lowQualScore                  :                                                         2222222222222222222222222222222                   
lowQualScore                  :         333         77777777  1 6  3 1 1           1    9999999999999999999999999999999   44444 2         
lowQualScore                  :         ...         ........  . .  . . .           .    ...............................   ..... .         
lowQualScore                  :         777         11111111  7 5  6 8 8           8    1111111111111111111111111111111   66666 0         
consensus                     :   GTTTCA---ATACAGAAACG--C--ACATTCCC-A-T-TTCATTCCCAT-TTAACG----T----GA----C-----G-------GAC---GAA-GGGAGTCAA
Reference ( gi|24 )           :   GTTTCA---ATACAGAAACA--C--ACATTTCC-A-T-TTCATTCCCAT-TTAACG----T----GA----T-----G-------GAC---GAA-GGGAGTCAA
gi|12                         :   GTTTCA---ATGTAGAAACG--C--ACATCCCC-A-T-TTCATTCCCAT-TTAACG----A----GA----G-----GGTATCAAGAC---AAA-GGTAGT
gi|17                         :   GTTTCA---ATACAGAAACA--C--ACA------------CATGCCCAT-TTAACC----T----GA----A-----G-------GAC---GCA-GGGAGTAAAaatat
gi|15                         :  aGTTTCA---AAACAGAAAAG--C--ACATTCCC-A-T-TTTATTCCTAT-TTAG-----------------------G-------GAC---TAA-AGGAGTCAAtggcagtaatataa
gi|9                          :  aGTTTCA---ATACAGAAACA--C--TAATTACC-A-T-TCCATTACCAT-TT-ACG----T----TA----T-----G-------GAC---ATT-TGGAGTTAAatagtagatact
gi|8                          :   GTTTCA---GTAGAGAAACC--C--ACACTTCC-A-T-TTCATTCACAT-TTGACA---------GA----A-----GT------TAC----AA-GGGAGCCAAatgtagtaatatta
gi|23                         :  tGTTTCA---ATTCAGAAACA--C--ACCTTCCC-A-T-TTTATTCCTAT-TTAAAG---------GA----T-----G-------aggttgtaatattg
gi|21                         :  aGTTTTA---ATACAAAAA---------A----C-A-T-TTCATTCCCAT-TAAGCA----T----GA----T-----G-------GAC---ACA-AGGAGTAAAcaggtaatcagaggc
gi|10                         : aaGTTTTA---ATATAGAAAAATGC--ACATTCCC-A-T-TT-GT---CAT-TT--------T-----A----T-----G-------GAC---GAA-AGGAGTCAAaggtagtaat
gi|1                          :  aGTTTCAGTCATATAGAAATG--CCAATATTCCC-A-TGTTCATCCCCAT-GTAATA----C----AACAGCT-----A-------GAT---GAA-GGGAGTCGAaggtagtcatatcatttc
gi|16                         : gtGTTTCA---ATACAGAAGAA-------A----C-A-T-GTCATTCCCAT----------------GA----C-----T-------GAC---AAA-GGGAGTCAAatgtagtgatattatt
gi|14                         :  aGTTTCA---ACACAGAAATG--T--ACCTTCCT-A-T-TTCATTCATAT-TTAaggttattcagttacttcta
gi|13                         : taGTTTCA---GTATGGAAACA--T-------------T-TTCATACCCAT-TTAA-----------AA----C-----G-------GACACGGAACTGGAGTCAAcaggctagcaaatcaaaggtagtaattt
gi|2                          :    TTTTA---AAACAGAAATG--C--ACATTCCCCA-A-TTCATTCCCAT-TTAATGGACTT----GA----C-----A-------GTC---AAA-GTGAGTCAAagttattaatattattt
gi|22                         :     TTCA---ATACAGAAACG--C--ACATTCCC-A-T-TT--TT----------CG----T----GA----C-----G-------GAC---AAA-TGGAGTCAagatagttctattatt
gi|6                          :     TTCA---ATACAGAAACG--C--CCATTGAC-A-T-TTGATT-TCATCTTAAAG----T-----A----C-----G-------GAC---GCC-GAGGGTCGAtaggtagtaatattatt
gi|11                         :   aagTCA---ATGCTGAAACG--C--ACATTCCC-A-T-TTCATTACCCT-TTAACG----A----GA------------------GA----GTA-TCGAGTCAAaggtagtaataatatttct
