lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 222222222 222222222222222 1 1 2222222222222222 1111 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8888 3 1 0000000 3 3 3 999999999 3 000000000000000 5555 2 0 444 1 0 0 666666 5555555555555555 33 4444 0 666666 444 1 0 2222222 33 55555 333 555 55555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 2 2 33 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 777 6 9
lowQualScore : ...................................................... .... . . ....... . . . ......... . ............... .... . . ... . . . ...... ................ .. .... . ...... ... . . ....... .. ..... ... ... ..... ......................................................... . . . .. ......................................................................................................................... .. ... . .
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 6 9 8888888 3 3 3 222222222 1 222222222222222 8888 9 8 444 7 1 1 888888 1111111111111111 22 3333 2 888888 111 3 6 5555555 11 66666 999 999 66666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 4 4 44 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 888 0 6
consensus : AATTACATCAAT--T-CCATGCGTTCTA--TGT---N-TAC-T--G-CAGTCATT---GG-GCACAGG---GC-GGC--NA-CACT-CG-GT-ATTGA---T--GCATT--C-----ATTA---TG---TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTGTAAC------TGTTA----T-GGCTC--AATGAAAT--TACGTCCG------ATTG---TTATCG-T-----T--GT-----T---TT-A-T-----TN-----A---T-----A-TAAA-----A----------TGATC--A--TTTAACA-CATTGTGTC-CAA-TTTTC--A---------G-----T-G--A---A------TA--NT-----G----------A--------CAG--------AG-AT-A--ACAAC-A-----AAA-------A---A--GA-----G--TG--GAGTT---AGAAAAGTTGTTAAGTA
Reference ( gi|11 ) : AATTACATTAAG--T-CCTTGCATGCTA--CGT---T-TAC-A--G-CAGTTATT---A---CACAGG---GC-GAC--AA-CGCT-CG-GT-ATCGG---G--GTATT--C-----AATG---TG---TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTAACTTATTGTTAC------TGTTA----T-GACCC--AGTGAAAT--TGCACCCG------ATTG---TTGTCG-T-----T--GT-----T---TT-A-T-----TC-----A---T-----A-TAAA-----A----------TGATC--A--TTCAGCATCATTGTGTC-CAA-TTTTC--A---------G-----T-G--A---A------TA--A------G----------A--------CAG--------AA-AT-G--ACAAC-A-----CAA-------A---A--GA-----G--TG--GAGTT---AGAAAAGTTGCTGAGTA
gi|9 : AATTACATGCGA--T-CTATGTGTACTG--TGT---G-TAC-T--G-TTATCATT---A---GAGAAAACTGC-GAG--CG-CACT-TT-GT-ATTGATTTGATGCGTT--C-----GATA---AG---TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTAAACTAAGTGTAAC------TGTTA----T-GGCTC--CATGAAAT--TACGTCCG------ATTG---TAATCG-T-----T--AT-----TATGTTAA-T-----TA-----A---T-----A-TAAA-----A----------TGATC--A--TTTAA---CATTATGTC-GAA-TTTTC--A---------AT----T-A--A---A------TA--T------GTCAATATTTTA--------CAG--------AG-TT-A--ACAAC-A-----
gi|7 : cgcacgtgtaccttatgaatcAGTTACACCAA-------TAACATGTTC--TAT---T-TAT-ACTG-CAATCATC---AGGGCACAGT---GC-TGC--TG-CACT-CG-GT-ATTCA---T--GAATT--A-----AATTCATTG---CGAGTTTTTCATTT---TAGGGTTACCTTCTTGTAAC------TGTCA----T---CCCTAAATGAAGT--TACGTCCA------ATTGCAATTGT---T-----T--GT-----T---AT-G-T-----TCTT---A---TGAA--A-TAAA-----A----------TGACC--A--TTTA-----ATTATATC-CAA-TTTTC--A---------G-----C-GA-A---A------TA--T------G----------T--------CAAC-------AA-AT-A--AC--C-----------------A---A--GT-----G--TG--GAGTTAAGAGAAACGTTGTTa
gi|8 : atatacagaacatattAATTGTATCAAA--TTCCATGTGTTTTA--GGT---G-TAC-T--G-CAGTAATT---AGGTCACGGT---GT-GGC--CA-CACT-TG-GT-ACTGA---T--GCATT--C-----ATTA---TG---TGA-TTTTTTATTT---TAGGGTTACCTTA---TTAC--------TTC----T-GAC------TG---T--T-------------ATTG---TTGTTA-------T--GT-----T---TC-A-T-----TCAA---A---TGTA--A-TGAA-----A----------TGATT--A--TTTAACA--A-TGTGTC-TAA-TTTTC--A---------T-----T-A--A---AATATTTTA--ATATTT-G----------A--------CAG--------AG-AT-A--ACACC-A-----AAA-------A---A--tat
gi|10 : tgctattccacagatgcatattatgAATAGCATTAAT--G-CCATGAATTCTAGGTGT---G-TACTA--GACA-TTAGT---G---CACAAG---GC-GGC--AG-AACT-CG-GT-TTTAA---T--GCATT--CGTTATAAT----TA---TGA-CTTTTGATTTCAATAGGGGAACCTCATCGAAAC------TGTTA----A-AATTC--AATGAAAA--TACGCCCG------ATTG---TTATCG-T-----T--GT-----T---TT-G-T-----TTTAACAA---A-----A-TAGT-----A----------TGAGC--A--TTTAATA-CA--GTATC-TTA-TTTTC--A---------G-----T-cacgcgttaagtaaagt
gi|5 : gcatgtccgatacggaataccattttgctggtgtaaattatgAATTACATCA---------TGCGTTCTA--GAT---T-TAG-T--G-AATTCAT--------CAGAGC---AC-GGC--CA-CACT-CG-GC-ACTGA---T--GCATT--C-----ATAA---TG---GGA-CTT--AATTT---TAGTGTCACCATATTGTAAC------TGTCA----T-GGCTC--AATGAAGT--TACGTCTG------AGTG---TTATCG-T-----T--GT-----T---AG-A-T-----CT-----G---T-----G-T--------T----------TTATC--AACTTTA--AACATCGCGCC-CAA-GTTAT--A---------G-----T-G--A---AATATGCCA--ATTTTT-G----------A--------CAG--------AG-GT-A--ACAAC-A-----AAA-------A---atacagt
gi|13 : agaatgcatgtgattcataatgtaccactgcggaatgtacggtgtacattactAATTGCATCGAT--T-CCATGTGTTTTA--TGTGACTGTAC-T--G-CAGTCATTTGGG---GACAGG---GC-GGCCCAATCGTTACATGT-ATAAG---T--GCATT--TTT---AATG---TG-----A-CTTTTGATTT---TAGGAGCATCTCA-TATAAC------TGTTA----T-GGC------TGAATT--TTCAtcaggttgtt
gi|14 : gaatactattccacaagtgtacaatattAATTACACCGGT--T-CTTTGCGTTGTA---GT---TGTAC-T--G-CAGTCATT---AGTGCAACGT---GC-CGC--CA-CACT-CG-GC-ATTGG---T--GTATT--C-----Aataaaatatgtcaatatttgacaagagataacaacaaaaaactaagcaagttagagaagttgt
gi|6 : tatttagcaggtacgcattatgcagtacaccaagATTACATAAATATT-CCATGAGTTGTG--TGT---G-TAC-G--G-TAGTTATT---GTTGCACAGG---GC-GAA--AA-CATT-CC-GT-AT--G---G--ATGCTTGC-----ATTC---CG-------CTTTTGATTT---AATGGTTATTCTATTGTAACGGTTTTTGTTAAATAT-CACTA--CGTCAAAT--TGTTTCCA------AT-G---TTAT------------GT-----T---TT-A-T-----TA-----AAAAT-----A--AAA-----A----------TGAAC--A--TTTAAC--CATGG-ATC-CAA-TTTTC--A---------G-----T-G--A---A------ttattaggttcatctttgttatgttttattaaaacaaaacgatcatttaatattgtgttaaatttttcaatgaaaattataaaattaaaacaaaaaatcaaa
gi|4 : tcgg-TAC-T--G-AAGCCATT---AGAGCACAGA---GA-GGC--AA-C--------C-ATC----------ACT--G-----ATTA---TG---TGA-CTTTTAATTT---TAGTGTTACTTTATTGTAAA------TGTTA----T-GGCTC--AATACAAT--TGTGACCA------ATTG---TTATCA-A-----T--GT-----T---TA-G-T-----AA-----A---A-----A-TAAA-----A----------TGATC--A--TTTAACAT--TT-TGTC-TAA--TTTC--A---------G-----T-G--A---AATATCTCA--A------T----------ATCTGT---CAA--------CG-AT-A--ACAACAA-----CAA-------A---A--CAAGT--G--TG--GAGTatgtgtcaaagtccggcatagttaacgcaacaaaatgaaataagtgttgaataagaaaataatgtatctt
gi|3 : tcagggtctgttccaactcttgaagatagtgggtggggggtggggttcgacttctcagatgTTAGT---G---CACAGG---GCAGAC--A--TGCT-GG-GT-ATTGA---T--GTATT--C-----ATTA---TG---TGA-CTC--GATTT---TACAGTTACCTTGTTGTAAT------TGTT-----------C--AATGAAATAAT-TATT--------ATTG---TTGTTA-T-----TATGT-----T---TT-G-T-----TA-----A---A-----AACAGA-----A----------AAATC--A--TTTAGCAT---TGTGTC-CAA-TTTTCCAA---------GAAATAT-GTCA---A------TA--TTT----G----------A--------CATCT------AG-AT-A--ACAAC-AAAAAACAA-------A---A--AACAAATG--TG--GAGTT---TGAAAAGTCGaaaggattacgtttatat
gi|2 : cagggcgtgtttgagctcttgatcaatgcgggattggcggcgttctaggtgcacttcaatga---CACAGG---GT-GGC--CA-TACT-CG-GTTATTGA---T--GCGTT--------ATTA---TG---TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACATTGTTGTAAC------TGTTT----T-AGCTA--ATTGAAAT--TATGTCTG------ACTG---TTATTGATGTTG-T--GT-----T---TT-A-T-----TA-----A---A-----A-CAAT-----A----------TGAatataaaattatata
gi|19 : aacaaaataggcatattatattcaaagaatgcatggatttgatgtaattcataatgtacaccggcataacaatattccatatcggacatattggacactgactactatcctgcatgtgttctaggtgaacttctgtcattggcg--AA-CACT-CA-AT-ATTGG---T--GCATT--C-----ATTA---TG---TGA-CTTTTTAGTT---TAGGATTACTTTATTGTTAC------TGTTA----T-GACCC--AATGAAAT--TACGTCCG------ACTT---CTGCCG-TTGTGAT--GT-----T---TT-T-T-----TT-----A---TCAAA-A-TACA-----A----------TGACC--A--TTTAACAC--TT-TGTT-CAA-TTTTatttttttttaatgaaatatgtaaaaaagtgagaaagataaaaaaataaatttcaagatagaaagatgttacgt
gi|12 : ---G--GTATA--C-----A-TG---TAGCATGA-CTTTTGATTT---TAGGAGTACATTATCATATC------TGCTA----A-GGCTC--AATGAAGT--TACGTCCG------ATTG---TTATCG-T-----T--GT-----T---AT-ACT-----TT-----A---TTGAAAA-TAAA-----A----------TGA-A--A--TTTGG---CATTGTGTC-CAA-TTTTC--ATGGAAATATG-----T-C--A---A------TA--ATT----T----------A--------CAA--------AATATCA--ACAAC-A-----AAA-------AC--A--AA-----T--TC--TGTTT---AAGCAAGTTGTTAAGTA
gi|15 : ttcttggtgtactgcataatgcgtacctgctaaatagtgatct--GCATT--C-----ATTA---TG---TGA-CTTTTCATTT---TAGAATCACCTTATTGTAAC------TGTTA----T------------------TCCAACTG------ATAG---TTATCG-T-----T--GT-----T---TT-A-TAAATATT-----A---TGACC-A-TAAA-----ACATTAAA---TGATT--A--T---GTAACATTGTGTC-CAA-TTCTC--T---------G-----T-G--A---AATATGTCA--ATATTT-G----------A--------CAG--------AA-AT-A--AAAACTA-----AAA-------C---A--AA-----G--TGCAGAGTT---AGATAAGTTATTAAGTAcagtatat
gi|1 : gaattgctT--C-----ATTA---TA---TGA-CTT--GATTC---TAGGGTTAACT----------------GTTA----T-GGCTC--GATGAAAT--TTCATCGG------ATTT---TTACTG-A-----T--GTTATACT---TT-A-T-----TA-----A---A-----A-TAAA-----A----------TGATC--A--TTTAA---CAGTGTGTCGTGA-TTTTC--A---------G-----T-G--AAATA------TG--T------G----------A--------CAG--------AG-AT-A--GCAAC-A-----AAA-------A---AACAA-----GTATG--GGGTT---TGGAATGT
gi|17 : atgtttgcactgtgctctactgactgccatgcacctaaaatgcatgttcataaaatccataatgtacacctgcaatttaatattccacaggggttggagactttccaggtgaattgcagtcattagggataaggTTTTGATTT---TATGATTACGTTGTTGTTAC------TGCTT----T-GACCC--AACGAAAT--AATGTCCG------ATTT---TTATCG-A-----T--GT-----T---CT-C-T-----T-------------------------------------------------------TTATTA-GTC-CAG-TTTTC--A---------G-----TAA--A---A------TG--T------G----------A--------C-----------A-AC-A--ACAAA-A-----AAAT------A---A--GT-----G--TG--GAGTT---AGAAAAGTTGTTTAGTAatatattaacggaaccagaacaagatttgcaaactacctaaatatcacctcattttttaa
gi|16 : aatagtttgatctcaggccacacatggtattgatacaTT---TAGGGTAAGATTATTGTTAC------TGTTT----TGGGCTC--CATTAAAT--AACGCCCGAAAGTTATTG---GTGTCA-T-----G--GT-----T---GT---T-----TC-----A---------A-TAAA-----AACAAACATTTTAATTTAA--TTTTGC--CATTGTGTT-CTA-TTTTC--G---------G-----T-G--A---AATG---TATTACTATTTG----------T--------CA---------AA-GT-A--ACAATAA-----CAAAGAAAACA---A--GA-----G--C---GAGTT---AGAAAAGTTGTTCAGTAtatcat
gi|18 : tggtaataTCAC------TGTT-----------C--AATTAAAT--TACATTAG------ATTG---TAATTA-T-----T--GT-----T---TT-G-T-----TG-----T---T-----A-TAAAATAATA----------TGGTC--C--TTTAACAT--TT-TGTC-CAA-TTTTC--A---------G-----T-G--ATATA------TA--A------C----------AAACAAAACCAC--------AA-AC-A--AAAAC-A-----CAC-------A---C--AA-----GTTTA--GAGTT---A-AAAAGTTGTCAAGTAtat
gi|20 : taaggtttttatacagtacagtCCG------ATTG---TTATCG-T-----T--AT-----T---AT-G-T-----CT-----A---T-----A-AAAA-----AC---------TGGTC--C--TTCAA---CATTGTGTG-GAA-TATTT--A---------G-----T-GA-A---A------TA--T------G----------T--------CAATATCTGACAA-AT-GGAACAAC-A-----GAA-------ATGTA--GT-----G--TG--GAGTT---AGCAGCGTTGTTtattatgaaac
gi|14 : acgt-----T--GT-----T---TT-A-T-----TA-----A---A-----A-CAAA-----A----------CGATC--A--TTTA--AT-ATTGTGTT-AAATTTTTC--A---------A-----T-G--A---A------AA--T------T----------A--------TA---------AA-AT-T--AAAAC-A-----AAA-------A---A--tgtataat
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ACTACCATTCTGCGGGTGAATATAATAAATAATAACACTTTCATGCGTTCTAACTAAATTGCGGTCATTTGAGCACAGAGCGGCAACACATGGTATTGATGCAAGATTCACTTTGTGATTGTTG
Unaligned ( gi|22 ): AAGAAAACATTCAGATTGAATTCTATAGTATTTATTGGAATTGGTGTAATTCATAAAGTGCACCTGTGGGATATTGTTTCACATTGGACACGTCAGACACGGACTACTTTTCCGCAGGT
Unaligned ( gi|23 ): TCAGATATGGAAGACTATCCAACATGTGTGGTTTATGAATGTCATCAGTTTCATGCATTCCAGGTGTACTGTAGGTAA
Unaligned ( gi|24 ): AAATAGCATACATACAAATATTTAAATATTCCTACTGACATTTTTCA
Unaligned ( gi|25 ): ATGTGAATTGGAGTAGTATTGCTAATGATTGG
Alignments
lowQualScore : 3333 11111111111 11111 333333333333333333 3333333333333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111 333333333333333333333333333
lowQualScore : 6666 0 888 77777 888888 555 0000 2 3 1 777777 2 66666 444 55555 5555 2 444 0 5555 333 7777777 666666 55555555555 888888888 00000 333 2 111111111111111111 2 6666666 55555 2 4444 22 2 5555555555555 2 333 2 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 00000000000 2 33 4444 2 2 666666666666666666666666666 33 777 555 555
lowQualScore : .... . ... ..... ...... ... .... . . . ...... . ..... ... ..... .... . ... . .... ... ....... ...... ........... ......... ..... ... . .................. . ....... ..... . .... .. . ............. . ... . .. ............................................................ .. ........... . .. .... . . ........................... .. ... ... ...
