lowQualScore : 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555555555555555555555555555555555555555555 1
lowQualScore : 44444444 22222 555 66666666666 1 3 2 3 1 9999 1 1 44444444 1 1 8 1 99 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 222 77777777777 555555 7777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7777777 1 222 444444 222 555555 333333333333333333333333333333333333333333 222 1 2 33 2 5555555555 4 33333 1 2 222 333
lowQualScore : ........ ..... ... ........... . . . . . .... . . ........ . . . . .. . .......................................................... . ... ........... ...... .... .................................................................................................... ....... . ... ...... ... ...... .......................................... ... . . .. . .......... . ..... . . ... ...
lowQualScore : 00000000 77777 999 88888888888 1 2 2 3 1 2222 1 1 00000000 1 1 2 4 33 9 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 999 99999999999 000000 5555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 7 999 888888 888 000000 333333333333333333333333333333333333333333 333 4 8 33 3 8888888888 3 33333 4 2 555 999
consensus : CGGTTTCACTAAA--------CATC-----TC--AA---------C-TTGA-GA-T-T-T-T--C-T-C-AAC--------T-CA-AA-TTTTT-GAAATGCT-ATAACTT-CATT-----TACATTGATCAT----T--T-TG---C-ATG-----TTATCC----T-TTACCA---A-----------TGAGTAA------AGATG---TGTT---C-CGACT-------------------TC---AA-TTNTGT-G---T----------GG-TC-ATT--T----TG-T--A--GATT--A-T-------GAG-------TTCA-A---G------TAA-TCAT------TTAGAGAA-------A--N--------NNAAA-T---------T--TTTGA---GTT-GA-G--AAANATC----------TCAGC-----TTGAGA-TGT---T---TAGTGAAAC
Reference ( gi|5 ) : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----TT--AA---------C-TTGA-GA-T-T-T-T--C-T-C-AAC--------T-CA-AAGTTTTT-GAAATGCT-GTAACTT-CCTT-----TCCACTGGTCAT----T--T-TG---C-ATA-----GCATCC----C-TTACCA---A-----------TGAGTAA------AGATG---TGTT---C-TTATT-------------------TC---AA-TTATGT-G---T----------CG-TC-ATT--T----TG-T--A--GATT--A-T-------GAG-------TTCA-A---G------TAA-TCAT------TTAGAAAA-------A--A--------ATAAA-T---------T--CTTGA---GTT-GA-G--AAATATC----------TTAGC-----TTGAGA-TAT---T---TAGTGAAAC
gi|3 : CAGTTTCAACAAA--------TATC-----TT--AA---------A-CTAA-GA-T-T-T-C--C-C-T-AA------------A-AAATTT
gi|20 : cctgttctcattaaacattaattttcaacttcagattttctttgtctcaaatattttaagtgctataaattcatttacatttattattttgcatgttatcccttttctaatgagtaaaaattgttccgacttcaattctgtatagtcatttaatgtgtaacgaatttaaacagttgtttagggtaattgCAGTTTCAATCAA--------CATC-----TC--CA---------C-TTCA-GA-T-T-T-T--CAT-T-AAC--------T-CA-AA-TTTTT-GAAATGTT-ATAACAT-CATT-----TACATTGATCA-----C--T-TG---T----------CATCC----T-TTACTA---A-----------CAAGTTA------AGATG---TGTT---C-CAACT-------------------TT---AA-TTTTGT-G---T----------GG-Tgac
gi|1 : ctCAGTTTCACTAAA--------CATC-----TC--AA---------C-TTGA-TA-T-T-T-TC-C-T-C-AGC--------T-C--AATTTTTT-GAAATGTT-ATAACTT-CATT-----TACATT
gi|13 : CAGGCCCACTAAA--------AATT-----TT--GA---------C-TTGA-TC-T-T-T-T--CCT-C-TAC--------T-CA-AA-TATTT-AAAATGCT-G---------TT-----ACCGC--ATAAT----T--T-TG---C-AT------GTGTTC----CATTACCA---A-----------TGAGTTT------ATATT---TGTT---C--------------------------C---AG-----GT-G---------------G-TC-ATT--TAA--TG-T--G--CA----A-C-------GAT-------TTCA-A---G------CTA-TC---------TAGGAG----------------------AAA-T---------T--TTTGA---ATT-GA-G--GAAAATC----------TCAGC-----Tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttctaatgagttcagatgtgttccaacttaaattatttgtggtcatttaactgcaatgagttcgagtaatgattaagagatattgcaaattttgagtcgagtaaaatctcagctttagatgtttagtgaaacctgcccc
gi|26 : CAGTTTCAGTAAA--------CATC-----AC--AA---------C-TTGA-GA-A-T-T-T--C-T-C-AAC--------T-CA-TAGTTGTT-AAA-------TAATTT-CATT-----AACGTTGTCCAA----G--T-TG---A-ATG-----TTGT-C----C-TTATTA---A-----------TCACTAG------AGCTT---TGTT---C-
gi|6 : CAGTTTTACTAGT--------TATC-----TC--TA---------T-TTTA-GA-T-A-T-TA-C-A-A-AAC--------T-CA-AA-TTTAT-GAAATTCT-ATAGTTT-A-TT-----GAAATTGCTCAG----T--T-TATACC-ATA-----TCAT--------TTAGCG---A-----------TGAATAA------ACACG---TATT---TGTTATG-------------------TCTACAC-TTCTGT-G---T----------GA-CT-ATT--C----AA-T--A--G-TA--A-T-------GAG-------TTTA-A---G------AAA---AT----------GGCG-------A--G--------ATAAT-T---------T--ATTT----GTT-AA-G--A--T-TC----------TCACA-----TTGAGA-TGT---T---TAATGAAACc
gi|47 : aCGGTTTTAATAAA--------CATC-----TC--AA---------G-CTGA-GA-TGT-T-T--C-T-C-AAC--------T-t
gi|33 : gtCAGTTTCACTAGA--------TATC-----TC--AA---------T-TTGA-GA-T-TCT-C--C-T-C-AACAGAAACCTT-GG-AAGTTTT---ACATGTT-AT-ACTT-ac
gi|50 : cctCAGTTTCATTTAA--------CATC-----TC--AG---------C-TTGA-GATT-T-T-T--C-T-C-Ataccaattgagtaacg
gi|45 : CGGCTTCATTTAA--------CATC-----TT--AA---------G-CTGA-GA-T-T-TAC--C-T-C-AAC--------T-CA-A
gi|36 : CGGTTTCACTTAT--------CATC-----TC--AA---------G-TAGA-GA-T-T-T-T--CAT-C-AAC--------T-AA-AAATATTagccca
gi|51 : gattatgagttcaagaaaaactgCGGTTTCACTAAA--------CATC-----TC--AA---------G-CGGA-GG-T-T-T-T--agccc
gi|2 : AGTTTCACTAAA--------CATC-----TC--AA---------C-TTGA-GA-T-TCT-C--C-T-C-AAC--------C-CA-AA-TCTTT-GAAAGACTAATAATTT-TATT-----TTTAGTGATCAT----T--T-TG---C-ATT-----TTATTC----T-TT-CCA---A-----------TGAATAT------ATATGTTATGTT---G-TCATTTATGTGTGATGGTATGATATC---AA-TTTTGT-G---TGATGTTATGACG-TCAATT--T----TG-T--GT-GGTC--A-------------------TTTA-ACGTG------TAA--CAT------TTAGAGAAAGTGATCA--A--------AAAAG-T---------T------A---GTT-GATG--AAA-ATC----------TCAGC-----TTGATA-TGT---T---TAGTAAAACgccc
gi|2 : gtcctAGTTTTACTAAA--------CATA-----TC--AA---------G-CTGA-GA-T-T-T-T--CAT-C-AAC--------T--A-ACTTTTTT-GAtcgcc
gi|8 : gtcctagtttcactaaacatctcaacttgagattctcctcaacccaaatctttgaaagactaataattttatttttagtgatcattttgcattttattctttccaatgaatatatatgttatgttgtcatttatgtgtgatggtatgatatcaattttgtgtgatgttatgacgtcaattttgtgtggtcatttaacgtgtaacatttagagaaagtgaAGTTTTACTAAATAGCTCTACATC-----TC--TA---------C-TTAA-GA-T-T-T-T--CAT-C-AAA--------T-CA-AAATTTTGAGAACTGCT-ATAG-TT-AATA-----TACATTGATCAA----T--G-TC---C-ATG-----CTATCC----T-TTACCA---A-----------CG-GTAcgcc
gi|14 : cggtcaAGTTGCATTAAA--------CGTC-----CC--AA---------T-TTGA-GA-T-T-T-A--C-T-T-AAC--------T-CA----TTT-----ATTGCT-ATAACTT-TATT-----AACAA-GGTACT----C--T-TG---A-AT-----------------------A---A-----------TGAGAAA------AGA--------------ATAGT-------------------TT---AA-TTTTGT-A---T----------GA-TC-ATTAAT----TG-T--G-----T--A-T-------AAG-------TTCA-A---G------TTA-TAAT------TTGTAAAA-------A--ATT------ATCAA--------------CTTGA---tgacttaaaccagagttaacaggtgttttttttaaataagaggaaataacttaaaaaagagagaaatgtat
gi|12 : aAATTTCACTAAG--------TATC-----TC--AAACTAACTACC-TTTACGA-T-T-T-TTCC-T-C-AAC--------T-GA-CATATTTT-AAA-------TAACTG-CATT------------GTTAC----T--TGTG---C-ATG-----TTATTA----T-TTCTCA---A-----------TGAGTAA------A-ATG---TTTCAGAC-TCATA-------------------TC---A------GT-G---A----------AG-TC-ATT--T----------A--AAGT--A-TAGC----GAG-------TTCA-A---G------TAG-TAAT------TTAGAGAA-------A--tatgcttaatgaaacc
gi|49 : aAGTTTCACCAAA--------CATC-----TT--AA---------G-CTGA-GA-T-ttaaga
gi|15 : gGTTTCACTTAA--------CATC-----TC--AA---------C-TTTA-GA-T-T-T-T--CCT-C-AAC--------T-CA-AA-TTTTT-GAAATGCT-ATAAATT-CGTT-----TATATTGATCAT----T--T-TG---C-ATG-----GTATTC----T-TTGTAA---A-----------TTAGTAA------AGATG---TGTT---C-TGATT-------------------TC---AG-TTATTT-G---T----------GG-CC-ATT--G----AA-T--A--GATT--A-C-------GAG-------CTCA-A---A------TAA-TCTT------TTAGAGAA-------A--A--------tgtcgcaag
gi|7 : GTTTCAATAAA--------TATC-----TC--GA---------G-CTAA-GA-TAT-T-T--C-T-C-ATC--------T-CA-A
gi|19 : tttcgctaaacatctccacttgagattttttctcatctcaactataacttcatttacattgatcagtttacttgttatcctttaccaatgagtaaagatttattcgaacttcaattctgtgtgattgtttatttggcaacaattttcaagtagttgtttagagaaaGTTTCACTAAA--------CATC-----TA--AA---------G-CTGA-GA-T-T-T-TA-C-T-C-GAC--------T-CA-AAATTT
gi|1 : tttctaatgagttcagatgtgttccaacttaaattatttgtggtcatttaactgcaatgagttcgagtaatgattaagagatattgcGTTTCACTAAA--------CATC-----TA--AA---------G-CTGA-GA-T-T-T-TA-C-T-C-GAC--------T-CA-AAATTTctgcc
gi|27 : cagtttcactaaacatctcaacttgatattttcctcagctcaattttttgaaatgttataacttcatttacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttctaatgagttcagatgtgttccaacttaaattatttgtggtcatttaactgcaatgagttcgagtaatgattaagagatattgcGTTCTACTAAA--------CATC-----TC--AA---------G-TTAA-GA-T-T-G-T--C-C-CAAAC--------T-AA-AActgcccc
gi|25 : ggttctgacttcaattttgtgtggtcatatagttatctaaagtaatgatttagagaaatagagattGTTTCGTTAAA--------TATT-----TT--AA---------C-CTGA-GA-T-T-T-G--C---C-AAC--------T-C--AACTTTTT-GGAA--CT-ATAACTTGTATA-----TAAATTGTTCAT----G--C-CG---A-ACG-----CTATCC----T-TGACCA---A-----------TGAACCA------ACACT---TGTT---caac
gi|42 : cGTTTGACTTAA--------CATC-----TC--AA---------G-TTAA-GAGT-T-T-C--C-T-C-ATC--------T-TG-AAATTTCT-GAAATGTT-ATAA
gi|23 : GTTTCACATAA--------CATC-----TC--AA---------CATTAG-AA-T-T-T-C--C-T-T-GTC--------TTCA-A--TTTTT-GAAATGCT-ATAAC
gi|7 : ccTTTCGCTAAA--------CATC-----TC--CA---------C-TTGA-GA-T-T-T-TTTC-T-C-ATC--------T-CA-A--------------CT-ATAACTT-CATT-----TACATTGATCAG----T--T-TA---C-TTG-----TTATCC----T-TTACCA---A-----------TGAGTAA------AGATT---TATT---C-GAACT-------------------TC---AA-TTCTGT-GTGAT----------TGTTT-ATT--T----GG-C--AACAATT----------------------TTCA-A---G------TAG-TTGT------TTAGAGAA-------A-------------------------------TTGA---GAT-GA-G--AAATATC----------TTAGC-----TCGAGA-TAT---T---TATTGAAACaatatttacattcaagttgagtgaggattttatctttatatagtcatcaaatgtg
gi|3 : TCTCATTAAA--------CATTAATTTTC--AA---------C-TTCA-GA-T-T-T-T--CTT-T-GTC--------T-CA-AA-TATTT-TAAGTGCT-ATAAATT-CATT-----TACATTTATTAT----T--T-TG---C-ATG-----TTATCC----CTTTTCTA---A-----------TGAGTAA------AAAT----TGTT---C-CGACT-------------------TC---AA-TTCTGT-A---T----------AG-TC-ATT--TAATGTG-T--A--------A-C-------GAA-------TTTA-A---A------CAG-TTGT------TTAGGGTA-------A--T--------TGAAA-T---------T--TTTTA-------GG-G--AA--ATC----------TTAGT-----TTAAGA-TAT---T---TGTTGAAAC
gi|11 : cctgtTTTCACTTAA--------CGTC-----TG--AA---------G-CTGA-GA-T-T-T------T-C-AAC--------T-CA-AAACTTTtggac
gi|43 : aactcatatttttcaaatgctataacttcattcgcattggtcattttctaaagttgggatgtgttccaatttaataatgtgtggccagttaaaatgttataagtttataataattatgataatttagagaaattgTTCCACTTAA--------CATT-----GC--AA---------C-TT--------T-T-C--C-T-C-AAC--------T-CA-AA-TTCTT-GAAATGCT-gcggt
gi|31 : TTTTACTAAA--------C-TT-----TTGCAA---------C-ATGA-GA-T-T-T-T--C------AT--------T-----GGTTT----AAATACT-TTA-------TC-----TACATCGACCAA----T--T-TT---C-GTG-----TTATCT----T-TTGCCA---A-----------TGAATAA------tatattc
gi|41 : tTAAT--------CATC-----TC--AA---------C-TGGA-GAAT-T-T-T--C-T-C-AAC--------T-GA-AA-TTTAT-GAAATGCA-ATAACTT-TATT-----T
gi|46 : TAAC--------TATC-----TC--AA---------C-TTGA-GA-T-TGT-C--C-T-C-AAC--------T-CA-AACTCTAT-AAAAgc
gi|4 : tttAGA--------CATC-----TC--AA---------G-TTAA-GA-T-T-T-T--A---C-ACC--------A-CATAAACGTTT-GCAATGCT-AAAACTT-AATA-----TACATTGAT-ATG---T--T-TA---C-ATG-----TTGTCC----T-TAACCA---A-------------AGAAATTGCCCAGACC---GCTT---T-TTGTT------------------------------TGT-----T----------TG-TT-ACT--T----AC-T--A--------A-T-------GAG-------ATTG-A---G------TAA-TAAT------TTAGAGAA-------ATTATTATTATTATAAA-TATATTTATAT--TTTTA---GTT-GG-G--GTGTGTC----------TCGGC-----TTGAGA-TGT---C---TTGTGAAGC
gi|22 : cA--------CATT-----TC--AT---------C-TTGA-GA-T-T-T-TC-C-T-C-AAC--------T-CC-TA-TTTTT-GAACTGCT-ATA-------TT-----T--AC----CAT----T--T-TG---A-ATAAATATG-ATCT----T-TTACGG---A-----------TGTGTAA------AGATT---TATT---A-TGACT-------------------TC---c
gi|21 : --------CATA-----TC--AA---------C-TTGA-AA-A-C-T-T--CAT-C-AAT--------T-CA-A-GTTTTT-GAAGTGCT--TAAA---CCTT--------AT------T----T--T-TG---C-ATG-----TTATCC----T-TTACCA---A-----------TGTGTAG------CCAT-------------TTA-------------------------------ATGT-A---T----------AA-CC-AGT--T----AG-TTGA--GATT--T-T-------GAGT------TTTT-A---G------TAA-TCAtgtgacttataattat
gi|38 : TT-----TC--AA---------G-TTGA-GC-T-T-T-C--C-TTC-AAT--------T-CA-AA-CTTTT-GAAATGCT-ATATCTT-
gi|11 : -AAC--------T-CA-TA-TTTTT-CAAATGCT-ATAACTT-CATT-----CGCATTGGTCAT----T--T-T-----------------------------CTA---A-------------AGTTG------GGATG---TGTT---C-CAATT-------------------T----AA-TAATGT-G---T----------GG-CC-AGT--T----AA-A--A--TGTT--A-T-------AAG-------TTTATA---A------TAA-TTATGATAATTTAGAGAA-------A--T--------TGAAA-G---------T--TTTGA---GTT-GA-A--A---ATC----------TCAGC-----TTCAGA-CGT---T---AAGTGAAAtgttaaaatggatcattatgata
gi|10 : C--------T-CA-AATTTTTT--AAACATT-ATAACTT-AATT-----TAAATTGATAAT----T--T-TG---C-ACA-----TTGTTC----T-TAACCA---C-----------AGAATAA------GGATG---TGTT---C-AGACT-------------------CC---AA-TC-TGA-G---T----------GG-TC-ATT--T----TA-T-------TTTAA-T-------GTGTAACACTTCCT-G---G------TAA-TCAT------TTTGAGAA-------A--A--------TGAGATT---------T--TTTTA---TTT-GC-A--ACATATC----------TCAAT-----TTGAGA-Tgcggt
gi|17 : gcTTT-GAAATGCT-ATAAATT-A-TT-----TACAGTTATCACGTTGT--T-TA---CTATA-----CTGTTCGAAAT-CTATCA---AGGTTTGAGATTTGAGTAA------AGATT---TG---------GTT-------------------TC---------TGT-G---T----------GG-TC-AAT--T----TAAT--A--TATT--A-T-------GAC-------TTCA-A---G------TAA-CCAT------TTAGAG----------------------TAA----------------TTGA---TTT------------TT----------TCAGC-----ATGAGA-TAT---G---TAGTGAAAta
gi|16 : TAACTT-TGTTAAAGATACATTGATCAT----TATT-CT---C-ATA-----TTATCA----T-TTACCATTTA-----------TGA--AA------AGATG---TGTT---A-AAACC-------------------TCT--AACTTATGT-G---------------A-AC-ATT--TAA--TG-T--G----TT--A-T-------GAG-------TTCA-A---GACTTGGTAA-TCTT------TTA---------------A--------CGAAA-T---------T--CAGGT---GTT-CA-----AGTTTC----------C-AGC-----TTGAAAATAT---T---TGGTGAAAC
gi|28 : TTAT----T--T-TC---C-TTG-----TTATCC----T-TTACCA---A-----------TGAGTAG------AAATG---T---------TAT------------------------------ACGTAG---T----------GG-TC-ATT--T----AC-T-----GACT--AGT-------GAG-------TTCA-A---G------TTA-TCAT------TTAGAGAA-------G--T--------ATAGA-T---------T--TTT
gi|9 : ATCC----T-TTACCT---A-----------TGAGTAA------AGATA---TGTT---A-TTGTA-------------------TC---GA-TTCTAT-G---T----------TG-TT-GTT--T----T--T--A--ACTT--G-TAACAAGCGAG-------GTCC-A---G------CAA-TCAT------TTAGAAAA-------A--T--------TGAGA-T---------G--TTTAA---CAT-GA-G--GAAAATC----------TCAGCTAATATTCAGG-TGT---T---TAGTAAA
gi|19 : aaagaactataattgtattttacatcaaacttatttcaggtt-TTTCTA---A-----------TGAGTTC------AGATG---TGTT---C-CAACT-------------------TA---AA-TTATTT-G---T----------GG-TC-ATT--TAAC-TG-C--A--------A-T-------GAG-------TTCG-A---G------TAA-TGAT------TAAGAGAT-------A--TT-------GCAAA-T---------T---TTGA---GTC-GA-G--TAAAATC----------TCAGC-----TTTAGA-TGT---T---TAGTGAAAC
gi|1 : -TTTCTA---A-----------TGAGTTC------AGATG---TGTT---C-CAACT-------------------TA---AA-TTATTT-G---T----------GG-TC-ATT--TAAC-TG-C--A--------A-T-------GAG-------TTCG-A---G------TAA-TGAT------TAAGAGAT-------A--TT-------GCAAA-T---------T---TTGA---GTC-GA-G--TAAAATC----------TCAGC-----TTTAGA-TGT---T---TAGTGAAACctgcc
gi|27 : cagtttcactaaacatctcaacttgatattttcctcagctcaattttttgaaatgttataacttcatttacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatGTT---C-TGACT-------------------TC---AA-TTTTGT-G---T----------GG-TC-AT---------A-T--A--G-TT--A-T-----------------CTAA-A---G------TAA-TGAT------TTAGAGAA-------A--T--------AGAGA-T---------T--TTTTA---GTTTGG-G--ACA-ATC----------TTAAC-----TTGAGA-TGT---T---TAGTAGAACctgcccc
gi|35 : gATGT-A---T-------------TC-ATT--T----TA-T--A--GATA--A-T-------GAG-------TTCA-A---A------TTA-TAAT------ATAGAAAATTTG---A--A--------AT-AA-T---------TGGATTGA---ATT-GA-caac
gi|29 : ACGT-G---T----------GG-TG-ATT--T----AA-T--A--TGTT--T-T-------AAC-------TTCA-A---A------TAAATCAT------TTAG-----------------------ACAGA-T---------T--TTTAACTGGTT-GT-G--GAAAACC----------TCAGA-----TTGAGA-CGT---T---TGGTGAAattggattgatag
gi|1 : ----TG-T--A--AATG--A----------AG-------TT-------A------TAA--CAT------TTCAAAAA-------A-------------------------------TTGA---GCT-GA-GGAAAATATC------------AAG-----TTGAGA-TGT---T---TAGTGAAACgtcggtct
gi|36 : ca--GATT--A-T-------GAG-------TTCA-A---G-------------------------AAA-------A--A--------CTGAA-TA--------T--TTTTA---GTT-GATG--AAA-ATC----------TCTAC-----TTGAGA-TGA---T---AAGTGAAACttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttctaatgagttcagatgtgttccaacttaaattatttgtggtcatttaactgcaatgagttcgagtaatgattaagagatattgcaaattttgagtcgagtaaaatctcagctttagatgtttagtgaaacctgcccc
gi|40 : -------TTCA-A---G------TTA-TAAT------TTAGAGAA-------A-------------------------------TTGA---G------G--AAA-ATC----------TTCGC-----TTGAGA-TGTACATGTATAATGAAACcgagccc
gi|44 : TAGA-T---------T--TCTGA---GTT-AA-G--GAATATC----------TTAGC-----TTGAAA-TGT---TG--CGGTAAAACtggc
gi|15 : AAA-T---------T----TGA---GTT-GA-G--GAAAATC----------TAAAG-----TTGAGA-TGT---T---AAGTGAAAC
gi|42 : AAA-T---------T---TCAA---GAT-GA-G--GAAACTC----------TTAAC-----TTGAGA-TGT---T---AAGTCAAACttgaaatgctataaattcgtttatattgatcattttgcatggtattctttgtaaattagtaaagatgtgttctgatttcagttatttgtggccattgaatagattacgagctcaaataatcttttagagaaaa
gi|33 : -T---------T--CT------GTT-GA-G--GAGAATC----------TCAAA-----TTGAGA-TAT---C---TAGTGAAACctgaaatgttataa
gi|2 : cctcaTTGG---GTT-GA-G--GAGAATC----------TCAAG-----TTGAGA-TGT---T---TAGTGAAACaccttggaagttttacatgttatactttaccaattgagtaacg
gi|25 : gtcctaTTGA---GTT-GG-C--AAAT--C----------TCAGG-----TTAAAA-TAT---T---TAACGAAACatctttgaaagactaataattttatttttagtgatcattttgcattttattctttccaatgaatatatatgttatgttgtcatttatgtgtgatggtatgatatcaattttgtgtgatgttatgacgtcaattttgtgtggtcatttaacgtgtaacatttagagaaagtgatcaaaaaagttagttgatgaaaatctcagcttgatatgtttagtaaaactcgcc
gi|45 : cTTGA---GTT-GA-G--GTAAATC----------TCAGC-----TTAAGA-TGT---T---AAATGAAGCctttttggaactataacttgtatataaattgttcatgccgaacgctatccttgaccaatgaaccaacacttgtt
gi|26 : TGA---GTT-GA-G--AAAT-TC----------TCAAG-----TTGTGA-TGT---T---TACTGAAACcgagccca
gi|12 : caA---GTT-GA-GG-AAAAATCGTAAAGGTAGTTAGT-----TTGAGA-TAC---T---TAGTGAAAtagttgttaaataatttcattaacgttgtccaagttgaatgttgtccttattaatcactagagctttgttcc
gi|47 : aaaA---GTT-GA-G--AAACATC----------TCAGC-----TTGAGA-TGT---T---TATTAAAACgacatattttaaataactgcattgttacttgtgcatgttattatttctcaatgagtaaaatgtttcagactcatatcagtgaagtcatttaaagtatagcgagttcaagtagtaatttagagaaattaaga
gi|51 : gt--AAA-ACC----------TCCGC-----TTGAGA-TGT---T---TAGTGAAACcgac
gi|49 : ATC----------TCAGC-----TTAAGA-TGT---T---TGGTGAAACcggccc
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTATAACTTCATTTTGTATGGATACATATTATCTTTTGCTAATGTAAAAAGTGTCAATACTGTGATGTTAATCTATCTGTAATCAGTTGATGTTATAATTGAGAGAAATTGAGATATTTTTTAAAGAAAATGTCAGCTTAAGTTATTTACTTCAAACGG
Unaligned ( gi|24 ): TGTGTTCCTACTTCAATTCTGTGTGCTCATATAATGTTTAATGATTAATTACTTAAGAGAAATGGAGAAAACATGAAAATCTCAGCTTGTGACGTTTAGTCAAAATGAAACTGGCT
Unaligned ( gi|30 ): TTAATTTTGTGTGGCCATTCAATGAGTAATGCTCTAAAGCAATTGATAATTTTAGTGGCTGAAAACATCAACTTGAGATGTATTGTGAAATTGGCC
Unaligned ( gi|32 ): TTTGTGATCATTTAATATGTTATCATTTAGAGGTATTGAGAATTTTATAGTCAAACAAATTCTCACCAGATGTTTTAGTGAAACTAACCCCAA
Unaligned ( gi|34 ): CACTTAACGTCTCAAGTTGAAATTTTCCTCATTATAAACATTTGACATGCGGTTACTTTATTTATTTTGATAGTTATGCAAGTTATTC
Unaligned ( gi|37 ): ATGAGTTTGATTTAGAGAAATTTAATTTTTAATTAAAGAAAATCTTAGCCTAGATGTTAAGAGAAACAGGGCC
Unaligned ( gi|39 ): AGTTTCATTATTATTTCAACAGTAGTTTTTCCTCAAATGAACTCTTTGAAATACTCTATGTTTATGTTTATT
Unaligned ( gi|48 ): GGGGTCACTTACCATCTCAAACGTCAGATTTTCCTCAACTCAAA
Alignments
lowQualScore : 1 55555555555555555555 111111111111111111111 22222222222222222222222222222
lowQualScore : 6 55555555 33333 1 777777777 1 1 4 4 77 1 1 1 1 1 1 22 1 22 0 1 1 55 55555 2 33333 66666 22 55555 1 1 3333 222 88888888888 2 3333 777 0 333333 1 3 1 1 9999999999 3333 3 22 22222222222222222222 1 7777777 6666666 1 777777777777777777777 22 1 3 444444 1 99999999999999999999999999999 22 99999 1 555 3 33333 1 1 222 333
lowQualScore : . ........ ..... . ......... . . . . .. . . . . . . .. . .. . . . .. ..... . ..... ..... .. ..... . . .... ... ........... . .... ... . ...... . . . . .......... .... . .. .................... . ....... ....... . ..................... .. . . ...... . ............................. .. ..... . ... . ..... . . ... ...
