lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 66666666666666666666 11111111 22222222222 2222222222 2222222222222222222222222222222 1111 111111 222222222222222222222 1111111111 111 4444444444444444444444444444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222 1 99999999999999999999999999999999999 33333 6666666666666 1 6666666666666666666666666666666666666666666 444444 11 1 1 2222 22222 9999999999999999999999999999 66666666666 1 11111 1 33333 22222 222 444444 1 11 0000000000000000000 11 55555555555555555555555555555 222 22 1 1 555555555 11 222222222222222222222222222222222222222222222222 4 2 1
lowQualScore : 2 2 7 6 55555555555555555555 55555555 77777 33333333333 0 1 555 0000000000 5555 5555555555555555555555555555555 777 6666 33 2 4444 33 000000 33 666666666666666666666 33 1111111111 999 666 5555555555555555555555555555 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 1 4 7 222222222 99 99 0 6 66666666666666666666666666666666666 33333 2222222222222 3 0000000000000000000000000000000000000000000 3 555555 2 4 7 88 0 2 0 1111 55555 9999999999999999999999999999 33333333333 3 55555 2 7 33333 99 00000 0 0 0 3 6 6 6 666 999999 6 3 88 8888888888888888888 1 3 88 1 77777777777777777777777777777 000 77 5 1 111111111 77 4 4 777777777777777777777777777777777777777777777777 3 6 0 8 2 2 5
lowQualScore : . . . . .................... ........ ..... ........... . . ... .......... .... ............................... ... .... .. . .... .. ...... .. ..................... .. .......... ... ... ............................ . ..................................................... . . . . ......... .. .. . . ................................... ..... ............. . ........................................... . ...... . . . .. . . . .... ..... ............................ ........... . ..... . . ..... .. ..... . . . . . . . ... ...... . . .. ................... . . .. . ............................. ... .. . . ......... .. . . ................................................ . . . . . . .
lowQualScore : 8 5 5 7 00000000000000000000 66666666 55555 99999999999 2 0 444 7777777777 7777 4444444444444444444444444444444 888 5555 44 5 2222 44 666666 44 444444444444444444444 99 7777777777 444 777 0000000000000000000000000000 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 1 4 7 111111111 11 22 2 3 00000000000000000000000000000000000 33333 3333333333333 3 0000000000000000000000000000000000000000000 5 000000 5 5 0 22 0 8 8 2222 00000 6666666666666666666666666666 33333333333 3 77777 0 3 33333 33 33333 7 7 7 7 0 7 0 333 333333 0 3 33 3333333333333333333 0 7 33 0 77777777777777777777777777777 555 00 0 5 555555555 55 0 0 000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 5 5 5 0
consensus : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTT-ACTTTTT----TTA-CATA-----A-GCATA--C--ACAC-A-C-T----TATACGCGCACA---CA----------CATA----CA-------CA-T------------ACGC----ACACA---TGCAT---ACA--C-AT-A--CA--TAT------AC--ACAT---TGCCCACACNT---T---C--ATAT----------ACATATG-A-ACAN-CACCCACACATAC--A--------A--T--ACTCGTG---CCATACACAACC-TTATTCC-CA-ANANNNCGNNCACANANNNNCNNTACNNACATNNNCATATACACCAGTACACACCC-TCTCATACACACCTG-CATACATTCATACATATATACATT--CACACACACGCATTTGCNTGCACAACACACACATC-AGCACACACATACACATATCCACACA-----AGTATTTGAA-TTTA--A--AAATTA-TACTATCT---------------------C---------------------AGAGCAAGAATTNAAACCA--GAGGATAAATCAGTAAATCAT-TAACT-AAAGCATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACT-AGGCAGTGCGGTACAAATACAGATGACATT-----------TACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAGTT-AGAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTAAGTATCGTAGGCGCGAAAGTATATNGCAAGGGTATGAGGCACATCTACG-A-ACACATAA-AGCGCCTACGGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGG-AT--CAGTCTCCCG-------TG-------AAGTTTTCGG--TTTTCCTGAT-T-ATTTG-GAGGCTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGACAGATGGAATTTCTGCGCAGTTTCCANACCTGAANGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTNTGCAAATATGGTGGACGTAGTTTGNATAGGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTNATTCCACCGAGGTG
Reference ( gi|1 ) : CAGCAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATT--ACTTTTT----TTA-CATA-----A-GCATA--C--ACAC-A-C-T----TATATGCACACA---CA----------CATA----CA-------CA-T------------ATGC----ACACA---TGCAT---GCA--C-AT-G--CA--TAT------AC--ACAT---TGCTCACACCT---T---C--ATAT----------ACATATG-A-ACAT-CACCCACACATAC--A--------A--T--ACTCGTG---CCATACACAACCGTTATTCT-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACACCAGTACACACCC-TCTCATACACATCTG-CATACCTTCATACATATAAACATT--CACACACACGCTTTTGCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCACACA-----AGTATTTGAAATTTACAA--AAATTA-TACTATCT---------------------C---------------------AGAGCAAGAATTTAAACCA--G-GTATAAATCAATAAATCATCTAACT-AAACCATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCAGT-TAAAAACAGATGACATT-----------TACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAGTTGAGAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGATAGGAGACACATCTATG-A-ACACATAA-AG---CTACAGGCTGGACCGGTTCAGGTGCGG-AT--CAGTCTCTCA-------TGC------AAATTTTCGG--TTTTTCTGATGTCATTAGGGAAACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCTAAATGATCTCTTACAATACATAACAGTTTTGACAGTTGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAGAATTTTAGAATTTTACAAGATTATACAAATATGGTGGAGAT-GTTTGTATAAGCATTTGAATGTTTCCAATGC-ATGCCACTGATTCTACTGAGCTGA
gi|2 : CAGTAACAAAGATACATAACATGCTAACATTTTATTTTATTT-ACTT---------A-CAT--------GCATA--T--A--------------------GCATA---AG----------CATA----CA-------C--T------------A-------AAACA-----AAT---ACA--C-AA-A--CA--TAT------AT--ACAT--------ACACAT----------ATAC----------ACACATG----CATTCACATTCATATAC--AGATTGTCCA--C--ACTT------TCATATACA-----TAT--------GAACAGCACCCACACAGTTATTCCCATATATATATATATATAC-AGTACAAACCC-TCTCATACACACCTG-CATACATGCATACATATATACATT--CACACAGACGCATTTACC------------------AGCACACACATACACATATCCACACA-----AGTATTT-----TTA-----AAATTA-TACTATCTCAGGTTAATAATAAAGCAATAC---------------------AGAGCAAGAATTTAAACCA--GAGGATAAATCAGTAAACCAT-TAACT-AAAGCATGTTA----AAATCAA-----CATAAAGTGCAGTTAAA-----GA---------------------ACAGATGGCATT-----------TACAAGAAACTAAAGAATACTAAAGCAAAGTTAAGAGAATAAAGCACATATAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGGGAGTATGTGGCAAGGGTATGAGGCACATCTACG-A-ACACATAA-AGCATCTACGGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGT-AT--CAGTCTCCCGAACTCCTTG-------AAATTTTCGG--TTTTCCTGATTTCATTTGTGAGACTGTTCCAAACCTGAGCTGCCTCGAACCC-AATGATCTCTTACCATACATAGCAGTTTTGACAG---------CTGCGCAATTTCCAAACCTGAAAGAAT--------------AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTAGTTTGGATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCAATACCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|6 : aCAGTAACAAAGATACATATCATGT----ATGTT-----A----ACTT---------AGCAAA-----A-GCATA--CTAGCAC-A-C-T----CATATACACTCA---CA----------CACA----TA-------CA-T------------A--------CAAA---TACAT---ACA--C-AT-----A--TAC------AC--GCAT----GCATACACAA---C---C--ATAT----------ACA--------CAT-TGCCCACACCTTC--AT-------A--T--A----------CATATA-AAC-----------AGCACCCACACATACAAAGTACTCATGCATACACAACCATATATAC-AGTACACACCC-TCTCATATACACCTG-CATACATTCATACATATATACACT--CACACACACcagtgttggcatatt
gi|17 : gaCAGTAGCAAAGATACATAACATTTAAACATTTT-TTtcacacatatccacacaagtatttaaattttagtaaaataatactatctcaggttaataatagaacaataaagagcaagaatttaaaccagaggataaatcaataaataaagctaaaatcaagctaaaataaattagcatagac
gi|8 : agatacaagaaactttatttttatgtcaaatgtacaaatataaaaaatataaaacactagctgtaaagctatttgcagaAGTAACAATGATACATAACATGTTAACATTTT-TTCT--T--ACAT---------G-CATA-----AAGCATA--A--GCAT-A-T-T----CATATTCACACA---CATACATATATACATA----CA-------CA-T------------ATAC----ACACA---TGCAT---ACA--C-AT-T--CA--TAT------AC--AGAT---TGCCCACACTT---T---C--GTAT----------ACATATG-A-ACAG-CACCCACACATAT--A--------A--T--ACTCGTG---CCATACACAACTGTTATTCC-C
gi|19 : AGCAACAAAGATACATAACAT-------TTTT-TTTTAacatatatatat
gi|9 : aacaatataaaacactagctgtaaaactatttgccgaaAAAGATATAAATCATGTTAACATTTT-TTTTTTTTAAATGTTTGTACTTA-CATGCATATA-GCATAAGC--ACAC-A-CATAGCATACATGCAAACG---CATGCACC----CATA----TA-------TA-C------------ACGC----ACACA---TGCAT---ATA--C-AT-ATCCA--TGT------AC--ACAT---TGCCCA------------C--ATAT----------GCACACA-A-A-----ACCTTCATATAC-----------A--T--ACTC
gi|7 : tTTCATT--GTTTTTT----TTA-C-TA-----A--CATG--C--ATAT-AGC-------ATAAGCATACATGTCA----------TTTATTCTCA-------CA-C------------ACAC----ATACA---TACAT---ACA--C-AT-C--CA--TAT------AC--ACAT---TGCCCACACCT---T---C--ATAT----------ACATATA-A-ACAG-CAACCAAACATAC--A--------AAGT--ACTTGTG----CATACACAACC-TTAAT-----AATATTCCCATACATAATATACAGTACAAACCCTCTCATATACACCTGCATACA-----TTCATACATATaatgaaaagtcctttttta
gi|3 : gacatttacgtaaagaagcaaaatgtttcaaacaaataTG-CAT--------GCATA--C--ACA--A-C-C----TTTATTTCCATA---TA----------TATA----TA-------CA----------------GT----ACACA-----------GCA--T-CT----CA--TAC------AC--ACAT----GC--ATACAT---T---C--ATAC----------TTATATG-A-NNNN-NNNNNNNNNNNNN--N--------N--N--NNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAAAGTAGGCATGCATACACAACCTTTATTCCCATATATATTTAAAC-AGTACACACTC-TCTCATATACA-------------CATGCATA----CATT--CATACATA----TATGCATGCACAACACACACATC-----------------TATCCACATATTTGAAGTATTTGAAATT---AAGTAAATTAATACTATCT---------------------C---------------------AGAGCAAGAATTGAAACCA--GAGGATATATCAGTAAATCATCTAACT-AAAGCATGTTA----AAATTAA-----CATAAAATGCAGATAAACAGTTGACTAAGACAGTaaacac
gi|10 : atacatacacatataaaaacatgcatacacgtgtatatacacattgcccacaccttcatatacatacatacacatataaacagcacccacatatacaaagaaA-CACG-----A-GCATG--G--ACGT-G-C-A----TATACGCTAACA---CA----------CATA----AA-------CA-C------------ATACAGAAACACA---CGCAT---GCA--CGATCA--CA--TATGTTCGCAT--ACAT---T-CACGCACTT---T---A--ATGT----------ATATGCG---ACA-----GCACACATA---A--------A--TGGACACGTACATCTATACGCAtt
gi|13 : ctcaatacaaac-CATA-----C-GCATA--T--ATAC-A-C-T----CGCACGCATGCA---CA----------CACG----TA-------CG-T------------ACGC----ACACA---TGCAC---GTA--C-catacgtgaacatacacatcgcatggtagtgcatatact
gi|13 : aaaggtattctaaataccattccattccattcttctctacctctctctcacattatctcgtacaagACA-----A-GCATA--C--GCAT-A--------TATACACTCGCA---CG----------CATG----CA-------CA-C------------ACGT----ACGTA---CGCA-----CA--C-AT-G--CA--CGT------AC-----T---TACTTACttacttacttaat
gi|15 : aaaggtattctaaataccattccattccattcttctctacctctctctcacattatctcgtTA-----A-ACATA--C--AGACTA-C-A----TACATGCACACA---CA----------TACA----AA-------TA-T------------ACGC----ATACAAA-TGTAC---GCA--T-AT-G--CA--TATGT----AT--ACATACCTGCATGTACATGCATACAC--ATAT----------ACAAACA-A-ACAT-ttaat
gi|11 : -GCGTA--C--ACA--A-C-T----TATATTCCCATA---CA----------TATA----TA-------CAGTACCCACCTTCTGATAC----ACACC---TGCAT---ATATTC-AT-A--CA--TAT------AT--A------TACTCACA----------C--ACAC----------GCATTTG-C-ACA--CACACACACttataaatata
gi|15 : catcgtcgtcagtatattttaacagcatccacacatacaaaatactcat----TATATGTGTATG---CA----------TGTA----CA------------------------TGC----AGGTA---TGTAT---ACA--T-AT-G--CA--TAT------GCGTACAT---Tgca
gi|11 : taaacatacagactacatacatgcacacacatacaaatatacgcatacaGCATCCA---CA----------CATA----CAAAATACTCA-T------------GCGT----ACACAACTTATAT---TCC--C-AT-A--CA--TAT------AT--ACAG---TACC--CACCT---T---CTGATAC----------ACACCTG-C-ATAT--ATTCATACATAT--AT-------A--T--ACTCA------CACACACcaaacaaacatttataaatata
gi|15 : catcgtcgtcagtatattttaacaA----------CATA----CA-------GA-C-------------TAC----ATACA---TGCAC---ACA--C-AT-A--CAAATAT------AC--GCAT--------ACAAATG--TACGC--ATAT----------GCATATGTATACAT--ACCTGCATGTAC--A-------------------TG---C-ATACACAgcatttgcacacacacacacgca
gi|16 : taaACA----CA-------CA-T------------ATAC----ACACA---TGCGT---ACA--C-AT-C--TA--TAT------AC--ACAT---TGTCCAAACCT---T---C--ATATACATACATACACATATA-A-ACAG-CACCAACACATCT--A--------A-----A-----------ATACACAACCtatacaaacaaacatttataaatata
gi|8 : ACA---TGCATAAAGCA--T-AA-G--CA--TAT------TC--ATAT---T---CACAC------------ACAT----------ACATATA-T-ACAT------ACACATAT-----------A--C--ACACATG----CATACAC-------ATTCA-TATACAGATTGCCCACACTTTCGTATACATATGAACAGCACCCACACATATA-ATACTCGTGCCATACACAACTGTTATTCCCACATATATATAtatatatatatatatc
gi|12 : agtaacaatgatacataacatgttaacattttttctt--CA--TAT------AC--AGAT---TGCCCACACTT---T---C--ATAT----------ACATATG-A-ACAG-CACCCA---ATAC--A--------A--T--ACTCATG---CCATACACAACCGTTATTCC-Ct
gi|11 : ctT----------ATATTTT-A-ACAG-CATCCACACATACAAA--------A--T--ACTCATG----CGTACACAACTTATATTCC-C-----------ATACATATATACAGTACCCACCTTCTGATACACACCTGCATATA-----TTCATACATATAT---ATAC--TCACACACAC--GCATTTGCACACACACACatatatatatacagtacacaccctctcataaacacctgcatacatgtaaacatgtatatacaa
gi|7 : catcgtcgtcagCAGTACAAACCC-TCTCATATACACCTG-CATACATTCATACATATAAACAacgca
gi|12 : gacatttacgtaaagaagcaaaatgtttcaaacaaatattcattgttttttttactaacatgcatatagcataagcatacatgtcatttattctcacacacacatacatacatacacatccatatacacattgcccacaccttcatatacatataaacagcaaccaaacatacaaagtacttgtgcatacacaaccttaataatattcccatacataatataCAGTACACACCC-TCTCATAAACACCTG---------CATACATGTAAACATG--TATATACAc
gi|11 : ctcatatacagattgcccacactttcatatacatatgaacagcacccaatacaatactcatgccatacacaaccgttattcccatatatatataCAGTACCCACCT-TCTGATACACACCTG-CATATATTCATACATATATATACT--CACACACACGCATTTGCa
gi|6 : catcgtcgtcagtatattttaacagcatccacacatacaaaatactcatgcgtacacaacttatattcccatacatatataTATCCACACA-----AGTATTTAAATTTTAGTA--AAATAA-TACTATCT---------------------CAGGTTAATAATAGAACAATAAAGAGCAAGAATTTAAACCA--GAGGATAAATCAATAAATAA---AGCTAAAATCAAGCTAAAATAAATTAG-----CATAGAacacacacacacgca
gi|4 : gacagtaacaaagatacatatcatgtatgttaacttagcaaaagcatactagcacactcatatacactcacacacatacatacaaatacatacacatatacacgcatgcatacacaaccatatacacattgcccacaccttcatatacatataaacagcacccacacatacaaagtactcatgcatacacaaccatatatacagtacacaccctctcatatacacctgcatacattcatacatatatacactcacacacactcacaca---------------------C---------------------AGAGCAATAATAAAAGCCAAAG-G-ATAAGT----AAA-CATATAACT-TAAACATGGTA----AAATTAAAGGTTCATAAAGTGCAGATAAA-----GA-------AGTGTGGTACAAATACAGATGATATTTTGTGATGATATACAA-AAACTAGAGCATACTGAAGCAA-----AGAGAATAAAGCACATGCAATATTCACAGTTAAGCATT-----CATTAAAGTACATTGCACGGGTAGGAGGCACATCTATG-T-ACACATTT-AGCGCCTACAGGTTGGACCGGTCCAGGTGCGG-AT--CAGTCTCCCA-------AACTTTTTAAAGTTTTCTG--TCTTCGTGATGTAATTTGGGAGGCTGTc
gi|5 : atatatatatatatatatataccattacagtgactacactatatacatccatataaacagcagtcatattcgattctgtgtatgatctgagattatatcttaaaatttttataagcatatgagaaaaaaatgttaataataaaacaataTAAACAGTTGGCTTAGGCGGTGCGGTATAAATACAGATGACATT-----------TACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAGAGTTTAGAGAATAAAGCACAT-TAA-AT-----TTTCAGTAT-GTAAGCACGAAAATATATAGCAAGGGTATGAGGCACATCTATGTATATATATAACAT---CTACAGGCTAGACCGGTCCAGGTGCAGTATCCCAAACTCC---------TGG------AAGTTTTCAGTCTTCTTCTGA----------------GTT----------GCCG---CGAACCAAAATGATCTCTTATCATACATATCAGTTTTGACAAATGGAATTTCT--GCAGTTTTCATACTTGAATGAATATTTAG-ATTTT----TTTTA----ATTTTAC----ATG---------GTTTATATAGGTATTTAAATGTTTTCAATGCGATGCT-TTCATTCCACTTAGGTG
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATATCATAACAGTGCCCGTATACACGTGCATACAGGCAGCAGTTATATTAGATTGTGTGTATGATCTGAGATAACATGTGCACAATAAACTGTCATCATACAATTCTTTACAGGCATATGAGAAA
Unaligned ( gi|18 ): GCACACATACCTAAATTGAATATTATATAAACATAAATACATACATATATAATGAGTATACATGAAACATTCACACTCATACGGGTTGTTCATA
Unaligned ( gi|20 ): ACGCACATACTAAAGCATGCATGCATGCACGCACGCGCACACGCACGTACACACACGCACGTAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555555 1111111 222222222222 22222222222222 11111111 1111 2222222222 11111111 3333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6666666666666666666666666666666666666666 1111 2222222 11111111 2222222222222222222222222222222222222222222 22 1111 22222 11111 333333 11 44444444444 1 22222 22222 111 1 11 7777777777 666666666666666 1 2222222222222222 1 1 1
lowQualScore : 0 5 5 3 7 2222222222222222 6666666 66666 3 444444444444 5 44 7777 22222222222222 11111111 0 111 44 3 44 0000 999999 3 1 3 6666666666 3 3 22222222 555 2222222222222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 66 66 2 6666666666666666666666666666666666666666 0000 3333333 55555555 0 1 8 0 7777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3 44 99 7777 00000 11111 888888 00 33 3 77777777777 0 77777 6 3 55555 4 99 0 2 1 3 2 4 4 111 2 0 33 2222222222 0 0 2 555555555555555 44 0 88 1 6 6 0 0 1 1 6666666666666666 6 1 2 0 2 1 0 2 6 1 0 0
lowQualScore : . . . . . ................ ....... ..... . ............ . .. .... .............. ........ . ... .. . .. .... ...... . . . .......... . . ........ ... ................... ......................................................................... .. .. .. . ........................................ .... ....... ........ . . . . ........................................... . . . . .. .. .... ..... ..... ...... .. .. . ........... . ..... . . ..... . .. . . . . . . . ... . . .. .......... . . . ............... .. . .. . . . . . . . ................ . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 7 1 0 9 8 9999999999999999 9999999 66666 6 333333333333 5 66 1111 33333333333333 22222222 8 444 22 3 66 5555 666666 3 8 3 9999999999 2 3 11111111 888 7777777777777777777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77 11 11 5 0000000000000000000000000000000000000000 0000 1111111 00000000 8 4 0 8 0000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 8 88 44 0000 00000 88888 444444 55 55 5 55555555555 0 22222 5 2 00000 0 00 2 0 0 0 0 0 0 000 0 0 88 2222222222 2 2 5 555555555555555 55 7 33 0 0 7 7 7 0 0 7777777777777777 7 0 0 7 3 0 7 0 7 0 7 7
consensus : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTAC---TT-C---T-TA--CATA-----AGCATA--C--ACG-CAC-T-----TA---TACGCGCACA--CA----CATA--------------CAC--------ATACGCA--CACATGCATACAC-A--T-N--CATAT------ACACAT-TGCCCACACCTTCATAT----------ACATATGAACAGCACCCA--------CACATACA---A--TAC-----T-CGTGC-CATACACAACC-T-TATTC-C--CA-----G-C-C-CACATANATA-CNGTACACACATACNCATATACAC-AGTACACACCCTCTCATACACACCTGCATACATTCATAC--A--TATATACACTCACACACACGCATTTGCACG-CAC--ACACACACATC-GCACGCACATACACATATCCGCACAAGTATTTG-AA-T-TT--A--A--AAATTA-TACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAGTT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGG-AT--CAGTCTCCCGAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGACAG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
