lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44444444444444444444444 11 22 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1
lowQualScore : 8 3 77777 1111 44 22 6 3 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 1 44444444444444444444444 444444 1 0 5 11 22 66 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 4 3 2 55 00000 33 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 6 5 7777777 3 1 2 444 6 6 11
lowQualScore : . . ..... .... .. .. . . . ....................................................... . . . ....................... ...... . . . .. .. .. ............................................................................................ . . . . .. ..... .. .................................................................................................................................. ... . . ....... . . . ... . . ..
lowQualScore : 8 3 88888 1111 66 77 7 5 2 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9 9 9 44444444444444444444444 999999 3 1 5 77 88 66 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 5 6 6 00 55555 88 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 7 0 5555555 9 8 5 444 7 0 88
consensus : AGTCGNTTCTG-GTCGCAG--TCGA---TTG--TC--GAAGNTGAAGATT--T-GANTAGTCG--TTGT--CTAGTNG---TTGAA----GT-GATG--TTGA--TTAG-TCTTGAAGGCT-GG-NGTTTA-GGT--TCC-AA-GTCGGCTGAATTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTATGTGGGTGTTGCCATCATGTTGTATTATGAACCGCTGGTAAGTGTTTCTTTGCTGATGGTTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAAACGATGATCCTTTAATNNAGATGTCTCCACC-AATCATCNA--A-G---CA--GAGACATCCG-C-----CG-GTT--N-T-------A-A----AN-AC-CGCTC---A-TC--A-T-----CATCTA-TCCA-T---CA--TA--CAT--G---A-TTT-ACA--ATAAT-CA-------CN-AA-----GTTG---ACCCACTTTGAAGACTGGAGC-----GGAGTTTC-AT---ACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
Reference ( gi|1 ) : AGTCGCTTCTG-GTCGCAA--TCGA---TTG--TT--GAAGATGAAGATT--TGGATTAGTCG--TTGT--CTAATAG---TTGGA----GTCGATG--TTAA--TTAG-TCTTGAAGGCT-TG-GGTTTA-GGT--TCCAAA-GTCGGCTGAATTCCTGTTGTAGAGCTGAAGTCCAAATGTGGGTGTTGCCATCATATTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGATGTCTCTACC-AATCATCAA--A-G---CA--GAGACATCCGTC----ACG-GTT--C-T-------A-A----AT-AC-CGCTC---A-TC--AGT-----CATCTA-TCCA-T---CA--TA--CAT--G---A-TTT-ACA--TTAAT-CA-------CG-AA-----GTTG---ACCCATTTTGCAGACTGGAGC-----GAAGTTTC-AT---ACATCTTTCCATTTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|13 : AGTCA-TTCTG-GTTGCAG--TCGA---TTG--TT--GAAGATGAAGATT--TAGATAAGTCG--TTGT--CTAGTAG---TTGAA----GTCGATG--TTGA--TTAGTTCTTGAAGGCT-GG-TGTTTG-TGT--TCCAAATGT-GGCTGAATTCCCGTTGTACAGCTGAAGTCCCAATGTTGATGTTGCCATCATGTT
gi|2 : agataAGTCGCTTCTG-GTCGTAG--TCGA---TTG--AT--TAAGATGAAGGTT--TGGAATATTCG--TTGT--CTAGTTG---TT-TA----GTTGTTGAAGTAATTTTAG-TCTTGAAGGC--TG----TTA-GGT--TCC-AC-GTCTGCGGTAATCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCTCTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-AGATGTCTCCACC-AATCTTCCA--ATG---CA--GAGACATCCGTT--------GTT--G-T-------ATA----ATGAT-CATTC---A-TC--A-T-----CATCGA-TCCA-T------------GT--G---GTTTT-AAA--TT-AT-CAT------CT-AATACGTGTTG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAGC---------TCTG-GTAGCACGTCCTTCCTCTTCTACAGTCGCTTGT
gi|6 : gataAGTCGTTTCTG-GTCG------------TTG--TCTAGAAGTTGTAGATT--TCTA--AGTCGATTTG-------TAGGTCTTGAA-------GATG--TTGA--TTA--TTTTGAA-GCT-GG-TGATTC-GGT--TC
gi|21 : taagttgataAGTTGGTTCTG-GTCGTTG--TCGA---TTT--TG--GAAGTTGAAGATT--------AGT-------------ATAG---T---A----G---ATG--GTCA--TCAG-TCATGAAGGTT-GG-AG---A-AGT--TCCTC--GTCGGTTGGATTGCCGTTGTTGAGCTGAAATCCtccgttgtagtaaggtggttaatgtcatgatgccgtattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcatccggtgtttcctcaacacgaagtcatacagatttataataatcatcaatttgaccacttcgaagactggagtggaagcgcttacgttcgtccagctctgcagtcgcttgtagagt
gi|10 : tgataAGTTGTTTCTG-GTCGTAAAGTCG----TTG--TCTAGAAGTTGAAGAT-----GAGTAGTC---TTGT-----AT------------------ATG--CTGA--TTAG-TGTTGAA-GCTGTT-GATTT--GGTTCTCC----GTCGTTTAACTTCTCAT--------TAAAGTTCTAAGGTGGTTGTTGTCATCA---TGTATTATGAACCGCTGGTAAGTGTTTCTTTGCTGATGGTTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAAACGATGATCCTTTAATACAGACGACTCCATC-AATCATCTA--A-----CATGGAGTCGTCCGtacg
gi|15 : ttgaatGTCGCTTCTT-GTCGCTG--CCGA---TTG--TT--GAAGTTGAAGGTT--TAGACTAGTTG--TTGT--CTAGTTG---TTGAA----GT---------AA--TTAG-TCTTGAAGGCT-GG-TGTTTA-TGG--TCCCAA-GTCGGCTGAATTCCTGTTGTGCAGCTGAAGTCCCTTTGTGAGTGTTGCTATTATGTgtgtttcctcaacacgaattcaaaacaatgtagtttatacagat
gi|3 : agatagGTCGCTTCTG-GTTGCAG--TCGA---TTG--AT--GAAGATGAAGGTT--TAGAATAGACG--TTAT--CTAGTTG---TTGAA----GT--A-G--TT----TTAG-TCTTGAAGGCTGTA-AATTAA-GGT--TCC-AA-GTCGGCTGAATTCCCATTGCGGAGCTGAAGTCCCTATGAGAGTGTTGCCGTC
gi|5 : tagatatGTCGATTCTG-GTCGCAG--TCGA---TTG--TT--GAAGCTG----TC--TTGA----------TGT--TTAGTTG---TTGAA-------GATG--TT----TTAG-TCTTGAAGGCT-----GTT---GAT--T---AA-G--------GTTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTGTGTAGGTGTTGCCATTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgttgctgtataatgattcatcatcatcatcatcaactccacagattgtcaaaaatcaccttatactgtgttgacccacttcgaaggctggagatcccgtaaacacgtccctcttcttcgacag
gi|22 : atagGTCGATTCTG-GTCGTAAAGTAG----TTG--TCTAGAAGTTGGAGATTAGTTGA--AGTCG--ATG-----AGTAG---TCAT-----GTAGATG--TTAA--TATG-TATTGAAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtcgcttacgcggtagtaaaaaccgttacttcttttttgtaccctacaaatatacgaagttgacccactttgaagactggagcgaagtttcatacgtcatttcatctcggcagtcgcttgcagagt
gi|11 : agattatgttgatttGTCGATTCTTTGTTGAAC--TCGAAAATTC--TT--GAAGAT-----------GGTTAATCC--TTGTAGTTTATAG---TTGAT----GTCGTTG--GT---------TCTTGAAATCT-GGTGGTCAATGGT--T-CACC-GTCGGTAGAAATCCCGTC-----GCTGAAGcaggtggttag
gi|8 : tatgttgattcgttgtttcacTCGATTCTG-GTCGTAAAGTCG----TTGCCTA--GAAGTTGAAAATT----AATAATTCG--TTG--------GG---TTG-ATCTTGTAGATG--TTGA--TTAG-TCTTGAA-GCT-GG-TGATTA-GGT--TC---------------------TCGT--AGTTAAGGTGCTAATGGGATTATTGTCATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGCATC-AAACATCTA--A-----CAAGGAGTCATCCG-------CT-GTTTCC-T-------C-A----AC-AC-GAATTTAAA-AC--AGT------GT-TA-TTC-------A--TA--CA---G---A-TTT-ACA--ATAAT-CA-------CC-AA------TTG---CGCCACTAAGAAGACTGGAGC-----Ggtgtgtcaactgccgcttagtacatcgctgttgccgtatgctctgttggtaacatctaaacaatcctgtttagggcc
gi|7 : ataataatgttgaatac-GTCGCAG--TCGA---TTG--TT--GAAGCTG------------TC--TTG--TTGT--TTAGTTG---TTGAA----G---ATG--TT----TTAG-TCTTGAAGGCT-----GTT---GAT--T---AA-G--------GTTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTGTGTAGGTGTg
gi|4 : T--GAAGATGAAGGTT--TGGAATAGTCG--TTTT--CTAGTTG---TTGAA----GT-AATG--TTA------G-TCTTGAAGGCTGTT-GATTAA-GGT--TCC-AA-GTCGGCTGAAGTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagatgtctccaccaatcatctaatgcagagacatccgccgcttacgcgttttttttttaaaaaaacgttacttctttagtgtaccatacaaatatacgaagttgacacactttgaagactggagcgaagtttcatacgtccttccatctcggcagtcgcttgtagagt
gi|24 : aAGTCG--CTGT--CTAGAAG---TTGAT----GCAGATG----AA--T-AG-TCTTGCAGGctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgttgctgtataatgatcattcatcatctactccatatggttttaaataatcatcttatacgtgttgacccactttgaaggctggagctccggtaaacacgtccctccatttcgacagccgct
gi|16 : ggttatgttgagtcattggttctggttgaaaGAGATGTCTCTATC-AATCATCAA--A-A---TA--GAGAAACCCG-------CG-GTT--G-T-------A-T----AA-AC-CGTTC---A-TC--G----------CT----CA-T---CA--GA--CATTCG---A------------AAA-CAT------CT-A-------TTG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAGCTCCCAGAAA-----AT---ACGTCCTTGAGATTCGAGAGCCGTATGGAGAtgaatatcttgaaactggtggttaagttctccatt
gi|7 : catttatgttttaaAGATGTCTCCACC-AATCATCTA--ATG---CA--GAGACATCCGCCGCTTACGCGTT--T-TTTTTTTAA-A----AA-AA-CGTT----------ACT-----TCTTTAGTGTA-C---CA--TA--CA--------------------AATATA-------CG-AA-----GTTG---ACACACTTTGAAGACTGGAGC-----GAAGTTTC-AT---ACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|12 : gtcgcagtcgattgttgaagctgtcttgttgtttagttgttgaagatgttttagtcttgaaggctgttgattaaggttcccgttgtggagctgaagtccctgtgtaggtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAGATATCTCCACCCAATCATAAA--A-G---CA--GAGACATCCGAC----AAT-GTTAAC-C-------A-A----A--AC--ACTC---AATTGAAAA-----CATGTA-GGCAATAAACACCTA--AAT--GC--G-TTT-ATAGCTT-----------------------GTTG---ACCCACTTGGAAGGCCGGAGT-----GAAGTTTCCAT---ATGTCCTTTCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGgt
gi|9 : gcataaaaccagtgatagttaaaaatAGATGACTCCATC-AATCACCTA--A-----CATCGAGTCATCCG------GTG-TTT--CCT-------C-A----AC-AC-GA------------AGTTAAAACATTGA--AAA-T---CA--TA--CA---G---A-TTT-ACA--ATAAT-CA-------CC-AA-----TTTG---ACCCACTTCGAAGATAGGAGC-----GGAAGTGC-AT---GCGTCTGCCCAGCTCGACAGTCGCTTGTAGA
gi|14 : aagttaattagtcgattctggtcgttgtctagaagttgtagattattttaaagctggtgattcggttgttcgtgtagtaaggcggttgttgtcatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgatgatcctttgaaatTATTTCCACT-AATCATCAA--A-G---CA--GTGACGTCCGT-------G-ATT--A-T-------A-ATTCAAT-ACACACAA---A-TG--AA------AATATA-TACG-C---AA--TAAACAC--GCAAA-TT---CG--TTAA--CA-------CT---------TTGTATACCTACTTCGAAGACTGGAGC-----GAAGTTTC-AG---ATGTTCTTTCATCTTGGCAGTCGCTTG
