lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 66666666666 22 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444 8888888888888 222 22222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 111111111 22222 55555555555555555555555555555 11111 0000000000000000000000000000000000000000000 111111 11111 222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 111 33333333333333333333333333333333333333 111 11 1111
lowQualScore : 6 00000000000 11 6 22 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 3 66 2222 2222222222222 3 1 666 00000000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 00000000 6 333333333 2 2 33333 11111111111111111111111111111 11111 77777 77777 2 1 2 444 2222222222222222222222222222222222222222222 5555 2 77 2 444 2 555 8888 888888 11 55555 33 555 00000 66666 000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555 44 555 77777 555 3 77777777777777777777777777777777777777 6 3 888 222 99 8 11 6666 3 6
lowQualScore : . ........... .. . .. .................................................... . . .. .... ............. . . ... ........ ................................................................ ........ . ......... . . ..... ............................. ..... ..... ..... . . . ... ........................................... .... . .. . ... . ... .... ...... .. ..... .. ... ..... ..... ...... ............................................................ ... .. ... ..... ... . ...................................... . . ... ... .. . .. .... . .
lowQualScore : 0 00000000000 00 0 00 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 55 5555 0000000000000 7 2 888 55555555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99999999 5 999999999 6 7 33333 44444444444444444444444444444 22222 11111 11111 0 1 7 777 2222222222222222222222222222222222222222222 3333 5 33 5 444 5 888 9999 444444 77 55555 99 000 00000 66666 000000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 22 444 44444 888 1 88888888888888888888888888888888888888 1 1 111 888 55 2 11 7777 5 7
consensus : TTTCAATATATGAAC--ATAAATATACCTCGCCTTGCAAATTAAGTAAAAGTTTTGAAAACGTTGTTAT-CAATG----AAACAACTTTTTTTNTTNGNNCTGTTCTGGCCTAGATAA-ACAGCATTTTNGTTATTTATAGTTTG-A-ATT--TCAAA-TCCTT--TGA--TTTTA-NAN-TCCA--CTTGGCATCATG-------A------TTTGT-ANTGATTAG-CC---AATGGAAANC-G-GCC-TANCAGT-CAAAACATTGCG--TAAGCAACCGGCT-TNAAAAAT--TCTAG----CT-----GTCAATCAGT-----CGTTTGAAGCAGT-TT---TCA--ACGA--A-CGC-----NGCA-TAT-A-TGCA--ACTAC--GT----ACA-TT-GA-AATTAT---T-TC--AGCT-T--ATCTGA-A----TCGGCCAAT-C---GTGTGT--GAG---AA-----TA----GGT------AAAAG--------TG---------TA-----C----------T--T------G---T------CAGTCAC---GTGCACCAC-G---TA-CACGTTTC-CCT-TCGAT-ANCG-GT--G-TTGTTT----G---A-TC------TAACGT-AA-AGTGG--AGATT--CTCTANCTTG-T--TATGCAAG-GTATA
Reference ( gi|1 ) : TTTTAACCTCTTAACTAATAGCTACACCTTACCT-----ATCAAGTAAGAGAATTGAACA-GTTAATATGCACTGTTTTATGCA--TTTTTTTATTTGGACT----TGGCCTAAATAATACAGCATTTTGGTTATTTATGGATTG-A-ATT--TCAAGCTCCTG--TG---TTTTA-CAC-TCCA--CTTGACATCATG-------A------TTTGT-ACTGATTTG-CT---AATGGAAAAC-A-GCC-TATCAAT-TAACACATTGCA--TAGGTAAATGGCT-TCAACAAT-CTCTAA----CT-----GTCAATCAGT-----CATTTGAAGTAGT-TT---TCA--ACAA--A-TGC-----GGCA-TATAA-TACA--ACTAC--GT----ACA-TT-GA-AATTAT---T-TT--AGCT-T--ATCTGA-T----TTGGCCAAT-C---ATGTGT--GAG---AA-----TA----GGT------AAA----------TA---------TA-----T----------T--T------G---C------CAGTCAT---GTGCACCAG-G---TA-CATGTTTC-ATT-TTGAT-ATTG-GT--G-TTATTT----T---A-TC------TGATGT-AA-ATTGA--AGATT--CTCTATTTTG-T--TATACAAG-GTATA
gi|3 : TTTCAATATATGAAC--ATAAATATACCTCGCCTTGCAAATTAAGTAAAAGTTTTGAAAACGTTGTTAT-CAATG----AAACAACTTTTTTTTTTTGTACTGTTCTGGCCT-------------TTTTTTTTTTTTTT---TTG-ATAGT--TCAAA--------TG---TCAAA-GACCTCCA--CTTCACATCATG-------AC-----TTTTT-ATT-ATTGA-AC---AATGGAAACT-G-GCC-TATCAGTCTAA-ACATT-CAGTCAATCAACTGACT-TTAAAAAG-TCCTAA----CT-----CTCAATCAGT-----CAATTCATAAAGT-TT---TC-----------TGC-------CA-TAT---TGCG--AGTGCCGGT----ACA-TT-AA-AATTAT---T-TC--AG
gi|25 : ATTGGGTCT----TGGCTTAGATAA-ACAGCATTTTAGTTATTTATAGTTAG-A-ATT--
gi|8 : TGGTCAGTTGTATTTTGTA-ACTAATCAATATCCTGCTTGAC-TCTTT-CAA-TCAA--CTTTGGATTATA-------AATACTATTTGTTATTGAGTAG-CC---AATAGCAACC-A-GCT-TATCAGTCTAA-ACATTGTG--TAAGCAACTAGTT-TTAA-AAT-GTTCAG----CT-----GTGAATTAGT-----CATTTAAAGCAGT-TT---TTATGACCA--C-TGCATAATGTTATTATTA-TATA--AC-AT--TG----ACA-TC-CA-AATTAT---T-TC--AGTT-A--ATc
gi|18 : acagcaactgttgtaATGGGTTG-T-TTT--TCAGACTCTCT--TG---TTTAAATAG-GTCA--CATG---TCATG-------A------TAGGT-CATGATTAG-TA---GATGGAAAGT-G-TCC-TAGTAGT-CAGAATATTGTG--TAACCAACTGGCT-TCAA-AATGTTCTAT----CT-----GTCAGTC
gi|22 : TCCTT--TGATTTTTTA-AA--TCCT--CTCG-CATCATGTCATGAAA------TTT-----TAATGTG-CCGTCAATGGAAACT-G-GCC-TATCAGT-CAAAACA
gi|2 : tttcctG---TTTTG-TCC-TCAAGACTTGGGA-CAGG-------A------TTGAC-AATGATTAG-CC---AATGAAAACT-G-GGC-AAT-AGT-CAAAACAT---G--TAAGCAGACGTCTCTAAAAAAT-GTCCAA----TT-----GTAGCTCATT-----CTATTGAAGTAGG-TT---------CA---------------CA-TTTCA-TGGA--CCT-----T----ACA-CT-------CGT---T-TC--AGCT-T--ATCTAG-A----TTAACCAGT-C---TTGTGT--GC----AA-----TT----GGTTGA---AAA----------TA---------AA-----CA---------G--T------A---C------CAGACATATTGCGCACCAT-G---TA-CACATTTC-TTT-TTGAC-AATA-AT--G-TTGTTT----G---A-TC------TAAAGG-AG-AGTGA--AGCTT--CTCTAACTTG-C--ATTGCAAG-GCATA
gi|5 : atgtaacaacaTGACATTTTG-------A------TTTTT-AGCGATTAG-TA---AATG-AAAAC-A-ATTGTAGCAA------ACAATGCA--T-------TG--T-T-----GT--TGTAG----CT-----GTCAGCCAGT-----CCTTT-AAGTATC-TT---TCA--ATGA--A-CAC-----TACA-T-T---TACA------T--GC----ACA-TT-CA-ACTAAC---T-TA--CGTT-T--ATCTAA-A----TAGGA-AATAC---ACGTAT--GAG---AA-----TA----TTT------AAAAC--------TA---------AA-----TAGCTCTACGAT--C------G---T------CAGACAC---GTACACCAC-G---TACCATGT----ATG-T--AC-AGCG-AT--G-T--TTC----G---A-TT------AAAAGT-AA---TGAAGAGATC--CTTTACCTTG-gtactaggtcattaactgtgatatgcagcacttgttatcttaatt
gi|4 : ccaggaagcaacgtcTCACT-------A------TTGGT-AATGCCTTGTCC---AATG--AAAC-ATGAT-TAATGAT-AAAAATATTATA--TACGTAAA-GGTA-TAAAAAA------AA----CTATGAAGTCCATTAAG-----CGTTTGAAGTAGT-GT---TCA--TT----------------CA-TAT---T------CTAT--GT----ACA-TT-AA-AGTTAT---T-TT--AGCT-T--ATCTGA-A----TTTGCCAAT-C---GCATGT--AAA---AA-----TA----TTT------AAAAGCAT-----TAAAACGGATTTA-----TTG--------T--C------G---T------CAATAGC---GTGCAACGT-G---TA-C-CATTTC-CTG-TCGAT-AACA-GT--ATTTATTT----C---A-TC------TGACGT-GA-ATAGA--AAATT--TT
gi|17 : G-CC---AATGAAAAAT-G-GG--TACCAGT-CCAAACAATGTG--TAAGCAACAAGCT-CCATGGGT--TCTAG----AT-----GTCAAGCAGTATTATCATTTGGAG-AGT-TT---TCT--TTGA--C-TGT-----AGAA-CATAATTAAA--A--AC--AT----GCA-TC-GA-AACTAT---T-TC--AGCT-aaatcaacctgttttttt
gi|6 : tatataataAAACTG-GTC-TACCTGT-TAATACATCAAG--CAAGCAACAAGCT-TTGA-AAT-ATTTGAG---TT-----GTCAGTAAGT-----CATTTGAAATAGT-TTAAATTG--ACCA--A--GC-----TGCA-TA-------A--AACAT--GT----ACA-TTTGG-ATTTATACCT-CT--AAC-------CTGA-A----TTGGCCAAT-C---ACATGT--GAG---AA-----TAAATGGGTAG----AAA----------CAAACTGCTC-TA-----CTG--------T--T------A---T------CAGTCAA---GTGCATCAT-G---TG-CACATTTC-CCT-GTGATCAGTGTGT--G-ATATCC----TGTGA-TCACTGTGTGATCT-AA-GATAA--AGA
gi|14 : TCTAT----CT-----ATCAATCGGT-----CGTTTGGAACA-T-TT---TCA--GCAACCA-TGG-----TGAT-TGTGG-TGCAT-ATTGCAGGT----GCA-CT-AA-AAGGAT---T------GCT-T--ATCTCA-G----TCGGTCATT-T---GTGTGT--TAG---GA-----TA----AGT------AAA----------TG---------TA-----C----------CGGT------G---CTGGTGACAATCCC---GT--ACCAC-G---TG-TACG--GCGACT-TTG-T--TTG-G---------------------TC------TAACGTAAA-ATTG---AGATT--CTCgaagat
gi|12 : atTTTAG----CT-----GTTACCAAGT-----CCTTTGAAGCAAT-TT---TCA--ATGG--C-TGC-----AACT-TACAT-TA-A--A-TAT--GT----ACA-TT-AA-AACTA----T-TT--ATCT-TGAAACAGA-A----TCATCCAAT-CAAAATAGCT--GAA---AGCAAACTA----GGT------TAAGG--------GG---------GG-----T----------T--T------------------AGTCAT---GTGAGCCAG-A---TA-AGCATTTC-CCT-TCAAT-ATTG-TA--A-TTATTT----G---A-TC------TAACAA-AA-GTTG---AGAT
gi|19 : gtTCTAAATGTCT-----GTCAAGCAGT-----TGTTTCAAGCTGT-TT---TAA--ACAA--T-CGC-----GGCA-CAT---T-TA--AC-AT--GT----CCA----GA-AATTGT---TATC--AGCT-T--ATACGA-A----TTAAACAAC-A---A---GT--TAG---AA-----CA----AGT------ACA----------TG---------T
gi|21 : AG----CT-----TTCGACCAGT-----CATCTGAAGTATT-TT---CCA--ATGAT-A-T---------CA-TTCCA-TATG--AC-GT--GT----AAA-TT-AA-AATTAG---T-TC--AGCT-T--TTCTGA-T----TCGACC
gi|13 : ----CT-----GTCAATCTTT-----CATGTGTAATA---TT---T----ACAA--A-TGG-----GAGA----GG-TGCA--TTT-----T----ACA-TT-AA-AATTAT---T-TC--AGCT-A--AACTTAGT----TCAGTCAGT-C---GTGTGT--GAA---AA-----TA----GGTA-----AAA----------GG---------TA-----G----------T--TAAG---A---A------TAGCCAC---GTACGCAAT-G---TA-CATTTCCC-GCC-CTTAT-AT---GTACG-TT---------------------------T-AA-AGTCG--AGATT--CTTTAACTTGAA--AATGCAAA-GTATA
gi|9 : gT-----ATCAATCAGT-----CACCTGAAGCAGT-TT---TCA--A-AC--A-CAC-----TGCA-T------------------GT----TCA-TT-TA-AATTAT---T-TC--AGCTAT--ATCTGA-A----TTGGCCAAT-C---ATGTGT--AAG---AA-----TA----CGT------AAAAGCAAACAATTC---------TA-----C----------TGTC------G---C------CAATCAC---GTGCATTAGTA---TA-CACGTCTC---T-ACAAT-ATTACGT--G-TGGTTC----G---A-TA------AAATGT-AA-AGCAG--AGATTA-TTTTATGTTG-T--T
gi|16 : ATCAGT-----TACTTGAAGCAGT-TG---CCA--GCGA--C-CGT-----AGCA-CATGA----------------------A-TT-AA-G----T---C-TT--A-------ATCCGG-T----T-GGCTAAT-A---ATGTGT--GAA---AAA----CA----TGT------AAAAG--------CA---------TA-----C----------T--T------GGTGCTAGGGACAGTCAT---GTGCATCAT-G---TA-AACGTTTC-CAT-TCGAT-ATCG-AT--G-TTGCTT----G---A-TC------TCACGT-catcagtactgcagcaaacaa
gi|7 : tgctTGAACTTGTATT---TCA--ACAG--ACTGC-----AGCA-CATAT-TACATAACTAT--AT----ATA-TT-GC-AATTAT---T-TC--AGTT-G--ATCTGA-A----TTAGCAAA------ATGCATTAGAG---AG-----AA----GGT------TAA----------AG---------CA-----TCCCTCCTG--T--T------G---T------CAGTATT---GTGCACCAT-GTATTA-CACATTTC-TCT-TTGAT-AACA-AC--A-TAATTTGACAT---A-T-------TAACAT-AA-AGTGG--AGATT--CTTTAACTTG-TTATATACAAG-tacgttgggatgag
gi|11 : GCA-CGTCA-TGAA--ATCAC--GTTTGAACACTT-GATAAACAT---T-TTTCAGCT-A--ATCTCA-TCCGATTCGCCAAT-C---GTTTAT--AATTTTAA-----GA----AGC------AAAC---------TG---------TACCACTT----------T--C------G---T------TAGTCAT---GTGCAGCAC-G---TA-AATATTTC-GTTCTTGAT-ATCG-AT--G-CGGTTT----T---A-TT------TAACGT-AA-AGTAA--AAATTGACT-TACTTT--T--TACGCAGGAGTGTAacgtaatgaatggatgagtctccagatccaaatatctgtatgtaaact
gi|10 : cc--AGCT-A--ATCTAA-A----TTTCCCAAT-T---GTGTTT--GAG---AA-----TA----GGTGAAAACAAA----------TA---------TC-----T----------T--TACTATAG---T------CAGCCAC---ATGCTTCAT-A---TA-C-CATTTC-CTT-TTGAT-AGCT-GT--A-TTGTTTA---G---A-TC------TAACAT-AATATTG---AGGTT--CTCTGATTTG-T--TATGCAAG-ca
gi|15 : cGCCAAT-C---ATGTGT--GAG---A------TA----GGT------AAAAG--------TAAAAAGAT--CA-----T----------TGTT------G---T------CAGTCAT---GTAAACCAT-G---AA-C-TCTTTC-CTT-TTGAT--TT--GC--A-TTGTTT----T---AGTA------GAACAT-AA-AGTGG--AAATT--CT-GACTTTA----TATGTAAG-cgattttgtattgaaaatattgttgaatatgttctggcaagctcgattctatt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAACATTCATGAATATTCAAATTTATTATTCGAGCTAATCTGAATAGTTCAATTGTGAGTGAGAGTATAGCTCTACTGTCGTCCACCATGTGC
Unaligned ( gi|23 ): ATTAGCCAATGCAACTAGGTATCTACCAAATCACCGTGCACGCAACTGGCTCTGGAAATTTTAAGCTGCCAATAAGTCATTTTAA
Unaligned ( gi|24 ): GTGTAGGAGAGTGGGAGGAACAAACTGTTCTATTGATGTCAATCACGTGGGCCATATGTACATTACCCT
Alignments
lowQualScore : 22 22222 1 2 4444 11 1111 2222222 22222 11 33333333333333333333333 11 22222222222222 1 1 111 888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111111111 111111111111
lowQualScore : 3 3 2 77 3 66666 88 3 5 4 0 3 2222 4 88 1 1 22 3333 0000000 1 00000 1 8 11 99999999999999999999999 11 66666666666666 4 5 1 4 55 88 1 0 4 0 4 1 111 6 3 2 66666 4 2 1 444 222222222222222222222222222222222222222222222222222 7777 2 222222222222 2 2 2 7777 2 0 7777777 2 0 2 444 5555 22222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99999999 66 444 2 0 3 555555555555555555 2 222222222222 33 2 2 555 2 3 666 1 8888 5
lowQualScore : . . . .. . ..... .. . . . . . .... . .. . . .. .... ....... . ..... . . .. ....................... .. .............. . . . . .. .. . . . . . . ... . . . ..... . . . ... ................................................... .... . ............ . . . .... . . ....... . . . ... .... ..... ........................................................................ ........ .. ... . . . .................. . ............ .. . . ... . . ... . .... .
