lowQualScore : 111111111 11 11 1111111111111111 2222222 22222222
lowQualScore : 2222 11 44444444 11 111 666666666 11 11 22 3333333 1 1 1 1 2 1 1 11 22 11 222 11 1 11 1 88 44 44 3333 44 3333 555 1 22 6 6666 4444444444444444 1 1 1 33333 55 1 1 111 222 22 6666666 2 77777 1 44444 8888888888 8888888888 33333333 333
lowQualScore : .... .. ........ .. ... ......... .. .. .. ....... . . . . . . . .. .. .. ... .. . .. . .. .. .. .... .. .... ... . .. . .... ................ . . . ..... .. . . ... ... .. ....... . ..... . ..... .......... .......... ........ ...
lowQualScore : 6666 77 11111111 66 999 555555555 44 44 44 3333333 0 0 0 0 1 0 1 55 11 55 333 88 3 88 6 88 66 00 7777 00 5555 888 9 55 0 4444 4444444444444444 9 8 9 88888 66 7 5 777 777 11 1111111 0 00000 9 88888 3333333333 3333333333 22222222 999
consensus : AGGCTTCTGTTTCA----C--CA--------ACA--TT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-A-AA-CTTAA--CT-AA--GT---TT--T-GACTGGT--TATTT-ATCTA--T--TA---TGTA----A---TCAATATC--AATGA----AACCA-----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-G-AT---TTAA--GT-----TNTT-AA-----GT-AT-----TTAAGT----------ATA----------TG-------TTG---GTGAAACAGG
Reference ( gi|7 ) : AGGCTTCTGTTTCA----C--CA--------ACA--TT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-A-AA-CTTAA--CT-AA--GT---TT--T-GACTGGT--TATTT-ACCTA--T--TA---TGCA----A---TCAATATC--AGTGA----AATCA-----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-G-AT---TTAA--GT----GTGTT-AA-----GT-AT-----TTAAGT----------ATA----------TG-------ATG---GTGAAACAGG
gi|31 : AGGCTTCTATTTCA----C--AA--------AAA--TT---T--------AAA--TTA--AA--T-------A-CA-T-A-A-A-AA-CATAA--CTCAA--GT---TT--C--ATTGAT--TACTT-A
gi|29 : AGGCTTCATTTTCAGCACCAACA--------ACA--TT---T--------TAC--TTA--AA--G-------A-CG-T-A-A-A-AC-ATTAA--CT-TG--AT---TT--T-GACTGGT--TACT
gi|40 : AGTCTCCTATTTCA----C--CA--------ATA--T--------------GC--TTA--AA--T-------A-TT-C-A-A-A-AA-CTTAA--
gi|10 : ttaaatGGCTTCTGTTTCA----C--CA--------ACA--TT---T--------AAC--GTC--CA--T-------A-CT-T-A-A-C-AA-CTTAA--CT-AA--GT---AT--T-GACTGGT--TATTT-ATCTA--T--TA---TATA----A---TCAATATC--AATGA----AACCA-----T-----A-TGAAGTTTCATTGG-AATCAGTCT-AAAAT-CATGATCGTCT-G---GC-TGCTT-TTAT-TA-G-AT---TTAA---T----TTTTT-AA-----GT-AT-----TTAAGT----------TTA----------TGT------TTG---ATGAAGCg
gi|3 : GGCTTCAGTTTCA----T--CA--------ACAGATT---TATGTATA-TAC--TTG--AA--T-------A-CT-T-A-A-A-AA-CTGAA--AT-AA--
gi|44 : ttctgcttcaacaacattttcttaacttttaataaaataaaaactgaatttgactgtttacttaatatttttttatcagtgtcaatgaaaccaaatgcagtttttctatagccagtctaaattcatgattatttggatgttcgttaGGCTTCTGTTTCA----C--CA--------ACA--TT---T--------TAC--TTG--AA--T-------T-CT-T-A-A-A-A
gi|36 : GGCTTTTGTTTCA----C--CA--------ACA--TT---T--------GAC--TGA--AA--T-------A-CT-------A-AA-C-TAA--GT-AA-----------T-GACTGG---TATTT-A
gi|26 : GGCTCCTGTTTCA----C--CA--------ACA--TT---T--------TAC--TC------------------------A-A-AA-CCCAA--CA-AA--GC---CT--T-GACTGGA--CACAC-ATCCA--A--AA---TATA----A---TCAATa
gi|30 : GGCGCCTGTGTTA----C--AA--------ACA--CA---T---------AC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-A-AA-CTTGAATCT-GATCGTGACTT--TAGACTGAT--Tgcaacttgcacaata
gi|35 : gGACTCCTGTCTCA----C--CA--------ACA---T---A--------TAC--TTA--AC--T-------A-GT-T-A-C-A-AT-TTCAACGCT-AA--G
gi|47 : tgcttttGGCTTCTGTTTCA----C--CA--------ACA---T---A--------TAT--TTA--AA--T-------A-g
gi|11 : GCTTCTGTTTCA----C--CA--------ACA--TT---T---------AC--TTA--AA--T-------G-TT-T-A-ATA-AA----AA--CT-AA--GT---TT--T-GACTGTT--TATTT-ATCTA--T--TACATTGTATATGA---TAAATATC--AATGA----AACAA-----T-----G-TGCAGTTGTACTCG-AACCAGTCC-AAAAT-CATGAACACAT-G---GC-TGCTA-TTCT-CA----------AA--GT----GT-TT-AA-----GT-AT-----TTAAGT----------ATA----------TG-------TTG---GTGCAGCAGG
gi|5 : GCTTCTGTTTCG----C--CA--------ACA--TT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-A-A-A-A-AT-CTTAC--CT-TA--AC---TT--T-GACAGGT--AATTT-ATCCAATT--TA---T--A----A---TGAATATC--AGTGA----AA-CAATAATT-----A-TGTAGTTTTACTGG-AACCACTCT-TAAAT-CATGATCACAT-C---GA-TGCTT-TTCT-TA-G-AT---TGAA--GT-----T-CT-AAT----AT-AT-----TTAAGT----------A-A----------TG-------CTG---GTGAAACGGG
gi|1 : GCTCCTGTTTCA----T--CA--------ATA--TT---T--------T-C--CTA--AG--TTTTACTTA-CT-T-A-A-A-AT-CTTAA--CT-TC--AT---TT--T-GACTGAT--TACTT-CAGTA--T--TT---TG-A----A---CCAATGTC--AATGA----AACCA-----A-----T-TGCAGTTTTTTTTATAGCCGGTTT-AAAAT-CACAATCACCT-G---GG-TGCTT-TTCT-TT-G-AT---TTAA--GT----GT-TT-AA-----TT-AT-----TTAAGT----------ATA----------TACTTAAATATGTCAGTGAAACAGGa
gi|25 : GCTCCTGTTTTA----C--CA--------GTA--TT---TACAAGCTTTAT--TTA--AA--A-------A-CT-A-A-A-A-AA-TTTAAA-CT-TT--GT---TC--A-GACTGGT--AATTT-ATTTA--C--TA---TATA----A---TCA
gi|22 : GCTCCTGTCTCA----C--CA--------ACA--TTATTTGAAG----TAC--TTACTAAGCT-------A-CT-A-A-A-A-AAGCTTAA--CT-TT--AT---TT--T-GACTGAT--AATTT-TAATA--T--TC---TTAA----A---CCAATACCCAAGTAA----
gi|33 : GCTTCTGTTTCA----C--TGTCGTATTTAGA--TT---TA-------CAC--TTA--AAT-T-------A-CT-T-A-A-A-AA-CTTAAATTT-AA--Gccaa
gi|8 : gcttttCTTCTGTTTCA----C--CA--------ACA--TT---T--------TAC--TTA--AT--T-------A-CT-T-A-A-A-AA-CTTAA--CT-AA--GT---TT--T-GACTGGT--TATTT-ATCTA--T--TA---TATA----A---TCAATATC--ATTGA----CACAA-----T-----A-TGCAGTTTAACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTTT-TA-G-AT---TTAA--GT-----TTTT-AA-----GT-AT-----TTAAGT----------ATA----------TG-------TTG---GTGAAACAGG
gi|8 : CTCCTGTTTCA----C--CA--------ACA--TA---T---------AC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-A-AA-CTTAAATCT-AA--ag
gi|12 : cttctgtttcaccaacattttacttaattacttaaaaacttaactaagttttgactggttatttatctattatataatcaatatcattgacacaatatgcagtttaactggaaccagtctaaaatcatgatcacctggctgctttttCTTCTGATTCA----C--CA--------ACA--TT---T--------TAC--TTA--AT--T-------A-CT-T-A-A-A-AA-CTTAA--CT-AA--GT---TT--T-GACTGGT--TATTT-ATCTT--T--TA---TATA----A---TCAATATC--ATTGACC--AA--A-----T-----A-TGCAGAATAACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-G-AT---TTAA--GT-----TTTT-AA-----GT-TT-----TTAAGT----------ATA----------TG-------TTG---GTGAAAC
gi|9 : CTTCAGTTTCA----C--CA--------ATA--TT---T--------TGC--TTA--AA--T-------A-CT-TTA-G-A-AA-CTTAA--AT-AA--GA---TT--T-GACTGGTAATATTT-ATCTA--T--TA---TATA----A---TCAATATT--AATGA----AACAA-----A-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCATGT-A---GC-TGCTT-TCCT-TA-G-AT---TTAA--GT-----TTTT-AA-----GT-AT-----TTAAGT----------ATA----------TG-------TTG---GCGAAA
gi|45 : CTTCTGTTTTA----C--CA--------ACA--TT---T--------TAC--TGA--AA--T-------A-CT-T-A-A-A-a
gi|37 : CTTCTGTTTCA----C--TA--------ACA--TT---T--------T-C--TTA--AA--A-------A-CT-T-A-A-ACAA-AT-----CT-AA--AT---CT--T-AA
gi|3 : tgctgttcTTCTGCTTCA----A--CA--------ACA--TT---T--------T-C--TTA--AC--T---------TT-T-A-ATA-AA-ATAAAAACT-GA--AT---TT----GACTGTT--TACTT-AA-TA--T--TT---TTTT----A---TCAGTGTC--AATGA----AACCA-----A-----A-TGCAGTTTTTCTAT-AGCCAGTCT-AAATT-CATGATTATTT-G---GA-TGTTCGTTAT-T----AT---TTCA--GT-----TTTT-AA-----GT-AT-----TCAAGT----------ATA----------T