gi|18 : CTCCACC-AATCGTCAA--A-G---CA--AAGACATCCGT-------G-GTT--G-T-------A-A----AT-TG-AG-TC---A-TC--GTT-----CATCTA-TCCA-----CG--TA-------G---T-TCT-ACA--ATAAT-CATCTTATACG-GT-----GTTG---ACCCAATTTGAAGGCTGGAGC-----TCCGGTAA-AC---ACGTCCTTCCACTTCGACAGCCGCCTGTGGagtg
gi|17 : TCCACC-AATCACCAA--T-GTTACA--GAGACCTCC--C-----CA-GTT--G-T-------A-A----AG-AC-C-CTT---A-CC--TCT-----CATCTA-TCAA-T---CA--CA--T-T--G---A-TTTTACA--ACAAT-CA-------TC-TA-----TTTG---ACACACTTTGAAGACTGGAGC-----AGATTTGC-AT---ATGTCCTTCCATCACGGCAATCGCTTGTAGA
gi|19 : C-AATCAGCAATCA-----TA--GAGTCATCCG------GTG-TTTA-C-T-------T-A----AC-AC--GAT----G-TT--A-T-----CATCTG-TCAA-T---CA--TA--CA---G---A-CTT-ACA--ATAAC-CA-------CC-AG-----TTTG---ACCCACTGTGAACATTGGAGC-----TCAGGTTA-AC---AATTCCTTCGGTTTTGATAGTCGCTTGTGGgt
gi|20 : t-G---TA--GAGACATCCGCC----GCG-GTT--G-T-------A-AG---AG-AC-CGCTC---A-CC--A---------TCCA-TCTA-T---CA--CC--CAT--C---G-TCC-ACA--ATAAT-CA-------TG-AA-----GTTT---ATCCACTTTGAAGACTGGAGC-----GAAGTTGC-AT---ACGTC-TCCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|4 : t----AT-AA-TGATC---A-TT--CAT-----CATCTACTCCA-T------------AT--G---G-TTT-TAA--ATAAT-CATCTTATACG-T------GTTG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAGC-----TCCGGTAA-AC---ACGTCCCTCCATTTCGACAGCCGCTg
gi|25 : atgaagatgaaggtttggaatagtcgttttctagttgttgaagtaatgttagtcttgaaggctgttgattaaggttccaagtcggctgaagtcccgttgtggagctgaagtccctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgttgctgt-----CATCTA-TCAA-T---CA---A--AAT--G---A-TTT-ACA--ATCAT-CA-------CC-AA-----TTTG---A
gi|6 : ctctgttaattatcaattatagagtcatctgatgtttagtcaa-T---CA--TA--CA---G---A-TTT-ATA--ATAAT-CA-------TC-AA-----TTTG---ACC-ACTTCGAAGACTGGAGT-----GGAAGCGC-TT---ACGTTCGTCCAGCTCTGCAGTCGCTTGTAGA
gi|5 : taagttgataagtcgtttctggtcgttgtctagaagttgtagatttctaagtcgatttgtaggtcttgaagatgttgattattttgaagctggtgattcggttctccgttgtagtaaggtggttaatgtcatgatgccgtattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcatccggtgtttcctcaacacgaagT-ACA----AATATA-------CG-AA-----GTTG---ACCCACTTTGAAGACTGGAGC-----GAAGTTTC-AT---ACGTCATTTCATCTCGGCAGTCGCTTGCAGAgt
gi|23 : ataggtcgattctggtcgcagtcgattgttgaagctgtcttgatgtttagttgttgaagatgttttagtcttgaaggctgttgattaaggttcccgttgtggagctgaagtccctgtgtaggtgttgccattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtcgcttacgcggtagtaaaaaccgttacttcttttttgtacccAT-TA-------CGTAA-------TG---ACCCACTTTGAAGACTGGAGC-----GGAAGCTC-AT---ACGTCTGAACAGCTCGGCAGCCGCTTgt
gi|26 : ggttaaaatcttctatagagtaactaaataatcctcaaac-----GTTG---ACCCTCTTTGAAGACTGGAGC-----GGAGTTTC-AT---ACGCCCTTCCATCCCAGCAGCCGCTTGTAGagagt
gi|29 : gaatcatattttccaatTC-AT---GCGTCTGTCCAGCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGGCCACTTGCAAGGCTGGAGATCCGGAAAACACGTCCTACCGCTTCGACAGCCA
Unaligned ( gi|28 ): ATCACCTAACATGGAGTCACCTGGTGTTTAATCATTCATAAATAATCACATGATT
Alignments
lowQualScore : 11111 111 22222222222222222222 222222222222 111111111 11111111111111 1 1111 1111 11111 111 11111 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444
lowQualScore : 1 3 22222 4 6666 777 1 0 77777777777777777777 2 2 4 444 555555555555 777777777 5 0 44444444444444 444 2 88 2 1111 3 11 3 11 44 1 1 0000 6 1 66666 77 0 111 1 1111 88 333 3 2 66666 22 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 44444444444444444444444444444 333 4444 666666 999999999
lowQualScore : . . ..... . .... ... . . .................... . . . ... ............ ......... . . .............. ... . .. . .... . .. . .. .. . . .... . . ..... .. . ... . .... .. ... . . ..... .. ................................................................................................. . ............................. ... .... ...... .........
lowQualScore : 0 3 66666 2 5555 555 0 9 99999999999999999999 5 9 3 444 888888888888 333333333 0 4 77777777777777 888 9 44 4 9999 1 11 5 77 11 4 5 8888 7 7 77777 33 2 888 5 8888 22 777 3 2 22222 77 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 33333333333333333333333333333 777 7777 222222 222222222
consensus : AGTCGNTTC-TGGTCGC--A--GTCGATT----GTC--GAAGNTGAAGAT---T--------T-G-ANT-AGT-CGTTGTCTAGTTG---TTG-----AAGT-GATGTTGA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTG-GTGNTTA--GGTTCCAA-GT-CGGCTGAATTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTATGTGGGTGTTGCCATCATGTTGCATTA-TGNACCGCTG-----GTAAGTGCTCCGTTGNTGACGNCTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAANCGATGATCCTTTAAAANAGATGTCTCCACC-AATCATCNAA-G---CA--GAGACATCCGC--C--G-------GT-T-N-T-------AA----ANAC-C--GCT-C---AT-C-A-T-CATCTA-TCCATCA----TA--CATG---ATTT-A--CAATAATCA-------CC--A-A--------------GTTG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AGTTTC-----ATACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
Reference ( family-2342 ) : AGTCGNTTC-TGGTCGC--A--GTCGATT----GTC--GAAGNTGAAGAT---T--------T-G-ANT-AGT-CGTTGTCTAGTNG---TTG-----AAGT-GATGTTGA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTG-GNGTTTA--GGTTCCAA-GT-CGGCTGAATTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTATGTGGGTGTTGCCATCATGTTGTATTA-TGAACCGCTG-----GTAAGTGTTTCTTTGCTGATGGTTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAAACGATGATCCTTTAATNNAGATGTCTCCACC-AATCATCNAA-G---CA--GAGACATCCGC--C--G-------GT-T-N-T-------AA----ANAC-C--GCT-C---AT-C-A-T-CATCTA-TCCATCA----TA--CATG---ATTT-A--CAATAATCA-------CN--A-A--------------GTTG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AGTTTC-----ATACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|1 : AGTCGCTTC-TGGTCGC--A--ATCGATT----GTT--GAAGATGAAGAT---T--------T-GGATT-AGT-CGTTGTCTAATAG---TTG-----GAGTCGATGTTAA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTT-GGGTTTA--GGTTCCAAAGT-CGGCTGAATTCCTGTTGTAGAGCTGAAGTCCAAATGTGGGTGTTGCCATCATATTGTATNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGATGTCTCTACC-AATCATCAAA-G---CA--GAGACATCCGT--CACG-------GT-T-C-T-------AA----ATAC-C--GCT-C---AT-C-AGT-CATCTA-TCCATCA----TA--CATG---ATTT-A--CATTAATCA-------CG--A-A--------------GTTG---ACCCATTTTGCAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----ATACATCTTTCCATTTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|10 : AGTTGTTTC-TGGTCGT--AAAGTCG-TT----GTCTAGAAGTTGAAGAT--------------G-AGT-AGT-C-TTGTATA----------------------TGCTGA-------TTAGT-GTTGAAG---------------CTG-TTGATTT--GGTTCTCC-GT-CGTTTAACTTCTCATTA--------AAGTTCTAAGGTGGTTGTTGTCATCATGT---ATTA-TGAACCGCTG-----GTAAGTGTTTCTTTGCTGATGGTTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAAACGATGATCCTTTAATACAGACGACTCCATC-AATCATCTAA-----CATGGAGTCGTCCG
gi|11 : ttgaatGTTGATTCGTTGTTTC--AC-GTCGATTCTTTGTT--GAACTCGAAAAT---TCTTGAAGAT-G-GTT-AAT-CCTTGT--AGT-----TTA-----TAGTTGATGTCG--------TTGGTTCTTGAAAT--------------CTG-GTGGTCAATGGTTCACC-GT-CGGTAGAAATCCCGTC-----GCTGAAG-------GTG-----TGTCAAC-TGCCGC-TTAGTACATCGCTGTTGCCGTA--TGCTCTGTTGGTAACATCTAAACAATCCTGTTTAGGGCCgtgtttcctcaacacgaattcaaaacaatgtagtttatacagat
gi|12 : tatGCATAAAACCAGTGATAGTTAAAAATAGATATCTCCACCCAATCATAAAA-G---CA--GAGACATCCGA--C--A-------AT-G-T-T-------AACC--AAAA-C--ACT-C---A-------------A-TTGA--A----AA--CATG------T-AGGCAATAAACA-------CCTAA-ATGCGTTTATAGCTTGTTG---ACCCACTTGGAAGGCCGGAG----T---GA-AGTTTCC----ATATGTCCTTTCATCTCGGCAGTCGCTTGTAG
gi|13 : AGTC-ATTC-TGGTTGC--A--GTCGATT----GTT--GAAGATGAAGAT---T--------TAG-ATA-AGT-CGTTGTCTAGTAG---TTG-----AAGTCGATGTTGA-------TTAGTTCTTGAAGG--------------CTG-GTGTTTG--TGTTCCAA-ATGTGGCTGAATTCCCGTTGTACAGCTGAAGTCCCAATGTTGATGTTGCCATCATGTT
gi|14 : agataTATTTCCACT-AATCATCAAA-G---CA--GTGACGTCCGT-----G-------AT-T-A-T-------AATTCAATACAC--ACA-A---AT-G-A-A-AATATA-TACGCAA----TAAACACGCAAATT-----CGTTAA-CA-------CT--------------------TTGTATACCTACTTCGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----AGATGTTCTTTCATCTTGGCAGTCGCTTG
gi|15 : GTCGCTTC-TTGTCGC--T--GCCGATT----GTT--GAAGTTGAAGGT---T--------TAG-ACT-AGT-TGTTGTCTAGTTG---TTG-----AAGT-AAT-------------TAGT-CTTGAAGG--------------CTG-GTGTTTAT-GGTCCCAA-GT-CGGCTGAATTCCTGTTGTGCAGCTGAAGTCCCTTTGTGAGTGTTGCTATTATGTagtg
gi|16 : agatagTTTAA--GAGATGTCTCTATC-AATCATCAAA-A---TA--GAGAAACCCG---C--G-------GT-T-G-T-------AT----AAAC-C--GTT-C---AT-C-G------CT----CATCA----GA--CAT-----T------CGA-AAACAT------CT--A-----------------TTG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAG----C--------TCCCAGAAAATACGTCCTT
gi|17 : catttatgtTCCACC-AATCACCAAT-GTTACA--GAGACCTCC-C--C--A-------GT-T-G-T-------AA----AGAC-C---CT-T---AC-CTC-T-CATCTA-TCAATCA----CA--T-TG---ATTTTA--CAACAATCA-------TC--T-A--------------TTTG---ACACACTTTGAAGACTGGAG----C---AG-ATTTGC-----ATATGTCCTTCCATCACGGCAATCGCTTGTAGAgagattcgagagccgtatggaga
gi|18 : CTCCACC-AATCGTCAAA-G---CA--AAGACATCCGT-----G-------GT-T-G-T-------AA----ATTG-A--G-T-C---AT-C-G-TTCATCTA-TCCA-CG----TA-----G---TTCT-A--CAATAATCATCTTATACG--G-T--------------GTTG---ACCCAATTTGAAGGCTGGAG----C---TC-CGGTAA-----ACACGTCCTTCCACTTCGACAGCCGCCTGTGGgt