lowQualScore : 0 66666666 77777 5 444444444 5 5 4 4 00 9 5 4 4 4 4 00 4 00 4 4 4 22 55555 9 33333 44444 11 66666 6 6 1111 666 55555555555 9 3333 555 6 000000 7 8 5 5 4444444444 3333 2 22 88888888888888888888 5 4444444 1111111 4 777777777777777777777 00 4 0 333333 5 00000000000000000000000000000 00 22222 4 888 4 33333 4 4 555 999
consensus : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG----------G----TC-ATT--T----NGT--A--GA--TT--A-T-------GAG-------TTCA-A---------------------G--T-AATCAT------TT-AGAGAAA----------TTGA-A-A-T---------TTT--TGA---GT-TGAGGAAAATCTCAGC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
Reference ( family-22 ) : CGGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG----------G----TC-ATT--T----TGT--A--GA--TT--A-T-------GAG-------TTCA-A---------------------G--T-AATCAT------TT-AGAGAAA----------NNNA-A-A-T---------TTT--TGA---GT-TGAGAAANATCTCAGC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|1 : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-TA-TT-TT--CCT-CAG-CTC-A-AT-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATT
gi|1 : ----TTTTCTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG----------G----TC-ATT--TAAC-TGC--A----------A-T-------GAG-------TTCG-A---------------------G--T-AATGAT------TA-AGAGATA----------TTGC-A-A-A---------TTT--TGA---GT-CGAGTAAAATCTCAGC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttctaatgagttcagatgtgttccaacttaaattatttgtggtcatttaactgcaatgagttcgagtaatgattaagagatattgcaaattttgagtcgagtaaaatctcagctttagatgtttagtgaaacctgcccc
gi|10 : cagtttcactaaacatctcaacttgatattttcctcagctcaattttttgaaatgttataacttcatttacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-CTC-A-AA-TT--TT-TTAAA--CAT-T-ATAACTT-AATT-----T-AAATTGA--TAAT----T--TTG----C-ACATTGT-TC----TTAACCA---C-----------AGAATAAGGATGT----GTTCAGACT---CC-A-A-TCTGA-G-TG----------G----TC-ATT--T----TAT---------TTTAA-T-------GTGTAACACTTCCT-G---------------------G--T-AATCAT------TT-TGAGAAA----------ATGA-G-ATT---------TTT--TTA---TT-TGCAACATATCTCAAT-----TTG-AGATctgcccc
gi|11 : gcAA-CTC-A-TA-TT--TT-TCAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----C-GCATTGG--TCAT----T--TT-------------------------CTA---A-------------AGTTGGGATGT----GTTCCAATT---T--A-ATAATGT-G-TG----------G----CC-AGT--T----AAA--A--TG--TT--A-T-------AAG-------TTTATA---------------------A--T-AATTATGATAATTT-AGAGAAA----------TTGA-A-A-G---------TTT--TGA---GT-TG---AAAATCTCAGC-----TTC-AGACG-T---T---AAGTGAAAta
gi|12 : TTTCACTAAG--------TATC-----T-CAAACTAACTACC-TTTACGA-TT-TTTCC-T-CAA-CTG-A-CA-TA--TT-TTAAA--T-------AACTG-CATTGT---T-AC-TTG---------------TG----C-ATGTTAT-TA----TTTCTCA---A-----------TGAGTAAA-ATGT-----TTCAGACT----C-ATATCA-GT-G-AA----------G----TC-ATT--T---------A--AA--GT--A-TAGC----GAG-------TTCA-A---------------------G--T-AGTAAT------TT-AGAGAAA----------TTAA-G-A-gcggt
gi|13 : aaaCACTAAA--------AATT-----T-TGA---------C-TTGA-TC-TT-TT--CCT-CTA-CTC-A-AA-TA--TT-TAAAA--TGC-T-GTTACCG-CA-------T-A----------AT----T--TTG----C-ATGTGTT-CC----ATTACCA---A-----------TGAGTTTATATTT----GTTCCAG------------------G-TG----------G----TC-ATT--TAA--TGT--G--CA------A-C-------GAT-------TTCA-A---------------------G--C-TATC---------T-AG-GA--------------GA-A-A-T---------TTT--TGA---AT-TGAGGAAAATCTCAGC-----T
gi|14 : caggccGTTGCATTAAA--------CGTC-----C-CAA---------T-TTGA-GA-TT-TA--C-T-TAA-CTC----A-TT--T-----AT--TGC-T-ATAACTT-TATT-----A-ACA---A------------------------GGTAC-TC----TTGAATA---A-----------TGAGAAAAGA-AT----------AGT---TT-A-ATTTTGT-A-TG----------A----TC-ATTAAT----TGT--G-------T--A-T-------AAG-------TTCA-A---------------------G--T-TATAAT------TT-GTAAAAA----------ATTA----------------------------------------TCAAC-----TTG-ATATG-C---T---TAATGAAAC
gi|15 : aaGTTTCACTTAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTTA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT-CGTT-----T-ATATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGGTAT-TC----TTTGTAA---A-----------TTAGTAAAGATGT----GTTCTGATT---TC-A-GTTATTT-G-TG----------G----CC-ATT--G----AAT--A--GA--TT--A-C-------GAG-------CTCA-A---------------------A--T-AATCTT------TT-AGAGAAA----------c
gi|16 : TAACTT-TGTTAAAGAT-ACATTGA--TCAT----TATTCT----C-ATATTAT-CA----TTTACCATTTA-----------TGA--AAAGATGT----GTTAAAACC---TCTA-ACT-TAT-G-TG----------A----AC-ATT--TAA--TGT------G--TT--A-T-------GAG-------TTCA-AGACTTG---------------G--T-AATCTT------TT-AACGAAA----------TTCA-G-G-T---------GTT--CAA---GT-T--------TC-CAGC-----TTGAAAATA-T---T---TGGTGAAACa
gi|17 : --TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT--ATT-----T-ACAGTTA--TCACGTTGT--TTA----CTATACTGT-TCGAAATCTATCA---AGGTTTGAGATTTGAGTAAAGATTT----GGT---------------TTCTGT-G-TG----------G----TCAATT--T----AAT--A--TA--TT--A-T-------GAC-------TTCA-A---------------------G--T-AACCAT------TT-AGAGTAA----------TTG----A-T---------TTT--T-------------------TCAGC-----ATG-AGATA-T---G---TAGTGAAA
gi|18 : -T-ATAACTT-CATT-----TTGTATGGA--T------------A----C-ATATTAT-CT----TTTGCTA---A-----------TG--TAAAAA-GT----GT-----------C-A-ATACTGT-GATG----------T----TA-ATC--TATC-TGT--A----------A-T-------CAG-------TTGA-T---------------------G--T-TATAAT------TG-AGAGAAA----------TTGA-G-A-TA--------TTT--T------T-TAAAGAAAATGTCAGC-----TTA-AGTTA-T---T---TA
gi|19 : aat----TTT-CTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG----------G----TC-ATT--TAAC-TGC--A----------A-T-------GAG-------TTCG-A---------------------G--T-AATGAT------TA-AGAGATA----------TTGC-A-A-A---------TTT--TGA---GT-CGAGTAAAATCTCAGC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACcttcaaacgg
gi|2 : GTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CCC-A-AA-TC--TT-TGAAA--GAC-TAATAATTT-TATT-----T-TTAGTGA--TCAT----T--TTG----C-ATTTTAT-TC----TTT-CCA---A-----------TGAAT--ATATAT----GTTATGTTG---TC-A-TTTATGT-G-TGATGGTATGATA----TCAATT--T----TGT--GT-GATGTT--A-T-------GAC-------GTCA-ATTTTGTGTGGTCATTTAACGTG--T-AA-CAT------TT-AGAGAAAGTGATC----AAAA-A-A-G---------TT-----A---GT-TGATGAAAATCTCAGC-----TTG-ATATG-T---T---TAGTAAAACctgcc
gi|20 : gtcctaCAGTTTCAATCAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTCA-GA-TT-TT--CAT-TAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACAT-CATT-----T-ACATTGA--TCAC----T------------TGTCAT-CC----TTTACTA---A-----------CAAGTTAAGATGT----GTTCCAACT---TT-A-ATTTTGT-G-TG----------G----Ttcgcc
gi|21 : ct--------CATA-----T-CAA---------C-TTGA-AA-AC-TT--CAT-CAA-TTC-A-AG-TT--TT-TGAAG--TGC-T-TAAACCT-TATT-----T---------------------TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGTGTAG-------------CCA--T---TT-A-A---TGT-A-TA----------A----CC-AGT--T----AGTTGA--GA--TT--T-T-------GAGT------TTTT-A---------------------G--T-AATCA
gi|22 : A--------CATT-----T-CAT---------C-TTGA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-C-TA-TT--TT-TGAAC--TGC-T-AT-------ATT-----T-AC--------CAT----T--TTGAATAA-ATATGAT-CT----TTTACGG---A-----------TGTGTAAAGATTT----ATTATGACT---TC-
gi|23 : GTTTCACATAA--------CATC-----T-CAA---------CATTAG-AA-TT-TC--C-T-TGT-CTT-C-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACAA-TATT-----T-ACATTtgtgacttataattat
gi|24 : ccTGT----GTTCCTACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG----------C----TC-AT-----------------A--TA--A-T---------G-------TTTA-AT--------------------GATT-AATTAC------TTAAGAGAAA----------TGGA-G-A-----------------AA---ACATG---AAAATCTCAGC-----TTG-TGACG-T---T---TAGTCAAAcaagttgagtgaggattttatctttatatagtcatcaaatgtg
gi|25 : GTTTCGTTAAA--------TATT-----T-TAA---------C-CTGA-GA-TT-TG--C---CAA-CTC-A-AC-TT--TT-TGGAA----C-T-ATAACTTGTATA-----T-AAATTGT--TCAT----G--CCG----A-ACGCTAT-CC----TTGACCA---A-----------TGAACCAACACTT----GTTatgaaactggct
gi|26 : cCAGTTTCAGTAAA--------CATC-----A-CAA---------C-TTGA-GA-AT-TT--C-T-CAA-CTC-ATAG-TT--GT-TAA----------ATAATTT-CATT-----A-ACGTTGT--CCAA----G--TTG----A-ATGTTGT-CC-----TTATTA---A-----------TCACTAGAGCTTT----GTTCC
gi|27 : ----GTTCTGACT---TC-A-ATTTTGT-G-TG----------G----TC-AT---------AT--A--G---TT--A-T-----------------CTAA-A---------------------G--T-AATGAT------TT-AGAGAAA----------TAGA-G-A-T---------TTT--TTA---GT-TTGGGACAATCTTAAC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTAGAAC
gi|28 : g--TTAT----T--TTC----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAGAAATGT-----------------T-A---TACGTAG-TG----------G----TC-ATT--T----ACT-----GA--CT--AGT-------GAG-------TTCA-A---------------------G--T-TATCAT------TT-AGAGAAG----------TATA-G-A-T---------TTT--Tcaac
gi|29 : GT-G-TG----------G----TG-ATT--T----AAT--A--TG--TT--T-T-------AAC-------TTCA-A---------------------A--TAAATCAT------TT-AGA----------------CA-G-A-T---------TTT--TAACTGGT-TGTGGAAAACCTCAGA-----TTG-AGACG-T---T---TGGTGAA
gi|3 : acTCTCATTAAA--------CATTAATTTT-CAA---------C-TTCA-GA-TT-TT--C-T-TTGTCTC-A-AA-TA--TT-TTAAG--TGC-T-ATAAATT-CATT-----T-ACATTTA--TTAT----T--TTG----C-ATGTTATCCC----TTTTCTA---A-----------TGAGTAAAAAT-T----GTTCCGACT---TC-A-ATTCTGT-A-TA----------G----TC-ATT--TAATGTGT--A----------A-C-------GAA-------TTTA-A---------------------A--C-AGTTGT------TT-AGGGTAA----------TTGA-A-A-T---------TTT--TTA-------GGGAA--ATCTTAGT-----TTA-AGATA-T---T---TGTTGAAACgtcggtct
gi|30 : cctgt---TT-A-ATTTTGT-G-TG----------G----CC-ATT---------C--A----------A-T-------G--------------A---------------------G--T-AATGCT------CT-AAAGCAA----------TTGATA-A-T---------TTTAGTG----GC-TGA-AAACA--TCAAC-----TTG-AGATG-T---A---TTGTGAAAtggac
gi|31 : TTTTACTAAA--------CTTT-----TGCAA---------C-ATGA-GA-TT-TT--C--------------A-TTGGTT-T-AAA--T--------ACTT-TATC-----T-ACATCGA--CCAA----T--TTT----C-GTGTTAT-CT----TTTGCCA---A-----------TGAATAAttggcc
gi|32 : tT-G-TG----------A----TC-ATT--T-------------A--AT--A-T-------G---------TT-------------------------------ATCAT------TT-AGAGGTA----------TTGAGA-A-T---------TTT--ATA---GT-CAAACAAATTCTCACC---------AGATGTT---T---TAGTGAAAC
gi|33 : ttCAGTTTCACTAGA--------TATC-----T-CAA---------T-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CAG-A-AA-CC--TT-GGAAG--T-----------------------------------------T--TTA----C-ATGTTAT-AC----TTTACCA---AT----------TGAGTAAtaaccccaa
gi|34 : cctA-A-A-T---------GTT--TAT---AA-TGAGGAAAATTTCAAC-----TTG-AGACG-T---T---AAGTGcg
gi|36 : --GA--TT--A-T-------GAG-------TTCA-A---------------------G---------------------AAAAA----------CTGA-ATA-T---------TTT--T-A---GT-TGATGAAAATCTCTAC-----TTG-AGATG-A---T---AAGTGAAACgacatgcggttactttatttattttgatagttatgcaagttattc
gi|37 : --A-T-------GAG-------TT--------------------------------TGAT------TT-AGAGAAA----------TTT--A-A-T---------TTT--T-A---AT-TAAAGAAAATCTTAGC-----CT--AGATG-T---T---AAGAGAAACcgagccc
gi|38 : TT-----T-CAA---------G-TTGA-GC-TT-TC--C-TTCAA-TTC-A-AA-CT--TT-TGAAA--TGC-T-ATATCTT-TGTT-----A-AAATGGA--TCAT----T--ATG----agggcc
gi|4 : AGA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GA-TT-TTA-C-A-CCA-CAT-A-AA-CG--TT-TGCAA--TGC-T-AAAACTT-AATA-----T-ACATTGA--T-ATG---T--TTA----C-ATGTTGT-CC----TTAACCA---A----------------AGAAAT-T----GCCCAGACC---GC---TTTTTGT-T-TGTTT-------G----TT-ACT--T----ACT--A----------A-T-------GAG-------ATTG-A---------------------G--T-AATAAT------TT-AGAGAAATTATTATTATTATA-A-A-TATATTTATATTT--TTA---GT-TGGGGTGTGTCTCGGC-----TTG-AGATG-T---C---TTGTGAAGCata
gi|40 : c-------TTCA-A---------------------G--T-TATAAT------TT-AGAGAAA-----------------------------------------T-TGAGGAAAATCTTCGC-----TTG-AGATG-TACATGTATAATGAAACc
gi|41 : TAAT--------CATC-----T-CAA---------C-TGGA-GAATT-TT--C-T-CAA-CTG-A-AA-TT--TA-TGAAA--TGC-A-ATAACTT-TATT-----T-GCtggc
gi|42 : GTTTGACTTAA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GAGTT-TC--C-T-CAT-CTTGA-AA-TT--TC-TGAAA--TGT-T-ATAA
gi|43 : TTCCACTTAA--------CATT-----G-CAA---------C-TT-------T-TC--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--CT-TGAAA--TGCTT-ATA
gi|44 : A-G-A-T---------TTC--TGA---GT-TAAGGAATATCTTAGC-----TTG-AAATG-T---TG--CGGTAAAACttc
gi|45 : tT--TGA---GT-TGAGGTAAATCTCAGC-----TTA-AGATG-T---T---AAATGAAGC
gi|46 : TAAC--------TATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTGTC--C-T-CAA-CTC-A-AA-CT--CTATAAAA--cgagccca
gi|47 : tttA---GT-TGAGAAACATCTCAGC-----TTG-AGATG-T---T---TATTAAAAC
gi|48 : gtTCACTTAC--------CATC-----T-CAAA--------C-GTCA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-A-AA-cgac
gi|49 : ggggATCTCAGC-----TTA-AGATG-T---T---TGGTGAAAC
gi|5 : gCAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-TAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AAGTT--TT-TGAAA--TGC-T-GTAACTT-CCTT-----T-CCACTGG--TCAT----T--TTG----C-ATAGCAT-CC----CTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCTTATT---TC-A-ATTATGT-G-TC----------G----TC-ATT--T----TGT--A--GA--TT--A-T-------GAG-------TTCA-A---------------------G--T-AATCAT------TT-AGAAAAA----------AATA-A-A-T---------TCT--TGA---GT-TGAGAAATATCTTAGC-----TTG-AGATA-T---T---TAGTGAAACttgtcgcaag
gi|50 : CAGTTTCATTTAA--------CATC-----T-CAG---------C-TTGA-GATTT-TT--C-T-CA
gi|51 : AAAACCTCCGC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|6 : CAGTTTTACTAGT--------TATC-----T-CTA---------T-TTTA-GA-TA-TTA-C-A-AAA-CTC-A-AA-TT--TA-TGAAA--TTC-T-ATAGTTT--ATT-----G-AAATTGC--TCAG----T--TTA----T-ACCATAT-CA----TTTAGCG---A-----------TGAATAAACACGTATTTGTTATGTCT---AC-A-CTTCTGT-G-TG----------A----CT-ATT--C----AAT--A--G---TA--A-T-------GAG-------TTTA-A---------------------G--A-AA--AT---------GGCGAGA----------T----A-A-T---------TTA--TTT---GT-TAAGAT---TCTCACA-----TTG-AGATG-T---T---TAATGAAACcggccc
gi|7 : aTTTCGCTAAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTGA-GA-TT-TTTTC-T-CAT-CTC-A-A------------------C-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAG----T--TTA----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATTT----ATTCGAACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG----------ATTGTTT-ATT--T----GGC--AACAA--TT----------------------TTCA-A---------------------G--T-AGTTGT------TT-AGAGAAA-------------------------------T--TGA---GA-TGAGAAATATCTTAGC-----TCG-AGATA-T---T---TATTGAAACt
gi|8 : GTTTTACTAAATAGCTCTACATC-----T-CTA---------C-TTAA-GA-TT-TT--CAT-CAA-ATC-A-AA-AT--TT-TGAGAACTGC-T-ATAG-TT-AATA-----T-ACATTGA--TCAA----T--GTC----C-ATGCTAT-CC----TTTACCA---A-----------CG-GTA
gi|9 : cggtcaaC-T-ATAATTG-TATT-----TTACATCAAACTTAT----T--T------C-AGGTTAT-CC----TTTACCT---A-----------TGAGTAAAGATAT----GTT---ATTGTATC-G-ATTCTAT-G-TT----------G----TT-GTT--T----T-T--A--AC--TT--G-TAACAAGCGAG-------GTCC-A---------------------G--C-AATCAT------TT-AGAAAAA----------TTGA-G-A-T---------GTT--TAA---CA-TGAGGAAAATCTCAGCTAATATTC-AGGTG-T---T---TAGTAAAtgacttaaaccagagttaacaggtgttttttttaaataagaggaaataacttaaaaaagagagaaatgtat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATGTATTCATTTTATAGATAATGAGTTCAAATTATAATATAGAAAATTTGAAATAATTGGATTGAATTGAATTGGATTGATAG
Unaligned ( gi|39 ): AGTTTCATTATTATTTCAACAGTAGTTTTTCCTCAAATGAACTCTTTGAAATACTCTATGTTTATGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 1 3333333333333333333 111111111111111111111 11111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555 33333 1 666666666 1 1 4 4 77 0 1 1 1 1 1 22 1 22 0 1 1 55 55555 2 33333 66666 22 55555 1 1 3333 222 88888888888 2 3333 777 0 333333 1 3 1 1 999999999999999 3 22 6666666666666666666 1 7777777 5555555 1 555555555555555555555 1 4 444444 1 22222222222222222222222222 222 9 222 0 1 1 33333 1 1 222 333
lowQualScore : ........ ..... . ......... . . . . .. . . . . . . .. . .. . . . .. ..... . ..... ..... .. ..... . . .... ... ........... . .... ... . ...... . . . . ............... . .. ................... . ....... ....... . ..................... . . ...... . .......................... ... . ... . . . ..... . . ... ...
lowQualScore : 88888888 88888 5 222222222 5 5 6 6 33 8 5 5 5 5 5 00 4 00 4 4 4 22 55555 9 33333 44444 11 66666 6 6 1111 666 55555555555 9 3333 555 6 000000 7 8 5 5 111111111111111 1 11 0000000000000000000 4 1111111 9999999 4 777777777777777777777 4 3 111111 4 88888888888888888888888888 333 0 333 6 2 2 11111 3 3 333 777
consensus : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG----------G----TC-ATT--TA---AT--A--GA--TT--A-T-------GAG-------TTCA-A---------------------GT-AATCAT------TT-AGAGAAATTG----------A-A-A-T---------TT---TTGA---GTTGAGGAAAATC-TCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
Reference ( family-22 ) : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG----------G----TC-ATT--TN---GT--A--GA--TT--A-T-------GAG-------TTCA-A---------------------GT-AATCAT------TT-AGAGAAATTG----------A-A-A-T---------TT---TTGA---GTTGAGGAAAATC-TCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|1 : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-TA-TT-TT--CCT-CAG-CTC-A-AT-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATT
gi|1 : ----TTTTCTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG----------G----TC-ATT--TAACTGC--A----------A-T-------GAG-------TTCG-A---------------------GT-AATGAT------TA-AGAGATATTG----------C-A-A-A---------TT---TTGA---GTCGAGTAAAATC-TCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttctaatgagttcagatgtgttccaacttaaattatttgtggtcatttaactgcaatgagttcgagtaatgattaagagatattgcaaattttgagtcgagtaaaatctcagctttagatgtttagtgaaacctgcccc
gi|10 : cagtttcactaaacatctcaacttgatattttcctcagctcaattttttgaaatgttataacttcatttacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-CTC-A-AA-TT--TT-TTAAA--CAT-T-ATAACTT-AATT-----T-AAATTGA--TAAT----T--TTG----C-ACATTGT-TC----TTAACCA---C-----------AGAATAAGGATGT----GTTCAGACT---CC-A-A-TCTGA-G-TG----------G----TC-ATT--TT---AT---------TTTAA-T-------GTGTAACACTTCCT-G---------------------GT-AATCAT------TT-TGAGAAAATG----------A-G-ATT---------TT---TTTA---TTTGCAACATATC-TCA-AT-----TTG-AGATctgcccc
gi|11 : gcAA-CTC-A-TA-TT--TT-TCAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----C-GCATTGG--TCAT----T--TT-------------------------CTA---A-------------AGTTGGGATGT----GTTCCAATT---T--A-ATAATGT-G-TG----------G----CC-AGT--TA---AA--A--TG--TT--A-T-------AAG-------TTTATA---------------------AT-AATTATGATAATTT-AGAGAAATTG----------A-A-A-G---------TT---TTGA---GTT---GAAAATC-TCA-GC-----TTC-AGACG-T---T---AAGTGAAAta
gi|12 : AATTTCACTAAG--------TATC-----T-CAAACTAACTACC-TTTACGA-TT-TTTCC-T-CAA-CTG-A-CA-TA--TT-TTAAA--T-------AACTG-CATTGT---T-AC-TTG---------------TG----C-ATGTTAT-TA----TTTCTCA---A-----------TGAGTAAA-ATGT-----TTCAGACT----C-ATATCA-GT-G-AA----------G----TC-ATT--T--------A--AA--GT--A-TAGC----GAG-------TTCA-A---------------------GT-AGTAAT------TT-AGAGAAATTA----------A-G-A-gcggt
gi|13 : aCAGGCCCACTAAA--------AATT-----T-TGA---------C-TTGA-TC-TT-TT--CCT-CTA-CTC-A-AA-TA--TT-TAAAA--TGC-T-GTTACCG-CA-------T-A----------AT----T--TTG----C-ATGTGTT-CC----ATTACCA---A-----------TGAGTTTATATTT----GTTCCAG------------------G-TG----------G----TC-ATT--TA---AT--G--TG--CA--A-C-------GAT-------TTCA-A---------------------GC-TATC---------T-AG-GA----G----------A-A-A-T---------TT---TTGA---ATTGAGGAAAATC-TCA-GC-----T
gi|14 : AGTTGCATTAAA--------CGTC-----C-CAA---------T-TTGA-GA-TT-TA--C-T-TAA-CTC----A-TT--T-----AT--TGC-T-ATAACTT-TATT-----A-ACA---A------------------------GGTAC-TC----TTGAATA---A-----------TGAGAAAAGA-AT----------AGT---TT-A-ATTTTGT-A-TG----------A----TC-ATTAATT---GT--G-------T--A-T-------AAG-------TTCA-A---------------------GT-TAT----------------------------------A-A-T---------TT---GTAA----------AAAATTATCA-AC-----TTG-ATATG-C---T---TAATGAAAC
gi|15 : aGTTTCACTTAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTTA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT-CGTT-----T-ATATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGGTAT-TC----TTTGTAA---A-----------TTAGTAAAGATGT----GTTCTGATT---TC-A-GTTATTT-G-TG----------G----CC-ATT--GA---AT--A--GA--TT--A-C-------GAG-------CTCA-A---------------------AT-AATCTT------TT-AGAGAAAc
gi|16 : TAACTT-TGTTAAAGAT-ACATTGA--TCAT----TATTCT----C-ATATTAT-CA----TTTACCATTTA-----------TGA--AAAGATGT----GTTAAAACC---TCTA-ACT-TAT-G-TG----------A----AC-ATT--TA---AT--G--TG--TT--A-T-------GAG-------TTCA-AGACTTG---------------GT-AATCTT------TT-AACGAAATTC----------A-G-G-T---------GT---TCAA---GTT--------TC--CA-GC-----TTGAAAATA-T---T---TGGTGAAACa
gi|17 : --TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT--ATT-----T-ACAGTTA--TCACGTTGT--TTA----CTATACTGT-TCGAAATCTATCA---AGGTTTGAGATTTGAGTAAAGATTT----GGT---------------TTCTGT-G-TG----------G----TCAATT--TA---AT--A--TA--TT--A-T-------GAC-------TTCA-A---------------------GT-AACCAT------TT-AGAGTAATTG--------------A-T---------TT---TT-------------------TCA-GC-----ATG-AGATA-T---G---TAGTGAAA
gi|18 : -T-ATAACTT-CATT-----TTGTATGGA--T------------A----C-ATATTAT-CT----TTTGCTA---A-----------TG--TAAAAA-GT----GT-----------C-A-ATACTGT-GATG----------T----TA-ATC--TATCTGT--A----------A-T-------CAG-------TTGA-T---------------------GT-TATAAT------TG-AGAGAAATTG----------A-G-A-TA--------TT---TT------TTAAAGAAAATG-TCA-GC-----TTA-AGTTA-T---T---TA
gi|19 : aat----TTT-CTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG----------G----TC-ATT--TAACTGC--A----------A-T-------GAG-------TTCG-A---------------------GT-AATGAT------TA-AGAGATATTG----------C-A-A-A---------TT---TTGA---GTCGAGTAAAATC-TCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACcttcaaacgg
gi|2 : AGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CCC-A-AA-TC--TT-TGAAA--GAC-TAATAATTT-TATT-----T-TTAGTGA--TCAT----T--TTG----C-ATTTTAT-TC----TTT-CCA---A-----------TGAAT--ATATAT----GTTATGTTG---TC-A-TTTATGT-G-TGATGGTATGATA----TCAATT--TT---GT--GT-GATGTT--A-T-------GAC-------GTCA-ATTTTGTGTGGTCATTTAACGTGT-AA-CAT------TT-AGAGAAAGTGATCAAA----A-A-A-G---------TT------A---GTTGATGAAAATC-TCA-GC-----TTG-ATATG-T---T---TAGTAAAACctgcc
gi|20 : gtcctCAGTTTCAATCAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTCA-GA-TT-TT--CAT-TAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACAT-CATT-----T-ACATTGA--TCAC----T------------TGTCAT-CC----TTTACTA---A-----------CAAGTTAAGATGT----GTTCCAACT---TT-A-ATTTTGT-G-TG----------G----Ttcgcc
gi|21 : ct--------CATA-----T-CAA---------C-TTGA-AA-AC-TT--CAT-CAA-TTC-A-AG-TT--TT-TGAAG--TGC-T-TAAACCT-TATT-----T---------------------TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGTGTAG-------------CCA--T---TT-A-A---TGT-A-TA----------A----CC-AGT--TA---GTTGA--GA--TT--T-T-------GAGT------TTTT-A---------------------GT-AATCA
gi|22 : A--------CATT-----T-CAT---------C-TTGA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-C-TA-TT--TT-TGAAC--TGC-T-AT-------ATT-----T-AC--------CAT----T--TTGAATAA-ATATGAT-CT----TTTACGG---A-----------TGTGTAAAGATTT----ATTATGACT---TC-
gi|23 : GTTTCACATAA--------CATC-----T-CAA---------CATTAG-AA-TT-TC--C-T-TGT-CTT-C-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACAA-TATT-----T-ACATTtgtgacttataattat
gi|24 : ccTGT----GTTCCTACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG----------C----TC-ATA--TA---AT-----GT--TTA-A-T-------GA--------T---------------------------T-AATTAC------TTAAGAGAAATGG----------A-G-A------------------AA---AC--ATGAAAATC-TCA-GC-----TTG-TGACG-T---T---TAGTCAAAcaagttgagtgaggattttatctttatatagtcatcaaatgtg
gi|25 : GTTTCGTTAAA--------TATT-----T-TAA---------C-CTGA-GA-TT-TG--C---CAA-CTC-A-AC-TT--TT-TGGAA----C-T-ATAACTTGTATA-----T-AAATTGT--TCAT----G--CCG----A-ACGCTAT-CC----TTGACCA---A-----------TGAACCAACACTT----GTTatgaaactggct
gi|26 : cCAGTTTCAGTAAA--------CATC-----A-CAA---------C-TTGA-GA-AT-TT--C-T-CAA-CTC-ATAG-TT--GT-TAA----------ATAATTT-CATT-----A-ACGTTGT--CCAA----G--TTG----A-ATGTTGT-CC-----TTATTA---A-----------TCACTAGAGCTTT----GTTCC
