lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 22222222222222222222222222 3333333333333333333333333 33333333333333333333333333333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 11111111111 1111 1 11 6666666666666
lowQualScore : 2 6666 66666 2 2 4 66666666666666666666666666 8888888 2222222222222222222222222 555 33333333333333333333333333333 66666 99 2 2 555 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 33 22222222 2 33 44 2 00000000000 444 444 0 2 4 2 2 33 5555 8888 3 2 11 2 2 0000000000000 33 33 6
lowQualScore : . .... ..... . . . .......................... ....... ......................... ... ............................. ..... .. . . ... ................................................................................................ . .. ........ . .. .. . ........... ... ... . . . . . .. .... .... . . .. . . ............. .. .. .
lowQualScore : 2 3333 55555 1 2 4 22222222222222222222222222 3333333 9999999999999999999999999 000 22222222222222222222222222222 77777 66 7 9 000 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 77 44444444 7 77 11 7 11111111111 777 777 1 7 6 5 5 44 3333 0000 5 8 22 4 4 4444444444444 44 44 8
consensus : TGCGTTTCAC-AAAA---TAA----CTTACGATA-AAA-ATC-G-------CCGTAA--GT---------CAAT-T-----TGACAATTTC----TCCGTN---GTATGTTT-AAAT---TTTGATCGA--CAT-T-N---CA---AA---T----GATTGT-----ATT--TCCAGAAA-A---T--A----------T--------G-CA-----TT---------NTT-------T-----G--------AGC------CAA-T----T----T--GGNT-TC--ATTT-----G--GATGA--AA-A-TT---A-A-----A---A---ATATTATG-AATA-A-T--TG----TC-GG-TTNACGTTTACGA-C-GATTTT-TATCGTAA--GTT----N---T--TTT--GTGAAACGCANTC
Reference ( gi|7 ) : TGCGTTTCAC-AAAA---TAG----CTTACGATA-AAA-ATC-G-------ACGTTA--GC---------CAAT-T-----TGACAATTTC----TCCGTT---GTGTGTTC-AAAT---TTTGATCGG--CAT-T-A---CA---AA---T----GATTGT-----ATT--TTCAGAAA-A---T--A----------T--------G-CA-----TT---------ATT-------T-----G--------AGC------CAA-C----T----T--GGCT-TC--ATTT-----G--GATGA--AA-A-TT---A-A-----A---A---ATATTATG-AACA-A-T--TG----TT-GG-TTTACGTTTACGG-C-GATTTT-TGTCGTAA--A------A---T--TTT--GTGAAACGCATTCT
gi|3 : TGCGTTTCAC-AAAA---TAA----CTTTCGATA-AAA-ATC-G-------TCGTAA--GT---------CAGT-T-----TGACAATTTC----TCCGTT---GTGTGTTG-AAAT---TTTGATCGA--CAT-T-T---AA---AA---T----GATTGT-----ATC--TTCAGAAA-C---T--A----------T--------G-TAACTTTCT---------GTA-------T-----G--------ATTA-----CAA-CAAGTT----T--GGCT-TC--ATTT-----G--GATGG--AA-A-TT---A-A-----A---A---ATATCATG-AACA-A-T--TG----TT-GG-TTTTCGTTTACGG-C-GATTTTATATCGTAA--GTTTTTTT---T--TTT--GTGAATCGCA
gi|3 : gggcTGCGATTCAC-AAAA---AAAAAAACTTACGATATAAA-ATC-G-------CCGTAA--AC---------GAAAAC-----CAACAATTGT----TC-ATG---ATATTTTT-AA-T---TTCCATCCA--AAT-G-AAGCCA---AACT-T----G-TTGT-----AATCATACAGAAA-G---T-------------T--------A-CA-----TA---------GTT-------TCTGAAG--------ATA------CAA-------------------TC--ATTTTAAATGTCGATCA--AA-A-TTT--C-A-----A---C---ACACAACG-GAGA-AAT--TG----TC-AAACTGAC--TTACGA-C-GATTTT-TATCG-AA--AGTT---A---T--TTT--GTGAAACGCAgt
gi|6 : gggcTGCGTTTCAC-AAAA---AAAAA--CTTGCGGCA-ATA-ATC-G-------ACGTAA--ACGTAAACCAACAAT-TATTCATAACATTTTTAATATTCATCCAAATGAATCC-AAAG---TTGGCTCAAATC-T-T-G---CAGAGAA---T----GA-TAT-----ATT--TTCTGGAA-A---T--A----------C-----------------------------------------------------AGT------CAG-T----T----T--AAATGTC--A------------ATCA--AA-A-TT---T-A-----A---A---ATTCCACGTAAAA-A-A--TG----TCAAA-ATGAC--TTACGG-C-GATTTT-GATCGTGA--GTT----A---T--TTT--GTGAAgt
gi|5 : gacTGCGTTTCAC-AAAA---AAA----CTTACGACA-AAA-TTC-GACGTAA-ACGTTA--AC---------CAAT-----------AATTAC----T-CATA---ACATTTTT--AAT---ATTCATCCA--CAT-G-AACCCA---AA---------ATTGGCGCAAATCA-TGCAGAGA-A---TG-A----------T--------T-TA-----TT---------TTT-------T-----------------------CAA-A----TACAAT--AATT-TTAAATGT-----C--AATCA--AA-ATTT---A-A-----A---C---ATTCCACG-AAAAGA-A--TG----TCAGA-TTTAC--TTACGG-T-GAGTTT-TATCGTAATTT------A---T--TTT--GTAAATCG
gi|4 : TGCATTTCAC-AAAAAAATAA----CTTACGACA-AAA-ATC-G-------CCATAA--GT---------CAAT-T-----TGACAATTACA---TC--TT---GTTTGTTTAAAAT---TTTGA-------AT-G-A---CA---AT---TTA--GATTAT-----ATT--TCCAGAAA-A---T--A----------T-----------A-----TC---------ATTTTCTACAT-----G--------TTCTTTTTTCAATT----T----T--GGAT-TC--ATTT-----T--GATGA--AT-A-TTG--A-A-----A---A---ATACTATA-AATA-A-G--TG----TT-TG-TTAATGTTGACGA-T-GATTTT-CGTTGTAA--GTT----T---T--TTT--GTAAAACGCgtc
gi|2 : ggTGCATTTCAC-AAAA---AAAA---CTTACGATA-AAA-ATCAG-------TTGTTAATGT---------TAAG-T------AACAAAT-A----TCCATA---ATAT--------T---TTTCATAGT--CAT-TCA---CATG-AA---TTTACAATTGT-----ATT--TTCAGAAA-A---T--T----------T--------ACCA-----TT---------TTC-------T-----GAATTTTTCAGT------CAAGT----T----T--TGTT-TC--ATTT-----A--GAGTA--AT-A-TA---T-G-----A---A---ATATAATA-ATCA-A-T--AC----TT-AC-TTAACATTTACAACC-TATTTT-TATCGTAA--GT-----T---T--TTT--GTGAAATG
gi|1 : taggtTGCATTTCGCGAAAA---AAA----CTTACAACA-AAA-ATCAG-------A--TTA--AC---------Cgctccctggactgtgt
gi|17 : ctggtTGCATTTCAC-GAAA---AAA----CTTACGATA-AAA-ATC-cttaaacgtaaagtaagatatattcattatatatatatatcataataatcaccatgactttcagatataatttttttctgaatttttcaatcatgtttggtttcatttggatgatccaatcaatatttaaatattatgaatgataccggtacttactttacgttaacaacctattttaattgtaacttttttttgtgaaatgggttcctggtttgaacagatgtcca
gi|16 : tggtTGCGTTTCAC-GAAA---TAA----CTTACGATT-AA
gi|10 : tGCATTTCAC-AAAA---T------CTTATGACA-AAA-ATC-ttcagttgtaaagtaacaaatacgcataatagccatccacacgaatttacgattgtat
