lowQualScore                  :                                                               777777777777777777777777777777777777777777777777        1111   3333333333333                           111         111111               3333333333333333333333333                           222                                                                       
lowQualScore                  :                                                     6         777777777777777777777777777777777777777777777777      2 1111   1111111111111 2 22      1 99999 22 1  1 666    3333 777777  222  5   444 3333333333333333333333333 2222  444 1       0  2  1 222    11  66 1  9999999      333333  1   11 33333 1  2222   1      3     
lowQualScore                  :                                                     .         ................................................      . ....   ............. . ..      . ..... .. .  . ...    .... ......  ...  .   ... ......................... ....  ... .       .  .  . ...    ..  .. .  .......      ......  .   .. ..... .  ....   .      .     
lowQualScore                  :                                                     0         555555555555555555555555555555555555555555555555      7 7777   3333333333333 0 55      7 66666 22 6  6 555    2222 666666  777  3   777 2222222222222222222222222 7777  000 2       6  5  1 111    44  22 1  3333333      111111  1   55 99999 1  4444   1      4     
consensus                     :                                                 TCAATAAAACCGAG----TC----TGCTANTTTCTN-TNT-TGA----N---TGCG--NTCTGTGCTT-C---CAAG-TG--G----CC-T-T--TTATCA-G---A-T--A-TT-ATTGACTAT---CA----CAA---CAGCAG---T---A-C---G-------TG-C----T----GT---G-TGGCGGCCGTAAA-AANGTCGC--CCC-G-TAC------TTTGAC------TC-AGT--G-----T-TG----TTA-TTATTTCTGATT
Reference ( gi|11 )           :                                                 TCAACAAAACCGAG----TC----TGCTAGTTTCTG-TAT-TGA----T---TGCG--ATCGGTGCTT-C---TAAG-TG--G----TC-T-T--TTATCA-G---G-T--A-TT-ACTTACTAT---CT----CAA---CAACAG---T---A-T---G-------TG-A----T----GT---G-TGGCGGCTGTAAA-AAGGTCGC--CCT-G-TAT------TTTGAC------TC-AGT--G-----T-TG----TTA-TTATTTTTGATT
gi|13                         :                                                 TCAATAACACCGAG----TTCCGGTATTAGTTTATG-T---T-A----T---AGT---AT--GTGTTT-C---TAAG--G--GAC--CC-T-T--TTATCA-T---A-T--A-GT-ATTGACTGC---CA----TAA---CGGCAG---T---A-TTACG-------TG-T----T----GA---A-TGGCGGAAGTAAA-ACG-TCGC--CTT-G-TGC------GTTGAC------TC-AGA--G-----T-TG----
gi|7                          :                                             agaaTTAATAAAACTGAGATCATT----TAC-AGTTTCCT-CTT-TGG----T---TGTGTTATT--TGCTT-C---CAAG--G--G----AC-T-TGTTTGTCA-G---A-T--A-TT-G-TAAACAG---CA----CAA---CATTAT---T---A-C---C-------TT-C----A----GT---G-TGGCGGGCGTTAA-TA--TTGC--CCTCG-TAT------TTTGAT------TC-ATT--G-----T-TG----TTT-TTATTTCTGATT
gi|39                         :                                               caTCGATAAAACCGAA----CC----TG---ATTT-TG-TTT-TGA----TGGATGCT--TTCTGCACTT-C---AAAG-TG--A----TCCT-T--TTATCA-G---A-T--A-TT-ACtcgtggagtcctgtgagtcattcagtgttgc
gi|43                         :                                               gacCAGTAAAACCAAG----TC----TGCTATTTT----TA-------------TGCG--GTCTGTGCTT-T---CAAG-GGA-G----CC-TAT--TTAT
gi|3                          :                                      tcatgaaaagaaaAATAAAACCGAG----T-----------TTTCTT-CATCTTA----A---TGTG--TTCTTTGTTT-C----AAG-GG--A----TCCT-T--TTATTA-T---A-T--A-TT-ATTGACTAA---C------AG---CAGCAG---TC--A-TTT-G-------TG-C----C----AT---A-TGATGGCCATAAC-A-TATTAC--CTC-G-TAC------TTTGAC------TC-AGT--G-----C-CG----TTA-GTATTTCCGATTtt
gi|4                          :                                                    ctgAAACTAAG----TC----TGCTATTTTCTTCTTT-TGG----A---TGAA--CTCTTTGCTT-C---CAAGATA--GATATCC-T-T--TTATCA-G---A-G--A-TT-TTTGACTAT---CA----TAA---CAGTAGCCAT---A-C---G-------TG-C----T----GT---T-CGGCGACCGT-AA-ATTGTCAC--CA--G-TAC------TTGAAC------TC--------------------TTA-TTATTTCTGACTccctgcaataatggagccattaagtgtatctcgggaatagattaccgtttagccggtggtagtggggtgggggattcgttaggggtgttgtat
gi|10                         :                                                 atatatAACCCGAG----TT----T--CATTTCTTG-TA---GAATATC---TGCG-----GCTGCTTTC---GAAG--G--G----TC-C-T--TTACTA-G---GAT--A-TT-ATTGGCTGA---CA----CAA---CAGCAG---TCTTA-C---G-------TG------T----GG---GATGGCGGCCGTTAG-A-TGTCGC--TCC-G-TGT------TTTGGC------TC-AGT--GATGGAT-TG----TAA-TACTTTCTGATTccttggagtcaaagagaatcttcggtattgctagagaatatattaaactagtgataggcataagagtgtttgcatatctt