lowQualScore : 0 0 5 55 0 55555 00 0 0 0 0 0 5555 0 00 0 0 00 3333 3333333 0 00000 0 0 00 55555555555555555555555 99 66666666666666 5 0 0 4 77 55 0 5 0 5 0 0 555 7 1 9 22222 7 5 1 444 222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 4 444444444444 2 2 1 0000 4 8 3333333 7 7 5 444 3333 22222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888888 66 444 5 3 5 888888888888888888 9 444444444444 77 9 9 000 4 6 444 0 6666 7
consensus : TTTCAACNTNTNAACTAATAGNTACACCTCGCCTTGCAAATCAAGTAAGAGNNTTGAANACGTTGNTATGCANTGTTTTANGCAACTTTTTTTNTTTGNACTGTCCTGGCCTAGATAA-ACAGCATTTTGGTTATTT-----ATAGTTCG-AATT--TCAA-A-TCCT--TTGATT-TTNCAN-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ANTGA-TTAGCCAATGGAAACCGGCCTANCAGTCAAAACATTGTGT-AAGCAACTGGCT-TNAAAA-A-T-TCT-A-GCTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGCAGTTT---TCAA-CGAAC------------GCNGCAT---AT-AT---G--A--ACTAC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TCAG-CT-T--A-TCTGAAT-CG----GCCAAT-CGCGTGTGAGAA-T---A----GGTA-----AAAG--------T----A--------T----A-----C-------T-----T----G------------T-----CAGTCA----C---GTGCACCA-TG---TA-CACGTTTC--CCT----TC-------G-ATA-NCG-GTG----T-TGTTT-GA-T---CTAACGTAAAGTGGAGATT-CT---CTAACTTG-T--TATGCAAG-GTATA
Reference ( family-164 ) : TTTCAATATATGAAC--ATAAATATACCTCGCCTTGCAAATTAAGTAAAAGTTTTGAAAACGTTGTTAT-CAATG----AAACAACTTTTTTTNTTNGNNCTGTTCTGGCCTAGATAA-ACAGCATTTTNGTTATTT-----ATAGTTTG-AATT--TCAA-A-TCCT--TTGATT-TTANAN-TCCACTTGGCATCATG-------A------TTTGT-ANTGA-TTAGCCAATGGAAANCGGCCTANCAGTCAAAACATTGCGT-AAGCAACCGGCT-TNAAAA-A-T-TCT-A-GCTGTCAATCAG-----TCGTTTGAAGCAGTTT---TCAA-CGAAC------------GCNGCAT---AT-AT---G-CA--ACTAC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TCAG-CT-T--A-TCTGAAT-CG----GCCAAT-CGTGTGTGAGAA-T---A----GGTA-----AAAG--------T----G--------T----A-----C-------T-----T----G------------T-----CAGTCA----C---GTGCACCA-CG---TA-CACGTTTC--CCT----TC-------G-ATA-NCG-GTG----T-TGTTT-GA-T---CTAACGTAAAGTGGAGATT-CT---CTANCTTG-T--TATGCAAG-GTATA
gi|1 : TTTTAACCTCTTAACTAATAGCTACACCTTACCT-----ATCAAGTAAGAGAATTGAACA-GTTAATATGCACTGTTTTATGCA--TTTTTTTATTTGGACT----TGGCCTAAATAATACAGCATTTTGGTTATTT-----ATGGATTG-AATT--TCAA-GCTCCT--GTG-TT-TTACAC-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ACTGA-TTTGCTAATGGAAAACAGCCTATCAATTAACACATTGCAT-AGGTAAATGGCT-TCAACA-A-TCTCT-A-ACTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGTAGTTT---TCAA-CAAAT------------GCGGCAT---ATAAT---A-CA--ACTAC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TTAG-CT-T--A-TCTGATT-TG----GCCAAT-CATGTGTGAGAA-T---A----GGTA-----AA----------T----A--------T----A-----T-------T-----T----G------------C-----CAGTCA----T---GTGCACCA-GG---TA-CATGTTTC--ATT----TT-------G-ATA-TTG-GTG----T-TATTT-TA-T---CTGATGTAAATTGAAGATT-CT---CTATTTTG-T--TATACAAG-GTATA
gi|10 : CAG-CT-A--A-TCTAAAT-TT----CCCAAT-TGTGTTTGAGAA-T---A----GGTG-----AAAACAAATATCT----T--------T----A-----C-------TA----TA---G------------T-----CAGCCA----C---ATGCTTCA-TA---TA-C-CATTTC--CTT----TT-------G-ATA-GCT-GTA----T-TGTTTAGA-T---CTAACATAATATTGAGGTT-CT---CTGATTTG-T--TATGCAAG-
gi|11 : CCGCAC---GTCAT---G-AA--ATCAC--GTTTGAACACTT-G------ATAAACATT-TT-TCAG-CT-A--A-TCTCATC-CGATTCGCCAAT-CGTTTATAATTT-T---A----AGAAGC---AAAC--------T----G--------T----A-----CCACTT--T-----C----G------------T-----TAGTCA----T---GTGCAGCA-CG---TA-AATATTTCGTTCT----T--------G-ATA-TCG-ATG----C-GGTTT-TA-T---TTAACGTAAAGTAAAAATT-GA---CTTACTTT-T--TACGCAGGAGTGTAcgattttgtattgaaaatattgttgaatatgttctggcaagctcgattctatt
gi|12 : -T-TTT-A-GCTGTTACCAAG-----TCCTTTGAAGCAATTT---TCAA-TGGCT------------GCAACTT---AC-AT-----TA--AATAT--GT----ACA-TT-A------A---A-ACTATT-T-AT-CT-TGAA-ACAGAAT-CA----TCCAAT-C-------AAAA-T---A----GCTG-----AAAG--------C----A--------A----A-----C-------T-----A----GGTTAAGGGGGGTT-----TAGTCA----T---GTGAGCCA-GA---TA-AGCATTTC--CCT----TC-------A-ATA-TTG-TAA----T-TATTT-GA-T---CTAACA-AAAGTTGAGATca
gi|13 : g-GCTGTCAATCTT-----TCATGTGTAATA--TT---T--A-CAAAT------------G--GGAG---AG-GT---G-CA--TTT-----T----ACA-TT-A------A---A-ATTATT-TCAG-CT-A--A-ACTTAGTTCA----GTCAGT-CGTGTGTGAAAA-T---A----GGTA-----AAAG-------------G--------T----A-----G-------T-----TAAGAA------------T------AGCCA----C---GTACGCAA-TG---TA-CA--TTTC--CCG----CC-------C-TTA-T---ATG----TACGTT---------------TAAAGTCGAGATT-CT---TTAACTTGAA--AATGCAAA-GTATA
gi|14 : -A-T-TCT-A-TCTATCAATCGG-----TCGTTTGGAACA-TTT---TCAG-C-AACCATGGTGATTGTGGTGCAT---AT--T---G-CA--G------GT----GCA-CT-A------A---A-AGGATT----G-CT-T--A-TCTCAGT-CG----GTCATT-TGTGTGTTAGGA-T---A----AGTA-----AATG--------TACCGG--------T----G-----C-------T-----G----G------------TGA---CAATCC----C---GT--ACCA-CG---TG-TACG----------------------------GCG-ACT----T-TGTTT-GG-T---CTAACGTAAAATTGAGATT-CT---C
gi|15 : ----GCCAAT-CATGTGTGAG-A-T---A----GGTA-----AAAG--------T----A--------A----AAAGATCATTG---T-----T----G------------T-----CAGTCA----T---GTAAACCA-TG---AA-CTC-TTTC--CTT----TT-------G-ATT-T---GCA----T-TGTTT-TAGT---AGAACATAAAGTGGAAAT---T---CTGACTTT-A--TATGTAAG-
gi|16 : ATCAG-----TTACTTGAAGCAGTTG---CCAG-CGACC------------GTAGCAC---AT-G-----------------------------------------A-ATTA-----AGTCT-T--AATCCGG-T-TG----GCTAAT-AATGTGTGAAAAAC---A----TGTA-----AAAG--------C----A--------T----A-----C-------T-----T----GGTGC--------TAGGGACAGTCA----T---GTGCATCA-TG---TA-AACGTTTC--CAT----TC-------G-ATA-TCG-ATG----T-TGCTT-GA-T---CTCACGTTACGTTGGGATcttagtgattcaagccaattgaatatgacattatgcttcaatccaaaatttgtact
gi|17 : tgctTAGCCAATGAAAAATGGG-TACCAGTCCAAACAATGTGT-AAGCAACAAGCT-CCATGG-G-T-TCT-A-GATGTCAAGCAGTATTATCATTTGGAG-AGTTT---TCTT-TGACT------------GTAGAAC---AT-AA---T-TA--AAAAC--AT----GCA-TC-G------A---A-ACTATT-TCAG-CT-gag
gi|18 : tatataa-----ATGGGTTG-TTTT--TCAG-A-CTCTC-TTGTTT-AAATAG-GTCACATG---TCATG-------A------TAGGT-CATGA-TTAGTAGATGGAAAGTGTCCTAGTAGTCAGAATATTGTGT-AACCAACTGGCT-TCAAAATG-T-TCT-A-TCTGTCAGTC
gi|19 : CTGTCAAGCAG-----TTGTTTCAAGCTGTTT---TAAA-CAATC------------GCGGCAC---AT-TT------A--AC-AT--GT----CCA----G------A---A-ATTGTTATCAG-CT-T--A-TACGAAT-
gi|2 : tctaaatgtACTTGGGA-CAGG-------A------TTGAC-AATGA-TTAGCCAATGAAAACTGGGC-AATAGTCAAAACAT---GT-AAGCAGACGTCTCTAAAAA-A-TGTCC-A-ATTGTAGCTCAT-----TCTATTGAAGTAGGTT----CA-----------------------CAT---TTCAT---G-GA--CCT-----T----ACA-CT----------------CGTT-TCAG-CT-T--A-TCTAGAT-TA----ACCAGT-CTTGTGTGCAAT-T---G----GTTG-----AAAA--------T----A--------A----A-----CA------G-----T----A------------C-----CAGACA----TATTGCGCACCA-TG---TA-CACATTTC--TTT----TT-------G-ACA-ATA-ATG----T-TGTTT-GA-T---CTAAAGGAGAGTGAAGCTT-CT---CTAACTTG-C--ATTGCAAG-GCATAtaaacaacaagttagaacaagtacatgt
gi|20 : atgtaacaacagttttgtcctcaag-ATTATT-CGAG-CT-A--A-TCTGAAT-AG----TTCAAT-TGTGAGTGAGA------------GTA-----TAGC--------T----C--------T----A-----C-------------T----G------------T-----C-GTC------------CACCA-TG---TG-Cgtactaggtcattaactgtgatatgcagcacttgttatcttaatt
gi|21 : aaacattcatgaatattcaaattt-A-GCTTTCGACCAG-----TCATCTGAAGTATTTT---CCAA-TGA---------------TATCATTCCAT-AT---G-----AC-GT--GT----AAA-TT-A------A---A-ATTAGT-TCAG-CT-T--T-TCTGATT-CG----ACC
gi|22 : -TCCT--TTGATT-TTTTAAATCCTCTCG-CATCATGTCATGAAA------TTT-T-AATGT-GCCGTCAATGGAAACTGGCCTATCAGTCAAAACA
gi|23 : tttcctA-TTAGCCAATGCAACTAGG--TATCTACCAAATCACCGTGC-ACGCAACTGGCT-CTGGAA-A-T-TTTAA-GCTGCCAATAAG-----TCATTTTAA
gi|24 : GTGTAGGAGAG-TGGGA----GGAAC----AAAC--------T----G--------T----T-----C-------TATTGAT----G------------T-----CAATCA----C---GTGGGCCA-TA---TG-TACATTAC--CCT----
gi|25 : GTCTTGGCTTAGATAA-ACAGCATTTTAGTTATTT-----ATAGTTAG-AATT--
gi|3 : attggTTTCAATATATGAAC--ATAAATATACCTCGCCTTGCAAATTAAGTAAAAGTTTTGAAAACGTTGTTAT-CAATG----AAACAACTTTTTTTTTTTGTACTGTTCTGGCCT-------------TTTTTTTTTTTTTTTTGATAGTTCA-AATG--TCAA-A---------GAC-------C-TCCACTTCACATCATG-------AC-----TTTTT-ATT-A-TTGAACAATGGAAACTGGCCTATCAGTCTAAACATTCAGTCAATCAACTGACT-TTAAAA-AGT-CCT-A-ACTCTCAATCAG-----TCAATTCATAAAGTTT---TC-------T------------GC--CAT---AT--T---G-CG--AGTGCCGGT----ACA-TT-A------A---A-ATTATT-TCAG-c
gi|4 : TCACT-------A------TTGGT-AATGCCTTGTCCAATGAAACATGAT-TAATGATAAAAATATTATAT-ACGTAAA-GGTA-TAAAAA-A-A-ACT-ATGAAGTCCATTAA-----GCGTTTGAAGTAGTGT---TCA---------------------TTCAT---AT--T----------CTAT--GT----ACA-TT-A------A---A-GTTATT-TTAG-CT-T--A-TCTGAAT-TT----GCCAAT-CGCATGTAAAAA-T---A----TTTA-----AAAG--------C----A--------TTAAAA-----CGGATTTAT-----T----G------------T-----C-GTCAATAGC---GTGCAACG-TG---TA-C-CATTTC--CTG----TC-------G-ATA-ACA-GTAT---T-TATTT-CA-T---CTGACGTGAATAGAAAATT-TTAAATCAACCTG-T--T
gi|5 : TGACATTTTG-------A------TTTTT-AGCGA-TTAGTAAATGAAAACAATTGTAGCAAACAATGCATTG---------------T-TG-------T-TGT-A-GCTGTCAGCCAG-----TCCTTT-AAGTATCTT---TCAA-TGAAC------------ACTACAT---TT-AC------------AT--GC----ACA-TT-C------A---A-CTAACT-TACG-TT-T--A-TCTAAAT-AG----GA-AATACACGTATGAGAA-T---A----TTTA-----AAAC--------T----AAATAGCTCT----A-----CGA-----T-----C----G------------T-----CAGACA----C---GTACACCA-CG---TACCATGTAT-------------------GTACA-GCG-ATG----T---TTC-GA-T---TAAAAGTAATGAAGAGATC-CT---TTACCTTG-ttttt
gi|6 : ccaggaagcaacgtcAAACTGGTCTACCTGTTAATACATCAAGC-AAGCAACAAGCT-TTGAAATA-T-TTG-A-GTTGTCAGTAAG-----TCATTTGAAATAGTTTAAATTGA-CCAA-------------GCTGCAT---A----------A--AACAT--GT----ACA-TTTG------G---A-TTTATA-CC-T-CT-A--A-CCTGAAT-TG----GCCAAT-CACATGTGAGAA-T---AAATGGGTAGAAACAAAC--------T----GCTC-----T----A-----C-------TGT---T----A------------T-----CAGTCA----A---GTGCATCA-TG---TG-CACATTTC--CCTGTGATCAGTGTGTG-ATATCCT-GTGATCAC-TGTGT-GA-T---CTAAGATAAAGAGAAGAT
gi|7 : TT---TCAA-CAGACT-----------GCAGCAC---AT-ATTACA-TA--ACTAT--AT----ATA-TT-G------C---A-ATTATT-TCAG-TT-G--A-TCTGAAT-TA----GCAAAA-TGCATTAGAGAG-A---A----GGTT-----AAAG--------C----A--------T----C-----CCTCCTG-T-----T----G------------T-----CAGTAT----T---GTGCACCA-TGTATTA-CACATTTC--TCT----TT-------G-ATA-ACA-ACA----T-AATTT-GA-CATATTAACATAAAGTGGAGATT-CT---TTAACTTG-TTATATACAAG-
gi|8 : tgaacttgtaTGGTCAGTT-----GTATTTTGTAACTAATCAATA-TCCTGCTTGACTCTTTCAA-TCAACTTTGGATTATA-------AATACTATTTGTTATTGA-GTAGCCAATAGCAACCAGCTTATCAGTCTAAACATTGTGT-AAGCAACTAGTT-TTAAAATG-T-TC--A-GCTGTGAATTAG-----TCATTTAAAGCAGTTT---TT-A-TGACC------------ACTGCAT---A--AT---GTTATTATTAT--ATA---ACA-TT-GACATCCA---A-ATTATT-TCAG-TT-A--A-Tacgtaatgaatggatgagtctccagatccaaatatctgtatgtaaact
gi|9 : acagcaactgttgtaTATCAATCAG-----TCACCTGAAGCAGTTT---TCAAAC--AC------------ACTGCAT------------------------GT----TCA-TT-T------A---A-ATTATT-TCAG-CTAT--A-TCTGAAT-TG----GCCAAT-CATGTGTAAGAA-T---A----CGTA-----AAAGCAAACAATT----C--------T----A-----CTG-----T-----C----G------------C-----CAATCA----C---GTGCATTAGTA---TA-CACG--TC--TCT----AC-------A-ATA-TTACGTG----T-GGTTC-GA-T---AAAATGTAAAGCAGAGATTATT---TTATGTTG-T--T
Alignments
lowQualScore : 11 22222 1 1 2222 11 1111 111 1 1 11 33333333333333333333333 11 22222222222222 111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111111111 111111111111
lowQualScore : 1 1 1 88 1 66666 22 1 5 1 5 1 4444 1 88 1 1 3333 3 999 0 0 4 0 11 44444444444444444444444 00 66666666666666 4 5 1 4 2 5 66 1 0 4 2 4 2 111 6 3 2 66666 2 1 444 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 7777 2 222222222222 2 2 7777 2 0 7777777 2 33 444 2 66666 2 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99999999 2 444 2 0 3 555555555555555555 2 222222222222 33 2 2 555 2 3 666 8888 5
lowQualScore : . . . .. . ..... .. . . . . . .... . .. . . .... . ... . . . . .. ....................... .. .............. . . . . . . .. . . . . . . ... . . . ..... . . ... .................................................... .... . ............ . . .... . . ....... . .. ... . ..... . . ...................................................... ........ . ... . . . .................. . ............ .. . . ... . . ... .... .
