lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111
lowQualScore : 33 888888888888888 33 33333 44444 1 222 1 3333333333 1 11 1 22 1111 2222222222 1 11 222222 1 11 3333333333 1 222222222222222222222222222222222222222 11111 1 111 5555555555555555555 3 1 11 2222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222 111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111111 111111111 111 22222222222222222222 2222 111 44444 111111111111111111111 222
lowQualScore : 22 888888888888888 6 00 55555 00000 0 8 222 5 5 1 0000000000 66 0 88 0 3 99999 00 9 0 6666 6666666666 5 1 11 4 4 666666 9 0 6 6 0 55 1111111111 1 55 6 111111111111111111111111111111111111111 33333 1 6 0 0 444 2 4444444444444444444 4 2 0 77 2222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 999 5 7777 44 1 111 6 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 22222 444444 666666666 888 4 00000000000000000000 222 0 3 1111 2 111 11111 1 333333333333333333333 5 99 5 111
lowQualScore : .. ............... . .. ..... ..... . . ... . . . .......... .. . .. . . ..... .. . . .... .......... . . .. . . ...... . . . . . .. .......... . .. . ....................................... ..... . . . . ... . ................... . . . .. .... ................................................................... ... . .... .. . ... . ................................................................................................................................................................................................................................................................. . ..... ...... ......... ... . .................... ... . . .... . ... ..... . ..................... . .. . ...
lowQualScore : 00 000000000000000 0 00 00000 55555 5 3 333 0 0 0 2222222222 88 0 88 0 2 88888 55 2 2 8888 2222222222 8 2 88 0 5 000000 0 2 5 0 8 22 6666666666 8 00 4 000000000000000000000000000000000000000 00000 8 0 2 8 000 8 8888888888888888888 2 5 0 88 5555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 0 6666 77 0 777 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 55555 444444 777777777 888 4 11111111111111111111 666 9 1 0000 3 777 11111 7 222222222222222222222 1 55 0 000
consensus : TTATCGTAGTATTTTAGAATTGA---AGTTTAACCATATCTTGATACCGCAAATGTAAGTAAATTTAGNGTTGCCTTAACACAACT-ATGGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATA--GANAGT--GTACTGCATGTTC-TGTGCGGGAAG-ATGAATTTCATTTTATG-TTTGAATGTCAAATGTATAACGATT-T-AAG----AAANAAATACATTTAACCTTATNTTGT-A----AGACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCCGAAAGCAGACGAG---ATAC-G-AAATNTGCGAAATATTGCA--TTGT---ATA--T--TCAAATCTTTCGAATTAAGGAAAAACA-----AC-ACANTTCTTAAAA-AGTAATTAT-NTGG---TAAATCTGCTGTTTTNT--TT---TTT-ACAAGTAAATN-TT---T-AATATT--TANAACA-NATGTGTAA------CTATCAAATTCCTACTCG-NNATATTTCTTCTCTCCTGTCNTTATTGGTA---A-AT--T--------------TTAG--TCATA----------T----------G----------A----------A-------GACATTCTCATTTTGAAATTTTT------G------T-T------GA--TA---A----TTGT---AAGAAAATTTAGTCACACTGATT---TCCGCCA-TTGAGTA-TT----AAAAANTN--CAT--A-AATA--A--ATGTGT-T------TAT---T------CT---------TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCATA--AT-GAC---T---T-----G--T---AAAACAATTATCATAC-T--TTGTACGG--TTTAGTGTGGGATGGCCTC-A-A--CATCGACCCNACTAGACCTATTACGAGG-AAATAAAATANTCTTCTTCATCTT
Reference ( gi|1 ) : TTATCGTTTTATTC-AGAGTTTATATATTTCAAAGATATCTTAATATTGTAAATGTAAGAAAATTTAGGGTTGCCTTTACACAACTTAGGGTTTCTTAACATCGTCTTGAAAATA--GATAGT--GTACTGTATGTTC-TGTGGTAGAAG-ATGAATTTCATTTTATG-ATTGAATGTCAAATGTATAATAATT-T-AAG----AAATAAATACATTAAACCTTATTTTAT-A----ATACATTGAAACATGTTTAAAATTATACAATT-GT----TTAAGTCTGAAAGCTGACGA----ATATTGCACATTTACGAAATAATGCA--TTGT---ATA--T--TTAAATCTTTTTAATTAAACAGAAACA-----AT-ATAATC---AAAATAGTAATAAT-ATGA---TAAATCTGCTG----GT--GT---TTC-ACAAGTAAATA-TT---A-AATATT--TAAAGCA-AATATGTAA------CCATCAAATGCTTACTCG-CGATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A-AT--T--------------TTAT--TCATA----------T----------G----------A----------A-------AACATTATCATTTTGAAATTTTT------G------T-T------GA--TA---A----TCAT---AAGAAAATATAGCCACACTGACT---TTTGTCA-TTGAATA-CT----AAAGAATG--CAT--A-AACA--A--ATGTGT-T------TAC---T------TT---------TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCATT--AT-GAC---T---T-----G--T---AAAATAATTATCATGC-A--TTGTACGA--TTTCGAGAGGGATGACCTTGAGA--CATTGACCCTACAAGGCCTATCACGAGG-AAATAAAATTGTCTTCTTCATCTTT
gi|2 : TTATCGTAGTATTTTAGAATTGA---AGTTTAACCATATCTTGATACTG-----ATAAGTAAATTTAGAGTTACCTTAACACAAAT-ATGGTTCCTTCACATCGTCTAGAAATTG--GA--GC--GGGCAATACGTACATGTGGGGGAAACAGGAA---------ATGTACTGGACGTTT--TGTAT-----TTGC-AAG----AGG-AATTTCATTTTATGTTGTATTATTATTGTATACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAAGT-GT----TTAAATCCGAAAGCTGACGACGAGATAC-GCAAATTCGTG---CAATG----TT-T---ATA--T--CGAAATCATTCGAATTAAGGAAAAACA-----CA-ATTCTT---AAAA-AGTAATTAT-TTGG---TAAATCTGCTGTTTTGT---T---TTT-GCCAGTAAATC-TTTACATAATATT--TTTAACATGAC-TGTAA------CTATCAAATGCCTACTCG-AGATATTTCTTCTCTCCTGTTCTTATTTATA---A-ATAATAATAATAAAAATAATTATAATAATA----------TATGTAATTGTG----------A----------A-------ACCATTTTCATTTTAAAACT----------------T-T------GAAGT----A----TTGT---AAGAAGAT---GCC---------------GCCA-TTGAGTATTT----AAATAAGA--CCTTGA-TACA--A--ATGT-T-TAA----TAT---T------CT---------AGTTTT-G-----ATC------ATG-C-------GTCATA--AT-GAC---TTGCT-----G--T---ATAACAATTATCA--C-AACTTGTACTG--CTT-----AGGATGGCT----------TCGACCACACTAGACATAGTAC-AGG-AAATAAA
gi|6 : CTTAATATCACAAATGTAAG-----TTAGCGTTGCCTTTACACAACTTTTGGTTTCTTCACATCGTCTCTAAAcgtttct
gi|17 : gtagtatttcatattttaagctgcaaccatgaTGCCTAAACACAACTAAGGGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATttgaagcggttcgttgggcaaaacctaacaaggtaggtagggaaacaaggacatgtactgtatgttcggtgcaagaagatgaatttcattttatgtttgaatgccaaatttataacgattttaaaaaattgatgcagcaaaccttactttctaagactttgtagcatgtttaaaactatacaattgttcaagtctgaaagtagacaaaatatgcaaaaccttgcaacctatgtattcaaatatttgaattaaagaaaaacacaatttttaaaaagtggctagattagttttgttaagtt
gi|3 : GTTTCTCCAAATTAAATTGAA--TA--TATAGTAAGTAATACATA--C-TGTGTTGGAAG-ATGAATTTCATTTTATG-TTGGAATGTCACACGTATAACGATT-A-GAG----AAAGAAATACATATAACCTTATTTTGT-G----AGAAATTGCAGCATGTT---------GCA--T-G-------ACGTTCGAAAGC-GATGA----G--------ATGTGCAAAATATTGCA--ATGT---ATA--TATTTAAATATTTTGAATTAAGGAAAAACATAATTATTATACTT---AAAA-GGTAATCAT-TTGG---TATATCCTTTATTTTGT--TT---TTT-ACAGGCAAATC-TT---T-AATATT--TATA-CA-TGTGTGTAA------CTACCAAATTCTTACTCATC--TATTTCTTTTCGCCTGTCCTTATTGGTA---A-AT--T--------------TTAG--TCATA----------T----------C----------AAATTTTGCATA-------AACATT-TCATTTTGAAATTTTA------GTTTCATT-T------GA--TAAGTA----TTGT---AAGAAAA---------------T---TTCAGCAGTTGAGTA-TT----TAAAATTC--CAT--T-A--A--A--ATGTGT-T------TATA--T------CT---------TGTTCT-G-----TTC------ATA-A-------ATCACA--AT-GAC---T---T-----GTTT---AAAAGAACAATCATAC-A--TTGTGCGG--TAAAGTGTGGGATGACCTCGA--------------------CCTATTACGAGG-AAATGAAATAATCTTCTTCATCTTg
gi|6 : gtaagactttattgcgaccttggtagagctGGAAACAAGGACA-T--GTACTGTATGTTC-GGTGCAAGAAG-ATGAATTTCATTTTATG-TTTGAATGCCAAATTTATAACGATT-TTAAA----AAATTGATGCAGCAAACCTTACTTTCT-A----AGACTTTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCTGAAAGTAGACAA----A--------ATATGCAAAACCTTGCAACCTAT---GTA--T--TCAAATA-TTTGAATTAAAGAAAAACA-----c
gi|5 : gtagtatttcatattttaagctgcaaccatgacttaatatcacaaatgtaagttagcgttgcctttacacaacttttggtttcttcacatcgtctctaaattgaagcggttcgttgggcaaaacctaacaaggtaggtagAATA--GGAAAT--GTACTGCATGTTC-TGTGTAACAAG-ATGACTTT-ATAATATA-TTTGAATGTCAAATATATAACGATT-T-AAATTTAAAAAAAACACTTTTAACCTTATATTGT-A----AGATATTGTAGCATGTTTAAAACTGTAAAA-A-AA----TTAAGGCTGAAAGCAGAAGAG---ATAcaatttttaaaaagtggctagattagttttgttaagtt
gi|7 : gttcgtaagaaatcatttaatttagggtttaatgtagcatggtatcagcaaaatgctggtagtgataaatactttataaatatttaaaaaagaaaaggcttaatgataattttgtataaaactgtaacgaccgtctaaatcaatcaagtagggcaacttgttatcgtagtcatttttattttaagttttaaccatatctgaatataaaggtaagcaaagttgtggtaaatatggggTTGAAA--ACACAATTCGTACGATCAAAT---AAAGCAGACGAG---ATATGAAAAATCT-TGAAAT---GTC--TT------TA--T--TCAGATCTATCGAATTA--TGGAAA-------AC-ACAATTCTTAAAA-AGTAATTATTGTGAACTTAAATCTGCTG----TT--TTATTTTT-ACAAATAAATG-TT---T-AATATT-------CA-AAT-------------CAT---ATGTCTACTCG-GTATATTTCTTCTCTCCTGTCTTTGTAAGTA---A-AT--T--------------TTAG--TCAAA----------T----------C----------A----------ATGTTTGTGAAATAAAAATGTTGAAA----T------G------TGT------GA--TA---AGTT-TTGT---CAGAAAATTAAGTCACACTAACT---TTCATCA-TTAACTATCT----AAAAAGTC--CAT-----ATA--A--AGGTGT-TTGATTATAT---T------CC---------TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GT-ATA--AT-GACTTGT---T-----G--T---AAAATAAGTATCcgcttcatcgagatgttt
gi|4 : TTAAGAGGTACTAGA--TTGTGACATAGCT--TTGAAGCTTTTTTAT--AATAAAGAAA-----AC-ACAATTCTTAAAAAA--ACTATT-ATGT---TTAATTTGCTG----TTTTGT---TTTGACTAGTTAATT-TT---T-AATAAT--TAAAACA-TATGTGTAAGAGATACTATCAAATTCCTACTCC-TTATATTTCTTCTCTTCTATCATTATTGCTA---A-GT--T--------------TAAG--TCATATCACATTTTGT----------G----------A----------A-------GACATTCACATTTTG
gi|8 : CAAGT---TAGTT---G-AA-ATTGATAAAACA---TAGGTA--------CATT---TTCTTACTAA-AGATATTTCTTCTCTCCTGT-TTTATTGGTA---A-AT--T--------------TTAG--TGATA----------T----------ACAATTTTGTTA----------A-------AACATTCTTAGTTTAAAATCTTTCCTTCAA------T-T------GA--TA---AATATTTGT---AAGTAAAGCTTGTCACACTGATT---TCCGCCA-TTGAATA-TTTTAAAAATAATG--CAT--ACAATATGA--ATGTCT-A------TGT---C------CT---------TGTTTT-G-----CTCGAACATGTA-A-------GTCATA--AT-GAC---T---T-----G--TTG-TAAACAATTGCCATAC-T--CTGTACGG--TTGAGTGTGGGATGA-------A--C-TCGGCCCAAAAAGACCAATTACGATG-AAATAACATtgaaaacattcccattttgtgaagacattcccattttgatttttttgtttcctgtgttaagtattttaaagaaatttagtcacactgatatccgccattaagcattaaaactattaatgcgtttgtttatatattcgtgttcagctcatacaaatgtacgtcataatgacgtgtaaaatatttagcatacttt