gi|13 : ttcacaaaataacttgcgataaaactgccaatttgacaatgttttgacccacgtatacactgtgtttcctgaaacatttctgcctgctttgagccaactttgggttcatttaggataaaatataaaaaatatcgtgaataatcgtttgtttacatttgcaaaGCGTTTCAC-GAAA---TAA----CATACGATA-AAA-ATC-G-------ACGTAA--GT---------CAAT-T-----TGACAATTTC----TTCGTT---GAAGGATC-CAAT---TTTGATCAA--CGT-T-T---AA---AA---T----TATTGT-----A
gi|5 : CGATTTAC-AAAA---TAA----ATTACGATA-AAA-CTC-A-------CCGTAA--GT---------AAAT-C-----TGACATTCTT----TTCGTG---GAATGTTT-AAAT---TTTGATTGA--CAT-T-T---AA---AA---T----TATTGT-----ATT--TG-AAAAA-A---T--AAATCATTCTCT--------G-CA-----TG---------ATT-------T-----G--------CGC------CAA-T----T----TT-GGGT-TC--ATGT-----G--GATGA--AT-A-TT---A-A-----A---A---ATGTTATG-AGTA-A-T--TA----TT-GG-TTAACGTTTACGT-C-GAATTT-TGTCGTAA--GTT----T---T--TTT--GTGAAACGCAGTC
gi|2 : CATTTCAC-AAAA----AA----CTTACGATA-AAA-ATA-GGTTGTAAATGTTAA-GT---------AAGTAT-----TGA----TT--------ATT---ATAT-TTC-ATAT---ATTACTCTA--AAT-G-AAA-CA---AAACTT----GACTGA-----AAAA-TTCAGAAA-A---T--GG---------T--------A-AA-----TT---------TTC-------T-----G--------AAAATA---CAA-T----TG---T--AAAT-TC--ATGT-----G--AATGA--CT-A-TG---A-A-----A---A---ATATTATG-GATA-T-T--TG----TT-AC-TTAACATTAACAA-CTGATTTT-TATCGTAA--GTTT---T---T--TTT--GTGAAATGCA
gi|8 : taggtTTTCAC-GAAA---TAA----CTAACAATA-AAA-ATT-A-------TTGTAA--GT---------CAAT-T-----TGACAATTTT----TTCATT---GTATCTTC-AAAT-------ATCAA--CAT-T-T---AA---AA---T----GATTGT-----TTT--TCTAGAAA-AATAT--A----------TCATTTTCTG-CA-----TG---------ATT-------T-----G--------AGC-------AA-T----T----TTTAGAT-TC--ATTT-----G--GATGA--AT-A-TT---A-A-----A---G---ATAGTATA-ATTA-A-C--T---------G-TTTATATTTACGA-C-AATATT-TGTTGTAA--G------T---TTATTT--GTGAAATGCACgctccctggactgtgt
gi|12 : TTTCAC-ATAA---TAA----CTTA--ACA-AAA-ATC-A-------CCATAA--AT---------CAAT-T-----TGACA
gi|6 : gatgtcaaggtcatagttactaaaatagatatgctcattaattaagttcccatcttagttacctcaaacaaattaccatatatgcaataggtttgggctgttTTCAC-AAAA---TAA----CTCACGATC-AAA-ATC-G-------CCGTAA--GT---------CATT-T-----TGACATTTTT----TACGTG---GAAT-TTT-AAAT---TTTGATTGA--CAT-T-T---AA---AC---T----GACTGT-----ATT--TCCAGAAA-A---T--A----------T--------ATCA-----TTCTCTGCAAGATT-------T-----G--------AGC------CAA-C----T----TT-GGAT-TC--ATTT-----G--GATGA--AT-A-TT---A-A-----A---A---ATGTTATG-AATA-A-T--TG----TT-GG-TTTACGTTTACGT-C-GATTAT-TGCCGCAA--GTTTT--T---T--TTT--GTGAAACGCAGTCt
gi|10 : TTCAC-AAAA---TAA----CTTGCGATA-AAA-CT------------------GC---------CAAT-T-----TGACAAT---------------------------GT---TTTGACCCA--CGTAT-A---CA---------------CTGT-----GTT--TCCTGAAACA---TTTC----------T--------G-CC-----TG---------CTT-------T-----G--------AGC------CAA-C----T----TT-GGGT-TC--ATTTA----G--GATAA--AATA-TA---A-A-----A---A---ATATCGTG-AATA-A-T--CG----TT-TG-TTTACATTTGCAA-A-GATTTT-TGTCATAA--G------A---T--TTT--GTGAAATGC
gi|9 : C-AAAG---TAA----CTTGCAATA-AAATATA-G-------CTATAT--GT---------CAAT-T-----TGACAATTTC----TTTGTT---GTATGT----AATAAGTTTGATCTA--TGT-T-T---AA---AA---T----GATTAT-----ATT--TCCAGGAA-A---T--A----------T--------GTCA-----TTTCTGC----ATTAA-----T-----G--------ACA------CAT-CT---T----T--GAGT-TC--ATTT-----G--TAT-----A-G-TT---ATA-----A---AGAGATATTATG-AATA-A-T--TG----TT-GT-TTTACGTTTACGA-C-ATTTTT-TGTCGTAA--A------
gi|14 : A-AAA-ATC-G-------CCGTCA--GT---------CTAT-T-----TGACAAATAC----TATGTG---GTTTGTTT-AAAT---TTTGATCGC--CACGT-A----A---AA---T----GATTGT-----ATT--TCCAATAT-A---T--A----------T--------A-TA-----TT---------
gi|4 : cA---AA---T----GAT-AT-----ATT--TTCTGGAA-A---T--A----------T--------A-------------------AT-------------------------C------TAA-A----T----T--G----TC--ATTC------------A--AA-A-TTTTAA-AC----A---A---ACAAGATG---TA-A-T--TG----TC-AAATTGAC--TTATGG-C-GATTTT-TGTCGTAA--GTT----ATTTT--TTT--GTGAAATGCA
gi|15 : ggTT-------C-----G--------ATC------AAG-T----T----T--TGTT-TC--ATTT-----G--GA-GT--AA----T---A-A-----ATCCA---TTATTATG-AACA-A-T------------A-CTTAC-TTTACGACC-TATTTT-TATCAT----A------A---T--TTT--tctacatgttcttttttcaattttggattcattttgatgaatattgaaaaatactataaataagtgtttgttaatgttgacgatgattttcgttgtaagtttttttgtaaaacgc
gi|1 : t----T----T--GGTT-TC--ATTT-----G--GATGATCCA-A-TC---A-ATATTTA---A---ATATTATG-AATG-A-TACCGGTACTT-AC-TTTACGTTAACAACC-TATTTT-AATTGTAA--CTTT---T---T--TTT--GTGAAATGGGTTCtttt
gi|13 : ctggttgcatttcgcgaaaaaaacttacaacaaaaatcagattaacccttaaacgtaaagtaagatatattcattatatatatatatcataataatcaccatgactttcagatataatttttttctgaatttttcaatcatgtA-A-T--TG----TC-AAATTGAC--TTACGT-C-GATTTT-TATCGTAT--GTT----A---T--TTC--GTGAAACGCctggtttgaacagatgtcca
gi|17 : -GATTTT-TATCGTAA--G------T---T--TTTTCGTGAAATGCAtcttcgttgaaggatccaattttgatcaacgtttaaaattattgta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGGTCTGAGTTTCACAAAACAAAACATTAACAACAACAACAATACTTTTCAAACATAAGGTTAGAAGTGTTCATAATATTTTTCAAAGTCATCCAAACAAATTTAATATTGAACTTTCAAAAAAACATACAATTTTTGGAATTATTAAAGCCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 11111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222222 111111
lowQualScore : 3 555 3 3 3 0000000 3 77 0 33 2 2 88888 555 3 44 88888 3 00 2 66666666 3 77 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 1 3 88888 3 3 88888 555 555 2 0000000000 1 1 77777 2 6666 555555 4 1
lowQualScore : . ... . . . ....... . .. . .. . . ..... ... . .. ..... . .. . ........ . .. ..................................................................... . . . . ..... . . ..... ... ... . .......... . . ..... . .... ...... . .
