lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 555555555555555555555555555555 2222222 22222222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 2222222 11 22 222222 11 1111111 4444444444444444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333333333 2
lowQualScore : 3 6 111 2 5 888888888888888888888888888888 0 2 2222222 55 5 77777777777777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 6 2 999999 8 6666666 9 9 22 44 44 8 444444 44 0 9999999 1111111111111111 3 3 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 8 0 2 2222222222 0
lowQualScore : . . ... . . .............................. . . ....... .. . .............. ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . ...... . ....... . . .. .. .. . ...... .. . ....... ................ . . . ..................................................................................... . . . . .......... .
lowQualScore : 5 2 000 2 7 444444444444444444444444444444 9 1 4444444 55 7 33333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 7 5 000000 0 0000000 6 0 00 88 66 0 888888 44 8 0000000 0000000000000000 2 5 8 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 8 8 5 0000000000 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGNTTNAA-C-ATANTTTATTTCA-AA--AATAACGTACATACAAAT---GCATACATACAATCG--TACATACA--ATAACAT--T--AAAG----GATTGAAACGGAAGC--AAAA---------TGC-TTA--------T--CTCCT--TTTTGT--TTTTAAA--TTTGT--TC-T----ATT--TT-----TA------CAT----A---G-GAGGCGGATTGAT-ACATATACTG----TATTTAAGC----A-GCATATATTA-----ANTA-AACTA--T-ATA-TA------A----TA-----G--GCA---A---GAA-AGN------AAAT--TA-A-----CAAANG-AG----GTTG-------TAC----A--TTAAG-AA-A-NTCTTGTCAGG-T-GAAAA-ACAA--TG-GTGCA----ATTATAAA-------GC---T----A-------TTGG-------G-------GCAACATACA-G----TGGG-----GCGTGGGCGAAACNATTTGTCGGTTATAGAAA-TATN-TT-ATG-------TTTTGTACGTTAAAATCTTTATTTAAATATT-TTTGAACTACG--TATATAGNGATGAA----TC-GCATCAA---T-AA-TT----TAATTANTATCAGAGAGT-TT-TGTTGA-----GAN--TCACCGTAAAG----AAGGGCN------G-A-----TAGCG-GATGT-TGTAAAT---------CTNGAAACCGTGTTTAGC-G-GTTNGN-TCTGTGAT-TGTA
Reference ( gi|1 ) : TAAATAAGTGTGCGAACAAATATACCGTCGTTTTAA-C-ATATTTTATTTCA-AA--AGTAACGTACATACAAATGTAGCATACATACAATCA--TACCTACA--ATAACAT--T--GAAT----GATTGAAACGGACGC--AAAA---------TGC-TTA--------T--CTCCT--TTTTGTAGTTTTGGA-GTTTGT-ATCCT----ATT--TT-----TA------TAT----A---G-AAGGCGGATTAAT-ACATATACTA----TATTTAAGT----AGGTATATATTA-----ACTA-AACTA--T-ATG-TA------G----TA-----G--GCA---A---GAA-AGG------AAAT--TA-A-----CAAATA-AA----GTTC-------TAC----A--TTAAG-AT-A-TTCTTGTCAGG-T-GATAGTACAACTTGAGTGTA----ATTATAAA-------GC---T----G-------TTGG-------G-------GCAACATACATGCCGATGGG---AAGCGTCAGTCAAACCATGTGTCGGTTATAGAAA-CATG-TT-GTG-------TTTTGTACGTTGAAATATCCATTTAAATGGT-TTTGAACAAGG--TATATAGTGATGAG----TT-GCATCAA---T-A--TT----TGATTATTACCAGAGAG-----AGTTGA-----GAA--TCACCGCAAAG----AAGGATT------G-A-----TAGCG----------AAAT---------CTTGAAATTGTGTTTAGC-ATATTTGA-TCTGTGATGTGTAT
gi|15 : TCGATTTAAAC-ATAATTT-TTTCA-------CAACGTACATACAAAT-------------AATCG--TACATACA--ATAACAT--TAAGGATTAAGGATTGAAACGGTAGC--AAAA---------TGC-TTA--------T--
gi|10 : taaagcaggttgtcaacactgtaCGGTTTAA-CCATATTTTATTTCA-AAATAATAGCATACATAC-AAT----CATACATATA----------TACA--CTGACAT--T--AAAT----GATTTAAACGGGAGC--A-----------------------------------------------TTGAATATTTGT-----T----AT----T-----TA------CAC----AG--G-GGGGCGGATCGAT-ACGTTTACTG----TATTCAACT----A--T-TAC-TTG-----ACTA-AACGA--T-ATG-TA------A----TA---------CAAGTA---GAA-AGA------CAGT--TA-A-----TAAACA-AAAGAGGTTT-------TACATGAA--TTAAA-A--A----TTGTCAGG-T-agagtttccct
gi|7 : GTTTGAA-C-ATGCTTTCTTGCC-AA--AATGACATGCATA-----G-AGCATACAACCAAACG--TAA-TGCA--ATATTAT-------AG----GATTGAAACGGAAGC--AAAAAAGTTTACATGG-TTAC-------T--CTCCTGGTTTTATAA------A----TGT--TC------ATT--T---------------------------AAGGCGAATTAAT-ACATATACTAACAGTGTGTAACA----AA--ATGTGTTA-----AGTA-AACTATCT-ATG-TA------AATATTA-----GAAACA---A---G-A-AGA------AAATGGTA-C-----AAAACA-AA----agaagaatgag
gi|12 : GTTTAAA-A-ATATTTTATTT-A-------------------AAATATTGCATGAATACAATCGTCTATGTATATTATAACAT--T--AAAG----GACTGAAA---ATGCTTAGAG---------AG--TTC--------T--CTCCA--GTTTGT--TTTTAAA----------------------TT-----TA------CAT----A---A-AAGCCGAGTTGAT-ACGTGTACTG----TATTTA--T------GCATGTATTA-----AGTA-AACagaggatgtgtgtttagtgaccattcattttgttatgttacagtac
gi|19 : gTTAAA-C-ATAATTTATTTCACAA--AG-AAAGAACATTCAAAT-------------AATCG--TACATACA--ATAGGAA--T---AAG----GATTGAAACGGTAGC--AAAA---------TGC-TTA--------T--agt
gi|8 : TTTTGTT--A-AA--TATTACATACATACAGA-----CAAACATACAGTCA--TACATACA--ATGA-AT--T--AAAG----AATTGAAACGGAAGC--AATA---------TACTTTAAGAGTTTCT--CTCCT--TTTTGT--TTTTAG-----------------------TT-----TA------CAT----G---GCAGGGGGGATTGAT-ACACATGCTA----TATT----T----AGATATAAACTA-----AATA-GTCTA--TGATA-TA------------A-----A--ACAAGTA---GGA-AGGCGCGT-AAAT--AA-A-----TAAAAG-AG----GTTG-------TAC----A--ATAAG-TA-A-ACCTTAACAGG-T-agagtttccctt
gi|17 : aaacgAAATA-AGCATACAAACAACAA--TACATATA--ATTATAT--T--AAAG----GACTAAAACGAAAGG--AAAA---------TGC-Tagaa
gi|6 : aacagttggttgaactatattttttaccaAAT-TAGCACGCATACAATCA--TACATACA--ATAGCATACTCAAAAT-----ATTGA--------C--AAAG---------TTC-TC---------T--CCCCT---------GCTTT------TTGT-----------TTAATT-----TA------CAT----A---G-GTGGCAGATTTGTTACATACACTG----TATTTACGC----A----TATATTA-----ACTA-ACCAA--T-ATA-TA------A----TAAAAACA--GCA---A---GAAGAGT------AAAT--AA-A-----C-ACTAGAG----GTTT-------TAC----A--TCAAG-TA-A-ATCTTGTCAGG-T-AGAA--ACAA--TGAGTGTA----AATATAAAAAAGAGGGA---T------------TTGG-----------------AACA-ACGTG-------------GCG------AAACAATGTGTCGGTTAAAGgtcagaatttctctcc
gi|20 : ggtttaaacatagtatatcttagCATACTTACAATC--------ACA--ATAA---------AGT-----ATTGGAACGGTCGC---AAA---------TGC-TTA--------T--
gi|3 : ACA--ATAACAT--T--AAAG----GATT-AAACGGA-------AG---------TGC-GTA--------TAGTTTCT--CTTC-TA-----------TTGTTATTTT----TTT--TTCAAAATA------CAT----A---G-GAGGCGG-TTGAT-ACATAT-----------TTAAGC----A----TATTTTA-----AATA-AACTA--T-ATA-TA------------A-----A--ACA---AATAGGA-AGA------CAAT--TATA-----TAAAAG-AG----GTTG-------TAC----A--TAAAGTAA-A-CTCT-GTCAGG-TAGAAAAAAAAATCTG--TGCA----ATTATAAA-------GC---T----A-------TTGG-------GATTTGGGGCAACATGCA--------GG---GGGTGTGGGCGAAACCCTTTGTCGGTTATAGAGA-TACT-TT-GTG-------TATTGTACGTT-AAATCTTTATTTTAATATT-TTTGAACTACG--TGTATATTGATGAA----TC-GCATCAA---T-A--CT----Tggagtttct
gi|4 : acaaTAGA-GTTTCT-CCCCT----GTT--TC-----TA------CATTTACATTTG-GATGCGGATTGAT-ACATATACTG----TATTTAAGC----AAACATA----A-----AATA-AATTA--T-ATG-TG------A----TA-----C---CAGT-A---GGA-TGG------AAA------------CAAAAG-AG----GCTG-------TAC----A--TTAAG-GA-A-GTCTTGTAATGCT-GA-AATA-AA--TGAGTATA----ATGATCAA-------GC---T----A-------TTGGTGTTTAGG-------GCAACATAC-------TGGG-----GCGTGGGTGGAGTAATTTCTTG-TTATAGAAAATATG-TTTATG-------TTTTGTACGTTAAAATCTTTATTTAAATTTT-TTTGAACTGCG--TATATAGAGATACA----TC-GCATCAC---TAA--TT----TTATTGTTACAAGAGAGTGTT-AGTTGA-----GAATCTCACCTTAGAG----AAGGACA------G-T-----TAGCAAGATGTATGTAAAT---------CTAGAAATCGTGTCTA--------TGA-TTTGTttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagagtgttagatgagaatcatcgtcatgtgggtgaatagtgagaaatatagaaaccatgtgtagcatgccgattgaaaatgtgatggcattttagaaagaaatcatgtatgtcaccgcatgtgcaatgtgga
gi|2 : caaTGAA-GTTTGT-ATTCTGTTTATT--TT-----TAAAATTGCAT----T---C-AAGGCTGATTGAT-ACATACA-TA----TATT---GTGCTAAAACATCTCTTATAAAAACTATAATTA--T-GTGATA------AAAA-TA-----T--G-A---A---TAA-AAGTGCATAAAAT--TA-A-----TGAGT---------TTG-------TAC----AGTTTATC-A--A-CT-TTGTCAGG-----TAGAACA-----GGTGTATTTTATTATATG-------GCGAGT----G-------TGGG-------G-------GAAATACACAGGCAGG-GGGCCAAGGCTTTGG-CGAATACTTTGTCGGCTATAAAAT-CTTT-AT-GTG-------TTTGGTAGGTTAACACATTTGTTTGAATACT-TTTCAATTACGATTATTCA--GA-AAG----CTGGCACTAA---T-AAGTA----T-ATTAGTATCGGAGAG-----TGGTAG-----GTC--TGACT-TAAAGGTGAAACGGTT------GAA-----AAGCG----------AGATGTATGCACATTTGGAACAGTTCTTAGCGGTGTTGGT-TCTGTGATTTGTAatagatatttcagatagaaatgcttaacatcttcgataccaccgcatgtgtactttgg
gi|16 : ataaaacaaattaggattgaaaaagaaacataatgctga--TT-----TA------CAA----A---G-GAGGCGGATCGAT-ACATATACTG----TATTTAA--------GCATACATTA-----ACTA-TACGA--T-ATA-TA------A----TA---------CA---A---G-A-AGT------AAATA-AA-A-----CAAAAG-TG----GTTG-------TAC----A--TAAAG-TA-A-GCCTTTTCAGG-T--ATAaaatgatgaattttgagaaagaaatatcttcgagataacattgcatg
gi|14 : gtta--TT-----TA------CAC----A---G-GTGGCGGATTGAT-ACATATACTG----TATTGAA--------GCATACATTT-----ACTA-AACTA--T-GTA-TAAT----A----TA-----A--GTA---G---GAA-GGC------GGGT--TG-A-----TATATA-TACT--GTTTTGAAGCATAC----A--TTAAaaa
gi|5 : ttttttttaaaaAGGTAGATCGAT-GTACATTCTT----TATTTAAGC----A----TTTATTA-----ATTA-AACTA--T-ATA-TAATACAAG----TA-----G--GGA---G---GAA-AGT------AAAT--AA-A-----CAAAAT-AT----GCTG-------TAC----A--TTAA--AT-AACTGTTGTT----------------------TGCA----ATTATAAA-------GC---TTTAGGAT-----TTGA-------G-------GCAACATACAGGGTG-TGGG------CG------AAACCATTTGTAGGTTATAGAAA-TATGTTT-ATG-------TTTTGTACGATAAAATCTTTATT--AATTTTGTTTGAACAACG--TATAGAGTGATGAG----TC-GCACCAG---T-AACTT----TAA-TATTATCAGAGAG-----TGTctaaac
gi|11 : ttttttttaattaacacatgA--T-ATA--A------G----TA-----G--G-----------A-AGG------AAAG--TA-AATAACCAAACT-GG----GTTA-------TAC----C--TTAA--ATAA-ACCGTGTCAGC-TAGAAA--ACAAA-TGTGCGCT----GTTGTAAA-------GC---T----ATAGTTATTTGG-------G-------ACAACACACA-----GTGG------GCGTAGGCGAAACCACGTGTT-------GAAA-TAT--TT-ATGTATATCATTTTGTACACTGA
gi|9 : ataTTAAATATT-TTCGAACTGCG--CATATAAAGATGAACGTCTT-GAATAAAAATT-A--TTGTATTAATTAATATCAAAGTG-----TGTTAACTGTAGAT--TC-TCGTAAAG----AAGAAGTCATATAG-AGATATTAGC-----------ATAT---------CTAGAAACCGTGTGTAGC-A-ATTTGATTCTATGAT-TGTAtgaagtgcaccaataattttacct
gi|18 : TATCAAAGAGTCTTTAGGTGA-----GAA--TCATTGAATAG----AAGGGCG------G-A-----TAGCGTGATGTTTGTAAAT---------CTTGAAATCGTGTTTAGC-AAGTTGGT-TCTGTGATATGTAaaacgatgaaaccattttagaaggcatttcacatcttctgtcccaacacatgtacatagtacctttaaaaatttgata
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTGAAGGTGGATCGATACAGATTTTGTGTTACTGTATAAAAATGATAAACTATAAATGATAACATTAGGAAAGAAACTGTGAATAAAACAAAAGAGGTTGAACACCAAGTTAACTTTGTCAGGTAGAAAAATGAGCATGTACT
Unaligned ( gi|21 ): ATTATCTATGCAGTGTTCGTAAGTGGGTAATAT
Unaligned ( gi|22 ): AAACAAGGAGCTGAAGATATAGGTCCTTGGT
Alignments
lowQualScore : 1111 44444444444 11111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333333333 44444444444444444444444444444444 1111 222222222 11111 4444444444444444444 1111 11111 3333333333333333333333333333333333333 444444444444 111 111 11 2222222 111111 222222222 444444 111 1111 444444444444444 3333 11 222
lowQualScore : 1 1 4 8 2 6 666 66 3333 2 33333333333 3 5555 44 5 555 999999 2 33333333333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 5 2 2 6666 2222222222222 0 444 44 3 88 3 00000000000000000000000000000000 777777 0 3 0000 888888 111111111 3 1 3 22222 1 2 3 3333333333333333333 2222 44444 6666666666666666666666666666666666666 2 111111111111 77 000 000 6 5 6 1 0 6 44 6 6 1111111 0 1 2 6 99 1 99 777777 333333333 4 0 1 222222 5 6 000 2 4444 99 1 6 666666666666666 2 1 1 3333 1 11 111
lowQualScore : . . . . . . ... .. .... . ........... . .... .. . ... ...... . ........... ................................................................... . . . . . .... ............. . ... .. . .. . ................................ ...... . . .... ...... ......... . . . ..... . . . ................... .... ..... ..................................... . ............ .. ... ... . . . . . . .. . . ....... . . . . .. . .. ...... ......... . . . ...... . . ... . .... .. . . ............... . . . .... . .. ...