gi|27 : ----GTTCTGACT---TC-A-ATTTTGT-G-TG----------G----TC-AT--------AT--A--G---TT--A-T-----------------CTAA-A---------------------GT-AATGAT------TT-AGAGAAATAG----------A-G-A-T---------TT---TTTA---GTTTGGGACAATC-TTA-AC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTAGAAC
gi|28 : g--TTAT----T--TTC----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAGAAATGT-----------------T-A---TACGTAG-TG----------G----TC-ATT--TA---CT-----GA--CT--AGT-------GAG-------TTCA-A---------------------GT-TATCAT------TT-AGAGAAGTAT----------A-G-A-T---------TT---TTcaac
gi|29 : GT-G-TG----------G----TG-ATT--TA---AT--A--TG--TT--T-T-------AAC-------TTCA-A---------------------ATAAATCAT------TT-AGA------C----------A-G-A-T---------TT---TTAACTGGTTGTGGAAAACC-TCA-GA-----TTG-AGACG-T---T---TGGTGAA
gi|3 : acTCTCATTAAA--------CATTAATTTT-CAA---------C-TTCA-GA-TT-TT--C-T-TTGTCTC-A-AA-TA--TT-TTAAG--TGC-T-ATAAATT-CATT-----T-ACATTTA--TTAT----T--TTG----C-ATGTTATCCC----TTTTCTA---A-----------TGAGTAAAAAT-T----GTTCCGACT---TC-A-ATTCTGT-A-TA----------G----TC-ATT--TA---AT--G--TG--TA--A-C-------GAA-------TTTA-A---------------------AC-AGTTGT------TT-AGGGTAATTG----------A-A-A-T---------TT---TT------T--AGGGAAATC-TTA-GT-----TTA-AGATA-T---T---TGTTGAAACgtcggtct
gi|30 : cctgt---TT-A-ATTTTGT-G-TG----------G----CC-ATT--CA------------------A-T-------G--------------A---------------------GT-AATGCT------CT-AAAGCAATTG----------ATA-A-T---------TT---T--A---GTGGCTGAAAACA-TCA-AC-----TTG-AGATG-T---A---TTGTGAAAtggac
gi|31 : TTTTACTAAA--------CTTT-----TGCAA---------C-ATGA-GA-TT-TT--C--------------A-TTGGTT-T-AAA--T--------ACTT-TATC-----T-ACATCGA--CCAA----T--TTT----C-GTGTTAT-CT----TTTGCCA---A-----------TGAATAAttggcc
gi|32 : tT-G-TG----------A----TC-ATT--TA---AT--A--TG--TT--A-T--------------------------------------------------CAT------TT-AGAGGTATTG----------AGA-A-T---------TT---TATA---GTCAAACAAATTC-TCA-CC---------AGATGTT---T---TAGTGAAAC
gi|33 : ttCAGTTTCACTAGA--------TATC-----T-CAA---------T-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CAG-A-AA-CC--TT-GGAAG--T-----------------------------------------T--TTA----C-ATGTTAT-AC----TTTACCA---AT----------TGAGTAAtaaccccaa
gi|34 : cct----------A-A-A-T---------GT---TTAT---AATGAGGAAAATT-TCA-AC-----TTG-AGACG-T---T---AAGTGcg
gi|35 : T-G-TA----------T----TC-ATT--TT---AT--A--GA--TA--A-T-------GAG-------TTCA-A---------------------AT-TATAAT------AT-AGAAAATTTG----------A-A-A-TAA-------TTGGATTGA---ATTGAgacatgcggttactttatttattttgatagttatgcaagttattc
gi|36 : a--GA--TT--A-T-------GAG-------TTCA-A---------------------G-------------------AAAAACTG----------A-ATA-T---------TT---TT-A---GTTGATGAAAATC-TCT-AC-----TTG-AGATG-A---T---AAGTGAAACattggattgatag
gi|37 : --A-T-------GAG-------TT------------------------------TGAT------TT-AGAGAAATTT------------A-A-T---------TT---TT-A---ATTAAAGAAAATC-TTA-GC-----CT--AGATG-T---T---AAGAGAAACcgagccc
gi|38 : TT-----T-CAA---------G-TTGA-GC-TT-TC--C-TTCAA-TTC-A-AA-CT--TT-TGAAA--TGC-T-ATATCTT-TGTT-----A-AAATGGA--TCAT----T--ATG----agggcc
gi|4 : AGA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GA-TT-TTA-C-A-CCA-CAT-A-AA-CG--TT-TGCAA--TGC-T-AAAACTT-AATA-----T-ACATTGA--T-ATG---T--TTA----C-ATGTTGT-CC----TTAACCA---A----------------AGAAAT-T----GCCCAGACC---GC---TTTTTGT-T-TGTTT-------G----TT-ACT--TA---CT--A----------A-T-------GAG-------ATTG-A---------------------GT-AATAAT------TT-AGAGAAATTATTATTATTATA-A-A-TATATTTATATT---TTTA---GTTGGGGTGTGTC-TCG-GC-----TTG-AGATG-T---C---TTGTGAAGCata
gi|40 : c-------TTCA-A---------------------GT-TATAAT------TT-AGAGAAATTG----------A--------------------------------GGAAAATC-TTC-GC-----TTG-AGATG-TACATGTATAATGAAACc
gi|41 : TAAT--------CATC-----T-CAA---------C-TGGA-GAATT-TT--C-T-CAA-CTG-A-AA-TT--TA-TGAAA--TGC-A-ATAACTT-TATT-----T-GCtggc
gi|42 : GTTTGACTTAA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GAGTT-TC--C-T-CAT-CTTGA-AA-TT--TC-TGAAA--TGT-T-ATAA
gi|43 : TTCCACTTAA--------CATT-----G-CAA---------C-TT-------T-TC--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--CT-TGAAA--TGCTT-ATA
gi|44 : ----------A-G-A-T---------TT---CTGA---GTTAAGGAATATC-TTA-GC-----TTG-AAATG-T---TG--CGGTAAAACttc
gi|45 : t---TTGA---GTTGAGGTAAATC-TCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---AAATGAAGC
gi|46 : T---TTGA---GTTGAGGACAATC-TCA-AG-----TTG-AGATA-G---T---TAcgagccca
gi|46 : tttTAAC--------TATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTGTC--C-T-CAA-CTC-A-AA-CT--CTATAAAA--ctctataaaa
gi|47 : tttA---GTTGAGAAACATC-TCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TATTAAAAC
gi|48 : gtT---TTGA---GTTGAGGAAAATC-TGACGT-----TTG-AGATG-G---T---AAGTGAcgac
gi|49 : ggggATC-TCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---TGGTGAAAC
gi|5 : gCAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-TAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AAGTT--TT-TGAAA--TGC-T-GTAACTT-CCTT-----T-CCACTGG--TCAT----T--TTG----C-ATAGCAT-CC----CTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCTTATT---TC-A-ATTATGT-G-TC----------G----TC-ATT--TT---GT--A--GA--TT--A-T-------GAG-------TTCA-A---------------------GT-AATCAT------TT-AGAAAAAAAT----------A-A-A-T---------TC---TTGA---GTTGAGAAATATC-TTA-GC-----TTG-AGATA-T---T---TAGTGAAACttgtcgcaag
gi|50 : CAGTTTCATTTAA--------CATC-----T-CAG---------C-TTGA-GATTT-TT--C-T-CA
gi|51 : AAAACC-TCC-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|6 : CAGTTTTACTAGT--------TATC-----T-CTA---------T-TTTA-GA-TA-TTA-C-A-AAA-CTC-A-AA-TT--TA-TGAAA--TTC-T-ATAGTTT--ATT-----G-AAATTGC--TCAG----T--TTA----T-ACCATAT-CA----TTTAGCG---A-----------TGAATAAACACGTATTTGTTATGTCT---AC-A-CTTCTGT-G-TG----------A----CT-ATT--CA---AT--A--G---TA--A-T-------GAG-------TTTA-A---------------------GA-AA--AT---------GGCGAGAT--------------A-A-T---------TT---ATTT---GTTAAG---ATTC-TCA-CA-----TTG-AGATG-T---T---TAATGAAACcggccc
gi|7 : aTTTCGCTAAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTGA-GA-TT-TTTTC-T-CAT-CTC-A-A------------------C-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAG----T--TTA----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATTT----ATTCGAACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG----------ATTGTTT-ATT--TG---GC--AACAA--TT----------------------TTCA-A---------------------GT-AGTTGT------TT-AGAGAAATTG----------A-G-A-------------------------TGAGAAATATC-TTA-GC-----TCG-AGATA-T---T---TATTGAAACt
gi|8 : AGTTTTACTAAATAGCTCTACATC-----T-CTA---------C-TTAA-GA-TT-TT--CAT-CAA-ATC-A-AA-AT--TT-TGAGAACTGC-T-ATAG-TT-AATA-----T-ACATTGA--TCAA----T--GTC----C-ATGCTAT-CC----TTTACCA---A-----------CG-GTA
gi|9 : cggtcaC-T-ATAATTG-TATT-----TTACATCAAACTTAT----T--T------C-AGGTTAT-CC----TTTACCT---A-----------TGAGTAAAGATAT----GTT---ATTGTATC-G-ATTCTAT-G-TT----------G----TT-GTT--TT----T--A--AC--TT--G-TAACAAGCGAG-------GTCC-A---------------------GC-AATCAT------TT-AGAAAAATTG----------A-G-A-T---------GT---TTAA---CATGAGGAAAATC-TCA-GCTAATATTC-AGGTG-T---T---TAGTAAAtgacttaaaccagagttaacaggtgttttttttaaataagaggaaataacttaaaaaagagagaaatgtat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): AGTTTCATTATTATTTCAACAGTAGTTTTTCCTCAAATGAACTCTTTGAAATACTCTATGTTTATGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 1 222222222222222222222222 111111111111 11111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555 33333 1 666666666 1 1 4 4 77 0 1 1 1 1 1 22 1 22 0 1 1 55 55555 2 33333 66666 22 55555 1 1 3333 222 88888888888 2 3333 777 0 333333 1 3 1 1 222 1 3 999999999999999999999999 1 4444444 666666666 1 999999999 1 000000000000 444444 1 22222222222222222222222222 222 9 222 0 1 1 33333 1 1 222 333
lowQualScore : ........ ..... . ......... . . . . .. . . . . . . .. . .. . . . .. ..... . ..... ..... .. ..... . . .... ... ........... . .... ... . ...... . . . . ... . . ........................ . ....... ......... . ......... . ............ ...... . .......................... ... . ... . . . ..... . . ... ...
lowQualScore : 88888888 88888 5 222222222 5 5 6 6 33 8 5 5 5 5 5 00 4 00 4 4 4 22 55555 9 33333 44444 11 66666 6 6 1111 666 55555555555 9 3333 555 6 000000 7 8 5 5 666 5 1 000000000000000000000000 4 6666666 888888888 4 555555555 4 888888888888 111111 4 88888888888888888888888888 333 0 333 6 2 2 11111 3 3 333 777
consensus : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG---GTC-ATTTAA-T--A------------G-G--TT--A-T-------GA-G-------TTCA-A---------GT-AAT-----------CAT------TT-AGAGAAATTG----------A-A-A-T---------TT---TTGA---GTTGAGGAAAATC-TCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
Reference ( family-22 ) : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG---GTC-ATTTAA-T--A------------G-A--TT--A-T-------GA-G-------TTCA-A---------GT-AAT-----------CAT------TT-AGAGAAATTG----------A-A-A-T---------TT---TTGA---GTTGAGGAAAATC-TCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|1 : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-TA-TT-TT--CCT-CAG-CTC-A-AT-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATT
gi|1 : ----TTTTCTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG---GTC-ATTTAACT--G------------C-A------A-T-------GA-G-------TTCG-A---------GT-AAT-----------GAT------TA-AGAGATATTG----------C-A-A-A---------TT---TTGA---GTCGAGTAAAATC-TCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttctaatgagttcagatgtgttccaacttaaattatttgtggtcatttaactgcaatgagttcgagtaatgattaagagatattgcaaattttgagtcgagtaaaatctcagctttagatgtttagtgaaacctgcccc
gi|10 : cagtttcactaaacatctcaacttgatattttcctcagctcaattttttgaaatgttataacttcatttacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-CTC-A-AA-TT--TT-TTAAA--CAT-T-ATAACTT-AATT-----T-AAATTGA--TAAT----T--TTG----C-ACATTGT-TC----TTAACCA---C-----------AGAATAAGGATGT----GTTCAGACT---CC-A-A-TCTGA-G-TG---GTC-ATTTTA-T--------------------TTTAA-T-------GT-GTAACACTTCCT-G---------GT-AAT-----------CAT------TT-TGAGAAAATG----------A-G-ATT---------TT---TTTA---TTTGCAACATATC-TCA-AT-----TTG-AGATctgcccc
gi|11 : gcAA-CTC-A-TA-TT--TT-TCAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----C-GCATTGG--TCAT----T--TT-------------------------CTA---A-------------AGTTGGGATGT----GTTCCAATT---T--A-ATAATGT-G-TG---GCC-AGTTAA-A--A------------T-G--TT--A-T-------AA-G-------TTTATA---------AT-AAT-----------TATGATAATTT-AGAGAAATTG----------A-A-A-G---------TT---TTGA---GTT---GAAAATC-TCA-GC-----TTC-AGACG-T---T---AAGTGAAAta
gi|12 : AATTTCACTAAG--------TATC-----T-CAAACTAACTACC-TTTACGA-TT-TTTCC-T-CAA-CTG-A-CA-TA--TT-TTAAA--T-------AACTG-CATTGT---T-AC-TTG---------------TG----C-ATGTTAT-TA----TTTCTCA---A-----------TGAGTAAA-ATGT-----TTCAGACT----C-ATATCA-GT-G-AA---GTC-ATTTAA----A------------GTA--TA--G-C-------GA-G-------TTCA-A---------GT-AGT-----------AAT------TT-AGAGAAATTA----------A-G-A-gcggt
gi|13 : aCAGGCCCACTAAA--------AATT-----T-TGA---------C-TTGA-TC-TT-TT--CCT-CTA-CTC-A-AA-TA--TT-TAAAA--TGC-T-GTTACCG-CA-------T-A----------AT----T--TTG----C-ATGTGTT-CC----ATTACCA---A-----------TGAGTTTATATTT----GTTCCAG------------------G-TG---GTC-ATTTAA-T--G------------T-G--CA--A-C-------GA-T-------TTCA-A---------GC-TAT-----------C---------T-AG-GA----G----------A-A-A-T---------TT---TTGA---ATTGAGGAAAATC-TCA-GC-----T
gi|14 : AGTTGCATTAAA--------CGTC-----C-CAA---------T-TTGA-GA-TT-TA--C-T-TAA-CTC----A-TT--T-----AT--TGC-T-ATAACTT-TATT-----A-ACA---A------------------------GGTAC-TC----TTGAATA---A-----------TGAGAAAAGA-AT----------AGT---TT-A-ATTTTGT-A-TG---ATC-A-TTAA-T--T------------G-T--GT--A-T-------AA-G-------TTCA-A---------GT-TAT---------------------------------------------A-A-T---------TT---GTAA----------AAAATTATCA-AC-----TTG-ATATG-C---T---TAATGAAAC
gi|15 : aGTTTCACTTAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTTA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT-CGTT-----T-ATATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGGTAT-TC----TTTGTAA---A-----------TTAGTAAAGATGT----GTTCTGATT---TC-A-GTTATTT-G-TG---GCC-ATTGAA-T--A------------G-A--TT--A-C-------GA-G-------CTCA-A---------AT-AAT-----------CTT------TT-AGAGAAAc
gi|16 : TAACTT-TGTTAAAGAT-ACATTGA--TCAT----TATTCT----C-ATATTAT-CA----TTTACCATTTA-----------TGA--AAAGATGT----GTTAAAACC---TCTA-ACT-TAT-G-TG---AAC-ATTTAA-T--G------------T-G--TT--A-T-------GA-G-------TTCA-AGACTTG---GT-AAT-----------CTT------TT-AACGAAATTC----------A-G-G-T---------GT---TCAA---GTT--------TC--CA-GC-----TTGAAAATA-T---T---TGGTGAAACa
gi|17 : --TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT--ATT-----T-ACAGTTA--TCACGTTGT--TTA----CTATACTGT-TCGAAATCTATCA---AGGTTTGAGATTTGAGTAAAGATTT----GGT---------------TTCTGT-G-TG---GTCAATTTAA-T--A------------T-A--TT--A-T-------GA-C-------TTCA-A---------GT-AAC-----------CAT------TT-AGAGTAATTG--------------A-T---------TT---TT-------------------TCA-GC-----ATG-AGATA-T---G---TAGTGAAA
gi|18 : -T-ATAACTT-CATT-----TTGTATGGA--T------------A----C-ATATTAT-CT----TTTGCTA---A-----------TG--TAAAAA-GT----GT-----------C-A-ATACTGT-GATG---TTA-ATCTA--T--C------------T-G--TA--A-T-------CA-G-------TTGA-T---------GT-TAT-----------AAT------TG-AGAGAAATTG----------A-G-A-TA--------TT---TT------TTAAAGAAAATG-TCA-GC-----TTA-AGTTA-T---T---TA
gi|19 : aat----TTT-CTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG---GTC-ATTTAACT--G------------C-A------A-T-------GA-G-------TTCG-A---------GT-AAT-----------GAT------TA-AGAGATATTG----------C-A-A-A---------TT---TTGA---GTCGAGTAAAATC-TCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACcttcaaacgg
gi|2 : AGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CCC-A-AA-TC--TT-TGAAA--GAC-TAATAATTT-TATT-----T-TTAGTGA--TCAT----T--TTG----C-ATTTTAT-TC----TTT-CCA---A-----------TGAAT--ATATAT----GTTATGTTG---TC-A-TTTATGT-G-TG---ATG-GTATGA-T--ATCAATTTTGTGTG-ATGTT--A-T-------GA-C-------GTCA-ATTTTGTGTGGT-CATTTAACGTGTAACAT------TT-AGAGAAAGTGATCAAA----A-A-A-G---------TT------A---GTTGATGAAAATC-TCA-GC-----TTG-ATATG-T---T---TAGTAAAACctgcc
gi|20 : gtcctCAGTTTCAATCAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTCA-GA-TT-TT--CAT-TAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACAT-CATT-----T-ACATTGA--TCAC----T------------TGTCAT-CC----TTTACTA---A-----------CAAGTTAAGATGT----GTTCCAACT---TT-A-ATTTTGT-G-TG---GTtcgcc
gi|21 : ct--------CATA-----T-CAA---------C-TTGA-AA-AC-TT--CAT-CAA-TTC-A-AG-TT--TT-TGAAG--TGC-T-TAAACCT-TATT-----T---------------------TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGTGTAG-------------CCA--T---TT-A-A---TGT-A-TA---ACC-AGTTAG-TTGA------------G-A--TT--T-T-------GA-GT------TTTT-A---------GT-AAT-----------CA
gi|22 : A--------CATT-----T-CAT---------C-TTGA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-C-TA-TT--TT-TGAAC--TGC-T-AT-------ATT-----T-AC--------CAT----T--TTGAATAA-ATATGAT-CT----TTTACGG---A-----------TGTGTAAAGATTT----ATTATGACT---TC-
gi|23 : GTTTCACATAA--------CATC-----T-CAA---------CATTAG-AA-TT-TC--C-T-TGT-CTT-C-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACAA-TATT-----T-ACATTtgtgacttataattat
gi|24 : ccTGT----GTTCCTACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG---CTC-ATATAA-T---------------G-T--TTA-A-T-------GA---------T---------------T-AAT-----------TAC------TTAAGAGAAATGG----------A-G-A------------------AA---AC--ATGAAAATC-TCA-GC-----TTG-TGACG-T---T---TAGTCAAAcaagttgagtgaggattttatctttatatagtcatcaaatgtg
gi|25 : GTTTCGTTAAA--------TATT-----T-TAA---------C-CTGA-GA-TT-TG--C---CAA-CTC-A-AC-TT--TT-TGGAA----C-T-ATAACTTGTATA-----T-AAATTGT--TCAT----G--CCG----A-ACGCTAT-CC----TTGACCA---A-----------TGAACCAACACTT----GTTatgaaactggct
gi|26 : cCAGTTTCAGTAAA--------CATC-----A-CAA---------C-TTGA-GA-AT-TT--C-T-CAA-CTC-ATAG-TT--GT-TAA----------ATAATTT-CATT-----A-ACGTTGT--CCAA----G--TTG----A-ATGTTGT-CC-----TTATTA---A-----------TCACTAGAGCTTT----GTTCC
gi|27 : ----GTTCTGACT---TC-A-ATTTTGT-G-TG---GTC-AT---A-T--A------------G----TT--A-T------------------CTAA-A---------GT-AAT-----------GAT------TT-AGAGAAATAG----------A-G-A-T---------TT---TTTA---GTTTGGGACAATC-TTA-AC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTAGAAC
gi|28 : g--TTAT----T--TTC----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAGAAATGT-----------------T-A---TACGTAG-TG---GTC-ATTTAC-T---------------G-A--CT--AGT-------GA-G-------TTCA-A---------GT-TAT-----------CAT------TT-AGAGAAGTAT----------A-G-A-T---------TT---TTcaac
gi|29 : GT-G-TG---GTG-ATTTAA-T--A------------T-G--TT--T-T-------AA-C-------TTCA-A---------ATAAAT-----------CAT------TT-AGA------C----------A-G-A-T---------TT---TTAACTGGTTGTGGAAAACC-TCA-GA-----TTG-AGACG-T---T---TGGTGAA
gi|3 : acTCTCATTAAA--------CATTAATTTT-CAA---------C-TTCA-GA-TT-TT--C-T-TTGTCTC-A-AA-TA--TT-TTAAG--TGC-T-ATAAATT-CATT-----T-ACATTTA--TTAT----T--TTG----C-ATGTTATCCC----TTTTCTA---A-----------TGAGTAAAAAT-T----GTTCCGACT---TC-A-ATTCTGT-A-TA---GTC-ATTTAA-T--G------------T-G--TA--A-C-------GA-A-------TTTA-A---------AC-AGT-----------TGT------TT-AGGGTAATTG----------A-A-A-T---------TT---TT------T--AGGGAAATC-TTA-GT-----TTA-AGATA-T---T---TGTTGAAACgtcggtct
gi|30 : cctgt---TT-A-ATTTTGT-G-TG---GCC-ATTCAA-T--G-----------------------------------------------A---------GT-AAT-----------GCT------CT-AAAGCAATTG----------ATA-A-T---------TT---T--A---GTGGCTGAAAACA-TCA-AC-----TTG-AGATG-T---A---TTGTGAAAtggac
gi|31 : TTTTACTAAA--------CTTT-----TGCAA---------C-ATGA-GA-TT-TT--C--------------A-TTGGTT-T-AAA--T--------ACTT-TATC-----T-ACATCGA--CCAA----T--TTT----C-GTGTTAT-CT----TTTGCCA---A-----------TGAATAAttggcc
gi|32 : tT-G-TG---ATC-ATTTAA-T--A------------T-G--TT--A-T--------------------------------------------------CAT------TT-AGAGGTATTG----------AGA-A-T---------TT---TATA---GTCAAACAAATTC-TCA-CC---------AGATGTT---T---TAGTGAAAC
gi|33 : ttCAGTTTCACTAGA--------TATC-----T-CAA---------T-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CAG-A-AA-CC--TT-GGAAG--T-----------------------------------------T--TTA----C-ATGTTAT-AC----TTTACCA---AT----------TGAGTAAtaaccccaa
gi|34 : cct----------A-A-A-T---------GT---TTAT---AATGAGGAAAATT-TCA-AC-----TTG-AGACG-T---T---AAGTGcg
gi|35 : T-G-TA---TTC-ATTTTA-T--A------------G-A--TA--A-T-------GA-G-------TTCA-A---------AT-TAT-----------AAT------AT-AGAAAATTTG----------A-A-A-TAA-------TTGGATTGA---ATTGAgacatgcggttactttatttattttgatagttatgcaagttattc
gi|36 : a------------G-A--TT--A-T-------GA-G-------TTCA-A---------G------------------------------AAAAACTG----------A-ATA-T---------TT---TT-A---GTTGATGAAAATC-TCT-AC-----TTG-AGATG-A---T---AAGTGAAACattggattgatag
gi|37 : --A-T-------GA-G-------TT------------------T-----------GAT------TT-AGAGAAATTT------------A-A-T---------TT---TT-A---ATTAAAGAAAATC-TTA-GC-----CT--AGATG-T---T---AAGAGAAACcgagccc
gi|38 : TT-----T-CAA---------G-TTGA-GC-TT-TC--C-TTCAA-TTC-A-AA-CT--TT-TGAAA--TGC-T-ATATCTT-TGTT-----A-AAATGGA--TCAT----T--ATG----agggcc
gi|4 : AGA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GA-TT-TTA-C-A-CCA-CAT-A-AA-CG--TT-TGCAA--TGC-T-AAAACTT-AATA-----T-ACATTGA--T-ATG---T--TTA----C-ATGTTGT-CC----TTAACCA---A----------------AGAAAT-T----GCCCAGACC---GC---TTTTTGT-T-TGTTTGTT-ACTTAC-T--A---------------------A-T-------GA-G-------ATTG-A---------GT-AAT-----------AAT------TT-AGAGAAATTATTATTATTATA-A-A-TATATTTATATT---TTTA---GTTGGGGTGTGTC-TCG-GC-----TTG-AGATG-T---C---TTGTGAAGCata
gi|40 : c-------TTCA-A---------GT-TAT-----------AAT------TT-AGAGAAATTG----------A--------------------------------GGAAAATC-TTC-GC-----TTG-AGATG-TACATGTATAATGAAACc
gi|41 : TAAT--------CATC-----T-CAA---------C-TGGA-GAATT-TT--C-T-CAA-CTG-A-AA-TT--TA-TGAAA--TGC-A-ATAACTT-TATT-----T-GCtggc
gi|42 : GTTTGACTTAA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GAGTT-TC--C-T-CAT-CTTGA-AA-TT--TC-TGAAA--TGT-T-ATAA
gi|43 : TTCCACTTAA--------CATT-----G-CAA---------C-TT-------T-TC--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--CT-TGAAA--TGCTT-ATA
gi|44 : ----------A-G-A-T---------TT---CTGA---GTTAAGGAATATC-TTA-GC-----TTG-AAATG-T---TG--CGGTAAAACttc
gi|45 : t---TTGA---GTTGAGGTAAATC-TCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---AAATGAAGC
gi|46 : T---TTGA---GTTGAGGACAATC-TCA-AG-----TTG-AGATA-G---T---TAcgagccca
gi|46 : tttTAAC--------TATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTGTC--C-T-CAA-CTC-A-AA-CT--CTATAAAA--ctctataaaa
gi|47 : tttA---GTTGAGAAACATC-TCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TATTAAAAC
gi|48 : gtT---TTGA---GTTGAGGAAAATC-TGACGT-----TTG-AGATG-G---T---AAGTGAcgac
gi|49 : ggggATC-TCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---TGGTGAAAC
gi|5 : gCAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-TAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AAGTT--TT-TGAAA--TGC-T-GTAACTT-CCTT-----T-CCACTGG--TCAT----T--TTG----C-ATAGCAT-CC----CTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCTTATT---TC-A-ATTATGT-G-TC---GTC-ATTTTG-T--A------------G-A--TT--A-T-------GA-G-------TTCA-A---------GT-AAT-----------CAT------TT-AGAAAAAAAT----------A-A-A-T---------TC---TTGA---GTTGAGAAATATC-TTA-GC-----TTG-AGATA-T---T---TAGTGAAACttgtcgcaag
gi|50 : CAGTTTCATTTAA--------CATC-----T-CAG---------C-TTGA-GATTT-TT--C-T-CA
gi|51 : AAAACC-TCC-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|6 : CAGTTTTACTAGT--------TATC-----T-CTA---------T-TTTA-GA-TA-TTA-C-A-AAA-CTC-A-AA-TT--TA-TGAAA--TTC-T-ATAGTTT--ATT-----G-AAATTGC--TCAG----T--TTA----T-ACCATAT-CA----TTTAGCG---A-----------TGAATAAACACGTATTTGTTATGTCT---AC-A-CTTCTGT-G-TG---ACT-ATTCAA-T--A------------G----TA--A-T-------GA-G-------TTTA-A---------GA-AA-------------AT---------GGCGAGAT--------------A-A-T---------TT---ATTT---GTTAAG---ATTC-TCA-CA-----TTG-AGATG-T---T---TAATGAAACcggccc
gi|7 : aTTTCGCTAAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTGA-GA-TT-TTTTC-T-CAT-CTC-A-A------------------C-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAG----T--TTA----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATTT----ATTCGAACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG---ATT-GTTTAT-T--T------------G-G--CA--A-C-------AATT-------TTCA-A---------GT-AGT-----------TGT------TT-AGAGAAATTG----------A-G-A-------------------------TGAGAAATATC-TTA-GC-----TCG-AGATA-T---T---TATTGAAACt
gi|8 : AGTTTTACTAAATAGCTCTACATC-----T-CTA---------C-TTAA-GA-TT-TT--CAT-CAA-ATC-A-AA-AT--TT-TGAGAACTGC-T-ATAG-TT-AATA-----T-ACATTGA--TCAA----T--GTC----C-ATGCTAT-CC----TTTACCA---A-----------CG-GTA
gi|9 : cggtcaC-T-ATAATTG-TATT-----TTACATCAAACTTAT----T--T------C-AGGTTAT-CC----TTTACCT---A-----------TGAGTAAAGATAT----GTT---ATTGTATC-G-ATTCTAT-G-TT---GTT-GTTTT--T--A------------A-C--TT--G-TAACAAGCGA-G-------GTCC-A---------GC-AAT-----------CAT------TT-AGAAAAATTG----------A-G-A-T---------GT---TTAA---CATGAGGAAAATC-TCA-GCTAATATTC-AGGTG-T---T---TAGTAAAtgacttaaaccagagttaacaggtgttttttttaaataagaggaaataacttaaaaaagagagaaatgtat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): AGTTTCATTATTATTTCAACAGTAGTTTTTCCTCAAATGAACTCTTTGAAATACTCTATGTTTATGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 1 2222222222222222222222222 111111111111111111111 11111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555 33333 1 666666666 1 1 4 4 77 0 1 1 1 1 1 22 1 22 0 1 1 55 55555 2 33333 66666 22 55555 1 1 3333 222 88888888888 2 3333 777 0 333333 1 3 1 1 222 22 1 3333 444444 4444444444444444444444444 333 1 666666666666666666666 1 3 444444 1 22222222222222222222222222 9 222 1 1 1 33333 1 1 222 333
lowQualScore : ........ ..... . ......... . . . . .. . . . . . . .. . .. . . . .. ..... . ..... ..... .. ..... . . .... ... ........... . .... ... . ...... . . . . ... .. . .... ...... ......................... ... . ..................... . . ...... . .......................... . ... . . . ..... . . ... ...
