lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 2222222222222 2222222222 222222222222222 111111111111 33333333333333333333 1 11 11111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 2222222 2222222222222222222 111111111111111111111111111111 444444444444 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 1
lowQualScore : 6 5 00 4 3333333333333 7777 3 7777777777 000000000000000 55555555 3333 0 333333333333 22 99999999999999999999 44 1 2222 11 3333 7 1 22 1 0 99 1 1 666 999 2 8888888 22 11111111111 2 77777 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 1 1 3333 22 00000 333 333 22 22 1111111 333 8888 555 1111111111111111111 2 999999999999999999999999999999 3 1 22 2 333 333333333333 777 55 6 4444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 5
lowQualScore : . . .. . ............. .... . .......... ............... ........ .... . ............ .. .................... .. . .... .. .... . . .. . . .. . . ... ... . ....... .. ........... . ..... . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. . . . .... .. ..... ... ... .. .. ....... ... .... ... ................... . .............................. . . .. . ... ............ ... .. . .... ................................................................................................ . .
lowQualScore : 0 0 00 0 6666666666666 1111 1 2222222222 555555555555555 11111111 5555 4 888888888888 33 55555555555555555555 99 4 9999 99 0000 1 5 11 5 3 44 9 9 000 222 0 5555555 88 99999999999 0 88888 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 9 8 9999 55 44444 222 222 55 55 5555555 111 2222 555 9999999999999999999 0 888888888888888888888888888888 8 9 99 0 555 777777777777 333 88 1 7777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 7
consensus : GTAAAATCCATNGTCCCGAGTNA-------TC---CGTGTC----GT-ACATTTTCAAATACGGACAAG-T-GAAA-T-TTTAA-G-A----T---T--ACTTGTCCAC----G-GACA----AGTGA-------AAT-NTT--TAA-G--N-------N----T--ACTTGTCCGTG-GACA----AG--TG----AATT-T--T-CCAGTTC-CAGTTT-A-A---AAA-A-G-A-------A--AG--ATG------A-AA-----AGT-C-GTG------------------NG----------AG-A------------A-T------------------------G-----------------------T---G--TT-------T--A-T------------------GT-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------AAA----T----AA-GTT---A------TTT--GAAAT-C----ATTTCA----A-T--G-ATT---GC--AT-G---TTNAT----------A---A-A---AG--GA-------------N----TTTT-C-AT----T--GAGTGGCT----TCT---GTA---A--GC--T--A----TAA-G-T----A---AA-GGT--T-TTT-----T--GT-CA-------------TTT-------G------T-T-TTG--T-TTT---AAGTGAAATTGTC-T-TA---T---A-CGGACAAG-TAG----ATTTCATCTA-GGACAG---A-CAAGT--AAA----A-------------A--TT--------AA---------AA--------------GNCA--T--GT----TTTTGTCAGATTTTGCCACCC
Reference ( gi|3 ) : GTGAAATCAATAATCCCAAGTAA-------TT---TATGTT----GT-ACATTTTCAAATACGGACAAG-T-AAAA-TGTTTAA-G-A----T---T--ACTTGTCCAC----G-AACA----AGTGA-------AAT-GTT--TAA-G--A-------G----T--ACTTGTCCACG-GACA----AG--TG----AGTT-T--T-CCATTTC-TAGTTT-A-A---AAA-A-G-A-------A--AG--GTG------A-AA-----AGT-T-GTG------------------CG----------AG-A------------A-T------------------------G-----------------------T---G--TT-------T--A-T------------------GT-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------AGA----T----AA-GTA---A------ATT--GAAAT-C----ATTTCA----A-T-AG-ACT---AC--AT-G---TTTAT--C-------A---A-A---AG--GA-------------A----TTCT-C-AT----T--GAGTGGCT----CCT---GTA---A--GC--T--T----TAA-G-T----A---AA-GAT--T-TCT-----T--GT-CA-------------TTT-------A------T-T-TTG--T-TTT---AAGTGAAATTGTCATGTA---T---A-TGGACAAC-TGG----ATTTCATCTACGGACAG---A-CAAGT--AAA----A-------------A--TT--------AA---------AA--------------GGCA--T--GT----TTTTGTCAGATTATGCAACCCC
gi|23 : GTAAAATCCATTGTCCCGAGTTG-------TC---TATTTC----AT-ACATATACAAATATGGACAAGAT-AAA
gi|17 : tagggctgATAGTCCCGAGTTA-------TC---TGTGTC----TT-ACATTTTCAAGTACAAACAAG-T-GAAA---TTTAAGG-A----T---T--ACcttcctgaggaaatgactaatattataagcaaatgttcagtgtttatgtttcaaattaaatgagttatttgaaatcaattatttcaattcctggtattgaaaaagaacttttcattgagtagcttatttgagctgtactg
gi|9 : TTCCAAGTTG-------TC---CGTATT----AG-ACATTTTCAAATATGGACcggtacttttcggtggatgagtcgattttcctgttccaaatgaaaagttgtctgagatttttttatatcataaaacaagtgttcagattttatgtttgaaataagttatttaaaatcatttcaactgatggcagtttaaaaaaacaacaacttttcaccaagtggatagtaagctat
gi|7 : CAAGTAAATGATCATT---TTTGTTTGAAGTGAAATTGTCTAATATGGTCAAG-C-A------------G-A----T---T----TCATCTAA----G-GACA----AGTAA-------AAA-GTT---AA-A--A-------T----TC-ACTTGTCCAAA-GACA----AG--TA----AGTT-tttttcatggaagcgtgaaatttccagttccagttcaaaaaaaaaagatgaaagaagtcatgtgagaatggttcattttataaacaagagttcagtatttttaaatgaaataggttatttcaaatcatttgaattgacggcattgaaaaaagactttttcattgagaaacctcagtaaacttttagtaaatgattctttgtcatttactatttattttgttttcagagaaattgtcttatacagacaagtaggtttcatccatggaaaattaaaaattaaaatccaagtaatttttttgccagattttgctac
gi|1 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactaGCAA-------TTGGCTGTGTT----GT-ACACCTTCAAACATGG--GAG-T-GAAA-TTTTTAG-GCA-----------ACTTGTCCTT----GTGACA----AGTGATTTT---AACAGTT--TAA-A--A-------G----attgccaaaattttga
gi|18 : gtaatgaataacagtgttttttttaataatcaataaacatataacattgagtttttattttatgataacagtgaaaatatactatacagctgacatttagtctggtggttgaagatcttcacttgaacataaaacagtgtatattggtatgaatggcaaaactcattgtcTAA-------TC----ATATT----GT-ACATTTACGAATACAGACAAG-T-AAAA-T-TTTAA---A----T---TTTACTTGTCTA-------------------------------ATT--T-------------------T--ACTTGTCTGTG-GACA----AG--TG----AATT-T--T-CCAGTTC--AGTTTAA-A---AAA-A-G-A-------A--AA--ATGAAAGATA-AA-----AAT-C-ATG------------------AA----------AG-A------------A-T------------------------GAC---------------------T---GATTT-------T--A-T------------------gagaaagatgaaaattatgcaaaaaatggttcattttatttatgtttttaacaaaatcagttttttgaaatctgttcaattcttggcattgcaaaatgaattttcatttagtgacttctgtaaactagaagtaaaagatccttgccatttgttttgtttaaattgaaattatcttatctaaaatggactagttgatttcctctacggacaattaaaatctaattgacaagtaagtttttgtaagatgtttgt
gi|24 : tattttttctttttaccatttctgctctcattggtggtgaaagcaattgcccatattgtccaA-------TC---CATGTC----GT-ACATTTTCAAAT-------AG-T-G-----GTTTCA-A-A----T---T-----------T----G-GACA----AGTGATTTTTTTAAT-TTT--TAA--------------------ACTTG----------A----A------------T-T--T-TAAGTTC-CAGTTT-A-AAATAAA-A-GAA-------A--AG--ATG------A-AA-----AGT-C-ATG------------------TG----------AT-A------------A-TAGAAAATATTTAAACATATGGCCAG-----------------------T---G--TT-------T--A-T------------------GT-------------TC---CAA-----A---------------------T------T---------AAA----T----AC-ATT---A------ATT--aagcaaatgattggtttagta
gi|4 : attggcaaaatacattgtcagagatATGTT----GT-ATATTTTCAAACACA---AAG----AAT-TTTTTAA-G-T----T---A--ACATGTCCAT----G-t
gi|13 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccATGCC----AT-GCATTTACAAATACAGACAAG-T-GATT-TTTTTTA-T-AAT--T---T--CCTTGTCCgtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatctaaaaattaaaaattcacttgtccatggacaaatattgttcttcaacattttgccacctc
gi|12 : ccatttctcaaacttaatgtggttggcaaaacccattgttcgagttgaccTGTC----AT-ACATTTTCAAATACAGAC------------------------------T--ACTT-TTCAT----G-A----------------------------TAT-G--A------------T--ATTTGT----G-AGCA----AA--------AGTT-TATT-CCAATTC-ATGCTA-A-ATA-AAA-A-G-A-------G--AG--ATG------A-AA-----AGT-C-ATG------------------TA----------CT-C------------A-T-------------------------------------------------------TT-------T--A-TAA----------------GTA------------TT---CAG-----T---------------------T------TT--------ACC----T----CA-GTC---A------TTTT-GAAAT-A----ATTTCA----G-T-TG-ATG---GC--AC-A---GTCAT--C-------A---A------T--GAC------------A----TTC----AA----T--GAGTGGCT----TAT---GTA---A--GC--TATT----TA----T----A---AA--AT--G-TCTGTATCT--GTATA-------------TTT-------G------T-T-TTG--T-TTT---AAGTGAAATTTTC--GTA---T---A-TGGACTAG-TAG----ATTTCATCTATGGA---------AAATC-AAA----A-------------A--TT--------AA---------Agtggacaagtagattttccagttcagaaagataaaagttgtgttgaaagaattattcattttataaaaaaagtgtccagtttttgttttaaattaattaaattatttgaaatcattttaaatcatgcactgaaagcagacttttcacagagtcggagtggcttatgtaagctatgagcaaaacgctcttagtcatttgttt
gi|20 : TGTC----GT-ACATTTTTAAATACAGACAAG-T-GACT-TATTTAA-G-T----T---T--ACCTGTTTGT----G-GAAA----AGTCA-------Acttcacttgtccatcagtccaaataagttttgccagatttttttg
gi|7 : tacagtgttatatgtgtagtagtgtcctacagtgttgtacagtatcattatgtgttgtacagGTC----AT-ACATTTTCGAATACAGACAAG-T-GGAA--ATTGAA-G-T----T---T--ACTTGTCTGT----G-GACA----ACTGA-------Atttttcagttcctgcttaaaaatgaaaaaaagaaaaaaaaaagacaaataaataaaatgacccattttataaacaaatattcaatgttactgt
gi|32 : catgttatcagaT-ACACTTTCAAATACGGACAAG---AAAA-TTTTTAA-G-T----T---T--ACTTGTttttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagttaaaattcacttgtccaaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|8 : CATTTTTATCTATGGACAAG-T-GAACTTTTTTAA-A-ATT--T---T--GCTTGTCCttgttgacatgtgcatttttcagttcagt
gi|5 : catttttcatatacatgtaatgtacaggggtggcaaaattcattgtctgtgttgtctgaattgtacacataaaaaaaattaataaTTTTCAGTTACGGACAAA-TGAAAA-T-TTTAA-G------T---T--Aaattttccaattcaatttaaaaaaagaaagacaaaagataaaattcgtgagagaatgactcattttatatacaagagttcagtcttcatgtttcattaagttatttgaattagttcagtttatggcatagaaaacacttttcacagagtggcttctgtaagctataaataagtaaaattacttagtcatttgctttatatcaatgaaattattttataaa
gi|8 : attgtcaaaatcaattatccgagttgctcgtgtctgtgtcctgctaccagtaactgtAATAAGGACAAG-C-AAAA-T-TTTAA-A-AAAGTT---C--ACTTGTCCAactagtaggtggaaaattacattaattttctagttcatatttataaaaagaaaaatgaaaagtcatgagagaacagctcattgcatacagaagtgttcagtgtttatgtttcaaactaaataatttatttgaaatcatttcagttcatggccttgaaaaaagactttccattgagtggctgctgtaagctataagtaaaaaaagatgtttgccattgttttgttttaagtgaaaatatcttatagacaagtaaatttctaaggaaaattaaaattaaaattctcttac
gi|6 : catttttcatatacatgtaatgtacaggggtggcaaaattcattgtctgtgttgtctgaattgtacacataaaaaaaattTACAGACAAG-TTAAAA-T---TAA-A-A----T---TC-ACTTGTCCTT----G-AATA----AGTtagataaaaatgaattttccaattcaatttaaaaaaagaaagacaaaagataaaattcgtgagagaatgactcattttatatacaagagttcagtcttcatgtttcattaagttatttgaattagttcagtttatggcatagaaaacacttttcacagagtggcttctgtaagctataaataagtaaaattacttagtcatttgctttatatcaatgaaattattttataaa
gi|18 : ggcaaagtatttttctgagtatttttaaatatggacatgcaaaatttaatgattttttgtcagtagacaattgaattttgctagttccagtttaaaaaaagaaaaattaaaagtgagaatggctcatttcagaaacaagtactcagtgtaatgtttaaataaattatttgaaatcatttcaatttatagcaggaagcagttttcattggctgatttctgtaagctataagtcagaggttctttgtcattaaaaaaatttttttgttttgttttgagtgacagagtcctaaaaagacaaatagatgtcatcGACAAG-T-AAAA---TTTAA-A-ATT--T---T--ACTTGTCttttgcctgatttggcca
gi|4 : tattttttctttttaccatttctgctctcattggtggtgaaagcaattgcccatattgtccataatcatattgtacatttacgaatacaG-C-AAAA-TGTTGAA-G-A----ACAAT--ATTTGTCCAT----G-GACA----AGTG--------AAT-TTT--TAA-taattttacttgtctgtggacaagtgaattttccagttcagtttaaaaaaagaaaaatgaaagataaaaatcatgaaagaatgactgattttataagcaaatgattggtttagta
gi|18 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacacaaagaattttttaagttaacatgtccatggtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatctaaaaaAA-A-A----T---TC-ACTTGTCCAC----A-GACA----AGTAA-------AAT-cacctc
gi|13 : tattttttctttttaccatttctgctctcattggtggtgaaagcaattgcccatattgtccataatcatattgtacatttacgaatacagacaagtaaaattttaaattttacttgtctaAA-A-A----TC--T--ACTTGTCCAC----G-GACA----AG-GA-------AAT--TA--TAA-A--A-------AAAATC--ACTTGTCccagttcagtttaaaaaaagaaaaatgaaagataaaaatcatgaaagaatgactgattttataagcaaatgattggtttagta
gi|20 : ccatttctcaaacttaatgtggttggcaaaacccattgttcgagttgaccatgccatgcatttacaaatacaAA-A-A----T---TG-ACTTTTCCAC----A-AACA----GGTAA-------A----CT--TAA-ATAA-------G----TC-ACTTGTCccagttcagaaagataaaagttgtgttgaaagaattattcattttataaaaaaagtgtccagtttttgttttaaattaattaaattatttgaaatcattttaaatcatgcactgaaagcagacttttcacagagtcggagtggcttatgtaagctatgagcaaaacgctcttagtcatttgttt
gi|19 : tacagtgttatatgtgtagtagtgtcctacagtgttgtacagtatcattatgtgttgtacagtgtcgtacatttttaaataca----T---T--ACTTGTCCAT----T-AACA----TGTG--------AAT-GTT--tcagttcctgcttaaaaatgaaaaaaagaaaaaaaaaagacaaataaataaaatgacccattttataaacaaatattcaatgttactgt
gi|1 : cagtttgtacaaatcaagtcagtcatttgaaatcatttcatgacattgaaaacaaattttttacagactggcttctgtaagctattagcaaaatgttgtaagtcatttgttgttgttttttaagtgaaagtgtcttataaaaacaagtaaatgtcacctaagtaccagtaaaattTTGTACACCTTCA-AACATGGGAGTGA-------AAT-TTT--TAG-G--C-------A-------ACTTGTCCTTGTGACA----AG--TG----ATTT-T--A-ACA-------GTTT-A-A---AAGGA-G-A-------A--AG--ATG------A-AA-----A-T-T-ATG------------------CA----------AA-A------------AAT------------------------GGTTCATTT---------------T---A--TT-------T--A-T------------------GT-------------TT---TTA-----A---------------------C------A---------AAA----T----CA-GTT---T------TTT--GAAAT-C----TGTTCA----A-T-T---CTTG-GC--AT-------TG---C-------A---A-A---AT--GA-------------A----TTTT-C-AT----T--TAGTGACT----TCT---GTA---A--AC--T--A----GAA-G-T----A---AA-AGA--T-CCT-----T--GC-CA-------------TTT-------G------T-T-TTG--T-TTA---AATTGAAATTATCTTATC---TAAAA-TGGACTAG-TTG----ATTTCCTCTACG----G---A-CAATT--AAAATCTA-------------A--TT--------GA---------CA--------------AGTA--A--GT----TTTTGTAAGATgtttttgtcagatttgtcaccc
gi|7 : gtaatgaataacagtgttttttttaataatcaataaacatataacattgagtttttattttatgataacagtgaaaatatactatacagctgacatttagtctggtggttgaagatcttcacttgaacataaaacagtgtatattggtatgaatggcaaaactcattgtcgcaattggctgtgAC----A-GACA----AGTGG-------AA--ATT--GAA-G--T-------T----T--ACTTGTCTGTG-GACA----AC--TG----AATT-T--T-CAATTTC---GTTT-A-A---AAAGA-G-A-------A--AG--AAA------A-AA-----AGCAT-GTGAAAATAGCTCATTTTAAACA----------AA-A------------A-T------------------------G---------------------------G--TT-------T--A-T------------------GT-------------TA---CAA-----A---------------------C------A---------AAG----T----GA-GTT---A------TTT--GAAAT-T----CTTTC-----------------------T-G---TTTATAGCATTGAAAA---A-A---AA--GA-------------AC---TTTT-C-AT----T--AAATGGCT----TCA---GTG---G--AC--T--A----CAA-G-T----A---AATGA-----------------T-CA-------------T----------------T-T-TTG--T-TTG---AAGTGAAATTGTC-TA-A---T---A-TGGTCAAG-CAG----ATTTCATCTAAG----G---A-CAAGT--AAA----A-------------AG-TT--------AA---------AA--------------gtttgt
gi|5 : catgttatcagagtcatacattttcgaatAC----G-GACA----AATGA-------AAA-TTT--TAA-G--T-------T----A--ACTAGTAGGTG-GAAA----AT--TACATTAATT-T--T-CTAGTTCATA-TTT-ATA---AAA-A-G-A-------A--AA--ATG------A-AA-----AGT-C-ATG------------------AG----------AG-AACAGCTCATTGCA-TACAGAAGTGTTCA-----------G-----------------------T---G--TT-------T--A-T------------------GT-------------TT---CAA-----A---------------------C------T---------AAA----T----AA-TTT---A------TTT--GAAAT-C----ATTTCA----G-T------T----C--AT-GGCCTTGA-----------A---A-A---AA--GA-------------C----TTTC-C-AT----T--GAGTGGCT----GCT---GTA---A--GC--T--A----TAA-G-TAAAAA---AA-GAT--G-T-T-----T--GC-CA--------------TT-------G------T-T-TTG--T-TTT---AAGTGAAAATATC-T------T---A-TAGACAAG-TAA----ATT---TCTAAGGA---------AAAT--TAA----A-------------A--TT--------AA---------AA--------------ttcacttgtccaaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|6 : attgtcaaaatcaattatccgagttgctcgtgtctgtgtcctgctaccagtaactgtttttcagttAT----G-GACA----TGCAA-------AAT---T--TAATG--A-------T----T--TTTTGTCAGTA-GACA----AT--TG----AATT-T--TGCTAGTTC-CAGTTT-A-A---AAA-AAG-A-------A--AA--ATT------A-AA-----AGT-------------------------G----------AG-A------------A-T------------------------G---------------------------G--CT-------C--A-T---------------------------------TT---CAG-----AAACAAGTACTCAGTGTAATGTT------T---------AAA----T----AA-ATT---A------TTT--GAAAT-C----ATTTCA----A-T----------------------TTATAGC-------A---GGA---AG--CA-------------G----TTTT-C-AT----T--GGCTGATT----TCT---GTA---A--GC--T--A----TAA-G-TC---A---GA-GGT--T-CTT-----T--GT-CATTAAAAAAATTTTTTT-------G------T-T-TTG--T-TTT---GAGTGACAGAGTC--CTA---A---A-AAGACAAA-TAG----ATGTCATCT----ACAG---A-CAAGT--TAA----A-------------A--TT--------AA---------AA--------------TTCACTT--GT----CCTTGttctcttac
gi|13 : ggcaaagtatttttctgagtatttttaaatAC----A-GACA----AGTGA-------TTT-TTT--TTA-T--A-------A----TTTCCTTGTCCGTG-GACA----AG--TA----GATT-T--T-CCAGTTC--AG----A-A---AGA-T-A-A-------A--AGTTGTGTTGA--A-AG-----AAT-T-ATT------------------CATTTTATAAAAAA-A------------G-T------------------------G-----------------------TCCAG--TT-------T--T-T------------------GT-------------TT---TAA-----A---------------------T------T---------AAT----T----AA-ATT---A------TTT--GAAAT-C----ATTT--------T-AA-AT-----C--AT-G-----CAC--T-------G---A-A---AGCAGA-------------C----TTTT-C-ACAGAGTCGGAGTGGCT----TAT---GTA---A--GC--T--A----TGA-G-C----A---AA-ACG--C-TCT-----TA-GT-CA-------------TTT-------G------T-T-Taataagtttttgcctgatttggcca
gi|32 : ccatttctcaaacttaatgtggttggcaaaacccattgttcgagttgaccatgccatgcatttacaaatAC----G-GACA----AG-AA-------AAT-TTT--TAA-G--T-------T----T--ACTTGTTTGTT-GACA----TG--TG----CATT-T--T-TCAGTTC--AGT
gi|20 : tacactttcaaatAC----A-GACA----AGTGA-------CTT-ATT--TAA-G--T-------T----T--ACCTGTTTGTG-GAAA----AG--TC----AATT-T--T-TCAGTTC-CTGCTT-A-A---AAA-T-G-A-------A--A------------A-AA-----AG
gi|17 : tacagtgttatatgtgtagtagtgtcctacagtgttgtacagtatcattatgtgttgtacagtgtcgtacatttttaaatAC----A-AACA----AGTGA-------AAT---T--TAA-G--GATTACCGG----T--ACTTTTCGGTG-GATG----AG--TC----GATT-T--T-CC------T-GTTC-C-A---AA----------------------TG------A-AA-----AGT-T-GTC------------------TG----------AG-A--------------T------------------------T-----------------------T---T--TT-------T--A-T------------------ATCATAAAACAAGTGTT---CAG-----A---------------------T------TTTATGTTTGAAA----T----AA-GTT---A------TTT--AAAAT-C----ATTTCA----A-C-TG-ATG---GC--A--G---TTTA---A-------A---A-A---AA--CA-------------ACAACTTTT-C-AC----C--AAGTGGAT----A-----GTA---A--GC--T--aaaaaaaaaagacaaataaataaaatgacccattttataaacaaatattcaatgttactgt
gi|8 : atagtcccgagttatctgtgtcttacattttcaagt----G-GACA----AGCAA-------AAT--TT--TAA-A--AAA-----G----TTCACTTGTCCATA-GATA----AAAATG----AATT-T--T-CCAATTC--AATTT-A-A---AAA-AAG-A-------A--AG--ACA------A-AAGATAAAAT-TCGTG------------------AG----------AG-A------------A-T------------------------G---------------------------A--CT-------C--A-T------------------TT-------------TA---TAT-----A---------------------C------A---------AGAGT--T----CA-GTCTTCATGTTTCATT---AAGT-T----ATTTGA----A-TTAG---T---TC--A--G---TTTATGGC-------ATAGA-A---AA--CA-------------C----TTTT-C-AC----A--GAGTGGCT----TCT---GTA---A--GC--T--A----TAA-A-T----AAGTAA-AAT--T-ACT-----TA-GT-CA-------------TTT-------G------C-T-TTA--T-ATC---AA-TGAAATTATat
gi|33 : catttttcatatacatgtaatgtacaggggtggcaaaattcattgtctgtgttgtctgaattgtacacataaaaaaaattaataa----G-GACA----AGTG--------CAT-ATTACTAA-T--A------------T--GGTTGTCTGCG-GACA----TG--TG----AATT-T--T-Ctttataaa
gi|4 : gtcgtacattctagagtctACA----AA-GA-------ATT-TTT--TAA-G--T-------T----A--ACATGTCCATG-GTCA----AA--TA----AGTT-C--T-CCAGTTC-CAGTTT-G-A---AAA-T-G-GCTCATTTA--AT--AAA------A-AA-----AGT---GTT------------------TA----------GT-C------------A-C------------------------------------------------T---G--TT-------A--A-T------------------GT-------------TT---TAATTTGAA---------------------T------T---------ATAAATAT----AA-GTT---A------TTT--GGAAT-C----CTTTCATTTTA-T-GGTATT---GA--AA-A---TTTA---------------A-A---AA--GA-------------T----TTTT-G-AT----T--GAGTGGCT----TCT---GGA---T--GT--T--A----TA---------A---AA-GTT--T-TTT-----T--GT-C--------------TTT-------G------T-T-TTG--T-TTTTTAAAGTGAAATTATCTTAGAAAGT---A-AGGGCAAA-TAA----ATTTTATCTAC---CAT---ATC---T--AAA----A-------------A--TT--------AA---------AA--------------aa
gi|14 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacA-------AAT-GTT--TAT-G--T-------T----T--ACCATTCCGTG-GACA----TG--TG----GATTGT--T-CAATTTC--A--TT-A-T---GTA-A-G-A-------A--TG--GTC------A----------T-T-GTA------------------TG----------AACA------------G-T------------------------GGTTCAG-----------------T---G--TT-------A--A-T------------------GT-------------TC---CAA-----A---------------------T------T---------AAA----TTAAAAA-GTA---G------TTT--GAATT-C----CTTTCA----A-T------T----C--AT-G---GCAAT--G-------A---A-A---A----A-------------A----T------AT----T--GAGTGGCT----TCT---GTA---A--GA--T--A----TAA-G-TG---A---AA-GGT--T---T-----T--GT-TG-------------TT---------------T-T-TTG--A-TAA---GAGTGAACTTTTT---TA---T---A-GAGACAAG-TTG----ATTTTATCT--TGACAG---A-CAAGT--AAAGTT-A-------------A--TA--------AA---------AA--------------attcacttgtccatggacaaatattgttcttcaacattttgccacctc
gi|4 : tgaaatactgacA-------AAT-GTT--GAA-G--A-------ACAA-T--ATTTGTCCATG-GACA----AG--TG----AATT-T--T-TAATTTT-TAGaaatgccagatttttccacc
gi|22 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacacaaagaattttttaagttaacatgtccatggtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatA-------AAT-TTT--TTA-G--T-------T----T--ATTTGTCCATG-GACAGACAAG--TG----ATTT-T--T-CTGTTTC-CAATTG-A-A---AAA-A-A-A-------A--AG--AAG------ATAA-----A---T-GTT------------------CA-----------------------------------------------------G-----------------------T---G--TT-------T--G-T------------------GT-------------TT---CCA-----A---------------------TAACCGGT---------AAA----T----AA-GTT---A------TTT--GTTAT-C----ATATCA----AGT-----------C--AT-G---TCATT--C-------A---A-A---AA--CAT------------C----TTTT-C-AT----T--GAGTGTCT----TCT---GTA---A--GC--T--A----TAAGG-G----G---AA-GGT--T-CTT-----C--CT-CA-------------TTT-------G------T-T-Ttgccacctc
gi|35 : caattT-GTT--CAAAG--A-------A----G--ACTTGTCTGTG-GACA----GG--TG----AGTT-T--T-CCAGTTC-CAGTTT-A-A---AAA-A-
gi|7 : ----T--ACTTGTCTTTG-GACA----AG--TG----AATT-T--T-
gi|13 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagtt----T--ACTTGTCCACG-GACA----AG--agttattgccaaaattttga
gi|9 : ccatttctcaaacttaatgtggttggcaaaacccattgttcgagttgaccatgccatgcatttacaaatacagacaagtgattttttttataatttc--ACTTTTTCATG-GAAG----CG--TG----AAAT-T--T-CCAGTTC-CAGTTC-A-A---AAA-A-A-A-------A--AG--ATG------A-AAGA---AGT-C-ATG------------------TG----------AG-A------------A-T------------------------G---------------------------G--TT-------C--A-TTTTATAAACAAGAGTTCAGTATT----------TT---TAA-----A---------------------T------G---------AAA----T----AG-GTT---A------TTT--CAAAT-C----ATTTGA----A-T-TG-ACG---GC--AT------TGA-----------A---A-A---AA--GA-------------C----TTTTTC-AT----T--GAGAAACC----TCA---GTA---A--AC--T--T----TTA-G-T----A---AATGAT--T-CTT-----T--GT-CA-------------TTTACTATTTA------T-T-TTG--T-TTT---CAGAGAAATTGTC-T-TA---T---A-CAGACAAG-TAG----GTTTCATCCATGGA-A-------AATT--AAA----A-------------A--TT--------AAAATCC----AA--------------GTAA--T--TT----TTTTGCCAGATTTTGCTACgattttccagttcagaaagataaaagttgtgttgaaagaattattcattttataaaaaaagtgtccagtttttgttttaaattaattaaattatttgaaatcattttaaatcatgcactgaaagcagacttttcacagagtcggagtggcttatgtaagctatgagcaaaacgctcttagtcatttgttt
gi|6 : ttccaagttgtccgtattagacattttcaaatatgg--ACTTATTCAAG-GACA----AG--TG----AATT-T--T-
gi|18 : ggcaaagtatttttctgagtatttttaaatatggacatgcaaaatttaatgattttttgtcagtagacaattgaattttgctagttccagtttaaaaaaagaaaaattaaaagtgagaatggctcatttcagaaacaagtactcagtgtaatgtttaaataaattatttgaaatcatttcaatttatagcaggaagcagttttcattggctgatttctgtaagctataagtcagaggttctttgtcattaaaaaaatttttttgttttgttttgagtgacagagtcctaaaaagacaaatagatgtcatctacagacaagttaaaatt--ACTTGTCCACA-GACA----AG--TA----Attttgcctgatttggcca
gi|7 : tattttttctttttaccatttctgctctcattggtggtgaaagcaattgcccatattgtccataatcatattgtacatttacgaatacagacaagtaaaattttaaattttacttgtctaattTTGTCCACA-GACA----AG--TA----AA-C-T--T-CAATTTC-CACTTgaattttccagttcagtttaaaaaaagaaaaatgaaagataaaaatcatgaaagaatgactgattttataagcaaatgattggtttagta
gi|11 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacACG-GACA----AC--TG----AATT-T--T-CAAATTC--AATTT-A-A---AAA-AAG-A-------A--AG--ATG---------A-----AGT-T-AAG------------------AG----------AG-A------------A-T------------------------G---------------------------G--CT-------C--ATT------------------GT-------------GT---AAA-----A----------------------------A---------AGA----G----AA-CTA---G------TTTCAAAAAT-C----ATTTTA----A-T-TT-ATG---AC--AT---------T--G-------A---A-A---A---CA-------------C----TTTT-C-AC----A--AAGTGGCT----TCT---GTA---A--GCTAT--T----TAA-G-T----A---AA-AGG--T-TCT-----TA-GT-TAC------------TTT-------A--------T-TTG--T-TTT---AAGTATAATTGTC---TA---A---ACTGGACAAG-TAG----ATTTCATCT----ACAG---T-CAAAT--AAA----A-------------A--TTCAGTA---AA---------AA--------------GTTA--A--GT----TTTTGctgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagttaaaattcacttgtccaaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|2 : ttatttaactcatgtttaatgcattgatggcgaaatccattgtctatgttgtccatattgtacaattataaatATG-GACA----AA--TA----A-----------AGTTC--AGTTT-A-A---AAA-AAG-A-------A--AG--ATG------A-AA------GT-C-ATG------------------AG----------AG-A------------A-T------------------------GGCTCATTTTGTATAATAG-----T---G--TTCAGTTTTT--A-T------------------GT-------------TT---CAA-----T---------------------T------T---------AGT----T----A---T------------TC--AAAAT-C----ATTTCA----A------ATTGTGAC--AT---------T--G-------A---A-A---AC--TC-------------AC---TTCT-C-AC----C--AAGTGGCT----TCT---GTG---G--GC--T--A----TAA-G-T----A---AAAGGT--T-ATT-----T--GT-CA-------------TTT-------G------G-T-TTA--T-TTT---AAGTAAAAATGTCCGG-----T---A-TGGACCGCGTAG----ATTTTAacttccctgaata
gi|21 : taatatatagctttctattaaatgaatagaatttgtcatagaatttttatttgttcacaaaattatgttttactctgttgacaatcttgatttctgcattatactgtgataggaattatttaacatgtggatggctgaatccattgtcaatattgtccgtaccattcaattataaatATG-GACA----AG--AG----A----------C-TTTC-CAGTTC-A-A---AAATA-G-A-------A--AG--ATG------A-AA-----A-T-C-ATG------------------AT----------AG-A------------T-T------------------------G---------------------------G--CC-------C--A-T----------------------------------T---TAA----------------------------------T---------AAA----T----AA-GCA-----------TT----AAT------ATTTTA----A------ATTC--AC--ATCA---TTGA-----------A---A-A---AG--GA-------------C----TTTT-C-AT----T--AAGT-----------------------------------------C----A---AT-GGT--T-GTC-----T--GT-CA-------------CTT-------G------T-T-TTA--C-TTT---TAGAGAACTTGTC
gi|15 : tgtccaagttgccaatgtcatacgtacatcttcaaatacatacaattt-GACA----GG--TG----AATT-T--T-CCAGTAC-CAATTT-A-A---AAA-A-G-AG------A--AT--ATG------A-AA-----AAT-C-ACG------------------AG----------AG-A------------G-T------------------------GGCTGATTTTATAAACGTGTTCAAT---G--CT-------T--A-T------------------GT-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------ATT----T----AA-GTT---A------CTT--GAAAC-C----ATTTCA----A-T-GA-ATG---GC--AT---------T--G-------A---ATA---AG--GACTATACATTAATGA----TTAT-T-TT----T--GAGTGATT----TCT---GTA---A--GC--TACTGGTATAA-GTT----AC--AG-GGT--T-CTT-----T--GT-CA---------------T-------A------TGT-GTG--T-CTT---Atcatatg
gi|26 : tgcaggggtgacaaacatctattgttcaagttgtctgtgtcatacatatt-CCAGTTC--AATTT-A-A---ATA-A-A-A-------AGTAG--ATA------T-AA-----ACT-C-ATA------------------AG----------AG-A------------A-T------------------------GACCCATTTATAAACAAA------T---G--TT-------T--A-T------------------GT-------------CT---CAA-----A---------------------T------T---------AGG----T----AAGGT-----------ATT--GAAAT-A----ATTTTA----tacagacaaatagta
gi|10 : a------------------------G-----------------------T---G--TT-------TTGA-T------------------GT-------------TT---CAA-----A---------------------T------G---------AAA----T----AA-ATA---A------TTT--TAAAT-A----GTTTCA----G-TCAG-AGT---TC--AT-GAA-ATAA-----------A---A-A---AG--AA-------------A----TTTA-C-TT----T--GA--GGTT----TTT---GTATTTT--GT--T--A----TAA-T-T----A---AA-AGT--T-T-T-----T--GT-CA-------------TTT-------G------T-T-TTG--T-TTT---AAGTGAAATGGT--TATA---T---A-TAGATAAG-TAATGTTATTTCATCT----ACAG---G-CAAGT--AAA----A-------------A--T----------A---------AA--------------Gttctttcctttgaaaacacacttttcaaacagtggcctcttg
gi|23 : ggatggcaagatcaatttgtcggtgtcgtacatgttcaaatatagtgtaatagttctgtttacttgtccagttaagtattgaaaagaaagatgaaacgaaattgagagaaaggctcattttataaacatttgtgttca------------------------G-----------------------T---G--TT-------T--A-T------------------GT-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------AAA----T----GA-GTT---A------TTT--GAAAT-CAATTATTTCA----A-T------T---CCTGGT-A---TTGA-----------A---A-A---AG--AA-------------C----TTTT-C-AT----T--GAGTAGCT----TAT---TTG---A--GC--T--G----TAaaaaatcacttgtccat
gi|28 : tagggctggtaaaatccattgtcccgagttgtctatttcatacatatacaaatatggacaagataaacttcctgaggaaatgactaatattataagcaaatgttca-----------------------T---G--TT-------A--A-T------------------GT-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------ATA----T----AA-GTT---A------TTT--GAAAT-C----ATTATA----A-T-ctg
gi|19 : ------------------GT-------------TTGTACAA-----A---------------------T------C---------AAG----T----CA-GTC---A------TTT--GAAAT-C----ATTTCA------T-G--------AC--AT---------T--G-------A---A-A---AC--AA-------------A----TTTT-TTAC----A--GACTGGCT----TCT---GTA---A--GC--T--A----TTA-G-C----A---AA--AT--G-TTG-----TAAGT-CA-------------TTT-------G------T-TGTTGTTT-TTT---AAGTGAAAGTGTC-T-TA---T---A-AAAACAAG-TAA----ATGTCACCTA-----AGT--A-CCAGT--AAA----ATTAACATTCACATG--TT--------AA---------TG--------------GACAAGTAAGT----TTTTGTCAGATT-TGTCACCCtcatggcattaaaaattaactttatatttagttttgtcagtaagccacaagctatataaagttaaaagttataattgt
gi|16 : ca------------------GT-------------TT---CAA---------------------------------------------GA----T----AA-ATA---A------GTG--GAAATTC----AGTTTG------T-GG-CCTTA-AA--AT-AAGCTTTA-----------A---A-ATTTAG--TA-------------A----CTTT-T-AT----T--ACAAGGCCAACACAT---GTA---A--A-----------TAA--------A---AA-AAT--T-TTT-----TT-GT-TA-------------TTC-------AGTTTGGT-T-TTG--TGTTT---AAGCAATCTTGT-ATGTG---TTGTA-AGGACAAG-TAG----ATTTTATGTA--GA--G---A-CAAGT--TAA----A-------------A--TT--------CA---------AATTCACATGTTCATGGACA--T--GTTTACTTTTGGCAGATTTTGC
gi|36 : aaagtgatgttcg-----A---------------------T------C---------AGG----T----AA-GTG---A------ACT--CAGGT-C----ATTTCA----A-T-GG-ACT---GC--AA-G---TTTAT--T-------A---A-
gi|27 : AAAT-C----CTTTCA----A-T-TG-A-------------------------------A---A-A---AG--AAC------------A----TT-T-C-AT----T--GTGTGGCT----TCTAGAGTG---ACAGC--T--T----TAA-G-T----A---AA--ATGCT-CTT-----T--GT-CA-------------TTT-------G------T-C-TGG--A-TTT---CA-T----TTGTC-T-TA---T---A-CAGACAAG-CAG----ACTTTAGCTATGGACAA---C-TTAAT--AAA----A-------------A--TT--------
gi|25 : -AC----T--GAGCGGCT----TCT---GCA---A--GC--T--AA---TAA-A-T----A---AA-AATA-TATTT-----T--GT-CAAAA----------CTT-------G------TAT-TCG--T-TT----AGGTAAAATTTTCTTTTA---C---A---GACAAG-TGG----ATTTCATGTACTGACAG---G-TAA----AAG----A-------------A--TT--------TA---------Ac
gi|29 : a------T-T-TTG--T-TTT---AAGTGAAATTGTCTTAAA---T---A-T--ACAAG-CAG----GTTTCATCT----ATAA---G-CAAAT--ACA----A-------------ATTTT--------AA---------AA--------------ttcacttttctttggacaagtaagttttatccaaattttaccccc
gi|30 : t-TTT---AAGTGACATTGT--TTTA---T---A-CTGACAAG-TAG----ATTTCATC----AACCG---T-CAAGTTCAAATTGTA-------------A--TT--------CACTTGTCCATGA--------------TATA--T--GT----TTCTGCCAGATTttttgttgccggtagacatttatgtttttactagattttgcca
gi|31 : GTGAAAGTGTCCT--A---T---A-TGGATAGA-TAA----GTTTCATCTGTGGACAAGTTA-AAACT--AAA----A-------------A--TTCACCTATTAA---------AA--------------GTAA--T---T----TTTTGTCAGATTTTCCCACCCttaccac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): ACAAGTAAAAATTGAATCCACTTGTTCATGGATAAGGAAATTTTTGGCAGATTTTGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 222222222222222222222 111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222 77777777777777777777777777777777777777 111111 111111111111111 111111111111111111111 3333333 1111111111111 11111111 66666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 1 666 7777 3 11 2 2 99999999999999 22 333333333333333333333 33 44 0 2 1 55 44444 1 1 222222222222 0 1 3333 22 3333 1 1 888 3 1 22 222 5 1 1 7777777 22 1 66666666 555555 555 6666666 66666 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 44444 5555555 22 111111111111111111111111111111111111 222 88888888888888888888888888888888888888888888 222 1 3333 1 1 44 3333 55555555555555555555555555555555555555 1 888888888888 222222 22 1 22 3333 22 222 3333 555 444444 3333 7777777 22 1 888888888 1 555555555555555 1 444444444444444444444 555555 1 1 1 666 555555 1 1 44444444444 77 2 4444 6666666 333 2 0 8888 2222222222222 55 44444444 66666 55555555555555555555555555555555555 7777 44 4
lowQualScore : . ... .... . .. . . .............. .. ..................... .. .. . . . .. ..... . . ............ . . .... .. .... . . ... . . .. ... . . . ....... .. . ........ ...... ... ....... ..... . ...................................................................................... .. ..... ....... .. .................................... ... ............................................ ... . .... . . .. .... ...................................... . ............ ...... .. . .. .... .. ... .... ... ...... .... ....... .. . ......... . ............... . ..................... ...... . . . ... ...... . . ........... .. . .... ....... ... . . .... ............. .. ........ ..... ................................... .... .. .
