lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111 11111 5555555555555555555555555 2222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333333333333333333333333333 11111 1111 1111111 2222 11 111 1 22222222 1111111
lowQualScore : 1 1 777 2 3 44444 5 6 4 77777 5555555555555555555555555 0 8888888888888 777 4 88 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444444444444444444444444444 66666 33 2222 4 4 0 7777777 6 1111 333 77 999 22 2 333 6 2 33 2 0 5555 00000000 4444444 2 4
lowQualScore : . . ... . . ..... . . . ..... ......................... . ............. ... . .. ................................................................................................................................................................ ........................... ..... .. .... . . . ....... . .... ... .. ... .. . ... . . .. . . .... ........ ....... . .
lowQualScore : 0 0 555 2 2 33333 7 0 4 77777 0000000000000000000000000 9 6666666666666 000 0 88 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000000000000000000000000000 66666 99 3333 1 0 8 6666666 7 9999 777 55 555 88 0 777 7 2 11 4 2 7777 99999999 5555555 2 4
consensus : TAATTTCAGCGT---TCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTTGGT---N-GGTG-NAA-AGAATTG--TATTT-CTC-TGATTTTATCCTTAA---TTTCTA-TAGAG---AA-A-NTGAA-A--T-----TA---A-----C-A--A-AA-AATAA-TAGTTTT-NA--TTAAA-A--ATAAA-T--T-------T-TAAAAC---CT-----------T-C--------A-----AAGT------------------A----AC--AGA-------TN-AATTTG-T---------AANAGT--C---TA--AATT-TATGCA--TTA-GACTTGGTTGAACGCT-AA----GGATAAACACCGAGTTGTTCACCTACCAGAATGT---GG-AGGTGTG--TCAAA--AT-ACTGATCAC-TGA--TTGGTTGAT-AACTT----TTG----A---TGAC------GTCATGTCAAAATT
Reference ( gi|5 ) : TAATTTTAGTAT---TCACAAAATT-----TTC-GAGATGTTGAGAT-ATTTGGT---T-GGTG-AAA-AGAATTG--TACTT-CTC-TGATTTTATCCTTAA---GTTCTT-TAGAG---AA-A-GTGAA-A--T-----TA---A-----C-A--A-AA-AATGA-TAATTTT-TA--TTAAA-A--ATAAA-T--T-------T-TAAAAC---CT-----------T-C--------A-----AAGT------------------A----AC--AGA-------TA-AATTTG-T---------AACAGT--T---TA--AATT-CATCCA--TTA-GATTTGGCTGAACACT-CA----GGATAAACACAGAGTAATTCACCTACCAGAATGT---GG-TGGTGTA--TCAAA--AT-ACCAATTAC-TGA--TTGGTTGAT-AAGTT----TTG----T---TGAT------GTCATATTAAAATT
gi|1 : TAATTTCAGCAT---TCACAAA-TT-----TCT-GAGATACTGAGATTATTTGGTATGT-AATC-AGATAGAATT----ACTT-----TAATTTTATCATTAA---TTTTTT-TATAGAAAAA-A-GTGAA-A--T-----TGTTTA-----C-AT-A-AA-AA--A-TAGTGTT-TA--TTAAA-T--ATTAA-T--TAA-----T-TCAAACT--CT-----------T-C--------ATGTTTAAGT------------------A----
gi|4 : ttcaTAATTTCAGCGG---TTGCAAAATTAAATTTCC-GATATATTGATAT-ATTCGGT---A-GGTT-TAA--GAAT-----ATTT----------TTACCCT--A---TTTCTCATAGAG---AA-A-ATAAA-A--TGTAAATA---G-----C-A--A-AA-G-----TAATATT-TT--TTAAA-A--ATAAA-TATTGACCA--T-TAAAAT---GT-----------T-C--------G-----AATT------------------A----TT--G----------A-AGTTTG-C---------ATCAGA--TGTATA--AATTTCAT-----TTA-GAATTTGTTGAACTCT-AA----CGATAAACACCGAATTGACCACATACCTAAATAT---GG-AGGTG----TCAGA--AA-AGTTATCGC-TAATTTTGTTTGGT-AACTT----TAA----A---TGAA------GTTTTGACAAAATTgtttgcgaactgaaggacatgaaaaaaaagaatgcttttgaaaaagattgatttgttaagttgaaattcatgcattatgacttggtagaatgctaaggataaatctgagtaatccacctaccggaatgtgaaggcatgtcaaaatactgatcaccgattg
gi|2 : ctaTTTACTATACCTCGCAACACT-----CCC-AAGGTATCAAGAT-ATTTGAT---T-GGTG-TAA-ACTGTTT--TACTT-G----GATTTTATCCTTA----GTTCCAATGGAG---AATA-TTGGA-G--T-----TGTTGG-----CTG--A-AC-AATAA-TACGTTT-AA--TTAAATG--ATAAA-A--TATACCTAT-TAAA--------------------C--------A-----AAATGAAAATAGTAGTTTTTGAA----AT--AGA-------TC-ATTTTG-T---------AAAAG-----------AATT-CATGCA--TT------TGGTTGAACACT-AG----GGATAAACACCGATTTGTTCAACTGGCAGTTTAT---GG-AGGTGTG--TCAAT--AT-CCTGACTGC-TCA--TTGGTTGAT-AACTT----TTG----A---TGAG------GTCATATCAAAAa
gi|6 : acaAT---TCGCAAAATA-----TTT-AACATATTGAGAT-GGCTGGT---A-GGTGTAAA-A----TG--TTTTA-CTCATGA-TTTATTCCTAG---TTTCTA-TAGA----AA-A-TTGGATA--TG----TA---G-----C-AGCA-AA-AATTA-AAACTTT-TAATTTAAG-A--TTGAA-T--C-------T-CAAAAG---CT-----------T-CTATTTATAA-----AAGT-----------------------AT--AG--------TA-AA--TG--------------ATT--T---TA--AG-------CA--TTA-TATTTGGCTGAACGTA-AA----TGATAAACATCGAGT--------------AATAT---GG-AGGTATG--TCAAA--AT-ATTGATCAC-CGA--TTCAGCAAT-AACCT----TTC----T---TGAC------ATCATGTCAAAATT
gi|22 : cAAACTT-----TCC-GAGATATTGAAAT-ATTCGGT---A-AGTG-TTA-AACACTGCGTGTTA-CTC-GGATTTTAGCCTTA-----TTTAA-TACAA---AA-ATTTGAA-A--T-----T
gi|24 : attcataatttcaggaaggaAAATT-----TTCAGAGACATTGAGAT-ATTTGGT---A-GGTGTAAA-AG--TTG--TATTG-CTTGTATTTTTATCTTAAA---TTTCTA-TAGAG---AA-A-GTTTA-A--T-----Tgt
gi|3 : -----TTC-GAGATATTGAGAT----TCGT---T-AG-G-AGT-AAAAT-G--TATTT-CTC-GGATGTTATCCTAAG---GTTTTA-TGGAG---AA-A-ATAAATA--G-----TA---AGTGG-C-C--A-AA-AATAA-TGGTTTT-AA--ATAGA-T--ATGAACT--T-------T-TAAAACGTGCT-----------TGC--------ACATTGAAGTCTATGAA-----------A----AA--AGAACGCTTTTG-AATCTGATTGATTTGCAAAAAGT--CAA-TA--AATG-TTTGCA--TCA-GACTT-GTTGAATACT-AATAACGG-TAAAAACCGAGTTGTTCACCTACCAGAATGT---------------------------CACTCAC-TGA--TAGGCTGAT-A--TT----ATA----TTTATGAC------GTCATgcgggcaacaa
gi|10 : cttatctatatttatagcaAGATATTGAAAT-ATA-GGC---TAGGTG-TAA-A-AACTG---ATTT-ATT-TTATTTTATCCTCAC---TTCCTA-TAGAG---AA-A-AAGAA-A--T-----TG---AAGG--C-A--ACAACAATGC-TACTTTT-GA--TGAAATA--TTGAA-T--A-------G-TAAAAgctg
gi|20 : gttaTGAGAT-ATCTGGT---A-GGTG-TAA-A--ACTG--T--TTACGC-GGATTTTATC----------------AGAA---AA-A-CTGGATA--T-----GA---AGACAGC-A--A-AA-GA-AA-TAGTTTT-AA--TTAAA-GTTGTAGA-T--T-------TGTAAAAT---CT-----------T-C--------A-----AAgtatacatagtgaataacatgataatatatatttttgaaacatattaatttgtaaaatatgatatgcatatgcttggttgataaacatcgagtt
gi|7 : TC-TG-TTTCATACTTAATATGTTTTC-AATGA---AA-A-GTAAT-ACTT-----TA---A-----T-----------TGAATAATCTTCTA--TTTAA-A--A-AAA---------------AACAC---CTATGGCACAACAT-G--------A-----AAAT------------------AGAAAACTTAGA-------AACAATTTG-T---------CCAAGT--G---TG--AATT-TATGCACTTTA--ATTTAATCGAACTCT-AA----AGATAAACACAGAGTCGTCAACCAACCAGAATAT---TG-ACGTGTG--GCAAA--AT-Attttaataaaaat
gi|13 : ctgttatattattattatctTGAA-A--ATAAA-T----------------AT---CT-----------T----------------ATGA------------------A----AT--AGG-------TG-AAGTTG-T---------AA-AAT--C---TT--AATT-TATGCA--TTA-TCTTTTGTTGAACACT-T-----GGATAAACACCAAGTTGTACAACTGGCAGAATAT----G-T-----------AA--ATGATCTTTTAT-TGA--GTGG----T-AACGT----TTG----A---TGAA------GTCATGCTAAttgatagatgatga
gi|16 : taaaaacttgcaaagtgaacaAAAAC---AT-----------T-T--------G-----AAAT------------------A----A-----A-------TC-AACTTG-T---------AAAAGT--C---TG--ACGT--ATGCA--ATA-GATT-----GAACACA-AA----GGATCAACAC------------CTACCCGA-TGT---GC-AGGTGTG--C--AA--AT-AC--ACCAC-TTA--TTAGTTGAT-AACAA----ATG----A---TGAT------GTCATGTCAAAATgtt
gi|27 : atttaataacatgaacatagGC------------------A----AC--AGA-------TA-AATTTG-T---------ATGAGT--C----G--AATT-CATGCA--TAA-G-CTTGGTTGAATGTA-AA----GGATAATCACAGAGTTGTTCTGCTACCAGAAT
gi|15 : T------------------A----AT--ACA-------AA-AATTTG-A---------AATTGTAGC---GA--AATT-TATCCA--TAA-TATTTGGTAGAACATT-AA----GAATATAAACCGAGTTGTACACGTACCAGGGTGT---GG---GCGTAAGCCAAA--GT-ATTCATCAC-AGA--TTGGTTAAT-AAATT----CTA----A---TGATTATGACGTCATGTCAAAATTt
gi|1 : ccttatt------------------A----AA--AGA-------TT-GATTTG-T---------TA-AGT--T---GA--AATT-CATGCA--TTATGACTTGGTAGAATGCT-AA----GGATAAAT-CTGAGTAATCCACCTACCGGAATGT---GA-AGGCATG--TCAAA--AT-ACTGATCAC-CGA--TTG
gi|21 : ttcataatttcagcattcacaaatttctgagatactgagattatttggtatgtaatcagatagaattactttaattttatcattaatttttttatagaaaaaagtgaaattgtttacataaaaaatagtgtttattaaatattaattaattcaaactcttcatgtttaagtagtttgcgaactgaaggacatgaaaaaaaagaatgcttttga------------------A----AC--AGA-------TC-ATTTTG-T---------AATATT--T---TGCTAATT---------TTA-GTCTTAACTAA-------G----GAATAACTA-AGAGTACTTAACCTACCAGAATGA---GG-AGGTGTG--TCGAA--AT-
gi|11 : tgaagaacatgaaaatgtacagttttga----AC--AGA-------AA-CATTTT-T---------AA-AAT--C---TA--AATG-TATGCA--TAA-TACTTGGCTGAACACTATA----AAAAAAACACAAAGTTGTTTACCAACCAGAAAGT---GG-AGGTGTG--TCAAA--AT-ATCAAGCAT-TGA--TTGGTTGAT-AAAT
gi|14 : aaatagttttaataactattagtttataaagtcttcaatttgtaaaacatgaaatattgaagaacatgaacatggaaagttattgagATTTG-A---------AACAAA--T----A--AATT-TGTT-A--TGA-AACTAAGTTGGACACA-AA----GAATAGAAATAAATCTATTCACCTACCATAATATTATGG-AGGTGTC--TCAAA--AT-ACTGAT-ACATGA--TTGGTTGAT-AACTT----
gi|18 : tgtttcgagtattaaattgtgttgaacgacatgtaaaaaaagaaggc-T---------AAAAGT--C---GA--AGTT-GATATA--TTAAGGCTCCAATAAACACC-AA----GAATAAACACAGAGTTGTTCTACTACCAGAATGT---GA-AGGTAAC--CCAAA--AC-ACTGATCAC-GTA--TTGCTTGAT-AAATT----TTG----A---TGAT------GTCGTGCTGAA
gi|23 : GTTGAAATCT-GA----GGATAAACACCGAGTTGTACACCTACCAGAATGT---GG-AGATGTG--TC-AT--AT-ATTGATCAC-TGA--TTGGTTGAA-AAGTT----TTG----A---TGTT------AGCGTGTCAAAATTctcagaataatgtatatcg
gi|9 : CT-AA----GAGTAAACATCACGTTGTGCACATACGAGATTGT---AA-AAATGTA--CTAAA--AT-A------GC-TGG--TTGTTTGAT-AACTT----TTG----A---TGAT------GCCATATCAAAa
gi|19 : gtttgacttATAAACACAGA------------CCAGAAATT---GG-AGGTGTG--TCAAA--AT-ACTGATCGC-TGA--TTGGTTGAT-cacttgagtacagtaaatctgctatatttatgaacatatgacatcattttggcaaagttggtatttttttttattatatttatctcatcgataatatactcatgttgcttatattatttttatt
gi|25 : aaacattcagtttataaatgtttatatagtttatattgatctagtccataaCACCGATCAGAATGT---AG-AGGTGTG--TCATT--AT-ACTAATCAG-TGA--TTGGTTGAT-AACTTGATGTCGTCATT---TGATGTC---GTCATGTCAAAGTttacttaataaaccgcgcacgcttaatggctgactaa
gi|12 : CGCTTACGAGAATGT---AG-AAGTGTG--TTAAA--AT-ATTGATCGC-TGG--TTGTTTGAT-AGTTT----TTA----A---GGAT------GCCACACCAAAATaa
gi|26 : aattattgtcagtgtaaatatcgcgttgggATCAGAACGT---GAATAGAGTG--TGAAA--AT-ATTGATCAC-TGA--TTGGTTGATAAAGTT----atgtttatctcatcaattttactcgtattgcttctgttattttgattatgtttatctcatcaattatagtcatactgctata
gi|28 : acaaTGTG--TCAAACAAT-ACTGATCAA-TAA--TTGGTTGAT-AACTT----TCT----T---TGAC------GTCATGTAAAAATTnnnnnnnnnnctgttcttaatggaactctaaa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AACAATTAATATATATTGCTATTCATAAATTCAATATTTTTGTTTTGGAAGATGTAAACAACAGTTGTTCACGGATTCTATCCATATATTTTCTAGAGACAATAGGAATTCTAGGCATCAAAAATAGTACTTTTGAGTGATTTTTGTCTTTGAATCTTCGAATTAATAAACATGCCTATGGAACGATTTAAATGTAGAAATATTTGTACTTAATCAATTTGAAAAAGAAGTCATCCATTAGAT
Unaligned ( gi|17 ): ATTATTTATATATACAACTTGTTTTAATCACATATTATGTTTTAAACTGTTCTAATTATAAATGATTGTATATTAAAGGTCATGAAAAAATACAATACTTTTGAAACTGATTAATTTGTAAAATTTTAATTTAGACTTGGTTGAACAACAAGAATAAAC
Unaligned ( gi|29 ): TGAAATGAATGGTAATTATGACCATAATCATCTT
Alignments
lowQualScore : 11111 3333333333 11 1111 1 555555555555555555555555 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111 11111111111111111 11111111111
lowQualScore : 333 1 22222 5 4 1 1 2222222222 3 5 11 3 2222 1 3 3 3 44 3 0 333333333333333333333333 4 4 66 8 5 4444 666 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 33 3 8888888888888 22222222222222222 0 4 33 2 6666 3 8 2 4444 1 3 0 3 333 2 22 0 2 22 33 22222222222 8888888 2
lowQualScore : ... . ..... . . . . .......... . . .. . .... . . . . .. . . ........................ . . .. . . .... ... . .......................................................................................... . .. . ............. ................. . . .. . .... . . . .... . . . . ... . .. . . .. .. ........... ....... .
