lowQualScore : 2222 111111111 222 44444444444 5555555555555555555555555555555555 2222222 22222222 1 22222222222 55555555 11 1 2222 1 1 1111 555555555 1 6666666 1
lowQualScore : 1111 666666666 222 5 0 7 11111111111 8 9999999999999999999999999999999999 77 0 5 2 5 4444444 1 5 00000000 3 00000000000 4 66666666 1 44 666 888888 55 77 2 3 0 88 22 7777 3 2 5 3 5 7777 2 0000 8 333333333 3 6 6 3333333 0 2
lowQualScore : .... ......... ... . . . ........... . .................................. .. . . . . ....... . . ........ . ........... . ........ . .. ... ...... .. .. . . . .. .. .... . . . . . .... . .... . ......... . . . ....... . .
lowQualScore : 2222 000000000 555 0 8 0 00000000000 2 2222222222222222222222222222222222 99 9 7 7 7 0000000 4 7 33333333 3 55555555555 4 44444444 8 22 444 666666 00 77 9 7 9 77 33 1111 4 5 0 1 6 4444 4 6666 3 333333333 3 0 0 5555555 5 5
consensus : ACAAGAACGATGTCAACATTGT----ATGACACATGCCC-C-C-GGAAANTGCTGCGATAGAAATATTATATANT--ATATCGAATCAAG--AGCT--TTTT-----GCAATAC-TAT-G--AA--TTCC-GAAAA-GGNA-----CATT-AACT---GGAG-AAAAA-ACAATCNG-ACC-A-G-A-TATCCCGATAACATGCGCATGTCCAC-TTGA---TGTTGATGATG--T--ATACCAAGTTTGAATTGAAT-CCCATGTAAACTGTAGGAGG-AGTTGAAGTCACGAAGTACAGA----TGTAAAA---------AT-ACTACTATGTTGTAATAAGTTGCNAAGTCGANAA
Reference ( gi|4 ) : ACAAGAACAATGTCAACATTGT----ATGACACATGGCC-C-C-AGATGTTGCTGTGATAGAAATATTGTATATT--ACATTGAATCAGG--AGAT--TTTT-----GTAATA--TATAG--AA--TTTC-AAAGA-GGAA-----CATT-AACT---GGAG-AAAAA-ACAATCTG-ACT-A-G-A-TATTCCGTTTGCATGTGCATGTCTAT-TTGA---TGTTGATAATG--T--ATACCACATTTGAAATGAAC-CTTATGTAAAGGGTAGGAGG-AGATGAAATCATGAGGTTCAGA----TGTAATA---------AT-ACTACCATGCTGCTCTA--TTGTGAAGTCGACAAGTGG
gi|9 : ACAAGAACGATGACAACATTGT----ATGACATATGCTC-C-T-AGAAAATGATGTGATAG-AATATTATGTAAT--ATATCAAATCAAG--AACA--TTTT-----GCAA-----------AG--TTCA-AAAAA-GGAC-----CATT-AACT---GAAGAAAAAA-ACAATCTG-ACC-ATG-A-CACCCCAACAAAATATGGAT-CCCAC-TTGA---TGTTGATGATA--T--
gi|13 : caaaACAAAAACAATGTGATCATTGT----ATGATACAAGACT-C-C-GGAAATTACTGCGATAGAAACA-TGCA-A----AAAATGAATCAAGCCAG-C--GTCT-----GCACTG--T---C--AA--GTCCGAAACA-GG--------ATT-AACT---CGCGTAAAAACACAATCGG-ACT-
gi|16 : caatACAAGAAAGATATCAACATTGTATGAATGACACATGCCC-CTC-TGAAAATGCT-CGATAGAAATA----ATACTTAATATCAAATTAAC--TGCT--TTCT-----GTAg
gi|17 : aACAAGCACAATGTCAAAATTGT----ACGACACATGCCCAC-CAAGAGGTGG--GTAGTAAAAAg
gi|15 : aGCTGTGATAGAAA-ATTATATGTA--ATATTGAATCAAG--TGCT--ATTT-----GTAATAC-TATA---AA--TTTC-GAAAC-AGAG-----CA-T-AACTC--ATAA-AAATA-ACAATATGCACT-T-A-A-TGTT
gi|8 : AGT--AGATAGTTTTATGTAGTAATACCTATTATTAA--TGTC-GGAAA-AGGA-----TATTTAA------GAC-AAAAATACAATCGG-ATC-G-G-AATATTCCGACACCATGAACATGCCTATGTTGAATATATTTATA-----T--ATACCAAACTTGAACTGAAT-CCTACGTAAACTTTATGATG-TGTTGAAATACCGATATTTAGA----TAT
gi|1 : TT-----GCAAAA--TATTGTAAAGGCTTA-AAAGG-GGTA-----C--T-AACT---CAAG-AAAAACACAATC-------A-G-A-CACT--------ATGTGCGTGGTCAC-TTGA---TGCTGACAATG--TATATACCAAATTTCAATTGAAT-CCCATGTA-----TA--------ACGAAGTCACAAAGAACAGA----AGTAAAAAAAAACAATAT-ACTACTATGTTG---TAAGTTGCAAAGTCAAAAA
gi|2 : ATAG--CA--TTGC-AAAGAAGGAAATGGGTATT-AATTCACGGAA-GAACA-ACATTCTG-AC----A-A-TATC----TT-------CATGTCTAT-TTGA---TGTTGAT---G--T--ATACCAAGTTTGGATTGAAT-CCCATGTAAGCTGCAGGAGG-AG------TCACAAAGCATAGA----TGCAAAA---------AT-ACGACtaggagcatacctcataatagaaaaaaaccgacaggaacgtcctggcaacatacgcttatagccttggtgtaaatgatgtaaacaaagtttcaacttaatccaatgtaaactgtgagaagatttaagtcacgaagtacatatgctaaagcgtgacggacggatggacggacagtttaaacatagtatgcatccgaatgcatagtaaaatagatataaagtactcatgaactcaataaat
gi|6 : tatgtaataacattgtaaagtggaaaaagggctttaactcatagaaaaacaatatgctgaaatttctgcaagtccatttggtgatgatgatgatgatgataccaagtttgggttaaaacaatgcaaaatattactatgta--AA--GTCC-AAAAA-TGTG-----CATT-ATCT---GAAG-AAAAA-ACAATCTG-AGC-A-GAA-TATCTTGATAATAGGTGCATGTCCAC-TTAA---T-------ATG--T--ATACCAAGTTTGAAAACAATAGTTATGTAAACTGTAGAAGACAAATGAAGTCGGCAAGTACAGA----TACAAagacagaatgagacggacagctgcacagacagttttaacact
gi|12 : attgtaAG-AAAAA-ACATTTCT-ATTGA-A-A-TGTCCCGAAAATATGCGCGCGTCT-C-TTGA---TATTGATGAAA--C--CTATCAAGTTT--------C-CTT---TAAATTGTAAGATG-AGTTGAACTCACGCAGTACATA----TGTaagtgtgacaggcagagtgatgggctgatggacaat
gi|3 : tgtacagtcgacaaagttgcacacttcaAAAA-ACAATCAA-ACTGA-A-A-TGTT-CGATAACGTGCGCATGTCTGT-TTGA---TGTTGTTGGTG--T--ATAAAGAGTTCCGGTTGAAT-CCTTTGTGAACTG-AGGAGG-AGTTGAAATCACGAAGTACACA----TATAta
gi|7 : tacttactaatattgtaaagtaaaaactaaagacatttaactcataaaaagcaatatgactggaacgtcgattatgtataccaagtttggagggacaggagttgcaatcagaatcgacatcgtatattgaaatactacgttttgtatgtcatactattgttaagccatttactcctgac-A-CATTCCAATAATATGGGAATGAACAC-TTTA---TGTTGATGATA--T--ATGCTAAGTTTAAATTAAAT-CTGATCTAATCTGTAAAAGG-AGCTCAAGTTTCGAAATCCAGA----t
gi|11 : aCATGTTAATATCTAC-TTGA---TGTTGATCATG--T--ACACTAatctgtcaaagtgtgacagaaggaatgagtgacagtaggaatgacagacagacagatggatgatcaaacagacagtttaaacag
gi|14 : cggaccggaacaacggaacaatatgtgcacgttcatgtgatattgatgattaagaccaagtttgaattaaatccATGCACACGTCCAC-TTAA---TGTTGATGATGGAT--ATACTAAGCGTGAATTAAAT-AGCATGTAAACGTCAGAATG-AATTGTGCTTACAAAATACAGAATATTATAGTA---------ATAACTTCTATGTTGTAATA--TTGTTAAGTCGACagacgcgaaatacagacgaaaaagtgaggcggacggacaga
gi|11 : ATGTGCACGTTCAT-GTGA---TATTGATGATT--A--AGACCAAGTTTGAATTAAAT-CCCATGTTAA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TGATGTTGATGAAGTAACCAAGTTAGGGTGAAAACACGAAGTACAGATGGAGTTTTACTACTATTCTGTAATACTGTAAAGTCAAACAAGGGGCACATGTATTTACTCATGAAAAATAAAAACAACAATCGGACCTGAAACGTCTCACACATTTACACTTGACGATGTAAACCAATATGAATTGAAATTGAATCCCACGTGAAC
Unaligned ( gi|10 ): TAACAGAATTAAATTGGATTGGAACGTCCCGACAGTATGCGCAAGGGCACTTAACCTGATCATGAACTGAATCCAATTTAAACTGTAAGATTAAGTACTGATGTAGTAAAACTGTTATTGTGAAACATAGCACGGACGGAAGGACAGTTCAAA
Alignments
lowQualScore : 1111 1 11 111 1111111111 1111 11111111 22222222 3333333333 111111111111111111 1111 111111111 111111 44
lowQualScore : 7777 0 4 1 0 3 0 2 55 6 222 1 3333333333 3 3 3 55 1111 3 3 666 66666666 00000000 2 0000000000 1 888 33 3 777777 4 6666666 33 66666 0 0 2 2 2 55555 2 2 555555555555555555 1 6666 1111 2 0 666666666 4 666666 666 00 33 1
lowQualScore : .... . . . . . . . .. . ... . .......... . . . .. .... . . ... ........ ........ . .......... . ... .. . ...... . ....... .. ..... . . . . . ..... . . .................. . .... .... . . ......... . ...... ... .. .. .
