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Reference ( gi|5 ) : ACGTTTGAACATTTTTAACGTTTTTTAATCGAGTTATAAGCATATTTCTGACACAAAAATATAACCAAT-TGTCA--AT-TGTTGG-GTGAGTATCTTGAACTTGAAACG-GGATCTTCTGTAAGGCGACTGTGTCTTCACTGGATTAAGCTGTG-AAACAGCCTAGCTTGAAAC------TATGTTAAATAATTTTGTTCAAACTATATAATATATATA-AATGTT--TGAGA---CTTGT--T---TC---------AAAC-TCAA-AC---CA-------AAACTG------TA-TGT-CTG----GAACAATGCTGA--GCTCCA-G--CA--TAA-----AAA--T-----AGAC--CTAT-A---------TGCTTGAAG---AAT-G-TTTCAAACC--T-----------AC-GTC-TTCAA-AC-TAAC-CT-ATAGCGCATGAAACAAAGC-CA-AGCTTCAGCACGA-------AAA-TAAA--GTTAT-T-GTT-TGAGAACGGTTTTAAAC--T---AAT----------AAC-A-------AA----A-CC-G------TATG---CT-------------TGGAATAATGCTCAGTTCCAG--C---ATAA-ATATACACTTA-TACGTTTGGAGACT-GTTTCTAGC-CTAAGTCTT----CGAACTA------A------------G---------A---TA------------AA--A--ATC--C--AGTTC---CAGCACAAAACTA-ACCTGT-TA-TGTCTGAGAACG-GTTTCAAAC--TA------AAA------------GCATCAGACTAAACTAATGTGCATGAAACAATCAGAAACAAACCCAGTTCTAGCACAATAAATATTCCTATTAGTTTCAAACACT-AGCCTTCCCAA-AGCCT-----------------ATCGCTATAAAGAATCTTTGTCGCAGTG
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gi|6 : atgcaagtaaatttgtaacaagagggccaagatggccctatatcgctcacctgactgaccttgagtcaccagacataagtagattatataatacatgtacgctcaaaattttaggaagacaagatgggcaactagttagaattttgatttgttttgaagatgtaacagatgcgtagaagagttcaaattgatagaggttcacccatggtaaatgtcagtgaaattacatcaaaatcaggtcagtagattctgacaagaaggcttttgaagtttttactatagatg-T-GTT-TGAGAACTGTTTCAAAC--C---AAT----------ACC-A-------AA----A-CC-A------TATG---CT-------------TTAAACAATGCTCAGTCCCAGAAC---A-AA-AAATAAATTTA-TATGTTTGAAGACA-GATTCAAAC-CCAAATCTT----CGAATTA------A------------G---------AT--TATGCGCATGAAACAA--A--GCC--C--ATTTC---CAACACAAAAATA-AAA-GTATA-TGTTTGAGAACG-GGTTCAAAC--TC------AAA------------GTATCAAACCACACTAATGTGCATGAAACAATC---------CCAAGTTCCGGCACAAACGTTTTTCCTACGAGTTTCAAACACCAAGCCT----AACAGCTTTATGTAATATTATTTTCATTGCGACAAAG-GTCTTTGTCGCAATcaaacacaagccttcccaaagtttatcacttgaaagaatctttgtcgtagtgcactctccccccaaaacaattaagctcctcctccaagatttcaattacactttgacactgaaaatctcaagcagatttcttgctctgatgaaactagctaaaatatggtattgctttatta
gi|7 : aagatgtatgtcacgatgatggtgtaagtttttaaacttacaatgggatcttctgaaaggtgactgtgtcctcactggataaagctgtgaaacagccaagcttgaaactaatagtatgttacacaatcttgttcaaactatataatacatacattttcctcaggccacttgcctcatgattgaatttcgtaaacttcaaacaaaaataaaatgattctaatatttagaaatcatacaaacaaatgatcaaactaatcatctgtatacagtataatatagcgttggaaaattgttactaaacactatttctatttatatgatgtgaccagctgttccaacatcgtgtctgaacagcata-GTT-TGAGACTTGTTTCAAAC--T---CA-----------AAC-A-------AA----AACT-G------TATG---TC-------------TGGAACACTGTTCA--TCCAG--C---ATTA-AAGTACACCTA-TATGTTTGAAGACT-GTTTCAAAC-CTTAGTCTT----CAAACTA------A----------------------A---CG------------AA--A--GC----------------GCATGAGACTA-AACTAT-TG-TGCATGAAA
