lowQualScore : 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 444444444444444 333333333 2222222222 11 7777777777 6666 11 111 11111 22222222222222222 1 1 2222222222222222222222222222222 111
lowQualScore : 5 7 33 77 3 222222222222222 222222222 1111111111 11 0000000000 4444 99 5 0 1 3 5 888 8 0 0 6666 4 11111 1 99999999999999999 4 8 1 5 4444444444444444444444444444444 22 77 222 3333 444 22 2 2 2 333 2 2
lowQualScore : . . .. .. . ............... ......... .......... .. .......... .... .. . . . . . ... . . . .... . ..... . ................. . . . . ............................... .. .. ... .... ... .. . . . ... . .
lowQualScore : 7 3 66 99 5 222222222222222 000000000 6666666666 00 0000000000 0000 00 6 8 4 2 6 888 2 8 4 4444 4 11111 1 00000000000000000 0 1 7 4 6666666666666666666666666666666 22 00 555 0000 000 22 4 1 2 999 5 7
consensus : TGATTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATC----A----GT----CTAA---------CCA-CTGTT----TCCTGG--GATC-TGAAAGGTTAACCAGTACTCGAGCACACA-CCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCNACTTGAATCAGCGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTGGATTGA-N----AG-T-------CAGACGCGTNACCGACTGAGCTAACCGGGCCCGGC---NCGG-AATACTGNA--A-ATAT-TA-G-ATG--GAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATGTGGTCCATTT--TATATG--TATTATGTGC-A-TT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
Reference ( gi|7 ) : TGATTGA-TTGAATAGTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGATC----A----AT----CTAA---------CCA-ATGTC----TCCTGG--GAT----------TAACCAGTACTCGA---TAC--CCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGTGATTAGAGATGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CAAACTCACGA-C-----CCCTGGATTGA-A----AA-T-------CAGACGCGTAAGCGACTGAGCTAATCGGGTCCTGC---ATGGTAATACTGCA--A-ATATCTA-GTATG--GAACA-CCA---TAGCTGT----CTTATGTGGTCCATTT--GATATG--TATTGTGTGC-A-TT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
gi|2 : TGGTTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATC----A----GTTAACCTAA---------CCA-CTGTT----TCCTGG--GAT----------TAACCAGTACTCGAGCACAC--CCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTTCAACTTGAATCAGTGGTGAGAGACATATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCTGGGCAGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTGGATTAA-T----AG-T-------CAGACGCGTAACCGACTGAGCTAATCGGGCCCGGC---CCGG-------GAA--A-AT---TT-GAATG--G--TA-TCA---GAGTT-T----AGTAAGC-GTTCAATA--GATATG--AACTGTGGGC-A-TT---TCTTGCT-TAT
gi|4 : agtcggtagaacggaaccagttttcccgattggcaatgaatttgagtacgctgaatggtcagttcagggaaaatttgactgattgattgatTGACTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGTCATCGAAGACTAACAGACGATCAGTTA----AC----TTAA---------CCA-CTATT----TCCTGG--GAT----------TAATCAGTACTCGAG--CACAGCCTATCTCCGC----AGCTGATGACTTTCCCACTTGAATCAGCGGTGAGACAAGATTGATAATGAG--ACAATGTTGTATATTAATCATCACGGAGACTGTTGCCG--------------AACTCACAA-C-----CCCTGGATTGA-T----AG-T-------CAGACGCGTAGCCGACTGAGCTAATCGGGCCCGGC---AT----ATATTACA--A-AT-------------GA-----------GGTCGT----TTTAT----TCTGTTA--GTTATG--TATTGTTTGC---TT---Cttgattgggggtaaaaatagccgattcgggagatattgggttctaagatagacctagctctccttttggtcatata
gi|6 : attaactaagtttactaagttcttgtatactaataacataagtatattgctttatattccgactcaaatgttttgtttctttactctctctttcattatattacaatTGATTGA-TGGAA-AATTAA-GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAAGGCTTATAGACGATC----A----GTTAACCTAA---------CCA-CTGTT----TCCTGG--GATCATGAAAGGTTAACCAATACTCGAACACAC--CTCATATCCGCAAGTAACTGATAACGTTTCATCTTGACTCTGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGATGTATATTAATCATCACGGAGGCTGTAGCCGGGCAGCGAT--------TCACGA-C-----CCCTTGATTGA-T----AG-T-------CAGACGCGTTACCGACTGAGCTAATCAGGCCCGGCCCAATGGGA------CA--AGATATACA-G-ATGCAGAACAGTCATGTTAGCTGgcctgtggcatgccggtcagtcctaggaaacgca
gi|5 : gcagtcgtcagttccattcataccccaggttgtaaaattcttcccttctacttctccaatgggaaataatTAATTGAATTGAATA-TAA--GTGTCA--CTGTTATGCCATCGAGTGCTAACAGACGATC----A----AT----CTAA---------CGA-CTGTT----TCCTGG--GATCGTGAAAGGTTAACCAGTACTCGAGCACAC--CCCATCTCCGTCAGTAACTGATA-CCTTCCTA---GG--CAGTGA---GAAACGAATGATGATGAGACA-ATTGTCGTATAACAATCATCACGGAGACTTTTACCGGGCAGGGATT--CGAACTCCTGA-C-----CCCTTGATTAA-T----AG-T-------CAGACGCGTAACCGACTGAGCTTATCGAACCCGGC---CCGGTcacaagtacattgcattgttgtt
gi|1 : atattttgtgggtgacgtttaacgatatttgctacacatggcagtttatatttgacatttcaagttttattcggtggaagatTGTTTGT-TTGAATATTTA--GCATCA--TTTTTATGCCATTGAAGACTAACAGATGATC----ACTTAAC----CTAAAAACTCTTTCCAGAAATCCAGATCCTGACAGGT----------TAACAAGTACTTGAG--CACA-CCCATCTCCACAAGTAACTGATAAATTTACCACTTGAATCAACGGTGAGAGACGAATGACAATGAGATGCAATGTC--ATATCAATCATCACAGAAATTGTTGCCAGACGAGCATT--CAAACTCACAACC-----CCCTGAATTGA-T----AG-T-------CAGACGTGCTACCGACTCAGCTACCCAGGCCTAGC----T--CAATACTGGAATA-ATATTTACAT-TG--G-----TCA---TACCTGTGTCCCTTA-----ACCATCT--AA-AAGAATTTTGTATAC-A-TT---TTTTggaagaagatccccaaattaatatagacactgtcacatcgatcaatatttacatgatctgtt
gi|3 : ataattattgattctcagtgttaatctggaataactgatcgccatgtcaacagattatttcagctcctggataatctcgctaaatcaataatagatgcacatttactgtggaagattggatattgttTAATTAG-GTGAATACTTTCTGTGTCA--TTTTTATGCCATCCAGGGTCAACAGATGATC----A----GT----ctatttaattgttgatgattaaac