gi|6 : TCTGTTTTA----C--CT--------ACA--TT---T--------TAC--TTA--AA--C-------A-CT-T-A-A-A-CA-CTTAA--CT-AA--AT---TT--T-GACTGGT--CGTTT-ACCTA--TG-GA---T--A----A---TCAA-ATC--AATGA----AACCA-----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT--AAAC-CATGATCACAT-G---GA-TGCTT-GTCT-CA-G-AT---TTAA--GT----ATacataaatctgttgatgaaactgaagcc
gi|13 : TCTGTTTTA----C--CA--------CAA--TT---TCTTG----TGT--TT-------T-------A-CT-T-A-A-A-AT-CTTAA--CA-GA--AT---TT--T-TACTGGT--TTCTT-ATTTA--T--TC---TGTA----A---CTGAAGTC--ATTGA----AACTA-----T-----G-TGCAGTTGGATAGG-AAACAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---AA-TGCTT-TTCT-AA-T-AT---TTAA--GT----AT-----------AT-AC-----TTAAAT----------TTA----------T---------TT---GTGAAACAtcagatctggcttctgtttcaccaacatttacttaaatgttt
gi|38 : tgTTTGTTTC-----C--TA--------ATA--TT---T--------TCC--TTA--AG--C-------A-TT-T-A-A-A-AT-CTTGA--CT-AA--AC---TT--T-GACTGGT--
gi|11 : CTGCTGCA----C--CA--------ACA--TA---T---------AC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-A-CA-CTT
gi|39 : gcttctgtttcaccaacatttacttaaatgtttaataaaaactaagttttgactgtttatttatctattacattgtatatgataaatatcaatgaaacaatgtgcagttgtactcgaaccagtccaaaatcatgaacacatggctgctattctcaCTGTTTCA----C--CA--------TCA--TT---T--------TCT--TTT--AA--C-------AGAT-T-A---------TTAA--CT-TA--AA---TT--T-GACTGGT--TGTg
gi|16 : TGTTTCA-----------------AT---TT---T--------TAC--TTA--CC--T-------T-TT-T-TTA-A-AA-CTTTA--CT-AT--GT---TT----GACAGGT--TATTT-ATCTA--T--TA---ATCA----AACGTAAATATG--AATGA----AACCA-----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT--AAAT-CATGATCACCT-G---AC-TG-TT-TTCC-TA-C-AT---TTTA--GT----ATAT
gi|12 : tGTTTCA----C--CA--------ACA--TA---T---------AC--TTA--AA--A-------A-CT-T-A-A-A-AA-CTTAAATCT-AA--Ggatgaaatagaaggta
gi|9 : cttctgattcaccaacattttacttaattacttaaaaacttaactaagttttgactggttatttatcttttatataatcaatatcattgaccaaatatgcagaataactggaaccagtctaaaatcatgatcacctggctgcttttTTTCG----C--CA--------ACA--TA---T---------AC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-A-AA-CTTAAATCT-AA--G
gi|2 : cttcagtttcaccaatattttgcttaaatactttagaaacttaaataagatttgactggtaatatttatctattatataatcaatattaatgaaacaaaatgcagttttactggaaccagtctaaaatcatgatcatgtagctgctttcTTCA----C--CA--------ACA--CC---T--------T-CTTTTA--AT--T-------A-CTGT----------CTTAA--TT-GA--TT---TT--A-GAATGGT--GGTTT-GCCTA--T--TC---TGTA----A---CCAGT-------TGG----A--CA-----A-----T-TGCAATTGTACAGA-ATCCAGTGC-AAAAA-CACTGTTACCTAG---AA-TATAT-TTCTGTA-A-AC---TTAT--GT----a
gi|42 : A--------ATA--TT---T--------TAC--CTA--AA--T-------A-CT-T-A-A--------CAA--CT-AA--GT---TT--T-GACTGGT--TATttccttgaggtacatgtgcgaatgtccgagtttgtgttggtgaggcgttagcctgctctctg
gi|27 : --------ACA--TT---T--------GAC--AGA--AA--T-------A-CT-T-A-A-A-AG-CTTAA--GT-CA--GT---TT--G-GACTGAT--TATTC-ATCTA--T--TG---TATA----A---TCAAAGAC--AAAGA----AACCA-----T-----
gi|14 : T---T--------TAT--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-A-CA-CTAAA--CT-TA--AA---TT--T-GAC-GGT--GATGT-AAACA--T--TC---TTAA----A---TCAATGAC--AATGA----AACCA-----A-----C-TGCAGTTTTCCTGG-AGCCAGTCT-AATAT-CATGATCACCT-G---GA-TGCCT-TTCA-TA-G-AT---TTAACTGTCTTGGTATT-AAACTATAT-AC-----TTAA------------ATA----------TG-------TCG---GTGAAGCAGg
gi|17 : AT--TCA--AA--C-------A-CT-T-A-A-G-T--CTTAA--CT-GT--GT---TT--T-GACTGGA--TACTT-ATTTATTT--TA---TGAT----AGGTTTAATACT--A-----------CAC----T-----A-TGAATCTGTATTGG-ATCCAGTCTAAAAATGCGTGAGCACCT--------TG------AT-TA-G--T---TTAA--AT----GTac
gi|19 : ctggtgtcagttcaatcaccC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-A-AG-CTTAA--CT-----------T--T-GACTGGT--CATAT-AAACA--T--TC---TTTA----T---TCAATGTC--ATTTA----AACCA-----A-----C-TGCAGTTTT-TTTA-AACAAATTT-GTAAT-CATGATCACCT-G---GA-TGCTT-TTCC-TA-G-GC---TTAA--Gtgatgtccgtaag
gi|23 : A--C-------A-CT-A-A-A-G-AA-CTTAA--CT-GA--AT---TCTAT-AACTAAC--TGTAT-A--TA--T--AA---TTTA----A---TCAATGTT--AGTTA----GACCA-----T-----A-GCCAGTTGTACATG-TGCCAGTCT-AGAGC-CATGGTCACattctagtataag
gi|28 : -CT-T-A-A-A-AA-CATAA--CT-AA--GT---TT--T-TACTGGT--TATTC-ATCTA--CTGTA---TNNN----N---NNNNNNCC--AGTGA----AACAA-----TCTTTCA-TACAGT
gi|24 : -CTTAA--CT-GA--TT---TT--A-GAATGGT--GATTC-GTCTA--T--TC---TGTA----A---CCAGT------GTGACCTGAAT-G-----T-----ACTGCAGTACTACAGA-ATCCAGTGC-AAAA
gi|15 : tcattttggtttactgtT---TT--T-GACTGAT---ATCTGATATA--T--TC---TGTG----A---TCAATTTT--AATAA----TATAA-----A-----G-TGCAATTGTATAAG-AACCAGTCT-AAAA--AATGATAACAT-GGAAGCAAGCTT-TACT-TA-T-AT---TTAA--Ga
gi|21 : tgaaatctattgta--T--TA---TGTA----A---TTAACACA--AATGA----AACAA-----A-----A-CACAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-TATGACCACCT--------TAC---------A-G-------TAA--GA----GTG-T-AA-----GT-AT-----TTTAGT----------ATATACTTTAATGTG-------TTG---GTGACACAGatttcaaaatgttagttaaaagaaactggtacatgtatgtgaaaataaa
gi|34 : ACTGA-AATCAGTC---------GTGGACACCT-G---GC-TGCTT-GTTT-TA-G-AT---ATAA--TC----TTG-T-AA-----GT-GT-----TTAAGT----------ACA----------ac
gi|30 : G-AATCAGTCT-AAAGT-CACGATCA-------------------------G-AT---TCAA--GT----TT-TT-AA-----GT-AT-----TTAAGT----------ATG----------TG-------TTT---GTAACACAGG
gi|20 : -AAAA--CAGGATCGCCT-G---GC-TGTTT-GTCT-TA-T-ATATATTAA--GT----TTA-T-AA-----AT-AA-----TAACAT----------ATA----------Tcgcc
gi|35 : -TGCTT-TTCT-TA-GCGT---TGAA--AT-----TGT--AA-----CT-AG-----TTAAGT----------ATA----------TG-------TTG---GTGAGACAGGatttaaatattttttgaaaaaggaacctgataacataggtatcttccttaaatattaacaaacatgtaacact
gi|37 : -TGCTG-TTCT-TAAG-AT---TTAG--AT----TTGTTTAA-----GT-TT-----TTAAGA----------AAA----------TG-------TTA---GTGAAACAGagtcg
gi|33 : GCTT-TTCT-TA-A-AT---TTAA--GT-----TTTT-AA-----GTAAT-----TTAAGTGTAAATCTAAATA----------CG-------ACA---GTGAAACAGaag
gi|10 : CT-TA-G------TTAA--GT-----TGTT-AA-----GT-ATGGACGTTAA--------------A----------TG-------TTG---GTGAAACAGaagc
gi|11 : ggcttCT-TA-G-TT---TT-----------TATT-AA-----AC-AT-----TTAAGT----------AAA----------TG-------TTG---GTGAAACAGtattgactggttatttatctattatataatcaatatcaatgaaaccatatgaagtttcattggaatcagtctaaaatcatgatcgtctggctgcttttattagatttaattttttaagtatttaagtttatgtttgatgaagc
gi|40 : gcttT-TA-A-AT---TTAA--GT----TT-TT-GA-----AT-AT-----TTAAGC----------ATA----------T---------TG---GTGAAATAGGttttgactgtttatttatctattacattgtatatgataaatatcaatgaaacaatgtgcagttgtactcgaaccagtccaaaatcatgaacacatggctgctattctcaaagtgtttaagtatttaagtatatgttggtgcagcagg
gi|47 : T-AT-----TTAAAT----------ATA----------TG-------TTG---GTGAAACAGagactg
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TGTGGATTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTTTAA
Unaligned ( gi|32 ): GAATAGGATTTTTCACTGTAATGTCGACAACACTTAAACAATGGATTGATTTATTGATTGGATATTT
Unaligned ( gi|41 ): TGTCACTTTTTTCATTGTCATCTTATTGCGAAAATTAACTTTGAAAAC
Unaligned ( gi|43 ): ACTGTAGTCCCGTTATAATGTGGTCCGATATAAGGCAAATTC
Unaligned ( gi|46 ): ACATATATTTCCATAGATGCAATAGAAATCAACTCT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111111 1111111111
lowQualScore : 3333 22 222 11111111 11 11 11 4444444 1 1 1 1 2 22 33 44 0 11 11 1 22 5555 2 3333 222 2 22 333 111111111111 1 1 1 1 333 33 1 1 222 1 222 22 1 55555 444 6666666666 1 777777777 9999999999 8888888888 2
lowQualScore : .... .. ... ........ .. .. .. ....... . . . . . .. .. .. . .. .. . .. .... . .... ... . .. ... ............ . . . . ... .. . . ... . ... .. . ..... ... .......... . ......... .......... .......... .
