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Reference ( gi|2 )            :     TATTTTTATCAAAGACATTTTGCAAAA--AATATAAGAATAAA-ATATATATACAC--ATG-TATACAAT-GAAAAGAAATA-A--TATATTT-AATAATAAGATAATATTTATGAATAGAAATCCTGATTTGAGAT-----AAGAA-----AGGAT---AATCTTAACTTGACAAGAT---TAACTCCTAACCTGCCAAAGCCGGGGTTACATATCCCATT----TA------GTCAT-ATTTTTTTAAAAAACAGTGATAGAGGT----AAGATAT----CAATGAGAGT---TAA----TAAATGAACT-TTTGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT----TA---CAT--------TT------ATT-----GAAA--A--ACAA--GTTC----------AT------AG-----AAAT----------AAGAACTG-------------AGATCCGTATCTAGTAG--CTCTACTAT-----GCACAGCTCG----AG-A-T---CGATGTGATGACAACAATACTCGATAAG-AATTTTAGCGGCGCGGTTATTT---TAC-C-----------TTT---------------GT--C------TCGTAG--A--T---GT--TTATAGA--ATTCACACA-TGGAATATTTCCAATGC---AT----TTGTCACACAATAGTTGGTTT-TACAACGTTTATTTATCA-GTATTG-TTAGCTA------GCAGCATTGATCATAA---TGAAATGTGTAAGTTTTGTTGCTGAA-----AATTCCA-ACGCATATATGATGACGAATG-TT----TCGCTACTGATATTTAT--TTGTTAAAAGTCGATGAATCGTCTT
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gi|28                         :                                                                                                 T-ATTAATAAGATAATATTTATAAATAGAAATCCTGATTTGAAAT-----GAGAA-----AGGAT---AATCCTAACTTGACAAGAT---
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ACTATTTGATACCATGCGTGCAAT--TAGT-----TATGTCTTATTTCAT--------TTT-----ATT-----GAAA--T--ATAT--GT------------AT------AT-----GCAT---------------TTG-------------CTTTCC-TATC--ATAA--CTC--------------CAACTCGGAAAAA-A-T---C-ATGTGATGATAACAATAATC-ACAAGGAATTTTAGCAA-----TTATTA---TAC-A-----------TTTCGACAGGAAGTAATTGT--CAA----TCTTA------T----T--TTATAGATAATTTTCACGGCGGTATAT---AAATATGAGATCAAATTGTCAAACAATAATTG-TTT-TACGAAGTTT------------TT--TTAGCTA------AATGTTTTGTTAAGAG---TAAAATGTATATGTATTGAGCCTGAA-----ATATATA-ACAATTGTATGATGACAAATG-AT----TTG--ACTGCTATTTATAATTGTT-TAAGTCGAAGAATTGTCTg
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ----------AT------AA-----CAAT----------GGAAACTG-------------AGATATGTGTCTAGTAG--TTTTACTATTACATGTATAGCTTG----TG-A-T---CGATATGATGACAACAATAATCAATAAG-AATTTTAGCAGCA-AGTTATTT---TAC-C-----------T-----------------AT--C-----------G--A--C----------TGGA--ATTCTCACA-TGGTATATTGTCGATAA---AA----TTGTCACACAATAATTCGTTT-TATAAAGTTT---TAACA-GTATTG-TTAGCAA------GCGGTATTGATAATAA---TGAAATGCGTTAGTATTGTTGCTGGA-----AATAACA-ACGCATGTATGATGACGAATG-AT----TCGCAAATGATATTT-T--TAGTTTTAAATCGAAG-ATCGTCTTgaca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                              ttctttttatcgaaatcattttgtcaaaaatatatttataatatatatatatatatcaataaaaaatgatattaataagataatatttataaatagaaatactgatttgaaatgatacaagaaactcgaaaatagaaatcctaacttgaaaagatgaacatctaaactaccgagccccgggatatatataccattaagctaaccgtcattgttttaaaaaacagtaacagagataagatat-----GTACAATTCG----AATA-T---AAATGTGATGACAACAATAATCAACAGG-AATCTTAGTCGCATAGTTATTT---TAC-A-----------ATTCAACCGGAA------GT--CAAGG--TTGTGT--ATTT---GC--TTACAGA--ATTCCCTCA-TGTTATATTTTGGATAA---AA----TTGTCACGTAATTATTGGTTA-TACGGCAT---TTTAACA-GTACTG-TTAgcatgccataatttttatttgtgttgtttctttgtacggctaattattattacattatcttcaatattactacatattgctttgtgtgacattgttagttatgattactgtcggttgtctttgttcaaagatacttttatgcgtaacatatttatagtgtttatgataccttatttaattacttacaccgtataatacatatgacaatttaatgcaaagctgttgtactgttagcattgtata
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taacatcaactgtcaaacaatggataacaaataattactgtaagtgttaaaataACAACTCG----AA-A-TA--CG-TGTGATGACAACAATAATCAATAAC-AGTTTTAGTAG-G-GATTAATA---CA----------------T---------------AT--CAA----CCGGAA--G--TCAAAT--TCATGCC--ATTTGCTTT-TGGTGTATTTTTGATAA---AG----TTGTCGTGCAATACTTG-TTT-TACGAAGTGT-TTTAACA-GTGTCG-TCAGTTA------AAAGTATTGTTAAGAG---CGCACTTTGTATGCATT-TAACTGAA-----ATATACA-ACGCATGTATGATGACAAATG-GT----TCACGGCTGGTATTTGC--TATTTTAAAGCCGAAGAATCGTCTttaatataagatattgttcaaaacagaattta
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ctgctatccagcaatggattacaaattataacaataagtattgaatACAACTCA----AA-A-TA--CG-TGTGATGACAACAATAgcatgccatgattttcccccgcgaaattcgaaaagtgacacttttattaaatgtttaatatttttatcacatattggtttgtaagtgactattggttatgtatactatattattatcacatactgctttgcgtagtgactaaattatatatacatgtctctggttatgtatac
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tatctgatacaacatgggtacnnnnnnnnnnaaaaaagtctCTCG----AA-A-TATAC-ATGTGACGACAACAATAATCAATTAC-AATTTTAGTAGGGCaaca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    acatttgctattcagtgataacaaataataaaagtaagtTCG----AA-AAT---AGAGGTGATGACAATAATGATGAATAGA-AATTTTAGTCGCATAGTTATTT---TACAA-----------TTC---------------AA--CCGGAAGTTG-AG--AC-T---GT--TTACAGA--ATTCCAACA-CGTAAAATTATGGATAC---AA----TTGTCAa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               taacgtctactgtccaaaaatcgataacatgttattattgtaggtttgaaatggtaccatTCG----AA-A-T---ACATGTGATGACAACAATAACTAACTAG-AATTTTAGTAGGGTAGTT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atgcaacaaggaataatatattataaaagttagtaCA----AA-A-T---AGATGTGATGACAACAATAATCAACAGG-AATCTTAGTCGCATAATTATTT---TAC-ctgctaaatatcatccggaagtcaatgtcttgtatatg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            taacatcaaatgtctaacaatggataacaatgtaagtgttaaatagtaGACGTGATGACAACAATAATCAATTGG-AATTTTAGTCGCATGGCTATTT---TAC-A-----------ATTCAACCGGAA------GT--CGAAG--TTGTGT--ATTT---GT--TTACAGA--ATTCCCACA-TGTTATATATTGTATAA---AA----TGGTCACGCTATTATTGGTTTATGAGACGTT--TTTAACA-GGA----TAAGTTA------G-AG---TG----TAA---T---ATGTATA-----TATT----AAGACATAATTTTACATGCATGCACGATGACAAATG-AT----TAGCGACTGCGATTTAT--TCGCTTAAAGTCGACTGATTGTCTaattcaaccg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        acatctactgtccaacaatggataacaaataattacagtaagtgctaaaatagtatatttctaaaacaGGTGTGATGACAACAATAATCAATATG-AACTTTA--------GTTGTTT---TAC-gacgtgccatgattattgggcgaggtagatttcaggtgacaattttatttctgtgggattattgtatagttatatattatttccctgtatcttaaacacgtattgctttgtgtgatactattggttttacatactaagagattcactaagttaatcaacatataattttatatatctatatacacatttatatacttacacacacacatacacattatgatgtttggataattacattacataaaagtacatggaacaacttgatacgtagctgttgtattat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taacatctactgtccaataatggtttacaagtaagtgATGTGATGACAACAACAATCAATTAG-AATTTTAGTGGGGCAGTaattcaaccggaagtcgaggttgtgtctttgag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaaagcaagtatcaaaatatacAAG-AATTTAAGCAGAGTAGGTATTA---TA--------------------------------GTAAC------CGGAAGTCA--TT--GTCATTATTGT--GTTCAC----CGGTATATTTG-AATCA---AG----TTGTCTCACAATACTTAGTTT-TTCAAAGTTT--TTAACA-GTATTA-TTAGCTA------ACAG-ATT--TTGTAAGAGTGAAATTTATATGCATTGTAGCTGAA-----ATATACA-ACGCATGTGTGATGACAAATG-TT----TCTCGACTGGTATTTAA--TCGTTAAAAGTCGAAGAATCGTCT
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       att----TTGTCACACATTAATTAGTTT-TACAACGTTT--TTATCA-GTATTG-TTTGCTA------GCAGTACTGATAATAA---TGAAATGTGTAAGTATTGTTGCTGGT-----ATTTACA-ACGCATGTATGATGACGAATG-AT----TCGCGACTGATATTTAT--TAGTTAAAAGCCGAGGAATCGTCTttgtttagttaacagtattggtaagaatgttatatgtaaatgttgagacttaattatacatgcatgtttgatgacaaatgattacagtagcgactacgatttattctcctaaagttgacgaagtagatttcgggtgacaatactatttctgtgggattattgtataagtagatattatttacctgtatttctatattgcattatgtcactattggttttgtaaactaagagttccactaagttcaaagataatcaacatataattttataaatctata
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6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|29 ): TAACATCATCTGTCAAGCAATGGATAACAGATAATTACTGTAAGTGTTAAAATAGTACAATTCGAAAATAT
Unaligned ( gi|30 ): CTGTCGAACCCCGGGATACAACGTCCAATAAACCGCCATAGTTTAGAAAACAAAGGCAGAGATAAT
Unaligned ( gi|32 ): TAACATCTACTGTCCAACACTGGACAACAAATAATAACAGTAAGTGTTGAAAGAGTACA
Unaligned ( gi|33 ): TAACATCTACTGTCCAACAATGGATAACAAATAATTACTGTAAGTG
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Reference ( family-1576 )     :                                                    NATTTTTATCGCAGACATTTTG-C------AAAAGA----AAA-----AN-AAA-ATATATATATATAT-----GTATA-AGTGAA-GA-AAATA-ANATNTCTATTAAT--AAGATAACATTTATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATGA-----GAAA-----GGATA---ATCCTAACTTGACAAGATGAAC---TCCTAACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTTTNTAAAAAACAGTGACAGAGATGATAAAGATATNAATGAGAGTAAA-------TAAATGAACGTTTGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TNCATT-------TT-----ATT-----GAAA---------------ATC------------ACA--NGTTCAT--ANNAATAGA-AAC-------T--------G---AAGATCCGTGTCTA--GTAG--CTCTACTAT-----GTACAACTCG----AA-A-T---C-GATGTGATGACAACAATAATCAATAAGAATTTTAGCAGCGCGGTTATTTTACNTTTC-A--C-GGAA------GTC--AA--TCGNAGA--T--GT--T----TAC-GGA--ATTCCCACG-CGGTATAT---TTTG-GATAAAATTGTCACGCAATAATTGGTTTTACGAAGT-TT-TTTANCAGTATTGTTAGCTA------GCAG-TATTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTNGCTGGAANTTACA-ACGCATGTATGATGACGAATGATT-C----GCGACTGNTATTTAT--TCGTTTAAAGTCGAAGAATCGTCTT