gi|9 : gttttgttatcttaatgtgtgcattttcacccgaaaggatgatatgtgtcaagatgttgggtgagtatcttgaactaaaaacgggaacttctgtaaggcgactgtgtcttcattggattaagctgtgaaacagcctagcttgaaactttgttcaacaattttgttcaaactatataatatataaattttcctcaggcttctagccttatgattagtaaacttcaaacaaacaaacaaaatagcaaaatgattctaatatttagaaatcatacagacaaataatcataccaattaactatatacattatattgtttcaaaatctatagagttgaattaactgttgttcaacactattttgataataagaccagccgttcagacaacgtatctggacagcatacCAGTTCCAG--C---ACAA-AACTA-ACCTGTTATGTTTGAGAACA-GTTTCAAAC-TAAAGCATC----CG-ACTA------A------------ACTATTATGCA---TG------------AAACA--ATCCGC--AGTTC---CAGCACAA---TA-A-ATAT-T--CATATGA------GTTTCAAAC---A------CAA------------GCcaatccccatttccagcacaataaatattcctatgagtttcaaacgcaagccttcccaaagcctttcgctagaaagaatatttgtcgcagtg
gi|1 : atgcaagtaaatttgtaacaagagggccaagatggccctatatcgctcacctgactgaccttgagtcaccagacataagtagattatataatacatgtacgctcaaaattttaggaagacaagatgggcaactagttagaattttgatttgttttgaagatgtaacagatgcgtagaagagttcaaattgatagaggttcacccatggtaaatgtcagtgaaattacatcaaaatcaggtcagtagattctgacaagaaggcttttgaagtttttactatagatgctaaatcttcggactaagataaaaatcAGTTCCAG--C---ACAA-AACTA-ACCTGTTATGTTTGAGAACG-GTTTCAAAC-TAAAGCATTAGACTGAACTATTGTGCAT-----------G---------A----A------------AA--A--ATCCGC--AGTTG---CAGCACAA---TA-AA-----TA-TTCCTATGA----GTTTCAAAC---A------CAA------------GCcttcccaaagtttatcacttgaaagaatctttgtcgtagtgcactctccccccaaaacaattaagctcctcctccaagatttcaattacactttgacactgaaaatctcaagcagatttcttgctctgatgaaactagctaaaatatggtattgctttatta
gi|7 : tccgtcgtgtctgaattcataaattttttaatgtacatgtaaattcacagacttaaattcataatctggcttaattccaataaaacatttccagaaaatgtccaaataaaaacaagagggccaagatggccctttatcgctcacctgactcacctcgtgtcacccaacataagtagattatataatacatgtacgctcaaaattccagaaagatgagatgggcaagtagttagaattttgatttgttttgaagatgtaacaaatgcgtagaagagttcaaacttggtagaggttcacccatggtaaatgtcagtgaaattacatcaaaatcaggtcagtagattctgacaagaaggcttttgaagtttttactatagatgctaagtcttcgaactaagataaaaatcaA-TACGTTTG-AGACTTGTTTCAAAC---------T----CAAACAA------A------------A---------ACTGTATGTCT-------GG--A--ACA--C--TGTTCATCCAGCATTAAAGTACACCTAT--A-TGTTTGAAGACT-GTTTCAAACCTTAGTCTTCAAACTAAACGAAAGCGCATGAGACTAAACTATTGTGCATGAAACAATC---------CCCATTTCCAGCACAATAAATATTCCTATGAGTTTCAAACGCA-AGCCTTCCCAA-AGCCT-----------------TTCGCTAGAAAGAATATTTGTCGCAGTGcttcccaaagtatatcacttgaaagaatctttgtcgcagtgcactttctcccccaaaaacaattaagctcctcctagatttcaagtacactttgacactgaaaatctcaagcagactttttgctgttatgaaactagctagcaatatggtattgatttattatgaagcagtaaaccatccctatctaaaccagaaaatctcttattcagattaacacctattataaaaatggttcatgatatttgaataatatttcaatcattgattataattgaatcattcatctttttatgatgaattatcttttaaaacttatatctggtataatattgtgtaataatagcaaaaaaaagtttatttaaagagtttattacctcttcttataataattgctatatacagacatttatgctataaaacagggggagtaatttgacataaaactaaccccactccctggctgccatgtttttgacaaatcaagatggcttgaacaaacttggtagagggtcacccaaggaatatttctgtgaaattatatcaaaattggcccagtggtttcagaggagaagttaaagt
