lowQualScore : 1111 111 11 1 111 1111 111 11111111 111 11 1 111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 3333333333333 1111111 11 222222 1111111111 11 11
lowQualScore : 5 0000 5 9 333 66 5 4 4 4 33 4 4 66 888 0 0 66 0 3 6 8 555 8 33 0000 66 4 1 2 22 6 2 6 111 44 4 2 2 99999999 2 44444 9999 444 11 444 1 5555555 11 2 1 3 44 0 22 5 66666 5 22 6 1 44 66 0 0 222 5555555 2 1 1 999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 1 444444 22 2 0 7 4 0 8 3333 4 888 2 000000 8 333 9999999999999 33 11 22 4 2222222 5 0 33 5 3 4 1 555555 33 6666666666 6 3 2 44 88 55555 1 55 2 5555 8888888 2 2 1 11
lowQualScore : . .... . . ... .. . . . . .. . . .. ... . . .. . . . . ... . .. .... .. . . . .. . . . ... .. . . . ........ . ..... .... ... .. ... . ....... .. . . . .. . .. . ..... . .. . . .. .. . . ... ....... . . . ... ................................................................................................................................. ... . ...... .. . . . . . . .... . ... . ...... . ... ............. .. .. .. . ....... . . .. . . . . ...... .. .......... . . . .. .. ..... . .. . .... ....... . . . ..
lowQualScore : 7 6666 1 0 888 99 0 0 4 4 88 4 3 99 888 1 1 99 1 8 0 5 666 4 22 6666 11 4 9 5 88 0 0 0 888 88 2 5 2 11111111 0 88888 1111 777 77 333 8 2222222 99 8 7 1 66 7 44 4 22222 0 33 7 7 00 99 5 6 888 2222222 9 6 6 666 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666 5 999999 00 0 7 0 6 6 3 9999 3 444 2 333333 9 999 7777777777777 11 99 99 2 6666666 7 1 77 5 8 2 9 444444 22 3333333333 3 9 1 88 77 33333 1 44 7 7777 7777777 7 7 5 00
consensus : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGAC---AACATAT--CGTCCAAGGC-GTCAAA-GACTC-TG-GGATTT-CTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAG-GTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAAC--ATGA-T-AANCAA--TCTAGGNTGGGAT-TCACTCGCACA---T---AGAAGG--AGAAC---NCAG-A-GACTNACA--ATGCTC------TACAAG-ATCCA-AGGA--GGCTT-GGTAGACGTCGACCCAGG---AC-CGA--TA-C-T--C--AGGCGCAG---C-------GACACGCGT-AC-CA---GAGG---T---CACC--------G------AT-TCT-NCC------AACC------NA--CC------GCATC-----C---C--A-G--A-G---------TG--TA--------C--AA--GT--------ACTC---CTT-CTAC-----CCG-AGGACCATACGGGAATGGAACAGGCTTCCCGC-AGCG----ATCACCG-ATC-A--T---CC-CAC---CAT--C--GG--A---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTCGCAGT--CCCGGCAACCTTCTTCGTC-GGTCCG----TAG--GAGNTA-----GCCGTCGTGTATATG-ATTT-TAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
Reference ( gi|2 ) : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTAGAC---AACATAT--CGTCCAAGGC-GTCGAA-GACTT-TG-AGATTT-CTTCGTCAGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACAAGAGTATACTTCATCAGCATGGGATCCTCACC---TAATCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAG-GTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAAC--ATGA-T-AATCAA--TCTAGAATGGGAT-TCACTCGCACA---T---AGAAGG--AGAAC---CCAG-A-GACTTGCA--ATGCTC------TACAAA-ATCCA-AGGA--GGCTT-GGTAGATGTCGATCCAGG---AC-CGA--TA-C-T--C--AGGCGCAA---C-------GACATGCGT-AC-CA---GAGG---T---CACC--------G------AT-TCT-TAC------AACC------TA--CT------GCATC-----C---C--A-G--A-G---------TG--TA--------C--AA--GT--------ACTC---CTT-CTAT-----CCG-AGGACCATACAGGAATGGAACAGGCTTCCCAC-AGCG----ATCACCG-ATC-A--T---CC-CAC---CAT--C--AA--A---C--TTTAAGGT--TGC-CCT------AGTCGCAGT--CCCAGCAACCTTCTTCGTC-GGTCAA----TAG--GAGTTA-----GCTGTCGTGTATATG-ATTA-TAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|3 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACTAAAGACCCATGTCGAC---AACATAT--CGTCCAAGGC-GTCATA-TACTC-TG-GGATTT-ATTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAGAGAGGT---ACGCGAGACAATCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGTTTG----GAA--CAG-GTACAAAGACGGGCAGCTCGTTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAAC--ATGA-T-AACCAA--TCTAGGATGGGAT-TCACTCGCACA---T------AGG--AGAAC---CCAG-A-GACATACA--ATGCTC------TACAAA-ATCCA-AAGA--GTCTT-GGTTGATGTCGATCCAGG---AC-CGA--TA-C-T--C--AGGCGCAA---C-------GACATGCGT-AC-CAGAGGAGG---T---CACC--------G------AT-TCT-ACC------AACC------TA--CT------GCATC-----C---C--A-G--A-G---------TG--TA--------C--AA--GT--------ACTC---CTT-CTAT-----CCG-CGGACCATACA-GAATGGAACAGTCTTCCCAC-AGCG----ATCCCCG-ATC-A--T---CC-CAC---CAT--CGAAG--A---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTCGTAGT--CCCAGCAACCTTCTTCGTC-GGTCCG----TAG--GAGTTA-----GCCGTCATGTA-------TA-TAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGATTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|6 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGAC---AACATAT--CATCCCAGGC-TTCAAA-GACTC-TG-TGATTT-CTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCCAGACAACCTACAATACACT--GGTTCGACCAACAGTAGAGTATGCTTCATCAGAATGTGATCCCTACTACATAATAACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAG-GTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCGAAC--ATGA-T-AAACAA--TCTAGGATGGGAT-TCACTCGCACA---T---AGAAAG--AGAAC---CCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TAC-AA-ATCAA-GGGA--GGCTT-GGTAGATGTCGATCCAGG---AC-CGA--TA-C-T--C--AGGCGCAA---C-------GACATGCGT-TC-CAGAGGAGG---T---CACC--------G------AT-TC--TACA-----AACC------AA--CT------GCATC-----C---CAGA-G--A-G---------TG--TA--------C--AA--GT--------ACTC---CTT-CTAT-----CCC-AGGACCATACAGGAATGGAACAGGCTTCCCAC-AGCG----ATCACCG-ATC-A--T---CC-CAC---CAT--CGAAG--A---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------ATTCGCAGT--CCCAGCAACCTTCTTCGTC-GGTCCC----TAG--GAGTTA-----GCCGTCGTGTATATG-ATTT-TAA--T-----TGTAATATATCGGGCGGTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTA-AT-CCCCt
gi|5 : CATATTTTAGAAGCCGGTCAACAGTGCAAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGAC---AACATAT--CGTCCAAGGC-GTCAAA-GACCC-TG-GGATTT-CTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAG-------ACAAC---CT--A-------CAATACACTGGTACG----ACCAACACAA-------ACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAG-GTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAATTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGCCCAAC--ATGA-T-AACCAA--TCTAGGATGGGAT-TCACTCGCACA---T------AGG--AGAAA---CCAG-A-TACTTACA--TTGCTC------TTCAAT-ATCCA-AGGA--GGCTT-GGTAGATGTCGACCCAGG---AC-CGA--TA-C-T--C--AGGCGCCA---C-------GACATGCCT-AC-CAGAGGAGG---T---CACC--------G------AT-TC--TACT-----AACC------TA--CT------GCATC-----C---CAGA-G--A-G---------TG--TA--------C--AA--GT--------ACTC---ATT-CTAT-----CCG-AAGACCATACAGGAATGGAACAGGCTTCCCAC-AGCT----ATCTCAG-ATC-A--T---CC-CAC---CAT--CGAAG--A---C--TTCAAGGT--TGC-CCC------AGTCGCAGT--CCTAGCAACCTTCTTCGTC-GGTCCG----TAG--GAGACA-----GCCGTCGTGTATATG-ATTT-TAA--TTGTAATGTAATATATTGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGACG-GCC----GT-------TTCAAC-CCCCCTTTCT--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAAa
gi|9 : CATATTTTAGAAGC-AGCCGACAGTGCCAAGTATATTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGAC---AACATAT--CGTCCAAGGC-GTCAAA-GACTT-TG-GGATTT-CTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTATAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCACACC---TAACCACTGACATTAACCAGCTG----GAA--CAG-GTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAAC--ATGA-T-AATCAA--TCTAGGATGGGAT-TCACTTGCACA---T------AGG--AGAAA---CCAG-A-GACTAACA--ATGCTC------TACAAA-ATCCA-AGGA--GGCTT-GGTAGATGTCGATCCAGG---AC-CGA--TA-C-T--C--GGGCACAA---C-------GACATGCGT-AC-CAGAGGAGG---T---CACC--------G------AT-TCT-ACC------AACC------TA--CT------GCATC-----C---CAGA-G--A-G---------TG--TA--------C--AC--GT--------ACTC---CTT-CTAT-----CCG-AGGACCATACAGGAATGGAACAGGCTTCC
gi|7 : CATATTTTGGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCCTGGTGTCTCCATCAGCAAAGATCTCTC----ACCAAAGACACA---AGACGAAAACACAT--CGTCCAAGGC-GTCAAA-GACTC-TG-GGATTT-CTTCGTCGGGACCTTCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACC
gi|55 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACTGTGCCAAGtcgctttgtaatgcgcaactattgggagaggacccaaggataagtgtccaacatgataaccaatctaggtagggattcactcgcacataggagaacccagagacttacaatgctctacaaaatccaaggaggcttggtagatgtcgattcaggaccgatactcaggcgcaacaacatgcgtaccagaggaggtcaccgattctaccaacctactgcatcccagagagtgtacaagtactccttctatccgaggaccatacaggaatggaacaggcttcccacaccgatcatcccatcatcggagacttcaaggttgccctagtcgcagtcccagcaaccttcttcgtcggtccgtaggagttagccatcgtgtatatgattttaattgtattatatcagacgcttttaattgtaaataggctaaaggaggatggctgtttcacccctctcaccaggtcaact
gi|1 : cATATTTTAGAAGC-AGCCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGAC---AACATAT--CGCCCAAGGC-GTCAAA-GACTT-TG-GGATTT-CTTTGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACACGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGGCTG----GAA--CAG-GTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCAAGAATGTGTGTTCAAC--ATGA-T-AATCAA--TCTAGGATGGGAT-TCACTCGCACA---T---AGAAGG--AGAAC---TCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA-ATCCA-AGGA--GGCTT-CGTCGATGTCGATCCAAG---AC-CGA--TA-C-T--C--AGGCGCAA---C-------GACATGCGT-AC-CAGAGGAGG---T---CACC--------G------AT-TCT-ACC------AACC------TT--CT------GCATC-----C---CAGA-G--A-G---------TG--TG--------C--AA--GT--------ATTC---ATT-CTAT-----CCG-AGGACCATACAGGAATGGAACAGGCTTCCCAC-AGCG----AACACCA-ATC-A--C---CC-CAC---CAT--CGAAG--A---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTAACAGT--CCCAGCAACCTTCTTCGTC-GGTCCG----TAG--GAGTTA-----GCTGTCGTGTATATG-ATTT-TAA--T-----TGTAATATATCGGGCCTTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|4 : GACAGTTCGAAATACCCTGGCGTCACAATCAACAATGACCTGTCCTGGACCAAA----CACATCGAC---AACGTAA--CCTCTAAGGCTGCCAAA-TCCTTATG----TTTGCTTCGTCGGAACCTGTATAAC-GCTGACCAG-GATGTTAGACGTG---CAACCTACACTGC-CTTCGTTGCT-CCTACTCTGGATTATGCTTCGTCCGTTAGGGACCCCTACCAG-GAA--ACGGACATTTACCAACTACAGAGAATCCAG----CGAAGAGGGTCA---CGATATGTCCTGAACAACTATACCGACAGAACACCAGGCTTTGTCACCGGT--ATGC-T---TTAGGGCCCAGGGTGG-ATACCACTTGTAGA---TCTTAGAAGG---GAACATCCC------------------CTC------TACAAG-ATCCA--GCACCAGCT--GGTTGACCTGGACCCTGG---AC-CCA--CA-A-T--A--AGACCAAA---C-------GACAGGAGA-AC-GA---GAGG---A---GACG--------T------GTGTCTATACCAGTCAAACG------CA--CT------AAA-----------C--A-G--A-G---------TA--TA--------C--AA--GA--------CCTC---GTT-CTAC-----CCA-CGGACCATCCAAAACTGGAACAGACTACCAGT-AGCA----GCCACCG-G-C-A-------C-GAC---CACGCT--AG--AGGGC--TTCAAGAC--TGA-CAT-----------CAGG--TC-AGCGGC-----TGGTCCAGCCAACTACTAG--GGACCA------CCGCAGTGTATATA-ATTT-TAA--C-----TGTA-CAT-CCAGACATTTTTAACTGTAAATACTACTGGAAAGGGGCG-ACT----GT-------CTC-AT-TCTCC-AATTTAAGGTCAATCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTATTACCGGAAAA
gi|19 : catactggaaaagacaTC----GCCAAAGACGCA-GCAGACT--AAC-TATGATGTTCAAGAT-GCAGAACAACCT-TGTAGACAT-CCCC-TCAGA
gi|8 : gccaccaatatgatgccagaccttggtgggggagtcctttgaatgAA-GACCC-TG-GGATTT-CTTTGTCGGAACCTGCATTACTGC--ACTAAAGAGGT---ATGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACAACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACC---TG----GAA--CAG-GTACAAAGACGGGCAGCTGGCTTTGTAATGCGCAACTATTAGGAGAGGACCCCACGATGTGTGTCCAGC--ATGA-T-AACCAA--TCTAGGATGGGAT-TCACTCGCACA---T---AGAAGG--AGAAC---CCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA-ATCCA-AGGA--GGCTT-AGTAGATGTCGATCCAGG---AC-CGA--TA-C-T--C--GGGCGCAA---T-------GATATGCAT-AC-TAGAGGAGG---T---CACC--------G------AT-TCT-ACC------ATCC------TA--CT------GCATC-----C--------A--A-G---------TG--TA--------C--AA--GT--------ACTC---CTT-CTAT-----CTG-AGGACCATACAGGAATTGAACAGGCTTCCCAC-AGCG----ATCACAG-ATC-A--T---CC-CGC---CAT--C--AAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------GGTCG------CCCAGCAAC---CTTTGTC-AGTCCG----TAG--GAGATA-----GCCGTCTTGTATAT--ATTATTAA--T-----TGTAATATCTCGGGCACTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCATCTTCACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACTGGAAGAAcaggtacctccagcgcagcaacacccgcactcaagggttcacacccgcacacaggttcttccaagaacgcatcaacgatgctacctacgccaactccttctaccaaaggacgataagagagtggaactgtctccccactagcgtagtgacagctacaacccaggaagccttcagaagtctccttgcggagtgacctgaccacagatcaccaaacaggacagtattgtacatagttttatctataaattttattattttaacttgaagactgcaggccatcacgcagatgttctttgagagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|11 : GATGTTGACAAACT-------A--CAGAGTCCAGCGAAGAGTGGCATGATATGTCCTGAACAACTATACCGACAGGACCCCAGGCTGTGTCACCGGT--ATAC-T---TCAAGGCCTAGGAT-GGATACCACTTGTAAATCTT---AGAAGG---GAACA--CC------ACCC-CATTATGTTC------TACAAG-AT-CA-AGCACCAGC-T-GGTTGACCTGGACCCGGG---AC-CCG--TA-A-T--C--AGACAAAA---CTAGAGGAGACATGCGC-AT---------G---T----AC-------------------------C------AGCC------AA--AT------GCA-C-----CAAAC--A-G--A-G---------TA--TA--------A--AA--GA--------CCTC---GTT-CTA------CCGCCGGACCATCCAAGACTGGAACAGACTACCAGT-AGCA----GCCACTG-A-C-A--TGA-CCACGC---TAG--A--GG--G---C--TTCAAGAC--TGC-CATCAGGTCAGTGGCTGG--TCCAGCCAACT-------------AC----TAG--GGACCA------CAGCAGTGTATATG-ATTT-TAA--C-----TGT-ACAT-CCAGACATTTCTAACTGTAAATA---CCACTGGTATATACGCCCCAACT-------CTC-AT-TCCCC-AATTTAAGGTCAACCGTACAGTCTGAGAAGACTCCTGACCTATTACAGGAAGAAt
gi|10 : --CAG-GTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGAACCCCAGGATGTGTGTCCAAC--ATGA-T-AACCAA--TCTAGGATGGGAT-TCACTCGCACA---T---AGAAGG--AGAAC---CCAG-A-GACTAACA--ATGCTC------TACAAA-ATCCA-AGGA--GGCTT-GGTAGATGTCGATCCAGG---AC-TGA--TA-C-T--C--AGGCGCAA---C-------GACATGCGT-AC-CAGAGGAGG---T---CACC--------G------AT-TCT-ACC------AACC------AA--CT------GCATC-----C---CAGA-G--A-G---------TG--CA--------C--AA--GT--------TGTC---CTT-CTAT-----CCG-AGGACCATACAGGAATGGAACAGGCTTCCCGC-AGCG----ATCACCG-ATCAA--T---CC-CAC---CAT--CGAAG--A---C--GTCAAGGT--TGC-CCT------AGTCGCAGT--CCCAGCAACCTTCTTCGTC-GGTCCG----TAG--GAGTTA-----GCCGCCGTG--TATG-ATTT-TAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-CCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACTGGAAGA
gi|7 : CTCGCTTTGTAATGCGCAACTATTGGGAGAGGACCCAAGGATAAGTGTCCAAC--ATGA-T-AACCAA--TCTAGGTAGGGAT-TCACTCGCACA---T---AG---G--AGAAC---CCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA-ATCCA-AGGA--GGCTT-GGTAGATGTCGATTCAGG---AC-CGA--TA-C-T--C--AGGCGCAA---C-------AACATGCGT-AC-CA---GAGGAGGT---CACC--------G------AT-TCT-ACC------AACC------TA--CT------GCATC-----C---C--A-G--A-GAG-------TG--TA--------C--AA--GT--------ACTC---CTT-CTAT-----CCG-AGGACCATACAGGAATGGAACAGGCTTCCCAC-A-----------CCG-ATC-A--T---CC-CAT---CAT--CGGAG--A---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTCGCAGT--CCCAGCAACCTTCTTCGTC-GGTCCG----TAG--GAGTTA-----GCCATCGTGTATATG-ATTT-TAA--T-----TGTATTATATCAGACGCTTTTAATTGTAAATAG-GCTAAAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTCACC--AGGTCAACtg
gi|14 : catattttggaagcagtcgacagtgccaagtatcctggtgtctccatcagcaaagatctctcaccaaagacacaagacgaaaacacatcgtccaaggcgtcaaagactctgggatttcttcgtcgggaccttcataactgcactaaagaggtacgcgagacaacctacaatacactggtacgaccaacactagagtatgcttcatcagcatgggatccccacctaacCGACTATTCGACTAAGACCCCAGGATGTATCTCCAAC--ATGCTT-AAAGAA---CTGAACTGGGAT-CCCCTTGAACAGCGT---CGAA------AAC---ACAGCC-GGCTCTCC--ATGATG------TATAAG-ATCCGCAACA--ATCTT--GTAGACATCAACGCA-G---ACAAGT--TC-C-T--CCAAAGCG--G---C-------GACGCGCGT-AC-CA---GAGG---G---CAACATA-----G------GC-TTT-TCC------AG--------GA--GC------GTATCAAAGAC---C--A-GATA-C---------TG--T---------C--GA------------ACTC---CTT-CTTC-----CCA-AGGACAGTGCGAGAATGGAAT---CTTCTTCC-TGCC----AGCACCG---T-A--T---CTGCACCTACGT--T--GG--ATG-C--TTTCAGGT--TACTCCT------GGT-GGAGTA-ACCTGATACTTTCTTCATC-AGACA--------------TG-----ACTAC--TGTATATA-GTTT-TAAATT-----TTTAACATt
gi|15 : tttcaaCGACTATTCGACTAAGACCTCAGGATGTATCTCCAAC--ATGC-TTAAAGAA---CTGAACTGGGAT-CCCCTTGAACAGCGT---CGAA------AAC---ACAG-CCGGCTCTCC--ATGATG------TATAAG-ATCCGCAACA--ATCTT-G-TAGACATCAACGCAAC---GC-AGT--TC-C-T--CCAAAGCG--G---T-------GACGCGCGT-AC-CA---GAGG---A---CAACATA-----G------GC-TTT-TCC------AG--------GA--GC------GTATCAAAGAC---C--A-GATA-C---------TG--T---------C--GA------------ACTC---CTT-CTTC-----CCA-AGGACAGTGCGAGAATGGAAT---CTTCTTCC-TGCC----AGCACCGTATC----TGCGCC-TAC---CTT--G--GAT-G---C--CTTCAGGT--TACTCCT------GGT-GGAGTAACCTGAC-ACTTTCTTCATC-AGACA--------------TG-----ACTAC--TGTATATA-GTTT-TAAATT-----TTTAACATttgagacttctgtgcaccaccaccacgcctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatatggaagaagaag
gi|17 : ttttcaaCGACTATTCGACTAAGACCCCAGGATGTATCTCCAAC--ATGCTT-AAAGAA---CTGAACTGGGAT-CCTCTTGAACAGCGT---CGAA------AAC---ACAGCC-GGCTGTCC--ATGATG------TACAAG-ATCCGCAACA--ATCTT--GTAGACATCAACGCA-G---ACAAGT--TC-C-T--CCAAAGCG--G---C-------GACGCGCGT-AC-CA---GAGG---A---CAAC--------ATAGGCTAT-TCC-AGG------AGCG------TA--TC------ATAGA-----C---C--A-G--ATGC--------TG--T---------C--GA------------ACTC---C-T-CTTC-----CCA-AGGACAGTGCGAGAATGGAAT---CTTCTTCC-TGCC----AGCACCG---T-A--T---CTGCGC---C-T---------A---C--CTT--GGA--TGC-CTTCA----GGTTGGAGTAACCTGAC-ACTTTCTTCATC-AGACAttgagacttctgtgcaccaccaccacacctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatatggaagaa
gi|16 : tttttaaCGACTATTTGACTAAGAACCTAGGATGTATCTCCAAT--ATGCTT-AAAGAA---CTGAACTGGGAT-CCCCTTGAACAGCGT---CGAA------AAC---ACAG-CTGACTCTCC--ATGATG------TACAAG-ATCCGCAACA--ACCTT-GTT-TACATCAA---AGC---ATACAAGTTC-C-T--C--CAAAGCAG---C-------GATACGCAT-AC-CA---GAGG----------------------------------AC------AACA------TAGGCT--------ATT-----C---C--AGG--A-G---------CG--TATGAAAGACC--AG--ATACTGTCGAACTC---CTC-CT-C-----CCA-AGGACATTGCGAGAATGGAAT---CTTCCTGC-TGCATTGTATCAGCG------------CT-TAC---CTTG-G--AA--G---C--CTTCAGGT--CAC-TCC------TGTTGGAGTAACCCGAC-ACTTTCTTCACC-AGACAtgactactgtatatagttttaaatttttaacttttgagacttctgttcaccaccaccacgcctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatat
gi|20 : gttttcaaGAAGACCCCAGGATGCGTCTCTGATAAATGA-T-Atgataactgtatatcaacatttgagacttctgtgcaacatcaccacgcctagtctcgtagtgctacatacgttctttcaagaaccaagctcagtatatagaagaag
gi|13 : gtcttcaatgactattctacAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAAC--ATTA-T-AAACAA--TTTAGGATGGAAT-TCACTCGCACA---T---AG---G--ATAAC---CCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA-ATCCA-AGGA--GGCTT-GGTAGATGTCGATCCAGG---AA-CGA--TA-C-T--C--AGACGCAA---C-------GACATGCGT-AC-CA---GAGGAGGT---CACC--------G------AT-TCT-ACC------AACC------TA--CT------GCATC-----C---C--A-G--A-GAG-------TG--TA--------C--AA--GT--------ACTC---CTT-TTAT-----CTG-AGGACCATACAGGAATGGAACAGGTTTCC-AC-AGCG----ATCACCG-ATC-A--T---CC-CAC---CAT--C--GA--AGA-C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTCGCAGT--CCCAGCAACCTTCCTCGTC-GGTCCG----TAG--GAGATA------CCGTCGTGTATATG-ATTT-TAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-ACTAAAGGAGGACG-GCT----GT-------TTC-AT-ACTACTAACC--AGGTCATCTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACATTTAACCGGAAGAAtttgagagtccctcgaagagcttcaaatacacagccggctatccatgatgtacaagatctgcaacaatgttgtagacatcaacacctccaaagcggtgtcactcggacaacacaggctgttccaggagcgtataacagaactcctttttcccaaggacagtgcgagtatggaattttctcccaggaagcatagtacctgcgcataccctggatgccttcaggtcactccttgtggggtaccctgacacttcttcaccagacatgactctgaaaatagttttgaaattttaacaaaacctgagacactgtgtgtgactgtcaccaccatgccgcatcttgttgagctacatatattctattaagagcctagctctgtata
gi|12 : aAAGACCTCAGGATGTGTCACCAAT--ATGA-T-GTCTGA--CCTTTGCTGGGAG-TCCCTCGAATG---T---CGCCGA--AG-AC---GCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TACAAG-ATACAGAACA--ACCTT--GTAGACATCCCCTCA-G---AC-AGG--TATC-T--C--CAGCGCAG---C-------GACACCCGC-AC-TC---GAGG---TCAACACA--------G------GT-TCT-TCC------AA--------GA--AC------GCATC-----A---A--C-G--A-C---------GC--TA--------C------CT--------ACGCCAACTC-CTAC-----CCA-AGGACGATAAGAGAGTGGAACTGTCTCCCCACTAGCG----
gi|23 : gtcttcaacgactattctaccAAGACCCCAGAATGTGTCACCAAT--ATGA-T-GTCTGA--CCTTGGCTGGGAG-TCCCTCGAATG---T---CGCCGA--AG-AC---GTAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TACAAG-ATACA-GAAC--AACAT-TGTAGACATCCCCTCA-G---AC-AAG--TATC-TG-C--A-GCGCAG---C-------GACACCCGC-AC-TC---GAGG---TCAACACA--------G------GT-TCT-TCC------AA--------GA--AC------GCATC-----A---A--C-G--A-C---------GC--TA--------CCTAC--GCCA------ACCC---TTT-CTAC-----CCA-AGGACGATAAGAGAGTGGAACTGTCTCCCCGCTAGCtagtgacagctacaactcgggaagccttcatgactctcctcgcggggtgacctgaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacataattttatctttaaattttaccattttaacttggagactgcaggccatcacacagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgtgagcccagctcagtatagggagaa
gi|21 : tcttcaacgactattctaccACCCCAGGAATTATCACCAAT--ATGA-T-GTTAGA--CCTTGGCTGGGAG-TCCCTCGGATG---T---CGCCGA--AG-AC---GCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TTCAAG-ATAC--AGAA--AACCT-TGTAGAC-----CCCCAG---AC-AGG--TACC-T--C--CAGCGCAG---C-------GACACCCGC-AC-------AGG---------------------------T-TCT-TCC------AA--------TA--AC------GCATC-----A---A--C-G--A-C---------GC--TA--------CCTAC--GCCA------ACCC---CTT-CTAC-----CCA-AGGACGATAAGAGACGGGAACTGTCTCCCCACTAGCG----atagtgacagctacaactctggaagccttcaggactctcctcgcgtggtgacctgaccacacaccaccaaacagaacaacattgtacataattttatctttaaattttaccatttcaacttgga
gi|26 : tcttcaacgactattccaccaatTGTGTCGAGA--ATGA-T-CAGCAA--CCTAGGATGGAAG-TC--TCGAGCG---T---TGAAGG--CTGAC---TCGG-T-CATTCAAA--ATACTC------TATAAGGAT----AAGA--TGCAG-GGTGG-T-TTGATC-ATG------CAA--TA-C-T--C--AGGTCTAA---T-------GACAAGCCT-AC-CA---GAGG---TGGTTACT--------G------AT-TCT-ACC------AACC------AA--CT------GCACC-----C---A--A-G--A-G---------AGCCTA--------C--AA--GT--------ACTT---GTT-CTAT-----CCG-AGAACCATACAG---TGGAACAGGCTTCTGAC-ACTG----A-CAACA-GTC-A--T---TC-TGC---CAT--C--GA--AGG-C--TTTAGAGT--TGC-CCT------GCTAGCAGT--TCCGGCATCTTTATTTGTT-GGTCTG----TAGATGA-TGA-----GC-ATCGTG--TACC-ATTA-TGT--T-----TCAAATATAtagtgacagctacaactctggaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacatagttttatttttaaattttaccattttaacttggactgcattccatcacgcagacccagtctcgttgatctatcgacgttctttagagcccagctcagtatagagagaa
gi|22 : ggga---T---AAAAAG--CAAAC-----AG-G-G--TTTCA--ATGTTA------TAAAGA-ATTCA-GCAA--GGCTT-GATAGATCT---TCCAAACA-AC-TGA--TA-T-TTGC--ATG-ATAG---T-------GACAGTCGT-AC-CA---Ga
gi|18 : tctactactacaaaaccctcaggctgcgtcacaagaaaggttaaggacct---AGAAGGAAAGAAA---AC---A-GGCTTTCA--ATGAACATGTAGTATAAA-ATTCA-ACAC--GGTTT-AGTAGAC----ATCCATGACAAC-CGA--TA-C-C--T----GCGTAAAAGT-------GACAGTCGCAAC-TG---AAGG---CAA-CACA--------G------GT-TCT-----------ACCAGGAAGTA--AT------ACA--------------A-G--A-C---------GG--CA--------C--AT--ATGGCA----ACTC---ATT-CTTC-----CCC-AGGACAGCAAGGGACTGGAgataaaaaacaagaaagcacatacttcaattccttttccccaggtctgtaagggactggagccaactcccatccagagtagtttctgtcacctaactaaaagaattcagatcaatccttcaggtatgatctgtctggccaatccagaattcagagatcttgtacatactttcagttgtaaatagccatttggaaatgatgtacgctatcagcacatcatgttttaattgctgagctgttaactgtctggaagatcccagctgattatttggaagaaga
gi|25 : gttttcaatgactattacagctaattcccagggtgcggcacaagactggttaaggaccgtaacgaggagccgctagaagccAAGA--AGA-C---TCAG-C-GTCTCATG--ATGCTC------TGTAAG-AT----------GTCTTTGGTAGACATTGCTCCACG---AC-CAA--TA-C-T--T--ATATATTC---C-------AACA-GAG----------GAGG---T---CGCC--------G------AT-CTC-TACC-----AACC------AA--TT------GCA-C-----C---T--A-GCGA-G---------TC--TA--------C--AA--GT--------GGTC---ATTATTATAATCGCCG-GGAACCATACAGGAATGGAACAGAC-TCCGGC-ACTG----ACAACTG-ATC-A--T---TC-TAC---TAC--C--AA--A---CGATTT--GGTGGTGC-CGT------GCTAGCATT--TTCGACAACTTCATTCGTC-TGTCA-----------------------------------G-ATT--TAT--T-----TGTAACATATTGTGCGATTTC-ATTGTAAATAC-TGTATAAGTAGATG-GCT----GTGCCCCCCCCC-CC-CCCCCTTTTC--AGGTCAACTTAGCAGTCTAAGAATACTCATTACCTTACTCCGGAAGAtcccattcagagtagtgtttgccgcctcactggacgagttcagatccctctttcgggtgtgaactgtctgaccgaatcgaaactcagagattgtacatacttttaaatgtaaattgccattggcaaatgatgtatgccaccactatgacatgtttcaatcgctgagttatttacgatctt
gi|24 : AC---GCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TTCAAG-ATACAGAACA--ACCTT-G-TAGACATCCCCTCAG----AC-AGG--TATC-T--C--CAGCGCAG---C-------AACACCCGC-AC-TC---GAGG---T---CAACACA-----G------GT-TCT-TCC------AAG--------A--AC------GCATC-----A---A--C-G--A-C---------GC--TA--------CCTAC--GCCA------ACTC---CTT-CTAC-----CCA-AGGACGATAAGAGAGTGGAACTGTCTCCCCAC-c
gi|19 : gAC---GCAGCA-GACTAACT--ATGATG------TTCAAG-ATGCAGAACA--ACCTT-G-TAGACATCCCCTCAG----AC-AGG--TA-CCT--C--CAGCGCAG---C-------AACACCCGC-ACTCA---AGGG---TTCACACCCGCACACAG------GT-TCT-TCC------AAG--------A--AC------GCATC-----A---A--C-G--A-----------TGC-TA--------CCTAC--GCCA------ACTC---CTT-CTAC-----CAA-AGGACGATAAGAGAGTGGAACTGTCTCCCCACTAGCG----tatcgtagtgacagctacaactctggaagccttcaggactctccttgcggggtgatctgacaacacatcaccaaacaggacaacattgtacatagttttatctttaaattttaccattttaacttggagaatgcaggccatcatgcagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgagagcccagatcagtatagggagaaga
gi|27 : gccaccaatatgatgccagaccttggtgggggagtcctttgaatgtcgccaaagGCGG---C-------GACGCGCAT-AC-CA---GAGG---A---CAAC-----------------------AT------AGGC------TA--TTCAAGGAGCATA-----T---C--A-A--A-GACCAGATACTG--T---------C--AA------------ACTC---CTT-TTTC-----CCA-AGGACAGTATGAAAATGGAAT---CTTCTTTC-TGCC----AGCACGGTATC-AGCG---CC-TAC---CTT--G--GAT-G---C--CTTCAGGT--CAC-TCC------TGCTGGAGTAACCTGAC-ACTTTCTTCACC-AG---A----CAG--GA----------CTAC--TGTATATA-GTTT-TAAATT-----TTTAACA-ATTGAGtagtgacagctacaacccaggaagccttcagaagtctccttgcggagtgacctgaccacagatcaccaaacaggacagtattgtacatagttttatctataaattttattattttaacttgaagactgcaggccatcacgcagatgttctttgagagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|20 : tgtagacatcaacgcagacaagttccttcaaaAC------AACA------CAGGCT------GT-TC-----C---A--G-G--A-G---------CG--TA--------T--AACAGA--------ACTC---CTT-TTTC-----CCA-AGGACAGTGCGAGTATGGAAtcttctgtgcaccaccaccatgcctagtctcgttgagctaagtacgttctttcaagaacccatctcagtatatggaagaagaa
gi|29 : gtcttcaatgactattctacgaagaccccaggatgcgtctctgataaatgatatttgagagtccctcgaagagcttcaaatacacagccggctatccatgatgtacaagatctgcaacaatgttgtagacatcaacacctccaaagcggtgtcactcggA--------C--AA--GA--------CCTC---GTT-CTAC-----CCT-CGGACCATCGAAGACTGGAACAGACTACCAGT-AGCA----GTCACCG-A-C-A--TGA-CCACAC---TAG--A--GG--G---C--TTCAAGAC--TGC-CAT-----------CAGG--TC-AGCGGC-----TGGTCCAGCCAACTACTAG--GGACCA------CAGCAGTGTATATA-ATTT-TAA--C-----TGTA-CAT-CCAGATATTTATAACTGTAAATACTACTGGAAAGGGGCG-ACT----AT-------CTC-AT-TCCTC-AATTTAAGGTCAACCTTACATTCTAAGAAGGTTCCTGACCTTTAACttttctcccaggaagcatagtacctgcgcataccctggatgccttcaggtcactccttgtggggtaccctgacacttcttcaccagacatgactctgaaaatagttttgaaattttaacaaaacctgagacactgtgtgtgactgtcaccaccatgccgcatcttgttgagctacatatattctattaagagcctagctctgtata