gi|14 : tgtatgagtgtatcaataaaggtcacaacagtaatcagaaattgggagtttaccgaatatttaaacgatgctgtgggttttttattggcatttagtcaggaattgccacttataagacaggttgttgcttaatacactaaccggttaatttattctgaaaaggtagaaatgggaaatagcaaatatggctgcttaagacaagttgctgcttaatagaggtgaccgtttacacaggtttgactgtatatatcatggattgtataatatgcacaagtcccacacttaaaaggttttaactaatgtattatctagctatgaatgcaacttacatatttctcccccccccccccccccaccccaccaccccaataaattatagtctttactatataaaatTGATTGA-TTGAATATTTA--TCATCATTTTTTTATGCCt
gi|40 : ataaactagaacctgaagtttccagggtttgatactgatgggtTGTCGTATAACAATCAACACGGAGATTTTGGCCGAGCGG
gi|25 : atGGGCGGAGATTTTCAA-CTCACGA-------CCATGGGTTCA-AGTGTAATT-------CAGGCACGTTA-TGACTAAGCTGACCGGGTC
gi|27 : GGTTT--TGAATTCACGA-C-----CTTTTGATTAA-G----AG-T-------CGGAGGCGTAACCTTCAGAGCAGGCCTGGTCC
gi|13 : GATT--CGAACCCACAA-C-----CTCCGTAGTAATA----AA-TTTATAGGCAGACGCTCTATCGACAGAGCTaattt
gi|12 : attgttggagataaATT--CAAACTCACAA-CCATCACCCTTAATTGA-AC---AG-T-------CGGACGCccgcagg
gi|19 : tATG--GAACG-CCA---TAGCTAT----CTTATGTGGTCCATTT--TATATG--TAGTATGTGC-A-TT---CTTTA-T-TATATCGTGTGCATTtacccggaccaagttagatatactggacaataagttacagttg
gi|29 : ATG--GAACG-CCA---TAGCTGT----CTCATGTGGTCCATTT--TATATG--TATTATTTGC-A-TT---CCTTA-ca
gi|32 : ATG--GAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATATGGTCCATTT--TCTATG--TATCATGTGC-
gi|33 : ATG--GATCG-CCA---TAGCTGT----CTTATGTGGTCCATTT--TAAATG--TACTATGTG
gi|43 : ATG--GAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATGTTGTCCATTT--TATAT
gi|42 : ATG--GAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATGTTGTCCATTT--TATAT
gi|41 : ATG--GAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATATGGTCCATTT--TCTATG--
gi|17 : TG--GAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATGTGGTCCATTT--TATATG--TATTATGTGC-A-TT---CCTTG-T-TATATCATGTGCATT
gi|22 : TG--GAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATATGGTCCATTT--TCTATG--TATTATGTGC-A-TT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATTcatc
gi|21 : TG--GAATG-CCA---TAGCTGT----CTTATGTGGTCTATTT--TATATG--TATTATGTGC-A-TT---CCTTA-T-TATATCATGTGCATTc
gi|20 : TG--GAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATGTTGTCCATTT--TATATG--TATTATGTGC-A-TT---CTTTA-T-TATATCATGTTCATTc
gi|16 : TG--GAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATGAGGTCCATTT--TATATG--TATTATGCGC-A-TT---CTTTA-T-TATATCGTGTGCATTca
gi|34 : TG--GAATG-CCA---TAGCTGT----CTTATGTGGTCTATTT--TATATG--TATTATGTGcatc
gi|37 : TG--GAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATATGGTCCATTT--TCTATG--TATTATG
gi|35 : TG--GAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATATGGTCCATTT--TCTATG--TATCATGTG
gi|44 : TG--GAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATGTGGTCCATTT--TATAT
gi|9 : TG--GAAAG-CCA---GAGCTGT----CTTCTGTGATTCATTTTCGGTA----TATGGTGTAC-A-TTTTCCTTTA-TATATATTATGT
gi|45 : TG--GAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATGTGGTCTATatttttttcattatatcatgtaggcttatcattatttgctgtgcattctttattttacaatgtagatttactattgtattatgtagatt
gi|15 : G--AAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATGTGGTCCATTT--TATATG--TATTATGTGC-A-TT---CCTTA-T-TATATCACGTGCATTatt
gi|38 : G--GAACG-CCA---TTGCTAG----CTTATGTGGTCCATTT--TATATG--TATCATGTcatca
gi|18 : --GAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATGTGATCCATTT--TATATG--TATTGTGTGC-A-TT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
gi|23 : ttAACG-CCA---TAGCTGT----CTTATGCGGTCCATTT--TATATG--TATTATTTGC-A-TT---CCTTA-T-TATATCATGTGCATTtat
gi|24 : AACG-CCA---GAACTGT----CATACGTGGTCCATTT--TATTTT--TA--GTATGCTATTT---CTTTA-T-CATATCATATGCATTcatc
gi|26 : -CCA---TAGCTGT----CTTATGTGGTCCATTT--TATATA--TATTATGTGC-A-TT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATTcatc
gi|28 : tgAGCTGT----CTTATGTGGTCCATTT--TATATG--TATTATGTGC-A-TT---CTTTA-T-TATATAATGTGCATTcatca
gi|36 : ATTT--TTTATG--TATTCTGTGC-A-TT---CTTTA-T-TATATCCTGGGCATTcatc
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGTATAACGTACACAGCTCTCCTGATTGAGTCCGTTACCTAGCAATGCATTTGGGCACGTTGATTGGTCAGTTGCTTAAGGGAAAAGATTAAATGGCGTCACATTTAAGTAAGCGTTCAATAGCTATACATTGTGGGACAGGCATGGAATTCTCTGCTCAAATGATTGGGGGTAAATAGCTGTGATTCTGGGG
Unaligned ( gi|10 ): TCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGTATTGTTTTCGTTGTATGGTGATTTAGATGTAAAATTTAGGGTAAATTCAGCAGTCTCTTTAATCAGAAAGTAGACATTGCCAGATTTAATTCAGTGTTGATGGATAGGTTTCTTCATATT
Unaligned ( gi|11 ): GCGGAACAGTCATGTTAGTTGCGCAAGTACATTGTTTTGTTGTTGTTGTATGGTGATTTAGATAGGGCAAATTCAGCAGTCTCTTTAATTAGAAAGTAGACATAGCCAGATTAAATTCAGTGTTGATGGATAAGTATCTTCTTATT
Unaligned ( gi|30 ): CCAATTGGACAGGATAATAGATGCAGAACAGTCATGTCAGCTGCACAGGTACTTTGT
Unaligned ( gi|31 ): CAATGGGACAAGATATATAGATGCGGAACAGTCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGT
Unaligned ( gi|39 ): GGATTGATAACCAAACATGCTACTGACTAAGCTACCCAGGCC
Unaligned ( gi|46 ): CGGAACAGTCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGT
Alignments
lowQualScore : 33333 11111 666666666666666 33 11111 11111111 111111 333333333333333333333333
lowQualScore : 5 0 66 66 77777 66666 999999999999999 1 66 3 1 55 2 4 00000 33333333 3 000000 1 55 1 555555555555555555555555 33 22 1 222 444 2 2
lowQualScore : . . .. .. ..... ..... ............... . .. . . .. . . ..... ........ . ...... . .. . ........................ .. .. . ... ... . .
