lowQualScore : 1 11111111 555555555555555555555555555555555555555 1111 333333333 222222 111111111 22 11 6666666666666666666666666 33333 2222 1111 11 3333333333 11111111 7777777777777777777777 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111 1111 44444444444444444444444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44444444 111111 777777777777 1
lowQualScore : 8 4 0 3 8 88888888 888888888888888888888888888888888888888 2 3333 555 999999999 99 44 555555 999 33 2 999999999 55 3 3 00 3 22 1 9999999999999999999999999 55 5 4 777 44444 999999 3333 2 1111 555 00 4 1111111111 11111111 6666666666666666666666 2 0 33 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 33 999 66 0000000000000 33 2222 00000000000000000000000 99999 555 9999 3 555 44 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222 44 111111 4 555555555555 6 3 1 33 8 3
lowQualScore : . . . . . ........ ....................................... . .... ... ......... .. .. ...... ... .. . ......... .. . . .. . .. . ......................... .. . . ... ..... ...... .... . .... ... .. . .......... ........ ...................... . . .. ...................................................... ... .. ... .. ............. .. .... ....................... ..... ... .... . ... .. ............................................................................... ........ .. ...... . ............ . . . .. . .
lowQualScore : 0 2 9 1 6 00000000 000000000000000000000000000000000000000 8 1111 444 888888888 44 99 222222 222 88 4 000000000 00 6 6 99 6 33 6 2222222222222222222222222 55 7 7 111 00000 777777 7777 9 0000 888 00 8 8888888888 22222222 9999999999999999999999 1 2 22 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 999 77 777 33 1111111111111 77 0000 55555555555555555555555 22222 444 6666 1 444 66 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99999999 66 555555 0 000000000000 5 0 9 99 5 6
consensus : NATCGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCGA-ACTAACAAAATACAAA--CTTTTCAGGAGGAACAAA--AATATAA--TTT--T--C--AAATAGTTTGATA--ATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTA-TTTAGA-AAA---AAAATAAAGGTATTCCAACGT---TACA--T-TGTATTCA-T--T-TT--ACAGCAG----N--N---------TGA-TAGTTTGT--AGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCG--TTTTTTTT---ATGAAAAN-TGTCCTCA---ATT---TTT-ATATTACTTC-G--G----CATTT--------CAGCCT--AAAAAG-------TTG----TGTATGTTC-GGCATTTT--------NA-TA---------------TTGCAGG-T----T----CN-T----C-A-TTT--TT--ACAT--TT---TG--------C--A----CAT--------G--------GTC---AAAATGAC----CTGTTC---TG----A-TTGG---AT--AT-CGG--CTTCGTC-GTTTT-----------GCAC-----GCAG--AT----GCAGT---------ATG-NAN-TT--CCGCACATTTTAATGT---AAAATACCGAA------AATA-CCCAAAATGGT---T-AAGTTCGNCATTTTGAA--TGGAGACCAACG-ATAT
Reference ( gi|4 ) : CATCATTGGACTCCATTCAAAATGGCAA-ACTAGCAAAATACATA--CTTTTCCCGAGCAACAAT--AATATAA--TTT--T--C--AATTAGTTTGAAA--ATT---ACAGACCA-------GAAAATCTGTA-TTAAGA-AAA---AAAATAAAGGTATTCCTACAT---AACA--T-TGTATTCA-T--T-TT--ACAGCAC----C--T---------TGA-TATTTTGT--AGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--AGCGTTTTTTTTTT---ATGAACAT-TGTCTTCA---ATT---TTG-ATATTACTTCTG--A----CATTT--------CAGCCT-TAAAAAA-------TTGAAACTGTATGTTC-GGCATTTT--------TA-TA---------------TTGCAGG-T----T----CT-T----C-A-TTT--TT--ACAT--TT---TG--------C--A----CAT--------G--------GCC---AAAATGAC----CTGTTC---TG----A-TTGG---AT--AT-AGA--CTTTGTC-ATTTT-----------GCAC-----GCAG--AT----ACTGT---------ATG-CAA-TT--CGGCACATTTTAATGT---ATAGCACTGAA------AATA-CCCAAAGTGGTAAGTAAAGTTTGGCATTTTTAA--TGGAGACCAATG-ATAT
gi|3 : ATCGTCAGTCTCCATTCATAATGACGA-ACTAACACATT-CAAA--CTTTTAAGAAGGAACAAA--GATGTAA--TTT--T--CTCAAATAGTTTGATA--ATT---ACAGACCT-------AAAAACGTGTA-TTTAGC-AAA---AA--TAAAAGTATTCCAACAT---TACT--T-TCTATTCACT--T-TT--ACAGCAGAGTGC--T---------TG-----TTTGT--AGTAGAAACTGTTGTTTCGGCATTTTAATGGGCGTTTTT--------ATGGAAAA-TGTCTACA----TT---TTT-ATAT-A--TCTGCAG----CATTT--------CAGCCT---AAATA-------GTGAA--TGTATGTTC-TGCATTTT--------AA-TA---------------TTGTAGG-T----T-----T-G----C-ACTTT--TT--ACAT--TT---TG--------C--A----CAT--------G--------GTC---AAAATCAC----AATTTC---TT----A-TTGG---AT--AT-CAG--CTTTAAC-ATTTT-----------GTAC-----ACAG--AT----GCAAT---------ACG-AAT-TT--CCGCAAATTTTAA
gi|6 : ATCTTTGGCCTCC-TTCAAAATGGCGA-CGTAACAAAATACCAG--CTTTTCC-GAACAAATATGTAACGTGA--TTT--T--C---------TC--AA--ACT---ACAGACC--------TAAAATCT-----TGGAA-TAG---AAAACAAAGA-ATTCCAACAT---TACA--T-TGTATTCA-TC-T-TT--ATA--AC----CAGT---------TGC-TCTTATGC--GGTAGAAACTATTGCTTCGGTATTTTAA--AGCGCCTTTTTTTAGAAAAAAATATATATCTTCA---TTG---TTT-ATATTGCTTC-G--G----CATTT--------CAGTAT-AAACAAAGTTACGTTTGGCATTTTAT---C-AACATTTT--------TAATA---------------TTGCATG-T----T----CG-T----C-C-CTT--TT--ACAT--TT----G--------C--A----CATAATCATATG--------GTC---AAAATAAT----TTGTTC---TG----G-TTGG---AT--AT-CAA--CTTCGT---TGTT-----------GCA---------------------GT---------AT--C----------CACATTTTAAGGT---GAAATACCGAA------CATT-CCCAAAATAGT---TAA--TTCGAC-TTTTGAA--TGGAGataaattttaaagttcatcattttgaatatattttaaacttttatccctttaaaaaaatttgcagagaaatttttttagaatgtca
gi|7 : tATTGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCGA-ACTA-----ATACAAA--CTTTTC---AG-GACGAA--AATTT----TTT--T-------TT--TCTAAAATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTA-TTTAGA-AAA---AAA-----GGTATTCCGATATTTCAA-A--T-TGTTTTCA-TA-T-TT--AAAGCAG----A--T---------TAT-TAGCTTGT--AGTAGAAATTGCTGCTTTGGCATTT-CA--AGC---TTTTTCTT---ATGAAAAA-TGTCCTCA---ATTATTTTT-ATATTACT-CAG--G----CATTT--------CAGCCT--AAGAAA-------T-------ATATGTTC-GGCATTTT--------GA-TA---------------TTGAAGT-T----T----CG-T----C-A-TGT--TC--ACAT--TT---TG--------T--A----CAT--------G--------tc
gi|2 : tatATCGTCGGTCTCTGTTCAAAATAGCGA-ACTAACAAAAACCAAA--CGTTTCAGGAAGAACGA----ACAT----TTTC-T--C--AAATAGTTTTATG--ATC---ACAGACT--------TACAATTAATA-CTTAGA-AAACCTAATATA----TATTCAAAAGT---TACA--T-TGTATTCA-T--T-TTT-ACAGTAG----A--G---------TAC-TAGTTTGT--AGTACAAACTGTTGCTTCAGCATTCT-A--GGCG----TTTTGT---ATGAAAAA-TGTTACTA---ATG---ATG-ATTTCGCT------------AT-----------AGCC--TATAAAG-------TT-----T-TATGTTC-GG-A-TTT--------TA-TG---------------TT-CGGA-T----T-----T-A----T-A-TTTTGTT--ATAT--TT---TGTGCATATTC--A----CAT--------G--------ATA---AGAATAACATTTTTTTTC---TG----A-TTGG---AT--AT-CAG--CTTCGTC-GTTTT-----------GCAC-----GCAC--AT----GCAGT----------TG-CAA-TA--CCGCACATTTAAATGTAAAAAAG-ATCGAA------CATATCCCATAG-GGT-----CAGTTCGG---TTTTAGATTGGCGACCAACG-ATATttcacttatggacttccgcacattttcctgtaaactacctaaaatattgaaagcattttgagagtagaccaacgatatgtccaccgtatactatatatgag
gi|9 : ATCTTTGGACTCCATCCAAAAT-GCAGCACTAACataacttcttctgtatgtatagaatatgtatttaata
gi|11 : tattgtcagtctcgattcaaaatggcaaactaacaaaatgcaaaaaaaaaaaaagattgtttactacagatcttggtgctgaaaacgtgtatttagaaaaaaatcgccgtattctaacgtttcattgtattcatattttacagcaggattataacaatataatagtttgtagcagaaacggtattttcaggcatctttttgtgaaaactgtctcctattttgatataacatcaacatttcagcctaaaaaagttgtatgtttggcatattaatataatttctcatttttacattttgcagcacgtcaatgaagtattaaattccgcacattaaatgtgaaataccaaaaatactcataatgATCGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCAA-ACTAACAAA-TATTAA--CATTTTAGGAGAAA-----------------------------TAGTTTGATG--ATT---AGAAACCT-------TAAAACTTGTA-----------------ACA---GTATTACAATAT---AACA--C-TGTAGTCA-TGTT-TT--ACAGCA-------------------GAGTACTCTGTGTATTAGAAATTGTTGCTACGGC--TTTTA--ATGG----ACTTTT---AAGGAAAT-TGTCCGCATTTTTT---TTT-ATATTACTTC-G--G----CATAT--------CAGCTT-atgc
gi|19 : ATCTTTGGTCTTCATTTAAAATGGCAA-ACTAACAAAA---ATA----TTTCCC-------------ATATA-----------C---ATGGGT-----A--ATT---ACAGACCT-------GAAAA
gi|5 : atgtTCATTGGTCTCCATTCAAAATGGTGA-ACTAACAAAATATATAAACTTTTCAGAAGGAACAGA--AATATAA--TTT--T--CTTAAATAGTTTGATC--ATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGCA-TTTAG---AA---AAAATAAAGATATTCTAAAGT---TTCA--T-TGTATTCA-T--T-TTTCACAGCAG----A--G---------TAA-TAATTTGT--TGTAAAAACTTTTGCTTCAGCATTCTCA--GGTG---TTTTTTT---ATAAA-A--TGTCCTCA---ATT---TTT-ATATTAGTTCAG-------CATTT--------CAGCCT---AAAAA-------T----GTTGTATGTTC-GCCATTTT--------AT-TA---------------TTG-AGATT----T----CA-T----C-A-TTT--TG--ACAT--TT---TG--------C--ATAATCAT--------G--------TTC---ACAACGG---------TCAAATG----A-TTGG---AT--AT-CAG--CTTCGTT-GTTTT-----------GCAC-----ACAG--AT-----CTGC---------A-G-TGA-----------ATTTTAAAGT---AAAATACCAAA------AACA-CCCAAAATGGT-----AAGTTGGGCATTTCGAA--TGTAGAGCAAAG-ATATcatg
gi|8 : CGTTGGTCTTAAT-CAAAATAGGGA-ACAAACAAAAAAAA-G--CTTTGCAGGAGGAACAAA--AATTAAA--TTTC-T--C--AAATGGTTTGATA--ATT---ACAGACC---------------TG-----------AA---AAAATAAAGGTATTC-----T---GACA--T-T----TCA-T--T-TTT-ACAG---------------------GA-GAGTT-----AGTAA-------TGCTTTTGCATTTTCA--GG---TATTTTTTT---ATGAAAAG-TGTCCTCA---ATT---TTT-ATATTGCTT-TG--ATCAGCATTTGAAATTTTCAGCCT-AAAAAAG-------TT-----TGTGTGTT--GACATTTT--------AC-TA---------------TTGCAGT-T----T----CA-T----C-A-TTT--T---ACAT--TT---TG--------C--A----CAT--------G--------T---------TGAC----ATGGTC---TA----A--------AT--GT-------TTTG---ATCT------------------------G--AT------TGG---------ATATCAA-TTTTCA-CACATTTTAAAGT---AAAATATTGAA------AATA-TCTAAAGTGGT---TAA--TTCGTCTTTTTAAA--TGGAGATCAAGG-ATATgt
gi|1 : GGTCTCCATTCAAAATGGCAA-ATTAACAATATATAAA--CTCTTCAGAAGGAACAAA--CGTATAA--TTTTCT--C--AAATGGTTTGATA--ATT---ACAGTCTT-------AAGAATTTGTA-CTTTG---AA---AGTATAAAGACATTCCAACGA---CACA--T-TGTATTCA-T--T-TT--ATA-----------C---------TGC-TACTTTGT--AGAAGAAATT-TTGGTTCGGCATTTTTA--GGTG---CTTGATT---ATGAAAAA-ATTCCTC----ATT---ATGTATATTATTTC-G--G----CATTT--------CACCCT-TAAAA----------TGA---TGTTTGTTA-GGCATTTG--------AA-TA---------------TTACAGG-T----TTGTCTT-T----C-T-TTT--CT--TTAT--TT---AA--------C--A----CCT--------GTACACTCTGTC---AAAATAAT----TTGTTC---TC----T-TTGA----------AG-----TCGTC-GTTTT-----------GCAC-----GCAG--AT----GCAGT---------GTG-AAA-TA--CTGCATATTTCAATTTTA-AAAAAAGTGAA------ACTA-TCCAAAAT----------GTTCGACA-TTTGGA--TAGAGACCAACGTATATa
gi|12 : ttgtgCTCCATTCAAAATGGGGA-GCCAACAAAAAACAAA--CTTTTCATGAGGAACAAA--AATATAATTTTT--T--C--AAATAGTTTGATA--ACTATGACAGGCCT-------GAATATGTGTA-TT--TA-AAA---AAAATAAAGGTATTCCTACGT---TACA--T-TGTATTTA-T--TAAT--ACAGCAA----C--G---------TAA-TGGTTTGT--AGTAGAAAagataaacatgtttaaataaatagcttttcgaaaacatcctccgcacaaacgaaattcacaatcttgtatgtccaacattt
gi|9 : tgtttgtCTCGATTCAAAATGGCAA-ACTAACAAAAT-----------------GCAAAAAA--AAAAAAA-------------GATT-GTTT------ACT---ACAGATCTTGGTGCTGAAAACGTGTA-TTTAGA-AAA---AAA-TCGCCGTATTCTAACGT---TTCA--T-TGTATTCA-TATT-TT--ACAGCAGGA--T--TATAACAATATAA-TAGTTTGT--AGCAGAAAC---------GGTATTTTCA--GGCATCTTTTT------GTGAAAAC-TGTCTCCT---ATT---TTG-ATATAACATC-A--A----CATTT--------CAGCCT-AAAAAAG-------T------TGTATGTTT-GGCATATT--------AA-TA---------------T---AAT-T----T----C--T----C-A-TTT--TT--ACAT--TT---TG--------C--AG---CAC--------G--------TC------AATGAaatttatgtcctaaattttgatattactctgacattt
gi|13 : tattgtcagtCTCCATTCAAAATGGCCA-ACTAACAAGGTATAAA--CTTTTCAGGAAGAATAAA--AATATAA--TTT--TCAC--AAAGAGTTTGAGA--ATT---ACAGACC-----------AACTTGTA-TTTAGA-AAAG--AAAGTAAAGGTATTCCAGCAT---agtattaaattccgcacattaaatgtgaaataccaaaaatactcataatggttagtgctgcattttggatggagtccaaagatatgc
gi|18 : gtAAA--AATATAA--TCT--C--T--AAA-AGTCCGATA--ATT---ACAGACC--------TAAAACTTGTATTTAATAGAAA---AAAAT-AAGGTAGCCCAACAG---TACAGGTATATATTTA-TG-C-TT--ATAGttgattttcgccctctaatttacaagcaaaatctgttaaaactctttgtagtattttttctgttaatttcagat
gi|12 : -TGTCCTAA---ATT---TTG-ATATTAC-TCTG--A----CATTT--------
gi|14 : tgtttgtctccattcaaaatggggagccaacaaaaaacaaacttttcatgaggaacaaaaatataattttttcaaatagtttgataactatgacaggcctgaatatgtgtatttaaaaaaaataaaggtattcctacgttacattgtatttattaatacagcaacgtaatggtttgtagtagaaaaattta-TGTCCTCA----TT---TT--ATAT-ATTT------------TTT--------CAGTCTATAAGAG--------------CTGTATATAT-GGTATTTTATGGGTACTA-TAATT------------TTGAATG-T----T----CG-T----C-C-TTT--TT--ACAT--TT---TG--------G--A----CAT--------G--------TTC---ACATCGAC----CTGTTC---TG----A-C------A-----------------C-GTTTT-----------GCAC-----GCAA--AT----GAAGT---------ATG-AAC-TT--CAGCACATTTTCATGTA--ATA-TACCCAA------AATA-CTCAAAAT
gi|10 : aaT---TGG-ATATAACTTC-G--G----CATTT--------CAGCCT--AAAAAG-------TTG----------------CATTTTAA------TA-TA---------------TTGAAGG-T----T----CTGT----C-A-TTT--TTTTACAT--TT---TG--------C--A----CAT--------GTTCACATGGTC---AAAATGAC----CTGTTC---AG----A-TTGC---AT--AT-CAA--CTTCGTCGATT------------------------GG--AT----GCAGT---------ATG-AAC-CT--CCAAACATTTTATTGT---AAAATAGCGAA------AATA-CCCAAAACG---------GTTCGGCAATTTGAA--TGGAGACCAACG-
gi|17 : --A----TATTT--------CAGCCC-T--------------TGAAGTTTCATGCCC-GG-ACTTT--------TA-TACGCAGTTTAATATAATTGCAGG-TATGCC----CT-TTATAC-A-TTT--TTC-ACATA-TTATGTA--------C--A----CAT--------G--------GCA---AAAATGAC----CTGATC---TA----A-CTGG---catgtatctagacagaatatatttatatagaatgcataactctgcacgggacttcaaaaccacgtattttaactttgtgttgtataagtacccacaatgtttaataa
gi|9 : GAAACGGTATTTTCAGGCATCTT--------TT-TG---------------TGAAAAC-TG---T----CT-C----CTA-TTT--TG--ATATAACA---TC--------A--A----CATTTC-----A--------GCC---TAAAAAAG----TTGT-A---TG----T-TTGGCATATTAAT-ATA--ATTTCTC-ATTTTTACATTTTGCAGCAC-----GTCA--AT----GAAGT---------ATT-AAA-TT--CCGCACATTA-AATGT---GAAATACCAAA------AATA-CTCATAATGGTTAGT---GCT--GCATTTTGGA--TGGAGTCCAAAG-ATAT