gi|1 : gttttgttatcttaatgtgtgcattttcacccgaaaggatgatatgtgtcaagatgttgggtgagtatcttgaactaaaaacgggaacttctgtaaggcgactgtgtcttcattggattaagctgtgaaacagcctagcttgaaactttgttcaacaattttgttcaaactatataatatataaattttcctcaggcttctagccttatgattagtaaacttcaaacaaacaaacaaaatagcaaaatgattctaatatttagaaatcatacagacaaataatcataccaattaactatatacattatattgtttcaaaatctatagagttgaattaactgttgttcaacactattttgataataagaccagccgttcagacaacgtatctggacagc-CTAAGTCTT----CGAACTA------A------------G---------A---TA------------AA--A--ATC--A--AGTTC---CAGCACAAAACTA-ACCTGT-TA-TGTTTGAGAACG-GTTTCAAAC--T-------AAA------------GCATTAGACTGAACTATTGTGCATGAAAAAATC---------CGCAGTTGCAGCACAATAAATATTCCTATGAGTTTCAAACACA-AGCCTTCCCAA-AGTAT-----------------ATCACTTGAAAGAATCTTTGTCGCAGTG
gi|9 : tccgtcgtgtctgaattcataaattttttaatgtacatgtaaattcacagacttaaattcataatctggcttaattccaataaaacatttccagaaaatgtccaaataaaaacaagagggccaagatggccctttatcgctcacctgactcacctcgtgtcacccaacataagtagattatataatacatgtacgctcaaaattccagaaagatgagatgggcaagtagttagaattttgatttgttttgaagatgtaacaaatgcgtagaagagttcaaacttggtagaggttcacccatggtaaatgtcagtgaaattacatcaaaatcaggtcagtagattctgacaagaaggcttttgaagtttttactatagatg-CTAAATCTT----CGGACTA------A------------G---------A---TA------------AA--A--ATC--C--AGTTC---CAGCACAAAACTA-ACCTGT-TA-TGTTTGAGAACA-GTTTCAAAC--T-------AAA------------GCATCCGACTAAACTATTATGCATGAAACAATC---------CGCAGTTCCAGCACAATAAATATTCATATGAGTTTCAAACACA-AGCCTTCCCAA-AGTTT-----------------ATCACTTGAAAGAATCTTTGTCGTAGTGcactttctcccccaaaaacaattaagctcctcctagatttcaagtacactttgacactgaaaatctcaagcagactttttgctgttatgaaactagctagcaatatggtattgatttattatgaagcagtaaaccatccctatctaaaccagaaaatctcttattcagattaacacctattataaaaatggttcatgatatttgaataatatttcaatcattgattataattgaatcattcatctttttatgatgaattatcttttaaaacttatatctggtataatattgtgtaataatagcaaaaaaaagtttatttaaagagtttattacctcttcttataataattgctatatacagacatttatgctataaaacagggggagtaatttgacataaaactaaccccactccctggctgccatgtttttgacaaatcaagatggcttgaacaaacttggtagagggtcacccaaggaatatttctgtgaaattatatcaaaattggcccagtggtttcagaggagaagttaaagt
14 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TTATGAAGCAGTAAACCATCCCTGTCTGAACCATAAAAACTCTGACTTTTATATTCAGAAAAACACCTATTTTAAAATGGTTCATGATATTTGAATAATATTCAATCATTGATTATAATTGTATCATTCATCTTTTTATAATGAATTATCTTTTAAAACTTATATCTAGTATAATATTGTATAATAATAGCAAAAAAAAGTTTATTTAAAGAGTTTATTACCTCTTCTTATAATAATTACTATATACAGGTAAAACAGGGGAAGTAATTTGACATAAAAAACTAACCCACCCCGCTGACTGCCATGTTTTTTTATGAATCAAGATGGCTTGAACAAACTTGGTAGAAAGTCACCCAAGGAACATTTCTGTGAAATTATTTTAAAATCGAGCCAGTAGTTTCTGACAATAAGATTTTTTAAGTTTTTACTATAGCTTATATAGTAAACTAACCCCACCCCCTGACTGCCATGTTTTTTGACGAATCAAGATGGCTTGAACAAACTTGGTAGATGGTCACCCAAGGAACATTTCTGTGAAATTATATAAAAAAAATTGGCCCAGTGGTTTCAGAGGAGAAGTTGTTAAATGCTAAAAGTTAATGACGGACGACAGACGACGGACACCAGGCGATCACAAAAACTCACCTTTGAGCCTTTGGCTCAGGTGAGCTTAAAAAACAACATCTCTATATTATTCAAGTTTTTAAGTGCAGCTTCAGCTGTGATTGTCAAATGATCATAAAGCTTTTGTGAATTAATGTTGAGTTAATGTCCTGGGTAGATCCAGTATTGGGTGTTGATTTTAGGAGGCCATAATGCTAAACAGCAGACCAAACTTGCAACCCATGGCTTGATAGACAAACACCTTGTTCA