gi|28 : --------ACTC---CTT-CTAC-----CCA-AGGACGATAAGAGAGTGGAACTGTCTCCCCACTAGCG----
gi|35 : tcttccaagaacgcatcaacgacgctacatacgcca--TGC-CCT------AGTCGCAGT--CCCAGCAACCTTCTTCGTC-GGTCCG----TTG--GAGATATATATACCGTCGGGTATATG-ATTT-TAA--T-----TGTAATATATCGGACGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGATCGTTAACCtagtgacgactacaactctggaagccttcaggactctccttgcggggtgacctgaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacataattttatctttaaattttaccattttaacttggagactgcaggctatcacgcagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgtgagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|39 : TCGTGTTTATG-ATTT-TAA--T-----TGTTATATATCGAGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AA-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACATTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|40 : ATATGTAATA-TA---------TGTAATATATCAGGCCTTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-ACACCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTTCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|48 : --AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTATAACCGGAAGA
gi|45 : GGTAAACCATACAGTCTAC-AAGACTCCTGATCTGTA
gi|37 : GTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTTACCTATAACCAGAAGAAtttgtaaagaagaaga
19 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACCAGATACTGTAAAAATCCTTCCCAAGAACGTGCAAGAATGGAATCTTCTTCCTGCCAGCACGGTATCTACCTACCTTGGATGCCTTCAGATCACTCCTTGCCAAGTAACCTGACACTTTCTTCACTTGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTAACATTTGAGACTTCTGTACACCACCATCACGCCTAGTCTTGTTGAGCTACATATGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCATTAAATGGAAGA
Unaligned ( gi|31 ): CGCGTGTACCAGAGGATAACATTGGCTATTCCAGGAGCGTAAAAAAAGACCAAGAGTTGCAAACTCCTTCTTTCAAAGAACGGTTAGAGATTGAAATTCTCCCTGGATGCATTCGTGTCACTCCTCAGTGAGTAACCTGACACTTATTCACCAGACATGGCACTGTGAACAGTTTCCACCACAACGCCAGGTCTCGTTGAGCTGTATACATTCTATTTAGAGCCCACCGCAGTATATGTAAAAA
Unaligned ( gi|32 ): AACTTCTTCCCAAGGACAGTGCGAGAGTGGAATCCCCAGTTAGTAAGGTATCTTCGCCTTCAAGTCACTCCTCGCTAACACTTATTAACCAGAAATTACACTGTTAATAGTTTTAAATTTTCAACATTTGAGACACTGTGCACCACAACCACGCCAAGTCTCGTTGAGCTATATACATTATATCAAGAGGCCAGCTTAATATATGTAAGATGA
Unaligned ( gi|33 ): AAGGAAGCGACATACAATAAGTCCTTCCCATGAACTATTAGGGACTGGAACCAGCTACCATCTAGGTCCACCTCAGCAACTGCAATAATTTAGAGAAAACTACTAAAGCTAATTGCTATCCAGTGTCTGGCACCTACTTACATGCCAGATAGACCATTTATGTAATTTTAATGCTTTTAACTATAAAAAATTATTTGGGAAA
Unaligned ( gi|34 ): TATCTGCACCTACGTTGGATGCTTTCAGGTTACTCCTGGTGGAGTAACCTGATACTTTCTTCATCAGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTTAACATTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATATGGAAGAAGA
Unaligned ( gi|36 ): ACTCCAGGGCTTTCTCTTCACTGTGAGGGAATTTGGCCAGAGCCCTCTTCATCAGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTTAACATTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATAT
Unaligned ( gi|38 ): TCACAGGAAATACGACGTGTATATATAAATGTTTACCAAACAAAATTAATAAATGTGTGCACCACCACCATGCCTAGACGCATTGGCCTAACTACGTTATATCAAAAGCCCAGCCCAGTATATAGAATGAGAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGTATGTACTTTTAATTGTAAACAGCCATTAAGGAAAAAATGTACACTATCACAATGACATGTTTATCATTGAGTTAAATACCATCTGGAAAGATCCCAGTTAGATATTTGGAAGAAGATTA
Unaligned ( gi|42 ): CATGCTTGATTGTTTTTTACTTACACCTTATGGTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATA
Unaligned ( gi|43 ): TTTGGAAATGCTGTACGCCATCCTCATGTTTTTAATTGTTGAGCTATTTACAATCTAGAGATATCCCAGCTCACTATTTGGAAGATGAAGAA
Unaligned ( gi|44 ): AATTTCCATCCAGAGTGGTGTCTGCCAACTCACTGGAAGAGTTCATATTCCTACTTCAGATTTGACC
Unaligned ( gi|46 ): AAAAAGAAGAAATATTATATTGAAATCGGTTAAACTACTTTATTACCAT
Unaligned ( gi|47 ): AGCTATCGACGTTCTTTGAGAGCCCAGCTCAGTATAGGGAGAAGAAG
Unaligned ( gi|49 ): TGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCCGCTCAGTATACGGAAG
Unaligned ( gi|50 ): TTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATATGGAAGAAG
Unaligned ( gi|51 ): TCGACGTTCTTTGTGAGCCCAGCTCAGTATAGGGAGAAGAA
Unaligned ( gi|52 ): GAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATAT
Unaligned ( gi|53 ): TGTGTCCAGTTTGTTACCAAACTCAAGGAATTCG
Unaligned ( gi|54 ): CCAAAATCGGACAGTAACATAGTTCATTGCCA
Alignments
lowQualScore : 1111 111 1111 11111111 111 1 111 2222222222222222222222 111 333333333333 1111 111111111111 111 2222222 1111111 11 11 111111 11111111 11
lowQualScore : 5 0000 5 0 66 777 1 66 333 11 0000 66 1 0 2 3 3 1 1 777 0 1 1 3 3 4 77777777 444 55555 222 1 555 44 555 1 5555555 444444 22 0 2 44 1 1 2 2222 3 44 4 22 5 33 33 88 4444 333 0 1 888 5555555555555555555555 0 1 1 22 555 5 111111111111 66 2222 33 0 555555555555 222 1 33333 1 1 1 3 4 555 8 555555 99 2 22 333 6 333 2 22 6666666 22 5 22 4 1111111 66 2 33 55 3 0 0 11 44 999999 6 4444 0 1 00000000 1 5 2 5555 8888888 2 2 0 00
lowQualScore : . .... . . .. ... . .. ... .. .... .. . . . . . . . ... . . . . . . ........ ... ..... ... . ... .. ... . ....... ...... .. . . .. . . . .... . .. . .. . .. .. .. .... ... . . ... ...................... . . . .. ... . ............ .. .... .. . ............ ... . ..... . . . . . ... . ...... .. . .. ... . ... . .. ....... .. . .. . ....... .. . .. .. . . . .. .. ...... . .... . . ........ . . . .... ....... . . . ..
lowQualScore : 0 6666 0 9 11 888 9 11 999 22 6666 11 4 1 9 6 6 0 8 222 7 0 8 6 1 0 88888888 000 33333 444 0 777 22 222 8 0000000 444444 11 8 7 22 5 5 7 6666 1 66 4 00 9 55 55 11 2222 555 1 5 111 5555555555555555555555 2 5 0 11 888 0 888888888888 33 1111 77 6 777777777777 555 4 66666 0 6 4 5 0 000 0 777777 22 1 99 222 3 777 1 99 6666666 99 2 88 0 3333333 88 0 88 55 2 6 2 99 11 333333 2 0000 8 9 99999999 1 0 5 3333 1111111 5 5 8 33
consensus : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAACATGA-T-AANCA-A--TCTAGGNTGGG-AT-TCACTCGNACG---T---AG--AAG----G--AGAACNCAG-A-GACTNNCA--ATGCTC------TACAAG------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-CGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AGCGACA--CGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GGT-TCTNCCA--ACCGANCGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AA--GT----ACTC---CTT-CTAC-----CCGAGGACCATACGG-GAATGGAACAGNCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATC-A--T---CC-CAC---CATC--G--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCGG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGNTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
Reference ( family-2382 ) : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAACATGA-T-AANCA-A--TCTAGGNTGGG-AT-TCACTCGCACA---T---AG--AAG----G--AGAACNCAG-A-GACTNACA--ATGCTC------TACAAG------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-CGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AGCGACA--CGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTNCCA--ACCNACCGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AA--GT----ACTC---CTT-CTAC-----CCGAGGACCATACGG-GAATGGAACAGGCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATC-A--T---CC-CAC---CATC--G--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCGG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGNTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|1 : ATATTTTAGAAGC-AGCCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGCCCAAGGC-GTCAAAGACTTTGGGATTTCTTTGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACACGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGGCTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCAAGAATGTGTGTTCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCACA---T---AG--AAG----G--AGAACTCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-CGTCGA-TGTC---GATCCAAGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTACCA--ACCTTCTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TGC--AA--GT----ATTC---ATT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----AACACCA--ATC-A--C---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTA-AC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCTGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCCTTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|10 : --CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGAACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCACA---T---AG--AAG----G--AGAACCCAG-A-GACTAACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-TGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTACCA--ACCAACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--CAC--AA--GT----TGTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATCAA--T---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--GTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCGCCGTG------TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-CCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACTGGAAGA
gi|11 : GACAGGACCCCAGGCTGTGTCACCGGTATAC-T---TCA-AGGCCTAGGATGG--ATACCACTTGTAAA---TCTTAG--AAG----G---GAACACC-----ACCC-CATTATGTTC------TACAAG------ATC---A-AGCACCAGCT--GGTTGA-CCTG---GACCCGGGAC-CCG--TA-A--T--C--AGACAA---A-------------AC-TA---GAGG---A---GACATGC--------GCA-TGTACCA--GCCAAATGCA-C-----CAAAC--AG--A-G--TA--TAA--AA--GA----CCTC---GTT-CTAC-----CGCCGGACCATCCAA-GACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GCCACTG--A-C-A--TGA-CCACGC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGC-CATCAGGTCAGTG-GCTGGT--CCAGC--CAAC------------TAC-TAGGGACCA------CAGCAGTGTA----TATGATT-TTAA--C-----TGT-ACAT-CCAGACATTTCTAACTGTAAATA---CCACTGGTATATACGCCCCAACT-------CTC-AT-TCCCC-AATTTAAGGTCAACCGTACAGTCTGAGAAGACTCCTGACCTATTACAGGAAGAAtg
gi|12 : gatgttgacaaactacagagtccagcgaagagtggcatgatatgtcctgaacaactataccAAGACCTCAGGATGTGTCACCAATATGA-T-GTCTG-A--CCTTTGCTGGG-AG-TCCCTCGAATG---T---CG--CCG----A--AGA-CGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TACAAG------ATA--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TATC--T--C--CAGCGC---AGCGACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTTCCA--A--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TAC------CT----ACGCCAACTC-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----
gi|13 : gtcttcaacgactattctaccAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATTA-T-AAACA-A--TTTAGGATGGA-AT-TCACTCGCACA---T---AG---------G--ATAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAA-CGA--TA-C--T--C--AGACGC---AACGACA--TGCGTAC-CA---GAGGAGGT---CAC---C--------GAT-TCTACCA--ACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-GAGTG--TAC--AA--GT----ACTC---CTT-TTAT-----CTGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGTTTCC-A-C-AGCG----ATCACCG--ATC-A--T---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCCTCGTCGGTCCGTAGGAGATA------CCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-ACTAAAGGAGGACG-GCT----GT-------TTC-AT-ACTACTAACC--AGGTCATCTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACATTTAACCGGAAGAAtagtgacagctacaactcgggaagccttcatgactctcctcgcggggtgacctgaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacataattttatctttaaattttaccattttaacttggagactgcaggccatcacacagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgtgagcccagctcagtatagggagaa
gi|14 : aCGACTATTCGACTAAGACCCCAGGATGTATCTCCAACATGCTT-AAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAACAGCGT---CG--AA----------AACACAGCC-GGCTCTCC--ATGATG------TATAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT--GTAGA-CATC---AACGCA-GACAAGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GCGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---G---CAA---CATA-----GGC-TTTTCCA--G--GAGCGTATCAAAGAC---C--AGATA-C--TG--T-C--GA--------ACTC---CTT-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCG----T-A--T---CTGCACCTACGTT--G--GATG-C--TTTCAGGT--TACTCCT------GGT--GG-AGTAACCTGA--T-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACAT
gi|15 : tttcaaCGACTATTCGACTAAGACCTCAGGATGTATCTCCAACATGC-TTAAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAACAGCGT---CG--AA----------AACACAG-CCGGCTCTCC--ATGATG------TATAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT-G-TAGA-CATC---AACGCAACGC-AGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GTGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TTTTCCA--G--GAGCGTATCAAAGAC---C--AGATA-C--TG--T-C--GA--------ACTC---CTT-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCGT-ATC----TGCGCC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--TACTCCT------GGT--GG-AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACATttgagacttctgtgcaccaccaccacgcctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatatggaagaagaag
gi|16 : ttttcaaCGACTATTTGACTAAGAACCTAGGATGTATCTCCAATATGC-TTAAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAACAGCGT---CG--AA----------AACACAG-CTGACTCTCC--ATGATG------TACAAG------ATC--CGCAACA--ACCTT-GTT-TA-CATC---AA---AGCATACAAGTTC-C--T--C--CAAAGC---AGCGATA--CGCATAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATTCCA--G--GAGCGTATGAAAGAC---C--AG--A-TACTG--T-C--GA--------ACTC---CTC-CT-C-----CCAAGGACATTGCGA-GAATGGAAT---CTTCCTG-C-TGCATTGTATCAGCG-------------CT-TAC---C-TT--G--GAAGCC--TTC-AGGT--CAC-TCC------TGTT-GG-AGTAACCCGA--C-ACTTTCTTCACCAGttgagacttctgtgcaccaccaccacacctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatatggaagaa
gi|17 : gttttcaaCGACTATTCGACTAAGACCCCAGGATGTATCTCCAACATGCTT-AAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCTCTTGAACAGCGT---CG--AA----------AACACAGCC-GGCTGTCC--ATGATG------TACAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT--GTAGA-CATC---AACGCA-GACAAGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GCGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATTCCA--G--GAGCGTATCATAGAC---C--AG--ATGC-TG--T-C--GA--------ACTC---C-T-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCGT-ATC----TGCGCC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--TG------------G------AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAA--acatgataactgtatatcaacatttgagacttctgtgcaacatcaccacgcctagtctcgtagtgctacatacgttctttcaagaaccaagctcagtatatagaagaag
gi|18 : tttttaa---AG--AAG----GAAAGAAAAC---A-GGCTTTCA--ATGAACATGTAGTATAAA------ATT--CA-ACAC--GGTTT-AGTAGA-CATCCATGAC----AAC-CGA--TA-C--C--T----GCGTAAAAGTGACAGTCGCA-AC-TG---AAGG---CAA-CAC---A--------GGT-TCTACCAGGAAGTA----ATA-----C---A--AG--A-C--GG--CAC--AT--ATGGCAACTC---ATT-CTTC-----CCCAGGACAGCAAGG-GACTGGAatttttaacttttgagacttctgttcaccaccaccacgcctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatat
gi|19 : gttttcaatgactattacagctaattcccagggtgcggcacaagactggttaaggaccgtaacgaggagccgctagaagccCCAATATGA-T-G-CCAGA--CCTTGGTGGGGGAG-TCCTTTGAATG---T---CGCCAAA----G--A---CGCAGCA-GACTAACT--ATGATG------TTCAAG------ATG--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TA-CC-T--C--CAGCGC---AGCAACA--CCCGCACTCA---AGGG---TTCACAC---CCGCACACAGGT-TCTTCCA--A--GAACGCATC-----A---A--CG--A----TGC-TACCTAC--GCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CAAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----tcccattcagagtagtgtttgccgcctcactggacgagttcagatccctctttcgggtgtgaactgtctgaccgaatcgaaactcagagattgtacatacttttaaatgtaaattgccattggcaaatgatgtatgccaccactatgacatgtttcaatcgctgagttatttacgatctt
gi|2 : gccaCATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTAGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCGAAGACTTTGAGATTTCTTCGTCAGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACAAGAGTATACTTCATCAGCATGGGATCCTCACC---TAATCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGAATGGG-AT-TCACTCGCACA---T---AG--AAG----G--AGAACCCAG-A-GACTTGCA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AACGACA--TGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTTACA--ACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AA--GT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACCG--ATC-A--T---CC-CAC---CATC--A--AA---C--TTTAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCAATAGGAGTTA-----GCTGTCGTGTA----TATGATT-ATAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAAtagtgacagctacaacccaggaagccttcagaagtctccttgcggagtgacctgaccacagatcaccaaacaggacagtattgtacatagttttatctataaattttattattttaacttgaagactgcaggccatcacgcagatgttctttgagagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|20 : GAAGACCCCAGGATGCGTCTC-----TGA-T-AAATG-A--TAT---TTGAG-AG-TCCCTCG-----------AA--GAGCTTCA--AATACACAG-CCGGCTATCC--ATGATG------TACAAG------ATCTGCA-ACAA--TGTT---GTAGA-CATC---AAC-----AC-C----------T--CCAAAGCG-----GTGTCA--CTCGGAC-AA--------------CAC---A--------GGC-TGTTCCA--G------------------------G--A-G--CG--TAT--AACAGA----ACTC---CTT-TTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GTATGGAA
gi|21 : gtcttcaatgactattctacACCCCAGGAATTATCACCAATATGA-T-GTTAG-A--CCTTGGCTGGG-AG-TCCCTCGGATG---T---CG--CCG----A--AG-ACGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TTCAAG------ATA--C--AGAA--AACCT-TGTAGA-C--------CCCCAGAC-AGG--TACC--T--C--CAGCGC---AGCGACA--CCCGCAC-------AGG------------------------T-TCTTCCA--A--TAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTAC--GCCA--ACCC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GACGGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----ttttctcccaggaagcatagtacctgcgcataccctggatgccttcaggtcactccttgtggggtaccctgacacttcttcaccagacatgactctgaaaatagttttgaaattttaacaaaacctgagacactgtgtgtgactgtcaccaccatgccgcatcttgttgagctacatatattctattaagagcctagctctgtata
gi|22 : tcttcaacgactattccaccaatCA--ATGTTA------TAAAGA------ATT--CA-GCAA--GGCTT-GATAGATCTTC---CAAACA--AC-TGA--TA-T--TTGC--ATG-AT---AGTGACA--GTCGTAC-CA---Gtagtgacagctacaactctggaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacatagttttatttttaaattttaccattttaacttggactgcattccatcacgcagacccagtctcgttgatctatcgacgttctttagagcccagctcagtatagagagaa
gi|23 : tctactactacaaaaccctcaggctgcgtcacaagaaaggttaaggaccttaaaaagcaaacagggtttAAGACCCCAGAATGTGTCACCAATATGA-T-GTCTG-A--CCTTGGCTGGG-AG-TCCCTCGAATG---T---CG--CCG----A--AGA-CGTAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TACAAG------ATA--CA-GAAC--AACAT-TGTAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AAG--TATC--TG-C--AG-CGC---AGCGACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTTCCA--A--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTAC--GCCA--ACCC---TTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCG-CTAGCgataaaaaacaagaaagcacatacttcaattccttttccccaggtctgtaagggactggagccaactcccatccagagtagtttctgtcacctaactaaaagaattcagatcaatccttcaggtatgatctgtctggccaatccagaattcagagatcttgtacatactttcagttgtaaatagccatttggaaatgatgtacgctatcagcacatcatgttttaattgctgagctgttaactgtctggaagatcccagctgattatttggaagaaga
gi|24 : tcttcaacgactattctaccACGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TTCAAG------ATA--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TATC--T--C--CAGCGC---AGCAACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTTCCA--A--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTAC--GCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-C-atagtgacagctacaactctggaagccttcaggactctcctcgcgtggtgacctgaccacacaccaccaaacagaacaacattgtacataattttatctttaaattttaccatttcaacttgga
gi|25 : g--AAG----A--AGA-CTCAG-C-GTCTCATG--ATGCTC------TGTAAG------AT------------GTCTTTGGTAGA-CATT---GCTCCACGAC-CAA--TA-C--T--T--ATATAT---TCCAACA---GAG---------GAGG---T---CGC---C--------GATCTCTACCA--ACCAATTGCA-C-----C---T--AGCGA-G--TC--TAC--AA--GT----GGTC---ATTATTATAATCGCCGGGAACCATACAG-GAATGGAACAGAC-TCCGG-C-ACTG----ACAACTG--ATC-A--T---TC-TAC---TACC--A--AA---CGATTT--GGTGGTGC-CGT------GCTA-GC-ATT--TTCGA--CAACTTCATTCGTCTGTC------AGA----------------------------T-TTAT--T-----TGTAACATATTGTGCGATTTC-ATTGTAAATAC-TGTATAAGTAGATG-GCT----GTGCCCCCCCCC-CC-CCCCCTTTTC--AGGTCAACTTAGCAGTCTAAGAATACTCATTACCTTACTCCGGAAGAtatcgtagtgacagctacaactctggaagccttcaggactctccttgcggggtgatctgacaacacatcaccaaacaggacaacattgtacatagttttatctttaaattttaccattttaacttggagaatgcaggccatcatgcagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgagagcccagatcagtatagggagaaga
gi|26 : GGATGTGT--CGAGAATGA-T-CAGCA-A--CCTAGGATGGA-AG-TC--TCGAGCG---T---TG--AAG----G--CTGACTCGG-T-CATTCAAA--ATACTC------TATAAGGATAAGATG--CA-GGGT--GGTTT-GAT---------------CATG---CAA--TA-C--T--C--AGGTCT---AATGACA--AGCCTAC-CA---GAGG---TGGTTAC---T--------GAT-TCTACCA--ACCAACTGCACC-----C---A--AG--A-G--AGCCTAC--AA--GT----ACTT---GTT-CTAT-----CCGAGAACCATACAG----TGGAACAGGCTTCTGA-C-ACTG----A-CAACA--GTC-A--T---TC-TGC---CATC--GAAGG---C--TTTAGAGT--TGC-CCT------GCTA-GC-AGT--TCCGG--CATCTTTATTTGTTGGTCTGTAGATGATG-----AGCATCGTGTACCATTATG-TT-TCAA--A-----TATAAc
gi|27 : gGTAGA-CATC---AACGCAG-AC-AAG--TT-CCTT--C--AAA-GC---GGCGACG--CGCATAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATTCAA--G--GAGCATATCAAAGAC---C--AG--A-TACTG--T-C--AA--------ACTC---CTT-TTTC-----CCAAGGACAGTATGA-AAATGGAAT---CTTCTTT-C-TGCC----AGCACGGT-ATC-AGCG---CC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--CAC-TCC------TGCT-GG-AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCACCAGAC---AGGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACA-ATTGAG
gi|28 : t----ACTC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----tcttctgtgcaccaccaccatgcctagtctcgttgagctaagtacgttctttcaagaacccatctcagtatatggaagaagaa
gi|29 : tcttccaagaacgcatcaacgacgctacatacgccaAC--AA--GA----CCTC---GTT-CTAC-----CCTCGGACCAT-CGAAGACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GTCACCG--A-C-A--TGA-CCACAC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGC-CATCA----GGTCAGC-GG----CTGGTCCAGCCAACTAC---------TAGGGACCA------CAGCAGTGTA----TATAATT-TTAA--C-----TGTA-CAT-CCAGATATTTATAACTGTAAATACTACTGGAAAGGGGCG-ACT----AT-------CTC-AT-TCCTC-AATTTAAGGTCAACCTTACATTCTAAGAAGGTTCCTGACCTTTAACtagtgacgactacaactctggaagccttcaggactctccttgcggggtgacctgaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacataattttatctttaaattttaccattttaacttggagactgcaggctatcacgcagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgtgagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|3 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACTAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCATATACTCTGGGATTTATTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAGAGAGGT---ACGCGAGACAATCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGTTTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGTTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCACA---T--------AG----G--AGAACCCAG-A-GACATACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AAGA--GTCTT-GGTTGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTACCA--ACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AA--GT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGCGGACCATAC-A-GAATGGAACAGTCTTCCCA-C-AGCG----ATCCCCG--ATC-A--T---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GT-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCGTCATGTA----TA-------TAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGATTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|35 : --TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTTGGAGATATATATACCGTCGGGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGACGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGATCGTTAACCt
gi|37 : GTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTTACCTATAACCAGAAGAA
gi|39 : tgtaattgtgtatacagacatttcctgttttaaagctgtgaaagaactatagaaaaagggactcgagcagagcaatagtcgctctttttaaatacagcaaacttaattTCGTGTT----TATGATT-TTAA--T-----TGTTATATATCGAGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AA-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACATTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAga
gi|4 : GACAGTTCGAAATACCCTGGCGTCACAATCAACAATGACCTGTCCTGGACCAAA----CACATCGACAACGTAACCTCTAAGGCTGCCAAATCCT-TATGTTTGCTTCGTCGGAACCTGTATAAC-GCTGACCAG-GATGTTAGACGTG---CAACCTACACTGC-CTTCGTTGCT-CCTACTCTGGATTATGCTTCGTCCGTTAGGGACCCCTACCAG-GAA--ACGGACATTTACCAACTACAGAGAATCCAG---CGAAGAGGGTCA---CGATATGTCCTGAACAACTATACCGACAGAACACCAGGCTTTGTCACCGGTATGC-T-TTAGG-G--CCCAGGGTGG--ATACCACTTGTAGA---TCTTAG--AAG----G---GAACA---------TCCC------CTC------TACAAG------ATC--CA--GCACCAGCT--GGTTGA-CCTG---GACCCTGGAC-CCA--CA-A--T--A--AGACCA---AACGACA--GGAGAAC-GA---GAGG---A---GACGTGT--------GTC-TATACCA--GTCAAACGCA-C-----TAAAC--AG--A-G--TA--TAC--AA--GA----CCTC---GTT-CTAC-----CCACGGACCATCCAA-AACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GCCACCGGCACG-A--C---CA-CGC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGA-CATCA----GGTCAGC-GG----CTGGTCCAGCCAACTAC---------TAGGGACCA------CCGCAGTGTA----TATAATT-TTAA--C-----TGTA-CAT-CCAGACATTTTTAACTGTAAATACTACTGGAAAGGGGCG-ACT----GT-------CTC-AT-TCTCC-AATTTAAGGTCAATCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTATTACCGGAAAA
gi|40 : catactggaaaagacaA----TATG-----TAA--TATA--TGTAATATATCAGGCCTTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-ACACCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTTCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|45 : GGTAAACCATACAGTCTAC-AAGACTCCTGATCTGTA
gi|48 : --AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTATAACCGGAAGAtttgtaaagaagaaga
gi|5 : CATATTTTAGAAGCCGGTCAACAGTGCAAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACCCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATAC-----------------ACTGG--TACG----ACCAACACAA-------ACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAATTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGCCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCACA---T--------AG----G--AGAAACCAG-A-TACTTACA--TTGCTC------TTCAAT------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---CACGACA--TGCCTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTACTA--ACCTACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--AA--GT----ACTC---ATT-CTAT-----CCGAAGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCT----ATCTCAG--ATC-A--T---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCC------AGTC-GC-AGT--CCTAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGACA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--TTGTAATGTAATATATTGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGACG-GCC----GT-------TTCAAC-CCCCCTTTCT--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|55 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACTGTGCCAAG
