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lowQualScore                  :                    4 333  2222222 222     1   11 1  99   3  1 111          2222        
lowQualScore                  :                    . ...  ....... ...     .   .. .  ..   .  . ...          ....        
lowQualScore                  :                    2 000  8888888 000     1   55 1  33   0  4 999          5555        
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Reference ( gi|6 )            :            TCTATCTATT--GAT--TG-TAC---AACAC-CCT--C-TCATGAGTATTA---TGTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|11                         :            TCTATCGACT--CAT--TC-TAC---AACAC-CCT--C-TTGTGAGGATTA---CGTGCAGGCA----CAACGTG
gi|1                          :            TCTATCTATT--CAT--AC-TAC---AACAT-CCT--C-TTGCGAGGTTTA---CGTGCAGGCA----CAAAG
gi|23                         : atatctacttaTCCGTCTACT--GGT--AC-TGC---AACAC-ACT--T-TCATGAGGATTA---TGTGCAGGCA----AAAA
gi|4                          :            TCTATCTACT--CATACTG-TA----AA-AC-CCT--C-TTGCGAGGATAA---CATGCAGGCA----CATAGTGC
gi|29                         :            TCTACCAACT--GAT--GC-TGC---AACAC-CCT--C-TCATGATGATAA---TGTGCAG
gi|26                         :            TCTATCTAAT--GAT--AC-TGC---AACAC-CCT--C-CC-TCAATATGATCTTGTGCAGGCA----caaca
gi|2                          :           aTCTATCTAGC--CAC--AC-TGC---AACAC-CCT--T-TTGCAAATATAA---CGTGCAGGCA----CA
gi|34                         :            TCTATCTGCT--GAC--AC-TGC---AACAC-ACC--C-TCGCGAGGATTA---CGTGcttaaatg
gi|19                         :          caTCTAACCAT----AC--TG---C---AACAC-CCT--T-TTGCAAA-ATTA---CGTGCAAGCA----CA
gi|3                          :          ctgCTATCTACT--CAT--AC-TGC---AACAC-ACT--C-TTGCAAGGATTA---TGACCAGGCA----CAAAGTGCcttaa
gi|20                         :             CTATCTACT--GAT--AT-TGA---AACAC---T--C-TCACAAGAATTA---TGTACCAGCA----AAAAGTGCa
gi|21                         :             CTATCTGTT----T--TGATACTGAAACAC-CCG--C-----GAAGATTA---TGTGCTGACA----CAACGTGC
gi|18                         :              TATACACT--GAT--AC-TGC---AATAC-CTT--C-TTACGAGCATTA---TGTGCAGGCA----CAATGTG
gi|22                         :              TATCTACT--GAT--AC-TGA---AACAG-CCT--C-TCGCAAGGATTT---TGTGCAGGCA----TAAAG
gi|24                         :             aTATCTACT--GAT--AC-TGC---AACCC-CCT--A-TTG-GAGGATAA---TATGCAGACA----CAAAGTG
gi|14                         :              TACCTACT--AAT--AC-TGC---AACAT-CCT--A-TCTCGAGGATTG---TGGCCAGGCT----CAAAGTGC
gi|37                         :              TATTCACT--GAT--AC-TGC---AACAC-TCC--C-TCGCAAGTTTTA---TGTGCA
gi|32                         :               ATCTACT--GAT--AC-TGC---AACAC-CCT--C-TCATG-----------GTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|31                         :               ATCTACT--GAT--AC-TGC---AACAT-CCT--C-TCAT-----------CGTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|17                         :               ATCTATTTAAAC--TG---C---AAGCC-CCT--C-TCGCGAGGAGTA---CGTGGAGACA----CAAAGTGC
gi|7                          :                TCTACC--GAT--AC-TGC---AACATTCCT--C-TTACAAGAATTA---TGTGCCTGCA----CAAAGTGC
gi|16                         :              ttTCTACT--GAT--TA--AC---AAAAC-TCC--C-TAGCGAGGTTTA---TGTGCAAGCA----GAAAGTGa