lowQualScore : 888 4 55555 0 0 0 0 5555555555 9 0 44 7 5555 2 6 6 6 66 6 9 555555555555555555555555 4 4 33 4 3 2222 111 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 11 2 3333333333333 44444444444444444 1 8 11 2 8888 8 0 0 2222 9 3 5 8 555 0 66 6 0 88 22 77777777777 8888888 2
consensus : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTCGGTAGGTGTAA--AGAACT--GTATTNCTC-GGATTTTATCCTTA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GAA-AT-----T---G---G-----C-A--A-AA-AAT-AATANTTTTAATTAAA-A--AT-A-AA-T--T-------T-TAAAA-C---CTT-CG-----AAG----T------------------AACA-GA----------------TNA-----ATTTGT-A--AAA-GT--C--TA---AAT----T------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGAT-CGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
Reference ( family-2107 ) : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTTGGTNGGTGNAA--AGAATT--GTATTTCTC-TGATTTTATCCTTA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GAA-AT-----T---A---A-----C-A--A-AA-AAT-AATAGTTTTNATTAAA-A--AT-A-AA-T--T-------T-TAAAA-C---CTT-CA-----AAG----T------------------AACA-GA----------------TNA-----ATTTGT-A--ANA-GT--C--TA---AAT----T------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTTCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGAT-CACTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
gi|1 : TAATTTCAGCATTCACAAA-TT-----TCT-GAGATACTGAGATTATTTGGTA--TGTAATCAGA-TA--GAATTACTT-TAATTTTATCATTA-ATTTTTTT-ATAGAAAAA-A-GT-GAA-AT-----T---GTTTA-----C-A--T-AA-AA--AATAGTGTTTATTAAA-T--AT-T-AA-T--TAA-----T-TCAAA-CT--CTT-CATGTTTAAG----T------------------A
gi|1 : ttca------------------AAAA-GA----------------TTG-----ATTTGT-T--A-A-GT--T--GA---AAT----T------------CATGCA--TT-ATGACTTGGTAGAATGCTA-A----GGA-TAAAT-CTGAGTAATCCACCTACCGGAATGT---GAA-GGCATGTCAAA--ATACTGAT-CACCGA--TTGgtttgcgaactgaaggacatgaaaaaaaagaatgcttttgaaaaagattgatttgttaagttgaaattcatgcattatgacttggtagaatgctaaggataaatctgagtaatccacctaccggaatgtgaaggcatgtcaaaatactgatcaccgattg
gi|10 : ttcataatttcagcattcacaaatttctgagatactgagattatttggtatgtaatcagatagaattactttaattttatcattaatttttttatagaaaaaagtgaaattgtttacataaaaaatagtgtttattaaatattaattaattcaaactcttcatgtttaagtagtttgcgaactgaaggacatgaaaaaaaagaatgcttttgaAGATATTGAAAT-ATAGGCTAGGTGTAA--A-AACT--G-ATTTATT-TTATTTTATCCTCA-C--TTCCT-ATAG-AGAA-A-AA-GAA-AT-----T---G---AAGG--C-A--ACAACAAT-GCTACTTTTGATGAAATA--TT-G-AA-T--A-------G-TAAAAGT---ATA-CA-----TAGTGAAT------------------AACATGA----------------TAATATATATTTTT-G--AAACAT--A--TT---AAT----TTGTAAAATATGATATGCA---T-A-TGCTTGGTT---------------GA-TAAACATCGAGTT
gi|11 : gttaACA-GA----------------AAC-----ATTTTT-A--AAA--T--C--TA---AAT----G------------TATGCA--TA-A-TACTTGGCTGAACACTATA----AAA-AAAACACAAAGTTGTTTACCAACCAGAAAGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATATCAAG-CATTGA--TTGGTTGATA--A
gi|12 : aaatagttttaataactattagtttataaagtcttcaatttgtaaaacatgaaatattgaagaacatgaacatggaaagttattgag-TAAATATCGCGTTGGGCGCTTACGAGAATGT---AGA-AGTGTGTTAAA--ATATTGAT-CGCTGG--TTGTTTGATA--GTT-----------TTTA------AGGATGCCACACCAAAATat
gi|13 : aattattgtcagtgTGAA-A--AT-A-AA-T----------------A-T---CTT--------ATG----A------------------AATA-GG----------------TGA-----AGTTGT-A--AAA--T--C--TT---AAT----T------------TATGCA--TT-A-TCTTTTGTTGAACACTT------GGA-TAAACACCAAGTTGTACAACTGGCAGAATAT---G----------TAAA------TGAT-CTTTTA--TTGAGTGGTA--ACG-----------TTTG------ATGAAGTCATGCTAAatgtttatctcatcaattttactcgtattgcttctgttattttgattatgtttatctcatcaattatagtcatactgctata
gi|14 : taaaaacttgcaaagtgaaca-----ATTTGA-A--ACA-A---A--TA---AAT----T------------TGT-TA--TG-A-AACTAAGTTGGACACAA-A----GAA-TAGAAATAAATCTATTCACCTACCATAATATTATGGA-GGTGTCTCAAA--ATACTGATACA-TGA--TTGGTTGATA--ACT-----------Tgtt
gi|15 : tgtttcgagtattaaattgtgttgaacgacatgtaaaaaaagaaggc----T------------------AATA-CA----------------AAA-----ATTTGA-A--ATT-GTAGC--GA---AAT----T------------TATCCA--TA-A-TATTTGGTAGAACATTA-A----GAA-TATAAACCGAGTTGTACACGTACCAGGGTGT---GGG-CGTAAGCCAAA--GTATTCAT-CACAGA--TTGGTTAATA--AAT-----------TCTAATGATTATGACGTCATGTCAAAATT
gi|16 : ccttattAAAA-C---ATT-TG-----AAA----T------------------AA----A----------------TCA-----ACTTGT-A--AAA-GT--C--TG---A-C----G------------TATGCA--AT-A-GA-----TTGAACACAA-A----GGA-TCAACACC------------TACCCGA-TGT---GCA-GGTGTGC--AA--ATAC--AC-CACTTA--TTAGTTGATA--ACA-----------AATG------ATGATGTCATGTCAAAAT
gi|17 : atttaataacatgaacatagAAA-A--AT-ACAA-T----------------A-C---TTT-TG-----AA-------------------------ACT-GA----------------TTA-----ATTTGT-A--AAA-TT--T--TA---A---------------------T-----TT-A-GACTTGGTTGAACAACA-A----GAA-TAAAC
gi|18 : attatttatatatacaacttgttttaatcacatattatgttttaaactgttctaattataaatgattgtatattaaaggtcatgaT-A--AAA-GT--C--GA---AGT----T------------GATATA--TT-AAGGCTCCAATAAACACCA-A----GAA-TAAACACAGAGTTGTTCTACTACCAGAATGT---GAA-GGTAACCCAAA--ACACTGAT-CACGTA--TTGCTTGATA--AAT-----------TTTG------ATGATGTCGTG
gi|19 : ----------------TCA-----GTTTAT-A--AAT-GT--T--TATATAGT----T------------TAT--A--TT---GATCTAGTCCA----TA-A------A-TAAACAC--AG----------ACCAGAAATT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGAT-CGCTGA--TTGGTTGATctgaactcagaataatgtatatcg
gi|2 : aaacatTCGCAACACT-----CCC-AAGGTATCAAGAT-ATTTGATTGGTGTAA--A---CT--GTTTTACTT-GGATTTTATCCTTA-G--TTCCA-ATGG-AGAATA-TT-GGA-GT-----T---GTTGG-----CTG--A-AC-AAT-AATACGTTTAATTAAATG--AT-A-AA-A--TATACCTAT-TAAA----------CA-----AAA----TGAAAATAGTAGTTTTTGAAATA-GA----------------TCA-----TTTTGT-A--AAA-G-----------AAT----T------------CATGCA--TT-------TGGTTGAACACTA-G----GGA-TAAACACCGATTTGTTCAACTGGCAGTTTAT---GGA-GGTGTGTCAAT--ATCCTGAC-TGCTCA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGAGGTCATATCAAAAttacttaataaaccgcgcacgcttaatggctgactaa
gi|20 : acatttactataccTGAGAT-ATCTGGTAGGTGTAA--A--ACT--GT-TTACGC-GGATTTTATC----------------AG-AAAA-A-CT-GGATAT-----G---A---AGACAGC-A--A-AA-GA--AATAGTTTTAATTAAA-GTTGT-A-GA-T--T-------TGTAAAA-T---CTT-CA-----AA
gi|21 : ------------------AACA-GA----------------TCA-----TTTTGT-A--ATA-TT--T--TGCT-AAT----T------------T--------T-A-GTCTT-----AAC--TA-A----GGAATAACTAA-GAGTACTTAACCTACCAGAATGA---GGA-GGTGTGTCGAA--ATttttaataaaaat
gi|22 : tgaagaacatgaaaatgtacagttttgaTAATTTCAG-GAAGGAAAACTT-----TCC-GAGATATTGAAAT-ATTCGGTAAGTGTTA--AACACTGCGTGTTACTC-GGATTTTAGCCTTA-----TTTA-ATAC-AAAA-ATTT-GAA-AT-----T---
gi|23 : attcaGTTGAAATCTG-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTACACCTACCAGAATGT---GGA-GATGTGTC-AT--ATATTGAT-CACTGA--TTGGTTGAAA--AGT-----------TTTG------ATGTTAGCGTGTCAAAATTgt
gi|24 : AAATT-----TTCAGAGACATTGAGAT-ATTTGGTAGGTGTAA--A-AGTT--GTATTGCTTGTATTTTTATCTTAA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-GT-TTA-AT-----T---a
gi|25 : CACCGATCAGAATGT---AGA-GGTGTGTCATT--ATACTAAT-CAGTGA--TTGGTTGATA--ACTTGATGTCGTCATTTG------ATGTCGTCATGTCAAAGTgcgggcaacaa
gi|26 : ATCAGAACGT---GAATAGAGTGTGAAA--ATATTGAT-CACTGA--TTGGTTGATA--Aaa
gi|27 : acaaG----C------------------AACA-GA----------------TAA-----ATTTGT-A--TGA-GT--C---G---AAT----T------------CATGCA--TA-A-G-CTTGGTTGAATGTAA-A----GGA-TAATCACAGAGTTGTTCTGCTACCAGAATagttnnnnnnnnnnctgttcttaatggaactctaaa
gi|28 : TGTGTCAAACAATACTGAT-CAATAA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTCT------TTGACGTCATGTAAAAATTt
gi|3 : -----TTC-GAGATATTGAGAT---TCGTTAGGAGTAA--AA---T--GTATTTCTC-GGATGTTATCCTAA-G--GTTTT-ATGG-AGAA-A-AT-AAATAG-----T---A---AGTGG-C-C--A-AA-AAT-AATGGTTTTAAATAGA-T--AT-G-AACT--T-------T-TAAAA-CGTGCTTGCACATTGAAG----TCTATGAA-----------AAAA-GAACGCTTTTGAATCTGATTG-----ATTTGCAA--AAA-GT--CAATA---AAT----G------------TTTGCA--TC-A-GACTT-GTTGAATACTA-ATAACGG--TAAAAACCGAGTTGTTCACCTACCAGAATGT---------------------CAC---T-CACTGA--TAGGCTGATATTATA-----------TTT-------ATGACGTCATG
gi|4 : cttatctatatttatagcaTAATTTCAGCGGTTGCAAAATTAAATTTCC-GATATATTGATAT-ATTCGGTAGGTTTAA---GAAT-----ATTT---------TTACCCT---A--TTTCTCATAG-AGAA-A-AT-AAA-ATGTAAAT---A---G-----C-A--A-AA-G-T-AATA-TTTT--TTAAA-A--AT-A-AA-TATTGACCA--T-TAAAA-T---GTT-CG-----AAT----T------------------ATT--GA------------------A-----GTTTGC-ATCAGATGT--A--TA---AAT----T------------T---CA--TTTA-GAATTTGTTGAACTCTA-A----CGA-TAAACACCGAATTGACCACATACCTAAATAT---GGA-G--GTGTCAGA--AAAGTTAT-CGCTAATTTTGTTTGGTA--ACT-----------TTAA------ATGAAGTTTTGACAAAATTctg
gi|5 : ctaTAATTTTAGTATTCACAAAATT-----TTC-GAGATGTTGAGAT-ATTTGGTTGGTGAAA--AGAATT--GTACTTCTC-TGATTTTATCCTTA-A--GTTCT-TTAG-AGAA-A-GT-GAA-AT-----T---A---A-----C-A--A-AA-AAT-GATAATTTTTATTAAA-A--AT-A-AA-T--T-------T-TAAAA-C---CTT-CA-----AAG----T------------------AACA-GA----------------TAA-----ATTTGT-A--ACA-GT--T--TA---AAT----T------------CATCCA--TT-A-GATTTGGCTGAACACTC-A----GGA-TAAACACAGAGTAATTCACCTACCAGAATGT---GGT-GGTGTATCAAA--ATACCAAT-TACTGA--TTGGTTGATA--AGT-----------TTTG------TTGATGTCATATTAAAATTa
gi|6 : CATTCGCAAAATA-----TTT-AACATATTGAGAT-GGCTGGTAGGTGTAA--AA---T--GTTTTACTCATGATTT-ATTCCTA-G--TTTCT-ATAG-A-AA-A-TT-GGATATG----T---A---G-----C-AGCA-AA-AATTAAAACTTTTAATTTAA-G--ATTG-AA-T--C-------T-CAAAA-G---CTT-C-------------------------------------------------------T-------ATTTAT-A--AAA-GT--A--TAGTAAATGATTT------------TAAGCA--TT-A-TATTTGGCTGAACGTAA-A----TGA-TAAACATCGAGT--------------AATAT---GGA-GGTATGTCAAA--ATATTGAT-CACCGA--TTCAGCAATA--ACC-----------TTTC------TTGACATCATGTCAAAATT
gi|7 : A-----ATTTGT-C--CAA-GT--G--TG---AAT----T------------TATGCACTTT-A--ATTTAATCGAACTCTA-A----AGA-TAAACACAGAGTCGTCAACCAACCAGAATAT---TGA-CGTGTGGCAAA--ATATTGAT-AGATGA--T
gi|8 : ctgttatattattattatcttctgtttcatacttaatatgttttcaatgaaaagtaatactttaattgaataatcttctatttaaaaaaaaacacctatggcacaacatgaaaatagaaaacttagaaacTTTGGAAGATGTAA--ACAACA--GTTGTTCAC-GGATTCTATCCATATA--TTT-T-CTAG-AGAC-A-ATAGGA-AT-----TCTAG---G-----C-ATCA-AA-AAT-AGTACTTTTGAga
gi|9 : aacaattaatatatattgctattcataaattcaatatttttgtTTGACTTCTA-A----GAG-TAAACATCACGTTGTGCACATACGAGATTGT---AAA-AATGTACTAAA--ATA-------GCTGG--TTGTTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGATGCCATATCAAAgtgatttttgtctttgaatcttcgaattaataaacatgcctatggaacgatttaaatgtagaaatatttgtacttaatcaatttgaaaaagaagtcatccattagat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TGAAATGAATGGTAATTATGACCATAATCATCTT
Alignments
lowQualScore : 11111 33333333333 1111111111 33333333333333333333333333333 1111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222222 11111111111111111 11111111111
lowQualScore : 333 1 22222 5 4 2 33333333333 3 4 44 3 2 8888888888 0 3 3 2 3 44 3 77777777777777777777777777777 3 3 44 1 6 0000 444 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88888888 2 33 2 44 0000000000 22222222222222222 0 4 33 2 6666 3 8 2 4444 1 3 0 3 333 2 22 0 2 22 33 22222222222 8888888 2
lowQualScore : ... . ..... . . . ........... . . .. . . .......... . . . . . .. . ............................. . . .. . . .... ... . ............................................................................................. ........ . .. . .. .......... ................. . . .. . .... . . . .... . . . . ... . .. . . .. .. ........... ....... .
