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lowQualScore                  :                ..              .                 .       .. ......             .                    .....                               
lowQualScore                  :                11              7                 1       44 222222             4                    99999                               
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Reference ( gi|2 )            : CGAACATATTTGACAGATTTGACAGTTTGCAATTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAT
gi|3                          : CGAACATATTTGACAGTTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCTGTTAATTATCTGTCA---T------AGTCACGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCAAATCTGCAGGCTATGAACGTCAACA
gi|5                          : CGAACATACTTGACAATTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTTATTATCTGTCAT--T------AGTCACGAGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTTCCAATCTGCAGGAGATGAAAGTCA
gi|4                          : CGAACATATTTGACAGTTTTGACAGTTTCCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------ATTCCTTTGGGTT-ACAAAAACAAGTCAATTACA-----TTCCAAATCTGCAGGAGATGAATGTCA
gi|1                          :  GAACATATTTGACAGTTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAGTTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCA
gi|9                          :     attatTTAACAGTTTTGACAGTTTGCAGCTTTTGTACGTTAATTAACTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTATA-----TTCCAGATCCGCAGGACATGAATGTCAGCAT
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gi|11                         :             ACATATTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCTGTTAATCATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGAGTT-AAATAAACAAGTCAATGACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAa
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gi|7                          :        tatgaACATATTTGACTGTTTGCAGTTTTTGTCCTTTAATTATCTATCAT--T------AGTCCCGTGAGTT-AATTAAACAAGTCAGTTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAACAT
gi|6                          :       ttacgaACATATTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTATCAT--T------AATCCCGTGGGTTAAAATAAACAAGTCAATTACATTGATTTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAa
gi|13                         :        ttcgaACAGTTTTGACAGTTTGCATTTTTGGTCCATTAACTAAC-GTTAT--T------ATTCCTGTTAGTT-AAATCAACAAGTCAAGTACA-----TTCCCAATTTCCAGGAGATGAATGTCAGCAT
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lowQualScore                  :                       ..                                .       .. ......             .                    .....                               
lowQualScore                  :                       44                                4       22 888888             2                    66666                               
consensus                     :        CGAACATATTTGACAGNTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAT
Reference ( family-2089 )     :        CGAACATATTTGACAGNTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAT
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gi|16                         :                                         atatGTCTGTTAATTAACTGTCAT--T------AGTTCCAT----T-ATGTAAACAAGTCCAGTACA-----TTCCCAATTTGTAGGAGATGAATGTCAGCATat
gi|17                         :                                                      TTA-CTGTTGTAAC------AGTCCCATGAGTG-AAATAAACAAGTTAATTACA-----TTCCCAATTTGCAGGAAATGAATGCCAatc
gi|18                         :                                                                                  aatTT-AAATAAACAAGTTAATTACA-----TTCCCAATTTGCAGGAAATTAATGTCAGAATca
gi|19                         :                    ACATATTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTATTTATCTGT
gi|2                          : attacgaCGAACATATTTGACAGATTTGACAGTTTGCAATTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAT
gi|3                          :        CGAACATATTTGACAGTTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCTGTTAATTATCTGTCA---T------AGTCACGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCAAATCTGCAGGCTATGAACGTCAACA
gi|4                          :        CGAACATATTTGACAGTTTTGACAGTTTCCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------ATTCCTTTGGGTT-ACAAAAACAAGTCAATTACA-----TTCCAAATCTGCAGGAGATGAATGTCA
gi|5                          :        CGAACATACTTGACAATTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTTATTATCTGTCAT--T------AGTCACGAGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTTCCAATCTGCAGGAGATGAAAGTCA
gi|6                          :                    ACATATTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTATCAT--T------AATCCCGTGGGTTAAAATAAACAAGTCAATTACATTGATTTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCA
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gi|8                          :                 ttaACAAATTTGACAGTTTGCAGTTTTCGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACCAGTCATTTACA-----TTTCCAATCTGCAAGAGATGAATGTCAGCATa
gi|9                          :            tacgaTTAACAGTTTTGACAGTTTGCAGCTTTTGTACGTTAATTAACTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTATA-----TTCCAGATCCGCAGGACATGAATGTCAGCATa

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lowQualScore                  :                       ..                                .       .. ......             .                    .....                               
