lowQualScore : 11111111111111 1 1 11 111111 1 222222 1111111111 11
lowQualScore : 2 2 66666666666666 8888 6666 6666 3 2 888888 555 7 333 22 2 33 33 0 0 4 2 33 888888 0 444 5555 2 66 000000 444 2 3333333333 33 0 33 2 77 3 44 6
lowQualScore : . . .............. .... .... .... . . ...... ... . ... .. . .. .. . . . . .. ...... . ... .... . .. ...... ... . .......... .. . .. . .. . .. .
lowQualScore : 9 9 88888888888888 9999 1111 1111 1 9 222222 000 0 222 55 9 77 77 1 5 1 7 77 333333 1 777 7777 7 33 333333 777 7 9999999999 77 8 77 7 44 3 66 0
consensus : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTA----CA----TTA-TA------ATAC---TATTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAA--ATAAACAATGAATATTCATTGTCAATCG-AAATATACATTACAA--A-T--TGAATATG---TCAA----CAAAAATA-ATTCA--CT----TTGTT---GTTAATA-AGTTTC---------CAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATAT-TTTGTTA-TTACTTT--GTTACCAT
Reference ( gi|6 ) : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTA----CA----TGA-TA------ATAC---TTTTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAA--ATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--A-T--T-AATTTG---TCAA----CAAAAATA-ATTCA--CC----TTGTT---GTTAATA-AGTTTC---------CAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATAT-GTTGTTA-TTACTTT--GTTACCGT
gi|5 : AATCATCGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTA----CC----TTA-TA------ATAC---TATTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAA--ATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATAAACATTACAA--ATT--T-AATATG---TCAA----CAAATATA-ATTCA--CT----TTGTT---GTTAATA-AGTTTT---------GAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATAT-TTTGTTA-TTACTTT--GTTACCA
gi|2 : AATCATTGAATGTAACAATGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTA----CA----TTA-TACATGTAATAC---TATTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAA--ATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--A-T--TGAATATG---TCAT----CAAAAATA-ATTCA--CT----TTGTT---GTTAATA-AGTTTC---------GAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATAT-TTTGTTA-TTACTTT--GTTACCA
gi|3 : AATCATTGAATGTAACATTGATTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-GATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTA----CA----TTA-TA------ATAC---TATTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAA--ATAAACAATGAATATTCATTGTCAAATG-AAATATACAATACAA--A-T--TGAATATG---TCAA----CAAAAATA-ATTCA--CT----TTGTT---GCTAATA-AGTTTC---------CAAATTGTATTGAGATTCTGCTATT--TAAC-TTTGTTGTATATAT-TGTGTTA-TTACTTT--GTTACCA
gi|4 : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCGAGTGTA--------------AATT----TAA----CA----TTA-TA------ATAC---TATTATG-C-CCTTCCT-TT-GAT--ATATATTATTTAGTTAGTTAA--ATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTATAA--A-T--TGAAGATG---TCAA----CAAAAATA-ACTCA--CT----TTGTT---GTTAAAA-AGTTAA---------CAAATTATATT--GATTCTGTTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATAT-TTTGTTA-TTACCTT--GTTACC
gi|8 : AATTGTTGAATGTAA---TG-CTGTCAAAATATATTCTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACTA---TCA----TT----TAA-TG------ATAC---TATCATGTC-TTTTCC--TT-GAAAGAGATATTATTGAGATAATTAA--ACAAAC----AATATTCATTGTTAATCA-AAATA-AC-TAACAG--A-T-----ATT-----TCAA----CAAAAATA-ATTCAATCA----CTATTTAATTTAAT--AGTTT----------CAAATTGTTTT--CTTTCTTTTGAA--TAAT-TTTGTTGCATATTTAGTCATTACTCACTTTTGGTTAa
