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consensus : ATCGGAACA----T--CGCTCGGCCATT-TC-CG---C-------A------------A---AC-G----T---------T-C------------G--A----A----A------------T-----------------A------------G-----------C---------------G------------T------------T---------------T---------------A--------CGGA-AATGGCCGAGCG--A----TGTTCCGA
Reference ( gi|21 ) : ATCGGAACA----T--CGCTCGGCCATT-TC-CG---T-------A------------A---AC-G----T---------T-C------------G--A----A----A------------T-----------------A------------G-----------C---------------G------------T------------T---------------T---------------A--------CGGA-AACGGCCGAGCG--A----TGTTCCGA
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gi|16 : ACA----T--CGCTCGGCCATT-TC-CG---T-------A------------A---AC-G----T---------T-CG-----------G--A----A----A------------TTCG--------------A------------A-----------C---------------G------------T------------T---------------T---------------A--------CGGA-AATGGCCGACCG--A----TGTTCCGA
gi|39 : aA----T--CGGTCGGCCATT-TC-CG---T-------A------------A---AC-A----T---------T-C------------G--A----A----A-------------------------------------------------------C---------------G------------T------------T---------------T---------------A--------CGGA-AATGGCCGCACA--A----TGTTCCGAgtgg
gi|66 : caA----T--CGCTCGGCCATT-TC-CG---T-------T------------A---AC-G----T---------T-C------------G--C----T----A------------T-----------------A------------G-----------t
gi|33 : tttccgatatcattcgt----T--CGCTCGGCCATT-TC-CG---T-------AC-----------A---AC-A----TGATT-----T-C------------G--A----A------------------------------------------------------------C---------------A------------T------------T---------------T---------------A--------CGGA-AATGGCCGAGAG--A----CTTTCTGAt
gi|32 : a----T--CGCTCGGTCATT-TC-CG---C-------C------------T---AC-A----T---------T-C------------G--A----A-----------------T------------------------------G-----------C---------------A------------C--------------------------------------------G--------CGGA-AATAGCCGAGCG--A----TGTTCCGA
gi|54 : a----T--CGTTCGGCCATT----CG-----------A------------A---ATAG----T---------C-C------------G-------------------------T-----------------A------------------------C---------------G------------C------------A---------------G---------------G--------CGGA-AATGATTGAGCG--A----TGTTCCGAagatc
gi|15 : --CGCTCGGCCATT-CC-CG---C-------C------------T---GC-G----TATTGTTATTT-C------------G-------------------------T-----------------A------------------------C---------------G------------T------------A---------------G---------------A--------CGGA-AATGTCCGAGCA--A----TGTTCCGAtt
gi|51 : a--CGCTCGGCTATT-TC-CG---C-------C------------A---TC-A----T---------T-C--------------------A----A------------T-----------------A------------------------------------------------------------------T---------------T---------------C--------TAGA-AATGGCCGAGTG--T----TGTTCCGAtttttttcc
gi|37 : ccaa--CGCTCGACCACT-TC-CG---C-------A------------G---AA-G----T---------T-T------------A--A----A----A-------------------------------------------------------C---------------G------------C------------A---------------G---------------G--------CGGA-AATGGCCGAGCG--G----TACGCCGA
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gi|1 : aa----T---------T-C------------G--A----A------------------------------------------------------------C---------------G------------T------------T---------------T---------------A--------GGGA-AATGGCCGAGCG--A----TGTTCCGAataacgttatgttcc
gi|1 : aa----T---------T-C------------G--A----A------------------------------------------------------------C---------------G------------T------------T---------------T---------------A--------CGGG-AATGGTTGAGTA--A----TGTTCCGAataacaaaatattaataataaatcgttatttcgaacgtttacgggaatggttgagtaatgttccgatt
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gi|66 : caa-----------------A------------A-----------C---------------G------------T------------T---------------A---------------A--------CGGA-AATGGCCGAGCG--A----Ttaaaaagctacaaacttagcaatattc
gi|44 : tttccgatatcattcgtctatagcg-----------C---------------G------------T------------T---------------G---------------G--------CGGA-AATAGCCGAGCG--A----TGTTCCGAt
gi|61 : aa-----------C---------------G------------T------------G---------------T---------------G--------CGGA-AATGGACAAGCG--A----TGTTCCGAtacaaaaaaagctttatggcggaatggtct
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gi|81 : ta---------------A--------TGGA-AATGGCCGAGCG--A----TGTTTCGActacgaaaaacctcacgaaatac
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gi|76 : a--------CGGA-AATGACCGAGCG--A----TGTTCCGcctacgttcgagatacatg
gi|59 : atttcgaacgaagg--------CGGA-AATGGCCGAGCA--A----TTTTCCGAtt
gi|55 : aatcggaacatggtacatggcctaggtacg--------CGGA-AATGGCCGAGTG--A----TGTTCtt
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): GCTCAGCCATTTACGCCTCCGTAAAACGGAAAACGCACAAAGGCGTAAATGACCGAGCGATGTTTCGATTG
Unaligned ( gi|29 ): ATACCAGCCAAAACAACACTCGACCATTTCAGCAATGAAAATATACAGGCGGAAATTACTGAGCGTTA
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Alignments
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lowQualScore : .... . .... ........... . ............ .. .... ............................................................................................................................ .. ...... ..