lowQualScore : 0 000 7777 1 66 9 4 88888888888888 99 000000000000000000000 11 66 3 1 0 33 00000 5 5 777777777777 8 5 3333 11 3333 5 5 111 3 7 33 999 0 7 7 4444444 44 7 33333333 000000 444 2222222 66666 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 33333 7777777 44 444444444444444444444444444444444444 999 22222222222222222222222222222222222222222222 999 7 5555 7 7 00 5555 22222222222222222222222222222222222222 7 555555555555 555555 77 7 22 4444 22 888 5555 222 888888 5555 1111111 33 8 444444444 8 111111111111111 9 000000000000000000000 555555 8 8 9 000 222222 8 8 77777777777 11 0 2222 6666666 999 2 5 6666 2222222222222 66 44444444 22222 88888888888888888888888888888888888 1111 66 0
consensus : GCAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCCGTGTC-GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTGA--A-A---T-T-TTA-AGATT--ACTTGTCCACG-GACAAGTGAAATT-TT-----T-A-A---GTT---T--ACTTGTCCGTG-GACA----AG--TG----AATT-TT-CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCG---TGNGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----A-T--G--ATT---G-C-AT-G---T--CGAT--A-A------------AAG----AA-CT-TTTCA--T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AA-G-G---T-T-C---TTTGT-C-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-GGA-CAAGTAG----ATTTCATCTA--GACAG---A-CAAGTAAA----A-------------A--TT--------AA-----AA--------------GNC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TTTGCCACCC
Reference ( family-1979 ) : GTAAAATCCATN--GTC--CCGA-GTNATCCGTGTC-GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTGA--A-A---T-T-TTA-AGATT--ACTTGTCCACG-GACAAGTGAAATN-TT-----T-A-A---GNN---T--ACTTGTCCGTG-GACA----AG--TG----AATT-TT-CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCG---TGNGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----A-T--G--ATT---G-C-AT-G---T--TNAT--A-A------------AAG----GA-NT-TTTCA--T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AA-G-G---T-T-T---TTTGT-C-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-GGA-CAAGTAG----ATTTCATCTA-GGACAG---A-CAAGTAAA----A-------------A--TT--------AA-----AA--------------GNC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TTTGCCACCC
gi|1 : GCAAAACTCATT--GTC--GCAA-TTGG-CTGTGTT-GTACACCTTCAAACATGGG------------A--GTGA--A-A---T-T-TTT-AGGCA--ACTTGTCCTTGTGACAAGTGA---T-TT-----T-A-A---
gi|1 : gtaatgaataacagtgttttttttaataatcaataaacatataacattgagtttttattttatgataacagtgaaaatatactatacagctgacatttagtctggtggttgaagatcttcacttgaacataaaacagtgtatattggtatgaatgAGTGAAATT-TT-----T-A-G---GCA------ACTTGTCCTTGTGACA----AG--TG----A-TT-TT---AA---CAGTTT-A-A--AA---GGA-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AA--------TTA---TGCAAAA----------------AAT------------------------GGTTCATTT---------------T------------------A--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---TTA-----A---------------------C------A---------A---A-AT----CAGTT-T-TTT--GAAATC----TGTTCA----A-T--T--CTT---GGC-AT---------TGC--A-A------------AAT----GA-AT-TTTCA--T----T--TAGTGACTTCT---GT----AA---AC------T----A-------G--AA-G-----T---A-AA-A-G---A-T-C---CTTGC-C-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTA---AATTGAAAT------TATC-T-TA-----TCTAAAAT-GGA-CTAGTTG----ATTTCCTCT----ACGG---A-CAATTAAAATCTA-------------A--TT--------GA-----CA--------------AGT-----------A--A--GTTT----TTG--TAAGATGTTTGcagtttaaaaggagaaagatgaaaattatgcaaaaaatggttcattttatttatgtttttaacaaaatcagttttttgaaatctgttcaattcttggcattgcaaaatgaattttcatttagtgacttctgtaaactagaagtaaaagatccttgccatttgttttgtttaaattgaaattatcttatctaaaatggactagttgatttcctctacggacaattaaaatctaattgacaagtaagtttttgtaagatgtttgt
gi|10 : gtaatgaataacagtgttttttttaataatcaataaacatataacattgagtttttattttatgataacagtgaaaatatactatacagctgacatttagtctggtggttgaagatcttcacttgaacataaaacagtgtatattggtatgaatggcaaaactcattgtcgcaattggctgtgttgtacaccttcaaacatgggTTGTCGGTGTC-GTACATGTTCAAATAT---------------A--GTGT--A-ATAGT-T-CT---GTTT--ACTTGTCCAt
gi|10 : ggatggcaagatcaatTT-GT-CCAGTTA-AGTAT-T-G--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AAACGAAA-------TTG---AGAGAAAGGCTCATTTTATAAACA-TTTGTGTTCA---------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------TTGAT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------G---------A---A-AT----AAATA-A-TTT--TAAATA----GTTTCA----G-TCAG--AGT---T-C-AT-G---AAATAA---A-A------------AAG----AA-AT-TTACT--T----T--GAG--GTTTTT---GT----ATTTTGT------T----A-------T--AA-T-----T---A-AA-A-G---T-T-T---T-TGT-C-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------GGTT-A-TA-----T-----AT-AGA-TAAGTAATGTTATTTCATCT----ACAG---G-CAAGTAAA----A-------------A--T----------A-----AA--------------Ggttaagtattgaaaagaaagatgaaacgaaattgagagaaaggctcattttataaacatttgtgttcagtgttttgatgtttcaaatgaaataaataattttaaatagtttcagtcagagttcatgaaataaaaaagaaatttactttgaggtttttgtattttgttataattaaaagtttttgtcatttgttttgttttaagtgaaatggttatatatagataagtaatgttatttcatctacaggcaagtaaaaataaagaaaaatcacttgtccat
gi|11 : ggatggcaagatcaatttgtcggtgtcgtacatgttcaaatatagtgtaatagttctgtttacAAATCCATT--GTC--T--ATGTTGTCCATATT-GTACAATTATAAATACGGAC----------AA--CTG---A-A---T-T-TTC-AAATT--aaaaatcacttgtccat
gi|11 : ttatttaactcatgtttaatgcattgatggcgG-GACA----AC--TG----AATT-TT-CAAATTCAATTTA-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA-----G-------TTA---AGAGAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--C-----T-------C--ATT----------G----------T-------------GT---AAA-----A--------------------------------------A---A-GA----GAACT-AGTTTCAAAAATC----ATTTTA----A-T------TT-------AT-G---A--CATT--G-A------------AAA----CA-CT-TTTCA--C----A--AAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------TTTAA-G-----T---A-AAAG-G---T-T-C---TTAGT-T-------A-------------CTT------TA-T-TTGT-TTT---AAGTATAAT------TGTC-T-AA-----------ACTGGA-CAAGTAG----ATTTCATCT----ACAG---T-CAAATAAA----A-------------A--TTCAGTA---AA-----AA--------------GTT-----------A--A--GTTT----TTG--caatttaaaaaaagaaagatgaagttaagagagaatggctcattgtgtaaaaaagagaactagtttcaaaaatcattttaatttatgacattgaaaacacttttcacaaagtggcttctgtaagctatttaagtaaaaggttcttagttactttatttgttttaagtataattgtctaaactggacaagtagatttcatctacagtcaaataaaaattcagtaaaaagttaagtttttgacttccctgaata
gi|12 : ttatttaactcatgtttaatgcattgatggcgaaatccattgtctatgttgtccatattgtacaattataaatacTGTC-ATACATTTTCAAATAC--------------------------------------AGACT--ACTT-TTCATG-----------ATA-T---------------GA---T--ATTTGT--GAG-CAAA----AG--T-------TTATT-CCAATTCATGCTA-A-ATAAA---A-A-G-A-------G--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGTACTC----------------A-T----------------------------------------------------------------------T-----T-------T--ATAA---------G----------TA------------TT---CAG-----T---------------------T------TT--------A---C-CT----CAGTC-A-TTTT-GAAATA----ATTTCA----G-TT-G--ATG---G-C-AC-A---G--TCAT--C-A------------ATG----AC-AT-T--CA--A----T--GAGTGGCTTAT---GT----AA---GC------T----A-------T--TT-A-----T---A-AA-ATG---T-C-TGTATCTGTAT-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TTTC-G-TA-----T-----AT-GGA-CTAGTAG----ATTTCATCTA-TG---G---A-AAATCAAA----A-------------A--TT--------AA-----Aacttccctgaata
gi|13 : GCAAAACCCATT--GTT--C-GA-GTTGACCATGCC-ATGCATTTACAAATACAGAC----------AA--GTGATTT-T---T-T-TTATAATTT--CCTTGTCCcttcacttgtccatcagtccaaataagttttgccagatttttttg
gi|13 : ccatttctcaaacttaatgtggttgACA-GACAAGTGATTTT-TT-----TTATA---ATT---T--CCTTGTCCGTG-GACA----AG--TA----GATT-TT-CCAGTTC-------------------A-G-A-------A--A-G--------AT-------AA---AAG-------TTGTGTTGAAAGA----------------A-TTATTCATTTTATAAAAAAA-----G-----------------------T------------------G--TCCAGTT-------T--TT-----------G----------T-------------TT---TAA-----A---------------------T------T---------A---A-TT----AAATT-A-TTT--GAAATC----ATTTTA----A-------AT------C-AT-G------CACT--G-A------------AAGCA--GA-CT-TTTCA--CAGAGTCGGAGTGGCTTAT---GT----AA---GC------T----A-------T--GA-G-----C---A-AA-ACG---C-T-C---TTAGT-C-------A-------------TTT------GT-T-Tgtggacaagtagattttccagttcagaaagataaaagttgtgttgaaagaattattcattttataaaaaaagtgtccagtttttgttttaaattaattaaattatttgaaatcattttaaatcatgcactgaaagcagacttttcacagagtcggagtggcttatgtaagctatgagcaaaacgctcttagtcatttgttt
gi|14 : ccatttctcaaacttaatgtggttggcaaaacccattgttcgagttgaccatgccatgcatttacaaatAAATG-TT-----T-A-T---GTT---T--ACCATTCCGTG-GACA----TG--TG----GATT-GT-TCAATTTCA--TT-A-T--GT---A-A-G-A-------A--T-GGTCATTGTATG------AA---CAG-------TGG---TTCA----------------------------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TC---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-ATTAAAAAGTA-G-TTT--GAATTC----CTTTCA----A-T------T------C-AT-G---G--CAAT--G-A------------AAA----AA-T------A--T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GA------T----A-------T--AA-G-----TG--A-AA-G-G-------T---TTTGT-T-------G-------------TT--------T-T-TTGA-TAA---GAGTGAACT------T-TT-T-TA-----T-----AG-AGA-CAAGTTG----ATTTTATCT--TGACAG---A-CAAGTAAAGTT-A-------------A---T--------AA-----AA--------------AAA-----------A--------------TG--CCAGAT-TTTTCCACC
gi|15 : tgaaatactgac-GACA----GG--TG----AATT-TT-CCAGTACCAATTT-A-A--AA---A-A-G-AG------A--A-T--------ATG------AA---AAA-------TCA---CGAGAGA----------------G-T------------------------GGCTGATTTTATAAACGTGTTCAAT------------------G--C-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---T-TT----AAGTT-A-CTT--GAAACC----ATTTCA----A-T--GA-ATG---G-C-AT-----T--GAAT--A-AGGACTATACATTAAT----GA-TTATTT----T----T--GAGTGATTTCT---GT----AA---GCTACTGGT----A-------T--AA-GT----T---ACAG-G-G---T-T-C---TTTGT-C-------A-------------TAT------G-----TG-----------------------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAATAG----
gi|16 : tgcaggggtgacaaacatctattgttcaagttgtctgtgtcatacatatt-----------G----------T-------------TT---CAA-----G---------------------A------T---------A---A-AT----AAGTG--------GAAAT--------TCA----G-T------TT---G----T-G---G--CCTT--A-A------------AAT----AA-GC-TTTAAAAT----T--TAGTAACTTTT---ATTACAAG---GC------C----AACACATGT--AA-A-----T---A-AA-A-AAATT-T-T---TTTGT-T-------A-------------TTCAGTTTGGT-T-TTGTGTTT---AAGC--AATCTTGTATGTG-T-TG-----T-----AA-GGA-CAAGTAG----ATTTTATGTA-G---AG---A-CAAGTTAA----A-------------A--TT--------CA-----AATTCACATGTTCATGGAC-----------A--T--GTTTACTTTTG--GCAGAT-TTTGCta
gi|17 : aaagtgatgttcgATA--GTC--CCGA-GTTATCTGTGTC-TTACATTTTCAAGTACAAAC----------AA--GTGA--A-A---T-T-TAA-GGATT--AC-------CG-G----------------------------------T--ACTTTTCGGTG-GATG----AG--TC----GATT-TT-CCTGTTCC---------------------------------A-A--------ATG------AA---AAG-------TTG---TCTGAG-----------------A-T------------------------T-----------------------T------------------T--T-----T-------T--AT-----------A----------TCATAAAACAAGTGTT---CAG-----A---------------------T------TTTATGTTTGA---A-AT----AAGTT-A-TTT--AAAATC----ATTTCA----ACT--G--ATG---G-C-A--G---T--TTAA--A-A------------AAACAACAA-CT-TTTCA--C----C--AAGTGGAT--A---GT----AA---GC------T----A-------T--
gi|18 : ATT--GTC--C----ATAATC-ATATT-GTACATTTACGAATACAGAC----------AA--GTAA--A-A---T-T-TTA-A-ATTTTACTTGTC--------------------------T-A-A---TTT---T--ACTTGTCTGTG-GACA----AG--TG----AATT-TT-CCAGTT-CAGTTTAA-A--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATGAAAGATAA---AAA-------TCA---TGAAAGA----------------A-T------------------------GAC---------------------T------------------GATT-----T-------T--AT-----------
gi|19 : tattttttctttttaccatttctgctctcattggtggtgaaagcaattgcccat-----------G----------T-------------TTGTACAA-----A---------------------T------C---------A---A-GT----CAGTC-A-TTT--GAAATC----ATTTCA------T--G--A-------C-AT--------TGA---A-A------------ACA----AA-TT-TTTTA--C----A--GACTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--TA-G-----C---A-AA-ATG---T-T-G---TAAGT-C-------A-------------TTT------GT-TGTTGT-TTTTT-AAGTGAAAG------TGTC-T-TA-----T-----AA-AAA-CAAGTAA----ATGTCACCTA-AG---T---A-CCAGTAAA----ATTAACATTCACATG--TT--------AA-----TG--------------GAC-----------AAGTAAGTTT----TTG--TCAGA--TTTGTCACCCaagcaaatgattggtttagta
gi|2 : caTG-GACA----AA--TA----AA---------GTTC-AGTTT-A-A--AA---A-AAG-A-------A--A-G--------ATG------AA---A-G-------TCA---TGAGAGA----------------A-T------------------------GGCTCATTTTGTATAATAG-----T------------------G--T-----TCAGTTTTT--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----T---------------------T------T---------A-------------GTT-A-TTC--AAAATC----ATTTCA----A-------ATT---G-TGAC-A---T--TGA---A-A------------ACT----CA-CT-TCTCA--C----C--AAGTGGCTTCT---GT----GG---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AAAG-G---T-T-A---TTTGT-C-------A-------------TTT------GG-T-TTAT-TTT---AAGTAAAAA------TGTC-C-GG-----T-----AT-GGACCGCGTAG----ATTTTA
gi|20 : taatatatagctttctattaaatgaatagaatttgtcatagaatttttatttgttcacaaaattatgttttactctgttgacaatcttgatttctgcattatactgtgataggaattatttaacatgtggatggctgaatccattgtcaatattgtccgtaccattcaattataaataGTGTC-GTACATTTTTAAATACAGAC----------AA--GTGA--C-T---TAT-TTA-AGTTT--ACCTGTTTGTG-GAAAAGT-CAATT-TT-----T-C-A---G
gi|20 : tacagtgttatatgtgtagtagtgtcctacagtgttgtacagtatcattatgtgttgtacaACA-GACAAGTGACTTA-TT-----T-A-A---GTT---T--ACCTGTTTGTG-GAAA----AG--TC----AATT-TT-TCAGTTCCTGCTT-A-A--AA---A-T-GAA-------A--A-A--------AAG------AA---AAttcctgcttaaaaatgaaaaaaagaaaaaaaaaagacaaataaataaaatgacccattttataaacaaatattcaatgttactgt
gi|21 : tacagtgttatatgtgtagtagtgtcctacagtgttgtacagtatcattatgtgttgtacagtgtcgtacatttttaaatTG-GACA----AG--AG----A-CT-TT-CCAGTTC-------A-A--AA---ATA-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AA--------TCA---TGATAGA----------------T-T------------------------G------------------------------------------G--C-----C-------C--AT-------------------------------------T---TAA----------------------------------T---------A---A-AT----AAGC--A-TT-----AAT-----ATTTTA----A-------ATTC--A-C-ATCA---T--TGA---A-A------------AAG----GA-CT-TTTCA--T----T--AAGT------------------------------------------------------C---A-AT-G-G---T-T-G---TCTGT-C-------A-------------CTT------GT-T-TTAC-TTT---TAGAGAACT------TGTC-T-CA-----T-----AT-Gaaaaaagacaaataaataaaatgacccattttataaacaaatattcaatgttactgt
gi|22 : tgtccaagttgccaatgtcatacgtacatcttcaaatacatacaatttaAAATT-TT-----T-T-A---GTT---T--ATTTGTCCATG-GACAGACAAG--TG----ATTT-TT-CTGTTTCCAATTG-A-A--AA---A-A-A-A-------A--A-G--------AAG------AT---AAA-------T-G---TTCA----------------------------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--GT-----------G----------T-------------TT---CCA-----A---------------------TAACCGGT---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GTTATC----ATATCA----A-------GT------C-AT-G------TCATTCA-A------------AAA----CATCT-TTTCA--T----T--GAGTGTCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AAGG-----G---G-AA-G-G---T-T-C---TTCCT-C-------A-------------TTT------GT-T-T
gi|23 : caattGTAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCTATTTC-ATACATATACAAATATGGAC----------AA--GATA--A-A---C-T-T
gi|23 : tagggctg------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----GAGTT-A-TTT--GAAATCAATTATTTCA----A-T--T--CCT---G---GT-A---T--TGA---A-A------------AAG----AA-CT-TTTCA--T----T--GAGTAGCTTAT---TT----GA---GC------T----G-------T--Acctgaggaaatgactaatattataagcaaatgttcagtgtttatgtttcaaattaaatgagttatttgaaatcaattatttcaattcctggtattgaaaaagaacttttcattgagtagcttatttgagctgtactg
gi|24 : tagggctggtaaaatccattgtcccgagttgtctatttcatacatatacaaatatggacaagataaacttcctgaggaaatgactaatattataagcaaatgttcaGCAAAATACATT--GTC--A-GA-GATATCCATGTC-GTACATTTTCAAATA-------------------GTGG--------T-T-TCA-A------ATTTG-------GACAAGTGATTTT-TT-----T-A-A---TTT---T-----------TA-AAC------T--TG----AATT-TT-A-AGTTCCAGTTT-A-A--AATAAA-A-G-A-------A--AAG--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGTGATA----------------A-TAGAAAATATTTAAACATATGGCCAG-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TC---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----ACATTAA-TTT--ctg
gi|25 : attgA--C----T--GAGCGGCTTCT---GC----AA---GC------T----AA------T--AA-A-----T---A-AA-A-A---TATAT---TTTGT-C-------AAAA----------CTT------GTAT-TCGT-TT----AGGTAAAAT------TTTC-T-TT-----T-----AC-AGA-CAAGTGG----ATTTCAT----GTACTG---A-CAGGTAAA----A-------------
gi|25 : aATTTTCTTTTACAGAC----------AA--GTGG--A-----T-T-TCA-----------TGT--ACT-GACAGGTAAAAGAATT-----T-A-A----TT---C--ACTTTTCTTTG-GACA----AG--TA----AGTT-TT-gaatttaattcacttttctttggacaagtaagttttatccaaattttaccccc
gi|26 : aactgagcggcttctgcaagctaataaataaaaatatattttgtcaaaacttgtattcgtttaggtaaa-CCAGTTC-AATTT-A-A--AT---A-A-A-A-------AGTA-G--------ATA------TA---AAC-------TCA---TAAGAGA----------------A-T------------------------GACCCATTTATAAACAAA------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------CT---CAA-----A---------------------T------T---------A---G-GT----AAGGT-A--TT--GAAATA----ATTTT-----A-T--T--CTT---T-C-CT-----T--TGA---A-A------------ACA----CA-CT-TTTCA--A----A--CAGTGGCCTCT---atccaaattttaccccc
gi|27 : aAAATC----CTTTCA----A-T-------------------------TGA---A-A------------AAG----AA-CA-TTTCA--T----T--GTGTGGCTTCTAGAGT----GACA-GC------T----T-------T--AA-G-----T---A-AA-ATG---C-T-C---TTTGT-C-------A-------------TTT------GT-C-TGGA-TTT---CA-T----T------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAGCAG----ACTTTAGCTATGGACAA---C-TTAATAAA----A-------------A--TT--------tg
gi|28 : -----------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---T-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATT-------A-T--A--ATT-----C-AT-G---G--CATT--A-A------------AAATT--AA-CT-TTATA--T----T--TAGTTTTGTCA---GT----AA---GC------C----A-------C--AA-GCTATAT---A-AA-G-c
gi|29 : T-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----A-----AT-ATA-CAAGCAG----GTTTCATCT----ATAA---G-CAAATACA----A-------------ATTTT--------AA-----AATTTTGTT-------GCCGGTAGACATTTA--T--GTTT----TTA--CTAGAT-TTTGCCAttaaaagttataattgt
gi|3 : tGTGAAATCAATA--ATC--CCAA-GTAATTTATGTT-GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTAA--A-A---TGT-TTA-AGATT--ACTTGTCCACG-AACAAGTGAAATG-TT-----T-A-A---GAG---T--ACTTGTCCACG-GACA----AG--TG----AGTT-TT-CCATTTCTAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------GTG------AA---AAG-------TTG---TGCGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---G-AT----AAGTA-A-ATT--GAAATC----ATTTCA----A-TA-G--ACT---A-C-AT-G---T--TTATC-A-A------------AAG----GA-AT-TCTCA--T----T--GAGTGGCTCCT---GT----AA---GC------T----T-------T--AA-G-----T---A-AA-G-A---T-T-T---CTTGT-C-------A-------------TTT------AT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTCATGTA-----T-----AT-GGA-CAACTGG----ATTTCATCTACGGACAG---A-CAAGTAAA----A-------------A--TT--------AA-----AA--------------GGC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TATGCAACCC
gi|30 : -TTT---AAGTGACAT------TGTT-T-TA-----T-----AC-TGA-CAAGTAG----ATTTCATC----AACCG---T-CAAGTTCA----A-------------A--TT--------GT-----AATTCACTT-------GTCCATGATAT---A--T--GTTT----CTG--CCAGAT-TTTACCACc
gi|31 : GTGAAAG------TGTC-C-TA-----T-----AT-GGA-TAGATAA----GTTTCATCTGTGGACAAGTTA-AAACTAAA----A-------------A--TTCACCTATTAA-----AA--------------GTA-----------A--T---TTT----TTG--TCAGAT-TTTCCCACCC
gi|32 : ACG-GACAAG-AAAATT-TT-----T-A-A---GTT---T--ACTTGTTTGTT-GACA----TG--TG----CATT-TT-TCAGTT-CAGT
gi|33 : tacactttcaaatGTC-GTACATTCTAGAGTCTGGAC----------AA--GTGC--ATA---T-TACTA-ATA-T--GGTTGTCTGCG-GACATGTG-AATT-TT-----C-A-A---
gi|35 : -A-A---GAA---G--ACTTGTCTGTG-GACA----GG--TG----AGTT-TT-CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-
gi|4 : tgttcaAAAATCTGTTTTGTTTTCTGA-GATGTCCATGTT-GTATATTTTCAAACACAAAG----------AA--TT----------T-T-TTA-AGTTA--ACATGTCCATG-G
gi|4 : ACAAA-GAATTT-TT-----T-A-A---GTT---A--ACATGTCCATG-GTCA----AA--TA----AGTT-CT-CCAGTTCCAGTTT-G-A--AA---A-T-G-GCTCATTTA--A-T--------AAA------AA---AAG-------T-G---TTTAGTC----------------A-C------------------------------------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TT---TAATTTGAA---------------------T------T---------ATAAATAT----AAGTT-A-TTT--GGAATC----CTTTCATTTTA-T--GGTATT---G-A-AA-A---T--T--T--A-A------------AAA----GA-TT-TTTGA--T----T--GAGTGGCTTCT---GG----AT---GT------T----A-------T--A------------A-AA-G-T---T-T-T---TTTGT-C---------------------TTT------GT-T-TTGT-TTTTTAAAGTGAAAT------TATC-T-TAGAAAGT-----AA-GGG-CAAATAA----ATTTTATCTA---CCAT---ATC---TAAA----A-------------A--TT--------AA-----AA--------------tcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatctaaaaattaaaaattcacttgtccatggacaaatattgttcttcaacattttgccacctc
gi|4 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacAAATG-TT-----G-A-A---GAACAAT--ATTTGTCCATG-GACA----AG--TG----AATT-TT--TAATT----TTT-A-G--AT---A-T-G-G-------T--A-G--------ATA------AA---Aattcacttgtccatggacaaatattgttcttcaacattttgccacctc
gi|4 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacacaaagaattttttaagttaacatgtccatggtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaaT--ATTTGTCCATG-GACAAGTG-AATT-TT-----T-A-A---tgccacctc
gi|5 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacacaaagaattttttaagttaacatgtccatggtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatctaaaaaAAAATCAATT--ATC--C-GA-GTTGCTCGTGTCTGTG----TCCTGCTACCAGT----------AA--CTG---------T-T-TT-----TC--AGTT----ACG-GACAAATGAAAAT-TT-----T-A-A---GTT---A--ACTAGTAGGTG-GAAA----AT--TACATTAATT-TT-CTAGTTCATATTT-ATA--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGAGAGAACAGCTCATTGC----A-TACAGAAGTGTTCA-----------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------C------T---------A---A-AT----AATTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----G-T------T------C-AT-GGCCT--TGA---A-A------------AAA----GA-CT-TTCCA--T----T--GAGTGGCTGCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----TAAAA-AA-A-G---A-T-G---TTTGC-C-------A--------------TT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAA------TATC-T-TA-----T-----A---GA-CAAGTAA----ATT---TCTA-AG---G---A--AAATTAA----A-------------A--TT--------AA-----AA--------------ttgttcttcaacattttgccacctc
gi|6 : attgtcATG-GACATGCAAAAT---T-----T-A-AT--GAT---T--TTTTGTCAGTA-GACA----AT--TG----AATT-TTGCTAGTTCCAGTTTAA-A--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATT------AA---AAG-------T--------GAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--C-----T-------C--A-----------------------T-------------TT---CAG-----AAACAAGTACTCAGTGTAATGTT------T---------A---A-AT----AAATT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----ATT--T--ATA---G-C-AG-G---------------------------AAG----CA-GT-TTTCA--T----T--GGCTGATTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----TC--A-GA-G-G---T-T-C---TTTGT-C-------ATTAAAAAAATTTTTTT------GT-T-TTGT-TTT---GAGTGACAG------AGTC-C-TA-----A-----AA-AGA-CAAATAG----ATGTCATCT----ACAG---A-CAAGTTAA----A-------------A--TT--------AA-----AA--------------TTC-----------ACTT--GTCC----TTGAATAAGTT-TTTGCCttctcttac
gi|7 : ggcaaagtatttttctgagtatttttaaat-GTTATCAGAGTC-ATACATTTTCGAATACAGAC----------AA--GTGG--A-A---A-T-TGA-AGTTT--ACTTGTCtgatttggcca
gi|7 : catACA-GACAAGTGGAA-A-TT-----G-A-A---GTT---T--ACTTGTCTGTG-GACA----AC--TG----AATT-TT-CAATTTC--GTTT-A-A--AA---AGA-G-A-------A--A-G--------AAA------AA---AAG--------CA---TGTGAAA----------------A-TA-----------------------G-----------------------CTCATTTTAAACAAAAATGG--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TA---CAA-----A---------------------C------A---------A---A-GT----GAGTT-A-TTT--GAAATT----CTTTC-------T--G--TTTATAG-C-AT-T---G--AAAA--A-A------------AAG----AA-CT-TTTCA--T----T--AAATGGCTTCA---GT----GG---AC------T----A-------C--AA-G-----T---A-AA-T-G--------------AT-C-------A-------------TTT-----------TTGT-TTG---AAGTGAAAT------TGTC-T-AA-----T-----AT-GGT-CAAGCAG----ATTTCATCTA-AG---G---A-CAAGTAAA----A-------------AG-TT--------AA-----AA--------------TTC-----------A--------C----TTG--TCtgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagttaaaattcacttgtccaaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatATTGTCTAATATGGTC----------AA--GC------------------AGATT----TCATCTAAG-GACAAGTAAAAAG-TT-----A-A-A---ATT---C--ACTTGTCCAAA-GACA----AG--TA----AGTT-caaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaAAATT-TTGGCAAT-A-A----CT---T--ACTTGTCTTTG-GACA----AG--TG----AATT-TT-attgccaaaattttga
gi|8 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagttGCAAAATTCATT--GTC--T-GT-GTTGTCTGAATT-GTACA--------------C----------A----TAA--A-A---------A-AAATT--AAT-----AAG-GACAAGCAAAATT-TT-----A-A-AAAAGTT---C--ACTTGTCCATA-GATA----AAAATG----AATT-TT-CCAATTCAATTTA-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------AC-------AA---AAGATAAAATTCG---TGAGAGA----------------A-T------------------------GACTCA------------------T---------------------T-----T-------T--AT-----------A----------TACAAGAG------TT---CAGTCTTCA---------------------TGTT---T---------C---A-TT----AAGTT-A-TTT--GAA-TT----AGTTCA----G-T------TT-------AT-G---G---CAT--AGA------------AAA----CA-CT-TTTCA--C----A--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------TATAAA-------T--AA-G-----T---A-AA-A-T---T-A-C---TTAGT-C-------A-------------TTT------GC-T-TTAT-ATC---AA-TGAAAT------TATT-T-TA-----T-----Atga
gi|9 : catttttcatatacatgtaatgtacaggggtgTT--CCAA-GTTGTCCGTATT-AGACATTTTCAAATATGGACTTTTTCATGGAAGCGTGA--A-A---T-T-Taa
gi|9 : GACATT-TT-----C-A-A---ATA---TGGACTTTTTCATG-GAAG----CG--TG----AAAT-TT-CCAGTTCCAGTTC-A-A--AA---A-A-A-A-------A--A-G--------ATG------AAAG-AAG-------TCA---TGTGAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--T-----T-------C--ATTTTATAAACAAGAGTTCAGTATT-------------TT---TAA-----A---------------------T------G---------A---A-AT----AGGTT-A-TTT--CAAATC----ATTTGA----ATT--G--ACG---G-C-A------T--TGAA--A-A------------AAG----AC-TT-TTTCA--T----T--GAGAAACCTCA---GT----AA---AC------T----T-------T--TA-G-----T---A-AATG-A---T-T-C---TTTGT-CATTTACTA-------------TTT------AT-T-TTGT-TTT---CAGAGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAGTAG----GTTTCATCCA-TG---G---A-AAATTAAA----A-------------A--TT--------AAAATCCAA--------------GTA-----------A--T--TTTT----TTG--CCAGAT-TTTGCTACccagttccagttcaaaaaaaaaagatgaaagaagtcatgtgagaatggttcattttataaacaagagttcagtatttttaaatgaaataggttatttcaaatcatttgaattgacggcattgaaaaaagactttttcattgagaaacctcagtaaacttttagtaaatgattctttgtcatttactatttattttgttttcagagaaattgtcttatacagacaagtaggtttcatccatggaaaattaaaaattaaaatccaagtaatttttttgccagattttgctac