gi|1                          :                                                      TTTTTATCGAAATCATTTTGTC------AAAAAT----ATATTT--AT-AAT-ATATATATATATAT-----CAATA-A-------A-AAATG-A------TATTAAT--AAGATAATATTTATAAATAGAAATACTGATTTGAAATGATACAAGAAACTCGAAAATAGAAATCCTAACTTGAAAAGATGAAC---ATCTAAACTACCGAGCCCCGGGATAT-ATATACCATTAAGCTA---ACCGTCATTGTTT--TAAAAAACAGTAACAGAGAT----AAGATAT--ATAACAATGGA--------AACTGA------GATAT---GTGT-C--TAGTAGTTTTACTAT-------TACAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttcAT--AACAATGGA-AAC-------T--------G---A-GATATGTGTCTA--GTAG--TTTTACTATTACATGTATAGCTTG----TG-A-T---C-GATATGATGACAACAATAATCAATAAGAATTTTAGCAGCA-AGTTATTTTACCT-------------------------A--TCG-------------------ACTGGA--ATTCTCACA-TGGTATAT---TGTC-GATAAAATTGTCACACAATAATTCGTTTTATAAAGT-TT-T--AACAGTATTGTTAGCAA------GCGG-TATTGATAATAATGAAATGCGTTAGTATTGTTGCTGGAAATAACA-ACGCATGTATGATGACGAATGATT-C----GCAAATGATATTT-T--TAGTTTTAAATCGAAG-ATCGTCTTgtatagcttgtgatcgatatgatgacaacaataatcaataagaattttagcagcaagttattttacctatcgactggaattctcacatggtatattgtcgataaaattgtcacacaataattcgttttataaagttttaacagtattgttagcaagcggtattgataataatgaaatgcgttagtattgttgctggaaataacaacgcatgtatgatgacgaatgattcgcaaatgatatttttagttttaaatcgaagatcgtcttgcatgccataatttttatttgtgttgtttctttgtacggctaattattattacattatcttcaatattactacatattgctttgtgtgacattgttagttatgattactgtcggttgtctttgttcaaagatacttttatgcgtaacatatttatagtgtttatgataccttatttaattacttacaccgtataatacatatgacaatttaatgcaaagctgttgtactgttagcattgtata
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gi|13                         : taacatcaactgtcaaacaatggataacaaataattactgtaagtgttaaaataTTTTATCGCAGACATTTTG-CTAAAGGAAAAGA----AAA-----AG-AAA-A---ATATATATAT-----ATATA-AGTGAA-GA-AAATA-AGAT--CTATTAAT--AAG-T----TTTATAAATAGAAATCCTGATTT---ATGA-----GAAA-----GGATA---ATCCTAAC------------------------CTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCGCATTAAGCTACTAACCGTCATAGTTTTTTTAAAAACAGTGACAGAGATGATAAAGATATAAATGACAGTAAA-------TAAATGAACGTTttaatataagatattgttcaaaacagaattta
gi|15                         :                                                    taTTTTTATCGCAGACTTTTTG-C------AAAACA----AAA-----A---AA-ATGTATATATATAT-------ATA-AGTGAA-GA-AAATA-AAA--TCTTTTAATAAAAGATAACATTTATTAATGTAAATTCTGACTTGAAATGA-----GAAA-----GGATG---CTCCTAACTTACCAAGATGAAC---TCCTAACCTGCCGAACCTCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTgaaaagttttatttagtttt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttt-----GTACCATTCG----AA-AAT---A-GAGGTGATGACAATAATGATGAATAGAAATTTTAGTCGCATAGTTATTTTACAATTC-AACC-GGAA------GTT---------GAGAC-T--GT--T----TAC-AGA--ATTCCAACA-CGTAAAAT---TATG-GATACAATTGTCAa
gi|17                         : taacgtctactgtccaaaaatcgataacatgttattattgtaggtttgaaatgTTTTTATCGCAGACATTTTT-C------AAAAGA----AAAGAAAAAA-AAA-ACATATATATATCT-----ATATA-GGTGAA-GA-AAATA-AAATCTTT--TAAT--AAGATAACATTTATTAATGTAAATTCTGACTTGAAATGA-----GAGA-----GGATG---ATCTTAACTTACTAAGATGAAC---TCCTATCCTGCCGAACCCCGG
gi|18                         :                                                       TTTTATCGAAGACATTTTA-C------AAAAGA----AAA-----AAGAAA-ATATATATATATAT-----ATCTACAATAAA-GA-GAA-A-AAAAGTATATTAAT--AAGATAATATTGATAAACAGAAATCTTGATTTGAAATGA-----GAAA-----GGATA---ATCCTAACTTGACAAGATGAAC---TCCTAACCTGCCGA
gi|19                         :                                                   tcaTTTTTATCGCAGACATTTTG-C------AAAAGA----AAA-----A----------ATATATATAT-----ATATA-AGTGAA-GA-AAATT-AGATCTTT--TAAT--AAGATAACATTTATTAATGTAAATTTTGACTTGAAATGA-----GAGA-----TGATG---ATCCTAACT
gi|2                          :                                                    tATTTTTATCAAAGACATTTTG-C------AAAAAATATAAGA-----AT-AAA-ATATATATACACAT-----GTATACAATGAA-AAGAAATA-ATATATTTAATAAT--AAGATAATATTTATGAATAGAAATCCTGATTTGAGATAA-----GAAA-----GGATA---ATCTTAACTTGACAAGATTAAC---TCCTAACCTGCCAAAGCCGGGGTTAC-ATATCCCATT----TA------GTCATATTTTTTTAAAAAACAGTGATAGAGGT----AAGATATCAATGAGAGTTAA-------TAAATGAACTTTTGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TACA-T-------TT-----ATT-----GAAA---------------A--------------ACA--AGTTCAT--AGAAATAAG-AAC-------T--------G----AGATCCGTATCTA--GTAG--CTCTACTAT-----GCACAGCTCG----AG-A-T---C-GATGTGATGACAACAATACTCGATAAGAATTTTAGCGGCGCGGTTATTTTACCTTT-----------------GTC------TCGTAGA--T--GT--T----TAT-AGA--ATTCACACA-TGGAATAT---TTCC-AATGCATTTGTCACACAATAGTTGGTTTTACAACGT-TTATTTATCAGTATTGTTAGCTA------GCAG-CATTGATCATAATGAAATGTGTAAGTTTTGTTGCTGAAAATTCCA-ACGCATATATGATGACGAATGTTT-C----GCTACTGATATTTAT--TTGTTAAAAGTCGATGAATCGTCTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tTCG----AA-A-T---A-CATGTGATGACAACAATAACTAACTAGAATTTTAGTAGGGTAGTTCTGCTAAATATC-ATCC-GGAA------GTC--AA--T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atgcaacaaggaataatatattataaaagttagtaCA----AA-A-T---A-GATGTGATGACAACAATAATCAACAGGAATCTTAGTCGCATAATTATTTTACAATTC-A--gtcttgtatatg
gi|22                         :       taacatcaaatgtctaacaatggataacaatgtaagtgttaaatagtaTTTTATCGCAGACATTTTG-C------AAAAGA----AAA-----A-------------TATATAT-----ATATA-AGTGAA-GA-AAATA-AGAT--CTATTAAT--AAGATAACCTTTTTAACTACAAATCCTGATTTAAATTAA-----GAAA-----GGATA---accg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tcTACAAGT------AA-G-T---G-GGTGTGATGACAACAATAATCAATATGAACTTTA--------GTTGTTTTACAATTC-AACC-GGAA------GTC--GA--
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taacatctactgtccaataatggttCTCG----AA-A-TATAC--ATGTGACGACAACAATAATCAATTACAATTTTAGTAGGGCggttgtgtctttgag
gi|25                         :                                                                                                 acatttgctattcagtgataacaaataataaaagtaagtAA-AA-AAA-A-ATAGATCTATTAAT--AAGA---CATTTATAAATAAAAATCGTGATATGAAATGA-----GAAA-----GGACA---ATCCTAACTTGACAAGa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T-TTTATCAATATTGTTAGCTACATTTGGCAG-TATTGAAAATAATTAAATGTGTAAGTATTGTTACTGGAAATTACA-ACGC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TACAACTCA----AA-A-TA--C-G-TGTGATGACAACAATAAACA
gi|28                         :                                                                                                                   tatctgatacaacatgggtacnnnnnnnnnnaaaaaagtcTATTAAT--AAGATAATATTTATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATGA-----GAAA-----GGATA---ATCCTAACTTGACAAGATG
gi|3                          :                                                                                                                                        AA-AA-AAATAGATTTATCTATTAAT--TCGATAATATTTATAAACAGAAATCCTGATTTGAAATCA-----GAAA-----GGATA---ATCCTAATTTGACAAGATAGACATCTCCTGACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTTGCTAAAAA-CAATGACGGAGATAATA----TATCAATAATATTAAA-------TAAATTAACGTTTGATAC---GTATGC--T--AAGT-----TAT-------TTCATTTTCCTTGTT-----TTT-----GAAATGATTACAATTTCTTATCCATTAATGGACAACA--AATTCAT--AACAACAAG-AAC-------T--------G---A-GATCCATGTCTA--GTAG--TTCTTCTAT-----GTACATCTCG----AG-A-T---C-GATGTGATGACAGCAATACTCAAAAAGAATTTTAGCAGTACGGTTA-TTTACCTATC-AATT-GGAAGTATTTGTC---A--TC-CAGA--T--GT--T----TAC-AGA--TTTCACACG-TGGAATAT---TTCC-TATAAAATTGTCACACAATAATCGGTTTTAC----T-TT-TTTATCAGTATTGTTTGCTA------GCAG-TATTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTTGCTGGAA-TTATA-ACGCATGTTTGATGACGAATGACT-C----GCGACTGTTATTTAT--TTGTTTCAA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                         atatacatcaatgaagagaaaagaCTGTCGAACCCCGGGATACAACGTCCAA-TA----A---ACCGCCATAGTT---TAGAAAACAAAGGCAGAGATAAT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ATGTGATGACAACAACAATCAATTAGAATTTTAGTGGGGCAGT
gi|34                         :                                aaaagcaagtatcaaaatatacTTTTTATTGAAGACATTTTT-C------AAAAGA----AAA-----AA-AA
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gi|36                         :                                               ttaattcTTTTTATCGAAGACATTTTG-C------AAAAGA----AAA-----AA-Aa
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gi|7                          :                                                     ACTTTTATCGAAGACATTTTG-C------AAAAGA----AAA-----AA-AAG-ATATTGATAAA-AT-----G---A-AGAGAAAGA-AAATA-GA---TCTATTAAT--AAGATAATATTGATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATGA-----GAA------GGATA---ATCGTAACTTTACAA------C---TTCTAACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATACTTTTGT-AAAAACAATGACAGAGAT----AAGGTAATAACGAGAATAAA-------TAAATAAACGTGCGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TGCATT-------TA-----ATG-----GACA---------------A-C------------ACA----TTCAT--AACAATAGA-AAC-------T--------GGTCAAGATCCATGTCCA--GCAGTTCTCTACTAT-----GTTCAACTCG----AG-A-T---C-GATGTGTTGATAACTATAATCAAT-AGAATTTTAGCAGCGCATTT-TTATACCTATC-AACT-GGAA------GTC--t
