccaaaatttgcaagtatgtagggacacctaatatatagtcaagcacactctcacaattattcgatttttcatggtaagctatatagatatctaagattgaaatttaaatgatcaagtttaagtcaaagactattctcaagaattgttgaagaatacga
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCTA---AGT-------GTGTTTTTCAAAAATC---ATTCTTGAG-------ATC-AAGTCT-AAG-AATATTTTC-AAGAATGG-TTGGTGAATACCACCgacaataatttgaggccaaaacttgcaagcatgtagggacacctgatatatatttaaattcattctcacaattgttctatctgtcctggtacatagatatctatgtttgaaatttagattttcaagcttaagcttaagaataattcaagaatggttggtgaatacgact
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    agT-------TTT--------AAATTC--ATTTTTGAA-------TTC-AATTCT-AAG-AATATTCTT-AAGAATGG-TTGCAGAATACgaccatttttgaaaccaaaatttgtaagtatgtaggaacacttaaattatagccaaacaaattctcacagttattctatctgtcatggtaaactagaaatttaaggttggtatttggattttcaaactcaagtttaagaaatattctcatgaatggttggtgaatac
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gggcgT-------TCA--------AAATTC--ATTCTTGAG-------TTC-AAGTCTTAAG-AATAGTCTT-AATAATGG-TTGGTTAATACCACCtagcacaaacacttggagaccatttttgagaccaaaatttgcaagcatgtaacaccacctaatatgtagacagattaactctcataattgttatatctgttatgatagactagatgtcaccgttttaaatctggattttcaagcttcagtctaagaatattctcaaaaaaaagttggtgaatacta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      T-------TCA--------AAATTC--ATTCTTGAG-------TTC-AAGTTT-ATG-AATATTCTT-AAAAATGG-TTAG-GAAgaaaaaaaacacacacacttagagataatttttaagacaaattttgcaagcatgtaacgagacctaatatagagttgaataaactttcacaataactccgtcttgtatggtaaacgagatacctgaggttgaaatttggatttccatgctcaaatcgaagaatattctcaggattattggtgaata
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 --------AAATTCG--TTCTTGAG-------TCC-AAGCCT-AAG-AATATTCTT-AAGAA-TGTTTGGTGAATATCACCaaaaaaattacttac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                g--------AAATTC--ATTCTTGAC-------CTC-AAGTCT-AAG-AATATTCTT-GAGAATGG-TTGGTGAATATCACCtgataaacacacttacagactgttgtttaagaccaaaatttgcaagcttgtagagacacctaatgaataatcaaataaactcttatgattattatttctgtcatgggaaactagatatctaaggttgaaatttggatttacaagctcatgtctaaaaatattttcaagaacgattggtgaacacga
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttgcaattttgtctatcaaacatttcttgaaaccaagACTCTTGAG-------TTC-AAGTCT-AAG-AATATTATT-TAGAATGG-TTGGTGAATAttgagaccattttttttgtcaaaatcttcaagtatgcagggacacctaatatatagtcagataaactcttataattattctatatgctatggtatactagatatctaaggttgattataataattctatatgtcatggtatactagatatctagaggatgcggtt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgaATTCTTGAG-------TTC-AAGTCT-AAG-AATATTCTT-AAGAATGG-TTGATGAATACCACCgagttttgaaaaaaaaacatacttaaagaccatttttatgaccatcatgtgtacgcatgtaggagaacctaatatatagtcaaataaactatcacaattattctatccgccatggtaaactagatatctaaggttgtaaattggattttcaaacttaagcctatgaatataagaatgattggcaaata
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTTTCAAAA------TTC-AGTTTT-TAG-AATATTTTT-AAGAATGG-TAGGTAAATACgaaatatgaaaaacacacttggagacaaacatttgcaagcatgtagtaatccctaacataaagtcaattacactctcacgcttattctgtatgtcaggataaactagatattgaaggttgaaatttggattatcaagctaaagtttaggaatttcctaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ctgTTCTTGAG-------TTC-AAGTCT-AAG-AATATTCTT-AAGAAA-----GGTGAATACGacacacgtagaggccatattttgaagccaaaatgtctaagcctgtagggacacttaatatagttacagttcaataaattctcaaaattattctatccgtcatgataaactagatatctaaggttgaaatttgggtttcaagttcaggtctacgaaagttcttaagaatggtttgggaatacaat
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTTTCAAAAATCATTCCC-GAGTCT-AAG-AATATTCTT-AAGCA-TGTTTGGTGAGTActatttgcaagcatgtacagcgtcatctaatatgaaggcaagtaagctatcataattactccacatgtcatggtaaactaaatatcttaggtggaaatatggatttgcaagatctaagctaagaatattctcaagaatgattgg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtggtaggatCATG-------CTA-AAATCT-AAG-AATATTTTC-AAGACTTG-TTGGTGAATa
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TCT-AAG-AATATTTT--AAGAATGG-TTGGTGGATAC

Unaligned ( gi|24 ): TAATATATATTAAAAAAAATCCAACAATTATTATTCTATCACTGTAAATAAGACTAGATATCAAAGGTT
Unaligned ( gi|28 ): TAATGTTTGTTTGAAATAGCTATTTAGACAAAGG

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                         111111111111                                                                                                                                                                                                                                                      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                      1       5   5                 3333 777777777777 2  22     99999999999   0  9 3    1         4444  1             55  22       555555  3333 22 5555  22            22       22 22   22   1   1            44444 4444          333  1                 8     2         2         2                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                      .       .   .                 .... ............ .  ..     ...........   .  . .    .         ....  .             ..  ..       ......  .... .. ....  ..            ..       .. ..   ..   .   .            ..... ....          ...  .                 .     .         .         .                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                      8       4   7                 7777 888888888888 3  55     00000000000   2  5 8    9         0000  9             55  66       222222  9999 55 7777  55            66       55 55   55   8   8            88888 0000          333  0                 9     1         1         1                       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCACCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAATGAATTTTGAAAA----A----------C-ACAC--TTAGA-----------GACCAT-T-TTTG-AGACCAAAA----TT-TGCAAGCATGTAG-GGA--CACCTAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACT--CTCACAA--T--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGATTTTCAAGCTC-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGACC
Reference ( family-2401 )     :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCACCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAGCTCGAGAATGAATTTTGAAAA----A----------C-ANAC--TTAGA-----------GACCAT-T-TTTG-AGACCAAAA----TT-TGCAAGCATGTAG-AGA--CACCTAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACT--CTCACAA--T--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGNTTGAAATTTGGATTTTCGAGCTC-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGACC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                    TAGTATCCACCAACCATTCTTAA-AATATTCTTA-GA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                TCAAAAATGA-TTTTGAAAA----AAAAAAGC---T-ACAC--TTACA-----------GACCTT-T-TTTT-TCTTTCAAA----TTGTGCAAGCATGTAG-GCA--TACCTAA------CA----T--AATTATA--GTCAATTGCACT--CTCAAAA--T--TAT--TCT-GTC-TGTCATGGAAAA-----C----TAGTTATGTA---AGG------------TTTTCAAGCTT-AAGTCTTAG-AATATTTCC-AAGGATGGTCGGTGAATACGACaaaaaaggtctgtaagtgtaggttttttttttttttttcaaaaatgattttgaaaaaaaaaagctacacttacagaccttttttttctttcaaattgtgcaagcatgtaggcatacctaacataattatagtcaattgcactctcaaaattattctgtctgtcatggaaaactagttatgtaaggttttcaagcttaagtcttagaatatttccaaggatggtcggtgaatacgac