lowQualScore : 4444 6 111 11111 222222 000 6666 9 0 0 777777 5 22222 444 99999 0000 4 111 2 0000 555 2222222 111111 44444444444 444444444 55555 777 1 555555555555555555 5 8888888 33333 1 2222 88 0 8888888888888 0 000 0 99 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 22222222222 2 11 7777 2 2 666666666666666666666666666 99 666 444 888
consensus : AATTACATCAA-T--TCCATGCGTTCTA--NGTG----TACTG------CAG---TCATT-GG-G-CACAGNGCGGCCACACTCG------GT-A-----TTGATGC---ATT-----CATTATG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTG----TAACTGTTATGG-C-------TCAATGAAATTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----TG---------T-----T---TT-AT-----T-----AAT----ATA-------AA-----A-TGA----TCA--TTT-AAC---A------CATTGTGTC-C-AA-TTTTC--A---------G-----T-G--A-A---------T-------AT--------T---------T--GACA--G-AG-----AT-AA--C----AAC-AA-AA--------A---A--GN----------G--TG--GAGTT---AGAAAAGT---TGTTAAGTA
Reference ( family-1754 ) : AATTACATCAA-T--TCCATGCGTTCTA--TGTN----TACTG------CAG---TCATT-GG-G-CACAGGGCGGCNACACTCG------GT-A-----TTGATGC---ATT-----CATTATG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTG----TAACTGTTATGG-C-------TCAATGAAATTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----TG---------T-----T---TT-AT-----T-----NAT----ATA-------AA-----A-TGA----TCA--TTT-AAC---A------CATTGTGTC-C-AA-TTTTC--A---------G-----T-G--A-A---------T-------A---------N---------T--GACA--G-AG-----AT-AA--C----AAC-AA-AA--------A---A--GA----------G--TG--GAGTT---AGAAAAGT---TGTTAAGTA
gi|1 : CATGCATTTTA--GGTG----CATGG------CAG---TCAGTAGA-G-CACAGTGC
gi|1 : atgtttT-----CATTATA----TGA-CTT--GATTC---TAGGGTTA--------------ACTGTTATGG-C-------TCGATGAAATTTCATCGGA------TTTTTACT----G-A----TG---------TTATACT---TT-AT-----T-----AAA----ATA-------AA-----A-TGA----TCA--TTT-A-----A------CAGTGTGTCGT-GA-TTTTC--A---------G-----T-GA-A-A---------T-------AT--------G---------T--GACA--G-AG-----AT-AG--C----AAC-AA-AA--------A---AACAA----------GTATG--GGGTT---TGGAATGTATATATTAAttcataaaatccataatgtacacctgcaatttaatattccacaggggttggagactttccaggtgaattgcagtcattagggataaggtcattatatgacttgattctagggttaactgttatggctcgatgaaatttcatcggatttttactgatgttatactttattaaaataaaatgatcatttaacagtgtgtcgtgattttcagtgaaatatgtgacagagatagcaacaaaaaaacaagtatggggtttggaatgtatatattaacggaaccagaacaagatttgcaaactacctaaatatcacctcattttttaa
gi|10 : atgtttgcactgtgctctactgactgccatgcacctaaaatgcatgttcataaaatccataatgtacacctgcaatttaatattccacaggggttggagactttccaggtgaattgcagtcattagggataaggAATAGCATTAA-T--GCCATGAATTCTAGGTGTG----TACT--------AG---ACATT-AGTG-CACAAGGCGGCAGAACTCG------GT-T-----TTAATGC---ATT-----CGTTATAATTATGA-CTTTTGATTTCAATAGGGGAACCTCATCG----AAACTGTTAAAA-T-------TCAATGAAAATACGCCCGA------TTGTTATC----G-T----TG---------T-----T---TT-GT-----TTTAACAAA----ATA-------GT-----A-TGA----GCA--TTT-AAT---A------CA--GTATC-T-TA-TTTTC--A---------G-----T-cggaaccagaacaagatttgcaaactacctaaatatcacctcattttttaa
gi|11 : gcatgtccgatacggaataccattttgctggtgtaaattatgAATTACATTAA-G--TCCTTGCATGCTA--CGTT----TACAG------CAG---TTATT-A----CACAGGGCGACAACGCTCG------GT-A-----TCGGGGT---ATT-----CAATGTG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTAACTTATTG----TTACTGTTATGA-C-------CCAGTGAAATTGCACCCGA------TTGTTGTC----G-T----TG---------T-----T---TT-AT-----T-----CAT----ATA-------AA-----A-TGA----TCA--TTC-AGC---AT-----CATTGTGTC-C-AA-TTTTC--A---------G-----T-G--A-A---------T-------A---------A------------GACA--G-AA-----AT-GA--C----AAC-AC-AA--------A---A--GA----------G--TG--GAGTT---AGAAAAGT---TGCTGAGTAatacagt
gi|12 : ----TGA-CTTTTGATTT---TAGGAGTACATTATCA----TATCTGCTAAGG-C-------TCAATGAAGTTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----TG---------TTATACT---TT-AT-----TG----AAA----ATA-------AA-----A-TGA-----AA--TTT-G-----G------CATTGTGTC-C-AA-TTTTC--ATGGAAATATG-----T-C--A-A---------TA------A---------T---------T--TACA--A-AAT----ATCAA--C----AAC-AA-AA--------AC--A--AA----------T--TC--TGTTT---AAGCAAGT---TGTTAAGTA
gi|13 : ttcttggtgtactgcataatgcgtacctgctaaatagtgatctggtatacatgtagcaAATTGCATCGA-T--TCCATGTGTTTTA--TGTGACTGTACTG------CAG---TCATTTGG-G-GACAGGGCGGCC-CAATCGTTACATGT-A-----TAAGTGC---ATT-----TTTAATG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGAGCATCTCA-TA----TAACTGTTATGG-CTGAATTTTCAATAAAA-TATGTCcagtatat
gi|13 : gaatactattccacaagtgtacaatatt----TCA--TAT-AAC----------TGTTATGGC-TGAA-TTTTC--AATAAAATATG-----T-C--A-A---------T-------A---------T---------TT-GACAA-G-AG-----AT-AA--C----AAC-AA-AA--------A---ACTAA----------G--C---AAGTT---AGAGAAGT---TGTaatatttgacaagagataacaacaaaaaactaagcaagttagagaagttgt
gi|14 : gaatactattccacaagtgtacaatattaattgcatcgattccatgtgttttatgtgactgtactgcagtcatttggggacagggcggcccaatcgttacatgtataagtgcatttttaatgtgacttttgattttaggagcatcAATTACACCGG-T--TCTTTGCGTTGTA--GTTG----TACTG------CAG---TCATT-AGTG-CAACGTGCCGCCACACTCG------GC-A-----TTGGTGT---ATT-----CATTAT
gi|14 : tatttagcaggtacgcattatgcagtacaccaag------TTGTTAT-------------G---------T-----T---TT-AT-----T-----AAA----ACA-------AA-----A-CGA----TCA--TTT-A-----A------TATTGTGTT-A-AATTTTTC--A---------A-----T-G--A-A-----------------A---------A---------T--TATA--A-AA-----TT-AA-------AAC-AA-AA--------A---A--taggttcatctttgttatgttttattaaaacaaaacgatcatttaatattgtgttaaatttttcaatgaaaattataaaattaaaacaaaaaatcaaa
gi|15 : tatttagcaggtacgcattatgcagtacaccaagaattacaccggttctttgcgttgtagttgtactgcagtcattagtgcaacgtgccgccacactcggcattggtgtattcattattaggttcatct-A-----TTGCTGC---ATT-----CATTATG----TGA-CTTTTCATTT---TAGAATCACCTTATTG----TAACTGTTAT---T-------CCAA-----------CTGA------TAGTTATC----G-T----TG---------T-----T---TT-ATAAATAT-----TATGACCATAAAACATTAA-----A-TGA----TTA--TGT-A-----A------CATTGTGTC-C-AA-TTCTC--T---------G-----T-GA-A-A---------T-------ATGTCAATATT---------T--GACA--G-AA-----AT-AA--A----AACTAA-AA--------C---A--AA----------G--TGCAGAGTT---AGATAAGT---TATTAAGTAtcaaa
gi|16 : gaTT---TAGGGTAAGATTATTG----TTACTGTTTTGGGC-------TCCATTAAATAACGCCCGAAAGTTATTGGTGTCATG-G-T----TG---------T-----T---TC-A-------------AT----A-A-------AA-----A-CAA----ACA--TTTTAATTTAATTTTGCCATTGTGTT-C-TA-TTTTC--G---------G-----T-G--A-AATG------T-------ATTACTAT--T---------T--GTCA--A-AGTAACAAT-AA--C----AAA-GA-AAAC------A---A--GA----------G--C---GAGTT---AGAAAAGT---TGTTCAGTA
gi|17 : tggtaataGGCCACACATG------GT-A-----TTGATAC---A-----------------------TTTTGATTT---TATGATTACGTTGTTG----TTACTGCTTTGA-C-------CCAACGAAATAATGTCCGA------TTTTTATC----G-A----TG---------T-----T---CT-CT-----T-----T-T----A-------------------------------TT-A------------------GTC-C-AG-TTTTC--A---------G-----T-A--A-A---------A-------T---------G---------T--GACA-----------AC-AA--C----AAA-AA-AAT-------A---A--GT----------G--TG--GAGTT---AGAAAAGT---TGTTTAGTAtat
gi|18 : aatagtttgatctcaG-T-------TCAATTAAATTACATTAGA------TTGTAATT----A-T----TG---------T-----T---TT-GT-----T-----GTT----ATA-------AAATAATA-TGG----TCC--TTT-A-----A------CATTTTGTC-C-AA-TTTTC--A---------G-----T-G--ATA---------T-------A-------------------T--AACA--A-AC-----AA-AA--CCACAAAC-AA-AAACACACACA---A--GT----------T--TA--GAGTT---A-AAAAGT---TGTCAAGTAtatcat
gi|19 : taaggtttttatacagtacagttcactACACTCA------AT-A-----TTGGTGC---ATT-----CATTATG----TGA-CTTTTTAGTT---TAGGATTACTTTATTG----TTACTGTTATGA-C-------CCAATGAAATTACGTCCGA------CTTCTGCC----G-T----TGTGATGTTTTT-----T---TT-AT-----C-----AAA----ATA-------CA-----A-TGA----CCA--TTT-AAC---A------C-TT-TGTT-C-AA-TTTTtattatgaaac
gi|2 : aAATTACATCAA-A--TCCATGCATTCTT--TG
gi|2 : aacaaaataggcatattatattCATGTGTTCTA--GGTG----AACTT------CTG---TCATT-GGCG-CACAGGGTGGCCATACTCG------GTTA-----TTGATGC---GTT------ATTATG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACATTGTTG----TAACTGTTTTAG-C-------TAATTGAAATTATGTCTGA------CTGTTATT----GATGTTGTG---------T-----T---TT-AT-----T-----AAA----ACA-------AT-----A-TGAATTTTTT--TTT-AAT---G------AAATATGT----AA-----------------------------A-A---------A-------A---------G---------T--GAGA--A-AG-----AT-AA-------AA--AA-AT--------A---A--AT----------T--TC--AAGAT---AG-AAAGA---TGTTACGTcataatgtacaccggcataacaatattccatatcggacatattggacactgactactatcctgcatgtgttctaggtgaacttctgtcattggcgcacagggtggccatactcggttattgatgcgttattatgtgacttttgattttagggttacattgttgtaactgttttagctaattgaaattatgtctgactgttattgatgttgtgttttattaaaacaatatgaatttttttttaatgaaatatgtaaaaaagtgagaaagataaaaaaataaatttcaagatagaaagatgttacgt
gi|20 : aacaaaataggcatattatattcaaagaatgcatggatttgatgtaattcataatgtacaccggcataacaatattccatatcggacatattggacactgactactatcctgACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----TA---------T-----T---AT-GT-----C-----TAT----AAA-------AA-----ACTGG----TCC--TTC-A-----A------CATTGTGTG-G-AA-TATTT--A---------G-----T-GA-A-A---------T-------ATGTCAATATC---------T--GACA--A-AT-----GG-AA--C----AAC-AG-AA--------ATGTA--GT----------G--TG--GAGTT---AGCAGCGT---TGTT
gi|21 : AATAATAACAC-T--TTCATGCGTTCTA--ACTA----AATTG------CGG---TCATTTGA-G-CACAGAGCGGCAACACATG------GT-A-----TTGATGCAAGATT-----CACTTTG----TGA-TTGTTGtgtataat
gi|3 : actaccattctgcgggtgaatataataGCGTTCTA--GGTG----CACTT------CAA---TGATT-AGTG-CACAGGGCAGACATGCTGG------GT-A-----TTGATGT---ATT-----CATTATG----TGA-C--TCGATTT---TACAGTTACCTTGTTG----TAATTGT--------------TCAATGAAATAAT-TATTA------TTGTTGTT----A-TTA--TG---------T-----T---TT-GT-----TA----AAA----ACA-------GA-----A-AAA----TCA--TTT-A-----G------CATTGTGTC-C-AA-TTTTCCAA---------GAAATAT-GTCA-A---------T-------AT--------T---------T--GACATCT-AG-----AT-AA--C----AAC-AA-AA--------A---A--CAAAAAACAAATG--TG--GAGTT---TGAAAAGT---CGATA
gi|4 : cagggcgtgtttgagctcttgatcaatgcgggattggcgTG----TACTG------AAG---CCATT-AGAG-CACAGAGAGGCAAC------------C-A-----T-----C---ACT-----GATTATG----TGA-CTTTTAATTT---TAGTGTTACTTTATTG----TAAATGTTATGG-C-------TCAATACAATTGTGACCAA------TTGTTATC----A-A----TG---------T-----T---TA-GT-----A-----AAA----ATA-------AA-----A-TGA----TCA--TTT-AAC---A--------TTTTGTC-T-AA-TTT-C--A---------G-----T-G--A-AATATCTCAAT-------A---------TC--------T--GTCA--A-CG-----AT-AA--C----AAC-AACAA--------A---A--CAAGT-------G--TG--GAGTtaaaattatata
gi|5 : tcagggtctgttccaactcttgaagatagtgggtggggggtggggttcgacttctcagaAATTACATCA---------TGCGTTCTA--GATT----TAGTG------AAT---TCAT-------CAGAGCACGGCCACACTCG------GC-A-----CTGATGC---ATT-----CATAATG----GGA-CTT--AATTT---TAGTGTCACCATATTG----TAACTGTCATGG-C-------TCAATGAAGTTACGTCTGA------GTGTTATC----G-T----TG---------T-----T---AG-AT-----C-----TGT----GTT----------------TTA----TCAACTTT-AA----A------CATCGCGCC-C-AA-GTTAT--A---------G-----T-G--A-AA--------T-------A---------TGCCAATTTTT--GACA--G-AG-----GT-AA--C----AAC-AA-AA--------A---aaaggattacgtttatat
gi|6 : agaatgcatgtgattcataatgtaccactgcggaatgtacggtgtacattactATTACATAAA-TATTCCATGAGTTGTG--TGTG----TACGG------TAG---TTATT-GTTG-CACAGGGCGAAAACATTCC------GT-A-----TGGATGC---TTG-----CATTCCG--------CTTTTGATTT---AATGGTTATTCTATTG----TAACGGTTTTTG-T-------TAAATATCACTACGTCAAA------TTGTT-TCCAATG-TTA--TG---------T-----T---TT-AT-----TAAA--AAT----A-A-------AA-----A-TGA----ACA--TTT-AAC----------CA-TGGATC-C-AA-TTTTC--A---------G-----T-GA-A-A---------TGTGTCAAA---------G---------TCCGGCA--T-AG-----TT-AACGC----AAC-AA-AATGAAAT--A---A--GT----------G--TT--GAATA---AGAAAAtcaggttgtt
gi|7 : tcggAGTTACACCAA-T--AACATG--TTCTA--TTTA----TACTG------CAA---TCATCAGG-G-CACAGTGCTGCTGCACTCG------GT-A-----TTCATGA---ATTAAATTCATT--G----CGAGTTTTTCATTT---TAGGGTTACCTTCTTG----TAACTGTCATCC-C-------TAAATGAAGTTACGTCCAA------TTGCAATT----GTT----TG---------T-----T---AT-GTTC---T-----TATGAA-ATA-------AA-----A-TGA----CCA--TTT-A-------------ATTATATC-C-AA-TTTTC--A---------G-----C-GA-A-A---------T-------A-------------------T--GTCA--ACAA-----AT-AA--C------C--------------A---A--GT----------G--TG--GAGTTAAGAGAAACGT---TGTTtaatgtatctt
gi|8 : atatacagaacatattAATTGTATCAAAT--TCCATGTGTTTTA--GGTG----TACTG------CAG---TAATT-AG-GTCACGGTGTGGCCACACTTG------GT-A-----CTGATGC---ATT-----CATTATG----TGA-TTTTTTATTT---TAGGGTTACCTTATTACTTCTGACTGTTAT---------------TG-------------------TTGTTA-------------TG---------T-----T---TC-AT-----TCA---AATGTA-ATG-------AA-----A-TGA----TTA--TTT-AAC---A-------A-TGTGTC-T-AA-TTTTC--A---------T-----TAA--A-A---------T-------ATTTTAATATT---------T--GACA--G-AG-----AT-AA--C----ACC-AA-AA--------A---A--tat
gi|9 : tgctattccacagatgcatattatgATCAA-T--TACATGCGATCTA--TGTG----TACTGTGTGTACTGTTATCATTAGA-G-AAAACTGCGAGCGCACTTT------GT-ATTGATTTGATGC---GTT-----CGATAAG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTAAACTAAGTG----TAACTGTTATGG-C-------TCCATGAAATTACGTCCGA------TTGTAATC----G-T----TA---------T-----TATGTTAAT-----T-----AAT----ATA-------AA-----A-TGA----TCA--TTT-A-----A------CATTATGTC-G-AA-TTTTC--AATTAAATATG-----T-C--A-A---------T-------AT--------T---------T--TACA--G-AG-----TT-AA--C----AAC-AA-cacgcgttaagtaaagt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAGAAAACATTCAGATTGAATTCTATAGTATTTATTGGAATTGGTGTAATTCATAAAGTGCACCTGTGGGATATTGTTTCACATTGGACACGTCAGACACGGACTACTTTTCCGCAGGT
Unaligned ( gi|23 ): TCAGATATGGAAGACTATCCAACATGTGTGGTTTATGAATGTCATCAGTTTCATGCATTCCAGGTGTACTGTAGGTAA
Unaligned ( gi|24 ): AAATAGCATACATACAAATATTTAAATATTCCTACTGACATTTTTCA
Unaligned ( gi|25 ): ATGTGAATTGGAGTAGTATTGCTAATGATTGG
Alignments
lowQualScore : 2222 111111 111111 222222222222222222222222222222 3333333333333 55555555555555555555555555 11111111111111111111111111111 111111111111 33333333333333333333333
lowQualScore : 5555 2 1 5555555 666666 444 6666 2 1 1 666666 2 55555 333 333 55555 2 2 5555 2 444 0 5555 333 7777777 4444 000000 22 888888888 55555 999999 2 666666666666666666666666666666 55555 2 2 22 2 7777777777777 333 2 22 66666666666666666666666666 44444444444444444444444444444 666666666666 2 666666 4444 2 2 33 33333333333333333333333 1 2 555 0 555
lowQualScore : .... . . ....... ...... ... .... . . . ...... . ..... ... ... ..... . . .... . ... . .... ... ....... .... ...... .. ......... ..... ...... . .............................. ..... . . .. . ............. ... . .. .......................... ............................. ............ . ...... .... . . .. ....................... . . ... . ...
