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lowQualScore                  :           44444             0      22     4                           1 0               7                6         5             222               5555555 3333 1    3333     4  999999 5   1  1 111   555555    5         1          2    33   666        
lowQualScore                  :           .....             .      ..     .                           . .               .                .         .             ...               ....... .... .    ....     .  ...... .   .  . ...   ......    .         .          .    ..   ...        
lowQualScore                  :           22222             2      22     4                           7 2               3                4         3             999               7777777 7777 7    7777     0  333333 2   7  7 222   555555    1         9          7    77   222        
consensus                     :  TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACNCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAA-GG-G-TCGGC-C----GCTACATCTGACCG-CTTACACCTGGCCGC--TGACCGCTTACGGG
Reference ( gi|3 )            :  TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGTGTTAATTGATCACGGGGTTATACAATGTGATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAATG------A-TAA-GG-G-T-GGC-C----GCTAAATCTGACCG-CTTACACCTGGCCGC--TGATCACTTACGGG
gi|4                          :  TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGCACGCTCGCTCTTGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCGCGGGATTATACAATATGATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACT----GCTAAGTG------A-TAA-GG-G-TCGGC-T----ACTTCATCTGACCGCCTTACACCTGACTGC--T
gi|2                          :  TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATTTA--CATACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGATTC-CATAACAGAAGCAGAAGCATTAATTGATCACAGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGTCAGCGAAAAGGT-------G----T-GACC----GTTAAGTG------A-TAA-GG-G-TCGGC-C----AATACATCTGACCA-CTTACACCGGGGCGC--TGACTGCTTATGGGtacaggtat
gi|1                          :  TATCCTATT-----TGCTTATTAGACC-TATATA--TGTACGCTCGCTGTGGGAAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCATGGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGCCAACCAAAAGAT-------G----T-GACC----GCTAAGTGATAATCA-TAA-GG-GTT-GGC-C----ACTACATCTTACCG-TTTACACGTGGCCAC--TGACCGCTTATGGGc
gi|12                         :  TATTCTTTT-----TGTTTATTAGACCGTATATA--CGTACTCTCACTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGCCTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATCAGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAA-GG-G-TCGGC-C----GCCACATCTGACTG-CTc
gi|6                          :  TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCATATATA--CACATGCTCGCTCTTGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGAGTTAATTGATCGTGGGATTATACAATATGATTGGAATAGC---GGGCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAA-GG-GTT-GGC-C----ACTACATCAGAACC-CTTGCACCTGACCG---------CTTACGGGgaacgcttatggg
gi|5                          :  TATTCTATT-----TGCTTATTAGACC--ATATA--CATACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGATGTATTTT-CAAAACAAAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACAGGATT---TAATATGAACGGAAAAGC---GGCCAGCAAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAATG------A-TAA-GGCT-T-GGC-C----GCTACATCTGACCA-CTTACACCTGGTCGC--TGACTGCTTATGGGt
gi|13                         :  TATTCTATT-----TGCTTATTAAACCGTATATA--CATACTCTTGCTCTAGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGCATTAATTGATCACGGGATTATATAATATGATTGGAATAGC---GGCCAGCTAAAAGGT-------G----T-GATC----ACTAAGTG------A-TAA-GG-G-TCACC-C----GCTACATCTGACTG-CTTAC
gi|11                         :  TATTCTATT-----TGCTTATTAGACC--ATATA--CATACTACTGCTCTGGGTGAAGTGGTGTGTTTT-CATTACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATTGGAAAAGC---TGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----ACTAAGTG------A-TAC-GG-T-C-GGG-G----GCTACATCTGACCA-CTTACACCTGACCGC--TGAcacttacgtg
gi|14                         :  TATTCTATT-----TGCTTATTAGAACATATATA----TACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CTTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTG-----------ATACAATATGATCGGAACAGC---GGCCAGCTGAGAGAT-------G----T-GACG----GCTAAGTG------A-TAA-GG-G-T-CACTT----GCTACATCTGACTG-CTTACACCTGGCTGC--TGAACGCTTATGc
gi|7                          :  TATTCTCTC-----TGCTTATTAGACCGTATACATGCGCATCCTCGCTCTGGGTAAAGTCGTGTGTTAA-TGTAACAGAAGCAGAGGCGTTAATAAATCACAGGATTATTCAATATGATTGGAATAGC---GACCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACA----GCTAAGTG------ATTAACGG-T-T-GGC-G----GCCACATCTGACAG-CATGCACCTGACCGC--T
gi|16                         :  TATTCTACC-----TGCTTATTAGACCGTATATA--TGTACACTTGCTCTGGGTTAAGTGGTGTGTTT---GTAATAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACATGATTAAACAATATGACTGGAATAGCGATGGCC--CC-AAAGGT-------G----T-AACC----ATTGAGTG------A-TAA-GG-G-T-AGC-A----GCTAtaca
gi|18                         :  TATTTTCTC-----TGCTTATTAGACCATAT------GCACACTTGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTGATAGA---------GT---------ACAGGATTATACAATATGATTGGAATAGC---AGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-TATC----GCTAAGTG------ATTAA-TG-G-TCGGC-G----GCCACATCTGACTG-CTGACtgtttg