lowQualScore : 0 0 0 55 0 55555 00 0 0 0 0 0 5555 0 00 0 0 0000 7 777 2 0 2 0 00 77777777777777777777777 00 66666666666666 5 0 0 4 3 5 33 0 1 0 6 0 4 555 7 1 9 22222 5 1 444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444 4 444444444444 2 2 0000 4 8 8888888 5 88 444 5 11111 7 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88888888 5 444 5 3 5 888888888888888888 9 444444444444 77 9 9 000 4 6 444 6666 7
consensus : TTTCAACNTNTNAACTAATAGNTACACCTCGCCTTGCAAATCAAGTAAGAGNNTTGAANACGTTGNTATGCANTGTTTTANGCAACTTTTTTTNTTTGNACTGTCCTGGCCTANATAA-ACAGCATTTTGGTTATTT-ATAGTTCG-AATT--TCAA-A-TCCT--TTGATT-TTNCAN-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ANTGA-TTAGCCAATGGAAACCGGCCTANCAGTCAAAACATTGTGT-AAGCAACTGGCT-TCAAAA-A-T-TCT-A-GCTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGCAGTTT---TCAA-CGANC-----------GCNG--CAT---AT-ATG--A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TCAGCT-T--A-TCTGAAT-CG----GCCAAT-CGCGTGTGAG---AA-TA----GGTAAAA-GCA--------T----A-----C-------T--T----G------------T-----CAGTCA----C---GTGCACCA-TG---TA-CACGTTTC--CCT----TC-------G-ATA-NCG-GTG----T-TGTTT-GA-T---CTAACGTAAAGTGGAGATT-CT---CTAACTTG-T--TATGCAAG-GTATA
Reference ( family-164 ) : TTTCAACNTNTNAACTAATAGNTACACCTCGCCTTGCAAATCAAGTAAGAGNNTTGAANACGTTGNTATGCANTGTTTTANGCAACTTTTTTTNTTTGNACTGTCCTGGCCTAGATAA-ACAGCATTTTGGTTATTT-ATAGTTCG-AATT--TCAA-A-TCCT--TTGATT-TTNCAN-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ANTGA-TTAGCCAATGGAAACCGGCCTANCAGTCAAAACATTGTGT-AAGCAACTGGCT-TNAAAA-A-T-TCT-A-GCTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGCAGTTT---TCAA-CGAAC-----------GCNG--CAT---AT-ATG--A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TCAGCT-T--A-TCTGAAT-CG----GCCAAT-CGCGTGTGAG---AA-TA----GGTAAAA-GTA--------T----A-----C-------T--T----G------------T-----CAGTCA----C---GTGCACCA-TG---TA-CACGTTTC--CCT----TC-------G-ATA-NCG-GTG----T-TGTTT-GA-T---CTAACGTAAAGTGGAGATT-CT---CTAACTTG-T--TATGCAAG-GTATA
gi|1 : TTTTAACCTCTTAACTAATAGCTACACCTTACCT-----ATCAAGTAAGAGAATTGAACA-GTTAATATGCACTGTTTTATGCA--TTTTTTTATTTGGACT----TGGCCTAAATAATACAGCATTTTGGTTATTT-ATGGATTG-AATT--TCAA-GCTCCT--GTG-TT-TTACAC-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ACTGA-TTTGCTAATGGAAAACAGCCTATCAATTAACACATTGCAT-AGGTAAATGGCT-TCAACA-A-TCTCT-A-ACTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGTAGTTT---TCAA-CAAAT-----------GCGG--CAT---ATAATAC-A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TTAGCT-T--A-TCTGATT-TG----GCCAAT-CATGTGTGAG---AA-TA----GGTAAA---TA--------T----A-----T-------T--T----G------------C-----CAGTCA----T---GTGCACCA-GG---TA-CATGTTTC--ATT----TT-------G-ATA-TTG-GTG----T-TATTT-TA-T---CTGATGTAAATTGAAGATT-CT---CTATTTTG-T--TATACAAG-GTATA
gi|10 : CAGCT-A--A-TCTAAAT-TT----CCCAAT-TGTGTTTGAG---AA-TA----GGTGAAA-ACAAATATCTTT----A-----C-------TA-TA---G------------T-----CAGCCA----C---ATGCTTCA-TA---TA-C-CATTTC--CTT----TT-------G-ATA-GCT-GTA----T-TGTTTAGA-T---CTAACATAATATTGAGGTT-CT---CTGATTTG-T--TATGCAAG-
gi|11 : CCG--CAC---GTCATG--A----AATCAC--GTTTGAACACTT-G------ATAAACATT-TT-TCAGCT-A--A-TCTCATC-CGATTCGCCAAT-CGTTTATAATTTTAA-GA----AGCAAACTGTA--------CC---A-----C-------T--TTC--G------------T-----TAGTCA----T---GTGCAGCA-CG---TA-AATATTTCGTTCT----T--------G-ATA-TCG-ATG----C-GGTTT-TA-T---TTAACGTAAAGTAAAAATT-GA---CTTACTTT-T--TACGCAGGAGTGTAcgattttgtattgaaaatattgttgaatatgttctggcaagctcgattctatt
gi|12 : -T-TTT-A-GCTGTTACCAAG-----TCCTTTGAAGCAATTT---TCAA-TGGCT-----------GCAA--CTT---AC-ATT--A----AAT-AT--GT----ACA-TT-A------A---A-ACTATT-T-ATCT-TGAA-ACAGAAT-CA----TCCAAT-C-------AA---AA-TA----GCTGAAA-GCA--------A----A-----C-------T--A----GGTTAAGGGGGGTT-----TAGTCA----T---GTGAGCCA-GA---TA-AGCATTTC--CCT----TC-------A-ATA-TTG-TAA----T-TATTT-GA-T---CTAACA-AAAGTTGAGATca
gi|13 : g-GCTGTCAATCTT-----TCATGTGTAATA--TT---T--A-CAAAT-----------G--G--GAG---AG-GTG--C----ATT-----TT----ACA-TT-A------A---A-ATTATT-TCAGCT-A--A-ACTTAGTTCA----GTCAGT-CGTGTGTGAA---AA-TA----GGTAAAA-G-G--------T----A-----G-------T--TAAGAA------------T------AGCCA----C---GTACGCAA-TG---TA-CA--TTTC--CCG----CC-------C-TTA-T---ATG----TACGTT---------------TAAAGTCGAGATT-CT---TTAACTTGAA--AATGCAAA-GTATA
gi|14 : -A-T-TCT-A-TCTATCAATCGG-----TCGTTTGGAACA-TTT---TCAG-CAACCATGGTGATTGTGGTG--CAT---AT--TG---------C-AG--GT----GCA-CT-A------A---A-AGGATT----GCT-T--A-TCTCAGT-CG----GTCATT-TGTGTGTTAG---GA-TA----AGTAAAT-GTACCGG----T----G-----C-------T--G----G------------TGA---CAATCC----C---GT--ACCA-CG---TG-TACG----------------------------GCG-ACT----T-TGTTT-GG-T---CTAACGTAAAATTGAGATT-CT---C
gi|15 : ----GCCAAT-CATGTGTGAG---A--TA----GGTAAAA-GTA--------A----AAAGATCATTG---T--T----G------------T-----CAGTCA----T---GTAAACCA-TG---AA-CTC-TTTC--CTT----TT-------G-ATT-T---GCA----T-TGTTT-TAGT---AGAACATAAAGTGGAAAT---T---CTGACTTT-A--TATGTAAG-
gi|16 : ATCAG-----TTACTTGAAGCAGTTG---CCAG-CGACC-----------GTAG--CAC---AT---G--A----ATT-AA--GT-----------------------------------CT-T--AATCCGG-T-TG----GCTAAT-AATGTGTGAA---AAACA----TGTAAAA-GCA--------T----A-----C-------T--T----GGTGC--------TAGGGACAGTCA----T---GTGCATCA-TG---TA-AACGTTTC--CAT----TC-------G-ATA-TCG-ATG----T-TGCTT-GA-T---CTCACGTTACGTTGGGATcttagtgattcaagccaattgaatatgacattatgcttcaatccaaaatttgtact
gi|17 : tgctTAGCCAATGAAAAATGGG-TACCAGTCCAAACAATGTGT-AAGCAACAAGCT-CCATGG-G-T-TCT-A-GATGTCAAGCAGTATTATCATTTGGAG-AGTTT---TCTT-TGACT-----------GTAGAACAT---A--ATT--A----AAA-AC--AT----GCA-TC-G------A---A-ACTATT-TCAGCT-gag
gi|18 : tatataaTT--TCAG-A-CTCTC-TTGTTT-AAATAG-GTCACATG---TCATG-------A------TAGGT-CATGA-TTAGTAGATGGAAAGTGTCCTAGTAGTCAGAATATTGTGT-AACCAACTGGCT-TCAAAATG-T-TCT-A-TCTGTCAGTC
gi|19 : atgggttgttCTGTCAAGCAG-----TTGTTTCAAGCTGTTT---TAAA-CAATC-----------GCGG--CAC---AT--TT--A----AC--AT--GT----CCA----G------A---A-ATTGTTATCAGCT-T--A-TACGAAT-TA----AACAA----CAAGTTAG---AA-CA----AGTA
gi|2 : tctaaatgtACTTGGGA-CAGG-------A------TTGAC-AATGA-TTAGCCAATGAAAACTGGGC-AATAGTCAAAACAT---GT-AAGCAGACGTCTCTAAAAA-A-TGTCC-A-ATTGTAGCTCAT-----TCTATTGAAGTAGGTT----CA------------------------CAT---TTCATG--G----AC---C--TT----ACA-CT----------------CGTT-TCAGCT-T--A-TCTAGAT-TA----ACCAGT-CTTGTGTGCA---AT-TG----GTTGAAA-ATA--------A----A-----CA------G--T----A------------C-----CAGACA----TATTGCGCACCA-TG---TA-CACATTTC--TTT----TT-------G-ACA-ATA-ATG----T-TGTTT-GA-T---CTAAAGGAGAGTGAAGCTT-CT---CTAACTTG-C--ATTGCAAG-GCATAcatgt
gi|20 : atgtaacaacagttttgtcctcaag-ATTATT-CGAGCT-A--A-TCTGAAT-AG----TTCAAT-TGTGAGTGAG---A---------GTATAG-CTC--------T----A-----C----------T----G------------T-----C-GTC------------CACCA-TG---TG-Cgtactaggtcattaactgtgatatgcagcacttgttatcttaatt
gi|21 : aaacattcatgaatattcaaattt-A-GCTTTCGACCAG-----TCATCTGAAGTATTTT---CCAA-TGA--------------TAT--CATTCCAT-ATG--A------C-GT--GT----AAA-TT-A------A---A-ATTAGT-TCAGCT-T--T-TCTGATT-CG----ACC
gi|22 : -TCCT--TTGATT-TTTTAAATCCTCTCG-CATCATGTCATGAAA------TTT-T-AATGT-GCCGTCAATGGAAACTGGCCTATCAGTCAAAACA
gi|23 : tttcctA-TTAGCCAATGCAACTAGG--TATCTACCAAATCACCGTGC-ACGCAACTGGCT-CTGGAA-A-T-TTTAA-GCTGCCAATAAG-----TCATTTTAA
gi|24 : --T----G------------T-----CAATCA----C---GTGGGCCA-TA---TG-TACATTAC--CCT----
gi|25 : gtgtaggagagtgggaggaacaaactgttctattgaGTCTTGGCTTAGATAA-ACAGCATTTTAGTTATTT-ATAGTTAG-AATT--
gi|3 : attggTTTCAATATATGAAC--ATAAATATACCTCGCCTTGCAAATTAAGTAAAAGTTTTGAAAACGTTGTTAT-CAATG----AAACAACTTTTTTTTTTTGTACTGTTCTGGCCTTTTT---------TTTTTTTTTTTTGATAGTTCA-AATG--TCAA-A---------GAC-------C-TCCACTTCACATCATG-------AC-----TTTTT-ATT-A-TTGAACAATGGAAACTGGCCTATCAGTCTAAACATTCAGTCAATCAACTGACT-TTAAAA-AGT-CCT-A-ACTCTCAATCAG-----TCAATTCATAAAGTTT---TC-------T-----------GC----CAT---AT--TGC-G----AGT-GCCGGT----ACA-TT-A------A---A-ATTATT-TCAGc
gi|4 : TCACT-------A------TTGGT-AATGCCTTGTCCAATG-AAACATGATTAATGATAAAAATATTATAT-ACGTAAA-GGTA-TAAAAA-A-A-ACT-ATGAAGTCCATTAA-----GCGTTTGAAGTAGTGT---TCA--------------------TT--CAT---AT--T---------CT-AT--GT----ACA-TT-A------A---A-GTTATT-TTAGCT-T--A-TCTGAAT-TT----GCCAAT-CGCATGTAAA---AA-TA----TTTAAAA-GCA--------TTAAAA-----CGGATTTAT--T----G------------T-----C-GTCAATAGC---GTGCAACG-TG---TA-C-CATTTC--CTG----TC-------G-ATA-ACA-GTAT---T-TATTT-CA-T---CTGACGTGAATAGAAAATT-TTAAATCAACCTG-T--T
gi|5 : TGACATTTTG-------A------TTTTT-AGCGA-TTAGTAAATGAAAACAATTGTAGCAAACAATGCATTGT----------TG-------------T-TGT-A-GCTGTCAGCCAG-----TCCTTT-AAGTATCTT---TCAA-TGAAC-----------ACTA--CAT---TT-AC------------AT--GC----ACA-TT-C------A---A-CTAACT-TACGTT-T--A-TCTAAAT-AG----GA-AATACACGTATGAG---AA-TA----TTTAAAA-CTAAATAGCTCT----A-----CGA-----T--C----G------------T-----CAGACA----C---GTACACCA-CG---TACCATGTAT-------------------GTACA-GCG-ATG----T---TTC-GA-T---TAAAAGTAATGAAGAGATC-CT---TTACCTTG-ttttt
gi|6 : ccaggaagcaacgtcAAACTGGTCTACCTGTTAATACATCAAGC-AAGCAACAAGCT-TTGAAATA-T-TTG-A-GTTGTCAGTAAG-----TCATTTGAAATAGTTTAAATTGA-CCAA------------GCTG--CAT---A----A--A----AC--AT--GT----ACA-TTTG------G---A-TTTATA-CC-TCT-A--A-CCTGAAT-TG----GCCAAT-CACATGTGAG---AA-TAAATGGGTAGAA-ACAAACTGCTCT----A-----C-------TGTT----A------------T-----CAGTCA----A---GTGCATCA-TG---TG-CACATTTC--CCTGTGATCAGTGTGTG-ATATCCT-GTGATCAC-TGTGT-GA-T---CTAAGATAAAGAGAAGAT
gi|7 : TT---TCAA-CAGACT----------GCAG--CAC---AT-ATT--ACATAACT-AT--AT----ATA-TT-G------C---A-ATTATT-TCAGTT-G--A-TCTGAAT-TA----GCAAAA-TGCATTAGAG---AG-AA----GGTTAAA-GCA--------T----C-----CCTCCTG-T--T----G------------T-----CAGTAT----T---GTGCACCA-TGTATTA-CACATTTC--TCT----TT-------G-ATA-ACA-ACA----T-AATTT-GA-CATATTAACATAAAGTGGAGATT-CT---TTAACTTG-TTATATACAAG-
gi|8 : tgaacttgtaTGGTCAGTT-GTATTTTGTAACTAATCAATA-TCCTGCTTGACTCTTTCAA-TCAACTTTGGATTATA-------AATACTATTTGTTATTGA-GTAGCCAATAGCAACCAGCTTATCAGTCTAAACATTGTGT-AAGCAACTAGTT-TTAAAATG-T-TC--A-GCTGTGAATTAG-----TCATTTAAAGCAGTTT---TT-A-TGACC-----------ACTG--CAT---A--ATGTTATT--ATT-AT--ATA---ACA-TT-GACATCCA---A-ATTATT-TCAGTT-A--A-Tacgtaatgaatggatgagtctccagatccaaatatctgtatgtaaact