gi|12 : atttgttggtgacactttcagatgaatttgacTCATTATTTGTATTAACAT--T--------------TTAG--TCGTA----------TCAAATCTTGTG----------A----------A-------AA-ATTCTCATTTTGACATTTTT------G------T-TTCATTTGA--TTTGTA----TTAT---GAGAAAATTTAGTCACACCGATT---TCCACTA-TTGAGTA-CT----TAAAAAGGTCCAT--A-AA-A--AGTATTTGT-T------TA
gi|4 : caaaTG----------T----------G----------A----------A-------GACATTCCCATTTTGATTTTTTT------G------T-TTCCTGTGT--TA---A----GTATTTTAAAGAAATTTAGTCACACTGATA---TCCGCCA-TTAAGCA-TT----AAA-ACT----AT--T-AATG--C--GTTTGT-T------TATATAT------TCG--------TGTTCA-G-----CTC------ATACAAATGTACGTCATA--AT-GAC---G---T-----G--T---AAAATATTTAGCATAC-T--TTtat
gi|10 : ttaagaggtactagattgtgacatagctttgaagcttttttataataaagaaaacacaattcttaaaaaaactattatgtttaatttgctgttttgttttgactagttaatttttaataattaaaacatatgtgtaagagatactatcaaattcctactccttatatttcttctcttctatcattattgctaagtttaagtcatatcacattttgtgaagacattcacattttgtgaaaacattcccatttT---AAGACAATTAAGTCACACTGATTGAATTTTTT--TT------CT----CAAAAATT--CAT--A-AA----A--ATGCGT-A------T-C---T------TTATACAGACATGTTTTTG-----CTC------AGA-A-------ATCATCTCATTGGC---T---T-----G--TTGTAAAATAATCATCATAC-T--TTGTATAG--TTTAGTGTGTGATGGTC----------TCGACCCAACTAGACCTTTTACGAGG-AAATAAA
gi|11 : ttgATT---TCCGTCA-TTGAATA-TTTG--AAAGATTT--GAT--A-AA-A--A--ATGTGT-T------TGC---TAATATTTT---------TGTTTT-A-----CTC------AAA-A-------GTAATG--CT-GAT---T---TTTTTGG--T---CAGAT--TT----TGT-G--TGGT-CAAAGTTTAGTTTGGGATGGCCTCGA-----AT-----CTACAAGGGCTATTACGAGG-AAATAAAtctttgt
gi|13 : TGTAT------TGT---T------TTG--------TGTTTT-GATGGGCCC------ATA-T-------GTCATA--AT-GAC---T---T-----G--T---AA-----TTATCATAC-T--GTGTACGG--TTTTGTGTTGGATAGCCTTAAAAACCATT---------AGACCTATAAAGAGG-AAATCAAA------TCCCCATCTTc
gi|14 : tgtt-------GTCATT--AT-GAC---TTACT-----G--T---AAAACATTAAATATGCTT--TTGTGCGG--TTTAGTGCGGGATGGCCTC--GA--CA------CCACTAGATCTA-GGCGAGGTTAATAAACTAGTCTatacatg
gi|15 : ggcatatcttttaagagatgacA--CATCGACTCAGCTAGACCTATAACGAGG-GAA--AAATCCTCTTCTTCCTCTTattctat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GTTCGTAAGGATTTTTTCAGTTAGGTTTCAATGAAGCCCGGTACATGTTCATGCATGTTCATGCATCAGCAAAGTGTTAACGATGACATATATTTGTTAAATATTTAAAAACAACACCTAAATGATAAGTGGATACAACATTGAAACGACAATCAACTAAGTAGGTAATTGTAATCGTAATATTTCAGATTTTAAGTATGTTTTTAACATATCCTAATA
Unaligned ( gi|16 ): AAGAAAAAAAGTTCACTGCAATTGTACAACACTTGAATGACCGTCTCAATCAACGAAGTAGGACAACTT
Alignments
lowQualScore : 1 111 111 111 2222 11 22222 11 11 11 111 1111 3333333333 111111 1111 222222222 222222222222 222 1111 1111 11 1111 111111 111 44444444444444444 999999999999999999999999999999999999999999999999999 7777777777777777777777777777777777 111 22222222222 111111111 333333333333333333 1111 11111 111111 111111111 1111 111111 5555555555555555
lowQualScore : 0 222 7 8 777 888 2 5555 3 44 11 1 3 6 66666 3 11 1 3 11 0 11 8 22 8 3 1 0 0 555 7777 1 3 1 1 1 5555555555 3 44 3 6 777777 33 9999 1 2 111111111 1 3 888888888888 99999 2 88 6 333 1 2222 6 8 99 5555 0 11 3 3 1 4444 99 1 1 6 999999 5 3 3 22 1 000 5 00000000000000000 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 0 1 3333333333333333333333333333333333 5 000 1 22222222222 4 99999 1 777777777 66 444444444444444444 4 3333 4 11111 222222 444444444 777 7777777 777 55 5555 3 4 4 444444 0 1111111111111111 2 1 4 66
lowQualScore : . ... . . ... ... . .... . .. .. . . . ..... . .. . . .. . .. . .. . . . . . ... .... . . . . . .......... . .. . . ...... .. .... . . ......... . . ............ ..... . .. . ... . .... . . .. .... . .. . . . .... .. . . . ...... . . . .. . ... . ................. . ................................................... . . . .................................. . ... . ........... . ..... . ......... .. .................. . .... . ..... ...... ......... ... ....... ... .. .... . . . ...... . ................ . . . ..
lowQualScore : 0 888 8 8 555 555 0 5555 0 66 22 0 2 2 55555 7 00 0 2 00 8 88 0 88 0 2 0 6 8 222 0000 0 8 0 4 0 0000000000 2 77 3 7 000000 22 3333 0 5 444444444 0 2 777777777777 33333 2 88 7 777 0 7777 7 0 00 4444 8 66 8 5 0 2222 22 0 0 7 222222 7 2 0 00 0 000 7 00000000000000000 7 999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 1 4 7777777777777777777777777777777777 0 111 8 00000000000 4 66666 0 777777777 11 111111111111111111 0 9999 4 11111 888888 000000000 000 4444444 000 55 9999 9 0 4 444444 2 0000000000000000 3 1 4 88
consensus : TTATCGTAGT-ATTTTANANTTTA---AGTT-C-AACCATATCTTAATATCGCAAATGTAAGTAAATTTAGNGTTGCCTTNACACAACT-A-T-GGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATA--GANAGT--GTACTGCATGTTC-TGTGNNAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGTCAAATGTATAACGATT-T-AAG----AAANAAATACATTTAACCTTATTTTGTA----------AGACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCCGAAAGC--A-GACGAGATAC-G-AA-A--TNTGCGAAATATTGCA--TTGT---ATA--T--TTAAATCTTTCGAATTA-AGGAAAAA-AACACAATT---CTTAAAA-AGTAATTA-TT-TGG---TAAATCTGCTGTTTTGTTTTTTACAAGTAAATNTT----TAATATT--TAAAACATATGTGTAA------CTATCAAATTCCTACTCGNNATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A-AT-----------------TT-TAGTCATA----------T----------G----------A----------A-------AACATTCTCATTTTGAAATTTTT------G------T-T------GATA---A-T--TTGTAAG-AAAATTTAGTCACACTGATTTCCGCCATTGAGTA--T-T------AAA-A--A-GTCCATA-A-ATA--A--ATGTGT----T------T------AT-TCT----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---AAAACAATTA-TCATACTTT-GTACGGT------TTAGTGTGGGATGGCCTC--GACATCGACCCNACTAGACCTATTACGAGG-AAATAAAATCGTCTTCTTCATCTT
Reference ( family-2136 ) : TTATCGTAGT-ATTTTAGAATTGA---AGTT-T-AACCATATCTTGATACCGCAAATGTAAGTAAATTTAGNGTTGCCTTAACACAACT-A-T-GGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATA--GANAGT--GTACTGCATGTTC-TGTGCGGGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGTCAAATGTATAACGATT-T-AAG----AAANAAATACATTTAACCTTATNTTGTA----------AGACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCCGAAAGC--A-GACGAGATAC-G-AA-A--TNTGCGAAATATTGCA--TTGT---ATA--T--TCAAATCTTTCGAATTA-AGGAAAAACAACACANTT---CTTAAAA-AGTAATTA-TN-TGG---TAAATCTGCTGTTTTNTTTTTTACAAGTAAATNTT----TAATATT--TANAACANATGTGTAA------CTATCAAATTCCTACTCGNNATATTTCTTCTCTCCTGTCNTTATTGGTA---A-AT-----------------TT-TAGTCATA----------T----------G----------A----------A-------GACATTCTCATTTTGAAATTTTT------G------T-T------GATA---A----TTGTAAG-AAAATTTAGTCACACTGATTTCCGCCATTGAGTA--T-T------AAA-A--A-NTNCATA-A-ATA--A--ATGTGT----T------T------AT-TCT----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---AAAACAATTA-TCATACTTT-GTACGGT------TTAGTGTGGGATGGCCTC--AACATCGACCCNACTAGACCTATTACGAGG-AAATAAAATANTCTTCTTCATCTT
gi|1 : TTATCGTTTT-ATTC-AGAGTTTATATATTT-C-AAAGATATCTTAATATTGTAAATGTAAGAAAATTTAGGGTTGCCTTTACACAACTTA-G-GGTTTCTTAACATCGTCTTGAAAATA--GATAGT--GTACTGTATGTTC-TGTGGTAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGATTGAATGTCAAATGTATAATAATT-T-AAG----AAATAAATACATTAAACCTTATTTTATA----------ATACATTGAAACATGTTTAAAATTATACAATT-GT----TTAAGTCTGAAAGC--T-GACGA-ATATTG-CACA--TTTACGAAATAATGCA--TTGT---ATA--T--TTAAATCTTTTTAATTA-AACAGAAACAATATAATC------AAAATAGTAATAA-TA-TGA---TAAATCTGCTG----GTGTTTCACAAGTAAATATT----AAATATT--TAAAGCAAATATGTAA------CCATCAAATGCTTACTCGCGATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A-AT-----------------TT-TATTCATA----------T----------G----------A----------A-------AACATTATCATTTTGAAATTTTT------G------T-T------GATA---A----TCATAAG-AAAATATAGCCACACTGACTTTTGTCATTGAATA--C-T------AAA-G--A-ATGCATA-A-ACA--A--ATGTGT----T------T------AC-TTT----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCAT---TATGAC---T---T---G--T---AAAATAATTA-TCATGCATT-GTACGAT------TTCGAGAGGGATGACCTTGAGACATTGACCCTACAAGGCCTATCACGAGG-AAATAAAATTGTCTTCTTCATCTT
gi|10 : ----TTGTAAG-ACAATTAAGTCACACTGATT---------GAATT--T-TTTTTCTCAA-A--A-ATTCATA-A-A----A--ATGCGTATCTT------T------AT-ACAGACATGTTTTTG-----CTC------AGA-A-------ATCATCTCATTGGC---T---T---G--TTGTAAAATAATCA-TCATACTTT-GTATAGT------TTAGTGTGTGATGGTC--------TCGACCCAACTAGACCTTTTACGAGG-AAATAAAt
gi|11 : ATTTCCGTCATTGAATA--T-TTG----AAA-G--A-TTTGATA-A-A-A--A--ATGTGT----T------TGCTAATAT-TTT----TGTTTT-A-----CTC------AAA-A-------GTAAT---GCTGAT---T---T---T--T----------TTGGTCAGATTTT-GTGTGGTCAAAGTTTAGTTTGGGATGGCCTC--GA-ATC-----TACAAGGGCTATTACGAGG-AAATAAAtctttgt
gi|12 : TCATTATTTGTATTAACAT-----------------TT-TAGTCGTA----------TCAAATCTTGTG----------A----------A-------AA-ATTCTCATTTTGACATTTTT------G------T-TTCATTTGATTTGTA----TTATGAG-AAAATTTAGTCACACCGATTTCCACTATTGAGTAC-T-T------AAA-A--AGGTCCATA-A-A-A--AGTATTTGT----T------T------AT-c
gi|13 : caaaTGTA---T------T------GT-TTTG---TGTTTT-GATGGGCCC------ATA-T-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T--------AATTA-TCATACTGT-GTACGGT------TTTGTGTTGGATAGCCTT--AAAA---ACC--ATTAGACCTATAAAGAGG-AAATCAAATCCCCATCTTat
gi|14 : tgtt-------GTCAT---TATGAC---T---TACTG--T---AAAACATTAA-ATATGCTTTTGTGCGGT------TTAGTGCGGGATGGCCTC--GACA------CCACTAGATCTA-GGCGAGGTTAATAAACTAGTCTatacatg
gi|15 : ggcatatcttttaagagatgacACATCGACTCAGCTAGACCTATAACGAGG-GA--AAAATCCTCTTCTTCCTCTTattctat
gi|17 : gacgaatgaattacTGCCTAAACACAACT-AAG-GGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATcttctttttgttca
gi|2 : TTATCGTAGT-ATTTTAGAATTGA---AGTT-T-AACCATATCTTGATACTG-----ATAAGTAAATTTAGAGTTACCTTAACACAAAT-A-T-GGTTCCTTCACATCGTCTAGAAATTG--GAGCGG--GCAATAC--GTACATGTGGGGGAAACAGGAAATGTACTGGACGTTT----------TGTAT-----TTGC-AAG----AGGAA------TTTCATTTTATGTTGTATTATTATTGTATACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAAGT-GT----TTAAATCCGAAAGCTGACGACGAGATAC-GCAA-A--TTCGTGCAATGTT--------T---ATA--T--CGAAATCATTCGAATTA-AGGAAA---AACACAATT---CTTAAAA-AGTAATTA-TT-TGG---TAAATCTGCTGTTTTG-TTTTTGCCAGTAAATCTTTACATAATATT--TTTAACATGACTGTAA------CTATCAAATGCCTACTCGAGATATTTCTTCTCTCCTGTTCTTATTTATA---A-ATAATAATAATAAAAATAATTATAATAATATATGTAATTGT----------G----------A----------A-------ACCATTTTCATTTTAAAACT----------------T-T------GA-AGT-A----TTGTAAG-AAGAT---G------------CCGCCATTGAGTAT-T-T------AAATA--A-GACCTTG-ATACA--A--ATGT-T----TAA----T------AT-TCT----AGTTTT-G-----ATC------ATG-C-------GTCAT---AATGAC---TTGCT---G--T---ATAACAATTA-TCACAACTT-GTACTGC------TTA-----GGATGGCT--------TCGACCACACTAGACATAGTAC-AGG-AAATAAAg