gi|10                         :                                                                                                                                           tagtatccaccaaccattcttaaaatattcttagaaaaaaaggtctgtaagtgtaggtttttttttttttttGTGGTATTCACCAACCATTCTCAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAATCAATTTTGAAAT----A----------C-CCAC--TTAGA-----------GACAATAA-TTTG-AGGCCAAAA----CT-TGCAAGCATGTAG-GGA--CACCTGA------TA----T--A----TA--TTTAAATTCATT--CTCACAA--T--TGT--TCT-ATC-TGTCCTGGTACA----------TAGATATCTA---TGTTTGAAATTTAGATTTTCAAGCTT-AAGCTTAAG-AATAAT-TC-AAGAATGGTTGGTGAATACGAC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                   gTGGTATTCACCAACCATTCTTATG--TATTCTAA-GACTTGAACACAAGAATGAATTTTGAGAA----A----------C-ATAC--TTAGA-----------GACCATGT-TTTG-AGACCAAAA----TT-TGCAAGCATGCAG-GGA--CCCCTAA------TA----T--A----TA--GTCAAATACACT--CTCATAA--T--TCT--TCT-ATC-TGTCATAGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGATTGAAATTTTGA-TTTCAAGCTT-AAGTTTAAG-AACATTCTT-AAGAATTGTTGGTGAATACGACt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                 ggaTGATATTCACCAACCATTCTAAATAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAGTGAGTTTTGAAAA----AAAAA------C-ATAC--TTAAA-----------GACCAT-T-TTTA-TGACCATCA----TG-TGTACGCATGTAGGAGA---ACCTAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACT--ATCACAA--T--TAT--TCT-ATC-CGCCATGGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGTAAATTGGATTTTCAAACTT-AAGCCTATG-AATAT-----AAGAATGATTGGCAAATA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCCCCAACCATTCTTAATAATATTTGTA-AACTTGAACTCAAGAATAAATTATGAAAA----A----------C-ACAC--TAAGA-----------GACTAT-T-TTTA-AATCCAAAA----CT-AAGAAGCATTTAT-AGA--CACATAGCAATTTTA----T--A----TA--GTCAAATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                  ggTGGTATTTACCTACCATTCTTAAAAATATTCTAA-------------AAACTGAATTTTGAAAA----A----------C-ACAC--GTAGA-----------GGCCATAT-TTTG-AAGCCAAAA----TG-TCTAAGCCTGTAG-GGA--CACTTAA------TATAGTT--A----CA--GTTCAATAAATT--CTCAAAA--T--TAT--TCT-ATC-CGTCATGATAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGG-TTTCAAGTTC-AGGTCTACG-AAAGTTCTT-AAGAATGGTTTGGGAATACAAtttttattcaaataatatcttccctagggaaggaagtagataaataacataagttcatttttttgtgattttttgaacttatagtataagctctca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                              cATTCTTA-TACTTGAACTCAAGAATGAATTTGAAAAA----A----------T-ACAC--TTAGA-----------GACAATAT-TTTG-AGATAAAAA----TG-TTCAAGCATCTAA-GGA--CAACTAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACTAACTCTCAAACT--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----CAGATTTCTA---AGGTTGAAATTAATATTTTCAAGCTT-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                              TATTTTTT-GACTTGAAGTCAAGAATGAATTTTGAGAA----A----------C-ACAC--TAAGA-----------GGCCAT-T-TTTG-A-ACCAATA----TT-TGCAAGCATGTAG-GTA--CACCTAA------TA----T--A----TG--GCCAAATACATT--CTCACAA--T--TATCATCT-ATC-TGTAATGGTAAC-----C----TTGATATCTA---ACTTTGACAGTTTAATTTTCTAGCTC-GAATATAAG-TATATAGTC-AAGAATGGTTAGTGAATTCG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCATCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAATGAAATATGAAAA----A----------C-ACAC--TTGGA-----------GAC-----------AAAC----A----TT-TGCAAGCATGTAG-TAA--TCCCTAA------CA----T--A----AA--GTCAATTACACT--CTCACGC--T--TAT--TCT-GTA-TGTCAGGATAAA-----C----TAGATATTGA---AGGTTGAAATTTGGATTATCAAGCTA-AAGTTTAGG-AAT-TTCCT-AA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gTGTAG-GGA--CACCTAA------TA----TATA----TA--GTCAAATAAACA--CTCACAA--T--GAT--TCT-ATA-TGTCATGGTAAA-----C----TACATTTCTA---AGGTTTAAATTTGGATTTTCAAACTC-AAGCCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGACC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                 ctcagagtagctataggcctgGTATTCACCT----TTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAAcctgaagtgtaaatggcagtatttgcatagggtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         tcTTCTTAAGA----A----------T-ATTC--TTAGA--------------------CTTG-AACTCAAGAACTATT-TGCAAGCATGTAC-AGCGTCATCTAA------TA----T--G----AA--GGCAAGTAAGCT--ATCATAA--T--TAC--TCC-ACA-TGTCATGGTAAA-----C----TAAATATCTT---AGGTGGAAATATGGATTTGCAAGATCTAAG-CTAAG-AATATTCTC-AAGAATGATTGGctatttgcaagcatgtacagcgtcatctaatatgaaggcaagtaagctatcataattactccacatgtcatggtaaactaaatatcttaggtggaaatatggatttgcaagatctaagctaagaatattctcaagaatgattgg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                       tcgtattcacctGTGATATTCACCAACCATTCTCAAGAATATTCTTA-GACTTGAGGTCAAGAATGAATTTT-----------------------------T-GA-----------GACCAT-T-TTTT-TTGTCAAAA----TC-TTCAAGTATGCAG-GGA--CACCTAA------TA----T--A----TA--GTCAGATAAACT--CTTATAA--T--TAT--TCT-ATA-TGCTATGGTATA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttgcaattttgtctatcaaacatttcttgaaaccaaggTTATAA--T--AAT--TCT-ATA-TGTCATGGTATA-----C----TAGATATCTA---ttataataattctatatgtcatggtatactagatatctagaggatgcggtt
gi|20                         : ttgcaattttgtctatcaaacatttcttgaaaccaagggtgatattcaccaaccattctcaagaatattcttagacttgaggtcaagaatgaatttttgagaccattttttttgtcaaaatcttcaagtatgcagggacacctaatatatagtcagataaactcttataattattctatatgctatggtatactagatatctaaggttgaGTAGTATTCACAAACCATTCTTA-------------GATTTGAGTTCAAATATGTATTTTGAAAA----A---------------------AA-----------GATCATGT-TTTG-GGGCCAAAA----TT-TGCAATCATACAG-TGA--CACCTAA------TA----T--A----TA--gaggatgcggtt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                               ggcagtgaatgatcatctgggTA-GATTTAATCTCAAGAATGAATTTTGAAAA----G----------CTATTT--TTAGACCATTTTTTTTGGCCAT-T-TTTATAGACC---A----CT-TTTAGGC---CA--AAA--TTTGTAA------T-----T--A-----A--GTCGATTAAACT--CTCACAT--TCATAT--TTTCATT-AGTCActattccttttccacttcttgtcct
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATAAGCT--CTCACAA--T--AAG--TCT-ATC-TGTCATCATAAT-----C----TAGATAGCTAAGGAGGTTGTAATTTAGATTTTC--------------AT-GATTTTCTC-AAGAATGGT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                       gtTTC-CTAACCATTTTTAAGAATATTCATA-AACTTGAACTCAAGAATGAATTTTGAAAA----A----------A-AAAT--Tggatag
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TAA------TA----T--A----TA---TTAAAAAAAAT--CCAACAA--T--TAT--TAT--TC-TATCACTGTAAATAAGAC----TAGATATCAA---AGGTTacttac
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                       TACTCACCAAACATGCTTAAGAATATTCTTA-GA------CTCGGGAATGATTTTTGAAAA----A----------
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                         gtggtaggatAGAATGATTTTTGAAAA---------------C-GCAC--TAAGA-----------GACTAT-T-TTTG-ATACCAAAA----TT-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GCTA-AAATCTAAG-AATATTTTC-AAGACTTGTTGGTGAATagta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                catGTGGTATTAACCAACCATTATTAAGACTATTCTTAAGACTTGAACTCAAGAATGAATTTTGAAGA----AAAAAAACACAC-ACAC--TTAGA-----------GATAAT-T-TTTA-AGAC-AAAT----TT-TGCAAGCATGTAA-CGA--GACCTAA------TA----T--A----GA--GTTGAATAAACT--TTCACAA--T--AAC--TCC-GTCTTGT-ATGGTAAA-----C----GAGATACCTG---AGGTTGAAATTTGGATTTCCATGCTC-AAATCGAAG-AATATTCTC--AGGATTATTGGTGAATA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                  gGTGATATTCACCAACGATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAGCTCAGGAATGAAGTTTGAAAA----A----------A-GCAC--TAAGA-----------TACCAT-T-ATTG-AGGCCAAAA----TT-TGCAAGTATGTAG-GGA--CACCTAA------TA----T--A----TA--GTCAAGCACACT--CTCACAA--T--TAT--TCG-ATT-TTTCATGGTAAG-----CTATATAGATATCTA---AGATTGAAATTTAAATGATCAAGTTT-AAGTCAAAG-ACTATTCTC-AAGAATTGTTGAAGAATACGA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                gggGCGGTATTCTGCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GAATTGAATTCAAAAATGAATTT--AAAATAGCA----------C-AAACACTTGGA-----------GACCAT-T-TTTG-AGACCAAAA----TT-TGCAAGCATGTAA-CAC--CACCTAA------TA----T--G----TA--GACAGATTAACT--CTCATAA--T--TGT--TAT-ATC-TGTTATGATAGA-----C----TAGATGTCAC---CGTTTTAAATCTGGATTTTCAAGCTT-CAGTCTAAG-AATATTCTCAAAAAAAAGTTGGTGAATAC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                  ggTGTTATTCACCTACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACATGAACTCAATAATGAACTTTGAAAC----A----------A-TCAC--TTAGA-----------TACTAT-T-TTT--AGATCAAAA----TG-TCCAAACATGTAG-GGA--CAACTAA------TA----T--AA---TAAAGTCAAATAAACT--CTCACAA--T--TAT--TAT-AAC-TGCCATGGTAAA-----A----TAGATATCTA---AGGTTGAATTTTGGATTTTCTAGCTC-GAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGAta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                 gtGTGGTAATCACCAACCATTCTTAAGAATAGTCTTA-GACTTGAACTCAAGAATTAATTTTGAAAA----A----------C-AAAA--CTAGA-----------GACCAT-TGTTTG-AGGCCAAAA----TT-GGCAAACGTGTTC-AGA--CACCTAA------TA----T--G----TA--ATCATATAAACT--CTCAAAA--G--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGGAAA-----C----TAGATATCTA---AGTTTGAAATTTGGATTTTCAAGCTC-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAACTGTTGGTGAATACGACC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                   GTGATATTCACCAAACATTCTTAAGAATATTCTTA-GGCTTGGACTCAAGAACGAATTTTGATAA----A----------C-ACAC--TTACA-----------GACTGT-TGTTTA-AGACCAAAA----TT-TGCAAGCTTGTAG-AGA--CACCTAA------TG----A--A----TA--ATCAAATAAACT--CTTATGA--T--TAT--TAT-TTC-TGTCATGGGAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGATTTACAAGCTC-ATGTCTAAA-AATATTTTC-AAGAACGATTGGTGAACACGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                 ggGTGGTATTCACCAACCATTCTTGAAAATATTCTTA-GACTTGATCTCAAGAATGATTTTTGAAAA----A----------C-ACAC--TTAGA-----------GACCAT-T-TTTG-AAACCAAAA----TT-TGTAAGTATGTAG-GAA--CACTTAA------AT----T--A----TA--GCCAAACAAATT--CTCACAG--T--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----TAGAAATTTA---AGGTTGGTATTTGGATTTTCAAACTC-AAGTTTAAGAAATATTCTC-ATGAATGGTTGGTGAATAC

Unaligned ( gi|28 ): TAATGTTTGTTTGAAATAGCTATTTAGACAAAGG

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                          11111111111111                                                                                                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                      1                1             3333 77777777777777           0 1 9 3   0         4444  1    2  22  22    22  22      22   555555  3333 22 5555  22            22       22 22   22   1   1            44444 4444          555                          2         2         2                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .... ..............           . . . .   .         ....  .    .  ..  ..    ..  ..      ..   ......  .... .. ....  ..            ..       .. ..   ..   .   .            ..... ....          ...                          .         .         .                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                      8                7             7777 22222222222222           2 9 5 8   2         0000  9    0  88  66    66  66      55   222222  9999 55 7777  55            66       55 55   55   8   8            88888 0000          222                          1         1         1                       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCACCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTTGAAAA----A----------CA--CACTTAGAGACCA-T-T-TTTGAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--GG--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACT--CTCACAA--T--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGATTTTCAAGCTC-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGACC
Reference ( family-2401 )     :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCACCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTTGAAAA----A----------CA--CACTTAGAGACCA-T-T-TTTGAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--GG--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACT--CTCACAA--T--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGATTTTCAAGCTC-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGACC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                    TAGTATCCACCAACCATTCTTAA-AATATTCTTA-GA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                TCAAAAA-TGA-TTTTGAAAA----AAAAAAGC---TA--CACTTACAGACCT-T-T-TTTTTCTTTCAAA----TTGTGCA-AG--CA--TGTA--GG--CATACC--TAA------CA----T--AATTATA--GTCAATTGCACT--CTCAAAA--T--TAT--TCT-GTC-TGTCATGGAAAA-----C----TAGTTATGTA---AGG------------TTTTCAAGCTT-AAGTCTTAG-AATATTTCC-AAGGATGGTCGGTGAATACGACaaaaaaggtctgtaagtgtaggttttttttttttttttcaaaaatgattttgaaaaaaaaaagctacacttacagaccttttttttctttcaaattgtgcaagcatgtaggcatacctaacataattatagtcaattgcactctcaaaattattctgtctgtcatggaaaactagttatgtaaggttttcaagcttaagtcttagaatatttccaaggatggtcggtgaatacgac
gi|10                         :                                                                                                                                           tagtatccaccaaccattcttaaaatattcttagaaaaaaaggtctgtaagtgtaggtttttttttttttttGTGGTATTCACCAACCATTCTCAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TCAATTTTGAAAT----A----------CC--CACTTAGAGACAA-TAA-TTTGAGGCCAAAA----CT-TGCA-AG--CA--TGTA--GG--GACACC--TGA------TA----T--A----TA--TTTAAATTCATT--CTCACAA--T--TGT--TCT-ATC-TGTCCTGGTACA----------TAGATATCTA---TGTTTGAAATTTAGATTTTCAAGCTT-AAGCTTAAG-AATAAT-TC-AAGAATGGTTGGTGAATACGAC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                   gTGGTATTCACCAACCATTCTTATG--TATTCTAA-GACTTGAACACAAGAA-TGAATTTTGAGAA----A----------CA--TACTTAGAGACCA-TGT-TTTGAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CA--TGCA--GG--GACCCC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATACACT--CTCATAA--T--TCT--TCT-ATC-TGTCATAGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGATTGAAATTTTGA-TTTCAAGCTT-AAGTTTAAG-AACATTCTT-AAGAATTGTTGGTGAATACGACt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                 ggaTGATATTCACCAACCATTCTAAATAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAG-TGAGTTTTGAAAA----AAAAA------CA--TACTTAAAGACCA-T-T-TTTATGACCATCA----TG-TGTA-CG--CA--TGTA--GG--AGAACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACT--ATCACAA--T--TAT--TCT-ATC-CGCCATGGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGTAAATTGGATTTTCAAACTT-AAGCCTATG-AATAT-----AAGAATGATTGGCAAATA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCCCCAACCATTCTTAATAATATTTGTA-AACTTGAACTCAAGAA-TAAATTATGAAAA----A----------CA--CACTAAGAGACTA-T-T-TTTAAATCCAAAA----CT-AAGA-AG--CA--TTTA--TA--GACACA--TAGCAATTTTA----T--A----TA--GTCAAATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                  ggTGGTATTTACCTACCATTCTTAAAAATATTCT--------------AAAAACTGAATTTTGAAAA----A----------CA--CACGTAGAGGCCA-TAT-TTTGAAGCCAAAA----TG-TCTA-AG--CC--TGTA--GG--GACACT--TAA------TATAGTT--A----CA--GTTCAATAAATT--CTCAAAA--T--TAT--TCT-ATC-CGTCATGATAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGG-TTTCAAGTTC-AGGTCTACG-AAAGTTCTT-AAGAATGGTTTGGGAATACAAtttttattcaaataatatcttccctagggaaggaagtagataaataacataagttcatttttttgtgattttttgaacttatagtataagctctca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                              cATTCTTA-TACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTGAAAAA----A----------TA--CACTTAGAGACAA-TAT-TTTGAGATAAAAA----TG-TTCA-AG--CA--TCTA--AG--GACAAC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACTAACTCTCAAACT--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----CAGATTTCTA---AGGTTGAAATTAATATTTTCAAGCTT-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                              