gi|7                          :    taTCA---ATACAAAAAAG--T--ACATTCCC-A-T---------------AATG---------GA----C-----T-------GAT---GAA-GGGAGTCAAaggtagtaatattat
gi|5                          :  tagccCA---ATACAGAAATG--C--ACATTCCC-A-T-TTCAGTCCCAA-CTAACA----TGATGGA----T-----G-------GAC---GAA-GGAAGTCAAtattatctagcttactcaaagacacaaa
gi|20                         :     acCA---ACACAGAAACG--C---CAAATCC-AAT-TTCCTTCCCAT-TTAACG----T----GA----C-----G-------AGC---GCA-TGAAGCCAAtggcactaatagtatat
gi|3                          :        agtcaTACAGAAACA-----GCAGTTCCTA-T-TTCATTCCCAT-TTTATG----T----GA----TATTACG-------GAC---ACA-GGAAGTCaagt
gi|18                         :       gtttatgACAGAAATG--C--TGATCCCC-A-T-TTCATTCCCAT-TTAACA----T----GA----T-----T-------GAC---AAA-GGGAGTCActgaggcaatattattt
gi|19                         :               CAGAAACG--C--ACGTTCTC-G-T-TTCATTTTCAT-TTAAC----------------------G-------GAA---GTA-GGGAGTCAAtgggttaataatatt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): GTTTCAAAGTAAACACTTAATACAATTTCATTCCCAATTATGCTACAGTGACAGATGTTAGTGAATTAAAGGTTGTAATATTATT






Alignments
lowQualScore                  :                                                            22222222222222222                                     
lowQualScore                  :            333         4444  22     1     1           1    22222222222222222 2 5555555 3333  555555555 1         
lowQualScore                  :            ...         ....  ..     .     .           .    ................. . ....... ....  ......... .         
lowQualScore                  :            555         8888  44     7     7           7    00000000000000000 3 9999999 9999  111111111 8         
consensus                     :      GTTTCA---ATACAGAAA--C-GC--ACATT-CCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACG----T----G-----ACG-------G----AC---G----AA-GGGAGTCAA
Reference ( family-1652 )     :      GTTTCA---ATACAGAAA--C-GC--ACATT-CCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACG----T----G-----ACG-------G----AC---G----AA-GGGAGTCAA
gi|1                          :      GTTTCAGTCATATAGAAA--T-GCCAATATT-CCCATGTTCATCCCCAT-GTAATA----C----A-----ACA-------GCTAGAT---G----AA-GGGAGTCGA
gi|10                         :    gtGTTTTA---ATATAGAAAAAT-GC--ACATT-CCCAT-TT-GT---CAT-TT--------T----------ATG-------G----AC---G----AA-AGGAGTCAAatgtagtgatattatt
gi|11                         :        aTCA---ATGCTGAAA--C-GC--ACATT-CCCAT-TTCATTACCCT-TTAACG----A----G-----A---------G----A----G----TA-TCGAGTCAAaggtagtcatatcatttc
gi|12                         :    taGTTTCA---ATGTAGAAA--C-GC--ACATC-CCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACG----A----G-----AGGGTATCAAG----AC---A----AA-GGTAGTaggtagtaatattat
gi|13                         :      GTTTCA---GTATGGAAA--C-------ATT-------TTCATACCCAT-TTAA-----------A-----ACG-------G----ACACGG----AACTGGAGTCAAaatat
gi|14                         :      GTTTCA---ACACAGAAA--T-GT--ACCTT-CCTAT-TTCATTCATAT-TTAagttattaatattattt
gi|15                         :    taGTTTCA---AAACAGAAA--A-GC--ACATT-CCCAT-TTTATTCCTAT-TTAG-------------------G-------G----AC---T----AA-AGGAGTCAAcaggctagcaaatcaaaggtagtaattt
