lowQualScore : 1111111111111111111111 111111 1111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000 1 333 1 22222 111 6666666666 11111111111111111 33333333333333333333333333 2222222222222222222222 111111 1 33 444 1 8888 1 22 7777777777777 1 4 1
lowQualScore : 6 6666666666666666666666 7 6 555 2 5 1 99 8 1 66666 777 3 777 4 3333333333 4 99999999999999999 6666 3 3 1 55 11111111111111111111111111 8 4 1 4 9999999999999999999999 99 555555 5 22 777 7 5555 5 6 11 8888888888888 5 6 0 5
lowQualScore : . ...................... . . ... . . . .. . . ..... ... . ... . .......... . ................. .... . . . .. .......................... . . . . ...................... .. ...... . .. ... . .... . . .. ............. . . . .
lowQualScore : 0 0000000000000000000000 0 0 000 5 0 0 22 0 7 33333 888 7 000 4 5555555555 0 66666666666666666 7777 3 6 2 00 33333333333333333333333333 1 0 0 4 5555555555555555555555 22 000000 0 00 000 0 0000 0 0 00 0000000000000 0 0 0 0
consensus : NNNCAATCAA--CAAATTTATGTAAATAGGCAGATATAATGTGTGAAANTAGAAGTCTCGC--CACGGAGCTAN-C--TTTTG---TGGCGACATNAGTAGA-GCGTTC-GC-TT-TAGCA-CAC----G-G-TA-----GGTGT--GGG-TTCGAAT--C--C--AC-GCTGAGG------TCAC-TGATTTT-TCTTTG-TAATTTTTCCCGTT--CAAAT-ACA--NTAAT-AGAGNNNTTAAGACTGATTCTATACATGAAAATTCTCTATTCACATG-CAAGTTCACCCCCACCCCCCTAAAAAATGGTTGT----------ATGTGTGCAGAGAA-GGAAAGAAGAAATGAACTGATA
Reference ( gi|1 ) : AGACAACCAATGCGAGTTAATGTGATT--GT-GAAATAACGT---AAAGTAGAAGTCTCAC--CAAGAAGCTAC-A--TTTTG---TGGCGACATATGTAGA-GCGTTC-GCATTGTAACA-CGC----G-G-TA-----GATAT--GAG-TTCGAAT--C--C--AT-GCCGAGA------TCA--TGATATT-TCTTTG-TAATTTGTCTCGTT--CAAAT-ACA--GTAAT-AGAGCGTTTAAGACTG------TAAATGAAATGTCTCTATTCACAAGACATGTTCAC----ACCCCACTGAAGCATGGTTGTTACGCAGAACACATGTTCAGGGAATGGAAAGAAGACATGAACTGATA
gi|4 : CAATCAA--CAAATTTATGTAAATAGGCAGATATAATGTGTGAAATTA-ATGTCTCGC--CGTAAAGTTAA-C--CTTTG---GGGAGGCACCAGTAGA--CGTTC---ATT-TAACAGCAC----ATG-TATGAGAGGTGT--GGG-TCTGAAT--C--C--AC-ACTGAGG------TCAC-TCATTTT-TCTTTG-TAATGTTTCCAGTT--TGGTT-ACA--TTAAT-GAAG
gi|6 : catttgcactggattttatggtccagtagactgTAATGT---AAAGTAGAAGTCTCAC--CAAAATGCTTC-C--TTTTT---AACCGACATATGTGGA-GTGAGC-GC-TTAT--CA-CAT----G-G-TA-----AGTGT--GGG-TTCGAAT--C--G--AT-GACAAGG------TCA--Taatca
gi|2 : AGTTTGGC--CATGGAGCTTT-AGCTTTTG---TTGCAACATCAGTAGA-GTGTTC-G-GTT--AACA-CAT----G-GATG-----GG-GT--GAA-TTCAAAT--CTCC--AT---TGAGG------TCA---AAGGTT-TTTTTG-TAATGTTCCTGGTC--CAtggttaagactgattctatacatgaaaattctctattcacatgcaagttcacccccacccccctaaaaaatggttgtatgtgtgcagagaaggaaagaagaaatgaactgata
gi|5 : atgtctatagctatacatatgcatgtataacattttccctatgatacattatatttatagtagactgcatagggataacttataataggtaaatatgcacatcGTCTCGC--CACAGAGCTAG-C--TTCTG---TGGCAACATCAGTACA-GCGTT----------GCA-CAA----A-G-TA-----GATGT--GGG-TTCTAAT--C-----ATCGTTGAGA------TCAC-TTATTTG-TCATTGTTAATGT-TCCAGTT--CCACC-ACAATGTAAT-tcatgacatgtttgtcacaaatttatggaaa
gi|3 : gacatttatctgaattatatgataaaaataaaatgtaattgaacatacttttttattgataaatagtttactactGTCTCACGACAAGA-GCTAG-C--TTTTA---TGTTGACATCT--AG--GTATTT-GCATT----CA-CTC----A-G-TA-----CACAA--GAGGTTTGGAT--T--TGAAT-TC--AGG------TCAA-TGATTTT-TCTATG-TAATTT-TCCGGTTTGCAA---ACA--TTGAT-TGAGttatttattgacaaaaa
gi|11 : atagagatatatctgcaactactGTCTTGC--CATGGAGCTAG-C--TTTTG---TGGCATCAT---CGGA-GTGTTTAACTTTG---CA-TGC---------A-----GGTGA--GGG-TTCAAGTCCC--C--AT-G--GAAG------TCACCCGATTTT-TCCTC--TAAATTTTCCCCAT--CAAAT---A--ATAATCAGAaatctcgataggcatttttgcattcgaggttatgcctaaataatttggatgttgttaatagtttgatatgtcaaatattt
gi|12 : taaatatatgtgtactacttctAGCTAG-T--TTTTG---TGGCACCATAAGTAGA-GCATTC-G--TTA-AGCA-CACTTGGG-G-T--------TGT--AGA-TTCAAAT--C--C--CT-GTTGAAGTTTTTTTCA--TGGTATT-ttcaaa
gi|8 : ctacttttgatgcCTACCA--TCTTGCCATGGCAACA-ACAAAAAAGCATTC-AC--T-TAACA-CAT----G-G-GA-----GATGCTAGGG-TTCGCAT--C--T------CTGGGG------TCAC-TGATTTT-TCTTTG-TAATgtttctggtca
gi|13 : attttacagaatagtaggcttcagttagagattgatgaaaataaataccggtaggttgaaatgcatgttaAC-T--TTTTA---TAACG---TAAGTAGA-GCAATC-GC-TTAT--CA-CAC----G-G-GA-----GATGT--GGG-TTCTAAT--C--C--CC-TCTGAGG------TCGC-TGATAGT-T-TTCG-TAATTTAT-TCGGT--CATATCACA--G
gi|16 : tttcactgAGCA-CAC----A-G-GG-----GATGT--GGG-TTCTTAT--C--T--CC-ACTGACA------TTGC-TGATTTT-TCTTTG-AAATTTa
gi|10 : tgttc----G-G-AA-----GGTGT--GGG-TTCGAAT--C--C--CT-GCCGAGA------TTAC-TGA-ATTATC--AG-TCATTTTTC-CGGT--CAGATGACAT-ATAAT-A
gi|6 : ctgtcttgctactgagctagtttttgtaagatatcagtagactaactaagaataagtgcatTTAAGACTGATTCTATACATGAAAATTCTCTATTCACATG-CAAGTTCACCCCCACCCCCCTAAAAAATGGTTGT----------ATGTGTGCAGAGAA-GGAAAGAAGAAATGAACTGATAatcaatatactgaagcagaaatt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATGTGTGTAATATTACATATTTACTTATATCACATTATGGTTCATCTATGTGTAGTAGGCTTACTTTAAAGGACTTCATATTAACAGTTAAAATATATAAGTGTGATACTAACACCTTGCCAAAGCTCTAGCTTTTAAGTTGACATCAGCAAAGCATTCACTTCACACACGGGAGATGTGGGTTCAAATTCTCAG
Unaligned ( gi|9 ): AATGGATATGGGTTTGAATCTTTGCTGAAGTCACTGATTTTTCTAAGCAGTATTTCTGGTCCTGATTTCCGGGACATTGGTGGAGAATTCTGGAAGGCATCGTATGAGGTTACAGTTGGCTGAGTCATTGTTTGTTGTCAATATTTAAATGAGTCAAATATCTT
Unaligned ( gi|14 ): CTGTCTCGCCATAGAGCTATATTTTTTTTTTTAGCAAAGTCTGTTAATTGTTCACTTAGCACATTAAGGAGTTGTGGGTTTTAAATCAAGCTGAGGTCACTAATTCTATAATTC
Unaligned ( gi|15 ): GTGTTCACTTAGCACATGAGAGGTGTGGGTTCAGATCCCAGCTTATTTCACTCAGGTCACTGATTTTCCTTCATAATT
Alignments
lowQualScore : 22 1 2222222222222222 1 2222222 111 22222222222222 11111111111 11111111111 22222222 4444 333333 2 2222 8888888888 2
lowQualScore : 77 3 9999999999999999 5 0 1 1 6666666 000 44 888888 3 555 11 77777 66666666666666 88888888888 2 33 1 2 99999999999 2 33 3 1 3 5 55 3 44444444 66 5 333 2222 000000 2 77 4 0 4 2222 2 3 7777777777 2 0 3
lowQualScore : .. . ................ . . . . ....... ... .. ...... . ... .. ..... .............. ........... . .. . . ........... . .. . . . . .. . ........ .. . ... .... ...... . .. . . . .... . . .......... . . .