gi|25                         :  TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGCACTCTCACACTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTAAATTGATCGCGGGATTATA
gi|23                         :  TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACGCTCGTTCTTGGTAAAGTGGTGTTTTTTCCGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAAT
gi|26                         : cTATTCTCTC-----CGCTTATTAGACCATATGTA--CGTGTGCTCGCTCTGGGTAAACTGATGTGGTTT-TGTAAACGAAGCAGAAGCATTAATTGATCATGGGATaagggtgggccaataca
gi|27                         :  TATTCTATC-----TGCTT-TTAGACTGTATATA--TATACAATCGCTCTGGGTAAAGTGTTGTCTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGAGTTAA-TGAT
gi|30                         :  TATTCTATT-----TGCTTATTAGGCCGTATATA--CGTACTCTCGCTCTTGGTAAAATGGTTCG--TT-CATAACA
gi|32                         :  TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTACATA--CATACACTCGCTCTG
gi|31                         :  TATTCTCTC-----CGCTTATTAGACCATATATA--TGTACGCTTGCTCTGGATA
gi|9                          :   ATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTAAATA--CATACTCTCGCTCTGGGTAATGTGGTGTGCTTT-CAAAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACAGGATTATACAATAGAATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------GCGACT-GACC----GCTAAGTGATATC-A-TAA-GG-G-TCGAC-C----GCGACAACTGACCG-CTTACACCTGGC
gi|15                         :   ATTCTATTAATTTTGCTTATTAGACTGTATATA--CACACGCTCACTCTGGGTTAAGTGTTGTGTTTT-TGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCGCAGGATTTTACAATATGATTAGAATAGT---GGCCAGCCAAAAGGT-------T----T-GATC----GCTAAGTG------A-TAA-GG-G-TAGGC-C----ACTACATCTGACCG-CTTA
gi|10                         :   ATTCTACT-----TGCTTATTAGACCGTACACA--CATACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAA---------GATCACGGGATTATACAATAGAATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGTGTGCCCAG----T-GACCACTGACTAAGTG------A-TAT-CC-G---GGC-C----GCTACAACTGACCG-CTCACACCTAGCCGC--
gi|17                         :    TTGTATG-----TGCTTATTGGACCGTATATG--CGATCGCTCACTCTGGGTAAAGGTGTGTGTTTT-CGTAACAG-ATCA------TTAATTGATCACGGGA-TAAACAATATGATTGGAATAGC---AGCCAGTCAACAGGT-------G----T-GACA----AATAAGTG------A-TAA-CG-G-TCAGC-G----GCCACATCTgctga
gi|8                          :     TTTATC-----TGCTTATTAGACCCTATATA--CATACTCTGTCTCTGAGTACAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGGTCACAGGATTATACAATATGATTGGAATAGC---GACCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----ACTAAGTG------ATTAA-CG-G-T-CGG-A----GCTACATCTGACCA-CTTGCGCCTGACAGC--Tctgac
gi|29                         :                        AGACCGTGTATA--TGTACGCTCACTCTGGGTAAAGTGGTG------------------------TGTTAATTTATCACAGGATTATACAATATTATCAGAATAAC---taaggaca
gi|20                         :                                              CGCTCTGGGTAGAATGGTGTGTTCA-TGTAACTGTAGCAGAAACGTTAATTGATCACGGTATTATACAATATGATTGGAATAGC---AGCCAGCCAAAACGT-------G----TCGAC------TCAGAT---------TAA-CG-G-TCGGC-A----GCCACATCTGACCA-CTT
gi|19                         :                                                                       caATAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGACTAGAAAAGC---GACCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAA-GG-G-TCGGC-A----GCTATATCTAACCG-CTTACATCTG---GC--TAACCACTTATGGG
gi|21                         :                                                                              AGAAGCAGAAGCGTTAATTTATCGCGGGATTATACAATGTGATTGGAATAGC---GGCCAGACAAAAGGT-------G----T-GACT----GCTAAGTG------A-TAA-CG-G-TCGAC-C----ACTACATCTGACTG-CTTACACCTGACCG---------TTTACGGGcat
gi|22                         :                                                                                      AAGCATTAATTGATTGCAGGATTATACAATATGGTCGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAA-GG-GCC-GGC-C----ACTACATCTGACCA-CTTACACCTGACTGC--Ttat
gi|24                         :                                                                                                             ATATGGTATGATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGAT-------G----T-GACC----GCTTAGTG------A-AAA-GG-G-TCGGC-C----AGTACATCTGACCG-CTTACtaagggtatt
gi|28                         :                                                                                               tagttggtgaacaacaACAATATGATTGGAAAAGC---GACCAAC--------------------T-GA--------TTAATA------G-TCA----G-C-GGC-CAGCAGCCACATCTGACTG-CATGCGCCTGACTGC--Tgggtat
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                ACACCTGCCCGCGCTGACCGCTTACGGGtacgg





Alignments
lowQualScore                  :                          44444                    22     1                           1                                                 1        222               5555555 3333 1    3333        999999 5    1    22   0              1          7 0  33 0            
lowQualScore                  :                          .....                    ..     .                           .                                                 .        ...               ....... .... .    ....        ...... .    .    ..   .              .          . .  .. .            
