lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 77777777777777777777777777777777777 1 1 11 11 1 2222 44444444444444444444 33333333 222222 111 2222 333333333 222222222 1 1 11 1 111 1 1111 1 111 22222 11 1 22222 33333333333333333333333333333333333333 8888888888888 2 1 11111 111111 1 1 2222222222222222222222222222 1 1 22 11111111 11 222222222222 111 1 99999999999999999999999999 111 1 1 33333 11 1 22 1 666666666666666666666666666666666666 1 111 111111 222222222222222 11 1 1 999999999999999 222 11 1 222222222
lowQualScore : 0 44444444444444444444444444444444444 7 5 3 6 66 33 8 33 6 3 5 8888 77777777777777777777 3 66666666 111111 1 99 2 111 99 6 8 8 8 5555 1 222222222 222222222 99 4 8 6 4 6 5 1 8 0 22 5 11 7 1 1 8 444 6 3 5 7777 8 1 8 0 444 1 0 8 88888 0 11 4 2 99 8 3 1 1 11111 22222222222222222222222222222222222222 0 6 3 6 0000000000000 2 33 3 3 1 5 1 1 55555 1 6 6 777777 3 6 1 5 6 9999999999999999999999999999 6 7 1 5 5 3 5 77 3 99999999 6 88 3 3 9 55 333333333333 1 3 000 5 6 8 2 00000000000000000000000000 111 5 5 1 00000 33 5 7 0 22 4 0 1 4 8 4 777 999999999999999999999999999999999999 4 777 6 1 4 444 111111 55 111111111111111 11 4 3 5 5 555555555555555 0 8 222 99 6 1 3 6 5 7 1 0 0 5 999999999 99
lowQualScore : . ................................... . . . . .. .. . .. . . . .... .................... . ........ ...... . .. . ... .. . . . . .... . ......... ......... .. . . . . . . . . . .. . .. . . . . ... . . . .... . . . . ... . . . ..... . .. . . .. . . . . ..... ...................................... . . . . ............. . .. . . . . . . ..... . . . ...... . . . . . ............................ . . . . . . . .. . ........ . .. . . . .. ............ . . ... . . . . .......................... ... . . . ..... .. . . . .. . . . . . . ... .................................... . ... . . . ... ...... .. ............... .. . . . . ............... . . ... .. . . . . . . . . . . ......... ..
lowQualScore : 8 99999999999999999999999999999999999 0 0 2 0 22 88 8 88 5 2 5 0000 66666666666666666666 0 00000000 888888 0 22 5 777 22 7 0 0 0 8888 4 000000000 444444444 44 8 0 0 0 0 0 0 0 8 22 0 00 0 4 4 0 000 0 2 0 0000 0 4 0 8 222 0 6 0 22222 8 00 4 5 22 7 3 0 0 88888 66666666666666666666666666666666666666 2 0 2 0 0000000000000 5 22 0 2 2 4 8 4 22222 0 0 0 777777 7 0 0 3 7 0000000000000000000000000000 7 1 4 7 7 9 7 11 0 11111111 0 00 0 5 5 33 999999999999 4 9 000 7 6 4 2 55555555555555555555555555 777 0 0 7 11111 44 1 0 1 44 4 1 9 4 9 4 888 222222222222222222222222222222222222 3 888 6 5 0 777 555555 55 666666666666666 00 0 2 0 0 333333333333333 8 0 222 00 6 4 0 7 4 0 4 7 6 6 000000000 22
consensus : GTTTGATTTTACAGGAGGCA--------------CAA-----TCCC---------AACTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGGCA--CGCTGCCA--CGAAAAGATATTCAGCTCGTGA---GCATGCATTTCCTGCA-TTTTT--CTGATATTTCAG----AGACATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGNATT---TTAT--ACA-ATTGCCCATT-TT-T-ACACTATTA---TCTTGAA---------TACACAT--TG-GTG-GCTTTTT-AGACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATG--ATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTTATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTATTCTTTTTTAC--AAAAACACTAATAAACATGT--GAANCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCC---GTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCC-----ATGATA-GATTCTTATAATTAT-CT-TTCGACTCTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTTTGTTT-AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTACAATGTAAGTAGTGTACATGTATTACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAACGNAA--AAAAAACTTAGTTTATTT-G-TGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAA-AAA-CAACCCTGAAA-------TAGTTGGATAGTAGTATTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTAAATGACACAATACACCG-------A----CTTATGTAGC---GTACAAT-ATACGAGGCACCTACTTATGCTACGTACTAAGCAANTTTTG-------GCGTT----AGT-------CTTATAACA---TCAACTTGTATTTTT-T---ACTGATATAATTTG-GTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGTNGTC-CCAGAAATG-CTTCCGAAGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------GT-----------TTTCA---ATCTGAAAGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAATGTTTGAG-GAAACGGTC------ATGTTCCCATTC--AAAA-CA--CGT-GTC---CGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAT----A-ATA----AATATGAAAATAAAGG-GNT-TTTT-CTTACCTCACTGCCCGACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTNGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ACGGGG
Reference ( gi|1 ) : GTTTGATTTTACCGGAGGCA--------------CTA-----TCCA---------AACTTTGCAAGGCGTGTTCGGGGGTA--TGCTGCCA--CGAAAAGATATTAAGCTCGTG----GCAT----TTTCTGCA-TGTT---CTAATATTTCAA----A--CATTC-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCATT-TT-T-ACACTATTT---TCTTGAA---------TACGAAT--TA-GTG-GCTTTAT-AGACCCGACATAACAGTACATATTAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGATGGGTATTATG--ATACATTCAAACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATGTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTGTTCTTTTTTAC--AAAATCACTAATAAACATGT--GAATCTCCACAAATTCTGCAGGAAGCAAGTGCTTGT---GTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCCAA---ACGATA-GATTCCTATATTTAT-TTATTCGACTTTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAATAATGTTTTGTTTAAAAATTTAGCGTCATTTTATGCAATCGAGTGCTAAAAGACGAATAGTACAATGTAAATACTGTACATGTATTACACGAAAAGCAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGTTGCTATATGTCATACAAAAAAGTGAGATGGATGATAATGTTCTAAAAAATAA--AAAAAACTTAATTTA-TT-G-TGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAA-AAGCCAACCCTGAAA-------TAGTTGAATAGAAGTATTATTTCATATTATTATAATACCGCTAAATGACACAATACACCG-------A----CTTATATAGT---GTACAAT-ATACGTAGCACATACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTG-------GC-------AGT-------CTTATAACA---TCCACTTCTATTTTT-T---ACTGATATAATTTA-GTATACTGATACATAAAACAAATGAAAAACACATAAAGCTGTC-CCAGAAATG-CTTCCGAAGTTATA-AATTGA---GC-----------T-----------GT-----------TTTTA---ATCTGAAAAAGGTTCAATTCG-TCACTTTTCTCGAATGTTTGAA-AAAACGGTC------ATGTTCCCATTC--AAAATCA--CAT-TTC---CGCTC-GAAACTTGAATAAAATGCAGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAATGA-AA-ATAAGAAAATATGAAAATAAAGG-GG--TTT--CTTACCACACTGCTCGACTGCGTGCAC-AAAAATAATAGGAAGTTCCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTAGCCGTTTATGTAACGTTT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|4 : GCTTGATCTTACAGGAGGCA--------------CAA-----TCCC---------AACT
gi|8 : ttcatGTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCAAACCTTGCTAGGGGATCCAGGGACTCCCAACCTTGCTAGGGG-ATCCGGGGACA--CACT-TCATTC-AAAAGCT------CCCATAAT--GCAT----TTATTGC--CGTTTC-CTAATATCTTAG----AGACATTT-GTGTAGCCTTTCCAATC-GTA-CTCACA--CTGAATT---TTAC--ACA-ACTGTCCATGGTT-T-ACACCAATTATACCTTTAA---------TACACATGTCATGTGTACCTTGTTAGAACTGGCATATCAGTACACATCAATTGTTAATAATGAAATTAT----TAAGT-TTT------TACTGTGCCATATGTTGATAGTGGAAATATGTAT---A---GAAA---ATGACACATTGTTGCAAGTTGCAGATAATT---A-TT-----------CT-TT-TTTTTTTTTA------------AATAAA-ATTTTCGGTTCTCCACAAATTCTACAGGAGGCATGTGCCTCC---GTCTACCTCAGTGTGGCTACAGCCC------TGGTATGA-----GTGTTTAT-TTATatagctcgcagcatgcatttcctgcacttttctgatatttcagacattttaagccgctaaaatttataacacaaactgcattttatacaattgccaatttttacactattatcttaaatacacattggtagttatttatacccgacataacagtacatatcaactcttagtaatacactgtaagacacgtaattgccgggtataatgagacattcatattacgtatattattatatgtgagggatatgtcatatttttgcaagagtaatttatattttggggataactttattctttttacaaaaccactaataagcatgtgaagctccacaaattctgcagaaagcaagtgcttctgttagcctcagtgtggctacggtcatgatgataagattcttataatcttcgactcttaacagttcaaagaaagattattagaacaatgtttagcgccattttatgtcatagagggctaaaagacgaataatacaatgtaaacagtgtacatttattacacgaagaacaggtaatggtctacgggtctgaaacagctgcgatatgccatacagaatagtgagatggacgataatgttcttaaatgattaaaatacttagtatatttgtgaaatgtaaacaacgatacaactaaaaaacaactctgaaatagttggataatatttcctgttattagaataccgctaaatgagacaatacagtgacttatgtatcgtacagtatacgaggcacctacttatgttgcgtactaagcaaattttggcgtttagcagacatataacatcaacttatattttttactgatacaatttggtatactgacacataaaacatatgtaaaacacataaagtagtcccagaaatgcttccgtagtaatacaattgagctgttttcaatctgaaaacggttccatccgtcacttttctcgaatgtttgatgaaacggccatgttcccattcaaaaacnnnnnnnnnntagagaagaaatag
gi|14 : gtatgagtaagagtgtacgcagggccgtagccaaaGTTTCATTTAACAAGAGGCA--------------CAA-----TCAC---------AAGTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGTCA--TGCTGCCA--CAAAAAGATATTCAGCTCGTGACATGCAT----TTCCTGCATTTTT---CTGATATTTCAGCAACA--CATCC-A------CGTTTGAACATTTAAAAAAAATTTTGAATTGAGTTATGAGCACATTTCCCATctccttctctt
gi|2 : TTTGATTTTACAGGAAGCA--------------CAA-----TAAC---------AACTTTTCTAGGGGTGTCCGAGGGCA--TGCTGCCA--CGAAAAGATATTTAGCTCGTG----GCATGCATTTCCTGCA-TTTTTTTCTGATATTTCAG----A--TATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTAGATT---GTAT--GCA-TTTGCCCGTT-TT-TTACACTTTTA---CCTCAAAGACACATACTACATAT--TG-GTG-GCTTTTT-AGACCCGACATA----------TCAATTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATG--ATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAA----AG-TAATTCATA-TTTTGA-G-AAAACTATTA----TTTTTACAAAAAAACACTAATAAACATGT--GAAACTCCACAAATTATACAGGAGGCAAGTGCCTCC---GTCTGCCTCGGTGTGGCTA--------------ATA-------TATAATTATAATCTTCAACTCTTAACCGCTAAAAGAAAGATTCTTAGAACAATGTTTTGTTTGAATATTTAGAGTGAGTTTATGC-ATCGGGGGCTAATAAAGGAATAGTACAATGTAAATATTGTACATGTATTACATGAAGAACATGTTAT----GGTTTGCGGGTCTGAAACAGCTGCGATTTGTCATACAAA--------ACGGA------------AAAAAAT---------ATTTAGTTTATTT-G-TGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAA-AAA-CAACACTGAAA-------AAGTTGGATAGTAGTAGTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTATATGACACAATACACCG-------G----CTTATGTAGT---GTACAAT-ATAAG-AG-GCAT--TTATGCTACGTAGTTAGCGTATTTTGGCGTTTAGC-------AGT-------CTTATAAAA---TCAGCTTGTA-ATCT-T---ACTGATATAATTTG-GTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGT---------ACATG-CTTCCGAAGTAATA-TATTGA---GC-----------T-----------GT-----------TTTCC---ATCTGAAAATGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTGGAATGTTTGAA-GAAACGGTC------ATGTTCCCA-------------------TC---CGCTT-GAAACATAAACAGAAAGCCGCTCGTATCGGCTATATATTT-GATTTAAAAACGAAAT----A-AT-----AATATGAAAATAAAGG-GAT-TTT--CTTACCTCACTGTTCGCCCGCGTGCAC-AAAAATAAAAGTAAGTACCGGTTTATCGTGTTTAGTTATCACCGTAAATGCGGCGTACTTGTCATTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--AC
gi|17 : TTTGATTTTACCGGCAGCA--------------CGA-----TCC
gi|10 : atgtataatgtagccagagctcagggccgtagccaaaaATTTTACAGGAAGCA--------------CAA-----TCCC---------AACTTTGTTAGGGGTGTCTGGGGGCAATTGCTCCCA--CGAAATAATATTCAGCTCTTG----GCAT----TTT--------TT---CTGATATTTCAG----AGACATTTTA---AGCCGTTCATATCTATAACAC------TGCGTT---TTAT--AGA-ATTACCCATT-TTTT-ACACTATTA---TCTTGAA---------TACACGT--TG-GTT-ACTTTTT-AGACCCGATACAACAGTACATATCAACT-------------CTGTAAGACAAGCAATTGCTGGGTTTTATG--ATACATTCATACTGAAATTAG-TAT---AAGCTAATGATGCGCCTTGGTTTTGCAAG----AT-TTATTAATATTTTTGG-G-ATGACT-ATATTC-TTTTTAC--AAAAACACTTATAGACATGT--GAACCTCCACAAACTCTATAGGCGGCAAATGCCTCC---GTTTGCTTCAGTGTGGGTAC
gi|4 : ttAGCTCGCA----GCATGCATTTCCTGCACTTTT---CTGATATTTCAG----A--CATTTTA---AGCCGCTAAAATTTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCAATT-TT-T-ACACTATTA---TCTTAAA---------TACACAT--TG-GTA-GTTATTT-ATACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACACGTAATTGCCGGGTATAATG--AGACATTCATATTACGTATAT-TATTATATGTGAGGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTTATA-TTTTGG-GGATAACT-TTATTCTTTTT-AC--AAAACCACTAATAAGCATGT--GAAGCTCCACAAATTCTGCAGAAAGCAAGTGCTTCT---GTTAGCCTCAGTGTGGCTACGGTCATG---ATGATAAGATTCTTATA---AT-CT--TCGACTCTTAACAGTTCAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTT-------------AGCGCCATTTTATGTCATAGAGGGCTAAAAGACGAATAATACAATGTAAACAGTGTACATTTATTACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGCCATACAGAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCT--TAAATGATTAAAATACTTAGTATATTT-G-TGAAATG-TAAACAACGATACAAC-TAA-AAAACAACTCTGAAA-------TAGTTGGATAA------TATTTCCTGTTATTAGAATACCGCTAAATGAGACAATACAGTG-------A----CTTATGTATC---GTACAGT-ATACGAGGCACCTACTTATGTTGCGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAGC-------AGA-------CATATAACA---TCAACTTATATTTTT-T---ACTGATACAATTTG-GTATACTGACACATAAAACATATGTAAAACACATAAAGTAGTC-CCAGAAATG-CTTCCGTAGTAATACAATTGA---GC-----------T-----------GT-----------TTTCA---ATCTGAAAACGGTTCCATCCG-TCACTTTTCTCGAATGTTTGAT-GAAACGGCC------ATGTTCCCATTC--AAAAtg
gi|3 : ttcatgcttgatcttacaggaggcacaatcccaactatTT-A---AGCCTTTCAAATATATAACACAAA--CTACATT---TTAT--ACA-ACTGCCCATT-TT-T-ACACAATTA---TCTTGAA---------TACACAT--TG-GTG-TTTCTTT-AGACCCGACATAACAGTACAAATCAACTCTTAGTTAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATG--ATACATTCATATTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGAACATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTTATA-TTTTGGTA-ATACAT-TTAT-CATTTTTAC--AAAAACACTACAAAACATGT--GAAACTCCACAAATTCCACAGGAGGCAAGTGCTTGC---ATTTGCCTCAGTGTGGCTA--------------ATA-------TATAATTAT--------AATCTT--CAGCTAAAAGAAAGATTATTAGGACAATGTTTTGTTT------------------T-TGCCATCGATGGCTAATAAACGAAAAGTACAATGTA---------CATGTATTACACGAAGAACAGGTATT----AGTTTACGGGTCTGAAACATTTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGCACAATAATGATCTAAAACGGAA--AAAAAACTTAGTTTA-TTTG-TGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTTA-AA--CAACCCTGAAC-------TAGTTGGATAATAGTATTATTTCAAGTGATTACAATACCGCTAAATGACACAATATACCG-------A----CT-ATGTAGT---GTAAAAT-ATACGAGGCACTTACTTATGCTACGTACAAAGCAAGTTTTG-------GCGTTTAGAAGT-------CTTATAACA---TAAATTTGTAATTTT-----ACTGATATAATTTG-GTATATTGATTCATAAAACAAATGTAAAACATATAAAGTAGTC-ACATAAATG-CTTCCGACGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------GT-----------TTTCA---ATCTGAAAATGATTTAATCCG-TCACTTTTCCCGAATGTTTGAG-GAAACGGTT------ATGTTCCCATTC--AAAAACA--CAT-ATC---TGCTT-AAAAATGAAATATAGTGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAC----A-AT-----ACTATGAAATGAAAAG-GGTTTTT--CTTACCACACT--TCGACCGCTTGCAC-AAAAATAACAGGAGGTACCGGTTTATAGTATGTAGTTATCACCAGTAATGCGGCGTAGTAGCCGTTTATGTAACGTGT-------ACGTTGG--ACGGGGacnnnnnnnnnntagagaagaaatag
gi|15 : CACTACTTAAAAGAT--GAACCTGCATAAATTCTATAGGAAGTAA---CTTGCTCAGATTACCTCAGTGTGGCTACGGCC