lowQualScore : 3 888 3 1 1 0000000 1 33 7 66 9 2 33333 888 3 66 33333 3 22 4 77777777 3 99 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 0 3 99999 3 3 33333 888 888 1 5555555555 0 4 44444 9 1111 888888 0 0
consensus : TGCGTTTCAC-AAAA---TAA-CTTACGATAAAA-ATC-G-------CCG-TAA--GTCAATTTGACAATTTC-TCCGTTGTATGTTT-AAAT---T-T--TGATC-----GACGT-TTAAAATG--------ATTGTATTTCCAG-AAA--AT--A----------TG-CA-TTNT---------T-------TG---------AG---C------CA-A--T-TT-GGNTTCATTT-GGATGA--AN-ATT-A-A-----A---A---ATATTATGAATAATTGTTGG-------TTTACGTTTACGA-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-G----TTTTTTTGTGAAACGCAGTC
Reference ( family-2206 ) : TGCGTTTCAC-AAAA---TAA-CTTACGATAAAA-ATC-G-------CCG-TAA--GTCAATTTGACAATTTC-TCCGTNGTATGTTT-AAAT---T-T--TGATC-----GACAT-TNCAAATG--------ATTGTATTTCCAG-AAA--AT--A----------TG-CA-TTNT---------T-------TG---------AG---C------CA-A--T-TT-GGNTTCATTT-GGATGA--AA-ATT-A-A-----A---A---ATATTATGAATAATTGTCGG-------TTNACGTTTACGA-C-G-ATTTT-TATCG----TAA-G----TTNTTTTGTGAAACGCANTC
gi|1 : TGCATTTCGCGAAAA---AAA-CTTACAACAAAA-ATC-AGATTAACCCT-TAAACGTAAAGT--AAGATATA-TTCATTATATATAT-ATAT---CATAATAATCACCATGAC-T-TTCAGATATA------ATTTT-TTTC------------------------TG-AA-TT-T---------T-------TC---------AA---T------CATG--T-TT-GGTTTCATTT-GGATGATCCA-ATC-A-ATATTTA---A---ATATTATGAATGA-TACCGGTACTTACTTTACGTTAACAACC-T-ATTTT-AATTG----TAACT----TTTTTTTGTGAAATG
gi|10 : ctggtTTCAC-AAAA---TAA-CTTGCGATAAAA-CT-------------------GCCAATTTGACAAT---------------------GT---T-T--TGACC-----CACGTATACA-------------CTGTGTTTCCTG-AAAC-ATTTC----------TG-CC-TGCT---------T-------TG---------AG---C------CA-AC-T-TT-GGGTTCATTTAGGATAA--AATATA-A-A-----A---A---ATATCGTGAATAATCGTTTG-------TTTACATTTGCAA-A-G-ATTTT-TGTCA----TAA-G------ATTTTGTGAAATGCggttcctggtttgaacagatgtcca
gi|11 : TAATTCCAA-AAATTGT--A----------TG-T--TTTT---------T-------TG---------AAAGTT------CA-A--TATT-AAATTTGTTT-GGATGA--CT-TTG-A-A-----A---A---ATATTATGAACACTTCTAAC-------CTTATGTTTGAAA-A-GTATTGT-TGTTGTTGTTAATGTT--TTGTTTTGTGAAACTCA
gi|12 : ctggtcTTTCAC-ATAA---TAA-CTTA--ACAAAA-ATC-A-------CCA-TAA--ATCAATTTGACAttaaagccaa
gi|13 : gatgtcaaggtcatagttactaaaatagatatgctcattaattaagttcccatcttagttacctcaaacaaattaccatatatgcaataggtttgggctgttGCGTTTCAC-GAAA---TAA-CATACGATAAAA-ATC-G-------ACG-TAA--GTCAATTTGACAATTTC-TTCGTTGAAGGATC-CAAT---T-T--TGATC-----AACGT-TTAAAATT--------ATTGTAt
gi|14 : AAAA-ATC-G-------CCG-TCA--GTCTATTTGACAAATAC-TATGTGGTTTGTTT-AAAT---T-T--TGATC-----GCCAC-GTAAAATG--------ATTGTATTTCCAA-TAT--AT--A----------TA-TA-TT
gi|15 : cT---------T-------CG---------AT---C------AA-G--T-TT-TGTTTCATTT-GGA-GT--AA---T-A-A-----ATCCA---TTATTATGAACAAT-----A-------CTTAC-TTTACGA-C-CTATTTT-TATCA----TAA-T----TTTTTTT
gi|16 : tTATTATGCGTATTTGT------------TAC-TTTACAA-CTG-AATTA--ATCG----TAA-G----TTATTTCGTGAAACGCA
gi|17 : t-G-ATTTT-TATCG----TAA-G----TTTTTTCGTGAAATGCAACCgccatccacacgaatttacgattgtat
gi|2 : tTGCATTTCAC-AAAA---AAAACTTACGATAAAA-ATCAG-------TTGTTAAT-GTTAA-GTAACAA-ATA-TCCATAATAT--------T---T-T--TCATA-----GTCAT-T-CACATGAATTTACAATTGTATTTTCAG-AAA--AT--T----------TACCA-TTTT---------C-------TGAATTTTTC-AG---T------CA-AG-T-TT-TGTTTCATTT-AGAGTA--AT-ATA-T-G-----A---A---ATATAATAATCAATACTTAC-------TTAACATTTACAACC-T-ATTTT-TATCG----TAA-G----TT-TTTTGTGAAATG
gi|3 : taggtTGCGTTTCAC-AAAA---TAA-CTTTCGATAAAA-ATC-G-------TCG-TAA--GTCAGTTTGACAATTTC-TCCGTTGTGTGTTG-AAAT---T-T--TGATC-----GACAT-TTAAAATG--------ATTGTATCTTCAG-AAA--CT--A----------TG-TAACTTT---------C-------TGTATGATTACAA---C------AA-G--T-TT-GGCTTCATTT-GGATGG--AA-ATT-A-A-----A---A---ATATCATGAACAATTGTTGG-------TTTTCGTTTACGG-C-G-ATTTTATATCG----TAA-GTTTTTTTTTTTGTGAATCGCAGgctccctggactgtgt
gi|4 : gggcTGCATTTCAC-AAAAAAATAA-CTTACGACAAAA-ATC-G-------CCA-TAA--GTCAATTTGACAATTACATC--TTGTTTGTTTAAAAT---T-T--TGAAT-----GACAA-TTTA---G--------ATTATATTTCCAG-AAA--AT--A----------TATCA-TTTT---------CTACA---TG---------TT---CTTTTTTCA-AT-T-TT-GGATTCATTT-TGATGA--AT-ATTGA-A-----A---A---ATACTATAAATAAGTGTTTG-------TTAATGTTGACGA-T-G-ATTTT-CGTTG----TAA-G----TTTTTTTGTAAAACGC
gi|5 : ggCGATTTAC-AAAA---TAA-ATTACGATAAAA-CTC-A-------CCG-TAA--GTAAATCTGACATTCTT-TTCGTGGAATGTTT-AAAT---T-T--TGATT-----GACAT-TTAAAATT--------ATTGTATTTG-AA-AAA--AT--AAATCATTCTCTG-CA-TGAT---------T-------TG---------CG---C------CA-A--T-TTTGGGTTCATGT-GGATGA--AT-ATT-A-A-----A---A---ATGTTATGAGTAATTATTGG-------TTAACGTTTACGT-C-G-AATTT-TGTCG----TAA-G----TTTTTTTGTGAAACGCAGTC
gi|6 : TTCAC-AAAA---TAA-CTCACGATCAAA-ATC-G-------CCG-TAA--GTCATTTTGACATTTTT-TACGTGGAAT-TTT-AAAT---T-T--TGATT-----GACAT-TTAAACTG--------ACTGTATTTCCAG-AAA--AT--A----------TATCA-TTCTCTGCAAGATT-------TG---------AG---C------CA-AC-T-TT-GGATTCATTT-GGATGA--AT-ATT-A-A-----A---A---ATGTTATGAATAATTGTTGG-------TTTACGTTTACGT-C-G-ATTAT-TGCCG----CAA-GTT--TTTTTTTGTGAAACGCAGTC
gi|7 : TGCGTTTCAC-AAAA---TAG-CTTACGATAAAA-ATC-G-------ACG-TTA--GCCAATTTGACAATTTC-TCCGTTGTGTGTTC-AAAT---T-T--TGATC-----GGCAT-TACAAATG--------ATTGTATTTTCAG-AAA--AT--A----------TG-CA-TTAT---------T-------TG---------AG---C------CA-A--C-TT-GGCTTCATTT-GGATGA--AA-ATT-A-A-----A---A---ATATTATGAACAATTGTTGG-------TTTACGTTTACGG-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-A------ATTTTGTGAAACGCATTC
gi|8 : TTTCAC-GAAA---TAA-CTAACAATAAAA-ATT-A-------TTG-TAA--GTCAATTTGACAATTTT-TTCATTGTATCTTC-AAAT----------ATC-----AACAT-TTAAAATG--------ATTGTTTTTCTAGAAAA--AT--ATATCATTTTCTG-CA-TGAT---------T-------TG---------AG----------CA-ATTT-TT-AGATTCATTT-GGATGA--AT-ATT-A-A-----A---G---ATAGTATAATTAACT----G-------TTTATATTTACGA-C-A-ATATT-TGTTG----TAA-G----TTTATTTGTGAAATGCACt
gi|9 : C-AAAG---TAA-CTTGCAATAAAATATA-G-------CTA-TAT--GTCAATTTGACAATTTC-TTTGTTGTATGT----AATAAGT-T--TGATC-----TATGT-TTAAAATG--------ATTATATTTCCAG-GAA--AT--A----------TGTCA-TTTC---------TGCATTAATG---------AC---A------CATC--T-TT-GAGTTCATTT-GTAT-----A-GTT-ATA-----A---AGAGATATTATGAATAATTGTTGT-------TTTACGTTTACGA-C-A-TTTTT-TGTCG----TAA-
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11111 11111 111111
lowQualScore : 3 555 3 3333333 88 77777 3 666666 66 1 1 77777 3 99999 44 11111111 77 7777 555 3 77 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444 3 3 6 1 3 11111 33 11111 555 66666666 66 1 3 777 2 6666 444444 44
lowQualScore : . ... . ....... .. ..... . ...... .. . . ..... . ..... .. ........ .. .... ... . .. ................................................................... .... . . . . . ..... .. ..... ... ........ .. . . ... . .... ...... ..