lowQualScore : 2222 5 1111 33333333333 1 999999999999 77 8888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 999999 00
consensus : ATCGGAACA----TCGCTCGGCCATTTC-CG----C-------NN--ACGTT-C------------G--AA----A------------T-----------------A------------G-----------C---------------G------------T------------T----T------------A--------CG--G------AAATGGCCGAGCG--ATGTTCCGA
Reference ( family-1885 ) : ATCGGAACA----TCGCTCGGCCATTTC-CG----C-------AA--ACGTT-C------------G--AA----A------------T-----------------A------------G-----------C---------------G------------T------------T----T------------A--------CG--G------AAATGGCCGAGCG--ATGTTCCGA
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gi|1 : aATCGGAACA----TTACTCAACCATTCC-CG----T-------AA--ACGTT-C------------G--AA----A------------T-----------------A------------A-----------C---------------GA-----------T------------T----T------------A--------aaaatattaataataaatcgttatttcgaacgtttacgggaatggttgagtaatgttccgatt
gi|10 : aatcggaacatcgctcggccatttccctaaacgttcgaaataacaaaatattaataaATCAGAACA----TCGCTCGGCAATTTC-CG----T-------AA--ACGTT-T------------G--AA----A------------T-----------------A------------A-----------CTACGAAA--------G------------T------------T----T------------A--------CG--G------AAATGGCCGAGCG--ATGTTCCGAt
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gi|14 : aAACA----TTGTTCGGTTATTTC-CG----G-------CT--ACATT-C------------A--CA----A------------------------------A------------G-----------CCCAAGGCCAA-----A------------C------------T----T------------AGG------CG--G------AAATGGCCGAGCA--AT-TTC
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gi|16 : ATCGGAACA----TCGGTCGGCCATTTC-CG----T-------AA--ACGTT-C------------G--AA----T------------TTCCG-------------A------------A-----------C---------------G------------T------------T----T------------A--------CG--G------AAATGGCCGAGCG--ATGTtttttttcc
gi|17 : ATCAGCACA----TCGCTTGACCATTTC-CG----T-------AA--ACGTT-C------------G--AAT---A------------TG----------------A------------A-----------C---------------G------------T------------A----T------------A--------CG--A------AAATGGCCGAGCG--ATGTTCCGAgtgg
gi|18 : GCTCGGCCATTTC-CG----T-------AA--ACGTC-C------------G--AA----A------------T-----------------AACATTATTTCCGA-----------C---------------G------------T------------T----T------------A--------CG--G------AAAAGTCCGAGCG--ATGTTCAGA
gi|19 : aGGAACT----TCGCTCGGCCATATC-CA----C-------TA--AC---------------------A----A------------T-----------------A------------A-----------C---------------A------------T------------T----C------------ATTCGTAGGCG--G------AAATGGCCGATTG--ATGTTCAGA
gi|2 : ATCTGAACA----TAGCTAGACTATTTC-TG----CCT-----AC--ATATT-TTGTATGTAAAAGG--AA----A------------T-----------------A------------G-----------CAGAGCT---------G------------T------------TCCGAT------------T--------TG--G------AAACGGCCAAGTG--ATGTTCCGAtt
gi|2 : gATCGGAACA----TCACTTGGCCGTTTC-------C-------AA--A---T-C------------G--GA----A------------C-----------------A------------G-----------C---------------tt
gi|20 : gatctgaacatagctagactatttctgcctacatattttgtatgtaaaaggaaatagcagaATCCGAACA----TCGCACGGTCATTTC-CG----C-------CT--TCTTA-C------------G--AA----A------------T-----------------A------------A-----------C----------------------------T------------T----T------------G--------CG--G------AAATGGCCGTGCA--ATGTTCCGAt
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gi|26 : ATCGGACCA----ACGCTCGGCCACTTC-CG----A-------AC--CCGTT-C------------A--AA------------------------------------------------------------C---------------A------------T------------T----G------------A--------AG--G------AAATGGCt
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gi|28 : ctATCCGAACA----TCGCTCAGCTGTTTC-CG----C-------CT--GCGTA-C------------G--AA----A------------TA----------------A------------A-----------C--------------------------------------------------------------------CG--G------AAAAAGCCGAACA--TTGTTTC
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gi|3 : aatgaATCGCAAGA----TCGCTCGGACGTATC-CGTCTAC-------ATGTACGTT-C------------G--AA----ACAAATATATATCT-----------------A------------GATCGAA-----C---------------G------------T------------A----G------------G--------AG--G------AAACAGCCGAGCG--ATGTTCtctagatatatatttgtttcgaacgtacatgtagacggatacgtccgagcgatcttgcgat
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gi|33 : ATCAGAAAG----TCTCTCGGCCATTTC-CG----T-------AA--ATGTT-C------------G--AA----A------------T-----------------C------------A-----------T---------------G------------T------------TG---T------------A--------CG--G------AAATGGCCGAGCG--agatc