gi|15                         :                                                                                    aattT-TGA----A---CGCG--TTCTGAATTT-C---AAGG-TG--A----CCCT-T--TTATTT-T---G-C--A-TT-ATTGACTAC---C------------AGCTG---T---T-TTAAA-------TG-C----T----GT---G-TTGTGGTTGTAAA-A-TGTCGC--TTC-G-TAA------TTTGAC------TC-AGT--T-----T-TG----TTA-CTAATTgc
gi|1                          :                                                                               ttatcttttc-TAA----C---TGCG--TTATGTGCTT-TCAATAAA-T--------CC-T-T--CTATCA-G---A-T--G-CC-ACTGACTTT---CC----AAA---CAACAG---T---C-TTAAG-------TG-T----C----TT---G-TAGCGACCGT-GG-AATGTCTC--ATC-G-TAT------TTTAATTGGAAATA-AGT--G-----T-TT----TTA-TTATATCTGATcaa
gi|29                         : tttgatatatgaaactccctgagtgttggtcgaaaacagaaaacaattaggggcggtgctagagagcgttatgggtgttgcataaatcccacataaacattttccccTCTGTACTT-T---CAAA-TT--A----CCCT-T--TTATCA-AACAG-T--G-TTGACTT-CT-----TT----CAA---CAGAAG---TCGCA-C---G-------TG-C----T----GT---G-TGGCGACCGT-AA-AAGGTCGA--TCC-G-TAA------TTTGAccttaatttattt
gi|20                         :                                                                                                                TGTTT-C---CA-G-TG--GAACGT--T-T--TTATGA-G---A-T--G-TC-ATTGATCAC---CA----CAG---CAGTAA---T---A-TTGCG-------TG-C----T----GT---G-TTGCGACCGTAAA-A-TTTCGC--CTC-G-TGC------TTTGAT------TC-AGT--G-----T-TG----TTA-CTAGTTCTGATT
gi|18                         :                                                                                                                TGCTT-C---CAAG-AG--A----TTAT-T--GTATCA-G---A-T--AGTT-AAG-ACTAT---CA----CGAATTCATTCT---T---A-G---G-------TG-A----T----GT---G-TGACAACCGCAAA----TTTGT--CCT-G-TAC------TTTGCC------TC-AGT--A-----G-TG----TCA-TTATTTTtc
gi|53                         :                                                                                                           ttttaTGCTT-C---TAAG--G--GAA--CC-T-T--TTATTA-G---A-T--T-TT-ATAAACTAT---C-------A---CAACGG---T---A-tactccttg
gi|16                         :                                                                                                                   TT-T---TAAA-TG--GG---TC-T-T--TT-TCA-T---T-TTCA-TT-ATTTATTATTGACTTTAACAG---CATCAG---T-----T---G-------TG-GATACT----GT---G-TGACCGCTGAGAA-GACATCAC--CTA-G-TAA------CCTGAG------TC-AAT--G-----T-CA----TTC-TTATTTgtcttacgt
gi|49                         :                                                                                                          gtgttctagTT-C---AAGG-TA--G----CC-A-T--TTATCA-A---A-T--A-TT-ATTTACCAA---CA----TAA---CAGCAG---T---ccaat
gi|2                          :                                                                                                                        tactAG-TGCAG----TC-T-T--TAA--ATG---G-T--A-TT-G---ACTAT---GA----CAA---CGTCAG---TCTAA-T---A-------TG-A----T----GT---A-TGGCGGCTGTATA-AAG-TTGC--CCC-G-TAC------TTTGAT------TC-AGT--G-----T-TG----TCA-TTActtacgtata
gi|27                         :                                                                                                       atcaatgtttcaggcttgaaaagacG--A----TC-C-T--TTTTCT-G---A-T--A-TT-A-TTATTAT---CA----TAG---CAGCAG---T---A-T---AGATAACATG-G----T----GT---G-TGGCGACCATAAA-A-TGTCGC--CCC-G-AAC------TTTGAC------TT-TGT--G-----T-TT----TTA-TTATTacttatcacttcttattccttaacctgaatcctggaagaaattcaggattttcgtaaatgaaacaatactttatctggtctttaagagcgtgattggtgttgagtatttcattatctctaattaa
gi|25                         :                                                                                                                                       gaC-T-T--TTATCA-G---C-T--A-TT-ATTGACT-----CT-----------AGTTG---T---C-TCGCG-------TT-C----T----AT---G-TGGCAA-TCTTAA-AAGGTCGT--CTC-G-TAC------TTTGAC------TC-AAT--G-----T-C-----TT--TTATTTCTGATT
gi|9                          :                                                                                                                              tccaatgaatcC-T-T--CGATCA-G---A-A--A-GT-ATTGACTAT---CA----CAA---CAGCAG---CCTAA-C---G-------TA-C----T----TT---G-TAGTGTCCGTAAT-A-TGTCGC--CAT-C-GGC------TTTGGC------TC------G-----T-AG----TTAATTATTTCTGA
gi|26                         :                                                                            tataaatactcaagaatccacttttgtcgtatttcggttcttttttgtacatccgaggaacc-T-T--TTATCA-G---A-T--A-TT-GCAGAGTAT---CA----GTA---CAACAGTCTT---A-C---G-------TA-A----T----GT---A-TGGCGGTTGTAAG-AA--TAGC--CCC-T-TAC------TCTAAA------CC--GT--G-----T-AA----TAA-ATATTTCTGATTatcatt
gi|34                         :                                                                                                                                         tatct--TTATCA-G---A-T--A-GT-ATTAACAAT---CA----CAA---CAACCC---T---ACT---GCT-----TG-C----T----CT---T-TGGCGGCCGT-TA-AATGTCGA--CAC-G-TAT------ATCTAC------TC-ACT--G-----T-TG----CTA-T