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATCAAATTGTCACACATTAATTAGTTTTACAACGT-TT-TT-ATCAGTATTGTTTGCTA------GCAG-TACTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTTGCTGGTATTTACA-ACGCATGTATGATGACGAATGATT-C----GCGACTGATATTTAT--TAGTTAAAAGCCGAGGAATCGTCTttt
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Reference ( family-1576 )     :                                                    NATTTTTATCGNAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA---AAAATATATATATATA-----TAT--ATA-AGTGAAGA------AAATAANAT-------TCTATTAATAA--GATAACATTTATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATGA-----GAAA-----GGATA---ATCCTAACTTGACAAGATGAAC---TCCTAACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTTTNTAAAAAACAGTGACAGAGATGATAAAGATATNAATGANAGTAAA-------TAAATGAACGTTTGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TNCATT-------T-T-----A--TT-----GAAA---------------ATC------------ACA--NGTTCAT--AN-CAATAAA-AAC-------T--------G---AAGATCCGTGTCTAGTAG--CTCTACTAT-----GTACAACTCG----AA-A-T---C-GATGTGATGACAACAATAATCAATAAGAATTTTAGCAGCGCGGTTATTTTACATNTCAACCGGAAGTC--AA--TCGT-----AGA--TGTT----TACAGA--ATTCCCACG-CGGTATAT---TTTG-GATAAAATTGTCACGCAATAATTGGTTTTACGAAGT-TT-TTTANCAGTATTGTTAGCTA------GCAG-TATTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTNGCTGGAANTTACA-ACGCATGTATGATGACGAATGATT-C----GCGACTGNTATTTAT--TCGTTTAAAGTCGANGAATCGTCTT
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gi|17                         : taacgtctactgtccaaaaatcgataacatgttattattgtaggtttgaaatgTTTTTATCGCAGACATTTTT-C------AAAAGA---AAAGAAAAAA---AAAACATATATATATC-----TAT--ATA-GGTGAAGA------AAATAAAAT--------CTTTTAATAA--GATAACATTTATTAATGTAAATTCTGACTTGAAATGA-----GAGA-----GGATG---ATCTTAACTTACTAAGATGAAC---TCCTATCCTGCCGAACCCCGG
gi|18                         :                                                       TTTTATCGAAGACATTTTA-C------AAAAGA---AAA-----AAG--AAAATATATATATATA-----TAT--CTACAATAAAGA------GAAAAAAAG-------TATATTAATAA--GATAATATTGATAAACAGAAATCTTGATTTGAAATGA-----GAAA-----GGATA---ATCCTAACTTGACAAGATGAAC---TCCTAACCTGCCGA
gi|19                         :                                                   tcaTTTTTATCGCAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA-----------TATATATA-----TAT--ATA-AGTGAAGA------AAATTAGAT--------CTTTTAATAA--GATAACATTTATTAATGTAAATTTTGACTTGAAATGA-----GAGA-----TGATG---ATCCTAACT
gi|2                          :                                                    tATTTTTATCAAAGACATTTTG-C------AAAAAATATAAG-----AAT--AAAATATATATACACA-----TGT--ATACAATGAAAAG-----AAATAATATA------TTTAATAATAA--GATAATATTTATGAATAGAAATCCTGATTTGAGATAA-----GAAA-----GGATA---ATCTTAACTTGACAAGATTAAC---TCCTAACCTGCCAAAGCCGGGGTTAC-ATATCCCATT----TA------GTCATATTTTTTTAAAAAACAGTGATAGAGGT----AAGATATCAATGAGAGTTAA-------TAAATGAACTTTTGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TACATT-------T-------A--TT-----GAAA---------------A--------------ACA--AGTTCAT--AG-AAATAAG-AAC-------T--------G---A-GATCCGTATCTAGTAG--CTCTACTAT-----GCACAGCTCG----AG-A-T---C-GATGTGATGACAACAATACTCGATAAGAATTTTAGCGGCGCGGTTATTTTACCTTT---------GTC------TCGT-----AGA--TGTT----TATAGA--ATTCACACA-TGGAATAT---TTCC-AATGCATTTGTCACACAATAGTTGGTTTTACAACGT-TTATTTATCAGTATTGTTAGCTA------GCAG-CATTGATCATAATGAAATGTGTAAGTTTTGTTGCTGAAAATTCCA-ACGCATATATGATGACGAATGTTT-C----GCTACTGATATTTAT--TTGTTAAAAGTCGATGAATCGTCTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tTCG----AA-A-T---A-CATGTGATGACAACAATAACTAACTAGAATTTTAGTAGGGTAGTTCTGCTAAATATCATCCGGAAGTC--AA--T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atgcaacaaggaataatatattataaaagttagtaCA----AA-A-T---A-GATGTGATGACAACAATAATCAACAGGAATCTTAGTCGCATAATTATTTTACAATTCAACCGgtcttgtatatg
gi|22                         :       taacatcaaatgtctaacaatggataacaatgtaagtgttaaatagtaTTTTATCGCAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----A--------------TATATA-----TAT--ATA-AGTGAAGA------AAATAAGAT--------CTATTAATAA--GATAACCTTTTTAACTACAAATCCTGATTTAAATTAA-----GAAA-----GGATA---
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tcTACAAGT------AA-G-T---G-GGTGTGATGACAACAATAATCAATATGAACTTTA--------GTTGTTTTACAATTCAACCGGAAGTC--GA--
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taacatctactgtccaataatggttCTCG----AA-A-TATAC--ATGTGACGACAACAATAATCAATTACAATTTTAGTAGGGCggttgtgtctttgag
gi|25                         :                                                                                                   acatttgctattcagtgataacaaataataaaagtaagtAAAA------AAATAGA---------TCTATTAATAA--GA---CATTTATAAATAAAAATCGTGATATGAAATGA-----GAAA-----GGACA---ATCCTAACTTGACAAGa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaT-TTTATCAATATTGTTAGCTACATTTGGCAG-TATTGAAAATAATTAAATGTGTAAGTATTGTTACTGGAAATTACA-ACGC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACAACTCA----AA-A-TA--C-G-TGTGATGACAACAATAAACA
gi|28                         :                                                                                                                              tatctgatacaacatgggtacnnnnnnnnnnaaaaaagtcTATTAATAA--GATAATATTTATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATGA-----GAAA-----GGATA---ATCCTAACTTGACAAGATG
gi|3                          :                                                                                                                     ATA-----TAC--ATC-AATGAAGAGAAAAGAAAAAAAATAGATTTATCTATTAATTC--GATAATATTTATAAACAGAAATCCTGATTTGAAATCA-----GAAA-----GGATA---ATCCTAATTTGACAAGATAGACATCTCCTGACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTTGCTAAAAA-CAATGACGGAGATAATA----TATCAATAATATTAAA-------TAAATTAACGTTTGATAC---GTATGC--T--AAGT-----TAT-------TTCATTTTCCTTGT-T-----T--TT-----GAAATGATTACAATTTCTTATCCATTAATGGACAACA--AATTCAT--AA-CAACAAG-AAC-------T--------G---A-GATCCATGTCTAGTAG--TTCTTCTAT-----GTACATCTCG----AG-A-T---C-GATGTGATGACAGCAATACTCAAAAAGAATTTTAGCAGTACGGTTA-TTTACCTATCAATTGGAAGT---AT--TTGTCATCCAGA--TGTT----TACAGA--TTTCACACG-TGGAATAT---TTCC-TATAAAATTGTCACACAATAATCGGTTTTAC----T-TT-TTTATCAGTATTGTTTGCTA------GCAG-TATTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTTGCTGGAA-TTATA-ACGCATGTTTGATGACGAATGACT-C----GCGACTGTTATTTAT--TTGTTTCAA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            CTGTCGAACCCCGGGATACAACGTCCAA-TA----A---ACCGCCATAGTT---TAGAAAACAAAGGCAGAGATAAT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ATGTGATGACAACAACAATCAATTAGAATTTTAGTGGGGCAGT
gi|34                         :                                aaaagcaagtatcaaaatatacTTTTTATTGAAGACATTTTT-C------AAAAGA---AAA-----AA---AA
gi|35                         :                                               ttaattcTTTTTATCGAAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA---
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  attc-----GTATATTTCT----AA-A-A---CAGACGTGATGACAACAATAATCAATTGGAATTTTAGTCGCATGGCTATTTTACAATTCAACCGGAAGTCGAAG--TTGT-----GTATTTGTT----TACAGA--ATTCCCACA-TGTTATAT---ATTG-TATAAAATGGTCACGCTATTATTGG-TTTATGAGACGTT-TTTAACAGGA---TAAGTTA------G-AG-T----GTAAT------ATGTATA--TATTAAGACATAATTTTAC--ATGCATGCACGATGACAAATGATT-A----GCGACTGCGATTTAT--TCGCTTAAAGTCGACTGATTGTCT
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Reference ( family-1576 )     :                                                    NATTTTTATCGNAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA-AAAAT-----ATATATATATA-----TATATA-AGTGAAGA------AAATAAAAT-------TCTATTAATAA--GATAACATTTATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATG-----AGAA-----AGGAT---AATCCTAACTTGACAAGATGAAC---TCCTAACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTTTNTAAAAAACAGTGACAGAGATGATAAAGATATNAATGANAGTAAA-------TAAATGAACGTTTGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TNCATT-------T-T-----A--TT-----GANA--ATC-AC----------------A--TG---------TTC------------ATA-ACAATAG-------A-AAC--TG----AGATCCGTGTCTAGTAG--CTCTACTAT-----GTACAACTCG----AA-A-T---C-GATGTGATGACAACAATAATCAATAAGAATTTTAGCAGCGCGGTTATTTTACATNTCAACCGGAAGTC--AA--TCGT-----NGA--TGTT----TACAGA--ATTCCCACA-CGGTATAT---TTTG-GATAAAATTGTCACGCAATAATTGGTTTTACGAAGT-TT-TTTANCAGTATTGTTAGCTA------GCAG-TATTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTNGCTGGAANTTACA-ACGCATGTATGATGACGAATGATT-C----GCGACTGNTATTTAT--TCGTTTAAAGTCGANGAATCGTCTT
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gi|17                         : taacgtctactgtccaaaaatcgataacatgttattattgtaggtttgaaatgTTTTTATCGCAGACATTTTT-C------AAAAGA---AAAGAAAAAA-AAAAC-----ATATATATATC-----TATATA-GGTGAAGA------AAATAAAAT--------CTTTTAATAA--GATAACATTTATTAATGTAAATTCTGACTTGAAATG-----AGAG-----AGGAT---GATCTTAACTTACTAAGATGAAC---TCCTATCCTGCCGAACCCCGG