gi|19 : CAGC-AATCAT----------A--GAGTCATCCGG--T--G-------TT-T-ACT-------TA----ACAC----GAT-----GT-T-A-T-CATCTG-TCAATCA----TA--CA-G---ACTT-A--CAATAACCA-------CC--A-G--------------TTTG---ACCCACTGTGAACATTGGAG----C---TC-AGGTTA-----ACAATTCCTTCGGTTTTGATAGTCGCTTGTGG
gi|2 : tcaatAGTCGCTTC-TGGTCGT--A--GTCGATT----GAT--TAAGATGAAGGT---T--------TGG-AAT-ATT-CGTTGTCTAGTTG---TTT------AGT---TGTTGAAGTAATTTTAGT-CTTGAAGG--------------CTG-----TTA--GGTTCCAC-GT-CTGCGGTAATCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCTCTATG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGATGTCTCCACC-AATCTTCCAATG---CA--GAGACATCCGT--T--G-------TTGT-A-T-------AA----TGAT-C--ATT-C---AT-C-A-T-CATCGA-TCCAT-----------GTG---GTTT-T--AAATTATCAT------CT--A-ATACGT---------GTTG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAG----CTCTGGTAG----------CACGTCCTTCCTCTTCTACAGTCGCTTGT
gi|20 : gata-G---TA--GAGACATCCGCCGC--G-------GT-T-G-T-------AAG---AGAC-C--GC-------T-C-A-C-CATCCA-TCTATCA----CC--CATC---GTCC-A--CAATAATCA-------TG--A-A--------------GTTT---ATCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTGC-----ATACGT-CTCCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|21 : tAGTTGGTTC-TGGTCGT--T--GTCGATT----TTG--GAAGTTGAAGAT---T------------AGT-A----------TAGTAG-----------------ATGGTCA-------TCAGT-CATGAAGG--------------TTG-GAG---A--AGTTCCTC-GT-CGGTTGGATTGCCGTTGTTGAGCTGAAATCCg
gi|22 : tgataGTCGATTC-TGGTCGTAAA--GTAG-TT----GTCTAGAAGTTGGAGATTAGT--------T-G-A---AGT-CGATG---AGTAG---TC------ATGTAGATGTTAA-------TATGT-ATTGAA-G--------------CAG-GTGGTTA--Gtacg
gi|23 : agattatgttgatttTG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AAGCTC-----ATACGTCTGAACAGCTCGGCAGCCGCTT
gi|24 : ggttaaaatcttctatagagtaactaaataatcctcaaacattacgtaa---T--------T-G-AAA-AGT-CGCTGTCTAGAAG---TTG-----A--T-GCAGATGA-------ATAGT-CTTGCAGGTGAATATCTTGAAACTG-GTGGTTA--AGTTCagagt
gi|25 : ggttatgttgagtcattggttctggT-C-A-A-CATCTA-TCAATCA-----A--AATG---ATTT-A--CAATCATCA-------CC--A-A--------------TTTG---Atccatt
gi|26 : ctctgttaattatcaattatagagtcatctgatgtttag-------CC--A-AT-------------GTTG---ACCCTCTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AGTTTC-----ATACGCCCTTCCATCCCAGCAGCCGCTTGTAG
gi|29 : gaatcatattttTC-----ATGCGTCTGTCCAGCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|3 : GTCGCTTC-TGGTTGC--A--GTCGATT----GAT--GAAGATGAAGGT---T--------TAG-AAT-AGA-CGTTATCTAGTTG---TTG-----AAGT-A--GTT---------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGTAAATTAA--GGTTCCAA-GT-CGGCTGAATTCCCATTGCGGAGCTGAAGTCCCTATGAGAGTGTTGCCGTCttg
gi|3 : tagatatT-C---AT-C-A-T-CATC-A-TC-ATCAACTCCA--CA-G---ATTG-T--CAAAAATCA-------CCTTATACTGT----------GTTG---ACCCACTTCGAAGGCTGGAGATCCC---GT-AA---------ACACGTCCCTCTTCTTCGACAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgttgctgtataatgattcatcatcatcatcatcaactccacagattgtcaaaaatcaccttatactgtgttgacccacttcgaaggctggagatcccgtaaacacgtccctcttcttcgacag
gi|4 : tagatatgtcgcttctggttgcagtcgattgatgaagatgaaggtttagaatagacgttatctagttgttgaagtagttttagtcttgaaggctgtaaattaaggttccaagtcggctgaattcccattgcggagctgaagtccctatgagagtgttgccgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgttgctgtataatgat--GAAGATGAAGGT---T--------T-GGAAT-AGT-CGTTTTCTAGTTG---TTG-----AAGT-AATGTT-----------AGT-CTTGAAGG--------------CTG-TTGATTAA-GGTTCCAA-GT-CGGCTGAAGTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCT
gi|4 : atT-C---ATTC-A-T-CATCTACTCCAT-----------ATG---GTTT-T--AAATAATCAT------CT--T-ATACGT---------GTTG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAG----C---TC-CGGTAA-----ACACGTCCCTCCATTTCGACAGCCGCTctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgttgctgtataatgatcattcatcatctactccatatggttttaaataatcatcttatacgtgttgacccactttgaaggctggagctccggtaaacacgtccctccatttcgacagccgct
gi|5 : atgaagatgaaggtttggaatagtcgttttctagttgttgaagtaatgttagtcttgaaggctgttgattaaggttccaagtcggctgaagtcccgttgtggagctgaagtccctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgttgctgtataatgaGTCGATTC-TGGTCGC--A--GTCGATT----GTT--GAAGCTG----TC--T--------T-G-A----------TGTTTAGTTG---TTG-----AAG---ATGTT---------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTG-TTGATTA--AG-----------------GTTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTGTGTAGGTGTTGCCATTAT
gi|5 : atag--C--G-------GT-A-G-T-------AA----AAAC-C--GTT-----A--C-T-T-CTTTTT-TGTACCC----TA--CA--------------AATA--TA-------CG--A-A--------------GTTG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----ATACGTCATTTCATCTCGGCAGTCGCTTGCAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtcgcttacgcggtagtaaaaaccgttacttcttttttgtaccctacaaatatacgaagttgacccactttgaagactggagcgaagtttcatacgtcatttcatctcggcagtcgcttgcagagt
gi|6 : ataggtcgattctggtcgcagtcgattgttgaagctgtcttgatgtttagttgttgaagatgttttagtcttgaaggctgttgattaaggttcccgttgtggagctgaagtccctgtgtaggtgttgccattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtcgcttacgAGTCGTTTC-TGGTCG-----------TT----GTCTAGAAGTTGTAGAT---T--------T----CTAAGT-CGATTTGTAGGTC---TTG-----AA---GATGTTGA-------TTA-T-TTTGAA-G--------------CTG-GTGATTC--GGTTCgt
gi|6 : taagttgataTCA----TA--CA-G---ATTT-A--TAATAATCA-------TC--A-A--------------TTTG---ACC-ACTTCGAAGACTGGAG----T---GG-AAGCGC-----TTACGTTCGTCCAGCTCTGCAGTCGCTTGTAGAtccgttgtagtaaggtggttaatgtcatgatgccgtattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcatccggtgtttcctcaacacgaagtcatacagatttataataatcatcaatttgaccacttcgaagactggagtggaagcgcttacgttcgtccagctctgcagtcgcttgtagagt
gi|7 : taagttgataagtcgtttctggtcgttgtctagaagttgtagatttctaagtcgatttgtaggtcttgaagatgttgattattttgaagctggtgattcggttctccgttgtagtaaggtggttaatgtcatgatgccgtattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcatccggtgtttcctcaacacgaagGTCGC--A--GTCGATT----GTT--GAAGCTG--------T--------C---------T-TGTTGTTTAGTTG---TTG-----AAG---ATGTT---------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTG-TTGATTA--AG-----------------GTTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTGTGTAGGTGTgt
gi|7 : AGATGTCTCCACC-AATCATCTAATG---CA--GAGACATCCGC--C--GCTTACGCGT-T-T-TTTTTTTAAA----AAAA-C--GTTAC---TT-C-------TTTAGTGTACCA----TA--CA--------------AATA--TA-------CG--A-A--------------GTTG---ACACACTTTGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----ATACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagatgtctccaccaatcatctaatgcagagacatccgccgcttacgcgttttttttttaaaaaaacgttacttctttagtgtaccatacaaatatacgaagttgacacactttgaagactggagcgaagtttcatacgtccttccatctcggcagtcgcttgtagagt
gi|8 : gtcgcagtcgattgttgaagctgtcttgttgtttagttgttgaagatgttttagtcttgaaggctgttgattaaggttcccgttgtggagctgaagtccctgtgtaggtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTCGATTC-TGGTCGT--AAAGTCG-TT----GCCTAGAAGTTGAAAAT---T------------AAT-AATTCGTTG---GGTTGATCTTG-----TAG---ATGTTGA-------TTAGT-CTTGAA-G--------------CTG-GTGATTA--GG------------------TTCTCGT-----AGTTAAGGTGCTAATGGGATTATTGTCATCATNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGCATC-AAACATCTAA-----CAAGGAGTCATCCGC--T--G-------TT-TCC-T-------CA----ACAC-G--AAT-TTAAAA-C-A-G-TGT-TA-T---TCA----TA--CA-G---ATTT-A--CAATAATCA-------CC--A-A---------------TTG---CGCCACTAAGAAGACTGGAG----C---GG-gt
gi|9 : ataataatgttgaatac---T--------T-A-ATT-AGT-CGAT-TCTGGTCG---TTGTCTAGAAGT---TGTAGA-------TTA-T-TTTAAAG---------------CTG-GTG-------------A-TT-CGGTTG--TTC-----GTGTAGT--AAG-------GCGGTTGTTGTCATCANNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--CGATGATCCTTTGAAATAGATGACTCCATC-AATCACCTAA-----CATCGAGTCATCCGG--T--G-------TT-T-CCT-------CA----ACAC-GAAGTT-A---A----A-A-CATTGA--AAATCA----TA--CA-G---ATTT-A--CAATAATCA-------CC--A-A--------------TTTG---ACCCACTTCGAAGATAGGAG----C---GG-AAGTGC-----ATGCGTCTGCCCAGCTCGACAGTCGCTTGTAGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGGCCACTTGCAAGGCTGGAGATCCGGAAAACACGTCCTACCGCTTCGACAGCCA
Unaligned ( gi|28 ): ATCACCTAACATGGAGTCACCTGGTGTTTAATCATTCATAAATAATCACATGATT
Alignments
lowQualScore : 11111 111 22222222222222222222 222222222222 111111111 11111111111111 11 1111111 1111 11111 11111 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444
lowQualScore : 1 3 22222 4 6666 777 1 0 77777777777777777777 2 2 55555 555555555555 777777777 5 0 44444444444444 0 4 00 2 4444444 11 3 333 44 3 0000 6 1 66666 77 1 1 1 77 0 1 3 2 66666 22 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 2 99999999999999999999 22 333 4444 666666 999999999
lowQualScore : . . ..... . .... ... . . .................... . . ..... ............ ......... . . .............. . . .. . ....... .. . ... .. . .... . . ..... .. . . . .. . . . . ..... .. ................................................................................................. . . .................... .. ... .... ...... .........