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): ACAAGTAAAAATTGAATCCACTTGTTCATGGATAAGGAAATTTTTGGCAGATTTTGC
Unaligned ( gi|36 ): ATCAGGTAAGTGAACTCAGGTCATTTCAATGGACTGCAAGTTTATTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 22222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222 7777777777777777777777777777777777777 111111111 111111111111111111 111111111111111111111 333333 1111111111111 11111111 66666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 44 7777 5 2 666666 6666 3 7777777777 22 88888888888888888888888 3333 8888 1 222 2 55555 22 7777 33333 1 44444 22 33 3333 6666666 3333 22 1 44 777 3 1 22 222 4 1 1 7777777 22 1 66666666 555555 555 6666666 66666 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 44444 5555555 22 111111111111111111111111111111111111 222 88888888888888888888888888888888888888888888 222 1 3333 1 1 44 3333 6666666666666666666666666666666666666 444444444 1 111111111111111111 22 222 3333 555 444444 3333 7777777 22 1 888888888 1 999999999 55 888888888888888888888 555555 1 1 1 666 555555 1 1 44444444444 77 2 4444 333333 77777 0 8888 2222222222222 55 44444444 66666 55555555555555555555555555555555555 7777 44 4
lowQualScore : .. .... . . ...... .... . .......... .. ....................... .... .... . ... . ..... .. .... ..... . ..... .. .. .... ....... .... .. . .. ... . . .. ... . . . ....... .. . ........ ...... ... ....... ..... . ...................................................................................... .. ..... ....... .. .................................... ... ............................................ ... . .... . . .. .... ..................................... ......... . .................. .. ... .... ... ...... .... ....... .. . ......... . ......... .. ..................... ...... . . . ... ...... . . ........... .. . .... ...... ..... . .... ............. .. ........ ..... ................................... .... .. .
lowQualScore : 22 7777 0 4 111111 6666 8 6666666666 44 99999999999999999999999 3333 1111 8 999 9 00000 00 4444 66666 5 00000 00 44 0000 6666666 0000 00 4 77 777 2 6 22 888 8 6 7 1111111 33 7 00000000 000000 444 2222222 66666 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 33333 7777777 44 444444444444444444444444444444444444 999 22222222222222222222222222222222222222222222 999 7 5555 7 7 00 5555 4444444444444444444444444444444444444 000000000 0 777777777777777777 22 888 5555 222 888888 5555 1111111 33 8 444444444 8 666666666 77 888888888888888888888 555555 8 8 9 000 222222 8 8 77777777777 11 0 2222 333333 99999 5 6666 2222222222222 66 44444444 22222 88888888888888888888888888888888888 1111 66 0
consensus : GCAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCC-GTG------TC----GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTGAA-A---T-T-TT---AAGA--TT--ACTTGTCCACG-GACAAGTG-AAATT-TT-----TA--A---GTT--T--ACT-TGTC---CGT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCG---TGNGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----A-T--G--ATT---G-C-AT-G---TCGAT---AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AA-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-GGA-CAAGTAG----ATTTCATCTA---ACAG---A-CAAGTAAA----A-------------A--TT--------AA-----AA--------------GNC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TTTGCCACCC
Reference ( family-1979 ) : GCAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCC-GTG------TC----GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTGAA-A---T-T-TT---AAGA--TT--ACTTGTCCACG-GACAAGTG-AAATT-TT-----TA--A---GTT--T--ACT-TGTC---CGT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCG---TGNGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----A-T--G--ATT---G-C-AT-G---TCGAT---AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AA-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-GGA-CAAGTAG----ATTTCATCTA--GACAG---A-CAAGTAAA----A-------------A--TT--------AA-----AA--------------GNC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TTTGCCACCC
gi|1 : GCAAAACTCATT--GTC--GCAA--TTGGCT-GTG------TT----GTACACCTTCAAACATGGG------------A--GTGAA-A---T-T-TT---TAGG--CA--ACTTGTCCTTGTGACAAGTG-A---T-TT-----TAACA---GTT--T--A
gi|1 : gtaatgaataacagtgttttttttaataatcaataaacatataacattgagtttttattttatgataacagtgaaaatatactatacagctgacatttagtctggtggttgaagatcttcacttgaacataaaacagtgtatattggtatgaatgAGTG-AAATT-TT-----TA--G---GCA-----ACT-TGTC---CTT--GT-GACA----AG-------TG----A---TT-TT----AA---CAGTTT-A-A--AA---GGA-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AA--------TTA---TGCAAAA----------------AAT------------------------GGTTCATTT---------------T------------------A--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---TTA-----A---------------------C------A---------A---A-AT----CAGTT-T-TTT--GAAATC----TGTTCA----A-T--T--CTT---GGC-AT-T---GC------AAAAT-G----A-A-TTTTCA-------------T----T--TAGTGACTTCT---GT----AA---AC------T----A-------G--AA-G-----T---A-AA-A-G---A-T-CCTTGCC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTA---AATTGAAAT------TATC-T-TA-----TCTAAAAT-GGA-CTAGTTG----ATTTCCTCT----ACGG---A-CAATTAAAATCTA-------------A--TT--------GA-----CA--------------AGT-----------A--A--GTTT----TTG--TAAGATGTTTGaaaggagaaagatgaaaattatgcaaaaaatggttcattttatttatgtttttaacaaaatcagttttttgaaatctgttcaattcttggcattgcaaaatgaattttcatttagtgacttctgtaaactagaagtaaaagatccttgccatttgttttgtttaaattgaaattatcttatctaaaatggactagttgatttcctctacggacaattaaaatctaattgacaagtaagtttttgtaagatgtttgt
gi|10 : gtaatgaataacagtgttttttttaataatcaataaacatataacattgagtttttattttatgataacagtgaaaatatactatacagctgacatttagtctggtggttgaagatcttcacttgaacataaaacagtgtatattggtatgaatggcaaaactcattgtcgcaattggctgtgttgtacaccttcaaacatgggTTGTCG-GTG------TC----GTACATGTTCAAATAT---------------A--GTGTA-ATAGT-T-CT-----GT--TT--ACTTGTCCAt
gi|10 : ggatggcaagatcaatTT-GT--CCAGTTA-AGTAT-T-G--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AAACGAAA-------TTG---AGAGAAAGGCTCATTTTATAAACA-TTTGTGTTCA---------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------TTGAT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------G---------A---A-AT----AAATA-A-TTT--TAAATA----GTTTCA----G-TCAG--AGT---T-C-AT-G----AAAT---AAAAAAG----A-AATTTACT-------------T----T--GAG--GTTTTT---GT----ATTTTGT------T----A-------T--AA-T-----T---A-AA-A-G---T-T--TTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------GGTT-A-TA-----T-----AT-AGA-TAAGTAATGTTATTTCATCT----ACAG---G-CAAGTAAA----A-------------A--T----------A-----AA--------------Ggttaagtattgaaaagaaagatgaaacgaaattgagagaaaggctcattttataaacatttgtgttcagtgttttgatgtttcaaatgaaataaataattttaaatagtttcagtcagagttcatgaaataaaaaagaaatttactttgaggtttttgtattttgttataattaaaagtttttgtcatttgttttgttttaagtgaaatggttatatatagataagtaatgttatttcatctacaggcaagtaaaaataaagaaaaatcacttgtccat
gi|11 : ggatggcaagatcaatttgtcggtgtcgtacatgttcaaatatagtgtaatagttctgtttacGCGAAATCCATT--GTC--T--ATGTTGTCC-ATA------TT----GTACAATTATAAATACGGAC----------AA--CTG-A-A---T-T-TT---CAAA--TT--aaaaatcacttgtccat
gi|11 : ttatttaactcatgtttaatgcattgatg--G--GACA----AC-------TG----A--ATT-TT--CAAATTCAATTTA-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA-----G-------TTA---AGAGAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--C-----T-------C--ATT----------G----------T-------------GT---AAA-----A--------------------------------------A---A-GA----GAACT-AGTTTCAAAAATC----ATTTTA----A-T------TT-------AT-G---ACATT---GAAA--A----C-ACTTTTCA-------------C----A--AAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------TTTAA-G-----T---A-AAAG-G---T-T-CTTAGTT-------A-------------CTT------TA-T-TTGT-TTT---AAGTATAAT------TGTC-T-AA-----------ACTGGA-CAAGTAG----ATTTCATCT----ACAG---T-CAAATAAA----A-------------A--TTCAGTA---AA-----AA--------------GTT-----------A--A--GTTT----TTG--caatttaaaaaaagaaagatgaagttaagagagaatggctcattgtgtaaaaaagagaactagtttcaaaaatcattttaatttatgacattgaaaacacttttcacaaagtggcttctgtaagctatttaagtaaaaggttcttagttactttatttgttttaagtataattgtctaaactggacaagtagatttcatctacagtcaaataaaaattcagtaaaaagttaagtttttgacttccctgaata
gi|12 : ttatttaactcatgtttaatgcattgatggcgaaatccattgtctatgttgtccatattgtacaattataaatacTG------TC----ATACATTTTCAAATAC--------------------------------------AGA--CT--ACTT-TTCATG--ATA--TG-ATATT-TG-----TG--A---GC--------------------------AAA----AG-------T---------TTATT--CCAATTCATGCTA-A-ATAAA---A-A-G-A-------G--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGTACTC----------------A-T----------------------------------------------------------------------T-----T-------T--ATAA---------G----------TA------------TT---CAG-----T---------------------T------TT--------A---C-CT----CAGTC-A-TTTT-GAAATA----ATTTCA----G-TT-G--ATG---G-C-ACAG---TC-AT---CAAT--G----ACA---TTCA-------------A----T--GAGTGGCTTAT---GT----AA---GC------T----A-------T--TT-A-----T---A-AA-A-T---G-T-CTGTATCTGTAT--A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TTTC-G-TA-----T-----AT-GGA-CTAGTAG----ATTTCATCT----ATGG---A-AAATCAAA----A-------------A--TT--------AA-----Aacttccctgaata
gi|12 : ATTTTCGTATATGGAC----------TA--GT------------------AGA--TT----TCATCTATG-GA-AAATC-AAAAA-TT-----AA--A---CTT--C--ACT-TGTC---CATCAG--TCCA----AA-------TA----A--GTT-TTG-CCAGcttcacttgtccatcagtccaaataagttttgccagatttttttg
gi|13 : tgtcatacattttcaaatacagactacttttcatgatatgatatttgtgagcaaaagtttattccaattcatgctaaataaaaagagagatgaaaagtcatgtactcattttataagtattcagttttacctcagtcattttgaaataatttcagttgatggcacagtcatcaatgacattcaatgagtggcttatgtaagctatttataaaatgtctgtatctgtatatttgttttgttttaagtgaaGCAAAACCCATT--GTT--C-GA-GTTGACC-ATG------CC----ATGCATTTACAAATACAGAC----------AA--GTG---A---T-T-TT---------TT----TTAT----------------AATT-TC----------------------CT-TGTC---CGT--G--GACA----AG-------TA----G--ATT-TT--CCAGTTC-------------------A-G-A-------A--A-G--------AT-------AA---AAG-------TTGTGTTGAAAGA----------------A-TTATTCATTTTATAAAAAAA-----G-----------------------T------------------G--TCCAGTT-------T--TT-----------G----------T-------------TT---TAA-----A---------------------T------T---------A---A-TT----AAATT-A-TTT--GAAATC----ATTTTA----A-------AT------C-AT-G----CACT---GAAA--GCA--G-ACTTTTCA-------------CAGAGTCGGAGTGGCTTAT---GT----AA---GC------T----A-------T--GA-G-----C---A-AA-ACG---C-T-CTTAGTC-------A-------------TTT------GT-T-Tatttttttg
gi|14 : ccatttctcaaacttaatgtggttg-AAATG-TT-----TA--T---GTT--T--ACC-ATTC---CGT--G--GACA----TG-------TG----G--ATT-GT--TCAATTTCA--TT-A-T--GT---A-A-G-A-------A--T-GGTCATTGTATG------AA---CAG-------TGG---TTCA----------------------------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TC---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-ATTAAAAAGTA-G-TTT--GAATTC----CTTTCA----A-T-------T-----C-AT-G---GCAAT---GAAA--A----A-AT-----A-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GA------T----A-------T--AA-G-----TG--A-AA-G-G---T-T---TTGTT-------G-------------TTT---------T-TTGA-TAA---GAGTGAACT------T-TT-T-TA-----T-----AG-AGA-CAAGTTG----ATTTTATCTT--GACAG---A-CAAGTAAAGTT-A-------------A---T--------AA-----AA--------------AAA-----------A--------------TG--CCAGAT-TTTTCCACC
gi|15 : tgaaatactgacATTGTT-----CA--A---GTT--G--TCTGTGTCATACAT--ATTGACA----GG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTACCAATTT-A-A--AA---A-A-G-AG------A--A-T--------ATG------AA---AAA-------TCA---CGAGAGA----------------G-T------------------------GGCTGATTTTATAAACGTGTTCAAT------------------G--C-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---T-TT----AAGTT-A-CTT--GAAACC----ATTTCA----A-T--GA-ATG---G-C-AT-----TGAAT-----AA--G----G-ACTATACATTAATGATTATTTT----T--GAGTGATTTCT---GT----AA---GCTACTGGT----A-------T--AA-GT----T---ACAG-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TAT------G-----TG-----------------------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAATAG----
gi|16 : tgcaggggtgacaaacatct-----------G----------T-------------TT---CAA-----G---------------------A------T---------A---A-AT----AAGTG--------GAAAT--------TCA----G-T------TT---G----T-G---GCCTT---AAAA--T----A-AGCTTTAAAA-----------T----T--TAGTAACTTTT---ATTACAAG---GC------C----AACACATGT--AA-A-----T---A-AA-A-AAATT-T-TTTTGTT-------A-------------TTCAGTTTGGT-T-TTGTGTTT---AAGC--AATCTTGTATGTG-T-TG-----T-----AA-GGA-CAAGTAG----ATTTTATGTA--GA--G---A-CAAGTTAA----A-------------A--TT--------CA-----AATTCACATGTTCATGGAC-----------A--T--GTTTACTTTTG--GCAGAT-TTTGCta
gi|17 : aaagtgatgttcgATA--GTC--CCGA-GTTATCT-GTG------TC----TTACATTTTCAAGTACAAAC----------AA--GTGAA-A---T-T-TA---AGGA--TT--AC-------CG-G----------------------------------T--ACT-TTTC---GGT--G--GATG----AG-------TC----G--ATT-TT--CCTGTTCC---------------------------------A-A--------ATG------AA---AAG-------TTG---TCTGAG-----------------A-T------------------------T-----------------------T------------------T--T-----T-------T--AT-----------A----------TCATAAAACAAGTGTT---CAG-----A---------------------T------TTTATGTTTGA---A-AT----AAGTT-A-TTT--AAAATC----ATTTCA----ACT--G--ATG---G-C-A--G---TTTAA---AAAA--ACAACA-ACTTTTCA-------------C----C--AAGTGGAT--A---GT----AA---GC------T----A-------T--
gi|18 : AAAGCAATT--G-C--CCAT-ATTGTCC-ATAATCATATT----GTACATTTACGAATACAGAC----------AA--GTAAA-A---T-T-TT---AA-A--TTTTACTTGTC---------------------------TA--A---TTT--T--ACT-TGTC---TGT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTT-CAGTTTAA-A--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATGAAAGATAA---AAA-------TCA---TGAAAGA----------------A-T------------------------GAC---------------------T------------------GATT-----T-------T--AT-----------
gi|19 : tattttttctttttaccatttctgctctcattggtggtg-----------G----------T-------------TTGTACAA-----A---------------------T------C---------A---A-GT----CAGTC-A-TTT--GAAATC----ATTTCA------T--G--A-------C-AT------TGA----AAAC--A----A-ATTTTTTA-------------C----A--GACTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--TA-G-----C---A-AA-ATG---T-T-GTAAGTC-------A-------------TTT------GT-TGTTGT-TTTTT-AAGTGAAAG------TGTC-T-TA-----T-----AA-AAA-CAAGTAA----ATGTCACCTA-----AGT--A-CCAGTAAA----ATTAACATTCACATG--TT--------AA-----TG--------------GAC-----------AAGTAAGTTT----TTG--TCAGA--TTTGTCACCCaagcaaatgattggtttagta
gi|2 : caAATCCATT--GTC----AATATTGTCC-GTA------CC----ATTCAATTATAAATATGGAC----------AA--ATAAA-G---T-T-
gi|2 : taatatatagctttctattaaatgaatagaatttgtcatagaatttttatttgttcacaaaattatgttttactctgttgacaatcttgatttctgcattatactgtgataggaattatttaacatgtggatggctgT--G--GACA----AA-------TA----A--A----------GTTC-AGTTT-A-A--AA---A-AAG-A-------A--A-G--------ATG------AA---A-G-------TCA---TGAGAGA----------------A-T------------------------GGCTCATTTTGTATAATAG-----T------------------G--T-----TCAGTTTTT--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----T---------------------T------T---------A-------------GTT-A-TTC--AAAATC----ATTTCA----A-------ATT---G-TGAC-A---TTGA----AAAC--T----C-ACTTCTCA-------------C----C--AAGTGGCTTCT---GT----GG---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AAAG-G---T-T-ATTTGTC-------A-------------TTT------GG-T-TTAT-TTT---AAGTAAAAA------TGTC-C-GG-----T-----AT-GGACCGCGTAG----ATTTTAcagtttaaaaaaagaaagatgaaagtcatgagagaatggctcattttgtataatagtgttcagtttttatgtttcaatttagttattcaaaatcatttcaaattgtgacattgaaaactcacttctcaccaagtggcttctgtgggctataagtaaaaggttatttgtcatttggtttattttaagtaaaaatgtccggtatggaccgcgtagatttta
gi|20 : taatatatagctttctattaaatgaatagaatttgtcatagaatttttatttgttcacaaaattatgttttactctgttgacaatcttgatttctgcattatactgtgataggaattatttaacatgtggatggctgaatccattgtcaatattgtccgtaccattcaattataaata-GTTGTACAGTG------TC----GTACATTTTTAAATACAGAC----------AA--GTGAC-T---TAT-TT---AAGT--TT--ACCTGTTTGTG-GAAAAGT--CAATT-TT-----TC--A---GTTCCT--GCT-T
gi|20 : tacagtgttatatgtgtagtagtgtcctacagtgttgtacagtatcattatgtACA-GACAAGTG-ACTTA-TT-----TA--A---GTT--T--ACC-TGTT---TGT--G--GAAA----AG-------TC----A--ATT-TT--TCAGTTCCTGCTT-A-A--AA---A-T-GAA-------A--A-A--------AAG------AA---AAaaaaatgaaaaaaagaaaaaaaaaagacaaataaataaaatgacccattttataaacaaatattcaatgttactgt
gi|21 : tacagtgttatatgtgtagtagtgtcctacagtgttgtacagtatcattatgtgttgtacagtgtcgtacatttttaaatT--GTC--C-AA-GTTGCCA-ATG------TCATACGTACATCTTCAAATACATAC----------AA--aaaaaagacaaataaataaaatgacccattttataaacaaatattcaatgttactgt
gi|21 : T--G--GACA----AG-------AG----A---CT-TT--CCAGTTC-------A-A--AA---ATA-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AA--------TCA---TGATAGA----------------T-T------------------------G------------------------------------------G--C-----C-------C--AT-------------------------------------T---TAA----------------------------------T---------A---A-AT----AAGC--A-TT-----AAT-----ATTTTA----A-------ATTC--A-C-ATCA---TTGA----AAAA--G----G-ACTTTTCA-------------T----T--AAGT------------------------------------------------------C---A-AT-G-G---T-T-GTCTGTC-------A-------------CTT------GT-T-TTAC-TTT---TAGAGAACT------TGTC-T-CA-----T-----AT-Gtttatggacaagagactttccagttcaaaaatagaaagatgaaaatcatgatagattggcccatttaataaataagcattaatattttaaattcacatcattgaaaaaggacttttcattaagtcaatggttgtctgtcacttgttttacttttagagaacttgtctcatatg
gi|22 : tgtccaagttgccaatgtcatacgtacatcttcaaatacatacaattta-AAATT-TT-----TT--A---GTT--T--ATT-TGTC---CAT--G--GACAGACAAG-------TG----A--TTT-TT--CTGTTTCCAATTG-A-A--AA---A-A-A-A-------A--A-G--------AAG------AT---AAA-------T-G---TTCA----------------------------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--GT-----------G----------T-------------TT---CCA-----A---------------------TAACCGGT---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GTTATC----ATATCA----A-------GT------C-AT-G---TC-ATTCAAAAA--C----A-TCTTTTCA-------------T----T--GAGTGTCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AAGG-----G---G-AA-G-G---T-T-CTTCCTC-------A-------------TTT------GT-T-T
gi|23 : caattGTAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCT-ATT------TC----ATACATATACAAATATGGAC----------AA--GATAA-A---C-T-T
gi|23 : tagggctg------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----GAGTT-A-TTT--GAAATCAATTATTTCA----A-T--T--CCT---G---GT-A---TTGA----AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--GAGTAGCTTAT---TT----GA---GC------T----G-------T--Acctgaggaaatgactaatattataagcaaatgttcagtgtttatgtttcaaattaaatgagttatttgaaatcaattatttcaattcctggtattgaaaaagaacttttcattgagtagcttatttgagctgtactg
gi|24 : tagggctggtaaaatccattgtcccgagttgtctatttcatacatatacaaatatggacaagataaacttcctgaggaaatgactaatattataagcaaatgttcaGCAAAATACATT--GTC--A-GA-GATATCC-ATG------TC----GTACATTTTCAAATA-------------------GTGG------T-T-TC---AA--------ATTTG-------GACAAGTG-ATTTT-TT-----TA--A---TTT--T---------------T--A--AAC------T-------TG----A--ATT-TT--A-AGTTCCAGTTT-A-A--AATAAA-A-G-A-------A--AAG--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGTGATA----------------A-TAGAAAATATTTAAACATATGGCCAG-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TC---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----ACATTAA-TTT--ctg
gi|25 : attgA-------------C----T--GAGCGGCTTCT---GC----AA---GC------T----AA------T--AA-A-----T---A-AA-A-A---TATATTTTGTC-------AAAA----------CTT------GTAT-TCGT-TT----AGGTAAAAT------TTTC-T-TT-----T-----AC-AGA-CAAGTGG----ATTTCATGT----ACTG---A-CAGGTAAA----A-------------
gi|25 : aATTTTCTTTTACAGAC----------AA--GTGGA-----T-T-TC---A------------TGT--ACT-GACAGGTA-AAAGAATT-----TA--A----TT--C--ACT-TTTC---TTT--G--GACA----AG-------TA----A--GTT-TT--gaatttaattcacttttctttggacaagtaagttttatccaaattttaccccc
gi|26 : aactgagcggcttctgcaagctaataaataaaaatatattttgtcaaaacttgtattcgtttaggtaaa--CCAGTTC-AATTT-A-A--AT---A-A-A-A-------AGTA-G--------ATA------TA---AAC-------TCA---TAAGAGA----------------A-T------------------------GACCCATTTATAAACAAA------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------CT---CAA-----A---------------------T------T---------A---G-GT----AAGGT-A--TT--GAAATA----ATTTT-----A-T--T--CTT---T-C-CT-----TTGA----AAAC--A----C-ACTTTTCA-------------A----A--CAGTGGCCTCT---atccaaattttaccccc
gi|27 : aAAATC----CTTTCA----A-T-----------------------TGA----AAAA--G----A-ACATTTCA-------------T----T--GTGTGGCTTCTAGAGT----GACA-GC------T----T-------T--AA-G-----T---A-AA-ATG---C-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-C-TGGA-TTT---CA-T----T------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAGCAG----ACTTTAGCTATGGACAA---C-TTAATAAA----A-------------A--TT--------tg
gi|28 : -----------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---T-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATT-------A-T--A--ATT-----C-AT-G---GCATT---AAAA--ATT--A-ACTTTATA-------------T----T--TAGTTTTGTCA---GT----AA---GC------C----A-------C--AA-GCTATAT---A-AA-G-c
gi|29 : T-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----A-----AT-ATA-CAAGCAG----GTTTCATCTA--TA-AG-----CAAATACA----A-------------ATTTT--------AA-----AATTTTGTT-------GCCGGTAGACATTTA--T--GTTT----TTA--CTAGAT-TTTGCCAttaaaagttataattgt
gi|3 : tAAATCAATA--ATC--CCAA-GTAATTT-ATG------TT----GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTAAA-A---TGT-TT---AAGA--TT--ACTTGTCCACG-AACAAGTG-AAATG-TT-----TA--A---GAG--T--ACT-TGTC---CAC--G--GACA----AG-------TG----A--GTT-TT--CCATTTCTAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------GTG------AA---AAG-------TTG---TGCGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---G-AT----AAGTA-A-ATT--GAAATC----ATTTCA----A-TA-G--ACT---A-C-AT-G---TTTATC--AAAA--G----G-AATTCTCA-------------T----T--GAGTGGCTCCT---GT----AA---GC------T----T-------T--AA-G-----T---A-AA-G-A---T-T-TCTTGTC-------A-------------TTT------AT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTCATGTA-----T-----AT-GGA-CAACTGG----ATTTCATCTACGGACAG---A-CAAGTAAA----A-------------A--TT--------AA-----AA--------------GGC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TATGCAACCC
gi|30 : gtg-TTT---AAGTGACAT------TGTT-T-TA-----T-----AC-TGA-CAAGTAG----ATTTCATC----AACCG---T-CAAGTTCA----A-------------A--TT--------GT-----AATTCACTT-------GTCCATGATAT---A--T--GTTT----CTG--CCAGAT-TTTACCACc
gi|31 : GTGAAAG------TGTC-C-TA-----T-----AT-GGA-TAGATAA----GTTTCATCTGTGGACAAGTTA-AAACTAAA----A-------------A--TTCACCTATTAA-----AA--------------GTA-----------A--T---TTT----TTG--TCAGAT-TTTCCCACCC
gi|32 : ACG-GACAAG-A-AAATT-TT-----TA--A---GTT--T--ACT-TGTT---TGT--T--GACA----TG-------TG----C--ATT-TT--TCAGTT-CAGT
gi|33 : tacactttcaaatG------TC----GTACATTCTAGAGTCTGGAC----------AA--GTGCATA---T-TACT---AATA---T--GGTTGTCTGCG-GACATGTG--AATT-TT-----CA--A---
gi|34 : AC----------AA--GTAAA-A---A-T-TG---AAT---CC--ACTTGTTCATG-GATAAG-G-AAATT-TT-----T
gi|35 : --ACT-TGTC---TGT--G--GACA----GG-------TG----A--GTT-TT--CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-ggcagattttgc
gi|4 : tgttcaaagaagAAAATCTGTTTTGTTTTCTGA-GATGTCC-ATG------TT----GTATATTTTCAAACACAAAG----------AA--TT--------T-T-TT---AAGT--TA--ACATGTCCATG-G
gi|4 : ACAAA-G-AATTT-TT-----TA--A---GTT--A--ACA-TGTC---CAT--G--GTCA----AA-------TA----A--GTT-CT--CCAGTTCCAGTTT-G-A--AA---A-T-G-GCTCATTTA--A-T--------AAA------AA---AAG-------T-G---TTTAGTC----------------A-C------------------------------------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TT---TAATTTGAA---------------------T------T---------ATAAATAT----AAGTT-A-TTT--GGAATC----CTTTCATTTTA-T--GGTATT---G-A-AA-A---TT--T---AAAA--A----G-ATTTTTGA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GG----AT---GT------T----A-------T--AA-------------AA-G-T---T-T-TTTTGTC---------------------TTT------GT-T-TTGT-TTTTTAAAGTGAAAT------TATC-T-TAGAAAGT-----AA-GGG-CAAATAA----ATTTTATCTA--C-CAT---ATC---TAAA----A-------------A--TT--------AA-----AA--------------tcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatctaaaaattaaaaattcacttgtccatggacaaatattgttcttcaacattttgccacctc
gi|4 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaac--T--ATT-TGTC---CAT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT---TAATT----TTT-A-G--AT---A-T-G-G-------T--A-G--------ATA------AA---Aattcacttgtccatggacaaatattgttcttcaacattttgccacctc
gi|4 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacacaaagaattttttaagttaacatgtccatggtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaaT--ATTTGTCCATG-GACAAGTG--AATT-TT-----TA--A---TTT--T--ttgttcttcaacattttgccacctc
gi|5 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacacaaagaattttttaagttaacatgtccatggtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatctaCAAAATCAATT--ATC--C-GA-GTTGCTC-GTG------TCT---GTG----TCCTGCTACCAGT----------AA--CTG-------T-T-TT---------TC--AGTT----ACG-GACAAATG-AAAAT-TT-----TA--A---GTT--A--ACT-AGTA---GGT--G--GAAA----AT-------TACATTA--ATT-TT--CTAGTTCATATTT-ATA--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGAGAGAACAGCTCATTGC----A-TACAGAAGTGTTCA-----------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------C------T---------A---A-AT----AATTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----G-T------T------C-AT-GGCCTTGAA---AAAA--G------ACTTTCCA-------------T----T--GAGTGGCTGCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----TAAAA-AA-A-G---A-T-GTTTGCC-------A--------------TT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAA------TATC-T-TA-----T-----A---GA-CAAGTAA----ATT---TCTA-----AG---G-AAAATTAA----A-------------A--TT--------AA-----AA--------------ttgttcttcaacattttgccacctc
gi|6 : attgtATG-GACATGCA-AAATT-TAA----TG--A---TTT--T----T-TGTC---AGT--A--GACA----AT-------TG----A--ATT-TTG-CTAGTTCCAGTTTAA-A--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATT------AA---AAG-------T--------GAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--C-----T-------C--A-----------------------T-------------TT---CAG-----AAACAAGTACTCAGTGTAATGTT------T---------A---A-AT----AAATT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----ATT--T--ATA---G-C-AG-G-------------AA--G----C-AGTTTTCA-------------T----T--GGCTGATTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----TC--A-GA-G-G---T-T-CTTTGTC-------ATTAAAAAAATTTTTTT------GT-T-TTGT-TTT---GAGTGACAG------AGTC-C-TA-----A-----AA-AGA-CAAATAG----ATGTCATCT----ACAG---A-CAAGTTAA----A-------------A--TT--------AA-----AA--------------TTC-----------ACTT--GTCC----TTGAATAAGTT-TTTGCCttctcttac