gi|3 : GTAAG--ACTTTATTGCGACCTTGGTAGAGCT------GTTTCTCCAAATTAAATTGAA--TA--TATAGTAAGTAATACATA--C-TGTGTTGGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTGGAATGTCACACGTATAACGATT-A-GAG----AAAGAAATACATATAACCTTATTTTGTG----------AGAAATTGCAGCATGTT---------GCA--T-G-------ACGTTCGAAAGC----GATGAGAT------------GTGCAAAATATTGCA--ATGT---ATA--TATTTAAATATTTTGAATTA-AGGAAAAACATAATTATTATACTTAAAA-GGTAATCA-TT-TGG---TATATCCTTTATTTTGTTTTTTACAGGCAAATCTT----TAATATT--TAT-ACATGTGTGTAA------CTACCAAATTCTTACTCATC-TATTTCTTTTCGCCTGTCCTTATTGGTA---A-AT-----------------TT-TAGTCATA----------T----------C----------AAATTTTGCATA-------AACATT-TCATTTTGAAATTTTA------GTTTCATT-T------GATAAGTA----TTGTAAG-AAAATT---TCA-----------GCAGTTGAGTA--T-T------TAA-A--A-TTCCATT-A---A--A--ATGTGT----T------T------ATATCT----TGTTCT-G-----TTC------ATA-A-------ATCAC---AATGAC---T---T---GTTT---AAAAGAACAA-TCATACATT-GTGCGGT------AAAGTGTGGGATGACCTC------------------GACCTATTACGAGG-AAATGAAATAATCTTCTTCATCTTcgtttct
gi|4 : GAGGTACTAGA--TTGTGACATAGCT--TTGAAGCTTTT---TTATAATAAAGAAAACACAATT---CTTAAAA-A--AACTA-TTATGT---TTAATTTGCTGTTTTGTTTTG-ACTAGTTAATTTT----TAATAAT--TAAAACATATGTGTAAGAGATACTATCAAATTCCTACTCCTTATATTTCTTCTCTTCTATCATTATTGCTA---A-GT-----------------TT-AAGTCATATCACATTTTGT----------G----------A----------A-------GACATTCACATTTTGc
gi|4 : ttaaTG----------T----------G----------A----------A-------GACATTCCCATTTTGATTTTTTT------G------T-TTCCTGTGTTA---AGTA-TTTTAAA-GAAATTTAGTCACACTGATATCCGCCATTAAGCA--T-T------AAA-A------CTATT-A-ATG--C--GTTTGT----TTATA--T------AT-TCG----TGTTCA-G-----CTC------ATACAAATGTACGTCAT---AATGAC---G---T---G--T---AAAATATTTA-GCATACTTT-tgaaaacattcccattttgtgaagacattcccattttgatttttttgtttcctgtgttaagtattttaaagaaatttagtcacactgatatccgccattaagcattaaaactattaatgcgtttgtttatatattcgtgttcagctcatacaaatgtacgtcataatgacgtgtaaaatatttagcatacttt
gi|5 : ttaagaggtactagattgtgacatagctttgaagcttttttataataaagaaaacacaattcttaaaaaaactattatgtttaatttgctgttttgttttgactagttaatttttaataattaaaacatatgtgtaagagatactatcaaattcctactccttatatttcttctcttctatcattattgctaagtttaagtcatatcacattttgtgaagacattcacattttgtgaaaacattcccatttTTATCGTAGTCATTTT-TATTTTA---AGTT-TTAACCATATCTGAATAT---AAAGGTAAGCAAAGTTGTGGT-----------AAAT-A-T-GG------------------GGAATA--GGAAAT--GTACTGCATGTTC-TGTGTAACAAG-ATGACTTT-ATAATATATTTGAATGTCAAATATATAACGATT-T-AAATTTAAAAAAAACACTTTTAACCTTATATTGTA----------AGATATTGTAGCATGTTTAAAACTGTAAAAAA-AT----T-AAGGCTGAAAGC--A-GAAGAGATAC-G-
gi|6 : gttcgtaagaaatcatttaatttagggtttaatgtagcatggtatcagcaaaatgctggtagtgataaatactttataaatatttaaaaaagaaaaggcttaatgataattttgtataaaactgtaacgaccgtctaaatcaatcaagtagggcaacttgGTAGT-ATTTCATATTTTA---AGCTGC-AACCATGACTTAATATCACAAATGTAAGT-----TAGCGTTGCCTTTACACAACT-T-TTGGTTTCTTCACATCGTCTCTAAActtcatcgagatgttt
gi|6 : GGAAACAAGGACA-T--GTACTGTATGTTC-GGTGCAAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGCCAAATTTATAACGATT-TTAAA----AAATTGATGCAGCAAACCTTACTTTCTA----------AGACTTTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCTGAAAGT--A-G-------AC-A-AA-A--TATGCAAAACCTTGCAACCTAT---GTA--T--TCAAATATTT-GAATTA-AAGAAA---AACACAATT---TTTAAAA-AGTttgaagcggttcgttgggcaaaacctaacaaggtaggtagggaaacaaggacatgtactgtatgttcggtgcaagaagatgaatttcattttatgtttgaatgccaaatttataacgattttaaaaaattgatgcagcaaaccttactttctaagactttgtagcatgtttaaaactatacaattgttcaagtctgaaagtagacaaaatatgcaaaaccttgcaacctatgtattcaaatatttgaattaaagaaaaacacaatttttaaaaagtggctagattagttttgttaagtt
gi|7 : gtagtatttcatattttaagctgcaaccatgacttaatatcacaaatgtaagttagcgttgcctttacacaacttttggtttcttcacatcgtctctaaattgaagcggttcgttgggcaaaacctaacaaggtaggtagTTGAAAAC---ACAATTCGTACGATCAAAT---AAAGC--A-GACGAGATAT-G-AA-AAATCT-TGAAATGTC-----TT------TA--T--TCAGATCTATCGAATTA-TGGAAAA----CACAATT---CTTAAAA-AGTAATTATTG-TGAACTTAAATCTGCTGTTTTA-TTTTTACAAATAAATGTT----TAATATT--CAAATCATATGT---------------------CTACTCGGTATATTTCTTCTCTCCTGTCTTTGTAAGTA---A-AT-----------------TT-TAGTCAAA----------T----------C----------A----------ATGTTTGTGAAATAAAAATGTTGAAA----T------G------TGT------GATA---AGTT-TTGTCAG-AAAATTAAGTCACACTAACTTTCATCATTAACTA--TCT------AAA-A--A-GTCCAT----ATA--A--AGGTGT----TTGATTAT------AT-TCC----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GT-AT---AATGACTTGT---T---G--T---AAAATAAGTA-TCggctagattagttttgttaagtt
gi|8 : CAAGT---TAGT----TGAAATTGATAAAACATAGGT---A------C-ATT---TTCTTACTAAAGATATTTCTTCTCTCCTGT-TTTATTGGTA---A-AT-----------------TT-TAGTGATA----------T----------ACAATTTTGTTA----------A-------AACATTCTTAGTTTAAAATCTTTCCTTCAA------T-T------GATA---AATATTTGTAAGTAAAGCTT-GTCACACTGATTTCCGCCATTGAATATTT-T------AAA-AATA-ATGCATACA-ATATGA--ATGTCT----A------T------GT-CCT----TGTTTT-G-----CTCGAACATGTA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--TTG-TAAACAATTG-CCATACTCT-GTACGGT------TGAGTGTGGGATG-------AAC-TCGGCCCAAAAAGACCAATTACGATG-AAATAACAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GTTCGTAAGGATTTTTTCAGTTAGGTTTCAATGAAGCCCGGTACATGTTCATGCATGTTCATGCATCAGCAAAGTGTTAACGATGACATATATTTGTTAAATATTTAAAAACAACACCTAAATGATAAGTGGATACAACATTGAAACGACAATCAACTAAGTAGGTAATTGTAATCGTAATATTTCAGATTTTAAGTATGTTTTTAACATATCCTAATA
Unaligned ( gi|16 ): AAGAAAAAAAGTTCACTGCAATTGTACAACACTTGAATGACCGTCTCAATCAACGAAGTAGGACAACTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 22222222222 222 11 1111 11 11 111 1111 22222 111111 1111 111111111 222222222222 222 111111 11111 1 1111 1 1111 111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111 222222222222 11111 111111111 333333333333333333 1111 11111 111111 111111111 1111 111111 4444444444444444
lowQualScore : 8 888 1 444 33333333333 5 333 3 99 11 1 3 3 6 9999 3 11 1 3 11 0 11 8 22 8 3 1 0 0 555 7777 11 1 00000 8 0 3 44 3 6 777777 33 9999 1 2 999999999 1 3 888888888888 99999 6 111 999999 6 66666 99 3 5555 0 0 3 3 1 4444 99 3 6 999999 5 3 3 22 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 5 000 1 333333333333 4 44444 777777777 66 444444444444444444 4 3333 4 11111 222222 444444444 777 7777777 777 55 5555 3 4 4 444444 0 8888888888888888 2 1 4 1 22
lowQualScore : . ... . ... ........... . ... . .. .. . . . . .... . .. . . .. . .. . .. . . . . . ... .... .. . ..... . . . .. . . ...... .. .... . . ......... . . ............ ..... . ... ...... . ..... .. . .... . . . . . .... .. . . ...... . . . .. . ....................................................................................................................................................................................... ..... . ... . ............ . ..... ......... .. .................. . .... . ..... ...... ......... ... ....... ... .. .... . . . ...... . ................ . . . . ..
lowQualScore : 0 666 0 000 66666666666 0 555 0 44 22 0 2 3 7 8888 7 00 0 2 00 8 88 0 00 0 2 0 6 8 222 0000 88 4 00000 0 8 2 77 3 7 000000 22 3333 0 5 555555555 0 2 777777777777 33333 3 222 222222 7 77777 22 3 3333 8 6 8 5 0 2222 22 5 7 222222 7 2 0 00 6 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555 0 111 8 777777777777 4 44444 777777777 11 111111111111111111 0 9999 4 11111 888888 000000000 000 4444444 000 55 9999 9 0 4 444444 2 8888888888888888 3 1 4 4 00
consensus : TTATCGTAGT-ATTTCAGATTTTA---AG------TT-T-AACCATATCTTAATATCGCAAATGTAAG-AAATTTAGNGTTGCCTTNACACAAC-T-A-TGGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATA--GANAGT--GTACTGCATGTTC-TGTGNNAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGTCAAATGTATAACGATT-T-AAG----AAANAAATACATTTAACCTT-----ATT-TTGTAAGACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCCGAAAGC--A-GACGAGATA-CG-AAA--TNTGCGAAATATTGCA--TTGT---ATA--T--TTAAATCTTTCGAATTAAGGAAAAA-AACACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TT-TGN---TAAATCTGCTGTTTTGTTTTTTACAAGTAAATNTT----TAATATT--TAAAACATATGTGTAA------CTATCAAATTCCTACTCGNNATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCA----------TAT----------G----------A----------A--AACATTCTCATTTTG-AAA------------------TTTTT------G------T------TG-AT--A---A---T-TTGTA-----AG-AAAATTTAGTCACACTGATTTCCGCCATTGAGTA--T-T-------AAA-A--A-GTCCATA-A-ATA--A--ATGTGT----T------T------AT-TCT----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---AAAACAATTA-TCATACTTT-GTACGGT------TTAGTGTGGGATGGCCTC--GACATCGACCCNACTAGACCTATTACGAGG-AAATAAAATCGTCTTCTTCATCTT
Reference ( family-2136 ) : TTATCGTAGT-ATTTTANANTTTA---AG------TT-C-AACCATATCTTAATATCGCAAATGTAAGTAAATTTAGNGTTGCCTTNACACAAC-T-A-TGGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATA--GANAGT--GTACTGCATGTTC-TGTGNNAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGTCAAATGTATAACGATT-T-AAG----AAANAAATACATTTAACCTT-----ATT-TTGTAAGACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCCGAAAGC--A-GACGAGATA-CG-AAA--TNTGCGAAATATTGCA--TTGT---ATA--T--TTAAATCTTTCGAATTAAGGAAAAA-AACACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TT-TGG---TAAATCTGCTGTTTTGTTTTTTACAAGTAAATNTT----TAATATT--TAAAACATATGTGTAA------CTATCAAATTCCTACTCGNNATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCA----------TAT----------G----------A----------A--AACATTCTCATTTTG-AAA------------------TTTTT------G------T------TG-AT--A---A---T-TTGTA-----AG-AAAATTTAGTCACACTGATTTCCGCCATTGAGTA--T-T-------AAA-A--A-GTCCATA-A-ATA--A--ATGTGT----T------T------AT-TCT----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---AAAACAATTA-TCATACTTT-GTACGGT------TTAGTGTGGGATGGCCTC--GACATCGACCCNACTAGACCTATTACGAGG-AAATAAAATCGTCTTCTTCATCTT