gi|9                          :                     acacAT--TG---C---AACAC-CCTAAC--CA-GAGGATAA---TGTGTAGGCA----CAAAGTGC
gi|30                         :                   tatcttacttac-TGC---AACAC-CCT--C-TTGCGAGGATTA---TATGCAGGCA----CAAAGTGa
gi|13                         :                         tctctt-TAC---ATCAC-CCT--C-TTGTGACGATTA---CGTACAGGCA----CAAAGTGCt
gi|35                         :                 ctatttgcgcatac-TGC---AACTC-CCT--C-TTGTGAG-ATTA---TGTGCAGAGA----CAAAGTGC
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gi|12                         :                    ctatcttacac-TGC---AACAC-CCT--A-ACCCGAGGATAA---TGTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|28                         :                 tatcttacttacac-TGC---AACAC-CCT--C-TTGCGAGGATTA---TGTGAAGGCA----CAACGT
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gi|38                         :                ctatcttacttacac-TGC---GATAT-CCT--C-TTGCAAGGATAA---TGTGCAGGCT----CAAAGTGC
gi|8                          :                               -TGC---AACAC-CTT--A-ACCGGAGGATAA---TGTGCATGCA----CAAAGTGC
gi|15                         :                   ctatcttacttacacC---AACAC-CCT--C-TTAC-AGTATTT---TGTACAGACA----CAAAGTGC
gi|10                         :                   ctatatcaagctattC---AACAT-TCT--C-TCGCGAGTATTA---TTTGCAGGCAGACGCAAGGTa
gi|36                         :                         gaccgctgatacggACAC-CCT--C-ACACGAGGATAA---TAAACAGGCA----CAAAGTGCa
gi|39                         :                                               ctgtcCACGAGGATAA---TGTGCAGACA----CAAAGTG
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): CTATCTATCTACTCATACTGCAACACTCTCTTGCGGGGATTGCGT
Unaligned ( gi|40 ): CTTATTCAGATAATGTGCAGGCACAAGATGCA






Alignments
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lowQualScore                  :                   .   ...  .          .   .. .     ..     .           ....        
lowQualScore                  :                   2   777  2          1   44 1     44     7           4444        
consensus                     :            TCTATCT-ACT--GAT-ACTGCAACAC-CCT--C-TCGCG--AGGATTATGTGCAGGCA----CAAAGTGC
Reference ( family-1960 )     :            TCTATCT-ACT--GAT-ACTGCAACAC-CCT--C-TCGCG--AGGATTATGTGCAGGCA----CAAAGTGC
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gi|10                         :          atatctacttaCT--GAT-ACGGCAACAT-TCT--C-TCGCG--AGTATTATTTGCAGGCAGACGCAAGGT
gi|11                         :       gaccgTCTATCG-ACT--CAT-TCTACAACAC-CCT--C-TTGTG--AGGATTACGTGCAGGCA----CAACGTGa
gi|12                         :              TATCTTACT--TAC-ACTGCAACAC-CCT--A-ACCCG--AGGATAATGTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|13                         :             CTATTT-GCG--CAT-ACTACATCAC-CCT--C-TTGTG--ACGATTACGTACAGGCA----CAAAGTGC
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gi|15                         :                                 CAACAC-CCT--C-TTAC---AGTATTTTGTACAGACA----CAAAGTGC
gi|16                         : ctatatcaagctattTCT-ACT--GATTA--ACAAAAC-TCC--C-TAGCG--AGGTTTATGTGCAAGCA----GAAAGTGa
gi|17                         :           acacATCT-ATT--TAA-ACTGCAAGCC-CCT--C-TCGCG--AGGAGTACGTGGAGACA----CAAAGTGC
gi|18                         :              TATAC-ACT--GAT-ACTGCAATAC-CTT--C-TTACG--AGCATTATGTGCAGGCA----CAATGTG