gi|9 : acagcaactgttgtaTATCAATCAG-----TCACCTGAAGCAGTTT---TCAAAC--AC-----------ACTG--CAT------------------------GT----TCA-TT-T------A---A-ATTATT-TCAGCTAT--A-TCTGAAT-TG----GCCAAT-CATGTGTAAG---AA-TA----CGTAAAA-GCAAACAATTCT----A-----CTG-----T--C----G------------C-----CAATCA----C---GTGCATTAGTA---TA-CACG--TC--TCT----AC-------A-ATA-TTACGTG----T-GGTTC-GA-T---AAAATGTAAAGCAGAGATTATT---TTATGTTG-T--T
Alignments
lowQualScore : 11 22222 1 1 2222 11 1111 111 1 1 11 33333333333333333333333 11 22222222222222 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111111111 111111111111
lowQualScore : 1 1 1 88 1 66666 22 1 5 1 5 1 4444 1 88 1 1 3333 1 999 0 0 4 0 11 44444444444444444444444 00 66666666666666 4 5 1 4 2 5 66 1 0 4 2 444 111 6 3 2 66666 2 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 7777 2 222222222222 2 2 7777 2 5555 55 2 33 444 2 77777 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999999 2 444 2 0 3 555555555555555555 2 222222222222 33 2 2 555 2 3 666 8888 5
lowQualScore : . . . .. . ..... .. . . . . . .... . .. . . .... . ... . . . . .. ....................... .. .............. . . . . . . .. . . . . ... ... . . . ..... . . ..................................................... .... . ............ . . .... . .... .. . .. ... . ..... . ............................................................. ........ . ... . . . .................. . ............ .. . . ... . . ... .... .
lowQualScore : 0 0 0 55 0 55555 00 0 0 0 0 0 5555 0 00 0 0 0000 0 777 2 0 2 0 00 77777777777777777777777 00 66666666666666 5 0 0 4 3 5 33 0 1 0 6 333 555 7 1 9 22222 5 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444 4 444444444444 2 2 0000 4 3333 66 5 88 444 5 77777 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88888888 5 444 5 3 5 888888888888888888 9 444444444444 77 9 9 000 4 6 444 6666 7
consensus : TTTCAACNTNTNAACTAATAGNTACACCTCGCCTTGCAAATCAAGTAAGAGNNTTGAANACGTTGNTATGCANTGTTTTANGCAACTTTTTTTNTTTGNACTGTCCTGGCCTANATAA-ACAGCATTTTGGTTATTT-ATAGTTCG-AATT--TCAA-A-TCCT--TTGATT-TTNCAN-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ANTGA-TTAGCCAATGGAAACCGGCCTANCAGTCAAAACATTGTGT-AAGCAACTGGCT-TCAAAA-A-T-TCT-A-GCTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGCAGTTTTCAAC---GACC-----------GCNG--CAT---AT-ATG--A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TCAGCT-T--A-TCTGA----AT-CGGCCAAT-CGCGTGTGA---GAA-TA----GGTAAAA-G---------C-A--------T----AC-------T--T----G------------T-----CAGTCA----C---GTGCACCA-TG---TA-CACGTTTC--CCT----TC-------G-ATA-NCG-GTG----T-TGTTT-GA-T---CTAACGTAAAGTGGAGATT-CT---CTAACTTG-T--TATGCAAG-GTATA
Reference ( family-164 ) : TTTCAACNTNTNAACTAATAGNTACACCTCGCCTTGCAAATCAAGTAAGAGNNTTGAANACGTTGNTATGCANTGTTTTANGCAACTTTTTTTNTTTGNACTGTCCTGGCCTANATAA-ACAGCATTTTGGTTATTT-ATAGTTCG-AATT--TCAA-A-TCCT--TTGATT-TTNCAN-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ANTGA-TTAGCCAATGGAAACCGGCCTANCAGTCAAAACATTGTGT-AAGCAACTGGCT-TCAAAA-A-T-TCT-A-GCTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGCAGTTTTCAAC---GANC-----------GCNG--CAT---AT-ATG--A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TCAGCT-T--A-TCTGA----AT-CGGCCAAT-CGCGTGTGA---GAA-TA----GGTAAAA-G---------C-A--------T----AC-------T--T----G------------T-----CAGTCA----C---GTGCACCA-TG---TA-CACGTTTC--CCT----TC-------G-ATA-NCG-GTG----T-TGTTT-GA-T---CTAACGTAAAGTGGAGATT-CT---CTAACTTG-T--TATGCAAG-GTATA
gi|1 : TTTTAACCTCTTAACTAATAGCTACACCTTACCT-----ATCAAGTAAGAGAATTGAACA-GTTAATATGCACTGTTTTATGCA--TTTTTTTATTTGGACT----TGGCCTAAATAATACAGCATTTTGGTTATTT-ATGGATTG-AATT--TCAA-GCTCCT--GTG-TT-TTACAC-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ACTGA-TTTGCTAATGGAAAACAGCCTATCAATTAACACATTGCAT-AGGTAAATGGCT-TCAACA-A-TCTCT-A-ACTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGTAGTTTTCAAC---AAAT-----------GCGG--CAT---ATAATAC-A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TTAGCT-T--A-TCTGA----TT-TGGCCAAT-CATGTGTGA---GAA-TA----GGTAAA------------T-A--------T----AT-------T--T----G------------C-----CAGTCA----T---GTGCACCA-GG---TA-CATGTTTC--ATT----TT-------G-ATA-TTG-GTG----T-TATTT-TA-T---CTGATGTAAATTGAAGATT-CT---CTATTTTG-T--TATACAAG-GTATA
gi|10 : CAGCT-A--A-TCTAA----AT-TTCCCAAT-TGTGTTTGA---GAA-TA----GGTGAAA-A---------C-AAATATCTTT----AC-------TA-TA---G------------T-----CAGCCA----C---ATGCTTCA-TA---TA-C-CATTTC--CTT----TT-------G-ATA-GCT-GTA----T-TGTTTAGA-T---CTAACATAATATTGAGGTT-CT---CTGATTTG-T--TATGCAAG-
gi|11 : CCG--CAC---GTCATG--A----AATCAC--GTTTGAACACTT-G------ATAAACATT-TT-TCAGCT-A--A-TCTCATCCGAT-TCGCCAAT-CGTTTATAATTTTAA-GA----AGCAAACTG---------T-AC-------C----AC-------T--TTC--G------------T-----TAGTCA----T---GTGCAGCA-CG---TA-AATATTTCGTTCT----T--------G-ATA-TCG-ATG----C-GGTTT-TA-T---TTAACGTAAAGTAAAAATT-GA---CTTACTTT-T--TACGCAGGAGTGTAcgattttgtattgaaaatattgttgaatatgttctggcaagctcgattctatt
gi|12 : -T-TTT-A-GCTGTTACCAAG-----TCCTTTGAAGCAATTTTCAAT---GGCT-----------GCAA--CTT---AC-ATT--A----AAT-AT--GT----ACA-TT-A------A---A-ACTATT-T-ATCT-TGAA-ACAGA----AT-CATCCAAT-C-------A---AAA-TA----GCTGAAA-G---------C-A--------A----AC-------T--A----GGTTAAGGGGGGTT-----TAGTCA----T---GTGAGCCA-GA---TA-AGCATTTC--CCT----TC-------A-ATA-TTG-TAA----T-TATTT-GA-T---CTAACA-AAAGTTGAGATca
gi|13 : g-GCTGTCAATCTT-----TCATGTGTAATA-TTTACAAATGGGAGA-----------GGTG--CAT---TT--------------------T----ACA-TT-A------A---A-ATTATT-TCAGCT-A--A-ACTTA----GTTCAGTCAGT-CGTGTGTGA---AAA-TA----GGTAAAA-G-----------G--------T----AG-------T--TAAGAA------------T------AGCCA----C---GTACGCAA-TG---TA-CA--TTTC--CCG----CC-------C-TTA-T---ATG----TACGTT---------------TAAAGTCGAGATT-CT---TTAACTTGAA--AATGCAAA-GTATA
gi|14 : -A-T-TCT-A-TCTATCAATCGG-----TCGTTTGGAACA-TTTTCAGC---AACCATGGTGATTGTGGTG--CAT---AT--TG---------C-AG--GT----GCA-CT-A------A---A-AGGATT----GCT-T--A-TCTCA----GT-CGGTCATT-TGTGTGTTA---GGA-TA----AGTAAAT-G---------T-ACCGG----T----GC-------T--G----G------------TGA---CAATCC----C---GT--ACCA-CG---TG-TACG----------------------------GCG-ACT----T-TGTTT-GG-T---CTAACGTAAAATTGAGATT-CT---C
gi|15 : GCCAAT-CATGTGTGA---GA--TA----GGTAAAA-GTAAAAAGATC-A--------T----TG-------T--T----G------------T-----CAGTCA----T---GTAAACCA-TG---AA-CTC-TTTC--CTT----TT-------G-ATT-T---GCA----T-TGTTT-TAGT---AGAACATAAAGTGGAAAT---T---CTGACTTT-A--TATGTAAG-
gi|16 : ATCAG-----TTACTTGAAGCAGTTGCCAGC---GACC-----------GTAG--CAC---AT---G--A----ATT-AA--GT-----------------------------------CT-T--AATCCGG-----T-TGGCTAAT-AATGTGTGA---AAAACA----TGTAAAA-G---------C-A--------T----AC-------T--T----GGTGC--------TAGGGACAGTCA----T---GTGCATCA-TG---TA-AACGTTTC--CAT----TC-------G-ATA-TCG-ATG----T-TGCTT-GA-T---CTCACGTTACGTTGGGATcttagtgattcaagccaattgaatatgacattatgcttcaatccaaaatttgtact
gi|17 : tgctTAGCCAATGAAAAATGGG-TACCAGTCCAAACAATGTGT-AAGCAACAAGCT-CCATGG-G-T-TCT-A-GATGTCAAGCAGTATTATCATTTGGAG-AGTTTTCTTT---GACT-----------GTAGAACAT---A--ATT--A----AAA-AC--AT----GCA-TC-G------A---A-ACTATT-TCAGCT-gag
gi|18 : tatataaTT--TCAG-A-CTCTC-TTGTTT-AAATAG-GTCACATG---TCATG-------A------TAGGT-CATGA-TTAGTAGATGGAAAGTGTCCTAGTAGTCAGAATATTGTGT-AACCAACTGGCT-TCAAAATG-T-TCT-A-TCTGTCAGTC
gi|19 : atgggttgttCTGTCAAGCAG-----TTGTTTCAAGCTGTTTTAAAC---AATC-----------GCGG--CAC---AT--TT--A----AC--AT--GT----CCA----G------A---A-ATTGTTATCAGCT-T--A-TACGA----AT-TAAACAA----CAAGTTA---GAA-CA----AGTA
gi|2 : tctaaatgtACTTGGGA-CAGG-------A------TTGAC-AATGA-TTAGCCAATGAAAACTGGGC-AATAGTCAAAACAT---GT-AAGCAGACGTCTCTAAAAA-A-TGTCC-A-ATTGTAGCTCAT-----TCTATTGAAGTAGGTT-CA--------------------------CAT---TTCATG--G----AC---C--TT----ACA-CT----------------CGTT-TCAGCT-T--A-TCTAG----AT-TAACCAGT-CTTGTGTGC---AAT-TG----GTTGAAA-A---------T-A--------A----ACA------G--T----A------------C-----CAGACA----TATTGCGCACCA-TG---TA-CACATTTC--TTT----TT-------G-ACA-ATA-ATG----T-TGTTT-GA-T---CTAAAGGAGAGTGAAGCTT-CT---CTAACTTG-C--ATTGCAAG-GCATAcatgt
gi|20 : atgtaacaacagttttgtcctcaag-ATTATT-CGAGCT-A--A-TCTGA----AT-AGTTCAAT-TGTGAGTGA---GAG-TA------T---A-G---------CTC--------T----AC----------T----G------------T-----C-GTC------------CACCA-TG---TG-Cgtactaggtcattaactgtgatatgcagcacttgttatcttaatt
gi|21 : aaacattcatgaatattcaaattt-A-GCTTTCGACCAG-----TCATCTGAAGTATTTTCCAAT---GAT--------------AT--CATTCCAT-ATG--A------C-GT--GT----AAA-TT-A------A---A-ATTAGT-TCAGCT-T--T-TCTGA----TT-CGACC
gi|22 : -TCCT--TTGATT-TTTTAAATCCTCTCG-CATCATGTCATGAAA------TTT-T-AATGT-GCCGTCAATGGAAACTGGCCTATCAGTCAAAACA
gi|23 : tttcctA-TTAGCCAATGCAACTAGG--TATCTACCAAATCACCGTGC-ACGCAACTGGCT-CTGGAA-A-T-TTTAA-GCTGCCAATAAG-----TCATTTTAA
gi|24 : --T----G------------T-----CAATCA----C---GTGGGCCA-TA---TG-TACATTAC--CCT----
gi|25 : gtgtaggagagtgggaggaacaaactgttctattgaGTCTTGGCTTAGATAA-ACAGCATTTTAGTTATTT-ATAGTTAG-AATT--
gi|3 : attggTTTCAATATATGAAC--ATAAATATACCTCGCCTTGCAAATTAAGTAAAAGTTTTGAAAACGTTGTTAT-CAATG----AAACAACTTTTTTTTTTTGTACTGTTCTGGCCTTTTT---------TTTTTTTTTTTTGATAGTTCA-AATG--TCAA-A---------GAC-------C-TCCACTTCACATCATG-------AC-----TTTTT-ATT-A-TTGAACAATGGAAACTGGCCTATCAGTCTAAACATTCAGTCAATCAACTGACT-TTAAAA-AGT-CCT-A-ACTCTCAATCAG-----TCAATTCATAAAGTTTTC---------T-----------GC----CAT---AT--TGC-G----AGT-GCCGGT----ACA-TT-A------A---A-ATTATT-TCAGc
gi|4 : TCACT-------A------TTGGT-AATGCCTTGTCCAATG-AAACATGATTAATGATAAAAATATTATAT-ACGTAAA-GGTA-TAAAAA-A-A-ACT-ATGAAGTCCATTAA-----GCGTTTGAAGTAGTGTTCA----------------------TT--CAT---AT--T---------CT-AT--GT----ACA-TT-A------A---A-GTTATT-TTAGCT-T--A-TCTGA----AT-TTGCCAAT-CGCATGTAA---AAA-TA----TTTAAAA-G---------C-A--------TTAAAACGGATTTAT--T----G------------T-----C-GTCAATAGC---GTGCAACG-TG---TA-C-CATTTC--CTG----TC-------G-ATA-ACA-GTAT---T-TATTT-CA-T---CTGACGTGAATAGAAAATT-TTAAATCAACCTG-T--T
