lowQualScore : 44 4 77777777777777777777777777777777 222 1 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 222 1 11
lowQualScore : 66 6 0 77777777777777777777777777777777 5 777 0 111 0 44 3 66 44 888888 44 5555 88888888888888888888888888888888888888888888888888 4 1 5 666 2 3 22
lowQualScore : .. . . ................................ . ... . ... . .. . .. .. ...... .. .... .................................................. . . . ... . . ..
lowQualScore : 00 0 0 88888888888888888888888888888888 0 000 4 333 5 22 1 88 22 333333 22 6666 88888888888888888888888888888888888888888888888888 4 9 2 777 2 3 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAA-GGAAGTTGAGAAT--ACGANCTACA-CNTAGATGAATT-CCG---TGATTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAACGCTGAGTCAAAGTAC--GG-GGCGA--C-N---TTT--TACGGCCG---CCAC--------A--------CTG---A--ATA-------T---------A---TTG-TGATAGTCAATNATA-TCTGATAAAA-TGATTCCTT
Reference ( gi|3 ) : TGATACTGTTAGCAATGCTATAAATAGAAATT-AGAATGAATGATCTACAATTTAGATGGATT-CGG---TGAGTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAACGCGGAGTGAAAGTAC--GG-GGCCA--C-G---TTT--TACGGCCG---TCAC--------A--------CTG---A--ATA-------T---------A---TTG-TGATAGTCAATCATATTTTGATAAAA-TGATTTTTT
gi|7 : TAAA-GGAAGTTGAGAAT--ACGACC-A-AATGTAGG-GAATTGCAGACATGATTTCTA---TGAATCAGAAACAATAATAAC------TAAAAGTAC--GG----CA--C-GAC-TTT--AACGGCAG---CCATAAA-----A--------CT----A--ATA-----------------AGACTTG-TGATTATCAATAA-AATTTGATAAAA-
gi|10 : ACGAGCTACA--CTGGATGTTTT-CCG---TGATTTTAA---AGGACTAAAAATAATTACAAAACAAAGTTGAAGT
gi|1 : cttttttCTACA-CTCA-ATGAATT-CCA---TGATTCCAA---GAAAACATAAATAA---CAACACTGAGTCAAAGTACAAGA-GG--A--C-T---TTTAATGCGGACGCATCCAC--------A--------GTACGCA--ATATTGC---T---------A---TTG-TTATAGTCACTTATACCTTcttacatccaacacagcacgttagactgctcttgtgaa
gi|9 : GAGTTCAA---CAAACCAGAAATAGTAACAACGTCAAGTCAAAGTAC--AGTCGACA--T-G--------TACGGGAA---TCAC--------A--------CAG---ATCGTA-------T---------A---TTacagcaggatctcctggaaatacagacgcaacctagaaaattaaataaaacataaaatgtgtttaat
gi|13 : GTCCAACTGGGAGTTGGAAATAATAACAACGCTGGATCAAAGTA------GGCCA--CTGACTTTT--TACGGGCG---TCAC--------A--------GT-------ATG-------T---------AC--TTG-T-ATAtatgacatggttttcaatattgaataataagattcattggaat
gi|14 : CTAA---GAAATC-GAAAAAATAATAACT--AAGTGAAAGTAC--GG-TGTTA--C-T---CTC--TACAGCCA---CCAT--------A--------C--------ATA-------T---------T---TAG-TGag
gi|16 : CAA---AGAACAGGAAACATTGACAACACTAAGTCAAAGTAT--GA-GGCCA--C-A---TGT--CACAGCCG---TCA
gi|5 : A---AGAACCAATCATGACAACATCGCTACACCAAGGTAC--GG-AATGG--T-A---TTT--TACAGCCG---CCA------------------------A--ACA-------T---------A---GTGGTGATAGTCAATCATA-TCTGATAAAAGTGA
gi|8 : ---GGAATCCGAAATAATAACATCG---AGTCCAAGCAC--GG-GGCGA--C-T---TTT--CATGACCG---CCAC--------A--------CAG---C--ATA-------TAACACTATAA---TTG-TGATAGTCACTGATA-TATGATAaacacagaacgcaaccaaaacaataaactttcagactcgattgttataattattaaataataa