gi|19                         :             CTGTCT-AAC--CAT-ACTGCAACAC-CCT--T-TTGC---AAAATTACGTGCAAGCA----CA
gi|2                          :            TCTATCT-AGC--CAC-ACTGCAACAC-CCT--T-TTGCA--AATATAACGTGCAGGCA----CActtaa
gi|20                         :             CTATCT-ACT--GAT-ATTGAAACAC---T--C-TCACA--AGAATTATGTACCAGCA----AAAAGTGCcttaaatg
gi|21                         :             CTATCT-GTTTTGAT-ACTGAAACAC-CC-------GCG--AAGATTATGTGCTGACA----CAACGTGC
gi|22                         :              TATCT-ACT--GAT-ACTGAAACAG-CCT--C-TCGCA--AGGATTTTGTGCAGGCA----TAAAG
gi|23                         :           aTCCGTCT-ACT--GGT-ACTGCAACAC-ACT--T-TCATG--AGGATTATGTGCAGGCA----AAAA
gi|24                         :              TATCT-ACT--GAT-ACTGCAACCC-CCT--A-TTG-G--AGGATAATATGCAGACA----CAAAGTG
gi|25                         :             CTATCT---T---AC-ACTGCAACAC-CCT--A-GCCCG--AGGATAATGTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|26                         :            TCTATCT-AAT--GAT-ACTGCAACAC-CCT--C-CCTCAATATGATCTTGTGCAGGCA----
gi|27                         :               aTTT-ACT--CAT-ACTGCAACAC-CCT--T-TTGTG--AGGGTTATGTATAGGCA----CAAA
gi|28                         :                          AT-ACTGCAACAC-CCT--C-TTGCG--AGGATTATGTGAAGGCA----CAACGTtt
gi|29                         :     tcttttcTCTACCA-ACT--GAT-GCTGCAACAC-CCT--C-TCATG--ATGATAATGTGCAG
gi|3                          :             CTATCT-ACT--CAT-ACTGCAACAC-ACT--C-TTGCA--AGGATTATGACCAGGCA----CAAAGTGCcaaca
gi|30                         :                               TGCAACAC-CCT--C-TTGCG--AGGATTATATGCAGGCA----CAAAGTGa
gi|31                         :         tctcttATCT-ACT--GAT-ACTGCAACAT-CCT--C-TC--------AT--CGTGCAGGCA----CAAAGTGCt
gi|32                         :               ATCT-ACT--GAT-ACTGCAACAC-CCT--C-TCATG----------GTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|33                         :            TCTATCT-ACT--CAT-ACTGCAACAC-TCT--C-TTGCG--GGGATTGCGT
gi|34                         :         ctaTCTATCT-GCT--GAC-ACTGCAACAC-ACC--C-TCGCG--AGGATTACGTG
gi|35                         :                             caTGCAACTC-CCT--C-TTGTG--AG-ATTATGTGCAGAGA----CAAAGTGC
gi|36                         :                            ttCTGTCACAC-CCT--C-ACACG--AGGATAATAAACAGGCA----CAAAGTGCa
gi|37                         :              TATTC-ACT--GAT-ACTGCAACAC-TCC--C-TCGCA--AGTTTTATGTGCA
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gi|39                         :                                                CACG--AGGATAATGTGCAGACA----CAAAGTG
gi|4                          :       cctaaTCTATCT-ACT--CAT-ACTGTAAAAC-CCT--C-TTGCG--AGGATAACATGCAGGCA----CATAGTGC
gi|40                         :                                                        GATAATGTGCAGGCA----CAAGATGC
gi|5                          :     cttattcaCTATCTTACT--TAC-ACTGCAACAC-CCT--TATC-CG--AGGATAATGTGCAGGCA----CAATGTGCa
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gi|9                          :              TATCTTACT--TAC-ATTGCAACAC-CCT--A-ACCAG--AGGATAATGTGTAGGCA----CAAAGTGC





Alignments
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lowQualScore                  :                   .   ...  .          .   .. .     ..     .           ....        