gi|5 : CCAACGTATGATA-TATTCTCATA---AT-CT--TCGACTCTTAACAGCTAAAGGACATATTATTAGAACAATGTTT------AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGTGTCGATACACGAATAGTACAATGTAAGTCGTGTACATGTATTACGCGAAGAATAGGTAGCCTTAGGTCTTAGGGTCTGAAAAAGTTGCGATATGTCGTATAGCATAGTCAGATTGATACTAATGTTATAAAACGAGA--ATAAAACTTTATTT---T-G-TAAAGTACTAACCAA-GATGTAACTTAA-AAACTGAA--TAAAAAAAAACTCAATTAGACAGTCGTATTATTTCATGTTATTTGAATACCGTTAAATGCCACAATATACCG-------ATATACTTATGTAGC---GTGCAAT-ATACGAGGCACCAACCTATGCTATGTATTTAGCAAACTTTG-------GC-------GGTTAGAACCCTTATAACC---TCAACTTGTATTTTT-TTTTACTGACATAATTTG-GTATATTGATATATACAACAAATGTAAAACCCATCAAGTAGTT-CCAGAAATG-CTTCCAAAGTATTA-AATTGA---CCAGTAAATGACGT-----------GT-----------TTTCA---ATCTGAAAGTGGTTCGAACCG-CCACTTTTCTCGAATGTTTGAG-GAAACGGTC------ATGTTCCAATTC--AAAAACA--CAT-GTC---CGCTT-GAAACTTAAAAACAATGCCGCTCTAATCGGCTATATCTTT-AATTTGTAAACGAAAT
gi|7 : gcaatatgaactccagaaaatgagattgttttacgtcccacttggatagGTGCTAATAGTCGAATAATACAATGTAAGTAGTGTTCACGTATTACATGAAGAACATGTA----------T----GTC------AGCTGCACTATGTCATACAACATAGTGAGATGGATG------TTC-----AACAA--CGGAAACATTCTTTA-TTTG-CGAAGTA-TAAACAACGATACAATCTGA-ACAACAATCCTCAAA-------TAGTTGGATAGAGGTAGTATTTCATATAATTAGAATATCGCTGAATGACACAATGCCTCG-------A----CTTATGTAGC---GTACAAT-ATACGAAGCACCTAATTATGCTACGTACTAAGCTATTTTTG-------GCGTTT---AGC-------ACCATAATAATCTCAAGTTAAATTTTTAA---ACTGATATAACATG-GTGTATTGGTATATGAAACAAATATTAAATACATAATGATGTC-CCAAAAATG-CTTCCGAAGTGATA-AATTGATATGTTAATTACG---T-----------GT-----------TTTCA---ATCTGAAAGTGATTCATTTTGTTCACTTT----GAA-ACTTGAATACAAC-GTCGGCTAAATCTTTAGATTT--AAAATCactaatgt
gi|6 : tCAGGTGAT----AGTATACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATGCAAAATAGTGAGGTGGACAATAACGCTCTAAATCGGAA--AAATTACTTATTTTATTT-G-TGAAGTG-TAAACAACGATACAACATGATAA--CAACCCTGAAA-------TAGTGGGATAATAGTATTATTTCCTGTTATTATTATATCGCTAAACGACGCAATAC-TTGTATTTTTA----CTGATATAATTTGGTATATTGATACATAACACAgaaataataatataaaaaaaaacaggaagtaccggtttatcgtgtg
gi|19 : tataaatagtatcgtattatcgtatttgtacaAGTTTA-TT-GGTGAAATG------AACG---CAACTTAA-AAAC-AACCCTGAAA-------AAGTTTGATAGaatgtgaaacacataaagtagtccaaaatgcttccgaagtgagctgttttcaatctgaaaatggttcaatccgtcacttttctcgaatgcttgaggaaacggtcatgttcccattcaaaaacacatgtccgcttgaaacttaaatagaatgccgctcgtatcggctataaatttgctttaaaaacgaaataataatatgaaataaaggtgttttcttacctcactgtcagatcgtgtgcacaaaaaataacaggaaggaccggtttatcaccgaaaatgcggcgtagttgccgtttatgtaacgtatacgttgga
gi|9 : CACAATGCCTCG-------A----CTTATGTAAC---GTACAAT-ATACGAGGCACCTACTTATCCCACGTACTAAGCAATTTTTG-------GCGTTA---AGCACC----CTTTTTACC---TCATCTTGTATTTTT-TT--ACTGATATAACTT--GTAT--TGATATATAAAACAAATATAGAACAAATAAAG---TC-CCACAAATG-ATTCGAAAGCGATA-AATTGA---GC-----------T-----------GTAAATTACGTGTTTCCA---ATCTGAAGGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAATGTTTGAG-GAAACGGTC------ATGTTCCCGTTC--AAAA-CG--CGT-GCT---CGCTT-GAAACTTAGATACAATGTCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAAAGAAAT----A-ATAC-----TATGAAAATAAAGG-GG--TTTT-CTCATCTCACTGCCCAACTGCGTGCAC-AAAAAAAGCAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTGTCACGTAAAATGCGGCGTAGTAGCCGCTTATGTAACTTAT-------ACGTTGA--ACAGGGt
gi|6 : ACTTGTATTTTT-----ACTGATATAATTTG-GTATATTGATACATAACACAAATGTGAAACACATAAAGTAGTC-C--AAAATG-CTTCCGAAGT---------GA---GC-----------T-----------GT-----------TTTCA---ATCTGAAAATGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAATGCTTGAG-GAAACGGTC------ATGTTCCCATTC--AAAAACA--CAT-GTC---CGCTT-GAAACTTAAATAGAATGCCGCTCGTATCGGCTATAAATTT-GCTTTAAAAACGAAAT----A-AT-----AATATG-AAATAAAGGTGT--TTT--CTTACCTCACTGTCAGATCGTGTGCACAAAAAATAACAGGAAGGACCGGT-------------TTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTTGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--t
gi|11 : tataaatagtatcgtattatcgtatttgtacacaggtgatagtatacgggtctgaaacagctgcgatatgtcatgcaaaatagtgaggtggacaataacgctctaaatcggaaaaattacttattttatttgtgaagtgtaaacaacgatacaacatgataacaaccctgaaatagtgggataatagtattatttcctgttattattatatcgctaaacgacgcaatTAAGTTAAGTTTATTGATACA-AAGTAAAATGTAAAACA-GTCAACATGACACTAGAAATG-CTTCGGAAGAAATA-AATCGA---GC-----------T-----------GCAAAGAACA---CTTTATCTATCCGAAAGCGGTGCAATTCT-TCATTTTTCTCCAAT
gi|12 : ATAAAACAAATATAATACGCATAAAATTGTC-CCAGTA-TGTCTTCCGAAGTGATG-AATGGA---TC-----------TTTAAATTACGTGT-----------TTTCA---ATATGAATGTGGTTCA-TTC---CATTTTTTT--------------------TC------ATGTTCCCATTC--AAAAGCA--CAT-GCA---CGCTT-GTAACTTAAATATAATGCCGCTGGTGTTGGCTATATCTTT-GATTTAAGAACGAAAT----A-ATAC-----TACGAACATAAAAG-GT--TTTTCCCCACCACACTGCCCAACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATC-------------ACCGTAAATGCGGCGTAGTTACCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ATGGGaatttaagtgtcttatttatagactttttgtctactttttgctttaccggttgaaattgaattattgcgctcatattatctacatattttctttgaagaggtgaatcggttttcaaacacgtgcttgcaatcaaaagtaaattttatcgttcgtattgatcgacgatgttgcggtgtgatagccgtgtatgtaatgtgtgcagtgcacgttgggcacggtggt
gi|13 : GGTTCAAACCG-CCACTTTTCTCGAATGTTTGAG-GAAACGTCT------ATGTTCCCATTC--AAAA--A--CGTAGCC---CGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGCATCGGCTATATCTTT-AATTT-TTAACAAAATAATAA-ATAATAAAGTA
gi|7 : caaattC------GTGTTTTCAATCTGAAAGTGATTCAT-TTTGTTCACTTTGAAACTTGAATACAACG---------TCGGCTAAATCTTTAGATTTAAAATCGAAATAATAATATAAAAAAAccggtttatcgtgtgtagttagcgtcgaaaatgcggcgtagtcgccgcttatgtaacgaag
gi|7 : tgtgctaatagtcgaataatacaatgtaagtagtgttcacgtattacatgaagaacatgtatgtcagctgcactatgtcatacaacatagtgagatggatgttcaacaacggaaacattctttatttgcgaagtataaacaacgatacaatctgaacaacaatcctcaaatagttggatagaggtagtatttcatataattagaatatcgctgaatgacacaatgcctcgacttatgtagcgtacaatatacgaagcacctaattatgctacgtactaagctatttttggcgtttagcaccataataatctcaagttaaatttttaaactgatataacatggtgtattggtatatgaaacaaatattaaatacataatgatgtcccaaaaatgcttccgaagtgataaattgatatgttaatta-AAAAAAAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGaacaggaagtaccggtttatcgtgtg
gi|13 : tgtgctaatagtcgaataatacaatgtaagtagtgttcacgtattacatgaagaacatgtatgtcagctgcactatgtcatacaacatagtgagatggatgttcaacaacggaaacattctttatttgcgaagtataaacaacgatacaatctgaacaacaatcctcaaatagttggatagaggtagtatttcatataattagaatatcgctgaatgacacaatgcctcgacttatgtagcgtacaatatacgaagcacctaattatgctacgtactaagctatttttggcgtttagcaccataataatctcaagttaaatttttaaactgatataacatggtgtattggtatatgaaacaaatattaaatacataatgatgtcccaaaaatgcttccgaagtgataaattgatatgttaattacgtgttttcaatctgaaagtgattcattttgttcactttgaaacttgaatacaacgtcggctaaatctttagatttaaaatcgaaataataatataAAATAATA--AAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTAGCGTCGAAAATGCGGCGTAGTCGCCGCTTATGTAACG
gi|11 : caaattggttcaaaccgccacttttctcgaatgtttgaggaaacgtctatgttcccattcaaaaacgtagcccgcttgaaacttaaatacaatgccgctcgcatcggctatatctttaatttttaacaaaataatTTTATCGTTCGTATTGATCGACGATGTTGCGGTGTGATAGCCGTGTATGTAATGTGTGCAGTGCACGTTGGGCACGGaag
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTTGCTAGGGAATCCGAGGACTCCCAACCTTGCTAAGGGATCCGGGGACACGCTTCATCGAAAA
Unaligned ( gi|18 ): TTGTACTTTGATGTATATTGATAGTGGAAATATGTGCAGGAAATGACATAGGCCTATTGTTG
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111 111 44444444444 111 1111 11111 111 222222222 1111 111 1111 111 444444444444444444444444444444444444444 4444444444444 111111 111 1111111 1111 44444444444444 111 111 6666666666666666666666666666666666666666666666 1 22222 22 1111111
lowQualScore : 2 7 777777777 66666 444 33333333333 5 000 1 1111 44444 77 1 000 77 5 5 5 6 6 99 666666666 4444 6 1 1 2 6 6 111 3 1 4444 6 4 6 000 6 88888 99 3 0 77 1 222222222222222222222222222222222222222 0 2222222222222 0 0 3 2 2 222222 1 3 000 0 1 33 77 44 5 5 5 5 66 6666666 3 1 0 2222 1 33333333333333 000 0 888 666 8 0 4 3 4 777 1111111111111111111111111111111111111111111111 4 3 4 3 8 3 4 4 1 4 777 77777 3 0 1 00 4 5 0 1 8888888 77
lowQualScore : . . ......... ..... ... ........... . ... . .... ..... .. . ... .. . . . . . .. ......... .... . . . . . . ... . . .... . . . ... . ..... .. . . .. . ....................................... . ............. . . . . . ...... . . ... . . .. .. .. . . . . .. ....... . . . .... . .............. ... . ... ... . . . . . ... .............................................. . . . . . . . . . . ... ..... . . . .. . . . . ....... ..
lowQualScore : 2 3 555555555 77777 000 22222222222 2 777 7 0000 66666 99 0 000 99 7 7 7 7 7 22 777777777 2222 7 0 7 5 7 7 777 5 0 2222 7 3 7 222 7 33333 22 3 7 99 0 333333333333333333333333333333333333333 8 8888888888888 6 8 2 2 5 666666 7 9 666 3 7 33 33 66 0 0 0 0 99 2222222 6 3 7 1111 0 33333333333333 000 4 888 555 8 7 0 0 0 000 0000000000000000000000000000000000000000000000 0 6 0 3 9 1 4 4 9 4 888 77777 1 1 7 55 0 7 1 0 6666666 99
consensus : GTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCCAACTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGGC-----A--CGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTCAGCTCGTGAGC-------ATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAG--AGACATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTATTCTTTTTTAC--AAAAACACTAATAAACATGT--GAANCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCC--ATGAT----A-GATTCTTATAATTAT--TT-TTCGACTCTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTTTGTTT-AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTACAATGTAAATAGTGTACATGTATTACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAACGGAAAAAANACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTTGGATAGTAGTATTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAGGCACCTACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTGGCG-TTTAG-AG----CCTTATAACA---TCAACTTGTATTTT---T-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGTNGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAA-CACGT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT----AAATATGAAAATAAAGGGG-TTTTCTTACCNCACTGCCCGACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTNGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ACGGGG
Reference ( family-2059 ) : GTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCCAACTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGGC-----A--CGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTCAGCTCGTGAGC-------ATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAG--AGACATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGNATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTTATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTATTCTTTTTTAC--AAAAACACTAATAAACATGT--GAANCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCC--ATGAT----A-GATTCTTATAATTAT--CT-TTCGACTCTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTTTGTTT-AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTACAATGTAAGTAGTGTACATGTATTACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAACGNAAAAAAAACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTTGGATAGTAGTATTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAGGCACCTACTTATGCTACGTACTAAGCAANTTTTGGCG-TT----AG----TCTTATAACA---TCAACTTGTATTTT---T-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGTNGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAA-CACGT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT----AAATATGAAAATAAAGGGNTTTTTCTTACCTCACTGCCCGACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTNGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|1 : GTTTGATTTTACCGGAGGCACTATCCAAACTTTGCAAGGCGTGTTCGGGGGT-----A--TGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTAAGCTCGTG------------GCATTTTCTGCA--TGTT-CTAATATTTCAA--A--CATTC-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTTT--CTTGAA---------TACGAAT----TA-GTGGCTTTATAGACCCGACATAACAGTACATATTAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGATGGGTATTATGATACATTCAAACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATGTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTGTTCTTTTTTAC--AAAATCACTAATAAACATGT--GAATCTCCACAAATTCTGCAGGAAGCAAGTGCTTGTGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCCAAACGAT----A-GATTCCTATATTTAT--TTATTCGACTTTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAATAATGTTTTGTTTAAAAATTTAGCGTCATTTTATGCAATCGAGTGCTAAAAGACGAATAGTACAATGTAAATACTGTACATGTATTACACGAAAAGCAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGTTGCTATATGTCATACAAAAAAGTGAGATGGATGATAATGTTCTAAAAAATAAAAAAAACTTAATTTA-TT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AGCC--AACCCTGAAA-------TAGTTGAATAGAAGTATTATTTCATATTATTATAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATATAGTGTACAATATACGTAGCACATACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTGGC--------AG----TCTTATAACA---TCCACTTCTATTTT---T-T-ACTGATATAATTTAGTATACTGATACATAAAACAAATGAAAAACACATAAAGCTGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTTATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TTAATCTGAAAAAGGTTCAATTCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAAAAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAATCACAT-TTCCGCTC-GAAACTTGAATAAAATGCAGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAATGAAAATAAGAAAATATGAAAATAAAGGGG--TTTCTTACCACACTGCTCGACTGCGTGCAC-AAAAATAATAGGAAGTTCCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTAGCCGTTTATGTAACGTTT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|10 : ATTTTACAGGAAGCACAATCCCAACTTTGTTAGGGGTGTCTGGGGGC-----AATTGCTCCCACGAAA-----TAATA---TTCAGCTCTTG------------GCATTT----------TTTCTGATATTTCAG--AGACATTTTA---AGCCGTTCATATCTATAACAC------TGCGTT---TTAT--AGA-ATTACCCA-T-TTTTTACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACGT----TG-GTTACTTTTTAGACCCGATACAACAGTACATATCAACT-------------CTGTAAGACAAGCAATTGCTGGGTTTTATGATACATTCATACTGAAATTAG-TAT---AAGCTAATGATGCGCCTTGGTTTTGCAAG----AT-TTATTAATATTTTTGG-G-ATGACT-ATATTC-TTTTTAC--AAAAACACTTATAGACATGT--GAACCTCCACAAACTCTATAGGCGGCAAATGCCTCCGTTTGCTTCAGTGTGGGTAC
gi|11 : ttGTTTATTGATACA-AAGTAAAATGTAAAACAGTCAACATGACACTAGAAATG-CTTCGGAAGAAATA-AATCGA---GC-----------T-----------GCAAAGAACACT-----------TTATCTATCCGAAAGCGGTGCAATTCT-TCATTTTTCTCCAATAATTTAAGtg
gi|11 : taagttaaTTTATCGTTCGTATTGATCGACGATGTTGCGGTGTGATAGCCGTGTATGTAATGTGTGCAGTGCACGTTGGGCACGGtgtcttatttatagactttttgtctactttttgctttaccggttgaaattgaattattgcgctcatattatctacatattttctttgaagaggtgaatcggttttcaaacacgtgcttgcaatcaaaagtaaattttatcgttcgtattgatcgacgatgttgcggtgtgatagccgtgtatgtaatgtgtgcagtgcacgttgggcacggtggt
gi|12 : taagttaagtttattgatacaaagtaaaatgtaaaacagtcaacatgacactagaaatgcttcggaagaaataaatcgagctgcaaagaacactttatctatccgaaagcggtgcaattcttcatttttctccaataatttaagtgtcttatttatagactttttgtctactttttgctttaccggttgaaattgaattattgcgctcatattatctacatattttctttgaagaggtgaatcggttttcaaacacgtgcttgcaatcaaaagtaaatATAAAACAAATATAATACGCATAAAATTGTCCCAGTA-TGTCTTCCGAAGTGATG-AATGGA---TC-----------TTTAAATTACGTG----------T-----------TT-TCAATATGAATGTGGTTCATTCCA-T---TTTTTT--------------------TCATGTTCCCATTC-AAAAGCACAT-GCACGCTT-GTAACTTAAATATAATGCCGCTGGTGTTGGCTATATCTTT-GATTTAAGAACGAAAT---AAT----AC-TACGAACATAAAAGGTTTTTCCCCACCACACTGCCCAACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATC-------------ACCGTAAATGCGGCGTAGTTACCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ATGGGtggt