gi|4 : at---GGATTTAGAAATAAACATAACATTGAGTCAATGTAT--AG-GGCGAATT-T---TTT--TACGGACG---TTAC--------GTATCACGTCTG---G----A-------T---------G---TTG-TAATAGTCAGACA---TCTGATAAAA-TGATTCCTTcaggaaacattggacacgcagaacgtaacc
gi|17 : AATTATAAATAATAACTACATAGATTGAGATTAC--GA-GACGA--C-G---TTT--TACGGCCA---CCAggagatgcatgacgcattcacggtagaaaagtttgttgagtctgttcat
gi|11 : GAAATAATAGCAACACTGGGTCAAAGTAC--TT-GGCAA--C-G---GTA--TACGGCAG---TCAA--------A--------CAGCA-A--GTAATGCCGCT---------G---TTG-TGCTAGTCAATAATt
gi|6 : tAACACTGAGTCAAACTAC--GG-GGCGA--C-T---GTT--TGCGGTCA---CCAC--------A--------C
gi|12 : aaagcatttaccatcattcccaactatattcgacactgaatgagctccatgacttcaaggAAGTAC--GT-GGCGA--C-T---ATT--TACGACCG---CCACCCAGCACGA--------CTA---A--GTC-------T---------G---GTG-TAATAGTCAAaacacgtgacaactgttatcactagattactctagttccttatagcc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CTTTATTATTGAGCTATGCTGAATGAGTTCCATGAATGCATAGAATATGAAATATTAACAAACACGGATTCAAAGTTTCACATCAACAGCACACAGCATGCAAGATTGTTGTTGTTAAATACATTGTCCACTGGAATCACAGAGCGCAGCCATACAAAGAAAATACAAACTCAGAACTGTTGAGT
Unaligned ( gi|15 ): CACATAGTCAAGTACGGGGCGACTGTATACGATCATCGCACAACACTTAAACTTAAGACCGTTATAGCTA
Alignments
lowQualScore : 2 1 11 222 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777 1
lowQualScore : 0 5 88 1 0 222 3 0 6 111 0 3 555 222 2 666 5555 33 55 33 444 33333333333333333333333333333333333333333333333333 3 55 888 5 77 0 0
lowQualScore : . . .. . . ... . . . ... . . ... ... . ... .... .. .. .. ... .................................................. . .. ... . .. . .
lowQualScore : 0 0 33 0 8 555 7 3 7 777 7 7 444 555 7 999 7777 77 44 77 777 33333333333333333333333333333333333333333333333333 6 00 000 0 77 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGGAAGTTGAGAAT--ACGANCTACA-C-TGGATGAATT-C---CGTGANTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAA-CGCTGAGTCAAAGTACGGGGC----GA--CTTTT--TACGGCCG---CCAC--------A--------CTG---A--ATA-------T---------A---TTG-TG--ATAGTCAATNATA-TCTGATAAAA-TGAT-TCCTT
Reference ( family-1900 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAA-GGAAGTTGAGAAT--ACGANCTACA-CNTAGATGAATT-C---CGTGATTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAA-CGCTGAGTCAAAGTACGGGGC----GA--CNTTT--TACGGCCG---CCAC--------A--------CTG---A--ATA-------T---------A---TTG-TG--ATAGTCAATNATA-TCTGATAAAA-TGAT-TCCTT
gi|1 : CTACA-CTCA-ATGAATT-C---CATGATTCCAA---GAAAACATA---AATAACAA-CACTGAGTCAAAGTACAAGAG----GA--CTTTTAATGCGGACGCATCCAC--------A--------GTACGCA--ATATTGC---T---------A---TTG-TT--ATAGTCACTTATA-CCTTACAGCA-GGATCTCCT
gi|10 : T--ACGAGCTACA-C-TGGATGTTTT-C---CGTGATTTTAA---AGGACTAAAAATAATTACAA-AACAAAGTTGAAGTggaaatacagacgcaacctagaaaattaaataaaacataaaatgtgtttaat
gi|11 : ctttttGAAATAATAGCAA-CACTGGGTCAAAGTACTTGGC----AA--CGGTA--TACGGCAG---TCAA--------A--------CAGCA-A--GTAATGCCGCT---------G---TTG-TG--CTAGTCAATAATcttacatccaacacagcacgttagactgctcttgtgaa