lowQualScore : 4444 22 555 22222222 88 88 88 2222222 2 3 3 3 7 33 33 33 4 88 88 5 22 9999 8 4444 888 0 00 222 555555555555 8 7 8 9 555 11 7 7 666 7 999 33 7 88888 111 2222222222 8 666666666 3333333333 3333333333 0
consensus : AGGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CT-NAGTTT--TGACTGGT--TATTT-ATCTAT--TN---TNTA----A---TCAATGTCA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-G-A-T---TTAA--G-T-----TT--TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAACAGG
Reference ( family-2078 ) : AGGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CT-AAGTTT--TGACTGGT--TATTT-ATCTAT--TA---TGTA----A---TCAATATCA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-G-A-T---TTAA--G-T-----TN--TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAACAGG
gi|1 : GCTCCTGTTTCA----T--CAATATT---T--------T-C--CTA--AG--TTTTACTTA-CT-T-A-A-AAT-CTTAA--CT-TCATTT--TGACTGAT--TACTT-CAGTAT--TT---TG-A----A---CCAATGTCA-ATGAAACC--A----A-----T-TGCAGTTTTTTTTATAGCCGGTTT-AAAAT-CACAATCACCT-G---GG-TGCTT-TTCT-TT-G-A-T---TTAA--G-T-----GT--TTAA-----T----TA-TTTAA---------GTATATACTTAAATA----------TG-TCAGTGAAACAGG
gi|10 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------AAC--GTC--CA--T-------A-CT-T-A-A-CAA-CTTAA--CT-AAGTAT--TGACTGGT--TATTT-ATCTAT--TA---TATA----A---TCAATATCA-ATGAAACC--A----T-----A-TGAAGTTTCATTGG-AATCAGTCT-AAAAT-CATGATCGTCT-G---GC-TGCTT-TTAT-TA-G-A-T---TTAA--T-T-----TT--TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------TTA----------TGTTTGATGAAGC
gi|11 : GCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T---------AC--TTA--AA--T-------G-TT-T-A-ATAAA----AA--CT-AAGTTT--TGACTGTT--TATTT-ATCTAT--TACATTGTATATGA---TAAATATCA-ATGAAACA--A----T-----G-TGCAGTTGTACTCG-AACCAGTCC-AAAAT-CATGAACACAT-G---GC-TGCTA-TTCT-CA-----------AA--G-T-----GT--TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGCAGCAGG
gi|12 : CTTCTGATTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AT--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CT-AAGTTT--TGACTGGT--TATTT-ATCTTT--TA---TATA----A---TCAATATCA-TTG--ACCAAA----T-----A-TGCAGAATAACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-G-A-T---TTAA--G-T-----TT--TTAA-----G----TT-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAAC
gi|13 : TCTGTTTTA----C--CACAATT---TCTTG----TGT--TT-------T-------A-CT-T-A-A-AAT-CTTAA--CA-GAATTT--TTACTGGT--TTCTT-ATTTAT--TC---TGTA----A---CTGAAGTCA-TTGAAACT--A----T-----G-TGCAGTTGGATAGG-AAACAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---AA-TGCTT-TTCT-AA-T-A-T---TTAA--G------------TAT-----A----TA-CTTAA---------AT----------TTA----------T--TT-GTGAAACA
gi|14 : tgT---T--------TAT--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-ACA-CTAAA--CT-TAAATT--TGAC-GGT--GATGT-AAACAT--TC---TTAA----A---TCAATGACA-ATGAAACC--A----A-----C-TGCAGTTTTCCTGG-AGCCAGTCT-AATAT-CATGATCACCT-G---GA-TGCCT-TTCA-TA-G-A-T---TTAACTG-TCTTGGTA--TTAAACTATA----TA-CTTAA---------------------ATA----------TG-TCGGTGAAGCAG
gi|15 : TTT--TGACTGAT---ATCTGATATAT--TC---TGTG----A---TCAATTTTA-ATAATATA--A----A-----G-TGCAATTGTATAAG-AACCAGTCT-AAAA--AATGATAACAT-GGAAGCAAGCTT-TACT-TA-T-A-T---TTAA--G-A-----TT--TCAA-----AATGTTA-GTTAAAAGAAACTGGT----------ACA----------TG-TATGTGAAAac
gi|16 : tgaaatctattgtaTGTTTCA---------AT-TT---T--------TAC--TTA--CC--T-------T-TT-T-TTA-AAA-CTTTA--CT-ATGTTT---GACAGGT--TATTT-ATCTAT--TA---ATCA----AACGTAAATATGA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT--AAAT-CATGATCACCT-G---AC-TG-TT-TTCC-TA-C-A-T---TTTA--G-T-----ataaa
gi|17 : tAT--TCA--AA--C-------A-CT-T-A-A-GT--CTTAA--CT-GTGTTT--TGACTGGA--TACTT-ATTTAT--TT---TATG----A---TAGGT-TTA-AT---ACT--ACAC-T-----A-TGAATCTGTATTGG-ATCCAGTCTAAAAATGCGTGAGCACCT-atatgatgaaatagaaggta
gi|19 : ctggtgtcagttcaatcaccC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAG-CTTAA--CT------T--TGACTGGT--CATAT-AAACAT--TC---TTTA----T---TCAATGTCA-TTTAAACC--A----A-----C-TGCAGTTTT-TTTA-AACAAATTT-GTAAT-CATGATCACCT-G---GA-TGCTT-TTCC-TA-G-G-C---TTAA--GAT-----TC--T--A-----G----TA-Ttgattagtttaaatgttgatgtccgtaag
gi|2 : TTCA----C--CAACACC---T--------T-CTTTTA--AT--T-------A-CTGT---------CTTAA--TT-GATTTT--AGAATGGT--GGTTT-GCCTAT--TC---TGTA----A---CCAGT------TG-GACA--A----T-------TGCAATTGTACAGA-ATCCAGTGC-AAAAA-CACTGTTACCTAG---AA-TATAT-TTCTGTA-A-A-C---TTAT--G-T-----TT--CC---------------TTGAG---------GT----------ACA----------TG-T--GCGAAaag
gi|20 : -AAAA--CAGGATCGCCT-G---GC-TGTTT-GTCT-TA-T-A-TATATTAA--G-T-----TT--ATAA-----A----TA-ATAAC---------AT----------ATA----------TA-TTtgtccgagtttgtgttggtgaggcgttagcctgctctctg
gi|21 : T--TA---TGTA----A---TTAACACAA-ATGAAACA--A----A-----A-CACAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-TATGACCACCT-T---AC-AG-------T-AA-G-AGT---GTAA--G-T-----AT--TTTA-----G----TA-TATAC---------TTTA--------ATG----------TG-TTGGTGACACAGtaaatattttttgaaaaaggaacctgataacataggtatcttccttaaatattaacaaacatgtaacact
gi|22 : GCTCCTGTCTCA----C--CAACATTATTTGAAG----TAC--TTACTAAGCT-------A-CT-A-A-A-AAAGCTTAA--CT-TTATTT--TGACTGAT--AATTT-TAATAT--TC---TTAA----A---CCAATACCC-AAGTAACC--A----ac
gi|23 : A--C-------A-CT-A-A-A-GAA-CTTAA--CT-GAATTCTATAACTAAC--TG--T-ATATAT--AA---TTTA----A---TCAATGTTA-GTTAGACC--A----T-----A-GCCAGTTGTACATG-TGCCAGTCT-AGAGC-CATGGTCACa
gi|24 : -CTTAA--CT-GATTTT--AGAATGGT--GATTC-GTCTAT--TC---TGTA----A---CCAGTGTGACCTGAA--T--G----T-----ACTGCAGTACTACAGA-ATCCAGTGC-AAAA
gi|25 : tcattttggtttactgtGCTCCTGTTTTA----C--CAGTATT---TACAAGCTTTAT--TTA--AA--A-------A-CT-A-A-A-AAA-TTTAAA-CT-TTGTTC--AGACTGGT--AATTT-ATTTAC--TA---TATA----A---TCAa
gi|26 : GGCTCCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TC------------------------A-AAA-CCCAA--CA-AAGCCT--TGACTGGA--CACAC-ATCCAA--AA---TATA----A---TCAAT
gi|27 : ACATT---T--------GAC--AGA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAG-CTTAA--GT-CAGTTT--GGACTGAT--TATTC-ATCTAT--TG---TATA----A---TCAAAGACA-AAGAAACC--A----T-----gcaacttgcacaata
gi|28 : -CT-T-A-A-AAA-CATAA--CT-AAGTTT--TTACTGGT--TATTC-ATCTACTGTA---TNNN----N---NNNNNNCCA-GTGAAACA--A----TCTTTCA-TACAGTg
gi|29 : AGGCTTCATTTTCAGCACCAACAACATT---T--------TAC--TTA--AA--G-------A-CG-T-A-A-AAC-ATTAA--CT-TGATTT--TGACTGGT--TACT
gi|3 : TTCTGCTTCA----A--CAACATT---T--------T-C--TTA--AC--T---------TT-T-A-ATAAA-ATAAAAACT-GAATTT---GACTGTT--TACTT-A-ATAT--TT---TTTT----A---TCAGTGTCA-ATGAAACC--A----A-----A-TGCAGTTTTTCTAT-AGCCAGTCT-AAATT-CATGATTATTT-G---GA-TGTTCGTTAT-T----A-T---TTCA--G-T-----TT--TTAA-----G----TA-TTCAA---------GT----------ATATACATAAATCTG-TTGATGAAAC
gi|30 : G-AATCAGTCT-AAAGT-CACGATCA-------------------------G-A-T---TCAA--G-T-----TT--TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATG----------TG-TTTGTAACACAGGtgaagcc
gi|31 : AGGCTTCTATTTCA----C--AAAAATT---T--------AAA--TTA--AA--T-------A-CA-T-A-A-AAA-CATAA--CTCAAGTTT--C-ATTGAT--TACTT-Acgcc
gi|33 : GCTT-TTCT-TA-A-A-T---TTAA--G-T-----TT--TTAA-----G----TAATTTAA---------GTGTAAATCTAAATA----------CG-ACAGTGAAACAG
gi|34 : ACTGA-AATCAGTC---------GTGGACACCT-G---GC-TGCTT-GTTT-TA-G-A-T---ATAA--T-C-----TT--GTAA-----G----TG-TTTAA---------GT----------ACA----------aagc
gi|35 : -TGCTT-TTCT-TA-GCG-T---TGAA--A-T-----TG---TAA-----C----TA-GTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAGACAGG
gi|36 : GGCTTTTGTTTCA----C--CAACATT---T--------GAC--TGA--AA--T-------A-CT-------AAA-C-TAA--GT-AA------TGACTGG---TATTT-Aagtcg
