lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1 444444444444444444444 1111 33333333333333333333333333333333333 1 333333333333 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 66666666666666666666666666 11 11111111111111111111111111111111111111111111111 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 1 1111 111 000000000000000000000000000000 222 22 1
lowQualScore : 11 0 4 555555555555555555555 4 4 8 8 7777 4 99999999999999999999999999999999999 3 1 55 222222222222 1 33 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44 6 99999999999999999999999999 5 77 99 7777 9 0 1 6 00000000000000000000000000000000000000000000000 99 5 6 4 3 99 8 6 6 1 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55 88888 8 5 3 8 3 9999 777 2 3 555555555555555555555555555555 333 33 7
lowQualScore : .. . . ..................... . . . . .... . ................................... . . .. ............ . .. . ................................................................................ .. . .......................... . .. .. .... . . . . ............................................... .. . . . . .. . . . . . .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. .. ..... . . . . . .... ... . . .............................. ... .. .
lowQualScore : 00 5 0 333333333333333333333 4 4 0 0 6666 0 88888888888888888888888888888888888 6 2 00 555555555555 2 33 6 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 2 33333333333333333333333333 0 22 88 0000 4 3 0 7 22222222222222222222222222222222222222222222222 33 2 7 7 5 22 0 0 0 0 8 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88 44444 2 0 0 0 0 5555 555 0 5 333333333333333333333333333333 000 00 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATGAAANTNCTTT----CG-AAT--CT-TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGTA-C--C-CAAA-AN---TG--AAA-----A-ATGNA---TCTT-----TCTA-TTCATCA--AT---A-----TAACCTCATNGAAGA-ATCGAG-----T----------AAAA-------------ATTT-ATTTGATTNN--TT--T------TTTAA--A-----------ATGGAGATATTAGCG-GGAAATCCCTNGG-AAA--TC--C--A-----ATAA-AC-CTGGCCGGTCT--CTTATATTCATGAGATGGGCGGAGTA-ACAG----A--TG--CG---AT-T----ACA----GA----------NAACNATTCTT-TTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTA--GG-TAA--A-G------AAT---GC-GA---TC-TCGGACA-C-----CCATATC----A----AT---------GATT----GN-A--ATATCG-CTAAAA-AAG-TAT---CGGTACG--TTTTTCAAACATAAGCACAATACATA-TT-TTCTAGAAAGTACCTTNGNCCCATTCATCCGNCAGAACTNNCTNCCACTTGCNNCNGTCACTCGGTGTGACAAAAC--CACAAGCCTCACCTTCAACTCAAAA-------TAAGGAAATC---TGACNTATACTTCAGTTNTCTTGAATNAACATGTGANAGTTACGGTATTNANACTGGTTAGTTCNATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-TTTGGACAGCA-CAATTTATT-----T---TCCGCA---CG--AGTA--ATT-TC-AA-TAA----------CTACATATAT---------AANCAATGTGAACT---ATCAAGT--GTGT-------GC--CTACAT-----GG-----ACCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT--------T----TGTGC--------ACACGTTTGA---------A---------CCG-----T----TA----------TCTTAGTGATCTA--NC-T--G--T-TTCT-----ATTCAAATAC-----T--TGACGCGGTGTTCCGTTGCGCGTCTTTACTTGCATACGTTGTGTAC-CTTCACGTA---ATA---AAGTAATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCATTTTAGTAAATACTCGTAACAAAAACATTTTT
Reference ( gi|1 ) : GTTATTTGCAGTCAGTTGCAAGACAGATTTTTAAAATGATAACAAATTTCTTTTGCTAACCAAAGTACTTT----TA-AAT--CTGTAAAACTG-G-CATTTCATAGAAATATGATA-C--T-CAAA-AT---TG--AAA-----A-ATGAA---TCTT-----TCTA-TTAATCA--AT---A-----TAACCTCAATGAAGA-ATCAAG-----T-----A----AAAA-------------ATTT-ATTTGATTTT--TT--TT-----TTTAA--A-----------ATGGAGATATTAGCATGGGAATCCCTCGGTAAA--CC--C--A-----ATAA-AC-CTGGCTGGTCT--CTTGTATTCATGAGATGGGCAGAGTA-A-AG----A--TG--CA---GTG-----ACA----GA----------AAACTGTTCTT-TTGTTAATTA--AC-TTATACAGTTGCTTTATTA--TG-TAA--A-G------AAT---GC--A---TC-TCAGACA-------C----------A----AT---------G-------GA-A--ATATCA-CTAAAA-AAGCTAT--CCAGTTTG--TTTTTCAAACACAAGCACAATACATAATTATTCCAGAAAGTACCTAAAGCCTATTCATCAAACACA--TTTCTTCCA--TACTACAGTCAAT--ATCTGCCAAAACAACACCAGAAATACTTTCAACTCAAAACTGATATTAAGAGGATCCTATGACATA-A--T---TTCTCTTG---GAAC-TACAATAGT------ATTTATACTGCTTAATTTGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCATCTTAGACAATA-CAATTT--------T---TCTACA---TG--AGTAT-ATT-TC-AG-TTA----------CTATATATACG--------GAGCAATGTGAACT---ACCAAGT--GTGT-------GC--CAACAT-----GG-----ACCTGTTCCAGATAACGTTTGTTGTGTT--------T----TGCGA--------ACACATTTGA---------A---------CCA-----T----TA----------TCTTAGTGATCTA--CC-T--G--T-TTCT-----ATTCAAATACACATGTGCTGACGTGGTGGTCCATTGCCTATCTTTACTTACACCCATTGTGTAC-CTTCACATA---GTA---AAGTGATTATATAAG----TAG-----T-----TTCAATTT--TCAATACTCCTTACAATGACATTATTCT
gi|5 : TAATGAAATTACTTTCTTCTG-ACT--TTATTAAAGGG-G-CATGTCATAGAAACATGTTA-CC-T-TGGA-AT----G--AAA-----A-ATG-------TC-----TCTA-TTCATCA--CTTTTA-----TA-CCTCA-TGATGA-ATTGAG-----T-----G----AAAC-------------ATTT-ATTTAAAGTC--TT--TA-----TTTAA--ATTGGTTGTTTGATGGAGATATTAGCA
gi|7 : aaatgacaaaatAAATTCTTT----CACAATTTCTTTAAA--TG-GGCATTTCATAGAAGTACAGTA-CCCT-CAAA------TGGTAAA-----A-GTCA----TCAT-----CCTA-TTCACCACCAT---A-----CATCCTG---GAAGA-ATCAAG-----TCTTAAA----AAAA-------------AT-------GGTTGT--TT----------------A-----------ATGGATATATTAGCG-GGAAATCCC-----------C--C--A-----A--A-AC-ATGACTGGTCT--CTTATATTCGTGAGTTGGACAAAGTA-ACAGAATTA--TG--CACAGGT------ACAAGTTGA----------AAACTATT-TT-TTGTTAATTA--Aagaaattaaaaaaaaaaaaggtctcttatttattctttttattaacttatataattacattattaggtcaagttacccaatggatctccgacatcatatcaatgattgcatggtgttatttaaaaaatatgatctgaattttttaaacattaacatatagaaagtacct
gi|4 : cacagttacatgttT----TG-AAT--CT-TAAA--TGAG-TGTTTTATATAAATATGGTA-C--C-CAAA-AA---TG--AAA-----A-A--AAGCGTCGT-----TCTA-TTCATCA--AT---A-----C-ACCTTAGAGAAG-----------------------------------------ATCT-ATGTGATCAT--TT--TA-----TTTAA--A-----------A-------ATT-CCTTGAGAATCCTTC-----------------------AA-AA-CTAGTCAGT-G--CTTTTACGCATAAGATGGGCAAAGTA-ACAG----T--TC--TA---ATGT----ATC----CA----------CAAGTAGTGAT-ATATCAACTA--AC-TTATATAACTGGGTGATTG--GG-T----A-G------AAT---
gi|23 : acacaatagcatcatttaagttttttgccgtgttcacatgAGCTA-G-CTTTTCATAGAGCTGTCGTA-C--CACAAG-AT---------A-----A-ATGTA---TATT-----TCTATTTAAT-A--AT---A-----T-ACCTCATGGAAAA-ATTAGG-----C----------GAAA-------------ACGT-ATTTAAATTCCATT--TTAATAGTTTAATGG-----------AGGGAGCTATTGGCA-GGAAATTC----GTAAA--tacaaaatcgaaatcggcgcaacattctatcgatgcatgatcataatgataacgtttaatagtggtgtgaccttttttcaaacaaaagaaa
gi|17 : tatcgTG-G-CATTTCAAAGAATTACTGTAGC--C-TAAA-AT----A--AAA-----A-ACTCG---TCGT-----TTTA-TTAATCA--AT---G-----T-ACCTCATGGCAGA-ATCAAG-----T-----ATTTTAGAATCAAGTATGTTCCATTTCATTTGATTGT--TT----------------A-----------ATGGAGATATTAGT-TGGAAATCCCTTTG-AAATTCT--C--A-----A-AA-AC-TTGGCCTGTTT--CTTATGTTC
gi|16 : TG-C-CATTTCATGGACACATGGTAAC--C-CGAA-AG---TG--AAACATTTACATGTA---TATTGACATTCTA-TTCACAA--AT---T-----TA-CCTCA-TGAAAACATCAAG-----T-----G----AAAA-------------TGTT-GTTTAAATGA--GT--GT-----TTT----------------ATGGATATATAAGC--GGCAATTTCTAAGAAAA--TCATC--A-----A-AA-AT-CTGTC--GTTTTCCTTATATTCATGAG
gi|12 : G-G-CATT-AATA-AACTCTGGTA-T--A-CAAA-AA---TG--AAA-----A-GTGCG---TCTT-----TCTT-TTCATCA--GT---ATACTTTAACCT-AATAAAAA-CTCGAG-----T-----G----AA
gi|25 : tacattaaaggG-G-AATTTAATCGAAATATGGTA-C--C-CTAA-AA---TG--TAA-----A-ATTAA---TATT-----TC-A-TTTACCT--GT---G-----T-ACCTTATTGAAGA-ATTGGG-----C-------------G-------------ATTT-CTTTAATTAG--TT--T-------------A-----------ATGGAGATAGTAGCcttttcttttcaatttgttgtatgaaggacttacatagatagtagttttgagttgtaagcgaagcatcgatacggtttcctacagatggtttgtttcttttattcacgagatgggcggagtaacagatgcaat
gi|2 : -G-TATTTCATAGAAATATACTA-C--C-CACA-ATATATA--ACA-----A-CC------TCTT-----TTTA-TTTACCA--GT---A-----TG-CATTATAGAAGA-GTCAGG-----T------------------------------------GATTGT--TT--C-------------------------ATGGAAATATTAGCG-GGAAACCCCTAGGACAT--CC--C--A-----A-AA-ATACTGGCAGGTTC--CTTATATCCTTGAGATTGGCGGGGTAGA-AG----AGGTGGTTA---ATT-----ACA----GG----------CATTCATTTTTCTTATTAATTA--AC-TTATATAAATGATTTAT-A--TGGTAA--AAG------GATCGAGCCGA---TC-TTGGACA-------CTATATCACTGATGGCAT---------G-------GT-A--ATATGG-CTAAA----GTTATGGTCAGTAC---TTTTTCAAGCATAAGCACAACCCATATTTTTTCAAGAGAGTACCTTTGGTCCATTCATTCATCAGAACTATTTGCCACTTGCTTCTGTCACTCGGTGTGACAAAAC--CACAAGCCTCACCTTCAACTCAAAA-------TAAGGAAATC---TGATTTA-A--TCAGTTCTCTTAAATGAACATATGAAAGT------ATTGACACTGGTTAGTTTAATGTT-GAATAACGTGTG--TATTACTG--A-CTT-----GCA-CAATTT--------TCTGTTTGAA---CG--AGCA--ATT-TC-AA-TAA----------TTGCATAAA----------AATCAATATGAATT---AT-------------------------TAT-----GG-----ACCTGTTCTGGCTATCACCTATAAGGTT--------T----TGTAT--------ACACATTTGA---------A-----------A-----T----TATGTATCGCTGTCTCAGTG---CA--CCATA-A--T-TTCT-----ATTCAAAT
gi|13 : TTTATAGAAATATAGTA-C--C-CAAATAA---TG--AAA-----A-GT------TCTTATT--TTTG-TTCAACA--GT---A-----TG-CCTCCGGGAAGA-ATCAAG-----A-----T----AACG-------------TTTT-ATCTAAATTA--TT--GA-----TTCAA---------------TGGCGATATTAACG-GGAAATCCCTGGG-AAA--TC--C--T-----GTAATAT-CTTGCGAGTCT--ATTATATTCATGAGTTTGGTAGAGTA-ATTG----A--TG--CG---GT------ACT----GA----------TAGCATTTCTT-TT-TTATTTATCACATTATA
gi|24 : A-TTTATAA--AT---A-----TA-CCTCATGGAAGA-ATTAAGCGTTTT----------------------------TTT-ATTTTATTTTAATTGGTTG----TTTAAT-C-----------AT---GCTATAAGCA-GGCAATCCTATGG--AA--TC--CTAA-----ATAA-AA-CTGG
gi|14 : catttaGGGAAA--TC--C--ATCAGGATCA-AC-CTGAC----CT--CTTTTATC----AGACAAGCGAAGTA-ACAG----A--TA--CG---ATATGACCACA----GGCACTTGTTACAAACGATTCGT-TCATTAATTG--AC-TTATATAATTGCTTCATTAATTA-TAATTACG------AA----GCGGA---TC-TCGAACAACCGTATC----------T----ATGATTGTATAG-------GG-A--A-AGCG-TTAAAATAAGGT-----CAGAACG---TTTTCAAACACAAACACAATACATA
gi|12 : gtTGGTTTGTTT--CTTTTATTCACGAGATGGGCGGAGTA-ACAG----A--TG--CA---AT
gi|5 : tacattaaaggggcattaataaactctggtatacaaaaatgaaaagtgcgtctttcttttcatcagtatactttaacctaataaaaactcgagtgaacttttcttttcaatttgttgtatgaaggacttacatagatagtagttttgagttgtaagcgaagcatcgatacggtttcctacagaTATTCTT-TT--TA-TTA--AC-TTATATAATTACATTATTA--GG-TCA--A-GTTACCCAAT---GG--A---TC-TCCGACATCATAT-C----------A----AT---------GATT----GC-ATGGTGTTATTTAAAA-AA--TAT----GATCTGAATTTTTTAAACATTA-------ACATA-------TAGAAAGTACCT
gi|21 : aaatgacaaaattaatgaaattactttcttctgactttattaaaggggcatgtcatagaaacatgttaccttggaatgaaaaatgtctctattcatcacttttatacctcatgatgaattgagtgaaacatttatttaaagtctttatttaaattggttgtttgatggagatattagcaagaaattaaaaaaaaaaaaggtctcttattTATATAATTGCTTTATTA--GG-GGA--A-GG-----AAC---CC--ACGGTCATCGAACA-------CCATATC----A----AT---------GATTACATGATG--ATATCG-CTAAAA-TAG-------------A--TTTTTCAAACATAAGCATAATATATAATTATTCTGGAAAGT-----AATCC-ATTCATCAGA---A--TTACTCCTATTTACAACAG
gi|10 : TGACATATACTT---TTATCTTG---CAATATGTAACAGTTACGGTATTTAAACTGGTTAGTTCTATTCT-GAA-TACAAATG--TG----------CTTGAACAAAAACAATTTATT-----T---TCCGCA---TG--AGTA--ATTCTC-AA-TAAAAACATGTGTTTACATATA----------AATCACTGTGAACT---ATCAAGTTGGT-T-------GC--T-ACAC-----TG-----ACCTGTTCTGGATACCATTTAATGTGTT--------T----TGTCT--------ACACTTTT
gi|3 : AGTTCGATGTTTGAA-AA-AAATGAGTA-CACATTCAGTCTGGACACTA-CAATTT--------A---TTTACAGTACG--AGTAC-ATT-TC-AA-TAA----------CTCTCTATGTA--------AAGCACTGTGAACT---ATCATGT--TTGT-------AC--CTACAT-----GG-----ACCAGTCCGAGATACTATTAG-TATGTT--------G----TGTG----------CACATGTAA--------------------TG-----T----TA----------CCTTTGTGACCTG--CC-T--C--T-TTTTCGTAAATTCAAcggcaagcttggtgttat
gi|15 : cAACTG--TA-TGTGGTTGTTTTT--CAATA---ATTT--------T---C--ACA---CG--AGCAA-GTT-TC-AAATCC----------CTA----------------AAGCAATGTTACCT---ATCAAGC--GTTT-------AT--CTACATTAATAAA-----ACATGTTGCGAAT--CAGCTGTTATGCT--------TAATATACGAGTTTAAAAAGAC---TGG---------A---------CCG-----T----TA----------TCTTTGTGATTTACCCC-T--G--T-TTC------------ATACA------TTGACACGGTGG-CCATCGCtagtaacaaggcgttgcgtaattatataagttgtttatgtggccaatacctgtgactttaacaatgttgtgatcctcgcgatgctcttagtgtatgagatttttatttttaaataaatactagtattctttacaattacttttttcaatctttttccaccgaaaaaagccagtacgaggtattcctatacatgctgacttttatacgacaaaatgccactttaaacatacatgtaattcattagatcattgca
gi|9 : CAGTCAATTTGGCCAGCA-CAATTTATTTTATTT---TCTGCA---TG--AGTG--ATT-TC-AG-TAA----------CTACATACATGTAAATAAAAAACAAGGTGATCT---ATCACGT--GTGTAGACCGGGC--AAACAT-----GC-----ACT------AGGTATTATCTGTTATGTT--------T----TGTAC--------ACATGTTCGATAAGACTTGA---------CCG-----T----TA----------TCTTAGTGATGCA--AC-T--G--TGTTTT----------------CAT-TG--AACATAGTGTTCCGTTGTATGCATTTATTTGCATACGTTACGTAC-CGTCAatg
gi|22 : ctCCACA---TGGCAGAATTATT-TCCAG-T-A----------CAAGA-ATAC-------------AATATGAACT---ATCAAAT--ATGT-------GC--CTGCAT-----GGATAAAACCGGT--CACATATCATCTATTATATT--------T----CGTGC--------ACACGTTTGA---------AAAAT-----CCAAACGCTTAAATA----------TATTAACGATTTA--AC-A--G--C-TTCT-----ATTt
gi|8 : ATATGAACTTATATCAAGT--GCGT-------GTATCTACAT-----GATAAA-ACCTGTTTCAGAT--CATATATTATGTT--------T----AGTAT--------ACACTTTTGA---------AGTCTTGA--TCA-----T----TA----------TGTTAATGATATT--C----------TTCT-----GTTTAGATAT--------TGATATGGTAGTCCATTGTTAGTCTTTACTTGTATCTGCTGTGTAA-TCTCATGTA---ATA---TAGTGATAATATTTG----TAG-----T-----TT
gi|11 : tct-------GC--GAACAT-------------TCTGTTTCAGATAATGTCCATTATGCT--------C----TGTGC--------ACATGTTTGA---------AATGCCTGGGCCT-----T----TA----------TCTTTGTGATCGA--AC-T--TCCT-TTGC-----ATTCGAACA-----ATAC---CGTTTTGTTCCGTTAAATGTCTTTACTTCCACACGCTGTGTAC-CTTCACATAAATGTACACAAGTAACTATGTAAGAATATAGGACACTATGAATTCATTTTAGTAAATACTCGTAACAAAAACATTTTTttgtgaacaatacctgcgagttgacaatgtgatcctcacaatggctcc
gi|20 : GTTTCAGATATCATCTATTATATTGATTTCAGT----TTCCA--------AAAGTCTTGC-------------------CCA-----T----TA----------TCTTAGTGGTCTC--AC-TAAG--T-TTCC-----ATACAACTAC--------TGAAGCGGTGTTCCGTTGCGCAGCTTTACAAGCACACGTTGTGTACTCTTCAT-TA---ATA---AAGTAATGATAAAA
gi|5 : aATCCATTGGGTAA-CTTGACCTA---ATA---ATGTAATTATATAAG----T
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTGTATAAGTAGCTTCTGTGATTAGTACCTGAGAAGTTTGCAATGCTTTAATTCTCGCTTCAGCTCTTGGGATATGAGTTATGAATAGAATCACTGAGATTGTTTTTTCAAGTAAATACTCATTATAAAGGCTTGTTTTTATTTTTTATTTTTCCAACAGAAAATAGTGAATAAGATGTACTAATCTTCTCATTCATGTCCACTTCTATGCAACGAAATGACATTTCAAATGATTAAATGTTTAAATTAAAATCAATTATACCATA
Unaligned ( gi|18 ): TGATTTTCGCGATTGCATCTGGGATATAAGTTAAATCACTATTTAAGTAAATACTCATTGTTGTGACTTTTGTTGCATTTCTCTCCGAAAATGGTAAAAAACGAATTACCAATATTTCCATTAATGCCGACCTTTTTCGAAGAAATATCACTTTAATCTACATAAATACTA
Unaligned ( gi|19 ): ATTATTATTTTGAAGTAAAAACGTGTTACTATGACTTTTTCTATTATTTTTTTCTCACAAAATAGTCAATATGAAGTTCCAAAATTTCTATTCATGCCGTCTTTTTATACGATCAAATGCCCCTTTAGATAAGTGTTTATGTAATTGACCAATTAAATATT
Unaligned ( gi|26 ): AAAACCAAGTCCATTCTTAACATACAAACATCTGATTTTATCATTTTCCTTGCAACATGTAACAATATTAACACTGGTTATTGTTATATATTGCAAACAATGTGTGTG
Unaligned ( gi|27 ): ACAATGATTTATTTTATTTTCCCCACGAATATAGCCGAAAAGAAGTAGCCTACAAATATCTCCATTTATGCCAACGTTTTATGTGATCAAATGCCACTTAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): GACATCAAAAATAGTTAATAAAAGTATATATATAACCATTCATGCTGACTTTCTTTGGGATGAACTGCAACCTATCTAA
Unaligned ( gi|29 ): TAATATGCGCTTAATTGTATTAAACGTTTTTAAACACATTTTTCTATTGTCAATAAAAGGACTCAAGGA
Alignments
lowQualScore : 222222 11 11 11 111111111111111111 22222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111111 22222222 11 22222 555555555555555555555555555555555555 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333333333 11111 3333 22 1 11 11 11 111 11 4444444 111 555555555 4444 55555555 11 22222222222222222222222 11111 1 4444444444444444444444444444444 11111 11111111111111111 11111111 88888888888888888888888888888888888 11111 11111111111 1111111 333333333333 1111 1 111 111 444444444444444444 11
lowQualScore : 2 1 1 999999 33 99 11 4 4 3 3 1 3 7777 88 3 666666666666666666 0 555 44444444 4 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7777 88888888888888 44 2 66666 55 00000000 3 11 0 55 4 4 55 2 3 66666 333333333333333333333333333333333333 0 1 3 5 9 1 77 6 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 1 8 1111111111 2 88888 3333 22 22 1 2 0 22 1 2 77 2 3 88 33 888 00 7 3333333 0 4 777 1 777777777 1 6666 3 2 1 77777777 1 1 11 22 8 8 1 99 77777777777777777777777 55 66666 2 3 6 6 6 5555555555555555555555555555555 66 888 0 1 55555 99999999999999999 4 44 0 44444444 1 33333333333333333333333333333333333 11111 4 4 66666666666 4 3333333 999999 888888888888 2 3 5555 8 0 777 777 1 444444444444444444 4 88 3 2 4 4 4
lowQualScore : . . . ...... .. .. .. . . . . . . .... .. . .................. . ... ........ . . ................................................................................ .... .............. .. . ..... .. ........ . .. . .. . . .. . . ..... .................................... . . . . . . .. . ....................................................................................................................... . . . .......... . ..... .... .. .. . . . .. . . .. . . .. .. ... .. . ....... . . ... . ......... . .... . . . ........ . . .. .. . . . .. ....................... .. ..... . . . . . ............................... .. ... . . ..... ................. . .. . ........ . ................................... ..... . . ........... . ....... ...... ............ . . .... . . ... ... . .................. . .. . . . . .
