lowQualScore : 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 5555555555555555555555555555 1111 22222222222222222 1111
lowQualScore : 4 777 6 6 9999999999999999999999999999 5 5 9999 444 66666666666666666 55 777 2222
lowQualScore : . ... . . ............................ . . .... ... ................. .. ... ....
lowQualScore : 7 000 0 0 7777777777777777777777777777 7 3 6666 333 77777777777777777 00 000 4444
consensus : GGGATGNCCGTAACTAATGTGGCGAGCACTTGT-GCCG--GGCC----GA-CAA----NTTTGCCTT-ATTTATTTCAATGTTC-CT---TG--TATGCTTGTAATA-------------TG--TATG--TGTAAAT---ATATTGG-CAATAAAA
Reference ( gi|1 ) : GGGATGACCGTAACAGCTGTGATGAGTACTTCT-ACCGAGGACCCCGAGA-CAA----GTTTGCCTT-ATTTATTTCAATGTTC-CT---AG--TATGCTTGTAATA-------------TG--TATG--TGTAAAT---ATATTGG-TATTAAAA
gi|2 : GAGATGTCTGTAACAAATGTGGTGAGCACTTTT-GCTAA------C---A-CAAATCTGTTTGCCAT-ATTTATTTCAATGTTC------AGTTTATGCTTGTTATA-------------TGTTTATT--TGTAAAT---ATATTG
gi|11 : GGAATGACCGTAACCAATGTGGCTAACACTT---ACGGCAAACCC----------------TGCCTT-ATTCATTTCAATCTTC-CT---TG--AATGCATGTAtcaattaacat
gi|3 : TGGTCGTAGATGATGTGGTGAGCACGTGT-------GGCC---AGATCAA----GGT-GTCTT-ACTTATTGCAACGTTC-CT---TG--TATGTTTGTAATA-------------TGTTTATA--TGTAAAT---GTATTGA-CAATAAAA
gi|5 : CCGTTACTAATGTGGTGGGCACTCGTGACCG--GACC---------A----TTTT--CTT-ATTTATTTCAATATTC-CT---TG--TATGGTTGTA--------------------TTTG--TGTAAAC---ATATTGGCTAT
gi|10 : TGGTGAGCACTTGT-GTCCAAAGCC--------------GTTTGCCTTTATTTATTTCACTATTC-CT---TG--AATGCTTGTAATA-------------c
gi|18 : tcatagattatcactcaTGGCGAGCACTTGT-------GGCCC---GA-CTA----CTTTGCCTT-ATTTATTGCAATGTTC-
gi|9 : actaattAGA-CAG----TTTTGCCTT-AATTATTTCAATGTTC-CTTTCAG--CTTGTTTATA
gi|13 : cTTTGTCTT-ACTTATTTCAATGTTC-CT---TT--TATGCTTGAAATA-------------TGCATATG--TGCAAAA---ATATTAG-CAgctggcaatacaatatgtttcaaaatgtcaaacta
gi|7 : ccagaccctTTTGTCTTCATTGCTTTCAATGTTCTCT---AA---GTGCTTTCAATA-------------TG--TATG--TGTATAT---AT-TTGG-CAATACAA
gi|16 : caaaccttTGCCAT-ATTTATTTCAATGTCC-AT----G--TATGTTGGTAATA-------------TGTATATA--TGTAAAT---ATATTTG-CACTAtatgtgtaaactaa
gi|8 : GCCTT-ATTTATTTCAATGTTT-CT---TG--TACGTTTGTAATACCTATATGTATTGTA--TATG--TGTAAGT---ATAT
gi|15 : CCTT-ATTTATTTCTATGTTCACT----G--TATGCTTGTTATA-------------TG--TATA--TGGCAATGCAATAT--G-T-TTAAAgtaagcaataaaatgtgtc
gi|14 : TT-ATTTGTTTCAATTTTC-CT---CG--TATTCGTGTTATA-------------TG--TATG--TGTTAAT---GTATTGG-CAATAAAAct
gi|12 : T-AATCATTTCAATGTTT-CT---TG--TATGCTTGTTATA-------------TG--TATATTTGTAAAT---ATATTGG-CAATAAAAtatgtttaa
gi|6 : cTTCAATGTTC-CT---TA--CATGCTTGTAATA-------------TA--TATG--TATtatgtttaaac
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): CGTAACTAATGTAGTGAGCATGTGTGACCAGACCATTGCGCCCTTGTCAGTTCAATAATCCTTGCATGTATATGTGTTAATATCTGTTTAAACTTAATAGTTA
Unaligned ( gi|17 ): TTGTACAGCTTGCAATACGCATACATTGTATTTGTACAAATATTGGCAATACAATGTGTCT
Unaligned ( gi|19 ): TGTGATACGTATATTTGTAAATATATTGGCAATAAAATATGTTTAAACT
Unaligned ( gi|20 ): TAGGAGAATACCGCTACAAATGTGATGAGCAC
Alignments
lowQualScore : 6666666666666666666666666666 22222222222222222
lowQualScore : 1 0 2 2222222222222222222222222222 3 5 2 66666666666666666 33 33 3 3
lowQualScore : . . . ............................ . . . ................. .. .. . .
