lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 2222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777777 1 22 1 5555 333 1 1 11111111111111 1 7777777777777777777777777777 111 2 11 333333333333333333333333333333333 1 55 1
lowQualScore : 5 0 7777777 44 2 0 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 3 4444444 99 2 3 0 11 7 6 7777 555 1 0 00000000000000 1 0000000000000000000000000000 444 666 0 00 777777777777777777777777777777777 2 5 55 5
lowQualScore : . . ....... .. . . . ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . ....... .. . . . .. . . .... ... . . .............. . ............................ ... ... . .. ................................. . . .. .
lowQualScore : 0 5 0000000 22 5 8 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00 0 0000000 00 5 0 5 00 0 0 5555 000 5 5 55555555555555 5 7777777777777777777777777777 777 000 0 00 000000000000000000000000000000000 5 0 00 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGGTTGNATTGTATTGTACGGTGTTNANCGTCGCNTTCAACAATTTTTNAGTCACATTA-GACGGCGTNNANTTAAGTCAATTAACGGATATTTCAATTTGAAATAATGTCGCCGCACTGNAGNATCGNGCACACAGGCNACNTGATATGATA-CACAC-C---C-AATTATACTGACACGGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-TC-TATA-ATGCTGGGTGTCAAGCGANGANGCTTCTAGNA---CC--ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTATGA-CCGACTGGGNATCGAACCCATG----ACC-TTCCGCAT-------GCGAGGCGGACGCTCTACCACTAAACC-CGCTGCGGTCAAATGGTAAATATGCATGATGAAGT---TATAATTA---CAAT--GTTTAAAATGT-CTG-----------GTATG--------TTAGTNNATACTANTAGNAAAACATTTTAGCGTGATTGNGAAGAANGCTNAGAGCTTACATATACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTAGT-GAAGGGCTGGCTGGGACCGNGCCCACANCCTCTGACATCAT-AGAAGTCAACACCTTGTCCACCGTACCGCTGCGCATCNCGCTTAAACTGTGT-----ATCGTTGNTNTAGGTGNCCACAAATGTGCGAAAANAGAATGCCNAAATTNAGC-ACGACNAATGTTNTGCCTCATTTNTTAAATACAGAAACTAAATCAAG
Reference ( gi|1 ) : GATTGGTTCACTATCCACTGTAATCGCATCATAATTCGCTGTACAATCTTAATTCTTGATCAGTTTTGTATCCGAGTCTGTTTAACTGACGTTCACGCAAACAATCACTTTCCATGTATTTTTACACTTATTCATTTTACGTCGATTGAGAAACAGGTTCTTACAACTTAAACAAATAATTCTAAAAGTATTCCTAACCGTCATTGAAGATAGGCGGACAGAGTGTTTTGCCCATAGAGCACCACATTTAGCCGCGACGGAGGATCGGACCCAGGACTCAATCAATACCCCAATGCTCTATAGCCGGACCACGTGCCTTTAAACCATATGACACTGTTATTCCCCAAGTATTACCTTTTTTGGGGGGATATTTTTATAAACTGGTGCAATTTTTCAAGACTTTAAAGTTTATTTAACTATCTCTAGTAGTTTATTTTTGTTGAAGCATAGTTTGTCGTTAAATTGTATTGTATGGTGTTTAGCGTCGCTTTCAACAATTTTTCAGTCACACCGCGACGGTGTCTACTTGAGTCAGT--------ATTTTAA---------GCGCTGTCACACTGGAGTATCATGC-CGCAGA-CACATGGTATGATACCACACCCGGTCAAATTATACTGACACCGGGCCGACCAG---ACCTAGAACTCTCCTCTAAATGCTGAGCGTCAAGCGAGGAAGCTTCTAGTA---CC--ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTATGACCCGACCGGGGATTGAACCCATG----ACC-TTCCGCAT-------GCGAGGTGGACGCTCTACCACTAGACCACGCCGCGGTC---TGTT---TGT-CGT--TAAAGTGGGTATAATTAAGCTAATCTATTTAAAGTATACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT--T----TATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTCAGAGCTTGAATAAACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTG--GAGCTGG---GGATCGAACCCACAGCCTCTG----CGTGAGAGGTCAACACTTTATCCACTATACCAC--CTC--CACGCTTGAACTGTGC-----ATTGTTGTTATAGAGGACCACAAATGTGCG-AAATGGAATACCT---TTCAGCAATGACCAAGGCTCTGC--CATTTCTGAAAT--AGAAACGAAATCAAG
gi|2 : GTGGTTGCATTGTCTTGTATGGTGTT-------GCAGTCAACCATTTTTATGTCATTTTA-GACGGCGTCAACTT--------------------------------------CCGCATTGTAGAATCGTGCACACAGGCCACATGATAT-ATA--AT---------AATTATATTGACGCAGGACC-ATCAGGTTACATAGAAC---CATATATATGTT----TTC---TGATG--GCTT-TGGCATGGCC---TGT--C-----TA-------GA-TC-----TTGGTA-GA-CCGTCTGGGTATCAAACACATA----ATA-TTCCG
gi|16 : TTAGATTATATTGTATGGTGTTTACTGTCACATTCAACAGTTTTTC
gi|3 : GTATTGTACGGTGTTAATCACTGTTTT--ATAATAGTTAAGTCA-ATTA--ACGG---ATAATTAAGTCAATTAACGGATATTTCAATTTGAAATAATGTCGCCACACTAAAAT-TTAGGT-CACAGA-GACTTGACATGTTAACGCACCCTGACAAAATATACTGACACAAAGTCAACTAG---tg
gi|13 : tttatttcaaatacgtttgcgGTATTGAACGGTGTTGAGTGTCGATTTCAACAATTCATCAGTCACATCtcta
gi|5 : TGGTATGATGTTACACACACTTCAACTCTACTAA-AACGGGCCAACCAT---TCCTGGAACTTT-----------------TCA----AGGAGATTTCAAGTA---CC--ATTC--T-----AA-------AGGTTTCGATTTGG-AAGATTCCACT-GTGACAAAATCCATT----ACT-TAATGCAT-------ACATGACAGGTACTCTTCCACagcaagtg
gi|6 : TTATGCTGTCACGTGGCCGACCCG---ACCTAGAACTATCCTATAAATGCTGGGTGCCAAGCAAGGTAGCTTCTAGAA---CC--ACTTTAT-----TACCATTTCAAGTC----TTTGATAT-----GACCGGGTCTTGAAACGATGTTGAACT-TTC
gi|9 : tcctgTAAGTGTCAAGCTATGATGTTTCTAG-A---CCCAATTT--TACATGTA-------AAGTC-------------------------ATTAAGCCC-TGC---ATCATTCGGCAT-------GAGAGGTGGAAACTCTGCCACTA-------CTGCGGTC---
gi|14 : AGTC----TTTAATATGACCTGAT--GGGAATGAACCCAAG----ACA-CTCT---T-------GTGAGGTAGACAC
gi|18 : ATCAAACCGATG----ACC-TTCCACAT-------GGGAGGTGGACGCTC
gi|15 : GAACACATG----ACC-TTTGACAT-------GCCAGGTGAACGCCCTACTACTTAACCAac
gi|4 : TG----ACC-ATCTGCATACTACACGCTAGACGAACGCACTACCCCGAAACCCCGCTGCGGTCAAATGGTAAATATGCATGATGAAGT---TATAATTA---CAAT--GTTTAAAATGT-CTG-----------GTATG--------TTAGTGTATACTACTAGTAAAACATTTTAGCTTAATTGTGAAGAACGCTAAGAACTTACATATAC
gi|17 : AGTTAATACTAAT--A----TATTTTAGTGTGATTAGGAAGAAAGCTTAGAG
gi|8 : CATTAGT-GAAGGGCTGGCTGGGACTGGACTTACATCTTCTGACATCAT-AGAAGTCAACACTTTATCCACAGTACCGC--TGT--CACACTT------TGT-----ATTGCGGTT
gi|11 : --GAGCTGG---GGATCATGCCCACAACCTTTG----C---------CAACACCTTGTCCACCATACTACTGCTCATCTTGCTTAAAgagcagcccaa
gi|7 : CGGTTAAACTGTATTATATACTGTTGATATAGGTACCCACAAATATGTGAAAAAAGAAT-CCA---TTTA-----GACAAATG-TATGCCTCATTTGTTAAATACAGAAACTAAATCAAGa
gi|10 : ttatcctaccgatttaaat-----ATCATTGCCTTAGATGACCACAAATGTGCG-AAATAAAATG-CTAAATTGAGC-ACGACCAA-GTTCT-----ATTTCT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGAATATATTTGTGAATAAAATGGAAAAAAATTATATACTAAGTTTTATTCAAATAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 33333333 333333333 222 88888888888888888888 1 111 777777777777777777777777 111 11 33333333333333333333333333333333333 1111 1111111 222 222 222 1 11 333 44444444 2 222222222222222222222222 66666666 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 11 222 555555555555 4444 33333 2 444444 2222 1 1 11
lowQualScore : 2 11 9999 1 1 6 22 2 22 1 55555555 999999999 0 1 1 1 7 999 1 2 33333333333333333333 1 6 444 666666666666666666666666 0 66 3 99 1 444 0 11 77777777777777777777777777777777777 7 7 3333 4 22 8888888 1 7 111 111 2 111 5 88 555 22222222 0 888888888888888888888888 22 1 22222222 77 1 1 1 2 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 88 0 888 0 11 1 999999999999 0 0 44 0 3333 1 33333 0 1 1 0 1 3 1 555555 1 2222 1 5 88 2 1 3 88 3
lowQualScore : . .. .... . . . .. . .. . ........ ......... . . . . . ... . . .................... . . ... ........................ . .. . .. . ... . .. ................................... . . .... . .. ....... . . ... ... . ... . .. ... ........ . ........................ .. . ........ .. . . . . . .......................................................... . .. . ... . .. . ............ . . .. . .... . ..... . . . . . . . ...... . .... . . .. . . . .. .