lowQualScore : 0 3 66666 2 5555 555 0 9 99999999999999999999 5 9 55555 777777777777 333333333 0 4 77777777777777 9 3 99 4 2222222 11 5 222 11 5 6666 7 0 77777 33 5 0 0 55 3 0 3 2 22222 77 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 1 66666666666666666666 99 777 7777 222222 222222222
consensus : AGTCGNTTC-TGGTCGC--A--GTCGATT----GTC--GAAGNTGAAGAT---T--------T-G-ANT-AGT-CGTTGTCTAGTTG---TTG-----AAGT-GATGTTGA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGGTGATTA--GGTTCCAA-GT-CGGCTGAATTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTATGTGGGTGTTGCCATCATGTTGCATTA-TGNACCGCTG-----GTAAGTGCTCCGTTGNTGACGNCTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAANCGATGATCCTTTAAAANAGATGTCTCCACC-AATCATCNAA-G---CA--GAGACATCCGC--C--G-------GT-T-N-T-------AA----ANAC-C--GCT-C---AT-C-A-T-CATCTA-TCCATCA----TA--CATG---ATTT-A--CAATAATCA-CC--A-A--------------GT--TG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AGTTTC-----ATACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
Reference ( family-2342 ) : AGTCGNTTC-TGGTCGC--A--GTCGATT----GTC--GAAGNTGAAGAT---T--------T-G-ANT-AGT-CGTTGTCTAGTTG---TTG-----AAGT-GATGTTGA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGGTGNTTA--GGTTCCAA-GT-CGGCTGAATTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTATGTGGGTGTTGCCATCATGTTGCATTA-TGNACCGCTG-----GTAAGTGCTCCGTTGNTGACGNCTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAANCGATGATCCTTTAAAANAGATGTCTCCACC-AATCATCNAA-G---CA--GAGACATCCGC--C--G-------GT-T-N-T-------AA----ANAC-C--GCT-C---AT-C-A-T-CATCTA-TCCATCA----TA--CATG---ATTT-A--CAATAATCA-CC--A-A--------------GT--TG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AGTTTC-----ATACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|1 : AGTCGCTTC-TGGTCGC--A--ATCGATT----GTT--GAAGATGAAGAT---T--------T-GGATT-AGT-CGTTGTCTAATAG---TTG-----GAGTCGATGTTAA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTTGGGTTTA--GGTTCCAAAGT-CGGCTGAATTCCTGTTGTAGAGCTGAAGTCCAAATGTGGGTGTTGCCATCATATTGTATNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGATGTCTCTACC-AATCATCAAA-G---CA--GAGACATCCGT--CACG-------GT-T-C-T-------AA----ATAC-C--GCT-C---AT-C-AGT-CATCTA-TCCATCA----TA--CATG---ATTT-A--CATTAATCA-CG--A-A--------------GT--TG---ACCCATTTTGCAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----ATACATCTTTCCATTTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|10 : AGTTGTTTC-TGGTCGT--AAAGTCG-TT----GTCTAGAAGTTGAAGAT--------------G-AGT-AGT-C-TTGTATA----------------------TGCTGA-------TTAGT-GTTGAAG---------------CTGTTGATTT--GGTTCTCC-GT-CGTTTAACTTCTCATTA--------AAGTTCTAAGGTGGTTGTTGTCATCATGT---ATTA-TGAACCGCTG-----GTAAGTGTTTCTTTGCTGATGGTTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAAACGATGATCCTTTAATACAGACGACTCCATC-AATCATCTAA-----CATGGAGTCGTCCG
gi|11 : ttgaatGTTGATTCGTTGTTTC--AC-GTCGATTCTTTGTT--GAACTCGAAAAT---TCTTGAAGAT-G-GTT-AAT-CCTTGT--AGTT-----TA-----TAGTTGATGTCG--------TTGGTTCTTGAAAT--------------CTGGTGGTCAATGGTTCACC-GT-CGGTAGAAATCCCGTCG-----CTGAAG-----------GTGT-GTCAAC-TGCCGC-TTAGTACATCGCTGTTGCCGTA--TGCTCTGTTGGTAACATCTAAACAATCCTGTTTAGGGCCgtgtttcctcaacacgaattcaaaacaatgtagtttatacagat
gi|12 : tatGCATAAAACCAGTGATAGTTAAAAATAGATATCTCCACCCAATCATAAAA-G---CA--GAGACATCCGA--C--A-------AT-G-T-T-------AACC--AAAA-C--ACT-C---A-------------A-TTGA--A----AA--CATG------T-AGGCAATAAACA-CCTAA-ATGCGTTTATAGCTTGT--TG---ACCCACTTGGAAGGCCGGAG----T---GA-AGTTTCC----ATATGTCCTTTCATCTCGGCAGTCGCTTGTAG
gi|13 : AGTC-ATTC-TGGTTGC--A--GTCGATT----GTT--GAAGATGAAGAT---T--------TAG-ATA-AGT-CGTTGTCTAGTAG---TTG-----AAGTCGATGTTGA-------TTAGTTCTTGAAGG--------------CTGGTGTTTG--TGTTCCAA-ATGTGGCTGAATTCCCGTTGTACAGCTGAAGTCCCAATGTTGATGTTGCCATCATGTT
gi|14 : agataTATTTCCACT-AATCATCAAA-G---CA--GTGACGTCCGT-----G-------AT-T-A-T-------AATTCAATACAC--ACA-A---AT-G-A-A-AATATA-TACGCAA----TAAACACGCAAATT-----CGTTAA-CA-CT--------------------T--TGTATACCTACTTCGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----AGATGTTCTTTCATCTTGGCAGTCGCTTG
gi|15 : GTCGCTTC-TTGTCGC--T--GCCGATT----GTT--GAAGTTGAAGGT---T--------TAG-ACT-AGT-TGTTGTCTAGTTG---TTG-----AAGT-AAT-------------TAGT-CTTGAAGG--------------CTGGTGTTTAT-GGTCCCAA-GT-CGGCTGAATTCCTGTTGTGCAGCTGAAGTCCCTTTGTGAGTGTTGCTATTATGTagtg
gi|16 : agatagAAGAGATGTCTCTATC-AATCATCAAA-A---TA--GAGAAACCCGC-----G-------GT-T-G-T-------AT----AAAC-C--GTT-C---AT-C-G------CT----CATCA----GA--CAT-------T----CGAAAA-CA-TC--T-A---------------T--TG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAG----C--------TCCCAGAAAATACGTCCTT
gi|17 : catttatgttttTCCACC-AATCACCAAT-GTTACA--GAGACCTCC-C--C--A-------GT-T-G-T-------AA----AGAC-C---CT-T---AC-CTC-T-CATCTA-TCAATCA----CA--T-TG---ATTTTA--CAACAATCA-TC--T-A--------------TT--TG---ACACACTTTGAAGACTGGAG----C---AG-ATTTGC-----ATATGTCCTTCCATCACGGCAATCGCTTGTAGAgagattcgagagccgtatggaga
gi|18 : CTCCACC-AATCGTCAAA-G---CA--AAGACATCCGT-----G-------GT-T-G-T-------AA----ATTG-A--G-T-C---AT-C-G-TTCATCTA-TCCA-CG----TA-----G---TTCT-A--CAATAATCA-TCTTATACGGT----------GT--TG---ACCCAATTTGAAGGCTGGAG----C---TC-CGGTAA-----ACACGTCCTTCCACTTCGACAGCCGCCTGTGGgt
gi|19 : CAGC-AATCAT----------A--GAGTCATCCGG--T--G-------TT-T-ACT-------TA----ACAC----GAT-----GT-T-A-T-CATCTG-TCAATCA----TA--CA-G---ACTT-A--CAATAACCA-CC--A-G--------------TT--TG---ACCCACTGTGAACATTGGAG----C---TC-AGGTTA-----ACAATTCCTTCGGTTTTGATAGTCGCTTGTGG
gi|2 : tcaatAGTCGCTTC-TGGTCGT--A--GTCGATT----GAT--TAAGATGAAGGT---T--------TGG-AAT-ATT-CGTTGTCTAGTTG---TTT------AGT---TGTTGAAGTAATTTTAGT-CTTGAAGG--------------CTG----TTA--GGTTCCAC-GT-CTGCGGTAATCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCTCTATG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGATGTCTCCACC-AATCTTCCAATG---CA--GAGACATCCGT--T--G-------TTGT-A-T-------AA----TGAT-C--ATT-C---AT-C-A-T-CATCGA-TCCAT-----------GTG---GTTT-T--AAATTATCATCT--A-ATACGT---------GT--TG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAG----CTCTGGTAG----------CACGTCCTTCCTCTTCTACAGTCGCTTGT
gi|20 : gata-G---TA--GAGACATCCGCCGC--G-------GT-T-G-T-------AAG---AGAC-C--GC-------T-C-A-C-CATCCA-TCTATCA----CC--CATC---GTCC-A--CAATAATCA-TG--A-A--------------GT--TT---ATCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTGC-----ATACGT-CTCCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|21 : tAGTTGGTTC-TGGTCGT--T--GTCGATT----TTG--GAAGTTGAAGAT---T------------AGT-A----------TAGT--------------AG---ATGGTCA-------TCAGT-CATGAAGG--------------TTGGAG---A--AGTTCCTC-GT-CGGTTGGATTGCCGTTGTTGAGCTGAAATCCg
gi|22 : tgataGTCGATTC-TGGTCGTAAA--GTAG-TT----GTCTAGAAGTTGGAGATTAGT--------T-G-A---AGT-CGATGAGTAGTCA---T---------GTAGATGTTAA-------TATGT-ATTGAA-G--------------CAGGTGGTTA--Gtacg
gi|23 : agattatgttgatttAATAATCC-TC--A-AACATTAC-------GTAATG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AAGCTC-----ATACGTCTGAACAGCTCGGCAGCCGCTT
gi|24 : ggttaaaatcttctatagagtaacta---T--------T-G-AAA-AGT-CGCTGTCTAGAAG---TTG-----A--T-GCAGATGA-------ATAGT-CTTGCAGGTGAATATCTTGAAACTGGTGGTTA--AGTTCagagt
gi|25 : ggttatgttgagtcattggttctggT-C-A-A-CATCTA-TCAATCA-----A--AATG---ATTT-A--CAATCATCA-CC--A-A--------------TT--TG---Atccatt
gi|26 : ctctgttaattatcaattatagagtcatctgatgtttag-CC--A-AT-------------GT--TG---ACCCTCTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AGTTTC-----ATACGCCCTTCCATCCCAGCAGCCGCTTGTAG
gi|29 : gaatcatattttTC-----ATGCGTCTGTCCAGCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|3 : GTCGCTTC-TGGTTGC--A--GTCGATT----GAT--GAAGATGAAGGT---T--------TAG-AAT-AGA-CGTTATCTAGTTG---TTG-----AAGT-A--GTT---------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGTAAATTAA-GGTTCCAA-GT-CGGCTGAATTCCCATTGCGGAGCTGAAGTCCCTATGAGAGTGTTGCCGTCttg
gi|3 : tagatatT-C---AT-C-A-T-CATC-A-TC-ATCAACTCCA--CA-G---ATTG-T--CAAAAATCA-CCTTATACTGT----------GT--TG---ACCCACTTCGAAGGCTGGAGATCCC---GT-AA---------ACACGTCCCTCTTCTTCGACAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgttgctgtataatgattcatcatcatcatcatcaactccacagattgtcaaaaatcaccttatactgtgttgacccacttcgaaggctggagatcccgtaaacacgtccctcttcttcgacag
gi|4 : tagatatgtcgcttctggttgcagtcgattgatgaagatgaaggtttagaatagacgttatctagttgttgaagtagttttagtcttgaaggctgtaaattaaggttccaagtcggctgaattcccattgcggagctgaagtccctatgagagtgttgccgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgttgctgtataatgat--GAAGATGAAGGT---T--------T-GGAAT-AGT-CGTTTTCTAGTTG---TTG-----AAGT-AATGTT-----------AGT-CTTGAAGG--------------CTGTTGATTAA-GGTTCCAA-GT-CGGCTGAAGTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCT
gi|4 : atT-C---ATTC-A-T-CATCTACTCCAT-----------ATG---GTTT-T--AAATAATCA-TCTTATACGT-----------GT--TG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAG----C---TC-CGGTAA-----ACACGTCCCTCCATTTCGACAGCCGCTctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgttgctgtataatgatcattcatcatctactccatatggttttaaataatcatcttatacgtgttgacccactttgaaggctggagctccggtaaacacgtccctccatttcgacagccgct
gi|5 : atgaagatgaaggtttggaatagtcgttttctagttgttgaagtaatgttagtcttgaaggctgttgattaaggttccaagtcggctgaagtcccgttgtggagctgaagtccctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgttgctgtataatgaGTCGATTC-TGGTCGC--A--GTCGATT----GTT--GAAGCTG----TC--T--------T-G-A----------TGTTTAGTTG---TTG-----AAG---ATGTT---------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGTTGATTA--AG-----------------GTTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTGTGTAGGTGTTGCCATTAT
gi|5 : atag--C--G-------GT-A-G-T-------AA----AAAC-C--GTT-----A--C-T-T-CTTTTT-TGTACCC----TA--CA--------------AATA--TA-CG--A-A--------------GT--TG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----ATACGTCATTTCATCTCGGCAGTCGCTTGCAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtcgcttacgcggtagtaaaaaccgttacttcttttttgtaccctacaaatatacgaagttgacccactttgaagactggagcgaagtttcatacgtcatttcatctcggcagtcgcttgcagagt