gi|18                         :                                                       TTTTATCGAAGACATTTTA-C------AAAAGA---AAA-----AAGAAAAT-----ATATATATATA-----TATCTACAATAAAGA------GAAAAAAAG-------TATATTAATAA--GATAATATTGATAAACAGAAATCTTGATTTGAAATG-----AGAA-----AGGAT---AATCCTAACTTGACAAGATGAAC---TCCTAACCTGCCGA
gi|19                         :                                                   tcaTTTTTATCGCAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA--------------TATATATA-----TATATA-AGTGAAGA------AAATTAGAT--------CTTTTAATAA--GATAACATTTATTAATGTAAATTTTGACTTGAAATG-----AGAG-----ATGAT---GATCCTAACT
gi|2                          :                                                    tATTTTTATCAAAGACATTTTG-C------AAAAAATATAAG-----AATAAAAT-----ATATATACACA-----TGTATACAATGAAAAG-----AAATAATATA------TTTAATAATAA--GATAATATTTATGAATAGAAATCCTGATTTGAGATA-----AGAA-----AGGAT---AATCTTAACTTGACAAGATTAAC---TCCTAACCTGCCAAAGCCGGGGTTAC-ATATCCCATT----TA------GTCATATTTTTTTAAAAAACAGTGATAGAGGT----AAGATATCAATGAGAGTTAA-------TAAATGAACTTTTGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TACATT-------T-------A--TT-----GAAA--A---AC----------------A--AG---------TTC------------ATA-GAAATAA-------G-AAC--TG----AGATCCGTATCTAGTAG--CTCTACTAT-----GCACAGCTCG----AG-A-T---C-GATGTGATGACAACAATACTCGATAAGAATTTTAGCGGCGCGGTTATTTTACCTTT---------GTC------TCGT-----AGA--TGTT----TATAGA--ATTCACACA-TGGAATAT---TTCC-AATGCATTTGTCACACAATAGTTGGTTTTACAACGT-TTATTTATCAGTATTGTTAGCTA------GCAG-CATTGATCATAATGAAATGTGTAAGTTTTGTTGCTGAAAATTCCA-ACGCATATATGATGACGAATGTTT-C----GCTACTGATATTTAT--TTGTTAAAAGTCGATGAATCGTCTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tTCG----AA-A-T---A-CATGTGATGACAACAATAACTAACTAGAATTTTAGTAGGGTAGTTCTGCTAAATATCATCCGGAAGTC--AA--T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atgcaacaaggaataatatattataaaagttagta--ATC-AA----------------A--TG---------TC--------------TA-ACAATGG-------ATAACAATG----TAA---GTGTTAAATAG-----------------TACAA---------A-A-T---A-GATGTGATGACAACAATAATCAACAGGAATCTTAGTCGCATAATTATTTTACAATTCAACCGgtcttgtatatg
gi|22                         :                                                   taacTTTTATCGCAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----A-----------------TATATA-----TATATA-AGTGAAGA------AAATAAGAT--------CTATTAATAA--GATAACCTTTTTAACTACAAATCCTGATTTAAATTA-----AGAA-----AGGAT---A
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tcTACAAGT------AA-G-T---G-GGTGTGATGACAACAATAATCAATATGAACTTTA--------GTTGTTTTACAATTCAACCGGAAGTC--GA--
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taacatctactgtccaataatggttCTCG----AA-A-TATAC--ATGTGACGACAACAATAATCAATTACAATTTTAGTAGGGCggttgtgtctttgag
gi|25                         :                                                                                                    acatttgctattcagtgataacaaataataaaagtaagtAAAA------AAATAGA---------TCTATTAATAA--GA---CATTTATAAATAAAAATCGTGATATGAAATG-----AGAA-----AGGAC---AATCCTAACTTGACAAGa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaT-TTTATCAATATTGTTAGCTACATTTGGCAG-TATTGAAAATAATTAAATGTGTAAGTATTGTTACTGGAAATTACA-ACGC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TACAACTCA----AA-A-TA--C-G-TGTGATGACAACAATAAACA
gi|28                         :                                                                                                                               tatctgatacaacatgggtacnnnnnnnnnnaaaaaagtcTATTAATAA--GATAATATTTATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATG-----AGAA-----AGGAT---AATCCTAACTTGACAAGATG
gi|3                          :                                                                                                                        ATA-----TACATC-AATGAAGAGAAAAGAAAAAAAATAGATTTATCTATTAATTC--GATAATATTTATAAACAGAAATCCTGATTTGAAATC-----AGAA-----AGGAT---AATCCTAATTTGACAAGATAGACATCTCCTGACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTTGCTAAAAA-CAATGACGGAGATAATA----TATCAATAATATTAAA-------TAAATTAACGTTTGATAC---GTATGC--T--AAGT-----TAT-------TTCATTTTCCTTGT-T-----T--TT-----GAAATGATT-ACAATTTCTTATCCATTAA--TGGACAACAAATTC------------ATA-ACAACAA-------G-AAC--TG----AGATCCATGTCTAGTAG--TTCTTCTAT-----GTACATCTCG----AG-A-T---C-GATGTGATGACAGCAATACTCAAAAAGAATTTTAGCAGTACGGTTA-TTTACCTATCAATTGGAAGT---AT--TTGTCATCCAGA--TGTT----TACAGA--TTTCACACG-TGGAATAT---TTCC-TATAAAATTGTCACACAATAATCGGTTTTAC----T-TT-TTTATCAGTATTGTTTGCTA------GCAG-TATTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTTGCTGGAA-TTATA-ACGCATGTTTGATGACGAATGACT-C----GCGACTGTTATTTAT--TTGTTTCAA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             CTGTCGAACCCCGGGATACAACGTCCAA-TA----A---ACCGCCATAGTT---TAGAAAACAAAGGCAGAGATAAT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATGTGATGACAACAACAATCAATTAGAATTTTAGTGGGGCAGT
gi|34                         :                                aaaagcaagtatcaaaatatacTTTTTATTGAAGACATTTTT-C------AAAAGA---AAA-----AA-AA
gi|35                         :                                               ttaattcTTTTTATCGAAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA-
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attc-----GTATATTTCT----AA-A-A---CAGACGTGATGACAACAATAATCAATTGGAATTTTAGTCGCATGGCTATTTTACAATTCAACCGGAAGTCGAAG--TTGT-----GTATTTGTT----TACAGA--ATTCCCACA-TGTTATAT---ATTG-TATAAAATGGTCACGCTATTATTGG-TTTATGAGACGTT-TTTAACAGGA---TAAGTTA------G-AG-T----GTAAT------ATGTATA--TATTAAGACATAATTTTAC--ATGCATGCACGATGACAAATGATT-A----GCGACTGCGATTTAT--TCGCTTAAAGTCGACTGATTGTCT
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gi|7                          :                                                     ACTTTTATCGAAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA-AAGAT-----ATTGATA--------------A-AATGAAGAG-----AAAGAAAATAGA----TCTATTAATAA--GATAATATTGATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATG-----AGAA------GGAT---AATCGTAACTTTACAA------C---TTCTAACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATACTTTTGT-AAAAACAATGACAGAGAT----AAGGTAATAACGAGAATAAA-------TAAATAAACGTGCGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TGCATT-------T-A-----A--TG-----GACA--A-C-AC----------------A-------------TTC------------ATA-ACAATAG-------A-AAC--TGGTCAAGATCCATGTCCAGCAGTTCTCTACTAT-----GTTCAACTCG----AG-A-T---C-GATGTGTTGATAACTATAATCAAT-AGAATTTTAGCAGCGCATTT-TTATACCTATCAACTGGAAGTC--t
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Reference ( family-1576 )     :                                                    NATTTTTATCGNAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA-AAAAT-----ATATATATATA-----TATATA-AGTGAAGA------AAATAAAAT-------TCTATTAATAA--GATAACATTTATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATG-----AGAA-----AGGAT---AATCCTAACTTGACAAGATGAAC---TCCTAACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTTTNTAAAAAACAGTGACAGAGATGATAAAGATATNAATGANAGTAAA-------TAAATGAACGTTTGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TNCATT-------T-T-----A--TT-----GANA--ATC-AC----------------A--TG---------TTC------------ATA-ACAATAG-------A-AAC--TG----AGATCCGTGTCTAGTAG--CTCTACTAT-----GTACAACTCG----AA-A-T---C-GATGTGATGACAACAATAATCAATAAGAATTTTAGCAGCGCGGTTATTTTACATNTCAACCGGAAGT------C--AA--TCGT------G-A--TGTTTACAGA--ATTCCCACA-CGGTATAT---TTTG-GATAAAATTGTCACGCAATAATTGGTTTTACGAAGT-TT-TTTANCAGTATTGTTAGCTA------GCAG-TATTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTNGCTGGAANTTACA-ACGCATGTATGATGACGAATGATT-C----GCGACTGNTATTTAT--TCGTTTAAAGTCGANGAATCGTCTT
gi|1                          :                                                      TTTTTATCGAAATCATTTTGTC------AAAA--------------A-TATATTTATAATATATATATA-----TATATC-AAT--AAA------AAATGA------------TATTAATAA--GATAATATTTATAAATAGAAATACTGATTTGAAATGATACAAGAAACTCGAAAATAGAAATCCTAACTTGAAAAGATGAAC---ATCTAAACTACCGAGCCCCGGGATAT-ATATACCATTAAGCTA---ACCGTCATTGTTT--TAAAAAACAGTAACAGAGAT----AAGATAT--ATAACAATGGA--------AACTGA------GATAT---GTGT-C--TAGTAGTTTTACTAT-------TACATG-------TAT-----AGCTT-----G-TG--ATCGAT----------------A--TG---------ATG------------ACA-ACAATA
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gi|17                         : taacgtctactgtccaaaaatcgataacatgttattattgtaggtttgaaatgTTTTTATCGCAGACATTTTT-C------AAAAGA---AAAGAAAAAA-AAAAC-----ATATATATATC-----TATATA-GGTGAAGA------AAATAAAAT--------CTTTTAATAA--GATAACATTTATTAATGTAAATTCTGACTTGAAATG-----AGAG-----AGGAT---GATCTTAACTTACTAAGATGAAC---TCCTATCCTGCCGAACCCCGG