gi|6 : cCATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCATCCCAGGC-TTCAAAGACTCTGTGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCCAGACAACCTACAATACACT--GGTTCGACCAACAGTAGAGTATGCTTCATCAGAATGTGATCCCTACTACATAATAACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCGAACATGA-T-AAACA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCACA---T---AG--AAA----G--AGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAA-------ATC--AA-GGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AACGACA--TGCGTTC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTACAA--ACCAACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--AA--GT----ACTC---CTT-CTAT-----CCCAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACCG--ATC-A--T---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------ATTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCCTAGGAGTTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGGTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTA-AT-CCCC
gi|7 : CATATTTTGGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCCTGGTGTCTCCATCAGCAAAGATCTCTC----ACCAAAGACACAAGACGAAAACACATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGGACCTTCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCa
gi|7 : CTCGCTTTGTAATGCGCAACTATTGGGAGAGGACCCAAGGATAAGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGTAGGG-AT-TCACTCGCACA---T---AG---------G--AGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATTCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AACAACA--TGCGTAC-CA---GAGGAGGT---CAC---C--------GAT-TCTACCA--ACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-GAGTG--TAC--AA--GT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-A-----------CCG--ATC-A--T---CC-CAT---CATC--G--GAGA-C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCATCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTATTATATCAGACGCTTTTAATTGTAAATAG-GCTAAAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTCACC--AGGTCAACtcgctttgtaatgcgcaactattgggagaggacccaaggataagtgtccaacatgataaccaatctaggtagggattcactcgcacataggagaacccagagacttacaatgctctacaaaatccaaggaggcttggtagatgtcgattcaggaccgatactcaggcgcaacaacatgcgtaccagaggaggtcaccgattctaccaacctactgcatcccagagagtgtacaagtactccttctatccgaggaccatacaggaatggaacaggcttcccacaccgatcatcccatcatcggagacttcaaggttgccctagtcgcagtcccagcaaccttcttcgtcggtccgtaggagttagccatcgtgtatatgattttaattgtattatatcagacgcttttaattgtaaataggctaaaggaggatggctgtttcacccctctcaccaggtcaact
gi|8 : catattttggaagcagtcgacagtgccaagtatcctggtgtctccatcagcaaagatctctcaccaaagacacaagacgaaaacacatcgtccaaggcgtcaaagactctgggatttcttcgtcgggaccttcataactgcactaaagaggtacgcgagacaacctacaatacactggtacgaccaacactagagtatgcttcatcagcatgggatccccacctaacAAGACCCTGGGATTTCTTTGTCGGAACCTGCATTACTGC--ACTAAAGAGGT---ATGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACAACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACC---TG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTGGCTTTGTAATGCGCAACTATTAGGAGAGGACCCCACGATGTGTGTCCAGCATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCACA---T---AG--AAG----G--AGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-AGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--GGGCGC---AATGATA--TGCATAC-TAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTACCA--TCCTACTGCATC-----C-------A--A-G--TG--TAC--AA--GT----ACTC---CTT-CTAT-----CTGAGGACCATACAG-GAATTGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACAG--ATC-A--T---CC-CGC---CATCAAA--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------GGTC-G-------CCCAG--CAAC---CTTTGTCAGTCCGTAGGAGATA-----GCCGTCTTGTA----TAT-ATTATTAA--T-----TGTAATATCTCGGGCACTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCATCTTCACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACTGGAAGAAt
gi|9 : CATATTTTAGAAGC-AGCCGACAGTGCCAAGTATATTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTTTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTATAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCACACC---TAACCACTGACATTAACCAGCTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTTGCACA---T--------AG----G--AGAAACCAG-A-GACTAACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--GGGCAC---AACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTACCA--ACCTACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--AC--GT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCt
19 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACCAGATACTGTAAAAATCCTTCCCAAGAACGTGCAAGAATGGAATCTTCTTCCTGCCAGCACGGTATCTACCTACCTTGGATGCCTTCAGATCACTCCTTGCCAAGTAACCTGACACTTTCTTCACTTGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTAACATTTGAGACTTCTGTACACCACCATCACGCCTAGTCTTGTTGAGCTACATATGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCATTAAATGGAAGA
Unaligned ( gi|31 ): CGCGTGTACCAGAGGATAACATTGGCTATTCCAGGAGCGTAAAAAAAGACCAAGAGTTGCAAACTCCTTCTTTCAAAGAACGGTTAGAGATTGAAATTCTCCCTGGATGCATTCGTGTCACTCCTCAGTGAGTAACCTGACACTTATTCACCAGACATGGCACTGTGAACAGTTTCCACCACAACGCCAGGTCTCGTTGAGCTGTATACATTCTATTTAGAGCCCACCGCAGTATATGTAAAAA
Unaligned ( gi|32 ): AACTTCTTCCCAAGGACAGTGCGAGAGTGGAATCCCCAGTTAGTAAGGTATCTTCGCCTTCAAGTCACTCCTCGCTAACACTTATTAACCAGAAATTACACTGTTAATAGTTTTAAATTTTCAACATTTGAGACACTGTGCACCACAACCACGCCAAGTCTCGTTGAGCTATATACATTATATCAAGAGGCCAGCTTAATATATGTAAGATGA
Unaligned ( gi|33 ): AAGGAAGCGACATACAATAAGTCCTTCCCATGAACTATTAGGGACTGGAACCAGCTACCATCTAGGTCCACCTCAGCAACTGCAATAATTTAGAGAAAACTACTAAAGCTAATTGCTATCCAGTGTCTGGCACCTACTTACATGCCAGATAGACCATTTATGTAATTTTAATGCTTTTAACTATAAAAAATTATTTGGGAAA
Unaligned ( gi|34 ): TATCTGCACCTACGTTGGATGCTTTCAGGTTACTCCTGGTGGAGTAACCTGATACTTTCTTCATCAGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTTAACATTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATATGGAAGAAGA
Unaligned ( gi|36 ): ACTCCAGGGCTTTCTCTTCACTGTGAGGGAATTTGGCCAGAGCCCTCTTCATCAGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTTAACATTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATAT
Unaligned ( gi|38 ): TCACAGGAAATACGACGTGTATATATAAATGTTTACCAAACAAAATTAATAAATGTGTGCACCACCACCATGCCTAGACGCATTGGCCTAACTACGTTATATCAAAAGCCCAGCCCAGTATATAGAATGAGAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGTATGTACTTTTAATTGTAAACAGCCATTAAGGAAAAAATGTACACTATCACAATGACATGTTTATCATTGAGTTAAATACCATCTGGAAAGATCCCAGTTAGATATTTGGAAGAAGATTA
Unaligned ( gi|42 ): CATGCTTGATTGTTTTTTACTTACACCTTATGGTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATA
Unaligned ( gi|43 ): TTTGGAAATGCTGTACGCCATCCTCATGTTTTTAATTGTTGAGCTATTTACAATCTAGAGATATCCCAGCTCACTATTTGGAAGATGAAGAA
Unaligned ( gi|44 ): AATTTCCATCCAGAGTGGTGTCTGCCAACTCACTGGAAGAGTTCATATTCCTACTTCAGATTTGACC
Unaligned ( gi|46 ): AAAAAGAAGAAATATTATATTGAAATCGGTTAAACTACTTTATTACCAT
Unaligned ( gi|47 ): AGCTATCGACGTTCTTTGAGAGCCCAGCTCAGTATAGGGAGAAGAAG
Unaligned ( gi|49 ): TGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCCGCTCAGTATACGGAAG
Unaligned ( gi|50 ): TTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATATGGAAGAAG
Unaligned ( gi|51 ): TCGACGTTCTTTGTGAGCCCAGCTCAGTATAGGGAGAAGAA
Unaligned ( gi|52 ): GAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATAT
Unaligned ( gi|53 ): TGTGTCCAGTTTGTTACCAAACTCAAGGAATTCG
Unaligned ( gi|54 ): CCAAAATCGGACAGTAACATAGTTCATTGCCA
Alignments
lowQualScore : 1111 111 1111 111 111 1 111 2222222 111111111111 111 33333333333333333333333333333333333333 111 2222222 1111111 11 11 111111 11111111 11
lowQualScore : 5 0000 5 0 66 777 1 66 333 11 0000 66 1 0 2 3 3 1 1 777 0 1 1 3 3 1 555 7777 7 222 55555 1 555 22 555 1 5555555 444444 22 0 2 44 1 1 2 2222 3 44 4 22 5 33 33 88 1 222 333 1 1 888 1111111 999999999999 3 333 888 1 44444444444444444444444444444444444444 222 1 33333 1 1 1 2 1 6 7 888888 7777 2 333 6 333 2 22 6666666 22 5 22 4 1111111 66 2 33 55 3 0 0 11 44 999999 6 4444 0 1 00000000 1 5 2 5555 8888888 2 2 0 00
lowQualScore : . .... . . .. ... . .. ... .. .... .. . . . . . . . ... . . . . . . ... .... . ... ..... . ... .. ... . ....... ...... .. . . .. . . . .... . .. . .. . .. .. .. . ... ... . . ... ....... ............ . ... ... . ...................................... ... . ..... . . . . . . . ...... .... . ... . ... . .. ....... .. . .. . ....... .. . .. .. . . . .. .. ...... . .... . . ........ . . . .... ....... . . . ..
lowQualScore : 0 6666 0 9 11 888 9 11 999 22 6666 11 4 1 9 6 6 0 8 222 7 0 8 6 1 0 999 0000 9 999 00000 0 999 00 222 8 0000000 444444 11 8 7 22 5 5 7 6666 1 66 4 00 9 55 55 11 6 666 555 4 5 111 3333333 111111111111 0 000 333 0 99999999999999999999999999999999999999 555 4 66666 0 6 4 1 0 2 7 222222 4444 1 222 3 777 1 99 6666666 99 2 88 0 3333333 88 0 88 55 2 6 2 99 11 333333 2 0000 8 9 99999999 1 0 5 3333 1111111 5 5 8 33
consensus : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAACATGA-T-AANCA-A--TCTAGGNTGGG-AT-TCACTCGNA---C---GTNG--AAGGA--GAACNCAG-A-GACTNNCA--ATGCTC------TACAAG------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-CGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---GCGACA--CGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GGT-TCTN--CCAACCGANCGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAC-----CCGAGGACCATACGG-GAATGGAACAGNCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--G--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCGG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGNTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
Reference ( family-2382 ) : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAACATGA-T-AANCA-A--TCTAGGNTGGG-AT-TCACTCGNA---C---GTAG--AAGGA--GAACNCAG-A-GACTNNCA--ATGCTC------TACAAG------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-CGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---GCGACA--CGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GGT-TCTN--CCAACCGANCGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAC-----CCGAGGACCATACGG-GAATGGAACAGNCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--G--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCGG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGNTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|1 : ATATTTTAGAAGC-AGCCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGCCCAAGGC-GTCAAAGACTTTGGGATTTCTTTGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACACGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGGCTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCAAGAATGTGTGTTCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATAG--AAGGA--GAACTCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-CGTCGA-TGTC---GATCCAAGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTTCTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TGC--AAGT----ATTC---ATT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----AACACCA--ATC-AC---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTA-AC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCTGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCCTTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|10 : --CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGAACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATAG--AAGGA--GAACCCAG-A-GACTAACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-TGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCAACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--CAC--AAGT----TGTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATCAAT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--GTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCGCCGTG------TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-CCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACTGGAAGA
gi|11 : GACAGGACCCCAGGCTGTGTCACCGGTATAC-T---TCA-AGGCCTAGGATGG--ATACCACTTGTAAATC---TTAG--AAGG---GAACACC-----AC-CCCATTATGTTC------TACAAG------ATC---A-AGCACCAGCT--GGTTGA-CCTG---GACCCGGGAC-CCG--TA-A--T--C--AGACAAA----------------AC-TA---GAGG---A---GACATGC--------GCA-TGTA--CCAGCCAAATGCA-C-----CAAAC--AG--A-G--TA--TAA--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CGCCGGACCATCCAA-GACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GCCACTG--A-C-ATGA-CCACGC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGC-CATCAGGTCAGTG-GCTGGT--CCAGC--CAAC------------TAC-TAGGGACCA------CAGCAGTGTA----TATGATT-TTAA--C-----TGT-ACAT-CCAGACATTTCTAACTGTAAATA---CCACTGGTATATACGCCCCAACT-------CTC-AT-TCCCC-AATTTAAGGTCAACCGTACAGTCTGAGAAGACTCCTGACCTATTACAGGAAGAAtg
gi|12 : gatgttgacaaactacagagtccagcgaagagtggcatgatatgtcctgaacaactataccAAGACCTCAGGATGTGTCACCAATATGA-T-GTCTG-A--CCTTTGCTGGG-AG-TCCCTCGAA---T---GTCG--CCGAA--GA-CGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TACAAG------ATA--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TATC--T--C--CAGCGCA---GCGACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TAC----CT----ACGCCAACTC-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----
gi|13 : gtcttcaacgactattctaccAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATTA-T-AAACA-A--TTTAGGATGGA-AT-TCACTCGCA---C---ATAG-----GA--TAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAA-CGA--TA-C--T--C--AGACGCA---ACGACA--TGCGTAC-CA---GAGGAGGT---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-GAGTG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-TTAT-----CTGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGTTTCC-A-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCCTCGTCGGTCCGTAGGAGATA------CCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-ACTAAAGGAGGACG-GCT----GT-------TTC-AT-ACTACTAACC--AGGTCATCTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACATTTAACCGGAAGAAtagtgacagctacaactcgggaagccttcatgactctcctcgcggggtgacctgaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacataattttatctttaaattttaccattttaacttggagactgcaggccatcacacagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgtgagcccagctcagtatagggagaa
gi|14 : aCGACTATTCGACTAAGACCCCAGGATGTATCTCCAACATGCTT-AAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAACAGC---GTCG--AA------AACACAGCC-GGCTCTCC--ATGATG------TATAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT--GTAGA-CATC---AACGCA-GACAAGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GCGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---G---CAA---CATA-----GGC-TTTT--CCAG--GAGCGTATCAAAGAC---C--AGATA-C--TG--T-C--GA------ACTC---CTT-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCG----T-AT---CTGCACCTACGTT--G--GATG-C--TTTCAGGT--TACTCCT------GGT--GG-AGTAACCTGA--T-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACAT
gi|15 : tttcaaCGACTATTCGACTAAGACCTCAGGATGTATCTCCAACATGC-TTAAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAA---CAGCGTCG--AA------AACACAG-CCGGCTCTCC--ATGATG------TATAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT-G-TAGA-CATC---AACGCAACGC-AGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GTGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TTTT--CCAG--GAGCGTATCAAAGAC---C--AGATA-C--TG--T-C--GA------ACTC---CTT-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCGT-ATC--TGCGCC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--TACTCCT------GGT--GG-AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACATttgagacttctgtgcaccaccaccacgcctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatatggaagaagaag
gi|16 : ttttcaaCGACTATTTGACTAAGAACCTAGGATGTATCTCCAATATGC-TTAAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAA---CAGCGTCG--AA------AACACAG-CTGACTCTCC--ATGATG------TACAAG------ATC--CGCAACA--ACCTT-GTT-TA-CATC---AA---AGCATACAAGTTC-C--T--C--CAAAGCA---GCGATA--CGCATAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATT--CCAG--GAGCGTATGAAAGAC---C--AG--A-TACTG--T-C--GA------ACTC---CTC-CT-C-----CCAAGGACATTGCGA-GAATGGAA---TCTTCCTG-C-TGCATTGTATCAGCG-----------CT-TAC---C-TT--G--GAAGCC--TTC-AGGT--CAC-TCC------TGTT-GG-AGTAACCCGA--C-ACTTTCTTCACCAGttgagacttctgtgcaccaccaccacacctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatatggaagaa
gi|17 : gttttcaaCGACTATTCGACTAAGACCCCAGGATGTATCTCCAACATGCTT-AAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCTCTTGAACAGC---GTCG--AA------AACACAGCC-GGCTGTCC--ATGATG------TACAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT--GTAGA-CATC---AACGCA-GACAAGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GCGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATT--CCAG--GAGCGTATCATAGAC---C--AG--ATGC-TG--T-C--GA------ACTC---C-T-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCGT-ATC--TGCGCC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--TG------------G------AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAA--acatgataactgtatatcaacatttgagacttctgtgcaacatcaccacgcctagtctcgtagtgctacatacgttctttcaagaaccaagctcagtatatagaagaag
gi|18 : tttttaaAG--AAGGAAAGAAAACAG-G---CTTTCA--ATGAACATGTAGTATAAA------ATT--CA-ACAC--GGTTT-AGTAGA-CATCCATGAC----AAC-CGA--TA-C--C--T----GCGTAAAAGTGACAGTCGCA-AC-TG---AAGG---CAA-CAC---A--------GGT-TCTA--CCAG--GAAGTAATA-----C---A--AG--A-C--GG--CAC--ATATGGCAACTC---ATT-CTTC-----CCCAGGACAGCAAGG-GACTGGAatttttaacttttgagacttctgttcaccaccaccacgcctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatat
gi|19 : gttttcaatgactattacagctaattcccagggtgcggcacaagactggttaaggaccgtaacgaggagccgctagaagccCCAATATGA-T-G-CCAGA--CCTTGGTGGGGGAG-TCCTTTGAA---T---GTCGCCAAAGA-----CGCAGCA-GACTAACT--ATGATG------TTCAAG------ATG--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TA-CC-T--C--CAGCGCA---GCAACA--CCCGCACTCA---AGGG---TTCACAC---CCGCACACAGGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A----TGC-TACCTACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CAAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----tcccattcagagtagtgtttgccgcctcactggacgagttcagatccctctttcgggtgtgaactgtctgaccgaatcgaaactcagagattgtacatacttttaaatgtaaattgccattggcaaatgatgtatgccaccactatgacatgtttcaatcgctgagttatttacgatctt
gi|2 : gccaCATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTAGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCGAAGACTTTGAGATTTCTTCGTCAGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACAAGAGTATACTTCATCAGCATGGGATCCTCACC---TAATCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGAATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATAG--AAGGA--GAACCCAG-A-GACTTGCA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTT--ACAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--A--AA---C--TTTAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCAATAGGAGTTA-----GCTGTCGTGTA----TATGATT-ATAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAAtagtgacagctacaacccaggaagccttcagaagtctccttgcggagtgacctgaccacagatcaccaaacaggacagtattgtacatagttttatctataaattttattattttaacttgaagactgcaggccatcacgcagatgttctttgagagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|20 : GAAGACCCCAGGATGCGTCTC-----TGA-T-AAATG-A--TAT---TTGAG-AG-TCCCTCGAAGAGC---TTCA--AAT------ACACAG-CCGGCTATCC--ATGATG------TACAAG------ATCTGCA-ACAA--TGTT---GTAGA-CATC---AAC-----AC-C----------T--CCAAAGCG-----GTGTCA--CTCGGAC-AA--------------CAC---A--------GGC-TGTT--CCAG--GAGCGTATA-----A---C--AG--A---------------------ACTC---CTT-TTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GTATGGAA---TTTTCTCC-C-AG
gi|21 : gtcttcaatgactattctacACCCCAGGAATTATCACCAATATGA-T-GTTAG-A--CCTTGGCTGGG-AG-TCCCTCGGA---T---GTCG--CCGAA--G-ACGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TTCAAG------ATA--C--AGAA--AACCT-TGTAGA-C--------CCCCAGAC-AGG--TACC--T--C--CAGCGCA---GCGACA--CCCG--------------------CAC---A--------GGT-TCTT--CCAAT--AACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTACGCCA--ACCC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GACGGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----gaagcatagtacctgcgcataccctggatgccttcaggtcactccttgtggggtaccctgacacttcttcaccagacatgactctgaaaatagttttgaaattttaacaaaacctgagacactgtgtgtgactgtcaccaccatgccgcatcttgttgagctacatatattctattaagagcctagctctgtata
gi|22 : tcttcaacgactattccaccaat--AAAAA--GCAAACAG-G-G--TTTCA--ATGTTA------TAAAGA------ATT--CA-GCAA--GGCTT-GATAGATCTTC---CAAACA--AC-TGA--TA-T--TTGC--ATG-ATA---GTGACA--GTCGTAC-CA---Gtagtgacagctacaactctggaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacatagttttatttttaaattttaccattttaacttggactgcattccatcacgcagacccagtctcgttgatctatcgacgttctttagagcccagctcagtatagagagaa
gi|23 : tctactactacaaaaccctcaggctgcgtcacaagaaaggttaaggaccttAAGACCCCAGAATGTGTCACCAATATGA-T-GTCTG-A--CCTTGGCTGGG-AG-TCCCTCGAA---T---GTCG--CCGAA--GA-CGTAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TACAAG------ATA--CA-GAAC--AACAT-TGTAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AAG--TATC--TG-C--AG-CGCA---GCGACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTACGCCA--ACCC---TTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCG-CTAGCgataaaaaacaagaaagcacatacttcaattccttttccccaggtctgtaagggactggagccaactcccatccagagtagtttctgtcacctaactaaaagaattcagatcaatccttcaggtatgatctgtctggccaatccagaattcagagatcttgtacatactttcagttgtaaatagccatttggaaatgatgtacgctatcagcacatcatgttttaattgctgagctgttaactgtctggaagatcccagctgattatttggaagaaga
gi|24 : tcttcaacgactattctaccACGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TTCAAG------ATA--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TATC--T--C--CAGCGCA---GCAACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-C-atagtgacagctacaactctggaagccttcaggactctcctcgcgtggtgacctgaccacacaccaccaaacagaacaacattgtacataattttatctttaaattttaccatttcaacttgga
gi|25 : g--AAGAA--GA-CTCAG-C-GTCTCATG--ATGCTC------TGTAAG------AT------------GTCTTTGGTAGA-CATT---GCTCCACGAC-CAA--TA-C--T--T--ATATATT---CCAACA---GAG---------GAGG---T---CGC---C--------GATCTCTA--CCAACCAATTGCA-C-----C---T--AGCGA-G--TC--TAC--AAGT----GGTC---ATTATTATAATCGCCGGGAACCATACAG-GAATGGAACAGAC-TCCGG-C-ACTG----ACAACTG--ATC-AT---TC-TAC---TACC--A--AA---CGATTT--GGTGGTGC-CGT------GCTA-GC-ATT--TTCGA--CAACTTCATTCGTCTGTC------AGA----------------------------T-TTAT--T-----TGTAACATATTGTGCGATTTC-ATTGTAAATAC-TGTATAAGTAGATG-GCT----GTGCCCCCCCCC-CC-CCCCCTTTTC--AGGTCAACTTAGCAGTCTAAGAATACTCATTACCTTACTCCGGAAGAtatcgtagtgacagctacaactctggaagccttcaggactctccttgcggggtgatctgacaacacatcaccaaacaggacaacattgtacatagttttatctttaaattttaccattttaacttggagaatgcaggccatcatgcagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgagagcccagatcagtatagggagaaga
gi|26 : GGATGTGT--CGAGAATGA-T-CAGCA-A--CCTAGGATGGA-AG-TC--TCGAG---C---GTTG--AAGGC--TGACTCGG-T-CATTCAAA--ATACTC------TATAAGGATAAGATG--CA-GGGT--GGTTT-GAT---------------CATG---CAA--TA-C--T--C--AGGTCTA---ATGACA--AGCCTAC-CA---GAGG---TGGTTAC---T--------GAT-TCTA--CCAACCAACTGCACC-----C---A--AG--A-G--AGCCTAC--AAGT----ACTT---GTT-CTAT-----CCGAGAACCATACAG----TGGAACAGGCTTCTGA-C-ACTG----A-CAACA--GTC-AT---TC-TGC---CATC--GAAGG---C--TTTAGAGT--TGC-CCT------GCTA-GC-AGT--TCCGG--CATCTTTATTTGTTGGTCTGTAGATGATG-----AGCATCGTGTACCATTATG-TT-TCAA--A-----TATAAc
gi|27 : gGTAGA-CATC---AACGCAG-AC-AAG--TT-CCTT--C--AAA-GCG---GCGACG--CGCATAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATT--CAAG--GAGCATATCAAAGAC---C--AG--A-TACTG--T-C--AA------ACTC---CTT-TTTC-----CCAAGGACAGTATGA-AAATGGAATCTTCTTTCTGCC-AGCACGGTATCAGCG-----------CC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--CAC-TCC------TGCT-GG-AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCACCAGAC---AGGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACA-ATTGAG
gi|28 : t-TCTT--CCAA--GAACGCATCAA---C---G--AC--G-C--TA--CAT--ACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----tcttctgtgcaccaccaccatgcctagtctcgttgagctaagtacgttctttcaagaacccatctcagtatatggaagaagaa
gi|29 : AC--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CCTCGGACCAT-CGAAGACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GTCACCG--A-C-ATGA-CCACAC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGC-CATCA----GGTCAGC-GG----CTGGTCCAGCCAACTAC---------TAGGGACCA------CAGCAGTGTA----TATAATT-TTAA--C-----TGTA-CAT-CCAGATATTTATAACTGTAAATACTACTGGAAAGGGGCG-ACT----AT-------CTC-AT-TCCTC-AATTTAAGGTCAACCTTACATTCTAAGAAGGTTCCTGACCTTTAACtagtgacgactacaactctggaagccttcaggactctccttgcggggtgacctgaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacataattttatctttaaattttaccattttaacttggagactgcaggctatcacgcagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgtgagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|3 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACTAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCATATACTCTGGGATTTATTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAGAGAGGT---ACGCGAGACAATCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGTTTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGTTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---AT-----AGGA--GAACCCAG-A-GACATACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AAGA--GTCTT-GGTTGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGCGGACCATAC-A-GAATGGAACAGTCTTCCCA-C-AGCG----ATCCCCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GT-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCGTCATGTA----TA-------TAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGATTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|35 : --TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTTGGAGATATATATACCGTCGGGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGACGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGATCGTTAACCt
gi|37 : GTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTTACCTATAACCAGAAGAA
gi|39 : tgtaattgtgtatacagacatttcctgttttaaagctgtgaaagaactatagaaaaagggactcgagcagagcaatagtcgctctttttaaatacagcaaacttaattTCGTGTT----TATGATT-TTAA--T-----TGTTATATATCGAGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AA-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACATTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAga
gi|4 : GACAGTTCGAAATACCCTGGCGTCACAATCAACAATGACCTGTCCTGGACCAAA----CACATCGACAACGTAACCTCTAAGGCTGCCAAATCCT-TATGTTTGCTTCGTCGGAACCTGTATAAC-GCTGACCAG-GATGTTAGACGTG---CAACCTACACTGC-CTTCGTTGCT-CCTACTCTGGATTATGCTTCGTCCGTTAGGGACCCCTACCAG-GAA--ACGGACATTTACCAACTACAGAGAATCCAG---CGAAGAGGGTCA---CGATATGTCCTGAACAACTATACCGACAGAACACCAGGCTTTGTCACCGGTATGC-T-TTAGG-G--CCCAGGGTGG--ATACCACTTGTAGATC---TTAG--AAGG---GAACA---------TCCC------CTC------TACAAG------ATC--CA--GCACCAGCT--GGTTGA-CCTG---GACCCTGGAC-CCA--CA-A--T--A--AGACCAA---ACGACA--GGAGAAC-GA---GAGG---A---GAC---G--------TGTGTCTATACCAGTCAAACGCA-C-----TAAAC--AG--A-G--TA--TAC--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CCACGGACCATCCAA-AACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GCCACCGGCACG-AC---CA-CGC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGA-CATCA----GGTCAGC-GG----CTGGTCCAGCCAACTAC---------TAGGGACCA------CCGCAGTGTA----TATAATT-TTAA--C-----TGTA-CAT-CCAGACATTTTTAACTGTAAATACTACTGGAAAGGGGCG-ACT----GT-------CTC-AT-TCTCC-AATTTAAGGTCAATCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTATTACCGGAAAA
gi|40 : catactggaaaagacaA----TATG-----TAA--TATA--TGTAATATATCAGGCCTTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-ACACCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTTCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|45 : GGTAAACCATACAGTCTAC-AAGACTCCTGATCTGTA
gi|48 : --AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTATAACCGGAAGAtttgtaaagaagaaga
gi|5 : CATATTTTAGAAGCCGGTCAACAGTGCAAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACCCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATAC-----------------ACTGG--TACG----ACCAACACAA-------ACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAATTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGCCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---AT-----AGGA--GAAACCAG-A-TACTTACA--TTGCTC------TTCAAT------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCC---ACGACA--TGCCTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CTAACCTACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---ATT-CTAT-----CCGAAGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCT----ATCTCAG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCC------AGTC-GC-AGT--CCTAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGACA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--TTGTAATGTAATATATTGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGACG-GCC----GT-------TTCAAC-CCCCCTTTCT--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|55 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACTGTGCCAAG
gi|6 : cCATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCATCCCAGGC-TTCAAAGACTCTGTGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCCAGACAACCTACAATACACT--GGTTCGACCAACAGTAGAGTATGCTTCATCAGAATGTGATCCCTACTACATAATAACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCGAACATGA-T-AAACA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATAG--AAAGA--GAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAA-------ATC--AA-GGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTTC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CAAACCAACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCCAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------ATTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCCTAGGAGTTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGGTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTA-AT-CCCC
gi|7 : CATATTTTGGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCCTGGTGTCTCCATCAGCAAAGATCTCTC----ACCAAAGACACAAGACGAAAACACATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGGACCTTCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCa
gi|7 : CTCGCTTTGTAATGCGCAACTATTGGGAGAGGACCCAAGGATAAGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGTAGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATAG-----GA--GAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATTCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACAACA--TGCGTAC-CA---GAGGAGGT---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-GAGTG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-A-----------CCG--ATC-AT---CC-CAT---CATC--G--GAGA-C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCATCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTATTATATCAGACGCTTTTAATTGTAAATAG-GCTAAAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTCACC--AGGTCAACtcgctttgtaatgcgcaactattgggagaggacccaaggataagtgtccaacatgataaccaatctaggtagggattcactcgcacataggagaacccagagacttacaatgctctacaaaatccaaggaggcttggtagatgtcgattcaggaccgatactcaggcgcaacaacatgcgtaccagaggaggtcaccgattctaccaacctactgcatcccagagagtgtacaagtactccttctatccgaggaccatacaggaatggaacaggcttcccacaccgatcatcccatcatcggagacttcaaggttgccctagtcgcagtcccagcaaccttcttcgtcggtccgtaggagttagccatcgtgtatatgattttaattgtattatatcagacgcttttaattgtaaataggctaaaggaggatggctgtttcacccctctcaccaggtcaact
gi|8 : catattttggaagcagtcgacagtgccaagtatcctggtgtctccatcagcaaagatctctcaccaaagacacaagacgaaaacacatcgtccaaggcgtcaaagactctgggatttcttcgtcgggaccttcataactgcactaaagaggtacgcgagacaacctacaatacactggtacgaccaacactagagtatgcttcatcagcatgggatccccacctaacAAGACCCTGGGATTTCTTTGTCGGAACCTGCATTACTGC--ACTAAAGAGGT---ATGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACAACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACC---TG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTGGCTTTGTAATGCGCAACTATTAGGAGAGGACCCCACGATGTGTGTCCAGCATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATAG--AAGGA--GAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-AGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--GGGCGCA---ATGATA--TGCATAC-TAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCATCCTACTGCATC-----C-------A--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CTGAGGACCATACAG-GAATTGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACAG--ATC-AT---CC-CGC---CATCAAA--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------GGTC-G-------CCCAG--CAAC---CTTTGTCAGTCCGTAGGAGATA-----GCCGTCTTGTA----TAT-ATTATTAA--T-----TGTAATATCTCGGGCACTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCATCTTCACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACTGGAAGAAt
gi|9 : CATATTTTAGAAGC-AGCCGACAGTGCCAAGTATATTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTTTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTATAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCACACC---TAACCACTGACATTAACCAGCTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTTGCA---C---AT-----AGGA--GAAACCAG-A-GACTAACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--GGGCACA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--ACGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCt
19 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACCAGATACTGTAAAAATCCTTCCCAAGAACGTGCAAGAATGGAATCTTCTTCCTGCCAGCACGGTATCTACCTACCTTGGATGCCTTCAGATCACTCCTTGCCAAGTAACCTGACACTTTCTTCACTTGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTAACATTTGAGACTTCTGTACACCACCATCACGCCTAGTCTTGTTGAGCTACATATGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCATTAAATGGAAGA
Unaligned ( gi|31 ): CGCGTGTACCAGAGGATAACATTGGCTATTCCAGGAGCGTAAAAAAAGACCAAGAGTTGCAAACTCCTTCTTTCAAAGAACGGTTAGAGATTGAAATTCTCCCTGGATGCATTCGTGTCACTCCTCAGTGAGTAACCTGACACTTATTCACCAGACATGGCACTGTGAACAGTTTCCACCACAACGCCAGGTCTCGTTGAGCTGTATACATTCTATTTAGAGCCCACCGCAGTATATGTAAAAA
Unaligned ( gi|32 ): AACTTCTTCCCAAGGACAGTGCGAGAGTGGAATCCCCAGTTAGTAAGGTATCTTCGCCTTCAAGTCACTCCTCGCTAACACTTATTAACCAGAAATTACACTGTTAATAGTTTTAAATTTTCAACATTTGAGACACTGTGCACCACAACCACGCCAAGTCTCGTTGAGCTATATACATTATATCAAGAGGCCAGCTTAATATATGTAAGATGA
Unaligned ( gi|33 ): AAGGAAGCGACATACAATAAGTCCTTCCCATGAACTATTAGGGACTGGAACCAGCTACCATCTAGGTCCACCTCAGCAACTGCAATAATTTAGAGAAAACTACTAAAGCTAATTGCTATCCAGTGTCTGGCACCTACTTACATGCCAGATAGACCATTTATGTAATTTTAATGCTTTTAACTATAAAAAATTATTTGGGAAA
Unaligned ( gi|34 ): TATCTGCACCTACGTTGGATGCTTTCAGGTTACTCCTGGTGGAGTAACCTGATACTTTCTTCATCAGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTTAACATTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATATGGAAGAAGA
Unaligned ( gi|36 ): ACTCCAGGGCTTTCTCTTCACTGTGAGGGAATTTGGCCAGAGCCCTCTTCATCAGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTTAACATTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATAT
Unaligned ( gi|38 ): TCACAGGAAATACGACGTGTATATATAAATGTTTACCAAACAAAATTAATAAATGTGTGCACCACCACCATGCCTAGACGCATTGGCCTAACTACGTTATATCAAAAGCCCAGCCCAGTATATAGAATGAGAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGTATGTACTTTTAATTGTAAACAGCCATTAAGGAAAAAATGTACACTATCACAATGACATGTTTATCATTGAGTTAAATACCATCTGGAAAGATCCCAGTTAGATATTTGGAAGAAGATTA
Unaligned ( gi|42 ): CATGCTTGATTGTTTTTTACTTACACCTTATGGTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATA
Unaligned ( gi|43 ): TTTGGAAATGCTGTACGCCATCCTCATGTTTTTAATTGTTGAGCTATTTACAATCTAGAGATATCCCAGCTCACTATTTGGAAGATGAAGAA
Unaligned ( gi|44 ): AATTTCCATCCAGAGTGGTGTCTGCCAACTCACTGGAAGAGTTCATATTCCTACTTCAGATTTGACC
Unaligned ( gi|46 ): AAAAAGAAGAAATATTATATTGAAATCGGTTAAACTACTTTATTACCAT
Unaligned ( gi|47 ): AGCTATCGACGTTCTTTGAGAGCCCAGCTCAGTATAGGGAGAAGAAG
Unaligned ( gi|49 ): TGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCCGCTCAGTATACGGAAG
Unaligned ( gi|50 ): TTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATATGGAAGAAG
Unaligned ( gi|51 ): TCGACGTTCTTTGTGAGCCCAGCTCAGTATAGGGAGAAGAA
Unaligned ( gi|52 ): GAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATAT
Unaligned ( gi|53 ): TGTGTCCAGTTTGTTACCAAACTCAAGGAATTCG
Unaligned ( gi|54 ): CCAAAATCGGACAGTAACATAGTTCATTGCCA
Alignments
lowQualScore : 1111 111 1111 1111111111 111 1 111 2222222 111111111111 111 33333333333333333333333333333333333333 111 2222222 1111111 11 11 111111 11111111 11
lowQualScore : 5 0000 5 0 66 777 1 66 333 11 0000 66 1 0 2 3 3 1 1 777 0 1 1 3 3 1 6666666666 22 1 0 2 555 22 555 1 5555555 444444 22 0 2 44 1 1 2 2222 3 44 4 22 5 33 33 88 4444 333 1 1 888 1111111 999999999999 3 333 888 1 44444444444444444444444444444444444444 222 1 33333 1 1 1 2 1 6 7 888888 7777 2 333 6 333 2 22 6666666 22 5 22 4 1111111 66 2 33 55 3 0 0 11 44 999999 6 4444 0 1 00000000 1 5 2 5555 8888888 2 2 0 00
lowQualScore : . .... . . .. ... . .. ... .. .... .. . . . . . . . ... . . . . . . .......... .. . . . ... .. ... . ....... ...... .. . . .. . . . .... . .. . .. . .. .. .. .... ... . . ... ....... ............ . ... ... . ...................................... ... . ..... . . . . . . . ...... .... . ... . ... . .. ....... .. . .. . ....... .. . .. .. . . . .. .. ...... . .... . . ........ . . . .... ....... . . . ..
lowQualScore : 0 6666 0 9 11 888 9 11 999 22 6666 11 4 1 9 6 6 0 8 222 7 0 8 6 1 0 7777777777 22 6 7 5 333 00 222 8 0000000 444444 11 8 7 22 5 5 7 6666 1 66 4 00 9 55 55 11 2222 555 4 5 111 3333333 111111111111 0 000 333 0 99999999999999999999999999999999999999 555 4 66666 0 6 4 1 0 2 7 222222 4444 1 222 3 777 1 99 6666666 99 2 88 0 3333333 88 0 88 55 2 6 2 99 11 333333 2 0000 8 9 99999999 1 0 5 3333 1111111 5 5 8 33
consensus : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAACATGA-T-AANCA-A--TCTAGGNTGGG-AT-TCACTCGNA---C---GTCG--AAGGAGAACNCAG-A-GACTNNCA--ATGCTC------TACAAG------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-CGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AGCGACA--CGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GGT-TCTN--CCAACCGANCGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAC-----CCGAGGACCATACGG-GAATGGAACAGNCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--G--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCGG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGNTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCTG----T-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
Reference ( family-2382 ) : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAACATGA-T-AANCA-A--TCTAGGNTGGG-AT-TCACTCGNA---C---GTNG--AAGGAGAACNCAG-A-GACTNNCA--ATGCTC------TACAAG------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-CGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AGCGACA--CGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GGT-TCTN--CCAACCGANCGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAC-----CCGAGGACCATACGG-GAATGGAACAGNCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--G--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCGG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGNTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCTG----T-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|1 : ATATTTTAGAAGC-AGCCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGCCCAAGGC-GTCAAAGACTTTGGGATTTCTTTGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACACGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGGCTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCAAGAATGTGTGTTCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATAG--AAGGAGAACTCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-CGTCGA-TGTC---GATCCAAGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTTCTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TGC--AAGT----ATTC---ATT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----AACACCA--ATC-AC---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTA-AC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCTGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCCTTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCTG----T-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|10 : --CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGAACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATAG--AAGGAGAACCCAG-A-GACTAACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-TGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCAACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--CAC--AAGT----TGTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATCAAT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--GTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCGCCGTG------TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-CCTAGAGGAGGATG-GCTG----T-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACTGGAAGA
gi|11 : GACAGGACCCCAGGCTGTGTCACCGGTATAC-T---TCA-AGGCCTAGGATGG--ATACCACTTGTAAATC---TTAG--AAGG-GAACACC-----AC-CCCATTATGTTC------TACAAG------ATC---A-AGCACCAGCT--GGTTGA-CCTG---GACCCGGGAC-CCG--TA-A--T--C--AGACAA---A-------------AC-TA---GAGG---A---GACATGC--------GCA-TGTA--CCAGCCAAATGCA-C-----CAAAC--AG--A-G--TA--TAA--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CGCCGGACCATCCAA-GACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GCCACTG--A-C-ATGA-CCACGC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGC-CATCAGGTCAGTG-GCTGGT--CCAGC--CAAC------------TAC-TAGGGACCA------CAGCAGTGTA----TATGATT-TTAA--C-----TGTA-CAT-CCAGACATTTCTAACTGTAAATA---CCACTGGTATATACGCCCCAACT-------CTC-AT-TCCCC-AATTTAAGGTCAACCGTACAGTCTGAGAAGACTCCTGACCTATTACAGGAAGAAtg
gi|12 : gatgttgacaaactacagagtccagcgaagagtggcatgatatgtcctgaacaactataccAAGACCTCAGGATGTGTCACCAATATGA-T-GTCTG-A--CCTTTGCTGGG-AG-TCCCTCGAA---T---GTCG--CCGAAGA-CGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TACAAG------ATA--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TATC--T--C--CAGCGC---AGCGACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TAC----CT----ACGCCAACTC-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----
gi|13 : gtcttcaacgactattctaccAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATTA-T-AAACA-A--TTTAGGATGGA-AT-TCACTCGCA---C---AT-----AGGATAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAA-CGA--TA-C--T--C--AGACGC---AACGACA--TGCGTAC-CA---GAGGAGGT---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-GAGTG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-TTAT-----CTGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGTTTCC-A-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCCTCGTCGGTCCGTAGGAGATA------CCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-ACTAAAGGAGGACG-GCTG----T-------TTC-AT-ACTACTAACC--AGGTCATCTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACATTTAACCGGAAGAAtagtgacagctacaactcgggaagccttcatgactctcctcgcggggtgacctgaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacataattttatctttaaattttaccattttaacttggagactgcaggccatcacacagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgtgagcccagctcagtatagggagaa
gi|14 : aCGACTATTCGACTAAGACCCCAGGATGTATCTCCAACATGCTT-AAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAACAGC---GTCG--AA----AACACAGCC-GGCTCTCC--ATGATG------TATAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT--GTAGA-CATC---AACGCA-GACAAGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GCGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---G---CAA---CATA-----GGC-TTTT--CCAG--GAGCGTATCAAAGAC---C--AGATA-C--TG--T-C--GA------ACTC---CTT-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCG----T-AT---CTGCACCTACGTT--G--GATG-C--TTTCAGGT--TACTCCT------GGT--GG-AGTAACCTGA--T-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACAT
gi|15 : tttcaaCGACTATTCGACTAAGACCTCAGGATGTATCTCCAACATGC-TTAAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAA---CAGCGTCG--AA----AACACAG-CCGGCTCTCC--ATGATG------TATAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT-G-TAGA-CATC---AACGCAACGC-AGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GTGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TTTT--CCAG--GAGCGTATCAAAGAC---C--AGATA-C--TG--T-C--GA------ACTC---CTT-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCGT-ATC--TGCGCC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--TACTCCT------GGT--GG-AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACATttgagacttctgtgcaccaccaccacgcctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatatggaagaagaag
gi|16 : ttttcaaCGACTATTTGACTAAGAACCTAGGATGTATCTCCAATATGC-TTAAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAA---CAGCGTCG--AA----AACACAG-CTGACTCTCC--ATGATG------TACAAG------ATC--CGCAACA--ACCTT-GTT-TA-CATC---AA---AGCATACAAGTTC-C--T--C--CAAAGC---AGCGATA--CGCATAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATT--CCAG--GAGCGTATGAAAGAC---C--AG--A-TACTG--T-C--GA------ACTC---CTC-CT-C-----CCAAGGACATTGCGA-GAATGGAA---TCTTCCTG-C-TGCATTGTATCAGCG-----------CT-TAC---C-TT--G--GAAGCC--TTC-AGGT--CAC-TCC------TGTT-GG-AGTAACCCGA--C-ACTTTCTTCACCAGttgagacttctgtgcaccaccaccacacctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatatggaagaa
gi|17 : gttttcaaCGACTATTCGACTAAGACCCCAGGATGTATCTCCAACATGCTT-AAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCTCTTGAACAGC---GTCG--AA----AACACAGCC-GGCTGTCC--ATGATG------TACAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT--GTAGA-CATC---AACGCA-GACAAGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GCGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATT--CCAG--GAGCGTATCATAGAC---C--AG--ATGC-TG--T-C--GA------ACTC---C-T-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCGT-ATC--TGCGCC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--TG------------G------AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAA--acatgataactgtatatcaacatttgagacttctgtgcaacatcaccacgcctagtctcgtagtgctacatacgttctttcaagaaccaagctcagtatatagaagaag
gi|18 : tttttaaG--AAAGAAAAC-----A-GGCTTTCA--ATGAACATGTAGTATAAA------ATT--CA-ACAC--GGTTT-AGTAGA-CATCCATGAC----AAC-CGA--TA-C--C--T----GCGTAAAAGTGACAGTCGCA-AC-TG---AAGG---CAA-CAC---A--------GGT-TCTA--CCAG--GAAGTAATA-----C---A--AG--A-C--GG--CAC--ATATGGCAACTC---ATT-CTTC-----CCCAGGACAGCAAGG-GACTGGAatttttaacttttgagacttctgttcaccaccaccacgcctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatat
gi|19 : gttttcaatgactattacagctaattcccagggtgcggcacaagactggttaaggaccgtaacgaggagccgctagaagccagaagCCAATATGA-T-G-CCAGA--CCTTGGTGGGGGAG-TCCTTTGAA---T---GTCGCCAAAGA---CGCAGCA-GACTAACT--ATGATG------TTCAAG------ATG--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TA-CC-T--C--CAGCGC---AGCAACA--CCCGCACTCA---AGGG---TTCACAC---CCGCACACAGGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A----TGC-TACCTACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CAAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----tcccattcagagtagtgtttgccgcctcactggacgagttcagatccctctttcgggtgtgaactgtctgaccgaatcgaaactcagagattgtacatacttttaaatgtaaattgccattggcaaatgatgtatgccaccactatgacatgtttcaatcgctgagttatttacgatctt
gi|2 : gccaCATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTAGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCGAAGACTTTGAGATTTCTTCGTCAGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACAAGAGTATACTTCATCAGCATGGGATCCTCACC---TAATCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGAATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATAG--AAGGAGAACCCAG-A-GACTTGCA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AACGACA--TGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTT--ACAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--A--AA---C--TTTAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCAATAGGAGTTA-----GCTGTCGTGTA----TATGATT-ATAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCTG----T-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAAtagtgacagctacaacccaggaagccttcagaagtctccttgcggagtgacctgaccacagatcaccaaacaggacagtattgtacatagttttatctataaattttattattttaacttgaagactgcaggccatcacgcagatgttctttgagagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|20 : GAAGACCCCAGGATGCGTCTC-----TGA-T-AAATG-A--TAT---TTGAG-AG-TCCCTCGAAGAGC---TTCA--AAT----ACACAG-CCGGCTATCC--ATGATG------TACAAG------ATCTGCA-ACAA--TGTT---GTAGA-CATC---AAC-----AC-C----------T--CCAAAGCG-----GTGTCA--CTCGGAC-AA--------------CAC---A--------GGC-TGTT--CCAG--GAGCGTATA-----A---C--AG--A---------------------ACTC---CTT-TTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GTATGGAA---TTTTCTCC-C-AG
gi|21 : gtcttcaatgactattctacACCCCAGGAATTATCACCAATATGA-T-GTTAG-A--CCTTGGCTGGG-AG-TCCCTCGGA---T---GTCG--CCGAAG-ACGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TTCAAG------ATA--C--AGAA--AACCT-TGTAGA-C--------CCCCAGAC-AGG--TACC--T--C--CAGCGC---AGCGACA--CCCG--------------------CAC---A--------GGT-TCTT--CCAAT--AACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTACGCCA--ACCC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GACGGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----gaagcatagtacctgcgcataccctggatgccttcaggtcactccttgtggggtaccctgacacttcttcaccagacatgactctgaaaatagttttgaaattttaacaaaacctgagacactgtgtgtgactgtcaccaccatgccgcatcttgttgagctacatatattctattaagagcctagctctgtata
gi|22 : tcttcaacgactattccaccaat--AAAAAGCAAACAG-G-G--TTTCA--ATGTTA------TAAAGA------ATT--CA-GCAA--GGCTT-GATAGATCTTC---CAAACA--AC-TGA--TA-T--TTGC--ATG-AT---AGTGACA--GTCGTAC-CA---Gtagtgacagctacaactctggaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacatagttttatttttaaattttaccattttaacttggactgcattccatcacgcagacccagtctcgttgatctatcgacgttctttagagcccagctcagtatagagagaa
gi|23 : tctactactacaaaaccctcaggctgcgtcacaagaaaggttaaggaccttAAGACCCCAGAATGTGTCACCAATATGA-T-GTCTG-A--CCTTGGCTGGG-AG-TCCCTCGAA---T---GTCG--CCGAAGA-CGTAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TACAAG------ATA--CA-GAAC--AACAT-TGTAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AAG--TATC--TG-C--AG-CGC---AGCGACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTACGCCA--ACCC---TTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCG-CTAGCgataaaaaacaagaaagcacatacttcaattccttttccccaggtctgtaagggactggagccaactcccatccagagtagtttctgtcacctaactaaaagaattcagatcaatccttcaggtatgatctgtctggccaatccagaattcagagatcttgtacatactttcagttgtaaatagccatttggaaatgatgtacgctatcagcacatcatgttttaattgctgagctgttaactgtctggaagatcccagctgattatttggaagaaga
gi|24 : tcttcaacgactattctaccACGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TTCAAG------ATA--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TATC--T--C--CAGCGC---AGCAACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-C-atagtgacagctacaactctggaagccttcaggactctcctcgcgtggtgacctgaccacacaccaccaaacagaacaacattgtacataattttatctttaaattttaccatttcaacttgga
gi|25 : g--AAGAAGA-CTCAG-C-GTCTCATG--ATGCTC------TGTAAG------AT------------GTCTTTGGTAGA-CATT---GCTCCACGAC-CAA--TA-C--T--T--ATATAT---TCCAACA---GAG---------GAGG---T---CGC---C--------GATCTCTA--CCAACCAATTGCA-C-----C---T--AGCGA-G--TC--TAC--AAGT----GGTC---ATTATTATAATCGCCGGGAACCATACAG-GAATGGAACAGAC-TCCGG-C-ACTG----ACAACTG--ATC-AT---TC-TAC---TACC--A--AA---CGATTT--GGTGGTGC-CGT------GCTA-GC-ATT--TTCGA--CAACTTCATTCGTCTGTC------AGA----------------------------T-TTAT--T-----TGTAACATATTGTGCGATTTC-ATTGTAAATAC-TGTATAAGTAGATG-GCTG----TGCCCCCCCCC-CC-CCCCCTTTTC--AGGTCAACTTAGCAGTCTAAGAATACTCATTACCTTACTCCGGAAGAtatcgtagtgacagctacaactctggaagccttcaggactctccttgcggggtgatctgacaacacatcaccaaacaggacaacattgtacatagttttatctttaaattttaccattttaacttggagaatgcaggccatcatgcagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgagagcccagatcagtatagggagaaga
gi|26 : GGATGTGT--CGAGAATGA-T-CAGCA-A--CCTAGGATGGA-AG-TC--TCGAG---C---GTTG--AAGGCTGACTCGG-T-CATTCAAA--ATACTC------TATAAGGATAAGATG--CA-GGGT--GGTTT-GAT---------------CATG---CAA--TA-C--T--C--AGGTCT---AATGACA--AGCCTAC-CA---GAGG---TGGTTAC---T--------GAT-TCTA--CCAACCAACTGCACC-----C---A--AG--A-G--AGCCTAC--AAGT----ACTT---GTT-CTAT-----CCGAGAACCATACAG----TGGAACAGGCTTCTGA-C-ACTG----A-CAACA--GTC-AT---TC-TGC---CATC--GAAGG---C--TTTAGAGT--TGC-CCT------GCTA-GC-AGT--TCCGG--CATCTTTATTTGTTGGTCTGTAGATGATG-----AGCATCGTGTACCATTATG-TT-TCAA--A-----TATAAc