gi|5 : TGACATTTTG-------A------TTTTT-AGCGA-TTAGTAAATGAAAACAATTGTAGCAAACAATGCATTGT----------TG-------------T-TGT-A-GCTGTCAGCCAG-----TCCTTT-AAGTATCTTTCAAT---GAAC-----------ACTA--CAT---TT-AC------------AT--GC----ACA-TT-C------A---A-CTAACT-TACGTT-T--A-TCTAA----AT-AGGA-AATACACGTATGA---GAA-TA----TTTAAAA-C---------T-AAATAGCTCT----ACGA-----T--C----G------------T-----CAGACA----C---GTACACCA-CG---TACCATGTAT-------------------GTACA-GCG-ATG----T---TTC-GA-T---TAAAAGTAATGAAGAGATC-CT---TTACCTTG-ttttt
gi|6 : ccaggaagcaacgtcAAACTGGTCTACCTGTTAATACATCAAGC-AAGCAACAAGCT-TTGAAATA-T-TTG-A-GTTGTCAGTAAG-----TCATTTGAAATAGTTTAAATT---GACCAA---------GCTG--CAT---A----A--A----AC--AT--GT----ACA-TTTG------G---A-TTTATA-CC-TCT-A--A-CCTGA----AT-TGGCCAAT-CACATGTGA---GAA-TAAATGGGTAGAA-A---------C-AAACTGCTCT----AC-------TGTT----A------------T-----CAGTCA----A---GTGCATCA-TG---TG-CACATTTC--CCTGTGATCAGTGTGTG-ATATCCT-GTGATCAC-TGTGT-GA-T---CTAAGATAAAGAGAAGAT
gi|7 : TTTCAACA--GACT-----------GCAG--CAC---AT-ATT--ACATAACT-AT--AT----ATA-TT-G------C---A-ATTATT-TCAGTT-G--A-TCTGA----AT-TAGCAAAA-TGCATTAGA---GAG-AA----GGTTAAA-G---------C-A--------T----CCCTCCTG-T--T----G------------T-----CAGTAT----T---GTGCACCA-TGTATTA-CACATTTC--TCT----TT-------G-ATA-ACA-ACA----T-AATTT-GA-CATATTAACATAAAGTGGAGATT-CT---TTAACTTG-TTATATACAAG-
gi|8 : tgaacttgtaTGGTCAGTT-GTATTTTGTAACTAATCAATA-TCCTGCTTGACTCTTTCAA-TCAACTTTGGATTATA-------AATACTATTTGTTATTGA-GTAGCCAATAGCAACCAGCTTATCAGTCTAAACATTGTGT-AAGCAACTAGTT-TTAAAATG-T-TC--A-GCTGTGAATTAG-----TCATTTAAAGCAGTTTTT-AT---GACC-----------ACTG--CAT---A--ATGTTATT--ATT-AT--ATA---ACA-TT-GACATCCA---A-ATTATT-TCAGTT-A--A-Tacgtaatgaatggatgagtctccagatccaaatatctgtatgtaaact
gi|9 : acagcaactgttgtaTATCAATCAG-----TCACCTGAAGCAGTTTTCAAA---CA-C-----------ACTG--CAT------------------------GT----TCA-TT-T------A---A-ATTATT-TCAGCTAT--A-TCTGA----AT-TGGCCAAT-CATGTGTAA---GAA-TA----CGTAAAA-G---------C-AAACAATTCT----ACTG-----T--C----G------------C-----CAATCA----C---GTGCATTAGTA---TA-CACG--TC--TCT----AC-------A-ATA-TTACGTG----T-GGTTC-GA-T---AAAATGTAAAGCAGAGATTATT---TTATGTTG-T--T
Alignments
lowQualScore : 11 22222 1 1 2222 11 1111 111 1 1 11 33333333333333333333333 11 22222222222222 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111111111 111111111111
lowQualScore : 1 1 1 88 1 66666 22 1 5 1 5 1 4444 1 88 1 1 3333 1 999 0 0 4 0 11 44444444444444444444444 00 66666666666666 4 5 1 4 2 5 66 1 0 4 2 444 111 6 3 3 66666 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 7777 2 222222222222 2 2 7777 2 5555 55 2 33 444 2 77777 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999999 2 444 2 0 3 555555555555555555 2 222222222222 33 2 2 555 2 3 666 8888 5
lowQualScore : . . . .. . ..... .. . . . . . .... . .. . . .... . ... . . . . .. ....................... .. .............. . . . . . . .. . . . . ... ... . . . ..... . .................................................... .... . ............ . . .... . .... .. . .. ... . ..... . ............................................................. ........ . ... . . . .................. . ............ .. . . ... . . ... .... .
lowQualScore : 0 0 0 55 0 55555 00 0 0 0 0 0 5555 0 00 0 0 0000 0 777 2 0 2 0 00 77777777777777777777777 00 66666666666666 5 0 0 4 3 5 33 0 1 0 6 333 555 7 1 1 77777 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444 4 444444444444 2 2 0000 4 3333 66 5 88 444 5 77777 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88888888 5 444 5 3 5 888888888888888888 9 444444444444 77 9 9 000 4 6 444 6666 7
consensus : TTTCAACNTNTNAACTAATAGNTACACCTCGCCTTGCAAATCAAGTAAGAGNNTTGAANACGTTGNTATGCANTGTTTTANGCAACTTTTTTTNTTTGNACTGTCCTGGCCTANATAA-ACAGCATTTTGGTTATTT-ATAGTTCG-AATT--TCAA-A-TCCT--TTGATT-TTNCAN-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ANTGA-TTAGCCAATGGAAACCGGCCTANCAGTCAAAACATTGTGT-AAGCAACTGGCT-TCAAAA-A-T-TCT-A-GCTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGCAGTTTTCAAC-GAC-C-----------GCNG--CAT---AT-ATG--A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TCAGCT-T--A-TCTGA----AT-CGGCCAAT-CGCGTGTGA---GAA-TA----GGTAAAA-G---------C-A--------T----AC-------T--T----G------------T-----CAGTCA----C---GTGCACCA-TG---TA-CACGTTTC--CCT----TC-------G-ATA-NCG-GTG----T-TGTTT-GA-T---CTAACGTAAAGTGGAGATT-CT---CTAACTTG-T--TATGCAAG-GTATA
Reference ( family-164 ) : TTTCAACNTNTNAACTAATAGNTACACCTCGCCTTGCAAATCAAGTAAGAGNNTTGAANACGTTGNTATGCANTGTTTTANGCAACTTTTTTTNTTTGNACTGTCCTGGCCTANATAA-ACAGCATTTTGGTTATTT-ATAGTTCG-AATT--TCAA-A-TCCT--TTGATT-TTNCAN-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ANTGA-TTAGCCAATGGAAACCGGCCTANCAGTCAAAACATTGTGT-AAGCAACTGGCT-TCAAAA-A-T-TCT-A-GCTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGCAGTTTTCAAC-GAC-C-----------GCNG--CAT---AT-ATG--A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TCAGCT-T--A-TCTGA----AT-CGGCCAAT-CGCGTGTGA---GAA-TA----GGTAAAA-G---------C-A--------T----AC-------T--T----G------------T-----CAGTCA----C---GTGCACCA-TG---TA-CACGTTTC--CCT----TC-------G-ATA-NCG-GTG----T-TGTTT-GA-T---CTAACGTAAAGTGGAGATT-CT---CTAACTTG-T--TATGCAAG-GTATA
gi|1 : TTTTAACCTCTTAACTAATAGCTACACCTTACCT-----ATCAAGTAAGAGAATTGAACA-GTTAATATGCACTGTTTTATGCA--TTTTTTTATTTGGACT----TGGCCTAAATAATACAGCATTTTGGTTATTT-ATGGATTG-AATT--TCAA-GCTCCT--GTG-TT-TTACAC-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ACTGA-TTTGCTAATGGAAAACAGCCTATCAATTAACACATTGCAT-AGGTAAATGGCT-TCAACA-A-TCTCT-A-ACTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGTAGTTTTCAAC-AAA-T-----------GCGG--CAT---ATAATAC-A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TTAGCT-T--A-TCTGA----TT-TGGCCAAT-CATGTGTGA---GAA-TA----GGTAAA------------T-A--------T----AT-------T--T----G------------C-----CAGTCA----T---GTGCACCA-GG---TA-CATGTTTC--ATT----TT-------G-ATA-TTG-GTG----T-TATTT-TA-T---CTGATGTAAATTGAAGATT-CT---CTATTTTG-T--TATACAAG-GTATA
gi|10 : CAGCT-A--A-TCTAA----AT-TTCCCAAT-TGTGTTTGA---GAA-TA----GGTGAAA-A---------C-AAATATCTTT----AC-------TA-TA---G------------T-----CAGCCA----C---ATGCTTCA-TA---TA-C-CATTTC--CTT----TT-------G-ATA-GCT-GTA----T-TGTTTAGA-T---CTAACATAATATTGAGGTT-CT---CTGATTTG-T--TATGCAAG-
gi|11 : CCG--CAC---GTCATG--A----AATCAC--GTTTGAACACTT-G------ATAAACATT-TT-TCAGCT-A--A-TCTCATCCGAT-TCGCCAAT-CGTTTATAATTTTAA-GA----AGCAAACTG---------T-AC-------C----AC-------T--TTC--G------------T-----TAGTCA----T---GTGCAGCA-CG---TA-AATATTTCGTTCT----T--------G-ATA-TCG-ATG----C-GGTTT-TA-T---TTAACGTAAAGTAAAAATT-GA---CTTACTTT-T--TACGCAGGAGTGTAcgattttgtattgaaaatattgttgaatatgttctggcaagctcgattctatt
gi|12 : -T-TTT-A-GCTGTTACCAAG-----TCCTTTGAAGCAATTTTCAAT-GGC-T-----------GCAA--CTT---AC-ATT--A----AAT-AT--GT----ACA-TT-A------A---A-ACTATT-T-ATCT-TGAA-ACAGA----AT-CATCCAAT-C-------A---AAA-TA----GCTGAAA-G---------C-A--------A----AC-------T--A----GGTTAAGGGGGGTT-----TAGTCA----T---GTGAGCCA-GA---TA-AGCATTTC--CCT----TC-------A-ATA-TTG-TAA----T-TATTT-GA-T---CTAACA-AAAGTTGAGATca
gi|13 : gT----ACA-TT-A------A---A-ATTATT-TCAGCT-A--A-ACTTA----GTTCAGTCAGT-CGTGTGTGA---AAA-TA----GGTAAAA-G-----------G--------T----AG-------T--TAAGAA------------T------AGCCA----C---GTACGCAA-TG---TA-CA--TTTC--CCG----CC-------C-TTA-T---ATG----TACGTT---------------TAAAGTCGAGATT-CT---TTAACTTGAA--AATGCAAA-GTATA
gi|14 : gctgtcaatctttcatgtgtaatatttacaaatgggagaggtgcattt-A-T-TCT-A-TCTATCAATCGG-----TCGTTTGGAACA-TTTTCAGC-AAC-CATGGTGATTGTGGTG--CAT---AT--TG---------C-AG--GT----GCA-CT-A------A---A-AGGATT----GCT-T--A-TCTCA----GT-CGGTCATT-TGTGTGTTA---GGA-TA----AGTAAAT-G---------T-ACCGG----T----GC-------T--G----G------------TGA---CAATCC----C---GT--ACCA-CG---TG-TACG----------------------------GCG-ACT----T-TGTTT-GG-T---CTAACGTAAAATTGAGATT-CT---C
gi|15 : GCCAAT-CATGTGTGA---GA--TA----GGTAAAA-GTAAAAAGATC-A--------T----TG-------T--T----G------------T-----CAGTCA----T---GTAAACCA-TG---AA-CTC-TTTC--CTT----TT-------G-ATT-T---GCA----T-TGTTT-TAGT---AGAACATAAAGTGGAAAT---T---CTGACTTT-A--TATGTAAG-
gi|16 : ATCAG-----TTACTTGAAGCAGTTGCCAGC-GAC-C-----------GTAG--CAC---AT---G--A----ATT-AA--GT-----------------------------------CT-T--AATCCGG-----T-TGGCTAAT-AATGTGTGA---AAAACA----TGTAAAA-G---------C-A--------T----AC-------T--T----GGTGC--------TAGGGACAGTCA----T---GTGCATCA-TG---TA-AACGTTTC--CAT----TC-------G-ATA-TCG-ATG----T-TGCTT-GA-T---CTCACGTTACGTTGGGATcttagtgattcaagccaattgaatatgacattatgcttcaatccaaaatttgtact
gi|17 : tgctTAGCCAATGAAAAATGGG-TACCAGTCCAAACAATGTGT-AAGCAACAAGCT-CCATGG-G-T-TCT-A-GATGTCAAGCAGTATTATCATTTGGAG-AGTTTTCTTT-GAC-T-----------GTAGAACAT---A--ATT--A----AAA-AC--AT----GCA-TC-G------A---A-ACTATT-TCAGCT-gag
gi|18 : tatataaTT--TCAG-A-CTCTC-TTGTTT-AAATAG-GTCACATG---TCATG-------A------TAGGT-CATGA-TTAGTAGATGGAAAGTGTCCTAGTAGTCAGAATATTGTGT-AACCAACTGGCT-TCAAAATG-T-TCT-A-TCTGTCAGTC
gi|19 : atgggttgttCTGTCAAGCAG-----TTGTTTCAAGCTGTTTTAAAC-AAT-C-----------GCGG--CAC---AT--TT--A----AC--AT--GT----CCA----G------A---A-ATTGTTATCAGCT-T--A-TACGA----AT-TAAACAA----CAAGTTA---GAA-CA----AGTA
gi|2 : tctaaatgtACTTGGGA-CAGG-------A------TTGAC-AATGA-TTAGCCAATGAAAACTGGGC-AATAGTCAAAACAT---GT-AAGCAGACGTCTCTAAAAA-A-TGTCC-A-ATTGTAGCTCAT-----TCTATTGAAGTAGGTT-CA-------------------------CAT---TTCATG--G----AC---C--TT----ACA-CT----------------CGTT-TCAGCT-T--A-TCTAG----AT-TAACCAGT-CTTGTGTGC---AAT-TG----GTTGAAA-A---------T-A--------A----ACA------G--T----A------------C-----CAGACA----TATTGCGCACCA-TG---TA-CACATTTC--TTT----TT-------G-ACA-ATA-ATG----T-TGTTT-GA-T---CTAAAGGAGAGTGAAGCTT-CT---CTAACTTG-C--ATTGCAAG-GCATAcatgt
gi|20 : atgtaacaacagttttgtcctcaag-ATTATT-CGAGCT-A--A-TCTGA----AT-AGTTCAAT-TGTGAGTGA---GAG-TA------T---A-G---------CTC--------T----AC----------T----G------------T-----C-GTC------------CACCA-TG---TG-Cgtactaggtcattaactgtgatatgcagcacttgttatcttaatt
gi|21 : aaacattcatgaatattcaaattt-A-GCTTTCGACCAG-----TCATCTGAAGTATTTTCCAAT-GAT---------------AT--CATTCCAT-ATG--A------C-GT--GT----AAA-TT-A------A---A-ATTAGT-TCAGCT-T--T-TCTGA----TT-CGACC