lowQualScore                  :                          00000                    11     0                           6                                                 5        888               4444444 5555 7    5555        000000 0    7    33   7              8          9 8  44 8            
consensus                     :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACNCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCCGCTACATCTGACCG-CTTACACCTGGCCGC--TGACCGCTTACGGG
Reference ( family-2281 )     :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACNCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCCGCTACATCTGACCG-CTTACACCTGGCCGC--TGACCGCTTACGGG
gi|1                          :                 TATCCTATT-----TGCTTATTAGACC-TATATA--TGTACGCTCGCTGTGGGAAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCATGGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGCCAACCAAAAGAT-------G----T-GACC----GCTAAGTGATAATCA-TAAG-GGTT--GGCCACTACATCTTACCG-TTTACACGTGGCCAC--TGACCGCTTATGGG
gi|10                         :                  ATTCTACT-----TGCTTATTAGACCGTACACA--CATACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAA---------GATCACGGGATTATACAATAGAATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGTGTGCCCAG----T-GACCACTGACTAAGTG------A-TA-----TCCGGGCCGCTACAACTGACCG-CTCACACCTAGCCGC--c
gi|11                         :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACC--ATATA--CATACTACTGCTCTGGGTGAAGTGGTGTGTTTT-CATTACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATTGGAAAAGC---TGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----ACTAAGTG------A-T-AC-GGTC--GGGGGCTACATCTGACCA-CTTACACCTGACCGC--TGACgctga
gi|12                         :                 TATTCTTTT-----TGTTTATTAGACCGTATATA--CGTACTCTCACTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGCCTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATCAGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCCGCCACATCTGACTG-CT
gi|13                         :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAAACCGTATATA--CATACTCTTGCTCTAGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGCATTAATTGATCACGGGATTATATAATATGATTGGAATAGC---GGCCAGCTAAAAGGT-------G----T-GATC----ACTAAGTG------A-TAAG-GGTC--ACCCGCTACATCTGACTG-CTTACgaacgcttatggg
gi|14                         :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGAACATATATA----TACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CTTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGAT-----------ACAATATGATCGGAACAGC---GGCCAGCTGAGAGAT-------G----T-GACG----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--ACTTGCTACATCTGACTG-CTTACACCTGGCTGC--TGAACGCTTATGcacttacgtg
gi|15                         :                  ATTCTATTAATTTTGCTTATTAGACTGTATATA--CACACGCTCACTCTGGGTTAAGTGTTGTGTTTT-TGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCGCAGGATTTTACAATATGATTAGAATAGT---GGCCAGCCAAAAGGT-------T----T-GATC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTA--GGCCACTACATCTGACCG-CTTA
gi|16                         :                 TATTCTACC-----TGCTTATTAGACCGTATATA--TGTACACTTGCTCTGGGTTAAGTGGTGTGTTT---GTAATAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACATGATTAAACAATATGACTGGAATAGCGATGGCC--CC-AAAGGT-------G----T-AACC----ATTGAGTG------A-TAAG-GGT---AGCAGCTATGTTTG
gi|17                         :                   TTGTATG-----TGCTTATTGGACCGTATATG--CGATCGCTCACTCTGGGTAAAGGTGTGTGTTTT-CGTAACAGA-------TCATTAATTGATCACGGGATAA-ACAATATGATTGGAATAGC---AGCCAGTCAACAGGT-------G----T-GACA----AATAAGTG------A-TAAC-GGTC--AGCGGCCACATCT
gi|18                         :                 TATTTTCTC-----TGCTTATTAGACCATAT------GCACACTTGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTGATAGA---------GT---------ACAGGATTATACAATATGATTGGAATAGC---AGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-TATC----GCTAAGTG------ATTAAT-GGTC--GGCGGCCACATCTGACTG-CTGACctgac
gi|19                         :                                                                                         TAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGACTAGAAAAGC---GACCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCAGCTATATCTAACCG-CTTACATCTG---GC--TAACCACTTATGGG
gi|2                          :                aTATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATTTA--CATACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGATTC-CATAACAGAAGCAGAAGCATTAATTGATCACAGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGTCAGCGAAAAGGT-------G----T-GACC----GTTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCCAATACATCTGACCA-CTTACACCGGGGCGC--TGACTGCTTATGGGcat
gi|20                         :                                                             CGCTCTGGGTAGAATGGTGTGTTCA-TGTAACTGTAGCAGAAACGTTAATTGATCACGGTATTATACAATATGATTGGAATAGC---AGCCAGCCAAAACGT-------G----TCGAC------TCAGAT---------TAAC-GGTC--GGCAGCCACATCTGACCA-CTTc