lowQualScore : 0 0 4 9 6 2 666 11 0000 0 22222222222 3 6666 66 9 888 666666 8 88888888888 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 9 7 9 9 1111 0000000000000 2 999 66 1 55 1 00000000000000000000000000000000 222222 8 1 8888 777777 555555555 1 0 3 77777 0 8 6 5555555555555555555 1111 33333 7777777777777777777777777777777777777 3 333333333333 99 000 000 6 7 6 3 7 7 22 7 7 7777777 8 8 2 7 22 0 22 333333 333333333 4 8 0 000000 8 7 222 5 2222 22 0 7 000000000000000 5 0 5 8888 0 00 000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTNAA-C-ATANTTTATTTCAAAA--ATAACGTACATACAAATG---CATACATACAATCGT--ACATACA--ATAACAT---TA------AAGGATTGAAACGGAAGCAAA---------ATGC---------TTA--------T---CTCCTTTTTGT--TTT-TAA-A-TTTGT--TC-ATTTT----TACATA-GGA-GG-CGGATT-GATACATATACT----GTATT----TAAGCAG-CATATATTAAN--TAAACTA--T-A--T-AT--------A--A----TA------G-----GCA--A---GAA-A----G-----NAAAT--A----A-A-CAAAAGAGGTTGTACA-TTAA--G-TAANTCTTGTCAGG-T-GAAAA-AC-AA---TGAGTGCA----ATTATAA-----AGC---T-----A-------TT-GG-------G-------GCAACATACA-----G---TGGG--GC---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTCGGTTATAGAAA-TAT-TT-T-GTG-------TTTTGTACGTTAAAATCTTTATTTAAATNTT-TTTGAACTACG--TATATAGNGA--TGAA----TCGCATCAATAA-T-------TTNATTATTATCAGAGAGTGTTA-GNTG-AGA--NTCACCGTAAAG----AAG--GGCGG-ATAGC-G-GATG-T-T-GCAAATCTNGAAACCGTGTTTAGC-A--GTTNG-TTCTGTGA-TGTGTA
Reference ( family-2231 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGNTTNAA-C-ATANTTTATTTCAAAA--ATAACGTACATACAAATG---CATACATACAATCGT--ACATACA--ATAACAT---TA------AAGGATTGAAACGGAAGCAAA---------ATGC---------TTA--------T---CTCCTTTTTGT--TTT-TAA-A-TTTGT--TCTATTTT----TACATA-GGA-GG-CGGATT-GATACATATACT----GTATT----TAAGCAG-CATATATTAAN--TAAACTA--T-A--T-AT--------A--A----TA------G-----GCA--A---GAA-A----G-----NAAAT--T----A-A-CAAANGAGGTTGTACA-TTAA--G-AAANTCTTGTCAGG-T-GAAAA-AC-AA---TG-GTGCA----ATTATAA-----AGC---T-----A-------TT-GG-------G-------GCAACATACA-----G---TGGG--GC---G---TGGGCGAA-ACNATTTGTCGGTTATAGAAA-TAT-NT-T-ATG-------TTTTGTACGTTAAAATCTTTATTTAAATATT-TTTGAACTACG--TATATAGNGA--TGAA----TCGCATCAATAA-T-------TTAATTANTATCAGAGAGTTTT--GTTG-AGA--NTCACCGTAAAG----AAG--GGCNG-ATAGC-G-GATG-T-T-GTAAATCTNGAAACCGTGTTTAGC-G--GTTNG-NTCTGTGA-T-TGTA
gi|1 : TCGTTTTAA-C-ATATTTTATTTCAAAA--GTAACGTACATACAAATGTAGCATACATACAATCAT--ACCTACA--ATAACAT---TG------AATGATTGAAACGGACGCAAA---------ATGC---------TTA--------T---CTCCTTTTTGTAGTTT-TGG-AGTTTGTATCCTATTTT----TATATA-GAA-GG-CGGATT-AATACATATACT----ATATT----TAAGTAGGTATATATTAAC--TAAACTA--T-A--T-GT--------A--G----TA------G-----GCA--A---GAA-A----G-----GAAAT--T----A-A-CAAATAAAGTTCTACA-TTAA--G-ATATTCTTGTCAGG-T-GATAGTAC-AACT-TGAGTGTA----ATTATAA-----AGC---T-----G-------TT-GG-------G-------GCAACATACATGCCGA---TGGGAAGC---G---TCAGTCAA-ACCATGTGTCGGTTATAGAAA-CAT-GT-T-GTG-------TTTTGTACGTTGAAATATCCATTTAAATGGT-TTTGAACAAGG--TATATAGTGA--TGAG----TTGCATCAAT-A-T-------TTGATTATTACCAGAGAG---A--GTTG-AGA--ATCACCGCAAAG----AAG--GATTG-ATAGC-G------------AAATCTTGAAATTGTGTTTAGC-AT-ATTTG-ATCTGTGA-TGTGTA
gi|10 : taaataagtgtgcgaacaaatataccgCGGTTTAA-CCATATTTTATTTCAAAATAATAGCATACATACAA--------T-CATACA----T--ATATACA--CTGACAT---TA------AATGATTTAAACGGGAGCA----------------------------------------------TTG--------AATA-TTTGT--T--ATTT------ACACA-GGG-GGGCGGATC-GATACGTTTACT----GTATT----CAACTAT-TAC---TTGAC--TAAACGA--T-A--T-GT--------A--A----TACAAGT-A-----GAA--A---GAC-A----G-----TTAAT--A----A-A-CAAAAGAGGTTTTACA-TGAATTA-AAAAT--TGTCAGG-TAGAAGA-At
gi|11 : -A--T-AT--------A--AG---TA------G-----GAA--G---GAA-A----G-----TAAAT--A----A-C-CAAACTGGGTTATACC-TTAA--A-TAAACCGTGTCAGC-T-AGAAA-ACAAA---TGTGCGCT----GTTGTAA-----AGC---T-----ATAGTTATTT-GG-------G-------ACAACACACA-----G---T-GG--GC---G---TAGGCGAA-ACCACGTGTT-------GAAA-TAT--T-T-ATGTATATCATTTTGTACtgag
gi|12 : ataGTTTAAA-A-ATATTTTATTT--AAA--ATA-------T-----TG---CATGAATACAATCGTCTATGTATATTATAACAT---TA------AAGGACTGAAA-------------------ATGC---------TTAGAGAGTTCT---CTCCAGTTTGT--TTT-TAA-A-TTT-----------------ACATA-AAA-GC-CGAGTT-GATACGTGTACT----GTATT----TA---TG-CATGTATTAAG--TAAACactgatgaagtgcaccaataattttacct
gi|13 : g-GAA-GG-TGGATC-GATACAGATTTT----GTGTT-------ACTG-TATAAA--AATGATAAACTA--T-AAATGAT--------A--ACAT-TA------G-----GAA--A---GAA-ACT--G-----TGAAT--A----A-AACAAAAGAGGTTGAACA-CCAA--G-TTAACTTTGTCAGG-TAGAAAA-Aagt
gi|14 : ttTT----TACACA-GGT-GG-CGGATT-GATACATATACT----GTATT-------GAAG-CATACATTTAC--TAAACTA--T-G--T-AT--------AATA----TA------A-----GTA--G---GAA-G----G-----CGGGT--T----G-A-TAtgagcatgtact
gi|14 : ttttttttaaaaTA-GGAAGG-CGGGTT-GATATATATACT----GT-TT----TGA--AG-CATACATTAAC--TAAACtatatactgttttgaagcatacattaactaaac
gi|15 : ttttttttaaaatttacacaggtggcggattgatacatatactgtattgaagcatacatttactaaactatgtataatataagTCGATTTAAAC-ATAATTT-TTTC------ACAACGTACATACAAAT-------------AATCGT--ACATACA--ATAACAT---TAAGGATTAAGGATTGAAACGGTAGCAAA---------ATGC---------TTA--------T---
gi|16 : taaagcaggttgtcaacactgtaTT----TACAAA-GGA-GG-CGGATC-GATACATATACT----GTATT----TA---AG-CATACATTAAC--TATACGA--T-A--T-AT--------A--A----TA-------------CA--A---G-A-A----G-----TAAATA-A----A-A-CAAAAGTGGTTGTACA-TAAA--G-TAAGCCTTTTCAGG-T-ATAAA-Aagagtttccct
gi|17 : gttaTTGGTTGAA-CTATATTTT-TTACCAAA--ATAA---GCATACAAA---------CA-ACAAT-----ACATATA--ATTATAT---TA------AAGGACTAAAACGAAAGGAAA---------ATGC---------T
gi|18 : aacagTATCAAAGAGTCTTTAGGTG-AGA--ATCATTGAATAG----AAG--GGCGG-ATAGC-GTGATGTT-T-GTAAATCTTGAAATCGTGTTTAGCAA--GTTGG-TTCTGTGA-TATGTAgtcagaatttctctcc
gi|19 : TTAAA-C-ATAATTTATTTCACAA--AGAAAGAACATTCAAAT-------------AATCGT--ACATACA--ATAGGAA---TA------A-GGATTGAAACGGTAGCAAA---------ATGC---------TTA--------T---
gi|2 : ATAAA--ACAA-AT---TA--------GGATTGAAAAAGAAACATA---------ATGCTGATGAAGTTTG--------T---ATTCTGTTTAT--TTT-TAA-A-ATTG-----CATT--------CA-----A-GG-CTGATT-GATACATACA-T----ATATTGTGCTAA--AA-CATCTCTTATA--AAAACTA--T-AATT-ATGTGATAAAA--A----TA------T-----GAA--T---AAA-A----GTGCATAAAAT--T----------AATGAGTTTGTACAGTTTA--T-CAACT-TTGTCAGG-T---AGA-AC-A-----G-GTGTATTTTATTATAT-----GGCGAGT-----G-------TG-GG-------G-------GAAATACACA-----GGCAGGGG--GCCAAGGCTTTGGCGAATAC--TTTGTCGGCTATA-AAA-TCT-TTAT-GTG-------TTTGGTAGGTTAACACATTTGTTTGAATACT-TTTCAATTACGATTATTCAGAAAGCTG--------GCACTAATAA-G-------TATATTAGTATCGGAGAG---T--GGTA-GGT--CTGACT-TAAAGGTGAAAC--GGTTGAAAAGC-GAGATG-TAT-GCACAT-TTGGAACAGTTCTTAGC-GGTGTTGG-TTCTGTGATT-TGTAagagtttccctt
gi|20 : ---CATACTTACAATC--------ACA--A---------TA------AAGTATTGGAACGGTCGC-AA---------ATGC---------TTA--------T---aaatgatgaattttgagaaagaaatatcttcgagataacattgcatg
gi|3 : --ACAAACA--ATAACAT---TA------AAGGATT-AAACGGAAG--------------TGC---------GTA--------TAGTTTCTCTTCTAT--TGT-TA----TTTTT--T---TTTCAAAATACATA-GGA-GG-CGG-TT-GATACATAT-----------T----TAAGCA----TATTTTAAA--TAAACTA--T-A--T-AT--------A--A----AA-------------CA--AATAGGA-A----G-----ACAAT--T----ATA-TAAAAGAGGTTGTACA-TAAA--GTAAACTCT-GTCAGG-TAGAAAA-AA-AAATCTG--TGCA----ATTATAA-----AGC---T-----A-------TT-GG-------GATTTGGGGCAACATGCA-----G----GGG--GT---G---TGGGCGAA-ACCCTTTGTCGGTTATAGAGA-TAC-TT-T-GTG-------TATTGTACGTTAAA-TCTTTATTTTAATATT-TTTGAACTACG--TGTATATTGA--TGAA----TCGCATCAATAC-T-------TTggagtttct
gi|3 : GAGAGTGTTA-GATG-AGA--ATCATCGTCATG----T-G--GGTGA-ATAGT-G-AG---------AAATATAGAAACCATGTGTAGC-tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagagtgttagatgagaatcatcgtcatgtgggtgaatagtgagaaatatagaaaccatgtgtagcatgccgattgaaaatgtgatggcattttagaaagaaatcatgtatgtcaccgcatgtgcaatgtgga
gi|4 : acaaacaataacattaaaggattaaacggaagtgcgtatagtttctcttctattgttatttttttttcaaaatacataggaggcggttgatacatatttaagcatattttaaataaactatatataaaacaaataggaagacaattatataaaagaggttgtacataaagtaaactctgtcaggtagaaaaaaaaatctgtgcaattataaagctattgggatttggggcaacatgcagggggtgtgggcgaaaccctttgtcggttatagagatactttgtgtattgtacgttaaatctttattttaatatttttgaactacgtgtatattgatgaatcgcatcaatacttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT--TCTACATT----TACATTTGGA-TG-CGGATT-GATACATATACT----GTATT----TAAGCAA--ACATA--AAA--TAAATTA--T-A--T-GT--------G--A----TA------C------CAGTA---GGA-T----G-----GAAA------------CAAAAGAGGCTGTACA-TTAA--G-GAAGTCTTGTAATGCT-GAAAT-A--AA---TGAGTATA----ATGATCA-----AGC---T-----A-------TT-GGTGTTTAGG-------GCAACATAC----------TGGG--GC---G---TGGGTGGA-GTAATTTCTTG-TTATAGAAAATAT-GT-TTATG-------TTTTGTACGTTAAAATCTTTATTTAAATTTT-TTTGAACTGCG--TATATAGAGA--TACA----TCGCATCACTAA-T-------TTTATTGTTACAAGAGAGTGTTA-GTTG-AGAATCTCACCTTAGAG----AAG--GACAG-TTAGCAA-GATG-TAT-GTAAATCTAGAAATCGTGTCTAatgccgattgaaaatgtgatggcattttagaaagaaatcatgtatgtcaccgcatgtgcaatgtgga