gi|15 : tattgtcagtctcgattcaaaatggcaaactaacaaaatgcaaaaaaaaaaaaagattgtttactacagatcttggtgctgaaaacgtgtatttagaaaaaaatcgccgtattctaacgtttcattgtattcatattttacagcaggattataacaatataatagtttgtagcaTATATATTC-GACATTTT--------AA-TA---------------TTGCAGG-T---------------------------------------------------C--A----CAT--------T--------GTT---GAAATGAC----CTGTTC---TG----A-TTGG---AT--AT-TGG--CTTTGCT-GGTAT-----------TCAC-----ACAGGTGT----AATATGAACACATAATG-TAAGTT--CAGCAT-TTTTAATGgc
gi|16 : gtcaaATTTT--------TAATT---------------TTGCA----------------T----A-A-TTT--T-----AT--TA---TG--------CTCA----CAT--------G--------ATC---AAAATGAC----CT-------TGCAAAA-TTGG---AT--ATCATA---TTCATC-ATTTT-----------GCAT-----GCAG--AT----ACAAT---------ATG-AGC-TT--TAGCACATTTCAATGT---AAAATACCGAATGAATTAATA-CCaagaccacattcatgtatccct
gi|7 : tcctt-T----T-A-TTT--TT--ATAT--TA---CT--------C--AGG--CATTTC-----A--------GCCTAAGAAAT-AT----ATGTTC---GGC---ATTTTG---AT--AT-TGAAGTTTCGTC-ATGTT------------CACATTTTGTAC--ATGTTCACT-T---------ATG-GAC-TT--CCGCACATTTTCCTGT------------AA------ACTA-CCTAAAAT----ATTGAA----AGCATTTTGAG--AGTAGACCAACG-ATATaa
gi|15 : tatattgttggtctccattcaaaatggcgaactaatacaaacttttcaggacgaaaattttttttttctaaaataattacagacctgaaaacttgtatttagaaaaaaaggtattccgatatttcaaattgttttcatatttaaagcagattattagcttgtagtagaaattgctgctttggcatttcaagctttttcttatgaaaaatgtcctcaaAAGTTCAGCATTTTTAA--TGAAGACCAgtccaccgtatactatatatgag
gi|5 : gtcaatatatattcgacattttaatattgcaggtcacattgttgaaatgacctgttctgattggatattggctttgctggtattcacacaggtgtaatatgaacacataatgtAGTTCACCATTTTGAA--TGGAGACCAATG-cattcatgtatccct
gi|1 : AATTTGCCATTTTGAA--TGGAGACCaacaaaatatataaacttttcagaaggaacagaaatataattttcttaaatagtttgatcattacagacctgaaaacttgcatttagaaaaaataaagatattctaaagtttcattgtattcatttttcacagcagagtaataatttgttgtaaaaacttttgcttcagcattctcaggtgtttttttataaaatgtcctcaatttttatattagttcagcatttcagcctaaaaatgttgtatgttcgccattttattattgagatttcatcattttgacattttgcataatcatgttcacaacggtcaaatgattggatatcagcttcgttgttttgcacacagatctgcagtgaattttaaagtaaaataccaaaaacacccaaaatggtaagttgggcatttcgaatgtagagcaaagatatgt
gi|7 : ttgtgAGTTCGCCATTTTGAA--TGGAGACCAACA-ATATaacaatatataaactcttcagaaggaacaaacgtataattttctcaaatggtttgataattacagtcttaagaatttgtactttgaaagtataaagacattccaacgacacattgtattcattttatactgctactttgtagaagaaattttggttcggcatttttaggtgcttgattatgaaaaaattcctcattatgtatattatttcggcatttcacccttaaaatgatgtttgttaggcatttgaatattacaggtttgtctttcttttctttatttaacacctgtacactctgtcaaaataatttgttctctttgaagtcgtcgttttgcacgcagatgcagtgtgaaatactgcatatttcaattttaaaaaaagtgaaactatccaaaatgttcgacatttggatagagaccaacgtatatagataaacatgtttaaataaatagcttttcgaaaacatcctccgcacaaacgaaattcacaatcttgtatgtccaacattt
gi|11 : tAGTTTGCCATTTTGAA--TGGAGACCAACG-ATaatacaaacttttcaggacgaaaattttttttttctaaaataattacagacctgaaaacttgtatttagaaaaaaaggtattccgatatttcaaattgttttcatatttaaagcagattattagcttgtagtagaaattgctgctttggcatttcaagctttttcttatgaaaaatgtcctcaattatttttatattactcaggcatttcagcctaagaaatatatgttcggcattttgatattgaagtttcgtcatgttcacattttgtacatgttcacttatggacttccgcacattttcctgtaaactacctaaaatattgaaagcattttgagagtagaccaacgatatgtccaccgtatactatatatgag
gi|19 : AGTTTGCCATTTTAAA--TGAAGACCAAAG-ATAaacaaatattaacattttaggagaaatagtttgatgattagaaaccttaaaacttgtaacagtattacaatataacactgtagtcatgttttacagcagagtactctgtgtattagaaattgttgctacggcttttaatggacttttaaggaaattgtccgcatttttttttatattacttcggcatatcagctt
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111 11111111 1111111 1111111 222222222222222222222222 11 22222 111111111111 11111111 11111111 3333333333333333 111111111 1111111111111 1111111111111111111111 222222222222222222 1111 111111 222222222
lowQualScore : 22 44 1 11 0 444444444 22222222 1 555 33333333 0 0 0000000 888 22 1 44 44 3 555 4444444 3 44 3 44 666666666666666666666666 2 4 4 11 77777 000000000000 5 555 555 1 6666 2 00000000 3 3 77777777 3 44 4444444444444444 555555 2 333333333 2 444 888 444 2 3333333333333 2 2 33 666 444 2 444 6666666666666666666666 444444444444444444 77777 555 9999 3 2222 0 3 888888888 0 44 44 3 2 000000 0 88 1 999999 444444444 1 1 3 1 5
lowQualScore : .. .. . .. . ......... ........ . ... ........ . . ....... ... .. . .. .. . ... ....... . .. . .. ........................ . . . .. ..... ............ . ... ... . .... . ........ . . ........ . .. ................ ...... . ......... . ... ... ... . ............. . . .. ... ... . ... ...................... .................. ..... ... .... . .... . . ......... . .. .. . . ...... . .. . ...... ......... . . . . .
lowQualScore : 22 22 4 00 8 111111111 77777777 4 000 44444444 8 8 2222222 555 22 5 22 22 1 444 6666666 1 22 1 66 777777777777777777777777 3 1 1 00 22222 888888888888 7 888 888 8 1111 9 44444444 1 1 33333333 3 66 9999999999999999 999999 9 333333333 7 777 333 777 7 0000000000000 7 7 77 444 777 7 777 7777777777777777777777 555555555555555555 22222 444 6666 1 5555 5 5 222222222 2 22 22 1 1 777777 5 55 0 666666 999999999 4 0 6 4 0
consensus : NATCGTCGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAACAAAATACA--AACTTTTCAGGAGGAACAAAAATATAA-----TTT--T--C--AAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCAACGTT--ACA--T-T---GTATTC--A-T--T-TT--AC-AGC--AG-----------NNTGCTAG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCG--T-TTTTTTTATGAAAAA------T----GTCCTCAATT---TT---TATATTACT----TC-GGCA--------TTTCA-GCC-T--------A-AA--AAGTTG----TGT-----ATGT--T--CGGC-ATTTTA--------A-TA---T---TGC--AGG-T----TCG-T----CA-TT-T--TT--AC---AT-TT---TG--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATCG--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCAGA--TG--CAGT-ATGAANTTCCGCACATTTTAATGT--AAAATACCGAA------AATACCCAAAATGGT---T-AAGTTCGGCATTTT-GAATGGAGACCAACG-ATAT
Reference ( family-2290 ) : NATCGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAACAAAATACA--AACTTTTCAGGAGGAACAAAAATATAA-----TTT--T--C--AAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCAACGTT--ACA--T-T---GTATTC--A-T--T-TT--AC-AGC--AG-----------NNTGATAG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCG--T-TTTTTTTATGAAAAN------T----GTCCTCAATT---TT---TATATTACT----TC-GGCA--------TTTCA-GCC-T--------A-AA--AAGTTG----TGT-----ATGT--T--CGGC-ATTTTN--------A-TA---T---TGC--AGG-T----TCN-T----CA-TT-T--TT--AC---AT-TT---TG--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATCG--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCAGA--TG--CAGT-ATGNANTTCCGCACATTTTAATGT--AAAATACCGAA------AATACCCAAAATGGT---T-AAGTTCGNCATTTT-GAATGGAGACCAACG-ATAT
gi|1 : TTGTGGGTCTCCATTCAAAATGGCAAATTAACAATATATA--AACTCTTCAGAAGGAACAAACGTATAA-----TTTTCT--C--AAATGGTTTGATAATT---ACAGTCTT-------AAGAATTTGTACTTT--G---AA---AGTATAAAGACATTCCAACGAC--ACA--T-T---GTATTC--A-T--T-TT--AT-A------------------CTGCTAC-----TTTGTAGAAGAAATT-TTGGTTCGGCATTTTTA--GGTG----CTTGATTATGAAAAA------A----TTCCTCATTA---TG---TATATTATT----TC-GGCA--------TTTCA-CCC-T--------T-AA--AA--TGA---TGT-----TTGT--T--AGGC-ATTTGA--------A-TA---T---TAC--AGG-T----TTG-T----CT-TTCT--TT--TCTTTAT-TT---AA--------C--------A----CCT--------GTACACTCTGTCAAAATAAT----TTGTTC---TC----TTTG-AA----G-----TCGTCGTTTTGCA---C-----GCAGA--TG--CAGT-GTGAAATACTGCATATTTCAATTTTAAAAAAAGTGAA------ACTATCCAAAAT----------GTTCGACA-TTT-GGATAGAGACCAACGTATAT
gi|10 : ATATAACT----TC-GGCA--------TTTCA-GCC-T--------A-AA--AAGTTG------------------------C-ATTTTA--------A-TA---TAT-TGA--AGG-T----TCTGT----CA-TT-T--TTTTAC---AT-TT---TG--------C--------A----CAT--------GTTCACATGGTCAAAATGAC----CTGTTC---AG----ATTG-CATATCA--ACTTCGTCGATT---------------GGA--TG--CAGT-ATGAACCTCCAAACATTTTATTGT--AAAATAGCGAA------AATACCCAAAACG---------GTTCGGCAATTT-GAATGGAGACCAACG-agataaacatgtttaaataaatagcttttcgaaaacatcctccgcacaaacgaaattcacaatcttgtatgtccaacattt
gi|11 : ttggATCGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCAAACTAACAAA-TATT--AACATTTTAGGAG------------------------------AAATAGTTTGATGATT---AGAAACCT-------TAAAACTTGTA------------------ACA---GTATTACAATATA--ACA--C-T---GTAGTC--A-TGTT-TT--AC-AGC--AG-----------AGTACTC------TGTGTATTAGAAATTGTTGCTACGGC-TTTTAATGGAC--------TTTTAAGGAAAT------T----GTCCGCATTT---TTTTTTATATTACT----TC-GGCA--------TATCA-GCT-T--------catgtatctagacagaatatatttatatagaatgcataactctgcacgggacttcaaaaccacgtattttaactttgtgttgtataagtacccacaatgtttaataa
gi|12 : GTTTGTCTCCATTCAAAATGGGGAGCCAACAAAAAACA--AACTTTTCATGAGGAACAAAAATATAATT---TTT--T--C--AAATAGTTTGATAACTATGACAGGCCT-------GAATATGTGTATTT----AA-AA---AAAATAAAGGTATTCCTACGTT--ACA--T-T---GTATTT--A-T--TAAT--AC-AGC--AA-----------CGTAATGG-----TTTGTAGTAGAAA
gi|12 : tGAAAAA------TTTATGTCCTAAATT---TT---GATATTACT----CT-GACA--------TTTaatttatgtcctaaattttgatattactctgacattt
gi|13 : tgtttgtctccattcaaaatggggagccaacaaaaaacaaacttttcatgaggaacaaaaatataattttttcaaatagtttgataactatgacaggcctgaatatgtgtatttaaaaaaaataaaggtattcctacgttacattgtatttattaatacagcaacgtaatggtttgtagtaGTCTCCATTCAAAATGGCCAACTAACAAGGTATA--AACTTTTCAGGAAGAATAAAAATATAA-----TTT--TCAC--AAAGAGTTTGAGAATT---ACAGACC-----------AACTTGTATTTA--GAA-AAG--AAAGTAAAGGTATTCCAGCATT--TGA--T-TTTCGCCCTCT-A-A--T-TT--ACAAGCAAAA-----------TCTGTTAAAACTCTTTGTAGTA
gi|14 : AA------T----GTCCTCA--T---TT---TATAT-ATT----T--------------TTTCA-GTC-T--------ATAA--GAGCTG----TAT-----ATAT------GGT-ATTTTATGGGTACTA-TAATTT---TGA--ATG-T----TCG-T----CC-TT-T--TT--AC---AT-TT---TG--------G--------A----CAT--------G--------TTCACATCGAC----CTGTTC---TG----A-----------------CA-CGTTTTGCA---C-----GCAAA--TG--AAGT-ATGAACTTCAGCACATTTTCATGT--AATATACCCAA------AATACTCAAAATttttttctgttaatttcagat
gi|15 : ----TAT-----ATAT--T--CGAC-ATTTTA--------A-TA---T---TGC--AGG-T-------------------------------------------------C--------A----CAT--------T--------GTTGAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATTG--GCTTTGCTGGTATTCA---C-----ACAGG--TG--TAAT-ATGAA------CACA---TAATGT--AA
gi|15 : gtcaa---T-AAGTTCAGCATTTT-TAATGAAGACCAgttcagcatttttaatgaagaccacattcatgtatccct
gi|16 : gtcaatatatattcgacattttaatattgcaggtcacattgttgaaatgacctgttctgattggatattggctttgctggtattcacacaggtgtaatatgaacacataatgTTTTA--------A-TT---T---TGC--A------------T----AA-TT-T--T--------AT-TA---TG--------CTC------A----CAT--------G--------ATCAAAATGAC----CT-------TGCAAAATTG-GATATCA--TATTCATCATTTTGCA---T-----GCAGA--TA--CAAT-ATGAGCTTTAGCACATTTCAATGT--AAAATACCGAATGAATTAATACCcattcatgtatccct
gi|17 : tccttatGC-AGTTTA--------A-TA---TAATTGC--AGG-TATGCCCT-TTATACA-TT-T--TTC-AC---ATATTATGTA--------C--------A----CAT--------G--------GCAAAAATGAC----CTGATC---TA----ACTG-Gaa
gi|18 : atatttcagcccttgaagtttcatgcccggacttttatacAAAAATATAA-----TCT--C--T--AAA-AGTCCGATAATT---ACAGACCT--------AAAACTTGTATTTAATAGA-AA---AAAAT-AAGGTAGCCCAACAGT--ACAGGTAT---ATATTT--A-TG-C-TT--AT-AG
gi|19 : ATCTTTGGTCTTCATTTAAAATGGCAAACTAAC---------------------------AAAAATAT-------TTC--C--C--ATATACATGGGTAATT---ACAGACCT-------GAAAACATG
gi|2 : atgtATCGTCGGTCTCTGTTCAAAATAGCGAACTAACAAAAACCA--AACGTTTCAGGAAGAACGAACAT-T-------TTC--T--C--AAATAGTTTTATGATC---ACAGACTT--------ACAATTAATACTTA--GAA-AACCTAATATA----TATTCAAAAGTT--ACA--T-T---GTATTC--ATT--T-TT--AC-AGT--AG-----------AGTACTAG-----TTTGTAGTACAAACTGTTGCTTCAGCATTCT-A--GGCG-----TTTTGTATGAAAAA------T----GTTACTAAT-----------GATGATT----TC-GCTA--------T---A-GCC-T--------A-TA--AAGTT-----T-T-----ATGT--T--CGG--ATTTT---------A-TG---T---T-C--GGA-T----TTA-T-----A-TT-TTGTT--AT---AT-TT---TGTGCATATTC--------A----CAT--------G--------ATAAGAATAACATTTTTTTTC---TG----ATTG-GATATCA--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCACA--TG--CAGT--TGCAATACCGCACATTTAAATGTAAAAAAGATCGAA------CATATCCCATAGGGT---C--AGTTCGG--TTTTAGATTGGCGACCAACG-ATAT
gi|3 : ATCGTCAGTCTCCATTCATAATGACGAACTAACACATT-CA--AACTTTTAAGAAGGAACAAAGATGTAA-----TTT--T--CTCAAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------AAAAACGTGTATTTA--GCA-AA---AA--TAAAAGTATTCCAACATT--ACT--T-T---CTATTC--ACT--T-TT--AC-AGC--AG-----------AGTGCTTG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGTTTCGGCATTTTAATGGGCG--T-TTTT---ATGGAAAA------T----GTCTACA-TT---TT---TATATATCT----GC-AGCA--------TTTCA-GCC-T--------A-AA--TAGT-GAA--TGT-----ATGT--T--CTGC-ATTTTA--------A-TA---T---TGT--AGG-T----TTG------CACTT-T--TT--AC---AT-TT---TG--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATCAC----AATTTC---TT----ATTG-GATATCA--GCTTTAACATTTTGTA---C-----ACAGA--TG--CAAT-ACGAATTTCCGCAAATTTT--------AAAT--------------------AAATTTT---A-AAGTTCATCATTTT-GAATataacttcttctgtatgtatagaatatgtatttaata
gi|4 : ATCATTGGACTCCATTCAAAATGGCAAACTAGCAAAATACA--TACTTTTCCCGAGCAACAATAATATAA-----TTT--T--C--AATTAGTTTGAAAATT---ACAGACCA-------GAAAATCTGTATTAA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCTACATA--ACA--T-T---GTATTC--A-T--T-TT--AC-AGC--AC-----------CTTGATAT-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--AGCGTTT-TTTTTTTATGAACAT------T----GTCTTCAATT---TT---GATATTACT----TCTGACA--------TTTCA-GCCTT--------A-AA--AAATTGAAACTGT-----ATGT--T--CGGC-ATTTTT--------A-TA---T---TGC--AGG-T----TCT-T----CA-TT-T--TT--AC---AT-TT---TG--------C--------A----CAT--------G--------GCCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATAG--ACTTTGTCATTTTGCA---C-----GCAGA--TA--CTGT-ATGCAATTCGGCACATTTTAATGT--ATAGCACTGAA------AATACCCAAAGTGGTAAGTAAAGTTTGGCATTTT-TAATGGAGACCAATG-ATATatattttaaacttttatccctttaaaaaaatttgcagagaaatttttttagaatgtca