gi|27 : gGTAGA-CATC---AACGCAG-AC-AAG--TT-CCTT--C--AAA-GC---GGCGACG--CGCATAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATT--CAAG--GAGCATATCAAAGAC---C--AG--A-TACTG--T-C--AA------ACTC---CTT-TTTC-----CCAAGGACAGTATGA-AAATGGAATCTTCTTTCTGCC-AGCACGGTATCAGCG-----------CC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--CAC-TCC------TGCT-GG-AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCACCAGAC---AGGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACA-ATTGAG
gi|28 : t-TCTT--CCAA--GAACGCATCAA---C---G--AC--G-C--TA--CAT--ACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----tcttctgtgcaccaccaccatgcctagtctcgttgagctaagtacgttctttcaagaacccatctcagtatatggaagaagaa
gi|29 : AC--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CCTCGGACCAT-CGAAGACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GTCACCG--A-C-ATGA-CCACAC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGC-CATCA----GGTCAGC-GG----CTGGTCCAGCCAACTAC---------TAGGGACCA------CAGCAGTGTA----TATAATT-TTAA--C-----TGTA-CAT-CCAGATATTTATAACTGTAAATACTACTGGAAAGGGGCG-ACTA----T-------CTC-AT-TCCTC-AATTTAAGGTCAACCTTACATTCTAAGAAGGTTCCTGACCTTTAACtagtgacgactacaactctggaagccttcaggactctccttgcggggtgacctgaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacataattttatctttaaattttaccattttaacttggagactgcaggctatcacgcagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgtgagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|3 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACTAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCATATACTCTGGGATTTATTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAGAGAGGT---ACGCGAGACAATCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGTTTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGTTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---AT-----AGGAGAACCCAG-A-GACATACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AAGA--GTCTT-GGTTGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGCGGACCATAC-A-GAATGGAACAGTCTTCCCA-C-AGCG----ATCCCCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GT-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCGTCATGTA----TA-------TAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCTG----T-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGATTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|35 : --TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTTGGAGATATATATACCGTCGGGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGACGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCTG----T-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGATCGTTAACCt
gi|37 : GTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTTACCTATAACCAGAAGAA
gi|39 : tgtaattgtgtatacagacatttcctgttttaaagctgtgaaagaactatagaaaaagggactcgagcagagcaatagtcgctctttttaaatacagcaaacttaattTCGTGTT----TATGATT-TTAA--T-----TGTTATATATCGAGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCTG----T-------TTC-AA-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACATTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAga
gi|4 : GACAGTTCGAAATACCCTGGCGTCACAATCAACAATGACCTGTCCTGGACCAAA----CACATCGACAACGTAACCTCTAAGGCTGCCAAATCCT-TATGTTTGCTTCGTCGGAACCTGTATAAC-GCTGACCAG-GATGTTAGACGTG---CAACCTACACTGC-CTTCGTTGCT-CCTACTCTGGATTATGCTTCGTCCGTTAGGGACCCCTACCAG-GAA--ACGGACATTTACCAACTACAGAGAATCCAG---CGAAGAGGGTCA---CGATATGTCCTGAACAACTATACCGACAGAACACCAGGCTTTGTCACCGGTATGC-T-TTAGG-G--CCCAGGGTGG--ATACCACTTGTAGATC---TTAG--AAGG-GAACA---------TCCC------CTC------TACAAG------ATC--CA--GCACCAGCT--GGTTGA-CCTG---GACCCTGGAC-CCA--CA-A--T--A--AGACCA---AACGACA--GGAGAAC-GA---GAGG---A---GAC---G--------TGTGTCTATACCAGTCAAACGCA-C-----TAAAC--AG--A-G--TA--TAC--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CCACGGACCATCCAA-AACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GCCACCGGCACG-AC---CA-CGC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGA-CATCA----GGTCAGC-GG----CTGGTCCAGCCAACTAC---------TAGGGACCA------CCGCAGTGTA----TATAATT-TTAA--C-----TGTA-CAT-CCAGACATTTTTAACTGTAAATACTACTGGAAAGGGGCG-ACTG----T-------CTC-AT-TCTCC-AATTTAAGGTCAATCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTATTACCGGAAAA
gi|40 : catactggaaaagacaA----TATG-----TAA--TATA--TGTAATATATCAGGCCTTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCTG----T-------TTC-ACACCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTTCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|45 : GGTAAACCATACAGTCTAC-AAGACTCCTGATCTGTA
gi|48 : --AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTATAACCGGAAGAtttgtaaagaagaaga
gi|5 : CATATTTTAGAAGCCGGTCAACAGTGCAAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACCCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATAC-----------------ACTGG--TACG----ACCAACACAA-------ACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAATTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGCCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---AT-----AGGAGAAACCAG-A-TACTTACA--TTGCTC------TTCAAT------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---CACGACA--TGCCTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CTAACCTACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---ATT-CTAT-----CCGAAGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCT----ATCTCAG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCC------AGTC-GC-AGT--CCTAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGACA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--TTGTAATGTAATATATTGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGACG-GCCG----T-------TTCAAC-CCCCCTTTCT--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|55 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACTGTGCCAAG
gi|6 : cCATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCATCCCAGGC-TTCAAAGACTCTGTGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCCAGACAACCTACAATACACT--GGTTCGACCAACAGTAGAGTATGCTTCATCAGAATGTGATCCCTACTACATAATAACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCGAACATGA-T-AAACA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATAG--AAAGAGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAA-------ATC--AA-GGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AACGACA--TGCGTTC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CAAACCAACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCCAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------ATTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCCTAGGAGTTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGGTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCTG----T-------TTA-AT-CCCC
gi|7 : CATATTTTGGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCCTGGTGTCTCCATCAGCAAAGATCTCTC----ACCAAAGACACAAGACGAAAACACATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGGACCTTCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCa
gi|7 : CTCGCTTTGTAATGCGCAACTATTGGGAGAGGACCCAAGGATAAGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGTAGGG-AT-TCACTCGCA---C---AT-----AGGAGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATTCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGC---AACAACA--TGCGTAC-CA---GAGGAGGT---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-GAGTG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-A-----------CCG--ATC-AT---CC-CAT---CATC--G--GAGA-C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCATCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTATTATATCAGACGCTTTTAATTGTAAATAG-GCTAAAGGAGGATG-GCTG----T-------TTC-AC-CCCTCTCACC--AGGTCAACtcgctttgtaatgcgcaactattgggagaggacccaaggataagtgtccaacatgataaccaatctaggtagggattcactcgcacataggagaacccagagacttacaatgctctacaaaatccaaggaggcttggtagatgtcgattcaggaccgatactcaggcgcaacaacatgcgtaccagaggaggtcaccgattctaccaacctactgcatcccagagagtgtacaagtactccttctatccgaggaccatacaggaatggaacaggcttcccacaccgatcatcccatcatcggagacttcaaggttgccctagtcgcagtcccagcaaccttcttcgtcggtccgtaggagttagccatcgtgtatatgattttaattgtattatatcagacgcttttaattgtaaataggctaaaggaggatggctgtttcacccctctcaccaggtcaact
gi|8 : catattttggaagcagtcgacagtgccaagtatcctggtgtctccatcagcaaagatctctcaccaaagacacaagacgaaaacacatcgtccaaggcgtcaaagactctgggatttcttcgtcgggaccttcataactgcactaaagaggtacgcgagacaacctacaatacactggtacgaccaacactagagtatgcttcatcagcatgggatccccacctaacAAGACCCTGGGATTTCTTTGTCGGAACCTGCATTACTGC--ACTAAAGAGGT---ATGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACAACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACC---TG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTGGCTTTGTAATGCGCAACTATTAGGAGAGGACCCCACGATGTGTGTCCAGCATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATAG--AAGGAGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-AGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--GGGCGC---AATGATA--TGCATAC-TAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCATCCTACTGCATC-----C-------A--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CTGAGGACCATACAG-GAATTGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACAG--ATC-AT---CC-CGC---CATCAAA--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------GGTC-G-------CCCAG--CAAC---CTTTGTCAGTCCGTAGGAGATA-----GCCGTCTTGTA----TAT-ATTATTAA--T-----TGTAATATCTCGGGCACTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCTG----T-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCATCTTCACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACTGGAAGAAt
gi|9 : CATATTTTAGAAGC-AGCCGACAGTGCCAAGTATATTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTTTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTATAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCACACC---TAACCACTGACATTAACCAGCTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTTGCA---C---AT-----AGGAGAAACCAG-A-GACTAACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--GGGCAC---AACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--ACGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCt
19 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACCAGATACTGTAAAAATCCTTCCCAAGAACGTGCAAGAATGGAATCTTCTTCCTGCCAGCACGGTATCTACCTACCTTGGATGCCTTCAGATCACTCCTTGCCAAGTAACCTGACACTTTCTTCACTTGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTAACATTTGAGACTTCTGTACACCACCATCACGCCTAGTCTTGTTGAGCTACATATGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCATTAAATGGAAGA
Unaligned ( gi|31 ): CGCGTGTACCAGAGGATAACATTGGCTATTCCAGGAGCGTAAAAAAAGACCAAGAGTTGCAAACTCCTTCTTTCAAAGAACGGTTAGAGATTGAAATTCTCCCTGGATGCATTCGTGTCACTCCTCAGTGAGTAACCTGACACTTATTCACCAGACATGGCACTGTGAACAGTTTCCACCACAACGCCAGGTCTCGTTGAGCTGTATACATTCTATTTAGAGCCCACCGCAGTATATGTAAAAA
Unaligned ( gi|32 ): AACTTCTTCCCAAGGACAGTGCGAGAGTGGAATCCCCAGTTAGTAAGGTATCTTCGCCTTCAAGTCACTCCTCGCTAACACTTATTAACCAGAAATTACACTGTTAATAGTTTTAAATTTTCAACATTTGAGACACTGTGCACCACAACCACGCCAAGTCTCGTTGAGCTATATACATTATATCAAGAGGCCAGCTTAATATATGTAAGATGA
Unaligned ( gi|33 ): AAGGAAGCGACATACAATAAGTCCTTCCCATGAACTATTAGGGACTGGAACCAGCTACCATCTAGGTCCACCTCAGCAACTGCAATAATTTAGAGAAAACTACTAAAGCTAATTGCTATCCAGTGTCTGGCACCTACTTACATGCCAGATAGACCATTTATGTAATTTTAATGCTTTTAACTATAAAAAATTATTTGGGAAA
Unaligned ( gi|34 ): TATCTGCACCTACGTTGGATGCTTTCAGGTTACTCCTGGTGGAGTAACCTGATACTTTCTTCATCAGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTTAACATTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATATGGAAGAAGA
Unaligned ( gi|36 ): ACTCCAGGGCTTTCTCTTCACTGTGAGGGAATTTGGCCAGAGCCCTCTTCATCAGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTTAACATTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATAT
Unaligned ( gi|38 ): TCACAGGAAATACGACGTGTATATATAAATGTTTACCAAACAAAATTAATAAATGTGTGCACCACCACCATGCCTAGACGCATTGGCCTAACTACGTTATATCAAAAGCCCAGCCCAGTATATAGAATGAGAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGTATGTACTTTTAATTGTAAACAGCCATTAAGGAAAAAATGTACACTATCACAATGACATGTTTATCATTGAGTTAAATACCATCTGGAAAGATCCCAGTTAGATATTTGGAAGAAGATTA
Unaligned ( gi|42 ): CATGCTTGATTGTTTTTTACTTACACCTTATGGTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATA
Unaligned ( gi|43 ): TTTGGAAATGCTGTACGCCATCCTCATGTTTTTAATTGTTGAGCTATTTACAATCTAGAGATATCCCAGCTCACTATTTGGAAGATGAAGAA
Unaligned ( gi|44 ): AATTTCCATCCAGAGTGGTGTCTGCCAACTCACTGGAAGAGTTCATATTCCTACTTCAGATTTGACC
Unaligned ( gi|46 ): AAAAAGAAGAAATATTATATTGAAATCGGTTAAACTACTTTATTACCAT
Unaligned ( gi|47 ): AGCTATCGACGTTCTTTGAGAGCCCAGCTCAGTATAGGGAGAAGAAG
Unaligned ( gi|49 ): TGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCCGCTCAGTATACGGAAG
Unaligned ( gi|50 ): TTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATATGGAAGAAG
Unaligned ( gi|51 ): TCGACGTTCTTTGTGAGCCCAGCTCAGTATAGGGAGAAGAA
Unaligned ( gi|52 ): GAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATAT
Unaligned ( gi|53 ): TGTGTCCAGTTTGTTACCAAACTCAAGGAATTCG
Unaligned ( gi|54 ): CCAAAATCGGACAGTAACATAGTTCATTGCCA
Alignments
lowQualScore : 1111 111 1111 1111111111111 111 1 111 2222222 111111111111 111 33333333333333333333333333333333333333 111 2222222 1111111 11 11 111111 11111111 11
lowQualScore : 5 0000 5 0 66 777 1 66 333 11 0000 66 1 0 2 3 3 1 1 777 0 1 1 3 3 1 5555555555555 22 1 0 2 555 22 555 1 5555555 444444 22 0 2 44 1 1 2 2222 3 44 4 22 5 33 33 88 1 222 333 1 1 888 1111111 999999999999 3 333 888 1 44444444444444444444444444444444444444 222 1 33333 1 1 1 2 1 6 7 888888 7777 2 333 6 333 2 22 6666666 22 5 22 4 1111111 66 2 33 55 3 0 0 11 44 999999 6 4444 0 1 00000000 1 5 2 5555 8888888 2 2 0 00
lowQualScore : . .... . . .. ... . .. ... .. .... .. . . . . . . . ... . . . . . . ............. .. . . . ... .. ... . ....... ...... .. . . .. . . . .... . .. . .. . .. .. .. . ... ... . . ... ....... ............ . ... ... . ...................................... ... . ..... . . . . . . . ...... .... . ... . ... . .. ....... .. . .. . ....... .. . .. .. . . . .. .. ...... . .... . . ........ . . . .... ....... . . . ..
lowQualScore : 0 6666 0 9 11 888 9 11 999 22 6666 11 4 1 9 6 6 0 8 222 7 0 8 6 1 0 8888888888888 22 6 7 5 333 00 222 8 0000000 444444 11 8 7 22 5 5 7 6666 1 66 4 00 9 55 55 11 6 666 555 4 5 111 3333333 111111111111 0 000 333 0 99999999999999999999999999999999999999 555 4 66666 0 6 4 1 0 2 7 222222 4444 1 222 3 777 1 99 6666666 99 2 88 0 3333333 88 0 88 55 2 6 2 99 11 333333 2 0000 8 9 99999999 1 0 5 3333 1111111 5 5 8 33
consensus : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAACATGA-T-AANCA-A--TCTAGGNTGGG-AT-TCACTCGNA---C---GTC---G--AAGGAGAACNCAG-A-GACTNNCA--ATGCTC------TACAAG------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-CGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---GCGACA--CGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GGT-TCTN--CCAACCGANCGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAC-----CCGAGGACCATACGG-GAATGGAACAGNCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--G--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCGG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGNTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
Reference ( family-2382 ) : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAACATGA-T-AANCA-A--TCTAGGNTGGG-AT-TCACTCGNA---C---GTC---G--AAGGAGAACNCAG-A-GACTNNCA--ATGCTC------TACAAG------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-CGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---GCGACA--CGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GGT-TCTN--CCAACCGANCGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAC-----CCGAGGACCATACGG-GAATGGAACAGNCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--G--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCGG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGNTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|1 : ATATTTTAGAAGC-AGCCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGCCCAAGGC-GTCAAAGACTTTGGGATTTCTTTGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACACGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGGCTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCAAGAATGTGTGTTCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAGGAGAACTCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-CGTCGA-TGTC---GATCCAAGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTTCTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TGC--AAGT----ATTC---ATT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----AACACCA--ATC-AC---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTA-AC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCTGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCCTTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|10 : --CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGAACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAGGAGAACCCAG-A-GACTAACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-TGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCAACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--CAC--AAGT----TGTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATCAAT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--GTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCGCCGTG------TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-CCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACTGGAAGA
gi|11 : GACAGGACCCCAGGCTGTGTCACCGGTATAC-T---TCA-AGGCCTAGGATGG--ATACCACTTGTA---A---ATCTTAG--AAGG-GAACACC-----AC-CCCATTATGTTC------TACAAG------ATC---A-AGCACCAGCT--GGTTGA-CCTG---GACCCGGGAC-CCG--TA-A--T--C--AGACAAA----------------AC-TA---GAGG---A---GACATGC--------GCA-TGTA--CCAGCCAAATGCA-C-----CAAAC--AG--A-G--TA--TAA--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CGCCGGACCATCCAA-GACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GCCACTG--A-C-ATGA-CCACGC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGC-CATCAGGTCAGTG-GCTGGT--CCAGC--CAAC------------TAC-TAGGGACCA------CAGCAGTGTA----TATGATT-TTAA--C-----TGT-ACAT-CCAGACATTTCTAACTGTAAATA---CCACTGGTATATACGCCCCAACT-------CTC-AT-TCCCC-AATTTAAGGTCAACCGTACAGTCTGAGAAGACTCCTGACCTATTACAGGAAGAAtg
gi|12 : gatgttgacaaactacagagtccagcgaagagtggcatgatatgtcctgaacaactataccAAGACCTCAGGATGTGTCACCAATATGA-T-GTCTG-A--CCTTTGCTGGG-AG-TCCCTCGAA---T---GTC---G--CCGAAGA-CGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TACAAG------ATA--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TATC--T--C--CAGCGCA---GCGACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TAC----CT----ACGCCAACTC-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----
gi|13 : gtcttcaacgactattctaccAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATTA-T-AAACA-A--TTTAGGATGGA-AT-TCACTCGCA---C---AT--------AGGATAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAA-CGA--TA-C--T--C--AGACGCA---ACGACA--TGCGTAC-CA---GAGGAGGT---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-GAGTG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-TTAT-----CTGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGTTTCC-A-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCCTCGTCGGTCCGTAGGAGATA------CCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-ACTAAAGGAGGACG-GCT----GT-------TTC-AT-ACTACTAACC--AGGTCATCTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACATTTAACCGGAAGAAtagtgacagctacaactcgggaagccttcatgactctcctcgcggggtgacctgaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacataattttatctttaaattttaccattttaacttggagactgcaggccatcacacagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgtgagcccagctcagtatagggagaa
gi|14 : aCGACTATTCGACTAAGACCCCAGGATGTATCTCCAACATGCTT-AAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAACAGC---GTC---G--AA----AACACAGCC-GGCTCTCC--ATGATG------TATAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT--GTAGA-CATC---AACGCA-GACAAGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GCGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---G---CAA---CATA-----GGC-TTTT--CCAG--GAGCGTATCAAAGAC---C--AGATA-C--TG--T-C--GA------ACTC---CTT-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCG----T-AT---CTGCACCTACGTT--G--GATG-C--TTTCAGGT--TACTCCT------GGT--GG-AGTAACCTGA--T-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACAT
gi|15 : tttcaaCGACTATTCGACTAAGACCTCAGGATGTATCTCCAACATGC-TTAAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAA---CAGCGTC---G--AA----AACACAG-CCGGCTCTCC--ATGATG------TATAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT-G-TAGA-CATC---AACGCAACGC-AGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GTGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TTTT--CCAG--GAGCGTATCAAAGAC---C--AGATA-C--TG--T-C--GA------ACTC---CTT-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCGT-ATC--TGCGCC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--TACTCCT------GGT--GG-AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACATttgagacttctgtgcaccaccaccacgcctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatatggaagaagaag
gi|16 : ttttcaaCGACTATTTGACTAAGAACCTAGGATGTATCTCCAATATGC-TTAAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAA---CAGCGTC---G--AA----AACACAG-CTGACTCTCC--ATGATG------TACAAG------ATC--CGCAACA--ACCTT-GTT-TA-CATC---AA---AGCATACAAGTTC-C--T--C--CAAAGCA---GCGATA--CGCATAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATT--CCAG--GAGCGTATGAAAGAC---C--AG--A-TACTG--T-C--GA------ACTC---CTC-CT-C-----CCAAGGACATTGCGA-GAATGGAA---TCTTCCTG-C-TGCATTGTATCAGCG-----------CT-TAC---C-TT--G--GAAGCC--TTC-AGGT--CAC-TCC------TGTT-GG-AGTAACCCGA--C-ACTTTCTTCACCAGttgagacttctgtgcaccaccaccacacctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatatggaagaa
gi|17 : gttttcaaCGACTATTCGACTAAGACCCCAGGATGTATCTCCAACATGCTT-AAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCTCTTGAACAGC---GTC---G--AA----AACACAGCC-GGCTGTCC--ATGATG------TACAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT--GTAGA-CATC---AACGCA-GACAAGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GCGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATT--CCAG--GAGCGTATCATAGAC---C--AG--ATGC-TG--T-C--GA------ACTC---C-T-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCGT-ATC--TGCGCC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--TG------------G------AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAA--acatgataactgtatatcaacatttgagacttctgtgcaacatcaccacgcctagtctcgtagtgctacatacgttctttcaagaaccaagctcagtatatagaagaag
gi|18 : tttttaa---G--AAAGAAAAC-----A-GGCTTTCA--ATGAACATGTAGTATAAA------ATT--CA-ACAC--GGTTT-AGTAGA-CATCCATGAC----AAC-CGA--TA-C--C--T----GCGTAAAAGTGACAGTCGCA-AC-TG---AAGG---CAA-CAC---A--------GGT-TCTA--CCAG--GAAGTAATA-----C---A--AG--A-C--GG--CAC--ATATGGCAACTC---ATT-CTTC-----CCCAGGACAGCAAGG-GACTGGAatttttaacttttgagacttctgttcaccaccaccacgcctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatat
gi|19 : gttttcaatgactattacagctaattcccagggtgcggcacaagactggttaaggaccgtaacgaggagccgctagaagccagaagCCAATATGA-T-G-CCAGA--CCTTGGTGGGGGAG-TCCTTTGAA---T---GTC---GCCAAAGA---CGCAGCA-GACTAACT--ATGATG------TTCAAG------ATG--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TA-CC-T--C--CAGCGCA---GCAACA--CCCGCACTCA---AGGG---TTCACAC---CCGCACACAGGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A----TGC-TACCTACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CAAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----tcccattcagagtagtgtttgccgcctcactggacgagttcagatccctctttcgggtgtgaactgtctgaccgaatcgaaactcagagattgtacatacttttaaatgtaaattgccattggcaaatgatgtatgccaccactatgacatgtttcaatcgctgagttatttacgatctt
gi|2 : gccaCATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTAGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCGAAGACTTTGAGATTTCTTCGTCAGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACAAGAGTATACTTCATCAGCATGGGATCCTCACC---TAATCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGAATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAGGAGAACCCAG-A-GACTTGCA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTT--ACAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--A--AA---C--TTTAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCAATAGGAGTTA-----GCTGTCGTGTA----TATGATT-ATAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAAtagtgacagctacaacccaggaagccttcagaagtctccttgcggagtgacctgaccacagatcaccaaacaggacagtattgtacatagttttatctataaattttattattttaacttgaagactgcaggccatcacgcagatgttctttgagagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|20 : GAAGACCCCAGGATGCGTCTC-----TGA-T-AAATG-A--TAT---TTGAG-AG-TCCCTCGAAGAGC---TTC---A--AAT----ACACAG-CCGGCTATCC--ATGATG------TACAAG------ATCTGCA-ACAA--TGTT---GTAGA-CATC---AAC-----AC-C----------T--CCAAAGCG-----GTGTCA--CTCGGAC-AA--------------CAC---A--------GGC-TGTT--CCAG--GAGCGTATA-----A---C--AG--A---------------------ACTC---CTT-TTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GTATGGAA---TTTTCTCC-C-AG
gi|21 : gtcttcaatgactattctacACCCCAGGAATTATCACCAATATGA-T-GTTAG-A--CCTTGGCTGGG-AG-TCCCTCGGA---T---GTC---G--CCGAAG-ACGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TTCAAG------ATA--C--AGAA--AACCT-TGTAGA-C--------CCCCAGAC-AGG--TACC--T--C--CAGCGCA---GCGACA--CCCG--------------------CAC---A--------GGT-TCTT--CCAAT--AACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTACGCCA--ACCC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GACGGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----gaagcatagtacctgcgcataccctggatgccttcaggtcactccttgtggggtaccctgacacttcttcaccagacatgactctgaaaatagttttgaaattttaacaaaacctgagacactgtgtgtgactgtcaccaccatgccgcatcttgttgagctacatatattctattaagagcctagctctgtata
gi|22 : tcttcaacgactattccaccaat--AAAAAGCAAACAG-G-G--TTTCA--ATGTTA------TAAAGA------ATT--CA-GCAA--GGCTT-GATAGATCTTC---CAAACA--AC-TGA--TA-T--TTGC--ATG-ATA---GTGACA--GTCGTAC-CA---Gtagtgacagctacaactctggaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacatagttttatttttaaattttaccattttaacttggactgcattccatcacgcagacccagtctcgttgatctatcgacgttctttagagcccagctcagtatagagagaa