lowQualScore : 5 0 0 222222 88 00 44 0 0 6 6 8 6 4444 66 6 999999999999999999 3 888 00000000 2 8 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 66666666666666 66 3 33333 00 22222222 6 66 5 55 0 0 55 2 0 44444 444444444444444444444444444444444444 3 0 0 7 3 7 99 7 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 0 0 0000000000 5 77777 3333 33 00 0 0 7 00 0 5 55 5 0 33 77 000 33 3 3333333 7 0 555 0 555555555 0 8888 2 0 0 00000000 0 0 00 44 0 0 7 22 55555555555555555555555 33 77777 2 3 7 7 7 7777777777777777777777777777777 77 888 2 4 55555 88888888888888888 6 88 7 55555555 4 77777777777777777777777777777777777 11111 4 4 11111111111 4 7777777 888888 777777777777 7 0 2222 0 5 555 555 0 333333333333333333 0 00 0 5 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACGAAANTACTTTC----G-AAT--CT--TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGT-ACC-CNAA-AA---TG--AAA-A-----ATGCGTCT-----TTCTATTCATCAA---TA-----TAACCTCATGGAAGAATCGAG--------T---G----AAA-A-T--------TT--A-TTT--AATTNG-TT--N-TTT-AA------A-----------ATGGAGA----TATTAGC------------G-GGAA--ATCCCTNGG-AAAT--C--C--AA-AA-AC-CTGGCCGGT-CT-CTTA--TATTCATGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---G----GT-----TACA----GG----------NAACGATTCTT-TTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTAGGTA-A------A----G------AA---T---GC-GATC-TCGG----ACACTCATATCA----ATGAT----TGN-ATG---AT-AT--CGCTAAAA-AAG-T----ATC-GGTNCG----TTTTTCAAACATAAGCACAATACAT-A-TTATTCT--AGAAAGTACCT--GGTCCATTCATC-A-CAGAA-TTTCTNCCACTTACTACAGTCANTCGGTNTGNCAAAAC--CAC-AGNC-CACCTTCAACTCAAAA-------TAAGAANATC---TGACNTATA--TCATTTCTCTTG---NAACATGTAACAGT----GTATTNACACTGGTTA--GTTCGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-T-TTGGACAGTA-CAATTTATTTT-----CCGCACGAGTA-A-TT-TCAA-TAA----------CTACATATA----------A-AN-CAATGTGAACT---ATCAAGTGTGT-GC--CTACAT-----GG----A-----CCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT--------TTGTGCACACGTTT---------GA---------A---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--ACT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TAC-------TTG-ACGCGGTGTTCCGTTGCGCGTCTTTACTTGCACACGTTGTGTAC-CTTCACGTAA---TA---AAGTGATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCANTTTAGTNAATACTCNTNACAANGACATTNTT
Reference ( family-2264 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATGAAANTNCTTTC----G-AAT--CT--TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGT-ACC-CAAA-AN---TG--AAA-A-----ATGNATCT-----TTCTATTCATCAA---TA-----TAACCTCATNGAAGAATCGAG--------T---A----AAA-A-T--------TT--A-TTT--GATTNN-TT--T-TTT-AA------A-----------ATGGAGA----TATTAGC------------G-GGAA--ATCCCTNGG-AAAT--C--C--AATAA-AC-CTGGCCGGT-CT-CTTA--TATTCATGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---G----AT-----TACA----GA----------NAACNATTCTT-TTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTAGGTA-A------A----G------AA---T---GC-GATC-TCGG----ACACCCATATCA----ATGAT----TGN-A-----AT-AT--CGCTAAAA-AAG-T----ATC-GGTACG----TTTTTCAAACATAAGCACAATACAT-A-TT-TTCT--AGAAAGTACCTTNGNCCCATTCATCCGNCAGAACTNNCTNCCACTTGCNNCNGTCACTCGGTGTGACAAAAC--CACAAGCCTCACCTTCAACTCAAAA-------TAAGGAAATC---TGACNTATACTTCAGTTNTCTTGAATNAACATGTGANAGTTACGGTATTNANACTGGTTA--GTTCNATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-T-TTGGACAGCA-CAATTTATTTT-----CCGCACGAGTA-A-TT-TCAA-TAA----------CTACATATAT---------A-AN-CAATGTGAACT---ATCAAGTGTGT-GC--CTACAT-----GG----A-----CCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT--------TTGTGCACACGTTT---------GA---------A---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--NCT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TAC-------TTG-ACGCGGTGTTCCGTTGCGCGTCTTTACTTGCATACGTTGTGTAC-CTTCACGTAA---TA---AAGTAATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCATTTTAGTAAATACTCGTAACAAAAACATTTTT
gi|1 : TAACCAAAGTACTTTT----A-AAT--CTG-TAAAACTG-G-CATTTCATAGAAATATGAT-ACT-CAAA-AT---TG--AAA-A-----ATGAATCT-----TTCTATTAATCAA---TA-----TAACCTCAATGAAGAATCAAG--------T---A----AAA-AAT--------TT--A-TTT--GATTTT-TT--T-TTTTAA------A-----------ATGGAGA----TATTAGC------------ATGGGA--ATCCCTCGGTAAAC--C--C--AATAA-AC-CTGGCTGGT-CT-CTTG--TATTCATGAGATGGGCAGAGTAA-AG-----ATGC---A----GT-----GACA----GA----------AAACTGTTCTT-TTGTTAATTA--AC-TTATACAGTTGCTTTATTATGTA-A------A----G------AA---T---GC--ATC-TCAG----ACAC-------A----ATG-------GA-A-----AT-AT--CACTAAAA-AAGCT----ATCCAGTTTG----TTTTTCAAACACAAGCACAATACAT-AATTATTCC--AGAAAGTACCTAAAGCCTATTCATCAAACACA--TTTCTTCCA--TACTACAGTCAAT--ATCTGCCAAAACAACACCAGAAATACTTTCAACTCAAAACTGATATTAAGAGGATCCTATGACATA------ATTTCTCTTG---GAAC-TACAATAGT------ATTTATACTGCTTA--ATTTGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-TCTTAGACAATA-CAATTT---TT-----CTACATGAGTATA-TT-TCAG-TTA----------CTATATATAC---------GGAG-CAATGTGAACT---ACCAAGTGTGT-GC--CAACAT-----GG----A-----CCTGTTCCAGATAACGTTTGTTGTGTT--------TTGCGAACACATTT---------GA---------A---------C----CAT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--CCT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TACACATGTGCTG-ACGTGGTGGTCCATTGCCTATCTTTACTTACACCCATTGTGTAC-CTTCACATAG---TA---AAGTGATTATATAAG----TAG-----T-----TTCAATTT--TCAATACTCCTTACAATGACATTATT
gi|10 : gttatttgcagtcagttgcaagacagatttttaaaatgataacaaatttcttttgc---TGACATATACTT---TTATCTTG---CAATATGTAACAGTTACGGTATTTAAACTGGTTA--GTTCTATTCT-GAA-TACAAATG--TG-C----------TTGAACAAAAACAATTTATTTT-----CCGCATGAGTA-A-TTCTCAA-TAAAAACATGTGTTTACATATA----------A-AT-CACTGTGAACT---ATCAAGTTGGT-TG--CTACAC-----TG----A-----CCTGTTCTGGATACCATTTAATGTGTT--------TTGTCTACACTTTT---------ct
gi|11 : CTGTTTCAGATAATGTCCATTATGCT--------CTGTGCACATGTTT---------GA---------AATGCCTGGGC----CTT-----TATCTTTGTG-ATC-GA--ACT--TCCT-TTGC-----ATTCGAACAATAC------------CGTTTTGTTCCGTTAAATGTCTTTACTTCCACACGCTGTGTAC-CTTCACATAAATGTACACAAGTAACTATGTAAGAATATAGGACACTATGAATTCATTTTAGTAAATACTCGTAACAAAAACATTTTTcggcaagcttggtgttat
gi|12 : gcgaacattT--TAAAG-GG-G-CATT-AATA-AACTCTGGT-ATA-CAAA-AA---TG--AAA-A-----GTGCGTCT-----TTCTTTTCATCAG---TATACTTTAACCTAATA-AAAACTCGAG--------T---G----AAC-T-T--------TT--C-TTTTCAATTTG-TT--G-TAT-GA------AGGACTT-----ACATAGA----TAGTAGTTTTGAGTTGTAAG-CGAAGCATCGATACG-GTTT--C--C--TACAG-A---TGGTTTGT-TT-CTTT--TATTCACGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---A----AT-----
gi|13 : tacaTTTATAGAAATATAGT-ACC-CAAATAA---TG--AAA-A-----GTTCTTAT-----TTTTGTTCAACAG---TA-----TG-CCTCCGGGAAGAATCAAGA-------T---A----ACG-T-T--------TT--A-TCT--AAATTA-TTGAT-TC----------A-----------ATGGCGA----TATTAAC------------G-GGAA--ATCCCTGGG-AAAT--C--C--TGTAATAT-CTTGCGAGT-CT-ATTA--TATTCATGAGTTTGGTAGAGTAATTG-----ATGC---G----G------TACT----GA----------TAGCATTTCTT-TT-TTATTTATCACATTATA
gi|14 : GT------------G-GGAA--ATCCATCAG--GAT--C---------A-AC-CTGACC--T-CT-TTTA-----TC---AGACAAGCGAAGTAACAG-----ATAC---G----ATATGACCACA----GGCACTTGTTACAAACGATTCGT-TCATTAATTG--AC-TTATATAATTGCTTCATTAATTATA------ATTACG------AA-------GCGGATC-TCGA----ACAACCGTATCT----ATGAT----TGT-ATAGGGAA-AG--CGTTAAAATAAG------GTC-AGAACG-----TTTTCAAACACAAACACAATACAT-A-
gi|15 : AACTG--TA-TGTGGTTG-T-TT------TT-CAAT--AATTT-----TCACACGAGCA-AGTT-TCAAATCC----------CTA----------------A-AG-CAATGTTACCT---ATCAAGCGTTT-AT--CTACATTAATAAA----A-----CATGTTGCGAAT--CAGCTGTTATGCT--------TAATATACGAGTTTAAAAAGACTGG---------A---------C----CGT-----TATCTTTGTG-ATT-TACCCCT--G--T-TTC------------A---TACA------TTG-ACACGGTG
gi|16 : -TG-C-CATTTCATGGACACATGGTAACC-CGAA-AG---TG--AAACATTTACATGTATATTGACATTCTATTCACAAA---T------TTACCTCATGAAAACATCAAG--------T---G----AAA-A-TG-------TT--G-TTTA-AATGAG-TG--T-TTT---------------------ATGGATA----TATAAGC------------G-GCAA--TTTCTAAGA-AAAT--CATC--AA-AA-AT-CT-GTCGTT-TTCCTTA--TATTCATGAGgccatcgcatg
gi|17 : -TG-G-CATTTCAAAGAATTACTGT-AGC-CTAA-AA---TA--AAA-A-----ACTCGTCG-----TTTTATTAATCAA---TG-----TA-CCTCATGGCAGAATCAAG--------T---ATTTTAGA-A-TCAAGTATGTTCCA-TTT--CATTTGATT--G-TTT-AA-------------------TGGAGA----TATTAGT------------T-GGAA--ATCCCTTTG-AAATTCT--C--AA-AA-AC-TTGGCCTGT-TT-CTTA--TGTTC
gi|2 : -G-TATTTCATAGAAATATACT-ACC-CACA-ATATATA--ACA-A--------CCTCT-----TTTTATTTACCAG---TA-----TG-CATTATAGAAGAGTCAGG--------T----------------------------------GATTGT-TT--C-------------------------ATGGAAA----TATTAGC------------G-GGAA--ACCCCTAGG-ACAT--C--C--CAAAA-ATACTGGCAGGT-TC-CTTA--TATCCTTGAGATTGGCGGGGTAGAAG-----AGGT---GGTTAAT-----TACA----GG----------CATTCATTTTTCTTATTAATTA--AC-TTATATAAATGATTTATATGGTA-A------AA---G------GA---TCGAGCCGATC-TTGG----ACACT-ATATCA----CTGATGGCATGGTA-----AT-AT--GGCTAAA----G-TTATGGTC-AGTAC-----TTTTTCAAGCATAAGCACAACCCAT-A-TT-TTTTCAAGAGAGTACCTTTGGTCCATTCATTCATCAGAACTATTTGCCACTTGCTTCTGTCACTCGGTGTGACAAAAC--CACAAGCCTCACCTTCAACTCAAAA-------TAAGGAAATC---TGATTTA-A--TCAGTTCTCTTAAATGAACATATGAAA------GTATTGACACTGGTTA--GTTTAATGTT-GAATAACGTGTG--TATTACTG--A-C-TT-----GCA-CAATTTTCTGT-----TTGAACGAGCA-A-TT-TCAA-TAA----------TTGCATA-AA---------A-AT-CAATATGAATT---AT-----------------TAT-----GG----A-----CCTGTTCTGGCTATCACCTATAAGGTT--------TTGTATACACATTT---------GAAATTATGT-A---------T----CGC-----TGTCTCAGTGCACCATA--A-------T-TTCT-----ATTCAAA---T
gi|20 : GTTTCAGATATCATCTATTATATTGATTTCAGTT-TCCAAAAGTCT---------TG---------C---------C----CAT-----TATCTTAGTG-GTC-TC--ACTAAG--T-TTCC-----ATACAAC---TAC-------T-G-AAGCGGTGTTCCGTTGCGCAGCTTTACAAGCACACGTTGTGTACTCTTCAT-TAA---TA---AAGTAATGATAAAA
gi|21 : aTATATAATTGCTTTATTAGGGG-A------A----G------GAACCC---AC-GGTCATCGA----ACACC-ATATCA----ATGAT----TAC-ATGATGAT-AT--CGCTAAAA----------------TAGA----TTTTTCAAACATAAGCATAATATATAA-TTATTCT--GGAAAGTA------ATCCATTCAT----CAGAA-TTACTCCTATTTACAACAG
gi|22 : -CAATATGAACT---ATCAAATATGT-GC--CTGCAT-----GG----ATAAAACCGGTCAC--ATATCATCTATTATATT--------TCGTGCACACGTTT---------GA---------AAAAT-----CCAAACGCTTAAATATATTAACG-ATT-TA--ACA--G--C-TTCT-----ATT
gi|23 : ccacatggcagaattatttccagtacaagaata-TA-G-CTTTTCATAGAGCTGTCGT-ACCACAAG-AT---------A-A-----ATGTATAT-----TTCTATTTAATAA---TA-----TA-CCTCATGGAAAAATTAGG--------C---G----AAA-A-C--------GT--A-TTT--AAATTC-CA--T-TTT-AATAGTTTA-----------ATGGAGGGAGCTATTGGC------------A-GGAA--ATTC
gi|24 : tatcgagcATTTATAAA---TA-----TA-CCTCATGGAAGAATTAAGCGTTTTTTT----------A-T-T--------TT--ATTTT--AATTGG-TT--G-TTT-AAT-----C-----------AT---GC----TATAAGC------------A-GGCA--AT-CCTATG-GAAT--C--CTAAATAA-AA-CTGGgtaaa
gi|25 : catttaG-G-AATTTAATCGAAATATGGT-ACC-CTAA-AA---TG--TAA-A-----ATTAATAT-----TTC-ATTTACCTG---TG-----T-ACCTTATTGAAGAATTGGG--------C----------G-A-T--------TT--C-TTT--AATTAG-TT--T-------------A-----------ATGGAGA----TAGTAGC------------
gi|26 : AAAAC--CA--AGTC-CA--TTC---TTAACA-------TACAAACATC---TGATTT-TA--TCATTTTCCTTG---CAACATGTAACAAT------ATTAACACTGGTTATTGTTATATATT-GCA-AAC-AATG--TG-T
gi|3 : A--GTTCGATGTTTGAA-AA-AAATGAGTA-CACATTCAGT-CTGGACACTA-CAATTTATTTA-----CAGTACGAGTACA-TT-TCAA-TAA----------CTCTCTATGT---------A-AAGCACTGTGAACT---ATCATGTTTGT-AC--CTACAT-----GG----A-----CCAGTCCGAGATACTAT-TAGTATGTT--------GTGTGCACATGT------------A---------A--------------TGT-----TACCTTTGTG-ACC-TG--CCT--C--T-TTTTCGTAAATTC-AA---TA--------GTA-ACAAGG-----CGTTGCG------TAATTATATAAGTTGTTTAgtg
gi|4 : cTT----G-AAT--CT--TAAA--TGAG-TGTTTTATATAAATATGGT-ACC-CAAA-AA---TGA-AAA-A-----AAGCGTCG-----TTCTATTCATCAA---TA-----C-ACCTTAGAGAAG----------------------------A-T--------CT--A-TGT--GATCAT-TT--TATTT-AA----------------------------------------------------AA--ATTCCTTGA-GAAT--C--C--TTCAA-AA-CTAGTCAGTGCT-TTTA--CG--CATAAGATGGGCAAAGTAACAGTTCTAATGT---A----TC-----CACA----AG----------TAGTGA----T-ATATCAACTA--AC-TTATATAACTGGGTGATTGGGTA-GAATTACA----A------AA---T----C-GAAA-TCGGCGCAACATTC-TATCGATGCATGAT----CAT-A-----ATGATAACGTTTAA------T----AGT-GGTGTGACCTTTTTTCAAACAAAAGtgtggccaatacctgtgactttaacaatgttgtgatcctcgcgatgctcttagtgtatgagatttttatttttaaataaatactagtattctttacaattacttttttcaatctttttccaccgaaaaaagccagtacgaggtattcctatacatgctgacttttatacgacaaaatgccactttaaacatacatgtaattcattagatcattgca
gi|5 : acacaatagcatcatttaagttttttgccgtgttcacatgTAATGAAATTACTTTCTTCTG-ACT--TTATTAAAG-GG-G-CATGTCATAGAAACATGTT-ACC-TTGG-AA---TG--AAA-A-----ATG----T-----CTCTATTCATCACTTTTA-----T-ACCTCAT-GATGAATTGAG--------T---G----AAACA-T--------TT--A-TTTA-AAGTCT-TT--A-TTT-AA------ATTGGTTGTTTGATGGAGA----TATTAGC------------A-AGAA--AT---TAAA-AAA---------AAAAA-A--------GGT-CT-CTTATTTATTCaaa
gi|5 : aaatgacaaaatATTCTT-TT--TA-TTA--AC-TTATATAATTACATTATTAGGTC-A------A----GTTACCCAA---T---G--GATC-TCCG----ACA-TCATATCA----ATGAT----TGC-ATG---GT-GT--TATTTAAA-AAA-T----AT--GATCTGAA--TTTTTTAAACATTA-------ACAT-A-------T--AGAAAGTACCTtttttattaacttatataattacattattaggtcaagttacccaatggatctccgacatcatatcaatgattgcatggtgttatttaaaaaatatgatctgaattttttaaacattaacatatagaaagtacct
gi|7 : aaatgacaaaattaatgaaattactttcttctgactttattaaaggggcatgtcatagaaacatgttaccttggaatgaaaaatgtctctattcatcacttttatacctcatgatgaattgagtgaaacatttatttaaagtctttatttaaattggttgtttgatggagatattagcaagaaattaaaaaaaaaaaaggtctcttatttAAATTCTTTC----ACAATTTCT--TTAAA-TG-GGCATTTCATAGAAGTACAGT-ACC-CTCA-AA---TGGTAAA-A-----GT-CATCA-----TCCTATTCACCAC---CA-----TA-CATCCTGGAAGAATCAAG--------TCTTA----AAA-A---------------------AAATGG-TT--G-TTT-AA-------------------TGGATA----TATTAGC------------G-GGAA--ATCCC-----------C--C--AA--A-AC-ATGACTGGT-CT-CTTA--TATTCGTGAGTTGGACAAAGTAACAGAATT-ATGCACAG----G------TACAAGTTGA----------AAACTATT-TT-TTGTTAATTA--A
gi|8 : cacagttacatgttATATGAACTTATATCAAGTGCGT-GTATCTACAT-----GATAAAA-----CCTGTTTCAGAT--CATATATTATGTT--------TAGTATACACTTTT---------GA---------AGTCTTGA--T----CAT-----TATGTTAATG-ATA-T---TCT--------TCT-----GTTTAGA---TA--------TTG-ATATGGTAGTCCATTGTTAGTCTTTACTTGTATCTGCTGTGTAA-TCTCATGTAA---TA---TAGTGATAATATTTG----TAG
gi|9 : tctCAGTCAAT-TTGGCCAGCA-CAATTTATTTTATTTTCTGCATGAGTG-A-TT-TCAG-TAA----------CTACATACATGTAAATAAAA-AA-CAAGGTGATCT---ATCACGTGTGTAGA--CCGGGC-----AA----A-----CATGCACTAGGTATTATCTGTTATGTT--------TTGTACACATGTTC---------GATAAGACTTGA---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATG-CA--ACT--G--TGTT--------TTCA---------------TTGAACATAGTGTTCCGTTGTATGCATTTATTTGCATACGTTACGTAC-CGTCAtttttgtgaacaatacctgcgagttgacaatgtgatcctcacaatggctcc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTGTATAAGTAGCTTCTGTGATTAGTACCTGAGAAGTTTGCAATGCTTTAATTCTCGCTTCAGCTCTTGGGATATGAGTTATGAATAGAATCACTGAGATTGTTTTTTCAAGTAAATACTCATTATAAAGGCTTGTTTTTATTTTTTATTTTTCCAACAGAAAATAGTGAATAAGATGTACTAATCTTCTCATTCATGTCCACTTCTATGCAACGAAATGACATTTCAAATGATTAAATGTTTAAATTAAAATCAATTATACCATA
Unaligned ( gi|18 ): TGATTTTCGCGATTGCATCTGGGATATAAGTTAAATCACTATTTAAGTAAATACTCATTGTTGTGACTTTTGTTGCATTTCTCTCCGAAAATGGTAAAAAACGAATTACCAATATTTCCATTAATGCCGACCTTTTTCGAAGAAATATCACTTTAATCTACATAAATACTA
Unaligned ( gi|19 ): ATTATTATTTTGAAGTAAAAACGTGTTACTATGACTTTTTCTATTATTTTTTTCTCACAAAATAGTCAATATGAAGTTCCAAAATTTCTATTCATGCCGTCTTTTTATACGATCAAATGCCCCTTTAGATAAGTGTTTATGTAATTGACCAATTAAATATT
Unaligned ( gi|27 ): ACAATGATTTATTTTATTTTCCCCACGAATATAGCCGAAAAGAAGTAGCCTACAAATATCTCCATTTATGCCAACGTTTTATGTGATCAAATGCCACTTAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): GACATCAAAAATAGTTAATAAAAGTATATATATAACCATTCATGCTGACTTTCTTTGGGATGAACTGCAACCTATCTAA
Unaligned ( gi|29 ): TAATATGCGCTTAATTGTATTAAACGTTTTTAAACACATTTTTCTATTGTCAATAAAAGGACTCAAGGA
Alignments
lowQualScore : 222222 11 11 11 22222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222 22222 4444444444444444444444444444444444444444 66666666666666666666666666666666 1111 2222 22222222222222222222 8888888888888888888888888 1111111 33333 22222 1 1 1 11 555555555555555 4444444 111 2222 1111 4444444 11 22222222222222222222222 11111 1 4444444444444444444444444444444 11111 11111111111111111 11111111 777777777777777777777777777777777777 11111 11111111111111 1111111 333333333333 111 1 111 111 444444444444444444 11
lowQualScore : 2 1 7 999999 33 99 11 4 4 3 1 3 666 88 999999999999 1 99999 0 555 55555555 5 2 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 33 4 1111111111111111 999 0 55 4 4 55 3 66666 6666666666666666666666666666666666666666 3 5 9 1 77 6 77777777777777777777777777777777 6 4444 3333 3 55555555555555555555 0000000000000000000000000 0 1 8 5555555 1 2 55555 33333 3 3 1 2 1 77 1 1 6 555555555555555 7 3333333 1 777 1 5555 0 8888 3 0 5555555 1 0 11 44 8 8 1 99 55555555555555555555555 55 66666 2 3 6 6 7777777777777777777777777777777 77 1 888 0 1 55555 99999999999999999 4 1 0 44444444 1 888888888888888888888888888888888888 11111 4 77777777777777 4 3333333 999999 888888888888 2 222 0 8 0 777 777 1 444444444444444444 1 88 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . . ...... .. .. .. . . . . . ... .. ............ . ..... . ... ........ . . . . ........................................................................... .. .. . ................ ... . .. . . .. . ..... ........................................ . . . . .. . ................................ . .... .... . .................... ......................... . . . ....... . . ..... ..... . . . . . .. . . . ............... . ....... . ... . .... . .... . . ....... . . .. .. . . . .. ....................... .. ..... . . . . ............................... .. . ... . . ..... ................. . . . ........ . .................................... ..... . .............. . ....... ...... ............ . ... . . . ... ... . .................. . .. . . . . .