gi|22 : -TCCT--TTGATT-TTTTAAATCCTCTCG-CATCATGTCATGAAA------TTT-T-AATGT-GCCGTCAATGGAAACTGGCCTATCAGTCAAAACA
gi|23 : tttcctA-TTAGCCAATGCAACTAGG--TATCTACCAAATCACCGTGC-ACGCAACTGGCT-CTGGAA-A-T-TTTAA-GCTGCCAATAAG-----TCATTTTAA
gi|24 : --T----G------------T-----CAATCA----C---GTGGGCCA-TA---TG-TACATTAC--CCT----
gi|25 : gtgtaggagagtgggaggaacaaactgttctattgaGTCTTGGCTTAGATAA-ACAGCATTTTAGTTATTT-ATAGTTAG-AATT--
gi|3 : attggTTTCAATATATGAAC--ATAAATATACCTCGCCTTGCAAATTAAGTAAAAGTTTTGAAAACGTTGTTAT-CAATG----AAACAACTTTTTTTTTTTGTACTGTTCTGGCCTTTTT---------TTTTTTTTTTTTGATAGTTCA-AATG--TCAA-A---------GAC-------C-TCCACTTCACATCATG-------AC-----TTTTT-ATT-A-TTGAACAATGGAAACTGGCCTATCAGTCTAAACATTCAGTCAATCAACTGACT-TTAAAA-AGT-CCT-A-ACTCTCAATCAG-----TCAATTCATAAAGTTTTC--------T-----------GC----CAT---AT--TGC-G----AGT-GCCGGT----ACA-TT-A------A---A-ATTATT-TCAGc
gi|4 : TCACT-------A------TTGGT-AATGCCTTGTCCAATG-AAACATGATTAATGATAAAAATATTATAT-ACGTAAA-GGTA-TAAAAA-A-A-ACT-ATGAAGTCCATTAA-----GCGTTTGAAGTAGTGTTCA---------------------TT--CAT---AT--T---------CT-AT--GT----ACA-TT-A------A---A-GTTATT-TTAGCT-T--A-TCTGA----AT-TTGCCAAT-CGCATGTAA---AAA-TA----TTTAAAA-G---------C-A--------TTAAAACGGATTTAT--T----G------------T-----C-GTCAATAGC---GTGCAACG-TG---TA-C-CATTTC--CTG----TC-------G-ATA-ACA-GTAT---T-TATTT-CA-T---CTGACGTGAATAGAAAATT-TTAAATCAACCTG-T--T
gi|5 : TGACATTTTG-------A------TTTTT-AGCGA-TTAGTAAATGAAAACAATTGTAGCAAACAATGCATTGT----------TG-------------T-TGT-A-GCTGTCAGCCAG-----TCCTTT-AAGTATCTTTCAAT-GAA-C-----------ACTA--CAT---TT-AC------------AT--GC----ACA-TT-C------A---A-CTAACT-TACGTT-T--A-TCTAA----AT-AGGA-AATACACGTATGA---GAA-TA----TTTAAAA-C---------T-AAATAGCTCT----ACGA-----T--C----G------------T-----CAGACA----C---GTACACCA-CG---TACCATGTAT-------------------GTACA-GCG-ATG----T---TTC-GA-T---TAAAAGTAATGAAGAGATC-CT---TTACCTTG-ttttt
gi|6 : ccaggaagcaacgtcAAACTGGTCTACCTGTTAATACATCAAGC-AAGCAACAAGCT-TTGAAATA-T-TTG-A-GTTGTCAGTAAG-----TCATTTGAAATAGTTTAAATT-GAC-CAA---------GCTG--CAT---A----A--A----AC--AT--GT----ACA-TTTG------G---A-TTTATA-CC-TCT-A--A-CCTGA----AT-TGGCCAAT-CACATGTGA---GAA-TAAATGGGTAGAA-A---------C-AAACTGCTCT----AC-------TGTT----A------------T-----CAGTCA----A---GTGCATCA-TG---TG-CACATTTC--CCTGTGATCAGTGTGTG-ATATCCT-GTGATCAC-TGTGT-GA-T---CTAAGATAAAGAGAAGAT
gi|7 : TTTCAACAGAC-T-----------GCAG--CAC---AT-ATT--ACATAACT-AT--AT----ATA-TT-G------C---A-ATTATT-TCAGTT-G--A-TCTGA----AT-TAGCAAAA-TGCATTAGA---GAG-AA----GGTTAAA-G---------C-A--------T----CCCTCCTG-T--T----G------------T-----CAGTAT----T---GTGCACCA-TGTATTA-CACATTTC--TCT----TT-------G-ATA-ACA-ACA----T-AATTT-GA-CATATTAACATAAAGTGGAGATT-CT---TTAACTTG-TTATATACAAG-
gi|8 : tgaacttgtaTGGTCAGTT-GTATTTTGTAACTAATCAATA-TCCTGCTTGACTCTTTCAA-TCAACTTTGGATTATA-------AATACTATTTGTTATTGA-GTAGCCAATAGCAACCAGCTTATCAGTCTAAACATTGTGT-AAGCAACTAGTT-TTAAAATG-T-TC--A-GCTGTGAATTAG-----TCATTTAAAGCAGTTTTT-AT-GAC-C-----------ACTG--CAT---A--ATGTTATT--ATT-AT--ATA---ACA-TT-GACATCCA---A-ATTATT-TCAGTT-A--A-Tacgtaatgaatggatgagtctccagatccaaatatctgtatgtaaact
gi|9 : acagcaactgttgtaTATCAATCAG-----TCACCTGAAGCAGTTTTCAA---ACAC-----------ACTG--CAT------------------------GT----TCA-TT-T------A---A-ATTATT-TCAGCTAT--A-TCTGA----AT-TGGCCAAT-CATGTGTAA---GAA-TA----CGTAAAA-G---------C-AAACAATTCT----ACTG-----T--C----G------------C-----CAATCA----C---GTGCATTAGTA---TA-CACG--TC--TCT----AC-------A-ATA-TTACGTG----T-GGTTC-GA-T---AAAATGTAAAGCAGAGATTATT---TTATGTTG-T--T
Alignments
lowQualScore : 11 22222 1 1 2222 11 1111 111 1 1 11 33333333333333333333333 11 22222222222222 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111111111 111111111111
lowQualScore : 1 1 1 88 1 66666 22 1 5 1 5 1 4444 1 88 1 1 3333 1 999 0 0 4 0 11 44444444444444444444444 00 66666666666666 4 5 1 4 2 5 66 1 0 4 2 444 111 6 3 3 66666 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 7777 2 222222222222 2 2 7777 2 5555 55 2 33 444 2 77777 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999999 2 444 2 0 3 555555555555555555 2 222222222222 33 2 2 555 2 3 666 8888 5
lowQualScore : . . . .. . ..... .. . . . . . .... . .. . . .... . ... . . . . .. ....................... .. .............. . . . . . . .. . . . . ... ... . . . ..... . .................................................... .... . ............ . . .... . .... .. . .. ... . ..... . ............................................................. ........ . ... . . . .................. . ............ .. . . ... . . ... .... .
lowQualScore : 0 0 0 55 0 55555 00 0 0 0 0 0 5555 0 00 0 0 0000 0 777 2 0 2 0 00 77777777777777777777777 00 66666666666666 5 0 0 4 3 5 33 0 1 0 6 333 555 7 1 1 77777 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444 4 444444444444 2 2 0000 4 3333 66 5 88 444 5 77777 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88888888 5 444 5 3 5 888888888888888888 9 444444444444 77 9 9 000 4 6 444 6666 7
consensus : TTTCAACNTNTNAACTAATAGNTACACCTCGCCTTGCAAATCAAGTAAGAGNNTTGAANACGTTGNTATGCANTGTTTTANGCAACTTTTTTTNTTTGNACTGTCCTGGCCTANATAA-ACAGCATTTTGGTTATTT-ATAGTTCG-AATT--TCAA-A-TCCT--TTGATT-TTNCAN-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ANTGA-TTAGCCAATGGAAACCGGCCTANCAGTCAAAACATTGTGT-AAGCAACTGGCT-TCAAAA-A-T-TCT-A-GCTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGCAGTTTTCAAC-GAC-C-----------GCNG--CAT---AT-ATG--A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TCAGCT-T--A-TCTGA----AT-CGGCCAAT-CGCGTGTGA---GAA-TA----GGTAAAA-G---------C-A--------T----AC-------T--T----G------------T-----CAGTCA----C---GTGCACCA-TG---TA-CACGTTTC--CCT----TC-------G-ATA-NCG-GTG----T-TGTTT-GA-T---CTAACGTAAAGTGGAGATT-CT---CTAACTTG-T--TATGCAAG-GTATA
Reference ( family-164 ) : TTTCAACNTNTNAACTAATAGNTACACCTCGCCTTGCAAATCAAGTAAGAGNNTTGAANACGTTGNTATGCANTGTTTTANGCAACTTTTTTTNTTTGNACTGTCCTGGCCTANATAA-ACAGCATTTTGGTTATTT-ATAGTTCG-AATT--TCAA-A-TCCT--TTGATT-TTNCAN-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ANTGA-TTAGCCAATGGAAACCGGCCTANCAGTCAAAACATTGTGT-AAGCAACTGGCT-TCAAAA-A-T-TCT-A-GCTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGCAGTTTTCAAC-GAC-C-----------GCNG--CAT---AT-ATG--A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TCAGCT-T--A-TCTGA----AT-CGGCCAAT-CGCGTGTGA---GAA-TA----GGTAAAA-G---------C-A--------T----AC-------T--T----G------------T-----CAGTCA----C---GTGCACCA-TG---TA-CACGTTTC--CCT----TC-------G-ATA-NCG-GTG----T-TGTTT-GA-T---CTAACGTAAAGTGGAGATT-CT---CTAACTTG-T--TATGCAAG-GTATA
gi|1 : TTTTAACCTCTTAACTAATAGCTACACCTTACCT-----ATCAAGTAAGAGAATTGAACA-GTTAATATGCACTGTTTTATGCA--TTTTTTTATTTGGACT----TGGCCTAAATAATACAGCATTTTGGTTATTT-ATGGATTG-AATT--TCAA-GCTCCT--GTG-TT-TTACAC-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ACTGA-TTTGCTAATGGAAAACAGCCTATCAATTAACACATTGCAT-AGGTAAATGGCT-TCAACA-A-TCTCT-A-ACTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGTAGTTTTCAAC-AAA-T-----------GCGG--CAT---ATAATAC-A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TTAGCT-T--A-TCTGA----TT-TGGCCAAT-CATGTGTGA---GAA-TA----GGTAAA------------T-A--------T----AT-------T--T----G------------C-----CAGTCA----T---GTGCACCA-GG---TA-CATGTTTC--ATT----TT-------G-ATA-TTG-GTG----T-TATTT-TA-T---CTGATGTAAATTGAAGATT-CT---CTATTTTG-T--TATACAAG-GTATA
gi|10 : CAGCT-A--A-TCTAA----AT-TTCCCAAT-TGTGTTTGA---GAA-TA----GGTGAAA-A---------C-AAATATCTTT----AC-------TA-TA---G------------T-----CAGCCA----C---ATGCTTCA-TA---TA-C-CATTTC--CTT----TT-------G-ATA-GCT-GTA----T-TGTTTAGA-T---CTAACATAATATTGAGGTT-CT---CTGATTTG-T--TATGCAAG-
gi|11 : CCG--CAC---GTCATG--A----AATCAC--GTTTGAACACTT-G------ATAAACATT-TT-TCAGCT-A--A-TCTCATCCGAT-TCGCCAAT-CGTTTATAATTTTAA-GA----AGCAAACTG---------T-AC-------C----AC-------T--TTC--G------------T-----TAGTCA----T---GTGCAGCA-CG---TA-AATATTTCGTTCT----T--------G-ATA-TCG-ATG----C-GGTTT-TA-T---TTAACGTAAAGTAAAAATT-GA---CTTACTTT-T--TACGCAGGAGTGTAcgattttgtattgaaaatattgttgaatatgttctggcaagctcgattctatt
gi|12 : -T-TTT-A-GCTGTTACCAAG-----TCCTTTGAAGCAATTTTCAAT-GGC-T-----------GCAA--CTT---AC-ATT--A----AAT-AT--GT----ACA-TT-A------A---A-ACTATT-T-ATCT-TGAA-ACAGA----AT-CATCCAAT-C-------A---AAA-TA----GCTGAAA-G---------C-A--------A----AC-------T--A----GGTTAAGGGGGGTT-----TAGTCA----T---GTGAGCCA-GA---TA-AGCATTTC--CCT----TC-------A-ATA-TTG-TAA----T-TATTT-GA-T---CTAACA-AAAGTTGAGATca
gi|13 : gT----ACA-TT-A------A---A-ATTATT-TCAGCT-A--A-ACTTA----GTTCAGTCAGT-CGTGTGTGA---AAA-TA----GGTAAAA-G-----------G--------T----AG-------T--TAAGAA------------T------AGCCA----C---GTACGCAA-TG---TA-CA--TTTC--CCG----CC-------C-TTA-T---ATG----TACGTT---------------TAAAGTCGAGATT-CT---TTAACTTGAA--AATGCAAA-GTATA
gi|14 : gctgtcaatctttcatgtgtaatatttacaaatgggagaggtgcattt-A-T-TCT-A-TCTATCAATCGG-----TCGTTTGGAACA-TTTTCAGC-AAC-CATGGTGATTGTGGTG--CAT---AT--TG---------C-AG--GT----GCA-CT-A------A---A-AGGATT----GCT-T--A-TCTCA----GT-CGGTCATT-TGTGTGTTA---GGA-TA----AGTAAAT-G---------T-ACCGG----T----GC-------T--G----G------------TGA---CAATCC----C---GT--ACCA-CG---TG-TACG----------------------------GCG-ACT----T-TGTTT-GG-T---CTAACGTAAAATTGAGATT-CT---C
gi|15 : GCCAAT-CATGTGTGA---GA--TA----GGTAAAA-GTAAAAAGATC-A--------T----TG-------T--T----G------------T-----CAGTCA----T---GTAAACCA-TG---AA-CTC-TTTC--CTT----TT-------G-ATT-T---GCA----T-TGTTT-TAGT---AGAACATAAAGTGGAAAT---T---CTGACTTT-A--TATGTAAG-
gi|16 : ATCAG-----TTACTTGAAGCAGTTGCCAGC-GAC-C-----------GTAG--CAC---AT---G--A----ATT-AA--GT-----------------------------------CT-T--AATCCGG-----T-TGGCTAAT-AATGTGTGA---AAAACA----TGTAAAA-G---------C-A--------T----AC-------T--T----GGTGC--------TAGGGACAGTCA----T---GTGCATCA-TG---TA-AACGTTTC--CAT----TC-------G-ATA-TCG-ATG----T-TGCTT-GA-T---CTCACGTTACGTTGGGATcttagtgattcaagccaattgaatatgacattatgcttcaatccaaaatttgtact
gi|17 : tgctTAGCCAATGAAAAATGGG-TACCAGTCCAAACAATGTGT-AAGCAACAAGCT-CCATGG-G-T-TCT-A-GATGTCAAGCAGTATTATCATTTGGAG-AGTTTTCTTT-GAC-T-----------GTAGAACAT---A--ATT--A----AAA-AC--AT----GCA-TC-G------A---A-ACTATT-TCAGCT-gag