gi|18                         :                                                       TTTTATCGAAGACATTTTA-C------AAAAGA---AAA-----AAGAAAAT-----ATATATATATA-----TATCTACAATAAAGA------GAAAAAAAG-------TATATTAATAA--GATAATATTGATAAACAGAAATCTTGATTTGAAATG-----AGAA-----AGGAT---AATCCTAACTTGACAAGATGAAC---TCCTAACCTGCCGA
gi|19                         :                                                   tcaTTTTTATCGCAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA--------------TATATATA-----TATATA-AGTGAAGA------AAATTAGAT--------CTTTTAATAA--GATAACATTTATTAATGTAAATTTTGACTTGAAATG-----AGAG-----ATGAT---GATCCTAACT
gi|2                          :                                                    tATTTTTATCAAAGACATTTTG-C------AAAAAATATAAG-----AATAAAAT-----ATATATACACA-----TGTATACAATGAAAAG-----AAATAATATA------TTTAATAATAA--GATAATATTTATGAATAGAAATCCTGATTTGAGATA-----AGAA-----AGGAT---AATCTTAACTTGACAAGATTAAC---TCCTAACCTGCCAAAGCCGGGGTTAC-ATATCCCATT----TA------GTCATATTTTTTTAAAAAACAGTGATAGAGGT----AAGATATCAATGAGAGTTAA-------TAAATGAACTTTTGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TACATT-------T-------A--TT-----GAAA--A---AC----------------A--AG---------TTC------------ATA-GAAATAA-------G-AAC--TG----AGATCCGTATCTAGTAG--CTCTACTAT-----GCACAGCTCG----AG-A-T---C-GATGTGATGACAACAATACTCGATAAGAATTTTAGCGGCGCGGTTATTTTACCTTT---------GT------C------TCGTA-----G-A--TGTTTATAGA--ATTCACACA-TGGAATAT---TTCC-AATGCATTTGTCACACAATAGTTGGTTTTACAACGT-TTATTTATCAGTATTGTTAGCTA------GCAG-CATTGATCATAATGAAATGTGTAAGTTTTGTTGCTGAAAATTCCA-ACGCATATATGATGACGAATGTTT-C----GCTACTGATATTTAT--TTGTTAAAAGTCGATGAATCGTCTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tTCG----AA-A-T---A-CATGTGATGACAACAATAACTAACTAGAATTTTAGTAGGGTAGTTCTGCTAAATATCATCCGGAAGT------C--AA--T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atgcaacaaggaataatatattataaaagttagta--ATC-AA----------------A--TG---------TC--------------TA-ACAATGG-------ATAACAATG----TAA---GTGTTAAATAG-----------------TACAA---------A-A-T---A-GATGTGATGACAACAATAATCAACAGGAATCTTAGTCGCATAATTATTTTACAATTCAACCGgtcttgtatatg
gi|22                         :                                                   taacTTTTATCGCAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----A-----------------TATATA-----TATATA-AGTGAAGA------AAATAAGAT--------CTATTAATAA--GATAACCTTTTTAACTACAAATCCTGATTTAAATTA-----AGAA-----AGGAT---A
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tcTACAAGT------AA-G-T---G-GGTGTGATGACAACAATAATCAATATGAACTTTA--------GTTGTTTTACAATTCAACCGGAAGT------C--GAGGTTGT------G-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taacatctactgtccaataatggttCTCG----AA-A-TATAC--ATGTGACGACAACAATAATCAATTACAATTTTAGTAGGGCtctttgag
gi|25                         :                                                                                                    acatttgctattcagtgataacaaataataaaagtaagtAAAA------AAATAGA---------TCTATTAATAA--GA---CATTTATAAATAAAAATCGTGATATGAAATG-----AGAA-----AGGAC---AATCCTAACTTGACAAGa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaT-TTTATCAATATTGTTAGCTACATTTGGCAG-TATTGAAAATAATTAAATGTGTAAGTATTGTTACTGGAAATTACA-ACGC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TACAACTCA----AA-A-TA--C-G-TGTGATGACAACAATAAACA
gi|28                         :                                                                                                                               tatctgatacaacatgggtacnnnnnnnnnnaaaaaagtcTATTAATAA--GATAATATTTATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATG-----AGAA-----AGGAT---AATCCTAACTTGACAAGATG
gi|3                          :                                                                                                                        ATA-----TACATC-AATGAAGAGAAAAGAAAAAAAATAGATTTATCTATTAATTC--GATAATATTTATAAACAGAAATCCTGATTTGAAATC-----AGAA-----AGGAT---AATCCTAATTTGACAAGATAGACATCTCCTGACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTTGCTAAAAA-CAATGACGGAGATAATA----TATCAATAATATTAAA-------TAAATTAACGTTTGATAC---GTATGC--T--AAGT-----TAT-------TTCATTTTCCTTGT-T-----T--TT-----GAAATGATT-ACAATTTCTTATCCATTAA--TGGACAACAAATTC------------ATA-ACAACAA-------G-AAC--TG----AGATCCATGTCTAGTAG--TTCTTCTAT-----GTACATCTCG----AG-A-T---C-GATGTGATGACAGCAATACTCAAAAAGAATTTTAGCAGTACGGTTATTT-ACCTATCAATTGGAAGT---------AT--TTGTCATCCAG-A--TGTTTACAGA--TTTCACACG-TGGAATAT---TTCC-TATAAAATTGTCACACAATAATCGGTTTTAC----T-TT-TTTATCAGTATTGTTTGCTA------GCAG-TATTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTTGCTGGAA-TTATA-ACGCATGTTTGATGACGAATGACT-C----GCGACTGTTATTTAT--TTGTTTCAA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             CTGTCGAACCCCGGGATACAACGTCCAA-TA----A---ACCGCCATAGTT---TAGAAAACAAAGGCAGAGATAAT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATGTGATGACAACAACAATCAATTAGAATTTTAGTGGGGCAGT
gi|34                         :                                aaaagcaagtatcaaaatatacTTTTTATTGAAGACATTTTT-C------AAAAGA---AAA-----AA-AA
gi|35                         :                                               ttaattcTTTTTATCGAAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA-
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attc-----GTATATTTCT----AA-A-A---CAGACGTGATGACAACAATAATCAATTGGAATTTTAGTCGCATGGCTATTTTACAATTCAACCGGAAGT------CGAAG--TTGT------GTATTTGTTTACAGA--ATTCCCACA-TGTTATAT---ATTG-TATAAAATGGTCACGCTATTATTGG-TTTATGAGACGTT-TTTAACAGGA---TAAGTTA------G-AG-T----GTAAT------ATGTATA--TATTAAGACATAATTTTAC--ATGCATGCACGATGACAAATGATT-A----GCGACTGCGATTTAT--TCGCTTAAAGTCGACTGATTGTCT
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gi|7                          :                                                     ACTTTTATCGAAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA-AAGAT-----ATTGATA--------------A-AATGAAGAG-----AAAGAAAATAGA----TCTATTAATAA--GATAATATTGATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATG-----AGAA------GGAT---AATCGTAACTTTACAA------C---TTCTAACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATACTTTTGT-AAAAACAATGACAGAGAT----AAGGTAATAACGAGAATAAA-------TAAATAAACGTGCGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TGCATT-------T-A-----A--TG-----GACA--A-C-AC----------------A-------------TTC------------ATA-ACAATAG-------A-AAC--TGGTCAAGATCCATGTCCAGCAGTTCTCTACTAT-----GTTCAACTCG----AG-A-T---C-GATGTGTTGATAACTATAATCAAT-AGAATTTTAGCAGCGCATTT-TTATACCTATCAACTGGAAGT------C--t
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Reference ( family-1576 )     :                                                    NATTTTTATCGNAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA-AAAAT-----ATATATATATA-----TATATA-AGTGAAGA------AAATAAAAT-------TCTATTAATAA--GATAACATTTATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATG-----AGAA-----AGGAT---AATCCTAACTTGACAAGATGAAC---TCCTAACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTTTNTAAAAAACAGTGACAGAGATGATAAAGATATNAATGANAGTAAA-------TAAATGAACGTTTGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TNCATT-------T-T-----A--TT-----GANA--ATC-AC----------------A--TG---------TTC------------ATA-ACAATAG-------A-AAC--TG----AGATCCGTGTCTAGTAG--CTCTACTAT-----GTACAACTCG----AA-A-T---C-GATGTGATGACAACAATAATCAATAAGAATTTTAGCAGCGCGGTTATTTTACATNTCAACCGGAAGT------C--AA--TCGT------G-A--TGTTTACAGA--ATTCCCACA-CGGTATAT---TTTG-GATAAAATTGTCACGCAATAATTGGTTTTACGAAGT-TT-TTTANCAGTATTGTTAGCTA------GCAG-TATTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTNGCTGGAANTTACA-ACGCATGTATGATGACGAATGATT-C----GCGACTGNTATTTAT--TCGTTTAAAGTCGANGAATCGTCTT
gi|1                          :                                                      TTTTTATCGAAATCATTTTGTC------AAAA--------------A-TATATTTATAATATATATATA-----TATATC-AAT--AAA------AAATGA------------TATTAATAA--GATAATATTTATAAATAGAAATACTGATTTGAAATGATACAAGAAACTCGAAAATAGAAATCCTAACTTGAAAAGATGAAC---ATCTAAACTACCGAGCCCCGGGATAT-ATATACCATTAAGCTA---ACCGTCATTGTTT--TAAAAAACAGTAACAGAGAT----AAGATAT--ATAACAATGGA--------AACTGA------GATAT---GTGT-C--TAGTAGTTTTACTAT-------TACATG-------TAT-----AGCTT-----G-TG--ATCGAT----------------A--TG---------ATG------------ACA-ACAATA
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gi|17                         : taacgtctactgtccaaaaatcgataacatgttattattgtaggtttgaaatgTTTTTATCGCAGACATTTTT-C------AAAAGA---AAAGAAAAAA-AAAAC-----ATATATATATC-----TATATA-GGTGAAGA------AAATAAAAT--------CTTTTAATAA--GATAACATTTATTAATGTAAATTCTGACTTGAAATG-----AGAG-----AGGAT---GATCTTAACTTACTAAGATGAAC---TCCTATCCTGCCGAACCCCGG
gi|18                         :                                                       TTTTATCGAAGACATTTTA-C------AAAAGA---AAA-----AAGAAAAT-----ATATATATATA-----TATCTACAATAAAGA------GAAAAAAAG-------TATATTAATAA--GATAATATTGATAAACAGAAATCTTGATTTGAAATG-----AGAA-----AGGAT---AATCCTAACTTGACAAGATGAAC---TCCTAACCTGCCGA