lowQualScore                  :                   2   777  2          1   44 1     44     7           4444        
consensus                     :            TCTATCT-ACT--GAT-ACTGCAACAC-CCT--C-TCGCG--AGGATTATGTGCAGGCA----CAAAGTGC
Reference ( family-1960 )     :            TCTATCT-ACT--GAT-ACTGCAACAC-CCT--C-TCGCG--AGGATTATGTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|1                          :            TCTATCT-ATT--CAT-ACTACAACAT-CCT--C-TTGCG--AGGTTTACGTGCAGGCA----CAAAG
gi|10                         :          atatctacttaCT--GAT-ACGGCAACAT-TCT--C-TCGCG--AGTATTATTTGCAGGCAGACGCAAGGT
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gi|17                         :           acacATCT-ATT--TAA-ACTGCAAGCC-CCT--C-TCGCG--AGGAGTACGTGGAGACA----CAAAGTGC
gi|18                         :              TATAC-ACT--GAT-ACTGCAATAC-CTT--C-TTACG--AGCATTATGTGCAGGCA----CAATGTG
gi|19                         :             CTGTCT-AAC--CAT-ACTGCAACAC-CCT--T-TTGC---AAAATTACGTGCAAGCA----CA
gi|2                          :            TCTATCT-AGC--CAC-ACTGCAACAC-CCT--T-TTGCA--AATATAACGTGCAGGCA----CActtaa
gi|20                         :             CTATCT-ACT--GAT-ATTGAAACAC---T--C-TCACA--AGAATTATGTACCAGCA----AAAAGTGCcttaaatg
gi|21                         :             CTATCT-GTTTTGAT-ACTGAAACAC-CC-------GCG--AAGATTATGTGCTGACA----CAACGTGC
gi|22                         :              TATCT-ACT--GAT-ACTGAAACAG-CCT--C-TCGCA--AGGATTTTGTGCAGGCA----TAAAG
gi|23                         :           aTCCGTCT-ACT--GGT-ACTGCAACAC-ACT--T-TCATG--AGGATTATGTGCAGGCA----AAAA
gi|24                         :              TATCT-ACT--GAT-ACTGCAACCC-CCT--A-TTG-G--AGGATAATATGCAGACA----CAAAGTG
gi|25                         :             CTATCT---T---AC-ACTGCAACAC-CCT--A-GCCCG--AGGATAATGTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|26                         :            TCTATCT-AAT--GAT-ACTGCAACAC-CCT--C-CCTCAATATGATCTTGTGCAGGCA----
gi|27                         :               aTTT-ACT--CAT-ACTGCAACAC-CCT--T-TTGTG--AGGGTTATGTATAGGCA----CAAA
gi|28                         :                          AT-ACTGCAACAC-CCT--C-TTGCG--AGGATTATGTGAAGGCA----CAACGTtt
gi|29                         :     tcttttcTCTACCA-ACT--GAT-GCTGCAACAC-CCT--C-TCATG--ATGATAATGTGCAG
gi|3                          :             CTATCT-ACT--CAT-ACTGCAACAC-ACT--C-TTGCA--AGGATTATGACCAGGCA----CAAAGTGCcaaca
gi|30                         :                               TGCAACAC-CCT--C-TTGCG--AGGATTATATGCAGGCA----CAAAGTGa
gi|31                         :         tctcttATCT-ACT--GAT-ACTGCAACAT-CCT--C-TC--------AT--CGTGCAGGCA----CAAAGTGCt
gi|32                         :               ATCT-ACT--GAT-ACTGCAACAC-CCT--C-TCATG----------GTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|33                         :            TCTATCT-ACT--CAT-ACTGCAACAC-TCT--C-TTGCG--GGGATTGCGT
gi|34                         :         ctaTCTATCT-GCT--GAC-ACTGCAACAC-ACC--C-TCGCG--AGGATTACGTG
gi|35                         :                             caTGCAACTC-CCT--C-TTGTG--AG-ATTATGTGCAGAGA----CAAAGTGC
gi|36                         :                            ttCTGTCACAC-CCT--C-ACACG--AGGATAATAAACAGGCA----CAAAGTGCa
gi|37                         :              TATTC-ACT--GAT-ACTGCAACAC-TCC--C-TCGCA--AGTTTTATGTGCA
gi|38                         :                               TGCGATAT-CCT--C-TTGCA--AGGATAATGTGCAGGCT----CAAAGTGC
gi|39                         :                                                CACG--AGGATAATGTGCAGACA----CAAAGTG
gi|4                          :       cctaaTCTATCT-ACT--CAT-ACTGTAAAAC-CCT--C-TTGCG--AGGATAACATGCAGGCA----CATAGTGC
gi|40                         :                                                        GATAATGTGCAGGCA----CAAGATGC
gi|5                          :     cttattcaCTATCTTACT--TAC-ACTGCAACAC-CCT--TATC-CG--AGGATAATGTGCAGGCA----CAATGTGCa
gi|6                          :            TCTATCT-ATT--GAT-TGTACAACAC-CCT--C-TCATG--AGTATTATGTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|7                          :                TCT-ACC--GAT-ACTGCAACATTCCT--C-TTACA--AGAATTATGTGCCTGCA----CAAAGTGC
gi|8                          :           ttCTATCTTACT--TAC-ACTGCAACAC-CTTAAC--CG-G--AGGATAATGTGCATGCA----CAAAGTGCa
gi|9                          :              TATCTTACT--TAC-ATTGCAACAC-CCT--A-ACCAG--AGGATAATGTGTAGGCA----CAAAGTGC


blockSeqs                     :                   T   TTG  T          T   AA A     AT     T           GACG
blockSeqs                     :                   T   G    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   T   C    .          .   .  .     .      A           .   