Reference ( family-1989 ) : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTAC---TTTTT--T-TA--CATA-----AGCATA--C--ACA-CAC-T-----TA---TACGCGCACA--CA----CATA--------------CAC--------ATACGCA--CACATGCATACAC-A--T-A--CATAT------ACACAT-TGCCCACACNTTCATAT----------ACATATGAACANCACCCA--------CACATACA---A--TAC-----T-CGTGC-CATACACAACC-T-TATTC-C--CAANANNN-CGNNCACANANNNN-CNNTACNNACATNNNCATATACACCAGTACACACCCTCTCATACACACCTGCATACATTCATAC--A--TATATACATTCACACACACGCATTTGCNTG-CACA-ACACACACATCAGCACACACATACACATATCCACACAAGTATTTG-AA-T-TT--A--A--AAATTA-TACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTNAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCAT-TAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACT-AGGCAGTGCGGTACAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAGTT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTAAGTATCGTAGGCGCGAAAGTATATNGCAAGGGTATGAGGCACATCTACGAACACATAAAGCGCCTACGGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGG-AT--CAGTCTCCCG-------TG-AAGTTTTCGGTTTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGGCTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGACAGATGGAATTTCTGCGCAGTTTCCANACCTGAANGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTNTGCAAATATGGTGGACGTAGTTTGNATAGGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTNATTCCACCGAGGTG
gi|1 : CAGCAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATT-AC---TTTTT--T-TA--CATA-----AGCATA--C--ACA-CAC-T-----TA---TATGCACACA--CA----CATA--------------CAC--------ATATGCA--CACATGCATGCAC-A--T-G--CATAT------ACACAT-TGCTCACACCTTCATAT----------ACATATGAACATCACCCA--------CACATACA---A--TAC-----T-CGTGC-CATACACAACCGT-TATTCTC--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACACCAGTACACACCCTCTCATACACATCTGCATACCTTCATAC--A--TATAAACATTCACACACACGCTTTTGCCTGNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCACACAAGTATTTGAAA-T-TTACA--A--AAATTA-TACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAG-GTATAAATCAATAAATCATCTAACTAAAC-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCAGT-TAAAAACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAGTTGA-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGATAGGAGACACATCTATGAACACATAAAG---CTACAGGCTGGACCGGTTCAGGTGCGG-AT--CAGTCTCTCA-------TGCAAATTTTCGGTTTTTCTGATGT-C--ATTAG-G-GAAACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCTAAATGATCTCTTACAATACATAACAGTTTTGACAGTTGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAGAATTTTAGAATTTTACAAGATTATACAAATATGGTGGAGAT-GTTTGTATAAGCATTTGAATGTTTCCAATGC-ATGCCACTGATTCTACTGAGCTG
gi|10 : A--CACG-----AGCATG--G--ACG-TGC-A-----TA---TACGCTAACA--CA----CATAAA------------CAC--------ATACAGAAACACACGCATGCACGA--TCA--CATATGTTCGCATACAT-T-CACGCACTTTAATGT----------ATATGCGA-CAGCACACATAAATGGACACGTACATCTA--TACGCACATACGTGAACATACACAa
gi|11 : ctcaatacaaacT----------ATATTTTAACAGCATCCA--------CACATACA---A-------------------------AA-----TACTC---------ATG-CGTACACAA----C-TTATATTCCCATA--CATATATAC-AGTACCCACCTTCTGATACACACCTGCATATATTCATAC--A--TATATATACTCACACACACGCATTTGCACA-CAC--ACACACGCAtcgcatggtagtgcatatact
gi|12 : catcgtcgtcag--CATAT------ACAGAT-TGCCCACACTTTCATAT----------ACATATGAACAGCACCCA-----------ATACA---A--TAC-----T-CATGC-CATACACAACCGT-TATTC-C--CA-----------TATATATATA-CAGTAC--------------ACAC----------CCTCTCATAAACACCTGCATACATGTAAAC--ATGTATATACA
gi|13 : ctCTCTCTCACAT-TATCT-CGTACAAGCATACGCA--TATATACACTCGCACGCATGCA--CACACG-TACGTACGCACACAT--GCACGTACTTACa
gi|13 : aaaggtattctaaataccattccattccattcttctctacct--CATA-----CGCATA--T--ATA-CAC-T-----CG---CACGCATGCA--CA----CACG--------------TAC--------GTACGCA--CACATGCACGTAC-T--T-A--CTTAttacttaat
gi|15 : aaaggtattctaaataccattccattccattcttctctacctctctctcacattatctcgtacaag-TA--CATA-------CATG--C--ACA-CACATACAAATA---TACGCATACA--AA----TGTA--------------CGC--------ATATG----CATATGTATACAT-ACCT-G--CATGT------ACA----TGCATACA----CATAT----------ACAAACAAACActtaat
gi|16 : taaacatacagacACA--------------CAC--------ATATACA--CACATGCGTACAC-A--T-C--TATAT------ACACAT-TGTCCAAACCTTCATATACATACATACACATATAAACAGCACCAA--------CACATCTA---A---A---------------ATACACAACC-TATATtttataaatata
gi|17 : CAGTAGCAAAGATACATAACATTTAAACATTTT-TTatatatatatc
gi|19 : agatacaagaaactttatttttatgtcaaatgtacaaatataaaaaatataaaacactagctgtaaagctatttgcagaAGCAACAAAGATACATAACAT-------TTTT-TTTTA
gi|2 : aacaatataaaacactagctgtaaaactatttgccgaaCAGTAACAAAGATACATAACATGCTAACATTTTATTTTATTTAC---TT--------A--CAT-------GCATA--T--A----GC--------A---TAAGCATACA--CT----AAAA--------------CAA--------ATACACA--AACATATATACAT-A--C-A--CATAT------ACACACATGCATTCACATTCATAT----------ACAGAT------TGTCCA--------CAC-----------------------TTT-CATATACA------TAT--------GAACAG-CACCCACACAGTTA-TTCC-CATATATATATATATATAC-AGTACAAACCCTCTCATACACACCTGCATACATGCATAC--A--TATATACATTCACACAGACGCATTTAC-------------------CAGCACACACATACACATATCCACACAAGTATTT-------TT--A--A--AA-TTA-TACTATCTC---------------------AGGTTAATAATAAAGCAATACAGAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAACCAT-TAACTAAAG-CATGTTA----AAATCAA-----CATAAAGTGCAGTTAAA-----GA---------------------ACAGATGGCATTT-----------ACAAGAAACTAAAGAATACTAAAGCAAAGTT-AAGAGAATAAAGCACATATAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGGGAGTATGTGGCAAGGGTATGAGGCACATCTACGAACACATAAAGCATCTACGGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGT-AT--CAGTCTCCCGAACTCCTTG-AAATTTTCGGTTTTCCTGA--T-TTCATT-T-GTGAGACTGTTCCAAACCTGAGCTGCCTCGAACCC-AATGATCTCTTACCATACATAGCAGTTTTGACAG---------CTGCGCAATTTCCAAACCTGAAAGAA------------T--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTAGTTTGGATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCAATACCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|20 : aGCATG--C--ATG-CAC--------G---CACGCGCACACGCA----CGTA--------------CAC--------ACACGCA--Ccagtgttggcatatt
gi|3 : acgcacatactaaagcatA--TA----CATA--------------CAC--------ATATAAA--AACATGCATACAC-G--T-G--TATAT------ACACAT-TGCCCACACCTTCATATACATACATACACATATAAACAGCACCCA--------CATATACA---AAGAAT-----G-CATG--CATACACAACCTT-TATTT-C--CA-----------TATATATATA-CAGTAC--ACA---GCAT-------------------CTCATACACACATGCATACATTCATAC--T--TATATgtac
gi|3 : -TG--CAT-------GCATA--C--ACA--AC-C-----TT---TATTTCCATA--TA----TATA--------------TAC--------A---GTA--CACA-GCAT-CTC-A--T-A--CA----------CACAT--GC--ATACATTCATAC----------TTATATGANNNNNNNNNN--------NNNNNNNN---N--NNN-----N-NNNNN-NNNNNNNNNNN-N-NNNNN-NTACAAAGTAGGCATGCATACACAAC-CTTTATTCCCATATATATTTAAAC-AGTACACACTCTCTCATATACACATGCATACATTCATAC--A--TATAT--------------------GCATG-CACA-ACACACACATC--------TATCCACATATTTG---AAGTATTTG-AA-A-TT--A--AGTAAATTAATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTGAAACCAGAGGATATATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAATGCAGATAAACAGTTGACTAAGACAGTgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaagtaggcatgcatacacaacctttattcccatatatatttaaacagtacacactctctcatatacacatgcatacattcatacatatatgcatgcacaacacacacatctatccacatatttgaagtatttgaaattaagtaaattaatactatctcagagcaagaattgaaaccagaggatatatcagtaaatcatctaactaaagcatgttaaaattaacataaaatgcagataaacagttgactaagacagttt
gi|4 : atacatacacatataaaaacatgcatacacgtgtatatacacattgcccacaccttcatatacatacatacacatataaacagcacccacatatacaaagaa-AA-TGTT--A--A--TAATAA-AACAATA-C---------------------A---------------------GAGCAATAATAAAAGCCAAAGGATAA----GTAAA-CATATAACTTAAA-CATGGTA----AAATTAAAGGTTCATAAAGTGCAGATAAA-----GA-------AGTGTGGTACAAATACAGATGATATTTTGTGATGATATACAA-AAACTAGAGCATACTGAAGCAAAG------AGAATAAAGCACATGCAATATTCACAGTTAAGCATT-----CATTAAAGTACATTGCACGGGTAGGAGGCACATCTATGTACACATTTAGCGCCTACAGGTTGGACCGGTCCAGGTGCGG-AT--CAGTCTCCCAAACTTTTTA-AAGTTTTCTGTCTTCGTGA--TGTA-ATT-TGG-GAGGCTGTtt
gi|5 : atatatatatatatatatataccattacagtgactacactatatacatccatataaacagcagtcatattcgattctgtgtatgatctgagattatatcttaaaatttttataagcatatgagaaaaaTAAACAGTTGGCTTAGGCGGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAGAGTTTA-GAGAATAAAGCACAT-TAA-AT-----TTTCAGTAT-GTAAGCACGAAAATATATAGCAAGGGTATGAGGCACATCTATGTATATATATAACATCTACAGGCTAGACCGGTCCAGGTGCAGTATCCCAAACTCCTG--------G-AAGTTTTCAGTCTTCTT--------------------------------CTGAGTTGCCGCGAACCAAAATGATCTCTTATCATACATATCAGTTTTGACAAATGGAATTTCT--GCAGTTTTCATACTTGAATGAATATTTAG-ATTTT----TTTTA----ATTTT-------------ACATGGTTTATATAGGTATTTAAATGTTTTCAATGCGATG-CTTTCATTCCACTTAGGTG
gi|6 : gccCAGTAACAAAGATACATATCATGT----AT--------GTTAAC---TT--------AG-CAAA-----AGCATA--CTAGCA-CAC-TCA---TA---TACACTCACA--CA----CATACATACAAATACATACAC--------ATATACA--CGCATGCATACAC-A--A-C--CATAT------ACACAT-TGCCCACACCTTCATAT----------ACATATAAACAGCACCCA--------CACATACA---AAGTAC-----T-CATG--CATACACAAC----------------------------CATATATA-CAGTACACACCCTCTCATATACACC------------------------TGCATACATTCATAC--A--TATATACACTCACACACAC---T--------------CACACATATC--CAC------------------ACAAGTATTTA-AATT-TT--AGTA--AAATAA-TACTATCTCAGGTTAATAATAGAACAATAAA---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAATAAATAA---AGCTAAAATCAAGCTAAAATAAATTAG-----CATAGAcacgtctggcacatt
gi|7 : gaTTTT-TTTTACTAAC---ATGCA--TATAG-CATA-----AGCATA--C--ATGTCAT-T-----TA---TTCTCACACA--CA----CATA--------------CAT--------A--------------CATACAC-A--T-C--CATAT------ACACAT-TGCCCACACCTTCATAT----------ACATATAAACAGCAACCA--------AACATACA---AAGTAC-----T-TGTGC--ATACACAACC-T-TAAT------AATATTC-C-CATACATAATATACAGTACAAACCCTCTCATATA------------------------CACCTGCATACATTCATAC--A--TATAAACAc
gi|8 : gacatttacgtaaagaagcaaaatgtttcaaacaaatattcattgAGTAACAATGATACATAACATGTTAACATTTT-TTCT---TAC---ATGCA--T-AAAGCATA-----AGCATA--T--TCA-TAT-T-----CA---CACACATACA--TATATACATA--------------CAC--------ATATACA--CACATGCATACAC-A--T-T--CATAT------ACAGAT-TGCCCACACTTTCGTAT----------ACATATGAACAGCACCCA--------CACATATA---A--TAC-----T-CGTGC-CATACACAACTGT-TATTC-C--CAc
gi|9 : AAAGATATAAATCATGTTAACATTTT-TTTTTTTTAAATGTTTGTACT-TA--CATGCATATAGCATAAGC--ACA-CAC-A-----TAGCATACATGCAAA--CG----CATG--------------CACCCATATATACACGCA--CACATGCATATAC-A--T-ATCCATGT------ACACAT-TGCCCA------CATAT----------GCACACAAA----ACCTT--------CATATAC----A--TAC-----T-Ccatatatatat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATATCATAACAGTGCCCGTATACACGTGCATACAGGCAGCAGTTATATTAGATTGTGTGTATGATCTGAGATAACATGTGCACAATAAACTGTCATCATACAATTCTTTACAGGCATATGAGAAA
Unaligned ( gi|18 ): GCACACATACCTAAATTGAATATTATATAAACATAAATACATACATATATAATGAGTATACATGAAACATTCACACTCATACGGGTTGTTCATA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 5555555555555555555555 111111 11111111111111 22222222222222 11111111 11111111111111 1111111111 111111 11111 11111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555555555555555555555555555555555555 2222222 11111111 2222222222222222222222222222222222222222222 11 1111 22222 11 44444444444 1 222222 22222 1 666666666666666 1 22 2222222222222222 1 1 1
lowQualScore : 5 444444 4 4 7 7777777777777777777777 99999 55 55 000000 99999999999999 666 999 3 7777 44444444444444 22222222 3 6666 3 55 3 77777777777777 7777 999999 7777 4 5555555555 2 1 55 55 000000 77777 3 55555 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 777 4 55 0 55 0 0 000000000000000000000000000000000000000 0 44 3333333 55555555 0 99 0 7777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3 00 99 7777 00000 0 7777777777 66 00 00 3 77777777777 0 777777 6 3 55555 1 99 0 0 1 1 1 777 2 2 55 00 0 0 0 2 555555555555555 11 0 88 1 3 00 6 6666666666666666 6 2 0 2 2 6 0
lowQualScore : . ...... . . . ...................... ..... .. .. ...... .............. ... ... . .... .............. ........ . .... . .. . .............. .... ...... .... . .......... . . .. .. ...... ..... . ..... ......................................................................................... ... . .. . .. . . ....................................... . .. ....... ........ . .. . ........................................... . . . . .. .. .... ..... . .......... .. .. .. . ........... . ...... . . ..... . .. . . . . . ... . . .. .. . . . . ............... .. . .. . . .. . ................ . . . . . . .
lowQualScore : 0 111111 4 1 6 3333333333333333333333 11111 00 00 111111 00000000000000 000 111 6 7777 22222222222222 11111111 7 8888 3 00 6 11111111111111 1111 666666 7777 0 9999999999 6 4 00 00 555555 77777 4 88888 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 4 55 6 55 9 7 000000000000000000000000000000000000000 2 55 1111111 00000000 8 44 8 0000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 8 88 44 0000 00000 8 2222222222 44 55 00 5 55555555555 0 222222 5 2 00000 0 00 2 2 0 0 0 555 5 5 22 55 0 2 2 5 555555555555555 00 7 33 0 3 77 7 7777777777777777 7 0 7 0 0 7 7
consensus : CAGTAACAAAGATACATA-ACATGT---TA-ACATTTT-TTTTATTNA----C-TT-----CNT--A---CATA-----AGCATA--C--AC----G-CACN--T------A---TACG--C-G-CA-CACA----CAT--------------ACAC--------ATAC--GCA-CGCATGCATAC--AC-A---------T-N--CAT----AT------ACACAT----TGCCCA-CACCTTCATAT----------ACATATGAACAGCACCCACAC--AT--A------CAA--T--ACTCGTG---CCATACACAACC-T-TATTCCCA-----CATATATAC-----A----C-CATA-------------C--ATAT--------AT------A-CA-------GTACACAC---CCTCT-CATACACACCTGCA--TACATTCATAC--ATATATACACTCACACACACGCATTCGC---ACGTAC--ACACACGCATCGCACGCACATACACATATCCGCACAAGTATTTG-AA-T-TT--A--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
Reference ( family-1989 ) : CAGTAACAAAGATACATA-ACATGT---TA-ACATTTT-TTTTATTTA----C-TT-----CTT--A---CATA-----AGCATA--C--AC----G-CACT--T------A---TACG--C-G-CA-CACA----CAT--------------ACAC--------ATAC--GCA-CACATGCATAC--AC-A---------T-N--CAT----AT------ACACAT----TGCCCA-CACCTTCATAT----------ACATATGAACAGCACCCACAC--AT--A------CAA--T--ACTCGTG---CCATACACAACC-T-TATTCCCAGCCCACATANATAC--NGTA--CACACATA-------------CNCATAT--------AC------A-CA-------GTACACAC---CCTCT-CATACACACCTGCA--TACATTCATAC--ATATATACACTCACACACACGCATTTGC---ACGCAC--ACACACACATCGCACGCACATACACATATCCGCACAAGTATTTG-AA-T-TT--A--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCGAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|1 : CAGCAACAAAGATACATA-ACATGT---TA-ACATTTT-TTTTATT-A----C-TT-----TTTTTA---CATA-----AGCATA--C--AC----A-CACT--T------A---TATG--C-A-CA-CACA----CAT--------------ACAC--------ATAT--GCA-CACATGCATGC--AC-A---------T-G--CAT----AT------ACACAT----TGCTCA-CACCTTCATAT----------ACATATGAACATCACCCACAC--AT--A------CAA--T--ACTCGTG---CCATACACAACCGT-TATTCTCNNNNNNNNNNNNNNN--NNNN--NNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNCAC------ACCA-------GTACACAC---CCTCT-CATACACATCTGCA--TACCTTCATAC--ATATAAACATTCACACACACGCTTTTGCCTGNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCACACAAGTATTTGAAA-T-TTACA--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAG-GTATAAATCAATAAATCATCTAACTAAAC-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCAGT-TAAAAACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TTGA-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGATAGGAGACACATCTATGAACACATAAAG---CTACAGGCTGGACCGGTTCAGGTGCGGATCAGTCTCTCA-------TGCAAATTTTCGGTTTTTCTGATGT-C--ATTAG-G-GAAACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCTAAATGATCTCTTACAATACATAACAGTTTTGAC-AGTTGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAGAATTTTAGAATTTTACAAGATTATACAAATATGGTGGAGAT-GTTTGTATAAGCATTTGAATGTTTCCAATGC-ATGCCACTGATTCTACTGAGCTG
gi|10 : --A---CACG-----AGCATG--G--AC----G-TGCA--T------A---TACG--C-T-AA-CACA----CATAA------------ACAC--------ATACAGAAA-CACACGCATGC--ACGA---------TCA--CAT----ATGTTCGCATACAT----T-CACG-CACTTTAATGT----------ATATGCG-ACAG----CACAC--AT--A-------AA--TGGACACGTACATCTATACGCAa
gi|10 : ctcaatacaaac---CATA-------CATT--C--AC----G-CACT--TTAATGTA---TATG--C-GACAGCACA----CAT--------------AAAT--------GGAC--ACG-TACATCTATACGCAC-A---------T-A--CGTGAACAT------ACACAT----CGCcatacgtgaacatacacatcgcatggtagtgcatatact
gi|10 : ctcaatacaaacacacgagcatggacgtgcatatacgctaacacacataaacacatacagaaacacacgcatgcacgatcacatatgttcg--A---CATA-----AATGGA--C--AC----G-TACA--T------C---TATA--C-G-CA-CATA----CGT--------------GAAC--------ATAC--ACATCGCATG-GTA------G---------T-G--CAT----AT------ACatggtagtgcatatact
gi|11 : ctcaatacaaacacacgagcatggacgtgcatatacgctaacacacataaacacatacagaaacacacgcatgcacgatcacatatgttcgcatacattcacgcactttaatgtatatgcgacagcacT----------ATATTTTAACAGCATCCACAC--AT--A------CAAAAT--ACTCATG---C-GTACACAACT-TATATTCCC----------------------------ATA-------------C--ATAT--------AT------A-CA-------GTACCCAC---CTTCT-GATACACACCTGCA--TATATTCATAC--ATATATATACTCACACACACGCATTTGC---ACACAC--ACACACGCAt
gi|12 : catcgtcgtcag--CAT----AT------ACAGAT----TGCCCA-CACTTTCATAT----------ACATATGAACAGCACCCA-----AT--A------CAA--T--ACTCATG---CCATACACAACCGT-TATTCC-------CATATA------------------------------------TAT--------AT------A-CA-------GTACACAC---CCTCT-CATAAACACCTGCA--TACATGTAAAC--ATGTATATAC
gi|13 : ctC---TCTCT-CACAT-TATCT-CG--TACAAGCATACGCATATATACACTCGCACGCATGCA--CAC---ACGTACGTACGCACACAT-GCACGTACTTACaa
gi|15 : aaaggtattctaaataccattccattccattcttctctacctCAGACTACATACATGC-----A--CACACATA-------------CAAATAT--------AC------G-CATACAAATGTACGCATATGCATATGTATACATACCTGCATGTACATGCATAC--ACATATACAttacttaat
gi|16 : taaacataAC--------------ACAC--------ATAT--ACA-CACATGCGTAC--AC-A---------T-C--TAT----AT------ACACAT----TGTCCA-AACCTTCATATACATACATACACATATAAACAGCACCAACAC--AT--C------TAA-----A-----------ATACACAACC-TATATaacaaacatttataaatata
gi|17 : CAGTAGCAAAGATACATA-ACATTT---AA-ACATTTT-TTatatatatatc
gi|19 : agatacaagaaactttatttttatgtcaaatgtacaaatataaaaaatataaaacactagctgtaaagctatttgcagaAGCAACAAAGATACATA-ACAT-----------TTTT-TTTTA
gi|2 : aacaatataaaacactagctgtaaaactatttgccgaaCAGTAACAAAGATACATA-ACATGC---TA-ACATTTTATTTTATTTA----C-TTACATGCAT--ATAGCATA-----AGCATA--C--ACTAAAA-CAAA--T------A---CACAAAC-A-TA-TATA----CAT--------------ACAC--------ATAT--ACA-CACATGCATTC--AC-A---------T-T--CAT----AT------ACAGAT----TGTCCA-CACTTTCA----------------TAT-----------ACAT--ATGAA------CAG--C--ACCC----------ACACAG---T-TATTCCCA-----TATATATAT--------------------------------ATAT--------AT------A-CA-------GTACAAAC---CCTCT-CATACACACCTGCA--TACATGCATAC--ATATATACATTCACACAGACGCATTTAC------------------CA--GCACACACATACACATATCCACACAAGTATTT-------TT--A--A--AA-TT-ATACTATCTC---------------------AGGTTAATAATAAAGCAATACAGAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAACCAT-TAACTAAAG-CATGTTA----AAATCAA-----CATAAAGTGCAGTTA-----------AAGA---------------ACAGATGGCATTT-----------ACAAGAAACTAAAGAATACTAAAGCAAAG-TT-AAGAGAATAAAGCACATATAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGGGAGTATGTGGCAAGGGTATGAGGCACATCTACGAACACATAAAGCATCTACGGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGTATCAGTCTCCCGAACTCCTTG-AAATTTTCGGTTTTCCTGA--T-TTCATT-T-GTGAGACTGTTCCAAACCTGAGCTGCCTCGAACCC-AATGATCTCTTACCATACATAGCAGTTTTGAC-AG---------CTGCGCAATTTCCAAACCTGAAAGAA------------T--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTAGTTTGGATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCAATACCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|20 : aGCA--CATACTAAAGC--ATGCATGCATGCACGCACGCGCACACGC---ACGTAC--ACACACGCA-CGTACcagtgttggcatatt