gi|13 : AAATTGGTTCAAACCG-CCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGTCTATGTTCCCATTC-AAAA--ACGTAGCCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGCATCGGCTATATCTTT-AATTT-TTAACAAAAT---AAT----AAAT-----AATAAAG
gi|13 : cAAATAATA--AAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTAGCGTCGAAAATGCGGCGTAGTCGCCGCTTATGTAACGtaccggtttatcgtgtgtagttagcgtcgaaaatgcggcgtagtcgccgcttatgtaacgaag
gi|14 : caaattggttcaaaccgccacttttctcgaatgtttgaggaaacgtctatgttcccattcaaaaacgtagcccgcttgaaacttaaatacaatgccgctcgcatcggctatatctttaatttttaacaaaataatGTTTCATTTAACAAGAGGCACAATCACAAGTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGTC-----A--TGCTGCCACAAAA-----AGATA---TTCAGCTCGTGA-C-------ATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAGCAACACATCC-A------CGTTTGAACATTTAAAAAAAATTTTGAATTGAGTTATGAGCACATTTCCCA-T-aag
gi|15 : CACTACTTAAAAGAT--GAACCTGCATAAATTCTATAGGAAGTAACTTGCTCAGATTACCTCAGTGTGGCTACGGCC
gi|16 : GAGG-AC--TCCCAACCTTGCTAAGGG-ATCCGGGGAC-----A--CGCTTCATCGAAA-----A
gi|17 : cttgctagggaatccTTTGATTTTACCGGCAGCACGATCC
gi|19 : atgtataatgtagccagagctcagggccgtagccaaaaAGTTTATTG-GTGAAATG------AACG---CAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------AAGTTTGATAGT
gi|2 : TTTGATTTTACAGGAAGCACAATAACAACTTTTCTAGGGGTGTCCGAGGGC-----A--TGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTTAGCTCGTG-GC-------ATGCATTTCCTGCATTTTTTTCTGATATTTC----AGATATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTAGATT---GTAT--GCA-TTTGCCCGTT-TTT-TACACT-TTTAC--CTCAAAGACACATACTACATAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCG----------ACATATCAATTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAA----AG-TAATTCATA-TTTTGA-G-AAAACTATTA----TTTTTACAAAAAAACACTAATAAACATGT--GAAACTCCACAAATTATACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTCTGCCTCGGTGTGGCTA-----------AT----A-------TATAATTATAATC-TTCAACTCTTAACCGCTAAAAGAAAGATTCTTAGAACAATGTTTTGTTTGAATATTTAGAGTGAGTTTATG-CATCGGGGGCTAATAAAGGAATAGTACAATGTAAATATTGTACATGTATTACATGAAGAACATGTTAT----GGTTTGCGGGTCTGAAACAGCTGCGATTTGTCATACAAAACGG---------------------AAA------AAAATATTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACACTGAAA-------AAGTTGGATAGTAGTAGTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTATATGACACAATACACCGG----CTTATGTAGTGTACAATATAAGAGGC----ATTTATGCTACGTAGTTAGCGTATTTTGGCG-TTTAGCAG----TCTTATAAAA---TCAGCTTGTA-ATC---T-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGT--------ACATG-CTTCCGAAGTAATA-TATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCCATCTGAAAATGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTGGAAT-GTTTGAAGAAACGGTCATGTTCCCA----------------TCCGCTT-GAAACATAAACAGAAAGCCGCTCGTATCGGCTATATATTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT-----AATATGAAAATAAAGGGA-TTTTCTTACCTCACTGTTCGCCCGCGTGCAC-AAAAATAAAAGTAAGTACCGGTTTATCGTGTTTAGTTATCACCGTAAATGCGGCGTACTTGTCATTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--AC
gi|3 : TT-A---AGCCTTTCAAATATATAACACAAA--CTACATT---TTAT--ACA-ACTGCCCA-T-TTT-TACACA-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGTTTCTTTAGACCCGACATAACAGTACAAATCAACTCTTAGTTAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATATTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGAACATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTTATA-TTTTGGTA-ATACAT-TTAT-CATTTTTAC--AAAAACACTACAAAACATGT--GAAACTCCACAAATTCCACAGGAGGCAAGTGCTTGCATTTGCCTCAGTGTGGCTA-----------AT----A-------TATAATTAT---------AATCTT--CAGCTAAAAGAAAGATTATTAGGACAATGTTTTGTTT------------------T-TGCCATCGATGGCTAATAAACGAAAAGTACAATGTA---------CATGTATTACACGAAGAACAGGTATT----AGTTTACGGGTCTGAAACATTTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGCACAATAATGATCTAAAACGGAAAAAAAACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTTAA-A--C--AACCCTGAAC-------TAGTTGGATAATAGTATTATTTCAAGTGATTACAATACCGCTAAATGACACAATATACCGA----CT-ATGTAGTGTAAAATATACGAGGCACTTACTTATGCTACGTACAAAGCAAGTTTTGGCG-TTTAGAAG----TCTTATAACA---TAAATTTGTAATTT---T---ACTGATATAATTTGGTATATTGATTCATAAAACAAATGTAAAACATATAAAGTAGTCACATAAATG-CTTCCGACGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAATGATTTAATCCG-TCACTTTTCCCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTTATGTTCCCATTCAAAAA-CACAT-ATCTGCTT-AAAAATGAAATATAGTGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAC---AAT-----ACTATGAAATGAAAAGGGTTTTTCTTACCACACT--TCGACCGCTTGCAC-AAAAATAACAGGAGGTACCGGTTTATAGTATGTAGTTATCACCAGTAATGCGGCGTAGTAGCCGTTTATGTAACGTGT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|4 : GCTTGATCTTACAGGAGGCACAATCCCAACT
gi|4 : ttcatAGCTCGC-AGC-------ATGCATTTCCTGCA--CTTTTCTGATATTTCAG--A--CATTTTA---AGCCGCTAAAATTTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCAA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTAAA---------TACACAT----TG-GTAGTTATTTATACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACACGTAATTGCCGGGTATAATGAGACATTCATATTACGTATAT-TATTATATGTGAGGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTTATA-TTTTGG-GGATAACT-TTATTCTTTTT-AC--AAAACCACTAATAAGCATGT--GAAGCTCCACAAATTCTGCAGAAAGCAAGTGCTTCTGTTAGCCTCAGTGTGGCTACGGTC---ATGATGATAA-GATTCTTATAATC-------TTCGACTCTTAACAGTTCAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTT-------------AGCGCCATTTTATGTCATAGAGGGCTAAAAGACGAATAATACAATGTAAACAGTGTACATTTATTACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGCCATACAGAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTTAAATGATTAAAATACTTAGTATATTT-GTGAAATG-TAAACAACGATACAACTAAAA-AA-C--AACTCTGAAA-------TAGTTGGATAA------TATTTCCTGTTATTAGAATACCGCTAAATGAGACAATACAGTGA----CTTATGTATCGTACAGTATACGAGGCACCTACTTATGTTGCGTACTAAGCAAATTTTGGCG-TTTAGCAG----ACATATAACA---TCAACTTATATTTT---T-T-ACTGATACAATTTGGTATACTGACACATAAAACATATGTAAAACACATAAAGTAGTCCCAGAAATG-CTTCCGTAGTAATACAATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAACGGTTCCATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGATGAAACGGCCATGTTCCCATTC-AAAA-atagctcgcagcatgcatttcctgcacttttctgatatttcagacattttaagccgctaaaatttataacacaaactgcattttatacaattgccaatttttacactattatcttaaatacacattggtagttatttatacccgacataacagtacatatcaactcttagtaatacactgtaagacacgtaattgccgggtataatgagacattcatattacgtatattattatatgtgagggatatgtcatatttttgcaagagtaatttatattttggggataactttattctttttacaaaaccactaataagcatgtgaagctccacaaattctgcagaaagcaagtgcttctgttagcctcagtgtggctacggtcatgatgataagattcttataatcttcgactcttaacagttcaaagaaagattattagaacaatgtttagcgccattttatgtcatagagggctaaaagacgaataatacaatgtaaacagtgtacatttattacacgaagaacaggtaatggtctacgggtctgaaacagctgcgatatgccatacagaatagtgagatggacgataatgttcttaaatgattaaaatacttagtatatttgtgaaatgtaaacaacgatacaactaaaaaacaactctgaaatagttggataatatttcctgttattagaataccgctaaatgagacaatacagtgacttatgtatcgtacagtatacgaggcacctacttatgttgcgtactaagcaaattttggcgtttagcagacatataacatcaacttatattttttactgatacaatttggtatactgacacataaaacatatgtaaaacacataaagtagtcccagaaatgcttccgtagtaatacaattgagctgttttcaatctgaaaacggttccatccgtcacttttctcgaatgtttgatgaaacggccatgttcccattcaaaaacnnnnnnnnnntagagaagaaatag
gi|5 : ttcatgcttgatcttacaggaggcacaatcccaactat--ATGAT----A-TATTCTCATAATC-------TTCGACTCTTAACAGCTAAAGGACATATTATTAGAACAATGTTT------AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGTGTCGATACACGAATAGTACAATGTAAGTCGTGTACATGTATTACGCGAAGAATAGGTAGCCTTAGGTCTTAGGGTCTGAAAAAGTTGCGATATGTCGTATAGCATAGTCAGATTGATACTAATGTTATAAAACGAGAATAAAACTT----TATTTTGTAAAGTACTAACCAA-GATGTAACTTAAA-AA-CTGAA---TAAAAAAAAACTCAATTAGACAGTCGTATTATTTCATGTTATTTGAATACCGTTAAATGCCACAATATACCGATATACTTATGTAGCGTGCAATATACGAGGCACCAACCTATGCTATGTATTTAGCAAACTTTGGCGGTT----AGAAC-CCTTATAACC---TCAACTTGTATTTTTTTT-T-ACTGACATAATTTGGTATATTGATATATACAACAAATGTAAAACCCATCAAGTAGTTCCAGAAATG-CTTCCAAAGTATTA-AATTGA---CCAGTAAATGACGT-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCGAACCG-CCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCAATTCAAAAA-CACAT-GTCCGCTT-GAAACTTAAAAACAATGCCGCTCTAATCGGCTATATCTTT-AATTTGTAAACGAAAT---ACT----AAacnnnnnnnnnntagagaagaaatag
gi|6 : gcaatatgaactccagaaaatgagattgttttacgtcccacttggatagccaacgtACAGGTGAT----AGTATACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATGCAAAATAGTGAGGTGGACAATAACGCTCTAAATCGGAAAAATTACTTATTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACATGAT-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTGGGATAATAGTATTATTTCCTGTTATTATTATATCGCTAAACGACGCAATACtgt
gi|6 : tataaatagtatcgtattatcgtatttgtacACTTGTATTTT---T---ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAACACAAATGTGAAACACATAAAGTAGTCC--AAAATG-CTTCCGAAGT---------GA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAATGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GCTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTCAAAAA-CACAT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATAGAATGCCGCTCGTATCGGCTATAAATTT-GCTTTAAAAACGAAAT---AAT-----AATATG-AAATAAA-GGTGTTTTCTTACCTCACTGTCAGATCGTGTGCACAAAAAATAACAGGAAGGACCGGT-------------TTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTTGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ttgtatttttactgatataatttggtatattgatacataacacaaatgtgaaacacataaagtagtccaaaatgcttccgaagtgagctgttttcaatctgaaaatggttcaatccgtcacttttctcgaatgcttgaggaaacggtcatgttcccattcaaaaacacatgtccgcttgaaacttaaatagaatgccgctcgtatcggctataaatttgctttaaaaacgaaataataatatgaaataaaggtgttttcttacctcactgtcagatcgtgtgcacaaaaaataacaggaaggaccggtttatcaccgaaaatgcggcgtagttgccgtttatgtaacgtatacgttgga
gi|7 : tataaatagtatcgtattatcgtatttgtacacaggtgatagtatacgggtctgaaacagctgcgatatgtcatgcaaaatagtgaggtggacaataacgctctaaatcggaaaaattacttattttatttgtgaagtgtaaacaacgatacaacatgataacaaccctgaaatagtgggataatagtattatttcctgttattattatatcgctaaacgacgcaatGCTAATAGTCGAATAATACAATGTAAGTAGTGTTCACGTATTACATGAAGAACATGTA----------T----GTC------AGCTGCACTATGTCATACAACATAGTGAGATGGA------TGTTCAACAACGGAAACA----TTC-TTTATTT-GCGAAGTA-TAAACAACGATACAATCTGAACAA-C--AATCCTCAAA-------TAGTTGGATAGAGGTAGTATTTCATATAATTAGAATATCGCTGAATGACACAATGCCTCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAAGCACCTAATTATGCTACGTACTAAGCTATTTTTGGCGTTT----AG----CACCATAATAATCTCAAGTTAAATTTT---TAA-ACTGATATAACATGGTGTATTGGTATATGAAACAAATATTAAATACATAATGATGTCCCAAAAATG-CTTCCGAAGTGATA-AATTGATATGTTAATTACG---T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGATTCATTTTGTTCACTTT
gi|7 : tgtT-GTTCACTTTGAAACTTGAATACAACG---------TCGGCTAAATCTTTAGATTTAAAATCGAAAT---AAT-----AATATAAAAAAAAAgaaacttgaatacaacgtcggctaaatctttagatttaaaatcgaaataataatataaaaaaaaacaggaagtaccggtttatcgtgtg
gi|7 : tgtgctaatagtcgaataatacaatgtaagtagtgttcacgtattacatgaagaacatgtatgtcagctgcactatgtcatacaacatagtgagatggatgttcaacaacggaaacattctttatttgcgaagtataaacaacgatacaatctgaacaacaatcctcaaatagttggatagaggtagtatttcatataattagaatatcgctgaatgacacaatgcctcgacttatgtagcgtacaatatacgaagcacctaattatgctacgtactaagctatttttggcgtttagcaccataataatctcaagttaaatttttaaactgatataacatggtgtattggtatatgaaacaaatattaaatacataatgatgtcccaaaaatgcttccgaagtgataaattgatatgttaattacgtgttttcaatctgaaagtgattcattt-AAAAAAAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGcaggaagtaccggtttatcgtgtg
gi|8 : tgtgctaatagtcgaataatacaatgtaagtagtgttcacgtattacatgaagaacatgtatgtcagctgcactatgtcatacaacatagtgagatggatgttcaacaacggaaacattctttatttgcgaagtataaacaacgatacaatctgaacaacaatcctcaaatagttggatagaggtagtatttcatataattagaatatcgctgaatgacacaatgcctcgacttatgtagcgtacaatatacgaagcacctaattatgctacgtactaagctatttttggcgtttagcaccataataatctcaagttaaatttttaaactgatataacatggtgtattggtatatgaaacaaatattaaatacataatgatgtcccaaaaatgcttccgaagtgataaattgatatgttaattacgtgttttcaatctgaaagtgattcattttgttcactttgaaacttgaatacaacgtcggctaaatctttagatttaaaatcgaaataataatataGTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCAAACCTTGCTAGGGG-ATCCAGGGACTCCCAA--CCTTGCTAGGGGATCCGGGGACACACTTCA-TTCAAAAGCTCCCATAATGCATTTATTGCC--GTTTCCTAATATCTTAG--AGACATTT-GTGTAGCCTTTCCAATC-GT-ACTCACA--CTGAATT---TTAC--ACA-ACTGTCCA-TGGTT-TACACCAATTATACCTTTAA---------TACACATGTCATGTGTACCTTGTTAGAACTGGCATATCAGTACACATCAATTGTTAATAATGAAATTAT----TAAGTTTTTACTG-----TGCCATATGTTGATAGTGGAAATATGTAT---A---GAAA---ATGACACATTGTTGCAAGTTGCAGATAAT---TA-TT-----------CT-TT-TTTTTTTTTA------------AATAAA-ATTTTCGGTTCTCCACAAATTCTACAGGAGGCATGTGCCTCCGTCTACCTCAGTGTGGCTACAGCCC---TGGT----ATGAGTGTT-TATTTAT--CT-
gi|9 : gtatgagtaagagtgtacgcagggccgtagccaaaCACAATGCCTCGA----CTTATGTAACGTACAATATACGAGGCACCTACTTATCCCACGTACTAAGCAATTTTTGGCG-TT----AAGCACCCTTTTTACC---TCATCTTGTATTTT---T-TTACTGATATAACTTG---TATTGATATATAAAACAAATATAGAACAAATAAAGT---CCCACAAATG-ATTCGAAAGCGATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------TAAATTACGTGTTT-CCAATCTGAAGGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCGTTC-AAAA-CGCGT-GCTCGCTT-GAAACTTAGATACAATGTCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAAAGAAAT---AAT-----ACTATGAAAATAAAGGGG-TTTTCTCATCTCACTGCCCAACTGCGTGCAC-AAAAAAAGCAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTGTCACGTAAAATGCGGCGTAGTAGCCGCTTATGTAACTTAT-------ACGTTGA--ACAGGGccttctctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGTACTTTGATGTATATTGATAGTGGAAATATGTGCAGGAAATGACATAGGCCTATTGTTG
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111 111 44444444444 111 1111 11111 111 222222222 1111 111 1111 111 4444444444444444444444444 3333333 4444444444444 111 111111 111 1111111 1111 2 1 111 6666666666666666666666666666666666666666666666 1 22222 1111111
lowQualScore : 2 7 777777777 66666 444 33333333333 5 000 1 1111 44444 77 0 000 77 5 5 5 6 6 99 666666666 4444 6 1 1 2 6 6 111 3 1 4444 6 3 6 000 6 88888 99 3 0 77 1 1111111111111111111111111 7777777 0 2222222222222 0 0 3 0 000 5 5 5 222222 1 3 000 0 1 22 1 1 44 5 5 5 5 66 6666666 3 1 0 2222 0 2 0 1 1 3 888 000 8 0 4 3 4 777 1111111111111111111111111111111111111111111111 4 3 4 3 8 3 4 4 1 4 777 77777 3 6 66 1 6 1 5 0 1 8888888 77
lowQualScore : . . ......... ..... ... ........... . ... . .... ..... .. . ... .. . . . . . .. ......... .... . . . . . . ... . . .... . . . ... . ..... .. . . .. . ......................... ....... . ............. . . . . ... . . . ...... . . ... . . .. . . .. . . . . .. ....... . . . .... . . . . . . ... ... . . . . . ... .............................................. . . . . . . . . . . ... ..... . . .. . . . . . . ....... ..