lowQualScore : 0 6 0 4444444444444444444444444444 3 0 4 99999999999999999 77 77 1 1
consensus : GGGATGACCGTAACTAATGTGGTGAGCACTTGTG-CC--GAG----CC-GA--CAANT----T-TGCCTT-ATTTATTTCAATGTTCCTTGTAT-GCTTGTAATA-------------TG--TATG--T--GTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
Reference ( family-1895 ) : GGGATGNCCGTAACTAATGTGGCGAGCACTTGTG-CC--GGG----CC-GA--CAANT----T-TGCCTT-ATTTATTTCAATGTTCCTTGTAT-GCTTGTAATA-------------TG--TATG--T--GTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
gi|1 : GGGATGACCGTAACAGCTGTGATGAGTACTTCTA-CC--GAGGACCCC-GAGACAAGT----T-TGCCTT-ATTTATTTCAATGTTCCTAGTAT-GCTTGTAATA-------------TG--TATG--T--GTAAATATAT-T-GGTATTAAAA
gi|10 : TGGTGAGCACTTGTG-TCCAAAG----CC-G-------T----T-TGCCTTTATTTATTTCACTATTCCTTGAAT-GCTTGTAATA-------------
gi|11 : tcatagattatcactcaGGAATGACCGTAACCAATGTGGCTAACACTTA---------------C-GG--CAAAC----CCTGCCTT-ATTCATTTCAATCTTCCTTGAAT-GCATGTA
gi|12 : T-AATCATTTCAATGTTTCTTGTAT-GCTTGTTATA-------------TG--TATATTT--GTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
gi|13 : cT----T-TGTCTT-ACTTATTTCAATGTTCCTTTTAT-GCTTGAAATA-------------TGCATATG--T--GCAAAAATAT-T-AGCAtatgtttaaac
gi|14 : ccagaccctTT-ATTTGTTTCAATTTTCCTCGTAT-TCGTGTTATA-------------TG--TATG--T--GTTAATGTAT-T-GGCAATAAAA
gi|15 : CCTT-ATTTATTTCTATGTTCACTGTAT-GCTTGTTATA-------------TG--TATA--T--GGCAAT--------GCAATAtatgtttaa
gi|16 : -TGCCAT-ATTTATTTCAATGT-CCATGTAT-GTTGGTAATA-------------TGTATATA--T--GTAAATATAT-T-TGCACTAtgtttaaact
gi|17 : TTGTACAGCTTGCAATACGCATACAT----TG--TATT--T--GTACAAATAT-T-GGCAATACAA
gi|18 : ACTAATTTGGCGAGCACTTGTG-GC---------CC-GA--CTACT----T-TGCCTT-ATTTATTGCAATGTTCtgtgtct
gi|19 : TGTGATA-------------CG--TATA--TTTGTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
gi|2 : GAGATGTCTGTAACAAATGTGGTGAGCACTTTTG-CT--AA------C--A--CAAATCTGTT-TGCCAT-ATTTATTTCAATGTTCAGTTTAT-GCTTGTTATA-------------TGTTTATT--T--GTAAATATAT-T-GTCAATTAAtatgtttaaact
gi|3 : TGGTCGTAGATGATGTGGTGAGCACGTGTG-------G----CCAGAT-CAAGG----T--GTCTT-ACTTATTGCAACGTTCCTTGTAT-GTTTGTAATA-------------TGTTTATA--T--GTAAATGTAT-T-GACAATAAAAcat
gi|4 : CGTAACTAATGTAGTGAGCATGTGTGACC--AGA----CC-------ATT----G-CGCCCT-TGTCAGTTCAATAATCCTTGCAT-G----------------------TA--TATG--T--GTTAATAT
gi|5 : CCGTTACTAATGTGGTGGGCACTCGTGACC--GGA----CC-------ATT----T-T--CTT-ATTTATTTCAATATTCCTTGTAT-GGTTGTA--------------------TTTG--T--GTAAACATAT-T-GGCTATctgtttaaacttaatagtta
gi|6 : TTCAATGTTCCTTACAT-GCTTGTAATA-------------TA--TATG--T--ATc
gi|7 : agacccctttatctccttgggT----T-TGTCTTCATTGCTTTCAATGTTCTCTAAGT-GCTTTCAATA-------------TG--TATG--T--GTATATAT-T-T-GGCAATACAAttgtttttatttggaaatacaatatgtttcaactat