gi|20 : acT--G---CAT-------GCATG--C--AC----G-CAC---------------GCG--C-A-CA-CGCA----CGT--------------ACAC--------ACAC--GCA-C
gi|3 : acgcacatactaaagcaTAA-AAACATGCATACACGTGTATATACACATT-------GCCCA----C-AC-----CTT------CATA-----TACATA--C--AT----A-CACA--T------A---TAAA--CAG-CA-CCCA----CAT--------------ATAC--------A-AA--GAA-TGCATGCATAC--AC-AACCTTTATTT-C--CAT----AT------ATATATACAGTACACAGCATC-TCATAC----------ACACATGCATA-CATTCATACTTAT--ATGANNNNNN--N--NNNNNNN---NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAAAGTAGGCATGCATACACAACCTTTATTCCCATAT--------ATATTTAAA-CA-------GTACACAC---TCTCT-CATATACACATGCA--TACATTCATAC--ATATATGCA----------------TGC---ACA-----ACACACACATC-------TATCCACATATTTG---AAGTATTTG-AA-A-TT--A--AGTAAATTAATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTGAAACCAGAGGATATATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAATGCAGATAAACAGTTGACTAAGACAGTgtac
gi|4 : atacatacacata-AA-TGTT--A--A--TAATA-AAACAATA-C---------------------A---------------------GAGCAATAATAAAAGCCAAAGGATAA----GTAAA-CATATAACTTAAA-CATGGTA----AAATTAAAGGTTCATAAAGTGCAGATAAA-----GA-------AGTGTGGTACAAATACAGATGATATTTTGTGATGATATACAA-AAACTAGAGCATACTGAAGCAAAG-------AGAATAAAGCACATGCAATATTCACAGTTAAGCATT-----CATTAAAGTACATTGCACGGGTAGGAGGCACATCTATGTACACATTTAGCGCCTACAGGTTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTTTTTA-AAGTTTTCTGTCTTCGTGA--TGTA-ATT-TGG-GAGGCTGTtt
gi|5 : atatatatatatatatatataccattacagtgactacactatatacatccatataaacagcagtcatattcgattctgtgtatgatctgagattatatcttaaaatttttataagcatatgagaaaaaTAAACAGTTGGCTTAGGCGGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAGAGTTT-A-GAGAATAAAGCACAT-TAA-AT-----TTTCAGTAT-GTAAGCACGAAAATATATAGCAAGGGTATGAGGCACATCTATGTATATATATAACATCTACAGGCTAGACCGGTCCAGGTG-----CAGTATCCCAAACTCCTGG-AAGTTTTCAGTCTTCTT--------------------------------CTGAGTTGCCGCGAACCAAAATGATCTCTTATCATACATATCAGTTTTGACAAA-TGGAATTTCT--GCAGTTTTCATACTTGAATGAATATTTAG-ATTTT----TTTTA----ATTTT-------------ACATGGTTTATATAGGTATTTAAATGTTTTCAATGCGATG-CTTTCATTCCACTTAGGTG
gi|6 : gccCAGTAACAAAGATACATA-TCATGT--------AT--------GTTAA----C-TT-----A----G---CAAA-----AGCATA--CTAGC----A-CACTCAT------A---TACA--C-T-CA-CACA----CATACATACAAATACATACAC--------ATAT--ACA-CGCATGCATAC--AC-A---------A-C--CAT----AT------ACACAT----TGCCCA-CACCTTCATAT----------ACATATAAACAGCACCCACAC--AT--A------CAAAGT--ACTCATG----CATACACAAC-----------------CATATATAC--AGTA------------------------------------------------------------CACAC---CCTCT-CATATACACCTGCA--TACATTCATAC--ATATATACACTCACACACAC---T----------------CACACATATC-------------------CACACAAGTATTTA-AATT-TT--AGTA--AAATA-ATACTATCTCAGGTTAATAATAGAACAATAAA---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAATAAATAA---AGCTAAAATCAAGCTAAAATAAATTAG-----CATAGAcacgtctggcacatt
gi|7 : gaTTTT-TTTTACTAA----CATG-----CAT--ATAGCATA-----AGCATA--C--AT----GTCATT--T------A---TTCT--C-A-CA-CACA----CAT--------------ACAT--------A---------------CATAC--AC-A---------T-C--CAT----AT------ACACAT----TGCCCA-CACCTTCATAT----------ACATATAAACAGCAACCAAAC--AT--A------CAAAGT--ACTTGTG----CATACACAACC-T-TA------------ATA-ATAT--T-------CCCATA-------------CATA-AT--------AT------A-CA-------GTACAAAC---CCTCT-CATATACACCTGCA--TACATTCATAC--ATATAAACACc
gi|8 : gacatttacgtaaagaagcaaaatgtttcaaacaaatattcattgAGTAACAATGATACATA-ACATGT---TA-ACATTTT-TTCT---TA----CATG-----CAT--AAAGCATA-----AGCATA--T--TC----A-TATT--C------A---CACA--C-A-TA-CATATATACAT--------------ACAC--------ATAT--ACA-CACATGCATAC--AC-A---------T-T--CAT----AT------ACAGAT----TGCCCA-CACTTTCGTAT----------ACATATGAACAGCACCCACAC--AT--A------TAA--T--ACTCGTG---CCATACACAACTGT-TATTCCCA---CATATATATA
gi|9 : AAAGATATAAA-TCATGT---TA-ACATTTT-TTTTTTTTAAATGT-TTGTA--CTT--A---CATGCATATAGCATAAGC--AC----A-CACA--T------AGCATACA--T-G-CA-AACG----CAT--------------GCACCCATATATACAC--GCA-CACATGCATAT--AC-A---------T-ATCCAT----GT------ACACAT----TGCCCA-------CATAT----------GCACACAAA----ACCTTCAT--AT--A------C-A--T--ACTCt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATATCATAACAGTGCCCGTATACACGTGCATACAGGCAGCAGTTATATTAGATTGTGTGTATGATCTGAGATAACATGTGCACAATAAACTGTCATCATACAATTCTTTACAGGCATATGAGAAA
Unaligned ( gi|18 ): GCACACATACCTAAATTGAATATTATATAAACATAAATACATACATATATAATGAGTATACATGAAACATTCACACTCATACGGGTTGTTCATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444444444444444444444444 1111111111111111111 11111 22222222222222222 11111111 2222222222 44444444444444444444444444444444444444444444 88888888888888888888888888888 11 66666666666666666666666666666666 222 22222 2222222222222222222222222222222222222222222 11 1111 22222 11 44444444444 1 222222 22222 1 666666666666666 1 22 2222222222222222 1 1 1
lowQualScore : 0 5 5 3 888888888888888888888888888888 4 9999999999999999999 666 666 22222 3 00000000000000000 11111111 888888 22 555 44 44 44 44 1 33 77777 1 0 6666666666 0 00000000000000000000000000000000000000000000 22222222222222222222222222222 4 22 0 22 77777777777777777777777777777777 44 6 555 44444 0 1 8 0 7777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3 00 99 7777 00000 0 7777777777 66 00 00 3 77777777777 0 777777 6 3 55555 1 99 0 0 1 1 1 777 2 2 3 00 0 0 0 2 555555555555555 11 0 88 1 3 00 6 6666666666666666 6 2 0 2 2 6 0
lowQualScore : . . . . .............................. . ................... ... ... ..... . ................. ........ ...... .. ... .. .. .. .. . .. ..... . . .......... . ............................................ ............................. . .. . .. ................................ .. . ... ..... . . . . ........................................... . . . . .. .. .... ..... . .......... .. .. .. . ........... . ...... . . ..... . .. . . . . . ... . . . .. . . . . ............... .. . .. . . .. . ................ . . . . . . .
lowQualScore : 7 1 0 9 333333333333333333333333333333 0 9999999999999999999 000 444 11111 3 55555555555555555 22222222 888888 33 888 22 22 22 22 0 99 11111 3 4 9999999999 2 99999999999999999999999999999999999999999999 77777777777777777777777777777 4 44 7 22 22222222222222222222222222222222 55 5 000 00000 8 4 0 8 0000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 8 88 44 0000 00000 8 2222222222 44 55 00 5 55555555555 0 222222 5 2 00000 0 00 2 2 0 0 0 555 5 5 2 55 0 2 2 5 555555555555555 00 7 33 0 3 77 7 7777777777777777 7 0 7 0 0 7 7
consensus : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATT----------TAC-TT-----CGT--A---CATA-AGCATA--C----A----C----G-CACA--T---ATACG--CGCACACA-CAT--A--------------CAC--------AT------ACGCA-CGCATGC--ATA--CA--CA--TNCAT--ATA-----CACATTGCCCACACCTTCATAT----------ACATATGAACAGCACCCACAC----------------ATACA--------AAGT--ACTCGTGC-ATACACAACC-T-T-ATTCCCATATATAT---CCATACATA-TATACAGTACACACCCTCTCATACACACCTGCATACATTCATACATATATACATTCACACACACGCATTCGC---ACGTACACACACGCATCGCACACACATACACATATCCGCACAAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATTA-TACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
Reference ( family-1989 ) : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATT----------NAC-TT-----CNT--A---CATA-AGCATA--C----A----C----G-CACN--T---ATACG--CGCACACA-CAT--A--------------CAC--------AT------ACGCA-CGCATGC--ATA--CA--CA--TNCAT--ATA-----CACATTGCCCACACCTTCATAT----------ACATATGAACAGCACCCACAC----------------ATACA--------A--T--ACTCGTGCCATACACAACC-T-T-ATTCCCACATATATACACCATACATA-TATACAGTACACACCCTCTCATACACACCTGCATACATTCATACATATATACACTCACACACACGCATTCGC---ACGTACACACACGCATCGCACGCACATACACATATCCGCACAAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATTA-TACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|1 : CAGCAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATT-----------AC-TT-----TTTTTA---CATA-AGCATA--C----A----C----A-CACT--T---ATATG--CACACACA-CAT--A--------------CAC--------AT------ATGCA-CACATGC--ATG--CA--CA--TGCAT--ATA-----CACATTGCTCACACCTTCATAT----------ACATATGAACATCACCCACACATACAATACTCGTGCCATACACAACCGTTA--T--TCTCNNNNNNNNNNNNNNN-N-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-CAC-CAGTACACACCCTCTCATACACATCTGCATACCTTCATACATATAAACATTCACACACACGCTTTTGCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCACACAAGTATTTGAAAT-TTACAA--AAATTA-TACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAG-GTATAAATCAATAAATCATCTAACTAAAC-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCAGT-TAAAAACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TTGA-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGATAGGAGACACATCTATGAACACATAAAG---CTACAGGCTGGACCGGTTCAGGTGCGGATCAGTCTCTCA-------TGCAAATTTTCGGTTTTTCTGATGT-C--ATTAG-G-GAAACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCTAAATGATCTCTTACAATACATAACAGTTTTGAC-AGTTGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAGAATTTTAGAATTTTACAAGATTATACAAATATGGTGGAGAT-GTTTGTATAAGCATTTGAATGTTTCCAATGC-ATGCCACTGATTCTACTGAGCTG
gi|10 : --A---CACG-AGCATG--G----A----C----G-TGCA--T---ATACG--CTAACACA-CATAAA--------------CAC--------ATACAGAAACACA-CGCATGC--ACGATCA--CA--TATGTTCGCA-----TACATT-CACGCACTTTAATGT----------ATATGCG-ACAG----CACAC----------------ATA-A--------A--TGGACACGT-------ACATC----T-ATACGCACATACGTG-AACATACACA-Ta
gi|10 : ctcaatacaaac-----CAC--A---CATA-AATGGA--C----A----C----G-TACA--T---CTATA--CGCACATA-CGT--G--------------AAC--------AT------ACACATCGCATG---GTA-------G--TGCAT--ATA-----Ccgcatggtagtgcatatact
gi|11 : ctcaatacaaacacacgagcatggacgtgcatatacgctaacacacataaacacatacagaaacacacgcatgcacgatcacatatgttcgcatacattcacgcactttaatgtatatgcgacagT----------ATATTTTAACAGCATCCACAC----------------ATACA--------AAAT--ACTCATGC-GTACACAACT-TAT-ATTCCCA-------------TACATA-TATACAGTACCCACCTTCTGATACACACCTGCATATATTCATACATATATATACTCACACACACGCATTTGC---ACACACACACACGCAt
gi|12 : catcgtcgtcagCAT--ATA-----CAGATTGCCCACACTTTCATAT----------ACATATGAACAGCACCCA-------------------ATACA--------A--T--ACTCATGCCATACACAACCGT-T-ATTC-------------CCATATATA-TATACAGTACACACCCTCTCATAAACACCTGCATACATGTAAACATGTATATAC
gi|13 : ctT----------TAT-CT-----CGT--A---CA---AGCATA--C--------------G-CATA--T---ATACA--CTCGCACG-CAT--G--------------CAC--------AC------ACGTA-CGTACGC--A----CA--CA--TGCAC--GTA-----Caa
gi|15 : aaaggtattctaaataccattccattccattcttctctacctctctctcacaAC-TA-----CAT--A---CAT---GCACA--C----A----C----A-TACAAAT---ATACG--CATACAAA-TGT--A--------------CGC--------AT------ATGCA---TATGT--ATA--CA--TACCTGCAT--GTA-----CA---TGCATACA----CATAT----------ACAAACAAACAttacttacttaat
gi|16 : taaacatacagAC--A--------------CAC--------AT------ATACA-CACATGC--GTA--CA--CA--TCTAT--ATA-----CACATTGTCCAAACCTTCATATACATACATACACATATAAACAGCACCAACAC----------------ATCTA--------A-----A--------ATACACAACC-TAT-AT----ATATATATAtttataaatata
gi|17 : CAGTAGCAAAGATACATAACATTTAAACATTTT-TTtc
gi|19 : agatacaagaaactttatttttatgtcaaatgtacaaatataaaaaatataaaacactagctgtaaagctatttgcagaAGCAACAAAGATACATAACAT-------TTTT-TTTTA
gi|2 : aacaatataaaacactagctgtaaaactatttgccgaaCAGTAACAAAGATACATAACATGCTAACATTTTATTTTATT----------TAC-TTACATGCAT--ATAGCATA-AGCATA--C----A----CTAAAA-CAAA--T---ACACAAACATATATA-CAT--A--------------CAC--------AT------ATACA-CACATGC--ATT--CA--CA--TTCAT--ATA-----CAGATTGTCCACACTTTCATAT----------ACATATGAACAGCACCCACAC----------------A------------------------G-------------T-T-ATTCCCATATATATATA-------TA-TATACAGTACAAACCCTCTCATACACACCTGCATACATGCATACATATATACATTCACACAGACGCATT---------TAC-------CA--GCACACACATACACATATCCACACAAGTATTT------TTA--A--AA-TTA-TACTATCTC---------------------AGGTTAATAATAAAGCAATACAGAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAACCAT-TAACTAAAG-CATGTTA----AAATCAA-----CATAAAGTGCAGTTA-----------AAGA---------------ACAGATGGCATTT-----------ACAAGAAACTAAAGAATACTAAAGCAAAG-TT-AAGAGAATAAAGCACATATAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGGGAGTATGTGGCAAGGGTATGAGGCACATCTACGAACACATAAAGCATCTACGGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGTATCAGTCTCCCGAACTCCTTG-AAATTTTCGGTTTTCCTGA--T-TTCATT-T-GTGAGACTGTTCCAAACCTGAGCTGCCTCGAACCC-AATGATCTCTTACCATACATAGCAGTTTTGAC-AG---------CTGCGCAATTTCCAAACCTGAAAGAA------------T--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTAGTTTGGATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCAATACCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|20 : aGCACATACTAAAGCATGCATGCATGCACGCACGCGCACACGC---ACGTACACACACGCA-CGTACcagtgttggcatatt
gi|3 : acATA-CAT--A--------------CAC--------AT------ATAAA-AACATGC--ATA--CA--CG--TGTAT--ATA-----CACATTGCCCACACCTTCATATACATACATACACATATAAACAGCACCCACAT----------------ATACA--------AAGA--ATGCATG-CATACACAACC-T-T----------TATTT---CCATATATA-TATACAGTACACAGCATCTCATACACACATGCATACATTCATACTTATAT
gi|3 : --C----A----T----A-TATA--T---ATACA---GTACACAGCAT-----------------CTC--------AT------ACACA-C--ATGC--ATA--CATTCA--TACTT--ATATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------------NTACA--------AAGT--AGGCATGC-ATACACAACC-T-TTATTCCCATATATAT----------T--TAAACAGTACACACTCTCTCATATACACATGCATACATTCATACATATAT--------------GCAT--GC---ACA---ACACACACATC-------TATCCACATATTTG---AAGTATTTGAA-A-TTA--AGTAAATTAATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTGAAACCAGAGGATATATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAATGCAGATAAACAGTTGACTAAGACAGTgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaagtaggcatgcatacacaacctttattcccatatatatttaaacagtacacactctctcatatacacatgcatacattcatacatatatgcatgcacaacacacacatctatccacatatttgaagtatttgaaattaagtaaattaatactatctcagagcaagaattgaaaccagaggatatatcagtaaatcatctaactaaagcatgttaaaattaacataaaatgcagataaacagttgactaagacagttt
gi|4 : atacatacacatataaaaacatgcatacacgtgtatatacacattgcccacaccttcatatacatacatacacatataaacagcacccacatatacaaagaatgcatgcatacacaacctttatttcAA-TGTTA--A--TAATAA-AACAATA-C---------------------A---------------------GAGCAATAATAAAAGCCAAAGGATAA----GTAAA-CATATAACTTAAA-CATGGTA----AAATTAAAGGTTCATAAAGTGCAGATAAA-----GA-------AGTGTGGTACAAATACAGATGATATTTTGTGATGATATACAA-AAACTAGAGCATACTGAAGCAAAG-------AGAATAAAGCACATGCAATATTCACAGTTAAGCATT-----CATTAAAGTACATTGCACGGGTAGGAGGCACATCTATGTACACATTTAGCGCCTACAGGTTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTTTTTA-AAGTTTTCTGTCTTCGTGA--TGTA-ATT-TGG-GAGGCTGTtt
gi|5 : atatatatatatatatatataccattacagtgactacactatatacatccatataaacagcagtcatattcgattctgtgtatgatctgagattatatcttaaaatttttataagcatatgagaaaaaTAAACAGTTGGCTTAGGCGGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAGAGTTT-A-GAGAATAAAGCACAT-TAA-AT-----TTTCAGTAT-GTAAGCACGAAAATATATAGCAAGGGTATGAGGCACATCTATGTATATATATAACATCTACAGGCTAGACCGGTCCAGGTG-----CAGTATCCCAAACTCCTGG-AAGTTTTCAGTCTTCTT--------------------------------CTGAGTTGCCGCGAACCAAAATGATCTCTTATCATACATATCAGTTTTGACAAA-TGGAATTTCT--GCAGTTTTCATACTTGAATGAATATTTAG-ATTTT----TTTTA----ATTTT-------------ACATGGTTTATATAGGTATTTAAATGTTTTCAATGCGATG-CTTTCATTCCACTTAGGTG
gi|6 : gccCAGTAACAAAGATACATATCATGT----AT--------GTT----------AAC-TT-----AG-------CAAA-AGCATA--CTAGCA----C----A-CTCA--T---ATACA--CTCACACA-CAT--ACATACAAATACATACAC--------AT------ATACA-CGCATGC--ATA--CA--CA--ACCAT--ATA-----CACATTGCCCACACCTTCATAT----------ACATATAAACAGCACCCACAC----------------ATACA--------AAGT--ACTCATGC-ATACACAACC----------------------------ATA-TATACAGTACACACCCTCTCATATACACCTGCATACATTCATAC--ATATATA------------CACTC---------ACACACAC---TC----------ACACATATCCACACAAGTATTTAAATT-TTAGTA--AAATAA-TACTATCTCAGGTTAATAATAGAACAATAAA---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAATAAATAA---AGCTAAAATCAAGCTAAAATAAATTAG-----CATAGAcacgtctggcacatt
gi|7 : gaTTTT-TTTTACT----------AACATG-----CAT--ATAGCATA-AGCATA--C----A----T----GTCATT--T---ATTCT--CACACACA-CAT--A--------------CAT--------A-------------------C--ATA--CA--CA--TCCAT--ATA-----CACATTGCCCACACCTTCATAT----------ACATATAAACAGCAACCAAAC----------------ATACA--------AAGT--ACTTGTGC-ATACACAACC-T-T-A-----ATA-ATATTC-CCATACATAATATACAGTACAAACCCTCTCATATACACCTGCATAC--------ATTCATACATATAAACACc
gi|8 : gacatttacgtaaagaagcaaaatgtttcaaacaaatattcattgAGTAACAATGATACATAACATGTTAACATTTT-TTCT-------------TACATG-----CAT--AAAGCATA-AGCATATTC----ATATTC----A-CACA--C---ATACA--T--ATATA-CAT--A--------------CAC--------AT------ATACA-CACATGC--ATA--CA--CA--TTCAT--ATA-----CAGATTGCCCACACTTTCGTAT----------ACATATGAACAGCACCCACAC----------------ATATA--------A--T--ACTCGTGCCATACACAACTGT-T-ATTCCCACATATATATA
gi|9 : AAAGATATAAATCATGTTAACATTTT-TTTTTTTTAAATGTTTGTAC-TTA----CAT--G---CATATAGCATAAGC----A----C----A-CACA--TAGCATACA--TGCAAACG-CAT--G--------------CACCCATATATAC------ACGCA-CACATGCATATA--CA--TA--TCCAT--GTA-----CACATTGCCCA------CATAT----------GCACACAAA----ACCTTCAT----------------ATAC---------A--T--ACTCt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATATCATAACAGTGCCCGTATACACGTGCATACAGGCAGCAGTTATATTAGATTGTGTGTATGATCTGAGATAACATGTGCACAATAAACTGTCATCATACAATTCTTTACAGGCATATGAGAAA
Unaligned ( gi|18 ): GCACACATACCTAAATTGAATATTATATAAACATAAATACATACATATATAATGAGTATACATGAAACATTCACACTCATACGGGTTGTTCATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444 11111111111111111111 111111 11111111111111 1111111111111111 111111111 1111111111111 2222222222 1111111111 111111111111 5555555555555555555555555555 111 111111111 1111111 111111 555555555555555555555555555555 1111 22222 222 22222 2222222222222222222222222222222222222222222 11 1111 22222 11 44444444444 1 222222 22222 1 666666666666666 1 22 2222222222222222 1 1 1
lowQualScore : 0 5 5 3 5 9999999999999999999999999999 3 66666666666666666666 55 666 222222 44 44 88888888888888 4444444444444444 33 55 6666 44 666666666 444 33 0 6666 3 6666666666666 8888888888 0 999999 4444444444 44 3 0 555555555555 0 3 3 2222222222222222222222222222 4 222 0 777777777 0 2 1111111 4 666666 3 5 111111111111111111111111111111 6 7777 0 2 55555 6 555 44444 0 99 0 7777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3 00 99 7777 00000 0 7777777777 66 00 00 3 77777777777 0 777777 6 3 55555 1 99 0 0 1 1 1 777 2 2 3 00 0 0 0 2 555555555555555 11 0 88 1 3 00 6 6666666666666666 6 2 0 2 2 6 0
lowQualScore : . . . . . ............................ . .................... .. ... ...... .. .. .............. ................ .. .. .... .. ......... ... .. . .... . ............. .......... . ...... .......... .. . . ............ . . . ............................ . ... . ......... . . ....... . ...... . . .............................. . .... . . ..... . ... ..... . .. . ........................................... . . . . .. .. .... ..... . .......... .. .. .. . ........... . ...... . . ..... . .. . . . . . ... . . . .. . . . . ............... .. . .. . . .. . ................ . . . . . . .