gi|1 : TTATCGTTTT-ATTC-AGAGTTTATATAT------TT-C-AAAGATATCTTAATATTGTAAATGTAAGAAAATTTAGGGTTGCCTTTACACAAC-TTA-GGGTTTCTTAACATCGTCTTGAAAATA--GATAGT--GTACTGTATGTTC-TGTGGTAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGATTGAATGTCAAATGTATAATAATT-T-AAG----AAATAAATACATTAAACCTT-----ATT-TTATAATACATTGAAACATGTTTAAAATTATACAATT-GT----TTAAGTCTGAAAGC--T-GACGA-ATATTGCACA--TTTACGAAATAATGCA--TTGT---ATA--T--TTAAATCTTTTTAATTAAACAGAAACAATATAA---------TCAAAATAGT-----AATAA--TA-TGA---TAAATCTGCTG----GTGTTTCACAAGTAAATATT----AAATATT--TAAAGCAAATATGTAA------CCATCAAATGCTTACTCGCGATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AT----TCA----------TAT----------G----------A----------A--AACATTATCATTTTG-AAA------------------TTTTT------G------T------TG-AT--A---A-----TCATA-----AG-AAAATATAGCCACACTGACTTTTGTCATTGAATA--C-T-------AAA-G--A-ATGCATA-A-ACA--A--ATGTGT----T------T------AC-TTT----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCAT---TATGAC---T---T---G--T---AAAATAATTA-TCATGCATT-GTACGAT------TTCGAGAGGGATGACCTTGAGACATTGACCCTACAAGGCCTATCACGAGG-AAATAAAATTGTCTTCTTCATCTT
gi|10 : -TTGTA-----AG-ACAATTAAGTCACACTGATT---------GAATT--T-TTTTTCTCAAA-A--A--TTCATA-A-A----A--ATGCGTATCTT------T------AT-ACAGACATGTTTTTG-----CTC------AGA-A-------ATCATCTCATTGGC---T---T---G--TTGTAAAATAATCA-TCATACTTT-GTATAGT------TTAGTGTGTGATGGTC--------TCGACCCAACTAGACCTTTTACGAGG-AAATAAAt
gi|11 : ATTTCCGTCATTGAATA--T-TTG-----AAA-G--A-TTTGATA-A-A-A--A--ATGTGT----T------TGCTAATAT-TTT----TGTTTT-A-----CTC------AAA-A-------GTAAT---GCTGAT---T---T---T--T----------TTGGTCAGATTTT-GTGTGGTCAAAGTTTAGTTTGGGATGGCCTC--GA-AT-----CTACAAGGGCTATTACGAGG-AAATAAAtctttgt
gi|12 : TCATTATTTGTATTAAC---------------AT-----------------TT-T----AG----TCG----------TATCAAATCTTGTG----------A----------A--AA-ATTCTCATTTTG-ACA------------------TTTTT------G------T------TTCATTTG---A---T-TTGTATTATGAG-AAAATTTAGTCACACCGATTTCCACTATTGAGTAC-T-T-------AAA-A--AGGTCCATA-A-A-A--AGTATTTGT----T------T------AT-c
gi|13 : caaaTGTA---T------T------GT-TTTG---TGTTTT-GATGGGCCC------ATA-T-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T--------AATTA-TCATACTGT-GTACGGT------TTTGTGTTGGATAGCCTT--AAAA---ACC--ATTAGACCTATAAAGAGG-AAATCAAATCCCCATCTTat
gi|14 : tgtt-------GTCAT---TATGAC---T---TACTG--T---AAAACATTAA-ATATGCTTTTGTGCGGT------TTAGTGCGGGATGGCCTC--GACA------CCACTAGATCTA-GGCGAGGTTAATAAACTAGTCTatacatg
gi|15 : ggcatatcttttaagagatgacACATCGACTCAGCTAGACCTATAACGAGG-GA--AAAATCCTCTTCTTCCTCTTattctat
gi|17 : gacgaatgaattacTGCCTAAACACAAC-T-AAGGGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATcttctttttgttca
gi|2 : TTATCGTAGT-ATTTTAGAATTGA---AG------TT-T-AACCATATCTTGATACTG-----ATAAGTAAATTTAGAGTTACCTTAACACAAA-T-A-TGGTTCCTTCACATCGTCTAGAAATTG--GAGCGG--GCAATAC--GTACATGTGGGGGAAACAGGAAATGTACTGGACGTTT----------TGTAT-----TTGC-AAG----AG-GAATTTCATTTTATGTTGTATTATTATTGTA-TACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAAGT-GT----TTAAATCCGAAAGCTGACGACGAGATA-CGCAAA--TTCGTGCAATGTT--------T---ATA--T--CGAAATCATTCGAATTAAGGAAAA---ACACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TT-TGG---TAAATCTGCTGTTTTG-TTTTTGCCAGTAAATCTTTACATAATATT--TTTAACATGACTGTAA------CTATCAAATGCCTACTCGAGATATTTCTTCTCTCCTGTTCTTATTTATA---A----------------ATAATAATAATAAAAATAATTAT----AA----TAA----------TATATGTAATTGTG----------A----------A--ACCATTTTCATTTTA-AAA------------------CT----------------T------TG-A---A---G---TATTGTA-----AG-AAGAT---G------------CCGCCATTGAGTAT-T-T-------AAATA--A-GACCTTG-ATACA--A--ATGT-T----TAA----T------AT-TCT----AGTTTT-G-----ATC------ATG-C-------GTCAT---AATGAC---TTGCT---G--T---ATAACAATTA-TCACAACTT-GTACTGC------TTA-----GGATGGCT--------TCGACCACACTAGACATAGTAC-AGG-AAATAAA--CGT-TTCTg
gi|3 : GTAAG--ACTTTATTGCGACCTTGGTAGAGC-T-----GTTTCTCCAAATTAAATTGAA--TA--TATAGTAAGTAATACATA--C-TGTGTTGGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTGGAATGTCACACGTATAACGATT-A-GAG----AAAGAAATACATATAACCTT-----ATT-TTGTGAGAAATTGCAGCATGTT---------GCA--T-G-------ACGTTCGAAAGC----GATGAGAT-----------GTGCAAAATATTGCA--ATGT---ATA--TATTTAAATATTTTGAATTAAGGAAAAA---CATAATTATTATACTTAAAA-GGT-----AATCA--TT-TGG---TATATCCTTTATTTTGTTTTTTACAGGCAAATCTT----TAATATT--T-ATACATGTGTGTAA------CTACCAAATTCTTACTCATC-TATTTCTTTTCGCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCA----------TAT----------C----------AAATTTTGCATA--AACATT-TCATTTTG-AAA------------------TTTTA------GTTTCATT------TG-AT--A---AG--TATTGTA-----AG-AAAATT---TCA-----------GCAGTTGAGTA--T-T-------TAA-A--A-TTCCATT-A---A--A--ATGTGT----T------T------ATATCT----TGTTCT-G-----TTC------ATA-A-------ATCAC---AATGAC---T---T---GTTT---AAAAGAACAA-TCATACATT-GTGCGGT------AAAGTGTGGGATGACCTC------------------GACCTATTACGAGG-AAATGAAATAATCTTCTTCATCTT
gi|4 : GAGGTACTAGA--TTGTGACATAGCT--TTGAAGCTTTTTTAT-AATAAAGAA-AACACAATT------CTTAAAA-A-------AACTA--TTATGT---TTAATTTGCTGTTTTGTTTTG-ACTAGTTAATTTT----TAATAAT--TAAAACATATGTGTAAGAGATACTATCAAATTCCTACTCCTTATATTTCTTCTCTTCTATCATTATTGCTA---AGTTTAAGTCATATCACAT-----------------TT-TGTGAAGACATTCA----------CATTTTGT-----G----------A----------A--AACATTCCCATTTTGTGAAGACATTCCCATTTTGATTTTTTT------G------TTTCCTGTG-TT--AAGTA---T-TT-TA-----AA-GAAATTTAGTCACACTGATATCCGCCATTAAGCA--T-T-------AAA-A------CTATT-A-ATG--C--GTTTGT----TTATA--T------AT-TCG----TGTTCA-G-----CTC------ATACAAATGTACGTCAT---AATGAC---G---T---G--T---AAAATATTTA-GCATACTTT-c
gi|5 : ttaaTTATCGTAGTCATTTT-TATTTTA---AG------TT-TTAACCATATCTGAATAT---AAAGGTAAGCAAAGTTGTGGT-----------AAA-T-A-TGG------------------GGAATA--GGAAAT--GTACTGCATGTTC-TGTGTAACAAG-ATGACTTT-ATAATATATTTGAATGTCAAATATATAACGATT-T-AAATTTAAAAAAAACACTTTTAACCTT-----ATA-TTGTAAGATATTGTAGCATGTTTAAAACTGTAAAAAA-AT----T-AAGGCTGAAAGC--A-GAAGAGATA-CG-
gi|6 : gttcgtaagaaatcatttaatttagggtttaatgtagcatggtatcagcaaaatgctggtagtgataaatactttataaatatttaaaaaagaaaaggcttaatgataattttgtataaaactgtaacgaccgtctaaatcaatcaagtagggcaacttgGTAGT-ATTTCATATTTTA---AG------CTGC-AACCATGACTTAATATCACAAATGTAAG-----TTAGCGTTGCCTTTACACAACTT-T-TGGTTTCTTCACATCGTCTCTAAActtcatcgagatgttt
gi|6 : GGAAACAAGGACA-T--GTACTGTATGTTC-GGTGCAAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGCCAAATTTATAACGATT-TTAAA----AAATTGATGCAGCAAACCTT-----ACT-TTCTAAGACTTTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCTGAAAGT--A-G-------A-CA-AAA--TATGCAAAACCTTGCAACCTAT---GTA--T--TCAAATATTT-GAATTAAAG--AAA-AACACAATT------TTTAAAA-AGTGGCTAGATTAGTTT-TGT---TAAGTttgaagcggttcgttgggcaaaacctaacaaggtaggtagggaaacaaggacatgtactgtatgttcggtgcaagaagatgaatttcattttatgtttgaatgccaaatttataacgattttaaaaaattgatgcagcaaaccttactttctaagactttgtagcatgtttaaaactatacaattgttcaagtctgaaagtagacaaaatatgcaaaaccttgcaacctatgtattcaaatatttgaattaaagaaaaacacaatttttaaaaagtggctagattagttttgttaagtt
gi|7 : gtagtatttcatattttaagctgcaaccatgacttaatatcacaaatgtaagttagcgttgcctttacacaacttttggtttcttcacatcgtctctaaattgaagcggttcgttgggcaaaacctaacaaggtaggtagTTGAAAAC---ACAATTCGTACGATCAAAT---AAAGC--A-GACGAGATA-TG-AAAAATCT-TGAAATGTC-----TT------TA--T--TCAGATCTATCGAATTATGGAAAA----CACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TTGTGAACTTAAATCTGCTGTTTTA-TTTTTACAAATAAATGTT----TAATATT--CAAATCATATGT---------------------CTACTCGGTATATTTCTTCTCTCCTGTCTTTGTAAGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCAAATCAATGTTTGT----------G----------A----------AATAAAA-----ATGTTG-AAA----------------------T------G------TG-----TG-AT--A---AGT-T-TTGTC-----AG-AAAATTAAGTCACACTAACTTTCATCATTAACTA--TCT-------AAA-A--A-GTCCAT----ATA--A--AGGTGT----TTGATTAT------AT-TCC----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GT-AT---AATGACTTGT---T---G--T---AAAATAAGTA-TCt
gi|8 : CAAGT---TAGT----TGAAATTGATAAAACATAGGT---A------C-ATT---TTCTTACTAAAGATATTTCTTCTCTCCTGTT-TTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TGA----------TAT----------ACAATTTTGTTA----------A--AACATTCTTAGTTTA-AAA------------------TCTTTCCTTCAA------T------TG-AT--A---AATAT-TTGTA-----AGTAAAGCTT-GTCACACTGATTTCCGCCATTGAATATTT-T-------AAA-AATA-ATGCATACA-ATATGA--ATGTCT----A------T------GT-CCT----TGTTTT-G-----CTCGAACATGTA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--TTG-TAAACAATTG-CCATACTCT-GTACGGT------TGAGTGTGGGATG-------AAC-TCGGCCCAAAAAGACCAATTACGATG-AAATAACAT
gi|9 : atttgttggtgacactttcagatgaatttgacATCGTAAT-ATTTCAGATTTTA---AGTATGTTTT-T-AA-CATATCCTAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAGAAAAAAAGTTCACTGCAATTGTACAACACTTGAATGACCGTCTCAATCAACGAAGTAGGACAACTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222222 111 222 333333 2222222 11 11 111 1111 22222 111111 1111 111111111 222222222222 222 111111 11111 1 1111 1 1111 111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111 222222222222 11111 111111111 333333333333333333 1111 11111 111111 111111111 111 111111 4444444444444444
lowQualScore : 8 0 0 1 444 333333 333 5 333 3 333333 1 1 2 0000000 3 11 1 3 11 0 11 8 22 8 3 1 0 0 555 7777 11 1 00000 8 0 3 44 3 6 777777 33 9999 1 2 999999999 1 3 888888888888 99999 6 111 999999 6 66666 99 3 2222 0 0 3 3 1 4444 99 3 6 999999 5 3 3 22 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 5 000 1 333333333333 4 44444 777777777 66 444444444444444444 4 3333 4 11111 222222 444444444 777 7777777 777 55 222 3 1 4 4 444444 0 8888888888888888 2 1 4 1 22
lowQualScore : . . . . ... ...... ... . ... . ...... . . . ....... . .. . . .. . .. . .. . . . . . ... .... .. . ..... . . . .. . . ...... .. .... . . ......... . . ............ ..... . ... ...... . ..... .. . .... . . . . . .... .. . . ...... . . . .. . ....................................................................................................................................................................................... ..... . ... . ............ . ..... ......... .. .................. . .... . ..... ...... ......... ... ....... ... .. ... . . . . ...... . ................ . . . . ..