gi|8 : caaaccttGCCTT-ATTTATTTCAATGTTTCTTGTAC-GTTTGTAATACCTATATGTATTGTA--TATG--T--GTAAGTATATGTAAGCAATAAAAtatgtgtaaactaa
gi|9 : -GA--CAGTT----T-TGCCTT-AATTATTTCAATGTTCCTTTCA--GCTTGTtgtgtc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TAGGAGAATACCGCTACAAATGTGATGAGCAC
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555 22222222222222222
lowQualScore : 1 0 9999999999999999999999999999 5 2 66666666666666666 33 33 3 3
lowQualScore : . . ............................ . . ................. .. .. . .
lowQualScore : 2 6 5555555555555555555555555555 0 4 99999999999999999 77 77 1 1
consensus : GGGATGACCGTAACTAATGTGGTGAGCACTTGTG-CC--GAG----CC-GA--CAANT----TTGCCTT-ATTTATTTCAATGTTCCTTGTAT-GCTTGTAATA-------------TG--TATG--T--GTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
Reference ( family-1895 ) : GGGATGACCGTAACTAATGTGGTGAGCACTTGTG-CC--GAG----CC-GA--CAANT----TTGCCTT-ATTTATTTCAATGTTCCTTGTAT-GCTTGTAATA-------------TG--TATG--T--GTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
gi|1 : GGGATGACCGTAACAGCTGTGATGAGTACTTCTA-CC--GAGGACCCC-GAGACAAGT----TTGCCTT-ATTTATTTCAATGTTCCTAGTAT-GCTTGTAATA-------------TG--TATG--T--GTAAATATAT-T-GGTATTAAAA
gi|10 : TGGTGAGCACTTGTG-TCCAAAG----CC-G-------T----TTGCCTTTATTTATTTCACTATTCCTTGAAT-GCTTGTAATA-------------
gi|11 : tcatagattatcactcaGGAATGACCGTAACCAATGTGGCTAACACTTACG-GC--AAA----CC--------------CTGCCTT-ATTCATTTCAATCTTCCTTGAAT-GCATGTA
gi|12 : T-AATCATTTCAATGTTTCTTGTAT-GCTTGTTATA-------------TG--TATATTT--GTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
gi|13 : cT----TTGTCTT-ACTTATTTCAATGTTCCTTTTAT-GCTTGAAATA-------------TGCATATG--T--GCAAAAATAT-T-AGCAtatgtttaaac
gi|14 : ccagaccctTT-ATTTGTTTCAATTTTCCTCGTAT-TCGTGTTATA-------------TG--TATG--T--GTTAATGTAT-T-GGCAATAAAA
gi|15 : CCTT-ATTTATTTCTATGTTCACTGTAT-GCTTGTTATA-------------TG--TATA--T--GGCAAT--------GCAATAtatgtttaa
gi|16 : TGCCAT-ATTTATTTCAATGT-CCATGTAT-GTTGGTAATA-------------TGTATATA--T--GTAAATATAT-T-TGCACTAtgtttaaact
gi|17 : TTGTACAGCTTGCAATACGCATACAT----TG--TATT--T--GTACAAATAT-T-GGCAATACAA
gi|18 : ACTAATTTGGCGAGCACTTGTG-GC---------CC-GA--CTACT----TTGCCTT-ATTTATTGCAATGTTCtgtgtct
gi|19 : TGTGATA-------------CG--TATA--TTTGTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
gi|2 : GAGATGTCTGTAACAAATGTGGTGAGCACTTTTG-CT--AA------C--A--CAAATCTGTTTGCCAT-ATTTATTTCAATGTTCAGTTTAT-GCTTGTTATA-------------TGTTTATT--T--GTAAATATAT-T-GTCAATTAAtatgtttaaact
gi|3 : TGGTCGTAGATGATGTGGTGAGCACGTGTG-------G----CCAGAT-CAAGG----T-GTCTT-ACTTATTGCAACGTTCCTTGTAT-GTTTGTAATA-------------TGTTTATA--T--GTAAATGTAT-T-GACAATAAAAcat
