lowQualScore                  :                        1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                      
lowQualScore                  :                   111  5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555            11     11111                1                             6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                      
lowQualScore                  :                8  444  6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666     77     11     22222 444 33         3      666     555555         1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    444  8       0    
lowQualScore                  :                .  ...  .....................................................................................     ..     ..     ..... ... ..         .      ...     ......         ..........................................................    ...  .       .    
lowQualScore                  :                0  000  2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222     77     22     99999 777 44         5      222     222222         7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    111  4       4    
consensus                     : NNCAAGGGCAGATTC-AG---GGGA---GG-TTGGGTAGGT------GGAACGC-------NC-CCC----GC----AAA-ATTCGAAAA-ACA-----T--TCT---TTTTTTTCACATA-TTCAAACCTAA---A--TTTTAACTTAGGATTTCC-GTGGC---C--TTCTTTGCGCCC-AATGTGC----------------GC--C------CC--CT----AAC--G----AAAA---TTCCTGGATCCGCCA
Reference ( gi|5 )            : TGCAAGGGCAGATTC-AG---GG---------TGG-CAGGT------GAAATGC-------GC-CCC----AC----AAA-ATTCGAAAA-ACA-----T--TTT---TTTTTTCCACATG-TTCAAGCTTTA---A--TTTTAACTTTGGATTTTC-GTGGC---C--TTCTTTGCGCTT-TATGTGT----------------GC--C------CC--CT----AAC--C----AAAA---TTTCTGGATCTGCCA
gi|8                          :   CAAGGGCAGATTCTGG---GG---------GGG-AAGGG------GGAA-----------------------------------GAAA-AC---------------TTTTTTTCATATA-TTTAAATCTAA---A--TTTTAACTTTGGATTTCT-GTAGC---C--TTCTTTACACCC-AATGTGT----------------GC--CCT----CT--CT----AA---C----AAAA---TTCCTGGATGTACC
gi|9                          : tcCAAGGGCAGATTC-AA---AG---------AGG---GGT------AA---GC-------TC-ACCTGGGGC----AAA-A----AAAA---A-----T--TTT---TTT------CATA-TTCAAA-TGTA---AATTTTTGACATAGGATTTCG-ATGGA---C--TTCTTTGTGC---CATCTCT----------------GC--C----------------AA--------AAAA----CACTGGATCCGCCAcc
gi|3                          :   cAAGGGCAGATTC-AG---GGGAAGGGGGTTGGGTAGGTATACCCGGCACGC-------CC-CCT----GT----AAA-ATTAGAAAA-AAA-----A--C-----------CCCTAAG-CT--AACCTAA---A--TTTTAACTTGGGATTTTC-GTGGC---C--ATTTTTGCACTT-GGTGTGC----------------AC--C------CCCTCT----AAC--A----AAAA---TTCCTGGATC
gi|2                          :    AAGGGCGAATTC-AG---GGGATTTGGTTTGGGTACGT------G---TGC-------GC-CCC-----CTCT-AAA-ACTCTAAAATATA-----T--ATT---TTTTT---ATATA-T-CAAACCTAA---A--TTTTAACTTCAGATTTCT-GTGGC---CTTTTTTTTCTGCCC-AATGTCA----------------TC--C------CT--CT----ACC--A----AAAA---TTCCTGGATCCGCCaaccca
gi|4                          :        GTAGATTC-AGAGAGG---------TGG--GGAT------GGGGTGCTTGGCCTGCGCCC----ACTCCTAAACAT--AAAAA-ATAATGTGTG-TCT---TTCTTTTCACATAATTTAAACCTAA---A--TTTAAATTTTG-ATTTT--------------------------TATGTGC----------------GC--C------CCA-CT----AACATA----AAAA---ATCCTGGATCCGCCca
gi|1                          :                                             aaatAAACAC-------AC-CGC-----T----AAA-ATTAGAGAA-A------------T---GTTTTTCCAAATA-TTCAGACCTAA---A--TTTAAACTCGGAATTTCC-GTGGA---C--CTCTTTGCGACC-AATGTCC----------------AC--C------CCA-CT----AAC--G----AAAA---CC-CAGGATCTGCCAcac
gi|12                         :       caagggcgaattcaaagggaccccctctgtcccctttccccccacTGC-------CC-CCT----CT----AAA-AATCGAAAATATA-----G--TTT---TTTGTT-CACATA-TTTAAACCTTA--------TTAA-----AGTTTCT-GTGGCTAGT--TCCTTTGCA-------------------------------C------CT--CT----AAC--A----AAAC---TTCCTGGATCCACCa
gi|6                          :                                                               g-CCC----AT----AAA-AGTCGAA----CA-----T--CCGAGGTGTTTTTCACATA-TTCAAACCTAA---A--TTTTAACATAGGCTTTGC-AT--C---A--TTTTTTTCA-----ATG-----------------------------------------AC--G----AAAG---TTCCTGGATCCACCcatg
gi|14                         :                                    agaggcggacacaaggtgtgggggttcctctttacctC----AAA-GTTTGAAAG--CA-----T--TCG---TTTC--CCACATA-TACCAGATATACCTG--TCTTAA------ATTTTC-CTGGC---C--TTCTTTGCG--T-CATATGT----------------GT--C------CC--------AA---C----ACAA---TTCCTGGATCCGCCAtatacagtctcatgtg
gi|15                         :                                                                                A-ATTTGAAAT-ACA-----T--ACT---TTGTTTTCACATA-TTCAAACC------A------AACTTACGATTTCC-GTGGC---C--TTCTTTGCGCCT-c
gi|10                         :                                                     gggagattccaagggaggattcatacttactccccAAA-ACA-----TAGTTT---TTTTTCCCATATTCTTCAAGCATGA---A--TTTCAACTA-AGTTTTTT-GTTGC---C--TTCTTTGCACCC-AATGTGTTCTCTCCCATTACACAGC--C------CC--CTCCCCAAA--C----AAAACATTTCCTGGATCTGC
gi|13                         :                                                                                                         T---TCTTTTTTAAATA-TCCAAACCTAA---A--TTTTAACTTAGGATTTTC-GTAGA---C--TTCTTTACACCC-AATGTGC----------------TC--C------CCA-CC----CAC--CCCTGAAAA---TTTCTGGAACTGCCacttg
gi|16                         :                                                                                                        ag---TTTTGTTCACATA-TTTAAACCTAA---A--TTTTAGCTTCGGATTTCT-GTGGT---C--TTTGTTGCATCC-AATGTGT----------------GC--C------CCCTCT----CAC--A----AAAA---TACCTGGATCCACCcat
