lowQualScore : 333333333 222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222 2222222 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111111111 3333333333333333333333333333333 1111111 222222222222222222222222
lowQualScore : 3 888888888 2 000000000000 1 1 77777777777777777777777777777777777777777777 1 2222222222222 55 9 3333333 3333 1 222 33333 33 1 55555555 1 1 33333 7777777 33 2222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 0 1 11 222 222 1 0 33 22 33 222 1 11111 2 22 3333 777777777 33333 33333 555555 222 11 3333333333333333333333333333333 0 11 33 0 2222222 0 333333 111111111111111111111111 5555555 1 444444 11 11 8
lowQualScore : . ......... . ............ . . ............................................ . ............. .. . ....... .... . ... ..... .. . ........ . . ..... ....... .. .... ........................................................... . . . .. ... ... . . .. .. .. ... . ..... . .. .... ......... ..... ..... ...... ... .. ............................... . .. .. . ....... . ...... ........................ ....... . ...... .. .. .
lowQualScore : 3 666666666 2 777777777777 8 8 55555555555555555555555555555555555555555555 4 3333333333333 22 5 8888888 9999 3 333 33333 22 3 22222222 4 4 22222 1111111 33 8888 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 5 4 99 444 444 4 2 88 00 44 777 5 44444 9 22 0000 000000000 33333 33333 222222 000 77 3333333333333333333333333333333 9 22 66 9 4444444 9 888888 333333333333333333333333 6666666 0 222222 22 33 6
consensus : TTAT-ATCAGT-T---CA-TGTATGTACACC------------A-T-T----------C---------G--A--------CCT---------CATTGAAA-C----A-ATGCATCTCTGCAAGTAT--CTTTGGACAATGT---T---ATTCCA---GG-C---CTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATG--------CA-T-CA----AAA------T--ATGTGGTTGTG---AA--------AGT-------T-GT---CTTG-T--TT------T-T--A---AA---CAAAT-CCCA-TA--C---A---T-ACT--C--AA-T---T-GG--GTT-AA-GGT----CAA--------TG-----A-----G------GTCGA--GAT--GT--A---NC---GCCTT--------A-----ATCGCTGCAA-A--T--G-GCG---G---ACA-TA------C----A----------AN-------ATAC-------TGATACA------A--TTGT--GAATTTTGACT
Reference ( gi|12 ) : TTAT-AT--GT-T---CA-TGTATGTACACC------------A-T-T----------C---------C--A--------CTG---------CATTAAAA-T----A-ATGCTTCTCTGCAAGTAT--CTTTGGAAAATGT---A---ATTCCA---TG-C---CTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATG--------CA-T-CA----AAA------T--ATGTGGTTGTG---AA--------AGC-------T-GT---ATTG-T--TT------TGC--A---AA---CAAAT-CCCA-TA--C---A---T-ACT--C--AA-T---T-GA--GAT-AA-GGT----CAT--------TG-----A-----G------GTCGA--GAT--GT--A---AT---GCCTT--------T-----ATCGCTGCAA-A--T--G-GCG---A---ACA-TA------C----A----------AT-------ATAC-------TGATACA------A--TTGT--GAATTTCGACT
gi|7 : TTAT-ATCAGTGT---CG-TGTATGTACACCATATTTACAGCGA-T-T----------C---------G--A--------CTT---------CATTGAAA-C----A-ATGTATCTCTGCAAGTAT--CTT-------TGT---T---ATTCCA-------------------GTTC-----TG--ATACA-AATG--------TA-T-CA----AAT------T--ATGTGGTTGTG---AA--------AGT-------T-GTC--AT---A--TT------TAA--A---AA---CGAAT-CCAA-TA--C---C---T-ACA--C--AA-T---T-G---GATGAA-GGT----CAT--------TG-----A-----G------GTCGA--GAT--GT--A---GTATCACCTT--------C-----ATCACTGCAA-A--T--A-GCA---G---ACA-TT------C----A----------AG-------ATAC-------TGATAAA------A--TTGT--GAATATTGACT
gi|2 : acctgctaaatcgaaattcacaaTTAT-ATCAGTAT---CA-TGTATGGACACT------------G-T-T----------TA--------C--A--------GTGATTATACCTCATTGTAA-C----A-ATCCATATCTGCAAGTAT--CATTGGATAATGT---T---ATTCCA---TG-C---CTGGTTCAAGTAC-----TG--ATACA-AATA--------CA-T-CG----AAT------TA-ATGCAGATGTG---AA--------AAT-------T-GT---CTTG-TG-TT------TTT--A---AA---CAAAT-CCT--TA--C---T---T-ACT--C--AA-T---T-GT--GTG-AC-AGT----CAA--------TG-----A-----G------ATTGG--GAC--GT--A---TT---GCC-T--------A-----ATTGCTGCAA-A--T--C-GGG---G---ACA-TA------CAATAA----------AT-------ATAC-------TGATACA------A--TCGT--GAATTT-GACTtt
gi|13 : acccgctaaatcaattttcacgaTTAT-ATC-AT-TAG-CA-TGTATGCACATT------------T-T-T----------G---------T--A--------TCGATCAGACCTCATTAAAACT----ATATATATCTCTGCAAGTAT--CTTAGAATAATGT-----------TA---GG-T---CTGGTTAACGTTC-----TG----ACA-AATA--------CA-T-CA----AAA------T--ATGTGGTTGTG---AA--------AGT-------T-AT---TTTG-TTGTT------TAT--A---AA---TAAAT-CCCA-TG--C---A---A-ACT--C--AG-T---T-TG--GTT-AA-GTT----CAA--------TG-----A-----G------GTCGA--AAT--GT--A---TC---GCCTT--------T-----ATCTCTGCAA-A--T--G-TCA---G---ACttgcggat
gi|23 : ccatctaagacaaaattcacaaTCAT-GT--AT-TTAGCA-TGTATGTACACC------------A-T-TTGCAGTTT--C---------G--A--------CCG---------CATTGAAA-C----A-ATGTTTCTCTGCAAGTAT--CTTTGGACGATGT---T---ATTCCG---GG-C---CTGGTCAACGTTT-----TG--ATAAG-AATA--------CA-T-CA----AAC------C--GTGTGGTAGTG---AA--------AGC-------T-TT---CTTT-T--TT------T
gi|25 : atgcatcacccgctaattaaaaattcacaattatatcagtaTTAT-ATCAGTAT---GG-TGCATGTACACCCGATTGCAGGG-A-T-T----------C---------A--AA-------CT----------CATTAAAA-C----A-ATAC--------AAGAAT--CTTTGGACCATGT---T---ATTCCA---GA-A---CTGGGTAACATTC-----AG--TTACA-AATG--------CG-T-CA----AAA------T--ATGTGGTGGTG---Aaaaa
gi|1 : agcatttatcaactttatgaaatgcatcaccagctaaattggttttcacaaTTGT-AT--GT-A---CACTGTTTGTA-GCA------------A-T-T----------C---------G--A--------CCT---------CGTTAAAA-C----T-ATGAATCTCTGCAAGTAT--TTTTGGGACATGT---T---ATT-TG---TG-C---------------------------ACA-CATG--------CA-C-TA----AAC------T--ATG-GG-TGTG---GA--------AGT-------T-GC---CT---T--TC------TGT-------------AGT-CCCA-TA--T---A---T-GTT--C--
gi|6 : gaacatatggaatgggtgtgatatagttcgtgaatttcttgaaatgtacatgaactcatgaactactatctactatcaaatgaacaattctattttctgaaagtgttacttaaattcatacttgaaatgcatcacgcttttcaattcacaaaactatatcagaatcTAT-AT--GT-A---CA-T-CATTTACAGCG-----------A-T-T----------C---------G--A--------CCT---------CATTGAAA-C----A-ATGCATCTCAGAAAGTATATCTGTGTACAATGT---T---ATTCCA---GG-C---CTGGTTAAAGTTTAAATTTGTTATACA-CACG--------CA-T-TA----ACA------T--ATGTGGTTGTG---AA--------AAT-------T-GT---ATT-----TT------T----A---AT---CAAAT-CCTA-TA--C---A---T-ACT--C--AG-T---T-GG--GTT-AC-AAT----CAA--------TG-----A-----T------GTTGA--GGT--GT--A---TC---GCCTC--------A-----ATCACTGCAA-A--T--G-GCGGA-G---ACA-TA------C----C----------AA-------ATAC-------AGATACA------A--tgtgag
gi|8 : acccgctaaatcagttgtcacagttatatcagtattaTATCAT--GC-A---CA-TGCATGTACACC------------A-T-T---------------------------------TG---------CA--GAGA-TTCTTA-ATG----TATGCAAGTAT--ATTTGTACAATGTTATAT--ATTGCA---GG-T---CTGGTTAAAGTTC-----TG--ATACA-AATG--------CAGT-C-----------------------TTGT--------------------------------TTG-T--TT-----------A---TA---CAAAT-CCTT-TA--C---A---T-ACT--C--AT-T---T-GG--GTTCAA-AGT----CAA--------TG-----A-----C------ATCGA--------T--A----T---GCCGT--------A-----ATTGTTGGAT-A--T--G-TCG---G---ACA-TA------C----C----------AG-------ATAC-------TGATACA------A--TTGT--CAATTT-GACTa
gi|15 : ttactcgctcaattaattttcacagttatatcagTAT-AT--AT-A---C--TATATGCA-ACG------------A-T-T----------C---------G--A--------CCC---------CATTGAAA-A----A-ATATACCTCTACATGTAT-----TGAAAGA------A---AT-----------------GTTA---TTC-----TA--ATACA-AATG--------AA-T-AT----AAT------T--ATGTGGTTGTG---GA--------AGT-------T-TT---CTTG-T--TT-------GC--TTTTAA---CA------CG-T-----------T-ATT--TGTAA-C---T-GG--TTT-AC-GGA----TAG--------TG-----A-----G------GTTGA--GAT--GT--ATCGAT---G---T--------A-----ATTAATACAA-A--G--G-GTG---G---ACA-TG------C----A----------AT-------ATAC-------TGATACA------A--CTGT--GCATTttgcgggt
gi|20 : tatcatcagaaatatgTAT-ATCAGTAT---CA-TGCATGTACGCC------------A-T-TTACAGCTTTAC---------G--A--------CCT---------CACTGAAA-C----C-ATGAATCTCTGAAAGTAT--CTTTGTACAATTT---T---AGTCGA---GG-C---CTGGTT--------------------A-AATG--------CA-T-CA----AAA------T--ATGTGGTTTTG---AA--------AGT-------T-GC---CTTG-T--CT------T
gi|10 : ctaagtcaaaatcgacaagTAT-ATCAGTAT---CA-TGTGTATTCACC------------A-T-TTGCAGCGATTC---------G--A--------CTT---------CATTGAAT-C----A-AAGTATCTCTTCAAGTGT--CGTTGGAAAATGT---T---ATTCCA---GA-C---CTGGTTAATGTTC-----TG--ATACA-ttaaggtcaactgagactttgtctttggtgtaagctgtatagtagaaatgcatt
gi|26 : gaaaataactggaactttgaaatagttcgtgtttgttaatctcactagtacgtaatgtctgcaatcaactgcatgcgcgcaacaaatgttgtagtcggtcacctcgatttaatgagattcgtcaacactggtgccaaacT-AT--GT-TG--TA-TGT-TGTACACC------------A-T-TTGTTGTGATTC---------A--A--------CCT---------CCTCAAAG-C----A-TTGAATCTCAGCAAGTAG--CTTTGGGCAATGT---T---ATTCCA---AA-T---ATTGTTTATGTAC-----TG--GTACA-AATG--------CA-T-CG----AAT------T--GTGGGATTGTG---AA--------------------GC---A--A-T--TT------T--------AG---CAAGT-CTTA-TA--T---A---T-GTT--C--GA-tttgtgaaatttg
gi|9 : tcgcacagtgatatcatT-T---CA-TATATGTTGGCC------------A-T-T----------T---------G--A--------CCT---------CATTGAAA-C----A--TATTTTT--GCAAATAT--CTTTGGACAATCC---G----TTCCA---GG-C---CTGGTTAACTATC-----TG--ATAAA-AATG--------CA-T-AA----AAA------T--ATGCGGTTGTG---AA--------AG-------------------------------------------------T-CCCA-TA--C---A---T-AGT--C-----T---A-GAAGGTT-AT-GGT----CAA--------AG-----C-----G------ATCTA--GAT--GT--T---TA---GCCTT--------A-----ATCGCTGCAA-A--T--G-ATG---G---ACA-CA------C----A----------AG-------AAAC-------TGATAAT------A--TTCT--GAATTTTGACT
gi|31 : cataaatccaacttcatagaattattttgtatcagt---CA-TGTATGCGCACC------------ACT-T----------G---------C--AGCGGCTGACCG---------CAGTGAAA-C----A-ATGCGTCTCTGCATGTAT--CTTTGGACAATGT---T---ATCCCA---GG-C---TTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-Attgc
gi|5 : ccttctaagtaaaaatactgtgtcagtagA-TGTATGTA-ACC------------A-T-T----------T---------G--A--------G-G---------CGATGCGA-T----T-CTACCTCTCTGCAAGTAT--CGTTATACAATGT---T---TTCTCA---TG-C---CTGGTTAACGCTC-----TG--ATACC-AATG--------T--T-CA----AAATACATGT--ACGTGGGTGTG---AA--------AGT-------T-GC---CTTGAT--TT------TTT--A---AA---CAAAT-CCTA-TA--C---A---T-ACT--G--AA-T---T-TG--GTT-AA-AGA----CAA--------AT-----A-----C------GTAAA--AAT--GT--A---TC---GCCTT--------A-----ATCACTGC-A-A--T--T-GCG---G---ACA-TA------C----A----------CT-------ATAC-------TGATGCA------A--TAGT--GAATTT-GACT
gi|4 : acccgctatatacacttcatcattatatcaatataA-TATATTTACACC------------A-T-T---------------------------------TG---------CATTGAAA-------------------CAAACAT--ATTTAGGAAATAT---G---ATTCCA---GG-C---CTGTTCAACGTTA-----TGC-AAACA-AATG--------CA-T-CA----AAT------T--ACATGGTTATG---GA--------AGTG------T-GT---CTT--T--TT------TGTTTG---AG---CAGGC-TCCA-TA--T---A---T-GTT--T--AA-T---T-GT--GCA-AA-GGC----CCA--------TG-----A-----G------GTCAA--AAT--G---G---ATA--GACAC--------A-----AACGCTGTTA-A--T--G-GCG---A---ACA-AA------C----A----------AG-------AAAC-------TGATACA------A--TTGT--GAATTTTGCCTttgcggttg
gi|14 : gttccaactttttgaaatgtatcacctgcaaagtcaagatccacaattatatcagtatcttgaA-CGTATGTACACC------------A-T-T----------TGCATAAATTC--AAT------CT----------CATTGAAA-C----A-ATATATTTCTGTAAGTAT--CTACAGACAATGT---T---TTTCCA---GG-C---CTGGTTAACGTTC-----TG--ATA-A-TATGTTATTTTTCA-A-CA----TAA------TCAATCGGGTTATGGTCAACGAGGTCGAGC-------T-GT---ATTG-C--CTCTATGCTGC--A---AATGGCAG----CCA-TA--CAAGA---T-ACT--ttgcg
gi|35 : ctaaattttaacagttgtatcagtataA-TGTATATGCATC------------A-T-T----------TG--------T--A--------CCT---------CATTAAGA-C----A-ATACGTCTCTGCAAGTAC--CTTTGGACAAT----------------------------GTTAACGTTC-----T---ATACACAAT---------TA-T-CC----AAA------A--ATGTGGTTGgttataaatgtgaattctgactttgcgga
gi|17 : acattattagtagaATC------------A-T-T----------C---------A--A--------CCT---------CATTGGGT-A----A-ACGTATCTCTGCAAGTAT--CCTCAGACATTGT---T---ATTCCA---GA-T---CTGGTTAATGTTC-----TG--ATACA-AATG--------TA-T-------AAA------T--ATGTG----TG---AA--------G-----------------TTA-T--CT---------------AA---CCCAT-CT-A-TA--C---A---T-AAT--C--CA-T---T-GG--GTA-AA-GGT----CAA--------TA-----A-----G------GTCGA--GAT--G
gi|18 : cctactaagttaaaattcacaattatttcagtatcaggatggtgtgttctccattttcagctgttcaaccacattggactaC------------A-TCT----------C---------G--A--------CCT---------CATTAAAA-T----A--CGTTTCTCTGTA--TATA-CATTG-----TGTTC-A---ATTCC----------------------------------TACA-AATA--------CA-T-CG----AAT------T--ATGTTGTTATG---CG--------AGTGATCTTGT-GT---GTTG-T--TT------T-C--A---G----------TCCA-AA--C---A---T-GCT--C--GA-T---T-GG--GAT-GA-TGT----CAA--------TG-----A-----G------GTAGA--GAT--GT--
gi|16 : acccacaatgtcaaaatttgcacgtgtaacagaatatataatgttcaccattatcagagattacggcaaga------------A-T-T----------C---------G--A--------CCT---------CATTGAAA-C----C-ATTCATCTTTGCAAGTAT--CTTTGGACAATGT---T---AGTCAA---GA-C---CGGCTTAACACTC-----TG--ACACC-AATG--------CA-T-CA----AAA------T--ATGTGGTTGTG---GA--------ACC-------T-GT---CTTA-T--TT------T-T--A---AA---CTAACACACA-CG--C---AAATT-ACC--C--AT-T---T-GG--GCT-TA-GAC----CAA--------TA-----A-----G------GTCGA--GAT--GA--C---CC---GCCTT--------A-----ATCGCTGCAAGA--T--G-GCA---G---AC------------------------------------------------ACATA------A--TTGT--GAATTTTGACTtgaccctatta
gi|3 : tttcctgcg-T-T----------C---------CTTA--------CTG---------AGATAAGA-T----A--------TCTGCAAATATA-TTTTGGCAAA-GT---T---ATTCCA---GG-C---TTGGTTAACAA-A-----TG--GTACA-AATG--------CG-A-CA----AAT------T--AT-TA-CTGTA---GA--------AGT-------T-GTCTTATTG-T--TT------TTT--TT--AG---CAAGT-CCCA-AA--C---A---T-GCT--A--AA-T---C--A--GAT-TATGGT----CAG--------TG-----A-----G------GTTGA--GAT--GT--A---TA---GCAGA--------A-----ATCACTGCAA-A--T--G-ATG---G---AC---A------C----A----------AG-------ATAC-------TGATACA------A--TTGT--GAATTTTttgctg
gi|22 : aagttataatcggtcacctggattgatatttcgtcaacagtatcttacacatgttaaccatttgcattgattcgtcc---------CATTGAAA-C----A-ATGTACCTCTACAAGTAT--CTTTGGACAATGT---T---ATCCCA---GA-C---CTGGTTAACGGTC-----TG--ATATA-AATA--------CA-C-CA----ACC------T--ATGTGGTAACG---AA--------AGT-------T-GC---CTTA-C--TT------T-T--A---AA---TATTT-ATCA-TT--C---A---T-AGT--C--AGTT---T-GT--GTG-AA-GGT----CAc
