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blockSeqs                     :                     .    .            .             . 
blockSeqs                     :                     .    .            .             . 
blockSeqs                     :                     .    .            .             . 
blockSeqs                     :                     .    .            .             . 
blockSeqs                     :                     .    .            .             . 


blockSeqCons                  :                          ******
originalCons                  :   TTCGTTCCGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACATAGACTTCA--CGTGA
finalCons                     :   TTCGTTCCGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACATAGACTTCA--CGTGA





Alignments
lowQualScore                  :                          111111                            
lowQualScore                  :                     222  333333       11            11     
lowQualScore                  :                     ...  ......       ..            ..     
lowQualScore                  :                     333  222222       88            88     
consensus                     :   TTCGTTCCGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACATAGACTTCA--CGTGA
Reference ( family-1642 )     :   TTCGTTCCGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACATAGACTTCA--CGTGA
gi|1                          :   TTCGTTCTGATTGATTAC---ATCAATGGACATACT--GCACAGACTTGA--AGTG
gi|10                         : ttTTCGTTCCGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACACAGACTTCA--CGTGA
gi|11                         :   TTCGTTCCGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACATAGACTTTA--CGTGA
gi|12                         :      GTTCCGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACATAGACTTCA--CGTGA
gi|13                         :  taTCGTTCCAATTGATTGC---AT------ACATACT--ACATAGACTTCA--AGTGA
gi|14                         :    TCGTTCTGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACATAGACTTCA--CGTAA
gi|15                         :    TCGTTCCGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACATAGACTTTA--TGTGA
gi|16                         :   TTTGGTCCAATTGGTT-------------ACATACT--ACACAGACTTGAAGCGTGA
gi|17                         :       TTCCAATTGATTGC---AT------ACATACT--ACATAGACTTTA--CGTGAt
gi|18                         :     ctTTCTGATTGATTGC---ATTAT---ACATACT--ACATAGACTTCA--TGTG
gi|19                         :     CATTCCGACTGATTGC---AT------ACATACT--ACATAGACTTAA--CGTG
gi|2                          :   TTCGTTCTGACTGATTGC---ATTAT---ACATACT--ACACAGACTTCA--CGTGAg
gi|20                         :      GTTCCGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACACAGACTTCA--CATGA
gi|21                         :      GTTCCGATTGATTGC---AA------ACATACT--ACATAGACTTCA--CGTGA
gi|22                         :      GTTCCGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACATACACGTCA--CGTGA
gi|23                         :     CATTTTGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACATAGACTTCA--CGTG
gi|24                         :     CGTTCCGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACATAGACTTCA--CGTG
gi|25                         :      GTTCCGAATGATTTT---AT------ACATACT--ACATAGACTTCA--CATGA
gi|26                         :       TTCCGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACAAAGACTTCA--CATGA
gi|27                         :       TTCCGATTGATAGC---AT------ACAAACT--ACATACACTTGA--CGTGA
gi|28                         :        TCTGATTGATTGCATTAT------ACATACTTAATACAGACTTCA--
gi|29                         :           GATTTATTGC---AT------ACATACT--CCATAGGCTTCA--CATGA
gi|3                          : caTTCGTTCAGATTGATTGC---ATTGT---ACATACT--ACACAGACTTCA--CGTG
gi|30                         :          CGATAGATTGC---AT------ACATACT--CCAAAGACTTTA--CGTGA
gi|4                          :   TTTGTTCCAATTGATTAT---AT------ACATACT--ACACAAACCTCA--TGTGA
gi|5                          : gtTTCGTTCTGATTGATTGC---AT------ACATACT--ACATAGAATTCA--CGCGA
gi|6                          :  tTTCGTTTTGATTGATTTC---AT------ACAAGCT--ACACAGACTTCA--TGTGA
gi|7                          :  tTCCATTCCGATTGATTGC---AA------ACATACT--ACATAGACTTTA--CGTGA
gi|8                          :       TTCCGATTGATTGT---ATTAT---ATATACT--ACACAGACTTCA--CGTGA
gi|9                          :  aTTCGTTCAGATTGATTGC---AT------ACAAACT--ACATAGACTTCA--CGTGA