gi|5 : caatagagtttctcccctgtTT----AACACA-TGA-GG-TAGATC-GATGTACATTCT----TTATT----TAAGCA----TTTATTAAT--TAAACTA--T-A--T-AT--------A--A----TACAAGTAG-----GGA--G---GAA-A----G-----TAAAT--A----A-A-CAAAATATGCTGTACA-TTAA--A-TAACTGTTGTT------------------------TGCA----ATTATAA-----AGC---TTTAGGA-------TTTGA-------G-------GCAACATACA-----G------G--GT---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTAGGTTATAGAAA-TATGTT-T-ATG-------TTTTGTACGATAAAATCTTTATT--AATTTTGTTTGAACAACG--TATAGAGTGA--TGAG----TCGCACCAGTAACT-------TTAA-TATTATCAGAGAGTtgatttgtatagatatttcagatagaaatgcttaacatcttcgataccaccgcatgtgtactttgg
gi|6 : ttttttttaaGTTTAAA-C-ATAGTATATCTTAGAA--TTA--------------G---CACGCATACAATCAT--ACATACA--ATAGCATACTCA------AAATATTGA--------CAAA---------GTTC---------TC---------T---CCCCT----GC--TTT-T-------TGT--TTAATTT------ACATA-GGT-GG-CAGATTTGTTACATACACT----GTATT----TA--C-G-CATATATTAAC--TAACCAA--T-A--T-AT--------A--A----TA------AAAACAGCA--A---GAAGA----G-----TAAAT--A----A-A-CACTAGAGGTTTTACA-TCAA--G-TAAATCTTGTCAGG-T--AGAA-AC-AA---TGAGTGTA----AATATAAAAAAGAGG---G-----A-------TT-TG-------G---------AACA-------------------AC---G---T-GGCGAA-ACAATGTGTCGGTTAAAGgt
gi|7 : gGTTTGAA-C-ATGCTTTCTTGCCAAA--ATGACATGCATAGA---G---CATACAACCAAACGT--A-ATGCA--ATA---T---TA------TAGGATTGAAACGGAAGCAAAAAAGTTTACATGG---------TTAC-------T---CTCC---TGGT--TTTATAA-A---TGT--TC-ATTT-------------AA-GG-CGAATT-AATACATATACTAACAGTGTG----TAA-CAA-AATGTGTTAAG--TAAACTATCT-A--T-GT--------A--AATATTA------GAA---ACA--A---G-A-A----G-----AAAATGGTACAAA-A-CAAAAGAGGATGTGTG-TTTA--G-
gi|8 : AA-C-GT--TTTGTT--AAAT--ATTACATACATACAGA-----CAAACATACAGTCAT--ACATACA--ATGA-AT---TA------AAGAATTGAAACGGAAGCAAT---------ATACT--------TTAAGAGTTTCT---CTCCTTTTTGT--TTT-TAG----------------TT----TACATG-GCAGGG-GGGATT-GATACACATGCT----ATATT----TA---GA-TATAAACTAAA--TAGTCTA--TGA--T-ATAA------A--A----CA------A-----GTA--G---GAA-GGCGCG-----TAAAT--A----A-A-TAAAAGAGGTTGTACA-ATAA--G-TAAACCTTAACAGG-T-AGAAtgaccattcattttgttatgttacagtac
gi|9 : aTTAAATATT-TTCGAACTGCG--CATATAAAGA--TGAACGTCTTGAATAAA-AA-TTATTGTATTAATTAATATCAAAGTGTGTTA-ACTGTAGA--TTC-TCGTAAAG----AAGAAGTCAT-ATAG--A-GATA-T-TAGCATATCTAGAAACCGTGTGTAGC-A--ATTTGATTCTATGA-T-TGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATTATCTATGCAGTGTTCGTAAGTGGGTAATAT
Unaligned ( gi|22 ): AAACAAGGAGCTGAAGATATAGGTCCTTGGT
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333 444444444444444444444444444 1111 111111 22222222222222 1111 11111 3333333333333333333333333333333333333 33333333333 1111111 111 1 1 11111 111111 1111111 111 111 444444444444444 2222 1 1
lowQualScore : 6 1 4 2 6 666 66 444 77777777777 3 8888 44 88 999999 2 33333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 5 2 2 6666 2222222222222 0 444 44 3 88 3 111111111111111111111111111 3 0 3 0000 4 777777 3 44 3 333 3 44444444444444 1 2222 44444 6666666666666666666666666666666666666 2 77777777777 1111111 000 6 5 4 1 4 0 6 3 3 66666 4 2 0 11 5 1 77 1 77 222222 0 8888888 1 1 6 1 6 000 55 111 99 99 3 555555555555555 2 1 1 1111 1 0 2
lowQualScore : . . . . . ... .. ... ........... . .... .. .. ...... . ........... ................................................................... . . . . .... ............. . ... .. . .. . ........................... . . . .... . ...... . .. . ... . .............. . .... ..... ..................................... . ........... ....... ... . . . . . . . . . ..... . . . .. . . .. . .. ...... . ....... . . . . . ... .. ... .. .. . ............... . . . .... . . .
lowQualScore : 7 0 4 6 2 666 11 777 88888888888 3 9999 66 33 666666 8 88888888888 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 7 9 9 1111 0000000000000 2 999 66 1 55 1 777777777777777777777777777 3 5 1 8888 2 555555 3 66 3 222 6 88888888888888 1 1111 33333 7777777777777777777777777777777777777 3 00000000000 9999999 000 6 7 3 3 3 7 7 3 3 77777 2 5 3 33 7 9 99 0 99 333333 4 6666666 0 0 7 0 7 222 33 777 22 22 7 777777777777777 5 0 5 0000 0 0 8
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCG-TTTAAAC-ATANTTTATTTCAAAA--ATAACGTACATACAAAT----CATACATACAATCGT--ACATACA--ATAACATTA------AAGGATTGAAACGGAAGCAAA---------ATGC---------TTA--------T---CTCCT-TTTGT--TTT-TAA-A-TTTGT-TC--ATTTT----TACATAGGA-GG-CGGA-TTGATACATATACT----GTATT----TAAGCAG-CATATATTAAN--TAAACTA--T-A--T-AT--------A--A----TA------G--GNAGGAA-A----GTAAAT------AAA-CA--AAAGAGGTTGTACA-TTAAGTAAACCTTGTCAGG-TA--GAAA-ACAA--TGAGTGCA----ATTATAA-----AGC---T-----AT-------T-GG-------G-------GCAACATACA-----G---TGGG--GC---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTCGGTTATAGAAA-TAT-TT-TGT-----GTTTTGTACGTTAAAATNTTTATTTAAATNTT-TTTGAACTACG--TATATAGNGA--TGAA----TCGCACCAATAAT-------TTTATTATTATCAGAGAGTGTT-AGNTG-AGA--NTCATCGTAAA---GAA--G--GNCGGATAGC-G-GATG-T-T-GCAAATCTNGAAACCGTGTTTAGC-A--GTTNG-TTCTGTGATNTGTA
Reference ( family-2231 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCG-TTTNAAC-ATANTTTATTTCAAAA--ATAACGTACATACAAATG---CATACATACAATCGT--ACATACA--ATAACATTA------AAGGATTGAAACGGAAGCAAA---------ATGC---------TTA--------T---CTCCTTTTTGT--TTT-TAA-A-TTTGT-TC--ATTTT----TACATAGGA-GG-CGGA-TTGATACATATACT----GTATT----TAAGCAG-CATATATTAAN--TAAACTA--T-A--T-AT--------A--A----TA------G--GCAAGAA-A----GNAAAT------AAA-CA--AAAGAGGTTGTACA-TTAAGTAANTCTTGTCAGG-TG--AAAA-ACAA--TGAGTGCA----ATTATAA-----AGC---T-----AT-------T-GG-------G-------GCAACATACA-----G---TGGG--GC---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTCGGTTATAGAAA-TAT-TT-TGT-----GTTTTGTACGTTAAAATCTTTATTTAAATNTT-TTTGAACTACG--TATATAGNGA--TGAA----TCGCATCAATAAT-------TTNATTATTATCAGAGAGTGTT-AGNTG-AGA--NTCACCGTAAA---GAA--G--GGCGGATAGC-G-GATG-T-T-GCAAATCTNGAAACCGTGTTTAGC-A--GTTNG-TTCTGTGATGTGTA
gi|1 : TCG-TTTTAAC-ATATTTTATTTCAAAA--GTAACGTACATACAAATGTAGCATACATACAATCAT--ACCTACA--ATAACATTG------AATGATTGAAACGGACGCAAA---------ATGC---------TTA--------T---CTCCTTTTTGTAGTTT-TGG-AGTTTGTATCCTATTTT----TATATAGAA-GG-CGGA-TTAATACATATACT----ATATT----TAAGTAGGTATATATTAAC--TAAACTA--T-A--T-GT--------A--G----TA------G--GCAAGAA-A----GGAAAT------TAA-CA--AATAAAGTTCTACA-TTAAGATATTCTTGTCAGG-TG--ATAGTACAACTTGAGTGTA----ATTATAA-----AGC---T-----GT-------T-GG-------G-------GCAACATACATGCCGA---TGGGAAGC---G---TCAGTCAA-ACCATGTGTCGGTTATAGAAA-CAT-GT-TGT-----GTTTTGTACGTTGAAATATCCATTTAAATGGT-TTTGAACAAGG--TATATAGTGA--TGAG----TTGCATCAAT-AT-------TTGATTATTACCAGAGAG-----AGTTG-AGA--ATCACCGCAAA---GAA--G--GATTGATAGC-G------------AAATCTTGAAATTGTGTTTAGC-AT-ATTTG-ATCTGTGATGTGTA
gi|10 : taaataagtgtgcgaacaaatataccgG-TTTAACC-ATATTTTATTTCAAAATAATAGCATACATACAA--------T-CATACA----T--ATATACA--CTGACATTA------AATGATTTAAACGGGAGCA----------------------------------------------TTG--------AATA-TTTGT-T---ATTT------ACACAGGG-GGGCGGA-TCGATACGTTTACT----GTATT----CAACTAT-TAC---TTGAC--TAAACGA--T-A--T-GT--------A--A----TACAAGT-A--GAAAGAC-A----GTTAAT------AAA-CA--AAAGAGGTTTTACA-TGAATTAAAAATTGTCAGG-T----AGA-AGAA--TGAGt
gi|11 : cg-A--T-AT--------A--AG---TA------G--GAAGGAA-A----GTAAAT------AAC-CA--AACTGGGTTATACC-TTAAATAAACCGTGTCAGC-TA--GAAA-ACAAA-TGTGCGCT----GTTGTAA-----AGC---T-----ATAGTTATTT-GG-------G-------ACAACACACA-----G---TGGG---C---G---TAGGCGAA-ACCACGTGTTG-------AAA-TAT-TTATGTATATCATTTTGTAC
gi|11 : ataGTTGAAATATTTATGTATATCAT-TTTG-----------TACACTGA--TGAA----GTGCACCAATAAT-------TTTAactgatgaagtgcaccaataattttacct