gi|21                         :                                                                                           caAGAAGCAGAAGCGTTAATTTATCGCGGGATTATACAATGTGATTGGAATAGC---GGCCAGACAAAAGGT-------G----T-GACT----GCTAAGTG------A-TAAC-GGTC--GACCACTACATCTGACTG-CTTACACCTG---------ACCGTTTACGGG
gi|22                         :                                                                                                     AAGCATTAATTGATTGCAGGATTATACAATATGGTCGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGCC--GGCCACTACATCTGACCA-CTTACACCTGACTGC--tat
gi|23                         :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACGCTCGTTCTTGGTAAAGTGGTGTTTTTTCCGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATtaagggtatt
gi|24                         :                                                                                                                           cATATGGTATGATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGAT-------G----T-GACC----GCTTAGTG------A-AAAG-GGTC--GGCCAGTACATCTGACCG-CTTACaagggtgggccaataca
gi|25                         : tagttggtgaacaacaTATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGCACTCTCACACTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTAAATTGATCGCGGGATTATAgggtat
gi|26                         :                 TATTCTCTC-----CGCTTATTAGACCATATGTA--CGTGTGCTCGCTCTGGGTAAACTGATGTGGTTT-TGTAAACGAAGCAGAAGCATTAATTGATCATGGGAT
gi|27                         :                 TATTCTATC-----TGCTT-TTAGACTGTATATA--TATACAATCGCTCTGGGTAAAGTGTTGTCTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGAGTTAA-TGAT
gi|28                         :                                                                                                                              ACAATATGATTGGAAAAGC---GACCAAC--------------------T-GAT-------TAA-TA------G-TCAGCGGCC--AGCAGCCACATCTGACTG-CATGCGCCTG---------ACTGCTTACGG
gi|29                         :                                       AGACCGTGTATA--TGTACGCTCACTCTGGGTAAAGTGGTGT------------------------GTTAATTTATCACAGGATTATACAATATTATCAGAATAAC---
gi|3                          :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGTGTTAATTGATCACGGGGTTATACAATGTGATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAATG------A-TAAG-GGT---GGCCGCTAAATCTGACCG-CTTACACCTGGCCGC--TGATCACTTACGGG
gi|30                         :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGGCCGTATATA--CGTACTCTCGCTCTTGGTAAAATGGTTCG--TT-CATAACA
gi|31                         :                 TATTCTCTC-----CGCTTATTAGACCATATATA--TGTACGCTTGCTCTGGATA
gi|32                         :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTACATA--CATACACTCGCTCTG
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                          ACACCTGCCCGCGCTGACCGCTTACGGG
gi|4                          :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGCACGCTCGCTCTTGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCGCGGGATTATACAATATGATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACT----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCTACTTCATCTGACCGCCTTACACCTGACTGC--TTACcatt
gi|5                          :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACC--ATATA--CATACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGATGTATTTT-CAAAACAAAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACAGGATT---TAATATGAACGGAAAAGC---GGCCAGCAAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAATG------A-TAAG-GCTT--GGCCGCTACATCTGACCA-CTTACACCTGGTCGC--TGACTGCTTATGGGaggtat
gi|6                          :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCATATATA--CACATGCTCGCTCTTGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGAGTTAATTGATCGTGGGATTATACAATATGATTGGAATAGC---GGGCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTT--GGCCACTACATCAGAACC-CTTGCACCTG---------ACCGCTTACGGG
gi|7                          :                 TATTCTCTC-----TGCTTATTAGACCGTATACATGCGCATCCTCGCTCTGGGTAAAGTCGTGTGTTAA-TGTAACAGAAGCAGAGGCGTTAATAAATCACAGGATTATTCAATATGATTGGAATAGC---GACCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACA----GCTAAGTG------ATTAAC-GGTT--GGCGGCCACATCTGACAG-CATGCACCTGACCGC--TTACt
gi|8                          :                    TTTATC-----TGCTTATTAGACCCTATATA--CATACTCTGTCTCTGAGTACAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGGTCACAGGATTATACAATATGATTGGAATAGC---GACCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----ACTAAGTG------ATTAAC-GGTC--GG-AGCTACATCTGACCA-CTTGCGCCTGACAGC--a
gi|9                          :                  ATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTAAATA--CATACTCTCGCTCTGGGTAATGTGGTGTGCTTT-CAAAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACAGGATTATACAATAGAATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------GCGACT-GACC----GCTAAGTGATATC-A-TAAG-GGTC--GACCGCGACAACTGACCG-CTTACACCTGGCtaaggaca





Alignments
lowQualScore                  :                          44444                    22     1                           1                                                 1        222               5555555 3333 1    3333        999999 5    1    22   0              1          7 0  33 0            