lowQualScore : 888 4 55555 0 0 5 55555555555 9 5 22 3 7 1111111111 2 3 3 3 3 33 3 77777777777777777777777777777 6 6 88 0 0 7777 999 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66666666 2 11 2 66 1111111111 44444444444444444 1 8 11 2 8888 8 0 0 2222 9 3 5 2 555 0 66 6 1 88 22 77777777777 8888888 2
consensus : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTCGGTAGGTGTAA--AGA-ACT--GTATTNCTCG-GA-TTTTATCCTTA-A--T-----TTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GA------A-AT-----T---G---GC-A--A-AA-AAT-AATACTTTTAATTAAA-A--AT-G-AA-T---T-----T-T---A------AAAC-----------------CT------T------CGAAGT------------AAC--A-----------GATN-A-----ATTTGT-A--A-AA-GT--C--TA---AAT----T------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
Reference ( family-2107 ) : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTCGGTAGGTGTAA--AGA-ACT--GTATTNCTCG-GA-TTTTATCCTTA-A--T-----TTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GA------A-AT-----T---G---GC-A--A-AA-AAT-AATANTTTTAATTAAA-A--AT-A-AA-T---T-----T-T---A------AAAC-----------------CT------T------CGAAGT------------AAC--A-----------GATN-A-----ATTTGT-A--A-AA-GT--C--TA---AAT----T------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
gi|1 : TAATTTCAGCATTCACAAA-TT-----TCT-GAGATACTGAGATTATTTGGTA--TGTAATCAGATA----GAATTACTTT-AA-TTTTATCATTA-ATTT-----TTTT-ATAGAAAAA-A-GT-GA------A-AT-----T---GTTTAC-A--T-AA-AA--AATAGTGTTTATTAAA-T--AT-T-AA-T---TAA---T-T---C------AAACT----------------CT------T------C
gi|1 : ttcaC-----------------TT------T------TGAA--------------AA---A-----------GATT-G-----ATTTGT-T--A-A--GT--T--GA---AAT----T------------CATGCA--TT-ATGACTTGGTAGAATGCTA-A----GGA-TAAAT-CTGAGTAATCCACCTACCGGAATGT---GAA-GGCATGTCAAA--ATACTGATCACCGA--TTGatgtttaagtagtttgcgaactgaaggacatgaaaaaaaagaatgcttttgaaaaagattgatttgttaagttgaaattcatgcattatgacttggtagaatgctaaggataaatctgagtaatccacctaccggaatgtgaaggcatgtcaaaatactgatcaccgattg
gi|10 : ttcataatttcagcattcacaaatttctgagatactgagattatttggtatgtaatcagatagaattactttaattttatcattaatttttttatagaaaaaagtgaaattgtttacataaaaaatagtgtttattaaatattaattaattcaaactcttcatgtttaagtagtttgcgaactgaaggacatgaaaaaaaagaatgAGATATTGAAAT-ATAGGCTAGGTGTAA--A-A-ACT--G-ATTTATTT-TA-TTTTATCCTCA-C--T-----TCCT-ATAG-AGAA-A-AA-GA------A-AT-----TGAAG---GC-A--ACAACAAT-GCTACTTTTGATGAAATA--TT-G-AA-T---A-----G-T---A------AAAG-----------------TA------TACATAGTGAA-T------------AAC--AT----------GATA-ATATATATTTTT-G--A-AACAT--A--TT---AAT----TTGTAAAATATGATATGCA---T-A-TGCTTGGTT---------------GA-TAAACATCGAGTT
gi|11 : gttaAC--A-----------GAAA-C-----ATTTTT-A--A-AA--T--C--TA---AAT----G------------TATGCA--TA-A-TACTTGGCTGAACACTATA----AAA-AAAACACAAAGTTGTTTACCAACCAGAAAGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATATCAAGCATTGA--TTGGTTGATA--A
gi|12 : aaatagttttaataactattagtttataaagtcttcaatttgtaaaacatgaaatattgaagaacatgaacatggaaagttattgag-TAAATATCGCGTTGGGCGCTTACGAGAATGT---AGA-AGTGTGTTAAA--ATATTGATCGCTGG--TTGTTTGATA--GTT-----------TTTA------AGGATGCCACACCAAAATat
gi|13 : aattattgtcagtgTGAA-A--AT-A-AA-T------------------------AT-----------------CT------T--------ATGA------------AAT--A-----------GGTG-A-----AGTTGT-A--A-AA--T--C--TT---AAT----T------------TATGCA--TT-A-TCTTTTGTTGAACACTT------GGA-TAAACACCAAGTTGTACAACTGGCAGAATAT---G----------TAAA------TGATCTTTTA--TTGAGTGGTA--ACG-----------TTTG------ATGAAGTCATGCTAAatgtttatctcatcaattttactcgtattgcttctgttattttgattatgtttatctcatcaattatagtcatactgctata
gi|14 : taaaaacttgcaaagtgaaca-----ATTTGA-A--ACAA-AT------A---AAT----T------------TGT-TA--TG-A-AACTAAGTTGGACACAA-A----GAA-TAGAAATAAATCTATTCACCTACCATAATATTATGGA-GGTGTCTCAAA--ATACTGATACATGA--TTGGTTGATA--ACT-----------Tgtt
gi|15 : tgtttcgagtattaaattgtgttgaacgacatgtaaaaaaagaaggcT------------AAT--A-----------CAAA-A-----ATTTGA-A--A-TT-GTAGC--GA---AAT----T------------TATCCA--TA-A-TATTTGGTAGAACATTA-A----GAA-TATAAACCGAGTTGTACACGTACCAGGGTGT---GGG-CGTAAGCCAAA--GTATTCATCACAGA--TTGGTTAATA--AAT-----------TCTAATGATTATGACGTCATGTCAAAATT
gi|16 : ccttattTTTAAT--AA-C--AT-G-AA-C---A-----TAG---A------AAAC-----------------AT------T------TGAAAT------------AA----------------ATC-A-----ACTTGT-A--A-AA-GT--C--TG---A-C----G------------TATGCA--AT-A-GA-----TTGAACACAA-A----GGA-TCAACACC------------TACCCGA-TGT---GCA-GGTGTGC--AA--ATAC--ACCACTTA--TTAGTTGATA--ACA-----------AATG------ATGATGTCATGTCAAAAT
gi|17 : aAAA-A--AT-ACAA-T------------------------AC-----------------TT------T------TGAA---------------AC--T-----------GATT-A-----ATTTGT-A--A-AA-TT--T--TA---A---------------------T-----TT-A-GACTTGGTTGAACAACA-A----GAA-TAAAC
gi|18 : attatttatatatacaacttgttttaatcacatattatgttttaaactgttctaattataaatgattgtatattaaaggtcatgaT-A--A-AA-GT--C--GA---AGT----T------------GATATA--TT-AAGGCTCCAATAAACACCA-A----GAA-TAAACACAGAGTTGTTCTACTACCAGAATGT---GAA-GGTAACCCAAA--ACACTGATCACGTA--TTGCTTGATA--AAT-----------TTTG------ATGATGTCGTG
gi|19 : TC-A-----GTTTAT-A--A-AT-GT--T--TATATAGT----T------------TAT--A--TT---GATCTAGTCCA----TA-A------A-TAAACAC--AG----------ACCAGAAATT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATctgaactcagaataatgtatatcg
gi|2 : aaacatTCGCAACACT-----CCC-AAGGTATCAAGAT-ATTTGATTGGTGTAA--A----CT--GTTTTACTTG-GA-TTTTATCCTTA-G--T-----TCCA-ATGG-AGAATA-TT-GG------A-GT-----T---GTTGGCTG--A-AC-AAT-AATACGTTTAATTAAATG--AT-A-AA-A---T-----A-T---ACCTATTAAACAAAATGAAAATAGTAGTTT------T------TGAAAT------------A----------------GATC-A-----TTTTGT-A--A-AA-G-----------AAT----T------------CATGCA--TT-------TGGTTGAACACTA-G----GGA-TAAACACCGATTTGTTCAACTGGCAGTTTAT---GGA-GGTGTGTCAAT--ATCCTGACTGCTCA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGAGGTCATATCAAAAttacttaataaaccgcgcacgcttaatggctgactaa
gi|20 : acatttactataccTGAGAT-ATCTGGTAGGTGTAA----A-ACT--GT-TTACGCG-GA-TTTTATC---------------------AG-AAAA-A-CT-GG------ATATGAAGAC---A---GC-A--A-AA-GA--AATAGTTTTAATTAAA-GTTGT-A-GA-T---T-----TGT---A------AAAT-----------------CT------T------CAAA
gi|21 : ------------AAC--A-----------GATC-A-----TTTTGT-A--A-TA-TT--T--TGCT-AAT----T------------T--------T-A-GTCTT-----AAC--TA-A----GGAATAACTAA-GAGTACTTAACCTACCAGAATGA---GGA-GGTGTGTCGAA--ATttttaataaaaat
gi|22 : tgaagaacatgaaaatgtacagttttgaTAATTTCAG-GAAGGAAAACTT-----TCC-GAGATATTGAAAT-ATTCGGTAAGTGTTA--AAC-ACTGCGTGTTACTCG-GA-TTTTAGCCTTA----------TTTA-ATAC-AAAA-ATTT-GA------A-AT-----T---G---
gi|23 : attcaGTTGAAATCTG-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTACACCTACCAGAATGT---GGA-GATGTGTC-AT--ATATTGATCACTGA--TTGGTTGAAA--AGT-----------TTTG------ATGTTAGCGTGTCAAAATTt
gi|24 : AAATT-----TTCAGAGACATTGAGAT-ATTTGGTAGGTGTAA--A-A-GTT--GTATTGCTTG-TATTTTTATCTTAA-A--T-----TTCT-ATAG-AGAA-A-GT-TT------A-AT-----TGCGG---GC-A--A-CA-Aa
gi|25 : CACCGATCAGAATGT---AGA-GGTGTGTCATT--ATACTAATCAGTGA--TTGGTTGATA--ACTTGATGTCGTCATTTG------ATGTCGTCATGTCAAAGT
gi|26 : ATCAGAACGT---GAATAGAGTGTGAAA--ATATTGATCACTGA--TTGGTTGATA--Aaa
gi|27 : acaaGC------------AAC--A-----------GATA-A-----ATTTGT-A--T-GA-GT--C---G---AAT----T------------CATGCA--TA-A-G-CTTGGTTGAATGTAA-A----GGA-TAATCACAGAGTTGTTCTGCTACCAGAATagttnnnnnnnnnnctgttcttaatggaactctaaa
gi|28 : TGTGTCAAACAATACTGATCAATAA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTCT------TTGACGTCATGTAAAAATTt
gi|3 : -----TTC-GAGATATTGAGAT---TCGTTAGGAGTAA--AA----T--GTATTTCTCG-GA-TGTTATCCTAA-G--G-----TTTT-ATGG-AGAA-A-AT-AAATAGT-A-AG-----T---G---GC-C--A-AA-AAT-AATGGTTTTAAATAGA-T--AT-G-AACT---T-----T-T---A------AAACGTG--------------CTTGCACAT------TGAAGTCTATGAAAAAAGAAC--GCTTTTGAATCTGATT-G-----ATTTGCAA--A-AA-GT--CAATA---AAT----G------------TTTGCA--TC-A-GACTT-GTTGAATACTA-ATAACGG--TAAAAACCGAGTTGTTCACCTACCAGAATGT---------------------CAC---TCACTGA--TAGGCTGATATTATA-----------TTT-------ATGACGTCATG
gi|4 : cttatctatatttatagcaTAATTTCAGCGGTTGCAAAATTAAATTTCC-GATATATTGATAT-ATTCGGTAGGTTTAA---GA-A-----TATT----------TTTACCCT---A--T-----TTCTCATAG-AGAA-A-AT-AA------A-ATGTAAAT---A---GC-A--A-AA-G-T-AATATTTTT---TAAA-A--AT-A-AA-TAT-TGACCAT-T---A------AAAT-----------------GT------T------CGAATT------------ATT--------------GA---A-----GTTTGC-ATCA-GATGT--A--TA---AAT----T------------T---CA--TTTA-GAATTTGTTGAACTCTA-A----CGA-TAAACACCGAATTGACCACATACCTAAATAT---GGA-G--GTGTCAGA--AAAGTTATCGCTAATTTTGTTTGGTA--ACT-----------TTAA------ATGAAGTTTTGACAAAATTctg
gi|5 : ctaTAATTTTAGTATTCACAAAATT-----TTC-GAGATGTTGAGAT-ATTTGGTTGGTGAAA--AGA-ATT--GTACTTCTCT-GA-TTTTATCCTTA-A--G-----TTCT-TTAG-AGAA-A-GT-GA------A-AT-----T---A---AC-A--A-AA-AAT-GATAATTTTTATTAAA-A--AT-A-AA-T---T-----T-T---A------AAAC-----------------CT------T------CAAAGT------------AAC--A-----------GATA-A-----ATTTGT-A--A-CA-GT--T--TA---AAT----T------------CATCCA--TT-A-GATTTGGCTGAACACTC-A----GGA-TAAACACAGAGTAATTCACCTACCAGAATGT---GGT-GGTGTATCAAA--ATACCAATTACTGA--TTGGTTGATA--AGT-----------TTTG------TTGATGTCATATTAAAATTa
gi|6 : CATTCGCAAAATA-----TTT-AACATATTGAGAT-GGCTGGTAGGTGTAA--AA----T--GTTTTACTCATGA-TTT-ATTCCTA-G--T-----TTCT-ATAG-A-AA-A-TT-GG------ATATG----T---A---GC-AGCA-AA-AATTAAAACTTTTAATTTAA-G--ATTG-AA-T---C-----T-C---A------AAAG-----------------CT------T------C------------------------------------T--------ATTTAT-A--A-AA-GT--A--TAGTAAATGATTT------------TAAGCA--TT-A-TATTTGGCTGAACGTAA-A----TGA-TAAACATCGAGT--------------AATAT---GGA-GGTATGTCAAA--ATATTGATCACCGA--TTCAGCAATA--ACC-----------TTTC------TTGACATCATGTCAAAATT
gi|7 : -TTTCATACTTA-A--TATGTTTTCA-AT-G-A-AA-A-GT-AATACTTTA-AT-----T---G--------------AAT-AAT-CTTCTATTTAAA-A--AA-A-AA-CACCT-----A-TGGCA------CAAC-----------------ATGAAAA-T------AGAA--------------AACTTA-----------GAAACA-----ATTTGT-C--C-AA-GT--G--TG---AAT----T------------TATGCACTTT-A--ATTTAATCGAACTCTA-A----AGA-TAAACACAGAGTCGTCAACCAACCAGAATAT---TGA-CGTGTGGCAAA--ATATTGATAGATGA--T
gi|8 : ctgttatattattattatcttctgTTTGGAAGATGTAA--ACA-ACA--GTTGTTCACG-GA-TTCTATCCATATA--T-----TT-T-CTAG-AGAC-A-ATAGG------A-AT-----TCTAG---GC-ATCA-AA-AAT-AGTACTTTT------G-A--GT-G-AT-T---T-----T-T---GTCTTT-GAAT-----------------CT------T------CGAATT------------AAT--A-----------AAga
gi|9 : aacaattaatatatattgctattcataaattcaatatttttgtTTGACTTCTA-A----GAG-TAAACATCACGTTGTGCACATACGAGATTGT---AAA-AATGTACTAAA--ATA------GCTGG--TTGTTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGATGCCATATCAAAcatgcctatggaacgatttaaatgtagaaatatttgtacttaatcaatttgaaaaagaagtcatccattagat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TGAAATGAATGGTAATTATGACCATAATCATCTT
Alignments
lowQualScore : 11111 33333333333 1111 444444444444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 111111111111 11111111111
lowQualScore : 333 1 22222 5 4 2 33333333333 3 4 44 3 3 2222 1 3 3 3 44 3 88888 6 111111111111111 3 99 3 3 6666 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 33 2 44 9999999999 55555 111111111111 0 4 33 2 6666 3 8 2 4444 1 3 0 3 333 2 22 0 2 22 33 22222222222 8888888 2
lowQualScore : ... . ..... . . . ........... . . .. . . .... . . . . .. . ..... . ............... . .. . . .... . ................................................................................................................................ . .. . .. .......... ..... ............ . . .. . .... . . . .... . . . . ... . .. . . .. .. ........... ....... .