lowQualScore : 7 1 0 9 4 4444444444444444444444444444 6 88888888888888888888 00 444 888888 66 22 11111111111111 3333333333333333 00 22 5555 22 555555555 999 99 8 5555 1 9999999999999 9999999999 4 666666 6666666666 66 3 2 555555555555 5 1 1 5555555555555555555555555555 4 222 1 888888888 7 7 4444444 9 444444 0 7 111111111111111111111111111111 7 0000 8 8 00000 5 000 00000 8 44 8 0000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 8 88 44 0000 00000 8 2222222222 44 55 00 5 55555555555 0 222222 5 2 00000 0 00 2 2 0 0 0 555 5 5 2 55 0 2 2 5 555555555555555 00 7 33 0 3 77 7 7777777777777777 7 0 7 0 0 7 7
consensus : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-----CGT--A---CATA-AGCATA--C----A----C----G--CACA--TA---TACG--C-GCACACA--CAT--A--------------CAC--------AT------ACGCACGCATGCA----TA--CACA---------TN--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--AT-ACAAAG----TA--CTCGTG-C-ATACACAACC-T---TATTCCCATATATAT--CCATACAT-ATATACA---GTACGCACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATTCATACA--T----ATATACATTC------ACACA-CACGCAT---TCG-C---ACGTACAC--ACACGCATCGCAC-AC----ACACACACATATCCACAC-----AAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
Reference ( family-1989 ) : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-----CGT--A---CATA-AGCATA--C----A----C----G--CACA--TA---TACG--C-GCACACA--CAT--A--------------CAC--------AT------ACGCACGCATGCA----TA--CACA---------TN--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--AT-ACAAAG----TA--CTCGTG-C-ATACACAACC-T---TATTCCCATATATAT--CCATACAT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATTCATACA--T----ATATACATTC------ACACA-CACGCAT---TCG-C---ACGTACAC--ACACGCATCGCAC-AC----ACATACACATATCCGCAC-----AAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|1 : CAGCAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATT-A----------C-TT-----TTTTTA---CATA-AGCATA--C----A----C----A--CACT--TA---TATG--C-ACACACA--CAT--A--------------CAC--------AT------ATGCACACATGCA----TG--CACA---------TG--CAT--ATACACAT----TGCTCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TGAACATCACCCACACATACAATACTCGTGCC--AT-ACACAACCGTTATTCTCNNN-N-NNNNNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNCACACCAGTACACACCCTCTCATACACA---------TCTGCATACCTTCATACA--T----ATAAACATTC------ACACA-CACGCTT---TTG-CCTGNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN-NN----NNNNNNNNNTATCCACAC-----AAGTATTTGAAAT-TTACAA--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAG-GTATAAATCAATAAATCATCTAACTAAAC-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCAGT-TAAAAACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TTGA-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGATAGGAGACACATCTATGAACACATAAAG---CTACAGGCTGGACCGGTTCAGGTGCGGATCAGTCTCTCA-------TGCAAATTTTCGGTTTTTCTGATGT-C--ATTAG-G-GAAACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCTAAATGATCTCTTACAATACATAACAGTTTTGAC-AGTTGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAGAATTTTAGAATTTTACAAGATTATACAAATATGGTGGAGAT-GTTTGTATAAGCATTTGAATGTTTCCAATGC-ATGCCACTGATTCTACTGAGCTG
gi|10 : --A---CACG-AGCATG--G----A----C----G--TGCA--TA---TACG--C-TAACACA--CATAAA--------------CAC--------ATACAGAAACACACGCATGCA----CGATCACA---------TA--TGTTCGCATACAT----T-CACG-C-------------ACTTTAATGTATATG----------CG-ACAG----C------ACA----------C--AT-A-AATG----GA--CACGTA-C-ATa
gi|10 : ctcaatacaaacCGTG-C-ATATACG--C-T---AA--CACACATAAAC--ACATACAG-AAACACAC--GCATGCACGATCACATATGTT---------C--GCATACATTCACGCA--CTTTAATGTATATGC------G-ACAGCACACATAAATGGAC---ACGTACATCTATACGCA---CAT-ACGTGAACATACACAT---CGCActatacgcacatacgtgaacatacacatcgcatggtagtgcatatact
gi|10 : ctcaatacaaacacacgagcatgga--A---CACA-CGCATG--C----A----C----GATCACA--TA---TGTT--C-GCATACATTCAC--G--------------CAC--------TTTA----ATGTAT--ATGCGACAGCA--CACA---------TA--AAT--GGACACGT---------A-C-------------ATCTATACGCACATACG--------TGAACA-----T------ACA----------C--ATCGCATGG----TA-----GTG-C-ATATACtggtagtgcatatact
gi|11 : ctcaatacaaacacacgagcatggacgtgcatatacgctaacacacataaacacatacagaaTATATT----------TTAACAGCATCC------ACA----------C--AT-ACAAAA----TA--CTCATG-C-GTACACAACT-TA--TATTCCCAT------------ACAT-ATATACA---GTACCCACCTTCTGATACACA---------CCTGCATATATTCATACA--T----ATATATACTC------ACACA-CACGCAT---TTG-C---ACACACAC--ACACGCAt
gi|12 : catcgtcgtcag--CAT--ATACAGAT----TGCCCA-C-------------ACTTTCATATACATA----------TGAACAGCACCC------A---------------AT-ACAA------TA--CTCATG-CCATACACAACCGT---TATTCCCATATATAT-------------ATACA---GTACACACCCTCTCATAAACA---------CCTGCATACATGTAAACATGT----ATATACA
gi|13 : ctTTA----------T-CT-----CGT--A---C--A-AGCAT--------A----C----G--CATA--TA---TACA--C-TCGCACG--CAT--G--------------CAC--------AC------ACGTACGTACGC------A--CACA---------TG--CAC--GTACa
gi|15 : aaaggtattctaaataccattccattccattcttctctacctctctctcacaA----------C-TA-----CAT--A---CAT---GCACA--C----A----C----A--TACAAATA---TACG--C-ATACAAA--TGT--A--------------CGC--------AT------ATGCA--TATGTA----TA--CATACC-------TG--CAT--GTACA-------TGCATA-C-------------A----CATATACAAA----------CAAACAttacttacttaat
gi|16 : taaacatacagAC--A--------------CAC--------AT------ATACACACATGCG----TA--CACA---------TC--TAT--ATACACAT----TGTCCA-A-------------ACCTTCATATACATACATACACATATAAACAGCACCA------ACA----------C--AT-CTAAA------------------ATACACAACC-TATATAT----ATATATAT--Ctttataaatata
gi|17 : CAGTAGCAAAGATACATAACATTTAAACATTTT-TT
gi|19 : agatacaagaaactttatttttatgtcaaatgtacaaatataaaaaatataaaacactagctgtaaagctatttgcagaAGCAACAAAGATACATAACAT-------TTTT-TTTTA
gi|2 : aacaatataaaacactagctgtaaaactatttgccgaaCAGTAACAAAGATACATAACATGCTAACATTTTATTTTATTTA----------C-TTACATGCAT--ATAGCATA-AGCATA--C----A----CTAAAA--CAAA--TA---CACAAAC-ATATATA--CAT--A--------------CAC--------AT------ATACACACATGCA----TT--CACA---------TT--CAT--ATACAGAT----TGTCCA-C-------------ACTTTCATATACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C---------AG----T---------------------------TATTCCCATATATAT------ATAT-ATATACA---GTACAAACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATGCATACA--T----ATATACATTC------ACACA-GACGCAT---T----------TAC---------CA--GCAC-AC----ACATACACATATCCACAC-----AAGTATTT------TTA--A--AA-TT-ATACTATCTC---------------------AGGTTAATAATAAAGCAATACAGAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAACCAT-TAACTAAAG-CATGTTA----AAATCAA-----CATAAAGTGCAGTTA-----------AAGA---------------ACAGATGGCATTT-----------ACAAGAAACTAAAGAATACTAAAGCAAAG-TT-AAGAGAATAAAGCACATATAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGGGAGTATGTGGCAAGGGTATGAGGCACATCTACGAACACATAAAGCATCTACGGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGTATCAGTCTCCCGAACTCCTTG-AAATTTTCGGTTTTCCTGA--T-TTCATT-T-GTGAGACTGTTCCAAACCTGAGCTGCCTCGAACCC-AATGATCTCTTACCATACATAGCAGTTTTGAC-AG---------CTGCGCAATTTCCAAACCTGAAAGAA------------T--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTAGTTTGGATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCAATACCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|20 : aGCACATACTAAAGCA--T----GCATGCATGC------ACGCA-CGCGCAC---ACG-C---ACGTACAC--ACACGCA-CGTAC-cagtgttggcatatt
gi|3 : acATA--CAT--A--------------CAC--------AT------ATAAAAACATGCA----TA--CACG---------TG--TAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATACATACACATATAAACAGCACCC------ACA----------T--AT-ACAAAG----AA--TGCATG-C-ATACACAACC-T---T---------TATTT--CCATATAT-ATATACA---GTACACAGCATCTCATACACA---------CATGCATACATTCATACT--T----ATAT
gi|3 : ---CATA-TACATA--C----A----T----A--CACA--TA---TAAA--CAGCACCCA--CAT--A--------------TAC--------A-------AAGAATGCATGCA----TA--CACAACCTTTATTTC--CAT--ATATATATACAGTACACAGC-------------ATC-TCATACACACA----------TGCATA-CATTC------ATA----------CTTAT-ATGANN----NN--NNNNNN-N-NNNNNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NTACAAA---GTAGGCA----TGCATACACAACCTTTATTCCCATATATATTTAAACA-------GTACACACTCTCTCATATACA-CATGCAT---ACA-T---TCATACAT--ATATGCAT-GCACAAC----ACACACATCTATCCACATATTTGAAGTATTTGAA-A-TTA--AGTAAATTAATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTGAAACCAGAGGATATATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAATGCAGATAAACAGTTGACTAAGACAGTgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaagtaggcatgcatacacaacctttattcccatatatatttaaacagtacacactctctcatatacacatgcatacattcatacatatatgcatgcacaacacacacatctatccacatatttgaagtatttgaaattaagtaaattaatactatctcagagcaagaattgaaaccagaggatatatcagtaaatcatctaactaaagcatgttaaaattaacataaaatgcagataaacagttgactaagacagttt
gi|4 : atacatacacatataaaaacatgcatacacgtgtatatacacattgcccacaccttAA-TGTTA--A--TAATA-AAACAATA-C---------------------A---------------------GAGCAATAATAAAAGCCAAAGGATAA----GTAAA-CATATAACTTAAA-CATGGTA----AAATTAAAGGTTCATAAAGTGCAGATAAA-----GA-------AGTGTGGTACAAATACAGATGATATTTTGTGATGATATACAA-AAACTAGAGCATACTGAAGCAAAG-------AGAATAAAGCACATGCAATATTCACAGTTAAGCATT-----CATTAAAGTACATTGCACGGGTAGGAGGCACATCTATGTACACATTTAGCGCCTACAGGTTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTTTTTA-AAGTTTTCTGTCTTCGTGA--TGTA-ATT-TGG-GAGGCTGTtt
gi|5 : atatatatatatatatatataccattacagtgactacactatatacatccatataaacagcagtcatattcgattctgtgtatgatctgagattatatcttaaaatttttataagcatatgagaaaaaTAAACAGTTGGCTTAGGCGGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAGAGTTT-A-GAGAATAAAGCACAT-TAA-AT-----TTTCAGTAT-GTAAGCACGAAAATATATAGCAAGGGTATGAGGCACATCTATGTATATATATAACATCTACAGGCTAGACCGGTCCAGGTG-----CAGTATCCCAAACTCCTGG-AAGTTTTCAGTCTTCTT--------------------------------CTGAGTTGCCGCGAACCAAAATGATCTCTTATCATACATATCAGTTTTGACAAA-TGGAATTTCT--GCAGTTTTCATACTTGAATGAATATTTAG-ATTTT----TTTTA----ATTTT-------------ACATGGTTTATATAGGTATTTAAATGTTTTCAATGCGATG-CTTTCATTCCACTTAGGTG
gi|6 : gccCAGTAACAAAGATACATATCATGT----AT--------GTTAA----------C-TT-----AG-------CAAA-AGCATA--CTAGCA----C----A--CTCA--TA---TACA--C-TCACACA--CAT--ACATACAAATACATACAC--------AT------ATACACGCATGCA----TA--CACA---------AC--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TAAACAGCACCC------ACA----------C--AT-ACAAAG----TA--CTCATG-C-ATACACAACC----------------------------AT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATATACA---------CCTGCATACATT----CA--T----ACATATAT------------------------------------------ACAC---TCACAC-AC----ACTCACACATATCCACAC-----AAGTATTTAAATT-TTAGTA--AAATA-ATACTATCTCAGGTTAATAATAGAACAATAAA---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAATAAATAA---AGCTAAAATCAAGCTAAAATAAATTAG-----CATAGAcacgtctggcacatt
gi|7 : gaTTTT-TTTTACTAA----------CATG-----CAT--ATAGCATA-AGCATA--C----A----T----G--T-CA--TT---TATT--C-TCACACA--CAC--A--------------TAC--------AT------AC----------A----TA--CACA---------TC--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TAAACAGCAACC------AAA----------C--AT-ACAAAG----TA--CTTGTG-C-ATACACAACC-T---TA-----ATA-ATATTCCCATACATAATATACA---GTACAAACCCTCTCATATACA---------CCTGCATACATTCATACA--T----ATAAACAc
gi|8 : gacatttacgtaaagaagcaaaatgtttcaaacaaatattcattgAGTAACAATGATACATAACATGTTAACATTTT-TTCT---TA----------CATG-----CAT--AAAGCATA-AGCATATTC----ATATTC----A--CACA--CA---TACA--T---ATATA--CAT--A--------------CAC--------AT------ATACACACATGCA----TA--CACA---------TT--CAT--ATACAGAT----TGCCCA-C-------------ACTTTCGTATACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--AT-ATAA------TA--CTCGTGCC-ATACACAACTGT---TATTCCCACATATAT--c
gi|9 : AAAGATATAAATCATGTTAACATTTT-TTTTTTTTAAATGTTTGTAC-TTA----CAT--G---CATATAGCATAAGC----A----C----A--CACA--TAGCATACA--T-GCAAACG--CAT--G--------------CACCCATATATAC------ACGCACACATGCA----TA--TACA---------TATCCAT--GTACACAT----TGCCCA-CATATGCACACAAAACCTTCATATACATA----------atat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATATCATAACAGTGCCCGTATACACGTGCATACAGGCAGCAGTTATATTAGATTGTGTGTATGATCTGAGATAACATGTGCACAATAAACTGTCATCATACAATTCTTTACAGGCATATGAGAAA
Unaligned ( gi|18 ): GCACACATACCTAAATTGAATATTATATAAACATAAATACATACATATATAATGAGTATACATGAAACATTCACACTCATACGGGTTGTTCATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555555555555555555 11111111111111111111 111111 11111111111111 1111111111111111 111111111 1111111111111 1111111111 1111111111 1111111111 111111111111 55555555555555555555555555555 111111111 111111111 3333333333333333333 11 22222 222 22222 2222222222222222222222222222222222222222222 11 1111 22222 11 44444444444 1 222222 22222 1 666666666666666 1 22 2222222222222222 1 1 1
lowQualScore : 0 5 5 3 5 8888888888888888888888888888 3 99999999999999999999 3 666 444444 44 33 66666666666666 3333333333333333 66 2 6666 33 111111111 444 33 8888 2 5555555555555 1111111111 5555555555 0 2 888888 2222222222 33 2 666666666666 1 3 3 44444444444444444444444444444 55 777 3 0 777777777 11 2 55 777777777 2222222222222222222 4 33 8 55555 6 555 44444 0 99 0 7777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3 00 99 7777 00000 0 7777777777 66 00 00 3 77777777777 0 777777 6 3 55555 1 99 0 0 1 1 1 777 2 2 3 00 0 0 0 2 555555555555555 11 0 88 1 3 00 6 6666666666666666 6 2 0 2 2 6 0
lowQualScore : . . . . . ............................ . .................... . ... ...... .. .. .............. ................ .. . .... .. ......... ... .. .... . ............. .......... .......... . . ...... .......... .. . ............ . . . ............................. .. ... . . ......... .. . .. ......... ................... . .. . ..... . ... ..... . .. . ........................................... . . . . .. .. .... ..... . .......... .. .. .. . ........... . ...... . . ..... . .. . . . . . ... . . . .. . . . . ............... .. . .. . . .. . ................ . . . . . . .
