lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                  
lowQualScore                  :                                                               33333333333333      11111111111    1111111             111                                  1              11111111           111111      111111   22222         222     1111111        2222222222                 11     22222               1                     2222222222222                           11                    22222           22222       11111               1                   22222222222222222222222222222222222222222                          11111111111                                  11111   11111             2222222222222222222                                       22222222                          1111111    44444444444444444        22222222222222222222222            1       1        111                  222       11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111         11111           1  33   1   1            
lowQualScore                  :    6     8888 7777     3  4   44   8 2          2             66666666666666  444 99999999999    4444444  7 55  444  444     33     8888  1 33  999999 2  0 0 4  66      66666666   555  0  666666      222222   33333     4   555     4444444  0 1   4444444444   88888         00   3 00000    3  3 888   5       0 2      7    1111111111111  2   2       44  888888   00    2 8     77777   88888   3  3  3 55555  4    66666  77777   2 33 2     2  888888 3   55555555555555555555555555555555555555555    33 0 33     555   3   33333333333  3 3         6  77  3    7 3  22 55555   44444  2 2  666   5555555555555555555             2    777  777  11         55555555    2      777 2  4    2  4444444    44444444444444444 0      44444444444444444444444  5  888  1 0       2      1 222 2  4  88       3 111    2  55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   3     66666           7  44   5   5            
lowQualScore                  :    .     .... ....     .  .   ..   . .          .             ..............  ... ...........    .......  . ..  ...  ...     ..     ....  . ..  ...... .  . . .  ..      ........   ...  .  ......      ......   .....     .   ...     .......  . .   ..........   .....         ..   . .....    .  . ...   .       . .      .    .............  .   .       ..  ......   ..    . .     .....   .....   .  .  . .....  .    .....  .....   . .. .     .  ...... .   .........................................    .. . ..     ...   .   ...........  . .         .  ..  .    . .  .. .....   .....  . .  ...   ...................             .    ...  ...  ..         ........    .      ... .  .    .  .......    ................. .      .......................  .  ...  . .       .      . ... .  .  ..       . ...    .  .........................................................................................   .     .....           .  ..   .   .            
lowQualScore                  :    7     6666 1111     1  3   33   0 7          7             77777777777777  777 33333333333    4444444  6 55  777  000     99     9999  2 66  777777 9  1 1 3  44      66666666   000  9  555555      666666   22222     4   777     1111111  8 2   3333333333   88888         88   1 11111    1  2 222   0       1 5      4    8888888888888  4   9       66  222222   99    9 3     77777   55555   1  1  1 55555  2    99999  11111   9 99 6     9  555555 2   44444444444444444444444444444444444444444    99 3 99     000   1   44444444444  1 1         7  88  3    8 1  11 44444   22222  2 3  444   4444444444444444444             7    888  888  00         99999999    9      888 6  4    7  4444444    33333333333333333 7      44444444444444444444444  0  888  1 0       7      0 888 2  0  00       0 000    2  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888   0     99999           0  00   0   0            
consensus                     : CAA-TTCAAT---T----CTTTA-TTAGTGACTCA-G-GCCTCCGGCC-CACACACATTACA-----N--ATA--TAC---A-----A-----TATA---ATAGCANA-NCA---TT---TACAC--GCGAT----TTGGA-ATT---TNA-GTNACTATAA-ATTACATT-CA-A-ATA---CATTT-A--A-ATACAT-T-CANATACTATGACATAAACA--CAATAA-ACCATGACCATATA--A-T---TATAT---T-AATCTTTGACNAAT-TGGCTCCTTT-TGAT--GAAAGCATAATAAANAAACATNGCTA---CA---CGTTTTACAAC-ATTTTCATNTT------TACNTGACA-TAATAAT-----ATA--A--AAC-TT-GC-TC--TTACNGGGAAGTTCGA-----AAT-A--TTTCTTT-GGA-----ATATA----A----AG-CG-A--TCT-T-A--AA------T-CNTGATAT--AAT--GGACA---TAT-CAGN---AA-----AA-A-GTGATATTC-GT-CTT-CAATNAGTGTNT---T-ACA----ATGAAAAC---ATA--GACG-----CCT-----TTCTTTTGGAATACCCAT---AT---GTCTTCCTCGTTCNATAA--GTAGACAATGAG---ANGA-GGTTCTA-------AATGC-----T-ACC-TTGATATTCTAAATCTCTTAAC------AT------CT-AA---TACA-TTTAAATAAGGTTCCANAATGAGNTCNCGTTTAAANTNNCTATACAATACTN-ACTTTT-CATTATCCN-CC-ANCANTCAGC-ACGCCAGCTTTGANTATATTG-------------ATCT-NTA--------ATGTCGGTTTANAA-CAATTTTGTATTATCTTCATTATGGTGTTCCCAAACA
Reference ( gi|3 )            : CAA-TTCAAC---T----CTTTA-TTAGTGACTCA-G-GCCTCCGGCC-CACACACATTACA-----A--ATG--CAC---A-----A-----TATA---ATAGCACA-TCA---TT---TACAC--GTGAT----TTGGA-ATT---TTA-GTTACTATAA-ATTACATT-CA-A-ATA---CATTT-A--A-ATACAT-T-CAAATACTATGACATAAACA--CAATAA-ATCATGACCATATA--A-T---TATAT---T-AATCTTTGACCAAT-TGGCTTCTTT-TGAT--AAAACCATAATAAAGAAACATAGCTA---CA---CGTTTTATAAC-ATTTTCACATT------TACATGACA-TAATAAT-----ATA--G--AAC-TT-GT-TT--TTACTGGGAAGTGTGA-----AAT-A--TGTCTTT-GGA-----ATATA----A----AG-TG-A--TCT-T-A--AA------T-CATGATAT--AGT--GGACA---TAT-CAGT---AA-----AA-A-ATGATATTC-GT-CTT-CAATAAATGTTT---T-ACA----ATGAAAAC---ATA--GACG-----CCT-----TTCTTTTGGAATACCTAT---AT---GTCTTCCTCGTTCTTTAC--GTAGACAATGAG---ATGA-GGTTTTA-------AATGC-----T-ACC-TTGATATTCTAAATCTCTTAAC------AT------CT-AA---TACA-TTTAAATTAGGTTCCAAGATAAGTTCTTGTTTAAAATGTGTATATAA-ATTACATTTTTGCATTATCCA-CT-ACCAATC--C-ACTCCAGCGTTGTTTAAATTG-------------A--T-GTA--------ATATCTGTTTATAAACAATTTTGTATTTTCAACATGATGCTGTTCCCAAACA
gi|27                         : CAA-TTCAAT---T----CTTTA-TTAGTGACTCA-G-ACCTCAGTCC-CACAATAATTACA-----C--ATA--TAT---A-----A-----TATA---TTATCACA-TCA---TT---TAC
gi|4                          : CAACTTCAACCTTT----TTTTA-TTTGTA--TCA-ATGCAACCGACC-CATACACAATACA-----ATAATAAACAT---A-----A-----TATACA-AT-GCATA-GTA---GTGTGCACAT--GTGAT----ATAG--------TTATGCCATT-TAATATTATATT-TA-T-ACA---CACAT-------TACAT-T-TATATAC-AT-ACATA--TT--CAATAA-ACTA--ACTAAATA--CCT---TGTATGTGTGAATTTCT---CAAT--------------GT--GAATGCATAATATATAAACATTGCTAAATTA---CGT---ACAAT-ATTTTCATTTT------TGCCAGACA---ATAAT-----ATA--TTTAAA-TT-GC-T------CAAGGACGGG-GATTCATAAT-A--TTTCTTT-GGC-----AGATATTTTA----AG-CG--------T-A--GC------T-CTCTATAT--AAT--GGACA---TAC-TAGA---AG-----AA-A-GTGGTATTC--T-GTTACAATACGTAAAT---C-ACA------GAATAT---ACAATAACG-----CAT-----TTCTCTTGGAATATTCAT---AT---GACGTC--CGTTTTCAACCATTAAAGAATGGG---AAGA-AGTTCTA-------AGTGTAACAAT-ACT-CTG----TCTAAA-CT-TTAGT------AT------GTCAA---TATA-TTTTAAATACGTTCGAAACTGAAATTGCGTTTAAACTCTCTATACAATACTA-ACTT----ATTAT--G-TG-AGCAAGCAGC-ATGCCAGTTTTGAATATATTG-------------A--TCTTT--------AGGTCTATTTATA
