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Reference ( family-1637 ) : TTACTTCATAGAGATATAGCAGTATTGCC--TA--T-CCTACCAGATACAGGTAGAAGGAAACAGATGTCAATAAACCAA---TACCCAGCTGATAAGGTTTCTGCACTATCCCCATAGGGGATATTTAAA-AATACATGCTGATTGCACACCCAGTTCATTNAAGTCATTATTTCAGTAAGAAATATTGA-TTTTATACTTT-T-TGTGTGTAT-GTAAAATTT-GT-TGCAAAT-TAAATTT-TCTTTCT-----GGTGATATAA---A---AATTATTATT-CTTT--GGCAATTGA-ATAATGAG-ATATATGGATAGAAAC-----TAA-----A--A----AGATT--TTG-TTTCATTTCATT-TTTTTTTTAAA--TT-CAACACTAGTT--TA-TATATAT--CT-CGCTTATAAAGTCAATATTTCCGCAAGATATATTGATTTTACACTTTTTATG-TT-AATGTAAACTTTGTTGAAT-ATTAAATTATCTTT--GCGA---TGATAAAAAAATAA-T-A-TT-CTATGACAACGGAATACGAAGATACACGGANA-TAAAACAAGAAGACTTTTCATTTC-AATT-A-TTTTT---AATTTCGACACGAATTTA---TACATACCAATATTTTACAATGATATTTTTATATGTAATATAANTCAAACAAATAAACTTAATAAAATAATTAAAATAGGAACAGTTAAATAGATATATATAATTTTTTACTATTTTACCAAAAGTATCATANATTTAATNTTACTACACTTATTTNTATACAAAATATGCAAGAGCGTCCAGTTATGGTTGTACAATTTTTTAATCTTTACNTTTTGGTGGAATTTGTNNATTTATTTTCCATTTCAGGTAAAAGCAGCACAAAATTTAAATTAAAAAATATCAAATCCTCCTGAAAGTTTTGGTCCCGACTGCTATGTGCGAACTTTCAAACTGAAATAAGACAAAAACATACATAAGTTCACTAAACAGACAAAACAGATTATTCACAATAATAATTAAGGACTACCTTTACTANTAATAATAAATTATCAATACCTTAGTTATAATTAATACAACTACTGCATATTTATTATTAGAATCATTATTATGAATAATTAACNACAATAATANATAGGGGAAGTTTTAATTATAATAATGATNGGTCTAGTTACAATTTATCAGTTAGTATTAATGGTAAAANTAGAAATTACTTATTATTCTTTTATGTGTTCTATTACCATGCTACAATTTTACCTATGAGAAAAAACGTTTTATTACTTTCCCTTCTTGCGCATTTTTAAAAAGAATCCCCATGCTATTATTTTTACATGTAGATCTACTTGTATGTAAATAAATTGCTTCTGTCATCAAATCAGATCAGAAAGTCAAAAGTTAGAATCGGACANGAATTCAAAATTAATCTAAATCGGTAATGCGTATAATATT
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gi|7 : ttacacacatagcttctttacgtcattattttagtaagaaatatctcttttacattttttgtgtgtcttgtacacttttatgtgtatcttaaatttgttgcaaattaaattttcattctgctgatataacaattattatcccttgtcaagaaagacgttattttatttcactatttttttcaaatttcaacactaatttaATATTTCAACAATAAAT----AATGCACACCTTATTCATTAAATTC----TTTCA---------------TTTT-CACTT-----GTGTGTGT-GTTAAATTT-GT-TG---ATATGAGTTA-TCTTACT-----GCAAATATAA---A---AATTATTAAC-CCTT--GTCAATGGA-ATACAGAA-A------AACAGAGAA-----TAA-----AGTA----GGATTACTTGATTTTATTTCA----CTTTTTTAAATTTT-CAACACTctagttc
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blockSeqs : . . . . . T C . . . T . . . . A . . . . T . AT . T TGG T AATAAT . A T . TA . . . . G A T A T TTA T A A GCGA CTTA . A A A G A T T G T TT . C T . A . T
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blockSeqs : . . . . . C T . . . . . . . . G . . . . T . AT . T TGG T AA . G T . CA . . . . T T C C T GT A A T C TT . T T T . . . . . . . . . . .