lowQualScore : 7 1 0 9 4 7777777777777777777777777777 6 11111111111111111111 6 444 333333 66 99 88888888888888 9999999999999999 11 2 1111 99 444444444 777 77 9999 9 7777777777777 7777777777 3333333333 7 4 222222 5555555555 99 9 222222222222 7 1 1 55555555555555555555555555555 88 888 4 1 888888888 44 7 55 111111111 0000000000000000000 6 33 0 00000 5 000 00000 8 44 8 0000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 8 88 44 0000 00000 8 2222222222 44 55 00 5 55555555555 0 222222 5 2 00000 0 00 2 2 0 0 0 555 5 5 2 55 0 2 2 5 555555555555555 00 7 33 0 3 77 7 7777777777777777 7 0 7 0 0 7 7
consensus : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-----CGT--A---CATA-AGCATA--C----A----C----G--CACATA---TACG--C-GCACACA--CAT--A--------------CAC--------AT------ACGCACGCATGCA----TA--CACA---------TN--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--AT-ACAAAG----TA--CTCGTG-C-ATACACAACC-T---TATTCCCATATATAT--C-CATACAT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATTCATACA--TATATACATTC------ACGCACACGCATNCGC---ACATAC----ACACACGCATCGCAC-ACACACACACATATCCACAC-----AAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
Reference ( family-1989 ) : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-----CGT--A---CATA-AGCATA--C----A----C----G--CACATA---TACG--C-GCACACA--CAT--A--------------CAC--------AT------ACGCACGCATGCA----TA--CACA---------TN--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--AT-ACAAAG----TA--CTCGTG-C-ATACACAACC-T---TATTCCCATATATAT--C-CATACAT-ATATACA---GTACGCACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATTCATACA--TATATACATTC------ACACACACGCATTCGC---ACGTAC----ACACACGCATCGCAC-ACACACACACATATCCACAC-----AAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|1 : CAGCAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATT-A----------C-TT-----TTTTTA---CATA-AGCATA--C----A----C----A--CACTTA---TATG--C-ACACACA--CAT--A--------------CAC--------AT------ATGCACACATGCA----TG--CACA---------TG--CAT--ATACACAT----TGCTCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TGAACATCACCCACACATACAATACTCGTGCC--AT-ACACAACCGTTATTCTCNNN-N-NNNNNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNNCACACCAGTACACACCCTCTCATACACA---------TCTGCATACCTTCATACA--TATAAACATTC------ACACACACGCTTTTGCCTGNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNTATCCACAC-----AAGTATTTGAAAT-TTACAA--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAG-GTATAAATCAATAAATCATCTAACTAAAC-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCAGT-TAAAAACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TTGA-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGATAGGAGACACATCTATGAACACATAAAG---CTACAGGCTGGACCGGTTCAGGTGCGGATCAGTCTCTCA-------TGCAAATTTTCGGTTTTTCTGATGT-C--ATTAG-G-GAAACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCTAAATGATCTCTTACAATACATAACAGTTTTGAC-AGTTGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAGAATTTTAGAATTTTACAAGATTATACAAATATGGTGGAGAT-GTTTGTATAAGCATTTGAATGTTTCCAATGC-ATGCCACTGATTCTACTGAGCTG
gi|10 : --A--------------TAC--------AA------ACACACG-A-GCA----TG--GACG---------TG--CAT--ATAC---------GCTAA-C-------------AC------------------ACATA------------------A---------ACA----------C--AT-ACAGAA-----A--CACACG-C-ATGCACGA----------TCACATATGT-T--CGCATACAT----T-------CACGCAC--TTTAATGTATA-----------TGCG-ACAG-CACACA--TAAATGGA--C------ACGTACATCTATACGC---ACATACGTGAACATACACATCGCAa
gi|10 : ctca--A---CACG-AGCATG--G----A----C----G--TGCATA---TACG--C-TAACACA--CATAAA--------------CAC--------ATACAGAAACACACGCATGCA----CGATCACA---------TA--TGTTCGCATACAT----T-CACG-C-------------ACTTTAATGT----------ATATG----------CG-ACAG----C------ACA----------C--AT-A-AATG----GA--CACGTA-C-ATtggtagtgcatatact
gi|10 : ctcaatacaaac--A---CACA-CGCATG--C----A----C----GATCACATA---TGTT--C-GCATACATTCAC--G--------------CAC--------TTTA----ATGTAT--ATGCGACAGCA--CACA---------TA--AAT--GGACACGT---------A-C-------------ATCTATACGC----------ACATACG--------TGAACA-----T------ACA----------C--ATCGCATGG----TA-----GTG-C-ATATACctatacgcacatacgtgaacatacacatcgcatggtagtgcatatact
gi|11 : ctcaatacaaacacacgagcatggacgtgcatatacgctaacacacataaacacatacagaaT----------ATATT----------TTAACAGCATCC------ACA----------C--AT-ACAAAA----TA--CTCATG-C-GTACACAACT-TA--TATTCCCAT-------------ACAT-ATATACA---GTACCCACCTTCTGATACACA---------CCTGCATATATTCATACA--TATATATACTC------ACACACACGCATTTGC---ACACAC----ACACACGCAt
gi|12 : catcgtcgtcag--CAT--ATACAGAT----TGCCCA-C-------------ACTTTCATAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------A---------------AT-ACAA------TA--CTCATG-CCATACACAACCGT---TATTCCCATATATAT--------------ATACA---GTACACACCCTCTCATAAACA---------CCTGCATACATGTAAACATGTATATACA
gi|13 : ctTTA----------T-CT-----CGT--A---C--A-AGCAT--------A----C----G--CATATA---TACA--C-TCGCACG--CAT--G--------------CAC--------AC------ACGTACGTACGC------A--CACA---------TG--CAC--GTACa
gi|15 : aaaggtattctaaataccattccattccattcttctctacctctctctcacaTA-AACATA--C----A----G----A--C-TACA---TACA--T-GCACACA--CAT--A--------------CAA--------AT------AT--ACGCATACA----AA--TGTA---------CG--CAT--ATGCATATG---TATACA-T-------------ACCTGCATGT----------ACAT-----------------GCATAC------ACA----------T--AT-ACAAAttacttacttaat
gi|16 : AC--A--------------CAC--------AT------ATACACACATGCG----TA--CACA---------TC--TAT--ATACACAT----TGTCCA-A-------------ACCTTCATAT----------ACATACATACACATATAAACAGCACCA------ACA----------C--AT-CTAAA------------------ATACACAACC-TATATAT----ATATATAT--C-caaacatttataaatata
gi|17 : CAGTAGCAAAGATACATAACATTTAAACATTTT-TT
gi|19 : agatacaagaaactttatttttatgtcaaatgtacaaatataaaaaatataaaacactagctgtaaagctatttgcagaAGCAACAAAGATACATAACAT-------TTTT-TTTTA
gi|2 : aacaatataaaacactagctgtaaaactatttgccgaaCAGTAACAAAGATACATAACATGCTAACATTTTATTTTATTTA----------C-TTACATGCAT--ATAGCATA-AGCATA--C----A----CTAAAA--CAAATA---CACAAAC-ATATATA--CAT--A--------------CAC--------AT------ATACACACATGCA----TT--CACA---------TT--CAT--ATACAGAT----TGTCCA-C-------------ACTTTCATAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C---------AG----T---------------------------TATTCCCATATATAT-------ATAT-ATATACA---GTACAAACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATGCATACA--TATATACATTC------ACACAGACGCATT---------TAC-----------CA--GCAC-ACACATACACATATCCACAC-----AAGTATTT------TTA--A--AA-TT-ATACTATCTC---------------------AGGTTAATAATAAAGCAATACAGAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAACCAT-TAACTAAAG-CATGTTA----AAATCAA-----CATAAAGTGCAGTTA-----------AAGA---------------ACAGATGGCATTT-----------ACAAGAAACTAAAGAATACTAAAGCAAAG-TT-AAGAGAATAAAGCACATATAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGGGAGTATGTGGCAAGGGTATGAGGCACATCTACGAACACATAAAGCATCTACGGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGTATCAGTCTCCCGAACTCCTTG-AAATTTTCGGTTTTCCTGA--T-TTCATT-T-GTGAGACTGTTCCAAACCTGAGCTGCCTCGAACCC-AATGATCTCTTACCATACATAGCAGTTTTGAC-AG---------CTGCGCAATTTCCAAACCTGAAAGAA------------T--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTAGTTTGGATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCAATACCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|20 : aGCACATACTAAAGCA--TGCATGCATGC------ACGCACGCGCACACGC---ACGTAC----ACACACGCA-CGTAC-cagtgttggcatatt
gi|3 : acATA--CAT--A--------------CAC--------AT------ATAAAAACATGCA----TA--CACG---------TG--TAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATACATACACATA----------TAAACAGCACCC------ACA----------T--AT-ACAAAG----AA--TGCATG-C-ATACACAACC-T---T---------TATTT--C-CATATAT-ATATACA---GTACACAGCATCTCATACACA---------CATGCATACATTCATACT--TATAT
gi|3 : ---CATA-TACATA--C----A----T----A--CACATA---TAAA--CAGCACCCA--CAT--A--------------TAC--------A-------AAGAATGCATGCA----TA--CACAACCTTTATTTC--CAT--ATATATATACAGTACACAGC-------------ATC-TCATAC----------ACACA----------TGCATA-CATTC------ATA----------CTTAT-ATGANN----NN--NNNNNN-N-NNNNNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NTACAAA---GTAGGCA----TGCATACACAACCTTTATTCCCATATATATTTAAACA---GTACACACTCTCTCATATACACATGCATACAT---TCATAC----ATATATGCAT-GCACAACACACACATCTATCCACATATTTGAAGTATTTGAA-A-TTA--AGTAAATTAATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTGAAACCAGAGGATATATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAATGCAGATAAACAGTTGACTAAGACAGTgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaagtaggcatgcatacacaacctttattcccatatatatttaaacagtacacactctctcatatacacatgcatacattcatacatatatgcatgcacaacacacacatctatccacatatttgaagtatttgaaattaagtaaattaatactatctcagagcaagaattgaaaccagaggatatatcagtaaatcatctaactaaagcatgttaaaattaacataaaatgcagataaacagttgactaagacagttt
gi|4 : atacatacacatataaaaacatgcatacacgtgtatatacacattgcccacaccttAA-TGTTA--A--TAATA-AAACAATA-C---------------------A---------------------GAGCAATAATAAAAGCCAAAGGATAA----GTAAA-CATATAACTTAAA-CATGGTA----AAATTAAAGGTTCATAAAGTGCAGATAAA-----GA-------AGTGTGGTACAAATACAGATGATATTTTGTGATGATATACAA-AAACTAGAGCATACTGAAGCAAAG-------AGAATAAAGCACATGCAATATTCACAGTTAAGCATT-----CATTAAAGTACATTGCACGGGTAGGAGGCACATCTATGTACACATTTAGCGCCTACAGGTTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTTTTTA-AAGTTTTCTGTCTTCGTGA--TGTA-ATT-TGG-GAGGCTGTtt
gi|5 : atatatatatatatatatataccattacagtgactacactatatacatccatataaacagcagtcatattcgattctgtgtatgatctgagattatatcttaaaatttttataagcatatgagaaaaaTAAACAGTTGGCTTAGGCGGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAGAGTTT-A-GAGAATAAAGCACAT-TAA-AT-----TTTCAGTAT-GTAAGCACGAAAATATATAGCAAGGGTATGAGGCACATCTATGTATATATATAACATCTACAGGCTAGACCGGTCCAGGTG-----CAGTATCCCAAACTCCTGG-AAGTTTTCAGTCTTCTT--------------------------------CTGAGTTGCCGCGAACCAAAATGATCTCTTATCATACATATCAGTTTTGACAAA-TGGAATTTCT--GCAGTTTTCATACTTGAATGAATATTTAG-ATTTT----TTTTA----ATTTT-------------ACATGGTTTATATAGGTATTTAAATGTTTTCAATGCGATG-CTTTCATTCCACTTAGGTG
gi|6 : gccCAGTAACAAAGATACATATCATGT----AT--------GTTAA----------C-TT-----AG-------CAAA-AGCATA--CTAGCA----C----A--CTCATA---TACA--C-TCACACA--CAT--ACATACAAATACATACAC--------AT------ATACACGCATGCA----TA--CACA---------AC--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TAAACAGCACCC------ACA----------C--AT-ACAAAG----TA--CTCATG-C-ATACACAACC-----------------------------AT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATATACA---------CCTGCATACATT----CA--TACATATAT---------------------------------------ACAC---TCACAC-ACACTCACACATATCCACAC-----AAGTATTTAAATT-TTAGTA--AAATA-ATACTATCTCAGGTTAATAATAGAACAATAAA---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAATAAATAA---AGCTAAAATCAAGCTAAAATAAATTAG-----CATAGAcacgtctggcacatt
gi|7 : gaTTTT-TTTTACTAA----------CATG-----CAT--ATAGCATA-AGCATA--C----A----T----G--T-CATT---TATT--C-TCACACA--CAC--A--------------TAC--------AT------AC----------A----TA--CACA---------TC--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TAAACAGCAACC------AAA----------C--AT-ACAAAG----TA--CTTGTG-C-ATACACAACC-T---TA-----ATA-ATATTCC-CATACATAATATACA---GTACAAACCCTCTCATATACA---------CCTGCATACATTCATACA--TATAAACAc
gi|8 : gacatttacgtaaagaagcaaaatgtttcaaacaaatattcattgAGTAACAATGATACATAACATGTTAACATTTT-TTCT---TA----------CATG-----CAT--AAAGCATA-AGCATATTC----ATATTC----A--CACACA---TACA--T---ATATA--CAT--A--------------CAC--------AT------ATACACACATGCA----TA--CACA---------TT--CAT--ATACAGAT----TGCCCA-C-------------ACTTTCGTAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--AT-ATAA------TA--CTCGTGCC-ATACACAACTGT---TATTCCCACATATAT--c
gi|9 : AAAGATATAAATCATGTTAACATTTT-TTTTTTTTAAATGTTTGTAC-TTA----CAT--G---CATATAGCATAAGC----A----C----A--CACATAGCATACA--T-GCAAACG--CAT--G--------------CACCCATATATAC------ACGCACACATGCA----TA--TACA---------TATCCAT--GTACACAT----TGCCCA-CATATGCACACAAAACCTTCATAT----------ACATA----------atat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATATCATAACAGTGCCCGTATACACGTGCATACAGGCAGCAGTTATATTAGATTGTGTGTATGATCTGAGATAACATGTGCACAATAAACTGTCATCATACAATTCTTTACAGGCATATGAGAAA
Unaligned ( gi|18 ): GCACACATACCTAAATTGAATATTATATAAACATAAATACATACATATATAATGAGTATACATGAAACATTCACACTCATACGGGTTGTTCATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555555555555555555 111111111111111111 111111 11111111111111 11111111 111111111 1111111111111 2222222222 1111111111 1111111111 55555555555555555555555555555 111111111 111111 1111111 1111 11 22222 222 22222 2222222222222222222222222222222222222222222 11 1111 22222 11 44444444444 1 222222 22222 1 666666666666666 1 22 2222222222222222 1 1 1
lowQualScore : 0 5 5 3 5 2222222222222222222222222222 4 666666666666666666 55 777 444444 44 88888888888888 11111111 888888 33 1 44 666666666 444 33 2 6666 3 6666666666666 0 5555555555 1 999999 4444444444 44 0 7777777777 2 2 3 3 44444444444444444444444444444 55 777 777777777 2 3 2 55 2 666666 6 7777777 2222 4 33 8 55555 6 555 44444 0 99 0 7777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3 00 99 7777 00000 0 7777777777 66 00 00 3 77777777777 0 777777 6 3 55555 1 99 0 0 1 1 1 777 2 2 3 00 0 0 0 2 555555555555555 11 0 88 1 3 00 6 6666666666666666 6 2 0 2 2 6 0
lowQualScore : . . . . . ............................ . .................. .. ... ...... .. .............. ........ ...... .. . .. ......... ... .. . .... . ............. . .......... . ...... .......... .. . .......... . . . . ............................. .. ... ......... . . . .. . ...... . ....... .... . .. . ..... . ... ..... . .. . ........................................... . . . . .. .. .... ..... . .......... .. .. .. . ........... . ...... . . ..... . .. . . . . . ... . . . .. . . . . ............... .. . .. . . .. . ................ . . . . . . .
lowQualScore : 7 1 0 9 4 3333333333333333333333333333 0 999999999999999999 55 000 666666 22 11111111111111 22222222 888888 00 2 22 555555555 999 99 8 5555 1 9999999999999 7 0000000000 0 666666 6666666666 66 2 1111111111 2 7 3 3 55555555555555555555555555555 88 888 888888888 3 1 7 55 3 444444 3 1111111 1111 6 33 0 00000 5 000 00000 8 44 8 0000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 8 88 44 0000 00000 8 2222222222 44 55 00 5 55555555555 0 222222 5 2 00000 0 00 2 2 0 0 0 555 5 5 2 55 0 2 2 5 555555555555555 00 7 33 0 3 77 7 7777777777777777 7 0 7 0 0 7 7
consensus : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-----CGT--A---CATA-AGCATA--C----A----C----GCACA--TA---TACG--C-NCACACACAT--A--------------CAC--------AT------ACGCACGCATGCATA--CACA---------TN--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--ATACAAAG----TA--CTCGTG-C-ATACACAACC-T---TATTCCCATATATAT--C-CATACAT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATTCATACA--TATATACATTC------ACGCACACGCATNCGC---ACATAC----ACACACGCATCGCAC-ACACACACACATATCCACAC-----AAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
Reference ( family-1989 ) : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-----CGT--A---CATA-AGCATA--C----A----C----GCACA--TA---TACG--C-GCACACACAT--A--------------CAC--------AT------ACGCACGCATGCATA--CACA---------TN--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--ATACAAAG----TA--CTCGTG-C-ATACACAACC-T---TATTCCCATATATAT--C-CATACAT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATTCATACA--TATATACATTC------ACGCACACGCATNCGC---ACATAC----ACACACGCATCGCAC-ACACACACACATATCCACAC-----AAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|1 : CAGCAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATT-A----------C-TT-----TTTTTA---CATA-AGCATA--C----A----C----ACACT--TA---TATG--C-ACACACACAT--A--------------CAC--------AT------ATGCACACATGCATG--CACA---------TG--CAT--ATACACAT----TGCTCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TGAACATCACCCACACATACAATACTCGTGCC--ATACACAACCGTTATTCTCNNN-N-NNNNNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNNCACACCAGTACACACCCTCTCATACACA---------TCTGCATACCTTCATACA--TATAAACATTC------ACACACACGCTTTTGCCTGNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNTATCCACAC-----AAGTATTTGAAAT-TTACAA--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAG-GTATAAATCAATAAATCATCTAACTAAAC-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCAGT-TAAAAACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TTGA-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGATAGGAGACACATCTATGAACACATAAAG---CTACAGGCTGGACCGGTTCAGGTGCGGATCAGTCTCTCA-------TGCAAATTTTCGGTTTTTCTGATGT-C--ATTAG-G-GAAACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCTAAATGATCTCTTACAATACATAACAGTTTTGAC-AGTTGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAGAATTTTAGAATTTTACAAGATTATACAAATATGGTGGAGAT-GTTTGTATAAGCATTTGAATGTTTCCAATGC-ATGCCACTGATTCTACTGAGCTG
gi|10 : --A--------------TAC--------AA------ACACACG-A-GCATG--GACG---------TG--CAT--ATAC---------GCTAA-C-------------AC--------ACATA------------------A---------ACA----------C--ATACAGAA-----A--CACACG-C-ATGCACGA----------TCACATATGT-T--CGCATACAT------------T-CACGCACTTTAATGTATA-----------TGCG-ACAG-CACACA--TAAATGGA--C------ACGTACATCTATACGC---ACATACGTGAACATACACATCGCAa
gi|10 : ctca--A---CACG-AGCATG--G----A----C----GTGCA--TA---TACG--C-TAACACACATAAA--------------CAC--------ATACAGAAACACACGCATGCACGATCACA---------TA--TGTTCGCATACAT----T-CACG-C-------------ACTTTAATGTATATG----------CG-ACAG----C------ACA----------C--ATA-AATG----GA--CACGTA-C-ATtggtagtgcatatact
gi|11 : ctcaatacaaacTATATT----------TTAACAGCATCC------ACA----------C--ATACAAAA----TA--CTCATG-C-GTACACAACT-TA--TATTCCCAT-------------ACAT-ATATACA---GTACCCACCTTCTGATACACA---------CCTGCATATATTCATACA--TATATATACTC------ACACACACGCATTTGC---ACACAC----ACACACGCActatacgcacatacgtgaacatacacatcgcatggtagtgcatatact
gi|12 : catcgtcgtcag--CAT--ATACAGAT----TGCCCA-C-------------ACTTTCATATACATA----------TGAACAGCACCC------A---------------ATACAA------TA--CTCATG-CCATACACAACCGT---TATTCCCATATATAT--------------ATACA---GTACACACCCTCTCATAAACA---------CCTGCATACATGTAAACATGTATATACA
gi|13 : ctTTA----------T-CT-----CGT--A---C--A-AGCAT--------A----C----GCATA--TA---TACA--C-TCGCACGCAT--G--------------CAC--------AC------ACGTACGTACGC--A--CACA---------TG--CAC--GTACa
gi|15 : aaaggtattctaaataccattccattccattcttctctacctctctctcacaA----------C-TA-----CAT--A---CAT---GCACA--C----A----C----ATACAAATA---TACG--C-ATACAAATGT--A--------------CGC--------AT------ATGCA--TATGTATA--CATACC-------TG--CAT--GTACA-------TGCATA-C-------------A----CATATACAAA----------CAAACAttacttacttaat
gi|16 : taaacatacagAC--A--------------CAC--------AT------ATACACACATGCGTA--CACA---------TC--TAT--ATACACAT----TGTCCA-A-------------ACCTTCATATACATACATACACATATAAACAGCACCA------ACA----------C--ATCTAAA------------------ATACACAACC-TATATAT----ATATATAT--C-tttataaatata
gi|17 : CAGTAGCAAAGATACATAACATTTAAACATTTT-TT
gi|19 : agatacaagaaactttatttttatgtcaaatgtacaaatataaaaaatataaaacactagctgtaaagctatttgcagaAGCAACAAAGATACATAACAT-------TTTT-TTTTA
gi|2 : aacaatataaaacactagctgtaaaactatttgccgaaCAGTAACAAAGATACATAACATGCTAACATTTTATTTTATTTA----------C-TTACATGCAT--ATAGCATA-AGCATA--C----A----CTAAAACAAA--TA---CACAAAC-ATATATACAT--A--------------CAC--------AT------ATACACACATGCATT--CACA---------TT--CAT--ATACAGAT----TGTCCA-C-------------ACTTTCATATACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--------AG----T---------------------------TATTCCCATATATAT-------ATAT-ATATACA---GTACAAACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATGCATACA--TATATACATTC------ACACAGACGCATT---------TAC-----------CA--GCAC-ACACATACACATATCCACAC-----AAGTATTT------TTA--A--AA-TT-ATACTATCTC---------------------AGGTTAATAATAAAGCAATACAGAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAACCAT-TAACTAAAG-CATGTTA----AAATCAA-----CATAAAGTGCAGTTA-----------AAGA---------------ACAGATGGCATTT-----------ACAAGAAACTAAAGAATACTAAAGCAAAG-TT-AAGAGAATAAAGCACATATAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGGGAGTATGTGGCAAGGGTATGAGGCACATCTACGAACACATAAAGCATCTACGGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGTATCAGTCTCCCGAACTCCTTG-AAATTTTCGGTTTTCCTGA--T-TTCATT-T-GTGAGACTGTTCCAAACCTGAGCTGCCTCGAACCC-AATGATCTCTTACCATACATAGCAGTTTTGAC-AG---------CTGCGCAATTTCCAAACCTGAAAGAA------------T--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTAGTTTGGATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCAATACCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|20 : aGCACATACTAAAGCA--TGCATGCATGC------ACGCACGCGCACACGC---ACGTAC----ACACACGCA-CGTAC-cagtgttggcatatt
gi|3 : acATACAT--A--------------CAC--------AT------ATAAAAACATGCATA--CACG---------TG--TAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATACATACACATATAAACAGCACCC------ACA----------T--ATACAAAG----AA--TGCATG-C-ATACACAACC-T---T---------TATTT--C-CATATAT-ATATACA---GTACACAGCATCTCATACACA---------CATGCATACATTCATACT--TATAT
gi|3 : ---CATA-TACATA--C----A----T----ACACA--TA---TAAA--CAGCACCCACAT--A--------------TAC--------A-------AAGAATGCATGCATA--CACAACCTTTATTTC--CAT--ATATATATACAGTACACAGC-------------ATC-TCATACACACA----------TGCATA-CATTC------ATA----------CTTATATGANN----NN--NNNNNN-N-NNNNNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NTACAAA---GTAGGCA----TGCATACACAACCTTTATTCCCATATATATTTAAACA---GTACACACTCTCTCATATACACATGCATACAT---TCATAC----ATATATGCAT-GCACAACACACACATCTATCCACATATTTGAAGTATTTGAA-A-TTA--AGTAAATTAATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTGAAACCAGAGGATATATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAATGCAGATAAACAGTTGACTAAGACAGTgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaagtaggcatgcatacacaacctttattcccatatatatttaaacagtacacactctctcatatacacatgcatacattcatacatatatgcatgcacaacacacacatctatccacatatttgaagtatttgaaattaagtaaattaatactatctcagagcaagaattgaaaccagaggatatatcagtaaatcatctaactaaagcatgttaaaattaacataaaatgcagataaacagttgactaagacagttt
gi|4 : atacatacacatataaaaacatgcatacacgtgtatatacacattgcccacaccttAA-TGTTA--A--TAATA-AAACAATA-C---------------------A---------------------GAGCAATAATAAAAGCCAAAGGATAA----GTAAA-CATATAACTTAAA-CATGGTA----AAATTAAAGGTTCATAAAGTGCAGATAAA-----GA-------AGTGTGGTACAAATACAGATGATATTTTGTGATGATATACAA-AAACTAGAGCATACTGAAGCAAAG-------AGAATAAAGCACATGCAATATTCACAGTTAAGCATT-----CATTAAAGTACATTGCACGGGTAGGAGGCACATCTATGTACACATTTAGCGCCTACAGGTTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTTTTTA-AAGTTTTCTGTCTTCGTGA--TGTA-ATT-TGG-GAGGCTGTtt
gi|5 : atatatatatatatatatataccattacagtgactacactatatacatccatataaacagcagtcatattcgattctgtgtatgatctgagattatatcttaaaatttttataagcatatgagaaaaaTAAACAGTTGGCTTAGGCGGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAGAGTTT-A-GAGAATAAAGCACAT-TAA-AT-----TTTCAGTAT-GTAAGCACGAAAATATATAGCAAGGGTATGAGGCACATCTATGTATATATATAACATCTACAGGCTAGACCGGTCCAGGTG-----CAGTATCCCAAACTCCTGG-AAGTTTTCAGTCTTCTT--------------------------------CTGAGTTGCCGCGAACCAAAATGATCTCTTATCATACATATCAGTTTTGACAAA-TGGAATTTCT--GCAGTTTTCATACTTGAATGAATATTTAG-ATTTT----TTTTA----ATTTT-------------ACATGGTTTATATAGGTATTTAAATGTTTTCAATGCGATG-CTTTCATTCCACTTAGGTG
gi|6 : gccCAGTAACAAAGATACATATCATGT----AT--------GTTAA----------C-TT-----AG-------CAAA-AGCATA--CTAGCA----C----ACTCA--TA---TACA--C-TCACACACAT--ACATACAAATACATACAC--------AT------ATACACGCATGCATA--CACA---------AC--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TAAACAGCACCC------ACA----------C--ATACAAAG----TA--CTCATG-C-ATACACAACC-----------------------------AT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATATACA---------CCTGCA------------------TACATTC------AT-----------------ACATAT----ATACAC---TCACAC-ACACTCACACATATCCACAC-----AAGTATTTAAATT-TTAGTA--AAATA-ATACTATCTCAGGTTAATAATAGAACAATAAA---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAATAAATAA---AGCTAAAATCAAGCTAAAATAAATTAG-----CATAGAcacgtctggcacatt
gi|7 : gaTTTT-TTTTACTAA----------CATG-----CAT--ATAGCATA-AGCATA--C----A----T----GT-CA--TT---TATT--C-TCACACACAC--A--------------TAC--------AT------AC----------ATA--CACA---------TC--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TAAACAGCAACC------AAA----------C--ATACAAAG----TA--CTTGTG-C-ATACACAACC-T---TA-----ATA-ATATTCC-CATACATAATATACA---GTACAAACCCTCTCATATACA---------CCTGCATACATTCATACA--TATAAACAc
gi|8 : gacatttacgtaaagaagcaaaatgtttcaaacaaatattcattgAGTAACAATGATACATAACATGTTAACATTTT-TTCT---TA----------CATG-----CAT--AAAGCATA-AGCATATTC----ATATTC----ACACA--CA---TACA--T---ATATACAT--A--------------CAC--------AT------ATACACACATGCATA--CACA---------TT--CAT--ATACAGAT----TGCCCA-C-------------ACTTTCGTATACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--ATATAA------TA--CTCGTGCC-ATACACAACTGT---TATTCCCACATATAT--c
gi|9 : AAAGATATAAATCATGTTAACATTTT-TTTTTTTTAAATGTTTGTAC-TTA----CAT--G---CATATAGCATAAGC----A----C----ACACA--TAGCATACA--T-GCAAACGCAT--G--------------CACCCATATATAC------ACGCACACATGCATA--TACA---------TATCCAT--GTACACAT----TGCCCA-CATATGCACACAAAACCTTCATATACATA----------atat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATATCATAACAGTGCCCGTATACACGTGCATACAGGCAGCAGTTATATTAGATTGTGTGTATGATCTGAGATAACATGTGCACAATAAACTGTCATCATACAATTCTTTACAGGCATATGAGAAA
Unaligned ( gi|18 ): GCACACATACCTAAATTGAATATTATATAAACATAAATACATACATATATAATGAGTATACATGAAACATTCACACTCATACGGGTTGTTCATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666666666666666666666666 111111111 11111111111111 111111111 1111111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 55555555555555555555555555555 111111111 111111 1111111 1111 11 22222 222 22222 2222222222222222222222222222222222222222222 11 1111 22222 11 44444444444 1 222222 22222 1 666666666666666 1 22 2222222222222222 1 1 1
lowQualScore : 0 5 5 3 5 1111111111111111111111111111 55 7777 444444444 55 7777 999 44 33 66666666666666 888888 2 2 0 33 555555555 444 33 2 6666 3 6666666666666 0 2222222222 2222222222 1 999999 4444444444 44 0 7777777777 2 2 3 3 44444444444444444444444444444 55 777 777777777 2 3 2 55 2 666666 6 7777777 2222 4 33 8 55555 6 555 44444 0 99 0 7777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3 00 99 7777 00000 0 7777777777 66 00 00 3 77777777777 0 777777 6 3 55555 1 99 0 0 1 1 1 777 2 2 3 00 0 0 0 2 555555555555555 11 0 88 1 3 00 6 6666666666666666 6 2 0 2 2 6 0
lowQualScore : . . . . . ............................ .. .... ......... .. .... ... .. .. .............. ...... . . . .. ......... ... .. . .... . ............. . .......... .......... . ...... .......... .. . .......... . . . . ............................. .. ... ......... . . . .. . ...... . ....... .... . .. . ..... . ... ..... . .. . ........................................... . . . . .. .. .... ..... . .......... .. .. .. . ........... . ...... . . ..... . .. . . . . . ... . . . .. . . . . ............... .. . .. . . .. . ................ . . . . . . .