lowQualScore : 88888888 88888 5 222222222 5 5 6 6 33 8 5 5 5 5 5 00 4 00 4 4 4 22 55555 9 33333 44444 11 66666 6 6 1111 666 55555555555 9 3333 555 6 000000 7 8 5 5 777 11 6 4444 666666 2222222222222222222222222 777 4 222222222222222222222 4 9 333333 5 55555555555555555555555555 7 333 0 2 2 11111 3 3 333 777
consensus : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG---GT--C-AT----TT------AAT--------ANGTT--A-T-------GA-G-TTCA-A---------------------GT-AATCAT------TT-AGAGAAATTG----------A-G-A-T---------TTTTGA---GTTGAGGAAAATC-TCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
Reference ( family-22 ) : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG---GT--C-AT----TT------AAT--------AGGTT--A-T-------GA-G-TTCA-A---------------------GT-AATCAT------TT-AGAGAAATTG----------A-A-A-T---------TTTTGA---GTTGAGGAAAATC-TCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|1 : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-TA-TT-TT--CCT-CAG-CTC-A-AT-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATT
gi|1 : ----TTTTCTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG---GT--C-AT----TT------AAC---------TGCA--A-T-------GA-G-TTCG-A---------------------GT-AATGAT------TA-AGAGATATTG----------C-A-A-A---------TTTTGA---GTCGAGTAAAATC-TCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttctaatgagttcagatgtgttccaacttaaattatttgtggtcatttaactgcaatgagttcgagtaatgattaagagatattgcaaattttgagtcgagtaaaatctcagctttagatgtttagtgaaacctgcccc
gi|10 : cagtttcactaaacatctcaacttgatattttcctcagctcaattttttgaaatgttataacttcatttacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-CTC-A-AA-TT--TT-TTAAA--CAT-T-ATAACTT-AATT-----T-AAATTGA--TAAT----T--TTG----C-ACATTGT-TC----TTAACCA---C-----------AGAATAAGGATGT----GTTCAGACT---CC-A-AT-CTGA-G-TG---GT--C-AT----TTTATTTTAAT--------GTGTA--A-C-------AC-T-TCCT-G---------------------GT-AATCAT------TT-TGAGAAAATG----------A-G-ATT---------TTTTTA---TTTGCAACATATC-TCA-AT-----TTG-AGATctgcccc
gi|11 : gcAA-CTC-A-TA-TT--TT-TCAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----C-GCATTGG--TCAT----T--TT-------------------------CTA---A-------------AGTTGGGATGT----GTTCCAATT---T--A-ATAATGT-G-TG---GC--C-AG----TT------AAA--------ATGTT--A-T-------AA-G-TTTATA---------------------AT-AATTATGATAATTT-AGAGAAATTG----------A-A-A-G---------TTTTGA---GTT---GAAAATC-TCA-GC-----TTC-AGACG-T---T---AAGTGAAAta
gi|12 : AATTTCACTAAG--------TATC-----T-CAAACTAACTACC-TTTACGA-TT-TTTCC-T-CAA-CTG-A-CA-TA--TT-TTAAA--T-------AACTG-CATTGT---T-AC-TTG---------------TG----C-ATGTTAT-TA----TTTCTCA---A-----------TGAGTAAA-ATGT-----TTCAGACT----C-ATATCA-GT-G-AA---GT--C-AT----TT------AA---------AG--T--A-TAGC----GA-G-TTCA-A---------------------GT-AGTAAT------TT-AGAGAAATTA----------A-G-A-gcggt
gi|13 : aCAGGCCCACTAAA--------AATT-----T-TGA---------C-TTGA-TC-TT-TT--CCT-CTA-CTC-A-AA-TA--TT-TAAAA--TGC-T-GTTACCG-CA-------T-A----------AT----T--TTG----C-ATGTGTT-CC----ATTACCA---A-----------TGAGTTTATATTT----GTTCCAG------------------G-TG---GT--C-AT----TT------AAT--------GTGCA--A-C-------GA-T-TTCA-A---------------------GC-TATC---------T-AG-GA----G----------A-A-A-T---------TTTTGA---ATTGAGGAAAATC-TCA-GC-----T
gi|14 : AGTTGCATTAAA--------CGTC-----C-CAA---------T-TTGA-GA-TT-TA--C-T-TAA-CTC----A-TT--T-----AT--TGC-T-ATAACTT-TATT-----A-ACA---A------------------------GGTAC-TC----TTGAATA---A-----------TGAGAAAAGA-AT----------AGT---TT-A-ATTTTGT-A-TG---AT--C-A-----TT------AAT--------TGTGT--A-T-------AA-G-TTCA-A---------------------GT-TAT----------------------------------A-A-T---------TTGTAA----------AAAATTATCA-AC-----TTG-ATATG-C---T---TAATGAAAC
gi|15 : aGTTTCACTTAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTTA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT-CGTT-----T-ATATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGGTAT-TC----TTTGTAA---A-----------TTAGTAAAGATGT----GTTCTGATT---TC-A-GTTATTT-G-TG---GC--C-AT----TG------AAT--------AGATT--A-C-------GA-G-CTCA-A---------------------AT-AATCTT------TT-AGAGAAAc
gi|16 : TAACTT-TGTTAAAGAT-ACATTGA--TCAT----TATTCT----C-ATATTAT-CA----TTTACCATTTA-----------TGA--AAAGATGT----GTTAAAACC---TCTA-ACT-TAT-G-TG---AA--C-AT----TT------AAT--------GTGTT--A-T-------GA-G-TTCA-AGACTTG---------------GT-AATCTT------TT-AACGAAATTC----------A-G-G-T---------GTTCAA---GTT--------TC--CA-GC-----TTGAAAATA-T---T---TGGTGAAACa
gi|17 : --TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT--ATT-----T-ACAGTTA--TCACGTTGT--TTA----CTATACTGT-TCGAAATCTATCA---AGGTTTGAGATTTGAGTAAAGATTT----GGT---------------TTCTGT-G-TG---GT--CAAT----TT------AAT--------ATATT--A-T-------GA-C-TTCA-A---------------------GT-AACCAT------TT-AGAGTAATTG--------------A-T---------TTTT-------------------TCA-GC-----ATG-AGATA-T---G---TAGTGAAA
gi|18 : -T-ATAACTT-CATT-----TTGTATGGA--T------------A----C-ATATTAT-CT----TTTGCTA---A-----------TG--TAAAAA-GT----GT-----------C-A-ATACTGT-GATG---TT--A-AT----CT------A-T--------CTGTA--A-T-------CA-G-TTGA-T---------------------GT-TATAAT------TG-AGAGAAATTG----------A-G-A-TA--------TTTT------TTAAAGAAAATG-TCA-GC-----TTA-AGTTA-T---T---TA
gi|19 : aat----TTT-CTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG---GT--C-AT----TT------AAC---------TGCA--A-T-------GA-G-TTCG-A---------------------GT-AATGAT------TA-AGAGATATTG----------C-A-A-A---------TTTTGA---GTCGAGTAAAATC-TCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACcttcaaacgg
gi|2 : AGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CCC-A-AA-TC--TT-TGAAA--GAC-TAATAATTT-TATT-----T-TTAGTGA--TCAT----T--TTG----C-ATTTTAT-TC----TTT-CCA---A-----------TGAAT--ATATAT----GTTATGTTG---TC-A-TTTATGT-G-TG---ATGGT-ATGATATC------AATTTTGTGTGATGTT--A-T-------GA-C-GTCA-ATTTTGTGTGGTCATTTAACGTGT-AA-CAT------TT-AGAGAAAGTGATCAAA----A-A-A-G---------TT---A---GTTGATGAAAATC-TCA-GC-----TTG-ATATG-T---T---TAGTAAAACctgcc
gi|20 : gtcctCAGTTTCAATCAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTCA-GA-TT-TT--CAT-TAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACAT-CATT-----T-ACATTGA--TCAC----T------------TGTCAT-CC----TTTACTA---A-----------CAAGTTAAGATGT----GTTCCAACT---TT-A-ATTTTGT-G-TG---GT--tcgcc
gi|21 : ct--------CATA-----T-CAA---------C-TTGA-AA-AC-TT--CAT-CAA-TTC-A-AG-TT--TT-TGAAG--TGC-T-TAAACCT-TATT-----T---------------------TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGTGTAG-------------CCA--T---TT-A-A---TGT-A-TA---AC--C-AG----TT------AGTTG------AGATT--T-T-------GA-GTTTTT-A---------------------GT-AATCA
gi|22 : A--------CATT-----T-CAT---------C-TTGA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-C-TA-TT--TT-TGAAC--TGC-T-AT-------ATT-----T-AC--------CAT----T--TTGAATAA-ATATGAT-CT----TTTACGG---A-----------TGTGTAAAGATTT----ATTATGACT---TC-
gi|23 : GTTTCACATAA--------CATC-----T-CAA---------CATTAG-AA-TT-TC--C-T-TGT-CTT-C-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACAA-TATT-----T-ACATTtgtgacttataattat
gi|24 : ccTGT----GTTCCTACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG---CT--C-AT----AT------AAT----------GTTTAA-T-------GA---T---------------------------T-AATTAC------TTAAGAGAAATGG----------A-G-A---------------AA---AC--ATGAAAATC-TCA-GC-----TTG-TGACG-T---T---TAGTCAAAcaagttgagtgaggattttatctttatatagtcatcaaatgtg
gi|25 : GTTTCGTTAAA--------TATT-----T-TAA---------C-CTGA-GA-TT-TG--C---CAA-CTC-A-AC-TT--TT-TGGAA----C-T-ATAACTTGTATA-----T-AAATTGT--TCAT----G--CCG----A-ACGCTAT-CC----TTGACCA---A-----------TGAACCAACACTT----GTTatgaaactggct
gi|26 : cCAGTTTCAGTAAA--------CATC-----A-CAA---------C-TTGA-GA-AT-TT--C-T-CAA-CTC-ATAG-TT--GT-TAA----------ATAATTT-CATT-----A-ACGTTGT--CCAA----G--TTG----A-ATGTTGT-CC-----TTATTA---A-----------TCACTAGAGCTTT----GTTCC
gi|27 : ----GTTCTGACT---TC-A-ATTTTGT-G-TG---GT--C-AT-------------AT--------AG-TT--A-T------------CTAA-A---------------------GT-AATGAT------TT-AGAGAAATAG----------A-G-A-T---------TTTTTA---GTTTGGGACAATC-TTA-AC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTAGAAC
gi|28 : g--TTAT----T--TTC----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAGAAATGT-----------------T-A---TACGTAG-TG---GT--C-AT----TT------ACT---------GACT--AGT-------GA-G-TTCA-A---------------------GT-TATCAT------TT-AGAGAAGTAT----------A-G-A-T---------TTTTcaac
gi|29 : GT-G-TG---GT--G-AT----TT------AAT--------ATGTT--T-T-------AA-C-TTCA-A---------------------ATAAATCAT------TT-AGA------C----------A-G-A-T---------TTTTAACTGGTTGTGGAAAACC-TCA-GA-----TTG-AGACG-T---T---TGGTGAA
gi|3 : acTCTCATTAAA--------CATTAATTTT-CAA---------C-TTCA-GA-TT-TT--C-T-TTGTCTC-A-AA-TA--TT-TTAAG--TGC-T-ATAAATT-CATT-----T-ACATTTA--TTAT----T--TTG----C-ATGTTATCCC----TTTTCTA---A-----------TGAGTAAAAAT-T----GTTCCGACT---TC-A-ATTCTGT-A-TA---GT--C-AT----TT------AAT--------GTGTA--A-C-------GA-A-TTTA-A---------------------AC-AGTTGT------TT-AGGGTAATTG----------A-A-A-T---------TTTT------T--AGGGAAATC-TTA-GT-----TTA-AGATA-T---T---TGTTGAAACgtcggtct
gi|30 : cctgt---TT-A-ATTTTGT-G-TG---GC--C-AT----TC------AAT--------G--------------------------A---------------------GT-AATGCT------CT-AAAGCAATTG----------ATA-A-T---------TTT--A---GTGGCTGAAAACA-TCA-AC-----TTG-AGATG-T---A---TTGTGAAAtggac
gi|31 : TTTTACTAAA--------CTTT-----TGCAA---------C-ATGA-GA-TT-TT--C--------------A-TTGGTT-T-AAA--T--------ACTT-TATC-----T-ACATCGA--CCAA----T--TTT----C-GTGTTAT-CT----TTTGCCA---A-----------TGAATAAttggcc
gi|32 : tT-G-TG---AT--C-AT----TT------AAT--------ATGTT------------------------------------------------ATCAT------TT-AGAGGTATTG----------AGA-A-T---------TTTATA---GTCAAACAAATTC-TCA-CC---------AGATGTT---T---TAGTGAAAC
gi|33 : ttCAGTTTCACTAGA--------TATC-----T-CAA---------T-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CAG-A-AA-CC--TT-GGAAG--T-----------------------------------------T--TTA----C-ATGTTAT-AC----TTTACCA---AT----------TGAGTAAtaaccccaa
gi|34 : cct----------A-A-A-T---------GTTTAT---AATGAGGAAAATT-TCA-AC-----TTG-AGACG-T---T---AAGTGcg
gi|36 : GATT--A-T-------GA-G-TTCA-A---------------------G-------------------AAAAACTG----------A-ATA-T---------TTTT-A---GTTGATGAAAATC-TCT-AC-----TTG-AGATG-A---T---AAGTGAAACgacatgcggttactttatttattttgatagttatgcaagttattc
gi|37 : --A-T-------GA-G-TT------------------------------TGAT------TT-AGAGAAATTT------------A-A-T---------TTTT-A---ATTAAAGAAAATC-TTA-GC-----CT--AGATG-T---T---AAGAGAAACcgagccc
gi|38 : TT-----T-CAA---------G-TTGA-GC-TT-TC--C-TTCAA-TTC-A-AA-CT--TT-TGAAA--TGC-T-ATATCTT-TGTT-----A-AAATGGA--TCAT----T--ATG----agggcc
gi|4 : AGA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GA-TT-TTA-C-A-CCA-CAT-A-AA-CG--TT-TGCAA--TGC-T-AAAACTT-AATA-----T-ACATTGA--T-ATG---T--TTA----C-ATGTTGT-CC----TTAACCA---A----------------AGAAAT-T----GCCCAGACC---GC---TTTTTGT-T-TGTTTGT--T-AC----TT------ACT--------A------A-T-------GA-G-ATTG-A---------------------GT-AATAAT------TT-AGAGAAATTATTATTATTATA-A-A-TATATTTATATTTTTA---GTTGGGGTGTGTC-TCG-GC-----TTG-AGATG-T---C---TTGTGAAGCata
gi|40 : c-TTCA-A---------------------GT-TATAAT------TT-AGAGAAATTG----------A-----------------------------GGAAAATC-TTC-GC-----TTG-AGATG-TACATGTATAATGAAACc
gi|41 : TAAT--------CATC-----T-CAA---------C-TGGA-GAATT-TT--C-T-CAA-CTG-A-AA-TT--TA-TGAAA--TGC-A-ATAACTT-TATT-----T-GCtggc
gi|42 : GTTTGACTTAA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GAGTT-TC--C-T-CAT-CTTGA-AA-TT--TC-TGAAA--TGT-T-ATAA
gi|43 : TTCCACTTAA--------CATT-----G-CAA---------C-TT-------T-TC--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--CT-TGAAA--TGCTT-ATA
gi|44 : ----------A-G-A-T---------TTCTGA---GTTAAGGAATATC-TTA-GC-----TTG-AAATG-T---TG--CGGTAAAACttc
gi|45 : tTTGA---GTTGAGGTAAATC-TCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---AAATGAAGC
gi|46 : TTTGA---GTTGAGGACAATC-TCA-AG-----TTG-AGATA-G---T---TAcgagccca
gi|46 : tttTAAC--------TATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTGTC--C-T-CAA-CTC-A-AA-CT--CTATAAAA--ctctataaaa
gi|47 : tttA---GTTGAGAAACATC-TCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TATTAAAAC
gi|48 : gtTTTGA---GTTGAGGAAAATC-TGACGT-----TTG-AGATG-G---T---AAGTGAcgac
gi|49 : ggggATC-TCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---TGGTGAAAC
gi|5 : gCAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-TAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AAGTT--TT-TGAAA--TGC-T-GTAACTT-CCTT-----T-CCACTGG--TCAT----T--TTG----C-ATAGCAT-CC----CTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCTTATT---TC-A-ATTATGT-G-TC---GT--C-AT----TT------TGT--------AGATT--A-T-------GA-G-TTCA-A---------------------GT-AATCAT------TT-AGAAAAAAAT----------A-A-A-T---------TCTTGA---GTTGAGAAATATC-TTA-GC-----TTG-AGATA-T---T---TAGTGAAACttgtcgcaag
gi|50 : CAGTTTCATTTAA--------CATC-----T-CAG---------C-TTGA-GATTT-TT--C-T-CA
gi|51 : AAAACC-TCC-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|6 : CAGTTTTACTAGT--------TATC-----T-CTA---------T-TTTA-GA-TA-TTA-C-A-AAA-CTC-A-AA-TT--TA-TGAAA--TTC-T-ATAGTTT--ATT-----G-AAATTGC--TCAG----T--TTA----T-ACCATAT-CA----TTTAGCG---A-----------TGAATAAACACGTATTTGTTATGTCT---AC-A-CTTCTGT-G-TG---AC--T-AT----TC------AAT--------AG-TA--A-T-------GA-G-TTTA-A---------------------GA-AA--AT---------GGCGAGAT--------------A-A-T---------TTATTT---GTTAAG---ATTC-TCA-CA-----TTG-AGATG-T---T---TAATGAAACcggccc
gi|7 : aTTTCGCTAAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTGA-GA-TT-TTTTC-T-CAT-CTC-A-A------------------C-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAG----T--TTA----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATTT----ATTCGAACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG---AT--T-GT----TT------ATT--------TGGCA--A-C-------AATT-TTCA-A---------------------GT-AGTTGT------TT-AGAGAAATTG----------A-G-A----------------------TGAGAAATATC-TTA-GC-----TCG-AGATA-T---T---TATTGAAACt
gi|8 : AGTTTTACTAAATAGCTCTACATC-----T-CTA---------C-TTAA-GA-TT-TT--CAT-CAA-ATC-A-AA-AT--TT-TGAGAACTGC-T-ATAG-TT-AATA-----T-ACATTGA--TCAA----T--GTC----C-ATGCTAT-CC----TTTACCA---A-----------CG-GTA
gi|9 : cggtcaC-T-ATAATTG-TATT-----TTACATCAAACTTAT----T--T------C-AGGTTAT-CC----TTTACCT---A-----------TGAGTAAAGATAT----GTT---ATTGTATC-G-ATTCTAT-G-TT---GT--T-GT----TT------T-T--------AACTT--G-TAACAAGCGA-G-GTCC-A---------------------GC-AATCAT------TT-AGAAAAATTG----------A-G-A-T---------GTTTAA---CATGAGGAAAATC-TCA-GCTAATATTC-AGGTG-T---T---TAGTAAAtgacttaaaccagagttaacaggtgttttttttaaataagaggaaataacttaaaaaagagagaaatgtat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATGTATTCATTTTATAGATAATGAGTTCAAATTATAATATAGAAAATTTGAAATAATTGGATTGAATTGAATTGGATTGATAG
Unaligned ( gi|39 ): AGTTTCATTATTATTTCAACAGTAGTTTTTCCTCAAATGAACTCTTTGAAATACTCTATGTTTATGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 1 2222222222 111111111111111111111 1111111111111111111111111 1111111
lowQualScore : 55555555 33333 1 666666666 1 1 4 4 77 0 1 1 1 1 1 22 1 22 0 1 1 55 55555 2 33333 66666 22 55555 1 1 3333 222 88888888888 2 3333 777 0 333333 1 3 1 1 222 22 1 444444 3333 22 0000000000 66 3333 333 1 666666666666666666666 1 3 444444 1 1 4444444444444444444444444 0000000 1 1 33333 1 1 222 333
lowQualScore : ........ ..... . ......... . . . . .. . . . . . . .. . .. . . . .. ..... . ..... ..... .. ..... . . .... ... ........... . .... ... . ...... . . . . ... .. . ...... .... .. .......... .. .... ... . ..................... . . ...... . . ......................... ....... . . ..... . . ... ...