gi|6 : ataggtcgattctggtcgcagtcgattgttgaagctgtcttgatgtttagttgttgaagatgttttagtcttgaaggctgttgattaaggttcccgttgtggagctgaagtccctgtgtaggtgttgccattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtcgcttacgAGTCGTTTC-TGGTCG-----------TT----GTCTAGAAGTTGTAGAT---T--------T----CTAAGT-CGATTTGTAGGTC---TTG-----AA---GATGTTGA-------TTA-T-TTTGAA-G--------------CTGGTGATTC--GGTTCgt
gi|6 : taagttgataTCA----TA--CA-G---ATTT-A--TAATAATCA-TC--A-A--------------TT--TG---ACC-ACTTCGAAGACTGGAG----T---GG-AAGCGC-----TTACGTTCGTCCAGCTCTGCAGTCGCTTGTAGAtccgttgtagtaaggtggttaatgtcatgatgccgtattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcatccggtgtttcctcaacacgaagtcatacagatttataataatcatcaatttgaccacttcgaagactggagtggaagcgcttacgttcgtccagctctgcagtcgcttgtagagt
gi|7 : taagttgataagtcgtttctggtcgttgtctagaagttgtagatttctaagtcgatttgtaggtcttgaagatgttgattattttgaagctggtgattcggttctccgttgtagtaaggtggttaatgtcatgatgccgtattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcatccggtgtttcctcaacacgaagGTCGC--A--GTCGATT----GTT--GAAGCTG--------T--------C---------T-TGTTGTTTAGTTG---TTG-----AAG---ATGTT---------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGTTGATTA--AG-----------------GTTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTGTGTAGGTGTgt
gi|7 : AGATGTCTCCACC-AATCATCTAATG---CA--GAGACATCCGC--C--GCTTACGCGT-T-T-TTTTTTTAAA----AAAA-C--GTTAC---TT-C-------TTTAGTGTACCA----TA--CA--------------AATA--TA-CG--A-A--------------GT--TG---ACACACTTTGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----ATACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagatgtctccaccaatcatctaatgcagagacatccgccgcttacgcgttttttttttaaaaaaacgttacttctttagtgtaccatacaaatatacgaagttgacacactttgaagactggagcgaagtttcatacgtccttccatctcggcagtcgcttgtagagt
gi|8 : gtcgcagtcgattgttgaagctgtcttgttgtttagttgttgaagatgttttagtcttgaaggctgttgattaaggttcccgttgtggagctgaagtccctgtgtaggtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTCGATTC-TGGTCGT--AAAGTCG-TT----GCCTAGAAGTTGAAAAT---T------------AAT-AATTCGTTG---GGTTGATCTTG-----TAG---ATGTTGA-------TTAGT-CTTGAA-G--------------CTGGTGATTA--GG------------------TTCTCGT-----AGTTAAGGTGCTAATGGGATTATTGTCATCATNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGCATC-AAACATCTAA-----CAAGGAGTCATCCGC--T--G-------TT-TCC-T-------CA----ACAC-G--AAT-TTAAAA-C-A-G-TGT-TA-T---TCA----TA--CA-G---ATTT-A--CAATAATCA-CC--A-A---------------T--TG---CGCCACTAAGAAGACTGGAG----C---GG-gt
gi|9 : ataataatgttgaatac---T--------T-A-ATT-AGT-CGAT-TCTGGTCG---TTGTCTAGAAGT---TGTAGA-------TTA-T-TTTAAAG---------------CTGGTGATT---------------CGGTTG--TTC-----GTGTAGT--AAG-------GCGGTTGTTGTCATCANNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--CGATGATCCTTTGAAATAGATGACTCCATC-AATCACCTAA-----CATCGAGTCATCCGG--T--G-------TT-T-CCT-------CA----ACAC-GAAGTT-A---A----A-A-CATTGA--AAATCA----TA--CA-G---ATTT-A--CAATAATCA-CC--A-A--------------TT--TG---ACCCACTTCGAAGATAGGAG----C---GG-AAGTGC-----ATGCGTCTGCCCAGCTCGACAGTCGCTTGTAGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGGCCACTTGCAAGGCTGGAGATCCGGAAAACACGTCCTACCGCTTCGACAGCCA
Unaligned ( gi|28 ): ATCACCTAACATGGAGTCACCTGGTGTTTAATCATTCATAAATAATCACATGATT
Alignments
lowQualScore : 11111 111 22222222222222222222 222222222222 111111111 11111111111111 11 1111111 1111 11111 11111 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444
lowQualScore : 1 3 22222 4 6666 777 1 0 77777777777777777777 2 2 55555 555555555555 777777777 5 0 44444444444444 0 0 00 2 4444444 11 3 333 44 3 0000 6 1 66666 77 1 1 1 77 0 1 3 2 66666 22 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 2 99999999999999999999 22 333 4444 666666 999999999
lowQualScore : . . ..... . .... ... . . .................... . . ..... ............ ......... . . .............. . . .. . ....... .. . ... .. . .... . . ..... .. . . . .. . . . . ..... .. ................................................................................................. . . .................... .. ... .... ...... .........
lowQualScore : 0 3 66666 2 5555 555 0 9 99999999999999999999 5 9 55555 777777777777 333333333 0 4 77777777777777 9 2 99 4 2222222 11 5 222 11 5 6666 7 0 77777 33 5 0 0 55 3 0 3 2 22222 77 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 1 66666666666666666666 99 777 7777 222222 222222222
consensus : AGTCGNTTC-TGGTCGC--A--GTCGATT----GTC--GAAGNTGAAGAT---T--------T-G-ANT-AGT-CGTTGTCTAGTTG---TTG-----AAGT-GATGTTGA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGGTGATTA--GGTTCCAA-GT-CGGCTGAATTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTATGTGGGTGTTGCCATCATGTTGCATTA-TGNACCGCTG-----GTAAGTGCTCCGTTGNTGACGNCTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAANCGATGATCCTTTAAAANAGATGTCTCCACC-AATCATCNAA-G---CA--GAGACATCCGC--C--G-------GT-T-N-T-------AA----ANAC-C--GCT-C---AT-C-A-T-CATCTA-TCCATCA----TA--CATG---ATTT-A--CAATAATCA-CC--A-A--------------GT--TG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AGTTTC-----ATACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
Reference ( family-2342 ) : AGTCGNTTC-TGGTCGC--A--GTCGATT----GTC--GAAGNTGAAGAT---T--------T-G-ANT-AGT-CGTTGTCTAGTTG---TTG-----AAGT-GATGTTGA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGGTGATTA--GGTTCCAA-GT-CGGCTGAATTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTATGTGGGTGTTGCCATCATGTTGCATTA-TGNACCGCTG-----GTAAGTGCTCCGTTGNTGACGNCTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAANCGATGATCCTTTAAAANAGATGTCTCCACC-AATCATCNAA-G---CA--GAGACATCCGC--C--G-------GT-T-N-T-------AA----ANAC-C--GCT-C---AT-C-A-T-CATCTA-TCCATCA----TA--CATG---ATTT-A--CAATAATCA-CC--A-A--------------GT--TG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AGTTTC-----ATACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|1 : AGTCGCTTC-TGGTCGC--A--ATCGATT----GTT--GAAGATGAAGAT---T--------T-GGATT-AGT-CGTTGTCTAATAG---TTG-----GAGTCGATGTTAA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTTGGGTTTA--GGTTCCAAAGT-CGGCTGAATTCCTGTTGTAGAGCTGAAGTCCAAATGTGGGTGTTGCCATCATATTGTATNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGATGTCTCTACC-AATCATCAAA-G---CA--GAGACATCCGT--CACG-------GT-T-C-T-------AA----ATAC-C--GCT-C---AT-C-AGT-CATCTA-TCCATCA----TA--CATG---ATTT-A--CATTAATCA-CG--A-A--------------GT--TG---ACCCATTTTGCAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----ATACATCTTTCCATTTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|10 : AGTTGTTTC-TGGTCGT--AAAGTCG-TT----GTCTAGAAGTTGAAGAT--------------G-AGT-AGT-C-TTGTATA----------------------TGCTGA-------TTAGT-GTTGAAG---------------CTGTTGATTT--GGTTCTCC-GT-CGTTTAACTTCTCATTA--------AAGTTCTAAGGTGGTTGTTGTCATCATGT---ATTA-TGAACCGCTG-----GTAAGTGTTTCTTTGCTGATGGTTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAAACGATGATCCTTTAATACAGACGACTCCATC-AATCATCTAA-----CATGGAGTCGTCCG
gi|11 : ttgaatGTTGATTCGTTGTTTC--AC-GTCGATTCTTTGTT--GAACTCGAAAAT---TCTTGAAGAT-G-GTT-AAT-CCTTGT--AGTT-----TA-----TAGTTGATGTCG--------TTGGTTCTTGAAAT--------------CTGGTGGTCAATGGTTCACC-GT-CGGTAGAAATCCCGTCG-----CTGAAG-----------GTGT-GTCAAC-TGCCGC-TTAGTACATCGCTGTTGCCGTA--TGCTCTGTTGGTAACATCTAAACAATCCTGTTTAGGGCCgtgtttcctcaacacgaattcaaaacaatgtagtttatacagat
gi|12 : tatGCATAAAACCAGTGATAGTTAAAAATAGATATCTCCACCCAATCATAAAA-G---CA--GAGACATCCGA--C--A-------AT-G-T-T-------AACC--AAAA-C--ACT-C---A-------------A-TTGA--A----AA--CATG------T-AGGCAATAAACA-CCTAA-ATGCGTTTATAGCTTGT--TG---ACCCACTTGGAAGGCCGGAG----T---GA-AGTTTCC----ATATGTCCTTTCATCTCGGCAGTCGCTTGTAG
gi|13 : AGTC-ATTC-TGGTTGC--A--GTCGATT----GTT--GAAGATGAAGAT---T--------TAG-ATA-AGT-CGTTGTCTAGTAG---TTG-----AAGTCGATGTTGA-------TTAGTTCTTGAAGG--------------CTGGTGTTTG--TGTTCCAA-ATGTGGCTGAATTCCCGTTGTACAGCTGAAGTCCCAATGTTGATGTTGCCATCATGTT
gi|14 : agataTATTTCCACT-AATCATCAAA-G---CA--GTGACGTCCGT-----G-------AT-T-A-T-------AATTCAATACAC--ACA-A---AT-G-A-A-AATATA-TACGCAA----TAAACACGCAAATT-----CGTTAA-CA-CT--------------------T--TGTATACCTACTTCGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----AGATGTTCTTTCATCTTGGCAGTCGCTTG
gi|15 : GTCGCTTC-TTGTCGC--T--GCCGATT----GTT--GAAGTTGAAGGT---T--------TAG-ACT-AGT-TGTTGTCTAGTTG---TTG-----AAGT-AAT-------------TAGT-CTTGAAGG--------------CTGGTGTTTAT-GGTCCCAA-GT-CGGCTGAATTCCTGTTGTGCAGCTGAAGTCCCTTTGTGAGTGTTGCTATTATGTagtg
gi|16 : agatagAAGAGATGTCTCTATC-AATCATCAAA-A---TA--GAGAAACCCGC-----G-------GT-T-G-T-------AT----AAAC-C--GTT-C---AT-C-G------CT----CATCA----GA--CAT-------T----CGAAAA-CA-TC--T-A---------------T--TG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAG----C--------TCCCAGAAAATACGTCCTT
gi|17 : catttatgttttTCCACC-AATCACCAAT-GTTACA--GAGACCTCC-C--C--A-------GT-T-G-T-------AA----AGAC-C---CT-T---AC-CTC-T-CATCTA-TCAATCA----CA--T-TG---ATTTTA--CAACAATCA-TC--T-A--------------TT--TG---ACACACTTTGAAGACTGGAG----C---AG-ATTTGC-----ATATGTCCTTCCATCACGGCAATCGCTTGTAGAgagattcgagagccgtatggaga
gi|18 : CTCCACC-AATCGTCAAA-G---CA--AAGACATCCGT-----G-------GT-T-G-T-------AA----ATTG-A--G-T-C---AT-C-G-TTCATCTA-TCCA-CG----TA-----G---TTCT-A--CAATAATCA-TCTTATACGGT----------GT--TG---ACCCAATTTGAAGGCTGGAG----C---TC-CGGTAA-----ACACGTCCTTCCACTTCGACAGCCGCCTGTGGgt
gi|19 : CAGC-AATCAT----------A--GAGTCATCCGG--T--G-------TT-T-ACT-------TA----ACAC----GAT-----GT-T-A-T-CATCTG-TCAATCA----TA--CA-G---ACTT-A--CAATAACCA-CC--A-G--------------TT--TG---ACCCACTGTGAACATTGGAG----C---TC-AGGTTA-----ACAATTCCTTCGGTTTTGATAGTCGCTTGTGG