gi|18 : tatataaTT--TCAG-A-CTCTC-TTGTTT-AAATAG-GTCACATG---TCATG-------A------TAGGT-CATGA-TTAGTAGATGGAAAGTGTCCTAGTAGTCAGAATATTGTGT-AACCAACTGGCT-TCAAAATG-T-TCT-A-TCTGTCAGTC
gi|19 : atgggttgttCTGTCAAGCAG-----TTGTTTCAAGCTGTTTTAAAC-AAT-C-----------GCGG--CAC---AT--TT--A----AC--AT--GT----CCA----G------A---A-ATTGTTATCAGCT-T--A-TACGA----AT-TAAACAA----CAAGTTA---GAA-CA----AGTA
gi|2 : tctaaatgtACTTGGGA-CAGG-------A------TTGAC-AATGA-TTAGCCAATGAAAACTGGGC-AATAGTCAAAACAT---GT-AAGCAGACGTCTCTAAAAA-A-TGTCC-A-ATTGTAGCTCAT-----TCTATTGAAGTAGGTT-CA-------------------------CAT---TTCATG--G----AC---C--TT----ACA-CT----------------CGTT-TCAGCT-T--A-TCTAG----AT-TAACCAGT-CTTGTGTGC---AAT-TG----GTTGAAA-A---------T-A--------A----ACA------G--T----A------------C-----CAGACA----TATTGCGCACCA-TG---TA-CACATTTC--TTT----TT-------G-ACA-ATA-ATG----T-TGTTT-GA-T---CTAAAGGAGAGTGAAGCTT-CT---CTAACTTG-C--ATTGCAAG-GCATAcatgt
gi|20 : atgtaacaacagttttgtcctcaag-ATTATT-CGAGCT-A--A-TCTGA----AT-AGTTCAAT-TGTGAGTGA---GAG-TA------T---A-G---------CTC--------T----AC----------T----G------------T-----C-GTC------------CACCA-TG---TG-Cgtactaggtcattaactgtgatatgcagcacttgttatcttaatt
gi|21 : aaacattcatgaatattcaaattt-A-GCTTTCGACCAG-----TCATCTGAAGTATTTTCCAAT-GAT---------------AT--CATTCCAT-ATG--A------C-GT--GT----AAA-TT-A------A---A-ATTAGT-TCAGCT-T--T-TCTGA----TT-CGACC
gi|22 : -TCCT--TTGATT-TTTTAAATCCTCTCG-CATCATGTCATGAAA------TTT-T-AATGT-GCCGTCAATGGAAACTGGCCTATCAGTCAAAACA
gi|23 : tttcctA-TTAGCCAATGCAACTAGG--TATCTACCAAATCACCGTGC-ACGCAACTGGCT-CTGGAA-A-T-TTTAA-GCTGCCAATAAG-----TCATTTTAA
gi|24 : --T----G------------T-----CAATCA----C---GTGGGCCA-TA---TG-TACATTAC--CCT----
gi|25 : gtgtaggagagtgggaggaacaaactgttctattgaGTCTTGGCTTAGATAA-ACAGCATTTTAGTTATTT-ATAGTTAG-AATT--
gi|3 : attggTTTCAATATATGAAC--ATAAATATACCTCGCCTTGCAAATTAAGTAAAAGTTTTGAAAACGTTGTTAT-CAATG----AAACAACTTTTTTTTTTTGTACTGTTCTGGCCTTTTT---------TTTTTTTTTTTTGATAGTTCA-AATG--TCAA-A---------GAC-------C-TCCACTTCACATCATG-------AC-----TTTTT-ATT-A-TTGAACAATGGAAACTGGCCTATCAGTCTAAACATTCAGTCAATCAACTGACT-TTAAAA-AGT-CCT-A-ACTCTCAATCAG-----TCAATTCATAAAGTTTTC--------T-----------GC----CAT---AT--TGC-G----AGT-GCCGGT----ACA-TT-A------A---A-ATTATT-TCAGc
gi|4 : TCACT-------A------TTGGT-AATGCCTTGTCCAATG-AAACATGATTAATGATAAAAATATTATAT-ACGTAAA-GGTA-TAAAAA-A-A-ACT-ATGAAGTCCATTAA-----GCGTTTGAAGTAGTGTTCA---------------------TT--CAT---AT--T---------CT-AT--GT----ACA-TT-A------A---A-GTTATT-TTAGCT-T--A-TCTGA----AT-TTGCCAAT-CGCATGTAA---AAA-TA----TTTAAAA-G---------C-A--------TTAAAACGGATTTAT--T----G------------T-----C-GTCAATAGC---GTGCAACG-TG---TA-C-CATTTC--CTG----TC-------G-ATA-ACA-GTAT---T-TATTT-CA-T---CTGACGTGAATAGAAAATT-TTAAATCAACCTG-T--T
gi|5 : TGACATTTTG-------A------TTTTT-AGCGA-TTAGTAAATGAAAACAATTGTAGCAAACAATGCATTGT----------TG-------------T-TGT-A-GCTGTCAGCCAG-----TCCTTT-AAGTATCTTTCAAT-GAA-C-----------ACTA--CAT---TT-AC------------AT--GC----ACA-TT-C------A---A-CTAACT-TACGTT-T--A-TCTAA----AT-AGGA-AATACACGTATGA---GAA-TA----TTTAAAA-C---------T-AAATAGCTCT----ACGA-----T--C----G------------T-----CAGACA----C---GTACACCA-CG---TACCATGTAT-------------------GTACA-GCG-ATG----T---TTC-GA-T---TAAAAGTAATGAAGAGATC-CT---TTACCTTG-ttttt
gi|6 : ccaggaagcaacgtcAAACTGGTCTACCTGTTAATACATCAAGC-AAGCAACAAGCT-TTGAAATA-T-TTG-A-GTTGTCAGTAAG-----TCATTTGAAATAGTTTAAATT-GAC-CAA---------GCTG--CAT---A----A--A----AC--AT--GT----ACA-TTTG------G---A-TTTATA-CC-TCT-A--A-CCTGA----AT-TGGCCAAT-CACATGTGA---GAA-TAAATGGGTAGAA-A---------C-AAACTGCTCT----AC-------TGTT----A------------T-----CAGTCA----A---GTGCATCA-TG---TG-CACATTTC--CCTGTGATCAGTGTGTG-ATATCCT-GTGATCAC-TGTGT-GA-T---CTAAGATAAAGAGAAGAT
gi|7 : TTTCAACAGAC-T-----------GCAG--CAC---AT-ATT--ACATAACT-AT--AT----ATA-TT-G------C---A-ATTATT-TCAGTT-G--A-TCTGA----AT-TAGCAAAA-TGCATTAGA---GAG-AA----GGTTAAA-G---------C-A--------T----CCCTCCTG-T--T----G------------T-----CAGTAT----T---GTGCACCA-TGTATTA-CACATTTC--TCT----TT-------G-ATA-ACA-ACA----T-AATTT-GA-CATATTAACATAAAGTGGAGATT-CT---TTAACTTG-TTATATACAAG-
gi|8 : tgaacttgtaTGGTCAGTT-GTATTTTGTAACTAATCAATA-TCCTGCTTGACTCTTTCAA-TCAACTTTGGATTATA-------AATACTATTTGTTATTGA-GTAGCCAATAGCAACCAGCTTATCAGTCTAAACATTGTGT-AAGCAACTAGTT-TTAAAATG-T-TC--A-GCTGTGAATTAG-----TCATTTAAAGCAGTTTTT-AT-GAC-C-----------ACTG--CAT---A--ATGTTATT--ATT-AT--ATA---ACA-TT-GACATCCA---A-ATTATT-TCAGTT-A--A-Tacgtaatgaatggatgagtctccagatccaaatatctgtatgtaaact
gi|9 : acagcaactgttgtaTATCAATCAG-----TCACCTGAAGCAGTTTTCAA---ACAC-----------ACTG--CAT------------------------GT----TCA-TT-T------A---A-ATTATT-TCAGCTAT--A-TCTGA----AT-TGGCCAAT-CATGTGTAA---GAA-TA----CGTAAAA-G---------C-AAACAATTCT----ACTG-----T--C----G------------C-----CAATCA----C---GTGCATTAGTA---TA-CACG--TC--TCT----AC-------A-ATA-TTACGTG----T-GGTTC-GA-T---AAAATGTAAAGCAGAGATTATT---TTATGTTG-T--T
blockSeqs : A A G . A TGCAA TT A C T . A . A AC T T GTCT G AA G A T AA TATCCTGCTTGACTCTTTCAA GG TCATGAAA G T A C A T CC C C A CTA TG G A T TATTA C GCAACCATGGTGATTGTGGTGCATATTGCAG TTGA C GACATCCA C A TGA A TCCG TC A GT TTT A AATGG T CAAACTAGGTTAAGGGGGGTT ATAGC G TAT C A CCTGTGATCAGTGTGT T TCCTGTGATCA AC A G ATA T A AAA TTA A
blockSeqs : GTTC T . . C . . ACTCTCTTGTTTAAATAG AC AATACTA A . A . G T GC G . T CC AG . . . . C ACAGACTGCAGCACATATTACATAACTAT A . GATAA . . AT . . T . GT . . G . CATTAAAACGGATTTATTGT TATT . . . A GTTCTT . ACAGTAT T . . . A . . AA .
blockSeqs : . T . . AGACC AC AC T . A . A T CC A . C TC TA . . . . C ATGACCACTGCATAATGTTATTATTAT . . TGG . . A . . T . GT . . A . CAAATATCTTTACTATAGT C . . . A CTTTT . TTACGTG G . . . T . . T .
blockSeqs : . GG A G . T . G T CC T . T CT TG . . . . C TTGACTGTAGAACATAATTAAAAAC . . AA . . A . . C . GT . . G . TAAATAGCTCTACGATCGT T . . . G CCTTC . GCTGTA T . . . C . . T .
blockSeqs : C A T . A . C A AT T . T TT A . . . . T ATGGCTGCAACTTACATTAAATAT . . AA . . A . . C . AT . . G . CAAACTGCTCTACTGTTAT T . . . G CCGCC . TCGATG T . . . T . . A .
blockSeqs : . A G . G . G T TG T . T TA G . . . . T GCGACCGTAGCACATGAATTAA . . AA . . T . . T . AT . . A . CAAACAATTCTACTGTCGC C . . . A CTTTT . TTGTAA T . . . G . . C .
blockSeqs : A . . T . A A TC A . A TT A . . . . A ACAATCGCGGCACATTTAACAT . . GA . . T . . T . TT . . G . TAAAAAGATCATTGTTGT C . . . A CATTC . GCGACT T . . . T . . T
blockSeqs : . G A CT G . T TT A . . . . T ATGATATCATTCCATATGACGT . . GA . . T . . T . GT . . T . CATACTTGGTGCTAGGGA T . . . A TTTTT . TCGATG T . . . G . . T
blockSeqs : . T G C . . . A . . . . T TTGACCAAGCTGCATAAAACAT . . AA . . T . . A . GC . . A . TACCGGTGCTGGTGA T . . . G CTGTC . ATAATG T . . . G . .
blockSeqs : C . T . . . . . T TGCCATATTGCGAGTGCCG . . AA . . A . . C . AC . . G . CATCCCTCCTGTTGT C . . . A TCTTT . GCGATG T . . . A . .
blockSeqs : . . . . C ATGAACACTACATTTACAT . . AA . . T . . T . AC . . T . TACCACTTTCGT C . . . A TCTAC . ACAACA A . . . G
blockSeqs : . . . C CATTTCATGGACC . . CA . . T . . A . GC . . T . GTAGTTAAGAAT A . . . G . . TATG G . . . G
blockSeqs : . . TTCATATTCTAT . . GC . . T . . T . AT . . G . TAAACAGTAC T . . . . . . TGCA . . . . A
blockSeqs : . AACACACTGCAT . . TA . . A . . T . C . . C . CTCTACTGT C . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTCAACNTNTNAACTAATAGNTACACCTCGCCTTGCAAATCAAGTAAGAGNNTTGAANACGTTGNTATGCANTGTTTTANGCAACTTTTTTTNTTTGNACTGTCCTGGCCTANATAA-ACAGCATTTTGGTTATTT-ATAGTTCG-AATT--TCAA-A-TCCT--TTGATT-TTNCAN-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ANTGA-TTAGCCAATGGAAACCGGCCTANCAGTCAAAACATTGTGT-AAGCAACTGGCT-TCAAAA-A-T-TCT-A-GCTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGCAGTTTTCAAC-GAC-C-----------GCNG--CAT---AT-ATG--A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TCAGCT-T--A-TCTGA----AT-CGGCCAAT-CGCGTGTGA---GAA-TA----GGTAAAA-G---------C-A--------T----AC-------T--T----G------------T-----CAGTCA----C---GTGCACCA-TG---TA-CACGTTTC--CCT----TC-------G-ATA-NCG-GTG----T-TGTTT-GA-T---CTAACGTAAAGTGGAGATT-CT---CTAACTTG-T--TATGCAAG-GTATA
finalCons : TTTCAACNTNTNAACTAATAGNTACACCTCGCCTTGCAAATCAAGTAAGAGNNTTGAANACGTTGNTATGCANTGTTTTANGCAACTTTTTTTNTTTGNACTGTCCTGGCCTANATAA-ACAGCATTTTGGTTATTT-ATAGTTCG-AATT--TCAA-A-TCCT--TTGATT-TTNCAN-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ANTGA-TTAGCCAATGGAAACCGGCCTANCAGTCAAAACATTGTGT-AAGCAACTGGCT-TCAAAA-A-T-TCT-A-GCTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGCAGTTTTCAAC-GAC-C-----------GCNG--CAT---AT-ATG--A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TCAGCT-T--A-TCTGA----AT-CGGCCAAT-CGCGTGTGA---GAA-TA----GGTAAAA-G---------C-A--------T----AC-------T--T----G------------T-----CAGTCA----C---GTGCACCA-TG---TA-CACGTTTC--CCT----TC-------G-ATA-NCG-GTG----T-TGTTT-GA-T---CTAACGTAAAGTGGAGATT-CT---CTAACTTG-T--TATGCAAG-GTATA
Alignments
lowQualScore : 11 22222 1 1 2222 11 1111 111 1 1 11 33333333333333333333333 11 22222222222222 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111111111 111111111111
lowQualScore : 1 1 1 88 1 66666 22 1 5 1 5 1 4444 1 88 1 1 3333 1 999 0 0 4 0 11 44444444444444444444444 00 66666666666666 4 5 1 4 2 5 66 1 0 4 2 444 111 6 3 3 66666 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 7777 2 222222222222 2 2 7777 2 5555 55 2 33 444 2 77777 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999999 2 444 2 0 3 555555555555555555 2 222222222222 33 2 2 555 2 3 666 8888 5
lowQualScore : . . . .. . ..... .. . . . . . .... . .. . . .... . ... . . . . .. ....................... .. .............. . . . . . . .. . . . . ... ... . . . ..... . .................................................... .... . ............ . . .... . .... .. . .. ... . ..... . ............................................................. ........ . ... . . . .................. . ............ .. . . ... . . ... .... .