gi|4 : CGTAACTAATGTAGTGAGCA--TGTG--T--GAC----CA-GA--CCATT----GCGCCCT-TGTCAGTTCAATAATCCTTGCAT-G----------------------TA--TATG--T--GTTAATAT
gi|5 : CCGTTACTAATGTGGTGGGCACTCGTGACC--G---------GA--CCATT----TT--CTT-ATTTATTTCAATATTCCTTGTAT-GGTTGTA--------------------TTTG--T--GTAAACATAT-T-GGCTATctgtttaaacttaatagtta
gi|6 : TTCAATGTTCCTTACAT-GCTTGTAATA-------------TA--TATG--T--ATc
gi|7 : agacccctttatctccttgggT----TTGTCTTCATTGCTTTCAATGTTCTCTAAGT-GCTTTCAATA-------------TG--TATG--T--GTATATAT-T-T-GGCAATACAAttgtttttatttggaaatacaatatgtttcaactat
gi|8 : caaaccttGCCTT-ATTTATTTCAATGTTTCTTGTAC-GTTTGTAATACCTATATGTATTGTA--TATG--T--GTAAGTATATGTAAGCAATAAAAtatgtgtaaactaa
gi|9 : -GA--CAGTT----TTGCCTT-AATTATTTCAATGTTCCTTTCA--GCTTGTtgtgtc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TAGGAGAATACCGCTACAAATGTGATGAGCAC
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555 22222222222222222
lowQualScore : 1 0 9999999999999999999999999999 5 2 66666666666666666 33 33 3 3
lowQualScore : . . ............................ . . ................. .. .. . .
lowQualScore : 2 6 5555555555555555555555555555 0 4 99999999999999999 77 77 1 1
consensus : GGGATGACCGTAACTAATGTGGTGAGCACTTGTG-CC--GAG----CC-GA--CAANT----TTGCCTT-ATTTATTTCAATGTTCCTTGTAT-GCTTGTAATA-------------TG--TATG--T--GTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
Reference ( family-1895 ) : GGGATGACCGTAACTAATGTGGTGAGCACTTGTG-CC--GAG----CC-GA--CAANT----TTGCCTT-ATTTATTTCAATGTTCCTTGTAT-GCTTGTAATA-------------TG--TATG--T--GTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
gi|1 : GGGATGACCGTAACAGCTGTGATGAGTACTTCTA-CC--GAGGACCCC-GAGACAAGT----TTGCCTT-ATTTATTTCAATGTTCCTAGTAT-GCTTGTAATA-------------TG--TATG--T--GTAAATATAT-T-GGTATTAAAA
gi|10 : TGGTGAGCACTTGTG-TCCAAAG----CC-G-------T----TTGCCTTTATTTATTTCACTATTCCTTGAAT-GCTTGTAATA-------------
gi|11 : tcatagattatcactcaGGAATGACCGTAACCAATGTGGCTAACACTTACG-GC--AAA----CC--------------CTGCCTT-ATTCATTTCAATCTTCCTTGAAT-GCATGTA
gi|12 : T-AATCATTTCAATGTTTCTTGTAT-GCTTGTTATA-------------TG--TATATTT--GTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
gi|13 : cT----TTGTCTT-ACTTATTTCAATGTTCCTTTTAT-GCTTGAAATA-------------TGCATATG--T--GCAAAAATAT-T-AGCAtatgtttaaac
gi|14 : ccagaccctTT-ATTTGTTTCAATTTTCCTCGTAT-TCGTGTTATA-------------TG--TATG--T--GTTAATGTAT-T-GGCAATAAAA
gi|15 : CCTT-ATTTATTTCTATGTTCACTGTAT-GCTTGTTATA-------------TG--TATA--T--GGCAAT--------GCAATAtatgtttaa
gi|16 : TGCCAT-ATTTATTTCAATGT-CCATGTAT-GTTGGTAATA-------------TGTATATA--T--GTAAATATAT-T-TGCACTAtgtttaaact