lowQualScore : 5 0 3 222222 88 00 44 0 0 6 0 6 444 66 999999999999 4 11111 3 888 99999999 2 8 3 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 55 0 8888888888888888 666 5 55 0 0 55 0 44444 0000000000000000000000000000000000000000 0 7 3 7 99 7 77777777777777777777777777777777 7 2222 2222 2 88888888888888888888 3333333333333333333333333 3 0 0 8888888 2 5 88888 33333 3 3 0 0 0 55 0 0 7 777777777777777 3 3333333 0 555 0 0000 2 5555 2 2 8888888 0 2 00 66 0 0 7 22 66666666666666666666666 33 77777 2 3 7 7 5555555555555555555555555555555 99 0 888 2 4 55555 88888888888888888 6 6 7 55555555 4 666666666666666666666666666666666666 11111 4 44444444444444 4 7777777 888888 777777777777 7 444 6 0 5 555 555 0 333333333333333333 0 00 0 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACGAAATTACTTTC----G-AAT--CT--TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGTA-CCCNAA-A---ATG--AAA-----A-ATGCGTCTT-----TCTATTCATCAA---TA-----TAACCTCATGGAAGAATCGA-G-T------G-----AA--A-A------T-TTA-TTT--AA--------TTNG-TTGTTT-AA--A-----------ATGGAGATATTAGCG-GGAAATCCCTNGG-AAAT--C---C-A--A--AAAC-CTGGCCGGT-CT-CTTA--TATTCATGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---GGT-----TA----CA----GGNA----------ACGATTCTT-TTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTAGGTA-A------A----G------AA---T---GC-GATC-TCGG----ACACTCATATCAATGATTG-----CAT---G---AT---ATCGCTAAAA-AAG-T----ATC-GGTNCG----TTTTTCAAACATAAGCACAATACAT-A-TTATT-CTAGAAAGTACCT--G--GTCCATTCA-TCA-CAGA-ATT-TCTNCCACTTACTACAGTCANTCGGTNTGNCAAAACCACAG-C--CA------CCTTCAACTCAAAA-------TAAGAANATC---TGACNTATATCATTTCTCTTG---NAACATGTAACAGT----GTATTNACACTGGTTA--GTTCGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-T-TTGGACAGTA-CAATTTATTTT-----CCGCACGAGTA-A-TT-TCAATAA----------CTAC---ATAT----------A--AAGCAATGTGAACT---ATCAAGTGTGT-GC--CTACAT-----GG----A-----CCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT--------TTGTGCACACGTT---------TGA---------A---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--ACT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TAC-------TTG-ACGCGGTGTTCCGTTGCNCGTCTTTACTTGCACACGTTGTGTAC-CTTCACGTAA---TA---AAGTGATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCANTTTAGTNAATACTCNTNACAANGACATTNTT
Reference ( family-2264 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACGAAANTACTTTC----G-AAT--CT--TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGTA-CCCNAA-A---ATG--AAA-----A-ATGCGTCTT-----TCTATTCATCAA---TA-----TAACCTCATGGAAGAATCGA-G-T------G-----AA--A-A------T-TTA-TTT--AA--------TTNG-TTNTTT-AA--A-----------ATGGAGATATTAGCG-GGAAATCCCTNGG-AAAT--C---C-A--A--AAAC-CTGGCCGGT-CT-CTTA--TATTCATGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---GGT-----TA----CA----GGNA----------ACGATTCTT-TTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTAGGTA-A------A----G------AA---T---GC-GATC-TCGG----ACACTCATATCAATGATTG-----NAT---G---AT---ATCGCTAAAA-AAG-T----ATC-GGTNCG----TTTTTCAAACATAAGCACAATACAT-A-TTATT-CTAGAAAGTACCT--G--GTCCATTCA-TCA-CAGA-ATT-TCTNCCACTTACTACAGTCANTCGGTNTGNCAAAACCACAGNC--CA------CCTTCAACTCAAAA-------TAAGAANATC---TGACNTATATCATTTCTCTTG---NAACATGTAACAGT----GTATTNACACTGGTTA--GTTCGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-T-TTGGACAGTA-CAATTTATTTT-----CCGCACGAGTA-A-TT-TCAATAA----------CTAC---ATAT----------A--AANCAATGTGAACT---ATCAAGTGTGT-GC--CTACAT-----GG----A-----CCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT--------TTGTGCACACGTT---------TGA---------A---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--ACT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TAC-------TTG-ACGCGGTGTTCCGTTGCGCGTCTTTACTTGCACACGTTGTGTAC-CTTCACGTAA---TA---AAGTGATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCANTTTAGTNAATACTCNTNACAANGACATTNTT
gi|1 : TAACCAAAGTACTTTT----A-AAT--CTG-TAAAACTG-G-CATTTCATAGAAATATGATA-CTCAAA-A---TTG--AAA-----A-ATGAATCTT-----TCTATTAATCAA---TA-----TAACCTCAATGAAGAATCAA-G-T------A-----AA--A-AA-----T-TTA-TTT--GA--------TTTT-TTTTTTTAA--A-----------ATGGAGATATTAGCATGGGAATCCCTCGGTAAAC--C---C-A--AT-AAAC-CTGGCTGGT-CT-CTTG--TATTCATGAGATGGGCAGAGTAA-AG-----ATGC---AGT-----GA----CA----GAAA----------ACTGTTCTT-TTGTTAATTA--AC-TTATACAGTTGCTTTATTATGTA-A------A----G------AA---T---GC--ATC-TCAG----ACAC-------AATG---G-----AA--------AT---ATCACTAAAA-AAGCT----ATCCAGTTTG----TTTTTCAAACACAAGCACAATACAT-AATTATT-CCAGAAAGTACCT--AAAGCCTATTCA-TCA-AACACATT-TCTTCCA--TACTACAGTCAAT--ATCTGCCAAAACAACA--C--CAGAAATACTTTCAACTCAAAACTGATATTAAGAGGATCCTATGACATA----ATTTCTCTTG---GAAC-TACAATAGT------ATTTATACTGCTTA--ATTTGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-TCTTAGACAATA-CAATTT---TT-----CTACATGAGTATA-TT-TCAGTTA----------CTAT---ATAT----------ACGGAGCAATGTGAACT---ACCAAGTGTGT-GC--CAACAT-----GG----A-----CCTGTTCCAGATAACGTTTGTTGTGTT--------TTGCGAACACATT---------TGA---------A---------C----CAT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--CCT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TACACATGTGCTG-ACGTGGTGGTCCATTGCCTATCTTTACTTACACCCATTGTGTAC-CTTCACATAG---TA---AAGTGATTATATAAG----TAG-----T-----TTCAATTT--TCAATACTCCTTACAATGACATTATT
gi|10 : gttatttgcagtcagttgcaagacagatttttaaaatgataacaaatttcttttgc---TGACATATA-CTTTTATCTTG---CAATATGTAACAGTTACGGTATTTAAACTGGTTA--GTTCTATTCT-GAA-TACAAATG--TG-C----------TTGAACAAAAACAATTTATTTT-----CCGCATGAGTA-A-TTCTCAATAAAAACATGTGTTTAC---ATAT----------A--AATCACTGTGAACT---ATCAAGTTGGT-TG--CTACAC-----TG----A-----CCTGTTCTGGATACCATTTAATGTGTT--------TTGTCTACACTTT---------Tct
gi|11 : CTGTTTCAGATAATGTCCATTATGCT--------CTGTGCACATGTT---------TGA---------AATGCCTGGGC----CTT-----TATCTTTGTG-ATC-GA--ACT--TCCT-TTGC-----ATTCGAACAATAC------------CGTTTTGTTCCGTTAAATGTCTTTACTTCCACACGCTGTGTAC-CTTCACATAAATGTACACAAGTAACTATGTAAGAATATAGGACACTATGAATTCATTTTAGTAAATACTCGTAACAAAAACATTTTTcggcaagcttggtgttat
gi|12 : gcgaacattT--TAAAG-GG-G-CATT-AATA-AACTCTGGTA-TACAAA-A---ATG--AAA-----A-GTGCGTCTT-----TCTTTTCATCAG---TATACTTTAACCTAAT-AAAAACTCGA-G-T------G-----AA--C-T------T-TTC-TTTTCAA--------TTTG-TTGTAT-GA--A-----------
gi|12 : tacaTGGTTTGT-TT-CTTT--TATTCACGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---ggacttacatagatagtagttttgagttgtaagcgaagcatcgatacggtttcctacagatggtttgtttcttttattcacgagatgggcggagtaacagatgcaat
gi|13 : tacattaaaggggcattaataaactctggtatacaaaaatgaaaagtgcgtctttcttttcatcagtatactttaacctaataaaaactcgagtgaacttttcttttcaatttgttgtatgaaggacttacatagatagtagttttgagttgtaagcgaagcatcgatacggtttcctacagaTTTATAGAAATATAGTA-CCCAAATA---ATG--AAA-----A-GTTCTTATT-----TTTGTTCAACAG---TA-----TG-CCTCCGGGAAGAATCAA-GAT------A-----AC--G-T------T-TTA-TCT--AA--------ATTA-TTGATT-CA--A------------TGGCGATATTAACG-GGAAATCCCTGGG-AAAT--C---C-TGTA--ATAT-CTTGCGAGT-CT-ATTA--TATTCATGAGTTTGGTAGAGTAATTG-----ATGC---GG------TA----CT----GATA----------GCATTTCTT-TT-TTATTTATCACATTATAaat
gi|14 : GTG-GGAAATCCATCAG-GA-T--C------------AAC-CTGACC--T-CT-TTTA--T---CA---GACAAGCGAAGTAACAG-----ATAC---GATATGACCA----CA----GGCACTTGTTACAAACGATTCGT-TCATTAATTG--AC-TTATATAATTGCTTCATTAATTATA------ATTACG------AA-------GCGGATC-TCGA----ACAACCGTATCTATGATTG-----TATAGGG---AA---AGCGTTAAAATAAG------GTC-AGAACG-----TTTTCAAACACAAACACAATACAT-A-
gi|15 : AACTG--TA-TGTGGTTG-T-TT------TT-CAAT--AATTT-----TCACACGAGCA-AGTT-TCAA--A----------TCCC------T----------A--AAGCAATGTTACCT---ATCAAGCGTTT-AT--CTACATTAATAAA----A-----CATGTTGCGA--ATCAGCTGTTATGCT--------TAATATACGAGTTTAAAAAGACTGG---------A---------C----CGT-----TATCTTTGTG-ATT-TACCCCT--G--T-TTC------------A---TACA------TTG-ACACGGTG
gi|16 : -TG-C-CATTTCATGGACACATGGTAACCCGAA-A---GTG--AAACATTTACATGTATATTGACATTCTATTCACAAA---TT-----TA-CCTCATGAAAACATCAA-G-T------G-----AA--A-A------TGTTG-TTTA-AA--------TGAG-TGTTTT-----------------ATGGATATATAAGCG-GCAATTTCTAAGA-AAAT--CAT-C-A--A--AAAT-CT-GTCGTT-TTCCTTA--TATTCATGAGgccatcgcatg
gi|17 : -TG-G-CATTTCAAAGAATTACTGTA-GCCTAA-A---ATA--AAA-----A-ACTCGTCGT-----TTTATTAATCAA---TG-----TA-CCTCATGGCAGAATCAA-G-TATTTTAG-----AATCA-AGTATGTT-CCA-TTT--CA--------TTTGATTGTTT-AA---------------TGGAGATATTAGTT-GGAAATCCCTTTG-AAATTCT---C-A--A--AAAC-TTGGCCTGT-TT-CTTA--TGTTC
gi|2 : -G-TATTTCATAGAAATATACTA-CCCACA-ATATATA--ACA-----A----CCTCTT-----TTTATTTACCAG---TA-----TG-CATTATAGAAGAGTCAG-G-T------G-----A--------------------------------------TTGTTT-CA---------------TGGAAATATTAGCG-GGAAACCCCTAGG-ACAT--C---CCA--A--AAATACTGGCAGGT-TC-CTTA--TATCCTTGAGATTGGCGGGGTAGAAG-----AGGT---GGT-----TAATTACA----GGCA----------TTCATTTTTCTTATTAATTA--AC-TTATATAAATGATTTATATGGTA-A------AA---G------GA---TCGAGCCGATC-TTGG----ACACT-ATATCACTGATGG-----CAT---GGTAAT---ATGGCTAAA----G-TTATGGTC-AGTAC-----TTTTTCAAGCATAAGCACAACCCAT-A-TTTTTTCAAGAGAGTACCTTTG--GTCCATTCATTCATCAGA-ACTATTTGCCACTTGCTTCTGTCACTCGGTGTGACAAAACCACAAGCCTCA------CCTTCAACTCAAAA-------TAAGGAAATC---TGATTTA-ATCAGTTCTCTTAAATGAACATATGAAA------GTATTGACACTGGTTA--GTTTAATGTT-GAATAACGTGTG--TATTACTG--A-C-TT-----GCA-CAATTTTCTGT-----TTGAACGAGCA-A-TT-TCAATAA----------TTGC---ATAA----------A--AATCAATATGAATT---AT-----------------TAT-----GG----A-----CCTGTTCTGGCTATCACCTATAAGGTT--------TTGTATACACATT---------TGAAATTATGT-A---------T----CGC-----TGTCTCAGTGCACCATA--A-------T-TTCT-----ATTCAAA---T
gi|20 : GTTTCAGATATCATCTATTATATTGATTTCAGTT-TCCAAAAGTC---------TTG---------C---------C----CAT-----TATCTTAGTG-GTC-TC--ACTAAG--T-TTCC-----ATACAAC---TAC-------T-G-AAGCGGTGTTCCGTTGCGCAGCTTTACAAGCACACGTTGTGTACTCTTCAT-TAA---TA---AAGTAATGATAAAA
gi|21 : aTATATAATTGCTTTATTAGGGG-A------A----G------GAACCC---AC-GGTCATCGA----ACAC-CATATCAATGATTA-----CAT---G---ATGATATCGCTAAAA-TAG---------------A----TTTTTCAAACATAAGCATAATATATAA-TTATT-CTGGAAAGTA--------ATCCATTCA-T---CAGA-ATT-ACTCCTATTTACAACAG
gi|22 : TAC---A-AG----------A--ATACAATATGAACT---ATCAAATATGT-GC--CTGCAT-----GG----ATAAAACCGGTCAC--ATATCATCTATTATATT--------TCGTGCACACGTT---------TGA---------AAAAT-----CCAAACGCTTAAATATATTAACG-ATT-TA--ACA--G--C-TTCT-----ATT
gi|23 : ccacatggcagaattatttccag-TA-G-CTTTTCATAGAGCTGTCGTA-CCACAA-G---AT-----A-----A-ATGTATATT-----TCTATTTAATAA---TA-----TA-CCTCATGGAAAAATTAG-G-C------G-----AA--A-A------C-GTA-TTT--AAATTCCATTTTAA-TAGTTT-AATGG-----------AGGGAGCTATTGGCA-GGAAATTC
gi|24 : tatcgagcATTTATAAA---TA-----TA-CCTCATGGAAGAATTAA-G-C------GTTTTTTT--A-T------T-TTATTTT--AA--------TTGG-TTGTTT-AAT-C-----------AT---GCTATAAGCA-GGCAATCCTATGG-AATC--C---T-A--AATAAAA-CTGGgtaaa
gi|25 : catttaG-G-AATTTAATCGAAATATGGTA-CCCTAA-A---ATG--TAA-----A-ATTAATATT-----TC-ATTTACCTG---TG-----T-ACCTTATTGAAGAATTGG-G-C------G-----------A------T-TTC-TTT--AA--------TTAG-TTT--------A-----------ATGGAGATAGTAGC
gi|26 : AAAACCA-AGTC--CA--------TTC---TTAACA-------TACAAACATC---TGATTT-TATCATTTTCCTTG---CAACATGTAACA------ATATTAACACTGGTTATTGTTATATATT-GCA-AAC-AATG--TG-T
gi|3 : A--GTTCGATGTTTGAA-AA-AAATGAGTA-CACATTCAGT-CTGGACACTA-CAATTTATTTA-----CAGTACGAGTACA-TT-TCAATAA----------CT-CTCTATGT----------A--AAGCACTGTGAACT---ATCATGTTTGT-AC--CTACAT-----GG----A-----CCAGTCCGAGATACTAT-TAGTATGTT--------GTGTGCACATGT------------A---------A--------------TGT-----TACCTTTGTG-ACC-TG--CCT--C--T-TTTTCGTAAATTC-AA---TA--------GTA-ACAAGGCGTTGCGTgtg
gi|4 : cTT----G-AAT--CT--TAAA--TGAG-TGTTTTATATAAATATGGTA-CCCAAA-A---ATGA-AAA-----A-AAGCGTCGT-----TCTATTCATCAA---TA-----C-ACCTTAGAGAAG-ATCTATG-T------G-----A--------------TCA-TT------------------TTATTT-AA--------------------------------AAATTCCTTGA-GAAT--CCTTC-A--A--AA---CTAGTCAGTGCT-TTTA--CG--CATAAGATGGGCAAAGTAACAGTTCTAATGT---ATC-----CA----CA----AGTA----------GTGA----T-ATATCAACTA--AC-TTATATAACTGGGTGATTGGGTA-GAATTACA----A------AA---T----C-GAAA-TCGGCGCAACATTC-TATCGATGCATGATCATAAT---G---AT---AACGTTTAA------T----AGT-GGTGTGACCTTTTTTCAAACAAAAGaattatataagttgtttatgtggccaatacctgtgactttaacaatgttgtgatcctcgcgatgctcttagtgtatgagatttttatttttaaataaatactagtattctttacaattacttttttcaatctttttccaccgaaaaaagccagtacgaggtattcctatacatgctgacttttatacgacaaaatgccactttaaacatacatgtaattcattagatcattgca
gi|5 : acacaatagcatcatttaagttttttgccgtgttcacatgTAATGAAATTACTTTCTTCTG-ACT--TTATTAAAG-GG-G-CATGTCATAGAAACATGTTA-CCTTGG-A---ATG--AAA-----A-ATG----TC-----TCTATTCATCACTTTTA-----T-ACCTCAT-GATGAATTGA-G-T------G-----AA--ACA------T-TTA-TTTA-AA--------GTCT-TTATTT-AA--ATTGGTTGTTTGATGGAGATATTAGCA-AGAAAT---TAAA-AAA---------A--A--AAA-------AGGT-CT-CTTATTTATTCaaa
gi|5 : aaatgacaaaatATTCTT-TT--TA-TTA--AC-TTATATAATTACATTATTAGGTC-A------A----GTTACCCAA---T---G--GATC-TCCG----ACA-TCATATCAATGATTG-----CAT---G---GT---GTTATTTAAA-AAA-T----AT--GATCTGAA--TTTTTTAAACATTA-------ACAT-A--------TAGAAAGTACCT--tttttattaacttatataattacattattaggtcaagttacccaatggatctccgacatcatatcaatgattgcatggtgttatttaaaaaatatgatctgaattttttaaacattaacatatagaaagtacct
gi|7 : aaatgacaaaattaatgaaattactttcttctgactttattaaaggggcatgtcatagaaacatgttaccttggaatgaaaaatgtctctattcatcacttttatacctcatgatgaattgagtgaaacatttatttaaagtctttatttaaattggttgtttgatggagatattagcaagaaattaaaaaaaaaaaaggtctcttatttAAATT-CTTTC----ACAATTTCT--TTAAA-TG-GGCATTTCATAGAAGTACAGTA-CCCTCA-A---ATGGTAAA-----A-GT-CATCAT-----CCTATTCACCAC---CA-----TA-CATCCTGGAAGAATCAA-G-TCTT---A-----AA--A-A-----------------AA--------ATGG-TTGTTT-AA---------------TGGATATATTAGCG-GGAAATCCC-----------C---C-A--A--AA-C-ATGACTGGT-CT-CTTA--TATTCGTGAGTTGGACAAAGTAACAGAATT-ATGCACAGG------TA----CAAGTTGAAA----------ACTATT-TT-TTGTTAATTA--A
gi|8 : cacagttacatgttATATGAACTTATATCAAGTGCGT-GTATCTACAT-----GATAAAA-----CCTGTTTCAGAT--CATATATTATGTT--------TAGTATACACTTT---------TGA---------AGTCTTGA--T----CAT-----TATGTTAATG-AT------ATT-----C-TTCT-----GTTTAGA---TA--------TTG-ATATGGTAGTCCATTGTTAGTCTTTACTTGTATCTGCTGTGTAA-TCTCATGTAA---TA---TAGTGATAATATTTG----TAG
gi|9 : tctCAGTCAAT-TTGGCCAGCA-CAATTTATTTTATTTTCTGCATGAGTG-A-TT-TCAGTAA----------CTAC---ATACATGTAAATAAA--AAACAAGGTGATCT---ATCACGTGTGTAGA--CCGGGC-----AA----A-----CATGCACTAGGTATTATCTGTTATGTT--------TTGTACACATGTT---------CGATAAGACTTGA---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATG-CA--ACT--G--TGTT--------TTCA---------------TTGAACATAGTGTTCCGTTGTATGCATTTATTTGCATACGTTACGTAC-CGTCAtttttgtgaacaatacctgcgagttgacaatgtgatcctcacaatggctcc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTGTATAAGTAGCTTCTGTGATTAGTACCTGAGAAGTTTGCAATGCTTTAATTCTCGCTTCAGCTCTTGGGATATGAGTTATGAATAGAATCACTGAGATTGTTTTTTCAAGTAAATACTCATTATAAAGGCTTGTTTTTATTTTTTATTTTTCCAACAGAAAATAGTGAATAAGATGTACTAATCTTCTCATTCATGTCCACTTCTATGCAACGAAATGACATTTCAAATGATTAAATGTTTAAATTAAAATCAATTATACCATA
Unaligned ( gi|18 ): TGATTTTCGCGATTGCATCTGGGATATAAGTTAAATCACTATTTAAGTAAATACTCATTGTTGTGACTTTTGTTGCATTTCTCTCCGAAAATGGTAAAAAACGAATTACCAATATTTCCATTAATGCCGACCTTTTTCGAAGAAATATCACTTTAATCTACATAAATACTA
Unaligned ( gi|19 ): ATTATTATTTTGAAGTAAAAACGTGTTACTATGACTTTTTCTATTATTTTTTTCTCACAAAATAGTCAATATGAAGTTCCAAAATTTCTATTCATGCCGTCTTTTTATACGATCAAATGCCCCTTTAGATAAGTGTTTATGTAATTGACCAATTAAATATT
Unaligned ( gi|27 ): ACAATGATTTATTTTATTTTCCCCACGAATATAGCCGAAAAGAAGTAGCCTACAAATATCTCCATTTATGCCAACGTTTTATGTGATCAAATGCCACTTAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): GACATCAAAAATAGTTAATAAAAGTATATATATAACCATTCATGCTGACTTTCTTTGGGATGAACTGCAACCTATCTAA
Unaligned ( gi|29 ): TAATATGCGCTTAATTGTATTAAACGTTTTTAAACACATTTTTCTATTGTCAATAAAAGGACTCAAGGA
Alignments
lowQualScore : 222222 11 11 11 22222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333 2222222222222222 22222 4444444444444444444444444444444444444444 66666666666666666666666666666666 1111 2222 1111 111111111111 8888888888888888888888888 1 1 333 3333 1 1 1 11 66666666666 4444444 111 2222 1111 555555 11 22222222222222222222222 11111 1 4444444444444444444444444444444 11111 11111111111111111 11111111 777777777777777777777777777777777777 11111 11111111111111 1111111 333333333333 1 111 111 444444444444444444 11
lowQualScore : 2 7 999999 33 99 11 4 4 3 1 3 666 88 999999999999 1 99999 0 555 55555555 5 2 3 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 44 33 4 1111111111111111 999 0 55 4 4 55 3 66666 6666666666666666666666666666666666666666 3 5 9 1 77 6 77777777777777777777777777777777 6 4444 7777 4444 1 6 888888888888 0000000000000000000000000 0 1 6 333 0 1 2 111 2222 3 3 1 2 1 77 1 1 6 99999999999 3 7 3333333 1 777 1 5555 0 8888 3 0 777777 1 0 11 44 8 8 1 99 55555555555555555555555 7 66666 2 3 6 6 7777777777777777777777777777777 77 1 888 0 1 55555 99999999999999999 4 1 0 44444444 1 888888888888888888888888888888888888 11111 4 77777777777777 4 3333333 999999 888888888888 2 777 0 8 0 777 777 1 444444444444444444 1 88 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . ...... .. .. .. . . . . . ... .. ............ . ..... . ... ........ . . . . ............................................................... ....... .. .. . ................ ... . .. . . .. . ..... ........................................ . . . . .. . ................................ . .... .... .... . . ............ ......................... . . . ... . . . ... .... . . . . . .. . . . ........... . . ....... . ... . .... . .... . . ...... . . .. .. . . . .. ....................... . ..... . . . . ............................... .. . ... . . ..... ................. . . . ........ . .................................... ..... . .............. . ....... ...... ............ . ... . . . ... ... . .................. . .. . . . . .
