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gi|11 : tggcgcaatgatagcgcgcttgcttattaaagcggataagtctcaccaaagggatattgtttcgcgttatcaaacctttgccaatagaaacagatgacctaatggaatggggatacataaaggaatccttttgcaacttgaaacccctgcaactttcaaggtacacggtagaacataattagaacatagatcacgaaacccttgctttaaaggtgcatgactttttgtttagaacatgttttagatctaaatctttttgttacctataaaggtatcatgcttcaagtatttcaacaggcttaagttttatttttccaagattttccccagattcgttgagatagtacctttaacagcctcgtaactttgtgacatcgcattatgttacgcatacatgtatataattattaatttaccttctgtacaatgtagtgtacacattctggaacttatggtaacaatgattttgtccgaaattttagaagaaacatcattttgttattgcatcctatatgttgcactaatttcgtaatagcatgggctcgcgggctcattacgaaacatgctattgacggtaaaatagttcattttctggagtgcaagattgtaaaaaaggcaattcatacgtggaaaagcacaatgttttatgccacccctgaaagtgatgtcaaatacccttaaccttctttatgtcacctatatgtcactcatatatacctccaGGGCCATAACTCCCGAACAGGTGGAGCAAATTCCAT---TTTTTTTCTTCCTGCACAACTATGCATCGGTAGTAG-----TAATCCCTGAA-AGTTTTAATAAATTCCGTCTAATAATGAATGAGGAGTTGCGGTCACAAAAATGTTGCACGGACGCACGCACGTACGGACGCACGCACGGACGGGTGCCATTACCATATTCGCCTCAGATGCCTATCGGCGGGGGTTAATTATGTTGTAAGTGTACCATAGATGGGTTAGGG-------TTGGGTTAAGGGGTCTTTATTgaaaaagtaaacaaatatatcaatataaggcataaaatatgcaaatcggttgtggggaagtcccatgttttatgacctgtgacgcccatgaaaataagatgttgtttgaatttaa
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gi|10 : ttagaaataaagcgtaatggaagggggatacataaaggaatccttttgcaacttggaacccctgcaactttcaaggtacacggtagaacatacttagaacatagatcacgaaaacatacttagaacatagatcacgaaactcctgctttaaaggtgcatgactttttgtttagaacatgttttagatctaaatctttttgttacctataaaagtttcatgcttcaagtatttcaacaggcttaagttttatttttccgagattttttccaagattcggtgagatagtacctttaacagcctcgtaactttgtgacatcgcattatatgcaaggtataacgtataattatgttacgcatacatgtatataattattaatttacctcctgtacttatagtaatggtgattttgtccgaaattttagagggaacatcattttgttattgcatcctacatgttgcactaatttcgtaatagcatgggctcgcgggttcattacgaaaaaatgctattgacggtaaaatagttcattttctggagtgcaagattgtaaaaaggcaatgtatacgtggaaaagcacaatgttttatgccacccctgaaagtgatgtcaaatacccttaaccttcattatgtcacctatttgtcactcatatatacctccaaaaataggcgaaacgggtgtggggtagcccagtggttttattacctgtgacactcctcgtcgttagaaattattaaaatttcagtatttttgccacttttcggccgtttttaagtagaaaaagtcaacaattatatcaatataaggcataaaatatgcaaatcggttgtggggaagtctcatgttttatgacctgtgacgcccatgacaattagatgttgttcgaatttcagtataatattgaaatatagtcattcccctggaggtttgggtgatttttgtcaattttcaaaagcttttaagtaacacgtcttgagcaataattatacccctttataacagtcaaagccattgcataatatgttaactaagtttctgttacgataaccgtcacgacttatatataaagttgtaatgtgtttttaaagaaaccagggaagccaggaccacttcttacaaaaaacaagggctgcagtcgaatgacagccatatctcccgccgatgacattggaaaaaagggccataactccataacgggttgagcaaattcaagatttgtttcttcctccacaactaagcattagtagtagtaatccctgaaaggttgaatcgattccatccaataatgaatgaggagttgcggacacaaaaatgttgcacggacgcacgcacggacgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTATGTTGTAAATGTACCTTAGATGGGTTAGGGTTAGGATTTGGGTTAGGGGGTCTTTTTTTTATAGAGGGTCACAATTCTA----TGTGAGGGTCATTTTTCTACGTgtgggggagtcataatattatataaaataatgacccccggtcattattctatgggggtcagtttacaacgttacacct
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23 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|21 : cgaaacagccctttgttaaacaaaaaaggaatataaaagatctgaatcgtacaaaatgaaggagaggtgtccttgtatatgaataccaaatatcagggcaatacgatatctttacttttcgaccattattacgtcgaccgacgtcaaagaagactggcaACGCAGGCACAAATGC------------ATGGACAGATGGAGACCATTACCATATACCCCT-TCGCCTaaaatttgcac