lowQualScore : 5 77 8888 0 0 5 55 0 00 0 00000000 000000000 7 0 0 0 3 000 0 5 22222222222222222222 4 4 000 000000000000000000000000 8 44 8 88 0 000 8 00 66666666666666666666666666666666666 5 6 9999 4 55 6666666 4 0 777 555 5 555 0 00 000 55555555 0 000000000000000000000000 00 0 00000000 33 0 0 0 5 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 55 7 777 7 77 0 333333333333 7 7 33 7 7777 0 33333 7 0 0 7 0 7 0 000000 0 7777 0 3 33 0 0 0 00 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTNGTTANATTGTATTGTACGGTGTTNANCGTCGCTTTCAACAATTTTTNAGTCACATCA-GACGGCGTCTACTTGAGTCAGTTAACGGATATTTCAATTTGAAATAGCGCCGCCGCACTGNAGTATCGTGCACGCAGGC-ACATGGTATGATG--AC-ACAC---CC-G-CAAATTATACTGACACGGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-T--TC-TATA-A-TGCTGGGTGTCAAGCGANGAAGCTTCTAGNA---CCATTT--TTA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CC-GACTGGGNATCGAACCCATG----ACC-TTCCGCAT-------GCGAGGCGGACGCTCTACCACTAAACC-C-GCCGCGGTCAAATGNTAAATGTGCGTGATGAAGTGGGTATAATTAAGCCAATCTGTTTAAAGTGTACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAATA------TATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTNAGAGCTTGNATANACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTGAAGAGCTGG--GGGATCGNACCCACANCCTCTG----CGT-AGAGGTCAACACTTTATCCACNATACCGCCGC---TCACGCTTAAACTGTGC-----ATCGTTGNTATAGATGACCACAAATGTGCG-AAATAGAATGCCT--ATTNAGC-ACGACCAA-GTTCTGCCTCATTTNTNAAATACAGAAACNAAATCAAG
Reference ( family-2114 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGGTTGNATTGTATTGTACGGTGTTNANCGTCGCNTTCAACAATTTTTNAGTCACATTA-GACGGCGTNNANTTAAGTCAATTAACGGATATTTCAATTTGAAATAATGTCGCCGCACTGNAGNATCGNGCACACAGGCNACNTGATATGAT---AC-ACAC---CC-----AATTATACTGACACGGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT----TC-TATA-A-TGCTGGGTGTCAAGCGANGANGCTTCTAGNA---CCATTT--TTA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CC-GACTGGGNATCGAACCCATG----ACC-TTCCGCAT-------GCGAGGCGGACGCTCTACCACTAAACC-C-GCTGCGGTCAAATGGTAAATATGCATGATGAAGT---TATAATTA---CAA--TGTTTAAAATGT-CTG-----------GTATG--------TTAGTNNATACTANTAGNAAAACATTTTAGCGTGATTGNGAAGAANGCTNAGAGCTTACATATACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTAG-TGAAGGGCTGGCTGGGACCGNGCCCACANCCTCTGACATCAT-AGAAGTCAACACCTTGTCCACCGTACCGCTGCGCATCNCGCTTAAACTGTGT-----ATCGTTGNTNTAGGTGNCCACAAATGTGCGAAAANAGAATGCCNAAATTNAGC-ACGACNAATGTTNTGCCTCATTTNTTAAATACAGAAACTAAATCAAG
gi|1 : GTCGTTAAATTGTATTGTATGGTGTTTAGCGTCGCTTTCAACAATTTTTCAGTCACACCGCGACGGTGTCTACTTGAGTCAGT--------ATTTTAA---------GCGCTGTCACACTGGAGTATCATGC-CGCAGAC-ACATGGTATGAT---ACCACAC---CCGGTCAAATTATACTGACACCGGGCCGACCAG---ACCTAGAACTCTCCTC-TA-A-A-TGCTGAGCGTCAAGCGAGGAAGCTTCTAGTA---CCATTT--TTA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CCCGACCGGGGATTGAACCCATG----ACC-TTCCGCAT-------GCGAGGTGGACGCTCTACCACTAGACCAC-GCCGCGGTC---TGTT---TGT-CGT--TAAAGTGGGTATAATTAAGCTAATCTATTTAAAGTATACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------TTATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTCAGAGCTTGAATAAACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTG--GAGCTG---GGGATCGAACCCACAGCCTCTG----CGTGAGAGGTCAACACTTTATCCACTATACCACCTC----CACGCTTGAACTGTGC-----ATTGTTGTTATAGAGGACCACAAATGTGCG-AAATGGAATACCT---TTCAGCAATGACCAAGGCTCTGC--CATTTCTGAAAT--AGAAACGAAATCAAG
gi|10 : gattggttcactatccactgtaatcgcatcataattcgctgtacaatcttaattcttgatcagttttgtatccgagtctgtttaactgacgttcacgcaaacaatcactttccatgtatttttacacttattcattttacgtcgattgagaaacaggttcttacaacttaaacaaataattctaaaagtattcctaaccgtcattgaagataggcggacagagtgttttgcccatagagcaccacatttagccgcgacggaggatcggacccaggactcaatcaataccccaatgctctatagccggaccacgtgcctttaaaccatatgacactgttattccccaagtattaccttttttggggggatatttttataaactggtgcaatttttcaagactttaaagtttatttaactatctctagtagtttatttttgttgaagcatagttt-----ATCATTGCCTTAGATGACCACAAATGTGCG-AAATAAAATG-CTAAATTGAGC-ACGACCAA-GTTCTATTTC
gi|11 : GAGCTGG---GGATCATGCCCACAACCTTTG-------------CCAACACCTTGTCCACCATACTACTGCTCATCTTGCTTAAAta
gi|13 : GTATTGAACGGTGTTGAGTGTCGATTTCAACAATTCATCAGTCACATCA-Ga
gi|14 : AGTC----TTTAATATGA--CCTGA-TGGGAAT-GAACCCAAG----ACA-CTCT---T-------GTGAGGTAGACACcaagtg
gi|15 : GAACACATG----ACC-TTTGACAT-------GCCAGGTGAACGCCCTACTACTTAACC-
gi|16 : TTAGATTATATTGTATGGTGTTTACTGTCACATTCAACAGTTTTTa
gi|17 : AGTTAATACTAATA------TATTTTAGTGTGATTAGGAAGAAAGCTTAGAGctg
gi|18 : ATCAAACCGATG----ACC-TTCCACAT-------GGGAGGTGGACGCTC
gi|2 : GTGGTTGCATTGTCTTGTATGGTGTT-------GCAGTCAACCATTTTTATGTCATTTTA-GACGGCGTCAACTTac
gi|2 : CCGCATTGTAGAATCGTGCACACAGGCCACATGATAT-AT---A--A-------T-----AATTATATTGACGCAGGACC-ATCAGGTTACATAGAAC------CATATATA-TGTT---T-TC---TGATG--GCTT-TGGCATGGCC-TGT--CTA-------GA-TC-----TTGGTA-GA--CC-GTCTGGGTATCAAACACATA----ATA-TTCCGccgcattgtagaatcgtgcacacaggccacatgatatataataattatattgacgcaggaccatcaggttacatagaaccatatatatgttttctgatggctttggcatggcctgtctagatcttggtagaccgtctgggtatcaaacacataatattccg