gi|19                         :                                                   tcaTTTTTATCGCAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA--------------TATATATA-----TATATA-AGTGAAGA------AAATTAGAT--------CTTTTAATAA--GATAACATTTATTAATGTAAATTTTGACTTGAAATG-----AGAG-----ATGAT---GATCCTAACT
gi|2                          :                                                    tATTTTTATCAAAGACATTTTG-C------AAAAAATATAAG-----AATAAAAT-----ATATATACACA-----TGTATACAATGAAAAG-----AAATAATATA------TTTAATAATAA--GATAATATTTATGAATAGAAATCCTGATTTGAGATA-----AGAA-----AGGAT---AATCTTAACTTGACAAGATTAAC---TCCTAACCTGCCAAAGCCGGGGTTAC-ATATCCCATT----TA------GTCATATTTTTTTAAAAAACAGTGATAGAGGT----AAGATATCAATGAGAGTTAA-------TAAATGAACTTTTGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TACATT-------T-------A--TT-----GAAA--A---AC----------------A--AG---------TTC------------ATA-GAAATAA-------G-AAC--TG----AGATCCGTATCTAGTAG--CTCTACTAT-----GCACAGCTCG----AG-A-T---C-GATGTGATGACAACAATACTCGATAAGAATTTTAGCGGCGCGGTTATTTTACCTTT---------GT------C------TCGTA-----G-A--TGTTTATAGA--ATTCACACA-TGGAATAT---TTCC-AATGCATTTGTCACACAATAGTTGGTTTTACAACGT-TTATTTATCAGTATTGTTAGCTA------GCAG-CATTGATCATAATGAAATGTGTAAGTTTTGTTGCTGAAAATTCCA-ACGCATATATGATGACGAATGTTT-C----GCTACTGATATTTAT--TTGTTAAAAGTCGATGAATCGTCTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tTCG----AA-A-T---A-CATGTGATGACAACAATAACTAACTAGAATTTTAGTAGGGTAGTTCTGCTAAATATCATCCGGAAGT------C--AA--T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atgcaacaaggaataatatattataaaagttagta--ATC-AA----------------A--TG---------TC--------------TA-ACAATGG-------ATAACAATG----TAA---GTGTTAAATAG-----------------TACAA---------A-A-T---A-GATGTGATGACAACAATAATCAACAGGAATCTTAGTCGCATAATTATTTTACAATTCAACCGgtcttgtatatg
gi|22                         :                                                   taacTTTTATCGCAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----A-----------------TATATA-----TATATA-AGTGAAGA------AAATAAGAT--------CTATTAATAA--GATAACCTTTTTAACTACAAATCCTGATTTAAATTA-----AGAA-----AGGAT---A
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tcTACAAGT------AA-G-T---G-GGTGTGATGACAACAATAATCAATATGAACTTTA--------GTTGTTTTACAATTCAACCGGAAGT------C--GAGGTTGT------G-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taacatctactgtccaataatggttCTCG----AA-A-TATAC--ATGTGACGACAACAATAATCAATTACAATTTTAGTAGGGCtctttgag
gi|25                         :                                                                                                    acatttgctattcagtgataacaaataataaaagtaagtAAAA------AAATAGA---------TCTATTAATAA--GA---CATTTATAAATAAAAATCGTGATATGAAATG-----AGAA-----AGGAC---AATCCTAACTTGACAAGa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaT-TTTATCAATATTGTTAGCTACATTTGGCAG-TATTGAAAATAATTAAATGTGTAAGTATTGTTACTGGAAATTACA-ACGC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TACAACTCA----AA-A-TA--C-G-TGTGATGACAACAATAAACA
gi|28                         :                                                                                                                               tatctgatacaacatgggtacnnnnnnnnnnaaaaaagtcTATTAATAA--GATAATATTTATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATG-----AGAA-----AGGAT---AATCCTAACTTGACAAGATG
gi|3                          :                                                                                                                        ATA-----TACATC-AATGAAGAGAAAAGAAAAAAAATAGATTTATCTATTAATTC--GATAATATTTATAAACAGAAATCCTGATTTGAAATC-----AGAA-----AGGAT---AATCCTAATTTGACAAGATAGACATCTCCTGACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTTGCTAAAAA-CAATGACGGAGATAATA----TATCAATAATATTAAA-------TAAATTAACGTTTGATAC---GTATGC--T--AAGT-----TAT-------TTCATTTTCCTTGT-T-----T--TT-----GAAATGATT-ACAATTTCTTATCCATTAA--TGGACAACAAATTC------------ATA-ACAACAA-------G-AAC--TG----AGATCCATGTCTAGTAG--TTCTTCTAT-----GTACATCTCG----AG-A-T---C-GATGTGATGACAGCAATACTCAAAAAGAATTTTAGCAGTACGGTTATTT-ACCTATCAATTGGAAGT---------AT--TTGTCATCCAG-A--TGTTTACAGA--TTTCACACG-TGGAATAT---TTCC-TATAAAATTGTCACACAATAATCGGTTTTAC----T-TT-TTTATCAGTATTGTTTGCTA------GCAG-TATTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTTGCTGGAA-TTATA-ACGCATGTTTGATGACGAATGACT-C----GCGACTGTTATTTAT--TTGTTTCAA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             CTGTCGAACCCCGGGATACAACGTCCAA-TA----A---ACCGCCATAGTT---TAGAAAACAAAGGCAGAGATAAT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATGTGATGACAACAACAATCAATTAGAATTTTAGTGGGGCAGT
gi|34                         :                                aaaagcaagtatcaaaatatacTTTTTATTGAAGACATTTTT-C------AAAAGA---AAA-----AA-AA
gi|35                         :                                               ttaattcTTTTTATCGAAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA-
gi|36                         :                                               ttaattcTTTTTATCGAAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA-A
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attc-----GTATATTTCT----AA-A-A---CAGACGTGATGACAACAATAATCAATTGGAATTTTAGTCGCATGGCTATTTTACAATTCAACCGGAAGT------CGAAG--TTGT------GTATTTGTTTACAGA--ATTCCCACA-TGTTATAT---ATTG-TATAAAATGGTCACGCTATTATTGG-TTTATGAGACGTT-TTTAACAGGA---TAAGTTA------G-AG-T----GTAAT------ATGTATA--TATTAAGACATAATTTTAC--ATGCATGCACGATGACAAATGATT-A----GCGACTGCGATTTAT--TCGCTTAAAGTCGACTGATTGTCT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              acatctactgtccaacaatggataacaaataattacagtaagtgctaaaataTACAACTCG----AA-A-TA--C-G-TGTGATGACAACAATAATCAATAACAGTTTTAGTAG-G-GATTAAT--ACATATCAACCGGAAGT------C--AAATTCAT------G-C--CATTTGC------TTTT------GGTGTAT---TTTT-GATAAAGTTGTCGTGCAATACTTG-TTTTACGAAGT-GT-TTTAACAGTGTCGTCAGTTA------AAAG-TATTGTTAAGAGCGCACTTTGTATGCATT-TAACTGAAATATACA-ACGCATGTATGATGACAAATGGTT-C----ACGGCTGGTATTTGC--TATTTTAAAGCCGAAGAATCGTCTgacgtgccatgattattgggcgaggtagatttcaggtgacaattttatttctgtgggattattgtatagttatatattatttccctgtatcttaaacacgtattgctttgtgtgatactattggttttacatactaagagattcactaagttaatcaacatataattttatatatctatatacacatttatatacttacacacacacatacacattatgatgtttggataattacattacataaaagtacatggaacaacttgatacgtagctgttgtattat
gi|6                          :            ctgctatccagcaatggattacaaattataacaataagtattgaaTTATCGCAGACATTTT-------------GA---ATA-----TA-TATAT-----ATATATATATATTTGCTATATA-AGTAAAGA------AAATAAAA--------TCTTTTAATAA--GATAACATTTATTAATGTAAATTCTGACTTGAAATG-----AGAA-----AGGAT---GATTATAACTTACCAAGATGAAC---TCCTGTCTTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTTTGT-AAAAACAGTGACAGAGATGATAAAGATATAATTTGGAGTAAATAAAATGTAAATGAACGTTTGGTAA---GTATGC--T--TACT-----TAT-------TTCATT-------T-TCCTTGA--TTTTTTAGATA--ATC-AC----------------AATTG---------TTTATCCATTAATAAATA-ACAAAAGCATAACAA-AAG--GA----AGATCTGTGTCTAATAG--GTTTACCAG-----GTACAGC------------T---C-GATGTGACGACAACAATAATCAATAAGAATTTTAACAGAGCGGTTTTTTGACCTATCAACCGGAAGT------C--gcatgccatgattttcccccgcgaaattcgaaaagtgacacttttattaaatgtttaatatttttatcacatattggtttgtaagtgactattggttatgtatactatattattatcacatactgctttgcgtagtgactaaattatatatacatgtctctggttatgtatac
gi|7                          :                                                     ACTTTTATCGAAGACATTTTG-C------AAAAGA---AAA-----AA-AAGAT-----ATTGATA--------------A-AATGAAGAG-----AAAGAAAATAGA----TCTATTAATAA--GATAATATTGATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATG-----AGAA------GGAT---AATCGTAACTTTACAA------C---TTCTAACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATACTTTTGT-AAAAACAATGACAGAGAT----AAGGTAATAACGAGAATAAA-------TAAATAAACGTGCGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TGCATT-------T-A-----A--TG-----GACA--A-C-AC----------------A-------------TTC------------ATA-ACAATAG-------A-AAC--TGGTCAAGATCCATGTCCAGCAGTTCTCTACTAT-----GTTCAACTCG----AG-A-T---C-GATGTGTTGATAACTATAATCAAT-AGAATTTTAGCAGCGCATTT-TTATACCTATCAACTGGAAGT------C--t
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATCAAATTGTCACACATTAATTAGTTTTACAACGT-TT-TT-ATCAGTATTGTTTGCTA------GCAG-TACTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTTGCTGGTATTTACA-ACGCATGTATGATGACGAATGATT-C----GCGACTGATATTTAT--TAGTTAAAAGCCGAGGAATCGTCTttt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tcctTTTGATACCATGCGTGCAAT--TAGT-----TATGTCTTATTTCATT-------T-T-----A--TT-----GA-A--AT--AT----------------A--TG---------T--------------ATATGCATTTG-----------C--T--------TTCCTATC--ATAA--CTC--------------CAACTCGGAAAAA-A-T---C--ATGTGATGATAACAATAATCACAAGGAATTTTAGCAA-----TTATTATACATTTCGACAGGAAGTAATTGTC--AA--TCTT--------A--T-TTTATAGATAATTTTCACGGCGGTATATAAATATGAGATCAAATTGTCAAACAATAATTG-TTTTACGAAGT-TT-TTT-----------TAGCTA------AATG-TTTTGTTAAGAGTAAAATGTATATGTATTGAGCCTGAAATATATA-ACAATTGTATGATGACAAATGATT-------TGACTGCTATTTATAATTGTTT-AAGTCGAAGAATTGTCTgacatgccatgatttgtattcagtgaaattaacgaaaagtgacaattttatttctgtgggatgcttgtacttcaatataactacaaattgctttttgtgacattatgagtatatgattctttacttaattatatcgtataatacaccgattaagttaatgcaaagctattgtgctgtaaacatgatatattttttggcatttagtagacatttgaactatt