gi|37 : -TGCTG-TTCT-TAAG-A-T---TTAG--A-T-----TTGTTTAA-----G----TT-TTTAA---------GA----------AAA----------TG-TTAGTGAAACAGa
gi|38 : TTTGTTTC-----C--TAATATT---T--------TCC--TTA--AG--C-------A-TT-T-A-A-AAT-CTTGA--CT-AAACTT--TGACTGGT--aag
gi|39 : CTGTTTCA----C--CATCATT---T--------TCT--TTT--AA--C-------AGAT-T-A--------TTAA--CT-TAAATT--TGACTGGT--TGT
gi|40 : T-TA-A-A-T---TTAA--G-T-----TT--TTGA-----A----TA-TTTAA---------GC----------ATA-------------TTGGTGAAATAGG
gi|42 : AATATT---T--------TAC--CTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-------CAA--CT-AAGTTT--TGACTGGT--TATagactg
gi|44 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTG--AA--T-------T-CT-T-A-A-AA
gi|45 : CTTCTGTTTTA----C--CAACATT---T--------TAC--TGA--AA--T-------A-CT-T-A-A-A
gi|47 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACA-T---A--------TAT--TTA--AA--T-------A-
gi|5 : GCTTCTGTTTCG----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-A-A-A-AAT-CTTAC--CT-TAACTT--TGACAGGT--AATTT-ATCCAA--TT---TATA----A---TGAATATCA-GTGAAACA--ATAATT-----A-TGTAGTTTTACTGG-AACCACTCT-TAAAT-CATGATCACAT-C---GA-TGCTT-TTCT-TA-G-A-T---TGAA--G-T-----TC--TAAT-----A----TA-TTTAA---------GT----------A-A----------TG-CTGGTGAAACGGG
gi|6 : TCTGTTTTA----C--CTACATT---T--------TAC--TTA--AA--C-------A-CT-T-A-A-ACA-CTTAA--CT-AAATTT--TGACTGGT--CGTTT-ACCTA---TG---GATA----A---TCAA-ATCA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT--AAAC-CATGATCACAT-G---GA-TGCTT-GTCT-CA-G-A-T---TTAA--G-T-----a
gi|6 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACA-T---T--------TAC--TTA--AA--T-------G-TT-T-attcagatctggcttctgtttcaccaacatttacttaaatgttt
gi|7 : tctgttttacctacattttacttaaacacttaaacacttaactaaattttgactggtcgtttacctatggataatcaaatcaatgaaaccatatgcagttttactggaaccagtctaaaccatgatcacatggatgcttgtctcagatttaagtattcagatctAGGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CT-AAGTTT--TGACTGGT--TATTT-ACCTAT--TA---TGCA----A---TCAATATCA-GTGAAATC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-G-A-T---TTAA--G-TG----TG--TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-ATGGTGAAACAGG
gi|8 : CTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AT--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CT-AAGTTT--TGACTGGT--TATTT-ATCTAT--TA---TATA----A---TCAATATCA-TTGACACA--A----T-----A-TGCAGTTTAACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTTT-TA-G-A-T---TTAA--G-T-----TT--TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAACAGG
gi|9 : CTTCAGTTTCA----C--CAATATT---T--------TGC--TTA--AA--T-------A-CT-TTA-G-AAA-CTTAA--AT-AAGATT--TGACTGGTAATATTT-ATCTAT--TA---TATA----A---TCAATATTA-ATGAAACA--A----A-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCATGT-A---GC-TGCTT-TCCT-TA-G-A-T---TTAA--G-T-----TT--TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGCGAAAag
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TGTGGATTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTTTAA
Unaligned ( gi|32 ): GAATAGGATTTTTCACTGTAATGTCGACAACACTTAAACAATGGATTGATTTATTGATTGGATATTT
Unaligned ( gi|41 ): TGTCACTTTTTTCATTGTCATCTTATTGCGAAAATTAACTTTGAAAAC
Unaligned ( gi|43 ): ACTGTAGTCCCGTTATAATGTGGTCCGATATAAGGCAAATTC
Unaligned ( gi|46 ): ACATATATTTCCATAGATGCAATAGAAATCAACTCT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111111 1111111111
lowQualScore : 3333 22 222 11111111 11 11 11 4444444 1 1 1 1 2 22 33 2 0 11 11 1 66666666 1 222 3333 1 333 111111111111 1 1 1 1 333 33 1 1 1 1 222 22 1 66666 6666666666 1 777777777 9999999999 8888888888 2
lowQualScore : .... .. ... ........ .. .. .. ....... . . . . . .. .. . . .. .. . ........ . ... .... . ... ............ . . . . ... .. . . . . ... .. . ..... .......... . ......... .......... .......... .
lowQualScore : 4444 22 555 22222222 88 88 88 2222222 2 3 3 3 7 33 33 3 9 88 88 5 22222222 0 888 2222 7 222 555555555555 8 7 8 9 555 11 7 7 7 7 999 33 7 77777 2222222222 8 666666666 3333333333 3333333333 0
consensus : AGGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTNAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ATCTATTN-------TNTAA---TCAATGT--CA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAACAGG
Reference ( family-2078 ) : AGGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTNAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ATCTATTN-------TNTAA---TCAATGT--CA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAACAGG
gi|1 : GCTCCTGTTTCA----T--CAATATT---T--------T-C--CTA--AG--TTTTACTTA-CT-T-A-A-AAT-CTTAA--CTTCATTTTG--ACTGAT--TACTT-CAGTATTT-------TG-AA---CCAATGT--CA-ATGAAACC--A----A-----T-TGCAGTTTTTTTTATAGCCGGTTT-AAAAT-CACAATCACCT-G---GG-TGCTT-TTCT-TT-GA-T---TTAA--GT-GT-----TTAA-----T----TA-TTTAA---------GTATATACTTAAATA----------TG-TCAGTGAAACAGG
gi|10 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------AAC--GTC--CA--T-------A-CT-T-A-A-CAA-CTTAA--CTAAGTATTG--ACTGGT--TATTT-ATCTATTA-------TATAA---TCAATAT--CA-ATGAAACC--A----T-----A-TGAAGTTTCATTGG-AATCAGTCT-AAAAT-CATGATCGTCT-G---GC-TGCTT-TTAT-TA-GA-T---TTAA--TT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------TTA----------TGTTTGATGAAGC
gi|11 : GCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T---------AC--TTA--AA--T-------G-TT-T-A-ATAAA----AA--CTAAGTTTTG--ACTGTT--TATTT-ATCTATTACATTGTATATGA---TAAATAT--CA-ATGAAACA--A----T-----G-TGCAGTTGTACTCG-AACCAGTCC-AAAAT-CATGAACACAT-G---GC-TGCTA-TTCT-CA----------AA--GT-GT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGCAGCAGG
gi|12 : CTTCTGATTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AT--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTAAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ATCTTTTA-------TATAA---TCAATAT--CA-TTG--ACCAAA----T-----A-TGCAGAATAACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TT-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAAC
gi|13 : TCTGTTTTA----C--CACAATT---TCTTG----TGT--TT-------T-------A-CT-T-A-A-AAT-CTTAA--CAGAATTTTT--ACTGGT--TTCTT-ATTTATTC-------TGTAA---CTGAAGT--CA-TTGAAACT--A----T-----G-TGCAGTTGGATAGG-AAACAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---AA-TGCTT-TTCT-AA-TA-T---TTAA--G----------TAT-----A----TA-CTTAA---------AT----------TTA----------T--TT-GTGAAACA
gi|14 : tgT---T--------TAT--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-ACA-CTAAA--CTTAAATTTG--AC-GGT--GATGT-AAACATTC-------TTAAA---TCAATGA--CA-ATGAAACC--A----A-----C-TGCAGTTTTCCTGG-AGCCAGTCT-AATAT-CATGATCACCT-G---GA-TGCCT-TTCA-TA-GA-T---TTAACTGT-CTTGGTATTAAACTATA----TA-CTTAA---------------------ATA----------TG-TCGGTGAAGCAG
gi|15 : TTTTG--ACTGAT---ATCTGATATATTC-------TGTGA---TCAATTT--TA-ATAATATA--A----A-----G-TGCAATTGTATAAG-AACCAGTCT-AAAA--AATGATAACAT-GGAAGCAAGCTT-TACT-TA-TA-T---TTAA--GA-TT-----TCAA-----AATGTTA-GTTAAAAGAAACTGGT----------ACA----------TG-TATGTGAAAac
gi|16 : tgaaatctattgtaTGTTTCA---------AT-TT---T--------TAC--TTA--CC--T-------T-TT-T-TTA-AAA-CTTTA--CTATGTTT-G--ACAGGT--TATTT-ATCTATTA-------ATCAAACGTAAATAT--GA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT--AAAT-CATGATCACCT-G---AC-TG-TT-TTCC-TA-CA-T---TTTA--GT-ataaa
gi|17 : tAT--TCA--AA--C-------A-CT-T-A-A-GT--CTTAA--CTGTGTTTTG--ACTGGA--TACTT-ATTTATTT-------TATGA---TAGGT-T--TA-AT---ACT--ACAC-T-----A-TGAATCTGTATTGG-ATCCAGTCTAAAAATGCGTGAGCACCT-atatgatgaaatagaaggta