gi|23 : tctactactacaaaaccctcaggctgcgtcacaagaaaggttaaggaccttAAGACCCCAGAATGTGTCACCAATATGA-T-GTCTG-A--CCTTGGCTGGG-AG-TCCCTCGAA---T---GTC---G--CCGAAGA-CGTAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TACAAG------ATA--CA-GAAC--AACAT-TGTAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AAG--TATC--TG-C--AG-CGCA---GCGACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTACGCCA--ACCC---TTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCG-CTAGCgataaaaaacaagaaagcacatacttcaattccttttccccaggtctgtaagggactggagccaactcccatccagagtagtttctgtcacctaactaaaagaattcagatcaatccttcaggtatgatctgtctggccaatccagaattcagagatcttgtacatactttcagttgtaaatagccatttggaaatgatgtacgctatcagcacatcatgttttaattgctgagctgttaactgtctggaagatcccagctgattatttggaagaaga
gi|24 : tcttcaacgactattctaccACGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TTCAAG------ATA--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TATC--T--C--CAGCGCA---GCAACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-C-atagtgacagctacaactctggaagccttcaggactctcctcgcgtggtgacctgaccacacaccaccaaacagaacaacattgtacataattttatctttaaattttaccatttcaacttgga
gi|25 : g--AAGAAGA-CTCAG-C-GTCTCATG--ATGCTC------TGTAAG------AT------------GTCTTTGGTAGA-CATT---GCTCCACGAC-CAA--TA-C--T--T--ATATATT---CCAACA---GAG---------GAGG---T---CGC---C--------GATCTCTA--CCAACCAATTGCA-C-----C---T--AGCGA-G--TC--TAC--AAGT----GGTC---ATTATTATAATCGCCGGGAACCATACAG-GAATGGAACAGAC-TCCGG-C-ACTG----ACAACTG--ATC-AT---TC-TAC---TACC--A--AA---CGATTT--GGTGGTGC-CGT------GCTA-GC-ATT--TTCGA--CAACTTCATTCGTCTGTC------AGA----------------------------T-TTAT--T-----TGTAACATATTGTGCGATTTC-ATTGTAAATAC-TGTATAAGTAGATG-GCT----GTGCCCCCCCCC-CC-CCCCCTTTTC--AGGTCAACTTAGCAGTCTAAGAATACTCATTACCTTACTCCGGAAGAtatcgtagtgacagctacaactctggaagccttcaggactctccttgcggggtgatctgacaacacatcaccaaacaggacaacattgtacatagttttatctttaaattttaccattttaacttggagaatgcaggccatcatgcagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgagagcccagatcagtatagggagaaga
gi|26 : GGATGTGT--CGAGAATGA-T-CAGCA-A--CCTAGGATGGA-AG-TC--TCGAG---C---GTT---G--AAGGCTGACTCGG-T-CATTCAAA--ATACTC------TATAAGGATAAGATG--CA-GGGT--GGTTT-GAT---------------CATG---CAA--TA-C--T--C--AGGTCTA---ATGACA--AGCCTAC-CA---GAGG---TGGTTAC---T--------GAT-TCTA--CCAACCAACTGCACC-----C---A--AG--A-G--AGCCTAC--AAGT----ACTT---GTT-CTAT-----CCGAGAACCATACAG----TGGAACAGGCTTCTGA-C-ACTG----A-CAACA--GTC-AT---TC-TGC---CATC--GAAGG---C--TTTAGAGT--TGC-CCT------GCTA-GC-AGT--TCCGG--CATCTTTATTTGTTGGTCTGTAGATGATG-----AGCATCGTGTACCATTATG-TT-TCAA--A-----TATAAc
gi|27 : gGTAGA-CATC---AACGCAG-AC-AAG--TT-CCTT--C--AAA-GCG---GCGACG--CGCATAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATT--CAAG--GAGCATATCAAAGAC---C--AG--A-TACTG--T-C--AA------ACTC---CTT-TTTC-----CCAAGGACAGTATGA-AAATGGAATCTTCTTTCTGCC-AGCACGGTATCAGCG-----------CC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--CAC-TCC------TGCT-GG-AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCACCAGAC---AGGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACA-ATTGAG
gi|28 : t-TCTT--CCAA--GAACGCATCAA---C---G--AC--G-C--TA--CAT--ACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----tcttctgtgcaccaccaccatgcctagtctcgttgagctaagtacgttctttcaagaacccatctcagtatatggaagaagaa
gi|29 : AC--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CCTCGGACCAT-CGAAGACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GTCACCG--A-C-ATGA-CCACAC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGC-CATCA----GGTCAGC-GG----CTGGTCCAGCCAACTAC---------TAGGGACCA------CAGCAGTGTA----TATAATT-TTAA--C-----TGTA-CAT-CCAGATATTTATAACTGTAAATACTACTGGAAAGGGGCG-ACT----AT-------CTC-AT-TCCTC-AATTTAAGGTCAACCTTACATTCTAAGAAGGTTCCTGACCTTTAACtagtgacgactacaactctggaagccttcaggactctccttgcggggtgacctgaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacataattttatctttaaattttaccattttaacttggagactgcaggctatcacgcagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgtgagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|3 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACTAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCATATACTCTGGGATTTATTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAGAGAGGT---ACGCGAGACAATCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGTTTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGTTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---AT--------AGGAGAACCCAG-A-GACATACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AAGA--GTCTT-GGTTGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGCGGACCATAC-A-GAATGGAACAGTCTTCCCA-C-AGCG----ATCCCCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GT-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCGTCATGTA----TA-------TAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGATTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|35 : --TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTTGGAGATATATATACCGTCGGGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGACGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGATCGTTAACCt
gi|37 : GTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTTACCTATAACCAGAAGAA
gi|39 : tgtaattgtgtatacagacatttcctgttttaaagctgtgaaagaactatagaaaaagggactcgagcagagcaatagtcgctctttttaaatacagcaaacttaattTCGTGTT----TATGATT-TTAA--T-----TGTTATATATCGAGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AA-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACATTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAga
gi|4 : GACAGTTCGAAATACCCTGGCGTCACAATCAACAATGACCTGTCCTGGACCAAA----CACATCGACAACGTAACCTCTAAGGCTGCCAAATCCT-TATGTTTGCTTCGTCGGAACCTGTATAAC-GCTGACCAG-GATGTTAGACGTG---CAACCTACACTGC-CTTCGTTGCT-CCTACTCTGGATTATGCTTCGTCCGTTAGGGACCCCTACCAG-GAA--ACGGACATTTACCAACTACAGAGAATCCAG---CGAAGAGGGTCA---CGATATGTCCTGAACAACTATACCGACAGAACACCAGGCTTTGTCACCGGTATGC-T-TTAGG-G--CCCAGGGTGG--ATACCACTTGTA---G---ATCTTAG--AAGG-GAACA---------TCCC------CTC------TACAAG------ATC--CA--GCACCAGCT--GGTTGA-CCTG---GACCCTGGAC-CCA--CA-A--T--A--AGACCAA---ACGACA--GGAGAAC-GA---GAGG---A---GAC---G--------TGTGTCTATACCAGTCAAACGCA-C-----TAAAC--AG--A-G--TA--TAC--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CCACGGACCATCCAA-AACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GCCACCGGCACG-AC---CA-CGC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGA-CATCA----GGTCAGC-GG----CTGGTCCAGCCAACTAC---------TAGGGACCA------CCGCAGTGTA----TATAATT-TTAA--C-----TGTA-CAT-CCAGACATTTTTAACTGTAAATACTACTGGAAAGGGGCG-ACT----GT-------CTC-AT-TCTCC-AATTTAAGGTCAATCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTATTACCGGAAAA
gi|40 : catactggaaaagacaA----TATG-----TAA--TATA--TGTAATATATCAGGCCTTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-ACACCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTTCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|45 : GGTAAACCATACAGTCTAC-AAGACTCCTGATCTGTA
gi|48 : --AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTATAACCGGAAGAtttgtaaagaagaaga
gi|5 : CATATTTTAGAAGCCGGTCAACAGTGCAAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACCCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATAC-----------------ACTGG--TACG----ACCAACACAA-------ACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAATTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGCCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---AT--------AGGAGAAACCAG-A-TACTTACA--TTGCTC------TTCAAT------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCC---ACGACA--TGCCTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CTAACCTACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---ATT-CTAT-----CCGAAGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCT----ATCTCAG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCC------AGTC-GC-AGT--CCTAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGACA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--TTGTAATGTAATATATTGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGACG-GCC----GT-------TTCAAC-CCCCCTTTCT--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|55 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACTGTGCCAAG
gi|6 : cCATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCATCCCAGGC-TTCAAAGACTCTGTGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCCAGACAACCTACAATACACT--GGTTCGACCAACAGTAGAGTATGCTTCATCAGAATGTGATCCCTACTACATAATAACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCGAACATGA-T-AAACA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAAGAGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAA-------ATC--AA-GGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTTC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CAAACCAACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCCAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------ATTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCCTAGGAGTTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGGTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTA-AT-CCCC
gi|7 : CATATTTTGGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCCTGGTGTCTCCATCAGCAAAGATCTCTC----ACCAAAGACACAAGACGAAAACACATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGGACCTTCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCa
gi|7 : CTCGCTTTGTAATGCGCAACTATTGGGAGAGGACCCAAGGATAAGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGTAGGG-AT-TCACTCGCA---C---AT--------AGGAGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATTCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACAACA--TGCGTAC-CA---GAGGAGGT---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-GAGTG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-A-----------CCG--ATC-AT---CC-CAT---CATC--G--GAGA-C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCATCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTATTATATCAGACGCTTTTAATTGTAAATAG-GCTAAAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTCACC--AGGTCAACtcgctttgtaatgcgcaactattgggagaggacccaaggataagtgtccaacatgataaccaatctaggtagggattcactcgcacataggagaacccagagacttacaatgctctacaaaatccaaggaggcttggtagatgtcgattcaggaccgatactcaggcgcaacaacatgcgtaccagaggaggtcaccgattctaccaacctactgcatcccagagagtgtacaagtactccttctatccgaggaccatacaggaatggaacaggcttcccacaccgatcatcccatcatcggagacttcaaggttgccctagtcgcagtcccagcaaccttcttcgtcggtccgtaggagttagccatcgtgtatatgattttaattgtattatatcagacgcttttaattgtaaataggctaaaggaggatggctgtttcacccctctcaccaggtcaact
gi|8 : catattttggaagcagtcgacagtgccaagtatcctggtgtctccatcagcaaagatctctcaccaaagacacaagacgaaaacacatcgtccaaggcgtcaaagactctgggatttcttcgtcgggaccttcataactgcactaaagaggtacgcgagacaacctacaatacactggtacgaccaacactagagtatgcttcatcagcatgggatccccacctaacAAGACCCTGGGATTTCTTTGTCGGAACCTGCATTACTGC--ACTAAAGAGGT---ATGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACAACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACC---TG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTGGCTTTGTAATGCGCAACTATTAGGAGAGGACCCCACGATGTGTGTCCAGCATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAGGAGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-AGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--GGGCGCA---ATGATA--TGCATAC-TAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCATCCTACTGCATC-----C-------A--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CTGAGGACCATACAG-GAATTGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACAG--ATC-AT---CC-CGC---CATCAAA--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------GGTC-G-------CCCAG--CAAC---CTTTGTCAGTCCGTAGGAGATA-----GCCGTCTTGTA----TAT-ATTATTAA--T-----TGTAATATCTCGGGCACTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCATCTTCACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACTGGAAGAAt
gi|9 : CATATTTTAGAAGC-AGCCGACAGTGCCAAGTATATTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTTTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTATAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCACACC---TAACCACTGACATTAACCAGCTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTTGCA---C---AT--------AGGAGAAACCAG-A-GACTAACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--GGGCACA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--ACGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCt
19 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACCAGATACTGTAAAAATCCTTCCCAAGAACGTGCAAGAATGGAATCTTCTTCCTGCCAGCACGGTATCTACCTACCTTGGATGCCTTCAGATCACTCCTTGCCAAGTAACCTGACACTTTCTTCACTTGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTAACATTTGAGACTTCTGTACACCACCATCACGCCTAGTCTTGTTGAGCTACATATGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCATTAAATGGAAGA
Unaligned ( gi|31 ): CGCGTGTACCAGAGGATAACATTGGCTATTCCAGGAGCGTAAAAAAAGACCAAGAGTTGCAAACTCCTTCTTTCAAAGAACGGTTAGAGATTGAAATTCTCCCTGGATGCATTCGTGTCACTCCTCAGTGAGTAACCTGACACTTATTCACCAGACATGGCACTGTGAACAGTTTCCACCACAACGCCAGGTCTCGTTGAGCTGTATACATTCTATTTAGAGCCCACCGCAGTATATGTAAAAA
Unaligned ( gi|32 ): AACTTCTTCCCAAGGACAGTGCGAGAGTGGAATCCCCAGTTAGTAAGGTATCTTCGCCTTCAAGTCACTCCTCGCTAACACTTATTAACCAGAAATTACACTGTTAATAGTTTTAAATTTTCAACATTTGAGACACTGTGCACCACAACCACGCCAAGTCTCGTTGAGCTATATACATTATATCAAGAGGCCAGCTTAATATATGTAAGATGA
Unaligned ( gi|33 ): AAGGAAGCGACATACAATAAGTCCTTCCCATGAACTATTAGGGACTGGAACCAGCTACCATCTAGGTCCACCTCAGCAACTGCAATAATTTAGAGAAAACTACTAAAGCTAATTGCTATCCAGTGTCTGGCACCTACTTACATGCCAGATAGACCATTTATGTAATTTTAATGCTTTTAACTATAAAAAATTATTTGGGAAA
Unaligned ( gi|34 ): TATCTGCACCTACGTTGGATGCTTTCAGGTTACTCCTGGTGGAGTAACCTGATACTTTCTTCATCAGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTTAACATTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATATGGAAGAAGA
Unaligned ( gi|36 ): ACTCCAGGGCTTTCTCTTCACTGTGAGGGAATTTGGCCAGAGCCCTCTTCATCAGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTTAACATTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATAT
Unaligned ( gi|38 ): TCACAGGAAATACGACGTGTATATATAAATGTTTACCAAACAAAATTAATAAATGTGTGCACCACCACCATGCCTAGACGCATTGGCCTAACTACGTTATATCAAAAGCCCAGCCCAGTATATAGAATGAGAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGTATGTACTTTTAATTGTAAACAGCCATTAAGGAAAAAATGTACACTATCACAATGACATGTTTATCATTGAGTTAAATACCATCTGGAAAGATCCCAGTTAGATATTTGGAAGAAGATTA
Unaligned ( gi|42 ): CATGCTTGATTGTTTTTTACTTACACCTTATGGTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATA
Unaligned ( gi|43 ): TTTGGAAATGCTGTACGCCATCCTCATGTTTTTAATTGTTGAGCTATTTACAATCTAGAGATATCCCAGCTCACTATTTGGAAGATGAAGAA
Unaligned ( gi|44 ): AATTTCCATCCAGAGTGGTGTCTGCCAACTCACTGGAAGAGTTCATATTCCTACTTCAGATTTGACC
Unaligned ( gi|46 ): AAAAAGAAGAAATATTATATTGAAATCGGTTAAACTACTTTATTACCAT
Unaligned ( gi|47 ): AGCTATCGACGTTCTTTGAGAGCCCAGCTCAGTATAGGGAGAAGAAG
Unaligned ( gi|49 ): TGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCCGCTCAGTATACGGAAG
Unaligned ( gi|50 ): TTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATATGGAAGAAG
Unaligned ( gi|51 ): TCGACGTTCTTTGTGAGCCCAGCTCAGTATAGGGAGAAGAA
Unaligned ( gi|52 ): GAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATAT
Unaligned ( gi|53 ): TGTGTCCAGTTTGTTACCAAACTCAAGGAATTCG
Unaligned ( gi|54 ): CCAAAATCGGACAGTAACATAGTTCATTGCCA
Alignments
lowQualScore : 1111 111 1111 1111111111111 111 1 111 2222222 111111111111 111 33333333333333333333333333333333333333 111 2222222 1111111 11 11 111111 11111111 11
lowQualScore : 5 0000 5 0 66 777 1 66 333 11 0000 66 1 0 2 3 3 1 1 777 0 1 1 3 3 1 5555555555555 22 1 0 2 555 22 555 1 5555555 444444 22 0 2 44 1 1 2 2222 3 44 4 22 5 33 33 88 1 222 333 1 1 888 1111111 999999999999 3 333 888 1 44444444444444444444444444444444444444 222 1 33333 1 1 1 2 1 6 7 888888 7777 2 333 6 333 2 22 6666666 22 5 22 4 1111111 66 2 33 55 3 0 0 11 44 999999 6 4444 0 1 00000000 1 5 2 5555 8888888 2 2 0 00
lowQualScore : . .... . . .. ... . .. ... .. .... .. . . . . . . . ... . . . . . . ............. .. . . . ... .. ... . ....... ...... .. . . .. . . . .... . .. . .. . .. .. .. . ... ... . . ... ....... ............ . ... ... . ...................................... ... . ..... . . . . . . . ...... .... . ... . ... . .. ....... .. . .. . ....... .. . .. .. . . . .. .. ...... . .... . . ........ . . . .... ....... . . . ..
lowQualScore : 0 6666 0 9 11 888 9 11 999 22 6666 11 4 1 9 6 6 0 8 222 7 0 8 6 1 0 8888888888888 22 6 7 5 333 00 222 8 0000000 444444 11 8 7 22 5 5 7 6666 1 66 4 00 9 55 55 11 6 666 555 4 5 111 3333333 111111111111 0 000 333 0 99999999999999999999999999999999999999 555 4 66666 0 6 4 1 0 2 7 222222 4444 1 222 3 777 1 99 6666666 99 2 88 0 3333333 88 0 88 55 2 6 2 99 11 333333 2 0000 8 9 99999999 1 0 5 3333 1111111 5 5 8 33
consensus : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAACATGA-T-AANCA-A--TCTAGGNTGGG-AT-TCACTCGNA---C---GTC---G--AAGGAGAACNCAG-A-GACTNNCA--ATGCTC------TACAAG------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-CGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---GCGACA--CGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GGT-TCTN--CCAACCGANCGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAC-----CCGAGGACCATACGG-GAATGGAACAGNCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--G--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCGG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGNTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
Reference ( family-2382 ) : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAACATGA-T-AANCA-A--TCTAGGNTGGG-AT-TCACTCGNA---C---GTC---G--AAGGAGAACNCAG-A-GACTNNCA--ATGCTC------TACAAG------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-CGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---GCGACA--CGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GGT-TCTN--CCAACCGANCGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAC-----CCGAGGACCATACGG-GAATGGAACAGNCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--G--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCGG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGNTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|1 : ATATTTTAGAAGC-AGCCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGCCCAAGGC-GTCAAAGACTTTGGGATTTCTTTGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACACGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGGCTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCAAGAATGTGTGTTCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAGGAGAACTCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-CGTCGA-TGTC---GATCCAAGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTTCTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TGC--AAGT----ATTC---ATT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----AACACCA--ATC-AC---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTA-AC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCTGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCCTTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|10 : --CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGAACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAGGAGAACCCAG-A-GACTAACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-TGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCAACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--CAC--AAGT----TGTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATCAAT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--GTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCGCCGTG------TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-CCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACTGGAAGA
gi|11 : GACAGGACCCCAGGCTGTGTCACCGGTATAC-T---TCA-AGGCCTAGGATGG--ATACCACTTGTA---A---ATCTTAG--AAGG-GAACACC-----AC-CCCATTATGTTC------TACAAG------ATC---A-AGCACCAGCT--GGTTGA-CCTG---GACCCGGGAC-CCG--TA-A--T--C--AGACAAA----------------AC-TA---GAGG---A---GACATGC--------GCA-TGTA--CCAGCCAAATGCA-C-----CAAAC--AG--A-G--TA--TAA--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CGCCGGACCATCCAA-GACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GCCACTG--A-C-ATGA-CCACGC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGC-CATCAGGTCAGTG-GCTGGT--CCAGC--CAAC------------TAC-TAGGGACCA------CAGCAGTGTA----TATGATT-TTAA--C-----TGT-ACAT-CCAGACATTTCTAACTGTAAATA---CCACTGGTATATACGCCCCAACT-------CTC-AT-TCCCC-AATTTAAGGTCAACCGTACAGTCTGAGAAGACTCCTGACCTATTACAGGAAGAAtg
gi|12 : gatgttgacaaactacagagtccagcgaagagtggcatgatatgtcctgaacaactataccAAGACCTCAGGATGTGTCACCAATATGA-T-GTCTG-A--CCTTTGCTGGG-AG-TCCCTCGAA---T---GTC---G--CCGAAGA-CGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TACAAG------ATA--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TATC--T--C--CAGCGCA---GCGACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TAC----CT----ACGCCAACTC-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----
gi|13 : gtcttcaacgactattctaccAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATTA-T-AAACA-A--TTTAGGATGGA-AT-TCACTCGCA---C---AT--------AGGATAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAA-CGA--TA-C--T--C--AGACGCA---ACGACA--TGCGTAC-CA---GAGGAGGT---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-GAGTG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-TTAT-----CTGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGTTTCC-A-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCCTCGTCGGTCCGTAGGAGATA------CCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-ACTAAAGGAGGACG-GCT----GT-------TTC-AT-ACTACTAACC--AGGTCATCTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACATTTAACCGGAAGAAtagtgacagctacaactcgggaagccttcatgactctcctcgcggggtgacctgaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacataattttatctttaaattttaccattttaacttggagactgcaggccatcacacagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgtgagcccagctcagtatagggagaa
gi|14 : aCGACTATTCGACTAAGACCCCAGGATGTATCTCCAACATGCTT-AAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAACAGC---GTC---G--AA----AACACAGCC-GGCTCTCC--ATGATG------TATAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT--GTAGA-CATC---AACGCA-GACAAGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GCGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---G---CAA---CATA-----GGC-TTTT--CCAG--GAGCGTATCAAAGAC---C--AGATA-C--TG--T-C--GA------ACTC---CTT-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCG----T-AT---CTGCACCTACGTT--G--GATG-C--TTTCAGGT--TACTCCT------GGT--GG-AGTAACCTGA--T-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACAT
gi|15 : tttcaaCGACTATTCGACTAAGACCTCAGGATGTATCTCCAACATGC-TTAAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAA---CAGCGTC---G--AA----AACACAG-CCGGCTCTCC--ATGATG------TATAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT-G-TAGA-CATC---AACGCAACGC-AGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GTGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TTTT--CCAG--GAGCGTATCAAAGAC---C--AGATA-C--TG--T-C--GA------ACTC---CTT-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCGT-ATC--TGCGCC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--TACTCCT------GGT--GG-AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACATttgagacttctgtgcaccaccaccacgcctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatatggaagaagaag
gi|16 : ttttcaaCGACTATTTGACTAAGAACCTAGGATGTATCTCCAATATGC-TTAAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAA---CAGCGTC---G--AA----AACACAG-CTGACTCTCC--ATGATG------TACAAG------ATC--CGCAACA--ACCTT-GTT-TA-CATC---AA---AGCATACAAGTTC-C--T--C--CAAAGCA---GCGATA--CGCATAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATT--CCAG--GAGCGTATGAAAGAC---C--AG--A-TACTG--T-C--GA------ACTC---CTC-CT-C-----CCAAGGACATTGCGA-GAATGGAA---TCTTCCTG-C-TGCATTGTATCAGCG-----------CT-TAC---C-TT--G--GAAGCC--TTC-AGGT--CAC-TCC------TGTT-GG-AGTAACCCGA--C-ACTTTCTTCACCAGttgagacttctgtgcaccaccaccacacctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatatggaagaa
gi|17 : gttttcaaCGACTATTCGACTAAGACCCCAGGATGTATCTCCAACATGCTT-AAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCTCTTGAACAGC---GTC---G--AA----AACACAGCC-GGCTGTCC--ATGATG------TACAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT--GTAGA-CATC---AACGCA-GACAAGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GCGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATT--CCAG--GAGCGTATCATAGAC---C--AG--ATGC-TG--T-C--GA------ACTC---C-T-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCGT-ATC--TGCGCC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--TG------------G------AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAA--acatgataactgtatatcaacatttgagacttctgtgcaacatcaccacgcctagtctcgtagtgctacatacgttctttcaagaaccaagctcagtatatagaagaag
gi|18 : tttttaa---G--AAAGAAAAC-----A-GGCTTTCA--ATGAACATGTAGTATAAA------ATT--CA-ACAC--GGTTT-AGTAGA-CATCCATGAC----AAC-CGA--TA-C--C--T----GCGTAAAAGTGACAGTCGCA-AC-TG---AAGG---CAA-CAC---A--------GGT-TCTA--CCAG--GAAGTAATA-----C---A--AG--A-C--GG--CAC--ATATGGCAACTC---ATT-CTTC-----CCCAGGACAGCAAGG-GACTGGAatttttaacttttgagacttctgttcaccaccaccacgcctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatat
gi|19 : gttttcaatgactattacagctaattcccagggtgcggcacaagactggttaaggaccgtaacgaggagccgctagaagccagaagCCAATATGA-T-G-CCAGA--CCTTGGTGGGGGAG-TCCTTTGAA---T---GTC---GCCAAAGA---CGCAGCA-GACTAACT--ATGATG------TTCAAG------ATG--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TA-CC-T--C--CAGCGCA---GCAACA--CCCGCACTCA---AGGG---TTCACAC---CCGCACACAGGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A----TGC-TACCTACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CAAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----tcccattcagagtagtgtttgccgcctcactggacgagttcagatccctctttcgggtgtgaactgtctgaccgaatcgaaactcagagattgtacatacttttaaatgtaaattgccattggcaaatgatgtatgccaccactatgacatgtttcaatcgctgagttatttacgatctt