gi|2 : tcaatAGTCGCTTC-TGGTCGT--A--GTCGATT----GAT--TAAGATGAAGGT---T--------TGG-AAT-ATT-CGTTGTCTAGTTG---TTT------AGT---TGTTGAAGTAATTTTAGT-CTTGAAGG--------------CTG----TTA--GGTTCCAC-GT-CTGCGGTAATCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCTCTATG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGATGTCTCCACC-AATCTTCCAATG---CA--GAGACATCCGT--T--G-------TTGT-A-T-------AA----TGAT-C--ATT-C---AT-C-A-T-CATCGA-TCCAT-----------GTG---GTTT-T--AAATTATCATCT--A-ATACGT---------GT--TG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAG----CTCTGGTAG----------CACGTCCTTCCTCTTCTACAGTCGCTTGT
gi|20 : gata-G---TA--GAGACATCCGCCGC--G-------GT-T-G-T-------AAG---AGAC-C--GC-------T-C-A-C-CATCCA-TCTATCA----CC--CATC---GTCC-A--CAATAATCA-TG--A-A--------------GT--TT---ATCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTGC-----ATACGT-CTCCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|21 : tAGTTGGTTC-TGGTCGT--T--GTCGATT----TTG--GAAGTTGAAGAT---T------------AGT-A----------TAGT--------------AG---ATGGTCA-------TCAGT-CATGAAGG--------------TTGGAGA-----AGTTCCTC-GT-CGGTTGGATTGCCGTTGTTGAGCTGAAATCCg
gi|22 : tgataGTCGATTC-TGGTCGTAAA--GTAG-TT----GTCTAGAAGTTGGAGATTAGT--------T-G-A---AGT-CGATGAGTAGTCA---T---------GTAGATGTTAA-------TATGT-ATTGAA-G--------------CAGGTGGTTA--Gtacg
gi|23 : agattatgttgatttAATAATCC-TC--A-AACATTAC-------GTAATG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AAGCTC-----ATACGTCTGAACAGCTCGGCAGCCGCTT
gi|24 : ggttaaaatcttctatagagtaacta---T--------T-G-AAA-AGT-CGCTGTCTAGAAG---TTG-----A--T-GCAGATGA-------ATAGT-CTTGCAGGTGAATATCTTGAAACTGGTGGTTA--AGTTCagagt
gi|25 : ggttatgttgagtcattggttctggT-C-A-A-CATCTA-TCAATCA-----A--AATG---ATTT-A--CAATCATCA-CC--A-A--------------TT--TG---Atccatt
gi|26 : ctctgttaattatcaattatagagtcatctgatgtttag-CC--A-AT-------------GT--TG---ACCCTCTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AGTTTC-----ATACGCCCTTCCATCCCAGCAGCCGCTTGTAG
gi|29 : gaatcatattttTC-----ATGCGTCTGTCCAGCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|3 : GTCGCTTC-TGGTTGC--A--GTCGATT----GAT--GAAGATGAAGGT---T--------TAG-AAT-AGA-CGTTATCTAGTTG---TTG-----AAGT-A--GTT---------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGTAAATTAA-GGTTCCAA-GT-CGGCTGAATTCCCATTGCGGAGCTGAAGTCCCTATGAGAGTGTTGCCGTCttg
gi|3 : tagatatT-C---AT-C-A-T-CATC-A-TC-ATCAACTCCA--CA-G---ATTG-T--CAAAAATCA-CCTTATACTGT----------GT--TG---ACCCACTTCGAAGGCTGGAGATCCC---GT-AA---------ACACGTCCCTCTTCTTCGACAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgttgctgtataatgattcatcatcatcatcatcaactccacagattgtcaaaaatcaccttatactgtgttgacccacttcgaaggctggagatcccgtaaacacgtccctcttcttcgacag
gi|4 : tagatatgtcgcttctggttgcagtcgattgatgaagatgaaggtttagaatagacgttatctagttgttgaagtagttttagtcttgaaggctgtaaattaaggttccaagtcggctgaattcccattgcggagctgaagtccctatgagagtgttgccgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgttgctgtataatgat--GAAGATGAAGGT---T--------T-GGAAT-AGT-CGTTTTCTAGTTG---TTG-----AAGT-AATGTT-----------AGT-CTTGAAGG--------------CTGTTGATTAA-GGTTCCAA-GT-CGGCTGAAGTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCT
gi|4 : atT-C---ATTC-A-T-CATCTACTCCAT-----------ATG---GTTT-T--AAATAATCA-TCTTATACGT-----------GT--TG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAG----C---TC-CGGTAA-----ACACGTCCCTCCATTTCGACAGCCGCTctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgttgctgtataatgatcattcatcatctactccatatggttttaaataatcatcttatacgtgttgacccactttgaaggctggagctccggtaaacacgtccctccatttcgacagccgct
gi|5 : atgaagatgaaggtttggaatagtcgttttctagttgttgaagtaatgttagtcttgaaggctgttgattaaggttccaagtcggctgaagtcccgttgtggagctgaagtccctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgttgctgtataatgaGTCGATTC-TGGTCGC--A--GTCGATT----GTT--GAAGCTG----TC--T--------T-G-A----------TGTTTAGTTG---TTG-----AAG---ATGTT---------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGTTGATTA--AG-----------------GTTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTGTGTAGGTGTTGCCATTAT
gi|5 : atag--C--G-------GT-A-G-T-------AA----AAAC-C--GTT-----A--C-T-T-CTTTTT-TGTACCC----TA--CA--------------AATA--TA-CG--A-A--------------GT--TG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----ATACGTCATTTCATCTCGGCAGTCGCTTGCAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtcgcttacgcggtagtaaaaaccgttacttcttttttgtaccctacaaatatacgaagttgacccactttgaagactggagcgaagtttcatacgtcatttcatctcggcagtcgcttgcagagt
gi|6 : ataggtcgattctggtcgcagtcgattgttgaagctgtcttgatgtttagttgttgaagatgttttagtcttgaaggctgttgattaaggttcccgttgtggagctgaagtccctgtgtaggtgttgccattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtcgcttacgAGTCGTTTC-TGGTCG-----------TT----GTCTAGAAGTTGTAGAT---T--------T----CTAAGT-CGATTTGTAGGTC---TTG-----AA---GATGTTGA-------TTA-T-TTTGAA-G--------------CTGGTGATTC--GGTTCgt
gi|6 : taagttgataTCA----TA--CA-G---ATTT-A--TAATAATCA-TC--A-A--------------TT--TG---ACC-ACTTCGAAGACTGGAG----T---GG-AAGCGC-----TTACGTTCGTCCAGCTCTGCAGTCGCTTGTAGAtccgttgtagtaaggtggttaatgtcatgatgccgtattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcatccggtgtttcctcaacacgaagtcatacagatttataataatcatcaatttgaccacttcgaagactggagtggaagcgcttacgttcgtccagctctgcagtcgcttgtagagt
gi|7 : taagttgataagtcgtttctggtcgttgtctagaagttgtagatttctaagtcgatttgtaggtcttgaagatgttgattattttgaagctggtgattcggttctccgttgtagtaaggtggttaatgtcatgatgccgtattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcatccggtgtttcctcaacacgaagGTCGC--A--GTCGATT----GTT--GAAGCTG--------T--------C---------T-TGTTGTTTAGTTG---TTG-----AAG---ATGTT---------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGTTGATTA--AG-----------------GTTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTGTGTAGGTGTgt
gi|7 : AGATGTCTCCACC-AATCATCTAATG---CA--GAGACATCCGC--C--GCTTACGCGT-T-T-TTTTTTTAAA----AAAA-C--GTTAC---TT-C-------TTTAGTGTACCA----TA--CA--------------AATA--TA-CG--A-A--------------GT--TG---ACACACTTTGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----ATACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagatgtctccaccaatcatctaatgcagagacatccgccgcttacgcgttttttttttaaaaaaacgttacttctttagtgtaccatacaaatatacgaagttgacacactttgaagactggagcgaagtttcatacgtccttccatctcggcagtcgcttgtagagt
gi|8 : gtcgcagtcgattgttgaagctgtcttgttgtttagttgttgaagatgttttagtcttgaaggctgttgattaaggttcccgttgtggagctgaagtccctgtgtaggtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTCGATTC-TGGTCGT--AAAGTCG-TT----GCCTAGAAGTTGAAAAT---T------------AAT-AATTCGTTG---GGTTGATCTTG-----TAG---ATGTTGA-------TTAGT-CTTGAA-G--------------CTGGTGATTA--GG------------------TTCTCGT-----AGTTAAGGTGCTAATGGGATTATTGTCATCATNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGCATC-AAACATCTAA-----CAAGGAGTCATCCGC--T--G-------TT-TCC-T-------CA----ACAC-G--AAT-TTAAAA-C-A-G-TGT-TA-T---TCA----TA--CA-G---ATTT-A--CAATAATCA-CC--A-A---------------T--TG---CGCCACTAAGAAGACTGGAG----C---GG-gt
gi|9 : ataataatgttgaatac---T--------T-A-ATT-AGT-CGAT-TCTGGTCG---TTGTCTAGAAGT---TGTAGA-------TTA-T-TTTAAAG---------------CTGGTGATT---------------CGGTTG--TTC-----GTGTAGT--AAG-------GCGGTTGTTGTCATCANNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--CGATGATCCTTTGAAATAGATGACTCCATC-AATCACCTAA-----CATCGAGTCATCCGG--T--G-------TT-T-CCT-------CA----ACAC-GAAGTT-A---A----A-A-CATTGA--AAATCA----TA--CA-G---ATTT-A--CAATAATCA-CC--A-A--------------TT--TG---ACCCACTTCGAAGATAGGAG----C---GG-AAGTGC-----ATGCGTCTGCCCAGCTCGACAGTCGCTTGTAGA
blockSeqs : T G AAA A CTTT CTA T TCTTGAAGATGGTT T A TGATC TCTAGAAGT GAAGTAATT T TGAATATCTTGAAA AT T CAAATG TT A TAC AA T NNNN G A TTGCC AG T C G AA C C T GTTA TG TGATTATAATTCAATACACACAAATGAAAATATATACGCAATAAACACGCAAATT A T TAAATGCGTTTATAGCTTG AA TAT ATCC TCTGGT TCCCAGAAA
blockSeqs : A . AAA A . CTA T TTAGATA . C AG TAGTTGA GA T . T T TCCGT TA A TGC AA T NNNN . C . NN G G T AC T . A TG AG CCGCTTACGCGTTTTTTTTTTAAAAAAACGTTACTTCTTTAGTGTACCATACA T . TTATACGGTG . . . GA TTTCC
blockSeqs : A . AAA A . CTA A TTAGACT . C TG AAGTCGA GA . . A T ACCGT CT A TGG TT T NNNN . N . NN N N N NN G . A TG TC CCAGTTGTAAAGACCCTTACCTCTCATCTATCAATCACATTGATTTTA T . AAACATTACG . . . GA TTTC
blockSeqs : C . AC A . CTA T TTGGAAT . C TG AAGTAA CA . . A T CAAGT CT A TTG TA A CGC . N . NN N N N NN T . A G . CCGCGGTTGTAAGAGACCGCTCACCATCCATCTATCACCCATCGTCCA C . TTATACTGTG . . . AG TTGC
blockSeqs : C . A A . T A TAGTTGA . G CA AAGTAA AA . . . T CACGT CG T CGG TA T A . N . . N N N . N . A G . CTGTTTCCTCAACACGAATTTAAAACAGTGTTATTCATACAGATTTA T . TTATACGTG . . . TC GTAA
blockSeqs : G . T A . T T TTAGAAT . C AG GTAGA GA . . . T CTCGT TT G TGG TG T T . A A . GTGTTTCCTCAACACGAAGTTAAAACATTGAAAATCATACAGATTTA T . AATACGTG . . . TC GTTA
blockSeqs : A . A A . T T TTGGAAT . C TG AAGTA GA . . . T CAAGT CT A TGG TG G . C G . GTGTTTACTTAACACGATGTTATCATCTGTCAATCATACAGACTTA T . AATG . . . GA TTGC
blockSeqs : C . T A . T A TTGAAA . C TG ATGC GA . . . T CAAGT CT A TGG AA C . T G . TTGTTGTATAATGATCATTCATCATCATCGATCCATGTGGTTTT T . TAT . . . GG GCTC
blockSeqs : A . A . . G A TTAATT . T TG AAGA GA . . . T . TT . TGT . . . T . . TGGTTGTAAATTGAGTCATCGTTCATCTATCCACGTAGTTCTA T . AGT . . . GG TTTC
blockSeqs : T . A . . T C CTTGA . G TC AAGA G . . . T . . . . . . . T . . ACAATGTTAACCAAAACACTCAATTGAAAACATGTAGG T . AAG . . . GT GTAA
blockSeqs : A . A . . T T TTCTA . T TG AAGA . . . . . . . . . . . . . CGGTTGTATAAACCGTTCATCGCTCATCAGACATT T . AAT . . . TC TTTC
blockSeqs : . . . T C GAGT . C CG TAGA . . . . . . . . . . . T . AAG . . . GA GCGC
blockSeqs : T TAGT . . T AGT . . . . . T . AAT . . . GG TTTC
blockSeqs : TAAT . . . AGA . . . . . . . AAG . . . GA GTGC
blockSeqs : TC . . . . . . . . . . AAT . . . GG .