lowQualScore : 1 444 1 1111111 55 77777 1 000000 00 0 0 88888 3 66666 66 11111111 66 0000 444 3 99 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 3 3 7 0 3 33333 99 77777 888 88888888 11 4 1 333 9 1111 666666 22
consensus : TGCGTTTCAC-AAAA---TAACTTACGATAAAA-ATCG-------CCGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTATGTT----TAAA-T---T-T--TGATC-----G--ACG-TTTAAA-A--TGATTGTA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TG-C-ATTNT---------T-------T----G---------AG---C------CA-A--T-T-T-GGNTTCATTT-GGATGA--AT-ATT-AA-----A---AATATTATGAATAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGA-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-G----TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
Reference ( family-2206 ) : TGCGTTTCAC-AAAA---TAACTTACGATAAAA-ATCG-------CCGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTATGTT----TAAA-T---T-T--TGATC-----G--ACG-TTTAAA-A--TGATTGTA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TG-C-ATTNT---------T-------T----G---------AG---C------CA-A--T-T-T-GGNTTCATTT-GGATGA--AN-ATT-AA-----A---AATATTATGAATAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGA-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-G----TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
gi|1 : TGCATTTCGCGAAAA---AAACTTACAACAAAA-ATCAGATTAACCCTTAAACGTAAA-----G-T--AAGATA---TA-TTCATTATATATA----TATA-T---CATAATAATCACCATG--ACT-TTCAGATA--TAATTTT----TTTC------------------------TG-A-ATT-T---------T-------T----C---------AA---T------CATG--T-T-T-GGTTTCATTT-GGATGATCCA-ATC-AATATTTA---AATATTATGAATGATACCGGTACTTACTTTACGTTAACAACC-T-ATTTT-AATTG----TAACT----TTT--TTTTGTGAAATG
gi|10 : ctggtTTCAC-AAAA---TAACTTGCGATAAAA-CT-----------------GCCAA-----T-TTGACAAT---------------------------G-T---T-T--TGACC-----C--ACG-TATACA-------CTGTG---TTTCCTG-AAAC-ATTTC----------TG-C-CTGCT---------T-------T----G---------AG---C------CA-AC-T-T-T-GGGTTCATTTAGGATAA--AATATA-AA-----A---AATATCGTGAATAAT--CG----TTTGTTTACATTTGCAA-A-G-ATTTT-TGTCA----TAA-G------A--TTTTGTGAAATGCggttcctggtttgaacagatgtcca
gi|11 : TA---ATTCCAA-AAATTGT--A----------TG-T--TTTT---------T-------T----G---------AAAGTT------CA-A--TAT-T-AAATTTGTTT-GGATGA--CT-TTG-AA-----A---AATATTATGAACACT--TC----TAACCTTATGTTTGAAA-A-GTATTGT-TGTTGTTGTTAATG----TTTTGTTTTGTGAAACTCAG
gi|12 : ctggtTTTCAC-ATAA---TAACTTA--ACAAAA-ATCA-------CCATAA--ATCAA-----T-TTGACAttaaagccaa
gi|13 : gatgtcaaggtcatagttactaaaatagatatgctcattaattaagttcccatcttagttacctcaaacaaattaccatatatgcaataggtttgggctgttGCGTTTCAC-GAAA---TAACATACGATAAAA-ATCG-------ACGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TTCGTTGAAGGAT----CCAA-T---T-T--TGATC-----A--ACG-TTTAAA-A--TTATTGTA---t
gi|14 : AAAA-ATCG-------CCGTCA--GTCTA-----T-TTGACAAAT---AC-TATGTGGTTTGTT----TAAA-T---T-T--TGATC-----GCCACG---TAAA-A--TGATTGTA---TTTCCAA-TAT--AT--A----------TA-T-ATT
gi|15 : cT---------T-------C----G---------AT---C------AA-G--T-T-T-TGTTTCATTT-GGAGTA--A----T-AA-----ATCCATTATTATGAACAAT-----------ACTTAC-TTTACGA-C-CTATTTT-TATCA----TAA-T----TTT--TTTT
gi|16 : tTGCGTTTCAC-GAAA---TAACTTACGATTAA
gi|16 : tTATTATGCGTATT--TG----TT-----AC-TTTACAA-CTG-AATTA--ATCG----TAA-G----TTA--TTTCGTGAAACGCAttcagttgtaaagtaacaaatacgcataatagccatccacacgaatttacgattgtat
gi|17 : t-G-ATTTT-TATCG----TAA-G----TTT--TTTCGTGAAATGCAgccatccacacgaatttacgattgtat
gi|2 : tggtCATTTCAC-AAAA----AACTTACGATAAAA-ATAGG------TTGTAAATGTTAAGTAAGTATTGATTATTATATT-TC----ATATATTACTCTAAA-T---------GA-------A--AC-----AAA-ACTTGACTGAAAAATT--CAG-AAA--AT--GG---------TA-A-ATTTT---------C-------T----G---------AA---AATA---CA-A--T-TGT-AAATTCATGT-GAATGA--CT-ATG-AA-----A---AATATTATGGATATT--TG----TTACTTAACATTAACAA-CTG-ATTTT-TATCG----TAA-GT---TTT--TTTTGTGAAATGCA
gi|3 : taggtTGCGTTTCAC-AAAA---TAACTTTCGATAAAA-ATCG-------TCGTAA--GTCAG-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTGTGTT----GAAA-T---T-T--TGATC-----G--ACA-TTTAAA-A--TGATTGTA---TCTTCAG-AAA--CT--A----------TG-TAACTTT---------C-------T----GTATGATTACAA---C------AA-G--T-T-T-GGCTTCATTT-GGATGG--AA-ATT-AA-----A---AATATCATGAACAAT--TG----TTGGTTTTCGTTTACGG-C-G-ATTTTATATCG----TAA-GTTTTTTT--TTTTGTGAATCGCAGTgctccctggactgtgt
gi|4 : gggcTGCATTTCAC-AAAAAAATAACTTACGACAAAA-ATCG-------CCATAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---ACATC--TTGTTTGTT----TAAAAT---T-T--TGAAT-----G--ACAATTTA-------GATTATA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TATC-ATTTT---------C-------TACATG---------TT---CTTTTTTCA-A--T-T-TTGGATTCATTT-TGATGA--AT-ATTGAA-----A---AATACTATAAATAAG--TG----TTTGTTAATGTTGACGA-T-G-ATTTT-CGTTG----TAA-G----TTT--TTTTGTAAAACGC
gi|5 : ggCGATTTAC-AAAA---TAAATTACGATAAAA-CTCA-------CCGTAA--GTAAA-----T-CTGACATTC---TT-TTCGTGGAATGTT----TAAA-T---T-T--TGATT-----G--ACA-TTTAAA-A--TTATTGTA---TTTG-AA-AAA--AT--AAATCATTCTCTG-C-ATGAT---------T-------T----G---------CG---C------CA-A--T-T-TTGGGTTCATGT-GGATGA--AT-ATT-AA-----A---AATGTTATGAGTAAT--TA----TTGGTTAACGTTTACGT-C-G-AATTT-TGTCG----TAA-G----TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
gi|6 : TTCAC-AAAA---TAACTCACGATCAAA-ATCG-------CCGTAA--GTCAT-----T-TTGACATTT---TT-TACGTGGAAT-TT----TAAA-T---T-T--TGATT-----G--ACA-TTTAAA-C--TGACTGTA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TATC-ATTCTCTGCAAGATT-------T----G---------AG---C------CA-AC-T-T-T-GGATTCATTT-GGATGA--AT-ATT-AA-----A---AATGTTATGAATAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGT-C-G-ATTAT-TGCCG----CAA-GTT--TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
gi|7 : TGCGTTTCAC-AAAA---TAGCTTACGATAAAA-ATCG-------ACGTTA--GCCAA-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTGTGTT----CAAA-T---T-T--TGATC-----G--GCA-TTACAA-A--TGATTGTA---TTTTCAG-AAA--AT--A----------TG-C-ATTAT---------T-------T----G---------AG---C------CA-A--C-T-T-GGCTTCATTT-GGATGA--AA-ATT-AA-----A---AATATTATGAACAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGG-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-A------A--TTTTGTGAAACGCATTC
gi|8 : TTTCAC-GAAA---TAACTAACAATAAAA-ATTA-------TTGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TT-TTCATTGTATCTT----CAAA-T----------ATC-----A--ACA-TTTAAA-A--TGATTGTT---TTTCTAGAAAA--AT--ATATCATTTTCTG-C-ATGAT---------T-------T----G---------AG----------CA-ATTT-T-T-AGATTCATTT-GGATGA--AT-ATT-AA-----A---GATAGTATAATTAAC--T--------GTTTATATTTACGA-C-A-ATATT-TGTTG----TAA-G----TTT--ATTTGTGAAATGCAt
gi|9 : C-AAAG---TAACTTGCAATAAAATATAG-------CTATAT--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TTTGTTGTATGT-------AA-TAAGT-T--TGATC-----T--ATG-TTTAAA-A--TGATTATA---TTTCCAG-GAA--AT--A----------TGTC-ATTTC---------TGCATTAAT----G---------AC---A------CATC--T-T-T-GAGTTCATTT-GTATAG--TT-ATA-AAG----A---GATATTATGAATAAT--TG----TTGTTTTACGTTTACGA-C-A-TTTTT-TGTCG----TAA-ct
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11111111 111111
lowQualScore : 3 555 3 3333333 88 77777 3 666666 66 1 1 77777 3 99999 44 11111111 77 7777 555 3 77 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444 3 3 6 1 3 22222222 3 3 3 555 66666666 66 1 666 2 2 6666 444444 44
lowQualScore : . ... . ....... .. ..... . ...... .. . . ..... . ..... .. ........ .. .... ... . .. ................................................................... .... . . . . . ........ . . . ... ........ .. . ... . . .... ...... ..