gi|7 : ggcaaagtatttttctgagtatttttaaat-GTTATCA-GAG------TC----ATACATTTTCGAATACAGAC----------AA--GTGGA-A---A-T-TG---AAGT--TT--ACTTGTCtgatttggcca
gi|7 : catACA-GACAAGTGGAAATT-G-------A--A---GTT--T--ACT-TGTC---TGT--G--GACA----AC-------TG----A--ATT-TT--CAATTTC--GTTT-A-A--AA---AGA-G-A-------A--A-G--------AAA------AA---AAG--------CA---TGTGAAA----------------A-TA-----------------------G-----------------------CTCATTTTAAACAAAAATGG--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TA---CAA-----A---------------------C------A---------A---A-GT----GAGTT-A-TTT--GAAATT----CTTTC-------T--G--TTTATAG-C-AT-T---GAAAA---AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--AAATGGCTTCA---GT----GG---AC------T----A-------C--AA-G-----T---A-AA-T-G-----------ATC-------A-------------TTT-----------TTGT-TTG---AAGTGAAAT------TGTC-T-AA-----T-----AT-GGT-CAAGCAG----ATTTCATCTA--A--GG---A-CAAGTAAA----A-------------AG-TT--------AA-----AA--------------TTC-----------A--------C----TTG--TCtgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagttaaaattcacttgtccaaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatAA-A---T-T-TTGGCAATAACTT--ACTTGTCTTTG-GACAAGTG-AA--T-TT-----TA--ACT-TTT--T--ACT-TGTC---CTT--A--GATG----AAATCTGCTTG----ACCATA-TTAGACAATTTCACTTC-A-A--AC---A-A-A-A-------A--T-G--------ATcaaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgATTGTCTAATATGGTC----------AA--GC------------------AGA--TT----TCATCTAAG-GACAAGTA-AAAAG-TT-----AA--A---ATT--C--ACT-TGTC---CAA--A--GACA----AG-------TA----A--GTT-tga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaa-AAATT-TTGGCAATA--A----CT--T--ACT-TGTC---TTT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--attgccaaaattttga
gi|8 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagttGCAAAATTCATT--GTC--T-GT-GTTGTCT-GAA------TT----GTACA--------------C----------A----TAAA-A------------AAAA--TT--AAT-----AAG-GACAAGCA-AAATT-TT-----AA--AAAAGTT--C--ACT-TGTC---CAT--A--GATA----AAAA-----TG----A--ATT-TT--CCAATTCAATTTA-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------AC-------AA---AAGATAAAATTCG---TGAGAGA----------------A-T------------------------GACTCA------------------T---------------------T-----T-------T--AT-----------A----------TACAAGAG------TT---CAGTCTTCA---------------------TGTT---T---------C---A-TT----AAGTT-A-TTT--GAA-TT----AGTTCA----G-T------TT-------AT-G---GC-AT---AGAA--A----ACACTTTTCA-------------C----A--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------TATAAA-------T--AA-G-----T---A-AA-A-T---T-A-CTTAGTC-------A-------------TTT------GC-T-TTAT-ATC---AA-TGAAAT------TATT-T-TA-----T-----Atga
gi|9 : catttttcatatacatgtaatgtacaggggtgTT--CCAA-GTTGTCC-GTA------TT----AGACATTTTCAAATATGGACTTTTTCATGGAAGCGTGAA-A---T-T-Taa
gi|9 : G-ACATT-TT-----CA--A---ATA--TGGACT-TTTT---CAT--G--GAAG----CG-------TG----A--AAT-TT--CCAGTTCCAGTTC-A-A--AA---A-A-A-A-------A--A-G--------ATG------AAAG-AAG-------TCA---TGTGAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--T-----T-------C--ATTTTATAAACAAGAGTTCAGTATT-------------TT---TAA-----A---------------------T------G---------A---A-AT----AGGTT-A-TTT--CAAATC----ATTTGA----ATT--G--ACG---G-C-A------TTGAA---AAAA--G----A-CTTTTTCA-------------T----T--GAGAAACCTCA---GT----AA---AC------T----T-------T--TA-G-----T---A-AATG-A---T-T-CTTTGTCATTTACTA-------------TTT------AT-T-TTGT-TTT---CAGAGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAGTAG----GTTTCATCC----ATGG---A-AAATTAAA----A-------------A--TT--------AAAATCCAA--------------GTA-----------A--T--TTTT----TTG--CCAGAT-TTTGCTACccagttccagttcaaaaaaaaaagatgaaagaagtcatgtgagaatggttcattttataaacaagagttcagtatttttaaatgaaataggttatttcaaatcatttgaattgacggcattgaaaaaagactttttcattgagaaacctcagtaaacttttagtaaatgattctttgtcatttactatttattttgttttcagagaaattgtcttatacagacaagtaggtttcatccatggaaaattaaaaattaaaatccaagtaatttttttgccagattttgctac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): ATCAGGTAAGTGAACTCAGGTCATTTCAATGGACTGCAAGTTTATTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 22222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222 7777777777777777777777777777777777777 111111111 111111111111111111 111111111111111111111 222222 1111111111111 66666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 44 7777 5 2 666666 6666 3 7777777777 22 88888888888888888888888 3333 8888 1 222 2 55555 22 7777 33333 1 44444 22 33 3333 6666666 3333 22 1 44 777 3 1 22 222 4 1 1 7777777 22 1 66666666 555555 555 6666666 66666 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 44444 5555555 22 111111111111111111111111111111111111 222 88888888888888888888888888888888888888888888 222 1 3333 1 1 44 3333 6666666666666666666666666666666666666 444444444 2 111111111111111111 22 222 3333 555 444444 3333 7777777 22 1 888888888 1 999999999999 888888888888888888888 555555 1 1 1 666 555555 1 1 44444444444 77 2 4444 2 333333 2 2 4444 88888888 8888 9999999999999 55 55555 66666 55555555555555555555555555555555555 7777 44 4
lowQualScore : .. .... . . ...... .... . .......... .. ....................... .... .... . ... . ..... .. .... ..... . ..... .. .. .... ....... .... .. . .. ... . . .. ... . . . ....... .. . ........ ...... ... ....... ..... . ...................................................................................... .. ..... ....... .. .................................... ... ............................................ ... . .... . . .. .... ..................................... ......... . .................. .. ... .... ... ...... .... ....... .. . ......... . ............ ..................... ...... . . . ... ...... . . ........... .. . .... . ...... . . .... ........ .... ............. .. ..... ..... ................................... .... .. .
lowQualScore : 22 7777 0 4 111111 6666 8 6666666666 44 99999999999999999999999 3333 1111 8 999 9 00000 00 4444 66666 5 00000 00 44 0000 6666666 0000 00 4 77 777 2 6 22 888 8 6 7 1111111 33 7 00000000 000000 444 2222222 66666 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 33333 7777777 44 444444444444444444444444444444444444 999 22222222222222222222222222222222222222222222 999 7 5555 7 7 00 5555 4444444444444444444444444444444444444 000000000 4 777777777777777777 22 888 5555 222 888888 5555 1111111 33 8 444444444 8 777777777777 888888888888888888888 555555 8 8 9 000 222222 8 8 77777777777 11 0 2222 2 888888 2 2 7777 11111111 6666 4444444444444 66 99999 22222 88888888888888888888888888888888888 1111 66 0
consensus : GCAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCC-GTG------TC----GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTGAA-A---T-T-TT---AAGA--TT--ACTTGTCCACG-GACAAGTG-AAATT-TT-----TA--A---GTT--T--ACT-TGTC---CGT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCG---TGNGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----A-T--G--ATT---G-C-AT-G---TCGAT---AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AA-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-GGA-CAAGTAG----ATTTCATC-TA---ACGG-A-CA----AGT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------GNC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TTTGCCACCC
Reference ( family-1979 ) : GCAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCC-GTG------TC----GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTGAA-A---T-T-TT---AAGA--TT--ACTTGTCCACG-GACAAGTG-AAATT-TT-----TA--A---GTT--T--ACT-TGTC---CGT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCG---TGNGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----A-T--G--ATT---G-C-AT-G---TCGAT---AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AA-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-GGA-CAAGTAG----ATTTCATC-TA---ACAG-A-CA----AGT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------GNC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TTTGCCACCC
gi|1 : GCAAAACTCATT--GTC--GCAA--TTGGCT-GTG------TT----GTACACCTTCAAACATGGG------------A--GTGAA-A---T-T-TT---TAGG--CA--ACTTGTCCTTGTGACAAGTG-A---T-TT-----TAACA---GTT--T--A
gi|1 : gtaatgaataacagtgttttttttaataatcaataaacatataacattgagtttttattttatgataacagtgaaaatatactatacagctgacatttagtctggtggttgaagatcttcacttgaacataaaacagtgtatattggtatgaatgAGTG-AAATT-TT-----TA--G---GCA-----ACT-TGTC---CTT--GT-GACA----AG-------TG----A---TT-TT----AA---CAGTTT-A-A--AA---GGA-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AA--------TTA---TGCAAAA----------------AAT------------------------GGTTCATTT---------------T------------------A--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---TTA-----A---------------------C------A---------A---A-AT----CAGTT-T-TTT--GAAATC----TGTTCA----A-T--T--CTT---GGC-AT-T---GC------AAAAT-G----A-A-TTTTCA-------------T----T--TAGTGACTTCT---GT----AA---AC------T----A-------G--AA-G-----T---A-AA-A-G---A-T-CCTTGCC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTA---AATTGAAAT------TATC-T-TA-----TCTAAAAT-GGA-CTAGTTG----ATTTCCTC-T----ACGG-A-CA----ATT--------AAAATCTA-------------A--TT-----GA-----CA--------------AGT-----------A--A--GTTT----TTG--TAAGATGTTTGaaaggagaaagatgaaaattatgcaaaaaatggttcattttatttatgtttttaacaaaatcagttttttgaaatctgttcaattcttggcattgcaaaatgaattttcatttagtgacttctgtaaactagaagtaaaagatccttgccatttgttttgtttaaattgaaattatcttatctaaaatggactagttgatttcctctacggacaattaaaatctaattgacaagtaagtttttgtaagatgtttgt
gi|10 : gtaatgaataacagtgttttttttaataatcaataaacatataacattgagtttttattttatgataacagtgaaaatatactatacagctgacatttagtctggtggttgaagatcttcacttgaacataaaacagtgtatattggtatgaatggcaaaactcattgtcgcaattggctgtgttgtacaccttcaaacatgggTTGTCG-GTG------TC----GTACATGTTCAAATAT---------------A--GTGTA-ATAGT-T-CT-----GT--TT--ACTTGTCCAt
gi|10 : ggatggcaagatcaatTT-GT--CCAGTTA-AGTAT-T-G--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AAACGAAA-------TTG---AGAGAAAGGCTCATTTTATAAACA-TTTGTGTTCA---------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------TTGAT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------G---------A---A-AT----AAATA-A-TTT--TAAATA----GTTTCA----G-TCAG--AGT---T-C-AT-G----AAAT---AAAAAAG----A-AATTTACT-------------T----T--GAG--GTTTTT---GT----ATTTTGT------T----A-------T--AA-T-----T---A-AA-A-G---T-T--TTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------GGTT-A-TA-----T-----AT-AGA-TAAGTAATGTTATTTCATC-T----ACAG-G-CA----AGT--------AAA----A-------------A--T-------A-----AA--------------Ggttaagtattgaaaagaaagatgaaacgaaattgagagaaaggctcattttataaacatttgtgttcagtgttttgatgtttcaaatgaaataaataattttaaatagtttcagtcagagttcatgaaataaaaaagaaatttactttgaggtttttgtattttgttataattaaaagtttttgtcatttgttttgttttaagtgaaatggttatatatagataagtaatgttatttcatctacaggcaagtaaaaataaagaaaaatcacttgtccat
gi|11 : ggatggcaagatcaatttgtcggtgtcgtacatgttcaaatatagtgtaatagttctgtttacGCGAAATCCATT--GTC--T--ATGTTGTCC-ATA------TT----GTACAATTATAAATACGGAC----------AA--CTG-A-A---T-T-TT---CAAA--TT--aaaaatcacttgtccat
gi|11 : ttatttaactcatgtttaatgcattgatg--G--GACA----AC-------TG----A--ATT-TT--CAAATTCAATTTA-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA-----G-------TTA---AGAGAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--C-----T-------C--ATT----------G----------T-------------GT---AAA-----A--------------------------------------A---A-GA----GAACT-AGTTTCAAAAATC----ATTTTA----A-T------TT-------AT-G---ACATT---GAAA--A----C-ACTTTTCA-------------C----A--AAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------TTTAA-G-----T---A-AAAG-G---T-T-CTTAGTT-------A-------------CTT------TA-T-TTGT-TTT---AAGTATAAT------TGTC-T-AA-----------ACTGGA-CAAGTAG----ATTTCATC-T----ACAG-T-CA----AAT--------AAA----A-------------A--TTCAGTAAA-----AA--------------GTT-----------A--A--GTTT----TTG--caatttaaaaaaagaaagatgaagttaagagagaatggctcattgtgtaaaaaagagaactagtttcaaaaatcattttaatttatgacattgaaaacacttttcacaaagtggcttctgtaagctatttaagtaaaaggttcttagttactttatttgttttaagtataattgtctaaactggacaagtagatttcatctacagtcaaataaaaattcagtaaaaagttaagtttttgacttccctgaata
gi|12 : ttatttaactcatgtttaatgcattgatggcgaaatccattgtctatgttgtccatattgtacaattataaatacTG------TC----ATACATTTTCAAATAC--------------------------------------AGA--CT--ACTT-TTCATG--ATA--TG-ATATT-TG-----TG--A---GC--------------------------AAA----AG-------T---------TTATT--CCAATTCATGCTA-A-ATAAA---A-A-G-A-------G--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGTACTC----------------A-T----------------------------------------------------------------------T-----T-------T--ATAA---------G----------TA------------TT---CAG-----T---------------------T------TT--------A---C-CT----CAGTC-A-TTTT-GAAATA----ATTTCA----G-TT-G--ATG---G-C-ACAG---TC-AT---CAAT--G----ACA---TTCA-------------A----T--GAGTGGCTTAT---GT----AA---GC------T----A-------T--TT-A-----T---A-AA-A-T---G-T-CTGTATCTGTAT--A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TTTC-G-TA-----T-----AT-GGA-CTAGTAG----ATTTCATC-T----ATGG-A-AA----ATC--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----Aacttccctgaata
gi|12 : ATTTTCGTATATGGAC----------TA--GT------------------AGA--TT----TCATCTATG-GA-AAATC-AAAAA-TT-----AA--A---CTT--C--ACT-TGTC---CATCAG--TCCA----AA-------TA----A--GTT-TTG-CCAGcttcacttgtccatcagtccaaataagttttgccagatttttttg
gi|13 : tgtcatacattttcaaatacagactacttttcatgatatgatatttgtgagcaaaagtttattccaattcatgctaaataaaaagagagatgaaaagtcatgtactcattttataagtattcagttttacctcagtcattttgaaataatttcagttgatggcacagtcatcaatgacattcaatgagtggcttatgtaagctatttataaaatgtctgtatctgtatatttgttttgttttaagtgaaGCAAAACCCATT--GTT--C-GA-GTTGACC-ATG------CC----ATGCATTTACAAATACAGAC----------AA--GTG---A---T-T-TT---------TT----TTAT----------------AATT-TC----------------------CT-TGTC---CGT--G--GACA----AG-------TA----G--ATT-TT--CCAGTTC-------------------A-G-A-------A--A-G--------AT-------AA---AAG-------TTGTGTTGAAAGA----------------A-TTATTCATTTTATAAAAAAA-----G-----------------------T------------------G--TCCAGTT-------T--TT-----------G----------T-------------TT---TAA-----A---------------------T------T---------A---A-TT----AAATT-A-TTT--GAAATC----ATTTTA----A-------AT------C-AT-G----CACT---GAAA--GCA--G-ACTTTTCA-------------CAGAGTCGGAGTGGCTTAT---GT----AA---GC------T----A-------T--GA-G-----C---A-AA-ACG---C-T-CTTAGTC-------A-------------TTT------GT-T-Tatttttttg
gi|14 : ccatttctcaaacttaatgtggttg-AAATG-TT-----TA--T---GTT--T--ACC-ATTC---CGT--G--GACA----TG-------TG----G--ATT-GT--TCAATTTCA--TT-A-T--GT---A-A-G-A-------A--T-GGTCATTGTATG------AA---CAG-------TGG---TTCA----------------------------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TC---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-ATTAAAAAGTA-G-TTT--GAATTC----CTTTCA----A-T------T------C-AT-G---GCAAT---GAAA--A----A-A-----TA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GA------T----A-------T--AA-G-----TG--A-AA-G-G---T----TTTGTT-------G-------------TT--------T-T-TTGA-TAA---GAGTGAACT------T-TT-T-TA-----T-----AG-AGA-CAAGTTG----ATTTTATCTTG---ACAG-A-CA----AGT--------AAAGTT-A-------------A---T-----AA-----AA--------------AAA-----------A--------------TG--CCAGAT-TTTTCCACC
gi|15 : tgaaatactgacATTGTT-----CA--A---GTT--G--TCTGTGTCATACAT--ATTGACA----GG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTACCAATTT-A-A--AA---A-A-G-AG------A--A-T--------ATG------AA---AAA-------TCA---CGAGAGA----------------G-T------------------------GGCTGATTTTATAAACGTGTTCAAT------------------G--C-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---T-TT----AAGTT-A-CTT--GAAACC----ATTTCA----A-T--GA-ATG---G-C-AT-----TGAAT-----AA--G----G-ACTATACATTAATGATTATTTT----T--GAGTGATTTCT---GT----AA---GCTACTGGT----A-------T--AA-GT----T---ACAG-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TAT------G-----TG-----------------------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAATAG----
gi|16 : tgcaggggtgacaaacatct-----------G----------T-------------TT---CAA-----G---------------------A------T---------A---A-AT----AAGTG--------GAAAT--------TCA----G-T------TT---G----T-G---GCCTT---AAAA--T----A-AGCTTTAAAA-----------T----T--TAGTAACTTTT---ATTACAAG---GC------C----AACACATGT--AA-A-----T---A-AA-A-AAATT-T-TTTTGTT-------A-------------TTCAGTTTGGT-T-TTGTGTTT---AAGC--AATCTTGTATGTG-T-TG-----T-----AA-GGA-CAAGTAG----ATTTTATG-TA---G-AG-A-CA----AGT--------TAA----A-------------A--TT-----CA-----AATTCACATGTTCATGGAC-----------A--T--GTTTACTTTTG--GCAGAT-TTTGCta
gi|17 : aaagtgatgttcgATA--GTC--CCGA-GTTATCT-GTG------TC----TTACATTTTCAAGTACAAAC----------AA--GTGAA-A---T-T-TA---AGGA--TT--AC-------CG-G----------------------------------T--ACT-TTTC---GGT--G--GATG----AG-------TC----G--ATT-TT--CCTGTTCC---------------------------------A-A--------ATG------AA---AAG-------TTG---TCTGAG-----------------A-T------------------------T-----------------------T------------------T--T-----T-------T--AT-----------A----------TCATAAAACAAGTGTT---CAG-----A---------------------T------TTTATGTTTGA---A-AT----AAGTT-A-TTT--AAAATC----ATTTCA----ACT--G--ATG---G-C-A--G---TTTAA---AAAA--ACAACA-ACTTTTCA-------------C----C--AAGTGGAT--A---GT----AA---GC------T----A-------T--
gi|18 : AAAGCAATT--G-C--CCAT-ATTGTCC-ATAATCATATT----GTACATTTACGAATACAGAC----------AA--GTAAA-A---T-T-TT---AA-A--TTTTACTTGTC---------------------------TA--A---TTT--T--ACT-TGTC---TGT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTT-CAGTTTAA-A--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATGAAAGATAA---AAA-------TCA---TGAAAGA----------------A-T------------------------GAC---------------------T------------------GATT-----T-------T--AT-----------
gi|19 : tattttttctttttaccatttctgctctcattggtggtg-----------G----------T-------------TTGTACAA-----A---------------------T------C---------A---A-GT----CAGTC-A-TTT--GAAATC----ATTTCA------T--G--A-------C-AT------TGA----AAAC--A----A-ATTTTTTA-------------C----A--GACTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--TA-G-----C---A-AA-ATG---T-T-GTAAGTC-------A-------------TTT------GT-TGTTGT-TTTTT-AAGTGAAAG------TGTC-T-TA-----T-----AA-AAA-CAAGTAA----ATGTCACC-TA-----AGTA-CC----AGT--------AAA----ATTAACATTCACATG--TT-----AA-----TG--------------GAC-----------AAGTAAGTTT----TTG--TCAGA--TTTGTCACCCaagcaaatgattggtttagta
gi|2 : caAATCCATT--GTC----AATATTGTCC-GTA------CC----ATTCAATTATAAATATGGAC----------AA--ATAAA-G---T-T-
gi|2 : taatatatagctttctattaaatgaatagaatttgtcatagaatttttatttgttcacaaaattatgttttactctgttgacaatcttgatttctgcattatactgtgataggaattatttaacatgtggatggctgT--G--GACA----AA-------TA----A--A----------GTTC-AGTTT-A-A--AA---A-AAG-A-------A--A-G--------ATG------AA---A-G-------TCA---TGAGAGA----------------A-T------------------------GGCTCATTTTGTATAATAG-----T------------------G--T-----TCAGTTTTT--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----T---------------------T------T---------A-------------GTT-A-TTC--AAAATC----ATTTCA----A-------ATT---G-TGAC-A---TTGA----AAAC--T----C-ACTTCTCA-------------C----C--AAGTGGCTTCT---GT----GG---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AAAG-G---T-T-ATTTGTC-------A-------------TTT------GG-T-TTAT-TTT---AAGTAAAAA------TGTC-C-GG-----T-----AT-GGACCGCGTAG----ATTTTAcagtttaaaaaaagaaagatgaaagtcatgagagaatggctcattttgtataatagtgttcagtttttatgtttcaatttagttattcaaaatcatttcaaattgtgacattgaaaactcacttctcaccaagtggcttctgtgggctataagtaaaaggttatttgtcatttggtttattttaagtaaaaatgtccggtatggaccgcgtagatttta
gi|20 : taatatatagctttctattaaatgaatagaatttgtcatagaatttttatttgttcacaaaattatgttttactctgttgacaatcttgatttctgcattatactgtgataggaattatttaacatgtggatggctgaatccattgtcaatattgtccgtaccattcaattataaata-GTTGTACAGTG------TC----GTACATTTTTAAATACAGAC----------AA--GTGAC-T---TAT-TT---AAGT--TT--ACCTGTTTGTG-GAAAAGT--CAATT-TT-----TC--A---GTTCCT--GCT-T
gi|20 : tacagtgttatatgtgtagtagtgtcctacagtgttgtacagtatcattatgtACA-GACAAGTG-ACTTA-TT-----TA--A---GTT--T--ACC-TGTT---TGT--G--GAAA----AG-------TC----A--ATT-TT--TCAGTTCCTGCTT-A-A--AA---A-T-GAA-------A--A-A--------AAG------AA---AAaaaaatgaaaaaaagaaaaaaaaaagacaaataaataaaatgacccattttataaacaaatattcaatgttactgt
gi|21 : tacagtgttatatgtgtagtagtgtcctacagtgttgtacagtatcattatgtgttgtacagtgtcgtacatttttaaatT--GTC--C-AA-GTTGCCA-ATG------TCATACGTACATCTTCAAATACATAC----------AA--aaaaaagacaaataaataaaatgacccattttataaacaaatattcaatgttactgt
gi|21 : T--G--GACA----AG-------AG----A---CT-TT--CCAGTTC-------A-A--AA---ATA-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AA--------TCA---TGATAGA----------------T-T------------------------G------------------------------------------G--C-----C-------C--AT-------------------------------------T---TAA----------------------------------T---------A---A-AT----AAGC--A-TT-----AAT-----ATTTTA----A-------ATTC--A-C-ATCA---TTGA----AAAA--G----G-ACTTTTCA-------------T----T--AAGT------------------------------------------------------C---A-AT-G-G---T-T-GTCTGTC-------A-------------CTT------GT-T-TTAC-TTT---TAGAGAACT------TGTC-T-CA-----T-----AT-Gtttatggacaagagactttccagttcaaaaatagaaagatgaaaatcatgatagattggcccatttaataaataagcattaatattttaaattcacatcattgaaaaaggacttttcattaagtcaatggttgtctgtcacttgttttacttttagagaacttgtctcatatg
gi|22 : tgtccaagttgccaatgtcatacgtacatcttcaaatacatacaattta-AAATT-TT-----TT--A---GTT--T--ATT-TGTC---CAT--G--GACAGACAAG-------TG----A--TTT-TT--CTGTTTCCAATTG-A-A--AA---A-A-A-A-------A--A-G--------AAG------AT---AAA-------T-G---TTCA----------------------------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--GT-----------G----------T-------------TT---CCA-----A---------------------TAACCGGT---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GTTATC----ATATCA----A-------GT------C-AT-G---TC-ATTCAAAAA--C----A-TCTTTTCA-------------T----T--GAGTGTCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AAGG-----G---G-AA-G-G---T-T-CTTCCTC-------A-------------TTT------GT-T-T
gi|23 : caattGTAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCT-ATT------TC----ATACATATACAAATATGGAC----------AA--GATAA-A---C-T-T
gi|23 : tagggctg------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----GAGTT-A-TTT--GAAATCAATTATTTCA----A-T--T--CCT---G---GT-A---TTGA----AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--GAGTAGCTTAT---TT----GA---GC------T----G-------T--Acctgaggaaatgactaatattataagcaaatgttcagtgtttatgtttcaaattaaatgagttatttgaaatcaattatttcaattcctggtattgaaaaagaacttttcattgagtagcttatttgagctgtactg
gi|24 : tagggctggtaaaatccattgtcccgagttgtctatttcatacatatacaaatatggacaagataaacttcctgaggaaatgactaatattataagcaaatgttcaGCAAAATACATT--GTC--A-GA-GATATCC-ATG------TC----GTACATTTTCAAATA-------------------GTGG------T-T-TC---AA--------ATTTG-------GACAAGTG-ATTTT-TT-----TA--A---TTT--T---------------T--A--AAC------T-------TG----A--ATT-TT--A-AGTTCCAGTTT-A-A--AATAAA-A-G-A-------A--AAG--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGTGATA----------------A-TAGAAAATATTTAAACATATGGCCAG-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TC---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----ACATTAA-TTT--ctg
gi|25 : attgA-------------C----T--GAGCGGCTTCT---GC----AA---GC------T----AA------T--AA-A-----T---A-AA-A-A---TATATTTTGTC-------AAAA----------CTT------GTAT-TCGT-TT----AGGTAAAAT------TTTC-T-TT-----T-----AC-AGA-CAAGTGG----ATTTCATG-T----ACTG-A-CA----GGT--------AAA----A-------------
gi|25 : aATTTTCTTTTACAGAC----------AA--GTGGA-----T-T-TC---A------------TGT--ACT-GACAGGTA-AAAGAATT-----TA--A----TT--C--ACT-TTTC---TTT--G--GACA----AG-------TA----A--GTT-TT--gaatttaattcacttttctttggacaagtaagttttatccaaattttaccccc
gi|26 : aactgagcggcttctgcaagctaataaataaaaatatattttgtcaaaacttgtattcgtttaggtaaa--CCAGTTC-AATTT-A-A--AT---A-A-A-A-------AGTA-G--------ATA------TA---AAC-------TCA---TAAGAGA----------------A-T------------------------GACCCATTTATAAACAAA------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------CT---CAA-----A---------------------T------T---------A---G-GT----AAGGT-A--TT--GAAATA----ATTTT-----A-T--T--CTT---T-C-CT-----TTGA----AAAC--A----C-ACTTTTCA-------------A----A--CAGTGGCCTCT---atccaaattttaccccc
gi|27 : aAAATC----CTTTCA----A-T-----------------------TGA----AAAA--G----A-ACATTTCA-------------T----T--GTGTGGCTTCTAGAGT----GACA-GC------T----T-------T--AA-G-----T---A-AA-ATG---C-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-C-TGGA-TTT---CA-T----T------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAGCAG----ACTTTAGC-T----ATGG-A-CAACTTAAT--------AAA----A-------------A--TT-----tg
gi|28 : -----------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---T-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATT-------A-T--A--ATT-----C-AT-G---GCATT---AAAA--ATT--A-ACTTTATA-------------T----T--TAGTTTTGTCA---GT----AA---GC------C----A-------C--AA-GCTATAT---A-AA-G-c
gi|29 : T-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----A-----AT-ATA-CAAGCAG----GTTTCATC-T----ATAA-G-CA----AAT--------ACA----A-------------ATTTT-----AA-----AATTTTGTT-------GCCGGTAGACATTTA--T--GTTT----TTA--CTAGAT-TTTGCCAttaaaagttataattgt
gi|3 : tAAATCAATA--ATC--CCAA-GTAATTT-ATG------TT----GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTAAA-A---TGT-TT---AAGA--TT--ACTTGTCCACG-AACAAGTG-AAATG-TT-----TA--A---GAG--T--ACT-TGTC---CAC--G--GACA----AG-------TG----A--GTT-TT--CCATTTCTAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------GTG------AA---AAG-------TTG---TGCGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---G-AT----AAGTA-A-ATT--GAAATC----ATTTCA----A-TA-G--ACT---A-C-AT-G---TTTATC--AAAA--G----G-AATTCTCA-------------T----T--GAGTGGCTCCT---GT----AA---GC------T----T-------T--AA-G-----T---A-AA-G-A---T-T-TCTTGTC-------A-------------TTT------AT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTCATGTA-----T-----AT-GGA-CAACTGG----ATTTCATC-TACGGACAG-A-CA----AGT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------GGC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TATGCAACCC
gi|30 : gtg-TTT---AAGTGACAT------TGTT-T-TA-----T-----AC-TGA-CAAGTAG----ATTTCATC--A---ACCG-T-CA----AGT--------TCA----A-------------A--TT-----GT-----AATTCACTT-------GTCCATGATAT---A--T--GTTT----CTG--CCAGAT-TTTACCACc