lowQualScore                  :                          .....                    ..     .                           .                                                 .        ...               ....... .... .    ....        ...... .    .    ..   .              .          . .  .. .            
lowQualScore                  :                          00000                    11     0                           6                                                 5        888               4444444 5555 7    5555        000000 0    7    33   7              8          9 8  44 8            
consensus                     :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACNCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCCGCTACATCTGACCG-CTTACACCTGGCCGC--TGACCGCTTACGGG
Reference ( family-2281 )     :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACNCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCCGCTACATCTGACCG-CTTACACCTGGCCGC--TGACCGCTTACGGG
gi|1                          :                 TATCCTATT-----TGCTTATTAGACC-TATATA--TGTACGCTCGCTGTGGGAAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCATGGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGCCAACCAAAAGAT-------G----T-GACC----GCTAAGTGATAATCA-TAAG-GGTT--GGCCACTACATCTTACCG-TTTACACGTGGCCAC--TGACCGCTTATGGG
gi|10                         :                  ATTCTACT-----TGCTTATTAGACCGTACACA--CATACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAA---------GATCACGGGATTATACAATAGAATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGTGTGCCCAG----T-GACCACTGACTAAGTG------A-TA-----TCCGGGCCGCTACAACTGACCG-CTCACACCTAGCCGC--c
gi|11                         :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACC--ATATA--CATACTACTGCTCTGGGTGAAGTGGTGTGTTTT-CATTACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATTGGAAAAGC---TGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----ACTAAGTG------A-T-AC-GGTC--GGGGGCTACATCTGACCA-CTTACACCTGACCGC--TGACgctga
gi|12                         :                 TATTCTTTT-----TGTTTATTAGACCGTATATA--CGTACTCTCACTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGCCTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATCAGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCCGCCACATCTGACTG-CT
gi|13                         :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAAACCGTATATA--CATACTCTTGCTCTAGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGCATTAATTGATCACGGGATTATATAATATGATTGGAATAGC---GGCCAGCTAAAAGGT-------G----T-GATC----ACTAAGTG------A-TAAG-GGTC--ACCCGCTACATCTGACTG-CTTACgaacgcttatggg
gi|14                         :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGAACATATATA----TACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CTTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGAT-----------ACAATATGATCGGAACAGC---GGCCAGCTGAGAGAT-------G----T-GACG----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--ACTTGCTACATCTGACTG-CTTACACCTGGCTGC--TGAACGCTTATGcacttacgtg
gi|15                         :                  ATTCTATTAATTTTGCTTATTAGACTGTATATA--CACACGCTCACTCTGGGTTAAGTGTTGTGTTTT-TGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCGCAGGATTTTACAATATGATTAGAATAGT---GGCCAGCCAAAAGGT-------T----T-GATC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTA--GGCCACTACATCTGACCG-CTTA
gi|16                         :                 TATTCTACC-----TGCTTATTAGACCGTATATA--TGTACACTTGCTCTGGGTTAAGTGGTGTGTTT---GTAATAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACATGATTAAACAATATGACTGGAATAGCGATGGCC--CC-AAAGGT-------G----T-AACC----ATTGAGTG------A-TAAG-GGT---AGCAGCTATGTTTG
gi|17                         :                   TTGTATG-----TGCTTATTGGACCGTATATG--CGATCGCTCACTCTGGGTAAAGGTGTGTGTTTT-CGTAACAGA-------TCATTAATTGATCACGGGATAA-ACAATATGATTGGAATAGC---AGCCAGTCAACAGGT-------G----T-GACA----AATAAGTG------A-TAAC-GGTC--AGCGGCCACATCT
gi|18                         :                 TATTTTCTC-----TGCTTATTAGACCATAT------GCACACTTGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTGATAGA---------GT---------ACAGGATTATACAATATGATTGGAATAGC---AGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-TATC----GCTAAGTG------ATTAAT-GGTC--GGCGGCCACATCTGACTG-CTGACctgac
gi|19                         :                                                                                         TAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGACTAGAAAAGC---GACCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCAGCTATATCTAACCG-CTTACATCTG---GC--TAACCACTTATGGG
gi|2                          :                aTATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATTTA--CATACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGATTC-CATAACAGAAGCAGAAGCATTAATTGATCACAGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGTCAGCGAAAAGGT-------G----T-GACC----GTTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCCAATACATCTGACCA-CTTACACCGGGGCGC--TGACTGCTTATGGGcat