gi|3 : gtggttgcattgtcttgtatggtgttgcagtcaaccatttttatgtcattttagacggcgtcaacttGTATTGTACGGTGTTAATCACTGTTTT--ATAATAGTTAAGTCA-ATTA--ACGG---ATAATTAAGTCAATTAACGGATATTTCAATTTGAAATAATGTCGCCACACTAAAATTTAGGTCACAGAG---ACTTGACATGTTA--AC-GCAC---CCTGACAAAATATACTGACACAAAGTCAACTAG---
gi|4 : tttatttcaaatacgtttgcgTG----ACC-ATCTGCATACTACACGCTAGACGAACGCACTACCCCGAAACC-CCGCTGCGGTCAAATGGTAAATATGCATGATGAAGT---TATAATTA---CAA--TGTTTAAAATGT-CTG-----------GTATG--------TTAGTGTATACTACTAGTAAAACATTTTAGCTTAATTGTGAAGAACGCTAAGAACTTACATATACtcta
gi|5 : TGGTATGATGTTAC-ACACACTTC-----AACTCTACTAAAAC-GGGCCAACCAT---TCCTGGAACT----TT-----------------TCAAG----GAGATTTCAAGTA---CCATTC--TAA-------AGGTTTCGATTTGG-AAGATTCC--ACTGTG-ACAAAATCCATT----ACT-TAATGCAT-------ACATGACAGGTACTCTTCCAC
gi|6 : TTATGCTGTCACGTGGCCGACCCG---ACCTAGAACTAT--CC-TATA-AATGCTGGGTGCCAAGCAAGGTAGCTTCTAGAA---CCACTTTATTACCATTTCAAGTC----TTTGATATGA--CC-----GGGTCTTGAAACGATGTTGAACT-TTC
gi|7 : tcctgCGGTTAAACTGTATTATATACTGTTGATATAGGTACCCACAAATATGTGAAAAAAGAAT-CC---ATTTAG-----ACAAATGT-ATGCCTCATTTGTTAAATACAGAAACTAAATCAAG
gi|8 : ttatcctaccgatttaaatCATTAG-TGAAGGGCTGGCTGGGACTGGACTTACATCTTCTGACATCAT-AGAAGTCAACACTTTATCCACAGTACCGCTG----TCACACTT
gi|9 : GTGTCAAGCTATGATGTTTCTAGAC---CCAATT--TTA-------CA------------TGTAA---------AGTCATTAAGCCC-TGC---ATCATTCGGCAT-------GAGAGGTGGAAACTCTGCCACTA--------CTGCGGTCtgtattgcggttgagcagcccaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGAATATATTTGTGAATAAAATGGAAAAAAATTATATACTAAGTTTTATTCAAATAT
Alignments
lowQualScore : 11 11 3333333 22222222222222222222 111 11 333333333333333333 111 6666666666666666666666 11 111 33333333333333333 11111 3333 1111 1111111 222 222 222 1 11 222 222 11 1 44444444444 33333333 333333 2222 11 44444444 11 111 33333 1 3333333 2222 111 1 11
lowQualScore : 1 1 9999 1 1 6 22 00 2222222 99999999999999999999 0 1 777 44 2 999999999999999999 1 3 6 444 1111111111111111111111 0 66 3 00 1 444 88 88888888888888888 77777 9999 99 4444 2 3333 99999 1 22 8888888 1 7 111 0 111 1 111 5 88 000 000 88 5 33333333333 55555555 888888 0 1 1 1 4444 6 88 6 1 1 22222222 3 1 0 0 44 777 33333 0 1 3 8888888 1 2222 555 2 1 1 88 1
lowQualScore : . . .... . . . .. .. ....... .................... . . ... .. . .................. . . . ... ...................... . .. . .. . ... .. ................. ..... .... .. .... . .... ..... . .. ....... . . ... . ... . ... . .. ... ... .. . ........... ........ ...... . . . . .... . .. . . . ........ . . . . .. ... ..... . . . ....... . .... ... . . . .. .
lowQualScore : 0 0 8888 4 0 5 55 33 0000000 77777777777777777777 7 0 777 00 5 222222222222222222 4 2 4 000 3333333333333333333333 8 44 8 00 0 000 88 22222222222222222 77777 3333 22 2222 5 1111 66666 9 55 6666666 4 0 777 7 555 0 555 0 00 000 555 00 5 55555555555 00000000 333333 7 0 0 0 0000 7 33 7 0 0 77777777 7 0 7 7 00 555 33333 7 0 3 7777777 0 7777 777 0 0 0 00 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTNGTTANATTGTATTGTACGGTGTTNANCGTCGCTTTCAACAATTTTTNAGTCACATCA-GACGGCGTCTACTTGAGTCAGTTAACGGATATTTCAATTT-AGACGGCGTCG----CCGCACTGNAGTATCGTGCACGCAGA-CACATGGTATGATA--ACGCACCC--G--CAAATTATACTGACACGGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-TTC---TATAA-TGCTGGGTGTCAAGCGANGAAGCTTCTAGNA---CC-ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CC-GACTGGG-ATCGAACCCATG----ACCTTCCGCAT-------GCGAGGCGGACGCTCTACCACTAAACC-C-GCCGCGGTCAAATGNTAAATGTGCGTGATGAAGTGGGTATAATTAAGCCAATCTGTTTAAAGTGTACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------ATATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTNAGAGCTTGNATANACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTGAAGAGCTGG--GGGATCGNACCCACANCCTCTG----CGT-AGAGGTCAACACTTTATCCACNATACCGCCGCTCA---CGCTTAAACTGTGC-----ATCGTTGNTATAGATGACCACAAATGTGCGAAATA-GAATG-CT--ATTNAGC-ACGACCAA-GNTCTGCCTCATTTNTNAAATACAGAAACNAAATCAAG
Reference ( family-2114 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTNGTTANATTGTATTGTACGGTGTTNANCGTCGCTTTCAACAATTTTTNAGTCACATCA-GACGGCGTCTACTTGAGTCAGTTAACGGATATTTCAATTTGAAATAGCGCCG----CCGCACTGNAGTATCGTGCACGCAGG-CACATGGTATGATG--ACACACCC--G--CAAATTATACTGACACGGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-TTC---TATAA-TGCTGGGTGTCAAGCGANGAAGCTTCTAGNA---CC-ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CC-GACTGGGNATCGAACCCATG----ACCTTCCGCAT-------GCGAGGCGGACGCTCTACCACTAAACC-C-GCCGCGGTCAAATGNTAAATGTGCGTGATGAAGTGGGTATAATTAAGCCAATCTGTTTAAAGTGTACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------ATATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTNAGAGCTTGNATANACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTGAAGAGCTGG--GGGATCGNACCCACANCCTCTG----CGT-AGAGGTCAACACTTTATCCACNATACCGCCGCTCA---CGCTTAAACTGTGC-----ATCGTTGNTATAGATGACCACAAATGTGCGAAATA-GAATGCCT--ATTNAGC-ACGACCAA-GTTCTGCCTCATTTNTNAAATACAGAAACNAAATCAAG