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consensus : AGCCACCTTAATTC--ACTCTATTCTTCGAATTGCGGTGGCATAACAACGCATCTTAAAAACCAGCTATCCCGGTTGAGGCCGAATTACGCATCCTCTTTTAAATACTTACCACTTTTGTGAGCCTCGGTGGCGCAATGGTAGCGCGCTTGCTTATTAAAGCGGATAGGTCTCACCAAAGGGATATTGTTTCGCCGT----------ATCAAACCTTTGCCAATAGAAACAGATGACCTAATGGAAGGGGGATACATAAAGGAATCCTTTTGCAACTTGGAACCCCTGCAACTTTCAA-------GGTA---------------------CACGGTAGAACATACTTAGAACATAGATCACGAAACTCCTGCTTTAAAGGTGCATGACTTTTTGTTTAGAACATGTTTTAGATCTAAATCTTTTTGTTACCTATAAAAGTTTCATGCTTCAAGTATTTCAACAGGCTTAAGTTTTATTTTTCCAAGATTTTT-CCAAGATTCGGTGAGATAGTACCTTTAACAGCCTCGTAACTTTGTGACATCGCATTATATGCAAGGTATAACGTATAATTATGTTACGCATACATGTATATAATTATTAATTTACCTTCTGTACAATGTAGTGTAAGCATTCTGGAACTTATAGTAATGGTGATTTTGTCCGAAATTTTAGAGGAAACATCATTTTGTTATTGCATCCTACATGTTG-CACTAATTTC-GTAATAGCATGGGCTCGCGGGCTCATTACGAAAAA-ATGCTATTGACGGTAAAATAGTTCATTTTCTGGAGTGCAAGATTGTAAAAA-GGCAATTTATACGTGGAAAAGCACAATGTTTTATGCC---ACCCCTGAAAGTGATGTCAAATACCCTTAACCTTCATTATGTCACCTATATGTCACTCATATATAC------CTCCAAAAATAGGCGAAACGGGTGTGGGGTAG-CCCAGTGGTTTTATTACCTGTGACGCTCCTCGTCGTTAGAAATTATTCAAATTTCAGTATATTGTTGAAGAGACATCCTTCTTTGGATTTTGGGTATTTTTGTCACTTTTCAGGCGTTTTTAAGTAGAAAA--------AGTCAACAATTATATCAATATAAGGCATAAAATATGCAAATCGGTTGTGGGGAAGTCCCATGTTTTATGACCTGTGACGCCCATGACAATAAGATGTTGTTCGAATTTCAGTATAATATTGAAATATAGTCATTCCCCTGGAGGTTTGGGTGATTTTTGTCACTTTTCAAGAGCTTTTAAGTAACACGTCTTGAGCAATAATTATA-CCCCTTTATAACAGTCAAAGCCATTGCACAATATGTTAACTAAGTTTCTGTTACGATACCCGTCACGACTTATATATAAAGTTGTAATGTGTTTTT-AAAGAAAC--CAGGGAAGCCAGGACCACTTCTTA--G---AAAAAAA-CAAGGGCTGCAGTCGAATGACAGCCATATCTCCCGCCGATGCCATTTGAAAAAAGGGCCATAACTCCAGAACGGGTTGAGCAAATCCAAGATTTTTTTCTTCCTCCACAACTAAGCATTAGTAGTAG-----TAATCCCTGAA-AGNTTGAATCGATTCCATCCAATAATGAATGA---GGAGTTGCGGTCACAAGANTGNTGCACGGACGC---ACGC----ACGGACGC---------------ACGCACGGACGGAGAC---CATTACCATA-T-CCCCCTC---TGCC-T-TCGG-C--GGGGGATAATTATGTTGTAAGTGTACCTTAGATGGGTTAGGGTTAGGGTTTGGGTTAGGGGGTCGTTATTCTATAGGGGGTCACAATTCTA----TGTGAGGGTCATTTTTCTACGT
Reference ( family-160 ) : AGCCACCTTAATTC--ACTCTATTCTTCGAATTGCGGTGGCATAACAACGCATCTTAAAAACCAGCTATCCCGGTTGAGGCCGAATTACGCATCCTCTTTTAAATACTTACCACTTTTGTGAGCCTCGGTGGCGCAATGGTAGCGCGCTTGCTTATTAAAGCGGATAGGTCTCACCAAAGGGATATTGTTTCGCCGT----------ATCAAACCTTTGCCAATAGAAACAGATGACCTAATGGAAGGGGGATACATAAAGGAATCCTTTTGCAACTTGGAACCCCTGCAACTTTCAA-------GGTA---------------------CACGGTAGAACATACTTAGAACATAGATCACGAAACTCCTGCTTTAAAGGTGCATGACTTTTTGTTTAGAACATGTTTTAGATCTAAATCTTTTTGTTACCTATAAAAGTTTCATGCTTCAAGTATTTCAACAGGCTTAAGTTTTATTTTTCCAAGATTTTT-CCAAGATTCGGTGAGATAGTACCTTTAACAGCCTCGTAACTTTGTGACATCGCATTATATGCAAGGTATAACGTATAATTATGTTACGCATACATGTATATAATTATTAATTTACCTTCTGTACAATGTAGTGTAAGCATTCTGGAACTTATAGTAATGGTGATTTTGTCCGAAATTTTAGAGGAAACATCATTTTGTTATTGCATCCTACATGTTG-CACTAATTTC-GTAATAGCATGGGCTCGCGGGCTCATTACGAAAAA-ATGCTATTGACGGTAAAATAGTTCATTTTCTGGAGTGCAAGATTGTAAAAA-GGCAATTTATACGTGGAAAAGCACAATGTTTTATGCC---ACCCCTGAAAGTGATGTCAAATACCCTTAACCTTCATTATGTCACCTATATGTCACTCATATATAC------CTCCAAAAATAGGCGAAACGGGTGTGGGGTAG-CCCAGTGGTTTTATTACCTGTGACGCTCCTCGTCGTTAGAAATTATTCAAATTTCAGTATATTGTTGAAGAGACATCCTTCTTTGGATTTTGGGTATTTTTGTCACTTTTCAGGCGTTTTTAAGTAGAAAA--------AGTCAACAATTATATCAATATAAGGCATAAAATATGCAAATCGGTTGTGGGGAAGTCCCATGTTTTATGACCTGTGACGCCCATGACAATAAGATGTTGTTCGAATTTCAGTATAATATTGAAATATAGTCATTCCCCTGGAGGTTTGGGTGATTTTTGTCACTTTTCAAGAGCTTTTAAGTAACACGTCTTGAGCAATAATTATA-CCCCTTTATAACAGTCAAAGCCATTGCACAATATGTTAACTAAGTTTCTGTTACGATACCCGTCACGACTTATATATAAAGTTGTAATGTGTTTTT-AAAGAAAC--CAGGGAAGCCAGGACCACTTCTTA--G---AAAAAAA-CAAGGGCTGCAGTCGAATGACAGCCATATCTCCCGCCGATGCCATTTGAAAAAAGGGCCATAACTCCAGAACGGGTTGAGCAAATCCAAGATTTNTTTCTTCCTCCACAACTAAGCATTAGTAGTAG-----TAATCCCTGAA-AGNTTGAATCGATTCCATCCAATAATGAATGA---GGANTTGCGGNCACAAGANNNACGCACGGACGC---ACGC----ACGGACGC---------------ACGCACGGACGGAGAC---CATTACCATA-T-CCNCCTC--ATGCC-T-TCGG-C--GGGGGNTAATTATGTTGTAAGTGTACCTTAGATGGGTTAGGGTTAGGGTTTGGGTTAGGGGGTCGTTATTCTATAGGGGGTCACAATTCTA----TGTGAGGGTCATTTTTCTACGT