lowQualScore : 2 3 555555555 77777 000 22222222222 2 777 7 0000 66666 99 7 000 99 7 7 7 7 7 22 777777777 2222 7 0 7 5 7 7 777 5 0 2222 7 7 7 222 7 33333 22 3 7 99 0 3333333333333333333333333 3333333 8 8888888888888 6 8 2 7 000 7 7 7 666666 7 9 666 3 7 00 7 0 66 0 0 0 0 99 2222222 6 3 7 1111 6 9 4 4 3 2 888 444 8 7 0 0 0 000 0000000000000000000000000000000000000000000000 0 6 0 3 9 1 4 4 9 4 888 77777 1 2 99 0 7 0 7 1 0 6666666 99
consensus : GTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCCAACTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGGC-----A--CGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTCAGCTCGTGAGC-------ATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAG--AGACATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTATTCTTTTTTAC--AAAAACACTAATAAACATGT--GAANCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCC--ATGAT----A-GATTCTTATAATTAT--TT-TTCGACTCTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTTTGTTT-AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTACAATGTAAATAGT---GTAC-AT-GTATT-ACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAACGGAAAAAANACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTTGGATAGTAGTATTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAGGCACCTACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAGCAGCC-TTATAACATCAACTTGTATTTT---T-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGTNGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAA-CACGT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT----AAATATGAAAAT--AAAGGGGTTTTCTT-ACCNCACTGCCCGACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTNGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ACGGGG
Reference ( family-2059 ) : GTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCCAACTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGGC-----A--CGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTCAGCTCGTGAGC-------ATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAG--AGACATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTATTCTTTTTTAC--AAAAACACTAATAAACATGT--GAANCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCC--ATGAT----A-GATTCTTATAATTAT--TT-TTCGACTCTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTTTGTTT-AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTACAATGTAAATAGT---GTAC-AT-GTATT-ACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAACGGAAAAAANACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTTGGATAGTAGTATTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAGGCACCTACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAG-AGCC-TTATAACATCAACTTGTATTTT---T-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGTNGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAA-CACGT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT----AAATATGAAAAT--AAAGGGGTTTTCTT-ACCNCACTGCCCGACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTNGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|1 : GTTTGATTTTACCGGAGGCACTATCCAAACTTTGCAAGGCGTGTTCGGGGGT-----A--TGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTAAGCTCGTG------------GCATTTTCTGCA--TGTT-CTAATATTTCAA--A--CATTC-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTTT--CTTGAA---------TACGAAT----TA-GTGGCTTTATAGACCCGACATAACAGTACATATTAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGATGGGTATTATGATACATTCAAACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATGTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTGTTCTTTTTTAC--AAAATCACTAATAAACATGT--GAATCTCCACAAATTCTGCAGGAAGCAAGTGCTTGTGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCCAAACGAT----A-GATTCCTATATTTAT--TTATTCGACTTTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAATAATGTTTTGTTTAAAAATTTAGCGTCATTTTATGCAATCGAGTGCTAAAAGACGAATAGTACAATGTAAATACT---GTAC-AT-GTATT-ACACGAAAAGCAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGTTGCTATATGTCATACAAAAAAGTGAGATGGATGATAATGTTCTAAAAAATAAAAAAAACTTAATTTA-TT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AGCC--AACCCTGAAA-------TAGTTGAATAGAAGTATTATTTCATATTATTATAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATATAGTGTACAATATACGTAGCACATACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTGGC-------AGTC-TTATAACATCCACTTCTATTTT---T-T-ACTGATATAATTTAGTATACTGATACATAAAACAAATGAAAAACACATAAAGCTGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTTATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TTAATCTGAAAAAGGTTCAATTCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAAAAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAATCACAT-TTCCGCTC-GAAACTTGAATAAAATGCAGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAATGAAAATAAGAAAATATGAAAAT--AAAGGGG-TTTCTT-ACCACACTGCTCGACTGCGTGCAC-AAAAATAATAGGAAGTTCCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTAGCCGTTTATGTAACGTTT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|10 : ATTTTACAGGAAGCACAATCCCAACTTTGTTAGGGGTGTCTGGGGGC-----AATTGCTCCCACGAAA-----TAATA---TTCAGCTCTTG------------GCATTT----------TTTCTGATATTTCAG--AGACATTTTA---AGCCGTTCATATCTATAACAC------TGCGTT---TTAT--AGA-ATTACCCA-T-TTTTTACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACGT----TG-GTTACTTTTTAGACCCGATACAACAGTACATATCAACT-------------CTGTAAGACAAGCAATTGCTGGGTTTTATGATACATTCATACTGAAATTAG-TAT---AAGCTAATGATGCGCCTTGGTTTTGCAAG----AT-TTATTAATATTTTTGG-G-ATGACT-ATATTC-TTTTTAC--AAAAACACTTATAGACATGT--GAACCTCCACAAACTCTATAGGCGGCAAATGCCTCCGTTTGCTTCAGTGTGGGTAC
gi|11 : ttGTTTATTGATACA-AAGTAAAATGTAAAACAGTCAACATGACACTAGAAATG-CTTCGGAAGAAATA-AATCGA---GC-----------T-----------GCAAAGAACACT-----------TTATCTATCCGAAAGCGGTGCAATTCT-TCATTTTTCTCCAATAATTTAAGtg
gi|11 : taagttaaTTTATCGTTCGTATTGATCGACGATGTTGCGGTGTGATAGCCGTGTATGTAATGTGTGCAGTGCACGTTGGGCACGGtgtcttatttatagactttttgtctactttttgctttaccggttgaaattgaattattgcgctcatattatctacatattttctttgaagaggtgaatcggttttcaaacacgtgcttgcaatcaaaagtaaattttatcgttcgtattgatcgacgatgttgcggtgtgatagccgtgtatgtaatgtgtgcagtgcacgttgggcacggtggt
gi|12 : taagttaagtttattgatacaaagtaaaatgtaaaacagtcaacatgacactagaaatgcttcggaagaaataaatcgagctgcaaagaacactttatctatccgaaagcggtgcaattcttcatttttctccaataatttaagtgtcttatttatagactttttgtctactttttgctttaccggttgaaattgaattattgcgctcatattatctacatattttctttgaagaggtgaatcggttttcaaacacgtgcttgcaatcaaaagtaaatATAAAACAAATATAATACGCATAAAATTGTCCCAGTA-TGTCTTCCGAAGTGATG-AATGGA---TC-----------TTTAAATTACGTG----------T-----------TT-TCAATATGAATGTGGTTCATTCCA-T---TTTTTT--------------------TCATGTTCCCATTC-AAAAGCACAT-GCACGCTT-GTAACTTAAATATAATGCCGCTGGTGTTGGCTATATCTTT-GATTTAAGAACGAAAT---AAT----AC-TACGAACAT--AAAAGGTTTTTCCCCACCACACTGCCCAACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATC-------------ACCGTAAATGCGGCGTAGTTACCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ATGGGtggt
gi|13 : AAATTGGTTCAAACCG-CCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGTCTATGTTCCCATTC-AAAA--ACGTAGCCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGCATCGGCTATATCTTT-AATTT-TTAACAAAAT---AAT----AAAT-----AAT--AAAG
gi|13 : cAAATAATA--AAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTAGCGTCGAAAATGCGGCGTAGTCGCCGCTTATGTAACGtaccggtttatcgtgtgtagttagcgtcgaaaatgcggcgtagtcgccgcttatgtaacgaag
gi|14 : caaattggttcaaaccgccacttttctcgaatgtttgaggaaacgtctatgttcccattcaaaaacgtagcccgcttgaaacttaaatacaatgccgctcgcatcggctatatctttaatttttaacaaaataatGTTTCATTTAACAAGAGGCACAATCACAAGTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGTC-----A--TGCTGCCACAAAA-----AGATA---TTCAGCTCGTGA-C-------ATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAGCAACACATCC-A------CGTTTGAACATTTAAAAAAAATTTTGAATTGAGTTATGAGCACATTTCCCA-T-aag
gi|15 : CACTACTTAAAAGAT--GAACCTGCATAAATTCTATAGGAAGTAACTTGCTCAGATTACCTCAGTGTGGCTACGGCC
gi|16 : GAGG-AC--TCCCAACCTTGCTAAGGG-ATCCGGGGAC-----A--CGCTTCATCGAAA-----A
gi|17 : cttgctagggaatccTTTGATTTTACCGGCAGCACGATCC
gi|19 : atgtataatgtagccagagctcagggccgtagccaaaaAGTTTATTG-GTGAAATG------AACG---CAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------AAGTTTGATAGT
gi|2 : TTTGATTTTACAGGAAGCACAATAACAACTTTTCTAGGGGTGTCCGAGGGC-----A--TGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTTAGCTCGTG-GC-------ATGCATTTCCTGCATTTTTTTCTGATATTTC----AGATATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTAGATT---GTAT--GCA-TTTGCCCGTT-TTT-TACACT-TTTAC--CTCAAAGACACATACTACATAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCG----------ACATATCAATTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAA----AG-TAATTCATA-TTTTGA-G-AAAACTATTA----TTTTTACAAAAAAACACTAATAAACATGT--GAAACTCCACAAATTATACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTCTGCCTCGGTGTGGCTA-----------AT----A-------TATAATTATAATC-TTCAACTCTTAACCGCTAAAAGAAAGATTCTTAGAACAATGTTTTGTTTGAATATTTAGAGTGAGTTTATG-CATCGGGGGCTAATAAAGGAATAGTACAATGTAAATATT---GTAC-AT-GTATT-ACATGAAGAACATGTTAT----GGTTTGCGGGTCTGAAACAGCTGCGATTTGTCATACAAAACGG---------------------AAA------AAAATATTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACACTGAAA-------AAGTTGGATAGTAGTAGTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTATATGACACAATACACCGG----CTTATGTAGTGTACAATATAAGAGGC----ATTTATGCTACGTAGTTAGCGTATTTTGGCGTTTAGCAGTC-TTATAAAATCAGCTTGTA-ATC---T-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGT--------ACATG-CTTCCGAAGTAATA-TATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCCATCTGAAAATGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTGGAAT-GTTTGAAGAAACGGTCATGTTCCCA----------------TCCGCTT-GAAACATAAACAGAAAGCCGCTCGTATCGGCTATATATTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT-----AATATGAAAAT--AAAGGGATTTTCTT-ACCTCACTGTTCGCCCGCGTGCAC-AAAAATAAAAGTAAGTACCGGTTTATCGTGTTTAGTTATCACCGTAAATGCGGCGTACTTGTCATTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--AC
gi|3 : TT-A---AGCCTTTCAAATATATAACACAAA--CTACATT---TTAT--ACA-ACTGCCCA-T-TTT-TACACA-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGTTTCTTTAGACCCGACATAACAGTACAAATCAACTCTTAGTTAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATATTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGAACATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTTATA-TTTTGGTA-ATACAT-TTAT-CATTTTTAC--AAAAACACTACAAAACATGT--GAAACTCCACAAATTCCACAGGAGGCAAGTGCTTGCATTTGCCTCAGTGTGGCTA-----------AT----A-------TATAATTAT---------AATCTT--CAGCTAAAAGAAAGATTATTAGGACAATGTTTTGTTT------------------T-TGCCATCGATGGCTAATAAACGAAAAGTACAATGTA------------C-AT-GTATT-ACACGAAGAACAGGTATT----AGTTTACGGGTCTGAAACATTTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGCACAATAATGATCTAAAACGGAAAAAAAACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTTAA-A--C--AACCCTGAAC-------TAGTTGGATAATAGTATTATTTCAAGTGATTACAATACCGCTAAATGACACAATATACCGA----CT-ATGTAGTGTAAAATATACGAGGCACTTACTTATGCTACGTACAAAGCAAGTTTTGGCGTTTAGAAGTC-TTATAACATAAATTTGTA-ATT---T-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATTCATAAAACAAATGTAAAACATATAAAGTAGTCACATAAATG-CTTCCGACGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAATGATTTAATCCG-TCACTTTTCCCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTTATGTTCCCATTCAAAAA-CACAT-ATCTGCTT-AAAAATGAAATATAGTGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAC---AAT-----ACTATG-AAATGAAAAGGGTTTTTCTT-ACCACACT--TCGACCGCTTGCAC-AAAAATAACAGGAGGTACCGGTTTATAGTATGTAGTTATCACCAGTAATGCGGCGTAGTAGCCGTTTATGTAACGTGT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|4 : GCTTGATCTTACAGGAGGCACAATCCCAACT
gi|4 : ttcatAGCTCGC-AGC-------ATGCATTTCCTGCA--CTTTTCTGATATTTCAG--A--CATTTTA---AGCCGCTAAAATTTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCAA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTAAA---------TACACAT----TG-GTAGTTATTTATACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACACGTAATTGCCGGGTATAATGAGACATTCATATTACGTATAT-TATTATATGTGAGGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTTATA-TTTTGG-GGATAACT-TTATTCTTTTT-AC--AAAACCACTAATAAGCATGT--GAAGCTCCACAAATTCTGCAGAAAGCAAGTGCTTCTGTTAGCCTCAGTGTGGCTACGGTC---ATGATGATAA-GATTCTTATAATC-------TTCGACTCTTAACAGTTCAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTT-------------AGCGCCATTTTATGTCATAGAGGGCTAAAAGACGAATAATACAATGTAAACAGT---GTAC-AT-TTATT-ACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGCCATACAGAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTTAAATGATTAAAATACTTAGTATATTT-GTGAAATG-TAAACAACGATACAACTAAAA-AA-C--AACTCTGAAA-------TAGTTGGATAA------TATTTCCTGTTATTAGAATACCGCTAAATGAGACAATACAGTGA----CTTATGTATCGTACAGTATACGAGGCACCTACTTATGTTGCGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAGCAGAC-ATATAACATCAACTTATATTTT---T-T-ACTGATACAATTTGGTATACTGACACATAAAACATATGTAAAACACATAAAGTAGTCCCAGAAATG-CTTCCGTAGTAATACAATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAACGGTTCCATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGATGAAACGGCCATGTTCCCATTC-AAAA-atagctcgcagcatgcatttcctgcacttttctgatatttcagacattttaagccgctaaaatttataacacaaactgcattttatacaattgccaatttttacactattatcttaaatacacattggtagttatttatacccgacataacagtacatatcaactcttagtaatacactgtaagacacgtaattgccgggtataatgagacattcatattacgtatattattatatgtgagggatatgtcatatttttgcaagagtaatttatattttggggataactttattctttttacaaaaccactaataagcatgtgaagctccacaaattctgcagaaagcaagtgcttctgttagcctcagtgtggctacggtcatgatgataagattcttataatcttcgactcttaacagttcaaagaaagattattagaacaatgtttagcgccattttatgtcatagagggctaaaagacgaataatacaatgtaaacagtgtacatttattacacgaagaacaggtaatggtctacgggtctgaaacagctgcgatatgccatacagaatagtgagatggacgataatgttcttaaatgattaaaatacttagtatatttgtgaaatgtaaacaacgatacaactaaaaaacaactctgaaatagttggataatatttcctgttattagaataccgctaaatgagacaatacagtgacttatgtatcgtacagtatacgaggcacctacttatgttgcgtactaagcaaattttggcgtttagcagacatataacatcaacttatattttttactgatacaatttggtatactgacacataaaacatatgtaaaacacataaagtagtcccagaaatgcttccgtagtaatacaattgagctgttttcaatctgaaaacggttccatccgtcacttttctcgaatgtttgatgaaacggccatgttcccattcaaaaacnnnnnnnnnntagagaagaaatag
gi|5 : ttcatgcttgatcttacaggaggcacaatcccaactat--ATGAT----A-TATTCTCATAATC-------TTCGACTCTTAACAGCTAAAGGACATATTATTAGAACAATGTTT------AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGTGTCGATACACGAATAGTACAATGTAAGTCGT---GTAC-AT-GTATT-ACGCGAAGAATAGGTAGCCTTAGGTCTTAGGGTCTGAAAAAGTTGCGATATGTCGTATAGCATAGTCAGATTGATACTAATGTTATAAAACGAGAATAAAACTT----TATTTTGTAAAGTACTAACCAA-GATGTAACTTAAA-AA-CTGAA---TAAAAAAAAACTCAATTAGACAGTCGTATTATTTCATGTTATTTGAATACCGTTAAATGCCACAATATACCGATATACTTATGTAGCGTGCAATATACGAGGCACCAACCTATGCTATGTATTTAGCAAACTTTGGCGGTTAG-AACCCTTATAACCTCAACTTGTATTTTTTTT-T-ACTGACATAATTTGGTATATTGATATATACAACAAATGTAAAACCCATCAAGTAGTTCCAGAAATG-CTTCCAAAGTATTA-AATTGA---CCAGTAAATGACGT-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCGAACCG-CCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCAATTCAAAAA-CACAT-GTCCGCTT-GAAACTTAAAAACAATGCCGCTCTAATCGGCTATATCTTT-AATTTGTAAACGAAAT---ACT----AAacnnnnnnnnnntagagaagaaatag
gi|6 : gcaatatgaactccagaaaatgagattgttttacgtcccacttggatagccaacgtTATAAATAGTATCGTATTATCGTATTTGTAC-----ACAGGTGAT----AGTATACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATGCAAAATAGTGAGGTGGACAATAACGCTCTAAATCGGAAAAATTACTTATTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACATGAT-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTGGGATAATAGTATTATTTCCTGTTATTATTATATCGCTAAACGACGCAATACtgt
gi|6 : ACTTGTATTTT---T---ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAACACAAATGTGAAACACATAAAGTAGTCC--AAAATG-CTTCCGAAGT---------GA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAATGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GCTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTCAAAAA-CACAT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATAGAATGCCGCTCGTATCGGCTATAAATTT-GCTTTAAAAACGAAAT---AAT-----AATATG-AAAT--AAAGGTGTTTTCTT-ACCTCACTGTCAGATCGTGTGCACAAAAAATAACAGGAAGGACCGGT-------------TTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTTGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ttgtatttttactgatataatttggtatattgatacataacacaaatgtgaaacacataaagtagtccaaaatgcttccgaagtgagctgttttcaatctgaaaatggttcaatccgtcacttttctcgaatgcttgaggaaacggtcatgttcccattcaaaaacacatgtccgcttgaaacttaaatagaatgccgctcgtatcggctataaatttgctttaaaaacgaaataataatatgaaataaaggtgttttcttacctcactgtcagatcgtgtgcacaaaaaataacaggaaggaccggtttatcaccgaaaatgcggcgtagttgccgtttatgtaacgtatacgttgga
gi|7 : tataaatagtatcgtattatcgtatttgtacacaggtgatagtatacgggtctgaaacagctgcgatatgtcatgcaaaatagtgaggtggacaataacgctctaaatcggaaaaattacttattttatttgtgaagtgtaaacaacgatacaacatgataacaaccctgaaatagtgggataatagtattatttcctgttattattatatcgctaaacgacgcaatGCTAATAGTCGAATAATACAATGTAAGTAGT---GTTC-AC-GTATT-ACATGAAGAACATGTA----------T----GTC------AGCTGCACTATGTCATACAACATAGTGAGATGGA------TGTTCAACAACGGAAA---CATTC--TTTATTT-GCGAAGTA-TAAACAACGATACAATCTGAACAA-C--AATCCTCAAA-------TAGTTGGATAGAGGTAGTATTTCATATAATTAGAATATCGCTGAATGACACAATGCCTCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAAGCACCTAATTATGCTACGTACTAAGCTATTTTTGGCGTTTAG-CACCATAATAATCTCAAGTTAAATTTT---TAA-ACTGATATAACATGGTGTATTGGTATATGAAACAAATATTAAATACATAATGATGTCCCAAAAATG-CTTCCGAAGTGATA-AATTGATATGTTAATTACG---T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGATTCATTTTGTTCACTTT
gi|7 : tgtT-GTTCACTTTGAAACTTGAATACAACG---------TCGGCTAAATCTTTAGATTTAAAATCGAAAT---AAT-----AATATAAAAAA--AAAgaaacttgaatacaacgtcggctaaatctttagatttaaaatcgaaataataatataaaaaaaaacaggaagtaccggtttatcgtgtg
gi|7 : tgtgctaatagtcgaataatacaatgtaagtagtgttcacgtattacatgaagaacatgtatgtcagctgcactatgtcatacaacatagtgagatggatgttcaacaacggaaacattctttatttgcgaagtataaacaacgatacaatctgaacaacaatcctcaaatagttggatagaggtagtatttcatataattagaatatcgctgaatgacacaatgcctcgacttatgtagcgtacaatatacgaagcacctaattatgctacgtactaagctatttttggcgtttagcaccataataatctcaagttaaatttttaaactgatataacatggtgtattggtatatgaaacaaatattaaatacataatgatgtcccaaaaatgcttccgaagtgataaattgatatgttaattacgtgttttcaatctgaaagtgattcattt-AAAAAAAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGcaggaagtaccggtttatcgtgtg
gi|8 : tgtgctaatagtcgaataatacaatgtaagtagtgttcacgtattacatgaagaacatgtatgtcagctgcactatgtcatacaacatagtgagatggatgttcaacaacggaaacattctttatttgcgaagtataaacaacgatacaatctgaacaacaatcctcaaatagttggatagaggtagtatttcatataattagaatatcgctgaatgacacaatgcctcgacttatgtagcgtacaatatacgaagcacctaattatgctacgtactaagctatttttggcgtttagcaccataataatctcaagttaaatttttaaactgatataacatggtgtattggtatatgaaacaaatattaaatacataatgatgtcccaaaaatgcttccgaagtgataaattgatatgttaattacgtgttttcaatctgaaagtgattcattttgttcactttgaaacttgaatacaacgtcggctaaatctttagatttaaaatcgaaataataatataGTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCAAACCTTGCTAGGGG-ATCCAGGGACTCCCAA--CCTTGCTAGGGGATCCGGGGACACACTTCA-TTCAAAAGCTCCCATAATGCATTTATTGCC--GTTTCCTAATATCTTAG--AGACATTT-GTGTAGCCTTTCCAATC-GT-ACTCACA--CTGAATT---TTAC--ACA-ACTGTCCA-TGGTT-TACACCAATTATACCTTTAA---------TACACATGTCATGTGTACCTTGTTAGAACTGGCATATCAGTACACATCAATTGTTAATAATGAAATTAT----TAAGTTTTTACTG-----TGCCATATGTTGATAGTGGAAATATGTAT---A---GAAA---ATGACACATTGTTGCAAGTTGCAGATAAT---TA-TT-----------CT-TT-TTTTTTTTTA------------AATAAA-ATTTTCGGTTCTCCACAAATTCTACAGGAGGCATGTGCCTCCGTCTACCTCAGTGTGGCTACAGCCC---TGGT----ATGAGTGTT-TATTTAT--CT-
gi|9 : gtatgagtaagagtgtacgcagggccgtagccaaaCACAATGCCTCGA----CTTATGTAACGTACAATATACGAGGCACCTACTTATCCCACGTACTAAGCAATTTTTGGCGTTAAGCACCC-TTTTTACCTCATCTTGTATTTT---T-TTACTGATATAACTTG---TATTGATATATAAAACAAATATAGAACAAATAAAGT---CCCACAAATG-ATTCGAAAGCGATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------TAAATTACGTGTTT-CCAATCTGAAGGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCGTTC-AAAA-CGCGT-GCTCGCTT-GAAACTTAGATACAATGTCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAAAGAAAT---AAT-----ACTATGAAAAT--AAAGGGGTTTTCTC-ATCTCACTGCCCAACTGCGTGCAC-AAAAAAAGCAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTGTCACGTAAAATGCGGCGTAGTAGCCGCTTATGTAACTTAT-------ACGTTGA--ACAGGGccttctctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGTACTTTGATGTATATTGATAGTGGAAATATGTGCAGGAAATGACATAGGCCTATTGTTG
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111 111 44444444444 111 1111 11111 111 222222222 1111 111 1111 111 4444444444444444444444444 3333333 4444444444444 111 111111 111 1111111 1111 111 6666666666666666666666666666666666666666666666 1 22222 1111111
lowQualScore : 2 7 777777777 66666 444 33333333333 5 000 1 1111 44444 77 0 000 77 5 5 5 6 6 99 666666666 4444 6 1 1 2 6 6 111 3 1 4444 6 3 6 000 6 88888 99 3 0 77 1 1111111111111111111111111 7777777 0 2222222222222 0 0 3 0 000 5 5 5 222222 1 3 000 0 1 22 1 1 44 5 5 5 5 66 6666666 3 1 0 2222 0 11 1 9999 666 8 0 4 3 4 777 1111111111111111111111111111111111111111111111 4 3 4 3 8 3 4 4 1 4 777 77777 3 6 66 1 6 1 5 0 1 8888888 77
lowQualScore : . . ......... ..... ... ........... . ... . .... ..... .. . ... .. . . . . . .. ......... .... . . . . . . ... . . .... . . . ... . ..... .. . . .. . ......................... ....... . ............. . . . . ... . . . ...... . . ... . . .. . . .. . . . . .. ....... . . . .... . .. . .... ... . . . . . ... .............................................. . . . . . . . . . . ... ..... . . .. . . . . . . ....... ..