lowQualScore : 1 444 1 1111111 55 77777 1 000000 00 0 0 88888 3 66666 66 11111111 66 0000 444 3 99 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 3 3 7 0 3 11111111 3 3 3 888 88888888 11 4 999 9 9 1111 666666 22
consensus : TGCGTTTCAC-AAAA---TAACTTACGATAAAA-ATCG-------CCGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTATGTT----TAAA-T---T-T--TGATC-----G--ACG-TTTAAA-A--TGATTGTA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TG-C-ATTNT---------T-------T----G---------AG---C------CA-A--T-T-T-GGNTTCATTT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---AATATTATGAATAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGA-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-G----TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
Reference ( family-2206 ) : TGCGTTTCAC-AAAA---TAACTTACGATAAAA-ATCG-------CCGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTATGTT----TAAA-T---T-T--TGATC-----G--ACG-TTTAAA-A--TGATTGTA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TG-C-ATTNT---------T-------T----G---------AG---C------CA-A--T-T-T-GGNTTCATTT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---AATATTATGAATAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGA-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-G----TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
gi|1 : TGCATTTCGCGAAAA---AAACTTACAACAAAA-ATCAGATTAACCCTTAAACGTAAA-----G-T--AAGATA---TA-TTCATTATATATA----TATA-T---CATAATAATCACCATG--ACT-TTCAGATA--TAATTTT----TTTC------------------------TG-A-ATT-T---------T-------T----C---------AA---T------CATG--T-T-T-GGTTTCATTT-GGATGATCCAATCAA-TATT--T-A---AATATTATGAATGATACCGGTACTTACTTTACGTTAACAACC-T-ATTTT-AATTG----TAACT----TTT--TTTTGTGAAATG
gi|10 : ctggtTTCAC-AAAA---TAACTTGCGATAAAA-CT-----------------GCCAA-----T-TTGACAAT---------------------------G-T---T-T--TGACC-----C--ACG-TATACA-------CTGTG---TTTCCTG-AAAC-ATTTC----------TG-C-CTGCT---------T-------T----G---------AG---C------CA-AC-T-T-T-GGGTTCATTTAGGATA--------AAATATA-AA-A---AATATCGTGAATAAT--CG----TTTGTTTACATTTGCAA-A-G-ATTTT-TGTCA----TAA-G------A--TTTTGTGAAATGCggttcctggtttgaacagatgtcca
gi|11 : TA---ATTCCAA-AAATTGT--A----------TG-T--TTTT---------T-------T----G---------AAAGTT------CA-A--TAT-T-AAATTTGTTT-GGATG--------AC-TTTG-AA-A---AATATTATGAACACT--TC----TAACCTTATGTTTGAAA-A-GTATTGT-TGTTGTTGTTAATG----TTTTGTTTTGTGAAACTCAG
gi|12 : ctggtTTTCAC-ATAA---TAACTTA--ACAAAA-ATCA-------CCATAA--ATCAA-----T-TTGACAttaaagccaa
gi|13 : gatgtcaaggtcatagttactaaaatagatatgctcattaattaagttcccatcttagttacctcaaacaaattaccatatatgcaataggtttgggctgttGCGTTTCAC-GAAA---TAACATACGATAAAA-ATCG-------ACGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TTCGTTGAAGGAT----CCAA-T---T-T--TGATC-----A--ACG-TTTAAA-A--TTATTGTA---t
gi|14 : AAAA-ATCG-------CCGTCA--GTCTA-----T-TTGACAAAT---AC-TATGTGGTTTGTT----TAAA-T---T-T--TGATC-----GCCACG---TAAA-A--TGATTGTA---TTTCCAA-TAT--AT--A----------TA-T-ATT
gi|15 : cT---------T-------C----G---------AT---C------AA-G--T-T-T-TGTTTCATTT-G---G--------AG-TAAT-AA-ATCCATTATTATGAACAAT-----------ACTTAC-TTTACGACC-T-ATTTT-TATCA----TAA-T----TTT--TTTT
gi|16 : tTGCGTTTCAC-GAAA---TAACTTACGATTAA
gi|16 : tTATTATGCGTATT--TG----TT-----AC-TTTACAA-CTG-AATTA--ATCG----TAA-G----TTA--TTTCGTGAAACGCAttcagttgtaaagtaacaaatacgcataatagccatccacacgaatttacgattgtat
gi|17 : t-G-ATTTT-TATCG----TAA-G----TTT--TTTCGTGAAATGCAgccatccacacgaatttacgattgtat
gi|2 : tggtCATTTCAC-AAAA----AACTTACGATAAAA-ATAGG------TTGTAAATGTTAAGTAAGTATTGATTATTATATT-TC----ATATATTACTCTAAA-T---------GA-------A--AC-----AAA-ACTTGACTGAAAAATT--CAG-AAA--AT--GG---------TA-A-ATTTT---------C-------T----G---------AA---AATA---CA-A--T-TGT-AAATTCATGT-GAATG--------AC-TATG-AA-A---AATATTATGGATATT--TG----TTACTTAACATTAACAA-CTG-ATTTT-TATCG----TAA-GT---TTT--TTTTGTGAAATGCA
gi|3 : taggtTGCGTTTCAC-AAAA---TAACTTTCGATAAAA-ATCG-------TCGTAA--GTCAG-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTGTGTT----GAAA-T---T-T--TGATC-----G--ACA-TTTAAA-A--TGATTGTA---TCTTCAG-AAA--CT--A----------TG-TAACTTT---------C-------T----GTATGATTACAA---C------AA-G--T-T-T-GGCTTCATTT-GGATG--------GA-AATT-AA-A---AATATCATGAACAAT--TG----TTGGTTTTCGTTTACGG-C-G-ATTTTATATCG----TAA-GTTTTTTT--TTTTGTGAATCGCAGTgctccctggactgtgt
gi|4 : gggcTGCATTTCAC-AAAAAAATAACTTACGACAAAA-ATCG-------CCATAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---ACATC--TTGTTTGTT----TAAAAT---T-T--TGAAT-----G--ACAATTTA-------GATTATA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TATC-ATTTT---------C-------TACATG---------TT---CTTTTTTCA-A--T-T-TTGGATTCATTT-TGATG--------AA-TATTGAA-A---AATACTATAAATAAG--TG----TTTGTTAATGTTGACGA-T-G-ATTTT-CGTTG----TAA-G----TTT--TTTTGTAAAACGC
gi|5 : ggCGATTTAC-AAAA---TAAATTACGATAAAA-CTCA-------CCGTAA--GTAAA-----T-CTGACATTC---TT-TTCGTGGAATGTT----TAAA-T---T-T--TGATT-----G--ACA-TTTAAA-A--TTATTGTA---TTTG-AA-AAA--AT--AAATCATTCTCTG-C-ATGAT---------T-------T----G---------CG---C------CA-A--T-T-TTGGGTTCATGT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---AATGTTATGAGTAAT--TA----TTGGTTAACGTTTACGT-C-G-AATTT-TGTCG----TAA-G----TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
gi|6 : TTCAC-AAAA---TAACTCACGATCAAA-ATCG-------CCGTAA--GTCAT-----T-TTGACATTT---TT-TACGTGGAAT-TT----TAAA-T---T-T--TGATT-----G--ACA-TTTAAA-C--TGACTGTA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TATC-ATTCTCTGCAAGATT-------T----G---------AG---C------CA-AC-T-T-T-GGATTCATTT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---AATGTTATGAATAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGT-C-G-ATTAT-TGCCG----CAA-GTT--TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