gi|46 : atccgctatatcaacattcacaataatgtaattaccataccttgacagctattgacctTCTCTGCAAGTTT--C-TTAAAAGATGT---T---ATTCCA---GG-C---CTAGTTAATGTT
gi|32 : tgtttaTGCAGGTAT--CTTCGGGCAATGTTACATGTATTCCA---TG-C---CTAGGAAGCGTTC-----TG--GTATA-TATG--------CA-T-TA----AAA------T--ATACGGTTGTG---AA--------ACT-------T-GT---TTTG-T--TT------
gi|11 : ttacaattcacaaaactcaacctcattgaaacgaGCAAGAAT--CTTTGGACAATGT---T---ATTCCAGTCTG-CGACCTGGTTAACAATC-----TG--ATACA-AATG--------TA-T-CA----AAT------T--ATGTGGTTATG---AA--------AGC-------T-GC---TTTGAT--TT------TTT--A---AA---CATAT-CCTA-TA--C---A---T-ACC--C--AA-T---T-GG--GTT-AA-CGT----CAT--------TG-----A-----G------GTCAA--GAT--AT--A---TC---GACTT--------A-----ATTACTACAA-A--T--G-ACG---G---ATA-TA------C----A----------A--------------------GATA-A------A--TTGT--GAATTTTGACT
gi|27 : tcaaaattaacaatgacatgtccaccatttgcagcgattcggcctcatagtcTTGGGGAATGT---T---ATTCCG---GT-C---TTGGTTAAAGCTC-----CG--ATATA-ATTT--------CA-TATG----GAA------A--AAGAAGTTGT----------------C-------TTGT---TTTG-T--TT------TTT---------------T-TCTA-TTTTC---A---T-AT------AA-T------A--TAC-AA-GCT----CA-----------------------------ATCG-----T--GT--A---AA---GA-TC--------G-----ATCGCTGCAA-A--T--G-TTG---G---ACA-TA------C----A----------A-------------------------G------A--TTGT--GAATTTCtt
gi|19 : GT---G---GTTCCA---GG-T---CTCGTTGACGTTC-----TG--ATACA-AATA--------CA-T-CA----ACA------T--A------TGTG-------------------------GT----TTA-T--TT----------------------AAT----------------------T--C--AG-T---T-------T-AC-GGT----CCA--------TG-----A-----G------GTAGA--GAT--GC--A---TC---GCCTT--------A-----ATCATTGCAA-T--T--A-GCG---G---ACA-AA------C----A----------AT-------ATTC-------TGATATG------A--TTGT--GAATTTTGTCTtttgtgc
gi|24 : cctgcaaagtaaaaatgatttcagtatcatttgtagcgatttgacctcattgaaaccattttcctcaacaaCCA---CGAC---CTGGTTAACGTTT-----CA--ATACA-AATG--------CA-T-C------------------TGTGGTTTTG---AA--------AGT-------T-GT---GTTG-T--AT------TTT--A---AT---CCCAT-CTCA-TA--T---A---A-ACTTAT--AG-T---TAAA--GTT-AA-AGT----TTA--------TG-----A-----G------GTCGA--TAT--G----------------------------------GATGTAA-A--T--A-ACT---G---ACG-TA------C----A----------AG-------ATACCAAATA-TAATAAAAAAATTA--TTGT--GAGTTTTGACTt
gi|21 : ccaccaG-C---CTGGTTAACATTC-----TG--AAACA-A----------------------------------ATGT---------------------------------T---A--G-T--TT------TT-------AG---CAAAT-CTAA-TA--C---A---T-GAT--C--AG-T---T-GT--GTT-AT-GGT----CAG--------TG-----A-----G------ATTGA--GAT-------------------T--------T-----ATCGC--CAA-A--ttgcg
gi|30 : ttaacatttagagttgtatcagtgcctgtcttgcaggtttgctgcaactcgatctcattgaaacaaagtaccttgtatatatatatatgcattgttttgctagTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATG--------TA-T-TAAATTAAA------C--ATGAGGTTGTG---GA--------TGT-------T-TT---CTTG-TG-TT------TTT--A--------------CTAA-TA--C---A---TCAC--------------------AT-AA-GGT----CAA--------TG-----G-----G------ATCGA--G--------A---AT---GCATT--------A-----ATCCGTGCAA-A--T--G-TCC---G---ACG-TA------C----A----------AT-------caaacgaaggata
gi|29 : A------T--ATGTGGTCGT----------------C-------T-------TGG-T--TT------T-T--A---AA---CACAT-CCTA-TG--------------T--C--AA-T---C-G---GTT-AG-GGC----CAA--------TG-----ATAAAAGT-----ATCGA--GAT--GC--A---TT---GCCTT--------G-----ATGGATGCAC-A--T--G-GTG---GTGGACA-TA------T----A----------AG-------ATAC-------AGATACA------A--TTAG--GAATTTTGACTga
gi|36 : C--A---AA---CA--T-CCCA-TA--C---A---C-ATT--C--AATT---T-GA--GAT-ttgtcgg
gi|1 : aga---AA---CATGT-CCCA-AA--A---A---T-ACTTGC--A--------GA--GAT------T----CATAGTTTTAACG-----A-----G------GTCGA---------------------------------------ATTGCTACAA-A--C--A-GTG---T---ACA-TA------C----A----------AG-------ATTC-------TGATATA------GTTTTGT--GAATTcgctgcaaatggcagacatactatactgatataactgtgaatattgactttacgggtagcgcatttcaaaaagttggtac
gi|34 : gaacatatggaatgggtgtgatatagttcgtgaatttcttgaaatgtacatgaactcatgaactactatctactatcaaatgaacaattctattttctgaaagtgttacttaaattcatacttgaaatgcatcacgcttttcA---CAAAT-CCTA-TA--C---A---T-ACT--C--AG-T---T-GG--GTT-AT-ACT----CAA--------TG-----A-----G------GTTGA--GGT--GT--A---TC---GCCTT--------G-----ATCGCTGCAA-A--T--G-ACGGA-G---ACG-TA------C----C----------AT-------ATAC-------TGCTGCA------A--TTGT--AAAGTTTGATTatttgtgcacacatgcactaaactatgggtgtggaagttgcctttctgtagtcccatatatgttctgtgag
gi|26 : tCCAGTA--C---A---T-AAA--C--AA-TATTT-GG--AAT-AA--------CAT--------TGCCCAAA-----GCTACTTGCTGA--GAT--TC--A---AT---GCTTTGAGGAGGTTGA---ATCACAACAA-A--T--G-GTGTACA---ACA-TA------C----A----------AC-------ATAA-------TGATATC------A--CTGT--Gttgcggg
gi|14 : tcgA--C---A---T-AAT--C--AA-T---C-GG--GTT-AT-GGT----CAA--------CG-----A-----G------GTCGA--GCT--GT--A---TT---GCCTC--------T-----AT-GCTGCAA-A--T--G-GCA---G---CCA-TA------C----A----------AG-------ATAC-------TGTTATA------A--ATGT--GAATTCTGACTtacaaatgcatcgaattgtgggattgtgaagcaattttagcaagtcttatatatgttcga
gi|17 : ctaaattttaacagttgtatcagtataacgtatgtacaccatttgcataaattcaatctcattgaaacaatatatttctgtaagtatctacagacaatgtttttccaggcctggttaacgttctgataatatgttatttttca-GA--GAT-AC-GTTTACCCAA--------TG-----A-----G------GTTGAATGATTAGTCCA---AT---GTGGT--------TGA---ACAGCTGAAA-A--T--G-GAG---A---ACA-CA------C----C----------ATCCTG---ATAC-------TGAAATA------A--TTGT--GAATTTTAACTttgcgga
gi|40 : cctactaT-AA-GGT----CAT--------TG-----A-----G------GGCAA--AAT--GT--A---TC---GCGGT--------A-----AGCGCTGCAA-A--A--G-GCG---G---ATG-TC------C----A----------GG-------ATAC-------TAAAACA------G--TTGT--AAtgcaagtatcctcagacattgttattccagatctggttaatgttctgatacaaatgtataaatatgtgtgaagttatctaacccatctatacataatccattgggtaaaggtcaataaggtcgagatg
gi|6 : attagtgT----CAA--------TG-----A-----G------GTCGA---------------------------------------ATCGCTGTAA-A--T--G-ATG---T---ACA-TA------T----A----------TA-------ATAC-------TGATATA------A--CTGT--GA
gi|33 : acccgctaaatcagttgAT--------TA-----T-----G------GTCAA----T--GA--G---AT---GTCTC--------TTCCTAATCAGTGCAA-A-----A-GTG---T---ACG-TT------A----A----------AG-------ACAC-------TGATATA------A--CTGT--GAATGTTGACTaacaatgcatctcagaaagtatatctgtgtacaatgttattccaggcctggttaaagtttaaatttgttatacacacgcattaacatatgtggttgtgaaaattgtatttttaatcaaatcctatacatactcagttgggttacaatcaatgatgttgaggtgtatcgcctcaatcactgcaaatggcggagacataccaaatacagatacaaa
gi|18 : ttcacttgg--------TG-----A-----G------GTCGA--GAT--GT--C---TT---GCCGT--------A-----ATCTCTGATA-A--T--G-GTG---A---ACATTA------T---------------AT-------ATTC-------TGTTACA------C--GTGC--AAATTTTGACttgccggtgctgcattttaaaaggtatagcatgttt
gi|44 : acccacaat-----A-----G------GTCGG--AGT--GT--A---TC---GCCTC--------A-----GTCGCTGCAG-A--T--G-GCG---G---ACG-TA------C----A----------AG-------ATAC-------TGATGCA------A--TTGT---AGTTTttaaaatacgtttctctgtatatacattgtgttcaattcctacaaatacatcgaattatgttgttatgcgagtgatcttgtgtgttgttttcagtccaaacatgctcgattgggatgatgtcaatgaggtagagatgttgaccctatta
gi|28 : TCCA--GGT--AT--T---AT---TCCTT--------A-----ATCGCTGCAA-A--T--G-GCG---G---ACA-TA------A----C----------AG-------ATAC-------TGATACA------G--TTGT--GAATTTg
gi|42 : tttaaaatatatgttagaagggtgaaatatgcctaataagattttccagtaatgttggatatgctgttactgtcacaaatatacTCGA--GAT--GTT-ACT-ATC--ATCTT--------A-----ATCACTGCAA-A--T--G-GCG---G---ACA-TA------C----A----------CT-------TTCA-------TGGAACA------G--TTGT--GAATTTtaaaa
gi|25 : T--A---AT---GAGTT--------TGA---ATCCCTGCAA----TCGG-GTG---T---ACA-TG------C----A----------CC-------ATAC-------TGATATA------A--TTGT--GAAgtactttgc
gi|38 : agcatttatcaactttatgaaatgcatcaccagctaaattggttT---ACCTT--------A-----ATTGCTGCAA-A--T--G-GTG---A---ACA-TAATTATAC----A----------GTTTGTAAGATTC-------TGATACA------A--ATGT--GAATTTTGTCTaaacaatacaagaatctttggaccatgttattccagaactgggtaacattcagttacaaatgcgtcaaaatatgtggtggtga
gi|7 : tatgat-----ATCGCTGTAA-A--TATG-GTG---T---ACA-TA------C----A----------CG-------ACAC-------TGATATA------A--TTGT--GAATTTCGATTttgcggtt
gi|11 : acctgcta-----ATCGCTGCAA-A--T--G-GTG---G---ACA-Ttcgacttcattgaaacaatgtatctctgcaagtatctttgttattccagttctgatacaaatgtatcaaattatgtggttgtgaaagttgtcatatttaaaaacgaatccaatacctacacaattggatgaaggtcattgaggtcgagatgtagtatcaccttcatcactgcaaatagcagacattcaagatactgataaaattgtgaatattgacttt
gi|2 : tcaaaattaacaatgac-----ATCACTGTAA-A--C--A-GTG---T---CCA-TA------C----A----------TG-------ATAC-------TGATATA------A--TCGT--GAAtcggcctcatagtcgcaagaatctttggacaatgttattccagtctgcgacctggttaacaatctgatacaaatgtatcaaattatgtggttatgaaagctgctttgattttttaaacatatcctatacatacccaattgggttaacgtcattgaggtcaagatatatcgacttaattactacaaatgacggatatacaagataaattgtgaattttgacttt
gi|13 : acccgctaaatcaatt-----ATCGATACAA-AAAT--GTGCA---T---ACA-TG------C-------------------------TAA-------TGATATA------A--TTGT--GAATTTTGTCTtatacctcattgtaacaatccatatctgcaagtatcattggataatgttattccatgcctggttcaagtactgatacaaatacatcgaattaatgcagatgtgaaaattgtcttgtgtttttaaacaaatccttacttactcaattgtgtgacagtcaatgagattgggacgtattgcctaattgctgcaaatcggggacatacaataaatatactgatacaatcgtgaatttgactttgcggat
gi|5 : ccatcta-----ATCGCCTCAA-A--T--G-GTT---A----CA-TA------C----A----------TT-------ATAT-------TGATATA------A--TGAT--GAAcagacctcattaaaactatatatatctctgcaagtatcttagaataatgttaggtctggttaacgttctgacaaatacatcaaaatatgtggttgtgaaagttattttgttgtttataaataaatcccatgcaaactcagtttggttaagttcaatgaggtcgaaatgtatcgcctttatctctgcaaatgtcagac
gi|8 : acccgctatatacac-----ATCTCTGCAA-A--T--G-GTG---T---ACA-TG------C----ATGTGC-----ATG------ATAC-------TGATATA------A--CTGT--GAAgcgattctacctctctgcaagtatcgttatacaatgttttctcatgcctggttaacgctctgataccaatgttcaaaatacatgtacgtgggtgtgaaagttgccttgattttttaaacaaatcctatacatactgaatttggttaaagacaaatacgtaaaaatgtatcgccttaatcactgcaattgcggacatacactatactgatgcaatagtgaatttgactttgcggttg
gi|10 : ttactcgctcaattaatt-----ATCGCTGCAA-A--T--G-GTG---A---ATA-CA------C----A----------TG-------ATAC-------TGATATA------G--TTtcttaatgtatgcaagtatatttgtacaatgttatatattgcaggtctggttaaagttctgatacaaatgcagtcttgtttgtttatacaaatcctttacatactcatttgggttcaaagtcaatgacatcgatatgccgtaattgttggatatgtcggacataccagatactgatacaattgtcaatttgactttgcgggt
gi|36 : gaaaataactggaactttgaaatagttcgtgtttgttaatctcactagtacgtaatgtctgcaatcaactgcatgcgcgcaacaaatgttgtagtcggtcacctcgatttaatgagattcgtcaacactggtgcca-----ATCGCTGCAA-A--T--G-GCA---G---ACA-TA------C----------------T-------ATAC-------TGATATA------A--CTGT--GAATATTGACTtcgacttcattgaatcaaagtatctcttcaagtgtcgttggaaaatgttattccagacctggttaatgttctgatacatttgtgaaatttg
gi|45 : agacaaacatcccatacacattcaatttgag-----ATCTCTACAA-A--TAGG-GGG---A---ACA-TA------C----A----------CG-------ATAT-------TGACATA------A--TTTT--GAATTTTGATTttacgggtagcgcatttcaaaaagttggtac
gi|31 : taCGCTGCAA-G--T--G-GTG---C---GCA-TA------C----A----------TG-------CTAC-------TGACACA------G--Tttgcgg
gi|20 : ccttctaagtaaaaatGCTGTAA-A--T--G-GCG---T---ACA-TG------C----A----------TG-------ATAC-------TGATATA------C--TTGT--CGATTTTGACTgctgaccgcagtgaaacaatgcgtctctgcatgtatctttggacaatgttatcccaggcttggttaacgttctgatacaa
gi|23 : ctaCTGCAA-A--T--G-GTG---T---ACA-TA------C----ATGCTAAATACATG------ATAC-------TGATATA------A--TTGT--GAATTTtttacgacctcactgaaaccatgaatctctgaaagtatctttgtacaattttagtcgaggcctggttaaatgcatcaaaatatgtggttttgaaagttgccttgtcttttaaggtcaactgagactttgtctttggtgtaagctgtatagtagaaatgcatt
gi|4 : atgcatcacccgctaattaaTGCAA-A--T--G-GTGTA-A---ATA-TATT----C----A----------AG-------ATAC-------TGATATA------A--TTGT--GGATCTTGACTtttcgaccgcattgaaacaatgtttctctgcaagtatctttggacgatgttattccgggcctggtcaacgttttgataagaatacatcaaaccgtgtggtagtgaaagctttctttttttaaaa
gi|14 : gttccaactttttgaaatgtatcacctgcaaTGCAA-A--T--G-GTG---T---ACA-TA------C----G----------TT-------ATAC-------TGATACA------A--CTGTTAAAATTTttgaaacaaacatatttaggaaatatgattccaggcctgttcaacgttatgcaaacaaatgcatcaaattacatggttatggaagtgtgtcttttttgtttgagcaggctccatatatgtttaattgtgcaaaggcccatgaggtcaaaatggatagacacaaacgctgttaatggcgaacaaacaagaaactgatacaattgtgaattttgcctttgcg
gi|41 : ctCAA-A--T--G-GTG---G---ACA-TA------C---------------TT-------GTACATGAAAGTGATATA------A--TTGC--GAATTTTGACTtaaattcaatctcattgaaacaatatatttctgtaagtatctacagacaatgtttttccaggcctggttaacgttctgataatatgttatttttcaacataatcaatcgggttatggtcaacgaggtcgagctgtattgcctctatgctgcaaatggcagccatacaagatactgttataaatgtgaattctgactttgcgga
gi|47 : taacaaatttttgaaatgcacactccgctgG---G---ACA-TA------C----A----------CT-------ATCC-------TGATGCATGT---T--TTGT--GAATTTTGACT
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): CACTCGCTAAATAAATGTTCACAATTAAATTGATATTGACTTTACTGAAACAATGTATCTATGCAAGTATTTTTTGACAATGTTATT
Unaligned ( gi|39 ): TATCACCGGCAAAATTAAAATTCTCAATTATTATTATTCTAACATATGCTCACTATTTGCATTAATTCGTCCTTATTAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|43 ): CTACATTTAACTTACACTTAACCCAATTTATAATCGGCCATGTGGGTTTATCAATATTTCGTCAGCACGAGCTGGTAAA
Unaligned ( gi|48 ): AAAAAAAAGCTGTAATAAATTTGACTTTTTTAAAAGT
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111111111
lowQualScore : 4444 6666666666666666 4444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444 1 6666666666 11 1 222 333333 2222 1 333333 33333 33 1 1 2222 3 1 444444 0 2 1 44 0000000000000000000000 2 44444 1 222 222 22 22 1 1 3 1 33333 1 11 444 666666 11 1 1 11 22 333 8888888888888 2222 555555555 111 333333 555555 11
lowQualScore : .... ................ .... ................................................................... .... . .......... .. . ... ...... .... . ...... ..... .. . . .... . . ...... . . . .. ...................... . ..... . ... ... .. .. . . . . ..... . .. ... ...... .. . . .. .. ... ............. .... ......... ... ...... ...... ..
