lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 2222 11 1 11 1 33333333 1 5555 1 11 1 1 111111 1 2222222 4444444444444 1 11 11 1 333 1 1 11 1 3333 111 1 1111 1 222 1 1 1 1 4444 1 2 1 1 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 4
lowQualScore : 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 4444 22 66 5 6 4 33 5 2 8 2 2 0 66666666 3 3 6 6 8888 1 1 1 11 66 5 1 3 5 7 2 222222 0 7 6 0 7 7777777 0 8888888888888 0 7 22 11 0 88888 0 6666 2 0 1 5 0 7 3 3 2 555 0 5 6 22 4 0 8888 0 99 5 444 8 6 7 6666 5 333 6 5 7 7 5 3 4 2222 5 3 0 5 6 6 6 5 7 6 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 0 6
lowQualScore : . .............................................................................................. . .... .. .. . . . .. . . . . . . ........ . . . . .... . . . .. .. . . . . . . ...... . . . . . ....... . ............. . . .. .. . ..... . .... . . . . . . . . . ... . . . .. . . .... . .. . ... . . . .... . ... . . . . . . . .... . . . . . . . . . . ..................................................... . . .
lowQualScore : 7 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 5555 00 55 0 0 0 00 0 5 3 0 0 2 22222222 7 3 0 7 0000 0 8 8 00 33 0 9 6 1 1 3 888888 1 1 8 1 6 8888888 8 2222222222222 8 0 77 00 8 00000 6 8888 0 5 0 0 8 0 2 5 5 555 0 0 5 00 0 0 5555 6 44 6 000 0 0 0 3333 5 000 0 0 0 0 0 0 0 5555 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0
consensus : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATANNTATAAGCAAACAACTGCCGCCCTGTGNGGATANNGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTATAGCAATCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATNTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAGTCTGNTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAA-AAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAANTTGCAAATTGCGCAAGC------CTATATC---T--A-GTAAGTCGATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTTNAGTTTAAC-TTTTCTTCCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGT-TTGTATTNGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTT-TCGTTAGAACTTAAAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGCAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATCGCGCTTTTAATAATTAACCATTCAGCT-TCCAATTTTGTTTGTATTCTAGCTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATATATGATTTCTTTTTAAAATCACATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTTTTTGAGAAAGATTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTGTATNTNGCTTTGCTCTGTTTGACCAGTTGAGNCCTTTCGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCTCTGTTTTTAAATAGAATTTGCCAATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTAAAGTTTATAT--AGTTG-ATGTTGATGA-AAATGAAAAT-AGGCCA---TAATTCTTGTAAATTAATACTGA-ACTTT
Reference ( gi|1 ) : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATAAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACTTAGAGGCAAACAACTGTCGCCCTATATAGATACCGTTTGCACAGCCCTCTTGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATGTTTTT-AAGGAATGTAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATGTTGTTTTTTTTTCTTGGTTTTAAAAATACAATCTGTTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAA-ACATAATGTCTCTGAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATGTTTCATTTCAATTAAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAGCATAGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAATTTGCAAATTGCGCAAGC------TTATATC---T--A-GTTAATCGATTACTTAATTAA-ATATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTGAAAATTGAATTGTGAAGAAATTTCCATTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTGATGTTTAAC-TTTTCTTCCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTCGAATTGATGTACGC-TTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTT-T--TTAGAACTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATACAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGAAATTGCGCTTTTAATAATTATCCATTCAGCTTTCCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATAAAGGATTTCTTTTCAAAATCCCATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTATTTGAGTAAGATTGAAAGAAAAGTGTTTTTTATTCTGAAGCAAATTTCATGATTTCCAGACAACGGTAGATTTTTTTACGTCATTATTTTTTTGGGTGTGAATAATTGTCTAAAAGATGCCCAAGCTGAAATGGCATTTTTATAAAATGTTGGTATATTGCTTTG----GTTTGACCAGTTAAGACC-TTCGATAAAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCGCTGTTTTTAGATAAAATTTGCCGATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTACAGATTGTCTTAATTTGCATATTAGTTATACATGTAAGTCAAGCAAATCTCATTTTAGT-TATTAATTCTGACATTTT
gi|3 : CTTTTCAATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATAATTATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAAAGATAATGTTTGCACAGGCCTCTTGTGTGTAAAGCAATCTTCACAAAGCGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------AGGTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGCCAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAATTTGGGTTTT-TATACAACGTATTGTATTAAA-AAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATG
gi|7 : ttgcataggtgcaaaaaaattaaacatacatatctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaattattgtttttctcatttcataaaagttatgtaaatttgataaaaaaaaacgaaacaaaggcattaaagaatttattatttcgttCTTTTCGATTTTGCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATA----TATATATA
gi|11 : gcaaaacttatattgtcatataatatttaaatcaccaattatttgttgttcattttgacttgcataggtgcaaaaaattaaacatacttggctgtaagaaaatcatatctcaaacacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaattaatgtttttcacatttcatataagttcagttaacttgaaaaaaaagcaaaacgaaagcattaaagagtttattatttcgttCTTTTCAATTTTGCATAATTGTA
gi|9 : agggactgaattgacctggtctgnnnnnnnnnnaaaacatctattgtcatataatatttaaatcaccatttatttgttgttcctttcgacttgcataggtgcaaaaaattaaacatacttggctgtaagaaaatcatatctcaaacacaggataataatatattaatattcactatatactggaatgtctgttcagacaaaacgtacaagctgatcctaaccgatatcccagcatatgttgaaattgtttataaaaattaatgtgaaaaaaaaaggcaaaacgaaagcattaaagaattcattagtttgttTAATACATATAAGCAAACAACTGCCGCCCTGTGTGGATACAGTTTGCACAGGCCTCTCTTGTGTATAGCAACCTTCATGAAACGAAACAGAAGAGTAAAGCTATATTTAAAGAGATG--------ATTTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAGTGT--TCTTTTTTTCTTGGTTTTAAATACACAATCTG-GTTTTTTATAGAACTTATTGTATTAAA-AAATAATGTCTCTGAAAAATGTATTTGTTTATCAAATTTA---CTATTCCTGTACTTTCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTTTTTAAT-AATTA
gi|20 : TATAGCAATCTTGACAAAACAAAACAGAAGAGTTAAGCTTTATTTCAAGAGATG--------accat
gi|2 : ctttcattagcaAACAATCTTCACAAAACGAAACAAAAGAGTTGCGCTATATATTAAGAGATGCTATTTTTATATTTTTTAAAGAATGCCATGATCAACAAATCAAAACATGTTTGTAT---------------AATTTATAGCAGCAATGTT---TTCCTTAATTGGTTTTAAATATACACTCTGTTTTT---ATGCAGCGTATTGTATTAAC-AAATAATGTCTCTGAAACATTAATTT-TTTATCAAATTTACAGCTTTTCCTGTACTTCCGTATATTCCATTTCAATTAAAATACATGTACAATAGTATTTAATAAATTGTATTTATTTGAAAAATTGTTATAGCCAAGTACAATGTCGGCAAATTGCAAATTGCGCAAGC------CTATATCAAAT--ATGTTAATTG----CTTTATTGA-GTATAATCTCAAAGTTTGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAGAGAATAAATGATCAATAGTTTGTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTATAAAGCCCGTTAGATGCTCCC-----AGTTAATTG--GCTCAGTAATATTTGAATTGTGTAAACATGTCCACTGAAATTGCTTTGCTCTGTTTGATCAGTAAGCCCTTTTGATAATTATCCAAACTATGTACCAATTAAGATTATTTCAGTTTAAC-TTTTCTTCCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTTGTACTTTTGGCATTAATGTACGT-TTGTATTTGTTTCGTTTTTTAATATACATGGCGAGATAATTTTTGTG-TTAGAACTTAGAAAGTTTGTTCACTCTGTATCTTAAATATGCAAGC-TTTTCCTAGAGGTCTCAATATTTTGTTCTTAGTTTAAAATTCTTGACGTATTTCTcacattattcttacatt
gi|4 : TTTTAAAATTACAGTCTGTTTT-TTTATACAACGTATTGTATTAAA-AAATAATGTCTCTGAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATGTTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTAAATAAATTACATTTAC-----------------CCAAGTACAATGTCGACAATTTGCAAATTGCGCAAGC------CTATATC---T--A-GTAAGTCGATTACTTTATTAA-GCATAATCTCAAAGTTCGCTTAAACGGGTTTTATGATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAACAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATA
gi|10 : ttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttTAAATATACAGTCTGGTTTTTT-ATACGACGTATTGTATTAAA-AAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTGTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTGCTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTGATAACCAAGAACAGTGTCGGCAACTTGCAAATTGCGCAA---------TAT---------------GTCAATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTTGCTAAAATGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAAGAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTTC----TGC--ATATATTACAAAGACCATTAGATACTCCCATTAAATTTAATgaaatttccattgaacttatattgctttatttgagcagtaagcctttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaattttatttaagtttaacttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgtacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgtttttaatttgcatggcgagattattttttttagaacttaaaagttttgttccctctacatctaatgtatacaagcatttaatggaggcctcaatattttgttcttttaaagtgttgacgtatttctgaggaattgcgcttttaatgattaaccattcagccaattttgtttatattttagtttcctcaatagatcagtttcagtgatatatgatttctttttaaaatcacatatgtcagaaattatcatgatgttactttttgagaaagattgaa
gi|6 : TTTTTATGCAGCGTATTGTATGAAT-GAATATTGTGTCCGAAACATATATTTTTTTATCAAATTTACAGCTATCTCTGTACT------------ATTTC-----AAATAC--------------------------ATTTATTTGGGACGTTGTAATAAACAAGAACAATGTCGGTAAATTGCAAATTGTGCAAGA------CTATATT---T--A-ATATGTCAATCACCTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTGTATCCTTTCGCAGCTAAAATATAAGTGAACAATAGTTTCTCATTCCCGTTTACGAATATAACACAATGACCGTT---------------------TCGATGTTCAGTAAAAATTTAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTAGTTAAGCAGTAAGCC--TTTG--------C---ACGATGTACCAATCAATATTATTTTAGTTTAAC-TTTTCTTCCCAGTTTCGTTGTACTTTTGGTTCAGTCGAACTTTTGGAATTACTGTA-GCTTTGTATTTGTTTCG-TTTTTAATTGACATGGCGAGATTATTTTT-TCGTTTGAACTTAAAAGGTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGTAAGCTATTTT-TGGAGGTTTCAATATTTTGTTTT---TTTAGAG-TGTTGACGTGTGTATGAGGTATCGCGCTTTTAATAATTAAGCACCCTGCTT