lowQualScore : 0000 0 2 0 8 8 8 2 00 4 444 0 5555555555 0 6 6 00 7777 6 6 444 22222222 44444444 1 1111111111 4 000 11 1 222222 5 3333333 77 77777 5 7 7 6 7 55555 6 8 555555555555555555 1 1111 1111 9 5 000000000 0 444444 555 22 88 0
consensus : ACAAGAACGATGTCAACATTGT----ATGACACATGCCCC-CGGAAANTGCTGCGATAGAAATATTATGTANNATATCGAATCAAG--AGCTTTTTGCAA--TACTGT-AAANTCCGA-AA-AG--GG--GCAT-T-A---ACT---CGAG-AAAAA--------ACAATCNGACC--G-G-A-CGTCCCGACAAC-ATGCGCATGTCCACTTGATGTTGA------TGATG--T----ATA--CCAA-----GTTTGAATTGAAT-CCCATGTA-AAC-TGT-AGGAGG-AGTTG------------AAGTCA----CGAAGTACAGA----TG-TAAAA---------AT-ACTAC------TATGTTGTAATA--TTGTNAAGTCGACAA
Reference ( family-2140 ) : ACAAGAACGATGTCAACATTGT----ATGACACATGCCCC-CGGAAANTGCTGCGATAGAAATATTATATANTATATCGAATCAAG--AGCTTTTTGCAA--TACTAT-GAATTCCGA-AA-AG--GN--ACAT-T-A---ACT---GGAG-AAAAA--------ACAATCNGACC--A-G-A-TATCCCGATAAC-ATGCGCATGTCCACTTGATGTTGA------TGATG--T----ATA--CCAA-----GTTTGAATTGAAT-CCCATGTA-AAC-TGT-AGGAGG-AGTTG------------AAGTCA----CGAAGTACAGA----TG-TAAAA---------AT-ACTAC------TATGTTGTAATAAGTTGCNAAGTCGANAA
gi|1 : TTGCAAAATATTGT-AAAGGCTTA-AA-AG--GG--GTAC-T-A---ACT---CAAG-AAAAAC-------ACAATCAGAC-------------------ACTATGTGCGTGGTCACTTGATGCTGA------CAATG--T----ATATACCAA-----ATTTCAATTGAAT-CCCATGTATAAC----------------G------------AAGTCA----CAAAGAACAGA----AG-TAAAAAAAAACAATAT-ACTAC------TATGTTG---TAAGTTGCAAAGTCAAAAA
gi|1 : AG-AAAAA--------A--A-CCGACA--G-G-AACGTCCTGGCAAC-ATACGCTTATAGCCTTGGTGTAAA------TGATG--T----AAA--CAAA-----GTTTCAACTTAAT-CCAATGTA-AAC-TGT-GAGAAG-A-TTT------------AAGTCA----CGAAGTACATA----TGCTAAAtaggagcatacctcataatagaaaaaaaccgacaggaacgtcctggcaacatacgcttatagccttggtgtaaatgatgtaaacaaagtttcaacttaatccaatgtaaactgtgagaagatttaagtcacgaagtacatatgctaaagcgtgacggacggatggacggacagtttaaacatagtatgcatccgaatgcatagtaaaatagatataaagtactcatgaactcaataaat
gi|10 : ttgcaaaatattgtaaaggcttaaaaggggtactaactcaagaaaaacacaatcagacactatgtgcgtggtcacttgatgctgacaatgtatataccaaatttcaattgaatcccatgtataacgaagtcacaaagaacagaagtaaaaaaaaacaatatactactatgttgtaagttgcaaagtcaaaaataggagcatacctcataatAATTGGATT--G-G-AACGTCCCGACAGT-ATGCGCAAGGGCACTTAAC-CTGA------T-----------------CA---------TGAACTGAAT-CCAATTTA-AAC-TGT-AAGA-----TT-------------------------AAGTACTGA----TG-TAGTA---------AA-ACTGT------TA--TTGTGAgcgtgacggacggatggacggacagtttaaacatagtatgcatccgaatgcatagtaaaatagatataaagtactcatgaactcaataaat
gi|11 : taacagaattaACAAT-ATGTGCACGTTCATGTGATATTGA------TGATT--A----AGA--CCAA-----GTTTGAATTAAAT-CCCATGTT-AATATCT-ACTTGA-TGTTGATCATGTACACTAAGACG----CGAAATACAGA----CG-AAAAA---------GT-aacatagcacggacggaaggacagttcaaa
gi|12 : cggaccggaacaacggaCGACAA-AGTTGC--ACAC-T-------T---CAAG-AAAAA--------ACATTTCTATTG-A-A-A-TGTCCCGAAAAT-ATGCGCGCGTCT-CTTGATATTGA------TGAAA--C----CTA--TCAA-----GTTT-----------CC-TTTA-AAT-TGT-AAGATG-AGTTG------------AACTCA----CGCAGTACATA----TG-Tgaggcggacggacaga
gi|13 : tgtacagtACAAAAACAATGTGATCATTGT----ATGATACAAGACTC-CGGAAATTACTGCGATAGAAACAT---GCAAAAAAT-GAATCAAGCCAGCGTCT-GCA-----CTGT-CAAGTCCGA-AACAG--G-----AT-T-A---ACT---CGCGTAAAAAC-------ACAATCGGACta
gi|14 : caat-ATGCACACGTCCACTTAATGTTGA------TGATGGAT----ATA--CTAA-----GCGTGAATTAAAT-AGCATGTA-AAC--GTCAGAATG-AATTG------------TGCTTA----CAAAATACAGAATATTA-TAGTA---------ATAACTTC------TATGTTGTAATA--TTGTTAAGTCGACtg
gi|15 : GCTGTGATAGAAA-ATTATATGTAATATTGAATCAAG--TGCTATTTGTAA--TACTAT-AAATTTCGA-AA-CA--GA--GCA--T-A---ACTC--ATAA-AAATA--------ACAAT
gi|16 : ACAAGAAAGATATCAACATTGTATGAATGACACATGCCCCTCTGAAAATGCT-CGATAGAAATAATACTTA--ATATCAAATTAAC--TGCTTTCTGTAatgcacttaatgtt
gi|17 : aACAAGCACAATGTCAAAATTGT----ACGACACATGCCCg
gi|2 : aGA-AA-AA--GG--GCTT-T-A---ACT---CATA-GAAAA--------ACAAT---------------ATGCTGA-AAT-TTCTGCAAGTCCATTTGGTGATGA------TGATGA-TGATGATA--CCAA-----GTTTGGGTTAAA--ACAATGCA-AAaccaagaggtgggtagtaaaaa
gi|2 : tatgtaataacattgtaaagtgGG-AA-AT--GG--GTAT-T-A---ATTCACGGAA-GAACA--------ACATTCTGAC-----A-A-TATCTT------------CATGTCTATTTGATGTTGA------T---G--T----ATA--CCAA-----GTTTGGATTGAAT-CCCATGTA-AGC-TGC-AGGAGG-------------------AGTCA----CAAAGCATAGA----TG-CAAAA---------AT-ACGAC------atattactatgtaatagcattgcaaagaaggaaatgggtattaattcacggaagaacaacattctgacaatatcttcatgtctatttgatgttgatgtataccaagtttggattgaatcccatgtaagctgcaggaggagtcacaaagcatagatgcaaaaatacgacagacagaatgagacggacagctgcacagacagttttaacact
gi|3 : tatgtaataacattgtaaagtggaaaaagggctttaactcatagaaaaacaatatgctgaaatttctgcaagtccatttggtgatgatgatgatgatgataccaagtttgggttaaaacaatgcaaaatattactatgtaatagcattgcaaagaaACGTCGA------TTATG--T----ATA--CCAA-----GTTTGGAGGGA---C-------------------AGG-AGTTG------------CAATCAGAATCGACAT-CGTA----TA-TTGAA---------AT-ACTACGTTTTGTATGTCATACTA--TTGTTAAGCCagacagaatgagacggacagctgcacagacagttttaacact
gi|3 : tacttactaatattgtaaagtaaaaactaaagacatttaactcataaaaagcaatatgactggaAAAA--------ACAATCAAACTG-A-A-A-TGT-TCGATAAC-GTGCGCATGTCTGTTTGATGTTGT------TGGTG--T----ATA--AAGA-----GTTCCGGTTGAAT-CCTTTGTG-AAC-TG--AGGAGG-AGTTG------------AAATCA----CGAAGTACACA----TA-TAatttactcctgacaaaaacaatcaaactgaaatgttcgataacgtgcgcatgtctgtttgatgttgttggtgtataaagagttccggttgaatcctttgtgaactgaggaggagttgaaatcacgaagtacacatatat
gi|4 : tacttactaatattgtaaagtaaaaactaaagacatttaactcataaaaagcaatatgactggaacgtcgattatgtataccaagtttggagggacaggagttgcaatcagaatcgacatcgtatattgaaatactacgttttgtatgtcatactattgttaagccatttactcctgacACAAGAACAATGTCAACATTGT----ATGACACATGGCCC-CAGATGTTGCTGTGATAGAAATATTGTATATTACATTGAATCAGG--AGATTTTTGTAA--TA-TATAGAATTTCAA-AG-AG--GA--ACAT-T-A---ACT---GGAG-AAAAA--------ACAATCTGACT--A-G-A-TATTCCGTTTGC-ATGTGCATGTCTATTTGATGTTGA------TAATG--T----ATA--CCAC-----ATTTGAAATGAAC-CTTATGTA-AAG-GGT-AGGAGG-AGATG------------AAATCA----TGAGGTTCAGA----TG-TAATA---------AT-ACTAC------CATGCTGCTCTA--TTGTGAAGTCGACAAt
gi|5 : TG------------AAAACA----CGAAGTACAGA----TG-GAGTT---------TT-ACTAC------TATTCTGTAATA--CTGTAAAGTCAAgtgg
gi|5 : tgatgttgatgaagtaaccaagttagggTTCTGTAA--TACTGT-AAAGTCAAA-CA-AG--GGGCACATGT-ATTTACT---CATG-AAAAATAAAAACAACAATCGGACCTGA-A-A-CGTCTC----AC-A----CATTTACACTTGACG------------ATG--T----AAA--CCAATATGAATTGAAATTGAAT-CCCACGTG-AAC-acaaggggcacatgtatttactcatgaaaaataaaaacaacaatcggacctgaaacgtctcacacatttacacttgacgatgtaaaccaatatgaattgaaattgaatcccacgtgaac