lowQualScore : 5555 2222222222222222 2222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333 4 4444444444 88 3 333 777777 7777 3 777777 22222 11 3 4 9999 1 4 000000 2 9 5 11 8888888888888888888888 5 77777 5 777 666 00 00 4 5 1 3 33333 3 88 000 666666 88 2 0 44 88 111 0000000000000 2222 111111111 999 111111 000000 55
consensus : TTATATCA----GTA---T-----------C----ATGTATGTACA---------CC-----------A--------T------------T----------CG----------ACCTCATTGAAAC----A-ATGTA--------TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TGTCT--TG--T------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCCAT---ACA---TACT--C--AA-TT-GGGTT-AAGGTCAATGA-----G-GTCGA--GAT---GT----ATCGC--CTTAATCGCTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------C----A---AG----AT---AC------TGATACA------A--TTGTGAATTTTGACT
Reference ( family-1859 ) : TTATATCA----GT----T-----------C----ATGTATGTACA---------CC-----------A--------T------------T----------CG----------ACCTCATTGAAAC----A-ATGCA--------TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TGTCT--TG--T------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCCAT---ACA---TACT--C--AA-TT-GGGTT-AAGGTCAATGA-----G-GTCGA--GAT---GT----ANCGC--CTTAATCGCTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------C----A---AN----AT---AC------TGATACA------A--TTGTGAATTTTGACT
gi|1 : AATTGCTACAA-AC--AGTG--T---ACATA-------------C----A---AG----AT---TC------TGATATA------GTTTTGTGAATT
gi|1 : gaacatatggaatgggtgtgatatagttcgtgaatttcttgaaatgtacatgaactcatgaactactatctactatcaaatgaacaattctattttctgaaagtgttacttaaattcatacttgaaatgcatcacgcttttcTATATCA----GAA---T-----------C----TTGTATGTACA---------CTGTTTGTAGCA-A--------T------------T----------CG----------ACCTCGTTAAAAC----T-ATGAA--------TCTCTGCAAGTAT--TTTTGG---GAC-ATGTTA------T----T--------------TG---------------TG---CACA-CATGCAC-TA----AACT-AT------G-GG-TGTGGAAGT-TGCCT--T---T------C-----T---G-T-----AG--T-CCCAT---ATA---TGTT--C--cgacctcgttaaaactatgaatctctgcaagtatttttgggacatgttatttgtgcacacatgcactaaactatgggtgtggaagttgcctttctgtagtcccatatatgttctgtgag
gi|10 : gaacatatggaatgggtgtgatatagttcgtgaatttcttgaaatgtacatgaactcatgaactactatctactatcaaatgaacaattctattttctgaaagtgttacttaaattcatacttgaaatgcatcacgcttttcaattcacaaaacTATATCA----GTA---T-----------C----ATGTGTATTCA---------CC-----------A--------T------------TTGCAGCGATTCG----------ACTTCATTGAATC----A-AAGTA--------TCTCTTCAAGTGT--CGTT-G---GAAAATGTTA------T----TCCA-G------ACCTGGTTAATGTTC-----TG--ATACA-tgtgag
gi|11 : gaaaataactggaactttgaaatagttcgtgtttgttaatctcactagtacgtaatgtctgcaatcaactgcatgcgcgcaacaaatgttgtagtcggtcacctcgatttaatgagattcgtcaacactggtgccaaacAATCGCTGCAA-AT--GGTG--G---ACATtttgtgaaatttg
gi|11 : tcaaaattaacaatgac-----------A--------T------------T----------CG----------GCCTCATAG-------------------------TC-GCAAGAAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----TCCA-GTCTGCGACCTGGTTAACAATC-----TG--ATACA-AATGTAT-CA----AATT-AT------GTGGTTATGAAAGC-TGCTT--TGATT------T-----T---T-TAAACATA--T-CCTAT---ACA---TACC--C--AA-TT-GGGTT-AACGTCATTGA-----G-GTCAA--GAT---AT----ATCGA--CTTAATTACTACAA-AT--GACG--G---ATATA-------------C----A---AG----AT---A-------------A------A--TTGTGAATTTTGACTcggcctcatagtcgcaagaatctttggacaatgttattccagtctgcgacctggttaacaatctgatacaaatgtatcaaattatgtggttatgaaagctgctttgattttttaaacatatcctatacatacccaattgggttaacgtcattgaggtcaagatatatcgacttaattactacaaatgacggatatacaagataaattgtgaattttgacttt
gi|12 : tcaaaattaacaatgacatgtccaccatttgcagcgTTATAT------GT----T-----------C----ATGTATGTACA---------CC-----------A--------T------------T----------CC----------ACTGCATTAAAAT----A-ATGCT--------TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GAAAATGTAA------T----TCCA-T------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGC-TGTAT--TG--T------T-----T---TGCAAACAAA--T-CCCAT---ACA---TACT--C--AA-TT-GAGAT-AAGGTCATTGA-----G-GTCGA--GAT---GT----AATGC--CTTTATCGCTGCAA-AT--GGCG--A---ACATA-------------C----A---AT----AT---AC------TGATACA------A--TTGTGAATTTCGACTtt
gi|13 : TGATCGATACAA-A---AATG--T---GCATA-------------C----A---TG----CT---AA------TGATATA------A--TTGTGAATTTTGTCT
gi|13 : ccatctaTTATATCA-----T----TAG---------C----ATGTATGCACATTTTTGTATCG-----------A--------T------------C----------AG----------ACCTCATTAAAACT---ATATATA--------TCTCTGCAAGTAT--CTTA-G---AATAATGTTA----------------G------GTCTGGTTAACGTTC-----TG--A--CA-AATACAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TATTT--TG--T------TGT---T---TATAAATAAA--T-CCCAT---GCA---AACT--C--AG-TT-TGGTT-AAGTTCAATGA-----G-GTCGA--AAT---GT----ATCGC--CTTTATCTCTGCAA-AT--GTCA--G---ACgacctcattaaaactatatatatctctgcaagtatcttagaataatgttaggtctggttaacgttctgacaaatacatcaaaatatgtggttgtgaaagttattttgttgtttataaataaatcccatgcaaactcagtttggttaagttcaatgaggtcgaaatgtatcgcctttatctctgcaaatgtcagac
gi|14 : ccatctaagacaaaattcacaaTTGTATCA----GTA---T-----------A----ACGTATGTACA---------CC-----------A--------T------------T----------TGCATAAATTCAATCTCATTGAAAC----A-ATATA--------TTTCTGTAAGTAT--CTAC-A---GACAATGTTT------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--AT-------------------AAT-AT------G------------------T--TA--T------T-----T---T-TCAAC-----------------A---TAAT--C--AA-TC-GGGTT-ATGGTCAACGA-----G-GTCGA--GCT---GT----ATTGC--CTCTAT-GCTGCAA-AT--GGCA--G---CCATA-------------C----A---AG----AT---AC------TGTTATA------A--ATGTGAATTCTGACT
gi|15 : ctaaattttaacagTATATGCA-A---------CG-----------A--------T------------T----------CG----------ACCCCATTGAAAA----A-ATATA--------CCTCTACATGTAT-----T-GAAAGA-AATGTTA------T----TCTA--------------------------------ATACA-AATGAAT-AT----AATT-AT------GTGGTTGTGGAAGT-TTTCT--TG--T------T-----TGCTT-TTAACA--------CGT---------TATT--TGTAA-CT-GGTTT-ACGGATAGTGA-----G-GTTGA--GAT---GT----ATCGA--TGTAATTAATACAA-AG--GGTG--G---ACATG-------------C----A---AT----AT---AC------TGATACA------A--CTGTGCATTttgcgga
gi|16 : tatcatcagaaatatgtatatatac-----------A--------T------------T----------CG----------ACCTCATTGAAAC----C-ATTCA--------TCTTTGCAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------G----TCAA-G------ACCGGCTTAACACTC-----TG--ACACC-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGGAACC-TGTCT--TA--T------T-----T---T-TAAACTAA--CACACAC---GCAAATTACC--C--AT-TT-GGGCT-TAGACCAATAA-----G-GTCGA--GAT---GA----CCCGC--CTTAATCGCTGCAAGAT--GGCA--G---AC----------------------------------------------ACATA------A--TTGTGAATTTTGACT
gi|17 : tttcctgcgCAATGA-----G-GTTGAATGATTA-GTCC--AATGTGGTTGAACAGCTGAAA-AT--GGAG--A---ACACA-------------C----C---ATCCTGAT---AC------TGAAATA------A--TTGTGAATTTTAACTttgctg
gi|17 : cctactaA---------TC-----------A--------T------------T----------CA----------ACCTCATTGGGTA----A-ACGTA--------TCTCTGCAAGTAT--CCTC-A---GACATTGTTA------T----TCCA-G------ATCTGGTTAATGTTC-----TG--ATACA-AATGTAT-------AAAT-AT------GTG--TG---AAGT-TATCT---------------------------AACCCA--T--CTAT---ACA---TAAT--C--CA-TT-GGGTA-AAGGTCAATAA-----G-GTCGA--GAT---Gggtaaacgtatctctgcaagtatcctcagacattgttattccagatctggttaatgttctgatacaaatgtataaatatgtgtgaagttatctaacccatctatacataatccattgggtaaaggtcaataaggtcgagatg
gi|18 : cctactaagttaaaattcacaattatttcagtatcaggatggtgtgttctccattttcagctgttcaaccacattggactaTTAATGA-----G-GTCGA--GAT---GT----CTTGC--CGTAATCTCTGATA-AT--GGTG--A---ACAT--------------T----AT--AT----AT---TC------TGTTACA------C--GTGCAAATTTTGAC
gi|18 : acccacaatC-----------A--------TC-----------T----------CG----------ACCTCATTAAAAT----A--CGTT--------TCTCTGTA--TAT------------ACATTGT-G------T----TC------------------AA--TTC-----C----TACA-AATACAT-CG----AATT-AT------GTTGTTATGCGAGT-GATCT--TG--TGTGTTGT-----T---T-T---CAG-----TCCAA---ACA---TGCT--C--GA-TT-GGGAT-GATGTCAATGA-----G-GTAGA--GAT---GT----aatacgtttctctgtatatacattgtgttcaattcctacaaatacatcgaattatgttgttatgcgagtgatcttgtgtgttgttttcagtccaaacatgctcgattgggatgatgtcaatgaggtagagatgttgaccctatta
gi|19 : acccacaatgtcaaaatttgcacgtgtaacagaatatataatgttcaccattatcagagattacggcaagaATTTCA----GTA---T-----------C----AT-T-TGTA-G---------CG-----------A--------T------------T----------TG----------ACCTCATTGAAAC----C-AT-----------TTTCCTCAA-----------------CAA-GTGG------T----TCCA-G------GTCTCGTTGACGTTC-----TG--ATACA-AATACAT-CA----ACAT-AT------GTGGTTtgaccctatta
gi|19 : cctgcaaagtaaaaatg---TATT--T--AA-TT-CAGTTTACGGTCCATGA-----G-GTAGA--GAT---GC----ATCGC--CTTAATCATTGCAA-TT--AGCG--G---ACAAA-------------C----A---AT----AT---TC------TGATATG------A--TTGTGAATTTTGTCTtatttaattcagtttacggtccatgaggtagagatgcatcgccttaatcattgcaattagcggacaaacaatattctgatatgattgtgaattttgtctt
gi|2 : cctgcaaagtaaaaatgatttcagtatcatttgtagcgatttgacctcattgaaaccattttcctcaacaagtggttccaggtctcgttgacgttctgatacaaatacatcaacatatgtggttTAATCACTGTAA-AC--AGTG--T---CCATA-------------C----A---TG----AT---AC------TGATATA------A--TCGTGAAAATTGATTt
gi|2 : acccgctaTTATATCA----GTA---T-----------C----ATGTATGGACA---------CT-----------G--------T------------T----------TACAGTGATTATACCTCATTGTAAC----A-ATCCA--------TATCTGCAAGTAT--CATT-G---GATAATGTTA------T----TCCA-T------GCCTGGTTCAAGTAC-----TG--ATACA-AATACAT-CG----AATTAAT------GCAGATGTGAAAAT-TGTCTTGTG--T------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCT-T---ACT---TACT--C--AA-TT-GTGTG-ACAGTCAATGA-----G-ATTGG--GAC---GT----ATTGC--C-TAATTGCTGCAA-AT--CGGG--G---ACATA-------------CAATAA---AT----AT---AC------TGATACA------A--TCGTGAA-TTTGACTtacctcattgtaacaatccatatctgcaagtatcattggataatgttattccatgcctggttcaagtactgatacaaatacatcgaattaatgcagatgtgaaaattgtcttgtgtttttaaacaaatccttacttactcaattgtgtgacagtcaatgagattgggacgtattgcctaattgctgcaaatcggggacatacaataaatatactgatacaatcgtgaatttgactttgcggat
gi|20 : acccgctaaatcaattttcacgaTCAGTGA-----G-GTCG----------T----A---------AA--GCTGTAA-AT--GGCG--T---ACATG-------------C----A---TG----AT---AC------TGATATA------C--TTGTCGATTTTGACTttgcggat
gi|20 : ctaTATATCA----GTA---T-----------C----ATGCATGTACG---------CC-----------A--------T------------TTACAGCTTTACG----------ACCTCACTGAAAC----C-ATGAA--------TCTCTGAAAGTAT--CTTT-G---TACAATTTTA------G----TCGA-G------GCCTGGTT--------------------A-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTTTGAAAGT-TGCCT--TG--TC-----T-----T---T-TAAaaccatgaatctctgaaagtatctttgtacaattttagtcgaggcctggttaaatgcatcaaaatatgtggttttgaaagttgccttgtcttttaaggtcaactgagactttgtctttggtgtaagctgtatagtagaaatgcatt
gi|21 : ctaagtcaaaatcgacaagTTGTATCA----GT----G-----------C----CTGTCT-TGCAGGTTTGCTGCA-----------A--------C------------T----------CG----------ATCTCATTGAAAC----A-AAGTA--------CCT-TGTATATAT--ATAT-A---TGCATTGTTT------T----GCTA-G------GCCTGGTTAACATTC-----TG--AAACA-AAT---------------------------GTT-----AGT-T----------T------T-----T-------AGCAAA--T-CTAAT---ACA---TGAT--C--AG-TT-GTGTT-ATGGTCAGTGA-----G-ATTGA--GAT---TT----ATCGC--Cggtcaactgagactttgtctttggtgtaagctgtatagtagaaatgcatt
gi|22 : ttaacatttagagACAG--------CT-----------A--------T------------T-----------G----------ACCTCATTGAAAC----A-ATGTA--------CCTCTACAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----CCCA-G------ACCTGGTTAACGGTC-----TG--ATATA-AATACAC-CA----ACCT-AT------GTGGTAACGAAAGT-TGCCT--TA--C------T-----T---T-TAAATATT--T-ATCAT---TCA---TAGT--C--AGTTT-GTGTG-AAGGTCAaaacaaacgaaggata
gi|23 : atccgctatatcaacattcacaataatgtaattaccataccttgTTATATCA----GTA---TCATGTATTTAGC----ATGTATGTACA---------CC-----------ATTTGCAGTT------------T----------CG----------ACCGCATTGAAAC----A-ATGTT--------TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GACGATGTTA------T----TCCG-G------GCCTGGTCAACGTTT-----TG--ATAAG-AATACAT-CA----AACC-GT------GTGGTAGTGAAAGC-TTTCT--T---T------T-----T---T-TAAA
gi|24 : atgcatcacccgctaattaaaaattcacaaCCACG------ACCTGGTTAACGTTT-----CA--ATACA-AATGCAT-C-----------T------GTGGTTTTGAAAGT-TGTGT--TG--TA-----T-----T---T-TAATCCCA--T-CTCAT---ATA---AACTTAT--AG-TTAAAGTT-AAAGTTTATGA-----G-GTCGA--TAT---G-------------------GATGTAA-AT--AACT--G---ACGTA-------------C----A---AG----AT---ACCAAATATAATAAAAAAATTA--TTGTGAGTTTTGACTa
gi|25 : ccaccaTTATATCA----GTA---T-----------G----GTGCATGTACA---------CCCGATTGCAGGGA--------T------------T----------CA----------AACTCATTAAAAC----A-ATACA----------------AGAAT--CTTT-G---GACCATGTTA------T----TCCA-G------AACTGGGTAACATTC-----AG--TTACA-AATGCGT-CA----AAAT-AT------GTGGTGGTGAttgcg
gi|26 : agcatttatcaactttatgaaatgcatcaccagctaaattggttttcacaaATATCATTATGT----TG----------T----ATGT-TGTACA---------CC-----------A--------T------------T----------TGTTGTGATTCAACCTCCTCAAAGC----A-TTGAA--------TCTCAGCAAGTAG--CTTT-G---GGCAATGTTA------T----TCCA-A------ATATTGTTTATGTAC-----TG--GTACA-AATGCAT-CG----AATT-GT------GGGATTGTG-AAGC-AATTT--T------------------------AGCAAG--T-CTTAT---ATA---TGTT--C--GA-
gi|27 : tcgcacagtgTT-G---GGGAATGTTA------T----TCCG-G------TCTTGGTTAAAGCTC-----CG--ATATA-ATTTCATATG----GAAA-AA------GAAGTTGT----CT-TGTTT--TG--T------T-----T---T-TTTTCTAT--T-TTCATATAATA---TAC------------------AAGCTCAATCG-----T-GTAAA--GAT-----------CG-------ATCGCTGCAA-AT--GTTG--G---ACATA-------------C----A---AG------------------------------A--TTGTGAATTTCG
gi|28 : C--CTTAATCGCTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------A----C---AG----AT---AC------TGATACA------G--TTGTGAATTTTAAtttgtgc
gi|29 : tttaaaatatatgttagaagggtgaaatatgcctaataagattttccagtaatgttggatatgctgttactgtcacaaatatactccaggtattattTGTG---GT-CGTCT--TGG-T------T-----T---T-TAAACACA--T-CCTAT---G--------T--C--AA-TC-GG-TT-AGGGCCAATGATAAAAGTATCGA--GAT---GC----ATTGC--CTTGATGGATGCAC-AT--GGTG--GTGGACATA-------------T----A---AG----AT---AC------AGATACA------A--TTAGGAATTTTGACTaa
gi|3 : ataCCTTACTGAGAT----A-A-G-A--------TATCTGCAAATAT--ATTT-T---GGCAAAGTTA------T----TCCA-G------GCTTGGTTAACAA-A-----TG--GTACA-AATGCGA-CA----AATT-AT-------TA-CTGTAGAAGT-TGTCT--TA--T------TGTTTTT---T-TTAGCAAG--T-CCCAA---ACA---TGCT--A--AA-TC-AGATT-ATGGTCAGTGA-----G-GTTGA--GAT---GT----ATAGC--AGAAATCACTGCAA-AT--GATG--G---AC--A-------------C----A---AG----AT---AC------TGATACA------A--TTGTGAATTTTGttgtcgg
gi|30 : aagttataatcggtcacctggattgatatttcgtcaacagtatcttacacatgttaaccatttgcattgattcgtccttTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGTAT-TAAATTAAAC-AT------GAGGTTGTGGATGT-TTTCTTGTG--T------T-----T---T-TA----------CTAAT---ACA---T-CA--C--A---------T-AAGGTCAATGG-----G-ATCGA--G-----------AATGC--ATTAATCCGTGCAA-AT--GTCC--G---ACGTA-------------C----A---Ac
gi|31 : CGCTGCAA-GT--GGTG--C---GCATA-------------C----A---TG----CT---AC------TGACACA------G--T-----ATTTTTACTtga
gi|31 : ccttctaTGTGTCA----GTA---G-----------C----ATGTATGCGCA---------CC-----------A--------C------------T----------TGCAGCGGCTG-ACCGCAGTGAAAC----A-ATGCG--------TCTCTGCATGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----CCCA-G------GCTTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-Agctgaccgcagtgaaacaatgcgtctctgcatgtatctttggacaatgttatcccaggcttggttaacgttctgatacaa
gi|32 : ccttctaagtaaaaatac-----------A--------C------------T----------CA----------ACCTCATTGAAAC----G-ATGCA----------------GGTAT--CTTC-G---GGCAATGTTACATGTAT----TCCA-T------GCCTAGGAAGCGTTC-----TG--GTATA-TATGCAT-TA----AAAT-AT------ACGGTTGTGAAACT-TGTTT--TG--T------T-----T---
gi|33 : ttacaattcacaaaT--C--AC-TT-GGATT-ATGGTCAATGA-----G---------AT---GT----CTCTT--CCTAATCAGTGCAA-A---AGTG--T---ACGTT-------------A----A---AG----AC---AC------TGATATA------A--CTGTGAATGTTGACT