gi|17 : TTGTACAGCTTGCAATACGCATACAT----TG--TATT--T--GTACAAATAT-T-GGCAATACAA
gi|18 : ACTAATTTGGCGAGCACTTGTG-GC---------CC-GA--CTACT----TTGCCTT-ATTTATTGCAATGTTCtgtgtct
gi|19 : TGTGATA-------------CG--TATA--TTTGTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
gi|2 : GAGATGTCTGTAACAAATGTGGTGAGCACTTTTG-CT--AA------C--A--CAAATCTGTTTGCCAT-ATTTATTTCAATGTTCAGTTTAT-GCTTGTTATA-------------TGTTTATT--T--GTAAATATAT-T-GTCAATTAAtatgtttaaact
gi|3 : TGGTCGTAGATGATGTGGTGAGCACGTGTG-------G----CCAGAT-CAAGG----T-GTCTT-ACTTATTGCAACGTTCCTTGTAT-GTTTGTAATA-------------TGTTTATA--T--GTAAATGTAT-T-GACAATAAAAcat
gi|4 : CGTAACTAATGTAGTGAGCA--TGTG--T--GAC----CA-GA--CCATT----GCGCCCT-TGTCAGTTCAATAATCCTTGCAT-G----------------------TA--TATG--T--GTTAATAT
gi|5 : CCGTTACTAATGTGGTGGGCACTCGTGACC--G---------GA--CCATT----TT--CTT-ATTTATTTCAATATTCCTTGTAT-GGTTGTA--------------------TTTG--T--GTAAACATAT-T-GGCTATctgtttaaacttaatagtta
gi|6 : TTCAATGTTCCTTACAT-GCTTGTAATA-------------TA--TATG--T--ATc
gi|7 : agacccctttatctccttgggT----TTGTCTTCATTGCTTTCAATGTTCTCTAAGT-GCTTTCAATA-------------TG--TATG--T--GTATATAT-T-T-GGCAATACAAttgtttttatttggaaatacaatatgtttcaactat
gi|8 : caaaccttGCCTT-ATTTATTTCAATGTTTCTTGTAC-GTTTGTAATACCTATATGTATTGTA--TATG--T--GTAAGTATATGTAAGCAATAAAAtatgtgtaaactaa
gi|9 : -GA--CAGTT----TTGCCTT-AATTATTTCAATGTTCCTTTCA--GCTTGTtgtgtc
blockSeqs : A CTAACACAAATCTGT T A CCTATATGTATTGTA TT TT G A
blockSeqs : T TGACCAGACCATT C . CGCATACATTG . . . .
blockSeqs : G GCCAGATCAAGG . . TGCA . . . .
blockSeqs : TCCAAAGCCGT . . TGTA . . . .
blockSeqs : GCCCGACTACT . . TGTT . . . .
blockSeqs : ACCGGACCATT . . TGTT . . . .
blockSeqs : GCAAACC . . TG . . . .
blockSeqs : . . TG . . . .
blockSeqs : . . TG . . . .
blockSeqs : . . CG . . . .
blockSeqs : . . TA . . . .
blockSeqs : . . TA . . . .
blockSeqs : . . TG . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : GCCAGACCAT******************
originalCons : GGGATGACCGTAACTAATGTGGTGAGCACTTGTG-CC--GAG----CC-GA--CAANT----TTGCCTT-ATTTATTTCAATGTTCCTTGTAT-GCTTGTAATA-------------TG--TATG--T--GTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
finalCons : GGGATGACCGTAACTAATGTGGTGAGCACTTGTGGCCAGACCAT------------------TTGCCTT-ATTTATTTCAATGTTCCTTGTAT-GCTTGTAATA-------------TG--TATG--T--GTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TAGGAGAATACCGCTACAAATGTGATGAGCAC
Alignments
lowQualScore : 111111 222 22222222222222222
lowQualScore : 1 0 444444 9999 4 666 3 000 3 5 4 2 66666666666666666 33 33 3 3
lowQualScore : . . ...... .... . ... . ... . . . . ................. .. .. . .