gi|5 : aatttaaacttaaagcaGTATTGTATTAAACAC-TAATGTCTCTAAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCGTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGAAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGACAATTTGCAAATTACGCAAGCCTACCGTTATATC---GAAA-GT--GTCGATTACTTTATTTA-GTATAATCTCGAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTCCCCATTTGC--ATATATTACAAAGACTGTTAGATACTCCAATTAAATTTAATCGGT-----GTGAAAATTGAATTGTGAAGAAATTTCAACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTGAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTTTTTAAGTTTAACTTTTTTTTCCCAGTTTTGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCATACTTTTGGAATTGATGTATGT-TTGTTTTAGTTTTG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTT-TTATTAGAGCTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAGTGTATACAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGTGCTTTTAATAATTAACCATTCAGCTATCCAATTTTGTTTGTA-TCTAGCTT
gi|8 : tGTATTGTATTAAA-AAATAAAGTCTCTGAAACATGTATTTGTGTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAGTTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATATATTTGGAACATTGTAAT-ACCAAGTACAATGTCGGTAATTTGCAAATtgg
gi|21 : tCATTTCATTTCAAATA----------------TAACACATTACATTTATTGAGGACTTTGTAATAACTAAGTACAATGTCGGCAA-------ATTGCGCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatattatcggtatgaagtgttcatactataatagcaatgaatgtttgtacatgatctacttctatttgatataattattggctatttccatttttaaaaaataactaacacgatgtgggtgaccaattggaaatttagctcagtgtgtaatcatggatcacagggaagattagatattttttaatactt
gi|22 : ttccTTAACGTATAATCTCAAAGTTTGTTAAAATGGGTTTTATAACTGTGAAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTTT
gi|19 : ACAAAGACCCTTAGATACTCCCATTAAATTCAATCAGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAATAAC--TTAAAA--GTTTTG
gi|4 : AGAAATTTCCATTGAACTTATATTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATTTTATTTAAGTTTAAC-TTTTCTTCCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGCTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGT-TTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTT-T--TTAGAACTTAAAAGTTTTGTTCCCTCTACATCTAATGTATACAAGC-ATTTAATGGAGGCCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGCGCTTTTAATGATTAACCATTCAG----CCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATATATGATTTCTTTTTAAAATCACATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTTTTTGAGAAAGATTGAAt
gi|17 : ttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacatttacccaagtacaatgtcgacaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagcataatctcaaagttcgcttaaacgggttttatgatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtttgcatAACTTAAAAGTTTTGTTCCCTCCATACCTAATGTATGCAAGC-TTTTTATGGAAGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAA-TGTTGACGTATTTCTGA
gi|13 : tgtgtagaaatGTTTGTATCTAGCTTTG----GTTTGACCAGTTGAGACC-TTCGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCTCTGTTTTTAAATAGAATTTGCCAATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTAAAGTTTATAT--AGTTG-ATGTTGATGA-AAATGAAAAT-AGGCCA---TAATTCTTGTAAATTAATACTGA-ACTTT
gi|2 : ATTGCTTTGCTCTGTTTGATCAG-TAAGCCCTTTTGATAA
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TATTTTAATGTTACTTTTTTTTGTTTTGAGCTACTGTAAGGTTGCCTGTTTATTACATTGTAATGGGTTTGCAGGGGTCGGAGTCATCACACTTTAAACTGCACAATAATAGCATGTATGAAATTTTAACACATTTTGCATATTAACATATATTGTAATATAATATTTAAATAACTTAGACATTTGTTGTTCGTTTTGACTTGCATAAGTGAAAAAGATTAAATATACTTGGCTGTATGAAAATCATATCTCACACACAGGATAGTGATAT
Unaligned ( gi|14 ): TATTTTATTTATTTTTTGATTTCAATCACCAAAAATATGGTGACCCATTTAATCACCCCGTAATAGGTCTGTGGGGGTCGGGGTGGGCCATCCCCAACAAACCGTACACATAATTTACATGCATGTTTTCATATATATTGTAAGTATGTATAAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAACACATGTCATACAGTGAAAGGTAACAGGACGTTTAATATGTACTCAGTATTGAAATATCGGATCAGACAAAACATACCAGCTGATCCGAACAGATATCCCAGCATATTGCGTAAATGTTTAT
Unaligned ( gi|16 ): GACTTGGATAGGTGCAAAAATCAAACATACATGGCTGTAAGAAAAGCATAGCTCACACACGATAGTAATACGTTAATATTCACTATATATGCTGGAATATCGGCTC
Unaligned ( gi|18 ): TAATACATTTATTTGCTGTTTGTTTTGACATGCATAGGTGCAAAAATTTAAACATACTTTGCTGTAAGAATACATATCGCATACACA
Unaligned ( gi|23 ): TTGCATAGGTGCAAAATATTAAACATACATATCTCAAAACAGGATA
Unaligned ( gi|24 ): TAGGAAATTGAATCGACTTGACTTGAAACCGAAATGAAACATC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 22222222 1 11 222 22 111111 1111 11 111 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8888 222 22 2 2 2 333 11 2
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 7 22 0 0 222 22 0 33 4 99999999 1 0 3 5 66 11 222 6 1 2 11 111111 1 4444 1 3 99 5 99 3 3 0 3 3 0 1 1 8 1 8 99 6 3 111 6 2 9999 0 7 0 0 4 3 3 4 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 1 1 5555 1 222 3 3 4 3 77 2 0 2 0 3 4 0 2 555 3 4 99 4 0
lowQualScore : .............................................................................................. . . .. . . ... .. . .. . ........ . . . . .. .. ... . . . .. ...... . .... . . .. . .. . . . . . . . . . . . .. . . ... . . .... . . . . . . . . . .................................................................................................................................... . . . .... . ... . . . . .. . . . . . . . . ... . . .. . .
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 3 00 7 7 333 00 2 88 0 00000000 0 0 2 0 66 00 000 4 0 2 22 555555 0 2222 0 7 22 7 22 2 2 8 2 8 8 0 0 0 0 0 66 7 2 777 7 0 5555 7 3 7 7 0 0 0 0 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 0000 0 000 0 0 0 0 55 5 0 5 0 0 0 0 5 000 0 0 55 0 0
consensus : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATACTTATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATATAGATACCGTTTGCACAGGCCTCTCGT--GCGTANAGCAATCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATGTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAATCTGGTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAANTTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCTAGTAAGT--CGATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTTAAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGTTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTTCGTTAGAACTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGCAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGCGCTTTTAATAATTAACCATTCAGC-T-TCCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATANANGATTTCTTTTCAAAATCNCATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTNTTTGAGNAAGATTGAAAGAAAAGTGTTTTTTATTCTGAAGCAAATTTCATGATTTCCAGACAACGGTAGATTTTTTTACGTCATTATTTTTTTGGGTGTGAATAATTGTCTAAAAGATGCCCAAGCTGAAATGGCATTTTTATAAAATGTTNGTATNTNGCTTTG----GTTTGACCAGTTGAGACCTTTCGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCNCTGTTTTTAGATAGAATTTGCCGATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTANAGNTTGTNTTAANTTGCATGTTGGTNATANATGNAAGTCAGGCNAATCTNATTCTNGTANATTAATNCTGACACTTT
Reference ( family-1640 ) : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATANNTATAAGCAAACAACTGCCGCCCTGTGNGGATANNGTTTGCACAGGCCTCTCGT--GTGTATAGCAATCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATNTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAGTCTGNTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAANTTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCTAGTAAGT--CGATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTTNAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGTTTGTATTNGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTTCGTTAGAACTTAAAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGCAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATCGCGCTTTTAATAATTAACCATTCAGC-T-TCCAATTTTGTTTGTATTCTAGCTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATATATGATTTCTTTTTAAAATCACATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTTTTTGAGAAAGATTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTGTATNTNGCTTTGCTCTGTTTGACCAGTTGAGNCCTTTCGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCTCTGTTTTTAAATAGAATTTGCCAATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTAAAGTTTATAT--AGTTG-ATGTTGATGA-AAATGAAAAT-AGGCCA---TAATTCTTGTAAATTAATACTGA-ACTTT
gi|1 : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATAAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACTTAGAGGCAAACAACTGTCGCCCTATATAGATACCGTTTGCACAGCCCTCTTGT--GTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATGTTTTT-AAGGAATGTAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTTGTTTTTTTTTCTTGGTTTTAAAAATACAATCTGTTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAACATAATGTCTCTGAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATGTTTCATTTCAATTAAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAGCATAGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAATTTGCAAATTGCGCAAGCTTA----TATCTAGTTAAT--CGATTACTTAATTAA-ATATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTGAAAATTGAATTGTGAAGAAATTTCCATTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTGATGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTCGAATTGATGTACGCTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTT--TTAGAACTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATACAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGAAATTGCGCTTTTAATAATTATCCATTCAGCTT-TCCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATAAAGGATTTCTTTTCAAAATCCCATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTATTTGAGTAAGATTGAAAGAAAAGTGTTTTTTATTCTGAAGCAAATTTCATGATTTCCAGACAACGGTAGATTTTTTTACGTCATTATTTTTTTGGGTGTGAATAATTGTCTAAAAGATGCCCAAGCTGAAATGGCATTTTTATAAAATGTTGGTATATTGCTTTG----GTTTGACCAGTTAAGACC-TTCGATAAAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCGCTGTTTTTAGATAAAATTTGCCGATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTACAGATTGTCTTAATTTGCATATTAGTTATACATGTAAGTCAAGCAAATCTCATTTTAGT-TATTAATTCTGACATTTT
gi|10 : TAAATATACAGTCTGGTTTTTT-ATACGACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTGTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTGCTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTGATAACCAAGAACAGTGTCGGCAACTTGCAAATTGCGCAA---TA----T---------GT--CAATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTTGCTAAAATGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAAGAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTTC----TGC--ATATATTACAAAGACCATTAGATACTCCCATTAAATTTAAT