gi|15 : AAGCATTGAATGTAAAGTTGACTGTCTAAATTTATTCTGTA--------TATATATTTTCAAATGTA--------------AATCAAAATTA----TAATTTTAA-TG------ATAC---TATCATG-T-TTTTCCT-TT-GAA--ATATGTTATTGAGATAATTAA--ATAAAC----AATATTCGTTTTTAATCA-AAGTATACATTAC------T--T-TGTTTA---T-AATTTTCCAAAATATACTGA--CT----CTGTT---G--AATA-ATTTT-------------GTTTTATA--TATTTTGTCATTACTCACTTTTGTTacat
gi|9 : ATCATTGAATGTATCATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----TTA----CA----TTA-TA------ATAC---TATTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAA--ATAAACAATGAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATT--T-AATATG---TCAA----CAAAAATA-ATTCA--CT-------TT---GTTAATA-AGTTTC---------CAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATAT-TTTGTTA-TTACTTT--GTTACCAaaca
gi|7 : ATCATTGAATGTATCATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTT--------------AATT----TTA----CA----TTA-TA------ATAC---TATTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAA--ATAAACAATGAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATT--T-AAAATG---TCAA----CAAAAATA-ATTGA--CA----TTGTT---GTTAATA-AGTTTC---------CAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATACAT-TTTGTTA-TTACTTT--GTTACCA
gi|10 : ATCATTGAATGTATCATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----TTA----CA----TTA-TA------ATAC---TATTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAA--ATAAACAATGAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATT--T-AATATG---TCAA----CAAAAATA-ATTCA--CT-------CT---GTTAATA-AGTTTC---------CAAATTGTATT--GGTTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATAT-TTTGTCA-TTACTTT--GTTACCA
gi|12 : ATCATTGAATGTATCATTGACCATCTAAATATAGTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----TTA----CA----TTA-TA------ATAC---TATTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAA--ATAAACAA-GAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATT--T-AATATG---TCAA----CAAAAATA-ATTCA--CT-------TT---GTTAATA-AGTTTC---------CAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATAT-TTTGTTA-TTTCTTT--GTTACCA
gi|13 : TCATTAAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTA----CA----TTA-TA------ATAC---TATTATG-C-CATTCCT-TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAATTAG--ATAAACAATAAATATTCATTGTCAGTTG-AAATATACATTACAA--A-T--TGAATATG---TCAA----CAAAAATA-ATTCA--CT----ATGTT---GTTAATA-AGTTTC---------CAAATTGTATT--GATTCTGTTGTT--TAAT-TTTGTTGTATATAT--TTGT
gi|1 : TCAGCGAGTGTTATGTTGACAGTATAACTA-GTTTTGCAGTGAATATC-T-CATTTGCAAACATATATCAAACACAATTAATT----TTAATTACA----TAAATA------CTACCAGTATTACG-A-CAT-CCAGTT-GGA--TGATATTATTGAAATATTTAA--ACAAACAGT----ATCCATTGTCAATCC-AAATATATATTTCAATTA-T--T-AATT
gi|14 : ttatgtaataatCATTGAATGTAACATCGATTGTCTAAATATATTCTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAATGC---------------AATT----TTA----CA----TTA-TA------ATAC---TATCATG-CATATTCT--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAATTAA--ATGACCAATATATATTCGTTGTTAATTGAAAAAAAACATTACAA--A-T--TGAATATT---TCAA----CAAAATTA-ATTCA--CT----ATTTG---GTTTATA-AGTTTA---------CAAATTGTATT--GATTCTGTTGAT--TAAT-TTTGATGTATatatacatattctgttaatccaaatatgcaataaatggtacttcaagttcaacaatcataattctataactatcaaattttgcaagcggtcaaattgtattgattatatgaataattttgttgtatctatattaatgttttgtcatcattcacttttgttaacat
gi|11 : ATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAATGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTA----CA----TTA-TA------ATAC---TATTATG-C-CCTTCC--TTTGAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAA--ATAAACACTGAATATTCATTGTCAATTG-AAATGTACATT-TAA--A-T--TGAATATG---TCAA----CAAAAATA-ATTCT--CT----TTGTT---GTTAATA-AGTTTC---------CAAATTGTATT--GATTCTGTTGTT--TAAC-TCTGTTGTATATAT-TTTGTTA-TTACTTT--GTTACCA
