lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 111 111 111 22222222 1111111 33333333333333333333333333333 11111 1 1111111111 9999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 2 55555 333 333 6 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 1 2 0 44444 3 77 1 111 55 444 3 666 3 000 4 5 777 22222222 4444444 4 777 22222222222222222222222222222 1 777 1 3 666 9999999 66666 3 0 6666666666 8 4 7 777 1111111111111111111111111111111111 5 2
lowQualScore : . ..... ... ... . . ...................................................................................................................... . . . . . ..... . .. . ... .. ... . ... . ... . . ... ........ ....... . ... ............................. . ... . . ... ....... ..... . . .......... . . . ... .................................. . .
lowQualScore : 1 33333 555 999 0 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 4 0 6 33333 3 00 4 444 00 222 6 444 6 111 0 2 888 44444444 4444444 3 888 77777777777777777777777777777 1 888 1 4 444 1111111 00000 4 1 9999999999 9 0 0 888 9999999999999999999999999999999999 4 2
consensus : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCACGGTC-CCCTCCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATTAATACAATA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTGCAT-AATCAA-CT-TAGCNC-AA--GAN--TCGTCT-TCAA---GAATCATCTT-TAA--TCATC-TTTAAACAACTTATCT---AC---NA---GA-------ATCTTCC---TAGA----------AT----GTA----------CATCGTCGGGCTACTCGTCT---GTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCTTNA-AC---G---CAA-NGCTTCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGGCAACTTT---A-A----ACTCGAC-A-AAAAGATCTT---AAC------ANC-T------G------G---------CACGGAAGANGGAACATCATATCGCCGAGAAACAGCCT
Reference ( gi|5 ) : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCACAGTC-CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTACAG-AATCAA-CT-TAGCTC-AA--AAT--TCGTCT-TCAA---GAATCATCTT-TAG--TCATC-TTTAAACAACTTGTCT---AC---TA---GA-------ATCTTTC---TAGA----------AT----TTA----------CATCGTCGGGCTACTCGTCT---GTTTGACAGCTTCGGTCTCAAATCGCTTTA-AC---G---CAA-TGCATCAAGCTCAGCGGGTTGAGATTGACCCAGTCATCAGCAACTTT---G-A----ACTCGAC-A-AAAAGATTTT---AAC------ATC-T------G------G---------CACGGAAGATGGAACATCATATCGCCAAGAAACAGCCT
gi|3 : TCAAGCCACTCTCAA-GCA-----GGACGGAT---ATCTCCTGGGCAAGCTCCACCCTTCT---AATTGGGTCACGGTCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-CT-CCAAGAAACAGCTTTTGACCGGAACCTCATTATCTGCAT-AATCAA-CC-TAGCAC-AA--GAA--TCGTCT-TCAA---GAATCATCTT-TAA--TCATC-TTTAAACAACTTTTCT---AC---AA---GA-------ATCTTCC---TAGA----------AT----GTA----------CATCGTCGGGCTACTCGTCT---GTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCTTAT-AC---G---CAA-GGCTTCGAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAG---TCAGCAGCTTT---A-A----ACTTGAC-A-AAACGATCTT---AAC------AACTT------GATCAT-G---------CAAGAAAGAAGGAGCATCATATTGCTGAGAAAC
gi|2 : tctTCAAGCGGCTGTCGA-GCG-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCACGGTC-CCgtctt
gi|8 : ctTCAGGCGGCTGCCGA-GCA-----GGACGG---------------CAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCACGGTC-CCtcacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactccaagaaacatcttttgacgggaacctccatatccacagaatcaacttagctgaaaaggatcgtcttcaagaatcaactttagtcaattttaaacaactaatctacttgaatcttcctagaatttacatagtcgggctactcgtttgttagacatcttcggtctcaaatcgctttaacgtaatacttcaagctcagcgggttgagattgacacagtcaacagcaactttaaactcgacaaaaagatcttaacaattggatcaagcacggaagatggaacatcatttcgccgagaaccagccta
gi|4 : ctTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGATG-------TCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCACGGTC-CCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactccaagaaacatcctttgacaggaacctccatatcttagctaaaaatcgccttcaagaataatttttagtcatctttaaacaacttatctactagaattttcctagaatttacatcgtcgggctactcgcctgtttgacagcttcggtctcaaatcgctttatcgcaatgcttcaagctcagcgaattgagattgacccagtcaacagcaactttaaactcgacaaaaagatcttaacaactggatcaagcaaggaagatggaacatcatatcgccaagaaccagccta
gi|1 : tctTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAT---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTTT---AAGTGGGTCACGGTC-CCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattctccaagaaacagcttttgaccggaacctccatatctgcataattaacttagcacaagagtcgtcttgaagaatcatctttaatcatctttaaacaacttatctacaagaatcttcctagaatgaacatcgtcggactactcgtctgtttgacagcttctgtttaaaatcgcttatatgcaaggcttcaaggtcagcgggttgaaattgacccagtcagcgccaactttaaactcgacaaaaaagatctcaacaactggatcaagcacggaagatggagcatcatattgccaagaaacaactt
gi|7 : tTCAAGCAGCTGTCGT-GTA-----GGATGGAC---GTCTCCTGTGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCATGGT--CCCTCCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATTAATACAACATCT-TCAAGAAACATCTTTTGACAGGAACCTCCATATCACCAT-AATCAA-CT-TA--TC-AATGAAT--TCGTCT-TCAA---GAAACAACTT-TAA--TCATC---------A--TATCT---AC---AA---TA-------ATCTTCC---TAGG----------ATGTGCTTATCCCTCATTCCATCGTCGGGCTAATCGTCT---GGTTGACAGCTTTGATTTCAACTCA-TTTA-AC---ATATCAA-CGCTTCAAGCTCACTGGATTGAAATTGACCCAGTCAGCAGCAAGTTC---A-A----GCTTGAC-ATACAAAATCTC---GACAATTGGATC-T------A------G---------CACGGGGGATGGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccggaacctccatatctgcataatcaacttagcacaagaatcgtcttcaagaaccatctttaatcatctttaaacaacttatctacaactacaagaatcttcctaggatgtacatcgtcgggttactctgactgacagcttcggtttcaaatcgcttatacgcaaggcatcaagctcagcgggttgaaattgactcagtcagcggcaatttgaaactcgacaaaaaagatcttaacaacttgatgatcaaatacggaagaaggaacatcataccaccgagaaacatctta
gi|23 : ctTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGATG-------TCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCACg
gi|13 : ctTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAAAGGAA---ATCTCCTGGGCACGCTCCAGTCTTCT---AAGTGGGTCATGGTT-CC
gi|15 : atgactttatcactctTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAACGGAT---GCCTGCTGGACATGCACCAGCCTTCT---AAGTGTATCATGGTC-CCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtattccaactagctttcctaggaacctccgtatcaacagaatcagcatcaagaaacaaatttaaacatcaacacaagaatctacctaggctgtactgatcccttgaacaaatccagtgacggataattccatatatgggcaacaaaatcggtttaagctcatggattgggactcagccaatagctag
gi|20 : tcactctTCGAGCAGCTGACAA-GTT-----GGACAGAC----TTTCTTCGGCAAGTTACAGCATTCT---AAGTGGGTCAttcatttctacatggagtcattttaaaactttcatcgtttttatgttttcaacatggcgttagaaaggttttttttataatcaataactctttatagtacttcaagaatcatcttttgacgggaaccttctaatcaacaagtcgtcgacaagaatcatcttttggcgggaaccttcttatcaacaaaagtcgttgacaggaatcatctt
gi|18 : ttttTCAAACGGCTGTCGA-GTAAAGCTGAACGGAC---GT-GCCTGGACAAGTTTCA
gi|10 : ttacaaccagtctCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAACGGAC---GTCTCCTGGGAAAGCTCCAGCCTTCC---AAGTGGGTCACGGTC-CCatcatcggtcctttctgctatacgtg
gi|9 : CAAGTGGCTGTCGA-GCA-----GGATGGAC---ATCTCATTGGCAAGCTCCAGTCTTTT---AAGTGGGTCATGGTC-TCttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacctcctagaatcatctttcgacgggaaccatctttgcaacaagacgtctatcatcatttcgacatgggatgtactggtctcttgtactaagccaacgacgagttgtgcggatttcaatccggtatacaacttacactttattactgagcttgtctgttggtccatctacggggaactagtcatcaccagctacaaaacaacaactacgactatgatataaccgactatttacaggaaacaacttggacaacacctcaaccaacat
gi|6 : AGGCGGCTGTCAT-GCA-----GGATGGAT---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCACGGTC-CCttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacttcctagaatcgtctttcgacgggaaccatcttatcaacaaatcatcttcaagaattttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcatacaaaaccagcgacgagttggttggatttcaatccagtatagaagtacattcaatcggatactgagcttgtcagttggtccatctacggggatttagtcatcaccagcctacaagacaacaactatgactacaacataaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaacaac
gi|24 : AAGTGGCTGTCGAAGTA-----GAA-GGACCTAATCACCTG----AGCTCCAGTCTTCA---AAGTGAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacttttgaccggaacctccatatctgcattatcaacttagcataagaattgtcgtcaaaaatcatctttaaaatcatctttaagcaacttatcttcaactacaagaatcttcctggaatgtacatcgttgggctactctgattgacagtttcagtttcaaatcgttatatacgcaacaagctcagcgggttgaaattgactcagtcagcggaaacttaacaacttgatgatcaaatacggaagaaggaacaccgtaccaccgagaaacatctt