gi|13 : GTTTGTATCTAGCTTTG----GTTTGACCAGTTGAGACCTT-CGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCTCTGTTTTTAAATAGAATTTGCCAATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTAAAGTTTATAT--AGTTG-ATGTTGATGA-AAATGAAAAT-AGGCCA---TAATTCTTGTAAATTAATACTGA-ACTTT
gi|17 : AACTTAAAAGTTTTGTTCCCTCCATACCTAATGTATGCAAGC-TTTTTATGGAAGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAA-TGTTGACGTATTTCTGA
gi|19 : tgtgtagaaatACAAAGACCCTTAGATACTCCCATTAAATTCAATCAGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAAT---AACTTAAA-AGTTTTG
gi|2 : AACAATCTTCACAAAACGAAACAAAAGAGTTGCGCTATATATTAAGAGATGCTATTTTTATATTTTTTAAAGAATGCCATGATCAACAAATCAAAACATGTTTGTAT---------------AATTT--ATAGCAGCAATGTT---TTCCTTAATTGGTTTTAAATATACACTCTG---TTTTTATGCAGCGTATTGTATTAACAAATAATGTCTCTGAAACATTAATTT-TTTATCAAATTTACAGCTTTTCCTGTACTTCCGTATATTCCATTTCAATTAAAATACATGTACAATAGTATTTAATAAATTGTATTTATTTGAAAAATTGTTATAGCCAAGTACAATGTCGGCAAATTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCAAATATGT--TAATTGCTTTATTGA-GTATAATCTCAAAGTTTGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAGAGAATAAATGATCAATAGTTTGTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTATAAAGCCCGTTAGATGCTCCC-----AGTTAATTG--GCTCAGTAATATTTGAATTGTGTAAACATGTCCACTGAAATTGCTTTGCTCTGTTTGATCAGTAAGCCCTTTTGATAATTATCCAAACTATGTACCAATTAAGATTATTTCAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTTGTACTTTTGGCATTAATGTACGTTTGTATTTGTTTCGTTTTTTAATATACATGGCGAGATAATTTTTGTGTTAGAACTTAGAAAGTTTGTTCACTCTGTATCTTAAATATGCAAGC-TTTTCCTAGAGGTCTCAATATTTTGTTCTTAGTTTAAAATTCTTGACGTATTTCTt
gi|20 : CTTTCATTAGCATATAGCAATCTTGACAAAACAAAACAGAAGAGTTAAGCTTTATTTCAAGAGATG--------
gi|21 : TCCCATTTCATTTCAAATA----------------TAACACATTACATTTATTGAGGACTTTGTAATAACTAAGTACAATGTCGGCAAATTGCcacattattcttacatt
gi|22 : tTTAACGTATAATCTCAAAGTTTGTTAAAATGGGTTTTATAACTGTGAAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTTTgca
gi|3 : CTTTTCAATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATAATTATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAAAGATAATGTTTGCACAGGCCTCTTGT--GTGTAAAGCAATCTTCACAAAGCGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------AGGTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGCCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAATTTGGGTTTT-TATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATG
gi|4 : ttgcataggtgcaaaaaaattaaacatacatatctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaattattgtttttctcatttcataaaagttatgtaaatttgataaaaaaaaacgaaacaaaggcattaaagaatttattatttcgttTTGTATTAGTT-TCGATT-TTAATTTGCATGGCGAGATTATT---TT----------TTTAAAAT-TACAGTCTG-TTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATGTTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTAAATAAATTACATTTAC-----------------CCAAGTACAATGTCGACAATTTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCTAGTAAGT--CGATTACTTTATTAA-GCATAATCTCAAAGTTCGCTTAAACGGGTTTTATGATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAACAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATA
gi|4 : TTGCATAGAAATTTCCATTGAACTTATATTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATTTTATTTAAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGCTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGTTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTT--TTAGAACTTAAAAGTTTTGTTCCCTCTACATCTAATGTATACAAGC-ATTTAATGGAGGCCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGCGCTTTTAATGATTAACCATTCAG-----CCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATATATGATTTCTTTTTAAAATCACATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTTTTTGAGAAAGATTGAAgaaatttccattgaacttatattgctttatttgagcagtaagcctttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaattttatttaagtttaacttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgtacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgtttttaatttgcatggcgagattattttttttagaacttaaaagttttgttccctctacatctaatgtatacaagcatttaatggaggcctcaatattttgttcttttaaagtgttgacgtatttctgaggaattgcgcttttaatgattaaccattcagccaattttgtttatattttagtttcctcaatagatcagtttcagtgatatatgatttctttttaaaatcacatatgtcagaaattatcatgatgttactttttgagaaagattgaa
gi|5 : ttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacatttacccaagtacaatgtcgacaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagcataatctcaaagttcgcttaaacgggttttatgatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtGTATTGTATTAAACACTAATGTCTCTAAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCGTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGAAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGACAATTTGCAAATTACGCAAGCCTACCGTTATATCGAAAGTGTCGATTACTTTATTTA-GTATAATCTCGAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTCCCCATTTGC--ATATATTACAAAGACTGTTAGATACTCCAATTAAATTTAATCGGTGT-----GAAAATTGAATTGTGAAGAAATTTCAACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTGAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTTTTTAAGTTTAACTTTTTTTTCCCAGTTTTGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCATACTTTTGGAATTGATGTATGTTTGTTTTAGTTTTG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTTTATTAGAGCTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAGTGTATACAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGTGCTTTTAATAATTAACCATTCAGC-TATCCAATTTTGTTTGTA-TCTAGCTT
gi|6 : tTTTTTATGCAGCGTATTGTATGAATGAATATTGTGTCCGAAACATATATTTTTTTATCAAATTTACAGCTATCTCTGTACT---AT--------------TTCAAATAC--------------------------ATTTATTTGGGACGTTGTAATAAACAAGAACAATGTCGGTAAATTGCAAATTGTGCAAGACTA----TATTTAATATGT--CAATCACCTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTGTATCCTTTCGCAGCTAAAATATAAGTGAACAATAGTTTCTCATTCCCGTTTACGAATATAACACAATGACCGTT---------------------TCGATGTTCAGTAAAAATTTAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTAGTTAAGCAGTAAGCC--TTTG--------C---ACGATGTACCAATCAATATTATTTTAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTACTTTTGGTTCAGTCGAACTTTTGGAATTACTGTAGCTTTGTATTTGTTTCG-TTTTTAATTGACATGGCGAGATTATTTTTTCGTTTGAACTTAAAAGGTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGTAAGCTATTTT-TGGAGGTTTCAATATTTTGTTTT---TTTAGAG-TGTTGACGTGTGTATGAGGTATCGCGCTTTTAATAATTAAGCACCCTGC-T-Ttgg
gi|7 : aatttaaacttaaagcaGAATTAATGTTTTT-CACATTTCATA
gi|7 : gcaaaacttatattgtcatataatatttaaatcaccaattatttgttgttcattttgacttgcataggtgcaaaaaattaaacatacttggctgtaagaaaatcatatctcaaacacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgCTTTTCGATTTTGCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATA----TATATATAtaagttcagttaacttgaaaaaaaagcaaaacgaaagcattaaagagtttattatttcgttcttttcgattttgcatgaatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacacatttcatatatatata
gi|8 : gcaaaacttatattgtcatataatatttaaatcaccaattatttgttgttcattttgacttgcataggtgcaaaaaattaaacatacttggctgtaagaaaatcatatctcaaacacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaattaatgtttttcacatttcatataagttcagttaacttgaaaaaaaagcaaaacgaaagcattaaagagtttattatttcgttGTATTGTATTAAAAAATAAAGTCTCTGAAACATGTATTTGTGTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAGTTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATATATTTGGAACATTGTAAT-ACCAAGTACAATGTCGGTAATTTGCAAAT
gi|9 : tTAATACATATAAGCAAACAACTGCCGCCCTGTGTGGATACAGTTTGCACAGGCCTCTCTT--GTGTATAGCAACCTTCATGAAACGAAACAGAAGAGTAAAGCTATATTTAAAGAGATG--------ATTTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAGTGTTC--TTTTTTTCTTGGTTTTAAATACACAATCTGG-TTTTTTATAGAACTTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAAAATGTATTTGTTTATCAAATTTA---CTATTCCTGTACTTTCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTTTTTAAT-AATTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatattatcggtatgaagtgttcatactataatagcaatgaatgtttgtacatgatctacttctatttgatataattattggctatttccatttttaaaaaataactaacacgatgtgggtgaccaattggaaatttagctcagtgtgtaatcatggatcacagggaagattagatattttttaatactt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AGGGACTGAATTGACCTGGTCTGNNNNNNNNNNAAAACATCTATTGTCATATAATATTTAAATCACCATTTATTTGTTGTTCCTTTCGACTTGCATAGGTGCAAAAAATTAAACATACTTGGCTGTAAGAAAATCATATCTCAAACACAGGATAATAATATATTAATATTCACTATATACTGGAATGTCTGTTCAGACAAAACGTACAAGCTGATCCTAACCGATATCCCAGCATATGTTGAAATTGTTTATAAAAATTAATGTGAAAAAAAAAGGCAAAACGAAAGCATTAAAGAATTCATTAGTTTGTTCTTTTCAATTTTGCATAATTGTA
Unaligned ( gi|12 ): TATTTTAATGTTACTTTTTTTTGTTTTGAGCTACTGTAAGGTTGCCTGTTTATTACATTGTAATGGGTTTGCAGGGGTCGGAGTCATCACACTTTAAACTGCACAATAATAGCATGTATGAAATTTTAACACATTTTGCATATTAACATATATTGTAATATAATATTTAAATAACTTAGACATTTGTTGTTCGTTTTGACTTGCATAAGTGAAAAAGATTAAATATACTTGGCTGTATGAAAATCATATCTCACACACAGGATAGTGATAT
Unaligned ( gi|14 ): TATTTTATTTATTTTTTGATTTCAATCACCAAAAATATGGTGACCCATTTAATCACCCCGTAATAGGTCTGTGGGGGTCGGGGTGGGCCATCCCCAACAAACCGTACACATAATTTACATGCATGTTTTCATATATATTGTAAGTATGTATAAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAACACATGTCATACAGTGAAAGGTAACAGGACGTTTAATATGTACTCAGTATTGAAATATCGGATCAGACAAAACATACCAGCTGATCCGAACAGATATCCCAGCATATTGCGTAAATGTTTAT
Unaligned ( gi|16 ): GACTTGGATAGGTGCAAAAATCAAACATACATGGCTGTAAGAAAAGCATAGCTCACACACGATAGTAATACGTTAATATTCACTATATATGCTGGAATATCGGCTC
Unaligned ( gi|18 ): TAATACATTTATTTGCTGTTTGTTTTGACATGCATAGGTGCAAAAATTTAAACATACTTTGCTGTAAGAATACATATCGCATACACA
Unaligned ( gi|23 ): TTGCATAGGTGCAAAATATTAAACATACATATCTCAAAACAGGATA
Unaligned ( gi|24 ): TAGGAAATTGAATCGACTTGACTTGAAACCGAAATGAAACATC
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 22222222 1 11 222 11 111111 1111 11 111 1111 222 11 1 1 1 222 11 1
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 7 3 0 33 2 1 99999999 0 0 3 5 66 11 222 6 1 88 111111 1 4444 1 3 99 5 99 3 3 0 3 3 0 1 1 8 1 8 99 6 3 111 6 9999 7 1 1 1 1 1 1 1 1 222 1 1 1 1 88 1 5 1 5 1 1 5 1 111 1 1 66 1 5
lowQualScore : .............................................................................................. . . . . .. . . ........ . . . . .. .. ... . . .. ...... . .... . . .. . .. . . . . . . . . . . . .. . . ... . .... . . . . . . . . . ... . . . . .. . . . . . . . . ... . . .. . .