gi|1 : atgAA--ATATATATTTCAATTA-TTAATTATATACA-----TATTC--TGTTAATCC-AAATATGCA--ATAA--A-TGGT-ACTTCAAGTTCAA----CAATCATA-ATTC----------TATA---ACTATCA-AATTTTGCAAGCGGTCAAATTGTATT--GATTATA-TGAA--TAAT-TTTGTTGTATCTA----TATTA-ATGTTTT--GTCATCA
gi|16 : ttatgtaataattcagcgagtgttatgttgacagtataactagttttgcagtgaatatctcatttgcaaacatatatcaaacacaattaattttaattacataaatactaccagtattacgacatccagttggatgatattattgaaatatttaaacaaacagtatccattgtcaatcc---TCAA----CAATCATA-ATTCAA-TCGTTATTATT---GTTTATATAGCTGT---------CAACTTGTATT--GATTCTGTTGAA--TGA--TTTATTGTATATTT-ATTGTCA-ATATTCA--GTTtcacttttgttaacat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAAATATATGATTGGCACAATCAAACATGCATTATTCATTGGTCATCAACTATTCTTTACTAATTTATATTTCAATAAAAGTAATTCAATTACTATTTTGTAAGATGTCACATTGT
Unaligned ( gi|18 ): GTTTGATAATTTTGTGTTTATATATTGTCACGACTCACTTTTGTTAACTTGTATAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111 111111
lowQualScore : 2 2 55555555555555 5555 2 888 222222 777777 2 2 66 8 33 4 2 2 33 3 5555 2 666666 444 2 2 33 33 2
lowQualScore : . . .............. .... . ... ...... ...... . . .. . .. . . . .. . .... . ...... ... . . .. .. .
lowQualScore : 7 7 77777777777777 7777 7 333 333333 777777 7 7 33 0 77 1 8 7 44 5 7777 7 666666 777 7 1 77 77 7
consensus : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
Reference ( family-2175 ) : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATCG-AAATATACATTACAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|1 : TCAGCGAGTGTTATGTTGACAGTATAACTA-GTTTTGCAGTGAATATC-T-CATTTGCAAACATATATCAAACACAATTAATT----TTA--ATT---ACATAA---ATACTACCAGTATTACG-A-CAT-CCAGTT-GGA--TGATATTATTGAAATATTTAAACAAACAGT----ATCCATTGTCAATCC-AAATATATATTTCAATTATTAATTATAT
gi|10 : ttatgtaataatATCATTGAATGTATCATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATTTAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT--------CT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GGTTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTCATTACTTTGTTACCATacatattctgttaatccaaatatgcaataaatggtacttcaagttcaacaatcataattctataactatcaaattttgcaagcggtcaaattgtattgattatatgaataattttgttgtatctatattaatgttttgtcatcattcacttttgttaacat
gi|11 : ATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAATGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TTTGAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAAATAAACACTGAATATTCATTGTCAATTG-AAATGTACATT-TAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCTCT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGTTGTT--TAAC-TCTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|12 : atgATCATTGAATGTATCATTGACCATCTAAATATAGTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAA-GAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATTTAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT--------TT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTTCTTTGTTACCAT
gi|13 : TCATTAAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CATTCC--TTTGAA--ATATATTATTGAGTTAATTAGATAAACAATAAATATTCATTGTCAGTTG-AAATATACATTACAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT-----ATGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGTTGTT--TAAT-TTTGTTGTATATATTT
gi|14 : CATTGAATGTAACATCGATTGTCTAAATATATTCTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAATGC---------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TCATG-CATATTCT--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAATTAAATGACCAATATATATTCGTTGTTAATTGAAAAAAAACATTACAA--ATTGAATATTTCAA----CAAAATTA-ATTCACT-----ATTTG---GTTTATA-AGTTTACAAATTGTATT--GATTCTGTTGAT--TAAT-TTTGATGTATgt