gi|19 : AGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGAAC---GTCACCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCACGGTC-CC
gi|12 : AGTAGCTGTCGA-GCA-----TGACGGAC---GTCTCCTAGACACGCTCCAGCCTTCA---AAGTTGGTAACGG
gi|22 : ctGCTGTCAA-GCC-----GGACGGAC---GTCTTCTGCATAAGCTCCAGTCTTTTCAAAAGTGGGGCAcacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagtttgcttctacagtaataaaactacatctccaagattcatctctcaatccggtcgtctcatcgttatcttcaagaatctgcctaaaatgtaccgatccctcgaatagatccagtgacgagttataccatcatcgggctaatcgtctcaaactcaacaaggtataaaatagcccgaactcgacaattgggtcaagtagggggatctaatcatcaccagccttcaagacacgactctacaagacgcagcttctac
gi|25 : tGCTGTCAA-GCA-----GGATGGAC---GTCTCCTGGACtcgg
gi|11 : tcaagttttGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCACGGTC-CC
gi|2 : TA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCCACAG-AATCAA-CT-TAGCTG-AA--AAGGATCGTCT-TCAA---GAATCAACTT-TAG--TCAAT-TTTAAACAACTAATCT---AC---TT---GA-------ATCTTCC---TAGA----------AT----TTA----------CATAGTCGGGCTACTCGTTT---GTTAGACATCTTCGGTCTCAAATCGCTTTA-AC---G---TAA-TACTTCAAGCTCAGCGGGTTGAGATTGACACAGTCAACAGCAACTTT---A-A----ACTCGAC-A-AAAAGATCTT---AACAATTGGATC-A------A------G---------CACGGAAGATGGAACATCATTTCGCCGAGAACCAGCCTttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaatcagcatacctcctagaatcatctttcgacgggaaccatcttatcaacaagacttttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcgtacgaaaccaacgacgagttggttggatttcaatccggtatatgactacaattaaccagattactgagctcgtctgtttgttcatctacggggatctagtcatcaccagctacaagacaacaactatgactacgacattaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaccga
gi|8 : cttcaagcggctgtcgagcgggacggacgtctcctgggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtccctcacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTA-CT-CCAAGAAACATCCTTTGACAGGAACCTCCATATCT---------------TAGCTA-AA--AAT---CGCCT-TCAA---GAATAATTTT-TAG--TCATC-TTTAAACAACTTATCT---AC---TA---GA-------ATTTTCC---TAGA----------AT----TTA----------CATCGTCGGGCTACTCGCCT---GTTTGACAGCTTCGGTCTCAAATCGCTTTA-TC---G---CAA-TGCTTCAAGCTCAGCGAATTGAGATTGACCCAGTCAACAGCAACTTT---A-A----ACTCGAC-A-AAAAGATCTT---AAC------AAC-T------GGATCAAG---------CAAGGAAGATGGAACATCATATCGCCAAGAACCAGCCTa
gi|9 : cttcaggcggctgccgagcaggacggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTA-CTTCCTAGAATCGTCTTTCGACGGGAACC-----ATCT-----TATCAA---------C-AA--A----TCATCT-TCAA---GAAT----TT-TA---TCATCATTTCGACAa
gi|15 : caagtggctgtcgagcaggatggacatctcattggcaagctccagtcttttaagtgggtcatggtctcttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTA-CT-TCAAGAATCATCTTTTGACGGGAACCT-----TCT-----AATCAA-C-------------AAG--TCGTCG-ACAA---GAATCATCTT-Ttgggctgtactggtctctcatacaaaaccagcgacgagttggttggatttcaatccagtatagaagtacattcaatcggatactgagcttgtcagttggtccatctacggggatttagtcatcaccagcctacaagacaacaactatgactacaacataaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaacaac
gi|4 : tcactcttcaagcggctgtcgagcagaacggatgcctgctggacatgcaccagccttctaagtgtatcatggtcccttcatttctacatggagtcattttaaaactttcatcgtttttatgttttcaacatggcgttagaaaggttttttttataatcaataactctttatag-CT-CCAAGAAACAGCTTTTGACCGGAACCTCCATATCTGCAT-AATTAA-CT-TAGCAC-AA--GAG--TCGTCT-TGAA---GAATCATCTT-TAA--TCATC-TTTAAACAACTTATCT---AC---AA---GA-------ATCTTCC---TAGA----------AT----GAA----------CATCGTCGGACTACTCGTCT---GTTTGACAGCTTCTGTTTAAAATCGCTTAT-AT---G---CAA-GGCTTCAAGGTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGCCAACTTT---A-A----ACTCGACAA-AAAAGATCTC---AAC------AAC-T------GGATCAAG---------CACGGAAGATGGAGCATCATATTGCCAAGAAACAACTTtggcgggaaccttcttatcaacaaaagtcgttgacaggaatcatctt
gi|10 : tcttcaagcggctgtcgagcaggatgtctcctgggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatt-CT-CCTAGAATCATCTTTCGACGGGAACC
gi|11 : caagcggctgtcgagcagaacggacgtctcctgggaaagctccagccttccaagtgggtcacggtcccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntac-CT-CCTAGAATCATCTTTCGACGGGAACCATCTTATCAACAatctttgcaacaagacgtctatcatcatttcgacatgggatgtactggtctcttgtactaagccaacgacgagttgtgcggatttcaatccggtatacaacttacactttattactgagcttgtctgttggtccatctacggggaactagtcatcaccagctacaaaacaacaactacgactatgatataaccgactatttacaggaaacaacttggacaacacctcaaccaacat
gi|6 : gacgtctcctgggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaatcagcatacAACAACTTTTGACCGGAACCTCCATATCTGCAT-TATCAA-CT-TAGCAT-AA--GAA--TTGTCG-TCAA---AAATCATCTT-TAAAATCATC-TTTAAGCAACTTATCTTCAAC---TACAAGA-------ATCTTCC---TGGA----------AT----GTA----------CATCGTTGGGCTACTC---T---GATTGACAGTTTCAGTTTCAAATCGTTATATAC---G---CAA------CAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACTCAGTCAGCGGAAACTTA---ACA----ACTTGAT-G-A-------TC---AA-------AT---------------------------ACGGAAGAAGGAACACCGTACCACCGAGAAACAagacttttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcgtacgaaaccaacgacgagttggttggatttcaatccggtatatgactacaattaaccagattactgagctcgtctgtttgttcatctacggggatctagtcatcaccagctacaagacaacaactatgactacgacattaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaccga
gi|14 : aggcggctgtcatgcaggatggatgtctcctgggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTTTTAACCGGAACCTCCATATCTGCAT-AATCAA-CG-TAGCAA-AA--GAA--TCGTCT-TTAA---AAATCATCTT-TAA--TCATC-TTTAAACAACATATCT---AC---AA---GA-------ATCTTCC---TAGA----------AT----GGA----------CATCGTCGGGCTACTCGTCT---GTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCTTTA-AC---G---CAA-GGCTTCAAGCTAAGCGGGTTGAAATTGACCAAGTCAGCGGCAACTTT---A-A----ACTCGAC-A-AAAAGATCTTTACAACTTG---ATC-A------A------G---------CACGGAAGAAGGAGCATCATATCACCGAGAAACAtctt
gi|1 : GGAACCTCCATATCTGCAT-AATCAA-CT-TAGCAC-AA--GAA--TCGTCT-TCAA---GAACCATCTT-TAA--TCATC-TTTAAACAACTTATCT---ACAACTACAAGA-------ATCTTCC---TAGG----------AT----GTA----------CATCGTCGGGTTACTC---T---GACTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCTTAT-AC---G---CAA-GGCATCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACTCAGTCAGCGGCAATTTG---A-A----ACTCGACAA-AAAAGATCTT---AAC------AAC-T------T------GATGATCAAATACGGAAGAAGGAACATCATACCACCGAGAAACAtctta
gi|13 : ttcaagcggctgtcgagcaggacggatgtctcctgggcaagctccagccttttaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccGGAACCTCCGTATCAACAG-AATCAG-Ctctta
gi|12 : atgactttatcactcttcaagcggctgtcgagcagaaaggaaatctcctgggcacgctccagtcttctaagtgggtcatggttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtattccaactagctttcctaTCTACAGTAATAAAACTACATCTCCAA--GAT--TCATCTCTCAATCCGG-TCGTCTCATCG--TTATC-TTCAAG-AATCTGCCT---A-----A---AATGTACCGATCCCTCGAATAGATCCAGTGACGAG----TTATAC-------CATCATCGGGCTAATCGTCTCAAACTCAACAA----GGTATAAAATAGCCCGA-ACTCGA---CAATTGGGTCAAG--TAG-GGG--------GATCTAATCATCACCAGCCTTCAAG-ACACGACTCTAC-A-AGAatcaagaaacaaatttaaacatcaacacaagaatctacctaggctgtactgatcccttgaacaaatccagtgacggataattccatatatgggcaacaaaatcggtttaagctcatggattgggactcagccaatagctag
gi|21 : ctagtagctgtcgagcatgacggacgtctcctagacacgctccagccttcaaagttggtaacggcacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagtttgct-AAAAGATCTT---AAC------AAC-TTGATCAA------G---------CACGGAAGAAGGAATATCATACCGCCGAGAAACAcgcagcttctac
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGGAACTATCTTATCAACAAGTCATCTTCAAGACTTTTATCATCATTTCGACATGAGTTGTACTGGTCTCTCGTACGAAACCAGCGACAAGTTGATTGGATTTCAATCCGGTATATAAGTATATATAATCAGTCGGATACTGAGGTCGTCAATTGGTCCATCTGCGGGGACCTAGTCACCACCAACCTACAAGACAACACCTACGACTACGACACAACCAGCTTTTTCCAAGAAACAACTTAAGACTGTTTAAACAATTCAACCGACATAG
Unaligned ( gi|17 ): GGCTTGAGTTCGATCCAGTATAATATATAAAGCCAGAGCTCGAAAATTTGGTCCATGTACGGGATCTAGTCATCACAAGCCTTCAAGACTATCTACAAGAATCTACAAGAACCTACTTTATCTCAACAATCTACTCAGAAAATATTCAGCTTAAACA
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 1111111111 111111 111111 22222222222222 111111 77777777777777777777777
lowQualScore : 2 55555 333 333 2 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 99 66 4 4 0 1 0 5 3 66 99 2 3 8888888 7777777777 6 3 1 44 3 000000 1 000000 33333333333333 4 33 777 5 4 999 111111 2 4 44444444444444444444444 1
lowQualScore : . ..... ... ... . . ....................................................................................................... . .. .. . . . . . . . .. .. . . ....... .......... . . . .. . ...... . ...... .............. . .. ... . . ... ...... . . ....................... .