gi|12 : tAAGTACGTGGC----GA--CTATT--TACGACCG---CCACCCAGCACGA--------CTA---A--GTC-------T---------G---GTG-TA--ATAGTCAA--GTA-CCTAAT
gi|13 : ccTCCAACTGGGAGTTGGAAATAATAACAA-CGCTGGATCAAAGTA---GGCCACTGA--CTTTT--TACGGGCG---TCAC--------A--------GT-------ATG-------T---------AC--TTG-T---ATAgtttatactggcaaac
gi|14 : gCTAA---GAAATC-GAAAAAATAATAA-C--TAAGTGAAAGTACGGTGT----TA--CTCTC--TACAGCCA---CCAT--------A--------C--------ATA-------T---------T---TAG-TG--ag
gi|15 : AGTCAA-GTACGGGGC----GA--CTGTA--TACGATCA---TCGC--------A--------C
gi|16 : cacatCAA---AGAACAGGAAACATTGACAA-CACTAAGTCAAAGTATGAGGC----CA--CATGT--CACAGCCG---TCAaacacttaaacttaagaccgttatagcta
gi|17 : AATTATAAATAATAACTA-CATAGATTGAGATTACGAGAC----GA--CGTTT--TACGGCCA---CCA
gi|2 : GAGCTATG-C-TGAATGAGTT-C---CATGAATGCAT---AGAATATGAAATATTAACAAACACGGATTCAAAGTt
gi|3 : ctttattattTAAATAGAAATT-AGAATGAATGATCTACAATTTAGATGGATT-C---GGTGAGTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAA-CGCGGAGTGAAAGTACGGGGC----CA--CGTTT--TACGGCCG---TCAC--------A--------CTG---A--ATA-------T---------A---TTG-TG--ATAGTCAATCATATTTTGATAAAA-TGAT-TTTTTttcacatcaacagcacacagcatgcaagattgttgttgttaaatacattgtccactggaatcacagagcgcagccatacaaagaaaatacaaactcagaactgttgagt
gi|4 : tgatactgttagcaatgcta---GGATTTAGAAATAAACATAA-CATTGAGTCAATGTATAGGGC----GAATTTTTT--TACGGACG---TTAC--------GTATCACGTCTG---G----A-------T---------G---TTG-TA--ATAGTCA--GACA-TCTGATAAAA-TGAT-TCCTT
gi|5 : A---AGAACCAATCATGACAACAT-CGCTACACCAAGGTACGGAAT----GG--TATTT--TACAGCCG---CCA------------------------A--ACA-------T---------A---GTGGTG--ATAGTCAATCATA-TCTGATAAAAGTGAggagatgcatgacgcattcacggtagaaaagtttgttgagtctgttcat
gi|6 : ACA-C-TGAATGAGCT-C---CATGACTTCAA---GGAA-----------------CACTGAGTCAAACTACGGGGC----GA--CTGTT--TGCGGTCA---CCAC--------A--------Caacacagaacgcaaccaaaacaataaactttcagactcgattgttataattattaaataataa
gi|7 : aaagcatttaccatcattcccaactatattcgTAAA-GGAAGTTGAGAAT--ACGACC-AAA-TGTAGG-GAATTGCAGACATGATTTCTA---TGAATCAGAAACAATAATAA-C------TAAAAGTACGGCAC----GA--C-TTT--AACGGCAG---CCATAAA-----A--------CT----A--ATA-----------------AGACTTG-TG--ATTATCAATAAAA-TTTGATAAAA-aacacgtgacaactgttatcactagattactctagttccttatagcc
gi|8 : ---GGAATCCGAAATAATAACAT-CG---AGTCCAAGCACGGGGC----GA--CTTTT--CATGACCG---CCAC--------A--------CAG---C--ATA-------TAACACTATAA---TTG-TG--ATAGTCACTGATA-TATGATA
gi|9 : atGAGTTCAA---CAAACCAGAAATAGTAACAA-CGTCAAGTCAAAGTAC-AGTC----GA--CA-TG--TACGGGAA---TCAC--------A--------CAG---ATCGTA-------T---------AT--TTA-TGACATGGTTTTCAATA-TTGAATAATA-AGAT-TCATTcaggaaacattggacacgcagaacgtaacc
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 111 111 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777 1
lowQualScore : 5 5 88 1 444 000 0 6 111 0 1 555 222 2 666 5555 33 66 33 444 33333333333333333333333333333333333333333333333333 3 55 888 5 77 0 0
lowQualScore : . . .. . ... ... . . ... . . ... ... . ... .... .. .. .. ... .................................................. . .. ... . .. . .