gi|12 : ataatataagtaggaaggaaagtaaataaccaaactgggttataccttaaataaaccgtgtcagctagaaaacaaatgtgcgctgttgtaaagctatagttatttgggacaacacacagtgggcgtaggcgaaaccacgtG-TTTAAAA-ATATTTTATTT--AAA--ATA-------T-----TG---CATGAATACAATCGTCTATGTATATTATAACATTA------AAGGACTGAAA-------------------ATGC---------TTAGAGAGTTCT---CTCCAGTTTGT--TTT-TAA-A-TTT-----------------ACATAAAA-GC-CGAG-TTGATACGTGTACT----GTATT----TA---TG-CATGTATTAAG--TAAACcct
gi|13 : gGAA-GG-TGGA-TCGATACAGATTTT----GTGTT-------ACTG-TATAAA--AATGATAAACTA--T-AAATGAT--------A--ACAT-TA------G--GAAAGAA-ACT--GTGAAT------AAAACA--AAAGAGGTTGAACA-CCAAGTTAACTTTGTCAGG-TA--GAAA---AA--TGAGagt
gi|14 : ttTT----TACACAGGT-GG-CGGA-TTGATACATATACT----GTATT-------GAAG-CATACATTTAC--TAAACTA--T-G--T-AT--------AATA----TA------A--GTAGGAA-G----Gcatgtact
gi|14 : ttttttttaaaaTAGGAAGG-CGGG-TTGATATATATACT----GT-TT----TGA--AG-CATACATTAAC--TAAACcgggttgatatatatactgttttgaagcatacattaactaaac
gi|15 : ttttttttaaaatttacacaggtggcggattgatacatatactgtattgaagcatacatttactaaactatgtataatataagTCGATTTAAAC-ATAATTT-TTTC------ACAACGTACATACAAAT-------------AATCGT--ACATACA--ATAACATTAAGGATTAAGGATTGAAACGGTAGCAAA---------ATGC---------TTA--------T---
gi|16 : taaagcaggttgtcaacactgtaTT----TACAAAGGA-GG-CGGA-TCGATACATATACT----GTATT----TA---AG-CATACATTAAC--TATACGA--T-A--T-AT--------A--A----TA----------CAAG-A-A----GTAAATA-----AAA-CA--AAAGTGGTTGTACA-TAAAGTAAGCCTTTTCAGG-TA--TAAA-Aagagtttccct
gi|17 : gttaTTGAACTATATTTT-TTACCAAA--ATAA---GCATACAAA---------CA-ACAAT-----ACATATA--ATTATATTA------AAGGACTAAAACGAAAGGAAA---------ATGC---------T
gi|18 : aacagttggTATCAAAGAGTCTTTAGGTG-AGA--ATCATTGAATA---GAA--G--GGCGGATAGC-GTGATGTT-T-GTAAATCTTGAAATCGTGTTTAGCAA--GTTGG-TTCTGTGATATGTAgtcagaatttctctcc
gi|19 : TTAAAC-ATAATTTATTTCACAA--AGAAAGAACATTCAAAT-------------AATCGT--ACATACA--ATAGGAATA------A-GGATTGAAACGGTAGCAAA---------ATGC---------TTA--------T---
gi|2 : ATAAA--ACAA-ATTA--------GGATTGAAAAAGAAACATA---------ATGCTGATGAAGTTTG--------T---ATTCTGTTTAT--TTT-TAA-A-ATTG---C--ATT--------CA----A-GG-CTGA-TTGATACATACA-T----ATATTGTGCTAA--AA-CATCTCTTATA--AAAACTA--T-AATT-ATGTGATAAAA--A----TA------T--GAATAAA-A----GTGCAT------AAA--ATTAATGAGTTTGTACAGTTTATCAACT-TTGTCAGG-T----AGA-ACA-----GGTGTATTTTATTATAT-----GGCGAGT-----GT-------G-GG-------G-------GAAATACACA-----GGCAGGGG--GCCAAGGCTTTGGCGAATAC--TTTGTCGGCTATA-AAA-TCT-TTATGT-----GTTTGGTAGGTTAACACATTTGTTTGAATACT-TTTCAATTACGATTATTCAGAAAGCTG--------GCACTAATAAG-------TATATTAGTATCGGAGAGTGGT-AGGTC-TGA--CT-----TAAAGGTGAAACG--GTTGAAAAGC-GAGATG-TAT-GCACAT-TTGGAACAGTTCTTAGC-GGTGTTGG-TTCTGTGATTTGTAagagtttccctt
gi|20 : ---CATACTTACAATC--------ACA--A------TA------AAGTATTGGAACGGTCGC-AA---------ATGC---------TTA--------T---aaatgatgaattttgagaaagaaatatcttcgagataacattgcatg
gi|3 : --ACAAACA--ATAACATTA------AAGGATT-AAACGGAAG--------------TGC---------GTA--------TAGTTTCTCTTCTAT--TGT-TA----TTTTT-T----TTTCAAAATACATAGGA-GG-CGG--TTGATACATAT-----------T----TAAGCA----TATTTTAAA--TAAACTA--T-A--T-AT--------A--AAA--CA------A--ATAGGAA-G----ACAATT------ATA-TA--AAAGAGGTTGTACA-TAAAGTAAACTCTGTCAGG-TAGAAAAA-AAAA--TCTGTGCA----ATTATAA-----AGC---T-----AT-------T-GG-------GATTTGGGGCAACATGCA-----G----GGG--GT---G---TGGGCGAA-ACCCTTTGTCGGTTATAGAGA-TAC-TT-TGT-----GTATTGTACGTT-AAATCTTTATTTTAATATT-TTTGAACTACG--TGTATATTGA--TGAA----TCGCATCAATACT-------TTggagtttct
gi|3 : GAGAGTGTT-AGATG-AGA--ATCATCGTCAT---G-T--G--GGTGAATAGT-G-AG---------AAATATAGAAACCATGTGTAGC-A--tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagagtgttagatgagaatcatcgtcatgtgggtgaatagtgagaaatatagaaaccatgtgtagcatgccgattgaaaatgtgatggcattttagaaagaaatcatgtatgtcaccgcatgtgcaatgtgga
gi|4 : acaaacaataacattaaaggattaaacggaagtgcgtatagtttctcttctattgttatttttttttcaaaatacataggaggcggttgatacatatttaagcatattttaaataaactatatataaaacaaataggaagacaattatataaaagaggttgtacataaagtaaactctgtcaggtagaaaaaaaaatctgtgcaattataaagctattgggatttggggcaacatgcagggggtgtgggcgaaaccctttgtcggttatagagatactttgtgtattgtacgttaaatctttattttaatatttttgaactacgtgtatattgatgaatcgcatcaatacttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--------T---CTCCCCT--GT--TTC-TAC-A-TTTA---C--ATTT-----------GGA-TG-CGGA-TTGATACATATACT----GTATT----TAAGCAA--ACATA--AAA--TAAATTA--T-A--T-GT--------G--A----TA----------CCAGTA-G----G---ATGG----AAA-CA--AAAGAGGCTGTACA-TTAAGGAAGTCTTGTAATGCTG--AAAT-A-AA--TGAGTATA----ATGATCA-----AGC---T-----AT-------T-GGTGTTTAGG-------GCAACATAC----------TGGG--GC---G---TGGGTGGA-GTAATTTCTTG-TTATAGAAAATATGTT-TAT-----GTTTTGTACGTTAAAATCTTTATTTAAATTTT-TTTGAACTGCG--TATATAGAGA--TACA----TCGCATCACTAAT-------TTTATTGTTACAAGAGAGTGTT-AGTTG-AGAATCTCACCTTAGA---GAA--G--GACAGTTAGCAA-GATG-TAT-GTAAATCTAGAAATCGTGTCTAtgccgattgaaaatgtgatggcattttagaaagaaatcatgtatgtcaccgcatgtgcaatgtgga
gi|5 : caatagagttTT----AACACATGA-GG-TAGA-TCGATGTACATTCT----TTATT----TAAGCA----TTTATTAAT--TAAACTA--T-A--T-AT--------A--A----TACAAGTAG--GGAGGAA-A----GTAAAT------AAA-CA--AAATATGCTGTACA-TTAAATAACTGTTGTT-----------------------TGCA----ATTATAA-----AGC---TTTAGGAT-------TTGA-------G-------GCAACATACA-----G------G--GT---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTAGGTTATAGAAA-TATGTT-TAT-----GTTTTGTACGATAAAATCTTTATT--AATTTTGTTTGAACAACG--TATAGAGTGA--TGAG----TCGCACCAGTAAC-------TTTAATATTATCAGAGAGTGTtgatttgtatagatatttcagatagaaatgcttaacatcttcgataccaccgcatgtgtactttgg
gi|6 : ttttttttaaG-TTTAAAC-ATAGTATATCTTAGAA--TTAGCACGCATAC-AAT----CATACATACAATAG----CATAC---------TCA------AAATATTGA--------CAAA---------GTTC--------------------T---CTCC--CCTGC--TT--------TTTGT-TT--A-ATT----TACATAGGT-GG-CAGATTTGTTACATACACT----GTATT----TA--C-G-CATATATTAAC--TAACCAA--T-A--T-AT--------A--A----TAAAAAC-A--GCAAGAAGA----GTAAAT------AAA-CA--CTAGAGGTTTTACA-TCAAGTAAATCTTGTCAGG-T---AGAA-ACAA--TGAGTGTA----AATATAAAAAAGAGG---G-----AT-------T-TG-------G---------AACA-------------------AC---G---T-GGCGAA-ACAATGTGTCGGTTAAAG
gi|7 : gG-TTTGAAC-ATGCTTTCTTGCCAAA--ATGACATGCATAGA---G---CATACAACCAAACGT--A-ATGCA--ATA---TTA------TAGGATTGAAACGGAAGCAAAAAAGTTTACATGG---------TTAC-------T---CTCC---TGGT--TTTATAA-A---TGT-TC--ATTT------------AA-GG-CGAA-TTAATACATATACTAACAGTGTG----TAA-CAA-AATGTGTTAAG--TAAACTATCT-A--T-GT--------A--AATATTA------GAAACAAG-A-A----GAAAATGGTACAAAA-CA--AAAGAGGATGTGTG-TTTAGTGA
gi|8 : AAC-GT--TTTGTT--AAAT--ATTACATACATACAGA-----CAAACATACAGTCAT--ACATACA--ATGA-ATTA------AAGAATTGAAACGGAAGCAAT---------ATACT--------TTAAGAGTTTCT---CTCCTTTTTGT--TTT-TAG----------------TT----TACATGGCAGGG-GGGA-TTGATACACATGCT----ATATT----TA---GA-TATAAACTAAA--TAGTCTA--TGA--T-ATAA------A--A----CA------A--GTAGGAA-GGCGCGTAAAT------AAA-TA--AAAGAGGTTGTACA-ATAAGTAAACCTTAACAGG-TA--GAAccattcattttgttatgttacagtac
gi|9 : aTTAAATATT-TTCGAACTGCG--CATATAAAGA--TGAACGTCTTGAATAAA-AATTATTGTATTAATTAATATCAAAGTGTGTT-AACTGTAGA--TTC-TCGTAAA---GAA--GAAGTCATATAG--A-GATA-T-TAGCATATCTAGAAACCGTGTGTAGC-A--ATTTGATTCTATGAT-TGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATTATCTATGCAGTGTTCGTAAGTGGGTAATAT
Unaligned ( gi|22 ): AAACAAGGAGCTGAAGATATAGGTCCTTGGT
Alignments
lowQualScore : 2222222 1111 111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333333333 11111111111 444444444444444444444444444 111111 222222222 1111 11111 3333333333333333333333333333333333333 444444444444 111 111 1 1 11111 111111 111111 111 111 44444444444444 2222 1 1
lowQualScore : 6 4 2 6 22 0 66 0 3 2222222 0 3 1111 0 44 88 999999 2 666666666 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 2 2 2 2 6666 0000000000000 0 444 44444444444 3 000000000000000000000000000 1 333333 3 3 44 44 2 444444444 1 2222 44444 6666666666666666666666666666666666666 2 111111111111 77 000 000 6 5 4 1 0 6 3 3 66666 4 1 0 11 5 1 77 1 77 222222 0 5 666666 1 6 1 6 000 3 111 99 99 1 55555555555555 2 1 1 1111 1 0 0
lowQualScore : . . . . .. . .. . . ....... . . .... . .. .. ...... . ......... . ..................................................................... . . . . . .... ............. . ... ........... . ........................... . ...... . . .. .. . ......... . .... ..... ..................................... . ............ .. ... ... . . . . . . . . ..... . . . .. . . .. . .. ...... . . ...... . . . . ... . ... .. .. . .............. . . . .... . . .
