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lowQualScore : 3 3 333333333333333333333 7 7 7 0 7 3 0 7 7 3 22 8 0 222222 88 0 5 00000 0 0 88888888 0 8 6 2 0000 4 44 44 2 0 55555 0 00 777 0 000 7 3 7 0 5 2 0 555555555555555 2 2 55 00 5 00 5 000 0 0 5 0 555 0 00000000000 0 0 0 000000000 0 0 0 0000000000 00 00 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 5 22 5 88 2222 0 222 555 0 22 22 0 0 2 0 8 4 4 4 1 0 9 8 66666666666 4 9 000 1 11111 888 888 0 888 4 4 11 9999999999999999999999999999999999 8 7 0 6 99999 444 333333 3 55555555555555555 444 2 444 66 66 3 00000 3 1111 2 3 888 7 2 6 000 5555555555 55 7777 6 0 2 0 33333 666666 111111111111 2 5 0 222 7777777 55 1 22 6 5 5 6 88 33333 2222222 3 3 5 55 000 000 66 33333 0
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Reference ( gi|1 ) : GAATATGAAGGCATGATTGCC----GCA---GT--ACAA--ACTTACCTTCAAACTCTCAAGTTTACTCACCTAGC-AATAAAACTAGAAAATCCTGTCA-GCCCACTTAT-AGTTTC--TG-TTATAACA-AGTA-CAAAG------AAAGGTTGTCGAGTTATTTATGA----TGTACTTAATAGGTCCAGTGT-ATT----AC-CAACATCCATTGCTAAATGGAATCAATACAGACTAAATATAGATA-AGGAATGGAATAAATTATTTAAAATA---------------CCATTTAGTTGCACTAAAAACACCAAGCTACAATGGTTTCAGGTCAAAATAAATCACAGAATTACTGCT-ACAAATTAT-TTATTGACAAAAATGAAGATAAAAGACGATTGTTCTTGCACTTTTTGTAA-ACAGCATATAGAAAATATTACGCATCTTTTT-TAG-GAGTGTAAATATACAAAAACATTT---TGGGCTTATTT--TGAAAC--TCTTTGCACTGACAAAAATATAAACGTTCAACCAAAATGGTCTGTGAA---AGATATTATCTTTGGGTCAATTAAA--TAT----GACAGTGTTCTAA---ATAAATTAATACTACATGGAAAATATTACATTTTATAAGTGC-AAGTTAGATGGAA-GA-CAACCAGTTTTCAACAATTACAAACAACAAATAAAATATTTATACCAAATTGAAAAGTTAAATGC-----------AAAAAAA-AA-GATA---CATTAGTAAAATTTGAAAAA-----TACTGGAATGCATATGAATCTTTATTGTAGTAA---TA---TTGTTACTAAATTGAATTCCTTTTGCTTGT---T-T-G--TTTTGTT-GTTTTT----TTTAAAAAA--A----A---AATTAACAGGGTCAACTGTTACTCATAACTGTTGCCTATACCAATCATCAAT-TAAATGAAATATGTTTAAACAAACTGCCAAATGTGTTCCCTGTT-TTTCTCT---CTTTTCCT----TTTTTTTGTT-----------------CTCACTTGAAAAAG---CAAAGTCACATCTCCAAAAGAAATATTTTGCC--TTTTTTTT--ATTGC--TA-TTTTTTGTACTGTAA--T-TTTTTTAT-TATATAATTCGTAT----TGTTAAACCGTTTGGAAT-ACCTGGTAGAAA---TAAAACTTGGTATAATAATTCTTTTATTTGTGATATTAAAG-GCTGGGTTTTC--AGGAAAAAA----------ATGT--CGCT--ACTTTTACATG-GTGAAAAGTC-AAATGTATGAATTGAAAAGATCTCTGTAATAA-TTTTTGTTTGTCTTGAT-----CATTTATTCTTA------ATATAATTA------------TATCTTATTCTTCTTACTGCTTTTGTC-TTT---GATTAATTTAGAACTACATTGTTTATCATGTTA-AAAATA--ACGTTAAAATCAATCTTTTTGGTGGAGATCTTCTATATAATTGTAATGACATAA-----AAAAA---A--CT-CCCCATTTATATAGC-TTGTATATTATGCATTG--T---T---TT--TTG-TGGTTTT-TATATGCT