gi|19 : ctggtgtcagttcaatcaccC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAG-CTTAA--CT-----TTG--ACTGGT--CATAT-AAACATTC-------TTTAT---TCAATGT--CA-TTTAAACC--A----A-----C-TGCAGTTTT-TTTA-AACAAATTT-GTAAT-CATGATCACCT-G---GA-TGCTT-TTCC-TA-GG-C---TTAA--GA-TT-----CT-A-----G----TA-Ttgattagtttaaatgttgatgtccgtaag
gi|2 : TTCA----C--CAACACC---T--------T-CTTTTA--AT--T-------A-CTGT---------CTTAA--TTGATTTTAG--AATGGT--GGTTT-GCCTATTC-------TGTAA---CCAGT--------TG-GACA--A----T-------TGCAATTGTACAGA-ATCCAGTGC-AAAAA-CACTGTTACCTAG---AA-TATAT-TTCTGTA-AA-C---TTAT--GT-TT-----CC---------------TTGAG---------GT----------ACA----------TG-T--GCGAAaag
gi|20 : -AAAA--CAGGATCGCCT-G---GC-TGTTT-GTCT-TA-TA-TATATTAA--GT-TT-----ATAA-----A----TA-ATAAC---------AT----------ATA----------TA-TTtgtccgagtttgtgttggtgaggcgttagcctgctctctg
gi|21 : TTA-------TGTAA---TTAACAC--AA-ATGAAACA--A----A-----A-CACAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-TATGACCACCT-T---AC-AG-------T-AA-GAGT---GTAA--GT-AT-----TTTA-----G----TA-TATAC---------TTTA--------ATG----------TG-TTGGTGACACAGtaaatattttttgaaaaaggaacctgataacataggtatcttccttaaatattaacaaacatgtaacact
gi|22 : GCTCCTGTCTCA----C--CAACATTATTTGAAG----TAC--TTACTAAGCT-------A-CT-A-A-A-AAAGCTTAA--CTTTATTTTG--ACTGAT--AATTT-TAATATTC-------TTAAA---CCAATAC--CC-AAGTAACC--A----ac
gi|23 : A--C-------A-CT-A-A-A-GAA-CTTAA--CTGAATTCTATAACTAAC--TGTAT-ATATA--A-------TTTAA---TCAATGT--TA-GTTAGACC--A----T-----A-GCCAGTTGTACATG-TGCCAGTCT-AGAGC-CATGGTCACa
gi|24 : -CTTAA--CTGATTTTAG--AATGGT--GATTC-GTCTATTC-------TGTAA---CCAGTGT--GACCTGAA--T--G----T-----ACTGCAGTACTACAGA-ATCCAGTGC-AAAA
gi|25 : tcattttggtttactgtGCTCCTGTTTTA----C--CAGTATT---TACAAGCTTTAT--TTA--AA--A-------A-CT-A-A-A-AAA-TTTAAA-CTTTGTTCAG--ACTGGT--AATTT-ATTTACTA-------TATAA---TCAa
gi|26 : GGCTCCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TCA--AA-----------------------A-CCCAA--CAAAGCCTTG--ACTGGA--CACAC-ATCCAAAA-------TATAA---TCAATG---CA-A
gi|27 : ACATT---T--------GAC--AGA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAG-CTTAA--GTCAGTTTGG--ACTGAT--TATTC-ATCTATTG-------TATAA---TCAAAGA--CA-AAGAAACC--A----T-----cttgcacaata
gi|28 : -CT-T-A-A-AAA-CATAA--CTAAGTTTTT--ACTGGT--TATTC-ATCTACTG-------TATNN---NNNNNNNNCCA-GTGAAACA--A----TCTTTCA-TACAGTg
gi|29 : AGGCTTCATTTTCAGCACCAACAACATT---T--------TAC--TTA--AA--G-------A-CG-T-A-A-AAC-ATTAA--CTTGATTTTG--ACTGGT--TACT
gi|3 : TTCTGCTTCA----A--CAACATT---T--------T-C--TTA--AC--T---------TT-T-A-ATAAA-ATAAAAACTGAATTT-G--ACTGTT--TACTT-A-ATATTT-------TTTTA---TCAGTGT--CA-ATGAAACC--A----A-----A-TGCAGTTTTTCTAT-AGCCAGTCT-AAATT-CATGATTATTT-G---GA-TGTTCGTTAT-T---A-T---TTCA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTCAA---------GT----------ATATACATAAATCTG-TTGATGAAAC
gi|30 : G-AATCAGTCT-AAAGT-CACGATCA-------------------------GA-T---TCAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATG----------TG-TTTGTAACACAGGtgaagcc
gi|31 : AGGCTTCTATTTCA----C--AAAAATT---T--------AAA--TTA--AA--T-------A-CA-T-A-A-AAA-CATAA--CTCAAGTTTC--ATTGAT--TACTT-Acgcc
gi|33 : GCTT-TTCT-TA-AA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TAATTTAA---------GTGTAAATCTAAATA----------CG-ACAGTGAAACAG
gi|34 : ACTGA-AATCAGTC---------GTGGACACCT-G---GC-TGCTT-GTTT-TA-GA-T---ATAA--TC-TT-----GTAA-----G----TG-TTTAA---------GT----------ACA----------aagc
gi|35 : -TGCTT-TTCT-TA-GC-G---TTGA--AA-TT-----GTAA-----C----TA-GTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAGACAGG
gi|36 : GGCTTTTGTTTCA----C--CAACATT---T--------GAC--TGA--AA--T-------A-CT-------AAA-C-TAA--GTAA----TG--ACTGG---TATTT-Aagtcg
gi|37 : -TGCTG-TTCT-TAAGA-T---TTAG--AT-TTGT---TTAA-----G----TT-TTTAA---------GA----------AAA----------TG-TTAGTGAAACAGa
gi|38 : TTTGTTTC-----C--TAATATT---T--------TCC--TTA--AG--C-------A-TT-T-A-A-AAT-CTTGA--CTAAACTTTG--ACTGGT--aag
gi|39 : CTGTTTCA----C--CATCATT---T--------TCT--TTT--AA--C-------AGAT-T-A--------TTAA--CTTAAATTTG--ACTGGT--TGT
gi|40 : T-TA-AA-T---TTAA--GT-TT-----TTGA-----A----TA-TTTAA---------GC----------ATA-------------TTGGTGAAATAGG
gi|42 : AATATT---T--------TAC--CTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-------CAA--CTAAGTTTTG--ACTGGT--TATagactg
gi|44 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTG--AA--T-------T-CT-T-A-A-AA
gi|45 : CTTCTGTTTTA----C--CAACATT---T--------TAC--TGA--AA--T-------A-CT-T-A-A-A
gi|47 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACA-T---A--------TAT--TTA--AA--T-------A-
gi|5 : GCTTCTGTTTCG----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-A-A-A-AAT-CTTAC--CTTAACTTTG--ACAGGT--AATTT-ATCCAATT-------TATAA---TGAATAT--CA-GTGAAACA--ATAATT-----A-TGTAGTTTTACTGG-AACCACTCT-TAAAT-CATGATCACAT-C---GA-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TGAA--GT-TC-----TAAT-----A----TA-TTTAA---------GT----------A-A----------TG-CTGGTGAAACGGG
gi|6 : TCTGTTTTA----C--CTACATT---T--------TAC--TTA--AA--C-------A-CT-T-A-A-ACA-CTTAA--CTAAATTTTG--ACTGGT--CGTTT-ACCTA-TG-------GATAA---TCAA-AT--CA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT--AAAC-CATGATCACAT-G---GA-TGCTT-GTCT-CA-GA-T---TTAA--GT-AT-----TCAa
gi|6 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACA-T---T--------TAC--TTA--AA--T-------G-TT-T-gatctggcttctgtttcaccaacatttacttaaatgttt
gi|7 : tctgttttacctacattttacttaaacacttaaacacttaactaaattttgactggtcgtttacctatggataatcaaatcaatgaaaccatatgcagttttactggaaccagtctaaaccatgatcacatggatgcttgtctcagatttaagtattcagatctAGGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTAAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ACCTATTA-------TGCAA---TCAATAT--CA-GTGAAATC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TTAA--GTGTG-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-ATGGTGAAACAGG
gi|8 : CTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AT--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTAAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ATCTATTA-------TATAA---TCAATAT--CA-TTGACACA--A----T-----A-TGCAGTTTAACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTTT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAACAGG
gi|9 : CTTCAGTTTCA----C--CAATATT---T--------TGC--TTA--AA--T-------A-CT-TTA-G-AAA-CTTAA--ATAAGATTTG--ACTGGTAATATTT-ATCTATTA-------TATAA---TCAATAT--TA-ATGAAACA--A----A-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCATGT-A---GC-TGCTT-TCCT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGCGAAAag
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TGTGGATTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTTTAA
Unaligned ( gi|32 ): GAATAGGATTTTTCACTGTAATGTCGACAACACTTAAACAATGGATTGATTTATTGATTGGATATTT
Unaligned ( gi|41 ): TGTCACTTTTTTCATTGTCATCTTATTGCGAAAATTAACTTTGAAAAC
Unaligned ( gi|43 ): ACTGTAGTCCCGTTATAATGTGGTCCGATATAAGGCAAATTC
Unaligned ( gi|46 ): ACATATATTTCCATAGATGCAATAGAAATCAACTCT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111111 1111111111
lowQualScore : 3333 22 222 11111111 11 11 11 4444444 1 1 1 1 2 22 33 2 0 11 11 1 66666666 1 222 3333 1 333 111111111111 1 1 1 1 333 33 1 1 1 1 222 22 1 66666 6666666666 1 777777777 9999999999 8888888888 2
lowQualScore : .... .. ... ........ .. .. .. ....... . . . . . .. .. . . .. .. . ........ . ... .... . ... ............ . . . . ... .. . . . . ... .. . ..... .......... . ......... .......... .......... .