gi|5                          : ttA-TTCAAT---T----CTTAA-TTAGTGACTCG-G-GCCTCCGGTC-CACACGCATTGCA-----T--ATA--TAC---A-----A-----TACA---ATATCACA-ACA---TT---TACAC--GTGGT----TTGGA-ATT---TTA-GTAACTATGC-ATTACATT-CA-A-ATA---CATTT-A--A-ATACAT-T-CTAATACAAAGACA--AACA--TAATA---TCATGACCATAAA--A-T---TATAT---T-AATCTTTGACCAAT-TGGCTTCTTT-TGAT--GAAAGCATAATAAAGAAAAATAACTC---CA---CGTTTTATAAT-ATTTTCACATT------TAC-------------------------------TT-GT-TT--TTACTGGGAAGTGTAA-----AAT-A--T-TCTTT-GGA-----ATATA----A----AG-TG-A--TCT-T-G--AA------T-CATGATAT--AAT--GGACA---TAT-CAGT---AA-----AA-A-GTGACATTC-GT-CTT-CAATTAATGTTT---T-ACA----ATGAAAAC---ATA-------------------TTCTTTTGGAATACCTTT---AT---GTCTTCCTCGTTCTATAA--GTAGACAATGAG---ATGA-GGTTCTA-------AATGC-----A-ACCATTGACATTCTAAATATC---AC------AT------TT-AA---TACA-TTTAAATAAGGTTCTACAATAAGTTCTTGTTTAAAATGGTTATATAA-ATTTAATTTTT-CATTACCCT-CC-ACCATTC--C-GCTCCAACTTTGCTTAAACTGATCTATAAGTCTAA--T-ATA--------ATATTGGATTAAAAATAATTTTGTATtattgtacgaaaacaatttatggttagctacattctgcctttcc
gi|12                         :    -TTCAAT---T----CTTTA-TAAGTTATTCA-G-TCCTCCGGCG-CACACACATTACA-----C--ATA--TAA---A-----A-----TGAG---ATATCAAA-CCA---TT---TATAC--GCGGT----TTAGA-ATT---CAA-GTAACTATGT-GTTACAGT-AG-A-GTA---TATTC-C--A-GTACA--A-CAGATA----GAGAGAAACA---A-------CATGACCAT-CA--A-TA--TACAT---T-AATCTTTGACAAAT-TGACTCTTTT-TGAT--GAGAACATAATAACCATACATGGCAA-----------TTCAGAAC-AATT---CATT------TGAA-GACA-
gi|16                         :    -TTCAAT---T----CTTAA-TGAATGATTCA-G-GC-TCTTACCACACATATATTACACATATAC-ATG--TAC---A-----A-----TATA---TTATCAAA-TCA---TT---AACAC--GCTAC----TTGGA-AAT---TAA-GTAACAATGT-ATTACATT-CA-A-ATA---CAaagatttatctgaatcactgcggtatataactaaaagtgaaatgtaattgatacagatttaggatagaactgtcattgattataa
gi|1                          :    -TTCAAC---TATAGTTTTA-TT-GTA--TCAAG-GCCAACGGCC-CATACACAATACA-----ATAATAAACAC---AT----A-----TATAC--AAAGCATAGTTG---TG---TGCACATGTGATA---TTGCT-ATG---TCA-GGTACTATAT-ATT-TAT---A-C-ACA---CATT--A--C-ATACAT------ATAC-AT-ACATA--TT--CAATTA-ACTA--ACTAGATA--C-C---T-TGT------ATGTGTGA---AT-T------TCT-TAATCTGAATGCATAATAAATAAACATTGCTA---AATTGCGT---ACAGT-ATTTTCATTTT------TACTAGACA-T--TTAT-----ATACTA--AAC-TT-GC-TCAAGTACGGGGA--TTCAA-----AAT-A--TTTCTTT-TGC-----AGATA----ATTTAAG-CGTAGCTCTCT-A--TA------TACATG---T--AAT--GGACA---TAC-TAGA---AA-----AA-A-GGGGTATTCTGT--TT-CAATAAGTAAAT---C-ACAGACTATGCAA------TA---ACG-----CAT-----TTCTCTCGGAACATTCAT---AT-------TTTTCAATCATTA---------AATGAG---AAGA-AGTTCTA-------AATGTAACAAT-ACT-CTG----TCTAAA-CT-TTAGT------ATGTCAAACT-GAAATTACA-TTTAatggtattaacaaagctgtcatggcaataaatataactctttgacaaa
gi|7                          :      TTAAT---T----CTTCA-TTAGTGATTCA-T-GGCTCCGATC-CAAACATATTACA-----T--ATA--TAC---ATT---A-----TATA---ATATCAAA-ACA---TT---AACAT--GCAGT----TTGGT-ATT---TAA-GTAACT-TAA-GTAAC------------------TT-A--A-GTACA------------ACGACATAAATAG-AAATAA-A--ATGGCCATATG--A--------AT---T-AATCTTTGACAAAT-TGGCTCCGTT-TGAT--AAAAGCATAATAAAGAGACATGACTA---CG---GGTTTTATAAC-AGTATTATTTT------TACATGACA-TAATATT-----AT-------AT-CT-ATATT--TTACTGAAAATTTTGA-----AAT-A--TTACTTT-GGA-----ATATA----A----AG-TG-A--TCT-T----AA------T-CATAATAA--AGT--AAAAA---TAT-CAGT----G-----AC-A-GTGATATTcactctctatacagtactaacttaatattctgtgagcaataagcatgccagatttgaatatattgatctttaagtctatttatatattgcacgacaaacaatttatggttagctacattctacctttccaaaacatacctaaatccatatctataccaattcatacgaacaatagacacccaatttttgtacccttgtttgtcaaaatatttaagcataaaattgtttaacatatctagtattttgtaaactcaatattctttaccaaaacttaatataacgtttagcagctactatatacataggatagctctcacaatctccaataactgcagcattacaagatctaaatggtgcattcatatatcttatacatgcattaatatgtacacgttcaacgcaatcacgttgttctagaccctacaatt
gi|6                          :     gTCAAT---T----CTTTA-TTATTGATTCA-G---CTT--GCT-GACCCACATGGCA-----C--ATA--CAC---A-----G-----TATG---TTA------TCA---TT---TATAT--GCGAT----TTGGA-AAT---TAA-GT-A--ATAA-ACTACA----A-A-GTA---TA-----------ACAT-T-CAAATACTAAG-TATTAACA------AA-A--ATAACAATATA--T-A---TATAT---T-AATCTTTGACAGAA-TGGCC-CATT-TGAT--GTAAGCGTTACACAGA-------CTA---CA---TGTTGTATTAC-ACTTTGATGTT-------ACATTATA-TGATTAT-----ATA--T--ATC-TT-GT-TT--------------ATGC-----AAC-A--TTTCTTT-GGA------------------------------T-T------------T-CGT-------AGT--G--C----TGT-TGAT---AA-----AA-T-ATGATATCT-GT-CCT-CAAT---TATTTG--T-ACA----ATCAAAAC---ATA--GACG-----TCT-----TTCTTTTGACAT---TATCAAAG---GTAAGCCTCGTTCTATAA--AAAGACAGCGAA---AAGC-GCTCCCA-------AAAGA-----TAATA-TTGA---TCTAAACCCCTTTAA------AT------TC-AA---TATA-TTTAAATAAGGTTTCATAATTAGTTCTGATTTAAAATGACTATTCAA-ATTTTA-TTTTGCATTA-CCATCC-ACCATTC--CAACTCCGAC-----TTATATTC-------------ATCT-GCAAGTCTTATATATCGGTTTAAAACCAAGTTTGCATTATCTTCATTATGGTGTTCCCAAACAattgaagttaacttttgtatttaaataatgttccatagttagctactacaaatttaattttgtatttaagtaatgttccctagttaattttgatttgatttagaatgtttatacaagtttaatttttgtatttaaataatgttccatagttagttctgatttaatttgctactacaagtttagtttttgt
gi|23                         :      TCAAT---T----CTTTA-TAAGTGACTCA-G-GCCTCCGGCC-CACACACATTACA-----T--ATG--TAC---A-----A-----TATA---ATAACACA-TCA---TT---TACAC--GTGAT----TTGGA-ATT---TTtata
gi|8                          :       CAAT---T----CTTTA-TTAGTGACTCA-G-GCCTCCGGCC-CACACAAATTACA-----T--ATA--TAC---A-----A-----TATA---ATAGCACA-CCA---TT---TACAC--GTGAT----TTGGA-ATT---TTA----ACTATAC-ATTACATT-CA-A-ATA---CATTT-A--A-ATACAT-T-AAAAAAATATGACATAAACA--TAATAATATCATGACCATATA--A-T---GATAT---T-AATCTTTGACCAAT-TGGCTTCTTT-TGAT--AAAAGCATAATAAAGAAACATAGCTA---CA---CATTTTATAAC-ATTTTCACATT------TACATGACA-TAATAAT-----ATA--G--AAC-TT-GT-TT--TTACTGGGAAGTGTGA-----AAT-A--TTTCTTT-GGA-----ATATA----A----AG-AG-A--TCT-T-A--AA------T-CATGATAT--AGT--GGACA---TAT-CAGTA--AA-----AA-A-ATGATATTC-GT-CTT-CAATTAATGTTT---T-ACA----ATGAAAAC---ATA--GACG-----TCT-----TTCTTTTGGAATACCTAT---AT---GTCTTCCTCGTTCTATAA--GTAGACAATGAG---ATGA-GGTTCTA-------AATGC-----T-ACC----ATATTCTA
gi|2                          :           ---T----TTTTA-TT--TGCATCAAG-GCCACCGGCC-CATACACAATACA-----ATAATA--AAC---A-----AATATATATA---AT-GCATA-GTA---GTGTGCACAT--GTGATACAGTT----ATG---TCA-GTTACTA--A-ATTA--------A-ATA---TATTT-AT-ACACACAT-TACATATA-TAT-ACATACATATTCAATAA-ACTA--ACTAGATAC-A-T---T---T---T-A-TGTGTGA---AT-T----TCTCAATG-T--GAAAGCATAATATATAAACATTGCTA---AATTGCGT---ACAAT-ATTTTCATTTT------TACTAGCCA-T--TAAT-----ATATCA--AAC-TT-GC-TCAAGGACGGGGA--TTCAA-----AAT-A--TTTCTTT-GGC-----AGATATTTTA----AG-CG--------T-A--GA------T-CTCTATAT--AAT--GGACA---TAC-TAGA---AG-----AA-A-GTGGTATT--GTGTTT-CAATAAGTAAAT---C-ACA------GAATATGCAATA---ACG-----CAT-----TTCTCTTGGAATATTCAT---ATGACGTCCTTTTCGATCATT-----TAGG-AATGGG---AAGA-AGTTCTA-------AATGT-----A-AC----AATACTCTG----TCTTAACTTTAGTATG-----TT-AA---TATATTTTAAATATGGTTCGAAACTGAAATCACATTTAAACTCTCTATACAGTACTA-ACTT----ATTATTCT-GTGAGCAATCAGC-ATGCCAGCTTTGAATATATTG-------------ATTT-TTA--------A-GTCTATTTAT-----ATATTGTAT
gi|11                         :         gt---T----TTTTA-TT--TGCATCAAG-GCCACCAGCC-CATACACAATACA-----ATTATA--AAC---A-----AATATATACA---AT-GCAGA-GTA---GTGTGCACAT--GTGAT----------AT------A-GTTA-TGTCA-GTTAC--T----A-ATA---TATTT-A--T-ACACACAT-TACATA-TAT---ATACACATTCAATAA-ACTA--ACTAGATA--C-C---T-CGT------ATGTGTGA---AT-T----TCTCA-GAGT--CAATGCATAATATATAAACATTGCTA---AATTGCG---TACAAT-ATTTTCATTTT------TACTAGACA-T--TAAT-----ATATTA--AAC-TT-GC-TCAAGGACGGGGA--TTTAA-----AAT-A--TTTCTTT-GG---------CA----G----AGATG-A--TTT-T-A--AGCGTAGCT-CTTTATAT--AAT--GAACA---CAgacaaacaatttatggtaagctacaaattcatacgaacagaagacatccaatttttgtacccttgttcgtcaaaatatttaaacatatcataacattttttaacatatctagtatttggtaaactcaatattcttaaccaaaaagtaatacaacgtttagcagctactatatgtatgcataggattcatctcacagactcccataactgcggcattacaagatttaaatggtgcattcatatatcttttacatgcataaatatgtacacgttcaacgcaatcacgttgttctagaccccacaatt