gi|31 : GTGAAAG------TGTC-C-TA-----T-----AT-GGA-TAGATAA----GTTTCATC-TG----TGG-A-CA----AGTTAAAACTAAAA----ATTCACCT------A--TT-----AA-----AA--------------GTA-----------A--T---TTT----TTG--TCAGAT-TTTCCCACCC
gi|32 : ACG-GACAAG-A-AAATT-TT-----TA--A---GTT--T--ACT-TGTT---TGT--T--GACA----TG-------TG----C--ATT-TT--TCAGTT-CAGT
gi|33 : tacactttcaaatG------TC----GTACATTCTAGAGTCTGGAC----------AA--GTGCATA---T-TACT---AATA---T--GGTTGTCTGCG-GACATGTG--AATT-TT-----CA--A---
gi|34 : AC----------AA--GTAAA-A---A-T-TG---AAT---CC--ACTTGTTCATG-GATAAG-G-AAATT-TT-----T
gi|35 : --ACT-TGTC---TGT--G--GACA----GG-------TG----A--GTT-TT--CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-ggcagattttgc
gi|4 : tgttcaaagaagAAAATCTGTTTTGTTTTCTGA-GATGTCC-ATG------TT----GTATATTTTCAAACACAAAG----------AA--TT--------T-T-TT---AAGT--TA--ACATGTCCATG-G
gi|4 : ACAAA-G-AATTT-TT-----TA--A---GTT--A--ACA-TGTC---CAT--G--GTCA----AA-------TA----A--GTT-CT--CCAGTTCCAGTTT-G-A--AA---A-T-G-GCTCATTTA--A-T--------AAA------AA---AAG-------T-G---TTTAGTC----------------A-C------------------------------------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TT---TAATTTGAA---------------------T------T---------ATAAATAT----AAGTT-A-TTT--GGAATC----CTTTCATTTTA-T--GGTATT---G-A-AA-A---TT--T---AAAA--A----G-ATTTTTGA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GG----AT---GT------T----A-------T--A------------A-AA-G-T---T-T-TTTTGTC---------------------TTT------GT-T-TTGT-TTTTTAAAGTGAAAT------TATC-T-TAGAAAGT-----AA-GGG-CAAATAA----ATTTTATC-TA---CCAT-ATC-------T--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------tcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatctaaaaattaaaaattcacttgtccatggacaaatattgttcttcaacattttgccacctc
gi|4 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaac--T--ATT-TGTC---CAT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT---TAATT----TTT-A-G--AT---A-T-G-G-------T--A-G--------ATA------AA---Aattcacttgtccatggacaaatattgttcttcaacattttgccacctc
gi|4 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacacaaagaattttttaagttaacatgtccatggtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaaT--ATTTGTCCATG-GACAAGTG--AATT-TT-----TA--A---TTT--T--ttgttcttcaacattttgccacctc
gi|5 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacacaaagaattttttaagttaacatgtccatggtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatctaCAAAATCAATT--ATC--C-GA-GTTGCTC-GTG------TCT---GTG----TCCTGCTACCAGT----------AA--CTG-------T-T-TT---------TC--AGTT----ACG-GACAAATG-AAAAT-TT-----TA--A---GTT--A--ACT-AGTA---GGT--G--GAAA----AT-------TACATTA--ATT-TT--CTAGTTCATATTT-ATA--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGAGAGAACAGCTCATTGC----A-TACAGAAGTGTTCA-----------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------C------T---------A---A-AT----AATTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----G-T------T------C-AT-GGCCTTGAA---AAAA--G------ACTTTCCA-------------T----T--GAGTGGCTGCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----TAAAA-AA-A-G---A-T-GTTTGCC-------A--------------TT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAA------TATC-T-TA-----T-----A---GA-CAAGTAA----ATT---TC-TA---A-GG-A--A----AAT--------TAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------ttgttcttcaacattttgccacctc
gi|6 : attgtATG-GACATGCA-AAATT-TAA----TG--A---TTT--T----T-TGTC---AGT--A--GACA----AT-------TG----A--ATT-TTG-CTAGTTCCAGTTTAA-A--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATT------AA---AAG-------T--------GAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--C-----T-------C--A-----------------------T-------------TT---CAG-----AAACAAGTACTCAGTGTAATGTT------T---------A---A-AT----AAATT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----ATT--T--ATA---G-C-AG-G-------------AA--G----C-AGTTTTCA-------------T----T--GGCTGATTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----TC--A-GA-G-G---T-T-CTTTGTC-------ATTAAAAAAATTTTTTT------GT-T-TTGT-TTT---GAGTGACAG------AGTC-C-TA-----A-----AA-AGA-CAAATAG----ATGTCATC-T----ACAG-A-CA----AGT--------TAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------TTC-----------ACTT--GTCC----TTGAATAAGTT-TTTGCCttctcttac
gi|7 : ggcaaagtatttttctgagtatttttaaat-GTTATCA-GAG------TC----ATACATTTTCGAATACAGAC----------AA--GTGGA-A---A-T-TG---AAGT--TT--ACTTGTCtgatttggcca
gi|7 : catACA-GACAAGTGGAAATT-G-------A--A---GTT--T--ACT-TGTC---TGT--G--GACA----AC-------TG----A--ATT-TT--CAATTTC--GTTT-A-A--AA---AGA-G-A-------A--A-G--------AAA------AA---AAG--------CA---TGTGAAA----------------A-TA-----------------------G-----------------------CTCATTTTAAACAAAAATGG--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TA---CAA-----A---------------------C------A---------A---A-GT----GAGTT-A-TTT--GAAATT----CTTTC-------T--G--TTTATAG-C-AT-T---GAAAA---AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--AAATGGCTTCA---GT----GG---AC------T----A-------C--AA-G-----T---A-AA-T-G-----------ATC-------A-------------TTT-----------TTGT-TTG---AAGTGAAAT------TGTC-T-AA-----T-----AT-GGT-CAAGCAG----ATTTCATC-TA---A-GG-A-CA----AGT--------AAA----A-------------AG-TT-----AA-----AA--------------TTC-----------A--------C----TTG--TCtgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagttaaaattcacttgtccaaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatAA-A---T-T-TTGGCAATAACTT--ACTTGTCTTTG-GACAAGTG-AA--T-TT-----TA--ACT-TTT--T--ACT-TGTC---CTT--A--GATG----AAATCTGCTTG----ACCATA-TTAGACAATTTCACTTC-A-A--AC---A-A-A-A-------A--T-G--------ATcaaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgATTGTCTAATATGGTC----------AA--GC------------------AGA--TT----TCATCTAAG-GACAAGTA-AAAAG-TT-----AA--A---ATT--C--ACT-TGTC---CAA--A--GACA----AG-------TA----A--GTT-tga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaa-AAATT-TTGGCAATA--A----CT--T--ACT-TGTC---TTT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--attgccaaaattttga
gi|8 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagttGCAAAATTCATT--GTC--T-GT-GTTGTCT-GAA------TT----GTACA--------------C----------A----TAAA-A------------AAAA--TT--AAT-----AAG-GACAAGCA-AAATT-TT-----AA--AAAAGTT--C--ACT-TGTC---CAT--A--GATA----AAAA-----TG----A--ATT-TT--CCAATTCAATTTA-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------AC-------AA---AAGATAAAATTCG---TGAGAGA----------------A-T------------------------GACTCA------------------T---------------------T-----T-------T--AT-----------A----------TACAAGAG------TT---CAGTCTTCA---------------------TGTT---T---------C---A-TT----AAGTT-A-TTT--GAA-TT----AGTTCA----G-T------TT-------AT-G---GC-AT---AGAA--A----ACACTTTTCA-------------C----A--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------TATAAA-------T--AA-G-----T---A-AA-A-T---T-A-CTTAGTC-------A-------------TTT------GC-T-TTAT-ATC---AA-TGAAAT------TATT-T-TA-----T-----Atga
gi|9 : catttttcatatacatgtaatgtacaggggtgTT--CCAA-GTTGTCC-GTA------TT----AGACATTTTCAAATATGGACTTTTTCATGGAAGCGTGAA-A---T-T-Taa
gi|9 : G-ACATT-TT-----CA--A---ATA--TGGACT-TTTT---CAT--G--GAAG----CG-------TG----A--AAT-TT--CCAGTTCCAGTTC-A-A--AA---A-A-A-A-------A--A-G--------ATG------AAAG-AAG-------TCA---TGTGAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--T-----T-------C--ATTTTATAAACAAGAGTTCAGTATT-------------TT---TAA-----A---------------------T------G---------A---A-AT----AGGTT-A-TTT--CAAATC----ATTTGA----ATT--G--ACG---G-C-A------TTGAA---AAAA--G----A-CTTTTTCA-------------T----T--GAGAAACCTCA---GT----AA---AC------T----T-------T--TA-G-----T---A-AATG-A---T-T-CTTTGTCATTTACTA-------------TTT------AT-T-TTGT-TTT---CAGAGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAGTAG----GTTTCATC-C----ATGG-A-AA----ATT--------AAA----A-------------A--TT-----AAAATCCAA--------------GTA-----------A--T--TTTT----TTG--CCAGAT-TTTGCTACccagttccagttcaaaaaaaaaagatgaaagaagtcatgtgagaatggttcattttataaacaagagttcagtatttttaaatgaaataggttatttcaaatcatttgaattgacggcattgaaaaaagactttttcattgagaaacctcagtaaacttttagtaaatgattctttgtcatttactatttattttgttttcagagaaattgtcttatacagacaagtaggtttcatccatggaaaattaaaaattaaaatccaagtaatttttttgccagattttgctac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): ATCAGGTAAGTGAACTCAGGTCATTTCAATGGACTGCAAGTTTATTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 22222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222 7777777777777777777777777777777777777 111111111 111111111111111111 111111111111111111111 2222222 1111111111111 66666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 44 7777 5 2 666666 6666 3 7777777777 22 88888888888888888888888 3333 8888 1 222 2 55555 22 7777 33333 1 44444 22 33 3333 6666666 3333 22 1 44 777 3 1 22 222 4 1 1 7777777 22 1 66666666 555555 555 6666666 66666 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 44444 5555555 22 111111111111111111111111111111111111 222 88888888888888888888888888888888888888888888 222 1 3333 1 1 44 3333 6666666666666666666666666666666666666 444444444 2 111111111111111111 22 222 3333 555 444444 3333 7777777 22 1 888888888 1 999999999999 888888888888888888888 555555 1 1 1 666 555555 1 1 44444444444 77 2 4444 2 4444444 4444 88888888 8888 9999999999999 55 55555 66666 55555555555555555555555555555555555 7777 44 4
lowQualScore : .. .... . . ...... .... . .......... .. ....................... .... .... . ... . ..... .. .... ..... . ..... .. .. .... ....... .... .. . .. ... . . .. ... . . . ....... .. . ........ ...... ... ....... ..... . ...................................................................................... .. ..... ....... .. .................................... ... ............................................ ... . .... . . .. .... ..................................... ......... . .................. .. ... .... ... ...... .... ....... .. . ......... . ............ ..................... ...... . . . ... ...... . . ........... .. . .... . ....... .... ........ .... ............. .. ..... ..... ................................... .... .. .
lowQualScore : 22 7777 0 4 111111 6666 8 6666666666 44 99999999999999999999999 3333 1111 8 999 9 00000 00 4444 66666 5 00000 00 44 0000 6666666 0000 00 4 77 777 2 6 22 888 8 6 7 1111111 33 7 00000000 000000 444 2222222 66666 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 33333 7777777 44 444444444444444444444444444444444444 999 22222222222222222222222222222222222222222222 999 7 5555 7 7 00 5555 4444444444444444444444444444444444444 000000000 4 777777777777777777 22 888 5555 222 888888 5555 1111111 33 8 444444444 8 777777777777 888888888888888888888 555555 8 8 9 000 222222 8 8 77777777777 11 0 2222 2 3333333 7777 11111111 6666 4444444444444 66 99999 22222 88888888888888888888888888888888888 1111 66 0
consensus : GCAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCC-GTG------TC----GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTGAA-A---T-T-TT---AAGA--TT--ACTTGTCCACG-GACAAGTG-AAATT-TT-----TA--A---GTT--T--ACT-TGTC---CGT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCG---TGNGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----A-T--G--ATT---G-C-AT-G---TCGAT---AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AA-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-GGA-CAAGTAG----ATTTCATC-TA---ACGGACA----AGT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------GNC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TTTGCCACCC
Reference ( family-1979 ) : GCAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCC-GTG------TC----GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTGAA-A---T-T-TT---AAGA--TT--ACTTGTCCACG-GACAAGTG-AAATT-TT-----TA--A---GTT--T--ACT-TGTC---CGT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCG---TGNGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----A-T--G--ATT---G-C-AT-G---TCGAT---AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AA-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-GGA-CAAGTAG----ATTTCATC-TA---ACGGACA----AGT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------GNC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TTTGCCACCC
gi|1 : GCAAAACTCATT--GTC--GCAA--TTGGCT-GTG------TT----GTACACCTTCAAACATGGG------------A--GTGAA-A---T-T-TT---TAGG--CA--ACTTGTCCTTGTGACAAGTG-A---T-TT-----TAACA---GTT--T--A
gi|1 : gtaatgaataacagtgttttttttaataatcaataaacatataacattgagtttttattttatgataacagtgaaaatatactatacagctgacatttagtctggtggttgaagatcttcacttgaacataaaacagtgtatattggtatgaatgAGTG-AAATT-TT-----TA--G---GCA-----ACT-TGTC---CTT--GT-GACA----AG-------TG----A---TT-TT----AA---CAGTTT-A-A--AA---GGA-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AA--------TTA---TGCAAAA----------------AAT------------------------GGTTCATTT---------------T------------------A--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---TTA-----A---------------------C------A---------A---A-AT----CAGTT-T-TTT--GAAATC----TGTTCA----A-T--T--CTT---GGC-AT-T---GC------AAAAT-G----A-A-TTTTCA-------------T----T--TAGTGACTTCT---GT----AA---AC------T----A-------G--AA-G-----T---A-AA-A-G---A-T-CCTTGCC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTA---AATTGAAAT------TATC-T-TA-----TCTAAAAT-GGA-CTAGTTG----ATTTCCTC-T----ACGGACA----ATT--------AAAATCTA-------------A--TT-----GA-----CA--------------AGT-----------A--A--GTTT----TTG--TAAGATGTTTGaaaggagaaagatgaaaattatgcaaaaaatggttcattttatttatgtttttaacaaaatcagttttttgaaatctgttcaattcttggcattgcaaaatgaattttcatttagtgacttctgtaaactagaagtaaaagatccttgccatttgttttgtttaaattgaaattatcttatctaaaatggactagttgatttcctctacggacaattaaaatctaattgacaagtaagtttttgtaagatgtttgt
gi|10 : gtaatgaataacagtgttttttttaataatcaataaacatataacattgagtttttattttatgataacagtgaaaatatactatacagctgacatttagtctggtggttgaagatcttcacttgaacataaaacagtgtatattggtatgaatggcaaaactcattgtcgcaattggctgtgttgtacaccttcaaacatgggTTGTCG-GTG------TC----GTACATGTTCAAATAT---------------A--GTGTA-ATAGT-T-CT-----GT--TT--ACTTGTCCAt
gi|10 : ggatggcaagatcaatTT-GT--CCAGTTA-AGTAT-T-G--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AAACGAAA-------TTG---AGAGAAAGGCTCATTTTATAAACA-TTTGTGTTCA---------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------TTGAT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------G---------A---A-AT----AAATA-A-TTT--TAAATA----GTTTCA----G-TCAG--AGT---T-C-AT-G----AAAT---AAAAAAG----A-AATTTACT-------------T----T--GAG--GTTTTT---GT----ATTTTGT------T----A-------T--AA-T-----T---A-AA-A-G---T-T--TTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------GGTT-A-TA-----T-----AT-AGA-TAAGTAATGTTATTTCATC-T----ACAGGCA----AGT--------AAA----A-------------A--T-------A-----AA--------------Ggttaagtattgaaaagaaagatgaaacgaaattgagagaaaggctcattttataaacatttgtgttcagtgttttgatgtttcaaatgaaataaataattttaaatagtttcagtcagagttcatgaaataaaaaagaaatttactttgaggtttttgtattttgttataattaaaagtttttgtcatttgttttgttttaagtgaaatggttatatatagataagtaatgttatttcatctacaggcaagtaaaaataaagaaaaatcacttgtccat
gi|11 : ggatggcaagatcaatttgtcggtgtcgtacatgttcaaatatagtgtaatagttctgtttacGCGAAATCCATT--GTC--T--ATGTTGTCC-ATA------TT----GTACAATTATAAATACGGAC----------AA--CTG-A-A---T-T-TT---CAAA--TT--aaaaatcacttgtccat
gi|11 : ttatttaactcatgtttaatgcattgatg--G--GACA----AC-------TG----A--ATT-TT--CAAATTCAATTTA-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA-----G-------TTA---AGAGAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--C-----T-------C--ATT----------G----------T-------------GT---AAA-----A--------------------------------------A---A-GA----GAACT-AGTTTCAAAAATC----ATTTTA----A-T------TT-------AT-G---ACATT---GAAA--A----C-ACTTTTCA-------------C----A--AAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------TTTAA-G-----T---A-AAAG-G---T-T-CTTAGTT-------A-------------CTT------TA-T-TTGT-TTT---AAGTATAAT------TGTC-T-AA-----------ACTGGA-CAAGTAG----ATTTCATC-T----ACAGTCA----AAT--------AAA----A-------------A--TTCAGTAAA-----AA--------------GTT-----------A--A--GTTT----TTG--caatttaaaaaaagaaagatgaagttaagagagaatggctcattgtgtaaaaaagagaactagtttcaaaaatcattttaatttatgacattgaaaacacttttcacaaagtggcttctgtaagctatttaagtaaaaggttcttagttactttatttgttttaagtataattgtctaaactggacaagtagatttcatctacagtcaaataaaaattcagtaaaaagttaagtttttgacttccctgaata
gi|12 : ttatttaactcatgtttaatgcattgatggcgaaatccattgtctatgttgtccatattgtacaattataaatacTG------TC----ATACATTTTCAAATAC--------------------------------------AGA--CT--ACTT-TTCATG--ATA--TG-ATATT-TG-----TG--A---GC--------------------------AAA----AG-------T---------TTATT--CCAATTCATGCTA-A-ATAAA---A-A-G-A-------G--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGTACTC----------------A-T----------------------------------------------------------------------T-----T-------T--ATAA---------G----------TA------------TT---CAG-----T---------------------T------TT--------A---C-CT----CAGTC-A-TTTT-GAAATA----ATTTCA----G-TT-G--ATG---G-C-ACAG---TC-AT---CAAT--G----ACA---TTCA-------------A----T--GAGTGGCTTAT---GT----AA---GC------T----A-------T--TT-A-----T---A-AA-A-T---G-T-CTGTATCTGTAT--A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TTTC-G-TA-----T-----AT-GGA-CTAGTAG----ATTTCATC-T----ATGGAAA----ATC--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----Aacttccctgaata
gi|12 : ATTTTCGTATATGGAC----------TA--GT------------------AGA--TT----TCATCTATG-GA-AAATC-AAAAA-TT-----AA--A---CTT--C--ACT-TGTC---CATCAG--TCCA----AA-------TA----A--GTT-TTG-CCAGcttcacttgtccatcagtccaaataagttttgccagatttttttg
gi|13 : tgtcatacattttcaaatacagactacttttcatgatatgatatttgtgagcaaaagtttattccaattcatgctaaataaaaagagagatgaaaagtcatgtactcattttataagtattcagttttacctcagtcattttgaaataatttcagttgatggcacagtcatcaatgacattcaatgagtggcttatgtaagctatttataaaatgtctgtatctgtatatttgttttgttttaagtgaaGCAAAACCCATT--GTT--C-GA-GTTGACC-ATG------CC----ATGCATTTACAAATACAGAC----------AA--GTG---A---T-T-TT---------TT----TTAT----------------AATT-TC----------------------CT-TGTC---CGT--G--GACA----AG-------TA----G--ATT-TT--CCAGTTC-------------------A-G-A-------A--A-G--------AT-------AA---AAG-------TTGTGTTGAAAGA----------------A-TTATTCATTTTATAAAAAAA-----G-----------------------T------------------G--TCCAGTT-------T--TT-----------G----------T-------------TT---TAA-----A---------------------T------T---------A---A-TT----AAATT-A-TTT--GAAATC----ATTTTA----A-------AT------C-AT-G----CACT---GAAA--GCA--G-ACTTTTCA-------------CAGAGTCGGAGTGGCTTAT---GT----AA---GC------T----A-------T--GA-G-----C---A-AA-ACG---C-T-CTTAGTC-------A-------------TTT------GT-T-Tatttttttg
gi|14 : ccatttctcaaacttaatgtggttg-AAATG-TT-----TA--T---GTT--T--ACC-ATTC---CGT--G--GACA----TG-------TG----G--ATT-GT--TCAATTTCA--TT-A-T--GT---A-A-G-A-------A--T-GGTCATTGTATG------AA---CAG-------TGG---TTCA----------------------------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TC---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-ATTAAAAAGTA-G-TTT--GAATTC----CTTTCA----A-T------T------C-AT-G---GCAAT---GAAA--A----A-A-----TA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GA------T----A-------T--AA-G-----TG--A-AA-G-G---T----TTTGTT-------G-------------TT--------T-T-TTGA-TAA---GAGTGAACT------T-TT-T-TA-----T-----AG-AGA-CAAGTTG----ATTTTATCTTG---ACAGACA----AGT--------AAAGTT-A-------------A---T-----AA-----AA--------------AAA-----------A--------------TG--CCAGAT-TTTTCCACC
gi|15 : tgaaatactgacATTGTT-----CA--A---GTT--G--TCTGTGTCATACAT--ATTGACA----GG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTACCAATTT-A-A--AA---A-A-G-AG------A--A-T--------ATG------AA---AAA-------TCA---CGAGAGA----------------G-T------------------------GGCTGATTTTATAAACGTGTTCAAT------------------G--C-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---T-TT----AAGTT-A-CTT--GAAACC----ATTTCA----A-T--GA-ATG---G-C-AT-----TGAAT-----AA--G----G-ACTATACATTAATGATTATTTT----T--GAGTGATTTCT---GT----AA---GCTACTGGT----A-------T--AA-GT----T---ACAG-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TAT------G-----TG-----------------------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAATAG----
gi|16 : tgcaggggtgacaaacatct-----------G----------T-------------TT---CAA-----G---------------------A------T---------A---A-AT----AAGTG--------GAAAT--------TCA----G-T------TT---G----T-G---GCCTT---AAAA--T----A-AGCTTTAAAA-----------T----T--TAGTAACTTTT---ATTACAAG---GC------C----AACACATGT--AA-A-----T---A-AA-A-AAATT-T-TTTTGTT-------A-------------TTCAGTTTGGT-T-TTGTGTTT---AAGC--AATCTTGTATGTG-T-TG-----T-----AA-GGA-CAAGTAG----ATTTTATG-TA---G-AGACA----AGT--------TAA----A-------------A--TT-----CA-----AATTCACATGTTCATGGAC-----------A--T--GTTTACTTTTG--GCAGAT-TTTGCta
gi|17 : aaagtgatgttcgATA--GTC--CCGA-GTTATCT-GTG------TC----TTACATTTTCAAGTACAAAC----------AA--GTGAA-A---T-T-TA---AGGA--TT--AC-------CG-G----------------------------------T--ACT-TTTC---GGT--G--GATG----AG-------TC----G--ATT-TT--CCTGTTCC---------------------------------A-A--------ATG------AA---AAG-------TTG---TCTGAG-----------------A-T------------------------T-----------------------T------------------T--T-----T-------T--AT-----------A----------TCATAAAACAAGTGTT---CAG-----A---------------------T------TTTATGTTTGA---A-AT----AAGTT-A-TTT--AAAATC----ATTTCA----ACT--G--ATG---G-C-A--G---TTTAA---AAAA--ACAACA-ACTTTTCA-------------C----C--AAGTGGAT--A---GT----AA---GC------T----A-------T--
gi|18 : AAAGCAATT--G-C--CCAT-ATTGTCC-ATAATCATATT----GTACATTTACGAATACAGAC----------AA--GTAAA-A---T-T-TT---AA-A--TTTTACTTGTC---------------------------TA--A---TTT--T--ACT-TGTC---TGT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTT-CAGTTTAA-A--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATGAAAGATAA---AAA-------TCA---TGAAAGA----------------A-T------------------------GAC---------------------T------------------GATT-----T-------T--AT-----------
gi|19 : tattttttctttttaccatttctgctctcattggtggtg-----------G----------T-------------TTGTACAA-----A---------------------T------C---------A---A-GT----CAGTC-A-TTT--GAAATC----ATTTCA------T--G--A-------C-AT------TGA----AAAC--A----A-ATTTTTTA-------------C----A--GACTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--TA-G-----C---A-AA-ATG---T-T-GTAAGTC-------A-------------TTT------GT-TGTTGT-TTTTT-AAGTGAAAG------TGTC-T-TA-----T-----AA-AAA-CAAGTAA----ATGTCACC-TA---A-GTACC----AGT--------AAA----ATTAACATTCACATG--TT-----AA-----TG--------------GAC-----------AAGTAAGTTT----TTG--TCAGA--TTTGTCACCCaagcaaatgattggtttagta
gi|2 : caAATCCATT--GTC----AATATTGTCC-GTA------CC----ATTCAATTATAAATATGGAC----------AA--ATAAA-G---T-T-
gi|2 : taatatatagctttctattaaatgaatagaatttgtcatagaatttttatttgttcacaaaattatgttttactctgttgacaatcttgatttctgcattatactgtgataggaattatttaacatgtggatggctgT--G--GACA----AA-------TA----A--A----------GTTC-AGTTT-A-A--AA---A-AAG-A-------A--A-G--------ATG------AA---A-G-------TCA---TGAGAGA----------------A-T------------------------GGCTCATTTTGTATAATAG-----T------------------G--T-----TCAGTTTTT--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----T---------------------T------T---------A-------------GTT-A-TTC--AAAATC----ATTTCA----A-------ATT---G-TGAC-A---TTGA----AAAC--T----C-ACTTCTCA-------------C----C--AAGTGGCTTCT---GT----GG---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AAAG-G---T-T-ATTTGTC-------A-------------TTT------GG-T-TTAT-TTT---AAGTAAAAA------TGTC-C-GG-----T-----AT-GGACCGCGTAG----ATTTTAcagtttaaaaaaagaaagatgaaagtcatgagagaatggctcattttgtataatagtgttcagtttttatgtttcaatttagttattcaaaatcatttcaaattgtgacattgaaaactcacttctcaccaagtggcttctgtgggctataagtaaaaggttatttgtcatttggtttattttaagtaaaaatgtccggtatggaccgcgtagatttta
gi|20 : taatatatagctttctattaaatgaatagaatttgtcatagaatttttatttgttcacaaaattatgttttactctgttgacaatcttgatttctgcattatactgtgataggaattatttaacatgtggatggctgaatccattgtcaatattgtccgtaccattcaattataaata-GTTGTACAGTG------TC----GTACATTTTTAAATACAGAC----------AA--GTGAC-T---TAT-TT---AAGT--TT--ACCTGTTTGTG-GAAAAGT--CAATT-TT-----TC--A---GTTCCT--GCT-T
gi|20 : tacagtgttatatgtgtagtagtgtcctacagtgttgtacagtatcattatgtACA-GACAAGTG-ACTTA-TT-----TA--A---GTT--T--ACC-TGTT---TGT--G--GAAA----AG-------TC----A--ATT-TT--TCAGTTCCTGCTT-A-A--AA---A-T-GAA-------A--A-A--------AAG------AA---AAaaaaatgaaaaaaagaaaaaaaaaagacaaataaataaaatgacccattttataaacaaatattcaatgttactgt
gi|21 : tacagtgttatatgtgtagtagtgtcctacagtgttgtacagtatcattatgtgttgtacagtgtcgtacatttttaaatT--GTC--C-AA-GTTGCCA-ATG------TCATACGTACATCTTCAAATACATAC----------AA--aaaaaagacaaataaataaaatgacccattttataaacaaatattcaatgttactgt
gi|21 : T--G--GACA----AG-------AG----A---CT-TT--CCAGTTC-------A-A--AA---ATA-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AA--------TCA---TGATAGA----------------T-T------------------------G------------------------------------------G--C-----C-------C--AT-------------------------------------T---TAA----------------------------------T---------A---A-AT----AAGC--A-TT-----AAT-----ATTTTA----A-------ATTC--A-C-ATCA---TTGA----AAAA--G----G-ACTTTTCA-------------T----T--AAGT------------------------------------------------------C---A-AT-G-G---T-T-GTCTGTC-------A-------------CTT------GT-T-TTAC-TTT---TAGAGAACT------TGTC-T-CA-----T-----AT-Gtttatggacaagagactttccagttcaaaaatagaaagatgaaaatcatgatagattggcccatttaataaataagcattaatattttaaattcacatcattgaaaaaggacttttcattaagtcaatggttgtctgtcacttgttttacttttagagaacttgtctcatatg
gi|22 : tgtccaagttgccaatgtcatacgtacatcttcaaatacatacaattta-AAATT-TT-----TT--A---GTT--T--ATT-TGTC---CAT--G--GACAGACAAG-------TG----A--TTT-TT--CTGTTTCCAATTG-A-A--AA---A-A-A-A-------A--A-G--------AAG------AT---AAA-------T-G---TTCA----------------------------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--GT-----------G----------T-------------TT---CCA-----A---------------------TAACCGGT---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GTTATC----ATATCA----A-------GT------C-AT-G---TC-ATTCAAAAA--C----A-TCTTTTCA-------------T----T--GAGTGTCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AAGG-----G---G-AA-G-G---T-T-CTTCCTC-------A-------------TTT------GT-T-T
gi|23 : caattGTAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCT-ATT------TC----ATACATATACAAATATGGAC----------AA--GATAA-A---C-T-T