lowQualScore : 7 4 6 2 11 8 11 1 7 8888888 8 3 8888 5 66 33 666666 8 777777777 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9 9 9 9 9 1111 3333333333333 2 999 88888888888 1 222222222222222222222222222 0 222222 3 3 66 66 1 666666666 1 1111 33333 7777777777777777777777777777777777777 3 333333333333 99 000 000 6 7 3 3 7 7 3 3 77777 2 0 3 33 7 9 99 0 99 333333 4 7 444444 0 7 0 7 222 2 777 22 22 0 77777777777777 5 0 5 0000 0 0 8
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCG-TTTAAAC-ATANTTTATTTCAAAA--ATAACGTACATACAAAT----CATACATACAATCG--TACATACA--ATAACATTA------AAGGATTGAAACGGAAGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------TCTCC-T-TTT----GTTTT-TAA-ATTTGT-TC--ATTTT----TACATAGGA-GG-CGG-A-TTGATACATATACT----GTATT----TAAGCAG-CATATATTAAN--TAAACTAT--------A--T-AT--------A--A------TA------GGNAGGAA---A--GTAAAT-AAA-CA--AAAGAGGTTGTACA--TTAAGTAAACCTTGTCAGGTAGAAA--AC-AA--TGAGTGCA----ATTATAA-----AGC---T-----A-------TT-GG-------G-------GCAACATACA-----G---TGGG--GC---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTCGGTTATAGAAA-TAT-TT-TGT-----GTTTTGTACGTTAAAATNTTTATTTAAATNTT-TTTGAACTACG--TATATAGNGA--TGAA----TCGCACCAATAATT-TT------ATTATTATCAGAGAGTGTT-AGNTG-AGA--NTCATCGTAAA---GAA--G--GNCGGATAGC-G-GATGT-T-GCAAATCTNGAAACCGTGTTTAGC-A--GTTNG-TTCTGTGATNTGTA
Reference ( family-2231 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCG-TTTAAAC-ATANTTTATTTCAAAA--ATAACGTACATACAAAT----CATACATACAATCG--TACATACA--ATAACATTA------AAGGATTGAAACGGAAGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------TCTCC-T-TTT----GTTTT-TAA-ATTTGT-TC--ATTTT----TACATAGGA-GG-CGG-A-TTGATACATATACT----GTATT----TAAGCAG-CATATATTAAN--TAAACTAT--------A--T-AT--------A--A------TA------GGNAGGAA---A--GTAAAT-AAA-CA--AAAGAGGTTGTACA--TTAAGTAAACCTTGTCAGGTAGAAA--AC-AA--TGAGTGCA----ATTATAA-----AGC---T-----A-------TT-GG-------G-------GCAACATACA-----G---TGGG--GC---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTCGGTTATAGAAA-TAT-TT-TGT-----GTTTTGTACGTTAAAATNTTTATTTAAATNTT-TTTGAACTACG--TATATAGNGA--TGAA----TCGCACCAATAATT-TT------ATTATTATCAGAGAGTGTT-AGNTG-AGA--NTCATCGTAAA---GAA--G--GNCGGATAGC-G-GATGT-T-GCAAATCTNGAAACCGTGTTTAGC-A--GTTNG-TTCTGTGATNTGTA
gi|1 : TCG-TTTTAAC-ATATTTTATTTCAAAA--GTAACGTACATACAAATGTAGCATACATACAATCA--TACCTACA--ATAACATTG------AATGATTGAAACGGACGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------TCTCC-T-TTTTGTAGTTTT-GGA-GTTTGTATCCTATTTT----TATATAGAA-GG-CGG-A-TTAATACATATACT----ATATT----TAAGTAGGTATATATTAAC--TAAACTAT--------A--T-GT--------A--G------TA------GGCAAGAA---A--GGAAAT-TAA-CA--AATAAAGTTCTACA--TTAAGATATTCTTGTCAGGT-GATAGTAC-AACTTGAGTGTA----ATTATAA-----AGC---T-----G-------TT-GG-------G-------GCAACATACATGCCGA---TGGGAAGC---G---TCAGTCAA-ACCATGTGTCGGTTATAGAAA-CAT-GT-TGT-----GTTTTGTACGTTGAAATATCCATTTAAATGGT-TTTGAACAAGG--TATATAGTGA--TGAG----TTGCATCAAT-ATT-TG------ATTATTACCAGAGAG-----AGTTG-AGA--ATCACCGCAAA---GAA--G--GATTGATAGC-G-----------AAATCTTGAAATTGTGTTTAGC-AT-ATTTG-ATCTGTGATGTGTA
gi|10 : taaataagtgtgcgaacaaatataccgG-TTTAACC-ATATTTTATTTCAAAATAATAGCATACATACAA-T----CATACATATA----------TACA--CTGACATTA------AATGATTTAAACGGGAGCA-------------------------------------------------TT----G------AATATTTGT-T---ATTT------ACACAGGG-GGGCGG-A-TCGATACGTTTACT----GTATT----CAACTAT-TAC---TTGAC--TAAACGAT--------A--T-GT--------A--A------TACA----AGTAGAAAGACA--GTTAAT-AAA-CA--AAAGAGGTTTTACA--TGAATTAAAAATTGTCAGGTAGAAG-----AA--TGAGt
gi|11 : cg--------A--T-AT--------A--AG-----TA------GGAAGGAA---A--GTAAAT-AAC-CA--AACTGGGTTATACC--TTAAATAAACCGTGTCAGCTAGAAA--ACAAA--TGTGCGCT----GTTGTAA-----AGC---T-----ATAGTTATTT-GG-------G-------ACAACACACA-----G---T-GG--GC---G---TAGGCGAA-ACCACGTGTT-------GAAA-TAT-TTATGTATATCATTTTGTAC
gi|11 : ataGTTGAAATATTTATGTATATCAT-TTTG-----------TACACTGA--TGAA----GTGCACCAATAATT-TT------Aactgatgaagtgcaccaataattttacct
gi|12 : ataatataagtaggaaggaaagtaaataaccaaactgggttataccttaaataaaccgtgtcagctagaaaacaaatgtgcgctgttgtaaagctatagttatttgggacaacacacagtgggcgtaggcgaaaccacgtG-TTTAAAA-ATATTTTATTT--AAA--ATATTG---------------CATGAATACAATCGTCTATGTATATTATAACATTA------AAGGACTG----------AAA---------AT-GCT---------T----AGAGAGTTCTCTCCAG-TTT----GTTTT-TAA-A-------------TT----TACATAAAA-GC-CGA-G-TTGATACGTGTACT----GTATT----TA---TG-CATGTATTAAG--TAAACcct
gi|13 : gGAA-GG-TGG-A-TCGATACAGATTTT----GTGTT-------ACTG-TATAAA--AATGATAAACTAT--------AAATGAT--------A--ACAT---TA------GGAAAGAA---ACTGTGAAT-AAAACA--AAAGAGGTTGAACA--CCAAGTTAACTTTGTCAGGTAGAAA-----AA--TGAGagt
gi|14 : ttTT----TACACAGGT-GG-CGG-A-TTGATACATATACT----GTATT-------GAAG-CATACATTTAC--TAAACTAT--------G--T-AT--------AATA------TA------AGTAGGAA---G--Gcatgtact
gi|14 : ttttttttaaaaTAGGAAGG-CGG-G-TTGATATATATACT----GT-TT----TGA--AG-CATACATTAAC--TAAACcgggttgatatatatactgttttgaagcatacattaactaaac
gi|15 : ttttttttaaaatttacacaggtggcggattgatacatatactgtattgaagcatacatttactaaactatgtataatataagTCGATTTAAAC-ATAATTT-TTTCA------CAACGTACATACAAAT-------------AATCG--TACATACA--ATAACATTAAGGATTAAGGATTGAAACGGTAGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------T
gi|16 : taaagcaggttgtcaacactgtaTT----TACAAAGGA-GG-CGG-A-TCGATACATATACT----GTATT----TA---AG-CATACATTAAC--TATACGAT--------A--T-AT--------A--A------TA--------CAAG-A---A--GTAAATAAAA-CA--AAAGTGGTTGTACA--TAAAGTAAGCCTTTTCAGGTATAAA--Aagagtttccct
gi|17 : gttaTTGAACTATATTTT-TTACCAAA--ATAA---GCATACAAA---------CA-ACAAT-----ACATATA--ATTATATTA------AAGGACTAAAACGAAAGGAAA---------AT-GCT---------
gi|18 : aacagttggTATCAAAGAGTCTTTAGGTG-AGA--ATCATTGAATA---GAA--G--GGCGGATAGC-GTGATGT-TTGTAAATCTTGAAATCGTGTTTAGCAA--GTTGG-TTCTGTGATATGTAgtcagaatttctctcc
gi|19 : TTAAAC-ATAATTTATTTCACAA--AGAAAGAACATTCAAAT-------------AATCG--TACATACA--ATAGGAATA------A-GGATTGAAACGGTAGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------T
gi|2 : ATAAA--ACAA-ATTA--------GGATTGAAAAAGAAACATA---------AT-GCTGATGAAGTTT----G--------TATTC-TGTTT----ATTTT-TAA-AATTG---C--ATT--------CA----A-GG-CTG-A-TTGATACATACA-T----ATATTGTGCTAA--AA-CATCTCTTATA--AAAACTAT--------AATT-ATGTGATAAAA--A------TA------TGAATAAA---A--GTGCAT-AAA--ATTAATGAGTTTGTACAGTTTA--TCAACTTTGTCAGGTAG--A--AC-A-----GGTGTATTTTATTATAT-----GGCGAGT-----G-------TG-GG-------G-------GAAATACACA-----GGCAGGGG--GCCAAGGCTTTGGCGAATAC--TTTGTCGGCTATA-AAA-TCT-TTATGT-----GTTTGGTAGGTTAACACATTTGTTTGAATACT-TTTCAATTACGATTATTCAGAAAGCTG--------GCACTAATAAGT-AT------ATTAGTATCGGAGAGTGGT-AGGTC-TGA--CT-----TAAAGGTGAAACG--GTTGAAAAGC-GAGATGTAT-GCACAT-TTGGAACAGTTCTTAGC-GGTGTTGG-TTCTGTGATTTGTAagagtttccctt
gi|20 : ----CATACTTACAATC--------ACA--A------TA------AAGTATTGGAACGGTCGC-AA---------AT-GCT---------T----A--------Taaatgatgaattttgagaaagaaatatcttcgagataacattgcatg
gi|3 : ACAAACA--ATAACATTA------AAGGATT-AAACGGAAGTGCGT--------ATAGTT---------T----C--------TCTTC-T-ATT----GTT-------ATTTTT-T----TTTCAAAATACATAGGA-GG-CGG---TTGATACATAT-----------T----TAAGCA----TATTTTAAA--TAAACTAT--------A--T-AT--------A--AAA----CA------AATAGGAA---G--ACAATT-ATA-TA--AAAGAGGTTGTACA--TAAAGTAAACTCTGTCAGGTAGAAA--AA-AAAATCTGTGCA----ATTATAA-----AGC---T-----A-------TT-GG-------GATTTGGGGCAACATGCA-----G----GGG--GT---G---TGGGCGAA-ACCCTTTGTCGGTTATAGAGA-TAC-TT-TGT-----GTATTGTACGTT-AAATCTTTATTTTAATATT-TTTGAACTACG--TGTATATTGA--TGAA----TCGCATCAATACTT-TT------ggagtttct
gi|3 : GAGAGTGTT-AGATG-AGA--ATCATCGTCAT---G-T--G--GGTGAATAGT-G-AG--------AAATATAGAAACCATGTGTAGC-A--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagagtgttagatgagaatcatcgtcatgtgggtgaatagtgagaaatatagaaaccatgtgtagcatgccgattgaaaatgtgatggcattttagaaagaaatcatgtatgtcaccgcatgtgcaatgtgga
gi|4 : acaaacaataacattaaaggattaaacggaagtgcgtatagtttctcttctattgttatttttttttcaaaatacataggaggcggttgatacatatttaagcatattttaaataaactatatataaaacaaataggaagacaattatataaaagaggttgtacataaagtaaactctgtcaggtagaaaaaaaaatctgtgcaattataaagctattgggatttggggcaacatgcagggggtgtgggcgaaaccctttgtcggttatagagatactttgtgtattgtacgttaaatctttattttaatatttttgaactacgtgtatattgatgaatcgcatcaatacttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--------TCTCC-C-CT-----GTTTC-TAC-ATTTA---C--ATTT-----------GGA-TG-CGG-A-TTGATACATATACT----GTATT----TAAGCAA--ACATA--AAA--TAAATTAT--------A--T-GT--------G--A------TACC----AGTAGGAT---G--G------AAA-CA--AAAGAGGCTGTACA--TTAAGGAAGTCTTGTAATGCTGAAA--TA-AA--TGAGTATA----ATGATCA-----AGC---T-----A-------TT-GGTGTTTAGG-------GCAACATAC----------TGGG--GC---G---TGGGTGGA-GTAATTTCTTG-TTATAGAAAATATGTT-TAT-----GTTTTGTACGTTAAAATCTTTATTTAAATTTT-TTTGAACTGCG--TATATAGAGA--TACA----TCGCATCACTAATT-TT------ATTGTTACAAGAGAGTGTT-AGTTG-AGAATCTCACCTTAGA---GAA--G--GACAGTTAGCAA-GATGTAT-GTAAATCTAGAAATCGTGTCTAtgccgattgaaaatgtgatggcattttagaaagaaatcatgtatgtcaccgcatgtgcaatgtgga
gi|5 : caatagagttTT----AACACATGA-GG-TAG-A-TCGATGTACATTCT----TTATT----TAAGCA----TTTATTAAT--TAAACTAT--------A--T-AT--------A--A------TACAAGTAGGGAGGAA---A--GTAAAT-AAA-CA--AAATATGCTGTACA--TTAAATAACTGTTGTT----------------------TGCA----ATTATAA-----AGC---TTTAGGA-------TTTGA-------G-------GCAACATACA-----G------G--GT---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTAGGTTATAGAAA-TATGTT-TAT-----GTTTTGTACGATAAAATCTTTATT--AATTTTGTTTGAACAACG--TATAGAGTGA--TGAG----TCGCACCAGTAACT-TT------AATATTATCAGAGAGTGTtgatttgtatagatatttcagatagaaatgcttaacatcttcgataccaccgcatgtgtactttgg
gi|6 : ttttttttaaG-TTTAAAC-ATAGTATATCTTAGAA--TTAGCACGCATAC-AAT----CATACATACAATAG----CATAC---------TCA------AAATATTGA--------CAAA---------GT-TC------------------------TCTCC---CCT----GCTT-------TTTGT-TT--A-ATT----TACATAGGT-GG-CAG-ATTTGTTACATACACT----GTATT----TA--C-G-CATATATTAAC--TAACCAAT--------A--T-AT--------A--A------TAAAAAC-AGCAAGAAG--A--GTAAAT-AAA-CA--CTAGAGGTTTTACA--TCAAGTAAATCTTGTCAGGTAG-AA--AC-AA--TGAGTGTA----AATATAAAAAAGAGG---G-----A-------TT-TG-------G---------AACA-------------------AC---G---T-GGCGAA-ACAATGTGTCGGTTAAAG
gi|7 : gG-TTTGAAC-ATGCTTTCTTGCCAAA--ATGACATGCATAGAG------CATACAACCAAACG--TA-ATGCA--ATA---TTA------TAGGATTGAAACGGAAGCAAAAAAGTTTACAT-GGT---------T----AC-------TCTCC----TG----GTTTTATAA-A--TGT-TC--ATTT------------AA-GG-CGA-A-TTAATACATATACTAACAGTGTG----TAA-CAA-AATGTGTTAAG--TAAACTATCTATGTAAA--T-ATTAGA----A--A------CA------AGAAGAAA---ATGGTACA--AAA-CA--AAAGAGGATGTGTG--TTTAGTGA
gi|8 : AAAC-GT--TTTGTT--AAAT--ATTACATACATACAGA-----CAAACATACAGTCA--TACATACA--ATGA-ATTA------AAGAATTGAAACGGAAGCAAT---------AT-ACT---------TTAAGAGTTTC---TCTCC-T-TTTT---GTTTT-TAG---------------TT----TACATGGCA-GG-GGGGA-TTGATACACATGCT----ATATT----TAGATA----TAAACTAAA--TAGTCTATG-------A--T-AT--------A--AAACAAGTA------GGAAGGCG---C--GTAAAT-AAA-TA--AAAGAGGTTGTACA--ATAAGTAAACCTTAACAGGTAGAAccattcattttgttatgttacagtac
gi|9 : TTAAATATT-TTCGAACTGCG--CATATAAAGA--TGAACGTCTTGAATAAA-AATTATTGTATTAATTAATATCAAAGTGTGTT-AACTGTAGA--TTC-TCGTAAA---GAA--GAAGTCATATAG--A-GATAT-TAGCATATCTAGAAACCGTGTGTAGC-A--ATTTGATTCTATGAT-TGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATTATCTATGCAGTGTTCGTAAGTGGGTAATAT
Unaligned ( gi|22 ): AAACAAGGAGCTGAAGATATAGGTCCTTGGT
Alignments
lowQualScore : 2222222 1111 111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333333333 11111111111 444444444444444444444444444 111111 222222222 1111 11111 3333333333333333333333333333333333333 444444444444 111 111 1 1 11111 111111 111111 111 111 44444444444444 2222 1 1
lowQualScore : 6 4 2 6 22 0 66 0 3 2222222 0 3 1111 0 44 88 999999 2 666666666 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 2 2 2 2 6666 0000000000000 0 444 44444444444 3 000000000000000000000000000 1 333333 3 3 44 44 2 444444444 1 2222 44444 6666666666666666666666666666666666666 2 111111111111 77 000 000 6 5 4 1 0 6 3 3 66666 4 1 0 11 5 1 77 1 77 222222 0 5 666666 1 6 1 6 000 3 111 99 99 1 55555555555555 2 1 1 1111 1 0 0
lowQualScore : . . . . .. . .. . . ....... . . .... . .. .. ...... . ......... . ..................................................................... . . . . . .... ............. . ... ........... . ........................... . ...... . . .. .. . ......... . .... ..... ..................................... . ............ .. ... ... . . . . . . . . ..... . . . .. . . .. . .. ...... . . ...... . . . . ... . ... .. .. . .............. . . . .... . . .