gi|19                         :            ctttatttTTTAATTAATGATTCA-A-GCTTCTGGCT-GATGTACATAACG-----T--AT----AC---A-----G-----TATA---TTGTCAGG-TCA---TT---TACAC--ATGAT----TTGGA-AAT---GAA-GAAACC-TAA-GTAACATTACA-A-ATATGGTAATT-AT-A-ATGCAT-cta
gi|18                         :                    aattaataGCGACCCA-G-GACTCCGGCC-TATACGCATAACC-----C--AT---TACTCCA-----A-----TGTATCGAT-GCA-A-TCA---TT---TACAC--GCGAT----TCGGACAT---------------TAA-GTTACAT---------------TTT-ATCA-ATACAT-T-TAGATACCACGACATTAACA---AATAG-ATCATGGCAATATAT-A-T---TATAgccttttgtgaaaatatg
gi|10                         :                               atatA-G-GCCACCGGCC-CATACACAATACAAT---A--ATA--AAC---AAATATA-----TACA---AT-GCATA-GTAGTGTG---CACAT--GTGAT----AT--A-ATTATGTCA-GTTACTA-A----TACATT-TATACACA---CATTTCA--C-ATATAT-A-TATATA-TAT-ACATAGATATTCAATAA-A--ATAACTAGATACCG-TCTATGTGT---G-AATTTCT---CAATGTGA------T-TG---------CATAATTTATAAACATTGCTA---AA---TTTCGTACAGT-ATTTTCATTTT------TACTAGACATTAATATT-----TTA-----AAC-TT-GC-TCAAGGACGGGGA--TTCAA-----AAT-A--TTTCTTT-GGC-----AGATATTCTA----AG-CG--------T-AGCAC------T-C-T-ATAT--AAT--GGACA---TATATACTTGAAG-----AA-A-GTGGTATTCTGT--TT-CAATa
gi|9                          :                                                                                                                      ttaattttaatttatatttatcaA-ATT---TTA-GTAACAATAA-ATTACATT-CA-A-ATA---CACTT-G--A-ATACAT-T-CAAATACTTTGACATAAACA--TAATAATATCACGACCATATA--A-T---TATAT---T-AATCTTTGACCAAT-TGGCTTCTTT-TGAT--AAAAGCATAATAAATAAACAAAGCTA---CA---CATTTTATAAC-ATTTTCACATT------TGCATGACA-TAGTAAT-----ATA--G--ATC-TT-GA-TT--TTACTGGGAAGTGTGA-----AAT-A--TGTCTTT-GGA-----ATATA----A----AG-TG-A--TCA-T-A--AA------T-CATGATAT--AGT--GGACA---TAT-CAGA---AA-----AA-A-ATGATATTC-GT-CTT-CAATGAATGTTT---T-ACA----ATG-AAAC---ATA--GACG-----CCT-----TTCTTTTGGAATACCTAT---AT---GTCTTCCTCGTTCAATAA--GTAGACAATGAG---ATGA-GGTTCTA-------AATGC-----T-TCCATTGATATTCTAAATCTCTTTAC------AT------CT-AA---TACA-TTTAAATAAGGTTCCATAATAAtagtta
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                               tATAT---T-AATCTTTGACAAAT-TGCTCCCTTT-TGGT--GAAAGCATAATAACGAAACGTGGCTC---TA---TGTTTTA-AACTATTTTCATATT------TACCTGACA-TGATACT-----TTA-----AACATT-AT-TC--TAACAGGGAAGTTTGA-----AATAA--TA-CTTT-GGA-----
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                             aaaATAT---T-AATCTTTGACAAAT-TGCTCCCTTT-TGGT--GAAAGCATAATAACGAAACGTGGC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        taggcaacatatctgttaaaagctgtaaaAAGGTACATGGCAA---CA---TGATCTATAAC-ATTTTCATGTT------TACATTACA-TAATTAA-----ATC--A--AAG-TT-AT-TG--TTGTTAGGAAGCCGGA-----ACT-A--GTTATCC-GGA-----ATATA----T----TA-CG-G--TCT-A-A--AT------T-TCTCATAC--AAT--GGACA---TAT-ATGT---AAAAGTCAA-A-ATGATATTC-GT-TTT-CAAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -ATTTTTACATTATAAATTA-ATGACA-TAATAATTTAACATA--A--AAT-TTTGT-TT--TTCCTGGAAATCTTTA-----TAT-AATTTTTTTT-ATATTTTGACATA----A----AA-TG-A--TCT-TTA--AA------T--ATGATATCTAAT--GGATAATTTGT-CA-----AA-----AA-ATATGATGTGC-CT-CTT-CTATTAATTTTT---TTACA-----TGAAAAC---AT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   caatatattttcaaata-----AAT-A--TGTATTTCGGA-----ATGTA----G----AC-TG-T--TCT-T-A--AA------T-CCGTATAG--AAA--GGACA---TAT-CAAA---AT-----AA-A-ATTATATGC-AT-TAT-CTATAATCGTCT-------A----AGGTACAC---ATAATGA-G-----CCT-----Tcttcctcattctataagtag
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CT-T-A--AA------T-C--GGTAT--AGAAAGGGCA---TAC-CAGA---AA-----AAAA-ATGATATCC-AT-CTT-CAAATATTGCCTAAGT-ACA----AT-----C---ATACTGA-GTATTTCCTCTGACTTCTTTT--AATATTCTC---AT---GTATGCCTGTTTCAATAA--ATAGCTTATGGG---ATGACAATTTTATTTTTGCAATGA-----T-ATT-TCTGTAT--TAAATGT-----T------AT------CT-AA---CATA-GTTAGATacgtctgacttctttcaata
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttagatatgatttacaaaatgcagtactgatttaaatcAACAC---ATA--AACA-----TCT-----TTCTTTTGGG----CCAA---AT---GCTTTCCATTTTCTATAG--GTAGACAACAAGGACATG-----TTTA-------AATGC-----T-GTCGTTTTCATTCTAAATTTCTTAAC------AT------CC-AA---TAAATTTTAAGTAAGGTTCC

Unaligned ( gi|14 ): AACTTTATTTTTTTTTTATATCAAGGCCACCGGCAATAATAAACAAATATATACAATGCATAGAAGTGTGCACATGTGATATAGTTATATCAGTTACTCATATATTTATACACACATTACAAATATATATATACATACATATTTAATAATCTAACTAGATACCTTGTATGTATGAATTTCTCATTGTGAATGCATAATATATAAACATTGCTAAATTGCGTACA
Unaligned ( gi|24 ): GCAATAGTCAGATATATACAATGATGCTGTGTGAGAAATGTATTATTTAGTTATATAACAATTACACATATACATTTTGTACATACATTGC
Unaligned ( gi|26 ): TTTACCTGCATTAAGGTCAGCGGCCCATGCACACATATACATGTATTCAATATATACATAATATGTGTAGGCATACGTGTGATAC

lowQualScore                  :                                                                                               111          222222222222         11           1111111111                                             11111111           11111               11111         111      1111           111111             111   11                                        11111111                                 11            222           222        11                                2222      1111                                                                                            11111   11111             222                                                                               1111111     11111   22222                   111111            1                                                          3333    1111111      111                          8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888      1          1                    
lowQualScore                  :                                  5     555  6666       3   22   7 2   0      2  33       2    666     777  777777777777    444  44  4 1   33 9999999999     1   8888    22  4444 2   2   55555      22222222   444  0  55555      444  2   77777     3   999  3   1111 77    0   555555   5         444   11   00    33 33            0 1      1    66666666   66  3   2        1     55     11    77777   000   0  2 1  111   3    44 333     33       2  777777 2   4444   44 2222   2 4444  777777 2 666    33        444   2  555 33  77777   44        6  66  3    1 5   1 33333   22222  1 5  555   111 1 99999   99999             1       0       5   1    44    1       1  4       3333333     00000   33333        1 66 1  2  222222  4  4    1 3       3        1 1 0  1  1        1 22        99    3    1111    5555555 1  1 666  44          77          2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222      3  9    3  0    3  999          
lowQualScore                  :                                  .     ...  ....       .   ..   . .   .      .  ..       .    ...     ...  ............    ...  ..  . .   .. ..........     .   ....    ..  .... .   .   .....      ........   ...  .  .....      ...  .   .....     .   ...  .   .... ..    .   ......   .         ...   ..   ..    .. ..            . .      .    ........   ..  .   .        .     ..     ..    .....   ...   .  . .  ...   .    .. ...     ..       .  ...... .   ....   .. ....   . ....  ...... . ...    ..        ...   .  ... ..  .....   ..        .  ..  .    . .   . .....   .....  . .  ...   ... . .....   .....             .       .       .   .    ..    .       .  .       .......     .....   .....        . .. .  .  ......  .  .    . .       .        . . .  .  .        . ..        ..    .    ....    ....... .  . ...  ..          ..          ................................................................      .  .    .  .    .  ...          