gi|32                         :                                                                                                                                              --TCATCA-T---A-T--G-TT-GTTGACCAT---GT----CAT---CAGCAG---TCTTA-C---G-------TA-A----TCAGTAT---G-TGACAGTCATAAA-AA-GTCAC--CTC-G-TGC------TTT
gi|17                         :                                                                                                                                 tttgcaagggatcaccTATCA-GAT-G-T--G-TT---TTACTTT---CA----TAA---CAGCAG-------A-C---G-------TGCG----T----GTTAAG-TGGCGGCCGTAAATAATATCTC--CAT-GTTGT------TTTAAT------TC---T--GA----T-TG----CTA-
gi|6                          :                                                                                                                                                    tg-G---G-T--A-TT-G---GCTAT---TT----CAA---TTGCAG---TCTAA-C---G-------TT-A----T----GA---G-TGGCGCTCGTAAA---GTTCTC--CCC-G-AAC------TTTGAC------TC-GGT--G-----T-TG----GTA-TTTTGTCTGATTaatataatggagctccattagtgttgctcgagaatata
gi|33                         :                                                                                                                                                            -T--A-TT-ACATAATAC---CA----CAG---CAGCAG---T---C-T-----------CG-A----T----AC---G-TGCTG--TGT------GGTTGC--GCA-A-CAC------TTTGAC------TC-AGT--G-----T-TG----TTA-TTATTTcattgaaatcattggaatcaaagagttcccaaggttctgttagataatatgtagaatatttataaaatcggtgctaaaggacgtcaacggttttgcctttttaattagcctaattga
gi|14                         :                                                                                                                                                    attaatac-T--A-TT-ATTGACTTA---CG----CAA---TATCAG---T-----T---T-------CG------T----GT---G-TGGAGGTCCAAAA-AAAGTCGC--ACC-G-CAC------TTTGAT------TC-AGT--C-----T-TT----TCA-ATATTTCaccgatt
gi|23                         :                                                                                                                                                            aatcttacataatACTAT---CA----CGA---CAGCTG---TCCAA-C---G-------AG-C----T----GT---G-TGACGTCAGCAAA-A--GTCGC--CCC-G-TATCTTGACTCTGAC------TC-GGT--G-----T-TA----ATA-TCATTTCAGATTcgttctttggaatagtggaggacattcagtgttgttggaaaat
gi|42                         :                                                                                                                                                                   agaaagtatgggtgagattttgA---CAAT-G---T---A-C---G-------TG-C----T----GC---G-CGATGGCTGTAAA-A-GATCGG--CAC-A-TAG------TTTGAC------CC-AGT--G-----T-TATGTTTTG-TTGTTTTc
gi|38                         :                                                                                                                                                                                              AGCAG---TCTAA-C---G-------CG-C----T----GC---G-AGGCGACCTTAAA-A-TGTCGG--CCC-G-TAC------TTTGAC------TA-AAT--C-----T-TG----TTT-TGATTTCTGATT
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                   ---T---A-T---G-------TG-A----T----GTCG-G-TGGCGGCTGTAAA-A------C--ACT-G-TACA-----TTTGAC------CG-AGT--G-----T-AA----TTA-TTATtct
gi|28                         :                                                                                                                                                                                              aagat---T---A-T---A-------TG-T----C----AT---A-TGGTCGCTGTGAA-AAGGTCGT--CCA-G-TAC------TTTTAC------TC-ATT--G-----C-TT----TCA-TTAgattc
gi|50                         :                                                                                                                                                     tgcagtatgtaatatggtgccatgacatactcaatatttgtagtct---T---A-C---G-------TG-A----C----GT---G-TAACTG-TCTTAC-AATGTCGC--CCC-A-TAC------TTTGAC------TC-GGT--G-----C-TG----TTA-CTAT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                       ---A-C---G-------TG-C----T----GT---A-TGGCGGCTGTAAA-AA-GTTGCTTCCT-A-TA--------TCGGT------TC-AGT--G-----T-TG----TAA-TTGTT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                               aacctctgtctc-T---G-------TG-C----C----AT---G-TGGCGTCTGCAGA-CAGGTCAC--TC--A-AAC------TTTTAT------TC-AGCTGG-----TATG----TTG-TTATTTCTGGTTcactgagctcatttcataagctaaa
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                   gtagtctat----T----GT---A-TGGTGACTGTAGA-T-TGTCTC--CCT-A-TAC------TTTGAC------TCAAGC--G-----T-TG----TTA-CTATTTCTGACTctaatgcattcttaaagccattcagtgtgcctcgaaaatag