gi|11                         :                                                                                                           gagTTTTATCACATA-TTTAAACATGA---A--TTTTAACTCAGGATTTCT-GTAGC---T--TTCTTTGCGCCC-AATGCAC----------------GC--CCTGGGACT--CT----TAC--G----AAAA---TACCTGAATCTGCCca
gi|7                          :                                                                                                                  aaatcgagcatatatgTTCA---A--TTTTAACTTAGGATCTCC-GCGTC---T--TTCTTTTCGC---------C----------------AC--T------CC--C-----AGCG-A----AAAA---TTCCTTGATCCGCcc
gi|18                         :                                                         aagggcggattcaaagagggggctgtttaggcgcacctgacatactctccctctcccccctataaaattagaacataattt--TTTTAACATAGGATTTAT-GCG-----T--TTTTTTGCGCC--------------------------C--C------CT--CT----AAC--G----AAAA---TTCCTGGATTCGTCac
gi|20                         :                                                                                                                                                   TTAGGATTTCT-GTGGC--------CTTTGAGCCTAAATGTGT----------------GCCTC------CT--CT----AAC--G----AAAcatg
gi|17                         :                                                                                                                                                      GGAGTTGCTGTGGT---C--TTCTTTGCGCAT-AATGTGC----------------GA--C------CC--CTTC--AAT--G----GAAA---TTACTGGGTCCACCg
gi|19                         :                                                                                                                                                             C-ATGGC---C--TTCTTTGTGACC-AAGGCGT----------------AT--C------CCA-CT----AAC--G----AAAA---TCCCTGTATCTGCCAcat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TCTTTACAATCAGTATGCACCCCCTCTAACAGAAATTGCTTGA
Unaligned ( gi|22 ): CGCCCCCCTCGCCAAAAGATCCTGGATCCGCCCGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                     9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                                                              2222222222222222222222222222222222          111111                     
lowQualScore                  :                                                77   7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777     3      2  1 444            444 2     0      2        666           777   7777777777777777777777777777777777  88888   111111   2 2               
lowQualScore                  :                                                ..   ....................................................................................................     .      .  . ...            ... .     .      .        ...           ...   ..................................  .....   ......   . .               
lowQualScore                  :                                                99   8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888     3      5  1 444            111 4     9      0        222           666   4444444444444444444444444444444444  22222   999999   1 2               
consensus                     :                                NNCAAGGGCAGATTCA--GGGGA----GGTT-GGG-TAGG-----T------G-GA----ACG----------CCCCC---C----GC---AAA-ATTCGAAAA-ACA-----T-NCT---TTTTTTTCACAT-ATTC---AAACCTAAATTT---T-AACTTAGGATTT-CCGTGGCC---TTCTTTGCGCCC-AATGTGC----------------GC--C------CC--CT-----AAC----G-AAA-A-TTCCTGGATCCGCCA
Reference ( family-2163 )     :                                NNCAAGGGCAGATTCA--GGGGA----GGTT-GGG-TAGG-----T------G-GA----ACG----------CNCCC---C----GC---AAA-ATTCGAAAA-ACA-----T-TCT---TTTTTTTCACAT-ATTC---AAACCTAAATTT---T-AACTTAGGATTT-CCGTGGCC---TTCTTTGCGCCC-AATGTGC----------------GC--C------CC--CT-----AAC----G-AAA-A-TTCCTGGATCCGCCA
gi|1                          :                                                                                               ----------CACAC---C----GCT--AAA-ATTAGAGAA-A-----------T---GTTTTTCCAAAT-ATTC---AGACCTAAATTT---A-AACTCGGAATTT-CCGTGGAC---CTCTTTGCGACC-AATGTCC----------------AC--C------CCA-CT-----AAC----G-AAA-A--CCCAGGATCTGCCA
gi|10                         :                                                                                     caagggcgaattcaaagggaccccctctgtcccctttccccccacaaaAAA-ACA-----T-AGT---TTTTTTTCCCAT-ATTCTTCAAGCATGAATTT---C-AACT-AAGTTTT-TTGTTGCC---TTCTTTGCACCC-AATGTGTTCTCTCCCATTACACAGC--C------CC--CTCCCCAAAC----A-AAACATTTCCTGGATCTGCa
gi|11                         :                                                                                                                                                          TTTTATCACAT-ATTT---AAACATGAATTT---T-AACTCAGGATTT-CTGTAGCT---TTCTTTGCGCCC-AATGCAC----------------GC--CCTGGGACT--CT-----TAC----G-AAA-A-TACCTGAATCTGCCacttg
gi|12                         :                                                                              aaatcgagcatatatgG----------CCCCC---T----CT---AAA-AATCGAAAATATA-----G-T-T---TTTTGTTCACAT-ATTT---AAACCTTA---T---T-AA---AG--TTT-CTGTGGCTAGTTCCTTTGCACCT---------------------------------------CT-----AAC----A-AAA-C-TTCCTGGATCCACCcc
gi|13                         :                                                                                                                                                   gtT---TCTTTTTTAAAT-ATCC---AAACCTAAATTT---T-AACTTAGGATTT-TCGTAGAC---TTCTTTACACCC-AATGTGC----------------TC--C------CCA-CC-----CACCCCTG-AAA-A-TTTCTGGAACTGCCcatg