blockSeqs : . . TA . . . GG .
blockSeqs : . . AA . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : AAGA******** CACGT**
originalCons : AGTCGNTTC-TGGTCGC--A--GTCGATT----GTC--GAAGNTGAAGAT---T--------T-G-ANT-AGT-CGTTGTCTAGTTG---TTG-----AAGT-GATGTTGA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGGTGATTA--GGTTCCAA-GT-CGGCTGAATTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTATGTGGGTGTTGCCATCATGTTGCATTA-TGNACCGCTG-----GTAAGTGCTCCGTTGNTGACGNCTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAANCGATGATCCTTTAAAANAGATGTCTCCACC-AATCATCNAA-G---CA--GAGACATCCGC--C--G-------GT-T-N-T-------AA----ANAC-C--GCT-C---AT-C-A-T-CATCTA-TCCATCA----TA--CATG---ATTT-A--CAATAATCA-CC--A-A--------------GT--TG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AGTTTC-----ATACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
finalCons : AGTCGNTTC-TGGTCGC--A--GTCGATT----GTC--GAAGNTGAAGAT---T--------T-G-ANT-AGT-CGTTGTCTAGTTG---TTGAAGA--------TGTTGA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGGTGATTA--GGTTCCACGT--CGGCTGAATTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTATGTGGGTGTTGCCATCATGTTGCATTA-TGNACCGCTG-----GTAAGTGCTCCGTTGNTGACGNCTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAANCGATGATCCTTTAAAANAGATGTCTCCACC-AATCATCNAA-G---CA--GAGACATCCGC--C--G-------GT-T-N-T-------AA----ANAC-C--GCT-C---AT-C-A-T-CATCTA-TCCATCA----TA--CATG---ATTT-A--CAATAATCA-CC--A-A--------------GT--TG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AGTTTC-----ATACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGGCCACTTGCAAGGCTGGAGATCCGGAAAACACGTCCTACCGCTTCGACAGCCA
Unaligned ( gi|28 ): ATCACCTAACATGGAGTCACCTGGTGTTTAATCATTCATAAATAATCACATGATT
Alignments
lowQualScore : 11111 111 222222222222222222 1111 111111111 11111111111111 11 111111 1111 11111 11111 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444
lowQualScore : 1 3 22222 4 6666 777 1 0 888888888888888888 2 2 1 0 2 444 5555 444 66666 2222 444444444 2 0 44444444444444 0 0 00 777777 1 11 3 333 44 3 0000 6 1 66666 77 1 1 1 77 0 1 3 2 66666 22 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 2 99999999999999999999 22 333 4444 666666 999999999
lowQualScore : . . ..... . .... ... . . .................. . . . . . ... .... ... ..... .... ......... . . .............. . . .. ...... . .. . ... .. . .... . . ..... .. . . . .. . . . . ..... .. ................................................................................................. . . .................... .. ... .... ...... .........
lowQualScore : 0 3 66666 2 5555 555 0 9 111111111111111111 5 5 3 4 9 444 3333 444 22222 8888 777777777 5 4 77777777777777 9 2 99 666666 9 11 5 222 11 5 6666 7 0 77777 33 5 0 0 55 3 0 3 2 22222 77 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 1 66666666666666666666 99 777 7777 222222 222222222
consensus : AGTCGNTTC-TGGTCGC--A--GTCGATT----GTC--GAAGNTGAAGAT---T--------T-G-ANTA-GT-CGTTGTCTAG---TT----G---TTG-----AAG---ATGTTGA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGGTGATTA--GGTTCCA--C-GTCGGCTGAATTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTATGTGGGTGTTGCCATCATGTTGCATTA-TGNACCGCTG-----GTAAGTGCTCCGTTGNTGACGNCTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAANCGATGATCCTTTAAAANAGATGTCTCCACC-AATCATCNAA-G---CA--GAGACATCCGC--C--G-------GT-T-N-T-------AA----ANAC-C--GCT-C---AT-C-A-T-CATCTA-TCCATCA----TA--CATG---ATTT-A--CAATAATCA-CC--A-A--------------GT--TG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AGTTTC-----ATACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
Reference ( family-2342 ) : AGTCGNTTC-TGGTCGC--A--GTCGATT----GTC--GAAGNTGAAGAT---T--------T-G-ANTA-GT-CGTTGTCTAG---TT----G---TTG-----AAG---ATGTTGA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGGTGATTA--GGTTCCA--C-GTCGGCTGAATTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTATGTGGGTGTTGCCATCATGTTGCATTA-TGNACCGCTG-----GTAAGTGCTCCGTTGNTGACGNCTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAANCGATGATCCTTTAAAANAGATGTCTCCACC-AATCATCNAA-G---CA--GAGACATCCGC--C--G-------GT-T-N-T-------AA----ANAC-C--GCT-C---AT-C-A-T-CATCTA-TCCATCA----TA--CATG---ATTT-A--CAATAATCA-CC--A-A--------------GT--TG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AGTTTC-----ATACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|1 : AGTCGCTTC-TGGTCGC--A--ATCGATT----GTT--GAAGATGAAGAT---T--------T-GGATTA-GT-CGTTGTCTAA---TA----G---TTG-----GAGTCGATGTTAA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTTGGGTTTA--GGTTCCA--AAGTCGGCTGAATTCCTGTTGTAGAGCTGAAGTCCAAATGTGGGTGTTGCCATCATATTGTATNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGATGTCTCTACC-AATCATCAAA-G---CA--GAGACATCCGT--CACG-------GT-T-C-T-------AA----ATAC-C--GCT-C---AT-C-AGT-CATCTA-TCCATCA----TA--CATG---ATTT-A--CATTAATCA-CG--A-A--------------GT--TG---ACCCATTTTGCAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----ATACATCTTTCCATTTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|10 : AGTTGTTTC-TGGTCGT--AAAGTCG-TT----GTCTAGAAGTTGAAGAT--------------G-AGTA-GT-C------------TT----G---T--------AT---ATGCTGA-------TTAGT-GTTGAAG---------------CTGTTGATTT--GGTTCTC--C-GTCGTTTAACTTCTCATTA--------AAGTTCTAAGGTGGTTGTTGTCATCATGT---ATTA-TGAACCGCTG-----GTAAGTGTTTCTTTGCTGATGGTTAAACGATCCTGCTTAGGGCCAAATTTAAAAGCATAAAAACGATGATCCTTTAATACAGACGACTCCATC-AATCATCTAA-----CATGGAGTCGTCCG
gi|11 : ttgaatGTTGATTCGTTGTTTC--AC-GTCGATTCTTTGTT--GAACTCGAAAAT---TCTTGAAGAT-G-GTTA-AT-CCTTGT--AG---TTTATAG---TTG-----ATG---TCGTTGG-------TT----CTTGAAAT--------------CTGGTGGTCAATGGTTCAC--C-GTCGGTAGAAATCCCGTCG-----CTGAAG-----------GTGT-GTCAAC-TGCCGC-TTAGTACATCGCTGTTGCCGTA--TGCTCTGTTGGTAACATCTAAACAATCCTGTTTAGGGCCgtgtttcctcaacacgaattcaaaacaatgtagtttatacagat
gi|12 : tatGCATAAAACCAGTGATAGTTAAAAATAGATATCTCCACCCAATCATAAAA-G---CA--GAGACATCCGA--C--A-------AT-G-T-T-------AACC--AAAA-C--ACT-C---A-------------A-TTGA--A----AA--CATG------T-AGGCAATAAACA-CCTAA-ATGCGTTTATAGCTTGT--TG---ACCCACTTGGAAGGCCGGAG----T---GA-AGTTTCC----ATATGTCCTTTCATCTCGGCAGTCGCTTGTAG
gi|13 : AGTC-ATTC-TGGTTGC--A--GTCGATT----GTT--GAAGATGAAGAT---T--------TAG-ATAA-GT-CGTTGTCTAG---TA----G---TTG-----AAGTCGATGTTGA-------TTAGTTCTTGAAGG--------------CTGGTGTTTG--TGTTCCAAAT-GT-GGCTGAATTCCCGTTGTACAGCTGAAGTCCCAATGTTGATGTTGCCATCATGTT
gi|14 : agataTATTTCCACT-AATCATCAAA-G---CA--GTGACGTCCGT-----G-------AT-T-A-T-------AATTCAATACAC--ACA-A---AT-G-A-A-AATATA-TACGCAA----TAAACACGCAAATT-----CGTTAA-CA-CT--------------------T--TGTATACCTACTTCGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----AGATGTTCTTTCATCTTGGCAGTCGCTTG
gi|15 : GTCGCTTC-TTGTCGC--T--GCCGATT----GTT--GAAGTTGAAGGT---T--------TAG-ACTA-GT-TGTTGTCTAG---TT----G---TTG-----AAG-------TAA-------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGGTGTTTAT-GGTCCCA--A-GTCGGCTGAATTCCTGTTGTGCAGCTGAAGTCCCTTTGTGAGTGTTGCTATTATGTagtg
gi|16 : agatagAAGAGATGTCTCTATC-AATCATCAAA-A---TA--GAGAAACCCGC-----G-------GT-T-G-T-------AT----AAAC-C--GTT-C---AT-C-G------CT----CATCA----GA--CAT-------T----CGAAAA-CA-TC--T-A---------------T--TG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAG----C--------TCCCAGAAAATACGTCCTT
gi|17 : catttatgttttTCCACC-AATCACCAAT-GTTACA--GAGACCTCC-C--C--A-------GT-T-G-T-------AA----AGAC-C---CT-T---AC-CTC-T-CATCTA-TCAATCA----CA--T-TG---ATTTTA--CAACAATCA-TC--T-A--------------TT--TG---ACACACTTTGAAGACTGGAG----C---AG-ATTTGC-----ATATGTCCTTCCATCACGGCAATCGCTTGTAGAgagattcgagagccgtatggaga
gi|18 : CTCCACC-AATCGTCAAA-G---CA--AAGACATCCGT-----G-------GT-T-G-T-------AA----ATTG-A--G-T-C---AT-C-G-TTCATCTA-TCCA-CG----TA-----G---TTCT-A--CAATAATCA-TCTTATACGGT----------GT--TG---ACCCAATTTGAAGGCTGGAG----C---TC-CGGTAA-----ACACGTCCTTCCACTTCGACAGCCGCCTGTGGgt