gi|1 : AGCCAATTTTATTCCAACTCTACTCTTCGAATTGCGGTGGCATAACAACGCATCTTAAAAACCAGCTATCCCGGTTGAGGCCGAACTACGCATCCTCTTTTAAATACTTACCACTTTTGTGAGCCTCGGTGGCGCAATGGTAGCGCGATTGCTTATTAAAGTGGATAGGTCTCACCAAAGGGATATTGTTTCGCCGT----------ATCAAATATT-GCCAATAGAAACAGATGACCTAATGGAAGAGGGATACATAAAAGAATCCTTTTGCAACTTGGAACCCCTGCAACTTTCAA-------GATA---------------------CACGGTAGAAGATACTAAGAACATAGATCATGAAACTCCTGCTTTAAAGGTGCATGACTTTTTGTTTAGAACATGTTTTAGATATAAATCTTTTTGTTACCTATAAAAGTTTCATGCTTCGAGTATTTCATCAGGCTTAAGTTTTATTTTTCCAAGATTTTT-CCAAGATTCGGTGAAATAGTACCTTTAACAGCCTCGTAACTTTGTGACATCGCATTATATGCAAGGTATAACGTATAATTATGTTACGCATACATGTATATACTTATTAATTTACCTTCTGAACAATGTAGTTTAAGCATTCTGGAACTTATAGTAATGGTGATTTTGTCCGAAATTTTAGAGGAAACATCATTTTGTTATTGCATCCTACATGTTG-CACTAATTTC-GTAATAGCACGGGCTCGCGGGCTTATTACGAAAAA-ATGCTATTGACGGTAAAATAGTTCATTTTCTGGAGTGCAAGATTGTAAAAA-GGCAATTTATACGTGGAAAAGCACAATGTTTTATGCC---ACCCCTGAAAGTGATATCAAATACCCTTAACCTTTATTATGTCACCTATATGTCACTCATATATAC------CTCCAAAAATAGGCGAAACGGGTGTGAGGTAG-CCCAGTGGTTTTATTACCTGTGACGCTCCTCGTCGTTAGAAATTATTCAAATTTCAGTATATTGTTGAAGAGACATCCTTCTTTGGATTTTGGGTATTTTTGTCAC-TTTCAGGCGTTTTTAAGTAGAAAA--------GGTCAACAATTATATCAATATAAGGCATAAAATATGCAAATCGGTTGTGGGGAAGTCCCATGTTTTATGACCAGTGACGCCCATGACAATAAGATGTTGTTCGAATTTCAGTATAATATTGAAATATAAGCATTCCCCTGGAGGTTTGGGTGATTTTTGTCACTTTTCAAGAGCTTTTAAGTAACACGTCTTGAGCAATAATTATA-CCCCTTTTTAACAGTCAAAGCCATTGCACAATATGTTAACTAAGTTTCTGTTACGATACCCGTCACGACTTATATATAAAGTTGTAATGTGCTTTT-AAAGAAAC--CAGGGAAGCCAGGACCACTTCTTA--G---AAAAAAA-CAAGGGCTGCAGTTGAATGACAGCCATATCTCCCGCCAATGCCATTTGAAAAAAGGACCATAACTCCAGAACGGGTTGAGCATTTCCAAGATTTGTTTCTTCCTCGACAACTAAGCATTAGTAGTAG-----TAATCCCTGAA-AGTTTGAATCGATTCCATCCAATAATGAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN----NNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-N-NNNNNNN--NNNNN-N-NNNN-N--NNNNNNNNNTTATGTTGTAAGTGTACCTTAGATGGGTTAGGGTTAGGGTTTGGGTTAGGGGGTCGTTATTCTAAAGGGGGTCACAATTCTGTTTCTATGGGGGTCAGTTTACAACGT
gi|10 : GACGCACGCACGGACGC---ACGC----ACGGACGC---------------ACACACGGACGGGTGC---CATTACCATA-T-TCTCATCCGATGCA-TATCGG-C--GGGGGATTATTATGTTGTAAATGTACCTTAGATGGGTTAGGGTTAGGATTTGGGTTAGGGGGTCTTTTTTTTATAGAGGGTCACAATTCTA----TGTGAGGGTCATTTTTCTACGT
gi|11 : gGGGCCATAACTCCCGAACAGGTGGAGCAAATTCCAT-TTTTTTTCTTCCTGCACAACTATGCATCGGTAGTAG-----TAATCCCTGAA-AGTTTTAATAAATTCCGTCTAATAATGAATGA---GGAGTTGCGGTCACAAAAATGTTGCACGGACGC---ACGCACGTACGGACGC---------------ACGCACGGACGGGTGC---CATTACCATA-T-TCGCCTCAGATGCC-TATCGG-C--GGGGGTTAATTATGTTGTAAGTGTACCATAGATGGGTTAGGG-------TTGGGTTAAGGGGTCTTTATTgtgggggagtcataatattatatataatattatataaaataatgaccccccggtcattattctattggggtcagtttacaacgttacaccggca
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gi|16 : CACGCACAC---ATGC----ACGCACGC---------------ACGCAC--ACTTACACAAACATTACCATgtggggttattatgaccgggtgtcattattttatacaaaataatgacccccagtcattattctatacgggtcagtttacaacgttacaccgg
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gi|19 : aaaagtgttacagatggacg---ACGG----ACAGATAC---------------ATGCATGGACGGAGAC---CAATACCATA-T-CCCCCTT---TGTC-T-TCGG-T--GGGGGATAATa
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gi|21 : cgaaacagccctttgttaaacaaaaaaggaatataaaagatctgaatcgtacaaaatgaaggagaggtgtccttgtatatgaataccaaatatcagggcaatacgatatctttacttttcgaccattattacgtcgaccgacgtcaaagaagactggcaGACTGATGCAGAGACGC---AGGC----ACAAATGC---------------ATGGACAGATGGAGAC---CATTACCATA-TACCCCTTC----GCC-T-T