gi|15 : AAGCATTGAATGTAAAGTTGACTGTCTAAATTTATTCTGTA--------TATATATTTTCAAATGTA--------------AATCAAAATTATAATTTTAATG------ATACTA------TCATG-T-TTTTCCT-TT-GAA--ATATGTTATTGAGATAATTAAATAAAC----AATATTCGTTTTTAATCA-AAGTATACATTAC----TTTGTTTAT---AATTTTCCAAAATATACTGACT-----CTGTT---G--AATA-ATTTT----GTTTTATA--TATTTTGTCATTACTCACTTTTGTT
gi|16 : A--ACTGA-TACTTCAA----CAATCATA-ATTCAATCGTTATTATT---GTTTATATAGCTGTCAACTTGTATT--GATTCTGTTGAA--TGA--TTTATTGTATATTTATTGTCAATATTCAGTTaaca
gi|2 : aacAATCATTGAATGTAACAATGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATACATGTAATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--ATTGAATATGTCAT----CAAAAATA-ATTCACT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCGAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCATttagtaacatg
gi|3 : AATCATTGAATGTAACATTGATTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-GATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAAATG-AAATATACAATACAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT-----TTGTT---GCTAATA-AGTTTCCAAATTGTATTGAGATTCTGCTATT--TAAC-TTTGTTGTATATATTGTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|4 : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCGAGTGTA--------------AATT----TAAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TTTGAT--ATATATTATTTAGTTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTATAA--ATTGAAGATGTCAA----CAAAAATA-ACTCACT-----TTGTT---GTTAAAA-AGTTAACAAATTATATT--GATTCTGTTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACCTTGTTACCA
gi|5 : AATCATCGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-CTT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATAAACATTACAA--ATTTAATATGTCAA----CAAATATA-ATTCACT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTTGAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|6 : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATG---ATA------ATACTT------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--ATT-AATTTGTCAA----CAAAAATA-ATTCACC-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATGTTGTTATTACTTTGTTACCGT
gi|7 : ATCATTGAATGTATCATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTT--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATTTAAAATGTCAA----CAAAAATA-ATTGACA-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATACATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|8 : AATTGTTGAATGTAA---TG-CTGTCAAAATATATTCTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----AT-C-ATTTA-ATG------ATACTA------TCATGTC-TTTTCC--TT-GAAAGAGATATTATTGAGATAATTAAACAAAC----AATATTCATTGTTAATCA-AAATA-AC-TAACA-------GATATTTCAA----CAAAAATA-ATTCAATCA---CTATTTAATTTAAT--AGTTT-CAAATTGTTTT--CTTTCTTTTGAA--TAAT-TTTGTTG--CATATTTAGTCATTACT
gi|9 : ATCATTGAATGTATCATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATTTAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT--------TT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCATcacttttggttaacat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAAATATATGATTGGCACAATCAAACATGCATTATTCATTGGTCATCAACTATTCTTTACTAATTTATATTTCAATAAAAGTAATTCAATTACTATTTTGTAAGATGTCACATTGT
Unaligned ( gi|18 ): GTTTGATAATTTTGTGTTTATATATTGTCACGACTCACTTTTGTTAACTTGTATAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111 111111
lowQualScore : 2 2 55555555555555 5555 2 888 222222 777777 2 2 66 8 33 4 2 33 3 5555 2 666666 444 2 2 33 33 2
lowQualScore : . . .............. .... . ... ...... ...... . . .. . .. . . .. . .... . ...... ... . . .. .. .