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gi|6 : acgtttgaacatttttaacgttttttaatcgagttataaAAGATG-T--AT--GTCACGATGATGGTGTAAGT-TTTTAAACTTACAATG-GGATCTTCTGAAAGGTGACTGTGTCCTCACTGGATAAAGCTGTG-AAACAGCCAAGCTTGAAACTAATAGTATGTTACACAATCTTGTTCAAACTA----------TATAATACA-TACA
gi|6 : GAAAT------CATAC-AAACAAAT--GATCAAACTAATCATCTGTATACAGTATAATATAG-CGTT--GGAAAATTGTT----------------ACTAAACACTATTTCTATTTATATGATGTGACCA--GCT--GTTCCAACATCGTGTCTGAACAG---CATATGTTTGAGAACTGTTTCAAACC--AAT-----ACCAAAACCATA-TGCTTTAAACAATGCTCAGTCCCAGAACAAAAAATAAATTTATATGTTTGAAGACAGATTCAAACCCAAATCTTCGAATTAAGATTATGCGCATGAAACAAAGCCCATTTCCAACAC-AAAAATAAAAGTATATGTTTGAG--AACG-GGT--TCAAACTCAAAGTATCAAACCACACTAATGTGCA---TG------------AAACAATCCCAAGT--TC---CGG-CA-CAAAttttcctcaggccacttgcctcatgattgaatttcgtaaacttcaaacaaaaataaaatgattctaatatttagaaatcatacaaacaaatgatcaaactaatcatctgtatacagtataatatagcgttggaaaattgttactaaacactatttctatttatatgatgtgaccagctgttccaacatcgtgtctgaacagcatatgtttgagaactgtttcaaaccaataccaaaaccatatgctttaaacaatgctcagtcccagaacaaaaaataaatttatatgtttgaagacagattcaaacccaaatcttcgaattaagattatgcgcatgaaacaaagcccatttccaacacaaaaataaaagtatatgtttgagaacgggttcaaactcaaagtatcaaaccacactaatgtgcatgaaacaatcccaagttccggcacaaacgtttttcctacgagtttcaaacaccaagcctaacagctttatgtaatattattttcattgcgacaaaggtctttgtcgcaat
gi|6 : aagatgtatgtcacgatgatggtgtaagtttttaaacttacaatgggatcttctgaaaggtgactgtgtcctcactggataaagctgtgaaacagccaagcttgaaactaatagtatgttacacaatcttgttcaaactatataatacatacattttcctcaggccacttgcctcatgattgaatttcgtaaacttcaaacaaaaataaaatgattctaatattta-TGTTTGAGAACTGTTTCAAACC--AAT-----AC-CAAAACCATATGCTTTAAACAATGCTCAGTCCCAGAACAAAAAATAAATTTATATGTTTGAA--GACA-GAT--TCAAAC-CCAAATCT----TCGAATTAA-G---AT--TATGCGCATGAAACAA--AGCCC--ATT--TC---CAA-CA-CAAAAATAAAA-GTATATGTTTGAGAACGGGTTCAAA--------------CTCAA----AGT--ATCAAACCACACTAATGTGCATGAAACAATC---------CCAAGTTCCGGCACAAACGT-TTTTCCTA------CGA-----GTTTCAAACACCAAGCCT----AACAGCTTTATGTAATATTATTTTCATTGCGACAAAG-GTCTTTGTCGCAATcgtttttcctacgagtttcaaacaccaagcctaacagctttatgtaatattattttcattgcgacaaaggtctttgtcgcaat
gi|7 : aagatgtatgtcacgatgatggtgtaagtttttaaacttacaatgggatcttctgaaaggtgactgtgtcctcactggataaagctgtgaaacagccaagcttgaaactaatagtatgttacacaatcttgttcaaactatataatacatacattttcctcaggccacttgcctcatgattgaatttcgtaaacttcaaacaaaaataaaatgattctaatatttagaaatcatacaaacaaatgatcaaactaatcatctgtatacagtataatatagcgttggaaaattgttactaaacactatttctatttatatgatgtgaccagctgttccaacatcgtgtctgaacagcataGCAT-TTTC--ACCCGAAAGGATGAT--ATGTGTCAAGATGTTGG-GTGAGTATCTTGAACTAAAAACG-GGAACTTCTGTAAGGCGACTGTGTCTTCATTGGATTAAGCTGTG-AAACAGCCTAGCTTGAAAC------TTTGTTCAACAATTTTGTTCAAACTA----------TATA--ATA-TATAAATTTTCCTCAGGCTT