TATTTTTT-GACTTGAAGTCAAGAA-TGAATTTTGAGAA----A----------CA--CACTAAGAGGCCA-T-T-TTTGA-ACCAATA----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--GG--TACACC--TAA------TA----T--A----TG--GCCAAATACATT--CTCACAA--T--TATCATCT-ATC-TGTAATGGTAAC-----C----TTGATATCTA---ACTTTGACAGTTTAATTTTCTAGCTC-GAATATAAG-TATATAGTC-AAGAATGGTTAGTGAATTCG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCATCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TGAAATATGAAAA----A----------CA--CACTTGGAGAC-----------AAAC----A----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--GT--AATCCC--TAA------CA----T--A----AA--GTCAATTACACT--CTCACGC--T--TAT--TCT-GTA-TGTCAGGATAAA-----C----TAGATATTGA---AGGTTGAAATTTGGATTATCAAGCTA-AAGTTTAGG-AAT-TTCCT-AA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        g--TGTA--GG--GACACC--TAA------TA----TATA----TA--GTCAAATAAACA--CTCACAA--T--GAT--TCT-ATA-TGTCATGGTAAA-----C----TACATTTCTA---AGGTTTAAATTTGGATTTTCAAACTC-AAGCCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGACC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                 ctcagagtagctataggcctgGTATTCACCT----TTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-cctgaagtgtaaatggcagtatttgcatagggtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          tcTTCTTAAGA----A----------TA--TTCTTAGA----------CTTGAACTCAAGAACTATT-TGCA-AG--CA--TGTACAGC--GTCATC--TAA------TA----T--G----AA--GGCAAGTAAGCT--ATCATAA--T--TAC--TCC-ACA-TGTCATGGTAAA-----C----TAAATATCTT---AGGTGGAAATATGGATTTGCAAGATCTAAG-CTAAG-AATATTCTC-AAGAATGATTGGctatttgcaagcatgtacagcgtcatctaatatgaaggcaagtaagctatcataattactccacatgtcatggtaaactaaatatcttaggtggaaatatggatttgcaagatctaagctaagaatattctcaagaatgattgg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                       tcgtattcacctGTGATATTCACCAACCATTCTCAAGAATATTCTTA-GACTTGAGGTCAAGAA-TGAATTTT----------------------------T-GAGACCA-T-T-TTTTTTGTCAAAA----TC-TTCA-AG--TA--TGCA--GG--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAGATAAACT--CTTATAA--T--TAT--TCT-ATA-TGCTATGGTATA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttgcaattttgtctatcaaacatttcttgaaaccaaggTTATAA--T--AAT--TCT-ATA-TGTCATGGTATA-----C----TAGATATCTAG--AGGATGttataataattctatatgtcatggtatactagatatctagaggatgcggtt
gi|20                         : ttgcaattttgtctatcaaacatttcttgaaaccaagggtgatattcaccaaccattctcaagaatattcttagacttgaggtcaagaatgaatttttgagaccattttttttgtcaaaatcttcaagtatgcagggacacctaatatatagtcagataaactcttataattattctatatgctatggtatactagatatctaaggttgaGTAGTATTCACAAACCATTCTTA-------------GATTTGAGTTCAAATA-TGTATTTTGAAAA----A--------------------AAGATCA-TGT-TTTGGGGCCAAAA----TT-TGCA-AT--CA--TACA--GT--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--cggtt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                               ggcagtgaatgatcatctgggTA-GATTTAATCTCAAGAA-TGAATTTTGAAAA----G----------C---TATTTTTAGACCATT-T-TTTTTGGCC---A----TT-TTTATAGACCACTTTTA--GGCCAAAATTTGTAA------T-----T--A-----A--GTCGATTAAACT--CTCACAT--TCATAT--TTTCATT-AGTCActattccttttccacttcttgtcct
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ATAAGCT--CTCACAA--T--AAG--TCT-ATC-TGTCATCATAAT-----C----TAGATAGCTAAGGAGGTTGTAATTTAGATTTTCATG---------------ATTTTCTC-AAGAATGGT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                       gtTTC-CTAACCATTTTTAAGAATATTCATA-AACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTTGAAAA----A----------ggatag
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           --TAA------TA----T--A----TA---TTAAAAAAAAT--CCAACAA--T--TAT--TAT--TC-TATCACTGTAAATAAGAC----TAGATATCAA---AGGTTaaaattacttac
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                       TACTCACCAAACATGCTTAAGAATATTCTTA-G------ACTCGGGAA-TGATTTTTGAAAA----A----------
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                         gtggtaggatAGAA-TGATTTTTGAAAA---------------CG--CACTAAGAGACTA-T-T-TTTGATACCAAAA----TT-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CATGCTA-AAATCTAAG-AATATTTTC-AAGACTTGTTGGTGAATagta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTAACCAACCATTATTAAGACTATTCTTAAGACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTTGAAGA----AAAAAAACACACA--CACTTAGAGATAA-T-T-TTTAAGAC-AAAT----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--AC--GAGACC--TAA------TA----T--A----GA--GTTGAATAAACT--TTCACAA--T--AAC--TCC-GTCTTGT-ATGGTAAA-----C----GAGATACCTG---AGGTTGAAATTTGGATTTCCATGCTC-AAATCGAAG-AATATTCTC--AGGATTATTGGTGAATA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                  gGTGATATTCACCAACGATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAGCTCAGGAA-TGAAGTTTGAAAA----A----------AG--CACTAAGATACCA-T-T-ATTGAGGCCAAAA----TT-TGCA-AG--TA--TGTA--GG--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAGCACACT--CTCACAA--T--TAT--TCG-ATT-TTTCATGGTAAG-----CTATATAGATATCTA---AGATTGAAATTTAAATGATCAAGTTT-AAGTCAAAG-ACTATTCTC-AAGAATTGTTGAAGAATACGA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                gggGCGGTATTCTGCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GAATTGAATTCAAAAA-TGAATTT--AAAATAGCA----------CAAACACTTGGAGACCA-T-T-TTTGAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--AC--ACCACC--TAA------TA----T--G----TA--GACAGATTAACT--CTCATAA--T--TGT--TAT-ATC-TGTTATGATAGA-----C----TAGATGTCAC---CGTTTTAAATCTGGATTTTCAAGCTT-CAGTCTAAG-AATATTCTCAAAAAAAAGTTGGTGAATAC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                  ggTGTTATTCACCTACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACATGAACTCAATAA-TGAACTTTGAAAC----A----------AT--CACTTAGATACTA-T-T-TTT-AGATCAAAA----TG-TCCA-AA--CA--TGTA--GG--GACAAC--TAA------TA----T--AA---TAAAGTCAAATAAACT--CTCACAA--T--TAT--TAT-AAC-TGCCATGGTAAA-----A----TAGATATCTA---AGGTTGAATTTTGGATTTTCTAGCTC-GAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGAta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                 gtGTGGTAATCACCAACCATTCTTAAGAATAGTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TTAATTTTGAAAA----A----------CA--AAACTAGAGACCA-T-TGTTTGAGGCCAAAA----TT-GGCA-AA--CG--TGTT--CA--GACACC--TAA------TA----T--G----TA--ATCATATAAACT--CTCAAAA--G--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGGAAA-----C----TAGATATCTA---AGTTTGAAATTTGGATTTTCAAGCTC-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAACTGTTGGTGAATACGACC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                   GTGATATTCACCAAACATTCTTAAGAATATTCTTA-GGCTTGGACTCAAGAA-CGAATTTTGATAA----A----------CA--CACTTACAGACTG-T-TGTTTAAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CT--TGTA--GA--GACACC--TAA------TG----A--A----TA--ATCAAATAAACT--CTTATGA--T--TAT--TAT-TTC-TGTCATGGGAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGATTTACAAGCTC-ATGTCTAAA-AATATTTTC-AAGAACGATTGGTGAACACGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                 ggGTGGTATTCACCAACCATTCTTGAAAATATTCTTA-GACTTGATCTCAAGAA-TGATTTTTGAAAA----A----------CA--CACTTAGAGACCA-T-T-TTTGAAACCAAAA----TT-TGTA-AG--TA--TGTA--GG--AACACT--TAA------AT----T--A----TA--GCCAAACAAATT--CTCACAG--T--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----TAGAAATTTA---AGGTTGGTATTTGGATTTTCAAACTC-AAGTTTAAGAAATATTCTC-ATGAATGGTTGGTGAATAC

Unaligned ( gi|28 ): TAATGTTTGTTTGAAATAGCTATTTAGACAAAGG