lowQualScore                  :                                  0     000  1111       4   77   1 4   2      4  22       4    222     444  888888888888    111  99  1 0   22 9999999999     3   3333    99  5555 9   9   00000      44444444   777  2  88888      888  1   88888     4   888  1   2222 44    4   444444   0         555   55   99    00 99            1 0      9    88888888   66  4   9        0     88     22    11111   777   1  9 6  111   8    55 888     77       7  333333 4   3333   44 9999   7 9999  777777 7 555    77        777   9  000 99  11111   44        2  44  1    0 0   0 22222   11111  2 4  888   555 4 11111   11111             4       1       0   0    77    6       0  0       0000000     00000   44444        9 33 1  1  888888  4  4    7 3       4        0 3 4  0  0        0 00        22    3    7777    5555555 0  0 333  77          77          0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000      3  8    0  5    0  888          
consensus                     :                               CAA-TTCAA---TT----CTTTATTAGTGACTCA-G-GCCTCCGGCC-CA--CACACAT-TACAN--ATATA---CA------A-----TATA---ATAGCANANCAT--T---T------ACACGCGAT----TTGGA-ATT---TNAGTNACTATAA-ATTACATT-CA-A-ATA---CATTTA--A-ATACAT-T-CANATACTATGACATAAACA--CAA-TAA-ACCATGACCATATA-AT-TATATTAATCTTTGAC-AATTGGCTCCTTTTGA-T--GAAAGCATAATAAANAAACATNGCTA---CA---CGTTTTACAAC-ATTTTCATNTTTACNTGACATAATAAT-----ATA---AAACTT-GCTC--TTACNGGGAAGTTCGAAATA--TTTCTTT-GGA-----ATATA----AAG-CG-A--TCT-T-A--AA------T-CNTNATAT--AATGGACA---TAT-CA---G-AAA-----AAAG-TGATATTC-GT-CTT-CAATNAGTGTTT---T-ACA----ATGAAAAC---ATA--GACG-----CCT-----TTCTTTTGGAATACCCATATGTCTTCCTCGTTCNATAA-GTAGACAATGAGANGA-GGTTCTA-------AATGC-----TACC-TTGATATTCTAAATCTCTTAAC------AT-CT-AATATA-TTTAAATAAGGTTCCAAAATGAGNTCNCGTTTAAANTNTCTATACAA--TACTAACTTT--CATTA-TCCGCGANCAATCAGCACGCCAGCTTTGA-NTATATTGATC-----------TNTA--------ATGTCTG-TTT------------A-------------AAA-CAATTT-TGTATTANCTACATTNTGCCGTTCCCAAACA
Reference ( family-2229 )     :                               CAA-TTCAA---TT----CTTTATTAGTGACTCA-G-GCCTCCGGCC-CA--CACACAT-TACAN--ATATA---CA------A-----TATA---ATAGCANANCAT--T---T------ACACGCGAT----TTGGA-ATT---TNAGTNACTATAA-ATTACATT-CA-A-ATA---CATTTA--A-ATACAT-T-CANATACTATGACATAAACA--CAA-TAA-ACCATGACCATATA-AT-TATATTAATCTTTGACNAATTGGCTCCTTTTGA-T--GAAAGCATAATAAANAAACATNGCTA---CA---CGTTTTACAAC-ATTTTCATNTTTACNTGACATAATAAT-----ATA---AAACTT-GCTC--TTACNGGGAAGTTCGAAATA--TTTCTTT-GGA-----ATATA----AAG-CG-A--TCT-T-A--AA------T-CNTGATAT--AATGGACA---TAT-CA---G-NAA-----AAAG-TGATATTC-GT-CTT-CAATNAGTGTNT---T-ACA----ATGAAAAC---ATA--GACG-----CCT-----TTCTTTTGGAATACCCATATGTCTTCCTCGTTCNATAA-GTAGACAATGAGANGA-GGTTCTA-------AATGC-----TACC-TTGATATTCTAAATCTCTTAAC------AT-CT-AATACA-TTTAAATAAGGTTCCANAATGAGNTCNCGTTTAAANTNNCTATACAA--TACTNACTTTT-CATTA-TCCNCCANCANTCAGCACGCCAGCTTTGA-NTATATTGATC-----------TNTA--------ATGTCGG-TTT------------A-------------NAA-CAATTT-TGTATTATCTTCATTATGGTGTTCCCAAACA
gi|1                          :                                  -TTCAA---CTATAGTTTTATT-GTA--TCAAG-GCCAACGGCC-CA--TACACAA-TACAATAATAAA---CAC-----A-----TATA----TA-CAAAGCATAGT---TGTGTGCACATGTGATA---TTGCT-ATG---TCAGGTACTATAT-ATT-TAT---A-C-ACA---CATT--------ACAT-A-CATATAC-AT-ACATA--TT--CAA-TTA-ACTA--ACTAGATA-CC-T-TGT--ATGTGTGA---ATT------TCTTAA-TCTGAATGCATAATAAATAAACATTGCTA---AATTGCGT---ACAGT-ATTTTCATTTTTACTAGACAT--TTAT-----ATACT-AAACTT-GCTCAAGTACGGGGA--TTCAAAATA--TTTCTTT-TGC-----AGATAATTTAAG-CGTAGCTCTCT-A--TA------TACATG---T--AATGGACA---TAC-TA---G-AAA-----AAAG-GGGTATTCTGT--TT-CAATAAGTAAAT---C-ACAGACTATGCA------ATA---ACG-----CAT-----TTCTCTCGGAACATTCATAT---TT-----TTCAATCA-TTA---AATGAGAAGA-AGTTCTA-------AATGT-----AAC----AATACTCTG----TCTAAAC-------T-TT-AGTATG-T-------------CAAACTGAAATTACATTTACACTCTCTATACAG--TACTAACTT----AATATTCTGTGAGCAATAAGCATGCCAGATTTGA-ATATATTGATC-----------TTTA--------A-GTCTA-TTT------------ATATATTGCACGACAAA-CAATTTATG-GTTAGCTACATTCTACCTTTCCAAAACA
gi|10                         :                                                                A-G-GCCACCGGCC-CA--TACACAA-TACAATAATAAA---CA------AATATATACA---AT-GCATAGTAG--TGTGC------ACATGTGAT----AT--A-ATTATGTCAGTTACTA----AT-ACATT-TATACACA---CATTTC--ACATATAT-A-TATATA-TAT-ACATAGATATTCAA-TAA-A--ATAACTAGATA--C-CGTCT--ATGTGTGA---ATTT-CTCAATGTGA-T--T---GCATAATTTATAAACATTGCTA---AA---TTTCGTACAGT-ATTTTCATTTTTACTAGACAT--TAAT-----ATTTT-AAACTT-GCTCAAGGACGGGGA--TTCAAAATA--TTTCTTT-GGC-----AGATATTCTAAG-CG--------T-AGCAC------T-CT--ATAT--AATGGACA---TATATACTTG-AAG-----AAAG-TGGTATTCTGT--TT-CAATTAGTtacctaaatccatatctataccaattcatacgaacaatagacacccaatttttgtacccttgtttgtcaaaatatttaagcataaaattgtttaacatatctagtattttgtaaactcaatattctttaccaaaacttaatataacgtttagcagctactatatacataggatagctctcacaatctccaataactgcagcattacaagatctaaatggtgcattcatatatcttatacatgcattaatatgtacacgttcaacgcaatcacgttgttctagaccctacaatt
gi|11                         :                 ttaattttaatttatatttatca---TT----TTTTATT--TGCATCAAG-GCCACCAGCC-CA--TACACAA-TACAA--TTATAAA-CA------AATATATACA---AT-GCAGAGTAG--TG--T------GCAC---AT----GTGAT-AT------AGTTA-TGTCA-GTTAC--T----A-ATA---TATTTA--T-ACACACAT-TACATA-TAT---ATACACATTCAA-TAA-ACTA--ACTAGATA-CC-T-CGT--ATGTGTGA---ATT---TC--TCAGAGT--CAATGCATAATATATAAACATTGCTA---AATTGCGT---ACAAT-ATTTTCATTTTTACTAGACAT--TAAT-----ATATT-AAACTT-GCTCAAGGACGGGGA--TTTAAAATA--TTTCTTT-GG---------CA----GAGATG-A--TTT-T-A--AGCGTAGCT-CTTTATAT--AATGAACA---CAta
gi|12                         :                           ctttatt-TTCAA---TT----CTTTATAAGTTATTCA-G-TCCTCCGGCG-CA--CACACAT-TACAC--ATATA---AA------A-----TGAG---ATATCAAACCAT--T---T------ATACGCGGT----TTAGA-ATT---CAAGTAACTATGT-GTTACAGT-AG-A-GTA---TATTCC--A-GTACA--A-CAGATA----GAGAGAAACA---A--------CATGACCAT-CA-ATATACATTAATCTTTGACAAATTGACTCTTTTTGA-T--GAGAACATAATAACCATACATGGCAA-----------TTCAGAAC-A-ATTCATTTcta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CT-T-A--AA------T-CGGTATAG--AAAGGGCA---TAC-CA---G-AAA-----AAAAATGATATCC-AT-CTT-CAAATATTGCCTAAGT-ACA----AT-----C---ATACTGA-GTATTTCCTCTGACTTCTTTT--AATATTCTCATGTATGCCTGTTTCAATAA-ATAGCTTATGGGATGACAATTTTATTTTTGCAATGA-----TATT-TCTGTAT--TAAATGT-----T------AT-CT-AACATA-GTTAGATgaagacaaagatttatctgaatcactgcggtatataactaaaagtgaaatgtaattgatacagatttaggatagaactgtcattgattataa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttagatatgatttacaaaatgcagtactgatttaaatcTTA-ATGACATAATAATTTAACATA---AAATTTTGTTT--TTCCTGGAAATCTTTATATAATTTTTTTT-ATATTTTGACATA----AAA-TG-A--TCT-TTA--AA------T--ATGATATCTAATGGATAATTTGT-CA---A-AAA-----ATA--TGATGTGC-CT-CTT-CTATTAATTTTT---TTACA-----TGAAAAC---AT
gi|16                         : caatatattttcaaataatttttacattataaa-TTCAA---TT----CTTAATGAATGATTCA-G-GC-TCTTACCACA--CATATAT-TACAC--ATATA---CATGTACAA-----TATA---TTATCAAATCAT--T---A------ACACGCTAC----TTGGA-AAT---TAAGTAACAATGT-ATTACATT-CA-A-ATA---CActtcctcattctataagtag
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ACATGGCAA---CA---TGATCTATAAC-ATTTTCATGTTTACATTACATAATTAA-----ATC---AAAGTT-ATTG--TTGTTAGGAAGCCGGAACTA--GTTATCC-GGA-----ATATA----TTA-CG-G--TCT-A-A--AT------T-TCTCATAC--AATGGACA---TAT-AT---G-TAAAAGTCAAAA-TGATATTC-GT-TTT-CAATatggtattaacaaagctgtcatggcaataaatataactctttgacaaa
gi|18                         :                                                    aaggtGCGACCCA-G-GACTCCGGCC-TA--TACGCAT-AACCC--AT-TACTCCA------A-----TGTATCGAT-GCA-ATCAT--T---T------ACACGCGAT----TCGGACAT--------------TAA-GTTACAT---------------TTTATCA-ATACAT-T-TAGATACCACGACATTAACA---AA-TAG-ATCATGGCAATATATAT-TATA