gi|34 : tACAAA--T-CCTAT---ACA---TACT--C--AG-TT-GGGTT-ATACTCAATGA-----G-GTTGA--GGT---GT----ATCGC--CTTGATCGCTGCAA-AT--GACGGAG---ACGTA-------------C----C---AT----AT---AC------TGCTGCA------A--TTGTAAAGTTTGATTttgccggtgctgcattttaaaaggtatagcatgttt
gi|35 : t----ATGTATATGCA---------TC-----------A--------T------------T----------TGT---------ACCTCATTAAGAC----A-ATACG--------TCTCTGCAAGTAC--CTTT-G---GACAAT--------------------------------GTTAACGTTC-----T---ATACACAAT-TAT-CC----AAAA-AT------GTGGTTGttgcggg
gi|36 : acattattagtagaAGACAAACAT-CCCAT---ACA---CATT--C--AA-TT-
gi|36 : ATCGCTGCAA-AT--GGCA--G---ACATA-------------C---------T----AT---AC------TGATATA------A--CTGTGAATATTGACTtgagatcgctgcaaatggcagacatactatactgatataactgtgaatattgactttacgggtagcgcatttcaaaaagttggtac
gi|37 : agacaaacatcccatacacattcaatttgag------------T----------TG----------ACTTTACTGAAAC----A-ATGTA--------TCTATGCAAGTAT--TTTT-T---GACAATGTTA------T----Tttacgggtagcgcatttcaaaaagttggtac
gi|38 : cactcgctaaataaatgttcacaattaaattgataC--CTTAATTGCTGCAA-AT--GGTG--A---ACATAATTATACAGTTTGT----A---AG----AT---TC------TGATACA------A--ATGTGAATTTTGTCT
gi|4 : tatgattaTGCAA-AT--GGTG--T---AAATATATT---------C----A---AG----AT---AC------TGATATA------A--TTGTGGATCTTGACTttgcggtt
gi|4 : gttccaactttttgaaatgtatcacctgcaaTTATATCA----GTA---T-----------CTTGAATATATTTACA---------CC-----------A--------T------------T----------TG--------------CATTGAAAC----A-A-----------------ACA--TAT---TTA-G---GA-AATATGA------T----TCCA-G------GCCTGTTCAACGTTA-----TGC-AAACA-AATGCAT-CA----AATT-AC------ATGGTTATGGAAGTGTGTCT--TT--T------T-----TGT-T-TGAGCAGG--C-TCCAT---ATA---TGTT--T--AA-TT-GTGCA-AAGGCCCATGA-----G-GTCAA--AAT---GG----ATAGA--CACAAACGCTGTTA-AT--GGCG--A---ACAAA-------------C----A---AG----AA---AC------TGATACA------A--TTGTGAATTTTGCCTttgaaacaaacatatttaggaaatatgattccaggcctgttcaacgttatgcaaacaaatgcatcaaattacatggttatggaagtgtgtcttttttgtttgagcaggctccatatatgtttaattgtgcaaaggcccatgaggtcaaaatggatagacacaaacgctgttaatggcgaacaaacaagaaactgatacaattgtgaattttgcctttgcg
gi|40 : gttccaactttttgaaatgtatcacctgcaaagtcaagatccacaaA-TT-AGTGT-AAGGTCATTGA-----G-GGCAA--AAT---GT----ATCGC--GGTAAGCGCTGCAA-AA--GGCG--G---ATGTC-------------C----A---GG----AT---AC------TAAAACA------G--TTGTAAttgcg
gi|41 : CAA-AT--GGTG--G---ACATA-------------C----TTGTAC----ATGAAAG------TGATATA------A--TTGCGAATTTTGACT
gi|42 : taacaaatttttgaaatgcacactccgctgTCGA--GAT---GTTACTATCAT--CTTAATCACTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------C----A---CT----TT---CA------TGGAACA------G--TTGTGAATTT
gi|44 : A-----G-GTCGG--AGT---GT----ATCGC--CTCAGTCGCTGCAG-AT--GGCG--G---ACGTA-------------C----A---AG----AT---AC------TGATGCA------A--TTGT-AGTTTgtactttgc
gi|45 : TAATCTCTACAA-AT--AGGG--GGA-ACATA-------------C----A---CG----AT---AT------TGACATA------A--TTTTGAATTTTGATTg
gi|46 : A--------TCTCTGCAAGTTT--CTT--A---AAAGATGTTA------T----TCCA-G------GCCTAGTTAATGTTttgcgg
gi|47 : tgtttG--G---ACATA-------------C----A---CT----AT---CC------TGATGCATGT---T--TTGTGAATTTTGACT
gi|5 : TTATATCA----ATA---T-----------A----ATGTATGTA-A---------CC-----------A--------T------------T-----------------------------TGAGGC----G-ATGCGATTCTACCTCTCTGCAAGTAT--CGTT-A---TACAATGTTT------T----CTCA-T------GCCTGGTTAACGCTC-----TG--ATACC-AATGT-T-CA----AAAT-ACATGTACGTGGGTGTGAAAGT-TGCCT--TGATT------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCTAT---ACA---TACT--G--AA-TT-TGGTT-AAAGACAAATA-----C-GTAAA--AAT---GT----ATCGC--CTTAATCACTGC-A-AT--TGCG--G---ACATA-------------C----A---CT----AT---AC------TGATGCA------A--TAGTGAA-TTTGACTttgcgggt
gi|6 : acccgctatatacacttcatcaTTATATCA----GTA---T-----------T----ATATATGTACA---------TC-----------A--------T------------TTACAGCGATTCG----------ACCTCATTGAAAC----A-ATGCA--------TCTCAGAAAGTATATCTGT-G---TACAATGTTA------T----TCCA-G------GCCTGGTTAAAGTTTAAATTTGTTATACA-CACGCAT-TA----ACAT-AT------GTGGTTGTGAAAAT-TGT-----A--T------T-----T---T-TAATCAAA--T-CCTAT---ACA---TACT--C--AG-TT-GGGTT-ACAATCAATGA-----T-GTTGA--GGT---GT----ATCGC--CTCAATCACTGCAA-AT--GGCGGAG---ACATA-------------C----C---AA----AT---AC------AGATACA------A--ttgcggttg
gi|7 : acccgctaaatcagttgtcacagTCAATGA-----A-GTCGA-------------------------ATCGCTGTAA-ATATGGTG--T---ACATA-------------C----A---CG----AC---AC------TGATATA------A--TTGTGAATTTCGATTa
gi|7 : acctgctaTTATATCA----GTG---T-----------C----GTGTATGTACA---------CC-----------A--------TATTTACAGCGATT----------CG----------ACTTCATTGAAAC----A-ATGTA--------TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G----------TTA------T----TCCA-G------------------TTC-----TG--ATACA-AATGTAT-CA----AATT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TGTCA--TA--T------T-----T---A-AAAACGAA--T-CCAAT---ACC---TACA--C--AA-TT-GGATG-AAGGTCATTGA-----G-GTCGA--GATGTAGT----ATCAC--CTTCATCACTGCAA-AT--AGCA--G---ACATT-------------C----A---AG----AT---AC------TGATAAA------A--TTGTGAATATTGACTaacaatgtatctctgcaagtatctttgttattccagttctgatacaaatgtatcaaattatgtggttgtgaaagttgtcatatttaaaaacgaatccaatacctacacaattggatgaaggtcattgaggtcgagatgtagtatcaccttcatcactgcaaatagcagacattcaagatactgataaaattgtgaatattgacttt
gi|8 : acctgctaaatcgaaattcacaaTTATATCA----GTATCATGCA--------C----ATGCATGTACA---------CC-----------A--------T------------T----------TG--------------CA--GAGATTCTTA-ATGTA--------T----GCAAGTAT--ATTT-G---TACAATGTTA------TATATTGCA-G------GTCTGGTTAAAGTTC-----TG--ATACA-AATGCA-------------------------------------GTCT--TG--T------T-----TGT-T-TATACAAA--T-CCTTT---ACA---TACT--C--AT-TT-GGGTTCAAAGTCAATGA-----C-ATCGA--TAT---G---------C--CGTAATTGTTGGAT-AT--GTCG--G---ACATA-------------C----C---AG----AT---AC------TGATACA------A--TTGTCAA-TTTGACTtt
gi|9 : ttactcgctcaattaattttcacagTTGTATCA----GT----TT----------C----ATATATGTTGG---------CC-----------A--------T------------T----------TG----------ACCTCATTGAAAC----A----TA--------TTTTTGCAAATAT--CTTT-G---GACAAT-CCG------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACTATC-----TG--ATAAA-AATGCAT-AA----AAAT-AT------GCGGTTGTGAAAG------------------------------------------T-CCCAT---ACA---TAGT--C--TA-GA-AGGTT-ATGGTCAAAGC-----G-ATCTA--GAT---GT----TTAGC--CTTAATCGCTGCAA-AT--GATG--G---ACACA-------------C----A---AG----AA---AC------TGATAAT------A--TTCTGAATTTTGACTttgcgggt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): TATCACCGGCAAAATTAAAATTCTCAATTATTATTATTCTAACATATGCTCACTATTTGCATTAATTCGTCCTTATTAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|43 ): CTACATTTAACTTACACTTAACCCAATTTATAATCGGCCATGTGGGTTTATCAATATTTCGTCAGCACGAGCTGGTAAA
Unaligned ( gi|48 ): AAAAAAAAGCTGTAATAAATTTGACTTTTTTAAAAGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111 4444444444444444444444 1111111111111111111111
lowQualScore : 3333 3333 1 888888 88888888888 1 222 888888888 22222222222 888888888888 3333333333333333333333 33 4444 1 6666666666 11 1 333 333333 2222 1 333333 33333 33 1 1 2222 3 1 444444 0 2 1 44 0000000000000000000000 2 44444 1 222 222 22 22 1 1 3 1 33333 1 11 333 5555 33 1 1 11 22 333 8888888888888 555555 222222 333333 333333 333
lowQualScore : .... .... . ...... ........... . ... ......... ........... ............ ...................... .. .... . .......... .. . ... ...... .... . ...... ..... .. . . .... . . ...... . . . .. ...................... . ..... . ... ... .. .. . . . . ..... . .. ... .... .. . . .. .. ... ............. ...... ...... ...... ...... ...
lowQualScore : 9999 9999 7 777777 33333333333 7 999 000000000 66666666666 222222222222 7777777777777777777777 11 2222 3 6666666666 88 2 444 777777 7777 3 777777 22222 11 3 4 9999 1 4 000000 2 9 5 11 8888888888888888888888 5 77777 5 777 666 00 00 4 5 1 3 33333 3 88 999 0000 44 2 0 44 88 111 0000000000000 333333 555555 111111 111111 444
consensus : TTATATCAGTA----TC----ATG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------CG----------ACCTC--ATTGAAAC----A-ATG------TA--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TGTCT--TG--T------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCCAT---ACA---TACT--C--AA-TT-GGGTT-AAGGTCAATGA-----G-GTCGA--GAT---GT----AT-CGCCTTAATCGCTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------C------A-A----GATAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTTGACT
Reference ( family-1859 ) : TTATATCAGTA----TC----ATG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------CG----------ACCTC--ATTGAAAC----A-ATG------TA--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TGTCT--TG--T------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCCAT---ACA---TACT--C--AA-TT-GGGTT-AAGGTCAATGA-----G-GTCGA--GAT---GT----AT-CGCCTTAATCGCTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------C------A-A----GATAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTTGACT
gi|1 : AATTGCTACAA-AC--AGTG--T---ACATA-------------C------A-A----GATTC------TGATATA------GTT-TTGTGAATT
gi|1 : gaacatatggaatgggtgtgatatagttcgtgaatttcttgaaatgtacatgaactcatgaactactatctactatcaaatgaacaattctattttctgaaagtgttacttaaattcatacttgaaatgcatcacgcttttcTATATCAGAA----TC----TTG-TA------T-----------G-T---ACA---------CTGTTTGTAGCA-AT------------T----------CG----------ACCTC--GTTAAAAC----T-ATG------AA--TCTCTGCAAGTAT--TTTTGG---GAC-ATGTTA------T----T--------------TG---------------TG---CACA-CATGCAC-TA----AACT-AT------G-GG-TGTGGAAGT-TGCCT--T---T------C-----T---G-T-----AG--T-CCCAT---ATA---TGTT--C--cgacctcgttaaaactatgaatctctgcaagtatttttgggacatgttatttgtgcacacatgcactaaactatgggtgtggaagttgcctttctgtagtcccatatatgttctgtgag
gi|10 : gaacatatggaatgggtgtgatatagttcgtgaatttcttgaaatgtacatgaactcatgaactactatctactatcaaatgaacaattctattttctgaaagtgttacttaaattcatacttgaaatgcatcacgcttttcaattcacaaaacTATATCAGTA----TC----ATG-TG------T-----------A-T---TCA---------CC-----------AT------------TTGCAGCGATTCG----------ACTTC--ATTGAATC----A-AAG------TA--TCTCTTCAAGTGT--CGTT-G---GAAAATGTTA------T----TCCA-G------ACCTGGTTAATGTTC-----TG--ATACA-tgtgag
gi|11 : gaaaataactggaactttgaaatagttcgtgtttgttaatctcactagtacgtaatgtctgcaatcaactgcatgcgcgcaacaaatgttgtagtcggtcacctcgatttaatgagattcgtcaacactggtgccaaacAATCGCTGCAA-AT--GGTG--G---ACATtttgtgaaatttg
gi|11 : tcaaaattaacaatgac-----------AT------------T----------CG----------GCCTC--ATAG-------------------------TC-GCAAGAAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----TCCA-GTCTGCGACCTGGTTAACAATC-----TG--ATACA-AATGTAT-CA----AATT-AT------GTGGTTATGAAAGC-TGCTT--TGATT------T-----T---T-TAAACATA--T-CCTAT---ACA---TACC--C--AA-TT-GGGTT-AACGTCATTGA-----G-GTCAA--GAT---AT----AT-CGACTTAATTACTACAA-AT--GACG--G---ATATA-------------C------A-A----GATA-------------A------A---TTGTGAATTTTGACTcggcctcatagtcgcaagaatctttggacaatgttattccagtctgcgacctggttaacaatctgatacaaatgtatcaaattatgtggttatgaaagctgctttgattttttaaacatatcctatacatacccaattgggttaacgtcattgaggtcaagatatatcgacttaattactacaaatgacggatatacaagataaattgtgaattttgacttt
gi|12 : tcaaaattaacaatgacatgtccaccatttgcagcgTTATAT--GT-----TC----ATG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------CC----------ACTGC--ATTAAAAT----A-ATG------CT--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GAAAATGTAA------T----TCCA-T------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGC-TGTAT--TG--T------T-----T---TGCAAACAAA--T-CCCAT---ACA---TACT--C--AA-TT-GAGAT-AAGGTCATTGA-----G-GTCGA--GAT---GT----AA-TGCCTTTATCGCTGCAA-AT--GGCG--A---ACATA-------------C------A-A----TATAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTCGACTtt
gi|13 : TGATCGATACAA-A---AATG--T---GCATA-------------C------A-T----GCTAA------TGATATA------A---TTGTGAATTTTGTCT
gi|13 : ccatctaTTATATCATTA----GC----ATG-TA------T-----------G-C---ACATTTTTGTATCG-----------AT------------C----------AG----------ACCTC--ATTAAAACT---ATATA------TA--TCTCTGCAAGTAT--CTTA-G---AATAATGTTA----------------G------GTCTGGTTAACGTTC-----TG--A--CA-AATACAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TATTT--TG--T------TGT---T---TATAAATAAA--T-CCCAT---GCA---AACT--C--AG-TT-TGGTT-AAGTTCAATGA-----G-GTCGA--AAT---GT----AT-CGCCTTTATCTCTGCAA-AT--GTCA--G---ACgacctcattaaaactatatatatctctgcaagtatcttagaataatgttaggtctggttaacgttctgacaaatacatcaaaatatgtggttgtgaaagttattttgttgtttataaataaatcccatgcaaactcagtttggttaagttcaatgaggtcgaaatgtatcgcctttatctctgcaaatgtcagac
gi|14 : ccatctaagacaaaattcacaaTTGTATCAGTA----TA----ACG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------TGCATAAATTCAATCTC--ATTGAAAC----A-ATA------TA--TTTCTGTAAGTAT--CTAC-A---GACAATGTTT------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--AT-------------------AAT-AT------G------------------T--TA--T------T-----T---T-TCAAC-----------------A---TAAT--C--AA-TC-GGGTT-ATGGTCAACGA-----G-GTCGA--GCT---GT----AT-TGCCTCTAT-GCTGCAA-AT--GGCA--G---CCATA-------------C------A-A----GATAC------TGTTATA------A---ATGTGAATTCTGACT
gi|15 : ctaaattttaacagTA-TA------T-----------G-C---A-A---------CG-----------AT------------T----------CG----------ACCCC--ATTGAAAA----A-ATA------TA--CCTCTACATGTAT-----T-GAAAGA-AATGTTA------T----TCTA--------------------------------ATACA-AATGAAT-AT----AATT-AT------GTGGTTGTGGAAGT-TTTCT--TG--T------T-----TGCTT-TTAACA--------CGT---------TATT--TGTAA-CT-GGTTT-ACGGATAGTGA-----G-GTTGA--GAT---GT----AT-CGATGTAATTAATACAA-AG--GGTG--G---ACATG-------------C------A-A----TATAC------TGATACA------A---CTGTGCATTttgcgga
gi|16 : tatcatcagaaatatgtatatatac-----------AT------------T----------CG----------ACCTC--ATTGAAAC----C-ATT------CA--TCTTTGCAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------G----TCAA-G------ACCGGCTTAACACTC-----TG--ACACC-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGGAACC-TGTCT--TA--T------T-----T---T-TAAACTAA--CACACAC---GCAAATTACC--C--AT-TT-GGGCT-TAGACCAATAA-----G-GTCGA--GAT---GA----CC-CGCCTTAATCGCTGCAAGAT--GGCA--G---AC-------------------------------------------ACATA------A---TTGTGAATTTTGACT
gi|17 : tttcctgcgCAATGA-----G-GTTGAATGATTA-GTCCA-ATGTGGTTGAACAGCTGAAA-AT--GGAG--A---ACACA-------------C------C-ATCCTGATAC------TGAAATA------A---TTGTGAATTTTAACTttgctg
gi|17 : cctactaA---------TC-----------AT------------T----------CA----------ACCTC--ATTGGGTA----A-ACG------TA--TCTCTGCAAGTAT--CCTC-A---GACATTGTTA------T----TCCA-G------ATCTGGTTAATGTTC-----TG--ATACA-AATGTAT-------AAAT-AT------GTG--TG---AAGT-TATCT---------------------------AACCCA--T--CTAT---ACA---TAAT--C--CA-TT-GGGTA-AAGGTCAATAA-----G-GTCGA--GAT---Gggtaaacgtatctctgcaagtatcctcagacattgttattccagatctggttaatgttctgatacaaatgtataaatatgtgtgaagttatctaacccatctatacataatccattgggtaaaggtcaataaggtcgagatg
gi|18 : cctactaagttaaaattcacaattatttcagtatcaggatggtgtgttctccattttcagctgttcaaccacattggactaTTAATGA-----G-GTCGA--GAT---GT----CT-TGCCGTAATCTCTGATA-AT--GGTG--A---ACAT--------------T------ATA----TATTC------TGTTACA------C---GTGCAAATTTTGAC
gi|18 : acccacaatC-----------ATC-----------T----------CG----------ACCTC--ATTAAAAT----A--CG------TT--TCTCTGTA--TAT------------ACATTGT-G------T----TC------------------AA--TTC-----C----TACA-AATACAT-CG----AATT-AT------GTTGTTATGCGAGT-GATCT--TG--TGTGTTGT-----T---T-T---CAG-----TCCAA---ACA---TGCT--C--GA-TT-GGGAT-GATGTCAATGA-----G-GTAGA--GAT---GT----aatacgtttctctgtatatacattgtgttcaattcctacaaatacatcgaattatgttgttatgcgagtgatcttgtgtgttgttttcagtccaaacatgctcgattgggatgatgtcaatgaggtagagatgttgaccctatta