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 3 7 2 88 0 0 00000000 2 0 2 0 66 00 000 4 0 00 555555 0 2222 0 7 22 7 22 2 2 8 2 8 8 0 0 0 4 0 66 7 2 777 7 5555 3 0 0 0 0 0 0 0 0 000 0 0 0 0 55 0 0 0 5 0 0 0 0 000 0 0 55 0 0
consensus : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATACTTATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATATAGATACCGTTTGCACAGGCCTCTCGT--GCGTANAGCAATCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATGTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAATCTGGTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAANTTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCTAGTAAGT--CGATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTTAAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGTTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTTCGTTAGAACTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGCAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGCGCTTTTAATAATTAACCATTCAGC-T-TCCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATANANGATTTCTTTTCAAAATCNCATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTNTTTGAGNAAGATTGAAAGAAAAGTGTTTTTTATTCTGAAGCAAATTTCATGATTTCCAGACAACGGTAGATTTTTTTACGTCATTATTTTTTTGGGTGTGAATAATTGTCTAAAAGATGCCCAAGCTGAAATGGCATTTTTATAAAATGTTNGTATNTNGCTTTGGTTTGACCAGTTGAGACCTTTCGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCNCTGTTTTTAGATAGAATTTGCCGATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTANAGNTTGTNTTAANTTGCATGTTGGTNATANATGNAAGTCAGGCNAATCTNATTCTNGTANATTAATNCTGACACTTT
Reference ( family-1640 ) : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATACTTATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATATAGATACCGTTTGCACAGGCCTCTCGT--GCGTANAGCAATCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATGTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAATCTGGTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAANTTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCTAGTAAGT--CGATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTTAAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGTTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTTCGTTAGAACTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGCAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGCGCTTTTAATAATTAACCATTCAGC-T-TCCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATANANGATTTCTTTTCAAAATCNCATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTNTTTGAGNAAGATTGAAAGAAAAGTGTTTTTTATTCTGAAGCAAATTTCATGATTTCCAGACAACGGTAGATTTTTTTACGTCATTATTTTTTTGGGTGTGAATAATTGTCTAAAAGATGCCCAAGCTGAAATGGCATTTTTATAAAATGTTNGTATNTNGCTTTGGTTTGACCAGTTGAGACCTTTCGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCNCTGTTTTTAGATAGAATTTGCCGATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTANAGNTTGTNTTAANTTGCATGTTGGTNATANATGNAAGTCAGGCNAATCTNATTCTNGTANATTAATNCTGACACTTT
gi|1 : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATAAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACTTAGAGGCAAACAACTGTCGCCCTATATAGATACCGTTTGCACAGCCCTCTTGT--GTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATGTTTTT-AAGGAATGTAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTTGTTTTTTTTTCTTGGTTTTAAAAATACAATCTGTTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAACATAATGTCTCTGAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATGTTTCATTTCAATTAAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAGCATAGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAATTTGCAAATTGCGCAAGCTTA----TATCTAGTTAAT--CGATTACTTAATTAA-ATATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTGAAAATTGAATTGTGAAGAAATTTCCATTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTGATGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTCGAATTGATGTACGCTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTT--TTAGAACTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATACAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGAAATTGCGCTTTTAATAATTATCCATTCAGCTT-TCCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATAAAGGATTTCTTTTCAAAATCCCATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTATTTGAGTAAGATTGAAAGAAAAGTGTTTTTTATTCTGAAGCAAATTTCATGATTTCCAGACAACGGTAGATTTTTTTACGTCATTATTTTTTTGGGTGTGAATAATTGTCTAAAAGATGCCCAAGCTGAAATGGCATTTTTATAAAATGTTGGTATATTGCTTTGGTTTGACCAGTTAAGACC-TTCGATAAAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCGCTGTTTTTAGATAAAATTTGCCGATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTACAGATTGTCTTAATTTGCATATTAGTTATACATGTAAGTCAAGCAAATCTCATTTTAGT-TATTAATTCTGACATTTT
gi|10 : TAAATATACAGTCTGGTTTTTT-ATACGACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTGTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTGCTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTGATAACCAAGAACAGTGTCGGCAACTTGCAAATTGCGCAA---TA----T---------GT--CAATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTTGCTAAAATGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAAGAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTTC----TGC--ATATATTACAAAGACCATTAGATACTCCCATTAAATTTAAT
gi|13 : GTTTGTATCTAGCTTTGGTTTGACCAGTTGAGACCTT-CGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCTCTGTTTTTAAATAGAATTTGCCAATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTAAAGTTTATAT--AGTTG-ATGTTGATGA-AAATGAAAAT-AGGCCA---TAATTCTTGTAAATTAATACTGA-ACTTT
gi|17 : AACTTAAAAGTTTTGTTCCCTCCATACCTAATGTATGCAAGC-TTTTTATGGAAGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAA-TGTTGACGTATTTCTGA
gi|19 : tgtgtagaaatACAAAGACCCTTAGATACTCCCATTAAATTCAATCAGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAAT---AACTTAAA-AGTTTTG
gi|2 : AACAATCTTCACAAAACGAAACAAAAGAGTTGCGCTATATATTAAGAGATGCTATTTTTATATTTTTTAAAGAATGCCATGATCAACAAATCAAAACATGTTTGTAT---------------AATTT--ATAGCAGCAATGTT---TTCCTTAATTGGTTTTAAATATACACTCTG---TTTTTATGCAGCGTATTGTATTAACAAATAATGTCTCTGAAACATTAATTT-TTTATCAAATTTACAGCTTTTCCTGTACTTCCGTATATTCCATTTCAATTAAAATACATGTACAATAGTATTTAATAAATTGTATTTATTTGAAAAATTGTTATAGCCAAGTACAATGTCGGCAAATTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCAAATATGT--TAATTGCTTTATTGA-GTATAATCTCAAAGTTTGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAGAGAATAAATGATCAATAGTTTGTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTATAAAGCCCGTTAGATGCTCCC-----AGTTAATTG--GCTCAGTAATATTTGAATTGTGTAAACATGTCCACTGAAATTGCTTTGCTCTGTTTGATCAGTAAGCCCTTTTGATAATTATCCAAACTATGTACCAATTAAGATTATTTCAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTTGTACTTTTGGCATTAATGTACGTTTGTATTTGTTTCGTTTTTTAATATACATGGCGAGATAATTTTTGTGTTAGAACTTAGAAAGTTTGTTCACTCTGTATCTTAAATATGCAAGC-TTTTCCTAGAGGTCTCAATATTTTGTTCTTAGTTTAAAATTCTTGACGTATTTCTt
gi|20 : CTTTCATTAGCATATAGCAATCTTGACAAAACAAAACAGAAGAGTTAAGCTTTATTTCAAGAGATG--------
gi|21 : TCCCATTTCATTTCAAATA----------------TAACACATTACATTTATTGAGGACTTTGTAATAACTAAGTACAATGTCGGCAAATTGCcacattattcttacatt
gi|22 : tTTAACGTATAATCTCAAAGTTTGTTAAAATGGGTTTTATAACTGTGAAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTTTgca
gi|3 : CTTTTCAATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATAATTATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAAAGATAATGTTTGCACAGGCCTCTTGT--GTGTAAAGCAATCTTCACAAAGCGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------AGGTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGCCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAATTTGGGTTTT-TATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATG
gi|4 : ttgcataggtgcaaaaaaattaaacatacatatctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaattattgtttttctcatttcataaaagttatgtaaatttgataaaaaaaaacgaaacaaaggcattaaagaatttattatttcgttTTGTATTAGTT-TCGATT-TTAATTTGCATGGCGAGATTATT---TT----------TTTAAAAT-TACAGTCTG-TTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATGTTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTAAATAAATTACATTTAC-----------------CCAAGTACAATGTCGACAATTTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCTAGTAAGT--CGATTACTTTATTAA-GCATAATCTCAAAGTTCGCTTAAACGGGTTTTATGATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAACAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATA
gi|4 : TTGCATAGAAATTTCCATTGAACTTATATTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATTTTATTTAAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGCTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGTTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTT--TTAGAACTTAAAAGTTTTGTTCCCTCTACATCTAATGTATACAAGC-ATTTAATGGAGGCCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGCGCTTTTAATGATTAACCATTCAG-----CCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATATATGATTTCTTTTTAAAATCACATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTTTTTGAGAAAGATTGAAgaaatttccattgaacttatattgctttatttgagcagtaagcctttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaattttatttaagtttaacttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgtacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgtttttaatttgcatggcgagattattttttttagaacttaaaagttttgttccctctacatctaatgtatacaagcatttaatggaggcctcaatattttgttcttttaaagtgttgacgtatttctgaggaattgcgcttttaatgattaaccattcagccaattttgtttatattttagtttcctcaatagatcagtttcagtgatatatgatttctttttaaaatcacatatgtcagaaattatcatgatgttactttttgagaaagattgaa