lowQualScore : 888 4 55555 0 0 5 55555555555 9 5 22 6 7 5555 2 6 6 6 66 6 33333 7 333333333333333 3 22 3 3 5555 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 11 2 66 2222222222 66666 444444444444 1 8 11 2 8888 8 0 0 2222 9 3 5 2 555 0 66 6 1 88 22 77777777777 8888888 2
consensus : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTCGGTAGGTGTAA--AGA-ACT--GTATTNCTCG-GA-TTTTATCCTTA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GA-----A-AT-----T---G-----GC-A--A-AA-AA-T--AATACTTTTA---------------------A-TTAAA---AATG--AA-T--N-----T-TA-----A----AAC---CT------T------CGAA-T------------AACA-----------GATNA-----ATTTGT-A--A-AA-GT--C--TA---AA-----TT------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
Reference ( family-2107 ) : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTCGGTAGGTGTAA--AGA-ACT--GTATTNCTCG-GA-TTTTATCCTTA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GA-----A-AT-----T---G-----GC-A--A-AA-AA-T--AATACTTTTA---------------------A-TTAAA---AATG--AA-T--T-----T-TA-----A----AAC---CT------T------CGAAGT------------AACA-----------GATNA-----ATTTGT-A--A-AA-GT--C--TA---AA-----TT------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
gi|1 : TAATTTCAGCATTCACAAA-TT-----TCT-GAGATACTGAGATTATTTGGTA--TGTAATCAGATA----GAATTACTTT-AA-TTTTATCATTA-ATTTTTTT-ATAGAAAAA-A-GT-GA-----A-AT-----T---GTTTACAT-A--A-AA-AA-T--AGTGTTT------------------------A-TTAAA---TATT--AA-T--TAA---T-TC-----A----AACT--CT------T------C
gi|1 : ttcaAAA---AAAG--AA-T-----------------------GC---TT------T------TGAA--------------AA-A-----------GATTG-----ATTTGT-T--A-A--GT--T--GA---AA-----TT------------CATGCA--TT-ATGACTTGGTAGAATGCTA-A----GGA-TAAAT-CTGAGTAATCCACCTACCGGAATGT---GAA-GGCATGTCAAA--ATACTGATCACCGA--TTGatgtttaagtagtttgcgaactgaaggacatgaaaaaaaagaatgcttttgaaaaagattgatttgttaagttgaaattcatgcattatgacttggtagaatgctaaggataaatctgagtaatccacctaccggaatgtgaaggcatgtcaaaatactgatcaccgattg
gi|10 : ttcataatttcagcattcacaaatttctgagatactgagattatttggtatgtaatcagatagaattactttaattttatcattaatttttttatagaaaaaagtgaaattgtttacataaaaaatagtgtttattaaatattaattaattcaaactcttcatgtttaagtagtttgcgaactgaaggacatgaaAGATATTGAAAT-ATAGGCTAGGTGTAA--A-A-ACT--G-ATTTATTT-TA-TTTTATCCTCA-C--TTCCT-ATAG-AGAA-A-AA-GA-----A-AT-----TGAAG-----GC-A--ACAACAA-T--GCTACTTTTG---------------------A-TGAAAT--ATTG--AA-T--A-----G-TA-----A----AAG---TA------TACATAGTGAA-T------------AACAT----------GATAATATATATTTTT-G--A-AACAT--A--TT---AA-----TTTGTAAAATATGATATGCA---T-A-TGCTTGGTT---------------GA-TAAACATCGAGTT
gi|11 : gtta-----A-AT-----T---T-----GT-A--A-AA-CA-TGAAATA--TTGA---------------------A---GAA---CATG--AA-C--A-----T-GG-----A----AAG---TTA-----T------TGAG---------------ACA-----------GAAAC-----ATTTTT-A--A-AA--T--C--TA---AA-----TG------------TATGCA--TA-A-TACTTGGCTGAACACTATA----AAA-AAAACACAAAGTTGTTTACCAACCAGAAAGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATATCAAGCATTGA--TTGGTTGATA--A
gi|12 : aaatagttttaataactattagtttataaagtcttc-TAAATATCGCGTTGGGCGCTTACGAGAATGT---AGA-AGTGTGTTAAA--ATATTGATCGCTGG--TTGTTTGATA--GTT-----------TTTA------AGGATGCCACACCAAAATat
gi|13 : aattattgtcagtgTGAA---AATA--AA-T-----------------------AT---CT------T--------ATGA------------AATA-----------GGTGA-----AGTTGT-A--A-AA--T--C--TT---AA-----TT------------TATGCA--TT-A-TCTTTTGTTGAACACTT------GGA-TAAACACCAAGTTGTACAACTGGCAGAATAT---G----------TAAA------TGATCTTTTA--TTGAGTGGTA--ACG-----------TTTG------ATGAAGTCATGCTAAatgtttatctcatcaattttactcgtattgcttctgttattttgattatgtttatctcatcaattatagtcatactgctata
gi|14 : taaaaacttgcaaagtgaaca-----ATTTGA-A--ACAA-AT------A---AA-----TT------------TGT-TA--TG-A-AACTAAGTTGGACACAA-A----GAA-TAGAAATAAATCTATTCACCTACCATAATATTATGGA-GGTGTCTCAAA--ATACTGATACATGA--TTGGTTGATA--ACT-----------Tgtt
gi|15 : tgtttcgagtattaaattgtgttgaacgacatgtaaaaaaagaaggcT------------AATA-----------CAAAA-----ATTTGA-A--A-TT-GTAGC--GA---AA-----TT------------TATCCA--TA-A-TATTTGGTAGAACATTA-A----GAA-TATAAACCGAGTTGTACACGTACCAGGGTGT---GGG-CGTAAGCCAAA--GTATTCATCACAGA--TTGGTTAATA--AAT-----------TCTAATGATTATGACGTCATGTCAAAATT
gi|16 : ccttattTTTA---------------------A-T--AA---CATG--AA-C--A-----TAGA-----A----AAC---AT------T------TGAAAT------------AA--------------ATCA-----ACTTGT-A--A-AA-GT--C--TG---A------CG------------TATGCA--AT-A-GA-----TTGAACACAA-A----GGA-TCAACACC------------TACCCGA-TGT---GCA-GGTGTGC--AA--ATAC--ACCACTTA--TTAGTTGATA--ACA-----------AATG------ATGATGTCATGTCAAAAT
gi|17 : aA-----A----TAC---TT------T------TGAA---------------ACT-----------GATTA-----ATTTGT-A--A-AA-TT--T--TA---A----------------------T-----TT-A-GACTTGGTTGAACAACA-A----GAA-TAAAC
gi|18 : attatttatatatacaacttgttttaatcacatattatgttttaaactgttctaattataaatgattgtatattaaaggtcatgaaaaaatacT-A--A-AA-GT--C--GA---AG-----TT------------GATATA--TT-AAGGCTCCAATAAACACCA-A----GAA-TAAACACAGAGTTGTTCTACTACCAGAATGT---GAA-GGTAACCCAAA--ACACTGATCACGTA--TTGCTTGATA--AAT-----------TTTG------ATGATGTCGTG
gi|19 : TCA-----GTTTAT-A--A-AT-GT--T--TATATAG-----TT------------TAT--A--TT---GATCTAGTCCA----TA-A------A-TAAACAC--AG----------ACCAGAAATT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATctgaactcagaataatgtatatcg
gi|2 : aaacatTCGCAACACT-----CCC-AAGGTATCAAGAT-ATTTGATTGGTGTAA--A----CT--GTTTTACTTG-GA-TTTTATCCTTA-G--TTCCA-ATGG-AGAATA-TT-GG-----A-GT-----T---GTTG--GCTG--A-AC-AA-T--AATACGTTTAATTAAATGATAAAATATACCTA-TTAAACAAAATG--AA-------------A-----ATAGTAGT---TT------T------TGAAAT------------A--------------GATCA-----TTTTGT-A--A-AA-G-----------AA-----TT------------CATGCA--TT-------TGGTTGAACACTA-G----GGA-TAAACACCGATTTGTTCAACTGGCAGTTTAT---GGA-GGTGTGTCAAT--ATCCTGACTGCTCA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGAGGTCATATCAAAAttacttaataaaccgcgcacgcttaatggctgactaa
gi|20 : acatttactataccTGAGAT-ATCTGGTAGGTGTAA----A-ACT--GT-TTACGCG-GA-TTTTATC----------------AG-AAAA-A-CT-GG-----ATATGAAGAC---A-----GC-A--A-AA-GA----AATAGTTTTA---------------------A-TTAAA---GTTGTAGA-T--T-----TGTA-----A----AAT---CT------T------CAAA
gi|21 : ------------AACA-----------GATCA-----TTTTGT-A--A-TA-TT--T--TGCT-AA-----TT------------T--------T-A-GTCTT-----AAC--TA-A----GGAATAACTAA-GAGTACTTAACCTACCAGAATGA---GGA-GGTGTGTCGAA--ATttttaataaaaat
gi|22 : tgaagaacatgaaaatgtacagttttgaTAATTTCAG-GAAGGAAAACTT-----TCC-GAGATATTGAAAT-ATTCGGTAAGTGTTA--AAC-ACTGCGTGTTACTCG-GA-TTTTAGCCTTA-----TTTA-ATAC-AAAA-ATTT-GA-----A-AT-----T---G-----
gi|23 : attcaGTTGAAATCTG-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTACACCTACCAGAATGT---GGA-GATGTGTC-AT--ATATTGATCACTGA--TTGGTTGAAA--AGT-----------TTTG------ATGTTAGCGTGTCAAAATTt
gi|24 : AAATT-----TTCAGAGACATTGAGAT-ATTTGGTAGGTGTAA--A-A-GTT--GTATTGCTTG-TATTTTTATCTTAA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-GT-TT-----A-AT-----TGCGG-----GC-A--A-CA-Aa
gi|25 : CACCGATCAGAATGT---AGA-GGTGTGTCATT--ATACTAATCAGTGA--TTGGTTGATA--ACTTGATGTCGTCATTTG------ATGTCGTCATGTCAAAGT
gi|26 : ATCAGAACGT---GAATAGAGTGTGAAA--ATATTGATCACTGA--TTGGTTGATA--Aaa
gi|27 : acaaGC------------AACA-----------GATAA-----ATTTGT-A--T-GA-GT--C---G---AA-----TT------------CATGCA--TA-A-G-CTTGGTTGAATGTAA-A----GGA-TAATCACAGAGTTGTTCTGCTACCAGAATagttnnnnnnnnnnctgttcttaatggaactctaaa
gi|28 : TGTGTCAAACAATACTGATCAATAA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTCT------TTGACGTCATGTAAAAATTt
gi|3 : -----TTC-GAGATATTGAGAT---TCGTTAGGAGTAA--AA----T--GTATTTCTCG-GA-TGTTATCCTAA-G--GTTTT-ATGG-AGAA-A-AT-AAATAGTA-AG-----T---G-----GC-C--A-AA-AA-T--AATGGTTTTA---------------------A-ATAGA---TATG--AACT--T-----T-TA-----A----AACGTGCTTGCACAT------TGAAGTCTATGAAAAAAGAACGCTTTTGAATCTGATTG-----ATTTGCAA--A-AA-GT--CAATA---AA-----TG------------TTTGCA--TC-A-GACTT-GTTGAATACTA-ATAACGG--TAAAAACCGAGTTGTTCACCTACCAGAATGT---------------------CAC---TCACTGA--TAGGCTGATATTATA-----------TTT-------ATGACGTCATG
gi|4 : cttatctatatttatagcaTAATTTCAGCGGTTGCAAAATTAAATTTCC-GATATATTGATAT-ATTCGGTAGGTTTAA---GA-A-----TATT----------TTTACCCT---A--TTTCTCATAG-AGAA-A-AT-AA-----A-ATGTAAAT---A-----GC-A--A-AA-G--T--AATATTTTT-------------------------TAAA---AATA--AA-TATTGACCAT-TA-----A----AAT---GT------T------CGAATT------------ATT------------GA--A-----GTTTGC-ATCA-GATGT--A--TA---AA-----TT------------T---CA--TTTA-GAATTTGTTGAACTCTA-A----CGA-TAAACACCGAATTGACCACATACCTAAATAT---GGA-G--GTGTCAGA--AAAGTTATCGCTAATTTTGTTTGGTA--ACT-----------TTAA------ATGAAGTTTTGACAAAATTctg
gi|5 : ctaTAATTTTAGTATTCACAAAATT-----TTC-GAGATGTTGAGAT-ATTTGGTTGGTGAAA--AGA-ATT--GTACTTCTCT-GA-TTTTATCCTTA-A--GTTCT-TTAG-AGAA-A-GT-GA-----A-AT-----T---A-----AC-A--A-AA-AA-T--GATAATTTTT---------------------A-TTAAA---AATA--AA-T--T-----T-TA-----A----AAC---CT------T------CAAAGT------------AACA-----------GATAA-----ATTTGT-A--A-CA-GT--T--TA---AA-----TT------------CATCCA--TT-A-GATTTGGCTGAACACTC-A----GGA-TAAACACAGAGTAATTCACCTACCAGAATGT---GGT-GGTGTATCAAA--ATACCAATTACTGA--TTGGTTGATA--AGT-----------TTTG------TTGATGTCATATTAAAATTa
gi|6 : CATTCGCAAAATA-----TTT-AACATATTGAGAT-GGCTGGTAGGTGTAA--AA----T--GTTTTACTCATGA--TTTATTCCTA-G--TTTCT-ATAG-A-AA-A-TT-GG-----ATATG----T---A-----GC-AGCA-AA-AATT--AAAACTTTTA---------------------ATTTAAG---ATTG--AA-T--C-----T-CA-----A----AAG---CT------T------C----T-------------------------------------ATTTAT-A--A-AA-GT--A--TAGT-AAATGATTT------------TAAGCA--TT-A-TATTTGGCTGAACGTAA-A----TGA-TAAACATCGAGT--------------AATAT---GGA-GGTATGTCAAA--ATATTGATCACCGA--TTCAGCAATA--ACC-----------TTTC------TTGACATCATGTCAAAATT
gi|7 : -A--A-AA-AA-A--AACACCTATG---------------------G-CACAA---CATG--AA-A--A-----T-AG-----A----AAA---CT------T------AGAA---------------ACA---------------------ATTTGT-C--C-AA-GT--G--TG---AA-----TT------------TATGCACTTT-A--ATTTAATCGAACTCTA-A----AGA-TAAACACAGAGTCGTCAACCAACCAGAATAT---TGA-CGTGTGGCAAA--ATATTGATAGATGA--T
gi|8 : ctgttatattattattatcttctgtttcatacttaatatgttttcaatgaaaagtaatactttaattgaataatcttctatttTTTGGAAGATGTAA--ACA-ACA--GTTGTTCACG-GA-TTCTATCCATATA--TTT-T-CTAG-AGAC-A-ATAGG-----A-AT-----TCTAG-----GC-ATCA-AA-AA-T--AGTACTTTT----------------------------G---AGTG--AT-T--T-----T-TGTCTTTG----AAT---CT------T------CGAATT------------AATA-----------AAga
gi|9 : aacaattaatatatattgctattcataaattcaatatttttgtTTGACTTCTA-A----GAG-TAAACATCACGTTGTGCACATACGAGATTGT---AAA-AATGTACTAAA--ATA------GCTGG--TTGTTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGATGCCATATCAAAcatgcctatggaacgatttaaatgtagaaatatttgtacttaatcaatttgaaaaagaagtcatccattagat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TGAAATGAATGGTAATTATGACCATAATCATCTT
Alignments
lowQualScore : 11111 33333333333 1111 4444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222222 111111111111 11111111111
lowQualScore : 333 1 22222 5 4 2 33333333333 3 4 44 3 3 2222 1 3 3 3 44 3 1111111111111111111111 3 99 3 3 6666 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 77777777 33 2 1111111111111 55555 111111111111 0 4 33 2 6666 1 8 2 4444 1 4 0 3 333 2 22 0 2 22 33 22222222222 8888888 2
lowQualScore : ... . ..... . . . ........... . . .. . . .... . . . . .. . ...................... . .. . . .... . ........................................................................................................................................ . . ........ .. . ............. ..... ............ . . .. . .... . . . .... . . . . ... . .. . . .. .. ........... ....... .