gi|5 : cTCATTGGTCTCCATTCAAAATGGTGAACTAACAAAATATATAAACTTTTCAGAAGGAACAGAAATATAA-----TTT--T--CTTAAATAGTTTGATCATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGCATTTA--G---AA---AAAATAAAGATATTCTAAAGTT--TCA--T-T---GTATTC--A-T--T-TTTCAC-AGC--AG-----------AGTAATAA-----TTTGTTGTAAAAACTTTTGCTTCAGCATTCTCA--GGTG----TTTTTTTAT--AAAA------T----GTCCTCAATT---TT---TATATTAGT----TC-AGCA--------TTTCA-GCC-T--------A-AA--AA--TGT---TGT-----ATGT--T--CGCC-ATTTTA--------T-TA---T---TG---AGATT----TCA-T----CA-TT-T--TG--AC---AT-TT---TG--------C--------ATAATCAT--------G--------TTCACAACGG---------TCAAATG----ATTG-GATATCA--GCTTCGTTGTTTTGCA---C-----ACAGATCTG--CAG---TGA----------ATTTTAAAGT--AAAATACCAAA------AACACCCAAAATGG----T-AAGTTGGGCATTTC-GAATGTAGAGCAAAG-ATAT
gi|6 : ATCTTTGGCCTCC-TTCAAAATGGCGACGTAACAAAATACC--AGCTTTTCCG----AACAAATATGTAACGTGATTT--T--C----------TCA-AACT---ACAGACCT-------AAAATCTTG--------GAATAG---AAAACAAAGA-ATTCCAACATT--ACA--T-T---GTATTC--A-TC-T-TT--AT-AAC--CA-----------GTTGCTCT-----TATGCGGTAGAAACTATTGCTTCGGTATTTTAA--AGCG--CCTTTTTTTA-GAAAAAAATATAT----ATCTTCATTG---TT---TATATTGCT----TC-GGCA--------TTTCA-GTA-T--------A-AACAAAGTTA----CGTTTGGCATTT--TATCAAC-ATTTTT--------AATA---T---TGC--ATG-T----TCG-T----CC-CT-T--TT--AC---AT-TT----G--------C--------A----CATAATCATATG--------GTCAAAATAAT----TTGTTC---TG----GTTG-GATATCA--ACTTCGTTGTT----------------------G--CAGT-AT-------C-CACATTTTAAGGT--GAAATACCGAA------CATTCCCAAAATAGT---T-AA-TTCGAC-TTTT-GAATGGAGgt
gi|7 : tATTGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAA-----TACA--AACTTTTCAGGACGAA---AATTTTTT-----TTT--T--CT-AAA-------ATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAA-----GGTATTCCGATATTTCAAA--T-T---GTTTTC--A-TA-T-TT--AA-AGC--AG-----------ATTATTAG-----CTTGTAGTAGAAATTGCTGCTTTGGCATTT-CA--AGC---T-TTTTCTTATGAAAAA------T----GTCCTCAATTATTTT---TATATTACT----CA-GGCA--------TTTCA-GCC-T--------A-AG--AAAT-------AT-----ATGT--T--CGGC-ATTTTG--------A-TA---T---TGA--AGT-T----TCG-T----CA-TG-T--TC--AC---AT-TT---TG--------T--------A----CAT--------G--------TTCAtc
gi|7 : tatTGCT----TT-GGCA--------TTTCAAGCT-TTTTCTTATG-AA--AA----------------ATGTCCT--CAATTATTTTT--------A-TA---T---TACTCAGG---------------CA-TT-T-------C---A--------G--------C--------C----TAA--------G------------AAAT-AT----ATGTTC---GGC---ATTTTGATATTGAAGTTTCGTCATGTT-CA---CATTTTGTACA--TGTTCACTTATGGACTTCCGCACATTTTCCTGT--AAACTACCTAA------AATATTGAAA-----------------GCATTTT-GAGAGTAGACCAACG-ATATcttatggacttccgcacattttcctgtaaactacctaaaatattgaaagcattttgagagtagaccaacgatatgtccaccgtatactatatatgag
gi|8 : tatattgttggtctccattcaaaatggcgaactaatacaaacttttcaggacgaaaattttttttttctaaaataattacagacctgaaaacttgtatttagaaaaaaaggtattccgatatttcaaattgttttcatatttaaagcagattattagcttgtagtagaaattgcCGTTGGTCTTAAT-CAAAATAGGGAACAAACAAAA-AAA--AGCTTTGCAGGAGGAACAAAAATTAAA-----TTTC-T--C--AAATGGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAA-----------------------AATAAAGGTATTCTGACATT--TCA--T-T----------------T-TT--AC-AGG--AG-----------------AG-----TT---AGTAA-------TGCTTTTGCATTTTCA--GGTA--T-TTT-TTTATGAAAAG------T----GTCCTCAATT---TT---TATATTGCTTTGATC-AGCATTTGAAATTTTCA-GCC-TA-------A-AA--AAGTT-----TGT-----GTGT--T---GAC-ATTTTA--------C-TA---T---TGC--AGT-T----TCA-T----CA--T-T--TT--AC---AT-TT---TG--------CACATGTTGA----CAT--------G--------GTCTAAATGTT----TTGATC---TG----ATTG-GATATCA----------ATTTT-CA---C-----AC--A--T------T-TTAAAGT----AAAATATTGA------AAATATCTAA------AGT---------GGT---T-AA-TTCGTCTTTTT-AAATGGAGATCAAGG-ATATgtccaccgtatactatatatgag
gi|9 : ATTGTCAGTCTCGATTCAAAATGGCAAACTAACAAAATGCA--AA-----------AAAAAAAAA---------------------AGATTGTTT----ACT---ACAGATCTTGGTGCTGAAAACGTGTATTTA--GAA-AA---AAA-TCGCCGTATTCTAACGTT--TCA--T-T---GTATTCATA-T--T-TT--AC-AGC--AGGATTATAACAATATAATAG-----TTTGTAGCAGAAA---------CGGTATTTTCA--GGCA----TCTTTTTGTGAAAAC------T----GTCTCCTATT---TT---GATATAACA----TC-AACA--------TTTCA-GCC-TA-------A-AA--AAGT------TGT-----ATGT--T--TGGC-ATATTA--------A-TA---T---------AA-T----TTC-T----CA-TT-T--TT--AC---AT-TT---TG--------C--------AG---CAC-----------------GTCAAa
gi|9 : tCATTTTGCAGCAC-----GTCAA--TG--AAGT-ATTAAATTCCGCACATTA-AATGT--GAAATACCAAA------AATACTCATAATGGT---T--AGTGCTGCATTTT-GGATGGAGTCCAAAG-ATATtgaagtattaaattccgcacattaaatgtgaaataccaaaaatactcataatggttagtgctgcattttggatggagtccaaagatatgc
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111 11111111 1111111 1111 222222222222222222222222 11 22222 1111 11111111 22222222 1111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111 111111 22222222222
lowQualScore : 2 22 44 1 11 0 444444444 22222222 1 555 33333333 0 0 0000000 888 22 1 44 44 3 555 3 8888 3 44 3 44 222222222222222222222222 4 4 11 22222 99999999999 1111 555 2 6666 3 11111111 3 6 3 55 88888888 0 88888 666 0000000000 555 888 1 2 55 2 2 33 33 555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 555 9999 3 3333 3 888888888 33 44 44 3 000000 0 88 000000 55555555555 0 4 1 5
lowQualScore : . .. .. . .. . ......... ........ . ... ........ . . ....... ... .. . .. .. . ... . .... . .. . .. ........................ . . .. ..... ........... .... ... . .... . ........ . . . .. ........ . ..... ... .......... ... ... . . .. . . .. .. ... ........................................................ .... ... .... . .... . ......... .. .. .. . ...... . .. ...... ........... . . . .
lowQualScore : 5 22 22 4 00 8 111111111 77777777 4 000 44444444 8 8 2222222 555 22 5 22 22 1 444 1 7777 1 22 1 66 444444444444444444444444 1 1 00 33333 88888888888 5555 888 6 5555 1 22222222 3 7 6 00 77777777 2 33333 333 6666666666 000 999 9 9 22 9 9 99 99 000 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 444 6666 1 8888 5 222222222 22 22 22 1 777777 9 55 555555 11111111111 9 0 4 0
consensus : NATCGTCGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAACAAAATACA--AACTTTTCAGGAGGAACAAAAATATAA-----TTT--T--C--AAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCAACGTT--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AC-AGC--AGANT----GC-------TAG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCG--T-TTTTTTTATGAAAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTACT----TC-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AAGTTG----TGT-----ATGTT--CGGCATTTT-A--------ATA---T---TGCAGG-TTC-GTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATCG--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GA--TG--CAGT-ATGAANTTCCGCACATTTTAATGT--AAAATACCGAA------AATACCCAAAATGGT---T-AAGTTCGGCATTTT-GAATGGAGACCAACG-ATAT
Reference ( family-2290 ) : NATCGTCGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAACAAAATACA--AACTTTTCAGGAGGAACAAAAATATAA-----TTT--T--C--AAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCAACGTT--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AC-AGC--AGNNT----GC-------TAG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCG--T-TTTTTTTATGAAAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTACT----TC-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AAGTTG----TGT-----ATGTT--CGGCATTTT-A--------ATA---T---TGCAGG-TTC-GTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATCG--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GA--TG--CAGT-ATGAANTTCCGCACATTTTAATGT--AAAATACCGAA------AATACCCAAAATGGT---T-AAGTTCGGCATTTT-GAATGGAGACCAACG-ATAT
gi|1 : TTGTGGGTCTCCATTCAAAATGGCAAATTAACAATATATA--AACTCTTCAGAAGGAACAAACGTATAA-----TTTTCT--C--AAATGGTTTGATAATT---ACAGTCTT-------AAGAATTTGTACTTT--G---AA---AGTATAAAGACATTCCAACGAC--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AT-A-------CT----GC-------TAC-----TTTGTAGAAGAAATT-TTGGTTCGGCATTTTTA--GGTG----CTTGATTATGAAAAA------A----TTCCTCA---TTATG---TATATTATT----TC-GGCA--------TTTCACCC-T-T-AA--AA--TGA---TGT-----TTGTT--AGGCATTTG-A--------ATA---T---TACAGG-TTT-GTCT-TTCT--TT--TCTTTATTTA-------------A--------C--------A----CCT--------GTACACTCTGTCAAAATAAT----TTGTTC---TC----TTTG-AA----G-----TCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GA--TG--CAGT-GTGAAATACTGCATATTTCAATTTTAAAAAAAGTGAA------ACTATCCAAAAT----------GTTCGACA-TTT-GGATAGAGACCAACGTATAT
gi|10 : ATATAACT----TC-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AAGTTG----------------------CATTTT-A--------ATA---TAT-TGAAGG-TTCTGTCA-TT-T--TTTTAC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------GTTCACATGGTCAAAATGAC----CTGTTC---AG----ATTG-CATATCA--ACTTCGTCGATT---------------G-GA--TG--CAGT-ATGAACCTCCAAACATTTTATTGT--AAAATAGCGAA------AATACCCAAAACG---------GTTCGGCAATTT-GAATGGAGACCAACG-agataaacatgtttaaataaatagcttttcgaaaacatcctccgcacaaacgaaattcacaatcttgtatgtccaacattt
gi|11 : ttggATCGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCAAACTAACAAA-TATT--AACATTTTAGGAG------------------------------AAATAGTTTGATGATT---AGAAACCT-------TAAAACTTGTA------------------ACA---GTATTACAATATA--ACA--C-T---GTAGTC-A-TGTT-TT--AC-AGC--AGAGT----AC-------TC------TGTGTATTAGAAATTGTTGCTACGGC-TTTTAATGGAC--------TTTTAAGGAAAT------T----GTCCGCA---TTTTTTTTTATATTACT----TC-GGCA--------TATCAGCT-T-catgtatctagacagaatatatttatatagaatgcataactctgcacgggacttcaaaaccacgtattttaactttgtgttgtataagtacccacaatgtttaataa
gi|12 : GTCTCCATTCAAAATGGGGAGCCAACAAAAAACA--AACTTTTCATGAGGAACAAAAATATAATT---TTT--T--C--AAATAGTTTGATAACTATGACAGGCCT-------GAATATGTGTATTT----AA-AA---AAAATAAAGGTATTCCTACGTT--ACA--T-T---GTATTT-A-T--TAAT--AC-AGC--AACGT----AA-------TGG-----TTTGTAGTAGAAA
gi|12 : tgtttGAAAAA------TTTATGTCCTAA---ATTTT---GATATTACT----CT-GACA--------TTTaatttatgtcctaaattttgatattactctgacattt
gi|13 : tgtttgtctccattcaaaatggggagccaacaaaaaacaaacttttcatgaggaacaaaaatataattttttcaaatagtttgataactatgacaggcctgaatatgtgtatttaaaaaaaataaaggtattcctacgttacattgtatttattaatacagcaacgtaatggtttgtagtaGTCTCCATTCAAAATGGCCAACTAACAAGGTATA--AACTTTTCAGGAAGAATAAAAATATAA-----TTT--TCAC--AAAGAGTTTGAGAATT---ACAGACC-----------AACTTGTATTTA--GAA-AAG--AAAGTAAAGGTATTCCAGCATT--TGA--T-TTTCGCCCTCTA-A--T-TT--ACAAGCAAAATCT----GT-------TAAAACTCTTTGTAGTA
gi|14 : AA------T----GTCCTCA-----TTT---TATAT-ATT----T--------------TTTCAGTC-T-ATAA--GAGCTG----TAT-----ATAT----GGTATTTT-ATGGGTACTATAATTT---TGAATG-TTC-GTCC-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------G--------A----CAT--------G--------TTCACATCGAC----CTGTTC---TG----A---------CA---------CGTTTTGCA---C-----GCA-AA--TG--AAGT-ATGAACTTCAGCACATTTTCATGT--AATATACCCAA------AATACTCAAAATttttttctgttaatttcagat
gi|15 : ----TAT-----ATATT--CGACATTTT-A--------ATA---T---TGCAGG-T--------------------------------------------------C--------A----CAT--------T--------GTTGAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATTG--GCTTTGCTGGTATTCA---C-----ACA-GG--TG--TAAT-ATGAA------CACA---TAATGT--AA
gi|15 : gtcaa---T-AAGTTCAGCATTTT-TAATGAAGACCAgttcagcatttttaatgaagaccacattcatgtatccct
gi|16 : gtcaatatatattcgacattttaatattgcaggtcacattgttgaaatgacctgttctgattggatattggctttgctggtattcacacaggtgtaatatgaacacataatgTTTT-A--------ATT---T---TGCA--------TAA-TT-T--T--------ATTAT-------------G--------CTC------A----CAT--------G--------ATCAAAATGAC----CT-------TGCAAAATTG-GATATCA--TATTCATCATTTTGCA---T-----GCA-GA--TA--CAAT-ATGAGCTTTAGCACATTTCAATGT--AAAATACCGAATGAATTAATACCcattcatgtatccct
gi|17 : tccttatGCAGTTT-A--------ATA---TAATTGCAGG-TAT-GCCC-TT-T--AT--AC---ATTTTTCACATATTATGTA--------C--------A----CAT--------G--------GCAAAAATGAC----CTGATC---TA----ACTG-Gaa
gi|18 : atatttcagcccttgaagtttcatgcccggacttttatacAAAAATATAA-----TCT--C--T--AAA-AGTCCGATAATT---ACAGACCT--------AAAACTTGTATTTAATAGA-AA---AAAAT-AAGGTAGCCCAACAGT--ACAGGTAT---ATATTT-A-TG-C-TT--AT-AG
gi|19 : ATCTTTGGTCTTCATTTAAAATGGCAAACTAAC---------------------------AAAAATAT-------TTC--C--C--ATATACATGGGTAATT---ACAGACCT-------GAAAACATG
gi|2 : atgtATCGTCGGTCTCTGTTCAAAATAGCGAACTAACAAAAACCA--AACGTTTCAGGAAGAACGAACAT-T-------TTC--T--C--AAATAGTTTTATGATC---ACAGACTT--------ACAATTAATACTTA--GAA-AACCTAATATA----TATTCAAAAGTT--ACA--T-T---GTATTC-ATT--T-TT--AC-AGT--AGAGT----AC-------TAG-----TTTGTAGTACAAACTGTTGCTTCAGCATTCT-A--GGCG-----TTTTGTATGAAAAA------T----GTTACTA---AT--------GATGATT----TC-GCTA--------T---AGCC-T-A-TA--AAGTT-----T-T-----ATGTT--CGG-ATTTT----------ATG---T---T-CGGA-TTT-AT-A-TT-TTGTT--AT---ATTTT-------------GTGCATATTC--------A----CAT--------G--------ATAAGAATAACATTTTTTTTC---TG----ATTG-GATATCA--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-CA--TG--CAGT--TGCAATACCGCACATTTAAATGTAAAAAAGATCGAA------CATATCCCATAGGGT---C--AGTTCGG--TTTTAGATTGGCGACCAACG-ATAT
gi|3 : ATCGTCAGTCTCCATTCATAATGACGAACTAACACATT-CA--AACTTTTAAGAAGGAACAAAGATGTAA-----TTT--T--CTCAAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------AAAAACGTGTATTTA--GCA-AA---AA--TAAAAGTATTCCAACATT--ACT--T-T---CTATTC-ACT--T-TT--AC-AGC--AGAGT----GC-------TTG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGTTTCGGCATTTTAATGGGCG--T-TTTT---ATGGAAAA------T----GTCTACA----TTTT---TATATATCT----GC-AGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--TAGT-GAA--TGT-----ATGTT--CTGCATTTT-A--------ATA---T---TGTAGG-TTT-G-CACTT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATCAC----AATTTC---TT----ATTG-GATATCA--GCTTTAACATTTTGTA---C-----ACA-GA--TG--CAAT-ACGAATTTCCGCAAATTTTAA-AT--AAAataacttcttctgtatgtatagaatatgtatttaata