gi|14                         :                                                                                                                     agC---AAA-GTTTGAAAG--CA-----T-TCG---TTTCC--CACAT-AT-------ACC-AGATATACCT-GTCTTAA-ATTT-TCCTGGCC---TTCTTTGCGTC---ATATGT----------------GT--C------CC---------AAC------ACA-A-TTCCTGGATCCGCCAcat
gi|15                         :                                                                                               ----------CTCCC---C-----------A-ATTTGAAAT-ACA-----T-ACT---TTGTTTTCACAT-ATTC---AAACC---A--------AACTTACGATTT-CCGTGGCC---TTCTTTGCGCCc
gi|16                         :                                                                                                                         gggagattccaagggaggattcatactta---TTTTGTTCACAT-ATTT---AAACCTAAATTT---T-AGCTTCGGATTT-CTGTGGTC---TTTGTTGCATCC-AATGTGT----------------GC--C------CCCTCT-----CAC----A-AAA-A-TACCTGGATCCACCt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                 gagGGAGTTGCTGTGGTC---TTCTTTGCGCAT-AATGTGC----------------GA--C------CC--CTTC---AAT----G-GAA-A-TTACTGGGTCCACCca
gi|18                         :                                                                                                                                                                                      TTT---T-AACATAGGATTT-ATGCG--T---TTTTTTGCGCCC----------------------------C------CT--CT-----AAC----G-AAA-A-TTCCTGGATTCGTCcat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                          -CCATGGCC---TTCTTTGTGACC-AAGGCGT----------------AT--C------CCA-CT-----AAC----G-AAA-A-TCCCTGTATCTGCCAcatg
gi|2                          :                                   AAGGGCGAATTCA--GGGGATTT-GGTTTGGG-TACG-----T------GTG------CG----------CCCCC---T----CT---AAA-ACTCTAAAATATA-----T-ATT---TTTTT---ATAT-AT-C---AAACCTAAATTT---T-AACTTCAGATTT-CTGTGGCCTT-TTTTTTCTGCCC-AATGTCA----------------TC--C------CT--CT-----ACC----A-AAA-A-TTCCTGGATCCGCC
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                 TTAGGATTT-CTGTGGC------CTTTGAGCCTAAATGTGT----------------GCCTC------CT--CT-----AAC----G-AAA-ca
gi|3                          :                                   AAGGGCAGATTCA--GGGGAAGGGGGTT-GGG-TAGG-----TATACCCG-GC----ACG----------CCCCC---T----GT---AAA-ATTAGAAAA-AAA-----A-CC-------------CCT-AAGC---TAACCTAAATTT---T-AACTTGGGATTT-TCGTGGCC---ATTTTTGCACTT-GGTGTGC----------------AC--C------CCCTCT-----AAC----A-AAA-A-TTCCTGGATCg
gi|4                          :                                       GTAGATTCA--GAG-A----GGTG-GGGATGGGGTGCTT------G-GC----CTG----------CGCCCACTC----CT---AAACAT--AAAAA-ATAATGTGTGTCT---TTCTTTTCACATAATTT---AAACCTAAATTT---A-AATTT-TGATTT------------TT------------ATGTGC----------------GC--C------CCA-CT-----AACAT--A-AAA-A-ATCCTGGATCCGCCaaccca
gi|5                          :                              aaatCAAGGGCAGATTCA--GGG---------T-GG--CAGG-----T------G-AA----ATG----------CGCCC---C----AC---AAA-ATTCGAAAA-ACA-----T-TTT---TTTTTTCCACAT-GTTC---AAGCTTTAATTT---T-AACTTTGGATTT-TCGTGGCC---TTCTTTGCGCTT-TATGTGT----------------GC--C------CC--CT-----AAC----C-AAA-A-TTTCTGGATCTGCCAcac
gi|6                          :                                                                                             tg----------CCTCC---C----AT---AAA-AGTCGAA----CA-----T-CCGAGGTGTTTTTCACAT-ATTC---AAACCTAAATTT---T-AACATAGGCTTT-GCAT--CA---TTTTTT----TC-AATG------------------------------------------AC----G-AAA-G-TTCCTGGATCCACC
gi|7                          : agaggcggacacaaggtgtgggggttcctctttaAAGGGCGGATTCAAAGAGGG----GGCT-GTT-TAGG-----C------G-CACCTGACATACTCTCCCTCTCCC---C----CCTATAAA-ATT---AGA-ACA-----T-AAT---TTTTC----------------------AATTT---T-AACTTAGGATCT-CCGCGTCT---TTCTTTTCGC---------C----------------AC--T------CC--C------AGC----GAAAA-A-TTCCTTGATCCGCtatacagtctcatgtg
gi|8                          :                                  CAAGGGCAGATTCT--GGGG----------GGG-AAGG-----G------G-GA----A---------------------------------------GAAA-AC--------------TTTTTTTCATAT-ATTT---AAATCTAAATTT---T-AACTTTGGATTT-CTGTAGCC---TTCTTTACACCC-AATGTGT----------------GC--CCT----CT--CT-----AAC------AAA-A-TTCCTGGATac
gi|9                          :                                tcCAAGGGCAGATTCA--AAG-A----GG----GG-TAAG---------------------------------CTCAC---CTGGGGC---AAA-A----AAAA-A---------------TTTTTTTCA--T-ATTC---AAATGTAAATTT---TTGACATAGGATTT-CGATGGAC---TTCTTTGTGCC---AT-------------------------------CT--CT-----GCC----A-AAA-A-ACACTGGATCCGCCAgtacccc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TCTTTACAATCAGTATGCACCCCCTCTAACAGAAATTGCTTGA
Unaligned ( gi|22 ): CGCCCCCCTCGCCAAAAGATCCTGGATCCGCCCGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                      9999999999999999999999999999999999999999999999999999999     11111111            22222222222222222                                                                               2222222222222222222222222222222222          111111                     
lowQualScore                  :                                               5 66   8888888888888888888888888888888888888888888888888888888     99999999    777     88888888888888888     55      2  1 444            444 2     0      2        666           777   7777777777777777777777777777777777  88888   111111   2 2               
lowQualScore                  :                                               . ..   .......................................................     ........    ...     .................     ..      .  . ...            ... .     .      .        ...           ...   ..................................  .....   ......   . .               
lowQualScore                  :                                               0 99   7777777777777777777777777777777777777777777777777777777     44444444    444     88888888888888888     88      5  1 444            111 4     9      0        222           666   4444444444444444444444444444444444  22222   999999   1 2               
consensus                     :                                NNCAAGGGCAGATTC-A--GGGGA----GGTT-GGG-TAGG-----T------G-GA----ACG-------------CCCCCC----GC-AAAATTCGAAAA-ACA-----TN-CT---TTTTT-TTCACAT-ATTC---AAACCTAAATTT---T-AACTTAGGATTT-CCGTGGCC---TTCTTTGCGCCC-AATGTGC----------------GC--C------CC--CT-----AAC----G-AAA-A-TTCCTGGATCCGCCA
Reference ( family-2163 )     :                                NNCAAGGGCAGATTC-A--GGGGA----GGTT-GGG-TAGG-----T------G-GA----ACG-------------CCCCCC----GC-AAAATTCGAAAA-ACA-----TN-CT---TTTTT-TTCACAT-ATTC---AAACCTAAATTT---T-AACTTAGGATTT-CCGTGGCC---TTCTTTGCGCCC-AATGTGC----------------GC--C------CC--CT-----AAC----G-AAA-A-TTCCTGGATCCGCCA
gi|1                          :                                                                                                                 CC----GCTAAAATTAGAGAA-A-----------T---GTTTT-TCCAAAT-ATTC---AGACCTAAATTT---A-AACTCGGAATTT-CCGTGGAC---CTCTTTGCGACC-AATGTCC----------------AC--C------CCA-CT-----AAC----G-AAA-A--CCCAGGATCTGCCA
gi|10                         :                                                                               caagggcgaattcaaagggaccccctctgtcccctttccccccacaaacacaAAA-ACA-----TA-GT---TTTTT-TTCCCAT-ATTCTTCAAGCATGAATTT---C-AACT-AAGTTTT-TTGTTGCC---TTCTTTGCACCC-AATGTGTTCTCTCCCATTACACAGC--C------CC--CTCCCCAAAC----A-AAACATTTCCTGGATCTGCa
gi|11                         :                                                                                                                                                        TTTT-ATCACAT-ATTT---AAACATGAATTT---T-AACTCAGGATTT-CTGTAGCT---TTCTTTGCGCCC-AATGCAC----------------GC--CCTGGGACT--CT-----TAC----G-AAA-A-TACCTGAATCTGCCacttg
gi|12                         :                                                                               aaatcgagcatatatgG-------------CCCCCT----CT-AAAAATCGAAAA--TA-----TA-GT---TTTTTGTTCACAT-ATTT---AAACCTTA---T---T-AA---AG--TTT-CTGTGGCTAGTTCCTTTGCACCT---------------------------------------CT-----AAC----A-AAA-C-TTCCTGGATCCACCcc
gi|13                         :                                                                                                                                                 gtT---TCTTT-TTTAAAT-ATCC---AAACCTAAATTT---T-AACTTAGGATTT-TCGTAGAC---TTCTTTACACCC-AATGTGC----------------TC--C------CCA-CC-----CACCCCTG-AAA-A-TTTCTGGAACTGCCcatg
gi|14                         :                                                                                                                      agC-AAAGTTTGAAAG--CA-----TT-CG---TTTCC---CACAT-AT-------ACC-AGATATACCT-GTCTTAA-ATTT-TCCTGGCC---TTCTTTGCGTC---ATATGT----------------GT--C------CC---------AAC------ACA-A-TTCCTGGATCCGCCAcat
gi|15                         :                                      GGGAGATTCCA--AGGGA----GGAT-TCA-TACT-----T--------------ACT-------------CCCC-----------AATTTGAAAT-ACA-----TA-CT---TTGTT-TTCACAT-ATTC---AAACC-A----------AACTTACGATTT-CCGTGGCC---TTCTTTGCGCCc
gi|16                         :                                                                                                                                                    ---TTTTG-TTCACAT-ATTT---AAACCTAAATTT---T-AGCTTCGGATTT-CTGTGGTC---TTTGTTGCATCC-AATGTGT----------------GC--C------CCCTCT-----CAC----A-AAA-A-TACCTGGATCCACCt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                gagGGAGTTGCTGTGGTC---TTCTTTGCGCAT-AATGTGC----------------GA--C------CC--CTTC---AAT----G-GAA-A-TTACTGGGTCCACCca
gi|18                         :                                                                                                                                                                                     TTT---T-AACATAGGATTT-ATGCG--T---TTTTTTGCGCCC----------------------------C------CT--CT-----AAC----G-AAA-A-TTCCTGGATTCGTCcat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                         -CCATGGCC---TTCTTTGTGACC-AAGGCGT----------------AT--C------CCA-CT-----AAC----G-AAA-A-TCCCTGTATCTGCCAcatg
gi|2                          :                                   AAGGGCGAATTC-A--GGGGATTT-GGTTTGGG-TACG-----T------GTG------CG-------------CCCCCT----CT-AAAACTCTAAAATATA-----TA-TT---TTTTT----ATAT-AT-C---AAACCTAAATTT---T-AACTTCAGATTT-CTGTGGCCTT-TTTTTTCTGCCC-AATGTCA----------------TC--C------CT--CT-----ACC----A-AAA-A-TTCCTGGATCCGCC
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                TTAGGATTT-CTGTGGC------CTTTGAGCCTAAATGTGT----------------GCCTC------CT--CT-----AAC----G-AAA-ca
gi|3                          :                                   AAGGGCAGATTC-A--GGGGAAGGGGGTT-GGG-TAGG-----TATACCCG-GC----ACG-------------CCCCCT----GT-AAAATTAGAAAA-AAA-----AC-C--------------CCT-AAGC---TAACCTAAATTT---T-AACTTGGGATTT-TCGTGGCC---ATTTTTGCACTT-GGTGTGC----------------AC--C------CCCTCT-----AAC----A-AAA-A-TTCCTGGATCg
gi|4                          :                                       GTAGATTC-A--GAG-A----GGTG-GGGATGGGGTGCTT------G-GCCT--GCG-------------CCCACT----CC-TAAACATAAAAA-ATAATGTGTGTCT---TTCTT-TTCACATAATTT---AAACCTAAATTT---A-AATTT-TGATTT------------TT------------ATGTGC----------------GC--C------CCA-CT-----AACAT--A-AAA-A-ATCCTGGATCCGCCaaccca
gi|5                          :                              aaatCAAGGGCAGATTC-A--GGG---------T-GG--CAGG-----T------G-AA----ATG-------------CGCCCC----AC-AAAATTCGAAAA-ACA-----TT-TT---TTTTT-TCCACAT-GTTC---AAGCTTTAATTT---T-AACTTTGGATTT-TCGTGGCC---TTCTTTGCGCTT-TATGTGT----------------GC--C------CC--CT-----AAC----C-AAA-A-TTTCTGGATCTGCCAcac
