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gi|16 : ttcatgaacatatttgtcatttctacttaaattctCAGCAGCT--AGTGTCAA------------TA-----TACATTCTATATCGC----TCTA-T--A----------GTAT-----A-----ATAAAG----------ACTAC-ATATAGG--GA--TATA
gi|17 : tCACAGGGGCT--AG-----A------------TA-----TA-A------ACCGCTAT-T-TA-T--A----------GTAA-----A-----AT---GTCTTTATTAAACTAT-ATATAGG--GA--
gi|18 : --GA--TAAAGAATATATATTGTCACTAGCCCCTGTG-GC-T----GTCCCAATAT
gi|2 : ttatctcacCTCTCGTGTACTCACTTTTAGCATCCAC-GCCACCACCTTTCCAATCATCACCACAGGGGCT--AGTGATTG------------TA-----TAAATTTTATATCCCTATATA-G-T--A-----------TAT-----A-----ATAAAGACTTTATTATACTAT-GTACAGG--GA--TATAGAATGTATATTGTCACTAGCCCCTGTG-GT-T----GT--CAATAT
gi|3 : CACAGGCGCC--AGTGACAA------------TA-----TATATTCTTTATCACTTTATATAAT--A----------TTAT-----A-----AAGACGTCTTTATTATATTATTATATAGT--GA--TATAGAATATATATTGCCACTAGCCCCTGTG-GT-TAGAGGT--AAATATcgctatcagcagcggctgtagtagcattcg
gi|4 : attaagtatatctctacactttacTCGTGACCACAGGGGCT--AGTGAAAA------------TA-----TACATTCTATATCC--ACATATA-T--A----------GTAT-----A-----ATAAA-TCGTTATTGTACTAT-ATATAGC--GA--TATAcatccaacaaaaaaatctgattattactggggctgtcagtgtacagca
gi|6 : ttttcattttcctaccattcaaagacattacattataaaacctgttaagtgatctgtttctcaactagtaatctatgaaataagcctgtttcggtatttcatatGTCACAGGGAAT--AGTGACGA------------TA-----TCTATTTTTT-TCGCTATATATA-T--ACTTTATTTATGTATTTATCATCTTTATAAATCCCCTATTATACTAT-ACATAGG--GA--TAATGGATATATACTATCACTAACCCCTATGTGTAT----GT--ATATA
gi|7 : tttaCACAGGGGCT--AGTTACAA------------TAATGTATATATTCTATAGCCCTATATATA-T--A----------GTAT-----A------CAAAGTCTTTATTATACTAT-ATATATATTGA--TATAGAACATATACTGTCACTAGCCCCTGTG-GG-T----Gattagatacattgattaaaatacgaaatatata
gi|8 : CTGTCGAGTACCCACTTTTA-CAACCGCAGACACCTGCT-----------GCCACAAGGGTT--TGTGTCAA------------TG-----TAAATTTTATATCCCTATCTATA-TTTA----------GTGT-----A-----ATAAAGTCTTTATTATACTAT-ATATAAG--G-------------ATATTGACATTAGCCCCTGTG-gaggtattgaagaagacagttatacaatggtaacaccaattacagaatatctat
gi|9 : aCACAGGGGCT--TATAACAAACAATACATGTATA-----TATATTCTATATTCCTATATA---T--A----------GTGT-----A-----AT-ACGTTTTTATTATGCTAT-ATAT---------T----------TATTGAAACTAGCCCCTGTG-G
blockSeqs : G A . A A A T TTCCAATCATCA . ACAATACATGTA ATGTA T A TT CTTTATTTAT TTATC TCTTT A T ATT TT T A AGAG C
blockSeqs : ATCATC . . . T . . . . . T . G . . . . A
blockSeqs : G . . . T . . . . . T . A . . . . A
blockSeqs : . . . T . . . . . T . A . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . G .