gi|20                         :                                                             CGCTCTGGGTAGAATGGTGTGTTCA-TGTAACTGTAGCAGAAACGTTAATTGATCACGGTATTATACAATATGATTGGAATAGC---AGCCAGCCAAAACGT-------G----TCGAC------TCAGAT---------TAAC-GGTC--GGCAGCCACATCTGACCA-CTTc
gi|21                         :                                                                                           caAGAAGCAGAAGCGTTAATTTATCGCGGGATTATACAATGTGATTGGAATAGC---GGCCAGACAAAAGGT-------G----T-GACT----GCTAAGTG------A-TAAC-GGTC--GACCACTACATCTGACTG-CTTACACCTG---------ACCGTTTACGGG
gi|22                         :                                                                                                     AAGCATTAATTGATTGCAGGATTATACAATATGGTCGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGCC--GGCCACTACATCTGACCA-CTTACACCTGACTGC--tat
gi|23                         :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACGCTCGTTCTTGGTAAAGTGGTGTTTTTTCCGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATtaagggtatt
gi|24                         :                                                                                                                           cATATGGTATGATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGAT-------G----T-GACC----GCTTAGTG------A-AAAG-GGTC--GGCCAGTACATCTGACCG-CTTACaagggtgggccaataca
gi|25                         : tagttggtgaacaacaTATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGCACTCTCACACTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTAAATTGATCGCGGGATTATAgggtat
gi|26                         :                 TATTCTCTC-----CGCTTATTAGACCATATGTA--CGTGTGCTCGCTCTGGGTAAACTGATGTGGTTT-TGTAAACGAAGCAGAAGCATTAATTGATCATGGGAT
gi|27                         :                 TATTCTATC-----TGCTT-TTAGACTGTATATA--TATACAATCGCTCTGGGTAAAGTGTTGTCTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGAGTTAA-TGAT
gi|28                         :                                                                                                                              ACAATATGATTGGAAAAGC---GACCAAC--------------------T-GAT-------TAA-TA------G-TCAGCGGCC--AGCAGCCACATCTGACTG-CATGCGCCTG---------ACTGCTTACGG
gi|29                         :                                       AGACCGTGTATA--TGTACGCTCACTCTGGGTAAAGTGGTGT------------------------GTTAATTTATCACAGGATTATACAATATTATCAGAATAAC---
gi|3                          :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGTGTTAATTGATCACGGGGTTATACAATGTGATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAATG------A-TAAG-GGT---GGCCGCTAAATCTGACCG-CTTACACCTGGCCGC--TGATCACTTACGGG
gi|30                         :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGGCCGTATATA--CGTACTCTCGCTCTTGGTAAAATGGTTCG--TT-CATAACA
gi|31                         :                 TATTCTCTC-----CGCTTATTAGACCATATATA--TGTACGCTTGCTCTGGATA
gi|32                         :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTACATA--CATACACTCGCTCTG
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                          ACACCTGCCCGCGCTGACCGCTTACGGG
gi|4                          :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGCACGCTCGCTCTTGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCGCGGGATTATACAATATGATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACT----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCTACTTCATCTGACCGCCTTACACCTGACTGC--TTACcatt
gi|5                          :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACC--ATATA--CATACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGATGTATTTT-CAAAACAAAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACAGGATT---TAATATGAACGGAAAAGC---GGCCAGCAAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAATG------A-TAAG-GCTT--GGCCGCTACATCTGACCA-CTTACACCTGGTCGC--TGACTGCTTATGGGaggtat
gi|6                          :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCATATATA--CACATGCTCGCTCTTGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGAGTTAATTGATCGTGGGATTATACAATATGATTGGAATAGC---GGGCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTT--GGCCACTACATCAGAACC-CTTGCACCTG---------ACCGCTTACGGG
gi|7                          :                 TATTCTCTC-----TGCTTATTAGACCGTATACATGCGCATCCTCGCTCTGGGTAAAGTCGTGTGTTAA-TGTAACAGAAGCAGAGGCGTTAATAAATCACAGGATTATTCAATATGATTGGAATAGC---GACCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACA----GCTAAGTG------ATTAAC-GGTT--GGCGGCCACATCTGACAG-CATGCACCTGACCGC--TTACt
gi|8                          :                    TTTATC-----TGCTTATTAGACCCTATATA--CATACTCTGTCTCTGAGTACAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGGTCACAGGATTATACAATATGATTGGAATAGC---GACCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----ACTAAGTG------ATTAAC-GGTC--GG-AGCTACATCTGACCA-CTTGCGCCTGACAGC--a
gi|9                          :                  ATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTAAATA--CATACTCTCGCTCTGGGTAATGTGGTGTGCTTT-CAAAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACAGGATTATACAATAGAATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------GCGACT-GACC----GCTAAGTGATATC-A-TAAG-GGTC--GACCGCGACAACTGACCG-CTTACACCTGGCtaaggaca