lowQualScore : 88888888 88888 5 222222222 5 5 6 6 33 8 5 5 5 5 5 00 4 00 4 4 4 22 55555 9 33333 44444 11 66666 6 6 1111 666 55555555555 9 3333 555 6 000000 7 8 5 5 777 11 6 666666 4444 22 0000000000 44 1111 777 4 222222222222222222222 4 0 333333 5 5 5555555555555555555555555 7777777 0 2 11111 3 3 333 777
consensus : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG---GT--C-A------T----TT--AAT--------GTGT-NAT----GA-G-TTCA-A---------------------GT-AATCAT------TT-AGAGA-AATTG----------AG-A-T---------TTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
Reference ( family-22 ) : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG---GT--C-A------T----TT--AAT--------ANGT-TAT----GA-G-TTCA-A---------------------GT-AATCAT------TT-AGAGA-AATTG----------AG-A-T---------TTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|1 : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-TA-TT-TT--CCT-CAG-CTC-A-AT-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATT
gi|1 : ----TTTTCTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG---GT--C-A------T----TT--AAC---------TGC-AAT----GA-G-TTCG-A---------------------GT-AATGAT------TA-AGAGA-TATTG----------CA-A-A---------TTTTG-A---GTCGAGTAAAATCTCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttctaatgagttcagatgtgttccaacttaaattatttgtggtcatttaactgcaatgagttcgagtaatgattaagagatattgcaaattttgagtcgagtaaaatctcagctttagatgtttagtgaaacctgcccc
gi|10 : cagtttcactaaacatctcaacttgatattttcctcagctcaattttttgaaatgttataacttcatttacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-CTC-A-AA-TT--TT-TTAAA--CAT-T-ATAACTT-AATT-----T-AAATTGA--TAAT----T--TTG----C-ACATTGT-TC----TTAACCA---C-----------AGAATAAGGATGT----GTTCAGACT---CC-A-A-TCTGA-G-TG---GT--C-ATTTTATT----TT--AAT--------GTGT-AAC----AC-T-TCCT-G---------------------GT-AATCAT------TT-TGAGA-AAATG----------AG-ATT---------TTTTT-A---TTTGCAACATATCTCA-AT-----TTG-AGATctgcccc
gi|11 : gcAA-CTC-A-TA-TT--TT-TCAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----C-GCATTGG--TCAT----T--TT-------------------------CTA---A-------------AGTTGGGATGT----GTTCCAATT---T--A-ATAATGT-G-TG---GC--C-A------G----TT--AAA--------ATGT-TAT----AA-G-TTTATA---------------------AT-AATTATGATAATTT-AGAGA-AATTG----------AA-A-G---------TTTTG-A---GTT---GAAAATCTCA-GC-----TTC-AGACG-T---T---AAGTGAAAta
gi|12 : AATTTCACTAAG--------TATC-----T-CAAACTAACTACC-TTTACGA-TT-TTTCC-T-CAA-CTG-A-CA-TA--TT-TTAAA--T-------AACTG-CATTGT---T-AC-TTG---------------TG----C-ATGTTAT-TA----TTTCTCA---A-----------TGAGTAAA-ATGT-----TTCAGACT----C-ATATCA-GT-G-AA---GT--C-A------T----TT--AAA--------GTAT-AGC----GA-G-TTCA-A---------------------GT-AGTAAT------TT-AGAGA-AATTA----------AG-A-gcggt
gi|13 : aCAGGCCCACTAAA--------AATT-----T-TGA---------C-TTGA-TC-TT-TT--CCT-CTA-CTC-A-AA-TA--TT-TAAAA--TGC-T-GTTACCG-CA-------T-A----------AT----T--TTG----C-ATGTGTT-CC----ATTACCA---A-----------TGAGTTTATATTT----GTTCCAG------------------G-TG---GT--C-A------T----TT--AAT--------GTGC-AAC----GA-T-TTCA-A---------------------GC-TATC---------T-AG-GA-----G----------AA-A-T---------TTTTG-A---ATTGAGGAAAATCTCA-GC-----T
gi|14 : AGTTGCATTAAA--------CGTC-----C-CAA---------T-TTGA-GA-TT-TA--C-T-TAA-CTC----A-TT--T-----AT--TGC-T-ATAACTT-TATT-----A-ACA---A------------------------GGTAC-TC----TTGAATA---A-----------TGAGAAAAGA-AT----------AGT---TT-A-ATTTTGT-A-TG---AT--C-A-----------TT--AAT---------TGTGTAT----AA-G-TTCA-A---------------------GT-TATAAT------TT-GTAAA-AA----------------A-T---------T-----A----------------TCA-AC-----TTG-ATATG-C---T---TAATGAAAC
gi|15 : aGTTTCACTTAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTTA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT-CGTT-----T-ATATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGGTAT-TC----TTTGTAA---A-----------TTAGTAAAGATGT----GTTCTGATT---TC-A-GTTATTT-G-TG---GC--C-A------T----TG--AAT--------AGAT-TAC----GA-G-CTCA-A---------------------AT-AATCTT------TT-AGAGA-AAc
gi|16 : TAACTT-TGTTAAAGAT-ACATTGA--TCAT----TATTCT----C-ATATTAT-CA----TTTACCATTTA-----------TGA--AAAGATGT----GTTAAAACC---TCTA-ACT-TAT-G-TG---AA--C-A------T----TT--AAT--------GTGT-TAT----GA-G-TTCA-AGACTTG---------------GT-AATCTT------TT-AACGA-AATTC----------AG-G-T---------GTTCA-A---GTT--------TC-CA-GC-----TTGAAAATA-T---T---TGGTGAAACa
gi|17 : --TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT--ATT-----T-ACAGTTA--TCACGTTGT--TTA----CTATACTGT-TCGAAATCTATCA---AGGTTTGAGATTTGAGTAAAGATTT----GGT---------------TTCTGT-G-TG---GT--CAA------T----TT--AAT--------ATAT-TAT----GA-C-TTCA-A---------------------GT-AACCAT------TT-AGAGT-AATT------------G-A-T---------TTTT-------------------TCA-GC-----ATG-AGATA-T---G---TAGTGAAA
gi|18 : -T-ATAACTT-CATT-----TTGTATGGA--T------------A----C-ATATTAT-CT----TTTGCTA---A-----------TG--TAAAAA-GT----GT-----------C-A-ATACTGT-GATG---TT--A-A------T----CT--A-T--------CTGT-AAT----CA-G-TTGA-T---------------------GT-TATAAT------TG-AGAGA-AATTG----------AG-A-TA--------TTTT-------TTAAAGAAAATGTCA-GC-----TTA-AGTTA-T---T---TA
gi|19 : aat----TTT-CTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG---GT--C-A------T----TT--AAC---------TGC-AAT----GA-G-TTCG-A---------------------GT-AATGAT------TA-AGAGA-TATTG----------CA-A-A---------TTTTG-A---GTCGAGTAAAATCTCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACcttcaaacgg
gi|2 : AGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CCC-A-AA-TC--TT-TGAAA--GAC-TAATAATTT-TATT-----T-TTAGTGA--TCAT----T--TTG----C-ATTTTAT-TC----TTT-CCA---A-----------TGAAT--ATATAT----GTTATGTTG---TC-A-TTTATGT-G-TG---ATGGT-A------TGATATC--AATTTTGTGTGATGT-TAT----GA-C-GTCA-ATTTTGTGTGGTCATTTAACGTGT-AA-CAT------TT-AGAGA-AAGTGATCAAA----AA-A-G---------TT----A---GTTGATGAAAATCTCA-GC-----TTG-ATATG-T---T---TAGTAAAACctgcc
gi|20 : gtcctCAGTTTCAATCAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTCA-GA-TT-TT--CAT-TAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACAT-CATT-----T-ACATTGA--TCAC----T------------TGTCAT-CC----TTTACTA---A-----------CAAGTTAAGATGT----GTTCCAACT---TT-A-ATTTTGT-G-TG---GT--tcgcc
gi|21 : ct--------CATA-----T-CAA---------C-TTGA-AA-AC-TT--CAT-CAA-TTC-A-AG-TT--TT-TGAAG--TGC-T-TAAACCT-TATT-----T---------------------TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGTGTAG-------------CCA--T---TT-A-A---TGT-A-TA---AC--C-A------G----TT--AGTTG------AGAT-TTT----GA-GTTTTT-A---------------------GT-AATCA
gi|22 : A--------CATT-----T-CAT---------C-TTGA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-C-TA-TT--TT-TGAAC--TGC-T-AT-------ATT-----T-AC--------CAT----T--TTGAATAA-ATATGAT-CT----TTTACGG---A-----------TGTGTAAAGATTT----ATTATGACT---TC-
gi|23 : GTTTCACATAA--------CATC-----T-CAA---------CATTAG-AA-TT-TC--C-T-TGT-CTT-C-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACAA-TATT-----T-ACATTtgtgacttataattat
gi|24 : ccTGT----GTTCCTACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG---CT--C-A------T----AT--AAT--------GTTT-AAT----GA---T---------------------------T-AATTAC------TTAAGAGA-AATGG----------AG-A---------------A-A---AC--ATGAAAATCTCA-GC-----TTG-TGACG-T---T---TAGTCAAAcaagttgagtgaggattttatctttatatagtcatcaaatgtg
gi|25 : GTTTCGTTAAA--------TATT-----T-TAA---------C-CTGA-GA-TT-TG--C---CAA-CTC-A-AC-TT--TT-TGGAA----C-T-ATAACTTGTATA-----T-AAATTGT--TCAT----G--CCG----A-ACGCTAT-CC----TTGACCA---A-----------TGAACCAACACTT----GTTatgaaactggct
gi|26 : cCAGTTTCAGTAAA--------CATC-----A-CAA---------C-TTGA-GA-AT-TT--C-T-CAA-CTC-ATAG-TT--GT-TAA----------ATAATTT-CATT-----A-ACGTTGT--CCAA----G--TTG----A-ATGTTGT-CC-----TTATTA---A-----------TCACTAGAGCTTT----GTTCC
gi|27 : ----GTTCTGACT---TC-A-ATTTTGT-G-TG---GT--C-A------T---------AT--------A-GT-TAT---------CTAA-A---------------------GT-AATGAT------TT-AGAGA-AATAG----------AG-A-T---------TTTTT-A---GTTTGGGACAATCTTA-AC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTAGAAC
gi|28 : g--TTAT----T--TTC----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAGAAATGT-----------------T-A---TACGTAG-TG---GT--C-A------T----TT--ACT--------GACT-AGT----GA-G-TTCA-A---------------------GT-TATCAT------TT-AGAGA-AGTAT----------AG-A-T---------TTTTcaac
gi|29 : GT-G-TG---GT--G-A------T----TT--AAT--------ATGT-TTT----AA-C-TTCA-A---------------------ATAAATCAT------TT-AGA-------C----------AG-A-T---------TTTTA-ACTGGTTGTGGAAAACCTCA-GA-----TTG-AGACG-T---T---TGGTGAA
gi|3 : acTCTCATTAAA--------CATTAATTTT-CAA---------C-TTCA-GA-TT-TT--C-T-TTGTCTC-A-AA-TA--TT-TTAAG--TGC-T-ATAAATT-CATT-----T-ACATTTA--TTAT----T--TTG----C-ATGTTATCCC----TTTTCTA---A-----------TGAGTAAAAAT-T----GTTCCGACT---TC-A-ATTCTGT-A-TA---GT--C-A------T----TT--AAT--------GTGT-AAC----GA-A-TTTA-A---------------------AC-AGTTGT------TT-AGGGT-AATTG----------AA-A-T---------TTTT-------T--AGGGAAATCTTA-GT-----TTA-AGATA-T---T---TGTTGAAACgtcggtct
gi|30 : cctgt---TT-A-ATTTTGT-G-TG---GC--C-A------T----TC--AAT--------G---------------------A---------------------GT-AATGCT------CT-AAAGC-AATTG----------AT-A-A---------TTTT--A---GTGGCTGAAAACATCA-AC-----TTG-AGATG-T---A---TTGTGAAAtggac
gi|31 : TTTTACTAAA--------CTTT-----TGCAA---------C-ATGA-GA-TT-TT--C--------------A-TTGGTT-T-AAA--T--------ACTT-TATC-----T-ACATCGA--CCAA----T--TTT----C-GTGTTAT-CT----TTTGCCA---A-----------TGAATAAttggcc
gi|32 : tT-G-TG---AT--C-A------T----TT--AAT--------ATGT-T------------------------------------------ATCAT------TT-AGAGG-TATTG----------AG-A-A---------TTTTATA---GTCAAACAAATTCTCA-CC---------AGATGTT---T---TAGTGAAAC
gi|33 : ttCAGTTTCACTAGA--------TATC-----T-CAA---------T-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CAG-A-AA-CC--TT-GGAAG--T-----------------------------------------T--TTA----C-ATGTTAT-AC----TTTACCA---AT----------TGAGTAAtaaccccaa
gi|34 : cctTGAGGAAAATTTCA-AC-----TTG-AGACG-T---T---AAGTGcg
gi|36 : T-TAT----GA-G-TTCA-A---------------------G-------------------AAA-AACTG----------AATA-T---------TTTT--A---GTTGATGAAAATCTCT-AC-----TTG-AGATG-A---T---AAGTGAAACttataaacatttgacatgcggttactttatttattttgatagttatgcaagttattc
gi|37 : gaAT----GA-G-TT------------------------------TGAT------TT-AGAGA-AATTT----------A--A-T---------TTTTA-A----TTAAAGAAAATCTTA-GC-----CT--AGATG-T---T---AAGAGAAACcgagccc
gi|38 : TT-----T-CAA---------G-TTGA-GC-TT-TC--C-TTCAA-TTC-A-AA-CT--TT-TGAAA--TGC-T-ATATCTT-TGTT-----A-AAATGGA--TCAT----T--ATG----agggcc
gi|4 : AGA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GA-TT-TTA-C-A-CCA-CAT-A-AA-CG--TT-TGCAA--TGC-T-AAAACTT-AATA-----T-ACATTGA--T-ATG---T--TTA----C-ATGTTGT-CC----TTAACCA---A----------------AGAAAT-T----GCCCAGACC---GC---TTTTTGT-T-TGTTTGT--T-A------C----TT--ACT--------A-----AT----GA-G-ATTG-A---------------------GT-AATAAT------TT-AGAGA-AATTATTATTATTATAA-A-TATATTTATATTTTT-A---GTTGGGGTGTGTCTCG-GC-----TTG-AGATG-T---C---TTGTGAAGCata
gi|40 : c-TTCA-A---------------------GT-TATAAT------TT-AGAGA-AATTG----------A-----------------------------GGAAAATCTTC-GC-----TTG-AGATG-TACATGTATAATGAAACc
gi|41 : TAAT--------CATC-----T-CAA---------C-TGGA-GAATT-TT--C-T-CAA-CTG-A-AA-TT--TA-TGAAA--TGC-A-ATAACTT-TATT-----T-GCtggc
gi|42 : GTTTGACTTAA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GAGTT-TC--C-T-CAT-CTTGA-AA-TT--TC-TGAAA--TGT-T-ATAA
gi|43 : TTCCACTTAA--------CATT-----G-CAA---------C-TT-------T-TC--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--CT-TGAAA--TGCTT-ATA
gi|44 : ----------AG-A-T---------TTCTG-A---GTTAAGGAATATCTTA-GC-----TTG-AAATG-T---TG--CGGTAAAACttc
gi|45 : tTTG-A---GTTGAGGTAAATCTCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---AAATGAAGC
gi|46 : TTTG-A---GTTGAGGACAATCTCA-AG-----TTG-AGATA-G---T---TAcgagccca
gi|46 : tttTAAC--------TATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTGTC--C-T-CAA-CTC-A-AA-CT--CTATAAAA--ctctataaaa
gi|47 : ttt-A---GTTGAGAAACATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TATTAAAAC
gi|48 : gtTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTGACGT-----TTG-AGATG-G---T---AAGTGAcgac
gi|49 : ggggATCTCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---TGGTGAAAC
gi|5 : gCAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-TAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AAGTT--TT-TGAAA--TGC-T-GTAACTT-CCTT-----T-CCACTGG--TCAT----T--TTG----C-ATAGCAT-CC----CTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCTTATT---TC-A-ATTATGT-G-TC---GT--C-A------T----TT--TGT--------AGAT-TAT----GA-G-TTCA-A---------------------GT-AATCAT------TT-AGAAA-AAAAT----------AA-A-T---------TCTTG-A---GTTGAGAAATATCTTA-GC-----TTG-AGATA-T---T---TAGTGAAACttgtcgcaag
gi|50 : CAGTTTCATTTAA--------CATC-----T-CAG---------C-TTGA-GATTT-TT--C-T-CA
gi|51 : AAAACCTCC-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|6 : CAGTTTTACTAGT--------TATC-----T-CTA---------T-TTTA-GA-TA-TTA-C-A-AAA-CTC-A-AA-TT--TA-TGAAA--TTC-T-ATAGTTT--ATT-----G-AAATTGC--TCAG----T--TTA----T-ACCATAT-CA----TTTAGCG---A-----------TGAATAAACACGTATTTGTTATGTCT---AC-A-CTTCTGT-G-TG---AC--T-A------T----TC--AAT--------A-GT-AAT----GA-G-TTTA-A---------------------GA-AA--AT------GG-CGAGATAATTT----------A---------------TTTG------TTAAG---ATTCTCA-CA-----TTG-AGATG-T---T---TAATGAAACcggccc
gi|7 : aTTTCGCTAAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTGA-GA-TT-TTTTC-T-CAT-CTC-A-A------------------C-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAG----T--TTA----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATTT----ATTCGAACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG---AT--T-G------T----TT--ATT--------TGGC-AAC----AATT-TTCA-A---------------------GT-AGTTGT------TT-AGAGA-AATTG----------AG-A-----------------------TGAGAAATATCTTA-GC-----TCG-AGATA-T---T---TATTGAAACt
gi|8 : AGTTTTACTAAATAGCTCTACATC-----T-CTA---------C-TTAA-GA-TT-TT--CAT-CAA-ATC-A-AA-AT--TT-TGAGAACTGC-T-ATAG-TT-AATA-----T-ACATTGA--TCAA----T--GTC----C-ATGCTAT-CC----TTTACCA---A-----------CG-GTA
gi|9 : cggtcaC-T-ATAATTG-TATT-----TTACATCAAACTTAT----T--T------C-AGGTTAT-CC----TTTACCT---A-----------TGAGTAAAGATAT----GTT---ATTGTATC-G-ATTCTAT-G-TT---GT--T-G------T----TTTTAAC--------TTGT-AACAAGCGA-G-GTCC-A---------------------GC-AATCAT------TT-AGAAA-AATTG----------AG-A-T---------GTTTA-A---CATGAGGAAAATCTCA-GCTAATATTC-AGGTG-T---T---TAGTAAAtgacttaaaccagagttaacaggtgttttttttaaataagaggaaataacttaaaaaagagagaaatgtat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATGTATTCATTTTATAGATAATGAGTTCAAATTATAATATAGAAAATTTGAAATAATTGGATTGAATTGAATTGGATTGATAG
Unaligned ( gi|39 ): AGTTTCATTATTATTTCAACAGTAGTTTTTCCTCAAATGAACTCTTTGAAATACTCTATGTTTATGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 1 111111111 111111111111 1111111111111111111111111 1111111
lowQualScore : 55555555 33333 1 666666666 1 1 4 4 77 0 1 1 1 1 1 22 1 22 0 1 1 55 55555 2 33333 66666 22 55555 1 1 3333 222 88888888888 2 3333 888 333333 1 3 1 1 9999999999 3 444444 22 1 8888888 3 3333 22 1 000000000 1 000000000000 444444 1 1 4444444444444444444444444 0000000 1 1 33333 1 1 222 333
lowQualScore : ........ ..... . ......... . . . . .. . . . . . . .. . .. . . . .. ..... . ..... ..... .. ..... . . .... ... ........... . .... ... ...... . . . . .......... . ...... .. . ....... . .... .. . ......... . ............ ...... . . ......................... ....... . . ..... . . ... ...
lowQualScore : 88888888 88888 5 222222222 5 5 6 6 33 8 5 5 5 5 5 00 4 00 4 4 4 22 55555 9 33333 44444 11 66666 6 6 1111 666 55555555555 4 4444 444 333333 7 3 6 6 8888888888 3 888888 33 9 8888888 1 3333 77 5 222222222 5 555555555555 333333 5 5 5555555555555555555555555 7777777 0 2 11111 3 3 333 777
consensus : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG----------GTC-A------TTT--AATG---T--GTNAT----GA-GTTCA-A---------GT-AAT-----------NAT------TT-AGAGA-AATTG----------AG-A-T---------TTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
Reference ( family-22 ) : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG----------GTC-A------TTT--AATG---T--GTNAT----GA-GTTCA-A---------GT-AAT-----------CAT------TT-AGAGA-AATTG----------AG-A-T---------TTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|1 : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-TA-TT-TT--CCT-CAG-CTC-A-AT-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATT
gi|1 : ----TTTTCTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG----------GTC-A------TTT--AAC----T--GCAAT----GA-GTTCG-A---------GT-AAT-----------GAT------TA-AGAGA-TATTG----------CA-A-A---------TTTTG-A---GTCGAGTAAAATCTCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttctaatgagttcagatgtgttccaacttaaattatttgtggtcatttaactgcaatgagttcgagtaatgattaagagatattgcaaattttgagtcgagtaaaatctcagctttagatgtttagtgaaacctgcccc
gi|10 : cagtttcactaaacatctcaacttgatattttcctcagctcaattttttgaaatgttataacttcatttacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-CTC-A-AA-TT--TT-TTAAA--CAT-T-ATAACTT-AATT-----T-AAATTGA--TAAT----T--TTG----C-ACATTGT-TC----TTAACCA---C-----------AGAATAAGGATGT----GTTCAGACT---CC-A-A-TCTGA-G-TG----------GTC-ATTTTATTTT--AATG---T--GTAAC----AC-TTCCT-G---------GT-AAT-----------CAT------TT-TGAGA-AAATG----------AG-ATT---------TTTTT-A---TTTGCAACATATCTCA-AT-----TTG-AGATctgcccc
gi|11 : gcAA-CTC-A-TA-TT--TT-TCAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----C-GCATTGG--TCAT----T--TT-------------------------CTA---A-------------AGTTGGGATGT----GTTCCAATT---T--A-ATAATGT-G-TG----------GCC-A------GTT--AAAA---T--GTTAT----AA-GTTTATA---------AT-AAT-----------TATGATAATTT-AGAGA-AATTG----------AA-A-G---------TTTTG-A---GTT---GAAAATCTCA-GC-----TTC-AGACG-T---T---AAGTGAAAta
gi|12 : AATTTCACTAAG--------TATC-----T-CAAACTAACTACC-TTTACGA-TT-TTTCC-T-CAA-CTG-A-CA-TA--TT-TTAAA--T-------AACTG-CATTGT---T-AC-TTG---------------TG----C-ATGTTAT-TA----TTTCTCA---A-----------TGAGTAAA-ATGT-----TTCAGACT----C-ATATCA-GT-G-AA----------GTC-A------TTT--AAAG---T--ATAGC----GA-GTTCA-A---------GT-AGT-----------AAT------TT-AGAGA-AATTA----------AG-A-gcggt
gi|13 : aCAGGCCCACTAAA--------AATT-----T-TGA---------C-TTGA-TC-TT-TT--CCT-CTA-CTC-A-AA-TA--TT-TAAAA--TGC-T-GTTACCG-CAT--------------A----AT----T--TTG----C-ATGTGTT-CC----ATTACCA---A-----------TGAGTTTATATTT----GTTCCAG------------------G-TG----------GTC-A------TTT--AATG---T--GCAAC----GA-TTTCA-A---------GC-TAT-----------C---------T-AG-GA-----G----------AA-A-T---------TTTTG-A---ATTGAGGAAAATCTCA-GC-----T
gi|14 : AGTTGCATTAAA--------CGTC-----C-CAA---------T-TTGA-GA-TT-TA--C-T-TAA-CTC----A-TT--T-----AT--TGC-T-ATAACTT-TATT-----A-ACA---A------------------------GGTAC-TC----TTGAATA---A-----------TGAGAAAAGA-AT----------AGT---TT-A-ATTTTGT-A-TG----------ATC-A------TTA--ATTG---T--GT-AT----AA-GTTCA-A---------GT-TAT-----------AAT------TT-GTAAA-AA----------------A-T---------T-----A----------------TCA-AC-----TTG-ATATG-C---T---TAATGAAAC
gi|15 : aGTTTCACTTAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTTA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT-CGTT-----T-ATATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGGTAT-TC----TTTGTAA---A-----------TTAGTAAAGATGT----GTTCTGATT---TC-A-GTTATTT-G-TG----------GCC-A------TTG--AATA---G--ATTAC----GA-GCTCA-A---------AT-AAT-----------CTT------TT-AGAGA-AAc
gi|16 : TAACTT-TGTTAAAGAT-ACATTGA--TCAT----TATTCT----C-ATATTAT-CA----TTTACCATTTA-----------TGA--AAAGATGT----GTTAAAACC---TCTA-ACT-TAT-G-TG----------AAC-A------TTT--AATG---T--GTTAT----GA-GTTCA-AGACTTG---GT-AAT-----------CTT------TT-AACGA-AATTC----------AG-G-T---------GTTCA-A---GTT--------TC-CA-GC-----TTGAAAATA-T---T---TGGTGAAACa
gi|17 : --TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT--ATT-----T-ACAGTTA--TCACGTTGT--TTA----CTATACTGT-TCGAAATCTATCA---AGGTTTGAGATTTGAGTAAAGATTT----GGT---------------TTCTGT-G-TG----------GTCAA------TTT--AATA---T--ATTAT----GA-CTTCA-A---------GT-AAC-----------CAT------TT-AGAGT-AATT------------G-A-T---------TTTT-------------------TCA-GC-----ATG-AGATA-T---G---TAGTGAAA
gi|18 : -T-ATAACTT-CATT-----TTGTATGGA--T------------A----C-ATATTAT-CT----TTTGCTA---A-----------TG--TAAAAA-GT----GT-----------C-A-ATACTGT-GATG----------TTA-A------TCT--A-TC---T--GTAAT----CA-GTTGA-T---------GT-TAT-----------AAT------TG-AGAGA-AATTG----------AG-A-TA--------TTTT-------TTAAAGAAAATGTCA-GC-----TTA-AGTTA-T---T---TA
gi|19 : aat----TTT-CTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG----------GTC-A------TTT--AAC----T--GCAAT----GA-GTTCG-A---------GT-AAT-----------GAT------TA-AGAGA-TATTG----------CA-A-A---------TTTTG-A---GTCGAGTAAAATCTCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACcttcaaacgg
gi|2 : AGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CCC-A-AA-TC--TT-TGAAA--GAC-TAATAATTT-TATT-----T-TTAGTGA--TCAT----T--TTG----C-ATTTTAT-TC----TTT-CCA---A-----------TGAAT--ATATAT----GTTATGTTG---TC-A-TTTATGT-G-TGATGGTATGATATCAA------TTT--TGTGTGAT--GTTAT----GA-CGTCA-ATTTTGTGTGGT-CATTTAACGTGTAACAT------TT-AGAGA-AAGTGATCAAA----AA-A-G---------TT----A---GTTGATGAAAATCTCA-GC-----TTG-ATATG-T---T---TAGTAAAACctgcc
gi|20 : gtcctCAGTTTCAATCAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTCA-GA-TT-TT--CAT-TAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACAT-CATT-----T-ACATTGA--TCAC----T------------TGTCAT-CC----TTTACTA---A-----------CAAGTTAAGATGT----GTTCCAACT---TT-A-ATTTTGT-G-TG----------GTtcgcc
gi|21 : ct--------CATA-----T-CAA---------C-TTGA-AA-AC-TT--CAT-CAA-TTC-A-AG-TT--TT-TGAAG--TGC-T-TAAACCT-TATT-----T---------------------TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGTGTA
gi|22 : A--------CATT-----T-CAT---------C-TTGA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-C-TA-TT--TT-TGAAC--TGC-T-AT-------ATT-----T-AC--------CAT----T--TTGAATAA-ATATGAT-CT----TTTACGG---A-----------TGTGTAAAGATTT----ATTATGACT---TC-gccatttaatgtataaccagttagttgagattttgagtttttagtaatca
gi|23 : GTTTCACATAA--------CATC-----T-CAA---------CATTAG-AA-TT-TC--C-T-TGT-CTT-C-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACAA-TATT-----T-ACATTtgtgacttataattat
gi|24 : ccTGT----GTTCCTACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG----------CTC-A------TAT--AATG---T--TTAAT----GA--T---------------T-AAT-----------TAC------TTAAGAGA-AATGG----------AG-A---------------A-A---AC--ATGAAAATCTCA-GC-----TTG-TGACG-T---T---TAGTCAAAcaagttgagtgaggattttatctttatatagtcatcaaatgtg
gi|25 : GTTTCGTTAAA--------TATT-----T-TAA---------C-CTGA-GA-TT-TG--C---CAA-CTC-A-AC-TT--TT-TGGAA----C-T-ATAACTTGTATA-----T-AAATTGT--TCAT----G--CCG----A-ACGCTAT-CC----TTGACCA---A-----------TGAACCAACACTT----GTTatgaaactggct
gi|26 : cCAGTTTCAGTAAA--------CATC-----A-CAA---------C-TTGA-GA-AT-TT--C-T-CAA-CTC-ATAG-TT--GT-TAA----------ATAATTT-CATT-----A-ACGTTGT--CCAA----G--TTG----A-ATGTTGT-CC-----TTATTA---A-----------TCACTAGAGCTTT----GTTCC
gi|27 : ----GTTCTGACT---TC-A-ATTTTGT-G-TG----------GTC-A------TAT--A---------GTTAT--------CTAA-A---------GT-AAT-----------GAT------TT-AGAGA-AATAG----------AG-A-T---------TTTTT-A---GTTTGGGACAATCTTA-AC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTAGAAC
gi|28 : g--TTAT----T--TTC----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAGAAATGT-----------------T-A---TACGTAG-TG----------GTC-A------TTT--ACTG---A--CTAGT----GA-GTTCA-A---------GT-TAT-----------CAT------TT-AGAGA-AGTAT----------AG-A-T---------TTTTcaac
gi|29 : GT-G-TG----------GTG-A------TTT--AATA---T--GTTTT----AA-CTTCA-A---------ATAAAT-----------CAT------TT-AGA-------C----------AG-A-T---------TTTTA-ACTGGTTGTGGAAAACCTCA-GA-----TTG-AGACG-T---T---TGGTGAA
gi|3 : acTCTCATTAAA--------CATTAATTTT-CAA---------C-TTCA-GA-TT-TT--C-T-TTGTCTC-A-AA-TA--TT-TTAAG--TGC-T-ATAAATT-CATT-----T-ACATTTA--TTAT----T--TTG----C-ATGTTATCCC----TTTTCTA---A-----------TGAGTAAAAAT-T----GTTCCGACT---TC-A-ATTCTGT-A-TA----------GTC-A------TTT--AATG---T--GTAAC----GA-ATTTA-A---------AC-AGT-----------TGT------TT-AGGGT-AATTG----------AA-A-T---------TTTT-------T--AGGGAAATCTTA-GT-----TTA-AGATA-T---T---TGTTGAAACgtcggtct
gi|30 : cctgt---TT-A-ATTTTGT-G-TG----------GCC-A------TTC--AATG------------------------A---------GT-AAT-----------GCT------CT-AAAGC-AATTG----------AT-A-A---------TTTT--A---GTGGCTGAAAACATCA-AC-----TTG-AGATG-T---A---TTGTGAAAtggac
gi|31 : TTTTACTAAA--------CTTT-----TGCAA---------C-ATGA-GA-TT-TT--C--------------A-TTGGTT-T-AAA--T--------ACTT-TATC-----T-ACATCGA--CCAA----T--TTT----C-GTGTTAT-CT----TTTGCCA---A-----------TGAATAAttggcc
gi|32 : tT-G-TG----------ATC-A------TTT--AATA---T--GTTAT----------------------------------------CAT------TT-AGAGG-TATTG----------AG-A-A---------TTTTATA---GTCAAACAAATTCTCA-CC---------AGATGTT---T---TAGTGAAAC
gi|33 : ttCAGTTTCACTAGA--------TATC-----T-CAA---------T-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CAG-A-AA-CC--TT-GGAAG--T-----------------------------------------T--TTA----C-ATGTTAT-AC----TTTACCA---AT----------TGAGTAAtaaccccaa
gi|34 : cctTGAGGAAAATTTCA-AC-----TTG-AGACG-T---T---AAGTGcg
gi|36 : TTAT----GA-GTTCA-A---------G------------------------------AAA-AACTG----------AATA-T---------TTTT--A---GTTGATGAAAATCTCT-AC-----TTG-AGATG-A---T---AAGTGAAACttataaacatttgacatgcggttactttatttattttgatagttatgcaagttattc
gi|37 : gaAT----GA-GTT------------------T-----------GAT------TT-AGAGA-AATTT----------A--A-T---------TTTTA-A----TTAAAGAAAATCTTA-GC-----CT--AGATG-T---T---AAGAGAAACcgagccc
gi|38 : TT-----T-CAA---------G-TTGA-GC-TT-TC--C-TTCAA-TTC-A-AA-CT--TT-TGAAA--TGC-T-ATATCTT-TGTT-----A-AAATGGA--TCAT----T--ATG----agggcc
gi|4 : AGA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GA-TT-TTA-C-A-CCA-CAT-A-AA-CG--TT-TGCAA--TGC-T-AAAACTT-AATA-----T-ACATTGA--T-ATG---T--TTA----C-ATGTTGT-CC----TTAACCA---A----------------AGAAAT-T----GCCCAGACC---GC---TTTTTGT-T-TGTTT-------GTT-A------CTT--A---------CTAAT----GA-GATTG-A---------GT-AAT-----------AAT------TT-AGAGA-AATTATTATTATTATAA-A-TATATTTATATTTTT-A---GTTGGGGTGTGTCTCG-GC-----TTG-AGATG-T---C---TTGTGAAGCata
gi|40 : cTTCA-A---------GT-TAT-----------AAT------TT-AGAGA-AATTG----------A-----------------------------GGAAAATCTTC-GC-----TTG-AGATG-TACATGTATAATGAAACc
gi|41 : TAAT--------CATC-----T-CAA---------C-TGGA-GAATT-TT--C-T-CAA-CTG-A-AA-TT--TA-TGAAA--TGC-A-ATAACTT-TATT-----T-GCtggc
gi|42 : GTTTGACTTAA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GAGTT-TC--C-T-CAT-CTTGA-AA-TT--TC-TGAAA--TGT-T-ATAA
gi|43 : TTCCACTTAA--------CATT-----G-CAA---------C-TT-------T-TC--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--CT-TGAAA--TGCTT-ATA
gi|44 : ----------AG-A-T---------TTCTG-A---GTTAAGGAATATCTTA-GC-----TTG-AAATG-T---TG--CGGTAAAACttc
gi|45 : tTTG-A---GTTGAGGTAAATCTCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---AAATGAAGC
gi|46 : TTTG-A---GTTGAGGACAATCTCA-AG-----TTG-AGATA-G---T---TAcgagccca
gi|46 : tttTAAC--------TATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTGTC--C-T-CAA-CTC-A-AA-CT--CTATAAAA--ctctataaaa
gi|47 : ttt-A---GTTGAGAAACATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TATTAAAAC
gi|48 : gtTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTGACGT-----TTG-AGATG-G---T---AAGTGAcgac
gi|49 : ggggATCTCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---TGGTGAAAC
gi|5 : gCAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-TAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AAGTT--TT-TGAAA--TGC-T-GTAACTT-CCTT-----T-CCACTGG--TCAT----T--TTG----C-ATAGCAT-CC----CTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCTTATT---TC-A-ATTATGT-G-TC----------GTC-A------TTT----TG---TAGATTAT----GA-GTTCA-A---------GT-AAT-----------CAT------TT-AGAAA-AAAAT----------AA-A-T---------TCTTG-A---GTTGAGAAATATCTTA-GC-----TTG-AGATA-T---T---TAGTGAAACttgtcgcaag
gi|50 : CAGTTTCATTTAA--------CATC-----T-CAG---------C-TTGA-GATTT-TT--C-T-CA
gi|51 : AAAACCTCC-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|6 : CAGTTTTACTAGT--------TATC-----T-CTA---------T-TTTA-GA-TA-TTA-C-A-AAA-CTC-A-AA-TT--TA-TGAAA--TTC-T-ATAGTTT--ATT-----G-AAATTGC--TCAG----T--TTA----T-ACCATAT-CA----TTTAGCG---A-----------TGAATAAACACGTATTTGTTATGTCT---AC-A-CTTCTGT-G-TG----------ACT-A------TTC--AATA------GTAAT----GA-GTTTA-A---------GA-AA-------------AT------GG-CGAGATAATTT----------A---------------TTTG------TTAAG---ATTCTCA-CA-----TTG-AGATG-T---T---TAATGAAACcggccc
gi|7 : aTTTCGCTAAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTGA-GA-TT-TTTTC-T-CAT-CTC-A-A------------------C-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAG----T--TTA----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATTT----ATTCGAACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG----------ATT-G------TTT--ATTT---G--GCAAC----AATTTTCA-A---------GT-AGT-----------TGT------TT-AGAGA-AATTG----------AG-A-----------------------TGAGAAATATCTTA-GC-----TCG-AGATA-T---T---TATTGAAACt
gi|8 : AGTTTTACTAAATAGCTCTACATC-----T-CTA---------C-TTAA-GA-TT-TT--CAT-CAA-ATC-A-AA-AT--TT-TGAGAACTGC-T-ATAG-TT-AATA-----T-ACATTGA--TCAA----T--GTC----C-ATGCTAT-CC----TTTACCA---A-----------CG-GTA
gi|9 : cggtcaC-T-ATAATTG-TATT-----TTACATCAAACTTAT----T--T------C-AGGTTAT-CC----TTTACCT---A-----------TGAGTAAAGATAT----GTT---ATTGTATC-G-ATTCTAT-G-TT----------GTT-G------TTTTTAACT---T--GTAACAAGCGA-GGTCC-A---------GC-AAT-----------CAT------TT-AGAAA-AATTG----------AG-A-T---------GTTTA-A---CATGAGGAAAATCTCA-GCTAATATTC-AGGTG-T---T---TAGTAAAtgacttaaaccagagttaacaggtgttttttttaaataagaggaaataacttaaaaaagagagaaatgtat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATGTATTCATTTTATAGATAATGAGTTCAAATTATAATATAGAAAATTTGAAATAATTGGATTGAATTGAATTGGATTGATAG
Unaligned ( gi|39 ): AGTTTCATTATTATTTCAACAGTAGTTTTTCCTCAAATGAACTCTTTGAAATACTCTATGTTTATGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 1 111111111 11111111111111111111111111 11
lowQualScore : 55555555 33333 1 666666666 1 1 4 4 77 0 1 1 1 1 1 22 1 22 0 1 1 44 55555 2 33333 66666 22 55555 1 1 3333 222 88888888888 66666 888 333333 1 3 1 1 9999999999 3 444444 22 1 8888888 3 3333 22 1 000000000 11 9999999999999999999 1 1 33333333333333333333333333 00 3333 1 1 33333 1 1 222 333
lowQualScore : ........ ..... . ......... . . . . .. . . . . . . .. . .. . . . .. ..... . ..... ..... .. ..... . . .... ... ........... ..... ... ...... . . . . .......... . ...... .. . ....... . .... .. . ......... .. ................... . . .......................... .. .... . . ..... . . ... ...