lowQualScore : 7 1 0 9 4 7777777777777777777777777777 00 7777 777777777 00 7777 111 66 99 88888888888888 222222 7 9 4 99 444444444 777 77 8 5555 1 9999999999999 7 5555555555 5555555555 0 666666 6666666666 66 2 1111111111 2 7 3 3 55555555555555555555555555555 88 888 888888888 3 1 7 55 3 444444 3 1111111 1111 6 33 0 00000 5 000 00000 8 44 8 0000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 8 88 44 0000 00000 8 2222222222 44 55 00 5 55555555555 0 222222 5 2 00000 0 00 2 2 0 0 0 555 5 5 2 55 0 2 2 5 555555555555555 00 7 33 0 3 77 7 7777777777777777 7 0 7 0 0 7 7
consensus : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-----CGT--A--GCATAAGCATA--C----A----C----GCACA--TAT----ACG--CN-CACACACAT--A--------------CACAT------ACGCA-CGCATGCATA--CACA---------TN--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--ATACAAAG----TA--CTCGTG-C-ATACACAACC-T---TATTCCCATATATAT--C-CATACAT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATTCATACA--TATATACATTC------ACGCACACGCATNCGC---ACATAC----ACACACGCATCGCAC-ACACACACACATATCCACAC-----AAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
Reference ( family-1989 ) : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-----CGT--A---CATAAGCATA--C----A----C----GCACA--TAT----ACG--CN-CACACACAT--A--------------CACAT------ACGCA-CGCATGCATA--CACA---------TN--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--ATACAAAG----TA--CTCGTG-C-ATACACAACC-T---TATTCCCATATATAT--C-CATACAT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATTCATACA--TATATACATTC------ACGCACACGCATNCGC---ACATAC----ACACACGCATCGCAC-ACACACACACATATCCACAC-----AAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|1 : CAGCAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATT-A----------C-TT-----TTTTTA---CATAAGCATA--C----A----C----ACACT--TAT----ATG--CA-CACACACAT--A--------------CACAT------ATGCA-CACATGCATG--CACA---------TG--CAT--ATACACAT----TGCTCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TGAACATCACCCACACATACAATACTCGTGCC--ATACACAACCGTTATTCTCNNN-N-NNNNNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNNCACACCAGTACACACCCTCTCATACACA---------TCTGCATACCTTCATACA--TATAAACATTC------ACACACACGCTTTTGCCTGNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNTATCCACAC-----AAGTATTTGAAAT-TTACAA--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAG-GTATAAATCAATAAATCATCTAACTAAAC-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCAGT-TAAAAACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TTGA-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGATAGGAGACACATCTATGAACACATAAAG---CTACAGGCTGGACCGGTTCAGGTGCGGATCAGTCTCTCA-------TGCAAATTTTCGGTTTTTCTGATGT-C--ATTAG-G-GAAACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCTAAATGATCTCTTACAATACATAACAGTTTTGAC-AGTTGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAGAATTTTAGAATTTTACAAGATTATACAAATATGGTGGAGAT-GTTTGTATAAGCATTTGAATGTTTCCAATGC-ATGCCACTGATTCTACTGAGCTG
gi|10 : --A--------------TACAA------ACACA-CG-A-GCATG--GACG---------TG--CAT--ATAC---------GCTAA-C-------------AC------------------ACATA------------------A---------ACA----------C--ATACAGAA-----A--CACACG-C-ATGCACGA----------TCACATATGT-T--CGCATACAT------------T-CACGCACTTTAATGTATA-----------TGCG-ACAG-CACACA--TAAATGGA--C------ACGTACATCTATACGC---ACATACGTGAACATACACATCGCAa
gi|10 : ctca--A---CACGAGCATG--G----A----C----GTGCA--TAT----ACG--CT-AACACACATAAA--------------CACATACAGAAACACA-CGCATGCACGATCACA---------TA--TGTTCGCATACAT----T-CACG-C-------------ACTTTAATGT----------ATATG----------CG-ACAG----C------ACA----------C--ATA-AATG----GA--CACGTA-C-ATtggtagtgcatatact
gi|10 : ctcaatacaaac--A---CATAAATGGA--C----A----C----GTACA--TCT----ATA--CG-CACATACGT--G--------------AACAT------ACACATCGCATG-GTA-----G---------TG--CAT--ATACctatacgcacatacgtgaacatacacatcgcatggtagtgcatatact
gi|11 : ctcaatacaaacacacgagcatggacgtgcatatacgctaacacacataaacacatacagaaacacacgcatgcacgatcacatatgttcgcatacattcacgcactttaatgtatatgcgacagcacT----------ATATT----------TTAACAGCATCC------ACA----------C--ATACAAAA----TA--CTCATG-C-GTACACAACT-TA--TATTCCCAT-------------ACAT-ATATACA---GTACCCACCTTCTGATACACA---------CCTGCATATATTCATACA--TATATATACTC------ACACACACGCATTTGC---ACACAC----ACACACGCAt
gi|12 : catcgtcgtcag--CAT--ATACAGAT----TGCCCA-C-------------ACTTTCATAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------A---------------ATACAA------TA--CTCATG-CCATACACAACCGT---TATTCCCATATATAT--------------ATACA---GTACACACCCTCTCATAAACA---------CCTGCATACATGTAAACATGTATATACA
gi|13 : ctTTA----------T-CT-----CGT--A---C--AAGCAT--------A----C----GCATA--TAT----ACA--CT-CGCACGCAT--G--------------CACAC------ACGTA-CGTACGC--A--CACA---------TG--CAC--GTACa
gi|15 : aaaggtattctaaataccattccattccattcttctctacctctctctcacaA----------C-TA-----CAT--A---CAT--GCACA--C----A----C----ATACAAATAT----ACG--CA-TACAAATGT--A--------------CGCAT------ATGCA---TATGTATA--CATACC-------TG--CAT--GTACA-------TGCATA-C-------------A----CATAT----------ACAAA----------CAAACAttacttacttaat
gi|16 : taaacatacagAC--A--------------CACAT------ATACA-CACATGCGTA--CACA---------TC--TAT--ATACACAT----TGTCCA-A-------------ACCTTCATAT----------ACATACATACACATATAAACAGCACCA------ACA----------C--ATCTAAA------------------ATACACAACC-TATATAT----ATATATAT--C-tttataaatata
gi|17 : CAGTAGCAAAGATACATAACATTTAAACATTTT-TT
gi|19 : agatacaagaaactttatttttatgtcaaatgtacaaatataaaaaatataaaacactagctgtaaagctatttgcagaAGCAACAAAGATACATAACAT-------TTTT-TTTTA
gi|2 : aacaatataaaacactagctgtaaaactatttgccgaaCAGTAACAAAGATACATAACATGCTAACATTTTATTTTATTTA----------C-TTACATGCAT--ATAGCATAAGCATA--C----A----CTAAAACAAA--TAC----ACAAACA-TATATACAT--A--------------CACAT------ATACA-CACATGCATT--CACA---------TT--CAT--ATACAGAT----TGTCCA-C-------------ACTTTCATAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--------AG----T---------------------------TATTCCCATATATAT-------ATAT-ATATACA---GTACAAACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATGCATACA--TATATACATTC------ACACAGACGCATT---------TAC-----------CA--GCAC-ACACATACACATATCCACAC-----AAGTATTT------TTA--A--AA-TT-ATACTATCTC---------------------AGGTTAATAATAAAGCAATACAGAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAACCAT-TAACTAAAG-CATGTTA----AAATCAA-----CATAAAGTGCAGTTA-----------AAGA---------------ACAGATGGCATTT-----------ACAAGAAACTAAAGAATACTAAAGCAAAG-TT-AAGAGAATAAAGCACATATAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGGGAGTATGTGGCAAGGGTATGAGGCACATCTACGAACACATAAAGCATCTACGGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGTATCAGTCTCCCGAACTCCTTG-AAATTTTCGGTTTTCCTGA--T-TTCATT-T-GTGAGACTGTTCCAAACCTGAGCTGCCTCGAACCC-AATGATCTCTTACCATACATAGCAGTTTTGAC-AG---------CTGCGCAATTTCCAAACCTGAAAGAA------------T--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTAGTTTGGATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCAATACCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|20 : aGCACATACTAAAGCA--TGCATGCATGC------ACGCACGCGCACACGC---ACGTAC----ACACACGCA-CGTAC-cagtgttggcatatt
gi|3 : acATACAT--A--------------CACAT------ATAAA-AACATGCATA--CACG---------TG--TAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATACATACACATA----------TAAACAGCACCC------ACA----------T--ATACAAAG----AA--TGCATG-C-ATACACAACC-T---T---------TATTT--C-CATATAT-ATATACA---GTACACAGCATCTCATACACA---------CATGCATACATTCATACT--TATAT
gi|3 : ---CATATACATA--C----A----T----ACACA--TAT----AAA--CAGCACCCACAT--A--------------TACA-------AAGAA-TGCATGCATA--CACAACCTTTATTTC--CAT--ATATATATACAGTACACAGC-------------ATC-TCATAC----------ACACA----------TGCATA-CATTC------ATA----------CTTATATGANN----NN--NNNNNN-N-NNNNNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NTACAAA---GTAGGCA----TGCATACACAACCTTTATTCCCATATATATTTAAACA---GTACACACTCTCTCATATACACATGCATACAT---TCATAC----ATATATGCAT-GCACAACACACACATCTATCCACATATTTGAAGTATTTGAA-A-TTA--AGTAAATTAATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTGAAACCAGAGGATATATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAATGCAGATAAACAGTTGACTAAGACAGTgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaagtaggcatgcatacacaacctttattcccatatatatttaaacagtacacactctctcatatacacatgcatacattcatacatatatgcatgcacaacacacacatctatccacatatttgaagtatttgaaattaagtaaattaatactatctcagagcaagaattgaaaccagaggatatatcagtaaatcatctaactaaagcatgttaaaattaacataaaatgcagataaacagttgactaagacagttt
gi|4 : atacatacacatataaaaacatgcatacacgtgtatatacacattgcccacaccttAA-TGTTA--A--TAATA-AAACAATA-C---------------------A---------------------GAGCAATAATAAAAGCCAAAGGATAA----GTAAA-CATATAACTTAAA-CATGGTA----AAATTAAAGGTTCATAAAGTGCAGATAAA-----GA-------AGTGTGGTACAAATACAGATGATATTTTGTGATGATATACAA-AAACTAGAGCATACTGAAGCAAAG-------AGAATAAAGCACATGCAATATTCACAGTTAAGCATT-----CATTAAAGTACATTGCACGGGTAGGAGGCACATCTATGTACACATTTAGCGCCTACAGGTTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTTTTTA-AAGTTTTCTGTCTTCGTGA--TGTA-ATT-TGG-GAGGCTGTtt
gi|5 : atatatatatatatatatataccattacagtgactacactatatacatccatataaacagcagtcatattcgattctgtgtatgatctgagattatatcttaaaatttttataagcatatgagaaaaaTAAACAGTTGGCTTAGGCGGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAGAGTTT-A-GAGAATAAAGCACAT-TAA-AT-----TTTCAGTAT-GTAAGCACGAAAATATATAGCAAGGGTATGAGGCACATCTATGTATATATATAACATCTACAGGCTAGACCGGTCCAGGTG-----CAGTATCCCAAACTCCTGG-AAGTTTTCAGTCTTCTT--------------------------------CTGAGTTGCCGCGAACCAAAATGATCTCTTATCATACATATCAGTTTTGACAAA-TGGAATTTCT--GCAGTTTTCATACTTGAATGAATATTTAG-ATTTT----TTTTA----ATTTT-------------ACATGGTTTATATAGGTATTTAAATGTTTTCAATGCGATG-CTTTCATTCCACTTAGGTG
gi|6 : gccCAGTAACAAAGATACATATCATGT----AT--------GTTAA----------C-TT-----AG-------CAAAAGCATA--CTAGCA----C----ACTCA--TAT----ACA--CT-CACACACAT--ACATACAAATACATACACAT------ATACA-CGCATGCATA--CACA---------AC--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TAAACAGCACCC------ACA----------C--ATACAAAG----TA--CTCATG-C-ATACACAACC-----------------------------AT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATATACA---------CCTGCA------------------TACATTC------AT-----------------ACATAT----ATACAC---TCACAC-ACACTCACACATATCCACAC-----AAGTATTTAAATT-TTAGTA--AAATA-ATACTATCTCAGGTTAATAATAGAACAATAAA---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAATAAATAA---AGCTAAAATCAAGCTAAAATAAATTAG-----CATAGAcacgtctggcacatt
gi|7 : gaTTTT-TTTTACTAA----------CATG-----CAT--ATAGCATAAGCATA--C----A----T----GT-CA--TTT----ATT--CT-CACACACAC--A--------------TACAT------AC-----------ATA--CACA---------TC--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TAAACAGCAACC------AAA----------C--ATACAAAG----TA--CTTGTG-C-ATACACAACC-T---TA-----ATA-ATATTCC-CATACATAATATACA---GTACAAACCCTCTCATATACA---------CCTGCATACATTCATACA--TATAAACAc
gi|8 : gacatttacgtaaagaagcaaaatgtttcaaacaaatattcattgAGTAACAATGATACATAACATGTTAACATTTT-TTCT---TA----------CATG-----CAT--AAAGCATAAGCATATTC----ATATTC----ACACA--CAT----AC----A-TATATACAT--A--------------CACAT------ATACA-CACATGCATA--CACA---------TT--CAT--ATACAGAT----TGCCCA-C-------------ACTTTCGTAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--ATATAA------TA--CTCGTGCC-ATACACAACTGT---TATTCCCACATATAT--c
gi|9 : AAAGATATAAATCATGTTAACATTTT-TTTTTTTTAAATGTTTGTAC-TTACATGCAT--ATAGCATAAGCACA--C----A----CATA-GCATA--CATGCAAACG--CA-TGCACCCAT--A--------------TATAC------ACGCA-CACATGCATA--TACA---------TATCCAT--GTACACAT----TGCCCA-CATATGCACACAAAACCTTCATAT----------ACATA----------atat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATATCATAACAGTGCCCGTATACACGTGCATACAGGCAGCAGTTATATTAGATTGTGTGTATGATCTGAGATAACATGTGCACAATAAACTGTCATCATACAATTCTTTACAGGCATATGAGAAA
Unaligned ( gi|18 ): GCACACATACCTAAATTGAATATTATATAAACATAAATACATACATATATAATGAGTATACATGAAACATTCACACTCATACGGGTTGTTCATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 777777777777777777777777777777 22222222222222 111 11111111111111 222222222222222 111111111 1111111111111 2222222222 1111111111 1111111111 55555555555555555555555555555 111111111 111111 11111111 1111111 1111 11 22222 222 22222 2222222222222222222222222222222222222222222 11 1111 22222 11 44444444444 1 222222 22222 1 666666666666666 1 22 2222222222222222 1 1 1
lowQualScore : 0 5 5 3 5 999999999999999999999999999999 66 88888888888888 1 9999 111 55 44 99999999999999 000000000000000 33 1 44 333333333 555 44 7777 3 8888888888888 6666666666 1 999999 4444444444 44 0 7777777777 2 2 3 3 44444444444444444444444444444 55 777 666666666 1 4 3 55 11 444444 4 88888888 3333333 66 0000 0 999 55 6 00000 6 555 44444 0 99 0 7777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3 00 99 7777 00000 0 7777777777 66 00 00 3 77777777777 0 777777 6 3 55555 1 99 0 0 1 1 1 777 2 2 3 00 0 0 0 2 555555555555555 11 0 88 1 3 00 6 6666666666666666 6 2 0 2 2 6 0
lowQualScore : . . . . . .............................. .. .............. . .... ... .. .. .............. ............... .. . .. ......... ... .. .... . ............. .......... . ...... .......... .. . .......... . . . . ............................. .. ... ......... . . . .. .. ...... . ........ ....... .. .... . ... .. . ..... . ... ..... . .. . ........................................... . . . . .. .. .... ..... . .......... .. .. .. . ........... . ...... . . ..... . .. . . . . . ... . . . .. . . . . ............... .. . .. . . .. . ................ . . . . . . .
