lowQualScore                  :                        2222222222    0            00   
lowQualScore                  :                        ..........    .            ..   
lowQualScore                  :                        8888888888    6            99   
consensus                     :     GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
Reference ( gi|8 )            :     GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|9                          :     GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|43                         :     GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|39                         :     GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|28                         :     GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|24                         :     GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|18                         :     GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|54                         :    cGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--C
gi|48                         :     GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--C
gi|4                          :     GTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|41                         :    cGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--TGt
gi|40                         :     GTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|33                         :     GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGAAATATA--CG
gi|26                         :     GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGAGAATATA--CG
gi|6                          :     GTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|13                         :    cGTTTATTAGAGTGGGGACA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|10                         :     GTTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--TGG
gi|7                          :     GTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--TGG
gi|11                         :     GTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAGA--CGG
gi|15                         :     GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--TGG
gi|23                         :     GTTTATTAGAGTGGGGGCT----------CTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|44                         :     GTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CG
gi|5                          :     GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTT-TACGGGAATATA--CGG
gi|20                         :     GTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--t
gi|21                         :     GTTTATTAGAGTGGGG-CG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CGGag
gi|27                         :     GTTAATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAAA--CG
gi|59                         :     GTTTATAAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAT
gi|62                         :    cGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGA
gi|64                         :    cGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGG
gi|17                         :    cGTTTATTAGACTGAGAGCG----------TTTA-TAAGTGAATAAA--CGG
gi|3                          :     GTTTATTAGAGGGGGTGCG----------TTAA-TAAGGGAATTTA--C
gi|47                         :     GTTTATAAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAATGAATATA--TGtgtac
gi|42                         :      TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|35                         :      TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|34                         :      TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|31                         :      TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|12                         :      TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|19                         :     aTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|29                         :    caTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|51                         :      TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--TG
gi|25                         :      TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|37                         :     tTTTATTACAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|36                         :      TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAAA--CGG
gi|30                         :      TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CAG
gi|14                         :      TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CAG
gi|38                         :     aTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CAG
gi|57                         :      TTTATTGGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CG
gi|53                         :      TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAA-GGAATATA--CGG
gi|22                         :      TTTATTAGAGTGGGGACG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CG
gi|49                         :     aTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--
gi|56                         :    caTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGACTATA--C
gi|16                         :      TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAG-TAAGGGAATATA--TGGt
gi|45                         :      TTTATTAGAGTGAGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--TGGt
gi|32                         :      TTTATTAGAGTGGGGGTG----------TATA-TAAGGGAATGTA--CG
gi|60                         :     aTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATAT
gi|58                         :     aTTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTAA-TAAAGGGATATA--g
gi|1                          :    caTTTATTAGAGTGGGGGGGGGGGGGGGGCTTTAATAAGGGAATATA--CGG
gi|2                          : gggcaTTTATTAAAG-GGGTGCG----------TTAA-TAAGGGAATATATACGGta
gi|46                         :     aTTTATTAGAGAGGGTGCG----------TAAA-TAAGGGATTATA--CGtatt
gi|52                         :      aTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-CAAGGGAATATA--CGG
gi|55                         :       TTATTAGAGTTGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|50                         :        TATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|61                         :         ATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CGGt
gi|63                         :             GAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG





Alignments
lowQualScore                  :                         2222222222    0            00   
lowQualScore                  :                         ..........    .            ..   
lowQualScore                  :                         7777777777    6            99   
consensus                     :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
Reference ( family-2087 )     :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|1                          :       TTTATTAGAGTGGGGGGGGGGGGGGGGCTTTAATAAGGGAATATA--CGG
gi|10                         : gggcaGTTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--TGGta
gi|11                         :      GTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAGA--CGG
gi|12                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|13                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGACA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|14                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CAG
gi|15                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--TGG
gi|16                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAG-TAAGGGAATATA--TGG
gi|17                         :      GTTTATTAGACTGAGAGCG----------TTTA-TAAGTGAATAAA--CGGt
gi|18                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|19                         :      cTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|2                          :     caTTTATTAAAG-GGGTGCG----------TTAA-TAAGGGAATATATACGG
gi|20                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--tatt
gi|21                         :      GTTTATTAGAGTGGGG-CG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CGGag
gi|22                         :       TTTATTAGAGTGGGGACG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CG
gi|23                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGGCT----------CTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|24                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|25                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|26                         :     tGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGAGAATATA--CG
gi|27                         :      GTTAATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAAA--CG
gi|28                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|29                         :       TTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|3                          :      GTTTATTAGAGGGGGTGCG----------TTAA-TAAGGGAATTTA--C
gi|30                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CAGtgtac
gi|31                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|32                         :       TTTATTAGAGTGGGGGTG----------TATA-TAAGGGAATGTA--CG
gi|33                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGAAATATA--CG
gi|34                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|35                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|36                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAAA--CGG
gi|37                         :       TTTATTACAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|38                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CAG
gi|39                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|4                          :      GTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|40                         :     cGTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGt
gi|41                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--TG
gi|42                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|43                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|44                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CG
gi|45                         :       TTTATTAGAGTGAGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--TGG
gi|46                         :       TTTATTAGAGAGGGTGCG----------TAAA-TAAGGGATTATA--CG
gi|47                         :     aGTTTATAAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAATGAATATA--TG
gi|48                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--C
gi|49                         :       TTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--
gi|5                          :    caGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTT-TACGGGAATATA--CGG
gi|50                         :         TATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGGt
gi|51                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--TGt
gi|52                         :        TTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-CAAGGGAATATA--CGG
gi|53                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAA-GGAATATA--CGG
gi|54                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--C
gi|55                         :        TTATTAGAGTTGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|56                         :       TTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGACTATA--C
gi|57                         :       TTTATTGGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CGt
gi|58                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTAA-TAAAGGGATATA--
gi|59                         :    caGTTTATAAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAT
gi|6                          :     cGTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|60                         :      cTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATAT
gi|61                         :         aATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CGGg
gi|62                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGA
gi|63                         :             cGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|64                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGt
gi|7                          :     cGTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--TGG
gi|8                          :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|9                          :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG





Alignments
lowQualScore                  :                         2222222222    0            00   
lowQualScore                  :                         ..........    .            ..   
lowQualScore                  :                         7777777777    6            99   
consensus                     :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
Reference ( family-2087 )     :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|1                          :       TTTATTAGAGTGGGGGGGGGGGGGGGGCTTTAATAAGGGAATATA--CGG
gi|10                         : gggcaGTTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--TGGta
gi|11                         :      GTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAGA--CGG
gi|12                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|13                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGACA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|14                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CAG
gi|15                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--TGG
gi|16                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAG-TAAGGGAATATA--TGG
gi|17                         :      GTTTATTAGACTGAGAGCG----------TTTA-TAAGTGAATAAA--CGGt
gi|18                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|19                         :      cTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|2                          :     caTTTATTAAAG-GGGTGCG----------TTAA-TAAGGGAATATATACGG
gi|20                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--tatt
gi|21                         :      GTTTATTAGAGTGGGG-CG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CGGag
gi|22                         :       TTTATTAGAGTGGGGACG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CG
gi|23                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGGCT----------CTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|24                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|25                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|26                         :     tGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGAGAATATA--CG
gi|27                         :      GTTAATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAAA--CG
gi|28                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|29                         :       TTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|3                          :      GTTTATTAGAGGGGGTGCG----------TTAA-TAAGGGAATTTA--C
gi|30                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CAGtgtac
gi|31                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|32                         :       TTTATTAGAGTGGGGGTG----------TATA-TAAGGGAATGTA--CG
gi|33                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGAAATATA--CG
gi|34                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|35                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|36                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAAA--CGG
gi|37                         :       TTTATTACAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|38                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CAG
gi|39                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|4                          :      GTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|40                         :     cGTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGt
gi|41                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--TG
gi|42                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|43                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|44                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CG
gi|45                         :       TTTATTAGAGTGAGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--TGG
gi|46                         :       TTTATTAGAGAGGGTGCG----------TAAA-TAAGGGATTATA--CG
gi|47                         :     aGTTTATAAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAATGAATATA--TG
gi|48                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--C
gi|49                         :       TTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--
gi|5                          :    caGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTT-TACGGGAATATA--CGG
gi|50                         :         TATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGGt
gi|51                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--TGt
gi|52                         :        TTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-CAAGGGAATATA--CGG
gi|53                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAA-GGAATATA--CGG
gi|54                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--C
gi|55                         :        TTATTAGAGTTGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|56                         :       TTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGACTATA--C
gi|57                         :       TTTATTGGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CGt
gi|58                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTAA-TAAAGGGATATA--
gi|59                         :    caGTTTATAAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAT
gi|6                          :     cGTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|60                         :      cTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATAT
gi|61                         :         aATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CGGg
gi|62                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGA
gi|63                         :             cGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|64                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGt
gi|7                          :     cGTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--TGG
gi|8                          :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|9                          :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG


blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         
blockSeqs                     :                         .         


blockSeqCons                  :                         **********
originalCons                  :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
finalCons                     :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG





Alignments
lowQualScore                  :                         2222222222    0            00   
lowQualScore                  :                         ..........    .            ..   
lowQualScore                  :                         7777777777    6            99   
consensus                     :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
Reference ( family-2087 )     :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|1                          :       TTTATTAGAGTGGGGGGGGGGGGGGGGCTTTAATAAGGGAATATA--CGG
gi|10                         : gggcaGTTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--TGGta
gi|11                         :      GTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAGA--CGG
gi|12                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|13                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGACA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|14                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CAG
gi|15                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--TGG
gi|16                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAG-TAAGGGAATATA--TGG
gi|17                         :      GTTTATTAGACTGAGAGCG----------TTTA-TAAGTGAATAAA--CGGt
gi|18                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|19                         :      cTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|2                          :     caTTTATTAAAG-GGGTGCG----------TTAA-TAAGGGAATATATACGG
gi|20                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--tatt
gi|21                         :      GTTTATTAGAGTGGGG-CG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CGGag
gi|22                         :       TTTATTAGAGTGGGGACG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CG
gi|23                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGGCT----------CTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|24                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|25                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|26                         :     tGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGAGAATATA--CG
gi|27                         :      GTTAATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAAA--CG
gi|28                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|29                         :       TTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|3                          :      GTTTATTAGAGGGGGTGCG----------TTAA-TAAGGGAATTTA--C
gi|30                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CAGtgtac
gi|31                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|32                         :       TTTATTAGAGTGGGGGTG----------TATA-TAAGGGAATGTA--CG
gi|33                         :     aGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGAAATATA--CG
gi|34                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|35                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|36                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAAA--CGG
gi|37                         :       TTTATTACAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|38                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CAG
gi|39                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|4                          :      GTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|40                         :     cGTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGt
gi|41                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--TG
gi|42                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|43                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|44                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CG
gi|45                         :       TTTATTAGAGTGAGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--TGG
gi|46                         :       TTTATTAGAGAGGGTGCG----------TAAA-TAAGGGATTATA--CG
gi|47                         :     aGTTTATAAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAATGAATATA--TG
gi|48                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--C
gi|49                         :       TTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--
gi|5                          :    caGTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTT-TACGGGAATATA--CGG
gi|50                         :         TATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGGt
gi|51                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--TGt
gi|52                         :        TTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-CAAGGGAATATA--CGG
gi|53                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTTA-TAA-GGAATATA--CGG
gi|54                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--C
gi|55                         :        TTATTAGAGTTGGGGCA----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|56                         :       TTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGACTATA--C
gi|57                         :       TTTATTGGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CGt
gi|58                         :       TTTATTAGAGTGGGGGCA----------TTAA-TAAAGGGATATA--
gi|59                         :    caGTTTATAAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATAT
gi|6                          :     cGTTTATTAGAATGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CG
gi|60                         :      cTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATAT
gi|61                         :         aATTAGAGTGGGGGCG----------TTAA-TAAGGGAATATA--CGGg
gi|62                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGA
gi|63                         :             cGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|64                         :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGt
gi|7                          :     cGTTTATTAGAGTGGGGGTG----------TTTA-TAAGGGAATATA--TGG
gi|8                          :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG
gi|9                          :      GTTTATTAGAGTGGGGGCG----------TTTA-TAAGGGAATATA--CGG