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blockSeqs                     :                                                               A          . .           .     .      TATATA                .          .        .           A GT                 .                                     .        .         .                         .                            .                .               TG A                  .          A     G      .                        .        T        .       .       G    TAATGGACAACACATTC                                                                    .       G           TG                 T     GTTTACCAG                 .     . . AC                                         CGCG      C    TT            AATTGTCAATCTTA               G        .     A   AC        .      .              A    A           GAA  .  .  TAT     T         .         . A   A                 A       T    G  A     .                        C            T       .  T    C       C
blockSeqs                     :                                                               C          . .           .     .      AAGATA                .          .        .           G T                  .                                     .        .         .                         .                            .                .               TG .                  .          T     G      .                        .        T        .       .       T    TTATTGAAATATATGT                                                                     .       A           GA                 C     CTC                       .     . . A                                          GGTA      T    TA            CAAATTCATGC                  G        .     A   AT        .      .              G    T           AAC  .  .  TAA     T         .         . A   G                 A       T    A  T     .                        A            C       .  C    A       A
blockSeqs                     :                                                               A          . .           .     .      AAAA                  .          .        .           T T                  .                                     .        .         .                         .                            .                .               .  .                                                                                                                                                                                               .       .           T                  .     .                         .     . . A                                          CATA      T    AT            CATTGTCA                     G        .     C   GT        .      .              G    A           GAA  .  .  TAA     T         .         . A   T                 T       G    A  T     .                        C            G       .  A    A       G
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blockSeqs                     :                                                               A          . .           .     .      .                     .          .        .           A T                  .                                     .        .         .                         .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .     . . A                                          GGCA      T    TA            TGAGAC                       .        .     T   C         .      .              A    A           .    .  .  AT      .         .         . T   T                 T       T    A  T     .                        .            C       .  T    .        
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1576 )     :                                                    NATTTTTATCGNAGACATTTTG-C------AAAA-----GA---AAAAA---AAAA---TATATATATATAT-----AT--ATA-AGTGAA-GA-----------AAATAA-A---ATCTATTAATAA--GATAACATTTATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATGA-----GAAA-----GGATA---ATCCTAACTTGACAAGATGAAC---TCCTAACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTTTNTAAAAAACAGTGACAGAGATGATAAAGATATNAATGANAGTAAA-------TAAATGAACGTTTGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TNCATT-------T-T-----A--TT-----GANA--ATC-AC----------------A--TG---------TTC------------ATA-ACAATAG-------A-AAC--TG----AGATCCGTGTCTAGTAG--CTCTACTAT-----GTACAACTCG----AA-A-T---C-GATGTGATGACAACAATAATCAATAAGAATTTTAGCAGCGCGGTTATTTTACATNTCAACCGGAAGTCGAANTCGTGC-ATC----TG--TTTACAGA--ATTCCCACA-CGGTATAT---TTTG-GATAAAATTGTCACGCAATAATTGGTTTTACGAAGT-TT-TTTANCAGTATTGTTAGCTA------GCAG-TATTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTNGCTGGAANTTACA-ACGCATGTATGATGACGAATGATT-C----GCGACTGNTATTTAT--TCGTTTAAAGTCGANGAATCGTCTT
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAGAATTTAAGCAGAGTAGGTATT----ATAGTAACCGGAAGTC---ATTGT-C-AT-----TA--TT----GT--GTTC--AC--CGGTATAT---TT-G-AATCAAGTTGTCTCACAATACTTAGTTTTTCAAAGT-TT-TT-AACAGTATTATTAGCTA------ACAGATTTTG-TAAGAGTGAAATTTATATGCATTGTAGCTGAAATATACA-ACGCATGTGTGATGACAAATGTTT-C----TCGACTGGTATTTAA--TCGTTAAAAGTCGAAGAATCGTCTgtagatttcgggtgacaatactatttctgtgggattattgtataagtagatattatttacctgtatttctatattgcattatgtcactattggttttgtaaactaagagttccactaagttcaaagataatcaacatataattttataaatctata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -----GTACAATTCG----AATA-T---A-AATGTGATGACAACAATAATCAACAGGAATCTTAGTCGCATAGTTATTTTACAATTCAACCGGAAGTCAAGGTTGTGT-ATT----TG--CTTACAGA--ATTCCCTCA-TGTTATAT---TTTG-GATAAAATTGTCACGTAATTATTGGTTATACG--GC-AT-TTTAACAGTACTGTTAgacgtgccatgatttttatttgagtgtagttaggattaaaaatg
gi|13                         : taacatcaactgtcaaacaatggataacaaataattactgtaagtgttaaaataTTTTATCGCAGACATTTTG-CTAAAGGAAAA-----GA---AAAAG---AAAA------ATATATATAT-----AT--ATA-AGTGAA-GA-----------AAATAA-G---ATCTATTAATAA--G-T----TTTATAAATAGAAATCCTGATTT---ATGA-----GAAA-----GGATA---ATCCTAAC------------------------CTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCGCATTAAGCTACTAACCGTCATAGTTTTTTTAAAAACAGTGACAGAGATGATAAAGATATAAATGACAGTAAA-------TAAATGAACGTTttaatataagatattgttcaaaacagaattta
gi|15                         :                                                    taTTTTTATCGCAGACTTTTTG-C------AAAA-----CA---AAAAA---AA-------TGTATATATAT-----AT--ATA-AGTGAA-GA-----------AAATAA-A---ATCTTTTAATAAAAGATAACATTTATTAATGTAAATTCTGACTTGAAATGA-----GAAA-----GGATG---CTCCTAACTTACCAAGATGAAC---TCCTAACCTGCCGAACCTCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTgaaaagttttatttagtttt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttt-----GTACCATTCG----AA-AAT---A-GAGGTGATGACAATAATGATGAATAGAAATTTTAGTCGCATAGTTATTTTACAATTCAACCGGAAGTTGAGA---------C----TG--TTTACAGA--ATTCCAACA-CGTAAAAT---TATG-GATACAATTGTCAa
gi|17                         : taacgtctactgtccaaaaatcgataacatgttattattgtaggtttgaaatgTTTTTATCGCAGACATTTTT-C------AAAAGAAAAGA---AAAAA---AAAA---CATATATATATCT-----AT--ATA-GGTGAA-GA-----------AAATAA-A---ATCTTTTAATAA--GATAACATTTATTAATGTAAATTCTGACTTGAAATGA-----GAGA-----GGATG---ATCTTAACTTACTAAGATGAAC---TCCTATCCTGCCGAACCCCGG
gi|18                         :                                                       TTTTATCGAAGACATTTTA-C------AAAA-----GA---AAAAA---GAAAATATATATATATATAT-----CT--ACA-A-TAAA-GAG----------AAAAAA-A---GTATATTAATAA--GATAATATTGATAAACAGAAATCTTGATTTGAAATGA-----GAAA-----GGATA---ATCCTAACTTGACAAGATGAAC---TCCTAACCTGCCGA
gi|19                         :                                                   tcaTTTTTATCGCAGACATTTTG-C------AAAA-----GA---AAAAA--------------TATATATAT-----AT--ATA-AGTGAA-GA-----------AAATTA-G---ATCTTTTAATAA--GATAACATTTATTAATGTAAATTTTGACTTGAAATGA-----GAGA-----TGATG---ATCCTAACT