lowQualScore : 5 3 222222 88 00 44 0 0 6 0 6 444 66 999999999999 4 11111 3 888 99999999 2 8 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000000 00 55 0 8888888888888888 666 5 55 0 0 55 0 44444 0000000000000000000000000000000000000000 0 7 3 7 99 7 77777777777777777777777777777777 7 2222 3333 2222 5 7 000000000000 3333333333333333333333333 3 0 0 888 0 2 5 222 3333 3 3 0 0 0 55 0 0 7 33333333333 7 3 3333333 0 555 0 0000 2 5555 2 2 888888 0 2 00 66 0 0 7 22 66666666666666666666666 3 77777 2 3 7 7 5555555555555555555555555555555 99 7 888 2 4 55555 88888888888888888 6 6 7 55555555 4 666666666666666666666666666666666666 11111 4 44444444444444 4 7777777 888888 777777777777 7 000 6 0 5 555 555 0 333333333333333333 0 00 0 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACGAAATTACTTTC----G-AAT--CT--TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGTA-CCCNAA-A---ATG--AAA-----A-ATGCGTCTT-----TCTATTCATCAA---TA-----TAACCTCATGGAAGAATCGA-G-T------G-----AA--A-A------T-TTA-TTT--------------AA--------TTNG-TTGTTT-AA--AATGGAGATATTAGCG-GGAAATCCCTNGG-AAAT--C---C-A--A--AAAC-CTGGCCGGT-CT-CTTA--TATTCATGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---GGT-----TA----CA----GGNA----------ACGATTCTT-TTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTAGGTA-A------A----G------AA---T---GC-GATC-TCGG----ACACTCATATCA----ATGATCGC-AT---G---AT---ATCGCTAAAA-AAG-T----AT-CGGTNCG----TTTTTCAAACATAAGCACAATACATAATTATT-CTAGAAAGTACCT--GGTCCATTCAT-CA-CAGA-ATT-TCTNCCACTTACTACAGTCANTCGGTNTGNCAAAACCACA-GCC------ACNTTCAACTCAAAA-------TAAGAANATC---TGACNTATATCATTTCTCTTG---NAACATGTAACA------GTATTNACACTGGTTA--GTTCGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-T-TTGGACAGTA-CAATTTATTTT-----CCGCACGAGTA-A-TT-TCAATAA----------CTAC---ATAT----------A--AAGCAATGTGAACT---ATCAAGTGTGT-GC--CTACAT-----GG----A-----CCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT--------TTGTGCACACGTT---------TGA---------A---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--ACT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TAC-------TTG-ACGCGGTGTTCCGTTGCNCGTCTTTACTTGCACACGTTGTGTAC-CTTCACGTAA---TA---AAGTGATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCANTTTAGTNAATACTCNTNACAANGACATTNTT
Reference ( family-2264 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACGAAATTACTTTC----G-AAT--CT--TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGTA-CCCNAA-A---ATG--AAA-----A-ATGCGTCTT-----TCTATTCATCAA---TA-----TAACCTCATGGAAGAATCGA-G-T------G-----AA--A-A------T-TTA-TTT--------------AA--------TTNG-TTGTTT-AA--AATGGAGATATTAGCG-GGAAATCCCTNGG-AAAT--C---C-A--A--AAAC-CTGGCCGGT-CT-CTTA--TATTCATGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---GGT-----TA----CA----GGNA----------ACGATTCTT-TTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTAGGTA-A------A----G------AA---T---GC-GATC-TCGG----ACACTCATATCA----ATGATTGC-AT---G---AT---ATCGCTAAAA-AAG-T----AT-CGGTNCG----TTTTTCAAACATAAGCACAATACAT-ATTATT-CTAGAAAGTACCT--GGTCCATTCAT-CA-CAGA-ATT-TCTNCCACTTACTACAGTCANTCGGTNTGNCAAAACCACA-GCC------ACCTTCAACTCAAAA-------TAAGAANATC---TGACNTATATCATTTCTCTTG---NAACATGTAACAGT----GTATTNACACTGGTTA--GTTCGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-T-TTGGACAGTA-CAATTTATTTT-----CCGCACGAGTA-A-TT-TCAATAA----------CTAC---ATAT----------A--AAGCAATGTGAACT---ATCAAGTGTGT-GC--CTACAT-----GG----A-----CCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT--------TTGTGCACACGTT---------TGA---------A---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--ACT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TAC-------TTG-ACGCGGTGTTCCGTTGCNCGTCTTTACTTGCACACGTTGTGTAC-CTTCACGTAA---TA---AAGTGATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCANTTTAGTNAATACTCNTNACAANGACATTNTT
gi|1 : TAACCAAAGTACTTTT----A-AAT--CTG-TAAAACTG-G-CATTTCATAGAAATATGATA-CTCAAA-A---TTG--AAA-----A-ATGAATCTT-----TCTATTAATCAA---TA-----TAACCTCAATGAAGAATCAA-G-T------A-----AA--A-AA-----T-TTA-TTT--------------GA--------TTTT-TTTTTTTAA--AATGGAGATATTAGCATGGGAATCCCTCGGTAAAC--C---C-A--AT-AAAC-CTGGCTGGT-CT-CTTG--TATTCATGAGATGGGCAGAGTAA-AG-----ATGC---AGT-----GA----CA----GAAA----------ACTGTTCTT-TTGTTAATTA--AC-TTATACAGTTGCTTTATTATGTA-A------A----G------AA---T---GC--ATC-TCAG----ACA-------CA----ATG---GA-A--------AT---ATCACTAAAA-AAGCT----ATCCAGTTTG----TTTTTCAAACACAAGCACAATACATAATTATT-CCAGAAAGTACCTAAAGCCTATTCAT-CA-AACACATT-TCTTCCA--TACTACAGTCAAT--ATCTGCCAAAACAACA--CCAGAAATACTTTCAACTCAAAACTGATATTAAGAGGATCCTATGACATA----ATTTCTCTTG---GAAC-TACAATA------GTATTTATACTGCTTA--ATTTGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-TCTTAGACAATA-CAAT---TTTT-----CTACATGAGTATA-TT-TCAGTTA----------CTAT---ATAT----------ACGGAGCAATGTGAACT---ACCAAGTGTGT-GC--CAACAT-----GG----A-----CCTGTTCCAGATAACGTTTGTTGTGTT--------TTGCGAACACATT---------TGA---------A---------C----CAT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--CCT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TACACATGTGCTG-ACGTGGTGGTCCATTGCCTATCTTTACTTACACCCATTGTGTAC-CTTCACATAG---TA---AAGTGATTATATAAG----TAG-----T-----TTCAATTT--TCAATACTCCTTACAATGACATTATT
gi|10 : gttatttgcagtcagttgcaagacagatttttaaaatgataacaaatttcttttgc---TGACATATA-CTTTTATCTTG---CAATATGTAACAGTTACGGTATTTAAACTGGTTA--GTTCTATTCT-GAA-TACAAATG--TG-C----------TTGAACAAAAACAATTTATTTT-----CCGCATGAGTA-A-TTCTCAATAAAAACATGTGTTTAC---ATAT----------A--AATCACTGTGAACT---ATCAAGTTGGT-TG--CTACAC-----TG----A-----CCTGTTCTGGATACCATTTAATGTGTT--------TTGTCTACACTTT---------Tct
gi|11 : CTGTTTCAGATAATGTCCATTATGCT--------CTGTGCACATGTT---------TGA---------AATGCCTGGGC----CTT-----TATCTTTGTG-ATC-GA--ACT--TCCT-TTGC-----ATTCGAACAATAC------------CGTTTTGTTCCGTTAAATGTCTTTACTTCCACACGCTGTGTAC-CTTCACATAAATGTACACAAGTAACTATGTAAGAATATAGGACACTATGAATTCATTTTAGTAAATACTCGTAACAAAAACATTTTTcggcaagcttggtgttat
gi|12 : gcgaacattT--TAAAG-GG-G-CATT-AATA-AACTCTGGTA-TACAAA-A---ATG--AAA-----A-GTGCGTCTT-----TCTTTTCATCAG---TATACTTTAACCTAAT-AAAAACTCGA-G-T------G-----AA--C-T------T-TTC-TTTTC------------AA--------TTTG-TTGTAT-GA--A
gi|12 : tacaTGGTTTGT-TT-CTTT--TATTCACGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---ggacttacatagatagtagttttgagttgtaagcgaagcatcgatacggtttcctacagatggtttgtttcttttattcacgagatgggcggagtaacagatgcaat
gi|13 : tacattaaaggggcattaataaactctggtatacaaaaatgaaaagtgcgtctttcttttcatcagtatactttaacctaataaaaactcgagtgaacttttcttttcaatttgttgtatgaaggacttacatagatagtagttttgagttgtaagcgaagcatcgatacggtttcctacagaTTTATAGAAATATAGTA-CCCAAATA---ATG--AAA-----A-GTTCTTATT-----TTTGTTCAACAG---TA-----TG-CCTCCGGGAAGAATCAA-GAT------A-----AC--G-T------T-TTA-TCT--------------AA--------ATTA-TTGATT-CA--A-TGGCGATATTAACG-GGAAATCCCTGGG-AAAT--C---C-TGTA--ATAT-CTTGCGAGT-CT-ATTA--TATTCATGAGTTTGGTAGAGTAATTG-----ATGC---GG------TA----CT----GATA----------GCATTTCTT-TT-TTATTTATCACATTATAaat
gi|14 : GTG-GGAAATCCATCAG-GA-T--C------------AAC-CTGACC--T-CT-TTTA--T---CA---GACAAGCGAAGTAACAG-----ATAC---GATATGACCA----CA----GGCACTTGTTACAAACGATTCGT-TCATTAATTG--AC-TTATATAATTGCTTCATTAATTATA------ATTACG------AA-------GCGGATC-TCGA----ACAACCGTATCT----ATGATTGT-ATAGGG---AA---AGCGTTAAAATAAG------GT-CAGAACG-----TTTTCAAACACAAACACAATACAT-A
gi|15 : AACTG--TA-TGTGGTTG-T-TT------TT-CAAT--AATTT-----TCACACGAGCA-AGTT-TCAA--A----------TCCC------T----------A--AAGCAATGTTACCT---ATCAAGCGTTT-AT--CTACATTAATAAA----A-----CATGTTGCGA--ATCAGCTGTTATGCT--------TAATATACGAGTTTAAAAAGACTGG---------A---------C----CGT-----TATCTTTGTG-ATT-TACCCCT--G--T-TTC------------A---TACA------TTG-ACACGGTG
gi|16 : -TG-C-CATTTCATGGACACATGGTAACCCGAA-A---GTG--AAACATTTACATGTATATTGACATTCTATTCACAAA---TT-----TA-CCTCATGAAAACATCAA-G-T------G-----AA--A-A------TGTTG-TTT--------------AA--------ATGA-GTGTTT-----TATGGATATATAAGCG-GCAATTTCTAAGA-AAAT--CAT-C-A--A--AAAT-CT-GTCGTT-TTCCTTA--TATTCATGAGgccatcgcatg
gi|17 : -TG-G-CATTTCAAAGAATTACTGTA-GCCTAA-A---ATA--AAA-----A-ACTCGTCGT-----TTTATTAATCAA---TG-----TA-CCTCATGGCAGAATCAA-G-TATTTTAG-----AATCA-AGTATGTT-CCA-TTT--------------CA--------TTTGATTGTTT-AA----TGGAGATATTAGTT-GGAAATCCCTTTG-AAATTCT---C-A--A--AAAC-TTGGCCTGT-TT-CTTA--TGTTC
gi|2 : -G-TATTTCATAGAAATATACTA-CCCACA-ATATATA--ACA-----A----CCTCTT-----TTTATTTACCAG---TA-----TG-CATTATAGAAGAGTCAG-G-T------G-----A--------------------------------------------------TTGTTT-CA----TGGAAATATTAGCG-GGAAACCCCTAGG-ACAT--C---CCA--A--AAATACTGGCAGGT-TC-CTTA--TATCCTTGAGATTGGCGGGGTAGAAG-----AGGT---GGT-----TAATTACA----GGCA----------TTCATTTTTCTTATTAATTA--AC-TTATATAAATGATTTATATGGTA-A------AA---G------GA---TCGAGCCGATC-TTGG----ACACT-ATATCA----CTGATGGC-AT---GGTAAT---ATGGCTAAA----G-TTATGGT-CAGTAC-----TTTTTCAAGCATAAGCACAACCCAT-ATTTTTTCAAGAGAGTACCTTTGGTCCATTCATTCATCAGA-ACTATTTGCCACTTGCTTCTGTCACTCGGTGTGACAAAACCACAAGCCTC----ACCTTCAACTCAAAA-------TAAGGAAATC---TGATTTA-ATCAGTTCTCTTAAATGAACATATGAAA------GTATTGACACTGGTTA--GTTTAATGTT-GAATAACGTGTG--TATTACTG--A-C-TT-----GCA-CAATTTTCTGT-----TTGAACGAGCA-A-TT-TCAATAA----------TTGC---ATAA----------A--AATCAATATGAATT---AT-----------------TAT-----GG----A-----CCTGTTCTGGCTATCACCTATAAGGTT--------TTGTATACACATT---------TGAAATTATGT-A---------T----CGC-----TGTCTCAGTGCACCATA--A-------T-TTCT-----ATTCAAA---T
gi|20 : GTTTCAGATATCATCTATTATATTGATTTCAGTT-TCCAAAAGTC---------TTG---------C---------C----CAT-----TATCTTAGTG-GTC-TC--ACTAAG--T-TTCC-----ATACAAC---TAC-------T-G-AAGCGGTGTTCCGTTGCGCAGCTTTACAAGCACACGTTGTGTACTCTTCAT-TAA---TA---AAGTAATGATAAAA
gi|21 : aTATATAATTGCTTTATTAGGGG-A------A----G------GAACCC---AC-GGTCATCGA----ACAC-CATATCA----ATGATTAC-AT---G---ATGATATCGCTAAAA-TAG---------------A----TTTTTCAAACATAAGCATAATATATAATTATT-CTGGAAAGTA------ATCCATTCAT----CAGA-ATT-ACTCCTATTTACAACAG
gi|22 : TAC---A-AG----------A--ATACAATATGAACT---ATCAAATATGT-GC--CTGCAT-----GG----ATAAAACCGGTCAC--ATATCATCTATTATATT--------TCGTGCACACGTT---------TGA---------AAAAT-----CCAAACGCTTAAATATATTAACG-ATT-TA--ACA--G--C-TTCT-----ATT
gi|23 : ccacatggcagaattatttccag-TA-G-CTTTTCATAGAGCTGTCGTA-CCACAA-G---AT-----A-----A-ATGTATATT-----TCTATTTAATAA---TA-----TA-CCTCATGGAAAAATTAG-G-C------G-----AA--A-A------C-GTA-TTT--------------AAATTCCATTTTAA-TAGTTT-AATGGAGGGAGCTATTGGCA-GGAAATTC
gi|24 : tatcgagcATTTATAAA---TA-----TA-CCTCATGGAAGAATTAA-G-C------GTTTTTTT--A-T------T-TTATTTT--------------AA--------TTGG-TTGTTT-AAT-CAT---GCTATAAGCA-GGCAATCCTATGG-AATC--C---T-A--AATAAAA-CTGGgtaaa
gi|25 : catttaG-G-AATTTAATCGAAATATGGTA-CCCTAA-A---ATG--TAA-----A-ATTAATATT-----TC-ATTTACCTG---TG-----T-ACCTTATTGAAGAATTGG-G-C------G-----------A------T-TTC-TTT--------------AA--------TTAG-TT-T-------AATGGAGATAGTAGC
gi|26 : AAAACCA-A-GTC-------CATTC---TTAACA-------TACAAACATC---TGATTT-TATCATTTTCCTTG---CAACATGTAACA------ATATTAACACTGGTTATTGTTATATATT-GCA-AAC-AATG--TG-T
gi|3 : A--GTTCGATGTTTGAA-AA-AAATGAGTA-CACATTCAGT-CTGGACACTA-CAATTTATTTA-----CAGTACGAGTACA-TT-TCAATAA----------CT-CTCTATGT----------A--AAGCACTGTGAACT---ATCATGTTTGT-AC--CTACAT-----GG----A-----CCAGTCCGAGATACTAT-TAGTATGTT--------GTGTGCACATGT------------A---------A--------------TGT-----TACCTTTGTG-ACC-TG--CCT--C--T-TTTTCGTAAATTC-AA---TA--------GTA-ACAAGGCGTTGCGTgtg
gi|4 : cTT----G-AAT--CT--TAAA--TGAG-TGTTTTATATAAATATGGTA-CCCAAA-A---ATGA-AAA-----A-AAGCGTCGT-----TCTATTCATCAA---TA-----C-ACCTTAGAGAAG-ATCTATG-T------G-----A--------------TCA-TT------------------------------TTATTT-AA--A-------------------AATTCCTTGA-GAAT--CCTTC-A--A--AA---CTAGTCAGTGCT-TTTA--CG--CATAAGATGGGCAAAGTAACAGTTCTAATGT---ATC-----CA----CA----AGTA----------GTGA----T-ATATCAACTA--AC-TTATATAACTGGGTGATTGGGTA-GAATTACA----A------AA---T----C-GAAA-TCGGCGCAACATTC-TATCGATGCATGATCATAAT---G---AT---AACGTTTAA------T----AG-TGGTGTGACCTTTTTTCAAACAAAAGaattatataagttgtttatgtggccaatacctgtgactttaacaatgttgtgatcctcgcgatgctcttagtgtatgagatttttatttttaaataaatactagtattctttacaattacttttttcaatctttttccaccgaaaaaagccagtacgaggtattcctatacatgctgacttttatacgacaaaatgccactttaaacatacatgtaattcattagatcattgca
gi|5 : acacaatagcatcatttaagttttttgccgtgttcacatgTAATGAAATTACTTTCTTCTG-ACT--TTATTAAAG-GG-G-CATGTCATAGAAACATGTTA-CCTTGG-A---ATG--AAA-----A-ATG----TC-----TCTATTCATCACTTTTA-----T-ACCTCAT-GATGAATTGA-G-T------G-----AA--ACA------T-TTA-TTTAAAGTCTTTATTTAAA--------TTGG-TTGTTT-----GATGGAGATATTAGCA-AGAAAT---TAAA-AAA---------A--A--AAA-------AGGT-CT-CTTATTTATTCaaa
gi|5 : aaatgacaaaatATTCTT-TT--TA-TTA--AC-TTATATAATTACATTATTAGGTC-A------A----GTTACCCAA---T---G--GATC-TCCG----ACA-TCATATCA----ATGATTGC-AT---G---GT---GTTATTTAAA-AAA-T----AT--GATCTGAA--TTTTTTAAACATTA-------ACAT-A-------TAGAAAGTACCT--tttttattaacttatataattacattattaggtcaagttacccaatggatctccgacatcatatcaatgattgcatggtgttatttaaaaaatatgatctgaattttttaaacattaacatatagaaagtacct
gi|7 : aaatgacaaaattaatgaaattactttcttctgactttattaaaggggcatgtcatagaaacatgttaccttggaatgaaaaatgtctctattcatcacttttatacctcatgatgaattgagtgaaacatttatttaaagtctttatttaaattggttgtttgatggagatattagcaagaaattaaaaaaaaaaaaggtctcttatttAAATT-CTTTC----ACAATTTCT--TTAAA-TG-GGCATTTCATAGAAGTACAGTA-CCCTCA-A---ATGGTAAA-----A-GT-CATCAT-----CCTATTCACCAC---CA-----TA-CATCCTGGAAGAATCAA-G-TCTT---A-----AA--A-A-----------------------------AA--------ATGG-TTGTTT-AA----TGGATATATTAGCG-GGAAATCCC-----------C---C-A--A--AA-C-ATGACTGGT-CT-CTTA--TATTCGTGAGTTGGACAAAGTAACAGAATT-ATGCACAGG------TA----CAAGTTGAAA----------ACTATT-TT-TTGTTAATTA--A
gi|8 : cacagttacatgttATATGAACTTATATCAAGTGCGT-GTATCTACAT-----GATAAAA-----CCTGTTTCAGAT--CATATATTATGTT--------TAGTATACACTTT---------TGA---------AGTCTTGA--T----CAT-----TATGTTAATG-AT------ATT-----C-TTCT-----GTTTAGA---TA--------TTG-ATATGGTAGTCCATTGTTAGTCTTTACTTGTATCTGCTGTGTAA-TCTCATGTAA---TA---TAGTGATAATATTTG----TAG
gi|9 : tctCAGTCAAT-TTGGCCAGCA-CAATTTATTTTATTTTCTGCATGAGTG-A-TT-TCAGTAA----------CTAC---ATACATGTAAATAAA--AAACAAGGTGATCT---ATCACGTGTGTAGA--CCGGGC-----AA----A-----CATGCACTAGGTATTATCTGTTATGTT--------TTGTACACATGTT---------CGATAAGACTTGA---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATG-CA--ACT--G--TGTT--------TTCA---------------TTGAACATAGTGTTCCGTTGTATGCATTTATTTGCATACGTTACGTAC-CGTCAtttttgtgaacaatacctgcgagttgacaatgtgatcctcacaatggctcc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTGTATAAGTAGCTTCTGTGATTAGTACCTGAGAAGTTTGCAATGCTTTAATTCTCGCTTCAGCTCTTGGGATATGAGTTATGAATAGAATCACTGAGATTGTTTTTTCAAGTAAATACTCATTATAAAGGCTTGTTTTTATTTTTTATTTTTCCAACAGAAAATAGTGAATAAGATGTACTAATCTTCTCATTCATGTCCACTTCTATGCAACGAAATGACATTTCAAATGATTAAATGTTTAAATTAAAATCAATTATACCATA