gi|19                         :                            atatAA-TT-AA---TA----TTTAATTAATGATTCA-A-GCTTCTGGCT-GA--TGTACAT-AACG----TATA---CA------G-----TATA---TTGTCAGGTCAT--T---T------ACACATGAT----TTGGA-AAT---GAAGAAACC-TAA-GTAACATTACA-A-ATATGGTAATTAT-A-ATGCAT-a
gi|2                          :                                        ---TT----TTTTATT--TGCATCAAG-GCCACCGGCC-CA--TACACAA-TACAATAATAAA---CA------AATATATATA---AT-GCATAGTAG--TGTGC------ACATGTGATACAGTT----ATG---TCAGTTACTA--A-ATTA--------A-ATA---TATTTAT-ACACACAT-TACATATA-TAT-ACATACATATTCAA-TAA-ACTA--ACTAGATACAT-T---TTA-TGTGTGA---ATT---TCTCAATG--T--GAAAGCATAATATATAAACATTGCTA---AATTGCG---TACAAT-ATTTTCATTTTTACTAGCCAT--TAAT-----ATATC-AAACTT-GCTCAAGGACGGGGA--TTCAAAATA--TTTCTTT-GGC-----AGATATTTTAAG-CG--------T-A--GA------T-CTCTATAT--AATGGACA---TAC-TA---G-AAG-----AAAG-TGGTATT--GTGTTT-CAATAAGTAAAT---C-ACA------GAATATGCAATA---ACG-----CAT-----TTCTCTTGGAATATTCATATGACGTCCTT-TTCGATCATTTAGG-AATGGGAAGA-AGTTCTA-------AATGT-----AAC----AATACTCTG----TCTTAACTTTAGTATGTT-AATATATTTTAAATATGGTTCGAAACTGAAATCACATTTAAACTCTCTATACAG--TACTAACTT----ATTATTCTGTGAGCAATCAGCATGCCAGCTTTGA-ATATATTGATT-----------TTTA--------A-GTCTA-TTT------------A-------------T-----ATAT-TGTATgccttttgtgaaaatatg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      gATATTAATCTTTGACAAATTGCTCCCTTTTGG-T--GAAAGCATAATAACGAAACGTGGCTC---TA---TGTTTTA-AACTATTTTCATATTTACCTGACATGATACT-----TTA---AACATT-ATTC--TAACAGGGAAGTTTGAAATA--ATACTTT-GGA-----gacaaacaatttatggtaagctacaaattcatacgaacagaagacatccaatttttgtacccttgttcgtcaaaatatttaaacatatcataacattttttaacatatctagtatttggtaaactcaatattcttaaccaaaaagtaatacaacgtttagcagctactatatgtatgcataggattcatctcacagactcccataactgcggcattacaagatttaaatggtgcattcatatatcttttacatgcataaatatgtacacgttcaacgcaatcacgttgttctagaccccacaatt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aaaAACAC---ATA--AACA-----TCT-----TTCTTTTGGG----CCAAATGCTTTCCATTTTCTATAG-GTAGACAACAAGGACA-TGTT-TA-------AATGC-----TGTCGTTTTCATTCTAAATTTCTTAAC------AT-CC-AATAAATTTTAAGTAAGGTTCC
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        caacAATA--TGTATTTCGGA-----ATGTA----GAC-TG-T--TCT-T-A--AA------T-CCGTATAG--AAAGGACA---TAT-CA---A-AAT-----AAAA-TTATATGC-AT-TAT-CTATAATCGTCT-------A----AGGTACAC---ATAATGA-G-----CCT-----Tgtta
gi|23                         :                                    TCAA---TT----CTTTATAAGTGACTCA-G-GCCTCCGGCC-CA--CACACAT-TACAT--ATGTA---CA------A-----TATA---ATAACACATCAT--T---T------ACACGTGAT----TTGGA-ATT---Tacgtctgacttctttcaata
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATATTAATCTTTGACAAATTGCTCCCTTTTGG-T--GAAAGCATAATAACGAAACGTGGCt
gi|26                         :                                   taggcaacatatctgttaaaagctgtaaaA-G-GTCAGCGGCC-CATGCACACATATACAT--GTATT---CA------A-----TAT----ATA-CATAATAT--
gi|27                         :                  tttacctgcattaCAA-TTCAA---TT----CTTTATTAGTGACTCA-G-ACCTCAGTCC-CA--CAATAAT-TACAC--ATATA---TA------A-----TATA---TTATCACATCAT--T---T------ACgtgtaggcatacgtgtgatac
gi|3                          :                               CAA-TTCAA---CT----CTTTATTAGTGACTCA-G-GCCTCCGGCC-CA--CACACAT-TACAA--ATGCA---CA------A-----TATA---ATAGCACATCAT--T---T------ACACGTGAT----TTGGA-ATT---TTAGTTACTATAA-ATTACATT-CA-A-ATA---CATTTA--A-ATACAT-T-CAAATACTATGACATAAACA--CAA-TAA-ATCATGACCATATA-AT-TATATTAATCTTTGACCAATTGGCTTCTTTTGA-T--AAAACCATAATAAAGAAACATAGCTA---CA---CGTTTTATAAC-ATTTTCACATTTACATGACATAATAAT-----ATA---GAACTT-GTTT--TTACTGGGAAGTGTGAAATA--TGTCTTT-GGA-----ATATA----AAG-TG-A--TCT-T-A--AA------T-CATGATAT--AGTGGACA---TAT-CA---G-TAA-----AAAA-TGATATTC-GT-CTT-CAATAAATGTTT---T-ACA----ATGAAAAC---ATA--GACG-----CCT-----TTCTTTTGGAATACCTATATGTCTTCCTCGTTCTTTAC-GTAGACAATGAGATGA-GGTTTTA-------AATGC-----TACC-TTGATATTCTAAATCTCTTAAC------AT-CT-AATACA-TTTAAATTAGGTTCCAAGATAAGTTCTTGTTTAAAATGTGTATATAAATTAC--ATTTTTGCATTA-TCCACTACCAATC--CACTCCAGCGTTGT-TTAAATTGA-------------TGTA--------ATATCTG-TTT------------AT------------AAA-CAATTT-TGTATTTTCAACATGATGCTGTTCCCAAACA
gi|4                          :                               CAACTTCAACCTTT----TTTTATTTGTA--TCA-ATGCAACCGACC-CA--TACACAA-TACAATAATAAA---CATAAT--A-----TACA---AT-GCATAGTAG--TGTGC------ACATGTGAT----ATAG----T---TATGCCATT-TAATATTATATT-TA-T-ACA---CACAT------TACAT-T-TATATAC-AT-ACATA--TT--CAA-TAA-ACTA--ACTAAATA-CC-T-TGT--ATGTGTGA---ATT---TCTCAATG--T--GAATGCATAATATATAAACATTGCTAAATTA---CGT---ACAAT-ATTTTCATTTTTGCCAGACA--ATAAT-----ATATTTAAA-TT-GCTCAAGGACGGGGA--TTCATAATA--TTTCTTT-GGC-----AGATATTTTAAG-CG--------T-A--GC------T-CTCTATAT--AATGGACA---TAC-TA---G-AAG-----AAAG-TGGTATTC--T-GTTACAATACGTAAAT---C-ACA------GAATAT---ACAATAACG-----CAT-----TTCTCTTGGAATATTCATATGACGTCCGTTTTCAACCA-TTAAAGAATGGGAAGA-AGTTCTA-------AGTGTAACAATACT-CTG----TCTAAA-CT-TTAGT------AT-GTCAATATATTTTAAAT-ACGTTCGAAACTGAAATTGCGTTTAAACTCTCTATACAA--TACTAACTT----ATTA-T--GTGAGCAAGCAGCATGCCAGTTTTGA-ATATATTGATC-----------TTTA--------G-GTCTA-TTTATATATTGTACGA-------------AAA-CAATTTATG-GTTAGCTACATTCTGCCTTTCC
gi|5                          :                               ttA-TTCAA---TT----CTTAATTAGTGACTCG-G-GCCTCCGGTC-CA--CACGCAT-TGCAT--ATATA---CA------A-----TACA---ATATCACAACAT--T---T------ACACGTGGT----TTGGA-ATT---TTAGTAACTATGC-ATTACATT-CA-A-ATA---CATTTA--A-ATACAT-T-CTAATACAAAGACA--AACA--TAA-TA---TCATGACCATAAA-AT-TATATTAATCTTTGACCAATTGGCTTCTTTTGA-T--GAAAGCATAATAAAGAAAAATAACTC---CA---CGTTTTATAAT-ATTTTCACATTTAC----------------------------TT-GTTT--TTACTGGGAAGTGTAAAATA--TT-CTTT-GGA-----ATATA----AAG-TG-A--TCT-T-G--AA------T-CATGATAT--AATGGACA---TAT-CA---G-TAA-----AAAG-TGACATTC-GT-CTT-CAATTAATGTTT---T-ACA----ATGAAAAC---ATA-------------------TTCTTTTGGAATACCTTTATGTCTTCCTCGTTCTATAA-GTAGACAATGAGATGA-GGTTCTA-------AATGC-----AACCATTGACATTCTAAATATC---AC------AT-TT-AATACA-TTTAAATAAGGTTCTACAATAAGTTCTTGTTTAAAATGGTTATATAA--ATTTAATTTTT-CATTA-CCCTCCACCATTC--CGCTCCAACTTTGC-TTAAACTGATCTATAAGTCTAATATA--------ATATTGGATTA------------A-------------AAA-TAATTT-TGTAT
gi|6                          :                                    TCAA---TT----CTTTATTATTGATTCA-G---CTT--GCT-GA--CCCACAT-GGCAC--ATACA---CA------G-----TATG---TTA-----TCAT--T---T------ATATGCGAT----TTGGA-AAT---TAAGTAA---TAA-ACTACA----A-A-GTA---TA----------ACAT-T-CAAATACTAAG-TATTAACA-------AA-A--ATAACAATATA-TA-TATATTAATCTTTGACAGAATGGC-CCATTTGA-T--GTAAGCGT--TACACAGAC-----TA---CA---TGTTGTATTAC-ACTTTGATGTT-ACATTATATGATTAT-----ATA---TATCTT-GTTT--ATGC------------AACA--TTTCTTT-GGA--------------------------T-T------------T-CGT-------AGTG--C----TGT-TG---A-TAA-----AATA-TGATATCT-GT-CCT-CAATTA---TTTG--T-ACA----ATCAAAAC---ATA--GACG-----TCT-----TTCTTTTGACATTATCAAAGGTAAGCCTCGTTCTATAA-AAAGACAGCGAAAAGC-GCTCCCA-------AAAGA-----TAATATTGAT---CTAAACCCCTTTAA------AT-TC-AATATA-TTTAAATAAGGTTTCATAATTAGTTCTGATTTAAAATGACTATTCAA--ATTTTATTTTG-CATTA-CCATCCACCATT-------CCAACTCCGACTTATATTCATC-----------TGCAAGTCTTATATATCGG-TTT------------A-------------AAACCAAGTT-TGCATTATCTTCATTATGGTGTTCCCAAACA
gi|7                          :                                    TTAA---TT----CTTCATTAGTGATTCA-T-GGCTCCGATC-CA--AACATAT-TACAT--ATATA---CATT----A-----TATA---ATATCAAAACAT--T---A------ACATGCAGT----TTGGT-ATT---TAAGTAACT-TAA-GTAAC------------------TTA--A-GTACA------------ACGACATAAATA--GAAATAA-A--ATGGCCATATG-A-----ATTAATCTTTGACAAATTGGCTCCGTTTGA-T--AAAAGCATAATAAAGAGACATGACTA---CG---GGTTTTATAAC-AGTATTATTTTTACATGACATAATATT-----AT-----ATCTA-TATT--TTACTGAAAATTTTGAAATA--TTACTTT-GGA-----ATATA----AAG-TG-A--TCT-T----AA------T-CATAATAA--AGTAAAAA---TAT-CA---G-T-G-----ACAG-TGATATTtata