lowQualScore : 7 4 6 2 11 8 11 1 7 8888888 8 3 8888 5 66 33 666666 8 777777777 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9 9 9 9 9 1111 3333333333333 2 999 88888888888 1 222222222222222222222222222 0 222222 3 3 66 66 1 666666666 1 1111 33333 7777777777777777777777777777777777777 3 333333333333 99 000 000 6 7 3 3 7 7 3 3 77777 2 0 3 33 7 9 99 0 99 333333 4 7 444444 0 7 0 7 222 2 777 22 22 0 77777777777777 5 0 5 0000 0 0 8
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCG-TTTAAAC-ATANTTTATTTCAAAA--ATAACGTACATACAAAT----CATACATACAATCG--TACATACA--ATAACATTA------AAGGATTGAAACGGAAGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------TCTCC-T-TTT----GTTTT-TAA-ATTTGT-TC--ATTTT----TACATAGGA-GG-CGG-A-TTGATACATATACT----GTATT----TAAGCAG-CATATATTAAN--TAAACTAT--------A--T-AT--------A--A------TA------GGNAGGAA---A--GTAAAT-AAA-CA--AAAGAGGTTGTACA--TTAAGTAAACCTTGTCAGGTAGAAA--AC-AA--TGAGTGCA----ATTATAA-----AGC---T-----A-------TT-GG-------G-------GCAACATACA-----G---TGGG--GC---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTCGGTTATAGAAA-TAT-TT-TGT-----GTTTTGTACGTTAAAATNTTTATTTAAATNTT-TTTGAACTACG--TATATAGNGA--TGAA----TCGCACCAATAATT-TT------ATTATTATCAGAGAGTGTT-AGNTG-AGA--NTCATCGTAAA---GAA--G--GNCGGATAGC-G-GATGT-T-GCAAATCTNGAAACCGTGTTTAGC-A--GTTNG-TTCTGTGATNTGTA
Reference ( family-2231 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCG-TTTAAAC-ATANTTTATTTCAAAA--ATAACGTACATACAAAT----CATACATACAATCG--TACATACA--ATAACATTA------AAGGATTGAAACGGAAGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------TCTCC-T-TTT----GTTTT-TAA-ATTTGT-TC--ATTTT----TACATAGGA-GG-CGG-A-TTGATACATATACT----GTATT----TAAGCAG-CATATATTAAN--TAAACTAT--------A--T-AT--------A--A------TA------GGNAGGAA---A--GTAAAT-AAA-CA--AAAGAGGTTGTACA--TTAAGTAAACCTTGTCAGGTAGAAA--AC-AA--TGAGTGCA----ATTATAA-----AGC---T-----A-------TT-GG-------G-------GCAACATACA-----G---TGGG--GC---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTCGGTTATAGAAA-TAT-TT-TGT-----GTTTTGTACGTTAAAATNTTTATTTAAATNTT-TTTGAACTACG--TATATAGNGA--TGAA----TCGCACCAATAATT-TT------ATTATTATCAGAGAGTGTT-AGNTG-AGA--NTCATCGTAAA---GAA--G--GNCGGATAGC-G-GATGT-T-GCAAATCTNGAAACCGTGTTTAGC-A--GTTNG-TTCTGTGATNTGTA
gi|1 : TCG-TTTTAAC-ATATTTTATTTCAAAA--GTAACGTACATACAAATGTAGCATACATACAATCA--TACCTACA--ATAACATTG------AATGATTGAAACGGACGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------TCTCC-T-TTTTGTAGTTTT-GGA-GTTTGTATCCTATTTT----TATATAGAA-GG-CGG-A-TTAATACATATACT----ATATT----TAAGTAGGTATATATTAAC--TAAACTAT--------A--T-GT--------A--G------TA------GGCAAGAA---A--GGAAAT-TAA-CA--AATAAAGTTCTACA--TTAAGATATTCTTGTCAGGT-GATAGTAC-AACTTGAGTGTA----ATTATAA-----AGC---T-----G-------TT-GG-------G-------GCAACATACATGCCGA---TGGGAAGC---G---TCAGTCAA-ACCATGTGTCGGTTATAGAAA-CAT-GT-TGT-----GTTTTGTACGTTGAAATATCCATTTAAATGGT-TTTGAACAAGG--TATATAGTGA--TGAG----TTGCATCAAT-ATT-TG------ATTATTACCAGAGAG-----AGTTG-AGA--ATCACCGCAAA---GAA--G--GATTGATAGC-G-----------AAATCTTGAAATTGTGTTTAGC-AT-ATTTG-ATCTGTGATGTGTA
gi|10 : taaataagtgtgcgaacaaatataccgG-TTTAACC-ATATTTTATTTCAAAATAATAGCATACATACAA-T----CATACATATA----------TACA--CTGACATTA------AATGATTTAAACGGGAGCA-------------------------------------------------TT----G------AATATTTGT-T---ATTT------ACACAGGG-GGGCGG-A-TCGATACGTTTACT----GTATT----CAACTAT-TAC---TTGAC--TAAACGAT--------A--T-GT--------A--A------TACA----AGTAGAAAGACA--GTTAAT-AAA-CA--AAAGAGGTTTTACA--TGAATTAAAAATTGTCAGGTAGAAG-----AA--TGAGt
gi|11 : cg--------A--T-AT--------A--AG-----TA------GGAAGGAA---A--GTAAAT-AAC-CA--AACTGGGTTATACC--TTAAATAAACCGTGTCAGCTAGAAA--ACAAA--TGTGCGCT----GTTGTAA-----AGC---T-----ATAGTTATTT-GG-------G-------ACAACACACA-----G---T-GG--GC---G---TAGGCGAA-ACCACGTGTT-------GAAA-TAT-TTATGTATATCATTTTGTAC
gi|11 : ataGTTGAAATATTTATGTATATCAT-TTTG-----------TACACTGA--TGAA----GTGCACCAATAATT-TT------Aactgatgaagtgcaccaataattttacct
gi|12 : ataatataagtaggaaggaaagtaaataaccaaactgggttataccttaaataaaccgtgtcagctagaaaacaaatgtgcgctgttgtaaagctatagttatttgggacaacacacagtgggcgtaggcgaaaccacgtG-TTTAAAA-ATATTTTATTT--AAA--ATATTG---------------CATGAATACAATCGTCTATGTATATTATAACATTA------AAGGACTG----------AAA---------AT-GCT---------T----AGAGAGTTCTCTCCAG-TTT----GTTTT-TAA-A-------------TT----TACATAAAA-GC-CGA-G-TTGATACGTGTACT----GTATT----TA---TG-CATGTATTAAG--TAAACcct
gi|13 : gGAA-GG-TGG-A-TCGATACAGATTTT----GTGTT-------ACTG-TATAAA--AATGATAAACTAT--------AAATGAT--------A--ACAT---TA------GGAAAGAA---ACTGTGAAT-AAAACA--AAAGAGGTTGAACA--CCAAGTTAACTTTGTCAGGTAGAAA-----AA--TGAGagt
gi|14 : ttTT----TACACAGGT-GG-CGG-A-TTGATACATATACT----GTATT-------GAAG-CATACATTTAC--TAAACTAT--------G--T-AT--------AATA------TA------AGTAGGAA---G--Gcatgtact
gi|14 : ttttttttaaaaTAGGAAGG-CGG-G-TTGATATATATACT----GT-TT----TGA--AG-CATACATTAAC--TAAACcgggttgatatatatactgttttgaagcatacattaactaaac
gi|15 : ttttttttaaaatttacacaggtggcggattgatacatatactgtattgaagcatacatttactaaactatgtataatataagTCGATTTAAAC-ATAATTT-TTTCA------CAACGTACATACAAAT-------------AATCG--TACATACA--ATAACATTAAGGATTAAGGATTGAAACGGTAGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------T
gi|16 : taaagcaggttgtcaacactgtaTT----TACAAAGGA-GG-CGG-A-TCGATACATATACT----GTATT----TA---AG-CATACATTAAC--TATACGAT--------A--T-AT--------A--A------TA--------CAAG-A---A--GTAAATAAAA-CA--AAAGTGGTTGTACA--TAAAGTAAGCCTTTTCAGGTATAAA--Aagagtttccct
gi|17 : gttaTTGAACTATATTTT-TTACCAAA--ATAA---GCATACAAA---------CA-ACAAT-----ACATATA--ATTATATTA------AAGGACTAAAACGAAAGGAAA---------AT-GCT---------
gi|18 : aacagttggTATCAAAGAGTCTTTAGGTG-AGA--ATCATTGAATA---GAA--G--GGCGGATAGC-GTGATGT-TTGTAAATCTTGAAATCGTGTTTAGCAA--GTTGG-TTCTGTGATATGTAgtcagaatttctctcc
gi|19 : TTAAAC-ATAATTTATTTCACAA--AGAAAGAACATTCAAAT-------------AATCG--TACATACA--ATAGGAATA------A-GGATTGAAACGGTAGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------T
gi|2 : ATAAA--ACAA-ATTA--------GGATTGAAAAAGAAACATA---------AT-GCTGATGAAGTTT----G--------TATTC-TGTTT----ATTTT-TAA-AATTG---C--ATT--------CA----A-GG-CTG-A-TTGATACATACA-T----ATATTGTGCTAA--AA-CATCTCTTATA--AAAACTAT--------AATT-ATGTGATAAAA--A------TA------TGAATAAA---A--GTGCAT-AAA--ATTAATGAGTTTGTACAGTTTA--TCAACTTTGTCAGGTAG--A--AC-A-----GGTGTATTTTATTATAT-----GGCGAGT-----G-------TG-GG-------G-------GAAATACACA-----GGCAGGGG--GCCAAGGCTTTGGCGAATAC--TTTGTCGGCTATA-AAA-TCT-TTATGT-----GTTTGGTAGGTTAACACATTTGTTTGAATACT-TTTCAATTACGATTATTCAGAAAGCTG--------GCACTAATAAGT-AT------ATTAGTATCGGAGAGTGGT-AGGTC-TGA--CT-----TAAAGGTGAAACG--GTTGAAAAGC-GAGATGTAT-GCACAT-TTGGAACAGTTCTTAGC-GGTGTTGG-TTCTGTGATTTGTAagagtttccctt
gi|20 : ----CATACTTACAATC--------ACA--A------TA------AAGTATTGGAACGGTCGC-AA---------AT-GCT---------T----A--------Taaatgatgaattttgagaaagaaatatcttcgagataacattgcatg
gi|3 : ACAAACA--ATAACATTA------AAGGATT-AAACGGAAGTGCGT--------ATAGTT---------T----C--------TCTTC-T-ATT----GTT-------ATTTTT-T----TTTCAAAATACATAGGA-GG-CGG---TTGATACATAT-----------T----TAAGCA----TATTTTAAA--TAAACTAT--------A--T-AT--------A--AAA----CA------AATAGGAA---G--ACAATT-ATA-TA--AAAGAGGTTGTACA--TAAAGTAAACTCTGTCAGGTAGAAA--AA-AAAATCTGTGCA----ATTATAA-----AGC---T-----A-------TT-GG-------GATTTGGGGCAACATGCA-----G----GGG--GT---G---TGGGCGAA-ACCCTTTGTCGGTTATAGAGA-TAC-TT-TGT-----GTATTGTACGTT-AAATCTTTATTTTAATATT-TTTGAACTACG--TGTATATTGA--TGAA----TCGCATCAATACTT-TT------ggagtttct
gi|3 : GAGAGTGTT-AGATG-AGA--ATCATCGTCAT---G-T--G--GGTGAATAGT-G-AG--------AAATATAGAAACCATGTGTAGC-A--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagagtgttagatgagaatcatcgtcatgtgggtgaatagtgagaaatatagaaaccatgtgtagcatgccgattgaaaatgtgatggcattttagaaagaaatcatgtatgtcaccgcatgtgcaatgtgga