lowQualScore : 0 0 0 55 0 55555 00 0 0 0 0 0 5555 0 00 0 0 0000 0 777 2 0 2 0 00 77777777777777777777777 00 66666666666666 5 0 0 4 3 5 33 0 1 0 6 333 555 7 1 1 77777 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444 4 444444444444 2 2 0000 4 3333 66 5 88 444 5 77777 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88888888 5 444 5 3 5 888888888888888888 9 444444444444 77 9 9 000 4 6 444 6666 7
consensus : TTTCAACNTNTNAACTAATAGNTACACCTCGCCTTGCAAATCAAGTAAGAGNNTTGAANACGTTGNTATGCANTGTTTTANGCAACTTTTTTTNTTTGNACTGTCCTGGCCTANATAA-ACAGCATTTTGGTTATTT-ATAGTTCG-AATT--TCAA-A-TCCT--TTGATT-TTNCAN-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ANTGA-TTAGCCAATGGAAACCGGCCTANCAGTCAAAACATTGTGT-AAGCAACTGGCT-TCAAAA-A-T-TCT-A-GCTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGCAGTTTTCAAC-GAC-C-----------GCNG--CAT---AT-ATG--A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TCAGCT-T--A-TCTGA----AT-CGGCCAAT-CGCGTGTGA---GAA-TA----GGTAAAA-G---------C-A--------T----AC-------T--T----G------------T-----CAGTCA----C---GTGCACCA-TG---TA-CACGTTTC--CCT----TC-------G-ATA-NCG-GTG----T-TGTTT-GA-T---CTAACGTAAAGTGGAGATT-CT---CTAACTTG-T--TATGCAAG-GTATA
Reference ( family-164 ) : TTTCAACNTNTNAACTAATAGNTACACCTCGCCTTGCAAATCAAGTAAGAGNNTTGAANACGTTGNTATGCANTGTTTTANGCAACTTTTTTTNTTTGNACTGTCCTGGCCTANATAA-ACAGCATTTTGGTTATTT-ATAGTTCG-AATT--TCAA-A-TCCT--TTGATT-TTNCAN-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ANTGA-TTAGCCAATGGAAACCGGCCTANCAGTCAAAACATTGTGT-AAGCAACTGGCT-TCAAAA-A-T-TCT-A-GCTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGCAGTTTTCAAC-GAC-C-----------GCNG--CAT---AT-ATG--A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TCAGCT-T--A-TCTGA----AT-CGGCCAAT-CGCGTGTGA---GAA-TA----GGTAAAA-G---------C-A--------T----AC-------T--T----G------------T-----CAGTCA----C---GTGCACCA-TG---TA-CACGTTTC--CCT----TC-------G-ATA-NCG-GTG----T-TGTTT-GA-T---CTAACGTAAAGTGGAGATT-CT---CTAACTTG-T--TATGCAAG-GTATA
gi|1 : TTTTAACCTCTTAACTAATAGCTACACCTTACCT-----ATCAAGTAAGAGAATTGAACA-GTTAATATGCACTGTTTTATGCA--TTTTTTTATTTGGACT----TGGCCTAAATAATACAGCATTTTGGTTATTT-ATGGATTG-AATT--TCAA-GCTCCT--GTG-TT-TTACAC-TCCACTTGACATCATG-------A------TTTGT-ACTGA-TTTGCTAATGGAAAACAGCCTATCAATTAACACATTGCAT-AGGTAAATGGCT-TCAACA-A-TCTCT-A-ACTGTCAATCAG-----TCATTTGAAGTAGTTTTCAAC-AAA-T-----------GCGG--CAT---ATAATAC-A----ACT-AC--GT----ACA-TT-G------A---A-ATTATT-TTAGCT-T--A-TCTGA----TT-TGGCCAAT-CATGTGTGA---GAA-TA----GGTAAA------------T-A--------T----AT-------T--T----G------------C-----CAGTCA----T---GTGCACCA-GG---TA-CATGTTTC--ATT----TT-------G-ATA-TTG-GTG----T-TATTT-TA-T---CTGATGTAAATTGAAGATT-CT---CTATTTTG-T--TATACAAG-GTATA
gi|10 : CAGCT-A--A-TCTAA----AT-TTCCCAAT-TGTGTTTGA---GAA-TA----GGTGAAA-A---------C-AAATATCTTT----AC-------TA-TA---G------------T-----CAGCCA----C---ATGCTTCA-TA---TA-C-CATTTC--CTT----TT-------G-ATA-GCT-GTA----T-TGTTTAGA-T---CTAACATAATATTGAGGTT-CT---CTGATTTG-T--TATGCAAG-
gi|11 : CCG--CAC---GTCATG--A----AATCAC--GTTTGAACACTT-G------ATAAACATT-TT-TCAGCT-A--A-TCTCATCCGAT-TCGCCAAT-CGTTTATAATTTTAA-GA----AGCAAACTG---------T-AC-------C----AC-------T--TTC--G------------T-----TAGTCA----T---GTGCAGCA-CG---TA-AATATTTCGTTCT----T--------G-ATA-TCG-ATG----C-GGTTT-TA-T---TTAACGTAAAGTAAAAATT-GA---CTTACTTT-T--TACGCAGGAGTGTAcgattttgtattgaaaatattgttgaatatgttctggcaagctcgattctatt
gi|12 : -T-TTT-A-GCTGTTACCAAG-----TCCTTTGAAGCAATTTTCAAT-GGC-T-----------GCAA--CTT---AC-ATT--A----AAT-AT--GT----ACA-TT-A------A---A-ACTATT-T-ATCT-TGAA-ACAGA----AT-CATCCAAT-C-------A---AAA-TA----GCTGAAA-G---------C-A--------A----AC-------T--A----GGTTAAGGGGGGTT-----TAGTCA----T---GTGAGCCA-GA---TA-AGCATTTC--CCT----TC-------A-ATA-TTG-TAA----T-TATTT-GA-T---CTAACA-AAAGTTGAGATca
gi|13 : gT----ACA-TT-A------A---A-ATTATT-TCAGCT-A--A-ACTTA----GTTCAGTCAGT-CGTGTGTGA---AAA-TA----GGTAAAA-G-----------G--------T----AG-------T--TAAGAA------------T------AGCCA----C---GTACGCAA-TG---TA-CA--TTTC--CCG----CC-------C-TTA-T---ATG----TACGTT---------------TAAAGTCGAGATT-CT---TTAACTTGAA--AATGCAAA-GTATA
gi|14 : gctgtcaatctttcatgtgtaatatttacaaatgggagaggtgcattt-A-T-TCT-A-TCTATCAATCGG-----TCGTTTGGAACA-TTTTCAGC-AAC-CATGGTGATTGTGGTG--CAT---AT--TG---------C-AG--GT----GCA-CT-A------A---A-AGGATT----GCT-T--A-TCTCA----GT-CGGTCATT-TGTGTGTTA---GGA-TA----AGTAAAT-G---------T-ACCGG----T----GC-------T--G----G------------TGA---CAATCC----C---GT--ACCA-CG---TG-TACG----------------------------GCG-ACT----T-TGTTT-GG-T---CTAACGTAAAATTGAGATT-CT---C
gi|15 : GCCAAT-CATGTGTGA---GA--TA----GGTAAAA-GTAAAAAGATC-A--------T----TG-------T--T----G------------T-----CAGTCA----T---GTAAACCA-TG---AA-CTC-TTTC--CTT----TT-------G-ATT-T---GCA----T-TGTTT-TAGT---AGAACATAAAGTGGAAAT---T---CTGACTTT-A--TATGTAAG-
gi|16 : ATCAG-----TTACTTGAAGCAGTTGCCAGC-GAC-C-----------GTAG--CAC---AT---G--A----ATT-AA--GT-----------------------------------CT-T--AATCCGG-----T-TGGCTAAT-AATGTGTGA---AAAACA----TGTAAAA-G---------C-A--------T----AC-------T--T----GGTGC--------TAGGGACAGTCA----T---GTGCATCA-TG---TA-AACGTTTC--CAT----TC-------G-ATA-TCG-ATG----T-TGCTT-GA-T---CTCACGTTACGTTGGGATcttagtgattcaagccaattgaatatgacattatgcttcaatccaaaatttgtact
gi|17 : tgctTAGCCAATGAAAAATGGG-TACCAGTCCAAACAATGTGT-AAGCAACAAGCT-CCATGG-G-T-TCT-A-GATGTCAAGCAGTATTATCATTTGGAG-AGTTTTCTTT-GAC-T-----------GTAGAACAT---A--ATT--A----AAA-AC--AT----GCA-TC-G------A---A-ACTATT-TCAGCT-gag
gi|18 : tatataaTT--TCAG-A-CTCTC-TTGTTT-AAATAG-GTCACATG---TCATG-------A------TAGGT-CATGA-TTAGTAGATGGAAAGTGTCCTAGTAGTCAGAATATTGTGT-AACCAACTGGCT-TCAAAATG-T-TCT-A-TCTGTCAGTC
gi|19 : atgggttgttCTGTCAAGCAG-----TTGTTTCAAGCTGTTTTAAAC-AAT-C-----------GCGG--CAC---AT--TT--A----AC--AT--GT----CCA----G------A---A-ATTGTTATCAGCT-T--A-TACGA----AT-TAAACAA----CAAGTTA---GAA-CA----AGTA
gi|2 : tctaaatgtACTTGGGA-CAGG-------A------TTGAC-AATGA-TTAGCCAATGAAAACTGGGC-AATAGTCAAAACAT---GT-AAGCAGACGTCTCTAAAAA-A-TGTCC-A-ATTGTAGCTCAT-----TCTATTGAAGTAGGTT-CA-------------------------CAT---TTCATG--G----AC---C--TT----ACA-CT----------------CGTT-TCAGCT-T--A-TCTAG----AT-TAACCAGT-CTTGTGTGC---AAT-TG----GTTGAAA-A---------T-A--------A----ACA------G--T----A------------C-----CAGACA----TATTGCGCACCA-TG---TA-CACATTTC--TTT----TT-------G-ACA-ATA-ATG----T-TGTTT-GA-T---CTAAAGGAGAGTGAAGCTT-CT---CTAACTTG-C--ATTGCAAG-GCATAcatgt
gi|20 : atgtaacaacagttttgtcctcaag-ATTATT-CGAGCT-A--A-TCTGA----AT-AGTTCAAT-TGTGAGTGA---GAG-TA------T---A-G---------CTC--------T----AC----------T----G------------T-----C-GTC------------CACCA-TG---TG-Cgtactaggtcattaactgtgatatgcagcacttgttatcttaatt
gi|21 : aaacattcatgaatattcaaattt-A-GCTTTCGACCAG-----TCATCTGAAGTATTTTCCAAT-GAT---------------AT--CATTCCAT-ATG--A------C-GT--GT----AAA-TT-A------A---A-ATTAGT-TCAGCT-T--T-TCTGA----TT-CGACC
gi|22 : -TCCT--TTGATT-TTTTAAATCCTCTCG-CATCATGTCATGAAA------TTT-T-AATGT-GCCGTCAATGGAAACTGGCCTATCAGTCAAAACA
gi|23 : tttcctA-TTAGCCAATGCAACTAGG--TATCTACCAAATCACCGTGC-ACGCAACTGGCT-CTGGAA-A-T-TTTAA-GCTGCCAATAAG-----TCATTTTAA
gi|24 : --T----G------------T-----CAATCA----C---GTGGGCCA-TA---TG-TACATTAC--CCT----
gi|25 : gtgtaggagagtgggaggaacaaactgttctattgaGTCTTGGCTTAGATAA-ACAGCATTTTAGTTATTT-ATAGTTAG-AATT--
gi|3 : attggTTTCAATATATGAAC--ATAAATATACCTCGCCTTGCAAATTAAGTAAAAGTTTTGAAAACGTTGTTAT-CAATG----AAACAACTTTTTTTTTTTGTACTGTTCTGGCCTTTTT---------TTTTTTTTTTTTGATAGTTCA-AATG--TCAA-A---------GAC-------C-TCCACTTCACATCATG-------AC-----TTTTT-ATT-A-TTGAACAATGGAAACTGGCCTATCAGTCTAAACATTCAGTCAATCAACTGACT-TTAAAA-AGT-CCT-A-ACTCTCAATCAG-----TCAATTCATAAAGTTTTC--------T-----------GC----CAT---AT--TGC-G----AGT-GCCGGT----ACA-TT-A------A---A-ATTATT-TCAGc
gi|4 : TCACT-------A------TTGGT-AATGCCTTGTCCAATG-AAACATGATTAATGATAAAAATATTATAT-ACGTAAA-GGTA-TAAAAA-A-A-ACT-ATGAAGTCCATTAA-----GCGTTTGAAGTAGTGTTCA---------------------TT--CAT---AT--T---------CT-AT--GT----ACA-TT-A------A---A-GTTATT-TTAGCT-T--A-TCTGA----AT-TTGCCAAT-CGCATGTAA---AAA-TA----TTTAAAA-G---------C-A--------TTAAAACGGATTTAT--T----G------------T-----C-GTCAATAGC---GTGCAACG-TG---TA-C-CATTTC--CTG----TC-------G-ATA-ACA-GTAT---T-TATTT-CA-T---CTGACGTGAATAGAAAATT-TTAAATCAACCTG-T--T
gi|5 : TGACATTTTG-------A------TTTTT-AGCGA-TTAGTAAATGAAAACAATTGTAGCAAACAATGCATTGT----------TG-------------T-TGT-A-GCTGTCAGCCAG-----TCCTTT-AAGTATCTTTCAAT-GAA-C-----------ACTA--CAT---TT-AC------------AT--GC----ACA-TT-C------A---A-CTAACT-TACGTT-T--A-TCTAA----AT-AGGA-AATACACGTATGA---GAA-TA----TTTAAAA-C---------T-AAATAGCTCT----ACGA-----T--C----G------------T-----CAGACA----C---GTACACCA-CG---TACCATGTAT-------------------GTACA-GCG-ATG----T---TTC-GA-T---TAAAAGTAATGAAGAGATC-CT---TTACCTTG-ttttt
gi|6 : ccaggaagcaacgtcAAACTGGTCTACCTGTTAATACATCAAGC-AAGCAACAAGCT-TTGAAATA-T-TTG-A-GTTGTCAGTAAG-----TCATTTGAAATAGTTTAAATT-GAC-CAA---------GCTG--CAT---A----A--A----AC--AT--GT----ACA-TTTG------G---A-TTTATA-CC-TCT-A--A-CCTGA----AT-TGGCCAAT-CACATGTGA---GAA-TAAATGGGTAGAA-A---------C-AAACTGCTCT----AC-------TGTT----A------------T-----CAGTCA----A---GTGCATCA-TG---TG-CACATTTC--CCTGTGATCAGTGTGTG-ATATCCT-GTGATCAC-TGTGT-GA-T---CTAAGATAAAGAGAAGAT
gi|7 : TTTCAACAGAC-T-----------GCAG--CAC---AT-ATT--ACATAACT-AT--AT----ATA-TT-G------C---A-ATTATT-TCAGTT-G--A-TCTGA----AT-TAGCAAAA-TGCATTAGA---GAG-AA----GGTTAAA-G---------C-A--------T----CCCTCCTG-T--T----G------------T-----CAGTAT----T---GTGCACCA-TGTATTA-CACATTTC--TCT----TT-------G-ATA-ACA-ACA----T-AATTT-GA-CATATTAACATAAAGTGGAGATT-CT---TTAACTTG-TTATATACAAG-
gi|8 : tgaacttgtaTGGTCAGTT-GTATTTTGTAACTAATCAATA-TCCTGCTTGACTCTTTCAA-TCAACTTTGGATTATA-------AATACTATTTGTTATTGA-GTAGCCAATAGCAACCAGCTTATCAGTCTAAACATTGTGT-AAGCAACTAGTT-TTAAAATG-T-TC--A-GCTGTGAATTAG-----TCATTTAAAGCAGTTTTT-AT-GAC-C-----------ACTG--CAT---A--ATGTTATT--ATT-AT--ATA---ACA-TT-GACATCCA---A-ATTATT-TCAGTT-A--A-Tacgtaatgaatggatgagtctccagatccaaatatctgtatgtaaact
gi|9 : acagcaactgttgtaTATCAATCAG-----TCACCTGAAGCAGTTTTCAA---ACAC-----------ACTG--CAT------------------------GT----TCA-TT-T------A---A-ATTATT-TCAGCTAT--A-TCTGA----AT-TGGCCAAT-CATGTGTAA---GAA-TA----CGTAAAA-G---------C-AAACAATTCT----ACTG-----T--C----G------------C-----CAATCA----C---GTGCATTAGTA---TA-CACG--TC--TCT----AC-------A-ATA-TTACGTG----T-GGTTC-GA-T---AAAATGTAAAGCAGAGATTATT---TTATGTTG-T--T