lowQualScore : 0 8 8 0 000 000000 000 0 555 0 444444 0 0 5 0000000 7 00 0 2 00 8 88 0 00 0 2 0 6 8 222 0000 88 4 00000 0 8 2 77 3 7 000000 22 3333 0 5 555555555 0 2 777777777777 33333 3 000 222222 7 77777 22 3 7777 8 8 6 5 0 2222 22 5 7 222222 7 2 0 00 6 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555 0 111 8 777777777777 4 44444 777777777 11 111111111111111111 0 9999 4 11111 888888 000000000 000 4444444 000 55 555 9 0 0 4 444444 2 8888888888888888 3 1 4 4 00
consensus : TTATCGTAGT-ATTTCAGATTTTA---AG------TT-T-AACCATATCTTAATATCGCAAATGTAAG-AAA-TTTAGNGTTGCCTTNACACAAC-T-A-TGGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATA--GANAGT--GTACTGCATGTTC-TGTGNNAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGTCAAATGTATAACGATT-T-AAG----AAANAAATACATTTAACCTT-----ATT-TTGTAAGACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCCGAAAGC--A-GACGAGATA-CG-AAA--TNTGCGAAATATTGCA--TTGT---ATA--T--TTAAATCTTTCGAATTAAGGAAAAA-AACACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TT-TG---NTAAATCTGCTGTTTTGTTTTTTACAAGTAAATNTTTA----ATATT--TAAAACATATGTGTAA------CTATCAAATTCCTACTCGNNATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCA----------TAT----------G----------A----------A--AACATTCTCATTTTG-AAA------------------TTTTT------G------T------TG-AT--A---A---T-TTGTA-----AG-AAAATTTAGTCACACTGATTTCCGCCATTGAGTA--T-T-------AAA-A--A-GTCCATA-A-ATA--A--ATGTGT----T------T------AT-TCT----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---AAAACAATTA-TCATACTTT-GTACGGT------TTAGTGTGGGATGGCCTC--GACATCGACCCNACTAGACCTATTACGAGG-AAATAAAATCGTCTTCTTCATCTT
Reference ( family-2136 ) : TTATCGTAGT-ATTTCAGATTTTA---AG------TT-T-AACCATATCTTAATATCGCAAATGTAAG-AAA-TTTAGNGTTGCCTTNACACAAC-T-A-TGGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATA--GANAGT--GTACTGCATGTTC-TGTGNNAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGTCAAATGTATAACGATT-T-AAG----AAANAAATACATTTAACCTT-----ATT-TTGTAAGACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCCGAAAGC--A-GACGAGATA-CG-AAA--TNTGCGAAATATTGCA--TTGT---ATA--T--TTAAATCTTTCGAATTAAGGAAAAA-AACACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TT-TG---NTAAATCTGCTGTTTTGTTTTTTACAAGTAAATNTTTA----ATATT--TAAAACATATGTGTAA------CTATCAAATTCCTACTCGNNATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCA----------TAT----------G----------A----------A--AACATTCTCATTTTG-AAA------------------TTTTT------G------T------TG-AT--A---A---T-TTGTA-----AG-AAAATTTAGTCACACTGATTTCCGCCATTGAGTA--T-T-------AAA-A--A-GTCCATA-A-ATA--A--ATGTGT----T------T------AT-TCT----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---AAAACAATTA-TCATACTTT-GTACGGT------TTAGTGTGGGATGGCCTC--GACATCGACCCNACTAGACCTATTACGAGG-AAATAAAATCGTCTTCTTCATCTT
gi|1 : TTATCGTTTT-ATT-CAGAGTTTATATAT------TT-C-AAAGATATCTTAATATTGTAAATGTAAG-AAAATTTAGGGTTGCCTTTACACAAC-TTA-GGGTTTCTTAACATCGTCTTGAAAATA--GATAGT--GTACTGTATGTTC-TGTGGTAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGATTGAATGTCAAATGTATAATAATT-T-AAG----AAATAAATACATTAAACCTT-----ATT-TTATAATACATTGAAACATGTTTAAAATTATACAATT-GT----TTAAGTCTGAAAGC--T-GACGA-ATATTGCACA--TTTACGAAATAATGCA--TTGT---ATA--T--TTAAATCTTTTTAATTAAACAGAAACAATATAA---------TCAAAATAGT-----AATAA--TA-TG---ATAAATCTGCTG----GTGTTTCACAAGTAAATATTAA----ATATT--TAAAGCAAATATGTAA------CCATCAAATGCTTACTCGCGATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AT----TCA----------TAT----------G----------A----------A--AACATTATCATTTTG-AAA------------------TTTTT------G------T------TG-AT--A---A-----TCATA-----AG-AAAATATAGCCACACTGACTTTTGTCATTGAATA--C-T-------AAA-G--A-ATGCATA-A-ACA--A--ATGTGT----T------T------AC-TTT----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCAT---TATGAC---T---T---G--T---AAAATAATTA-TCATGCATT-GTACGAT------TTCGAGAGGGATGACCTTGAGACATTGACCCTACAAGGCCTATCACGAGG-AAATAAAATTGTCTTCTTCATCTT
gi|10 : -TTGTA-----AG-ACAATTAAGTCACACTGATT---------GAATT--T-TTTTTCTCAAA-A--A--TTCATA-A-A----A--ATGCGTATCTT------T------AT-ACAGACATGTTTTTG-----CTC------AGA-A-------ATCATCTCATTGGC---T---T---G--TTGTAAAATAATCA-TCATACTTT-GTATAGT------TTAGTGTGTGATGGTC--------TCGACCCAACTAGACCTTTTACGAGG-AAATAAAt
gi|11 : ATTTCCGTCATTGAATA--T-TTG-----AAA-G--A-TTTGATA-A-A-A--A--ATGTGT----T------TGCTAATAT-TTT----TGTTTT-A-----CTC------AAA-A-------GTAAT---GCTGAT---T---T---T--T----------TTGGTCAGATTTT-GTGTGGTCAAAGTTTAGTTTGGGATGGCCTC--GA-ATC-----TACAAGGGCTATTACGAGG-AAATAAAtctttgt
gi|12 : TCATTATTTGTATTAAC---------------AT-----------------TT-T----AG----TCG----------TATCAAATCTTGTG----------A----------A--AA-ATTCTCATTTTG-ACA------------------TTTTT------G------T------TTCATTTG---A---T-TTGTATTATGAG-AAAATTTAGTCACACCGATTTCCACTATTGAGTAC-T-T-------AAA-A--AGGTCCATA-A-A-A--AGTATTTGT----T------T------AT-c
gi|13 : caaaTGTA---T------T------GT-TTTG---TGTTTT-GATGGGCCC------ATA-T-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---AA-----TTA-TCATACTGT-GTACGGT------TTTGTGTTGGATAGCCTT--AAAA---ACC--ATTAGACCTATAAAGAGG-AAATCAAATCCCCATCTTat
gi|14 : tgtt-------GTCAT---TATGAC---T---TACTG--T---AAAACATTAA-ATATGCTTTTGTGCGGT------TTAGTGCGGGATGGCCTC--GACA------CCACTAGATCTA-GGCGAGGTTAATAAACTAGTCTatacatg
gi|15 : ggcatatcttttaagagatgacACATCGACTCAGCTAGACCTATAACGAGG-GA--AAAATCCTCTTCTTCCTCTTattctat
gi|17 : gacgaatgaattacTGCCTAAACACAAC-T-AAGGGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATcttctttttgttca
gi|2 : TTATCGTAGT-ATTTTAGAATTGA---AG------TT-T-AACCATATCTTGATACTG-----ATAAGTAAA-TTTAGAGTTACCTTAACACAAA-T-A-TGGTTCCTTCACATCGTCTAGAAATTG--GAGCGG--GCAATAC--GTACATGTGGGGGAAACAGGAAATGTACTGGACGTTT----------TGTAT-----TTGC-AAG----AG-GAATTTCATTTTATGTTGTATTATTATTGTA-TACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAAGT-GT----TTAAATCCGAAAGCTGACGACGAGATA-CGCAAA--TTCGTGCAATGTT--------T---ATA--T--CGAAATCATTCGAATTAAGGAAAAA---CACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TT-TG---GTAAATCTGCTGTTTTGTTTTT-GCCAGTAAATCTTTACATAATATT--TTTAACATGACTGTAA------CTATCAAATGCCTACTCGAGATATTTCTTCTCTCCTGTTCTTATTTATA---A----------------ATAATAATAATAAAAATAATTAT----AA----TAA----------TATATGTAATTGTG----------A----------A--ACCATTTTCATTTTA-AAA------------------CT----------------T------TG-A---A---G---TATTGTA-----AG-AAGAT---G------------CCGCCATTGAGTAT-T-T-------AAATA--A-GACCTTG-ATACA--A--ATGT-T----TAA----T------AT-TCT----AGTTTT-G-----ATC------ATG-C-------GTCAT---AATGAC---TTGCT---G--T---ATAACAATTA-TCACAACTT-GTACTGC------TTA-----GGATGGCT--------TCGACCACACTAGACATAGTAC-AGG-AAATAAA--CGT-TTCTg
gi|3 : GTAAG-AC--TTTATTGCGACCTTGGTAGAGC-T-----GTTTCTCCAAATTAAATTGAA--TA--TATAGTAAGTAATACATA--C-TGTGTTGGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTGGAATGTCACACGTATAACGATT-A-GAG----AAAGAAATACATATAACCTT-----ATT-TTGTGAGAAATTGCAGCATGTT---------GCA--T-G-------ACGTTCGAAAGC----GATGAGAT-----------GTGCAAAATATTGCA--ATGT---ATA--TATTTAAATATTTTGAATTAAGGAAAAA---CATAATTATTATACTTAAAA-GGT-----AATCA--TT-TG---GTATATCCTTTATTTTGTTTTTTACAGGCAAATCTTTA----ATATT--T-ATACATGTGTGTAA------CTACCAAATTCTTACTCATC-TATTTCTTTTCGCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCA----------TAT----------C----------AAATTTTGCATA--AACATT-TCATTTTG-AAA------------------TTTTA------GTTTCATT------TG-AT--A---AG--TATTGTA-----AG-AAAATT---TCA-----------GCAGTTGAGTA--T-T-------TAA-A--A-TTCCATT-A---A--A--ATGTGT----T------T------ATATCT----TGTTCT-G-----TTC------ATA-A-------ATCAC---AATGAC---T---T---GTTT---AAAAGAACAA-TCATACATT-GTGCGGT------AAAGTGTGGGATGACCTC------------------GACCTATTACGAGG-AAATGAAATAATCTTCTTCATCTT
gi|4 : GAGGTACTAGA--TTGTGACATAGCT--TTGAAGCTTTTTTAT-AATAAAGAA-AACACAATT------CTTAAAA-A-------AACTA--TTATG---TTTAATTTGCTGTTTTGTTTTG-ACTAGTTAATTTTTA----ATAAT--TAAAACATATGTGTAAGAGATACTATCAAATTCCTACTCCTTATATTTCTTCTCTTCTATCATTATTGCTA---AGTTTAAGTCATATCACAT-----------------TT-TGTGAAGACATTCA----------CATTTTGT-----G----------A----------A--AACATTCCCATTTTGTGAAGACATTCCCATTTTGATTTTTTT------G------TTTCCTGTG-TT--AAGTA---T-TT-TA-----AA-GAAATTTAGTCACACTGATATCCGCCATTAAGCA--T-T-------AAA-A------CTATT-A-ATG--C--GTTTGT----TTATA--T------AT-TCG----TGTTCA-G-----CTC------ATACAAATGTACGTCAT---AATGAC---G---T---G--T---AAAATATTTA-GCATACTTT-c
gi|5 : ttaaTTATCGTAGTCATTTT-TATTTTA---AG------TT-TTAACCATATCTGAATAT---AAAGGTAAG-CAA------AGTTG---TGGTA-AA--T-A-TGG------------------GGAATA--GGAAAT--GTACTGCATGTTC-TGTGTAACAAG-ATGACTTT-ATAATATATTTGAATGTCAAATATATAACGATT-T-AAATTTAAAAAAAACACTTTTAACCTT-----ATA-TTGTAAGATATTGTAGCATGTTTAAAACTGTAAAAAA-AT----T-AAGGCTGAAAGC--A-GAAGAGATA-CG-
gi|6 : gttcgtaagaaatcatttaatttagggtttaatgtagcatggtatcagcaaaatgctggtagtgataaatactttataaatatttaaaaaagaaaaggcttaatgataattttgtataaaactgtaacgaccgtctaaatcaatcaagtagggcaacttgGTAGT-ATTTCATATTTTA---AG------CTGC-AACCATGACTTAATATCACAAATGTAAG------TTAGCGTTGCCTTTACACAACTT-T-TGGTTTCTTCACATCGTCTCTAAActtcatcgagatgttt
gi|6 : GGAAACAAGGACA-T--GTACTGTATGTTC-GGTGCAAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGCCAAATTTATAACGATT-TTAAA----AAATTGATGCAGCAAACCTT-----ACT-TTCTAAGACTTTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCTGAAAGT--A-G-------A-CA-AAA--TATGCAAAACCTTGCAACCTAT---GTA--T--TCAAATATTT-GAATTAAAG--AAA-AACACAATT------TTTAAAA-AGTGGCTAGATTAGTTT-TG---TTAAGTttgaagcggttcgttgggcaaaacctaacaaggtaggtagggaaacaaggacatgtactgtatgttcggtgcaagaagatgaatttcattttatgtttgaatgccaaatttataacgattttaaaaaattgatgcagcaaaccttactttctaagactttgtagcatgtttaaaactatacaattgttcaagtctgaaagtagacaaaatatgcaaaaccttgcaacctatgtattcaaatatttgaattaaagaaaaacacaatttttaaaaagtggctagattagttttgttaagtt
gi|7 : gtagtatttcatattttaagctgcaaccatgacttaatatcacaaatgtaagttagcgttgcctttacacaacttttggtttcttcacatcgtctctaaattgaagcggttcgttgggcaaaacctaacaaggtaggtagTTGAAAAC---ACAATTCGTACGATCAAAT---AAAGC--A-GACGAGATA-TG-AAAAATCT-TGAAATGTC-----TT------TA--T--TCAGATCTATCGAATTATGGAAAA----CACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TTGTGAACTTAAATCTGCTGTTTTA-TTTTTACAAATAAATGTTTA----ATATT--CAAATCATATGT---------------------CTACTCGGTATATTTCTTCTCTCCTGTCTTTGTAAGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCAAATCAATGTTTGT----------G----------A----------AATAAAA-----ATGTTG-AAA----------------------T------G------TG-----TG-AT--A---AGT-T-TTGTC-----AG-AAAATTAAGTCACACTAACTTTCATCATTAACTA--TCT-------AAA-A--A-GTCCAT----ATA--A--AGGTGT----TTGATTAT------AT-TCC----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GT-AT---AATGACTTGT---T---G--T---AAAATAAGTA-TCt
gi|8 : CAAGT---TAGTTG----AAATTGATAAAACATAGGT---A------C-ATT---TTCTTACTAAAGATATTTCTTCTCTCCTGTT-TTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TGA----------TAT----------ACAATTTTGTTA----------A--AACATTCTTAGTTTA-AAA------------------TCTTTCCTTCAA------T------TG-AT--A---AATAT-TTGTA-----AGTAAAGCTT-GTCACACTGATTTCCGCCATTGAATATTT-T-------AAA-AATA-ATGCATACA-ATATGA--ATGTCT----A------T------GT-CCT----TGTTTT-G-----CTCGAACATGTA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--TTG-TAAACAATTG-CCATACTCT-GTACGGT------TGAGTGTGGGATG-------AAC-TCGGCCCAAAAAGACCAATTACGATG-AAATAACAT
gi|9 : atttgttggtgacactttcagatgaatttgacATCGTAAT-ATTTCAGATTTTA---AGTATGTTTT-T-AA-CATATCCTAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAGAAAAAAAGTTCACTGCAATTGTACAACACTTGAATGACCGTCTCAATCAACGAAGTAGGACAACTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222222 111 222 333333 2222222 11 11 111 1111 22222 111111 1111 111111111 222222222222 222 111111 11111 1 1111 1 1111 111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111 222222222222 11111 111111111 333333333333333333 1111 11111 111111 111111111 111 111111 4444444444444444
lowQualScore : 8 0 0 1 444 333333 333 5 333 3 333333 1 1 2 0000000 3 11 1 3 11 0 11 8 22 8 3 1 0 0 555 7777 11 1 00000 8 0 3 44 3 6 777777 33 9999 1 2 999999999 1 3 888888888888 99999 6 111 999999 6 66666 99 3 2222 0 0 3 3 1 4444 99 3 6 999999 5 3 3 22 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 5 000 1 333333333333 4 44444 777777777 66 444444444444444444 4 3333 4 11111 222222 444444444 777 7777777 777 55 222 3 1 4 4 444444 0 8888888888888888 2 1 4 1 22
lowQualScore : . . . . ... ...... ... . ... . ...... . . . ....... . .. . . .. . .. . .. . . . . . ... .... .. . ..... . . . .. . . ...... .. .... . . ......... . . ............ ..... . ... ...... . ..... .. . .... . . . . . .... .. . . ...... . . . .. . ....................................................................................................................................................................................... ..... . ... . ............ . ..... ......... .. .................. . .... . ..... ...... ......... ... ....... ... .. ... . . . . ...... . ................ . . . . ..