lowQualScore : 2 3 555555555 77777 000 22222222222 2 777 7 0000 66666 99 7 000 99 7 7 7 7 7 22 777777777 2222 7 0 7 5 7 7 777 5 0 2222 7 7 7 222 7 33333 22 3 7 99 0 3333333333333333333333333 3333333 8 8888888888888 6 8 2 7 000 7 7 7 666666 7 9 666 3 7 00 7 0 66 0 0 0 0 99 2222222 6 3 7 1111 6 11 3 1111 555 8 7 0 0 0 000 0000000000000000000000000000000000000000000000 0 6 0 3 9 1 4 4 9 4 888 77777 1 2 99 0 7 0 7 1 0 6666666 99
consensus : GTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCCAACTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGGC-----A--CGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTCAGCTCGTGAGC-------ATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAG--AGACATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTATTCTTTTTTAC--AAAAACACTAATAAACATGT--GAANCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCC--ATGAT----A-GATTCTTATAATTAT--TT-TTCGACTCTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTTTGTTT-AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTACAATGTAAATAGT---GTAC-AT-GTATT-ACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAACGGAAAAAANACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTTGGATAGTAGTATTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAGGCACCTACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAGCAGCCTTATAACATCAACTTGTA---TTTTT-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGTNGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAA-CACGT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT----AAATATGAAAAT--AAAGGGGTTTTCTT-ACCNCACTGCCCGACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTNGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ACGGGG
Reference ( family-2059 ) : GTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCCAACTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGGC-----A--CGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTCAGCTCGTGAGC-------ATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAG--AGACATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTATTCTTTTTTAC--AAAAACACTAATAAACATGT--GAANCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCC--ATGAT----A-GATTCTTATAATTAT--TT-TTCGACTCTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTTTGTTT-AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTACAATGTAAATAGT---GTAC-AT-GTATT-ACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAACGGAAAAAANACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTTGGATAGTAGTATTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAGGCACCTACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAGCAGCCTTATAACATCAACTTGTA---TTTTT-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGTNGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAA-CACGT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT----AAATATGAAAAT--AAAGGGGTTTTCTT-ACCNCACTGCCCGACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTNGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|1 : GTTTGATTTTACCGGAGGCACTATCCAAACTTTGCAAGGCGTGTTCGGGGGT-----A--TGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTAAGCTCGTG------------GCATTTTCTGCA--TGTT-CTAATATTTCAA--A--CATTC-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTTT--CTTGAA---------TACGAAT----TA-GTGGCTTTATAGACCCGACATAACAGTACATATTAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGATGGGTATTATGATACATTCAAACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATGTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTGTTCTTTTTTAC--AAAATCACTAATAAACATGT--GAATCTCCACAAATTCTGCAGGAAGCAAGTGCTTGTGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCCAAACGAT----A-GATTCCTATATTTAT--TTATTCGACTTTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAATAATGTTTTGTTTAAAAATTTAGCGTCATTTTATGCAATCGAGTGCTAAAAGACGAATAGTACAATGTAAATACT---GTAC-AT-GTATT-ACACGAAAAGCAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGTTGCTATATGTCATACAAAAAAGTGAGATGGATGATAATGTTCTAAAAAATAAAAAAAACTTAATTTA-TT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AGCC--AACCCTGAAA-------TAGTTGAATAGAAGTATTATTTCATATTATTATAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATATAGTGTACAATATACGTAGCACATACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTG-------GCAGTCTTATAACATCCACTTCTA---TTTTT-T-ACTGATATAATTTAGTATACTGATACATAAAACAAATGAAAAACACATAAAGCTGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTTATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TTAATCTGAAAAAGGTTCAATTCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAAAAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAATCACAT-TTCCGCTC-GAAACTTGAATAAAATGCAGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAATGAAAATAAGAAAATATGAAAAT--AAAGGGG-TTTCTT-ACCACACTGCTCGACTGCGTGCAC-AAAAATAATAGGAAGTTCCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTAGCCGTTTATGTAACGTTT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|10 : ATTTTACAGGAAGCACAATCCCAACTTTGTTAGGGGTGTCTGGGGGC-----AATTGCTCCCACGAAA-----TAATA---TTCAGCTCTTG------------GCATTT----------TTTCTGATATTTCAG--AGACATTTTA---AGCCGTTCATATCTATAACAC------TGCGTT---TTAT--AGA-ATTACCCA-T-TTTTTACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACGT----TG-GTTACTTTTTAGACCCGATACAACAGTACATATCAACT-------------CTGTAAGACAAGCAATTGCTGGGTTTTATGATACATTCATACTGAAATTAG-TAT---AAGCTAATGATGCGCCTTGGTTTTGCAAG----AT-TTATTAATATTTTTGG-G-ATGACT-ATATTC-TTTTTAC--AAAAACACTTATAGACATGT--GAACCTCCACAAACTCTATAGGCGGCAAATGCCTCCGTTTGCTTCAGTGTGGGTAC
gi|11 : ttGTTTATTGATACA-AAGTAAAATGTAAAACAGTCAACATGACACTAGAAATG-CTTCGGAAGAAATA-AATCGA---GC-----------T-----------GCAAAGAACACT-----------TTATCTATCCGAAAGCGGTGCAATTCT-TCATTTTTCTCCAATAATTTAAGtg
gi|11 : taagttaaTTTATCGTTCGTATTGATCGACGATGTTGCGGTGTGATAGCCGTGTATGTAATGTGTGCAGTGCACGTTGGGCACGGtgtcttatttatagactttttgtctactttttgctttaccggttgaaattgaattattgcgctcatattatctacatattttctttgaagaggtgaatcggttttcaaacacgtgcttgcaatcaaaagtaaattttatcgttcgtattgatcgacgatgttgcggtgtgatagccgtgtatgtaatgtgtgcagtgcacgttgggcacggtggt
gi|12 : taagttaagtttattgatacaaagtaaaatgtaaaacagtcaacatgacactagaaatgcttcggaagaaataaatcgagctgcaaagaacactttatctatccgaaagcggtgcaattcttcatttttctccaataatttaagtgtcttatttatagactttttgtctactttttgctttaccggttgaaattgaattattgcgctcatattatctacatattttctttgaagaggtgaatcggttttcaaacacgtgcttgcaatcaaaagtaaatATAAAACAAATATAATACGCATAAAATTGTCCCAGTA-TGTCTTCCGAAGTGATG-AATGGA---TC-----------TTTAAATTACGTG----------T-----------TT-TCAATATGAATGTGGTTCATTCCA-T---TTTTTT--------------------TCATGTTCCCATTC-AAAAGCACAT-GCACGCTT-GTAACTTAAATATAATGCCGCTGGTGTTGGCTATATCTTT-GATTTAAGAACGAAAT---AAT----AC-TACGAACAT--AAAAGGTTTTTCCCCACCACACTGCCCAACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATC-------------ACCGTAAATGCGGCGTAGTTACCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ATGGGtggt
gi|13 : AAATTGGTTCAAACCG-CCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGTCTATGTTCCCATTC-AAAA--ACGTAGCCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGCATCGGCTATATCTTT-AATTT-TTAACAAAAT---AAT----AAAT-----AAT--AAAG
gi|13 : cAAATAATA--AAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTAGCGTCGAAAATGCGGCGTAGTCGCCGCTTATGTAACGtaccggtttatcgtgtgtagttagcgtcgaaaatgcggcgtagtcgccgcttatgtaacgaag
gi|14 : caaattggttcaaaccgccacttttctcgaatgtttgaggaaacgtctatgttcccattcaaaaacgtagcccgcttgaaacttaaatacaatgccgctcgcatcggctatatctttaatttttaacaaaataatGTTTCATTTAACAAGAGGCACAATCACAAGTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGTC-----A--TGCTGCCACAAAA-----AGATA---TTCAGCTCGTGA-C-------ATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAGCAACACATCC-A------CGTTTGAACATTTAAAAAAAATTTTGAATTGAGTTATGAGCACATTTCCCA-T-aag
gi|15 : CACTACTTAAAAGAT--GAACCTGCATAAATTCTATAGGAAGTAACTTGCTCAGATTACCTCAGTGTGGCTACGGCC
gi|16 : GAGG-AC--TCCCAACCTTGCTAAGGG-ATCCGGGGAC-----A--CGCTTCATCGAAA-----A
gi|17 : cttgctagggaatccTTTGATTTTACCGGCAGCACGATCC
gi|19 : atgtataatgtagccagagctcagggccgtagccaaaaAGTTTATTG-GTGAAATG------AACG---CAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------AAGTTTGATAGT
gi|2 : TTTGATTTTACAGGAAGCACAATAACAACTTTTCTAGGGGTGTCCGAGGGC-----A--TGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTTAGCTCGTG-GC-------ATGCATTTCCTGCATTTTTTTCTGATATTTC----AGATATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTAGATT---GTAT--GCA-TTTGCCCGTT-TTT-TACACT-TTTAC--CTCAAAGACACATACTACATAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCG----------ACATATCAATTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAA----AG-TAATTCATA-TTTTGA-G-AAAACTATTA----TTTTTACAAAAAAACACTAATAAACATGT--GAAACTCCACAAATTATACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTCTGCCTCGGTGTGGCTA-----------AT----A-------TATAATTATAATC-TTCAACTCTTAACCGCTAAAAGAAAGATTCTTAGAACAATGTTTTGTTTGAATATTTAGAGTGAGTTTATG-CATCGGGGGCTAATAAAGGAATAGTACAATGTAAATATT---GTAC-AT-GTATT-ACATGAAGAACATGTTAT----GGTTTGCGGGTCTGAAACAGCTGCGATTTGTCATACAAAACGG---------------------AAA------AAAATATTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACACTGAAA-------AAGTTGGATAGTAGTAGTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTATATGACACAATACACCGG----CTTATGTAGTGTACAATATAAGAGGC----ATTTATGCTACGTAGTTAGCGTATTTTGGCGTTTAGCAGTCTTATAAAATCAGCTTGTA----ATCT-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGT--------ACATG-CTTCCGAAGTAATA-TATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCCATCTGAAAATGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTGGAAT-GTTTGAAGAAACGGTCATGTTCCCA----------------TCCGCTT-GAAACATAAACAGAAAGCCGCTCGTATCGGCTATATATTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT-----AATATGAAAAT--AAAGGGATTTTCTT-ACCTCACTGTTCGCCCGCGTGCAC-AAAAATAAAAGTAAGTACCGGTTTATCGTGTTTAGTTATCACCGTAAATGCGGCGTACTTGTCATTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--AC
gi|3 : TT-A---AGCCTTTCAAATATATAACACAAA--CTACATT---TTAT--ACA-ACTGCCCA-T-TTT-TACACA-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGTTTCTTTAGACCCGACATAACAGTACAAATCAACTCTTAGTTAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATATTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGAACATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTTATA-TTTTGGTA-ATACAT-TTAT-CATTTTTAC--AAAAACACTACAAAACATGT--GAAACTCCACAAATTCCACAGGAGGCAAGTGCTTGCATTTGCCTCAGTGTGGCTA-----------AT----A-------TATAATTAT---------AATCTT--CAGCTAAAAGAAAGATTATTAGGACAATGTTTTGTTT------------------T-TGCCATCGATGGCTAATAAACGAAAAGTACAATGTA------------C-AT-GTATT-ACACGAAGAACAGGTATT----AGTTTACGGGTCTGAAACATTTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGCACAATAATGATCTAAAACGGAAAAAAAACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTTAA-A--C--AACCCTGAAC-------TAGTTGGATAATAGTATTATTTCAAGTGATTACAATACCGCTAAATGACACAATATACCGA----CT-ATGTAGTGTAAAATATACGAGGCACTTACTTATGCTACGTACAAAGCAAGTTTTGGCGTTTAGAAGTCTTATAACATAAATTTGTA---ATTTT---ACTGATATAATTTGGTATATTGATTCATAAAACAAATGTAAAACATATAAAGTAGTCACATAAATG-CTTCCGACGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAATGATTTAATCCG-TCACTTTTCCCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTTATGTTCCCATTCAAAAA-CACAT-ATCTGCTT-AAAAATGAAATATAGTGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAC---AAT-----ACTATG-AAATGAAAAGGGTTTTTCTT-ACCACACT--TCGACCGCTTGCAC-AAAAATAACAGGAGGTACCGGTTTATAGTATGTAGTTATCACCAGTAATGCGGCGTAGTAGCCGTTTATGTAACGTGT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|4 : GCTTGATCTTACAGGAGGCACAATCCCAACT
gi|4 : ttcatAGCTCGC-AGC-------ATGCATTTCCTGCA--CTTTTCTGATATTTCAG--A--CATTTTA---AGCCGCTAAAATTTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCAA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTAAA---------TACACAT----TG-GTAGTTATTTATACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACACGTAATTGCCGGGTATAATGAGACATTCATATTACGTATAT-TATTATATGTGAGGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTTATA-TTTTGG-GGATAACT-TTATTCTTTTT-AC--AAAACCACTAATAAGCATGT--GAAGCTCCACAAATTCTGCAGAAAGCAAGTGCTTCTGTTAGCCTCAGTGTGGCTACGGTC---ATGATGATAA-GATTCTTATAATC-------TTCGACTCTTAACAGTTCAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTT-------------AGCGCCATTTTATGTCATAGAGGGCTAAAAGACGAATAATACAATGTAAACAGT---GTAC-AT-TTATT-ACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGCCATACAGAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTTAAATGATTAAAATACTTAGTATATTT-GTGAAATG-TAAACAACGATACAACTAAAA-AA-C--AACTCTGAAA-------TAGTTGGATAA------TATTTCCTGTTATTAGAATACCGCTAAATGAGACAATACAGTGA----CTTATGTATCGTACAGTATACGAGGCACCTACTTATGTTGCGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAGCAGACATATAACATCAACTTATA---TTTTT-T-ACTGATACAATTTGGTATACTGACACATAAAACATATGTAAAACACATAAAGTAGTCCCAGAAATG-CTTCCGTAGTAATACAATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAACGGTTCCATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGATGAAACGGCCATGTTCCCATTC-AAAA-atagctcgcagcatgcatttcctgcacttttctgatatttcagacattttaagccgctaaaatttataacacaaactgcattttatacaattgccaatttttacactattatcttaaatacacattggtagttatttatacccgacataacagtacatatcaactcttagtaatacactgtaagacacgtaattgccgggtataatgagacattcatattacgtatattattatatgtgagggatatgtcatatttttgcaagagtaatttatattttggggataactttattctttttacaaaaccactaataagcatgtgaagctccacaaattctgcagaaagcaagtgcttctgttagcctcagtgtggctacggtcatgatgataagattcttataatcttcgactcttaacagttcaaagaaagattattagaacaatgtttagcgccattttatgtcatagagggctaaaagacgaataatacaatgtaaacagtgtacatttattacacgaagaacaggtaatggtctacgggtctgaaacagctgcgatatgccatacagaatagtgagatggacgataatgttcttaaatgattaaaatacttagtatatttgtgaaatgtaaacaacgatacaactaaaaaacaactctgaaatagttggataatatttcctgttattagaataccgctaaatgagacaatacagtgacttatgtatcgtacagtatacgaggcacctacttatgttgcgtactaagcaaattttggcgtttagcagacatataacatcaacttatattttttactgatacaatttggtatactgacacataaaacatatgtaaaacacataaagtagtcccagaaatgcttccgtagtaatacaattgagctgttttcaatctgaaaacggttccatccgtcacttttctcgaatgtttgatgaaacggccatgttcccattcaaaaacnnnnnnnnnntagagaagaaatag
gi|5 : ttcatgcttgatcttacaggaggcacaatcccaactat--ATGAT----A-TATTCTCATAATC-------TTCGACTCTTAACAGCTAAAGGACATATTATTAGAACAATGTTT------AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGTGTCGATACACGAATAGTACAATGTAAGTCGT---GTAC-AT-GTATT-ACGCGAAGAATAGGTAGCCTTAGGTCTTAGGGTCTGAAAAAGTTGCGATATGTCGTATAGCATAGTCAGATTGATACTAATGTTATAAAACGAGAATAAAACTT----TATTTTGTAAAGTACTAACCAA-GATGTAACTTAAA-AA-CTGAA---TAAAAAAAAACTCAATTAGACAGTCGTATTATTTCATGTTATTTGAATACCGTTAAATGCCACAATATACCGATATACTTATGTAGCGTGCAATATACGAGGCACCAACCTATGCTATGTATTTAGCAAACTTTGGCGGTTAGAACCCTTATAACCTCAACTTGTATTTTTTTT-T-ACTGACATAATTTGGTATATTGATATATACAACAAATGTAAAACCCATCAAGTAGTTCCAGAAATG-CTTCCAAAGTATTA-AATTGA---CCAGTAAATGACGT-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCGAACCG-CCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCAATTCAAAAA-CACAT-GTCCGCTT-GAAACTTAAAAACAATGCCGCTCTAATCGGCTATATCTTT-AATTTGTAAACGAAAT---ACT----AAacnnnnnnnnnntagagaagaaatag
gi|6 : gcaatatgaactccagaaaatgagattgttttacgtcccacttggatagccaacgtTATAAATAGTATCGTATTATCGTATTTGTAC-----ACAGGTGAT----AGTATACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATGCAAAATAGTGAGGTGGACAATAACGCTCTAAATCGGAAAAATTACTTATTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACATGAT-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTGGGATAATAGTATTATTTCCTGTTATTATTATATCGCTAAACGACGCAATACtgt
gi|6 : ACTTGTA---TTTTT---ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAACACAAATGTGAAACACATAAAGTAGTCC--AAAATG-CTTCCGAAGT---------GA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAATGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GCTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTCAAAAA-CACAT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATAGAATGCCGCTCGTATCGGCTATAAATTT-GCTTTAAAAACGAAAT---AAT-----AATATG-AAAT--AAAGGTGTTTTCTT-ACCTCACTGTCAGATCGTGTGCACAAAAAATAACAGGAAGGACCGGT-------------TTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTTGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ttgtatttttactgatataatttggtatattgatacataacacaaatgtgaaacacataaagtagtccaaaatgcttccgaagtgagctgttttcaatctgaaaatggttcaatccgtcacttttctcgaatgcttgaggaaacggtcatgttcccattcaaaaacacatgtccgcttgaaacttaaatagaatgccgctcgtatcggctataaatttgctttaaaaacgaaataataatatgaaataaaggtgttttcttacctcactgtcagatcgtgtgcacaaaaaataacaggaaggaccggtttatcaccgaaaatgcggcgtagttgccgtttatgtaacgtatacgttgga
gi|7 : tataaatagtatcgtattatcgtatttgtacacaggtgatagtatacgggtctgaaacagctgcgatatgtcatgcaaaatagtgaggtggacaataacgctctaaatcggaaaaattacttattttatttgtgaagtgtaaacaacgatacaacatgataacaaccctgaaatagtgggataatagtattatttcctgttattattatatcgctaaacgacgcaatGCTAATAGTCGAATAATACAATGTAAGTAGT---GTTC-AC-GTATT-ACATGAAGAACATGTA----------T----GTC------AGCTGCACTATGTCATACAACATAGTGAGATGGA------TGTTCAACAACGGAAA---CATTC--TTTATTT-GCGAAGTA-TAAACAACGATACAATCTGAACAA-C--AATCCTCAAA-------TAGTTGGATAGAGGTAGTATTTCATATAATTAGAATATCGCTGAATGACACAATGCCTCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAAGCACCTAATTATGCTACGTACTAAGCTATTTTTGGCGTTTAGCACCATAATAATCTCAAGTTAAA---TTTTTAA-ACTGATATAACATGGTGTATTGGTATATGAAACAAATATTAAATACATAATGATGTCCCAAAAATG-CTTCCGAAGTGATA-AATTGATATGTTAATTACG---T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGATTCATTTTGTTCACTTT
gi|7 : tgtT-GTTCACTTTGAAACTTGAATACAACG---------TCGGCTAAATCTTTAGATTTAAAATCGAAAT---AAT-----AATATAAAAAA--AAAgaaacttgaatacaacgtcggctaaatctttagatttaaaatcgaaataataatataaaaaaaaacaggaagtaccggtttatcgtgtg
gi|7 : tgtgctaatagtcgaataatacaatgtaagtagtgttcacgtattacatgaagaacatgtatgtcagctgcactatgtcatacaacatagtgagatggatgttcaacaacggaaacattctttatttgcgaagtataaacaacgatacaatctgaacaacaatcctcaaatagttggatagaggtagtatttcatataattagaatatcgctgaatgacacaatgcctcgacttatgtagcgtacaatatacgaagcacctaattatgctacgtactaagctatttttggcgtttagcaccataataatctcaagttaaatttttaaactgatataacatggtgtattggtatatgaaacaaatattaaatacataatgatgtcccaaaaatgcttccgaagtgataaattgatatgttaattacgtgttttcaatctgaaagtgattcattt-AAAAAAAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGcaggaagtaccggtttatcgtgtg
gi|8 : tgtgctaatagtcgaataatacaatgtaagtagtgttcacgtattacatgaagaacatgtatgtcagctgcactatgtcatacaacatagtgagatggatgttcaacaacggaaacattctttatttgcgaagtataaacaacgatacaatctgaacaacaatcctcaaatagttggatagaggtagtatttcatataattagaatatcgctgaatgacacaatgcctcgacttatgtagcgtacaatatacgaagcacctaattatgctacgtactaagctatttttggcgtttagcaccataataatctcaagttaaatttttaaactgatataacatggtgtattggtatatgaaacaaatattaaatacataatgatgtcccaaaaatgcttccgaagtgataaattgatatgttaattacgtgttttcaatctgaaagtgattcattttgttcactttgaaacttgaatacaacgtcggctaaatctttagatttaaaatcgaaataataatataGTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCAAACCTTGCTAGGGG-ATCCAGGGACTCCCAA--CCTTGCTAGGGGATCCGGGGACACACTTCA-TTCAAAAGCTCCCATAATGCATTTATTGCC--GTTTCCTAATATCTTAG--AGACATTT-GTGTAGCCTTTCCAATC-GT-ACTCACA--CTGAATT---TTAC--ACA-ACTGTCCA-TGGTT-TACACCAATTATACCTTTAA---------TACACATGTCATGTGTACCTTGTTAGAACTGGCATATCAGTACACATCAATTGTTAATAATGAAATTAT----TAAGTTTTTACTG-----TGCCATATGTTGATAGTGGAAATATGTAT---A---GAAA---ATGACACATTGTTGCAAGTTGCAGATAAT---TA-TT-----------CT-TT-TTTTTTTTTA------------AATAAA-ATTTTCGGTTCTCCACAAATTCTACAGGAGGCATGTGCCTCCGTCTACCTCAGTGTGGCTACAGCCC---TGGT----ATGAGTGTT-TATTTAT--CT-
gi|9 : gtatgagtaagagtgtacgcagggccgtagccaaaCACAATGCCTCGA----CTTATGTAACGTACAATATACGAGGCACCTACTTATCCCACGTACTAAGCAATTTTTGGCGTTAAGCACCCTTTTTACCTCATCTTGTA---TTTTT-TTACTGATATAACTTG---TATTGATATATAAAACAAATATAGAACAAATAAAGT---CCCACAAATG-ATTCGAAAGCGATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------TAAATTACGTGTTT-CCAATCTGAAGGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCGTTC-AAAA-CGCGT-GCTCGCTT-GAAACTTAGATACAATGTCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAAAGAAAT---AAT-----ACTATGAAAAT--AAAGGGGTTTTCTC-ATCTCACTGCCCAACTGCGTGCAC-AAAAAAAGCAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTGTCACGTAAAATGCGGCGTAGTAGCCGCTTATGTAACTTAT-------ACGTTGA--ACAGGGccttctctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGTACTTTGATGTATATTGATAGTGGAAATATGTGCAGGAAATGACATAGGCCTATTGTTG
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111 111 44444444444 111 1111 11111 111 222222222 1111 111 1111 111 4444444444444444444444444 3333333 4444444444444 111 111111 111 1111111 1111 111 6666666666666666666666666666666666666666666666 1 22222 1111111
lowQualScore : 2 7 777777777 66666 444 33333333333 5 000 1 1111 44444 77 0 000 77 5 5 5 6 6 99 666666666 4444 6 1 1 2 6 6 111 3 1 4444 6 3 6 000 6 88888 99 3 0 77 1 1111111111111111111111111 7777777 0 2222222222222 0 0 3 0 000 5 5 5 222222 1 3 000 0 1 22 1 1 44 5 5 5 5 66 6666666 3 1 0 2222 0 11 1 9999 666 8 0 4 3 4 777 1111111111111111111111111111111111111111111111 4 3 4 3 8 3 4 4 1 4 777 77777 3 6 66 1 6 1 5 0 1 8888888 77
lowQualScore : . . ......... ..... ... ........... . ... . .... ..... .. . ... .. . . . . . .. ......... .... . . . . . . ... . . .... . . . ... . ..... .. . . .. . ......................... ....... . ............. . . . . ... . . . ...... . . ... . . .. . . .. . . . . .. ....... . . . .... . .. . .... ... . . . . . ... .............................................. . . . . . . . . . . ... ..... . . .. . . . . . . ....... ..