gi|1 : GTCGTTAAATTGTATTGTATGGTGTTTAGCGTCGCTTTCAACAATTTTTCAGTCACACCGCGACGGTGTCTACTTGAGTCAGT--------ATTTTAA---------GCGCTG----TCACACTGGAGTATCATGC-CGCAGA-CACATGGTATGATA--CCACACCC--GGTCAAATTATACTGACACCGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-CTCCTCTA-AA-TGCTGAGCGTCAAGCGAGGAAGCTTCTAGTA---CC-ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CCCGACCGGGGATTGAACCCATG----ACCTTCCGCAT-------GCGAGGTGGACGCTCTACCACTAGACCAC-GCCGCGGTC---TGTT---TGT-CGT--TAAAGTGGGTATAATTAAGCTAATCTATTTAAAGTATACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------TTATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTCAGAGCTTGAATAAACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTG--GAGCT-G--GGGATCGAACCCACAGCCTCTG----CGTGAGAGGTCAACACTTTATCCACTATACCACCTC-CA---CGCTTGAACTGTGC-----ATTGTTGTTATAGAGGACCACAAATGTGCGAAATG-GAATACCT---TTCAGCAATGACCAAGGCTCTGC--CATTTCTGAAAT--AGAAACGAAATCAAG
gi|10 : gattggttcactatccactgtaatcgcatcataattcgctgtacaatcttaattcttgatcagttttgtatccgagtctgtttaactgacgttcacgcaaacaatcactttccatgtatttttacacttattcattttacgtcgattgagaaacaggttcttacaacttaaacaaataattctaaaagtattcctaaccgtcattgaagataggcggacagagtgttttgcccatagagcaccacatttagccgcgacggaggatcggacccaggactcaatcaataccccaatgctctatagccggaccacgtgcctttaaaccatatgacactgttattccccaagtattaccttttttggggggatatttttataaactggtgcaatttttcaagactttaaagtttatttaactatctctagtagtttatttttgttgaagcatagttt-----ATCATTGCCTTAGATGACCACAAATGTGCGAAATA-AAATG-CTAAATTGAGC-ACGACCAA-GTTCTATTTC
gi|11 : GAGCTGG--GG-ATCATGCCCACAACCTTTG----C---------CAACACCTTGTCCACCATACTACTGCTCATCTTGCTTAAAta
gi|13 : GTATTGAACGGTGTTGAGTGTCGATTTCAACAATTCATCAGTCACATCA-Ga
gi|14 : AGTC----TTTAATATGA--CCTGA-TGGGAAT-GAACCCAAG----ACACTCT---T-------GTGAGGTAGACACcaagtg
gi|15 : GAACACATG----ACCTTTGACAT-------GCCAGGTGAACGCCCTACTACTTAACC-
gi|16 : TTAGATTATATTGTATGGTGTTTACTGTCACATTCAACAGTTTTTa
gi|17 : AGTTAATACTAAT------ATATTTTAGTGTGATTAGGAAGAAAGCTTAGAGctg
gi|18 : ATCAAACCGATG----ACCTTCCACAT-------GGGAGGTGGACGCTC
gi|2 : GTGGTTGCATTGTCTTGTATGGTGTT-------GCAGTCAACCATTTTTATGTCATTTTA-GACGGCGTCAACTTac
gi|2 : TATGTCA-TTTTAGACGGCGTCAACTTCCGCATTGTAGAATCGTGCACACAGGCCACATGATAT-ATA--AT-------------AATTATATTGACGCAGGACC-ATCAGGTTACATAGAACC-ATA---TAT-A-TGTT---T-TC---TGATG--GCTT-TGGCATGGCC--TGT--C-----TA-------GA-TC-----TTGGTA-GA--CC-GTCTGGGTATCAAACACATA----ATATTCCGccgcattgtagaatcgtgcacacaggccacatgatatataataattatattgacgcaggaccatcaggttacatagaaccatatatatgttttctgatggctttggcatggcctgtctagatcttggtagaccgtctgggtatcaaacacataatattccg
gi|3 : gtggttgcattgtcttgtatggtgttgcagtcaaccattttGTATTGTACGGTGTTAATCACTGTTTT--ATAATAGTTAAGTCA-ATTA--ACGGA---TAATTAAGTCAATTAACGGATATTTCAATTTGAAATAATGTCG----CCACACTAAAATTTAGGTCA--CAGA-GACTTGACATGTTA--ACGCACCCTGA--CAAAATATACTGACACAAAGTCAACTAG---
gi|4 : tttatttcaaatacgtttgcgTG----ACCATCTGCATACTACACGCTAGACGAACGCACTACCCCGAAACC-CCGCTGCGGTCAAATGGTAAATATGCATGATGAAGT---TATAATTA---CAA--TGTTTAAAATGT-CTG-----------GTATG--------TTAGTGTATACTACTAGTAAAACATTTTAGCTTAATTGTGAAGAACGCTAAGAACTTACATATACtcta
gi|5 : TGGTATGATGTTACACACAC--T--TCAACTCTACTAAAACGGG-CCAACCAT---TCCTGGAACT-TT-------------------TCAAG----GAGATTTCAAGTA---CC-ATTC--T-----AA-------AGGTTTCGATTTGG-AAGATTCC--ACTGTG-ACAAAATCCATT----ACTTAATGCAT-------ACATGACAGGTACTCTTCCAC
gi|6 : TTATGCTGTCACGTGGCCGACCCG---ACCTAGAACTATCC---TATAAATGCTGGGTGCCAAGCAAGGTAGCTTCTAGAA---CC-ACTTTAT-----TACCATTTCAAGTC----TTTGATATGA--CC-----GGGTCTTGAAACGATGTTGAACTTTC
gi|7 : tcctg---CGGTTAAACTGTATTATATACTGTTGATATAGGTACCCACAAATATGTGAAAAAAGAAT--CC--ATTTAG-----ACAAA-TGTATGCCTCATTTGTTAAATACAGAAACTAAATCAAG
gi|8 : ttatcctaccgatttaaatCATTAGT-GAAGGGCTGGCTGGGACTGGACTTACATCTTCTGACATCAT-AGAAGTCAACACTTTATCCACAGTACCGCTG-TCA---CACTT
gi|9 : GTGTCAAGCTATGATGTTTCTAGAC---CCAATTT--TACATGTA-------AAGTC----ATTA----AG--CC---CTG-----------CAT------CATTCGGCAT-------GAGAGGTGGAAACTCTGCCACTA--------CTGCGGTCtgtattgcggttgagcagcccaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGAATATATTTGTGAATAAAATGGAAAAAAATTATATACTAAGTTTTATTCAAATAT
Alignments
lowQualScore : 11 11 3333333 222222222 2222 111 1 44444444444444444 111 6666666666666666666666 11 111 33333333333333333 11111 222 11111 1111111 222 222 222 1 11 222 222 11 1 44444444444 33333333 333333 2222 11 44444444 11 111 33333 1 22222 2222 1 1 11
lowQualScore : 1 1 9999 1 1 6 22 00 2222222 777777777 8888 0 1 777 3 2 00000000000000000 1 3 6 444 1111111111111111111111 0 66 3 00 1 444 88 88888888888888888 77777 9999 99 111 5 44444 0 1 1 22 8888888 1 7 111 0 111 1 111 5 88 000 000 88 5 33333333333 55555555 888888 0 1 1 1 4444 6 88 6 1 1 22222222 3 1 0 0 44 777 33333 0 1 3 11111 1 2222 3 1 2 1 1 88 1
lowQualScore : . . .... . . . .. .. ....... ......... .... . . ... . . ................. . . . ... ...................... . .. . .. . ... .. ................. ..... .... .. ... . ..... . . . .. ....... . . ... . ... . ... . .. ... ... .. . ........... ........ ...... . . . . .... . .. . . . ........ . . . . .. ... ..... . . . ..... . .... . . . . . .. .