lowQualScore : 55 3 0000000000000000 7 8 0 0 3333333 000 22 777777 1 444 88 11111 00000000000000 55555555555 5 44 2 5 33333333333 7 77 7 0 6 7 55 4 55555555 00 7 000 5555 000000 5 00 0 0 0 5555 5 0 5555555555 5 0 0
consensus : NNNCAACCAATGCGAATTTAT-GTAAA-----TAGGNAGA---TATAATGTGTGAAANTANA----AGTCTCGCCACG-GAGCT--AG-----C-TTTTG---TGGCGACATCAGTAGA-----GCGTTCG-C-T-----T---AGCACAC---G-G-N---AGG-TGT--GGGTTCGAAT-CCN--------CGCTGAGGTCACT-GAT--TTTTCTTTGTAATTT-TTCCGGTT--CGAAT-------ACA-NTGAT-AGAGCGTTTGGTTAAGACTGATTCTATANATGAAANNTCTCTATTCACANGACANGTTCACCCCCACCCCNCTGAAGNATGGTTGTTACGCAGAACACGTGTNCAGGGAATGGAAAGAAGANATGAACTGATA
Reference ( family-1684 ) : NNNCAATCAA--CAAATTTAT-GTAAA-----TAGGCAGA---TATAATGTGTGAAANTAGA----AGTCTCGCCACG-GAGCT--AN-----C-TTTTG---TGGCGACATNAGTAGA-----GCGTTCG-C-T-----T--TAGCACAC---G-G-T---AGG-TGT--GGGTTCGAAT-CCA--------CGCTGAGGTCACT-GAT--TTTTCTTTGTAATTT-TTCCCGTT--CAAAT-------ACA-NTAAT-AGAGNNNTT----AAGACTGATTCTATACATGAAAATTCTCTATTCACATG-CAAGTTCACCCCCACCCCCCTAAAAAATGGTTGT----------ATGTGTGCAGAGAA-GGAAAGAAGAAATGAACTGATA
gi|1 : CAACCAATGCGAGTTAAT-GTGAT-----T--GT-GA---AATAACGT---AAAGTAGA----AGTCTCACCAAG-AAGCT--AC-----A-TTTTG---TGGCGACATATGTAGA-----GCGTTCG-CAT-----TG-TAACACGC---G-G-T---AGA-TAT--GAGTTCGAAT-CCA--------TGCCGAGATCA-T-GAT--ATTTCTTTGTAATTT-GTCTCGTT--CAAAT-------ACA-GTAAT-AGAGCGTTT----AAGACTG------TAAATGAAATGTCTCTATTCACAAGACATGTTCA----CACCCCACTGAAGCATGGTTGTTACGCAGAACACATGTTCAGGGAATGGAAAGAAGACATGAACTGATA
gi|10 : agaGTCTTGCTACT-GAGCT--AG-----T-TTTTG---TAA-GATATCAGTAGA--------CTAA-C-TAAGAAT--AAGTGCAT---G-G-A---AGG-TGT--GGGTTCGAAT-CCC--------TGCCGAGATTACT-GAA--TTATC--AGTCATTT-TT-CCGGT--CAGATG------ACATATAAT-A
gi|11 : ctGTCTTGCCATG-GAGCT--AG-----C-TTTTG---TGGC---ATCATCGGA-----GTGTTTAAC-T-----T--T-GCATGC-----------AGG-TGA--GGGTTCAAGT-CCC--------CATGGAAGTCACCCGAT--TTTTCCTC-TAAATT-TTCCCCAT--CAAAT---------A-ATAATCAGAatcaatatactgaagcagaaatt
gi|12 : taaatatatgtgtactacttctAGCT--AG-----T-TTTTG---TGGCACCATAAGTAGA-----GCATTCG---T-----T--AAGCACACTT-G-G------GGTTGT--AGATTCAAAT-CCC--------TGTTGAAGTT------T--TTTTCATGGT-ATTG-TTTCTGGT--CAttcaaa
gi|13 : ctacttttgatgc--AC-----T-TTTTA---TAACG---TAAGTAGA-----GCAATCG-C-T-----T---ATCACAC---G-G-G---AGA-TGT--GGGTTCTAAT-CCC--------CTCTGAGGTCGCT-GATAGTTTTC---GTAATTTATTC
gi|14 : tttcactgGTCTCGCCATA-GAGCT--ATATTTTT-TTTTT---TAGCAAAGTCTGTTAA-----TTGTTCA-C-T-----T---AGCACATTAAG-G-----AGT-TGT--GGGTTTTAAA-TCA--------AGCTGAGGTCACT-AAT--TCTggtcatatcacaga
gi|15 : ct-----GTGTTCA-C-T-----T---AGCACAT---G-A-G---AGG-TGT--GGGTTCAGATCCCAGCTTATTTCACTCAGGTCACT-GAT--TTTCCTTCATAATTataattc
gi|16 : -T-----T--CAGCACAC---A-G-G---GGA-TGT--GGGTTCTTAT-CTC--------CACTGACATTGCT-GAT--TTTTCTTTGAAATTT-
gi|2 : tgATTTATAGTAGACTGCATAGGGATAACTTATAATAGGTAAATATGCACATCAGTTTGGCCATG-GAGCTTTAG-----C-TTTTG---TTGCAACATCAGTAGA-----GTGTTCG---G-----T--TAACACAT---G-GAT---GGG--GT--GAATTCAAAT-CTC--------CATTGAGGTCAAA-GGT--TTT--TTTGTAATGT-TCCTGGTC--CA
gi|3 : atgtctatagctatacatatgcatgtataacattttccctatgatacattatA-----TAG--AGA---TATA---TCTGCAACTACT-----GTCTCACGACAAGAGCT--AG-----C-TTTTA---TGTTGACATC--TAGGTATTTGCATTCA-C-T-----C---AGTACAC---A-A-G---AGG-TTT--GGATTTGAAT-TCA--------------GGTCAAT-GAT--TTTTCTATGTAA-TT-TTCCGGTTTGCAA---------ACA-TTGAT-TGAGtcatgacatgtttgtcacaaatttatggaaa
gi|4 : CAATCAA--CAAATTTAT-GTAAA-----TAGGCAGA---TATAATGTGTGAAATTA-A----TGTCTCGCCGTA-AAGTT--AA-----C-CTTTG---GGGAGGCACCAGTAGA------CGTTCA-T-T-----TAACAGCACAT---GTA-TGAGAGG-TGT--GGGTCTGAAT-CCA--------CACTGAGGTCACT-CAT--TTTTCTTTGTAATGT-TTCCAGTT--TGGTT-------ACA-TTAAT-GAAGaatctcgataggcatttttgcattcgaggttatgcctaaataatttggatgttgttaatagtttgatatgtcaaatattt
gi|5 : catttgcactggattttatggtccagtagactgGTCTCGCCACA-GAGCT--AG-----C-TTCTG---TGGCAACATCAGTACA-----GCGTT----------------GCACAA---A-G-T---AGA-TGT--GGGTTCTAAT-CAT--------CGTTGAGATCACT-TAT--TTGTCATTGTTAATG-TTCCAGTT--CCACC-------ACA-ATaatca
gi|6 : gacatttatctgaattatatgataaaaataaaatgtaattgaacatacttttttattgataaatagtttactactTAATGT---AAAGTAGA----AGTCTCACCAAA-ATGCT--TC-----C-TTTTT---AACCGACATATGTGGA-----GTGAGCG-C-T-----T---ATCACAT---G-G-T---AAG-TGT--GGGTTCGAAT-CGA--------TGACAAGGTCATT-GGT--Tgtaatttatttattgacaaaaa
gi|6 : GTT--CGAAT--------CG-ATGAC-AAGGTCATTGGTTAAGACTGATTCTATACATGAAAATTCTCTATTCACATG-CAAGTTCACCCCCACCCCCCTAAAAAATGGTTGT----------ATGTGTGCAGAGAA-GGAAAGAAGAAATGAACTGATAaagactgattctatacatgaaaattctctattcacatgcaagttcacccccacccccctaaaaaatggttgtatgtgtgcagagaaggaaagaagaaatgaactgata
gi|7 : taatgtaaagtagaagtctcaccaaaatgcttcctttttaaccgacatatgtggagtgagcgcttatcacatggtaagtgtggA---TATAA-GTGTGATACTAAC----A-CCTTGCCAAA-GCTCT--AG-----C-TTTTA---AGTTGACATCAGCAAA-----GCATTCA-C-T-----T--CA-CACAC---G-G-G---AGA-TGT--GGGTTCAAAT-TC
gi|8 : atgtgtgtaatattacatatttacttatatcacattatggttcatctatgtgtagtaggcttactttaaaggacttcatattaacagttaaaatCT--AC-----CATCTTGCCATGGCAACAACAAAAAA-----GCATTCA-C-T-----T---AACACAT---G-G-G---AGA-TGCTAGGGTTCGCAT-CT-----------CTGGGGTCACT-GAT--TTTTCTTTGTAATtcag
gi|9 : attttacagaatagtaggcttcagttagagattgatgaaaataaataccggtaggttgaaatgcatgtta-T---GGA-TAT--GGGTTTGAAT-CTT--------TGCTGAAGTCACT-GAT--TTTTCTAAGCAGTAT-TTCTGGTC--CTGATTTCCGGGACA-TTGGT-GGAGAATT
Alignments
lowQualScore : 11 1 3333333333333333 1 2222222 111 111111 111111 111111111111 2222222222222 333333 333333 1 2222 4444444444 1
lowQualScore : 88 0 1 0 1 4444444444444444 5 0 1 1 4444444 000 55 99999 3 0 77777 22 33 2 000000 555555 1 0 33 1 555555555555 2 33 3 1 0 0000000000000 1 2 77 111111 000000 1 22 1 5 1 2222 1 1 0000000000 1 5 1
lowQualScore : .. . . . . ................ . . . . ....... ... .. ..... . . ..... .. .. . ...... ...... . . .. . ............ . .. . . . ............. . . .. ...... ...... . .. . . . .... . . .......... . . .
lowQualScore : 00 8 2 0 2 8888888888888888 7 8 0 0 5555555 000 00 11111 1 8 11111 99 77 7 333333 000000 0 1 44 2 999999999999 7 77 7 0 2 2222222222222 0 2 33 777777 000000 0 00 0 5 0 5555 0 0 0000000000 0 5 0
consensus : NNNCAACCAATGCGAATTTAT-GTAAA-----TAGGNAGAA--TATAATGTGTGAAANTANA----AGTCTCGCCACG-GAGCT--AG-----CTTTTGTGGCGACATCAGTAGA-----GCGTTC-GC--T-TAGCA------CAC------GGGAGGTGT--GGGTTCGAATCC---------CCGCTGAGGTCA-CTGAT--TTTTCTTTGTAATTTTTCCGGTTCGA----AT-------ACANTGATGGAGCGTT-TGG--AAGACTGATTCTATANATGAAANNTCTCTATTCACANGACANGTTCACCCCCACCCCNCTGAAGNATGGTTGTTACGCAGAACACGTGTNCAGGGAATGGAAAGAAGANATGAACTGATA
Reference ( family-1684 ) : NNNCAACCAATGCGAATTTAT-GTAAA-----TAGGNAGA---TATAATGTGTGAAANTANA----AGTCTCGCCACG-GAGCT--AG-----CTTTTGTGGCGACATCAGTAGA-----GCGTTC-GC--T-TAGCA------CAC------GGNAGGTGT--GGGTTCGAATCC---------NCGCTGAGGTCA-CTGAT--TTTTCTTTGTAATTTTTCCGGTTCGA----AT-------ACANTGATAGAGCGTT-TGGTTAAGACTGATTCTATANATGAAANNTCTCTATTCACANGACANGTTCACCCCCACCCCNCTGAAGNATGGTTGTTACGCAGAACACGTGTNCAGGGAATGGAAAGAAGANATGAACTGATA
gi|1 : CAACCAATGCGAGTTAAT-GTGAT-----TGTGAA------ATAACGT---AAAGTAGA----AGTCTCACCAAG-AAGCT--AC-----ATTTTGTGGCGACATATGTAGA-----GCGTTC-GCATTGTAACA------CGC------GGTAGATAT--GAGTTCGAATCC---------ATGCCGAGATCA--TGAT--ATTTCTTTGTAATTTGTCTCGTTCAA----AT-------ACAGTAATAGAGCGTT-T----AAGACTG------TAAATGAAATGTCTCTATTCACAAGACATGTTCAC----ACCCCACTGAAGCATGGTTGTTACGCAGAACACATGTTCAGGGAATGGAAAGAAGACATGAACTGATA
gi|10 : agaGTCTTGCTACT-GAGCT--AG-----TTTTTGTAA-GATATCAGTAGA--------CTA-AC--T-AAGAATAAGTGCAT------GGAAGGTGT--GGGTTCGAATCC---------CTGCCGAGATTA-CTGAA--TTATC--AGTCATTTTTCCGGTCAGATGACAT-------ATAATAAT
gi|11 : ctGTCTTGCCATG-GAGCT--AG-----CTTTTGTGG---CATCATCGGA-----GTGTTTAAC--T-TTGCA------T---------GCAGGTGA--GGGTTCAAGTCC---------CCATGGAAGTCACCCGAT--TTTTCCTC-TAAATTTTCCCCATCAA----AT-------Acaatatactgaagcagaaatt