lowQualScore : 5 0 33 0 000 222 3 7 777 7 0 444 555 7 999 7777 77 11 77 777 33333333333333333333333333333333333333333333333333 6 00 000 0 77 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGGAAGTTGAGAAT--ACGANC---TACA--CTGGATGAATT-C---CGTGANTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAA-CGCTGAGTCAAAGTACGGGGC----GA--CTTTT--TACGGCCG---CCAC--------A--------CTG---A--ATA-------T---------A---TTG-TG--ATAGTCAATNATA-TCTGATAAAA-TGAT-TCCTT
Reference ( family-1900 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGGAAGTTGAGAAT--ACGANC---TACA--CTGGATGAATT-C---CGTGANTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAA-CGCTGAGTCAAAGTACGGGGC----GA--CTTTT--TACGGCCG---CCAC--------A--------CTG---A--ATA-------T---------A---TTG-TG--ATAGTCAATNATA-TCTGATAAAA-TGAT-TCCTT
gi|1 : C---TACA--CTCAATGAATT-C---CATGATTCCAA---GAAAACATA---AATAACAA-CACTGAGTCAAAGTACAAGAG----GA--CTTTTAATGCGGACGCATCCAC--------A--------GTACGCA--ATATTGC---T---------A---TTG-TT--ATAGTCACTTATA-CCTTACAGCA-GGATCTCCT
gi|10 : T--ACGAGC---TACA--CTGGATGTTTT-C---CGTGATTTTAA---AGGACTAAAAATAATTACAA-AACAAAGTTGAAGTggaaatacagacgcaacctagaaaattaaataaaacataaaatgtgtttaat
gi|11 : ctttttGAAATAATAGCAA-CACTGGGTCAAAGTACTTGGC----AA--CGGTA--TACGGCAG---TCAA--------A--------CAGCA-A--GTAATGCCGCT---------G---TTG-TG--CTAGTCAATAATcttacatccaacacagcacgttagactgctcttgtgaa
gi|12 : tAAGTACGTGGC----GA--CTATT--TACGACCG---CCACCCAGCACGA--------CTA---A--GTC-------T---------G---GTG-TA--ATAGTCAA--GTA-CCTAAT
gi|13 : ccTCCAACTGGGAGTTGGAAATAATAACAA-CGCTGGATCAAAGTA---GGCCACTGA--CTTTT--TACGGGCG---TCAC--------A--------GT-------ATG-------T---------AC--TTG-T---ATAgtttatactggcaaac
gi|14 : gCTAA---GAAATC-GAAAAAATAATAA-C--TAAGTGAAAGTACGGTGT----TA--CTCTC--TACAGCCA---CCAT--------A--------C--------ATA-------T---------T---TAG-TG--ag
gi|15 : AGTCAA-GTACGGGGC----GA--CTGTA--TACGATCA---TCGC--------A--------C
gi|16 : cacatCAA---AGAACAGGAAACATTGACAA-CACTAAGTCAAAGTATGAGGC----CA--CATGT--CACAGCCG---TCAaacacttaaacttaagaccgttatagcta
gi|17 : AATTATAAATAATAACTA-CATAGATTGAGATTACGAGAC----GA--CGTTT--TACGGCCA---CCA
gi|2 : GAGC---TATG--CTGAATGAGTT-C---CATGAATGCAT---AGAATATGAAATATTAACAAACACGGATTCAAAGTt
gi|3 : ctttattattTAAATAGAAATT-AGAATGAATGATC---TACAATTTAGATGGATT-C---GGTGAGTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAA-CGCGGAGTGAAAGTACGGGGC----CA--CGTTT--TACGGCCG---TCAC--------A--------CTG---A--ATA-------T---------A---TTG-TG--ATAGTCAATCATATTTTGATAAAA-TGAT-TTTTTttcacatcaacagcacacagcatgcaagattgttgttgttaaatacattgtccactggaatcacagagcgcagccatacaaagaaaatacaaactcagaactgttgagt
gi|4 : tgatactgttagcaatgcta---GGATTTAGAAATAAACATAA-CATTGAGTCAATGTATAGGGC----GAATTTTTT--TACGGACG---TTAC--------GTATCACGTCTG---G----A-------T---------G---TTG-TA--ATAGTCA--GACA-TCTGATAAAA-TGAT-TCCTT