lowQualScore : 1111 2 0 6666666 888888 111 9999 5 9 4 888888 2 66666 999 999 66666 2 2 0000 4 111 2 0000 555 2222222 5555 555555 99 444444444 33333 555555 1 333333333333333333333333333333 33333 1 4 88 0 9999999999999 000 0 99 55555555555555555555555555 11111111111111111111111111111 111111111111 2 444444 7777 2 2 22 88888888888888888888888 0 7 000 1 444
consensus : AATTACATCAA-T--TCCATGCGTTCT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TCATT-GG-G-CACAGGGCGGCCACACTCG------GT-A-----TTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTG----TAACTGTTATGG-C-------TCAATGAAATTACGTCCGATTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T------TT-ATT-----AAN---A-TA---------------AA-----A-TGATCA--TTT-AA----A------CATTGTGTC-C-AA-TTTTC--A---------G-----TGA--------AA---------TA--------T-T-------TGACA-G--AG------AT-A------AC----AAC-AA-A--A--------A---A----------GTGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGTTAAGTA
Reference ( family-1754 ) : AATTACATCAA-T--TCCATGCGTTCT-ANGTG----T--ACTG------CAG---TCATT-GG-G-CACAGNGCGGCCACACTCG------GT-A-----TTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTG----TAACTGTTATGG-C-------TCAATGAAATTACGTCCGATTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T------TT-ATT-----AAT---A-TA---------------AA-----A-TGATCA--TTT-AAC---A------CATTGTGTC-C-AA-TTTTC--A---------G-----TG---------AA---------TA--------T-T-------TGACA-G--AG------AT-A------AC----AAC-AA-A--A--------A---A----------GNGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGTTAAGTA
gi|1 : CATGCATTTT-AGGTG----C--ATGG------CAG---TCAGTAGA-G-CACAGTGC
gi|1 : atgtttTTCC-AGGTG----A--ATTG------CAG---TCATT-AG-G-GATAAGG------------------------------------------T-----CAT-TA-TA----TGA-CTT--GATTC---TAGGGTTA--------------ACTGTTATGG-C-------TCGATGAAATTTCATCGGATTTTTACT----G-A----T--G---------T-----TATACT-TT-ATT-----AAA---A-TA---------------AA-----A-TGATCA--TTT-A-----A------CAGTGTGTCGT-GA-TTTTC--A---------G-----TGA--------AA---------TA--------T-G-------TGACA-G--AG------AT-A------GC----AAC-AA-A--AAAAC----A---A----------GTATG-GGGTT---TGGAATGTATATATTAAttcataaaatccataatgtacacctgcaatttaatattccacaggggttggagactttccaggtgaattgcagtcattagggataaggtcattatatgacttgattctagggttaactgttatggctcgatgaaatttcatcggatttttactgatgttatactttattaaaataaaatgatcatttaacagtgtgtcgtgattttcagtgaaatatgtgacagagatagcaacaaaaaaacaagtatggggtttggaatgtatatattaacggaaccagaacaagatttgcaaactacctaaatatcacctcattttttaa
gi|10 : atgtttgcactgtgctctactgactgccatgcacctaaaatgcatgttcataaaatccataatgtacacctgcaatttaatattccacaggggttggagactAATAGCATTAA-T--GCCATGAATTCT-AGGTG----TGTACT--------AG---ACATT-AGTG-CACAAGGCGGCAGAACTCG------GT-T-----TTAAT---GC---ATT-----CGT-TA-TAATTATGA-CTTTTGATTTCAATAGGGGAACCTCATCG----AAACTGTTAAAA-T-------TCAATGAAAATACGCCCGATTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T------TT-GTTTTAACAAA---A-TA---------------GT-----A-TGAGCA--TTT-AAT---A------CA--GTATC-T-TA-TTTTC--A---------G-----Tcggaaccagaacaagatttgcaaactacctaaatatcacctcattttttaa
gi|11 : gcatgtccgatacggaataccattttgctggtgtaaattatgAATTACATTAA-G--TCCTTGCATGCT-ACGTT----T--ACAG------CAG---TTATT-A----CACAGGGCGACAACGCTCG------GT-A-----TCGGG---GT---ATT-----CAA-TG-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTAACTTATTG----TTACTGTTATGA-C-------CCAGTGAAATTGCACCCGATTGTTGTC----G-T----T--G---------T-----T------TT-ATT-----CAT---A-TA---------------AA-----A-TGATCA--TTC-AGC---AT-----CATTGTGTC-C-AA-TTTTC--A---------G-----TG---------AA---------TA------------------AGACA-G--AA------AT-G------AC----AAC-AC-A--A--------A---A----------GAGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGCTGAGTAatacagt
gi|12 : TTCT-TGGTG----T--ACTG------CA-----TAAT-GC-G-TAC----CTGCTAAA-----------T-A-----GTGATCTGGT---ATA-----CATGTAGCA----TGA-CTTTTGATTT---TAGGAGTACATTATCA----TATCTGCTAAGG-C-------TCAATGAAGTTACGTCCGATTGTTATC----G-T----T--G---------TTATACT------TT-ATTG----AAA---A-TA---------------AA-----A-TGA-AA--TTT-G-----G------CATTGTGTC-C-AA-TTTTC--ATGGAAATATG-----TC---------AA---------TA--------A-T-------TTACA-A--AAT-----ATCA------AC----AAC-AA-A--A--------AC--A----------AATTC-TGTTT---AAGCAAGT---TGTTAAGTA
gi|13 : AATTGCATCGA-T--TCCATGTGTTTT-ATGTGACTGT--ACTG------CAG---TCATTTGG-G-GACAGGGCGGCC-CAATCGTTACATGT-A-----TAAGT---GC---ATT-----TTT-AA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGAGCATCTCA-TA----TAACTGTTATGG-CTGAATTTTCAATAAAA-TATGTCcagtatat
gi|13 : gaatactattccacaagtgtacaatattTCA--TAT-AAC----------TGTTATGGC-TGAA-TTTTC--AATAAAATATG-----TC---------AA---------TA--------T-T-------TGACAAG--AG------AT-A------AC----AAC-AA-A--A--------A---A----------CTAAGCAAGTT---AGAGAAGT---TGTaatatttgacaagagataacaacaaaaaactaagcaagttagagaagttgt
gi|14 : gaatactattccacaagtgtacaatattaattgcatcgattccatgtgttttatgtgactgtactgcagtcatttggggacagggcggcccaatcgttacatgtataagtgcatttttaatgtgacttttgattttaggagcatcAATTACACCGG-T--TCTTTGCGTTGT-AGTTG----T--ACTG------CAG---TCATT-AGTG-CAACGTGCCGCCACACTCG------GC-A-----TTGGT---GT---ATT-----CAT-TA-T
gi|14 : tatttagcaggtacgcattatgcagtacaccaagTTGTTAT---------------G---------T-----T------TT-ATT-----AAA---A-CA---------------AA-----A-CGATCA--TTT-A-----A------TATTGTGTT-A-AATTTTTC--A---------A-----TG---------AA---------AA--------T-T---------ATA-A--AA------TT-A------A-----AAC-AA-A--A--------A---A----------taggttcatctttgttatgttttattaaaacaaaacgatcatttaatattgtgttaaatttttcaatgaaaattataaaattaaaacaaaaaatcaaa
gi|15 : tatttagcaggtacgcattatgcagtacaccaagaattacaccggttctttgcgttgtagttgtactgcagtcattagtgcaacgtgccgccacactcggcattggtgtattcattattaggttcatct-A-----TTGCT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTCATTT---TAGAATCACCTTATTG----TAACTGTTAT---T-------CCAA-----------CTGATAGTTATC----G-T----T--G---------T-----T------TT-ATA-----AAT---ATTATGACCATAAAACATTAA-----A-TGATTA--TGT-A-----A------CATTGTGTC-C-AA-TTCTC--T---------G-----TGAAATATGTCAA---------TA--------T-T-------TGACA-G--AA------AT-A------AA----AACTAA-AACA--------A---A----------GTGCA-GAGTT---AGATAAGT---TATTAAGTAtcaaa
gi|16 : gaTT---TAGGGTAAGATTATTG----TTACTGTTTTGGGC-------TCCATTAAATAACGCCCGAAAGTTATT----G-G----T--G---------T-----CATGG--TT-GTTTC---AAT---A--A---------------AA-----A-CAAACA--TTTTAATTTAATTTTGCCATTGTGTT-C-TA-TTTTC--G---------G-----TG---------AAATGTATTACTA--------T-T-------TGTCA-A--AGTAACA-AT-A------AC----AAA-GA-A--A--------ACA-A----------GAGCG--AGTT---AGAAAAGT---TGTTCAGTA
gi|17 : tggtaataGGCCACACATG------GT-A-----TTGAT---AC---ATT-------------------------TTGATTT---TATGATTACGTTGTTG----TTACTGCTTTGA-C-------CCAACGAAATAATGTCCGATTTTTATC----G-A----T--G---------T-----T------CT-CTT------------------------------------------------TT-A--------------TTA-GTC-C-AG-TTTTC--A---------G-----TA---------AA----------A--------T-G-------TGACA------------AC-A------AC----AAA-AA-A--AT-------A---A----------GTGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGTTTAGTAtat
gi|18 : aatagtttgatctcaG-T-------TCAATTAAATTACATTAGATTGTAATT----A-T----T--G---------T-----T------TT-GTT-----GTT---A-TA---------------AAATAATA-TGGTCC--TTT-A-----A------CATTTTGTC-C-AA-TTTTC--A---------G-----TG----------A---------TA--------T-A-------TAACA-A--AC------AA-A------ACCACAAAC-AA-A--AACACACACA---A----------GTTTA-GAGTT---A-AAAAGT---TGTCAAGTAtatcat
gi|19 : taaggtttttatacagtacagttcactACACTCA------AT-A-----TTGGT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTTAGTT---TAGGATTACTTTATTG----TTACTGTTATGA-C-------CCAATGAAATTACGTCCGACTTCTGCC----G-T----T--GTGATGTTTTT-----T------TT-ATC-----AAA---A-TA---------------CA-----A-TGACCA--TTT-AAC---A------C-TT-TGTT-C-AA-TTTTtattatgaaac
gi|2 : aAATTACATCAA-A--TCCATGCATTCT-
gi|2 : aacaaaataggcatattatattcaaCATGTGTTCT-AGGTG----A--ACTT------CTG---TCATT-GGCG-CACAGGGTGGCCATACTCG------GTTA-----TTGAT---GC---GTT------AT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACATTGTTG----TAACTGTTTTAG-C-------TAATTGAAATTATGTCTGACTGTTATT----GATGTTGT--G---------T-----T------TT-ATT-----AAA---A-CA---------------AT-----A-TGA--A--TTT----------------T------------TTTTT--A---------A-----TGA--------AA---------TA--------TGTAAAAAAGTGAGA-A--AG------AT-A------A-----AA--AA-A--T--------A---A----------ATTTC-AAGAT---AG-AAAGA---TGTTACGTcataatgtacaccggcataacaatattccatatcggacatattggacactgactactatcctgcatgtgttctaggtgaacttctgtcattggcgcacagggtggccatactcggttattgatgcgttattatgtgacttttgattttagggttacattgttgtaactgttttagctaattgaaattatgtctgactgttattgatgttgtgttttattaaaacaatatgaatttttttttaatgaaatatgtaaaaaagtgagaaagataaaaaaataaatttcaagatagaaagatgttacgt
gi|20 : aacaaaataggcatattatattcaaagaatgcatggatttgatgtaattcataatgtacaccggcataacaatattccatatcggacatattggacactgactactatcctgACGTCCGATTGTTATC----G-T----T--A---------T-----T------AT-GTC-----TAT---A-AA---------------AA-----ACTGGTCC--TTC-A-----A------CATTGTGTG-G-AA-TATTT--A---------G-----TGAAATATGTCAA---------TA--------T-C-------TGACA-A--AT------GG-A------AC----AAC-AG-A--A--------ATGTA----------GTGTG-GAGTT---AGCAGCGT---TGTT
gi|21 : AATAATAACAC-T--TTCATGCGTTCT-AACTA----A--ATTG------CGG---TCATTTGA-G-CACAGAGCGGCAACACATG------GT-A-----TTGAT---GCAAGATT-----CAC-TT-TG----TGA-TTGTTGtgtataat
gi|23 : actaccattctgcgggtgaatataataCATCAG-T--TTCATGCATTCC-AGGTG----T--ACTG------TAG---
gi|3 : tcagatatggaagactatccaacatgtgtggtttatgaatgtGCGTTCT-AGGTG----C--ACTT------CAA---TGATT-AGTG-CACAGGGCAGACATGCTGG------GT-A-----TTGAT---GT---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTC--GATTT---TACAGTTACCTTGTTG----TAATTGTT--------------CAATGAAATAAT-TATTATTGTTGTT----A-T----TATG---------T-----T------TT-GTT-----AAA---AACA---------------GA-----A-AAATCA--TTT-AGC---A--------TTGTGTC-C-AA-TTTTCCAA---------GAAATATGTC-------AA---------TA--------T-T-------TGACA-TCTAG------AT-A------AC----AAC-AA-A--A--------A---ACAAAAAACAAATGTG-GAGTT---TGAAAAGT---CGATAgtaa
gi|4 : cagggcgtgtttgagctcttgatcaatgcgggattggcgTTCTCAGATG----T--ACTG------AAG---CCATTAGA-G-CACAGAGAGGCAAC------------C-A-----T--------C---ACT-----GAT-TA-TG----TGA-CTTTTAATTT---TAGTGTTACTTTATTG----TAAATGTTATGG-C-------TCAATACAATTGTGACCAATTGTTATC----A-A----T--G---------T-----T------TA-GTA-----AAA---A-TA---------------AA-----A-TGATCA--TTT-A-----A------CATTTTGTC-T-AA--TTTC--A---------G-----TGAAATATCTCAA---------TA--------T-C-------TGTCA-A--CG------AT-A------AC----AAC-AACA--AAAC-----A---A----------GTGTG-GAGTtaaaattatata
gi|5 : tcagggtctgttccaactcttgaagatagtgggtggggggtggggttcgacAATTACATCA---------TGCGTTCT-AGATT----T--AGTG------AAT---TCAT-------CAGAGCACGGCCACACTCG------GC-A-----CTGAT---GC---ATT-----CAT-AA-TG----GGA-CTT--AATTT---TAGTGTCACCATATTG----TAACTGTCATGG-C-------TCAATGAAGTTACGTCTGAGTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T------AG-ATC-----TGT---G-T-----------------------T-TTATCAACTTT-AA----A------CATCGCGCC-C-AA-GTTAT--A---------G-----TGA--------AA---------TATGCCAATTT-T-------TGACA-G--AG------GT-A------AC----AAC-AA-A--A--------A---aaaggattacgtttatat
gi|6 : agaatgcatgtgattcataatgtaccactgcggaatgtacggtgtacattactATTACATAAA-TATTCCATGAGTTGT-GTGTG----T--ACGG------TAG---TTATT-GTTG-CACAGGGCGAAAACATTCC------GT-A-----TGGAT---GC---TTG-----CAT-TC-CG--------CTTTTGATTT---AATGGTTATTCTATTG----TAACGGTTTTTG-T-------TAAATATCACTACGTCAAATTGTT-TCCAATG-TTA--T--G---------T-----T------TT-ATTAAA--AAT---A--A---------------AA-----A-TGAACA--TTT-AAC----------CA-TGGATC-C-AA-TTTTC--A---------G-----TG---------AA----------A--------T-G-------TGTCA-A--AGTCCGGCAT-AGTTAACGC----AAC-AA-A--ATGAAAT--A---A----------GTGTT-GAATA---AGAAAAtcaggttgtt
gi|7 : tcggAGTTACACCAA-T--AACATG--TTCT-ATTTA----T--ACTG------CAA---TCATCAGG-G-CACAGTGCTGCTGCACTCG------GT-A-----TTCAT---GA---ATTAAATTCAT-T---G----CGAGTTTTTCATTT---TAGGGTTACCTTCTTG----TAACTGTCATCC-C-------TAAATGAAGTTACGTCCAATTGCAATT----GTT----T--G---------T-----TATGTTCTT-ATG-----AA----A-TA---------------AA-----A-TGACCA--TTT-A-------------ATTATATC-C-AA-TTTTC--A---------G-----CG---------AA----------A--------T-A-------TGTCA-AC-AA------AT-A------AC------C----------------A---A----------GTGTG-GAGTTAAGAGAAACGT---TGTTtaatgtatctt
gi|8 : atatacagaacatattAATTGTATCAAAT--TCCATGTGTTTT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TAATT-AG-GTCACGGTGTGGCCACACTTG------GT-A-----CTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-TTTTTTATTT---TAGGGTTACCTTATTACTTCTGACTGTTAT---------------TG-------------TTGTTA-------------T--G---------T-----T------TC-ATTCA---AATGTAA-TG---------------AA-----A-TGATTA--TTT-AAC---A-------A-TGTGTC-T-AA-TTTTC--A---------T-----TAAAATATTTTAA---------TA--------T-T-------TGACA-G--AG------AT-A------AC----ACC-AA-A--A--------A---ACAC-------GCGTT-AAGT-------AAAGT---tat