gi|12 : taaatatatgtgtactacttctAGCT--AG-----TTTTTGTGGCACCATAAGTAGA-----GCATTC-GT--T-AAGCA------CACTT----GGG-GTTGT--AGATTCAAATCC---------CTGTTGAAGTT------T--TTTTCATGGTATTGTTTCTGGTataatcagattcaaa
gi|13 : ctacttttgatgcACGTAAGTAGA-----GCAATC-GC--T-TATCA------CAC------GGGAGATGT--GGGTTCTAATCC---------CCTCTGAGGTCG-CTGATAGTTTTC---GTAATTTATTCGGTca
gi|14 : tttcactgactttttataGTCTCGCCATA-GAGCT--ATATTTTTTTTTTTAGCAAAGTCTGTTAA-----TTGTTC-AC--T-TAGCA------CATTA----AGGAGTTGT--GGGTTTTAAATC---------AAGCTGAGGTCA-CTAAT--TCTcatatcacaga
gi|15 : ct-----GTGTTC-AC--T-TAGCA------CAT------GAGAGGTGT--GGGTTCAGATCCCAGCTTATTTCACTCAGGTCA-CTGAT--TTTCCTTCATAATTataattc
gi|16 : -GT--T-CAGCA------CAC------AGGGGATGT--GGGTTCTTATCT---------CCACTGACATTG-CTGAT--TTTTCTTTGAAATTT
gi|2 : tATTTATAGTAGACTGCATAGGGATAACTTATAATAGGTAAATATGCACATCAGTTTGGCCATG-GAGCTTTAG-----CTTTTGTTGCAACATCAGTAGA-----GTGTTC-GG--T-TAACA------CAT------GGATGGGGT--GAATTCAAATCT---------CCATTGAGGTCA-AAGGT--TTT--TTTGTAATGTTCCTGGTCC
gi|3 : atgtctatagctatacatatgcatgtataacattttccctatgatacattatA-----TAG--AGA---TATA---TCTGCAACTACT-----GTCTCACGACAAGAGCT--AG-----CTTTTATGTTGACATC--TAGGTATTTGCATTC-AC--T-CAGTA------CAC------AAGAGGTTT--GGATTTGAATTC---------------AGGTCA-ATGAT--TTTTCTATGTAA-TTTTCCGGTTTGC----AA-------ACATTGATTGAGatcatgacatgtttgtcacaaatttatggaaa
gi|4 : CAATCAA--CAAATTTAT-GTAAA-----TAGGCAGA---TATAATGTGTGAAATTA-A----TGTCTCGCCGTA-AAGTT--AA-----CCTTTGGGGAGGCACCAGTAGA------CGTTC-AT--T-TAACAG-----CACATGTATGAGAGGTGT--GGGTCTGAATCC---------ACACTGAGGTCA-CTCAT--TTTTCTTTGTAATGTTTCCAGTTTGG----TT-------ACATTAATGAAGaatctcgataggcatttttgcattcgaggttatgcctaaataatttggatgttgttaatagtttgatatgtcaaatattt
gi|5 : catttgcactggattttatggtccagtagactgGTCTCGCCACA-GAGCT--AG-----CTTCTGTGGCAACATCAGTACA-----GCGTT----------GCA------CAA------AGTAGATGT--GGGTTCTAATCA---------TCGTTGAGATCA-CTTAT--TTGTCATTGTTAATGTTCCAGTTCCA----CC-------ACAATGaatca
gi|6 : gacatttatctgaattatatgataaaaataaaatgtaattgaacatacttttttattgataaatagtttactactTAATGT---AAAGTAGA----AGTCTCACCAAA-ATGCT--TC-----CTTTTTAACCGACATATGTGGA-----GTGAGC-GC--T-TATCA------CAT------GGTAAGTGT--GGGTTCGAATCG---------ATGACAAGGTCA-TTGGT--Ttaatttatttattgacaaaaa
gi|6 : GGTTCGA----AT--------CGATGACAAGGTCAT-TGGTTAAGACTGATTCTATACATGAAAATTCTCTATTCACATG-CAAGTTCACCCCCACCCCCCTAAAAAATGGTTGT----------ATGTGTGCAGAGAA-GGAAAGAAGAAATGAACTGATAaagactgattctatacatgaaaattctctattcacatgcaagttcacccccacccccctaaaaaatggttgtatgtgtgcagagaaggaaagaagaaatgaactgata
gi|7 : taatgtaaagtagaagtctcaccaaaatgcttcctttttaaccgacatatgtggagtgagcgcttatcacatggtaagtgtgGACTTCAT-ATTAA-----CAGTTAAAATATATAA-GTGTGATACTAAC----A-CCTTGCCAAA-GCTCT--AG-----CTTTTAAGTTGACATCAGCAAA-----GCATTC-AC--T-TCACA------CAC------GGGAGATGT--GGGTTCAAATTC---------TC
gi|8 : atgtgtgtaatattacatatttacttatatcacattatggttcatctatgtgtagtaggcttactttaaagTGGCAACAACAAAAAA-----GCATTC-AC--T-TAACA------CAT------GGGAGATGCTAGGGTTCGCATCT------------CTGGGGTCA-CTGAT--TTTTCTTTGTAATag
gi|9 : attttacagaatagtaggcttcagttagagattgatgaaaataaataccggtaggttgaaatgcatgttactaccatcttgccaGATAT--GGGTTTGAATCT---------TTGCTGAAGTCA-CTGAT--TTTTCTAAGCAGTATTTCTGGTCCTG----ATTTCCGGGACATTGGTGGAGAATTCTGG--AAGGC
Alignments
lowQualScore : 11 1 22222 222222 11111111 333333333 111 111111 111111 111111111111 2222222222222 222222 333333 1 2222 4444444444 1
lowQualScore : 88 0 1 0 1 55555 1 222222 33333333 1 333333333 000 55 99999 3 0 77777 22 33 2 000000 555555 0 33 1 444444444444 2 33 3 1 0 0000000000000 1 1 77 777777 000000 1 22 1 5 1 2222 1 1 0000000000 1 5 1
lowQualScore : .. . . . . ..... . ...... ........ . ......... ... .. ..... . . ..... .. .. . ...... ...... . .. . ............ . .. . . . ............. . . .. ...... ...... . .. . . . .... . . .......... . . .