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                          11111111111111                                                                                                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                      1                1             3333 77777777777777           0 1 9 3   0         4444  1    2  22  22    22  22      22   555555  3333 22 5555  22            22       22 22   22   1   1            44444 4444          555                          2         2         2                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .... ..............           . . . .   .         ....  .    .  ..  ..    ..  ..      ..   ......  .... .. ....  ..            ..       .. ..   ..   .   .            ..... ....          ...                          .         .         .                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                      8                7             7777 22222222222222           2 9 5 8   2         0000  9    0  88  66    66  66      55   222222  9999 55 7777  55            66       55 55   55   8   8            88888 0000          222                          1         1         1                       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCACCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTTGAAAA----A----------CA--CACTTAGAGACCA-T-T-TTTGAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--GG--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACT--CTCACAA--T--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGATTTTCAAGCTC-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGACC
Reference ( family-2401 )     :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCACCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTTGAAAA----A----------CA--CACTTAGAGACCA-T-T-TTTGAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--GG--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACT--CTCACAA--T--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGATTTTCAAGCTC-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGACC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                    TAGTATCCACCAACCATTCTTAA-AATATTCTTA-GA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                TCAAAAA-TGA-TTTTGAAAA----AAAAAAGC---TA--CACTTACAGACCT-T-T-TTTTTCTTTCAAA----TTGTGCA-AG--CA--TGTA--GG--CATACC--TAA------CA----T--AATTATA--GTCAATTGCACT--CTCAAAA--T--TAT--TCT-GTC-TGTCATGGAAAA-----C----TAGTTATGTA---AGG------------TTTTCAAGCTT-AAGTCTTAG-AATATTTCC-AAGGATGGTCGGTGAATACGACaaaaaaggtctgtaagtgtaggttttttttttttttttcaaaaatgattttgaaaaaaaaaagctacacttacagaccttttttttctttcaaattgtgcaagcatgtaggcatacctaacataattatagtcaattgcactctcaaaattattctgtctgtcatggaaaactagttatgtaaggttttcaagcttaagtcttagaatatttccaaggatggtcggtgaatacgac
gi|10                         :                                                                                                                                           tagtatccaccaaccattcttaaaatattcttagaaaaaaaggtctgtaagtgtaggtttttttttttttttGTGGTATTCACCAACCATTCTCAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TCAATTTTGAAAT----A----------CC--CACTTAGAGACAA-TAA-TTTGAGGCCAAAA----CT-TGCA-AG--CA--TGTA--GG--GACACC--TGA------TA----T--A----TA--TTTAAATTCATT--CTCACAA--T--TGT--TCT-ATC-TGTCCTGGTACA----------TAGATATCTA---TGTTTGAAATTTAGATTTTCAAGCTT-AAGCTTAAG-AATAAT-TC-AAGAATGGTTGGTGAATACGAC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                   gTGGTATTCACCAACCATTCTTATG--TATTCTAA-GACTTGAACACAAGAA-TGAATTTTGAGAA----A----------CA--TACTTAGAGACCA-TGT-TTTGAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CA--TGCA--GG--GACCCC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATACACT--CTCATAA--T--TCT--TCT-ATC-TGTCATAGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGATTGAAATTTTGA-TTTCAAGCTT-AAGTTTAAG-AACATTCTT-AAGAATTGTTGGTGAATACGACt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                 ggaTGATATTCACCAACCATTCTAAATAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAG-TGAGTTTTGAAAA----AAAAA------CA--TACTTAAAGACCA-T-T-TTTATGACCATCA----TG-TGTA-CG--CA--TGTA--GG--AGAACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACT--ATCACAA--T--TAT--TCT-ATC-CGCCATGGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGTAAATTGGATTTTCAAACTT-AAGCCTATG-AATAT-----AAGAATGATTGGCAAATA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCCCCAACCATTCTTAATAATATTTGTA-AACTTGAACTCAAGAA-TAAATTATGAAAA----A----------CA--CACTAAGAGACTA-T-T-TTTAAATCCAAAA----CT-AAGA-AG--CA--TTTA--TA--GACACA--TAGCAATTTTA----T--A----TA--GTCAAATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                  ggTGGTATTTACCTACCATTCTTAAAAATATTCT--------------AAAAACTGAATTTTGAAAA----A----------CA--CACGTAGAGGCCA-TAT-TTTGAAGCCAAAA----TG-TCTA-AG--CC--TGTA--GG--GACACT--TAA------TATAGTT--A----CA--GTTCAATAAATT--CTCAAAA--T--TAT--TCT-ATC-CGTCATGATAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGG-TTTCAAGTTC-AGGTCTACG-AAAGTTCTT-AAGAATGGTTTGGGAATACAAtttttattcaaataatatcttccctagggaaggaagtagataaataacataagttcatttttttgtgattttttgaacttatagtataagctctca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                              cATTCTTA-TACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTGAAAAA----A----------TA--CACTTAGAGACAA-TAT-TTTGAGATAAAAA----TG-TTCA-AG--CA--TCTA--AG--GACAAC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACTAACTCTCAAACT--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----CAGATTTCTA---AGGTTGAAATTAATATTTTCAAGCTT-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                              TATTTTTT-GACTTGAAGTCAAGAA-TGAATTTTGAGAA----A----------CA--CACTAAGAGGCCA-T-T-TTTGA-ACCAATA----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--GG--TACACC--TAA------TA----T--A----TG--GCCAAATACATT--CTCACAA--T--TATCATCT-ATC-TGTAATGGTAAC-----C----TTGATATCTA---ACTTTGACAGTTTAATTTTCTAGCTC-GAATATAAG-TATATAGTC-AAGAATGGTTAGTGAATTCG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCATCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TGAAATATGAAAA----A----------CA--CACTTGGAGAC-----------AAAC----A----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--GT--AATCCC--TAA------CA----T--A----AA--GTCAATTACACT--CTCACGC--T--TAT--TCT-GTA-TGTCAGGATAAA-----C----TAGATATTGA---AGGTTGAAATTTGGATTATCAAGCTA-AAGTTTAGG-AAT-TTCCT-AA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        g--TGTA--GG--GACACC--TAA------TA----TATA----TA--GTCAAATAAACA--CTCACAA--T--GAT--TCT-ATA-TGTCATGGTAAA-----C----TACATTTCTA---AGGTTTAAATTTGGATTTTCAAACTC-AAGCCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGACC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                 ctcagagtagctataggcctgGTATTCACCT----TTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-cctgaagtgtaaatggcagtatttgcatagggtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          tcTTCTTAAGA----A----------TA--TTCTTAGA----------CTTGAACTCAAGAACTATT-TGCA-AG--CA--TGTACAGC--GTCATC--TAA------TA----T--G----AA--GGCAAGTAAGCT--ATCATAA--T--TAC--TCC-ACA-TGTCATGGTAAA-----C----TAAATATCTT---AGGTGGAAATATGGATTTGCAAGATCTAAG-CTAAG-AATATTCTC-AAGAATGATTGGctatttgcaagcatgtacagcgtcatctaatatgaaggcaagtaagctatcataattactccacatgtcatggtaaactaaatatcttaggtggaaatatggatttgcaagatctaagctaagaatattctcaagaatgattgg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                       tcgtattcacctGTGATATTCACCAACCATTCTCAAGAATATTCTTA-GACTTGAGGTCAAGAA-TGAATTTT----------------------------T-GAGACCA-T-T-TTTTTTGTCAAAA----TC-TTCA-AG--TA--TGCA--GG--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAGATAAACT--CTTATAA--T--TAT--TCT-ATA-TGCTATGGTATA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttgcaattttgtctatcaaacatttcttgaaaccaaggTTATAA--T--AAT--TCT-ATA-TGTCATGGTATA-----C----TAGATATCTAG--AGGATGttataataattctatatgtcatggtatactagatatctagaggatgcggtt