lowQualScore                  :                       44                                4       22 888888             2                    66666                               
consensus                     :        CGAACATATTTGACAGNTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAT
Reference ( family-2089 )     :        CGAACATATTTGACAGNTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAT
gi|1                          :         GAACATATTTGACAGTTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAGTTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCA
gi|10                         :              attatGACAGTTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCTGTTAATTAACTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAT
gi|11                         :                    ACATATTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCTGTTAATCATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGAGTT-AAATAAACAAGTCAATGACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAa
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gi|13                         :               tatgaACAGTTTTGACAGTTTGCATTTTTGGTCCATTAACTAAC-GTTAT--T------ATTCCTGTTAGTT-AAATCAACAAGTCAAGTACA-----TTCCCAATTTCCAGGAGATGAATGTCAGCAT
gi|14                         :                  acACAGTTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCTGTTAATTAACTGTCAT--TATAATAAGTCCCAT---T-----------AGTCAAGTACA-----CT-CCAATTTGCAGGAGATGAATGCCATCA
gi|15                         :                               acTTTGCAGTTTTTGTCTGTTAATTAACTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTTAGTTACA-----TTCCCCATTTGCAGGAAATGAATGTCAGCAT
gi|16                         :                                         atatGTCTGTTAATTAACTGTCAT--T------AGTTCCAT----T-ATGTAAACAAGTCCAGTACA-----TTCCCAATTTGTAGGAGATGAATGTCAGCATat
gi|17                         :                                                      TTA-CTGTTGTAAC------AGTCCCATGAGTG-AAATAAACAAGTTAATTACA-----TTCCCAATTTGCAGGAAATGAATGCCAatc
gi|18                         :                                                                                  aatTT-AAATAAACAAGTTAATTACA-----TTCCCAATTTGCAGGAAATTAATGTCAGAATca
gi|19                         :                    ACATATTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTATTTATCTGT
gi|2                          : attacgaCGAACATATTTGACAGATTTGACAGTTTGCAATTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAT
gi|3                          :        CGAACATATTTGACAGTTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCTGTTAATTATCTGTCA---T------AGTCACGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCAAATCTGCAGGCTATGAACGTCAACA
gi|4                          :        CGAACATATTTGACAGTTTTGACAGTTTCCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------ATTCCTTTGGGTT-ACAAAAACAAGTCAATTACA-----TTCCAAATCTGCAGGAGATGAATGTCA
gi|5                          :        CGAACATACTTGACAATTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTTATTATCTGTCAT--T------AGTCACGAGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTTCCAATCTGCAGGAGATGAAAGTCA
gi|6                          :                    ACATATTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTATCAT--T------AATCCCGTGGGTTAAAATAAACAAGTCAATTACATTGATTTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCA
gi|7                          :   ttcgaCGAACATATTTGAC-----TG----TTTGCAGTTTTTGTCCTTTAATTATCTATCAT--T------AGTCCCGTGAGTT-AATTAAACAAGTCAGTTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAACAT
gi|8                          :                 ttaACAAATTTGACAGTTTGCAGTTTTCGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACCAGTCATTTACA-----TTTCCAATCTGCAAGAGATGAATGTCAGCATa
gi|9                          :            tacgaTTAACAGTTTTGACAGTTTGCAGCTTTTGTACGTTAATTAACTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTATA-----TTCCAGATCCGCAGGACATGAATGTCAGCATa


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blockSeqs                     :                       TA                                T       .  .                  .                    .    
blockSeqs                     :                       TA                                T       .  .                  .                    .    
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blockSeqs                     :                       GT                                A       .  .                  .                    .    
blockSeqs                     :                       TA                                A       .  .                  .                    .    
blockSeqs                     :                       GA                                A       .  .                  .                    .    
blockSeqs                     :                       GT                                T       .  .                  .                    .    
blockSeqs                     :                       GT                                T       .  .                  .                    .    
blockSeqs                     :                       AT                                T       .  .                  .                    .    
blockSeqs                     :                       TA                                T       .  .                  .                    .    
blockSeqs                     :                       AA                                T       .  .                  .                    .    
blockSeqs                     :                       GT                                T       .  .                  .                    .    
blockSeqs                     :                       .                                 T       .  .                  .                    .    
blockSeqs                     :                                                         T       .  .                  .                    .    
blockSeqs                     :                                                         A       .  .                  .                    .    
blockSeqs                     :                                                         .                             .                    .    