gi|4 : acaaacaataacattaaaggattaaacggaagtgcgtatagtttctcttctattgttatttttttttcaaaatacataggaggcggttgatacatatttaagcatattttaaataaactatatataaaacaaataggaagacaattatataaaagaggttgtacataaagtaaactctgtcaggtagaaaaaaaaatctgtgcaattataaagctattgggatttggggcaacatgcagggggtgtgggcgaaaccctttgtcggttatagagatactttgtgtattgtacgttaaatctttattttaatatttttgaactacgtgtatattgatgaatcgcatcaatacttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--------TCTCC-C-CT-----GTTTC-TAC-ATTTA---C--ATTT-----------GGA-TG-CGG-A-TTGATACATATACT----GTATT----TAAGCAA--ACATA--AAA--TAAATTAT--------A--T-GT--------G--A------TACC----AGTAGGAT---G--G------AAA-CA--AAAGAGGCTGTACA--TTAAGGAAGTCTTGTAATGCTGAAA--TA-AA--TGAGTATA----ATGATCA-----AGC---T-----A-------TT-GGTGTTTAGG-------GCAACATAC----------TGGG--GC---G---TGGGTGGA-GTAATTTCTTG-TTATAGAAAATATGTT-TAT-----GTTTTGTACGTTAAAATCTTTATTTAAATTTT-TTTGAACTGCG--TATATAGAGA--TACA----TCGCATCACTAATT-TT------ATTGTTACAAGAGAGTGTT-AGTTG-AGAATCTCACCTTAGA---GAA--G--GACAGTTAGCAA-GATGTAT-GTAAATCTAGAAATCGTGTCTAtgccgattgaaaatgtgatggcattttagaaagaaatcatgtatgtcaccgcatgtgcaatgtgga
gi|5 : caatagagttTT----AACACATGA-GG-TAG-A-TCGATGTACATTCT----TTATT----TAAGCA----TTTATTAAT--TAAACTAT--------A--T-AT--------A--A------TACAAGTAGGGAGGAA---A--GTAAAT-AAA-CA--AAATATGCTGTACA--TTAAATAACTGTTGTT----------------------TGCA----ATTATAA-----AGC---TTTAGGA-------TTTGA-------G-------GCAACATACA-----G------G--GT---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTAGGTTATAGAAA-TATGTT-TAT-----GTTTTGTACGATAAAATCTTTATT--AATTTTGTTTGAACAACG--TATAGAGTGA--TGAG----TCGCACCAGTAACT-TT------AATATTATCAGAGAGTGTtgatttgtatagatatttcagatagaaatgcttaacatcttcgataccaccgcatgtgtactttgg
gi|6 : ttttttttaaG-TTTAAAC-ATAGTATATCTTAGAA--TTAGCACGCATAC-AAT----CATACATACAATAG----CATAC---------TCA------AAATATTGA--------CAAA---------GT-TC------------------------TCTCC---CCT----GCTT-------TTTGT-TT--A-ATT----TACATAGGT-GG-CAG-ATTTGTTACATACACT----GTATT----TA--C-G-CATATATTAAC--TAACCAAT--------A--T-AT--------A--A------TAAAAAC-AGCAAGAAG--A--GTAAAT-AAA-CA--CTAGAGGTTTTACA--TCAAGTAAATCTTGTCAGGTAG-AA--AC-AA--TGAGTGTA----AATATAAAAAAGAGG---G-----A-------TT-TG-------G---------AACA-------------------AC---G---T-GGCGAA-ACAATGTGTCGGTTAAAG
gi|7 : gG-TTTGAAC-ATGCTTTCTTGCCAAA--ATGACATGCATAGAG------CATACAACCAAACG--TA-ATGCA--ATA---TTA------TAGGATTGAAACGGAAGCAAAAAAGTTTACAT-GGT---------T----AC-------TCTCC----TG----GTTTTATAA-A--TGT-TC--ATTT------------AA-GG-CGA-A-TTAATACATATACTAACAGTGTG----TAA-CAA-AATGTGTTAAG--TAAACTATCTATGTAAA--T-ATTAGA----A--A------CA------AGAAGAAA---ATGGTACA--AAA-CA--AAAGAGGATGTGTG--TTTAGTGA
gi|8 : AAAC-GT--TTTGTT--AAAT--ATTACATACATACAGA-----CAAACATACAGTCA--TACATACA--ATGA-ATTA------AAGAATTGAAACGGAAGCAAT---------AT-ACT---------TTAAGAGTTTC---TCTCC-T-TTTT---GTTTT-TAG---------------TT----TACATGGCA-GG-GGGGA-TTGATACACATGCT----ATATT----TAGATA----TAAACTAAA--TAGTCTATG-------A--T-AT--------A--AAACAAGTA------GGAAGGCG---C--GTAAAT-AAA-TA--AAAGAGGTTGTACA--ATAAGTAAACCTTAACAGGTAGAAccattcattttgttatgttacagtac
gi|9 : TTAAATATT-TTCGAACTGCG--CATATAAAGA--TGAACGTCTTGAATAAA-AATTATTGTATTAATTAATATCAAAGTGTGTT-AACTGTAGA--TTC-TCGTAAA---GAA--GAAGTCATATAG--A-GATAT-TAGCATATCTAGAAACCGTGTGTAGC-A--ATTTGATTCTATGAT-TGTA
blockSeqs : A T T A TC TA T ATC T GTCT TT AC AGGATT G AAAGTTTAC A GATGAAGTTTGTATTCTGTTTATTTTTAAAATTGCATT C A G G T AACA GTGCTAAAAC TGA CTATGTAAA G GTGATAAAAATAT T GACA A A TT GT A AAAAAA A TTTT AAAAG TATAGTTATTTGGG C AGGCAGG . CAA GCT A T C G A G A ATATC G A CA G T AT T GC AACGTC A GTATTA G T G T ATC A GGT AC AA G CGTGATGTTTGT C T T GGT G A A
blockSeqs : . . T A TC . T TC T GT . AC . T T . TAGAGAGTTCTCTCCAGTTTGTTTTTAAATTT T . . . . . CAACTATT C AAA . AATACAAGTAG A ACT . . . . A ACAAA T . . TATTGGGATTTGGG C AGT . . . T . C T . G A . A A AC . T . A . AA . . T . G . A A . . . T CGAGATGTATGC A T T AA G . T
blockSeqs : . . A A AC . A AT T GT . AC . A . . TTAAGAGTTTCTCTCCTTTTTGTTTTTAGTTT C . . . . . TAAGCAA G AAT . AAAACAAGTAG A ATG . . . . A TAAA A . . TATTGGTGTTTAGG T AGG . . . G . A T . . . . A C AT . T . T . AA . . T . A . C A . . . G CAAGATGTATGT C A G A T . .
blockSeqs : . . T A TC . C AT T GT . AT . T . . TCTCTTCTATTGTTATTTTTTTTTCAAAAT T . . . . . TAACAAA C GA . AATAAAAACA T GA . . . . A ACAA G . . TTTAGGATTTGAG T TG . . . G . C T . . . . A C TT . A . A . CA . . A . T . A . . . . A AGATATTAGC C A C A
blockSeqs : . . A C TT . T AC A AT . GG . A . . TACTCTCCTGGTTTTATAAATGTTCATTT A . . . . . TGAAGC C A . TAGAAACAA C A . . . . A ACA T . . GAGTGTGGGG T AG . . . G . A T . . . . . C TT . T . T . AG . . . C . T . . . . T TGAG . A G
blockSeqs : . G G GC . T C T G . AC . T . . TCTCCCCTGCTTTTTGTTTAATTT T . . . . . TAAGCA C A . AACATTAG A G . . . . A AA A . . GATTTGG . . . . . . . . G AT . . . A . . . .
blockSeqs : . C . T . . A . . . A . A . . TTGAATATTTGTTATTT C . . . . . TAAGCA A G . AATACAA T A . . . . A AA A
blockSeqs : . . . . . . C . . . A . A . . T . . . . . TAGATA A A . AATATAA T A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . T . . . . . TATGC A A . AAAACAA G G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . ACTGT T A . GATACCA C G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GAAGC C A . AAGTAG A A . . . .
blockSeqs : . . . . . . TAAGC G A . AATA A C
blockSeqs : . . . . . TACGC A
blockSeqCons : AC***** TAAGCA******* AATACAATA****************** AAA****** TATTGNGATTTGGG*********************** AGG********* ** CGAGATGTATGT** A***
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCG-TTTAAAC-ATANTTTATTTCAAAA--ATAACGTACATACAAAT----CATACATACAATCG--TACATACA--ATAACATTA------AAGGATTGAAACGGAAGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------TCTCC-T-TTT----GTTTT-TAA-ATTTGT-TC--ATTTT----TACATAGGA-GG-CGG-A-TTGATACATATACT----GTATT----TAAGCAG-CATATATTAAN--TAAACTAT--------A--T-AT--------A--A------TA------GGNAGGAA---A--GTAAAT-AAA-CA--AAAGAGGTTGTACA--TTAAGTAAACCTTGTCAGGTAGAAA--AC-AA--TGAGTGCA----ATTATAA-----AGC---T-----A-------TT-GG-------G-------GCAACATACA-----G---TGGG--GC---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTCGGTTATAGAAA-TAT-TT-TGT-----GTTTTGTACGTTAAAATNTTTATTTAAATNTT-TTTGAACTACG--TATATAGNGA--TGAA----TCGCACCAATAATT-TT------ATTATTATCAGAGAGTGTT-AGNTG-AGA--NTCATCGTAAA---GAA--G--GNCGGATAGC-G-GATGT-T-GCAAATCTNGAAACCGTGTTTAGC-A--GTTNG-TTCTGTGATNTGTA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCG-TTTAAAC-ATANTTTATTTCAAAA--ATAACGTACATACAAAC-----ATACATACAATCG--TACATACA--ATAACATTA------AAGGATTGAAACGGAAGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------TCTCC-T-TTT----GTTTT-TAA-ATTTGT-TC--ATTTT----TACATAGGA-GG-CGG-A-TTGATACATATACT----GTATTTAAGCA-------ATATATTAAN--TAAACTAT--------A--T-ATAATACAATA------------------GNAGGAA---A--GTAAAT-AAA-CA--AAAGAGGTTGTACA--TTAAGTAAACCTTGTCAGGTAGAAAAAA------TGAGTGCA----ATTATAA-----AGCTATTGNGATTTGGG-----------------------GCAACATACAGG---------GG--GC---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTCGGTTATAGAAA-TAT-TT-TGT-----GTTTTGTACGTTAAAATNTTTATTTAAATNTT-TTTGAACTACG--TATATAGNGA--TGAA----TCGCACCAATAATT-TT------ATTATTATCAGAGAGTGTT-AGNTG-AGA--NTCATCGTAAA---GAA--G--GNCGGATAGCGAGATGTATGT--AAATCTNGAAACCGTGTTTAGCA---GTTNG-TTCTGTGATNTGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATTATCTATGCAGTGTTCGTAAGTGGGTAATAT
Unaligned ( gi|22 ): AAACAAGGAGCTGAAGATATAGGTCCTTGGT
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222 222222222222 111 3333333333333333333333333333 1 1 11111 111111 111111 111 111 11111 111111 33333333333333 2222 1 1
lowQualScore : 6 4 2 6 22 0 66 0 3 111111 99999 1111 0 44 88 999999 2 666666666 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 2 2 2 2 6666 6666 0 4444444 77777 7777 3 555 6 777777777777 55 666 3 999 6666 3 3 44 44 666 4 6666 4 777 11 000 0000000000000000000000000000 3 5 4 1 0 6 3 3 66666 4 1 0 11 5 1 77 1 77 222222 0 666666 5 1 6 1 6 000 666 0 6 111 22222 1 2 6 999999 7 22222222222222 2 1 1 1111 1 0 0
lowQualScore : . . . . .. . .. . . ...... ..... .... . .. .. ...... . ......... . ..................................................................... . . . . . .... .... . ....... ..... .... . ... . ............ .. ... . ... .... . . .. .. ... . .... . ... .. ... ............................ . . . . . . . . ..... . . . .. . . .. . .. ...... . ...... . . . . . ... ... . . ... ..... . . . ...... . .............. . . . .... . . .