lowQualScore : 7 7 77777777777777 7777 7 333 333333 777777 7 7 33 0 77 1 7 44 5 7777 7 666666 777 7 1 77 77 7
consensus : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
Reference ( family-2175 ) : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|1 : TCAGCGAGTGTTATGTTGACAGTATAACTA-GTTTTGCAGTGAATATC-T-CATTTGCAAACATATATCAAACACAATTAATT----TTA--ATT---ACATAA---ATACTACCAGTATTACG-A-CAT-CCAGTT-GGA--TGATATTATTGAAATATTTAAACAAACAGT----ATCCATTGTCAATCC-AAATATATATTTCAATTATTAATTATAT
gi|10 : ttatgtaataatATCATTGAATGTATCATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATTTAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT--------CT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GGTTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTCATTACTTTGTTACCATacatattctgttaatccaaatatgcaataaatggtacttcaagttcaacaatcataattctataactatcaaattttgcaagcggtcaaattgtattgattatatgaataattttgttgtatctatattaatgttttgtcatcattcacttttgttaacat
gi|11 : ATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAATGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TTTGAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAAATAAACACTGAATATTCATTGTCAATTG-AAATGTACATT-TAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCTCT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGTTGTT--TAAC-TCTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|12 : atgATCATTGAATGTATCATTGACCATCTAAATATAGTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAA-GAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATTTAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT--------TT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTTCTTTGTTACCAT
gi|13 : TCATTAAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CATTCC--TTTGAA--ATATATTATTGAGTTAATTAGATAAACAATAAATATTCATTGTCAGTTG-AAATATACATTACAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT-----ATGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGTTGTT--TAAT-TTTGTTGTATATATTT
gi|14 : CATTGAATGTAACATCGATTGTCTAAATATATTCTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAATGC---------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TCATG-CATATTCT--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAATTAAATGACCAATATATATTCGTTGTTAATTGAAAAAAAACATTACAA--ATTGAATATTTCAA----CAAAATTA-ATTCACT-----ATTTG---GTTTATA-AGTTTACAAATTGTATT--GATTCTGTTGAT--TAAT-TTTGATGTATgt
gi|15 : AAGCATTGAATGTAAAGTTGACTGTCTAAATTTATTCTGTA--------TATATATTTTCAAATGTA--------------AATCAAAATTATAATTTTAATG------ATACTA------TCATG-T-TTTTCCT-TT-GAA--ATATGTTATTGAGATAATTAAATAAAC----AATATTCGTTTTTAATCA-AAGTATACATTAC----TTTGTTTAT---AATTTTCCAAAATATACTGACT-----CTGTT---G--AATA-ATTTT----GTTTTATA--TATTTTGTCATTACTCACTTTTGTT
gi|16 : A--ACTGA-TACTTCAA----CAATCATA-ATTCAATCGTTATTATT---GTTTATATAGCTGTCAACTTGTATT--GATTCTGTTGAA--TGA--TTTATTGTATATTTATTGTCAATATTCAGTTaaca
gi|2 : aacAATCATTGAATGTAACAATGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATACATGTAATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--ATTGAATATGTCAT----CAAAAATA-ATTCACT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCGAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCATttagtaacatg
gi|3 : AATCATTGAATGTAACATTGATTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-GATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAAATG-AAATATACAATACAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT-----TTGTT---GCTAATA-AGTTTCCAAATTGTATTGAGATTCTGCTATT--TAAC-TTTGTTGTATATATTGTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|4 : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCGAGTGTA--------------AATT----TAAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TTTGAT--ATATATTATTTAGTTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTATAA--ATTGAAGATGTCAA----CAAAAATA-ACTCACT-----TTGTT---GTTAAAA-AGTTAACAAATTATATT--GATTCTGTTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACCTTGTTACCA
gi|5 : AATCATCGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-CTT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATAAACATTACAA--ATTTAATATGTCAA----CAAATATA-ATTCACT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTTGAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|6 : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATG---ATA------ATACTT------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--ATT-AATTTGTCAA----CAAAAATA-ATTCACC-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATGTTGTTATTACTTTGTTACCGT
gi|7 : ATCATTGAATGTATCATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTT--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATTTAAAATGTCAA----CAAAAATA-ATTGACA-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATACATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|8 : AATTGTTGAATGTAA---TG-CTGTCAAAATATATTCTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----AT-C-ATTTA-ATG------ATACTA------TCATGTC-TTTTCC--TT-GAAAGAGATATTATTGAGATAATTAAACAAAC----AATATTCATTGTTAATCA-AAATA-AC-TAACA-------GATATTTCAA----CAAAAATA-ATTCAATCA---CTATTTAATTTAAT--AGTTT-CAAATTGTTTT--CTTTCTTTTGAA--TAAT-TTTGTTG--CATATTTAGTCATTACT
gi|9 : ATCATTGAATGTATCATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATTTAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT--------TT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCATcacttttggttaacat
blockSeqs : . A . AAAA A TTA CATGTA . T A T T AG T A . T TTTT T CGTTAT TAA T C GA AC T
blockSeqs : . . . . . TA . . . . . T . T . . G . . CAC . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . T . . T . . T . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . G . . A . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . G . . A . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . G . . C . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . G . . T . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . G . . T . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . G . . T . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . G . . T . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ************** ****** ****** ** ** T*****
originalCons : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
finalCons : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACTT-----TGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAAATATATGATTGGCACAATCAAACATGCATTATTCATTGGTCATCAACTATTCTTTACTAATTTATATTTCAATAAAAGTAATTCAATTACTATTTTGTAAGATGTCACATTGT
Unaligned ( gi|18 ): GTTTGATAATTTTGTGTTTATATATTGTCACGACTCACTTTTGTTAACTTGTATAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111 111111
lowQualScore : 2 2 55555555555555 5555 2 888 222222 777777 2 2 66 8 33 4 2 33 3 5555 2 666666 444 2 2 33 33 2
lowQualScore : . . .............. .... . ... ...... ...... . . .. . .. . . .. . .... . ...... ... . . .. .. .
lowQualScore : 7 7 77777777777777 7777 7 333 333333 777777 7 7 33 0 77 1 7 44 5 7777 7 666666 777 7 1 77 77 7
consensus : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
Reference ( family-2175 ) : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|1 : TCAGCGAGTGTTATGTTGACAGTATAACTA-GTTTTGCAGTGAATATC-T-CATTTGCAAACATATATCAAACACAATTAATT----TTA--ATT---ACATAA---ATACTACCAGTATTACG-A-CAT-CCAGTT-GGA--TGATATTATTGAAATATTTAAACAAACAGT----ATCCATTGTCAATCC-AAATATATATTTCAATTATTAATTATAT
gi|10 : ttatgtaataatATCATTGAATGTATCATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATTTAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT--------CT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GGTTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTCATTACTTTGTTACCATacatattctgttaatccaaatatgcaataaatggtacttcaagttcaacaatcataattctataactatcaaattttgcaagcggtcaaattgtattgattatatgaataattttgttgtatctatattaatgttttgtcatcattcacttttgttaacat
gi|11 : ATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAATGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TTTGAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAAATAAACACTGAATATTCATTGTCAATTG-AAATGTACATT-TAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCTCT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGTTGTT--TAAC-TCTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|12 : atgATCATTGAATGTATCATTGACCATCTAAATATAGTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAA-GAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATTTAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT--------TT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTTCTTTGTTACCAT
gi|13 : TCATTAAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CATTCC--TTTGAA--ATATATTATTGAGTTAATTAGATAAACAATAAATATTCATTGTCAGTTG-AAATATACATTACAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT-----ATGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGTTGTT--TAAT-TTTGTTGTATATATTT
gi|14 : CATTGAATGTAACATCGATTGTCTAAATATATTCTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAATGC---------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TCATG-CATATTCT--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAATTAAATGACCAATATATATTCGTTGTTAATTGAAAAAAAACATTACAA--ATTGAATATTTCAA----CAAAATTA-ATTCACT-----ATTTG---GTTTATA-AGTTTACAAATTGTATT--GATTCTGTTGAT--TAAT-TTTGATGTATgt
gi|15 : AAGCATTGAATGTAAAGTTGACTGTCTAAATTTATTCTGTA--------TATATATTTTCAAATGTA--------------AATCAAAATTATAATTTTAATG------ATACTA------TCATG-T-TTTTCCT-TT-GAA--ATATGTTATTGAGATAATTAAATAAAC----AATATTCGTTTTTAATCA-AAGTATACATTAC----TTTGTTTAT---AATTTTCCAAAATATACTGACT-----CTGTT---G--AATA-ATTTT----GTTTTATA--TATTTTGTCATTACTCACTTTTGTT
gi|16 : A--ACTGA-TACTTCAA----CAATCATA-ATTCAATCGTTATTATT---GTTTATATAGCTGTCAACTTGTATT--GATTCTGTTGAA--TGA--TTTATTGTATATTTATTGTCAATATTCAGTTaaca
gi|2 : aacAATCATTGAATGTAACAATGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATACATGTAATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAGTTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--ATTGAATATGTCAT----CAAAAATA-ATTCACT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCGAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCATttagtaacatg
gi|3 : AATCATTGAATGTAACATTGATTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-GATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAAATG-AAATATACAATACAA--ATTGAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT-----TTGTT---GCTAATA-AGTTTCCAAATTGTATTGAGATTCTGCTATT--TAAC-TTTGTTGTATATATTGTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|4 : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCGAGTGTA--------------AATT----TAAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TTTGAT--ATATATTATTTAGTTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTATAA--ATTGAAGATGTCAA----CAAAAATA-ACTCACT-----TTGTT---GTTAAAA-AGTTAACAAATTATATT--GATTCTGTTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACCTTGTTACCA
gi|5 : AATCATCGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-CTT---ATA------ATACTA------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATAAACATTACAA--ATTTAATATGTCAA----CAAATATA-ATTCACT-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTTGAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|6 : AATCATTGAATGTAACATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AATT----TTAC-ATG---ATA------ATACTT------TTATG-C-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTGTCAATTG-AAATATACATTACAA--ATT-AATTTGTCAA----CAAAAATA-ATTCACC-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATGTTGTTATTACTTTGTTACCGT
gi|7 : ATCATTGAATGTATCATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTT--------------AATT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATTTAAAATGTCAA----CAAAAATA-ATTGACA-----TTGTT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATACATTTTGTTATTACTTTGTTACCAT
gi|8 : AATTGTTGAATGTAA---TG-CTGTCAAAATATATTCTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----AT-C-ATTTA-ATG------ATACTA------TCATGTC-TTTTCC--TT-GAAAGAGATATTATTGAGATAATTAAACAAAC----AATATTCATTGTTAATCA-AAATA-AC-TAACA-------GATATTTCAA----CAAAAATA-ATTCAATCA---CTATTTAATTTAAT--AGTTT-CAAATTGTTTT--CTTTCTTTTGAA--TAAT-TTTGTTG--CATATTTAGTCATTACT
gi|9 : ATCATTGAATGTATCATTGACTGTCTAAATATATTTTGTAGTGAAC-TCAT-CATTTTCAAGTGTA--------------AACT----TTAC-ATT---ATA------ATACTA------TTATT-T-CCTTCC--TT-GAA--ATATATTATTGAATTAGTTAAATAAACAATGAATATTCATTG-CAATTG-AAATATACATTACAA--ATTTAATATGTCAA----CAAAAATA-ATTCACT--------TT---GTTAATA-AGTTTCCAAATTGTATT--GATTCTGCTGTT--TAAC-TTTGTTGTATATATTTTGTTATTACTTTGTTACCATcacttttggttaacat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAAATATATGATTGGCACAATCAAACATGCATTATTCATTGGTCATCAACTATTCTTTACTAATTTATATTTCAATAAAAGTAATTCAATTACTATTTTGTAAGATGTCACATTGT
Unaligned ( gi|18 ): GTTTGATAATTTTGTGTTTATATATTGTCACGACTCACTTTTGTTAACTTGTATAT