lowQualScore : 00 8 2 0 2 00000 0 222222 66666666 0 666666666 000 00 11111 1 8 11111 99 77 7 333333 000000 1 44 2 000000000000 7 77 7 0 2 2222222222222 0 4 33 777777 000000 0 00 0 5 0 5555 0 0 0000000000 0 5 0
consensus : NNNCAACCAATGCGAATTTAT-GTAAA-----TAGGNAGA-A--TATA-ATGTGTGAAANTAN--A----AGTCTCGCCACG-GAGCT--AG-----CTTTTGTGGCGACATCAGTAGA-----GCGTTC-GC--T-TAGCA------CAC------GGGAGGTGT--GGGTTCGAATCCC---------CGCTGAGGTCA-CTGAT--TTTTCTTTGTAATTTTTCCGGTTCGA----AT-------ACANTGATGGAGCGTT-TGG--AAGACTGATTCTATANATGAAANNTCTCTATTCACANGACANGTTCACCCCCACCCCNCTGAAGNATGGTTGTTACGCAGAACACGTGTNCAGGGAATGGAAAGAAGANATGAACTGATA
Reference ( family-1684 ) : NNNCAACCAATGCGAATTTAT-GTAAA-----TAGGNAGA-A--TATA-ATGTGTGAAANTAN--A----AGTCTCGCCACG-GAGCT--AG-----CTTTTGTGGCGACATCAGTAGA-----GCGTTC-GC--T-TAGCA------CAC------GGGAGGTGT--GGGTTCGAATCCC---------CGCTGAGGTCA-CTGAT--TTTTCTTTGTAATTTTTCCGGTTCGA----AT-------ACANTGATGGAGCGTT-TGG--AAGACTGATTCTATANATGAAANNTCTCTATTCACANGACANGTTCACCCCCACCCCNCTGAAGNATGGTTGTTACGCAGAACACGTGTNCAGGGAATGGAAAGAAGANATGAACTGATA
gi|1 : CAACCAATGCGAGTTAAT-GTGAT-----TGTGAA-------ATA-ACGT---AAAGTAG--A----AGTCTCACCAAG-AAGCT--AC-----ATTTTGTGGCGACATATGTAGA-----GCGTTC-GCATTGTAACA------CGC------GGTAGATAT--GAGTTCGAATCCA---------TGCCGAGATCA--TGAT--ATTTCTTTGTAATTTGTCTCGTTCAA----AT-------ACAGTAATAGAGCGTT-T----AAGACTG------TAAATGAAATGTCTCTATTCACAAGACATGTTCAC----ACCCCACTGAAGCATGGTTGTTACGCAGAACACATGTTCAGGGAATGGAAAGAAGACATGAACTGATA
gi|10 : agaGTCTTGCTACT-GAGCT--AG-----TTTTTGTAA-GATATCAGTAGA--------CTA-AC--T-AAGAATAAGTGCAT------GGAAGGTGT--GGGTTCGAATCCC---------TGCCGAGATTA-CTGAA--TTATC--AGTCATTTTTCCGGTCAGATGACAT-------ATAATAAT
gi|11 : ctA-A--TATA--TGTGT---ACTACTTC----TGTCTTGCCATG-GAGCT--AG-----CTTTTGTGG---CATCATCGGA-----GTGTTTAAC--T-TTGCA------TGC---------AGGTGA--GGGTTCAAGTCCC---------CATGGAAGTCACCCGAT--TTTTCCTC-TAAATTTTCCCCATCAA----AT-------Acaatatactgaagcagaaatt
gi|12 : taAGCT--AG-----TTTTTGTGGCACCATAAGTAGA-----GCATTC-GT--T-AAGCA------CACTT----GGG-GTTGT--AGATTCAAATCCC---------TGTTGAAGTT------T--TTTTCATGGTATTGTTTCTGGTataatcagattcaaa
gi|13 : ctacttttgatgcACGTAAGTAGA-----GCAATC-GC--T-TATCA------CAC------GGGAGATGT--GGGTTCTAATCCC---------CTCTGAGGTCG-CTGATAGTTTTC---GTAATTTATTCGGTca
gi|14 : tttcactgactttttataGTCTCGCCATA-GAGCT--ATATTTTTTTTTTTAGCAAAGTCTGTTAA-----TTGTTC-AC--T-TAGCA------CATTA----AGGAGTTGT--GGGTTTTAAATCA---------AGCTGAGGTCA-CTAAT--TCTcatatcacaga
gi|15 : ct-----GTGTTC-AC--T-TAGCA------CAT------GAGAGGTGT--GGGTTCAGATCCCAGCTTATTTCACTCAGGTCA-CTGAT--TTTCCTTCATAATTataattc
gi|16 : -GT--T-CAGCA------CAC------AGGGGATGT--GGGTTCTTATCTC---------CACTGACATTG-CTGAT--TTTTCTTTGAAATTT
gi|2 : tATTTATAGTAGACTGCATAGGGATA-ACTTATA-ATAGGTAAATATGC--ACATCAGTTTGGCCATG-GAGCTTTAG-----CTTTTGTTGCAACATCAGTAGA-----GTGTTC-GG--T-TAACA------CAT------GGATGGGGT--GAATTCAAATCTC---------CATTGAGGTCA-AAGGT--TTT--TTTGTAATGTTCCTGGTCC
gi|3 : atgtctatagctatacatatgcatgtataacattttccctatgatacattatAGAGA--TATA----TCTGCAACTAC--T-----GTCTCACGACAAGAGCT--AG-----CTTTTATGTTGACATC--TAGGTATTTGCATTC-AC--T-CAGTA------CAC------AAGAGGTTT--GGATTTGAATTC---------------AGGTCA-ATGAT--TTTTCTATGTAA-TTTTCCGGTTTGC----AA-------ACATTGATTGAGatcatgacatgtttgtcacaaatttatggaaa
gi|4 : atCAATCAA--CAAATTTAT-GTAAA-----TAGGCAGA----TATA-ATGTGTGAAATTA---A----TGTCTCGCCGTA-AAGTT--AA-----CCTTTGGGGAGGCACCAGTAGA------CGTTC-AT--T-TAACAG-----CACATGTATGAGAGGTGT--GGGTCTGAATCCA---------CACTGAGGTCA-CTCAT--TTTTCTTTGTAATGTTTCCAGTTTGG----TT-------ACATTAATGAAGaatctcgataggcatttttgcattcgaggttatgcctaaataatttggatgttgttaatagtttgatatgtcaaatattt
gi|5 : catttgcactggattttatggtccagtagactgGTCTCGCCACA-GAGCT--AG-----CTTCTGTGGCAACATCAGTACA-----GCGTT----------GCA------CAA------AGTAGATGT--GGGTTCTAATCAT---------CGTTGAGATCA-CTTAT--TTGTCATTGTTAATGTTCCAGTTCCA----CC-------ACAATGaatca
gi|6 : gacatttatctgaattatatgataaaaataaaatgtaattgaacatacttttttattgataaatagtttactactTA-ATGT---AAAGTAG--A----AGTCTCACCAAA-ATGCT--TC-----CTTTTTAACCGACATATGTGGA-----GTGAGC-GC--T-TATCA------CAT------GGTAAGTGT--GGGTTCGAATCGA---------TGACAAGGTCA-TTGGT--Ttaatttatttattgacaaaaa
gi|6 : GGTTCGA----AT--------CGATGACAAGGTCAT-TGGTTAAGACTGATTCTATACATGAAAATTCTCTATTCACATG-CAAGTTCACCCCCACCCCCCTAAAAAATGGTTGT----------ATGTGTGCAGAGAA-GGAAAGAAGAAATGAACTGATAaagactgattctatacatgaaaattctctattcacatgcaagttcacccccacccccctaaaaaatggttgtatgtgtgcagagaaggaaagaagaaatgaactgata
gi|7 : taatgtaaagtagaagtctcaccaaaatgcttcctttttaaccgacatatgtggagtgagcgcttatcacatggtaagtgtgGACTTCAT-ATTAA-----CAGTTAAA-A--TATATAAGTGTGATACTAA--C----A-CCTTGCCAAA-GCTCT--AG-----CTTTTAAGTTGACATCAGCAAA-----GCATTC-AC--T-TCACA------CAC------GGGAGATGT--GGGTTCAAATTCT---------C
gi|8 : atgtgtgtaatattacatatttacttatatcacattatggttcatctatgtgtagtaggcttactttaaagTGGCAACAACAAAAAA-----GCATTC-AC--T-TAACA------CAT------GGGAGATGCTAGGGTTCGCATCTC------------TGGGGTCA-CTGAT--TTTTCTTTGTAATag
gi|9 : attttacagaatagtaggcttcagttagagattgatgaaaataaataccggtaggttgaaatgcatgttactaccatcttgccaGATAT--GGGTTTGAATCTT---------TGCTGAAGTCA-CTGAT--TTTTCTAAGCAGTATTTCTGGTCCTG----ATTTCCGGGACATTGGTGGAGAATTCTGG--AAGGC
Alignments
lowQualScore : 11 1 22222 222222 11111111 333333333 111 111111 111111 111111111111 2222222222222 222222 333333 1 2222 4444444444 1
lowQualScore : 88 0 1 0 1 55555 1 222222 33333333 1 333333333 000 55 99999 3 0 77777 22 33 2 000000 555555 0 33 1 444444444444 2 33 3 1 0 0000000000000 1 1 77 777777 000000 1 22 1 5 1 2222 1 1 0000000000 1 5 1
lowQualScore : .. . . . . ..... . ...... ........ . ......... ... .. ..... . . ..... .. .. . ...... ...... . .. . ............ . .. . . . ............. . . .. ...... ...... . .. . . . .... . . .......... . . .