blockSeqs                     :                   T   T    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   C    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   A    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   G    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   T    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   G    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   C    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   C    .          .   .  .     .      A           .   
blockSeqs                     :                   .   G    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   G    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   G    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   G    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   G    .          .   .  .     .      A           .   
blockSeqs                     :                   .   C    .          .   .  .     .      A           .   
blockSeqs                     :                   .   G    .          .   .  .     .      C           .   
blockSeqs                     :                   .   C    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   G    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   G    .          .   .  .     .      A           .   
blockSeqs                     :                   .   C    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   G    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   G    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   C    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   T    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   G    .          .   .  .     .      A           .   
blockSeqs                     :                   .   G    .          .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                   .   T    .          .   .  .     .      A           .   
blockSeqs                     :                   .   T    .          .   .  .     .      A           .   
blockSeqs                     :                       .    .          .   .  .     .      A           .   
blockSeqs                     :                            .          .   .  .     .      A           .   
blockSeqs                     :                                       .   .  .     .      A           .   
blockSeqs                     :                                       .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                                       .   .  .     .      T           .   
blockSeqs                     :                                       .   .  .     .      A               
blockSeqs                     :                                       .   .  .     .      A               
blockSeqs                     :                                                    .      .               
blockSeqs                     :                                                           .               


blockSeqCons                  :            
originalCons                  :            TCTATCT-ACT--GAT-ACTGCAACAC-CCT--C-TCGCG--AGGATTATGTGCAGGCA----CAAAGTGC
finalCons                     :            TCTATCT-ACT--GAT-ACTGCAACAC-CCT--C-TCGCG--AGGATTATGTGCAGGCA----CAAAGTGC





Alignments
lowQualScore                  :                   5   444  1          1   11 1     11     1           2222        
lowQualScore                  :                   .   ...  .          .   .. .     ..     .           ....        
lowQualScore                  :                   2   777  2          1   44 1     44     7           4444        
consensus                     :            TCTATCT-ACT--GAT-ACTGCAACAC-CCT--C-TCGCG--AGGATTATGTGCAGGCA----CAAAGTGC
Reference ( family-1960 )     :            TCTATCT-ACT--GAT-ACTGCAACAC-CCT--C-TCGCG--AGGATTATGTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|1                          :            TCTATCT-ATT--CAT-ACTACAACAT-CCT--C-TTGCG--AGGTTTACGTGCAGGCA----CAAAG
gi|10                         :          atatctacttaCT--GAT-ACGGCAACAT-TCT--C-TCGCG--AGTATTATTTGCAGGCAGACGCAAGGT
gi|11                         :       gaccgTCTATCG-ACT--CAT-TCTACAACAC-CCT--C-TTGTG--AGGATTACGTGCAGGCA----CAACGTGa