lowQualScore : 0 8 8 0 000 000000 000 0 555 0 444444 0 0 5 0000000 7 00 0 2 00 8 88 0 00 0 2 0 6 8 222 0000 88 4 00000 0 8 2 77 3 7 000000 22 3333 0 5 555555555 0 2 777777777777 33333 3 000 222222 7 77777 22 3 7777 8 8 6 5 0 2222 22 5 7 222222 7 2 0 00 6 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555 0 111 8 777777777777 4 44444 777777777 11 111111111111111111 0 9999 4 11111 888888 000000000 000 4444444 000 55 555 9 0 0 4 444444 2 8888888888888888 3 1 4 4 00
consensus : TTATCGTAGT-ATTTCAGATTTTA---AG------TT-T-AACCATATCTTAATATCGCAAATGTAAG-AAA-TTTAGNGTTGCCTTNACACAAC-T-A-TGGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATA--GANAGT--GTACTGCATGTTC-TGTGNNAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGTCAAATGTATAACGATT-T-AAG----AAANAAATACATTTAACCTT-----ATT-TTGTAAGACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCCGAAAGC--A-GACGAGATA-CG-AAA--TNTGCGAAATATTGCA--TTGT---ATA--T--TTAAATCTTTCGAATTAAGGAAAAA-AACACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TT-TG---NTAAATCTGCTGTTTTGTTTTTTACAAGTAAATNTTTA----ATATT--TAAAACATATGTGTAA------CTATCAAATTCCTACTCGNNATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCA----------TAT----------G----------A----------A--AACATTCTCATTTTG-AAA------------------TTTTT------G------T------TG-AT--A---A---T-TTGTA-----AG-AAAATTTAGTCACACTGATTTCCGCCATTGAGTA--T-T-------AAA-A--A-GTCCATA-A-ATA--A--ATGTGT----T------T------AT-TCT----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---AAAACAATTA-TCATACTTT-GTACGGT------TTAGTGTGGGATGGCCTC--GACATCGACCCNACTAGACCTATTACGAGG-AAATAAAATCGTCTTCTTCATCTT
Reference ( family-2136 ) : TTATCGTAGT-ATTTCAGATTTTA---AG------TT-T-AACCATATCTTAATATCGCAAATGTAAG-AAA-TTTAGNGTTGCCTTNACACAAC-T-A-TGGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATA--GANAGT--GTACTGCATGTTC-TGTGNNAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGTCAAATGTATAACGATT-T-AAG----AAANAAATACATTTAACCTT-----ATT-TTGTAAGACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCCGAAAGC--A-GACGAGATA-CG-AAA--TNTGCGAAATATTGCA--TTGT---ATA--T--TTAAATCTTTCGAATTAAGGAAAAA-AACACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TT-TG---NTAAATCTGCTGTTTTGTTTTTTACAAGTAAATNTTTA----ATATT--TAAAACATATGTGTAA------CTATCAAATTCCTACTCGNNATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCA----------TAT----------G----------A----------A--AACATTCTCATTTTG-AAA------------------TTTTT------G------T------TG-AT--A---A---T-TTGTA-----AG-AAAATTTAGTCACACTGATTTCCGCCATTGAGTA--T-T-------AAA-A--A-GTCCATA-A-ATA--A--ATGTGT----T------T------AT-TCT----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---AAAACAATTA-TCATACTTT-GTACGGT------TTAGTGTGGGATGGCCTC--GACATCGACCCNACTAGACCTATTACGAGG-AAATAAAATCGTCTTCTTCATCTT
gi|1 : TTATCGTTTT-ATT-CAGAGTTTATATAT------TT-C-AAAGATATCTTAATATTGTAAATGTAAG-AAAATTTAGGGTTGCCTTTACACAAC-TTA-GGGTTTCTTAACATCGTCTTGAAAATA--GATAGT--GTACTGTATGTTC-TGTGGTAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGATTGAATGTCAAATGTATAATAATT-T-AAG----AAATAAATACATTAAACCTT-----ATT-TTATAATACATTGAAACATGTTTAAAATTATACAATT-GT----TTAAGTCTGAAAGC--T-GACGA-ATATTGCACA--TTTACGAAATAATGCA--TTGT---ATA--T--TTAAATCTTTTTAATTAAACAGAAACAATATAA---------TCAAAATAGT-----AATAA--TA-TG---ATAAATCTGCTG----GTGTTTCACAAGTAAATATTAA----ATATT--TAAAGCAAATATGTAA------CCATCAAATGCTTACTCGCGATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AT----TCA----------TAT----------G----------A----------A--AACATTATCATTTTG-AAA------------------TTTTT------G------T------TG-AT--A---A-----TCATA-----AG-AAAATATAGCCACACTGACTTTTGTCATTGAATA--C-T-------AAA-G--A-ATGCATA-A-ACA--A--ATGTGT----T------T------AC-TTT----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCAT---TATGAC---T---T---G--T---AAAATAATTA-TCATGCATT-GTACGAT------TTCGAGAGGGATGACCTTGAGACATTGACCCTACAAGGCCTATCACGAGG-AAATAAAATTGTCTTCTTCATCTT
gi|10 : -TTGTA-----AG-ACAATTAAGTCACACTGATT---------GAATT--T-TTTTTCTCAAA-A--A--TTCATA-A-A----A--ATGCGTATCTT------T------AT-ACAGACATGTTTTTG-----CTC------AGA-A-------ATCATCTCATTGGC---T---T---G--TTGTAAAATAATCA-TCATACTTT-GTATAGT------TTAGTGTGTGATGGTC--------TCGACCCAACTAGACCTTTTACGAGG-AAATAAAt
gi|11 : ATTTCCGTCATTGAATA--T-TTG-----AAA-G--A-TTTGATA-A-A-A--A--ATGTGT----T------TGCTAATAT-TTT----TGTTTT-A-----CTC------AAA-A-------GTAAT---GCTGAT---T---T---T--T----------TTGGTCAGATTTT-GTGTGGTCAAAGTTTAGTTTGGGATGGCCTC--GA-ATC-----TACAAGGGCTATTACGAGG-AAATAAAtctttgt
gi|12 : TCATTATTTGTATTAAC---------------AT-----------------TT-T----AG----TCG----------TATCAAATCTTGTG----------A----------A--AA-ATTCTCATTTTG-ACA------------------TTTTT------G------T------TTCATTTG---A---T-TTGTATTATGAG-AAAATTTAGTCACACCGATTTCCACTATTGAGTAC-T-T-------AAA-A--AGGTCCATA-A-A-A--AGTATTTGT----T------T------AT-c
gi|13 : caaaTGTA---T------T------GT-TTTG---TGTTTT-GATGGGCCC------ATA-T-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---AA-----TTA-TCATACTGT-GTACGGT------TTTGTGTTGGATAGCCTT--AAAA---ACC--ATTAGACCTATAAAGAGG-AAATCAAATCCCCATCTTat
gi|14 : tgtt-------GTCAT---TATGAC---T---TACTG--T---AAAACATTAA-ATATGCTTTTGTGCGGT------TTAGTGCGGGATGGCCTC--GACA------CCACTAGATCTA-GGCGAGGTTAATAAACTAGTCTatacatg
gi|15 : ggcatatcttttaagagatgacACATCGACTCAGCTAGACCTATAACGAGG-GA--AAAATCCTCTTCTTCCTCTTattctat
gi|17 : gacgaatgaattacTGCCTAAACACAAC-T-AAGGGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATcttctttttgttca
gi|2 : TTATCGTAGT-ATTTTAGAATTGA---AG------TT-T-AACCATATCTTGATACTG-----ATAAGTAAA-TTTAGAGTTACCTTAACACAAA-T-A-TGGTTCCTTCACATCGTCTAGAAATTG--GAGCGG--GCAATAC--GTACATGTGGGGGAAACAGGAAATGTACTGGACGTTT----------TGTAT-----TTGC-AAG----AG-GAATTTCATTTTATGTTGTATTATTATTGTA-TACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAAGT-GT----TTAAATCCGAAAGCTGACGACGAGATA-CGCAAA--TTCGTGCAATGTT--------T---ATA--T--CGAAATCATTCGAATTAAGGAAAAA---CACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TT-TG---GTAAATCTGCTGTTTTGTTTTT-GCCAGTAAATCTTTACATAATATT--TTTAACATGACTGTAA------CTATCAAATGCCTACTCGAGATATTTCTTCTCTCCTGTTCTTATTTATA---A----------------ATAATAATAATAAAAATAATTAT----AA----TAA----------TATATGTAATTGTG----------A----------A--ACCATTTTCATTTTA-AAA------------------CT----------------T------TG-A---A---G---TATTGTA-----AG-AAGAT---G------------CCGCCATTGAGTAT-T-T-------AAATA--A-GACCTTG-ATACA--A--ATGT-T----TAA----T------AT-TCT----AGTTTT-G-----ATC------ATG-C-------GTCAT---AATGAC---TTGCT---G--T---ATAACAATTA-TCACAACTT-GTACTGC------TTA-----GGATGGCT--------TCGACCACACTAGACATAGTAC-AGG-AAATAAA--CGT-TTCTg
gi|3 : GTAAG-AC--TTTATTGCGACCTTGGTAGAGC-T-----GTTTCTCCAAATTAAATTGAA--TA--TATAGTAAGTAATACATA--C-TGTGTTGGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTGGAATGTCACACGTATAACGATT-A-GAG----AAAGAAATACATATAACCTT-----ATT-TTGTGAGAAATTGCAGCATGTT---------GCA--T-G-------ACGTTCGAAAGC----GATGAGAT-----------GTGCAAAATATTGCA--ATGT---ATA--TATTTAAATATTTTGAATTAAGGAAAAA---CATAATTATTATACTTAAAA-GGT-----AATCA--TT-TG---GTATATCCTTTATTTTGTTTTTTACAGGCAAATCTTTA----ATATT--T-ATACATGTGTGTAA------CTACCAAATTCTTACTCATC-TATTTCTTTTCGCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCA----------TAT----------C----------AAATTTTGCATA--AACATT-TCATTTTG-AAA------------------TTTTA------GTTTCATT------TG-AT--A---AG--TATTGTA-----AG-AAAATT---TCA-----------GCAGTTGAGTA--T-T-------TAA-A--A-TTCCATT-A---A--A--ATGTGT----T------T------ATATCT----TGTTCT-G-----TTC------ATA-A-------ATCAC---AATGAC---T---T---GTTT---AAAAGAACAA-TCATACATT-GTGCGGT------AAAGTGTGGGATGACCTC------------------GACCTATTACGAGG-AAATGAAATAATCTTCTTCATCTT
gi|4 : GAGGTACTAGA--TTGTGACATAGCT--TTGAAGCTTTTTTAT-AATAAAGAA-AACACAATT------CTTAAAA-A-------AACTA--TTATG---TTTAATTTGCTGTTTTGTTTTG-ACTAGTTAATTTTTA----ATAAT--TAAAACATATGTGTAAGAGATACTATCAAATTCCTACTCCTTATATTTCTTCTCTTCTATCATTATTGCTA---AGTTTAAGTCATATCACAT-----------------TT-TGTGAAGACATTCA----------CATTTTGT-----G----------A----------A--AACATTCCCATTTTGTGAAGACATTCCCATTTTGATTTTTTT------G------TTTCCTGTG-TT--AAGTA---T-TT-TA-----AA-GAAATTTAGTCACACTGATATCCGCCATTAAGCA--T-T-------AAA-A------CTATT-A-ATG--C--GTTTGT----TTATA--T------AT-TCG----TGTTCA-G-----CTC------ATACAAATGTACGTCAT---AATGAC---G---T---G--T---AAAATATTTA-GCATACTTT-c
gi|5 : ttaaTTATCGTAGTCATTTT-TATTTTA---AG------TT-TTAACCATATCTGAATAT---AAAGGTAAG-CAA------AGTTG---TGGTA-AA--T-A-TGG------------------GGAATA--GGAAAT--GTACTGCATGTTC-TGTGTAACAAG-ATGACTTT-ATAATATATTTGAATGTCAAATATATAACGATT-T-AAATTTAAAAAAAACACTTTTAACCTT-----ATA-TTGTAAGATATTGTAGCATGTTTAAAACTGTAAAAAA-AT----T-AAGGCTGAAAGC--A-GAAGAGATA-CG-