lowQualScore : 4444 22 555 22222222 88 88 88 2222222 2 3 3 3 7 33 33 3 9 88 88 5 22222222 0 888 2222 7 222 555555555555 8 7 8 9 555 11 7 7 7 7 999 33 7 77777 2222222222 8 666666666 3333333333 3333333333 0
consensus : AGGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTNAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ATCTATTN-------TNTAA---TCAATGT--CA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAACAGG
Reference ( family-2078 ) : AGGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTNAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ATCTATTN-------TNTAA---TCAATGT--CA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAACAGG
gi|1 : GCTCCTGTTTCA----T--CAATATT---T--------T-C--CTA--AG--TTTTACTTA-CT-T-A-A-AAT-CTTAA--CTTCATTTTG--ACTGAT--TACTT-CAGTATTT-------TG-AA---CCAATGT--CA-ATGAAACC--A----A-----T-TGCAGTTTTTTTTATAGCCGGTTT-AAAAT-CACAATCACCT-G---GG-TGCTT-TTCT-TT-GA-T---TTAA--GT-GT-----TTAA-----T----TA-TTTAA---------GTATATACTTAAATA----------TG-TCAGTGAAACAGG
gi|10 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------AAC--GTC--CA--T-------A-CT-T-A-A-CAA-CTTAA--CTAAGTATTG--ACTGGT--TATTT-ATCTATTA-------TATAA---TCAATAT--CA-ATGAAACC--A----T-----A-TGAAGTTTCATTGG-AATCAGTCT-AAAAT-CATGATCGTCT-G---GC-TGCTT-TTAT-TA-GA-T---TTAA--TT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------TTA----------TGTTTGATGAAGC
gi|11 : GCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T---------AC--TTA--AA--T-------G-TT-T-A-ATAAA----AA--CTAAGTTTTG--ACTGTT--TATTT-ATCTATTACATTGTATATGA---TAAATAT--CA-ATGAAACA--A----T-----G-TGCAGTTGTACTCG-AACCAGTCC-AAAAT-CATGAACACAT-G---GC-TGCTA-TTCT-CA----------AA--GT-GT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGCAGCAGG
gi|12 : CTTCTGATTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AT--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTAAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ATCTTTTA-------TATAA---TCAATAT--CA-TTG--ACCAAA----T-----A-TGCAGAATAACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TT-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAAC
gi|13 : TCTGTTTTA----C--CACAATT---TCTTG----TGT--TT-------T-------A-CT-T-A-A-AAT-CTTAA--CAGAATTTTT--ACTGGT--TTCTT-ATTTATTC-------TGTAA---CTGAAGT--CA-TTGAAACT--A----T-----G-TGCAGTTGGATAGG-AAACAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---AA-TGCTT-TTCT-AA-TA-T---TTAA--G----------TAT-----A----TA-CTTAA---------AT----------TTA----------T--TT-GTGAAACA
gi|14 : tgT---T--------TAT--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-ACA-CTAAA--CTTAAATTTG--AC-GGT--GATGT-AAACATTC-------TTAAA---TCAATGA--CA-ATGAAACC--A----A-----C-TGCAGTTTTCCTGG-AGCCAGTCT-AATAT-CATGATCACCT-G---GA-TGCCT-TTCA-TA-GA-T---TTAACTGT-CTTGGTATTAAACTATA----TA-CTTAA---------------------ATA----------TG-TCGGTGAAGCAG
gi|15 : TTTTG--ACTGAT---ATCTGATATATTC-------TGTGA---TCAATTT--TA-ATAATATA--A----A-----G-TGCAATTGTATAAG-AACCAGTCT-AAAA--AATGATAACAT-GGAAGCAAGCTT-TACT-TA-TA-T---TTAA--GA-TT-----TCAA-----AATGTTA-GTTAAAAGAAACTGGT----------ACA----------TG-TATGTGAAAac
gi|16 : tgaaatctattgtaTGTTTCA---------AT-TT---T--------TAC--TTA--CC--T-------T-TT-T-TTA-AAA-CTTTA--CTATGTTT-G--ACAGGT--TATTT-ATCTATTA-------ATCAAACGTAAATAT--GA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT--AAAT-CATGATCACCT-G---AC-TG-TT-TTCC-TA-CA-T---TTTA--GT-ataaa
gi|17 : tAT--TCA--AA--C-------A-CT-T-A-A-GT--CTTAA--CTGTGTTTTG--ACTGGA--TACTT-ATTTATTT-------TATGA---TAGGT-T--TA-AT---ACT--ACAC-T-----A-TGAATCTGTATTGG-ATCCAGTCTAAAAATGCGTGAGCACCT-atatgatgaaatagaaggta
gi|19 : ctggtgtcagttcaatcaccC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAG-CTTAA--CT-----TTG--ACTGGT--CATAT-AAACATTC-------TTTAT---TCAATGT--CA-TTTAAACC--A----A-----C-TGCAGTTTT-TTTA-AACAAATTT-GTAAT-CATGATCACCT-G---GA-TGCTT-TTCC-TA-GG-C---TTAA--GA-TT-----CT-A-----G----TA-Ttgattagtttaaatgttgatgtccgtaag
gi|2 : TTCA----C--CAACACC---T--------T-CTTTTA--AT--T-------A-CTGT---------CTTAA--TTGATTTTAG--AATGGT--GGTTT-GCCTATTC-------TGTAA---CCAGT--------TG-GACA--A----T-------TGCAATTGTACAGA-ATCCAGTGC-AAAAA-CACTGTTACCTAG---AA-TATAT-TTCTGTA-AA-C---TTAT--GT-TT-----CC---------------TTGAG---------GT----------ACA----------TG-T--GCGAAaag
gi|20 : -AAAA--CAGGATCGCCT-G---GC-TGTTT-GTCT-TA-TA-TATATTAA--GT-TT-----ATAA-----A----TA-ATAAC---------AT----------ATA----------TA-TTtgtccgagtttgtgttggtgaggcgttagcctgctctctg
gi|21 : TTA-------TGTAA---TTAACAC--AA-ATGAAACA--A----A-----A-CACAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-TATGACCACCT-T---AC-AG-------T-AA-GAGT---GTAA--GT-AT-----TTTA-----G----TA-TATAC---------TTTA--------ATG----------TG-TTGGTGACACAGtaaatattttttgaaaaaggaacctgataacataggtatcttccttaaatattaacaaacatgtaacact
gi|22 : GCTCCTGTCTCA----C--CAACATTATTTGAAG----TAC--TTACTAAGCT-------A-CT-A-A-A-AAAGCTTAA--CTTTATTTTG--ACTGAT--AATTT-TAATATTC-------TTAAA---CCAATAC--CC-AAGTAACC--A----ac
gi|23 : A--C-------A-CT-A-A-A-GAA-CTTAA--CTGAATTCTATAACTAAC--TGTAT-ATATA--A-------TTTAA---TCAATGT--TA-GTTAGACC--A----T-----A-GCCAGTTGTACATG-TGCCAGTCT-AGAGC-CATGGTCACa
gi|24 : -CTTAA--CTGATTTTAG--AATGGT--GATTC-GTCTATTC-------TGTAA---CCAGTGT--GACCTGAA--T--G----T-----ACTGCAGTACTACAGA-ATCCAGTGC-AAAA
gi|25 : tcattttggtttactgtGCTCCTGTTTTA----C--CAGTATT---TACAAGCTTTAT--TTA--AA--A-------A-CT-A-A-A-AAA-TTTAAA-CTTTGTTCAG--ACTGGT--AATTT-ATTTACTA-------TATAA---TCAa
gi|26 : GGCTCCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TCA--AA-----------------------A-CCCAA--CAAAGCCTTG--ACTGGA--CACAC-ATCCAAAA-------TATAA---TCAATG---CA-A
gi|27 : ACATT---T--------GAC--AGA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAG-CTTAA--GTCAGTTTGG--ACTGAT--TATTC-ATCTATTG-------TATAA---TCAAAGA--CA-AAGAAACC--A----T-----cttgcacaata
gi|28 : -CT-T-A-A-AAA-CATAA--CTAAGTTTTT--ACTGGT--TATTC-ATCTACTG-------TATNN---NNNNNNNNCCA-GTGAAACA--A----TCTTTCA-TACAGTg
gi|29 : AGGCTTCATTTTCAGCACCAACAACATT---T--------TAC--TTA--AA--G-------A-CG-T-A-A-AAC-ATTAA--CTTGATTTTG--ACTGGT--TACT
gi|3 : TTCTGCTTCA----A--CAACATT---T--------T-C--TTA--AC--T---------TT-T-A-ATAAA-ATAAAAACTGAATTT-G--ACTGTT--TACTT-A-ATATTT-------TTTTA---TCAGTGT--CA-ATGAAACC--A----A-----A-TGCAGTTTTTCTAT-AGCCAGTCT-AAATT-CATGATTATTT-G---GA-TGTTCGTTAT-T---A-T---TTCA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTCAA---------GT----------ATATACATAAATCTG-TTGATGAAAC
gi|30 : G-AATCAGTCT-AAAGT-CACGATCA-------------------------GA-T---TCAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATG----------TG-TTTGTAACACAGGtgaagcc
gi|31 : AGGCTTCTATTTCA----C--AAAAATT---T--------AAA--TTA--AA--T-------A-CA-T-A-A-AAA-CATAA--CTCAAGTTTC--ATTGAT--TACTT-Acgcc
gi|33 : GCTT-TTCT-TA-AA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TAATTTAA---------GTGTAAATCTAAATA----------CG-ACAGTGAAACAG
gi|34 : ACTGA-AATCAGTC---------GTGGACACCT-G---GC-TGCTT-GTTT-TA-GA-T---ATAA--TC-TT-----GTAA-----G----TG-TTTAA---------GT----------ACA----------aagc
gi|35 : -TGCTT-TTCT-TA-GC-G---TTGA--AA-TT-----GTAA-----C----TA-GTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAGACAGG
gi|36 : GGCTTTTGTTTCA----C--CAACATT---T--------GAC--TGA--AA--T-------A-CT-------AAA-C-TAA--GTAA----TG--ACTGG---TATTT-Aagtcg
gi|37 : -TGCTG-TTCT-TAAGA-T---TTAG--AT-TTGT---TTAA-----G----TT-TTTAA---------GA----------AAA----------TG-TTAGTGAAACAGa
gi|38 : TTTGTTTC-----C--TAATATT---T--------TCC--TTA--AG--C-------A-TT-T-A-A-AAT-CTTGA--CTAAACTTTG--ACTGGT--aag
gi|39 : CTGTTTCA----C--CATCATT---T--------TCT--TTT--AA--C-------AGAT-T-A--------TTAA--CTTAAATTTG--ACTGGT--TGT
gi|40 : T-TA-AA-T---TTAA--GT-TT-----TTGA-----A----TA-TTTAA---------GC----------ATA-------------TTGGTGAAATAGG
gi|42 : AATATT---T--------TAC--CTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-------CAA--CTAAGTTTTG--ACTGGT--TATagactg
gi|44 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTG--AA--T-------T-CT-T-A-A-AA
gi|45 : CTTCTGTTTTA----C--CAACATT---T--------TAC--TGA--AA--T-------A-CT-T-A-A-A
gi|47 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACA-T---A--------TAT--TTA--AA--T-------A-