lowQualScore : 2 6 444444 9999 0 444 6 999 1 7 7 4 99999999999999999 77 77 1 1
consensus : GGGATGACCGTAACTAATGTGGTGAGCACTTGT------G---GC-C---AGA-CC-G-TT-T-GCCTT-ATTTATTTCAATGTTCCTTGTAT-GCTTGTAATA-------------TG--TATG--T--GTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
Reference ( family-1895 ) : GGGATGACCGTAACTAATGTGGTGAGCACTTGT------G---GC-C---AGA-CC-A-TT-T-GCCTT-ATTTATTTCAATGTTCCTTGTAT-GCTTGTAATA-------------TG--TATG--T--GTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
gi|1 : GGGATGACCGTAACAGCTGTGATGAGTACTTCTACCGAGG---AC-CCCGAGA-CA-AGTT-T-GCCTT-ATTTATTTCAATGTTCCTAGTAT-GCTTGTAATA-------------TG--TATG--T--GTAAATATAT-T-GGTATTAAAA
gi|10 : TGGTGAGCACTTGT------G---TC-C---AAAGCC-G-TT-T-GCCTTTATTTATTTCACTATTCCTTGAAT-GCTTGTAATA-------------
gi|11 : tcatagattatcactcaGGAATGACCGTAACCAATGTGGCTAACACTTAC------G---GC-----AAA-CC----C-T-GCCTT-ATTCATTTCAATCTTCCTTGAAT-GCATGTA
gi|12 : T-AATCATTTCAATGTTTCTTGTAT-GCTTGTTATA-------------TG--TATATTT--GTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
gi|13 : cC-C---AGA-CC-C-TT-TTGTCTT-ACTTATTTCAATGTTCCTTTTAT-GCTTGAAATA-------------TGCATATG--T--GCAAAAATAT-T-AGCAtatgtttaaac
gi|14 : TT-ATTTGTTTCAATTTTCCTCGTAT-TCGTGTTATA-------------TG--TATG--T--GTTAATGTAT-T-GGCAATAAAA
gi|15 : CCTT-ATTTATTTCTATGTTCACTGTAT-GCTTGTTATA-------------TG--TATA--T--GGCAAT--------GCAATAtatgtttaa
gi|16 : -T-GCCAT-ATTTATTTCAATGT-CCATGTAT-GTTGGTAATA-------------TGTATATA--T--GTAAATATAT-T-TGCACTAtgtttaaact
gi|17 : TTGTACAGCTTGCAATACGCATACAT----TG--TATT--T--GTACAAATAT-T-GGCAATACAA
gi|18 : ACTAATTTGGCGAGCACTTGT------G---GC-C---CGA-CT-ACTT-T-GCCTT-ATTTATTGCAATGTTCtgtgtct
gi|19 : TGTGATA-------------CG--TATA--TTTGTAAATATAT-T-GGCAATAAAA
gi|2 : GAGATGTCTGTAACAAATGTGGTGAGCACTTTT------GCTAACAC---AAA-TCTG-TT-T-GCCAT-ATTTATTTCAATGTTCAGTTTAT-GCTTGTTATA-------------TGTTTATT--T--GTAAATATAT-T-GTCAATTAAtatgtttaaact
gi|3 : TGGTCGTAGATGATGTGGTGAGCACGTGT------G---GC-C---AGA-TC-AAGG-T-GTCTT-ACTTATTGCAACGTTCCTTGTAT-GTTTGTAATA-------------TGTTTATA--T--GTAAATGTAT-T-GACAATAAAAcat
gi|4 : CGTAACTAATGTAGTGAGCATGTGT------G---AC-C---AGA-CC-A-TTGC-GCCCT-TGTCAGTTCAATAATCCTTGCAT-G----------------------TA--TATG--T--GTTAATAT
gi|5 : CCGTTACTAATGTGGTGGGCACTCGT------G---AC-C---GGA-CC-A-TT-T--TCTT-ATTTATTTCAATATTCCTTGTAT-GGTTGTA--------------------TTTG--T--GTAAACATAT-T-GGCTATctgtttaaacttaatagtta
gi|6 : ---AGA-CC-CCTT-T-ATCTC-CTTGGGTTCAATGTTCCTTACAT-GCTTGTAATA-------------TA--TATG--T--ATc
gi|7 : -TT-T-GTCTTCATTGCTTTCAATGTTCTCTAAGT-GCTTTCAATA-------------TG--TATG--T--GTATATAT-T-T-GGCAATACAAttgtttttatttggaaatacaatatgtttcaactat
gi|8 : caaacctt-GCCTT-ATTTATTTCAATGTTTCTTGTAC-GTTTGTAATACCTATATGTATTGTA--TATG--T--GTAAGTATATGTAAGCAATAAAAtatgtgtaaactaa
gi|9 : -C---AGA-CA-G-TT-TTGCCTT-AATTATTTCAATGTTCCTTTCA--GCTTGTtgtgtc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TAGGAGAATACCGCTACAAATGTGATGAGCAC