Unaligned ( gi|18 ): TGATTTTCGCGATTGCATCTGGGATATAAGTTAAATCACTATTTAAGTAAATACTCATTGTTGTGACTTTTGTTGCATTTCTCTCCGAAAATGGTAAAAAACGAATTACCAATATTTCCATTAATGCCGACCTTTTTCGAAGAAATATCACTTTAATCTACATAAATACTA
Unaligned ( gi|19 ): ATTATTATTTTGAAGTAAAAACGTGTTACTATGACTTTTTCTATTATTTTTTTCTCACAAAATAGTCAATATGAAGTTCCAAAATTTCTATTCATGCCGTCTTTTTATACGATCAAATGCCCCTTTAGATAAGTGTTTATGTAATTGACCAATTAAATATT
Unaligned ( gi|27 ): ACAATGATTTATTTTATTTTCCCCACGAATATAGCCGAAAAGAAGTAGCCTACAAATATCTCCATTTATGCCAACGTTTTATGTGATCAAATGCCACTTAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): GACATCAAAAATAGTTAATAAAAGTATATATATAACCATTCATGCTGACTTTCTTTGGGATGAACTGCAACCTATCTAA
Unaligned ( gi|29 ): TAATATGCGCTTAATTGTATTAAACGTTTTTAAACACATTTTTCTATTGTCAATAAAAGGACTCAAGGA
Alignments
lowQualScore : 222222 11 11 11 22222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333 222222222222222 22222 4444444444444444444444444444444444444444 66666666666666666666666666666666666 1111 2222 1111 111111111111 66666666666666666666 333333 22222 1 1 1 11 666666666666666 4444444 111 2222 1111 222222 11 22222222222222222222222 11111 1 4444444444444444444444444444444 11111 11111111111111111 11111111 777777777777777777777777777777777777 11111 11111111111111 1111111 333333333333 1 111 111 444444444444444444 11
lowQualScore : 2 7 999999 33 99 11 4 4 3 1 3 666 88 999999999999 1 99999 0 555 55555555 5 2 3 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0000000 44 33 4 111111111111111 999 0 55 4 4 55 3 66666 6666666666666666666666666666666666666666 3 5 9 1 77 6 55555555555555555555555555555555555 6 4444 3333 4444 7777 888888888888 7 6 77777777777777777777 0 1 9 3 1 2 222222 33333 3 3 1 2 1 77 1 1 777777777777777 1 7 3333333 1 777 1 5555 0 8888 3 0 888888 1 0 11 44 8 8 1 99 55555555555555555555555 55 66666 2 3 6 6 7777777777777777777777777777777 77 1 888 0 1 55555 99999999999999999 4 1 0 44444444 1 888888888888888888888888888888888888 11111 4 77777777777777 4 3333333 999999 888888888888 2 777 0 8 0 777 777 1 444444444444444444 1 88 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . ...... .. .. .. . . . . . ... .. ............ . ..... . ... ........ . . . . ............................................................... ....... .. .. . ............... ... . .. . . .. . ..... ........................................ . . . . .. . ................................... . .... .... .... .... ............ . . .................... . . . . . . ...... ..... . . . . . .. . . ............... . . ....... . ... . .... . .... . . ...... . . .. .. . . . .. ....................... .. ..... . . . . ............................... .. . ... . . ..... ................. . . . ........ . .................................... ..... . .............. . ....... ...... ............ . ... . . . ... ... . .................. . .. . . . . .
lowQualScore : 5 3 222222 88 00 44 0 0 6 0 6 444 66 999999999999 4 11111 3 888 99999999 2 8 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9999999 00 55 0 888888888888888 666 5 55 0 0 55 0 44444 0000000000000000000000000000000000000000 0 7 3 7 99 7 22222222222222222222222222222222222 7 2222 2222 2222 8888 000000000000 8 7 22222222222222222222 3 0 8 5 2 5 888888 33333 3 3 0 0 0 55 0 0 000000000000000 0 3 3333333 0 555 0 0000 2 5555 2 2 888888 0 2 00 66 0 0 7 22 66666666666666666666666 33 77777 2 3 7 7 5555555555555555555555555555555 99 7 888 2 4 55555 88888888888888888 6 6 7 55555555 4 666666666666666666666666666666666666 11111 4 44444444444444 4 7777777 888888 777777777777 7 000 6 0 5 555 555 0 333333333333333333 0 00 0 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACGAAATTACTTTC----G-AAT--CT--TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGTA-CCCNAA-A---ATG--AAA-----A-ATGCGTCTT-----TCTATTCATCAA---TA-----TAACCTCATGGAAGAATCGA-G-T------G-----AA--A-A------T-TTA-TTT--------------AA--------TTNG-TTGTTT-AA--AATGGAGATATTAGCG-GGAAATCCCTNGG-AAAT--C---CA--A--AAAC-CTGGCCGGT-CT-CTTA--TATTCATGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---GG----T-----TACA----GGNA----------ACGATTCTT-TTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTAGGT-A-A------A----G------AA---T-G---C-GATC-TCGG----ACACTCATATCA----ATGATCGC-AT---G---AT---ATCGCTAAAA-AAG-T----ATC-GGTNCG----TTTTTCAAACATAAGCACAATACATAATTATTCTAGAAAGTACC--TG--GTCCATTCA-TCA-CAGA-ATT-TCTNCCACTTACTACAGTCANTCGGTNTGNCAAAACCAC-AGC--CA------CNTTCAACTCAAAA-------TAAGAANATC---TGACNTATATCATTTCTCTTG---NAACATGTAACAGT------ATTNACACTGGTTA--GTTCGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-T-TTGGACAGTA-CAATTTATTTT-----CCGCACGAGTA-A-TT-TCAATAA----------CTAC---ATAT----------A--AAGCAATGTGAACT---ATCAAGTGTGT-GC--CTACAT-----GG----A-----CCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT--------TTGTGCACACGTT---------TGA---------A---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--ACT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TAC-------TTG-ACGCGGTGTTCCGTTGCNCGTCTTTACTTGCACACGTTGTGTAC-CTTCACGTAA---TA---AAGTGATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCANTTTAGTNAATACTCNTNACAANGACATTNTT
Reference ( family-2264 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACGAAATTACTTTC----G-AAT--CT--TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGTA-CCCNAA-A---ATG--AAA-----A-ATGCGTCTT-----TCTATTCATCAA---TA-----TAACCTCATGGAAGAATCGA-G-T------G-----AA--A-A------T-TTA-TTT--------------AA--------TTNG-TTGTTT-AA--AATGGAGATATTAGCG-GGAAATCCCTNGG-AAAT--C---CA--A--AAAC-CTGGCCGGT-CT-CTTA--TATTCATGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---GG----T-----TACA----GGNA----------ACGATTCTT-TTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTAGGT-A-A------A----G------AA---T-G---C-GATC-TCGG----ACACTCATATCA----ATGATCGC-AT---G---AT---ATCGCTAAAA-AAG-T----ATC-GGTNCG----TTTTTCAAACATAAGCACAATACATAATTATTCTAGAAAGTACC--TG--GTCCATTCA-TCA-CAGA-ATT-TCTNCCACTTACTACAGTCANTCGGTNTGNCAAAACCAC-AGC--CA------CNTTCAACTCAAAA-------TAAGAANATC---TGACNTATATCATTTCTCTTG---NAACATGTAACAGT------ATTNACACTGGTTA--GTTCGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-T-TTGGACAGTA-CAATTTATTTT-----CCGCACGAGTA-A-TT-TCAATAA----------CTAC---ATAT----------A--AAGCAATGTGAACT---ATCAAGTGTGT-GC--CTACAT-----GG----A-----CCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT--------TTGTGCACACGTT---------TGA---------A---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--ACT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TAC-------TTG-ACGCGGTGTTCCGTTGCNCGTCTTTACTTGCACACGTTGTGTAC-CTTCACGTAA---TA---AAGTGATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCANTTTAGTNAATACTCNTNACAANGACATTNTT
gi|1 : TAACCAAAGTACTTTT----A-AAT--CTG-TAAAACTG-G-CATTTCATAGAAATATGATA-CTCAAA-A---TTG--AAA-----A-ATGAATCTT-----TCTATTAATCAA---TA-----TAACCTCAATGAAGAATCAA-G-T------A-----AA--A-AA-----T-TTA-TTT--------------GA--------TTTT-TTTTTTTAA--AATGGAGATATTAGCATGGGAATCCCTCGGTAAAC--C---CA--AT-AAAC-CTGGCTGGT-CT-CTTG--TATTCATGAGATGGGCAGAGTAA-AG-----ATGC---AG----T-----GACA----GAAA----------ACTGTTCTT-TTGTTAATTA--AC-TTATACAGTTGCTTTATTATGT-A-A------A----G------AA---T-G---C--ATC-TCAG----ACAC-------A----ATG---GA-A--------AT---ATCACTAAAA-AAGCT----ATCCAGTTTG----TTTTTCAAACACAAGCACAATACATAATTATTCCAGAAAGTACC--TAAAGCCTATTCA-TCA-AACACATT-TCTTCCA--TACTACAGTCAAT--ATCTGCCAAAACAAC-A-C--CAGAAATACTTTCAACTCAAAACTGATATTAAGAGGATCCTATGACATA----ATTTCTCTTG---GAAC-TACAATAGT------ATTTATACTGCTTA--ATTTGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-TCTTAGACAATA-CAATTT---TT-----CTACATGAGTATA-TT-TCAGTTA----------CTAT---ATAT----------ACGGAGCAATGTGAACT---ACCAAGTGTGT-GC--CAACAT-----GG----A-----CCTGTTCCAGATAACGTTTGTTGTGTT--------TTGCGAACACATT---------TGA---------A---------C----CAT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--CCT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TACACATGTGCTG-ACGTGGTGGTCCATTGCCTATCTTTACTTACACCCATTGTGTAC-CTTCACATAG---TA---AAGTGATTATATAAG----TAG-----T-----TTCAATTT--TCAATACTCCTTACAATGACATTATT
gi|10 : gttatttgcagtcagttgcaagacagatttttaaaatgataacaaatttcttttgc---TGACATATA-CTTTTATCTTG---CAATATGTAACAGTTACGGTATTTAAACTGGTTA--GTTCTATTCT-GAA-TACAAATG--TG-C----------TTGAACAAAAACAATTTATTTT-----CCGCATGAGTA-A-TTCTCAATAAAAACATGTGTTTAC---ATAT----------A--AATCACTGTGAACT---ATCAAGTTGGT-TG--CTACAC-----TG----A-----CCTGTTCTGGATACCATTTAATGTGTT--------TTGTCTACACTTT---------Tct
gi|11 : CTGTTTCAGATAATGTCCATTATGCT--------CTGTGCACATGTT---------TGA---------AATGCCTGGGC----CTT-----TATCTTTGTG-ATC-GA--ACT--TCCT-TTGC-----ATTCGAACAATAC------------CGTTTTGTTCCGTTAAATGTCTTTACTTCCACACGCTGTGTAC-CTTCACATAAATGTACACAAGTAACTATGTAAGAATATAGGACACTATGAATTCATTTTAGTAAATACTCGTAACAAAAACATTTTTcggcaagcttggtgttat
gi|12 : gcgaacattT--TAAAG-GG-G-CATT-AATA-AACTCTGGTA-TACAAA-A---ATG--AAA-----A-GTGCGTCTT-----TCTTTTCATCAG---TATACTTTAACCTAAT-AAAAACTCGA-G-T------G-----AA--C-T------T-TTC-TTTTC------------AA--------TTTG-TTGTAT-GA--A
gi|12 : tacaTGGTTTGT-TT-CTTT--TATTCACGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---ggacttacatagatagtagttttgagttgtaagcgaagcatcgatacggtttcctacagatggtttgtttcttttattcacgagatgggcggagtaacagatgcaat
gi|13 : tacattaaaggggcattaataaactctggtatacaaaaatgaaaagtgcgtctttcttttcatcagtatactttaacctaataaaaactcgagtgaacttttcttttcaatttgttgtatgaaggacttacatagatagtagttttgagttgtaagcgaagcatcgatacggtttcctacagaTTTATAGAAATATAGTA-CCCAAATA---ATG--AAA-----A-GTTCTTATT-----TTTGTTCAACAG---TA-----TG-CCTCCGGGAAGAATCAA-GAT------A-----AC--G-T------T-TTA-TCT--------------AA--------ATTA-TTGATT-CA--A-TGGCGATATTAACG-GGAAATCCCTGGG-AAAT--C---CTGTA--ATAT-CTTGCGAGT-CT-ATTA--TATTCATGAGTTTGGTAGAGTAATTG-----ATGC---GG----------TACT----GATA----------GCATTTCTT-TT-TTATTTATCACATTATAaat
gi|14 : GTG-GGAAATCCATCAG-GA-T--C-----------AAC-CTGACC--T-CT-TTTA--T---CA---GACAAGCGAAGTAACAG-----ATAC---GA----TATGACCACA----GGCACTTGTTACAAACGATTCGT-TCATTAATTG--AC-TTATATAATTGCTTCATTAATT-ATA------ATTACG------AA-----G---CGGATC-TCGA----ACAACCGTATCT----ATGATTGT-ATAGGG---AA---AGCGTTAAAATAAG------GTC-AGAACG-----TTTTCAAACACAAACACAATACATA
gi|15 : AACTG--TA-TGTGGTTG-T-TT------TT-CAAT--AATTT-----TCACACGAGCA-AGTT-TCAA--A----------TCCC------T----------A--AAGCAATGTTACCT---ATCAAGCGTTT-AT--CTACATTAATAAA----A-----CATGTTGCGA--ATCAGCTGTTATGCT--------TAATATACGAGTTTAAAAAGACTGG---------A---------C----CGT-----TATCTTTGTG-ATT-TACCCCT--G--T-TTC------------A---TACA------TTG-ACACGGTG
gi|16 : -TG-C-CATTTCATGGACACATGGTAACCCGAA-A---GTG--AAACATTTACATGTATATTGACATTCTATTCACAAA---TT-----TA-CCTCATGAAAACATCAA-G-T------G-----AA--A-A------TGTTG-TTT--------------AA--------ATGA-GTGTTT-----TATGGATATATAAGCG-GCAATTTCTAAGA-AAAT--CAT-CA--A--AAAT-CT-GTCGTT-TTCCTTA--TATTCATGAGgccatcgcatg
gi|17 : -TG-G-CATTTCAAAGAATTACTGTA-GCCTAA-A---ATA--AAA-----A-ACTCGTCGT-----TTTATTAATCAA---TG-----TA-CCTCATGGCAGAATCAA-G-TATTTTAG-----AATCA-AGTATGTT-CCA-TTT--------------CA--------TTTGATTGTTT-AA----TGGAGATATTAGTT-GGAAATCCCTTTG-AAATTCT---CA--A--AAAC-TTGGCCTGT-TT-CTTA--TGTTC
gi|2 : -G-TATTTCATAGAAATATACTA-CCCACA-ATATATA--ACA-----A----CCTCTT-----TTTATTTACCAG---TA-----T-GCATTATAGAAGAGTCAG-G-T------G-----A--------------------------------------------------TTGTTT-----CATGGAAATATTAGCG-GGAAACCCCTAGG-ACATC-C---CA--A--AAATACTGGCAGGT-TC-CTTA--TATCCTTGAGATTGGCGGGGTAGAAG-----AGGT---GGTTAAT-----TACA----GGCA----------TTCATTTTTCTTATTAATTA--AC-TTATATAAATGATTTATATGGTAA-A------A----G------GA---TCGAGCC-GATC-TTGG----ACACT-ATATCA----CTGATGGC-AT---GGTAAT---ATGGCT---A-AAG-TTATGGTC-AGTAC-----TTTTTCAAGCATAAGCACAACCCATATTTTTTCAAGAGAGTACCTTTG--GTCCATTCATTCATCAGA-ACTATTTGCCACTTGCTTCTGTCACTCGGTGTGACAAAACCACAAGCCTCA------CCTTCAACTCAAAA-------TAAGGAAATC---TGATTTA-ATCAGTTCTCTTAAATGAACATATGAAAGT------ATTGACACTGGTTA--GTTTAATGTT-GAATAACGTGTG--TATTACTG--A-C-TT-----GCA-CAATTTTCTGT-----TTGAACGAGCA-A-TT-TCAATAA----------TTGC---ATAA----------A--AATCAATATGAATT---AT-----------------TAT-----GG----A-----CCTGTTCTGGCTATCACCTATAAGGTT--------TTGTATACACATT---------TGAAATTATGT-A---------T----CGC-----TGTCTCAGTGCACCATA--A-------T-TTCT-----ATTCAAA---T
gi|20 : GTTTCAGATATCATCTATTATATTGATTTCAGTT-TCCAAAAGTC---------TTG---------C---------C----CAT-----TATCTTAGTG-GTC-TC--ACTAAG--T-TTCC-----ATACAAC---TAC-------T-G-AAGCGGTGTTCCGTTGCGCAGCTTTACAAGCACACGTTGTGTACTCTTCAT-TAA---TA---AAGTAATGATAAAA
gi|21 : aTATATAATTGCTTTATTAGGG-G-A------A----G------GAACCC-A---C-GGTCATCGA----ACAC-CATATCA----ATGATTAC-AT---G---ATGATATCGCTAAAA-TAG---------------A----TTTTTCAAACATAAGCATAATATATAATTATTCTGGAAAGTA--------ATCCATTCA-T---CAGA-ATT-ACTCCTATTTACAACAG
gi|22 : TAC---A-AG----------A--ATACAATATGAACT---ATCAAATATGT-GC--CTGCAT-----GG----ATAAAACCGGTCAC--ATATCATCTATTATATT--------TCGTGCACACGTT---------TGA---------AAAAT-----CCAAACGCTTAAATATATTAACG-ATT-TA--ACA--G--C-TTCT-----ATT
gi|23 : ccacatggcagaattatttccag-TA-G-CTTTTCATAGAGCTGTCGTA-CCACAA-G---AT-----A-----A-ATGTATATT-----TCTATTTAATAA---TA-----TA-CCTCATGGAAAAATTAG-G-C------G-----AA--A-A------C-GTA-TTT--------------AAATTCCATTTTAA-TAGTTT-AATGGAGGGAGCTATTGGCA-GGAAATTC
gi|24 : tatcgagcATTTATAAA---TA-----TA-CCTCATGGAAGAATTAA-G-C------GTTTTTTT--A-T------T-TTATTTT--------------AA--------TTGG-TTGTTT-AAT-CAT---GCTATAAGCA-GGCAATCCTATGG-AATC--C---TA--AATAAAA-CTGGgtaaa
gi|25 : catttaG-G-AATTTAATCGAAATATGGTA-CCCTAA-A---ATG--TAA-----A-ATTAATATT-----TC-ATTTACCTG---TG-----T-ACCTTATTGAAGAATTGG-G-C------G-----------A------T-TTC-TTT--------------AA--------TTAG-TT-T-------AATGGAGATAGTAGC
gi|26 : AAAACCA--AGT--C-------CATTC---TTAACA-------TACAAACATC---TGATTT-TATCATTTTCCTTG---CAACATGTAACAAT------ATTAACACTGGTTATTGTTATATATT-GCA-AAC-AATG--TG-T
gi|3 : A--GTTCGATGTTTGAA-AA-AAATGAGTA-CACATTCAGT-CTGGACACTA-CAATTTATTTA-----CAGTACGAGTACA-TT-TCAATAA----------CT-CTCTATGT----------A--AAGCACTGTGAACT---ATCATGTTTGT-AC--CTACAT-----GG----A-----CCAGTCCGAGATACTAT-TAGTATGTT--------GTGTGCACATGT------------A---------A--------------TGT-----TACCTTTGTG-ACC-TG--CCT--C--T-TTTTCGTAAATTC-AA---TA--------GTA-ACAAGGCGTTGCGTgtg