lowQualScore : 0 00000 333 777 2 7 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 22 66 0 0 5 0 6 2 4 44 22 2 3 8888888 1111111111 7 3 1 66 6 555555 0 555555 55555555555555 4 66 888 3 4 333 555555 4 0 99999999999999999999999 0
consensus : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCCGCACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATCA--ATACAATA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACTTAGCNCAA--GAAT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AATC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CTACAA------GAATCTTCCTAGAATGTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TNNACG---CAANGCTTCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTAAC------AAC-T------G------G---------CACGGAAGANGGAACATCATATCGCCGAGAAACAGCCT
Reference ( family-2343 ) : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCCTCCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATTA--ATACAATA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACTTAGCNCAA--GANT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AATC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CTACNA------GAATCTTCCTAGAATGTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TNAACG---CAANGCTTCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTAAC------ANC-T------G------G---------CACGGAAGANGGAACATCATATCGCCGAGAAACAGCCT
gi|1 : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAT---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTTT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CC
gi|1 : tGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACTTAGCACAA--GAAT-CGTCTTCAAGAACCATCTTT-------AATC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CTACAACTACAAGAATCTTCCTAGGATGTAC--------------ATCGTCGGGTTACTC---TGACTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TATACG---CAAGGCATCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACTCAGTCAGCGGCAATTTGA-AACTCGACAA-AAAAGATCTTAAC------AAC-T------T------GATGATCAAATACGGAAGAAGGAACATCATACCACCGAGAAACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccggaacctccatatctgcataatcaacttagcacaagaatcgtcttcaagaaccatctttaatcatctttaaacaacttatctacaactacaagaatcttcctaggatgtacatcgtcgggttactctgactgacagcttcggtttcaaatcgcttatacgcaaggcatcaagctcagcgggttgaaattgactcagtcagcggcaatttgaaactcgacaaaaaagatcttaacaacttgatgatcaaatacggaagaaggaacatcataccaccgagaaacatctta
gi|10 : ttcaagcggctgtcgagcaggacggatgtctcctgggcaagctccagccttttaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAACGGAC---GTCTCCTGGGAAAGCTCCAGCCTTCC---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCtctta
gi|10 : -CT-CCTAGAATCATCTTTCGACGGGAA---CCATCTTTGCAacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacctcctagaatcatctttcgacgggaaccatctttgcaacaagacgtctatcatcatttcgacatgggatgtactggtctcttgtactaagccaacgacgagttgtgcggatttcaatccggtatacaacttacactttattactgagcttgtctgttggtccatctacggggaactagtcatcaccagctacaaaacaacaactacgactatgatataaccgactatttacaggaaacaacttggacaacacctcaaccaacat
gi|11 : caagcggctgtcgagcagaacggacgtctcctgggaaagctccagccttccaagtgggtcacggtcccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCacaagacgtctatcatcatttcgacatgggatgtactggtctcttgtactaagccaacgacgagttgtgcggatttcaatccggtatacaacttacactttattactgagcttgtctgttggtccatctacggggaactagtcatcaccagctacaaaacaacaactacgactatgatataaccgactatttacaggaaacaacttggacaacacctcaaccaacat
gi|11 : TGAATCAGCATAC-----CT-CCTAGAATCATCTTTCGACGGGAACCATCTTATCacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaatcagcatacctcctagaatcatctttcgacgggaaccatcttatcaacaagacttttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcgtacgaaaccaacgacgagttggttggatttcaatccggtatatgactacaattaaccagattactgagctcgtctgtttgttcatctacggggatctagtcatcaccagctacaagacaacaactatgactacgacattaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaccga
gi|12 : gacgtctcctgggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAGTAGCTGTCGA-GCA-----TGACGGAC---GTCTCCTAGACACGCTCCAGCCTTCA---AAGTTGGTAA-CGGCA-CCCaacaagacttttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcgtacgaaaccaacgacgagttggttggatttcaatccggtatatgactacaattaaccagattactgagctcgtctgtttgttcatctacggggatctagtcatcaccagctacaagacaacaactatgactacgacattaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaccga
gi|12 : ctAA--AACTACATCTCCAAGATTCATCTCTC------AATCCG--------GTCGTC-T---C--ATCGTTAT------CTTCAA------GAATCTGCCTAAAATGTAC--------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagtttgcttctacagtaataaaactacatctccaagattcatctctcaatccggtcgtctcatcgttatcttcaagaatctgcctaaaatgtaccgatccctcgaatagatccagtgacgagttataccatcatcgggctaatcgtctcaaactcaacaaggtataaaatagcccgaactcgacaattgggtcaagtagggggatctaatcatcaccagccttcaagacacgactctacaagacgcagcttctac
gi|13 : ctagtagctgtcgagcatgacggacgtctcctagacacgctccagccttcaaagttggtaacggcacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagtttgcttctacagtaatTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAAAGGAA---ATCTCCTGGGCACGCTCCAGTCTTCT---AAGTGGGTCA-TGGTT-CCcgatccctcgaatagatccagtgacgagttataccatcatcgggctaatcgtctcaaactcaacaaggtataaaatagcccgaactcgacaattgggtcaagtagggggatctaatcatcaccagccttcaagacacgactctacaagacgcagcttctac
gi|14 : atgactttatcactctTCTTTTAACCGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACGTAGCAAAA--GAAT-CGTCTTTAAAAATCATCTTT-------AATC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-ATAT------CTACAA------GAATCTTCCTAGAATGGAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TTAACG---CAAGGCTTCAAGCTAAGCGGGTTGAAATTGACCAAGTCAGCGGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTTAC------AAC-TTGATCAA------G---------CACGGAAGAAGGAGCATCATATCACCGAGAAACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtattccaactagctttcctaggaacctccgtatcaacagaatcagcatcaagaaacaaatttaaacatcaacacaagaatctacctaggctgtactgatcccttgaacaaatccagtgacggataattccatatatgggcaacaaaatcggtttaagctcatggattgggactcagccaatagctag
gi|15 : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAACGGAT---GCCTGCTGGACATGCACCAGCCTTCT---AAGTGTATCA-TGGTC-CCTTCtctta
gi|15 : tcactctTATAGTA-CT-TCAAGAATCATCTTTTGACGGGAACCTTC---------TAATCAA-------CAA--G--T-CGTCGACAAGAATCATCTTTTGGCGGGAACC----------TTC-TTATCAACAAAAG-TCGT------TGACAG------GAATCATCTTatttctacatggagtcattttaaaactttcatcgtttttatgttttcaacatggcgttagaaaggttttttttataatcaataactctttatagtacttcaagaatcatcttttgacgggaaccttctaatcaacaagtcgtcgacaagaatcatcttttggcgggaaccttcttatcaacaaaagtcgttgacaggaatcatctt
gi|18 : tcactcttcaagcggctgtcgagcagaacggatgcctgctggacatgcaccagccttctaagtgtatcatggtcccttcatttctacatggagtcattttaaaactttcatcgtttttatgttttcaacatggcgttagaaaggttttttttataatcaataactcttTCAAACGGCTGTCGA-GTAAAGCTGAACGGAC---GT-GCCTGGACAAGTTTCA
gi|19 : ttacaaccagtctAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGAAC---GTCACCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCatcatcggtcctttctgctatacgtg
gi|2 : TCAAGCGGCTGTCGA-GCG-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCT----CACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNTA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCCACAGAATCAACTTAGCTGAAAAGGAT-CGTCTTCAAGAATCAACTTT-------AGTC----------AAT-TT-TAAAC--AAC-TAAT------CTACTT------GAATCTTCCTAGAATTTAC--------------ATAGTCGGGCTACTCGTTTGTTAGACATCTTCGGTCTCAAATCGCT-TTAACG---TAATACTTCAAGCTCAGCGGGTTGAGATTGACACAGTCAACAGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTAAC------AAT-T------GGATCAAG---------CACGGAAGATGGAACATCATTTCGCCGAGAACCAGCCT
gi|20 : ctTCGAGCAGCTGACAA-GTT-----GGACAGAC----TTTCTTCGGCAAGTTACAGCATTCT---AAGTGGGTCA-a
gi|21 : tttt-AAAAGATCTTAAC------AAC-TTGATCAA------G---------CACGGAAGAAGGAATATCATACCGCCGAGAAACA
gi|22 : GCTGTCAA-GCC-----GGACGGAC---GTCTTCTGCATAAGCTCCAGTCTTTTCAAAAGTGGGGCATCGGtctta
gi|23 : tTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGATG-------TCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-C
gi|24 : ctAAGTGGCTGTCGAAGTA-----GAA-GGACCTAATCACCTG----AGCTCCAGTCTTCA---AAGTGAGT
gi|25 : GCTGTCAA-GCA-----GGATGGAC---GTCTCCTGGAC
gi|3 : tcaagttttTCAAGCCACTCTCAA-GCA-----GGACGGAT---ATCTCCTGGGCAAGCTCCACCCTTCT---AATTGGGTCA-CGGTCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNTT-CT-CCAAGAAACAGCTTTTGACCGGAACCTCATTATCTGCATAATCAACCTAGCACAA--GAAT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AATC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTTT------CTACAA------GAATCTTCCTAGAATGTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TATACG---CAAGGCTTCGAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCAG---CTTTA-AACTTGAC-A-AAACGATCTTAAC------AACTT------GATCAT-G---------CAAGAAAGAAGGAGCATCATATTGCTGAGAAAC
gi|4 : tctTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGATG-------TCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-----CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNCATT-CT-CCAAGAAACAGCTTTTGACCGGAACCTCCATATCTGCATAATTAACTTAGCACAA--GAGT-CGTCTTGAAGAATCATCTTT-------AATC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CTACAA------GAATCTTCCTAGAATGAAC--------------ATCGTCGGACTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCTGTTTAAAATCGCT-TATATG---CAAGGCTTCAAGGTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGCCAACTTTA-AACTCGACAA-AAAAGATCTCAAC------AAC-T------GGATCAAG---------CACGGAAGATGGAGCATCATATTGCCAAGAAACAACTTgtctt
gi|5 : tctTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CAGTC-CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNTA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTACAGAATCAACTTAGCTCAA--AATT-CGTCTTCAAGAATC-----------------ATCTTTAGTCATC-TT-TAAAC--AAC-TTGT------CTACTA------GAATCTTTCTAGAATTTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTCTCAAATCGCT-TTAACG---CAATGCATCAAGCTCAGCGGGTTGAGATTGACCCAGTCATCAGCAACTTTG-AACTCGAC-A-AAAAGATTTTAAC------ATC-T------G------G---------CACGGAAGATGGAACATCATATCGCCAAGAAACAGCCT
gi|6 : AGGCGGCTGTCAT-GCA-----GGATGGAT---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CC
gi|6 : AACAACTTTTGACCGGAACCTCCATATCTGCATTATCAACTTAGCATAA--GAAT-TGTCGTCAAAAATCATCTTTAA-----AATC----------ATC-TT-TAAGC--AAC-TTATCTTCAACTACAA------GAATCTTCCTGGAATGTAC--------------ATCGTTGGGCTAC---TCTGATTGACAGTTTCAGTTTCAAATCGTTATATACG---CAA-----CAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACTCAGTCAGCGGAAACTTAACAACTTGAT-------GATC--AA-------------------------A---------TACGGAAGAAGGAACACCGTACCACCGAGAAACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacttttgaccggaacctccatatctgcattatcaacttagcataagaattgtcgtcaaaaatcatctttaaaatcatctttaagcaacttatcttcaactacaagaatcttcctggaatgtacatcgttgggctactctgattgacagtttcagtttcaaatcgttatatacgcaacaagctcagcgggttgaaattgactcagtcagcggaaacttaacaacttgatgatcaaatacggaagaaggaacaccgtaccaccgagaaacatctt
gi|7 : aggcggctgtcatgcaggatggatgtctcctgggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCAAGCAGCTGTCGT-GTA-----GGATGGAC---GTCTCCTGTGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-TGGTC-CC-TCCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATTA--ATACAACATCT-TCAAGAAACATCTTTTGACAGGAACCTCCATATCACCATAATCAACTTA--TCAATGAATT-CGTCTTCAAGAAACAACTTT-------AATC----------ATC------------A---TAT------CTACAA------TAATCTTCCTAGGATGTGCTTATCCCTCATTCCATCGTCGGGCTAATCGTCTGGTTGACAGCTTTGATTTCAACTCA-T-TTAACATATCAACGCTTCAAGCTCACTGGATTGAAATTGACCCAGTCAGCAGCAAGTTCA-AGCTTGAC-ATACAAAATCTCGACAATTGGATC-T------A------G---------CACGGGGGATGGAtctt
gi|8 : ctTCAGGCGGCTGCCGA-GCA-----GGACGG---------------CAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCg
gi|8 : ctTA-CT-CCAAGAAACATCCTTTGACAGGAACCTCCATATCT------------TAGCT-AA--AAAT-CGCCTTCAAGAATAATTTTT-------AGTC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CTACTA------GAATTTTCCTAGAATTTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGCCTGTTTGACAGCTTCGGTCTCAAATCGCT-TTATCG---CAATGCTTCAAGCTCAGCGAATTGAGATTGACCCAGTCAACAGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTAAC------AAC-T------GGATCAAG---------CAAGGAAGATGGAACATCATATCGCCAAGAACCAGCCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactccaagaaacatcctttgacaggaacctccatatcttagctaaaaatcgccttcaagaataatttttagtcatctttaaacaacttatctactagaattttcctagaatttacatcgtcgggctactcgcctgtttgacagcttcggtctcaaatcgctttatcgcaatgcttcaagctcagcgaattgagattgacccagtcaacagcaactttaaactcgacaaaaagatcttaacaactggatcaagcaaggaagatggaacatcatatcgccaagaaccagccta
gi|9 : cttcaggcggctgccgagcaggacggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAGTGGCTGTCGA-GCA-----GGATGGAC---ATCTCATTGGCAAGCTCCAGTCTTTT---AAGTGGGTCA-TGGTC-TCTTCa
gi|9 : TA-CTTCCTAGAATCGTCTTTCGACGGGAACC-----ATCT---T-ATCAAC-----------AAAT-CATCTTCAAGAAT----TTT--------ATC----------ATCATT-TCGAC--Aacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacttcctagaatcgtctttcgacgggaaccatcttatcaacaaatcatcttcaagaattttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcatacaaaaccagcgacgagttggttggatttcaatccagtatagaagtacattcaatcggatactgagcttgtcagttggtccatctacggggatttagtcatcaccagcctacaagacaacaactatgactacaacataaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaacaac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGGAACTATCTTATCAACAAGTCATCTTCAAGACTTTTATCATCATTTCGACATGAGTTGTACTGGTCTCTCGTACGAAACCAGCGACAAGTTGATTGGATTTCAATCCGGTATATAAGTATATATAATCAGTCGGATACTGAGGTCGTCAATTGGTCCATCTGCGGGGACCTAGTCACCACCAACCTACAAGACAACACCTACGACTACGACACAACCAGCTTTTTCCAAGAAACAACTTAAGACTGTTTAAACAATTCAACCGACATAG
Unaligned ( gi|17 ): GGCTTGAGTTCGATCCAGTATAATATATAAAGCCAGAGCTCGAAAATTTGGTCCATGTACGGGATCTAGTCATCACAAGCCTTCAAGACTATCTACAAGAATCTACAAGAACCTACTTTATCTCAACAATCTACTCAGAAAATATTCAGCTTAAACA
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 1111111111 22222222222222 77777777777777777777777777777777
lowQualScore : 2 55555 333 333 4 2 5 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 66 4 4 0 1 1 5 1 6 0 88 77 3 0 3333333 44 5555555555 6 3 2 44 3 999999 999999 11111111111111 4 22 777 5 4 999 88888888888888888888888888888888 1
lowQualScore : . ..... ... ... . . . . .............................................................................................. .. .. . . . . . . . . . .. .. . . ....... .. .......... . . . .. . ...... ...... .............. . .. ... . . ... ................................ .