gi|16                         :     aGTTTCA---ATACAGAAG--------AAA-----CAT-GTCATTCCCAT----------------G-----ACT-------G----AC---A----AA-GGGAGTCAAatagtagatact
gi|17                         :     aGTTTCA---ATACAGAAA--C-AC--ACA-----------CATGCCCAT-TTAACC----T----G-----AAG-------G----AC---G----CA-GGGAGTAAAaggttattcagttacttcta
gi|18                         :                aACAGAAA--T-GC--TGATC-CCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACA----T----G-----ATT-------G----AC---A----AA-GGGAGTCAtggcagtaatataa
gi|19                         :                  CAGAAA--C-GC--ACGTT-CTCGT-TTCATTTTCAT-TTA------------------ACG-------G----AA---G----TA-GGGAGTCAAtgggttaataatatt
gi|2                          :  agtttTTTTA---AAACAGAAA--T-GC--ACATTCCCCAA-TTCATTCCCAT-TTAATGGACTT----G-----ACA-------G----TC---A----AA-GTGAGTCAAtaaaaataatatta
gi|20                         :          CA---ACACAGAAA--C-GC--CAAAT-CCAAT-TTCCTTCCCAT-TTAACG----T----G-----ACG-------A----GC---G----CA-TGAAGCCAAagatagttctattatt
gi|21                         : agtcaGTTTTA---ATACAAAAA----------A-----CAT-TTCATTCCCAT-TAAGCA----T----G-----ATG-------G----AC---A----CA-AGGAGTAAAaagt
gi|22                         :      aaTTCA---ATACAGAAA--C-GC--ACATT-CCCAT-TT--TT----------CG----T----G-----ACG-------G----AC---A----AA-TGGAGTCAaggtagtaat
gi|23                         :      GTTTCA---ATTCAGAAA--C-AC--ACCTT-CCCAT-TTTATTCCTAT-TTAA-----------------A-G-------G----AT---G----CA-GGTAATCAtaggtagtaatattatt
gi|24                         :     aGTTTCA---ATACAGAAA--C-AC--ACATT-TCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACG----T----G-----ATG-------G----AC---G----AA-GGGAGTCAAgaggc
gi|3                          :                TACAGAAA--CAGC--A-GTT-CCTAT-TTCATTCCCAT-TTTATG----T----GATATTACG-------G----AC---A----CA-GGAAGTC
gi|5                          :   gtttatgCA---ATACAGAAA--T-GC--ACATT-CCCAT-TTCAGTCCCAA-CTAACA----TGATGG-----ATG-------G----AC---G----AA-GGAAGTCAActgaggcaatattattt
gi|6                          :      acTTCA---ATACAGAAA--C-GC--CCATT-GACAT-TTGATT-TCATCTTAAAG----T----------ACG-------G----AC---G----CC-GAGGGTCGAtggcactaatagtatat
gi|7                          :      aagTCA---ATACAAAAA--A-GT--ACATT-CCCAT---------------AATG---------G-----ACT-------G----AT---G----AA-GGGAGTCAAaggtagtaataatatttct
gi|8                          : tagccGTTTCA---GTAGAGAAA--C-CC--ACACT-TCCAT-TTCATTCACAT-T---------T----G-----ACA-------G----AA---GTTACAA-GGGAGCCAAtattatctagcttactcaaagacacaaa
gi|9                          :     tGTTTCA---ATACAGAAA--C-AC--TAATT-ACCAT-TCCATTACCAT-TT-ACG----T----T-----ATG-------G----AC---A----TT-TGGAGTTAAaggttgtaatattg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): GTTTCAAAGTAAACACTTAATACAATTTCATTCCCAATTATGCTACAGTGACAGATGTTAGTGAATTAAAGGTTGTAATATTATT






Alignments
lowQualScore                  :                                                            22222222222222222                                     
lowQualScore                  :            333         4444  22     1     1           1    22222222222222222 2 5555555 3333  555555555 1         
lowQualScore                  :            ...         ....  ..     .     .           .    ................. . ....... ....  ......... .         