lowQualScore : 2 3 555555555 77777 000 22222222222 2 777 7 0000 66666 99 7 000 99 7 7 7 7 7 22 777777777 2222 7 0 7 5 7 7 777 5 0 2222 7 7 7 222 7 33333 22 3 7 99 0 3333333333333333333333333 3333333 8 8888888888888 6 8 2 7 000 7 7 7 666666 7 9 666 3 7 00 7 0 66 0 0 0 0 99 2222222 6 3 7 1111 6 11 3 1111 555 8 7 0 0 0 000 0000000000000000000000000000000000000000000000 0 6 0 3 9 1 4 4 9 4 888 77777 1 2 99 0 7 0 7 1 0 6666666 99
consensus : GTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCCAACTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGGC-----A--CGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTCAGCTCGTGAGC-------ATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAG--AGACATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTATTCTTTTTTAC--AAAAACACTAATAAACATGT--GAANCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCC--ATGAT----A-GATTCTTATAATTAT--TT-TTCGACTCTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTTTGTTT-AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTACAATGTAAATAGT---GTAC-AT-GTATT-ACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAACGGAAAAAANACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTTGGATAGTAGTATTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAGGCACCTACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAGCAGCCTTATAACATCAACTTGTA---TTTTT-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGTNGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAA-CACGT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT----AAATATGAAAAT--AAAGGGGTTTTCTT-ACCNCACTGCCCGACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTNGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ACGGGG
Reference ( family-2059 ) : GTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCCAACTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGGC-----A--CGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTCAGCTCGTGAGC-------ATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAG--AGACATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTATTCTTTTTTAC--AAAAACACTAATAAACATGT--GAANCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCC--ATGAT----A-GATTCTTATAATTAT--TT-TTCGACTCTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTTTGTTT-AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTACAATGTAAATAGT---GTAC-AT-GTATT-ACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAACGGAAAAAANACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTTGGATAGTAGTATTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAGGCACCTACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAGCAGCCTTATAACATCAACTTGTA---TTTTT-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGTNGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAA-CACGT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT----AAATATGAAAAT--AAAGGGGTTTTCTT-ACCNCACTGCCCGACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTNGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|1 : GTTTGATTTTACCGGAGGCACTATCCAAACTTTGCAAGGCGTGTTCGGGGGT-----A--TGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTAAGCTCGTG------------GCATTTTCTGCA--TGTT-CTAATATTTCAA--A--CATTC-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTTT--CTTGAA---------TACGAAT----TA-GTGGCTTTATAGACCCGACATAACAGTACATATTAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGATGGGTATTATGATACATTCAAACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATGTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTGTTCTTTTTTAC--AAAATCACTAATAAACATGT--GAATCTCCACAAATTCTGCAGGAAGCAAGTGCTTGTGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCCAAACGAT----A-GATTCCTATATTTAT--TTATTCGACTTTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAATAATGTTTTGTTTAAAAATTTAGCGTCATTTTATGCAATCGAGTGCTAAAAGACGAATAGTACAATGTAAATACT---GTAC-AT-GTATT-ACACGAAAAGCAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGTTGCTATATGTCATACAAAAAAGTGAGATGGATGATAATGTTCTAAAAAATAAAAAAAACTTAATTTA-TT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AGCC--AACCCTGAAA-------TAGTTGAATAGAAGTATTATTTCATATTATTATAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATATAGTGTACAATATACGTAGCACATACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTG-------GCAGTCTTATAACATCCACTTCTA---TTTTT-T-ACTGATATAATTTAGTATACTGATACATAAAACAAATGAAAAACACATAAAGCTGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTTATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TTAATCTGAAAAAGGTTCAATTCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAAAAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAATCACAT-TTCCGCTC-GAAACTTGAATAAAATGCAGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAATGAAAATAAGAAAATATGAAAAT--AAAGGGG-TTTCTT-ACCACACTGCTCGACTGCGTGCAC-AAAAATAATAGGAAGTTCCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTAGCCGTTTATGTAACGTTT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|10 : ATTTTACAGGAAGCACAATCCCAACTTTGTTAGGGGTGTCTGGGGGC-----AATTGCTCCCACGAAA-----TAATA---TTCAGCTCTTG------------GCATTT----------TTTCTGATATTTCAG--AGACATTTTA---AGCCGTTCATATCTATAACAC------TGCGTT---TTAT--AGA-ATTACCCA-T-TTTTTACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACGT----TG-GTTACTTTTTAGACCCGATACAACAGTACATATCAACT-------------CTGTAAGACAAGCAATTGCTGGGTTTTATGATACATTCATACTGAAATTAG-TAT---AAGCTAATGATGCGCCTTGGTTTTGCAAG----AT-TTATTAATATTTTTGG-G-ATGACT-ATATTC-TTTTTAC--AAAAACACTTATAGACATGT--GAACCTCCACAAACTCTATAGGCGGCAAATGCCTCCGTTTGCTTCAGTGTGGGTAC
gi|11 : ttGTTTATTGATACA-AAGTAAAATGTAAAACAGTCAACATGACACTAGAAATG-CTTCGGAAGAAATA-AATCGA---GC-----------T-----------GCAAAGAACACT-----------TTATCTATCCGAAAGCGGTGCAATTCT-TCATTTTTCTCCAATAATTTAAGtg
gi|11 : taagttaaTTTATCGTTCGTATTGATCGACGATGTTGCGGTGTGATAGCCGTGTATGTAATGTGTGCAGTGCACGTTGGGCACGGtgtcttatttatagactttttgtctactttttgctttaccggttgaaattgaattattgcgctcatattatctacatattttctttgaagaggtgaatcggttttcaaacacgtgcttgcaatcaaaagtaaattttatcgttcgtattgatcgacgatgttgcggtgtgatagccgtgtatgtaatgtgtgcagtgcacgttgggcacggtggt
gi|12 : taagttaagtttattgatacaaagtaaaatgtaaaacagtcaacatgacactagaaatgcttcggaagaaataaatcgagctgcaaagaacactttatctatccgaaagcggtgcaattcttcatttttctccaataatttaagtgtcttatttatagactttttgtctactttttgctttaccggttgaaattgaattattgcgctcatattatctacatattttctttgaagaggtgaatcggttttcaaacacgtgcttgcaatcaaaagtaaatATAAAACAAATATAATACGCATAAAATTGTCCCAGTA-TGTCTTCCGAAGTGATG-AATGGA---TC-----------TTTAAATTACGTG----------T-----------TT-TCAATATGAATGTGGTTCATTCCA-T---TTTTTT--------------------TCATGTTCCCATTC-AAAAGCACAT-GCACGCTT-GTAACTTAAATATAATGCCGCTGGTGTTGGCTATATCTTT-GATTTAAGAACGAAAT---AAT----AC-TACGAACAT--AAAAGGTTTTTCCCCACCACACTGCCCAACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATC-------------ACCGTAAATGCGGCGTAGTTACCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ATGGGtggt
gi|13 : AAATTGGTTCAAACCG-CCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGTCTATGTTCCCATTC-AAAA--ACGTAGCCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGCATCGGCTATATCTTT-AATTT-TTAACAAAAT---AAT----AAAT-----AAT--AAAG
gi|13 : cAAATAATA--AAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTAGCGTCGAAAATGCGGCGTAGTCGCCGCTTATGTAACGtaccggtttatcgtgtgtagttagcgtcgaaaatgcggcgtagtcgccgcttatgtaacgaag
gi|14 : caaattggttcaaaccgccacttttctcgaatgtttgaggaaacgtctatgttcccattcaaaaacgtagcccgcttgaaacttaaatacaatgccgctcgcatcggctatatctttaatttttaacaaaataatGTTTCATTTAACAAGAGGCACAATCACAAGTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGTC-----A--TGCTGCCACAAAA-----AGATA---TTCAGCTCGTGA-C-------ATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAGCAACACATCC-A------CGTTTGAACATTTAAAAAAAATTTTGAATTGAGTTATGAGCACATTTCCCA-T-aag
gi|15 : CACTACTTAAAAGAT--GAACCTGCATAAATTCTATAGGAAGTAACTTGCTCAGATTACCTCAGTGTGGCTACGGCC
gi|16 : GAGG-AC--TCCCAACCTTGCTAAGGG-ATCCGGGGAC-----A--CGCTTCATCGAAA-----A
gi|17 : cttgctagggaatccTTTGATTTTACCGGCAGCACGATCC
gi|19 : atgtataatgtagccagagctcagggccgtagccaaaaAGTTTATTG-GTGAAATG------AACG---CAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------AAGTTTGATAGT
gi|2 : TTTGATTTTACAGGAAGCACAATAACAACTTTTCTAGGGGTGTCCGAGGGC-----A--TGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTTAGCTCGTG-GC-------ATGCATTTCCTGCATTTTTTTCTGATATTTC----AGATATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTAGATT---GTAT--GCA-TTTGCCCGTT-TTT-TACACT-TTTAC--CTCAAAGACACATACTACATAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCG----------ACATATCAATTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAA----AG-TAATTCATA-TTTTGA-G-AAAACTATTA----TTTTTACAAAAAAACACTAATAAACATGT--GAAACTCCACAAATTATACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTCTGCCTCGGTGTGGCTA-----------AT----A-------TATAATTATAATC-TTCAACTCTTAACCGCTAAAAGAAAGATTCTTAGAACAATGTTTTGTTTGAATATTTAGAGTGAGTTTATG-CATCGGGGGCTAATAAAGGAATAGTACAATGTAAATATT---GTAC-AT-GTATT-ACATGAAGAACATGTTAT----GGTTTGCGGGTCTGAAACAGCTGCGATTTGTCATACAAAACGG---------------------AAA------AAAATATTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACACTGAAA-------AAGTTGGATAGTAGTAGTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTATATGACACAATACACCGG----CTTATGTAGTGTACAATATAAGAGGC----ATTTATGCTACGTAGTTAGCGTATTTTGGCGTTTAGCAGTCTTATAAAATCAGCTTGTA----ATCT-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGT--------ACATG-CTTCCGAAGTAATA-TATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCCATCTGAAAATGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTGGAAT-GTTTGAAGAAACGGTCATGTTCCCA----------------TCCGCTT-GAAACATAAACAGAAAGCCGCTCGTATCGGCTATATATTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT-----AATATGAAAAT--AAAGGGATTTTCTT-ACCTCACTGTTCGCCCGCGTGCAC-AAAAATAAAAGTAAGTACCGGTTTATCGTGTTTAGTTATCACCGTAAATGCGGCGTACTTGTCATTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--AC
gi|3 : TT-A---AGCCTTTCAAATATATAACACAAA--CTACATT---TTAT--ACA-ACTGCCCA-T-TTT-TACACA-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGTTTCTTTAGACCCGACATAACAGTACAAATCAACTCTTAGTTAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATATTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGAACATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTTATA-TTTTGGTA-ATACAT-TTAT-CATTTTTAC--AAAAACACTACAAAACATGT--GAAACTCCACAAATTCCACAGGAGGCAAGTGCTTGCATTTGCCTCAGTGTGGCTA-----------AT----A-------TATAATTAT---------AATCTT--CAGCTAAAAGAAAGATTATTAGGACAATGTTTTGTTT------------------T-TGCCATCGATGGCTAATAAACGAAAAGTACAATGTA------------C-AT-GTATT-ACACGAAGAACAGGTATT----AGTTTACGGGTCTGAAACATTTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGCACAATAATGATCTAAAACGGAAAAAAAACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTTAA-A--C--AACCCTGAAC-------TAGTTGGATAATAGTATTATTTCAAGTGATTACAATACCGCTAAATGACACAATATACCGA----CT-ATGTAGTGTAAAATATACGAGGCACTTACTTATGCTACGTACAAAGCAAGTTTTGGCGTTTAGAAGTCTTATAACATAAATTTGTA---ATTTT---ACTGATATAATTTGGTATATTGATTCATAAAACAAATGTAAAACATATAAAGTAGTCACATAAATG-CTTCCGACGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAATGATTTAATCCG-TCACTTTTCCCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTTATGTTCCCATTCAAAAA-CACAT-ATCTGCTT-AAAAATGAAATATAGTGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAC---AAT-----ACTATG-AAATGAAAAGGGTTTTTCTT-ACCACACT--TCGACCGCTTGCAC-AAAAATAACAGGAGGTACCGGTTTATAGTATGTAGTTATCACCAGTAATGCGGCGTAGTAGCCGTTTATGTAACGTGT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|4 : GCTTGATCTTACAGGAGGCACAATCCCAACT
gi|4 : ttcatAGCTCGC-AGC-------ATGCATTTCCTGCA--CTTTTCTGATATTTCAG--A--CATTTTA---AGCCGCTAAAATTTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCAA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTAAA---------TACACAT----TG-GTAGTTATTTATACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACACGTAATTGCCGGGTATAATGAGACATTCATATTACGTATAT-TATTATATGTGAGGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTTATA-TTTTGG-GGATAACT-TTATTCTTTTT-AC--AAAACCACTAATAAGCATGT--GAAGCTCCACAAATTCTGCAGAAAGCAAGTGCTTCTGTTAGCCTCAGTGTGGCTACGGTC---ATGATGATAA-GATTCTTATAATC-------TTCGACTCTTAACAGTTCAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTT-------------AGCGCCATTTTATGTCATAGAGGGCTAAAAGACGAATAATACAATGTAAACAGT---GTAC-AT-TTATT-ACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGCCATACAGAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTTAAATGATTAAAATACTTAGTATATTT-GTGAAATG-TAAACAACGATACAACTAAAA-AA-C--AACTCTGAAA-------TAGTTGGATAA------TATTTCCTGTTATTAGAATACCGCTAAATGAGACAATACAGTGA----CTTATGTATCGTACAGTATACGAGGCACCTACTTATGTTGCGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAGCAGACATATAACATCAACTTATA---TTTTT-T-ACTGATACAATTTGGTATACTGACACATAAAACATATGTAAAACACATAAAGTAGTCCCAGAAATG-CTTCCGTAGTAATACAATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAACGGTTCCATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGATGAAACGGCCATGTTCCCATTC-AAAA-atagctcgcagcatgcatttcctgcacttttctgatatttcagacattttaagccgctaaaatttataacacaaactgcattttatacaattgccaatttttacactattatcttaaatacacattggtagttatttatacccgacataacagtacatatcaactcttagtaatacactgtaagacacgtaattgccgggtataatgagacattcatattacgtatattattatatgtgagggatatgtcatatttttgcaagagtaatttatattttggggataactttattctttttacaaaaccactaataagcatgtgaagctccacaaattctgcagaaagcaagtgcttctgttagcctcagtgtggctacggtcatgatgataagattcttataatcttcgactcttaacagttcaaagaaagattattagaacaatgtttagcgccattttatgtcatagagggctaaaagacgaataatacaatgtaaacagtgtacatttattacacgaagaacaggtaatggtctacgggtctgaaacagctgcgatatgccatacagaatagtgagatggacgataatgttcttaaatgattaaaatacttagtatatttgtgaaatgtaaacaacgatacaactaaaaaacaactctgaaatagttggataatatttcctgttattagaataccgctaaatgagacaatacagtgacttatgtatcgtacagtatacgaggcacctacttatgttgcgtactaagcaaattttggcgtttagcagacatataacatcaacttatattttttactgatacaatttggtatactgacacataaaacatatgtaaaacacataaagtagtcccagaaatgcttccgtagtaatacaattgagctgttttcaatctgaaaacggttccatccgtcacttttctcgaatgtttgatgaaacggccatgttcccattcaaaaacnnnnnnnnnntagagaagaaatag
gi|5 : ttcatgcttgatcttacaggaggcacaatcccaactat--ATGAT----A-TATTCTCATAATC-------TTCGACTCTTAACAGCTAAAGGACATATTATTAGAACAATGTTT------AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGTGTCGATACACGAATAGTACAATGTAAGTCGT---GTAC-AT-GTATT-ACGCGAAGAATAGGTAGCCTTAGGTCTTAGGGTCTGAAAAAGTTGCGATATGTCGTATAGCATAGTCAGATTGATACTAATGTTATAAAACGAGAATAAAACTT----TATTTTGTAAAGTACTAACCAA-GATGTAACTTAAA-AA-CTGAA---TAAAAAAAAACTCAATTAGACAGTCGTATTATTTCATGTTATTTGAATACCGTTAAATGCCACAATATACCGATATACTTATGTAGCGTGCAATATACGAGGCACCAACCTATGCTATGTATTTAGCAAACTTTGGCGGTTAGAACCCTTATAACCTCAACTTGTATTTTTTTT-T-ACTGACATAATTTGGTATATTGATATATACAACAAATGTAAAACCCATCAAGTAGTTCCAGAAATG-CTTCCAAAGTATTA-AATTGA---CCAGTAAATGACGT-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCGAACCG-CCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCAATTCAAAAA-CACAT-GTCCGCTT-GAAACTTAAAAACAATGCCGCTCTAATCGGCTATATCTTT-AATTTGTAAACGAAAT---ACT----AAacnnnnnnnnnntagagaagaaatag