gi|6 : tgatgttgatgaagtaaccaagttagggtgaaaacacgaagtacagatggagttttactactaATTGT-AAAGTCCAA-AA-AT--GT--GCAT-T-A---TCT---GAAG-AAAAA--------ACAATCTGAGC--A-GAA-TATCTTGATAAT-AGGTGCATGTCCACTTAAT-------------ATG--T----ATA--CCAA-----GTTTGAAAACAATAGTTATGTA-AAC-TGT-AGAAGACAAATG------------AAGTCG----GCAAGTACAGA----TA-CAAAA---------GT-
gi|7 : -A-CATTCCAATAAT-ATGGGAATGAACACTTTATGTTGA------TGATA--T----ATG--CTAA-----GTTTAAATTAAAT-CTGATCTA-ATC-TGT-AAAAGG-AGCTC------------AAGTTT----CGAAATCCAGAATC-TG-TCAAA---------GT-gtgacaggcagagtgatgggctgatggacaat
gi|8 : a--TATTAT-TAATGTCGG-AA-AA--GG--ATAT-TTA---A------GAC-AAAAAT-------ACAATCGGATC--G-G-AATATTCCGACACC-ATGAACATGCCTA-----TGTTGAATATATTTATA--T----ATA--CCAA-----ACTTGAACTGAAT-CCTACGTA-AAC-TTT-ATGATG-TGTTG------------AAATAC----CGATATTTAGA----TA-Tgtgacagaaggaatgagtgacagtaggaatgacagacagacagatggatgatcaaacagacagtttaaacag
gi|9 : agtagatagttttatgtagtaataccACAAGAACGATGACAACATTGT----ATGACATATGCTCC-TAGAAAATGATGTGATAG-AATATTATGTAATATATCAAATCAAG--AACATTTTGCAA----------AGTTCAAA-AA-AG--GA--CCAT-T-A---ACT---GAAGAAAAAA--------ACAATCTGACC--ATG-A-CACCCCAACAAA-ATATGGAT-CCCACTTGATGTTGA------TGATA--T----
Alignments
lowQualScore : 1111 1 1 11 111 111111 1111111111 1111111111 2222222222 111111111111111111 1111 111111111 111111
lowQualScore : 7777 0 4 1 0 0 1 1 22 6 222 6 000000 3 1 7 3 6 3 888888 3 4444444444 3 1111111111 2 2 6666666666 1 22 2 666666 2 55 5555 0 33 66666 0 0 2 2 2 55555 2 2 555555555555555555 1 6666 1111 2 0 666666666 4 666666 1 1 8
lowQualScore : .... . . . . . . . .. . ... . ...... . . . . . . ...... . .......... . .......... . . .......... . .. . ...... . .. .... . .. ..... . . . . . ..... . . .................. . .... .... . . ......... . ...... . . .
lowQualScore : 0000 0 2 0 8 6 0 4 66 4 444 0 111111 6 0 4 3 7 7 888888 1 6666666666 1 4444444444 0 9 2222222222 7 88 5 888888 2 66 0000 3 44 22222 5 7 7 6 7 55555 6 8 555555555555555555 1 1111 1111 9 5 000000000 0 444444 7 0 0
consensus : ACAAGAACGATGTCAACATTGT----ATGACACATGCCCC-CGGAAANTGCTGCGATAGAAATATTATGTANNATATCGAATCAAG--AGCTTTTTGTAA--TATTGTA-AAGTCCGA-AA-AGGGGC------ATT-AACT-CA----AG-A-AAA--------A-ACAATCGGA-CCG-G--A-CGTCCCGACAATATGCGCATGTCCACTTGATGTTGA------TGATG--T----ATA--CCA-----AGTTTGAATTGAAT-CCCATGTA-AAC-TGT-AGGAGG-AGTTG------------AAGTCA----CGAAGTACAGA----TG-TAAAA---------AT-ACTAC------TATGTTGTAATATTGTNAAGTC-GACAA
Reference ( family-2140 ) : ACAAGAACGATGTCAACATTGT----ATGACACATGCCCC-CGGAAANTGCTGCGATAGAAATATTATGTANNATATCGAATCAAG--AGCTTTTTGCAA--TACTGTA-AANTCCGA-AA-AGGGGC------ATT-AACT-CG----AG-A-AAA--------A-ACAATCNGA-CCG-G--A-CGTCCCGACAACATGCGCATGTCCACTTGATGTTGA------TGATG--T----ATA--CCA-----AGTTTGAATTGAAT-CCCATGTA-AAC-TGT-AGGAGG-AGTTG------------AAGTCA----CGAAGTACAGA----TG-TAAAA---------AT-ACTAC------TATGTTGTAATATTGTNAAGTC-GACAA
gi|1 : TTGCAAAATATTGTA-AAGGCTTA-AA-AGGGGT------ACT-AACT-CA----AG-A-AAA--------ACACAATCAGA-C---------------AC--TATGTGCGTGGTCACTTGATGCTGA------CAATG--T----ATATACCA-----AATTTCAATTGAAT-CCCATGTATAAC----------------G------------AAGTCA----CAAAGAACAGA----AG-TAAAAAAAAACAATAT-ACTAC------TATGTTGTAA-GTTGCAAAGTC-AAAAA
gi|1 : TTGTAA---GTTGCA-AAGTCAAA-AATAGGAGC------AT--ACCT-CATAATAG-A-AAA--------A-A--A-CCGA-CAG-G--AACGTCCTGGCAACATACGCTTATAGCCTTGGTGTAAA------TGATG--T----AAA--CAA-----AGTTTCAACTTAAT-CCAATGTA-AAC-TGT-GAGAAG-A-TTT------------AAGTCA----CGAAGTACATA----TGCTAAAtaggagcatacctcataatagaaaaaaaccgacaggaacgtcctggcaacatacgcttatagccttggtgtaaatgatgtaaacaaagtttcaacttaatccaatgtaaactgtgagaagatttaagtcacgaagtacatatgctaaagcgtgacggacggatggacggacagtttaaacatagtatgcatccgaatgcatagtaaaatagatataaagtactcatgaactcaataaat
gi|10 : ttgcaaaatattgtaaaggcttaaaaggggtactaactcaagaaaaacacaatcagacactatgtgcgtggtcacttgatgctgacaatgtatataccaaatttcaattgaatcccatgtataacgaagtcacaaagaacagaagtaaaaaaaaacaatatactactatgAATTGGA-TTG-G--AACGTCCCGACAGTATGCGCAAGGGCACTTAAC-CTGA------T-----------------CA---------TGAACTGAAT-CCAATTTA-AAC-TGT-AAGA-----TT-------------------------AAGTACTGA----TG-TAGTA---------AA-ACTGT------TATTGTGAAACATgcgtgacggacggatggacggacagtttaaacatagtatgcatccgaatgcatagtaaaatagatataaagtactcatgaactcaataaat
gi|11 : taacagaattaCGGA-CCG-G--AACAACGGAACAATATGTGCACGTTCATGTGATATTGA------TGATT--A----AGA--CCA-----AGTTTGAATTAAAT-CCCATGTT-AATATCT-ACTTGA-TGTTGATCATGTACACTAAGACG----CGAAATACAGA----CG-AAAAA---------GT-agcacggacggaaggacagttcaaa
gi|12 : TGTA-CAGTC-GACAA-AGTTGC------AC---ACTTCA----AG-A-AAA--------A-ACATTTCTA-TTG-A--AATGTCCCGAAAATATGCGCGCGTCT-CTTGATATTGA------TGAAA--C----CTA--TCA-----AGTTT-----------CC-TTTA-AAT-TGT-AAGATG-AGTTG------------AACTCA----CGCAGTACATA----TG-Tgaggcggacggacaga
gi|13 : ACAAAAACAATGTGATCATTGT----ATGATACAAGACTC-CGGAAATTACTGCGATAGAAA---CATGCAAAAAAT-GAATCAAGCCAGC-GTCTGC-----ACTGTC-AAGTCCGA-AACAGG---------ATT-AACT-CG----CGTA-AAA--------ACACAATCGGA-CTG-ta
gi|14 : caatATGCACACGTCCACTTAATGTTGA------TGATGGAT----ATA--CTA-----AGCGTGAATTAAAT-AGCATGTA-AAC--GTCAGAATG-AATTG------------TGCTTA----CAAAATACAGAATATTA-TAGTA---------ATAACTTC------TATGTTGTAATATTGTTAAGTC-GACA
gi|15 : GCTGTGATAGAAA-ATTATATGTAATATTGAATCAAG--TGCTATTTGTAA--TACTATA-AATTTCGA-AA-CAGAGC------A-T-AACT-CAT---AA-A-AAT--------A-ACAAT
gi|16 : ACAAGAAAGATATCAACATTGTATGAATGACACATGCCCCTCTGAAAATGCT-CGATAGAAATAATACTTA--ATATCAAATTAAC--TGCTTTCTGTAatgcacttaatgtt
gi|17 : aACAAGCACAATGTCAAAATTGT----ACGACACATGCCCg
gi|2 : aAA--CATTGTA-AAGTG-GA-AA-AAGGGC------TTT-AACT-CA----TA-G-AAA--------A-ACAATATG---------------CTGA-AATTTCTGCAAGTCCATTTGGTGATGA------TGATGA-TGATGATA--CCA-----AGTTTGGGTTAAA--ACAATGCA-AAaccaagaggtgggtagtaaaaa
gi|2 : tatgtaatGG-AA-ATGGGT------ATT-AATT-CA----CG-G-AAG--------A-ACAA---------------CATTCTGACAATATCTTCATGTCTATTTGATGTTGA------T---G--T----ATA--CCA-----AGTTTGGATTGAAT-CCCATGTA-AGC-TGC-AGGAGG-------------------AGTCA----CAAAGCATAGA----TG-CAAAA---------AT-ACGAC------atattactatgtaatagcattgcaaagaaggaaatgggtattaattcacggaagaacaacattctgacaatatcttcatgtctatttgatgttgatgtataccaagtttggattgaatcccatgtaagctgcaggaggagtcacaaagcatagatgcaaaaatacgacagacagaatgagacggacagctgcacagacagttttaacact