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Reference ( family-178 ) : GAATATGAAGGTATGATTGCC--GCAC--GTTAC---GTACTTACCTTCAAACTTTCAAATTTGCTCACCTAGC-AATAAAATTAGAAAATCCAGTCATGCCCACTTATCAGTTTC--TG-TTATAACA-AGTA-CAAAG------AAAGGNTGTCGTGCNATNTATGATGTACTTA-ATAGGTCAAG----TGT-ATT----GC-CAACTTCCGTTGCTAAATGG---AATCA-------ATACGGACTAAATATAGATAGGGAATGGAATAAATTATTTA--AAATACCATTTAGTTGCACTAAAG-ACACNAANNTACAATGGTTTCAGGTCAAAATAAACCACCGAATCACTGCTAACNAATTNTCTTNTTGACAAAAATGNAGATAAAGGACGNTNGTNCTTGCANTTTNTGCAACANAGNANATAGAAANNATTACGCATNTTTTTATNGGAAGTGTANATNTNCAAANACATTTATCTGGGCCTGTTTGATGAANCGATNTTCGCACTGANAAANGTATAGGCGTTNANCCAAANTGGNCTGTGAA---AGATATTATNTTCGGATCAATAAAA--TAT----GACAATGTTCTAA---ATAAATTAATACTACATGCAAAATATTACGTTT-ATAAGTG-CAAGTTAGATGGA-AGA-CAACCAGTTTTCAACAATTACAAACCACAAATAAAATATTTATACCAAATTGAAAAATTAAATGC-----------AAAAAAA-AA-G---ATACATTAGTAAAATTTGAAAAA-----TACTGGAATGCATATGAATCTTTATTGTAGTAA---TA---TTGTTACTTAATTGAATTCCTTTTGCTTGT---T-T-GTTT--T--G--GTTTTTTTT----AAAAAA--A----A---AATTAACAGGGTCAACTGTTACTCGTAACTGTTGCCTAGACCAATCATCAAT-TAAATGAAATATGTTCAAACAAACTGCCAAATGTGTTCCCTGTT-----GTT-TCTCTTTTCC--T----T--TTTTTTGTT-----------------CTCACTTGAAAAAG---CGAAGTCACATCTCCAAAAGAAATATTTTGCC--TTTTTTTTATTGC--TATTTTTT-GTACTGTAA--T-TTTT---T--TAT-TATATAATT-CGTAT----TGTTAAA--CCGTTTGGAAT-AC--CTGGT-AGAAAT---AAAACTTGG-TATAATAATTCTTTTATNTGTGATATTA-AAG-GCTGGGTTTTCGGGA--AAAAAATGTCGT-TACT--------------TTTACATG-GTGAAAAGTC-AAATGTATGAAT-TGAAAAGATCTCTGTAATAATTTTT-GTTTGTCTTGAT-----CATTTATTCTTA------ATATAATTA------------TATCTTATTCTTCTTGCTACTTTTGTCTTTT--GATTAATTTAGAACTA-------TATCATGTTA-AAAATAAC--GTTAAAATCAATCATTCTGGTGGAGATCTTCTATATAATTGTAATGACATAA-----AAAAA---A--CT-CCCCATTTATATAGC-TTGTATAATATGCATTG--T---T---TT--TTG-TGGTTTT-TATATGCT