gi|4 : cTT----G-AAT--CT--TAAA--TGAG-TGTTTTATATAAATATGGTA-CCCAAA-A---ATGA-AAA-----A-AAGCGTCGT-----TCTATTCATCAA---TA-----C-ACCTTAGAGAAG-ATCTATG-T------G-----A--------------TCA-TT------------------------------TTATTT-AA--A-------------------AATTCCTTGA-GAAT--CCTTCA--A--AA---CTAGTCAGTGCT-TTTA--CG--CATAAGATGGGCAAAGTAACAGTTCTAATGT---AT----C-----CACA----AGTA----------GTGA----T-ATATCAACTA--AC-TTATATAACTGGGTGATTGGGT-A-GAATTACA----A------AA---T-----C-GAAA-TCGGCGCAACATTC-TATCGATGCATGATCATAAT---G---AT---AACGTTTAA------T----AGT-GGTGTGACCTTTTTTCAAACAAAAGaattatataagttgtttatgtggccaatacctgtgactttaacaatgttgtgatcctcgcgatgctcttagtgtatgagatttttatttttaaataaatactagtattctttacaattacttttttcaatctttttccaccgaaaaaagccagtacgaggtattcctatacatgctgacttttatacgacaaaatgccactttaaacatacatgtaattcattagatcattgca
gi|5 : acacaatagcatcatttaagttttttgccgtgttcacatgTAATGAAATTACTTTCTTCTG-ACT--TTATTAAAG-GG-G-CATGTCATAGAAACATGTTA-CCTTGG-A---ATG--AAA-----A-ATG----TC-----TCTATTCATCACTTTTA-----T-ACCTCAT-GATGAATTGA-G-T------G-----AA--ACA------T-TTA-TTTAAAGTCTTTATTTAAA--------TTGG-TTGTTT-----GATGGAGATATTAGCA-AGAAAT---TAAA-AAA--------A--A--AAA-------AGGT-CT-CTTATTTATTCaaa
gi|5 : aaatgacaaaatATTCTT-TT--TA-TTA--AC-TTATATAATTACATTATTAGGT-C-A------A----GTTACCCAA---T-G-----GATC-TCCG----ACA-TCATATCA----ATGATTGC-AT---G---GT---GTTATTTAAA-AAA-T----AT--GATCTGAA--TTTTTTAAACATTA-------ACATA-------TAGAAAGTACC--Ttttttattaacttatataattacattattaggtcaagttacccaatggatctccgacatcatatcaatgattgcatggtgttatttaaaaaatatgatctgaattttttaaacattaacatatagaaagtacct
gi|7 : aaatgacaaaattaatgaaattactttcttctgactttattaaaggggcatgtcatagaaacatgttaccttggaatgaaaaatgtctctattcatcacttttatacctcatgatgaattgagtgaaacatttatttaaagtctttatttaaattggttgtttgatggagatattagcaagaaattaaaaaaaaaaaaggtctcttatttAAATT-CTTTC----ACAATTTCT--TTAAA-TG-GGCATTTCATAGAAGTACAGTA-CCCTCA-A---ATGGTAAA-----A-GT-CATCAT-----CCTATTCACCAC---CA-----TA-CATCCTGGAAGAATCAA-G-TCTT---A-----AA--A-A-----------------------------AA--------ATGG-TTGTTT-AA----TGGATATATTAGCG-GGAAATCCC-----------C---CA--A--AA-C-ATGACTGGT-CT-CTTA--TATTCGTGAGTTGGACAAAGTAACAGAATT-ATGCACAGG----------TACAAGTTGAAA----------ACTATT-TT-TTGTTAATTA--A
gi|8 : cacagttacatgttATATGAACTTATATCAAGTGCGT-GTATCTACAT-----GATAAAA-----CCTGTTTCAGAT--CATATATTATGTT--------TAGTATACACTTT---------TGA---------AGTCTTGA--T----CAT-----TATGTTAATG-AT------ATT-----C-TTCT-----GTTTAGA---TA--------TTG-ATATGGTAGTCCATTGTTAGTCTTTACTTGTATCTGCTGTGTAA-TCTCATGTAA---TA---TAGTGATAATATTTG----TAG
gi|9 : tctCAGTCAAT-TTGGCCAGCA-CAATTTATTTTATTTTCTGCATGAGTG-A-TT-TCAGTAA----------CTAC---ATACATGTAAATAAA--AAACAAGGTGATCT---ATCACGTGTGTAGA--CCGGGC-----AA----A-----CATGCACTAGGTATTATCTGTTATGTT--------TTGTACACATGTT---------CGATAAGACTTGA---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATG-CA--ACT--G--TGTT--------TTCA---------------TTGAACATAGTGTTCCGTTGTATGCATTTATTTGCATACGTTACGTAC-CGTCAtttttgtgaacaatacctgcgagttgacaatgtgatcctcacaatggctcc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTGTATAAGTAGCTTCTGTGATTAGTACCTGAGAAGTTTGCAATGCTTTAATTCTCGCTTCAGCTCTTGGGATATGAGTTATGAATAGAATCACTGAGATTGTTTTTTCAAGTAAATACTCATTATAAAGGCTTGTTTTTATTTTTTATTTTTCCAACAGAAAATAGTGAATAAGATGTACTAATCTTCTCATTCATGTCCACTTCTATGCAACGAAATGACATTTCAAATGATTAAATGTTTAAATTAAAATCAATTATACCATA
Unaligned ( gi|18 ): TGATTTTCGCGATTGCATCTGGGATATAAGTTAAATCACTATTTAAGTAAATACTCATTGTTGTGACTTTTGTTGCATTTCTCTCCGAAAATGGTAAAAAACGAATTACCAATATTTCCATTAATGCCGACCTTTTTCGAAGAAATATCACTTTAATCTACATAAATACTA
Unaligned ( gi|19 ): ATTATTATTTTGAAGTAAAAACGTGTTACTATGACTTTTTCTATTATTTTTTTCTCACAAAATAGTCAATATGAAGTTCCAAAATTTCTATTCATGCCGTCTTTTTATACGATCAAATGCCCCTTTAGATAAGTGTTTATGTAATTGACCAATTAAATATT
Unaligned ( gi|27 ): ACAATGATTTATTTTATTTTCCCCACGAATATAGCCGAAAAGAAGTAGCCTACAAATATCTCCATTTATGCCAACGTTTTATGTGATCAAATGCCACTTAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): GACATCAAAAATAGTTAATAAAAGTATATATATAACCATTCATGCTGACTTTCTTTGGGATGAACTGCAACCTATCTAA
Unaligned ( gi|29 ): TAATATGCGCTTAATTGTATTAAACGTTTTTAAACACATTTTTCTATTGTCAATAAAAGGACTCAAGGA
Alignments
lowQualScore : 222222 11 11 11 22222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333 222222222222222 22222 4444444444444444444444444444444444444444 66666666666666666666666666666666666 1111 2222 1111 111111111111 66666666666666666666 333333 22222 1 1 1 11 666666666666666 4444444 111 2222 1111 222222 11 22222222222222222222222 11111 1 4444444444444444444444444444444 11111 11111111111111111 11111111 777777777777777777777777777777777777 11111 11111111111111 1111111 333333333333 1 111 111 444444444444444444 11
lowQualScore : 2 7 999999 33 99 11 4 4 3 1 3 666 88 999999999999 1 99999 0 555 55555555 5 2 3 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0000000 44 33 4 111111111111111 999 0 55 4 4 55 3 66666 6666666666666666666666666666666666666666 3 5 9 1 77 6 55555555555555555555555555555555555 6 4444 3333 4444 7777 888888888888 7 6 77777777777777777777 0 1 9 3 1 2 222222 33333 3 3 1 2 1 77 1 1 777777777777777 1 7 3333333 1 777 1 5555 0 8888 3 0 888888 1 0 11 44 8 8 1 99 55555555555555555555555 55 66666 2 3 6 6 7777777777777777777777777777777 77 1 888 0 1 55555 99999999999999999 4 1 0 44444444 1 888888888888888888888888888888888888 11111 4 77777777777777 4 3333333 999999 888888888888 2 777 0 8 0 777 777 1 444444444444444444 1 88 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . ...... .. .. .. . . . . . ... .. ............ . ..... . ... ........ . . . . ............................................................... ....... .. .. . ............... ... . .. . . .. . ..... ........................................ . . . . .. . ................................... . .... .... .... .... ............ . . .................... . . . . . . ...... ..... . . . . . .. . . ............... . . ....... . ... . .... . .... . . ...... . . .. .. . . . .. ....................... .. ..... . . . . ............................... .. . ... . . ..... ................. . . . ........ . .................................... ..... . .............. . ....... ...... ............ . ... . . . ... ... . .................. . .. . . . . .
lowQualScore : 5 3 222222 88 00 44 0 0 6 0 6 444 66 999999999999 4 11111 3 888 99999999 2 8 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9999999 00 55 0 888888888888888 666 5 55 0 0 55 0 44444 0000000000000000000000000000000000000000 0 7 3 7 99 7 22222222222222222222222222222222222 7 2222 2222 2222 8888 000000000000 8 7 22222222222222222222 3 0 8 5 2 5 888888 33333 3 3 0 0 0 55 0 0 000000000000000 0 3 3333333 0 555 0 0000 2 5555 2 2 888888 0 2 00 66 0 0 7 22 66666666666666666666666 33 77777 2 3 7 7 5555555555555555555555555555555 99 7 888 2 4 55555 88888888888888888 6 6 7 55555555 4 666666666666666666666666666666666666 11111 4 44444444444444 4 7777777 888888 777777777777 7 000 6 0 5 555 555 0 333333333333333333 0 00 0 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACGAAATTACTTTC----G-AAT--CT--TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGTA-CCCNAA-A---ATG--AAA-----A-ATGCGTCTT-----TCTATTCATCAA---TA-----TAACCTCATGGAAGAATCGA-G-T------G-----AA--A-A------T-TTA-TTT--------------AA--------TTNG-TTGTTT-AA--AATGGAGATATTAGCG-GGAAATCCCTNGG-AAAT--C---CA--A--AAAC-CTGGCCGGT-CT-CTTA--TATTCATGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---GG----T-----TACA----GGNA----------ACGATTCTT-TTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTAGGT-A-A------A----G------AA---T-G---C-GATC-TCGG----ACACTCATATCA----ATGATCGC-AT---G---AT---ATCGCTAAAA-AAG-T----ATC-GGTNCG----TTTTTCAAACATAAGCACAATACATAATTATTCTAGAAAGTACC--TG--GTCCATTCA-TCA-CAGA-ATT-TCTNCCACTTACTACAGTCANTCGGTNTGNCAAAACCAC-AGC--CA------CNTTCAACTCAAAA-------TAAGAANATC---TGACNTATATCATTTCTCTTG---NAACATGTAACAGT------ATTNACACTGGTTA--GTTCGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-T-TTGGACAGTA-CAATTTATTTT-----CCGCACGAGTA-A-TT-TCAATAA----------CTAC---ATAT----------A--AAGCAATGTGAACT---ATCAAGTGTGT-GC--CTACAT-----GG----A-----CCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT--------TTGTGCACACGTT---------TGA---------A---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--ACT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TAC-------TTG-ACGCGGTGTTCCGTTGCNCGTCTTTACTTGCACACGTTGTGTAC-CTTCACGTAA---TA---AAGTGATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCANTTTAGTNAATACTCNTNACAANGACATTNTT
Reference ( family-2264 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACGAAATTACTTTC----G-AAT--CT--TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGTA-CCCNAA-A---ATG--AAA-----A-ATGCGTCTT-----TCTATTCATCAA---TA-----TAACCTCATGGAAGAATCGA-G-T------G-----AA--A-A------T-TTA-TTT--------------AA--------TTNG-TTGTTT-AA--AATGGAGATATTAGCG-GGAAATCCCTNGG-AAAT--C---CA--A--AAAC-CTGGCCGGT-CT-CTTA--TATTCATGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---GG----T-----TACA----GGNA----------ACGATTCTT-TTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTAGGT-A-A------A----G------AA---T-G---C-GATC-TCGG----ACACTCATATCA----ATGATCGC-AT---G---AT---ATCGCTAAAA-AAG-T----ATC-GGTNCG----TTTTTCAAACATAAGCACAATACATAATTATTCTAGAAAGTACC--TG--GTCCATTCA-TCA-CAGA-ATT-TCTNCCACTTACTACAGTCANTCGGTNTGNCAAAACCAC-AGC--CA------CNTTCAACTCAAAA-------TAAGAANATC---TGACNTATATCATTTCTCTTG---NAACATGTAACAGT------ATTNACACTGGTTA--GTTCGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-T-TTGGACAGTA-CAATTTATTTT-----CCGCACGAGTA-A-TT-TCAATAA----------CTAC---ATAT----------A--AAGCAATGTGAACT---ATCAAGTGTGT-GC--CTACAT-----GG----A-----CCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT--------TTGTGCACACGTT---------TGA---------A---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--ACT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TAC-------TTG-ACGCGGTGTTCCGTTGCNCGTCTTTACTTGCACACGTTGTGTAC-CTTCACGTAA---TA---AAGTGATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCANTTTAGTNAATACTCNTNACAANGACATTNTT
gi|1 : TAACCAAAGTACTTTT----A-AAT--CTG-TAAAACTG-G-CATTTCATAGAAATATGATA-CTCAAA-A---TTG--AAA-----A-ATGAATCTT-----TCTATTAATCAA---TA-----TAACCTCAATGAAGAATCAA-G-T------A-----AA--A-AA-----T-TTA-TTT--------------GA--------TTTT-TTTTTTTAA--AATGGAGATATTAGCATGGGAATCCCTCGGTAAAC--C---CA--AT-AAAC-CTGGCTGGT-CT-CTTG--TATTCATGAGATGGGCAGAGTAA-AG-----ATGC---AG----T-----GACA----GAAA----------ACTGTTCTT-TTGTTAATTA--AC-TTATACAGTTGCTTTATTATGT-A-A------A----G------AA---T-G---C--ATC-TCAG----ACAC-------A----ATG---GA-A--------AT---ATCACTAAAA-AAGCT----ATCCAGTTTG----TTTTTCAAACACAAGCACAATACATAATTATTCCAGAAAGTACC--TAAAGCCTATTCA-TCA-AACACATT-TCTTCCA--TACTACAGTCAAT--ATCTGCCAAAACAAC-A-C--CAGAAATACTTTCAACTCAAAACTGATATTAAGAGGATCCTATGACATA----ATTTCTCTTG---GAAC-TACAATAGT------ATTTATACTGCTTA--ATTTGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-TCTTAGACAATA-CAATTT---TT-----CTACATGAGTATA-TT-TCAGTTA----------CTAT---ATAT----------ACGGAGCAATGTGAACT---ACCAAGTGTGT-GC--CAACAT-----GG----A-----CCTGTTCCAGATAACGTTTGTTGTGTT--------TTGCGAACACATT---------TGA---------A---------C----CAT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--CCT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TACACATGTGCTG-ACGTGGTGGTCCATTGCCTATCTTTACTTACACCCATTGTGTAC-CTTCACATAG---TA---AAGTGATTATATAAG----TAG-----T-----TTCAATTT--TCAATACTCCTTACAATGACATTATT
gi|10 : gttatttgcagtcagttgcaagacagatttttaaaatgataacaaatttcttttgc---TGACATATA-CTTTTATCTTG---CAATATGTAACAGTTACGGTATTTAAACTGGTTA--GTTCTATTCT-GAA-TACAAATG--TG-C----------TTGAACAAAAACAATTTATTTT-----CCGCATGAGTA-A-TTCTCAATAAAAACATGTGTTTAC---ATAT----------A--AATCACTGTGAACT---ATCAAGTTGGT-TG--CTACAC-----TG----A-----CCTGTTCTGGATACCATTTAATGTGTT--------TTGTCTACACTTT---------Tct
gi|11 : CTGTTTCAGATAATGTCCATTATGCT--------CTGTGCACATGTT---------TGA---------AATGCCTGGGC----CTT-----TATCTTTGTG-ATC-GA--ACT--TCCT-TTGC-----ATTCGAACAATAC------------CGTTTTGTTCCGTTAAATGTCTTTACTTCCACACGCTGTGTAC-CTTCACATAAATGTACACAAGTAACTATGTAAGAATATAGGACACTATGAATTCATTTTAGTAAATACTCGTAACAAAAACATTTTTcggcaagcttggtgttat
gi|12 : gcgaacattT--TAAAG-GG-G-CATT-AATA-AACTCTGGTA-TACAAA-A---ATG--AAA-----A-GTGCGTCTT-----TCTTTTCATCAG---TATACTTTAACCTAAT-AAAAACTCGA-G-T------G-----AA--C-T------T-TTC-TTTTC------------AA--------TTTG-TTGTAT-GA--A
gi|12 : tacaTGGTTTGT-TT-CTTT--TATTCACGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---ggacttacatagatagtagttttgagttgtaagcgaagcatcgatacggtttcctacagatggtttgtttcttttattcacgagatgggcggagtaacagatgcaat
gi|13 : tacattaaaggggcattaataaactctggtatacaaaaatgaaaagtgcgtctttcttttcatcagtatactttaacctaataaaaactcgagtgaacttttcttttcaatttgttgtatgaaggacttacatagatagtagttttgagttgtaagcgaagcatcgatacggtttcctacagaTTTATAGAAATATAGTA-CCCAAATA---ATG--AAA-----A-GTTCTTATT-----TTTGTTCAACAG---TA-----TG-CCTCCGGGAAGAATCAA-GAT------A-----AC--G-T------T-TTA-TCT--------------AA--------ATTA-TTGATT-CA--A-TGGCGATATTAACG-GGAAATCCCTGGG-AAAT--C---CTGTA--ATAT-CTTGCGAGT-CT-ATTA--TATTCATGAGTTTGGTAGAGTAATTG-----ATGC---GG----------TACT----GATA----------GCATTTCTT-TT-TTATTTATCACATTATAaat
gi|14 : GTG-GGAAATCCATCAG-GA-T--C-----------AAC-CTGACC--T-CT-TTTA--T---CA---GACAAGCGAAGTAACAG-----ATAC---GA----TATGACCACA----GGCACTTGTTACAAACGATTCGT-TCATTAATTG--AC-TTATATAATTGCTTCATTAATT-ATA------ATTACG------AA-----G---CGGATC-TCGA----ACAACCGTATCT----ATGATTGT-ATAGGG---AA---AGCGTTAAAATAAG------GTC-AGAACG-----TTTTCAAACACAAACACAATACATA
gi|15 : AACTG--TA-TGTGGTTG-T-TT------TT-CAAT--AATTT-----TCACACGAGCA-AGTT-TCAA--A----------TCCC------T----------A--AAGCAATGTTACCT---ATCAAGCGTTT-AT--CTACATTAATAAA----A-----CATGTTGCGA--ATCAGCTGTTATGCT--------TAATATACGAGTTTAAAAAGACTGG---------A---------C----CGT-----TATCTTTGTG-ATT-TACCCCT--G--T-TTC------------A---TACA------TTG-ACACGGTG
gi|16 : -TG-C-CATTTCATGGACACATGGTAACCCGAA-A---GTG--AAACATTTACATGTATATTGACATTCTATTCACAAA---TT-----TA-CCTCATGAAAACATCAA-G-T------G-----AA--A-A------TGTTG-TTT--------------AA--------ATGA-GTGTTT-----TATGGATATATAAGCG-GCAATTTCTAAGA-AAAT--CAT-CA--A--AAAT-CT-GTCGTT-TTCCTTA--TATTCATGAGgccatcgcatg
gi|17 : -TG-G-CATTTCAAAGAATTACTGTA-GCCTAA-A---ATA--AAA-----A-ACTCGTCGT-----TTTATTAATCAA---TG-----TA-CCTCATGGCAGAATCAA-G-TATTTTAG-----AATCA-AGTATGTT-CCA-TTT--------------CA--------TTTGATTGTTT-AA----TGGAGATATTAGTT-GGAAATCCCTTTG-AAATTCT---CA--A--AAAC-TTGGCCTGT-TT-CTTA--TGTTC