lowQualScore : 888 4 55555 0 0 5 55555555555 9 5 22 6 7 5555 2 6 6 6 66 6 6666666666666666666666 3 22 3 3 5555 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 7 22222222 11 2 6666666666666 66666 444444444444 1 8 11 2 8888 0 0 0 2222 9 6 5 2 555 0 66 6 1 88 22 77777777777 8888888 2
consensus : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTCGGTAGGTGTAA--AGA-ACT--GTATTNCTCG-GA-TTTTATCCTTA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GAA-----AT-----T---G-----GC-A--A-AA-AA-T--AATACTTTTA---------------------A--------------TTAAA---A-----------AT-G--A-----A---T--AT-N-------AAA-------------------A-------C-CT-T------CGAA-T-ACA-GATNA-----ATTTGTA--A-AA-GT--C--TA---AA-----TT------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
Reference ( family-2107 ) : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTCGGTAGGTGTAA--AGA-ACT--GTATTNCTCG-GA-TTTTATCCTTA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GAA-----AT-----T---G-----GC-A--A-AA-AA-T--AATACTTTTA---------------------A--------------TTAAA---A-----------AT-G--A-----A---T--NT-T-------AAA-------------------A-------C-CT-T------CGAA-TAACA-GATNA-----ATTTGTA--A-AA-GT--C--TA---AA-----TT------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
gi|1 : TAATTTCAGCATTCACAAA-TT-----TCT-GAGATACTGAGATTATTTGGTA--TGTAATCAGATA----GAATTACTTT-AA-TTTTATCATTA-ATTTTTTT-ATAGAAAAA-A-GT-GAA-----AT-----T---GTTTACAT-A--A-AA-AA-T--AGTGTTT------------------------A--------------TTAAA---T-----------AT-T--A-----A---TTAAT-T-------CAA-------------------A-------CTCT-T------C
gi|1 : ttcaAAA---A-----------AA-G--A-----A---T--G----------------------------------------C-TT-T------TGAA--AA-A-GATTG-----ATTTGTT--A-A--GT--T--GA---AA-----TT------------CATGCA--TT-ATGACTTGGTAGAATGCTA-A----GGA-TAAAT-CTGAGTAATCCACCTACCGGAATGT---GAA-GGCATGTCAAA--ATACTGATCACCGA--TTGatgtttaagtagtttgcgaactgaaggacatgaaaaaaaagaatgcttttgaaaaagattgatttgttaagttgaaattcatgcattatgacttggtagaatgctaaggataaatctgagtaatccacctaccggaatgtgaaggcatgtcaaaatactgatcaccgattg
gi|10 : ttcataatttcagcattcacaaatttctgagatactgagattatttggtatgtaatcagatagaattactttaattttatcattaatttttttatagaaaaaagtgaaattgtttacataaaaaatagtgtttattaaatattaattaattcaaactcttcatgtttaagtagtttgcgaactgaaggacatgaaAGATATTGAAAT-ATAGGCTAGGTGTAA--A-A-ACT--G-ATTTATTT-TA-TTTTATCCTCA-C--TTCCT-ATAG-AGAA-A-AA-GAA-----AT-----TGAAG-----GC-A--ACAACAA-T--GCTACTTTTG---------------------A--------------TGAAAT--A-----------TT-G--A-----A---T--AG-T-------AAA-------------------A-------G-TA-TACATAGTGAA-TAACATGATAATATATATTTTTG--A-AACAT--A--TT---AA-----TTTGTAAAATATGATATGCA---T-A-TGCTTGGTT---------------GA-TAAACATCGAGTT
gi|11 : gttaA-----AT-----T---T-----GT-A--A-AA-CA-TGAAATA--TTGA---------------------A----------------GAA---C-----------AT-G--A-----A---C--AT-G-------GAA-------------------A-------G-TTAT------TGAG---ACA-GAAAC-----ATTTTTA--A-AA--T--C--TA---AA-----TG------------TATGCA--TA-A-TACTTGGCTGAACACTATA----AAA-AAAACACAAAGTTGTTTACCAACCAGAAAGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATATCAAGCATTGA--TTGGTTGATA--A
gi|12 : aaatagttttaataactattagtttataaagtcttc-TAAATATCGCGTTGGGCGCTTACGAGAATGT---AGA-AGTGTGTTAAA--ATATTGATCGCTGG--TTGTTTGATA--GTT-----------TTTA------AGGATGCCACACCAAAATat
gi|13 : aattattgtcagtgA---------------------A--------------GTGAA---C-----------AT-G--A-----A---A--AT-A-------AAT-------------------A-------T-CT-TA-----TGAA---ATA-GGTGA-----AGTTGTA--A-AA--T--C--TT---AA-----TT------------TATGCA--TT-A-TCTTTTGTTGAACACTT------GGA-TAAACACCAAGTTGTACAACTGGCAGAATAT---G----------TAAA------TGATCTTTTA--TTGAGTGGTA--ACG-----------TTTG------ATGAAGTCATGCTAAatgtttatctcatcaattttactcgtattgcttctgttattttgattatgtttatctcatcaattatagtcatactgctata
gi|14 : taaaaacttgca-----ATTTGAA--ACAA-AT------A---AA-----TT------------TGT-TA--TG-A-AACTAAGTTGGACACAA-A----GAA-TAGAAATAAATCTATTCACCTACCATAATATTATGGA-GGTGTCTCAAA--ATACTGATACATGA--TTGGTTGATA--ACT-----------Tgtt
gi|15 : tgtttcgagtattaaattgtgttgaacgacatgtaaaaaaagaaggc-TAATA-CAAAA-----ATTTGAA--A-TT-GTAGC--GA---AA-----TT------------TATCCA--TA-A-TATTTGGTAGAACATTA-A----GAA-TATAAACCGAGTTGTACACGTACCAGGGTGT---GGG-CGTAAGCCAAA--GTATTCATCACAGA--TTGGTTAATA--AAT-----------TCTAATGATTATGACGTCATGTCAAAATT
gi|16 : ccttattTTTA---------------------A--------------T--AA---C-----------AT-G--A-----A---C--ATAG-------AAA-------------------A-------C-AT-T------TGAA---ATA-AATCA-----ACTTGTA--A-AA-GT--C--T----GA-----CG------------TATGCA--AT-A-GA-----TTGAACACAA-A----GGA-TCAA------------CACCTACCCG-ATGT---GCA-GGTGTGC--AA--ATAC--ACCACTTA--TTAGTTGATA--ACA-----------AATG------ATGATGTCATGTCAAAAT
gi|17 : aTTCTA---------------------A--------------TTATA---A-----------AT-G--ATTGT-A---T--AT-T-------AAAGGTCATGAAAAAATACAATA-------C-TT-T------TGAA---ACT-GATTA-----ATTTGTA--A-AA-TT--T--TA---A----------------------T-----TT-A-GACTTGGTTGAACAACA-A----GAA-TAAAC
gi|18 : attatttatatatacaacttgttttaatcacatattatgttttaaactgTA--A-AA-GT--C--GA---AG-----TT------------GATATA--TT-AAGGCTCCAATAAACACCA-A----GAA-TAAACACAGAGTTGTTCTACTACCAGAATGT---GAA-GGTAACCCAAA--ACACTGATCACGTA--TTGCTTGATA--AAT-----------TTTG------ATGATGTCGTG
gi|19 : TCA-----GTTTATA--A-AT-GT--T--TATATAG-----TT------------TAT--A--TT---GATCTAGTCCA----TA-A------A-TAAACAC--AG----------ACCAGAAATT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATctgaactcagaataatgtatatcg
gi|2 : aaacatTCGCAACACT-----CCC-AAGGTATCAAGAT-ATTTGATTGGTGTAA--A----CT--GTTTTACTTG-GA-TTTTATCCTTA-G--TTCCA-ATGG-AGAATA-TT-GGA-----GT-----T---GTTG--GCTG--A-AC-AA-T--AATACGTTTAATTAAATGATAAAATATACCTA--------------TTAAACAAA-----------AT-G--A-----A---A--AT-A-------GTA-------------------G-------T-TT-T------TGAA---ATA-GATCA-----TTTTGTA--A-AA-G-----------AA-----TT------------CATGCA--TT-------TGGTTGAACACTA-G----GGA-TAAACACCGATTTGTTCAACTGGCAGTTTAT---GGA-GGTGTGTCAAT--ATCCTGACTGCTCA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGAGGTCATATCAAAAttacttaataaaccgcgcacgcttaatggctgactaa
gi|20 : acatttactataccTGAGAT-ATCTGGTAGGTGTAA----A-ACT--GT-TTACGCG-GA-TTTTATC----------------AG-AAAA-A-CT-GGAT----ATGAAGAC---A-----GC-A--A-AA-GA----AATAGTTTTA---------------------A--------------TTAAA---G-----------TT-GTAG-----A---T--TTGT-------AAA-------------------A-------T-CT-T------CAAA-T
gi|21 : T-T------TGAA---ACA-GATCA-----TTTTGTA--A-TA-TT--T--TGCT-AA-----TT------------T--------T-A-GTCTT-----AAC--TA-A----GGAATAACTAA-GAGTACTTAACCTACCAGAATGA---GGA-GGTGTGTCGAA--ATtttaataaaaat
gi|22 : tgaagaacatgaaaatgtacagtTAATTTCAG-GAAGGAAAACTT-----TCC-GAGATATTGAAAT-ATTCGGTAAGTGTTA--AAC-ACTGCGTGTTACTCG-GA-TTTTAGCCTTA-----TTTA-ATAC-AAAA-ATTT-GAA-----AT-----T---G-----
gi|23 : attcaGTTGAAATCTG-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTACACCTACCAGAATGT---GGA-GATGTGTC-AT--ATATTGATCACTGA--TTGGTTGAAA--AGT-----------TTTG------ATGTTAGCGTGTCAAAATTt
gi|24 : AAATT-----TTCAGAGACATTGAGAT-ATTTGGTAGGTGTAA--A-A-GTT--GTATTGCTTG-TATTTTTATCTTAA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-GT-TTA-----AT-----TGCGG-----GC-A--A-CA-Aa
gi|25 : CACCGATCAGAATGT---AGA-GGTGTGTCATT--ATACTAATCAGTGA--TTGGTTGATA--ACTTGATGTCGTCATTTG------ATGTCGTCATGTCAAAGT
gi|26 : ATCAGAACGT---GAATAGAGTGTGAAA--ATATTGATCACTGA--TTGGTTGATA--Aaa
gi|27 : acaaAACA-GATAA-----ATTTGTA--T-GA-GT--C---G---AA-----TT------------CATGCA--TA-A-G-CTTGGTTGAATGTAA-A----GGA-TAATCACAGAGTTGTTCTGCTACCAGAATagttnnnnnnnnnnctgttcttaatggaactctaaa
gi|28 : gcTGTGTCAAACAATACTGATCAATAA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTCT------TTGACGTCATGTAAAAATTt
gi|3 : -----TTC-GAGATATTGAGAT---TCGTTAGGAGTAA--AA----T--GTATTTCTCG-GA-TGTTATCCTAA-G--GTTTT-ATGG-AGAA-A-AT-AAATAGTAAG-----T---G-----GC-C--A-AA-AA-T--AATGGTTTTA---------------------AATAGATATGAACTTTTAAA---ACGTGCTTGCACATTG--A-----AGTCT--AT-G-------AAA-------------------AAAGAACGC-TT-T------TGAA-T--CT-GATTG-----ATTTGCA--A-AAAGT--CAATA---AA-----TG------------TTTGCA--TC-A-GACTTG-TTGAATACTA-ATAACGG--TAAAAACCGAGTTGTTCACCTACCAGAATGT---------------------CAC---TCACTGA--TAGGCTGATATTATA-----------TTT-------ATGACGTCATG
gi|4 : cttatctatatttatagcaTAATTTCAGCGGTTGCAAAATTAAATTTCC-GATATATTGATAT-ATTCGGTAGGTTTAA---GA-A-----TATT----------TTTACCCT---A--TTTCTCATAG-AGAA-A-AT-AAA-----ATGTAAAT---A-----GC-A--A-AA-G--T--AATATTTTT--------------------------------------TAAA---A-----------AT-A--A-----A---T--AT-TGACCATTAAA-------------------A-------T-GT-T------CGAA-TTATT-GA--A-----GTTTGCATCA-GATGT--A--TA---AA-----TT------------T---CA--TTTA-GAATTTGTTGAACTCTA-A----CGA-TAAACACCGAATTGACCACATACCTAAATAT---GGA-G--GTGTCAGA--AAAGTTATCGCTAATTTTGTTTGGTA--ACT-----------TTAA------ATGAAGTTTTGACAAAATTctg
gi|5 : ctaTAATTTTAGTATTCACAAAATT-----TTC-GAGATGTTGAGAT-ATTTGGTTGGTGAAA--AGA-ATT--GTACTTCTCT-GA-TTTTATCCTTA-A--GTTCT-TTAG-AGAA-A-GT-GAA-----AT-----T---A-----AC-A--A-AA-AA-T--GATAATTTTT---------------------A--------------TTAAA---A-----------AT-A--A-----A---T--TT-T-------AAA-------------------A-------C-CT-T------CAAAGTAACA-GATAA-----ATTTGTA--A-CA-GT--T--TA---AA-----TT------------CATCCA--TT-A-GATTTGGCTGAACACTC-A----GGA-TAAACACAGAGTAATTCACCTACCAGAATGT---GGT-GGTGTATCAAA--ATACCAATTACTGA--TTGGTTGATA--AGT-----------TTTG------TTGATGTCATATTAAAATTa
gi|6 : CATTCGCAAAATA-----TTT-AACATATTGAGAT-GGCTGGTAGGTGTAA--AA----T--GTTTTACTCATGA-TTT-ATTCCTA-G--TTTCT-ATAG-A-AA-A-TT-GGAT----ATG----T---A-----GC-AGCA-AA-AATT--AAAACTTTTA---------------------AT-------------TTAAG---A-----------TT-G--A-----A---T--CT-C-------AAA-------------------A-------G-CT-T------C----T---------------ATTTATA--A-AA-GT--A--TAGT-AAATGATTT------------TAAGCA--TT-A-TATTTGGCTGAACGTAA-A----TGA-TAAACATCGAGT--------------AATAT---GGA-GGTATGTCAAA--ATATTGATCACCGA--TTCAGCAATA--ACC-----------TTTC------TTGACATCATGTCAAAATT
gi|7 : -A--A-AA-AA-A--AACACCTATG---------------------G--------------CACAA---C-----------AT-G--A-----A---A--AT-A-------GAA-------------------A-------A-CT-T------AGAA---ACA-----------ATTTGTC--C-AA-GT--G--TG---AA-----TT------------TATGCACTTT-A--ATTTAATCGAACTCTA-A----AGA-TAAACACAGAGTCGTCAACCAACCAGAATAT---TGA-CGTGTGGCAAA--ATATTGATAGATGA--T
gi|8 : ctgttatattattattatcttctgtttcatacttaatatgttttcaatgaaaagtaatactttaattgaataatcttctatttTTTGGAAGATGTAA--ACA-ACA--GTTGTTCACG-GA-TTCTATCCATATA--TTT-T-CTAG-AGAC-A-ATAGGA-----AT-----TCTAG-----GC-ATCA-AA-AA-T--AGTACTTTT-----------------------------------------G---A-----------GT-G--ATTTTTG---T--CT-T-------TGA-------------------A-------T-CT-T------CGAA-Tga
gi|9 : aacaattaatatatattgctattcataaattcaatatttttgtTTGACTTCTA-A----GAG-TAAACATCACGTTGTGCACATACGAGATTGT---AAA-AATGTACTAAA--ATA------GCTGG--TTGTTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGATGCCATATCAAAtaataaacatgcctatggaacgatttaaatgtagaaatatttgtacttaatcaatttgaaaaagaagtcatccattagat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TGAAATGAATGGTAATTATGACCATAATCATCTT
Alignments
lowQualScore : 11111 33333333333 1111 4444444444444444444444 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111 111111111111 11111111111
lowQualScore : 333 1 22222 5 4 2 33333333333 3 4 44 3 3 2222 1 3 3 3 44 3 1111111111111111111111 3 99 3 3 6666 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 99999999 33 2 9999999999999 55555 111111111111 0 4 33 2 6666 1 8 2 4444 1 3 0 3 333 2 22 0 2 22 33 22222222222 8888888 2
lowQualScore : ... . ..... . . . ........... . . .. . . .... . . . . .. . ...................... . .. . . .... . ................................................................................................................... . ........ .. . ............. ..... ............ . . .. . .... . . . .... . . . . ... . .. . . .. .. ........... ....... .