gi|5 : GCTTCTGTTTCG----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-A-A-A-AAT-CTTAC--CTTAACTTTG--ACAGGT--AATTT-ATCCAATT-------TATAA---TGAATAT--CA-GTGAAACA--ATAATT-----A-TGTAGTTTTACTGG-AACCACTCT-TAAAT-CATGATCACAT-C---GA-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TGAA--GT-TC-----TAAT-----A----TA-TTTAA---------GT----------A-A----------TG-CTGGTGAAACGGG
gi|6 : TCTGTTTTA----C--CTACATT---T--------TAC--TTA--AA--C-------A-CT-T-A-A-ACA-CTTAA--CTAAATTTTG--ACTGGT--CGTTT-ACCTA-TG-------GATAA---TCAA-AT--CA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT--AAAC-CATGATCACAT-G---GA-TGCTT-GTCT-CA-GA-T---TTAA--GT-AT-----TCAa
gi|6 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACA-T---T--------TAC--TTA--AA--T-------G-TT-T-gatctggcttctgtttcaccaacatttacttaaatgttt
gi|7 : tctgttttacctacattttacttaaacacttaaacacttaactaaattttgactggtcgtttacctatggataatcaaatcaatgaaaccatatgcagttttactggaaccagtctaaaccatgatcacatggatgcttgtctcagatttaagtattcagatctAGGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTAAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ACCTATTA-------TGCAA---TCAATAT--CA-GTGAAATC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TTAA--GTGTG-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-ATGGTGAAACAGG
gi|8 : CTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AT--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTAAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ATCTATTA-------TATAA---TCAATAT--CA-TTGACACA--A----T-----A-TGCAGTTTAACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTTT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAACAGG
gi|9 : CTTCAGTTTCA----C--CAATATT---T--------TGC--TTA--AA--T-------A-CT-TTA-G-AAA-CTTAA--ATAAGATTTG--ACTGGTAATATTT-ATCTATTA-------TATAA---TCAATAT--TA-ATGAAACA--A----A-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCATGT-A---GC-TGCTT-TCCT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGCGAAAag
blockSeqs : GCAC AA ATT ACAAGCTT TT CT GC . G G T T T AG AA A TA AA G ACATTGTA A ACG NNNC C CAA TCTTTCA . A G A GAA CA G G A G ATA CT G TGGTA ACTATA A AAGAAACTG GTAAATCTAA TACATAAATC T
blockSeqs : . . . CTTG . . . . . . . . T A A A . . . A A . AT . C TAATTA . . . . . C . . . . . . . GT AATGT . . TA . .
blockSeqs : . . . GAAG . . . . . . . . . A . A . . . A A . AT . A CACTA . . . . . C . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . G . . . C G . AT . T TAC . . . . . C . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . T . . . C T . GT . C TA . . . . . A . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . A . . . C G . GA . A TG . . . . . A . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . G . . . A T . TT . C TA . . . . . C . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . G . . . T A . AT . T TG . . . . . A . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . T . . . C T . GT . C AC . . . . . A . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . G . . . C G . AC . A AG . . . . . C . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . G . . . A G . AC . A TA . . . . . C . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . T . . . C T . GT . C AC . . . . . A . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . A . . . A T . GT . C AA . . . . . C . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . C . . . C G . GA . T TA . . . . . A . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . A . . . A A . GT . C AA . . . . . A . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . T . . . A A . AT . A TA . . . . . C . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . G . . . G A . AT . C TA . . . . . C . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . C . . . G A . AT . A TA . . . . . C . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . A . . . T T . AT . C AA . . . . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . A . . . T A . AT . C T . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . T . . . G A . T . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . A . . . A G . G . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . T . . . A A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ******* **********
originalCons : AGGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTNAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ATCTATTN-------TNTAA---TCAATGT--CA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAACAGG
finalCons : AGGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTNAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ATCTATTN-------TNTAA---TCAATGT--CA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAACAGG
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TGTGGATTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTTTAA
Unaligned ( gi|32 ): GAATAGGATTTTTCACTGTAATGTCGACAACACTTAAACAATGGATTGATTTATTGATTGGATATTT
Unaligned ( gi|41 ): TGTCACTTTTTTCATTGTCATCTTATTGCGAAAATTAACTTTGAAAAC
Unaligned ( gi|43 ): ACTGTAGTCCCGTTATAATGTGGTCCGATATAAGGCAAATTC
Unaligned ( gi|46 ): ACATATATTTCCATAGATGCAATAGAAATCAACTCT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111111 1111111111
lowQualScore : 3333 22 222 11111111 11 11 11 4444444 1 1 1 1 2 22 33 2 0 11 11 1 66666666 1 222 3333 1 333 111111111111 1 1 1 1 333 33 1 1 1 1 222 22 1 66666 6666666666 1 777777777 9999999999 8888888888 2
lowQualScore : .... .. ... ........ .. .. .. ....... . . . . . .. .. . . .. .. . ........ . ... .... . ... ............ . . . . ... .. . . . . ... .. . ..... .......... . ......... .......... .......... .
lowQualScore : 4444 22 555 22222222 88 88 88 2222222 2 3 3 3 7 33 33 3 9 88 88 5 22222222 0 888 2222 7 222 555555555555 8 7 8 9 555 11 7 7 7 7 999 33 7 77777 2222222222 8 666666666 3333333333 3333333333 0
consensus : AGGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTNAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ATCTATTN-------TNTAA---TCAATGT--CA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAACAGG
Reference ( family-2078 ) : AGGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTNAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ATCTATTN-------TNTAA---TCAATGT--CA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAACAGG
gi|1 : GCTCCTGTTTCA----T--CAATATT---T--------T-C--CTA--AG--TTTTACTTA-CT-T-A-A-AAT-CTTAA--CTTCATTTTG--ACTGAT--TACTT-CAGTATTT-------TG-AA---CCAATGT--CA-ATGAAACC--A----A-----T-TGCAGTTTTTTTTATAGCCGGTTT-AAAAT-CACAATCACCT-G---GG-TGCTT-TTCT-TT-GA-T---TTAA--GT-GT-----TTAA-----T----TA-TTTAA---------GTATATACTTAAATA----------TG-TCAGTGAAACAGG
gi|10 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------AAC--GTC--CA--T-------A-CT-T-A-A-CAA-CTTAA--CTAAGTATTG--ACTGGT--TATTT-ATCTATTA-------TATAA---TCAATAT--CA-ATGAAACC--A----T-----A-TGAAGTTTCATTGG-AATCAGTCT-AAAAT-CATGATCGTCT-G---GC-TGCTT-TTAT-TA-GA-T---TTAA--TT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------TTA----------TGTTTGATGAAGC
gi|11 : GCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T---------AC--TTA--AA--T-------G-TT-T-A-ATAAA----AA--CTAAGTTTTG--ACTGTT--TATTT-ATCTATTACATTGTATATGA---TAAATAT--CA-ATGAAACA--A----T-----G-TGCAGTTGTACTCG-AACCAGTCC-AAAAT-CATGAACACAT-G---GC-TGCTA-TTCT-CA----------AA--GT-GT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGCAGCAGG
gi|12 : CTTCTGATTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AT--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTAAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ATCTTTTA-------TATAA---TCAATAT--CA-TTG--ACCAAA----T-----A-TGCAGAATAACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TT-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAAC
gi|13 : TCTGTTTTA----C--CACAATT---TCTTG----TGT--TT-------T-------A-CT-T-A-A-AAT-CTTAA--CAGAATTTTT--ACTGGT--TTCTT-ATTTATTC-------TGTAA---CTGAAGT--CA-TTGAAACT--A----T-----G-TGCAGTTGGATAGG-AAACAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---AA-TGCTT-TTCT-AA-TA-T---TTAA--G----------TAT-----A----TA-CTTAA---------AT----------TTA----------T--TT-GTGAAACA