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gi|3 : tTTTCAGTATTTTTGCCACTTTTCGGCCGTTTTTAAGTAGAAAA--------AGTCAACAATTATATCAATATAAGGCATAAAATATGCAAATCGGTTGTGGGGAAGTCTCATGTTTTATGACCTGTGACGCCCATGACAATTAGATGTTGTTCGAATTTCAGTATAATATTGAAATATAGTCATTCCCCTGGAGGTTTGGGTGATTTTTGTCAATTTTCAAAAGCTTTTAAGTAACACGTCTTGAGCAATAATTATA-CCCCTTTATAACAGTCAAAGCCATTGCATAATATGTTAACTAAGTTTCTGTTACGATAACCGTCACGACTTATATATAAAGTTGTAATGTGTTTTT-AAAGAAAC--CAGGGAAGCCAGGACCACTTCTTA------CAAAAAA-CAAGGGCTGCAGTCGAATGACAGCCATATCTCCCGCCGATGACATTGGAAAAAAGGGCCATAACTCCATAACGGGTTGAGCAAATTCAAGATTTGTTTCTTCCTCCACAACTAAGCATTAGTAGTAG-----TAATCCCTGAA-AGGTTGAATCGATTCCATCCAATAATGAATGA---GGAGTTGCGGACACAAAAATGTTGCACGGACGC---ACGC----ACGGACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-N-NNNNNNN--NNNNN-N-NNNN-N--NNNNNNNNNTTATGTTGTAAGTGTACCTTAGATGGGTTAGGGTTAGGGTTTGGGTTAGGGGGTCGTTATTCTATAGGGGGTCACAATTCTA----TGTGAGGGTCATTTTTCTACGTtgccacttttcggccgtttttaagtagaaaaagtcaacaattatatcaatataaggcataaaatatgcaaatcggttgtggggaagtctcatgttttatgacctgtgacgcccatgacaattagatgttgttcgaatttcagtataatattgaaatatagtcattcccctggaggtttgggtgatttttgtcaattttcaaaagcttttaagtaacacgtcttgagcaataattatacccctttataacagtcaaagccattgcataatatgttaactaagtttctgttacgataaccgtcacgacttatatataaagttgtaatgtgtttttaaagaaaccagggaagccaggaccacttcttacaaaaaacaagggctgcagtcgaatgacagccatatctcccgccgatgacattggaaaaaagggccataactccataacgggttgagcaaattcaagatttgtttcttcctccacaactaagcattagtagtagtaatccctgaaaggttgaatcgattccatccaataatgaatgaggagttgcggacacaaaaatgttgcacggacgcacgcacggacgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatgttgtaagtgtaccttagatgggttagggttagggtttgggttagggggtcgttattctatagggggtcacaattctatgtgagggtcatttttctacgtgtgggggagtcataatattatataaaataatgacccccggtcattattctatgggggtcagtttacaacgttacacct
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gi|33 : tgACGGATGGAGAC---CATTACCATA-T-CCCCCT----TCCCTT-TCGG-C--AGGGGata
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Reference ( family-160 ) : AGCCACCTTAATTC--ACTCTATTCTTCGAATTGCGGTGGCATAACAACGCATCTTAAAAACCAGCTATCCCGGTTGAGGCCGAATTACGCATCCTCTTTTAAATACTTACCACTTTTGTGAGCCTCGGTGGCGCAATGGTAGCGCGCTTGCTTATTAAAGCGGATAGGTCTCACCAAAGGGATATTGTTTCGCCGT----------ATCAAACCTTTGCCAATAGAAACAGATGACCTAATGGAAGGGGGATACATAAAGGAATCCTTTTGCAACTTGGAACCCCTGCAACTTTCAA-------GGTA---------------------CACGGTAGAACATACTTAGAACATAGATCACGAAACTCCTGCTTTAAAGGTGCATGACTTTTTGTTTAGAACATGTTTTAGATCTAAATCTTTTTGTTACCTATAAAAGTTTCATGCTTCAAGTATTTCAACAGGCTTAAGTTTTATTTTTCCAAGATTTTT-CCAAGATTCGGTGAGATAGTACCTTTAACAGCCTCGTAACTTTGTGACATCGCATTATATGCAAGGTATAACGTATAATTATGTTACGCATACATGTATATAATTATTAATTTACCTTCTGTACAATGTAGTGTAAGCATTCTGGAACTTATAGTAATGGTGATTTTGTCCGAAATTTTAGAGGAAACATCATTTTGTTATTGCATCCTACATGTTG-CACTAATTTC-GTAATAGCATGGGCTCGCGGGCTCATTACGAAAAA-ATGCTATTGACGGTAAAATAGTTCATTTTCTGGAGTGCAAGATTGTAAAAA-GGCAATTTATACGTGGAAAAGCACAATGTTTTATGCC---ACCCCTGAAAGTGATGTCAAATACCCTTAACCTTCATTATGTCACCTATATGTCACTCATATATAC------CTCCAAAAATAGGCGAAACGGGTGTGGGGTAG-CCCAGTGGTTTTATTACCTGTGACGCTCCTCGTCGTTAGAAATTATTCAAATTTCAGTATATTGTTGAAGAGACATCCTTCTTTGGATTTTGGGTATTTTTGTCACTTTTCAGGCGTTTTTAAGTAGAAAAA--------GTCAACAATTATATCAATATAAGGCATAAAATATGCAAATCGGTTGTGGGGAAGTCCCATGTTTTATGACCTGTGACGCCCATGACAATAAGATGTTGTTCGAATTTCAGTATAATATTGAAATATAGTCATTCCCCTGGAGGTTTGGGTGATTTTTGTCACTTTTCAAGAGCTTTTAAGTAACACGTCTTGAGCAATAATTATA-CCCCTTTATAACAGTCAAAGCCATTGCACAATATGTTAACTAAGTTTCTGTTACGATACCCGTCACGACTTATATATAAAGTTGTAATGTGTTTTT-AAAGAAAC--CAGGGAAGCCAGGACCACTTCTTA--G---AAAAAAA-CAAGGGCTGCAGTCGAATGACAGCCATATCTCCCGCCGATGCCATTTGAAAAAAGGGCCATAACTCCAGAACGGGTTGAGCAAATCCAAGATTTTTTTCTTCCTCCACAACTAAGCATTAGTAGTAG-----TAATCCCTGAA-AGNTTGAATCGATTCCATCCAATAATGAATGA----GGAGTTGCGGTCACAAAAATGNTG-CACGGACGC----ACGC----A----CGGACGCACGCACGGACGGAGAC---CATTACCATAT-CCCCCTT---C---G---CCT-TCGG-C--GGGGGATAATTATGTTGTAAG----------TGTA------CCTTAGATGGGTTAGGGTTAGGGTTTGGGTTAGGGGGTCGTTATTCTATAGGGGGTCACAATTCTA----TGTGAGGGTCATTTTTCTACGT
gi|1 : AGCCAATTTTATTCCAACTCTACTCTTCGAATTGCGGTGGCATAACAACGCATCTTAAAAACCAGCTATCCCGGTTGAGGCCGAACTACGCATCCTCTTTTAAATACTTACCACTTTTGTGAGCCTCGGTGGCGCAATGGTAGCGCGATTGCTTATTAAAGTGGATAGGTCTCACCAAAGGGATATTGTTTCGCCGT----------ATCAAATATT-GCCAATAGAAACAGATGACCTAATGGAAGAGGGATACATAAAAGAATCCTTTTGCAACTTGGAACCCCTGCAACTTTCAA-------GATA---------------------CACGGTAGAAGATACTAAGAACATAGATCATGAAACTCCTGCTTTAAAGGTGCATGACTTTTTGTTTAGAACATGTTTTAGATATAAATCTTTTTGTTACCTATAAAAGTTTCATGCTTCGAGTATTTCATCAGGCTTAAGTTTTATTTTTCCAAGATTTTT-CCAAGATTCGGTGAAATAGTACCTTTAACAGCCTCGTAACTTTGTGACATCGCATTATATGCAAGGTATAACGTATAATTATGTTACGCATACATGTATATACTTATTAATTTACCTTCTGAACAATGTAGTTTAAGCATTCTGGAACTTATAGTAATGGTGATTTTGTCCGAAATTTTAGAGGAAACATCATTTTGTTATTGCATCCTACATGTTG-CACTAATTTC-GTAATAGCACGGGCTCGCGGGCTTATTACGAAAAA-ATGCTATTGACGGTAAAATAGTTCATTTTCTGGAGTGCAAGATTGTAAAAA-GGCAATTTATACGTGGAAAAGCACAATGTTTTATGCC---ACCCCTGAAAGTGATATCAAATACCCTTAACCTTTATTATGTCACCTATATGTCACTCATATATAC------CTCCAAAAATAGGCGAAACGGGTGTGAGGTAG-CCCAGTGGTTTTATTACCTGTGACGCTCCTCGTCGTTAGAAATTATTCAAATTTCAGTATATTGTTGAAGAGACATCCTTCTTTGGATTTTGGGTATTTTTGTCAC-TTTCAGGCGTTTTTAAGTAGAAAAG--------GTCAACAATTATATCAATATAAGGCATAAAATATGCAAATCGGTTGTGGGGAAGTCCCATGTTTTATGACCAGTGACGCCCATGACAATAAGATGTTGTTCGAATTTCAGTATAATATTGAAATATAAGCATTCCCCTGGAGGTTTGGGTGATTTTTGTCACTTTTCAAGAGCTTTTAAGTAACACGTCTTGAGCAATAATTATA-CCCCTTTTTAACAGTCAAAGCCATTGCACAATATGTTAACTAAGTTTCTGTTACGATACCCGTCACGACTTATATATAAAGTTGTAATGTGCTTTT-AAAGAAAC--CAGGGAAGCCAGGACCACTTCTTA--G---AAAAAAA-CAAGGGCTGCAGTTGAATGACAGCCATATCTCCCGCCAATGCCATTTGAAAAAAGGACCATAACTCCAGAACGGGTTGAGCATTTCCAAGATTTGTTTCTTCCTCGACAACTAAGCATTAGTAGTAG-----TAATCCCTGAA-AGTTTGAATCGATTCCATCCAATAATGAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN----NNNN----N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN-NNNNNNN---N---N---NNN-NNNN-N--NNNNNNNNNTTATGTTGTAAG----------TGTA------CCTTAGATGGGTTAGGGTTAGGGTTTGGGTTAGGGGGTCGTTATTCTAAAGGGGGTCACAATTCTGTTTCTATGGGGGTCAGTTTACAACGT
gi|10 : GACG-CACGCACGG----ACGC----ACGCACGGACGCACACACGGACGGGTGC---CATTACCATAT-TCTCATC---CGATG---CATATCGG-C--GGGGGATTATTATGTTGTAAA----------TGTA------CCTTAGATGGGTTAGGGTTAGGATTTGGGTTAGGGGGTCTTTTTTTTATAGAGGGTCACAATTCTA----TGTGAGGGTCATTTTTCTACGT
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gi|12 : ATTACTCCCGAACAGGTGGAGCAAATCCA---TTTTTTTTTCTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATG-CACGTACGC----ACGC----A----CGGACGCACGCACGGACGGGTGC---CATTACCATAT-TCTCCTC---C---GATGCCTATCGA-T--GGGG-ATAATTATGTTGTAAG----------TGTA------CCTTAGATGGGTTAGGGTTAGGGTTTGGGTTAGGGGGTCGTTAT
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gi|16 : -CACGCACAC----ATGC----A----CGCACGCACGCAC--ACTTACACAAACATTACCATgtggggttattatgaccgggtgtcattattttatacaaaataatgacccccagtcattattctatacgggtcagtttacaacgttacaccgg
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gi|18 : aacGATG-TACGGACGC----ATGC----A----CACACGAACTGACAGACGGAGAC---CATTGCCATAC-CCACCTT---C---G---CCT-TCGG-C--AGGttacacactacgttaccatgattattcagttatttgatggcatatgaataatttgtt