lowQualScore : 888 4 55555 0 0 5 55555555555 9 5 22 6 7 5555 2 6 6 6 66 6 6666666666666666666666 3 22 3 3 5555 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 55555555 11 2 7777777777777 66666 444444444444 1 8 11 2 8888 0 0 0 2222 9 3 5 2 555 0 66 6 1 88 22 77777777777 8888888 2
consensus : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTCGGTAGGTGTAA--AGA-ACT--GTATTNCTCG-GA-TTTTATCCTTA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GAA-----AT-----T---G-----GC-A--A-AA-AA-T--AATACTTTTA---------------------A--------------TTAAA---A-----------AT-GAA---T--A-T---N-------AAAA-------C-CT-T-C-----GAA-T-A-CA-GATNA-----ATTTGTA--A-AA-GT--C--TA---AA-----TT------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
Reference ( family-2107 ) : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTCGGTAGGTGTAA--AGA-ACT--GTATTNCTCG-GA-TTTTATCCTTA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GAA-----AT-----T---G-----GC-A--A-AA-AA-T--AATACTTTTA---------------------A--------------TTAAA---A-----------AT-GAA---T--A-T---N-------AAAA-------C-CT-T-C-----GAA-T-A-CA-GATNA-----ATTTGTA--A-AA-GT--C--TA---AA-----TT------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
gi|1 : TAATTTCAGCATTCACAAA-TT-----TCT-GAGATACTGAGATTATTTGGTA--TGTAATCAGATA----GAATTACTTT-AA-TTTTATCATTA-ATTTTTTT-ATAGAAAAA-A-GT-GAA-----AT-----T---GTTTACAT-A--A-AA-AA-T--AGTGTTT------------------------A--------------TTAAA---T-----------AT-TAA---TTAA-T---T-------CAAA-------CTCT-T-C-----
gi|1 : ttcaAAA---A-----------AA-GAA---T--G------------------------C-TT-T-T-----GAA---A-AA-GATTG-----ATTTGTT--A-A--GT--T--GA---AA-----TT------------CATGCA--TT-ATGACTTGGTAGAATGCTA-A----GGA-TAAAT-CTGAGTAATCCACCTACCGGAATGT---GAA-GGCATGTCAAA--ATACTGATCACCGA--TTGatgtttaagtagtttgcgaactgaaggacatgaaaaaaaagaatgcttttgaaaaagattgatttgttaagttgaaattcatgcattatgacttggtagaatgctaaggataaatctgagtaatccacctaccggaatgtgaaggcatgtcaaaatactgatcaccgattg
gi|10 : ttcataatttcagcattcacaaatttctgagatactgagattatttggtatgtaatcagatagaattactttaattttatcattaatttttttatagaaaaaagtgaaattgtttacataaaaaatagtgtttattaaatattaattaattcaaactcttcatgtttaagtagtttgcgaactgaaggacatgaaAGATATTGAAAT-ATAGGCTAGGTGTAA--A-A-ACT--G-ATTTATTT-TA-TTTTATCCTCA-C--TTCCT-ATAG-AGAA-A-AA-GAA-----AT-----TGAAG-----GC-A--ACAACAA-T--GCTACTTTTG---------------------A--------------TGAAAT--A-----------TT-GAA---T--AGT---A-------AAAG-------T-AT-A-CATAGTGAA-TAA-CATGATAATATATATTTTTG--A-AACAT--A--TT---AA-----TTTGTAAAATATGATATGCA---T-A-TGCTTGGTT---------------GA-TAAACATCGAGTT
gi|11 : gttaA-----AT-----T---T-----GT-A--A-AA-CA-TGAAATA--TTGA---------------------A----------------GAA---C-----------AT-GAA---C--A-T---G-------GAAA-------G-TTAT-T-----GAG---A-CA-GAAAC-----ATTTTTA--A-AA--T--C--TA---AA-----TG------------TATGCA--TA-A-TACTTGGCTGAACACTATA----AAA-AAAACACAAAGTTGTTTACCAACCAGAAAGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATATCAAGCATTGA--TTGGTTGATA--A
gi|12 : aaatagttttaataactattagtttataaagtcttc-TAAATATCGCGTTGGGCGCTTACGAGAATGT---AGA-AGTGTGTTAAA--ATATTGATCGCTGG--TTGTTTGATA--GTT-----------TTTA------AGGATGCCACACCAAAATat
gi|13 : aattattgtcagtgA---------------------A--------------GTGAA---C-----------AT-GAA---A--A-T---A-------AATA-------T-CT-TAT-----GAA---A-TA-GGTGA-----AGTTGTA--A-AA--T--C--TT---AA-----TT------------TATGCA--TT-A-TCTTTTGTTGAACACTT------GGA-TAAACACCAAGTTGTACAACTGGCAGAATAT---G----------TAAA------TGATCTTTTA--TTGAGTGGTA--ACG-----------TTTG------ATGAAGTCATGCTAAatgtttatctcatcaattttactcgtattgcttctgttattttgattatgtttatctcatcaattatagtcatactgctata
gi|14 : taaaaacttgca-----ATTTGAA--ACAA-AT------A---AA-----TT------------TGT-TA--TG-A-AACTAAGTTGGACACAA-A----GAA-TAGAAATAAATCTATTCACCTACCATAATATTATGGA-GGTGTCTCAAA--ATACTGATACATGA--TTGGTTGATA--ACT-----------Tgtt
gi|15 : tgtttcgagtattaaattgtgttgaacgacatgtaaaaaaagaaggcAA-T-A-CA-AA--A-----ATTTGAA--A-TT-GTAGC--GA---AA-----TT------------TATCCA--TA-A-TATTTGGTAGAACATTA-A----GAA-TATAAACCGAGTTGTACACGTACCAGGGTGT---GGG-CGTAAGCCAAA--GTATTCATCACAGA--TTGGTTAATA--AAT-----------TCTAATGATTATGACGTCATGTCAAAATT
gi|16 : ccttatttTTTA---------------------A--------------T--AA---C-----------AT-GAA---C--A-T---AG------AAAA-------C-AT-T-T-----GAA---A-TA-AATCA-----ACTTGTA--A-AA-GT--C--TG---A------CG------------TATGCA--AT-A-GA-----TTGAACACAA-A----GGA-TCAACACC------------TACCCGA-TGT---GCA-GGTGTGC--AA--ATAC--ACCACTTA--TTAGTTGATA--ACA-----------AATG------ATGATGTCATGTCAAAAT
gi|17 : aTGAA---A-----------A---AA---T--A-----C-------AATA-------C-TT-T-T-----GAA---A-CT-GATTA-----ATTTGTA--A-AA-TT--T--TA---A----------------------T-----TT-A-GACTTGGTTGAACAACA-A----GAA-TAAAC
gi|18 : attatttatatatacaacttgttttaatcacatattatgttttaaactgttctaattataaatgattgtatattaaaggtcaTA--A-AA-GT--C--GA---AG-----TT------------GATATA--TT-AAGGCTCCAATAAACACCA-A----GAA-TAAACACAGAGTTGTTCTACTACCAGAATGT---GAA-GGTAACCCAAA--ACACTGATCACGTA--TTGCTTGATA--AAT-----------TTTG------ATGATGTCGTG
gi|19 : TCA-----GTTTATA--A-AT-GT--T--TATATAG-----TT------------TAT--A--TT---GATCTAGTCCA----TA-A------A-TAAACAC--AG----------ACCAGAAATT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATctgaactcagaataatgtatatcg
gi|2 : aaacatTCGCAACACT-----CCC-AAGGTATCAAGAT-ATTTGATTGGTGTAA--A----CT--GTTTTACTTG-GA-TTTTATCCTTA-G--TTCCA-ATGG-AGAATA-TT-GGA-----GT-----T---GTTG--GCTG--A-AC-AA-T--AATACGTTTAATTAAATGATAAAATATACCTA--------------TTAAACAAA-----------AT-GAA---A--A-T---A-------GTAG-------T-TT-T-T-----GAA---A-TA-GATCA-----TTTTGTA--A-AA-G-----------AA-----TT------------CATGCA--TT-------TGGTTGAACACTA-G----GGA-TAAACACCGATTTGTTCAACTGGCAGTTTAT---GGA-GGTGTGTCAAT--ATCCTGACTGCTCA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGAGGTCATATCAAAAttacttaataaaccgcgcacgcttaatggctgactaa
gi|20 : acatttactataccTGAGAT-ATCTGGTAGGTGTAA----A-ACT--GT-TTACGCG-GA-TTTTATC----------------AG-AAAA-A-CT-GGAT----ATGAAGAC---A-----GC-A--A-AA-GA----AATAGTTTTA---------------------A--------------TTAAA---G-----------TT-GTA---G--A-TTTGT-------AAAA-------T-CT-T-C-----AAA-T-
gi|21 : AA---C-----------AT-GAA---A--A-T---G-------TACA-------G-TT-T-T-----GAA---A-CA-GATCA-----TTTTGTA--A-TA-TT--T--TGCT-AA-----TT------------T--------T-A-GTCTT-----AAC--TA-A----GGAATAACTAA-GAGTACTTAACCTACCAGAATGA---GGA-GGTGTGTCGAA--ATtttaataaaaat
gi|22 : tgaagTAATTTCAG-GAAGGAAAACTT-----TCC-GAGATATTGAAAT-ATTCGGTAAGTGTTA--AAC-ACTGCGTGTTACTCG-GA-TTTTAGCCTTA-----TTTA-ATAC-AAAA-ATTT-GAA-----AT-----T---G-----
gi|23 : attcaGTTGAAATCTG-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTACACCTACCAGAATGT---GGA-GATGTGTC-AT--ATATTGATCACTGA--TTGGTTGAAA--AGT-----------TTTG------ATGTTAGCGTGTCAAAATTt
gi|24 : AAATT-----TTCAGAGACATTGAGAT-ATTTGGTAGGTGTAA--A-A-GTT--GTATTGCTTG-TATTTTTATCTTAA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-GT-TTA-----AT-----TGCGG-----GC-A--A-CA-Aa
gi|25 : CACCGATCAGAATGT---AGA-GGTGTGTCATT--ATACTAATCAGTGA--TTGGTTGATA--ACTTGATGTCGTCATTTG------ATGTCGTCATGTCAAAGT
gi|26 : ATCAGAACGT---GAATAGAGTGTGAAA--ATATTGATCACTGA--TTGGTTGATA--Aaa
gi|27 : acaa-A-CA-GATAA-----ATTTGTA--T-GA-GT--C---G---AA-----TT------------CATGCA--TA-A-G-CTTGGTTGAATGTAA-A----GGA-TAATCACAGAGTTGTTCTGCTACCAGAATagttnnnnnnnnnnctgttcttaatggaactctaaa
gi|28 : gcaTGTGTCAAACAATACTGATCAATAA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTCT------TTGACGTCATGTAAAAATTt
gi|3 : -----TTC-GAGATATTGAGAT---TCGTTAGGAGTAA--AA----T--GTATTTCTCG-GA-TGTTATCCTAA-G--GTTTT-ATGG-AGAA-A-AT-AAATAGTAAG-----T---G-----GC-C--A-AA-AA-T--AATGGTTTTA---------------------AATAGATATGAACTTTTAAA---ACGTGCTTGCACATTGAAGTCT--A-T---G-------AAAAAAGAACGC-TT-T-T-----GAA-T---CT-GATTG-----ATTTGCA--A-AAAGT--CAATA---AA-----TG------------TTTGCA--TC-A-GACTTG-TTGAATACTA-ATAACGG--TAAAAACCGAGTTGTTCACCTACCAGAATGT---------------------CAC---TCACTGA--TAGGCTGATATTATA-----------TTT-------ATGACGTCATG
gi|4 : cttatctatatttatagcaTAATTTCAGCGGTTGCAAAATTAAATTTCC-GATATATTGATAT-ATTCGGTAGGTTTAA---GA-A-----TATT----------TTTACCCT---A--TTTCTCATAG-AGAA-A-AT-AAA-----ATGTAAAT---A-----GC-A--A-AA-G--T--AATATTTTT--------------------------------------TAAA---A-----------AT-AAA---T--A-T---TGACCATTAAAA-------T-GT-T-C-----GAA-TTA-TT-GA--A-----GTTTGCATCA-GATGT--A--TA---AA-----TT------------T---CA--TTTA-GAATTTGTTGAACTCTA-A----CGA-TAAACACCGAATTGACCACATACCTAAATAT---GGA-G--GTGTCAGA--AAAGTTATCGCTAATTTTGTTTGGTA--ACT-----------TTAA------ATGAAGTTTTGACAAAATTctg
gi|5 : ctaTAATTTTAGTATTCACAAAATT-----TTC-GAGATGTTGAGAT-ATTTGGTTGGTGAAA--AGA-ATT--GTACTTCTCT-GA-TTTTATCCTTA-A--GTTCT-TTAG-AGAA-A-GT-GAA-----AT-----T---A-----AC-A--A-AA-AA-T--GATAATTTTT---------------------A--------------TTAAA---A-----------AT-AAA---T--T-T---T-------AAAA-------C-CT-T-C-----AAAGT-AACA-GATAA-----ATTTGTA--A-CA-GT--T--TA---AA-----TT------------CATCCA--TT-A-GATTTGGCTGAACACTC-A----GGA-TAAACACAGAGTAATTCACCTACCAGAATGT---GGT-GGTGTATCAAA--ATACCAATTACTGA--TTGGTTGATA--AGT-----------TTTG------TTGATGTCATATTAAAATTa
gi|6 : CATTCGCAAAATA-----TTT-AACATATTGAGAT-GGCTGGTAGGTGTAA--AA----T--GTTTTACTCATGA--TTTATTCCTA-G--TTTCT-ATAG-A-AA-A-TT-GGAT----ATG----T---A-----GC-AGCA-AA-AATT--AAAACTTTTA---------------------AT-------------TTAAG---A-----------TT-GAA---T--C-T---C-------AAAA-------G-CT-T-C---------T----------------ATTTATA--A-AA-GT--A--TAGT-AAATGATTT------------TAAGCA--TT-A-TATTTGGCTGAACGTAA-A----TGA-TAAACATCGAGT--------------AATAT---GGA-GGTATGTCAAA--ATATTGATCACCGA--TTCAGCAATA--ACC-----------TTTC------TTGACATCATGTCAAAATT
gi|7 : -A--A-AA-AA-A--AACACCTATG---------------------G--------------CACAA---C-----------AT-GAA---A--A-T---A-------GAAA-------A-CT-T-A-----GAA---A-CA-----------ATTTGTC--C-AA-GT--G--TG---AA-----TT------------TATGCACTTT-A--ATTTAATCGAACTCTA-A----AGA-TAAACACAGAGTCGTCAACCAACCAGAATAT---TGA-CGTGTGGCAAA--ATATTGATAGATGA--T
gi|8 : ctgttatattattattatcttctgtttcatacttaatatgttttcaatgaaaagtaatactttaattgaataatcttctatttTTTGGAAGATGTAA--ACA-ACA--GTTGTTCACG-GA-TTCTATCCATATA--TTT-T-CTAG-AGAC-A-ATAGGA-----AT-----TCTAG-----GC-ATCA-AA-AA-T--AGTACTTTTG---------------------A--------------ga
gi|9 : aacaattaatatatattgctattcataaattcaatatttttgtTTGACTTCTA-A----GAG-TAAACATCACGTTGTGCACATACGAGATTGT---AAA-AATGTACTAAA--ATA------GCTGG--TTGTTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGATGCCATATCAAAgtgatttttgtctttgaatcttcgaattaataaacatgcctatggaacgatttaaatgtagaaatatttgtacttaatcaatttgaaaaagaagtcatccattagat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TGAAATGAATGGTAATTATGACCATAATCATCTT
Alignments
lowQualScore : 11111 33333333333 1111 4444444444444444444444 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111 111111111111 11111111111
lowQualScore : 333 1 22222 5 4 2 33333333333 3 4 44 3 3 2222 1 3 3 3 44 3 1111111111111111111111 3 99 3 3 6666 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 99999999 33 2 9999999999999 55555 111111111111 0 4 33 2 6666 1 8 2 4444 1 3 0 3 333 2 22 0 2 22 33 22222222222 8888888 2
lowQualScore : ... . ..... . . . ........... . . .. . . .... . . . . .. . ...................... . .. . . .... . ................................................................................................................... . ........ .. . ............. ..... ............ . . .. . .... . . . .... . . . . ... . .. . . .. .. ........... ....... .