gi|4 : ATCATTGGACTCCATTCAAAATGGCAAACTAGCAAAATACA--TACTTTTCCCGAGCAACAATAATATAA-----TTT--T--C--AATTAGTTTGAAAATT---ACAGACCA-------GAAAATCTGTATTAA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCTACATA--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AC-AGC--ACCTT----GA-------TAT-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--AGCGTTT-TTTTTTTATGAACAT------T----GTCTTCA---ATTTT---GATATTACT----TCTGACA--------TTTCAGCCTT-A-AA--AAATTGAAACTGT-----ATGTT--CGGCATTTT-T--------ATA---T---TGCAGG-TTC-TTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GCCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATAG--ACTTTGTCATTTTGCA---C-----GCA-GA--TA--CTGT-ATGCAATTCGGCACATTTTAATGT--ATAGCACTGAA------AATACCCAAAGTGGTAAGTAAAGTTTGGCATTTT-TAATGGAGACCAATG-ATATttttaaagttcatcattttgaatatattttaaacttttatccctttaaaaaaatttgcagagaaatttttttagaatgtca
gi|5 : cTCATTGGTCTCCATTCAAAATGGTGAACTAACAAAATATATAAACTTTTCAGAAGGAACAGAAATATAA-----TTT--T--CTTAAATAGTTTGATCATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGCATTTA--G---AA---AAAATAAAGATATTCTAAAGTT--TCA--T-T---GTATTC-A-T--T-TTTCAC-AGC--AGAGT----AA-------TAA-----TTTGTTGTAAAAACTTTTGCTTCAGCATTCTCA--GGTG----TTTTTTTAT--AAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTAGT----TC-AGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AA--TGT---TGT-----ATGTT--CGCCATTTT-A--------TTA---T---TG-AGATTTC-ATCA-TT-T--TG--AC---ATTTT-------------G--------C--------ATAATCAT--------G--------TTCACAACGG---------TCAAATG----ATTG-GATATCA--GCTTCGTTGTTTTGCA---C-----ACA-GATCTG--CAG---TGA----------ATTTTAAAGT--AAAATACCAAA------AACACCCAAAATGG----T-AAGTTGGGCATTTC-GAATGTAGAGCAAAG-ATAT
gi|6 : ATCTTTGGCCTCC-TTCAAAATGGCGACGTAACAAAATACC--AGCTTTTCCG----AACAAATATGTAACGTGATTT--T--C----------TCA-AACT---ACAGACCT-------AAAATCTTG--------GAATAG---AAAACAAAGA-ATTCCAACATT--ACA--T-T---GTATTC-A-TC-T-TT--AT-AAC--CAGTT----GC-------TCT-----TATGCGGTAGAAACTATTGCTTCGGTATTTTAA--AGCG--CCTTTTTTTA-GAAAAAAATATAT----ATCTTCA---TTGTT---TATATTGCT----TC-GGCA--------TTTCAGTA-T-A-AACAAAGTTA----CGTTTGGCATTTTATCAACATTTTTA--------ATA---T---TGCATG-TTC-GTCC-CT-T--TT--AC---ATTT--------------G--------C--------A----CATAATCATATG--------GTCAAAATAAT----TTGTTC---TG----GTTG-GATATCA--ACTTCGTTGTT-----------------------G--CAGT-AT-------C-CACATTTTAAGGT--GAAATACCGAA------CATTCCCAAAATAGT---T-AA-TTCGAC-TTTT-GAATGGAGgt
gi|7 : tATTGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAA-----TACA--AACTTTTCAGGACGAA---AATTTTTT-----TTT--T--CT-AAA-------ATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAA-----GGTATTCCGATATTTCAAA--T-T---GTTTTC-A-TA-T-TT--AA-AGC--AGATT----AT-------TAG-----CTTGTAGTAGAAATTGCTGCTTTGGCATTT-CA--AGC---T-TTTTCTTATGAAAAA------T----GTCCTCAATTATTTT---TATATTACT----CA-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AG--AA---A----TAT-----ATGTT--CGGCATTTT-G--------ATA---T---TGAAGT-TTC-GTCA-TG-T--TC--AC---ATTTT-------------G--------T--------A----CAT--------G--------TTCAtc
gi|7 : tatTGTTC---GGC---ATTTTGATATTGAAGTTTCGTCATGTT-CA---CATTTTGTA-CA--TGTTCACTTATGGACTTCCGCACATTTTCCTGT--AAACTACCTAA------AATATTGAAA-----------------GCATTTT-GAGAGTAGACCAACG-ATATcttatggacttccgcacattttcctgtaaactacctaaaatattgaaagcattttgagagtagaccaacgatatgtccaccgtatactatatatgag
gi|8 : tatattgttggtctccattcaaaatggcgaactaatacaaacttttcaggacgaaaattttttttttctaaaataattacagacctgaaaacttgtatttagaaaaaaaggtattccgatatttcaaattgttttcatatttaaagcagattattagcttgtagtagaaattgctgctttggcatttcaagctttttcttatgaaaaatgtcctcaattatttttatattactcaggcatttcagcctaagaaatataCGTTGGTCTTAAT-CAAAATAGGGAACAAACAAAA-AAA--AGCTTTGCAGGAGGAACAAAAATTAAA-----TTTC-T--C--AAATGGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAA-----------------------AATAAAGGTATTCTGACATT--TCA--T-T---------------T-TT--AC-AGG--AG-----------------AG-----TT---AGTAA-------TGCTTTTGCATTTTCA--GGTA--T-TTT-TTTATGAAAAG------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTGCTTTGATC-AGCATTTGAAATTTTCAGCC-TAA-AA--AAGTT-----TGT-----GTGTT---GACATTTT-A--------CTA---T---TGCAGT-TTC-ATCA--T-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------CACATGTTGA----CAT--------G--------GTCTAAATGTT----TTGATC---TG----ATTG-GATATCA----------ATTTT-CA---C-----ACATTT--TA--AAGT-A--AAAT-------AT-----TG---AAAATATCTAA---------------AGTGGT---T-AA-TTCGTCTTTTT-AAATGGAGATCAAGG-ATATgtccaccgtatactatatatgag
gi|9 : ATTGTCAGTCTCGATTCAAAATGGCAAACTAACAAAATGCA--AA-----------AAAAAAAAA---------------------AGATTGTTT----ACT---ACAGATCTTGGTGCTGAAAACGTGTATTTA--GAA-AA---AAA-TCGCCGTATTCTAACGTT--TCA--T-T---GTATTC-A-TATT-TT--AC-AGC--AGGATTATAACAATATAATAG-----TTTGTAGCAGAAAC---------GGTATTTTCA--GGCA--T-CTTTTT-GTGAAAAC------T----GTCTCCT---ATTTT---GATATAACA----TC-AACA--------TTTCAGCC-TAA-AA--AAGT------TGT-----ATGTT--TGGCATATT-A--------ATA---T------AAT-TTC--TCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------AG---CAC-----------------GTCAAa
gi|9 : tCATTTTGCAGCAC-----GTC-AA--TG--AAGT-ATTAAATTCCGCACATTA-AATGT--GAAATACCAAA------AATACTCATAATGGT---T--AGTGCTGCATTTT-GGATGGAGTCCAAAG-ATATtgaagtattaaattccgcacattaaatgtgaaataccaaaaatactcataatggttagtgctgcattttggatggagtccaaagatatgc
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111 11111111 1111111 1111 222222222222222222222 11 22222 1111 11111111 22222222 1111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111 111111 22222222222
lowQualScore : 2 22 44 1 11 0 444444444 22222222 1 555 33333333 0 0 0000000 888 22 1 44 44 3 555 3 8888 3 44 3 555 888888888888888888888 4 4 11 22222 99999999999 1111 555 2 6666 3 11111111 3 6 3 55 88888888 0 88888 666 0000000000 555 888 1 2 55 2 2 33 33 555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 555 9999 3 3333 3 888888888 33 44 44 3 000000 0 88 000000 55555555555 0 4 1 5
lowQualScore : . .. .. . .. . ......... ........ . ... ........ . . ....... ... .. . .. .. . ... . .... . .. . ... ..................... . . .. ..... ........... .... ... . .... . ........ . . . .. ........ . ..... ... .......... ... ... . . .. . . .. .. ... ........................................................ .... ... .... . .... . ......... .. .. .. . ...... . .. ...... ........... . . . .
lowQualScore : 5 22 22 4 00 8 111111111 77777777 4 000 44444444 8 8 2222222 555 22 5 22 22 1 444 1 7777 1 22 1 666 000000000000000000000 1 1 00 33333 88888888888 5555 888 6 5555 1 22222222 3 7 6 00 77777777 2 33333 333 6666666666 000 999 9 9 22 9 9 99 99 000 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 444 6666 1 8888 5 222222222 22 22 22 1 777777 9 55 555555 11111111111 9 0 4 0
consensus : NATCGTCGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAACAAAATACA--AACTTTTCAGGAGGAACAAAAATATAA-----TTT--T--C--AAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCAACGTT--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AC-AGCAGA--GT----GC-------TAG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCG--T-TTTTTTTATGAAAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTACT----TC-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AAGTTG----TGT-----ATGTT--CGGCATTTT-A--------ATA---T---TGCAGG-TTC-GTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATCG--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GA--TG--CAGT-ATGAANTTCCGCACATTTTAATGT--AAAATACCGAA------AATACCCAAAATGGT---T-AAGTTCGGCATTTT-GAATGGAGACCAACG-ATAT
Reference ( family-2290 ) : NATCGTCGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAACAAAATACA--AACTTTTCAGGAGGAACAAAAATATAA-----TTT--T--C--AAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCAACGTT--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AC-AGCAGA--NT----GC-------TAG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCG--T-TTTTTTTATGAAAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTACT----TC-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AAGTTG----TGT-----ATGTT--CGGCATTTT-A--------ATA---T---TGCAGG-TTC-GTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATCG--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GA--TG--CAGT-ATGAANTTCCGCACATTTTAATGT--AAAATACCGAA------AATACCCAAAATGGT---T-AAGTTCGGCATTTT-GAATGGAGACCAACG-ATAT
gi|1 : TTGTGGGTCTCCATTCAAAATGGCAAATTAACAATATATA--AACTCTTCAGAAGGAACAAACGTATAA-----TTTTCT--C--AAATGGTTTGATAATT---ACAGTCTT-------AAGAATTTGTACTTT--G---AA---AGTATAAAGACATTCCAACGAC--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AT------A--CT----GC-------TAC-----TTTGTAGAAGAAATT-TTGGTTCGGCATTTTTA--GGTG----CTTGATTATGAAAAA------A----TTCCTCA---TTATG---TATATTATT----TC-GGCA--------TTTCACCC-T-T-AA--AA--TGA---TGT-----TTGTT--AGGCATTTG-A--------ATA---T---TACAGG-TTT-GTCT-TTCT--TT--TCTTTATTTA-------------A--------C--------A----CCT--------GTACACTCTGTCAAAATAAT----TTGTTC---TC----TTTG-AA----G-----TCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GA--TG--CAGT-GTGAAATACTGCATATTTCAATTTTAAAAAAAGTGAA------ACTATCCAAAAT----------GTTCGACA-TTT-GGATAGAGACCAACGTATAT
gi|10 : ATATAACT----TC-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AAGTTG----------------------CATTTT-A--------ATA---TAT-TGAAGG-TTCTGTCA-TT-T--TTTTAC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------GTTCACATGGTCAAAATGAC----CTGTTC---AG----ATTG-CATATCA--ACTTCGTCGATT---------------G-GA--TG--CAGT-ATGAACCTCCAAACATTTTATTGT--AAAATAGCGAA------AATACCCAAAACG---------GTTCGGCAATTT-GAATGGAGACCAACG-agataaacatgtttaaataaatagcttttcgaaaacatcctccgcacaaacgaaattcacaatcttgtatgtccaacattt
gi|11 : ttggATCGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCAAACTAACAAA-TATT--AACATTTTAGGAG------------------------------AAATAGTTTGATGATT---AGAAACCT-------TAAAACTTGTA------------------ACA---GTATTACAATATA--ACA--C-T---GTAGTC-A-TGTT-TT--AC-AGCAGA--GT----AC-------TC------TGTGTATTAGAAATTGTTGCTACGGC-TTTTAATGGAC--------TTTTAAGGAAAT------T----GTCCGCA---TTTTTTTTTATATTACT----TC-GGCA--------TATCAGCT-T-catgtatctagacagaatatatttatatagaatgcataactctgcacgggacttcaaaaccacgtattttaactttgtgttgtataagtacccacaatgtttaataa
gi|12 : GTCTCCATTCAAAATGGGGAGCCAACAAAAAACA--AACTTTTCATGAGGAACAAAAATATAATT---TTT--T--C--AAATAGTTTGATAACTATGACAGGCCT-------GAATATGTGTATTT----AA-AA---AAAATAAAGGTATTCCTACGTT--ACA--T-T---GTATTT-A-T--TAAT--AC-AGCAAC--GT----AA-------TGG-----TTTGTAGTAGAAA
gi|12 : tgtttGAAAAA------TTTATGTCCTAA---ATTTT---GATATTACT----CT-GACA--------TTTaatttatgtcctaaattttgatattactctgacattt
gi|13 : tgtttgtctccattcaaaatggggagccaacaaaaaacaaacttttcatgaggaacaaaaatataattttttcaaatagtttgataactatgacaggcctgaatatgtgtatttaaaaaaaataaaggtattcctacgttacattgtatttattaatacagcaacgtaatggtttgtagtaGTCTCCATTCAAAATGGCCAACTAACAAGGTATA--AACTTTTCAGGAAGAATAAAAATATAA-----TTT--TCAC--AAAGAGTTTGAGAATT---ACAGACC-----------AACTTGTATTTA--GAA-AAG--AAAGTAAAGGTATTCCAGCATT--TGA--T-TTTCGCCCTCTA-A--T-TT--ACAAGCAAAATCT----GT-------TAAAACTCTTTGTAGTA
gi|14 : AA------T----GTCCTCA-----TTT---TATAT-ATT----T--------------TTTCAGTC-T-ATAA--GAGCTG----TAT-----ATAT----GGTATTTT-ATGGGTACTATAATTT---TGAATG-TTC-GTCC-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------G--------A----CAT--------G--------TTCACATCGAC----CTGTTC---TG----A---------CA---------CGTTTTGCA---C-----GCA-AA--TG--AAGT-ATGAACTTCAGCACATTTTCATGT--AATATACCCAA------AATACTCAAAATttttttctgttaatttcagat
gi|15 : ----TAT-----ATATT--CGACATTTT-A--------ATA---T---TGCAGG-T--------------------------------------------------C--------A----CAT--------T--------GTTGAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATTG--GCTTTGCTGGTATTCA---C-----ACA-GG--TG--TAAT-ATGAA------CACA---TAATGT--AA
gi|15 : gtcaa---T-AAGTTCAGCATTTT-TAATGAAGACCAgttcagcatttttaatgaagaccacattcatgtatccct
gi|16 : gtcaatatatattcgacattttaatattgcaggtcacattgttgaaatgacctgttctgattggatattggctttgctggtattcacacaggtgtaatatgaacacataatgTTTT-A--------ATT---T---TGCA--------TAA-TT-T--T--------ATTAT-------------G--------CTC------A----CAT--------G--------ATCAAAATGAC----CT-------TGCAAAATTG-GATATCA--TATTCATCATTTTGCA---T-----GCA-GA--TA--CAAT-ATGAGCTTTAGCACATTTCAATGT--AAAATACCGAATGAATTAATACCcattcatgtatccct
gi|17 : tccttatGCAGTTT-A--------ATA---TAATTGCAGG-TAT-GCCC-TT-T--AT--AC---ATTTTTCACATATTATGTA--------C--------A----CAT--------G--------GCAAAAATGAC----CTGATC---TA----ACTG-Gaa
gi|18 : atatttcagcccttgaagtttcatgcccggacttttatacAAAAATATAA-----TCT--C--T--AAA-AGTCCGATAATT---ACAGACCT--------AAAACTTGTATTTAATAGA-AA---AAAAT-AAGGTAGCCCAACAGT--ACAGGTAT---ATATTT-A-TG-C-TT--AT-AG
gi|19 : ATCTTTGGTCTTCATTTAAAATGGCAAACTAAC---------------------------AAAAATAT-------TTC--C--C--ATATACATGGGTAATT---ACAGACCT-------GAAAACATG