lowQualScore : 00 8 2 0 2 00000 0 222222 66666666 0 666666666 000 00 11111 1 8 11111 99 77 7 333333 000000 1 44 2 000000000000 7 77 7 0 2 2222222222222 0 4 33 777777 000000 0 00 0 5 0 5555 0 0 0000000000 0 5 0
consensus : NNNCAACCAATGCGAATTTAT-GTAAA-----TAGGNAGA-A--TATA-ATGTGTGAAANTAN--A----AGTCTCGCCACG-GAGCT--AG-----CTTTTGTGGCGACATCAGTAGA-----GCGTTC-GC--T-TAGCA------CAC------GGGAGGTGT--GGGTTCGAATCCC---------CGCTGAGGTCA-CTGAT--TTTTCTTTGTAATTTTTCCGGTTCGA----AT-------ACANTGATGGAGCGTT-TGG--AAGACTGATTCTATANATGAAANNTCTCTATTCACANGACANGTTCACCCCCACCCCNCTGAAGNATGGTTGTTACGCAGAACACGTGTNCAGGGAATGGAAAGAAGANATGAACTGATA
Reference ( family-1684 ) : NNNCAACCAATGCGAATTTAT-GTAAA-----TAGGNAGA-A--TATA-ATGTGTGAAANTAN--A----AGTCTCGCCACG-GAGCT--AG-----CTTTTGTGGCGACATCAGTAGA-----GCGTTC-GC--T-TAGCA------CAC------GGGAGGTGT--GGGTTCGAATCCC---------CGCTGAGGTCA-CTGAT--TTTTCTTTGTAATTTTTCCGGTTCGA----AT-------ACANTGATGGAGCGTT-TGG--AAGACTGATTCTATANATGAAANNTCTCTATTCACANGACANGTTCACCCCCACCCCNCTGAAGNATGGTTGTTACGCAGAACACGTGTNCAGGGAATGGAAAGAAGANATGAACTGATA
gi|1 : CAACCAATGCGAGTTAAT-GTGAT-----TGTGAA-------ATA-ACGT---AAAGTAG--A----AGTCTCACCAAG-AAGCT--AC-----ATTTTGTGGCGACATATGTAGA-----GCGTTC-GCATTGTAACA------CGC------GGTAGATAT--GAGTTCGAATCCA---------TGCCGAGATCA--TGAT--ATTTCTTTGTAATTTGTCTCGTTCAA----AT-------ACAGTAATAGAGCGTT-T----AAGACTG------TAAATGAAATGTCTCTATTCACAAGACATGTTCAC----ACCCCACTGAAGCATGGTTGTTACGCAGAACACATGTTCAGGGAATGGAAAGAAGACATGAACTGATA
gi|10 : agaGTCTTGCTACT-GAGCT--AG-----TTTTTGTAA-GATATCAGTAGA--------CTA-AC--T-AAGAATAAGTGCAT------GGAAGGTGT--GGGTTCGAATCCC---------TGCCGAGATTA-CTGAA--TTATC--AGTCATTTTTCCGGTCAGATGACAT-------ATAATAAT
gi|11 : ctA-A--TATA--TGTGT---ACTACTTC----TGTCTTGCCATG-GAGCT--AG-----CTTTTGTGG---CATCATCGGA-----GTGTTTAAC--T-TTGCA------TGC---------AGGTGA--GGGTTCAAGTCCC---------CATGGAAGTCACCCGAT--TTTTCCTC-TAAATTTTCCCCATCAA----AT-------Acaatatactgaagcagaaatt
gi|12 : taAGCT--AG-----TTTTTGTGGCACCATAAGTAGA-----GCATTC-GT--T-AAGCA------CACTT----GGG-GTTGT--AGATTCAAATCCC---------TGTTGAAGTT------T--TTTTCATGGTATTGTTTCTGGTataatcagattcaaa
gi|13 : ctacttttgatgcACGTAAGTAGA-----GCAATC-GC--T-TATCA------CAC------GGGAGATGT--GGGTTCTAATCCC---------CTCTGAGGTCG-CTGATAGTTTTC---GTAATTTATTCGGTca
gi|14 : tttcactgactttttataGTCTCGCCATA-GAGCT--ATATTTTTTTTTTTAGCAAAGTCTGTTAA-----TTGTTC-AC--T-TAGCA------CATTA----AGGAGTTGT--GGGTTTTAAATCA---------AGCTGAGGTCA-CTAAT--TCTcatatcacaga
gi|15 : ct-----GTGTTC-AC--T-TAGCA------CAT------GAGAGGTGT--GGGTTCAGATCCCAGCTTATTTCACTCAGGTCA-CTGAT--TTTCCTTCATAATTataattc
gi|16 : -GT--T-CAGCA------CAC------AGGGGATGT--GGGTTCTTATCTC---------CACTGACATTG-CTGAT--TTTTCTTTGAAATTT
gi|2 : tATTTATAGTAGACTGCATAGGGATA-ACTTATA-ATAGGTAAATATGC--ACATCAGTTTGGCCATG-GAGCTTTAG-----CTTTTGTTGCAACATCAGTAGA-----GTGTTC-GG--T-TAACA------CAT------GGATGGGGT--GAATTCAAATCTC---------CATTGAGGTCA-AAGGT--TTT--TTTGTAATGTTCCTGGTCC
gi|3 : atgtctatagctatacatatgcatgtataacattttccctatgatacattatAGAGA--TATA----TCTGCAACTAC--T-----GTCTCACGACAAGAGCT--AG-----CTTTTATGTTGACATC--TAGGTATTTGCATTC-AC--T-CAGTA------CAC------AAGAGGTTT--GGATTTGAATTC---------------AGGTCA-ATGAT--TTTTCTATGTAA-TTTTCCGGTTTGC----AA-------ACATTGATTGAGatcatgacatgtttgtcacaaatttatggaaa
gi|4 : atCAATCAA--CAAATTTAT-GTAAA-----TAGGCAGA----TATA-ATGTGTGAAATTA---A----TGTCTCGCCGTA-AAGTT--AA-----CCTTTGGGGAGGCACCAGTAGA------CGTTC-AT--T-TAACAG-----CACATGTATGAGAGGTGT--GGGTCTGAATCCA---------CACTGAGGTCA-CTCAT--TTTTCTTTGTAATGTTTCCAGTTTGG----TT-------ACATTAATGAAGaatctcgataggcatttttgcattcgaggttatgcctaaataatttggatgttgttaatagtttgatatgtcaaatattt
gi|5 : catttgcactggattttatggtccagtagactgGTCTCGCCACA-GAGCT--AG-----CTTCTGTGGCAACATCAGTACA-----GCGTT----------GCA------CAA------AGTAGATGT--GGGTTCTAATCAT---------CGTTGAGATCA-CTTAT--TTGTCATTGTTAATGTTCCAGTTCCA----CC-------ACAATGaatca