blockSeqs                     :                          AATTT                    TG     T                           C                                                 T        GAT               GTGCCCA CGAC C    ACTG        ATATC  T    C    CG                  C          G    GC
blockSeqs                     :                          .                        .      T                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      T    .    .                   .          A    . 
blockSeqs                     :                          .                        .      T                           .                                                 C        .                 .       .    .    .           .      T    .    .                   .          G    . 
blockSeqs                     :                          .                        .      T                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .          G    . 
blockSeqs                     :                          .                        .      T                           .                                                 C        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .          A    . 
blockSeqs                     :                          .                        .      G                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .          G    . 
blockSeqs                     :                          .                        .      A                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .          C    . 
blockSeqs                     :                          .                        .      G                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .          A    . 
blockSeqs                     :                          .                        .      A                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .          G    . 
blockSeqs                     :                          .                        .      T                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .          A    . 
blockSeqs                     :                          .                        .      G                           .                                                 C        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .          A    . 
blockSeqs                     :                          .                        .      T                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .          G    . 
blockSeqs                     :                          .                        .      G                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .          .    . 
blockSeqs                     :                          .                        .      A                           .                                                 C        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .          .    . 
blockSeqs                     :                          .                        .      G                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .          .    . 
blockSeqs                     :                          .                        .      T                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .          .      
blockSeqs                     :                          .                        .      T                           .                                                 C        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .                 
blockSeqs                     :                          .                        .      G                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .                 
blockSeqs                     :                          .                        .      A                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .                 
blockSeqs                     :                          .                        .      G                           .                                                 C        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .                 
blockSeqs                     :                          .                        .      T                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                   .                 
blockSeqs                     :                          .                        .      G                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                                     
blockSeqs                     :                          .                        .      C                           .                                                 T        .                 .       .    .    .           .      .    .    .                                     