gi|20                         : ttgcaattttgtctatcaaacatttcttgaaaccaagggtgatattcaccaaccattctcaagaatattcttagacttgaggtcaagaatgaatttttgagaccattttttttgtcaaaatcttcaagtatgcagggacacctaatatatagtcagataaactcttataattattctatatgctatggtatactagatatctaaggttgaGTAGTATTCACAAACCATTCTTA-------------GATTTGAGTTCAAATA-TGTATTTTGAAAA----A--------------------AAGATCA-TGT-TTTGGGGCCAAAA----TT-TGCA-AT--CA--TACA--GT--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--cggtt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                               ggcagtgaatgatcatctgggTA-GATTTAATCTCAAGAA-TGAATTTTGAAAA----G----------C---TATTTTTAGACCATT-T-TTTTTGGCC---A----TT-TTTATAGACCACTTTTA--GGCCAAAATTTGTAA------T-----T--A-----A--GTCGATTAAACT--CTCACAT--TCATAT--TTTCATT-AGTCActattccttttccacttcttgtcct
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ATAAGCT--CTCACAA--T--AAG--TCT-ATC-TGTCATCATAAT-----C----TAGATAGCTAAGGAGGTTGTAATTTAGATTTTCATG---------------ATTTTCTC-AAGAATGGT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                       gtTTC-CTAACCATTTTTAAGAATATTCATA-AACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTTGAAAA----A----------ggatag
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           --TAA------TA----T--A----TA---TTAAAAAAAAT--CCAACAA--T--TAT--TAT--TC-TATCACTGTAAATAAGAC----TAGATATCAA---AGGTTaaaattacttac
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                       TACTCACCAAACATGCTTAAGAATATTCTTA-G------ACTCGGGAA-TGATTTTTGAAAA----A----------
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                         gtggtaggatAGAA-TGATTTTTGAAAA---------------CG--CACTAAGAGACTA-T-T-TTTGATACCAAAA----TT-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CATGCTA-AAATCTAAG-AATATTTTC-AAGACTTGTTGGTGAATagta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTAACCAACCATTATTAAGACTATTCTTAAGACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTTGAAGA----AAAAAAACACACA--CACTTAGAGATAA-T-T-TTTAAGAC-AAAT----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--AC--GAGACC--TAA------TA----T--A----GA--GTTGAATAAACT--TTCACAA--T--AAC--TCC-GTCTTGT-ATGGTAAA-----C----GAGATACCTG---AGGTTGAAATTTGGATTTCCATGCTC-AAATCGAAG-AATATTCTC--AGGATTATTGGTGAATA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                  gGTGATATTCACCAACGATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAGCTCAGGAA-TGAAGTTTGAAAA----A----------AG--CACTAAGATACCA-T-T-ATTGAGGCCAAAA----TT-TGCA-AG--TA--TGTA--GG--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAGCACACT--CTCACAA--T--TAT--TCG-ATT-TTTCATGGTAAG-----CTATATAGATATCTA---AGATTGAAATTTAAATGATCAAGTTT-AAGTCAAAG-ACTATTCTC-AAGAATTGTTGAAGAATACGA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                gggGCGGTATTCTGCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GAATTGAATTCAAAAA-TGAATTT--AAAATAGCA----------CAAACACTTGGAGACCA-T-T-TTTGAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--AC--ACCACC--TAA------TA----T--G----TA--GACAGATTAACT--CTCATAA--T--TGT--TAT-ATC-TGTTATGATAGA-----C----TAGATGTCAC---CGTTTTAAATCTGGATTTTCAAGCTT-CAGTCTAAG-AATATTCTCAAAAAAAAGTTGGTGAATAC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                  ggTGTTATTCACCTACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACATGAACTCAATAA-TGAACTTTGAAAC----A----------AT--CACTTAGATACTA-T-T-TTT-AGATCAAAA----TG-TCCA-AA--CA--TGTA--GG--GACAAC--TAA------TA----T--AA---TAAAGTCAAATAAACT--CTCACAA--T--TAT--TAT-AAC-TGCCATGGTAAA-----A----TAGATATCTA---AGGTTGAATTTTGGATTTTCTAGCTC-GAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGAta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                 gtGTGGTAATCACCAACCATTCTTAAGAATAGTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TTAATTTTGAAAA----A----------CA--AAACTAGAGACCA-T-TGTTTGAGGCCAAAA----TT-GGCA-AA--CG--TGTT--CA--GACACC--TAA------TA----T--G----TA--ATCATATAAACT--CTCAAAA--G--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGGAAA-----C----TAGATATCTA---AGTTTGAAATTTGGATTTTCAAGCTC-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAACTGTTGGTGAATACGACC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                   GTGATATTCACCAAACATTCTTAAGAATATTCTTA-GGCTTGGACTCAAGAA-CGAATTTTGATAA----A----------CA--CACTTACAGACTG-T-TGTTTAAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CT--TGTA--GA--GACACC--TAA------TG----A--A----TA--ATCAAATAAACT--CTTATGA--T--TAT--TAT-TTC-TGTCATGGGAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGATTTACAAGCTC-ATGTCTAAA-AATATTTTC-AAGAACGATTGGTGAACACGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                 ggGTGGTATTCACCAACCATTCTTGAAAATATTCTTA-GACTTGATCTCAAGAA-TGATTTTTGAAAA----A----------CA--CACTTAGAGACCA-T-T-TTTGAAACCAAAA----TT-TGTA-AG--TA--TGTA--GG--AACACT--TAA------AT----T--A----TA--GCCAAACAAATT--CTCACAG--T--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----TAGAAATTTA---AGGTTGGTATTTGGATTTTCAAACTC-AAGTTTAAGAAATATTCTC-ATGAATGGTTGGTGAATAC


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      A                C             TAGC AAAAAACACACA               T A G             ACTA  .    T  AC  CT    CA  CC      TG   CAATTT  TAGT AT A     AA            AA       AC CA   CA   C   T            TAAGA TATA          AGG                          T         A         A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    AAAACA                     . G G             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             G                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    CAAA                       . A .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    CC                         . A .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    CA                         . G .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    CA                         . . .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    CA                         . . .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    TA                         . . .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    CA                         . . .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    CA                         . . .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    TA                         . . .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    CG                         . . .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    AG                         . . .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    AT                         . . .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    CA                         . . .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    CA                         . . .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    CA                         . . .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    C                          . . .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                            .         .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    .                          . . .             .     .    .  .   .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .    .                          . . .             .     .           .     .   .       .    .       .    .  .     .             .        .  .    .    .   .            .     .             .                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .                                                                                     .    .       .    .  .     .                      .  .    .    .   .                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                       .             .                                                                                                                                                                                                                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                          CA************                                                                                        ****
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCACCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTTGAAAA----A----------CA--CACTTAGAGACCA-T-T-TTTGAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--GG--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACT--CTCACAA--T--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGATTTTCAAGCTC-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGACC
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCACCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTTGAAAA----ACA------------CACTTAGAGACCA-T-T-TTTGAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--GG--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACT--CTCACAA--T--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGATTTTCAAGCTC-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGACC

Unaligned ( gi|28 ): TAATGTTTGTTTGAAATAGCTATTTAGACAAAGG

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                          11111111111111                                                                                                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                      1                1             3333 77777777777777           0 1 9 3   0         4444  1    2  22  22    22  22      22   555555  3333 22 5555  22            22       22 22   22   1   1            44444 4444          555                          2         2         2                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                      .                .             .... ..............           . . . .   .         ....  .    .  ..  ..    ..  ..      ..   ......  .... .. ....  ..            ..       .. ..   ..   .   .            ..... ....          ...                          .         .         .                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                      8                7             7777 22222222222222           2 9 5 8   2         0000  9    0  88  66    66  66      55   222222  9999 55 7777  55            66       55 55   55   8   8            88888 0000          222                          1         1         1                       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCACCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTTGAAAA----A----------CA--CACTTAGAGACCA-T-T-TTTGAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--GG--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACT--CTCACAA--T--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGATTTTCAAGCTC-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGACC
Reference ( family-2401 )     :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCACCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTTGAAAA----A----------CA--CACTTAGAGACCA-T-T-TTTGAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--GG--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACT--CTCACAA--T--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGATTTTCAAGCTC-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGACC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                    TAGTATCCACCAACCATTCTTAA-AATATTCTTA-GA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                TCAAAAA-TGA-TTTTGAAAA----AAAAAAGC---TA--CACTTACAGACCT-T-T-TTTTTCTTTCAAA----TTGTGCA-AG--CA--TGTA--GG--CATACC--TAA------CA----T--AATTATA--GTCAATTGCACT--CTCAAAA--T--TAT--TCT-GTC-TGTCATGGAAAA-----C----TAGTTATGTA---AGG------------TTTTCAAGCTT-AAGTCTTAG-AATATTTCC-AAGGATGGTCGGTGAATACGACaaaaaaggtctgtaagtgtaggttttttttttttttttcaaaaatgattttgaaaaaaaaaagctacacttacagaccttttttttctttcaaattgtgcaagcatgtaggcatacctaacataattatagtcaattgcactctcaaaattattctgtctgtcatggaaaactagttatgtaaggttttcaagcttaagtcttagaatatttccaaggatggtcggtgaatacgac
gi|10                         :                                                                                                                                           tagtatccaccaaccattcttaaaatattcttagaaaaaaaggtctgtaagtgtaggtttttttttttttttGTGGTATTCACCAACCATTCTCAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TCAATTTTGAAAT----A----------CC--CACTTAGAGACAA-TAA-TTTGAGGCCAAAA----CT-TGCA-AG--CA--TGTA--GG--GACACC--TGA------TA----T--A----TA--TTTAAATTCATT--CTCACAA--T--TGT--TCT-ATC-TGTCCTGGTACA----------TAGATATCTA---TGTTTGAAATTTAGATTTTCAAGCTT-AAGCTTAAG-AATAAT-TC-AAGAATGGTTGGTGAATACGAC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                   gTGGTATTCACCAACCATTCTTATG--TATTCTAA-GACTTGAACACAAGAA-TGAATTTTGAGAA----A----------CA--TACTTAGAGACCA-TGT-TTTGAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CA--TGCA--GG--GACCCC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATACACT--CTCATAA--T--TCT--TCT-ATC-TGTCATAGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGATTGAAATTTTGA-TTTCAAGCTT-AAGTTTAAG-AACATTCTT-AAGAATTGTTGGTGAATACGACt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                 ggaTGATATTCACCAACCATTCTAAATAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAG-TGAGTTTTGAAAA----AAAAA------CA--TACTTAAAGACCA-T-T-TTTATGACCATCA----TG-TGTA-CG--CA--TGTA--GG--AGAACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACT--ATCACAA--T--TAT--TCT-ATC-CGCCATGGTAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGTAAATTGGATTTTCAAACTT-AAGCCTATG-AATAT-----AAGAATGATTGGCAAATA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCCCCAACCATTCTTAATAATATTTGTA-AACTTGAACTCAAGAA-TAAATTATGAAAA----A----------CA--CACTAAGAGACTA-T-T-TTTAAATCCAAAA----CT-AAGA-AG--CA--TTTA--TA--GACACA--TAGCAATTTTA----T--A----TA--GTCAAATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                  ggTGGTATTTACCTACCATTCTTAAAAATATTCT--------------AAAAACTGAATTTTGAAAA----A----------CA--CACGTAGAGGCCA-TAT-TTTGAAGCCAAAA----TG-TCTA-AG--CC--TGTA--GG--GACACT--TAA------TATAGTT--A----CA--GTTCAATAAATT--CTCAAAA--T--TAT--TCT-ATC-CGTCATGATAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGG-TTTCAAGTTC-AGGTCTACG-AAAGTTCTT-AAGAATGGTTTGGGAATACAAtttttattcaaataatatcttccctagggaaggaagtagataaataacataagttcatttttttgtgattttttgaacttatagtataagctctca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                              