lowQualScore : 0 4 99 99 44444 77777 333333333333333 0 88 2 0 55 3 0 00000 22222222 6 111111 0 00 0 444444444444444444444444 99 22 4 555 111 4 5
consensus : TGATTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACC-----ACTGTTTCCTGGGATC-------TGA-AGGTTAACCAGTACTCGAGCACAC-CCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGCGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTG-A-----TAGTCAGACGCGTNACC--GACTGAGCTAACCGGGCCCGGCCC---GG-AATACTGNA--AATA-T-TAG-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
Reference ( family-19 ) : TGATTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGT----CTAACC-----ACTGTTTCCTGGGATC-------TGAAAGGTTAACCAGTACTCGAGCACACACCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCNACTTGAATCAGCGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTG-A-----NAGTCAGACGCGTNACC--GACTGAGCTAACCGGGCCCGGCNC---GG-AATACTGNA--AATA-T-TAG-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
gi|1 : TGTTTGT-TTGAATATTTA--GCATCA--TTTTTATGCCATTGAAGACTAACAGATGATCACT-----TAACCTAAAAACTCTTTCCAGAAATCCAGATCCTGACAGGTTAACAAGTACTTGAGCACA--CCCATCTCCACAAGTAACTGATAAATTTACCACTTGAATCAACGGTGAGAGACGAATGACAATGAGATGCAATGTC--ATATCAATCATCACAGAAATTGTTGCCAGACGAGCATT--CAAACTCACAACC-----CCCTG--------AATTG-A-----TAGTCAGACGTGCTACC--GACTCAGCTACCCAGGCCTAGCTC------AATACTGGAATAATATT-TAC-ATT--G----GTCA---TACCTGT
gi|12 : ataattattgattctcagtgttaatctggaataactgatcgccatgtcaacagattatttcagctcctggataatctcgctaaatcaataatagatgcacatttactgtggaagattggatattgttATT--CAAACTCACAA-CCATCACCCTT--------AATTGAA-----CAGTCGGACGC--TACCCGGACCAAGTTAgtcccttaaccatctaaaagaattttgtatacattttttctatttaattgttgatgattaaac
gi|13 : tGATT--CGAACCCACAA-C-----CTCCGTAGTAATAAATTT-A-----TAGGCAGACGCTCTATC--GACAGAGCTgatatactggacaataagttacagttg
gi|14 : attgttggagataaTGATTGA-TTGAATATTTA--TCATCATTTTTTTATGCCccgcagg
gi|15 : ataaactagaacctgaagtttccagggtttgatactgatgggtG--AAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CCTTA-T-TATATCACGTGCATT
gi|16 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGAGGTCCATTTTATATGTATTATGCGCATT---CTTTA-T-TATATCGTGTGCATTcatca
gi|17 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CCTTG-T-TATATCATGTGCATTcatc
gi|18 : --GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGATCCATTTTATATGTATTGTGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATTcatc
gi|19 : tt-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTATCTTATGTGGTCCATTTTATATGTAGTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCGTGTGCATTtat
gi|2 : TGGTTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACC-----ACTGTTTCCTGGGAT----------------TAACCAGTACTCGAGCACAC-CCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTTCAACTTGAATCAGTGGTGAGAGACATATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCTGGGCAGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTA-A-----TAGTCAGACGCGTAACC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGCCC---GG-------GAA--AAT--T-TGA-ATG--GTA---TCA---GAGTT-TAGTAAGC-GTTCAATAGATATGAACTGTGGGCATT---TCTTGCT-TATca
gi|20 : agtcggtagaacggaaccagttttcccgattggcaatgaatttgagtacgctgaatggtcagttcagggaaaatttgactgattgattgatTG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTTGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTTCATTttgattgggggtaaaaatagccgattcgggagatattgggttctaagatagacctagctctccttttggtcatata
gi|21 : TG--GAAT-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCTATTTTATATGTATTATGTGCATT---CCTTA-T-TATATCATGTGCATTca
gi|22 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATTc
gi|23 : AAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGCGGTCCATTTTATATGTATTATTTGCATT---CCTTA-T-TATATCATGTGCATTc
gi|24 : AAC-GCCA---GAACTGTCATACGTGGTCCATTTTATTTTTAGTATGCTATTT---CTTTA-T-CATATCATATGCATTcatc
gi|25 : GGGCGGAGATTTTC-AACTCACGA-------CCATG--------GGTTC-AAGTGTAATTCAGGCACGTTA-T--GACTAAGCTGACCGGGTCcatc
gi|26 : -GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATATATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
gi|27 : tGGTTT--TGAATTCACGA-C-----CTTTT--------GATTA-A-----GAGTCGGAGGCGTAACC--TTCAGAGCAGGCCTGGTCCcatca
gi|28 : AGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATAATGTGCATTaattt
gi|29 : -ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTCATGTGGTCCATTTTATATGTATTATTTGCATT---CCTTA-catc
gi|3 : TAATTAG-GTGAATACTTTCTGTGTCA--TTTTTATGCCATCCAGGGTCAACAGATGATCAGT----
gi|32 : tgtatgagtgtatcaataaaggtcacaacagtaatcagaaattgggagtttaccgaatatttaaacgatgctgtgggttttttattggcatttagtcaggaattgccacttataagacaggttgttgcttaatacactaaccggttaatttattctgaaaaggtagaaatgggaaatagcaaatatggctgcttaagacaagttgctgcttaatagaggtgaccgtttacacaggtttgactgtatatatcatggattgtataatatgcacaagtcccacacttaaaaggttttaactaatgtattatctagctatgaatgcaacttacatatttctcccccccccccccccccaccccaccaccccaataaattatagtctttactatataaaat-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATCATGTGCt
gi|33 : -ATG--GATC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTAAATGTACTATGTG
gi|34 : TG--GAAT-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCTATTTTATATGTATTATGTG
gi|35 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATCATGTG
gi|36 : ATTTTTTATGTATTCTGTGCATT---CTTTA-T-TATATCCTGGGCATT
gi|37 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATTATGcatc
gi|38 : G--GAAC-GCCA---TTGCTAGCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATCATGT
gi|39 : G--------GATTG-A-----TAACCAAACATGCTACT--GACTAAGCTACCCAGGCC
gi|4 : TGACTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGTCATCGAAGACTAACAGACGATCAGTTAACTTAACC-----ACTATTTCCTGGGA----------------TTAATCAGTACTCGAGCACA-GCCTATCTCCGC----AGCTGATGACTTTCCCACTTGAATCAGCGGTGAGACAAGATTGATAATGAG--ACAATGTTGTATATTAATCATCACGGAGACTGTTGC--------------CGAACTCACAA-C-----CCCTG--------GATTG-A-----TAGTCAGACGCGTAGCC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGCAT-------ATATTACA--AAT
gi|40 : attaactaagtttactaagttcttgtatactaataacataagtatattgctttatattccgactcaaatgttttgtttctttactctctctttcattatattacaatTGTCGTATAACAATCAACACGGAGATTTTGGCCGAGCGGgaggtcgttttattctgttagttatgtattgtttgcttcgcctgtggcatgccggtcagtcctaggaaacgca
gi|41 : at-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATG
gi|42 : -ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTTGTCCATTTTATAT
gi|43 : -ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTTGTCCATTTTATAT
gi|44 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATAT
gi|45 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCTATATT
gi|5 : TAATTGAATTGAATATA-A--GTGTCA--CTGTTATGCCATCGAGTGCTAACAGACGATCAAT----CTAACG-----ACTGTTTCCTGGGATCG------TGAAAGGTTAACCAGTACTCGAGCACAC-CCCATCTCCGTCAGTAACTGATA-CCTTCCTA--------GGCAGTGAGAAACGAATGATGATGAGACA-ATTGTCGTATAACAATCATCACGGAGACTTTTACCGGGCAGGGATT--CGAACTCCTGA-C-----CCCTT--------GATTA-A-----TAGTCAGACGCGTAACC--GACTGAGCTTATCGAACCCGGCCC---GG-
gi|6 : atattttgtgggtgacgtttaacgatatttgctacacatggcagtttatatttgacatttcaagttttattcggtggaagatTGATTGA-TGGAAAATTAA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAAGGCTTATAGACGATCAGTTAACCTAACC-----ACTGTTTCCTGGGATCA------TGAAAGGTTAACCAATACTCGAACACAC-CTCATATCCGCAAGTAACTGATAACGTTTCATCTTGACTCTGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGATGTATATTAATCATCACGGAGGCTGTAGCCGGGCAGCGAT--------TCACGA-C-----CCCTT--------GATTG-A-----TAGTCAGACGCGTTACC--GACTGAGCTAATCAGGCCCGGCCCAATGG-GACA----A--GATA-TACAG-ATGCAGAACAGTCATGTTAGCTGtggaagaagatccccaaattaatatagacactgtcacatcgatcaatatttacatgatctgtt
gi|7 : gcagtcgtcagttccattcataccccaggttgtaaaattcttcccttctacttctccaatgggaaataatTGATTGA-TTGAATAGTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGATCAAT----CTAACC-----AATGTCTCCTGGGAT----------------TAACCAGTACTCGA---TAC-CCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGTGATTAGAGATGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CAAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTG-A-----AAATCAGACGCGTAAGC--GACTGAGCTAATCGGGTCCTGCAT---GGTAATACTGCA--AATA-TCTAGTATG--GAAC-ACCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTGATATGTATTGTGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATTcacaagtacattgcattgttgtt
gi|9 : TG--GAAA-GCCA---GAGCTGTCTTCTGTGATTCATTTTCGGTATATGGTGTACATTTTCCTTTA-TATATATTATGT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGTATAACGTACACAGCTCTCCTGATTGAGTCCGTTACCTAGCAATGCATTTGGGCACGTTGATTGGTCAGTTGCTTAAGGGAAAAGATTAAATGGCGTCACATTTAAGTAAGCGTTCAATAGCTATACATTGTGGGACAGGCATGGAATTCTCTGCTCAAATGATTGGGGGTAAATAGCTGTGATTCTGGGG
Unaligned ( gi|10 ): TCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGTATTGTTTTCGTTGTATGGTGATTTAGATGTAAAATTTAGGGTAAATTCAGCAGTCTCTTTAATCAGAAAGTAGACATTGCCAGATTTAATTCAGTGTTGATGGATAGGTTTCTTCATATT
Unaligned ( gi|11 ): GCGGAACAGTCATGTTAGTTGCGCAAGTACATTGTTTTGTTGTTGTTGTATGGTGATTTAGATAGGGCAAATTCAGCAGTCTCTTTAATTAGAAAGTAGACATAGCCAGATTAAATTCAGTGTTGATGGATAAGTATCTTCTTATT
Unaligned ( gi|30 ): CCAATTGGACAGGATAATAGATGCAGAACAGTCATGTCAGCTGCACAGGTACTTTGT
Unaligned ( gi|31 ): CAATGGGACAAGATATATAGATGCGGAACAGTCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGT
Unaligned ( gi|46 ): CGGAACAGTCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGT
Alignments
lowQualScore : 8888888888888888 11111 11111111 3333333333333333333333333
lowQualScore : 5 0 66 66 5 2222222222222222 1 1 3 1 55 2 4 00000 33333333 3 7777 3 1 55 1 3 2222222222222222222222222 33 22 1 222 444 2 2
lowQualScore : . . .. .. . ................ . . . . .. . . ..... ........ . .... . . .. . . ......................... .. .. . ... ... . .
lowQualScore : 0 4 99 99 0 3333333333333333 0 0 2 0 55 3 0 00000 22222222 6 7777 6 0 00 7 0 7777777777777777777777777 99 22 4 555 111 4 5
consensus : TGATTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGATC-------TGA-A-GGTTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGCGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTG-A----TAG-TCAGACGCGTNACC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGCCC---GG-A-ATACTGNA--AATA-T-TAG-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
Reference ( family-19 ) : TGATTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGATC-------TGA-A-GGTTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGCGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTG-A----TAG-TCAGACGCGTNACC--GACTGAGCTAACCGGGCCCGGCCC---GG-A-ATACTGNA--AATA-T-TAG-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
gi|1 : TGTTTGT-TTGAATATTTA--GCATCA--TTTTTATGCCATTGAAGACTAACAGATGATCACTTAACCTAAAAACTCTTTCCAGAAATCCAGATCCTGACA-GGTTAACAAGTACTTGAGCACACCC-ATCTCCACAAGTAACTGATAAATTTACCACTTGAATCAACGGTGAGAGACGAATGACAATGAGATGCAATGTC--ATATCAATCATCACAGAAATTGTTGCCAGACGAGCATT--CAAACTCACAACC-----CCCTG--------AATTG-A----TAG-TCAGACGTGCTACC--GACTCAGCTACCCAGGCCTAGCTC------A-ATACTGGAATAATATT-TAC-ATT--G----GTCA---TACCTGT
gi|12 : ataattattgattctcagtgttaatctggaataactgatcgccatgtcaacagattatttcagctcctggataatctcgctaaatcaataatagatgcacatttactgtggaagattggatattgttATT--CAAACTCACAA-CCATCACCCTT--------AATTGAA----CAG-TCGGACGC--TACCCGGACCAAGTTAgtcccttaaccatctaaaagaattttgtatacattttttctatttaattgttgatgattaaac
gi|13 : tGATT--CGAACCCACAA-C-----CTCCGTAGTAATAAATTT-A----TAG-GCAGACGCTCTATC--GACAGAGCTgatatactggacaataagttacagttg
gi|14 : attgttggagataaTGATTGA-TTGAATATTTA--TCATCATTTTTTTATGCCccgcagg
gi|15 : ataaactagaacctgaagtttccagggtttgatactgatgggtG--AAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CCTTA-T-TATATCACGTGCATT
gi|16 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGAGGTCCATTTTATATGTATTATGCGCATT---CTTTA-T-TATATCGTGTGCATTcatca
gi|17 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CCTTG-T-TATATCATGTGCATTcatc
gi|18 : --GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGATCCATTTTATATGTATTGTGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATTcatc
gi|19 : tt-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTATCTTATGTGGTCCATTTTATATGTAGTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCGTGTGCATTtat
gi|2 : TGGTTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGAT-----------------TAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTTCAACTTGAATCAGTGGTGAGAGACATATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCTGGGCAGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTA-A----TAG-TCAGACGCGTAACC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGCCC---GG--------GAA--AAT--T-TGA-ATG--GTA---TCA---GAGTT-TAGTAAGC-GTTCAATAGATATGAACTGTGGGCATT---TCTTGCT-TATca
gi|20 : agtcggtagaacggaaccagttttcccgattggcaatgaatttgagtacgctgaatggtcagttcagggaaaatttgactgattgattgatTG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTTGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTTCATTttgattgggggtaaaaatagccgattcgggagatattgggttctaagatagacctagctctccttttggtcatata