gi|6                          :                                                                                              tg-------------CCTCCC----AT-AAAAGTCGAA----CA-----TC-CGAGGTGTTT-TTCACAT-ATTC---AAACCTAAATTT---T-AACATAGGCTTT-GCAT--CA---TTTTTT----TC-AATG------------------------------------------AC----G-AAA-G-TTCCTGGATCCACC
gi|7                          : agaggcggacacaaggtgtgggggttcctctttaAAGGGCGGATTC-AAAGAGGG----GGCT-GTT-TAGG-----C------G-CACCTGACATACTCTCCCTCTCCCCCCT----AT-AAAATT---AGA-ACA-----TA-AT---TTTTC-----------------------AATTT---T-AACTTAGGATCT-CCGCGTCT---TTCTTTTCGC---------C----------------AC--T------CC--C------AGC----GAAAA-A-TTCCTTGATCCGCtatacagtctcatgtg
gi|8                          :                                  CAAGGGCAGATTC-T--GGGG----------GGG-AAGG-----G------G-GA----A------------------------------------GAAA-AC--------------TTTTT-TTCATAT-ATTT---AAATCTAAATTT---T-AACTTTGGATTT-CTGTAGCC---TTCTTTACACCC-AATGTGT----------------GC--CCT----CT--CT-----AAC------AAA-A-TTCCTGGATac
gi|9                          :                                tcCAAGGGCAGATTC-A--AAG-A----GG----GG-TAAG------------------------------------CTCACCTGGGGC-AAAA----AAAA-A---------------TTTTT-TTCA--T-ATTC---AAATGTAAATTT---TTGACATAGGATTT-CGATGGAC---TTCTTTGTGCC---AT-------------------------------CT--CT-----GCC----A-AAA-A-ACACTGGATCCGCCAgtacccc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TCTTTACAATCAGTATGCACCCCCTCTAACAGAAATTGCTTGA
Unaligned ( gi|22 ): CGCCCCCCTCGCCAAAAGATCCTGGATCCGCCCGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                      9999999999999999999999999999999999999999999999999999999     11111111            22222222222222222                                                                               2222222222222222222222222222222222          111111                     
lowQualScore                  :                                               5 66   8888888888888888888888888888888888888888888888888888888     99999999    777     88888888888888888     55      2  1 444            444 2     0      2        666           777   7777777777777777777777777777777777  88888   111111   2 2               
lowQualScore                  :                                               . ..   .......................................................     ........    ...     .................     ..      .  . ...            ... .     .      .        ...           ...   ..................................  .....   ......   . .               
lowQualScore                  :                                               0 99   7777777777777777777777777777777777777777777777777777777     44444444    444     88888888888888888     88      5  1 444            111 4     9      0        222           666   4444444444444444444444444444444444  22222   999999   1 2               
consensus                     :                                NNCAAGGGCAGATTC-A--GGGGA----GGTT-GGG-TAGG-----T------G-GA----ACG-------------CCCCCC----GC-AAAATTCGAAAA-ACA-----TN-CT---TTTTT-TTCACAT-ATTC---AAACCTAAATTT---T-AACTTAGGATTT-CCGTGGCC---TTCTTTGCGCCC-AATGTGC----------------GC--C------CC--CT-----AAC----G-AAA-A-TTCCTGGATCCGCCA
Reference ( family-2163 )     :                                NNCAAGGGCAGATTC-A--GGGGA----GGTT-GGG-TAGG-----T------G-GA----ACG-------------CCCCCC----GC-AAAATTCGAAAA-ACA-----TN-CT---TTTTT-TTCACAT-ATTC---AAACCTAAATTT---T-AACTTAGGATTT-CCGTGGCC---TTCTTTGCGCCC-AATGTGC----------------GC--C------CC--CT-----AAC----G-AAA-A-TTCCTGGATCCGCCA
gi|1                          :                                                                                                                 CC----GCTAAAATTAGAGAA-A-----------T---GTTTT-TCCAAAT-ATTC---AGACCTAAATTT---A-AACTCGGAATTT-CCGTGGAC---CTCTTTGCGACC-AATGTCC----------------AC--C------CCA-CT-----AAC----G-AAA-A--CCCAGGATCTGCCA
gi|10                         :                                                                               caagggcgaattcaaagggaccccctctgtcccctttccccccacaaacacaAAA-ACA-----TA-GT---TTTTT-TTCCCAT-ATTCTTCAAGCATGAATTT---C-AACT-AAGTTTT-TTGTTGCC---TTCTTTGCACCC-AATGTGTTCTCTCCCATTACACAGC--C------CC--CTCCCCAAAC----A-AAACATTTCCTGGATCTGCa
gi|11                         :                                                                                                                                                        TTTT-ATCACAT-ATTT---AAACATGAATTT---T-AACTCAGGATTT-CTGTAGCT---TTCTTTGCGCCC-AATGCAC----------------GC--CCTGGGACT--CT-----TAC----G-AAA-A-TACCTGAATCTGCCacttg
gi|12                         :                                                                               aaatcgagcatatatgG-------------CCCCCT----CT-AAAAATCGAAAA--TA-----TA-GT---TTTTTGTTCACAT-ATTT---AAACCTTA---T---T-AA---AG--TTT-CTGTGGCTAGTTCCTTTGCACCT---------------------------------------CT-----AAC----A-AAA-C-TTCCTGGATCCACCcc
gi|13                         :                                                                                                                                                 gtT---TCTTT-TTTAAAT-ATCC---AAACCTAAATTT---T-AACTTAGGATTT-TCGTAGAC---TTCTTTACACCC-AATGTGC----------------TC--C------CCA-CC-----CACCCCTG-AAA-A-TTTCTGGAACTGCCcatg
gi|14                         :                                                                                                                      agC-AAAGTTTGAAAG--CA-----TT-CG---TTTCC---CACAT-AT-------ACC-AGATATACCT-GTCTTAA-ATTT-TCCTGGCC---TTCTTTGCGTC---ATATGT----------------GT--C------CC---------AAC------ACA-A-TTCCTGGATCCGCCAcat