lowQualScore : 7 4 6 2 11 8 11 1 7 111111 66666 8888 5 66 33 666666 8 777777777 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9 9 9 9 9 1111 1111 9 4444444 11111 1111 3 444 2 555555555555 22 222 1 666 5555 3 3 66 66 444 5 8888 4 888 66 999 0000000000000000000000000000 0 7 3 3 7 7 3 3 77777 2 0 3 33 7 9 99 0 99 333333 4 444444 7 0 7 0 7 222 777 2 7 777 55555 0 2 7 222222 8 88888888888888 5 0 5 0000 0 0 8
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCG-TTTAAAC-ATANTTTATTTCAAAA--ATAACGTACATACAAA-----CATACATACAATCG--TACATACA--ATAACATTA------AAGGATTGAAACGGAAGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------TCTCC-T-TTT----GTTTT-TAA-ATTTGT-TC--ATTTT----TACATAGGA-GG-CGG-A-TTGAT----ACATATACT----GTATTTAAGC--A---ATATATTAAN----TAAACTA----T-ATAT---AAT-A-C----AA-TA-GN-A-G-GAA-A---G----TAAAT-AAA-CA--AAAGAGGTTGTACA--TTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AGAAA-A--AAT-GA---GTGCAATTATAAAGCTATTGGGATTTGGGGCAACATA----CA--------GGGGGC---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTCGGTTATAGAAA-TAT-TT-TGT-----GTTTTGTACGTTAAAATNTTTATTTAAATNTT-TTTGAACTACG--TATATAGNGA--TGAA----TCGCACCAATAATT------TTA-TTATTATCAGAGAGTGTT-AGNTG-AGA--NTCACCGTAA-A---GAA--G--GNCGGAT-AG------CGAGATGTNTGT----------AAATCTNGAAACCGTGTTTAGC-A--GTTNG-TTCTGTGATNTGTA
Reference ( family-2231 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCG-TTTAAAC-ATANTTTATTTCAAAA--ATAACGTACATACAAA-----CATACATACAATCG--TACATACA--ATAACATTA------AAGGATTGAAACGGAAGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------TCTCC-T-TTT----GTTTT-TAA-ATTTGT-TC--ATTTT----TACATAGGA-GG-CGG-A-TTGAT----ACATATACT----GTATTTAAGC--A---ATATATTAAN----TAAACTA----T-ATAT---AAT-A-C----AA-TA-GN-A-G-GAA-A---G----TAAAT-AAA-CA--AAAGAGGTTGTACA--TTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AGAAA-A--AAT-GA---GTGCAATTATAAAGCTATTGNGATTTGGGGCAACATA----CA--------GGGGGC---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTCGGTTATAGAAA-TAT-TT-TGT-----GTTTTGTACGTTAAAATNTTTATTTAAATNTT-TTTGAACTACG--TATATAGNGA--TGAA----TCGCACCAATAATT------TTA-TTATTATCAGAGAGTGTT-AGNTG-AGA--NTCATCGTAA-A---GAA--G--GNCGGAT-AG------CGAGATGTATGT----------AAATCTNGAAACCGTGTTTAGC-A--GTTNG-TTCTGTGATNTGTA
gi|1 : TCG-TTTTAAC-ATATTTTATTTCAAAA--GTAACGTACATACAAATGTAGCATACATACAATCA--TACCTACA--ATAACATTG------AATGATTGAAACGGACGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------TCTCC-T-TTTTGTAGTTTT-GGA-GTTTGTATCCTATTTT----TATATAGAA-GG-CGG-A-TTAAT----ACATATACT----ATATTTAAGT--AGGTATATATTAAC----TAAACTA----T-ATGT---AGT-A----------G-GC-A-A-GAA-A---G----GAAAT-TAA-CA--AATAAAGTTCTACA--TTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAGTAC-A--ACTTGA---GTGTAATTATAAAGCTGTTG-------GGGCAACATA----CATGCCGATGGGAAGC---G---TCAGTCAA-ACCATGTGTCGGTTATAGAAA-CAT-GT-TGT-----GTTTTGTACGTTGAAATATCCATTTAAATGGT-TTTGAACAAGG--TATATAGTGA--TGAG----TTGCATCAAT-ATT------TGA-TTATTACCAGAGAG-----AGTTG-AGA--ATCACCGCAA-A---GAA--G--GATTGAT-AG------CG--------------------AAATCTTGAAATTGTGTTTAGC-AT-ATTTG-ATCTGTGATGTGTA
gi|10 : taaataagtgtgcgaacaaatataccgG-TTTAACC-ATATTTTATTTCAAAATAATAGCATACATACAAT-----CATACATATA----------TACA--CTGACATTA------AATGATTTAAACGGGAGCA-------------------------------------------------TT----G------AATATTTGT-T---ATTT------ACACAGGG-GGGCGG-A-TCGAT----ACGTTTACT----GTATTCAACT--A---TTAC-TTGAC----TAAACGA----T-ATGT---AAT-A-C----AAGTA-GA-A-A-GAC-A---G----TTAAT-AAA-CA--AAAGAGGTTTTACA--TGAATTAAAAATTGTCAGGT---AG-AA-G--AAT-GA---Gt
gi|11 : cgAT---AAT-A-T----AAGTA-GG-AAG-GAA-A---G----TAAAT-AAC-CA--AACTGGGTTATACC--TTAAATAAACCGTGTCAGCT---AGAAA-ACAAAT-GT---GCGCTGTTGTAAAGCTATAGTTATTTGGGACAACACA----CA--------GTGGGC---G---TAGGCGAA-ACCACGTGTT-------GAAA-TAT-TTATGTATATCATTTTGTAC
gi|11 : GTTGAAATATTTATGTATATCAT-TTTG-----------TACACTGA--TGAA----GTGCACCAATAATT------TTA-actgatgaagtgcaccaataattttacct
gi|12 : ataatataagtaggaaggaaagtaaataaccaaactgggttataccttaaataaaccgtgtcagctagaaaacaaatgtgcgctgttgtaaagctatagttatttgggacaacacacagtgggcgtaggcgaaaccacgtG-TTTAAAA-ATATTTTATTT--AAA--ATATTG---------------CATGAATACAATCGTCTATGTATATTATAACATTA------AAGGACTG----------AAA---------AT-GCT---------T----AGAGAGTTCTCTCCAG-TTT----GTTTT-TAA-A-------------TT----TACATAAAA-GC-CGA-G-TTGAT----ACGTGTACT----GTATTTATGC------ATGTATTAAG----TAAACcct
gi|13 : gGAA-GG-TGG-A-TCGAT----ACAGATTTT----GTGTT-------A---CTGTATAAAAATGATAAACTA----T-AAAT---GAT-AAC----AT-TA-GG-A-AAGAA-ACT-G----TGAAT-AAAACA--AAAGAGGTTGAACA--CCAAGTTAACTTTGTCAGGT---AG-AA-A--AAT-GA---Gagt
gi|14 : ttTT----TACACAGGT-GG-CGG-A-TTGAT----ACATATACT----GTATTGAAGC------ATACATTTAC----TAAACTA----T-GTAT---AAT-A-T----A---A-GT-A-G-GAA-G---G----catgtact
gi|14 : ttttttttaaaaTAGGAAGG-CGG-G-TTGAT----ATATATACT----GTTTTGAAGC------ATACATTAAC----TAAACcgggttgatatatatactgttttgaagcatacattaactaaac
gi|15 : ttttttttaaaatttacacaggtggcggattgatacatatactgtattgaagcatacatttactaaactatgtataatataagTCGATTTAAAC-ATAATTT-TTTCA------CAACGTACATACAAA-----TA--------ATCG--TACATACA--ATAACATTAAGGATTAAGGATTGAAACGGTAGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------T
gi|16 : taaagcaggttgtcaacactgtaTT----TACAAAGGA-GG-CGG-A-TCGAT----ACATATACT----GTATTTAAGC------ATACATTAAC----TATACGA----T-ATAT---AAT-A-C----AA------------GA-A---G----TAAATAAAA-CA--AAAGTGGTTGTACA--TAAAGTAAGCCTTTTCAGGT---ATAAA-A--agagtttccct
gi|17 : gttaTTGAACTATATTTT-TTACCAAA--ATAA---GCATACAAA-----CA-----ACAAT-----ACATATA--ATTATATTA------AAGGACTAAAACGAAAGGAAA---------AT-GCT---------
gi|18 : aacagttggTATCAAAGAGTCTTTAGGTG-AGA--ATCATTGAAT-A---GAA--G--GGCGGAT-AG------CGTGATGTTTGT----------AAATCTTGAAATCGTGTTTAGCAA--GTTGG-TTCTGTGATATGTAgtcagaatttctctcc
gi|19 : TTAAAC-ATAATTTATTTCACAA--AGAAAGAACATTCAAA-----TA--------ATCG--TACATACA--ATAGGAATA------A-GGATTGAAACGGTAGCAAA---------AT-GCT---------T----A--------T
gi|2 : ATAAA--ACAA-ATTA--------GGATTGAAAAAGAAACATA---------AT-GCTGATGAAGTTT----G--------TATTC-TGTTT----ATTTT-TAA-AATTG---C--ATT--------CA----A-GG-CTG-A-TTGATACATACATATATT----GTGCTAAAAC------ATCTCTTATA----AAAACTATAATT-ATGT---GATAA-A----AA-TATGA-A-T-AAA-A---G----TGCAT-AAA--ATTAATGAGTTTGTACAGTTTA--TCAACTTTGTCAGGT---AGAAC-A--GGT-GT---ATTTTATTATATGGCGAGTGTG----GGGGAAATACACAGGCA--------GGGGGCCAAGGCTTTGGCGAATAC--TTTGTCGGCTATA-AAA-TCT-TTATGT-----GTTTGGTAGGTTAACACATTTGTTTGAATACT-TTTCAATTACGATTATTCAGAAAGCTG--------GCACTAATAAGT------ATA-TTAGTATCGGAGAGTGGT-AGGTC-TGA--CT-----TAA-AGGTGAAACG--GTTGAAA-AG------CGAGATGTATGC----------ACAT-TTGGAACAGTTCTTAGC-GGTGTTGG-TTCTGTGATTTGTAagagtttccctt
gi|20 : -----CATACTTACAATC--------ACA--A------TA------AAGTATTGGAACGGTCGC-AA---------AT-GCT---------T----A--------Taaatgatgaattttgagaaagaaatatcttcgagataacattgcatg
gi|3 : ACAAACA--ATAACATTA------AAGGATT-AAACGGAAGTGCGT--------ATAGTT---------T----C--------TCTTC-T-ATT----GTT-------ATTTTT-T----TTTCAAAATACATAGGA-GG-CGG---TTGAT----ACATAT-----------TTAAGC--A----TATTTTAAA----TAAACTA----T-ATAT---AAA-A-C----AA----AT-A-G-GAA-G---A----CAATT-ATA-TA--AAAGAGGTTGTACA--TAAAGTAAACTCTGTCAGGT---AGAAA-A--AAA-AATCTGTGCAATTATAAAGCTATTGGGATTTGGGGCAACATG----CA--------GGGGGT---G---TGGGCGAA-ACCCTTTGTCGGTTATAGAGA-TAC-TT-TGT-----GTATTGTACGTT-AAATCTTTATTTTAATATT-TTTGAACTACG--TGTATATTGA--TGAA----TCGCATCAATACTT------TTN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNN--NNNNNNNNNNGA---GAG--T--GTTAGATGAGAATCATCGTCATGTGGGTGAATAGTGAGAAATATAGAAACCATGTGTAGC-A--ggagtttct
gi|4 : --------TCTCC-C-CT-----GTTTC-TAC-ATTTA---C--ATTT-----------GGA-TG-CGG-A-TTGAT----ACATATACT----GTATTTAAGC--A---A-ACATAAAA----TAAATTA----T-ATGT---GAT-A-C-------CA-GT-A-G-GAT-G---G----------AAA-CA--AAAGAGGCTGTACA--TTAAGGAAGTCTTGTAATGC---TGAAATA--AAT-GA---GTATAATGATCAAGCTATTGGTGTTTAGGGCAACATA----C---------TGGGGC---G---TGGGTGGA-GTAATTTCTTG-TTATAGAAAATATGTT-TAT-----GTTTTGTACGTTAAAATCTTTATTTAAATTTT-TTTGAACTGCG--TATATAGAGA--TACA----TCGCATCACTAATT------TTA-TTGTTACAAGAGAGTGTT-AGTTG-AGAATCTCACCTTAG-A---GAA--G--GACAGTT-AG------CAAGATGTATGT----------AAATCTAGAAATCGTGTCTAtgccgattgaaaatgtgatggcattttagaaagaaatcatgtatgtcaccgcatgtgcaatgtgga
gi|5 : caatagagttTT----AACACATGA-GG-TAG-A-TCGAT----GTACATTCT----TTATTTAAGC--A---TT-TATTAAT----TAAACTA----T-ATAT---AAT-A-C----AAGTA-GGGA-G-GAA-A---G----TAAAT-AAA-CA--AAATATGCTGTACA--TTAAATAACTGTTGTT--------------------------TGCAATTATAAAGCT-TTAGGATTTGAGGCAACATA----CA--------GGG--T---G---TGGGCGAA-ACCATTTGTAGGTTATAGAAA-TATGTT-TAT-----GTTTTGTACGATAAAATCTTTATT--AATTTTGTTTGAACAACG--TATAGAGTGA--TGAG----TCGCACCAGTAACT------TTA-ATATTATCAGAGAGTGTtgatttgtatagatatttcagatagaaatgcttaacatcttcgataccaccgcatgtgtactttgg
gi|6 : ttttttttaaG-TTTAAAC-ATAGTATATCTTAGAA--TTAGCACGCATACAAT-----CATACATACAATAG----CATAC---------TCA------AAATATTGA--------CAAA---------GT-TC------------------------TCTCC---CCT----GCTT-------TTTGT-TT--A-ATT----TACATAGGT-GG-CAG-ATTTGTT----ACATACACT----GTATTTACGC------ATATATTAAC----TAACCAA----T-ATAT---AATAA-A----AA-CA-GC-A-A-GAAGA---G----TAAAT-AAA-CA--CTAGAGGTTTTACA--TCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AGAAA-C--AAT-GA---GTGTAAATATAAAAA-AGAGGGATTTGGAACAACGT------------------------------GGCGAA-ACAATGTGTCGGTTAAAG
gi|7 : gG-TTTGAAC-ATGCTTTCTTGCCAAA--ATGACATGCATA-GAG-----CATACAACCAAACG--TA-ATGCA--ATA---TTA------TAGGATTGAAACGGAAGCAAAAAAGTTTACAT-GGT---------T----AC-------TCTCC----TG----GTTTTATAA-A--TGT-TC--ATTT------------AA-GG-CGA-A-TTAAT----ACATATACTAACAGTGTGTAA-CAAA---ATGTGTTAAG----TAAACTA----T-CTATGTAAAT-A-TTAGAAA-CA-AG-A-A-GAA-AATGG----TACA--AAA-CA--AAAGAGGATGTGTG--TTTAGTGA
gi|8 : AAAC-GT--TTTGTT--AAAT--ATTACATACATACAGA-----CAAACATACAGTCA--TACATACA--ATGA-ATTA------AAGAATTGAAACGGAAGCAAT---------AT-ACT---------TTAAGAGTTTC---TCTCC-T-TTTT---GTTTT-TAG---------------TT----TACATGGCA-GG-GGGGA-TTGAT----ACACATGCT----ATATTTAGAT--A----TAAACTAAA----TAGTCTA----TGATAT---AAA-A-C----AA----GT-A-G-GAA-G---GCGCGTAAAT-AAA-TA--AAAGAGGTTGTACA--ATAAGTAAACCTTAACAGGT---AGAAccattcattttgttatgttacagtac
gi|9 : TTAAATATT-TTCGAACTGCG--CATATAAAGA--TGAACGTCTTGAATAAA-AATTATTGTATTAATTAATATCAAAGTGTGTT-AACTGTAGA--TTC-TCGTAA-A---GAA--GAAGTCATAT-A--------GAGATATTAGC----------ATATCTAGAAACCGTGTGTAGC-A--ATTTGATTCTATGAT-TGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATTATCTATGCAGTGTTCGTAAGTGGGTAATAT
Unaligned ( gi|22 ): AAACAAGGAGCTGAAGATATAGGTCCTTGGT