gi|6 : gcaatatgaactccagaaaatgagattgttttacgtcccacttggatagccaacgtTATAAATAGTATCGTATTATCGTATTTGTAC-----ACAGGTGAT----AGTATACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATGCAAAATAGTGAGGTGGACAATAACGCTCTAAATCGGAAAAATTACTTATTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACATGAT-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTGGGATAATAGTATTATTTCCTGTTATTATTATATCGCTAAACGACGCAATACtgt
gi|6 : ACTTGTA---TTTTT---ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAACACAAATGTGAAACACATAAAGTAGTCC--AAAATG-CTTCCGAAGT---------GA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAATGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GCTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTCAAAAA-CACAT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATAGAATGCCGCTCGTATCGGCTATAAATTT-GCTTTAAAAACGAAAT---AAT-----AATATG-AAAT--AAAGGTGTTTTCTT-ACCTCACTGTCAGATCGTGTGCACAAAAAATAACAGGAAGGACCGGT-------------TTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTTGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ttgtatttttactgatataatttggtatattgatacataacacaaatgtgaaacacataaagtagtccaaaatgcttccgaagtgagctgttttcaatctgaaaatggttcaatccgtcacttttctcgaatgcttgaggaaacggtcatgttcccattcaaaaacacatgtccgcttgaaacttaaatagaatgccgctcgtatcggctataaatttgctttaaaaacgaaataataatatgaaataaaggtgttttcttacctcactgtcagatcgtgtgcacaaaaaataacaggaaggaccggtttatcaccgaaaatgcggcgtagttgccgtttatgtaacgtatacgttgga
gi|7 : tataaatagtatcgtattatcgtatttgtacacaggtgatagtatacgggtctgaaacagctgcgatatgtcatgcaaaatagtgaggtggacaataacgctctaaatcggaaaaattacttattttatttgtgaagtgtaaacaacgatacaacatgataacaaccctgaaatagtgggataatagtattatttcctgttattattatatcgctaaacgacgcaatGCTAATAGTCGAATAATACAATGTAAGTAGT---GTTC-AC-GTATT-ACATGAAGAACATGTA----------T----GTC------AGCTGCACTATGTCATACAACATAGTGAGATGGA------TGTTCAACAACGGAAA---CATTC--TTTATTT-GCGAAGTA-TAAACAACGATACAATCTGAACAA-C--AATCCTCAAA-------TAGTTGGATAGAGGTAGTATTTCATATAATTAGAATATCGCTGAATGACACAATGCCTCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAAGCACCTAATTATGCTACGTACTAAGCTATTTTTGGCGTTTAGCACCATAATAATCTCAAGTTAAA---TTTTTAA-ACTGATATAACATGGTGTATTGGTATATGAAACAAATATTAAATACATAATGATGTCCCAAAAATG-CTTCCGAAGTGATA-AATTGATATGTTAATTACG---T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGATTCATTTTGTTCACTTT
gi|7 : tgtT-GTTCACTTTGAAACTTGAATACAACG---------TCGGCTAAATCTTTAGATTTAAAATCGAAAT---AAT-----AATATAAAAAA--AAAgaaacttgaatacaacgtcggctaaatctttagatttaaaatcgaaataataatataaaaaaaaacaggaagtaccggtttatcgtgtg
gi|7 : tgtgctaatagtcgaataatacaatgtaagtagtgttcacgtattacatgaagaacatgtatgtcagctgcactatgtcatacaacatagtgagatggatgttcaacaacggaaacattctttatttgcgaagtataaacaacgatacaatctgaacaacaatcctcaaatagttggatagaggtagtatttcatataattagaatatcgctgaatgacacaatgcctcgacttatgtagcgtacaatatacgaagcacctaattatgctacgtactaagctatttttggcgtttagcaccataataatctcaagttaaatttttaaactgatataacatggtgtattggtatatgaaacaaatattaaatacataatgatgtcccaaaaatgcttccgaagtgataaattgatatgttaattacgtgttttcaatctgaaagtgattcattt-AAAAAAAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGcaggaagtaccggtttatcgtgtg
gi|8 : tgtgctaatagtcgaataatacaatgtaagtagtgttcacgtattacatgaagaacatgtatgtcagctgcactatgtcatacaacatagtgagatggatgttcaacaacggaaacattctttatttgcgaagtataaacaacgatacaatctgaacaacaatcctcaaatagttggatagaggtagtatttcatataattagaatatcgctgaatgacacaatgcctcgacttatgtagcgtacaatatacgaagcacctaattatgctacgtactaagctatttttggcgtttagcaccataataatctcaagttaaatttttaaactgatataacatggtgtattggtatatgaaacaaatattaaatacataatgatgtcccaaaaatgcttccgaagtgataaattgatatgttaattacgtgttttcaatctgaaagtgattcattttgttcactttgaaacttgaatacaacgtcggctaaatctttagatttaaaatcgaaataataatataGTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCAAACCTTGCTAGGGG-ATCCAGGGACTCCCAA--CCTTGCTAGGGGATCCGGGGACACACTTCA-TTCAAAAGCTCCCATAATGCATTTATTGCC--GTTTCCTAATATCTTAG--AGACATTT-GTGTAGCCTTTCCAATC-GT-ACTCACA--CTGAATT---TTAC--ACA-ACTGTCCA-TGGTT-TACACCAATTATACCTTTAA---------TACACATGTCATGTGTACCTTGTTAGAACTGGCATATCAGTACACATCAATTGTTAATAATGAAATTAT----TAAGTTTTTACTG-----TGCCATATGTTGATAGTGGAAATATGTAT---A---GAAA---ATGACACATTGTTGCAAGTTGCAGATAAT---TA-TT-----------CT-TT-TTTTTTTTTA------------AATAAA-ATTTTCGGTTCTCCACAAATTCTACAGGAGGCATGTGCCTCCGTCTACCTCAGTGTGGCTACAGCCC---TGGT----ATGAGTGTT-TATTTAT--CT-
gi|9 : gtatgagtaagagtgtacgcagggccgtagccaaaCACAATGCCTCGA----CTTATGTAACGTACAATATACGAGGCACCTACTTATCCCACGTACTAAGCAATTTTTGGCGTTAAGCACCCTTTTTACCTCATCTTGTA---TTTTT-TTACTGATATAACTTG---TATTGATATATAAAACAAATATAGAACAAATAAAGT---CCCACAAATG-ATTCGAAAGCGATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------TAAATTACGTGTTT-CCAATCTGAAGGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCGTTC-AAAA-CGCGT-GCTCGCTT-GAAACTTAGATACAATGTCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAAAGAAAT---AAT-----ACTATGAAAAT--AAAGGGGTTTTCTC-ATCTCACTGCCCAACTGCGTGCAC-AAAAAAAGCAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTGTCACGTAAAATGCGGCGTAGTAGCCGCTTATGTAACTTAT-------ACGTTGA--ACAGGGccttctctt
blockSeqs : A T TCCCAAC TCCGG CAC AAGCTCCCATA C TTT T CAAC GTGT TT GAG GA C T G T A AC GACACATAC GTCA T A A C G G TAT A G TTGC A A T TA A ATTCT AA A TC C CGGTCATGATGATAAGATTCT ATAATC TGTTTGAATATTT C ATC T C T GCCTTA T G CAA A GA A T AG T C C . TG AAAAACT T G TATA GT A TTTT AA G T A C TAT TTTAAATTACGTGT A T A A G A A T T A . A A A GA T C A A A GCAGTGC GC
blockSeqs : A T AATT . . GAC C T T AG TA . . . . . . . . . . . . G A C . . . T G . . C . GG . ATTC . A . C CAGCCCTGGTATGAGTGT ATCT AATATTT T . . . . AT T A CGA A AT A A AG . . . . . . T T . GT A A TT T . G . . AGTAAATGACGTGT . . . A . G . . C . . A A A . A . T . T . .
blockSeqs : G T AT . . GGC C C T AG TA . . . . . . . . . . . . T A C . . . T A . . T . G . ATCA . A . A ATA AT TGTTT C . . . . TT C A TAC A AG A T AG . . . . . . T T . GA A T T A . A . . TGTAAATTACGTGT . . . A . A . . G . . A C A . T . A . C . .
blockSeqs : A . AC . . AGC A G T AG A . . . . . . . . . . . . G G G . . . T G . . T . G . TTTT . C . A ATA . . . . . . . AT C T CAA T GA T A AG . . . . . . T T . CC C T T A . A . . TGCAAAGAACACT . . . . . A . . T . . . A A . G . T . T . .
blockSeqs : A . AT . G . . C A A . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . A . . . G . . . . . AT A A . A GA A T AT . . . . . . T G . CC C T T A . A . . TAATTACGTGT . . . . . A . . C . . . A . . G . T . A . .
blockSeqs : A A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C . . . . . . . A . . CC C T . A . A . . TGT . . . . . G . . G . . . C . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . G . . TGT . . . . . . . . C . . . . . . A
blockSeqs : . . G . . TGT . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . TGT . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : GGC******** AG** G** ATTN* CGGCCTGGTATAAGT********** AT***** TGTTT******** *** *****
originalCons : GTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCCAACTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGGC-----A--CGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTCAGCTCGTGAGC-------ATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAG--AGACATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTTGG-G-ATAACT-TTATTCTTTTTTAC--AAAAACACTAATAAACATGT--GAANCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCC--ATGAT----A-GATTCTTATAATTAT--TT-TTCGACTCTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTTTGTTT-AATATTTAGCGTCATTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTACAATGTAAATAGT---GTAC-AT-GTATT-ACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAACGGAAAAAANACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTTGGATAGTAGTATTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAGGCACCTACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAGCAGCCTTATAACATCAACTTGTA---TTTTT-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGTNGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAA-CACGT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT----AAATATGAAAAT--AAAGGGGTTTTCTT-ACCNCACTGCCCGACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTNGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ACGGGG
finalCons : GTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCCAACTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGGC-----A--CGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTCAGCTCGTGGC--------ATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAGAG--ACATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTTGGG--ATAACT-TTATTN-TTTTTAC--AAAAACACTAATAAACATGT--GAANCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGGCCTGGTATAAGT----------TATAATTAT-----TTCGACTCTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTTTGTTT--------AGCGTCATTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTACAATGTAAATAGT---GTAC-AT-GTATT-ACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAACGGAAAAAANACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTTGGATAGTAGTATTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAGGCACCTACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAGCAGCCTTATAACATCAACTTGTA---TTTTT-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGTNGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAA-CACGT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT-----AATATGAAAAT--AAAGGGGTTTTCTT-ACCNCACTGCCCGACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTNGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ACGGGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGTACTTTGATGTATATTGATAGTGGAAATATGTGCAGGAAATGACATAGGCCTATTGTTG
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111 111 2222222 1111 11111 111 222222222 1111 111 1111 6666666666666666666666666666666 22222222 11 33333333333333333333 111 111111 111 1111111 1111 111 6666666666666666666666666666666666666666666666 1 11111 1111111
lowQualScore : 2 7 777777777 66666 444 1111111 6 1 99 1 1111 44444 77 0 000 77 5 5 5 6 6 99 666666666 4444 6 1 1 2 6 6 111 3 1 4444 6 3 6 6 6 1 6 99 3 0 77 1 2222222222222222222222222222222 55555555 0 0 11 11111111111111111111 0 0 3 0 000 5 5 5 222222 1 3 000 0 1 22 1 1 44 5 5 5 5 66 6666666 3 1 0 2222 0 11 1 0 888 666 8 0 4 3 4 777 1111111111111111111111111111111111111111111111 4 3 4 3 8 3 4 4 1 4 777 11111 6 66 1 6 1 5 0 1 8888888 77
lowQualScore : . . ......... ..... ... ....... . . .. . .... ..... .. . ... .. . . . . . .. ......... .... . . . . . . ... . . .... . . . . . . . .. . . .. . ............................... ........ . . .. .................... . . . . ... . . . ...... . . ... . . .. . . .. . . . . .. ....... . . . .... . .. . . ... ... . . . . . ... .............................................. . . . . . . . . . . ... ..... . .. . . . . . . ....... ..
lowQualScore : 2 3 555555555 77777 000 7777777 7 0 22 7 0000 66666 99 7 000 99 7 7 7 7 7 22 777777777 2222 7 0 7 5 7 7 777 5 0 2222 7 7 7 7 7 0 7 22 3 7 99 0 3333333333333333333333333333333 33333333 8 8 00 88888888888888888888 6 8 2 7 000 7 7 7 666666 7 9 666 3 7 00 7 0 66 0 0 0 0 99 2222222 6 3 7 1111 6 11 3 4 888 555 8 7 0 0 0 000 0000000000000000000000000000000000000000000000 0 6 0 3 9 1 4 4 9 4 888 11111 2 99 0 7 0 7 1 0 6666666 99
consensus : GTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCCAACTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGGC-----A--CGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTC-------AGCTCGCGGCATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAG--AGACATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTT-GG-GATAACTTTATTCTTTTT-AC--AAAAACACTAATAAACATGT--GAANCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGG-CC-CG---GT-ATA-AG----T-T---ATAATTATTT---CGACTCTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTT--TG--------TTTA--------GCGTCATTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTACAATGTAAATAGT---GTAC-AT-GTATT-ACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAACGGAAAAAANACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTTGGATAGTAGTATTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAGGCACCTACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAGCAGCCTTATAACATCAACTTGTATTTT---T-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGTNGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAA-CACGT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT-----AATATGAAAAT--AAAGGGGTTTTCTT-ACCNCACTGCCCGACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTNGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ACGGGG
Reference ( family-2059 ) : GTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCCAACTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGGC-----A--CGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTC-------AGCTCGTGGCATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAG--AGACATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTT-GG-GATAACTTTATTNTTTTT-AC--AAAAACACTAATAAACATGT--GAANCTCCACAAATTCTACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGG-CC-TG---GT-ATA-AG----T-T---ATAATTATTT---CGACTCTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAACAATGTTT--TG--------TTTA--------GCGTCATTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTACAATGTAAATAGT---GTAC-AT-GTATT-ACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAACGGAAAAAANACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTTGGATAGTAGTATTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAGGCACCTACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAGCAGCCTTATAACATCAACTTGTATTTT---T-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGTNGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAA-CACGT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT-----AATATGAAAAT--AAAGGGGTTTTCTT-ACCNCACTGCCCGACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTNGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|1 : GTTTGATTTTACCGGAGGCACTATCCAAACTTTGCAAGGCGTGTTCGGGGGT-----A--TGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTA-------AGCTCGTGGCAT----TTTCTGCA--TGTT-CTAATATTTCAA--A--CATTC-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCCA-T-TTT-TACACT-ATTTT--CTTGAA---------TACGAAT----TA-GTGGCTTTATAGACCCGACATAACAGTACATATTAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGATGGGTATTATGATACATTCAAACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATGTTTGCAAG----AG-TAATTCATA-TTTT-GG-GATAACTTTGTTCTTTTTTAC--AAAATCACTAATAAACATGT--GAATCTCCACAAATTCTGCAGGAAGCAAGTGCTTGTGTTTGCCTCAGTGTGGCTACGG-CC-CAAACG--ATA-GA----T-TCCTATATTTATTTATTCGACTTTTAACAGCTAAAAGAAAGATTATTAGAATAATGTTT--TG--------TTTAAAAATTTAGCGTCATTTTATGCAATCGAGTGCTAAAAGACGAATAGTACAATGTAAATACT---GTAC-AT-GTATT-ACACGAAAAGCAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGTTGCTATATGTCATACAAAAAAGTGAGATGGATGATAATGTTCTAAAAAATAAAAAAAACTTAATTTA-TT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AGCC--AACCCTGAAA-------TAGTTGAATAGAAGTATTATTTCATATTATTATAATACCGCTAAATGACACAATACACCGA----CTTATATAGTGTACAATATACGTAGCACATACTTATGCTACGTACTAAGCAAATTTTG-------GCAGTCTTATAACATCCACTTCTATTTT---T-T-ACTGATATAATTTAGTATACTGATACATAAAACAAATGAAAAACACATAAAGCTGTCCCAGAAATG-CTTCCGAAGTTATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TTAATCTGAAAAAGGTTCAATTCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAAAAAACGGTCATGTTCCCATTC-AAAATCACAT-TTCCGCTC-GAAACTTGAATAAAATGCAGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAATGAAAATAAGAAAATATGAAAAT--AAAGGGG-TTTCTT-ACCACACTGCTCGACTGCGTGCAC-AAAAATAATAGGAAGTTCCGGTTTATCGTGTGTAGTTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTAGCCGTTTATGTAACGTTT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|10 : ATTTTACAGGAAGCACAATCCCAACTTTGTTAGGGGTGTCTGGGGGC-----AATTGCTCCCACGAAA-----TAATA---TTC-------AGCTCTTGGCAT--------------TTTTTCTGATATTTCAG--AGACATTTTA---AGCCGTTCATATCTATAACAC------TGCGTT---TTAT--AGA-ATTACCCA-T-TTTTTACACT-ATTAT--CTTGAA---------TACACGT----TG-GTTACTTTTTAGACCCGATACAACAGTACATATCAACT-------------CTGTAAGACAAGCAATTGCTGGGTTTTATGATACATTCATACTGAAATTAG-TAT---AAGCTAATGATGCGCCTTGGTTTTGCAAG----AT-TTATTAATATTTTT-GG-GATGACTATATTCTTTTT-AC--AAAAACACTTATAGACATGT--GAACCTCCACAAACTCTATAGGCGGCAAATGCCTCCGTTTGCTTCAGTGTGGGTAC