gi|9 : tgctattccacagatgcatattatgATCAA-T--TACATGCGATCT-ATGTG----T--ACTGTGTGTACTGTTATCATTAGA-G-AAAACTGCGAGCGCACTTT------GT-ATTGATTTGAT---GC---GTT-----CGA-TA-AG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTAAACTAAGTG----TAACTGTTATGG-C-------TCCATGAAATTACGTCCGATTGTAATC----G-T----T--A---------T-----TATG---TTAATT-----AAT---A-TA---------------AA-----A-TGATCA--TTT-A-----A------CATTATGTC-G-AA-TTTTC--AATTAAATATG-----TC---------AA---------TA--------T-T-------TTACA-G--AG------TT-A------AC----AAC-AA-
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAGAAAACATTCAGATTGAATTCTATAGTATTTATTGGAATTGGTGTAATTCATAAAGTGCACCTGTGGGATATTGTTTCACATTGGACACGTCAGACACGGACTACTTTTCCGCAGGT
Unaligned ( gi|24 ): AAATAGCATACATACAAATATTTAAATATTCCTACTGACATTTTTCA
Unaligned ( gi|25 ): ATGTGAATTGGAGTAGTATTGCTAATGATTGG
Alignments
lowQualScore : 2222 11111111111 11111 22222222222222222222222 2222222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333
lowQualScore : 5555 2 5555555 666666 444 6666 2 2 1 666666 2 55555 333 333 55555 2 2 5555 2 444 0 5555 333 7777777 666666 22222222222 22 888888888 55555 22222 2 44444444444444444444444 66666 4 2 22 2 2 1 22 7777777777 333 2 22 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888888 88888888888 2 33 4444 2 333 111111111111111111111111111 2 555 0 555
lowQualScore : .... . ....... ...... ... .... . . . ...... . ..... ... ... ..... . . .... . ... . .... ... ....... ...... ........... .. ......... ..... ..... . ....................... ..... . . .. . . . .. .......... ... . .. ...................................................... ........ ........... . .. .... . ... ........................... . ... . ...
lowQualScore : 1111 2 6666666 888888 111 9999 5 9 4 888888 2 66666 999 999 66666 2 2 0000 4 111 2 0000 555 2222222 111111 55555555555 99 444444444 33333 66666 1 44444444444444444444444 22222 2 1 99 1 1 1 88 8888888888 000 0 99 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 55555555555 2 11 7777 2 999 000000000000000000000000000 7 000 1 444
consensus : AATTACATCAA-T--TCCATGCGTTCT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TCATT-GG-G-CACAGGGCGGCCACACTCG------GT-A-----TTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTG----TAACTGTTATGG-C-------TCAATGAAATTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-T-A--AA-A-TGATCA--TTTA--A-----ACATTGTGTC-C-AA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-G--AG-----AT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---A----------GTGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGTTAAGTA
Reference ( family-1754 ) : AATTACATCAA-T--TCCATGCGTTCT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TCATT-GG-G-CACAGGGCGGCCACACTCG------GT-A-----TTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTG----TAACTGTTATGG-C-------TCAATGAAATTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----NA-T-A--AA-A-TGATCA--TTTA--A-----ACATTGTGTC-C-AA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-G--AG-----AT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---A----------GTGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGTTAAGTA
gi|1 : CATGCATTTT-AGGTG----C--ATGG------CAG---TCAGTAGA-G-CACAGTGC
gi|1 : atgtttTTCC-AGGTG----A--ATTG------CAG---TCATT-AG-G-GATAAGG------------------------------------------T-----CAT-TA-TA----TGA-CTT--GATTC---TAGGGTTA--------------ACTGTTATGG-C-------TCGATGAAATTTCATCGGA------TTTTTACT----G-A----T--G---------T-----TATACTTT-AT--------------T-----A--A----AA-T-A--AA-A-TGATCA--TTT---A-----ACAGTGTGTCGT-GA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------G-------T--------GA--------CA-G--AG-----AT-AG--C----AAC-AA---A---AAAAC----A---A----------GTATG-GGGTT---TGGAATGTATATATTAAttcataaaatccataatgtacacctgcaatttaatattccacaggggttggagactttccaggtgaattgcagtcattagggataaggtcattatatgacttgattctagggttaactgttatggctcgatgaaatttcatcggatttttactgatgttatactttattaaaataaaatgatcatttaacagtgtgtcgtgattttcagtgaaatatgtgacagagatagcaacaaaaaaacaagtatggggtttggaatgtatatattaacggaaccagaacaagatttgcaaactacctaaatatcacctcattttttaa
gi|10 : atgtttgcactgtgctctactgactgccatgcacctaaaatgcatgttcataaaatccataatgtacacctgcaatttaatattccacaggggttggagactAATAGCATTAA-T--GCCATGAATTCT-AGGTG----TGTACT--------AG---ACATT-AGTG-CACAAGGCGGCAGAACTCG------GT-T-----TTAAT---GC---ATT-----CGT-TA-TAATTATGA-CTTTTGATTTCAATAGGGGAACCTCATCG----AAACTGTTAAAA-T-------TCAATGAAAATACGCCCGA------TTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-GT--------------TTTAACA--A----AA-T-A--GT-A-TGAGCA--TTTA--AT----ACA--GTATC-T-TA-TTTTC--AGTcggaaccagaacaagatttgcaaactacctaaatatcacctcattttttaa
gi|11 : gcatgtccgatacggaataccattttgctggtgtaaattatgAATTACATTAA-G--TCCTTGCATGCT-ACGTT----T--ACAG------CAG---TTATT-A----CACAGGGCGACAACGCTCG------GT-A-----TCGGG---GT---ATT-----CAA-TG-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTAACTTATTG----TTACTGTTATGA-C-------CCAGTGAAATTGCACCCGA------TTGTTGTC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----C--A----TA-T-A--AA-A-TGATCA--TTCAGCA-----TCATTGTGTC-C-AA-TTTTC--AGTG---------AAT--------A-------------------------A--------GA--------CA-G--AA-----AT-GA--C----AAC-AC---A---A--------A---A----------GAGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGCTGAGTAatacagt
gi|12 : TTCT-TGGTG----T--ACTG------CA-----TAAT-GC-G-TAC----CTGCTAAA-----------T-A-----GTGATCTGGT---ATA-----CATGTAGCA----TGA-CTTTTGATTT---TAGGAGTACATTATCA----TATCTGCTAAGG-C-------TCAATGAAGTTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----T--G---------TTATACT-----TT-AT--------------TG----A--A----AA-T-A--AA-A-TGA-AA--TTT---G-----GCATTGTGTC-C-AA-TTTTC--ATGGA--------AAT--------A--------TGTCAATAAT-------T--------TA--------CA-A--AAT----ATCAA--C----AAC-AA---AAACA--------A---A----------TTCTG---TTT---AAGCAAGT---TGTTAAGTA
gi|13 : AATTGCATCGA-T--TCCATGTGTTTT-ATGTGACTGT--ACTG------CAG---TCATTTGG-G-GACAGGGCGGCC-CAATCGTTACATGT-A-----TAAGT---GC---ATT-----TTT-AA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGAGCATCTCA-TA----TAACTGTTATGG-CTGAATTTTCAATAAAA-TATGTCcagtatat
gi|13 : gaatactattccacaagtgtacaatattTCA--TATA--A-----CTGTTATGGC-TGAA-TTTTC--AATAA--------AAT--------A--------TGTCAATATT-------T--------GA--------CAAG--AG-----AT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---A----------CTAAGCAAGTT---AGAGAAGT---TGTaatatttgacaagagataacaacaaaaaactaagcaagttagagaagttgt
gi|14 : gaatactattccacaagtgtacaatattaattgcatcgattccatgtgttttatgtgactgtactgcagtcatttggggacagggcggcccaatcgttacatgtataagtgcatttttaatgtgacttttgattttaggagcatcAATTACACCGG-T--TCTTTGCGTTGT-AGTTG----T--ACTG------CAG---TCATT-AGTG-CAACGTGCCGCCACACTCG------GC-A-----TTGGT---GT---ATT-----CAT-TA-T
gi|14 : tatttagcaggtacgcattatgcagtacaccaag------TTGTTAT---------------G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-C-A--AA-A-CGATCA--TTT---A-----ATATTGTGTT-A-AATTTTTC--AATGA--------AA---------A--------T--------T-----------------A--------TA-A--AA-----TT-AA-------AAC-AA---A---A--------A---A----------taggttcatctttgttatgttttattaaaacaaaacgatcatttaatattgtgttaaatttttcaatgaaaattataaaattaaaacaaaaaatcaaa
gi|15 : tatttagcaggtacgcattatgcagtacaccaagaattacaccggttctttgcgttgtagttgtactgcagtcattagtgcaacgtgccgccacactcggcattggtgtattcattattaggttcatct-A-----TTGCT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTCATTT---TAGAATCACCTTATTG----TAACTGTTAT---T-------CCAA-----------CTGA------TAGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-ATAAATATTATGACCAT-----A--A----AA-C-ATTAA-A-TGATTA--TGTA--A------CATTGTGTC-C-AA-TTCTC--TGTGAAATATGTCAAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-G--AA-----AT-AA--A----AACTAA---AAC-A--------A---A----------GTGCA-GAGTT---AGATAAGT---TATTAAGTAtcaaa
gi|16 : gaTT---TAGGGTAAGATTATTG----TTACTGTTTTGGGC-------TCCATTAAATAACGCCCGAAAGTTATTGGTGTCATG-G-T----T--G---------T-----T-----TC-AA--------------T-----A--A----AAAC-A--AACA-TTTTAA--TTTA--ATTTTGCCATTGTGTT-C-TA-TTTTC--GGTGA--------AATGTATTACTA--------T--------T-------T--------GT--------CA-A--AGTAACAAT-AA--C----AAA-GA---A---A--------ACA-A----------GAGCG--AGTT---AGAAAAGT---TGTTCAGTA
gi|17 : tggtaataGGCCACACATG------GT-A-----TTGAT---AC---ATT-------------------------TTGATTT---TATGATTACGTTGTTG----TTACTGCTTTGA-C-------CCAACGAAATAATGTCCGA------TTTTTATC----G-A----T--G---------T-----T-----CT-CT--------------T-----------------------------------TTA-----------TTA-GTC-C-AG-TTTTC--AGTAA--------AAT--------G--------T-------------------------GA--------CA-----------AC-AA--C----AAA-AA---A---AT-------A---A----------GTGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGTTTAGTAtat
gi|18 : aatagtttgatctcaG-T-------TCAATTAAATTACATTAGA------TTGTAATT----A-T----T--G---------T-----T-----TT-GTTGTTA---------T-----A--A----AA-T-A--AT-A-TGGTCC--TTT---A-----ACATTTTGTC-C-AA-TTTTC--AGTG----------AT--------A--------T--------A-------T--------AA--------CA-A--AC-----AA-AA--CCACAAAC-AA---A---AACACACACA---A----------GTTTA-GAGTT---A-AAAAGT---TGTCAAGTAtatcat
gi|19 : taaggtttttatacagtacagttcactACACTCA------AT-A-----TTGGT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTTAGTT---TAGGATTACTTTATTG----TTACTGTTATGA-C-------CCAATGAAATTACGTCCGA------CTTCTGCC----G-T----T--GTGATGTTTTT-----T-----TT-AT--------------C-----A--A----AA-T-A--CA-A-TGACCA--TTT---A-----ACACTTTGTT-C-AA-TTTTtattatgaaac
gi|2 : aAATTACATCAA-A--TCCATGCATTCT-
gi|2 : aacaaaataggcatattatattcaaCATGTGTTCT-AGGTG----A--ACTT------CTG---TCATT-GGCG-CACAGGGTGGCCATACTCG------GTTA-----TTGAT---GC---GTT------AT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACATTGTTG----TAACTGTTTTAG-C-------TAATTGAAATTATGTCTGA------CTGTTATT----GATGTTGT--G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-C-A--AT-A-TGA--A--TTT------------T------------TTTTT--AATGA--------AAT--------A--------TG-------TAAAAAAGT--------GA--------GA-A--AG-----AT-AA-------AA--AA---A---T--------A---A----------ATTTC-AAGAT---AG-AAAGA---TGTTACGTcataatgtacaccggcataacaatattccatatcggacatattggacactgactactatcctgcatgtgttctaggtgaacttctgtcattggcgcacagggtggccatactcggttattgatgcgttattatgtgacttttgattttagggttacattgttgtaactgttttagctaattgaaattatgtctgactgttattgatgttgtgttttattaaaacaatatgaatttttttttaatgaaatatgtaaaaaagtgagaaagataaaaaaataaatttcaagatagaaagatgttacgt
gi|20 : aacaaaataggcatattatattcaaagaatgcatggatttgatgtaattcataatgtacaccggcataacaatattccatatcggacatattggacactgactactatcctgACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----T--A---------T-----T-----AT-GT--------------C-----T--A----TA-A-A--AA-ACTGGTC---CTTC--A-----ACATTGTGTG-G-AA-TATTT--AGTGAAATATGTCAAT--------A--------T--------C-------T--------GA--------CA-A--AT-----GG-AA--C----AAC-AG---A---A--------ATGTA----------GTGTG-GAGTT---AGCAGCGT---TGTT
gi|21 : AATAATAACAC-T--TTCATGCGTTCT-AACTA----A--ATTG------CGG---TCATTTGA-G-CACAGAGCGGCAACACATG------GT-A-----TTGAT---GCAAGATT-----CAC-TT-TG----TGA-TTGTTGtgtataat
gi|23 : actaccattctgcgggtgaatataataCATCAG-T--TTCATGCATTCC-AGGTG----T--ACTG------TAG---
gi|3 : tcagatatggaagactatccaacatgtgtggtttatgaatgtGCGTTCT-AGGTG----C--ACTT------CAA---TGATT-AGTG-CACAGGGCAGACATGCTGG------GT-A-----TTGAT---GT---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTC--GATTT---TACAGTTACCTTGTTG----TAATTGTT--------------CAATGAAATAAT-TATTA------TTGTTGTT----A-T----TATG---------T-----T-----TT-GT--------------T-----A--A----AAAC-A--GA-A-AAATCA--TTTA--G------CATTGTGTC-C-AA-TTTTCCAAGAAATATGTC--AAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-TCTAG-----AT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---ACAAAAAACAAATGTG-GAGTT---TGAAAAGT---CGATAgtaa
gi|4 : cagggcgtgtttgagctcttgatcaatgcgggattggcgTTCTCAGATG----T--ACTG------AAG---CCATT-AGAG-CACAGAGAGGCAAC------------C-A-----T--------C---ACT-----GAT-TA-TG----TGA-CTTTTAATTT---TAGTGTTACTTTATTG----TAAATGTTATGG-C-------TCAATACAATTGTGACCAA------TTGTTATC----A-A----T--G---------T-----T-----TA-GT--------------A-----A--A----AA-T-A--AA-A-TGATCA--TTTA--A------CATTTTGTC-T-AA-TTT-C--AGTGA--------AAT--------A--------T--------C-------T--------CAATATCTGTCA-A--CG-----AT-AA--C----AAC-AACAAA---AC-------A---A----------GTGTG-GAGTtaaaattatata