blockSeqCons                  :        
originalCons                  :        CGAACATATTTGACAGNTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAT
finalCons                     :        CGAACATATTTGACAGNTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAT

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lowQualScore                  :                       44                                4       22 888888             2                    66666                               
consensus                     :        CGAACATATTTGACAGNTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAT
Reference ( family-2089 )     :        CGAACATATTTGACAGNTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAT
gi|1                          :         GAACATATTTGACAGTTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAGTTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCA
gi|10                         :              attatGACAGTTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCTGTTAATTAACTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAT
gi|11                         :                    ACATATTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCTGTTAATCATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGAGTT-AAATAAACAAGTCAATGACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAa
gi|12                         :                  gaACATATTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGATT-AAATAAACACATCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATTAATGTCAa
gi|13                         :               tatgaACAGTTTTGACAGTTTGCATTTTTGGTCCATTAACTAAC-GTTAT--T------ATTCCTGTTAGTT-AAATCAACAAGTCAAGTACA-----TTCCCAATTTCCAGGAGATGAATGTCAGCAT
gi|14                         :                  acACAGTTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCTGTTAATTAACTGTCAT--TATAATAAGTCCCAT---T-----------AGTCAAGTACA-----CT-CCAATTTGCAGGAGATGAATGCCATCA
gi|15                         :                               acTTTGCAGTTTTTGTCTGTTAATTAACTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTTAGTTACA-----TTCCCCATTTGCAGGAAATGAATGTCAGCAT
gi|16                         :                                         atatGTCTGTTAATTAACTGTCAT--T------AGTTCCAT----T-ATGTAAACAAGTCCAGTACA-----TTCCCAATTTGTAGGAGATGAATGTCAGCATat
gi|17                         :                                                      TTA-CTGTTGTAAC------AGTCCCATGAGTG-AAATAAACAAGTTAATTACA-----TTCCCAATTTGCAGGAAATGAATGCCAatc
gi|18                         :                                                                                  aatTT-AAATAAACAAGTTAATTACA-----TTCCCAATTTGCAGGAAATTAATGTCAGAATca
gi|19                         :                    ACATATTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTATTTATCTGT
gi|2                          : attacgaCGAACATATTTGACAGATTTGACAGTTTGCAATTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAGCAT
gi|3                          :        CGAACATATTTGACAGTTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCTGTTAATTATCTGTCA---T------AGTCACGTGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTCCAAATCTGCAGGCTATGAACGTCAACA
gi|4                          :        CGAACATATTTGACAGTTTTGACAGTTTCCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------ATTCCTTTGGGTT-ACAAAAACAAGTCAATTACA-----TTCCAAATCTGCAGGAGATGAATGTCA
gi|5                          :        CGAACATACTTGACAATTTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTTATTATCTGTCAT--T------AGTCACGAGGGTT-AAATAAACAAGTCAATTACA-----TTTCCAATCTGCAGGAGATGAAAGTCA
gi|6                          :                    ACATATTTGACAGTTTGCAGTTTTTGTCCGTTAATTATCTATCAT--T------AATCCCGTGGGTTAAAATAAACAAGTCAATTACATTGATTTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCA
gi|7                          :   ttcgaCGAACATATTTGAC-----TG----TTTGCAGTTTTTGTCCTTTAATTATCTATCAT--T------AGTCCCGTGAGTT-AATTAAACAAGTCAGTTACA-----TTCCCAATCTGCAGGAGATGAATGTCAACAT
gi|8                          :                 ttaACAAATTTGACAGTTTGCAGTTTTCGTCCGTTAATTATCTGTCAT--T------AGTCCCGTGGGTT-AAATAAACCAGTCATTTACA-----TTTCCAATCTGCAAGAGATGAATGTCAGCATa
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