gi|23 : tagggctg------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----GAGTT-A-TTT--GAAATCAATTATTTCA----A-T--T--CCT---G---GT-A---TTGA----AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--GAGTAGCTTAT---TT----GA---GC------T----G-------T--Acctgaggaaatgactaatattataagcaaatgttcagtgtttatgtttcaaattaaatgagttatttgaaatcaattatttcaattcctggtattgaaaaagaacttttcattgagtagcttatttgagctgtactg
gi|24 : tagggctggtaaaatccattgtcccgagttgtctatttcatacatatacaaatatggacaagataaacttcctgaggaaatgactaatattataagcaaatgttcaGCAAAATACATT--GTC--A-GA-GATATCC-ATG------TC----GTACATTTTCAAATA-------------------GTGG------T-T-TC---AA--------ATTTG-------GACAAGTG-ATTTT-TT-----TA--A---TTT--T---------------T--A--AAC------T-------TG----A--ATT-TT--A-AGTTCCAGTTT-A-A--AATAAA-A-G-A-------A--AAG--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGTGATA----------------A-TAGAAAATATTTAAACATATGGCCAG-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TC---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----ACATTAA-TTT--ctg
gi|25 : attgA-------------C----T--GAGCGGCTTCT---GC----AA---GC------T----AA------T--AA-A-----T---A-AA-A-A---TATATTTTGTC-------AAAA----------CTT------GTAT-TCGT-TT----AGGTAAAAT------TTTC-T-TT-----T-----AC-AGA-CAAGTGG----ATTTCATG-T----ACTGACA----GGT--------AAA----A-------------
gi|25 : aATTTTCTTTTACAGAC----------AA--GTGGA-----T-T-TC---A------------TGT--ACT-GACAGGTA-AAAGAATT-----TA--A----TT--C--ACT-TTTC---TTT--G--GACA----AG-------TA----A--GTT-TT--gaatttaattcacttttctttggacaagtaagttttatccaaattttaccccc
gi|26 : aactgagcggcttctgcaagctaataaataaaaatatattttgtcaaaacttgtattcgtttaggtaaa--CCAGTTC-AATTT-A-A--AT---A-A-A-A-------AGTA-G--------ATA------TA---AAC-------TCA---TAAGAGA----------------A-T------------------------GACCCATTTATAAACAAA------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------CT---CAA-----A---------------------T------T---------A---G-GT----AAGGT-A--TT--GAAATA----ATTTT-----A-T--T--CTT---T-C-CT-----TTGA----AAAC--A----C-ACTTTTCA-------------A----A--CAGTGGCCTCT---atccaaattttaccccc
gi|27 : aAAATC----CTTTCA----A-T-----------------------TGA----AAAA--G----A-ACATTTCA-------------T----T--GTGTGGCTTCTAGAGT----GACA-GC------T----T-------T--AA-G-----T---A-AA-ATG---C-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-C-TGGA-TTT---CA-T----T------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAGCAG----ACTTTAGC-T----ATGGACAACTTAAT--------AAA----A-------------A--TT-----tg
gi|28 : -----------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---T-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATT-------A-T--A--ATT-----C-AT-G---GCATT---AAAA--ATT--A-ACTTTATA-------------T----T--TAGTTTTGTCA---GT----AA---GC------C----A-------C--AA-GCTATAT---A-AA-G-c
gi|29 : T-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----A-----AT-ATA-CAAGCAG----GTTTCATC-T----ATAAGCA----AAT--------ACA----A-------------ATTTT-----AA-----AATTTTGTT-------GCCGGTAGACATTTA--T--GTTT----TTA--CTAGAT-TTTGCCAttaaaagttataattgt
gi|3 : tAAATCAATA--ATC--CCAA-GTAATTT-ATG------TT----GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTAAA-A---TGT-TT---AAGA--TT--ACTTGTCCACG-AACAAGTG-AAATG-TT-----TA--A---GAG--T--ACT-TGTC---CAC--G--GACA----AG-------TG----A--GTT-TT--CCATTTCTAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------GTG------AA---AAG-------TTG---TGCGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---G-AT----AAGTA-A-ATT--GAAATC----ATTTCA----A-TA-G--ACT---A-C-AT-G---TTTATC--AAAA--G----G-AATTCTCA-------------T----T--GAGTGGCTCCT---GT----AA---GC------T----T-------T--AA-G-----T---A-AA-G-A---T-T-TCTTGTC-------A-------------TTT------AT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTCATGTA-----T-----AT-GGA-CAACTGG----ATTTCATC-TACGGACAGACA----AGT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------GGC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TATGCAACCC
gi|30 : gtg-TTT---AAGTGACAT------TGTT-T-TA-----T-----AC-TGA-CAAGTAG----ATTTCATC--A---ACCGTCA----AGT--------TCA----A-------------A--TT-----GT-----AATTCACTT-------GTCCATGATAT---A--T--GTTT----CTG--CCAGAT-TTTACCACc
gi|31 : GTGAAAG------TGTC-C-TA-----T-----AT-GGA-TAGATAA----GTTTCATC-TG----TGGACA----AGTTAAAACTAAAA----ATTCACCT------A--TT-----AA-----AA--------------GTA-----------A--T---TTT----TTG--TCAGAT-TTTCCCACCC
gi|32 : ACG-GACAAG-A-AAATT-TT-----TA--A---GTT--T--ACT-TGTT---TGT--T--GACA----TG-------TG----C--ATT-TT--TCAGTT-CAGT
gi|33 : tacactttcaaatG------TC----GTACATTCTAGAGTCTGGAC----------AA--GTGCATA---T-TACT---AATA---T--GGTTGTCTGCG-GACATGTG--AATT-TT-----CA--A---
gi|34 : AC----------AA--GTAAA-A---A-T-TG---AAT---CC--ACTTGTTCATG-GATAAG-G-AAATT-TT-----T
gi|35 : --ACT-TGTC---TGT--G--GACA----GG-------TG----A--GTT-TT--CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-ggcagattttgc
gi|4 : tgttcaaagaagAAAATCTGTTTTGTTTTCTGA-GATGTCC-ATG------TT----GTATATTTTCAAACACAAAG----------AA--TT--------T-T-TT---AAGT--TA--ACATGTCCATG-G
gi|4 : ACAAA-G-AATTT-TT-----TA--A---GTT--A--ACA-TGTC---CAT--G--GTCA----AA-------TA----A--GTT-CT--CCAGTTCCAGTTT-G-A--AA---A-T-G-GCTCATTTA--A-T--------AAA------AA---AAG-------T-G---TTTAGTC----------------A-C------------------------------------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TT---TAATTTGAA---------------------T------T---------ATAAATAT----AAGTT-A-TTT--GGAATC----CTTTCATTTTA-T--GGTATT---G-A-AA-A---TT--T---AAAA--A----G-ATTTTTGA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GG----AT---GT------T----A-------T--A------------A-AA-G-T---T-T-TTTTGTC---------------------TTT------GT-T-TTGT-TTTTTAAAGTGAAAT------TATC-T-TAGAAAGT-----AA-GGG-CAAATAA----ATTTTATC-TA---CC--ATA----TCT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------tcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatctaaaaattaaaaattcacttgtccatggacaaatattgttcttcaacattttgccacctc
gi|4 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaac--T--ATT-TGTC---CAT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT---TAATT----TTT-A-G--AT---A-T-G-G-------T--A-G--------ATA------AA---Aattcacttgtccatggacaaatattgttcttcaacattttgccacctc
gi|4 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacacaaagaattttttaagttaacatgtccatggtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaaT--ATTTGTCCATG-GACAAGTG--AATT-TT-----TA--A---TTT--T--ttgttcttcaacattttgccacctc
gi|5 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacacaaagaattttttaagttaacatgtccatggtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatctaCAAAATCAATT--ATC--C-GA-GTTGCTC-GTG------TCT---GTG----TCCTGCTACCAGT----------AA--CTG-------T-T-TT---------TC--AGTT----ACG-GACAAATG-AAAAT-TT-----TA--A---GTT--A--ACT-AGTA---GGT--G--GAAA----AT-------TACATTA--ATT-TT--CTAGTTCATATTT-ATA--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGAGAGAACAGCTCATTGC----A-TACAGAAGTGTTCA-----------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------C------T---------A---A-AT----AATTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----G-T------T------C-AT-GGCCTTGAA---AAAA--G------ACTTTCCA-------------T----T--GAGTGGCTGCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----TAAAA-AA-A-G---A-T-GTTTGCC-------A--------------TT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAA------TATC-T-TA-----T-----A---GA-CAAGTAA----ATT---TC-TA---A-GGA-A----AAT--------TAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------ttgttcttcaacattttgccacctc
gi|6 : attgtATG-GACATGCA-AAATT-TAA----TG--A---TTT--T----T-TGTC---AGT--A--GACA----AT-------TG----A--ATT-TTG-CTAGTTCCAGTTTAA-A--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATT------AA---AAG-------T--------GAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--C-----T-------C--A-----------------------T-------------TT---CAG-----AAACAAGTACTCAGTGTAATGTT------T---------A---A-AT----AAATT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----ATT--T--ATA---G-C-AG-G-------------AA--G----C-AGTTTTCA-------------T----T--GGCTGATTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----TC--A-GA-G-G---T-T-CTTTGTC-------ATTAAAAAAATTTTTTT------GT-T-TTGT-TTT---GAGTGACAG------AGTC-C-TA-----A-----AA-AGA-CAAATAG----ATGTCATC-T----ACAGACA----AGT--------TAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------TTC-----------ACTT--GTCC----TTGAATAAGTT-TTTGCCttctcttac
gi|7 : ggcaaagtatttttctgagtatttttaaat-GTTATCA-GAG------TC----ATACATTTTCGAATACAGAC----------AA--GTGGA-A---A-T-TG---AAGT--TT--ACTTGTCtgatttggcca
gi|7 : catACA-GACAAGTGGAAATT-G-------A--A---GTT--T--ACT-TGTC---TGT--G--GACA----AC-------TG----A--ATT-TT--CAATTTC--GTTT-A-A--AA---AGA-G-A-------A--A-G--------AAA------AA---AAG--------CA---TGTGAAA----------------A-TA-----------------------G-----------------------CTCATTTTAAACAAAAATGG--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TA---CAA-----A---------------------C------A---------A---A-GT----GAGTT-A-TTT--GAAATT----CTTTC-------T--G--TTTATAG-C-AT-T---GAAAA---AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--AAATGGCTTCA---GT----GG---AC------T----A-------C--AA-G-----T---A-AA-T-G-----------ATC-------A-------------TTT-----------TTGT-TTG---AAGTGAAAT------TGTC-T-AA-----T-----AT-GGT-CAAGCAG----ATTTCATC-TA---A-GGACA----AGT--------AAA----A-------------AG-TT-----AA-----AA--------------TTC-----------A--------C----TTG--TCtgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagttaaaattcacttgtccaaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatAA-A---T-T-TTGGCAATAACTT--ACTTGTCTTTG-GACAAGTG-AA--T-TT-----TA--ACT-TTT--T--ACT-TGTC---CTT--A--GATG----AAATCTGCTTG----ACCATA-TTAGACAATTTCACTTC-A-A--AC---A-A-A-A-------A--T-G--------ATcaaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgATTGTCTAATATGGTC----------AA--GC------------------AGA--TT----TCATCTAAG-GACAAGTA-AAAAG-TT-----AA--A---ATT--C--ACT-TGTC---CAA--A--GACA----AG-------TA----A--GTT-tga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaa-AAATT-TTGGCAATA--A----CT--T--ACT-TGTC---TTT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--attgccaaaattttga
gi|8 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagttGCAAAATTCATT--GTC--T-GT-GTTGTCT-GAA------TT----GTACA--------------C----------A----TAAA-A------------AAAA--TT--AAT-----AAG-GACAAGCA-AAATT-TT-----AA--AAAAGTT--C--ACT-TGTC---CAT--A--GATA----AAAA-----TG----A--ATT-TT--CCAATTCAATTTA-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------AC-------AA---AAGATAAAATTCG---TGAGAGA----------------A-T------------------------GACTCA------------------T---------------------T-----T-------T--AT-----------A----------TACAAGAG------TT---CAGTCTTCA---------------------TGTT---T---------C---A-TT----AAGTT-A-TTT--GAA-TT----AGTTCA----G-T------TT-------AT-G---GC-AT---AGAA--A----ACACTTTTCA-------------C----A--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------TATAAA-------T--AA-G-----T---A-AA-A-T---T-A-CTTAGTC-------A-------------TTT------GC-T-TTAT-ATC---AA-TGAAAT------TATT-T-TA-----T-----Atga
gi|9 : catttttcatatacatgtaatgtacaggggtgTT--CCAA-GTTGTCC-GTA------TT----AGACATTTTCAAATATGGACTTTTTCATGGAAGCGTGAA-A---T-T-Taa
gi|9 : G-ACATT-TT-----CA--A---ATA--TGGACT-TTTT---CAT--G--GAAG----CG-------TG----A--AAT-TT--CCAGTTCCAGTTC-A-A--AA---A-A-A-A-------A--A-G--------ATG------AAAG-AAG-------TCA---TGTGAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--T-----T-------C--ATTTTATAAACAAGAGTTCAGTATT-------------TT---TAA-----A---------------------T------G---------A---A-AT----AGGTT-A-TTT--CAAATC----ATTTGA----ATT--G--ACG---G-C-A------TTGAA---AAAA--G----A-CTTTTTCA-------------T----T--GAGAAACCTCA---GT----AA---AC------T----T-------T--TA-G-----T---A-AATG-A---T-T-CTTTGTCATTTACTA-------------TTT------AT-T-TTGT-TTT---CAGAGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAGTAG----GTTTCATC-C----ATGGAAA----ATT--------AAA----A-------------A--TT-----AAAATCCAA--------------GTA-----------A--T--TTTT----TTG--CCAGAT-TTTGCTACccagttccagttcaaaaaaaaaagatgaaagaagtcatgtgagaatggttcattttataaacaagagttcagtatttttaaatgaaataggttatttcaaatcatttgaattgacggcattgaaaaaagactttttcattgagaaacctcagtaaacttttagtaaatgattctttgtcatttactatttattttgttttcagagaaattgtcttatacagacaagtaggtttcatccatggaaaattaaaaattaaaatccaagtaatttttttgccagattttgctac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): ATCAGGTAAGTGAACTCAGGTCATTTCAATGGACTGCAAGTTTATTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 22222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222 7777777777777777777777777777777777777 111111111 111111111111111111 111111111111111111111 2222222 1111111111111 66666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 44 7777 5 2 666666 6666 3 7777777777 22 88888888888888888888888 3333 8888 1 222 2 55555 22 7777 33333 1 44444 22 33 3333 6666666 3333 22 1 44 777 3 1 22 222 4 1 1 7777777 22 1 66666666 555555 555 6666666 66666 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 44444 5555555 22 111111111111111111111111111111111111 222 88888888888888888888888888888888888888888888 222 1 3333 1 1 44 3333 6666666666666666666666666666666666666 444444444 2 111111111111111111 22 222 3333 555 444444 3333 7777777 22 1 888888888 1 999999999999 888888888888888888888 555555 1 1 1 666 555555 1 1 44444444444 77 2 4444 2 4444444 4444 88888888 8888 9999999999999 55 55555 66666 55555555555555555555555555555555555 7777 44 4
lowQualScore : .. .... . . ...... .... . .......... .. ....................... .... .... . ... . ..... .. .... ..... . ..... .. .. .... ....... .... .. . .. ... . . .. ... . . . ....... .. . ........ ...... ... ....... ..... . ...................................................................................... .. ..... ....... .. .................................... ... ............................................ ... . .... . . .. .... ..................................... ......... . .................. .. ... .... ... ...... .... ....... .. . ......... . ............ ..................... ...... . . . ... ...... . . ........... .. . .... . ....... .... ........ .... ............. .. ..... ..... ................................... .... .. .
lowQualScore : 22 7777 0 4 111111 6666 8 6666666666 44 99999999999999999999999 3333 1111 8 999 9 00000 00 4444 66666 5 00000 00 44 0000 6666666 0000 00 4 77 777 2 6 22 888 8 6 7 1111111 33 7 00000000 000000 444 2222222 66666 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 33333 7777777 44 444444444444444444444444444444444444 999 22222222222222222222222222222222222222222222 999 7 5555 7 7 00 5555 4444444444444444444444444444444444444 000000000 4 777777777777777777 22 888 5555 222 888888 5555 1111111 33 8 444444444 8 777777777777 888888888888888888888 555555 8 8 9 000 222222 8 8 77777777777 11 0 2222 2 3333333 7777 11111111 6666 4444444444444 66 99999 22222 88888888888888888888888888888888888 1111 66 0
consensus : GCAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCC-GTG------TC----GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTGAA-A---T-T-TT---AAGA--TT--ACTTGTCCACG-GACAAGTG-AAATT-TT-----TA--A---GTT--T--ACT-TGTC---CGT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCG---TGNGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----A-T--G--ATT---G-C-AT-G---TCGAT---AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AA-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-GGA-CAAGTAG----ATTTCATC-TA---ACGGACA----AGT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------GNC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TTTGCCACCC
Reference ( family-1979 ) : GCAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCC-GTG------TC----GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTGAA-A---T-T-TT---AAGA--TT--ACTTGTCCACG-GACAAGTG-AAATT-TT-----TA--A---GTT--T--ACT-TGTC---CGT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCG---TGNGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----A-T--G--ATT---G-C-AT-G---TCGAT---AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AA-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-GGA-CAAGTAG----ATTTCATC-TA---ACGGACA----AGT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------GNC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TTTGCCACCC
gi|1 : GCAAAACTCATT--GTC--GCAA--TTGGCT-GTG------TT----GTACACCTTCAAACATGGG------------A--GTGAA-A---T-T-TT---TAGG--CA--ACTTGTCCTTGTGACAAGTG-A---T-TT-----TAACA---GTT--T--A
gi|1 : gtaatgaataacagtgttttttttaataatcaataaacatataacattgagtttttattttatgataacagtgaaaatatactatacagctgacatttagtctggtggttgaagatcttcacttgaacataaaacagtgtatattggtatgaatgAGTG-AAATT-TT-----TA--G---GCA-----ACT-TGTC---CTT--GT-GACA----AG-------TG----A---TT-TT----AA---CAGTTT-A-A--AA---GGA-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AA--------TTA---TGCAAAA----------------AAT------------------------GGTTCATTT---------------T------------------A--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---TTA-----A---------------------C------A---------A---A-AT----CAGTT-T-TTT--GAAATC----TGTTCA----A-T--T--CTT---GGC-AT-T---GC------AAAAT-G----A-A-TTTTCA-------------T----T--TAGTGACTTCT---GT----AA---AC------T----A-------G--AA-G-----T---A-AA-A-G---A-T-CCTTGCC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTA---AATTGAAAT------TATC-T-TA-----TCTAAAAT-GGA-CTAGTTG----ATTTCCTC-T----ACGGACA----ATT--------AAAATCTA-------------A--TT-----GA-----CA--------------AGT-----------A--A--GTTT----TTG--TAAGATGTTTGaaaggagaaagatgaaaattatgcaaaaaatggttcattttatttatgtttttaacaaaatcagttttttgaaatctgttcaattcttggcattgcaaaatgaattttcatttagtgacttctgtaaactagaagtaaaagatccttgccatttgttttgtttaaattgaaattatcttatctaaaatggactagttgatttcctctacggacaattaaaatctaattgacaagtaagtttttgtaagatgtttgt
gi|10 : gtaatgaataacagtgttttttttaataatcaataaacatataacattgagtttttattttatgataacagtgaaaatatactatacagctgacatttagtctggtggttgaagatcttcacttgaacataaaacagtgtatattggtatgaatggcaaaactcattgtcgcaattggctgtgttgtacaccttcaaacatgggTTGTCG-GTG------TC----GTACATGTTCAAATAT---------------A--GTGTA-ATAGT-T-CT-----GT--TT--ACTTGTCCAt
gi|10 : ggatggcaagatcaatTT-GT--CCAGTTA-AGTAT-T-G--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AAACGAAA-------TTG---AGAGAAAGGCTCATTTTATAAACA-TTTGTGTTCA---------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------TTGAT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------G---------A---A-AT----AAATA-A-TTT--TAAATA----GTTTCA----G-TCAG--AGT---T-C-AT-G----AAAT---AAAAAAG----A-AATTTACT-------------T----T--GAG--GTTTTT---GT----ATTTTGT------T----A-------T--AA-T-----T---A-AA-A-G---T-T--TTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------GGTT-A-TA-----T-----AT-AGA-TAAGTAATGTTATTTCATC-T----ACAGGCA----AGT--------AAA----A-------------A--T-------A-----AA--------------Ggttaagtattgaaaagaaagatgaaacgaaattgagagaaaggctcattttataaacatttgtgttcagtgttttgatgtttcaaatgaaataaataattttaaatagtttcagtcagagttcatgaaataaaaaagaaatttactttgaggtttttgtattttgttataattaaaagtttttgtcatttgttttgttttaagtgaaatggttatatatagataagtaatgttatttcatctacaggcaagtaaaaataaagaaaaatcacttgtccat
gi|11 : ggatggcaagatcaatttgtcggtgtcgtacatgttcaaatatagtgtaatagttctgtttacGCGAAATCCATT--GTC--T--ATGTTGTCC-ATA------TT----GTACAATTATAAATACGGAC----------AA--CTG-A-A---T-T-TT---CAAA--TT--aaaaatcacttgtccat
gi|11 : ttatttaactcatgtttaatgcattgatg--G--GACA----AC-------TG----A--ATT-TT--CAAATTCAATTTA-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA-----G-------TTA---AGAGAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--C-----T-------C--ATT----------G----------T-------------GT---AAA-----A--------------------------------------A---A-GA----GAACT-AGTTTCAAAAATC----ATTTTA----A-T------TT-------AT-G---ACATT---GAAA--A----C-ACTTTTCA-------------C----A--AAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------TTTAA-G-----T---A-AAAG-G---T-T-CTTAGTT-------A-------------CTT------TA-T-TTGT-TTT---AAGTATAAT------TGTC-T-AA-----------ACTGGA-CAAGTAG----ATTTCATC-T----ACAGTCA----AAT--------AAA----A-------------A--TTCAGTAAA-----AA--------------GTT-----------A--A--GTTT----TTG--caatttaaaaaaagaaagatgaagttaagagagaatggctcattgtgtaaaaaagagaactagtttcaaaaatcattttaatttatgacattgaaaacacttttcacaaagtggcttctgtaagctatttaagtaaaaggttcttagttactttatttgttttaagtataattgtctaaactggacaagtagatttcatctacagtcaaataaaaattcagtaaaaagttaagtttttgacttccctgaata
gi|12 : ttatttaactcatgtttaatgcattgatggcgaaatccattgtctatgttgtccatattgtacaattataaatacTG------TC----ATACATTTTCAAATAC--------------------------------------AGA--CT--ACTT-TTCATG--ATA--TG-ATATT-TG-----TG--A---GC--------------------------AAA----AG-------T---------TTATT--CCAATTCATGCTA-A-ATAAA---A-A-G-A-------G--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGTACTC----------------A-T----------------------------------------------------------------------T-----T-------T--ATAA---------G----------TA------------TT---CAG-----T---------------------T------TT--------A---C-CT----CAGTC-A-TTTT-GAAATA----ATTTCA----G-TT-G--ATG---G-C-ACAG---TC-AT---CAAT--G----ACA---TTCA-------------A----T--GAGTGGCTTAT---GT----AA---GC------T----A-------T--TT-A-----T---A-AA-A-T---G-T-CTGTATCTGTAT--A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TTTC-G-TA-----T-----AT-GGA-CTAGTAG----ATTTCATC-T----ATGGAAA----ATC--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----Aacttccctgaata
gi|12 : ATTTTCGTATATGGAC----------TA--GT------------------AGA--TT----TCATCTATG-GA-AAATC-AAAAA-TT-----AA--A---CTT--C--ACT-TGTC---CATCAG--TCCA----AA-------TA----A--GTT-TTG-CCAGcttcacttgtccatcagtccaaataagttttgccagatttttttg
gi|13 : tgtcatacattttcaaatacagactacttttcatgatatgatatttgtgagcaaaagtttattccaattcatgctaaataaaaagagagatgaaaagtcatgtactcattttataagtattcagttttacctcagtcattttgaaataatttcagttgatggcacagtcatcaatgacattcaatgagtggcttatgtaagctatttataaaatgtctgtatctgtatatttgttttgttttaagtgaaGCAAAACCCATT--GTT--C-GA-GTTGACC-ATG------CC----ATGCATTTACAAATACAGAC----------AA--GTG---A---T-T-TT---------TT----TTAT----------------AATT-TC----------------------CT-TGTC---CGT--G--GACA----AG-------TA----G--ATT-TT--CCAGTTC-------------------A-G-A-------A--A-G--------AT-------AA---AAG-------TTGTGTTGAAAGA----------------A-TTATTCATTTTATAAAAAAA-----G-----------------------T------------------G--TCCAGTT-------T--TT-----------G----------T-------------TT---TAA-----A---------------------T------T---------A---A-TT----AAATT-A-TTT--GAAATC----ATTTTA----A-------AT------C-AT-G----CACT---GAAA--GCA--G-ACTTTTCA-------------CAGAGTCGGAGTGGCTTAT---GT----AA---GC------T----A-------T--GA-G-----C---A-AA-ACG---C-T-CTTAGTC-------A-------------TTT------GT-T-Tatttttttg
gi|14 : ccatttctcaaacttaatgtggttg-AAATG-TT-----TA--T---GTT--T--ACC-ATTC---CGT--G--GACA----TG-------TG----G--ATT-GT--TCAATTTCA--TT-A-T--GT---A-A-G-A-------A--T-GGTCATTGTATG------AA---CAG-------TGG---TTCA----------------------------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TC---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-ATTAAAAAGTA-G-TTT--GAATTC----CTTTCA----A-T------T------C-AT-G---GCAAT---GAAA--A----A-A-----TA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GA------T----A-------T--AA-G-----TG--A-AA-G-G---T----TTTGTT-------G-------------TT--------T-T-TTGA-TAA---GAGTGAACT------T-TT-T-TA-----T-----AG-AGA-CAAGTTG----ATTTTATCTTG---ACAGACA----AGT--------AAAGTT-A-------------A---T-----AA-----AA--------------AAA-----------A--------------TG--CCAGAT-TTTTCCACC
gi|15 : tgaaatactgacATTGTT-----CA--A---GTT--G--TCTGTGTCATACAT--ATTGACA----GG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTACCAATTT-A-A--AA---A-A-G-AG------A--A-T--------ATG------AA---AAA-------TCA---CGAGAGA----------------G-T------------------------GGCTGATTTTATAAACGTGTTCAAT------------------G--C-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---T-TT----AAGTT-A-CTT--GAAACC----ATTTCA----A-T--GA-ATG---G-C-AT-----TGAAT-----AA--G----G-ACTATACATTAATGATTATTTT----T--GAGTGATTTCT---GT----AA---GCTACTGGT----A-------T--AA-GT----T---ACAG-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TAT------G-----TG-----------------------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAATAG----
gi|16 : tgcaggggtgacaaacatct-----------G----------T-------------TT---CAA-----G---------------------A------T---------A---A-AT----AAGTG--------GAAAT--------TCA----G-T------TT---G----T-G---GCCTT---AAAA--T----A-AGCTTTAAAA-----------T----T--TAGTAACTTTT---ATTACAAG---GC------C----AACACATGT--AA-A-----T---A-AA-A-AAATT-T-TTTTGTT-------A-------------TTCAGTTTGGT-T-TTGTGTTT---AAGC--AATCTTGTATGTG-T-TG-----T-----AA-GGA-CAAGTAG----ATTTTATG-TA---G-AGACA----AGT--------TAA----A-------------A--TT-----CA-----AATTCACATGTTCATGGAC-----------A--T--GTTTACTTTTG--GCAGAT-TTTGCta
gi|17 : aaagtgatgttcgATA--GTC--CCGA-GTTATCT-GTG------TC----TTACATTTTCAAGTACAAAC----------AA--GTGAA-A---T-T-TA---AGGA--TT--AC-------CG-G----------------------------------T--ACT-TTTC---GGT--G--GATG----AG-------TC----G--ATT-TT--CCTGTTCC---------------------------------A-A--------ATG------AA---AAG-------TTG---TCTGAG-----------------A-T------------------------T-----------------------T------------------T--T-----T-------T--AT-----------A----------TCATAAAACAAGTGTT---CAG-----A---------------------T------TTTATGTTTGA---A-AT----AAGTT-A-TTT--AAAATC----ATTTCA----ACT--G--ATG---G-C-A--G---TTTAA---AAAA--ACAACA-ACTTTTCA-------------C----C--AAGTGGAT--A---GT----AA---GC------T----A-------T--
gi|18 : AAAGCAATT--G-C--CCAT-ATTGTCC-ATAATCATATT----GTACATTTACGAATACAGAC----------AA--GTAAA-A---T-T-TT---AA-A--TTTTACTTGTC---------------------------TA--A---TTT--T--ACT-TGTC---TGT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTT-CAGTTTAA-A--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATGAAAGATAA---AAA-------TCA---TGAAAGA----------------A-T------------------------GAC---------------------T------------------GATT-----T-------T--AT-----------
gi|19 : tattttttctttttaccatttctgctctcattggtggtg-----------G----------T-------------TTGTACAA-----A---------------------T------C---------A---A-GT----CAGTC-A-TTT--GAAATC----ATTTCA------T--G--A-------C-AT------TGA----AAAC--A----A-ATTTTTTA-------------C----A--GACTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--TA-G-----C---A-AA-ATG---T-T-GTAAGTC-------A-------------TTT------GT-TGTTGT-TTTTT-AAGTGAAAG------TGTC-T-TA-----T-----AA-AAA-CAAGTAA----ATGTCACC-TA---A-GTACC----AGT--------AAA----ATTAACATTCACATG--TT-----AA-----TG--------------GAC-----------AAGTAAGTTT----TTG--TCAGA--TTTGTCACCCaagcaaatgattggtttagta