gi|5 : ttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacatttacccaagtacaatgtcgacaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagcataatctcaaagttcgcttaaacgggttttatgatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtGTATTGTATTAAACACTAATGTCTCTAAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCGTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGAAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGACAATTTGCAAATTACGCAAGCCTACCGTTATATCGAAAGTGTCGATTACTTTATTTA-GTATAATCTCGAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTCCCCATTTGC--ATATATTACAAAGACTGTTAGATACTCCAATTAAATTTAATCGGTGT-----GAAAATTGAATTGTGAAGAAATTTCAACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTGAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTTTTTAAGTTTAACTTTTTTTTCCCAGTTTTGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCATACTTTTGGAATTGATGTATGTTTGTTTTAGTTTTG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTTTATTAGAGCTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAGTGTATACAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGTGCTTTTAATAATTAACCATTCAGC-TATCCAATTTTGTTTGTA-TCTAGCTT
gi|6 : tTTTTTATGCAGCGTATTGTATGAATGAATATTGTGTCCGAAACATATATTTTTTTATCAAATTTACAGCTATCTCTGTACT---AT--------------TTCAAATAC--------------------------ATTTATTTGGGACGTTGTAATAAACAAGAACAATGTCGGTAAATTGCAAATTGTGCAAGACTA----TATTTAATATGT--CAATCACCTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTGTATCCTTTCGCAGCTAAAATATAAGTGAACAATAGTTTCTCATTCCCGTTTACGAATATAACACAATGACCGTT---------------------TCGATGTTCAGTAAAAATTTAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTAGTTAAGCAGTAAGCC--TTTG--------C---ACGATGTACCAATCAATATTATTTTAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTACTTTTGGTTCAGTCGAACTTTTGGAATTACTGTAGCTTTGTATTTGTTTCG-TTTTTAATTGACATGGCGAGATTATTTTTTCGTTTGAACTTAAAAGGTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGTAAGCTATTTT-TGGAGGTTTCAATATTTTGTTTT---TTTAGAG-TGTTGACGTGTGTATGAGGTATCGCGCTTTTAATAATTAAGCACCCTGC-T-Ttgg
gi|7 : aatttaaacttaaagcaGAATTAATGTTTTT-CACATTTCATA
gi|7 : gcaaaacttatattgtcatataatatttaaatcaccaattatttgttgttcattttgacttgcataggtgcaaaaaattaaacatacttggctgtaagaaaatcatatctcaaacacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgCTTTTCGATTTTGCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATA----TATATATAtaagttcagttaacttgaaaaaaaagcaaaacgaaagcattaaagagtttattatttcgttcttttcgattttgcatgaatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacacatttcatatatatata
gi|8 : gcaaaacttatattgtcatataatatttaaatcaccaattatttgttgttcattttgacttgcataggtgcaaaaaattaaacatacttggctgtaagaaaatcatatctcaaacacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaattaatgtttttcacatttcatataagttcagttaacttgaaaaaaaagcaaaacgaaagcattaaagagtttattatttcgttGTATTGTATTAAAAAATAAAGTCTCTGAAACATGTATTTGTGTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAGTTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATATATTTGGAACATTGTAAT-ACCAAGTACAATGTCGGTAATTTGCAAAT
gi|9 : tTAATACATATAAGCAAACAACTGCCGCCCTGTGTGGATACAGTTTGCACAGGCCTCTCTT--GTGTATAGCAACCTTCATGAAACGAAACAGAAGAGTAAAGCTATATTTAAAGAGATG--------ATTTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAGTGTTC--TTTTTTTCTTGGTTTTAAATACACAATCTGG-TTTTTTATAGAACTTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAAAATGTATTTGTTTATCAAATTTA---CTATTCCTGTACTTTCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTTTTTAAT-AATTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatattatcggtatgaagtgttcatactataatagcaatgaatgtttgtacatgatctacttctatttgatataattattggctatttccatttttaaaaaataactaacacgatgtgggtgaccaattggaaatttagctcagtgtgtaatcatggatcacagggaagattagatattttttaatactt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AGGGACTGAATTGACCTGGTCTGNNNNNNNNNNAAAACATCTATTGTCATATAATATTTAAATCACCATTTATTTGTTGTTCCTTTCGACTTGCATAGGTGCAAAAAATTAAACATACTTGGCTGTAAGAAAATCATATCTCAAACACAGGATAATAATATATTAATATTCACTATATACTGGAATGTCTGTTCAGACAAAACGTACAAGCTGATCCTAACCGATATCCCAGCATATGTTGAAATTGTTTATAAAAATTAATGTGAAAAAAAAAGGCAAAACGAAAGCATTAAAGAATTCATTAGTTTGTTCTTTTCAATTTTGCATAATTGTA
Unaligned ( gi|12 ): TATTTTAATGTTACTTTTTTTTGTTTTGAGCTACTGTAAGGTTGCCTGTTTATTACATTGTAATGGGTTTGCAGGGGTCGGAGTCATCACACTTTAAACTGCACAATAATAGCATGTATGAAATTTTAACACATTTTGCATATTAACATATATTGTAATATAATATTTAAATAACTTAGACATTTGTTGTTCGTTTTGACTTGCATAAGTGAAAAAGATTAAATATACTTGGCTGTATGAAAATCATATCTCACACACAGGATAGTGATAT
Unaligned ( gi|14 ): TATTTTATTTATTTTTTGATTTCAATCACCAAAAATATGGTGACCCATTTAATCACCCCGTAATAGGTCTGTGGGGGTCGGGGTGGGCCATCCCCAACAAACCGTACACATAATTTACATGCATGTTTTCATATATATTGTAAGTATGTATAAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAACACATGTCATACAGTGAAAGGTAACAGGACGTTTAATATGTACTCAGTATTGAAATATCGGATCAGACAAAACATACCAGCTGATCCGAACAGATATCCCAGCATATTGCGTAAATGTTTAT
Unaligned ( gi|16 ): GACTTGGATAGGTGCAAAAATCAAACATACATGGCTGTAAGAAAAGCATAGCTCACACACGATAGTAATACGTTAATATTCACTATATATGCTGGAATATCGGCTC
Unaligned ( gi|18 ): TAATACATTTATTTGCTGTTTGTTTTGACATGCATAGGTGCAAAAATTTAAACATACTTTGCTGTAAGAATACATATCGCATACACA
Unaligned ( gi|23 ): TTGCATAGGTGCAAAATATTAAACATACATATCTCAAAACAGGATA
Unaligned ( gi|24 ): TAGGAAATTGAATCGACTTGACTTGAAACCGAAATGAAACATC
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 22222222 1 11 222 11 111111 1111 11 111 1111 222 11 1 1 1 222 11 1
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 7 3 0 33 2 1 99999999 0 0 3 5 66 11 222 6 1 88 111111 1 4444 1 3 99 5 99 3 3 0 3 3 0 1 1 8 1 8 99 6 3 111 6 9999 7 1 1 1 1 1 1 1 1 222 1 1 1 1 88 1 5 1 5 1 1 5 1 111 1 1 66 1 5
lowQualScore : .............................................................................................. . . . . .. . . ........ . . . . .. .. ... . . .. ...... . .... . . .. . .. . . . . . . . . . . . .. . . ... . .... . . . . . . . . . ... . . . . .. . . . . . . . . ... . . .. . .
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 3 7 2 88 0 0 00000000 2 0 2 0 66 00 000 4 0 00 555555 0 2222 0 7 22 7 22 2 2 8 2 8 8 0 0 0 4 0 66 7 2 777 7 5555 3 0 0 0 0 0 0 0 0 000 0 0 0 0 55 0 0 0 5 0 0 0 0 000 0 0 55 0 0
consensus : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATACTTATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATATAGATACCGTTTGCACAGGCCTCTCGT--GCGTANAGCAATCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATGTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAATCTGGTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAANTTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCTAGTAAGT--CGATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTTAAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGTTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTTCGTTAGAACTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGCAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGCGCTTTTAATAATTAACCATTCAGC-T-TCCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATANANGATTTCTTTTCAAAATCNCATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTNTTTGAGNAAGATTGAAAGAAAAGTGTTTTTTATTCTGAAGCAAATTTCATGATTTCCAGACAACGGTAGATTTTTTTACGTCATTATTTTTTTGGGTGTGAATAATTGTCTAAAAGATGCCCAAGCTGAAATGGCATTTTTATAAAATGTTNGTATNTNGCTTTGGTTTGACCAGTTGAGACCTTTCGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCNCTGTTTTTAGATAGAATTTGCCGATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTANAGNTTGTNTTAANTTGCATGTTGGTNATANATGNAAGTCAGGCNAATCTNATTCTNGTANATTAATNCTGACACTTT
Reference ( family-1640 ) : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATACTTATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATATAGATACCGTTTGCACAGGCCTCTCGT--GCGTANAGCAATCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATGTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAATCTGGTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAANTTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCTAGTAAGT--CGATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTTAAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGTTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTTCGTTAGAACTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGCAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGCGCTTTTAATAATTAACCATTCAGC-T-TCCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATANANGATTTCTTTTCAAAATCNCATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTNTTTGAGNAAGATTGAAAGAAAAGTGTTTTTTATTCTGAAGCAAATTTCATGATTTCCAGACAACGGTAGATTTTTTTACGTCATTATTTTTTTGGGTGTGAATAATTGTCTAAAAGATGCCCAAGCTGAAATGGCATTTTTATAAAATGTTNGTATNTNGCTTTGGTTTGACCAGTTGAGACCTTTCGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCNCTGTTTTTAGATAGAATTTGCCGATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTANAGNTTGTNTTAANTTGCATGTTGGTNATANATGNAAGTCAGGCNAATCTNATTCTNGTANATTAATNCTGACACTTT
gi|1 : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATAAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACTTAGAGGCAAACAACTGTCGCCCTATATAGATACCGTTTGCACAGCCCTCTTGT--GTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATGTTTTT-AAGGAATGTAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTTGTTTTTTTTTCTTGGTTTTAAAAATACAATCTGTTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAACATAATGTCTCTGAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATGTTTCATTTCAATTAAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAGCATAGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAATTTGCAAATTGCGCAAGCTTA----TATCTAGTTAAT--CGATTACTTAATTAA-ATATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTGAAAATTGAATTGTGAAGAAATTTCCATTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTGATGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTCGAATTGATGTACGCTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTT--TTAGAACTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATACAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGAAATTGCGCTTTTAATAATTATCCATTCAGCTT-TCCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATAAAGGATTTCTTTTCAAAATCCCATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTATTTGAGTAAGATTGAAAGAAAAGTGTTTTTTATTCTGAAGCAAATTTCATGATTTCCAGACAACGGTAGATTTTTTTACGTCATTATTTTTTTGGGTGTGAATAATTGTCTAAAAGATGCCCAAGCTGAAATGGCATTTTTATAAAATGTTGGTATATTGCTTTGGTTTGACCAGTTAAGACC-TTCGATAAAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCGCTGTTTTTAGATAAAATTTGCCGATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTACAGATTGTCTTAATTTGCATATTAGTTATACATGTAAGTCAAGCAAATCTCATTTTAGT-TATTAATTCTGACATTTT