gi|2 : atgtATCGTCGGTCTCTGTTCAAAATAGCGAACTAACAAAAACCA--AACGTTTCAGGAAGAACGAACAT-T-------TTC--T--C--AAATAGTTTTATGATC---ACAGACTT--------ACAATTAATACTTA--GAA-AACCTAATATA----TATTCAAAAGTT--ACA--T-T---GTATTC-ATT--T-TT--AC-AGTAGA--GT----AC-------TAG-----TTTGTAGTACAAACTGTTGCTTCAGCATTCT-A--GGCG-----TTTTGTATGAAAAA------T----GTTACTA---AT--------GATGATT----TC-GCTA--------T---AGCC-T-A-TA--AAGTT-----T-T-----ATGTT--CGG-ATTTT----------ATG---T---T-CGGA-TTT-AT-A-TT-TTGTT--AT---ATTTT-------------GTGCATATTC--------A----CAT--------G--------ATAAGAATAACATTTTTTTTC---TG----ATTG-GATATCA--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-CA--TG--CAGT--TGCAATACCGCACATTTAAATGTAAAAAAGATCGAA------CATATCCCATAGGGT---C--AGTTCGG--TTTTAGATTGGCGACCAACG-ATAT
gi|3 : ATCGTCAGTCTCCATTCATAATGACGAACTAACACATT-CA--AACTTTTAAGAAGGAACAAAGATGTAA-----TTT--T--CTCAAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------AAAAACGTGTATTTA--GCA-AA---AA--TAAAAGTATTCCAACATT--ACT--T-T---CTATTC-ACT--T-TT--AC-AGCAGA--GT----GC-------TTG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGTTTCGGCATTTTAATGGGCG--T-TTTT---ATGGAAAA------T----GTCTACA----TTTT---TATATATCT----GC-AGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--TAGT-GAA--TGT-----ATGTT--CTGCATTTT-A--------ATA---T---TGTAGG-TTT-G-CACTT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATCAC----AATTTC---TT----ATTG-GATATCA--GCTTTAACATTTTGTA---C-----ACA-GA--TG--CAAT-ACGAATTTCCGCAAATTTTAA-AT--AAAataacttcttctgtatgtatagaatatgtatttaata
gi|4 : ATCATTGGACTCCATTCAAAATGGCAAACTAGCAAAATACA--TACTTTTCCCGAGCAACAATAATATAA-----TTT--T--C--AATTAGTTTGAAAATT---ACAGACCA-------GAAAATCTGTATTAA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCTACATA--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AC-AGCACC--TT----GA-------TAT-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--AGCGTTT-TTTTTTTATGAACAT------T----GTCTTCA---ATTTT---GATATTACT----TCTGACA--------TTTCAGCCTT-A-AA--AAATTGAAACTGT-----ATGTT--CGGCATTTT-T--------ATA---T---TGCAGG-TTC-TTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GCCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATAG--ACTTTGTCATTTTGCA---C-----GCA-GA--TA--CTGT-ATGCAATTCGGCACATTTTAATGT--ATAGCACTGAA------AATACCCAAAGTGGTAAGTAAAGTTTGGCATTTT-TAATGGAGACCAATG-ATATttttaaagttcatcattttgaatatattttaaacttttatccctttaaaaaaatttgcagagaaatttttttagaatgtca
gi|5 : cTCATTGGTCTCCATTCAAAATGGTGAACTAACAAAATATATAAACTTTTCAGAAGGAACAGAAATATAA-----TTT--T--CTTAAATAGTTTGATCATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGCATTTA--G---AA---AAAATAAAGATATTCTAAAGTT--TCA--T-T---GTATTC-A-T--T-TTTCAC-AGCAGA--GT----AA-------TAA-----TTTGTTGTAAAAACTTTTGCTTCAGCATTCTCA--GGTG----TTTTTTTAT--AAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTAGT----TC-AGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AA--TGT---TGT-----ATGTT--CGCCATTTT-A--------TTA---T---TG-AGATTTC-ATCA-TT-T--TG--AC---ATTTT-------------G--------C--------ATAATCAT--------G--------TTCACAACGG---------TCAAATG----ATTG-GATATCA--GCTTCGTTGTTTTGCA---C-----ACA-GATCTG--CAG---TGA----------ATTTTAAAGT--AAAATACCAAA------AACACCCAAAATGG----T-AAGTTGGGCATTTC-GAATGTAGAGCAAAG-ATAT
gi|6 : ATCTTTGGCCTCC-TTCAAAATGGCGACGTAACAAAATACC--AGCTTTTCCG----AACAAATATGTAACGTGATTT--T--C----------TCA-AACT---ACAGACCT-------AAAATCTTG--------GAATAG---AAAACAAAGA-ATTCCAACATT--ACA--T-T---GTATTC-A-TC-T-TT--AT-AACCAG--TT----GC-------TCT-----TATGCGGTAGAAACTATTGCTTCGGTATTTTAA--AGCG--CCTTTTTTTA-GAAAAAAATATAT----ATCTTCA---TTGTT---TATATTGCT----TC-GGCA--------TTTCAGTA-T-A-AACAAAGTTA----CGTTTGGCATTTTATCAACATTTTTA--------ATA---T---TGCATG-TTC-GTCC-CT-T--TT--AC---ATTT--------------G--------C--------A----CATAATCATATG--------GTCAAAATAAT----TTGTTC---TG----GTTG-GATATCA--ACTTCGTTGTT-----------------------G--CAGT-AT-------C-CACATTTTAAGGT--GAAATACCGAA------CATTCCCAAAATAGT---T-AA-TTCGAC-TTTT-GAATGGAGgt
gi|7 : tATTGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAA-----TACA--AACTTTTCAGGACGAA---AATTTTTT-----TTT--T--CT-AAA-------ATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAA-----GGTATTCCGATATTTCAAA--T-T---GTTTTC-A-TA-T-TT--AA-AGCAGA--TT----AT-------TAG-----CTTGTAGTAGAAATTGCTGCTTTGGCATTT-CA--AGC---T-TTTTCTTATGAAAAA------T----GTCCTCAATTATTTT---TATATTACT----CA-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AG--AA---A----TAT-----ATGTT--CGGCATTTT-G--------ATA---T---TGAAGT-TTC-GTCA-TG-T--TC--AC---ATTTT-------------G--------T--------A----CAT--------G--------TTCAtc
gi|7 : tatTGTTC---GGC---ATTTTGATATTGAAGTTTCGTCATGTT-CA---CATTTTGTA-CA--TGTTCACTTATGGACTTCCGCACATTTTCCTGT--AAACTACCTAA------AATATTGAAA-----------------GCATTTT-GAGAGTAGACCAACG-ATATcttatggacttccgcacattttcctgtaaactacctaaaatattgaaagcattttgagagtagaccaacgatatgtccaccgtatactatatatgag
gi|8 : tatattgttggtctccattcaaaatggcgaactaatacaaacttttcaggacgaaaattttttttttctaaaataattacagacctgaaaacttgtatttagaaaaaaaggtattccgatatttcaaattgttttcatatttaaagcagattattagcttgtagtagaaattgctgctttggcatttcaagctttttcttatgaaaaatgtcctcaattatttttatattactcaggcatttcagcctaagaaatataCGTTGGTCTTAAT-CAAAATAGGGAACAAACAAAA-AAA--AGCTTTGCAGGAGGAACAAAAATTAAA-----TTTC-T--C--AAATGGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAA-----------------------AATAAAGGTATTCTGACATT--TCA--T-T---------------T-TT--AC-AGGAGA--GT-------------------------TAGTAA-------TGCTTTTGCATTTTCA--GGTA--T-TTT-TTTATGAAAAG------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTGCTTTGATC-AGCATTTGAAATTTTCAGCC-TAA-AA--AAGTT-----TGT-----GTGTT---GACATTTT-A--------CTA---T---TGCAGT-TTC-ATCA--T-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------CACATGTTGA----CAT--------G--------GTCTAAATGTT----TTGATC---TG----ATTG-GATATCA----------ATTTT-CA---C-----ACATTT--TA--AAGT-A--AAAT-------AT-----TG---AAAATATCTAA---------------AGTGGT---T-AA-TTCGTCTTTTT-AAATGGAGATCAAGG-ATATgtccaccgtatactatatatgag
gi|9 : ATTGTCAGTCTCGATTCAAAATGGCAAACTAACAAAATGCA--AA-----------AAAAAAAAA---------------------AGATTGTTT----ACT---ACAGATCTTGGTGCTGAAAACGTGTATTTA--GAA-AA---AAA-TCGCCGTATTCTAACGTT--TCA--T-T---GTATTC-A-TATT-TT--AC-AGCAGG--ATTATAACAATATAATAG-----TTTGTAGCAGAAAC---------GGTATTTTCA--GGCA--T-CTTTTT-GTGAAAAC------T----GTCTCCT---ATTTT---GATATAACA----TC-AACA--------TTTCAGCC-TAA-AA--AAGT------TGT-----ATGTT--TGGCATATT-A--------ATA---T------AAT-TTC--TCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------AG---CAC-----------------GTCAAa
gi|9 : tCATTTTGCAGCAC-----GTC-AA--TG--AAGT-ATTAAATTCCGCACATTA-AATGT--GAAATACCAAA------AATACTCATAATGGT---T--AGTGCTGCATTTT-GGATGGAGTCCAAAG-ATATtgaagtattaaattccgcacattaaatgtgaaataccaaaaatactcataatggttagtgctgcattttggatggagtccaaagatatgc
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111 11111111 1111111 1111 222222222222222222222 11 22222 1111 11111111 22222222 1111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111 111111 22222222222
lowQualScore : 2 22 44 1 11 0 444444444 22222222 1 555 33333333 0 0 0000000 888 22 1 44 44 3 555 3 8888 3 44 3 555 888888888888888888888 4 4 11 22222 99999999999 1111 555 2 6666 3 11111111 3 6 3 55 88888888 0 88888 666 0000000000 555 888 1 2 55 2 2 33 33 555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 555 9999 3 3333 3 888888888 33 44 44 3 000000 0 88 000000 55555555555 0 4 1 5
lowQualScore : . .. .. . .. . ......... ........ . ... ........ . . ....... ... .. . .. .. . ... . .... . .. . ... ..................... . . .. ..... ........... .... ... . .... . ........ . . . .. ........ . ..... ... .......... ... ... . . .. . . .. .. ... ........................................................ .... ... .... . .... . ......... .. .. .. . ...... . .. ...... ........... . . . .
lowQualScore : 5 22 22 4 00 8 111111111 77777777 4 000 44444444 8 8 2222222 555 22 5 22 22 1 444 1 7777 1 22 1 666 000000000000000000000 1 1 00 33333 88888888888 5555 888 6 5555 1 22222222 3 7 6 00 77777777 2 33333 333 6666666666 000 999 9 9 22 9 9 99 99 000 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 444 6666 1 8888 5 222222222 22 22 22 1 777777 9 55 555555 11111111111 9 0 4 0
consensus : NATCGTCGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAACAAAATACA--AACTTTTCAGGAGGAACAAAAATATAA-----TTT--T--C--AAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCAACGTT--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AC-AGCAGAG--T----GC-------TAG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCG--T-TTTTTTTATGAAAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTACT----TC-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AAGTTG----TGT-----ATGTT--CGGCATTTT-A--------ATA---T---TGCAGG-TTC-GTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATCG--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GA--TG--CAGT-ATGAANTTCCGCACATTTTAATGT--AAAATACCGAA------AATACCCAAAATGGT---T-AAGTTCGGCATTTT-GAATGGAGACCAACG-ATAT
Reference ( family-2290 ) : NATCGTCGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAACAAAATACA--AACTTTTCAGGAGGAACAAAAATATAA-----TTT--T--C--AAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCAACGTT--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AC-AGCAGAG--T----GC-------TAG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCG--T-TTTTTTTATGAAAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTACT----TC-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AAGTTG----TGT-----ATGTT--CGGCATTTT-A--------ATA---T---TGCAGG-TTC-GTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATCG--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GA--TG--CAGT-ATGAANTTCCGCACATTTTAATGT--AAAATACCGAA------AATACCCAAAATGGT---T-AAGTTCGGCATTTT-GAATGGAGACCAACG-ATAT
gi|1 : TTGTGGGTCTCCATTCAAAATGGCAAATTAACAATATATA--AACTCTTCAGAAGGAACAAACGTATAA-----TTTTCT--C--AAATGGTTTGATAATT---ACAGTCTT-------AAGAATTTGTACTTT--G---AA---AGTATAAAGACATTCCAACGAC--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AT-A-C------T----GC-------TAC-----TTTGTAGAAGAAATT-TTGGTTCGGCATTTTTA--GGTG----CTTGATTATGAAAAA------A----TTCCTCA---TTATG---TATATTATT----TC-GGCA--------TTTCACCC-T-T-AA--AA--TGA---TGT-----TTGTT--AGGCATTTG-A--------ATA---T---TACAGG-TTT-GTCT-TTCT--TT--TCTTTATTTA-------------A--------C--------A----CCT--------GTACACTCTGTCAAAATAAT----TTGTTC---TC----TTTG-AA----G-----TCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GA--TG--CAGT-GTGAAATACTGCATATTTCAATTTTAAAAAAAGTGAA------ACTATCCAAAAT----------GTTCGACA-TTT-GGATAGAGACCAACGTATAT
gi|10 : ATATAACT----TC-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AAGTTG----------------------CATTTT-A--------ATA---TAT-TGAAGG-TTCTGTCA-TT-T--TTTTAC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------GTTCACATGGTCAAAATGAC----CTGTTC---AG----ATTG-CATATCA--ACTTCGTCGATT---------------G-GA--TG--CAGT-ATGAACCTCCAAACATTTTATTGT--AAAATAGCGAA------AATACCCAAAACG---------GTTCGGCAATTT-GAATGGAGACCAACG-agataaacatgtttaaataaatagcttttcgaaaacatcctccgcacaaacgaaattcacaatcttgtatgtccaacattt
gi|11 : ttggATCGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCAAACTAACAAA-TATT--AACATTTTAGGAG------------------------------AAATAGTTTGATGATT---AGAAACCT-------TAAAACTTGTA------------------ACA---GTATTACAATATA--ACA--C-T---GTAGTC-A-TGTT-TT--AC-AGCAGAG--T----AC-------TC------TGTGTATTAGAAATTGTTGCTACGGC-TTTTAATGGAC--------TTTTAAGGAAAT------T----GTCCGCA---TTTTTTTTTATATTACT----TC-GGCA--------TATCAGCT-T-catgtatctagacagaatatatttatatagaatgcataactctgcacgggacttcaaaaccacgtattttaactttgtgttgtataagtacccacaatgtttaataa
gi|12 : GTCTCCATTCAAAATGGGGAGCCAACAAAAAACA--AACTTTTCATGAGGAACAAAAATATAATT---TTT--T--C--AAATAGTTTGATAACTATGACAGGCCT-------GAATATGTGTATTT----AA-AA---AAAATAAAGGTATTCCTACGTT--ACA--T-T---GTATTT-A-T--TAAT--AC-AGCAACG--T----AA-------TGG-----TTTGTAGTAGAAA
gi|12 : tgtttGAAAAA------TTTATGTCCTAA---ATTTT---GATATTACT----CT-GACA--------TTTaatttatgtcctaaattttgatattactctgacattt
gi|13 : tgtttgtctccattcaaaatggggagccaacaaaaaacaaacttttcatgaggaacaaaaatataattttttcaaatagtttgataactatgacaggcctgaatatgtgtatttaaaaaaaataaaggtattcctacgttacattgtatttattaatacagcaacgtaatggtttgtagtaGTCTCCATTCAAAATGGCCAACTAACAAGGTATA--AACTTTTCAGGAAGAATAAAAATATAA-----TTT--TCAC--AAAGAGTTTGAGAATT---ACAGACC-----------AACTTGTATTTA--GAA-AAG--AAAGTAAAGGTATTCCAGCATT--TGA--T-TTTCGCCCTCTA-A--T-TT--ACAAGCAAAATCT----GT-------TAAAACTCTTTGTAGTA
gi|14 : AA------T----GTCCTCA-----TTT---TATAT-ATT----T--------------TTTCAGTC-T-ATAA--GAGCTG----TAT-----ATAT----GGTATTTT-ATGGGTACTATAATTT---TGAATG-TTC-GTCC-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------G--------A----CAT--------G--------TTCACATCGAC----CTGTTC---TG----A---------CA---------CGTTTTGCA---C-----GCA-AA--TG--AAGT-ATGAACTTCAGCACATTTTCATGT--AATATACCCAA------AATACTCAAAATttttttctgttaatttcagat
gi|15 : ----TAT-----ATATT--CGACATTTT-A--------ATA---T---TGCAGG-T--------------------------------------------------C--------A----CAT--------T--------GTTGAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATTG--GCTTTGCTGGTATTCA---C-----ACA-GG--TG--TAAT-ATGAA------CACA---TAATGT--AA
gi|15 : gtcaa---T-AAGTTCAGCATTTT-TAATGAAGACCAgttcagcatttttaatgaagaccacattcatgtatccct
gi|16 : gtcaatatatattcgacattttaatattgcaggtcacattgttgaaatgacctgttctgattggatattggctttgctggtattcacacaggtgtaatatgaacacataatgTTTT-A--------ATT---T---TGCA--------TAA-TT-T--T--------ATTAT-------------G--------CTC------A----CAT--------G--------ATCAAAATGAC----CT-------TGCAAAATTG-GATATCA--TATTCATCATTTTGCA---T-----GCA-GA--TA--CAAT-ATGAGCTTTAGCACATTTCAATGT--AAAATACCGAATGAATTAATACCcattcatgtatccct