gi|19 : acccacaatgtcaaaatttgcacgtgtaacagaatatataatgttcaccattatcagagattacggcaagaATTTCAGTA----TC----AT--T-------T-----------G-T---A-G---------CG-----------AT------------T----------TG----------ACCTC--ATTGAAAC----C-ATT------TT--CCTCAACAAGT---------G---G---------------T----TCCA-G------GTCTCGTTGACGTTC-----TG--ATACA-AATACAT-CA----ACAT-AT------GTGGTTtgaccctatta
gi|19 : cctgcaaagtaaaaatg---TATT--T--AA-TT-CAGTTTACGGTCCATGA-----G-GTAGA--GAT---GC----AT-CGCCTTAATCATTGCAA-TT--AGCG--G---ACAAA-------------C------A-A----TATTC------TGATATG------A---TTGTGAATTTTGTCTtatttaattcagtttacggtccatgaggtagagatgcatcgccttaatcattgcaattagcggacaaacaatattctgatatgattgtgaattttgtctt
gi|2 : cctgcaaagtaaaaatgatttcagtatcatttgtagcgatttgacctcattgaaaccattttcctcaacaagtggttccaggtctcgttgacgttctgatacaaatacatcaacatatgtggttTAATCACTGTAA-AC--AGTG--T---CCATA-------------C------A-T----GATAC------TGATATA------A---TCGTGAAAATTGATTt
gi|2 : acccgctaTTATATCAGTA----TC----ATG-TA------T-----------G-G---ACA---------CT-----------GT------------T----------TACAGTGATTATACCTC--ATTGTAAC----A-ATC------CA--TATCTGCAAGTAT--CATT-G---GATAATGTTA------T----TCCA-T------GCCTGGTTCAAGTAC-----TG--ATACA-AATACAT-CG----AATTAAT------GCAGATGTGAAAAT-TGTCTTGTG--T------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCT-T---ACT---TACT--C--AA-TT-GTGTG-ACAGTCAATGA-----G-ATTGG--GAC---GT----AT-TGCC-TAATTGCTGCAA-AT--CGGG--G---ACATA-------------CAATA--A-A----TATAC------TGATACA------A---TCGTGAA-TTTGACTtacctcattgtaacaatccatatctgcaagtatcattggataatgttattccatgcctggttcaagtactgatacaaatacatcgaattaatgcagatgtgaaaattgtcttgtgtttttaaacaaatccttacttactcaattgtgtgacagtcaatgagattgggacgtattgcctaattgctgcaaatcggggacatacaataaatatactgatacaatcgtgaatttgactttgcggat
gi|20 : acccgctaaatcaattttcacgaTCAGTGA-----G-GTCG----------T----A--------AA--GCTGTAA-AT--GGCG--T---ACATG-------------C------A-T----GATAC------TGATATA------C---TTGTCGATTTTGACTttgcggat
gi|20 : ctaTATATCAGTA----TC----ATG-CA------T-----------G-T---ACG---------CC-----------AT------------TTACAGCTTTACG----------ACCTC--ACTGAAAC----C-ATG------AA--TCTCTGAAAGTAT--CTTT-G---TACAATTTTA------G----TCGA-G------GCCTGGTT--------------------A-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTTTGAAAGT-TGCCT--TG--TC-----T-----T---T-TAAaaccatgaatctctgaaagtatctttgtacaattttagtcgaggcctggttaaatgcatcaaaatatgtggttttgaaagttgccttgtcttttaaggtcaactgagactttgtctttggtgtaagctgtatagtagaaatgcatt
gi|21 : ctaagtcaaaatcgacaagTTGTATCAGTGCCTGTC----TTG-CAGGTT--T-----------GCT---GCA----------------------AC------------T----------CG----------ATCTC--ATTGAAAC----A-AAG------TA--CCT-TGTATATAT--ATAT-A---TGCATTGTTT------T----GCTA-G------GCCTGGTTAACATTC-----TG--AAACA-AAT---------------------------GTT-----AGT-T----------T------T-----T-------AGCAAA--T-CTAAT---ACA---TGAT--C--AG-TT-GTGTT-ATGGTCAGTGA-----G-ATTGA--GAT---TT----AT-CGCCggtcaactgagactttgtctttggtgtaagctgtatagtagaaatgcatt
gi|22 : ttaacatttagag---ACAG--------CT-----------AT------------T-----------G----------ACCTC--ATTGAAAC----A-ATG------TA--CCTCTACAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----CCCA-G------ACCTGGTTAACGGTC-----TG--ATATA-AATACAC-CA----ACCT-AT------GTGGTAACGAAAGT-TGCCT--TA--C------T-----T---T-TAAATATT--T-ATCAT---TCA---TAGT--C--AGTTT-GTGTG-AAGGTCAaaacaaacgaaggata
gi|23 : atccgctatatcaacattcacaataatgtaattaccataccttgTTATATCAGTA----TC----ATG-TA------TTTAGCATGTATG-T---ACA---------CC-----------AT------------TTGCAGTTT--CG----------ACCGC--ATTGAAAC----A-ATG------TT--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GACGATGTTA------T----TCCG-G------GCCTGGTCAACGTTT-----TG--ATAAG-AATACAT-CA----AACC-GT------GTGGTAGTGAAAGC-TTTCT--T---T------T-----T---T-TAAA
gi|24 : atgcatcacccgctaattaaaaattcacaaCCACG------ACCTGGTTAACGTTT-----CA--ATACA-AATGCAT-C-----------T------GTGGTTTTGAAAGT-TGTGT--TG--TA-----T-----T---T-TAATCCCA--T-CTCAT---ATA---AACTTAT--AG-TTAAAGTT-AAAGTTTATGA-----G-GTCGA--TAT---G------------------GATGTAA-AT--AACT--G---ACGTA-------------C------A-A----GATACCAAATATAATAAAAAAATTA---TTGTGAGTTTTGACTa
gi|25 : ccaccaTTATATCAGTA----TG----GTG-CA------T-----------G-T---ACA---------CCCGATTGCAGGGAT------------T----------CA----------AACTC--ATTAAAAC----A-ATA----------------CAAGAAT--CTTT-G---GACCATGTTA------T----TCCA-G------AACTGGGTAACATTC-----AG--TTACA-AATGCGT-CA----AAAT-AT------GTGGTGGTGAttgcg
gi|26 : agcatttatcaactttatgaaatgcatcaccagctaaattggttttcacaaATATCATTA----TG----TTG-TA------T-----------G-TTGTACA---------CC-----------AT------------T----------TGTTGTGATTCAACCTC--CTCAAAGC----A-TTG------AA--TCTCAGCAAGTAG--CTTT-G---GGCAATGTTA------T----TCCA-A------ATATTGTTTATGTAC-----TG--GTACA-AATGCAT-CG----AATT-GT------GGGATTGTG-AAGC-AATTT--T------------------------AGCAAG--T-CTTAT---ATA---TGTT--C--GA-
gi|27 : tcgcacagtgTT-G---GGGAATGTTA------T----TCCG-G------TCTTGGTTAAAGCTC-----CG--ATATA-ATTTCATATG----GAAA-AA------GAAGTTGT----CT-TGTTT--TG--T------T-----T---T-TTTTCTAT--T-TTCATATAATA---TAC------------------AAGCTCAATCG-----T-GTAAA--G-----------AT-CG-----ATCGCTGCAA-AT--GTTG--G---ACATA-------------C------A-A----G-----------------------A---TTGTGAATTTCG
gi|28 : TGTATCAGTA----TC-----TGTTA------T-----------G-T---CCG---------CC-----------AT------------T----------TG-----------CAGCG-ATT-AAGG----A-ATA-------A--TACCTG-GAGTAT--ATTT-GT--GACAGTtttgtgc
gi|28 : tttaaaatatatgttagaagggtgaaatatgcctaataagattttccagtaatgttggatatgctgttCCTTAATCGCTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------A------C-A----GATAC------TGATACA------G---TTGTGAATTTTAAgttgtgaattttaaaa
gi|29 : tttaaaatatatgttagaagggtgaaatatgcctaataagattttccagtaatgttggatatgctgttactgtcacaaatatactccaggtattattTGTG---GT-CGTCT--TGG-T------T-----T---T-TAAACACA--T-CCTAT---G--------T--C--AA-TC-GG-TT-AGGGCCAATGATAAAAGTATCGA--GAT---GC----AT-TGCCTTGATGGATGCAC-AT--GGTG--GTGGACATA-------------T------A-A----GATAC------AGATACA------A---TTAGGAATTTTGACTaa
gi|3 : ataCCTT--ACTGAGAT----A-AGA------TA--TCT--GCAAATAT--ATTT-T---GGCAAAGTTA------T----TCCA-G------GCTTGGTTAACAA-A-----TG--GTACA-AATGCGA-CA----AATT-AT-------TA-CTGTAGAAGT-TGTCT--TA--T------TGTTTTT---T-TTAGCAAG--T-CCCAA---ACA---TGCT--A--AA-TC-AGATT-ATGGTCAGTGA-----G-GTTGA--GAT---GT----AT-AGCAGAAATCACTGCAA-AT--GATG--G---AC--A-------------C------A-A----GATAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTTGttgtcgg
gi|30 : aagttataatcggtcacctggattgatatttcgtcaacagtatcttacacatgttaaccatttgcattgattcgtccttTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGTAT-TAAATTAAAC-AT------GAGGTTGTGGATGT-TTTCTTGTG--T------T-----T---T-TA----------CTAAT---ACA---T-CA--C--A---------T-AAGGTCAATGG-----G-ATCGA--GA----------AT--GCATTAATCCGTGCAA-AT--GTCC--G---ACGTA-------------C------A-A----c
gi|31 : CGCTGCAA-GT--GGTG--C---GCATA-------------C------A-T----GCTAC------TGACACA------G---T-----ATTTTTACTtga
gi|31 : ccttctaTGTGTCAGTA----GC----ATG-TA------T-----------G-C---GCA---------CC-----------AC------------T----------TGCAGCGGCTG-ACCGC--AGTGAAAC----A-ATG------CG--TCTCTGCATGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----CCCA-G------GCTTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-Agctgaccgcagtgaaacaatgcgtctctgcatgtatctttggacaatgttatcccaggcttggttaacgttctgatacaa
gi|32 : ccttctaagtaaaaatac-----------AC------------T----------CA----------ACCTC--ATTGAAAC----G-ATG----------------CAGGTAT--CTTC-G---GGCAATGTTACATGTAT----TCCA-T------GCCTAGGAAGCGTTC-----TG--GTATA-TATGCAT-TA----AAAT-AT------ACGGTTGTGAAACT-TGTTT--TG--T------T-----T---
gi|33 : ttacaattcacaaaT--C--AC-TT-GGATT-ATGGTCAATGA-----G---------AT---GT----CT-CTTCCTAATCAGTGCAA-A---AGTG--T---ACGTT-------------A------A-A----GACAC------TGATATA------A---CTGTGAATGTTGACT
gi|34 : tACAAA--T-CCTAT---ACA---TACT--C--AG-TT-GGGTT-ATACTCAATGA-----G-GTTGA--GGT---GT----AT-CGCCTTGATCGCTGCAA-AT--GACGGAG---ACGTA-------------C------C-A----TATAC------TGCTGCA------A---TTGTAAAGTTTGATTttgccggtgctgcattttaaaaggtatagcatgttt
gi|35 : tTATTAGTA----GA----ATG-TA------T-----------A-T---GCA---------TC-----------AT------------T----------TGT---------ACCTC--ATTAAGAC----A-ATA------CG--TCTCTGCAAGTAC--CTTT-G---GACAAT--------------------------------GTTAACGTTC-----T---ATACACAAT-TAT-CC----AAAA-AT------GTGGTTGttgcggg
gi|36 : acatAGACAAACAT-CCCAT---ACA---CATT--C--AA-TT-
gi|36 : TTATATCAGTA----T-----A-G-TA------T-----------G-T---CTG---------CC-----------AT------------TTGCAG-----CG----------ATCTCAAATTGAAtgagatcgctgcaaatggcagacatactatactgatataactgtgaatattgactttacgggtagcgcatttcaaaaagttggtac
gi|36 : agacaaacatcccatacacaATCGCTGCAA-AT--GGCA--G---ACATA-------------C-------------TATAC------TGATATA------A---CTGTGAATATTGACTctgtgaatattgactttacgggtagcgcatttcaaaaagttggtac
gi|37 : agacaaacatcccatacacattcaatttgag------------T----------TG----------ACTTT--ACTGAAAC----A-ATG------TA--TCTATGCAAGTAT--TTTT-T---GACAATGTTA------T----Tttacgggtagcgcatttcaaaaagttggtac
gi|38 : cactcgctaaataaatgttcacaattaaattgataAT---G-----AT-TACCTTAATTGCTGCAA-AT--GGTG--A---ACATAATTATACAGTTTGT------A-A----GATTC------TGATACA------A---ATGTGAATTTTGTCT
gi|4 : tTGCAA-AT--GGTG--T---AAATATATT---------C------A-A----GATAC------TGATATA------A---TTGTGGATCTTGACTttgcggtt
gi|4 : gttccaactttttgaaatgtatcacctgcaaTTATATCAGTA----TCTTGAATA-TA------T-----------T-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------TG--------------C--ATTGAAAC----A-A-----------------ACA--TAT---TTA-G---GA-AATATGA------T----TCCA-G------GCCTGTTCAACGTTA-----TGC-AAACA-AATGCAT-CA----AATT-AC------ATGGTTATGGAAGTGTGTCT--TT--T------T-----TGT-T-TGAGCAGG--C-TCCAT---ATA---TGTT--T--AA-TT-GTGCA-AAGGCCCATGA-----G-GTCAA--AAT---GG----AT-AGACACAAACGCTGTTA-AT--GGCG--A---ACAAA-------------C------A-A----GAAAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTTGCCTttgaaacaaacatatttaggaaatatgattccaggcctgttcaacgttatgcaaacaaatgcatcaaattacatggttatggaagtgtgtcttttttgtttgagcaggctccatatatgtttaattgtgcaaaggcccatgaggtcaaaatggatagacacaaacgctgttaatggcgaacaaacaagaaactgatacaattgtgaattttgcctttgcg
gi|40 : gttccaactttttgaaatgtatcacctgcaaagtcaagatccacaaA-TT-AGTGT-AAGGTCATTGA-----G-GGCAA--AAT---GT----AT-CGCGGTAAGCGCTGCAA-AA--GGCG--G---ATGTC-------------C------A-G----GATAC------TAAAACA------G---TTGTAAttgcg
gi|41 : CAA-AT--GGTG--G---ACATA-------------CTTGTACA-T----GAAAG------TGATATA------A---TTGCGAATTTTGACT
gi|42 : taacaaatttttgaaatgcacactccgctgTCGA--GAT---GTTACTAT-CATCTTAATCACTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------C------A-C----TTTCA------TGGAACA------G---TTGTGAATTT
gi|44 : A-----G-GTCGG--AGT---GT----AT-CGCCTCAGTCGCTGCAG-AT--GGCG--G---ACGTA-------------C------A-A----GATAC------TGATGCA------A---TTGT-AGTTTgtactttgc
gi|45 : TAATCTCTACAA-AT--AGGG--GGA-ACATA-------------C------A-C----GATAT------TGACATA------A---TTTTGAATTTTGATTg
gi|46 : ------TA--TCTCTGCAAGTTT--CTT--A---AAAGATGTTA------T----TCCA-G------GCCTAGTTAATGTTttgcgg
gi|47 : tgttG--G---ACATA-------------C------A-C----TATCC------TGATGCA------TGTTTTGTGAATTTTGACT
gi|5 : TTATATCAATA----TA----ATG-TA------T-----------G-T---A-A---------CC-----------AT------------T-------------------------------TGAGGC----G-ATGCGATTCTACCTCTCTGCAAGTAT--CGTT-A---TACAATGTTT------T----CTCA-T------GCCTGGTTAACGCTC-----TG--ATACC-AATGT-T-CA----AAAT-ACATGTACGTGGGTGTGAAAGT-TGCCT--TGATT------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCTAT---ACA---TACT--G--AA-TT-TGGTT-AAAGACAAATA-----C-GTAAA--AAT---GT----AT-CGCCTTAATCACTGC-A-AT--TGCG--G---ACATA-------------C------A-C----TATAC------TGATGCA------A---TAGTGAA-TTTGACTttgcgggt
gi|6 : acccgctatatacacttcatcaTTATATCAGTA----TT----ATA-TA------T-----------G-T---ACA---------TC-----------AT------------TTACAGCGATTCG----------ACCTC--ATTGAAAC----A-ATG------CA--TCTCAGAAAGTATATCTGT-G---TACAATGTTA------T----TCCA-G------GCCTGGTTAAAGTTTAAATTTGTTATACA-CACGCAT-TA----ACAT-AT------GTGGTTGTGAAAAT-TGT-----A--T------T-----T---T-TAATCAAA--T-CCTAT---ACA---TACT--C--AG-TT-GGGTT-ACAATCAATGA-----T-GTTGA--GGT---GT----AT-CGCCTCAATCACTGCAA-AT--GGCGGAG---ACATA-------------C------C-A----AATAC------AGATACA------A---ttgcggttg
gi|7 : acccgctaaatcagttgtcacagTCAATGA-----A-GTCGA------------------------ATCGCTGTAA-ATATGGTG--T---ACATA-------------C------A-C----GACAC------TGATATA------A---TTGTGAATTTCGATTa
gi|7 : acctgctaTTATATCAGTG----TC----GTG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------ATATTTACAGCGATT----------CG----------ACTTC--ATTGAAAC----A-ATG------TA--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G----------TTA------T----TCCA-G------------------TTC-----TG--ATACA-AATGTAT-CA----AATT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TGTCA--TA--T------T-----T---A-AAAACGAA--T-CCAAT---ACC---TACA--C--AA-TT-GGATG-AAGGTCATTGA-----G-GTCGA--GATGTAGT----AT-CACCTTCATCACTGCAA-AT--AGCA--G---ACATT-------------C------A-A----GATAC------TGATAAA------A---TTGTGAATATTGACTaacaatgtatctctgcaagtatctttgttattccagttctgatacaaatgtatcaaattatgtggttgtgaaagttgtcatatttaaaaacgaatccaatacctacacaattggatgaaggtcattgaggtcgagatgtagtatcaccttcatcactgcaaatagcagacattcaagatactgataaaattgtgaatattgacttt
gi|8 : acctgctaaatcgaaattcacaaTTATATCAGTA----TC----ATG-CACATGCAT-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------TG--------------C--A--GAGATTCTTA-ATG------TA--T----GCAAGTAT--ATTT-G---TACAATGTTA------TATATTGCA-G------GTCTGGTTAAAGTTC-----TG--ATACA-AATGCA-------------------------------------GTCT--TG--T------T-----TGT-T-TATACAAA--T-CCTTT---ACA---TACT--C--AT-TT-GGGTTCAAAGTCAATGA-----C-ATCGA---------T----AT--GCCGTAATTGTTGGAT-AT--GTCG--G---ACATA-------------C------C-A----GATAC------TGATACA------A---TTGTCAA-TTTGACTtt
gi|9 : ttactcgctcaattaattttcacagTTGTATCAGTT----TC----ATA-TA------T-----------G-T---TGG---------CC-----------AT------------T----------TG----------ACCTC--ATTGAAAC----A----------TA--TTTTTGCAAATAT--CTTT-G---GACAAT-CCG------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACTATC-----TG--ATAAA-AATGCAT-AA----AAAT-AT------GCGGTTGTGAAAG------------------------------------------T-CCCAT---ACA---TAGT--C--TA-GA-AGGTT-ATGGTCAAAGC-----G-ATCTA--GAT---GT----TT-AGCCTTAATCGCTGCAA-AT--GATG--G---ACACA-------------C------A-A----GAAAC------TGATAAT------A---TTCTGAATTTTGACTttgcgggt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): TATCACCGGCAAAATTAAAATTCTCAATTATTATTATTCTAACATATGCTCACTATTTGCATTAATTCGTCCTTATTAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|43 ): CTACATTTAACTTACACTTAACCCAATTTATAATCGGCCATGTGGGTTTATCAATATTTCGTCAGCACGAGCTGGTAAA
Unaligned ( gi|48 ): AAAAAAAAGCTGTAATAAATTTGACTTTTTTAAAAGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111 4444444444444444444444 1111111111111111111111
lowQualScore : 3333 3333 1 888888 88888888888 1 222 888888888 22222222222 888888888888 3333333333333333333333 33 4444 1 6666666666 11 1 333 333333 2222 1 333333 33333 33 1 1 2222 3 1 444444 0 2 1 44 0000000000000000000000 2 44444 1 222 222 22 22 1 1 3 1 33333 1 11 333 5555 33 1 1 11 22 333 8888888888888 555555 222222 333333 333333 333
lowQualScore : .... .... . ...... ........... . ... ......... ........... ............ ...................... .. .... . .......... .. . ... ...... .... . ...... ..... .. . . .... . . ...... . . . .. ...................... . ..... . ... ... .. .. . . . . ..... . .. ... .... .. . . .. .. ... ............. ...... ...... ...... ...... ...