gi|5 : A---AGAACCAATCATGACAACAT-CGCTACACCAAGGTACGGAAT----GG--TATTT--TACAGCCG---CCA------------------------A--ACA-------T---------A---GTGGTG--ATAGTCAATCATA-TCTGATAAAAGTGAggagatgcatgacgcattcacggtagaaaagtttgttgagtctgttcat
gi|6 : ACA--CTGAATGAGCT-C---CATGACTTCAA---GGAA-----------------CACTGAGTCAAACTACGGGGC----GA--CTGTT--TGCGGTCA---CCAC--------A--------Caacacagaacgcaaccaaaacaataaactttcagactcgattgttataattattaaataataa
gi|7 : aaagcatttaccatcattcccaactatattcgTAAA-GGAAGTTGAGAAT--ACGACCAAATGTA----GG--GAATTGCAGACATGATTTCTA---TGAATCAGAAACAATAATAA-C------TAAAAGTACGGCAC----GA--C-TTT--AACGGCAG---CCATAAA-----A--------CT----A--ATA-----------------AGACTTG-TG--ATTATCAATAAAA-TTTGATAAAA-aacacgtgacaactgttatcactagattactctagttccttatagcc
gi|8 : ---GGAATCCGAAATAATAACAT-CG---AGTCCAAGCACGGGGC----GA--CTTTT--CATGACCG---CCAC--------A--------CAG---C--ATA-------TAACACTATAA---TTG-TG--ATAGTCACTGATA-TATGATA
gi|9 : atGAGTTCAA---CAAACCAGAAATAGTAACAA-CGTCAAGTCAAAGTAC-AGTC----GA--C-ATG--TACGGGAA---TCAC--------A--------CAG---ATCGTA-------T---------AT--TTA-TGACATGGTTTTCAATA-TTGAATAATA-AGAT-TCATTcaggaaacattggacacgcagaacgtaacc
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 111 111 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777 1
lowQualScore : 5 5 88 1 444 000 0 6 111 0 1 555 222 2 666 5555 33 66 33 444 33333333333333333333333333333333333333333333333333 3 55 888 5 77 0 0
lowQualScore : . . .. . ... ... . . ... . . ... ... . ... .... .. .. .. ... .................................................. . .. ... . .. . .
lowQualScore : 5 0 33 0 000 222 3 7 777 7 0 444 555 7 999 7777 77 11 77 777 33333333333333333333333333333333333333333333333333 6 00 000 0 77 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGGAAGTTGAGAAT--ACGANC---TACA--CTGGATGAATT-C---CGTGANTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAA-CGCTGAGTCAAAGTACGGGGC----GA--CTTTT--TACGGCCG---CCAC--------A--------CTG---A--ATA-------T---------A---TTG-TG--ATAGTCAATNATA-TCTGATAAAA-TGAT-TCCTT
Reference ( family-1900 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGGAAGTTGAGAAT--ACGANC---TACA--CTGGATGAATT-C---CGTGANTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAA-CGCTGAGTCAAAGTACGGGGC----GA--CTTTT--TACGGCCG---CCAC--------A--------CTG---A--ATA-------T---------A---TTG-TG--ATAGTCAATNATA-TCTGATAAAA-TGAT-TCCTT
gi|1 : C---TACA--CTCAATGAATT-C---CATGATTCCAA---GAAAACATA---AATAACAA-CACTGAGTCAAAGTACAAGAG----GA--CTTTTAATGCGGACGCATCCAC--------A--------GTACGCA--ATATTGC---T---------A---TTG-TT--ATAGTCACTTATA-CCTTACAGCA-GGATCTCCT
gi|10 : T--ACGAGC---TACA--CTGGATGTTTT-C---CGTGATTTTAA---AGGACTAAAAATAATTACAA-AACAAAGTTGAAGTggaaatacagacgcaacctagaaaattaaataaaacataaaatgtgtttaat