gi|21 : TG--GAAT-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCTATTTTATATGTATTATGTGCATT---CCTTA-T-TATATCATGTGCATTca
gi|22 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATTc
gi|23 : AAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGCGGTCCATTTTATATGTATTATTTGCATT---CCTTA-T-TATATCATGTGCATTc
gi|24 : AAC-GCCA---GAACTGTCATACGTGGTCCATTTTATTTTTAGTATGCTATTT---CTTTA-T-CATATCATATGCATTcatc
gi|25 : GGGCGGAGATTTTC-AACTCACGA-------CCATG--------GGTTC-AAGTGTAATTCAGGCACGTTA-T--GACTAAGCTGACCGGGTCcatc
gi|26 : -GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATATATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
gi|27 : tGGTTT--TGAATTCACGA-C-----CTTTT--------GATTA-A----GAG-TCGGAGGCGTAACC--TTCAGAG-----CAGGCCTGGTCC---catca
gi|28 : AGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATAATGTGCATTaattt
gi|29 : -ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTCATGTGGTCCATTTTATATGTATTATTTGCATT---CCTTA-catc
gi|3 : TAATTAG-GTGAATACTTTCTGTGTCA--TTTTTATGCCATCCAGGGTCAACAGATGATCAGTT
gi|32 : tgtatgagtgtatcaataaaggtcacaacagtaatcagaaattgggagtttaccgaatatttaaacgatgctgtgggttttttattggcatttagtcaggaattgccacttataagacaggttgttgcttaatacactaaccggttaatttattctgaaaaggtagaaatgggaaatagcaaatatggctgcttaagacaagttgctgcttaatagaggtgaccgtttacacaggtttgactgtatatatcatggattgtataatatgcacaagtcccacacttaaaaggttttaactaatgtattatctagctatgaatgcaacttacatatttctcccccccccccccccccaccccaccaccccaataaattatagtctttactatataaaat-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATCATGTGC
gi|33 : -ATG--GATC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTAAATGTACTATGTG
gi|34 : TG--GAAT-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCTATTTTATATGTATTATGTG
gi|35 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATCATGTG
gi|36 : ATTTTTTATGTATTCTGTGCATT---CTTTA-T-TATATCCTGGGCATT
gi|37 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATTATGcatc
gi|38 : G--GAAC-GCCA---TTGCTAGCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATCATGT
gi|39 : G--------GATTG-A----TAA-CCAAACATGCTACT--GACTAAGCTACCCAGGCC
gi|4 : TGACTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGTCATCGAAGACTAACAGACGATCAGTTAACTTAACCACTATTTCCTGGGA-----------------TTAATCAGTACTCGAGCACAGCCTATCTCCGC----AGCTGATGACTTTCCCACTTGAATCAGCGGTGAGACAAGATTGATAATGAG--ACAATGTTGTATATTAATCATCACGGAGACTGTTGC--------------CGAACTCACAA-C-----CCCTG--------GATTG-A----TAG-TCAGACGCGTAGCC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGC--------ATATATTACA--AAT
gi|40 : attaactaagtttactaagttcttgtatactaataacataagtatattgctttatattccgactcaaatgttttgtttctttactctctctttcattatattacaatTGTCGTATAACAATCAACACGGAGATTTTGGCCGAGCGGgaggtcgttttattctgttagttatgtattgtttgcttcgcctgtggcatgccggtcagtcctaggaaacgca
gi|41 : at-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATG
gi|42 : -ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTTGTCCATTTTATAT
gi|43 : -ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTTGTCCATTTTATAT
gi|44 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATAT
gi|45 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCTATATT
gi|5 : TAATTGAATTGAATATA-A--GTGTCA--CTGTTATGCCATCGAGTGCTAACAGACGATCAAT----CTAACGACTGTTTCCTGGGATCG------TGA-AAGGTTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGTCAGTAACTGATA-CCTTCCTA--------GGCAGTGAGAAACGAATGATGATGAGACA-ATTGTCGTATAACAATCATCACGGAGACTTTTACCGGGCAGGGATT--CGAACTCCTGA-C-----CCCTT--------GATTA-A----TAG-TCAGACGCGTAACC--GACTGAGCTTATCGAACCCGGCCC---GG-
gi|6 : atattttgtgggtgacgtttaacgatatttgctacacatggcagtttatatttgacatttcaagttttattcggtggaagatTGATTGA-TGGAAAATTAA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAAGGCTTATAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGATCA------TGA-AAGGTTAACCAATACTCGAACACACCTCATATCCGCAAGTAACTGATAACGTTTCATCTTGACTCTGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGATGTATATTAATCATCACGGAGGCTGTAGCCGGGCAGCGAT--------TCACGA-C-----CCCTT--------GATTG-A----TAG-TCAGACGCGTTACC--GACTGAGCTAATCAGGCCCGGCCCAATGG-G-ACA----A--GATA-TACAG-ATGCAGAACAGTCATGTTAGCTGtggaagaagatccccaaattaatatagacactgtcacatcgatcaatatttacatgatctgtt
gi|7 : gcagtcgtcagttccattcataccccaggttgtaaaattcttcccttctacttctccaatgggaaataatTGATTGA-TTGAATAGTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGATCAAT----CTAACCAATGTCTCCTGGGAT-----------------TAACCAGTACTCGA---TACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGTGATTAGAGATGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CAAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTG-A----AAA-TCAGACGCGTAAGC--GACTGAGCTAATCGGGTCCTGCAT---GGTA-ATACTGCA--AATA-TCTAGTATG--GAAC-ACCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTGATATGTATTGTGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATTcacaagtacattgcattgttgtt
gi|9 : TG--GAAA-GCCA---GAGCTGTCTTCTGTGATTCATTTTCGGTATATGGTGTACATTTTCCTTTA-TATATATTATGT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGTATAACGTACACAGCTCTCCTGATTGAGTCCGTTACCTAGCAATGCATTTGGGCACGTTGATTGGTCAGTTGCTTAAGGGAAAAGATTAAATGGCGTCACATTTAAGTAAGCGTTCAATAGCTATACATTGTGGGACAGGCATGGAATTCTCTGCTCAAATGATTGGGGGTAAATAGCTGTGATTCTGGGG
Unaligned ( gi|10 ): TCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGTATTGTTTTCGTTGTATGGTGATTTAGATGTAAAATTTAGGGTAAATTCAGCAGTCTCTTTAATCAGAAAGTAGACATTGCCAGATTTAATTCAGTGTTGATGGATAGGTTTCTTCATATT
Unaligned ( gi|11 ): GCGGAACAGTCATGTTAGTTGCGCAAGTACATTGTTTTGTTGTTGTTGTATGGTGATTTAGATAGGGCAAATTCAGCAGTCTCTTTAATTAGAAAGTAGACATAGCCAGATTAAATTCAGTGTTGATGGATAAGTATCTTCTTATT
Unaligned ( gi|30 ): CCAATTGGACAGGATAATAGATGCAGAACAGTCATGTCAGCTGCACAGGTACTTTGT
Unaligned ( gi|31 ): CAATGGGACAAGATATATAGATGCGGAACAGTCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGT
Unaligned ( gi|46 ): CGGAACAGTCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGT
Alignments
lowQualScore : 8888888888888888 11111 11111111 3333333333333333333333333
lowQualScore : 5 0 66 66 5 2222222222222222 1 1 3 1 55 2 4 00000 33333333 3 7777 3 1 55 3 2222222222222222222222222 33 22 1 222 444 2 2
lowQualScore : . . .. .. . ................ . . . . .. . . ..... ........ . .... . . .. . ......................... .. .. . ... ... . .