cATTCTTA-TACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTGAAAAA----A----------TA--CACTTAGAGACAA-TAT-TTTGAGATAAAAA----TG-TTCA-AG--CA--TCTA--AG--GACAAC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAATAAACTAACTCTCAAACT--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----CAGATTTCTA---AGGTTGAAATTAATATTTTCAAGCTT-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                              TATTTTTT-GACTTGAAGTCAAGAA-TGAATTTTGAGAA----A----------CA--CACTAAGAGGCCA-T-T-TTTGA-ACCAATA----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--GG--TACACC--TAA------TA----T--A----TG--GCCAAATACATT--CTCACAA--T--TATCATCT-ATC-TGTAATGGTAAC-----C----TTGATATCTA---ACTTTGACAGTTTAATTTTCTAGCTC-GAATATAAG-TATATAGTC-AAGAATGGTTAGTGAATTCG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTCATCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TGAAATATGAAAA----A----------CA--CACTTGGAGAC-----------AAAC----A----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--GT--AATCCC--TAA------CA----T--A----AA--GTCAATTACACT--CTCACGC--T--TAT--TCT-GTA-TGTCAGGATAAA-----C----TAGATATTGA---AGGTTGAAATTTGGATTATCAAGCTA-AAGTTTAGG-AAT-TTCCT-AA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        g--TGTA--GG--GACACC--TAA------TA----TATA----TA--GTCAAATAAACA--CTCACAA--T--GAT--TCT-ATA-TGTCATGGTAAA-----C----TACATTTCTA---AGGTTTAAATTTGGATTTTCAAACTC-AAGCCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGACC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                 ctcagagtagctataggcctgGTATTCACCT----TTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-cctgaagtgtaaatggcagtatttgcatagggtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          tcTTCTTAAGA----A----------TA--TTCTTAGA----------CTTGAACTCAAGAACTATT-TGCA-AG--CA--TGTACAGC--GTCATC--TAA------TA----T--G----AA--GGCAAGTAAGCT--ATCATAA--T--TAC--TCC-ACA-TGTCATGGTAAA-----C----TAAATATCTT---AGGTGGAAATATGGATTTGCAAGATCTAAG-CTAAG-AATATTCTC-AAGAATGATTGGctatttgcaagcatgtacagcgtcatctaatatgaaggcaagtaagctatcataattactccacatgtcatggtaaactaaatatcttaggtggaaatatggatttgcaagatctaagctaagaatattctcaagaatgattgg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                       tcgtattcacctGTGATATTCACCAACCATTCTCAAGAATATTCTTA-GACTTGAGGTCAAGAA-TGAATTTT----------------------------T-GAGACCA-T-T-TTTTTTGTCAAAA----TC-TTCA-AG--TA--TGCA--GG--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAGATAAACT--CTTATAA--T--TAT--TCT-ATA-TGCTATGGTATA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttgcaattttgtctatcaaacatttcttgaaaccaaggTTATAA--T--AAT--TCT-ATA-TGTCATGGTATA-----C----TAGATATCTAG--AGGATGttataataattctatatgtcatggtatactagatatctagaggatgcggtt
gi|20                         : ttgcaattttgtctatcaaacatttcttgaaaccaagggtgatattcaccaaccattctcaagaatattcttagacttgaggtcaagaatgaatttttgagaccattttttttgtcaaaatcttcaagtatgcagggacacctaatatatagtcagataaactcttataattattctatatgctatggtatactagatatctaaggttgaGTAGTATTCACAAACCATTCTTA-------------GATTTGAGTTCAAATA-TGTATTTTGAAAA----A--------------------AAGATCA-TGT-TTTGGGGCCAAAA----TT-TGCA-AT--CA--TACA--GT--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--cggtt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                               ggcagtgaatgatcatctgggTA-GATTTAATCTCAAGAA-TGAATTTTGAAAA----G----------C---TATTTTTAGACCATT-T-TTTTTGGCC---A----TT-TTTATAGACCACTTTTA--GGCCAAAATTTGTAA------T-----T--A-----A--GTCGATTAAACT--CTCACAT--TCATAT--TTTCATT-AGTCActattccttttccacttcttgtcct
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ATAAGCT--CTCACAA--T--AAG--TCT-ATC-TGTCATCATAAT-----C----TAGATAGCTAAGGAGGTTGTAATTTAGATTTTCATG---------------ATTTTCTC-AAGAATGGT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                       gtTTC-CTAACCATTTTTAAGAATATTCATA-AACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTTGAAAA----A----------ggatag
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           --TAA------TA----T--A----TA---TTAAAAAAAAT--CCAACAA--T--TAT--TAT--TC-TATCACTGTAAATAAGAC----TAGATATCAA---AGGTTaaaattacttac
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                       TACTCACCAAACATGCTTAAGAATATTCTTA-G------ACTCGGGAA-TGATTTTTGAAAA----A----------
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                         gtggtaggatAGAA-TGATTTTTGAAAA---------------CG--CACTAAGAGACTA-T-T-TTTGATACCAAAA----TT-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CATGCTA-AAATCTAAG-AATATTTTC-AAGACTTGTTGGTGAATagta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                   GTGGTATTAACCAACCATTATTAAGACTATTCTTAAGACTTGAACTCAAGAA-TGAATTTTGAAGA----AAAAAAACACACA--CACTTAGAGATAA-T-T-TTTAAGAC-AAAT----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--AC--GAGACC--TAA------TA----T--A----GA--GTTGAATAAACT--TTCACAA--T--AAC--TCC-GTCTTGT-ATGGTAAA-----C----GAGATACCTG---AGGTTGAAATTTGGATTTCCATGCTC-AAATCGAAG-AATATTCTC--AGGATTATTGGTGAATA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                  gGTGATATTCACCAACGATTCTTAAGAATATTCTTA-GACTTGAGCTCAGGAA-TGAAGTTTGAAAA----A----------AG--CACTAAGATACCA-T-T-ATTGAGGCCAAAA----TT-TGCA-AG--TA--TGTA--GG--GACACC--TAA------TA----T--A----TA--GTCAAGCACACT--CTCACAA--T--TAT--TCG-ATT-TTTCATGGTAAG-----CTATATAGATATCTA---AGATTGAAATTTAAATGATCAAGTTT-AAGTCAAAG-ACTATTCTC-AAGAATTGTTGAAGAATACGA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                gggGCGGTATTCTGCAACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GAATTGAATTCAAAAA-TGAATTT--AAAATAGCA----------CAAACACTTGGAGACCA-T-T-TTTGAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CA--TGTA--AC--ACCACC--TAA------TA----T--G----TA--GACAGATTAACT--CTCATAA--T--TGT--TAT-ATC-TGTTATGATAGA-----C----TAGATGTCAC---CGTTTTAAATCTGGATTTTCAAGCTT-CAGTCTAAG-AATATTCTCAAAAAAAAGTTGGTGAATAC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                  ggTGTTATTCACCTACCATTCTTAAGAATATTCTTA-GACATGAACTCAATAA-TGAACTTTGAAAC----A----------AT--CACTTAGATACTA-T-T-TTT-AGATCAAAA----TG-TCCA-AA--CA--TGTA--GG--GACAAC--TAA------TA----T--AA---TAAAGTCAAATAAACT--CTCACAA--T--TAT--TAT-AAC-TGCCATGGTAAA-----A----TAGATATCTA---AGGTTGAATTTTGGATTTTCTAGCTC-GAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAATGGTTGGTGAATACGAta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                 gtGTGGTAATCACCAACCATTCTTAAGAATAGTCTTA-GACTTGAACTCAAGAA-TTAATTTTGAAAA----A----------CA--AAACTAGAGACCA-T-TGTTTGAGGCCAAAA----TT-GGCA-AA--CG--TGTT--CA--GACACC--TAA------TA----T--G----TA--ATCATATAAACT--CTCAAAA--G--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGGAAA-----C----TAGATATCTA---AGTTTGAAATTTGGATTTTCAAGCTC-AAGTCTAAG-AATATTCTC-AAGAACTGTTGGTGAATACGACC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                   GTGATATTCACCAAACATTCTTAAGAATATTCTTA-GGCTTGGACTCAAGAA-CGAATTTTGATAA----A----------CA--CACTTACAGACTG-T-TGTTTAAGACCAAAA----TT-TGCA-AG--CT--TGTA--GA--GACACC--TAA------TG----A--A----TA--ATCAAATAAACT--CTTATGA--T--TAT--TAT-TTC-TGTCATGGGAAA-----C----TAGATATCTA---AGGTTGAAATTTGGATTTACAAGCTC-ATGTCTAAA-AATATTTTC-AAGAACGATTGGTGAACACGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                 ggGTGGTATTCACCAACCATTCTTGAAAATATTCTTA-GACTTGATCTCAAGAA-TGATTTTTGAAAA----A----------CA--CACTTAGAGACCA-T-T-TTTGAAACCAAAA----TT-TGTA-AG--TA--TGTA--GG--AACACT--TAA------AT----T--A----TA--GCCAAACAAATT--CTCACAG--T--TAT--TCT-ATC-TGTCATGGTAAA-----C----TAGAAATTTA---AGGTTGGTATTTGGATTTTCAAACTC-AAGTTTAAGAAATATTCTC-ATGAATGGTTGGTGAATAC

Unaligned ( gi|28 ): TAATGTTTGTTTGAAATAGCTATTTAGACAAAGG