gi|15                         :                                      GGGAGATTCCA--AGGGA----GGAT-TCA-TACT-----T--------------ACT-------------CCCC-----------AATTTGAAAT-ACA-----TA-CT---TTGTT-TTCACAT-ATTC---AAACC-A----------AACTTACGATTT-CCGTGGCC---TTCTTTGCGCCc
gi|16                         :                                                                                                                                                    ---TTTTG-TTCACAT-ATTT---AAACCTAAATTT---T-AGCTTCGGATTT-CTGTGGTC---TTTGTTGCATCC-AATGTGT----------------GC--C------CCCTCT-----CAC----A-AAA-A-TACCTGGATCCACCt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                gagGGAGTTGCTGTGGTC---TTCTTTGCGCAT-AATGTGC----------------GA--C------CC--CTTC---AAT----G-GAA-A-TTACTGGGTCCACCca
gi|18                         :                                                                                                                                                                                     TTT---T-AACATAGGATTT-ATGCG--T---TTTTTTGCGCCC----------------------------C------CT--CT-----AAC----G-AAA-A-TTCCTGGATTCGTCcat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                         -CCATGGCC---TTCTTTGTGACC-AAGGCGT----------------AT--C------CCA-CT-----AAC----G-AAA-A-TCCCTGTATCTGCCAcatg
gi|2                          :                                   AAGGGCGAATTC-A--GGGGATTT-GGTTTGGG-TACG-----T------GTG------CG-------------CCCCCT----CT-AAAACTCTAAAATATA-----TA-TT---TTTTT----ATAT-AT-C---AAACCTAAATTT---T-AACTTCAGATTT-CTGTGGCCTT-TTTTTTCTGCCC-AATGTCA----------------TC--C------CT--CT-----ACC----A-AAA-A-TTCCTGGATCCGCC
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                TTAGGATTT-CTGTGGC------CTTTGAGCCTAAATGTGT----------------GCCTC------CT--CT-----AAC----G-AAA-ca
gi|3                          :                                   AAGGGCAGATTC-A--GGGGAAGGGGGTT-GGG-TAGG-----TATACCCG-GC----ACG-------------CCCCCT----GT-AAAATTAGAAAA-AAA-----AC-C--------------CCT-AAGC---TAACCTAAATTT---T-AACTTGGGATTT-TCGTGGCC---ATTTTTGCACTT-GGTGTGC----------------AC--C------CCCTCT-----AAC----A-AAA-A-TTCCTGGATCg
gi|4                          :                                       GTAGATTC-A--GAG-A----GGTG-GGGATGGGGTGCTT------G-GCCT--GCG-------------CCCACT----CC-TAAACATAAAAA-ATAATGTGTGTCT---TTCTT-TTCACATAATTT---AAACCTAAATTT---A-AATTT-TGATTT------------TT------------ATGTGC----------------GC--C------CCA-CT-----AACAT--A-AAA-A-ATCCTGGATCCGCCaaccca
gi|5                          :                              aaatCAAGGGCAGATTC-A--GGG---------T-GG--CAGG-----T------G-AA----ATG-------------CGCCCC----AC-AAAATTCGAAAA-ACA-----TT-TT---TTTTT-TCCACAT-GTTC---AAGCTTTAATTT---T-AACTTTGGATTT-TCGTGGCC---TTCTTTGCGCTT-TATGTGT----------------GC--C------CC--CT-----AAC----C-AAA-A-TTTCTGGATCTGCCAcac
gi|6                          :                                                                                              tg-------------CCTCCC----AT-AAAAGTCGAA----CA-----TC-CGAGGTGTTT-TTCACAT-ATTC---AAACCTAAATTT---T-AACATAGGCTTT-GCAT--CA---TTTTTT----TC-AATG------------------------------------------AC----G-AAA-G-TTCCTGGATCCACC
gi|7                          : agaggcggacacaaggtgtgggggttcctctttaAAGGGCGGATTC-AAAGAGGG----GGCT-GTT-TAGG-----C------G-CACCTGACATACTCTCCCTCTCCCCCCT----AT-AAAATT---AGA-ACA-----TA-AT---TTTTC-----------------------AATTT---T-AACTTAGGATCT-CCGCGTCT---TTCTTTTCGC---------C----------------AC--T------CC--C------AGC----GAAAA-A-TTCCTTGATCCGCtatacagtctcatgtg
gi|8                          :                                  CAAGGGCAGATTC-T--GGGG----------GGG-AAGG-----G------G-GA----A------------------------------------GAAA-AC--------------TTTTT-TTCATAT-ATTT---AAATCTAAATTT---T-AACTTTGGATTT-CTGTAGCC---TTCTTTACACCC-AATGTGT----------------GC--CCT----CT--CT-----AAC------AAA-A-TTCCTGGATac
gi|9                          :                                tcCAAGGGCAGATTC-A--AAG-A----GG----GG-TAAG------------------------------------CTCACCTGGGGC-AAAA----AAAA-A---------------TTTTT-TTCA--T-ATTC---AAATGTAAATTT---TTGACATAGGATTT-CGATGGAC---TTCTTTGTGCC---AT-------------------------------CT--CT-----GCC----A-AAA-A-ACACTGGATCCGCCAgtacccc


blockSeqs                     :                                               . AA   GGGGCTGTTTAGGCGCACCTGACATACTCTCCCTCTC                       CTGGGGC     ATC     ATAATGTGTGTCT         GT      A  T TTC            ACC T            G        AGT           TAA   TGTTCTCTCCCATTACACAGCCCC            CCCCA   CCCTG    C T
blockSeqs                     :                                               . .    GAAGGGGGTTGGGTAGGTATACCCGGCACG                              TCT         TTT     CATCCGAGG             T       .  T .              .   .            .        TT            CA    CACGCCCTGGGACT                      TC      ATA      . .
blockSeqs                     :                                               . .    AGGTGGGGATGGGGTGCTTGGCCTGCG                                 TCT         TTT     TATATATT              A       .  T .              .   .            .        .             CA    TGTGCCCCCT                          .       GA       . .
blockSeqs                     :                                               . .    GATTTGGTTTGGGTACGTGTGCG                                     TGT         CTC     ACATAGT               T       .  C .              .   .            .        .             CA    TGTGCCTCCT                          .       A        . .
blockSeqs                     :                                               . .    TGGCAGGTGAAATG                                              TCC         TTA     ACATACT               T       .  T .              .   .            .        .             CA    TGCACCCCCT                          .       G        . .