lowQualScore : 888 4 55555 0 0 5 55555555555 9 5 22 6 7 5555 2 6 6 6 66 6 6666666666666666666666 3 22 3 3 5555 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 55555555 11 2 7777777777777 66666 444444444444 1 8 11 2 8888 0 0 0 2222 9 3 5 2 555 0 66 6 1 88 22 77777777777 8888888 2
consensus : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTCGGTAGGTGTAA--AGA-ACT--GTATTNCTCG-GA-TTTTATCCTTA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GAA-----AT-----T---G-----GC-A--A-AA-AA-T--AATACTTTTA---------------------A--------------TTAAA---A-----------AT-GAA---T--A-T---N-------AAAA-------C-CT-T-C-----GAA-T-A-CA-GATNA-----ATTTGTA--A-AA-GT--C--TA---AA-----TT------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
Reference ( family-2107 ) : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTCGGTAGGTGTAA--AGA-ACT--GTATTNCTCG-GA-TTTTATCCTTA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GAA-----AT-----T---G-----GC-A--A-AA-AA-T--AATACTTTTA---------------------A--------------TTAAA---A-----------AT-GAA---T--A-T---N-------AAAA-------C-CT-T-C-----GAA-T-A-CA-GATNA-----ATTTGTA--A-AA-GT--C--TA---AA-----TT------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
gi|1 : TAATTTCAGCATTCACAAA-TT-----TCT-GAGATACTGAGATTATTTGGTA--TGTAATCAGATA----GAATTACTTT-AA-TTTTATCATTA-ATTTTTTT-ATAGAAAAA-A-GT-GAA-----AT-----T---GTTTACAT-A--A-AA-AA-T--AGTGTTT------------------------A--------------TTAAA---T-----------AT-TAA---TTAA-T---T-------CAAA-------CTCT-T-C-----
gi|1 : ttcaAAA---A-----------AA-GAA---T--G------------------------C-TT-T-T-----GAA---A-AA-GATTG-----ATTTGTT--A-A--GT--T--GA---AA-----TT------------CATGCA--TT-ATGACTTGGTAGAATGCTA-A----GGA-TAAAT-CTGAGTAATCCACCTACCGGAATGT---GAA-GGCATGTCAAA--ATACTGATCACCGA--TTGatgtttaagtagtttgcgaactgaaggacatgaaaaaaaagaatgcttttgaaaaagattgatttgttaagttgaaattcatgcattatgacttggtagaatgctaaggataaatctgagtaatccacctaccggaatgtgaaggcatgtcaaaatactgatcaccgattg
gi|10 : ttcataatttcagcattcacaaatttctgagatactgagattatttggtatgtaatcagatagaattactttaattttatcattaatttttttatagaaaaaagtgaaattgtttacataaaaaatagtgtttattaaatattaattaattcaaactcttcatgtttaagtagtttgcgaactgaaggacatgaaAGATATTGAAAT-ATAGGCTAGGTGTAA--A-A-ACT--G-ATTTATTT-TA-TTTTATCCTCA-C--TTCCT-ATAG-AGAA-A-AA-GAA-----AT-----TGAAG-----GC-A--ACAACAA-T--GCTACTTTTG---------------------A--------------TGAAAT--A-----------TT-GAA---T--AGT---A-------AAAG-------T-AT-A-CATAGTGAA-TAA-CATGATAATATATATTTTTG--A-AACAT--A--TT---AA-----TTTGTAAAATATGATATGCA---T-A-TGCTTGGTT---------------GA-TAAACATCGAGTT
gi|11 : gttaA-----AT-----T---T-----GT-A--A-AA-CA-TGAAATA--TTGA---------------------A----------------GAA---C-----------AT-GAA---C--A-T---G-------GAAA-------G-TTAT-T-----GAG---A-CA-GAAAC-----ATTTTTA--A-AA--T--C--TA---AA-----TG------------TATGCA--TA-A-TACTTGGCTGAACACTATA----AAA-AAAACACAAAGTTGTTTACCAACCAGAAAGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATATCAAGCATTGA--TTGGTTGATA--A
gi|12 : aaatagttttaataactattagtttataaagtcttc-TAAATATCGCGTTGGGCGCTTACGAGAATGT---AGA-AGTGTGTTAAA--ATATTGATCGCTGG--TTGTTTGATA--GTT-----------TTTA------AGGATGCCACACCAAAATat
gi|13 : aattattgtcagtgA---------------------A--------------GTGAA---C-----------AT-GAA---A--A-T---A-------AATA-------T-CT-TAT-----GAA---A-TA-GGTGA-----AGTTGTA--A-AA--T--C--TT---AA-----TT------------TATGCA--TT-A-TCTTTTGTTGAACACTT------GGA-TAAACACCAAGTTGTACAACTGGCAGAATAT---G----------TAAA------TGATCTTTTA--TTGAGTGGTA--ACG-----------TTTG------ATGAAGTCATGCTAAatgtttatctcatcaattttactcgtattgcttctgttattttgattatgtttatctcatcaattatagtcatactgctata
gi|14 : taaaaacttgca-----ATTTGAA--ACAA-AT------A---AA-----TT------------TGT-TA--TG-A-AACTAAGTTGGACACAA-A----GAA-TAGAAATAAATCTATTCACCTACCATAATATTATGGA-GGTGTCTCAAA--ATACTGATACATGA--TTGGTTGATA--ACT-----------Tgtt
gi|15 : tgtttcgagtattaaattgtgttgaacgacatgtaaaaaaagaaggcAA-T-A-CA-AA--A-----ATTTGAA--A-TT-GTAGC--GA---AA-----TT------------TATCCA--TA-A-TATTTGGTAGAACATTA-A----GAA-TATAAACCGAGTTGTACACGTACCAGGGTGT---GGG-CGTAAGCCAAA--GTATTCATCACAGA--TTGGTTAATA--AAT-----------TCTAATGATTATGACGTCATGTCAAAATT
gi|16 : ccttatttTTTA---------------------A--------------T--AA---C-----------AT-GAA---C--A-T---AG------AAAA-------C-AT-T-T-----GAA---A-TA-AATCA-----ACTTGTA--A-AA-GT--C--TG---A------CG------------TATGCA--AT-A-GA-----TTGAACACAA-A----GGA-TCAACACC------------TACCCGA-TGT---GCA-GGTGTGC--AA--ATAC--ACCACTTA--TTAGTTGATA--ACA-----------AATG------ATGATGTCATGTCAAAAT
gi|17 : aTGAA---A-----------A---AA---T--A-----C-------AATA-------C-TT-T-T-----GAA---A-CT-GATTA-----ATTTGTA--A-AA-TT--T--TA---A----------------------T-----TT-A-GACTTGGTTGAACAACA-A----GAA-TAAAC
gi|18 : attatttatatatacaacttgttttaatcacatattatgttttaaactgttctaattataaatgattgtatattaaaggtcaTA--A-AA-GT--C--GA---AG-----TT------------GATATA--TT-AAGGCTCCAATAAACACCA-A----GAA-TAAACACAGAGTTGTTCTACTACCAGAATGT---GAA-GGTAACCCAAA--ACACTGATCACGTA--TTGCTTGATA--AAT-----------TTTG------ATGATGTCGTG
gi|19 : TCA-----GTTTATA--A-AT-GT--T--TATATAG-----TT------------TAT--A--TT---GATCTAGTCCA----TA-A------A-TAAACAC--AG----------ACCAGAAATT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATctgaactcagaataatgtatatcg
gi|2 : aaacatTCGCAACACT-----CCC-AAGGTATCAAGAT-ATTTGATTGGTGTAA--A----CT--GTTTTACTTG-GA-TTTTATCCTTA-G--TTCCA-ATGG-AGAATA-TT-GGA-----GT-----T---GTTG--GCTG--A-AC-AA-T--AATACGTTTAATTAAATGATAAAATATACCTA--------------TTAAACAAA-----------AT-GAA---A--A-T---A-------GTAG-------T-TT-T-T-----GAA---A-TA-GATCA-----TTTTGTA--A-AA-G-----------AA-----TT------------CATGCA--TT-------TGGTTGAACACTA-G----GGA-TAAACACCGATTTGTTCAACTGGCAGTTTAT---GGA-GGTGTGTCAAT--ATCCTGACTGCTCA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGAGGTCATATCAAAAttacttaataaaccgcgcacgcttaatggctgactaa
gi|20 : acatttactataccTGAGAT-ATCTGGTAGGTGTAA----A-ACT--GT-TTACGCG-GA-TTTTATC----------------AG-AAAA-A-CT-GGAT----ATGAAGAC---A-----GC-A--A-AA-GA----AATAGTTTTA---------------------A--------------TTAAA---G-----------TT-GTA---G--A-TTTGT-------AAAA-------T-CT-T-C-----AAA-T-
gi|21 : AA---C-----------AT-GAA---A--A-T---G-------TACA-------G-TT-T-T-----GAA---A-CA-GATCA-----TTTTGTA--A-TA-TT--T--TGCT-AA-----TT------------T--------T-A-GTCTT-----AAC--TA-A----GGAATAACTAA-GAGTACTTAACCTACCAGAATGA---GGA-GGTGTGTCGAA--ATtttaataaaaat
gi|22 : tgaagTAATTTCAG-GAAGGAAAACTT-----TCC-GAGATATTGAAAT-ATTCGGTAAGTGTTA--AAC-ACTGCGTGTTACTCG-GA-TTTTAGCCTTA-----TTTA-ATAC-AAAA-ATTT-GAA-----AT-----T---G-----
gi|23 : attcaGTTGAAATCTG-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTACACCTACCAGAATGT---GGA-GATGTGTC-AT--ATATTGATCACTGA--TTGGTTGAAA--AGT-----------TTTG------ATGTTAGCGTGTCAAAATTt
gi|24 : AAATT-----TTCAGAGACATTGAGAT-ATTTGGTAGGTGTAA--A-A-GTT--GTATTGCTTG-TATTTTTATCTTAA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-GT-TTA-----AT-----TGCGG-----GC-A--A-CA-Aa
gi|25 : CACCGATCAGAATGT---AGA-GGTGTGTCATT--ATACTAATCAGTGA--TTGGTTGATA--ACTTGATGTCGTCATTTG------ATGTCGTCATGTCAAAGT
gi|26 : ATCAGAACGT---GAATAGAGTGTGAAA--ATATTGATCACTGA--TTGGTTGATA--Aaa
gi|27 : acaa-A-CA-GATAA-----ATTTGTA--T-GA-GT--C---G---AA-----TT------------CATGCA--TA-A-G-CTTGGTTGAATGTAA-A----GGA-TAATCACAGAGTTGTTCTGCTACCAGAATagttnnnnnnnnnnctgttcttaatggaactctaaa
gi|28 : gcaTGTGTCAAACAATACTGATCAATAA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTCT------TTGACGTCATGTAAAAATTt
gi|3 : -----TTC-GAGATATTGAGAT---TCGTTAGGAGTAA--AA----T--GTATTTCTCG-GA-TGTTATCCTAA-G--GTTTT-ATGG-AGAA-A-AT-AAATAGTAAG-----T---G-----GC-C--A-AA-AA-T--AATGGTTTTA---------------------AATAGATATGAACTTTTAAA---ACGTGCTTGCACATTGAAGTCT--A-T---G-------AAAAAAGAACGC-TT-T-T-----GAA-T---CT-GATTG-----ATTTGCA--A-AAAGT--CAATA---AA-----TG------------TTTGCA--TC-A-GACTTG-TTGAATACTA-ATAACGG--TAAAAACCGAGTTGTTCACCTACCAGAATGT---------------------CAC---TCACTGA--TAGGCTGATATTATA-----------TTT-------ATGACGTCATG
gi|4 : cttatctatatttatagcaTAATTTCAGCGGTTGCAAAATTAAATTTCC-GATATATTGATAT-ATTCGGTAGGTTTAA---GA-A-----TATT----------TTTACCCT---A--TTTCTCATAG-AGAA-A-AT-AAA-----ATGTAAAT---A-----GC-A--A-AA-G--T--AATATTTTT--------------------------------------TAAA---A-----------AT-AAA---T--A-T---TGACCATTAAAA-------T-GT-T-C-----GAA-TTA-TT-GA--A-----GTTTGCATCA-GATGT--A--TA---AA-----TT------------T---CA--TTTA-GAATTTGTTGAACTCTA-A----CGA-TAAACACCGAATTGACCACATACCTAAATAT---GGA-G--GTGTCAGA--AAAGTTATCGCTAATTTTGTTTGGTA--ACT-----------TTAA------ATGAAGTTTTGACAAAATTctg
gi|5 : ctaTAATTTTAGTATTCACAAAATT-----TTC-GAGATGTTGAGAT-ATTTGGTTGGTGAAA--AGA-ATT--GTACTTCTCT-GA-TTTTATCCTTA-A--GTTCT-TTAG-AGAA-A-GT-GAA-----AT-----T---A-----AC-A--A-AA-AA-T--GATAATTTTT---------------------A--------------TTAAA---A-----------AT-AAA---T--T-T---T-------AAAA-------C-CT-T-C-----AAAGT-AACA-GATAA-----ATTTGTA--A-CA-GT--T--TA---AA-----TT------------CATCCA--TT-A-GATTTGGCTGAACACTC-A----GGA-TAAACACAGAGTAATTCACCTACCAGAATGT---GGT-GGTGTATCAAA--ATACCAATTACTGA--TTGGTTGATA--AGT-----------TTTG------TTGATGTCATATTAAAATTa
gi|6 : CATTCGCAAAATA-----TTT-AACATATTGAGAT-GGCTGGTAGGTGTAA--AA----T--GTTTTACTCATGA--TTTATTCCTA-G--TTTCT-ATAG-A-AA-A-TT-GGAT----ATG----T---A-----GC-AGCA-AA-AATT--AAAACTTTTA---------------------AT-------------TTAAG---A-----------TT-GAA---T--C-T---C-------AAAA-------G-CT-T-C---------T----------------ATTTATA--A-AA-GT--A--TAGT-AAATGATTT------------TAAGCA--TT-A-TATTTGGCTGAACGTAA-A----TGA-TAAACATCGAGT--------------AATAT---GGA-GGTATGTCAAA--ATATTGATCACCGA--TTCAGCAATA--ACC-----------TTTC------TTGACATCATGTCAAAATT
gi|7 : -A--A-AA-AA-A--AACACCTATG---------------------G--------------CACAA---C-----------AT-GAA---A--A-T---A-------GAAA-------A-CT-T-A-----GAA---A-CA-----------ATTTGTC--C-AA-GT--G--TG---AA-----TT------------TATGCACTTT-A--ATTTAATCGAACTCTA-A----AGA-TAAACACAGAGTCGTCAACCAACCAGAATAT---TGA-CGTGTGGCAAA--ATATTGATAGATGA--T
gi|8 : ctgttatattattattatcttctgtttcatacttaatatgttttcaatgaaaagtaatactttaattgaataatcttctatttTTTGGAAGATGTAA--ACA-ACA--GTTGTTCACG-GA-TTCTATCCATATA--TTT-T-CTAG-AGAC-A-ATAGGA-----AT-----TCTAG-----GC-ATCA-AA-AA-T--AGTACTTTTG---------------------A--------------ga
gi|9 : aacaattaatatatattgctattcataaattcaatatttttgtTTGACTTCTA-A----GAG-TAAACATCACGTTGTGCACATACGAGATTGT---AAA-AATGTACTAAA--ATA------GCTGG--TTGTTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGATGCCATATCAAAgtgatttttgtctttgaatcttcgaattaataaacatgcctatggaacgatttaaatgtagaaatatttgtacttaatcaatttgaaaaagaagtcatccattagat
blockSeqs : CGG A AAATT A . G AACACTGC A T AT T C TA C C . T TT A TATGAAGACA T GC C C TGA C AAATAGATATGAACTTTTAAAACGTGCTTGCACATTGAAGTCTATGAAAAAAGAACGCTTTTGAAT T TAATATAT TC C GTTTATAT ATGAT TGTAAAATATGA G CT T AGGC G A T TAAC A C T TAT T CA A TT TT TGATGTCGTCA AATGATT A
blockSeqs : TAT C . . . T AGAATT T A T . T C C . . . A . TAGTAAGTG . TC . . TT C AATTAAATGATAAAATATACCTATTAAACAAAATGAAAATAGTAGTTTTTGAAA . AAC . . AGTCAATA . . G . . TGC G A . . . A G . . . G . . . G C
blockSeqs : CAT A . . . T ACAACA G A G . T G T . . . T . ATGTAAATA . . . . T G TAAAAATAAATATTGACCATTAAAATGTTCGAATTA . TGA . . GTAGCGA . . G . . TAC T A . . . C A . . . T . . . G T
blockSeqs : GA A . . . C AAACT A A G . A A C . . . C . ATTGAAG . . . . T G TATTAAAAATAAATTTTAAAACCTTCAAAGTAA . TCA . . TTTTGCT . . C . . TCT A A . . . C T . . . C . . . G T
blockSeqs : A . . . T AAGTT A G G . A G T . . . G . GTTGTTG . . . . T T AAGTGAACATGAAAATAAATATCTTATGAAA . TTA . . GTATAGT . . G . . AAC G A . . . A A . . . A . . . G G
blockSeqs : A . . . C AACT A T G . T A C . . . A . ATTGCGG . . . . T A GGCACAACATGAAAATAGAAAACTTAGAAA . TCA . . CATATT . . A . . TAT G A . . . C T . . . A . . . G T
blockSeqs : . . . C ACT A T G . T A C . . . A . ATTCTAG . . . . T C AAGAACATGAACATGGAAAGTTATTGAGA . TCA . . TGTATA . . G . . GAC C A . . . C T . . . A . . . G C
blockSeqs : . T AAT T A T . T G C . . . G . TATGTA . . . . A C AATAACATGAACATAGAAAACATTTGAAA . TCA . . GTCTG . . G . . GAT A A . . . A T . . . G . . . T C
blockSeqs : . T GAA T T G . . . . . . . T . ATTT . . . . T C AATTTAAGATTGAATCTCAAAAGCTTCT . TAA . . TTTTA . . G . . GTC G T . . . C A . . . G . . . A C
blockSeqs : T AAT . . . . . . . . . . A . ATTG . . . . . . . TTG . . GTCGA . . C . . GAC G G . . . C T . . . A . . . G A
blockSeqs : ATTA . . . . . TAA . . GTTTA . . G . . GAA G A . . . A T . . . A . . . C T
blockSeqs : . A . . GTGTG . . G . . GAT T T . . . C C . . . A . . . G C
blockSeqs : . A . . TCTA . . . . . TAT G A . . . C T . . . A . . . . T
blockSeqs : . . . . TCTT . . . . . GA G G . . . A C . . . A . . .
blockSeqs : . . . GTCG . . . . . GC A T . . . C G . . . G . .
blockSeqs : . . ATA . . . . . AT . T . . . A . . . . A . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . . . . . C . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . G .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : AAACT****** G*** ATTGNAG*************** GAC*
originalCons : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTCGGTAGGTGTAA--AGA-ACT--GTATTNCTCG-GA-TTTTATCCTTA-A--TTTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GAA-----AT-----T---G-----GC-A--A-AA-AA-T--AATACTTTTA---------------------A--------------TTAAA---A-----------AT-GAA---T--A-T---N-------AAAA-------C-CT-T-C-----GAA-T-A-CA-GATNA-----ATTTGTA--A-AA-GT--C--TA---AA-----TT------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
finalCons : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGAT-ATTCGGTAGGTGTAAAAACT------GTATTNCTCG-GA-TTTTATCCTTAG---TTTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GAAATTGNAG---------------GC-A--A-AA-AA-T--AATACTTTTA---------------------A--------------TTAAA---A-----------AT-GAA---T--A-T---N-------AAAA-------C-CT-T-C-----GAA-T-A-CA-GATNA-----ATTTGTA--A-AA-GT--C--TA---AA-----TT------------TATGCA--TT-AGAC-TTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TGAAATGAATGGTAATTATGACCATAATCATCTT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 1111 22222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222 11111111111111111 11111111111
lowQualScore : 333 1 22222 5 4 2 3 55 6666666 3 4 44 3 3 4444 3 3 3 44 3 11111111111 3 99 3 3 55 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 99999999 33 2 0000000000000 22222222222222222 0 4 33 2 6666 1 8 2 4444 1 3 0 3 333 2 22 0 2 22 33 22222222222 8888888 2
lowQualScore : ... . ..... . . . . .. ....... . . .. . . .... . . . .. . ........... . .. . . .. . ................................................................................................................. . . ........ .. . ............. ................. . . .. . .... . . . .... . . . . ... . .. . . .. .. ........... ....... .