gi|7 : TGCGTTTCAC-AAAA---TAGCTTACGATAAAA-ATCG-------ACGTTA--GCCAA-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTGTGTT----CAAA-T---T-T--TGATC-----G--GCA-TTACAA-A--TGATTGTA---TTTTCAG-AAA--AT--A----------TG-C-ATTAT---------T-------T----G---------AG---C------CA-A--C-T-T-GGCTTCATTT-GGATG--------AA-AATT-AA-A---AATATTATGAACAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGG-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-A------A--TTTTGTGAAACGCATTC
gi|8 : TTTCAC-GAAA---TAACTAACAATAAAA-ATTA-------TTGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TT-TTCATTGTATCTT----CAAA-T----------ATC-----A--ACA-TTTAAA-A--TGATTGTT---TTTCTAGAAAA--AT--ATATCATTTTCTG-C-ATGAT---------T-------T----G---------AG----------CA-ATTT-T-T-AGATTCATTT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---GATAGTATAATTAAC--T--------GTTTATATTTACGA-C-A-ATATT-TGTTG----TAA-G----TTT--ATTTGTGAAATGCAt
gi|9 : C-AAAG---TAACTTGCAATAAAATATAG-------CTATAT--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TTTGTTGTATGT-------AA-TAAGT-T--TGATC-----T--ATG-TTTAAA-A--TGATTATA---TTTCCAG-GAA--AT--A----------TGTC-ATTTC---------TGCATTAAT----G---------AC---A------CATC--T-T-T-GAGTTCATTT-GTATA--------GT-TATA-AAGA---GATATTATGAATAAT--TG----TTGTTTTACGTTTACGA-C-A-TTTTT-TGTCG----TAA-ct
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11111111 111111
lowQualScore : 3 555 3 3333333 88 77777 3 666666 66 1 1 77777 3 99999 44 11111111 77 7777 555 3 77 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444 3 3 6 1 3 22222222 3 3 3 555 66666666 66 1 666 2 2 6666 444444 44
lowQualScore : . ... . ....... .. ..... . ...... .. . . ..... . ..... .. ........ .. .... ... . .. ................................................................... .... . . . . . ........ . . . ... ........ .. . ... . . .... ...... ..
lowQualScore : 1 444 1 1111111 55 77777 1 000000 00 0 0 88888 3 66666 66 11111111 66 0000 444 3 99 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 3 3 7 0 3 11111111 3 3 3 888 88888888 11 4 999 9 9 1111 666666 22
consensus : TGCGTTTCAC-AAAA---TAACTTACGATAAAA-ATCG-------CCGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTATGTT----TAAA-T---T-T--TGATC-----G--ACG-TTTAAA-A--TGATTGTA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TG-C-ATTNT---------T-------T----G---------AG---C------CA-A--T-T-T-GGNTTCATTT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---AATATTATGAATAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGA-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-G----TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
Reference ( family-2206 ) : TGCGTTTCAC-AAAA---TAACTTACGATAAAA-ATCG-------CCGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTATGTT----TAAA-T---T-T--TGATC-----G--ACG-TTTAAA-A--TGATTGTA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TG-C-ATTNT---------T-------T----G---------AG---C------CA-A--T-T-T-GGNTTCATTT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---AATATTATGAATAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGA-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-G----TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
gi|1 : TGCATTTCGCGAAAA---AAACTTACAACAAAA-ATCAGATTAACCCTTAAACGTAAA-----G-T--AAGATA---TA-TTCATTATATATA----TATA-T---CATAATAATCACCATG--ACT-TTCAGATA--TAATTTT----TTTC------------------------TG-A-ATT-T---------T-------T----C---------AA---T------CATG--T-T-T-GGTTTCATTT-GGATGATCCAATCAA-TATT--T-A---AATATTATGAATGATACCGGTACTTACTTTACGTTAACAACC-T-ATTTT-AATTG----TAACT----TTT--TTTTGTGAAATG
gi|10 : ctggtTTCAC-AAAA---TAACTTGCGATAAAA-CT-----------------GCCAA-----T-TTGACAAT---------------------------G-T---T-T--TGACC-----C--ACG-TATACA-------CTGTG---TTTCCTG-AAAC-ATTTC----------TG-C-CTGCT---------T-------T----G---------AG---C------CA-AC-T-T-T-GGGTTCATTTAGGATA--------AAATATA-AA-A---AATATCGTGAATAAT--CG----TTTGTTTACATTTGCAA-A-G-ATTTT-TGTCA----TAA-G------A--TTTTGTGAAATGCggttcctggtttgaacagatgtcca
gi|11 : TA---ATTCCAA-AAATTGT--A----------TG-T--TTTT---------T-------T----G---------AAAGTT------CA-A--TAT-T-AAATTTGTTT-GGATG--------AC-TTTG-AA-A---AATATTATGAACACT--TC----TAACCTTATGTTTGAAA-A-GTATTGT-TGTTGTTGTTAATG----TTTTGTTTTGTGAAACTCAG
gi|12 : ctggtTTTCAC-ATAA---TAACTTA--ACAAAA-ATCA-------CCATAA--ATCAA-----T-TTGACAttaaagccaa
gi|13 : gatgtcaaggtcatagttactaaaatagatatgctcattaattaagttcccatcttagttacctcaaacaaattaccatatatgcaataggtttgggctgttGCGTTTCAC-GAAA---TAACATACGATAAAA-ATCG-------ACGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TTCGTTGAAGGAT----CCAA-T---T-T--TGATC-----A--ACG-TTTAAA-A--TTATTGTA---t
gi|14 : AAAA-ATCG-------CCGTCA--GTCTA-----T-TTGACAAAT---AC-TATGTGGTTTGTT----TAAA-T---T-T--TGATC-----GCCACG---TAAA-A--TGATTGTA---TTTCCAA-TAT--AT--A----------TA-T-ATT
gi|15 : cT---------T-------C----G---------AT---C------AA-G--T-T-T-TGTTTCATTT-G---G--------AG-TAAT-AA-ATCCATTATTATGAACAAT-----------ACTTAC-TTTACGACC-T-ATTTT-TATCA----TAA-T----TTT--TTTT
gi|16 : tTGCGTTTCAC-GAAA---TAACTTACGATTAA
gi|16 : tTATTATGCGTATT--TG----TT-----AC-TTTACAA-CTG-AATTA--ATCG----TAA-G----TTA--TTTCGTGAAACGCAttcagttgtaaagtaacaaatacgcataatagccatccacacgaatttacgattgtat
gi|17 : t-G-ATTTT-TATCG----TAA-G----TTT--TTTCGTGAAATGCAgccatccacacgaatttacgattgtat
gi|2 : tggtCATTTCAC-AAAA----AACTTACGATAAAA-ATAGG------TTGTAAATGTTAAGTAAGTATTGATTATTATATT-TC----ATATATTACTCTAAA-T---------GA-------A--AC-----AAA-ACTTGACTGAAAAATT--CAG-AAA--AT--GG---------TA-A-ATTTT---------C-------T----G---------AA---AATA---CA-A--T-TGT-AAATTCATGT-GAATG--------AC-TATG-AA-A---AATATTATGGATATT--TG----TTACTTAACATTAACAA-CTG-ATTTT-TATCG----TAA-GT---TTT--TTTTGTGAAATGCA
gi|3 : taggtTGCGTTTCAC-AAAA---TAACTTTCGATAAAA-ATCG-------TCGTAA--GTCAG-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTGTGTT----GAAA-T---T-T--TGATC-----G--ACA-TTTAAA-A--TGATTGTA---TCTTCAG-AAA--CT--A----------TG-TAACTTT---------C-------T----GTATGATTACAA---C------AA-G--T-T-T-GGCTTCATTT-GGATG--------GA-AATT-AA-A---AATATCATGAACAAT--TG----TTGGTTTTCGTTTACGG-C-G-ATTTTATATCG----TAA-GTTTTTTT--TTTTGTGAATCGCAGTgctccctggactgtgt