gi|5 : tcagggtctgttccaactcttgaagatagtgggtggggggtggggttcgacAATTACATCA---------TGCGTTCT-AGATT----T--AGTG------AAT---TCAT-------CAGAGCACGGCCACACTCG------GC-A-----CTGAT---GC---ATT-----CAT-AA-TG----GGA-CTT--AATTT---TAGTGTCACCATATTG----TAACTGTCATGG-C-------TCAATGAAGTTACGTCTGA------GTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----AG-AT--------------C-----T--G----TG-T-------T-TTATCAACTTTA--A-----ACATCGCGCC-C-AA-GTTAT--AGTGA--------AAT--------ATGCCAATTT--------T-------T--------GA--------CA-G--AG-----GT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---aaaggattacgtttatat
gi|6 : agaatgcatgtgattcataatgtaccactgcggaatgtacggtgtacattactATTACATAAA-TATTCCATGAGTTGT-GTGTG----T--ACGG------TAG---TTATT-GTTG-CACAGGGCGAAAACATTCC------GT-A-----TGGAT---GC---TTG-----CAT-TC-CG--------CTTTTGATTT---AATGGTTATTCTATTG----TAACGGTTTTTG-T-------TAAATATCACTACGTCAAA------TTGTT-TCCAATG-TTA--T--G---------T-----T-----TT-AT--------------TA----A--A----AA-TAA--AA-A-TGAACA--TTTA--A-----CCA-TGGATC-C-AA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------G--------T--------G-------TCAAAGTCCGG--------CA-T--AG-----TT-AACGC----AAC-AA---A---ATGAAAT--A---A----------GTGTT-GAATA---AGAAAAtcaggttgtt
gi|7 : tcggAGTTACACCAA-T--AACATG--TTCT-ATTTA----T--ACTG------CAA---TCATCAGG-G-CACAGTGCTGCTGCACTCG------GT-A-----TTCAT---GA---ATTAAATTCAT-T---G----CGAGTTTTTCATTT---TAGGGTTACCTTCTTG----TAACTGTCATCC-C-------TAAATGAAGTTACGTCCAA------TTGCAATT----GTT----T--G---------T-----TATG--TT-CT--------------T-----ATGA----AA-T-A--AA-A-TGACCA--TTTA----------ATTATATC-C-AA-TTTTC--AGCGA--------AAT--------A--------TG-------T-------C--------AA--------C-----AA-----AT-AA--C------C-------------------A---A----------GTGTG-GAGTTAAGAGAAACGT---TGTTtaatgtatctt
gi|8 : atatacagaacatattAATTGTATCAAAT--TCCATGTGTTTT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TAATT-AG-GTCACGGTGTGGCCACACTTG------GT-A-----CTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-TTTTTTATTT---TAGGGTTACCTTATTACTTCTGACTGTTAT---------------TG-------------------TTGTTA-------------T--G---------T-----T-----TC-AT--------------TC----A--AATGTAA-T-G--AA-A-TGATTA--TTT---A-----ACAATGTGTC-T-AA-TTTTC--ATTAAAATATTTTAAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-G--AG-----AT-AA--C----ACC-AA---A---A--------A---ACAC-------GCGTT-AAGT-------AAAGT---tat
gi|9 : tgctattccacagatgcatattatgATCAA-T--TACATGCGATCT-ATGTG----T--ACTGTGTGTACTGTTATCATTAGA-G-AAAACTGCGAGCGCACTTT------GT-ATTGATTTGAT---GC---GTT-----CGA-TA-AG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTAAACTAAGTG----TAACTGTTATGG-C-------TCCATGAAATTACGTCCGA------TTGTAATC----G-T----T--A---------T-----TATG--TTAAT--------------T-----A--A----TA-T-A--AA-A-TGATCA--TTT---A-----ACATTATGTC-G-AA-TTTTC--AATTAAATATGTCAAT--------A--------T--------T-------T--------TA--------CA-G--AG-----TT-AA--C----AAC-AA---
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAGAAAACATTCAGATTGAATTCTATAGTATTTATTGGAATTGGTGTAATTCATAAAGTGCACCTGTGGGATATTGTTTCACATTGGACACGTCAGACACGGACTACTTTTCCGCAGGT
Unaligned ( gi|24 ): AAATAGCATACATACAAATATTTAAATATTCCTACTGACATTTTTCA
Unaligned ( gi|25 ): ATGTGAATTGGAGTAGTATTGCTAATGATTGG
Alignments
lowQualScore : 2222 11111111111 11111 22222222222222222222 2222222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333
lowQualScore : 5555 2 5555555 666666 444 6666 2 2 1 666666 2 55555 333 333 55555 2 2 5555 2 444 0 5555 333 7777777 666666 22222222222 22 888888888 55555 22222 2 55555555555555555555 22 4444 4 2 22 2 666666 1 22 7777777777 333 2 22 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888888 88888888888 2 33 4444 2 333 111111111111111111111111111 2 555 0 555
lowQualScore : .... . ....... ...... ... .... . . . ...... . ..... ... ... ..... . . .... . ... . .... ... ....... ...... ........... .. ......... ..... ..... . .................... .. .... . . .. . ...... . .. .......... ... . .. ...................................................... ........ ........... . .. .... . ... ........................... . ... . ...
lowQualScore : 1111 2 6666666 888888 111 9999 5 9 4 888888 2 66666 999 999 66666 2 2 0000 4 111 2 0000 555 2222222 111111 55555555555 99 444444444 33333 66666 1 77777777777777777777 99 5555 2 1 99 1 111111 1 88 8888888888 000 0 99 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 55555555555 2 11 7777 2 999 000000000000000000000000000 7 000 1 444
consensus : AATTACATCAA-T--TCCATGCGTTCT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TCATT-GG-G-CACAGGGCGGCCACACTCG------GT-A-----TTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTG----TAACTGTTATGG-C-------TCAATGAAATTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTTA--A-----ACATTGTGTC-C-AA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-G--AG-----AT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---A----------GTGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGTTAAGTA
Reference ( family-1754 ) : AATTACATCAA-T--TCCATGCGTTCT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TCATT-GG-G-CACAGGGCGGCCACACTCG------GT-A-----TTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTG----TAACTGTTATGG-C-------TCAATGAAATTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTTA--A-----ACATTGTGTC-C-AA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-G--AG-----AT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---A----------GTGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGTTAAGTA
gi|1 : CATGCATTTT-AGGTG----C--ATGG------CAG---TCAGTAGA-G-CACAGTGC
gi|1 : atgtttTTCC-AGGTG----A--ATTG------CAG---TCATT-AG-G-GATAAGG------------------------------------------T-----CAT-TA-TA----TGA-CTT--GATTC---TAGGGTTA--------------ACTGTTATGG-C-------TCGATGAAATTTCATCGGA------TTTTTACT----G-A----T--G---------T-----TATACTTT-AT--------------T-----A--A----AA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTT---A-----ACAGTGTGTCGT-GA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------G-------T--------GA--------CA-G--AG-----AT-AG--C----AAC-AA---A---AAAAC----A---A----------GTATG-GGGTT---TGGAATGTATATATTAAttcataaaatccataatgtacacctgcaatttaatattccacaggggttggagactttccaggtgaattgcagtcattagggataaggtcattatatgacttgattctagggttaactgttatggctcgatgaaatttcatcggatttttactgatgttatactttattaaaataaaatgatcatttaacagtgtgtcgtgattttcagtgaaatatgtgacagagatagcaacaaaaaaacaagtatggggtttggaatgtatatattaacggaaccagaacaagatttgcaaactacctaaatatcacctcattttttaa
gi|10 : atgtttgcactgtgctctactgactgccatgcacctaaaatgcatgttcataaaatccataatgtacacctgcaatttaatattccacaggggttggagactAATAGCATTAA-T--GCCATGAATTCT-AGGTG----TGTACT--------AG---ACATT-AGTG-CACAAGGCGGCAGAACTCG------GT-T-----TTAAT---GC---ATT-----CGT-TA-TAATTATGA-CTTTTGATTTCAATAGGGGAACCTCATCG----AAACTGTTAAAA-T-------TCAATGAAAATACGCCCGA------TTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-GT--------------TTTAACA--A----AA-T-A--GT-ATG------AGCA--TTTA--AT----ACA--GTATC-T-TA-TTTTC--AGTcggaaccagaacaagatttgcaaactacctaaatatcacctcattttttaa
gi|11 : gcatgtccgatacggaataccattttgctggtgtaaattatgAATTACATTAA-G--TCCTTGCATGCT-ACGTT----T--ACAG------CAG---TTATT-A----CACAGGGCGACAACGCTCG------GT-A-----TCGGG---GT---ATT-----CAA-TG-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTAACTTATTG----TTACTGTTATGA-C-------CCAGTGAAATTGCACCCGA------TTGTTGTC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----C--A----TA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTCAGCA-----TCATTGTGTC-C-AA-TTTTC--AGTG---------AAT--------A-------------------------A--------GA--------CA-G--AA-----AT-GA--C----AAC-AC---A---A--------A---A----------GAGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGCTGAGTAatacagt
gi|12 : TTCT-TGGTG----T--ACTG------CA-----TAAT-GC-G-TAC----CTGCTAAA-----------T-A-----GTGATCTGGT---ATA-----CATGTAGCA----TGA-CTTTTGATTT---TAGGAGTACATTATCA----TATCTGCTAAGG-C-------TCAATGAAGTTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----T--G---------TTATACT-----TT-AT--------------TG----A--A----AA-T-A--AA-ATG------A-AA--TTT---G-----GCATTGTGTC-C-AA-TTTTC--ATGGA--------AAT--------A--------TGTCAATAAT-------T--------TA--------CA-A--AAT----ATCAA--C----AAC-AA---AAACA--------A---A----------TTCTG---TTT---AAGCAAGT---TGTTAAGTA
gi|13 : AATTGCATCGA-T--TCCATGTGTTTT-ATGTGACTGT--ACTG------CAG---TCATTTGG-G-GACAGGGCGGCC-CAATCGTTACATGT-A-----TAAGT---GC---ATT-----TTT-AA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGAGCATCTCA-TA----TAACTGTTATGG-CTGAATTTTCAATAAAA-TATGTCcagtatat
gi|13 : gaatactattccacaagtgtacaatattTCA--TATA--A-----CTGTTATGGC-TGAA-TTTTC--AATAA--------AAT--------A--------TGTCAATATT-------T--------GA--------CAAG--AG-----AT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---A----------CTAAGCAAGTT---AGAGAAGT---TGTaatatttgacaagagataacaacaaaaaactaagcaagttagagaagttgt
gi|14 : gaatactattccacaagtgtacaatattaattgcatcgattccatgtgttttatgtgactgtactgcagtcatttggggacagggcggcccaatcgttacatgtataagtgcatttttaatgtgacttttgattttaggagcatcAATTACACCGG-T--TCTTTGCGTTGT-AGTTG----T--ACTG------CAG---TCATT-AGTG-CAACGTGCCGCCACACTCG------GC-A-----TTGGT---GT---ATT-----CAT-TA-T
gi|14 : tatttagcaggtacgcattatgcagtacaccaag------TTGTTAT---------------G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-C-A--AA-ACG------ATCA--TTT---A-----ATATTGTGTT-A-AATTTTTC--AATGA--------AA---------A--------T--------T-----------------A--------TA-A--AA-----TT-AA-------AAC-AA---A---A--------A---A----------taggttcatctttgttatgttttattaaaacaaaacgatcatttaatattgtgttaaatttttcaatgaaaattataaaattaaaacaaaaaatcaaa
gi|15 : tatttagcaggtacgcattatgcagtacaccaagaattacaccggttctttgcgttgtagttgtactgcagtcattagtgcaacgtgccgccacactcggcattggtgtattcattattaggttcatct-A-----TTGCT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTCATTT---TAGAATCACCTTATTG----TAACTGTTAT---T-------CCAA-----------CTGA------TAGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-ATAAATATTATGACCAT-----A--A----AA-C-ATTAA-ATG------ATTA--TGTA--A------CATTGTGTC-C-AA-TTCTC--TGTGAAATATGTCAAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-G--AA-----AT-AA--A----AACTAA---AAC-A--------A---A----------GTGCA-GAGTT---AGATAAGT---TATTAAGTAtcaaa
gi|16 : gaTT---TAGGGTAAGATTATTG----TTACTGTTTTGGGC-------TCCATTAAATAACGCCCGAAAGTTATTGGTGTCATG-G-T----T--G---------T-----T-----TC-AA--------------T-----A--A----AAAC-A--AACATT------TTAA--TTTA--ATTTTGCCATTGTGTT-C-TA-TTTTC--GGTGA--------AATGTATTACTA--------T--------T-------T--------GT--------CA-A--AGTAACAAT-AA--C----AAA-GA---A---A--------ACA-A----------GAGCG--AGTT---AGAAAAGT---TGTTCAGTA
gi|17 : tggtaataGGCCACACATG------GT-A-----TTGAT---AC---ATT-------------------------TTGATTT---TATGATTACGTTGTTG----TTACTGCTTTGA-C-------CCAACGAAATAATGTCCGA------TTTTTATC----G-A----T--G---------T-----T-----CT-CT--------------T----------------------------------------TTA-----------TTA-GTC-C-AG-TTTTC--AGTAA--------AAT--------G--------T-------------------------GA--------CA-----------AC-AA--C----AAA-AA---A---AT-------A---A----------GTGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGTTTAGTAtat
gi|18 : aatagtttgatctcaG-T-------TCAATTAAATTACATTAGA------TTGTAATT----A-T----T--G---------T-----T-----TT-GTTGTTA---------T-----A--A----AA-T-A--AT-ATG------GTCC--TTT---A-----ACATTTTGTC-C-AA-TTTTC--AGTG----------AT--------A--------T--------A-------T--------AA--------CA-A--AC-----AA-AA--CCACAAAC-AA---A---AACACACACA---A----------GTTTA-GAGTT---A-AAAAGT---TGTCAAGTAtatcat
gi|19 : taaggtttttatacagtacagttcactACACTCA------AT-A-----TTGGT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTTAGTT---TAGGATTACTTTATTG----TTACTGTTATGA-C-------CCAATGAAATTACGTCCGA------CTTCTGCC----G-T----T--GTGATGTTTTT-----T-----TT-AT--------------C-----A--A----AA-T-A--CA-ATG------ACCA--TTT---A-----ACACTTTGTT-C-AA-TTTTtattatgaaac
gi|2 : aAATTACATCAA-A--TCCATGCATTCT-
gi|2 : aacaaaataggcatattatattcaaCATGTGTTCT-AGGTG----A--ACTT------CTG---TCATT-GGCG-CACAGGGTGGCCATACTCG------GTTA-----TTGAT---GC---GTT------AT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACATTGTTG----TAACTGTTTTAG-C-------TAATTGAAATTATGTCTGA------CTGTTATT----GATGTTGT--G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-C-A--AT-ATG------A--A--TTT------------T------------TTTTT--AATGA--------AAT--------A--------TG-------TAAAAAAGT--------GA--------GA-A--AG-----AT-AA-------AA--AA---A---T--------A---A----------ATTTC-AAGAT---AG-AAAGA---TGTTACGTcataatgtacaccggcataacaatattccatatcggacatattggacactgactactatcctgcatgtgttctaggtgaacttctgtcattggcgcacagggtggccatactcggttattgatgcgttattatgtgacttttgattttagggttacattgttgtaactgttttagctaattgaaattatgtctgactgttattgatgttgtgttttattaaaacaatatgaatttttttttaatgaaatatgtaaaaaagtgagaaagataaaaaaataaatttcaagatagaaagatgttacgt