blockSeqs                     :                                               . .    GGGGAAGGGGGAA                                               CAC         CAT     ACATTTT               T       .  T .              .   .            .        .             TA    TGTGCCCTCT                          .       A        . .
blockSeqs                     :                                               . .    AGGGGTAAG                                                   CAT         TTC     ACATAAT               T       .  G .              .   .            .        .             CA    TGCTCCCCA                           .       A        . .
blockSeqs                     :                                                                                                                  TAT         GTC     TATAGT                T       .  T .              .   .            .        .             CA    CGTATCCCA                           .       G        . .
blockSeqs                     :                                                                                                                  .           TT      CATTCG                T       .  T .              .   .            .        .             TG    TGCGCCCCA                           .       G        . .
blockSeqs                     :                                                                                                                  .           .       AAAACC                T       .  T .              .   .            .        .             TT    TGTGTCCC                            .       G        . .
blockSeqs                     :                                                                                                                              .       AC                    T       .  T .              .   .            .        .             CA    TGCGACCC                            .       A        . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                      A                     .       .  T .              .   .            .        .             CA    TCATCCCT                            .       G        . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .       .  . .              .   .            .        .             T     TGTGCCCC                            .       A        . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .       .  . .              .   .            .        .             C     CACTCC                              .       C        . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .       .  . .              .   .            .        .             .     CCT                                 .       G        . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                        .   .            .        .             .     CT                                  .       A        . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                         .        .             .     .                                   .       .        . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                         .        .             .     .                                   .       .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                         .        .                                                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                                  TNT*****            ACATACT**********                                                                               TGCGCCCCCT************************
originalCons                  :                                NNCAAGGGCAGATTC-A--GGGGA----GGTT-GGG-TAGG-----T------G-GA----ACG-------------CCCCCC----GC-AAAATTCGAAAA-ACA-----TN-CT---TTTTT-TTCACAT-ATTC---AAACCTAAATTT---T-AACTTAGGATTT-CCGTGGCC---TTCTTTGCGCCC-AATGTGC----------------GC--C------CC--CT-----AAC----G-AAA-A-TTCCTGGATCCGCCA
finalCons                     :                                NNCAAGGGCAGATTC-A--GGGGA----GGTT-GGG-TAGG-----T------G-GA----ACG-------------CCCCCTNT-----AAAATTCGAAAAACATACT----------TTTTT-TTCACAT-ATTC---AAACCTAAATTT---T-AACTTAGGATTT-CCGTGGCC---TTCTTTGCGCCC-AATGTGCGCCCCCT------------------------CT-----AAC----G-AAA-A-TTCCTGGATCCGCCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TCTTTACAATCAGTATGCACCCCCTCTAACAGAAATTGCTTGA
Unaligned ( gi|22 ): CGCCCCCCTCGCCAAAAGATCCTGGATCCGCCCGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                      9999999999999999999999999999999999999999999999999999999      11111              2222222222222222222                                                                                     1111111111111111     111111        11111                     
lowQualScore                  :                                               5 66   8888888888888888888888888888888888888888888888888888888   3  33333    3 9999    8888888888888888888     444      2  1 444     1      444 2     0      2       333 22      0  4444 2     3333333333333333     000000  333   00000   2 2               
lowQualScore                  :                                               . ..   .......................................................   .  .....    . ....    ...................     ...      .  . ...     .      ... .     .      .       ... ..      .  .... .     ................     ......  ...   .....   . .               
lowQualScore                  :                                               0 99   7777777777777777777777777777777777777777777777777777777   6  88888    3 2222    4444444444444444444     666      5  1 444     7      111 4     9      0       555 88      6  7777 0     2222222222222222     666666  555   99999   0 1               
consensus                     :                                NNCAAGGGCAGATTC-A--GGGGA----GGTT-GGG-TAGG-----T------G-GA----ACG-------------CCC-CCTN---TAAA-ATTCGAAAA-ACATA--------CT---TTTTT-T-TCACAT-ATTC---AAACCTAAATTT---T-AACTTAGGATTT-CCGTGGC---C--TTCTTTGCGCCCAA-TGTGC----------------GCCCC----CTCT---AAC---G-AAA-A-TTCCTGGATCCGCCA
Reference ( family-2163 )     :                                NNCAAGGGCAGATTC-A--GGGGA----GGTT-GGG-TAGG-----T------G-GA----ACG-------------CCC-CCTN---TAAA-ATTCGAAAA-ACATA--------CT---TTTTT-T-TCACAT-ATTC---AAACCTAAATTT---T-AACTTAGGATTT-CCGTGGC---C--TTCTTTGCGCCCAA-TGTGC----------------GCCCC----CTCT---AAC---G-AAA-A-TTCCTGGATCCGCCA