gi|3 : tatgtaataacattgtaaagtggaaaaagggctttaactcatagaaaaacaatatgctgaaatttctgcaagtccatttggtgatgatgatgatgatgataccaagtttgggttaaaacaatgcaaaatattactatgtaatagcattgcaaagaaACGTCGA------TTATG--T----ATA--CCA-----AGTTTGGAGGGA---C-------------------AGG-AGTTG------------CAATCAGAATCGACAT-CGTA----TA-TTGAA---------AT-ACTACGTTTTGTATGTCATACTATTGTTAAGCC-agacagaatgagacggacagctgcacagacagttttaacact
gi|3 : tacttactaatattgtaaagtaaaaactaaagacatttaactcataaaaagcaatatgactggaC------ATT-TACT-CC----TG-ACAAA--------A-ACAATCAAA-CTGAA--A-TGT-TCGATAACGTGCGCATGTCTGTTTGATGTTGT------TGGTG--T----ATA--AAG-----AGTTCCGGTTGAAT-CCTTTGTG-AAC-TG--AGGAGG-AGTTG------------AAATCA----CGAAGTACACA----TA-TAatttactcctgacaaaaacaatcaaactgaaatgttcgataacgtgcgcatgtctgtttgatgttgttggtgtataaagagttccggttgaatcctttgtgaactgaggaggagttgaaatcacgaagtacacatatat
gi|4 : tacttactaatattgtaaagtaaaaactaaagacatttaactcataaaaagcaatatgactggaacgtcgattatgtataccaagtttggagggacaggagttgcaatcagaatcgacatcgtatattgaaatactacgttttgtatgtcatactattgttaagcACAAGAACAATGTCAACATTGT----ATGACACATGGCCC-CAGATGTTGCTGTGATAGAAATATTGTATATTACATTGAATCAGG--AGATTTTTGTAA--TA-TATAGAATTTCAA-AG-AGGAAC------ATT-AACT-GG----AG-A-AAA--------A-ACAATCTGA-CTA-G--A-TATTCCGTTTGCATGTGCATGTCTATTTGATGTTGA------TAATG--T----ATA--CCA-----CATTTGAAATGAAC-CTTATGTA-AAG-GGT-AGGAGG-AGATG------------AAATCA----TGAGGTTCAGA----TG-TAATA---------AT-ACTAC------CATGCTGCTCTATTGTGAAGTC-GACAAt
gi|5 : TGATGTTGA------TGAAG--T----A-A--CCA-----AGTTgtgg
gi|5 : TG------------AAAACA----CGAAGTACAGA----TG-GAGTT---------TT-ACTAC------TATTCTGTAATACTGTAAAGTCAAACAAagggtgaaaacacgaagtacagatggagttttactactattctgtaatactgtaaagtcaaacaaggggcacatgtatttactcatgaaaaataaaaacaacaatcggacctgaaacgtctcacacatttacacttgacgatgtaaaccaatatgaattgaaattgaatcccacgtgaac
gi|5 : tgatgttgatgaagtaaccaagttagggTTCTGTAA--TACTGTA-AAGTCAAA-CA-AGGGGCACATGTATT-TACT-CA----TG-A-AAAATAAAAACA-ACAATCGGA-CCT-GAAA-CGTCTC-ACA-------CATTTACAC------TTGA------CGATG--T----AAA--CCAATATGAATTGAAATTGAAT-CCCACGTG-AAC-ggggcacatgtatttactcatgaaaaataaaaacaacaatcggacctgaaacgtctcacacatttacacttgacgatgtaaaccaatatgaattgaaattgaatcccacgtgaac
gi|6 : tgatgttgatgaagtaaccaagttagggtgaaaacacgaagtacagatggagttttactactaATTGTA-AAGTCCAA-AA-ATGTGC------ATT-ATCT-GA----AG-A-AAA--------A-ACAATCTGAGCAG-A--A-TATCTTGATAATAGGTGCATGTCCACTTAAT-------------ATG--T----ATA--CCA-----AGTTTGAAAACAATAGTTATGTA-AAC-TGT-AGAAGACAAATG------------AAGTCG----GCAAGTACAGA----TA-CAAAA---------GT-
gi|7 : --A-CATTCCAATAATATGGGAATGAACACTTTATGTTGA------TGATA--T----ATG--CTA-----AGTTTAAATTAAAT-CTGATCTA-ATC-TGT-AAAAGG-AGCTC------------AAGTTT----CGAAATCCAGAATC-TG-TCAAA---------GT-gtgacaggcagagtgatgggctgatggacaat
gi|8 : a--TATTATT-AATGTCGG-AA-AAGGAT------ATTTAA----G----AC-A-AAA--------ATACAATCGGA-TCG-G--AATATTCCGACACCATGAACATGCCTA-----TGTTGAATATATTTATA--T----ATA--CCA-----AACTTGAACTGAAT-CCTACGTA-AAC-TTT-ATGATG-TGTTG------------AAATAC----CGATATTTAGA----TA-Tgtgacagaaggaatgagtgacagtaggaatgacagacagacagatggatgatcaaacagacagtttaaacag
gi|9 : agtagatagttttatgtagtaataccACAAGAACGATGACAACATTGT----ATGACATATGCTCC-TAGAAAATGATGTGATAG-AATATTATGTAATATATCAAATCAAG--AACATTTTGCA---------A-AGTTCAAA-AA-AGGACC------ATT-AACT-GA----AGAA-AAA--------A-ACAATCTGA-CCATG--A-CACCCCAACAAAATATGGAT-CCCACTTGATGTTGA------TGATA--T----
Alignments
lowQualScore : 1111 1 1 11 111 11111 1111111111 33333333333333 111111111111111111 1111 111111111 111111
lowQualScore : 7777 0 4 1 0 0 1 1 22 6 222 5 0 555 3 3 99 3 6 555 9999999999 44 2 00000 5 66 1111111111 66666 22 11111111111111 0 4 2 666666 2 88 5555 0 66666 0 0 2 2 2 77777 2 2 555555555555555555 1 6666 1111 2 0 666666666 5 666666 1 1 8
lowQualScore : .... . . . . . . . .. . ... . . ... . . .. . . ... .......... .. . ..... . .. .......... ..... .. .............. . . . ...... . .. .... . ..... . . . . . ..... . . .................. . .... .... . . ......... . ...... . . .
lowQualScore : 0000 0 2 0 8 6 0 4 66 4 444 6 1 888 1 1 99 1 2 444 7777777777 44 9 88888 7 88 0000000000 77777 66 33333333333333 9 8 4 888888 2 88 0000 3 22222 5 7 7 6 7 44444 6 8 555555555555555555 1 1111 1111 9 5 000000000 7 444444 7 0 0
consensus : ACAAGAACGATGTCAACATTGT----ATGACACATGCCCC-CGGAAANTGCTGCGATAGAAATATTATGTANNATATCGAATCAAG--AGCTTTTTGTAATA---TTGTA-AA-GTCCGA-AA-A---GGGG-C------ATT-AACT-CA----AG-A--AAA--------A-ACA-----ATCGGA-CCG-G--A-CGTCCCGACAATATGCGCATGTCCACTTGA-TGTTGA------TGATG--T----ATACCA-----AGTTTGAATTGAAT-CCCATGTA-AAC-TGT-AGGAGG-AGTTG------------AAGTCA----CGAAGTACAGA----TG-TAAAA---------ATA-CTAC------TATGTTGTAATATTGTNAAGTC-GACAA
Reference ( family-2140 ) : ACAAGAACGATGTCAACATTGT----ATGACACATGCCCC-CGGAAANTGCTGCGATAGAAATATTATGTANNATATCGAATCAAG--AGCTTTTTGTAATA---TTGTA-AA-GTCCGA-AA-A---GGGG-C------ATT-AACT-CA----AG-A--AAA--------A-ACA-----ATCGGA-CCG-G--A-CGTCCCGACAATATGCGCATGTCCACTTGA-TGTTGA------TGATG--T----ATACCA-----AGTTTGAATTGAAT-CCCATGTA-AAC-TGT-AGGAGG-AGTTG------------AAGTCA----CGAAGTACAGA----TG-TAAAA---------ATA-CTAC------TATGTTGTAATATTGTNAAGTC-GACAA
gi|1 : AATA---TTGTA-AA-GGCTTA-AA-A---GGGG-T------ACT-AACT-CA----AG-A--AAA--------ACACA-----ATCAGA-C------A-C----------TATGTGCGTGGTCACTTGA-TGCTGA------CAATGTAT----ATACCA-----AATTTCAATTGAAT-CCCATGTATAAC----------------G------------AAGTCA----CAAAGAACAGA----AG-TAAAAAAAAACAATATA-CTAC------TATGTTGTAA-GTTGCAAAGTC-AAAAA
gi|1 : ttgcaaTTGTAA-G---TTGCA-AA-GTCAAA-AATA---GGAG-C------AT--ACCT-CATAATAG-A--AAA--------A-A-------ACCG-A-CAG-G--AACGTCCTGGCAACATACGCTTATAGCCTTGG-TGTAAA------TGATG--T----AAACAA-----AGTTTCAACTTAAT-CCAATGTA-AAC-TGT-GAGAAG-A-TTT------------AAGTCA----CGAAGTACATA----TGCTAAAtaggagcatacctcataatagaaaaaaaccgacaggaacgtcctggcaacatacgcttatagccttggtgtaaatgatgtaaacaaagtttcaacttaatccaatgtaaactgtgagaagatttaagtcacgaagtacatatgctaaagcgtgacggacggatggacggacagtttaaacatagtatgcatccgaatgcatagtaaaatagatataaagtactcatgaactcaataaat
gi|10 : ttgcaaaatattgtaaaggcttaaaaggggtactaactcaagaaaaacacaatcagacactatgtgcgtggtcacttgatgctgacaatgtatataccaaatttcaattgaatcccatgtataacgaagtcacaaagaacagaagtaaaaaaaaacaatatactactatgA-----ATTGGA-TTG-G--AACGTCCCGACAGTATGCGCAAGGGCACTTAA-C-CTGA------T---------------CA---------TGAACTGAAT-CCAATTTA-AAC-TGT-AAGA-----TT-------------------------AAGTACTGA----TG-TAGTA---------AAA-CTGT------TATTGTGAAACATgcgtgacggacggatggacggacagtttaaacatagtatgcatccgaatgcatagtaaaatagatataaagtactcatgaactcaataaat