lowQualScore : 0 0 8888 4 0 5 55 33 0000000 777777777 3333 7 0 777 3 5 88888888888888888 4 2 4 000 3333333333333333333333 8 44 8 00 0 000 88 22222222222222222 77777 3333 22 000 0 33333 7 4 4 55 6666666 4 0 777 7 555 0 555 0 00 000 555 00 5 55555555555 00000000 333333 7 0 0 0 0000 7 33 7 0 0 77777777 7 0 7 7 00 555 33333 7 0 3 33333 0 7777 3 0 0 0 0 00 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTNGTTANATTGTATTGTACGGTGTTNANCGTCGCTTTCAACAATTTTTNAGTCACATCA-GACGGCGTCTACTTGAGTCAGTTAACGGATATTTCAATTT-AGACGGCGTCG----CCGCACTGNAGTATCGTGCACGCAGA-CACATGGTATGATA--ACGCACCC--G--CAAATTATACTGACACGGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-TTC---TATAA-TGCTGGGTGTCAAGCGANGAAGCTTCTAGNA---CC-ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CC-GACTGGG-ATCGAACCCATGACCTTCCGCAT-------GCGAGGCGGACGCTCTACCACTAAACC-C-GCCGCGGTCAAATGNTAAATGTGCGTGATGAAGTGGGTATAATTAAGCCAATCTGTTTAAAGTGTACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------ATATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTNAGAGCTTGNATANACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTGAAGAGCTGG--GGGATCGNACCCACANCCTCTG----CGT-AGAGGTCAACACTTTATCCACNATACCGCCGCTCA---CGCTTAAACTGTGC-----ATCGTTGNTATAGATGACCACAAATGTGCGAAATA-GAATGCC--ATTNAGC-ACGACCAA-GNTCTGCCTCATTTNTNAAATACAGAAACNAAATCAAG
Reference ( family-2114 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTNGTTANATTGTATTGTACGGTGTTNANCGTCGCTTTCAACAATTTTTNAGTCACATCA-GACGGCGTCTACTTGAGTCAGTTAACGGATATTTCAATTT-AGACGGCGTCG----CCGCACTGNAGTATCGTGCACGCAGA-CACATGGTATGATA--ACGCACCC--G--CAAATTATACTGACACGGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-TTC---TATAA-TGCTGGGTGTCAAGCGANGAAGCTTCTAGNA---CC-ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CC-GACTGGG-ATCGAACCCATGACCTTCCGCAT-------GCGAGGCGGACGCTCTACCACTAAACC-C-GCCGCGGTCAAATGNTAAATGTGCGTGATGAAGTGGGTATAATTAAGCCAATCTGTTTAAAGTGTACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------ATATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTNAGAGCTTGNATANACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTGAAGAGCTGG--GGGATCGNACCCACANCCTCTG----CGT-AGAGGTCAACACTTTATCCACNATACCGCCGCTCA---CGCTTAAACTGTGC-----ATCGTTGNTATAGATGACCACAAATGTGCGAAATA-GAATGCT--ATTNAGC-ACGACCAA-GNTCTGCCTCATTTNTNAAATACAGAAACNAAATCAAG
gi|1 : GTCGTTAAATTGTATTGTATGGTGTTTAGCGTCGCTTTCAACAATTTTTCAGTCACACCGCGACGGTGTCTACTTGAGTCAGT--------ATTTTAA---------GCGCTG----TCACACTGGAGTATCATGC-CGCAGA-CACATGGTATGATA--CCACACCC--GGTCAAATTATACTGACACCGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-CTCCTCTA-AA-TGCTGAGCGTCAAGCGAGGAAGCTTCTAGTA---CC-ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CCCGACCGGGGATTGAACCCATGACCTTCCGCAT-------GCGAGGTGGACGCTCTACCACTAGACCAC-GCCGCGGTC---TGTT---TGT-CGT--TAAAGTGGGTATAATTAAGCTAATCTATTTAAAGTATACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------TTATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTCAGAGCTTGAATAAACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTG--GAGCT-G--GGGATCGAACCCACAGCCTCTG----CGTGAGAGGTCAACACTTTATCCACTATACCACCTC-CA---CGCTTGAACTGTGC-----ATTGTTGTTATAGAGGACCACAAATGTGCGAAATG-GAATACC--TTTCAGCAATGACCAAGGCTCTGC--CATTTCTGAAAT--AGAAACGAAATCAAG
gi|10 : gattggttcactatccactgtaatcgcatcataattcgctgtacaatcttaattcttgatcagttttgtatccgagtctgtttaactgacgttcacgcaaacaatcactttccatgtatttttacacttattcattttacgtcgattgagaaacaggttcttacaacttaaacaaataattctaaaagtattcctaaccgtcattgaagataggcggacagagtgttttgcccatagagcaccacatttagccgcgacggaggatcggacccaggactcaatcaataccccaatgctctatagccggaccacgtgcctttaaaccatatgacactgttattccccaagtattaccttttttggggggatatttttataaactggtgcaatttttcaagactttaaagtttatttaactatctctagtagtttatttttgttgaagcatagttt-----ATCATTGCCTTAGATGACCACAAATGTGCGAAATA-AAATGCTAAATTGAGC-ACGACCAA-GTTCTATTTC
gi|11 : GAGCTGG--GG-ATCATGCCCACAACCTTTG----C---------CAACACCTTGTCCACCATACTACTGCTCATCTTGCTTAAAta
gi|13 : GTATTGAACGGTGTTGAGTGTCGATTTCAACAATTCATCAGTCACATCA-Ga
gi|14 : AGTC----TTTAATATGA--CCTGA-TGGG-AATGAACCCAAGACACTCT---T-------GTGAGGTAGACACcaagtg
gi|15 : GAACACATGACCTTTGACAT-------GCCAGGTGAACGCCCTACTACTTAACC-
gi|16 : TTAGATTATATTGTATGGTGTTTACTGTCACATTCAACAGTTTTTa
gi|17 : AGTTAATACTAAT------ATATTTTAGTGTGATTAGGAAGAAAGCTTAGAGctg
gi|18 : -ATCAAACCGATGACCTTCCACAT-------GGGAGGTGGACGCTC
gi|2 : GTGGTTGCATTGTCTTGTATGGTGTT-------GCAGTCAACCATTTTTATGTCATTTTA-GACGGCGTCAACTTac
gi|2 : TATGTCATTTT-AGACGGCGTCAACTTCCGCATTGTAGAATCGTGCACACAGGCCACATGATAT-ATA--AT-------------AATTATATTGACGCAGGACC-ATCAGGTTACATAGAACC-ATA---TAT-A-TGTT---T-TC---TGATG--GCTT-TGGCATGGCC--TGT--C-----TA-------GA-TC-----TTGGTA-GA--CC-GTCTGGGTATCAAACACATAATATTCCGccgcattgtagaatcgtgcacacaggccacatgatatataataattatattgacgcaggaccatcaggttacatagaaccatatatatgttttctgatggctttggcatggcctgtctagatcttggtagaccgtctgggtatcaaacacataatattccg
gi|3 : gtggttgcattgtcttgtatggtgttgcagtcaaccattttGTATTGTACGGTGTTAATCACTGTTTT--ATAATAGTTAAGTCA-ATTA--ACGGA---TAATTAAGTCAATTAACGGATATTTCAATTTGAAATAATGTCG----CCACACTAAAATTTAGGTCA--CAGA-GACTTGACATGTTA--ACGCACCCTGA--CAAAATATACTGACACAAAGTCAACTAG---
gi|4 : tttatttcaaatacgtttgcgTGACCATCTGCATACTACACGCTAGACGAACGCACTACCCCGAAACC-CCGCTGCGGTCAAATGGTAAATATGCATGATGAAGT---TATAATTA---CAA--TGTTTAAAATGT-CTG-----------GTATG--------TTAGTGTATACTACTAGTAAAACATTTTAGCTTAATTGTGAAGAACGCTAAGAACTTACATATACtcta
gi|5 : TGGTATGATGTTACACACAC--T--TCAACTCTACTAAAACGGG-CCAACCAT---TCCTGGAACT-TT-------------------TCAAG----GAGATTTCAAGTA---CC-ATTC--T-----AA-------AGGTTTCGATTTGG-AAGATTCC--ACTGTG-ACAAAATCCATTACTTAATGCAT-------ACATGACAGGTACTCTTCCAC
gi|6 : TTATGCTGTCACGTGGCCGACCCG---ACCTAGAACTATCC---TATAAATGCTGGGTGCCAAGCAAGGTAGCTTCTAGAA---CC-ACTTTAT-----TACCATTTCAAGTC----TTTGATATGA--CC-G
gi|7 : tcctg---CGGTTAAACTGTATTATATACTGTTGATATAGGTACCCACAAATATGTGAAAAAAGAAT-CC--ATTTAG-----ACAAA-TGTATGCCTCATTTGTTAAATACAGAAACTAAATCAAGggtcttgaaacgatgttgaactttc
gi|8 : ttatcctaccgatttaaatCATTAGT-GAAGGGCTGGCTGGGACTGGACTTACATCTTCTGACATCAT-AGAAGTCAACACTTTATCCACAGTACCGCTG-TCA---CACTT
gi|9 : GTGTCAAGCTATGATGTTTCTAGAC---CCAATTT--TACATGTA-------AAGTC----ATTA----AG--CC---CTG-----------CAT--CATTCGGCAT-------GAGAGGTGGAAACTCTGCCACTA--------CTGCGGTCtgtattgcggttgagcagcccaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGAATATATTTGTGAATAAAATGGAAAAAAATTATATACTAAGTTTTATTCAAATAT
Alignments
lowQualScore : 11 11 3333333 222222222 2222 111 1 44444444444444444 111 6666666666666666666666 11 111 33333333333333333 11111 222 11111 1111111 222 222 222 1 11 222 222 11 1 44444444444 33333333 333333 2222 11 44444444 11 111 33333 1 1 11 2222 1 1 11
lowQualScore : 1 1 9999 1 1 6 22 00 2222222 777777777 8888 0 1 777 3 2 00000000000000000 1 3 6 444 1111111111111111111111 0 66 3 00 1 444 88 88888888888888888 77777 9999 99 111 5 44444 0 1 1 22 8888888 1 7 111 0 111 1 111 5 88 000 000 88 5 33333333333 55555555 888888 0 1 1 1 4444 6 88 6 1 1 22222222 3 1 0 0 44 777 33333 0 1 3 2 88 1 2222 3 1 2 1 1 88 1
lowQualScore : . . .... . . . .. .. ....... ......... .... . . ... . . ................. . . . ... ...................... . .. . .. . ... .. ................. ..... .... .. ... . ..... . . . .. ....... . . ... . ... . ... . .. ... ... .. . ........... ........ ...... . . . . .... . .. . . . ........ . . . . .. ... ..... . . . . .. . .... . . . . . .. .