lowQualScore : 0 4 99 99 0 3333333333333333 0 0 2 0 55 3 0 00000 22222222 6 7777 6 0 00 0 7777777777777777777777777 99 22 4 555 111 4 5
consensus : TGATTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGATC-------TGA-A-GGTTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGCGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTG-A----TAG-TCAGACGCGTNACC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGCCC---GG-A-ATACTGNA--AATA-T-TAG-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
Reference ( family-19 ) : TGATTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGATC-------TGA-A-GGTTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGCGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTG-A----TAG-TCAGACGCGTNACC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGCCC---GG-A-ATACTGNA--AATA-T-TAG-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
gi|1 : TGTTTGT-TTGAATATTTA--GCATCA--TTTTTATGCCATTGAAGACTAACAGATGATCACTTAACCTAAAAACTCTTTCCAGAAATCCAGATCCTGACA-GGTTAACAAGTACTTGAGCACACCC-ATCTCCACAAGTAACTGATAAATTTACCACTTGAATCAACGGTGAGAGACGAATGACAATGAGATGCAATGTC--ATATCAATCATCACAGAAATTGTTGCCAGACGAGCATT--CAAACTCACAACC-----CCCTG--------AATTG-A----TAG-TCAGACGTGCTACC--GACTCAGCTACCCAGGCCTAGCTC------A-ATACTGGAATAATATT-TAC-ATT--G----GTCA---TACCTGT
gi|12 : ataattattgattctcagtgttaatctggaataactgatcgccatgtcaacagattatttcagctcctggataatctcgctaaatcaataatagatgcacatttactgtggaagattggatattgttATT--CAAACTCACAA-CCATCACCCTT--------AATTGAA----CAG-TCGGACGC--TACCCGGACCAAGTTAgtcccttaaccatctaaaagaattttgtatacattttttctatttaattgttgatgattaaac
gi|13 : tGATT--CGAACCCACAA-C-----CTCCGTAGTAATAAATTT-A----TAG-GCAGACGCTCTATC--GACAGAGCTgatatactggacaataagttacagttg
gi|14 : attgttggagataaTGATTGA-TTGAATATTTA--TCATCATTTTTTTATGCCccgcagg
gi|15 : ataaactagaacctgaagtttccagggtttgatactgatgggtG--AAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CCTTA-T-TATATCACGTGCATT
gi|16 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGAGGTCCATTTTATATGTATTATGCGCATT---CTTTA-T-TATATCGTGTGCATTcatca
gi|17 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CCTTG-T-TATATCATGTGCATTcatc
gi|18 : --GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGATCCATTTTATATGTATTGTGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATTcatc
gi|19 : tt-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTATCTTATGTGGTCCATTTTATATGTAGTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCGTGTGCATTtat
gi|2 : TGGTTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGAT-----------------TAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTTCAACTTGAATCAGTGGTGAGAGACATATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCTGGGCAGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTA-A----TAG-TCAGACGCGTAACC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGCCC---GG--------GAA--AAT--T-TGA-ATG--GTA---TCA---GAGTT-TAGTAAGC-GTTCAATAGATATGAACTGTGGGCATT---TCTTGCT-TATca
gi|20 : agtcggtagaacggaaccagttttcccgattggcaatgaatttgagtacgctgaatggtcagttcagggaaaatttgactgattgattgatTG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTTGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTTCATTttgattgggggtaaaaatagccgattcgggagatattgggttctaagatagacctagctctccttttggtcatata
gi|21 : TG--GAAT-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCTATTTTATATGTATTATGTGCATT---CCTTA-T-TATATCATGTGCATTca
gi|22 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATTc
gi|23 : AAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGCGGTCCATTTTATATGTATTATTTGCATT---CCTTA-T-TATATCATGTGCATTc
gi|24 : AAC-GCCA---GAACTGTCATACGTGGTCCATTTTATTTTTAGTATGCTATTT---CTTTA-T-CATATCATATGCATTcatc
gi|25 : GGGCGGAGATTTTC-AACTCACGA-------CCATG--------GGTTC-AAGTGTAATTCAGGCACGTTA-T--GACTAAGCTGACCGGGTCcatc
gi|26 : -GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATATATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
gi|27 : tGGTTT--TGAATTCACGA-C-----CTTTT--------GATTA-A----GAG-TCGGAGGCGTAACC--TTCAGAG-----CAGGCCTGGTCC---catca
gi|28 : AGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATAATGTGCATTaattt
gi|29 : -ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTCATGTGGTCCATTTTATATGTATTATTTGCATT---CCTTA-catc
gi|3 : TAATTAG-GTGAATACTTTCTGTGTCA--TTTTTATGCCATCCAGGGTCAACAGATGATCAGTT
gi|32 : tgtatgagtgtatcaataaaggtcacaacagtaatcagaaattgggagtttaccgaatatttaaacgatgctgtgggttttttattggcatttagtcaggaattgccacttataagacaggttgttgcttaatacactaaccggttaatttattctgaaaaggtagaaatgggaaatagcaaatatggctgcttaagacaagttgctgcttaatagaggtgaccgtttacacaggtttgactgtatatatcatggattgtataatatgcacaagtcccacacttaaaaggttttaactaatgtattatctagctatgaatgcaacttacatatttctcccccccccccccccccaccccaccaccccaataaattatagtctttactatataaaat-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATCATGTGC
gi|33 : -ATG--GATC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTAAATGTACTATGTG
gi|34 : TG--GAAT-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCTATTTTATATGTATTATGTG
gi|35 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATCATGTG
gi|36 : ATTTTTTATGTATTCTGTGCATT---CTTTA-T-TATATCCTGGGCATT
gi|37 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATTATGcatc
gi|38 : G--GAAC-GCCA---TTGCTAGCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATCATGT
gi|39 : G--------GATTG-A----TAA-CCAAACATGCTACT--GACTAAGCTACCCAGGCC
gi|4 : TGACTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGTCATCGAAGACTAACAGACGATCAGTTAACTTAACCACTATTTCCTGGGA-----------------TTAATCAGTACTCGAGCACAGCCTATCTCCGC----AGCTGATGACTTTCCCACTTGAATCAGCGGTGAGACAAGATTGATAATGAG--ACAATGTTGTATATTAATCATCACGGAGACTGTTGC--------------CGAACTCACAA-C-----CCCTG--------GATTG-A----TAG-TCAGACGCGTAGCC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGC--------ATATATTACA--AAT
gi|40 : attaactaagtttactaagttcttgtatactaataacataagtatattgctttatattccgactcaaatgttttgtttctttactctctctttcattatattacaatTGTCGTATAACAATCAACACGGAGATTTTGGCCGAGCGGgaggtcgttttattctgttagttatgtattgtttgcttcgcctgtggcatgccggtcagtcctaggaaacgca
gi|41 : at-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATG
gi|42 : -ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTTGTCCATTTTATAT
gi|43 : -ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTTGTCCATTTTATAT
gi|44 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATAT
gi|45 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCTATATT
gi|5 : TAATTGAATTGAATATA-A--GTGTCA--CTGTTATGCCATCGAGTGCTAACAGACGATCAAT----CTAACGACTGTTTCCTGGGATCG------TGA-AAGGTTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGTCAGTAACTGATA-CCTTCCTA--------GGCAGTGAGAAACGAATGATGATGAGACA-ATTGTCGTATAACAATCATCACGGAGACTTTTACCGGGCAGGGATT--CGAACTCCTGA-C-----CCCTT--------GATTA-A----TAG-TCAGACGCGTAACC--GACTGAGCTTATCGAACCCGGCCC---GG-
gi|6 : atattttgtgggtgacgtttaacgatatttgctacacatggcagtttatatttgacatttcaagttttattcggtggaagatTGATTGA-TGGAAAATTAA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAAGGCTTATAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGATCA------TGA-AAGGTTAACCAATACTCGAACACACCTCATATCCGCAAGTAACTGATAACGTTTCATCTTGACTCTGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGATGTATATTAATCATCACGGAGGCTGTAGCCGGGCAGCGAT--------TCACGA-C-----CCCTT--------GATTG-A----TAG-TCAGACGCGTTACC--GACTGAGCTAATCAGGCCCGGCCCAATGG-G-ACA----A--GATA-TACAG-ATGCAGAACAGTCATGTTAGCTGtggaagaagatccccaaattaatatagacactgtcacatcgatcaatatttacatgatctgtt
gi|7 : gcagtcgtcagttccattcataccccaggttgtaaaattcttcccttctacttctccaatgggaaataatTGATTGA-TTGAATAGTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGATCAAT----CTAACCAATGTCTCCTGGGAT-----------------TAACCAGTACTCGA---TACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGTGATTAGAGATGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CAAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTG-A----AAA-TCAGACGCGTAAGC--GACTGAGCTAATCGGGTCCTGCAT---GGTA-ATACTGCA--AATA-TCTAGTATG--GAAC-ACCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTGATATGTATTGTGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATTcacaagtacattgcattgttgtt
gi|9 : TG--GAAA-GCCA---GAGCTGTCTTCTGTGATTCATTTTCGGTATATGGTGTACATTTTCCTTTA-TATATATTATGT
blockSeqs : A CT TT T CGTGAAAGG G C A A TT A . CATCA TAGTAATA A AGTG T T CG C GGTAATACTGCAAATATC GT CA A TGT TTC C A
blockSeqs : . . . T CATGAAAGG G T C C . G . . . . . . T . C AATGGGACAAGATATA A . . . . . .