lowQualScore                  :            555         8888  44     7     7           7    00000000000000000 3 9999999 9999  111111111 8         
consensus                     :      GTTTCA---ATACAGAAA--C-GC--ACATT-CCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACG----T----G-----ACG-------G----AC---G----AA-GGGAGTCAA
Reference ( family-1652 )     :      GTTTCA---ATACAGAAA--C-GC--ACATT-CCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACG----T----G-----ACG-------G----AC---G----AA-GGGAGTCAA
gi|1                          :      GTTTCAGTCATATAGAAA--T-GCCAATATT-CCCATGTTCATCCCCAT-GTAATA----C----A-----ACA-------GCTAGAT---G----AA-GGGAGTCGA
gi|10                         :    gtGTTTTA---ATATAGAAAAAT-GC--ACATT-CCCAT-TT-GT---CAT-TT--------T----------ATG-------G----AC---G----AA-AGGAGTCAAatgtagtgatattatt
gi|11                         :        aTCA---ATGCTGAAA--C-GC--ACATT-CCCAT-TTCATTACCCT-TTAACG----A----G-----A---------G----A----G----TA-TCGAGTCAAaggtagtcatatcatttc
gi|12                         :    taGTTTCA---ATGTAGAAA--C-GC--ACATC-CCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACG----A----G-----AGGGTATCAAG----AC---A----AA-GGTAGTaggtagtaatattat
gi|13                         :      GTTTCA---GTATGGAAA--C-------ATT-------TTCATACCCAT-TTAA-----------A-----ACG-------G----ACACGG----AACTGGAGTCAAaatat
gi|14                         :      GTTTCA---ACACAGAAA--T-GT--ACCTT-CCTAT-TTCATTCATAT-TTAagttattaatattattt
gi|15                         :    taGTTTCA---AAACAGAAA--A-GC--ACATT-CCCAT-TTTATTCCTAT-TTAG-------------------G-------G----AC---T----AA-AGGAGTCAAcaggctagcaaatcaaaggtagtaattt
gi|16                         :     aGTTTCA---ATACAGAAG--------AAA-----CAT-GTCATTCCCAT----------------G-----ACT-------G----AC---A----AA-GGGAGTCAAatagtagatact
gi|17                         :     aGTTTCA---ATACAGAAA--C-AC--ACA-----------CATGCCCAT-TTAACC----T----G-----AAG-------G----AC---G----CA-GGGAGTAAAaggttattcagttacttcta
gi|18                         :                aACAGAAA--T-GC--TGATC-CCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACA----T----G-----ATT-------G----AC---A----AA-GGGAGTCAtggcagtaatataa
gi|19                         :                  CAGAAA--C-GC--ACGTT-CTCGT-TTCATTTTCAT-TTA------------------ACG-------G----AA---G----TA-GGGAGTCAAtgggttaataatatt
gi|2                          :  agtttTTTTA---AAACAGAAA--T-GC--ACATTCCCCAA-TTCATTCCCAT-TTAATGGACTT----G-----ACA-------G----TC---A----AA-GTGAGTCAAtaaaaataatatta
gi|20                         :          CA---ACACAGAAA--C-GC--CAAAT-CCAAT-TTCCTTCCCAT-TTAACG----T----G-----ACG-------A----GC---G----CA-TGAAGCCAAagatagttctattatt
gi|21                         : agtcaGTTTTA---ATACAAAAA----------A-----CAT-TTCATTCCCAT-TAAGCA----T----G-----ATG-------G----AC---A----CA-AGGAGTAAAaagt
gi|22                         :      aaTTCA---ATACAGAAA--C-GC--ACATT-CCCAT-TT--TT----------CG----T----G-----ACG-------G----AC---A----AA-TGGAGTCAaggtagtaat
gi|23                         :      GTTTCA---ATTCAGAAA--C-AC--ACCTT-CCCAT-TTTATTCCTAT-TTAA-----------------A-G-------G----AT---G----CA-GGTAATCAtaggtagtaatattatt
gi|24                         :     aGTTTCA---ATACAGAAA--C-AC--ACATT-TCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACG----T----G-----ATG-------G----AC---G----AA-GGGAGTCAAgaggc
gi|3                          :                TACAGAAA--CAGC--A-GTT-CCTAT-TTCATTCCCAT-TTTATG----T----GATATTACG-------G----AC---A----CA-GGAAGTC
gi|5                          :   gtttatgCA---ATACAGAAA--T-GC--ACATT-CCCAT-TTCAGTCCCAA-CTAACA----TGATGG-----ATG-------G----AC---G----AA-GGAAGTCAActgaggcaatattattt
gi|6                          :      acTTCA---ATACAGAAA--C-GC--CCATT-GACAT-TTGATT-TCATCTTAAAG----T----------ACG-------G----AC---G----CC-GAGGGTCGAtggcactaatagtatat
gi|7                          :      aagTCA---ATACAAAAA--A-GT--ACATT-CCCAT---------------AATG---------G-----ACT-------G----AT---G----AA-GGGAGTCAAaggtagtaataatatttct
gi|8                          : tagccGTTTCA---GTAGAGAAA--C-CC--ACACT-TCCAT-TTCATTCACAT-T---------T----G-----ACA-------G----AA---GTTACAA-GGGAGCCAAtattatctagcttactcaaagacacaaa
gi|9                          :     tGTTTCA---ATACAGAAA--C-AC--TAATT-ACCAT-TCCATTACCAT-TT-ACG----T----T-----ATG-------G----AC---A----TT-TGGAGTTAAaggttgtaatattg


blockSeqs                     :            .           AAT   .      C     .           C    TGTGATATT         T GTATCAA .     GTTACA    C
blockSeqs                     :            .           CA    .      .     .           .    TGGACTTG          G .       .     ACGGA     .