gi|58                         :                                                                                                                                                                                                                                     atatac-TGGCGGCCTTAAA-A-TGTTAC--CTC-G-TAC------TTTGAC------TC-AGc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                 acaGTAAA-AAG-TCGC--CTT-G-TAC------TCTGAC------TC-AGT--G-----T-TG----TTA-TTTGTTTTGATT
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                      cAA-ATAGTTGC--CCC-G-TAT------TTCGGC------TC-AGT--A-----T-TG----TTA-TTATTTCTAATTccttggaatcatgcaactcattaagttttgtttgtgaatagaaaat
gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                       AA-AAAGTTGC--CCC-G-TAG------TATGAC------TC-AGT--G-----C-TG----TTC-TT-TTTTTG
gi|57                         :                                                                                                                                                                                                                                                            tGTCGC--CTC-G-TAG------TTTGAC------TC-AGC--G-----T-TG----TGA-TTTTTTCTGATTttactatttggaat
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                             aTCGC--CCC-G-TGC------TTACAC------TC-AGT--G-----T-TG----TTA-TCA
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                             ttCGT--CCC-G-TAC------TTTGAC------TC-AGT--G-----T-TG----TTA-TTATTTCTGATactctggctacttggactcgtggagatcattcaatatt
gi|59                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            T------TTTGAC------TC-AGT--G-----T-TG----TTA-TTATTTCTGATTcccttgtaatcatggggtcacatta
16 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTATTCTTATTGTTATTTTCCCGATTTCTTTAAATCATGGAACACAGTCAGTCATGGTCGTAAATAGAATACCGCTTAAGCGAATGCCAATGAGTGTAATGAGTGTTGCATGTTTTAATATCCCGCATAAACAAATTCAAAATAAAATCAAGTCTTCTAGTTTTATTCGATGCTTTCGTTATATCCTTTCCTCAGATACCATTATAAATA
Unaligned ( gi|8 ): TCCCGAACTTTGACTCAAGAGTTGTTATTATTGTCTGATTCCTTGGAATCACGGAGCCGCTTTGACAGTGGTCCTCGAACCCAAACTACCGCTTAAGTCGGTATGAGAGTGCATGATGGGTGTTGCATAGGCCACTAGCCTTAATGAACAGATTCAATAAAACTTAGTCTGGTTTGTTTT
Unaligned ( gi|12 ): GCTTCCAAAGATAACTTCTATCAGATAGTATTGACTATCACAATTGAGTATTACGTGTTTTGTGGTGGTCGTAAAATGTCGTCTCGCACTTCGACTAAAGTAATTTTTTTTTTATACTTTCTTGGAAACTCATTTTGTATAATTGTCCGAAAATAGAATAT
Unaligned ( gi|19 ): CATTTACTTTTGTTATTTCTTTTTTATTAAAATAATGGAGCATATTCATTGTTGGTCAAGCAATTGGAATAGAAAACCGCTAAATCGAGTGTGATGCATGAGGGGTGTTGAATGCTGCACTGTATTA
Unaligned ( gi|22 ): TATCAAATAATATATACTTTCAAAACATTAGTTTTAACATGCTGAATAGCGGATGTTAACAGTTGCCTCTGCTTTCATTCACTAACTTAATGTTGTGCTAATAACTTATCTGTACTTC
Unaligned ( gi|24 ): TTCAATAAAACCAAGTGTTTCACTGTGTTTTGTGCTTTGAAGAGATCCTGTTTCACAGAAGCAGCTTCATTTATGGTGGTCGCAAAACATAGTATTTTGACATAGTGTTGTTAG
Unaligned ( gi|35 ): CCCGAATTCTACTCGAACATCATAATTGGTCATTACTCGGAATCATGGCACCCGTGCAGTGTTGCTCGAAAACAAAATACCGCTTAAG
Unaligned ( gi|36 ): CCTTTTCTCAGATGTTAATGACTATCACATCAGCAATCTAAAGTGTTGTAAGGCGGCCGTAATAACTCCCGCTCAGATGTTATTGACT
Unaligned ( gi|37 ): TTTTGTATGAGTGGATCCCTTTGCCAGATAAAATTGACTATTACGACAGCAGCCTCACGCCCAGTGTGGCGGCCCTGACAAGTCGC
Unaligned ( gi|40 ): ACATTAGCAGTCATTAGAGTAATGTACGTATAATATCGCCTCGTAATTTGACACAGTGTCAGTTAATATTTCAGACT
Unaligned ( gi|41 ): TGTGACAACAATAGTCTTATGTGCTGTATGTCATCCGCAAAACGTCACCTCCTTCTTTGATTCAGTGGTGTTAATAA
Unaligned ( gi|47 ): AATTTTGATTATCAAAACAGCTGTCTGACGTACTGTATTGCGGCTGTAGAATGTCGATCGGTTCTTTG
Unaligned ( gi|52 ): TAAGGAGTCGTCTCGCACTTTAAATCATTGTTGTTATTTTTTTTCTGATTCCTTGGGA
Unaligned ( gi|54 ): ACTGCCGGCCCGTACTCTGACTGATTGTTGTTATAATACGTGATCCTTTGGAATCA
Unaligned ( gi|55 ): TTTTATTAAATAATGTATACTGTCAAAACATCCGACCTAAGTGCTGGGTGGCG
Unaligned ( gi|60 ): GAAAGCTTGTTCTGATTTGCTCGAGAATAAAATAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                 1111111111111     222222222222                         3333333333                                                            333333333333333333                                   11                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                        4        5555555555555 44  000000000000 1  777    4444          2222222222 33 4 3   1     1   1        2222    444 11   222 11   222  111111111111111111 11   6666666   333           5  1 77      0 0   222222  0   0   222222  0 0 0 11 22222 0  2222  1 11     1 2      
lowQualScore                  :                                                                                                        .        ............. ..  ............ .  ...    ....          .......... .. . .   .     .   .        ....    ... ..   ... ..   ...  .................. ..   .......   ...           .  . ..      . .   ......  .   .   ......  . . . .. ..... .  ....  . ..     . .      