gi|10 : TAAATATACAGTCTGGTTTTTT-ATACGACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTGTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTGCTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTGATAACCAAGAACAGTGTCGGCAACTTGCAAATTGCGCAA---TA----T---------GT--CAATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTTGCTAAAATGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAAGAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTTC----TGC--ATATATTACAAAGACCATTAGATACTCCCATTAAATTTAAT
gi|13 : GTTTGTATCTAGCTTTGGTTTGACCAGTTGAGACCTT-CGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCTCTGTTTTTAAATAGAATTTGCCAATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTAAAGTTTATAT--AGTTG-ATGTTGATGA-AAATGAAAAT-AGGCCA---TAATTCTTGTAAATTAATACTGA-ACTTT
gi|17 : AACTTAAAAGTTTTGTTCCCTCCATACCTAATGTATGCAAGC-TTTTTATGGAAGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAA-TGTTGACGTATTTCTGA
gi|19 : tgtgtagaaatACAAAGACCCTTAGATACTCCCATTAAATTCAATCAGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAAT---AACTTAAA-AGTTTTG
gi|2 : AACAATCTTCACAAAACGAAACAAAAGAGTTGCGCTATATATTAAGAGATGCTATTTTTATATTTTTTAAAGAATGCCATGATCAACAAATCAAAACATGTTTGTAT---------------AATTT--ATAGCAGCAATGTT---TTCCTTAATTGGTTTTAAATATACACTCTG---TTTTTATGCAGCGTATTGTATTAACAAATAATGTCTCTGAAACATTAATTT-TTTATCAAATTTACAGCTTTTCCTGTACTTCCGTATATTCCATTTCAATTAAAATACATGTACAATAGTATTTAATAAATTGTATTTATTTGAAAAATTGTTATAGCCAAGTACAATGTCGGCAAATTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCAAATATGT--TAATTGCTTTATTGA-GTATAATCTCAAAGTTTGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAGAGAATAAATGATCAATAGTTTGTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTATAAAGCCCGTTAGATGCTCCC-----AGTTAATTG--GCTCAGTAATATTTGAATTGTGTAAACATGTCCACTGAAATTGCTTTGCTCTGTTTGATCAGTAAGCCCTTTTGATAATTATCCAAACTATGTACCAATTAAGATTATTTCAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTTGTACTTTTGGCATTAATGTACGTTTGTATTTGTTTCGTTTTTTAATATACATGGCGAGATAATTTTTGTGTTAGAACTTAGAAAGTTTGTTCACTCTGTATCTTAAATATGCAAGC-TTTTCCTAGAGGTCTCAATATTTTGTTCTTAGTTTAAAATTCTTGACGTATTTCTt
gi|20 : CTTTCATTAGCATATAGCAATCTTGACAAAACAAAACAGAAGAGTTAAGCTTTATTTCAAGAGATG--------
gi|21 : TCCCATTTCATTTCAAATA----------------TAACACATTACATTTATTGAGGACTTTGTAATAACTAAGTACAATGTCGGCAAATTGCcacattattcttacatt
gi|22 : tTTAACGTATAATCTCAAAGTTTGTTAAAATGGGTTTTATAACTGTGAAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTTTgca
gi|3 : CTTTTCAATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATAATTATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAAAGATAATGTTTGCACAGGCCTCTTGT--GTGTAAAGCAATCTTCACAAAGCGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------AGGTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGCCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAATTTGGGTTTT-TATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATG
gi|4 : ttgcataggtgcaaaaaaattaaacatacatatctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaattattgtttttctcatttcataaaagttatgtaaatttgataaaaaaaaacgaaacaaaggcattaaagaatttattatttcgttTTGTATTAGTT-TCGATT-TTAATTTGCATGGCGAGATTATT---TT----------TTTAAAAT-TACAGTCTG-TTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATGTTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTAAATAAATTACATTTAC-----------------CCAAGTACAATGTCGACAATTTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCTAGTAAGT--CGATTACTTTATTAA-GCATAATCTCAAAGTTCGCTTAAACGGGTTTTATGATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAACAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATA
gi|4 : TTGCATAGAAATTTCCATTGAACTTATATTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATTTTATTTAAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGCTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGTTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTT--TTAGAACTTAAAAGTTTTGTTCCCTCTACATCTAATGTATACAAGC-ATTTAATGGAGGCCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGCGCTTTTAATGATTAACCATTCAG-----CCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATATATGATTTCTTTTTAAAATCACATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTTTTTGAGAAAGATTGAAgaaatttccattgaacttatattgctttatttgagcagtaagcctttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaattttatttaagtttaacttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgtacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgtttttaatttgcatggcgagattattttttttagaacttaaaagttttgttccctctacatctaatgtatacaagcatttaatggaggcctcaatattttgttcttttaaagtgttgacgtatttctgaggaattgcgcttttaatgattaaccattcagccaattttgtttatattttagtttcctcaatagatcagtttcagtgatatatgatttctttttaaaatcacatatgtcagaaattatcatgatgttactttttgagaaagattgaa
gi|5 : ttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacatttacccaagtacaatgtcgacaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagcataatctcaaagttcgcttaaacgggttttatgatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtGTATTGTATTAAACACTAATGTCTCTAAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCGTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGAAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGACAATTTGCAAATTACGCAAGCCTACCGTTATATCGAAAGTGTCGATTACTTTATTTA-GTATAATCTCGAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTCCCCATTTGC--ATATATTACAAAGACTGTTAGATACTCCAATTAAATTTAATCGGTGT-----GAAAATTGAATTGTGAAGAAATTTCAACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTGAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTTTTTAAGTTTAACTTTTTTTTCCCAGTTTTGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCATACTTTTGGAATTGATGTATGTTTGTTTTAGTTTTG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTTTATTAGAGCTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAGTGTATACAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGTGCTTTTAATAATTAACCATTCAGC-TATCCAATTTTGTTTGTA-TCTAGCTT
gi|6 : tTTTTTATGCAGCGTATTGTATGAATGAATATTGTGTCCGAAACATATATTTTTTTATCAAATTTACAGCTATCTCTGTACT---AT--------------TTCAAATAC--------------------------ATTTATTTGGGACGTTGTAATAAACAAGAACAATGTCGGTAAATTGCAAATTGTGCAAGACTA----TATTTAATATGT--CAATCACCTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTGTATCCTTTCGCAGCTAAAATATAAGTGAACAATAGTTTCTCATTCCCGTTTACGAATATAACACAATGACCGTT---------------------TCGATGTTCAGTAAAAATTTAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTAGTTAAGCAGTAAGCC--TTTG--------C---ACGATGTACCAATCAATATTATTTTAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTACTTTTGGTTCAGTCGAACTTTTGGAATTACTGTAGCTTTGTATTTGTTTCG-TTTTTAATTGACATGGCGAGATTATTTTTTCGTTTGAACTTAAAAGGTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGTAAGCTATTTT-TGGAGGTTTCAATATTTTGTTTT---TTTAGAG-TGTTGACGTGTGTATGAGGTATCGCGCTTTTAATAATTAAGCACCCTGC-T-Ttgg
gi|7 : aatttaaacttaaagcaGAATTAATGTTTTT-CACATTTCATA
gi|7 : gcaaaacttatattgtcatataatatttaaatcaccaattatttgttgttcattttgacttgcataggtgcaaaaaattaaacatacttggctgtaagaaaatcatatctcaaacacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgCTTTTCGATTTTGCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATA----TATATATAtaagttcagttaacttgaaaaaaaagcaaaacgaaagcattaaagagtttattatttcgttcttttcgattttgcatgaatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacacatttcatatatatata
gi|8 : gcaaaacttatattgtcatataatatttaaatcaccaattatttgttgttcattttgacttgcataggtgcaaaaaattaaacatacttggctgtaagaaaatcatatctcaaacacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaattaatgtttttcacatttcatataagttcagttaacttgaaaaaaaagcaaaacgaaagcattaaagagtttattatttcgttGTATTGTATTAAAAAATAAAGTCTCTGAAACATGTATTTGTGTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAGTTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATATATTTGGAACATTGTAAT-ACCAAGTACAATGTCGGTAATTTGCAAAT
gi|9 : tTAATACATATAAGCAAACAACTGCCGCCCTGTGTGGATACAGTTTGCACAGGCCTCTCTT--GTGTATAGCAACCTTCATGAAACGAAACAGAAGAGTAAAGCTATATTTAAAGAGATG--------ATTTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAGTGTTC--TTTTTTTCTTGGTTTTAAATACACAATCTGG-TTTTTTATAGAACTTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAAAATGTATTTGTTTATCAAATTTA---CTATTCCTGTACTTTCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTTTTTAAT-AATTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatattatcggtatgaagtgttcatactataatagcaatgaatgtttgtacatgatctacttctatttgatataattattggctatttccatttttaaaaaataactaacacgatgtgggtgaccaattggaaatttagctcagtgtgtaatcatggatcacagggaagattagatattttttaatactt
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A A T TA C T CTATTTTT T C C AA GC C C A GT TGTACA C CCGT C T GT C GA A G G C A C T T T TG T A TAG T CTA T T T A T A T C A TT T A T A . G . G . A A . C . A T AA A .
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A . A . T A . . T C AA . . C T GG . A . C A . . . A G T T T A . A . TA . C . . CT .