gi|19 : aaaagtgttacagatggacggacgCAAAAGTGTT---ACGGACA--------------------GATACATGCATGGACGGAGAC---CAATACCATAT-CCCCCTT---T---G---TCT-TCGG-T--GGGGGATAATa
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gi|21 : cgaaacagccctttgttaaacaaaaaaggaatataaaagatctgaatcgtacaaaatgaaggagaggtgtccttgtatatgaataccaaatatcagggcaatacgatatctttacttttcgaccattattacgtcgaccgacgtcaaagaagactggcaTGATG-CAGAGACGC----AGGC----A----CAAATGCATGGACAGATGGAGAC---CATTACCATAT-ACCCCTT---C---G---CCT-T
gi|22 : gacGGATGG----ACAG----A----CCCACGCATGCACAGACGGAGAC---CATTACCATAC-CCCGCTT---C---A---CCT-TTAG-C--AGGG
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gi|3 : tTTTCAGTATTTTTGCCACTTTTCGGCCGTTTTTAAGTAGAAAAA--------GTCAACAATTATATCAATATAAGGCATAAAATATGCAAATCGGTTGTGGGGAAGTCTCATGTTTTATGACCTGTGACGCCCATGACAATTAGATGTTGTTCGAATTTCAGTATAATATTGAAATATAGTCATTCCCCTGGAGGTTTGGGTGATTTTTGTCAATTTTCAAAAGCTTTTAAGTAACACGTCTTGAGCAATAATTATA-CCCCTTTATAACAGTCAAAGCCATTGCATAATATGTTAACTAAGTTTCTGTTACGATAACCGTCACGACTTATATATAAAGTTGTAATGTGTTTTT-AAAGAAAC--CAGGGAAGCCAGGACCACTTCTTA------CAAAAAA-CAAGGGCTGCAGTCGAATGACAGCCATATCTCCCGCCGATGACATTGGAAAAAAGGGCCATAACTCCATAACGGGTTGAGCAAATTCAAGATTTGTTTCTTCCTCCACAACTAAGCATTAGTAGTAG-----TAATCCCTGAA-AGGTTGAATCGATTCCATCCAATAATGAATGA----GGAGTTGCGGACACAAAAATGTTG-CACGGACGC----ACGC----A----CGGACGCNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN-NNNNNNN---N---N---NNN-NNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATGTTGTAAGTGTACCTTAGATGGGTTAGGGTTAGGGTTTGGGTTAGGGGGTCGTTATTCTATAGGGGGTCACAATTCTA----TGTGAGGGTCATTTTTCTACGTtgccacttttcggccgtttttaagtagaaaaagtcaacaattatatcaatataaggcataaaatatgcaaatcggttgtggggaagtctcatgttttatgacctgtgacgcccatgacaattagatgttgttcgaatttcagtataatattgaaatatagtcattcccctggaggtttgggtgatttttgtcaattttcaaaagcttttaagtaacacgtcttgagcaataattatacccctttataacagtcaaagccattgcataatatgttaactaagtttctgttacgataaccgtcacgacttatatataaagttgtaatgtgtttttaaagaaaccagggaagccaggaccacttcttacaaaaaacaagggctgcagtcgaatgacagccatatctcccgccgatgacattggaaaaaagggccataactccataacgggttgagcaaattcaagatttgtttcttcctccacaactaagcattagtagtagtaatccctgaaaggttgaatcgattccatccaataatgaatgaggagttgcggacacaaaaatgttgcacggacgcacgcacggacgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatgttgtaagtgtaccttagatgggttagggttagggtttgggttagggggtcgttattctatagggggtcacaattctatgtgagggtcatttttctacgtgtgggggagtcataatattatataaaataatgacccccggtcattattctatgggggtcagtttacaacgttacacct
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gi|31 : ttagaaataaagcgtaatggaagggggatacataaaggaatccttttgcaacttggaacccctgcaactttcaaggtacacggtagaacatacttagaacatagatcacgaaaacatacttagaacatagatcacgaaactcctgctttaaaggtgcatgactttttgtttagaacatgttttagatctaaatctttttgttacctataaaagtttcatgcttcaagtatttcaacaggcttaagttttatttttccgagattttttccaagattcggtgagatagtacctttaacagcctcgtaactttgtgacatcgcattatatgcaaggtataacgtataattatgttacgcatacatgtatataattattaatttacctcctgtacttatagtaatggtgattttgtccgaaattttagagggaacatcattttgttattgcatcctacatgttgcactaatttcgtaatagcatgggctcgcgggttcattacgaaaaaatgctattgacggtaaaatagttcattttctggagtgcaagattgtaaaaaggcaatgtatacgtggaaaagcacaatgttttatgccacccctgaaagtgatgtcaaatacccttaaccttcattatgtcacctatttgtcactcatatatacctccaaaaataggcgaaacgggtgtggggtagcccagtggttttattacctgtgacactcctcgtcgttagaaattattaaaatttcagtatttttgccacttttcggccgtttttaagtagaaaaagtcaacaattatatcaatataaggcataaaatatgcaaatcggttgtggggaagtctcatgttttatgacctgtgacgcccatgacaattagatgttgttcgaatttcagtataatattgaaatatagtcattcccctggaggtttgggtgatttttgtcaattttcaaaagcttttaagtaacacgtcttgagcaataattatacccctttataacagtcaaagccattgcataatatgttaactaagtttctgttacgataaccgtcacgacttatatataaagttgtaatgtgtttttaaagaaaccagggaagccaggaccacttcttacaaaaaacaagggctgcagtcgaatgacagccatatctcccgccgatgacattggaaaaaagggccataactccataacgggttgagcaaattcaagatttgtttcttcctccacaactaagcattagtagtagtaatccctgaaaggttgaatcgattccatccaataatgaatgaggagttgcggacacaaaaatgttgcacggacgcacgcacggacgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatgttgtaagtgtaccttagatgggttagggttagggtttgggttagggggtcgttattctatagggggtcacaattctatgtgagggtcatttttctacgtgtgggggagtcataatattatataaaataatgacccccATGGACGGAGAC---CATTACCAAATCCCCCCTT---C---G---CCT---------GGGTGATAAgtttacaacgttacacct
gi|32 : atggATGGACAGAGAC---CATCACCATAT-CCCGCTT---T---G---CCA-TCAG-C--GG
gi|33 : tgACGGATGGAGAC---CATTACCATAT-CCCCCTT---C---C---CTT-TCGG-C--AGGGGata
gi|35 : gGAGAC---CATAACCATAT-CCCCCTC---T---G---CCT-TCGG-CA-GAGAGATAAT
gi|4 : CAACGCATCTTAAAAACCAGCTATCCCGGTTGAGGATTAATTACGCATCCTCTTTTAAATAATTATCACTTTTGTGAGCCTCGGTGGCTCAATGGTAGCGTGCTTGCTTATTAAAGCGGATAGGTCTCACCAAAGGGATATTGTTTCGCCGT----------ATTAAACCTTTGCCAATAGAAACAGATGACCTAATGGAAGGGGAATACATAAAGGAATCCTTTTGCAACTTTGAACCCCTGCAACTTTCAA-------GGTA---------------------CACGGTAGAACACCCTTAGAACATAGATCACGAAACTCCTGCTTTAAAGGTGCATGACTTTTTGTTAAGAACATGTTTTAGATCTAAATCTTTTTGTTACCTATAAAAGTTTCATGCTTCAAGTATTTCAACAAGCTTAAGTTTT-TTTTTCCAAGATTTTT-CCAAGATTCGGTGAGATAGTACCTTTAACAGCCTCGTAATTTTGTGACATCGCATTATATGCAAGGTATAATGTATAATTATGTTACGCATACATATATGTAATTATTAATTTACCT-CTGTACAATGTAGTGTAAGCATTCTGGAACTTATAGTAATGGTGGTTTTGTCCGAAATTTTAGAGGAAACATCATTTTGTTATTGCATCCTACATGTTG-CATTAATTTC-GTAATAGCATGGGCTCGCAGGCTCATTACGAAAAA-ATGCTATTGACGGTAAAATAGTTCATTTTCTGGAGTGCAAGATTGTAAAAA-GGCAGTTTATACGTGGAAAAGCACAATGTTTTATGCC---ACCCTTGAAAGTGATGTCAAATACCCTTAACCTTAATTATGTCGCCTATATGTCACTCATATATAC------CTCCAAAAAAAGACGAAACGGGTGTGGGGTAG-CCCAGTGGTTTTATTACCTGTGACGTTCCTCGTCGTTAGAAATTATTCAAATTTCAGTATATTGTTGAAGATACATCCTTCTTTGGATTTTGGGTATTTTTGTCAATTTTCAGGCGTTTTTAAGTAGAAAAA--------GTCAACAATTATATCAATATAAGGCATAAAATATGCAAATCGGTTGTGGGGAAGTCCCATGTTTTATGACCTGTGACGCCCATGACAATAAGATGTTGTTCGAATTTCAGTATAATATTGAAATATAGTCATTCCCCTAGAGGTTTGGATGATTTTTGTCACTTTTCAAGAGCTTTTAAGTAACACGTCTTGAGCAATAATTATA-CCCCTATATAACAATCAAAGCAATTGCACAATATGTTAACTAAGTTTCTGTTACGATACCCGTC---ACTTATATATAAAGTTGAAATGTGTTTTT-AAAGAAAC--CAGGGAAGCTAGGACCACTTTTTA--GAAAAAAAAAA-CAAGGGCTGCAGTCGAATGACAGCCATATCTCCCGCCGATGCCATTTGAGAAAAGGACCATAACTCCAGAACAGGTTGAGCAAATCCAAGATTTATTTCTTCCTC
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lowQualScore : .. . . . .......... . ....... ..................... . . . . . . . ... ...... . ........ . . .. ...... . . . . . ..... . . .... . . . .... .... .... . . ... . ... ... ... . . .. .......... ...... . .. .... .
lowQualScore : 33 2 5 5 0000000000 8 7777777 777777777777777777777 7 7 2 4 4 4 4 888 888888 4 11111111 7 7 22 222222 7 0 9 0 0 33333 7 0 2222 0 1 5 7777 3333 3333 7 3 555 1 777 777 777 7 4 66 0000000000 444444 7 99 0000 6