gi|19 : CAGC-AATCAT----------A--GAGTCATCCGG--T--G-------TT-T-ACT-------TA----ACAC----GAT-----GT-T-A-T-CATCTG-TCAATCA----TA--CA-G---ACTT-A--CAATAACCA-CC--A-G--------------TT--TG---ACCCACTGTGAACATTGGAG----C---TC-AGGTTA-----ACAATTCCTTCGGTTTTGATAGTCGCTTGTGG
gi|2 : tcaatAGTCGCTTC-TGGTCGT--A--GTCGATT----GAT--TAAGATGAAGGT---T--------T-GGAATA-TT-CGTTGTCTAG---TT----G---TTT-----A-G---TTGTTGAAGTAATTTTAGT-CTTGAAGG--------------CTG----TTA--GGTTCCA--C-GTCTGCGGTAATCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCTCTATG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGATGTCTCCACC-AATCTTCCAATG---CA--GAGACATCCGT--T--G-------TTGT-A-T-------AA----TGAT-C--ATT-C---AT-C-A-T-CATCGA-TCCAT-----------GTG---GTTT-T--AAATTATCATCT--A-ATACGT---------GT--TG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAG----CTCTGGTAG----------CACGTCCTTCCTCTTCTACAGTCGCTTGT
gi|20 : gata-G---TA--GAGACATCCGCCGC--G-------GT-T-G-T-------AAG---AGAC-C--GC-------T-C-A-C-CATCCA-TCTATCA----CC--CATC---GTCC-A--CAATAATCA-TG--A-A--------------GT--TT---ATCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTGC-----ATACGT-CTCCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|21 : tAGTTGGTTC-TGGTCGT--T--GTCGATT----TTG--GAAGTTGAAGAT---T------------AGTA-----------TAG---T------------------AG---ATGGTCA-------TCAGT-CATGAAGG--------------TTGGAGA-----AGTTCCT--C-GTCGGTTGGATTGCCGTTGTTGAGCTGAAATCCg
gi|22 : tgataGTCGATTC-TGGTCGTAAA--GTAG-TT----GTCTAGAAGTTGGAGATTAGT--------T-G-A--A-GT-CGATGAGTAG---TC----A----TG-----TAG---ATGTTAA-------TATGT-ATTGAA-G--------------CAGGTGGTTA--Gtacg
gi|23 : agattatgttgatttAATAATCC-TC--A-AACATTAC-------GTAATG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AAGCTC-----ATACGTCTGAACAGCTCGGCAGCCGCTT
gi|24 : ggttaaaatcttctatagagtaacta---T--------T-G-AAAA-GT-CGCTGTCTAGAAGTT----G---ATG-----CAG---ATG---A-------ATAGT-CTTGCAGGTGAATATCTTGAAACTGGTGGTTA--AGTTCagagt
gi|25 : ggttatgttgagtcattggttctggT-C-A-A-CATCTA-TCAATCA-----A--AATG---ATTT-A--CAATCATCA-CC--A-A--------------TT--TG---Atccatt
gi|26 : ctctgttaattatcaattatagagtcatctgatgtttag-CC--A-AT-------------GT--TG---ACCCTCTTTGAAGACTGGAG----C---GG-AGTTTC-----ATACGCCCTTCCATCCCAGCAGCCGCTTGTAG
gi|29 : gaatcatattttTC-----ATGCGTCTGTCCAGCTCGGCAGTCGCTTGTAGA
gi|3 : GTCGCTTC-TGGTTGC--A--GTCGATT----GAT--GAAGATGAAGGT---T--------TAG-AATA-GA-CGTTATCTAG---TT----G---TTG-----AAG---TAGTT---------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGTAAATTAA-GGTTCCA--A-GTCGGCTGAATTCCCATTGCGGAGCTGAAGTCCCTATGAGAGTGTTGCCGTCttg
gi|3 : tagatatT-C---AT-C-A-T-CATC-A-TC-ATCAACTCCA--CA-G---ATTG-T--CAAAAATCA-CCTTATACTGT----------GT--TG---ACCCACTTCGAAGGCTGGAGATCCC---GT-AA---------ACACGTCCCTCTTCTTCGACAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgttgctgtataatgattcatcatcatcatcatcaactccacagattgtcaaaaatcaccttatactgtgttgacccacttcgaaggctggagatcccgtaaacacgtccctcttcttcgacag
gi|4 : tagatatgtcgcttctggttgcagtcgattgatgaagatgaaggtttagaatagacgttatctagttgttgaagtagttttagtcttgaaggctgtaaattaaggttccaagtcggctgaattcccattgcggagctgaagtccctatgagagtgttgccgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgttgctgtataatgat--GAAGATGAAGGT---T--------T-GGAATA-GT-CGTTTTCTAG---TT----G---TTG-----AAGTA-ATGTT-----------AGT-CTTGAAGG--------------CTGTTGATTAA-GGTTCCA--A-GTCGGCTGAAGTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCT
gi|4 : atT-C---ATTC-A-T-CATCTACTCCAT-----------ATG---GTTT-T--AAATAATCA-TCTTATACGT-----------GT--TG---ACCCACTTTGAAGGCTGGAG----C---TC-CGGTAA-----ACACGTCCCTCCATTTCGACAGCCGCTctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgttgctgtataatgatcattcatcatctactccatatggttttaaataatcatcttatacgtgttgacccactttgaaggctggagctccggtaaacacgtccctccatttcgacagccgct
gi|5 : atgaagatgaaggtttggaatagtcgttttctagttgttgaagtaatgttagtcttgaaggctgttgattaaggttccaagtcggctgaagtcccgttgtggagctgaagtccctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgttgctgtataatgaGTCGATTC-TGGTCGC--A--GTCGATT----GTT--GAAGCTG----TC--T--------T-G-A----------TGTTTAG---TT----G---TTG-----AAG---ATGTT---------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGTTGATTA--AG------------------GTTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTGTGTAGGTGTTGCCATTAT
gi|5 : atag--C--G-------GT-A-G-T-------AA----AAAC-C--GTT-----A--C-T-T-CTTTTT-TGTACCC----TA--CA--------------AATA--TA-CG--A-A--------------GT--TG---ACCCACTTTGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----ATACGTCATTTCATCTCGGCAGTCGCTTGCAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtcgcttacgcggtagtaaaaaccgttacttcttttttgtaccctacaaatatacgaagttgacccactttgaagactggagcgaagtttcatacgtcatttcatctcggcagtcgcttgcagagt
gi|6 : ataggtcgattctggtcgcagtcgattgttgaagctgtcttgatgtttagttgttgaagatgttttagtcttgaaggctgttgattaaggttcccgttgtggagctgaagtccctgtgtaggtgttgccattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtcgcttacgAGTCGTTTC-TGGTCG-----------TT----GTCTAGAAGTTGTAGAT---T--------T----CTAAGT-CGATTTGTAG---GT----C---TTG-----AAG---ATGTTGA-------TTA-T-TTTGAA-G--------------CTGGTGATTC--GGTTCTC--C-GTTGgt
gi|6 : taagttgataTCA----TA--CA-G---ATTT-A--TAATAATCA-TC--A-A--------------TT--TG---ACC-ACTTCGAAGACTGGAG----T---GG-AAGCGC-----TTACGTTCGTCCAGCTCTGCAGTCGCTTGTAGAtagtaaggtggttaatgtcatgatgccgtattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcatccggtgtttcctcaacacgaagtcatacagatttataataatcatcaatttgaccacttcgaagactggagtggaagcgcttacgttcgtccagctctgcagtcgcttgtagagt
gi|7 : taagttgataagtcgtttctggtcgttgtctagaagttgtagatttctaagtcgatttgtaggtcttgaagatgttgattattttgaagctggtgattcggttctccgttgtagtaaggtggttaatgtcatgatgccgtattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcatccggtgtttcctcaacacgaagGTCGC--A--GTCGATT----GTT--GAAGCTG----T---C------------------T-TGTTGTTTAG---TT----G---TTG-----AAG---ATGTT---------TTAGT-CTTGAAGG--------------CTGTTGATTA--AG------------------GTTCCCGTTGTGGAGCTGAAGTCCCTGTGTAGGTGTgt
gi|7 : AGATGTCTCCACC-AATCATCTAATG---CA--GAGACATCCGC--C--GCTTACGCGT-T-T-TTTTTTTAAA----AAAA-C--GTTAC---TT-C-------TTTAGTGTACCA----TA--CA--------------AATA--TA-CG--A-A--------------GT--TG---ACACACTTTGAAGACTGGAG----C---GA-AGTTTC-----ATACGTCCTTCCATCTCGGCAGTCGCTTGTAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagatgtctccaccaatcatctaatgcagagacatccgccgcttacgcgttttttttttaaaaaaacgttacttctttagtgtaccatacaaatatacgaagttgacacactttgaagactggagcgaagtttcatacgtccttccatctcggcagtcgcttgtagagt
gi|8 : gtcgcagtcgattgttgaagctgtcttgttgtttagttgttgaagatgttttagtcttgaaggctgttgattaaggttcccgttgtggagctgaagtccctgtgtaggtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTCGATTC-TGGTCGT--AAAGTCG-TT----GCCTAGAAGTTGAAAAT---T------------AATA-ATTCGTTG---GG---TT----GATCTTG-----TAG---ATGTTGA-------TTAGT-CTTGAA-G--------------CTGGTGATTA--GGTTCT---C-GT--------------------AGTTAAGGTGCTAATGGGATTATTGTCATCATNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGCATC-AAACATCTAA-----CAAGGAGTCATCCGC--T--G-------TT-TCC-T-------CA----ACAC-G--AAT-TTAAAA-C-A-G-TGT-TA-T---TCA----TA--CA-G---ATTT-A--CAATAATCA-CC--A-A---------------T--TG---CGCCACTAAGAAGACTGGAG----C---GG-gt
gi|9 : ataataatgttgaatac---T--------T-A-ATTA-GT-CGAT-TCTGG---TC----G---TTGTCTAGAAG---TTGTAGA-------TTA-T-TTTAAAG---------------CTGGTGATT----------------CGGTTG--TTC-----GTGTAGT--AAG-------GCGGTTGTTGTCATCANNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--CGATGATCCTTTGAAATAGATGACTCCATC-AATCACCTAA-----CATCGAGTCATCCGG--T--G-------TT-T-CCT-------CA----ACAC-GAAGTT-A---A----A-A-CATTGA--AAATCA----TA--CA-G---ATTT-A--CAATAATCA-CC--A-A--------------TT--TG---ACCCACTTCGAAGATAGGAG----C---GG-AAGTGC-----ATGCGTCTGCCCAGCTCGACAGTCGCTTGTAGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGGCCACTTGCAAGGCTGGAGATCCGGAAAACACGTCCTACCGCTTCGACAGCCA
Unaligned ( gi|28 ): ATCACCTAACATGGAGTCACCTGGTGTTTAATCATTCATAAATAATCACATGATT