gi|2 : -G-TATTTCATAGAAATATACTA-CCCACA-ATATATA--ACA-----A----CCTCTT-----TTTATTTACCAG---TA-----T-GCATTATAGAAGAGTCAG-G-T------G-----A--------------------------------------------------TTGTTT-----CATGGAAATATTAGCG-GGAAACCCCTAGG-ACATC-C---CA--A--AAATACTGGCAGGT-TC-CTTA--TATCCTTGAGATTGGCGGGGTAGAAG-----AGGT---GGTTAAT-----TACA----GGCA----------TTCATTTTTCTTATTAATTA--AC-TTATATAAATGATTTATATGGTAA-A------A----G------GA---TCGAGCC-GATC-TTGG----ACACT-ATATCA----CTGATGGC-AT---GGTAAT---ATGGCT---A-AAG-TTATGGTC-AGTAC-----TTTTTCAAGCATAAGCACAACCCATATTTTTTCAAGAGAGTACCTTTG--GTCCATTCATTCATCAGA-ACTATTTGCCACTTGCTTCTGTCACTCGGTGTGACAAAACCACAAGCCTCA------CCTTCAACTCAAAA-------TAAGGAAATC---TGATTTA-ATCAGTTCTCTTAAATGAACATATGAAAGT------ATTGACACTGGTTA--GTTTAATGTT-GAATAACGTGTG--TATTACTG--A-C-TT-----GCA-CAATTTTCTGT-----TTGAACGAGCA-A-TT-TCAATAA----------TTGC---ATAA----------A--AATCAATATGAATT---AT-----------------TAT-----GG----A-----CCTGTTCTGGCTATCACCTATAAGGTT--------TTGTATACACATT---------TGAAATTATGT-A---------T----CGC-----TGTCTCAGTGCACCATA--A-------T-TTCT-----ATTCAAA---T
gi|20 : GTTTCAGATATCATCTATTATATTGATTTCAGTT-TCCAAAAGTC---------TTG---------C---------C----CAT-----TATCTTAGTG-GTC-TC--ACTAAG--T-TTCC-----ATACAAC---TAC-------T-G-AAGCGGTGTTCCGTTGCGCAGCTTTACAAGCACACGTTGTGTACTCTTCAT-TAA---TA---AAGTAATGATAAAA
gi|21 : aTATATAATTGCTTTATTAGGG-G-A------A----G------GAACCC-A---C-GGTCATCGA----ACAC-CATATCA----ATGATTAC-AT---G---ATGATATCGCTAAAA-TAG---------------A----TTTTTCAAACATAAGCATAATATATAATTATTCTGGAAAGTA--------ATCCATTCA-T---CAGA-ATT-ACTCCTATTTACAACAG
gi|22 : TAC---A-AG----------A--ATACAATATGAACT---ATCAAATATGT-GC--CTGCAT-----GG----ATAAAACCGGTCAC--ATATCATCTATTATATT--------TCGTGCACACGTT---------TGA---------AAAAT-----CCAAACGCTTAAATATATTAACG-ATT-TA--ACA--G--C-TTCT-----ATT
gi|23 : ccacatggcagaattatttccag-TA-G-CTTTTCATAGAGCTGTCGTA-CCACAA-G---AT-----A-----A-ATGTATATT-----TCTATTTAATAA---TA-----TA-CCTCATGGAAAAATTAG-G-C------G-----AA--A-A------C-GTA-TTT--------------AAATTCCATTTTAA-TAGTTT-AATGGAGGGAGCTATTGGCA-GGAAATTC
gi|24 : tatcgagcATTTATAAA---TA-----TA-CCTCATGGAAGAATTAA-G-C------GTTTTTTT--A-T------T-TTATTTT--------------AA--------TTGG-TTGTTT-AAT-CAT---GCTATAAGCA-GGCAATCCTATGG-AATC--C---TA--AATAAAA-CTGGgtaaa
gi|25 : catttaG-G-AATTTAATCGAAATATGGTA-CCCTAA-A---ATG--TAA-----A-ATTAATATT-----TC-ATTTACCTG---TG-----T-ACCTTATTGAAGAATTGG-G-C------G-----------A------T-TTC-TTT--------------AA--------TTAG-TT-T-------AATGGAGATAGTAGC
gi|26 : AAAACCA--AGT--C-------CATTC---TTAACA-------TACAAACATC---TGATTT-TATCATTTTCCTTG---CAACATGTAACAAT------ATTAACACTGGTTATTGTTATATATT-GCA-AAC-AATG--TG-T
gi|3 : A--GTTCGATGTTTGAA-AA-AAATGAGTA-CACATTCAGT-CTGGACACTA-CAATTTATTTA-----CAGTACGAGTACA-TT-TCAATAA----------CT-CTCTATGT----------A--AAGCACTGTGAACT---ATCATGTTTGT-AC--CTACAT-----GG----A-----CCAGTCCGAGATACTAT-TAGTATGTT--------GTGTGCACATGT------------A---------A--------------TGT-----TACCTTTGTG-ACC-TG--CCT--C--T-TTTTCGTAAATTC-AA---TA--------GTA-ACAAGGCGTTGCGTgtg
gi|4 : cTT----G-AAT--CT--TAAA--TGAG-TGTTTTATATAAATATGGTA-CCCAAA-A---ATGA-AAA-----A-AAGCGTCGT-----TCTATTCATCAA---TA-----C-ACCTTAGAGAAG-ATCTATG-T------G-----A--------------TCA-TT------------------------------TTATTT-AA--A-------------------AATTCCTTGA-GAAT--CCTTCA--A--AA---CTAGTCAGTGCT-TTTA--CG--CATAAGATGGGCAAAGTAACAGTTCTAATGT---AT----C-----CACA----AGTA----------GTGA----T-ATATCAACTA--AC-TTATATAACTGGGTGATTGGGT-A-GAATTACA----A------AA---T-----C-GAAA-TCGGCGCAACATTC-TATCGATGCATGATCATAAT---G---AT---AACGTTTAA------T----AGT-GGTGTGACCTTTTTTCAAACAAAAGaattatataagttgtttatgtggccaatacctgtgactttaacaatgttgtgatcctcgcgatgctcttagtgtatgagatttttatttttaaataaatactagtattctttacaattacttttttcaatctttttccaccgaaaaaagccagtacgaggtattcctatacatgctgacttttatacgacaaaatgccactttaaacatacatgtaattcattagatcattgca
gi|5 : acacaatagcatcatttaagttttttgccgtgttcacatgTAATGAAATTACTTTCTTCTG-ACT--TTATTAAAG-GG-G-CATGTCATAGAAACATGTTA-CCTTGG-A---ATG--AAA-----A-ATG----TC-----TCTATTCATCACTTTTA-----T-ACCTCAT-GATGAATTGA-G-T------G-----AA--ACA------T-TTA-TTTAAAGTCTTTATTTAAA--------TTGG-TTGTTT-----GATGGAGATATTAGCA-AGAAAT---TAAA-AAA--------A--A--AAA-------AGGT-CT-CTTATTTATTCaaa
gi|5 : aaatgacaaaatATTCTT-TT--TA-TTA--AC-TTATATAATTACATTATTAGGT-C-A------A----GTTACCCAA---T-G-----GATC-TCCG----ACA-TCATATCA----ATGATTGC-AT---G---GT---GTTATTTAAA-AAA-T----AT--GATCTGAA--TTTTTTAAACATTA-------ACATA-------TAGAAAGTACC--Ttttttattaacttatataattacattattaggtcaagttacccaatggatctccgacatcatatcaatgattgcatggtgttatttaaaaaatatgatctgaattttttaaacattaacatatagaaagtacct
gi|7 : aaatgacaaaattaatgaaattactttcttctgactttattaaaggggcatgtcatagaaacatgttaccttggaatgaaaaatgtctctattcatcacttttatacctcatgatgaattgagtgaaacatttatttaaagtctttatttaaattggttgtttgatggagatattagcaagaaattaaaaaaaaaaaaggtctcttatttAAATT-CTTTC----ACAATTTCT--TTAAA-TG-GGCATTTCATAGAAGTACAGTA-CCCTCA-A---ATGGTAAA-----A-GT-CATCAT-----CCTATTCACCAC---CA-----TA-CATCCTGGAAGAATCAA-G-TCTT---A-----AA--A-A-----------------------------AA--------ATGG-TTGTTT-AA----TGGATATATTAGCG-GGAAATCCC-----------C---CA--A--AA-C-ATGACTGGT-CT-CTTA--TATTCGTGAGTTGGACAAAGTAACAGAATT-ATGCACAGG----------TACAAGTTGAAA----------ACTATT-TT-TTGTTAATTA--A
gi|8 : cacagttacatgttATATGAACTTATATCAAGTGCGT-GTATCTACAT-----GATAAAA-----CCTGTTTCAGAT--CATATATTATGTT--------TAGTATACACTTT---------TGA---------AGTCTTGA--T----CAT-----TATGTTAATG-AT------ATT-----C-TTCT-----GTTTAGA---TA--------TTG-ATATGGTAGTCCATTGTTAGTCTTTACTTGTATCTGCTGTGTAA-TCTCATGTAA---TA---TAGTGATAATATTTG----TAG
gi|9 : tctCAGTCAAT-TTGGCCAGCA-CAATTTATTTTATTTTCTGCATGAGTG-A-TT-TCAGTAA----------CTAC---ATACATGTAAATAAA--AAACAAGGTGATCT---ATCACGTGTGTAGA--CCGGGC-----AA----A-----CATGCACTAGGTATTATCTGTTATGTT--------TTGTACACATGTT---------CGATAAGACTTGA---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATG-CA--ACT--G--TGTT--------TTCA---------------TTGAACATAGTGTTCCGTTGTATGCATTTATTTGCATACGTTACGTAC-CGTCAtttttgtgaacaatacctgcgagttgacaatgtgatcctcacaatggctcc
blockSeqs : G A TTCTG TT AT G A G A A T TAT GT CATTTACATGTA C GACAT TTT TACTTTAA G G T A ATTTTAGAATCAAGTATGTTCCATTTCATTTGA AATGGA G TG . ATCCTTCAA ATA TT G C TT C TTCTA GATATGACCACAGGCACTTGTTACAAACG C C A T TC A ATAATTACGAAGCG A CGCA ACCG ATGC CATA AGGGAA A T TAGTGGTGTGACCT A T T A C TTTG TTCAT . A G C C CG G A CAAGCCTCA C A . A . A ATA AATG A TACGGT T TT CT T T A AG CACATTCAGTCTGGACACTA AT ATTTT C C G C AAACATGTGTTTACATAT . T TAT T GTAT TAATAAAA G C GATTTCAG C TGAAATGCCTGGGC TTAAA C CGAACTTCC G TTCGTAA GAACAA CATTG T AAT T A ATG CAC T AATATAGGACACTATGAA T AG A G A A T
blockSeqs : . AC . . G . . . A . . A AGTGCG A . . TG G A . . GAAACATTTATTTAAAGTCTTTATTTAAATTGG AATCA G TC . ATCCTGTA AT GA . . . T AATT ACAGGTACAAGTTGAAAACT C . A A . . AAAAGGATCGAGCC . . CTA . TGT GGTAAT A . TTATGGTCAGTAC G A A T C . T . . C T AGTC A . . C . T AAT C A . G . TA . . A . TGTGGTTGTTTTT AA . C . . . CTACATACATGTAAATAA . G . G AGA GGATAAAA A A . G TAAAAAGACTGGAC . . TTACCCCTG . GC AAA TTGA C CGC . G . . G
blockSeqs : G . . A . . . G . . . AGTTCT A . . TA G A . . GAAAACGTATTTAAATTCCATTTTAA CAA G AA . ATCATCAA AC CG . . . C . GGTTAATTACAGGCATTC T . A A . . AGAATTACAAAATC . . CCA . GGC GATGAT T . TATGATCTGAA G . . T . . T TAT C A . A . AT . . G . TTACTGACTTGCA TC . T . . . CTCTCTATGT . T . A TG GATAAAA G T . A CGATAAGACTTGAC . . CTCACTAAG . CT AAC CTG C TTA . . . . A
blockSeqs : . . . . . T . . . AACTCG C . . TA A A . . GTTTTTTTATTTTATTTTAATTGG AAA T TT . ATTCTCAA AT CT . . . A . ATCCACAAGTAGTG C . G A . . CAAGTTACCCAATG . . TTC . TAC GAT T . GTCAGAACG G . CG . . A . CTTGAACAAAAA AT . A . . . TTGCATAA . A . T AT TGA G T . A TGAAATTATGTAT . . TTAACAG . CC AGA GTA A TAT .
blockSeqs : . . . A . . . AATGTA C . . TG G A . . GAACTTTTCTTTTCAATTTG TA G TA . TCCTAAAT AC AG . . . C . GGTACTGATAGCA . . . A . . GAAGGAACCCAC . . TCA . TGC GGT . . A . . . AT . T . . . TCCCT . G . G GC GGA A T . C TGAAAAATCCAAA . . CTGCCTC . CT AA TTG T
blockSeqs : . . . C . . . AATTAA A . . TA G A . . GAAAATGTTGTTTAAATGA AA A AT . ATCCCAA AA CA . . . C . . . . . . . A . G AC GGA A T . G TGAAGTCTTGAT . . GCAACTG . CT A C T
blockSeqs : . . . T . . . AAAGCG A . . TA T A . . AACGTTTTATCTAAATTA CA A TT . CCAA A AG . . . . . . AAA A C . G TTGCC . . CATAA . C A
blockSeqs : . . . A . . . AGTCA C . . TA A G . . GATTTCTTTAATTAG AA A TA . AAA C TG . . . A T . A AA . . ATT . .
blockSeqs : . . . T . . . AATG C . . CA G T . . CTTAAAAAAAATGG GA G . . TC . C . . . . . . A
blockSeqs : . T . . . ACC . . . TA . G . . GATCATT AA .
blockSeqs : . TA . A . . GA
blockSeqCons : ** G* TA****** NA***** G* ATCCCAA******** ACAGGCACANGTTGAGCG********************** AAAATTACCGAGCG********************* CCA* TGC* GGTGAT****** TATGGTCAGANC******** TCGTGACTA************** AT CTACATAT*********************** ** TGAAAAGNCTGGAC********************** CTG*********
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACGAAATTACTTTC----G-AAT--CT--TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGTA-CCCNAA-A---ATG--AAA-----A-ATGCGTCTT-----TCTATTCATCAA---TA-----TAACCTCATGGAAGAATCGA-G-T------G-----AA--A-A------T-TTA-TTT--------------AA--------TTNG-TTGTTT-AA--AATGGAGATATTAGCG-GGAAATCCCTNGG-AAAT--C---CA--A--AAAC-CTGGCCGGT-CT-CTTA--TATTCATGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGC---GG----T-----TACA----GGNA----------ACGATTCTT-TTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTAGGT-A-A------A----G------AA---T-G---C-GATC-TCGG----ACACTCATATCA----ATGATCGC-AT---G---AT---ATCGCTAAAA-AAG-T----ATC-GGTNCG----TTTTTCAAACATAAGCACAATACATAATTATTCTAGAAAGTACC--TG--GTCCATTCA-TCA-CAGA-ATT-TCTNCCACTTACTACAGTCANTCGGTNTGNCAAAACCAC-AGC--CA------CNTTCAACTCAAAA-------TAAGAANATC---TGACNTATATCATTTCTCTTG---NAACATGTAACAGT------ATTNACACTGGTTA--GTTCGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-TACGGTCA-T-TTGGACAGTA-CAATTTATTTT-----CCGCACGAGTA-A-TT-TCAATAA----------CTAC---ATAT----------A--AAGCAATGTGAACT---ATCAAGTGTGT-GC--CTACAT-----GG----A-----CCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT--------TTGTGCACACGTT---------TGA---------A---------C----CGT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--ACT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TAC-------TTG-ACGCGGTGTTCCGTTGCNCGTCTTTACTTGCACACGTTGTGTAC-CTTCACGTAA---TA---AAGTGATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCANTTTAGTNAATACTCNTNACAANGACATTNTT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACGAAATTACTTTC----G-AAT--CT--TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGTA-CCCNAA-A---ATG--AAA-----A-ATGCGTCTT-----TCTATTCATCAA---TATA------CCTCATGGAAGAATCGA-G-T------G-----AA--A-A------T-TTA-TTT--------------AA--------TTNG-TTGTTTNA-----TGGAGATATTAGCG-GGAAATCCCTNGG-AAATCCCAA--------AAAC-CTGGCCGGT-CT-CTTA--TATTCATGAGATGGGCGGAGTAACAG-----ATGCACAGGCACANGTTGAGCG----------------------ATTCTT-TTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTAGGTAAAATTACCGAGCG---------------------GATC-TCGG----ACACCA-TATCA----ATGATTGC-ATGGTGAT------ATCGCTAAAA-AAGTATGGTCAGANC--------TTTTTCAAACATAAGCACAATACATAATTATTCTAGAAAGTACC--TG--GTCCATTCA-TCA-CAGA-ATT-TCTNCCACTTACTACAGTCANTCGGTNTGNCAAAACCAC-AGC--CA------CNTTCAACTCAAAA-------TAAGAANATC---TGACNTATATCATTTCTCTTG---NAACATGTAACAGT------ATTNACACTGGTTA--GTTCGATGTT-GAA-AACAAATG--TATCGTGACTA--------------CAATTTATTTT-----CCGCACGAGTA-A-TT-TCAATAACTACATAT-----------------------A--AAGCAATGTGAACT---ATCAAGTGTGT-GC--CTACAT-----GG----A-----CCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT--------TTGTGCACACGTTTGAAAAGNCTGGAC----------------------CGT-----TATCTTAGTG-ATC-TA--ACT--G--T-TTCT-----ATTCAAA---TACTG---------ACGCGGTGTTCCGTTGCNCGTCTTTACTTGCACACGTTGTGTAC-CTTCACGTAA---TA---AAGTGATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCANTTTAGTNAATACTCNTNACAANGACATTNTT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTGTATAAGTAGCTTCTGTGATTAGTACCTGAGAAGTTTGCAATGCTTTAATTCTCGCTTCAGCTCTTGGGATATGAGTTATGAATAGAATCACTGAGATTGTTTTTTCAAGTAAATACTCATTATAAAGGCTTGTTTTTATTTTTTATTTTTCCAACAGAAAATAGTGAATAAGATGTACTAATCTTCTCATTCATGTCCACTTCTATGCAACGAAATGACATTTCAAATGATTAAATGTTTAAATTAAAATCAATTATACCATA
Unaligned ( gi|18 ): TGATTTTCGCGATTGCATCTGGGATATAAGTTAAATCACTATTTAAGTAAATACTCATTGTTGTGACTTTTGTTGCATTTCTCTCCGAAAATGGTAAAAAACGAATTACCAATATTTCCATTAATGCCGACCTTTTTCGAAGAAATATCACTTTAATCTACATAAATACTA
Unaligned ( gi|19 ): ATTATTATTTTGAAGTAAAAACGTGTTACTATGACTTTTTCTATTATTTTTTTCTCACAAAATAGTCAATATGAAGTTCCAAAATTTCTATTCATGCCGTCTTTTTATACGATCAAATGCCCCTTTAGATAAGTGTTTATGTAATTGACCAATTAAATATT
Unaligned ( gi|27 ): ACAATGATTTATTTTATTTTCCCCACGAATATAGCCGAAAAGAAGTAGCCTACAAATATCTCCATTTATGCCAACGTTTTATGTGATCAAATGCCACTTAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): GACATCAAAAATAGTTAATAAAAGTATATATATAACCATTCATGCTGACTTTCTTTGGGATGAACTGCAACCTATCTAA
Unaligned ( gi|29 ): TAATATGCGCTTAATTGTATTAAACGTTTTTAAACACATTTTTCTATTGTCAATAAAAGGACTCAAGGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 11 11 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 11111111111111 11 8888888888888888888888888888888888888888888 111 1111 444444444444444444 333333 22222 1 1 1 11 666666666666666 4444444 111 2222 1111 222222 11 11 00000000000000000000000000000000000000 1 44444444444444444444444444444444 11111 11111111111111111 11111111111 22222222222222 111111 222222222 1 111 111 444444444444444444 11
lowQualScore : 2 7 999999 33 99 11 4 4 3 1 3 666 88 999999999999 1 99999 0 555 3 555 2 3 3 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 1 555 22222222 7777 88888888888888 44 3 2 44 1 3 9999999999 11 0 55 4 4 55 3 2222222222222222222222222222222222222222222 2 44 3 9 1 77 6 000 66 6 6 4444 6 55 1 3 99 1 3 222222222222222222 0 1 9 3 1 2 222222 33333 3 3 1 2 1 77 1 1 777777777777777 1 7 3333333 1 777 1 5555 0 8888 3 0 888888 1 0 11 44 8 8 3 11 88888888888888888888888888888888888888 55 2 3 6 6 66666666666666666666666666666666 1 888 0 1 55555 99999999999999999 4 44 0 777 22 2 444 55555555555 777 4 33333333333333 222222 2 5 999999999 44 777 0 8 0 777 777 1 444444444444444444 1 88 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . ...... .. .. .. . . . . . ... .. ............ . ..... . ... . ... . . . . ................................................................. . . ... ........ .... .............. .. . . .. . . .......... .. . .. . . .. . ........................................... . .. . . . .. . ... .. . . .... . .. . . .. . . .................. . . . . . . ...... ..... . . . . . .. . . ............... . . ....... . ... . .... . .... . . ...... . . .. .. . . . .. ...................................... .. . . . . ................................ . ... . . ..... ................. . .. . ... .. . ... ........... ... . .............. ...... . . ......... .. ... . . . ... ... . .................. . .. . . . . .