gi|11 : taacagaattaCGGA-CCG-G--AACAACGGAACAATATGTGCACGTTCATGTGA-TATTGA------TGATT--A----AGACCA-----AGTTTGAATTAAAT-CCCATGTT-AATATCT-ACTTGA-TGTTGATCATGTACACTAAGACG----CGAAATACAGA----CG-AAAAA---------GTagcacggacggaaggacagttcaaa
gi|12 : TGTA-CA-GTC-GACAA-A---GTTG-C------AC---ACTTCA----AG-A--AAA--------A-ACATTTCTATTGAA--------A-TGTCCCGAAAATATGCGCGCGTCT-CTTGA-TATTGA------TGAAA--C----CTATCA-----AGTTT-----------CC-TTTA-AAT-TGT-AAGATG-AGTTG------------AACTCA----CGCAGTACATA----TG-Tgaggcggacggacaga
gi|13 : ACAAAAACAATGTGATCATTGT----ATGATACAAGACTC-CGGAAATTACTGCGATAGAAA---CATGCAAAAAAT-GAATCAAGCCAGCGTCT----GCA---CTGTC-AA-GTCCGA-AACA---GG----------ATT-AACT-CG----CGTA--AAA--------ACACA-----ATCGGA-CTG-ta
gi|14 : caatATGCACACGTCCACTTAA-TGTTGA------TGATGGAT----ATACTA-----AGCGTGAATTAAAT-AGCATGTA-AAC--GTCAGAATG-AATTG------------TGCTTA----CAAAATACAGAATATTA-TAGTA---------ATAACTTC------TATGTTGTAATATTGTTAAGTC-GACA
gi|15 : GCTGTGATAGAAA-ATTATATGTAATATTGAATCAAG--TGCTATTTGTAATA---CTATA-AA-TTTCGA-AA-C---AGAG-C------A-T-AACT-CAT---AA-A--AAT--------A-ACA-----AT
gi|16 : ACAAGAAAGATATCAACATTGTATGAATGACACATGCCCCTCTGAAAATGCT-CGATAGAAATAATACTTA--ATATCAAATTAAC--TGCTTTCTGTAatgcacttaatgtt
gi|17 : aACAAGCACAATGTCAAAATTGT----ACGACACATGCCCg
gi|2 : aTAACA---TTGTA-AA-GTG-GA-AA-A---AGGG-C------TTT-AACT-CA----TA-G--AAA--------A-ACA-----AT------------A-TG--CTGA-AATTTCTGCAAGTCCATTTGG-TGATGA------TGATGA-TGATGATACCA-----AGTTTGGGTTAAA--ACAATGCA-AAaccaagaggtgggtagtaaaaa
gi|2 : tatgtaaTGTAATAGCATTGCA-AA-G-AAGG-AA-A---TGGG-T------ATT-AATT-CA----CG-G--AAG--------A-ACA-----A---------------CATTCTGACAATATCTTCATGTCTATTTGA-TGTTGA------T---G--T----ATACCA-----AGTTTGGATTGAAT-CCCATGTA-AGC-TGC-AGGAGG-------------------AGTCA----CAAAGCATAGA----TG-CAAAA---------ATA-CGAC------atattactatgtaatagcattgcaaagaaggaaatgggtattaattcacggaagaacaacattctgacaatatcttcatgtctatttgatgttgatgtataccaagtttggattgaatcccatgtaagctgcaggaggagtcacaaagcatagatgcaaaaatacgacagacagaatgagacggacagctgcacagacagttttaacact
gi|3 : tatgtaataacattgtaaagtggaaaaagggctttaactcatagaaaaacaatatgctgaaatttctgcaagtccatttggtgatgatgatgatgatgataccaagtttgggttaaaacaatgcaaaatattactaTAATA---TTGTA-AA-GT--AA-AA-ACTAAAGA-C------ATTTAACT-CA----TA-A--AAA--------G---------------------------------CAATATG---------ACTGGAACGTCGA------TTATG--T----ATACCA-----AGTTTGGAGGGA--------------C--------AGG-AGTTG------------CAATCAGAATCGACAT-CGTA----TA-TTGAA---------ATA-CTACGTTTTGTATGTCATACTATTGTTAAGCC-agacagaatgagacggacagctgcacagacagttttaacact
gi|3 : tacttac-C------ATT-TACT-CC----TG-AC-AAA--------A-ACA-----ATCAAA-CTGAA--A-TGT-TCGATAACGTGCGCATGTCTGTTTGA-TGTTGT------TGGTG--T----ATAAAG-----AGTTCCGGTTGAAT-CCTTTGTG-AAC-TG--AGGAGG-AGTTG------------AAATCA----CGAAGTACACA----TA-TAatttactcctgacaaaaacaatcaaactgaaatgttcgataacgtgcgcatgtctgtttgatgttgttggtgtataaagagttccggttgaatcctttgtgaactgaggaggagttgaaatcacgaagtacacatatat
gi|4 : tacttactaatattgtaaagtaaaaactaaagacatttaactcataaaaagcaatatgactggaacgtcgattatgtataccaagtttggagggacaggagttgcaatcagaatcgacatcgtatattgaaatactacgttttgtatgtcatactattgttaagcACAAGAACAATGTCAACATTGT----ATGACACATGGCCC-CAGATGTTGCTGTGATAGAAATATTGTATATTACATTGAATCAGG--AGATTTTTGTAATA----TATAGAA-TTTCAA-AG-A---GGAA-C------ATT-AACT-GG----AG-A--AAA--------A-ACA-----ATCTGA-CTA-G--A-TATTCCGTTTGCATGTGCATGTCTATTTGA-TGTTGA------TAATG--T----ATACCA-----CATTTGAAATGAAC-CTTATGTA-AAG-GGT-AGGAGG-AGATG------------AAATCA----TGAGGTTCAGA----TG-TAATA---------ATA-CTAC------CATGCTGCTCTATTGTGAAGTC-GACAAt
gi|5 : TGA-TGTTGA------TGAAG--T----A-ACCA-----AGTTgtgg
gi|5 : TG------------AAAACA----CGAAGTACAGA----TG-GAGTT---------TTA-CTAC------TATTCTGTAATACTGTAAAGTCAAACAAagggtgaaaacacgaagtacagatggagttttactactattctgtaatactgtaaagtcaaacaaggggcacatgtatttactcatgaaaaataaaaacaacaatcggacctgaaacgtctcacacatttacacttgacgatgtaaaccaatatgaattgaaattgaatcccacgtgaac
gi|5 : tgatgttgatgaagtaaccaagttagggTTCTGTAATA---CTGTA-AA-GTCAAA-CA-A---GGGG-CACATGTATT-TACT-CA----TG-A--AAAATAAAAACA-ACA-----ATCGGA-CCT-GAAA-CGTCTC-ACA-------CATTTACAC-------TTGA------CGATG--T----AAACCAATATGAATTGAAATTGAAT-CCCACGTG-AAC-ggggcacatgtatttactcatgaaaaataaaaacaacaatcggacctgaaacgtctcacacatttacacttgacgatgtaaaccaatatgaattgaaattgaatcccacgtgaac
gi|6 : tgatgttgatgaagtaaccaagttagggtgaaaacacgaagtacagatggagttttactactaA---TTGTA-AA-GTCCAA-AA-A---TGTG-C------ATT-ATCT-GA----AG-A--AAA--------A-ACA-----ATCTGAGCAG-A--A-TATCTTGATAATAGGTGCATGTCCACTTAA-T-------------ATG--T----ATACCA-----AGTTTGAAAACAATAGTTATGTA-AAC-TGT-AGAAGACAAATG------------AAGTCG----GCAAGTACAGA----TA-CAAAA---------GT
gi|7 : --A-CATTCCAATAATATGGGAATGAACACTTTA-TGTTGA------TGATA--T----ATGCTA-----AGTTTAAATTAAAT-CTGATCTA-ATC-TGT-AAAAGG-AGCTC------------AAGTTT----CGAAATCCAGAATC-TG-TCAAA---------GTgtgacaggcagagtgatgggctgatggacaat
gi|8 : aTA---TTATT-AATGTCGGA-AA-A---GG----------AT---ATT-TA----AG-ACAAAA--------ATACA-----ATCGGA-TCG-G--AATATTCCGACACCATGAACATGCCTA------TGTTGAATATATTTATA--T----ATACCA-----AACTTGAACTGAAT-CCTACGTA-AAC-TTT-ATGATG-TGTTG------------AAATAC----CGATATTTAGA----TA-Tgtgacagaaggaatgagtgacagtaggaatgacagacagacagatggatgatcaaacagacagtttaaacag
gi|9 : agtagatagttttatgtagtaataccACAAGAACGATGACAACATTGT----ATGACATATGCTCC-TAGAAAATGATGTGATAG-AATATTATGTAATATATCAAATCAAG--AAC--------ATT---TTGCA-AA-GTTCAA-AA-A---AGGACC------ATT-AACT-GA----AGAA--AAA--------A-ACA-----ATCTGA-CCATG--A-CACCCCAACAAAATATGGAT-CCCACTTGA-TGTTGA------TGATA--T----
Alignments
lowQualScore : 1111 1 1 11 111 11111 1111111111 33333333333333 111111111111111111 1111 111111111 111111
lowQualScore : 7777 0 4 1 0 0 1 1 22 6 222 5 0 555 3 3 99 3 6 555 9999999999 44 2 00000 5 66 1111111111 66666 22 11111111111111 0 4 2 666666 2 88 5555 0 66666 0 0 2 2 2 77777 2 2 555555555555555555 1 6666 1111 2 0 666666666 5 666666 1 1 8
lowQualScore : .... . . . . . . . .. . ... . . ... . . .. . . ... .......... .. . ..... . .. .......... ..... .. .............. . . . ...... . .. .... . ..... . . . . . ..... . . .................. . .... .... . . ......... . ...... . . .