gi|17 : tccttatGCAGTTT-A--------ATA---TAATTGCAGG-TAT-GCCC-TT-T--AT--AC---ATTTTTCACATATTATGTA--------C--------A----CAT--------G--------GCAAAAATGAC----CTGATC---TA----ACTG-Gaa
gi|18 : atatttcagcccttgaagtttcatgcccggacttttatacAAAAATATAA-----TCT--C--T--AAA-AGTCCGATAATT---ACAGACCT--------AAAACTTGTATTTAATAGA-AA---AAAAT-AAGGTAGCCCAACAGT--ACAGGTAT---ATATTT-A-TG-C-TT--AT-AG
gi|19 : ATCTTTGGTCTTCATTTAAAATGGCAAACTAAC---------------------------AAAAATAT-------TTC--C--C--ATATACATGGGTAATT---ACAGACCT-------GAAAACATG
gi|2 : atgtATCGTCGGTCTCTGTTCAAAATAGCGAACTAACAAAAACCA--AACGTTTCAGGAAGAACGAACAT-T-------TTC--T--C--AAATAGTTTTATGATC---ACAGACTT--------ACAATTAATACTTA--GAA-AACCTAATATA----TATTCAAAAGTT--ACA--T-T---GTATTC-ATT--T-TT--AC-AGTAGAG--T----AC-------TAG-----TTTGTAGTACAAACTGTTGCTTCAGCATTCT-A--GGCG-----TTTTGTATGAAAAA------T----GTTACTA---AT--------GATGATT----TC-GCTA--------T---AGCC-T-A-TA--AAGTT-----T-T-----ATGTT--CGG-ATTTT----------ATG---T---T-CGGA-TTT-AT-A-TT-TTGTT--AT---ATTTT-------------GTGCATATTC--------A----CAT--------G--------ATAAGAATAACATTTTTTTTC---TG----ATTG-GATATCA--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-CA--TG--CAGT--TGCAATACCGCACATTTAAATGTAAAAAAGATCGAA------CATATCCCATAGGGT---C--AGTTCGG--TTTTAGATTGGCGACCAACG-ATAT
gi|3 : ATCGTCAGTCTCCATTCATAATGACGAACTAACACATT-CA--AACTTTTAAGAAGGAACAAAGATGTAA-----TTT--T--CTCAAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------AAAAACGTGTATTTA--GCA-AA---AA--TAAAAGTATTCCAACATT--ACT--T-T---CTATTC-ACT--T-TT--AC-AGCAGAG--T----GC-------TTG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGTTTCGGCATTTTAATGGGCG--T-TTTT---ATGGAAAA------T----GTCTACA----TTTT---TATATATCT----GC-AGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--TAGT-GAA--TGT-----ATGTT--CTGCATTTT-A--------ATA---T---TGTAGG-TTT-G-CACTT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATCAC----AATTTC---TT----ATTG-GATATCA--GCTTTAACATTTTGTA---C-----ACA-GA--TG--CAAT-ACGAATTTCCGCAAATTTTAA-AT--AAAataacttcttctgtatgtatagaatatgtatttaata
gi|4 : ATCATTGGACTCCATTCAAAATGGCAAACTAGCAAAATACA--TACTTTTCCCGAGCAACAATAATATAA-----TTT--T--C--AATTAGTTTGAAAATT---ACAGACCA-------GAAAATCTGTATTAA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCTACATA--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AC-AGCACCT--T----GA-------TAT-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--AGCGTTT-TTTTTTTATGAACAT------T----GTCTTCA---ATTTT---GATATTACT----TCTGACA--------TTTCAGCCTT-A-AA--AAATTGAAACTGT-----ATGTT--CGGCATTTT-T--------ATA---T---TGCAGG-TTC-TTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GCCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATAG--ACTTTGTCATTTTGCA---C-----GCA-GA--TA--CTGT-ATGCAATTCGGCACATTTTAATGT--ATAGCACTGAA------AATACCCAAAGTGGTAAGTAAAGTTTGGCATTTT-TAATGGAGACCAATG-ATATttttaaagttcatcattttgaatatattttaaacttttatccctttaaaaaaatttgcagagaaatttttttagaatgtca
gi|5 : cTCATTGGTCTCCATTCAAAATGGTGAACTAACAAAATATATAAACTTTTCAGAAGGAACAGAAATATAA-----TTT--T--CTTAAATAGTTTGATCATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGCATTTA--G---AA---AAAATAAAGATATTCTAAAGTT--TCA--T-T---GTATTC-A-T--T-TTTCAC-AGCAGAG--T----AA-------TAA-----TTTGTTGTAAAAACTTTTGCTTCAGCATTCTCA--GGTG----TTTTTTTAT--AAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTAGT----TC-AGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AA--TGT---TGT-----ATGTT--CGCCATTTT-A--------TTA---T---TG-AGATTTC-ATCA-TT-T--TG--AC---ATTTT-------------G--------C--------ATAATCAT--------G--------TTCACAACGG---------TCAAATG----ATTG-GATATCA--GCTTCGTTGTTTTGCA---C-----ACA-GATCTG--CAG---TGA----------ATTTTAAAGT--AAAATACCAAA------AACACCCAAAATGG----T-AAGTTGGGCATTTC-GAATGTAGAGCAAAG-ATAT
gi|6 : ATCTTTGGCCTCC-TTCAAAATGGCGACGTAACAAAATACC--AGCTTTTCCG----AACAAATATGTAACGTGATTT--T--C----------TCA-AACT---ACAGACCT-------AAAATCTTG--------GAATAG---AAAACAAAGA-ATTCCAACATT--ACA--T-T---GTATTC-A-TC-T-TT--AT-AACCAGT--T----GC-------TCT-----TATGCGGTAGAAACTATTGCTTCGGTATTTTAA--AGCG--CCTTTTTTTA-GAAAAAAATATAT----ATCTTCA---TTGTT---TATATTGCT----TC-GGCA--------TTTCAGTA-T-A-AACAAAGTTA----CGTTTGGCATTTTATCAACATTTTTA--------ATA---T---TGCATG-TTC-GTCC-CT-T--TT--AC---ATTT--------------G--------C--------A----CATAATCATATG--------GTCAAAATAAT----TTGTTC---TG----GTTG-GATATCA--ACTTCGTTGTT-----------------------G--CAGT-AT-------C-CACATTTTAAGGT--GAAATACCGAA------CATTCCCAAAATAGT---T-AA-TTCGAC-TTTT-GAATGGAGgt
gi|7 : tATTGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAA-----TACA--AACTTTTCAGGACGAA---AATTTTTT-----TTT--T--CT-AAA-------ATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAA-----GGTATTCCGATATTTCAAA--T-T---GTTTTC-A-TA-T-TT--AA-AGCAGAT--T----AT-------TAG-----CTTGTAGTAGAAATTGCTGCTTTGGCATTT-CA--AGC---T-TTTTCTTATGAAAAA------T----GTCCTCAATTATTTT---TATATTACT----CA-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AG--AA---A----TAT-----ATGTT--CGGCATTTT-G--------ATA---T---TGAAGT-TTC-GTCA-TG-T--TC--AC---ATTTT-------------G--------T--------A----CAT--------G--------TTCAtc
gi|7 : tatTGTTC---GGC---ATTTTGATATTGAAGTTTCGTCATGTT-CA---CATTTTGTA-CA--TGTTCACTTATGGACTTCCGCACATTTTCCTGT--AAACTACCTAA------AATATTGAAA-----------------GCATTTT-GAGAGTAGACCAACG-ATATcttatggacttccgcacattttcctgtaaactacctaaaatattgaaagcattttgagagtagaccaacgatatgtccaccgtatactatatatgag
gi|8 : tatattgttggtctccattcaaaatggcgaactaatacaaacttttcaggacgaaaattttttttttctaaaataattacagacctgaaaacttgtatttagaaaaaaaggtattccgatatttcaaattgttttcatatttaaagcagattattagcttgtagtagaaattgctgctttggcatttcaagctttttcttatgaaaaatgtcctcaattatttttatattactcaggcatttcagcctaagaaatataCGTTGGTCTTAAT-CAAAATAGGGAACAAACAAAA-AAA--AGCTTTGCAGGAGGAACAAAAATTAAA-----TTTC-T--C--AAATGGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAA-----------------------AATAAAGGTATTCTGACATT--TCA--T-T---------------T-TT--AC-AGGAGAG--T-------------------------TAGTAA-------TGCTTTTGCATTTTCA--GGTA--T-TTT-TTTATGAAAAG------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTGCTTTGATC-AGCATTTGAAATTTTCAGCC-TAA-AA--AAGTT-----TGT-----GTGTT---GACATTTT-A--------CTA---T---TGCAGT-TTC-ATCA--T-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------CACATGTTGA----CAT--------G--------GTCTAAATGTT----TTGATC---TG----ATTG-GATATCA----------ATTTT-CA---C-----ACATTT--TA--AAGT-A--AAAT-------AT-----TG---AAAATATCTAA---------------AGTGGT---T-AA-TTCGTCTTTTT-AAATGGAGATCAAGG-ATATgtccaccgtatactatatatgag
gi|9 : ATTGTCAGTCTCGATTCAAAATGGCAAACTAACAAAATGCA--AA-----------AAAAAAAAA---------------------AGATTGTTT----ACT---ACAGATCTTGGTGCTGAAAACGTGTATTTA--GAA-AA---AAA-TCGCCGTATTCTAACGTT--TCA--T-T---GTATTC-A-TATT-TT--AC-AGCAGGA--TTATAACAATATAATAG-----TTTGTAGCAGAAAC---------GGTATTTTCA--GGCA--T-CTTTTT-GTGAAAAC------T----GTCTCCT---ATTTT---GATATAACA----TC-AACA--------TTTCAGCC-TAA-AA--AAGT------TGT-----ATGTT--TGGCATATT-A--------ATA---T------AAT-TTC--TCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------AG---CAC-----------------GTCAAa
gi|9 : tCATTTTGCAGCAC-----GTC-AA--TG--AAGT-ATTAAATTCCGCACATTA-AATGT--GAAATACCAAA------AATACTCATAATGGT---T--AGTGCTGCATTTT-GGATGGAGTCCAAAG-ATATtgaagtattaaattccgcacattaaatgtgaaataccaaaaatactcataatggttagtgctgcattttggatggagtccaaagatatgc
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111 11111111 1111111 1111 222222222222222222222 11 22222 1111 11111111 22222222 1111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111 111111 22222222222
lowQualScore : 2 22 44 1 11 0 444444444 22222222 1 555 33333333 0 0 0000000 888 22 1 44 44 3 555 3 8888 3 44 3 555 888888888888888888888 4 4 11 22222 99999999999 1111 555 2 6666 3 11111111 3 6 3 55 88888888 0 88888 666 0000000000 555 888 1 2 55 2 2 33 33 555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 555 9999 3 3333 3 888888888 33 44 44 3 000000 0 88 000000 55555555555 0 4 1 5
lowQualScore : . .. .. . .. . ......... ........ . ... ........ . . ....... ... .. . .. .. . ... . .... . .. . ... ..................... . . .. ..... ........... .... ... . .... . ........ . . . .. ........ . ..... ... .......... ... ... . . .. . . .. .. ... ........................................................ .... ... .... . .... . ......... .. .. .. . ...... . .. ...... ........... . . . .
lowQualScore : 5 22 22 4 00 8 111111111 77777777 4 000 44444444 8 8 2222222 555 22 5 22 22 1 444 1 7777 1 22 1 666 000000000000000000000 1 1 00 33333 88888888888 5555 888 6 5555 1 22222222 3 7 6 00 77777777 2 33333 333 6666666666 000 999 9 9 22 9 9 99 99 000 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 444 6666 1 8888 5 222222222 22 22 22 1 777777 9 55 555555 11111111111 9 0 4 0
consensus : NATCGTCGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAACAAAATACA--AACTTTTCAGGAGGAACAAAAATATAA-----TTT--T--C--AAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCAACGTT--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AC-AGCAGAG--T----GC-------TAG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCG--T-TTTTTTTATGAAAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTACT----TC-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AAGTTG----TGT-----ATGTT--CGGCATTTT-A--------ATA---T---TGCAGG-TTC-GTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATCG--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GA--TG--CAGT-ATGAANTTCCGCACATTTTAATGT--AAAATACCGAA------AATACCCAAAATGGT---T-AAGTTCGGCATTTT-GAATGGAGACCAACG-ATAT
Reference ( family-2290 ) : NATCGTCGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAACAAAATACA--AACTTTTCAGGAGGAACAAAAATATAA-----TTT--T--C--AAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCAACGTT--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AC-AGCAGAG--T----GC-------TAG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCG--T-TTTTTTTATGAAAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTACT----TC-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AAGTTG----TGT-----ATGTT--CGGCATTTT-A--------ATA---T---TGCAGG-TTC-GTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATCG--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GA--TG--CAGT-ATGAANTTCCGCACATTTTAATGT--AAAATACCGAA------AATACCCAAAATGGT---T-AAGTTCGGCATTTT-GAATGGAGACCAACG-ATAT
gi|1 : TTGTGGGTCTCCATTCAAAATGGCAAATTAACAATATATA--AACTCTTCAGAAGGAACAAACGTATAA-----TTTTCT--C--AAATGGTTTGATAATT---ACAGTCTT-------AAGAATTTGTACTTT--G---AA---AGTATAAAGACATTCCAACGAC--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AT-A-C------T----GC-------TAC-----TTTGTAGAAGAAATT-TTGGTTCGGCATTTTTA--GGTG----CTTGATTATGAAAAA------A----TTCCTCA---TTATG---TATATTATT----TC-GGCA--------TTTCACCC-T-T-AA--AA--TGA---TGT-----TTGTT--AGGCATTTG-A--------ATA---T---TACAGG-TTT-GTCT-TTCT--TT--TCTTTATTTA-------------A--------C--------A----CCT--------GTACACTCTGTCAAAATAAT----TTGTTC---TC----TTTG-AA----G-----TCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GA--TG--CAGT-GTGAAATACTGCATATTTCAATTTTAAAAAAAGTGAA------ACTATCCAAAAT----------GTTCGACA-TTT-GGATAGAGACCAACGTATAT
gi|10 : ATATAACT----TC-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AAGTTG----------------------CATTTT-A--------ATA---TAT-TGAAGG-TTCTGTCA-TT-T--TTTTAC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------GTTCACATGGTCAAAATGAC----CTGTTC---AG----ATTG-CATATCA--ACTTCGTCGATT---------------G-GA--TG--CAGT-ATGAACCTCCAAACATTTTATTGT--AAAATAGCGAA------AATACCCAAAACG---------GTTCGGCAATTT-GAATGGAGACCAACG-agataaacatgtttaaataaatagcttttcgaaaacatcctccgcacaaacgaaattcacaatcttgtatgtccaacattt
gi|11 : ttggATCGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCAAACTAACAAA-TATT--AACATTTTAGGAG------------------------------AAATAGTTTGATGATT---AGAAACCT-------TAAAACTTGTA------------------ACA---GTATTACAATATA--ACA--C-T---GTAGTC-A-TGTT-TT--AC-AGCAGAG--T----AC-------TC------TGTGTATTAGAAATTGTTGCTACGGC-TTTTAATGGAC--------TTTTAAGGAAAT------T----GTCCGCA---TTTTTTTTTATATTACT----TC-GGCA--------TATCAGCT-T-catgtatctagacagaatatatttatatagaatgcataactctgcacgggacttcaaaaccacgtattttaactttgtgttgtataagtacccacaatgtttaataa
gi|12 : GTCTCCATTCAAAATGGGGAGCCAACAAAAAACA--AACTTTTCATGAGGAACAAAAATATAATT---TTT--T--C--AAATAGTTTGATAACTATGACAGGCCT-------GAATATGTGTATTT----AA-AA---AAAATAAAGGTATTCCTACGTT--ACA--T-T---GTATTT-A-T--TAAT--AC-AGCAACG--T----AA-------TGG-----TTTGTAGTAGAAA
gi|12 : tgtttGAAAAA------TTTATGTCCTAA---ATTTT---GATATTACT----CT-GACA--------TTTaatttatgtcctaaattttgatattactctgacattt
gi|13 : tgtttgtctccattcaaaatggggagccaacaaaaaacaaacttttcatgaggaacaaaaatataattttttcaaatagtttgataactatgacaggcctgaatatgtgtatttaaaaaaaataaaggtattcctacgttacattgtatttattaatacagcaacgtaatggtttgtagtaGTCTCCATTCAAAATGGCCAACTAACAAGGTATA--AACTTTTCAGGAAGAATAAAAATATAA-----TTT--TCAC--AAAGAGTTTGAGAATT---ACAGACC-----------AACTTGTATTTA--GAA-AAG--AAAGTAAAGGTATTCCAGCATT--TGA--T-TTTCGCCCTCTA-A--T-TT--ACAAGCAAAATCT----GT-------TAAAACTCTTTGTAGTA
gi|14 : AA------T----GTCCTCA-----TTT---TATAT-ATT----T--------------TTTCAGTC-T-ATAA--GAGCTG----TAT-----ATAT----GGTATTTT-ATGGGTACTATAATTT---TGAATG-TTC-GTCC-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------G--------A----CAT--------G--------TTCACATCGAC----CTGTTC---TG----A---------CA---------CGTTTTGCA---C-----GCA-AA--TG--AAGT-ATGAACTTCAGCACATTTTCATGT--AATATACCCAA------AATACTCAAAATttttttctgttaatttcagat