gi|1 : GAATATGAAGGCATGATTGCC--GCA---GT-AC---AAACTTACCTTCAAACTCTCAAGTTTACTCACCTAGC-AATAAAACTAGAAAATCCTGTCA-GCCCACTTAT-AGTTTC--TG-TTATAACA-AGTA-CAAAG------AAAGGTTGTCGAGTTATTTATGATGTACTTA-ATAGGTCCAG----TGT-ATT----AC-CAACATCCATTGCTAAATGG---AATCA-------ATACAGACTAAATATAGATAAGGAATGGAATAAATTATTTA--AAATACCATTTAGTTGCACTAAAA-ACACCAAGCTACAATGGTTTCAGGTCAAAATAAATCACAGAATTACTGCTA-CAAATTAT-TTATTGACAAAAATGAAGATAAAAGACGATTGTTCTTGCACTTTTTGTAA-ACAGCATATAGAAAATATTACGCATCTTTTT-TAGGA-GTGTAAATATACAAAAACATTT---TGGGCTTATTT--TGAAAC--TCTTTGCACTGACAAAAATATAAACGTTCAACCAAAATGGTCTGTGAA---AGATATTATCTTTGGGTCAATTAAA--TAT----GACAGTGTTCTAA---ATAAATTAATACTACATGGAAAATATTACATTTTATAAGTG-CAAGTTAGATGGA-AGA-CAACCAGTTTTCAACAATTACAAACAACAAATAAAATATTTATACCAAATTGAAAAGTTAAATGC-----------AAAAAAA-AA-G---ATACATTAGTAAAATTTGAAAAA-----TACTGGAATGCATATGAATCTTTATTGTAGTAA---TA---TTGTTACTAAATTGAATTCCTTTTGCTTGT---T-T-GTTT--T--GTTGTTTTTTTT----AAAAAA--A----A---AATTAACAGGGTCAACTGTTACTCATAACTGTTGCCTATACCAATCATCAAT-TAAATGAAATATGTTTAAACAAACTGCCAAATGTGTTCCCTGTT-----TTTCTCTCTTTTCC--T----T--TTTTTTGTT-----------------CTCACTTGAAAAAG---CAAAGTCACATCTCCAAAAGAAATATTTTGCC--TTTTTTTTATTGC--TATTTTTT-GTACTGTAA--T-TTTT---T--TAT-TATATAATT-CGTAT----TGTTAAA--CCGTTTGGAAT-AC--CTGGT-AGAAAT---AAAACTTGG-TATAATAATTCTTTTATTTGTGATATTA-AAG-GCTGGGTTTTCAGGA--AAAAAATGTCGC-TACT--------------TTTACATG-GTGAAAAGTC-AAATGTATGAAT-TGAAAAGATCTCTGTAATAATTTTT-GTTTGTCTTGAT-----CATTTATTCTTA------ATATAATTA------------TATCTTATTCTTCTTACTGCTTTTGTC-TTT--GATTAATTTAGAACTACATTGTTTATCATGTTA-AAAATAAC--GTTAAAATCAATCTTTTTGGTGGAGATCTTCTATATAATTGTAATGACATAA-----AAAAA---A--CT-CCCCATTTATATAGC-TTGTATATTATGCATTG--T---T---TT--TTG-TGGTTTT-TATATGCT
gi|10 : TAGATTAGTAAAATTTGAAAAA-----TACTGGAATGCATATAAATCTTTATTGTAGTAAATTTAATTTTGTTACTTAGTTCAATTCTGTTTGCTTATGTGT-T-GTTT--TTTGTTGTTTTCTTT-----------------------TTACTAG----AAATGGTACTCATAACTGTTGCCTAGACCAATCATCAAA-TAAATGAAATATGCTCATACAAACTGCCAAA------------T-----ATT-TCT---------------------TTGTT-----------------CTCACTTAAAAAGG---CGAAGACACAACTCTAAATGAAATATTT-----------------GC--TGTTTTTT-GTACTGTAT--T-GTTT---T--TTT-TATATAATT-CGTTT----TGTTAAA--CTGTTTA-AAT-AC--CTTTT-AGAAAT---ATAACCTGG-TATAATTATTCTTTTGTATGTGATATTA-AAG-GTTGGGTTTTCGGGGGGAAACAATGT-----AAA--------------GCCAAATGTATGAAAAGTC-AA-TGTATGAAT-TGAAAAGATCTTTGTATCAATTTTTTGTTTGTCATGAA-----CATTTATATTAA------ATATAATTA------------TATCTTAGTATTCTTGCTTCTTTTGTCTTTTTGGAT-AATTTGGAACTA-------TATCATGGAA-ACAATAAC--ATTAAAATTAATCATCCTGGTGGAGATCTTCTGTATAACTGTAA----AAAA-----TAAAA---A--CT-CACCATTTAT