gi|6 : gttcgtaagaaatcatttaatttagggtttaatgtagcatggtatcagcaaaatgctggtagtgataaatactttataaatatttaaaaaagaaaaggcttaatgataattttgtataaaactgtaacgaccgtctaaatcaatcaagtagggcaacttgGTAGT-ATTTCATATTTTA---AG------CTGC-AACCATGACTTAATATCACAAATGTAAG------TTAGCGTTGCCTTTACACAACTT-T-TGGTTTCTTCACATCGTCTCTAAActtcatcgagatgttt
gi|6 : GGAAACAAGGACA-T--GTACTGTATGTTC-GGTGCAAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGCCAAATTTATAACGATT-TTAAA----AAATTGATGCAGCAAACCTT-----ACT-TTCTAAGACTTTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCTGAAAGT--A-G-------A-CA-AAA--TATGCAAAACCTTGCAACCTAT---GTA--T--TCAAATATTT-GAATTAAAG--AAA-AACACAATT------TTTAAAA-AGTGGCTAGATTAGTTT-TG---TTAAGTttgaagcggttcgttgggcaaaacctaacaaggtaggtagggaaacaaggacatgtactgtatgttcggtgcaagaagatgaatttcattttatgtttgaatgccaaatttataacgattttaaaaaattgatgcagcaaaccttactttctaagactttgtagcatgtttaaaactatacaattgttcaagtctgaaagtagacaaaatatgcaaaaccttgcaacctatgtattcaaatatttgaattaaagaaaaacacaatttttaaaaagtggctagattagttttgttaagtt
gi|7 : gtagtatttcatattttaagctgcaaccatgacttaatatcacaaatgtaagttagcgttgcctttacacaacttttggtttcttcacatcgtctctaaattgaagcggttcgttgggcaaaacctaacaaggtaggtagTTGAAAAC---ACAATTCGTACGATCAAAT---AAAGC--A-GACGAGATA-TG-AAAAATCT-TGAAATGTC-----TT------TA--T--TCAGATCTATCGAATTATGGAAAA----CACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TTGTGAACTTAAATCTGCTGTTTTA-TTTTTACAAATAAATGTTTA----ATATT--CAAATCATATGT---------------------CTACTCGGTATATTTCTTCTCTCCTGTCTTTGTAAGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCAAATCAATGTTTGT----------G----------A----------AATAAAA-----ATGTTG-AAA----------------------T------G------TG-----TG-AT--A---AGT-T-TTGTC-----AG-AAAATTAAGTCACACTAACTTTCATCATTAACTA--TCT-------AAA-A--A-GTCCAT----ATA--A--AGGTGT----TTGATTAT------AT-TCC----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GT-AT---AATGACTTGT---T---G--T---AAAATAAGTA-TCt
gi|8 : CAAGT---TAGTTG----AAATTGATAAAACATAGGT---A------C-ATT---TTCTTACTAAAGATATTTCTTCTCTCCTGTT-TTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TGA----------TAT----------ACAATTTTGTTA----------A--AACATTCTTAGTTTA-AAA------------------TCTTTCCTTCAA------T------TG-AT--A---AATAT-TTGTA-----AGTAAAGCTT-GTCACACTGATTTCCGCCATTGAATATTT-T-------AAA-AATA-ATGCATACA-ATATGA--ATGTCT----A------T------GT-CCT----TGTTTT-G-----CTCGAACATGTA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--TTG-TAAACAATTG-CCATACTCT-GTACGGT------TGAGTGTGGGATG-------AAC-TCGGCCCAAAAAGACCAATTACGATG-AAATAACAT
gi|9 : atttgttggtgacactttcagatgaatttgacATCGTAAT-ATTTCAGATTTTA---AGTATGTTTT-T-AA-CATATCCTAATA
blockSeqs : C A . TATGTT TT C CAC G TAAAT A A C CTAAG C AG G G AA TA A GG C T G GC TTTA AG T GTATT A T TA G C ACGATC CC TGAC C G TGAAAAA T G AGATTGTGAC TAT C AA ATTATA . GGCTA GT A AACT T A C CATA GA T G GAGATA T A G AG A AGTTTAAGTCATATCACATTTTGTGAAGACATTCACATTTTGTGAAAACATTCCCATTTTGTGAAGACATTCCCATTTTGATTTTTTTGTTTCCTGTGTTAAGTAT TTATG T TAA T TTTTTTCTC T ATAA ACAATATG GT TTGCTAAT A GACA T ATGGG GAACAT CAAATGTAC CTC TTGC ACT TT TGT T A G T CAAAGT AACTCGGCCCA T T T A CC
blockSeqs : . T . . GC C TG T ACT T A C CTTTT A . T G . TT . TT . C T TT . AA T . . T TG A . TT TC A T G CGCAAA G G GCAACCTAT GCT T AA . . . . G G T A C . . A G . T A T TC C AATAATAATAATAAAAATAATTATAATAATATATGTAATTGTGAAACCATTTTCATTTTAAAACTTTGAAGTA . . TTA T TTTG . AGG GATACA . TTGATTAT . G . . . A . TTGT . . TG C T . . . TTAAAAACC A T . C AG
blockSeqs : . T . . T C . . CAA A G G ATAT T . A A . TT . TA . C A A . AT T . . T TA T . TC CT A A G CAAAA A G GCAATGT T T . . . . . . G . T T . . A G . T A T TT C AATTTTAGTGATATACAATTTTGTTAAAACATTCTTAGTTTAAAATCTTTCCTTCAATTGATAAATAT . . TTA T TTTT . AT TAATG . ATCTTT . . . . . A . T . . . C A . . . TCGACCCA T A . A CC
blockSeqs : . T . . T . . C G C TAT C . C . . . . CA . . T T . G A . . G . T . T CT A C G . C . TT T C . . . . . . T . A G . . A . . . . T GT A AATTTTAGTCATATCAAATTTTGCATAAACATTTCATTTTGAAATTTTAGTTTCATTTGATAAGTA . . TAA T CTT . AG AAAA . TTATAT . . . . . T . T . . . G A . . . TCGAATCT T G . A CG
blockSeqs : T . CT . . . . . . . . . . T T . . . . . . . T . A . . . . . . . . AG T TTAACATTTTAGTCGTATCAAATCTTGTGAAAAATTCTCATTTTGACATTTTTGTTTCATTTGAT . . TT T TTT . AT AAAA . TAAT . . . . . C . T . . . T T . . . TCGACACC T A . A AA
blockSeqs : . AATTTTAGTCAAATCAATGTTTGTGAAATAAAAATGTTGAAATGTGTGATAAGTT . . T . TCT . AG AAA . ATT . . . . . A . T . . . T A . . . TCGACCAC T T . .
blockSeqs : . . . . TT . A TAA . TT . . . . . A . T . . . C A . . . TC A T .
blockSeqs : . TT . . ATA . TT . . . . . A . G . . . . . . . . T .
blockSeqs : AT . . T . . . . . .
blockSeqCons : *** A***** N** GATGT******* *** TTT********* AAA****** TCGACCCC********
originalCons : TTATCGTAGT-ATTTCAGATTTTA---AG------TT-T-AACCATATCTTAATATCGCAAATGTAAG-AAA-TTTAGNGTTGCCTTNACACAAC-T-A-TGGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATA--GANAGT--GTACTGCATGTTC-TGTGNNAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGTCAAATGTATAACGATT-T-AAG----AAANAAATACATTTAACCTT-----ATT-TTGTAAGACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCCGAAAGC--A-GACGAGATA-CG-AAA--TNTGCGAAATATTGCA--TTGT---ATA--T--TTAAATCTTTCGAATTAAGGAAAAA-AACACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TT-TG---NTAAATCTGCTGTTTTGTTTTTTACAAGTAAATNTTTA----ATATT--TAAAACATATGTGTAA------CTATCAAATTCCTACTCGNNATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCA----------TAT----------G----------A----------A--AACATTCTCATTTTG-AAA------------------TTTTT------G------T------TG-AT--A---A---T-TTGTA-----AG-AAAATTTAGTCACACTGATTTCCGCCATTGAGTA--T-T-------AAA-A--A-GTCCATA-A-ATA--A--ATGTGT----T------T------AT-TCT----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---AAAACAATTA-TCATACTTT-GTACGGT------TTAGTGTGGGATGGCCTC--GACATCGACCCNACTAGACCTATTACGAGG-AAATAAAATCGTCTTCTTCATCTT
finalCons : TTATCGTAGT-ATTTCAGATTTTA---AG------TT-T-AACCATATCTTAATATCGCAAATGTAAGA-----TTAGNGTTGCCTTNACACAAC-T-A-TGGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATA--GANAGT--GTACTGCATGTTC-TGTGNNAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGTCAAATGTATAACGATTN--AAG----AAANAAATACATTTAACCTT-----ATT-TTGTAAGACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCCGAAAGC--A-GACGAGATA-CG-AAA--TNTGCGAAATATTGATGT-------ATA--T--TTAAATCTTTCGAATTAAGGAAAAA---CACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TT-TG---NTAAATCTGCTGTTTTGTTTTTTACAAGTAAATNTTTA----ATATT--TAAAACATATGTGTAA------CTATCAAATTCCTACTCGNNATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCA----------TAT----------G----------A----------A--AACATTCTCATTTTG-AAA------------------TTTTT------G------T------TG-AT--A---A---T-TTGTA-----AG-AAAATTTAGTCACACTGATTTCCGCCATTGAGTATTT---------AAA-A--A-GTCCATAAA------A--ATGTGT----T------T------AT-TCT----TGTTTT-G-----CTC------ATA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---AAAACAATTA-TCATACTTT-GTACGGT------TTAGTGTGGGATGGCCTCGACCCC--------ACTAGACCTATTACGAGG-AAATAAAATCGTCTTCTTCATCTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAGAAAAAAAGTTCACTGCAATTGTACAACACTTGAATGACCGTCTCAATCAACGAAGTAGGACAACTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222222 111 111 44444 22222 11 11 1111 22222 111111 1111 111111111 555555555 111111 11111 1 1111 1 1111 111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111 111111 1111111111 33333333333333333333 1111 11111 11111111111111111 111111 111111 11111111
lowQualScore : 8 0 0 1 444 333333 333 5 777 9 33333 1 1 2 2 66666 3 11 1 3 11 0 11 8 22 8 3 1 0 0 99 7777 1 1 00000 8 0 3 44 3 6 777777 33 9999 1 2 999999999 1 3 1 111111111 99 6 99 7 999999 6 66666 99 3 2222 0 0 3 3 1 4444 99 3 6 999999 5 3 3 22 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 5 000 1 3 888888 4 4444444444 888 4 4 55 99999999999999999999 99 3333 4 11111 66666666666666666 777 7777777 777 55 111111 3 1 4 4 444444 66666666 6666 2 1 4 1 22
lowQualScore : . . . . ... ...... ... . ... . ..... . . . . ..... . .. . . .. . .. . .. . . . . . .. .... . . ..... . . . .. . . ...... .. .... . . ......... . . . ......... .. . .. . ...... . ..... .. . .... . . . . . .... .. . . ...... . . . .. . ....................................................................................................................................................................................... ..... . ... . . ...... . .......... ... . . .. .................... .. .... . ..... ................. ... ....... ... .. ...... . . . . ...... ........ .... . . . . ..