blockSeqs : . . . T . G C A T . G . . . . . . A . C GGGAAAATT G . . . . . .
blockSeqs : . . . T . A C A A . G . . . . . . T . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . C . G . . . . . . A . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ****************
originalCons : TGATTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGATC-------TGA-A-GGTTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGCGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTG-A----TAG-TCAGACGCGTNACC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGCCC---GG-A-ATACTGNA--AATA-T-TAG-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
finalCons : TGATTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGAT----------------TTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGCGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTG-A----TAG-TCAGACGCGTNACC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGCCC---GG-A-ATACTGNA--AATA-T-TAG-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGTATAACGTACACAGCTCTCCTGATTGAGTCCGTTACCTAGCAATGCATTTGGGCACGTTGATTGGTCAGTTGCTTAAGGGAAAAGATTAAATGGCGTCACATTTAAGTAAGCGTTCAATAGCTATACATTGTGGGACAGGCATGGAATTCTCTGCTCAAATGATTGGGGGTAAATAGCTGTGATTCTGGGG
Unaligned ( gi|10 ): TCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGTATTGTTTTCGTTGTATGGTGATTTAGATGTAAAATTTAGGGTAAATTCAGCAGTCTCTTTAATCAGAAAGTAGACATTGCCAGATTTAATTCAGTGTTGATGGATAGGTTTCTTCATATT
Unaligned ( gi|11 ): GCGGAACAGTCATGTTAGTTGCGCAAGTACATTGTTTTGTTGTTGTTGTATGGTGATTTAGATAGGGCAAATTCAGCAGTCTCTTTAATTAGAAAGTAGACATAGCCAGATTAAATTCAGTGTTGATGGATAAGTATCTTCTTATT
Unaligned ( gi|30 ): CCAATTGGACAGGATAATAGATGCAGAACAGTCATGTCAGCTGCACAGGTACTTTGT
Unaligned ( gi|31 ): CAATGGGACAAGATATATAGATGCGGAACAGTCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGT
Unaligned ( gi|46 ): CGGAACAGTCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGT
Alignments
lowQualScore : 999999999999999 11111 11111111 3333333333333333333333333
lowQualScore : 5 0 66 66 5 555555555555555 7 1 1 3 1 55 2 4 00000 33333333 3 7777 3 1 55 3 2222222222222222222222222 33 22 1 222 444 2 2
lowQualScore : . . .. .. . ............... . . . . . .. . . ..... ........ . .... . . .. . ......................... .. .. . ... ... . .
lowQualScore : 0 4 99 99 0 000000000000000 3 0 0 2 0 55 3 0 00000 22222222 6 7777 6 0 00 0 7777777777777777777777777 99 22 4 555 111 4 5
consensus : TGATTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGATC--GA----------TTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGCGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTG-A----TAG-TCAGACGCGTNACC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGCCC---GG-A-ATACTGNA--AATA-T-TAG-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
Reference ( family-19 ) : TGATTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGAT---------------TTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGCGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTG-A----TAG-TCAGACGCGTNACC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGCCC---GG-A-ATACTGNA--AATA-T-TAG-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
gi|1 : TGTTTGT-TTGAATATTTA--GCATCA--TTTTTATGCCATTGAAGACTAACAGATGATCACTTAACCTAAAAACTCTTTCCAGAAATCCAGATCCTGACAGGTTAACAAGTACTTGAGCACACCC-ATCTCCACAAGTAACTGATAAATTTACCACTTGAATCAACGGTGAGAGACGAATGACAATGAGATGCAATGTC--ATATCAATCATCACAGAAATTGTTGCCAGACGAGCATT--CAAACTCACAACC-----CCCTG--------AATTG-A----TAG-TCAGACGTGCTACC--GACTCAGCTACCCAGGCCTAGCTC------A-ATACTGGAATAATATT-TAC-ATT--G----GTCA---TACCTGT
gi|12 : ataattattgattctcagtgttaatctggaataactgatcgccatgtcaacagattatttcagctcctggataatctcgctaaatcaataatagatgcacatttactgtggaagattggatattgttATT--CAAACTCACAA-CCATCACCCTT--------AATTGAA----CAG-TCGGACGC--TACCCGGACCAAGTTAgtcccttaaccatctaaaagaattttgtatacattttttctatttaattgttgatgattaaac
gi|13 : tGATT--CGAACCCACAA-C-----CTCCGTAGTAATAAATTT-A----TAG-GCAGACGCTCTATC--GACAGAGCTgatatactggacaataagttacagttg
gi|14 : attgttggagataaTGATTGA-TTGAATATTTA--TCATCATTTTTTTATGCCccgcagg
gi|15 : ataaactagaacctgaagtttccagggtttgatactgatgggtG--AAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CCTTA-T-TATATCACGTGCATT
gi|16 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGAGGTCCATTTTATATGTATTATGCGCATT---CTTTA-T-TATATCGTGTGCATTcatca
gi|17 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CCTTG-T-TATATCATGTGCATTcatc
gi|18 : --GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGATCCATTTTATATGTATTGTGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATTcatc
gi|19 : tt-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTATCTTATGTGGTCCATTTTATATGTAGTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCGTGTGCATTtat
gi|2 : TGGTTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGAT---------------T-AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTTCAACTTGAATCAGTGGTGAGAGACATATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCTGGGCAGGGATT--CGAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTA-A----TAG-TCAGACGCGTAACC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGCCC---GG--------GAA--AAT--T-TGA-ATG--GTA---TCA---GAGTT-TAGTAAGC-GTTCAATAGATATGAACTGTGGGCATT---TCTTGCT-TATca
gi|20 : agtcggtagaacggaaccagttttcccgattggcaatgaatttgagtacgctgaatggtcagttcagggaaaatttgactgattgattgatTG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTTGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTTCATTttgattgggggtaaaaatagccgattcgggagatattgggttctaagatagacctagctctccttttggtcatata
gi|21 : TG--GAAT-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCTATTTTATATGTATTATGTGCATT---CCTTA-T-TATATCATGTGCATTca