gi|11 : ctttttGAAATAATAGCAA-CACTGGGTCAAAGTACTTGGC----AA--CGGTA--TACGGCAG---TCAA--------A--------CAGCA-A--GTAATGCCGCT---------G---TTG-TG--CTAGTCAATAATcttacatccaacacagcacgttagactgctcttgtgaa
gi|12 : tAAGTACGTGGC----GA--CTATT--TACGACCG---CCACCCAGCACGA--------CTA---A--GTC-------T---------G---GTG-TA--ATAGTCAA--GTA-CCTAAT
gi|13 : ccTCCAACTGGGAGTTGGAAATAATAACAA-CGCTGGATCAAAGTA---GGCCACTGA--CTTTT--TACGGGCG---TCAC--------A--------GT-------ATG-------T---------AC--TTG-T---ATAgtttatactggcaaac
gi|14 : gCTAA---GAAATC-GAAAAAATAATAA-C--TAAGTGAAAGTACGGTGT----TA--CTCTC--TACAGCCA---CCAT--------A--------C--------ATA-------T---------T---TAG-TG--ag
gi|15 : AGTCAA-GTACGGGGC----GA--CTGTA--TACGATCA---TCGC--------A--------C
gi|16 : cacatCAA---AGAACAGGAAACATTGACAA-CACTAAGTCAAAGTATGAGGC----CA--CATGT--CACAGCCG---TCAaacacttaaacttaagaccgttatagcta
gi|17 : AATTATAAATAATAACTA-CATAGATTGAGATTACGAGAC----GA--CGTTT--TACGGCCA---CCA
gi|2 : GAGC---TATG--CTGAATGAGTT-C---CATGAATGCAT---AGAATATGAAATATTAACAAACACGGATTCAAAGTt
gi|3 : ctttattattTAAATAGAAATT-AGAATGAATGATC---TACAATTTAGATGGATT-C---GGTGAGTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAA-CGCGGAGTGAAAGTACGGGGC----CA--CGTTT--TACGGCCG---TCAC--------A--------CTG---A--ATA-------T---------A---TTG-TG--ATAGTCAATCATATTTTGATAAAA-TGAT-TTTTTttcacatcaacagcacacagcatgcaagattgttgttgttaaatacattgtccactggaatcacagagcgcagccatacaaagaaaatacaaactcagaactgttgagt
gi|4 : tgatactgttagcaatgcta---GGATTTAGAAATAAACATAA-CATTGAGTCAATGTATAGGGC----GAATTTTTT--TACGGACG---TTAC--------GTATCACGTCTG---G----A-------T---------G---TTG-TA--ATAGTCA--GACA-TCTGATAAAA-TGAT-TCCTT
gi|5 : A---AGAACCAATCATGACAACAT-CGCTACACCAAGGTACGGAAT----GG--TATTT--TACAGCCG---CCA------------------------A--ACA-------T---------A---GTGGTG--ATAGTCAATCATA-TCTGATAAAAGTGAggagatgcatgacgcattcacggtagaaaagtttgttgagtctgttcat
gi|6 : ACA--CTGAATGAGCT-C---CATGACTTCAA---GGAA-----------------CACTGAGTCAAACTACGGGGC----GA--CTGTT--TGCGGTCA---CCAC--------A--------Caacacagaacgcaaccaaaacaataaactttcagactcgattgttataattattaaataataa
gi|7 : aaagcatttaccatcattcccaactatattcgTAAA-GGAAGTTGAGAAT--ACGACCAAATGTA----GG--GAATTGCAGACATGATTTCTA---TGAATCAGAAACAATAATAA-C------TAAAAGTACGGCAC----GA--C-TTT--AACGGCAG---CCATAAA-----A--------CT----A--ATA-----------------AGACTTG-TG--ATTATCAATAAAA-TTTGATAAAA-aacacgtgacaactgttatcactagattactctagttccttatagcc
gi|8 : ---GGAATCCGAAATAATAACAT-CG---AGTCCAAGCACGGGGC----GA--CTTTT--CATGACCG---CCAC--------A--------CAG---C--ATA-------TAACACTATAA---TTG-TG--ATAGTCACTGATA-TATGATA
gi|9 : atGAGTTCAA---CAAACCAGAAATAGTAACAA-CGTCAAGTCAAAGTAC-AGTC----GA--C-ATG--TACGGGAA---TCAC--------A--------CAG---ATCGTA-------T---------AT--TTA-TGACATGGTTTTCAATA-TTGAATAATA-AGAT-TCATTcaggaaacattggacacgcagaacgtaacc
blockSeqs : . G GA G AAA ATT G AGA T CTG CTA A ACA CACT AT GG . . ACAGCAAGTAATGCCGCTG G AC ATA T GT .