lowQualScore : 88888888 88888 5 222222222 5 5 6 6 33 8 5 5 5 5 5 00 4 00 4 4 4 00 55555 9 33333 44444 11 66666 6 6 1111 666 55555555555 00000 444 333333 7 3 6 6 8888888888 3 888888 33 9 8888888 1 3333 77 5 222222222 77 1111111111111111111 5 5 55555555555555555555555555 99 0000 0 2 11111 3 3 333 777
consensus : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATG----TGTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG----------GTC-A------TTT--AATG---T--GTNAC----GA-GTTCA-A---------GT-AAT-----------NA------TTT-AGAGA-AATTG----------AG-A-T---------TTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
Reference ( family-22 ) : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATG----TGTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG----------GTC-A------TTT--AATG---T--GTNAT----GA-GTTCA-A---------GT-AAT-----------NA------TTT-AGAGA-AATTG----------AG-A-T---------TTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|1 : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-TA-TT-TT--CCT-CAG-CTC-A-AT-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATT
gi|1 : ----TTTTCTA---A-----------TGAGTTCAGATG----TGTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG----------GTC-A------TTT--AAC----T--GCAAT----GA-GTTCG-A---------GT-AAT-----------GA------TTA-AGAGA-TATTG----------CA-A-A---------TTTTG-A---GTCGAGTAAAATCTCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttctaatgagttcagatgtgttccaacttaaattatttgtggtcatttaactgcaatgagttcgagtaatgattaagagatattgcaaattttgagtcgagtaaaatctcagctttagatgtttagtgaaacctgcccc
gi|10 : cagtttcactaaacatctcaacttgatattttcctcagctcaattttttgaaatgttataacttcatttacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-CTC-A-AA-TT--TT-TTAAA--CAT-T-ATAACTT-AATT-----T-AAATTGA--TAAT----T--TTG----C-ACATTGT-TC----TTAACCA---C-----------AGAATAAGGATG----TGTTCAGACT---CC-A-A-TCTGA-G-TG----------GTC-ATTTTATTTT--AATG---T--GTAAC----AC-TTCCT-G---------GT-AAT-----------CA------TTT-TGAGA-AAATG----------AG-ATT---------TTTTT-A---TTTGCAACATATCTCA-AT-----TTG-AGATctgcccc
gi|11 : gcAA-CTC-A-TA-TT--TT-TCAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----C-GCATTGG--TCAT----T--TT-------------------------CTA---A-------------AGTTGGGATG----TGTTCCAATT---T--A-ATAATGT-G-TG----------GCC-A------GTT--AAAA---T--GTTAT----AA-GTTTATA---------AT-AAT-----------TATGATAATTT-AGAGA-AATTG----------AA-A-G---------TTTTG-A---GTT---GAAAATCTCA-GC-----TTC-AGACG-T---T---AAGTGAAAta
gi|12 : AATTTCACTAAG--------TATC-----T-CAAACTAACTACC-TTTACGA-TT-TTTCC-T-CAA-CTG-A-CA-TA--TT-TTAAA--T-------AACTG-CATTGT---T-AC-TTG---------------TG----C-ATGTTAT-TA----TTTCTCA---A-----------TGAGTAAA-ATG----T-TTCAGACT----C-ATATCA-GT-G-AA----------GTC-A------TTT--AAAG---T--ATAGC----GA-GTTCA-A---------GT-AGT-----------AA------TTT-AGAGA-AATTA----------AG-A-gcggt
gi|13 : aCAGGCCCACTAAA--------AATT-----T-TGA---------C-TTGA-TC-TT-TT--CCT-CTA-CTC-A-AA-TA--TT-TAAAA--TGC-T-GTTACCG-CAT--------------A----AT----T--TTG----C-ATGTGTT-CC----ATTACCA---A-----------TGAGTTTATATT----TGTTCCAG------------------G-TG----------GTC-A------TTT--AATG---T--GCAAC----GA-TTTCA-A---------GC---------------TA------TCT-AG-GA-----G----------AA-A-T---------TTTTG-A---ATTGAGGAAAATCTCA-GC-----T
gi|14 : AGTTGCATTAAA--------CGTC-----C-CAA---------T-TTGA-GA-TT-TA--C-T-TAA-CTC----A-TT--T-----AT--TGC-T-ATAACTT-TATT-----A-ACA---A------------------------GGTAC-TC----TTGAATA---A-----------TGAGAAAAGA-A----T------AGT---TT-A-ATTTTGT-A-TG----------ATC-A------TTA--ATTG---T--GT-AT----AA-GTTCA-A---------GT-TAT-----------AA------TTT-GTAAA-AA----------------A-T---------T-----A----------------TCA-AC-----TTG-ATATG-C---T---TAATGAAAC
gi|15 : aGTTTCACTTAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTTA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT-CGTT-----T-ATATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGGTAT-TC----TTTGTAA---A-----------TTAGTAAAGATG----TGTTCTGATT---TC-A-GTTATTT-G-TG----------GCC-A------TTG--AATA---G--ATTAC----GA-GCTCA-A---------AT-AAT-----------CT------TTT-AGAGA-AAc
gi|16 : TAACTT-TGTTAAAGAT-ACATTGA--TCAT----TATTCT----C-ATATTAT-CA----TTTACCATTTA-----------TGA--AAAGATG----TGTTAAAACC---TCTA-ACT-TAT-G-TG----------AAC-A------TTT--AATG---T--GTTAT----GA-GTTCA-AGACTTG---GT-AAT-----------CT------TTT-AACGA-AATTC----------AG-G-T---------GTTCA-A---GTT--------TC-CA-GC-----TTGAAAATA-T---T---TGGTGAAACa
gi|17 : --TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT--ATT-----T-ACAGTTA--TCACGTTGT--TTA----CTATACTGT-TCGAAATCTATCA---AGGTTTGAGATTTGAGTAAAGATT----TGGT---------------TTCTGT-G-TG----------GTCAA------TTT--AATA---T--ATTAT----GA-CTTCA-A---------GT-AAC-----------CA------TTT-AGAGT-AATT------------G-A-T---------TTTT-------------------TCA-GC-----ATG-AGATA-T---G---TAGTGAAA
gi|18 : -T-ATAACTT-CATT-----TTGTATGGA--T------------A----C-ATATTAT-CT----TTTGCTA---A-----------TG--TAAAAA-G----TGT-----------C-A-ATACTGT-GATG----------TTA-A------TCT--A-TC---T--GTAAT----CA-GTTGA-T---------GT-TAT-----------AA------TTG-AGAGA-AATTG----------AG-A-TA--------TTTT-------TTAAAGAAAATGTCA-GC-----TTA-AGTTA-T---T---TA
gi|19 : aat----TTT-CTA---A-----------TGAGTTCAGATG----TGTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG----------GTC-A------TTT--AAC----T--GCAAT----GA-GTTCG-A---------GT-AAT-----------GA------TTA-AGAGA-TATTG----------CA-A-A---------TTTTG-A---GTCGAGTAAAATCTCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACcttcaaacgg
gi|2 : AGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CCC-A-AA-TC--TT-TGAAA--GAC-TAATAATTT-TATT-----T-TTAGTGA--TCAT----T--TTG----C-ATTTTAT-TC----TTT-CCA---A-----------TGAAT--ATATA----TGTTATGTTG---TC-A-TTTATGT-G-TGATGGTATGATATCAA------TTT--TGTGTGAT--GTTAT----GA-CGTCA-ATTTTGTGTGGT-CATTTAACGTGTAACA------TTT-AGAGA-AAGTGATCAAA----AA-A-G---------TT----A---GTTGATGAAAATCTCA-GC-----TTG-ATATG-T---T---TAGTAAAACctgcc
gi|20 : gtcctCAGTTTCAATCAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTCA-GA-TT-TT--CAT-TAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACAT-CATT-----T-ACATTGA--TCAC----T------------TGTCAT-CC----TTTACTA---A-----------CAAGTTAAGATG----TGTTCCAACT---TT-A-ATTTTGT-G-TG----------GTtcgcc
gi|21 : ct--------CATA-----T-CAA---------C-TTGA-AA-AC-TT--CAT-CAA-TTC-A-AG-TT--TT-TGAAG--TGC-T-TAAACCT-TATT-----T---------------------TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGTGTA
gi|22 : A--------CATT-----T-CAT---------C-TTGA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-C-TA-TT--TT-TGAAC--TGC-T-AT-------ATT-----T-AC--------CAT----T--TTGAATAA-ATATGAT-CT----TTTACGG---A-----------TGTGTAAAGATT----TATTATGACT---TC-gccatttaatgtataaccagttagttgagattttgagtttttagtaatca
gi|23 : GTTTCACATAA--------CATC-----T-CAA---------CATTAG-AA-TT-TC--C-T-TGT-CTT-C-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACAA-TATT-----T-ACATTtgtgacttataattat
gi|24 : ccTG----TGTTCCTACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG----------CTC-A------TAT--AATG---T--TTAAT----GA--T---------------T-AAT-----------TA------CTTAAGAGA-AATGG----------AG-A---------------A-A---AC--ATGAAAATCTCA-GC-----TTG-TGACG-T---T---TAGTCAAAcaagttgagtgaggattttatctttatatagtcatcaaatgtg
gi|25 : GTTTCGTTAAA--------TATT-----T-TAA---------C-CTGA-GA-TT-TG--C---CAA-CTC-A-AC-TT--TT-TGGAA----C-T-ATAACTTGTATA-----T-AAATTGT--TCAT----G--CCG----A-ACGCTAT-CC----TTGACCA---A-----------TGAACCAACACT----TGTTatgaaactggct
gi|26 : cCAGTTTCAGTAAA--------CATC-----A-CAA---------C-TTGA-GA-AT-TT--C-T-CAA-CTC-ATAG-TT--GT-TAA----------ATAATTT-CATT-----A-ACGTTGT--CCAA----G--TTG----A-ATGTTGT-CC-----TTATTA---A-----------TCACTAGAGCTT----TGTTCC
gi|27 : GTTCTGACT---TC-A-ATTTTGT-G-TG----------GTC-A------TAT--A---------GTTAT--------CTAA-A---------GT-AAT-----------GA------TTT-AGAGA-AATAG----------AG-A-T---------TTTTT-A---GTTTGGGACAATCTTA-AC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTAGAAC
gi|28 : g--TTAT----T--TTC----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAGAAATG----T-------------T-A---TACGTAG-TG----------GTC-A------TTT--ACTG---A--CTAGT----GA-GTTCA-A---------GT-TAT-----------CA------TTT-AGAGA-AGTAT----------AG-A-T---------TTTTcaac
gi|29 : GT-G-TG----------GTG-A------TTT--AATA---T--GTTTT----AA-CTTCA-A---------ATAAAT-----------CA------TTT-AGA-------C----------AG-A-T---------TTTTA-ACTGGTTGTGGAAAACCTCA-GA-----TTG-AGACG-T---T---TGGTGAA
gi|3 : acTCTCATTAAA--------CATTAATTTT-CAA---------C-TTCA-GA-TT-TT--C-T-TTGTCTC-A-AA-TA--TT-TTAAG--TGC-T-ATAAATT-CATT-----T-ACATTTA--TTAT----T--TTG----C-ATGTTATCCC----TTTTCTA---A-----------TGAGTAAAAAT-----TGTTCCGACT---TC-A-ATTCTGT-A-TA----------GTC-A------TTT--AATG---T--GTAAC----GA-ATTTA-A---------AC-AGT-----------TG------TTT-AGGGT-AATTG----------AA-A-T---------TTTT-------T--AGGGAAATCTTA-GT-----TTA-AGATA-T---T---TGTTGAAACgtcggtct
gi|30 : cctgt---TT-A-ATTTTGT-G-TG----------GCC-A------TTC--AATG------------------------A---------GT-AAT-----------GC------TCT-AAAGC-AATTG----------AT-A-A---------TTTT--A---GTGGCTGAAAACATCA-AC-----TTG-AGATG-T---A---TTGTGAAAtggac
gi|31 : TTTTACTAAA--------CTTT-----TGCAA---------C-ATGA-GA-TT-TT--C--------------A-TTGGTT-T-AAA--T--------ACTT-TATC-----T-ACATCGA--CCAA----T--TTT----C-GTGTTAT-CT----TTTGCCA---A-----------TGAATAAttggcc
gi|32 : tT-G-TG----------ATC-A------TTT--AATA---T--GTT-----------------------------AT-----------CA------TTT-AGAGG-TATTG----------AG-A-A---------TTTTATA---GTCAAACAAATTCTCA-CC---------AGATGTT---T---TAGTGAAAC
gi|33 : ttCAGTTTCACTAGA--------TATC-----T-CAA---------T-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CAG-A-AA-CC--TT-GGAAG--T-----------------------------------------T--TTA----C-ATGTTAT-AC----TTTACCA---AT----------TGAGTAAtaaccccaa
gi|34 : cctTGAGGAAAATTTCA-AC-----TTG-AGACG-T---T---AAGTGcg
gi|36 : TTAT----GA-GTTCA-A---------G------------------------------AAA-AACTG----------AATA-T---------TTTT--A---GTTGATGAAAATCTCT-AC-----TTG-AGATG-A---T---AAGTGAAACttataaacatttgacatgcggttactttatttattttgatagttatgcaagttattc
gi|37 : gaAT----GA-GTT------------------T-----------GA------TTT-AGAGA-AATTT----------A--A-T---------TTTTA-A----TTAAAGAAAATCTTA-GC-----CT--AGATG-T---T---AAGAGAAACcgagccc
gi|38 : TT-----T-CAA---------G-TTGA-GC-TT-TC--C-TTCAA-TTC-A-AA-CT--TT-TGAAA--TGC-T-ATATCTT-TGTT-----A-AAATGGA--TCAT----T--ATG----agggcc
gi|4 : AGA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GA-TT-TTA-C-A-CCA-CAT-A-AA-CG--TT-TGCAA--TGC-T-AAAACTT-AATA-----T-ACATTGA--T-ATG---T--TTA----C-ATGTTGT-CC----TTAACCA---A----------------AGAAAT-----TGCCCAGACC---GC---TTTTTGT-T-TGTTT-------GTT-A------CTT--A---------CTAAT----GA-GATTG-A---------GT-AAT-----------AA------TTT-AGAGA-AATTATTATTATTATAA-A-TATATTTATATTTTT-A---GTTGGGGTGTGTCTCG-GC-----TTG-AGATG-T---C---TTGTGAAGCata
gi|40 : cTTCA-A---------GT-TAT-----------AA------TTT-AGAGA-AATTG----------A-----------------------------GGAAAATCTTC-GC-----TTG-AGATG-TACATGTATAATGAAACc
gi|41 : TAAT--------CATC-----T-CAA---------C-TGGA-GAATT-TT--C-T-CAA-CTG-A-AA-TT--TA-TGAAA--TGC-A-ATAACTT-TATT-----T-GCtggc
gi|42 : GTTTGACTTAA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GAGTT-TC--C-T-CAT-CTTGA-AA-TT--TC-TGAAA--TGT-T-ATAA
gi|43 : TTCCACTTAA--------CATT-----G-CAA---------C-TT-------T-TC--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--CT-TGAAA--TGCTT-ATA
gi|44 : ----------AG-A-T---------TTCTG-A---GTTAAGGAATATCTTA-GC-----TTG-AAATG-T---TG--CGGTAAAACttc
gi|45 : tTTG-A---GTTGAGGTAAATCTCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---AAATGAAGC
gi|46 : TTTG-A---GTTGAGGACAATCTCA-AG-----TTG-AGATA-G---T---TAcgagccca
gi|46 : tttTAAC--------TATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTGTC--C-T-CAA-CTC-A-AA-CT--CTATAAAA--ctctataaaa
gi|47 : ttt-A---GTTGAGAAACATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TATTAAAAC
gi|48 : gtTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTGACGT-----TTG-AGATG-G---T---AAGTGAcgac
gi|49 : ggggATCTCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---TGGTGAAAC
gi|5 : gCAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-TAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AAGTT--TT-TGAAA--TGC-T-GTAACTT-CCTT-----T-CCACTGG--TCAT----T--TTG----C-ATAGCAT-CC----CTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATG----TGTTCTTATT---TC-A-ATTATGT-G-TC----------GTC-A------TTT----TG---TAGATTAT----GA-GTTCA-A---------GT-AAT-----------CA------TTT-AGAAA-AAAAT----------AA-A-T---------TCTTG-A---GTTGAGAAATATCTTA-GC-----TTG-AGATA-T---T---TAGTGAAACttgtcgcaag
gi|50 : CAGTTTCATTTAA--------CATC-----T-CAG---------C-TTGA-GATTT-TT--C-T-CA
gi|51 : AAAACCTCC-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|6 : CAGTTTTACTAGT--------TATC-----T-CTA---------T-TTTA-GA-TA-TTA-C-A-AAA-CTC-A-AA-TT--TA-TGAAA--TTC-T-ATAG-TT-TATT-----G-AAATTGC--TCAG----T--TTA----T-ACCATAT-CA----TTTAGCG---A-----------TGAATAAACACGTATTTGTTATGTCT---AC-A-CTTCTGT-G-TG----------ACT-A------TTC--AATA------GTAAT----GA-GTTTA-A---------GA-AA-------------A------TGG-CGAGATAATT------------T-A-T---------TT--------GTTAAG---ATTCTCA-CA-----TTG-AGATG-T---T---TAATGAAACcggccc
gi|7 : aTTTCGCTAAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTGA-GA-TT-TTTTC-T-CAT-CTC-A-A------------------C-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAG----T--TTA----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATT----TATTCGAACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG----------ATT-G------TTT--ATTT---G--GCAAC----AATTTTCA-A---------GT-AGT-----------TG------TTT-AGAGA-AATTG----------AG-A-----------------------TGAGAAATATCTTA-GC-----TCG-AGATA-T---T---TATTGAAACt
gi|8 : AGTTTTACTAAATAGCTCTACATC-----T-CTA---------C-TTAA-GA-TT-TT--CAT-CAA-ATC-A-AA-AT--TT-TGAGAACTGC-T-ATAG-TT-AATA-----T-ACATTGA--TCAA----T--GTC----C-ATGCTAT-CC----TTTACCA---A-----------CG-GTA
gi|9 : cggtcaC-T-ATAATTG-TATT-----TTACATCAAACTTAT----T--T------C-AGGTTAT-CC----TTTACCT---A-----------TGAGTAAAGATA----TGTT---ATTGTATC-G-ATTCTAT-G-TT----------GTT-G------TTTTTAACT---T--GTAACAAGCGA-GGTCC-A---------GC-AAT-----------CA------TTT-AGAAA-AATTG----------AG-A-T---------GTTTA-A---CATGAGGAAAATCTCA-GCTAATATTC-AGGTG-T---T---TAGTAAAtgacttaaaccagagttaacaggtgttttttttaaataagaggaaataacttaaaaaagagagaaatgtat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATGTATTCATTTTATAGATAATGAGTTCAAATTATAATATAGAAAATTTGAAATAATTGGATTGAATTGAATTGGATTGATAG
Unaligned ( gi|39 ): AGTTTCATTATTATTTCAACAGTAGTTTTTCCTCAAATGAACTCTTTGAAATACTCTATGTTTATGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 1 11111111111111 11111111111111111111111111 11
lowQualScore : 55555555 33333 1 666666666 1 1 4 4 77 0 1 1 1 1 1 22 1 22 0 1 1 44 55555 2 33333 66666 22 55555 1 1 3333 222 88888888888 66666 888 333333 1 3 1 1 9999999999 3 444444 22 1 7777777 3 55555 22 1 888888 1 2 22222222222222 1 1 33333333333333333333333333 00 2222 1 1 33333 1 1 222 333
lowQualScore : ........ ..... . ......... . . . . .. . . . . . . .. . .. . . . .. ..... . ..... ..... .. ..... . . .... ... ........... ..... ... ...... . . . . .......... . ...... .. . ....... . ..... .. . ...... . . .............. . . .......................... .. .... . . ..... . . ... ...