lowQualScore : 0 00000 333 555 2 7 2 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 66 0 0 5 0 0 9 2 4 4 33 99 1 7 1111111 22 8888888888 2 1 2 22 3 666666 666666 44444444444444 4 00 888 3 4 333 99999999999999999999999999999999 0
consensus : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCCGCACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATCA--ATACAATA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACTTAGCNCAA--GAAT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AA--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CT------ACAAGAATCTTCCTAGAATGTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TNNACG---CAANGCTTCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTAACAA------C-T------G------G---------CACGGAAGANGGAACATCATATCGCCGAGAAACAGCCT
Reference ( family-2343 ) : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCCGCACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATCA--ATACAATA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACTTAGCNCAA--GAAT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AA--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CT------ACAAGAATCTTCCTAGAATGTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TNNACG---CAANGCTTCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTAACAA------C-T------G------G---------CACGGAAGANGGAACATCATATCGCCGAGAAACAGCCT
gi|1 : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAT---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTTT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CC
gi|1 : tGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACTTAGCACAA--GAAT-CGTCTTCAAGAACCATCTTT-------AA--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTATCTACAACT------ACAAGAATCTTCCTAGGATGTAC--------------ATCGTCGGGTTAC---TCTGACTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TATACG---CAAGGCATCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACTCAGTCAGCGGCAATTTGA-AACTCGACAA-AAAAGATCTTAACAA------C-T------T------GATGATCAAATACGGAAGAAGGAACATCATACCACCGAGAAACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccggaacctccatatctgcataatcaacttagcacaagaatcgtcttcaagaaccatctttaatcatctttaaacaacttatctacaactacaagaatcttcctaggatgtacatcgtcgggttactctgactgacagcttcggtttcaaatcgcttatacgcaaggcatcaagctcagcgggttgaaattgactcagtcagcggcaatttgaaactcgacaaaaaagatcttaacaacttgatgatcaaatacggaagaaggaacatcataccaccgagaaacatctta
gi|10 : ttcaagcggctgtcgagcaggacggatgtctcctgggcaagctccagccttttaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAACGGAC---GTCTCCTGGGAAAGCTCCAGCCTTCC---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCtctta
gi|10 : -CT-CCTAGAATCATCTTTCGACGGGAA---CCATCTTTGCAacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacctcctagaatcatctttcgacgggaaccatctttgcaacaagacgtctatcatcatttcgacatgggatgtactggtctcttgtactaagccaacgacgagttgtgcggatttcaatccggtatacaacttacactttattactgagcttgtctgttggtccatctacggggaactagtcatcaccagctacaaaacaacaactacgactatgatataaccgactatttacaggaaacaacttggacaacacctcaaccaacat
gi|11 : caagcggctgtcgagcagaacggacgtctcctgggaaagctccagccttccaagtgggtcacggtcccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCacaagacgtctatcatcatttcgacatgggatgtactggtctcttgtactaagccaacgacgagttgtgcggatttcaatccggtatacaacttacactttattactgagcttgtctgttggtccatctacggggaactagtcatcaccagctacaaaacaacaactacgactatgatataaccgactatttacaggaaacaacttggacaacacctcaaccaacat
gi|11 : TGAATCAGCATAC-----CT-CCTAGAATCATCTTTCGACGGGAACCATCTTATCacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaatcagcatacctcctagaatcatctttcgacgggaaccatcttatcaacaagacttttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcgtacgaaaccaacgacgagttggttggatttcaatccggtatatgactacaattaaccagattactgagctcgtctgtttgttcatctacggggatctagtcatcaccagctacaagacaacaactatgactacgacattaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaccga
gi|12 : gacgtctcctgggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAGTAGCTGTCGA-GCA-----TGACGGAC---GTCTCCTAGACACGCTCCAGCCTTCA---AAGTTGGTAA-CGGaacaagacttttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcgtacgaaaccaacgacgagttggttggatttcaatccggtatatgactacaattaaccagattactgagctcgtctgtttgttcatctacggggatctagtcatcaccagctacaagacaacaactatgactacgacattaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaccga
gi|12 : ct-CATCTCCAAGATTCATCTCTC------AA--TCCG--------GTCGTC-T---C--ATCGTTAT------CT------TCAAGAATCTGCCTAAAATGTAC--------------cacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagtttgcttctacagtaataaaactacatctccaagattcatctctcaatccggtcgtctcatcgttatcttcaagaatctgcctaaaatgtaccgatccctcgaatagatccagtgacgagttataccatcatcgggctaatcgtctcaaactcaacaaggtataaaatagcccgaactcgacaattgggtcaagtagggggatctaatcatcaccagccttcaagacacgactctacaagacgcagcttctac
gi|13 : ctagtagctgtcgagcatgacggacgtctcctagacacgctccagccttcaaagttggtaacggcacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagtttgcttctacagtaataaaactaTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAAAGGAA---ATCTCCTGGGCACGCTCCAGTCTTCT---AAGTGGGTCA-TGGTT-CCcgatccctcgaatagatccagtgacgagttataccatcatcgggctaatcgtctcaaactcaacaaggtataaaatagcccgaactcgacaattgggtcaagtagggggatctaatcatcaccagccttcaagacacgactctacaagacgcagcttctac
gi|13 : atgactttatcactctGGAACCTCCGTATC---------AAC--------A--GAAT-CAGCATCAAGAAACAAATTT-------AA--AC----------ATC-----------AAC-------------------ACAAGAATCTACCTAGGCTGTAC--------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtattccaactagctttcctaggaacctccgtatcaacagaatcagcatcaagaaacaaatttaaacatcaacacaagaatctacctaggctgtactgatcccttgaacaaatccagtgacggataattccatatatgggcaacaaaatcggtttaagctcatggattgggactcagccaatagctag
gi|14 : atgactttatcactcttcaagcggctgtcgagcagaaaggaaatctcctgggcacgctccagtcttctaagtgggtcatggttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtattccaactagctttcctaTCTTTTAACCGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACGTAGCAAAA--GAAT-CGTCTTTAAAAATCATCTTT-------AA--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-ATAT------CT------ACAAGAATCTTCCTAGAATGGAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TTAACG---CAAGGCTTCAAGCTAAGCGGGTTGAAATTGACCAAGTCAGCGGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTTACAA------C-TTGATCAA------G---------CACGGAAGAAGGAGCATCATATCACCGAGAAACAtgatcccttgaacaaatccagtgacggataattccatatatgggcaacaaaatcggtttaagctcatggattgggactcagccaatagctag
gi|15 : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAACGGAT---GCCTGCTGGACATGCACCAGCCTTCT---AAGTGTATCA-TGGTC-CCTTCtctta
gi|15 : tcactctTATAGTA-CT-TCAAGAATCATCTTTTGACGGGAACCTTC---------TAATCAA-------CAA--G--T-CGTCGACAAGAATCATCTTTTGGCGGGAA--CC----------TTC-TTATCAACAAAAG-TCGT------TG------ACAGGAATCATCTTatttctacatggagtcattttaaaactttcatcgtttttatgttttcaacatggcgttagaaaggttttttttataatcaataactctttatagtacttcaagaatcatcttttgacgggaaccttctaatcaacaagtcgtcgacaagaatcatcttttggcgggaaccttcttatcaacaaaagtcgttgacaggaatcatctt
gi|18 : tcactcttcaagcggctgtcgagcagaacggatgcctgctggacatgcaccagccttctaagtgtatcatggtcccttcatttctacatggagtcattttaaaactttcatcgtttttatgttttcaacatggcgttagaaaggttttttttataatcaataactcttTCAAACGGCTGTCGA-GTAAAGCTGAACGGAC---GT-GCCTGGACAAGTTTCA----------------ATCATCGGTC-CTTTCTGC
gi|19 : ttacaaccagtctAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGAAC---GTCACCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCtatacgtg
gi|2 : TCAAGCGGCTGTCGA-GCG-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCT----CACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNTA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCCACAGAATCAACTTAGCTGAAAAGGAT-CGTCTTCAAGAATCAACTTT-------AG--TC----------AAT-TT-TAAAC--AAC-TAAT------CT------ACTTGAATCTTCCTAGAATTTAC--------------ATAGTCGGGCTACTCGTTTGTTAGACATCTTCGGTCTCAAATCGCT-TTAACG---TAATACTTCAAGCTCAGCGGGTTGAGATTGACACAGTCAACAGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTAACAA------T-T------GGATCAAG---------CACGGAAGATGGAACATCATTTCGCCGAGAACCAGCCT
gi|20 : ctTCGAGCAGCTGACAA-GTT-----GGACAGAC----TTTCTTCGGCAAGTTACAGCATTCT---AAGTGGGTCA-a
gi|21 : tttt-AAAAGATCTTAACAA------C-TTGATCAA------G---------CACGGAAGAAGGAATATCATACCGCCGAGAAACA
gi|22 : GCTGTCAA-GCC-----GGACGGAC---GTCTTCTGCATAAGCTCCAGTCTTTTCAAAAGTGGGGCATCGGtctta
gi|23 : tTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGATG-------TCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-C
gi|24 : ctAAGTGGCTGTCGAAGTA-----GAA-GGACCTAATCACCTG----AGCTCCAGTCTTCA---AAGTGAGT
gi|25 : GCTGTCAA-GCA-----GGATGGAC---GTCTCCTGGAC
gi|3 : tcaagttttTCAAGCCACTCTCAA-GCA-----GGACGGAT---ATCTCCTGGGCAAGCTCCACCCTTCT---AATTGGGTCA-CGGTCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNTT-CT-CCAAGAAACAGCTTTTGACCGGAACCTCATTATCTGCATAATCAACCTAGCACAA--GAAT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AA--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTTT------CT------ACAAGAATCTTCCTAGAATGTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TATACG---CAAGGCTTCGAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCAG---CTTTA-AACTTGAC-A-AAACGATCTTAACAA------CTT------GATCAT-G---------CAAGAAAGAAGGAGCATCATATTGCTGAGAAAC
gi|4 : tctTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGATG-------TCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-----CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNCATT-CT-CCAAGAAACAGCTTTTGACCGGAACCTCCATATCTGCATAATTAACTTAGCACAA--GAGT-CGTCTTGAAGAATCATCTTT-------AA--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CT------ACAAGAATCTTCCTAGAATGAAC--------------ATCGTCGGACTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCTGTTTAAAATCGCT-TATATG---CAAGGCTTCAAGGTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGCCAACTTTA-AACTCGACAA-AAAAGATCTCAACAA------C-T------GGATCAAG---------CACGGAAGATGGAGCATCATATTGCCAAGAAACAACTTgtctt
gi|5 : tctTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CAGTC-CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNTA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTACAGAATCAACTTAGCTCAA--AATT-CGTCTTCAAGAATC-------------------ATCTTTAGTCATC-TT-TAAAC--AAC-TTGT------CT------ACTAGAATCTTTCTAGAATTTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTCTCAAATCGCT-TTAACG---CAATGCATCAAGCTCAGCGGGTTGAGATTGACCCAGTCATCAGCAACTTTG-AACTCGAC-A-AAAAGATTTTAACAT------C-T------G------G---------CACGGAAGATGGAACATCATATCGCCAAGAAACAGCCT
gi|6 : AGGCGGCTGTCAT-GCA-----GGATGGAT---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CC
gi|6 : AACAACTTTTGACCGGAACCTCCATATCTGCATTATCAACTTAGCATAA--GAAT-TGTCGTCAAAAATCATCTTT-------AAAATC----------ATC-TT-TAAGC--AAC-TTAT------CTTCAACTACAAGAATCTTCCTGGAATGTAC--------------ATCGTTGGGCTACTC---TGATTGACAGTTTCAGTTTCAAATCGTTATATACG---CAA-----CAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACTCAGTCAGCGGAAACTTAACAACTTGAT-------GATC-----AA------A-T------------------------ACGGAAGAAGGAACACCGTACCACCGAGAAACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacttttgaccggaacctccatatctgcattatcaacttagcataagaattgtcgtcaaaaatcatctttaaaatcatctttaagcaacttatcttcaactacaagaatcttcctggaatgtacatcgttgggctactctgattgacagtttcagtttcaaatcgttatatacgcaacaagctcagcgggttgaaattgactcagtcagcggaaacttaacaacttgatgatcaaatacggaagaaggaacaccgtaccaccgagaaacatctt
gi|7 : aggcggctgtcatgcaggatggatgtctcctgggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCAAGCAGCTGTCGT-GTA-----GGATGGAC---GTCTCCTGTGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-TGGTC-CCT-CCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATTA--ATACAACATCT-TCAAGAAACATCTTTTGACAGGAACCTCCATATCACCATAATCAACTTA--TCAAT-GAATTCGTCTTCAAGAAACAACTTT-------AA--TC----------ATC------------A---TAT------CT------ACAATAATCTTCCTAGGATGTGCTTATCCCTCATTCCATCGTCGGGCTAATCGTCTGGTTGACAGCTTTGATTTCAACTCA-T-TTAACATATCAACGCTTCAAGCTCACTGGATTGAAATTGACCCAGTCAGCAGCAAGTTCA-AGCTTGAC-ATACAAAATCTCGACAATTGGATC-T------A------G---------CACGGGGGATGGAtctt
gi|8 : ctTCAGGCGGCTGCCGA-GCA-----GGACGG---------------CAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCg
gi|8 : ctTA-CT-CCAAGAAACATCCTTTGACAGGAACCTCCATATCT------------TAGCT-AA--AAAT-CGCCTTCAAGAATAATTTTT-------AG--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CT------ACTAGAATTTTCCTAGAATTTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGCCTGTTTGACAGCTTCGGTCTCAAATCGCT-TTATCG---CAATGCTTCAAGCTCAGCGAATTGAGATTGACCCAGTCAACAGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTAACAA------C-T------GGATCAAG---------CAAGGAAGATGGAACATCATATCGCCAAGAACCAGCCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactccaagaaacatcctttgacaggaacctccatatcttagctaaaaatcgccttcaagaataatttttagtcatctttaaacaacttatctactagaattttcctagaatttacatcgtcgggctactcgcctgtttgacagcttcggtctcaaatcgctttatcgcaatgcttcaagctcagcgaattgagattgacccagtcaacagcaactttaaactcgacaaaaagatcttaacaactggatcaagcaaggaagatggaacatcatatcgccaagaaccagccta
gi|9 : cttcaggcggctgccgagcaggacggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAGTGGCTGTCGA-GCA-----GGATGGAC---ATCTCATTGGCAAGCTCCAGTCTTTT---AAGTGGGTCA-TGGTC-TCTTCa
gi|9 : TA-CTTCCTAGAATCGTCTTTCGACGGGAACC-----ATCT---T-ATCAAC-----------AAAT-CATCTTCAAGAAT----TTT--------A--TC----------ATCATT-TCGAC--Aacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacttcctagaatcgtctttcgacgggaaccatcttatcaacaaatcatcttcaagaattttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcatacaaaaccagcgacgagttggttggatttcaatccagtatagaagtacattcaatcggatactgagcttgtcagttggtccatctacggggatttagtcatcaccagcctacaagacaacaactatgactacaacataaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaacaac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGGAACTATCTTATCAACAAGTCATCTTCAAGACTTTTATCATCATTTCGACATGAGTTGTACTGGTCTCTCGTACGAAACCAGCGACAAGTTGATTGGATTTCAATCCGGTATATAAGTATATATAATCAGTCGGATACTGAGGTCGTCAATTGGTCCATCTGCGGGGACCTAGTCACCACCAACCTACAAGACAACACCTACGACTACGACACAACCAGCTTTTTCCAAGAAACAACTTAAGACTGTTTAAACAATTCAACCGACATAG
Unaligned ( gi|17 ): GGCTTGAGTTCGATCCAGTATAATATATAAAGCCAGAGCTCGAAAATTTGGTCCATGTACGGGATCTAGTCATCACAAGCCTTCAAGACTATCTACAAGAATCTACAAGAACCTACTTTATCTCAACAATCTACTCAGAAAATATTCAGCTTAAACA
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 1111111111 22222222222222 77777777777777777777777777777777
lowQualScore : 2 55555 333 333 4 2 5 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 66 4 4 0 1 1 5 1 6 0 88 77 3 0 3333333 44 5555555555 6 3 2 44 3 999999 999999 11111111111111 4 22 777 5 4 999 88888888888888888888888888888888 1
lowQualScore : . ..... ... ... . . . . .............................................................................................. .. .. . . . . . . . . . .. .. . . ....... .. .......... . . . .. . ...... ...... .............. . .. ... . . ... ................................ .