gi|11 : gGAATATGAAGG----ATTGCTA-GCACCTGTTAAAAAGTACTTA--TTTAAACTTTCAA--TTGTTCATTTAGCTAGTAAAAGAGGGGCACCTA--CATGCCCCTTTATCAATATCAATAATTATGAAA-GATA-CAAA---------AGGATGTAGGGCAATTTATCA-GT-CTTGTATA---CAAGAAAATATCATT----CCTCAA--TCCGCTGCTAAATGGGAAAATGATTTGGATATAAGAACCAAAT-TAG-T------TGAAACAAAAT-TTTACTGCCTTCCATTTAACAAAACAAATG-ACACAAACTTACAATCGTTTCAGTACAGAATAAACCACCAAAT-ATTGGGAACCAATTCTCTTCTTAA-AAAAATGCAAATAAAGGATTTTAATATTTGCAGTTTATGCAACAGAGAAAA-AGAAACAATTAAACATATTTTTATCGAAAGTG-ACATTTCTAAACA-ATTTATCT---CCTGTTTGATGAACCGATATTCGC---GAAAAATGTATAGGCATTAATTTAAATTGGAC---AAATACAGACATTATGTTCGGA--AATAAAAATTTT----GACAAAGTTTTGA---ATAAAATAATATTAt
gi|12 : ttgattttatgaataggtacaacataaatacaaacttcataACAAGACAAACTGTTACCCATCAGTGTATTCGAGACCAGGCTTAAAA-TGAGTGAAATTTGACCAGACGAA-TGCCAACGTTGTCACCTGTTTTCCTATT-TC-CTTTTCT--TGTTTT--TTCTCTCTTAACCCCCCCCCCCACCCCCCACCC--AACAC---CCCATTCCCGTCTCCAAAT--AATATGTTGTC--TTTCTT--ATT------TTTTTT--CACTTTA---------------TATCTATATT-TT-CATATGCTATGTTAAA--GTGTTTG--ATGAC--ACGGT-AGAGATTTTAGG--TTGG--ATACTA-TTTTTTGATATGTGATGTTT-ATGAGCTGTGCTTC--AGA--AAAAAATATTTT-T-CTTATATCAATGGAAATTTACATG-GTAAAA
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gi|2 : GGGTCAATAAAT--TAT----GGCAGTGTACTAA---ATAAATTAATACTACATGCAAAATATTACATTT-ATAAGTG-CAAGTTAGATGGA-AGA-CAACCAGTTATCAACAATTACAAACCACAAATAAAATATTCATACCAAATTGAAAAATTAAATGA-----------AAAAAAA-AA-GATAATACATTAGTAAAATTTGAAAAA-----TACTGGAATGCATATGAATCTTTATTGTAGTAA---TA---TTGTTACTTAATTGAATTCCTTTTGCTTGC---T-T-GCTT--T--G--G---TTTTT----AAAAAAATA----A---AATTAACAGGTTCAACTGTTACTTGTAATTCTTGCCTAGACCAACCATCAAT-TAAATGAAATATGTTCAAACAAACTGCCAAATGTGTTCCCTGTT-----GTT-TCTCTTTTCT--T----TTCTTTTTTGTA-----------------CTCAC---AGAAA---------------------------TATTTTGCCTTTTTTTTTTATTGC--TA-TTTTT-GTACTGTAATTT-TTTT---T--TAT-TATATAATT-TGTAT----TGTTAAA--CCGTTTGGAAT-AC--CTGGT-AGAAAT---AAAATCTGG-TATAATAATTCTTTTATATGTGATATTA-AAG-GCCGGGCTTTCGGG---CGGAAATGTCTT-TACT--------------TTTACATG-GTG-AAAGCCAAAATGTATGAAT-TGAAAGGATCTCTGTAATAATTTTT-GTTTGTTTCGAT-----CATTTATTATTA------ATATAATTA------------TATCTTATTCTTCTTGCTACTTCTGTCGTTT--GATTAATTTAGAACTA-------TTTCATG--------------ATTAAAATCATTCATCCTGTTGGAGAGCTTCTATATAATTGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaaccaatatggggtcaataaattatggcagtgtactaaataaattaatactacatgcaaaatattacatttataagtgcaagttagatggaagacaaccagttatcaacaattacaaaccacaaataaaatattcataccaaattgaaaaattaaatgaaaaaaaaaagataatacattagtaaaatttgaaaaatactggaatgcatatgaatctttattgtagtaatattgttacttaattgaattccttttgcttgcttgctttggtttttaaaaaaataaaattaacaggttcaactgttacttgtaattcttgcctagaccaaccatcaattaaatgaaatatgttcaaacaaactgccaaatgtgttccctgttgtttctcttttcttttcttttttgtactcacagaaatattttgccttttttttttattgctatttttgtactgtaatttttttttattatataatttgtattgttaaaccgtttggaatacctggtagaaataaaatctggtataataattcttttatatgtgatattaaaggccgggctttcgggcggaaatgtctttacttttacatggtgaaagccaaaatgtatgaattgaaaggatctctgtaataatttttgtttgtttcgatcatttattattaatataattatatcttattcttcttgctacttctgtcgtttgattaatttagaactatttcatgattaaaatcattcatcctgttggagagcttctatataattgtattataca
gi|20 : aaattagaaaatcaagtcagcccacttatagtttctgttataacgagtacaaagaaaggttgtcgtgttatttatgatatacttaataggtttagtgtattaccaacttccatttctaaatggaatcaatacggactaaatatagatagggaatggaataaatgatttaaaataccattaagttgcactaaagacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaaccaatatgAATTTAGAACTA-------CA--ATATAA-AAAAAAAGAAGTTTTAATTTATCATCTTGGCAGAGATCTCCT--------GTAAAGCCACAA-----AAAA-------CT-CCACAATTATATAGC-TCTTATAATATGTATAT--T---T---TTGCTTC-TGATCTTAAATATGttataca
gi|21 : TATGAT---AGATTTTTTTTTTTGATCAGTAAAA--CAT----GACAATCTTCTAA---A-------------CATGCAAATCACTATTTTT-ATAAGTG-TAAGTTAGATGTT-AGG-TTGCCATTTTTCATCAATGTTAAGCCACAAATAAAATATGTGTACCAAtaagatttagaaatgtaaacaattgtatgtcaa
gi|22 : -TTTT---T--TAT-TATTTATCT-CGTAT----TGTTAAA--CGGTTTGGAAT-AC--CTGGT-AGAAAT---AAAACTTGG-TATAATAATTGTTTTATATGTGATATTA-AAG-GCTGGGTTTTTGGAA--AA
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gi|27 : TCCAAAAGATATATTTTGCC---TTTTTTTATTGC--TATTTTTT-
gi|3 : tGTG-GAAATTAGATTGA-AGA-CAACCAGTTTTCAACAATTACAAACCACAAATAAAATATGTATACCAAATTCAAAAATTAAATGCTAAACAA----AAAAAAG-AA-G---ATACATTAGTAAAATTTGAAAAA-----TACTGGAATGTATATGAATCTTTATTGTAGTAA---TA---TTGTTACTTAATTGAATTCCTTTTGCTTGT---T-TTGTTTGTT--T--GTTTTTTTT----GCTTGT--GTTTTA---AATTAACAGGGTCAACTGTTACTCATAACTGTTGCCTAGACCAATCATCAAT-TAAATGAAATATGTTTAAACAAACTGCCAAATGTGTTCCCTGTT-----GTT-TATCTTTTTCCTT----T--TTTTTTGTT-----------------CTCACTTGAAAAAG---CGAAATCACATCTCCAAAAGAAATATTTTGTC--TTTTTTT-ATTGC--TATTTTTTTGTACTGTAA--T-TTTT---T--TAA-TATATAATT-CGTAT----TGTTAAA--CCGTTAGGAAT-AC--CTAGT-AGAAAT---AAAACTTGG-TATAATTGTTCTTTTATTTGTGATATTA-AAG-GCTGGGTTTTCGGGA--AAA-AATGTCGT-AACT--------------TTTACATG-GTGAAAAGTC-AAATGTATGAAT-TAAAAAGATCACTGTAATAATTTTT-GTATGTCTTGAT-----CATTTATTCTTA------ATATAATTA------------TATCTTATTCTTCTTGCTACTTTTGTCTTTT--GATTAATTTAGAACTA-------TATCATGTTA-AAAATAAT--GTTAAAATCAATCATTTTGGTGGAGATCTTCTATATAATTGTAATGACATAA-----AAAAAAACA--CT-CCCCATTTACAAAGC-TTGTATCATATGCATTG--T---TTTCTT--TTG-TGGTTTT-TAtaacta
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Reference ( family-178 ) : GAATATGAAGGTATGATTGCC--GCAC--GTTAC---GTACTTACCTTCAAACTTTCAAATTTGCTCACCTAGC-AATAAAATTAGAAAATCCAGTCATGCCCACTTATCAGTTTC--TG-TTATAACA-AGTA-CAAAG------AAAGGNTGTCGTGCNATNTATGATGTACTTG-ATAGGTCAAG----TGT-ATT----GC-CAACTTCCGTTGCTAAATGG---AATCA-------ATACGGACTAAATATAGATAGGGAATGGAATAAATTATTTA--AAATACCATTTAGTTGCACTAAAG-ACACNAANNTACAATGGTTTCAGGTCAAAATAAACCACCGAATCACTGCTAACNAATTNTCTTNTTGACAAAAATGNAGATAAAGGACGNTNGTNCTTGCANTTTNTGCAACANAGNANATAGAAANNATTACGCATNTTTTTATNGGAAGTGTANATNTNCAAANACATTTATCTGGGCCTGTTTGATGAANCGATNTTCGCACTGANAAANGTATAGGCGTTNANCCAAANTGGNCTGTGAA---AGATATTATNTTCGGATCAATAAAA--TAT----GACAATGTTCTAA---ATAAATTAATACTACATGCAAAATATTACGTTT-ATAAGTG-CAAGTTAGATGGA-AGA-CAACCAGTTTTCAACAATTACAAACCACAAATAAAATATTTATACCAAATTGAAAAATTAAATGC-----------AAAAAAA-AA-G---ATACATTAGTAAAATTTGAAAAA-----TACTGGAATGCATATGAATCTTTATTGTAGTAA---TA---TTGTTACTTAATTGAATTCCTTTTGCTTGT---------T-T-GTTTT--------G--GTTTT---T----AAAAAA--AA---AATTAACAGGGTCAACTGTTACTCGTAACTGTTGCCTAGACCAATCATCAAT-TAAATGAAATATGTTCAAACAAACTGCCAAATGTGTTCCCTGTT-----GTT-TCTCTTTTCC--T----T--TTTTTTGTT-----------------CTCACTTGAAAAAG---CGAAGTCACATCTCCAAAAGAAATATTTTGCC--TTTTTTTTATTGC--TATTTTTT-GTACTGTAA--T-TTTT---T--TAT-TATATAATT-CGTAT----TGTTAAA--CCGTTTGGAAT-AC--CTGGT-AGAAAT---AAAACTTGG-TATAATAATTCTTTTATNTGTGATATTA-AAG-GCTGGGTTTTCGGGA--AAAAAATGTCGT-TACT--------------TTTACATG-GTGAAAAGTC-AAATGTATGAAT-TGAAAAGATCTCTGTAATAATTTTT-GTTTGTCTTGAT-----CATTTATTCTTA------ATATAATTA------------TATCTTATTCTTCTTGCTACTTTTGTCTTTT--GATTAATTTAGAACTA-------TATCATGTTA-AAAATAAC--GTTAAAATCAATCATTCTGGTGGAGATCTTCTATATAATTGTAATGACATAA-----AAAAA---A--CT-CCCCATTTATATAGC-TTGTATAATATGCATTG--T---T---TT--TTG-TGGTTTT-TATATGCT
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