gi|4 : gggcTGCATTTCAC-AAAAAAATAACTTACGACAAAA-ATCG-------CCATAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---ACATC--TTGTTTGTT----TAAAAT---T-T--TGAAT-----G--ACAATTTA-------GATTATA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TATC-ATTTT---------C-------TACATG---------TT---CTTTTTTCA-A--T-T-TTGGATTCATTT-TGATG--------AA-TATTGAA-A---AATACTATAAATAAG--TG----TTTGTTAATGTTGACGA-T-G-ATTTT-CGTTG----TAA-G----TTT--TTTTGTAAAACGC
gi|5 : ggCGATTTAC-AAAA---TAAATTACGATAAAA-CTCA-------CCGTAA--GTAAA-----T-CTGACATTC---TT-TTCGTGGAATGTT----TAAA-T---T-T--TGATT-----G--ACA-TTTAAA-A--TTATTGTA---TTTG-AA-AAA--AT--AAATCATTCTCTG-C-ATGAT---------T-------T----G---------CG---C------CA-A--T-T-TTGGGTTCATGT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---AATGTTATGAGTAAT--TA----TTGGTTAACGTTTACGT-C-G-AATTT-TGTCG----TAA-G----TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
gi|6 : TTCAC-AAAA---TAACTCACGATCAAA-ATCG-------CCGTAA--GTCAT-----T-TTGACATTT---TT-TACGTGGAAT-TT----TAAA-T---T-T--TGATT-----G--ACA-TTTAAA-C--TGACTGTA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TATC-ATTCTCTGCAAGATT-------T----G---------AG---C------CA-AC-T-T-T-GGATTCATTT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---AATGTTATGAATAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGT-C-G-ATTAT-TGCCG----CAA-GTT--TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
gi|7 : TGCGTTTCAC-AAAA---TAGCTTACGATAAAA-ATCG-------ACGTTA--GCCAA-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTGTGTT----CAAA-T---T-T--TGATC-----G--GCA-TTACAA-A--TGATTGTA---TTTTCAG-AAA--AT--A----------TG-C-ATTAT---------T-------T----G---------AG---C------CA-A--C-T-T-GGCTTCATTT-GGATG--------AA-AATT-AA-A---AATATTATGAACAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGG-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-A------A--TTTTGTGAAACGCATTC
gi|8 : TTTCAC-GAAA---TAACTAACAATAAAA-ATTA-------TTGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TT-TTCATTGTATCTT----CAAA-T----------ATC-----A--ACA-TTTAAA-A--TGATTGTT---TTTCTAGAAAA--AT--ATATCATTTTCTG-C-ATGAT---------T-------T----G---------AG----------CA-ATTT-T-T-AGATTCATTT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---GATAGTATAATTAAC--T--------GTTTATATTTACGA-C-A-ATATT-TGTTG----TAA-G----TTT--ATTTGTGAAATGCAt
gi|9 : C-AAAG---TAACTTGCAATAAAATATAG-------CTATAT--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TTTGTTGTATGT-------AA-TAAGT-T--TGATC-----T--ATG-TTTAAA-A--TGATTATA---TTTCCAG-GAA--AT--A----------TGTC-ATTTC---------TGCATTAAT----G---------AC---A------CATC--T-T-T-GAGTTCATTT-GTATA--------GT-TATA-AAGA---GATATTATGAATAAT--TG----TTGTTTTACGTTTACGA-C-A-TTTTT-TGTCG----TAA-ct
blockSeqs : . AAA T G AT GTAAG A ATATT TC T G ACTCT A AAGT . GCC AA ACT AAA A TT ATATCATTTTCTACATGTTCTTTTTT ATT A G T G A . A G G TCC CG TG A CC T A TTGT GTTTT TG
blockSeqs : . . . . . . . ACA AT G G C . T . C G A . . C ATGTAACTTTCTGTATGATTACAAC AC . . T A . . . . . . TC AC G CT . . . GTT .
blockSeqs : . . . . . . . TC CC T A T . T . A G A . . . AAATCATTCTCTGCATGATTTGCGC AC . . . T . . . . . . TG AC A CT . . . TG .
blockSeqs : . . . . . . . AC TC T G G . T . A G A . . . ATATCATTCTCTGCAAGATTTGAGC TC . . . A . . . . . . TG GG G A . . . GT .
blockSeqs : . . . . . . . TC AC G G T . T . G A A . . . ATATCATTTTCTGCATGATTTGAG A . . . C . . . . . . TG TG G A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . TT CC G G T . T . G A C . . . ATGTCATTTCTGCATTAATGACA G . . . A . . . . . . TG GG G C . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . TT TC T G T . T . G A A . . . GGTAAATTTTCTGAAAATA A . . . G . . . . . . TA GG G T . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . TC TT T C C . T . G A A . . . TTCTGCCTGCTTTGAGC G . . . A . . . . . . TG GG G C . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . TT C T G C . T . G A A . . . ATGTTTTTTTGAAAGTT A . . . C . . . . . . TG GT A C . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . TC C . . . . . . A G . . . . ATGCATTATTTGAGC A . . . A . . . . . . TG A G C . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . G . . . . . . T G . C . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . G .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ******* ** T**** ** G******* A*** A*** ******** TG****** C** G*****
originalCons : TGCGTTTCAC-AAAA---TAACTTACGATAAAA-ATCG-------CCGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTATGTT----TAAA-T---T-T--TGATC-----G--ACG-TTTAAA-A--TGATTGTA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TG-C-ATTNT---------T-------T----G---------AG---C------CA-A--T-T-T-GGNTTCATTT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---AATATTATGAATAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGA-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-G----TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
finalCons : TGCGTTTCAC-AAAA---TAACTTACGATAAAA-ATCG-------CCGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTATGTT----TAAA-TT----T--TGATCG-------ACG-TTTAAAA---TGATTGTA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TG-C-ATTNT---------T-------T----G---------AG---C------CAA---T-T-T-GGNTTCATTT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---AATATTATGAATAATTG------TTGGTTTACGTTTACGAC--G-ATTTT-TGTCG----TAAG-----TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11111111 111111
lowQualScore : 3 555 3 3333333 88 77777 3 666666 66 1 1 77777 3 99999 44 11111111 77 7777 555 3 77 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444 3 3 6 1 3 22222222 3 3 3 555 66666666 66 1 666 2 2 6666 444444 44
lowQualScore : . ... . ....... .. ..... . ...... .. . . ..... . ..... .. ........ .. .... ... . .. ................................................................... .... . . . . . ........ . . . ... ........ .. . ... . . .... ...... ..