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gi|7 : gttttgttatcttaatgtgtgcattttcacccgaaaggatgatatgtgtcaagatgttgggtgagtatcttgaactaaaaacgggaacttctgtaaggcgactgtgtcttcattggattaagctgtgaaacagcctagcttgaaactttgttcaacaattttgttcaaactatataatatataaattttcctcaggcttctagccttatgattagtaaacttcaaacaaacaaacaaaatagcaaaatgattctaatatttagaaatcatacagacaaataatcataccaattaactatatacattatattgtttcATACGTTTGA---GACTTGTT--TCAAAC-------------TCAAACAAA-A---ACTGTATGTCT-------GG--AACAC--TGT--TCATCCAG-CA-TTAAAGTACACCTA-TATGTTTGAAGACTGTTTCAAACCTTAGTCTTCAAACTAAACGAAAGCGCATGAGACTAAACTATTGTGCATGAAACAATC---------CCCATTTCCAGCACAATAAA-TATTCCTA------TGA-----GTTTCAAACG-CAAGCCTTCCCAA-AGCCT-----------------TTCGCTAGAAAGAATATTTGTCGCAGTGaaactaaacgaaagcgcatgagactaaactattgtgcatgaaacaatccccatttccagcacaataaatattcctatgagtttcaaacgcaagccttcccaaagcctttcgctagaaagaatatttgtcgcagtg
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gi|8 : gccttgTGTT--TGAGACTTGTT---TA---------AAACTCAA-ACCAAAACTGTTTGTCTG----GAACAATGCTCAGCTCCAGCATAA-----ACATACACCTATATGTTTGAAGACTGTTTCAAACATACGTCTTCAAACTAACCTAAAGTGCATGAAACAAAACCAAGCTTCAGCAC-GAAAATAAAGTTAT-TGTTTGAGAACGGGTTCAAACT--AAT-----AA-CAAAACTGTATGATTGGAACACTGCTCAGTTCCAGCAT-AAATATACACTTATATGTTTGGA--AACA-GTT--CCAAAC-CTAgcctcatgattcgtaaacgtcaaacaaacaaaatataataatatgattctaatatttagaaatcatacagacaatcatatcaatcaactatttacagtataatgtttcaaaccctgtagagttgaactgttgttcaacactattttaataatgagaccagctattcagacaacgtgtctggacagcatttgtttgagacttgtttaaaactcaaaccaaaactgtttgtctggaacaatgctcagctccagcataaacatacacctatatgtttgaagactgtttcaaacatacgtcttcaaactaacctaaagtgcatgaaacaaaaccaagcttcagcacgaaaataaagttattgtttgagaacgggttcaaactaataacaaaactgtatgattggaacactgctcagttccagcataaatatacacttatatgtttggaaacagttccaaaccta
gi|9 : gccttgtgtcaagatgttgggcgagtatattgagcttaaaacgggatcttctgtaaggcgattgtgtcttcactggattaagctgtgaaaacagcctagcttgaaactatgttaaataattttgttcaaactatataatatatatacattttcatcaggcttcttgcctcatgattcgtaaacgtcaaacaaacaaaatataataatatgattctaatatttagaaatcatacagacaatcatatcaatcaactatttacagtataatgtttcaaaccctgtagagttgaactgttgttcaacactattttaataatgagaccagctattcagacaacgtgtctggacagcatt-CTAAATCT----TCGGACTAA-G---A---TA------------AA--AATCC--AGT--TC---CAG-CA-CAAAACTAACCTGT-TATGTTTGAGAACAGTTTCAAA--------------CTAAA-----GC--ATCCGACTAAACTATTATGCATGAAACAATC---------CGCAGTTCCAGCACAATAAA-TATTCATA------TGA-----GTTTCAAACA-CAAGCCTTCCCAA-AGTTT-----------------ATCACTTGAAAGAATCTTTGTCGTAGTG
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|9 : gccttgtgtcaagatgttgggcgagtatattgagcttaaaacgggatcttctgtaaggcgattgtgtcttcactggattaagctgtgaaaacagcctagcttgaaactatgttaaataattttgttcaaactatataatatatatacattttcatcaggcttcttgcctcatgattcgtaaacgtcaaacaaacaaaatataataatatgattctaatatttagaaatcatacagacaatcatatcaatcaactatttacagtataatgtttcaaaccctgtagagttgaactgttgttcaacactattttaataatgagaccagctattcagacaacgtgtctggacagcatt-CTAAATCT-TCGGACTAAGA---TA------------A-AAATCCAG---T--TC---CAGCA-CAA---AACTAACCTGT-TATGTTTGAGAACAGTTTCAAA--------------CTAAA-----GC--ATCCGACTAAACTATTATGCATGAAACAATC---------CGCAGTTCCAGCACAATAAA-T--ATTCATA------TG---------A-----GTTTCAAACA-CAAGCCTTCCCAA-AGTTT-----------------ATCACTTGAAAGAATCTTTGTCGTAGTG