blockSeqs                     :                          .                        .      T                           .                                                 T        .                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                   .      T                                                                                                                                                                                             


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originalCons                  :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACNCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCCGCTACATCTGACCG-CTTACACCTGGCCGC--TGACCGCTTACGGG
finalCons                     :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACNCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCCGCTACATCTGACCG-CTTACACCTGGCCGC--TGACCGCTTACGGG





Alignments
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lowQualScore                  :                          00000                    11     0                           6                                                 5        888               4444444 5555 7    5555        000000 0    7    33   7              8          9 8  44 8            
consensus                     :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACNCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCCGCTACATCTGACCG-CTTACACCTGGCCGC--TGACCGCTTACGGG
Reference ( family-2281 )     :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACNCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCCGCTACATCTGACCG-CTTACACCTGGCCGC--TGACCGCTTACGGG
gi|1                          :                 TATCCTATT-----TGCTTATTAGACC-TATATA--TGTACGCTCGCTGTGGGAAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCATGGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGCCAACCAAAAGAT-------G----T-GACC----GCTAAGTGATAATCA-TAAG-GGTT--GGCCACTACATCTTACCG-TTTACACGTGGCCAC--TGACCGCTTATGGG
gi|10                         :                  ATTCTACT-----TGCTTATTAGACCGTACACA--CATACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAA---------GATCACGGGATTATACAATAGAATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGTGTGCCCAG----T-GACCACTGACTAAGTG------A-TA-----TCCGGGCCGCTACAACTGACCG-CTCACACCTAGCCGC--c
gi|11                         :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACC--ATATA--CATACTACTGCTCTGGGTGAAGTGGTGTGTTTT-CATTACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATTGGAAAAGC---TGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----ACTAAGTG------A-T-AC-GGTC--GGGGGCTACATCTGACCA-CTTACACCTGACCGC--TGACgctga
gi|12                         :                 TATTCTTTT-----TGTTTATTAGACCGTATATA--CGTACTCTCACTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGCCTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATCAGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCCGCCACATCTGACTG-CT
gi|13                         :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAAACCGTATATA--CATACTCTTGCTCTAGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGCATTAATTGATCACGGGATTATATAATATGATTGGAATAGC---GGCCAGCTAAAAGGT-------G----T-GATC----ACTAAGTG------A-TAAG-GGTC--ACCCGCTACATCTGACTG-CTTACgaacgcttatggg
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gi|15                         :                  ATTCTATTAATTTTGCTTATTAGACTGTATATA--CACACGCTCACTCTGGGTTAAGTGTTGTGTTTT-TGTAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCGCAGGATTTTACAATATGATTAGAATAGT---GGCCAGCCAAAAGGT-------T----T-GATC----GCTAAGTG------A-TAAG-GGTA--GGCCACTACATCTGACCG-CTTA
gi|16                         :                 TATTCTACC-----TGCTTATTAGACCGTATATA--TGTACACTTGCTCTGGGTTAAGTGGTGTGTTT---GTAATAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACATGATTAAACAATATGACTGGAATAGCGATGGCC--CC-AAAGGT-------G----T-AACC----ATTGAGTG------A-TAAG-GGT---AGCAGCTATGTTTG
gi|17                         :                   TTGTATG-----TGCTTATTGGACCGTATATG--CGATCGCTCACTCTGGGTAAAGGTGTGTGTTTT-CGTAACAGA-------TCATTAATTGATCACGGGATAA-ACAATATGATTGGAATAGC---AGCCAGTCAACAGGT-------G----T-GACA----AATAAGTG------A-TAAC-GGTC--AGCGGCCACATCT
gi|18                         :                 TATTTTCTC-----TGCTTATTAGACCATAT------GCACACTTGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTGATAGA---------GT---------ACAGGATTATACAATATGATTGGAATAGC---AGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-TATC----GCTAAGTG------ATTAAT-GGTC--GGCGGCCACATCTGACTG-CTGACctgac
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gi|2                          :                aTATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATTTA--CATACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGATTC-CATAACAGAAGCAGAAGCATTAATTGATCACAGGATTATACAATATGATCGGAATAGC---GGTCAGCGAAAAGGT-------G----T-GACC----GTTAAGTG------A-TAAG-GGTC--GGCCAATACATCTGACCA-CTTACACCGGGGCGC--TGACTGCTTATGGGcat
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gi|25                         : tagttggtgaacaacaTATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGCACTCTCACACTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGCGTAAATTGATCGCGGGATTATAgggtat
gi|26                         :                 TATTCTCTC-----CGCTTATTAGACCATATGTA--CGTGTGCTCGCTCTGGGTAAACTGATGTGGTTT-TGTAAACGAAGCAGAAGCATTAATTGATCATGGGAT
gi|27                         :                 TATTCTATC-----TGCTT-TTAGACTGTATATA--TATACAATCGCTCTGGGTAAAGTGTTGTCTTTT-CGTAACAGAAGCAGAAGAGTTAA-TGAT
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gi|3                          :                 TATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTATATA--CGTACTCTCGCTCTGGGTAAAGTGGTGTGTTTT-CATAACAGAAGCAGAAGTGTTAATTGATCACGGGGTTATACAATGTGATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------G----T-GACC----GCTAAATG------A-TAAG-GGT---GGCCGCTAAATCTGACCG-CTTACACCTGGCCGC--TGATCACTTACGGG
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gi|9                          :                  ATTCTATT-----TGCTTATTAGACCGTAAATA--CATACTCTCGCTCTGGGTAATGTGGTGTGCTTT-CAAAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACAGGATTATACAATAGAATTGGAATAGC---GGCCAGCCAAAAGGT-------GCGACT-GACC----GCTAAGTGATATC-A-TAAG-GGTC--GACCGCGACAACTGACCG-CTTACACCTGGCtaaggaca