blockSeqs : . T . C . . A . TTG . ACT . . TA . . ACAGCATATAACACTATAA . . ATC . T .
blockSeqs : C . C . . G . CAG . GCT . . TT . . CCAGCACGACTAAGTCTG . . ATC . T .
blockSeqs : . C . . C . TTA . ACT . . TC . . GTATCACGTCTGGATG . . ATA . A
blockSeqs : . . . T . TAT . ATA . . TG . . AAAACTAATAAGAC . . CTG .
blockSeqs : G . TCA . ACG . . AT . . ACAGATCGTATAT . . TCA .
blockSeqs : . TTA . GCG . . GT . . ACTGAATATA . . A .
blockSeqs : . CCA . ATT . . GT . . AGTATGTAC . . G
blockSeqs : . TCA . GCT . . TT . . ACATATT . .
blockSeqs : . TCC . ACT . . AT . . AACATA . .
blockSeqs : . CCA . GTC . . TG . .
blockSeqs : . TC . T . . TT . .
blockSeqs : . . G . . T . .
blockSeqs : . . . . A . .
blockSeqCons : ** *** ACNGAATATG****************************************
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGGAAGTTGAGAAT--ACGANC---TACA--CTGGATGAATT-C---CGTGANTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAA-CGCTGAGTCAAAGTACGGGGC----GA--CTTTT--TACGGCCG---CCAC--------A--------CTG---A--ATA-------T---------A---TTG-TG--ATAGTCAATNATA-TCTGATAAAA-TGAT-TCCTT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGGAAGTTGAGAAT--ACGANC---TACA--CTGGATGAATT-C---CGTGANTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAA-CGCTGAGTCAAAGTACGGGGC----GA--CTTTT--TACGGCCG---CCACACNGAATATG----------------------------------------TTG-TG--ATAGTCAATNATA-TCTGATAAAA-TGAT-TCCTT
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 111 111 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666 1
lowQualScore : 5 5 88 1 444 000 0 6 111 0 1 555 222 2 666 5555 33 66 33 444 99999999999999999999999999999999999999999999999999 55 888 5 77 0 0
lowQualScore : . . .. . ... ... . . ... . . ... ... . ... .... .. .. .. ... .................................................. .. ... . .. . .
lowQualScore : 5 0 33 0 000 222 3 7 777 7 0 444 555 7 999 7777 77 11 77 777 00000000000000000000000000000000000000000000000000 55 000 0 77 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGGAAGTTGAGAAT--ACGANC---TACA--CTGGATGAATT-C---CGTGANTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAA-CGCTGAGTCAAAGTACGGGGC----GA--CTTTT--TACGGCCG---CCAC--------A--------CNG--A----ATA-------T---------G--TTGTG--ATAGTCAATNATA-TCTGATAAAA-TGAT-TCCTT
Reference ( family-1900 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGGAAGTTGAGAAT--ACGANC---TACA--CTGGATGAATT-C---CGTGANTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAA-CGCTGAGTCAAAGTACGGGGC----GA--CTTTT--TACGGCCG---CCAC--------A--------CNG--A----ATA-------T---------G--TTGTG--ATAGTCAATNATA-TCTGATAAAA-TGAT-TCCTT
gi|1 : C---TACA--CTCAATGAATT-C---CATGATTCCAA---GAAAACATA---AATAACAA-CACTGAGTCAAAGTACAAGAG----GA--CTTTTAATGCGGACGCATCCACAGT-----A--------CGC--A----ATATTGC---T---------A--TTGTT--ATAGTCACTTATA-CCTTACAGCA-GGATCTCCT