gi|34 : ACCGGAATA----TCGCCCGGCCATTTC-CG----C-------CT--TCGTC-C------------G--AA------------------------------------------------------------C---------------G------------C------------A----G------------G--------CG--G------AAAGGACCGAGCG--ATGTTC
gi|35 : ATCGGAACG----TCGCTCGGTCATTTC-CG----T-------AA--ACGTT-C------------GATAA----A------------A-----------------A------------G-----------C----------------------------------------------T------------A--------C----------AAA---CTTAGCA--ATATTC
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gi|3 : aatgaATCGCAAGA----T--CGCTCGGACGTATC-CG--TCTACATGTAC-GT---T-C-G-----------AA----ACAAATATATATCT-----------------A------------GATCGAA-----C---------------G------------T------------A----G------------G------AG--G------AAACAGCCGAGCGATGTTCtctagatatatatttgtttcgaacgtacatgtagacggatacgtccgagcgatcttgcgat
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gi|46 : caACA----A--CACCCGGTCATTTC-CG--CC------TGC-GC---T-A-G-----------AA----G------------A-----------------A------------G-----------T------------------------------------------------------------------CG--G------AATTAACCGAGCGTTTTTTTGAtcagaaat
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gi|75 : ATCGGAACA----T--TGCTCGGCCATTTC-CG-----------AT-AT---A-C-G-----------AA----A------------
gi|76 : aCGGAACA----T--CGCTCGGTCATTTC-CG--CC------TTC-GT---T-C-G-----------AA----A------------T-----------------ataa
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gi|81 : caATCGAAACA----T--CGCTCGGCCATTTC-CA--TC------TAC-G
gi|82 : a------------T----T------------A------CG--G------AAATGGCCGAGCGATGTTCTGA
gi|9 : TCGGAACA----T--CGCTCGGCCATTTC-CG--TA------AAC-GT---T-C-C-----------AA----A------------T-----------------A------------A-----------CTA-------------A------------TAA----------T----TACTCCGA-----A------CG--G------AAATGGCCGATCGATGTTCCGAttg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): ATACCAGCCAAAACAACACTCGACCATTTCAGCAATGAAAATATACAGGCGGAAATTACTGAGCGTTA
Unaligned ( gi|48 ): CAAAACAACGCTCGTCTAATTTCTCCTAAGTTTGAACGCAGGCGGACATGGATGTGCATTGT
Unaligned ( gi|65 ): ATTGGAACAACGCTCTGTCTTTTCTGCCTTCAATTAGAATGTAGGCATAAATG
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Unaligned ( gi|72 ): CTATCGGAATTTCTGCCTACGTTCGATGAGGAAATGGCCGAGC
Unaligned ( gi|79 ): AATCGCAAAACGTTCGGGTATTTCCGCTTACTTTGT
Alignments
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lowQualScore : .... .. . .. ........ . ..... . ........... ............................................................................................................................... .. ......
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consensus : ATCGGAACA----T--CGCTCGGCCATTTC-CG--CC------NAC-GT---T-C-G-----------AA----A------------T-----------------A------------G-----------C---------------G------------T------------T----T------------A------CG--G------AAATGGCCGAGCGATGTTCCGA
Reference ( family-1885 ) : ATCGGAACA----T--CGCTCGGCCATTTC-CG--CC------NAC-GT---T-C-G-----------AA----A------------T-----------------A------------G-----------C---------------G------------T------------T----T------------A------CG--G------AAATGGCCGAGCGATGTTCCGA
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1885 ) : ATCGGAACA----T--CGCTCGGCCATTTC-CG--CC------NAC-GT---T-C-G-----------AA----A------------T-----------------A------------G-----------C---------------G------------T------------T----T------------A------CG--G------AAATGGCCGAGCGATGTTCCGA
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gi|81 : caATCGAAACA----T--CGCTCGGCCATTTC-CA--TC------TAC-G
gi|82 : a------------T----T------------A------CG--G------AAATGGCCGAGCGATGTTCTGA
gi|9 : TCGGAACA----T--CGCTCGGCCATTTC-CG--TA------AAC-GT---T-C-C-----------AA----A------------T-----------------A------------A-----------CTA-------------A------------TAA----------T----TACTCCGA-----A------CG--G------AAATGGCCGATCGATGTTCCGAttg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): ATACCAGCCAAAACAACACTCGACCATTTCAGCAATGAAAATATACAGGCGGAAATTACTGAGCGTTA
Unaligned ( gi|48 ): CAAAACAACGCTCGTCTAATTTCTCCTAAGTTTGAACGCAGGCGGACATGGATGTGCATTGT
Unaligned ( gi|65 ): ATTGGAACAACGCTCTGTCTTTTCTGCCTTCAATTAGAATGTAGGCATAAATG
Unaligned ( gi|70 ): ATTCTGAGGTGTCCGTATTGACCAATCAAAACAAAGTGGGTTTCTGG
Unaligned ( gi|72 ): CTATCGGAATTTCTGCCTACGTTCGATGAGGAAATGGCCGAGC
Unaligned ( gi|79 ): AATCGCAAAACGTTCGGGTATTTCCGCTTACTTTGT