lowQualScore : 9999 9999 7 777777 33333333333 7 999 000000000 66666666666 222222222222 7777777777777777777777 11 2222 3 6666666666 88 2 444 777777 7777 3 777777 22222 11 3 4 9999 1 4 000000 2 9 5 11 8888888888888888888888 5 77777 5 777 666 00 00 4 5 1 3 33333 3 88 999 0000 44 2 0 44 88 111 0000000000000 333333 555555 111111 111111 444
consensus : TTATATCAGTA----TC----ATG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------CG----------ACCTC--ATTGAAAC----A-ATG------TA--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TGTCT--TG--T------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCCAT---ACA---TACT--C--AA-TT-GGGTT-AAGGTCAATGA-----G-GTCGA--GAT---GT----AT-CGCCTTAATCGCTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------C------A-A----GATAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTTGACT
Reference ( family-1859 ) : TTATATCAGTA----TC----ATG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------CG----------ACCTC--ATTGAAAC----A-ATG------TA--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TGTCT--TG--T------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCCAT---ACA---TACT--C--AA-TT-GGGTT-AAGGTCAATGA-----G-GTCGA--GAT---GT----AT-CGCCTTAATCGCTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------C------A-A----GATAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTTGACT
gi|1 : AATTGCTACAA-AC--AGTG--T---ACATA-------------C------A-A----GATTC------TGATATA------GTT-TTGTGAATT
gi|1 : gaacatatggaatgggtgtgatatagttcgtgaatttcttgaaatgtacatgaactcatgaactactatctactatcaaatgaacaattctattttctgaaagtgttacttaaattcatacttgaaatgcatcacgcttttcTATATCAGAA----TC----TTG-TA------T-----------G-T---ACA---------CTGTTTGTAGCA-AT------------T----------CG----------ACCTC--GTTAAAAC----T-ATG------AA--TCTCTGCAAGTAT--TTTTGG---GAC-ATGTTA------T----T--------------TG---------------TG---CACA-CATGCAC-TA----AACT-AT------G-GG-TGTGGAAGT-TGCCT--T---T------C-----T---G-T-----AG--T-CCCAT---ATA---TGTT--C--cgacctcgttaaaactatgaatctctgcaagtatttttgggacatgttatttgtgcacacatgcactaaactatgggtgtggaagttgcctttctgtagtcccatatatgttctgtgag
gi|10 : gaacatatggaatgggtgtgatatagttcgtgaatttcttgaaatgtacatgaactcatgaactactatctactatcaaatgaacaattctattttctgaaagtgttacttaaattcatacttgaaatgcatcacgcttttcaattcacaaaacTATATCAGTA----TC----ATG-TG------T-----------A-T---TCA---------CC-----------AT------------TTGCAGCGATTCG----------ACTTC--ATTGAATC----A-AAG------TA--TCTCTTCAAGTGT--CGTT-G---GAAAATGTTA------T----TCCA-G------ACCTGGTTAATGTTC-----TG--ATACA-tgtgag
gi|11 : gaaaataactggaactttgaaatagttcgtgtttgttaatctcactagtacgtaatgtctgcaatcaactgcatgcgcgcaacaaatgttgtagtcggtcacctcgatttaatgagattcgtcaacactggtgccaaacAATCGCTGCAA-AT--GGTG--G---ACATtttgtgaaatttg
gi|11 : tcaaaattaacaatgac-----------AT------------T----------CG----------GCCTC--ATAG-------------------------TC-GCAAGAAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----TCCA-GTCTGCGACCTGGTTAACAATC-----TG--ATACA-AATGTAT-CA----AATT-AT------GTGGTTATGAAAGC-TGCTT--TGATT------T-----T---T-TAAACATA--T-CCTAT---ACA---TACC--C--AA-TT-GGGTT-AACGTCATTGA-----G-GTCAA--GAT---AT----AT-CGACTTAATTACTACAA-AT--GACG--G---ATATA-------------C------A-A----GATA-------------A------A---TTGTGAATTTTGACTcggcctcatagtcgcaagaatctttggacaatgttattccagtctgcgacctggttaacaatctgatacaaatgtatcaaattatgtggttatgaaagctgctttgattttttaaacatatcctatacatacccaattgggttaacgtcattgaggtcaagatatatcgacttaattactacaaatgacggatatacaagataaattgtgaattttgacttt
gi|12 : tcaaaattaacaatgacatgtccaccatttgcagcgTTATAT--GT-----TC----ATG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------CC----------ACTGC--ATTAAAAT----A-ATG------CT--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GAAAATGTAA------T----TCCA-T------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGC-TGTAT--TG--T------T-----T---TGCAAACAAA--T-CCCAT---ACA---TACT--C--AA-TT-GAGAT-AAGGTCATTGA-----G-GTCGA--GAT---GT----AA-TGCCTTTATCGCTGCAA-AT--GGCG--A---ACATA-------------C------A-A----TATAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTCGACTtt
gi|13 : TGATCGATACAA-A---AATG--T---GCATA-------------C------A-T----GCTAA------TGATATA------A---TTGTGAATTTTGTCT
gi|13 : ccatctaTTATATCATTA----GC----ATG-TA------T-----------G-C---ACATTTTTGTATCG-----------AT------------C----------AG----------ACCTC--ATTAAAACT---ATATA------TA--TCTCTGCAAGTAT--CTTA-G---AATAATGTTA----------------G------GTCTGGTTAACGTTC-----TG--A--CA-AATACAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TATTT--TG--T------TGT---T---TATAAATAAA--T-CCCAT---GCA---AACT--C--AG-TT-TGGTT-AAGTTCAATGA-----G-GTCGA--AAT---GT----AT-CGCCTTTATCTCTGCAA-AT--GTCA--G---ACgacctcattaaaactatatatatctctgcaagtatcttagaataatgttaggtctggttaacgttctgacaaatacatcaaaatatgtggttgtgaaagttattttgttgtttataaataaatcccatgcaaactcagtttggttaagttcaatgaggtcgaaatgtatcgcctttatctctgcaaatgtcagac
gi|14 : ccatctaagacaaaattcacaaTTGTATCAGTA----TA----ACG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------TGCATAAATTCAATCTC--ATTGAAAC----A-ATA------TA--TTTCTGTAAGTAT--CTAC-A---GACAATGTTT------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--AT-------------------AAT-AT------G------------------T--TA--T------T-----T---T-TCAAC-----------------A---TAAT--C--AA-TC-GGGTT-ATGGTCAACGA-----G-GTCGA--GCT---GT----AT-TGCCTCTAT-GCTGCAA-AT--GGCA--G---CCATA-------------C------A-A----GATAC------TGTTATA------A---ATGTGAATTCTGACT
gi|15 : ctaaattttaacagTA-TA------T-----------G-C---A-A---------CG-----------AT------------T----------CG----------ACCCC--ATTGAAAA----A-ATA------TA--CCTCTACATGTAT-----T-GAAAGA-AATGTTA------T----TCTA--------------------------------ATACA-AATGAAT-AT----AATT-AT------GTGGTTGTGGAAGT-TTTCT--TG--T------T-----TGCTT-TTAACA--------CGT---------TATT--TGTAA-CT-GGTTT-ACGGATAGTGA-----G-GTTGA--GAT---GT----AT-CGATGTAATTAATACAA-AG--GGTG--G---ACATG-------------C------A-A----TATAC------TGATACA------A---CTGTGCATTttgcgga
gi|16 : tatcatcagaaatatgtatatatac-----------AT------------T----------CG----------ACCTC--ATTGAAAC----C-ATT------CA--TCTTTGCAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------G----TCAA-G------ACCGGCTTAACACTC-----TG--ACACC-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGGAACC-TGTCT--TA--T------T-----T---T-TAAACTAA--CACACAC---GCAAATTACC--C--AT-TT-GGGCT-TAGACCAATAA-----G-GTCGA--GAT---GA----CC-CGCCTTAATCGCTGCAAGAT--GGCA--G---AC-------------------------------------------ACATA------A---TTGTGAATTTTGACT
gi|17 : tttcctgcgCAATGA-----G-GTTGAATGATTA-GTCCA-ATGTGGTTGAACAGCTGAAA-AT--GGAG--A---ACACA-------------C------C-ATCCTGATAC------TGAAATA------A---TTGTGAATTTTAACTttgctg
gi|17 : cctactaA---------TC-----------AT------------T----------CA----------ACCTC--ATTGGGTA----A-ACG------TA--TCTCTGCAAGTAT--CCTC-A---GACATTGTTA------T----TCCA-G------ATCTGGTTAATGTTC-----TG--ATACA-AATGTAT-------AAAT-AT------GTG--TG---AAGT-TATCT---------------------------AACCCA--T--CTAT---ACA---TAAT--C--CA-TT-GGGTA-AAGGTCAATAA-----G-GTCGA--GAT---Gggtaaacgtatctctgcaagtatcctcagacattgttattccagatctggttaatgttctgatacaaatgtataaatatgtgtgaagttatctaacccatctatacataatccattgggtaaaggtcaataaggtcgagatg
gi|18 : cctactaagttaaaattcacaattatttcagtatcaggatggtgtgttctccattttcagctgttcaaccacattggactaTTAATGA-----G-GTCGA--GAT---GT----CT-TGCCGTAATCTCTGATA-AT--GGTG--A---ACAT--------------T------ATA----TATTC------TGTTACA------C---GTGCAAATTTTGAC
gi|18 : acccacaatC-----------ATC-----------T----------CG----------ACCTC--ATTAAAAT----A--CG------TT--TCTCTGTA--TAT------------ACATTGT-G------T----TC------------------AA--TTC-----C----TACA-AATACAT-CG----AATT-AT------GTTGTTATGCGAGT-GATCT--TG--TGTGTTGT-----T---T-T---CAG-----TCCAA---ACA---TGCT--C--GA-TT-GGGAT-GATGTCAATGA-----G-GTAGA--GAT---GT----aatacgtttctctgtatatacattgtgttcaattcctacaaatacatcgaattatgttgttatgcgagtgatcttgtgtgttgttttcagtccaaacatgctcgattgggatgatgtcaatgaggtagagatgttgaccctatta
gi|19 : acccacaatgtcaaaatttgcacgtgtaacagaatatataatgttcaccattatcagagattacggcaagaATTTCAGTA----TC----AT--T-------T-----------G-T---A-G---------CG-----------AT------------T----------TG----------ACCTC--ATTGAAAC----C-ATT------TT--CCTCAACAAGT---------G---G---------------T----TCCA-G------GTCTCGTTGACGTTC-----TG--ATACA-AATACAT-CA----ACAT-AT------GTGGTTtgaccctatta
gi|19 : cctgcaaagtaaaaatg---TATT--T--AA-TT-CAGTTTACGGTCCATGA-----G-GTAGA--GAT---GC----AT-CGCCTTAATCATTGCAA-TT--AGCG--G---ACAAA-------------C------A-A----TATTC------TGATATG------A---TTGTGAATTTTGTCTtatttaattcagtttacggtccatgaggtagagatgcatcgccttaatcattgcaattagcggacaaacaatattctgatatgattgtgaattttgtctt
gi|2 : cctgcaaagtaaaaatgatttcagtatcatttgtagcgatttgacctcattgaaaccattttcctcaacaagtggttccaggtctcgttgacgttctgatacaaatacatcaacatatgtggttTAATCACTGTAA-AC--AGTG--T---CCATA-------------C------A-T----GATAC------TGATATA------A---TCGTGAAAATTGATTt
gi|2 : acccgctaTTATATCAGTA----TC----ATG-TA------T-----------G-G---ACA---------CT-----------GT------------T----------TACAGTGATTATACCTC--ATTGTAAC----A-ATC------CA--TATCTGCAAGTAT--CATT-G---GATAATGTTA------T----TCCA-T------GCCTGGTTCAAGTAC-----TG--ATACA-AATACAT-CG----AATTAAT------GCAGATGTGAAAAT-TGTCTTGTG--T------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCT-T---ACT---TACT--C--AA-TT-GTGTG-ACAGTCAATGA-----G-ATTGG--GAC---GT----AT-TGCC-TAATTGCTGCAA-AT--CGGG--G---ACATA-------------CAATA--A-A----TATAC------TGATACA------A---TCGTGAA-TTTGACTtacctcattgtaacaatccatatctgcaagtatcattggataatgttattccatgcctggttcaagtactgatacaaatacatcgaattaatgcagatgtgaaaattgtcttgtgtttttaaacaaatccttacttactcaattgtgtgacagtcaatgagattgggacgtattgcctaattgctgcaaatcggggacatacaataaatatactgatacaatcgtgaatttgactttgcggat
gi|20 : acccgctaaatcaattttcacgaTCAGTGA-----G-GTCG----------T----A--------AA--GCTGTAA-AT--GGCG--T---ACATG-------------C------A-T----GATAC------TGATATA------C---TTGTCGATTTTGACTttgcggat
gi|20 : ctaTATATCAGTA----TC----ATG-CA------T-----------G-T---ACG---------CC-----------AT------------TTACAGCTTTACG----------ACCTC--ACTGAAAC----C-ATG------AA--TCTCTGAAAGTAT--CTTT-G---TACAATTTTA------G----TCGA-G------GCCTGGTT--------------------A-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTTTGAAAGT-TGCCT--TG--TC-----T-----T---T-TAAaaccatgaatctctgaaagtatctttgtacaattttagtcgaggcctggttaaatgcatcaaaatatgtggttttgaaagttgccttgtcttttaaggtcaactgagactttgtctttggtgtaagctgtatagtagaaatgcatt
gi|21 : ctaagtcaaaatcgacaagTTGTATCAGTGCCTGTC----TTG-CAGGTT--T-----------GCT---GCA----------------------AC------------T----------CG----------ATCTC--ATTGAAAC----A-AAG------TA--CCT-TGTATATAT--ATAT-A---TGCATTGTTT------T----GCTA-G------GCCTGGTTAACATTC-----TG--AAACA-AAT---------------------------GTT-----AGT-T----------T------T-----T-------AGCAAA--T-CTAAT---ACA---TGAT--C--AG-TT-GTGTT-ATGGTCAGTGA-----G-ATTGA--GAT---TT----AT-CGCCggtcaactgagactttgtctttggtgtaagctgtatagtagaaatgcatt
gi|22 : ttaacatttagag---ACAG--------CT-----------AT------------T-----------G----------ACCTC--ATTGAAAC----A-ATG------TA--CCTCTACAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----CCCA-G------ACCTGGTTAACGGTC-----TG--ATATA-AATACAC-CA----ACCT-AT------GTGGTAACGAAAGT-TGCCT--TA--C------T-----T---T-TAAATATT--T-ATCAT---TCA---TAGT--C--AGTTT-GTGTG-AAGGTCAaaacaaacgaaggata
gi|23 : atccgctatatcaacattcacaataatgtaattaccataccttgTTATATCAGTA----TC----ATG-TA------TTTAGCATGTATG-T---ACA---------CC-----------AT------------TTGCAGTTT--CG----------ACCGC--ATTGAAAC----A-ATG------TT--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GACGATGTTA------T----TCCG-G------GCCTGGTCAACGTTT-----TG--ATAAG-AATACAT-CA----AACC-GT------GTGGTAGTGAAAGC-TTTCT--T---T------T-----T---T-TAAA
gi|24 : atgcatcacccgctaattaaaaattcacaaCCACG------ACCTGGTTAACGTTT-----CA--ATACA-AATGCAT-C-----------T------GTGGTTTTGAAAGT-TGTGT--TG--TA-----T-----T---T-TAATCCCA--T-CTCAT---ATA---AACTTAT--AG-TTAAAGTT-AAAGTTTATGA-----G-GTCGA--TAT---G------------------GATGTAA-AT--AACT--G---ACGTA-------------C------A-A----GATACCAAATATAATAAAAAAATTA---TTGTGAGTTTTGACTa
gi|25 : ccaccaTTATATCAGTA----TG----GTG-CA------T-----------G-T---ACA---------CCCGATTGCAGGGAT------------T----------CA----------AACTC--ATTAAAAC----A-ATA----------------CAAGAAT--CTTT-G---GACCATGTTA------T----TCCA-G------AACTGGGTAACATTC-----AG--TTACA-AATGCGT-CA----AAAT-AT------GTGGTGGTGAttgcg
gi|26 : agcatttatcaactttatgaaatgcatcaccagctaaattggttttcacaaATATCATTA----TG----TTG-TA------T-----------G-TTGTACA---------CC-----------AT------------T----------TGTTGTGATTCAACCTC--CTCAAAGC----A-TTG------AA--TCTCAGCAAGTAG--CTTT-G---GGCAATGTTA------T----TCCA-A------ATATTGTTTATGTAC-----TG--GTACA-AATGCAT-CG----AATT-GT------GGGATTGTG-AAGC-AATTT--T------------------------AGCAAG--T-CTTAT---ATA---TGTT--C--GA-
gi|27 : tcgcacagtgTT-G---GGGAATGTTA------T----TCCG-G------TCTTGGTTAAAGCTC-----CG--ATATA-ATTTCATATG----GAAA-AA------GAAGTTGT----CT-TGTTT--TG--T------T-----T---T-TTTTCTAT--T-TTCATATAATA---TAC------------------AAGCTCAATCG-----T-GTAAA--G-----------AT-CG-----ATCGCTGCAA-AT--GTTG--G---ACATA-------------C------A-A----G-----------------------A---TTGTGAATTTCG
gi|28 : TGTATCAGTA----TC-----TGTTA------T-----------G-T---CCG---------CC-----------AT------------T----------TG-----------CAGCG-ATT-AAGG----A-ATA-------A--TACCTG-GAGTAT--ATTT-GT--GACAGTtttgtgc
gi|28 : tttaaaatatatgttagaagggtgaaatatgcctaataagattttccagtaatgttggatatgctgttCCTTAATCGCTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------A------C-A----GATAC------TGATACA------G---TTGTGAATTTTAAgttgtgaattttaaaa
gi|29 : tttaaaatatatgttagaagggtgaaatatgcctaataagattttccagtaatgttggatatgctgttactgtcacaaatatactccaggtattattTGTG---GT-CGTCT--TGG-T------T-----T---T-TAAACACA--T-CCTAT---G--------T--C--AA-TC-GG-TT-AGGGCCAATGATAAAAGTATCGA--GAT---GC----AT-TGCCTTGATGGATGCAC-AT--GGTG--GTGGACATA-------------T------A-A----GATAC------AGATACA------A---TTAGGAATTTTGACTaa
gi|3 : ataCCTT--ACTGAGAT----A-AGA------TA--TCT--GCAAATAT--ATTT-T---GGCAAAGTTA------T----TCCA-G------GCTTGGTTAACAA-A-----TG--GTACA-AATGCGA-CA----AATT-AT-------TA-CTGTAGAAGT-TGTCT--TA--T------TGTTTTT---T-TTAGCAAG--T-CCCAA---ACA---TGCT--A--AA-TC-AGATT-ATGGTCAGTGA-----G-GTTGA--GAT---GT----AT-AGCAGAAATCACTGCAA-AT--GATG--G---AC--A-------------C------A-A----GATAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTTGttgtcgg
gi|30 : aagttataatcggtcacctggattgatatttcgtcaacagtatcttacacatgttaaccatttgcattgattcgtccttTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGTAT-TAAATTAAAC-AT------GAGGTTGTGGATGT-TTTCTTGTG--T------T-----T---T-TA----------CTAAT---ACA---T-CA--C--A---------T-AAGGTCAATGG-----G-ATCGA--GA----------AT--GCATTAATCCGTGCAA-AT--GTCC--G---ACGTA-------------C------A-A----c
gi|31 : CGCTGCAA-GT--GGTG--C---GCATA-------------C------A-T----GCTAC------TGACACA------G---T-----ATTTTTACTtga
gi|31 : ccttctaTGTGTCAGTA----GC----ATG-TA------T-----------G-C---GCA---------CC-----------AC------------T----------TGCAGCGGCTG-ACCGC--AGTGAAAC----A-ATG------CG--TCTCTGCATGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----CCCA-G------GCTTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-Agctgaccgcagtgaaacaatgcgtctctgcatgtatctttggacaatgttatcccaggcttggttaacgttctgatacaa
gi|32 : ccttctaagtaaaaatac-----------AC------------T----------CA----------ACCTC--ATTGAAAC----G-ATG----------------CAGGTAT--CTTC-G---GGCAATGTTACATGTAT----TCCA-T------GCCTAGGAAGCGTTC-----TG--GTATA-TATGCAT-TA----AAAT-AT------ACGGTTGTGAAACT-TGTTT--TG--T------T-----T---
gi|33 : ttacaattcacaaaT--C--AC-TT-GGATT-ATGGTCAATGA-----G---------AT---GT----CT-CTTCCTAATCAGTGCAA-A---AGTG--T---ACGTT-------------A------A-A----GACAC------TGATATA------A---CTGTGAATGTTGACT
gi|34 : tACAAA--T-CCTAT---ACA---TACT--C--AG-TT-GGGTT-ATACTCAATGA-----G-GTTGA--GGT---GT----AT-CGCCTTGATCGCTGCAA-AT--GACGGAG---ACGTA-------------C------C-A----TATAC------TGCTGCA------A---TTGTAAAGTTTGATTttgccggtgctgcattttaaaaggtatagcatgttt
gi|35 : tTATTAGTA----GA----ATG-TA------T-----------A-T---GCA---------TC-----------AT------------T----------TGT---------ACCTC--ATTAAGAC----A-ATA------CG--TCTCTGCAAGTAC--CTTT-G---GACAAT--------------------------------GTTAACGTTC-----T---ATACACAAT-TAT-CC----AAAA-AT------GTGGTTGttgcggg
gi|36 : acatAGACAAACAT-CCCAT---ACA---CATT--C--AA-TT-
gi|36 : TTATATCAGTA----T-----A-G-TA------T-----------G-T---CTG---------CC-----------AT------------TTGCAG-----CG----------ATCTCAAATTGAAtgagatcgctgcaaatggcagacatactatactgatataactgtgaatattgactttacgggtagcgcatttcaaaaagttggtac
gi|36 : agacaaacatcccatacacaATCGCTGCAA-AT--GGCA--G---ACATA-------------C-------------TATAC------TGATATA------A---CTGTGAATATTGACTctgtgaatattgactttacgggtagcgcatttcaaaaagttggtac
gi|37 : agacaaacatcccatacacattcaatttgag------------T----------TG----------ACTTT--ACTGAAAC----A-ATG------TA--TCTATGCAAGTAT--TTTT-T---GACAATGTTA------T----Tttacgggtagcgcatttcaaaaagttggtac