gi|2                          :                                                    tATTTTTATCAAAGACATTTTG-C------AAAA-----AATATAAGAAT--AAAA---TATATATACACAT-----GT--ATACAATGAA-AAG----------AAATAATAT--ATTTAATAATAA--GATAATATTTATGAATAGAAATCCTGATTTGAGATAA-----GAAA-----GGATA---ATCTTAACTTGACAAGATTAAC---TCCTAACCTGCCAAAGCCGGGGTTAC-ATATCCCATT----TA------GTCATATTTTTTTAAAAAACAGTGATAGAGGT----AAGATATCAATGAGAGTTAA-------TAAATGAACTTTTGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TACATT-------T-------A--TT-----GAAA--A---AC----------------A--AG---------TTC------------ATA-GAAATAA-------G-AAC--TG----AGATCCGTATCTAGTAG--CTCTACTAT-----GCACAGCTCG----AG-A-T---C-GATGTGATGACAACAATACTCGATAAGAATTTTAGCGGCGCGGTTATTTTACCTTT---------GTC----TCGTAG-A------TG--TTTATAGA--ATTCACACA-TGGAATAT---TTCC-AATGCATTTGTCACACAATAGTTGGTTTTACAACGT-TTATTTATCAGTATTGTTAGCTA------GCAG-CATTGATCATAATGAAATGTGTAAGTTTTGTTGCTGAAAATTCCA-ACGCATATATGATGACGAATGTTT-C----GCTACTGATATTTAT--TTGTTAAAAGTCGATGAATCGTCTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tTCG----AA-A-T---A-CATGTGATGACAACAATAACTAACTAGAATTTTAGTAGGGTAGTTCTGCTAAATATCATCCGGAAGTCAATGTCTTGT-ATA----TG--
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atgcaacaaggaataatatattataaaagttagta--ATC-AA----------------A--TG---------TC--------------TA-ACAATGG-------ATAACAATG----TAA---GTGTTAAATAG-----------------TACAA---------A-A-T---A-GATGTGATGACAACAATAATCAACAGGAATCTTAGTCGCATAATTATTTTACAATTCAACCG
gi|22                         :                                                   taacTTTTATCGCAGACATTTTG-C------AAAA-----GA---AAAA-----------------TATATAT-----AT--ATA-AGTGAA-GA-----------AAATAA-G---ATCTATTAATAA--GATAACCTTTTTAACTACAAATCCTGATTTAAATTAA-----GAAA-----GGATA---
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tcTACAAGT------AA-G-T---G-GGTGTGATGACAACAATAATCAATATGAACTTTA--------GTTGTTTTACAATTCAACCGGAAGTCGAGGTTGTGT-CTT----TG--
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taacatctactgtccaataatggttCTCG----AA-A-TATAC--ATGTGACGACAACAATAATCAATTACAATTTTAGTAGGGCag
gi|25                         :                                                                                                      acatttgctattcagtgataacaaataataaaagtaagtAA-AA-----------AAATAG-A----TCTATTAATAA--GA---CATTTATAAATAAAAATCGTGATATGAAATGA-----GAAA-----GGACA---ATCCTAACTTGACAAGa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaT-TTTATCAATATTGTTAGCTACATTTGGCAG-TATTGAAAATAATTAAATGTGTAAGTATTGTTACTGGAAATTACA-ACGC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TACAACTCA----AA-A-TA--C-G-TGTGATGACAACAATAAACA
gi|28                         :                                                                                                                                   tatctgatacaacatgggtacnnnnnnnnnnaaaaaagtcTATTAATAA--GATAATATTTATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATGA-----GAAA-----GGATA---ATCCTAACTTGACAAGATG
gi|3                          :                                                                                                                        ATAT-----AC--ATC-AATGAA-GAGAAAAGAAAAAAAATAG-ATTTATCTATTAATTC--GATAATATTTATAAACAGAAATCCTGATTTGAAATCA-----GAAA-----GGATA---ATCCTAATTTGACAAGATAGACATCTCCTGACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTTGCTAAAAA-CAATGACGGAGATAATA----TATCAATAATATTAAA-------TAAATTAACGTTTGATAC---GTATGC--T--AAGT-----TAT-------TTCATTTTCCTTGT-T-----T--TT-----GAAATGATT-ACAATTTCTTATCCATTAA--TGGACAACAAATTC------------ATA-ACAACAA-------G-AAC--TG----AGATCCATGTCTAGTAG--TTCTTCTAT-----GTACATCTCG----AG-A-T---C-GATGTGATGACAGCAATACTCAAAAAGAATTTTAGCAGTACGGTTA-TTTACCTATCAATTGGAAGT---ATTTGT-C-ATCCAGATG--TTTACAGA--TTTCACACG-TGGAATAT---TTCC-TATAAAATTGTCACACAATAATCGGTTTTAC----T-TT-TTTATCAGTATTGTTTGCTA------GCAG-TATTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTTGCTGGAA-TTATA-ACGCATGTTTGATGACGAATGACT-C----GCGACTGTTATTTAT--TTGTTTCAA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 CTGTCGAACCCCGGGATACAACGTCCAA-TA----A---ACCGCCATAGTT---TAGAAAACAAAGGCAGAGATAAT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTGATGACAACAACAATCAATTAGAATTTTAGTGGGGCAGT
gi|34                         :                                aaaagcaagtatcaaaatatacTTTTTATTGAAGACATTTTT-C------AAAA-----GA---AAAAA---AA
gi|35                         :                                               ttaattcTTTTTATCGAAGACATTTTG-C------AAAA-----GA---AAAAA---
gi|36                         :                                               ttaattcTTTTTATCGAAGACATTTTG-C------AAAA-----GA---AAAAA---A
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            attc-----GTATATTTCT----AA-A-A---CAGACGTGATGACAACAATAATCAATTGGAATTTTAGTCGCATGGCTATTTTACAATTCAACCGGAAGTCGAAGTTGTGT-ATT----TG--TTTACAGA--ATTCCCACA-TGTTATAT---ATTG-TATAAAATGGTCACGCTATTATTGG-TTTATGAGACGTT-TTTAACAGGA---TAAGTTA------G-AG-T----GTAAT------ATGTATA--TATTAAGACATAATTTTAC--ATGCATGCACGATGACAAATGATT-A----GCGACTGCGATTTAT--TCGCTTAAAGTCGACTGATTGTCT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  acatctactgtccaacaatggataacaaataattacagtaagtgctaaaataTACAACTCG----AA-A-TA--C-G-TGTGATGACAACAATAATCAATAACAGTTTTAGTAG-G-GATTAAT--ACATATCAACCGGAAGTCAAATTCATGCCATT----TG--CTT--------TT--------GGTGTAT---TTTT-GATAAAGTTGTCGTGCAATACTTG-TTTTACGAAGT-GT-TTTAACAGTGTCGTCAGTTA------AAAG-TATTGTTAAGAGCGCACTTTGTATGCATT-TAACTGAAATATACA-ACGCATGTATGATGACAAATGGTT-C----ACGGCTGGTATTTGC--TATTTTAAAGCCGAAGAATCGTCTgacgtgccatgattattgggcgaggtagatttcaggtgacaattttatttctgtgggattattgtatagttatatattatttccctgtatcttaaacacgtattgctttgtgtgatactattggttttacatactaagagattcactaagttaatcaacatataattttatatatctatatacacatttatatacttacacacacacatacacattatgatgtttggataattacattacataaaagtacatggaacaacttgatacgtagctgttgtattat
gi|6                          :            ctgctatccagcaatggattacaaattataacaataagtattgaaTTATCGCAGACATTTTG------------------A---ATATA---TATA---TATATATATATATTTGCTAT--ATA-AGTAAA-GA-----------AAATAA-A---ATCTTTTAATAA--GATAACATTTATTAATGTAAATTCTGACTTGAAATGA-----GAAA-----GGATG---ATTATAACTTACCAAGATGAAC---TCCTGTCTTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATAGTTTTGT-AAAAACAGTGACAGAGATGATAAAGATATAATTTGGAGTAAATAAAATGTAAATGAACGTTTGGTAA---GTATGC--T--TACT-----TAT-------TTCATT-------T-TCCTTGA--TTTTTTAGATA--ATC-AC----------------AATTG---------TTTATCCATTAATAAATA-ACAAAAGCATAACAA-AAG--GA----AGATCTGTGTCTAATAG--GTTTACCAG-----GTACAGC------------T---C-GATGTGACGACAACAATAATCAATAAGAATTTTAACAGAGCGGTTTTTTGACCTATCAACCGGAAGTCgcatgccatgattttcccccgcgaaattcgaaaagtgacacttttattaaatgtttaatatttttatcacatattggtttgtaagtgactattggttatgtatactatattattatcacatactgctttgcgtagtgactaaattatatatacatgtctctggttatgtatac
gi|7                          :                                                     ACTTTTATCGAAGACATTTTG-C------AAAA-----GA---AAAAA---AAGA---TATTGATAAA--------AT--G-A-AGAGAAAGA-----------AAATAG-A----TCTATTAATAA--GATAATATTGATAAATAGAAATCCTGATTTGAAATGA-----GAA------GGATA---ATCGTAACTTTACAA------C---TTCTAACCTGCCGAACCCCGGGATAC-ATATCCCATTAAGCTA---ACCGTCATACTTTTGT-AAAAACAATGACAGAGAT----AAGGTAATAACGAGAATAAA-------TAAATAAACGTGCGATAC---GTATGC--T--TAGT-----TAT-------TGCATT-------T-A-----A--TG-----GACA--A-C-AC----------------A-------------TTC------------ATA-ACAATAG-------A-AAC--TGGTCAAGATCCATGTCCAGCAGTTCTCTACTAT-----GTTCAACTCG----AG-A-T---C-GATGTGTTGATAACTATAATCAAT-AGAATTTTAGCAGCGCATTT-TTATACCTATCAACTGGAAGTCt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ATCAAATTGTCACACATTAATTAGTTTTACAACGT-TT-TT-ATCAGTATTGTTTGCTA------GCAG-TACTGATAATAATGAAATGTGTAAGTATTGTTGCTGGTATTTACA-ACGCATGTATGATGACGAATGATT-C----GCGACTGATATTTAT--TAGTTAAAAGCCGAGGAATCGTCTttt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tcctTTTGATACCATGCGTGCAAT--TAGT-----TATGTCTTATTTCATT-------T-T-----A--TT-----GA-A--AT--AT----------------A--TG---------T--------------ATATGCATTTG-----------C--T--------TTCCTATC--ATAA--CTC--------------CAACTCGGAAAAA-A-T---C--ATGTGATGATAACAATAATCACAAGGAATTTTAGCAA-----TTATTATACATTTCGACAGGAAGT---AATTGTCA-ATC----TTATTTTATAGATAATTTTCACGGCGGTATATAAATATGAGATCAAATTGTCAAACAATAATTG-TTTTACGAAGT-TT-TTT-----------TAGCTA------AATG-TTTTGTTAAGAGTAAAATGTATATGTATTGAGCCTGAAATATATA-ACAATTGTATGATGACAAATGATT-------TGACTGCTATTTATAATTGTTT-AAGTCGAAGAATTGTCTgacatgccatgatttgtattcagtgaaattaacgaaaagtgacaattttatttctgtgggatgcttgtacttcaatataactacaaattgctttttgtgacattatgagtatatgattctttacttaattatatcgtataatacaccgattaagttaatgcaaagctattgtgctgtaaacatgatatattttttggcatttagtagacatttgaactatt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CGTCTGACATGCCATGACTTTTATTAGAGTGTAGTCGAGTGTACGGAAAGTAGCTTGTAAGATAACATTTTATCTGTGAGATTATTGTACATTCAATAAGTTCCCTATATTATCATCACATATTGCTTTGTGTGACACTATAAGTTATGTATACTATGTCTATGAGTACTGTGTGCACATATAATTTTATGCATAATTACTGAATGTGGTGATCTTATATTTTGTTCTTCATTTCTTGTGACACAAACTAT
Unaligned ( gi|29 ): TAACATCATCTGTCAAGCAATGGATAACAGATAATTACTGTAAGTGTTAAAATAGTACAATTCGAAAATAT
Unaligned ( gi|32 ): TAACATCTACTGTCCAACACTGGACAACAAATAATAACAGTAAGTGTTGAAAGAGTACA
Unaligned ( gi|33 ): TAACATCTACTGTCCAACAATGGATAACAAATAATTACTGTAAGTG