lowQualScore : 0 8 8 0 000 000000 000 0 222 2 88888 0 0 5 5 55555 7 00 0 2 00 8 88 0 00 0 2 0 6 8 00 0000 0 4 00000 0 8 2 77 3 7 000000 22 3333 0 5 555555555 0 2 8 777777777 22 3 22 3 222222 7 77777 22 3 7777 8 6 8 5 0 2222 22 5 7 222222 7 2 0 00 6 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555 0 111 8 6 999999 4 9999999999 000 4 4 55 00000000000000000000 55 9999 4 11111 00000000000000000 000 4444444 000 55 000000 9 0 0 4 444444 11111111 6666 3 1 4 4 00
consensus : TTATCGTAGT-ATTTCAGATTTTA---AG------TT-T-AACCATATCTTAATATCGNAAATGTAAGA----TTAGNGTTGCCTTNACACAACT-A-T-GGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATA--GANAGT--GTACTGCATGTTC-TGTGNNAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGTCAAATGTATAACGATTT-AAA----AAANAAATACATTTAACCTT-----ATT-TTGTAAGACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCCGAAAGC--A-GACGAGATA-CG-AAA--TNTGCGAAATGTTGC-A---TGTATAT--TTAAATCTTTCGAAT--TAAGGAAAAACACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TT-TG---NTAAATCTGCTGTTTTGTTTTTTACAAGTAAATNTT----TAATATT--TAAAACATATGTGTAA------CTATCAAATTCCTACTCGNNATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCA----------TAT----------G----------A----------A--AACATTCTCATTTTG-AAA------------------TTTTT------G------T------TG-AT--A---A---T-TTGTA-----AG-AAAATTTAGTCACACTGATTTCCGCCATTGAGTATTT------AAA-A-A-GTCC---ATAA--AA-A-TG--TGT----T--------T------AT--TCT----TGTTTT-G-----CTCA------TA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---A--AAACAATTA-TCATACTTT-GTACGGT------TTAGTGTGGGATGGCC--------TCGACC-CNACTAGACCTATTACGAGG-AAATAAAATCGTCTTCTTCATCTT
Reference ( family-2136 ) : TTATCGTAGT-ATTTCAGATTTTA---AG------TT-T-AACCATATCTTAATATCGCAAATGTAAGA----TTAGNGTTGCCTTNACACAACT-A-T-GGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATA--GANAGT--GTACTGCATGTTC-TGTGNNAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGTCAAATGTATAACGATTN-AAG----AAANAAATACATTTAACCTT-----ATT-TTGTAAGACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCCGAAAGC--A-GACGAGATA-CG-AAA--TNTGCGAAATATTG--A---TGTATAT--TTAAATCTTTCGAAT--TAAGGAAAAACACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TT-TG---NTAAATCTGCTGTTTTGTTTTTTACAAGTAAATNTT----TAATATT--TAAAACATATGTGTAA------CTATCAAATTCCTACTCGNNATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCA----------TAT----------G----------A----------A--AACATTCTCATTTTG-AAA------------------TTTTT------G------T------TG-AT--A---A---T-TTGTA-----AG-AAAATTTAGTCACACTGATTTCCGCCATTGAGTATTT------AAA-A-A-GTCC---ATAA--AA-A-TG--TGT----T--------T------AT--TCT----TGTTTT-G-----CTCA------TA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---A--AAACAATTA-TCATACTTT-GTACGGT------TTAGTGTGGGATGGCC--------TCGACC-CCACTAGACCTATTACGAGG-AAATAAAATCGTCTTCTTCATCTT
gi|1 : TTATCGTTTT-ATT-CAGAGTTTATATAT------TT-C-AAAGATATCTTAATATTGTAAATGTAAGAAAATTTAGGGTTGCCTTTACACAACTTA-G-GGTTTCTTAACATCGTCTTGAAAATA--GATAGT--GTACTGTATGTTC-TGTGGTAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGATTGAATGTCAAATGTATAATAATTT-AAG----AAATAAATACATTAAACCTT-----ATT-TTATAATACATTGAAACATGTTTAAAATTATACAATT-GT----TTAAGTCTGAAAGC--T-GACGA-ATATTGCACA--TTTACGAAATAATGC-AT--TGTATAT--TTAAATCTTTTTAAT--TAAACAGAAACAATATA------ATCAAAATAGT-----AATAA--TA-TG---ATAAATCTGCTG----GTGTTTCACAAGTAAATATT----AAATATT--TAAAGCAAATATGTAA------CCATCAAATGCTTACTCGCGATATTTCTTCTCTCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AT----TCA----------TAT----------G----------A----------A--AACATTATCATTTTG-AAA------------------TTTTT------G------T------TG-AT--A---A-----TCATA-----AG-AAAATATAGCCACACTGACTTTTGTCATTGAATA-CT------AAA-G-A-ATGC---ATAAACAA-A-TG--TGT----T--------T------AC--TTT----TGTTTT-G-----CTCA------TA-A-------GTCAT---TATGAC---T---T---G--T---A--AAATAATTA-TCATGCATT-GTACGAT------TTCGAGAGGGATGACCTTGAGACATTGACC-CTACAAGGCCTATCACGAGG-AAATAAAATTGTCTTCTTCATCTT
gi|10 : -TTGTA-----AG-ACAATTAAGTCACACTGATT---------GAATTTTTTTTCTCAAA-A-A--TTC---ATAA--AA-A-TG--CGTATCTT--------T------AT--ACAGACATGTTTTTG-----CTCA------GA-A-------ATCATCTCATTGGC---T---T---G--TTGTA--AAATAATCA-TCATACTTT-GTATAGT------TTAGTGTGTGATGGTC--------TCGACC-CAACTAGACCTTTTACGAGG-AAATAAAt
gi|11 : ATTTCCGTCATTGAATATTT------GAA-A-G-ATTTG--ATAA--AA-AATG--TGT----T--------TGCTAATAT--TTT----TGTTTT-A-----CTCA------AA-A-------GTAAT---GCTGAT---T---T---T--T------------TTGGTCAGATTTT-GTGTGGTCAAAGTTTAGTTTGGGATGGCC--------TCGAAT-CTACAAGGGCTATTACGAGG-AAATAAAtctttgt
gi|12 : TCATTATTTGTATTAAC---------------AT-----------------TT-T----AG----TCG----------TATCAAATCTTGTG----------A----------A--AA-ATTCTCATTTTG-ACA------------------TTTTT------G------T------TTCATTTG---A---T-TTGTATTATGAG-AAAATTTAGTCACACCGATTTCCACTATTGAGTACTT------AAA-A-AGGTCC---ATAA--AA-A--G--TAT----T--------T------GT--Tc
gi|13 : caaa--TGTA---T--------T------GT--TTTG---TGTTTT-GATGGGCCCA------TA-T-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---A--A-----TTA-TCATACTGT-GTACGGT------TTTGTGTTGGATAGCC--------TTAAAAACCATTAGACCTATAAAGAGG-AAATCAAATCCCCATCTTtatat
gi|14 : tgtt-------GTCAT---TATGAC---T---TACTG--T---A--AAACATTAA-ATATGCTTTTGTGCGGT------TTAGTGCGGGATGGCC--------TCGACA-CCACTAGATCTA-GGCGAGGTTAATAAACTAGTCTatacatg
gi|15 : ggcatatcttttaagagatgac--------TCGACT-CAGCTAGACCTATAACGAGG-GA--AAAATCCTCTTCTTCCTCTTattctat
gi|17 : gacgaatgaattacacaTGCCTAAACACAACT-AAG-GGTTTCTTCACATCGTCTCGAAAATcttctttttgttca
gi|2 : TTATCGTAGT-ATTTTAGAATTGA---AG------TT-T-AACCATATCTTGATACTGATAA-GTAAAT----TTAGAGTTACCTTAACACAAAT-A-T-GGTTCCTTCACATCGTCTAGAAATTG--GAGCGG--GCAATAC--GTACATGTGGGGGAAACAGGAAATGTACTGGACGTTT----------TGTAT-----TTG-CAA----GAGGAATTTCATTTTATGTTGTATTATTATTGTA-TACATTGTAGCATGTTTAAAACTATACAAGT-GT----TTAAATCCGAAAGCTGACGACGAGATA-CGCAAA--TTCGTGCAATGTT---------TATAT--CGAAATCATTCGAAT--TAAGGAAAAACACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TT-TG---GTAAATCTGCTGTTTTG-TTTTTGCCAGTAAATCTTTACATAATATT--TTTAACATGACTGTAA------CTATCAAATGCCTACTCGAGATATTTCTTCTCTCCTGTTCTTATTTATA---A----------------ATAATAATAATAAAAATAATTAT----AA----TAA----------TATATGTAATTGTG----------A----------A--ACCATTTTCATTTTA-AAA------------------CT----------------T------TG-A---A---G---TATTGTA-----AG-AAGAT---G------------CCGCCATTGAGTATTT------AAATA-A-GACCTTGATAC--AA-A-TG--T-T----TAA------T------AT--TCT----AGTTTT-G-----ATCA------TG-C-------GTCAT---AATGAC---TTGCT---G--T---A--TAACAATTA-TCACAACTT-GTACTGC------TTA-----GGATGGCT--------TCGACC-ACACTAGACATAGTAC-AGG-AAATAAA--CGT-TTCTg
gi|3 : GTAAGACT--TTATTGCGACCTTGGTAGAGCT------GTTTCTCCAAATTAAATTGAA--TA--TATAGTAAGTAATACATA--C-TGTGTTGGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTGGAATGTCACACGTATAACGATTA-GAG----AAAGAAATACATATAACCTT-----ATT-TTGTGAGAAATTGCAGCATGTT---------GCA--T-G-------ACGTTCGAAAGC----GATGAGAT-----------GTGCAAAATATTGCAA---TGTATATATTTAAATATTTTGAAT--TAAGGAAAAACATAATTATTATACTTAAAA-GGT-----AATCA--TT-TG---GTATATCCTTTATTTTGTTTTTTACAGGCAAATCTT----TAATATT--T-ATACATGTGTGTAA------CTACCAAATTCTTACTCATC-TATTTCTTTTCGCCTGTCCTTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCA----------TAT----------C----------AAATTTTGCATA--AACATT-TCATTTTG-AAA------------------TTTTA------GTTTCATT------TG-AT--A---AG--TATTGTA-----AG-AAAATT---TCA-----------GCAGTTGAGTATTT-------AA-A-A-TTCC---ATTA--AA-A-TG--TGT----T--------T------ATA-TCT----TGTTCT-G-----TTCA------TA-A-------ATCAC---AATGAC---T---T---GTTT---A--AAAGAACAA-TCATACATT-GTGCGGT------AAAGTGTGGGATGACC--------TC-----------GACCTATTACGAGG-AAATGAAATAATCTTCTTCATCTT
gi|4 : TG--A---CATAGCT--TTGAAGCTTTTTTATAATAAAGAAAA-CACAATT------CTTAAAA-A-------AACTA--TTATG---TTTAATTTGCTGTTTTGTTTTG-ACTAGTTAATTTT----TAATAAT--TAAAACATATGTGTAAGAGATACTATCAAATTCCTACTCCTTATATTTCTTCTCTTCTATCATTATTGCTA---AGTTTAAGTCATATCACAT-----------------TT-TGTGAAGACATTCA----------CATTTTGT-----G----------A----------A--AACATTCCCATTTTGTGAAGACATTCCCATTTTGATTTTTTT------G------TTTCCTGTG-TT--AAGTA---T-TT-TA-----AA-GAAATTTAGTCACACTGATATCCGCCATTAAGCA-TT------AAA-A-----CT---AT----TA-A-TG--CGT----TTGTTTATAT------AT--TCG----TGTTCA-G-----CTCA------TACAAATGTACGTCAT---AATGAC---G---T---G--T---A--AAATATTTA-GCATACTTT-c
gi|5 : ttaagaggtactagattgTTATCGTAGTCATTTT-TATTTTA---AG------TT-TTAACCATATCTGAATAT---AAAGGTAAG------CAAAGTTG---TGGTA-AA-T-A-T-GG------------------GGAATA--GGAAAT--GTACTGCATGTTC-TGTGTAACAAG-ATGACTTT-ATAATATATTTGAATGTCAAATATATAACGATTT-AAATTTAAAAAAAACACTTTTAACCTT-----ATA-TTGTAAGATATTGTAGCATGTTTAAAACTGTAAAAAA-AT----T-AAGGCTGAAAGC--A-GAAGAGATA-CG-
gi|6 : gttcgtaagaaatcatttaatttagggtttaatgtagcatggtatcagcaaaatgctggtagtgataaatactttataaatatttaaaaaagaaaaggcttaatgataattttgtataaaactgtaacgaccgtctaaatcaatcaagtagggcaacttgGTAGT-ATTTCATATTTTA---AG------CTGC-AACCATGACTTAATATCACAAATGTAAG-----TTAGCGTTGCCTTTACACAACT-T-TTGGTTTCTTCACATCGTCTCTAAActtcatcgagatgttt
gi|6 : GGAAACAAGGACA-T--GTACTGTATGTTC-GGTGCAAGAAG-ATGAATTTCATTTTATGTTTGAATGCCAAATTTATAACGATTTTAAA----AAATTGATGCAGCAAACCTT-----ACT-TTCTAAGACTTTGTAGCATGTTTAAAACTATACAATT-GT----TCAAGTCTGAAAGT--A-G-------A-CA-AAA--TATGCAAAACCTTGC-AACCTATGTAT--TCAAATATTT-GAAT--TAAAGAAAAACACAATT------TTTAAAA-AGTGGCTAGATTAGTTT-TG---TTAAGTttgaagcggttcgttgggcaaaacctaacaaggtaggtagggaaacaaggacatgtactgtatgttcggtgcaagaagatgaatttcattttatgtttgaatgccaaatttataacgattttaaaaaattgatgcagcaaaccttactttctaagactttgtagcatgtttaaaactatacaattgttcaagtctgaaagtagacaaaatatgcaaaaccttgcaacctatgtattcaaatatttgaattaaagaaaaacacaatttttaaaaagtggctagattagttttgttaagtt
gi|7 : gtagtatttcatattttaagctgcaaccatgacttaatatcacaaatgtaagttagcgttgcctttacacaacttttggtttcttcacatcgtctctaaattgaagcggttcgttgggcaaaacctaacaaggtaggtagTTGAAAAC---ACAATTCGTACGATCAAAT---AAAGC--A-GACGAGATA-TG-AAAAATCT-TGAAATGTC---------TTTAT--TCAGATCTATCGAAT--TATGGAAAA-CACAATT------CTTAAAA-AGT-----AATTA--TTGTGAACTTAAATCTGCTGTTTTA-TTTTTACAAATAAATGTT----TAATATT--CAAATCATATGT---------------------CTACTCGGTATATTTCTTCTCTCCTGTCTTTGTAAGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TCAAATCAATGTTTGT----------G----------A----------AATAAAA-----ATGTTG-AAA----------------------T------G------TG-----TG-AT--A---AGT-T-TTGTC-----AG-AAAATTAAGTCACACTAACTTTCATCATTAACTATCT------AAA-A-A-GTCC---ATAT--AA-A-GG--TGT----TTGATTA--T------AT--TCC----TGTTTT-G-----CTCA------TA-A-------GT-AT---AATGACTTGT---T---G--T---A--AAATAAGTA-TCt
gi|8 : CAAGT---TAGT----TGAAATTGATAAAACATAGGT---A------C-ATT---TTCTTACTAAAGATATTTCTTCTCTCCTGTT-TTATTGGTA---A----------------AT-----------------TT-T----AG----TGA----------TAT----------ACAATTTTGTTA----------A--AACATTCTTAGTTTA-AAA------------------TCTTTCCTTCAA------T------TG-AT--A---AATAT-TTGTA-----AGTAAAGCTT-GTCACACTGATTTCCGCCATTGAATATTTTA----AAA-ATA-ATGC---ATAC--AATA-TGAATGT----C--------T------ATGTCCT----TGTTTT-G-----CTCGAACATGTA-A-------GTCAT---AATGAC---T---T---G--T---TGTAAACAATTG-CCATACTCT-GTACGGT------TGAGTGTGGGATGAAC--------TCGGCC-CAAAAAGACCAATTACGATG-AAATAACAT
gi|9 : atttgttggtgacactttcagatgaatttgacATCGTAAT-ATTTCAGATTTTA---AGTATGTTTT-T-AA-CATATCCTAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAGAAAAAAAGTTCACTGCAATTGTACAACACTTGAATGACCGTCTCAATCAACGAAGTAGGACAACTT