lowQualScore                  :                                                                                                        4        7777777777777 66  777777777777 0  555    7777          3333333333 88 8 2   4     4   3        8888    555 88   333 77   222  888888888888888888 44   1111111   444           4  0 11      9 9   444444  9   9   666666  9 9 9 33 33333 9  0000  0 33     2 5      
consensus                     :                                                                                                  TCAATA-AAACCGAG----T-CTGCTATT--TT-C-TN-TNTTG-ANTGCGTTCTG----TGCTTCCAAG-TG--G----C--C-T-TTT-ATCAG-ATA-TTATTGAC----TATC---A--CAA---C--AGC---AG---T------A-------C--GTG----C--TGT---GTGGCGGCCGTAAA-AATGTCGCC-C-CGT------AC-TTT-GAC------TC-A-G-T--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
Reference ( family-1424 )     :                                                                                                  TCAATA-AAACCGAG----T-CTGCTANT--TT-C-TN-TNTTG-ANTGCGNTCTG----TGCTTCCAAG-TG--G----C--C-T-TTT-ATCAG-ATA-TTATTGAC----TATC---A--CAA---C--AGC---AG---T------A-------C--GTG----C--TGT---GTGGCGGCCGTAAA-AANGTCGCC-C-CGT------AC-TTT-GAC------TC-A-G-T--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
gi|1                          :                                                                                                                               --TT-T-TC-CCCTA-ACTGCGTTATG----TGCTTTCAA--TA--AAT--C--C-T-TCT-ATCAG-ATG-CCACTGAC----TTTCCAAA--CAA---C--AGT---CT---T------A-------A--GTG----T--CTT---GTAGCGACCGT-GG-AATGTCTCA-T-CGT------AT-TTT-AATTGGAAATA-A-G-T--G-----T-TT----TT-A--TTATA-T-CTGAT
gi|10                         : tttgatatatgaaactccctgagtgttggtcgaaaacagaaaacaattaggggcggtgctagagagcgttatgggtgttgcataaatcccacataaacaAATT-AACCCGAG----T-TT-C--AT--TT-C-T--TGTAG-AAT---ATCTGCGGCTGCTTTCGAA-GG--G----T--C-C-TTT-ACTAGGATA-TTATTGGC----TGAC---A--CAA---C--AGC---AGTCTT------A-------C--GTG----T--GGG---ATGGCGGCCGT-TA-GATGTCGCT-C-CGT------GT-TTT-GGC------TC-A-G-T--GATGGAT-TG----TA-A--TACTT-T-CTGATTccttaatttattt
gi|11                         :                                                                                                  TCAACA-AAACCGAG----T-CTGCTAGT--TT-C-TG-TATTG-ATTGCGATCGG----TGCTTCTAAG-TG--G----T--C-T-TTT-ATCAG-GTA-TTACTTAC----TATC---T--CAA---C--AAC---AG---T------A-------T--GTG----A--TGT---GTGGCGGCTGTAAA-AAGGTCGCC-C-TGT------AT-TTT-GAC------TC-A-G-T--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-TTGATTgc
gi|12                         :                                                                                                                                                               GCTTCCAAA--G--A----TAAC-T-TCT-ATCAG-ATA-GTATTGAC----TATC---A--CAA---TTGAGT---AT---T------A-------C--GTG----T--TTT---GTGGTGGTCGT-AA-AATGTCGTC-T-CGC------AC-TTC-GAC------T
gi|13                         :                                                                                                  TCAATA-ACACCGAG----TTCCGGTATTAGTT---TA-TGTTATAGTA-----TG----TGTTTCTAAG--G--GAC--C--C-T-TTT-ATCAT-ATA-GTATTGAC----TGCC---A--TAA---C--GGC---AGTATT------A-------C--GTG----T--TGA---ATGGCGGAAGT-AA-AACGTCGCC-T-TGT------GC-GTT-GAC------TC-A-G-A--G-----T-TG----aaagtaattttttttttatactttcttggaaactcattttgtataattgtccgaaaatagaatat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                agaaTA-TTATTGAC----TTAC---G--CAA---T--ATC---AG---T------------------TT----CG-TGT---GTGGAGGTCCAAAA-AAAGTCGCA-C-CGC------AC-TTT-GAT------TC-A-G-T--C-----T-TT----TC-A--ATATT-T-CT
gi|15                         :                                                                                                                        aatcttacataat-TT-TCTTG-AACGCGTTCTG----AATTTCAAGG-TG--A----C--CCT-TTT-ATTTT-GCA-TTATTGAC----TACC---A------------GC---TG---TTTT---A-------A--ATG----C--TGT---GTTGTGGTTGTAAA-A-TGTCGCT-T-CGT------AA-TTT-GAC------TC-A-G-T--T-----T-TG----TT-A--CTAAT-T-cgttctttggaatagtggaggacattcagtgttgttggaaaat
gi|16                         :                                                                                                                         ttatct--TT-C-TAGTTTTA-AATG-GGTCT-------TTTTCA---------------T-T-TTC-ATTAT-TTA-TTATTGAC----TTTA---A--CAG---C--ATC---AG---T--------------T--GTGGATAC--TGT---GTGACCGCTGAGAA-GACATCACC-T-AGT------AA-CCT-GAG------TC-A-A-T--G-----T-CA----TT-C--TTATT-T-CCAATaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                        gtgT-ATCAG-ATG-TGTTTTAC----TTTC---A--TAA---C--AGC---AG----------A-------C--GTG----CG-TGTTAAGTGGCGGCCGTAAATAATATCTCC---------------------------------A-T--G-----T-TG----TT----TTAAT-T-CTGATT