gi|11 : ttGTTTATTGATACA-AAGTAAAATGTAAAACAGTCAACATGACACTAGAAATG-CTTCGGAAGAAATA-AATCGA---GC-----------T-----------GCAAAGAACACT-----------TTATCTATCCGAAAGCGGTGCAATTCT-TCATTTTTCTCCAATAATTTAAGtg
gi|11 : taagttaaTTTATCGTTCGTATTGATCGACGATGTTGCGGTGTGATAGCCGTGTATGTAATGTGTGCAGTGCACGTTGGGCACGGtgtcttatttatagactttttgtctactttttgctttaccggttgaaattgaattattgcgctcatattatctacatattttctttgaagaggtgaatcggttttcaaacacgtgcttgcaatcaaaagtaaattttatcgttcgtattgatcgacgatgttgcggtgtgatagccgtgtatgtaatgtgtgcagtgcacgttgggcacggtggt
gi|12 : taagttaagtttattgatacaaagtaaaatgtaaaacagtcaacatgacactagaaatgcttcggaagaaataaatcgagctgcaaagaacactttatctatccgaaagcggtgcaattcttcatttttctccaataatttaagtgtcttatttatagactttttgtctactttttgctttaccggttgaaattgaattattgcgctcatattatctacatattttctttgaagaggtgaatcggttttcaaacacgtgcttgcaatcaaaagtaaatATAAAACAAATATAATACGCATAAAATTGTCCCAGTA-TGTCTTCCGAAGTGATG-AATGGA---TC-----------TTTAAATTACGTG----------T-----------TT-TCAATATGAATGTGGTTCATTCCA-T---TTTTTT--------------------TCATGTTCCCATTC-AAAAGCACAT-GCACGCTT-GTAACTTAAATATAATGCCGCTGGTGTTGGCTATATCTTT-GATTTAAGAACGAAAT---AAT-----ACTACGAACAT--AAAAGGTTTTTCCCCACCACACTGCCCAACCGCGTGCAC-AAAAATAACAGGAAGTACCGGTTTATC-------------ACCGTAAATGCGGCGTAGTTACCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ATGGGtggt
gi|13 : AAATTGGTTCAAACCG-CCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGTCTATGTTCCCATTC-AAAA--ACGTAGCCCGCTT-GAAACTTAAATACAATGCCGCTCGCATCGGCTATATCTTT-AATTT-TTAACAAAAT---AAT-----AA-AT---AAT--AAAG
gi|13 : cAAATAATA--AAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTAGCGTCGAAAATGCGGCGTAGTCGCCGCTTATGTAACGtaccggtttatcgtgtgtagttagcgtcgaaaatgcggcgtagtcgccgcttatgtaacgaag
gi|14 : caaattggttcaaaccgccacttttctcgaatgtttgaggaaacgtctatgttcccattcaaaaacgtagcccgcttgaaacttaaatacaatgccgctcgcatcggctatatctttaatttttaacaaaataatGTTTCATTTAACAAGAGGCACAATCACAAGTTTGCTAGGGGTGTCCGGGGTC-----A--TGCTGCCACAAAA-----AGATA---TTC-------AGCTCGTGACATGCATTTCCTGCA--TTTTTCTGATATTTCAGCAACACATCC-A------CGTTTGAACATTTAAAAAAAATTTTGAATTGAGTTATGAGCACATTTCCCA-T-aag
gi|15 : CACTACTTAAAAGAT--GAACCTGCATAAATTCTATAGGAAGTAACTTGCTCAGATTACCTCAGTGTGGCTACGG-CC-
gi|16 : GAGG-AC--TCCCAACCTTGCTAAGGG-ATCCGGGGAC-----A--CGCTTCATCGAAA-----A
gi|17 : cttgctagggaatccTTTGATTTTACCGGCAGCACGATCC
gi|19 : atgtataatgtagccagagctcagggccgtagccaaaaAGTTTATTG-GTGAAATG------AACG---CAACTTAAA-AA-C--AACCCTGAAA-------AAGTTTGATAGT
gi|2 : TTTGATTTTACAGGAAGCACAATAACAACTTTTCTAGGGGTGTCCGAGGGC-----A--TGCTGCCACGAAA-----AGATA---TTT-------AGCTCGTGGCATGCATTTCCTGCATTTTTTTCTGATATTTC----AGATATTT-A---AGCCGTTCAAATCTATAACACAAA--CTAGATT---GTAT--GCA-TTTGCCCGTT-TTT-TACACT-TTTAC--CTCAAAGACACATACTACATAT----TG-GTGGCTTTTTAGACCCG----------ACATATCAATTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATACTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGGATATGTCATATTTTTGCAAA----AG-TAATTCATA-TTTT-GA-GAAAAC--TATTATTTTT-ACAAAAAAACACTAATAAACATGT--GAAACTCCACAAATTATACAGGAGGCAAGTGCCTCCGTCTGCCTCGGTGTGGCTA------------AT-ATATAA----T-T---ATAAT--CTT---CAACTCTTAACCGCTAAAAGAAAGATTCTTAGAACAATGTTT--TGTTTGAATATTTA--------GAGTGAGTTTATG-CATCGGGGGCTAATAAAGGAATAGTACAATGTAAATATT---GTAC-AT-GTATT-ACATGAAGAACATGTTAT----GGTTTGCGGGTCTGAAACAGCTGCGATTTGTCATACAAAACGG---------------------AAA------AAAATATTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTAAA-AA-C--AACACTGAAA-------AAGTTGGATAGTAGTAGTATTTCATGTTATTAGAATACCGCTATATGACACAATACACCGG----CTTATGTAGTGTACAATATAAGAGGC----ATTTATGCTACGTAGTTAGCGTATTTTGGCGTTTAGCAGTCTTATAAAATCAGCTTGTA-ATC---T-T-ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAAAACAAATGTAAAACACATAAAGT--------ACATG-CTTCCGAAGTAATA-TATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCCATCTGAAAATGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTGGAAT-GTTTGAAGAAACGGTCATGTTCCCA----------------TCCGCTT-GAAACATAAACAGAAAGCCGCTCGTATCGGCTATATATTT-GATTTAAAAACGAAAT---AAT-----AATATGAAAAT--AAAGGGATTTTCTT-ACCTCACTGTTCGCCCGCGTGCAC-AAAAATAAAAGTAAGTACCGGTTTATCGTGTTTAGTTATCACCGTAAATGCGGCGTACTTGTCATTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--AC
gi|3 : TT-A---AGCCTTTCAAATATATAACACAAA--CTACATT---TTAT--ACA-ACTGCCCA-T-TTT-TACACA-ATTAT--CTTGAA---------TACACAT----TG-GTGTTTCTTTAGACCCGACATAACAGTACAAATCAACTCTTAGTTAT-ACACTGTAAGACAAGTATTTGCTGGGTATTATGATACATTCATATTGCATATAT-TAT---ATGTGAAGAACATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTTATA-TTTT-GGTAATACATTTATCATTTTT-AC--AAAAACACTACAAAACATGT--GAAACTCCACAAATTCCACAGGAGGCAAGTGCTTGCATTTGCCTCAGTGTGGCTA---------------ATA---------T---ATAATTAT-------AATCTT--CAGCTAAAAGAAAGATTATTAGGACAATGTTT--TG--------TTT------------------T-TGCCATCGATGGCTAATAAACGAAAAGTACAATGTA------------C-AT-GTATT-ACACGAAGAACAGGTATT----AGTTTACGGGTCTGAAACATTTGCGATATGTCATACAAAATAGTGAGATGCACAATAATGATCTAAAACGGAAAAAAAACTTAGTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACTTTAA-A--C--AACCCTGAAC-------TAGTTGGATAATAGTATTATTTCAAGTGATTACAATACCGCTAAATGACACAATATACCGA----CT-ATGTAGTGTAAAATATACGAGGCACTTACTTATGCTACGTACAAAGCAAGTTTTGGCGTTTAGAAGTCTTATAACATAAATTTGTAATTT---T---ACTGATATAATTTGGTATATTGATTCATAAAACAAATGTAAAACATATAAAGTAGTCACATAAATG-CTTCCGACGTAATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAATGATTTAATCCG-TCACTTTTCCCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTTATGTTCCCATTCAAAAA-CACAT-ATCTGCTT-AAAAATGAAATATAGTGCCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAACGAAAC---AAT-----ACTATG-AAATGAAAAGGGTTTTTCTT-ACCACACT--TCGACCGCTTGCAC-AAAAATAACAGGAGGTACCGGTTTATAGTATGTAGTTATCACCAGTAATGCGGCGTAGTAGCCGTTTATGTAACGTGT-------ACGTTGG--ACGGGG
gi|4 : GCTTGATCTTACAGGAGGCACAATCCCAACT
gi|4 : ttcat-------AGCTCGCAGCATGCATTTCCTGCA--CTTTTCTGATATTTCAG--A--CATTTTA---AGCCGCTAAAATTTATAACACAAA--CTGCATT---TTAT--ACA-ATTGCCAA-T-TTT-TACACT-ATTAT--CTTAAA---------TACACAT----TG-GTAGTTATTTATACCCGACATAACAGTACATATCAACTCTTAGTAAT-ACACTGTAAGACACGTAATTGCCGGGTATAATGAGACATTCATATTACGTATAT-TATTATATGTGAGGGATATGTCATATTTTTGCAAG----AG-TAATTTATA-TTTTGGG-GATAACTTTATTCTTTTT-AC--AAAACCACTAATAAGCATGT--GAAGCTCCACAAATTCTGCAGAAAGCAAGTGCTTCTGTTAGCCTCAGTGTGGCTACGG-TCATG---ATGATA-AGATTCT-T---ATAAT--CTT---CGACTCTTAACAGTTCAAAGAAAGATTATTAGAACAA-------TG--------TTTA--------GCGCCATTTTATGTCATAGAGGGCTAAAAGACGAATAATACAATGTAAACAGT---GTAC-AT-TTATT-ACACGAAGAACAGGTAAT----GGTCTACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGCCATACAGAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTTAAATGATTAAAATACTTAGTATATTT-GTGAAATG-TAAACAACGATACAACTAAAA-AA-C--AACTCTGAAA-------TAGTTGGATAA------TATTTCCTGTTATTAGAATACCGCTAAATGAGACAATACAGTGA----CTTATGTATCGTACAGTATACGAGGCACCTACTTATGTTGCGTACTAAGCAAATTTTGGCGTTTAGCAGACATATAACATCAACTTATATTTT---T-T-ACTGATACAATTTGGTATACTGACACATAAAACATATGTAAAACACATAAAGTAGTCCCAGAAATG-CTTCCGTAGTAATACAATTGA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAACGGTTCCATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGATGAAACGGCCATGTTCCCATTC-AAAA-atagctcgcagcatgcatttcctgcacttttctgatatttcagacattttaagccgctaaaatttataacacaaactgcattttatacaattgccaatttttacactattatcttaaatacacattggtagttatttatacccgacataacagtacatatcaactcttagtaatacactgtaagacacgtaattgccgggtataatgagacattcatattacgtatattattatatgtgagggatatgtcatatttttgcaagagtaatttatattttggggataactttattctttttacaaaaccactaataagcatgtgaagctccacaaattctgcagaaagcaagtgcttctgttagcctcagtgtggctacggtcatgatgataagattcttataatcttcgactcttaacagttcaaagaaagattattagaacaatgtttagcgccattttatgtcatagagggctaaaagacgaataatacaatgtaaacagtgtacatttattacacgaagaacaggtaatggtctacgggtctgaaacagctgcgatatgccatacagaatagtgagatggacgataatgttcttaaatgattaaaatacttagtatatttgtgaaatgtaaacaacgatacaactaaaaaacaactctgaaatagttggataatatttcctgttattagaataccgctaaatgagacaatacagtgacttatgtatcgtacagtatacgaggcacctacttatgttgcgtactaagcaaattttggcgtttagcagacatataacatcaacttatattttttactgatacaatttggtatactgacacataaaacatatgtaaaacacataaagtagtcccagaaatgcttccgtagtaatacaattgagctgttttcaatctgaaaacggttccatccgtcacttttctcgaatgtttgatgaaacggccatgttcccattcaaaaacnnnnnnnnnntagagaagaaatag
gi|5 : ttcatgcttgatcttacaggaggcacaatcccaactat----T-C---ATAATC--TT---CGACTCTTAACAGCTAAAGGACATATTATTAGAACAATGTTTAATA--------TTTA--------GCGTCATTTTATGCCATCGAGTGTCGATACACGAATAGTACAATGTAAGTCGT---GTAC-AT-GTATT-ACGCGAAGAATAGGTAGCCTTAGGTCTTAGGGTCTGAAAAAGTTGCGATATGTCGTATAGCATAGTCAGATTGATACTAATGTTATAAAACGAGAATAAAACTT----TATTTTGTAAAGTACTAACCAA-GATGTAACTTAAA-AA-CTGAA---TAAAAAAAAACTCAATTAGACAGTCGTATTATTTCATGTTATTTGAATACCGTTAAATGCCACAATATACCGATATACTTATGTAGCGTGCAATATACGAGGCACCAACCTATGCTATGTATTTAGCAAACTTTGGCGGTTAGAACCCTTATAACCTCAACTTGTATTTTTTTT-T-ACTGACATAATTTGGTATATTGATATATACAACAAATGTAAAACCCATCAAGTAGTTCCAGAAATG-CTTCCAAAGTATTA-AATTGA---CCAGTAAATGACGT-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGGTTCGAACCG-CCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCAATTCAAAAA-CACAT-GTCCGCTT-GAAACTTAAAAACAATGCCGCTCTAATCGGCTATATCTTT-AATTTGTAAACGAAAT---ACT-----AATGTacnnnnnnnnnntagagaagaaatag
gi|6 : gcaatatgaactccagaaaatgagattgttttacgtcccacttggatagccaacgtatgatatattcTATAAATAGTATCGTATTATCGTATTTGTAC-----ACAGGTGAT----AGTATACGGGTCTGAAACAGCTGCGATATGTCATGCAAAATAGTGAGGTGGACAATAACGCTCTAAATCGGAAAAATTACTTATTTTATTT-GTGAAGTG-TAAACAACGATACAACATGAT-AA-C--AACCCTGAAA-------TAGTGGGATAATAGTATTATTTCCTGTTATTATTATATCGCTAAACGACGCAATAC
gi|6 : ACTTGTATTTT---T---ACTGATATAATTTGGTATATTGATACATAACACAAATGTGAAACACATAAAGTAGTCC--AAAATG-CTTCCGAAGT---------GA---GC-----------T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAATGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GCTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCATTCAAAAA-CACAT-GTCCGCTT-GAAACTTAAATAGAATGCCGCTCGTATCGGCTATAAATTT-GCTTTAAAAACGAAAT---AAT-----AATATG-AAAT--AAAGGTGTTTTCTT-ACCTCACTGTCAGATCGTGTGCACAAAAAATAACAGGAAGGACCGGT-------------TTATCACCGAAAATGCGGCGTAGTTGCCGTTTATGTAACGTAT-------ACGTTGG--ttgtatttttactgatataatttggtatattgatacataacacaaatgtgaaacacataaagtagtccaaaatgcttccgaagtgagctgttttcaatctgaaaatggttcaatccgtcacttttctcgaatgcttgaggaaacggtcatgttcccattcaaaaacacatgtccgcttgaaacttaaatagaatgccgctcgtatcggctataaatttgctttaaaaacgaaataataatatgaaataaaggtgttttcttacctcactgtcagatcgtgtgcacaaaaaataacaggaaggaccggtttatcaccgaaaatgcggcgtagttgccgtttatgtaacgtatacgttgga
gi|7 : tataaatagtatcgtattatcgtatttgtacacaggtgatagtatacgggtctgaaacagctgcgatatgtcatgcaaaatagtgaggtggacaataacgctctaaatcggaaaaattacttattttatttgtgaagtgtaaacaacgatacaacatgataacaaccctgaaatagtgggataatagtattatttcctgttattattatatcgctaaacgacgcaatGCTAATAGTCGAATAATACAATGTAAGTAGT---GTTC-AC-GTATT-ACATGAAGAACATGTA----------T----GTC------AGCTGCACTATGTCATACAACATAGTGAGATGGA------TGTTCAACAACGGAAA---CATTC--TTTATTT-GCGAAGTA-TAAACAACGATACAATCTGAACAA-C--AATCCTCAAA-------TAGTTGGATAGAGGTAGTATTTCATATAATTAGAATATCGCTGAATGACACAATGCCTCGA----CTTATGTAGCGTACAATATACGAAGCACCTAATTATGCTACGTACTAAGCTATTTTTGGCGTTTAGCACCATAATAATCTCAAGTTAAATTTT---TAA-ACTGATATAACATGGTGTATTGGTATATGAAACAAATATTAAATACATAATGATGTCCCAAAAATG-CTTCCGAAGTGATA-AATTGATATGTTAATTACG---T-----------G----------T-----------TT-TCAATCTGAAAGTGATTCATTTTGTTCACTTT
gi|7 : tgtT-GTTCACTTTGAAACTTGAATACAACG---------TCGGCTAAATCTTTAGATTTAAAATCGAAAT---AAT-----AATATAAAAAA--AAAgaaacttgaatacaacgtcggctaaatctttagatttaaaatcgaaataataatataaaaaaaaacaggaagtaccggtttatcgtgtg
gi|7 : tgtgctaatagtcgaataatacaatgtaagtagtgttcacgtattacatgaagaacatgtatgtcagctgcactatgtcatacaacatagtgagatggatgttcaacaacggaaacattctttatttgcgaagtataaacaacgatacaatctgaacaacaatcctcaaatagttggatagaggtagtatttcatataattagaatatcgctgaatgacacaatgcctcgacttatgtagcgtacaatatacgaagcacctaattatgctacgtactaagctatttttggcgtttagcaccataataatctcaagttaaatttttaaactgatataacatggtgtattggtatatgaaacaaatattaaatacataatgatgtcccaaaaatgcttccgaagtgataaattgatatgttaattacgtgttttcaatctgaaagtgattcattt-AAAAAAAACAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGcaggaagtaccggtttatcgtgtg
gi|8 : tgtgctaatagtcgaataatacaatgtaagtagtgttcacgtattacatgaagaacatgtatgtcagctgcactatgtcatacaacatagtgagatggatgttcaacaacggaaacattctttatttgcgaagtataaacaacgatacaatctgaacaacaatcctcaaatagttggatagaggtagtatttcatataattagaatatcgctgaatgacacaatgcctcgacttatgtagcgtacaatatacgaagcacctaattatgctacgtactaagctatttttggcgtttagcaccataataatctcaagttaaatttttaaactgatataacatggtgtattggtatatgaaacaaatattaaatacataatgatgtcccaaaaatgcttccgaagtgataaattgatatgttaattacgtgttttcaatctgaaagtgattcattttgttcactttgaaacttgaatacaacgtcggctaaatctttagatttaaaatcgaaataataatataGTTTGATTTTACAGGAGGCACAATCCAAACCTTGCTAGGGG-ATCCAGGGACTCCCAA--CCTTGCTAGGGGATCCGGGGACACACTTCATTCAAAAGCTCCCATAATGCATTTATTGCC--GTTTCCTAATATCTTAG--AGACATTT-GTGTAGCCTTTCCAATC-GT-ACTCACA--CTGAATT---TTAC--ACA-ACTGTCCA-TGGTT-TACACCAATTATACCTTTAA---------TACACATGTCATGTGTACCTTGTTAGAACTGGCATATCAGTACACATCAATTGTTAATAATGAAATTAT----TAAGTTTTTACTG-----TGCCATATGTTGATAGTGGAAATATGTAT---A---GAAA---ATGACACATTGTTGCAAGTTGCAGATAAT---TA-TT-----------CTTTTTTTTTTTT-A------------AATAAA-ATTTTCGGTTCTCCACAAATTCTACAGGAGGCATGTGCCTCCGTCTACCTCAGTGTGGCTACAGCCC-TG---GT-ATG-AG----TGT---TTATTTATCT---C
gi|9 : gtatgagtaagagtgtacgcagggccgtagccaaaCACAATGCCTCGA----CTTATGTAACGTACAATATACGAGGCACCTACTTATCCCACGTACTAAGCAATTTTTGGCGTTAAGCACCCTTTTTACCTCATCTTGTATTTT---T-TTACTGATATAACTTG---TATTGATATATAAAACAAATATAGAACAAATAAAGT---CCCACAAATG-ATTCGAAAGCGATA-AATTGA---GC-----------T-----------G----------TAAATTACGTGTTT-CCAATCTGAAGGTGGTTCAATCCG-TCACTTTTCTCGAAT-GTTTGAGGAAACGGTCATGTTCCCGTTC-AAAA-CGCGT-GCTCGCTT-GAAACTTAGATACAATGTCGCTCGTATCGGCTATATCTTT-GATTTAAAAAAGAAAT---AAT-----ACTATGAAAAT--AAAGGGGTTTTCTC-ATCTCACTGCCCAACTGCGTGCAC-AAAAAAAGCAGGAAGTACCGGTTTATCGTGTGTAGTTGTCACGTAAAATGCGGCGTAGTAGCCGCTTATGTAACTTAT-------ACGTTGA--ACAGGGcttctctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGTACTTTGATGTATATTGATAGTGGAAATATGTGCAGGAAATGACATAGGCCTATTGTTG