lowQualScore : 0 0 8888 4 0 5 55 33 0000000 777777777 3333 7 0 777 3 5 88888888888888888 4 2 4 000 3333333333333333333333 8 44 8 00 0 000 88 22222222222222222 77777 3333 22 000 0 33333 7 4 4 55 6666666 4 0 777 7 555 0 555 0 00 000 555 00 5 55555555555 00000000 333333 7 0 0 0 0000 7 33 7 0 0 77777777 7 0 7 7 00 555 33333 7 0 3 0 33 0 7777 3 0 0 0 0 00 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTNGTTANATTGTATTGTACGGTGTTNANCGTCGCTTTCAACAATTTTTNAGTCACATCA-GACGGCGTCTACTTGAGTCAGTTAACGGATATTTCAATTT-AGACGGCGTCG----CCGCACTGNAGTATCGTGCACGCAGA-CACATGGTATGATA--ACGCACCC--G--CAAATTATACTGACACGGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-TTC---TATAA-TGCTGGGTGTCAAGCGANGAAGCTTCTAGNA---CC-ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CC-GACTGGG-ATCGAACCCATGACCTTCCGCAT-------GCGAGGCGGACGCTCTACCACTAAACC-C-GCCGCGGTCAAATGNTAAATGTGCGTGATGAAGTGGGTATAATTAAGCCAATCTGTTTAAAGTGTACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------ATATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTNAGAGCTTGNATANACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTGAAGAGCTGG--GGGATCGNACCCACANCCTCTG----CGT-AGAGGTCAACACTTTATCCACNATACCGCCGCTCA---CGCTTAAACTGTGC-----ATCGTTGNTATAGATGACCACAAATGTGCGAAATA-GAATGCC--ATTNAGC-ACGACCAA-GNTCTGCCTCATTTNTNAAATACAGAAACNAAATCAAG
Reference ( family-2114 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTNGTTANATTGTATTGTACGGTGTTNANCGTCGCTTTCAACAATTTTTNAGTCACATCA-GACGGCGTCTACTTGAGTCAGTTAACGGATATTTCAATTT-AGACGGCGTCG----CCGCACTGNAGTATCGTGCACGCAGA-CACATGGTATGATA--ACGCACCC--G--CAAATTATACTGACACGGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-TTC---TATAA-TGCTGGGTGTCAAGCGANGAAGCTTCTAGNA---CC-ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CC-GACTGGG-ATCGAACCCATGACCTTCCGCAT-------GCGAGGCGGACGCTCTACCACTAAACC-C-GCCGCGGTCAAATGNTAAATGTGCGTGATGAAGTGGGTATAATTAAGCCAATCTGTTTAAAGTGTACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------ATATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTNAGAGCTTGNATANACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTGAAGAGCTGG--GGGATCGNACCCACANCCTCTG----CGT-AGAGGTCAACACTTTATCCACNATACCGCCGCTCA---CGCTTAAACTGTGC-----ATCGTTGNTATAGATGACCACAAATGTGCGAAATA-GAATGCC--ATTNAGC-ACGACCAA-GNTCTGCCTCATTTNTNAAATACAGAAACNAAATCAAG
gi|1 : GTCGTTAAATTGTATTGTATGGTGTTTAGCGTCGCTTTCAACAATTTTTCAGTCACACCGCGACGGTGTCTACTTGAGTCAGT--------ATTTTAA---------GCGCTG----TCACACTGGAGTATCATGC-CGCAGA-CACATGGTATGATA--CCACACCC--GGTCAAATTATACTGACACCGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-CTCCTCTA-AA-TGCTGAGCGTCAAGCGAGGAAGCTTCTAGTA---CC-ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CCCGACCGGGGATTGAACCCATGACCTTCCGCAT-------GCGAGGTGGACGCTCTACCACTAGACCAC-GCCGCGGTC---TGTT---TGT-CGT--TAAAGTGGGTATAATTAAGCTAATCTATTTAAAGTATACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------TTATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTCAGAGCTTGAATAAACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTG--GAGCT-G--GGGATCGAACCCACAGCCTCTG----CGTGAGAGGTCAACACTTTATCCACTATACCACCTC-CA---CGCTTGAACTGTGC-----ATTGTTGTTATAGAGGACCACAAATGTGCGAAATG-GAATACC--TTTCAGCAATGACCAAGGCTCTGC--CATTTCTGAAAT--AGAAACGAAATCAAG
gi|10 : gattggttcactatccactgtaatcgcatcataattcgctgtacaatcttaattcttgatcagttttgtatccgagtctgtttaactgacgttcacgcaaacaatcactttccatgtatttttacacttattcattttacgtcgattgagaaacaggttcttacaacttaaacaaataattctaaaagtattcctaaccgtcattgaagataggcggacagagtgttttgcccatagagcaccacatttagccgcgacggaggatcggacccaggactcaatcaataccccaatgctctatagccggaccacgtgcctttaaaccatatgacactgttattccccaagtattaccttttttggggggatatttttataaactggtgcaatttttcaagactttaaagtttatttaactatctctagtagtttatttttgttgaagcatagttt-----ATCATTGCCTTAGATGACCACAAATGTGCGAAATA-AAATGCTAAATTGAGC-ACGACCAA-GTTCTATTTC
gi|11 : GAGCTGG--GG-ATCATGCCCACAACCTTTG----C---------CAACACCTTGTCCACCATACTACTGCTCATCTTGCTTAAAta
gi|13 : GTATTGAACGGTGTTGAGTGTCGATTTCAACAATTCATCAGTCACATCA-Ga
gi|14 : AGTC----TTTAATATGA--CCTGA-TGGG-AATGAACCCAAGACACTCT---T-------GTGAGGTAGACACcaagtg
gi|15 : GAACACATGACCTTTGACAT-------GCCAGGTGAACGCCCTACTACTTAACC-
gi|16 : TTAGATTATATTGTATGGTGTTTACTGTCACATTCAACAGTTTTTa
gi|17 : AGTTAATACTAAT------ATATTTTAGTGTGATTAGGAAGAAAGCTTAGAGctg
gi|18 : -ATCAAACCGATGACCTTCCACAT-------GGGAGGTGGACGCTC
gi|2 : GTGGTTGCATTGTCTTGTATGGTGTT-------GCAGTCAACCATTTTTATGTCATTTTA-GACGGCGTCAACTTac
gi|2 : TATGTCATTTT-AGACGGCGTCAACTTCCGCATTGTAGAATCGTGCACACAGGCCACATGATAT-ATA--AT-------------AATTATATTGACGCAGGACC-ATCAGGTTACATAGAACC-ATA---TAT-A-TGTT---T-TC---TGATG--GCTT-TGGCATGGCC--TGT--C-----TA-------GA-TC-----TTGGTA-GA--CC-GTCTGGGTATCAAACACATAATATTCCGccgcattgtagaatcgtgcacacaggccacatgatatataataattatattgacgcaggaccatcaggttacatagaaccatatatatgttttctgatggctttggcatggcctgtctagatcttggtagaccgtctgggtatcaaacacataatattccg
gi|3 : gtggttgcattgtcttgtatggtgttgcagtcaaccattttGTATTGTACGGTGTTAATCACTGTTTT--ATAATAGTTAAGTCA-ATTA--ACGGA---TAATTAAGTCAATTAACGGATATTTCAATTTGAAATAATGTCG----CCACACTAAAATTTAGGTCA--CAGA-GACTTGACATGTTA--ACGCACCCTGA--CAAAATATACTGACACAAAGTCAACTAG---
