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Reference ( gi|1 )            : CAAATAGACTTGTATACGTGGGAGATAATAACCCATACAGTATAAGGAATGCTGTAA-----ATGG----AA--ATTTATATGT----TAAAAAATCAAAGACAGAGCTTTAC-AAACGTTCATTTCATTATTCTGGGT----CACTTTTATGGAACAATCT--GCCTACCGAAATTCGATCA--TCACCAAGCC----TATACAGCTTCAAAAATAATCTAAAAAATTATCTTCTGAAACTTAATTGTTAGTTGGAAATAAACTGTTTGATTGACGAATAAGTGTAAGTATTCAATAGAAAA-GTTTTTGTCATTGCATTTATAAACATTATGTGAATGCTTGTTTTATATTTTAATGTTT-AATTACATTGTTGAATTTCATGTTCATT-GTA------TGATTGTTGAGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT--AACTAACTGTG-TTACCCTCATTAAA
gi|14                         : CAAATAGACTTGTATATGTCGGAGATAGTAACCCAAACAGTGTAAGAAATGTTGTAA-----ATGGAAATAA--ATTTACA-GG----TAAAAA
gi|2                          :   AATTGATTTGTATACGTGGGAGATAATAACCCATACAGTATAAGGAATGTTGTAA-----ATGG----AA--ATTTATATGC----TAAAAAATCAAAGACAGAGCTTTAC-AAACGTTCATTTCATTATTCTGGGT----CACTTTTATGGAACAATCT--GCCAACCCAAATTCGATCA--TCACCAAGTC----TATACAGCTTCAAAAATAATCTAAAA-ATTATCTTCTGAAACTTAAATGTTAGTTGGAAATAAACTGTTTGATTGGCGAATAATTGTTAGTATTCAATACAAAA-TTTTTTGTCATTGCATTTATAAACATTATGTGAATGCTTGTTTTATATTTTAATGTTT-AATTACATTGTTAAATTTCATGTTCATT-ATA------TGATTGTTGAGGGCCACAGGGAATATAAGTGT--AACTAACTGTGTTTTCCCCCATTAAA
gi|4                          :   AATAGACTTGTATACATGGGAGATAATAACCCATACAGTATAAGGAATGCTGTAA-----ATGG----AA--ATTTATTTGT----TAAAAAATCAAAGACAGAGCTTTAC-AAACGTTCATTTCATTATTCTGGAT----CACTTTTATGGAACAATCT--GCCTACCGAAATTCGATTA--ACACCAAGCC----TATACAGCTTAAAAAATAATCTAAAAAATTATCTTCTGAAACTTAATTGTTAGTTGGAAATAAACTGTTTGATTGACGAATAAGTGTAAGTATTCAATAG-AAA-GTTTta
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consensus                     : CAAATAGACTTGTATACGTGGGAGATAATAACCCATACAGTATAAGGAATGTTGTAA-----ATGG----AA--ATTTATATGT----TAAAAAATCAAAGACAGAGCTTTAC-AAACGNTCATTTCATTATTCTGGGT----CACTTTTATGGAACAATCT--GCCTACCGAAATTCGATCA--TCACCAAGT-CTATACAGCTTCAAAAATAATCTAAAAAATTATCTTCTGAAACTTAATTGTTAGTTGGAAATAAACTGTTTGATTGACGAATAA-TGTAAGTATTCAATAGAAAA-GTTTTTGTCATTGCATTTATAAACATTATGTGAATGCTTGTTTTATATTTTAATGTTT-AATTACATTGTTGAATTTCATGTTCATT-GTA------TGATTGTTGAGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT--AACTAACTGTG-TTACCCTCATTAAA
Reference ( family-1752 )     : CAAATAGACTTGTATACGTGGGAGATAATAACCCATACAGTATAAGGAATGTTGTAA-----ATGG----AA--ATTTATATGT----TAAAAAATCAAAGACAGAGCTTTAC-AAACGNTCATTTCATTATTCTGGGT----CACTTTTATGGAACAATCT--GCCTACCGAAATTCGATCA--TCACCAAGT-CTATACAGCTTCAAAAATAATCTAAAAAATTATCTTCTGAAACTTAATTGTTAGTTGGAAATAAACTGTTTGATTGACGAATAANTGTAAGTATTCAATAGAAAA-GTTTTTGTCATTGNATTTATAAACATTATGTGAATGCTTGTTTTATATTTTAATGTTT-AATTACATTGTTGAATTTCATGTTCATT-GTA------TGATTGTTGAGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT--AACTAACTGTG-NTACCCTCATTAAA
gi|1                          : CAAATAGACTTGTATACGTGGGAGATAATAACCCATACAGTATAAGGAATGCTGTAA-----ATGG----AA--ATTTATATGT----TAAAAAATCAAAGACAGAGCTTTAC-AAACGTTCATTTCATTATTCTGGGT----CACTTTTATGGAACAATCT--GCCTACCGAAATTCGATCA--TCACCAAGC-CTATACAGCTTCAAAAATAATCTAAAAAATTATCTTCTGAAACTTAATTGTTAGTTGGAAATAAACTGTTTGATTGACGAATAAGTGTAAGTATTCAATAGAAAA-GTTTTTGTCATTGCATTTATAAACATTATGTGAATGCTTGTTTTATATTTTAATGTTT-AATTACATTGTTGAATTTCATGTTCATT-GTA------TGATTGTTGAGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT--AACTAACTGTG-TTACCCTCATTAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATATTTTAATGTTT-AATTGCATTATAGAATTTCATGTTCATT-GTACTACTATGATTGTTGAGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT--AACTAACTCTG-TTACCTTCATTAAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                  