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus : TTACTTCATAGAGATATAGCAGTATTGCC--TA--T-CCTACCAGATACAGGTAGAAGGAAACAGATGTCAATAAACCAA---TACCCAGCTGATAAGGTTTCTGCACTATCCCCATAGGGGATATTTAAA-AATACATGCTGATTGCACACCCAGTTCATTNAAGTCATTATTTCAGTAAGAAATATTGA-TTTTATACTTT-T-TGTGTGTAT-GTAAAATTT-GT-TGCAAAT-TAAATTT-TCTTTCT-----GGTGATATAA---A---AATTATTATT-CTTT--GGCAATTGA-ATAATGAG-ATATATGGATAGAAAC-----TAA-----A--A----AGATT--TTG-TTTCATTTCATT-TTTTTTTTAAA--TT-CAACACTAGTT--TA-TATATAT--CT-CGCTTATAAAGTCAATATTTCCGCAAGATATATTGATTTTACACTTTTTATG-TT-AATGTAAACTTTGTTGAAT-ATTAAATTATCTTT--GCGA---TGATAAAAAAATAA-T-A-TT-CTATGACAACGGAATACGAAGATACACGGANA-TAAAACAAGAAGACTTTTCATTTC-AATT-ATT-TTT---AATTTCGACACGAATTTA---TACATACCAATATTTTACAATGATATTTTTATATGTAATATAANTCAAACAAATAAACTTAATAAAATAATTAAAATAGGAACAGTTAAATAGATATATATAATTTTTTACTATTTTACCAAAAGTATCATANATTTAATNTTACTACACTTATTTNTATACAAAATATGCAAGAGCGTCCAGTTATGGTTGTACAATTTTTTAATCTTTACNTTTTGGTGGAATTTGTNNATTTATTTTCCATTTCAGGTAAAAGCAGCACAAAATTTAAATTAAAAAATATCAAATCCTCCTGAAAGTTTTGGTCCCGACTGCTATGTGCGAACTTTCAAACTGAAATAAGACAAAAACATACATAAGTTCACTAAACAGACAAAACAGATTATTCACAATAATAATTAAGGACTACCTTTACTANTAATAATAAATTATCAATACCTTAGTTATAATTAATACAACTACTGCATATTTATTATTAGAATCATTATTATGAATAATTAACNACAATAATANATAGGGGAAGTTTTAATTATAATAATGATNGGTCTAGTTACAATTTATCAGTTAGTATTAATGGTAAAANTAGAAATTACTTATTATTCTTTTATGTGTTCTATTACCATGCTACAATTTTACCTATGAGAAAAAACGTTTTATTACTTTCCCTTCTTGCGCATTTTTAAAAAGAATCCCCATGCTATTATTTTTACATGTAGATCTACTTGTATGTAAATAAATTGCTTCTGTCATCAAATCAGATCAGAAAGTCAAAAGTTAGAATCGGACANGAATTCAAAATTAATCTAAATCGGTAATGCGTATAATATT
Reference ( family-1637 ) : TTACTTCATAGAGATATAGCAGTATTGCC--TA--T-CCTACCAGATACAGGTAGAAGGAAACAGATGTCAATAAACCAA---TACCCAGCTGATAAGGTTTCTGCACTATCCCCATAGGGGATATTTAAA-AATACATGCTGATTGCACACCCAGTTCATTNAAGTCATTATTTCAGTAAGAAATATTGA-TTTTATACTTT-T-TGTGTGTAT-GTAAAATTT-GT-TGCAAAT-TAAATTT-TCTTTCT-----GGTGATATAA---A---AATTATTATT-CTTT--GGCAATTGA-ATAATGAG-ATATATGGATAGAAAC-----TAA-----A--A----AGATT--TTG-TTTCATTTCATT-TTTTTTTTAAA--TT-CAACACTAGTT--TA-TATATAT--CT-CGCTTATAAAGTCAATATTTCCGCAAGATATATTGATTTTACACTTTTTATG-TT-AATGTAAACTTTGTTGAAT-ATTAAATTATCTTT--GCGA---TGATAAAAAAATAA-T-A-TT-CTATGACAACGGAATACGAAGATACACGGANA-TAAAACAAGAAGACTTTTCATTTC-AATT--TT-TTT---AATTTCGACACGAATTTA---TACATACCAATATTTTACAATGATATTTTTATATGTAATATAANTCAAACAAATAAACTTAATAAAATAATTAAAATAGGAACAGTTAAATAGATATATATAATTTTTTACTATTTTACCAAAAGTATCATANATTTAATNTTACTACACTTATTTNTATACAAAATATGCAAGAGCGTCCAGTTATGGTTGTACAATTTTTTAATCTTTACNTTTTGGTGGAATTTGTNNATTTATTTTCCATTTCAGGTAAAAGCAGCACAAAATTTAAATTAAAAAATATCAAATCCTCCTGAAAGTTTTGGTCCCGACTGCTATGTGCGAACTTTCAAACTGAAATAAGACAAAAACATACATAAGTTCACTAAACAGACAAAACAGATTATTCACAATAATAATTAAGGACTACCTTTACTANTAATAATAAATTATCAATACCTTAGTTATAATTAATACAACTACTGCATATTTATTATTAGAATCATTATTATGAATAATTAACNACAATAATANATAGGGGAAGTTTTAATTATAATAATGATNGGTCTAGTTACAATTTATCAGTTAGTATTAATGGTAAAANTAGAAATTACTTATTATTCTTTTATGTGTTCTATTACCATGCTACAATTTTACCTATGAGAAAAAACGTTTTATTACTTTCCCTTCTTGCGCATTTTTAAAAAGAATCCCCATGCTATTATTTTTACATGTAGATCTACTTGTATGTAAATAAATTGCTTCTGTCATCAAATCAGATCAGAAAGTCAAAAGTTAGAATCGGACANGAATTCAAAATTAATCTAAATCGGTAATGCGTATAATATT
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