blockSeqs : . . T T . . C . T . . T T T . A . A A . . . A A T T T A . A . CG . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . T . T T . . . . . T . . T . T . . . A . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . T
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : *** CG
originalCons : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATACTTATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATATAGATACCGTTTGCACAGGCCTCTCGT--GCGTANAGCAATCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATGTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAATCTGGTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAANTTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCTAGTAAGT--CGATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTTAAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGTTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTTCGTTAGAACTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGCAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGCGCTTTTAATAATTAACCATTCAGC-T-TCCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATANANGATTTCTTTTCAAAATCNCATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTNTTTGAGNAAGATTGAAAGAAAAGTGTTTTTTATTCTGAAGCAAATTTCATGATTTCCAGACAACGGTAGATTTTTTTACGTCATTATTTTTTTGGGTGTGAATAATTGTCTAAAAGATGCCCAAGCTGAAATGGCATTTTTATAAAATGTTNGTATNTNGCTTTGGTTTGACCAGTTGAGACCTTTCGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCNCTGTTTTTAGATAGAATTTGCCGATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTANAGNTTGTNTTAANTTGCATGTTGGTNATANATGNAAGTCAGGCNAATCTNATTCTNGTANATTAATNCTGACACTTT
finalCons : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATACTTATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATATAGATACCGTTTGCACAGGCCTCTCGT--GCGTANAGCAATCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATGTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAATCTGGTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAANTTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCTAGTAAGT--CGATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTTAAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGTTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTTCGTTAGAACTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGCAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGCGCTTTTAATAATTAACCATTCAGC-T-TCCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATANANGATTTCTTTTCAAAATCNCATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTNTTTGAGNAAGATTGAAAGAAAAGTGTTTTTTATTCTGAAGCAAATTTCATGATTTCCAGACAACGGTAGATTTTTTTACGTCATTATTTTTTTGGGTGTGAATAATTGTCTAAAAGATGCCCAAGCTGAAATGGCATTTTTATAAAATGTTNGTATNTNGCTTTGGTTTGACCAGTTGAGACCTTTCGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCNCTGTTTTTAGATAGAATTTGCCGATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTANAGNTTGTNTTAANTTGCATGTTGGTNATANATGNAAGTCAGGCNAATCTNATTCTNGTANATTAATNCTGACACTTT
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AGGGACTGAATTGACCTGGTCTGNNNNNNNNNNAAAACATCTATTGTCATATAATATTTAAATCACCATTTATTTGTTGTTCCTTTCGACTTGCATAGGTGCAAAAAATTAAACATACTTGGCTGTAAGAAAATCATATCTCAAACACAGGATAATAATATATTAATATTCACTATATACTGGAATGTCTGTTCAGACAAAACGTACAAGCTGATCCTAACCGATATCCCAGCATATGTTGAAATTGTTTATAAAAATTAATGTGAAAAAAAAAGGCAAAACGAAAGCATTAAAGAATTCATTAGTTTGTTCTTTTCAATTTTGCATAATTGTA
Unaligned ( gi|12 ): TATTTTAATGTTACTTTTTTTTGTTTTGAGCTACTGTAAGGTTGCCTGTTTATTACATTGTAATGGGTTTGCAGGGGTCGGAGTCATCACACTTTAAACTGCACAATAATAGCATGTATGAAATTTTAACACATTTTGCATATTAACATATATTGTAATATAATATTTAAATAACTTAGACATTTGTTGTTCGTTTTGACTTGCATAAGTGAAAAAGATTAAATATACTTGGCTGTATGAAAATCATATCTCACACACAGGATAGTGATAT
Unaligned ( gi|14 ): TATTTTATTTATTTTTTGATTTCAATCACCAAAAATATGGTGACCCATTTAATCACCCCGTAATAGGTCTGTGGGGGTCGGGGTGGGCCATCCCCAACAAACCGTACACATAATTTACATGCATGTTTTCATATATATTGTAAGTATGTATAAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAACACATGTCATACAGTGAAAGGTAACAGGACGTTTAATATGTACTCAGTATTGAAATATCGGATCAGACAAAACATACCAGCTGATCCGAACAGATATCCCAGCATATTGCGTAAATGTTTAT
Unaligned ( gi|16 ): GACTTGGATAGGTGCAAAAATCAAACATACATGGCTGTAAGAAAAGCATAGCTCACACACGATAGTAATACGTTAATATTCACTATATATGCTGGAATATCGGCTC
Unaligned ( gi|18 ): TAATACATTTATTTGCTGTTTGTTTTGACATGCATAGGTGCAAAAATTTAAACATACTTTGCTGTAAGAATACATATCGCATACACA
Unaligned ( gi|23 ): TTGCATAGGTGCAAAATATTAAACATACATATCTCAAAACAGGATA
Unaligned ( gi|24 ): TAGGAAATTGAATCGACTTGACTTGAAACCGAAATGAAACATC
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 22222222 1 11 222 11 111111 1111 11 111 1111 222 11 1 1 1 222 11 1
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 7 3 0 33 2 1 99999999 0 0 3 5 66 11 222 6 1 88 111111 1 4444 1 3 99 5 99 3 3 0 3 3 0 1 1 8 1 8 99 6 3 111 6 9999 7 1 1 1 1 1 1 1 1 222 1 1 1 1 88 1 5 1 5 1 1 5 1 111 1 1 66 1 5
lowQualScore : .............................................................................................. . . . . .. . . ........ . . . . .. .. ... . . .. ...... . .... . . .. . .. . . . . . . . . . . . .. . . ... . .... . . . . . . . . . ... . . . . .. . . . . . . . . ... . . .. . .
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 3 7 2 88 0 0 00000000 2 0 2 0 66 00 000 4 0 00 555555 0 2222 0 7 22 7 22 2 2 8 2 8 8 0 0 0 4 0 66 7 2 777 7 5555 3 0 0 0 0 0 0 0 0 000 0 0 0 0 55 0 0 0 5 0 0 0 0 000 0 0 55 0 0
consensus : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATACTTATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATATAGATACCGTTTGCACAGGCCTCTCGT--GCGTANAGCAATCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATGTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAATCTGGTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAANTTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCTAGTAAGT--CGATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTTAAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGTTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTTCGTTAGAACTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGCAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGCGCTTTTAATAATTAACCATTCAGC-T-TCCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATANANGATTTCTTTTCAAAATCNCATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTNTTTGAGNAAGATTGAAAGAAAAGTGTTTTTTATTCTGAAGCAAATTTCATGATTTCCAGACAACGGTAGATTTTTTTACGTCATTATTTTTTTGGGTGTGAATAATTGTCTAAAAGATGCCCAAGCTGAAATGGCATTTTTATAAAATGTTNGTATNTNGCTTTGGTTTGACCAGTTGAGACCTTTCGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCNCTGTTTTTAGATAGAATTTGCCGATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTANAGNTTGTNTTAANTTGCATGTTGGTNATANATGNAAGTCAGGCNAATCTNATTCTNGTANATTAATNCTGACACTTT
Reference ( family-1640 ) : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATACTTATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATATAGATACCGTTTGCACAGGCCTCTCGT--GCGTANAGCAATCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATGTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAATCTGGTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAANTTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCTAGTAAGT--CGATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTTAAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGTTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTTCGTTAGAACTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGCAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGCGCTTTTAATAATTAACCATTCAGC-T-TCCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATANANGATTTCTTTTCAAAATCNCATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTNTTTGAGNAAGATTGAAAGAAAAGTGTTTTTTATTCTGAAGCAAATTTCATGATTTCCAGACAACGGTAGATTTTTTTACGTCATTATTTTTTTGGGTGTGAATAATTGTCTAAAAGATGCCCAAGCTGAAATGGCATTTTTATAAAATGTTNGTATNTNGCTTTGGTTTGACCAGTTGAGACCTTTCGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCNCTGTTTTTAGATAGAATTTGCCGATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTANAGNTTGTNTTAANTTGCATGTTGGTNATANATGNAAGTCAGGCNAATCTNATTCTNGTANATTAATNCTGACACTTT
gi|1 : CTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATAAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACTTAGAGGCAAACAACTGTCGCCCTATATAGATACCGTTTGCACAGCCCTCTTGT--GTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------ATGTTTTT-AAGGAATGTAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTTGTTTTTTTTTCTTGGTTTTAAAAATACAATCTGTTTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAACATAATGTCTCTGAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATGTTTCATTTCAATTAAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAGCATAGTAATAACCAAGTACAATGTCGGCAATTTGCAAATTGCGCAAGCTTA----TATCTAGTTAAT--CGATTACTTAATTAA-ATATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTACAAAGACCGTTAGATACTCCCATTAAATTTAATCGGTGTTCAGTGAAAATTGAATTGTGAAGAAATTTCCATTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTATTGATGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCGTACTTTTCGAATTGATGTACGCTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTT--TTAGAACTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATACAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGAAATTGCGCTTTTAATAATTATCCATTCAGCTT-TCCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATAAAGGATTTCTTTTCAAAATCCCATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTATTTGAGTAAGATTGAAAGAAAAGTGTTTTTTATTCTGAAGCAAATTTCATGATTTCCAGACAACGGTAGATTTTTTTACGTCATTATTTTTTTGGGTGTGAATAATTGTCTAAAAGATGCCCAAGCTGAAATGGCATTTTTATAAAATGTTGGTATATTGCTTTGGTTTGACCAGTTAAGACC-TTCGATAAAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCGCTGTTTTTAGATAAAATTTGCCGATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTACAGATTGTCTTAATTTGCATATTAGTTATACATGTAAGTCAAGCAAATCTCATTTTAGT-TATTAATTCTGACATTTT