aaATCA--TCACCAAGT-CTATACAGCTTC-AAAATAATCTAAAAAACTATCTT------CTTAATTGTTAGTTGGAAATAAAATGTTTTAT-----------TGTAAGTATTCAACAGAAAT-GTTTTTGTTATTttatgtaatataattattattaaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTT-ATTGAC-CTGTTGAATTTCATGTCCATTGGTA-------AATTGTTCATTGCCACAGTAAAAATTGGTGT--AACTAGCCATA-TTATTATTATTA
gi|13                         :   acatGACTTGCACATGTGGGAGATAATAACCCATA---------------------------------AA--ATATATAT-T----CAAAATATCAAA-ACAGAGCTTTAC-AGACGGTCATTGAATTATT
gi|14                         : CAAATAGACTTGTATATGTCGGAGATAGTAACCCAAACAGTGTAAGAAATGTTGTAA-----ATGGAAATAA--ATTTACA-GG----TAAAAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GAGGGCTACAGAGAAGATTAGT-------TAACTGCG-ATAACATCATTAAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACATTGTTGAATTTCATGTTCATT-GTA------TGATTGTTGAGGGCCACAaaaagtattactgttattatcattattattgaaag
gi|2                          :   AATTGATTTGTATACGTGGGAGATAATAACCCATACAGTATAAGGAATGTTGTAA-----ATGG----AA--ATTTATATGC----TAAAAAATCAAAGACAGAGCTTTAC-AAACGTTCATTTCATTATTCTGGGT----CACTTTTATGGAACAATCT--GCCAACCCAAATTCGATCA--TCACCAAGT-CTATACAGCTTCAAAAATAATCTAAAA-ATTATCTTCTGAAACTTAAATGTTAGTTGGAAATAAACTGTTTGATTGGCGAATAATTGTTAGTATTCAATACAAAA-TTTTTTGTCATTGCATTTATAAACATTATGTGAATGCTTGTTTTATATTTTAATGTTT-AATTACATTGTTAAATTTCATGTTCATT-ATA------TGATTGTTGAGGGCCACAGGGAATATAAGTGT--AACTAACTGTGTTTTCCCCCATTAAA
gi|3                          :    ATGGACTTGTATACATGGGAGATAATAACCCATACAGTATAAGGAATGTTGTAA-----ATGG----AA--ATTTATATGT----TAAAAAATCAAAGACAGAGCTTTAC-AAACGCTCATTTCATTATTCTGGGT----CACTTTTATGGAACAAACT--GCCTACCCAAATTCGATCA--TCACCAAGT-CTATACAGCTTCAAAAATAATCTAAAAAATTATCTTCTGAAATTTAATTGTTAGTTGGAAATAAAATGATTGATTGACGAATAATTTTAAGTATTCAATAGAAAA-ATTTTta
gi|4                          :   AATAGACTTGTATACATGGGAGATAATAACCCATACAGTATAAGGAATGCTGTAA-----ATGG----AA--ATTTATTTGT----TAAAAAATCAAAGACAGAGCTTTAC-AAACGTTCATTTCATTATTCTGGAT----CACTTTTATGGAACAATCT--GCCTACCGAAATTCGATTA--ACACCAAGC-CTATACAGCTTAAAAAATAATCTAAAAAATTATCTTCTGAAACTTAATTGTTAGTTGGAAATAAACTGTTTGATTGACGAATAAGTGTAAGTATTCAATAG-AAA-GTTT
gi|5                          :   AATAGACTTGTATTTGTGGAAGATAA---CCCATACAGTATAAGGAATGTTGTAA-----ATGT----AT--ATGTATACGTATATCAAAAGATCCAAGACAGAGCTTTAC-AAACGATCATTTCATTATTCTGGGT----CACTTTTATGGAACAATCT--GCCTTCTGAAATTCAATCAACTGACCCAGT-C-ATACAGCT------------TAAAAAATTATTTTGTGAGACTTAAATGTCAATTGAAAATAGACTGTTAGATTG
gi|6                          :                          TAATAAT--ATATTATTTAAGAAATGTTATAATACTAATAG----TATTATTTATGT-T----TGA----CTAAAAACAGAGATTTACAAAATGATGATTAAATTGTTGTTGGTCTAACACTTCCATAGAACAGTCCCAGCCTtaag
gi|7                          :                                                                                                                                                       atttatcgtgaatattgtgaaatttatgaatgttttaatgactaggcacctgaatatttagaaaatgaccttacgcatgcaggaagtaataatctttattatatAATATACTGTTTGAT---------A--GCAAGCAATCAATAAAAAATATCTATGTCATTGAATTT-------------GAATGCTTGTTTTATATTTTAATGTTTTCATTGCATTGTTGAATTTCATGTCCATT-GTA------TGATTGTTGAGGGCAACAGGGAAGATTAGTGG--AACTAACTGTG-GTACCCTTAATAAA