gi|8                          :                                    gCAA---TT----CTTTATTAGTGACTCA-G-GCCTCCGGCC-CA--CACAAAT-TACAT--ATATA---CA------A-----TATA---ATAGCACACCAT--T---T------ACACGTGAT----TTGGA-ATT---TTA---ACTATAC-ATTACATT-CA-A-ATA---CATTTA--A-ATACAT-T-AAAAAAATATGACATAAACA--TAA-TAATATCATGACCATATA-AT-GATATTAATCTTTGACCAATTGGCTTCTTTTGA-T--AAAAGCATAATAAAGAAACATAGCTA---CA---CATTTTATAAC-ATTTTCACATTTACATGACATAATAAT-----ATA---GAACTT-GTTT--TTACTGGGAAGTGTGAAATA--TTTCTTT-GGA-----ATATA----AAG-AG-A--TCT-T-A--AA------T-CATGATAT--AGTGGACA---TAT-CA---GTAAA-----AAAA-TGATATTC-GT-CTT-CAATTAATGTTT---T-ACA----ATGAAAAC---ATA--GACG-----TCT-----TTCTTTTGGAATACCTATATGTCTTCCTCGTTCTATAA-GTAGACAATGAGATGA-GGTTCTA-------AATGC-----TACC----ATATTCTAattgaagttaacttttgtatttaaataatgttccatagttagctactacaaatttaattttgtatttaagtaatgttccctagttaattttgatttgatttagaatgtttatacaagtttaatttttgtatttaaataatgttccatagttagttctgatttaatttgctactacaagtttagtttttgt
gi|9                          :                                                                                                                                                                         A-ATT---TTAGTAACAATAA-ATTACATT-CA-A-ATA---CACTTG--A-ATACAT-T-CAAATACTTTGACATAAACA--TAA-TAATATCACGACCATATA-AT-TATATTAATCTTTGACCAATTGGCTTCTTTTGA-T--AAAAGCATAATAAATAAACAAAGCTA---CA---CATTTTATAAC-ATTTTCACATTTGCATGACATAGTAAT-----ATA---GATCTT-GATT--TTACTGGGAAGTGTGAAATA--TGTCTTT-GGA-----ATATA----AAG-TG-A--TCA-T-A--AA------T-CATGATAT--AGTGGACA---TAT-CA---G-AAA-----AAAA-TGATATTC-GT-CTT-CAATGAATGTTT---T-ACA----ATG-AAAC---ATA--GACG-----CCT-----TTCTTTTGGAATACCTATATGTCTTCCTCGTTCAATAA-GTAGACAATGAGATGA-GGTTCTA-------AATGC-----TTCCATTGATATTCTAAATCTCTTTAC------AT-CT-AATACA-TTTAAATAAGGTTCCATAATAA

Unaligned ( gi|14 ): AACTTTATTTTTTTTTTATATCAAGGCCACCGGCAATAATAAACAAATATATACAATGCATAGAAGTGTGCACATGTGATATAGTTATATCAGTTACTCATATATTTATACACACATTACAAATATATATATACATACATATTTAATAATCTAACTAGATACCTTGTATGTATGAATTTCTCATTGTGAATGCATAATATATAAACATTGCTAAATTGCGTACA
Unaligned ( gi|24 ): GCAATAGTCAGATATATACAATGATGCTGTGTGAGAAATGTATTATTTAGTTATATAACAATTACACATATACATTTTGTACATACATTGC

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   1111111111111111111111111111111111111111111                                           
lowQualScore                  :                                                                                               111            222222222222         11           1111111111                                             11111111           11111               11111         111      1111           22222222     11111          222222222222222                                   11111111                                 11            222           222        11                                2222                                                                                                   11111   11111             22222                                                                               1111111     2222222222222                      111111                                                                         3333    2222222                                        3    4444444444444444444444444444444444444444444          2                                
lowQualScore                  :                                  5     555  6666       3   22   7 2   0      2  33       2    666     33 444 777777777777    444  44  4 1   33 9999999999     1   8888    22  4444 2   2   55555      22222222   444  0  55555      444  2   77777     3   999  3   1111 77    0   00000000 2   55555       0  000000000000000     2 33            0 1      1    66666666   66  3   2        1     55     11    77777   000   0  2 1  111   3    44 333     33       2  777777 0   4444   33 9    2  9999999  1 1   888888888        444   777  555 2   66   2        6  66  3    1 5   0 33333   22222  1 5  555   11111 1 99999   99999             1       0       5   1    44    1       1  4       3333333     9999999999999    777    1 66 1  2  222222  4  4      8   4     0       1 1 0  1  1        1 1       6  3    888   1111    1111111 1     99  33          77           1   1    6666666666666666666666666666666666666666666   6      0 6 9    1       1    2          
lowQualScore                  :                                  .     ...  ....       .   ..   . .   .      .  ..       .    ...     .. ... ............    ...  ..  . .   .. ..........     .   ....    ..  .... .   .   .....      ........   ...  .  .....      ...  .   .....     .   ...  .   .... ..    .   ........ .   .....       .  ...............     . ..            . .      .    ........   ..  .   .        .     ..     ..    .....   ...   .  . .  ...   .    .. ...     ..       .  ...... .   ....   .. .    .  .......  . .   .........        ...   ...  ... .   ..   .        .  ..  .    . .   . .....   .....  . .  ...   ..... . .....   .....             .       .       .   .    ..    .       .  .       .......     .............    ...    . .. .  .  ......  .  .      .   .     .       . . .  .  .        . .       .  .    ...   ....    ....... .     ..  ..          ..           .   .    ...........................................   .      . . .    .       .    .          
lowQualScore                  :                                  0     000  1111       4   77   1 4   2      4  22       4    222     22 111 888888888888    111  99  1 0   22 9999999999     3   3333    99  5555 9   9   00000      44444444   777  2  88888      888  1   88888     4   888  1   2222 44    4   77777777 9   44444       7  666666666666666     9 99            1 0      9    88888888   66  4   9        0     88     22    11111   777   1  9 6  111   8    55 888     77       7  333333 6   3333   88 6    7  5555555  9 0   333333333        777   999  000 9   88   2        2  44  1    0 0   8 22222   11111  2 4  888   55555 4 11111   11111             4       1       0   0    77    6       0  0       0000000     7777777777777    000    9 33 1  1  888888  4  4      9   4     2       9 3 4  0  0        0 0       7  5    777   2222    2222222 0     88  22          77           0   8    5555555555555555555555555555555555555555555   7      0 7 8    0       0    5          
consensus                     :                               CAA-TTCAA---TT----CTTTATTAGTGACTCA-G-GCCTCCGGCC-CA--CACACAT-TACAN--ATATA--C---A------A-----TATA---ATAGCANANCAT--T---T------ACACGCGAT----TTGGA-ATT---TNAGTNACTATAA-ATTACATT-CA-A-ATA---CATTTA--A-ATACAT-T-CANATACTATGACATAAACA--CAA-TAA-ACCATGACCATATA--A-T---TATAT---T-AATCTTTGAC-A-A-TTGGCTCC-TTTTGA-T--GAAAGCATAATAAANAAACATNGCTA---CA---CGTTTTACAAC-ATTTTCATNTTTACNTGACATAATAAT-----ATA---AAACTT-GCTC--TTACNGGGAAGTTCGAAATA--TTTCTTT-GGA-----ATATA----AAG-CGATCTT-AAA------TCNTNATA------T--AATGGACA---TAT---CA---G-AAG--AAAGTGATATTC-GT-CTT-CAATNAGTGTTT---T-ACA----ATGAAAAC---ATA--G--ACG-----CCT-----TTCTTTTGGAATACCCATATGTCTTCCTCGTTCNATAA-GTAGACAATGAGANGA-GGTTCTA-------AATGC-----TACC-TTGATAT---TCTAAATCTCTTAAC------AT-CT-AATATA-TTT-AAATAAGGTTCCAAAATGAGNTCNCGTTTAAANTNTCTATAC-AATACTA-A-CTT---CATTA-TCCGCGANCAATCAGCACGCCAGCTTTGA-NTATATTGATCTNTAA-GTCT-------------ATTT------------AT------------AAA-CAATTTAT-GTATTAGCTACATTNTGCCGTTCCCAAACA