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|7 : aagatgtatgtcacgatgatggtgtaagtttttaaacttacaatgggatcttctgaaaggtgactgtgtcctcactggataaagctgtgaaacagccaagcttgaaactaatagtatgttacacaatcttgttcaaactatataatacatacattttcctcaggccacttgcctcatgattgaatttcgtaaacttcaaacaaaaataaaatgattctaatatttagaaatcatacaaacaaatgatcaaactaatcatctgtatacagtataatatagcgttggaaaattgttactaaacactatttctatttatatgatgtgaccagctgttccaacatcgtgtctgaacagcataGCAT-TTTC--ACCCGAAAGGATGAT--ATGTGTCAAGATGTTGG-GTGAGTATCTTGAACTAAAAACG-GGAACTTCTGTAAGGCGACTGTGTCTTCATTGGATTAAGCTGTGAAA-CAGCCTAGCTTGAAAC------TTTGTTCAACAATTTTGTTCAAACTATATA--ATATATAAATTTTCCTCAGG---CTT
gi|7 : gttttgttatcttaatgtgtGA---------T------------A-ATAA----GACCAG---CCGTTCAG-A-CAACGTATCTGGACAGCATACGTTTGAGACTTGTTTCAAA--------------CTCAA----A------CAA---AAACT-GTATGTCTGGAACACTG---------TTCA--TCCAGCAT--TAAAGT--ACACCTATATGTTTG---------AAGACTGTTTCAAACC-TTAGTCTTCctagccttatgattagtaaacttcaaacaaacaaacaaaatagcaaaatgattctaatatttagaaatcatacagacaaataatcataccaattaactatatacattatattgtttcaaaatctatagagttgaattaactgttgttcaacactattttgataataagaccagccgttcagacaacgtatctggacagcatacgtttgagacttgtttcaaactcaaacaaaaactgtatgtctggaacactgttcatccagcattaaagtacacctatatgtttgaagactgtttcaaaccttagtcttcaaactaaacgaaagcgcatgagactaaactattgtgcatgaaacaatccccatttccagcacaataaatattcctatgagtttcaaacgcaagccttcccaaagcctttcgctagaaagaatatttgtcgcagtg
gi|7 : gttttgttatcttaatgtgtgcattttcacccgaaaggatgatatgtgtcaagatgttgggtgagtatcttgaactaaaaacgggaacttctgtaaggcgactgtgtcttcattggattaagctgtgaaacagcctagcttgaaactttgttcaacaattttgttcaaactatataatatataaattttcctcaggcttctagccttatgattagtaaacttcaaacaaacaaacaaaatagcaaaatgattctaatatttagaaatcatacagacaaataatcataccaattaactatatacattatattgtttcaaaatctatagagttgaattaactgttgttcaacactattttATACGTTTG-AGACTTGTTTC-AAAC----------TCAAACAAAAACTGTATGTCT------------G-G-AACACTGTTCA-------TCCAGCA-TTA---AAGTACACC-TATATGTTTGAAGACTGTTTCAAACCTTAGTCTTCAAACTAAACGAAAGCGCATGAGACTAAACTATTGTGCATGAAACAATC---------CCCATTTCCAGCACAATAAA-T--ATTCCTA------TG---------A-----GTTTCAAACG-CAAGCCTTCCCAA-AGCCT-----------------TTCGCTAGAAAGAATATTTGTCGCAGTGaaactaaacgaaagcgcatgagactaaactattgtgcatgaaacaatccccatttccagcacaataaatattcctatgagtttcaaacgcaagccttcccaaagcctttcgctagaaagaatatttgtcgcagtg
gi|8 : gttttgttatcttaatgtgtgcattttcacccgaaaggatgatatgtgtcaagatgttgggtgagtatcttgaactaaaaacgggaacttctgtaaggcgactgtgtcttcattggattaagctgtgaaacagcctagcttgaaactttgttcaacaattttgttcaaactatataatatataaattttcctcaggcttctagccttatgattagtaaacttcaaacaaacaaacaaaatagcaaaatgattctaatatttagaaatcatacagacaaataatcataccaattaactatatacattatattgtttcaaaatctatagagttgaattaactgttgttcaacactattttgataataagaccagccgttcagacaacgtatctggacagc-TGTCAAGATGTTGG-GCGAGTATATTGAGCTTAAAACG-GGATCTTCTGTAAGGCGATTGTGTCTTCACTGGATTAAGCTGTGAAAACAGCCTAGCTTGAAAC------TATGTTAAATAATTTTGTTCAAACTATATAATATATATACATTTTCATCAGG---CTTCTT---