blockSeqs                     :            .           C     .      .     .           .    CATGATGG          C .       .     GA        .
blockSeqs                     :            .           C     .      .     .           .    CGAG              C .       .     GT        .
blockSeqs                     :            .           C     .      .     .           .    CGAG              A .       .     AA        .
blockSeqs                     :            .           T     .      .     .           .    CCTG              T .       .     TA        .
blockSeqs                     :            .           A     .      .     .           .    CATG              C .       .     AA        .
blockSeqs                     :            .           C     .      .     .           .    CGTG              C .       .     GC        .
blockSeqs                     :            .           T     .      .     .           .    CATG              C .       .     AA        .
blockSeqs                     :            .           C     .      .     .           .    CGTG              T .       .     GT        .
blockSeqs                     :            .           T     .      .     .           .    CGTG              C .       .     AA        .
blockSeqs                     :            .           C     .      .     .           .    CGTT              T .       .     GC        .
blockSeqs                     :            .           C     .      .     .           .    AGT               C .       .     AC        .
blockSeqs                     :            .           C     .      .     .           .    TGG               T .       .     AA        .
blockSeqs                     :            .           C     .      .     .           .    TG                C .       .     GC        .
blockSeqs                     :            .           T     .      .     .           .    T                 C .       .     GA        .
blockSeqs                     :            .           C     .      .     .           .    A                 C .       .     AC        .
blockSeqs                     :            .           A     .      .     .           .    G                 T .       .     GA        .
blockSeqs                     :            .           C     .      .     .           .    .                 . .       .     GC        .
blockSeqs                     :                        C     .      .     .           .    .                 . .       .     GA        .
blockSeqs                     :                        .     .      .     .           .    .                 . .       .     AT        .
blockSeqs                     :                        .     .      .     .           .                                                 


blockSeqCons                  :            ***               **                                                        ****
originalCons                  :      GTTTCA---ATACAGAAA--C-GC--ACATT-CCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACG----T----G-----ACG-------G----AC---G----AA-GGGAGTCAA
finalCons                     :      GTTTCA---ATACAGAAA--C-GC--ACATT-CCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACG----T----G-----ACG-------G----AC---G----AA-GGGAGTCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): GTTTCAAAGTAAACACTTAATACAATTTCATTCCCAATTATGCTACAGTGACAGATGTTAGTGAATTAAAGGTTGTAATATTATT






Alignments
lowQualScore                  :                                                            22222222222222222                                     
lowQualScore                  :            333         4444  22     1     1           1    22222222222222222 2 5555555 3333  555555555 1         
lowQualScore                  :            ...         ....  ..     .     .           .    ................. . ....... ....  ......... .         
lowQualScore                  :            555         8888  44     7     7           7    00000000000000000 3 9999999 9999  111111111 8         
consensus                     :      GTTTCA---ATACAGAAA--C-GC--ACATT-CCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACG----T----G-----ACG-------G----AC---G----AA-GGGAGTCAA