gi|2 : gccaCATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTAGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCGAAGACTTTGAGATTTCTTCGTCAGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACAAGAGTATACTTCATCAGCATGGGATCCTCACC---TAATCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGAATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAGGAGAACCCAG-A-GACTTGCA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTT--ACAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--A--AA---C--TTTAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCAATAGGAGTTA-----GCTGTCGTGTA----TATGATT-ATAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAAtagtgacagctacaacccaggaagccttcagaagtctccttgcggagtgacctgaccacagatcaccaaacaggacagtattgtacatagttttatctataaattttattattttaacttgaagactgcaggccatcacgcagatgttctttgagagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|20 : GAAGACCCCAGGATGCGTCTC-----TGA-T-AAATG-A--TAT---TTGAG-AG-TCCCTCGAAGAGC---TTC---A--AAT----ACACAG-CCGGCTATCC--ATGATG------TACAAG------ATCTGCA-ACAA--TGTT---GTAGA-CATC---AAC-----AC-C----------T--CCAAAGCG-----GTGTCA--CTCGGAC-AA--------------CAC---A--------GGC-TGTT--CCAG--GAGCGTATA-----A---C--AG--A---------------------ACTC---CTT-TTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GTATGGAA---TTTTCTCC-C-AG
gi|21 : gtcttcaatgactattctacACCCCAGGAATTATCACCAATATGA-T-GTTAG-A--CCTTGGCTGGG-AG-TCCCTCGGA---T---GTC---G--CCGAAG-ACGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TTCAAG------ATA--C--AGAA--AACCT-TGTAGA-C--------CCCCAGAC-AGG--TACC--T--C--CAGCGCA---GCGACA--CCCG--------------------CAC---A--------GGT-TCTT--CCAAT--AACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTACGCCA--ACCC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GACGGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----gaagcatagtacctgcgcataccctggatgccttcaggtcactccttgtggggtaccctgacacttcttcaccagacatgactctgaaaatagttttgaaattttaacaaaacctgagacactgtgtgtgactgtcaccaccatgccgcatcttgttgagctacatatattctattaagagcctagctctgtata
gi|22 : tcttcaacgactattccaccaat--AAAAAGCAAACAG-G-G--TTTCA--ATGTTA------TAAAGA------ATT--CA-GCAA--GGCTT-GATAGATCTTC---CAAACA--AC-TGA--TA-T--TTGC--ATG-ATA---GTGACA--GTCGTAC-CA---Gtagtgacagctacaactctggaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacatagttttatttttaaattttaccattttaacttggactgcattccatcacgcagacccagtctcgttgatctatcgacgttctttagagcccagctcagtatagagagaa
gi|23 : tctactactacaaaaccctcaggctgcgtcacaagaaaggttaaggaccttAAGACCCCAGAATGTGTCACCAATATGA-T-GTCTG-A--CCTTGGCTGGG-AG-TCCCTCGAA---T---GTC---G--CCGAAGA-CGTAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TACAAG------ATA--CA-GAAC--AACAT-TGTAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AAG--TATC--TG-C--AG-CGCA---GCGACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTACGCCA--ACCC---TTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCG-CTAGCgataaaaaacaagaaagcacatacttcaattccttttccccaggtctgtaagggactggagccaactcccatccagagtagtttctgtcacctaactaaaagaattcagatcaatccttcaggtatgatctgtctggccaatccagaattcagagatcttgtacatactttcagttgtaaatagccatttggaaatgatgtacgctatcagcacatcatgttttaattgctgagctgttaactgtctggaagatcccagctgattatttggaagaaga
gi|24 : tcttcaacgactattctaccACGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TTCAAG------ATA--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TATC--T--C--CAGCGCA---GCAACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TCTT--CCAA--GAACGCATC-----A---A--CG--A-C--GC--TACCTACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-C-atagtgacagctacaactctggaagccttcaggactctcctcgcgtggtgacctgaccacacaccaccaaacagaacaacattgtacataattttatctttaaattttaccatttcaacttgga
gi|25 : g--AAGAAGA-CTCAG-C-GTCTCATG--ATGCTC------TGTAAG------AT------------GTCTTTGGTAGA-CATT---GCTCCACGAC-CAA--TA-C--T--T--ATATATT---CCAACA---GAG---------GAGG---T---CGC---C--------GATCTCTA--CCAACCAATTGCA-C-----C---T--AGCGA-G--TC--TAC--AAGT----GGTC---ATTATTATAATCGCCGGGAACCATACAG-GAATGGAACAGAC-TCCGG-C-ACTG----ACAACTG--ATC-AT---TC-TAC---TACC--A--AA---CGATTT--GGTGGTGC-CGT------GCTA-GC-ATT--TTCGA--CAACTTCATTCGTCTGTC------AGA----------------------------T-TTAT--T-----TGTAACATATTGTGCGATTTC-ATTGTAAATAC-TGTATAAGTAGATG-GCT----GTGCCCCCCCCC-CC-CCCCCTTTTC--AGGTCAACTTAGCAGTCTAAGAATACTCATTACCTTACTCCGGAAGAtatcgtagtgacagctacaactctggaagccttcaggactctccttgcggggtgatctgacaacacatcaccaaacaggacaacattgtacatagttttatctttaaattttaccattttaacttggagaatgcaggccatcatgcagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgagagcccagatcagtatagggagaaga
gi|26 : GGATGTGT--CGAGAATGA-T-CAGCA-A--CCTAGGATGGA-AG-TC--TCGAG---C---GTT---G--AAGGCTGACTCGG-T-CATTCAAA--ATACTC------TATAAGGATAAGATG--CA-GGGT--GGTTT-GAT---------------CATG---CAA--TA-C--T--C--AGGTCTA---ATGACA--AGCCTAC-CA---GAGG---TGGTTAC---T--------GAT-TCTA--CCAACCAACTGCACC-----C---A--AG--A-G--AGCCTAC--AAGT----ACTT---GTT-CTAT-----CCGAGAACCATACAG----TGGAACAGGCTTCTGA-C-ACTG----A-CAACA--GTC-AT---TC-TGC---CATC--GAAGG---C--TTTAGAGT--TGC-CCT------GCTA-GC-AGT--TCCGG--CATCTTTATTTGTTGGTCTGTAGATGATG-----AGCATCGTGTACCATTATG-TT-TCAA--A-----TATAAc
gi|27 : gGTAGA-CATC---AACGCAG-AC-AAG--TT-CCTT--C--AAA-GCG---GCGACG--CGCATAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TATT--CAAG--GAGCATATCAAAGAC---C--AG--A-TACTG--T-C--AA------ACTC---CTT-TTTC-----CCAAGGACAGTATGA-AAATGGAATCTTCTTTCTGCC-AGCACGGTATCAGCG-----------CC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--CAC-TCC------TGCT-GG-AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCACCAGAC---AGGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAATT-----TTTAACA-ATTGAG
gi|28 : t-TCTT--CCAA--GAACGCATCAA---C---G--AC--G-C--TA--CAT--ACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----tcttctgtgcaccaccaccatgcctagtctcgttgagctaagtacgttctttcaagaacccatctcagtatatggaagaagaa
gi|29 : AC--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CCTCGGACCAT-CGAAGACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GTCACCG--A-C-ATGA-CCACAC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGC-CATCA----GGTCAGC-GG----CTGGTCCAGCCAACTAC---------TAGGGACCA------CAGCAGTGTA----TATAATT-TTAA--C-----TGTA-CAT-CCAGATATTTATAACTGTAAATACTACTGGAAAGGGGCG-ACT----AT-------CTC-AT-TCCTC-AATTTAAGGTCAACCTTACATTCTAAGAAGGTTCCTGACCTTTAACtagtgacgactacaactctggaagccttcaggactctccttgcggggtgacctgaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacataattttatctttaaattttaccattttaacttggagactgcaggctatcacgcagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgtgagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|3 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACTAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCATATACTCTGGGATTTATTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAGAGAGGT---ACGCGAGACAATCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGTTTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGTTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---AT--------AGGAGAACCCAG-A-GACATACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AAGA--GTCTT-GGTTGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGCGGACCATAC-A-GAATGGAACAGTCTTCCCA-C-AGCG----ATCCCCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GT-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCGTCATGTA----TA-------TAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGATTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|35 : --TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTTGGAGATATATATACCGTCGGGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGACGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGATCGTTAACCt
gi|37 : GTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTTACCTATAACCAGAAGAA
gi|39 : tgtaattgtgtatacagacatttcctgttttaaagctgtgaaagaactatagaaaaagggactcgagcagagcaatagtcgctctttttaaatacagcaaacttaattTCGTGTT----TATGATT-TTAA--T-----TGTTATATATCGAGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AA-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACATTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAga
gi|4 : GACAGTTCGAAATACCCTGGCGTCACAATCAACAATGACCTGTCCTGGACCAAA----CACATCGACAACGTAACCTCTAAGGCTGCCAAATCCT-TATGTTTGCTTCGTCGGAACCTGTATAAC-GCTGACCAG-GATGTTAGACGTG---CAACCTACACTGC-CTTCGTTGCT-CCTACTCTGGATTATGCTTCGTCCGTTAGGGACCCCTACCAG-GAA--ACGGACATTTACCAACTACAGAGAATCCAG---CGAAGAGGGTCA---CGATATGTCCTGAACAACTATACCGACAGAACACCAGGCTTTGTCACCGGTATGC-T-TTAGG-G--CCCAGGGTGG--ATACCACTTGTA---G---ATCTTAG--AAGG-GAACA---------TCCC------CTC------TACAAG------ATC--CA--GCACCAGCT--GGTTGA-CCTG---GACCCTGGAC-CCA--CA-A--T--A--AGACCAA---ACGACA--GGAGAAC-GA---GAGG---A---GAC---G--------TGTGTCTATACCAGTCAAACGCA-C-----TAAAC--AG--A-G--TA--TAC--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CCACGGACCATCCAA-AACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GCCACCGGCACG-AC---CA-CGC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGA-CATCA----GGTCAGC-GG----CTGGTCCAGCCAACTAC---------TAGGGACCA------CCGCAGTGTA----TATAATT-TTAA--C-----TGTA-CAT-CCAGACATTTTTAACTGTAAATACTACTGGAAAGGGGCG-ACT----GT-------CTC-AT-TCTCC-AATTTAAGGTCAATCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTATTACCGGAAAA
gi|40 : catactggaaaagacaA----TATG-----TAA--TATA--TGTAATATATCAGGCCTTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-ACACCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTTCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|45 : GGTAAACCATACAGTCTAC-AAGACTCCTGATCTGTA
gi|48 : --AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTATAACCGGAAGAtttgtaaagaagaaga
gi|5 : CATATTTTAGAAGCCGGTCAACAGTGCAAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACCCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATAC-----------------ACTGG--TACG----ACCAACACAA-------ACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAATTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGCCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---AT--------AGGAGAAACCAG-A-TACTTACA--TTGCTC------TTCAAT------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCC---ACGACA--TGCCTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CTAACCTACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---ATT-CTAT-----CCGAAGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCT----ATCTCAG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCC------AGTC-GC-AGT--CCTAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGACA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--TTGTAATGTAATATATTGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGACG-GCC----GT-------TTCAAC-CCCCCTTTCT--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|55 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACTGTGCCAAG
gi|6 : cCATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCATCCCAGGC-TTCAAAGACTCTGTGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCCAGACAACCTACAATACACT--GGTTCGACCAACAGTAGAGTATGCTTCATCAGAATGTGATCCCTACTACATAATAACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCGAACATGA-T-AAACA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAAGAGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAA-------ATC--AA-GGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTTC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CAAACCAACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCCAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------ATTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCCTAGGAGTTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGGTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTA-AT-CCCC
gi|7 : CATATTTTGGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCCTGGTGTCTCCATCAGCAAAGATCTCTC----ACCAAAGACACAAGACGAAAACACATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGGACCTTCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCa
gi|7 : CTCGCTTTGTAATGCGCAACTATTGGGAGAGGACCCAAGGATAAGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGTAGGG-AT-TCACTCGCA---C---AT--------AGGAGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATTCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACAACA--TGCGTAC-CA---GAGGAGGT---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---C--AG--A-GAGTG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-A-----------CCG--ATC-AT---CC-CAT---CATC--G--GAGA-C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCATCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTATTATATCAGACGCTTTTAATTGTAAATAG-GCTAAAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTCACC--AGGTCAACtcgctttgtaatgcgcaactattgggagaggacccaaggataagtgtccaacatgataaccaatctaggtagggattcactcgcacataggagaacccagagacttacaatgctctacaaaatccaaggaggcttggtagatgtcgattcaggaccgatactcaggcgcaacaacatgcgtaccagaggaggtcaccgattctaccaacctactgcatcccagagagtgtacaagtactccttctatccgaggaccatacaggaatggaacaggcttcccacaccgatcatcccatcatcggagacttcaaggttgccctagtcgcagtcccagcaaccttcttcgtcggtccgtaggagttagccatcgtgtatatgattttaattgtattatatcagacgcttttaattgtaaataggctaaaggaggatggctgtttcacccctctcaccaggtcaact
gi|8 : catattttggaagcagtcgacagtgccaagtatcctggtgtctccatcagcaaagatctctcaccaaagacacaagacgaaaacacatcgtccaaggcgtcaaagactctgggatttcttcgtcgggaccttcataactgcactaaagaggtacgcgagacaacctacaatacactggtacgaccaacactagagtatgcttcatcagcatgggatccccacctaacAAGACCCTGGGATTTCTTTGTCGGAACCTGCATTACTGC--ACTAAAGAGGT---ATGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACAACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACC---TG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTGGCTTTGTAATGCGCAACTATTAGGAGAGGACCCCACGATGTGTGTCCAGCATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAGGAGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-AGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--GGGCGCA---ATGATA--TGCATAC-TAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCATCCTACTGCATC-----C-------A--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CTGAGGACCATACAG-GAATTGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACAG--ATC-AT---CC-CGC---CATCAAA--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------GGTC-G-------CCCAG--CAAC---CTTTGTCAGTCCGTAGGAGATA-----GCCGTCTTGTA----TAT-ATTATTAA--T-----TGTAATATCTCGGGCACTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCATCTTCACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACTGGAAGAAt
gi|9 : CATATTTTAGAAGC-AGCCGACAGTGCCAAGTATATTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTTTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTATAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCACACC---TAACCACTGACATTAACCAGCTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTTGCA---C---AT--------AGGAGAAACCAG-A-GACTAACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--GGGCACA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TCTA--CCAACCTACTGCATC-----C---CAGAG--A-G--TG--TAC--ACGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCt
blockSeqs : C CTGG T TG TAG A TC ACA GA CAGA TC A G T T C G GGC A G A A C AATCTTA CC G C CA AA ATT C CATGTAG GATAAG TG G G CC T T G CATG C GG A GT T CT TG CA C AAA GTC T T GAG TCAA CCGCACACA C ATA CCA C AAAGACCAGATACTGTCGA CAA A AATCG G C A A G C T TTGTAT GCAC A GCG A CTA A AA GATGC GA A GG T CAGGTCA CA T AA TC A CG GT TATATA C CCAT A TTGTAA A T C CCAA GCCCCCC A A TA
blockSeqs : . . . . . A . AG GT . . G C T T T . T A . A A T CAGCGTC . G A CC CC A T C . . C C CC . . C G C GG A . C C G CA A . T C . GAG AGGT ATGC G A CCA A AAAGACCAGATACTGTCGA . . . C C . A A C T CGGTAT TAT . GCG G . A . GAAGC . A . T CAG CA . AA TC A CG AC G A . . TATA A T . . . . . TA
blockSeqs : . . . . . A . . AA . . G C . . C . C C . . C A CAGCGTC . G G CC AG T A C . . C C . . . A G T GG A . T . . CA C . C T . GAG TTCA CATA . A CCT A AAAGACCAGATACTGTCGA . . . A G . T T C T AT TAT . GA A . A . GATGC . A . . CAG C . AA . A AA GA G C . . ATT A . . . . . . TA
blockSeqs : . . . . . A . . GA . . G G . . A . T A . . A C CAGCGTC . G C CT TA A C G . . C G . . . G C C AC . . T . . CA C . T T . GAG TCAA CATA . T CCT C ATAGACCAGATGCTGTCGA . . . G C . A G C T GC AT . GA . . G . GATGC . C . . A G . AA . A TG GT A T . . ATT A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . GA . . G C . . A . C C . . C A CAGCGTC . A A CC CT C A C . . C C . . . A G G GC . . . . . . C . C T . GAG TCAA CATA . A CCA G CAAGACGGCACATATGGCA . . . A A . C T . T AT AT . . . . A . AAGA . A . . A C . AA . A CG GA G C . . ATT A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . AG . . A C . . A . T C . . C A GAGCTTC . A A CA CT C A G . . G C . . . A A G GG . . . . . . T . C T . GAG TGGT CATA . T CCA G AACGATGCTACCTACGCCA . . . A A . C T . . AT AT . . . . A . AAGA . A . . G T . . . A CG GA G A . . T A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A C . . A . T C . . C A GATCTTA . G A CC CT C A G . . G C . . . A A G AG . . . . . . C . C T . . AGGT CATA . T CCT G AACGACGCTACCTACGCCA . . . A A . C T . . AC AT . . . . A . GATG . A . . G C . . . A CG AC G C . . C A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A C . . A . C C . . T A CATA . T A CA GT C A G . . . C . . . A A T CG . . . . . . C . C C . . CAA C . T TCA G AACGACGCTACCTACGCCA . . . A A . T T . . GT GT . . . . A . AAGG . A . . T A . . . A CC GT G C . . T A . . . . . . .
blockSeqs : A G . . C . C T . . C A TGTC . G G CA TT A A G . . . A . . . A A C TG . . . . . . C . C T . . T A . T CCT A AACGACGCTACCTACGCCA . . . C A . A T . . AT AT . . . . A . AAGA . A . . A A . . . A CG GA G C . . T A . . . . . . .
blockSeqs : A C . . T . C A . . A C TGTC . A C CA AA T A G . . . C . . . A C C GG . . . . . . T . T G . . A C . A CCA A AAAGACCAGATACTGTCAA . . . A G . T G . . GC AT . . . . A . AAGA . A . . G T . . . A CG AC . C . . T A . . . . . . .
blockSeqs : A C . . A . T T . . C A CATA . G A A TG A C C . . . G . . . G G A GG . . . . . . C . C T . . G A . T CCT C AACGACGCTACATACGCCA . . . G C . T T . . AT AT . . . . A . AAGA . A . . G C . . . A C GA . C . . A A . . . . . . .
blockSeqs : A C . . T . C C . . C G TGTC . G G A AT C A G . . . A . . . A A T GG . . . . . . C . C C . . A C . T CCT G CAAACAGAGTATAAAAGA . . . A A . T T . . AT AT . . . . A . GAGA . A . . T C . . . A . GT . C . . C A . . . . . . .
blockSeqs : A G . . C . T C . . C A TGTC . G A A AG T A G . . . A . . . T C T GG . . . . . . T . G C . . A A . T CCT A TAAACAGAGTATACAAGA . . . A G . A T . . AT AT . . . . A . GG . A . . A C . . . A . GT . C . . T C . . . . . . .
blockSeqs : C . . G . T A . . A A CGTT . G G A TT A T A . . . A . . . A C C GG . . . . . . T . C T . . A A . T G A CCAGAGAGTGCACAAGT . . . A G . A T . . A A . . . . A . AA . . . . A C . . . A . GA . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : G . . C . T A . . A C CATA . G G G AG T A G . . . A . . . A C G GG . . . . . . C . C T . . T A . T G A CCAGAGAGTGTACAAGT . . . A G . C A . . . A . . . . . . AA . . . . A C . . . . . C . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : G . . A . T G . . A T CATA . G T C AG T A G . . . C . . . A G C GG . . . . . . C . A T . . T A . T G T CTAGCGAGTCTACAAGT . . . G C . T G . . . . . . . . . . GG . . . . A C . . . . . C . . . . C .
blockSeqs : G . . C . T A . . A C CAT . A T T CA G C C . . . G . . . A A C G . . . . . . A . C A . . A C . A G C CAAGAGAGCCTACAAGT . . . G C . A T . . . . . . . . . . GG . . . . A . . . . . . C . . . . T
blockSeqs : G . . A . . A . . A C CAT . G C A CA A C C . . . G . . . G G C G . . . . . . C . T T . . T T . A G G CCAGAGAGTGTACAAGT . . . A A . A T . . . . . . . . . . GA . . . . G . . . . . . C . . . . T
blockSeqs : G . . C . . T . . A C CAT . G A A TA A C C . . . C . . . C G C G . . . . . . C . G T . . A C . T G A CCAGAGAGTGTACAAGT . . . A G . A A . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . C . . A . . A C CAT . G C A CC A C C . . . G . . . G G T A . . . . . . C . T T . . T G . T G C CCAGAGAGTGTACAAGT . . . T C . A T . . . .
blockSeqs : . . T . . A . . . C CAT . . C A TA A C C . . . G . . . G G C G . . . . . . C . T T . . T C . A G A CCAGAGAGTGTACACGT . . . G C . A A . .
blockSeqs : . . C A TA A C C . . . G . . . G G C G . . . . . . C . T T . . T C . A T C CCAGAGTGTACAAGT . . . A C . A G . .
blockSeqs : . . C A TA A C C . . . G . . . G G . G . . . . . . . . T . . . T C . A G C CCAGAGTGTACAAGT . . . G C . A G . .
blockSeqs : . . C . TA A C C . . . G . . . G G . G . . . . . . . . T . . . . C . A G C AACGACGCTACCT . . . C C . A G . .
blockSeqs : . . AA . C C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A G C CAAGTGTACAAGT . . . G C . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A G C ACAGA . . . G C . . G
blockSeqs : . . . G C .
blockSeqCons : *** CCAGAGAGTGTACAAGT********************* G*****
originalCons : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAACATGA-T-AANCA-A--TCTAGGNTGGG-AT-TCACTCGNA---C---GTC---G--AAGGAGAACNCAG-A-GACTNNCA--ATGCTC------TACAAG------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-CGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---GCGACA--CGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GGT-TCTN--CCAACCGANCGCATC-----C---C--AG--A-G--TG--TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAC-----CCGAGGACCATACGG-GAATGGAACAGNCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--G--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCGG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGNTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
finalCons : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACTG----GAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAACATGA-T-AANCA-A--TCTAGGNTGGG-AT-TCACTCGNA---C---GTC---G--AAGGAGAACNCAG-A-GACTNNCA--ATGCTC------TACAAG------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-CGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---GCGACA--CGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GGT-TCTN--CCAACCGANCGCATCCCAGAGAGTGTACAAGT---------------------ACTC---CTT-CTAC-----CCGAGGACCATACGG-GAATGGAACAGNCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--G--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCGG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGNTAG-----CCGTCGTGTA----TATGATT-TTAA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
19 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACCAGATACTGTAAAAATCCTTCCCAAGAACGTGCAAGAATGGAATCTTCTTCCTGCCAGCACGGTATCTACCTACCTTGGATGCCTTCAGATCACTCCTTGCCAAGTAACCTGACACTTTCTTCACTTGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTAACATTTGAGACTTCTGTACACCACCATCACGCCTAGTCTTGTTGAGCTACATATGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCATTAAATGGAAGA
Unaligned ( gi|31 ): CGCGTGTACCAGAGGATAACATTGGCTATTCCAGGAGCGTAAAAAAAGACCAAGAGTTGCAAACTCCTTCTTTCAAAGAACGGTTAGAGATTGAAATTCTCCCTGGATGCATTCGTGTCACTCCTCAGTGAGTAACCTGACACTTATTCACCAGACATGGCACTGTGAACAGTTTCCACCACAACGCCAGGTCTCGTTGAGCTGTATACATTCTATTTAGAGCCCACCGCAGTATATGTAAAAA
Unaligned ( gi|32 ): AACTTCTTCCCAAGGACAGTGCGAGAGTGGAATCCCCAGTTAGTAAGGTATCTTCGCCTTCAAGTCACTCCTCGCTAACACTTATTAACCAGAAATTACACTGTTAATAGTTTTAAATTTTCAACATTTGAGACACTGTGCACCACAACCACGCCAAGTCTCGTTGAGCTATATACATTATATCAAGAGGCCAGCTTAATATATGTAAGATGA
Unaligned ( gi|33 ): AAGGAAGCGACATACAATAAGTCCTTCCCATGAACTATTAGGGACTGGAACCAGCTACCATCTAGGTCCACCTCAGCAACTGCAATAATTTAGAGAAAACTACTAAAGCTAATTGCTATCCAGTGTCTGGCACCTACTTACATGCCAGATAGACCATTTATGTAATTTTAATGCTTTTAACTATAAAAAATTATTTGGGAAA
Unaligned ( gi|34 ): TATCTGCACCTACGTTGGATGCTTTCAGGTTACTCCTGGTGGAGTAACCTGATACTTTCTTCATCAGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTTAACATTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATATGGAAGAAGA
Unaligned ( gi|36 ): ACTCCAGGGCTTTCTCTTCACTGTGAGGGAATTTGGCCAGAGCCCTCTTCATCAGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTTAACATTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATAT
Unaligned ( gi|38 ): TCACAGGAAATACGACGTGTATATATAAATGTTTACCAAACAAAATTAATAAATGTGTGCACCACCACCATGCCTAGACGCATTGGCCTAACTACGTTATATCAAAAGCCCAGCCCAGTATATAGAATGAGAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGTATGTACTTTTAATTGTAAACAGCCATTAAGGAAAAAATGTACACTATCACAATGACATGTTTATCATTGAGTTAAATACCATCTGGAAAGATCCCAGTTAGATATTTGGAAGAAGATTA
Unaligned ( gi|42 ): CATGCTTGATTGTTTTTTACTTACACCTTATGGTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATA
Unaligned ( gi|43 ): TTTGGAAATGCTGTACGCCATCCTCATGTTTTTAATTGTTGAGCTATTTACAATCTAGAGATATCCCAGCTCACTATTTGGAAGATGAAGAA
Unaligned ( gi|44 ): AATTTCCATCCAGAGTGGTGTCTGCCAACTCACTGGAAGAGTTCATATTCCTACTTCAGATTTGACC
Unaligned ( gi|46 ): AAAAAGAAGAAATATTATATTGAAATCGGTTAAACTACTTTATTACCAT
Unaligned ( gi|47 ): AGCTATCGACGTTCTTTGAGAGCCCAGCTCAGTATAGGGAGAAGAAG
Unaligned ( gi|49 ): TGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCCGCTCAGTATACGGAAG
Unaligned ( gi|50 ): TTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATATGGAAGAAG
Unaligned ( gi|51 ): TCGACGTTCTTTGTGAGCCCAGCTCAGTATAGGGAGAAGAA
Unaligned ( gi|52 ): GAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATAT
Unaligned ( gi|53 ): TGTGTCCAGTTTGTTACCAAACTCAAGGAATTCG
Unaligned ( gi|54 ): CCAAAATCGGACAGTAACATAGTTCATTGCCA
Alignments
lowQualScore : 1111 111 1111 1111111111111 111 1 111 2222222 111111111111 111 222222 1111111111 11111111111 2222222 1111111 11 11 22222222222 11111111 11
lowQualScore : 5 0000 5 0 66 777 1 66 333 11 0000 66 1 0 2 3 3 1 1 777 0 1 1 3 3 1 5555555555555 22 1 0 2 555 22 555 1 5555555 444444 22 0 2 44 1 1 2 2222 3 44 55 22 5 33 33 88 1 222 333 1 1 888 1111111 999999999999 3 22 1 888 1 000000 3 1 0 6666666666 222 1 33333 1 2 1 2 1 7 7 0 999999 22222222222 6 333 4 22 7777777 22 6 22 5 1111111 66 33 55 55 5 0 0 0 44 55 11111111111 3333 1 1 1 00000000 1 5 2 5555 8888888 2 2 0 00
lowQualScore : . .... . . .. ... . .. ... .. .... .. . . . . . . . ... . . . . . . ............. .. . . . ... .. ... . ....... ...... .. . . .. . . . .... . .. .. .. . .. .. .. . ... ... . . ... ....... ............ . .. . ... . ...... . . . .......... ... . ..... . . . . . . . . ...... ........... . ... . .. ....... .. . .. . ....... .. .. .. .. . . . . .. .. ........... .... . . . ........ . . . .... ....... . . . ..