lowQualScore : 0 00000 333 555 2 7 2 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 66 0 0 5 0 0 9 2 4 4 33 99 1 7 1111111 22 8888888888 2 1 2 22 3 666666 666666 44444444444444 4 00 888 3 4 333 99999999999999999999999999999999 0
consensus : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCCGCACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATCA--ATACAATA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACTTAGCNCAA--GAAT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AA--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CT------ACAAGAATCTTCCTAGAATGTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TNNACG---CAANGCTTCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTAACAA------C-T------G------G---------CACGGAAGANGGAACATCATATCGCCGAGAAACAGCCT
Reference ( family-2343 ) : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCCGCACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATCA--ATACAATA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACTTAGCNCAA--GAAT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AA--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CT------ACAAGAATCTTCCTAGAATGTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TNNACG---CAANGCTTCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTAACAA------C-T------G------G---------CACGGAAGANGGAACATCATATCGCCGAGAAACAGCCT
gi|1 : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAT---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTTT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CC
gi|1 : tGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACTTAGCACAA--GAAT-CGTCTTCAAGAACCATCTTT-------AA--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTATCTACAACT------ACAAGAATCTTCCTAGGATGTAC--------------ATCGTCGGGTTAC---TCTGACTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TATACG---CAAGGCATCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACTCAGTCAGCGGCAATTTGA-AACTCGACAA-AAAAGATCTTAACAA------C-T------T------GATGATCAAATACGGAAGAAGGAACATCATACCACCGAGAAACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccggaacctccatatctgcataatcaacttagcacaagaatcgtcttcaagaaccatctttaatcatctttaaacaacttatctacaactacaagaatcttcctaggatgtacatcgtcgggttactctgactgacagcttcggtttcaaatcgcttatacgcaaggcatcaagctcagcgggttgaaattgactcagtcagcggcaatttgaaactcgacaaaaaagatcttaacaacttgatgatcaaatacggaagaaggaacatcataccaccgagaaacatctta
gi|10 : ttcaagcggctgtcgagcaggacggatgtctcctgggcaagctccagccttttaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAACGGAC---GTCTCCTGGGAAAGCTCCAGCCTTCC---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCtctta
gi|10 : -CT-CCTAGAATCATCTTTCGACGGGAA---CCATCTTTGCAacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacctcctagaatcatctttcgacgggaaccatctttgcaacaagacgtctatcatcatttcgacatgggatgtactggtctcttgtactaagccaacgacgagttgtgcggatttcaatccggtatacaacttacactttattactgagcttgtctgttggtccatctacggggaactagtcatcaccagctacaaaacaacaactacgactatgatataaccgactatttacaggaaacaacttggacaacacctcaaccaacat
gi|11 : caagcggctgtcgagcagaacggacgtctcctgggaaagctccagccttccaagtgggtcacggtcccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCacaagacgtctatcatcatttcgacatgggatgtactggtctcttgtactaagccaacgacgagttgtgcggatttcaatccggtatacaacttacactttattactgagcttgtctgttggtccatctacggggaactagtcatcaccagctacaaaacaacaactacgactatgatataaccgactatttacaggaaacaacttggacaacacctcaaccaacat
gi|11 : TGAATCAGCATAC-----CT-CCTAGAATCATCTTTCGACGGGAACCATCTTATCacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaatcagcatacctcctagaatcatctttcgacgggaaccatcttatcaacaagacttttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcgtacgaaaccaacgacgagttggttggatttcaatccggtatatgactacaattaaccagattactgagctcgtctgtttgttcatctacggggatctagtcatcaccagctacaagacaacaactatgactacgacattaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaccga
gi|12 : gacgtctcctgggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAGTAGCTGTCGA-GCA-----TGACGGAC---GTCTCCTAGACACGCTCCAGCCTTCA---AAGTTGGTAA-CGGaacaagacttttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcgtacgaaaccaacgacgagttggttggatttcaatccggtatatgactacaattaaccagattactgagctcgtctgtttgttcatctacggggatctagtcatcaccagctacaagacaacaactatgactacgacattaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaccga
gi|12 : ct-CATCTCCAAGATTCATCTCTC------AA--TCCG--------GTCGTC-T---C--ATCGTTAT------CT------TCAAGAATCTGCCTAAAATGTAC--------------cacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagtttgcttctacagtaataaaactacatctccaagattcatctctcaatccggtcgtctcatcgttatcttcaagaatctgcctaaaatgtaccgatccctcgaatagatccagtgacgagttataccatcatcgggctaatcgtctcaaactcaacaaggtataaaatagcccgaactcgacaattgggtcaagtagggggatctaatcatcaccagccttcaagacacgactctacaagacgcagcttctac
gi|13 : ctagtagctgtcgagcatgacggacgtctcctagacacgctccagccttcaaagttggtaacggcacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagtttgcttctacagtaataaaactaTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAAAGGAA---ATCTCCTGGGCACGCTCCAGTCTTCT---AAGTGGGTCA-TGGTT-CCcgatccctcgaatagatccagtgacgagttataccatcatcgggctaatcgtctcaaactcaacaaggtataaaatagcccgaactcgacaattgggtcaagtagggggatctaatcatcaccagccttcaagacacgactctacaagacgcagcttctac
gi|13 : atgactttatcactctGGAACCTCCGTATC---------AAC--------A--GAAT-CAGCATCAAGAAACAAATTT-------AA--AC----------ATC-----------AAC-------------------ACAAGAATCTACCTAGGCTGTAC--------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtattccaactagctttcctaggaacctccgtatcaacagaatcagcatcaagaaacaaatttaaacatcaacacaagaatctacctaggctgtactgatcccttgaacaaatccagtgacggataattccatatatgggcaacaaaatcggtttaagctcatggattgggactcagccaatagctag
gi|14 : atgactttatcactcttcaagcggctgtcgagcagaaaggaaatctcctgggcacgctccagtcttctaagtgggtcatggttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtattccaactagctttcctaTCTTTTAACCGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACGTAGCAAAA--GAAT-CGTCTTTAAAAATCATCTTT-------AA--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-ATAT------CT------ACAAGAATCTTCCTAGAATGGAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TTAACG---CAAGGCTTCAAGCTAAGCGGGTTGAAATTGACCAAGTCAGCGGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTTACAA------C-TTGATCAA------G---------CACGGAAGAAGGAGCATCATATCACCGAGAAACAtgatcccttgaacaaatccagtgacggataattccatatatgggcaacaaaatcggtttaagctcatggattgggactcagccaatagctag
gi|15 : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAACGGAT---GCCTGCTGGACATGCACCAGCCTTCT---AAGTGTATCA-TGGTC-CCTTCtctta
gi|15 : tcactctTATAGTA-CT-TCAAGAATCATCTTTTGACGGGAACCTTC---------TAATCAA-------CAA--G--T-CGTCGACAAGAATCATCTTTTGGCGGGAA--CC----------TTC-TTATCAACAAAAG-TCGT------TG------ACAGGAATCATCTTatttctacatggagtcattttaaaactttcatcgtttttatgttttcaacatggcgttagaaaggttttttttataatcaataactctttatagtacttcaagaatcatcttttgacgggaaccttctaatcaacaagtcgtcgacaagaatcatcttttggcgggaaccttcttatcaacaaaagtcgttgacaggaatcatctt
gi|18 : tcactcttcaagcggctgtcgagcagaacggatgcctgctggacatgcaccagccttctaagtgtatcatggtcccttcatttctacatggagtcattttaaaactttcatcgtttttatgttttcaacatggcgttagaaaggttttttttataatcaataactcttTCAAACGGCTGTCGA-GTAAAGCTGAACGGAC---GT-GCCTGGACAAGTTTCA----------------ATCATCGGTC-CTTTCTGC
gi|19 : ttacaaccagtctAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGAAC---GTCACCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCtatacgtg
gi|2 : TCAAGCGGCTGTCGA-GCG-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCT----CACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNTA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCCACAGAATCAACTTAGCTGAAAAGGAT-CGTCTTCAAGAATCAACTTT-------AG--TC----------AAT-TT-TAAAC--AAC-TAAT------CT------ACTTGAATCTTCCTAGAATTTAC--------------ATAGTCGGGCTACTCGTTTGTTAGACATCTTCGGTCTCAAATCGCT-TTAACG---TAATACTTCAAGCTCAGCGGGTTGAGATTGACACAGTCAACAGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTAACAA------T-T------GGATCAAG---------CACGGAAGATGGAACATCATTTCGCCGAGAACCAGCCT
gi|20 : ctTCGAGCAGCTGACAA-GTT-----GGACAGAC----TTTCTTCGGCAAGTTACAGCATTCT---AAGTGGGTCA-a
gi|21 : tttt-AAAAGATCTTAACAA------C-TTGATCAA------G---------CACGGAAGAAGGAATATCATACCGCCGAGAAACA
gi|22 : GCTGTCAA-GCC-----GGACGGAC---GTCTTCTGCATAAGCTCCAGTCTTTTCAAAAGTGGGGCATCGGtctta
gi|23 : tTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGATG-------TCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-C
gi|24 : ctAAGTGGCTGTCGAAGTA-----GAA-GGACCTAATCACCTG----AGCTCCAGTCTTCA---AAGTGAGT
gi|25 : GCTGTCAA-GCA-----GGATGGAC---GTCTCCTGGAC
gi|3 : tcaagttttTCAAGCCACTCTCAA-GCA-----GGACGGAT---ATCTCCTGGGCAAGCTCCACCCTTCT---AATTGGGTCA-CGGTCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNTT-CT-CCAAGAAACAGCTTTTGACCGGAACCTCATTATCTGCATAATCAACCTAGCACAA--GAAT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AA--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTTT------CT------ACAAGAATCTTCCTAGAATGTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TATACG---CAAGGCTTCGAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCAG---CTTTA-AACTTGAC-A-AAACGATCTTAACAA------CTT------GATCAT-G---------CAAGAAAGAAGGAGCATCATATTGCTGAGAAAC
gi|4 : tctTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGATG-------TCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-----CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNCATT-CT-CCAAGAAACAGCTTTTGACCGGAACCTCCATATCTGCATAATTAACTTAGCACAA--GAGT-CGTCTTGAAGAATCATCTTT-------AA--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CT------ACAAGAATCTTCCTAGAATGAAC--------------ATCGTCGGACTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCTGTTTAAAATCGCT-TATATG---CAAGGCTTCAAGGTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGCCAACTTTA-AACTCGACAA-AAAAGATCTCAACAA------C-T------GGATCAAG---------CACGGAAGATGGAGCATCATATTGCCAAGAAACAACTTgtctt
gi|5 : tctTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CAGTC-CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNTA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTACAGAATCAACTTAGCTCAA--AATT-CGTCTTCAAGAATC-------------------ATCTTTAGTCATC-TT-TAAAC--AAC-TTGT------CT------ACTAGAATCTTTCTAGAATTTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTCTCAAATCGCT-TTAACG---CAATGCATCAAGCTCAGCGGGTTGAGATTGACCCAGTCATCAGCAACTTTG-AACTCGAC-A-AAAAGATTTTAACAT------C-T------G------G---------CACGGAAGATGGAACATCATATCGCCAAGAAACAGCCT