gi|6 : gacatttatctgaattatatgataaaaataaaatgtaattgaacatacttttttattgataaatagtttactactTA-ATGT---AAAGTAG--A----AGTCTCACCAAA-ATGCT--TC-----CTTTTTAACCGACATATGTGGA-----GTGAGC-GC--T-TATCA------CAT------GGTAAGTGT--GGGTTCGAATCGA---------TGACAAGGTCA-TTGGT--Ttaatttatttattgacaaaaa
gi|6 : GGTTCGA----AT--------CGATGACAAGGTCAT-TGGTTAAGACTGATTCTATACATGAAAATTCTCTATTCACATG-CAAGTTCACCCCCACCCCCCTAAAAAATGGTTGT----------ATGTGTGCAGAGAA-GGAAAGAAGAAATGAACTGATAaagactgattctatacatgaaaattctctattcacatgcaagttcacccccacccccctaaaaaatggttgtatgtgtgcagagaaggaaagaagaaatgaactgata
gi|7 : taatgtaaagtagaagtctcaccaaaatgcttcctttttaaccgacatatgtggagtgagcgcttatcacatggtaagtgtgGACTTCAT-ATTAA-----CAGTTAAA-A--TATATAAGTGTGATACTAA--C----A-CCTTGCCAAA-GCTCT--AG-----CTTTTAAGTTGACATCAGCAAA-----GCATTC-AC--T-TCACA------CAC------GGGAGATGT--GGGTTCAAATTCT---------C
gi|8 : atgtgtgtaatattacatatttacttatatcacattatggttcatctatgtgtagtaggcttactttaaagTGGCAACAACAAAAAA-----GCATTC-AC--T-TAACA------CAT------GGGAGATGCTAGGGTTCGCATCTC------------TGGGGTCA-CTGAT--TTTTCTTTGTAATag
gi|9 : attttacagaatagtaggcttcagttagagattgatgaaaataaataccggtaggttgaaatgcatgttactaccatcttgccaGATAT--GGGTTTGAATCTT---------TGCTGAAGTCA-CTGAT--TTTTCTAAGCAGTATTTCTGGTCCTG----ATTTCCGGGACATTGGTGGAGAATTCTGG--AAGGC
blockSeqs : . T A A CTGCA G TAACT TAAGTGTG C CACATCA CAA TT ATTTT C TATTT AA . . TAAGTG ATGTAT TA G CAGCTTATTTCA C AG C A ATTTCCGGG A T TC TGGTT ATTCTA C AT T . A CCCC C A . G . A
blockSeqs : T . A . C GAGA ATAGGTA A CTTCT CT . . C . A . . G TT . A CTG . . A C TGACAT T G AA CTGG
blockSeqs : C . T . T AAA ATGTGTG C GAA TG . . C . G . . . TA . A CCA . . T G AT T A
blockSeqs : GA TGTGT T ACA TA . . T . G . . . . . T CTG . . T C AA A G
blockSeqs : TCTG G CT TG . . A . A . . . . . T CCT . . T T TT A
blockSeqs : ATGT C AT TA . . C . A . . . . . A AAG . . T T CC T
blockSeqs : CA . . C . G . . . . . T CCA . . T T AT
blockSeqs : AA . . T . G . . . . . A CCA . . A T
blockSeqs : AA . . C . A . . . . . G ACA . . T T
blockSeqs : . . . . A . . . . . G TCG . . T T
blockSeqs : . . G . . . . . T ATG . . . A
blockSeqs : . A . . . . . G TTG . . . .
blockSeqs : . A . . . . . A C . .
blockSeqs : . . . . . . G . . .
blockSeqs : . G
blockSeqCons : GAA*** ATGTGTG* AT******* **
originalCons : NNNCAACCAATGCGAATTTAT-GTAAA-----TAGGNAGA-A--TATA-ATGTGTGAAANTAN--A----AGTCTCGCCACG-GAGCT--AG-----CTTTTGTGGCGACATCAGTAGA-----GCGTTC-GC--T-TAGCA------CAC------GGGAGGTGT--GGGTTCGAATCCC---------CGCTGAGGTCA-CTGAT--TTTTCTTTGTAATTTTTCCGGTTCGA----AT-------ACANTGATGGAGCGTT-TGG--AAGACTGATTCTATANATGAAANNTCTCTATTCACANGACANGTTCACCCCCACCCCNCTGAAGNATGGTTGTTACGCAGAACACGTGTNCAGGGAATGGAAAGAAGANATGAACTGATA
finalCons : NNNCAACCAATGCGAATTTAT-GTAAA-----TAGGNAGAA---TATAATGTGTG-AAANTAAT-------GTCTCGCCACG-GAGCT--AG-----CTTTTGTGGCGACATCAGTAGA-----GCGTTC-GC--T-TAGCA------CAC------GGGAGGTGT--GGGTTCGAATCCC---------CGCTGAGGTCA-CTGAT--TTTTCTTTGTAATTTTTCCGGTTCGA----AT-------ACANTGATGGAGCGTT-TGG--AAGACTGATTCTATANATGAAANNTCTCTATTCACANGACANGTTCACCCCCACCCCNCTGAAGNATGGTTGTTACGCAGAACACGTGTNCAGGGAATGGAAAGAAGANATGAACTGATA
Alignments
lowQualScore : 11 1 22222 222222 111 2222222 111 111111 111111 111111111111 2222222222222 222222 333333 1 2222 4444444444 1
lowQualScore : 88 0 1 0 1 55555 1 222222 111 7 1 1 2222222 000 55 99999 3 0 77777 22 33 2 000000 555555 0 33 1 444444444444 2 33 3 1 0 0000000000000 1 1 77 777777 000000 1 22 1 5 1 2222 1 1 0000000000 1 5 1
lowQualScore : .. . . . . ..... . ...... ... . . . ....... ... .. ..... . . ..... .. .. . ...... ...... . .. . ............ . .. . . . ............. . . .. ...... ...... . .. . . . .... . . .......... . . .