consensus : AGCCACCTTAATTC--ACTCTATTCTTCGAATTGCGGTGGCATAACAACGCATCTTAAAAACCAGCTATCCCGGTTGAGGCCGAATTACGCATCCTCTTTTAAATACTTACCACTTTTGTGAGCCTCGGTGGCGCAATGGTAGCGCGCTTGCTTATTAAAGCGGATAGGTCTCACCAAAGGGATATTGTTTCGCCGT----------ATCAAACCTTTGCCAATAGAAACAGATGACCTAATGGAAGGGGGATACATAAAGGAATCCTTTTGCAACTTGGAACCCCTGCAACTTTCAA-------GGTA---------------------CACGGTAGAACATACTTAGAACATAGATCACGAAACTCCTGCTTTAAAGGTGCATGACTTTTTGTTTAGAACATGTTTTAGATCTAAATCTTTTTGTTACCTATAAAAGTTTCATGCTTCAAGTATTTCAACAGGCTTAAGTTTTATTTTTCCAAGATTTTT-CCAAGATTCGGTGAGATAGTACCTTTAACAGCCTCGTAACTTTGTGACATCGCATTATATGCAAGGTATAACGTATAATTATGTTACGCATACATGTATATAATTATTAATTTACCTTCTGTACAATGTAGTGTAAGCATTCTGGAACTTATAGTAATGGTGATTTTGTCCGAAATTTTAGAGGAAACATCATTTTGTTATTGCATCCTACATGTTG-CACTAATTTC-GTAATAGCATGGGCTCGCGGGCTCATTACGAAAAA-ATGCTATTGACGGTAAAATAGTTCATTTTCTGGAGTGCAAGATTGTAAAAA-GGCAATTTATACGTGGAAAAGCACAATGTTTTATGCC---ACCCCTGAAAGTGATGTCAAATACCCTTAACCTTCATTATGTCACCTATATGTCACTCATATATAC------CTCCAAAAATAGGCGAAACGGGTGTGGGGTAG-CCCAGTGGTTTTATTACCTGTGACGCTCCTCGTCGTTAGAAATTATTCAAATTTCAGTATATTGTTGAAGAGACATCCTTCTTTGGATTTTGGGTATTTTTGTCACTTTTCAGGCGTTTTTAAGTAGAAAAA--------GTCAACAATTATATCAATATAAGGCATAAAATATGCAAATCGGTTGTGGGGAAGTCCCATGTTTTATGACCTGTGACGCCCATGACAATAAGATGTTGTTCGAATTTCAGTATAATATTGAAATATAGTCATTCCCCTGGAGGTTTGGGTGATTTTTGTCACTTTTCAAGAGCTTTTAAGTAACACGTCTTGAGCAATAATTATA-CCCCTTTATAACAGTCAAAGCCATTGCACAATATGTTAACTAAGTTTCTGTTACGATACCCGTCACGACTTATATATAAAGTTGTAATGTGTTTTT-AAAGAAAC--CAGGGAAGCCAGGACCACTTCTTA--G---AAAAAAA-CAAGGGCTGCAGTCGAATGACAGCCATATCTCCCGCCGATGCCATTTGAAAAAAGGGCCATAACTCCAGAACGGGTTGAGCAAATCCAAGATTTTTTTCTTCCTCCACAACTAAGCATTAGTAGTAG-----TAATCCCTGAA-AGNTTGAATCGATTCCATCCAATAATGAATGA----GGAGTTGCGGTCACAAAAATGNTG-CACGGACGC----ACGC----A----CGGACGCACGCACGGACGGAGAC---CATTACCATAT-CCCCCTT---C---G---CCT-TCGG-C--GGGGGATAATTATGTTGTAAG----------TGTA------CCTTAGATGGGTTAGGGTTAGGGTTTGGGTTAGGGGGTCGTTATTCTATAGGGGGTCACAATTCTA----TGTGAGGGTCATTTTTCTACGT
Reference ( family-160 ) : AGCCACCTTAATTC--ACTCTATTCTTCGAATTGCGGTGGCATAACAACGCATCTTAAAAACCAGCTATCCCGGTTGAGGCCGAATTACGCATCCTCTTTTAAATACTTACCACTTTTGTGAGCCTCGGTGGCGCAATGGTAGCGCGCTTGCTTATTAAAGCGGATAGGTCTCACCAAAGGGATATTGTTTCGCCGT----------ATCAAACCTTTGCCAATAGAAACAGATGACCTAATGGAAGGGGGATACATAAAGGAATCCTTTTGCAACTTGGAACCCCTGCAACTTTCAA-------GGTA---------------------CACGGTAGAACATACTTAGAACATAGATCACGAAACTCCTGCTTTAAAGGTGCATGACTTTTTGTTTAGAACATGTTTTAGATCTAAATCTTTTTGTTACCTATAAAAGTTTCATGCTTCAAGTATTTCAACAGGCTTAAGTTTTATTTTTCCAAGATTTTT-CCAAGATTCGGTGAGATAGTACCTTTAACAGCCTCGTAACTTTGTGACATCGCATTATATGCAAGGTATAACGTATAATTATGTTACGCATACATGTATATAATTATTAATTTACCTTCTGTACAATGTAGTGTAAGCATTCTGGAACTTATAGTAATGGTGATTTTGTCCGAAATTTTAGAGGAAACATCATTTTGTTATTGCATCCTACATGTTG-CACTAATTTC-GTAATAGCATGGGCTCGCGGGCTCATTACGAAAAA-ATGCTATTGACGGTAAAATAGTTCATTTTCTGGAGTGCAAGATTGTAAAAA-GGCAATTTATACGTGGAAAAGCACAATGTTTTATGCC---ACCCCTGAAAGTGATGTCAAATACCCTTAACCTTCATTATGTCACCTATATGTCACTCATATATAC------CTCCAAAAATAGGCGAAACGGGTGTGGGGTAG-CCCAGTGGTTTTATTACCTGTGACGCTCCTCGTCGTTAGAAATTATTCAAATTTCAGTATATTGTTGAAGAGACATCCTTCTTTGGATTTTGGGTATTTTTGTCACTTTTCAGGCGTTTTTAAGTAGAAAAA--------GTCAACAATTATATCAATATAAGGCATAAAATATGCAAATCGGTTGTGGGGAAGTCCCATGTTTTATGACCTGTGACGCCCATGACAATAAGATGTTGTTCGAATTTCAGTATAATATTGAAATATAGTCATTCCCCTGGAGGTTTGGGTGATTTTTGTCACTTTTCAAGAGCTTTTAAGTAACACGTCTTGAGCAATAATTATA-CCCCTTTATAACAGTCAAAGCCATTGCACAATATGTTAACTAAGTTTCTGTTACGATACCCGTCACGACTTATATATAAAGTTGTAATGTGTTTTT-AAAGAAAC--CAGGGAAGCCAGGACCACTTCTTA--G---AAAAAAA-CAAGGGCTGCAGTCGAATGACAGCCATATCTCCCGCCGATGCCATTTGAAAAAAGGGCCATAACTCCAGAACGGGTTGAGCAAATCCAAGATTTTTTTCTTCCTCCACAACTAAGCATTAGTAGTAG-----TAATCCCTGAA-AGNTTGAATCGATTCCATCCAATAATGAATGA----GGAGTTGCGGTCACAAAAATGNTG-CACGGACGC----ACGC----A----CGGACGCACGCACGGACGGAGAC---CATTACCATAT-CCCCCTT---C---G---CCT-TCGG-C--GGGGGATAATTATGTTGTAAG----------TGTA------CCTTAGATGGGTTAGGGTTAGGGTTTGGGTTAGGGGGTCGTTATTCTATAGGGGGTCACAATTCTA----TGTGAGGGTCATTTTTCTACGT
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