gi|20 : aacaaaataggcatattatattcaaagaatgcatggatttgatgtaattcataatgtacaccggcataacaatattccatatcggacatattggacactgactactatcctgACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----T--A---------T-----T-----AT-GTC-------------T-----A--T----AA-A-A--AA-CTG------GTC---CTTC--A-----ACATTGTGTG-G-AA-TATTT--AGTGAAATATGTCAAT--------A--------T--------C-------T--------GA--------CA-A--AT-----GG-AA--C----AAC-AG---A---A--------ATGTA----------GTGTG-GAGTT---AGCAGCGT---TGTT
gi|21 : AATAATAACAC-T--TTCATGCGTTCT-AACTA----A--ATTG------CGG---TCATTTGA-G-CACAGAGCGGCAACACATG------GT-A-----TTGAT---GCAAGATT-----CAC-TT-TG----TGA-TTGTTGtgtataat
gi|23 : actaccattctgcgggtgaatataataCATCAG-T--TTCATGCATTCC-AGGTG----T--ACTG------TAG---
gi|3 : tcagatatggaagactatccaacatgtgtggtttatgaatgtGCGTTCT-AGGTG----C--ACTT------CAA---TGATT-AGTG-CACAGGGCAGACATGCTGG------GT-A-----TTGAT---GT---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTC--GATTT---TACAGTTACCTTGTTG----TAATTGTT--------------CAATGAAATAAT-TATTA------TTGTTGTT----A-T----TATG---------T-----T-----TT-GT--------------T-----A--A----AAAC-A--GA-AAA------ATCA--TTTA--G------CATTGTGTC-C-AA-TTTTCCAAGAAATATGTC--AAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-TCTAG-----AT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---ACAAAAAACAAATGTG-GAGTT---TGAAAAGT---CGATAgtaa
gi|4 : cagggcgtgtttgagctcttgatcaatgcgggattggcgTTCTCAGATG----T--ACTG------AAG---CCATT-AGAG-CACAGAGAGGCAAC------------C-A-----T--------C---ACT-----GAT-TA-TG----TGA-CTTTTAATTT---TAGTGTTACTTTATTG----TAAATGTTATGG-C-------TCAATACAATTGTGACCAA------TTGTTATC----A-A----T--G---------T-----T-----TA-GT--------------A-----A--A----AA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTTA--A------CATTTTGTC-T-AA-TTT-C--AGTGA--------AAT--------A--------T--------C-------T--------CAATATCTGTCA-A--CG-----AT-AA--C----AAC-AACAAA---AC-------A---A----------GTGTG-GAGTtaaaattatata
gi|5 : tcagggtctgttccaactcttgaagatagtgggtggggggtggggttcgacAATTACATCA---------TGCGTTCT-AGATT----T--AGTG------AAT---TCAT-------CAGAGCACGGCCACACTCG------GC-A-----CTGAT---GC---ATT-----CAT-AA-TG----GGA-CTT--AATTT---TAGTGTCACCATATTG----TAACTGTCATGG-C-------TCAATGAAGTTACGTCTGA------GTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T---------------------------------A----GA-T-------CTGTGTTTTATCAACTTTA--A-----ACATCGCGCC-C-AA-GTTAT--AGTGA--------AAT--------ATGCCAATTT--------T-------T--------GA--------CA-G--AG-----GT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---aaaggattacgtttatat
gi|6 : agaatgcatgtgattcataatgtaccactgcggaatgtacggtgtacattactATTACATAAA-TATTCCATGAGTTGT-GTGTG----T--ACGG------TAG---TTATT-GTTG-CACAGGGCGAAAACATTCC------GT-A-----TGGAT---GC---TTG-----CAT-TC-CG--------CTTTTGATTT---AATGGTTATTCTATTG----TAACGGTTTTTG-T-------TAAATATCACTACGTCAAA------TTGTT-TCCAATG-TTA--T--G---------T-----T-----TT-AT--------------TA----A--A----AA-TAA--AA-ATG------AACA--TTTA--A-----CCA-TGGATC-C-AA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------G--------T--------G-------TCAAAGTCCGG--------CA-T--AG-----TT-AACGC----AAC-AA---A---ATGAAAT--A---A----------GTGTT-GAATA---AGAAAAtcaggttgtt
gi|7 : tcggAGTTACACCAA-T--AACATG--TTCT-ATTTA----T--ACTG------CAA---TCATCAGG-G-CACAGTGCTGCTGCACTCG------GT-A-----TTCAT---GA---ATTAAATTCAT-T---G----CGAGTTTTTCATTT---TAGGGTTACCTTCTTG----TAACTGTCATCC-C-------TAAATGAAGTTACGTCCAA------TTGCAATT----GTT----T--G---------T-----TATG--TT-CT--------------T-----ATGA----AA-T-A--AA-ATG------ACCA--TTTA----------ATTATATC-C-AA-TTTTC--AGCGA--------AAT--------A--------TG-------T-------C--------AA--------C-----AA-----AT-AA--C------C-------------------A---A----------GTGTG-GAGTTAAGAGAAACGT---TGTTtaatgtatctt
gi|8 : atatacagaacatattAATTGTATCAAAT--TCCATGTGTTTT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TAATT-AG-GTCACGGTGTGGCCACACTTG------GT-A-----CTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-TTTTTTATTT---TAGGGTTACCTTATTACTTCTGACTGTTAT---------------TG-------------------TTGTTA-------------T--G---------T-----T-----TC-AT--------------TC----A--AATGTAA-T-G--AA-ATG------ATTA--TTT---A-----ACAATGTGTC-T-AA-TTTTC--ATTAAAATATTTTAAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-G--AG-----AT-AA--C----ACC-AA---A---A--------A---ACAC-------GCGTT-AAGT-------AAAGT---tat
gi|9 : tgctattccacagatgcatattatgATCAA-T--TACATGCGATCT-ATGTG----T--ACTGTGTGTACTGTTATCATTAGA-G-AAAACTGCGAGCGCACTTT------GT-ATTGATTTGAT---GC---GTT-----CGA-TA-AG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTAAACTAAGTG----TAACTGTTATGG-C-------TCCATGAAATTACGTCCGA------TTGTAATC----G-T----T--A---------T-----TATG--TTAAT--------------T-----A--A----TA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTT---A-----ACATTATGTC-G-AA-TTTTC--AATTAAATATGTCAAT--------A--------T--------T-------T--------TA--------CA-G--AG-----TT-AA--C----AAC-AA---
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAGAAAACATTCAGATTGAATTCTATAGTATTTATTGGAATTGGTGTAATTCATAAAGTGCACCTGTGGGATATTGTTTCACATTGGACACGTCAGACACGGACTACTTTTCCGCAGGT
Unaligned ( gi|24 ): AAATAGCATACATACAAATATTTAAATATTCCTACTGACATTTTTCA
Unaligned ( gi|25 ): ATGTGAATTGGAGTAGTATTGCTAATGATTGG
Alignments
lowQualScore : 2222 11111111111 11111 22222222222222222222 2222222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333
lowQualScore : 5555 2 5555555 666666 444 6666 2 2 1 666666 2 55555 333 333 55555 2 2 5555 2 444 0 5555 333 7777777 666666 22222222222 22 888888888 55555 22222 2 55555555555555555555 22 4444 4 2 22 2 666666 1 22 7777777777 333 2 22 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888888 88888888888 2 33 4444 2 333 111111111111111111111111111 2 555 0 555
lowQualScore : .... . ....... ...... ... .... . . . ...... . ..... ... ... ..... . . .... . ... . .... ... ....... ...... ........... .. ......... ..... ..... . .................... .. .... . . .. . ...... . .. .......... ... . .. ...................................................... ........ ........... . .. .... . ... ........................... . ... . ...
lowQualScore : 1111 2 6666666 888888 111 9999 5 9 4 888888 2 66666 999 999 66666 2 2 0000 4 111 2 0000 555 2222222 111111 55555555555 99 444444444 33333 66666 1 77777777777777777777 99 5555 2 1 99 1 111111 1 88 8888888888 000 0 99 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 55555555555 2 11 7777 2 999 000000000000000000000000000 7 000 1 444
consensus : AATTACATCAA-T--TCCATGCGTTCT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TCATT-GG-G-CACAGGGCGGCCACACTCG------GT-A-----TTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTG----TAACTGTTATGG-C-------TCAATGAAATTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTTA--A-----ACATTGTGTC-C-AA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-G--AG-----AT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---A----------GTGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGTTAAGTA
Reference ( family-1754 ) : AATTACATCAA-T--TCCATGCGTTCT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TCATT-GG-G-CACAGGGCGGCCACACTCG------GT-A-----TTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTG----TAACTGTTATGG-C-------TCAATGAAATTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTTA--A-----ACATTGTGTC-C-AA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-G--AG-----AT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---A----------GTGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGTTAAGTA
gi|1 : CATGCATTTT-AGGTG----C--ATGG------CAG---TCAGTAGA-G-CACAGTGC
gi|1 : atgtttTTCC-AGGTG----A--ATTG------CAG---TCATT-AG-G-GATAAGG------------------------------------------T-----CAT-TA-TA----TGA-CTT--GATTC---TAGGGTTA--------------ACTGTTATGG-C-------TCGATGAAATTTCATCGGA------TTTTTACT----G-A----T--G---------T-----TATACTTT-AT--------------T-----A--A----AA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTT---A-----ACAGTGTGTCGT-GA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------G-------T--------GA--------CA-G--AG-----AT-AG--C----AAC-AA---A---AAAAC----A---A----------GTATG-GGGTT---TGGAATGTATATATTAAttcataaaatccataatgtacacctgcaatttaatattccacaggggttggagactttccaggtgaattgcagtcattagggataaggtcattatatgacttgattctagggttaactgttatggctcgatgaaatttcatcggatttttactgatgttatactttattaaaataaaatgatcatttaacagtgtgtcgtgattttcagtgaaatatgtgacagagatagcaacaaaaaaacaagtatggggtttggaatgtatatattaacggaaccagaacaagatttgcaaactacctaaatatcacctcattttttaa
gi|10 : atgtttgcactgtgctctactgactgccatgcacctaaaatgcatgttcataaaatccataatgtacacctgcaatttaatattccacaggggttggagactAATAGCATTAA-T--GCCATGAATTCT-AGGTG----TGTACT--------AG---ACATT-AGTG-CACAAGGCGGCAGAACTCG------GT-T-----TTAAT---GC---ATT-----CGT-TA-TAATTATGA-CTTTTGATTTCAATAGGGGAACCTCATCG----AAACTGTTAAAA-T-------TCAATGAAAATACGCCCGA------TTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-GT--------------TTTAACA--A----AA-T-A--GT-ATG------AGCA--TTTA--AT----ACA--GTATC-T-TA-TTTTC--AGTcggaaccagaacaagatttgcaaactacctaaatatcacctcattttttaa
gi|11 : gcatgtccgatacggaataccattttgctggtgtaaattatgAATTACATTAA-G--TCCTTGCATGCT-ACGTT----T--ACAG------CAG---TTATT-A----CACAGGGCGACAACGCTCG------GT-A-----TCGGG---GT---ATT-----CAA-TG-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTAACTTATTG----TTACTGTTATGA-C-------CCAGTGAAATTGCACCCGA------TTGTTGTC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----C--A----TA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTCAGCA-----TCATTGTGTC-C-AA-TTTTC--AGTG---------AAT--------A-------------------------A--------GA--------CA-G--AA-----AT-GA--C----AAC-AC---A---A--------A---A----------GAGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGCTGAGTAatacagt
gi|12 : TTCT-TGGTG----T--ACTG------CA-----TAAT-GC-G-TAC----CTGCTAAA-----------T-A-----GTGATCTGGT---ATA-----CATGTAGCA----TGA-CTTTTGATTT---TAGGAGTACATTATCA----TATCTGCTAAGG-C-------TCAATGAAGTTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----T--G---------TTATACT-----TT-AT--------------TG----A--A----AA-T-A--AA-ATG------A-AA--TTT---G-----GCATTGTGTC-C-AA-TTTTC--ATGGA--------AAT--------A--------TGTCAATAAT-------T--------TA--------CA-A--AAT----ATCAA--C----AAC-AA---AAACA--------A---A----------TTCTG---TTT---AAGCAAGT---TGTTAAGTA
gi|13 : AATTGCATCGA-T--TCCATGTGTTTT-ATGTGACTGT--ACTG------CAG---TCATTTGG-G-GACAGGGCGGCC-CAATCGTTACATGT-A-----TAAGT---GC---ATT-----TTT-AA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGAGCATCTCA-TA----TAACTGTTATGG-CTGAATTTTCAATAAAA-TATGTCcagtatat
gi|13 : gaatactattccacaagtgtacaatattTCA--TATA--A-----CTGTTATGGC-TGAA-TTTTC--AATAA--------AAT--------A--------TGTCAATATT-------T--------GA--------CAAG--AG-----AT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---A----------CTAAGCAAGTT---AGAGAAGT---TGTaatatttgacaagagataacaacaaaaaactaagcaagttagagaagttgt
gi|14 : gaatactattccacaagtgtacaatattaattgcatcgattccatgtgttttatgtgactgtactgcagtcatttggggacagggcggcccaatcgttacatgtataagtgcatttttaatgtgacttttgattttaggagcatcAATTACACCGG-T--TCTTTGCGTTGT-AGTTG----T--ACTG------CAG---TCATT-AGTG-CAACGTGCCGCCACACTCG------GC-A-----TTGGT---GT---ATT-----CAT-TA-T
gi|14 : tatttagcaggtacgcattatgcagtacaccaag------TTGTTAT---------------G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-C-A--AA-ACG------ATCA--TTT---A-----ATATTGTGTT-A-AATTTTTC--AATGA--------AA---------A--------T--------T-----------------A--------TA-A--AA-----TT-AA-------AAC-AA---A---A--------A---A----------taggttcatctttgttatgttttattaaaacaaaacgatcatttaatattgtgttaaatttttcaatgaaaattataaaattaaaacaaaaaatcaaa
gi|15 : tatttagcaggtacgcattatgcagtacaccaagaattacaccggttctttgcgttgtagttgtactgcagtcattagtgcaacgtgccgccacactcggcattggtgtattcattattaggttcatct-A-----TTGCT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTCATTT---TAGAATCACCTTATTG----TAACTGTTAT---T-------CCAA-----------CTGA------TAGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-ATAAATATTATGACCAT-----A--A----AA-C-ATTAA-ATG------ATTA--TGTA--A------CATTGTGTC-C-AA-TTCTC--TGTGAAATATGTCAAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-G--AA-----AT-AA--A----AACTAA---AAC-A--------A---A----------GTGCA-GAGTT---AGATAAGT---TATTAAGTAtcaaa