lowQualScore : 0000 0 2 0 8 6 0 4 66 4 444 6 1 888 1 1 99 1 2 444 7777777777 44 9 88888 7 88 0000000000 77777 66 33333333333333 9 8 4 888888 2 88 0000 3 22222 5 7 7 6 7 44444 6 8 555555555555555555 1 1111 1111 9 5 000000000 7 444444 7 0 0
consensus : ACAAGAACGATGTCAACATTGT----ATGACACATGCCCC-CGGAAANTGCTGCGATAGAAATATTATGTANNATATCGAATCAAG--AGCTTTTTGTAATA---TTGTA-AA-GTCCGA-AA-A---GGGG-C------ATT-AACT-CA----AG-A--AAA--------A-ACA-----ATCGGA-CCG-G--A-CGTCCCGACAATATGCGCATGTCCACTTGA-TGTTGA------TGATG--T----ATACCA-----AGTTTGAATTGAAT-CCCATGTA-AAC-TGT-AGGAGG-AGTTG------------AAGTCA----CGAAGTACAGA----TG-TAAAA---------ATA-CTAC------TATGTTGTAATATTGTNAAGTC-GACAA
Reference ( family-2140 ) : ACAAGAACGATGTCAACATTGT----ATGACACATGCCCC-CGGAAANTGCTGCGATAGAAATATTATGTANNATATCGAATCAAG--AGCTTTTTGTAATA---TTGTA-AA-GTCCGA-AA-A---GGGG-C------ATT-AACT-CA----AG-A--AAA--------A-ACA-----ATCGGA-CCG-G--A-CGTCCCGACAATATGCGCATGTCCACTTGA-TGTTGA------TGATG--T----ATACCA-----AGTTTGAATTGAAT-CCCATGTA-AAC-TGT-AGGAGG-AGTTG------------AAGTCA----CGAAGTACAGA----TG-TAAAA---------ATA-CTAC------TATGTTGTAATATTGTNAAGTC-GACAA
gi|1 : AATA---TTGTA-AA-GGCTTA-AA-A---GGGG-T------ACT-AACT-CA----AG-A--AAA--------ACACA-----ATCAGA-C------A-C----------TATGTGCGTGGTCACTTGA-TGCTGA------CAATGTAT----ATACCA-----AATTTCAATTGAAT-CCCATGTATAAC----------------G------------AAGTCA----CAAAGAACAGA----AG-TAAAAAAAAACAATATA-CTAC------TATGTTGTAA-GTTGCAAAGTC-AAAAA
gi|1 : ttgcaaTTGTAA-G---TTGCA-AA-GTCAAA-AATA---GGAG-C------AT--ACCT-CATAATAG-A--AAA--------A-A-------ACCG-A-CAG-G--AACGTCCTGGCAACATACGCTTATAGCCTTGG-TGTAAA------TGATG--T----AAACAA-----AGTTTCAACTTAAT-CCAATGTA-AAC-TGT-GAGAAG-A-TTT------------AAGTCA----CGAAGTACATA----TGCTAAAtaggagcatacctcataatagaaaaaaaccgacaggaacgtcctggcaacatacgcttatagccttggtgtaaatgatgtaaacaaagtttcaacttaatccaatgtaaactgtgagaagatttaagtcacgaagtacatatgctaaagcgtgacggacggatggacggacagtttaaacatagtatgcatccgaatgcatagtaaaatagatataaagtactcatgaactcaataaat
gi|10 : ttgcaaaatattgtaaaggcttaaaaggggtactaactcaagaaaaacacaatcagacactatgtgcgtggtcacttgatgctgacaatgtatataccaaatttcaattgaatcccatgtataacgaagtcacaaagaacagaagtaaaaaaaaacaatatactactatgA-----ATTGGA-TTG-G--AACGTCCCGACAGTATGCGCAAGGGCACTTAA-C-CTGA------T---------------CA---------TGAACTGAAT-CCAATTTA-AAC-TGT-AAGA-----TT-------------------------AAGTACTGA----TG-TAGTA---------AAA-CTGT------TATTGTGAAACATgcgtgacggacggatggacggacagtttaaacatagtatgcatccgaatgcatagtaaaatagatataaagtactcatgaactcaataaat
gi|11 : taacagaattaCGGA-CCG-G--AACAACGGAACAATATGTGCACGTTCATGTGA-TATTGA------TGATT--A----AGACCA-----AGTTTGAATTAAAT-CCCATGTT-AATATCT-ACTTGA-TGTTGATCATGTACACTAAGACG----CGAAATACAGA----CG-AAAAA---------GTagcacggacggaaggacagttcaaa
gi|12 : TGTA-CA-GTC-GACAA-A---GTTG-C------AC---ACTTCA----AG-A--AAA--------A-ACATTTCTATTGAA--------A-TGTCCCGAAAATATGCGCGCGTCT-CTTGA-TATTGA------TGAAA--C----CTATCA-----AGTTT-----------CC-TTTA-AAT-TGT-AAGATG-AGTTG------------AACTCA----CGCAGTACATA----TG-Tgaggcggacggacaga
gi|13 : ACAAAAACAATGTGATCATTGT----ATGATACAAGACTC-CGGAAATTACTGCGATAGAAA---CATGCAAAAAAT-GAATCAAGCCAGCGTCT----GCA---CTGTC-AA-GTCCGA-AACA---GG----------ATT-AACT-CG----CGTA--AAA--------ACACA-----ATCGGA-CTG-ta
gi|14 : caatATGCACACGTCCACTTAA-TGTTGA------TGATGGAT----ATACTA-----AGCGTGAATTAAAT-AGCATGTA-AAC--GTCAGAATG-AATTG------------TGCTTA----CAAAATACAGAATATTA-TAGTA---------ATAACTTC------TATGTTGTAATATTGTTAAGTC-GACA
gi|15 : GCTGTGATAGAAA-ATTATATGTAATATTGAATCAAG--TGCTATTTGTAATA---CTATA-AA-TTTCGA-AA-C---AGAG-C------A-T-AACT-CAT---AA-A--AAT--------A-ACA-----AT
gi|16 : ACAAGAAAGATATCAACATTGTATGAATGACACATGCCCCTCTGAAAATGCT-CGATAGAAATAATACTTA--ATATCAAATTAAC--TGCTTTCTGTAatgcacttaatgtt
gi|17 : aACAAGCACAATGTCAAAATTGT----ACGACACATGCCCg
gi|2 : aTAACA---TTGTA-AA-GTG-GA-AA-A---AGGG-C------TTT-AACT-CA----TA-G--AAA--------A-ACA-----AT------------A-TG--CTGA-AATTTCTGCAAGTCCATTTGG-TGATGA------TGATGA-TGATGATACCA-----AGTTTGGGTTAAA--ACAATGCA-AAaccaagaggtgggtagtaaaaa
gi|2 : tatgtaaTGTAATAGCATTGCA-AA-G-AAGG-AA-A---TGGG-T------ATT-AATT-CA----CG-G--AAG--------A-ACA-----A---------------CATTCTGACAATATCTTCATGTCTATTTGA-TGTTGA------T---G--T----ATACCA-----AGTTTGGATTGAAT-CCCATGTA-AGC-TGC-AGGAGG-------------------AGTCA----CAAAGCATAGA----TG-CAAAA---------ATA-CGAC------atattactatgtaatagcattgcaaagaaggaaatgggtattaattcacggaagaacaacattctgacaatatcttcatgtctatttgatgttgatgtataccaagtttggattgaatcccatgtaagctgcaggaggagtcacaaagcatagatgcaaaaatacgacagacagaatgagacggacagctgcacagacagttttaacact
gi|3 : tatgtaataacattgtaaagtggaaaaagggctttaactcatagaaaaacaatatgctgaaatttctgcaagtccatttggtgatgatgatgatgatgataccaagtttgggttaaaacaatgcaaaatattactaTAATA---TTGTA-AA-GT--AA-AA-ACTAAAGA-C------ATTTAACT-CA----TA-A--AAA--------G---------------------------------CAATATG---------ACTGGAACGTCGA------TTATG--T----ATACCA-----AGTTTGGAGGGA--------------C--------AGG-AGTTG------------CAATCAGAATCGACAT-CGTA----TA-TTGAA---------ATA-CTACGTTTTGTATGTCATACTATTGTTAAGCC-agacagaatgagacggacagctgcacagacagttttaacact
gi|3 : tacttac-C------ATT-TACT-CC----TG-AC-AAA--------A-ACA-----ATCAAA-CTGAA--A-TGT-TCGATAACGTGCGCATGTCTGTTTGA-TGTTGT------TGGTG--T----ATAAAG-----AGTTCCGGTTGAAT-CCTTTGTG-AAC-TG--AGGAGG-AGTTG------------AAATCA----CGAAGTACACA----TA-TAatttactcctgacaaaaacaatcaaactgaaatgttcgataacgtgcgcatgtctgtttgatgttgttggtgtataaagagttccggttgaatcctttgtgaactgaggaggagttgaaatcacgaagtacacatatat