lowQualScore : 888 4 55555 0 0 5 6 00 1111111 9 5 22 6 7 3333 6 6 6 66 6 00000000000 3 22 3 3 00 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 7 66666666 11 2 6666666666666 44444444444444444 1 8 11 2 8888 0 0 0 2222 9 3 5 2 555 0 66 6 1 88 22 77777777777 8888888 2
consensus : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGA-TATTCGGTAGGTG-TAA--A-AACT--GTATTNCTCG-GA-TTTTATCCTTAG--TTTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GAAATTG--TA---G---GC-A--A-AA-AAT--AATACTTTTA---------------------A--------------TTAAA---N-----------AT-GAA---T--A-T---N-------AAAA-------C-CT-T-C-----GAA-T-A-CA-GATNA-----ATTTGTA--A-AA-GT--C--TA---AAT----T------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
Reference ( family-2107 ) : TAATTTCAGCGTTCGCAAAATT-----TCC-GAGATATTGAGA-TATTCGGTAGGTG-TAA--A-AACT--GTATTNCTCG-GA-TTTTATCCTTAG--TTTCT-ATAG-AGAA-A-NT-GAAATTG--NA---G---GC-A--A-AA-AAT--AATACTTTTA---------------------A--------------TTAAA---A-----------AT-GAA---T--A-T---N-------AAAA-------C-CT-T-C-----GAA-T-A-CA-GATNA-----ATTTGTA--A-AA-GT--C--TA---AAT----T------------TATGCA--TT-A-GACTTGGTTGAACGCTA-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTNCACCTACCAGAATGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGACGTCATGTCAAAATT
gi|1 : TAATTTCAGCATTCACAAA-TT-----TCT-GAGATACTGAGATTATTTGGTA--TG-TAATCA-GATA--GAATTACTTT-AA-TTTTATCATTAATTTTTTT-ATAGAAAAA-A-GT-GAAATTGTTTA---C---AT-A--A-AA-AAT--AGTGTTT------------------------A--------------TTAAA---T-----------AT-TAA---TTAA-T---T-------CAAA-------CTCT-T-C-----
gi|1 : ttcaAAA---A-----------AA-GAA---T--G------------------------C-TT-T-T-----GAA---A-AA-GATTG-----ATTTGTT--A-A--GT--T--GA---AAT----T------------CATGCA--TT-ATGACTTGGTAGAATGCTA-A----GGA-TAAAT-CTGAGTAATCCACCTACCGGAATGT---GAA-GGCATGTCAAA--ATACTGATCACCGA--TTGatgtttaagtagtttgcgaactgaaggacatgaaaaaaaagaatgcttttgaaaaagattgatttgttaagttgaaattcatgcattatgacttggtagaatgctaaggataaatctgagtaatccacctaccggaatgtgaaggcatgtcaaaatactgatcaccgattg
gi|10 : ttcataatttcagcattcacaaatttctgagatactgagattatttggtatgtaatcagatagaattactttaattttatcattaatttttttatagaaaaaagtgaaattgtttacataaaaaatagtgtttattaaatattaattaattcaaactcttcatgtttaagtagtttgcgaactgaaggacatgaaAGATATTGAAA-TATAGGCTAGGTG-TAA--A-AACT--G-ATTTATTT-TA-TTTTATCCTCAC--TTCCT-ATAG-AGAA-A-AA-GAAATTG--AA---G---GC-A--ACAACAAT--GCTACTTTTG---------------------A--------------TGAAAT--A-----------TT-GAA---T--AGT---A-------AAAG-------T-AT-A-CATAGTGAA-TAA-CATGATAATATATATTTTTG--A-AACAT--A--TT---AAT----TTGTAAAATATGATATGCA---T-A-TGCTTGGTT---------------GA-TAAACATCGAGTT
gi|11 : gtta---GT-A--A-AA-CATGAAATA--TTGA---------------------A----------------GAA---C-----------AT-GAA---C--A-T---G-------GAAA-------G-TTAT-T-----GAG---A-CA-GAAAC-----ATTTTTA--A-AA--T--C--TA---AAT----G------------TATGCA--TA-A-TACTTGGCTGAACACTATA----AAA-AAAACACAAAGTTGTTTACCAACCAGAAAGT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATATCAAGCATTGA--TTGGTTGATA--A
gi|12 : aaatagttttaataactattagtttataaagtcttcaattt-TAAATATCGCGTTGGGCGCTTACGAGAATGT---AGA-AGTGTGTTAAA--ATATTGATCGCTGG--TTGTTTGATA--GTT-----------TTTA------AGGATGCCACACCAAAATat
gi|13 : aattattgtcagtgA---------------------A--------------GTGAA---C-----------AT-GAA---A--A-T---A-------AATA-------T-CT-TAT-----GAA---A-TA-GGTGA-----AGTTGTA--A-AA--T--C--TT---AAT----T------------TATGCA--TT-A-TCTTTTGTTGAACACTT------GGA-TAAACACCAAGTTGTACAACTGGCAGAATAT---G----------TAAA------TGATCTTTTA--TTGAGTGGTA--ACG-----------TTTG------ATGAAGTCATGCTAAatgtttatctcatcaattttactcgtattgcttctgttattttgattatgtttatctcatcaattatagtcatactgctata
gi|14 : taaaaacttgca-----ATTTGAA--ACAA-AT------A---AAT----T------------TGT-TA--TG-A-AACTAAGTTGGACACAA-A----GAA-TAGAAATAAATCTATTCACCTACCATAATATTATGGA-GGTGTCTCAAA--ATACTGATACATGA--TTGGTTGATA--ACT-----------Tgtt
gi|15 : tgtttcgagtattaaattgtgttgaacgacatgtaaaaaaagaaggcAA-T-A-CA-AA--A-----ATTTGAA--A-TT-GTAGC--GA---AAT----T------------TATCCA--TA-A-TATTTGGTAGAACATTA-A----GAA-TATAAACCGAGTTGTACACGTACCAGGGTGT---GGG-CGTAAGCCAAA--GTATTCATCACAGA--TTGGTTAATA--AAT-----------TCTAATGATTATGACGTCATGTCAAAATT
gi|16 : ccttatttTTTA---------------------A--------------T--AA---C-----------AT-GAA---C--A-T---AG------AAAA-------C-AT-T-T-----GAA---A-TA-AATCA-----ACTTGTA--A-AA-GT--C--TG---A-C----G------------TATGCA--AT-A-GA-----TTGAACACAA-A----GGA-TCAACACC------------TACCCGA-TGT---GCA-GGTGTGC--AA--ATAC--ACCACTTA--TTAGTTGATA--ACA-----------AATG------ATGATGTCATGTCAAAAT
gi|17 : aTGAA---A-----------A---AA---T--A-----C-------AATA-------C-TT-T-T-----GAA---A-CT-GATTA-----ATTTGTA--A-AA-TT--T--TA---A---------------------T-----TT-A-GACTTGGTTGAACAACA-A----GAA-TAAAC
gi|18 : attatttatatatacaacttgttttaatcacatattatgttttaaactgttctaattataaatgattgtatattaaaggtcaTA--A-AA-GT--C--GA---AGT----T------------GATATA--TT-AAGGCTCCAATAAACACCA-A----GAA-TAAACACAGAGTTGTTCTACTACCAGAATGT---GAA-GGTAACCCAAA--ACACTGATCACGTA--TTGCTTGATA--AAT-----------TTTG------ATGATGTCGTG
gi|19 : TCA-----GTTTATA--A-AT-GT--T--TATATAGT----T------------TAT--A--TT---GATCTAGTCCA----TA-A------A-TAAACAC--AG----------ACCAGAAATT---GGA-GGTGTGTCAAA--ATACTGATCGCTGA--TTGGTTGATctgaactcagaataatgtatatcg
gi|2 : aaacatTCGCAACACT-----CCC-AAGGTATCAAGA-TATTTGATTGGTG-TAA--A---CT--GTTTTACTTG-GA-TTTTATCCTTAG--TTCCA-ATGG-AGAATA-TT-GGAGTTG--TT---G---GCTG--A-AC-AAT--AATACGTTTAATTAAATGATAAAATATACCTA--------------TTAAACAAA-----------AT-GAA---A--A-T---A-------GTAG-------T-TT-T-T-----GAA---A-TA-GATCA-----TTTTGTA--A-AA-G-----------AAT----T------------CATGCA--TT-------TGGTTGAACACTA-G----GGA-TAAACACCGATTTGTTCAACTGGCAGTTTAT---GGA-GGTGTGTCAAT--ATCCTGACTGCTCA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGAGGTCATATCAAAAttacttaataaaccgcgcacgcttaatggctgactaa
gi|20 : acatttactataccTGAGA-TATCTGGTAGGTG-T-A--A-AACT--GT-TTACGCG-GA-TTTTATC---------------AG-AAAA-A-CT-GGATATG--AA---GACAGC-A--A-AA-GA---AATAGTTTTA---------------------A--------------TTAAA---G-----------TT-GTA---G--A-TTTGT-------AAAA-------T-CT-T-C-----AAA-T-
gi|21 : AA---C-----------AT-GAA---A--A-T---G-------TACA-------G-TT-T-T-----GAA---A-CA-GATCA-----TTTTGTA--A-TA-TT--T--TGCT-AAT----T------------T--------T-A-GTCTT-----AAC--TA-A----GGAATAACTAA-GAGTACTTAACCTACCAGAATGA---GGA-GGTGTGTCGAA--ATtttaataaaaat
gi|22 : tgaagTAATTTCAG-GAAGGAAAACTT-----TCC-GAGATATTGAAA-TATTCGGTAAGTGTTAA--A-CACTGCGTGTTACTCG-GA-TTTTAGCCTTA----TTTA-ATAC-AAAA-ATTT-GAAATTG--
gi|23 : attcaGTTGAAATCTG-A----GGA-TAAACACCGAGTTGTACACCTACCAGAATGT---GGA-GATGTGTC-AT--ATATTGATCACTGA--TTGGTTGAAA--AGT-----------TTTG------ATGTTAGCGTGTCAAAATTt
gi|24 : AAATT-----TTCAGAGACATTGAGA-TATTTGGTAGGTG-TAA--A-AGTT--GTATTGCTTG-TATTTTTATCTTAAA--TTTCT-ATAG-AGAA-A-GT-TTAATTG--CG---G---GC-A--A-CA-Aa
gi|25 : CACCGATCAGAATGT---AGA-GGTGTGTCATT--ATACTAATCAGTGA--TTGGTTGATA--ACTTGATGTCGTCATTTG------ATGTCGTCATGTCAAAGT
gi|26 : ATCAGAACGT---GAATAGAGTGTGAAA--ATATTGATCACTGA--TTGGTTGATA--Aaa
gi|27 : acaa-A-CA-GATAA-----ATTTGTA--T-GA-GT--C---G---AAT----T------------CATGCA--TA-A-G-CTTGGTTGAATGTAA-A----GGA-TAATCACAGAGTTGTTCTGCTACCAGAATagttnnnnnnnnnnctgttcttaatggaactctaaa
gi|28 : gcaTGTGTCAAACAATACTGATCAATAA--TTGGTTGATA--ACT-----------TTCT------TTGACGTCATGTAAAAATTt
gi|3 : -----TTC-GAGATATTGAGA-T--TCGTTAGGAG-TAA--A-A--T--GTATTTCTCG-GA-TGTTATCCTAAG--GTTTT-ATGG-AGAA-A-AT--AAATAG--TAAGTG---GC-C--A-AA-AAT--AATGGTTTTA---------------------AATAGATATGAACTTTTAAA---ACGTGCTTGCACATTGAAGTCT--A-T---G-------AAAAAAGAACGC-TT-T-T-----GAA-T---CT-GATTG-----ATTTGCA--A-AAAGT--CAATA---AAT----G------------TTTGCA--TC-A-GACTTG-TTGAATACTA-ATAACGG--TAAAAACCGAGTTGTTCACCTACCAGAATGT---------------------CAC---TCACTGA--TAGGCTGATATTATA-----------TTT-------ATGACGTCATG
gi|4 : cttatctatatttatagcaTAATTTCAGCGGTTGCAAAATTAAATTTCC-GATATATTGATA-TATTCGGTAGGTT-TAA--G-AA-----TATT----------TTTACCCT--A--TTTCTCATAG-AGAA-A-AT-AAAAT-G--TA---A---AT-AGCA-AA-AGT--AATATTTTT--------------------------------------TAAA---A-----------AT-AAA---T--A-T---TGACCATTAAAA-------T-GT-T-C-----GAA-TTA-TT-GA--A-----GTTTGCATCA-GATGT--A--TA---AAT----T------------T---CA--TTTA-GAATTTGTTGAACTCTA-A----CGA-TAAACACCGAATTGACCACATACCTAAATAT---GGA-G--GTGTCAGA--AAAGTTATCGCTAATTTTGTTTGGTA--ACT-----------TTAA------ATGAAGTTTTGACAAAATTctg
gi|5 : ctaTAATTTTAGTATTCACAAAATT-----TTC-GAGATGTTGAGA-TATTTGGTTGGTG-AAA--AGAATT--GTACTTCTCT-GA-TTTTATCCTTAA--GTTCT-TTAG-AGAA-A-GT-GAAATTA--A---------C-A--A-AA-AAT--GATAATTTTT---------------------A--------------TTAAA---A-----------AT-AAA---T--T-T---T-------AAAA-------C-CT-T-C-----AAAGT-AACA-GATAA-----ATTTGTA--A-CA-GT--T--TA---AAT----T------------CATCCA--TT-A-GATTTGGCTGAACACTC-A----GGA-TAAACACAGAGTAATTCACCTACCAGAATGT---GGT-GGTGTATCAAA--ATACCAATTACTGA--TTGGTTGATA--AGT-----------TTTG------TTGATGTCATATTAAAATTa
gi|6 : CATTCGCAAAATA-----TTT-AACATATTGAGA-TGGCTGGTAGGTG-TAA--A-A--T--GTTTTACTCATGA-TTT-ATTCCTAG--TTTCT-ATAG-A-AA-A-TT-GGATATG--TA---GCA-GC-A--A-AA-ATT--AAAACTTTTA---------------------A--------------TTTAA---G-----------ATTGAA---T--C-T---C-------AAAA-------G-CT-T-C------------------T-------ATTTATA--A-AA-GT--A--TAGTAAATGATTT------------TAAGCA--TT-A-TATTTGGCTGAACGTAA-A----TGA-TAAACATCGAGT--------------AATAT---GGA-GGTATGTCAAA--ATATTGATCACCGA--TTCAGCAATA--ACC-----------TTTC------TTGACATCATGTCAAAATT
gi|7 : -A--A-AA-AAA--AACACCTATG---------------------G--------------CACAA---C-----------AT-GAA---A--A-T---A-------GAAA-------A-CT-T-A-----GAA---A-CA-----------ATTTGTC--C-AA-GT--G--TG---AAT----T------------TATGCACTTT-A--ATTTAATCGAACTCTA-A----AGA-TAAACACAGAGTCGTCAACCAACCAGAATAT---TGA-CGTGTGGCAAA--ATATTGATAGATGA--T
gi|8 : ctgttatattattattatcttctgtttcatacttaatatgttttcaatgaaaagtaatactttaattgaataatcttctatttTTTGGAAGATG-TAA--ACAACA--GTTGTTCACG-GA-TTCTATCCATAT--ATTTT-CTAG-AGAC-A-ATAGGAATTC--TA---G---GC-ATCA-AA-AAT--AGTACTTTTG---------------------A--------------ga
gi|9 : aacaattaatatatattgctattcataaattcaatatttttgtTTGACTTCTA-A----GAG-TAAACATCACGTTGTGCACATACGAGATTGT---AAA-AATGTACTAAA--ATA------GCTGG--TTGTTTGATA--ACT-----------TTTG------ATGATGCCATATCAAAgtgatttttgtctttgaatcttcgaattaataaacatgcctatggaacgatttaaatgtagaaatatttgtacttaatcaatttgaaaaagaagtcatccattagat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TGAAATGAATGGTAATTATGACCATAATCATCTT