lowQualScore : 7 1 0 9 4 444444444444444444444444444444 11 99999999999999 0 4444 666 44 66 66666666666666 222222222222222 66 4 66 333333333 222 22 1111 3 3333333333333 9999999999 0 666666 6666666666 66 2 1111111111 2 7 3 3 55555555555555555555555555555 88 888 000000000 3 2 0 00 11 444444 2 11111111 4444444 99 6666 5 666 99 7 00000 5 000 00000 8 44 8 0000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 8 88 44 0000 00000 8 2222222222 44 55 00 5 55555555555 0 222222 5 2 00000 0 00 2 2 0 0 0 555 5 5 2 55 0 2 2 5 555555555555555 00 7 33 0 3 77 7 7777777777777777 7 0 7 0 0 7 7
consensus : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-CA----TAT--A--GCATAAGCATA--C----A----C----GCACATAT----ACG--CN-CACACACAT--A--------------CACA--------T------ACGCACGCATGCATA--CACA---------TN--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--ATACAAAG----TA--CTCGTG-C-ATACACAACC-T---TATTCCCATATATAT--C-CATACAT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATTCANACA--TATATACATTC------ACGCA--------CACGCATNCGC---ACA--TAC----ACACAC--GCATCGCAC-ACGCACACACATATCCACAC-----AAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
Reference ( family-1989 ) : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-------CGT--A--GCATAAGCATA--C----A----C----GCACATAT----ACG--CN-CACACACAT--A--------------CACA--------T------ACGCACGCATGCATA--CACA---------TN--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--ATACAAAG----TA--CTCGTG-C-ATACACAACC-T---TATTCCCATATATAT--C-CATACAT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATTCATACA--TATATACATTC------ACGCA--------CACGCATNCGC---ACA--TAC----ACACAC--GCATCGCAC-ACACACACACATATCCACAC-----AAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|1 : CAGCAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATT-A----------C-TT-------TTTTTA---CATAAGCATA--C----A----C----ACACTTAT----ATG--CA-CACACACAT--A--------------CACA--------T------ATGCACACATGCATG--CACA---------TG--CAT--ATACACAT----TGCTCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TGAACATCACCCACACATACAATACTCGTGCC--ATACACAACCGTTATTCTCNNN-N-NNNNNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNNCACACCAGTACACACCCTCTCATACACA---------TCTGCATACCTTCATACA--TATAAACATTC------ACACA--------CACGCTTTTGCCTGNNN--NNN----NNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNTATCCACAC-----AAGTATTTGAAAT-TTACAA--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAG-GTATAAATCAATAAATCATCTAACTAAAC-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCAGT-TAAAAACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TTGA-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGATAGGAGACACATCTATGAACACATAAAG---CTACAGGCTGGACCGGTTCAGGTGCGGATCAGTCTCTCA-------TGCAAATTTTCGGTTTTTCTGATGT-C--ATTAG-G-GAAACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCTAAATGATCTCTTACAATACATAACAGTTTTGAC-AGTTGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAGAATTTTAGAATTTTACAAGATTATACAAATATGGTGGAGAT-GTTTGTATAAGCATTTGAATGTTTCCAATGC-ATGCCACTGATTCTACTGAGCTG
gi|10 : --A--------------TACA--------A------ACACACG-A-GCATG--GACG---------TG--CAT--ATAC---------GCTAA-C-------------AC--------ACATA------------------A---------ACA----------C--ATACAGAA-----A--CACACG-C-ATGCACGA----------TCACATATGT-T--CGCATACAT------------T-CACGCACTTTAATGTATA-----------TGCG-ACAG-CACACA--TAAATGGA--C------ACGTA--------CATCTATACGC---ACA--TACGTGAACATAC--ACATCGCAa
gi|10 : ctcaCACGAGCATG--G----A----C----GTGCATAT----ACG--CT-AACACACATAAA--------------CACA--------TACAGAAACACACGCATGCACGATCACA---------TA--TGTTCGCATACAT----T-CACG-C-------------ACTTTAATGTATATG----------CG-ACAG----C------ACA----------C--ATA-AATG----GA--CACGTA-C-ATtggtagtgcatatact
gi|11 : ctcaatacaaacaTATATT----------TTAACAGCATCC------ACA----------C--ATACAAAA----TA--CTCATG-C-GTACACAACT-TA--TATTCCCAT-------------ACAT-ATATACA---GTACCCACCTTCTGATACACA---------CCTGCATATATTCATACA--TATATATACTC------ACACA--------CACGCATTTGC---ACA--CAC----ACACAC--GCActatacgcacatacgtgaacatacacatcgcatggtagtgcatatact
gi|12 : catcgtcgtcag--CAT--ATACAGAT----TGCCCA-C-------------ACTTTCATATACATA----------TGAACAGCACCC------A---------------ATACAA------TA--CTCATG-CCATACACAACCGT---TATTCCCATATATAT--------------ATACA---GTACACACCCTCTCATAAACA---------CCTGCATACATGTAAACATGTATATACA
gi|13 : ctTTA----------T-CT-------CGT--A-----CAAGCATA--C--------------GCATATAT----ACA--CT-CGCACGCAT--G--------------CACACACGTACGT------ACGCACACATGCACG--TACT---------TA--CTT--Aa
gi|15 : aaaggtattctaaataccattccattccattcttctctacctctctctcacaCATACAGA---------C-TACATACATGCACACA--CATACAAATAT------ACGCATACAAATGTACGCATATGC---ATATGTAT----ACATACCTGCAT-GTAC-ATGCATACACATATACAAAC-----AAACATTTcttaat
gi|16 : taaaAC--A--------------CACA--------T------ATACACACATGCGTA--CACA---------TC--TAT--ATACACAT----TGTCCA-A-------------ACCTTCATATACATACATACACATATAAACAGCACCA------ACA----------C--ATCTAAA------------------ATACACAACC-TATATAT----ATATATAT--C-ataaatata
gi|17 : CAGTAGCAAAGATACATAACATTTAAACATTTT-TT
gi|19 : agatacaagaaactttatttttatgtcaaatgtacaaatataaaaaatataaaacactagctgtaaagctatttgcagaAGCAACAAAGATACATAACAT-------TTTT-TTTTA
gi|2 : aacaatataaaacactagctgtaaaactatttgccgaaCAGTAACAAAGATACATAACATGCTAACATTTTATTTTATTTA----------C-TTACATGCATAT--A--GCATAAGCATA--C----A----CTAAAACAAATAC----ACAAACA-TATATACAT--A--------------CACA--------T------ATACACACATGCATT--CACA---------TT--CAT--ATACAGAT----TGTCCA-C-------------ACTTTCATATACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--------AG----T---------------------------TATTCCCATATATAT-------ATAT-ATATACA---GTACAAACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATGCATACA--TATATACATTC------ACACA--------GACGCATT-----------TAC-------------CA--GCAC-ACACATACACATATCCACAC-----AAGTATTT------TTA--A--AA-TT-ATACTATCTC---------------------AGGTTAATAATAAAGCAATACAGAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAACCAT-TAACTAAAG-CATGTTA----AAATCAA-----CATAAAGTGCAGTTA-----------AAGA---------------ACAGATGGCATTT-----------ACAAGAAACTAAAGAATACTAAAGCAAAG-TT-AAGAGAATAAAGCACATATAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGGGAGTATGTGGCAAGGGTATGAGGCACATCTACGAACACATAAAGCATCTACGGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGTATCAGTCTCCCGAACTCCTTG-AAATTTTCGGTTTTCCTGA--T-TTCATT-T-GTGAGACTGTTCCAAACCTGAGCTGCCTCGAACCC-AATGATCTCTTACCATACATAGCAGTTTTGAC-AG---------CTGCGCAATTTCCAAACCTGAAAGAA------------T--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTAGTTTGGATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCAATACCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|20 : aGCACATACTAAAGCA--TGCATGCATGC------ACGCA--------CGCGCACACGC---ACG--TAC----ACACAC--GCA-CGTAC-cagtgttggcatatt
gi|3 : acATACAT--A--------------CACA--------T------ATAAAAACATGCATA--CACG---------TG--TAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATACATACACATATAAACAGCACCC------ACA----------T--ATACAAAG----AA--TGCATG-C-ATACACAACC-T---T---------TATTT--C-CATATAT-ATATACA---GTACACAGCATCTCATACACA---------CATGCATACATTCATACT--TATAT
gi|3 : CATATACATA--C----A----T----ACACATAT----AAA--CAGCACCCACAT--A--------------TACA---------------AAGAATGCATGCATA--CACAACCTTTATTTC--CAT--ATATATATACAGTACACAGC-------------ATC-TCATACACACA----------TGCATA-CATTC------ATA----------CTTATATGANN----NN--NNNNNN-N-NNNNNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NTACAAA---GTAGGCA----TGCATACACAACCTTTATTCCCATATATATTTAAACA---GTACACACTCTCTCATATACA--------CATGCATACAT---TCA--TAC----ATATAT--GCAT-GCACAACACACACATCTATCCACATATTTGAAGTATTTGAA-A-TTA--AGTAAATTAATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTGAAACCAGAGGATATATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAATGCAGATAAACAGTTGACTAAGACAGTgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaagtaggcatgcatacacaacctttattcccatatatatttaaacagtacacactctctcatatacacatgcatacattcatacatatatgcatgcacaacacacacatctatccacatatttgaagtatttgaaattaagtaaattaatactatctcagagcaagaattgaaaccagaggatatatcagtaaatcatctaactaaagcatgttaaaattaacataaaatgcagataaacagttgactaagacagttt
gi|4 : atacatacacatataaaaacatgcatacacgtgtatatacacattgcccacaccttAA-TGTTA--A--TAATA-AAACAATA-C---------------------A---------------------GAGCAATAATAAAAGCCAAAGGATAA----GTAAA-CATATAACTTAAA-CATGGTA----AAATTAAAGGTTCATAAAGTGCAGATAAA-----GA-------AGTGTGGTACAAATACAGATGATATTTTGTGATGATATACAA-AAACTAGAGCATACTGAAGCAAAG-------AGAATAAAGCACATGCAATATTCACAGTTAAGCATT-----CATTAAAGTACATTGCACGGGTAGGAGGCACATCTATGTACACATTTAGCGCCTACAGGTTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTTTTTA-AAGTTTTCTGTCTTCGTGA--TGTA-ATT-TGG-GAGGCTGTtt
gi|5 : atatatatatatatatatataccattacagtgactacactatatacatccatataaacagcagtcatattcgattctgtgtatgatctgagattatatcttaaaatttttataagcatatgagaaaaaTAAACAGTTGGCTTAGGCGGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAGAGTTT-A-GAGAATAAAGCACAT-TAA-AT-----TTTCAGTAT-GTAAGCACGAAAATATATAGCAAGGGTATGAGGCACATCTATGTATATATATAACATCTACAGGCTAGACCGGTCCAGGTG-----CAGTATCCCAAACTCCTGG-AAGTTTTCAGTCTTCTT--------------------------------CTGAGTTGCCGCGAACCAAAATGATCTCTTATCATACATATCAGTTTTGACAAA-TGGAATTTCT--GCAGTTTTCATACTTGAATGAATATTTAG-ATTTT----TTTTA----ATTTT-------------ACATGGTTTATATAGGTATTTAAATGTTTTCAATGCGATG-CTTTCATTCCACTTAGGTG
gi|6 : gccCAGTAACAAAGATACATATCATGT----AT--------GTTAA----------C-TT------------A--GCAAAAGCATA--CTAGCA----C----ACTCATAT----ACA--CT-CACACACAT--ACATACAAATACATACACA--------T------ATACACGCATGCATA--CACA---------AC--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TAAACAGCACCC------ACA----------C--ATACAAAG----TA--CTCATG-C-ATACACAACC-----------------------------AT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATATACA---------CCTGCA------------------TACATTC------AT-------------------------ACA--TAT----ATACAC-----TCACAC-ACACTCACACATATCCACAC-----AAGTATTTAAATT-TTAGTA--AAATA-ATACTATCTCAGGTTAATAATAGAACAATAAA---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAATAAATAA---AGCTAAAATCAAGCTAAAATAAATTAG-----CATAGAcacgtctggcacatt
gi|7 : gaTTTT-TTTTACTAA----------C-ATGCA----TAT--A--GCATAAGCATA--C----A----T----GT-CATTT----ATT--CT-CACACACAC--A--------------TACA--------T------AC----------ATA--CACA---------TC--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATA----------TAAACAGCAACC------AAA----------C--ATACAAAG----TA--CTTGTG-C-ATACACAACC-T---TA-----ATA-ATATTCC-CATACATAATATACA---GTACAAACCCTCTCATATACA---------CCTGCATACATTCATACA--TATAAACAc
gi|8 : gacatttacgtaaagaagcaaaatgtttcaaacaaatattcattgAGTAACAATGATACATAACATGTTAACATTTT-TTCT---TA----------CATG-------CAT--AAAGCATAAGCATATTC----ATATTC----ACACACAT----AC----A-TATATACAT--A--------------CACA--------T------ATACACACATGCATA--CACA---------TT--CAT--ATACAGAT----TGCCCA-C-------------ACTTTCGTATACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--ATATAA------TA--CTCGTGCC-ATACACAACTGT---TATTCCCACATATAT--c
gi|9 : AAAGATATAAATCATGTTAACATTTT-TTTTTTTTAAATGTTTGTAC-TTACATGCATAT--A--GCATAAGCACA--C----A----CATA-GCATACATGCAAACG--CA-TGCACCCAT--A--------------TATA--------C------ACGCACACATGCATA--TACA---------TATCCAT--GTACACAT----TGCCCA-CATATGCACACAAAACCTTCATATACATA----------atat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATATCATAACAGTGCCCGTATACACGTGCATACAGGCAGCAGTTATATTAGATTGTGTGTATGATCTGAGATAACATGTGCACAATAAACTGTCATCATACAATTCTTTACAGGCATATGAGAAA
Unaligned ( gi|18 ): GCACACATACCTAAATTGAATATTATATAAACATAAATACATACATATATAATGAGTATACATGAAACATTCACACTCATACGGGTTGTTCATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333333333333 111111111 11111111111111 111111111 1111111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 55555555555555555555555555555 111111111 111111 11111111 1111111 1111 11 22222 222 22222 2222222222222222222222222222222222222222222 11 1111 22222 11 44444444444 1 222222 22222 1 666666666666666 1 22 2222222222222222 1 1 1
lowQualScore : 0 5 5 3 5 8888888888888888888 77 55 8888 888888888 8888 999 55 44 88888888888888 888888 3 3 0 44 222222222 444 33 7777 3 8888888888888 3333333333 3333333333 999999 4444444444 44 0 7777777777 2 2 3 3 44444444444444444444444444444 55 777 666666666 1 1 2 55 11 444444 4 88888888 3333333 66 0000 0 999 55 6 1 00000 6 555 44444 0 99 0 7777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3 00 99 7777 00000 0 7777777777 66 00 00 3 77777777777 0 777777 6 3 55555 1 99 0 0 1 1 1 777 2 2 3 00 0 0 0 2 555555555555555 11 0 88 1 3 00 6 6666666666666666 6 2 0 2 2 6 0
lowQualScore : . . . . . ................... .. .. .... ......... .... ... .. .. .............. ...... . . . .. ......... ... .. .... . ............. .......... .......... ...... .......... .. . .......... . . . . ............................. .. ... ......... . . . .. .. ...... . ........ ....... .. .... . ... .. . . ..... . ... ..... . .. . ........................................... . . . . .. .. .... ..... . .......... .. .. .. . ........... . ...... . . ..... . .. . . . . . ... . . . .. . . . . ............... .. . .. . . .. . ................ . . . . . . .
lowQualScore : 7 1 0 9 4 8888888888888888888 55 55 5555 888888888 5555 444 00 22 11111111111111 888888 7 1 5 22 333333333 999 99 1111 3 3333333333333 5555555555 5555555555 666666 6666666666 66 2 1111111111 2 7 3 3 55555555555555555555555555555 88 888 000000000 3 9 3 00 11 444444 2 11111111 4444444 99 6666 5 666 99 7 8 00000 5 000 00000 8 44 8 0000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 8 88 44 0000 00000 8 2222222222 44 55 00 5 55555555555 0 222222 5 2 00000 0 00 2 2 0 0 0 555 5 5 2 55 0 2 2 5 555555555555555 00 7 33 0 3 77 7 7777777777777777 7 0 7 0 0 7 7
consensus : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-----CATATA-GCATAAGCATA--C----A----C----GCACATAT----ACG--C-NCACACACAT--A--------------CACAT------ACGCA-CGCATGCATA--CACA---------TN--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--ATACAAAG----TA--CTCGTG-C-ATACACAACC-T---TATTCCCATATATAT--C-CATACAT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATTCANACA--TATATACATTC------ACGCA--------CACGCATNCGC---ACA--TAC----ACACAC--GCATCGCAC-ACGCACACACATATCCACAC-----AAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
Reference ( family-1989 ) : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-----CATATA-GCATAAGCATA--C----A----C----GCACATAT----ACG--C-NCACACACAT--A--------------CACAT------ACGCA-CGCATGCATA--CACA---------TN--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--ATACAAAG----TA--CTCGTG-C-ATACACAACC-T---TATTCCCATATATAT--C-CATACAT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATTCANACA--TATATACATTC------ACGCA--------CACGCATNCGC---ACA--TAC----ACACAC--GCATCGCAC-ACGCACACACATATCCACAC-----AAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|1 : CAGCAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATT-A----------C-TT-----TTTTTA--CATAAGCATA--C----A----C----ACACTTAT----ATG--C-ACACACACAT--A--------------CACAT------ATGCA-CACATGCATG--CACA---------TG--CAT--ATACACAT----TGCTCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TGAACATCACCCACACATACAATACTCGTGCC--ATACACAACCGTTATTCTCNNN-N-NNNNNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNNCACACCAGTACACACCCTCTCATACACA---------TCTGCATACCTTCATACA--TATAAACATTC------ACACA--------CACGCTTTTGCCTGNNN--NNN----NNNNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNTATCCACAC-----AAGTATTTGAAAT-TTACAA--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAG-GTATAAATCAATAAATCATCTAACTAAAC-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCAGT-TAAAAACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TTGA-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGATAGGAGACACATCTATGAACACATAAAG---CTACAGGCTGGACCGGTTCAGGTGCGGATCAGTCTCTCA-------TGCAAATTTTCGGTTTTTCTGATGT-C--ATTAG-G-GAAACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCTAAATGATCTCTTACAATACATAACAGTTTTGAC-AGTTGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAGAATTTTAGAATTTTACAAGATTATACAAATATGGTGGAGAT-GTTTGTATAAGCATTTGAATGTTTCCAATGC-ATGCCACTGATTCTACTGAGCTG
gi|10 : --A--------------TACAA------ACACA-CG-A-GCATG--GACG---------TG--CAT--ATAC---------GCTAA-C-------------AC------------------ACATA------------A---------------ACA----------C--ATACAGAA-----A--CACACG-C-ATGCACGA----------TCACATATGT-T--CGCATACAT--T-----------CACGCACTTTAATGTATA-----------TGCG-ACA-GCACACA--TAAATGGA--C------ACGTA--------CATCTATACGC---ACA--TACGTGAACATAC--ACATCGCAa
gi|10 : ctcaCACGAGCATG--G----A----C----GTGCATAT----ACG--C-TAACACACATAAA--------------CACATACAGAAACACA-CGCATGCACGATCACA---------TA--TGTTCGCATACAT----T-CACG-C-------------ACTTTAATGT----------ATATG----------CG-ACAG----C------ACA----------C--ATA-AATG----GA--CACGTA-C-ATtggtagtgcatatact
gi|10 : ctcaatacaaacaCATAAATGGA--C----A----C----GTACATCT----ATA--C-GCACATACGT--G--------------AACAT------ACACATCGCATG-GTA-----G---------TG--CAT--ATACctatacgcacatacgtgaacatacacatcgcatggtagtgcatatact
gi|11 : ctcaatacaaacacacgagcatggacgtgcatatacgctaacacacataaacacatacagaaacacacgcatgcacgatcacatatgttcgcatacattcacgcactttaatgtatatgcgacagcacaT----------ATATT----------TTAACAGCATCC------ACA----------C--ATACAAAA----TA--CTCATG-C-GTACACAACT-TA--TATTCCCAT-------------ACAT-ATATACA---GTACCCACCTTCTGATACACA---------CCTGCATATATTCATACA--TATATATACTC------ACACA--------CACGCATTTGC---ACA--CAC----ACACAC--GCAt
gi|12 : catcgtcgtcag--CAT--ATACAGAT----TGCCCA-C-------------ACTTTCATAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------A---------------ATACAA------TA--CTCATG-CCATACACAACCGT---TATTCCCATATATAT--------------ATACA---GTACACACCCTCTCATAAACA---------CCTGCATACATGTAAACATGTATATACA
gi|13 : ctTTA----------T-CT-----CGTACAAGCATACGCATA--T----A----T----ACACTCGC----ACG--C-ATGCACACAC--G--------------TACGT------ACGCA-CACATGCACG--TACT---------TA--CTT--Aa
gi|15 : aaaggtattctaaataccattccattccattcttctctacctctctctcacaCATACAGA---------C-TACATACATGCACACA--CATACAAATAT------ACGCATACAAATGTACGCATATGC---ATATGTAT----ACATACCTGCAT-GTAC-ATGCATACACATATACAAAC-----AAACATTTcttaat
gi|16 : taaaAC--A--------------CACAT------ATACA-CACATGCGTA--CACA---------TC--TAT--ATACACAT----TGTCCA-A-------------ACCTTCATAT----------ACATACATACACATATAAACAGCACCA------ACA----------C--ATCTAAA------------------ATACACAACC-TATATAT----ATATATAT--C-ataaatata
gi|17 : CAGTAGCAAAGATACATAACATTTAAACATTTT-TT
gi|19 : agatacaagaaactttatttttatgtcaaatgtacaaatataaaaaatataaaacactagctgtaaagctatttgcagaAGCAACAAAGATACATAACAT-------TTTT-TTTTA
gi|2 : aacaatataaaacactagctgtaaaactatttgccgaaCAGTAACAAAGATACATAACATGCTAACATTTTATTTTATTTA----------C-TTACATGCATATA-GCATAAGCATA--C----A----CTAAAACAAATAC----ACAAAC-ATATATACAT--A--------------CACAT------ATACA-CACATGCATT--CACA---------TT--CAT--ATACAGAT----TGTCCA-C-------------ACTTTCATAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--------AG----T---------------------------TATTCCCATATATAT-------ATAT-ATATACA---GTACAAACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATGCATACA--TATATACATTC------ACACA--------GACGCATT-----------TAC-------------CA--GCAC-ACACATACACATATCCACAC-----AAGTATTT------TTA--A--AA-TT-ATACTATCTC---------------------AGGTTAATAATAAAGCAATACAGAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAACCAT-TAACTAAAG-CATGTTA----AAATCAA-----CATAAAGTGCAGTTA-----------AAGA---------------ACAGATGGCATTT-----------ACAAGAAACTAAAGAATACTAAAGCAAAG-TT-AAGAGAATAAAGCACATATAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGGGAGTATGTGGCAAGGGTATGAGGCACATCTACGAACACATAAAGCATCTACGGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGTATCAGTCTCCCGAACTCCTTG-AAATTTTCGGTTTTCCTGA--T-TTCATT-T-GTGAGACTGTTCCAAACCTGAGCTGCCTCGAACCC-AATGATCTCTTACCATACATAGCAGTTTTGAC-AG---------CTGCGCAATTTCCAAACCTGAAAGAA------------T--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTAGTTTGGATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCAATACCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|20 : aGCACATACTAAAGCA--TGCATGCATGC------ACGCA--------CGCGCACACGC---ACG--TAC----ACACAC--GCA-CGTAC-cagtgttggcatatt
gi|3 : acATACAT--A--------------CACAT------ATAAA-AACATGCATA--CACG---------TG--TAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATATACATACATACACATA----------TAAACAGCACCC------ACA----------T--ATACAAAG----AA--TGCATG-C-ATACACAACC-T---T---------TATTT--C-CATATAT-ATATACA---GTACACAGCATCTCATACACA---------CATGCATACATTCATACT--TATAT
gi|3 : ----------C-TT-----CATATA--------CATA--C----A----T----ACACATAT----AAA--CAGCACCCACAT--A--------------TACA-------AAGAA-TGCATGCATA--CACAACCTTTATTTC--CAT--ATATATATACAGTACACAGC-------------ATC-TCATAC----------ACACA----------TGCATA-CATTC------ATA----------CTTATATGANN----NN--NNNNNN-N-NNNNNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NTACAAA---GTAGGCA----TGCATACACAACCTTTATTCCCATATATATTTAAACA---GTACACACTCTCTCATATACA--------CATGCATACAT---TCA--TAC----ATATAT--GCAT-GCACAACACACACATCTATCCACATATTTGAAGTATTTGAA-A-TTA--AGTAAATTAATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTGAAACCAGAGGATATATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAATGCAGATAAACAGTTGACTAAGACAGTgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaagtaggcatgcatacacaacctttattcccatatatatttaaacagtacacactctctcatatacacatgcatacattcatacatatatgcatgcacaacacacacatctatccacatatttgaagtatttgaaattaagtaaattaatactatctcagagcaagaattgaaaccagaggatatatcagtaaatcatctaactaaagcatgttaaaattaacataaaatgcagataaacagttgactaagacagttt
gi|4 : atacatacacatataaaaacatgcatacacgtgtatatacacattgcccacacAA-TGTTA--A--TAATA-AAACAATA-C---------------------A---------------------GAGCAATAATAAAAGCCAAAGGATAA----GTAAA-CATATAACTTAAA-CATGGTA----AAATTAAAGGTTCATAAAGTGCAGATAAA-----GA-------AGTGTGGTACAAATACAGATGATATTTTGTGATGATATACAA-AAACTAGAGCATACTGAAGCAAAG-------AGAATAAAGCACATGCAATATTCACAGTTAAGCATT-----CATTAAAGTACATTGCACGGGTAGGAGGCACATCTATGTACACATTTAGCGCCTACAGGTTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTTTTTA-AAGTTTTCTGTCTTCGTGA--TGTA-ATT-TGG-GAGGCTGTtt
gi|5 : atatatatatatatatatataccattacagtgactacactatatacatccatataaacagcagtcatattcgattctgtgtatgatctgagattatatcttaaaatttttataagcatatgagaaaaaTAAACAGTTGGCTTAGGCGGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAGAGTTT-A-GAGAATAAAGCACAT-TAA-AT-----TTTCAGTAT-GTAAGCACGAAAATATATAGCAAGGGTATGAGGCACATCTATGTATATATATAACATCTACAGGCTAGACCGGTCCAGGTG-----CAGTATCCCAAACTCCTGG-AAGTTTTCAGTCTTCTT--------------------------------CTGAGTTGCCGCGAACCAAAATGATCTCTTATCATACATATCAGTTTTGACAAA-TGGAATTTCT--GCAGTTTTCATACTTGAATGAATATTTAG-ATTTT----TTTTA----ATTTT-------------ACATGGTTTATATAGGTATTTAAATGTTTTCAATGCGATG-CTTTCATTCCACTTAGGTG
gi|6 : gccCAGTAACAAAGATACATATCATGT----AT--------GTTAA----------C-TT----------A-GCAAAAGCATA--CTAGCA----C----ACTCATAT----ACA--C-TCACACACAT--ACATACAAATACATACACAT------ATACA-CGCATGCATA--CACA---------AC--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TAAACAGCACCC------ACA----------C--ATACAAAG----TA--CTCATG-C-ATACACAACC-----------------------------AT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATATACA---------CCTGCA------------------TACATTC------AT-------------------------ACA--TAT----ATACAC-----TCACAC-ACACTCACACATATCCACAC-----AAGTATTTAAATT-TTAGTA--AAATA-ATACTATCTCAGGTTAATAATAGAACAATAAA---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAATAAATAA---AGCTAAAATCAAGCTAAAATAAATTAG-----CATAGAcacgtctggcacatt
gi|7 : gaTTTT-TTTTACTAA----------CATG-----CATATA-GCATAAGCATA--C----A----T----GT-CATTT----ATT--C-TCACACACAC--A--------------TACAT------AC-----------ATA--CACA---------TC--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TAAACAGCAACC------AAA----------C--ATACAAAG----TA--CTTGTG-C-ATACACAACC-T---TA-----ATA-ATATTCC-CATACATAATATACA---GTACAAACCCTCTCATATACA---------CCTGCATACATTCATACA--TATAAACAc
gi|8 : gacatttacgtaaagaagcaaaatgtttcaaacaaatattcattgAGTAACAATGATACATAACATGTTAACATTTT-TTCT---TA----------CATG-----CATAAA-GCATAAGCATATTC----ATATTC----ACACACAT----AC-----ATATATACAT--A--------------CACAT------ATACA-CACATGCATA--CACA---------TT--CAT--ATACAGAT----TGCCCA-C-------------ACTTTCGTAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--ATATAA------TA--CTCGTGCC-ATACACAACTGT---TATTCCCACATATAT--c
gi|9 : AAAGATATAAATCATGTTAACATTTT-TTTTTTTTAAATGTTTGTAC-TTACATGCATATA-GCATAAGCACA--C----A----CATA-GCATACATGCAAACG--C-ATGCACCCAT--A--------------TATAC------ACGCA-CACATGCATA--TACA---------TATCCAT--GTACACAT----TGCCCA-CATATGCACACAAAACCTTCATAT----------ACATA----------atat
blockSeqs : A A A T AATGTTTGTACTTACATG AG TT TAGC CTAAA GCAA AAA AG AA CATACAAATACATA ACAGAA A T AT ACCTTTATT ATC TC ACAG G ATATGCACACAAA ACATACATAC CATACACATA . . TT TGGA A A C C NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN AA . ACCTTTATT T G C TG CT TCTCAT G TACAAATG ACGC TG GTGA CTG TC A G ATTTG G TG AGT TA AGGTTAATAATAAAGCAATACA T C TC AT AAAT AGGTT CAGTTGACTA AC AC T TGTGATGATAT G TTAA A T TCACA T CG T A A CAT C T A . G TTTCATTTGT GA AA G A T G TATTTAGATTTT C G A A C
blockSeqs : T . A T CTTACATG G . . TATTC . G T . . . A . . . G . . . . . . . . . AATA A G . . TCACATATGTTCGCATAC A . . T T T . TA . A . TTGC . . A TC . A . A TT GTA T AGGTTAATAATAGAACAATAAA G T TA G . . CAGTTGGCTT GC AT T . . TTTA G T . A T G T T CGC C G A . G TGTAATTTGG GG C T . . . TA . . G G .