gi|1                          :                                                                                                                -CCGC---TAAA-ATTAGAGAA-A-------------T---GTTTT-T-CCAAAT-ATTC---AGACCTAAATTT---A-AACTCGGAATTT-CCGTGGA---C--CTCTTTGCGACCAA-TGTCC----------------ACCCC----A-CT---AAC---G-AAA-A--CCCAGGATCTGCCA
gi|10                         :                                                                               caagggcgaattcaaagggaccccctctgtcccctttccccccacaaacacaAAA-ACATA--------GT---TTTTT-T-TCCCAT-ATTCTTCAAGCATGAATTT---C-AACT-AAGTTTT-TTGTTGC---C--TTCTTTGCACCCAA-TGTGTTCTCTCCCATTACACAGCCCC----CTCCCCAAAC---A-AAACATTTCCTGGATCTGCa
gi|11                         :                                                                                                                                     A-GCATA--------TA---TGTTT-TATCACAT-ATTT---AAACATGAATTT---T-AACTCAGGATTT-CTGTAGC---T--TTCTTTGCGCCCAA-TGCAC----------------GCCCTGGGACTCT---TAC---G-AAA-A-TACCTGAATCTGCCacttg
gi|12                         :                                                                                         aaatcgG-------------CCC-CCTC---TAAA-AATCGAAAA--TATA--------GT---TTTTTGT-TCACAT-ATTT---AAACC------T---T-A--TTAAAGTTT-CTGTGGCTAGT--TCCTTTGCA-------------------------------C----CTCT---AAC---A-AAA-C-TTCCTGGATCCACCcc
gi|13                         :                                                                                                                                                   gtT---TCTTT-T-TTAAAT-ATCC---AAACCTAAATTT---T-AACTTAGGATTT-TCGTAGA---C--TTCTTTACACCCAA-TGTGC----------------TCCCC----ACCC---ACCCCTG-AAA-A-TTTCTGGAACTGCCcatg
gi|14                         :                                                                                                                       agAAA-GTTTGAAAG--CAT----------T---CGTTT-C-CCACAT-AT-------ACC-AGATATACCT-GTCTTAA-ATTT-TCCTGGC---C--TTCTTTGCGTC--A-TATGT----------------GTCCC-----------AAC-----ACA-A-TTCCTGGATCCGCCAcat
gi|15                         :                                     cGGGAGATTCCA--AGGGA----GGAT-TCA-TACT-----T--------------ACT-------------CCC-C---------A-ATTTGAAAT-ACATA--------CT---TTGTT-T-TCACAT-ATTC---AAACC-A----------AACTTACGATTT-CCGTGGC---C--TTCTTTGCGCCc
gi|16                         :                                                                                                                                                      ---TTTTG-T-TCACAT-ATTT---AAACCTAAATTT---T-AGCTTCGGATTT-CTGTGGT---C--TTTGTTGCATCCAA-TGTGT----------------GCCCC----CTCT---CAC---A-AAA-A-TACCTGGATCCACCt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                   gagGGAGTTGCTGTGGT---C--TTCTTTGCGCATAA-TGTGC----------------GACCC----CTTC---AAT---G-GAA-A-TTACTGGGTCCACCca
gi|18                         :                                                                                                                                                                                        TTT---T-AACATAGGATTT-ATGCG--------TTTTTT-----------TGC----------------GCCCC----CTCT---AAC---G-AAA-A-TTCCTGGATTCGTCcat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                            -CCATGGC---C--TTCTTTGTGACCAA-GGCGT----------------ATCCC----A-CT---AAC---G-AAA-A-TCCCTGTATCTGCCAcatg
gi|2                          :                                   AAGGGCGAATTC-A--GGGGATTT-GGTTTGGG-TACG-----T------GTG------CG-------------CCC-CCTC---TAAA-ACTCTAAAATATATA--------TT---TTTTT-----ATAT-AT-C---AAACCTAAATTT---T-AACTTCAGATTT-CTGTGGC---CTTTTTTTTCTGCCCAA-TGT-C----------------A-TCC----CTCT---ACC---A-AAA-A-TTCCTGGATCCGCC
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                   TTAGGATTT-CTGTGGC---C--TT---TGAGCCTAAATGTGT----------------GCCTC----CTCT---AAC---G-AAA-ca
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                           TCTTTACAATCAG-TATGC----------------ACCCC----CTCT---AAC---A-GAA-A-TTGCTTGAg
gi|3                          :                                   AAGGGCAGATTC-A--GGGGAAGGGGGTT-GGG-TAGG-----TATACCCG-GC----ACG-------------CCC-CCTG---TAAA-ATTAGAAAA-AAA-A--------CC--------------CCT-AAGC---TAACCTAAATTT---T-AACTTGGGATTT-TCGTGGC---C--ATTTTTGCACTTGG-TGTGC----------------ACCCC----CTCT---AAC---A-AAA-A-TTCCTGGATC
gi|4                          :                                       GTAGATTC-A--GAG-A----GGTG-GGGATGGGGTGCTT------G-GCCT--GCG-------------CCC-ACTCC--TAAACAT---AAAA-A-ATAATGTGTGTCT---TTCTT-T-TCACATAATTT---AAACCTAAATTT---A-AATTT-TGATTT--------------TT-----------A-TGTGC----------------GCCCC----A-CT---AACAT-A-AAA-A-ATCCTGGATCCGCCaaccca
gi|5                          :                              aaatCAAGGGCAGATTC-A--GGG---------T-GG--CAGG-----T------G-AA----ATG-------------CGC-CCCA---CAAA-ATTCGAAAA-ACATT--------TT---TTTTT-T-CCACAT-GTTC---AAGCTTTAATTT---T-AACTTTGGATTT-TCGTGGC---C--TTCTTTGCGCTTTA-TGTGT----------------GCCCC------CT---AAC---C-AAA-A-TTTCTGGATCTGCCAcac
gi|6                          :                                                                                              tg-------------CCT-CCCA---TAAA-AGTCGAA----CATC--------CGAGGTGTTT-T-TCACAT-ATTC---AAACCTAAATTT---T-AACATAGGCTTT-GCAT--C---A--TTTTTT----TCAA-TG------------------------------------AC---G-AAA-G-TTCCTGGATCCACC
gi|7                          : agaggcggacacaaggtgtgggggttcctctttaAAGGGCGGATTC-AAAGAGGG----GGCT-GTT-TAGG-----C------G-CACCTGACATACTCTCCCTCTCCCC-CCTA---TAAA-ATT---AGA-ACATA--------AT---TTTTC------------------------AATTT---T-AACTTAGGATCT-CCGCGTC---T--TTCTTTTCGC---------C----------------ACTCC----C------AGC---GAAAA-A-TTCCTTGATCCGCtatacagtctcatgtg
gi|8                          :                                  CAAGGGCAGATTC-T--GGGG----------GGG-AAGG-----G------G-GA----A------------------------------------GAAA-AC----------------TTTTT-T-TCATAT-ATTT---AAATCTAAATTT---T-AACTTTGGATTT-CTGTAGC---C--TTCTTTACACCCAA-TGTGT----------------GCCCT----CTCT---AAC-----AAA-A-TTCCTGGATac
gi|9                          :                                tcCAAGGGCAGATTC-A--AAG-A----GG----GG-TAAG------------------------------------CTCACCTGGGGCAAA-A----AAAA-A-----------------TTTTT-T-TCA--T-ATTC---AAATGTAAATTT---TTGACATAGGATTT-CGATGGA---C--TTCTTTGTGCC--A-T-----------------------------CTCT---GCC---A-AAA-A-ACACTGGATCCGCCAgtacccc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CGCCCCCCTCGCCAAAAGATCCTGGATCCGCCCGT