lowQualScore : 00 8 2 0 2 00000 0 222222 000 9 7 0 0000000 000 00 11111 1 8 11111 99 77 7 333333 000000 1 44 2 000000000000 7 77 7 0 2 2222222222222 0 4 33 777777 000000 0 00 0 5 0 5555 0 0 0000000000 0 5 0
consensus : NNNCAACCAATGCGAATTTAT-GTAAA-----TAGGNAGA-A--TATA-ATGTGTGAAACTA---AT--GTCTCGCCACG-GAGCT--AG-----CTTTTGTGGCGACATCAGTAGA-----GCGTTC-GC--T-TAGCA------CAC------GGGAGGTGT--GGGTTCGAATCCC---------CGCTGAGGTCA-CTGAT--TTTTCTTTGTAATTTTTCCGGTTCGA----AT-------ACANTGATGGAGCGTT-TGG--AAGACTGATTCTATANATGAAANNTCTCTATTCACANGACANGTTCACCCCCACCCCNCTGAAGNATGGTTGTTACGCAGAACACGTGTNCAGGGAATGGAAAGAAGANATGAACTGATA
Reference ( family-1684 ) : NNNCAACCAATGCGAATTTAT-GTAAA-----TAGGNAGA-A--TATA-ATGTGTGAAANTA---AT--GTCTCGCCACG-GAGCT--AG-----CTTTTGTGGCGACATCAGTAGA-----GCGTTC-GC--T-TAGCA------CAC------GGGAGGTGT--GGGTTCGAATCCC---------CGCTGAGGTCA-CTGAT--TTTTCTTTGTAATTTTTCCGGTTCGA----AT-------ACANTGATGGAGCGTT-TGG--AAGACTGATTCTATANATGAAANNTCTCTATTCACANGACANGTTCACCCCCACCCCNCTGAAGNATGGTTGTTACGCAGAACACGTGTNCAGGGAATGGAAAGAAGANATGAACTGATA
gi|1 : CAACCAATGCGAGTTAAT-GTGAT-----TGTGAA-------ATA-ACGT---AAAGTAG--AA--GTCTCACCAAG-AAGCT--AC-----ATTTTGTGGCGACATATGTAGA-----GCGTTC-GCATTGTAACA------CGC------GGTAGATAT--GAGTTCGAATCCA---------TGCCGAGATCA--TGAT--ATTTCTTTGTAATTTGTCTCGTTCAA----AT-------ACAGTAATAGAGCGTT-T----AAGACTG------TAAATGAAATGTCTCTATTCACAAGACATGTTCAC----ACCCCACTGAAGCATGGTTGTTACGCAGAACACATGTTCAGGGAATGGAAAGAAGACATGAACTGATA
gi|10 : agaT--GTCTTGCTACT-GAGCT--AG-----TTTTTGTAA-GATATCAGTAGA--------CTA-AC--T-AAGAATAAGTGCAT------GGAAGGTGT--GGGTTCGAATCCC---------TGCCGAGATTA-CTGAA--TTATC--AGTCATTTTTCCGGTCAGATGACAT-------ATAATAAT
gi|11 : cA-A--TATA--TGTGTACTACTT---CT--GTCTTGCCATG-GAGCT--AG-----CTTTTGTGG---CATCATCGGA-----GTGTTTAAC--T-TTGCA------TGC---------AGGTGA--GGGTTCAAGTCCC---------CATGGAAGTCACCCGAT--TTTTCCTC-TAAATTTTCCCCATCAA----AT-------Acaatatactgaagcagaaatt
gi|12 : taAGCT--AG-----TTTTTGTGGCACCATAAGTAGA-----GCATTC-GT--T-AAGCA------CACTT----GGG-GTTGT--AGATTCAAATCCC---------TGTTGAAGTT------T--TTTTCATGGTATTGTTTCTGGTataatcagattcaaa
gi|13 : ctacttttgatgcACGTAAGTAGA-----GCAATC-GC--T-TATCA------CAC------GGGAGATGT--GGGTTCTAATCCC---------CTCTGAGGTCG-CTGATAGTTTTC---GTAATTTATTCGGTca
gi|14 : tttcactgactttttataT--GTCTCGCCATA-GAGCT--ATATTTTTTTTTTTAGCAAAGTCTGTTAA-----TTGTTC-AC--T-TAGCA------CATTA----AGGAGTTGT--GGGTTTTAAATCA---------AGCTGAGGTCA-CTAAT--TCTcatatcacaga
gi|15 : c-----GTGTTC-AC--T-TAGCA------CAT------GAGAGGTGT--GGGTTCAGATCCCAGCTTATTTCACTCAGGTCA-CTGAT--TTTCCTTCATAATTataattc
gi|16 : -GT--T-CAGCA------CAC------AGGGGATGT--GGGTTCTTATCTC---------CACTGACATTG-CTGAT--TTTTCTTTGAAATTT
gi|2 : tATTTATAGTAGACTGCATAGGGATA-ACTTATA-ATAGGTAAATATGCACATCAGTTTGGCCATG-GAGCTTTAG-----CTTTTGTTGCAACATCAGTAGA-----GTGTTC-GG--T-TAACA------CAT------GGATGGGGT--GAATTCAAATCTC---------CATTGAGGTCA-AAGGT--TTT--TTTGTAATGTTCCTGGTCC
gi|3 : atgtctatagctatacatatgcatgtataacattttccctatgatacattatAGAGA--TATA----TCTGCAACTA---CT--GTCTCACGACAAGAGCT--AG-----CTTTTATGTTGACATC--TAGGTATTTGCATTC-AC--T-CAGTA------CAC------AAGAGGTTT--GGATTTGAATTC---------------AGGTCA-ATGAT--TTTTCTATGTAA-TTTTCCGGTTTGC----AA-------ACATTGATTGAGatcatgacatgtttgtcacaaatttatggaaa
gi|4 : atCAATCAA--CAAATTTAT-GTAAA-----TAGGCAGA----TATA-ATGTGTGAAATTA---AT--GTCTCGCCGTA-AAGTT--AA-----CCTTTGGGGAGGCACCAGTAGA------CGTTC-AT--T-TAACAG-----CACATGTATGAGAGGTGT--GGGTCTGAATCCA---------CACTGAGGTCA-CTCAT--TTTTCTTTGTAATGTTTCCAGTTTGG----TT-------ACATTAATGAAGaatctcgataggcatttttgcattcgaggttatgcctaaataatttggatgttgttaatagtttgatatgtcaaatattt
gi|5 : catttgcactggattttatggtccagtagactgACTA---CT--GTCTCGCCACA-GAGCT--AG-----CTTCTGTGGCAACATCAGTACA-----GCGTT----------GCA------CAA------AGTAGATGT--GGGTTCTAATCAT---------CGTTGAGATCA-CTTAT--TTGTCATTGTTAATGTTCCAGTTCCA----CC-------ACAATGaatca
gi|6 : gacatttatctgaattatatgataaaaataaaatgtaattgaacatacttttttattgataaatagtttTA-ATGT---AAAGTAG--AA--GTCTCACCAAA-ATGCT--TC-----CTTTTTAACCGACATATGTGGA-----GTGAGC-GC--T-TATCA------CAT------GGTAAGTGT--GGGTTCGAATCGA---------TGACAAGGTCA-TTGGT--Ttaatttatttattgacaaaaa
gi|6 : GGTTCGA----AT--------CGATGACAAGGTCAT-TGGTTAAGACTGATTCTATACATGAAAATTCTCTATTCACATG-CAAGTTCACCCCCACCCCCCTAAAAAATGGTTGT----------ATGTGTGCAGAGAA-GGAAAGAAGAAATGAACTGATAaagactgattctatacatgaaaattctctattcacatgcaagttcacccccacccccctaaaaaatggttgtatgtgtgcagagaaggaaagaagaaatgaactgata
gi|7 : taatgtaaagtagaagtctcaccaaaatgcttcctttttaaccgacatatgtggagtgagcgcttatcacatggtaagtgtgGACTTCAT-ATTAA-----CAGTTAAA-A--TATATAAGTGTGATACTA---AC--ACCTTGCCAAA-GCTCT--AG-----CTTTTAAGTTGACATCAGCAAA-----GCATTC-AC--T-TCACA------CAC------GGGAGATGT--GGGTTCAAATTCT---------C
gi|8 : atgtgtgtaatattacatatttacttatatcacattatggttcatctatgtgtagtaggcttactttaaagTGGCAACAACAAAAAA-----GCATTC-AC--T-TAACA------CAT------GGGAGATGCTAGGGTTCGCATCTC------------TGGGGTCA-CTGAT--TTTTCTTTGTAATag
gi|9 : attttacagaatagtaggcttcagttagagattgatgaaaataaataccggtaggttgaaatgcatgttactaccatcttgccaGATAT--GGGTTTGAATCTT---------TGCTGAAGTCA-CTGAT--TTTTCTAAGCAGTATTTCTGGTCCTG----ATTTCCGGGACATTGGTGGAGAATTCTGG--AAGGC