Reference ( family-1652 )     :      GTTTCA---ATACAGAAA--C-GC--ACATT-CCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACG----T----G-----ACG-------G----AC---G----AA-GGGAGTCAA
gi|1                          :      GTTTCAGTCATATAGAAA--T-GCCAATATT-CCCATGTTCATCCCCAT-GTAATA----C----A-----ACA-------GCTAGAT---G----AA-GGGAGTCGA
gi|10                         :    gtGTTTTA---ATATAGAAAAAT-GC--ACATT-CCCAT-TT-GT---CAT-TT--------T----------ATG-------G----AC---G----AA-AGGAGTCAAatgtagtgatattatt
gi|11                         :        aTCA---ATGCTGAAA--C-GC--ACATT-CCCAT-TTCATTACCCT-TTAACG----A----G-----A---------G----A----G----TA-TCGAGTCAAaggtagtcatatcatttc
gi|12                         :    taGTTTCA---ATGTAGAAA--C-GC--ACATC-CCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACG----A----G-----AGGGTATCAAG----AC---A----AA-GGTAGTaggtagtaatattat
gi|13                         :      GTTTCA---GTATGGAAA--C-------ATT-------TTCATACCCAT-TTAA-----------A-----ACG-------G----ACACGG----AACTGGAGTCAAaatat
gi|14                         :      GTTTCA---ACACAGAAA--T-GT--ACCTT-CCTAT-TTCATTCATAT-TTAagttattaatattattt
gi|15                         :    taGTTTCA---AAACAGAAA--A-GC--ACATT-CCCAT-TTTATTCCTAT-TTAG-------------------G-------G----AC---T----AA-AGGAGTCAAcaggctagcaaatcaaaggtagtaattt
gi|16                         :     aGTTTCA---ATACAGAAG--------AAA-----CAT-GTCATTCCCAT----------------G-----ACT-------G----AC---A----AA-GGGAGTCAAatagtagatact
gi|17                         :     aGTTTCA---ATACAGAAA--C-AC--ACA-----------CATGCCCAT-TTAACC----T----G-----AAG-------G----AC---G----CA-GGGAGTAAAaggttattcagttacttcta
gi|18                         :                aACAGAAA--T-GC--TGATC-CCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACA----T----G-----ATT-------G----AC---A----AA-GGGAGTCAtggcagtaatataa
gi|19                         :                  CAGAAA--C-GC--ACGTT-CTCGT-TTCATTTTCAT-TTA------------------ACG-------G----AA---G----TA-GGGAGTCAAtgggttaataatatt
gi|2                          :  agtttTTTTA---AAACAGAAA--T-GC--ACATTCCCCAA-TTCATTCCCAT-TTAATGGACTT----G-----ACA-------G----TC---A----AA-GTGAGTCAAtaaaaataatatta
gi|20                         :          CA---ACACAGAAA--C-GC--CAAAT-CCAAT-TTCCTTCCCAT-TTAACG----T----G-----ACG-------A----GC---G----CA-TGAAGCCAAagatagttctattatt
gi|21                         : agtcaGTTTTA---ATACAAAAA----------A-----CAT-TTCATTCCCAT-TAAGCA----T----G-----ATG-------G----AC---A----CA-AGGAGTAAAaagt
gi|22                         :      aaTTCA---ATACAGAAA--C-GC--ACATT-CCCAT-TT--TT----------CG----T----G-----ACG-------G----AC---A----AA-TGGAGTCAaggtagtaat
gi|23                         :      GTTTCA---ATTCAGAAA--C-AC--ACCTT-CCCAT-TTTATTCCTAT-TTAA-----------------A-G-------G----AT---G----CA-GGTAATCAtaggtagtaatattatt
gi|24                         :     aGTTTCA---ATACAGAAA--C-AC--ACATT-TCCAT-TTCATTCCCAT-TTAACG----T----G-----ATG-------G----AC---G----AA-GGGAGTCAAgaggc
gi|3                          :                TACAGAAA--CAGC--A-GTT-CCTAT-TTCATTCCCAT-TTTATG----T----GATATTACG-------G----AC---A----CA-GGAAGTC
gi|5                          :   gtttatgCA---ATACAGAAA--T-GC--ACATT-CCCAT-TTCAGTCCCAA-CTAACA----TGATGG-----ATG-------G----AC---G----AA-GGAAGTCAActgaggcaatattattt
gi|6                          :      acTTCA---ATACAGAAA--C-GC--CCATT-GACAT-TTGATT-TCATCTTAAAG----T----------ACG-------G----AC---G----CC-GAGGGTCGAtggcactaatagtatat
gi|7                          :      aagTCA---ATACAAAAA--A-GT--ACATT-CCCAT---------------AATG---------G-----ACT-------G----AT---G----AA-GGGAGTCAAaggtagtaataatatttct
gi|8                          : tagccGTTTCA---GTAGAGAAA--C-CC--ACACT-TCCAT-TTCATTCACAT-T---------T----G-----ACA-------G----AA---GTTACAA-GGGAGCCAAtattatctagcttactcaaagacacaaa
gi|9                          :     tGTTTCA---ATACAGAAA--C-AC--TAATT-ACCAT-TCCATTACCAT-TT-ACG----T----T-----ATG-------G----AC---A----TT-TGGAGTTAAaggttgtaatattg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): GTTTCAAAGTAAACACTTAATACAATTTCATTCCCAATTATGCTACAGTGACAGATGTTAGTGAATTAAAGGTTGTAATATTATT