gi|38 : cactcgctaaataaatgttcacaattaaattgataAT---G-----AT-TACCTTAATTGCTGCAA-AT--GGTG--A---ACATAATTATACAGTTTGT------A-A----GATTC------TGATACA------A---ATGTGAATTTTGTCT
gi|4 : tTGCAA-AT--GGTG--T---AAATATATT---------C------A-A----GATAC------TGATATA------A---TTGTGGATCTTGACTttgcggtt
gi|4 : gttccaactttttgaaatgtatcacctgcaaTTATATCAGTA----TCTTGAATA-TA------T-----------T-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------TG--------------C--ATTGAAAC----A-A-----------------ACA--TAT---TTA-G---GA-AATATGA------T----TCCA-G------GCCTGTTCAACGTTA-----TGC-AAACA-AATGCAT-CA----AATT-AC------ATGGTTATGGAAGTGTGTCT--TT--T------T-----TGT-T-TGAGCAGG--C-TCCAT---ATA---TGTT--T--AA-TT-GTGCA-AAGGCCCATGA-----G-GTCAA--AAT---GG----AT-AGACACAAACGCTGTTA-AT--GGCG--A---ACAAA-------------C------A-A----GAAAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTTGCCTttgaaacaaacatatttaggaaatatgattccaggcctgttcaacgttatgcaaacaaatgcatcaaattacatggttatggaagtgtgtcttttttgtttgagcaggctccatatatgtttaattgtgcaaaggcccatgaggtcaaaatggatagacacaaacgctgttaatggcgaacaaacaagaaactgatacaattgtgaattttgcctttgcg
gi|40 : gttccaactttttgaaatgtatcacctgcaaagtcaagatccacaaA-TT-AGTGT-AAGGTCATTGA-----G-GGCAA--AAT---GT----AT-CGCGGTAAGCGCTGCAA-AA--GGCG--G---ATGTC-------------C------A-G----GATAC------TAAAACA------G---TTGTAAttgcg
gi|41 : CAA-AT--GGTG--G---ACATA-------------CTTGTACA-T----GAAAG------TGATATA------A---TTGCGAATTTTGACT
gi|42 : taacaaatttttgaaatgcacactccgctgTCGA--GAT---GTTACTAT-CATCTTAATCACTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------C------A-C----TTTCA------TGGAACA------G---TTGTGAATTT
gi|44 : A-----G-GTCGG--AGT---GT----AT-CGCCTCAGTCGCTGCAG-AT--GGCG--G---ACGTA-------------C------A-A----GATAC------TGATGCA------A---TTGT-AGTTTgtactttgc
gi|45 : TAATCTCTACAA-AT--AGGG--GGA-ACATA-------------C------A-C----GATAT------TGACATA------A---TTTTGAATTTTGATTg
gi|46 : ------TA--TCTCTGCAAGTTT--CTT--A---AAAGATGTTA------T----TCCA-G------GCCTAGTTAATGTTttgcgg
gi|47 : tgttG--G---ACATA-------------C------A-C----TATCC------TGATGCA------TGTTTTGTGAATTTTGACT
gi|5 : TTATATCAATA----TA----ATG-TA------T-----------G-T---A-A---------CC-----------AT------------T-------------------------------TGAGGC----G-ATGCGATTCTACCTCTCTGCAAGTAT--CGTT-A---TACAATGTTT------T----CTCA-T------GCCTGGTTAACGCTC-----TG--ATACC-AATGT-T-CA----AAAT-ACATGTACGTGGGTGTGAAAGT-TGCCT--TGATT------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCTAT---ACA---TACT--G--AA-TT-TGGTT-AAAGACAAATA-----C-GTAAA--AAT---GT----AT-CGCCTTAATCACTGC-A-AT--TGCG--G---ACATA-------------C------A-C----TATAC------TGATGCA------A---TAGTGAA-TTTGACTttgcgggt
gi|6 : acccgctatatacacttcatcaTTATATCAGTA----TT----ATA-TA------T-----------G-T---ACA---------TC-----------AT------------TTACAGCGATTCG----------ACCTC--ATTGAAAC----A-ATG------CA--TCTCAGAAAGTATATCTGT-G---TACAATGTTA------T----TCCA-G------GCCTGGTTAAAGTTTAAATTTGTTATACA-CACGCAT-TA----ACAT-AT------GTGGTTGTGAAAAT-TGT-----A--T------T-----T---T-TAATCAAA--T-CCTAT---ACA---TACT--C--AG-TT-GGGTT-ACAATCAATGA-----T-GTTGA--GGT---GT----AT-CGCCTCAATCACTGCAA-AT--GGCGGAG---ACATA-------------C------C-A----AATAC------AGATACA------A---ttgcggttg
gi|7 : acccgctaaatcagttgtcacagTCAATGA-----A-GTCGA------------------------ATCGCTGTAA-ATATGGTG--T---ACATA-------------C------A-C----GACAC------TGATATA------A---TTGTGAATTTCGATTa
gi|7 : acctgctaTTATATCAGTG----TC----GTG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------ATATTTACAGCGATT----------CG----------ACTTC--ATTGAAAC----A-ATG------TA--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G----------TTA------T----TCCA-G------------------TTC-----TG--ATACA-AATGTAT-CA----AATT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TGTCA--TA--T------T-----T---A-AAAACGAA--T-CCAAT---ACC---TACA--C--AA-TT-GGATG-AAGGTCATTGA-----G-GTCGA--GATGTAGT----AT-CACCTTCATCACTGCAA-AT--AGCA--G---ACATT-------------C------A-A----GATAC------TGATAAA------A---TTGTGAATATTGACTaacaatgtatctctgcaagtatctttgttattccagttctgatacaaatgtatcaaattatgtggttgtgaaagttgtcatatttaaaaacgaatccaatacctacacaattggatgaaggtcattgaggtcgagatgtagtatcaccttcatcactgcaaatagcagacattcaagatactgataaaattgtgaatattgacttt
gi|8 : acctgctaaatcgaaattcacaaTTATATCAGTA----TC----ATG-CACATGCAT-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------TG--------------C--A--GAGATTCTTA-ATG------TA--T----GCAAGTAT--ATTT-G---TACAATGTTA------TATATTGCA-G------GTCTGGTTAAAGTTC-----TG--ATACA-AATGCA-------------------------------------GTCT--TG--T------T-----TGT-T-TATACAAA--T-CCTTT---ACA---TACT--C--AT-TT-GGGTTCAAAGTCAATGA-----C-ATCGA---------T----AT--GCCGTAATTGTTGGAT-AT--GTCG--G---ACATA-------------C------C-A----GATAC------TGATACA------A---TTGTCAA-TTTGACTtt
gi|9 : ttactcgctcaattaattttcacagTTGTATCAGTT----TC----ATA-TA------T-----------G-T---TGG---------CC-----------AT------------T----------TG----------ACCTC--ATTGAAAC----A----------TA--TTTTTGCAAATAT--CTTT-G---GACAAT-CCG------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACTATC-----TG--ATAAA-AATGCAT-AA----AAAT-AT------GCGGTTGTGAAAG------------------------------------------T-CCCAT---ACA---TAGT--C--TA-GA-AGGTT-ATGGTCAAAGC-----G-ATCTA--GAT---GT----TT-AGCCTTAATCGCTGCAA-AT--GATG--G---ACACA-------------C------A-A----GAAAC------TGATAAT------A---TTCTGAATTTTGACTttgcgggt
blockSeqs : CCTG TTGA T CATGCA TTAGCATGTAT C TGT TTTTTGTAT CGATTGCAGGG ATTTACAGCGAT TGCAGCGATTCG AA TCTT T CGATTCTACC AT . AAA CATGTA ATAT C TCTGCG AAATT TT C A AATT T A ATGTAC A G TG GTGTGTTGTTT A AAACA A ATA AAT TA GT T A T A TAAAA T AT GTA TACT GT T G AT GA TGG ATTATACAGTTTG TTGTAC ATCCT CAAATA AAAATT GTT
blockSeqs : . . . GGTT . . . G . C TGCATAAATTCA G T . TA . . T . . . . . C . . . A . . A . TG ATTGTTTTTT A ATA . . . . . . . C A . . . TA CCA T T . . GA GA TATT AATA TA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TACAGTGATTAT . . . CT . . . . . . . . . . . . A . . A . . GTTGTTTA A AAA . . . . . . . . T . . . . . C T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TACAGCTTTACG . . . TA . . . . . . . . . . . . A . . G . . GTTTGCTT C AAA . . . . . . . . C . . . . . T G . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TGTTGTGATTCA . . . TA . . . . . . . . . . . . T . . G . . GATTTTT T TAA . . . . . . . . A . . . . . C T . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TACAGCGATTCG . . . TA . . . . . . . . . . . . A . . C . . TTTTGTT A CCA . . . . . . . . A . . . . . C T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TGCAGCGGCTG . . . CA . . . . . . . . . . . . A . . A . . GATTTTT A AAA . . . . . . . . A . . . . . T G . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TGCAGTTTCG . . . TA . . . . . . . . . . . . T . . A . . GTTTGTT A AAA . . . . . . . . C . . . . . C T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TGCAGCG . . . TT . . . . . . . . . . . . A . . A . . GTTTTG A ATT . . . . . . . . C . . . . . T T . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TGT . . . TT . . . . . . . . . . . . T . . A . . GTCTTT A CCA . . . . . . . . T . . . . . C T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CG . . . CA . . . . . . . . . . . . A . . A . . GTATTT A AAG . . . . . . . . A . . . . . C G . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CC . . . AA . . . . . . . . . . . . C . . A . . GGTTTT T TAT . . . . . . . . A . . . . . T T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AG . . . TA . . . . . . . . . . . . C . . G . . ATTTT A ACA . . . . . . . . A . . . . . A C . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CG . . . TA . . . . . . . . . . . . A . . G . . ATTTT T AAG . . . . . . . . G . . . . . C T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CG . . . TT . . . . . . . . . . . . T . . A . . GTTTT A AAA . . . . . . . . T . . . . . C T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CA . . . AA . . . . . . . . . . . . A . . G . . ACTTT A AGG . . . . . . . . A . . . . . T A . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CG . . . TA . . . . . . . . . . . . T . . A . . GTTTT G AAA . . . . . . . . T . . . . . A G . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TG . . . CG . . . . . . . . . . . . A . . A . . GTTTT A AAA . . . . . . . . T . . . . . C T . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CG . . . CG . . . . . . . . . . . . A . . A . . ATTTT A GAA . . . . . . . . A . . . . . C T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CA . . . TA . . . . . . . . . . . . A . . A . . ATTTA A AAA . . . . . . . . A . . . . . C T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TG . . . TA . . . . . . . . . . . . T . . . . . TTTT A AG . . . . . . . . A . . . . . C T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . CA . . . CA . . . . . . . . . . . . A . . . . . TTT . A . . . . . . . . C . . . . . C T . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . TG . . . TA . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C G . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . TG . . . TA . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A T . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . CG . . . TA . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . TG . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : *********** GTTTT***************** AAA** ***
originalCons : TTATATCAGTA----TC----ATG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------CG----------ACCTC--ATTGAAAC----A-ATG------TA--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TGTCT--TG--T------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCCAT---ACA---TACT--C--AA-TT-GGGTT-AAGGTCAATGA-----G-GTCGA--GAT---GT----AT-CGCCTTAATCGCTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------C------A-A----GATAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTTGACT
finalCons : TTATATCAGTA----TC----ATG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------CG----------ACCTC--ATTGAAAC----A-ATG------TA--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TGTCT--TGTTTT-----------------TAAACAAA--T-CCCAT---ACA---TACT--C--AA-TT-GGGTT-AAGGTCAATGA-----G-GTCGA--GAT---GT----AT-CGCCTTAATCGCTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------C------A-A----GATAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTTGACT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): TATCACCGGCAAAATTAAAATTCTCAATTATTATTATTCTAACATATGCTCACTATTTGCATTAATTCGTCCTTATTAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|43 ): CTACATTTAACTTACACTTAACCCAATTTATAATCGGCCATGTGGGTTTATCAATATTTCGTCAGCACGAGCTGGTAAA
Unaligned ( gi|48 ): AAAAAAAAGCTGTAATAAATTTGACTTTTTTAAAAGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111 4444444444444444444444 1111111111111111111111
lowQualScore : 3333 3333 1 888888 88888888888 1 222 888888888 22222222222 888888888888 3333333333333333333333 33 4444 1 6666666666 11 1 333 333333 2222 1 333333 33333 33 1 1 2222 3 1 444444 0 2 1 44 0000000000000000000000 2 44444 1 222 222 22 22 1 1 3 1 33333 1 11 333 5555 33 1 1 11 22 333 8888888888888 555555 222222 333333 333333 333
lowQualScore : .... .... . ...... ........... . ... ......... ........... ............ ...................... .. .... . .......... .. . ... ...... .... . ...... ..... .. . . .... . . ...... . . . .. ...................... . ..... . ... ... .. .. . . . . ..... . .. ... .... .. . . .. .. ... ............. ...... ...... ...... ...... ...
lowQualScore : 9999 9999 7 777777 33333333333 7 999 000000000 66666666666 222222222222 7777777777777777777777 11 2222 3 6666666666 88 2 444 777777 7777 3 777777 22222 11 3 4 9999 1 4 000000 2 9 5 11 8888888888888888888888 5 77777 5 777 666 00 00 4 5 1 3 33333 3 88 999 0000 44 2 0 44 88 111 0000000000000 333333 555555 111111 111111 444
consensus : TTATATCAGTA----TC----ATG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------CG----------ACCTC--ATTGAAAC----A-ATG------TA--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TGTCT--TG--T------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCCAT---ACA---TACT--C--AA-TT-GGGTT-AAGGTCAATGA-----G-GTCGA--GAT---GT----AT-CGCCTTAATCGCTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------C------A-A----GATAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTTGACT
Reference ( family-1859 ) : TTATATCAGTA----TC----ATG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------CG----------ACCTC--ATTGAAAC----A-ATG------TA--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TGTCT--TG--T------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCCAT---ACA---TACT--C--AA-TT-GGGTT-AAGGTCAATGA-----G-GTCGA--GAT---GT----AT-CGCCTTAATCGCTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------C------A-A----GATAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTTGACT
gi|1 : AATTGCTACAA-AC--AGTG--T---ACATA-------------C------A-A----GATTC------TGATATA------GTT-TTGTGAATT
gi|1 : gaacatatggaatgggtgtgatatagttcgtgaatttcttgaaatgtacatgaactcatgaactactatctactatcaaatgaacaattctattttctgaaagtgttacttaaattcatacttgaaatgcatcacgcttttcTATATCAGAA----TC----TTG-TA------T-----------G-T---ACA---------CTGTTTGTAGCA-AT------------T----------CG----------ACCTC--GTTAAAAC----T-ATG------AA--TCTCTGCAAGTAT--TTTTGG---GAC-ATGTTA------T----T--------------TG---------------TG---CACA-CATGCAC-TA----AACT-AT------G-GG-TGTGGAAGT-TGCCT--T---T------C-----T---G-T-----AG--T-CCCAT---ATA---TGTT--C--cgacctcgttaaaactatgaatctctgcaagtatttttgggacatgttatttgtgcacacatgcactaaactatgggtgtggaagttgcctttctgtagtcccatatatgttctgtgag
gi|10 : gaacatatggaatgggtgtgatatagttcgtgaatttcttgaaatgtacatgaactcatgaactactatctactatcaaatgaacaattctattttctgaaagtgttacttaaattcatacttgaaatgcatcacgcttttcaattcacaaaacTATATCAGTA----TC----ATG-TG------T-----------A-T---TCA---------CC-----------AT------------TTGCAGCGATTCG----------ACTTC--ATTGAATC----A-AAG------TA--TCTCTTCAAGTGT--CGTT-G---GAAAATGTTA------T----TCCA-G------ACCTGGTTAATGTTC-----TG--ATACA-tgtgag
gi|11 : gaaaataactggaactttgaaatagttcgtgtttgttaatctcactagtacgtaatgtctgcaatcaactgcatgcgcgcaacaaatgttgtagtcggtcacctcgatttaatgagattcgtcaacactggtgccaaacAATCGCTGCAA-AT--GGTG--G---ACATtttgtgaaatttg
gi|11 : tcaaaattaacaatgac-----------AT------------T----------CG----------GCCTC--ATAG-------------------------TC-GCAAGAAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----TCCA-GTCTGCGACCTGGTTAACAATC-----TG--ATACA-AATGTAT-CA----AATT-AT------GTGGTTATGAAAGC-TGCTT--TGATT------T-----T---T-TAAACATA--T-CCTAT---ACA---TACC--C--AA-TT-GGGTT-AACGTCATTGA-----G-GTCAA--GAT---AT----AT-CGACTTAATTACTACAA-AT--GACG--G---ATATA-------------C------A-A----GATA-------------A------A---TTGTGAATTTTGACTcggcctcatagtcgcaagaatctttggacaatgttattccagtctgcgacctggttaacaatctgatacaaatgtatcaaattatgtggttatgaaagctgctttgattttttaaacatatcctatacatacccaattgggttaacgtcattgaggtcaagatatatcgacttaattactacaaatgacggatatacaagataaattgtgaattttgacttt
gi|12 : tcaaaattaacaatgacatgtccaccatttgcagcgTTATAT--GT-----TC----ATG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------CC----------ACTGC--ATTAAAAT----A-ATG------CT--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GAAAATGTAA------T----TCCA-T------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGC-TGTAT--TG--T------T-----T---TGCAAACAAA--T-CCCAT---ACA---TACT--C--AA-TT-GAGAT-AAGGTCATTGA-----G-GTCGA--GAT---GT----AA-TGCCTTTATCGCTGCAA-AT--GGCG--A---ACATA-------------C------A-A----TATAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTCGACTtt
gi|13 : TGATCGATACAA-A---AATG--T---GCATA-------------C------A-T----GCTAA------TGATATA------A---TTGTGAATTTTGTCT
gi|13 : ccatctaTTATATCATTA----GC----ATG-TA------T-----------G-C---ACATTTTTGTATCG-----------AT------------C----------AG----------ACCTC--ATTAAAACT---ATATA------TA--TCTCTGCAAGTAT--CTTA-G---AATAATGTTA----------------G------GTCTGGTTAACGTTC-----TG--A--CA-AATACAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TATTT--TG--T------TGT---T---TATAAATAAA--T-CCCAT---GCA---AACT--C--AG-TT-TGGTT-AAGTTCAATGA-----G-GTCGA--AAT---GT----AT-CGCCTTTATCTCTGCAA-AT--GTCA--G---ACgacctcattaaaactatatatatctctgcaagtatcttagaataatgttaggtctggttaacgttctgacaaatacatcaaaatatgtggttgtgaaagttattttgttgtttataaataaatcccatgcaaactcagtttggttaagttcaatgaggtcgaaatgtatcgcctttatctctgcaaatgtcagac
gi|14 : ccatctaagacaaaattcacaaTTGTATCAGTA----TA----ACG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------TGCATAAATTCAATCTC--ATTGAAAC----A-ATA------TA--TTTCTGTAAGTAT--CTAC-A---GACAATGTTT------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACGTTC-----TG--AT-------------------AAT-AT------G------------------T--TA--T------T-----T---T-TCAAC-----------------A---TAAT--C--AA-TC-GGGTT-ATGGTCAACGA-----G-GTCGA--GCT---GT----AT-TGCCTCTAT-GCTGCAA-AT--GGCA--G---CCATA-------------C------A-A----GATAC------TGTTATA------A---ATGTGAATTCTGACT