gi|15 : ----TAT-----ATATT--CGACATTTT-A--------ATA---T---TGCAGG-T--------------------------------------------------C--------A----CAT--------T--------GTTGAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATTG--GCTTTGCTGGTATTCA---C-----ACA-GG--TG--TAAT-ATGAA------CACA---TAATGT--AA
gi|15 : gtcaa---T-AAGTTCAGCATTTT-TAATGAAGACCAgttcagcatttttaatgaagaccacattcatgtatccct
gi|16 : gtcaatatatattcgacattttaatattgcaggtcacattgttgaaatgacctgttctgattggatattggctttgctggtattcacacaggtgtaatatgaacacataatgTTTT-A--------ATT---T---TGCA--------TAA-TT-T--T--------ATTAT-------------G--------CTC------A----CAT--------G--------ATCAAAATGAC----CT-------TGCAAAATTG-GATATCA--TATTCATCATTTTGCA---T-----GCA-GA--TA--CAAT-ATGAGCTTTAGCACATTTCAATGT--AAAATACCGAATGAATTAATACCcattcatgtatccct
gi|17 : tccttatGCAGTTT-A--------ATA---TAATTGCAGG-TAT-GCCC-TT-T--AT--AC---ATTTTTCACATATTATGTA--------C--------A----CAT--------G--------GCAAAAATGAC----CTGATC---TA----ACTG-Gaa
gi|18 : atatttcagcccttgaagtttcatgcccggacttttatacAAAAATATAA-----TCT--C--T--AAA-AGTCCGATAATT---ACAGACCT--------AAAACTTGTATTTAATAGA-AA---AAAAT-AAGGTAGCCCAACAGT--ACAGGTAT---ATATTT-A-TG-C-TT--AT-AG
gi|19 : ATCTTTGGTCTTCATTTAAAATGGCAAACTAAC---------------------------AAAAATAT-------TTC--C--C--ATATACATGGGTAATT---ACAGACCT-------GAAAACATG
gi|2 : atgtATCGTCGGTCTCTGTTCAAAATAGCGAACTAACAAAAACCA--AACGTTTCAGGAAGAACGAACAT-T-------TTC--T--C--AAATAGTTTTATGATC---ACAGACTT--------ACAATTAATACTTA--GAA-AACCTAATATA----TATTCAAAAGTT--ACA--T-T---GTATTC-ATT--T-TT--AC-AGTAGAG--T----AC-------TAG-----TTTGTAGTACAAACTGTTGCTTCAGCATTCT-A--GGCG-----TTTTGTATGAAAAA------T----GTTACTA---AT--------GATGATT----TC-GCTA--------T---AGCC-T-A-TA--AAGTT-----T-T-----ATGTT--CGG-ATTTT----------ATG---T---T-CGGA-TTT-AT-A-TT-TTGTT--AT---ATTTT-------------GTGCATATTC--------A----CAT--------G--------ATAAGAATAACATTTTTTTTC---TG----ATTG-GATATCA--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-CA--TG--CAGT--TGCAATACCGCACATTTAAATGTAAAAAAGATCGAA------CATATCCCATAGGGT---C--AGTTCGG--TTTTAGATTGGCGACCAACG-ATAT
gi|3 : ATCGTCAGTCTCCATTCATAATGACGAACTAACACATT-CA--AACTTTTAAGAAGGAACAAAGATGTAA-----TTT--T--CTCAAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------AAAAACGTGTATTTA--GCA-AA---AA--TAAAAGTATTCCAACATT--ACT--T-T---CTATTC-ACT--T-TT--AC-AGCAGAG--T----GC-------TTG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGTTTCGGCATTTTAATGGGCG--T-TTTT---ATGGAAAA------T----GTCTACA----TTTT---TATATATCT----GC-AGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--TAGT-GAA--TGT-----ATGTT--CTGCATTTT-A--------ATA---T---TGTAGG-TTT-G-CACTT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATCAC----AATTTC---TT----ATTG-GATATCA--GCTTTAACATTTTGTA---C-----ACA-GA--TG--CAAT-ACGAATTTCCGCAAATTTTAA-AT--AAAataacttcttctgtatgtatagaatatgtatttaata
gi|4 : ATCATTGGACTCCATTCAAAATGGCAAACTAGCAAAATACA--TACTTTTCCCGAGCAACAATAATATAA-----TTT--T--C--AATTAGTTTGAAAATT---ACAGACCA-------GAAAATCTGTATTAA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCTACATA--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AC-AGCACCT--T----GA-------TAT-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--AGCGTTT-TTTTTTTATGAACAT------T----GTCTTCA---ATTTT---GATATTACT----TCTGACA--------TTTCAGCCTT-A-AA--AAATTGAAACTGT-----ATGTT--CGGCATTTT-T--------ATA---T---TGCAGG-TTC-TTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GCCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATAG--ACTTTGTCATTTTGCA---C-----GCA-GA--TA--CTGT-ATGCAATTCGGCACATTTTAATGT--ATAGCACTGAA------AATACCCAAAGTGGTAAGTAAAGTTTGGCATTTT-TAATGGAGACCAATG-ATATttttaaagttcatcattttgaatatattttaaacttttatccctttaaaaaaatttgcagagaaatttttttagaatgtca
gi|5 : cTCATTGGTCTCCATTCAAAATGGTGAACTAACAAAATATATAAACTTTTCAGAAGGAACAGAAATATAA-----TTT--T--CTTAAATAGTTTGATCATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGCATTTA--G---AA---AAAATAAAGATATTCTAAAGTT--TCA--T-T---GTATTC-A-T--T-TTTCAC-AGCAGAG--T----AA-------TAA-----TTTGTTGTAAAAACTTTTGCTTCAGCATTCTCA--GGTG----TTTTTTTAT--AAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTAGT----TC-AGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AA--TGT---TGT-----ATGTT--CGCCATTTT-A--------TTA---T---TG-AGATTTC-ATCA-TT-T--TG--AC---ATTTT-------------G--------C--------ATAATCAT--------G--------TTCACAACGG---------TCAAATG----ATTG-GATATCA--GCTTCGTTGTTTTGCA---C-----ACA-GATCTG--CAG---TGA----------ATTTTAAAGT--AAAATACCAAA------AACACCCAAAATGG----T-AAGTTGGGCATTTC-GAATGTAGAGCAAAG-ATAT
gi|6 : ATCTTTGGCCTCC-TTCAAAATGGCGACGTAACAAAATACC--AGCTTTTCCG----AACAAATATGTAACGTGATTT--T--C----------TCA-AACT---ACAGACCT-------AAAATCTTG--------GAATAG---AAAACAAAGA-ATTCCAACATT--ACA--T-T---GTATTC-A-TC-T-TT--AT-AACCAGT--T----GC-------TCT-----TATGCGGTAGAAACTATTGCTTCGGTATTTTAA--AGCG--CCTTTTTTTA-GAAAAAAATATAT----ATCTTCA---TTGTT---TATATTGCT----TC-GGCA--------TTTCAGTA-T-A-AACAAAGTTA----CGTTTGGCATTTTATCAACATTTTTA--------ATA---T---TGCATG-TTC-GTCC-CT-T--TT--AC---ATTT--------------G--------C--------A----CATAATCATATG--------GTCAAAATAAT----TTGTTC---TG----GTTG-GATATCA--ACTTCGTTGTT-----------------------G--CAGT-AT-------C-CACATTTTAAGGT--GAAATACCGAA------CATTCCCAAAATAGT---T-AA-TTCGAC-TTTT-GAATGGAGgt
gi|7 : tATTGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAA-----TACA--AACTTTTCAGGACGAA---AATTTTTT-----TTT--T--CT-AAA-------ATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAA-----GGTATTCCGATATTTCAAA--T-T---GTTTTC-A-TA-T-TT--AA-AGCAGAT--T----AT-------TAG-----CTTGTAGTAGAAATTGCTGCTTTGGCATTT-CA--AGC---T-TTTTCTTATGAAAAA------T----GTCCTCAATTATTTT---TATATTACT----CA-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AG--AA---A----TAT-----ATGTT--CGGCATTTT-G--------ATA---T---TGAAGT-TTC-GTCA-TG-T--TC--AC---ATTTT-------------G--------T--------A----CAT--------G--------TTCAtc
gi|7 : tatTGTTC---GGC---ATTTTGATATTGAAGTTTCGTCATGTT-CA---CATTTTGTA-CA--TGTTCACTTATGGACTTCCGCACATTTTCCTGT--AAACTACCTAA------AATATTGAAA-----------------GCATTTT-GAGAGTAGACCAACG-ATATcttatggacttccgcacattttcctgtaaactacctaaaatattgaaagcattttgagagtagaccaacgatatgtccaccgtatactatatatgag
gi|8 : tatattgttggtctccattcaaaatggcgaactaatacaaacttttcaggacgaaaattttttttttctaaaataattacagacctgaaaacttgtatttagaaaaaaaggtattccgatatttcaaattgttttcatatttaaagcagattattagcttgtagtagaaattgctgctttggcatttcaagctttttcttatgaaaaatgtcctcaattatttttatattactcaggcatttcagcctaagaaatataCGTTGGTCTTAAT-CAAAATAGGGAACAAACAAAA-AAA--AGCTTTGCAGGAGGAACAAAAATTAAA-----TTTC-T--C--AAATGGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAA-----------------------AATAAAGGTATTCTGACATT--TCA--T-T---------------T-TT--AC-AGGAGAG--T-------------------------TAGTAA-------TGCTTTTGCATTTTCA--GGTA--T-TTT-TTTATGAAAAG------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTGCTTTGATC-AGCATTTGAAATTTTCAGCC-TAA-AA--AAGTT-----TGT-----GTGTT---GACATTTT-A--------CTA---T---TGCAGT-TTC-ATCA--T-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------CACATGTTGA----CAT--------G--------GTCTAAATGTT----TTGATC---TG----ATTG-GATATCA----------ATTTT-CA---C-----ACATTT--TA--AAGT-A--AAAT-------AT-----TG---AAAATATCTAA---------------AGTGGT---T-AA-TTCGTCTTTTT-AAATGGAGATCAAGG-ATATgtccaccgtatactatatatgag
gi|9 : ATTGTCAGTCTCGATTCAAAATGGCAAACTAACAAAATGCA--AA-----------AAAAAAAAA---------------------AGATTGTTT----ACT---ACAGATCTTGGTGCTGAAAACGTGTATTTA--GAA-AA---AAA-TCGCCGTATTCTAACGTT--TCA--T-T---GTATTC-A-TATT-TT--AC-AGCAGGA--TTATAACAATATAATAG-----TTTGTAGCAGAAAC---------GGTATTTTCA--GGCA--T-CTTTTT-GTGAAAAC------T----GTCTCCT---ATTTT---GATATAACA----TC-AACA--------TTTCAGCC-TAA-AA--AAGT------TGT-----ATGTT--TGGCATATT-A--------ATA---T------AAT-TTC--TCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------AG---CAC-----------------GTCAAa
gi|9 : tCATTTTGCAGCAC-----GTC-AA--TG--AAGT-ATTAAATTCCGCACATTA-AATGT--GAAATACCAAA------AATACTCATAATGGT---T--AGTGCTGCATTTT-GGATGGAGTCCAAAG-ATATtgaagtattaaattccgcacattaaatgtgaaataccaaaaatactcataatggttagtgctgcattttggatggagtccaaagatatgc
blockSeqs : T AA TA G GG GTAACGTGA TCAC T ATG TGGTGCTG AATAGA CCT AA A TC GG A TTC T TGT A TC A ATC TATAACAATATAATAG G A TG GTTT AATATAT ATTA TTT A TTGA T TTTGAAAT T A T CA ATTGAAAC TTGGC ATC ATGGGTACT ATT AAT A T TG C . TG TT . TCACATATTATGTACACATG ATTT AAA CAAA T GAAG G CATTTT TT TC TT T CCTCCA AA TGAATT GGTAAGTAAAG A C .
blockSeqs : T GT . G AG ATAATT TCTC T . T AGAA G AG A . . . . . TAT . . . G GTTAAAACTC G A TG GCC TTTAT T . T . . . . A . . GTGAA . C TA . AT A . G . . . . . GCACATGTTCACATG . . C . AA T GCAC G . . . CTTCAG . . GGTCAG . C .
blockSeqs : C AA . G AG ATAA TCTT G . G AGAA . AA A . . . . . TG . . . G AATGG G C . GT T A . T . . . . . . . GTTG . C A . . C . G . . . . . GTGCATATTCACATG . . . . GG G C A . . . CTTTAG . . GGTAAG . T .
blockSeqs : C TT . G GG ATAA TCT T . G AGCA . TA A . . . . . TT . . . G ACTAG G C . AT T A . G . . . . . . . GCTG . C A . . C . A . . . . . GCACATAATCATATG . . . . AT G C G . . . ATACCG . . AGTTAA . A .
blockSeqs : T AT . A GC GTAA CTC T . A AGAA . AA A . . . . . CT . . . G GCTTG T A . AT T A . A . . . . . . . GTTA . C A . . C . G . . . . . GCACATGTTGACATG . . . . AG G T G . . . TTTCCG . . GGTTAA . C .
blockSeqs : T AT . G GG ATAA TC T . G GAAT . AA A . . . . . TC . . . T GATAT A C . G T A . T . . . . . . . GTT . C A . . C . T . . . . . GCATAATCATG . . . . AG G C C . . . ATTCGG . . GGTTAG . G .
blockSeqs : T AT . A CG ATAA CT T . G AGAA . AA A . . . . . TA . . . G AATAA G C . G T T . T . . . . . . . TGT . C A . . T . A . . . . . GCTCACATG . . . . GA G C G . . . CTTCCG . . GG . A .
blockSeqs : T AT . G GG TTTT CC T . A AGAA . AA A . . . . . T . . . T GCTCT . C . T T A . T . . . . . . . GTT . T T . . C . G . . . . . GGACATG . . . . AG G C G . . . ATTCCG . . . .
blockSeqs : T T . G G TAAA TC T . G AA . A G . . . . . A . . . T ATTAG . . . . T A . T . . . . . . . GT . . A . . C . G . . . . . GCACATG . . . . AA . C G . . . AT . . .
blockSeqs : C T . . A AT TC T . G AG . A . . . . . . T . . . G ACTC T . . T . . . . . . . A . . G . . A . A . . . . . GCACATG . . . . A . C C . . . C . .
blockSeqs : A . . . T TC . . . . . A . . . . . . T . . . A . T . . A . . . . . . . A . . C . . . . . . . GTACATG . . . . A . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . GCAGCAC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . CACATT
blockSeqCons : TC****** AGAA*** TT** G** *** AG** ** GGTTAG*****
originalCons : NATCGTCGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAACAAAATACA--AACTTTTCAGGAGGAACAAAAATATAA-----TTT--T--C--AAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCAACGTT--ACA--T-T---GTATTC-A-T--T-TT--AC-AGCAGAG--T----GC-------TAG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCG--T-TTTTTTTATGAAAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTACT----TC-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AAGTTG----TGT-----ATGTT--CGGCATTTT-A--------ATA---T---TGCAGG-TTC-GTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATCG--GCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GA--TG--CAGT-ATGAANTTCCGCACATTTTAATGT--AAAATACCGAA------AATACCCAAAATGGT---T-AAGTTCGGCATTTT-GAATGGAGACCAACG-ATAT
finalCons : NATCGTCGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAACAAAATACA--AACTTTTCAGGAGGAACAAAAATATAA-----TTTTC------AAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTAGAA---AA---AAAATAAAGGTATTCCAACGTT--ACA--T-T---GTATTC-ATT--T-TT--AC-AGCAGAG--T----GC-------TAG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCG--T-TTTTTTTATGAAAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTACT----TC-GGCA--------TTTCAGCC-T-A-AA--AAGTTG----TGT-----ATGTT--CGGCATTTT-A--------ATA---T---TGCAGG-TTC-GTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATCAG--CTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GA--TG--CAGT-ATGAANTTCCGCACATTTTAATGT--AAAATACCGAA------AATACCCAAAATGGTTAG-----TTCGGCATTTT-GAATGGAGACCAACG-ATAT
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111 11111111 11111111 222222222222222222222 11 111 1111 11111111 1 22222222222222222 1111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 1111111 222222222
lowQualScore : 2 22 44 1 11 0 444444444 22222222 1 555 33333333 0 0 666 1 3 888 77 1 0 44 44 3 0 22222222 3 3 3 555 888888888888888888888 4 4 11 111 888 99999999999 1111 555 2 6666 3 11111111 0 3 55 66666666666666666 666 0000000000 555 888 1 6666 2 2 33 33 555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 555 9999 3 44 66 3 888888888 33 44 44 3 222222 0 88 1 0000000 0 111111111 0 4 1 5
lowQualScore : . .. .. . .. . ......... ........ . ... ........ . . ... . . ... .. . . .. .. . . ........ . . . ... ..................... . . .. ... ... ........... .... ... . .... . ........ . . .. ................. ... .......... ... ... . .... . . .. .. ... ........................................................ .... ... .... . .. .. . ......... .. .. .. . ...... . .. . ....... . ......... . . . .