gi|8 : gccttgATTTGTTTGAGA---CTTGTT---TA---------AAACTCAAACCAAAACTGTTTGTCTGGAACAATGCTCAGCTCCAGCATAAACATACACCTATATGTTTGAAGACTGTTTCAAACATACGTCTTCAAACTAACCTAAAGTGCATGAAACAAAACCAAGCTTCAGCACGAAAATAAAGTTATTGTTTGAGAACGGGTTCAAACTAATAACAAAACTGTATGATTGGAACACTGCTCAGT-TCCAG--CATAAATATACACTTATATGTTTGGAAACA-GTTCC-AAAC-CTAgcctcatgattcgtaaacgtcaaacaaacaaaatataataatatgattctaatatttagaaatcatacagacaatcatatcaatcaactatttacagtataatgtttcaaaccctgtagagttgaactgttgttcaacactattttaataatgagaccagctattcagacaacgtgtctggacagcatttgtttgagacttgtttaaaactcaaaccaaaactgtttgtctggaacaatgctcagctccagcataaacatacacctatatgtttgaagactgtttcaaacatacgtcttcaaactaacctaaagtgcatgaaacaaaaccaagcttcagcacgaaaataaagttattgtttgagaacgggttcaaactaataacaaaactgtatgattggaacactgctcagttccagcataaatatacacttatatgtttggaaacagttccaaaccta
gi|9 : gccttgtgtcaagatgttgggcgagtatattgagcttaaaacgggatcttctgtaaggcgattgtgtcttcactggattaagctgtgaaaacagcctagcttgaaactatgttaaataattttgttcaaactatataatatatatacattttcatcaggcttcttgcctcatgattcgtaaacgtcaaacaaacaaaatataataatatgattctaatatttagaaatcatacagacaatcatatcaatcaactatttacagtataatgtttcaaaccctgtagagttgaactgttgttcaacactattttaataatgagaccagctattcagacaacgtgtctggacagc-CTAAATCT-TCGGACTAAGA---------T------------A-A-AA----ATCCAG---T--TCCAGCA-CAA---AACTAACCTGT-TATGTTTGAGAACAGTTTCAAA--------------CTAAA-----GC--ATCCGACTAAACTATTATGCATGAAACAATC---------CGCAGTTCCAGCACAATAAA-T--ATTCATA------TG---------A-----GTTTCAAACA-CAAGCCTTCCCAA-AGTTT-----------------ATCACTTGAAAGAATCTTTGTCGTAGTG
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|6 : aagatgtatgtcacgatgatggtgtaagtttttaaacttacaatgggatcttctgaaaggtgactgtgtcctcactggataaagctgtgaaacagccaagcttgaaactaatagtatgttacacaatcttgttcaaactatataatacatacattttcctcaggccacttgcctcatgattgaatttcgtaaacttcaaacaaaaataaaatgattctaatatttagaaatcatacaaacaaatgatcaaactaatcatctgtatacagtataatatagcgttggaaaattgttactaaacactatttctatttaTGTTTGAGAACTGTTTCAAACCAATACCAAAACCATATGCTTTAAACAATGCTCAGT-CCCAGAACAAAAA-AT----AAA-TTTATATGTTTGAAGACA-GATTC-AAAC-CCAAATCT-TCGAAT--TAAGA---------TTATGCGCATGAAACA-AA----GCCCAT---T--TCCAACA-CAA---AAA-TAAAA-GTATATGTTTGAGAACGGGTTCAAA--------------CTCAA----AGT--ATCAAACCAC-ACTAATGTGCATGAAACAATC---------CCAAGTTCCGGCACAAACGT-T--TTTCCTA------CG---------A-----GTTTCAAACACCAAGCCT----AACAGCTTTATGTAATATTATTTTCATTGCGACAAAG-GTCTTTGTCGCAATaaagtatatgtttgagaacgggttcaaactcaaagtatcaaaccacactaatgtgcatgaaacaatcccaagttccggcacaaacgtttttcctacgagtttcaaacaccaagcctaacagctttatgtaatattattttcattgcgacaaaggtctttgtcgcaat
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gi|7 : gttttgttatcttaatgtgtgcattttcacccgaaaggatgatatgtgtcaagatgttgggtgagtatcttgaactaaaaacgggaacttctgtaaggcgactgtgtcttcattggattaagctgtgaaacagcctagcttgaaactttgttcaacaattttgttcaaactatataatatataaattttcctcaggcttctagccttatgattagtaaacttcaaacaaacaaacaaaatagcaaaatgattctaatatttagaaatcatacagacaaataatcataccaattaactatatacattatattgtttcaaaatctatagagttgaattaactgttgttcaacactattttATACGTTTG-AGACTTGTTTC-AAAC----------TCAAAC--AAAAACTGTATGTCT------------G-G-AACACTGTTCA-------TCCAGCA-TTA---AAG-TACACC-TATATGTTTGAAGACTGTTTCAAACCTTAGTCTTCAAACTAAACGAAAGCGCATGAGACTAA-ACTATTGTGCATGAAACAATC---------CCCATTTCCAGCACAATAAA-T--ATTCCTA------TG---------A-----GTTTCAAACG-CAAGCCTTCCCAA-AGCCT-----------------TTCGCTAGAAAGAATATTTGTCGCAGTGaaactaaacgaaagcgcatgagactaaactattgtgcatgaaacaatccccatttccagcacaataaatattcctatgagtttcaaacgcaagccttcccaaagcctttcgctagaaagaatatttgtcgcagtg