gi|6 : AGGCGGCTGTCAT-GCA-----GGATGGAT---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CC
gi|6 : AACAACTTTTGACCGGAACCTCCATATCTGCATTATCAACTTAGCATAA--GAAT-TGTCGTCAAAAATCATCTTT-------AAAATC----------ATC-TT-TAAGC--AAC-TTAT------CTTCAACTACAAGAATCTTCCTGGAATGTAC--------------ATCGTTGGGCTACTC---TGATTGACAGTTTCAGTTTCAAATCGTTATATACG---CAA-----CAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACTCAGTCAGCGGAAACTTAACAACTTGAT-------GATC-----AA------A-T------------------------ACGGAAGAAGGAACACCGTACCACCGAGAAACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacttttgaccggaacctccatatctgcattatcaacttagcataagaattgtcgtcaaaaatcatctttaaaatcatctttaagcaacttatcttcaactacaagaatcttcctggaatgtacatcgttgggctactctgattgacagtttcagtttcaaatcgttatatacgcaacaagctcagcgggttgaaattgactcagtcagcggaaacttaacaacttgatgatcaaatacggaagaaggaacaccgtaccaccgagaaacatctt
gi|7 : aggcggctgtcatgcaggatggatgtctcctgggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCAAGCAGCTGTCGT-GTA-----GGATGGAC---GTCTCCTGTGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-TGGTC-CCT-CCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATTA--ATACAACATCT-TCAAGAAACATCTTTTGACAGGAACCTCCATATCACCATAATCAACTTA--TCAAT-GAATTCGTCTTCAAGAAACAACTTT-------AA--TC----------ATC------------A---TAT------CT------ACAATAATCTTCCTAGGATGTGCTTATCCCTCATTCCATCGTCGGGCTAATCGTCTGGTTGACAGCTTTGATTTCAACTCA-T-TTAACATATCAACGCTTCAAGCTCACTGGATTGAAATTGACCCAGTCAGCAGCAAGTTCA-AGCTTGAC-ATACAAAATCTCGACAATTGGATC-T------A------G---------CACGGGGGATGGAtctt
gi|8 : ctTCAGGCGGCTGCCGA-GCA-----GGACGG---------------CAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCg
gi|8 : ctTA-CT-CCAAGAAACATCCTTTGACAGGAACCTCCATATCT------------TAGCT-AA--AAAT-CGCCTTCAAGAATAATTTTT-------AG--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CT------ACTAGAATTTTCCTAGAATTTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGCCTGTTTGACAGCTTCGGTCTCAAATCGCT-TTATCG---CAATGCTTCAAGCTCAGCGAATTGAGATTGACCCAGTCAACAGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTAACAA------C-T------GGATCAAG---------CAAGGAAGATGGAACATCATATCGCCAAGAACCAGCCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactccaagaaacatcctttgacaggaacctccatatcttagctaaaaatcgccttcaagaataatttttagtcatctttaaacaacttatctactagaattttcctagaatttacatcgtcgggctactcgcctgtttgacagcttcggtctcaaatcgctttatcgcaatgcttcaagctcagcgaattgagattgacccagtcaacagcaactttaaactcgacaaaaagatcttaacaactggatcaagcaaggaagatggaacatcatatcgccaagaaccagccta
gi|9 : cttcaggcggctgccgagcaggacggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAGTGGCTGTCGA-GCA-----GGATGGAC---ATCTCATTGGCAAGCTCCAGTCTTTT---AAGTGGGTCA-TGGTC-TCTTCa
gi|9 : TA-CTTCCTAGAATCGTCTTTCGACGGGAACC-----ATCT---T-ATCAAC-----------AAAT-CATCTTCAAGAAT----TTT--------A--TC----------ATCATT-TCGAC--Aacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacttcctagaatcgtctttcgacgggaaccatcttatcaacaaatcatcttcaagaattttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcatacaaaaccagcgacgagttggttggatttcaatccagtatagaagtacattcaatcggatactgagcttgtcagttggtccatctacggggatttagtcatcaccagcctacaagacaacaactatgactacaacataaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaacaac
blockSeqs : A AAGCT CTA CAA T C T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . AG T T G A G A G AA AA T TGGCGGG AA ATCTTTAGTC G A A AA G . TCAACT TTATCCCTCATTCC A TA TAT G C AA CTTGATCAAG A
blockSeqs : . . . . T . T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . NN . . C T G A T TG T . C . CG A . C . . . . . . TA . T . AT TTGGATCAAG T
blockSeqs : . . . . . . T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . NN . . G G A A C AC . . . . . . . A . . . . . . AT . G . A CTTGATCAAG A
blockSeqs : . . . . . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . CA . . G A G A T AC . . . . . . . A . . . . . . AT . G . A CTTGATCATG A
blockSeqs : . . . . . . N . NN . . C A G A T TC . . . . . . . A . . . . . . TA . T . A CTGGATCAAG T
blockSeqs : . . . . . . T AA . . C T A A T AT . . . . . . . A . . . . . . AT . C . A TTGGATCTAG T
blockSeqs : . . . . . . . . . G A G T T TC . . . . . . . A . . . . . . TA . T . A CTGGATCAAG A
blockSeqs : . . . . . . . . . C A C A . C . . . . . . . A . . . . . . TA . . . . CTGG T
blockSeqs : . . . . . . . . . A A . . . T . . . . . . . C . . . . . AT T
blockSeqs : . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ** AA ****** A** CTGGATCAAG**********************
originalCons : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCCGCACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATCA--ATACAATA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACTTAGCNCAA--GAAT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AA--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CT------ACAAGAATCTTCCTAGAATGTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TNNACG---CAANGCTTCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGGCAACTTTA-AACTCGAC-A-AAAAGATCTTAACAA------C-T------G------G---------CACGGAAGANGGAACATCATATCGCCGAGAAACAGCCT
finalCons : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCCGCACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATCA--ATACAATA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACTTAGCNCAA--GAAT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AA--TC----------ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CT------ACAAGAATCTTCCTAGAATGTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TNNACG---CAANGCTTCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGGCAACTTTA-AACTCGACA--AAAAGATCTTAACAACTGGATCAAG----------------------CACGGAAGANGGAACATCATATCGCCGAGAAACAGCCT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGGAACTATCTTATCAACAAGTCATCTTCAAGACTTTTATCATCATTTCGACATGAGTTGTACTGGTCTCTCGTACGAAACCAGCGACAAGTTGATTGGATTTCAATCCGGTATATAAGTATATATAATCAGTCGGATACTGAGGTCGTCAATTGGTCCATCTGCGGGGACCTAGTCACCACCAACCTACAAGACAACACCTACGACTACGACACAACCAGCTTTTTCCAAGAAACAACTTAAGACTGTTTAAACAATTCAACCGACATAG
Unaligned ( gi|17 ): GGCTTGAGTTCGATCCAGTATAATATATAAAGCCAGAGCTCGAAAATTTGGTCCATGTACGGGATCTAGTCATCACAAGCCTTCAAGACTATCTACAAGAATCTACAAGAACCTACTTTATCTCAACAATCTACTCAGAAAATATTCAGCTTAAACA
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 111111 22222222222222
lowQualScore : 2 55555 333 333 4 2 5 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 66 4 4 0 1 1 5 1 6 0 88 77 3 7777777 44 6 3 2 44 3 999999 11111111111111 1 4 22 777 5 1 8 4 4 55 1
lowQualScore : . ..... ... ... . . . . .............................................................................................. .. .. . . . . . . . . . .. .. . ....... .. . . . .. . ...... .............. . . .. ... . . . . . .. .
lowQualScore : 0 00000 333 555 2 7 2 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 66 0 0 5 0 0 9 2 4 4 33 99 1 3333333 22 2 1 2 22 3 222222 44444444444444 9 4 00 888 3 1 9 0 0 55 0
consensus : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCCGCACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATCA--ATACAATA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACTTAGCNCAA--GAAT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AATC--ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CTACAAGAATCTTCCTAGAATGTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TNNACG---CAANGCTTCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGGCAACTTTAAACTCGAC-A-AAAAGATCTTAACAAC-TG--GATCAAGCACGGAAGANGGAACATCATATCGCCGAGAAACAGCCT
Reference ( family-2343 ) : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCCGCACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATCA--ATACAATA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACTTAGCNCAA--GAAT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AATC--ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CTACAAGAATCTTCCTAGAATGTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TNNACG---CAANGCTTCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGGCAACTTTAAACTCGAC-A-AAAAGATCTTAACAAC-TG--GATCAAGCACGGAAGANGGAACATCATATCGCCGAGAAACAGCCT
gi|1 : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAT---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTTT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CC
gi|1 : tGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACTTAGCACAA--GAAT-CGTCTTCAAGAACCATCTTT-------AATC--ATC-TT-TAAAC--AAC-TTATCTACAACTACAAGAATCTTCCTAGGATGTAC--------------ATCGTCGGGTTAC---TCTGACTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TATACG---CAAGGCATCAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACTCAGTCAGCGGCAATTTGAAACTCGACAA-AAAAGATCTTAACAACTTGATGATCAAATACGGAAGAAGGAACATCATACCACCGAGAAACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccggaacctccatatctgcataatcaacttagcacaagaatcgtcttcaagaaccatctttaatcatctttaaacaacttatctacaactacaagaatcttcctaggatgtacatcgtcgggttactctgactgacagcttcggtttcaaatcgcttatacgcaaggcatcaagctcagcgggttgaaattgactcagtcagcggcaatttgaaactcgacaaaaaagatcttaacaacttgatgatcaaatacggaagaaggaacatcataccaccgagaaacatctta
gi|10 : ttcaagcggctgtcgagcaggacggatgtctcctgggcaagctccagccttttaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAACGGAC---GTCTCCTGGGAAAGCTCCAGCCTTCC---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCtctta
gi|10 : -CT-CCTAGAATCATCTTTCGACGGGAA---CCATCTTTGCAacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacctcctagaatcatctttcgacgggaaccatctttgcaacaagacgtctatcatcatttcgacatgggatgtactggtctcttgtactaagccaacgacgagttgtgcggatttcaatccggtatacaacttacactttattactgagcttgtctgttggtccatctacggggaactagtcatcaccagctacaaaacaacaactacgactatgatataaccgactatttacaggaaacaacttggacaacacctcaaccaacat
gi|11 : caagcggctgtcgagcagaacggacgtctcctgggaaagctccagccttccaagtgggtcacggtcccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCTTCacaagacgtctatcatcatttcgacatgggatgtactggtctcttgtactaagccaacgacgagttgtgcggatttcaatccggtatacaacttacactttattactgagcttgtctgttggtccatctacggggaactagtcatcaccagctacaaaacaacaactacgactatgatataaccgactatttacaggaaacaacttggacaacacctcaaccaacat