lowQualScore : 5 3 222222 88 00 44 0 0 6 0 6 444 66 999999999999 4 11111 3 888 3 888 3 3 3 8 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 0 888 11111111 1111 66666666666666 66 3 3 33 0 6 5555555555 66 5 55 0 0 55 0 1111111111111111111111111111111111111111111 2 22 0 3 7 99 7 555 22 3 7 2222 7 22 8 5 22 0 5 000000000000000000 3 0 8 5 2 5 888888 33333 3 3 0 0 0 55 0 0 000000000000000 0 3 3333333 0 555 0 0000 2 5555 2 2 888888 0 2 00 66 0 0 8 00 11111111111111111111111111111111111111 33 2 3 7 7 33333333333333333333333333333333 7 888 2 4 55555 88888888888888888 6 88 7 000 88 3 666 88888888888 000 4 66666666666666 666666 0 0 666666666 44 000 6 0 5 555 555 0 333333333333333333 0 00 0 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACGAAATTACTTTC----G-AAT--CT--TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGTA-CCCNAA-A---ATG--AAA-----A-ATGCGTCTT-----TCTATTCATCAA---TATA-CCTCA---TGG-AAGAA-TCGAG-T------G-----AA--A-A------T-TTA-TTT--------------AA--------TTNG-TTG-TTTNA---TGG--------AGA----TATTAGC------------G-GGAA--A-TCCCTNGGGAA-TC-C--CA-A--AAAC-CTGGCCGGT-CT-CTTA--TATTCATGAGATGGGCGGAGTAACAG-----A--TG------C---------A-CAGGCACAAGTT---AACGATTCTTTTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTAGGTAAAATTACCGAACGGATC-TCGG----AC-ACCGTATCAATGATTG--CATGGTGATATCGCTAAAAAA--TA-TGGTCAGAAC-TTTTTCAAACATAAGCACAATACATAATTATTCTAGAAAGTACC--TG--GTCCATTCA-TCA-CAGA-ATT-TCTNCCACTTACTACAGTCANTCGGTNTGNCAAAACCAC-AGC--CA------CNTTCAACTCAAAA-------TAAGAANATC---TGACNTATATCATTTCTCTTG---NAACATGTAACAGT------ATTNACACTGGTTA--GTTCGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-----T-----CA---T----G---AC--T---A----CAATTTATTTTCCGCACGAGTA-A-TT-TCAATAA----------CTAC---ATATA----------AAGCAATGTGAACT---ATCAAGTGTGT-GC--CTACAT-----GG----A-----CCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT---TTGTGCACACGTTT-G-AAAAGTCTGGAC-CGT---TATCTTAGTG-ATC-TA--AC--T--GTTTCT-----ATTCAA-ATAN--------TGACGCGGTGTTCCGTTGCNCGTCTTTACTTGCACACGTTGTGTAC-CTTCACGTAA---TA---AAGTGATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCANTTTAGTNAATACTCNTNACAANGACATTNTT
Reference ( family-2264 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACGAAATTACTTTC----G-AAT--CT--TAAAG-TG-G-CATTTCATAGAAATATGGTA-CCCNAA-A---ATG--AAA-----A-ATGCGTCTT-----TCTATTCATCAA---TATA-CCTCA---TGG-AAGAA-TCGAG-T------G-----AA--A-A------T-TTA-TTT--------------AA--------TTNG-TTG-TTTNA---TGG--------AGA----TATTAGC------------G-GGAA--A-TCCCTNGGAAA-TC-C--CA-A--AAAC-CTGGCCGGT-CT-CTTA--TATTCATGAGATGGGCGGAGTAACAG-----A--TG------C---------A-CAGGCACANGTTG--AGCGATTCTTTTATTAATTA--AC-TTATATAATTGCTTTATTAGGTAAAATTACCGAGCGGATC-TCGG----AC-ACCATATCAATGATTG--CATGGTGATATCGCTAAAAAAG-TA-TGGTCAGANC-TTTTTCAAACATAAGCACAATACATAATTATTCTAGAAAGTACC--TG--GTCCATTCA-TCA-CAGA-ATT-TCTNCCACTTACTACAGTCANTCGGTNTGNCAAAACCAC-AGC--CA------CNTTCAACTCAAAA-------TAAGAANATC---TGACNTATATCATTTCTCTTG---NAACATGTAACAGT------ATTNACACTGGTTA--GTTCGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-----T-----CG---T----G---AC--T---A----CAATTTATTTTCCGCACGAGTA-A-TT-TCAATAA----------CTAC---ATATA----------AAGCAATGTGAACT---ATCAAGTGTGT-GC--CTACAT-----GG----A-----CCTGTTCCGGATATCATCTATTATGTT---TTGTGCACACGTTT-G-AAAAGNCTGGAC-CGT---TATCTTAGTG-ATC-TA--AC--T--GTTTCT-----ATTCAA-ATAC--------TGACGCGGTGTTCCGTTGCNCGTCTTTACTTGCACACGTTGTGTAC-CTTCACGTAA---TA---AAGTGATNATATAAG----TAGGACACTATGAATTCANTTTAGTNAATACTCNTNACAANGACATTNTT
gi|1 : TAACCAAAGTACTTTT----A-AAT--CTG-TAAAACTG-G-CATTTCATAGAAATATGATA-CTCAAA-A---TTG--AAA-----A-ATGAATCTT-----TCTATTAATCAA---TATAACCTCA---ATG-AAGAA-TCAAG-T------A-----AA--A-AA-----T-TTA-TTT--------------GA--------TTTT-TTT-TTTTAAAATGG--------AGA----TATTAGC------------ATGGGA--A-TCCCTCGGTAA-AC-C--CA-AT-AAAC-CTGGCTGGT-CT-CTTG--TATTCATGAGATGGGCAGAGTAA-AG-----A--TG------C---------A-GTGACAGAA------AACTGTTCTTTTGTTAATTA--AC-TTATACAGTTGCTTTATTATGTAAA------GAATGCATC-TCAG----AC-AC----------A------ATGGAAATATCACTAAAAAAGCTA-T--CCAGTTTGTTTTTCAAACACAAGCACAATACATAATTATTCCAGAAAGTACC--TAAAGCCTATTCA-TCA-AACACATT-TCTTCCA--TACTACAGTCAAT--ATCTGCCAAAACAAC-A-C--CAGAAATACTTTCAACTCAAAACTGATATTAAGAGGATCCTATGACATA----ATTTCTCTTG---GAAC-TACAATAGT------ATTTATACTGCTTA--ATTTGATGTT-GAA-AACAAATG--TA-----TACGGTCA---TCTTAG---ACAAT---A----CAATTT---TTCTACATGAGTATA-TT-TCAGTTA----------CTAT---ATATACG--------GAGCAATGTGAACT---ACCAAGTGTGT-GC--CAACAT-----GG----A-----CCTGTTCCAGATAACGTTTGTTGTGTT---TTGCGAACACATTT-G-AA---------C-CAT---TATCTTAGTG-ATC-TA--CC--T--GTTTCT-----ATTCAA-ATACACATGTGCTGACGTGGTGGTCCATTGCCTATCTTTACTTACACCCATTGTGTAC-CTTCACATAG---TA---AAGTGATTATATAAG----TAG-----T-----TTCAATTT--TCAATACTCCTTACAATGACATTATT
gi|10 : gttatttgcagtcagttgcaagacagatttttaaaatgataacaaatttcttttgc---TGACATATA-CTTTTATCTTG---CAATATGTAACAGTTACGGTATTTAAACTGGTTA--GTTCTATTCT-GAA-TACAAATG--TG-----------CT---T----G---AA--C---AAAAACAATTTATTTTCCGCATGAGTA-A-TTCTCAATAAAAACATGTGTTTAC---ATATA----------AATCACTGTGAACT---ATCAAGTTGGT-TG--CTACAC-----TG----A-----CCTGTTCTGGATACCATTTAATGTGTT---TTGTCTACACTTTTCG-GCAAGCTTGG---TGT---TATct
gi|11 : CTGTTTCAGATAATGTCCATTATGCT---CTGTGCACATGTTT-G-AAATGCCTGGGC-CTT---TATCTTTGTG-ATC-GA--AC--TTCCTTTGC-----ATTCGA-ACAA--------TACCGTTTTGTTCCGTTAAATGTCTTTACTTCCACACGCTGTGTAC-CTTCACATAAATGTACACAAGTAACTATGTAAGAATATAGGACACTATGAATTCATTTTAGTAAATACTCGTAACAAAAACATTTTT
gi|12 : gcgaacattT--TAAAG-GG-G-CATT-AATA-AACTCTGGTA-TACAAA-A---ATG--AAA-----A-GTGCGTCTT-----TCTTTTCATCAG---TATA-CTTTAACCTAATAAAAACTCGAG-T------G-----AA--C-T------T-TTC-TTTTC------------AA--------TTTG-TTG-TATGA---AGGACTTACATAGA----TAGTAGTTTTGAGTTGTAAG-CGAAGCA-TCGATACGGTT-TC-C--TA-C--AGA---TGGTTTGT-TT-CTTT--TATTCACGAGATGGGCGGAGTAACAG-----A--TG------C---------A-
gi|13 : tacaTTTATAGAAATATAGTA-CCCAAATA---ATG--AAA-----A-GTTCTTATT-----TTTGTTCAACAG---TATG-CCTCC---GGG-AAGAA-TCAAGAT------A-----AC--G-T------T-TTA-TCT--------------AA--------ATTA-TTGATTCAA---TGG--------CGA----TATTAAC------------G-GGAA--A-TCCCTGGGAAA-TC-C--TGTA--ATAT-CTTGCGAGT-CT-ATTA--TATTCATGAGTTTGGTAGAGTAATTG-----A--TG------C-------------GGTACTGAT----AGCATTTCTTTT-TTATTTATCACATTATAat
gi|14 : GT------------G-GGAA--A-TCCATCAGGA--TC-----------AAC-CTGACC--T-CT-TTTA--T---CA---GACAAGCGAAGTAACAG-----A--TA------CGATATGACCA-CAGGCACTTGTTACAAACGATTCGTTCATTAATTG--AC-TTATATAATTGCTTCATTAATTATAATTACGAAGCGGATC-TCGA----ACAACCGTATCTATGATTG--TATAGGGAAAGCGTTAAAA----TA-AGGTCAGAAC-GTTTTCAAACACAAACACAATACATA
gi|15 : TAATTTTCACACGAGCA-AGTT-TCAA--A----------TCCC------TA----------AAGCAATGTTACCT---ATCAAGCGTTT-AT--CTACATTAATAAA----A-----CATGTTGCGAAT--CAGCTGTTATGCT---TAATATACGAGTTT-A-AAAAGACTGGAC-CGT---TATCTTTGTG-ATT-TACCCC--T--GTTTC------AT-----ACAT--------TGACACGGTG
gi|16 : aactgtatgtggttgtttttcaa-TG-C-CATTTCATGGACACATGGTAACCCGAA-A---GTG--AAACATTTACATGTATATTGACATTCTATTCACAAA---TTTA-CCTCA---TGA-AAACA-TCAAG-T------G-----AA--A-A------TGTTG-TTT--------------AA--------ATGA-GTG-TTTTA---TGG--------ATA----TATAAGC------------G-GCAA--T-TTCTAAGAAAA-TCAT--CA-A--AAAT-CT-GTCGTT-TTCCTTA--TATTCATGAGgccatcgcatg
gi|17 : -TG-G-CATTTCAAAGAATTACTGTA-GCCTAA-A---ATA--AAA-----A-ACTCGTCGT-----TTTATTAATCAA---TGTA-CCTCA---TGG-CAGAA-TCAAG-TATTTTAG-----AATCA-AGTATGTT-CCA-TTT--------------CA--------TTTGATTG-TTTAA---TGG--------AGA----TATTAGT------------T-GGAA--A-TCCCTTTGAAATTC-T--CA-A--AAAC-TTGGCCTGT-TT-CTTA--TGTTC
gi|2 : -G-TATTTCATAGAAATATACTA-CCCACA-ATATATA--ACA-----A----CCTCTT-----TTTATTTACCAG---TATG-CATTA---TAG-AAGAG-TCAGG-T------G-----A--------------------------------------------------TTG-TTTCA---TGG--------AAA----TATTAGC------------G-GGAA--A-CCCCTAGGACA-TC-C--CA-A--AAATACTGGCAGGT-TC-CTTA--TATCCTTGAGATTGGCGGGGTAGAAG-----AGGTGGTTAATT---------A-CAGGCA----TT-----CATTTTTCTTATTAATTA--AC-TTATATAAATGATTTATATGGTAAAAGGATCGAGCCGATC-TTGG----AC-ACTATATCACTGATGG--CATGGTAATATGGCT---AAAGTTA-TGGTCAGTAC-TTTTTCAAGCATAAGCACAACCCATATTTTTTCAAGAGAGTACCTTTG--GTCCATTCATTCATCAGA-ACTATTTGCCACTTGCTTCTGTCACTCGGTGTGACAAAACCACAAGCCTCA------CCTTCAACTCAAAA-------TAAGGAAATC---TGATTTA-ATCAGTTCTCTTAAATGAACATATGAAAGT------ATTGACACTGGTTA--GTTTAATGTT-GAATAACGTGTG--TA-----T-----TAC--T----G---AC--TTGCA----CAATTTTCTGTTTGAACGAGCA-A-TT-TCAATAA----------TTGC---ATAAA----------AATCAATATGAATT---AT-----------------TAT-----GG----A-----CCTGTTCTGGCTATCACCTATAAGGTT---TTGTATACACATTT-G--AAATTATGTAT-CGC---TGTCTCAGTGCACCATA--A-------TTTCT-----ATTCAA-AT
gi|20 : GTTTCAGATATCATCTATTATATTGATTT-----CA-GTTT-CCAAAAGTCTTGCC-CAT---TATCTTAGTG-GTC-TC--AC--TAAGTTTCC-----ATACAA-CTAC--------TGAAGCGGTGTTCCGTTGCGCAGCTTTACAAGCACACGTTGTGTACTCTTCAT-TAA---TA---AAGTAATGATAAAA
gi|21 : aTATATAATTGCTTTATTAGGGGAAGGAACCCA-CGG-TCATCGA----AC-ACCATATCAATGATTA--CATGATGATATCGCTAAAA-----------TAGA---TTTTTCAAACATAAGCATAATATATAATTATTCTGGAAAGTA--------ATCCATTCA-T---CAGA-ATT-ACTCCTATTTACAACAG
gi|22 : TAC---A-AGA----------ATACAATATGAACT---ATCAAATATGT-GC--CTGCAT-----GG----ATAAAACCGGTCAC--ATATCATCTATTATATT---TCGTGCACACGTTT-G-AAAAATCCAAACGCTTAAATATATTAACG-ATT-TA--AC--A--GCTTCT-----ATT
gi|23 : ccacatggcagaattatttccag-TA-G-CTTTTCATAGAGCTGTCGTA-CCACAA-G---AT-----A-----A-ATGTATATT-----TCTATTTAATAA---TATA-CCTCA---TGG-AAAAA-TTAGG-C------G-----AA--A-A------C-GTA-TTT--------------AAATTCCATTTTAA-TAG-TTTAA---TGG--------AGGGAGCTATTGGC------------A-GGAA--A-TTC
gi|24 : tatcgagcATTTATAAA---TATA-CCTCA---TGG-AAGAA-TTAAG-C------GTTTTTTT--A-T------T-TTATTTT--------------AA--------TTGG-TTG-TTTAA---TCA--------TGC----TATAAGC------------A-GGCA--A-T-CCTATGGAA-TC-C--TA-AATAAAA-CTGGgtaaa
gi|25 : catttaG-G-AATTTAATCGAAATATGGTA-CCCTAA-A---ATG--TAA-----A-ATTAATATT-----TC-ATTTACCTG---TGTA-CCTTA---TTG-AAGAA-TTGGG-C------G-----------A------T-TTC-TTT--------------AA--------TTA----G-TTTAA---TGG--------AGA----TAGTAGC------------
gi|26 : AAAACCA--AGT--C-------CATTC---TTAACA-------TACAAACATC---TGATTT-TATCATTTTCCTTG---CAACATGTAACAAT------ATTAACACTGGTTATTGTTATATATT-GCA-AAC-AATG--TG-----T------G---T----G---
gi|3 : A--GTTCGATGTTTGAA-AA-AAATGAGTACACATT-----CAGTCT----GGACAC--T---A----CAATTTATTTACAGTACGAGTACA-TT-TCAATAA----------CT-CTCTATGTA----------AAGCACTGTGAACT---ATCATGTTTGT-AC--CTACAT-----GG----A-----CCAGTCCGAGATACTAT-TAGTATGTT---GTGTGCACATGT-----AA-----------TGT---TACCTTTGTG-ACC-TG--CC--T--CTTTTTCGTAAATTC-A-ATAG--------TAACAAGGCGTTGCGT
gi|4 : cTT----G-AAT--CT--TAAA--TGAG-TGTTTTATATAAATATGGTA-CCCAAA-A---ATGA-AAA-----A-AAGCGTCGT-----TCTATTCATCAA---TACA-CCT-----TAG-A------------------G-----AA--G-A------T-CTA-TGT--------------GA--------TCA------TTTTA---T-------------------TTA------------------AA--AATTCCTTGAGAA-TC-CTTCA-A--AA---CTAGTCAGTGCT-TTTA--CG--CATAAGATGGGCAAAGTAACAGTTCTAA--TG------T---------ATC---CACAAGT----AGTGA----TATATCAACTA--AC-TTATATAACTGGGTGATTGGGTAGAATTACAAAATCGAAA-TCGGCGCAAC-ATTCTATCGATGCATGATCATAATGATAACGTTTAA-----TAGTGGTGTGACCTTTTTTCAAACAAAAGaattatataagttgtttatgtggccaatacctgtgactttaacaatgttgtgatcctcgcgatgctcttagtgtatgagatttttatttttaaataaatactagtattctttacaattacttttttcaatctttttccaccgaaaaaagccagtacgaggtattcctatacatgctgacttttatacgacaaaatgccactttaaacatacatgtaattcattagatcattgca
gi|5 : acacaatagcatcatttaagttttttgccgtgttcacatgTAATGAAATTACTTTCTTCTG-ACT--TTATTAAAG-GG-G-CATGTCATAGAAACATGTTA-CCTTGG-A---ATG--AAA-----A-ATG----TC-----TCTATTCATCACTTTTATA-CCTCA---T-G-ATGAA-TTGAG-T------G-----AA--ACA------T-TTA-TTTAAAGTCTTTATTTAAA--------TTGG-TTG-TTTGA---TGG--------AGA----TATTAGC------------A-AGAA--A-T---TAAAAAA--------A-A--AAA-------AGGT-CT-CTTATTTATTCaaa
gi|5 : aaatgacaaaatATTCTTTT--TA-TTA--AC-TTATATAATTACATTATTAGGTCAAGTTACCCAATGGATC-TCCG----AC-ATCATATCAATGATTG--CATGGTGTTATT--TAAAAAA--TA-TGATCTGAAT-TTTTT-AAACATTA-------ACATA-------TAGAAAGTACC--Ttttttattaacttatataattacattattaggtcaagttacccaatggatctccgacatcatatcaatgattgcatggtgttatttaaaaaatatgatctgaattttttaaacattaacatatagaaagtacct
gi|7 : aaatgacaaaattaatgaaattactttcttctgactttattaaaggggcatgtcatagaaacatgttaccttggaatgaaaaatgtctctattcatcacttttatacctcatgatgaattgagtgaaacatttatttaaagtctttatttaaattggttgtttgatggagatattagcaagaaattaaaaaaaaaaaaggtctcttatttAAATT-CTTTC----ACAATTTCT--TTAAA-TG-GGCATTTCATAGAAGTACAGTA-CCCTCA-A---ATGGTAAA-----A-GT-CATCAT-----CCTATTCACCAC---CATA-CATCC---TGG-AAGAA-TCAAG-TCTT---A-----AA--A-A-----------------------------AA--------ATGG-TTG-TTTAA---TGG--------ATA----TATTAGC------------G-GGAA--A-TCCC-----------C--CA-A--AA-C-ATGACTGGT-CT-CTTA--TATTCGTGAGTTGGACAAAGTAACAGAATT-A--TG------C---------A-CAGGTACAAGTTGAAAACTATT-TTTTGTTAATTA--A
gi|8 : cacagttacatgttATATGAACTTATATCAAGTGCGT-GTATCTACAT-----GATAAAA-----CCTGTTTCAGAT--CATATATTATGTT---TAGTATACACTTTT-G-AA--GTCTTGAT-CAT---TATGTTAATG-AT------AT--T---CTTCT-----GTTTAG-ATAT--------TGATATGGTAGTCCATTGTTAGTCTTTACTTGTATCTGCTGTGTAA-TCTCATGTAA---TA---TAGTGATAATATTTG----TAG
gi|9 : tctTTTATTTTCTGCATGAGTG-A-TT-TCAGTAA----------CTAC---ATACATGTAAATAAAAAACAAGGTGATCT---ATCACGTGTGTAGA--CCGGGC-----AA----A-----CATGCACTAGGTATTATCTGTTATGTT---TTGTACACATGTTC-G-ATAAGACTTGAC-CGT---TATCTTAGTG-ATG-CA--ACTGT--GTTTTC-----ATTGAACATA----------------GTGTTCCGTTGTATGCATTTATTTGCATACGTTACGTAC-CGTCAtttttgtgaacaatacctgcgagttgacaatgtgatcctcacaatggctcc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTGTATAAGTAGCTTCTGTGATTAGTACCTGAGAAGTTTGCAATGCTTTAATTCTCGCTTCAGCTCTTGGGATATGAGTTATGAATAGAATCACTGAGATTGTTTTTTCAAGTAAATACTCATTATAAAGGCTTGTTTTTATTTTTTATTTTTCCAACAGAAAATAGTGAATAAGATGTACTAATCTTCTCATTCATGTCCACTTCTATGCAACGAAATGACATTTCAAATGATTAAATGTTTAAATTAAAATCAATTATACCATA
Unaligned ( gi|18 ): TGATTTTCGCGATTGCATCTGGGATATAAGTTAAATCACTATTTAAGTAAATACTCATTGTTGTGACTTTTGTTGCATTTCTCTCCGAAAATGGTAAAAAACGAATTACCAATATTTCCATTAATGCCGACCTTTTTCGAAGAAATATCACTTTAATCTACATAAATACTA
Unaligned ( gi|19 ): ATTATTATTTTGAAGTAAAAACGTGTTACTATGACTTTTTCTATTATTTTTTTCTCACAAAATAGTCAATATGAAGTTCCAAAATTTCTATTCATGCCGTCTTTTTATACGATCAAATGCCCCTTTAGATAAGTGTTTATGTAATTGACCAATTAAATATT
Unaligned ( gi|27 ): ACAATGATTTATTTTATTTTCCCCACGAATATAGCCGAAAAGAAGTAGCCTACAAATATCTCCATTTATGCCAACGTTTTATGTGATCAAATGCCACTTAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): GACATCAAAAATAGTTAATAAAAGTATATATATAACCATTCATGCTGACTTTCTTTGGGATGAACTGCAACCTATCTAA
Unaligned ( gi|29 ): TAATATGCGCTTAATTGTATTAAACGTTTTTAAACACATTTTTCTATTGTCAATAAAAGGACTCAAGGA