gi|15 : ctaaattttaacagTA-TA------T-----------G-C---A-A---------CG-----------AT------------T----------CG----------ACCCC--ATTGAAAA----A-ATA------TA--CCTCTACATGTAT-----T-GAAAGA-AATGTTA------T----TCTA--------------------------------ATACA-AATGAAT-AT----AATT-AT------GTGGTTGTGGAAGT-TTTCT--TG--T------T-----TGCTT-TTAACA--------CGT---------TATT--TGTAA-CT-GGTTT-ACGGATAGTGA-----G-GTTGA--GAT---GT----AT-CGATGTAATTAATACAA-AG--GGTG--G---ACATG-------------C------A-A----TATAC------TGATACA------A---CTGTGCATTttgcgga
gi|16 : tatcatcagaaatatgtatatatac-----------AT------------T----------CG----------ACCTC--ATTGAAAC----C-ATT------CA--TCTTTGCAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------G----TCAA-G------ACCGGCTTAACACTC-----TG--ACACC-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTGTGGAACC-TGTCT--TA--T------T-----T---T-TAAACTAA--CACACAC---GCAAATTACC--C--AT-TT-GGGCT-TAGACCAATAA-----G-GTCGA--GAT---GA----CC-CGCCTTAATCGCTGCAAGAT--GGCA--G---AC-------------------------------------------ACATA------A---TTGTGAATTTTGACT
gi|17 : tttcctgcgCAATGA-----G-GTTGAATGATTA-GTCCA-ATGTGGTTGAACAGCTGAAA-AT--GGAG--A---ACACA-------------C------C-ATCCTGATAC------TGAAATA------A---TTGTGAATTTTAACTttgctg
gi|17 : cctactaA---------TC-----------AT------------T----------CA----------ACCTC--ATTGGGTA----A-ACG------TA--TCTCTGCAAGTAT--CCTC-A---GACATTGTTA------T----TCCA-G------ATCTGGTTAATGTTC-----TG--ATACA-AATGTAT-------AAAT-AT------GTG--TG---AAGT-TATCT---------------------------AACCCA--T--CTAT---ACA---TAAT--C--CA-TT-GGGTA-AAGGTCAATAA-----G-GTCGA--GAT---Gggtaaacgtatctctgcaagtatcctcagacattgttattccagatctggttaatgttctgatacaaatgtataaatatgtgtgaagttatctaacccatctatacataatccattgggtaaaggtcaataaggtcgagatg
gi|18 : cctactaagttaaaattcacaattatttcagtatcaggatggtgtgttctccattttcagctgttcaaccacattggactaTTAATGA-----G-GTCGA--GAT---GT----CT-TGCCGTAATCTCTGATA-AT--GGTG--A---ACAT--------------T------ATA----TATTC------TGTTACA------C---GTGCAAATTTTGAC
gi|18 : acccacaatC-----------ATC-----------T----------CG----------ACCTC--ATTAAAAT----A--CG------TT--TCTCTGTA--TAT------------ACATTGT-G------T----TC------------------AA--TTC-----C----TACA-AATACAT-CG----AATT-AT------GTTGTTATGCGAGT-GATCT--TG--TGTGTTGT-----T---T-T---CAG-----TCCAA---ACA---TGCT--C--GA-TT-GGGAT-GATGTCAATGA-----G-GTAGA--GAT---GT----aatacgtttctctgtatatacattgtgttcaattcctacaaatacatcgaattatgttgttatgcgagtgatcttgtgtgttgttttcagtccaaacatgctcgattgggatgatgtcaatgaggtagagatgttgaccctatta
gi|19 : acccacaatgtcaaaatttgcacgtgtaacagaatatataatgttcaccattatcagagattacggcaagaATTTCAGTA----TC----AT--T-------T-----------G-T---A-G---------CG-----------AT------------T----------TG----------ACCTC--ATTGAAAC----C-ATT------TT--CCTCAACAAGT---------G---G---------------T----TCCA-G------GTCTCGTTGACGTTC-----TG--ATACA-AATACAT-CA----ACAT-AT------GTGGTTtgaccctatta
gi|19 : cctgcaaagtaaaaatg---TATT--T--AA-TT-CAGTTTACGGTCCATGA-----G-GTAGA--GAT---GC----AT-CGCCTTAATCATTGCAA-TT--AGCG--G---ACAAA-------------C------A-A----TATTC------TGATATG------A---TTGTGAATTTTGTCTtatttaattcagtttacggtccatgaggtagagatgcatcgccttaatcattgcaattagcggacaaacaatattctgatatgattgtgaattttgtctt
gi|2 : cctgcaaagtaaaaatgatttcagtatcatttgtagcgatttgacctcattgaaaccattttcctcaacaagtggttccaggtctcgttgacgttctgatacaaatacatcaacatatgtggttTAATCACTGTAA-AC--AGTG--T---CCATA-------------C------A-T----GATAC------TGATATA------A---TCGTGAAAATTGATTt
gi|2 : acccgctaTTATATCAGTA----TC----ATG-TA------T-----------G-G---ACA---------CT-----------GT------------T----------TACAGTGATTATACCTC--ATTGTAAC----A-ATC------CA--TATCTGCAAGTAT--CATT-G---GATAATGTTA------T----TCCA-T------GCCTGGTTCAAGTAC-----TG--ATACA-AATACAT-CG----AATTAAT------GCAGATGTGAAAAT-TGTCTTGTG--T------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCT-T---ACT---TACT--C--AA-TT-GTGTG-ACAGTCAATGA-----G-ATTGG--GAC---GT----AT-TGCC-TAATTGCTGCAA-AT--CGGG--G---ACATA-------------CAATA--A-A----TATAC------TGATACA------A---TCGTGAA-TTTGACTtacctcattgtaacaatccatatctgcaagtatcattggataatgttattccatgcctggttcaagtactgatacaaatacatcgaattaatgcagatgtgaaaattgtcttgtgtttttaaacaaatccttacttactcaattgtgtgacagtcaatgagattgggacgtattgcctaattgctgcaaatcggggacatacaataaatatactgatacaatcgtgaatttgactttgcggat
gi|20 : acccgctaaatcaattttcacgaTCAGTGA-----G-GTCG----------T----A--------AA--GCTGTAA-AT--GGCG--T---ACATG-------------C------A-T----GATAC------TGATATA------C---TTGTCGATTTTGACTttgcggat
gi|20 : ctaTATATCAGTA----TC----ATG-CA------T-----------G-T---ACG---------CC-----------AT------------TTACAGCTTTACG----------ACCTC--ACTGAAAC----C-ATG------AA--TCTCTGAAAGTAT--CTTT-G---TACAATTTTA------G----TCGA-G------GCCTGGTT--------------------A-AATGCAT-CA----AAAT-AT------GTGGTTTTGAAAGT-TGCCT--TG--TC-----T-----T---T-TAAaaccatgaatctctgaaagtatctttgtacaattttagtcgaggcctggttaaatgcatcaaaatatgtggttttgaaagttgccttgtcttttaaggtcaactgagactttgtctttggtgtaagctgtatagtagaaatgcatt
gi|21 : ctaagtcaaaatcgacaagTTGTATCAGTGCCTGTC----TTG-CAGGTT--T-----------GCT---GCA----------------------AC------------T----------CG----------ATCTC--ATTGAAAC----A-AAG------TA--CCT-TGTATATAT--ATAT-A---TGCATTGTTT------T----GCTA-G------GCCTGGTTAACATTC-----TG--AAACA-AAT---------------------------GTT-----AGT-T----------T------T-----T-------AGCAAA--T-CTAAT---ACA---TGAT--C--AG-TT-GTGTT-ATGGTCAGTGA-----G-ATTGA--GAT---TT----AT-CGCCggtcaactgagactttgtctttggtgtaagctgtatagtagaaatgcatt
gi|22 : ttaacatttagag---ACAG--------CT-----------AT------------T-----------G----------ACCTC--ATTGAAAC----A-ATG------TA--CCTCTACAAGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----CCCA-G------ACCTGGTTAACGGTC-----TG--ATATA-AATACAC-CA----ACCT-AT------GTGGTAACGAAAGT-TGCCT--TA--C------T-----T---T-TAAATATT--T-ATCAT---TCA---TAGT--C--AGTTT-GTGTG-AAGGTCAaaacaaacgaaggata
gi|23 : atccgctatatcaacattcacaataatgtaattaccataccttgTTATATCAGTA----TC----ATG-TA------TTTAGCATGTATG-T---ACA---------CC-----------AT------------TTGCAGTTT--CG----------ACCGC--ATTGAAAC----A-ATG------TT--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G---GACGATGTTA------T----TCCG-G------GCCTGGTCAACGTTT-----TG--ATAAG-AATACAT-CA----AACC-GT------GTGGTAGTGAAAGC-TTTCT--T---T------T-----T---T-TAAA
gi|24 : atgcatcacccgctaattaaaaattcacaaCCACG------ACCTGGTTAACGTTT-----CA--ATACA-AATGCAT-C-----------T------GTGGTTTTGAAAGT-TGTGT--TG--TA-----T-----T---T-TAATCCCA--T-CTCAT---ATA---AACTTAT--AG-TTAAAGTT-AAAGTTTATGA-----G-GTCGA--TAT---G------------------GATGTAA-AT--AACT--G---ACGTA-------------C------A-A----GATACCAAATATAATAAAAAAATTA---TTGTGAGTTTTGACTa
gi|25 : ccaccaTTATATCAGTA----TG----GTG-CA------T-----------G-T---ACA---------CCCGATTGCAGGGAT------------T----------CA----------AACTC--ATTAAAAC----A-ATA----------------CAAGAAT--CTTT-G---GACCATGTTA------T----TCCA-G------AACTGGGTAACATTC-----AG--TTACA-AATGCGT-CA----AAAT-AT------GTGGTGGTGAttgcg
gi|26 : agcatttatcaactttatgaaatgcatcaccagctaaattggttttcacaaATATCATTA----TG----TTG-TA------T-----------G-TTGTACA---------CC-----------AT------------T----------TGTTGTGATTCAACCTC--CTCAAAGC----A-TTG------AA--TCTCAGCAAGTAG--CTTT-G---GGCAATGTTA------T----TCCA-A------ATATTGTTTATGTAC-----TG--GTACA-AATGCAT-CG----AATT-GT------GGGATTGTG-AAGC-AATTT--T------------------------AGCAAG--T-CTTAT---ATA---TGTT--C--GA-
gi|27 : tcgcacagtgTT-G---GGGAATGTTA------T----TCCG-G------TCTTGGTTAAAGCTC-----CG--ATATA-ATTTCATATG----GAAA-AA------GAAGTTGT----CT-TGTTT--TG--T------T-----T---T-TTTTCTAT--T-TTCATATAATA---TAC------------------AAGCTCAATCG-----T-GTAAA--G-----------AT-CG-----ATCGCTGCAA-AT--GTTG--G---ACATA-------------C------A-A----G-----------------------A---TTGTGAATTTCG
gi|28 : TGTATCAGTA----TC-----TGTTA------T-----------G-T---CCG---------CC-----------AT------------T----------TG-----------CAGCG-ATT-AAGG----A-ATA-------A--TACCTG-GAGTAT--ATTT-GT--GACAGTtttgtgc
gi|28 : tttaaaatatatgttagaagggtgaaatatgcctaataagattttccagtaatgttggatatgctgttCCTTAATCGCTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------A------C-A----GATAC------TGATACA------G---TTGTGAATTTTAAgttgtgaattttaaaa
gi|29 : tttaaaatatatgttagaagggtgaaatatgcctaataagattttccagtaatgttggatatgctgttactgtcacaaatatactccaggtattattTGTG---GT-CGTCT--TGG-T------T-----T---T-TAAACACA--T-CCTAT---G--------T--C--AA-TC-GG-TT-AGGGCCAATGATAAAAGTATCGA--GAT---GC----AT-TGCCTTGATGGATGCAC-AT--GGTG--GTGGACATA-------------T------A-A----GATAC------AGATACA------A---TTAGGAATTTTGACTaa
gi|3 : ataCCTT--ACTGAGAT----A-AGA------TA--TCT--GCAAATAT--ATTT-T---GGCAAAGTTA------T----TCCA-G------GCTTGGTTAACAA-A-----TG--GTACA-AATGCGA-CA----AATT-AT-------TA-CTGTAGAAGT-TGTCT--TA--T------TGTTTTT---T-TTAGCAAG--T-CCCAA---ACA---TGCT--A--AA-TC-AGATT-ATGGTCAGTGA-----G-GTTGA--GAT---GT----AT-AGCAGAAATCACTGCAA-AT--GATG--G---AC--A-------------C------A-A----GATAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTTGttgtcgg
gi|30 : aagttataatcggtcacctggattgatatttcgtcaacagtatcttacacatgttaaccatttgcattgattcgtccttTTAACGTTC-----TG--ATACA-AATGTAT-TAAATTAAAC-AT------GAGGTTGTGGATGT-TTTCTTGTG--T------T-----T---T-TA----------CTAAT---ACA---T-CA--C--A---------T-AAGGTCAATGG-----G-ATCGA--GA----------AT--GCATTAATCCGTGCAA-AT--GTCC--G---ACGTA-------------C------A-A----c
gi|31 : CGCTGCAA-GT--GGTG--C---GCATA-------------C------A-T----GCTAC------TGACACA------G---T-----ATTTTTACTtga
gi|31 : ccttctaTGTGTCAGTA----GC----ATG-TA------T-----------G-C---GCA---------CC-----------AC------------T----------TGCAGCGGCTG-ACCGC--AGTGAAAC----A-ATG------CG--TCTCTGCATGTAT--CTTT-G---GACAATGTTA------T----CCCA-G------GCTTGGTTAACGTTC-----TG--ATACA-Agctgaccgcagtgaaacaatgcgtctctgcatgtatctttggacaatgttatcccaggcttggttaacgttctgatacaa
gi|32 : ccttctaagtaaaaatac-----------AC------------T----------CA----------ACCTC--ATTGAAAC----G-ATG----------------CAGGTAT--CTTC-G---GGCAATGTTACATGTAT----TCCA-T------GCCTAGGAAGCGTTC-----TG--GTATA-TATGCAT-TA----AAAT-AT------ACGGTTGTGAAACT-TGTTT--TG--T------T-----T---
gi|33 : ttacaattcacaaaT--C--AC-TT-GGATT-ATGGTCAATGA-----G---------AT---GT----CT-CTTCCTAATCAGTGCAA-A---AGTG--T---ACGTT-------------A------A-A----GACAC------TGATATA------A---CTGTGAATGTTGACT
gi|34 : tACAAA--T-CCTAT---ACA---TACT--C--AG-TT-GGGTT-ATACTCAATGA-----G-GTTGA--GGT---GT----AT-CGCCTTGATCGCTGCAA-AT--GACGGAG---ACGTA-------------C------C-A----TATAC------TGCTGCA------A---TTGTAAAGTTTGATTttgccggtgctgcattttaaaaggtatagcatgttt
gi|35 : tTATTAGTA----GA----ATG-TA------T-----------A-T---GCA---------TC-----------AT------------T----------TGT---------ACCTC--ATTAAGAC----A-ATA------CG--TCTCTGCAAGTAC--CTTT-G---GACAAT--------------------------------GTTAACGTTC-----T---ATACACAAT-TAT-CC----AAAA-AT------GTGGTTGttgcggg
gi|36 : acatAGACAAACAT-CCCAT---ACA---CATT--C--AA-TT-
gi|36 : TTATATCAGTA----T-----A-G-TA------T-----------G-T---CTG---------CC-----------AT------------TTGCAG-----CG----------ATCTCAAATTGAAtgagatcgctgcaaatggcagacatactatactgatataactgtgaatattgactttacgggtagcgcatttcaaaaagttggtac
gi|36 : agacaaacatcccatacacaATCGCTGCAA-AT--GGCA--G---ACATA-------------C-------------TATAC------TGATATA------A---CTGTGAATATTGACTctgtgaatattgactttacgggtagcgcatttcaaaaagttggtac
gi|37 : agacaaacatcccatacacattcaatttgag------------T----------TG----------ACTTT--ACTGAAAC----A-ATG------TA--TCTATGCAAGTAT--TTTT-T---GACAATGTTA------T----Tttacgggtagcgcatttcaaaaagttggtac
gi|38 : cactcgctaaataaatgttcacaattaaattgataAT---G-----AT-TACCTTAATTGCTGCAA-AT--GGTG--A---ACATAATTATACAGTTTGT------A-A----GATTC------TGATACA------A---ATGTGAATTTTGTCT
gi|4 : tTGCAA-AT--GGTG--T---AAATATATT---------C------A-A----GATAC------TGATATA------A---TTGTGGATCTTGACTttgcggtt
gi|4 : gttccaactttttgaaatgtatcacctgcaaTTATATCAGTA----TCTTGAATA-TA------T-----------T-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------TG--------------C--ATTGAAAC----A-A-----------------ACA--TAT---TTA-G---GA-AATATGA------T----TCCA-G------GCCTGTTCAACGTTA-----TGC-AAACA-AATGCAT-CA----AATT-AC------ATGGTTATGGAAGTGTGTCT--TT--T------T-----TGT-T-TGAGCAGG--C-TCCAT---ATA---TGTT--T--AA-TT-GTGCA-AAGGCCCATGA-----G-GTCAA--AAT---GG----AT-AGACACAAACGCTGTTA-AT--GGCG--A---ACAAA-------------C------A-A----GAAAC------TGATACA------A---TTGTGAATTTTGCCTttgaaacaaacatatttaggaaatatgattccaggcctgttcaacgttatgcaaacaaatgcatcaaattacatggttatggaagtgtgtcttttttgtttgagcaggctccatatatgtttaattgtgcaaaggcccatgaggtcaaaatggatagacacaaacgctgttaatggcgaacaaacaagaaactgatacaattgtgaattttgcctttgcg
gi|40 : gttccaactttttgaaatgtatcacctgcaaagtcaagatccacaaA-TT-AGTGT-AAGGTCATTGA-----G-GGCAA--AAT---GT----AT-CGCGGTAAGCGCTGCAA-AA--GGCG--G---ATGTC-------------C------A-G----GATAC------TAAAACA------G---TTGTAAttgcg
gi|41 : CAA-AT--GGTG--G---ACATA-------------CTTGTACA-T----GAAAG------TGATATA------A---TTGCGAATTTTGACT
gi|42 : taacaaatttttgaaatgcacactccgctgTCGA--GAT---GTTACTAT-CATCTTAATCACTGCAA-AT--GGCG--G---ACATA-------------C------A-C----TTTCA------TGGAACA------G---TTGTGAATTT
gi|44 : A-----G-GTCGG--AGT---GT----AT-CGCCTCAGTCGCTGCAG-AT--GGCG--G---ACGTA-------------C------A-A----GATAC------TGATGCA------A---TTGT-AGTTTgtactttgc
gi|45 : TAATCTCTACAA-AT--AGGG--GGA-ACATA-------------C------A-C----GATAT------TGACATA------A---TTTTGAATTTTGATTg
gi|46 : ------TA--TCTCTGCAAGTTT--CTT--A---AAAGATGTTA------T----TCCA-G------GCCTAGTTAATGTTttgcgg
gi|47 : tgttG--G---ACATA-------------C------A-C----TATCC------TGATGCA------TGTTTTGTGAATTTTGACT
gi|5 : TTATATCAATA----TA----ATG-TA------T-----------G-T---A-A---------CC-----------AT------------T-------------------------------TGAGGC----G-ATGCGATTCTACCTCTCTGCAAGTAT--CGTT-A---TACAATGTTT------T----CTCA-T------GCCTGGTTAACGCTC-----TG--ATACC-AATGT-T-CA----AAAT-ACATGTACGTGGGTGTGAAAGT-TGCCT--TGATT------T-----T---T-TAAACAAA--T-CCTAT---ACA---TACT--G--AA-TT-TGGTT-AAAGACAAATA-----C-GTAAA--AAT---GT----AT-CGCCTTAATCACTGC-A-AT--TGCG--G---ACATA-------------C------A-C----TATAC------TGATGCA------A---TAGTGAA-TTTGACTttgcgggt
gi|6 : acccgctatatacacttcatcaTTATATCAGTA----TT----ATA-TA------T-----------G-T---ACA---------TC-----------AT------------TTACAGCGATTCG----------ACCTC--ATTGAAAC----A-ATG------CA--TCTCAGAAAGTATATCTGT-G---TACAATGTTA------T----TCCA-G------GCCTGGTTAAAGTTTAAATTTGTTATACA-CACGCAT-TA----ACAT-AT------GTGGTTGTGAAAAT-TGT-----A--T------T-----T---T-TAATCAAA--T-CCTAT---ACA---TACT--C--AG-TT-GGGTT-ACAATCAATGA-----T-GTTGA--GGT---GT----AT-CGCCTCAATCACTGCAA-AT--GGCGGAG---ACATA-------------C------C-A----AATAC------AGATACA------A---ttgcggttg
gi|7 : acccgctaaatcagttgtcacagTCAATGA-----A-GTCGA------------------------ATCGCTGTAA-ATATGGTG--T---ACATA-------------C------A-C----GACAC------TGATATA------A---TTGTGAATTTCGATTa
gi|7 : acctgctaTTATATCAGTG----TC----GTG-TA------T-----------G-T---ACA---------CC-----------ATATTTACAGCGATT----------CG----------ACTTC--ATTGAAAC----A-ATG------TA--TCTCTGCAAGTAT--CTTT-G----------TTA------T----TCCA-G------------------TTC-----TG--ATACA-AATGTAT-CA----AATT-AT------GTGGTTGTGAAAGT-TGTCA--TA--T------T-----T---A-AAAACGAA--T-CCAAT---ACC---TACA--C--AA-TT-GGATG-AAGGTCATTGA-----G-GTCGA--GATGTAGT----AT-CACCTTCATCACTGCAA-AT--AGCA--G---ACATT-------------C------A-A----GATAC------TGATAAA------A---TTGTGAATATTGACTaacaatgtatctctgcaagtatctttgttattccagttctgatacaaatgtatcaaattatgtggttgtgaaagttgtcatatttaaaaacgaatccaatacctacacaattggatgaaggtcattgaggtcgagatgtagtatcaccttcatcactgcaaatagcagacattcaagatactgataaaattgtgaatattgacttt
gi|8 : acctgctaaatcgaaattcacaaTTATATCAGTA----TC----ATG-CACATGCAT-----------G-T---ACA---------CC-----------AT------------T----------TG--------------C--A--GAGATTCTTA-ATG------TA--T----GCAAGTAT--ATTT-G---TACAATGTTA------TATATTGCA-G------GTCTGGTTAAAGTTC-----TG--ATACA-AATGCA-------------------------------------GTCT--TG--T------T-----TGT-T-TATACAAA--T-CCTTT---ACA---TACT--C--AT-TT-GGGTTCAAAGTCAATGA-----C-ATCGA---------T----AT--GCCGTAATTGTTGGAT-AT--GTCG--G---ACATA-------------C------C-A----GATAC------TGATACA------A---TTGTCAA-TTTGACTtt
gi|9 : ttactcgctcaattaattttcacagTTGTATCAGTT----TC----ATA-TA------T-----------G-T---TGG---------CC-----------AT------------T----------TG----------ACCTC--ATTGAAAC----A----------TA--TTTTTGCAAATAT--CTTT-G---GACAAT-CCG------T----TCCA-G------GCCTGGTTAACTATC-----TG--ATAAA-AATGCAT-AA----AAAT-AT------GCGGTTGTGAAAG------------------------------------------T-CCCAT---ACA---TAGT--C--TA-GA-AGGTT-ATGGTCAAAGC-----G-ATCTA--GAT---GT----TT-AGCCTTAATCGCTGCAA-AT--GATG--G---ACACA-------------C------A-A----GAAAC------TGATAAT------A---TTCTGAATTTTGACTttgcgggt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): TATCACCGGCAAAATTAAAATTCTCAATTATTATTATTCTAACATATGCTCACTATTTGCATTAATTCGTCCTTATTAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|43 ): CTACATTTAACTTACACTTAACCCAATTTATAATCGGCCATGTGGGTTTATCAATATTTCGTCAGCACGAGCTGGTAAA
Unaligned ( gi|48 ): AAAAAAAAGCTGTAATAAATTTGACTTTTTTAAAAGT