gi|16 : gaTT---TAGGGTAAGATTATTG----TTACTGTTTTGGGC-------TCCATTAAATAACGCCCGAAAGTTATTGGTGTCATG-G-T----T--G---------T-----T-----TC-AA--------------T-----A--A----AAAC-A--AACATT------TTAA--TTTA--ATTTTGCCATTGTGTT-C-TA-TTTTC--GGTGA--------AATGTATTACTA--------T--------T-------T--------GT--------CA-A--AGTAACAAT-AA--C----AAA-GA---A---A--------ACA-A----------GAGCG--AGTT---AGAAAAGT---TGTTCAGTA
gi|17 : tggtaataGGCCACACATG------GT-A-----TTGAT---AC---ATT-------------------------TTGATTT---TATGATTACGTTGTTG----TTACTGCTTTGA-C-------CCAACGAAATAATGTCCGA------TTTTTATC----G-A----T--G---------T-----T-----CT-CT--------------T----------------------------------------TTA-----------TTA-GTC-C-AG-TTTTC--AGTAA--------AAT--------G--------T-------------------------GA--------CA-----------AC-AA--C----AAA-AA---A---AT-------A---A----------GTGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGTTTAGTAtat
gi|18 : aatagtttgatctcaG-T-------TCAATTAAATTACATTAGA------TTGTAATT----A-T----T--G---------T-----T-----TT-GTTGTTA---------T-----A--A----AA-T-A--AT-ATG------GTCC--TTT---A-----ACATTTTGTC-C-AA-TTTTC--AGTG----------AT--------A--------T--------A-------T--------AA--------CA-A--AC-----AA-AA--CCACAAAC-AA---A---AACACACACA---A----------GTTTA-GAGTT---A-AAAAGT---TGTCAAGTAtatcat
gi|19 : taaggtttttatacagtacagttcactACACTCA------AT-A-----TTGGT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTTAGTT---TAGGATTACTTTATTG----TTACTGTTATGA-C-------CCAATGAAATTACGTCCGA------CTTCTGCC----G-T----T--GTGATGTTTTT-----T-----TT-AT--------------C-----A--A----AA-T-A--CA-ATG------ACCA--TTT---A-----ACACTTTGTT-C-AA-TTTTtattatgaaac
gi|2 : aAATTACATCAA-A--TCCATGCATTCT-
gi|2 : aacaaaataggcatattatattcaaCATGTGTTCT-AGGTG----A--ACTT------CTG---TCATT-GGCG-CACAGGGTGGCCATACTCG------GTTA-----TTGAT---GC---GTT------AT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACATTGTTG----TAACTGTTTTAG-C-------TAATTGAAATTATGTCTGA------CTGTTATT----GATGTTGT--G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-C-A--AT-ATG------A--A--TTT------------T------------TTTTT--AATGA--------AAT--------A--------TG-------TAAAAAAGT--------GA--------GA-A--AG-----AT-AA-------AA--AA---A---T--------A---A----------ATTTC-AAGAT---AG-AAAGA---TGTTACGTcataatgtacaccggcataacaatattccatatcggacatattggacactgactactatcctgcatgtgttctaggtgaacttctgtcattggcgcacagggtggccatactcggttattgatgcgttattatgtgacttttgattttagggttacattgttgtaactgttttagctaattgaaattatgtctgactgttattgatgttgtgttttattaaaacaatatgaatttttttttaatgaaatatgtaaaaaagtgagaaagataaaaaaataaatttcaagatagaaagatgttacgt
gi|20 : aacaaaataggcatattatattcaaagaatgcatggatttgatgtaattcataatgtacaccggcataacaatattccatatcggacatattggacactgactactatcctgACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----T--A---------T-----T-----AT-GTC-------------T-----A--T----AA-A-A--AA-CTG------GTC---CTTC--A-----ACATTGTGTG-G-AA-TATTT--AGTGAAATATGTCAAT--------A--------T--------C-------T--------GA--------CA-A--AT-----GG-AA--C----AAC-AG---A---A--------ATGTA----------GTGTG-GAGTT---AGCAGCGT---TGTT
gi|21 : AATAATAACAC-T--TTCATGCGTTCT-AACTA----A--ATTG------CGG---TCATTTGA-G-CACAGAGCGGCAACACATG------GT-A-----TTGAT---GCAAGATT-----CAC-TT-TG----TGA-TTGTTGtgtataat
gi|23 : actaccattctgcgggtgaatataataCATCAG-T--TTCATGCATTCC-AGGTG----T--ACTG------TAG---
gi|3 : tcagatatggaagactatccaacatgtgtggtttatgaatgtGCGTTCT-AGGTG----C--ACTT------CAA---TGATT-AGTG-CACAGGGCAGACATGCTGG------GT-A-----TTGAT---GT---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTC--GATTT---TACAGTTACCTTGTTG----TAATTGTT--------------CAATGAAATAAT-TATTA------TTGTTGTT----A-T----TATG---------T-----T-----TT-GT--------------T-----A--A----AAAC-A--GA-AAA------ATCA--TTTA--G------CATTGTGTC-C-AA-TTTTCCAAGAAATATGTC--AAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-TCTAG-----AT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---ACAAAAAACAAATGTG-GAGTT---TGAAAAGT---CGATAgtaa
gi|4 : cagggcgtgtttgagctcttgatcaatgcgggattggcgTTCTCAGATG----T--ACTG------AAG---CCATT-AGAG-CACAGAGAGGCAAC------------C-A-----T--------C---ACT-----GAT-TA-TG----TGA-CTTTTAATTT---TAGTGTTACTTTATTG----TAAATGTTATGG-C-------TCAATACAATTGTGACCAA------TTGTTATC----A-A----T--G---------T-----T-----TA-GT--------------A-----A--A----AA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTTA--A------CATTTTGTC-T-AA-TTT-C--AGTGA--------AAT--------A--------T--------C-------T--------CAATATCTGTCA-A--CG-----AT-AA--C----AAC-AACAAA---AC-------A---A----------GTGTG-GAGTtaaaattatata
gi|5 : tcagggtctgttccaactcttgaagatagtgggtggggggtggggttcgacAATTACATCA---------TGCGTTCT-AGATT----T--AGTG------AAT---TCAT-------CAGAGCACGGCCACACTCG------GC-A-----CTGAT---GC---ATT-----CAT-AA-TG----GGA-CTT--AATTT---TAGTGTCACCATATTG----TAACTGTCATGG-C-------TCAATGAAGTTACGTCTGA------GTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T---------------------------------A----GA-T-------CTGTGTTTTATCAACTTTA--A-----ACATCGCGCC-C-AA-GTTAT--AGTGA--------AAT--------ATGCCAATTT--------T-------T--------GA--------CA-G--AG-----GT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---aaaggattacgtttatat
gi|6 : agaatgcatgtgattcataatgtaccactgcggaatgtacggtgtacattactATTACATAAA-TATTCCATGAGTTGT-GTGTG----T--ACGG------TAG---TTATT-GTTG-CACAGGGCGAAAACATTCC------GT-A-----TGGAT---GC---TTG-----CAT-TC-CG--------CTTTTGATTT---AATGGTTATTCTATTG----TAACGGTTTTTG-T-------TAAATATCACTACGTCAAA------TTGTT-TCCAATG-TTA--T--G---------T-----T-----TT-AT--------------TA----A--A----AA-TAA--AA-ATG------AACA--TTTA--A-----CCA-TGGATC-C-AA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------G--------T--------G-------TCAAAGTCCGG--------CA-T--AG-----TT-AACGC----AAC-AA---A---ATGAAAT--A---A----------GTGTT-GAATA---AGAAAAtcaggttgtt
gi|7 : tcggAGTTACACCAA-T--AACATG--TTCT-ATTTA----T--ACTG------CAA---TCATCAGG-G-CACAGTGCTGCTGCACTCG------GT-A-----TTCAT---GA---ATTAAATTCAT-T---G----CGAGTTTTTCATTT---TAGGGTTACCTTCTTG----TAACTGTCATCC-C-------TAAATGAAGTTACGTCCAA------TTGCAATT----GTT----T--G---------T-----TATG--TT-CT--------------T-----ATGA----AA-T-A--AA-ATG------ACCA--TTTA----------ATTATATC-C-AA-TTTTC--AGCGA--------AAT--------A--------TG-------T-------C--------AA--------C-----AA-----AT-AA--C------C-------------------A---A----------GTGTG-GAGTTAAGAGAAACGT---TGTTtaatgtatctt
gi|8 : atatacagaacatattAATTGTATCAAAT--TCCATGTGTTTT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TAATT-AG-GTCACGGTGTGGCCACACTTG------GT-A-----CTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-TTTTTTATTT---TAGGGTTACCTTATTACTTCTGACTGTTAT---------------TG-------------------TTGTTA-------------T--G---------T-----T-----TC-AT--------------TC----A--AATGTAA-T-G--AA-ATG------ATTA--TTT---A-----ACAATGTGTC-T-AA-TTTTC--ATTAAAATATTTTAAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-G--AG-----AT-AA--C----ACC-AA---A---A--------A---ACAC-------GCGTT-AAGT-------AAAGT---tat
gi|9 : tgctattccacagatgcatattatgATCAA-T--TACATGCGATCT-ATGTG----T--ACTGTGTGTACTGTTATCATTAGA-G-AAAACTGCGAGCGCACTTT------GT-ATTGATTTGAT---GC---GTT-----CGA-TA-AG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTAAACTAAGTG----TAACTGTTATGG-C-------TCCATGAAATTACGTCCGA------TTGTAATC----G-T----T--A---------T-----TATG--TTAAT--------------T-----A--A----TA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTT---A-----ACATTATGTC-G-AA-TTTTC--AATTAAATATGTCAAT--------A--------T--------T-------T--------TA--------CA-G--AG-----TT-AA--C----AAC-AA---
blockSeqs : TAT C ACTGT TGTGTA TTA AGT T G A TTACAT T TTGAT CTG AAG AAATT G G ATTA G CAA CTTC GGG TGAATTT AAGTTA CAATGTTA AT TGATGTTTT TATAC ATG A AAATATTATGACCAT TG ATGT A A TT C TGTTTT G AC AATTTTGC TG T CA AATATGTCAATAATT ATATCTGT AAGTAACA C CG CACA T CAA AAACAAAAAACAA C AAG .
blockSeqs : AT . TGT . . TGG . G A . . . . . . . . . . . . AA . . GATGTTG . . . ATG . TTTAAC . . A . . . . T . AGCAT T . . AATATGTCAATATTT . TCTAG . . . . . AACACACACAA . . .
blockSeqs : G . A . . AGT . G T . . . . . . . . . . . . GA . . ATGGT . . . . . TGTTAT . . . . . . . T . AATA C . . AATATGTCAATATTT . AAAT . . . . . ATGAAATAA . . .
blockSeqs : T . T . . GGC . G C . . . . . . . . . . . . GG . . GTT . . . . . TG . . . . . . . T . AAC C . . AATGTATTACTATTT . AGAG . . . . . AACAAA . . .
blockSeqs : T . T . . TGA . T C . . . . . . . . . . . . GG . . GT . . . . . CT . . . . . . . T . CAA A . . AATATGTAAAAAAGT . GAA . . . . . AATGTA . . .
blockSeqs : A . T . . AGT . G C . . . . . . . . . . . . GA . . GT . . . . . TA . . . . . . . T . AAA C . . AATATGTCAATATCT . AAA . . . . . AAACAC . . .
blockSeqs : T . A . . AGA . A C . . . . . . . . . . . . GA . . GT . . . . . TC . . . . . . . T . AAC C . . AATATGCCAATTTTT . GAA . . . . . ACAAA . . .
blockSeqs : T . A . . GTT . G A . . . . . . . . . . . . AG . . GT . . . . . T . . . . . . . C . GG C . . AATGTGTCAAAGTCC . AAC . . . . . AACAA . . .
blockSeqs : T . T . . AGG . A C . . . . . . . . . . . . GG . . GA . . . . . T . . . . . . . T . AA C . . AATATTTTAATATTT . AAG . . . . . ATAA . . .
blockSeqs : T . C . . AGA . C A . . . . . . . . . . . . GG . . AT . . . . . T . . . . . . . T . AA C . . AATATGTCAATATTT . AAT . . . . . ACAA . . .
blockSeqs : . . T . . AG . G C . . . . . . . . . . . . TG . . GT . . . . . T . . . . . . . T . AA G . . TATGTCAATATTT . ACG . . . . . AAA . . .
blockSeqs : . T . . GC . T A . . . . . . . . . . . . CC . . GT . . . . . C . . . . . . . T . AA C . . AATATGTC . GAG . . . . . AAA . . .
blockSeqs : . T . . AG . T T . . . . . . . . . . . . GG . . AT . . . . . T . . . . . . . A . AG T . . AATATCT . TAG . . . . . AAA . .
blockSeqs : . T . . A . T C . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . T . . . . . . . C . AA C . . ATATAT . GAG . . . . . TAA .
blockSeqs : . T . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . . . A . . . . . . . T . AA C . . AATAA . GAG . . . . . AA
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . . . T . . . . . . . T . AA C . . AAATT . AA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . A T . . AATGT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A G . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ***** C** AACAA********************** ***
originalCons : AATTACATCAA-T--TCCATGCGTTCT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TCATT-GG-G-CACAGGGCGGCCACACTCG------GT-A-----TTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTG----TAACTGTTATGG-C-------TCAATGAAATTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTTA--A-----ACATTGTGTC-C-AA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-G--AG-----AT-AA--C----AAC-AA---A---A--------A---A----------GTGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGTTAAGTA
finalCons : AATTACATCAA-T--TCCATGCGTTCT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TCATT-GG-G-CACAGGGCGGCCACACTCG------GT-A-----TTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTG----TAACTGTTATGG-C-------TCAATGAAATTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----T--G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTTA--A-----ACATTGTGTCC--AA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA-G--AG-----AT-AA--C----AAC-AA---AAACAA----------------------GTGTG-GAGTT---AGAAAAGT---TGTTAAGTA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAGAAAACATTCAGATTGAATTCTATAGTATTTATTGGAATTGGTGTAATTCATAAAGTGCACCTGTGGGATATTGTTTCACATTGGACACGTCAGACACGGACTACTTTTCCGCAGGT
Unaligned ( gi|24 ): AAATAGCATACATACAAATATTTAAATATTCCTACTGACATTTTTCA
Unaligned ( gi|25 ): ATGTGAATTGGAGTAGTATTGCTAATGATTGG
Alignments
lowQualScore : 2222 11111111111 11111 22222222222222222222 2222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 11111111
lowQualScore : 5555 2 5555555 666666 444 6666 2 2 1 666666 2 55555 333 333 55555 2 2 5555 2 444 0 5555 333 7777777 666666 55555555555 888888888 55555 22222 2 77777777777777777777 22 4444 2 2 22 2 666666 1 22 7777777777 333 2 22 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000000000 2 33 4444 33333333 33 4444 2 888888888 2 2 444 2 555 0 555
lowQualScore : .... . ....... ...... ... .... . . . ...... . ..... ... ... ..... . . .... . ... . .... ... ....... ...... ........... ......... ..... ..... . .................... .. .... . . .. . ...... . .. .......... ... . .. ................................................................ .......... . .. .... ........ .. .... . ......... . . ... . ... . ...