lowQualScore : 0 6666 0 9 11 888 9 11 999 22 6666 11 4 1 9 6 6 0 8 222 7 0 8 6 1 0 8888888888888 22 6 7 5 333 00 222 8 0000000 444444 11 8 7 22 5 5 7 6666 1 66 88 00 9 55 55 11 6 666 555 4 5 111 3333333 111111111111 0 00 0 333 0 222222 4 4 8 8888888888 444 4 44444 2 9 4 6 0 4 4 3 333333 99999999999 0 555 0 88 8888888 88 9 66 7 6666666 00 44 77 22 0 9 5 5 11 99 22222222222 9999 0 8 8 00000000 1 0 5 3333 1111111 5 5 8 33
consensus : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACT----GGAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAACATGA-T-AANCA-A--TCTAGGNTGGG-AT-TCACTCGNA---C---GTC---G--AAGGAGAACNCAG-A-GACTNNCA--ATGCTC------TACAAG------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-CGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---GCGACA--CGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GGT-TC--TNCCAACCGANCGCATC-----CCAGAGAGTG-TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAC-----CCGAGGACCATACGA-GAATGGAACAGNCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--G--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------GGTC-GC-AGT--CCCGG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGCTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TT-AA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
Reference ( family-2382 ) : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGACT----GGAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCGACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTNTCCAACATGA-T-AANCA-A--TCTAGGNTGGG-AT-TCACTCGNA---C---GTC---G--AAGGAGAACNCAG-A-GACTNNCA--ATGCTC------TACAAG------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-CGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---GCGACA--CGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GGT-TC--TNCCAACCGANCGCATC-----CCAGAGAGTG-TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAC-----CCGAGGACCATACGG-GAATGGAACAGNCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--G--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCGG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGNTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TT-AA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|1 : ATATTTTAGAAGC-AGCCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGCCCAAGGC-GTCAAAGACTTTGGGATTTCTTTGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACACGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGGCT----GGAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCAAGAATGTGTGTTCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAGGAGAACTCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-CGTCGA-TGTC---GATCCAAGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TC--TACCAACCTTCTGCATC-----CCAGAGAGTG-TGC--AAGT----ATTC---ATT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----AACACCA--ATC-AC---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTA-AC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCTGTCGTGTA----TATGATT-TT-AA--T-----TGTAATATATCGGGCCTTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|10 : --CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGAACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAGGAGAACCCAG-A-GACTAACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-TGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TC--TACCAACCAACTGCATC-----CCAGAGAGTG-CAC--AAGT----TGTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCG-C-AGCG----ATCACCG--ATCAAT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--GTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCGCCGTG------TATGATT-TT-AA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-CCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACTGGAAGA
gi|11 : GACAGGACCCCAGGCTGTGTCACCGGTATAC-T---TCA-AGGCCTAGGATGG--ATACCACTTGTA---A---ATCTTAG--AAGG-GAACACC-----AC-CCCATTATGTTC------TACAAG------ATC---A-AGCACCAGCT--GGTTGA-CCTG---GACCCGGGAC-CCG--TA-A--T--C--AGACAAA----------------AC-TA---GAGG---A---GACATGC--------GCA-TG--TACCAGCCAAATGCACC-----AAACAGAGTA-TAA--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CGCCGGACCATCCAA-GACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GCCACTG--A-C-ATGA-CCACGC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGC-CATCAGGTCAGTG-GCTGGT--CCAGC--CAAC------------TAC-TAGGGACCA------CAGCAGTGTA----TATGATT-TT-AA--C-----TGT-ACAT-CCAGACATTTCTAACTGTAAATA---CCACTGGTATATACGCCCCAACT-------CTC-AT-TCCCC-AATTTAAGGTCAACCGTACAGTCTGAGAAGACTCCTGACCTATTACAGGAAGAAtg
gi|12 : gatgttgacaaactacagagtccagcgaagagtggcatgatatgtcctgaacaactataccAAGACCTCAGGATGTGTCACCAATATGA-T-GTCTG-A--CCTTTGCTGGG-AG-TCCCTCGAA---T---GTC---G--CCGAAGA-CGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TACAAG------ATA--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TATC--T--C--CAGCGCA---GCGACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TC--TTCCAA--GAACGCAT-------CAACGACGC-TAC----CT----ACGCCAACTC-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----
gi|13 : gtcttcaacgactattctaccAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATTA-T-AAACA-A--TTTAGGATGGA-AT-TCACTCGCA---C---AT--------AGGATAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAA-CGA--TA-C--T--C--AGACGCA---ACGACA--TGCGTAC-CA---GAGGAGGT---CAC---C--------GAT-TC--TACCAACCTACTGCATC-----CCAGAGAGTG-TAC--AAGT----ACTC---CTT-TTAT-----CTGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGTTTCC-A-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCCTCGTCGGTCCGTAGGAGATA------CCGTCGTGTA----TATGATT-TT-AA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-ACTAAAGGAGGACG-GCT----GT-------TTC-AT-ACTACTAACC--AGGTCATCTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACATTTAACCGGAAGAAtagtgacagctacaactcgggaagccttcatgactctcctcgcggggtgacctgaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacataattttatctttaaattttaccattttaacttggagactgcaggccatcacacagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgtgagcccagctcagtatagggagaa
gi|14 : aCGACTATTCGACTAAGACCCCAGGATGTATCTCCAACATGCTT-AAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAACAGC---GTC---G--AA----AACACAGCC-GGCTCTCC--ATGATG------TATAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT--GTAGA-CATC---AACGCA-GACAAGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GCGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---G---CAA---CATA-----GGC-TT--TTCCAG--GAGCGTATCAAAGACCAGATACTG-T-C--GA------ACTC---CTT-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCG----T-AT---CTGCACCTACGTT--G--GATG-C--TTTCAGGT--TACTCCT------GGT--GG-AGTAACCTGA--T-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TT-AAATT-----TTTAACAT
gi|15 : tttcaaCGACTATTCGACTAAGACCTCAGGATGTATCTCCAACATGC-TTAAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAA---CAGCGTC---G--AA----AACACAG-CCGGCTCTCC--ATGATG------TATAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT-G-TAGA-CATC---AACGCAACGC-AGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GTGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TT--TTCCAG--GAGCGTATCAAAGACCAGATACTG-T-C--GA------ACTC---CTT-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCGT-ATC--TGCGCC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--TACTCCT------GGT--GG-AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TT-AAATT-----TTTAACATttgagacttctgtgcaccaccaccacgcctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatatggaagaagaag
gi|16 : ttttcaaCGACTATTTGACTAAGAACCTAGGATGTATCTCCAATATGC-TTAAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCCCTTGAA---CAGCGTC---G--AA----AACACAG-CTGACTCTCC--ATGATG------TACAAG------ATC--CGCAACA--ACCTT-GTT-TA-CATC---AA---AGCATACAAGTTC-C--T--C--CAAAGCA---GCGATA--CGCATAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TA--TTCCAG--GAGCGTATGAAAGACCAGATACTG-T-C--GA------ACTC---CTC-CT-C-----CCAAGGACATTGCGA-GAATGGAA---TCTTCCTG-C-TGCATTGTATCAGCG-----------CT-TAC---C-TT--G--GAAGCC--TTC-AGGT--CAC-TCC------TGTT-GG-AGTAACCCGA--C-ACTTTCTTCACCAGttgagacttctgtgcaccaccaccacacctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatatggaagaa
gi|17 : gttttcaaCGACTATTCGACTAAGACCCCAGGATGTATCTCCAACATGCTT-AAAGA-A---CTGAACTGGG-AT-CCTCTTGAACAGC---GTC---G--AA----AACACAGCC-GGCTGTCC--ATGATG------TACAAG------ATC--CGCAACA--ATCTT--GTAGA-CATC---AACGCA-GACAAGT--TC-C--T--CCAAAGCG-----GCGACG--CGCGTAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TA--TTCCAG--GAGCGTATCATAGACCAGATGCTG-T-C--GA------ACTC---C-T-CTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACCGT-ATC--TGCGCC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--TG------------G------AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCATCAGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TT-AA--acatgataactgtatatcaacatttgagacttctgtgcaacatcaccacgcctagtctcgtagtgctacatacgttctttcaagaaccaagctcagtatatagaagaag
gi|18 : tttttaa---G--AAAGAAAAC-----A-GGCTTTCA--ATGAACATGTAGTATAAA------ATT--CA-ACAC--GGTTT-AGTAGA-CATCCATGAC----AAC-CGA--TA-C--C--T----GCGTAAAAGTGACAGTCGCA-AC-TG---AAGG---CAA-CAC---A--------GGT-TC--TACCAG--GAA-GTAAT-----ACA-AGACGG-CAC--ATATGGCAACTC---ATT-CTTC-----CCCAGGACAGCAAGG-GACTGGAatttttaacttttgagacttctgttcaccaccaccacgcctagtttcgttgagctacgtacgttctttcaagaacccagctcagtatat
gi|19 : gttttcaatgactattacagctaattcccagggtgcggcacaagactggttaaggaccgtaacgaggagccgctagaagccagaagCCAATATGA-T-G-CCAGA--CCTTGGTGGGGGAG-TCCTTTGAA---T---GTC---GCCAAAGA---CGCAGCA-GACTAACT--ATGATG------TTCAAG------ATG--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TA-CC-T--C--CAGCGCA---GCAACA--CCCGCACTCA---AGGG---TTCACAC---CCGCACACAGGT-TC--TTCCAA--GAACGCAT-------CAACGA-TGCTACCTACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CAAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----tcccattcagagtagtgtttgccgcctcactggacgagttcagatccctctttcgggtgtgaactgtctgaccgaatcgaaactcagagattgtacatacttttaaatgtaaattgccattggcaaatgatgtatgccaccactatgacatgtttcaatcgctgagttatttacgatctt
gi|2 : gccaCATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTAGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCGAAGACTTTGAGATTTCTTCGTCAGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACAAGAGTATACTTCATCAGCATGGGATCCTCACC---TAATCACTGACATTAACCGACT----GGAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGAATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAGGAGAACCCAG-A-GACTTGCA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CA---GAGG---T---CAC---C--------GAT-TC--TTACAACCTACTGCATC-----CC--AGAGTG-TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--A--AA---C--TTTAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCAATAGGAGTTA-----GCTGTCGTGTA----TATGATT-AT-AA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAAtagtgacagctacaacccaggaagccttcagaagtctccttgcggagtgacctgaccacagatcaccaaacaggacagtattgtacatagttttatctataaattttattattttaacttgaagactgcaggccatcacgcagatgttctttgagagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|20 : GAAGACCCCAGGATGCGTCTC-----TGA-T-AAATG-A--TAT---TTGAG-AG-TCCCTCGAAGAGC---TTC---A--AAT----ACACAGCC-GGCTATCC--ATGATG------TACAAG------ATCTGCA-ACAA--TGTT---GTAGA-CATC---AAC-----AC---------C--T--CCAAAGCG-----GTGTCA--CTCGGAC-AA--------------CAC---A--------GGC-TG--TTCCAG--GAGCGTATA-----ACAGA-------------------ACTC---CTT-TTTC-----CCAAGGACAGTGCGA-GTATGGAA---TTTTCTCC-C-AG
gi|21 : gtcttcaatgactattctacACCCCAGGAATTATCACCAATATGA-T-GTTAG-A--CCTTGGCTGGG-AG-TCCCTCGGA---T---GTC---G--CCGAAG-ACGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TTCAAG------ATA--C--AGAA--AACCT-TGTAGA-C--------CCCCAGAC-AGG--TACC--T--C--CAGCGCA---GCGACA--CCCG--------------------CAC---A--------GGT-TC--TTCCAAT--AACGCAT-------CAACGACGC-TACCTACGCCA--ACCC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GACGGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----gaagcatagtacctgcgcataccctggatgccttcaggtcactccttgtggggtaccctgacacttcttcaccagacatgactctgaaaatagttttgaaattttaacaaaacctgagacactgtgtgtgactgtcaccaccatgccgcatcttgttgagctacatatattctattaagagcctagctctgtata
gi|22 : tcttcaacgactattccaccaat--AAAAAGCAAACAG-G-G--TTTCA--ATGTTA------TAAAGA------ATT--CA-GCAA--GGCTT-GATAGATCTTC---CAAACA--AC-TGA--TA-T--TTGC--ATG-ATA---GTGACA--GTCGTAC-CA---Gtagtgacagctacaactctggaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacatagttttatttttaaattttaccattttaacttggactgcattccatcacgcagacccagtctcgttgatctatcgacgttctttagagcccagctcagtatagagagaa
gi|23 : tctactactacaaaaccctcaggctgcgtcacaagaaaggttaaggaccttAAGACCCCAGAATGTGTCACCAATATGA-T-GTCTG-A--CCTTGGCTGGG-AG-TCCCTCGAA---T---GTC---G--CCGAAGA-CGTAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TACAAG------ATA--CA-GAAC--AACAT-TGTAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AAG--TATC--TG-C--AG-CGCA---GCGACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TC--TTCCAA--GAACGCAT-------CAACGACGC-TACCTACGCCA--ACCC---TTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCG-CTAGCgataaaaaacaagaaagcacatacttcaattccttttccccaggtctgtaagggactggagccaactcccatccagagtagtttctgtcacctaactaaaagaattcagatcaatccttcaggtatgatctgtctggccaatccagaattcagagatcttgtacatactttcagttgtaaatagccatttggaaatgatgtacgctatcagcacatcatgttttaattgctgagctgttaactgtctggaagatcccagctgattatttggaagaaga
gi|24 : tcttcaacgactattctaccACGCAGCA-GACTAGCT--ATGATG------TTCAAG------ATA--CAGAACA--ACCTT-G-TAGA-CATC---CCCTCAG-AC-AGG--TATC--T--C--CAGCGCA---GCAACA--CCCGCAC-TC---GAGG---TCAACAC---A--------GGT-TC--TTCCAA--GAACGCAT-------CAACGACGC-TACCTACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-C-atagtgacagctacaactctggaagccttcaggactctcctcgcgtggtgacctgaccacacaccaccaaacagaacaacattgtacataattttatctttaaattttaccatttcaacttgga
gi|25 : g--AAGAAGA-CTCAG-C-GTCTCATG--ATGCTC------TGTAAG------AT------------GTCTTTGGTAGA-CATT---GCTCCACGAC-CAA--TA-C--T--T--ATATATT---CCAACA---GAG---------GAGG---T---CGC---C--------GATCTC--TACCAACCAATTGCA-C-----CTAGCGAGTC-TAC--AAGT----GGTC---ATTATTATAATCGCCGGGAACCATACAG-GAATGGAACAGAC-TCCGG-C-ACTG----ACAACTG--ATC-AT---TC-TAC---TACC--A--AA---CGATTT--GGTGGTGC-CGT------GCTA-GC-ATT--TTCGA--CAACTTCATTCGTCTGTC------AGA----------------------------T-TT-AT--T-----TGTAACATATTGTGCGATTTC-ATTGTAAATAC-TGTATAAGTAGATG-GCT----GTGCCCCCCCCC-CC-CCCCCTTTTC--AGGTCAACTTAGCAGTCTAAGAATACTCATTACCTTACTCCGGAAGAtatcgtagtgacagctacaactctggaagccttcaggactctccttgcggggtgatctgacaacacatcaccaaacaggacaacattgtacatagttttatctttaaattttaccattttaacttggagaatgcaggccatcatgcagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgagagcccagatcagtatagggagaaga
gi|26 : GGATGTGT--CGAGAATGA-T-CAGCA-A--CCTAGGATGGA-AG-TC--TCGAG---C---GTT---G--AAGGCTGACTCGG-T-CATTCAAA--ATACTC------TATAAGGATAAGATG--CA-GGGT--GGTTT-GAT---------------CATG---CAA--TA-C--T--C--AGGTCTA---ATGACA--AGCCTAC-CA---GAGG---TGGTTAC---T--------GAT-TC--TACCAACCAACTGCACC-----CAAGAGAGCC-TAC--AAGT----ACTT---GTT-CTAT-----CCGAGAACCATACAG----TGGAACAGGCTTCTGA-C-ACTG----A-CAACA--GTC-AT---TC-TGC---CATC--GAAGG---C--TTTAGAGT--TGC-CCT------GCTA-GC-AGT--TCCGG--CATCTTTATTTGTTGGTCTGTAGATGATG-----AGCATCGTGTACCATTATG-TT-TC-AA--A-----TATAAc
gi|27 : gGTAGA-CATC---AACGCAG-AC-AAG--TT-CCTT--C--AAA-GCG---GCGACG--CGCATAC-CA---GAGG---A---CAA---CATA-----GGC-TA--TTCAAG--GAGCATATCAAAGACCAGATACTG-T-C--AA------ACTC---CTT-TTTC-----CCAAGGACAGTATGA-AAATGGAATCTTCTTTCTGCC-AGCACGGTATCAGCG-----------CC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGGT--CAC-TCC------TGCT-GG-AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCACCAGAC---AGGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TT-AAATT-----TTTAACA-ATTGAG
gi|28 : t-TC--TTCCAA--GAACGCATC-----AACGACGCTA-CAT--ACGCCA--ACTC---CTT-CTAC-----CCAAGGACGATAAGA-GAGTGGAACTGTCTCCCCA-CTAGCG----tcttctgtgcaccaccaccatgcctagtctcgttgagctaagtacgttctttcaagaacccatctcagtatatggaagaagaa
gi|29 : AC--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CCTCGGACCAT-CGAAGACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GTCACCG--A-C-ATGA-CCACAC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGC-CATCA----GGTCAGC-GG----CTGGTCCAGCCAACTAC---------TAGGGACCA------CAGCAGTGTA----TATAATT-TT-AA--C-----TGTA-CAT-CCAGATATTTATAACTGTAAATACTACTGGAAAGGGGCG-ACT----AT-------CTC-AT-TCCTC-AATTTAAGGTCAACCTTACATTCTAAGAAGGTTCCTGACCTTTAACtagtgacgactacaactctggaagccttcaggactctccttgcggggtgacctgaccacacatcaccaaacaggacaacattgtacataattttatctttaaattttaccattttaacttggagactgcaggctatcacgcagacccagtctcgttgagctatcgacgttctttgtgagcccagctcagtatagggagaagaa
gi|3 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACTAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCATATACTCTGGGATTTATTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAGAGAGGT---ACGCGAGACAATCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACCGTTT----GGAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGTTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---AT--------AGGAGAACCCAG-A-GACATACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AAGA--GTCTT-GGTTGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TC--TACCAACCTACTGCATC-----CC--AGAGTG-TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGCGGACCATAC-A-GAATGGAACAGTCTTCCCA-C-AGCG----ATCCCCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GT-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCGTCATGTA----TA-------T-AA--T-----TGTAATATATCGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCCCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGATTCCTGACCTTTAACCGGAAGA
gi|30 : -----CCAGATACTG-TAA--AAAT-------C---CTT-C--------CCAAGAAC-GTGCAA-GAATGGAATCTTCTTCCTGCC-AG--------CACGGT-ATC-TA---CC-TAC---C-TT--G--GATGCC--TTC-AGAT--CACTCCT------TGCC-A--AGTAACCTGA--C-ACTTTCTTCACTTGAC---ATGA-CTA------C-----TGTA----TATAGTT-TTAAA--T-----TTTAACATt
gi|35 : a--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTTGGAGATATATATACCGTCGGGTA----TATGATT-TT-AA--T-----TGTAATATATCGGACGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGATCGTTAACCttgagacttctgtacaccaccatcacgcctagtcttgttgagctacatatgttctttcaagaacccagctcattaaatggaaga
gi|37 : GTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTTACCTATAACCAGAAGAA
gi|39 : tgtaattgtgtatacagacatttcctgttttaaagctgtgaaagaactatagaaaaagggactcgagcagagcaatagtcgctctttttaaatacagcaaacttaattTCGTGTT----TATGATT-TT-AA--T-----TGTTATATATCGAGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AA-CCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACATTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAga
gi|4 : GACAGTTCGAAATACCCTGGCGTCACAATCAACAATGACCTGTCCTGGACCAAA----CACATCGACAACGTAACCTCTAAGGCTGCCAAATCCT-TATGTTTGCTTCGTCGGAACCTGTATAAC-GCTGACC-AGGATGTTAGACGTG---CAACCTACACTGC-CTTCGTTGCT-CCTACTCTGGATTATGCTTCGTCCGTTAGGGACCCCTACCAG-GAA--ACGGACATTTACCAACTACAGAGAATCCAG---CGAAGAGGGTCA---CGATATGTCCTGAACAACTATACCGACAGAACACCAGGCTTTGTCACCGGTATGC-T-TTAGG-G--CCCAGGGT-GG-ATACCACTTGTA---G---ATCTTAG--AAGG-GAACA---------TCCC------CTC------TACAAG------ATC--C--AGCACCAGC-T-GGTTGA-CCTG---GACCCTGGAC-CCA--CA-A--T--A--AGACCAA---ACGACA--GGAGAAC-GA---GAGG---A---GAC---G--------TGTGTCTATACCAGTCAAACGCACT-----AAACAGAGTA-TAC--AAGA----CCTC---GTT-CTAC-----CCACGGACCATCCAA-AACTGGAACAGACTACCAG-T-AGCA----GCCACCGGCACG-AC---CA-CGC---TAGA--G--GG---C--TTCAAGAC--TGA-CATCA----GGTCAGC-GG----CTGGTCCAGCCAACTAC---------TAGGGACCA------CCGCAGTGTA----TATAATT-TT-AA--C-----TGT-ACAT-CCAGACATTTTTAACTGTAAATACTACTGGAAAGGGGCG-ACT----GT-------CTC-AT-TCTCC-AATTTAAGGTCAATCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTATTACCGGAAAA
gi|40 : catactggaaaagacaA----TATG-----T-AA--TATA--TGTAATATATCAGGCCTTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-ACACCCCCTAACC--AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTTCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|45 : GGTAAACCATACAGTCTAC-AAGACTCCTGATCTGTA
gi|48 : --AGGTCAACCTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTATAACCGGAAGAtttgtaaagaagaaga
gi|5 : CATATTTTAGAAGCCGGTCAACAGTGCAAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACCCTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATAC-----------------ACTGG--TACG----ACCAACACAA-------ACC---TAACCACTGACATTAACCGACT----GGAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAATTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGCCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---AT--------AGGAGAAACCAG-A-TACTTACA--TTGCTC------TTCAAT------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GACCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCC---ACGACA--TGCCTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TC--TACTAACCTACTGCATC-----CCAGAGAGTG-TAC--AAGT----ACTC---ATT-CTAT-----CCGAAGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCT----ATCTCAG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCC------AGTC-GC-AGT--CCTAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGACA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TT-AA--TTGTAATGTAATATATTGGGCGCTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGACG-GCC----GT-------TTCAAC-CCCCCTTTCT--AGGTCAACTTTACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACCGGAAGAA
gi|55 : CATATTTTAGAAGC-AGTCGACTGTGCCAAG
gi|6 : cCATATTTTAGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCTTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCATCCCAGGC-TTCAAAGACTCTGTGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCCAGACAACCTACAATACACT--GGTTCGACCAACAGTAGAGTATGCTTCATCAGAATGTGATCCCTACTACATAATAACTGACATTAACCGACT----GGAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCGAACATGA-T-AAACA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAAGAGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAA-------ATC--AA-GGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACGACA--TGCGTTC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TC--TACAAACCAACTGCATC-----CCAGAGAGTG-TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCCAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACCG--ATC-AT---CC-CAC---CATC--GAAGA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------ATTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCCTAGGAGTTA-----GCCGTCGTGTA----TATGATT-TT-AA--T-----TGTAATATATCGGGCGGTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTA-AT-CCCC
gi|7 : CATATTTTGGAAGC-AGTCGACAGTGCCAAGTATCCTGGTGTCTCCATCAGCAAAGATCTCTC----ACCAAAGACACAAGACGAAAACACATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTCTGGGATTTCTTCGTCGGGACCTTCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCa
gi|7 : CTCGCTTTGTAATGCGCAACTATTGGGAGAGGACCCAAGGATAAGTGTCCAACATGA-T-AACCA-A--TCTAGGTAGGG-AT-TCACTCGCA---C---AT--------AGGAGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATTCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--AGGCGCA---ACAACA--TGCGTAC-CA---GAGGAGGT---CAC---C--------GAT-TC--TACCAACCTACTGCATC-----CCAGAGAGTG-TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCCA-C-A-----------CCG--ATC-AT---CC-CAT---CATC--G--GAGA-C--TTCAAGGT--TGC-CCT------AGTC-GC-AGT--CCCAG--CAACCTTCTTCGTCGGTCCGTAGGAGTTA-----GCCATCGTGTA----TATGATT-TT-AA--T-----TGTATTATATCAGACGCTTTTAATTGTAAATAG-GCTAAAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTCACC--AGGTCAACtcgctttgtaatgcgcaactattgggagaggacccaaggataagtgtccaacatgataaccaatctaggtagggattcactcgcacataggagaacccagagacttacaatgctctacaaaatccaaggaggcttggtagatgtcgattcaggaccgatactcaggcgcaacaacatgcgtaccagaggaggtcaccgattctaccaacctactgcatcccagagagtgtacaagtactccttctatccgaggaccatacaggaatggaacaggcttcccacaccgatcatcccatcatcggagacttcaaggttgccctagtcgcagtcccagcaaccttcttcgtcggtccgtaggagttagccatcgtgtatatgattttaattgtattatatcagacgcttttaattgtaaataggctaaaggaggatggctgtttcacccctctcaccaggtcaact
gi|8 : catattttggaagcagtcgacagtgccaagtatcctggtgtctccatcagcaaagatctctcaccaaagacacaagacgaaaacacatcgtccaaggcgtcaaagactctgggatttcttcgtcgggaccttcataactgcactaaagaggtacgcgagacaacctacaatacactggtacgaccaacactagagtatgcttcatcagcatgggatccccacctaacAAGACCCTGGGATTTCTTTGTCGGAACCTGCATTACTGC--ACTAAAGAGGT---ATGCGAGACAACCTACAATACACT--GGTACAACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCCCACC---TAACCACTGACATTAACC---T----GGAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTGGCTTTGTAATGCGCAACTATTAGGAGAGGACCCCACGATGTGTGTCCAGCATGA-T-AACCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTCGCA---C---ATA---G--AAGGAGAACCCAG-A-GACTTACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-AGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--GGGCGCA---ATGATA--TGCATAC-TAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TC--TACCATCCTACTGCATC-----C----AAGTG-TAC--AAGT----ACTC---CTT-CTAT-----CTGAGGACCATACAG-GAATTGAACAGGCTTCCCA-C-AGCG----ATCACAG--ATC-AT---CC-CGC---CATCAAA--GA---C--TTCAAGGT--TGC-CCT------GGTC-G-------CCCAG--CAAC---CTTTGTCAGTCCGTAGGAGATA-----GCCGTCTTGTA----TAT-ATTATT-AA--T-----TGTAATATCTCGGGCACTTTTAATTGTAAATAA-GCTAGAGGAGGATG-GCT----GT-------TTC-AC-CCCTCTAACC--AGGTCATCTTCACAGTCTAAGAAGACTCCTGACCTTTAACTGGAAGAAt
gi|9 : CATATTTTAGAAGC-AGCCGACAGTGCCAAGTATATTGGTGTCTCCATCAGCGAAGATCTCTC----ACCAAAGACCCATGTCGACAACATATCGTCCAAGGC-GTCAAAGACTTTGGGATTTCTTCGTCGGAACCTGCATAACTGC--ACTAAAGAGGT---ACGCGAGACAACCTATAATACACT--GGTACGACCAACACTAGAGTATGCTTCATCAGCATGGGATCCACACC---TAACCACTGACATTAACCAGCT----GGAA--CAGGTACAAAGACGGGCAGCTCGCTTTGTAATGCGCAACTACTGGGAGAGGACCCCAGGATGTGTGTCCAACATGA-T-AATCA-A--TCTAGGATGGG-AT-TCACTTGCA---C---AT--------AGGAGAAACCAG-A-GACTAACA--ATGCTC------TACAAA------ATC--CA-AGGA--GGCTT-GGTAGA-TGTC---GATCCAGGAC-CGA--TA-C--T--C--GGGCACA---ACGACA--TGCGTAC-CAGAGGAGG---T---CAC---C--------GAT-TC--TACCAACCTACTGCATC-----CCAGAGAGTG-TAC--ACGT----ACTC---CTT-CTAT-----CCGAGGACCATACAG-GAATGGAACAGGCTTCCt
18 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CGCGTGTACCAGAGGATAACATTGGCTATTCCAGGAGCGTAAAAAAAGACCAAGAGTTGCAAACTCCTTCTTTCAAAGAACGGTTAGAGATTGAAATTCTCCCTGGATGCATTCGTGTCACTCCTCAGTGAGTAACCTGACACTTATTCACCAGACATGGCACTGTGAACAGTTTCCACCACAACGCCAGGTCTCGTTGAGCTGTATACATTCTATTTAGAGCCCACCGCAGTATATGTAAAAA
Unaligned ( gi|32 ): AACTTCTTCCCAAGGACAGTGCGAGAGTGGAATCCCCAGTTAGTAAGGTATCTTCGCCTTCAAGTCACTCCTCGCTAACACTTATTAACCAGAAATTACACTGTTAATAGTTTTAAATTTTCAACATTTGAGACACTGTGCACCACAACCACGCCAAGTCTCGTTGAGCTATATACATTATATCAAGAGGCCAGCTTAATATATGTAAGATGA
Unaligned ( gi|33 ): AAGGAAGCGACATACAATAAGTCCTTCCCATGAACTATTAGGGACTGGAACCAGCTACCATCTAGGTCCACCTCAGCAACTGCAATAATTTAGAGAAAACTACTAAAGCTAATTGCTATCCAGTGTCTGGCACCTACTTACATGCCAGATAGACCATTTATGTAATTTTAATGCTTTTAACTATAAAAAATTATTTGGGAAA
Unaligned ( gi|34 ): TATCTGCACCTACGTTGGATGCTTTCAGGTTACTCCTGGTGGAGTAACCTGATACTTTCTTCATCAGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTTAACATTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATATGGAAGAAGA
Unaligned ( gi|36 ): ACTCCAGGGCTTTCTCTTCACTGTGAGGGAATTTGGCCAGAGCCCTCTTCATCAGACATGACTACTGTATATAGTTTTAAATTTTTAACATTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATAT
Unaligned ( gi|38 ): TCACAGGAAATACGACGTGTATATATAAATGTTTACCAAACAAAATTAATAAATGTGTGCACCACCACCATGCCTAGACGCATTGGCCTAACTACGTTATATCAAAAGCCCAGCCCAGTATATAGAATGAGAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGTATGTACTTTTAATTGTAAACAGCCATTAAGGAAAAAATGTACACTATCACAATGACATGTTTATCATTGAGTTAAATACCATCTGGAAAGATCCCAGTTAGATATTTGGAAGAAGATTA
Unaligned ( gi|42 ): CATGCTTGATTGTTTTTTACTTACACCTTATGGTTGAGACTTCTGTGCACCACCACCACGCCTAGTTTCGTTGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATA
Unaligned ( gi|43 ): TTTGGAAATGCTGTACGCCATCCTCATGTTTTTAATTGTTGAGCTATTTACAATCTAGAGATATCCCAGCTCACTATTTGGAAGATGAAGAA
Unaligned ( gi|44 ): AATTTCCATCCAGAGTGGTGTCTGCCAACTCACTGGAAGAGTTCATATTCCTACTTCAGATTTGACC
Unaligned ( gi|46 ): AAAAAGAAGAAATATTATATTGAAATCGGTTAAACTACTTTATTACCAT
Unaligned ( gi|47 ): AGCTATCGACGTTCTTTGAGAGCCCAGCTCAGTATAGGGAGAAGAAG
Unaligned ( gi|49 ): TGAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCCGCTCAGTATACGGAAG
Unaligned ( gi|50 ): TTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATATGGAAGAAG
Unaligned ( gi|51 ): TCGACGTTCTTTGTGAGCCCAGCTCAGTATAGGGAGAAGAA
Unaligned ( gi|52 ): GAGCTACGTACGTTCTTTCAAGAACCCAGCTCAGTATAT
Unaligned ( gi|53 ): TGTGTCCAGTTTGTTACCAAACTCAAGGAATTCG
Unaligned ( gi|54 ): CCAAAATCGGACAGTAACATAGTTCATTGCCA