gi|12                         :              TATCTTACT--TAC-ACTGCAACAC-CCT--A-ACCCG--AGGATAATGTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|13                         :             CTATTT-GCG--CAT-ACTACATCAC-CCT--C-TTGTG--ACGATTACGTACAGGCA----CAAAGTGC
gi|14                         :              TACCT-ACT--AAT-ACTGCAACAT-CCT--A-TCTCG--AGGATTGTGGCCAGGCT----CAAAGTGC
gi|15                         :                                 CAACAC-CCT--C-TTAC---AGTATTTTGTACAGACA----CAAAGTGC
gi|16                         : ctatatcaagctattTCT-ACT--GATTA--ACAAAAC-TCC--C-TAGCG--AGGTTTATGTGCAAGCA----GAAAGTGa
gi|17                         :           acacATCT-ATT--TAA-ACTGCAAGCC-CCT--C-TCGCG--AGGAGTACGTGGAGACA----CAAAGTGC
gi|18                         :              TATAC-ACT--GAT-ACTGCAATAC-CTT--C-TTACG--AGCATTATGTGCAGGCA----CAATGTG
gi|19                         :             CTGTCT-AAC--CAT-ACTGCAACAC-CCT--T-TTGC---AAAATTACGTGCAAGCA----CA
gi|2                          :            TCTATCT-AGC--CAC-ACTGCAACAC-CCT--T-TTGCA--AATATAACGTGCAGGCA----CActtaa
gi|20                         :             CTATCT-ACT--GAT-ATTGAAACAC---T--C-TCACA--AGAATTATGTACCAGCA----AAAAGTGCcttaaatg
gi|21                         :             CTATCT-GTTTTGAT-ACTGAAACAC-CC-------GCG--AAGATTATGTGCTGACA----CAACGTGC
gi|22                         :              TATCT-ACT--GAT-ACTGAAACAG-CCT--C-TCGCA--AGGATTTTGTGCAGGCA----TAAAG
gi|23                         :           aTCCGTCT-ACT--GGT-ACTGCAACAC-ACT--T-TCATG--AGGATTATGTGCAGGCA----AAAA
gi|24                         :              TATCT-ACT--GAT-ACTGCAACCC-CCT--A-TTG-G--AGGATAATATGCAGACA----CAAAGTG
gi|25                         :             CTATCT---T---AC-ACTGCAACAC-CCT--A-GCCCG--AGGATAATGTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|26                         :            TCTATCT-AAT--GAT-ACTGCAACAC-CCT--C-CCTCAATATGATCTTGTGCAGGCA----
gi|27                         :               aTTT-ACT--CAT-ACTGCAACAC-CCT--T-TTGTG--AGGGTTATGTATAGGCA----CAAA
gi|28                         :                          AT-ACTGCAACAC-CCT--C-TTGCG--AGGATTATGTGAAGGCA----CAACGTtt
gi|29                         :     tcttttcTCTACCA-ACT--GAT-GCTGCAACAC-CCT--C-TCATG--ATGATAATGTGCAG
gi|3                          :             CTATCT-ACT--CAT-ACTGCAACAC-ACT--C-TTGCA--AGGATTATGACCAGGCA----CAAAGTGCcaaca
gi|30                         :                               TGCAACAC-CCT--C-TTGCG--AGGATTATATGCAGGCA----CAAAGTGa
gi|31                         :         tctcttATCT-ACT--GAT-ACTGCAACAT-CCT--C-TC--------AT--CGTGCAGGCA----CAAAGTGCt
gi|32                         :               ATCT-ACT--GAT-ACTGCAACAC-CCT--C-TCATG----------GTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|33                         :            TCTATCT-ACT--CAT-ACTGCAACAC-TCT--C-TTGCG--GGGATTGCGT
gi|34                         :         ctaTCTATCT-GCT--GAC-ACTGCAACAC-ACC--C-TCGCG--AGGATTACGTG
gi|35                         :                             caTGCAACTC-CCT--C-TTGTG--AG-ATTATGTGCAGAGA----CAAAGTGC
gi|36                         :                            ttCTGTCACAC-CCT--C-ACACG--AGGATAATAAACAGGCA----CAAAGTGCa
gi|37                         :              TATTC-ACT--GAT-ACTGCAACAC-TCC--C-TCGCA--AGTTTTATGTGCA
gi|38                         :                               TGCGATAT-CCT--C-TTGCA--AGGATAATGTGCAGGCT----CAAAGTGC
gi|39                         :                                                CACG--AGGATAATGTGCAGACA----CAAAGTG
gi|4                          :       cctaaTCTATCT-ACT--CAT-ACTGTAAAAC-CCT--C-TTGCG--AGGATAACATGCAGGCA----CATAGTGC
gi|40                         :                                                        GATAATGTGCAGGCA----CAAGATGC
gi|5                          :     cttattcaCTATCTTACT--TAC-ACTGCAACAC-CCT--TATC-CG--AGGATAATGTGCAGGCA----CAATGTGCa
gi|6                          :            TCTATCT-ATT--GAT-TGTACAACAC-CCT--C-TCATG--AGTATTATGTGCAGGCA----CAAAGTGC
gi|7                          :                TCT-ACC--GAT-ACTGCAACATTCCT--C-TTACA--AGAATTATGTGCCTGCA----CAAAGTGC
gi|8                          :           ttCTATCTTACT--TAC-ACTGCAACAC-CTTAAC--CG-G--AGGATAATGTGCATGCA----CAAAGTGCa
gi|9                          :              TATCTTACT--TAC-ATTGCAACAC-CCT--A-ACCAG--AGGATAATGTGTAGGCA----CAAAGTGC