gi|2 : caAATCCATT--GTC----AATATTGTCC-GTA------CC----ATTCAATTATAAATATGGAC----------AA--ATAAA-G---T-T-
gi|2 : taatatatagctttctattaaatgaatagaatttgtcatagaatttttatttgttcacaaaattatgttttactctgttgacaatcttgatttctgcattatactgtgataggaattatttaacatgtggatggctgT--G--GACA----AA-------TA----A--A----------GTTC-AGTTT-A-A--AA---A-AAG-A-------A--A-G--------ATG------AA---A-G-------TCA---TGAGAGA----------------A-T------------------------GGCTCATTTTGTATAATAG-----T------------------G--T-----TCAGTTTTT--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----T---------------------T------T---------A-------------GTT-A-TTC--AAAATC----ATTTCA----A-------ATT---G-TGAC-A---TTGA----AAAC--T----C-ACTTCTCA-------------C----C--AAGTGGCTTCT---GT----GG---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AAAG-G---T-T-ATTTGTC-------A-------------TTT------GG-T-TTAT-TTT---AAGTAAAAA------TGTC-C-GG-----T-----AT-GGACCGCGTAG----ATTTTAcagtttaaaaaaagaaagatgaaagtcatgagagaatggctcattttgtataatagtgttcagtttttatgtttcaatttagttattcaaaatcatttcaaattgtgacattgaaaactcacttctcaccaagtggcttctgtgggctataagtaaaaggttatttgtcatttggtttattttaagtaaaaatgtccggtatggaccgcgtagatttta
gi|20 : taatatatagctttctattaaatgaatagaatttgtcatagaatttttatttgttcacaaaattatgttttactctgttgacaatcttgatttctgcattatactgtgataggaattatttaacatgtggatggctgaatccattgtcaatattgtccgtaccattcaattataaata-GTTGTACAGTG------TC----GTACATTTTTAAATACAGAC----------AA--GTGAC-T---TAT-TT---AAGT--TT--ACCTGTTTGTG-GAAAAGT--CAATT-TT-----TC--A---GTTCCT--GCT-T
gi|20 : tacagtgttatatgtgtagtagtgtcctacagtgttgtacagtatcattatgtACA-GACAAGTG-ACTTA-TT-----TA--A---GTT--T--ACC-TGTT---TGT--G--GAAA----AG-------TC----A--ATT-TT--TCAGTTCCTGCTT-A-A--AA---A-T-GAA-------A--A-A--------AAG------AA---AAaaaaatgaaaaaaagaaaaaaaaaagacaaataaataaaatgacccattttataaacaaatattcaatgttactgt
gi|21 : tacagtgttatatgtgtagtagtgtcctacagtgttgtacagtatcattatgtgttgtacagtgtcgtacatttttaaatT--GTC--C-AA-GTTGCCA-ATG------TCATACGTACATCTTCAAATACATAC----------AA--aaaaaagacaaataaataaaatgacccattttataaacaaatattcaatgttactgt
gi|21 : T--G--GACA----AG-------AG----A---CT-TT--CCAGTTC-------A-A--AA---ATA-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AA--------TCA---TGATAGA----------------T-T------------------------G------------------------------------------G--C-----C-------C--AT-------------------------------------T---TAA----------------------------------T---------A---A-AT----AAGC--A-TT-----AAT-----ATTTTA----A-------ATTC--A-C-ATCA---TTGA----AAAA--G----G-ACTTTTCA-------------T----T--AAGT------------------------------------------------------C---A-AT-G-G---T-T-GTCTGTC-------A-------------CTT------GT-T-TTAC-TTT---TAGAGAACT------TGTC-T-CA-----T-----AT-Gtttatggacaagagactttccagttcaaaaatagaaagatgaaaatcatgatagattggcccatttaataaataagcattaatattttaaattcacatcattgaaaaaggacttttcattaagtcaatggttgtctgtcacttgttttacttttagagaacttgtctcatatg
gi|22 : tgtccaagttgccaatgtcatacgtacatcttcaaatacatacaattta-AAATT-TT-----TT--A---GTT--T--ATT-TGTC---CAT--G--GACAGACAAG-------TG----A--TTT-TT--CTGTTTCCAATTG-A-A--AA---A-A-A-A-------A--A-G--------AAG------AT---AAA-------T-G---TTCA----------------------------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--GT-----------G----------T-------------TT---CCA-----A---------------------TAACCGGT---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GTTATC----ATATCA----A-------GT------C-AT-G---TC-ATTCAAAAA--C----A-TCTTTTCA-------------T----T--GAGTGTCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AAGG-----G---G-AA-G-G---T-T-CTTCCTC-------A-------------TTT------GT-T-T
gi|23 : caattGTAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCT-ATT------TC----ATACATATACAAATATGGAC----------AA--GATAA-A---C-T-T
gi|23 : tagggctg------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----GAGTT-A-TTT--GAAATCAATTATTTCA----A-T--T--CCT---G---GT-A---TTGA----AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--GAGTAGCTTAT---TT----GA---GC------T----G-------T--Acctgaggaaatgactaatattataagcaaatgttcagtgtttatgtttcaaattaaatgagttatttgaaatcaattatttcaattcctggtattgaaaaagaacttttcattgagtagcttatttgagctgtactg
gi|24 : tagggctggtaaaatccattgtcccgagttgtctatttcatacatatacaaatatggacaagataaacttcctgaggaaatgactaatattataagcaaatgttcaGCAAAATACATT--GTC--A-GA-GATATCC-ATG------TC----GTACATTTTCAAATA-------------------GTGG------T-T-TC---AA--------ATTTG-------GACAAGTG-ATTTT-TT-----TA--A---TTT--T---------------T--A--AAC------T-------TG----A--ATT-TT--A-AGTTCCAGTTT-A-A--AATAAA-A-G-A-------A--AAG--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGTGATA----------------A-TAGAAAATATTTAAACATATGGCCAG-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TC---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----ACATTAA-TTT--ctg
gi|25 : attgA-------------C----T--GAGCGGCTTCT---GC----AA---GC------T----AA------T--AA-A-----T---A-AA-A-A---TATATTTTGTC-------AAAA----------CTT------GTAT-TCGT-TT----AGGTAAAAT------TTTC-T-TT-----T-----AC-AGA-CAAGTGG----ATTTCATG-T----ACTGACA----GGT--------AAA----A-------------
gi|25 : aATTTTCTTTTACAGAC----------AA--GTGGA-----T-T-TC---A------------TGT--ACT-GACAGGTA-AAAGAATT-----TA--A----TT--C--ACT-TTTC---TTT--G--GACA----AG-------TA----A--GTT-TT--gaatttaattcacttttctttggacaagtaagttttatccaaattttaccccc
gi|26 : aactgagcggcttctgcaagctaataaataaaaatatattttgtcaaaacttgtattcgtttaggtaaa--CCAGTTC-AATTT-A-A--AT---A-A-A-A-------AGTA-G--------ATA------TA---AAC-------TCA---TAAGAGA----------------A-T------------------------GACCCATTTATAAACAAA------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------CT---CAA-----A---------------------T------T---------A---G-GT----AAGGT-A--TT--GAAATA----ATTTT-----A-T--T--CTT---T-C-CT-----TTGA----AAAC--A----C-ACTTTTCA-------------A----A--CAGTGGCCTCT---atccaaattttaccccc
gi|27 : aAAATC----CTTTCA----A-T-----------------------TGA----AAAA--G----A-ACATTTCA-------------T----T--GTGTGGCTTCTAGAGT----GACA-GC------T----T-------T--AA-G-----T---A-AA-ATG---C-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-C-TGGA-TTT---CA-T----T------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAGCAG----ACTTTAGC-T----ATGGACAACTTAAT--------AAA----A-------------A--TT-----tg
gi|28 : -----------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---T-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATT-------A-T--A--ATT-----C-AT-G---GCATT---AAAA--ATT--A-ACTTTATA-------------T----T--TAGTTTTGTCA---GT----AA---GC------C----A-------C--AA-GCTATAT---A-AA-G-c
gi|29 : T-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----A-----AT-ATA-CAAGCAG----GTTTCATC-T----ATAAGCA----AAT--------ACA----A-------------ATTTT-----AA-----AATTTTGTT-------GCCGGTAGACATTTA--T--GTTT----TTA--CTAGAT-TTTGCCAttaaaagttataattgt
gi|3 : tAAATCAATA--ATC--CCAA-GTAATTT-ATG------TT----GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTAAA-A---TGT-TT---AAGA--TT--ACTTGTCCACG-AACAAGTG-AAATG-TT-----TA--A---GAG--T--ACT-TGTC---CAC--G--GACA----AG-------TG----A--GTT-TT--CCATTTCTAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------GTG------AA---AAG-------TTG---TGCGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---G-AT----AAGTA-A-ATT--GAAATC----ATTTCA----A-TA-G--ACT---A-C-AT-G---TTTATC--AAAA--G----G-AATTCTCA-------------T----T--GAGTGGCTCCT---GT----AA---GC------T----T-------T--AA-G-----T---A-AA-G-A---T-T-TCTTGTC-------A-------------TTT------AT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTCATGTA-----T-----AT-GGA-CAACTGG----ATTTCATC-TACGGACAGACA----AGT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------GGC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TATGCAACCC
gi|30 : gtg-TTT---AAGTGACAT------TGTT-T-TA-----T-----AC-TGA-CAAGTAG----ATTTCATC--A---ACCGTCA----AGT--------TCA----A-------------A--TT-----GT-----AATTCACTT-------GTCCATGATAT---A--T--GTTT----CTG--CCAGAT-TTTACCACc
gi|31 : GTGAAAG------TGTC-C-TA-----T-----AT-GGA-TAGATAA----GTTTCATC-TG----TGGACA----AGTTAAAACTAAAA----ATTCACCT------A--TT-----AA-----AA--------------GTA-----------A--T---TTT----TTG--TCAGAT-TTTCCCACCC
gi|32 : ACG-GACAAG-A-AAATT-TT-----TA--A---GTT--T--ACT-TGTT---TGT--T--GACA----TG-------TG----C--ATT-TT--TCAGTT-CAGT
gi|33 : tacactttcaaatG------TC----GTACATTCTAGAGTCTGGAC----------AA--GTGCATA---T-TACT---AATA---T--GGTTGTCTGCG-GACATGTG--AATT-TT-----CA--A---
gi|34 : AC----------AA--GTAAA-A---A-T-TG---AAT---CC--ACTTGTTCATG-GATAAG-G-AAATT-TT-----T
gi|35 : --ACT-TGTC---TGT--G--GACA----GG-------TG----A--GTT-TT--CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-ggcagattttgc
gi|4 : tgttcaaagaagAAAATCTGTTTTGTTTTCTGA-GATGTCC-ATG------TT----GTATATTTTCAAACACAAAG----------AA--TT--------T-T-TT---AAGT--TA--ACATGTCCATG-G
gi|4 : ACAAA-G-AATTT-TT-----TA--A---GTT--A--ACA-TGTC---CAT--G--GTCA----AA-------TA----A--GTT-CT--CCAGTTCCAGTTT-G-A--AA---A-T-G-GCTCATTTA--A-T--------AAA------AA---AAG-------T-G---TTTAGTC----------------A-C------------------------------------------------T------------------G--T-----T-------A--AT-----------G----------T-------------TT---TAATTTGAA---------------------T------T---------ATAAATAT----AAGTT-A-TTT--GGAATC----CTTTCATTTTA-T--GGTATT---G-A-AA-A---TT--T---AAAA--A----G-ATTTTTGA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GG----AT---GT------T----A-------T--A------------A-AA-G-T---T-T-TTTTGTC---------------------TTT------GT-T-TTGT-TTTTTAAAGTGAAAT------TATC-T-TAGAAAGT-----AA-GGG-CAAATAA----ATTTTATC-TA---CC--ATA----TCT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------tcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatctaaaaattaaaaattcacttgtccatggacaaatattgttcttcaacattttgccacctc
gi|4 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaac--T--ATT-TGTC---CAT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT---TAATT----TTT-A-G--AT---A-T-G-G-------T--A-G--------ATA------AA---Aattcacttgtccatggacaaatattgttcttcaacattttgccacctc
gi|4 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacacaaagaattttttaagttaacatgtccatggtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaaT--ATTTGTCCATG-GACAAGTG--AATT-TT-----TA--A---TTT--T--ttgttcttcaacattttgccacctc
gi|5 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacacaaagaattttttaagttaacatgtccatggtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatctaCAAAATCAATT--ATC--C-GA-GTTGCTC-GTG------TCT---GTG----TCCTGCTACCAGT----------AA--CTG-------T-T-TT---------TC--AGTT----ACG-GACAAATG-AAAAT-TT-----TA--A---GTT--A--ACT-AGTA---GGT--G--GAAA----AT-------TACATTA--ATT-TT--CTAGTTCATATTT-ATA--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATG------AA---AAG-------TCA---TGAGAGAACAGCTCATTGC----A-TACAGAAGTGTTCA-----------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------C------T---------A---A-AT----AATTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----G-T------T------C-AT-GGCCTTGAA---AAAA--G------ACTTTCCA-------------T----T--GAGTGGCTGCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----TAAAA-AA-A-G---A-T-GTTTGCC-------A--------------TT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAA------TATC-T-TA-----T-----A---GA-CAAGTAA----ATT---TC-TA---A-GGA-A----AAT--------TAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------ttgttcttcaacattttgccacctc
gi|6 : attgtATG-GACATGCA-AAATT-TAA----TG--A---TTT--T----T-TGTC---AGT--A--GACA----AT-------TG----A--ATT-TTG-CTAGTTCCAGTTTAA-A--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATT------AA---AAG-------T--------GAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--C-----T-------C--A-----------------------T-------------TT---CAG-----AAACAAGTACTCAGTGTAATGTT------T---------A---A-AT----AAATT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----ATT--T--ATA---G-C-AG-G-------------AA--G----C-AGTTTTCA-------------T----T--GGCTGATTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----TC--A-GA-G-G---T-T-CTTTGTC-------ATTAAAAAAATTTTTTT------GT-T-TTGT-TTT---GAGTGACAG------AGTC-C-TA-----A-----AA-AGA-CAAATAG----ATGTCATC-T----ACAGACA----AGT--------TAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------TTC-----------ACTT--GTCC----TTGAATAAGTT-TTTGCCttctcttac
gi|7 : ggcaaagtatttttctgagtatttttaaat-GTTATCA-GAG------TC----ATACATTTTCGAATACAGAC----------AA--GTGGA-A---A-T-TG---AAGT--TT--ACTTGTCtgatttggcca
gi|7 : catACA-GACAAGTGGAAATT-G-------A--A---GTT--T--ACT-TGTC---TGT--G--GACA----AC-------TG----A--ATT-TT--CAATTTC--GTTT-A-A--AA---AGA-G-A-------A--A-G--------AAA------AA---AAG--------CA---TGTGAAA----------------A-TA-----------------------G-----------------------CTCATTTTAAACAAAAATGG--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TA---CAA-----A---------------------C------A---------A---A-GT----GAGTT-A-TTT--GAAATT----CTTTC-------T--G--TTTATAG-C-AT-T---GAAAA---AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--AAATGGCTTCA---GT----GG---AC------T----A-------C--AA-G-----T---A-AA-T-G-----------ATC-------A-------------TTT-----------TTGT-TTG---AAGTGAAAT------TGTC-T-AA-----T-----AT-GGT-CAAGCAG----ATTTCATC-TA---A-GGACA----AGT--------AAA----A-------------AG-TT-----AA-----AA--------------TTC-----------A--------C----TTG--TCtgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagttaaaattcacttgtccaaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatAA-A---T-T-TTGGCAATAACTT--ACTTGTCTTTG-GACAAGTG-AA--T-TT-----TA--ACT-TTT--T--ACT-TGTC---CTT--A--GATG----AAATCTGCTTG----ACCATA-TTAGACAATTTCACTTC-A-A--AC---A-A-A-A-------A--T-G--------ATcaaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgATTGTCTAATATGGTC----------AA--GC------------------AGA--TT----TCATCTAAG-GACAAGTA-AAAAG-TT-----AA--A---ATT--C--ACT-TGTC---CAA--A--GACA----AG-------TA----A--GTT-tga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaa-AAATT-TTGGCAATA--A----CT--T--ACT-TGTC---TTT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--attgccaaaattttga
gi|8 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagttGCAAAATTCATT--GTC--T-GT-GTTGTCT-GAA------TT----GTACA--------------C----------A----TAAA-A------------AAAA--TT--AAT-----AAG-GACAAGCA-AAATT-TT-----AA--AAAAGTT--C--ACT-TGTC---CAT--A--GATA----AAAA-----TG----A--ATT-TT--CCAATTCAATTTA-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------AC-------AA---AAGATAAAATTCG---TGAGAGA----------------A-T------------------------GACTCA------------------T---------------------T-----T-------T--AT-----------A----------TACAAGAG------TT---CAGTCTTCA---------------------TGTT---T---------C---A-TT----AAGTT-A-TTT--GAA-TT----AGTTCA----G-T------TT-------AT-G---GC-AT---AGAA--A----ACACTTTTCA-------------C----A--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------TATAAA-------T--AA-G-----T---A-AA-A-T---T-A-CTTAGTC-------A-------------TTT------GC-T-TTAT-ATC---AA-TGAAAT------TATT-T-TA-----T-----Atga
gi|9 : catttttcatatacatgtaatgtacaggggtgTT--CCAA-GTTGTCC-GTA------TT----AGACATTTTCAAATATGGACTTTTTCATGGAAGCGTGAA-A---T-T-Taa
gi|9 : G-ACATT-TT-----CA--A---ATA--TGGACT-TTTT---CAT--G--GAAG----CG-------TG----A--AAT-TT--CCAGTTCCAGTTC-A-A--AA---A-A-A-A-------A--A-G--------ATG------AAAG-AAG-------TCA---TGTGAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--T-----T-------C--ATTTTATAAACAAGAGTTCAGTATT-------------TT---TAA-----A---------------------T------G---------A---A-AT----AGGTT-A-TTT--CAAATC----ATTTGA----ATT--G--ACG---G-C-A------TTGAA---AAAA--G----A-CTTTTTCA-------------T----T--GAGAAACCTCA---GT----AA---AC------T----T-------T--TA-G-----T---A-AATG-A---T-T-CTTTGTCATTTACTA-------------TTT------AT-T-TTGT-TTT---CAGAGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAGTAG----GTTTCATC-C----ATGGAAA----ATT--------AAA----A-------------A--TT-----AAAATCCAA--------------GTA-----------A--T--TTTT----TTG--CCAGAT-TTTGCTACccagttccagttcaaaaaaaaaagatgaaagaagtcatgtgagaatggttcattttataaacaagagttcagtatttttaaatgaaataggttatttcaaatcatttgaattgacggcattgaaaaaagactttttcattgagaaacctcagtaaacttttagtaaatgattctttgtcatttactatttattttgttttcagagaaattgtcttatacagacaagtaggtttcatccatggaaaattaaaaattaaaatccaagtaatttttttgccagattttgctac
blockSeqs : TT TTCT T A ATCATA ATAC G TTTTTCATGG GC GCATATTACTAATA TTAC TCAT . TGG G GGCAA . AAAG CCT G ATACA CA TT GACA ATCTGCT CATT CC A AG AAT A T TA TAA T A A CTCATTT GT A GTCATTGT AAAGAT ACG ATAAAAT TGTGT A GGCTCATTTTATAAACATTTGTGTTCAGT AT CCAGT CAGTTTT TG TTTATAAACAAGAGTTCAGTATT GTA AAACAAGTACTCAGTGTAATGTTT TAA T TAAA A G CA AATT TTTTATGGTATTGAAAATTT ACAACA A TTAATGATTATTTT CG AGA TACA TTT TACTGG ATAA ACACATG TT G CTATAT C AAAATTTT ATTAAAAAAATTTT AGTTTG A G G TTA CTTGTA A G GAAAGT CT C TGTT T ACGGACA ACTT TAAAACTA GTT TTAACATTCACAT TT CAGTA AATCC TTTTGTTGCCGGTAGACATTTATG ACTT AA .
blockSeqs : . CC T . . T G . . GTAATAGTTCTGT AC CTAT . TG A A . CTT TGG . CA . . . AA . . . G ATG A . . . G . . G . . . . AG . TG A ACAGCTCATTGCATACAGAAGTGTTCAGT . . . . ATCATAAAACAAGTG . ATTTTATGTTTG . . . . . T . ATAGACTACATGTTTATC AAGA C CAGAG . . . CA . . A . . TAAA . AATATAT ATTTACTA . . . . TT . . . T T . . . GACA . . . TTCACCT G . . TTCACTTGTCCATGATATATG . . .
blockSeqs : . CC . . . . A . . GACTTATTTAAGT AC TTGT . TG . . . G C . CG . . . . . . . G CAA . . . . . . . . . . . . . . TA T ATAGAAAATATTTAAACATATGGCCAGT . . . . ATACAAGAG . TCTTCATGTTT . . . . . . . TGTTTATAGCATTGAAAA GCAG C AAT . . . . . . . . . TG . AGGTTC TGTATA . . . . . . . . T T . . . AACC . . . . . . . TTCACATGTTCATGGACATG . . .
blockSeqs : . CC . . . . A . . AAAATGTTTAAGA AC CCAC . TC . . . G T . CG . . . . . . . . CAG . . . . . . . . . . . . . . CA A GTGGCTGATTTTATAAACGTGTTCAAT . . . . AAGTA . ATAACCGGT . . . . . . . GTCAGAGTTCATGAAAT ATTA C T . . . . . . . . . TT . ACGCTC AAAA . . . . . . . . T G . . . ACA . . . . . . . GACAAGTAAG . . .
blockSeqs : . CC . . . . A . . GAAATTTAAGGA AC CTGC . TG . . . C G . GG . . . . . . . . CTG . . . . . . . . . . . . . . GG C ATTATTCATTTTATAAAAAAAGT . . . . TGT . TTTGAATT . . . . . . . GTTGATGGCACAGTCAT GAC G C . . . . . . . . . TC . ATGTTG A . . . . . . . . T C . . . ACA . . . . . . . TTCACTTG . . .
blockSeqs : . CC . . . . G . . GGAAATTGAAGT AT TCAT . TG . . . G T . TG . . . . . . . . CAA . . . . . . . . . . . . . . CA A ATAGCTCATTTTAAACAAAAATG . . . . GT . TTTT . . . . . . . ATGAATGGCATTGAAT AAC C A . . . . . . . . . T . AGGTTA A . . . . . . . . T A . . . ATG . . . . . . . GTTAAG . . .
blockSeqs : . T . . . . A . . GAATTTTCAAA AC CCAT . TA . . . G T . TG . . . . . . . . CAG . . . . . . . . . . . . . . TG T ATGGCTCATTTTGTATAATAGT . . . . GT . ATG . . . . . . . ACTGATGGCAGTTTAA AC T T . . . . . . . . . T . ATGCTC A . . . . . . . . T A . . . AGA . . . . . . . GGCATG . . .
blockSeqs : . C . . . . A . . AAAATTTTAAA GG CCAT . TG . . . T T . CA . . . . . . . . TAG . . . . . . . . . . . . . . CA A ATGACCCATTTATAAACAAAT . . . . GT . ATT . . . . . . . AATTCACATCATTGA AA C C . . . . . . . . . T . TGATTC G . . . . . . . . T T . . . AAG . . . . . . . GTAATT . . .
blockSeqs : . C . . . . G . . AAAAATTGAAT AC CTTT . TG . . . G T . TT . . . . . . . . CAG . . . . . . . . . . . . . . CA A ATGACTCAT . . . . GT . ATT . . . . . . . ATAATTCATGGCATT GG C C . . . . . . . . . C . ATGTC A . . . . . . . . T T . . . ACT . . . . . . . GTAAT . . .
blockSeqs : . A . . . . A . . GGTTTCAA AC CTAA . TG . . . G T . CA . . . . . . . . CAG . . . . . . . . . . . . . . CA A ATGACT . . . . GT . ATT . . . . . . . GTTCATGGCCTTGAA TA C C . . . . . . . . . T . GGTTC A . . . . . . . . T C . . . ATG . . . . . . . AAAA . .
blockSeqs : . C . . . . G . . GGATTTCA AT AC . TG . . . G C . TG . . . . . . . . CAG . . . . . . . . . . . . . . CA C ATTT . . . . GT . GAT . . . . . . . ATTGACGGCATTGAA AA C T . . . . . . . . . C . GGTTG A . . . . . . . . T C . . . ATA . . . . . . . TTCA . .
blockSeqs : . T . . . . G . . TTTTAAGT AG AC . CA . . . T T . TG . . . . . . . . ATA . . . . . . . . . . . . . . CA T ATGT . . . . GT . ATC . . . . . . . AATTGTGACATTGA TC C T . . . . . . . . . T . GGTTC A . . . . . . . . A T . . . GTG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . AAAAAAAA AC AA . TG . . . G T . CA . . . . . . . . CAG . . . . . . . . . . . . . . TG A ATG . . . . GT . TTT . . . . . . . AGTCATGTCATTCA GG C T . . . . . . . . . C . GATTT A . . . . . . . . T T . . . ACC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . GATTTT AC C . TA . . . G A . CA . . . . . . . . CAC . . . . . . . . . . . . . . CA C TTG . . . . GT . ATT . . . . . . . ATTCCTGGTATTGA CA C C . . . . . . . . . G . GTTTT A . . . . . . . . T C . . . AAG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . GTTTT AA C . CA . . . G T . GG . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . . CA T ACT . . . . GT . ATT . . . . . . . ATTCTTTCCTTTGA GA A A . . . . . . . . . T . AGATG A . . . . . . . . T T . . . ACA . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . AGA . . . T . . . T T . AG . . . . . . . . CAG . . . . . . . . . . . . . . CG A ATG . . . . GT . ATT . . . . . . . ATTTATGACATT AC T T . . . . . . . . . T . GGTTC A . . . . . . . . T A . . . AAG . . . . . .
blockSeqs : . . G . . AGA . . . A . . . G A . TG . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . CA T ATG . . . . GT . ATT . . . . . . . ATTCATGGCAAT GA C T . . . . . . . . . T . ATTAC A . . . . . . . . A A . . . ATG . . . .
blockSeqs : . . . . . AGA . . G . . . T T . CT . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . G A AT . . . . GT . ATT . . . . . . . GTTTGTGGCCTT GG G T . . . . . . . . . T . AGTT A . . . . . . . . T T . .
blockSeqs : . . . . . G . . . G T . CA . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . G T GT . . . . GT . ACT . . . . . . . ATTTATAGCAGG AG C T . . . . . . . . . T . GGT A . . . . . . . . T C . .
blockSeqs : . . . . . . . . A T . TT . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . . GT . ACA . . . . . . . AATCATGCACT GC C T . . . . . . . . . T . TG . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . A C . CA . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . GT . ATG . . . . . . . GTTTATGGCAT GA T T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . CA . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . TGACATTGA GA . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . ATTGA G . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CC** GGAATTTTAAA************ ** ** ATTCATGGCATTGA*********************** GA******* T********** ****
originalCons : GCAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCC-GTG------TC----GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTGAA-A---T-T-TT---AAGA--TT--ACTTGTCCACG-GACAAGTG-AAATT-TT-----TA--A---GTT--T--ACT-TGTC---CGT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCG---TGNGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCA----A-T--G--ATT---G-C-AT-G---TCGAT---AAAA--G----A-ACTTTTCA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AA-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-GGA-CAAGTAG----ATTTCATC-TA---ACGGACA----AGT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------GNC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TTTGCCACCC
finalCons : GCAAAATCCATT--GTCCC--GA-GTTGTCC-GTG------TC----GTACATTTTCAAATACGGAC----------AA--GTGGAATTTTAAA------------TT--ACTTGTCCACG-GACAAGTG-AAATT-TT-----TA--A---GTT--T--ACT-TGTC---CGT--G--GACA----AG-------TG----A--ATT-TT--CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCG---TGNGAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--T-----T-------T--AT-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATC----ATTTCAATTCATGGCATTGA-----------------------AAAAGA-------ACTTTTCA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----AA---GC------T----A-------T--AA-G-----T---A-AA-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTGT-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TAT----------AC-GGA-CAAGTAG----ATTTCATC-TA---ACGGACA----AGT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------GNC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TTTGCCACCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): ATCAGGTAAGTGAACTCAGGTCATTTCAATGGACTGCAAGTTTATTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 6666666666666666666666666666666666 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222 111111111 111111111111111111 111111111 111111111111111111111 2222222 1111111111111 66666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 44 88888 5 2 666666 6666 44 8888888888888888888888888888888888 1 2 2 1 3 5555555 33 5555 22 1 44444 22 33 3333 22 3333 1 2 7 0 3 1 22 222 5 1 1 7777777 22 1 66666666 555555 555 6666666 33 5555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22 5555555 22 1 999999999999999999999999999999999999 222 88888888888888888888888888888888888888888888 222 1 3333 1 1 44 3333 888888 33 22 22 777777 1 555555555 1 111111111111111111 22 222 3333 22 222 444444 3333 9999999 1 222222222 1 666666666666 888888888888888888888 555555 1 1 22 1 333 555555 1 1 44444 44444 77 2 4444 2 4444444 4444 88888888 8888 9999999999999 55 55555 66666 55555555555555555555555555555555555 7777 44 4
lowQualScore : .. ..... . . ...... .... .. .................................. . . . . . ....... .. .... .. . ..... .. .. .... .. .... . . . . . . .. ... . . . ....... .. . ........ ...... ... ....... .. .... ...................................................................................... .. ....... .. . .................................... ... ............................................ ... . .... . . .. .... ...... .. .. .. ...... . ......... . .................. .. ... .... .. ... ...... .... ....... . ......... . ............ ..................... ...... . . .. . ... ...... . . ..... ..... .. . .... . ....... .... ........ .... ............. .. ..... ..... ................................... .... .. .