lowQualScore : 1 444 1 1111111 55 77777 1 000000 00 0 0 88888 3 66666 66 11111111 66 0000 444 3 99 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 3 3 7 0 3 11111111 3 3 3 888 88888888 11 4 999 9 9 1111 666666 22
consensus : TGCGTTTCAC-AAAA---TAACTTACGATAAAA-ATCG-------CCGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTATGTT----TAAA-T---T-T--TGATC-----G--ACG-TTTAAA-A--TGATTGTA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TG-C-ATTNT---------T-------T----G---------AG---C------CA-A--T-T-T-GGNTTCATTT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---AATATTATGAATAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGA-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-G----TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
Reference ( family-2206 ) : TGCGTTTCAC-AAAA---TAACTTACGATAAAA-ATCG-------CCGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTATGTT----TAAA-T---T-T--TGATC-----G--ACG-TTTAAA-A--TGATTGTA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TG-C-ATTNT---------T-------T----G---------AG---C------CA-A--T-T-T-GGNTTCATTT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---AATATTATGAATAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGA-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-G----TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
gi|1 : TGCATTTCGCGAAAA---AAACTTACAACAAAA-ATCAGATTAACCCTTAAACGTAAA-----G-T--AAGATA---TA-TTCATTATATATA----TATA-T---CATAATAATCACCATG--ACT-TTCAGATA--TAATTTT----TTTC------------------------TG-A-ATT-T---------T-------T----C---------AA---T------CATG--T-T-T-GGTTTCATTT-GGATGATCCAATCAA-TATT--T-A---AATATTATGAATGATACCGGTACTTACTTTACGTTAACAACC-T-ATTTT-AATTG----TAACT----TTT--TTTTGTGAAATG
gi|10 : ctggtTTCAC-AAAA---TAACTTGCGATAAAA-CT-----------------GCCAA-----T-TTGACAAT---------------------------G-T---T-T--TGACC-----C--ACG-TATACA-------CTGTG---TTTCCTG-AAAC-ATTTC----------TG-C-CTGCT---------T-------T----G---------AG---C------CA-AC-T-T-T-GGGTTCATTTAGGATA--------AAATATA-AA-A---AATATCGTGAATAAT--CG----TTTGTTTACATTTGCAA-A-G-ATTTT-TGTCA----TAA-G------A--TTTTGTGAAATGCggttcctggtttgaacagatgtcca
gi|11 : TA---ATTCCAA-AAATTGT--A----------TG-T--TTTT---------T-------T----G---------AAAGTT------CA-A--TAT-T-AAATTTGTTT-GGATG--------AC-TTTG-AA-A---AATATTATGAACACT--TC----TAACCTTATGTTTGAAA-A-GTATTGT-TGTTGTTGTTAATG----TTTTGTTTTGTGAAACTCAG
gi|12 : ctggtTTTCAC-ATAA---TAACTTA--ACAAAA-ATCA-------CCATAA--ATCAA-----T-TTGACAttaaagccaa
gi|13 : gatgtcaaggtcatagttactaaaatagatatgctcattaattaagttcccatcttagttacctcaaacaaattaccatatatgcaataggtttgggctgttGCGTTTCAC-GAAA---TAACATACGATAAAA-ATCG-------ACGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TTCGTTGAAGGAT----CCAA-T---T-T--TGATC-----A--ACG-TTTAAA-A--TTATTGTA---t
gi|14 : AAAA-ATCG-------CCGTCA--GTCTA-----T-TTGACAAAT---AC-TATGTGGTTTGTT----TAAA-T---T-T--TGATC-----GCCACG---TAAA-A--TGATTGTA---TTTCCAA-TAT--AT--A----------TA-T-ATT
gi|15 : cT---------T-------C----G---------AT---C------AA-G--T-T-T-TGTTTCATTT-G---G--------AG-TAAT-AA-ATCCATTATTATGAACAAT-----------ACTTAC-TTTACGACC-T-ATTTT-TATCA----TAA-T----TTT--TTTT
gi|16 : tTGCGTTTCAC-GAAA---TAACTTACGATTAA
gi|16 : tTATTATGCGTATT--TG----TT-----AC-TTTACAA-CTG-AATTA--ATCG----TAA-G----TTA--TTTCGTGAAACGCAttcagttgtaaagtaacaaatacgcataatagccatccacacgaatttacgattgtat
gi|17 : t-G-ATTTT-TATCG----TAA-G----TTT--TTTCGTGAAATGCAgccatccacacgaatttacgattgtat
gi|2 : tggtCATTTCAC-AAAA----AACTTACGATAAAA-ATAGG------TTGTAAATGTTAAGTAAGTATTGATTATTATATT-TC----ATATATTACTCTAAA-T---------GA-------A--AC-----AAA-ACTTGACTGAAAAATT--CAG-AAA--AT--GG---------TA-A-ATTTT---------C-------T----G---------AA---AATA---CA-A--T-TGT-AAATTCATGT-GAATG--------AC-TATG-AA-A---AATATTATGGATATT--TG----TTACTTAACATTAACAA-CTG-ATTTT-TATCG----TAA-GT---TTT--TTTTGTGAAATGCA
gi|3 : taggtTGCGTTTCAC-AAAA---TAACTTTCGATAAAA-ATCG-------TCGTAA--GTCAG-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTGTGTT----GAAA-T---T-T--TGATC-----G--ACA-TTTAAA-A--TGATTGTA---TCTTCAG-AAA--CT--A----------TG-TAACTTT---------C-------T----GTATGATTACAA---C------AA-G--T-T-T-GGCTTCATTT-GGATG--------GA-AATT-AA-A---AATATCATGAACAAT--TG----TTGGTTTTCGTTTACGG-C-G-ATTTTATATCG----TAA-GTTTTTTT--TTTTGTGAATCGCAGTgctccctggactgtgt
gi|4 : gggcTGCATTTCAC-AAAAAAATAACTTACGACAAAA-ATCG-------CCATAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---ACATC--TTGTTTGTT----TAAAAT---T-T--TGAAT-----G--ACAATTTA-------GATTATA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TATC-ATTTT---------C-------TACATG---------TT---CTTTTTTCA-A--T-T-TTGGATTCATTT-TGATG--------AA-TATTGAA-A---AATACTATAAATAAG--TG----TTTGTTAATGTTGACGA-T-G-ATTTT-CGTTG----TAA-G----TTT--TTTTGTAAAACGC
gi|5 : ggCGATTTAC-AAAA---TAAATTACGATAAAA-CTCA-------CCGTAA--GTAAA-----T-CTGACATTC---TT-TTCGTGGAATGTT----TAAA-T---T-T--TGATT-----G--ACA-TTTAAA-A--TTATTGTA---TTTG-AA-AAA--AT--AAATCATTCTCTG-C-ATGAT---------T-------T----G---------CG---C------CA-A--T-T-TTGGGTTCATGT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---AATGTTATGAGTAAT--TA----TTGGTTAACGTTTACGT-C-G-AATTT-TGTCG----TAA-G----TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
gi|6 : TTCAC-AAAA---TAACTCACGATCAAA-ATCG-------CCGTAA--GTCAT-----T-TTGACATTT---TT-TACGTGGAAT-TT----TAAA-T---T-T--TGATT-----G--ACA-TTTAAA-C--TGACTGTA---TTTCCAG-AAA--AT--A----------TATC-ATTCTCTGCAAGATT-------T----G---------AG---C------CA-AC-T-T-T-GGATTCATTT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---AATGTTATGAATAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGT-C-G-ATTAT-TGCCG----CAA-GTT--TTT--TTTTGTGAAACGCAGTC
gi|7 : TGCGTTTCAC-AAAA---TAGCTTACGATAAAA-ATCG-------ACGTTA--GCCAA-----T-TTGACAATT---TC-TCCGTTGTGTGTT----CAAA-T---T-T--TGATC-----G--GCA-TTACAA-A--TGATTGTA---TTTTCAG-AAA--AT--A----------TG-C-ATTAT---------T-------T----G---------AG---C------CA-A--C-T-T-GGCTTCATTT-GGATG--------AA-AATT-AA-A---AATATTATGAACAAT--TG----TTGGTTTACGTTTACGG-C-G-ATTTT-TGTCG----TAA-A------A--TTTTGTGAAACGCATTC
gi|8 : TTTCAC-GAAA---TAACTAACAATAAAA-ATTA-------TTGTAA--GTCAA-----T-TTGACAATT---TT-TTCATTGTATCTT----CAAA-T----------ATC-----A--ACA-TTTAAA-A--TGATTGTT---TTTCTAGAAAA--AT--ATATCATTTTCTG-C-ATGAT---------T-------T----G---------AG----------CA-ATTT-T-T-AGATTCATTT-GGATG--------AA-TATT-AA-A---GATAGTATAATTAAC--T--------GTTTATATTTACGA-C-A-ATATT-TGTTG----TAA-G----TTT--ATTTGTGAAATGCAt
gi|9 : C-AAAG---TAACTTGCAATAAAATATAG-------CTATAT--GTCAA-----T-TTGACAATT---TC-TTTGTTGTATGT-------AA-TAAGT-T--TGATC-----T--ATG-TTTAAA-A--TGATTATA---TTTCCAG-GAA--AT--A----------TGTC-ATTTC---------TGCATTAAT----G---------AC---A------CATC--T-T-T-GAGTTCATTT-GTATA--------GT-TATA-AAGA---GATATTATGAATAAT--TG----TTGTTTTACGTTTACGA-C-A-TTTTT-TGTCG----TAA-ct