lowQualScore : 88888888 88888 5 222222222 5 5 6 6 33 8 5 5 5 5 5 00 4 00 4 4 4 00 55555 9 33333 44444 11 66666 6 6 1111 666 55555555555 00000 444 333333 7 3 5 5 4444444444 2 666666 22 5 6666666 0 00000 77 5 555555 5 5 55555555555555 4 4 11111111111111111111111111 22 6666 0 2 11111 3 3 333 777
consensus : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATG----TGTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG----------GTC-A------TTT--AATG---T--GTAAC----GA-GTTCA-A------GT-AATNA--------------TTT-AGAGA-AATTG----------AG-A-T---------TTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
Reference ( family-22 ) : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATG----TGTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG----------GTC-A------TTT--AATG---T--GTNAC----GA-GTTCA-A------GT-AATNA--------------TTT-AGAGA-AATTG----------AG-A-T---------TTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|1 : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-TA-TT-TT--CCT-CAG-CTC-A-AT-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATT
gi|1 : ----TTTTCTA---A-----------TGAGTTCAGATG----TGTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG----------GTC-A------TTT--AAC----T--GCAAT----GA-GTTCG-A------GT-AATGA--------------TTA-AGAGA-TATTG----------CA-A-A---------TTTTG-A---GTCGAGTAAAATCTCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttctaatgagttcagatgtgttccaacttaaattatttgtggtcatttaactgcaatgagttcgagtaatgattaagagatattgcaaattttgagtcgagtaaaatctcagctttagatgtttagtgaaacctgcccc
gi|10 : cagtttcactaaacatctcaacttgatattttcctcagctcaattttttgaaatgttataacttcatttacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-CTC-A-AA-TT--TT-TTAAA--CAT-T-ATAACTT-AATT-----T-AAATTGA--TAAT----T--TTG----C-ACATTGT-TC----TTAACCA---C-----------AGAATAAGGATG----TGTTCAGACT---CC-A-A-TCTGA-G-TG----------GTC-ATTTTATTTT--AATG---T--GTAAC----AC-TTCCT-G------GT-AATCA--------------TTT-TGAGA-AAATG----------AG-ATT---------TTTTT-A---TTTGCAACATATCTCA-AT-----TTG-AGATctgcccc
gi|11 : gcAA-CTC-A-TA-TT--TT-TCAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----C-GCATTGG--TCAT----T--TT-------------------------CTA---A-------------AGTTGGGATG----TGTTCCAATT---T--A-ATAATGT-G-TG----------GCC-A------GTT--AAAA---T--GTTAT----AA-GTTTATA------AT-AATTATGATAA--------TTT-AGAGA-AATTG----------AA-A-G---------TTTTG-A---GTT---GAAAATCTCA-GC-----TTC-AGACG-T---T---AAGTGAAAta
gi|12 : AATTTCACTAAG--------TATC-----T-CAAACTAACTACC-TTTACGA-TT-TTTCC-T-CAA-CTG-A-CA-TA--TT-TTAAA--T-------AACTG-CATTGT---T-AC-TTG---------------TG----C-ATGTTAT-TA----TTTCTCA---A-----------TGAGTAAA-ATG----T-TTCAGACT----C-ATATCA-GT-G-AA----------GTC-A------TTT--AAAG---T--ATAGC----GA-GTTCA-A------GT-AGTAA--------------TTT-AGAGA-AATTA----------AG-A-gcggt
gi|13 : aCAGGCCCACTAAA--------AATT-----T-TGA---------C-TTGA-TC-TT-TT--CCT-CTA-CTC-A-AA-TA--TT-TAAAA--TGC-T-GTTACCG-CAT--------------A----AT----T--TTG----C-ATGTGTT-CC----ATTACCA---A-----------TGAGTTTATATT----TGTTCCAG------------------G-TG----------GTC-A------TTT--AATG---T--GCAAC----GA-TTTCA-A------GC----TA--------------TCT-AG-GA-----G----------AA-A-T---------TTTTG-A---ATTGAGGAAAATCTCA-GC-----T
gi|14 : AGTTGCATTAAA--------CGTC-----C-CAA---------T-TTGA-GA-TT-TA--C-T-TAA-CTC----A-TT--T-----AT--TGC-T-ATAACTT-TATT-----A-ACA---A------------------------GGTAC-TC----TTGAATA---A-----------TGAGAAAAGA-A----T------AGT---TT-A-ATTTTGT-A-TG----------ATC-A------TTA--ATTG---T--GT-AT----AA-GTTCA-A------GT-TATAA--------------TTT-GTAAA-AA----------------A-T---------T-----A----------------TCA-AC-----TTG-ATATG-C---T---TAATGAAAC
gi|15 : aGTTTCACTTAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTTA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT-CGTT-----T-ATATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGGTAT-TC----TTTGTAA---A-----------TTAGTAAAGATG----TGTTCTGATT---TC-A-GTTATTT-G-TG----------GCC-A------TTG--AATA---G--ATTAC----GA-GCTCA-A------AT-AATCT--------------TTT-AGAGA-AAc
gi|16 : TAACTT-TGTTAAAGAT-ACATTGA--TCAT----TATTCT----C-ATATTAT-CA----TTTACCATTTA-----------TGA--AAAGATG----TGTTAAAACC---TCTA-ACT-TAT-G-TG----------AAC-A------TTT--AATG---T--GTTAT----GA-GTTCA-AGACTTGGT-AATCT--------------TTT-AACGA-AATTC----------AG-G-T---------GTTCA-A---GTT--------TC-CA-GC-----TTGAAAATA-T---T---TGGTGAAACa
gi|17 : --TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT--ATT-----T-ACAGTTA--TCACGTTGT--TTA----CTATACTGT-TCGAAATCTATCA---AGGTTTGAGATTTGAGTAAAGATT----TGGT---------------TTCTGT-G-TG----------GTCAA------TTT--AATA---T--ATTAT----GA-CTTCA-A------GT-AACCA--------------TTT-AGAGT-AATT------------G-A-T---------TTTT-------------------TCA-GC-----ATG-AGATA-T---G---TAGTGAAA
gi|18 : -T-ATAACTT-CATT-----TTGTATGGA--T------------A----C-ATATTAT-CT----TTTGCTA---A-----------TG--TAAAAA-G----TGT-----------C-A-ATACTGT-GATG----------TTA-A------TCT--A-TC---T--GTAAT----CA-GTTGA-T------GT-TATAA--------------TTG-AGAGA-AATTG----------AG-A-TA--------TTTT-------TTAAAGAAAATGTCA-GC-----TTA-AGTTA-T---T---TA
gi|19 : aat----TTT-CTA---A-----------TGAGTTCAGATG----TGTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG----------GTC-A------TTT--AAC----T--GCAAT----GA-GTTCG-A------GT-AATGA--------------TTA-AGAGA-TATTG----------CA-A-A---------TTTTG-A---GTCGAGTAAAATCTCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACcttcaaacgg
gi|2 : AGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CCC-A-AA-TC--TT-TGAAA--GAC-TAATAATTT-TATT-----T-TTAGTGA--TCAT----T--TTG----C-ATTTTAT-TC----TTT-CCA---A-----------TGAAT--ATATA----TGTTATGTTG---TC-A-TTTATGT-G-TGATGGTATGATATCAA------TTT--TGTGTGAT--GTTAT----GA-CGTCA-ATTTTGTGT-GGTCATTTAACGTGTAACATTT-AGAGA-AAGTGATCAAA----AA-A-G---------TT----A---GTTGATGAAAATCTCA-GC-----TTG-ATATG-T---T---TAGTAAAACctgcc
gi|20 : gtcctCAGTTTCAATCAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTCA-GA-TT-TT--CAT-TAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACAT-CATT-----T-ACATTGA--TCAC----T------------TGTCAT-CC----TTTACTA---A-----------CAAGTTAAGATG----TGTTCCAACT---TT-A-ATTTTGT-G-TG----------GTtcgcc
gi|21 : ct--------CATA-----T-CAA---------C-TTGA-AA-AC-TT--CAT-CAA-TTC-A-AG-TT--TT-TGAAG--TGC-T-TAAACCT-TATT-----T---------------------TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGTGTA
gi|21 : TGT-G-TA----------GCC-A------TTT--AATG---T--ATAAC----CA-GTT------------------------------------------AGTTG----------AG-A-----------TTTTG-A---GTTgccatttaatgtataaccagttagttgagattttgagtttttagtaatca
gi|22 : catatcaacttgaaaacttcatcaattcaagtttttgaagtgcttaaaccttatttttgcatgttatcctttaccaaA--------CATT-----T-CAT---------C-TTGA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-C-TA-TT--TT-TGAAC--TGC-T-AT-------ATT-----T-AC--------CAT----T--TTGAATAA-ATATGAT-CT----TTTACGG---A-----------TGTGTAAAGATT----TATTATGACT---TC-tttagtaatca
gi|23 : GTTTCACATAA--------CATC-----T-CAA---------CATTAG-AA-TT-TC--C-T-TGT-CTT-C-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACAA-TATT-----T-ACATTtgtgacttataattat
gi|24 : ccTG----TGTTCCTACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG----------CTC-A------TAT--AATG---T--TTAAT----GA--T------------T-AATTA--------------CTTAAGAGA-AATGG----------AG-A---------------A-A---AC--ATGAAAATCTCA-GC-----TTG-TGACG-T---T---TAGTCAAAcaagttgagtgaggattttatctttatatagtcatcaaatgtg
gi|25 : GTTTCGTTAAA--------TATT-----T-TAA---------C-CTGA-GA-TT-TG--C---CAA-CTC-A-AC-TT--TT-TGGAA----C-T-ATAACTTGTATA-----T-AAATTGT--TCAT----G--CCG----A-ACGCTAT-CC----TTGACCA---A-----------TGAACCAACACT----TGTTatgaaactggct
gi|26 : cCAGTTTCAGTAAA--------CATC-----A-CAA---------C-TTGA-GA-AT-TT--C-T-CAA-CTC-ATAG-TT--GT-TAA----------ATAATTT-CATT-----A-ACGTTGT--CCAA----G--TTG----A-ATGTTGT-CC-----TTATTA---A-----------TCACTAGAGCTT----TGTTCC
gi|27 : GTTCTGACT---TC-A-ATTTTGT-G-TG----------GTC-A------TAT--A---------GTTAT--------CTAA-A------GT-AATGA--------------TTT-AGAGA-AATAG----------AG-A-T---------TTTTT-A---GTTTGGGACAATCTTA-AC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTAGAAC
gi|28 : g--TTAT----T--TTC----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAGAAATG----T-------------T-A---TACGTAG-TG----------GTC-A------TTT--ACTG---A--CTAGT----GA-GTTCA-A------GT-TATCA--------------TTT-AGAGA-AGTAT----------AG-A-T---------TTTTcaac
gi|29 : GT-G-TG----------GTG-A------TTT--AATA---T--GTTTT----AA-CTTCA-A------ATAAATCA--------------TTT-AGA-------C----------AG-A-T---------TTTTA-ACTGGTTGTGGAAAACCTCA-GA-----TTG-AGACG-T---T---TGGTGAA
gi|3 : acTCTCATTAAA--------CATTAATTTT-CAA---------C-TTCA-GA-TT-TT--C-T-TTGTCTC-A-AA-TA--TT-TTAAG--TGC-T-ATAAATT-CATT-----T-ACATTTA--TTAT----T--TTG----C-ATGTTATCCC----TTTTCTA---A-----------TGAGTAAAAAT-----TGTTCCGACT---TC-A-ATTCTGT-A-TA----------GTC-A------TTT--AATG---T--GTAAC----GA-ATTTA-A------AC-AGTTG--------------TTT-AGGGT-AATTG----------AA-A-T---------TTTT-------T--AGGGAAATCTTA-GT-----TTA-AGATA-T---T---TGTTGAAACgtcggtct
gi|30 : cctgt---TT-A-ATTTTGT-G-TG----------GCC-A------TTC--AATG------------------------A------GT-AATGC--------------TCT-AAAGC-AATTG----------AT-A-A---------TTTT--A---GTGGCTGAAAACATCA-AC-----TTG-AGATG-T---A---TTGTGAAAtggac
gi|31 : TTTTACTAAA--------CTTT-----TGCAA---------C-ATGA-GA-TT-TT--C--------------A-TTGGTT-T-AAA--T--------ACTT-TATC-----T-ACATCGA--CCAA----T--TTT----C-GTGTTAT-CT----TTTGCCA---A-----------TGAATAAttggcc
gi|32 : tT-G-TG----------ATC-A------TTT--AATA---T--GTT--------------------------ATCA--------------TTT-AGAGG-TATTG----------AG-A-A---------TTTTATA---GTCAAACAAATTCTCA-CC---------AGATGTT---T---TAGTGAAAC
gi|33 : ttCAGTTTCACTAGA--------TATC-----T-CAA---------T-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CAG-A-AA-CC--TT-GGAAG--T-----------------------------------------T--TTA----C-ATGTTAT-AC----TTTACCA---AT----------TGAGTAAtaaccccaa
gi|34 : cctTGAGGAAAATTTCA-AC-----TTG-AGACG-T---T---AAGTGcg
gi|36 : TTAT----GA-GTTCA-A------G---------------------------AAA-AACTG----------AATA-T---------TTTT--A---GTTGATGAAAATCTCT-AC-----TTG-AGATG-A---T---AAGTGAAACttataaacatttgacatgcggttactttatttattttgatagttatgcaagttattc
gi|37 : gaTGA--------------TTT-AGAGA-AATTT----------A--A-T---------TTTTA-A----TTAAAGAAAATCTTA-GC-----CT--AGATG-T---T---AAGAGAAACcgagccc
gi|38 : atgagttTT-----T-CAA---------G-TTGA-GC-TT-TC--C-TTCAA-TTC-A-AA-CT--TT-TGAAA--TGC-T-ATATCTT-TGTT-----A-AAATGGA--TCAT----T--ATG----agggcc
gi|4 : AGA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GA-TT-TTA-C-A-CCA-CAT-A-AA-CG--TT-TGCAA--TGC-T-AAAACTT-AATA-----T-ACATTGA--T-ATG---T--TTA----C-ATGTTGT-CC----TTAACCA---A----------------AGAAAT-----TGCCCAGACC---GC---TTTTTGT-T-TGTTT-------GTT-A------CTT--A---------CTAAT----GA-GATTG-A------GT-AATAA--------------TTT-AGAGA-AATTATTATTATTATAA-A-TATATTTATATTTTT-A---GTTGGGGTGTGTCTCG-GC-----TTG-AGATG-T---C---TTGTGAAGCata
gi|40 : cTTCA-A------GT-TATAA--------------TTT-AGAGA-AATTG----------A-----------------------------GGAAAATCTTC-GC-----TTG-AGATG-TACATGTATAATGAAACc
gi|41 : TAAT--------CATC-----T-CAA---------C-TGGA-GAATT-TT--C-T-CAA-CTG-A-AA-TT--TA-TGAAA--TGC-A-ATAACTT-TATT-----T-GCtggc
gi|42 : GTTTGACTTAA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GAGTT-TC--C-T-CAT-CTTGA-AA-TT--TC-TGAAA--TGT-T-ATAA
gi|43 : TTCCACTTAA--------CATT-----G-CAA---------C-TT-------T-TC--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--CT-TGAAA--TGCTT-ATA
gi|44 : ----------AG-A-T---------TTCTG-A---GTTAAGGAATATCTTA-GC-----TTG-AAATG-T---TG--CGGTAAAACttc
gi|45 : tTTG-A---GTTGAGGTAAATCTCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---AAATGAAGC
gi|46 : TTTG-A---GTTGAGGACAATCTCA-AG-----TTG-AGATA-G---T---TAcgagccca
gi|46 : tttTAAC--------TATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTGTC--C-T-CAA-CTC-A-AA-CT--CTATAAAA--ctctataaaa
gi|47 : ttt-A---GTTGAGAAACATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TATTAAAAC
gi|48 : gtTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTGACGT-----TTG-AGATG-G---T---AAGTGAcgac
gi|49 : ggggATCTCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---TGGTGAAAC
gi|5 : gCAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-TAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AAGTT--TT-TGAAA--TGC-T-GTAACTT-CCTT-----T-CCACTGG--TCAT----T--TTG----C-ATAGCAT-CC----CTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATG----TGTTCTTATT---TC-A-ATTATGT-G-TC----------GTC-A------TTT----TG---TAGATTAT----GA-GTTCA-A------GT-AATCA--------------TTT-AGAAA-AAAAT----------AA-A-T---------TCTTG-A---GTTGAGAAATATCTTA-GC-----TTG-AGATA-T---T---TAGTGAAACttgtcgcaag
gi|50 : CAGTTTCATTTAA--------CATC-----T-CAG---------C-TTGA-GATTT-TT--C-T-CA
gi|51 : AAAACCTCC-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|6 : CAGTTTTACTAGT--------TATC-----T-CTA---------T-TTTA-GA-TA-TTA-C-A-AAA-CTC-A-AA-TT--TA-TGAAA--TTC-T-ATAG-TT-TATT-----G-AAATTGC--TCAG----T--TTA----T-ACCATAT-CA----TTTAGCG---A-----------TGAATAAACACGTATTTGTTATGTCT---AC-A-CTTCTGT-G-TG----------ACT-A------TTC--AATA------GTAAT----GA-GTTTA-A------GA-AA--A--------------TGG-CGAGATAATT------------T-A-T---------TT--------GTTAAG---ATTCTCA-CA-----TTG-AGATG-T---T---TAATGAAACcggccc
gi|7 : aTTTCGCTAAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTGA-GA-TT-TTTTC-T-CAT-CTC-A-A------------------C-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAG----T--TTA----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATT----TATTCGAACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG----------ATT-G------TTT--ATTT---G--GCAAC----AATTTTCA-A------GT-AGTTG--------------TTT-AGAGA-AATTG----------AG-A-----------------------TGAGAAATATCTTA-GC-----TCG-AGATA-T---T---TATTGAAACt
gi|8 : AGTTTTACTAAATAGCTCTACATC-----T-CTA---------C-TTAA-GA-TT-TT--CAT-CAA-ATC-A-AA-AT--TT-TGAGAACTGC-T-ATAG-TT-AATA-----T-ACATTGA--TCAA----T--GTC----C-ATGCTAT-CC----TTTACCA---A-----------CG-GTA
gi|9 : cggtcaC-T-ATAATTG-TATT-----TTACATCAAACTTAT----T--T------C-AGGTTAT-CC----TTTACCT---A-----------TGAGTAAAGATA----TGTT---ATTGTATC-G-ATTCTAT-G-TT----------GTT-G------TTTTTAACT---T--GTAACAAGCGA-GGTCC-A------GC-AATCA--------------TTT-AGAAA-AATTG----------AG-A-T---------GTTTA-A---CATGAGGAAAATCTCA-GCTAATATTC-AGGTG-T---T---TAGTAAAtgacttaaaccagagttaacaggtgttttttttaaataagaggaaataacttaaaaaagagagaaatgtat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATGTATTCATTTTATAGATAATGAGTTCAAATTATAATATAGAAAATTTGAAATAATTGGATTGAATTGAATTGGATTGATAG
Unaligned ( gi|39 ): AGTTTCATTATTATTTCAACAGTAGTTTTTCCTCAAATGAACTCTTTGAAATACTCTATGTTTATGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 1 1111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555 33333 1 666666666 1 1 4 4 77 0 1 1 1 1 1 22 1 22 0 1 1 55 55555 2 33333 66666 22 55555 1 1 3333 222 88888888888 2 3333 888 333333 1 3 1 1 222 22 1 444444 3333 22 222 555555 888888 33333 44 1 888888 1 2 444444 88888888888888 1 1 4444444444444444444444444 9999999 1 1 33333 1 1 222 333
lowQualScore : ........ ..... . ......... . . . . .. . . . . . . .. . .. . . . .. ..... . ..... ..... .. ..... . . .... ... ........... . .... ... ...... . . . . ... .. . ...... .... .. ... ...... ...... ..... .. . ...... . . ...... .............. . . ......................... ....... . . ..... . . ... ...
lowQualScore : 88888888 88888 5 222222222 5 5 6 6 33 8 5 5 5 5 5 00 4 00 4 4 4 22 55555 9 33333 44444 11 66666 6 6 1111 666 55555555555 4 4444 444 333333 7 3 5 5 777 11 6 666666 4444 22 888 000000 000000 77777 22 5 888888 5 0 333333 77777777777777 4 4 4444444444444444444444444 3333333 0 2 11111 3 3 333 777
consensus : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG---GT--C-A------T----TT--AA---TGTG---TA-----AC----GA-GTTCA-A------GT-AATNAT------T--------------T-AGAGA-AATTG----------AG-A-T---------TTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
Reference ( family-22 ) : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG---GT--C-A------T----TT--AA---TGTG---TA-----AC----GA-GTTCA-A------GT-AATNAT------T--------------T-AGAGA-AATTG----------AG-A-T---------TTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|1 : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-TA-TT-TT--CCT-CAG-CTC-A-AT-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATT
gi|1 : ----TTTTCTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG---GT--C-A------T----TT--AA---C-TG---CA-----AT----GA-GTTCG-A------GT-AATGAT------T--------------A-AGAGA-TATTG----------CA-A-A---------TTTTG-A---GTCGAGTAAAATCTCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttctaatgagttcagatgtgttccaacttaaattatttgtggtcatttaactgcaatgagttcgagtaatgattaagagatattgcaaattttgagtcgagtaaaatctcagctttagatgtttagtgaaacctgcccc
gi|10 : cagtttcactaaacatctcaacttgatattttcctcagctcaattttttgaaatgttataacttcatttacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-CTC-A-AA-TT--TT-TTAAA--CAT-T-ATAACTT-AATT-----T-AAATTGA--TAAT----T--TTG----C-ACATTGT-TC----TTAACCA---C-----------AGAATAAGGATGT----GTTCAGACT---CC-A-A-TCTGA-G-TG---GT--C-ATTTTATT----TT--AA---TGTG---TA-----AC----AC-TTCCT-G------GT-AATCAT------T--------------T-TGAGA-AAATG----------AG-ATT---------TTTTT-A---TTTGCAACATATCTCA-AT-----TTG-AGATctgcccc
gi|11 : gcAA-CTC-A-TA-TT--TT-TCAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----C-GCATTGG--TCAT----T--TT-------------------------CTA---A-------------AGTTGGGATGT----GTTCCAATT---T--A-ATAATGT-G-TG---GC--C-A------G----TT--AA---AATG---TT-----AT----AA-GTTTATA------AT-AATTATGATAATT--------------T-AGAGA-AATTG----------AA-A-G---------TTTTG-A---GTT---GAAAATCTCA-GC-----TTC-AGACG-T---T---AAGTGAAAta
gi|12 : AATTTCACTAAG--------TATC-----T-CAAACTAACTACC-TTTACGA-TT-TTTCC-T-CAA-CTG-A-CA-TA--TT-TTAAA--T-------AACTG-CATTGT---T-AC-TTG---------------TG----C-ATGTTAT-TA----TTTCTCA---A-----------TGAGTAAA-ATGT-----TTCAGACT----C-ATATCA-GT-G-AA---GT--C-A------T----TT--AA---AGTA---TA-----GC----GA-GTTCA-A------GT-AGTAAT------T--------------T-AGAGA-AATTA----------AG-A-gcggt
gi|13 : aCAGGCCCACTAAA--------AATT-----T-TGA---------C-TTGA-TC-TT-TT--CCT-CTA-CTC-A-AA-TA--TT-TAAAA--TGC-T-GTTACCG-CAT--------------A----AT----T--TTG----C-ATGTGTT-CC----ATTACCA---A-----------TGAGTTTATATTT----GTTCCAG------------------G-TG---GT--C-A------T----TT--AA---TGTG---CA-----AC----GA-TTTCA-A------GC----TAT------C--------------T-AG-GA-----G----------AA-A-T---------TTTTG-A---ATTGAGGAAAATCTCA-GC-----T
gi|14 : AGTTGCATTAAA--------CGTC-----C-CAA---------T-TTGA-GA-TT-TA--C-T-TAA-CTC----A-TT--T-----AT--TGC-T-ATAACTT-TATT-----A-ACA---A------------------------GGTAC-TC----TTGAATA---A-----------TGAGAAAAGA-AT----------AGT---TT-A-ATTTTGT-A-TG---AT--C-A------T----TA--AT---TGTG---T------AT----AA-GTTCA-A------GT-TATAAT------T--------------T-GTAAA-AA----------------A-T---------T-----A----------------TCA-AC-----TTG-ATATG-C---T---TAATGAAAC
gi|15 : aGTTTCACTTAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTTA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT-CGTT-----T-ATATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGGTAT-TC----TTTGTAA---A-----------TTAGTAAAGATGT----GTTCTGATT---TC-A-GTTATTT-G-TG---GC--C-A------T----TG--AA---TAGA---TT-----AC----GA-GCTCA-A------AT-AATCTT------T--------------T-AGAGA-AAc
gi|16 : TAACTT-TGTTAAAGAT-ACATTGA--TCAT----TATTCT----C-ATATTAT-CA----TTTACCATTTA-----------TGA--AAAGATGT----GTTAAAACC---TCTA-ACT-TAT-G-TG---AA--C-A------T----TT--AA---TGTG---TT-----AT----GA-GTTCA-AGACTTGGT-AATCTT------T--------------T-AACGA-AATTC----------AG-G-T---------GTTCA-A---GTT--------TC-CA-GC-----TTGAAAATA-T---T---TGGTGAAACa
gi|17 : --TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT--ATT-----T-ACAGTTA--TCACGTTGT--TTA----CTATACTGT-TCGAAATCTATCA---AGGTTTGAGATTTGAGTAAAGATTT----GGT---------------TTCTGT-G-TG---GT--CAA------T----TT--AA---TATA---TT-----AT----GA-CTTCA-A------GT-AACCAT------T--------------T-AGAGT-AATT------------G-A-T---------TTTT-------------------TCA-GC-----ATG-AGATA-T---G---TAGTGAAA
gi|18 : -T-ATAACTT-CATT-----TTGTATGGA--T------------A----C-ATATTAT-CT----TTTGCTA---A-----------TG--TAAAAA-GT----GT-----------C-A-ATACTGT-GATG---TT--A-A------T----CT--A----TCTG---TA-----AT----CA-GTTGA-T------GT-TATAAT------T--------------G-AGAGA-AATTG----------AG-A-TA--------TTTT-------TTAAAGAAAATGTCA-GC-----TTA-AGTTA-T---T---TA
gi|19 : aat----TTT-CTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG---GT--C-A------T----TT--AA---C-TG---CA-----AT----GA-GTTCG-A------GT-AATGAT------T--------------A-AGAGA-TATTG----------CA-A-A---------TTTTG-A---GTCGAGTAAAATCTCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACcttcaaacgg
gi|2 : AGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CCC-A-AA-TC--TT-TGAAA--GAC-TAATAATTT-TATT-----T-TTAGTGA--TCAT----T--TTG----C-ATTTTAT-TC----TTT-CCA---A-----------TGAAT--ATATAT----GTTATGTTG---TC-A-TTTATGT-G-TG---ATGGT-A------TGATATC--AATTTTGTG---TGATGTTAT----GA-CGTCA-ATTTTGTGT-GGTCAT------TTAACGTGTAACATTT-AGAGA-AAGTGATCAAA----AA-A-G---------TT----A---GTTGATGAAAATCTCA-GC-----TTG-ATATG-T---T---TAGTAAAACctgcc
gi|20 : gtcctCAGTTTCAATCAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTCA-GA-TT-TT--CAT-TAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACAT-CATT-----T-ACATTGA--TCAC----T------------TGTCAT-CC----TTTACTA---A-----------CAAGTTAAGATGT----GTTCCAACT---TT-A-ATTTTGT-G-TG---GT--tcgcc
gi|21 : ct--------CATA-----T-CAA---------C-TTGA-AA-AC-TT--CAT-CAA-TTC-A-AG-TT--TT-TGAAG--TGC-T-TAAACCT-TATT-----T---------------------TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGTGTA
gi|21 : TGT-G-TA---GC--C-A------T----TT--AA---TGTA---TA-----AC----CA-GTT------------------------------------------------AGTTG----------AG-A-----------TTTTG-A---GTTgccatttaatgtataaccagttagttgagattttgagtttttagtaatca
gi|22 : catatcaacttgaaaacttcatcaattcaagtttttgaagtgcttaaaccttatttttgcatgttatcctttaccaaA--------CATT-----T-CAT---------C-TTGA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-C-TA-TT--TT-TGAAC--TGC-T-AT-------ATT-----T-AC--------CAT----T--TTGAATAA-ATATGAT-CT----TTTACGG---A-----------TGTGTAAAGATTT----ATTATGACT---TC-tttagtaatca
gi|23 : GTTTCACATAA--------CATC-----T-CAA---------CATTAG-AA-TT-TC--C-T-TGT-CTT-C-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACAA-TATT-----T-ACATTtgtgacttataattat
gi|24 : ccTGT----GTTCCTACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG---CT--C-A------T----AT--AA---TGTT---TA-----AT----GA--T------------T-AATTAC------T--------------TAAGAGA-AATGG----------AG-A---------------A-A---AC--ATGAAAATCTCA-GC-----TTG-TGACG-T---T---TAGTCAAAcaagttgagtgaggattttatctttatatagtcatcaaatgtg
gi|25 : GTTTCGTTAAA--------TATT-----T-TAA---------C-CTGA-GA-TT-TG--C---CAA-CTC-A-AC-TT--TT-TGGAA----C-T-ATAACTTGTATA-----T-AAATTGT--TCAT----G--CCG----A-ACGCTAT-CC----TTGACCA---A-----------TGAACCAACACTT----GTTatgaaactggct
gi|26 : cCAGTTTCAGTAAA--------CATC-----A-CAA---------C-TTGA-GA-AT-TT--C-T-CAA-CTC-ATAG-TT--GT-TAA----------ATAATTT-CATT-----A-ACGTTGT--CCAA----G--TTG----A-ATGTTGT-CC-----TTATTA---A-----------TCACTAGAGCTTT----GTTCC
gi|27 : ----GTTCTGACT---TC-A-ATTTTGT-G-TG---GT--C-A------T----AT--AG---T------TA-----TC----TA-----A-A------GT-AATGAT------T--------------T-AGAGA-AATAG----------AG-A-T---------TTTTT-A---GTTTGGGACAATCTTA-AC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTAGAAC
gi|28 : g--TTAT----T--TTC----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAGAAATGT-----------------T-A---TACGTAG-TG---GT--C-A------T----TT--AC---TGAC---TA-----GT----GA-GTTCA-A------GT-TATCAT------T--------------T-AGAGA-AGTAT----------AG-A-T---------TTTTcaac
gi|29 : GT-G-TG---GT--G-A------T----TT--AA---TATGTTTTA-----AC--------TTCA-A------ATAAATCAT------T--------------T-AGA-------C----------AG-A-T---------TTTTA-ACTGGTTGTGGAAAACCTCA-GA-----TTG-AGACG-T---T---TGGTGAA
gi|3 : acTCTCATTAAA--------CATTAATTTT-CAA---------C-TTCA-GA-TT-TT--C-T-TTGTCTC-A-AA-TA--TT-TTAAG--TGC-T-ATAAATT-CATT-----T-ACATTTA--TTAT----T--TTG----C-ATGTTATCCC----TTTTCTA---A-----------TGAGTAAAAAT-T----GTTCCGACT---TC-A-ATTCTGT-A-TA---GT--C-A------T----TT--AA---TGTG---TA-----AC----GA-ATTTA-A------AC-AGTTGT------T--------------T-AGGGT-AATTG----------AA-A-T---------TTTT-------T--AGGGAAATCTTA-GT-----TTA-AGATA-T---T---TGTTGAAACgtcggtct
gi|30 : cctgt---TT-A-ATTTTGT-G-TG---GC--C-A------T----TC--AA---TG---------------------------A------GT-AATGCT------C--------------T-AAAGC-AATTG----------AT-A-A---------TTTT--A---GTGGCTGAAAACATCA-AC-----TTG-AGATG-T---A---TTGTGAAAtggac
gi|31 : TTTTACTAAA--------CTTT-----TGCAA---------C-ATGA-GA-TT-TT--C--------------A-TTGGTT-T-AAA--T--------ACTT-TATC-----T-ACATCGA--CCAA----T--TTT----C-GTGTTAT-CT----TTTGCCA---A-----------TGAATAAttggcc
gi|32 : tT-G-TG---AT--C-A------T----TT--AA---TATG---T-----------------------------T-A-TCAT------T--------------T-AGAGG-TATTG----------AG-A-A---------TTTTATA---GTCAAACAAATTCTCA-CC---------AGATGTT---T---TAGTGAAAC
gi|33 : ttCAGTTTCACTAGA--------TATC-----T-CAA---------T-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CAG-A-AA-CC--TT-GGAAG--T-----------------------------------------T--TTA----C-ATGTTAT-AC----TTTACCA---AT----------TGAGTAAtaaccccaa
gi|34 : cctTGAGGAAAATTTCA-AC-----TTG-AGACG-T---T---AAGTGcg
gi|36 : -AGAAA-AACTG----------AATA-T---------TTTT--A---GTTGATGAAAATCTCT-AC-----TTG-AGATG-A---T---AAGTGAAACttataaacatttgacatgcggttactttatttattttgatagttatgcaagttattc
gi|37 : gattatgagttcaTGAT------T--------------T-AGAGA-AATTT----------A--A-T---------TTTTA-A----TTAAAGAAAATCTTA-GC-----CT--AGATG-T---T---AAGAGAAACcgagccc
gi|38 : atgagttTT-----T-CAA---------G-TTGA-GC-TT-TC--C-TTCAA-TTC-A-AA-CT--TT-TGAAA--TGC-T-ATATCTT-TGTT-----A-AAATGGA--TCAT----T--ATG----agggcc
gi|4 : AGA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GA-TT-TTA-C-A-CCA-CAT-A-AA-CG--TT-TGCAA--TGC-T-AAAACTT-AATA-----T-ACATTGA--T-ATG---T--TTA----C-ATGTTGT-CC----TTAACCA---A----------------AGAAAT-T----GCCCAGACC---GC---TTTTTGT-T-TGTTTGT--T-A------C----TT--A-------C---TA-----AT----GA-GATTG-A------GT-AATAAT------T--------------T-AGAGA-AATTATTATTATTATAA-A-TATATTTATATTTTT-A---GTTGGGGTGTGTCTCG-GC-----TTG-AGATG-T---C---TTGTGAAGCata
gi|40 : cTTCA-A------GT-TATAAT------T--------------T-AGAGA-AATTG----------A-----------------------------GGAAAATCTTC-GC-----TTG-AGATG-TACATGTATAATGAAACc
gi|41 : TAAT--------CATC-----T-CAA---------C-TGGA-GAATT-TT--C-T-CAA-CTG-A-AA-TT--TA-TGAAA--TGC-A-ATAACTT-TATT-----T-GCtggc
gi|42 : GTTTGACTTAA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GAGTT-TC--C-T-CAT-CTTGA-AA-TT--TC-TGAAA--TGT-T-ATAA
gi|43 : TTCCACTTAA--------CATT-----G-CAA---------C-TT-------T-TC--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--CT-TGAAA--TGCTT-ATA
gi|44 : ----------AG-A-T---------TTCTG-A---GTTAAGGAATATCTTA-GC-----TTG-AAATG-T---TG--CGGTAAAACttc
gi|45 : tTTG-A---GTTGAGGTAAATCTCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---AAATGAAGC
gi|46 : TTTG-A---GTTGAGGACAATCTCA-AG-----TTG-AGATA-G---T---TAcgagccca
gi|46 : tttTAAC--------TATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTGTC--C-T-CAA-CTC-A-AA-CT--CTATAAAA--ctctataaaa
gi|47 : ttt-A---GTTGAGAAACATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TATTAAAAC
gi|48 : gtTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTGACGT-----TTG-AGATG-G---T---AAGTGAcgac
gi|49 : ggggATCTCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---TGGTGAAAC
gi|5 : gCAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-TAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AAGTT--TT-TGAAA--TGC-T-GTAACTT-CCTT-----T-CCACTGG--TCAT----T--TTG----C-ATAGCAT-CC----CTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCTTATT---TC-A-ATTATGT-G-TC---GT--C-A------T----TT---------TG---TAGATT-AT----GA-GTTCA-A------GT-AATCAT------T--------------T-AGAAA-AAAAT----------AA-A-T---------TCTTG-A---GTTGAGAAATATCTTA-GC-----TTG-AGATA-T---T---TAGTGAAACttgtcgcaag
gi|50 : CAGTTTCATTTAA--------CATC-----T-CAG---------C-TTGA-GATTT-TT--C-T-CA
gi|51 : AAAACCTCC-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|6 : CAGTTTTACTAGT--------TATC-----T-CTA---------T-TTTA-GA-TA-TTA-C-A-AAA-CTC-A-AA-TT--TA-TGAAA--TTC-T-ATAGTTT--ATT-----G-AAATTGC--TCAG----T--TTA----T-ACCATAT-CA----TTTAGCG---A-----------TGAATAAACACGTATTTGTTATGTCT---AC-A-CTTCTGT-G-TG---AC--T-A------T----TC--AA---TA-G---TA-----AT----GA-GTTTA-A------GA-AA--AT------G--------------G-CGAGATAATTT----------A---------------TTTG------TTAAG---ATTCTCA-CA-----TTG-AGATG-T---T---TAATGAAACcggccc
gi|7 : aTTTCGCTAAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTGA-GA-TT-TTTTC-T-CAT-CTC-A-A------------------C-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAG----T--TTA----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATTT----ATTCGAACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG---AT--T-G------T----TT--AT---TTGG---CA-----AC----AATTTTCA-A------GT-AGTTGT------T--------------T-AGAGA-AATTG----------AG-A-----------------------TGAGAAATATCTTA-GC-----TCG-AGATA-T---T---TATTGAAACt
gi|8 : AGTTTTACTAAATAGCTCTACATC-----T-CTA---------C-TTAA-GA-TT-TT--CAT-CAA-ATC-A-AA-AT--TT-TGAGAACTGC-T-ATAG-TT-AATA-----T-ACATTGA--TCAA----T--GTC----C-ATGCTAT-CC----TTTACCA---A-----------CG-GTA
gi|9 : cggtcaC-T-ATAATTG-TATT-----TTACATCAAACTTAT----T--T------C-AGGTTAT-CC----TTTACCT---A-----------TGAGTAAAGATAT----GTT---ATTGTATC-G-ATTCTAT-G-TT---GT--T-G------T----TTTTAA---CTTG---TA-----ACAAGCGA-GGTCC-A------GC-AATCAT------T--------------T-AGAAA-AATTG----------AG-A-T---------GTTTA-A---CATGAGGAAAATCTCA-GCTAATATTC-AGGTG-T---T---TAGTAAAtgacttaaaccagagttaacaggtgttttttttaaataagaggaaataacttaaaaaagagagaaatgtat
blockSeqs : TAGCTCTA AATTT G ACTAACTAC A C A C TC C T T G T G GG A AC T A GT AAAGA T AACTT CGTTG AT GAATA T C GAAA TTT GGTTTGAGATT G ATTT CAG GTATC T C A A TTT GG A TTTTAT GATA TT TTT ATGTTT GATGTT CAAGC TT T GACTTG A C GATAAT TAACGTGTAACATT A T TTATTATTATAAATATATTTATA AACTGG G C TAATA A T ACA GTA
blockSeqs : . . . . . . G C TT C . . . . . . . . . . A GT T GTC TG . G . . . . T G . CCA TCT . A . . . . . . . . . GTG AGATT C T . TTTTGT . T . . . . ATCAAAAAAG ATAG G . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . T G A A . . . . . . . . . . C . . ATC T . G . . . . . G . CAG CC . A . . . . . . . . . ATG A T G . . . A . . . . AGATT TAT A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . C . . ATC T . G . . . . . T . CCA TT . T . . . . . . . . . GTA T C G . . . T . . . . AGATA GAG G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C . . ATC T . T . . . . . A . CTG TC . A . . . . . . . . . GTG A C T . . . A . . . . AATAT GAA G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T . . ATC T . A . . . . . G . AAA TA . C . . . . . . . . . GTG A T G . . . C . . . . AAAG AAG T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . ATC T . A . . . . . G . CCA TC . C . . . . . . . . . AGA T C G . . . C . . . . AAAT GAG G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . TTC C . G . . . . . T . ATG TT . A . . . . . . . . . GTG T T G . . . C . . . . AGGT GAG G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . TCC T . G . . . . . G . CCA TC . A . . . . . . . . . ATA T T C . . . A . . . . CAAA AAA A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . ATT T . G . . . . . G . ATG TC . T . . . . . . . . . CTG A T G . . . G . . . . AGAT TAG G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . ACC A . G . . . . . A . CCT TC . C . . . . . . . . . GTG A T G . . . C . . . . AGAT TAG G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . ATC T . C . . . . . G . CTG TC . T . . . . . . . . . GTA A T C . . . T . . . . AGAT GAG A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . GTC T . G . . . . . T . CCG TT . A . . . . . . . . . GTT A C G . . . G . . . . AAAT GAG G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . CTC A . T . . . . . G . CAG GC . C . . . . . . . . . GAC A T G . . . C . . . . ATAA GAG A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . ATC T . A . . . . . T . CTT TC . T . . . . . . . . . GTG A C A . . . C . . . . AGAA GAG G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . ATC T . G . . . . . T . ATG AC . T . . . . . . . . . ATG A T G . . . T . . . . AGAT GAG G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . AT G . A . . . . . G . CGA TC . A . . . . . . . . . TGG A C G . . . G . . . . AAAT AAC G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . AT G . G . . . . . G . . T . C . . . . . . . . . TTG A C G . . . C . . . . AGAT AG G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A A . A . . . . . G . . C . C . . . . . . . . . TG A T G . . . G . . . . GAT AG G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . A T . A . . . . . T . . C . C . . . . . . . . . TG A T . . . . A . . . . AGA AG A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . C . . C . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . AG A T . . . . A . . . . AGA AA G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . C . . . . C . . . . AAT A G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . T . . . . AGA G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : GTG***
originalCons : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG---GT--C-A------T----TT--AA---TGTG---TA-----AC----GA-GTTCA-A------GT-AATNAT------T--------------T-AGAGA-AATTG----------AG-A-T---------TTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
finalCons : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG---GT--C-A------T----TT--AA---TGTG---TA-----AC----GA-GTTCA-A------GT-AATNAT------T--------------T-AGAGA-AATTG----------AG-A-T---------TTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATGTATTCATTTTATAGATAATGAGTTCAAATTATAATATAGAAAATTTGAAATAATTGGATTGAATTGAATTGGATTGATAG
Unaligned ( gi|39 ): AGTTTCATTATTATTTCAACAGTAGTTTTTCCTCAAATGAACTCTTTGAAATACTCTATGTTTATGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 1 1111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555 33333 1 666666666 1 1 4 4 77 0 1 1 1 1 1 22 1 22 0 1 1 55 55555 2 33333 66666 22 55555 1 1 3333 222 88888888888 2 3333 888 333333 1 3 1 1 222 22 1 444444 3333 22 222 555555 888888 33333 44 1 888888 1 2 444444 88888888888888 1 1 4444444444444444444444444 9999999 1 1 33333 1 1 222 333
lowQualScore : ........ ..... . ......... . . . . .. . . . . . . .. . .. . . . .. ..... . ..... ..... .. ..... . . .... ... ........... . .... ... ...... . . . . ... .. . ...... .... .. ... ...... ...... ..... .. . ...... . . ...... .............. . . ......................... ....... . . ..... . . ... ...