gi|18                         :                                                                                                                                                    tgTTTA----TGCTTCCAAG-AG--A----T--TAT-TGT-ATCAG-ATAGTTA-AGAC----TATC---A--CGAATTC--ATT---CT---T------A-------G--GTG----A--TGT---GTGACAACCGCAAA----TTTGTC-C-TGT------AC-TTT-GCC------TC-A-G-T--A-----G-TG----TC-A--TTATT-T-TTgctaaatataatggagctccattagtgttgctcgagaatata
gi|2                          :                                                                                                                                                                     tAG-TGCAG----T--C-T-TT-----AA-ATG-GTATTGAC----TATG---A--CAA---C--GTC---AG---TCTA---A-------T--ATG----A--TGT---ATGGCGGCTGTATA-AA-GTTGCC-C-CGT------AC-TTT-GAT------TC-A-G-T--G-----T-TG----TC-A--TTAtactccttg
gi|20                         :                                                                                                                                 atcaatgtttcaggcttgaaaagac----TGTTTCCA-G-TG--GAA--CG-T-T-TTT-ATGAG-ATG-TCATTGAT----CACC---A--CAG---C--AGT---AA---T------ATTG----C--GTG----C--TGT---GTTGCGACCGTAAA-A-TTTCGCC-T-CGT------GC-TTT-GAT------TC-A-G-T--G-----T-TG----TT-A--CTAGT-T-CTGATTacttatcacttcttattccttaacctgaatcctggaagaaattcaggattttcgtaaatgaaacaatactttatctggtctttaagagcgtgattggtgttgagtatttcattatctctaattaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 --GTG----C--CAT---GTGGCGTCTGCAGA-CAGGTCACT-C-AA-------AC-TTT-TAT------TC-A-G-CTGG-----TATG----TT-G--TTATT-T-CTGGTTtc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                       gtagtctattG-AGA-TT-TTGAC----TATC---A--CGA---C--AGC---TG---TCCA---A-------C--GAG----C--TGT---GTGACGTCAGCAAA-A--GTCGCC-C-CGTATCTTGAC-TCT-GAC------TC-G-G-T--G-----T-TA----AT-A--TCATT-T-CAGATTctaatgcattcttaaagccattcagtgtgcctcgaaaatag
gi|24                         :                                                                                     agaaagtatgggtTCAATA-AAACCAAG----T-------GT--TT-C----------ACTGTGTTTTG----TGCTTTGAAG------------------------AG-ATC-CTGTT---------TC---A--CAG---A--AGC---AG------------------C--TTC----A--TTT---ATGGTGGTCGCAAA-A------CA-T-AGT------AT-TTT-GAC------AT-A-G-T--G-----T-TG----TT-A--c
gi|25                         :                                                                                                                                                                 tTCCAA--TG--AAT--C--C-T-TTT-ATCAG-CTA-TTATTGAC----TCT----------------AGT---TG---TCTC---G-------C--GTT----C--TAT---GTGGCAATCTTAAA-A-GGTCGTC-T-CGT------AC-TTT-GAC------TC-A-A-T--G-----T-C-----TT----TTATT-T-CTGATTg
gi|26                         :                                                                                                                                                                              ----C--T-T-TTT-ATCAG-ATA-TTGCAGAG----TATCAGTA--CAA---C--AGT---CT---T------A-------C--GTA----A--TGT---ATGGCGGTTGTAAG-AA--TAGCC-C-CTT------AC-TCT-AAA------CC---G-T--G-----T-AA----TA-A--ATATT-T-CTGATT
gi|27                         :                                                                                                                                                                           tat----C--C-T-TTT--TCTG-ATA-TTATT-AT----TATC---A--TAG---C--AGC---AG---T------ATAGATAAC--ATG----G--TGT---GTGGCGACCATAAA-A-TGTCGCC-C-CGA------AC-TTT-GAC------TT-T-G-T--G-----T-TT----TT-A--TTATT-
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                         gagat---T------A-------T--ATG----T--CAT---ATGGTCGCTGTGAA-AAGGTCGTC-C-AGT------AC-TTT-TAC------TC-A-T-T--G-----C-TT----TC-A--TTA
gi|29                         :                                                                                                        tgcagtatgtaatatggtgccatgacatactcaatatttgtagtctTCTG----TACTTTCAAA-TT--A----C--CCT-TTT-ATCAA-ACA-GTGTTGAC----T-TC---TTTCAA---C--AGA---AG---TCGC---A-------C--GTG----C--TGT---GTGGCGACCGT-AA-AAGGTCGAT-C-CGT------AA-TTT-GA