gi|22 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATTc
gi|23 : AAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGCGGTCCATTTTATATGTATTATTTGCATT---CCTTA-T-TATATCATGTGCATTc
gi|24 : AAC-GCCA---GAACTGTCATACGTGGTCCATTTTATTTTTAGTATGCTATTT---CTTTA-T-CATATCATATGCATTcatc
gi|25 : GGGCGGAGATTTTC-AACTCACGA-------CCATG--------GGTTC-AAGTGTAATTCAGGCACGTTA-T--GACTAAGCTGACCGGGTCcatc
gi|26 : -GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATATATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATT
gi|27 : tGGTTT--TGAATTCACGA-C-----CTTTT--------GATTA-A----GAG-TCGGAGGCGTAACC--TTCAGAG-----CAGGCCTGGTCC---catca
gi|28 : AGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATTATGTGCATT---CTTTA-T-TATATAATGTGCATTaattt
gi|29 : -ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTCATGTGGTCCATTTTATATGTATTATTTGCATT---CCTTA-catc
gi|3 : TAATTAG-GTGAATACTTTCTGTGTCA--TTTTTATGCCATCCAGGGTCAACAGATGATCAGTT
gi|32 : tgtatgagtgtatcaataaaggtcacaacagtaatcagaaattgggagtttaccgaatatttaaacgatgctgtgggttttttattggcatttagtcaggaattgccacttataagacaggttgttgcttaatacactaaccggttaatttattctgaaaaggtagaaatgggaaatagcaaatatggctgcttaagacaagttgctgcttaatagaggtgaccgtttacacaggtttgactgtatatatcatggattgtataatatgcacaagtcccacacttaaaaggttttaactaatgtattatctagctatgaatgcaacttacatatttctcccccccccccccccccaccccaccaccccaataaattatagtctttactatataaaat-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATCATGTGC
gi|33 : -ATG--GATC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTAAATGTACTATGTG
gi|34 : TG--GAAT-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCTATTTTATATGTATTATGTG
gi|35 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATCATGTG
gi|36 : ATTTTTTATGTATTCTGTGCATT---CTTTA-T-TATATCCTGGGCATT
gi|37 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATGTATTATGcatc
gi|38 : G--GAAC-GCCA---TTGCTAGCTTATGTGGTCCATTTTATATGTATCATGT
gi|39 : G--------GATTG-A----TAA-CCAAACATGCTACT--GACTAAGCTACCCAGGCC
gi|4 : TGACTGA-TTGAATATTTA--GCGTCA--TTTTTATGTCATCGAAGACTAACAGACGATCAGTTAACTTAACCACTATTTCCTGGGA----------------TTAATCAGTACTCGAGCACAGCCTATCTCCGC----AGCTGATGACTTTCCCACTTGAATCAGCGGTGAGACAAGATTGATAATGAG--ACAATGTTGTATATTAATCATCACGGAGACTGTTGC--------------CGAACTCACAA-C-----CCCTG--------GATTG-A----TAG-TCAGACGCGTAGCC--GACTGAGCTAATCGGGCCCGGC--------ATATATTACA--AAT
gi|40 : attaactaagtttactaagttcttgtatactaataacataagtatattgctttatattccgactcaaatgttttgtttctttactctctctttcattatattacaatTGTCGTATAACAATCAACACGGAGATTTTGGCCGAGCGGgaggtcgttttattctgttagttatgtattgtttgcttcgcctgtggcatgccggtcagtcctaggaaacgca
gi|41 : at-ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATATGGTCCATTTTCTATG
gi|42 : -ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTTGTCCATTTTATAT
gi|43 : -ATG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTTGTCCATTTTATAT
gi|44 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTATAT
gi|45 : TG--GAAC-GCCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCTATATT
gi|5 : TAATTGAATTGAATATA-A--GTGTCA--CTGTTATGCCATCGAGTGCTAACAGACGATCAAT----CTAACGACTGTTTCCTGGGATCGTGAAAGG------TTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGTCAGTAACTGATA-CCTTCCTA--------GGCAGTGAGAAACGAATGATGATGAGACA-ATTGTCGTATAACAATCATCACGGAGACTTTTACCGGGCAGGGATT--CGAACTCCTGA-C-----CCCTT--------GATTA-A----TAG-TCAGACGCGTAACC--GACTGAGCTTATCGAACCCGGCCC---GG-
gi|6 : atattttgtgggtgacgtttaacgatatttgctacacatggcagtttatatttgacatttcaagttttattcggtggaagatTGATTGA-TGGAAAATTAA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAAGGCTTATAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGATCATGAAAGG------TTAACCAATACTCGAACACACCTCATATCCGCAAGTAACTGATAACGTTTCATCTTGACTCTGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGATGTATATTAATCATCACGGAGGCTGTAGCCGGGCAGCGAT--------TCACGA-C-----CCCTT--------GATTG-A----TAG-TCAGACGCGTTACC--GACTGAGCTAATCAGGCCCGGCCCAATGG-G-ACA----A--GATA-TACAG-ATGCAGAACAGTCATGTTAGCTGtggaagaagatccccaaattaatatagacactgtcacatcgatcaatatttacatgatctgtt
gi|7 : gcagtcgtcagttccattcataccccaggttgtaaaattcttcccttctacttctccaatgggaaataatTGATTGA-TTGAATAGTTA--GCGTCA--TTTTTATGCCATCGAGGGCTAATAGACGATCAAT----CTAACCAATGTCTCCTGGGAT---------------T-AACCAGTACTCGA---TACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGTGATTAGAGATGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGATT--CAAACTCACGA-C-----CCCTG--------GATTG-A----AAA-TCAGACGCGTAAGC--GACTGAGCTAATCGGGTCCTGCAT---GGTA-ATACTGCA--AATA-TCTAGTATG--GAAC-ACCA---TAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTGATATGTATTGTGTGCATT---CTTTA-T-TATATCATGTGCATTcacaagtacattgcattgttgtt
gi|9 : TG--GAAA-GCCA---GAGCTGTCTTCTGTGATTCATTTTCGGTATATGGTGTACATTTTCCTTTA-TATATATTATGT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGTATAACGTACACAGCTCTCCTGATTGAGTCCGTTACCTAGCAATGCATTTGGGCACGTTGATTGGTCAGTTGCTTAAGGGAAAAGATTAAATGGCGTCACATTTAAGTAAGCGTTCAATAGCTATACATTGTGGGACAGGCATGGAATTCTCTGCTCAAATGATTGGGGGTAAATAGCTGTGATTCTGGGG
Unaligned ( gi|10 ): TCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGTATTGTTTTCGTTGTATGGTGATTTAGATGTAAAATTTAGGGTAAATTCAGCAGTCTCTTTAATCAGAAAGTAGACATTGCCAGATTTAATTCAGTGTTGATGGATAGGTTTCTTCATATT
Unaligned ( gi|11 ): GCGGAACAGTCATGTTAGTTGCGCAAGTACATTGTTTTGTTGTTGTTGTATGGTGATTTAGATAGGGCAAATTCAGCAGTCTCTTTAATTAGAAAGTAGACATAGCCAGATTAAATTCAGTGTTGATGGATAAGTATCTTCTTATT
Unaligned ( gi|30 ): CCAATTGGACAGGATAATAGATGCAGAACAGTCATGTCAGCTGCACAGGTACTTTGT
Unaligned ( gi|31 ): CAATGGGACAAGATATATAGATGCGGAACAGTCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGT
Unaligned ( gi|46 ): CGGAACAGTCATGTTAGCTGCACAAGTACATTGT