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gi|8 : gccttgATTTGTTTGAGA---CTTGTT---TA---------AAACTCAAACCAAAACTGTTTGTCTGGAACAATGCTCAGCTCCAGCATAAACATACACCTATATGTTTGAAGACTGTTTCAAACATACGTCTTCAAACTAACCTAAAGTGCATGAAACAAAACCAAGCTTCAGCACGAAAATAAAGTTATTGTTTGAGAACGGGTTCAAACTAATAACAAAACTGTATGATTGGAACACTGCTCAGT-TCCAG--CATAAATAT----ACA-CTTATATGTTTGGAAACA-GTTCC-AAAC-CTAgcctcatgattcgtaaacgtcaaacaaacaaaatataataatatgattctaatatttagaaatcatacagacaatcatatcaatcaactatttacagtataatgtttcaaaccctgtagagttgaactgttgttcaacactattttaataatgagaccagctattcagacaacgtgtctggacagcatttgtttgagacttgtttaaaactcaaaccaaaactgtttgtctggaacaatgctcagctccagcataaacatacacctatatgtttgaagactgtttcaaacatacgtcttcaaactaacctaaagtgcatgaaacaaaaccaagcttcagcacgaaaataaagttattgtttgagaacgggttcaaactaataacaaaactgtatgattggaacactgctcagttccagcataaatatacacttatatgtttggaaacagttccaaaccta
gi|9 : gccttgtgtcaagatgttgggcgagtatattgagcttaaaacgggatcttctgtaaggcgattgtgtcttcactggattaagctgtgaaaacagcctagcttgaaactatgttaaataattttgttcaaactatataatatatatacattttcatcaggcttcttgcctcatgattcgtaaacgtcaaacaaacaaaatataataatatgattctaatatttagaaatcatacagacaatcatatcaatcaactatttacagtataatgtttcaaaccctgtagagttgaactgttgttcaacactattttaataatgagaccagctattcagacaacgtgtctggacagc-CTAAATCT-TCGGAC--TAAGA---------T------------A-A-AA----ATCCAG---T--TCCAGCA-CAA---AAC-TAACCTGT-TATGTTTGAGAACAGTTTCAAA--------------CTAAA-----GC--ATCCGACTAA-ACTATTATGCATGAAACAATC---------CGCAGTTCCAGCACAATAAA-T--ATTCATA------TG---------A-----GTTTCAAACA-CAAGCCTTCCCAA-AGTTT-----------------ATCACTTGAAAGAATCTTTGTCGTAGTG
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|4 : aacgtAGACTTGTTTAAAACTCAAACCAAAACTGTTTGTCTGGAACAATGCTCAGCTCCAGCATAAACATACACCTATATGTTTGAAGACTGTTTCAAACATACGTCTTCAAACTAACCTAAAGTGCATGAAACAAAACCAAGCTTCAGCACGAAAATAAAGTTATTGTTTGAGAACGGGTTCAAACTAATAACAAAACTGTATGATTGGAACACTGCTCAGT-TCCAG--CATAAATAT----ACA-CTTATATGTTTGGAAACA-GTTCC-AAAC-CTAAATAT-TCGAAC--TAAGA---------T------------A-A-AT----GTCCAG---T--CCCAGCA-CAA---AAC-TAAACTGT-TATGTTTGAGAACGGTTTCAAA--------------CTAAA----AGC--ATCAGACTAA-ACTAATGTGCATGAAACAATC---------CCCAGTTCCAACACAATAAA-T--ATTCCTA------TA---------A-----GTTTCAA--A-CAAGCCTTCCCAA-TGCCT-----------------ATCGCTAG-AAGAATCTTTGTCGTAGTGgcctcatgattagtaaactccaaacaaaaataataattaaaagattctgatatttagaaatcatacagacaaatgatcataccaatcaactatatacagtataatgtttcaaaccctgtagagttgaactaactgttgttcaacactattttaataatgaaaccagctgttcagacaacgtatcttgacagcatccgtttgagacttatttcaaac
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