lowQualScore : 1111 2 6666666 888888 111 9999 5 9 4 888888 2 66666 999 999 66666 2 2 0000 4 111 2 0000 555 2222222 111111 44444444444 444444444 33333 66666 1 88888888888888888888 99 5555 1 1 99 1 111111 1 88 8888888888 000 0 99 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333333333 2 11 7777 33333333 11 7777 4 666666666 5 5 444 1 000 1 444
consensus : AATTACATCAA-T--TCCATGCGTTCT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TCATT-GG-G-CACAGGGCGGCCACACTCG------GT-A-----TTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTG----TAACTGTTATGG-C-------TCAATGAAATTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----TG---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTTA--A-----ACATTGTGTC-C-AA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA--GAG-----AT-AA--C----AAC--------A--A----A-A------A--C-A-AG---TGTGGAGTT---AGAAAAGT---TGTTAAGTA
Reference ( family-1754 ) : AATTACATCAA-T--TCCATGCGTTCT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TCATT-GG-G-CACAGGGCGGCCACACTCG------GT-A-----TTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACCTTATTG----TAACTGTTATGG-C-------TCAATGAAATTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----TG---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTTA--A-----ACATTGTGTC-C-AA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA--GAG-----AT-AA--C----AAC--------A--A----A-A------A--C-A-AG---TGTGGAGTT---AGAAAAGT---TGTTAAGTA
gi|1 : CATGCATTTT-AGGTG----C--ATGG------CAG---TCAGTAGA-G-CACAGTGC
gi|1 : atgtttTTCC-AGGTG----A--ATTG------CAG---TCATT-AG-G-GATAAGG------------------------------------------T-----CAT-TA-TA----TGA-CTT--GATTC---TAGGGTTA--------------ACTGTTATGG-C-------TCGATGAAATTTCATCGGA------TTTTTACT----G-A----TG---------T-----TATACTTT-AT--------------T-----A--A----AA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTT---A-----ACAGTGTGTCGT-GA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------G-------T--------GA--------CA--GAG-----AT-AG--C----AACAA------A--A----A-A------A--C-A-AG---TATGGGGTT---TGGAATGTATATATTAAttcataaaatccataatgtacacctgcaatttaatattccacaggggttggagactttccaggtgaattgcagtcattagggataaggtcattatatgacttgattctagggttaactgttatggctcgatgaaatttcatcggatttttactgatgttatactttattaaaataaaatgatcatttaacagtgtgtcgtgattttcagtgaaatatgtgacagagatagcaacaaaaaaacaagtatggggtttggaatgtatatattaacggaaccagaacaagatttgcaaactacctaaatatcacctcattttttaa
gi|10 : atgtttgcactgtgctctactgactgccatgcacctaaaatgcatgttcataaaatccataatgtacacctgcaatttaatattccacaggggttggagactAATAGCATTAA-T--GCCATGAATTCT-AGGTG----TGTACT--------AG---ACATT-AGTG-CACAAGGCGGCAGAACTCG------GT-T-----TTAAT---GC---ATT-----CGT-TA-TAATTATGA-CTTTTGATTTCAATAGGGGAACCTCATCG----AAACTGTTAAAA-T-------TCAATGAAAATACGCCCGA------TTGTTATC----G-T----TG---------T-----T-----TT-GT--------------TTTAACA--A----AA-T-A--GT-ATG------AGCA--TTTA--AT----ACA--GTATC-T-TA-TTTTC--AGTcggaaccagaacaagatttgcaaactacctaaatatcacctcattttttaa
gi|11 : gcatgtccgatacggaataccattttgctggtgtaaattatgAATTACATTAA-G--TCCTTGCATGCT-ACGTT----T--ACAG------CAG---TTATT-A----CACAGGGCGACAACGCTCG------GT-A-----TCGGG---GT---ATT-----CAA-TG-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTAACTTATTG----TTACTGTTATGA-C-------CCAGTGAAATTGCACCCGA------TTGTTGTC----G-T----TG---------T-----T-----TT-AT--------------T-----C--A----TA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTCAGCA-----TCATTGTGTC-C-AA-TTTTC--AGTG---------AAT--------A-------------------------A--------GA--------CA--GAA-----AT-GA--C----AAC--------A--C----A-A-----------A-AG---AGTGGAGTT---AGAAAAGT---TGCTGAGTAatacagt
gi|12 : TTCT-TGGTG----T--ACTG------CA-----TAAT-GC-G-TAC----CTGCTAAA-----------T-A-----GTGATCTGGT---ATA-----CATGTAGCA----TGA-CTTTTGATTT---TAGGAGTACATTATCA----TATCTGCTAAGG-C-------TCAATGAAGTTACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----TG---------TTATACT-----TT-AT--------------TG----A--A----AA-T-A--AA-ATG------A-AA--TTT---G-----GCATTGTGTC-C-AA-TTTTC--ATGGA--------AAT--------A--------TGTCAATAAT-------T--------TA--------CA--AAAT----ATCAA--C----AAC--------A--A----A-A------A--C-A-AATTCTGT----TT---AAGCAAGT---TGTTAAGTA
gi|13 : AATTGCATCGA-T--TCCATGTGTTTT-ATGTGACTGT--ACTG------CAG---TCATTTGG-G-GACAGGGCGGCC-CAATCGTTACATGT-A-----TAAGT---GC---ATT-----TTT-AA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGAGCATCTCA-TA----TAACTGTTATGG-CTGAATTTTCAATAAAA-TATGTCcagtatat
gi|13 : gaatactattccacaagtgtacaatattTCA--TATA--A-----CTGTTATGGC-TGAA-TTTTC--AATAA--------AAT--------A--------TGTCAATATT-------T--------GA--------CAA-GAG-----AT-AA--C----AAC--------A--A----A-A------AACT-A-AG---C---AAGTT---AGAGAAGT---TGTaatatttgacaagagataacaacaaaaaactaagcaagttagagaagttgt
gi|14 : gaatactattccacaagtgtacaatattaattgcatcgattccatgtgttttatgtgactgtactgcagtcatttggggacagggcggcccaatcgttacatgtataagtgcatttttaatgtgacttttgattttaggagcatcAATTACACCGG-T--TCTTTGCGTTGT-AGTTG----T--ACTG------CAG---TCATT-AGTG-CAACGTGCCGCCACACTCG------GC-A-----TTGGT---GT---ATT-----CAT-TA-T
gi|14 : tatttagcaggtacgcattatgcagtacaccaag------TTGTTAT-------------G---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-C-A--AA-ACG------ATCA--TTT---A-----ATATTGTGTT-A-AATTTTTC--AATGA--------AA---------A--------T--------T-----------------A--------TA--AAA-----TT-AA-------AAC--------A--A----A-A------A--taggttcatctttgttatgttttattaaaacaaaacgatcatttaatattgtgttaaatttttcaatgaaaattataaaattaaaacaaaaaatcaaa
gi|15 : tatttagcaggtacgcattatgcagtacaccaagaattacaccggttctttgcgttgtagttgtactgcagtcattagtgcaacgtgccgccacactcggcattggtgtattcattattaggttcatct-A-----TTGCT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTCATTT---TAGAATCACCTTATTG----TAACTGTTAT---T-------CCAA-----------CTGA------TAGTTATC----G-T----TG---------T-----T-----TT-ATAAATATTATGACCAT-----A--A----AA-C-ATTAA-ATG------ATTA--TGTA--A------CATTGTGTC-C-AA-TTCTC--TGTGAAATATGTCAAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA--GAA-----AT-AA--A----AAC--------T--A----A-A------A--CAA-AG---TGCAGAGTT---AGATAAGT---TATTAAGTAatcaaa
gi|16 : gaTT---TAGGGTAAGATTATTG----TTACTGTTTTGGGC-------TCCATTAAATAACGCCCGAAAGTTATTGGTGTCATG-G-T----TG---------T-----T-----TC-AA--------------T-----A--A----AAAC-A--AACATT------TTAA--TTTA--ATTTTGCCATTGTGTT-C-TA-TTTTC--GGTGA--------AATGTATTACTA--------T--------T-------T--------GT--------CA--AAGTAACAAT-AA--C----AAA--------G--A----A-A------A--C-A-AG---AGCG-AGTT---AGAAAAGT---TGTTCAGTA
gi|17 : tggtaataGGCCACACATG------GT-A-----TTGAT---AC---ATT-------------------------TTGATTT---TATGATTACGTTGTTG----TTACTGCTTTGA-C-------CCAACGAAATAATGTCCGA------TTTTTATC----G-A----TG---------T-----T-----CT-CT--------------T----------------------------------------TTA-----------TTA-GTC-C-AG-TTTTC--AGTAA--------AAT--------G--------T-------------------------GA--------CA----------AC-AA--C----AA---------A--A----A-A------A--T-A-AG---TGTGGAGTT---AGAAAAGT---TGTTTAGTAtat
gi|18 : aatagtttgatctcaG-T-------TCAATTAAATTACATTAGA------TTGTAATT----A-T----TG---------T-----T-----TT-GTTGTTA---------T-----A--A----AA-T-A--AT-ATG------GTCC--TTT---A-----ACATTTTGTC-C-AA-TTTTC--AGTG----------AT--------A--------T--------A-------T--------AA--------CA--AAC-----AA-AA--CCACAAAC--------A--A----A-AACACACA--C-A-AG---TTTAGAGTT---A-AAAAGT---TGTCAAGTAtatcat
gi|19 : taaggtttttatacagtacagttcactACACTCA------AT-A-----TTGGT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-CTTTTTAGTT---TAGGATTACTTTATTG----TTACTGTTATGA-C-------CCAATGAAATTACGTCCGA------CTTCTGCC----G-T----TGTGATGTTTTT-----T-----TT-AT--------------C-----A--A----AA-T-A--CA-ATG------ACCA--TTT---A-----ACACTTTGTT-C-AA-TTTTtattatgaaac
gi|2 : aAATTACATCAA-A--TCCATGCATTCT-
gi|2 : aacaaaataggcatattatattcaaCATGTGTTCT-AGGTG----A--ACTT------CTG---TCATT-GGCG-CACAGGGTGGCCATACTCG------GTTA-----TTGAT---GC---GTT------AT-TA-TG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTTACATTGTTG----TAACTGTTTTAG-C-------TAATTGAAATTATGTCTGA------CTGTTATT----GATGTTGTG---------T-----T-----TT-AT--------------T-----A--A----AA-C-A--AT-ATG------A--A--TTT------------T------------TTTTT--AATGA--------AAT--------A--------TG-------TAAAAAAGT--------GA--------GA--AAG-----AT-AA------------------A--A----A-A------A--T-A-AA---TTTCAAGAT---AG-AAAGA---TGTTACGTcataatgtacaccggcataacaatattccatatcggacatattggacactgactactatcctgcatgtgttctaggtgaacttctgtcattggcgcacagggtggccatactcggttattgatgcgttattatgtgacttttgattttagggttacattgttgtaactgttttagctaattgaaattatgtctgactgttattgatgttgtgttttattaaaacaatatgaatttttttttaatgaaatatgtaaaaaagtgagaaagataaaaaaataaatttcaagatagaaagatgttacgt
gi|20 : aacaaaataggcatattatattcaaagaatgcatggatttgatgtaattcataatgtacaccggcataacaatattccatatcggacatattggacactgactactatcctgACGTCCGA------TTGTTATC----G-T----TA---------T-----T-----AT-GTC-------------T-----A--T----AA-A-A--AA-CTG------GTC---CTTC--A-----ACATTGTGTG-G-AA-TATTT--AGTGAAATATGTCAAT--------A--------T--------C-------T--------GA--------CA--AAT-----GG-AA--C----AAC--------A--G----A-A------A--T-GTAG---TGTGGAGTT---AGCAGCGT---TGTT
gi|21 : AATAATAACAC-T--TTCATGCGTTCT-AACTA----A--ATTG------CGG---TCATTTGA-G-CACAGAGCGGCAACACATG------GT-A-----TTGAT---GCAAGATT-----CAC-TT-TG----TGA-TTGTTGtgtataat
gi|23 : actaccattctgcgggtgaatataataCATCAG-T--TTCATGCATTCC-AGGTG----T--ACTG------TAG---
gi|3 : tcagatatggaagactatccaacatgtgtggtttatgaatgtGCGTTCT-AGGTG----C--ACTT------CAA---TGATT-AGTG-CACAGGGCAGACATGCTGG------GT-A-----TTGAT---GT---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-C--TCGATTT---TACAGTTACCTTGTTG----TAATTGT--------------TCAATGAAATAAT-TATTA------TTGTTGTT----A-TTA--TG---------T-----T-----TT-GT--------------TA----A--A----AA-C-A--GA-AAA------ATCA--TTT---A-----GCATTGTGTC-C-AA-TTTTCCAAGAAATATGTC--AAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CATCTAG-----AT-AA--C----AACAAAAAACAA--A----A-A------A--C-A-AA---TGTGGAGTT---TGAAAAGT---CGATAgtaa
gi|4 : cagggcgtgtttgagctcttgatcaatgcgggattggcgTTCTCAGATG----T--ACTG------AAG---CCATTAGA-G-CACAGAGAGGCAAC------------C-A-----T--------C---ACT-----GAT-TA-TG----TGA-CTTTTAATTT---TAGTGTTACTTTATTG----TAAATGTTATGG-C-------TCAATACAATTGTGACCAA------TTGTTATC----A-A----TG---------T-----T-----TA-GT--------------A-----A--A----AA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTT---A-----ACATTTTGTC-T-AA--TTTC--AGTGA--------AAT--------A--------T--------C-------T--------CAATATCTGTCA--ACG-----AT-AA--C----AAC--------AACA----A-A------A--C-A-AG---TGTGGAGTtaaaattatata
gi|5 : tcagggtctgttccaactcttgaagatagtgggtggggggtggggttcgacAATTACATCA---------TGCGTTCT-AGATT----T--AGTG------AAT---TCAT-------CAGAGCACGGCCACACTCG------GC-A-----CTGAT---GC---ATT-----CAT-AA-TG----GGA-CTT--AATTT---TAGTGTCACCATATTG----TAACTGTCATGG-C-------TCAATGAAGTTACGTCTGA------GTGTTATC----G-T----TG---------T-----T---------------------------------A----GA-T-------CTGTGTTTTATCAACTTTA--A-----ACATCGCGCC-C-AA-GTTAT--AGTGA--------AAT--------ATGCCAATTT--------T-------T--------GA--------CA--GAG-----GT-AA--C----AAC--------A--A----A-A------AT-C-A-GG---Taaaggattacgtttatat
gi|6 : agaatgcatgtgattcataatgtaccactgcggaatgtacggtgtacattactATTACATAAA-TATTCCATGAGTTGT-GTGTG----T--ACGG------TAG---TTATT-GTTG-CACAGGGCGAAAACATTCC------GT-A-----TGGAT---GC---TTG-----CAT-TC-CG--------CTTTTGATTT---AATGGTTATTCTATTG----TAACGGTTTTTG-T-------TAAATATCACTACGTCAAA------TTGTT-TCCAATG-TTA--TG---------T-----T-----TT-AT--------------TA----A--A----AA-TAA--AA-ATG------AACA--TTTA--A-----CCA-TGGATC-C-AA-TTTTC--AGTGA--------AAT--------G--------T--------G-------TCAAAGTCCGG--------CA--TAG-----TT-AACGC----AAC--------A--AAATGA-A------A--T-A-AG---TGTTGAATA---AGAAAAtgtt
gi|7 : tcggAGTTACACCAA-T--AACATG--TTCT-ATTTA----T--ACTG------CAA---TCATCAGG-G-CACAGTGCTGCTGCACTCG------GT-A-----TTCAT---GA---ATTAAATTCAT-T---G----CGAGTTTTTCATTT---TAGGGTTACCTTCTTG----TAACTGTCATCC-C-------TAAATGAAGTTACGTCCAA------TTGCAATT----GTT----TG---------T-----TATG--TT-CT--------------T-----ATGA----AA-T-A--AA-ATG------ACCA--TTTA----------ATTATATC-C-AA-TTTTC--AGCGA--------AAT--------A--------T--------G-------T-------------------------------------C----AAC--------A--A----ATA------AC-C-A-AG---TGTGGAGTTAAGAGAAACGT---TGTTtaatgtatctt
gi|8 : atatacagaacatattAATTGTATCAAAT--TCCATGTGTTTT-AGGTG----T--ACTG------CAG---TAATT-AG-GTCACGGTGTGGCCACACTTG------GT-A-----CTGAT---GC---ATT-----CAT-TA-TG----TGA-TTTTTTATTT---TAGGGTTACCTTATTACTTCTGACTGTTAT---------------TG-------------------TTGTTA-------------TG---------T-----T-----TC-AT--------------TC----A--AATGTAA-T-G--AA-ATG------ATTA--TTT---A-----ACAATGTGTC-T-AA-TTTTC--ATTAAAATATTTTAAT--------A--------T--------T-------T--------GA--------CA--GAG-----AT-AA--C----ACCA-------A--A----A-A------A--C-A-CG---CGTTAAGT-------AAAGT---tat
gi|9 : tgctattccacagatgcatattatgATCAA-T--TACATGCGATCT-ATGTG----T--ACTGTGTGTACTGTTATCATTAGA-G-AAAACTGCGAGCGCACTTT------GT-ATTGATTTGAT---GC---GTT-----CGA-TA-AG----TGA-CTTTTGATTT---TAGGGTAAACTAAGTG----TAACTGTTATGG-C-------TCCATGAAATTACGTCCGA------TTGTAATC----G-T----TA---------T-----TATG--TTAAT--------------T-----A--A----TA-T-A--AA-ATG------ATCA--TTT---A-----ACATTATGTC-G-AA-TTTTC--AATTAAATATGTCAAT--------A--------T--------T-------T--------TA--------CA--GAG-----TT-AA--C----AAC--------A--A----
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAGAAAACATTCAGATTGAATTCTATAGTATTTATTGGAATTGGTGTAATTCATAAAGTGCACCTGTGGGATATTGTTTCACATTGGACACGTCAGACACGGACTACTTTTCCGCAGGT
Unaligned ( gi|24 ): AAATAGCATACATACAAATATTTAAATATTCCTACTGACATTTTTCA
Unaligned ( gi|25 ): ATGTGAATTGGAGTAGTATTGCTAATGATTGG