gi|10 : TAAATATACAGTCTGGTTTTTT-ATACGACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTGTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTGCTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTGATAACCAAGAACAGTGTCGGCAACTTGCAAATTGCGCAA---TA----T---------GT--CAATTACTTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTTGCTAAAATGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAAGAAGTGAACAATAGTTTCTCTTTTC----TGC--ATATATTACAAAGACCATTAGATACTCCCATTAAATTTAAT
gi|13 : GTTTGTATCTAGCTTTGGTTTGACCAGTTGAGACCTT-CGATAGAAGAGCAGTTACATATAAAATATTGTTGATTATAAGTAGAATCCTCTGTTTTTAAATAGAATTTGCCAATCGAATTCCAGTGGTCTAGTTTTGAATTTAAAATTTTAAAGTTTATAT--AGTTG-ATGTTGATGA-AAATGAAAAT-AGGCCA---TAATTCTTGTAAATTAATACTGA-ACTTT
gi|17 : AACTTAAAAGTTTTGTTCCCTCCATACCTAATGTATGCAAGC-TTTTTATGGAAGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAA-TGTTGACGTATTTCTGA
gi|19 : tgtgtagaaatACAAAGACCCTTAGATACTCCCATTAAATTCAATCAGTGTTCAGTAAAAATTGAATTGTGTAGAAAT---AACTTAAA-AGTTTTG
gi|2 : AACAATCTTCACAAAACGAAACAAAAGAGTTGCGCTATATATTAAGAGATGCTATTTTTATATTTTTTAAAGAATGCCATGATCAACAAATCAAAACATGTTTGTAT---------------AATTT--ATAGCAGCAATGTT---TTCCTTAATTGGTTTTAAATATACACTCTG---TTTTTATGCAGCGTATTGTATTAACAAATAATGTCTCTGAAACATTAATTT-TTTATCAAATTTACAGCTTTTCCTGTACTTCCGTATATTCCATTTCAATTAAAATACATGTACAATAGTATTTAATAAATTGTATTTATTTGAAAAATTGTTATAGCCAAGTACAATGTCGGCAAATTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCAAATATGT--TAATTGCTTTATTGA-GTATAATCTCAAAGTTTGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAGAGAATAAATGATCAATAGTTTGTCTTTCCCGTTTGC--ATATATTATAAAGCCCGTTAGATGCTCCC-----AGTTAATTG--GCTCAGTAATATTTGAATTGTGTAAACATGTCCACTGAAATTGCTTTGCTCTGTTTGATCAGTAAGCCCTTTTGATAATTATCCAAACTATGTACCAATTAAGATTATTTCAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGGTTGAGTTGTACTTTTGGCATTAATGTACGTTTGTATTTGTTTCGTTTTTTAATATACATGGCGAGATAATTTTTGTGTTAGAACTTAGAAAGTTTGTTCACTCTGTATCTTAAATATGCAAGC-TTTTCCTAGAGGTCTCAATATTTTGTTCTTAGTTTAAAATTCTTGACGTATTTCTt
gi|20 : CTTTCATTAGCATATAGCAATCTTGACAAAACAAAACAGAAGAGTTAAGCTTTATTTCAAGAGATG--------
gi|21 : TCCCATTTCATTTCAAATA----------------TAACACATTACATTTATTGAGGACTTTGTAATAACTAAGTACAATGTCGGCAAATTGCcacattattcttacatt
gi|22 : tTTAACGTATAATCTCAAAGTTTGTTAAAATGGGTTTTATAACTGTGAAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTTTgca
gi|3 : CTTTTCAATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAGGGCAAAGGGGTAATCTTATAATAATTATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAAAGATAATGTTTGCACAGGCCTCTTGT--GTGTAAAGCAATCTTCACAAAGCGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATG--------AGGTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGCCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAATGTT---TTCTTTTCTTGGTTTTAAATATACAATTTGGGTTTT-TATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAACATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGGAACATTGTAATAACCAAGTACAATG
gi|4 : ttgcataggtgcaaaaaaattaaacatacatatctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaattattgtttttctcatttcataaaagttatgtaaatttgataaaaaaaaacgaaacaaaggcattaaagaatttattatttcgttTTGTATTAGTT-TCGATT-TTAATTTGCATGGCGAGATTATT---TT----------TTTAAAAT-TACAGTCTG-TTTTTTTATACAACGTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATGTTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTAAATAAATTACATTTAC-----------------CCAAGTACAATGTCGACAATTTGCAAATTGCGCAAGCCTA----TATCTAGTAAGT--CGATTACTTTATTAA-GCATAATCTCAAAGTTCGCTTAAACGGGTTTTATGATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAACAGTTTCTCTTTCCCGTTTGC--ATA
gi|4 : TTGCATAGAAATTTCCATTGAACTTATATTGCTTTATTTGAGCAGTAAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATTTTATTTAAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTGCTTTTGCTTGAGTCGTACTTTTGGAATTGATGTACGTTTGTATTAGTTTCG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTT--TTAGAACTTAAAAGTTTTGTTCCCTCTACATCTAATGTATACAAGC-ATTTAATGGAGGCCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGCGCTTTTAATGATTAACCATTCAG-----CCAATTTTGTTTATATTTTAGTTTCCTCAATAGATCAGTTTCAGTGATATATGATTTCTTTTTAAAATCACATATGTCAGAAATTATCATGATGTTACTTTTTGAGAAAGATTGAAgaaatttccattgaacttatattgctttatttgagcagtaagcctttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaattttatttaagtttaacttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgtacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgtttttaatttgcatggcgagattattttttttagaacttaaaagttttgttccctctacatctaatgtatacaagcatttaatggaggcctcaatattttgttcttttaaagtgttgacgtatttctgaggaattgcgcttttaatgattaaccattcagccaattttgtttatattttagtttcctcaatagatcagtttcagtgatatatgatttctttttaaaatcacatatgtcagaaattatcatgatgttactttttgagaaagattgaa
gi|5 : ttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacatttacccaagtacaatgtcgacaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagcataatctcaaagttcgcttaaacgggttttatgatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtGTATTGTATTAAACACTAATGTCTCTAAAATATGTATTTGTTTATCAAATTTACAGCTATTCGTGTACTTCCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATTTATTTGAAACATTGTAATAACCAAGTACAATGTCGACAATTTGCAAATTACGCAAGCCTACCGTTATATCGAAAGTGTCGATTACTTTATTTA-GTATAATCTCGAAGTTCGCTAAAACGGGTTTTATAATTTCGCAGCTAAAGAATAAGTGAACAATAGTTTCTCTTCCCCATTTGC--ATATATTACAAAGACTGTTAGATACTCCAATTAAATTTAATCGGTGT-----GAAAATTGAATTGTGAAGAAATTTCAACTGAAATTGTTTTGCTTTATTTGAGCAGTGAGCCTTTTTGATATTTATCCAAACGGTGTACCAATCAATATTTTTTAAGTTTAACTTTTTTTTCCCAGTTTTGTTGTGCTTTTGGTTGAGTCATACTTTTGGAATTGATGTATGTTTGTTTTAGTTTTG-TTTTTAATTTGCATGGCGAGATTATTTTTTTATTAGAGCTTAGAAGTTTTGTTCCCTCTATATCTAGTGTATACAAGC-ATTTTATGGAGGTCTCAATATTTTGTTCT---TTTAAAG-TGTTGACGTATTTCTGAGGAATTGTGCTTTTAATAATTAACCATTCAGC-TATCCAATTTTGTTTGTA-TCTAGCTT
gi|6 : tTTTTTATGCAGCGTATTGTATGAATGAATATTGTGTCCGAAACATATATTTTTTTATCAAATTTACAGCTATCTCTGTACT---AT--------------TTCAAATAC--------------------------ATTTATTTGGGACGTTGTAATAAACAAGAACAATGTCGGTAAATTGCAAATTGTGCAAGACTA----TATTTAATATGT--CAATCACCTTATTAA-GTATAATCTCAAAGTTCGCTAAAACGGGTTGTATCCTTTCGCAGCTAAAATATAAGTGAACAATAGTTTCTCATTCCCGTTTACGAATATAACACAATGACCGTT---------------------TCGATGTTCAGTAAAAATTTAATTGTGTAGAAATTTCCACTGAAATTGTTTTGCTTTAGTTAAGCAGTAAGCC--TTTG--------C---ACGATGTACCAATCAATATTATTTTAGTTTAACTTTTCTT-CCCAGTTTCGTTGTACTTTTGGTTCAGTCGAACTTTTGGAATTACTGTAGCTTTGTATTTGTTTCG-TTTTTAATTGACATGGCGAGATTATTTTTTCGTTTGAACTTAAAAGGTTTGTTCCCTCTATATCTAATGTATGTAAGCTATTTT-TGGAGGTTTCAATATTTTGTTTT---TTTAGAG-TGTTGACGTGTGTATGAGGTATCGCGCTTTTAATAATTAAGCACCCTGC-T-Ttgg
gi|7 : aatttaaacttaaagcaGAATTAATGTTTTT-CACATTTCATA
gi|7 : gcaaaacttatattgtcatataatatttaaatcaccaattatttgttgttcattttgacttgcataggtgcaaaaaattaaacatacttggctgtaagaaaatcatatctcaaacacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgCTTTTCGATTTTGCATGAATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTAATGCTTTTACACATTTCATA----TATATATAtaagttcagttaacttgaaaaaaaagcaaaacgaaagcattaaagagtttattatttcgttcttttcgattttgcatgaatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacacatttcatatatatata
gi|8 : gcaaaacttatattgtcatataatatttaaatcaccaattatttgttgttcattttgacttgcataggtgcaaaaaattaaacatacttggctgtaagaaaatcatatctcaaacacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaattaatgtttttcacatttcatataagttcagttaacttgaaaaaaaagcaaaacgaaagcattaaagagtttattatttcgttGTATTGTATTAAAAAATAAAGTCTCTGAAACATGTATTTGTGTATCAAATTTACAGCTATTCCTGTACTTCCATATATTCCATTTCAGTTCAAATACA------ATAGTGTTTAATAAATTACATATATTTGGAACATTGTAAT-ACCAAGTACAATGTCGGTAATTTGCAAAT
gi|9 : tTAATACATATAAGCAAACAACTGCCGCCCTGTGTGGATACAGTTTGCACAGGCCTCTCTT--GTGTATAGCAACCTTCATGAAACGAAACAGAAGAGTAAAGCTATATTTAAAGAGATG--------ATTTTTTT-AAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAATTT--ATAGCGGCAGTGTTC--TTTTTTTCTTGGTTTTAAATACACAATCTGG-TTTTTTATAGAACTTATTGTATTAAAAAATAATGTCTCTGAAAAATGTATTTGTTTATCAAATTTA---CTATTCCTGTACTTTCATATATTCCATTTCAATTCAAATACA------ATAGTTTTTAAT-AATTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatattatcggtatgaagtgttcatactataatagcaatgaatgtttgtacatgatctacttctatttgatataattattggctatttccatttttaaaaaataactaacacgatgtgggtgaccaattggaaatttagctcagtgtgtaatcatggatcacagggaagattagatattttttaatactt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AGGGACTGAATTGACCTGGTCTGNNNNNNNNNNAAAACATCTATTGTCATATAATATTTAAATCACCATTTATTTGTTGTTCCTTTCGACTTGCATAGGTGCAAAAAATTAAACATACTTGGCTGTAAGAAAATCATATCTCAAACACAGGATAATAATATATTAATATTCACTATATACTGGAATGTCTGTTCAGACAAAACGTACAAGCTGATCCTAACCGATATCCCAGCATATGTTGAAATTGTTTATAAAAATTAATGTGAAAAAAAAAGGCAAAACGAAAGCATTAAAGAATTCATTAGTTTGTTCTTTTCAATTTTGCATAATTGTA
Unaligned ( gi|12 ): TATTTTAATGTTACTTTTTTTTGTTTTGAGCTACTGTAAGGTTGCCTGTTTATTACATTGTAATGGGTTTGCAGGGGTCGGAGTCATCACACTTTAAACTGCACAATAATAGCATGTATGAAATTTTAACACATTTTGCATATTAACATATATTGTAATATAATATTTAAATAACTTAGACATTTGTTGTTCGTTTTGACTTGCATAAGTGAAAAAGATTAAATATACTTGGCTGTATGAAAATCATATCTCACACACAGGATAGTGATAT
Unaligned ( gi|14 ): TATTTTATTTATTTTTTGATTTCAATCACCAAAAATATGGTGACCCATTTAATCACCCCGTAATAGGTCTGTGGGGGTCGGGGTGGGCCATCCCCAACAAACCGTACACATAATTTACATGCATGTTTTCATATATATTGTAAGTATGTATAAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAACACATGTCATACAGTGAAAGGTAACAGGACGTTTAATATGTACTCAGTATTGAAATATCGGATCAGACAAAACATACCAGCTGATCCGAACAGATATCCCAGCATATTGCGTAAATGTTTAT
Unaligned ( gi|16 ): GACTTGGATAGGTGCAAAAATCAAACATACATGGCTGTAAGAAAAGCATAGCTCACACACGATAGTAATACGTTAATATTCACTATATATGCTGGAATATCGGCTC
Unaligned ( gi|18 ): TAATACATTTATTTGCTGTTTGTTTTGACATGCATAGGTGCAAAAATTTAAACATACTTTGCTGTAAGAATACATATCGCATACACA
Unaligned ( gi|23 ): TTGCATAGGTGCAAAATATTAAACATACATATCTCAAAACAGGATA
Unaligned ( gi|24 ): TAGGAAATTGAATCGACTTGACTTGAAACCGAAATGAAACATC