lowQualScore : 88888888 88888 5 222222222 5 5 6 6 33 8 5 5 5 5 5 00 4 00 4 4 4 22 55555 9 33333 44444 11 66666 6 6 1111 666 55555555555 4 4444 444 333333 7 3 5 5 777 11 6 666666 4444 22 888 000000 000000 77777 22 5 888888 5 0 333333 77777777777777 4 4 4444444444444444444444444 3333333 0 2 11111 3 3 333 777
consensus : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG---GT--C-A------T----TT--AA---TGTG---TA-----AC----GA-GTTCA-A------GT-AATNAT------T--------------T-AGAGA-AATTG----------AG-A-T---------TTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
Reference ( family-22 ) : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCCGACT---TC-A-ATTNTGT-G-TG---GT--C-A------T----TT--AA---TGTG---TA-----AC----GA-GTTCA-A------GT-AATNAT------T--------------T-AGAGA-AATTG----------AG-A-T---------TTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|1 : CAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-TA-TT-TT--CCT-CAG-CTC-A-AT-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATT
gi|1 : ----TTTTCTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG---GT--C-A------T----TT--AA---C-TG---CA-----AT----GA-GTTCG-A------GT-AATGAT------T--------------A-AGAGA-TATTG----------CA-A-A---------TTTTG-A---GTCGAGTAAAATCTCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttctaatgagttcagatgtgttccaacttaaattatttgtggtcatttaactgcaatgagttcgagtaatgattaagagatattgcaaattttgagtcgagtaaaatctcagctttagatgtttagtgaaacctgcccc
gi|10 : cagtttcactaaacatctcaacttgatattttcctcagctcaattttttgaaatgttataacttcatttacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-CTC-A-AA-TT--TT-TTAAA--CAT-T-ATAACTT-AATT-----T-AAATTGA--TAAT----T--TTG----C-ACATTGT-TC----TTAACCA---C-----------AGAATAAGGATGT----GTTCAGACT---CC-A-A-TCTGA-G-TG---GT--C-ATTTTATT----TT--AA---TGTG---TA-----AC----AC-TTCCT-G------GT-AATCAT------T--------------T-TGAGA-AAATG----------AG-ATT---------TTTTT-A---TTTGCAACATATCTCA-AT-----TTG-AGATctgcccc
gi|11 : gcAA-CTC-A-TA-TT--TT-TCAAA--TGC-T-ATAACTT-CATT-----C-GCATTGG--TCAT----T--TT-------------------------CTA---A-------------AGTTGGGATGT----GTTCCAATT---T--A-ATAATGT-G-TG---GC--C-A------G----TT--AA---AATG---TT-----AT----AA-GTTTATA------AT-AATTATGATAATT--------------T-AGAGA-AATTG----------AA-A-G---------TTTTG-A---GTT---GAAAATCTCA-GC-----TTC-AGACG-T---T---AAGTGAAAta
gi|12 : AATTTCACTAAG--------TATC-----T-CAAACTAACTACC-TTTACGA-TT-TTTCC-T-CAA-CTG-A-CA-TA--TT-TTAAA--T-------AACTG-CATTGT---T-AC-TTG---------------TG----C-ATGTTAT-TA----TTTCTCA---A-----------TGAGTAAA-ATGT-----TTCAGACT----C-ATATCA-GT-G-AA---GT--C-A------T----TT--AA---AGTA---TA-----GC----GA-GTTCA-A------GT-AGTAAT------T--------------T-AGAGA-AATTA----------AG-A-gcggt
gi|13 : aCAGGCCCACTAAA--------AATT-----T-TGA---------C-TTGA-TC-TT-TT--CCT-CTA-CTC-A-AA-TA--TT-TAAAA--TGC-T-GTTACCG-CAT--------------A----AT----T--TTG----C-ATGTGTT-CC----ATTACCA---A-----------TGAGTTTATATTT----GTTCCAG------------------G-TG---GT--C-A------T----TT--AA---TGTG---CA-----AC----GA-TTTCA-A------GC----TAT------C--------------T-AG-GA-----G----------AA-A-T---------TTTTG-A---ATTGAGGAAAATCTCA-GC-----T
gi|14 : AGTTGCATTAAA--------CGTC-----C-CAA---------T-TTGA-GA-TT-TA--C-T-TAA-CTC----A-TT--T-----AT--TGC-T-ATAACTT-TATT-----A-ACA---A------------------------GGTAC-TC----TTGAATA---A-----------TGAGAAAAGA-AT----------AGT---TT-A-ATTTTGT-A-TG---AT--C-A------T----TA--AT---TGTG---T------AT----AA-GTTCA-A------GT-TATAAT------T--------------T-GTAAA-AA----------------A-T---------T-----A----------------TCA-AC-----TTG-ATATG-C---T---TAATGAAAC
gi|15 : aGTTTCACTTAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTTA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT-CGTT-----T-ATATTGA--TCAT----T--TTG----C-ATGGTAT-TC----TTTGTAA---A-----------TTAGTAAAGATGT----GTTCTGATT---TC-A-GTTATTT-G-TG---GC--C-A------T----TG--AA---TAGA---TT-----AC----GA-GCTCA-A------AT-AATCTT------T--------------T-AGAGA-AAc
gi|16 : TAACTT-TGTTAAAGAT-ACATTGA--TCAT----TATTCT----C-ATATTAT-CA----TTTACCATTTA-----------TGA--AAAGATGT----GTTAAAACC---TCTA-ACT-TAT-G-TG---AA--C-A------T----TT--AA---TGTG---TT-----AT----GA-GTTCA-AGACTTGGT-AATCTT------T--------------T-AACGA-AATTC----------AG-G-T---------GTTCA-A---GTT--------TC-CA-GC-----TTGAAAATA-T---T---TGGTGAAACa
gi|17 : --TT-TGAAA--TGC-T-ATAAATT--ATT-----T-ACAGTTA--TCACGTTGT--TTA----CTATACTGT-TCGAAATCTATCA---AGGTTTGAGATTTGAGTAAAGATTT----GGT---------------TTCTGT-G-TG---GT--CAA------T----TT--AA---TATA---TT-----AT----GA-CTTCA-A------GT-AACCAT------T--------------T-AGAGT-AATT------------G-A-T---------TTTT-------------------TCA-GC-----ATG-AGATA-T---G---TAGTGAAA
gi|18 : -T-ATAACTT-CATT-----TTGTATGGA--T------------A----C-ATATTAT-CT----TTTGCTA---A-----------TG--TAAAAA-GT----GT-----------C-A-ATACTGT-GATG---TT--A-A------T----CT--A----TCTG---TA-----AT----CA-GTTGA-T------GT-TATAAT------T--------------G-AGAGA-AATTG----------AG-A-TA--------TTTT-------TTAAAGAAAATGTCA-GC-----TTA-AGTTA-T---T---TA
gi|19 : aat----TTT-CTA---A-----------TGAGTTCAGATGT----GTTCCAACT---TA-A-ATTATTT-G-TG---GT--C-A------T----TT--AA---C-TG---CA-----AT----GA-GTTCG-A------GT-AATGAT------T--------------A-AGAGA-TATTG----------CA-A-A---------TTTTG-A---GTCGAGTAAAATCTCA-GC-----TTT-AGATG-T---T---TAGTGAAACcttcaaacgg
gi|2 : AGTTTCACTAAA--------CATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CCC-A-AA-TC--TT-TGAAA--GAC-TAATAATTT-TATT-----T-TTAGTGA--TCAT----T--TTG----C-ATTTTAT-TC----TTT-CCA---A-----------TGAAT--ATATAT----GTTATGTTG---TC-A-TTTATGT-G-TG---ATGGT-A------TGATATC--AATTTTGTG---TGATGTTAT----GA-CGTCA-ATTTTGTGT-GGTCAT------TTAACGTGTAACATTT-AGAGA-AAGTGATCAAA----AA-A-G---------TT----A---GTTGATGAAAATCTCA-GC-----TTG-ATATG-T---T---TAGTAAAACctgcc
gi|20 : gtcctCAGTTTCAATCAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTCA-GA-TT-TT--CAT-TAA-CTC-A-AA-TT--TT-TGAAA--TGT-T-ATAACAT-CATT-----T-ACATTGA--TCAC----T------------TGTCAT-CC----TTTACTA---A-----------CAAGTTAAGATGT----GTTCCAACT---TT-A-ATTTTGT-G-TG---GT--tcgcc
gi|21 : ct--------CATA-----T-CAA---------C-TTGA-AA-AC-TT--CAT-CAA-TTC-A-AG-TT--TT-TGAAG--TGC-T-TAAACCT-TATT-----T---------------------TTG----C-ATGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGTGTA
gi|21 : TGT-G-TA---GC--C-A------T----TT--AA---TGTA---TA-----AC----CA-GTT------------------------------------------------AGTTG----------AG-A-----------TTTTG-A---GTTgccatttaatgtataaccagttagttgagattttgagtttttagtaatca
gi|22 : catatcaacttgaaaacttcatcaattcaagtttttgaagtgcttaaaccttatttttgcatgttatcctttaccaaA--------CATT-----T-CAT---------C-TTGA-GA-TT-TT--CCT-CAA-CTC-C-TA-TT--TT-TGAAC--TGC-T-AT-------ATT-----T-AC--------CAT----T--TTGAATAA-ATATGAT-CT----TTTACGG---A-----------TGTGTAAAGATTT----ATTATGACT---TC-tttagtaatca
gi|23 : GTTTCACATAA--------CATC-----T-CAA---------CATTAG-AA-TT-TC--C-T-TGT-CTT-C-AA-TT--TT-TGAAA--TGC-T-ATAACAA-TATT-----T-ACATTtgtgacttataattat
gi|24 : ccTGT----GTTCCTACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG---CT--C-A------T----AT--AA---TGTT---TA-----AT----GA--T------------T-AATTAC------T--------------TAAGAGA-AATGG----------AG-A---------------A-A---AC--ATGAAAATCTCA-GC-----TTG-TGACG-T---T---TAGTCAAAcaagttgagtgaggattttatctttatatagtcatcaaatgtg
gi|25 : GTTTCGTTAAA--------TATT-----T-TAA---------C-CTGA-GA-TT-TG--C---CAA-CTC-A-AC-TT--TT-TGGAA----C-T-ATAACTTGTATA-----T-AAATTGT--TCAT----G--CCG----A-ACGCTAT-CC----TTGACCA---A-----------TGAACCAACACTT----GTTatgaaactggct
gi|26 : cCAGTTTCAGTAAA--------CATC-----A-CAA---------C-TTGA-GA-AT-TT--C-T-CAA-CTC-ATAG-TT--GT-TAA----------ATAATTT-CATT-----A-ACGTTGT--CCAA----G--TTG----A-ATGTTGT-CC-----TTATTA---A-----------TCACTAGAGCTTT----GTTCC
gi|27 : ----GTTCTGACT---TC-A-ATTTTGT-G-TG---GT--C-A------T----AT--AG---T------TA-----TC----TA-----A-A------GT-AATGAT------T--------------T-AGAGA-AATAG----------AG-A-T---------TTTTT-A---GTTTGGGACAATCTTA-AC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTAGAAC
gi|28 : g--TTAT----T--TTC----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAGAAATGT-----------------T-A---TACGTAG-TG---GT--C-A------T----TT--AC---TGAC---TA-----GT----GA-GTTCA-A------GT-TATCAT------T--------------T-AGAGA-AGTAT----------AG-A-T---------TTTTcaac
gi|29 : GT-G-TG---GT--G-A------T----TT--AA---TATGTTTTA-----AC--------TTCA-A------ATAAATCAT------T--------------T-AGA-------C----------AG-A-T---------TTTTA-ACTGGTTGTGGAAAACCTCA-GA-----TTG-AGACG-T---T---TGGTGAA
gi|3 : acTCTCATTAAA--------CATTAATTTT-CAA---------C-TTCA-GA-TT-TT--C-T-TTGTCTC-A-AA-TA--TT-TTAAG--TGC-T-ATAAATT-CATT-----T-ACATTTA--TTAT----T--TTG----C-ATGTTATCCC----TTTTCTA---A-----------TGAGTAAAAAT-T----GTTCCGACT---TC-A-ATTCTGT-A-TA---GT--C-A------T----TT--AA---TGTG---TA-----AC----GA-ATTTA-A------AC-AGTTGT------T--------------T-AGGGT-AATTG----------AA-A-T---------TTTT-------T--AGGGAAATCTTA-GT-----TTA-AGATA-T---T---TGTTGAAACgtcggtct
gi|30 : cctgt---TT-A-ATTTTGT-G-TG---GC--C-A------T----TC--AA---TG---------------------------A------GT-AATGCT------C--------------T-AAAGC-AATTG----------AT-A-A---------TTTT--A---GTGGCTGAAAACATCA-AC-----TTG-AGATG-T---A---TTGTGAAAtggac
gi|31 : TTTTACTAAA--------CTTT-----TGCAA---------C-ATGA-GA-TT-TT--C--------------A-TTGGTT-T-AAA--T--------ACTT-TATC-----T-ACATCGA--CCAA----T--TTT----C-GTGTTAT-CT----TTTGCCA---A-----------TGAATAAttggcc
gi|32 : tT-G-TG---AT--C-A------T----TT--AA---TATG---T-----------------------------T-A-TCAT------T--------------T-AGAGG-TATTG----------AG-A-A---------TTTTATA---GTCAAACAAATTCTCA-CC---------AGATGTT---T---TAGTGAAAC
gi|33 : ttCAGTTTCACTAGA--------TATC-----T-CAA---------T-TTGA-GA-TTCTC--C-T-CAA-CAG-A-AA-CC--TT-GGAAG--T-----------------------------------------T--TTA----C-ATGTTAT-AC----TTTACCA---AT----------TGAGTAAtaaccccaa
gi|34 : cctTGAGGAAAATTTCA-AC-----TTG-AGACG-T---T---AAGTGcg
gi|36 : -AGAAA-AACTG----------AATA-T---------TTTT--A---GTTGATGAAAATCTCT-AC-----TTG-AGATG-A---T---AAGTGAAACttataaacatttgacatgcggttactttatttattttgatagttatgcaagttattc
gi|37 : gattatgagttcaTGAT------T--------------T-AGAGA-AATTT----------A--A-T---------TTTTA-A----TTAAAGAAAATCTTA-GC-----CT--AGATG-T---T---AAGAGAAACcgagccc
gi|38 : atgagttTT-----T-CAA---------G-TTGA-GC-TT-TC--C-TTCAA-TTC-A-AA-CT--TT-TGAAA--TGC-T-ATATCTT-TGTT-----A-AAATGGA--TCAT----T--ATG----agggcc
gi|4 : AGA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GA-TT-TTA-C-A-CCA-CAT-A-AA-CG--TT-TGCAA--TGC-T-AAAACTT-AATA-----T-ACATTGA--T-ATG---T--TTA----C-ATGTTGT-CC----TTAACCA---A----------------AGAAAT-T----GCCCAGACC---GC---TTTTTGT-T-TGTTTGT--T-A------C----TT--A-------C---TA-----AT----GA-GATTG-A------GT-AATAAT------T--------------T-AGAGA-AATTATTATTATTATAA-A-TATATTTATATTTTT-A---GTTGGGGTGTGTCTCG-GC-----TTG-AGATG-T---C---TTGTGAAGCata
gi|40 : cTTCA-A------GT-TATAAT------T--------------T-AGAGA-AATTG----------A-----------------------------GGAAAATCTTC-GC-----TTG-AGATG-TACATGTATAATGAAACc
gi|41 : TAAT--------CATC-----T-CAA---------C-TGGA-GAATT-TT--C-T-CAA-CTG-A-AA-TT--TA-TGAAA--TGC-A-ATAACTT-TATT-----T-GCtggc
gi|42 : GTTTGACTTAA--------CATC-----T-CAA---------G-TTAA-GAGTT-TC--C-T-CAT-CTTGA-AA-TT--TC-TGAAA--TGT-T-ATAA
gi|43 : TTCCACTTAA--------CATT-----G-CAA---------C-TT-------T-TC--C-T-CAA-CTC-A-AA-TT--CT-TGAAA--TGCTT-ATA
gi|44 : ----------AG-A-T---------TTCTG-A---GTTAAGGAATATCTTA-GC-----TTG-AAATG-T---TG--CGGTAAAACttc
gi|45 : tTTG-A---GTTGAGGTAAATCTCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---AAATGAAGC
gi|46 : TTTG-A---GTTGAGGACAATCTCA-AG-----TTG-AGATA-G---T---TAcgagccca
gi|46 : tttTAAC--------TATC-----T-CAA---------C-TTGA-GA-TTGTC--C-T-CAA-CTC-A-AA-CT--CTATAAAA--ctctataaaa
gi|47 : ttt-A---GTTGAGAAACATCTCA-GC-----TTG-AGATG-T---T---TATTAAAAC
gi|48 : gtTTTG-A---GTTGAGGAAAATCTGACGT-----TTG-AGATG-G---T---AAGTGAcgac
gi|49 : ggggATCTCA-GC-----TTA-AGATG-T---T---TGGTGAAAC
gi|5 : gCAGTTTCACTAAA--------CATC-----T-TAA---------C-TTGA-GA-TT-TT--C-T-CAA-CTC-A-AAGTT--TT-TGAAA--TGC-T-GTAACTT-CCTT-----T-CCACTGG--TCAT----T--TTG----C-ATAGCAT-CC----CTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATGT----GTTCTTATT---TC-A-ATTATGT-G-TC---GT--C-A------T----TT---------TG---TAGATT-AT----GA-GTTCA-A------GT-AATCAT------T--------------T-AGAAA-AAAAT----------AA-A-T---------TCTTG-A---GTTGAGAAATATCTTA-GC-----TTG-AGATA-T---T---TAGTGAAACttgtcgcaag
gi|50 : CAGTTTCATTTAA--------CATC-----T-CAG---------C-TTGA-GATTT-TT--C-T-CA
gi|51 : AAAACCTCC-GC-----TTG-AGATG-T---T---TAGTGAAAC
gi|6 : CAGTTTTACTAGT--------TATC-----T-CTA---------T-TTTA-GA-TA-TTA-C-A-AAA-CTC-A-AA-TT--TA-TGAAA--TTC-T-ATAGTTT--ATT-----G-AAATTGC--TCAG----T--TTA----T-ACCATAT-CA----TTTAGCG---A-----------TGAATAAACACGTATTTGTTATGTCT---AC-A-CTTCTGT-G-TG---AC--T-A------T----TC--AA---TA-G---TA-----AT----GA-GTTTA-A------GA-AA--AT------G--------------G-CGAGATAATTT----------A---------------TTTG------TTAAG---ATTCTCA-CA-----TTG-AGATG-T---T---TAATGAAACcggccc
gi|7 : aTTTCGCTAAA--------CATC-----T-CCA---------C-TTGA-GA-TT-TTTTC-T-CAT-CTC-A-A------------------C-T-ATAACTT-CATT-----T-ACATTGA--TCAG----T--TTA----C-TTGTTAT-CC----TTTACCA---A-----------TGAGTAAAGATTT----ATTCGAACT---TC-A-ATTCTGT-G-TG---AT--T-G------T----TT--AT---TTGG---CA-----AC----AATTTTCA-A------GT-AGTTGT------T--------------T-AGAGA-AATTG----------AG-A-----------------------TGAGAAATATCTTA-GC-----TCG-AGATA-T---T---TATTGAAACt
gi|8 : AGTTTTACTAAATAGCTCTACATC-----T-CTA---------C-TTAA-GA-TT-TT--CAT-CAA-ATC-A-AA-AT--TT-TGAGAACTGC-T-ATAG-TT-AATA-----T-ACATTGA--TCAA----T--GTC----C-ATGCTAT-CC----TTTACCA---A-----------CG-GTA
gi|9 : cggtcaC-T-ATAATTG-TATT-----TTACATCAAACTTAT----T--T------C-AGGTTAT-CC----TTTACCT---A-----------TGAGTAAAGATAT----GTT---ATTGTATC-G-ATTCTAT-G-TT---GT--T-G------T----TTTTAA---CTTG---TA-----ACAAGCGA-GGTCC-A------GC-AATCAT------T--------------T-AGAAA-AATTG----------AG-A-T---------GTTTA-A---CATGAGGAAAATCTCA-GCTAATATTC-AGGTG-T---T---TAGTAAAtgacttaaaccagagttaacaggtgttttttttaaataagaggaaataacttaaaaaagagagaaatgtat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATGTATTCATTTTATAGATAATGAGTTCAAATTATAATATAGAAAATTTGAAATAATTGGATTGAATTGAATTGGATTGATAG
Unaligned ( gi|39 ): AGTTTCATTATTATTTCAACAGTAGTTTTTCCTCAAATGAACTCTTTGAAATACTCTATGTTTATGTTTATT