gi|8                          :          TTGTGTATATAAGGGGTACTCAACTTTACTGTTTAACAAATGTTGTAA-----ATGG----AA--ATGTACATGT----C-CAAAATC-----CAGAACCATAC-AAATATATGTTTC---------------------TTATGGAACACACT--GCCTGTTGAAGTTCTAT-A--TTTCCCCGTATTACACAGCTTTGAAAATAataaaatatgattattattaata
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tTACTTTGT-AAATAACATGTAAAT--GTA------TCATTA--GAGGTCCCCAAGGAAGATTAGTTTCGAACTTATTGGG-CTACCCTCTTTAAAtc





Alignments
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lowQualScore                  :                                          1               11111    9999  66        1 9999         0  1            5     1                   2222                   77                   77         5            3                       2                                     5 1       6                    6                  7                                       8      1    1                5   666666                              0 77           66             
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Reference ( family-1752 )     : CAAATAGACTTGTATACGTGGGAGATAATAACCCATACAGTATAAGGAATGTTGTAA-----ATGG----AA--ATTTATATGT----TAAAAAATCAAAGACAGAGCTTTAC-AAACGNTCATTTCATTATTCTGGGT----CACTTTTATGGAACAATCT--GCCTACCGAAATTCGATCA--TCACCAAGT-CTATACAGCTTCAAAAATAATCTAAAAAATTATCTTCTGAAACTTAATTGTTAGTTGGAAATAAACTGTTTGATTGACGAATAA-TGTAAGTATTCAATAGAAAA-GTTTTTGTCATTGCATTTATAAACATTATGTGAATGCTTGTTTTATATTTTAATGTTT-AATTACATTGTTGAATTTCATGTTCATT-GTA------TGATTGTTGAGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT--AACTAACTGTG-TTACCCTCATTAAA
gi|1                          : CAAATAGACTTGTATACGTGGGAGATAATAACCCATACAGTATAAGGAATGCTGTAA-----ATGG----AA--ATTTATATGT----TAAAAAATCAAAGACAGAGCTTTAC-AAACGTTCATTTCATTATTCTGGGT----CACTTTTATGGAACAATCT--GCCTACCGAAATTCGATCA--TCACCAAGC-CTATACAGCTTCAAAAATAATCTAAAAAATTATCTTCTGAAACTTAATTGTTAGTTGGAAATAAACTGTTTGATTGACGAATAAGTGTAAGTATTCAATAGAAAA-GTTTTTGTCATTGCATTTATAAACATTATGTGAATGCTTGTTTTATATTTTAATGTTT-AATTACATTGTTGAATTTCATGTTCATT-GTA------TGATTGTTGAGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT--AACTAACTGTG-TTACCCTCATTAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATATTTTAATGTTT-AATTGCATTATAGAATTTCATGTTCATT-GTACTACTATGATTGTTGAGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT--AACTAACTCTG-TTACCTTCATTAAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                  aaATCA--TCACCAAGT-CTATACAGCTTC-AAAATAATCTAAAAAACTATCTT------CTTAATTGTTAGTTGGAAATAAAATGTTTTAT-----------TGTAAGTATTCAACAGAAAT-GTTTTTGTTATTttatgtaatataattattattaaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTT-ATTGAC-CTGTTGAATTTCATGTCCATTGGTA-------AATTGTTCATTGCCACAGTAAAAATTGGTGT--AACTAGCCATA-TTATTATTATTA
gi|13                         :   acatGACTTGCACATGTGGGAGATAATAACCCATA---------------------------------AA--ATATATAT-T----CAAAATATCAAA-ACAGAGCTTTAC-AGACGGTCATTGAATTATT
gi|14                         : CAAATAGACTTGTATATGTCGGAGATAGTAACCCAAACAGTGTAAGAAATGTTGTAA-----ATGGAAATAA--ATTTACA-GG----TAAAAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GAGGGCTACAGAGAAGATTAGT-------TAACTGCG-ATAACATCATTAAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACATTGTTGAATTTCATGTTCATT-GTA------TGATTGTTGAGGGCCACAaaaagtattactgttattatcattattattgaaag