gi|3                          :                                                                                                    AATA-AAACCGAG----T-TTTCT------T-C--A-TCTT--AATGTGTTCTT----TGTTTC-AAG--G--GAT--C--C-T-TTT-ATTAT-ATA-TTATTGAC----TA-----A--CAG---C--AGC---AG---TC-----A-------TTTGTG----C--CAT---ATGATGGCCATAAC-A-TATTACC-T-CGT------AC-TTT-GAC------TC-A-G-T--G-----C-CG----TT-A--GTATT-T-CCGATT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                               ctg------A-------C--GTG----C--TGT---ATGGCGGCTGTAAA-AA-GTTGCT-T-CCT------AT-ATC-GGT------TC-A-G-T--G-----T-TG----TA-A--TTGTT-CACTGAccctgcaataatggagccattaagtgtatctcgggaatagattaccgtttagccggtggtagtggggtgggggattcgttaggggtgttgtat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               aacctctgtctcCGTAAA-AA-GTCGCC-T-TGT------AC-TCT-GAC------TC-A-G-T--G-----T-TG----TT-A--TTTGT-T-TTGATTgctcatttcataagctaaa
gi|32                         :                                                                                                                                                                                          TC-ATCAT-ATG-TTGTTGAC----CATG---T--CAT---C--AGC---AGTCTT------A-------C--GTAAT--CAGTAT---GTGACAGTCATAAA-AA-GTCACC-T-CGT------GC-TTT-ccttggaatcatgcaactcattaagttttgtttgtgaatagaaaat
gi|33                         :                                                                                                                                                                                  tttgcaagggatcacc-ATA-CTATT-ACATAATACC---A--CAG---C--AGC---AG---TCTCGATA-------C--GTG----C--TGT---GTGGTTGC-GCAA----------------C------AC-TTT-GAC------TC-A-G-T--G-----T-TG----TT-A--TTATT-TACCGATT
gi|34                         :                                                                                                                                                                                      attaTT-ATCAG-ATA-GTATTAAC----AATC---A--CAA---C--AACCCTAC---T------G-------C--TTG----C--TCT---TTGGCGGCCGT-TA-AATGTCGAC-A-CGT------AT-ATC-TAC------TC-A-C-T--G-----T-TG----CT-A--T
gi|36                         :                                                                                                                                                                              ----C--C-T-TTT-CTCAG-ATG-TTAATGAC----TATC---A--CAT---C--AGC---AA---TCTA---A-------A--GTG----T--TGT---AAGGCGGCCGTAAT-AAC----TC-C-CG----------------C------TC-A-GAT--G-----T-TA----TT-
gi|37                         :                                                                                                                                                                      AG-TG--GAT--C--C-C-TTT-GCCAG-ATA-AAATTGAC----TATT---A--CGA---C--AGC---AGCCTC------A-------C--GCC----C--AGT---GTGGCGGCCCTGAC-AA-GTCGCgact
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                           ttttgtatg--AGC---AG---TCTA---A-------C--GCG----C--TGC---GAGGCGACCTTAAA-A-TGTCGGC-C-CGT------AC-TTT-GAC------TA-A-A-T--C-----T-TG----TT-T--TGATT-T-CTGATT
gi|39                         :                                                                                                  TCGATA-AAACCGAA----C-CTG--ATT--TTGT-TT-TGATG-GATGCTTTCTG----CACTTCAAAG-TG--AT---C--C-T-TTT-ATCAG-ATA-TTAtct
gi|4                          :                                                                                                  gacATATAAACTAAG----T-CTGCTATT--TT-C-TTCTTTTG-GATGAACTCTT----TGCTTCCAAGATA--GATATC--C-T-TTT-ATCAG-AGA-TTTTTGAC----TATC---A--TAA---C--AGT---AGCCAT------A-------C--GTG----C--TGT---TCGGCGACCGT-AA-ATTGTCA-C-C-AGT------AC-TTG-AAC------TC----------------------TT-A--TTATT-T-CTGACTc
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                     at---A--CAA---C--AAT---AG---TCTT---A-------T--GTG----C--TGT---ATGTCATCCGC-AA-AACGTCACC-T-CCT------TC-TTT-GAT------TC-A-G-T--G-----G-TG----TT-A--ATAccttggagtcaaagagaatcttcggtattgctagagaatatattaaactagtgataggcataagagtgtttgcatatctt
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                         tgtgG---T------A-------C--GTG----C--TGC---GCGATGGCTGT-AA-AAGATCGGC-A-CAT------AG-TTT-GAC------CC-A-G-T--G-----T-TATGTTTT-G--TTGTT-T-a
gi|43                         :                                                                                              acaatCAGTA-AAACCAAG----T-CTGCTATT--TT-T-----------ATGCGGTCTG----TGCTTTCAAG-GGA-G----C--C-TATTT-ATt
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         tcatgaaaagaaaTCGCC-C-CGT------GC-TTA-CAC------TC-A-G-T--G-----T-TG----TT-A--TCAAC-T-CTGtt
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  ttTA----C--TGT---ATGGTGACTGTAGA-T-TGTCTCC-C-TAT------AC-TTT-GAC------TC-AAG-C--G-----T-TG----TT-A--CTATT-T-CTGACTgctacttggactcgtggagatcattcaatatt