Reference ( family-2229 )     :                               CAA-TTCAA---TT----CTTTATTAGTGACTCA-G-GCCTCCGGCC-CA--CACACAT-TACAN--ATATA--C---A------A-----TATA---ATAGCANANCAT--T---T------ACACGCGAT----TTGGA-ATT---TNAGTNACTATAA-ATTACATT-CA-A-ATA---CATTTA--A-ATACAT-T-CANATACTATGACATAAACA--CAA-TAA-ACCATGACCATATA--A-T---TATAT---T-AATCTTTGAC-A-A-TTGGCTCC-TTTTGA-T--GAAAGCATAATAAANAAACATNGCTA---CA---CGTTTTACAAC-ATTTTCATNTTTACNTGACATAATAAT-----ATA---AAACTT-GCTC--TTACNGGGAAGTTCGAAATA--TTTCTTT-GGA-----ATATA----AAG-CGATCTT-AAA------TCNTNATA------T--AATGGACA---TAT---CA---G-AAA--AAAGTGATATTC-GT-CTT-CAATNAGTGTTT---T-ACA----ATGAAAAC---ATA--G--ACG-----CCT-----TTCTTTTGGAATACCCATATGTCTTCCTCGTTCNATAA-GTAGACAATGAGANGA-GGTTCTA-------AATGC-----TACC-TTGATAT---TCTAAATCTCTTAAC------AT-CT-AATATA-TTT-AAATAAGGTTCCAAAATGAGNTCNCGTTTAAANTNTCTATAC-AATACTA-A-CTTT--CATTA-TCCGCGANCAATCAGCACGCCAGCTTTGA-NTATATTGATCTNTAATGTCT-------------GTTT------------A-------------AAA-CAATTT-T-GTATTANCTACATTNTGCCGTTCCCAAACA
gi|1                          :                                  -TTCAA---CTATAGTTTTATT-GTA--TCAAG-GCCAACGGCC-CA--TACACAA-TACAATAATAAA--C---AC-----A-----TATA----TA-CAAAGCATAGT---TGTGTGCACATGTGATA---TTGCT-ATG---TCAGGTACTATAT-ATT-TAT---A-C-ACA---CATT--------ACAT-A-CATATAC-AT-ACATA--TT--CAA-TTA-ACTA--ACTAGATA--C-C---T-TGT------ATGTGTGA----A-TT-------TCTTAA-TCTGAATGCATAATAAATAAACATTGCTA---AATTGCGT---ACAGT-ATTTTCATTTTTACTAGACAT--TTAT-----ATACT-AAACTT-GCTCAAGTACGGGGA--TTCAAAATA--TTTCTTT-TGC-----AGATAATTTAAG-CG----T-AGC------TCTCTATATACATGT--AATGGACA---TAC---TA---G-AAA--AAAGGGGTATTCTGT--TT-CAATAAGTAAAT---C-ACAGACTATGCA------ATA-----ACG-----CAT-----TTCTCTCGGAACATTCATAT---TT-----TTCAATCA-TTA---AATGAGAAGA-AGTTCTA-------AATGT-----AAC----AATAC---TCTG----TCTAAAC-------T-TT-AGTATG-T--------------CAAACTGAAATTACATTTACACTCTCTATAC-AGTACTA-A-CTT----AATATTCTGTGAGCAATAAGCATGCCAGATTTGA-ATATATTGATCTTTAA-GTCT-------------ATTT------------ATATATTGCACGACAAA-CAATTTAT-G-GTTAGCTACATTCTACCTTTCCAAAACA
gi|10                         :                                                                A-G-GCCACCGGCC-CA--TACACAA-TACAATAATAAA--C---A------AATATATACA---AT-GCATAGTAG--TGTGC------ACATGTGAT----AT--A-ATTATGTCAGTTACTA----AT-ACATT-TATACACA---CATTTC--ACATATAT-A-TATATA-TAT-ACATAGATATTCAA-TAA-A--ATAACTAGATACCG-TCTATGTGT---G-AATTTCT--C-A-A-T--G--------TGA-T--T---GCATAATTTATAAACATTGCTA---AA---TTTCGTACAGT-ATTTTCATTTTTACTAGACAT--TAAT-----ATTTT-AAACTT-GCTCAAGGACGGGGA--TTCAAAATA--TTTCTTT-GGC-----AGATATTCTAAG-CG----T-AGC------ACTCTATA------T--AATGGACA---TATA--TACTTG-AAG--AAAGTGGTATTCTGT--TT-CAATTAGTtacctaaatccatatctataccaattcatacgaacaatagacacccaatttttgtacccttgtttgtcaaaatatttaagcataaaattgtttaacatatctagtattttgtaaactcaatattctttaccaaaacttaatataacgtttagcagctactatatacataggatagctctcacaatctccaataactgcagcattacaagatctaaatggtgcattcatatatcttatacatgcattaatatgtacacgttcaacgcaatcacgttgttctagaccctacaatt
gi|11                         :                 ttaattttaatttatatttatca---TT----TTTTATT--TGCATCAAG-GCCACCAGCC-CA--TACACAA-TACAA--TTATAAAC---A------AATATATACA---AT-GCAGAGTAG--TG--T------GCAC---AT----GTGAT-AT------AGTTA-TGTCA-GTTAC--T----A-ATA---TATTTA--T-ACACACAT-TACATA-TAT---ATACACATTCAA-TAA-ACTA--ACTAGATA--C-C---T-CGT------ATGTGTGA----A-TT---TC---TCAGAGT--CAATGCATAATATATAAACATTGCTA---AATTGCGT---ACAAT-ATTTTCATTTTTACTAGACAT--TAAT-----ATATT-AAACTT-GCTCAAGGACGGGGA--TTTAAAATA--TTTCTTT-GG---------CA----GAGATGATTTT-AAGCGTAGCTCTTTATA------T--AATGAACA---CAta
gi|12                         :                           ctttatt-TTCAA---TT----CTTTATAAGTTATTCA-G-TCCTCCGGCG-CA--CACACAT-TACAC--ATATA--A---A------A-----TGAG---ATATCAAACCAT--T---T------ATACGCGGT----TTAGA-ATT---CAAGTAACTATGT-GTTACAGT-AG-A-GTA---TATTCC--A-GTACA--A-CAGATA----GAGAGAAACA---A--------CATGACCAT-CA--A-TA--TACAT---T-AATCTTTGACAA-A-TTGACTCT-TTTTGA-T--GAGAACATAATAACCATACATGGCAA-----------TTCAGAAC-A-ATTCATTTcta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CTT-AAA------TCGGTATA------G--AAAGGGCA---TAC---CA---G-AAAA-AAAATGATATCC-AT-CTT-CAAATATTGCCTAAGT-ACA----AT-----C---ATACTG--A-GTATTTCCTCTGACTTCTTTT--AATATTCTCATGTATGCCTGTTTCAATAA-ATAGCTTATGGGATGACAATTTTATTTTTGCAATGA-----TATT-TCTGTAT-----TAAATGT-----T------AT-CT-AACATA-GTT-AGATgaagacaaagatttatctgaatcactgcggtatataactaaaagtgaaatgtaattgatacagatttaggatagaactgtcattgattataa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttagatatgatttacaaaatgcagtactgatttaaatcTTA-ATGACATAATAATTTAACATA---AAATTTTGTTT--TTCCTGGAAATCTTTATATAATTTTTTTT-ATATTTTGACATA----AAA-TGATCTTTAAA------T-ATGATA------TCTAATGGATAATTTGT---CA---A-AAA--ATA-TGATGTGC-CT-CTT-CTATTAATTTTT---TTACA-----TGAAAAC---AT
gi|16                         : caatatattttcaaataatttttacattataaa-TTCAA---TT----CTTAATGAATGATTCA-G-GC-TCTTACCACA--CATATAT-TACAC--ATATA--C---ATGTACAA-----TATA---TTATCAAATCAT--T---A------ACACGCTAC----TTGGA-AAT---TAAGTAACAATGT-ATTACATT-CA-A-ATA---CActtcctcattctataagtag
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACATGGCAA---CA---TGATCTATAAC-ATTTTCATGTTTACATTACATAATTAA-----ATC---AAAGTT-ATTG--TTGTTAGGAAGCCGGAACTA--GTTATCC-GGA-----ATATA----TTA-CGGTCTA-AAT------TTCTCATA------C--AATGGACA---TATATGTA---A-AAGTCAAAATGATATTC-GT-TTT-CAATatggtattaacaaagctgtcatggcaataaatataactctttgacaaa
gi|18                         :                                                    aaggtGCGACCCA-G-GACTCCGGCC-TA--TACGCAT-AACCC--AT-TA--CTCCA------A-----TGTATCGAT-GCA-ATCAT--T---T------ACACGCGAT----TCGGACAT--------------TAA-GTTACAT---------------TTTATCA-ATACAT-T-TAGATACCACGACATTAACA---AA-TAG-ATCATGGCAATATAT-A-T---TATA
gi|19                         :                            atatAA-TT-AA---TA----TTTAATTAATGATTCA-A-GCTTCTGGCT-GA--TGTACAT-AACG----TATA--C---A------G-----TATA---TTGTCAGGTCAT--T---T------ACACATGAT----TTGGA-AAT---GAAGAAACC-TAA-GTAACATTACA-A-ATATGGTAATTAT-A-ATGCAT-a
gi|2                          :                                        ---TT----TTTTATT--TGCATCAAG-GCCACCGGCC-CA--TACACAA-TACAATAATAAA--C---A------AATATATATA---AT-GCATAGTAG--TGTGC------ACATGTGATACAGTT----ATG---TCAGTTACTA--A-ATTA--------A-ATA---TATTTAT-ACACACAT-TACATATA-TAT-ACATACATATTCAA-TAA-ACTA--ACTAGATAC-A-T---TTTATGTGTGAATTTCT--C-A-A-T-------------G-T--GAAAGCATAATATATAAACATTGCTA---AATTGCG---TACAAT-ATTTTCATTTTTACTAGCCAT--TAAT-----ATATC-AAACTT-GCTCAAGGACGGGGA--TTCAAAATA--TTTCTTT-GGC-----AGATATTTTAAG-CG----T-AGA------TCTCTATA------T--AATGGACA---TAC---TA---G-AAG--AAAGTGGTATT--GTGTTT-CAATAAGTAAAT---C-ACA------GAATATGCAATA-----ACG-----CAT-----TTCTCTTGGAATATTCATATGACGTCCTT-TTCGATCATTTAGG-AATGGGAAGA-AGTTCTA-------AATGT-----AAC----AATAC---TCTG----TCTTAACTTTAGTATGTT-AATATATTTT-AAATATGGTTCGAAACTGAAATCACATTTAAACTCTCTATAC-AGTACTA-A-CTT----ATTATTCTGTGAGCAATCAGCATGCCAGCTTTGA-ATATATTGATTTTTAA-GTCT-------------ATTT------------ATATATTGTATGACAAA-CAATTTATGGTA--AGCTACAgccttttgtgaaaatatg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            gATAT---T-AATCTTTGAC-A-A-ATTGCTCCCTTTTGG-T--GAAAGCATAATAACGAAACGTGGCTC---TA---TGTTTTA-AACTATTTTCATATTTACCTGACATGATACT-----TTA---AACATT-ATTC--TAACAGGGAAGTTTGAAATA--ATACTTT-GGA-----aattcatacgaacagaagacatccaatttttgtacccttgttcgtcaaaatatttaaacatatcataacattttttaacatatctagtatttggtaaactcaatattcttaaccaaaaagtaatacaacgtttagcagctactatatgtatgcataggattcatctcacagactcccataactgcggcattacaagatttaaatggtgcattcatatatcttttacatgcataaatatgtacacgttcaacgcaatcacgttgttctagaccccacaatt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaaAACAC---ATA--A--ACA-----TCT-----TTCTTTTGGG----CCAAATGCTTTCCATTTTCTATAG-GTAGACAACAAGGACA-TGTT-TA-------AATGC-----TGTCGTTTTCAT---TCTAAATTTCTTAAC------AT-CC-AATAAATTTT-AAGTAAGGTTCC