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blockSeqs : .
blockSeqCons : ** G**
originalCons : CTNTCGNGTACCCACTTTTAGCANCCGCAGNCACCNGCT-----ATCGTCGCCACAGGGGCT--AGTGACAA------------TA-----TATATTCTATATCCCTATATATA-T--A----------GTAT-----A-----ATAAAGTCTTTATTATACTAT-ATATAGG--GA--TATAGAATATATATTGTCACTAGCCCCTGTG-GT-T----GT--NAATAT
finalCons : CTNTCGNGTACCCACTTTTAGCANCCGCAGNCACCNGCT-----ATCGTCGCCACAGGGGCT--AGTGACAA------------TA-----TATATTCTATATCCCTATATATA-T--A----------GTAT-----A-----ATAAAGTCTTTATTATACTAT-ATATAGG--GA--TATAGAATATATATTGTCACTAGCCCCTGTG-GT-T----GT--NAATAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): AAAATGTGTTACCAAATATTACAGAGTTATTATATATTATTAATTGCCAAAACTTGTTTCCTTCGTTTAAATGCATGCACCAAAATATTTTGCTATATTATTTCCATTTTTACTACCTGTCAAAGACATTATAGTATATAACATGTTAAGTGACCTGTTCTTCAACCAGTAATCTTTAAAGTAAGTTTGTCTCTTGTTTTCGTA
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Unaligned ( gi|19 ): ATTAAACATCGACCTGCTTTCTGGCTGGCAGTCTACAATGCAA
Alignments
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lowQualScore : . . . . . . . ............ .. ............ ..... . . . .. .......... ..... ..... . . ... .. . . . . .... ...
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consensus : CTNTCGNGTACCCACTTTTAGCANCCGCAGNCACCNGCT-----ATCGTCGCCACAGGGGCT--AGTGACAA------------TA-----TATATTCTATATCCCTATATATA-T--A----------GTAT-----A-----ATAAAGTCTTTATTATACTAT-ATATAGG--GA--TATAGAATATATATTGTCACTAGCCCCTGTG-GT-T----GT--NAATAT
Reference ( family-1574 ) : CTNTCGNGTACCCACTTTTAGCANCCGCAGNCACCNGCT-----ATCGTCGCCACAGGGGCT--AGTGACAA------------TA-----TATATTCTATATCCCTATATATA-T--A----------GTAT-----A-----ATAAAGTCTTTATTATACTAT-ATATAGG--GA--TATAGAATATATATTGTCACTAGCCCCTGTG-GT-T----GT--NAATAT
gi|10 : CC-----ATCCTCTCCACAAGGGCTTAAGTGTCAA------------TA-----TATATTTTATATCCTTATA-A-A-T--A----------GTAT-----A-----ATAAA---TTTA--ATACTA------------G--TATAACATGTATATTGACACTAGCCCCTGTG-
gi|11 : ccttgatatggagaGGGGCT--AGTGGCAA------------TA-----TATATTCTGCATCCCTCTACATA-T--A----------GTAT-----A-----ATAAAGACTTTATAATACTAT-ATATAGG--GATTTTTACTATATCTATTGT-----GCCCCTGTG-
gi|12 : gt--AGTGACAA------------TA-----AATATTCTATATACCTATATATA-T--A----------GTAC-----A-----AAAAAGTCTTTATTAAACTAT-ATATAGA--GA--TATAGAATATATATTGTCACTAGCCC
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gi|14 : gacaGCT-----ATCATC---ACAGGGGCT--AGCGACAA------------TA-----CATATTCTATATCCCT
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gi|9 : aCACAGGGGCT--TATAACAAACAATACATGTATA-----TATATTCTATATTCCTATATA---T--A----------GTGT-----A-----AT-ACGTTTTTATTATGCTAT-ATAT---------T----------TATTGAAACTAGCCCCTGTG-G
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Unaligned ( gi|19 ): ATTAAACATCGACCTGCTTTCTGGCTGGCAGTCTACAATGCAA