gi|4 : tttatttcaaatacgtttgcgTGACCATCTGCATACTACACGCTAGACGAACGCACTACCCCGAAACC-CCGCTGCGGTCAAATGGTAAATATGCATGATGAAGT---TATAATTA---CAA--TGTTTAAAATGT-CTG-----------GTATG--------TTAGTGTATACTACTAGTAAAACATTTTAGCTTAATTGTGAAGAACGCTAAGAACTTACATATACtcta
gi|5 : TGGTATGATGTTACACACAC--T--TCAACTCTACTAAAACGGG-CCAACCAT---TCCTGGAACT-TT-------------------TCAAG----GAGATTTCAAGTA---CC-ATTC--T-----AA-------AGGTTTCGATTTGG-AAGATTCC--ACTGTG-ACAAAATCCATTACTTAATGCAT-------ACATGACAGGTACTCTTCCAC
gi|6 : TTATGCTGTCACGTGGCCGACCCG---ACCTAGAACTATCC---TATAAATGCTGGGTGCCAAGCAAGGTAGCTTCTAGAA---CC-ACTTTAT-----TACCATTTCAAGTC----TTTGATATGA--CC-G
gi|7 : tcctg---CGGTTAAACTGTATTATATACTGTTGATATAGGTACCCACAAATATGTGAAAAAAGAAT-CC--ATTTAG-----ACAAA-TGTATGCCTCATTTGTTAAATACAGAAACTAAATCAAGggtcttgaaacgatgttgaactttc
gi|8 : ttatcctaccgatttaaatCATTAGT-GAAGGGCTGGCTGGGACTGGACTTACATCTTCTGACATCAT-AGAAGTCAACACTTTATCCACAGTACCGCTG-TCA---CACTT
gi|9 : GTGTCAAGCTATGATGTTTCTAGAC---CCAATTT--TACATGTA-------AAGTC----ATTA----AG--CC---CTG-----------CAT--CATTCGGCAT-------GAGAGGTGGAAACTCTGCCACTA--------CTGCGGTCtgtattgcggttgagcagcccaa
blockSeqs : G G GAGT T C C G CG TAACGGA TTTGAAATA ACTT T ACA C G ACGCACCCTGACA A A A GTT ATCCTATAAATGCTGGGTG TG T AG C TGG AA TATTACCATTTC TCGAT ATAT TT TGA G TATCA G A GA ACTACAC T A CC AAA G AAA G GA . . . . . . AGTAAA T C T GAA G CT G T A ACATCAT A C CT TCT TATAT C A G AA G CAC . T T G T AC T
blockSeqs : C TACT A A T G A TTTAGACG . A A . G TTACACACACTTC A G A . ATATATATGTTT CA G TA T . A TACATGTA T ATAT . GT G AATG G C CA . T A . . A G . . G T C . A T . . A . . . T . . G C
blockSeqs : AATC A A . . . AT G G G . TT CT T AT A . A CTA T GTA . A T ATCA G C CG . T . .
blockSeqs : . T G . . . . . . A . . TAA A GAA . . . ACAA A A TG . C
blockSeqs : . . . . G C TG . C
blockSeqs : T T GG . T
blockSeqs : . A T
blockSeqCons : GTA* ANCG*
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTNGTTANATTGTATTGTACGGTGTTNANCGTCGCTTTCAACAATTTTTNAGTCACATCA-GACGGCGTCTACTTGAGTCAGTTAACGGATATTTCAATTT-AGACGGCGTCG----CCGCACTGNAGTATCGTGCACGCAGA-CACATGGTATGATA--ACGCACCC--G--CAAATTATACTGACACGGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-TTC---TATAA-TGCTGGGTGTCAAGCGANGAAGCTTCTAGNA---CC-ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CC-GACTGGG-ATCGAACCCATGACCTTCCGCAT-------GCGAGGCGGACGCTCTACCACTAAACC-C-GCCGCGGTCAAATGNTAAATGTGCGTGATGAAGTGGGTATAATTAAGCCAATCTGTTTAAAGTGTACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------ATATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTNAGAGCTTGNATANACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTGAAGAGCTGG--GGGATCGNACCCACANCCTCTG----CGT-AGAGGTCAACACTTTATCCACNATACCGCCGCTCA---CGCTTAAACTGTGC-----ATCGTTGNTATAGATGACCACAAATGTGCGAAATA-GAATGCC--ATTNAGC-ACGACCAA-GNTCTGCCTCATTTNTNAAATACAGAAACNAAATCAAG
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTNGTTANATTGTATTGTACGGTGTTNANCGTCGCTTTCAACAATTTTTNAGTCACATCA-GACGGCGTCTACTTGAGTCAGTTAACGGATATTTCAATTT-AGACGGCGTCG----CCGCACTGNAGTATCGTGCACGCAGA-CACATGGTATGATA--ACGCACCC--G--CAAATTATACTGACACGGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-TTC---TATAA-TGCTGGGTGTCAAGCGANGAAGCTTCTAGNA---CC-ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTA-GA--CC-GACTGGGANCG-AACCCATGACCTTCCGCAT-------GCGAGGCGGACGCTCTACCACTAAACC-C-GCCGCGGTCAAATGNTAAATGTGCGTGATGAAGTGGGTATAATTAAGCCAATCTGTTTAAAGTGTACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------ATATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTNAGAGCTTGNATANACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTGAAGAGCTGG--GGGATCGNACCCACANCCTCTG----CGT-AGAGGTCAACACTTTATCCACNATACCGCCGCTCA---CGCTTAAACTGTGC-----ATCGTTGNTATAGATGACCACAAATGTGCGAAATA-GAATGCC--ATTNAGC-ACGACCAA-GNTCTGCCTCATTTNTNAAATACAGAAACNAAATCAAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGAATATATTTGTGAATAAAATGGAAAAAAATTATATACTAAGTTTTATTCAAATAT
Alignments
lowQualScore : 11 11 3333333 222222222 2222 111 1 44444444444444444 111 6666666666666666666666 11 111 33333333333333333 11111 2 33333 1 1111111 222 222 222 1 11 222 222 11 1 44444444444 33333333 333333 2222 11 44444444 11 111 33333 1 1 11 2222 1 1 11
lowQualScore : 1 1 9999 1 1 6 22 00 2222222 777777777 8888 0 1 777 3 2 00000000000000000 1 3 6 444 1111111111111111111111 0 66 3 00 1 444 88 88888888888888888 77777 0 99 11111 2 1 44 0 1 1 22 8888888 1 7 111 0 111 1 111 5 88 000 000 88 5 33333333333 55555555 888888 0 1 1 1 4444 6 88 6 1 1 22222222 3 1 0 0 44 777 33333 0 1 3 2 88 1 2222 3 1 2 1 1 88 1
lowQualScore : . . .... . . . .. .. ....... ......... .... . . ... . . ................. . . . ... ...................... . .. . .. . ... .. ................. ..... . .. ..... . . .. . . . .. ....... . . ... . ... . ... . .. ... ... .. . ........... ........ ...... . . . . .... . .. . . . ........ . . . . .. ... ..... . . . . .. . .... . . . . . .. .