gi|11 : TGAATCAGCATAC-----CT-CCTAGAATCATCTTTCGACGGGAACCATCTTATCacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaatcagcatacctcctagaatcatctttcgacgggaaccatcttatcaacaagacttttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcgtacgaaaccaacgacgagttggttggatttcaatccggtatatgactacaattaaccagattactgagctcgtctgtttgttcatctacggggatctagtcatcaccagctacaagacaacaactatgactacgacattaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaccga
gi|12 : gacgtctcctgggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAGTAGCTGTCGA-GCA-----TGACGGAC---GTCTCCTAGACACGCTCCAGCCTTCA---AAGTTGGTAA-CGGaacaagacttttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcgtacgaaaccaacgacgagttggttggatttcaatccggtatatgactacaattaaccagattactgagctcgtctgtttgttcatctacggggatctagtcatcaccagctacaagacaacaactatgactacgacattaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaccga
gi|12 : ct-CATCTCCAAGATTCATCTCTC------AATCCGGTCGTC-T---C--ATCGTTAT------CTTCAAGAATCTGCCTAAAATGTAC--------------cacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagtttgcttctacagtaataaaactacatctccaagattcatctctcaatccggtcgtctcatcgttatcttcaagaatctgcctaaaatgtaccgatccctcgaatagatccagtgacgagttataccatcatcgggctaatcgtctcaaactcaacaaggtataaaatagcccgaactcgacaattgggtcaagtagggggatctaatcatcaccagccttcaagacacgactctacaagacgcagcttctac
gi|13 : ctagtagctgtcgagcatgacggacgtctcctagacacgctccagccttcaaagttggtaacggcacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagtttgcttctacagtaataaaactaTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAAAGGAA---ATCTCCTGGGCACGCTCCAGTCTTCT---AAGTGGGTCA-TGGTT-CCcgatccctcgaatagatccagtgacgagttataccatcatcgggctaatcgtctcaaactcaacaaggtataaaatagcccgaactcgacaattgggtcaagtagggggatctaatcatcaccagccttcaagacacgactctacaagacgcagcttctac
gi|13 : atgactttatcactctGGAACCTCCGTATC---------AAC--------A--GAAT-CAGCATCAAGAAACAAATTT-------AAAC--ATC-----------AAC-------------ACAAGAATCTACCTAGGCTGTAC--------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtattccaactagctttcctaggaacctccgtatcaacagaatcagcatcaagaaacaaatttaaacatcaacacaagaatctacctaggctgtactgatcccttgaacaaatccagtgacggataattccatatatgggcaacaaaatcggtttaagctcatggattgggactcagccaatagctag
gi|14 : atgactttatcactcttcaagcggctgtcgagcagaaaggaaatctcctgggcacgctccagtcttctaagtgggtcatggttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtattccaactagctttcctaTCTTTTAACCGGAACCTCCATATCTGCATAATCAACGTAGCAAAA--GAAT-CGTCTTTAAAAATCATCTTT-------AATC--ATC-TT-TAAAC--AAC-ATAT------CTACAAGAATCTTCCTAGAATGGAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TTAACG---CAAGGCTTCAAGCTAAGCGGGTTGAAATTGACCAAGTCAGCGGCAACTTTAAACTCGAC-A-AAAAGATCTTTACAAC-TT--GATCAAGCACGGAAGAAGGAGCATCATATCACCGAGAAACAtgatcccttgaacaaatccagtgacggataattccatatatgggcaacaaaatcggtttaagctcatggattgggactcagccaatagctag
gi|15 : TCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GAACGGAT---GCCTGCTGGACATGCACCAGCCTTCT---AAGTGTATCA-TGGTC-CCTTCtctta
gi|15 : tcactctTATAGTA-CT-TCAAGAATCATCTTTTGACGGGAACCTTC---------TAATCAA-------CAA--G--T-CGTCGACAAGAATCATCTTTTGGCGGGAACC--TTC-TTATCAACAAAAG-TCGT------TGACAGGAATCATCTTatttctacatggagtcattttaaaactttcatcgtttttatgttttcaacatggcgttagaaaggttttttttataatcaataactctttatagtacttcaagaatcatcttttgacgggaaccttctaatcaacaagtcgtcgacaagaatcatcttttggcgggaaccttcttatcaacaaaagtcgttgacaggaatcatctt
gi|18 : tcactcttcaagcggctgtcgagcagaacggatgcctgctggacatgcaccagccttctaagtgtatcatggtcccttcatttctacatggagtcattttaaaactttcatcgtttttatgttttcaacatggcgttagaaaggttttttttataatcaataactcttTCAAACGGCTGTCGA-GTAAAGCTGAACGGAC---GT-GCCTGGACAAGTTTCA----------------ATCATCGGTC-CTTTCTGC
gi|19 : ttacaaccagtctAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGAAC---GTCACCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCtatacgtg
gi|2 : TCAAGCGGCTGTCGA-GCG-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCT----CACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNTA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCCACAGAATCAACTTAGCTGAAAAGGAT-CGTCTTCAAGAATCAACTTT-------AGTC--AAT-TT-TAAAC--AAC-TAAT------CTACTTGAATCTTCCTAGAATTTAC--------------ATAGTCGGGCTACTCGTTTGTTAGACATCTTCGGTCTCAAATCGCT-TTAACG---TAATACTTCAAGCTCAGCGGGTTGAGATTGACACAGTCAACAGCAACTTTAAACTCGAC-A-AAAAGATCTTAACAAT-TG--GATCAAGCACGGAAGATGGAACATCATTTCGCCGAGAACCAGCCT
gi|20 : ctTCGAGCAGCTGACAA-GTT-----GGACAGAC----TTTCTTCGGCAAGTTACAGCATTCT---AAGTGGGTCA-a
gi|21 : tttt-AAAAGATCTTAACAAC-TT--GATCAAGCACGGAAGAAGGAATATCATACCGCCGAGAAACA
gi|22 : GCTGTCAA-GCC-----GGACGGAC---GTCTTCTGCATAAGCTCCAGTCTTTTCAAAAGTGGGGCATCGGtctta
gi|23 : tTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGATG-------TCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-C
gi|24 : ctAAGTGGCTGTCGAAGTA-----GAA-GGACCTAATCACCTG----AGCTCCAGTCTTCA---AAGTGAGT
gi|25 : GCTGTCAA-GCA-----GGATGGAC---GTCTCCTGGAC
gi|3 : tcaagttttTCAAGCCACTCTCAA-GCA-----GGACGGAT---ATCTCCTGGGCAAGCTCCACCCTTCT---AATTGGGTCA-CGGTCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNTT-CT-CCAAGAAACAGCTTTTGACCGGAACCTCATTATCTGCATAATCAACCTAGCACAA--GAAT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AATC--ATC-TT-TAAAC--AAC-TTTT------CTACAAGAATCTTCCTAGAATGTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTTTCAAATCGCT-TATACG---CAAGGCTTCGAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCAG---CTTTAAACTTGAC-A-AAACGATCTTAACAAC-TT--GATCATGCAAGAAAGAAGGAGCATCATATTGCTGAGAAAC
gi|4 : tctTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGATG-------TCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-----CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNCATT-CT-CCAAGAAACAGCTTTTGACCGGAACCTCCATATCTGCATAATTAACTTAGCACAA--GAGT-CGTCTTGAAGAATCATCTTT-------AATC--ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CTACAAGAATCTTCCTAGAATGAAC--------------ATCGTCGGACTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCTGTTTAAAATCGCT-TATATG---CAAGGCTTCAAGGTCAGCGGGTTGAAATTGACCCAGTCAGCGCCAACTTTAAACTCGACAA-AAAAGATCTCAACAAC-TG--GATCAAGCACGGAAGATGGAGCATCATATTGCCAAGAAACAACTTgtctt
gi|5 : tctTCAAGCGGCTGTCGA-GCA-----GGACGGAC---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CAGTC-CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNTA-CT-CCAAGAAACATCTTTTGACGGGAACCTCCATATCTACAGAATCAACTTAGCTCAA--AATT-CGTCTTCAAGAATCATCTTT-------AGTC--ATC-TT-TAAAC--AAC-TTGT------CTACTAGAATCTTTCTAGAATTTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGTCTGTTTGACAGCTTCGGTCTCAAATCGCT-TTAACG---CAATGCATCAAGCTCAGCGGGTTGAGATTGACCCAGTCATCAGCAACTTTGAACTCGAC-A-AAAAGATTTTAACATC-TG--G------CACGGAAGATGGAACATCATATCGCCAAGAAACAGCCT
gi|6 : AGGCGGCTGTCAT-GCA-----GGATGGAT---GTCTCCTGGGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CC
gi|6 : AACAACTTTTGACCGGAACCTCCATATCTGCATTATCAACTTAGCATAA--GAAT-TGTCGTCAAAAATCATCTTTAA-----AATC--ATC-TT-TAAGC--AAC-TTATCTTCAACTACAAGAATCTTCCTGGAATGTAC--------------ATCGTTGGGCTAC---TCTGATTGACAGTTTCAGTTTCAAATCGTTATATACG---CAA-----CAAGCTCAGCGGGTTGAAATTGACTCAGTCAGCGG-------AAACTTAAC-A-A------CTTGAT--------GATCAAATACGGAAGAAGGAACACCGTACCACCGAGAAACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacttttgaccggaacctccatatctgcattatcaacttagcataagaattgtcgtcaaaaatcatctttaaaatcatctttaagcaacttatcttcaactacaagaatcttcctggaatgtacatcgttgggctactctgattgacagtttcagtttcaaatcgttatatacgcaacaagctcagcgggttgaaattgactcagtcagcggaaacttaacaacttgatgatcaaatacggaagaaggaacaccgtaccaccgagaaacatctt
gi|7 : aggcggctgtcatgcaggatggatgtctcctgggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCAAGCAGCTGTCGT-GTA-----GGATGGAC---GTCTCCTGTGCAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-TGGTC-CCT-CCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATTA--ATACAACATCT-TCAAGAAACATCTTTTGACAGGAACCTCCATATCACCATAATCAACTTA--TCAAT-GAATTCGTCTTCAAGAAACAACTTT-------AATC--ATC------------A---TAT------CTACAATAATCTTCCTAGGATGTGCTTATCCCTCATTCCATCGTCGGGCTAATCGTCTGGTTGACAGCTTTGATTTCAACTCA-T-TTAACATATCAACGCTTCAAGCTCACTGGATTGAAATTGACCCAGTCAGCAGCAAGTTCAAGCTTGAC-ATACAAAATCTCGACAAT-TG--GATCTAGCACGGGGGATGGAtctt
gi|8 : ctTCAGGCGGCTGCCGA-GCA-----GGACGG---------------CAAGCTCCAGCCTTCT---AAGTGGGTCA-CGGTC-CCg
gi|8 : ctTA-CT-CCAAGAAACATCCTTTGACAGGAACCTCCATATCT------------TAGCT-AA--AAAT-CGCCTTCAAGAATAATTTTT-------AGTC--ATC-TT-TAAAC--AAC-TTAT------CTACTAGAATTTTCCTAGAATTTAC--------------ATCGTCGGGCTACTCGCCTGTTTGACAGCTTCGGTCTCAAATCGCT-TTATCG---CAATGCTTCAAGCTCAGCGAATTGAGATTGACCCAGTCAACAGCAACTTTAAACTCGAC-A-AAAAGATCTTAACAAC-TG--GATCAAGCAAGGAAGATGGAACATCATATCGCCAAGAACCAGCCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactccaagaaacatcctttgacaggaacctccatatcttagctaaaaatcgccttcaagaataatttttagtcatctttaaacaacttatctactagaattttcctagaatttacatcgtcgggctactcgcctgtttgacagcttcggtctcaaatcgctttatcgcaatgcttcaagctcagcgaattgagattgacccagtcaacagcaactttaaactcgacaaaaagatcttaacaactggatcaagcaaggaagatggaacatcatatcgccaagaaccagccta
gi|9 : cttcaggcggctgccgagcaggacggcaagctccagccttctaagtgggtcacggtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAGTGGCTGTCGA-GCA-----GGATGGAC---ATCTCATTGGCAAGCTCCAGTCTTTT---AAGTGGGTCA-TGGTC-TCTTCa
gi|9 : TA-CTTCCTAGAATCGTCTTTCGACGGGAACC-----ATCT---T-ATCAAC-----------AAAT-CATCTTCAAGAAT----TTT--------ATC--ATCATT-TCGAC--Aacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacttcctagaatcgtctttcgacgggaaccatcttatcaacaaatcatcttcaagaattttatcatcatttcgacatgggctgtactggtctctcatacaaaaccagcgacgagttggttggatttcaatccagtatagaagtacattcaatcggatactgagcttgtcagttggtccatctacggggatttagtcatcaccagcctacaagacaacaactatgactacaacataaccagctatctccaagaaacaacttagacaaacaactcaaacaac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGGAACTATCTTATCAACAAGTCATCTTCAAGACTTTTATCATCATTTCGACATGAGTTGTACTGGTCTCTCGTACGAAACCAGCGACAAGTTGATTGGATTTCAATCCGGTATATAAGTATATATAATCAGTCGGATACTGAGGTCGTCAATTGGTCCATCTGCGGGGACCTAGTCACCACCAACCTACAAGACAACACCTACGACTACGACACAACCAGCTTTTTCCAAGAAACAACTTAAGACTGTTTAAACAATTCAACCGACATAG
Unaligned ( gi|17 ): GGCTTGAGTTCGATCCAGTATAATATATAAAGCCAGAGCTCGAAAATTTGGTCCATGTACGGGATCTAGTCATCACAAGCCTTCAAGACTATCTACAAGAATCTACAAGAACCTACTTTATCTCAACAATCTACTCAGAAAATATTCAGCTTAAACA