gi|4 : tacttactaatattgtaaagtaaaaactaaagacatttaactcataaaaagcaatatgactggaacgtcgattatgtataccaagtttggagggacaggagttgcaatcagaatcgacatcgtatattgaaatactacgttttgtatgtcatactattgttaagcACAAGAACAATGTCAACATTGT----ATGACACATGGCCC-CAGATGTTGCTGTGATAGAAATATTGTATATTACATTGAATCAGG--AGATTTTTGTAATA----TATAGAA-TTTCAA-AG-A---GGAA-C------ATT-AACT-GG----AG-A--AAA--------A-ACA-----ATCTGA-CTA-G--A-TATTCCGTTTGCATGTGCATGTCTATTTGA-TGTTGA------TAATG--T----ATACCA-----CATTTGAAATGAAC-CTTATGTA-AAG-GGT-AGGAGG-AGATG------------AAATCA----TGAGGTTCAGA----TG-TAATA---------ATA-CTAC------CATGCTGCTCTATTGTGAAGTC-GACAAt
gi|5 : TGA-TGTTGA------TGAAG--T----A-ACCA-----AGTTgtgg
gi|5 : TG------------AAAACA----CGAAGTACAGA----TG-GAGTT---------TTA-CTAC------TATTCTGTAATACTGTAAAGTCAAACAAagggtgaaaacacgaagtacagatggagttttactactattctgtaatactgtaaagtcaaacaaggggcacatgtatttactcatgaaaaataaaaacaacaatcggacctgaaacgtctcacacatttacacttgacgatgtaaaccaatatgaattgaaattgaatcccacgtgaac
gi|5 : tgatgttgatgaagtaaccaagttagggTTCTGTAATA---CTGTA-AA-GTCAAA-CA-A---GGGG-CACATGTATT-TACT-CA----TG-A--AAAATAAAAACA-ACA-----ATCGGA-CCT-GAAA-CGTCTC-ACA-------CATTTACAC-------TTGA------CGATG--T----AAACCAATATGAATTGAAATTGAAT-CCCACGTG-AAC-ggggcacatgtatttactcatgaaaaataaaaacaacaatcggacctgaaacgtctcacacatttacacttgacgatgtaaaccaatatgaattgaaattgaatcccacgtgaac
gi|6 : tgatgttgatgaagtaaccaagttagggtgaaaacacgaagtacagatggagttttactactaA---TTGTA-AA-GTCCAA-AA-A---TGTG-C------ATT-ATCT-GA----AG-A--AAA--------A-ACA-----ATCTGAGCAG-A--A-TATCTTGATAATAGGTGCATGTCCACTTAA-T-------------ATG--T----ATACCA-----AGTTTGAAAACAATAGTTATGTA-AAC-TGT-AGAAGACAAATG------------AAGTCG----GCAAGTACAGA----TA-CAAAA---------GT
gi|7 : --A-CATTCCAATAATATGGGAATGAACACTTTA-TGTTGA------TGATA--T----ATGCTA-----AGTTTAAATTAAAT-CTGATCTA-ATC-TGT-AAAAGG-AGCTC------------AAGTTT----CGAAATCCAGAATC-TG-TCAAA---------GTgtgacaggcagagtgatgggctgatggacaat
gi|8 : aTA---TTATT-AATGTCGGA-AA-A---GG----------AT---ATT-TA----AG-ACAAAA--------ATACA-----ATCGGA-TCG-G--AATATTCCGACACCATGAACATGCCTA------TGTTGAATATATTTATA--T----ATACCA-----AACTTGAACTGAAT-CCTACGTA-AAC-TTT-ATGATG-TGTTG------------AAATAC----CGATATTTAGA----TA-Tgtgacagaaggaatgagtgacagtaggaatgacagacagacagatggatgatcaaacagacagtttaaacag
gi|9 : agtagatagttttatgtagtaataccACAAGAACGATGACAACATTGT----ATGACATATGCTCC-TAGAAAATGATGTGATAG-AATATTATGTAATATATCAAATCAAG--AAC--------ATT---TTGCA-AA-GTTCAA-AA-A---AGGACC------ATT-AACT-GA----AGAA--AAA--------A-ACA-----ATCTGA-CCATG--A-CACCCCAACAAAATATGGAT-CCCACTTGA-TGTTGA------TGATA--T----
blockSeqs : ATGA T T A T T A TA T T T GCA G T CA C T CTA GGCACATGT TT T TAATA T CA ATAAAAACA TTTCT GG CCTGAAACGTC C A ATATAT G GA GATG ATATG A A . ATCT A A TGTTGATCATGTACACT G GAAT ATAT C . A GTTTTG C T A
blockSeqs : . . A T T A T TT C T T . . . CC . C . GACC T . TA A C AC . GG CAGGAACGTC C . . G A . . . A . TGT A G CAAATG G . ATC . . . . T T .
blockSeqs : . . A A T T A AT T A T . . . TC . . . AGC T . A . . AT . GA TTGGAACGTC T . . G . . . . C . TGT C T AGTTG C . . . . . . T G .
blockSeqs : . . T G . C A . . . . AA . . . TGC T . C . . A . GG CCGGAACAAC C . . G . . . . C . TGT A T AATTG C . . . . . . T A .
blockSeqs : . . . TC . . . AGC T . T . . A . AA GCAGAATATC C . . G . . . . C . GTC G G AGTTG G . . . . . . T
blockSeqs : . . . CA . . . GGC T . C . . A . TG TCGGAATATT T . . T . . . . A . TGC G G AGTTG A . . . . . .
blockSeqs : . . . CC . . . GGT T . T . . A . GG CCATGACACC T . . G . . . . C . GGT G G AGATG A . . . .
blockSeqs : . . . CG . . . GAC T . T . . A . TG CTGAAATGT C . . A . . . . T . TGT G G AGCTC A . . . .
blockSeqs : . . . TC . . . AAC T . A . . G . GG CTAGATATT T . . G . . . . T . TGT G G TGTTG A . . . .
blockSeqs : . . . C . . . TGC T . T . . A . TG ATGTC T . . G . . . . C . TTT A G ATTT G . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . A . . A . G CATT G . . G . . . . T . TG T T TT G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . A . . ATG A . . T . . . . G . . . . . A . . .
blockSeqs : . . A . . A . . . T . . G . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : N** A********* CCGGAACGTC**** ** TGT** AGTTG************* *********
originalCons : ACAAGAACGATGTCAACATTGT----ATGACACATGCCCC-CGGAAANTGCTGCGATAGAAATATTATGTANNATATCGAATCAAG--AGCTTTTTGTAATA---TTGTA-AA-GTCCGA-AA-A---GGGG-C------ATT-AACT-CA----AG-A--AAA--------A-ACA-----ATCGGA-CCG-G--A-CGTCCCGACAATATGCGCATGTCCACTTGA-TGTTGA------TGATG--T----ATACCA-----AGTTTGAATTGAAT-CCCATGTA-AAC-TGT-AGGAGG-AGTTG------------AAGTCA----CGAAGTACAGA----TG-TAAAA---------ATA-CTAC------TATGTTGTAATATTGTNAAGTC-GACAA
finalCons : ACAAGAACGATGTCAACATTGT----ATGACACATGCCCC-CGGAAANTGCTGCGATAGAAATATTATGTANNATATCGAATCAAGN--GCTTTTTGTAATA---TTGTA-AA-GTCCGA-AA-A---GGGG-C------ATT-AACT-CA----AG-A--AAAA---------ACA-----ATCGGACCGGAACGTC----CCGACAATATGCGCATGTCCACTTGA-TGTTGA------TGATG--T----ATACCA-----AGTTTGAATTGAAT-CCCATGTA-AACTGT--AGGAGGAGTTG-------------AAGTCA----CGAAGTACAGA----TG-TAAAA---------ATA-CTAC------TATGTTGTAATATTGTNAAGTC-GACAA
Alignments
lowQualScore : 1111 1 1 11 111 11111 1111111111 111111111 111111111111111111 1111 111111111 111111
lowQualScore : 7777 0 4 1 0 0 1 1 22 6 222 5 0 555 3 3 99 3 6 555 9999999999 44 2 00000 5 66 1111111111 222222222 111 2 4 2 666666 2 55 5555 0 33 66666 0 2 5 2 77777 2 2 555555555555555555 1 6666 1111 2 0 666666666 5 666666 1 1 8
lowQualScore : .... . . . . . . . .. . ... . . ... . . .. . . ... .......... .. . ..... . .. .......... ......... ... . . . ...... . .. .... . .. ..... . . . . ..... . . .................. . .... .... . . ......... . ...... . . .