gi|14 : tgT---T--------TAT--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-ACA-CTAAA--CTTAAATTTG--AC-GGT--GATGT-AAACATTC-------TTAAA---TCAATGA--CA-ATGAAACC--A----A-----C-TGCAGTTTTCCTGG-AGCCAGTCT-AATAT-CATGATCACCT-G---GA-TGCCT-TTCA-TA-GA-T---TTAACTGT-CTTGGTATTAAACTATA----TA-CTTAA---------------------ATA----------TG-TCGGTGAAGCAG
gi|15 : TTTTG--ACTGAT---ATCTGATATATTC-------TGTGA---TCAATTT--TA-ATAATATA--A----A-----G-TGCAATTGTATAAG-AACCAGTCT-AAAA--AATGATAACAT-GGAAGCAAGCTT-TACT-TA-TA-T---TTAA--GA-TT-----TCAA-----AATGTTA-GTTAAAAGAAACTGGT----------ACA----------TG-TATGTGAAAac
gi|16 : tgaaatctattgtaTGTTTCA---------AT-TT---T--------TAC--TTA--CC--T-------T-TT-T-TTA-AAA-CTTTA--CTATGTTT-G--ACAGGT--TATTT-ATCTATTA-------ATCAAACGTAAATAT--GA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT--AAAT-CATGATCACCT-G---AC-TG-TT-TTCC-TA-CA-T---TTTA--GT-ataaa
gi|17 : tAT--TCA--AA--C-------A-CT-T-A-A-GT--CTTAA--CTGTGTTTTG--ACTGGA--TACTT-ATTTATTT-------TATGA---TAGGT-T--TA-AT---ACT--ACAC-T-----A-TGAATCTGTATTGG-ATCCAGTCTAAAAATGCGTGAGCACCT-atatgatgaaatagaaggta
gi|19 : ctggtgtcagttcaatcaccC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAG-CTTAA--CT-----TTG--ACTGGT--CATAT-AAACATTC-------TTTAT---TCAATGT--CA-TTTAAACC--A----A-----C-TGCAGTTTT-TTTA-AACAAATTT-GTAAT-CATGATCACCT-G---GA-TGCTT-TTCC-TA-GG-C---TTAA--GA-TT-----CT-A-----G----TA-Ttgattagtttaaatgttgatgtccgtaag
gi|2 : TTCA----C--CAACACC---T--------T-CTTTTA--AT--T-------A-CTGT---------CTTAA--TTGATTTTAG--AATGGT--GGTTT-GCCTATTC-------TGTAA---CCAGT--------TG-GACA--A----T-------TGCAATTGTACAGA-ATCCAGTGC-AAAAA-CACTGTTACCTAG---AA-TATAT-TTCTGTA-AA-C---TTAT--GT-TT-----CC---------------TTGAG---------GT----------ACA----------TG-T--GCGAAaag
gi|20 : -AAAA--CAGGATCGCCT-G---GC-TGTTT-GTCT-TA-TA-TATATTAA--GT-TT-----ATAA-----A----TA-ATAAC---------AT----------ATA----------TA-TTtgtccgagtttgtgttggtgaggcgttagcctgctctctg
gi|21 : TTA-------TGTAA---TTAACAC--AA-ATGAAACA--A----A-----A-CACAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-TATGACCACCT-T---AC-AG-------T-AA-GAGT---GTAA--GT-AT-----TTTA-----G----TA-TATAC---------TTTA--------ATG----------TG-TTGGTGACACAGtaaatattttttgaaaaaggaacctgataacataggtatcttccttaaatattaacaaacatgtaacact
gi|22 : GCTCCTGTCTCA----C--CAACATTATTTGAAG----TAC--TTACTAAGCT-------A-CT-A-A-A-AAAGCTTAA--CTTTATTTTG--ACTGAT--AATTT-TAATATTC-------TTAAA---CCAATAC--CC-AAGTAACC--A----ac
gi|23 : A--C-------A-CT-A-A-A-GAA-CTTAA--CTGAATTCTATAACTAAC--TGTAT-ATATA--A-------TTTAA---TCAATGT--TA-GTTAGACC--A----T-----A-GCCAGTTGTACATG-TGCCAGTCT-AGAGC-CATGGTCACa
gi|24 : -CTTAA--CTGATTTTAG--AATGGT--GATTC-GTCTATTC-------TGTAA---CCAGTGT--GACCTGAA--T--G----T-----ACTGCAGTACTACAGA-ATCCAGTGC-AAAA
gi|25 : tcattttggtttactgtGCTCCTGTTTTA----C--CAGTATT---TACAAGCTTTAT--TTA--AA--A-------A-CT-A-A-A-AAA-TTTAAA-CTTTGTTCAG--ACTGGT--AATTT-ATTTACTA-------TATAA---TCAa
gi|26 : GGCTCCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TCA--AA-----------------------A-CCCAA--CAAAGCCTTG--ACTGGA--CACAC-ATCCAAAA-------TATAA---TCAATG---CA-A
gi|27 : ACATT---T--------GAC--AGA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAG-CTTAA--GTCAGTTTGG--ACTGAT--TATTC-ATCTATTG-------TATAA---TCAAAGA--CA-AAGAAACC--A----T-----cttgcacaata
gi|28 : -CT-T-A-A-AAA-CATAA--CTAAGTTTTT--ACTGGT--TATTC-ATCTACTG-------TATNN---NNNNNNNNCCA-GTGAAACA--A----TCTTTCA-TACAGTg
gi|29 : AGGCTTCATTTTCAGCACCAACAACATT---T--------TAC--TTA--AA--G-------A-CG-T-A-A-AAC-ATTAA--CTTGATTTTG--ACTGGT--TACT
gi|3 : TTCTGCTTCA----A--CAACATT---T--------T-C--TTA--AC--T---------TT-T-A-ATAAA-ATAAAAACTGAATTT-G--ACTGTT--TACTT-A-ATATTT-------TTTTA---TCAGTGT--CA-ATGAAACC--A----A-----A-TGCAGTTTTTCTAT-AGCCAGTCT-AAATT-CATGATTATTT-G---GA-TGTTCGTTAT-T---A-T---TTCA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTCAA---------GT----------ATATACATAAATCTG-TTGATGAAAC
gi|30 : G-AATCAGTCT-AAAGT-CACGATCA-------------------------GA-T---TCAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATG----------TG-TTTGTAACACAGGtgaagcc
gi|31 : AGGCTTCTATTTCA----C--AAAAATT---T--------AAA--TTA--AA--T-------A-CA-T-A-A-AAA-CATAA--CTCAAGTTTC--ATTGAT--TACTT-Acgcc
gi|33 : GCTT-TTCT-TA-AA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TAATTTAA---------GTGTAAATCTAAATA----------CG-ACAGTGAAACAG
gi|34 : ACTGA-AATCAGTC---------GTGGACACCT-G---GC-TGCTT-GTTT-TA-GA-T---ATAA--TC-TT-----GTAA-----G----TG-TTTAA---------GT----------ACA----------aagc
gi|35 : -TGCTT-TTCT-TA-GC-G---TTGA--AA-TT-----GTAA-----C----TA-GTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAGACAGG
gi|36 : GGCTTTTGTTTCA----C--CAACATT---T--------GAC--TGA--AA--T-------A-CT-------AAA-C-TAA--GTAA----TG--ACTGG---TATTT-Aagtcg
gi|37 : -TGCTG-TTCT-TAAGA-T---TTAG--AT-TTGT---TTAA-----G----TT-TTTAA---------GA----------AAA----------TG-TTAGTGAAACAGa
gi|38 : TTTGTTTC-----C--TAATATT---T--------TCC--TTA--AG--C-------A-TT-T-A-A-AAT-CTTGA--CTAAACTTTG--ACTGGT--aag
gi|39 : CTGTTTCA----C--CATCATT---T--------TCT--TTT--AA--C-------AGAT-T-A--------TTAA--CTTAAATTTG--ACTGGT--TGT
gi|40 : T-TA-AA-T---TTAA--GT-TT-----TTGA-----A----TA-TTTAA---------GC----------ATA-------------TTGGTGAAATAGG
gi|42 : AATATT---T--------TAC--CTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-------CAA--CTAAGTTTTG--ACTGGT--TATagactg
gi|44 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTG--AA--T-------T-CT-T-A-A-AA
gi|45 : CTTCTGTTTTA----C--CAACATT---T--------TAC--TGA--AA--T-------A-CT-T-A-A-A
gi|47 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACA-T---A--------TAT--TTA--AA--T-------A-
gi|5 : GCTTCTGTTTCG----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-A-A-A-AAT-CTTAC--CTTAACTTTG--ACAGGT--AATTT-ATCCAATT-------TATAA---TGAATAT--CA-GTGAAACA--ATAATT-----A-TGTAGTTTTACTGG-AACCACTCT-TAAAT-CATGATCACAT-C---GA-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TGAA--GT-TC-----TAAT-----A----TA-TTTAA---------GT----------A-A----------TG-CTGGTGAAACGGG
gi|6 : TCTGTTTTA----C--CTACATT---T--------TAC--TTA--AA--C-------A-CT-T-A-A-ACA-CTTAA--CTAAATTTTG--ACTGGT--CGTTT-ACCTA-TG-------GATAA---TCAA-AT--CA-ATGAAACC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT--AAAC-CATGATCACAT-G---GA-TGCTT-GTCT-CA-GA-T---TTAA--GT-AT-----TCAa
gi|6 : GGCTTCTGTTTCA----C--CAACA-T---T--------TAC--TTA--AA--T-------G-TT-T-gatctggcttctgtttcaccaacatttacttaaatgttt
gi|7 : tctgttttacctacattttacttaaacacttaaacacttaactaaattttgactggtcgtttacctatggataatcaaatcaatgaaaccatatgcagttttactggaaccagtctaaaccatgatcacatggatgcttgtctcagatttaagtattcagatctAGGCTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AA--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTAAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ACCTATTA-------TGCAA---TCAATAT--CA-GTGAAATC--A----T-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTCT-TA-GA-T---TTAA--GTGTG-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-ATGGTGAAACAGG
gi|8 : CTTCTGTTTCA----C--CAACATT---T--------TAC--TTA--AT--T-------A-CT-T-A-A-AAA-CTTAA--CTAAGTTTTG--ACTGGT--TATTT-ATCTATTA-------TATAA---TCAATAT--CA-TTGACACA--A----T-----A-TGCAGTTTAACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCACCT-G---GC-TGCTT-TTTT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGTGAAACAGG
gi|9 : CTTCAGTTTCA----C--CAATATT---T--------TGC--TTA--AA--T-------A-CT-TTA-G-AAA-CTTAA--ATAAGATTTG--ACTGGTAATATTT-ATCTATTA-------TATAA---TCAATAT--TA-ATGAAACA--A----A-----A-TGCAGTTTTACTGG-AACCAGTCT-AAAAT-CATGATCATGT-A---GC-TGCTT-TCCT-TA-GA-T---TTAA--GT-TT-----TTAA-----G----TA-TTTAA---------GT----------ATA----------TG-TTGGCGAAAag
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TGTGGATTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTTTAA
Unaligned ( gi|32 ): GAATAGGATTTTTCACTGTAATGTCGACAACACTTAAACAATGGATTGATTTATTGATTGGATATTT
Unaligned ( gi|41 ): TGTCACTTTTTTCATTGTCATCTTATTGCGAAAATTAACTTTGAAAAC
Unaligned ( gi|43 ): ACTGTAGTCCCGTTATAATGTGGTCCGATATAAGGCAAATTC
Unaligned ( gi|46 ): ACATATATTTCCATAGATGCAATAGAAATCAACTCT