lowQualScore : 0 0 8888 4 0 5 55 33 0000000 777777777 3333 7 0 777 3 5 88888888888888888 4 2 4 000 3333333333333333333333 8 44 8 00 0 000 88 22222222222222222 77777 0 22 00000 5 4 77 7 4 4 55 6666666 4 0 777 7 555 0 555 0 00 000 555 00 5 55555555555 00000000 333333 7 0 0 0 0000 7 33 7 0 0 77777777 7 0 7 7 00 555 33333 7 0 3 0 33 0 7777 3 0 0 0 0 00 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTNGTTANATTGTATTGTACGGTGTTNANCGTCGCTTTCAACAATTTTTNAGTCACATCA-GACGGCGTCTACTTGAGTCAGTTAACGGATATTTCAATTT-AGACGGCGTCG----CCGCACTGNAGTATCGTGCACGCAGA-CACATGGTATGATA--ACGCACCC--G--CAAATTATACTGACACGGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-TTC---TATAA-TGCTGGGTGTCAAGCGANGAAGCTTCTAGNA---CC-ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CC-GA--CTGGG-ANCGAACCCATGACCTTCCGCAT-------GCGAGGCGGACGCTCTACCACTAAACC-C-GCCGCGGTCAAATGNTAAATGTGCGTGATGAAGTGGGTATAATTAAGCCAATCTGTTTAAAGTGTACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------ATATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTNAGAGCTTGNATANACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTGAAGAGCTGG--GGGATCGNACCCACANCCTCTG----CGT-AGAGGTCAACACTTTATCCACNATACCGCCGCTCA---CGCTTAAACTGTGC-----ATCGTTGNTATAGATGACCACAAATGTGCGAAATA-GAATGCC--ATTNAGC-ACGACCAA-GNTCTGCCTCATTTNTNAAATACAGAAACNAAATCAAG
Reference ( family-2114 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTNGTTANATTGTATTGTACGGTGTTNANCGTCGCTTTCAACAATTTTTNAGTCACATCA-GACGGCGTCTACTTGAGTCAGTTAACGGATATTTCAATTT-AGACGGCGTCG----CCGCACTGNAGTATCGTGCACGCAGA-CACATGGTATGATA--ACGCACCC--G--CAAATTATACTGACACGGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-TTC---TATAA-TGCTGGGTGTCAAGCGANGAAGCTTCTAGNA---CC-ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTA-GA--CC-GA--CTGGG-ANCGAACCCATGACCTTCCGCAT-------GCGAGGCGGACGCTCTACCACTAAACC-C-GCCGCGGTCAAATGNTAAATGTGCGTGATGAAGTGGGTATAATTAAGCCAATCTGTTTAAAGTGTACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------ATATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTNAGAGCTTGNATANACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTGAAGAGCTGG--GGGATCGNACCCACANCCTCTG----CGT-AGAGGTCAACACTTTATCCACNATACCGCCGCTCA---CGCTTAAACTGTGC-----ATCGTTGNTATAGATGACCACAAATGTGCGAAATA-GAATGCC--ATTNAGC-ACGACCAA-GNTCTGCCTCATTTNTNAAATACAGAAACNAAATCAAG
gi|1 : GTCGTTAAATTGTATTGTATGGTGTTTAGCGTCGCTTTCAACAATTTTTCAGTCACACCGCGACGGTGTCTACTTGAGTCAGT--------ATTTTAA---------GCGCTG----TCACACTGGAGTATCATGC-CGCAGA-CACATGGTATGATA--CCACACCC--GGTCAAATTATACTGACACCGGGCCGACCAG---ACCTAGAACT-CTCCTCTA-AA-TGCTGAGCGTCAAGCGAGGAAGCTTCTAGTA---CC-ATTT--T-----TA-------AAGTC----TTTGGTATGA--CCCGA--CCGGGGATTGAACCCATGACCTTCCGCAT-------GCGAGGTGGACGCTCTACCACTAGACCAC-GCCGCGGTC---TGTT---TGT-CGT--TAAAGTGGGTATAATTAAGCTAATCTATTTAAAGTATACTGAAAACTTGGGAGTGTGGAAGAAGTTTAGTTTATACTAAT------TTATTTTAGTTCGATTGGGAAGAAAGCTCAGAGCTTGAATAAACTGCCCTCTCGAGTCCGCTTCCTAGGTAAATTCAGTGCTGAGTTTGGTGTTTTGAAAGGCATCAGTTG--GAGCT-G--GGGATCGAACCCACAGCCTCTG----CGTGAGAGGTCAACACTTTATCCACTATACCACCTC-CA---CGCTTGAACTGTGC-----ATTGTTGTTATAGAGGACCACAAATGTGCGAAATG-GAATACC--TTTCAGCAATGACCAAGGCTCTGC--CATTTCTGAAAT--AGAAACGAAATCAAG
gi|10 : gattggttcactatccactgtaatcgcatcataattcgctgtacaatcttaattcttgatcagttttgtatccgagtctgtttaactgacgttcacgcaaacaatcactttccatgtatttttacacttattcattttacgtcgattgagaaacaggttcttacaacttaaacaaataattctaaaagtattcctaaccgtcattgaagataggcggacagagtgttttgcccatagagcaccacatttagccgcgacggaggatcggacccaggactcaatcaataccccaatgctctatagccggaccacgtgcctttaaaccatatgacactgttattccccaagtattaccttttttggggggatatttttataaactggtgcaatttttcaagactttaaagtttatttaactatctctagtagtttatttttgttgaagcatagttt-----ATCATTGCCTTAGATGACCACAAATGTGCGAAATA-AAATGCTAAATTGAGC-ACGACCAA-GTTCTATTTC
gi|11 : GAGCTGG--GG-ATCATGCCCACAACCTTTG----C---------CAACACCTTGTCCACCATACTACTGCTCATCTTGCTTAAAta
gi|13 : GTATTGAACGGTGTTGAGTGTCGATTTCAACAATTCATCAGTCACATCA-Ga
gi|14 : AGTC----TTTAATATGA--CCTGA---TGGG-AATGAACCCAAGACACTCT---T-------GTGAGGTAGACACcaagtg
gi|15 : GAACACATGACCTTTGACAT-------GCCAGGTGAACGCCCTACTACTTAACC-
gi|16 : TTAGATTATATTGTATGGTGTTTACTGTCACATTCAACAGTTTTTa
gi|17 : AGTTAATACTAAT------ATATTTTAGTGTGATTAGGAAGAAAGCTTAGAGctg
gi|18 : -ATCAAACCGATGACCTTCCACAT-------GGGAGGTGGACGCTC
gi|2 : GTGGTTGCATTGTCTTGTATGGTGTT-------GCAGTCAACCATTTTTATGTCATTTTA-GACGGCGTCAACTTac
gi|2 : TATGTCATTTT-AGACGGCGTCAACTTCCGCATTGTAGAATCGTGCACACAGGCCACATGATAT-ATA--AT-------------AATTATATTGACGCAGGACC-ATCAGGTTACATAGAACC-ATA---TAT-A-TGTT---T-TC---TGATG--GCTT-TGGCATGGCC--TGT--C-----TA-------GA-TC-----TTGGTA-GA--CC-GT--CTGGGTATCAAACACATAATATTCCGccgcattgtagaatcgtgcacacaggccacatgatatataataattatattgacgcaggaccatcaggttacatagaaccatatatatgttttctgatggctttggcatggcctgtctagatcttggtagaccgtctgggtatcaaacacataatattccg
gi|3 : gtggttgcattgtcttgtatggtgttgcagtcaaccattttGTATTGTACGGTGTTAATCACTGTTTT--ATAATAGTTAAGTCA-ATTA--ACGGA---TAATTAAGTCAATTAACGGATATTTCAATTTGAAATAATGTCG----CCACACTAAAATTTAGGTCA--CAGA-GACTTGACATGTTA--ACGCACCCTGA--CAAAATATACTGACACAAAGTCAACTAG---
gi|4 : tttatttcaaatacgtttgcgTGACCATCTGCATACTACACGCTAGACGAACGCACTACCCCGAAACC-CCGCTGCGGTCAAATGGTAAATATGCATGATGAAGT---TATAATTA---CAA--TGTTTAAAATGT-CTG-----------GTATG--------TTAGTGTATACTACTAGTAAAACATTTTAGCTTAATTGTGAAGAACGCTAAGAACTTACATATACtcta
gi|5 : TGGTATGATGTTACACACAC--T--TCAACTCTACTAAAACGGG-CCAACCAT---TCCTGGAACT-TT-------------------TCAAG----GAGATTTCAAGTA---CC-ATTC--T-----AA-------AGGTTTCGATTTGGAA-GATTCC--A--CTGTG-ACAAAATCCATTACTTAATGCAT-------ACATGACAGGTACTCTTCCAC
gi|6 : TTATGCTGTCACGTGGCCGACCCG---ACCTAGAACTATCC---TATAAATGCTGGGTGCCAAGCAAGGTAGCTTCTAGAA---CC-ACTTTAT-----TACCATTTCAAGTC----TTTGATATGA--CC-GGGTCTTGA-AACGA
gi|7 : tcctg---CGGTTAAACTGTATTATATACTGTTGATATAGGTACCCACAAATATGTGAAAAAAGAAT-CC--ATTTAG-----ACAAA-TGTATGCCTCATTTGTTAAATACAGAAACTAAATCAAGtgttgaactttc
gi|8 : ttatcctaccgatttaaatCATTAGT-GAAGGGCTGGCTGGGACTGGACTTACATCTTCTGACATCAT-AGAAGTCAACACTTTATCCACAGTACCGCTG-TCA---CACTT
gi|9 : GTGTCAAGCTATGATGTTTCTAGAC---CCAATTT--TACATGTA-------AAGTC----AT---TA-AG--CC-----CTG-----------CAT--CATTCGGCAT-------GAGAGGTGGAAACTCTGCCACTA--------CTGCGGTCtgtattgcggttgagcagcccaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGAATATATTTGTGAATAAAATGGAAAAAAATTATATACTAAGTTTTATTCAAATAT