lowQualScore : 5 22 22 4 00 8 111111111 77777777 4 000 44444444 8 8 555 5 1 555 88 5 5 22 22 1 8 22222222 1 1 1 666 000000000000000000000 1 1 00 999 777 88888888888 5555 888 6 5555 1 22222222 0 6 00 44444444444444444 333 6666666666 000 999 9 2222 9 9 99 99 000 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 444 6666 1 66 22 5 222222222 22 22 22 1 666666 9 55 0 7777777 4 999999999 9 0 4 0
consensus : NATCGTCGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAACAAAATACA--AACTTTTCAGGAGGAACAAAAATATAA-----TTT--T--C--AAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCAACGTT--ACA--T-TGTATTCAT-T------TT-T-AC-AGCAGAG--T----GC-------TAG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCGT-TTTTTTT--ATGAAAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTACT----TC-GGCA--------TTTCAGCCT-A-AA--AA-GTTG----TGT-----ATGTT--CGGCATTTT-A--------ATA---T---TGCAGGTT-C-GTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATC--AGCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GAT--G--CAGT-ATGAANTTCCGCACATTTTAATGT--AAAATACCGAA------AATACCCAAAATGGT---T--AGTTCGGCATTTT-GAATGGAGACCAACG-ATAT
Reference ( family-2290 ) : NATCGTCGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAACAAAATACA--AACTTTTCAGGAGGAACAAAAATATAA-----TTT--T--C--AAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCAACGTT--ACA--T-TGTATTCAT-T------TT-T-AC-AGCAGAG--T----GC-------TAG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--GGCGT-TTTTTTT--ATGAAAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTACT----TC-GGCA--------TTTCAGCCT-A-AA--AA-GTTG----TGT-----ATGTT--CGGCATTTT-A--------ATA---T---TGCAGGTT-C-GTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATC--AGCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GAT--G--CAGT-ATGAANTTCCGCACATTTTAATGT--AAAATACCGAA------AATACCCAAAATGGT---T--AGTTCGGCATTTT-GAATGGAGACCAACG-ATAT
gi|1 : TTGTGGGTCTCCATTCAAAATGGCAAATTAACAATATATA--AACTCTTCAGAAGGAACAAACGTATAA-----TTTTCT--C--AAATGGTTTGATAATT---ACAGTCTT-------AAGAATTTGTACTTT--G---AA---AGTATAAAGACATTCCAACGAC--ACA--T-TGTATTCAT-T------TTAT-AC----------T----GC-------TAC-----TTTGTAGAAGAAATT-TTGGTTCGGCATTTTTA--GGTG--CTTGATT--ATGAAAAA------A----TTCCTCA---TTATG---TATATTATT----TC-GGCA--------TTTCACCCT-T-AA--AA---TGA---TGT-----TTGTT--AGGCATTTG-A--------ATA---T---TACAGGTT-T-GTCT-TTCT--TT--TCTTTATTTA-------------A--------C--------A----CCT--------GTACACTCTGTCAAAATAAT----TTGTTC---TC----TTTG-A-------AG--TCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-GAT--G--CAGT-GTGAAATACTGCATATTTCAATTTTAAAAAAAGTGAA------ACTATCCAAAAT----------GTTCGACA-TTT-GGATAGAGACCAACGTATAT
gi|10 : ATATAACT----TC-GGCA--------TTTCAGCCT-A-AA--AA-GTTG----------------------CATTTT-A--------ATA---TAT-TGAAGGTT-CTGTCA-TT-T--TTTTAC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------GTTCACATGGTCAAAATGAC----CTGTTC---AG----ATTG-CATATC--AACTTCGTCGATT---------------G-GAT--G--CAGT-ATGAACCTCCAAACATTTTATTGT--AAAATAGCGAA------AATACCCAAAACG---------GTTCGGCAATTT-GAATGGAGACCAACG-agataaacatgtttaaataaatagcttttcgaaaacatcctccgcacaaacgaaattcacaatcttgtatgtccaacattt
gi|11 : ttggATCGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCAAACTAACAAA-TATT--AACATTTTAGGAG------------------------------AAATAGTTTGATGATT---AGAAACCT-------TAAAACTTGTA------------------ACA---GTATTACAATATA--ACA--C-TGTAGTCATGT------TT-T-AC-AGCAGAG--T----AC-------TC------TGTGTATTAGAAATTGTTGCTACGGC-TTTTAATGGAC------TTTT--AAGGAAAT------T----GTCCGCA---TTTTTTTTTATATTACT----TC-GGCA--------TATCAGCTT-catgtatctagacagaatatatttatatagaatgcataactctgcacgggacttcaaaaccacgtattttaactttgtgttgtataagtacccacaatgtttaataa
gi|12 : GTCTCCATTCAAAATGGGGAGCCAACAAAAAACA--AACTTTTCATGAGGAACAAAAATATAATT---TTT--T--C--AAATAGTTTGATAACTATGACAGGCCT-------GAATATGTGTATTT----AA-AA---AAAATAAAGGTATTCCTACGTT--ACA--T-TGTATTTAT-T------AA-T-AC-AGCAACG--T----AA-------TGG-----TTTGTAGTAGAAA
gi|12 : tgtttGAAAAA------TTTATGTCCTAA---ATTTT---GATATTACT----CT-GACA--------TTTaatttatgtcctaaattttgatattactctgacattt
gi|13 : tgtttgtctccattcaaaatggggagccaacaaaaaacaaacttttcatgaggaacaaaaatataattttttcaaatagtttgataactatgacaggcctgaatatgtgtatttaaaaaaaataaaggtattcctacgttacattgtatttattaatacagcaacgtaatggtttgtagtaGTCTCCATTCAAAATGGCCAACTAACAAGGTATA--AACTTTTCAGGAAGAATAAAAATATAA-----TTT--TCAC--AAAGAGTTTGAGAATT---ACAGACC-----------AACTTGTATTTA--GAA-AAG--AAAGTAAAGGTATTCCAGCATT--TGA--T-T---TTCGC-CCTCTAATT-T-ACAAGCAAAATCT----GT-------TAAAACTCTTTGTAGTA
gi|14 : AA------T----GTCCTCA-----TTT---TATAT-ATT----T--------------TTTCAGTCT-ATAA--GA-GCTG----TAT-----ATAT----GGTATTTT-ATGGGTACTATAATTT---TGAATGTT-C-GTCC-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------G--------A----CAT--------G--------TTCACATCGAC----CTGTTC---TG----A---------C--A-------CGTTTTGCA---C-----GCA-AAT--G--AAGT-ATGAACTTCAGCACATTTTCATGT--AATATACCCAA------AATACTCAAAATttttttctgttaatttcagat
gi|15 : ----TAT-----ATATT--CGACATTTT-A--------ATA---T---TGCAGGT---------------------------------------------------C--------A----CAT--------T--------GTTGAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATT--GGCTTTGCTGGTATTCA---C-----ACA-GGT--G--TAAT-ATGAA------CACA---TAATGT--A-------------------------------------AGTTCAGCATTTT-TAATGAAGACCA
gi|16 : gtcaaTTTT-A--------ATT---T---TGCA--------TAA-TT-T--T--------ATTAT-------------G--------CTC------A----CAT--------G--------ATCAAAATGAC----CT-------TGCAAAATTG-GATATC--ATATTCATCATTTTGCA---T-----GCA-GAT--A--CAAT-ATGAGCTTTAGCACATTTCAATGT--AAAATACCGAATGAATTAATACCcattcatgtatccct
gi|17 : tccttatGCAGTTT-A--------ATA---TAATTGCAGGTA-T-GCCC-TT-T--AT--AC---ATTTTTCACATATTATGTA--------C--------A----CAT--------G--------GCAAAAATGAC----CTGATC---TA----ACTG-Gaa
gi|18 : atatttcagcccttgaagtttcatgcccggacttttatacAAAAATATAA-----TCT--C--T--AAA-AGTCCGATAATT---ACAGACCT--------AAAACTTGTATTTAATAGA-AA---AAAAT-AAGGTAGCCCAACAGT--ACAGGTATATATTTAT-G------CT-T-AT-AG
gi|19 : ATCTTTGGTCTTCATTTAAAATGGCAAACTAAC---------------------------AAAAATAT-------TTC--C--C--ATATACATGGGTAATT---ACAGACCT-------GAAAACATG
gi|2 : atgtATCGTCGGTCTCTGTTCAAAATAGCGAACTAACAAAAACCA--AACGTTTCAGGAAGAACGAACAT-T-------TTC--T--C--AAATAGTTTTATGATC---ACAGACTT--------ACAATTAATACTTA--GAA-AACCTAATATA----TATTCAAAAGTT--ACA--T-TGTATTCAT-T------TT-T-AC-AGTAGAG--T----AC-------TAG-----TTTGTAGTACAAACTGTTGCTTCAGCATTCT-A--GGCG---TTTTGT--ATGAAAAA------T----GTTACTA---AT--------GATGATT----TC-GCTA--------T---AGCCT-A-TA--AA-GTT-----T-T-----ATGTT--CGG-ATTTT----------ATG---T---T-CGGATT-T-AT-A-TT-TTGTT--AT---ATTTT-------------GTGCATATTC--------A----CAT--------G--------ATAAGAATAACATTTTTTTTC---TG----ATTG-GATATC--AGCTTCGTCGTTTTGCA---C-----GCA-CAT--G--CAGT--TGCAATACCGCACATTTAAATGTAAAAAAGATCGAA------CATATCCCATAGGGT---C--AGTTCGG--TTTTAGATTGGCGACCAACG-ATAT
gi|3 : ATCGTCAGTCTCCATTCATAATGACGAACTAACACATT-CA--AACTTTTAAGAAGGAACAAAGATGTAA-----TTT--T--CTCAAATAGTTTGATAATT---ACAGACCT-------AAAAACGTGTATTTA--GCA-AA---AA--TAAAAGTATTCCAACATT--ACT--T-TCTATTCAC-T------TT-T-AC-AGCAGAG--T----GC-------TTG-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGTTTCGGCATTTTAATGGGCGT-TTTT-----ATGGAAAA------T----GTCTACA----TTTT---TATATATCT----GC-AGCA--------TTTCAGCCT-A-AA--TA-GT-GAA--TGT-----ATGTT--CTGCATTTT-A--------ATA---T---TGTAGGTT-T-G-CACTT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GTCAAAATCAC----AATTTC---TT----ATTG-GATATC--AGCTTTAACATTTTGTA---C-----ACA-GAT--G--CAAT-ACGAATTTCCGCAAATTTTAA-AT--AAAataacttcttctgtatgtatagaatatgtatttaata
gi|4 : ATCATTGGACTCCATTCAAAATGGCAAACTAGCAAAATACA--TACTTTTCCCGAGCAACAATAATATAA-----TTT--T--C--AATTAGTTTGAAAATT---ACAGACCA-------GAAAATCTGTATTAA--GAA-AA---AAAATAAAGGTATTCCTACATA--ACA--T-TGTATTCAT-T------TT---AC-AGCACCT--T----GA-------TAT-----TTTGTAGTAGAAACTGTTGCTTCGGCATTTTCA--AGCGT-TTTTTTTTTATGAACAT------T----GTCTTCA---ATTTT---GATATTACT----TCTGACA--------TTTCAGCCTTA-AA--AA-ATTGAAACTGT-----ATGTT--CGGCATTTT-T--------ATA---T---TGCAGGTT-C-TTCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------A----CAT--------G--------GCCAAAATGAC----CTGTTC---TG----ATTG-GATATA--GACTTTGTCATTTTGCA---C-----GCA-GAT--A--CTGT-ATGCAATTCGGCACATTTTAATGT--ATAGCACTGAA------AATACCCAAAGTGGTAAGTAAAGTTTGGCATTTT-TAATGGAGACCAATG-ATATttttaaagttcatcattttgaatatattttaaacttttatccctttaaaaaaatttgcagagaaatttttttagaatgtca
gi|5 : cTCATTGGTCTCCATTCAAAATGGTGAACTAACAAAATATATAAACTTTTCAGAAGGAACAGAAATATAA-----TTT--T--CTTAAATAGTTTGATCATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGCATTTA--GAA-AA---AA--TAAAGATATTCTAAAGTT--TCA--T-TGTATTCAT-T------TT-TCAC-AGCAGAG--T----AA-------TAA-----TTTGTTGTAAAAACTTTTGCTTCAGCATTCTCA--GGTGT-TTTTTT---AT--AAAA------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTAGT----TC-AGCA--------TTTCAGCCT-A-AA--AATGTTG----T-------ATGTT--CGCCATTTT-A--------TTA---T---TG-AGATTTC-ATCA-TT-T--TG--AC---ATTTT-------------G--------C--------ATAATCAT--------G--------TTCACAACGG---------TCAAATG----ATTG-GATATC--AGCTTCGTTGTTTTGCA---C-----ACA-GATCTG--CAGT---GAA----------TTTTAAAGT--AAAATACCAAA------AACACCCAAAATGGT---A--AGTTGGGCATTTC-GAATGTAGAGCAAAG-ATAT
gi|6 : ATCTTTGGCCTCC-TTCAAAATGGCGACGTAACAAAATACC--AGCTTTTCCG----AACAAATATGTAACGTGATTT--T--C----------TCA-AACT---ACAGACCT-------AAAATCTTG--------GAATAG---AAAACAAAGA-ATTCCAACATT--ACA--T-TGTATTCAT-C------TT-T-AT-AACCAGT--T----GC-------TCT-----TATGCGGTAGAAACTATTGCTTCGGTATTTTAA--AGCGCCTTTTTTT--A-GAAAAAAATATAT----ATCTTCA---TTGTT---TATATTGCT----TC-GGCA--------TTTCAGTAT-A-AACAAA-GTTA----CGTTTGGCATTTTATCAACATTTTTA--------ATA---T---TGCATGTT-C-GTCC-CT-T--TT--AC---ATTT--------------G--------C--------A----CATAATCATATG--------GTCAAAATAAT----TTGTTC---TG----GTTG-GATATC--AACTTCGTTGTT-----------------------G--CAGT-AT-------C-CACATTTTAAGGT--GAAATACCGAA------CATTCCCAAAATAGT---T--AATTCGAC-TTTT-GAATGGAGgt
gi|7 : tATTGTTGGTCTCCATTCAAAATGGCGAACTAA-----TACA--AACTTTTCAGGACGAA---AATTTTTT-----TTT--T--CT-AAA-------ATAATT---ACAGACCT-------GAAAACTTGTATTTA--GAA-AA---AAA-----GGTATTCCGATATTTCAAA--T-TGTTTTCAT-A------TT-T-AA-AGCAGAT--T----AT-------TAG-----CTTGTAGTAGAAATTGCTGCTTTGGCATTT-CA--AGC-T-TTTTCTT--ATGAAAAA------T----GTCCTCAATTATTTT---TATATTACT----CA-GGCA--------TTTCAGCCT-A-AG--AA----A----TAT-----ATGTT--CGGCATTTT-G--------ATA---T---TGAAGTTT-C-GTCA-TG-T--TC--AC---ATTTT-------------G--------T--------A----CAT--------G--------TTCAtc
gi|7 : tatTGTTC---GGC---ATTTTGATATTGAAGTTTCGTCATGTT-CA---CATTTTGTA-CAT--GTTCACTTATGGACTTCCGCACATTTTCCTGT--AAACTACCTAA------AATATTGAAA-----------------GCATTTT-GAGAGTAGACCAACG-ATATcttatggacttccgcacattttcctgtaaactacctaaaatattgaaagcattttgagagtagaccaacgatatgtccaccgtatactatatatgag
gi|8 : tatattgttggtctccattcaaaatggcgaactaatacaaacttttcaggacgaaaattttttttttctaaaataattacagacctgaaaacttgtatttagaaaaaaaggtattccgatatttcaaattgttttcatatttaaagcagattattagcttgtagtagaaattgctgctttggcatttcaagctttttcttatgaaaaatgtcctcaattatttttatattactcaggcatttcagcctaagaaatataCGTTGGTCTTAAT-CAAAATAGGGAACAAACAAAA-AAA--AGCTTTGCAGGAGGAACAAAAATTAAA-----TTTC-T--C--AAATGGTTTGATAATT---ACAGACCT-------GAAAA-----------------------AATAAAGGTATTC-----TG--ACA--T-T----TCAT-T------TT-T-AC-AGGAGAG--T-------------------------TAGTAA-------TGCTTTTGCATTTTCA--GGTAT-TTT-TTT--ATGAAAAG------T----GTCCTCA---ATTTT---TATATTGCTTTGATC-AGCATTTGAAATTTTCAGCCTAA-AA--AA-GTT-----TGT-----GTGTT---GACATTTT-A--------CTA---T---TGCAGTTT-C-ATCA--T-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------CACATGTTGA----CAT--------G--------GTCTAAATGTT----TTGATC---TG----ATTG-GATATC--A--------ATTTT-CA---C-----ACATTTT--A--AAGT-A--AAAT-------AT-----TG---AAAATATCTAA---------------AGTGGT---T--AATTCGTCTTTTT-AAATGGAGATCAAGG-ATATgtccaccgtatactatatatgag
gi|9 : ATTGTCAGTCTCGATTCAAAATGGCAAACTAACAAAATGCA--AA-----------AAAAAAAAA---------------------AGATTGTTT----ACT---ACAGATCTTGGTGCTGAAAACGTGTATTTA--GAA-AA---AAA-TCGCCGTATTCTAACGTT--TCA--T-TGTATTCATAT------TT-T-AC-AGCAGGA--TTATAACAATATAATAG-----TTTGTAGCAGAAAC---------GGTATTTTCA--GGCAT-CTTTTT---GTGAAAAC------T----GTCTCCT---ATTTT---GATATAACA----TC-AACA--------TTTCAGCCTAA-AA--AA-GT------TGT-----ATGTT--TGGCATATT-A--------ATA---T------AATTT-C--TCA-TT-T--TT--AC---ATTTT-------------G--------C--------AG---CAC-----------------GTCAAa
gi|9 : tCATTTTGCAGCAC-----GTC-AAT--G--AAGT-ATTAAATTCCGCACATTA-AATGT--GAAATACCAAA------AATACTCATAATGGT---T--AGTGCTGCATTTT-GGATGGAGTCCAAAG-ATATtgaagtattaaattccgcacattaaatgtgaaataccaaaaatactcataatggttagtgctgcattttggatggagtccaaagatatgc