lowQualScore : 22 88888 0 4 111111 6666 11 0000000000000000000000000000000000 4 0 9 6 1 4444444 88 2222 11 7 00000 00 55 1111 00 1111 4 9 6 2 3 7 33 999 0 7 7 4444444 44 7 33333333 000000 444 2222222 22 0000 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 7777777 44 7 888888888888888888888888888888888888 999 22222222222222222222222222222222222222222222 999 7 5555 7 7 00 5555 333333 66 33 33 111111 7 888888888 7 111111111111111111 22 888 5555 33 999 888888 5555 4444444 8 000000000 8 111111111111 888888888888888888888 555555 8 8 88 9 333 222222 8 8 55555 55555 11 0 2222 2 3333333 7777 11111111 6666 4444444444444 66 99999 22222 88888888888888888888888888888888888 1111 66 0
consensus : GCAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCC-GTG------TC----GTACATTTTCAAATACGGACAAGTGGAA-T----TTCA--A--A-T-T--ACTTGTCCACG-GACAAGTG-AAATT-TT-----T-A--A---GTTT--ACT-TGTC---CGT--G--GACA----AG--TG----AATT-TT-CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCGTGN---GAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--TT-------T--A-T-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATCA----TTTCAAT------T-CATGGCA--T--TGA------AA-AA---G----GAC-TTTTCA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----A--A---GC------T----A-------TAA-G-----T---A-AA-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTG--T-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-GGA-CAAGTAG----ATTTCATC-TA---ACGGACA----AGT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------GNC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TTTGCCACCC
Reference ( family-1979 ) : GCAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCC-GTG------TC----GTACATTTTCAAATACGGACAAGTGGAA-T----TTTA--A--A-T-T--ACTTGTCCACG-GACAAGTG-AAATT-TT-----T-A--A---GTTT--ACT-TGTC---CGT--G--GACA----AG--TG----AATT-TT-CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCGTGN---GAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--TT-------T--A-T-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATCA----TTTCAAT------T-CATGGCA--T--TGA------AA-AA---G----AAC-TTTTCA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----A--A---GC------T----A-------TAA-G-----T---A-AA-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTG--T-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-GGA-CAAGTAG----ATTTCATC-TA---ACGGACA----AGT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------GNC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TTTGCCACCC
gi|1 : GCAAAACTCATT--GTC--GC-A-ATTGGCT-GTG------TT----GTACACCTTCAAACATGG--GAGTGAAATT----TTTA--G--G-C-A--ACTTGTCCTTGTGACAAGTG-A---T-TT-----T-AACA---GTTT--A
gi|1 : gtaatgaataacagtgttttttttaataatcaataaacatataacattgagtttttattttatgataacagtgaaaatatactatacagctgacatttagtctggtggttgaagatcttcacttgaacataaaacagtgtatattggtatgaatgAGTG-AAATT-TT-----T-A--G---GCA---ACT-TGTC---CTT--GT-GACA----AG--TG----A-TT-TT---AA---CAGTTT-A-A--AA---GGA-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AA--------TTATGC---AAAA----------------AAT------------------------GGTTCATTT---------------T------------------A--TT-------T--A-T-----------G----------T-------------TT---TTA-----A---------------------C------A---------A---A-AT----CAGTT-T-TTT--GAAATCT----GTTCAAT------T-CTTGGCA--T--TGC------AA-AAT--G----AA--TTTTCA-------------T----T--TAGTGACTTCT---GT----A--A---AC------T----A-------GAA-G-----T---A-AA-A-G---A-T-CCTTGCC-------A-------------TTT------GT-T-TTG--T-TTA---AATTGAAAT------TATC-T-TA-----TCTAAAAT-GGA-CTAGTTG----ATTTCCTC-T----ACGGACA----ATT--------AAAATCTA-------------A--TT-----GA-----CA--------------AGT-----------A--A--GTTT----TTG--TAAGATGTTTGaaaggagaaagatgaaaattatgcaaaaaatggttcattttatttatgtttttaacaaaatcagttttttgaaatctgttcaattcttggcattgcaaaatgaattttcatttagtgacttctgtaaactagaagtaaaagatccttgccatttgttttgtttaaattgaaattatcttatctaaaatggactagttgatttcctctacggacaattaaaatctaattgacaagtaagtttttgtaagatgtttgt
gi|10 : gtaatgaataacagtgttttttttaataatcaataaacatataacattgagtttttattttatgataacagtgaaaatatactatacagctgacatttagtctggtggttgaagatcttcacttgaacataaaacagtgtatattggtatgaatggcaaaactcattgtcgcaattggctgtgttgtacaccttcaaacatgggTTGTCG-GTG------TC----GTACATGTTCAAATAT-----AGTGTAA-TAG--TTCT--G--T-T-T--ACTTGTCCAt
gi|10 : ggatggcaagatcaatTT-GT-CCAGTTA-AGTAT-T-G--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG------AAACGAAA-------TTGAGA---GAAAGGCTCATTTTATAAACA-TTTGTGTTCA---------------G-----------------------T------------------G--TT-------TTGA-T-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------G---------A---A-AT----AAATA-A-TTT--TAAATAG----TTTCAGTCAGAGTT-CATGAAA--T---AA------AA-AA---G----AAA-TTTACT-------------T----T--GAG--GTTTTT---GT----A--TTTTGT------T----A-------TAA-T-----T---A-AA-A-G---T-T--TTTGTC-------A-------------TTT------GT-T-TTG--T-TTT---AAGTGAAAT------GGTT-A-TA-----T-----AT-AGA-TAAGTAATGTTATTTCATC-T----ACAGGCA----AGT--------AAA----A-------------A--T-------A-----AA--------------Ggttaagtattgaaaagaaagatgaaacgaaattgagagaaaggctcattttataaacatttgtgttcagtgttttgatgtttcaaatgaaataaataattttaaatagtttcagtcagagttcatgaaataaaaaagaaatttactttgaggtttttgtattttgttataattaaaagtttttgtcatttgttttgttttaagtgaaatggttatatatagataagtaatgttatttcatctacaggcaagtaaaaataaagaaaaatcacttgtccat
gi|11 : ggatggcaagatcaatttgtcggtgtcgtacatgttcaaatatagtgtaatagttctgtttacGCGAAATCCATT--GTC--T--ATGTTGTCC-ATA------TT----GTACAATTATAAATACGGACAACTGAAT-T----TTCA--A--A-T-T--aaaaatcacttgtccat
gi|11 : ttatttaactcatgtttaatgcattgatg--G--GACA----AC--TG----AATT-TT-CAAATTCAATTTA-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------ATG-----------AAG-------TTAAGA---GAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--CT-------C--ATT-----------G----------T-------------GT---AAA-----A--------------------------------------A---A-GA----GAACT-AGTTTCAAAAATCA----TTTTAAT------T-TATGACA--T--TGA------AA-A---------CAC-TTTTCA-------------C----A--AAGTGGCTTCT---GT----A--A---GC------T----ATT-----TAA-G-----TA--A-AA-G-G---T-T-CTTAGTT-------A-------------CTT------TA-T-TTG--T-TTT---AAGTATAAT------TGTC---TA-----A-----ACTGGA-CAAGTAG----ATTTCATC-T----ACAGTCA----AAT--------AAA----A-------------A--TTCAGTAAA-----AA--------------GTT-----------A--A--GTTT----TTG--caatttaaaaaaagaaagatgaagttaagagagaatggctcattgtgtaaaaaagagaactagtttcaaaaatcattttaatttatgacattgaaaacacttttcacaaagtggcttctgtaagctatttaagtaaaaggttcttagttactttatttgttttaagtataattgtctaaactggacaagtagatttcatctacagtcaaataaaaattcagtaaaaagttaagtttttgacttccctgaata
gi|12 : ttatttaactcatgtttaatgcattgatggcgaaatccattgtctatgttgtccatattgtacaattataaatacTG------TC----ATACATTTTCAAATACAGAC---------------------------T--ACTT-TTCATG--ATA--TG-ATATT-TG-----T-G--A---GC------------------------AAA----AG--T-------TTATT-CCAATTCATGCTA-A-ATAAA---A-A-G-A-------G--A-G--------ATG------AA---AAG-------TCATGT---ACTC----------------A-T----------------------------------------------------------------------TT-------T--A-TAA---------G----------TA------------TT---CAG-----T---------------------T------TT--------A---C-CT----CAGTC-A-TTTT-GAAATAA----TTTCAGT------T-GATGGCA--CAGTCA------TC-AA---T----GAC--ATTCA-------------A----T--GAGTGGCTTAT---GT----A--A---GC------T----A-------TTT-A-----T---A-AA-A-T---G-T-CTGTATCTGTAT--A-------------TTT------GT-T-TTG--T-TTT---AAGTGAAAT------TTTC-G-TA-----T-----AT-GGA-CTAGTAG----ATTTCATC-T----ATGGAAA----ATC--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----Aacttccctgaata
gi|12 : ATTTTCGTATATGGACTAGTAGA--T----TTCA-----------------TCTATG-GA-AAATC-AAAAA-TT-----A-A--A---CTTC--ACT-TGTC---CATCAG--TCCA----AA--TA----AGTT-TTGCCAGcttcacttgtccatcagtccaaataagttttgccagatttttttg
gi|13 : tgtcatacattttcaaatacagactacttttcatgatatgatatttgtgagcaaaagtttattccaattcatgctaaataaaaagagagatgaaaagtcatgtactcattttataagtattcagttttacctcagtcattttgaaataatttcagttgatggcacagtcatcaatgacattcaatgagtggcttatgtaagctatttataaaatgtctgtatctgtatatttgttttgttttaagtgaaGCAAAACCCATT--GTT--C-GA-GTTGACC-ATG------CC----ATGCA-TTT---------ACAAAT----------------------------------ACA-GACAAGTG-ATTTT-TT-----TTAT-A---ATTT--CCT-TGTC---CGT--G--GACA----AG--TA----GATT-TT-CCAGTTC-------------------A-G-A-------A--A-G--------AT-------AA---AAG-------TTGTGTTGAAAGA----------------A-TTATTCATTTTATAAAAAAAGT---G-----------------------TCCA---------------G--TT-------T--T-T-----------G----------T-------------TT---TAA-----A---------------------T------T---------A---A-TT----AAATT-A-TTT--GAAATCA----TTTTAAA------T-CAT-GCA--C--TGA------AA-GC---A----GAC-TTTTCA-------------CAGAGTCGGAGTGGCTTAT---GT----A--A---GC------T----A-------TGA-G-----C---A-AA-ACG---C-T-CTTAGTC-------A-------------TTT------GT-T-Tatttttttg
gi|14 : ccatttctcaaacttaatgtggttg-AAATG-TT-----T-A--T---GTTT--ACC-ATTC---CGT--G--GACA----TG--TG----GATT-GT-TCAATTTCA--TT-A-T--GT---A-A-G-A-------A--T-GGTCATTGTATG------AA---CAG-------TGGTTC---A----------------------------------------------G-----------------------T------------------G--TT-------A--A-T-----------G----------T-------------TC---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-ATTAAAAAGTA-G-TTT--GAATTCC----TTTCAAT------T-CATGGCA--A--TGA------AA-AA---A------------TA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GT----A--A---GA------T----A-------TAA-G-----TG--A-AA-G-G---T----TTTGTT-------G-------------TT--------T-T-TTG--A-TAA---GAGTGAACT------T-TT-T-TA-----T-----AG-AGA-CAAGTTG----ATTTTATCTTG---ACAGACA----AGT--------AAAGTT-A-------------A---T-----AA-----AA--------------AAA-----------A--------------TG--CCAGAT-TTTTCCACC
gi|15 : tgaaatactgacATTGTT-----C-A--A---GTTG--TCTGTGTCATACAT--ATTGACA----GG--TG----AATT-TT-CCAGTACCAATTT-A-A--AA---A-A-G-AG------A--A-T--------ATG------AA---AAA-------TCACGA---GAGA----------------G-T------------------------GGCTGATTTTATAAACGTGTTCAAT------------------G--CT-------T--A-T-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---T-TT----AAGTT-A-CTT--GAAACCA----TTTCAAT------G-AATGGCA--T--TGA------AT-AA---G----GAC-TATACATTAATGATTATTTT----T--GAGTGATTTCT---GT----A--A---GCTACTGGT----A-------TAA-GT----T---ACAG-G-G---T-T-CTTTGTC-------A-------------TAT------G-----TG-------------------------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAATAG----
gi|16 : tgcaggggtgacaaacatct-----------G----------T-------------TT---CAA-----G---------------------A------T---------A---A-AT----AAGTG--------GAAAT--------TCAGT------T-TGTGGCC--T--TAA------AATAA---G------C-TTTAAAA------------T----T--TAGTAACTTTT---ATTACAA--G---GC------C----AACACATGTAA-A-----T---A-AA-A-AAATT-T-TTTTGTT-------A-------------TTCAGTTTGGT-T-TTG--TGTTT---AAGC--AATCTTGTATGTG-T-TG-----T-----AA-GGA-CAAGTAG----ATTTTATG-TA---G-AGACA----AGT--------TAA----A-------------A--TT-----CA-----AATTCACATGTTCATGGAC-----------A--T--GTTTACTTTTG--GCAGAT-TTTGCta
gi|17 : aaagtgatgttcgATA--GTC--CCGA-GTTATCT-GTG------TC----TTACATTTTCAAGTACAAACAAGTGAAA-T----TT-A--AGGA-T-T--AC-------CG-G---------------------------------T--ACT-TTTC---GGT--G--GATG----AG--TC----GATT-TT-CCTGTTCCAA------------------------------------------ATG------AA---AAG-------TTGTCT---GAGA------------------T------------------------T-----------------------T------------------T--TT-------T--A-T-----------A----------TCATAAAACAAGTGTT---CAG-----A---------------------T------TTTATGTTTGA---A-AT----AAGTT-A-TTT--AAAATCA----TTTCAAC------T-GATGGCAGTT--TAA------AA-AA---ACAACAAC-TTTTCA-------------C----C--AAGTGGAT--A---GT----A--A---GC------T----A-------T
gi|18 : AAAGCAATT--G-C--CCAT-ATTGTCC-ATAATCATATT----GTACATTTACGAATACAGACAAGTAAAA-T----TTTA--A--A-T-TTTACTTGTC---------------------------T-A--A---TTTT--ACT-TGTC---TGT--G--GACA----AG--TG----AATT-TT-CCAGTT-CAGTTTAA-A--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATGAAAGATAA---AAA-------TCATGA---AAGA----------------A-T------------------------GAC---------------------T------------------GATTT-------T--A-T-----------
gi|19 : tattttttctttttaccatttctgctctcattggtggtg-----------G----------T-------------TTGTACAA-----A---------------------T------C---------A---A-GT----CAGTC-A-TTT--GAAATCA----TTTCA------------TGACA--T--TGA------AA-AC---A----AAT-TTTTTA-------------C----A--GACTGGCTTCT---GT----A--A---GC------T----A-------TTA-G-----C---A-AA-ATG---T-T-GTAAGTC-------A-------------TTT------GT-TGTTGTTT-TTT---AAGTGAAAG------TGTC-T-TA-----T-----AA-AAA-CAAGTAA----ATGTCACC-TA---A-GTACC----AGT--------AAA----ATTAACATTCACATG--TT-----AA-----TG--------------GAC-----------AAGTAAGTTT----TTG--TCAGA--TTTGTCACCCaagcaaatgattggtttagta
gi|2 : caAATCCATT--GTC----AATATTGTCC-GTA------CC----ATTCAATTATAAATATGGACAAATAAAG-TTCAGTTTA--A--A-
gi|2 : taatatatagctttctattaaatgaatagaatttgtcatagaatttttatttgttcacaaaattatgttttactctgttgacaatcttgatttctgcattatactgtgataggaattatttaacatgtggatggctgT--G--GACA----AA--TA----AA---------GTTC-AGTTT-A-A--AA---A-AAG-A-------A--A-G--------ATG------AA---A-G-------TCATGA---GAGA----------------A-T------------------------GGCTCATTTTGTATAATAG-----T------------------G--TTCAGTTTTT--A-T-----------G----------T-------------TT---CAA-----T---------------------T------T---------A-------------GTT-A-TTC--AAAATCA----TTTCAAA------T-TGTGACA--T--TGA------AA-AC---T----CAC-TTCTCA-------------C----C--AAGTGGCTTCT---GT----G--G---GC------T----A-------TAA-G-----TA--A-AA-G-G---T-T-ATTTGTC-------A-------------TTT------GG-T-TTA--T-TTT---AAGTAAAAA------TGTC-C-GG-----T-----AT-GGACCGCGTAG----ATTTTAaaaagaaagatgaaagtcatgagagaatggctcattttgtataatagtgttcagtttttatgtttcaatttagttattcaaaatcatttcaaattgtgacattgaaaactcacttctcaccaagtggcttctgtgggctataagtaaaaggttatttgtcatttggtttattttaagtaaaaatgtccggtatggaccgcgtagatttta
gi|20 : taatatatagctttctattaaatgaatagaatttgtcatagaatttttatttgttcacaaaattatgttttactctgttgacaatcttgatttctgcattatactgtgataggaattatttaacatgtggatggctgaatccattgtcaatattgtccgtaccattcaattataaata-GTTGTACAGTG------TC----GTACATTTTTAAATACAGACAAGTG-------------------------ACTT-------------------ATT-T--------A--A---GTTT--ACC-TGTT---TGT--G--GAAA----AG--TC----AATT-TT-TCAGTTCCTGCTT-A-A--AA---A-T-GAA-------A--A-A--------AAG------AA---AA
gi|21 : tacagtgttatatgtgtagtagtgtcctacagtgttgtacagtatcattatgtT--GTC--C-AA-GTTGCCA-ATG------TCATACGTACATCTTCAAATACATACAAaaaaaagacaaataaataaaatgacccattttataaacaaatattcaatgttactgt
gi|21 : T--G--GACA----AG--AG----A-CT-TT-CCAGTTC-------A-A--AA---ATA-G-A-------A--A-G--------ATG------AA---AA--------TCATGA---TAGA----------------T-T------------------------G------------------------------------------G--CC-------C--A-T-------------------------------------T---TAA----------------------------------T---------A---A-AT----AAGC--A-TT-----AATAT----TTTAAAT------T-CACATCA--T--TGA------AA-AA---G----GAC-TTTTCA-------------T----T--AAGT------------------------------------------------------C---A-AT-G-G---T-T-GTCTGTC-------A-------------CTT------GT-T-TTA--C-TTT---TAGAGAACT------TGTC-T-CA-----T-----AT-Gtttatggacaagagactttccagttcaaaaatagaaagatgaaaatcatgatagattggcccatttaataaataagcattaatattttaaattcacatcattgaaaaaggacttttcattaagtcaatggttgtctgtcacttgttttacttttagagaacttgtctcatatg
gi|22 : tgtccaagttgccaatgtcatacgtacatcttcaaatacatacaattta-AAATT-TT-----T-T--A---GTTT--ATT-TGTC---CAT--G--GACAGACAAG--TG----ATTT-TT-CTGTTTCCAATTG-A-A--AA---A-A-A-A-------A--A-G--------AAG------AT---AAA-------T-GTTC---A----------------------------------------------G-----------------------T------------------G--TT-------T--G-T-----------G----------T-------------TT---CCA-----A---------------------TAACCGGT---------A---A-AT----AAGTT-A-TTT--GTTATCA----TATCAAG------T-CATGTCA--T--TCA------AA-AA---C----ATC-TTTTCA-------------T----T--GAGTGTCTTCT---GT----A--A---GC------T----A-------TAAGG-----G---G-AA-G-G---T-T-CTTCCTC-------A-------------TTT------GT-T-T
gi|23 : caattGTAAAATCCATT--GTC--CCGA-GTTGTCT-ATT------TC----ATACATATACAAATATGGACAAG
gi|23 : tagggctg------------------------G-----------------------T------------------G--TT-------T--A-T-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----GAGTT-A-TTT--GAAATCAATTATTTCAAT------T-CCTGGTA--T--TGA------AA-AA---G----AAC-TTTTCA-------------T----T--GAGTAGCTTAT---TT----G--A---GC------T----G-------TAataaacttcctgaggaaatgactaatattataagcaaatgttcagtgtttatgtttcaaattaaatgagttatttgaaatcaattatttcaattcctggtattgaaaaagaacttttcattgagtagcttatttgagctgtactg
gi|24 : tagggctggtaaaatccattgtcccgagttgtctatttcatacatatacaaatatggacaagataaacttcctgaggaaatgactaatattataagcaaatgttcaGCAAAATACATT--GTC--A-GA-GATATCC-ATG------TC----GTACATTTTCAAATA-------GTGG---T----TTCA--A--A-T-T-----------TG-GACAAGTG-ATTTT-TT-----T-A--A---TTTT---------------T--A--AAC------T--TG----AATT-TT-A-AGTTCCAGTTT-A-A--AATAAA-A-G-A-------A--AAG--------ATG------AA---AAG-------TCATGT---GATA----------------A-TAGAAAATATTTAAACATATGGCCAG-----------------------T------------------G--TT-------T--A-T-----------G----------T-------------TC---CAA-----A---------------------T------T---------A---A-AT----ACATTAA-TTT--ctg
gi|25 : attgA-------------C----T--GAGCGGCTTCT---GC----A--A---GC------T----AA------TAA-A-----T---A-AA-A-A---TATATTTTGTC-------AAAA----------CTT------GTAT-TCG--T-TT----AGGTAAAAT------TTTC-T-TT-----T-----AC-AGA-CAAGTGG----ATTTCATG-T----ACTGACA----GGT--------AAA----A-------------
gi|25 : aATTTTCTTTTACAGACAAGTGGA--T----TTCA---------------TGT--ACT-GACAGGTA-AAAGAATT-----T-A--A----TTC--ACT-TTTC---TTT--G--GACA----AG--TA----AGTT-TT-gaatttaattcacttttctttggacaagtaagttttatccaaattttaccccc
gi|26 : aactgagcggcttctgcaagctaataaataaaaatatattttgtcaaaacttgtattcgtttaggtaaa-CCAGTTC-AATTT-A-A--AT---A-A-A-A-------AGTA-G--------ATA------TA---AAC-------TCATAA---GAGA----------------A-T------------------------GACCCATTTATAAACAAA------T------------------G--TT-------T--A-T-----------G----------T-------------CT---CAA-----A---------------------T------T---------A---G-GT----AAGGT-A--TT--GAAATAA----TTTT-AT------T-CTTTCCT--T--TGA------AA-AC---A----CAC-TTTTCA-------------A----A--CAGTGGCCTCT---atccaaattttaccccc
gi|27 : aAAATCC----TTTCAAT------T--------------GA------AA-AA---G----AAC-ATTTCA-------------T----T--GTGTGGCTTCTAGAGT----GACA---GC------T----T-------TAA-G-----T---A-AA-ATG---C-T-CTTTGTC-------A-------------TTT------GT-C-TGG--A-TTT---CA-T----T------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAGCAG----ACTTTAGC-T----ATGGACAACTTAAT--------AAA----A-------------A--TT-----tg
gi|28 : -----------------------T------------------G--TT-------A--A-T-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---T-AT----AAGTT-A-TTT--GAAATCA----TTATAAT------T-CATGGCA--T--TAA------AA-AT---T----AAC-TTTATA-------------T----T--TAGTTTTGTCA---GT----A--A---GC------C----A-------CAA-GCTATAT---A-AA-G-c
gi|29 : T-T-TTG--T-TTT---AAGTGAAAT------TGTC-T-TA-----A-----AT-ATA-CAAGCAG----GTTTCATC-T----ATAAGCA----AAT--------ACA----A-------------ATTTT-----AA-----AATTTTGTT-------GCCGGTAGACATTTA--T--GTTT----TTA--CTAGAT-TTTGCCAttaaaagttataattgt
gi|3 : tAAATCAATA--ATC--CCAA-GTAATTT-ATG------TT----GTACATTTTCAAATACGGACAAGTAAAA-TG---TTTA--AG-A-T-T--ACTTGTCCACG-AACAAGTG-AAATG-TT-----T-A--A---GAGT--ACT-TGTC---CAC--G--GACA----AG--TG----AGTT-TT-CCATTTCTAGTTT-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------GTG------AA---AAG-------TTGTGC---GAGA----------------A-T------------------------G-----------------------T------------------G--TT-------T--A-T-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------T------T---------A---G-AT----AAGTA-A-ATT--GAAATCA----TTTCAATAGAC--TACATG-----T--TTATC----AA-AA---G----GAA-TTCTCA-------------T----T--GAGTGGCTCCT---GT----A--A---GC------T----T-------TAA-G-----T---A-AA-G-A---T-T-TCTTGTC-------A-------------TTT------AT-T-TTG--T-TTT---AAGTGAAAT------TGTCATGTA-----T-----AT-GGA-CAACTGG----ATTTCATC-TACGGACAGACA----AGT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------GGC-----------A--T--GTTT----TTG--TCAGAT-TATGCAACCC
gi|30 : gtg-TTT---AAGTGACAT------TGTT-T-TA-----T-----AC-TGA-CAAGTAG----ATTTCATC--A---ACCGTCA----AGT--------TCA----A-------------A--TT-----GT-----AATTCACTT-------GTCCATGATAT---A--T--GTTT----CTG--CCAGAT-TTTACCACc
gi|31 : GTGAAAG------TGTC-C-TA-----T-----AT-GGA-TAGATAA----GTTTCATC-TG----TGGACA----AGTTAAAACTAAAA----ATTCACCT------A--TT-----AA-----AA--------------GTA-----------A--T---TTT----TTG--TCAGAT-TTTCCCACCC
gi|32 : ACG-GACAAG-A-AAATT-TT-----T-A--A---GTTT--ACT-TGTT---TGT--T--GACA----TG--TG----CATT-TT-TCAGTT-CAGT
gi|33 : tacactttcaaatG------TC----GTACATTCTAGAGTCTGGACAAGT-GCA-T----ATTACTA--A-TAT--GGTTGTCTGCG-GACATGTG--AATT-TT-----C-A--A---
gi|34 : ACAAGTAAAA-A----TTGA--A--T-C-C--ACTTGTTCATG-GATAAG-G-AAATT-TT-----T-
gi|35 : --ACT-TGTC---TGT--G--GACA----GG--TG----AGTT-TT-CCAGTTCCAGTTT-A-A--AA---A-A-ggcagattttgc
gi|4 : tgttcaaagaagAAAATCTGTTTTGTTTTCTGA-GATGTCC-ATG------TT----GTATATTTTCAAACACAAAGAATT-----T----TTTA--A--G-T-TA-ACATGTCCATG-G
gi|4 : ACAAA-G-AATTT-TT-----T-A--A---GTTA--ACA-TGTC---CAT--G--GTCA----AA--TA----AGTT-CT-CCAGTTCCAGTTT-G-A--AA---A-T-G-GCTCATTTA--A-T--------AAA------AA---AAG-------T-GTTT---AGTC----------------A-C------------------------------------------------T------------------G--TT-------A--A-T-----------G----------T-------------TT---TAATTTGAA---------------------T------T---------ATAAATAT----AAGTT-A-TTT--GGAATCC----TTTCATT------T-TATGGTA--T--TGAAAATTTAA-AA---A----GAT-TTTTGA-------------T----T--GAGTGGCTTCT---GG----A--T---GT------T----A-------TA------------A-AA-G-T---T-T-TTTTGTC---------------------TTT------GT-T-TTG--T-TTTTTAAAGTGAAAT------TATC-T-TAGAAAGT-----AA-GGG-CAAATAA----ATTTTATC-TA---CC--ATA----TCT--------AAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------tcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatctaaaaattaaaaattcacttgtccatggacaaatattgttcttcaacattttgccacctc
gi|4 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacT--ATT-TGTC---CAT--G--GACA----AG--TG----AATT-TT--TAATT----TTT-A-G--AT---A-T-G-G-------T--A-G--------ATA------AA---Aattcacttgtccatggacaaatattgttcttcaacattttgccacctc
gi|4 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacacaaagaattttttaagttaacatgtccatggtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaa-T--ATTTGTCCATG-GACAAGTG--AATT-TT-----T-A--A---TTTT--ttgttcttcaacattttgccacctc
gi|5 : aaaatctgttttgttttctgagatgtccatgttgtatattttcaaacacaaagaattttttaagttaacatgtccatggtcaaataagttctccagttccagtttgaaaatggctcatttaataaaaaaagtgtttagtcactgttaatgttttaatttgaattataaatataagttatttggaatcctttcattttatggtattgaaaatttaaaaagatttttgattgagtggcttctggatgttataaaagtttttttgtctttgttttgttttttaaagtgaaattatcttagaaagtaagggcaaataaattttatctaccatatctaCAAAATCAATT--ATC--C-GA-GTTGCTC-GTG------TCT---GTG----TCCTGCTACCAGTAACTG----T----TTT--------T-C--AGTT----ACG-GACAAATG-AAAAT-TT-----T-A--A---GTTA--ACT-AGTA---GGT--G--GAAA----AT--TACATTAATT-TT-CTAGTTCATATTT-ATA--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATG------AA---AAG-------TCATGA---GAGAACAGCTCATTGC----A-TACAGAAGTGTTCA-----------G-----------------------T------------------G--TT-------T--A-T-----------G----------T-------------TT---CAA-----A---------------------C------T---------A---A-AT----AATTT-A-TTT--GAAATCA----TTTCAGT------T-CATGGCC--T--TGA------AA-AA---A----GAC-TTTCCA-------------T----T--GAGTGGCTGCT---GT----A--A---GC------T----A-------TAA-G-----TAAAA-AA-A-G---A-T-GTTTGCC-------A--------------TT------GT-T-TTG--T-TTT---AAGTGAAAA------TATC-T-TA-----T-----A---GA-CAAGTAA----ATT---TC-TA---A-GGA-A----AAT--------TAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------ttgttcttcaacattttgccacctc
gi|6 : attgt-T----TTTA--A--A-T------------ATG-GACATGCA-AAATT-TAA----T-G--A---TTTT----T-TGTC---AGT--A--GACA----AT--TG----AATT-TTGCTAGTTCCAGTTTAA-A--AA---A-A-G-A-------A--A-A--------ATT------AA---AAG-------T--------GAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--CT-------C--A------------------------T-------------TT---CAG-----AAACAAGTACTCAGTGTAATGTT------T---------A---A-AT----AAATT-A-TTT--GAAATCA----TTTCAAT------T-TATAGC--------A------GG-AA---G----CAG-TTTTCA-------------T----T--GGCTGATTTCT---GT----A--A---GC------T----A-------TAA-G-----TC--A-GA-G-G---T-T-CTTTGTC-------ATTAAAAAAATTTTTTT------GT-T-TTG--T-TTT---GAGTGACAG------AGTC-C-TA-----A-----AA-AGA-CAAATAG----ATGTCATC-T----ACAGACA----AGT--------TAA----A-------------A--TT-----AA-----AA--------------TTC-----------ACTT--GTCC----TTGAATAAGTT-TTTGCCttctcttac
gi|7 : ggcaaagtatttttctgagtat-GTTATCA-GAG------TC----ATACATTTTCGAATACAGACAAGTGGAA-A----TTGA--A--GTT-T--ACTTGTCtgatttggcca
gi|7 : catACA-GACAAGTGGAAATT-G--------A--A---GTTT--ACT-TGTC---TGT--G--GACA----AC--TG----AATT-TT-CAATTTC--GTTT-A-A--AA---AGA-G-A-------A--A-G--------AAA------AA---AAG--------CATGT---GAAA----------------A-TA-----------------------G-----------------------CTCATTTTAAACAAAAATGG--TT-------T--A-T-----------G----------T-------------TA---CAA-----A---------------------C------A---------A---A-GT----GAGTT-A-TTT--GAAATTC----TTTCTGT------T-TATAGCA--T--TGA------AA-AAAAAG----AAC-TTTTCA-------------T----T--AAATGGCTTCA---GT----G--G---AC------T----A-------CAA-G-----T---A-AA-T-G-----------ATC-------A-------------TTT-----------TTG--T-TTG---AAGTGAAAT------TGTC-T-AA-----T-----AT-GGT-CAAGCAG----ATTTCATC-TA---A-GGACA----AGT--------AAA----A-------------AG-TT-----AA-----AA--------------TTC-----------A--------C----TTG--TCtgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagttaaaattcacttgtccaaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatATTGTCTAATATGGTCAAGCAGA--T----TTCA-----------------TCTAAG-GACAAGTA-AAAAG-TT-----A-A--A---ATTC--ACT-TGTC---CAA--A--GACA----AG--TA----AGTT-caaagacaagtaagttattgccaaaattttga
gi|7 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaa-AAATT-TTGGCAAT-A--A----CTT--ACT-TGTC---TTT--G--GACA----AG--TG----AATT-TT-attgccaaaattttga
gi|8 : catgttatcagagtcatacattttcgaatacagacaagtggaaattgaagtttacttgtctgtggacaactgaattttcaatttcgtttaaaaagagaaagaaaaaaagcatgtgaaaatagctcattttaaacaaaaatggtttatgttacaaacaaagtgagttatttgaaattctttctgtttatagcattgaaaaaaaagaacttttcattaaatggcttcagtggactacaagtaaatgatcatttttgtttgaagtgaaattgtctaatatggtcaagcagatttcatctaaggacaagtaaaaagttGCAAAATTCATT--GTC--T-GT-GTTGTCT-GAA------TT----GTACAC------ATA-----AA----AA---------A--A--A-T-T--AAT-----AAG-GACAAGCA-AAATT-TT-----A-A--AAAAGTTC--ACT-TGTC---CAT--A--GATA----AAAATG----AATT-TT-CCAATTCAATTTA-A-A--AA---A-A-G-A-------A--A-G--------AC-------AA---AAGATAAAATTCGTGA---GAGA----------------A-T------------------------GACTCA------------------T---------------------TT-------T--A-T-----------A----------TACAAGAG------TT---CAGTCTTCA---------------------TGTT---T---------C---A-TT----AAGTT-A-TTT--GAA-TTA----GTTCAGT------T-TATGGCA--T--AGA------AA-AC---------AC-TTTTCA-------------C----A--GAGTGGCTTCT---GT----A--A---GC------TATAAA-------TAA-G-----T---A-AA-A-T---T-A-CTTAGTC-------A-------------TTT------GC-T-TTA--T-ATC---AA-TGAAAT------TATT-T-TA-----T-----Atga
gi|9 : catttttcatatacatgtaatgtacaggggtgTT--CCAA-GTTGTCC-GTA------TT----AGACATTTTCAAATATGGACaa
gi|9 : G-ACATT-TT-----C-A--A---ATATGGACT-TTTT---CAT--G--GAAG----CG--TG----AAAT-TT-CCAGTTCCAGTTC-A-A--AA---A-A-A-A-------A--A-G--------ATG------AAAG-AAG-------TCATGT---GAGA----------------A-T------------------------G------------------------------------------G--TT-------C--A-TTTTATAAACAAGAGTTCAGTATT-------------TT---TAA-----A---------------------T------G---------A---A-AT----AGGTT-A-TTT--CAAATCA----TTTGAAT------T-GACGGCA--T--TGA------AA-AA---A----GACTTTTTCA-------------T----T--GAGAAACCTCA---GT----A--A---AC------T----T-------TTA-G-----T---A-AATG-A---T-T-CTTTGTCATTTACTA-------------TTT------AT-T-TTG--T-TTT---CAGAGAAAT------TGTC-T-TA-----T-----AC-AGA-CAAGTAG----GTTTCATC-C----ATGGAAA----ATT--------AAA----A-------------A--TT-----AAAATCCAA--------------GTA-----------A--T--TTTT----TTG--CCAGAT-TTTGCTACtttttcatggaagcgtgaaatttccagttccagttcaaaaaaaaaagatgaaagaagtcatgtgagaatggttcattttataaacaagagttcagtatttttaaatgaaataggttatttcaaatcatttgaattgacggcattgaaaaaagactttttcattgagaaacctcagtaaacttttagtaaatgattctttgtcatttactatttattttgttttcagagaaattgtcttatacagacaagtaggtttcatccatggaaaattaaaaattaaaatccaagtaatttttttgccagattttgctac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): ATCAGGTAAGTGAACTCAGGTCATTTCAATGGACTGCAAGTTTATTAA