gi|2                          :   AATTGATTTGTATACGTGGGAGATAATAACCCATACAGTATAAGGAATGTTGTAA-----ATGG----AA--ATTTATATGC----TAAAAAATCAAAGACAGAGCTTTAC-AAACGTTCATTTCATTATTCTGGGT----CACTTTTATGGAACAATCT--GCCAACCCAAATTCGATCA--TCACCAAGT-CTATACAGCTTCAAAAATAATCT-AAAAATTATCTTCTGAAACTTAAATGTTAGTTGGAAATAAACTGTTTGATTGGCGAATAATTGTTAGTATTCAATACAAAA-TTTTTTGTCATTGCATTTATAAACATTATGTGAATGCTTGTTTTATATTTTAATGTTT-AATTACATTGTTAAATTTCATGTTCATT-ATA------TGATTGTTGAGGGCCACAGGGAATATAAGTGT--AACTAACTGTGTTTTCCCCCATTAAA
gi|3                          :    ATGGACTTGTATACATGGGAGATAATAACCCATACAGTATAAGGAATGTTGTAA-----ATGG----AA--ATTTATATGT----TAAAAAATCAAAGACAGAGCTTTAC-AAACGCTCATTTCATTATTCTGGGT----CACTTTTATGGAACAAACT--GCCTACCCAAATTCGATCA--TCACCAAGT-CTATACAGCTTCAAAAATAATCTAAAAAATTATCTTCTGAAATTTAATTGTTAGTTGGAAATAAAATGATTGATTGACGAATAATTTTAAGTATTCAATAGAAAA-ATTTTta
gi|4                          :   AATAGACTTGTATACATGGGAGATAATAACCCATACAGTATAAGGAATGCTGTAA-----ATGG----AA--ATTTATTTGT----TAAAAAATCAAAGACAGAGCTTTAC-AAACGTTCATTTCATTATTCTGGAT----CACTTTTATGGAACAATCT--GCCTACCGAAATTCGATTA--ACACCAAGC-CTATACAGCTTAAAAAATAATCTAAAAAATTATCTTCTGAAACTTAATTGTTAGTTGGAAATAAACTGTTTGATTGACGAATAAGTGTAAGTATTCAATAG-AAA-GTTT
gi|5                          :   AATAGACTTGTATTTGTGGAAGATAA---CCCATACAGTATAAGGAATGTTGTAA-----ATGT----AT--ATGTATACGTATATCAAAAGATCCAAGACAGAGCTTTAC-AAACGATCATTTCATTATTCTGGGT----CACTTTTATGGAACAATCT--GCCTTCTGAAATTCAATCAACTGACCCAGT-C-ATACAGCT------------TAAAAAATTATTTTGTGAGACTTAAATGTCAATTGAAAATAGACTGTTAGATTG
gi|6                          :                          TAATAAT--ATATTATTTAAGAAATGTTATAATACTAATAG----TATTATTTATGT-T----TGA----CTAAAAACAGAGATTTACAAAATGATGATTAAATTGTTGTTGGTCTAACACTTCCATAGAACAGTCCCAGCCTtaag
gi|7                          :                                                                                                                                                       atttatcgtgaatattgtgaaatttatgaatgttttaatgactaggcacctgaatatttagaaaatgaccttacgcatgcaggaagtaataatctttattatatAATATACTGTTTGAT---------A--GCAAGCAATCAATAAAAAATATCTATGTCATTGAATTT-------------GAATGCTTGTTTTATATTTTAATGTTTTCATTGCATTGTTGAATTTCATGTCCATT-GTA------TGATTGTTGAGGGCAACAGGGAAGATTAGTGG--AACTAACTGTG-GTACCCTTAATAAA
gi|8                          :          TTGTGTATATAAGGGGTACTCAACTTTACTGTTTAACAAATGTTGTAA-----ATGG----AA--ATGTACATGT----C-CAAAATC-----CAGAACCATAC-AAATATATGTTTC---------------------TTATGGAACACACT--GCCTGTTGAAGTTCTAT-A--TTTCCCCGTATTACACAGCTTTGAAAATAataaaatatgattattattaata
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tTACTTTGT-AAATAACATGTAAAT--GTA------TCATTA--GAGGTCCCCAAGGAAGATTAGTTTCGAACTTATTGGG-CTACCCTCTTTAAAtc


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blockSeqs                     :                                          A               .        .     .         G .               G            .     C                   .                      .                    .          .            A                       C                                     T A       G                    .                                                          .      A    T                .   .                                     .            T 
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