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     caacAATA--TGTATTTCGGA-----ATGTA----GAC-TGTTCTT-AAA------TCCGTATA------G--AAAGGACA---TAT---CA---A-AAT--AAAATTATATGC-AT-TAT-CTATAATCGTCT-------A----AGGTACAC---ATAATG--A-G-----CCT-----Tgtta
gi|23                         :                                    TCAA---TT----CTTTATAAGTGACTCA-G-GCCTCCGGCC-CA--CACACAT-TACAT--ATGTA--C---A------A-----TATA---ATAACACATCAT--T---T------ACACGTGAT----TTGGA-ATT---Tacgtctgacttctttcaata
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             ATAT---T-AATCTTTGAC-A-A-ATTGCTCCCTTTTGG-T--GAAAGCATAATAACGAAACGTGGCt
gi|26                         :                                   taggcaacatatctgttaaaagctgtaaaA-G-GTCAGCGGCC-CATGCACACATATACAT--GTATT--C---A------A-----TAT----ATA-CATAATAT--
gi|27                         :                  tttacctgcattaCAA-TTCAA---TT----CTTTATTAGTGACTCA-G-ACCTCAGTCC-CA--CAATAAT-TACAC--ATATA--T---A------A-----TATA---TTATCACATCAT--T---T------ACgtgtaggcatacgtgtgatac
gi|3                          :                               CAA-TTCAA---CT----CTTTATTAGTGACTCA-G-GCCTCCGGCC-CA--CACACAT-TACAA--ATGCA--C---A------A-----TATA---ATAGCACATCAT--T---T------ACACGTGAT----TTGGA-ATT---TTAGTTACTATAA-ATTACATT-CA-A-ATA---CATTTA--A-ATACAT-T-CAAATACTATGACATAAACA--CAA-TAA-ATCATGACCATATA--A-T---TATAT---T-AATCTTTGACCA-A-TTGGCTTC-TTTTGA-T--AAAACCATAATAAAGAAACATAGCTA---CA---CGTTTTATAAC-ATTTTCACATTTACATGACATAATAAT-----ATA---GAACTT-GTTT--TTACTGGGAAGTGTGAAATA--TGTCTTT-GGA-----ATATA----AAG-TGATCTT-AAA------TCATGATA------T--AGTGGACA---TAT---CA---G-TAA--AAAATGATATTC-GT-CTT-CAATAAATGTTT---T-ACA----ATGAAAAC---ATA--G--ACG-----CCT-----TTCTTTTGGAATACCTATATGTCTTCCTCGTTCTTTAC-GTAGACAATGAGATGA-GGTTTTA-------AATGC-----TACC-TTGATAT---TCTAAATCTCTTAAC------AT-CT-AATACA-TTT-AAATTAGGTTCCAAGATAAGTTCTTGTTTAAAATGTGTATAT-AA-ATTACA-TTTTTGCATTA-TCCACTACCAATC--CACTCCAGCGTTGT-TTAAATTGA--TGTAATATCT-------------GTTT------------AT------------AAA-CAATTT-T-GTATTTTCAACATGATGCTGTTCCCAAACA
gi|4                          :                               CAACTTCAACCTTT----TTTTATTTGTA--TCA-ATGCAACCGACC-CA--TACACAA-TACAATAATAAA--C---ATAAT--A-----TACA---AT-GCATAGTAG--TGTGC------ACATGTGAT----ATAG----T---TATGCCATT-TAATATTATATT-TA-T-ACA---CACAT------TACAT-T-TATATAC-AT-ACATA--TT--CAA-TAA-ACTA--ACTAAATA--CCT---TGTATGTGTGAATTTCT--C-A-A-T-------------G-T--GAATGCATAATATATAAACATTGCTAAATTA---CGT---ACAAT-ATTTTCATTTTTGCCAGACA--ATAAT-----ATATTTAAA-TT-GCTCAAGGACGGGGA--TTCATAATA--TTTCTTT-GGC-----AGATATTTTAAG-CG----T-AGC------TCTCTATA------T--AATGGACA---TAC---TA---G-AAG--AAAGTGGTATTC--T-GTTACAATACGTAAAT---C-ACA------GAATAT---ACA--ATAACG-----CAT-----TTCTCTTGGAATATTCATATGACGTCCGTTTTCAACCA-TTAAAGAATGGGAAGA-AGTTCTA-------AGTGTAACAATACT-CTG-------TCTAAA-CT-TTAGT------AT-GTCAATATA-TTTTAAATACG-TTCGAAACTGAAATTGCGTTTAAACTCTCTATAC-AATACTA-A-CTT----ATTA-T--GTGAGCAAGCAGCATGCCAGTTTTGA-ATATATTGATCTTTAG-GTCT-------------ATTTATATATTGTACGA-------------AAA-CAATTTAT-G-GTTAGCTACATTCTGCCTTTCC
gi|5                          :                               ttA-TTCAA---TT----CTTAATTAGTGACTCG-G-GCCTCCGGTC-CA--CACGCAT-TGCAT--ATATA--C---A------A-----TACA---ATATCACAACAT--T---T------ACACGTGGT----TTGGA-ATT---TTAGTAACTATGC-ATTACATT-CA-A-ATA---CATTTA--A-ATACAT-T-CTAATACAAAGACA--AACA--TAA-TA---TCATGACCATAAA--A-T---TATAT---T-AATCTTTGACCA-A-TTGGCTTC-TTTTGA-T--GAAAGCATAATAAAGAAAAATAACTC---CA---CGTTTTATAAT-ATTTTCACATTTAC----------------------------TT-GTTT--TTACTGGGAAGTGTAAAATA--TT-CTTT-GGA-----ATATA----AAG-TGATCTT-GAA------TCATGATA------T--AATGGACA---TAT---CA---G-TAA--AAAGTGACATTC-GT-CTT-CAATTAATGTTT---T-ACA----ATGAAAAC---ATA---------------------TTCTTTTGGAATACCTTTATGTCTTCCTCGTTCTATAA-GTAGACAATGAGATGA-GGTTCTA-------AATGC-----AACCATTGACAT---TCTAAATATC---AC------AT-TT-AATACA-TTT-AAATAAGGTTCTACAATAAGTTCTTGTTTAAAATGGTTATAT-AAATTTA-ATTTTT--CATTA-CCCTCCACCATTC--CGCTCCAACTTTGC-TTAAACTGATCTATAA-GTCTAATATAATATTGGATTA------------A-------------AAA-TAATTT-T-GTAT
gi|6                          :                                    TCAA---TT----CTTTATTATTGATTCA-G---CTT--GCT-GA--CCCACAT-GGCAC--ATACA--C---A------G-----TATG---TTA-----TCAT--T---T------ATATGCGAT----TTGGA-AAT---TAAGTAA---TAA-ACTACA----A-A-GTA---TA----------ACAT-T-CAAATACTAAG-TATTAACA-------AA-A--ATAACAATATA--T-A---TATAT---T-AATCTTTGAC-AGA-ATGGC-CC-ATTTGA-T--GTAAGCGT--TACACAGA-----CTA---CA---TGTTGTATTAC-ACTTTGATG-TTACATTATATGATTAT-----ATA---TATCTT-GTTT--ATGC------------AACA--TTTCTTT-GGA-----TTTCG----TAG-TGCTGTT-GA----------TAAAA------T---ATG---A---TAT---C----------------------T-GT-CCT-CAATTA---TTTG--T-ACA----ATCAAAAC---ATA--G--ACG-----TCT-----TTCTTTTGACATTATCAAAGGTAAGCCTCGTTCTATAA-AAAGACAGCGAAAAGC-GCTCCCA-------AAAGA-----TA------ATATTGATCTAAACCCCTTTAA------AT-TC-AATATA-TTT-AAATAAGGTTTCATAATTAGTTCTGATTTAAAATGACTATTCAAATTTTA-T-TTTG--CATTA-CC----ATC---CACCATTCCAACTCCGACTTATATTCATCTGCAA-GTCTTATATATCG----GTTT------------A-------------AAACCAAGTT-T-GCATTATCTTCATTATGGTGTTCCCAAACA
gi|7                          :                                    TTAA---TT----CTTCATTAGTGATTCA-T-GGCTCCGATC-CA--AACATAT-TACAT--ATATA--C---ATT----A-----TATA---ATATCAAAACAT--T---A------ACATGCAGT----TTGGT-ATT---TAAGTAACT-TAA-GTAAC------------------TTA--A-GTACA------------ACGACATAAATA--GAAATAA-A--ATGGCCATATG--A--------AT---T-AATCTTTGAC-A-AATTGGCTCC-GTTTGA-T--AAAAGCATAATAAAGAGACATGACTA---CG---GGTTTTATAAC-AGTATTATTTTTACATGACATAATATT-----AT-----ATCTA-TATT--TTACTGAAAATTTTGAAATA--TTACTTT-GGA-----ATATA----AAG-TGATCTT--AA------TCATAATA------A--AGTAAAAA---TAT---CA---G--TG--ACAGTGATATTtata
gi|8                          :                                    gCAA---TT----CTTTATTAGTGACTCA-G-GCCTCCGGCC-CA--CACAAAT-TACAT--ATATA--C---A------A-----TATA---ATAGCACACCAT--T---T------ACACGTGAT----TTGGA-ATT---TTA---ACTATAC-ATTACATT-CA-A-ATA---CATTTA--A-ATACAT-T-AAAAAAATATGACATAAACA--TAA-TAATATCATGACCATATA--A-T---GATAT---T-AATCTTTGACCA-A-TTGGCTTC-TTTTGA-T--AAAAGCATAATAAAGAAACATAGCTA---CA---CATTTTATAAC-ATTTTCACATTTACATGACATAATAAT-----ATA---GAACTT-GTTT--TTACTGGGAAGTGTGAAATA--TTTCTTT-GGA-----ATATA----AAG-AGATCTT-AAA------TCATGATA------T--AGTGGACA---TAT---CA---GTAAA--AAAATGATATTC-GT-CTT-CAATTAATGTTT---T-ACA----ATGAAAAC---ATA--G--ACG-----TCT-----TTCTTTTGGAATACCTATATGTCTTCCTCGTTCTATAA-GTAGACAATGAGATGA-GGTTCTA-------AATGC-----TACC----ATAT---TCTAattgaagttaacttttgtatttaaataatgttccatagttagctactacaaatttaattttgtatttaagtaatgttccctagttaattttgatttgatttagaatgtttatacaagtttaatttttgtatttaaataatgttccatagttagttctgatttaatttgctactacaagtttagtttttgt
gi|9                          :                                                                                                                                                                           A-ATT---TTAGTAACAATAA-ATTACATT-CA-A-ATA---CACTTG--A-ATACAT-T-CAAATACTTTGACATAAACA--TAA-TAATATCACGACCATATA--A-T---TATAT---T-AATCTTTGACCA-A-TTGGCTTC-TTTTGA-T--AAAAGCATAATAAATAAACAAAGCTA---CA---CATTTTATAAC-ATTTTCACATTTGCATGACATAGTAAT-----ATA---GATCTT-GATT--TTACTGGGAAGTGTGAAATA--TGTCTTT-GGA-----ATATA----AAG-TGATCAT-AAA------TCATGATA------T--AGTGGACA---TAT---CA---G-AAA--AAAATGATATTC-GT-CTT-CAATGAATGTTT---T-ACA----ATG-AAAC---ATA--G--ACG-----CCT-----TTCTTTTGGAATACCTATATGTCTTCCTCGTTCAATAA-GTAGACAATGAGATGA-GGTTCTA-------AATGC-----TTCCATTGATAT---TCTAAATCTCTTTAC------AT-CT-AATACA-TTT-AAATAAGGTTCCATAATAA