gi|10 : T--ACGAGC---TACA--CTGGATGTTTT-C---CGTGATTTTAA---AGGACTAAAAATAATTACAA-AACAAAGTTGAAGTggaaatacagacgcaacctagaaaattaaataaaacataaaatgtgtttaat
gi|11 : ctttttGAAATAATAGCAA-CACTGGGTCAAAGTACTTGGC----AA--CGGTA--TACGGCAG---TCAA--------A--------CAGCAA----GTAATGCCGCT---------G--TTGTG--CTAGTCAATAATcttacatccaacacagcacgttagactgctcttgtgaa
gi|12 : tAAGTACGTGGC----GA--CTATT--TACGACCG---CCACCCAGCACGA--------CTA--A----GTC-------T---------G--GTGTA--ATAGTCAA--GTA-CCTAAT
gi|13 : ccTCCAACTGGGAGTTGGAAATAATAACAA-CGCTGGATCAAAGTA---GGCCACTGA--CTTTT--TACGGGCG---TCAC--------A--------gtttatactggcaaac
gi|14 : gCTAA---GAAATC-GAAAAAATAATAA-C--TAAGTGAAAGTACGGTGT----TA--CTCTC--TACAGCCA---CCAT--------A--------C---------ATA-------T---------T--TAGTG--gtatgtacttgtataag
gi|15 : AGTCAA-GTACGGGGC----GA--CTGTA--TACGATCA---TCGC--------A--------C
gi|16 : cacatCAA---AGAACAGGAAACATTGACAA-CACTAAGTCAAAGTATGAGGC----CA--CATGT--CACAGCCG---TCAaacacttaaacttaagaccgttatagcta
gi|17 : AATTATAAATAATAACTA-CATAGATTGAGATTACGAGAC----GA--CGTTT--TACGGCCA---CCA
gi|2 : GAGC---TATG--CTGAATGAGTT-C---CATGAATGCAT---AGAATATGAAATATTAACAAACACGGATTCAAAGTt
gi|3 : ctttattattTAAATAGAAATT-AGAATGAATGATC---TACAATTTAGATGGATT-C---GGTGAGTCCAA---GGAATCAGAAATAATAACAA-CGCGGAGTGAAAGTACGGGGC----CA--CGTTT--TACGGCCG---TCAC--------A--------CTG--A----ATA-------T---------A--TTGTG--ATAGTCAATCATATTTTGATAAAA-TGAT-TTTTTttcacatcaacagcacacagcatgcaagattgttgttgttaaatacattgtccactggaatcacagagcgcagccatacaaagaaaatacaaactcagaactgttgagt
gi|4 : tgatactgttagcaatgcta---GGATTTAGAAATAAACATAA-CATTGAGTCAATGTATAGGGC----GAATTTTTT--TACGGACG---TTAC--------GTATCACGTCTG--G------A-------T---------G--TTGTA--ATAGTCA--GACA-TCTGATAAAA-TGAT-TCCTT
gi|5 : A---AGAACCAATCATGACAACAT-CGCTACACCAAGGTACGGAAT----GG--TATTT--TACAGCCG---CCAA--------A--------C---------ATA-----------------G--TGGTG--ATAGTCAATCATA-TCTGATAAAAGTGAggagatgcatgacgcattcacggtagaaaagtttgttgagtctgttcat
gi|6 : ACA--CTGAATGAGCT-C---CATGACTTCAA---GGAA-----------------CACTGAGTCAAACTACGGGGC----GA--CTGTT--TGCGGTCA---CCAC--------A--------C----A----ACA-------C---------G--Taacacagaacgcaaccaaaacaataaactttcagactcgattgttataattattaaataataa
gi|7 : aaagcatttaccatcattcccaactatattcgTAAA-GGAAGTTGAGAAT--ACGACCAAATGTA----GG--GAATTGCAGACATGATTTCTA---TGAATCAGAAACAATAATAA-C------TAAAAGTACGGCAC----GA--C-TTT--AACGGCAG---CCATAAA-----A--------CT---A----ATA-------A---------GACTTGTG--ATTATCAATAAAA-TTTGATAAAA-gacaactgttatcactagattactctagttccttatagcc
gi|8 : ---GGAATCCGAAATAATAACAT-CG---AGTCCAAGCACGGGGC----GA--CTTTT--CATGACCG---CCAC--------A--------CAG--C----ATA-------TAACACTATAA--TTGTG--ATAGTCACTGATA-TATGATA
gi|9 : atGAGTTCAA---CAAACCAGAAATAGTAACAA-CGTCAAGTCAAAGTAC-AGTC----GA--C-ATG--TACGGGAA---TCAC--------A--------CAG--ATCGTATA-------T------------TTATGACATGGTTTTCAATA-TTGAATAATA-AGAT-TCATTcaggaaacattggacacgcagaacgtaacc