blockSeqs : T . G A CATG G . . CATA . A G . . . A . . . A . . . . . . . . . AGAA T A . . TTAATAATATTCCCATAC A . . T G A . TT . G . ATGC . . G T . A . . A A A A A T T G . . GA A . . . . . . . . A G T T T CAT . . A . . . .
blockSeqs : T . A A CATG G . . C . G A . . . G . . . G . . . . . . . . . NNNN T A . . GTTATTCCCATATATAT A . . T G C . TG . A . ACGC . . G C . A . . A A A T . . A . . A .
blockSeqs : . . T T TCT G . . C . A A . . . A . . . A . . . . . . . . . AGTA G A . . TATTCCCATATATATAT N . . C G T . CT . G . ACAT . . G T .
blockSeqs : . . . T CTT G . . T . A T . . . A . . . C . . . . . . . . . AGTA N N . . TATATTCCCATAC A . . T T A . TT . A . T . . . .
blockSeqs : . CTT . . . T . T T . . . A . . . T . . . . . . . . . AAA T A . . TTTATTTCCATAT . . . T T T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . G A . . . G . . . G . . . . . . . . . AGT T G . . . . . . T T A .
blockSeqs : . . T . . A . . . A . . . C . . . . . . . . . TA T G . . . . T T .
blockSeqs : . . . A . . . C . . . . . . . . . TA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . C . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : G* ****** ********** AGTA****** TATATTCCCATAT**************** *** ACGC*** TC A****
originalCons : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-----CATATA-GCATAAGCATA--C----A----C----GCACATAT----ACG--C-NCACACACAT--A--------------CACAT------ACGCA-CGCATGCATA--CACA---------TN--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--ATACAAAG----TA--CTCGTG-C-ATACACAACC-T---TATTCCCATATATAT--C-CATACAT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATTCANACA--TATATACATTC------ACGCA--------CACGCATNCGC---ACA--TAC----ACACAC--GCATCGCAC-ACGCACACACATATCCACAC-----AAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
finalCons : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-----CATATAG-CATAAGCATA--C----A----C----GCACATAT----ACG--C-NCACACACAT--A--------------CACAT------ACGCA-CGCATGCATA--CACA---------TN--CAT--ATACACAT----TGCCCA-C-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TGAACAGCACCC------ACA----------C--ATACAAAGTA------CTCGTG-C-ATACACAACCTATATTCCCATAT----------------AT-ATATACA---GTACACACCCTCTCATACACA---------CCTGCATACATTCANACA--TATATACATTC------ACGCA--------CACGCATACGC---ACA--TAC----ACACAC--GCATCGCAC-ACGCACACACATATCCACAC-----AAGTATTTGAA-T-TTAA----AAATT-ATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATATCATAACAGTGCCCGTATACACGTGCATACAGGCAGCAGTTATATTAGATTGTGTGTATGATCTGAGATAACATGTGCACAATAAACTGTCATCATACAATTCTTTACAGGCATATGAGAAA
Unaligned ( gi|18 ): GCACACATACCTAAATTGAATATTATATAAACATAAATACATACATATATAATGAGTATACATGAAACATTCACACTCATACGGGTTGTTCATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444444444444 111111111 1111 111111 22222222222222 22222222222222222 1111111111111 1111111111 1111111111111111 1111111 44444444444444444 111111111 222 22222 2222222222222222222222222222222222222222222 11 1111 22222 11 44444444444 1 222222 22222 1 666666666666666 1 22 2222222222222222 1 1 1
lowQualScore : 0 5 5 3 7 99999999999999999999 1 9999999 999999999 4 8888 1111 1 000000 3 666 44 44444444444444 999999 2 1 99 44 00000000000000000 77 999999 8888888888888 3333333333 4444444444444444 88888 888 3 0 3 3 3333333 5 0 3 55 2 66 3 44444444444444444 3 0 7 666666666 0 2 6 555 44444 0 1 8 0 7777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3 00 99 7777 00000 0 7777777777 66 00 00 3 77777777777 0 777777 6 3 55555 1 99 0 0 1 1 1 777 2 2 3 00 0 0 0 2 555555555555555 11 0 88 1 3 00 6 6666666666666666 6 2 0 2 2 6 0
lowQualScore : . . . . . .................... . ....... ......... . .... .... . ...... . ... .. .............. ...... . . .. .. ................. .. ...... ............. .......... ................ ..... ... . . . . ....... . . . .. . .. . ................. . . . ......... . . . ... ..... . . . . ........................................... . . . . .. .. .... ..... . .......... .. .. .. . ........... . ...... . . ..... . .. . . . . . ... . . . .. . . . . ............... .. . .. . . .. . ................ . . . . . . .
lowQualScore : 7 1 0 9 6 33333333333333333333 6 0000000 777777777 0 5555 8888 0 555555 6 444 66 22222222222222 666666 2 4 22 66 00000000000000000 33 666666 3333333333333 5555555555 8888888888888888 33333 888 0 5 6 6 4444444 2 1 6 55 6 11 2 00000000000000000 3 8 0 111111111 8 5 5 000 00000 8 4 0 8 0000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 8 88 44 0000 00000 8 2222222222 44 55 00 5 55555555555 0 222222 5 2 00000 0 00 2 2 0 0 0 555 5 5 2 55 0 2 2 5 555555555555555 00 7 33 0 3 77 7 7777777777777777 7 0 7 0 0 7 7
consensus : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTNA----------C-TT-----CATATAGCATAAGCATA--C----A----C----GC-ACATAT----AC-G--CACAC------A-CA---CAT--A--------------CACAT------ACGCACGCA--TGCATA--CACA-------------TN--CAT--ATACA------CATTGCCCAC-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TG--A-ACAGCACCCA-----CACATACAAAGTACTCGTG-C-ATACACAACCT-----NTATTCCCATATAT-ATATA--CAGTACACACCCTCTCATACACACCTGCATACATTCATACA--TATATACATTCACACACACGCATTCGC---ACATACACACACGCATCGCACACACATACACATATCCGCACAAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATTA-TACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
Reference ( family-1989 ) : CAGTAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATTTA----------C-TT-----CATATAGCATAAGCATA--C----A----C----GC-ACATAT----AC-G--CNCAC------A-CA---CAT--A--------------CACAT------ACGCACGCA--TGCATA--CACA-------------TN--CAT--ATACA------CATTGCCCAC-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TG--A-ACAGCACCCA-----CACATACAAAGTACTCGTG-C-ATACACAACCT-----ATATTCCCATATAT-ATATA--CAGTACACACCCTCTCATACACACCTGCATACATTCANACA--TATATACATTCACGCACACGCATACGC---ACATACACACACGCATCGCACACGCACACACATATCCACACAAGTATTTGAA-T-TTA--A--AAATTA-TACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TT-A-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTANGTATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGGTANGAGGCACATCTATGNACACATANAGCGTCTACAGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTCCTTG-AAGTTTTCGGTCTTCCTGA--T-T--ATT-T-G-GAGACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCNAAATGATCTCTTACCATACATANCAGTTTTGAC-AG-TGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAG-ATTTT--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTGGTTTGTATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCGATGCCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|1 : CAGCAACAAAGATACATAACATGTTAACATTTT-TTTTATT-A----------C-TT-----TTTTTA-CATAAGCATA--C----A----C----AC-ACTTAT----AT-G--CACACACACATA-CA---CAT--ATG------------CACAC------ATGCATGCACATGCATA--TACACATTGCTCACACCTT--CAT--ATACATATGAACATCACCCAC-------------ACATACA-AT----------ACTCG----------TGCCATACA-CAACCGTTATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNC-ACAC---CAGTACACACCCTCTCATACACATCTGCATACCTTCATACA--TATAAACATTCACACACACGCTTTTGCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCACACAAGTATTTGAAAT-TTACAA--AAATTA-TACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAG-GTATAAATCAATAAATCATCTAACTAAAC-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAGTGCAGATAAACAGTTGACTAAGGCAGTGCAGT-TAAAAACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAAAG-TTGA-GAGAATAAAGCACATGTAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGAGAGTATGTGGCAAGGATAGGAGACACATCTATGAACACATAAAG---CTACAGGCTGGACCGGTTCAGGTGCGGATCAGTCTCTCA-------TGCAAATTTTCGGTTTTTCTGATGT-C--ATTAG-G-GAAACTGTTCCAAACCTGAGCCGCCTCGAACCTAAATGATCTCTTACAATACATAACAGTTTTGAC-AGTTGGAATTTCTGCGCAATTTTCATACCTGAAAGAATATTTAGAATTTTAGAATTTTACAAGATTATACAAATATGGTGGAGAT-GTTTGTATAAGCATTTGAATGTTTCCAATGC-ATGCCACTGATTCTACTGAGCTG
gi|10 : CACGAGCATG--G----A----C----GT-GCATAT----AC-G--CTAAC------A-CA---CATAAA--------------CACATACAGAAACACACGCA--TGCACGATCACA-------------TA--TGTTCGCATA------CATT-CACGC-------------ACTTTAATGT----------ATATG----------CG----ACAG----CA-----CACATA-AATGGACACGTA-C-AT-------CT-----ATA--CGCACATAC-GTGAA--CA-TACACATCa
gi|11 : ctcaatacaaacaT----------ATATT----------TT--A-ACAGCATCCA-----CACATACAAAATACTCATG-C-GTACACAACTT-----ATATTCCCATACAT-ATATA--CAGTACCCACCTTCTGATACACACCTGCATATATTCATACA--TATATATACTCACACACACGCATTTGC---ACACACACACACGCAgcatggtagtgcatatact
gi|12 : catcgtcgtcag--CAT--ATACA------GATTGCCCAC-------------ACTTTCATAT----------ACATA----------TG--A-ACAGCACCCA--------ATACAA--TACTCATG-CCATACACAACCG-----TTATTCCCATATAT-ATATA--CAGTACACACCCTCTCATAAACACCTGCATACATGTAAACATGTATATACA
gi|13 : ctTCA----------C-AT-----TATCTCGTACAAGCAT--------A----C----GC-ATATAT----AC-A--CTCGC------A-CG---CAT--G--------------CACAC------ACGTACGTA--CGC--A--CACA-------------TG--CAC--GTACa
gi|15 : aaaggtattctaaataccattccattccattcttctctacctctctcTAAACATA--C----A----G----ACTACATAC----AT-G--CACAC------A-CA---TAC--A--------------AATAT------ACGCATACAAATGTACG--CATA-------------TG--CAT--ATGTA------TA-----CAT-------------ACCTGCATGT----------ACAT--------------------GCATACA-----CATATACAAAttacttacttaat
gi|16 : AC--A--------------CACAT------ATACACACA--TGCGTA--CACA-------------TC--TAT--ATACA------CATTGTCCAA-------------ACCTTCATATACATACATACACATA----------TA--A-ACAGCACCAA-----CACATCTAAA------------ATACACAACCT-----ATAT----ATATAT-ATATcaaacatttataaatata
gi|17 : CAGTAGCAAAGATACATAACATTTAAACATTTT-TTc
gi|19 : agatacaagaaactttatttttatgtcaaatgtacaaatataaaaaatataaaacactagctgtaaagctatttgcagaAGCAACAAAGATACATAACAT-------TTTT-TTTTA
gi|2 : aacaatataaaacactagctgtaaaactatttgccgaaCAGTAACAAAGATACATAACATGCTAACATTTTATTTTATTTA----------C-TTACATGCATATAGCATAAGCATA--C----A----CTAAAAC-AAATAC----AC-AAACATAT------A-TA---CAT--A--------------CACAT------ATACACACA--TGCATT--CACA-------------TT--CAT--ATACA------GATTGTCCAC-------------ACTTTCATAT----------ACATA----------TG--A-ACAGCACCCA-----CACA------------GT--T-ATTCCCA---T-----ATAT----ATATAT-ATATA--CAGTACAAACCCTCTCATACACACCTGCATACATGCATACA--TATATACATTCACACAGACGCATT---------TAC-------CA--GCACACACATACACATATCCACACAAGTATTT------TTA--A--AA-TTA-TACTATCTC---------------------AGGTTAATAATAAAGCAATACAGAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAGTAAACCAT-TAACTAAAG-CATGTTA----AAATCAA-----CATAAAGTGCAGTTA-----------AAGA---------------ACAGATGGCATTT-----------ACAAGAAACTAAAGAATACTAAAGCAAAG-TT-AAGAGAATAAAGCACATATAATAT-----GTTATATATCGTAGGCGTGGGAGTATGTGGCAAGGGTATGAGGCACATCTACGAACACATAAAGCATCTACGGGCTGGACCGGTCCAGGTGCGTATCAGTCTCCCGAACTCCTTG-AAATTTTCGGTTTTCCTGA--T-TTCATT-T-GTGAGACTGTTCCAAACCTGAGCTGCCTCGAACCC-AATGATCTCTTACCATACATAGCAGTTTTGAC-AG---------CTGCGCAATTTCCAAACCTGAAAGAA------------T--AATTTTACAAGATTATGCAAATATGGTGGACGTAGTTTGGATAAGCATTTAAATGTTTCCAATGCAATACCTCTGATTCTACCGAGGTG
gi|20 : aGCACATACTAAAGCA--TGCATGCATGCACGCACGCGCACACGC---ACGTACACACACGCA-CGTACcagtgttggcatatt
gi|3 : ac------A-TA---CAT--A--------------CACAT------ATAAAAACA--TGCATA--CACG-------------TG--TAT--ATACA------CATTGCCCAC-------------ACCTTCATAT----------ACATACATACACATATA--A-ACAGCACCCA-----CATATACAAAGAATGCATG-C-ATACACAACCT-----TTATTTCCATATAT-ATATA--CAGTACACAGCATCTCATACACACATGCATACATTCATACT--TATAT
gi|3 : --C----A----T----AT-ATATAT----ACAG--TACAC------AGCATCTCAT--A--------------CACAC------ATGCATACA--TTCATA--CTTA-------------T----ATG-ANNNN------NNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNN----------NNNNN----------NN--N-NNNNNNNNNN-----NNNNTACAAAGTAGGCATG-C-ATACACAACCT-----TTATTCCCATATAT-ATTTAAACAGTACACACTCTCTCATATACACATGCATACATTCATACA--TATATGCAT----------------GC---ACA---ACACACACATC-------TATCCACATATTTG---AAGTATTTGAA-A-TTA--AGTAAATTAATACTATCTC---------------------A---------------------GAGCAAGAATTGAAACCAGAGGATATATCAGTAAATCATCTAACTAAAG-CATGTTA----AAATTAA-----CATAAAATGCAGATAAACAGTTGACTAAGACAGTgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaagtaggcatgcatacacaacctttattcccatatatatttaaacagtacacactctctcatatacacatgcatacattcatacatatatgcatgcacaacacacacatctatccacatatttgaagtatttgaaattaagtaaattaatactatctcagagcaagaattgaaaccagaggatatatcagtaaatcatctaactaaagcatgttaaaattaacataaaatgcagataaacagttgactaagacagttt
gi|4 : atacatacacatataaaaacatgcatacacgtgtatatacacattgcccacaccttcatatacatacatacacatataaacagcacccacatatacaaagaatgcatgcatacacaacctttatttcAA-TGTTA--A--TAATAA-AACAATA-C---------------------A---------------------GAGCAATAATAAAAGCCAAAGGATAA----GTAAA-CATATAACTTAAA-CATGGTA----AAATTAAAGGTTCATAAAGTGCAGATAAA-----GA-------AGTGTGGTACAAATACAGATGATATTTTGTGATGATATACAA-AAACTAGAGCATACTGAAGCAAAG-------AGAATAAAGCACATGCAATATTCACAGTTAAGCATT-----CATTAAAGTACATTGCACGGGTAGGAGGCACATCTATGTACACATTTAGCGCCTACAGGTTGGACCGGTCCAGGTGCGGATCAGTCTCCCAAACTTTTTA-AAGTTTTCTGTCTTCGTGA--TGTA-ATT-TGG-GAGGCTGTtt
gi|5 : atatatatatatatatatataccattacagtgactacactatatacatccatataaacagcagtcatattcgattctgtgtatgatctgagattatatcttaaaatttttataagcatatgagaaaaaTAAACAGTTGGCTTAGGCGGTGCGGTATAAATACAGATGACATTT-----------ACAA-AAACTAAAGCATACTAAAGCAGAGTTT-A-GAGAATAAAGCACAT-TAA-AT-----TTTCAGTAT-GTAAGCACGAAAATATATAGCAAGGGTATGAGGCACATCTATGTATATATATAACATCTACAGGCTAGACCGGTCCAGGTG-----CAGTATCCCAAACTCCTGG-AAGTTTTCAGTCTTCTT--------------------------------CTGAGTTGCCGCGAACCAAAATGATCTCTTATCATACATATCAGTTTTGACAAA-TGGAATTTCT--GCAGTTTTCATACTTGAATGAATATTTAG-ATTTT----TTTTA----ATTTT-------------ACATGGTTTATATAGGTATTTAAATGTTTTCAATGCGATG-CTTTCATTCCACTTAGGTG
gi|6 : gccCAGTAACAAAGATACATATCATGT----AT--------GTTAA----------C-TT----------AGCAAAAGCATA--CTAGCA----C----AC-TCATAT----AC-A--CTCAC------A-CA---CAT--ACATACAAATACATACACAT------ATACACGCA--TGCATA--CACA-------------AC--CAT--ATACA------CATTGCCCAC-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TA--A-ACAGCACCCA-----CACATACAAAGTACTCATG-C-ATACACAACC------------------AT-ATATA--CAGTACACACCCTCTCATATACACCTGCATAC------------------ATTCAT-----------------ACATATATACAC---TCACACACACTCACACATATCCACACAAGTATTTAAATT-TTAGTA--AAATAA-TACTATCTCAGGTTAATAATAGAACAATAAA---------------------GAGCAAGAATTTAAACCAGAGGATAAATCAATAAATAA---AGCTAAAATCAAGCTAAAATAAATTAG-----CATAGAcacgtctggcacatt
gi|7 : gaTTTT-TTTTACTAA----------CATG-----CATATAGCATAAGCATA--C----A----T----GT--CATTT----AT-T--CTCAC------A-CA---CAC--A--------------TACAT------AC------------ATA--CACA-------------TC--CAT--ATACA------CATTGCCCAC-------------ACCTTCATAT----------ACATA----------TA--A-ACAGCAACCA-----AACATACAAAGTACTTGTG-C-ATACACAACCTTAATAATATTCCCATACATAATATA--CAGTACAAACCCTCTCATATACACCTGCATACATTCATACA--TATAAACAc
gi|8 : gacatttacgtaaagaagcaaaatgtttcaaacaaatattcattgAGTAACAATGATACATAACATGTTAACATTTT-TTCT---TA----------CATG-----CATAAAGCATAAGCATATTC----ATATTC----AC-ACACAT----AC-----ATAT------A-TA---CAT--A--------------CACAT------ATACACACA--TGCATA--CACA-------------TT--CAT--ATACA------GATTGCCCAC-------------ACTTTCGTAT----------ACATA----------TG--A-ACAGCACCCA-----CACATATAA--TACTCGTGCC-ATACACAACTG-----TTATTCCCACATAT-ATATA--c
gi|9 : AAAGATATAAATCATGTTAACATTTT-TTTTTTTTAAATGTTTGTAC-TTACATGCATATAGCATAAGCACA--C----A----CATA-GC-ATACATGCAAAC-G--CATGC------A-CC---CAT--A--------------TATAC------ACGCACACA--TGCATA--TACA-------------TATCCAT--GTACA------CATTGCCCACATATGCACACAAAACCTTCATAT----------ACATA----------t
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATATCATAACAGTGCCCGTATACACGTGCATACAGGCAGCAGTTATATTAGATTGTGTGTATGATCTGAGATAACATGTGCACAATAAACTGTCATCATACAATTCTTTACAGGCATATGAGAAA
Unaligned ( gi|18 ): GCACACATACCTAAATTGAATATTATATAAACATAAATACATACATATATAATGAGTATACATGAAACATTCACACTCATACGGGTTGTTCATA