lowQualScore : 0000 0 2 0 8 6 0 4 66 4 000 6 1 888 1 1 99 1 2 444 7777777777 44 9 88888 7 88 0000000000 444444444 333 6 8 4 888888 2 66 0000 3 44 22222 7 7 9 7 44444 6 8 555555555555555555 1 1111 1111 9 5 000000000 7 444444 7 0 0
consensus : ACAAGAACGATGTCAACATTGT----ATGACACATGCCCC-CGGAAANTGCTGCGATAGAAATATTATGTANNATATCGAATCAAG--AGCTTTTTGTAATA---TTGTA-AA-GTCCGA-AA-A---GGGG-C------ATT-AACT-CA----AG-A--AAA--------A-ACAATCGGACC-GGAACGTCCCGACAATATGCGCATGTCCACTTGA-TGTTGA------TGATG--T----ATA--CCA-----AGTTTGAATTGAAT-CCCATGTA-AAC-TGT-AGGAGG-AGTTG------------AAGTCA----CGAAGTACAGA----TG-TAAAA---------ATA-CTAC------TATGTTGTAATATTGTNAAGTC-GACAA
Reference ( family-2140 ) : ACAAGAACGATGTCAACATTGT----ATGACACATGCCCC-CGGAAANTGCTGCGATAGAAATATTATGTANNATATCGAATCAAG--NGCTTTTTGTAATA---TTGTA-AA-GTCCGA-AA-A---GGGG-C------ATT-AACT-CA----AG-A--AAA--------A-ACAATCGGACC-GGAACGTCCCGACAATATGCGCATGTCCACTTGA-TGTTGA------TGATG--T----ATA--CCA-----AGTTTGAATTGAAT-CCCATGTA-AAC-TGT-AGGAGG-AGTTG------------AAGTCA----CGAAGTACAGA----TG-TAAAA---------ATA-CTAC------TATGTTGTAATATTGTNAAGTC-GACAA
gi|1 : AATA---TTGTA-AA-GGCTTA-AA-A---GGGG-T------ACT-AACT-CA----AG-A--AAA--------ACACAATCAGAC-------------AC--TATGTGCGTGGTCACTTGA-TGCTGA------CAATG--T----ATATACCA-----AATTTCAATTGAAT-CCCATGTATAAC----------------G------------AAGTCA----CAAAGAACAGA----AG-TAAAAAAAAACAATATA-CTAC------TATGTTGTAA-GTTGCAAAGTC-AAAAA
gi|1 : ttgcaaTTGTAA-G---TTGCA-AA-GTCAAA-AATA---GGAG-C------AT--ACCT-CATAATAG-A--AAA--------A-A--ACCG-ACA-GGAACGTCCTGGCAACATACGCTTATAGCCTTGG-TGTAAA------TGATG--T----AAA--CAA-----AGTTTCAACTTAAT-CCAATGTA-AAC-TGT-GAGAAG-A-TTT------------AAGTCA----CGAAGTACATA----TGCTAAAtaggagcatacctcataatagaaaaaaaccgacaggaacgtcctggcaacatacgcttatagccttggtgtaaatgatgtaaacaaagtttcaacttaatccaatgtaaactgtgagaagatttaagtcacgaagtacatatgctaaagcgtgacggacggatggacggacagtttaaacatagtatgcatccgaatgcatagtaaaatagatataaagtactcatgaactcaataaat
gi|10 : ttgcaaaatattgtaaaggcttaaaaggggtactaactcaagaaaaacacaatcagacactatgtgcgtggtcacttgatgctgacaatgtatataccaaatttcaattgaatcccatgtataacgaagtcacaaagaacagaagtaaaaaaaaacaatatactactatgAATTGGATT-GGAACGTCCCGACAGTATGCGCAAGGGCACTTAA-C-CTGA------T-----------------CA---------TGAACTGAAT-CCAATTTA-AAC-TGT-AAGA-----TT-------------------------AAGTACTGA----TG-TAGTA---------AAA-CTGT------TATTGTGAAACATgcgtgacggacggatggacggacagtttaaacatagtatgcatccgaatgcatagtaaaatagatataaagtactcatgaactcaataaat
gi|11 : taacagaattaCGGACC-GGAACAACGGAACAATATGTGCACGTTCATGTGA-TATTGA------TGATT--A----AGA--CCA-----AGTTTGAATTAAAT-CCCATGTT-AATATCT-ACTTGA-TGTTGATCATGTACACTAAGACG----CGAAATACAGA----CG-AAAAA---------GTagcacggacggaaggacagttcaaa
gi|12 : TGTA-CA-GTC-GACAA-A---GTTG-C------AC---ACTTCA----AG-A--AAA--------A-ACATTTCTATT-GAAATGTCCCGAAAATATGCGCGCGTCT-CTTGA-TATTGA------TGAAA--C----CTA--TCA-----AGTT---------T-CC--TTTA-AAT-TGT-AAGATG-AGTTG------------AACTCA----CGCAGTACATA----TG-Tgaggcggacggacaga
gi|13 : ACAAAAACAATGTGATCATTGT----ATGATACAAGACTC-CGGAAATTACTGCGATAGAAA---CATGCAAAAAAT-GAATCAAGCCAGCGTCT----GCA---CTGTC-AA-GTCCGA-AACA---GG----------ATT-AACT-CG----CGTA--AAA--------ACACAATCGGACT-Gta
gi|14 : caatATGCACACGTCCACTTAA-TGTTGA------TGATGGAT----ATA--CTA-----AGCGTGAATTAAAT-AGCATGTA-AAC--GTCAGAATG-AATTG------------TGCTTA----CAAAATACAGAATATTA-TAGTA---------ATAACTTC------TATGTTGTAATATTGTTAAGTC-GACA
gi|15 : GCTGTGATAGAAA-ATTATATGTAATATTGAATCAAG--TGCTATTTGTAATA---CTATA-AA-TTTCGA-AA-C---AGAG-C------A-T-AACT-CAT---AA-A--AAT--------A-ACAAT
gi|16 : ACAAGAAAGATATCAACATTGTATGAATGACACATGCCCCTCTGAAAATGCT-CGATAGAAATAATACTTA--ATATCAAATTAAC--TGCTTTCTGTAatgcacttaatgtt
gi|17 : aACAAGCACAATGTCAAAATTGT----ACGACACATGCCCg
gi|2 : aTAACA---TTGTA-AA-GTG-GA-AA-A---AGGG-C------TTT-AACT-CA----TA-G--AAA--------A-ACAAT----------ATG--CTGA-AATTTCTGCAAGTCCATTTGG-TGATGA------TGATGA-TGATGATA--CCA-----AGTTTGGGTTAAA--ACAATGCA-AAaccaagaggtgggtagtaaaaa
gi|2 : tatgtaaTGTAATAGCATTGCA-AA-G-AAGG-AA-A---TGGG-T------ATT-AATT-CA----CG-G--AAG--------A-ACAA------------CATTCTGACAATATCTTCATGTCTATTTGA-TGTTGA------T---G--T----ATA--CCA-----AGTTTGGATTGAAT-CCCATGTA-AGC-TGC-AGGAGG-------------------AGTCA----CAAAGCATAGA----TG-CAAAA---------ATA-CGAC------atattactatgtaatagcattgcaaagaaggaaatgggtattaattcacggaagaacaacattctgacaatatcttcatgtctatttgatgttgatgtataccaagtttggattgaatcccatgtaagctgcaggaggagtcacaaagcatagatgcaaaaatacgacagacagaatgagacggacagctgcacagacagttttaacact
gi|3 : tatgtaataacattgtaaagtggaaaaagggctttaactcatagaaaaacaatatgctgaaatttctgcaagtccatttggtgatgatgatgatgatgataccaagtttgggttaaaacaatgcaaaatattactaTAATA---TTGTA-AA-GT--AA-AA-ACTAAAGA-C------ATTTAACT-CA----TA-A--AAA--------G-------------------------CAATATG---------ACTGGAACGTCGA------TTATG--T----ATA--CCA-----AGTTTGGAGGGA--------------C--------AGG-AGTTG------------CAATCAGAATCGACAT-CGTA----TA-TTGAA---------ATA-CTACGTTTTGTATGTCATACTATTGTTAAGCC-agacagaatgagacggacagctgcacagacagttttaacact
gi|3 : tacttac-C------ATT-TACT-CC----TG-AC-AAA--------A-ACAATCAAACT-GAAATGTTC-GATAACGTGCGCATGTCTGTTTGA-TGTTGT------TGGTG--T----ATA--AAG-----AGTTCCGGTTGAAT-CCTTTGTG-AAC-TG--AGGAGG-AGTTG------------AAATCA----CGAAGTACACA----TA-TAatttactcctgacaaaaacaatcaaactgaaatgttcgataacgtgcgcatgtctgtttgatgttgttggtgtataaagagttccggttgaatcctttgtgaactgaggaggagttgaaatcacgaagtacacatatat
gi|4 : tacttactaatattgtaaagtaaaaactaaagacatttaactcataaaaagcaatatgactggaacgtcgattatgtataccaagtttggagggacaggagttgcaatcagaatcgacatcgtatattgaaatactacgttttgtatgtcatactattgttaagcACAAGAACAATGTCAACATTGT----ATGACACATGGCCC-CAGATGTTGCTGTGATAGAAATATTGTATATTACATTGAATCAGG--AGATTTTTGTAATA----TATAGAA-TTTCAA-AG-A---GGAA-C------ATT-AACT-GG----AG-A--AAA--------A-ACAATCTGACT-AG-ATATTCCGTTTGCATGTGCATGTCTATTTGA-TGTTGA------TAATG--T----ATA--CCA-----CATTTGAAATGAAC-CTTATGTA-AAG-GGT-AGGAGG-AGATG------------AAATCA----TGAGGTTCAGA----TG-TAATA---------ATA-CTAC------CATGCTGCTCTATTGTGAAGTC-GACAAt
gi|5 : TGA-TGTTGA------TGAAG--T----A-A--CCA-----AGTTgtgg
gi|5 : TG------------AAAACA----CGAAGTACAGA----TG-GAGTT---------TTA-CTAC------TATTCTGTAATACTGTAAAGTCAAACAAagggtgaaaacacgaagtacagatggagttttactactattctgtaatactgtaaagtcaaacaaggggcacatgtatttactcatgaaaaataaaaacaacaatcggacctgaaacgtctcacacatttacacttgacgatgtaaaccaatatgaattgaaattgaatcccacgtgaac
gi|5 : tgatgttgatgaagtaaccaagttagggTTCTGTAATA---CTGTA-AA-GTCAAA-CA-A---GGGG-CACATGTATT-TACT-CA----TG-A--AAAATAAAAACA-ACAATCGGACCTGAAACGTCTC-ACA-------CATTTACAC-------TTGA------CGATG--T----AAA--CCAATATGAATTGAAATTGAAT-CCCACGTG-AAC-ggggcacatgtatttactcatgaaaaataaaaacaacaatcggacctgaaacgtctcacacatttacacttgacgatgtaaaccaatatgaattgaaattgaatcccacgtgaac
gi|6 : tgatgttgatgaagtaaccaagttagggtgaaaacacgaagtacagatggagttttactactaA---TTGTA-AA-GTCCAA-AA-A---TGTG-C------ATT-ATCT-GA----AG-A--AAA--------A-ACAATCTGAGC-AGAATATCTTGATAATAGGTGCATGTCCACTTAA-T-------------ATG--T----ATA--CCA-----AGTTTGAAAACAATAGTTATGTA-AAC-TGT-AGAAGACAAATG------------AAGTCG----GCAAGTACAGA----TA-CAAAA---------GT
gi|7 : AACATTCCAATAATATGGGAATGAACACTTTA-TGTTGA------TGATA--T----ATG--CTA-----AGTTTAAATTAAAT-CTGATCTA-ATC-TGT-AAAAGG-AGCTC------------AAGTTT----CGAAATCCAGAATC-TG-TCAAA---------GTgtgacaggcagagtgatgggctgatggacaat
gi|8 : TA---TTATT-AATGTCGGA-AA-A---GG----------AT---ATT-TA----AG-ACAAAA--------ATACAATCGGATC-GGAATATTCCGACACCATGAACATGCCTA------TGTTGAATATATTTATA--T----ATA--CCA-----AACTTGAACTGAAT-CCTACGTA-AAC-TTT-ATGATG-TGTTG------------AAATAC----CGATATTTAGA----TA-Tgtgacagaaggaatgagtgacagtaggaatgacagacagacagatggatgatcaaacagacagtttaaacag
gi|9 : agtagatagttttatgtagtaataccACAAGAACGATGACAACATTGT----ATGACATATGCTCC-TAGAAAATGATGTGATAG-AATATTATGTAATATATCAAATCAAG--AAC--------ATT---TTGCA-AA-GTTCAA-AA-A---AGGACC------ATT-AACT-GA----AGAA--AAA--------A-ACAATCTGACC-ATGACACCCCAACAAAATATGGAT-CCCACTTGA-TGTTGA------TGATA--T----