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                           ata---T------A-------T--GTG----A--TGTCG-GTGGCGGCTGTAAA-A------CA-C-TGT------ACATTT-GAC------CG-A-G-T--G-----T-AA----TT-A--TTATc
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aagatCGTC-C-CGT------AC-TTT-GAC------TC-A-G-T--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATgattc
gi|49                         :                                                                                                                                                          ----TACTTTCAAGGTA--G----C--C-A-TTT-ATCAA-ATA-TTATTTAC----CAAC---A--TAA---C--AGC---AGTCTT------A-------C--GTcccttgtaatcatggggtcacatta
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                              ---T------A-------C--GTG----A--CGT---GTAACTGTCTTACA-A-TGTCGCC-C-CAT------AC-TTT-GAC------TC-G-G-T--G-----C-TG----TT-A--CTATata
gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               AA-AAAGTTGCC-C-CGT------AG-TAT-GAC------TC-A-G-T--G-----C-TG----TT-C--TT-TT-T-TTG
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              tAA-GGAGTCGTC-T-CGC------AC-TTT-AAA------TC-A-T-T--G-----T-TG----TT-ATTTTTTT-T-CTGATTttactatttggaat
gi|53                         :                                                                                                                                                         t----TGCTTCTAAG--G--GAA--C--C-T-TTT-ATTAG-ATT-TTATAAAC----TATC---A--CAA---C--GGT---AGTCTT------A-------C--GTccttggga
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GCCGGC-C-CGT------AC-TCT-GAC------TG-A-T-T--G-----T-TG----TT-A--TAAT
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            actAA-ATAGTTGCC-C-CGT------AT-TTC-GGC------TC-A-G-T--A-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTAATTacgtgatcctttggaatca
gi|57                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GTCGCC-T-CGT------AG-TTT-GAC------TC-A-G-C--G-----T-TG----TG-A--TTTTT-T-CTGATT
gi|58                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   aTGGCGGCCTTAAA-A-TGTTACC-T-CGT------AC-TTT-GAC------TC-A-G-
gi|59                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             acaT------AC-TTTTGAC------TC-A-G-T--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                        TATTGGC----TATT---T--CAA---T--TGC---AG---TCTA---A-------C--GTT----A--TGA---GTGGCGCTCGTAAA---GTTCTCC-C-CGA------AC-TTT-GAC------TC-G-G-T--G-----T-TG----GT-A--TTTTG-T-CTGATTcctggt
gi|7                          :                                                                                                ggTTAATA-AAACTGAGATCAT-TTAC-AGT--TT-C-CT-CTTTG-GTTGTGTTATT----TGCTTCCAAG-GG--A----C--T-TGTTT-GTCAG-ATA-TTGTAAAC-----AGC---A--CAA---C--ATT---AT---T------A-------C--CTT----C--AGT---GTGGCGGGCGTTAA---TATTGCC-CTCGT------AT-TTT-GAT------TC-A-T-T--G-----T-TG----TT-T--TTATT-T-CTGATTcattgaaatcattggaatcaaagagttcccaaggttctgttagataatatgtagaatatttataaaatcggtgctaaaggacgtcaacggttttgcctttttaattagcctaattga
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        caC-C-CGA------AC-TTT-GAC------TCAA-G-A--G-----T-TG----TT-A--TTATTGT-CTGATTtcgtggagtcctgtgagtcattcagtgttgc
gi|9                          :                                                                                                             tGAA----T-CCACTTTT--GT-CGTA-TTTCG-GTTCTTTTTTG----TACATCCGAG-GA--A----C--C-C-TTCGATCAG-AAA-GTATTGAC----TATC---A--CAA---C--AGC---AG---CCTA---A-------C--GTA----C--TTT---GTAGTGTCCGT-AA-TATGTCGCCAT-CG-------GC-TTT-GGC------TC--------G-----T-AG----TTAA--TTATT-T-CTGAccttggaatcacggagccgctttgacagtggtcctcgaacccaaactaccgcttaagtcggtatgagagtgcatgatgggtgttgcataggccactagccttaatgaacagattcaataaaacttagtctggtttgtttt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTATTCTTATTGTTATTTTCCCGATTTCTTTAAATCATGGAACACAGTCAGTCATGGTCGTAAATAGAATACCGCTTAAGCGAATGCCAATGAGTGTAATGAGTGTTGCATGTTTTAATATCCCGCATAAACAAATTCAAAATAAAATCAAGTCTTCTAGTTTTATTCGATGCTTTCGTTATATCCTTTCCTCAGATACCATTATAAATA
Unaligned ( gi|19 ): CATTTACTTTTGTTATTTCTTTTTTATTAAAATAATGGAGCATATTCATTGTTGGTCAAGCAATTGGAATAGAAAACCGCTAAATCGAGTGTGATGCATGAGGGGTGTTGAATGCTGCACTGTATTA
Unaligned ( gi|22 ): TATCAAATAATATATACTTTCAAAACATTAGTTTTAACATGCTGAATAGCGGATGTTAACAGTTGCCTCTGCTTTCATTCACTAACTTAATGTTGTGCTAATAACTTATCTGTACTTC
Unaligned ( gi|35 ): CCCGAATTCTACTCGAACATCATAATTGGTCATTACTCGGAATCATGGCACCCGTGCAGTGTTGCTCGAAAACAAAATACCGCTTAAG
Unaligned ( gi|40 ): ACATTAGCAGTCATTAGAGTAATGTACGTATAATATCGCCTCGTAATTTGACACAGTGTCAGTTAATATTTCAGACT
Unaligned ( gi|47 ): AATTTTGATTATCAAAACAGCTGTCTGACGTACTGTATTGCGGCTGTAGAATGTCGATCGGTTCTTTG
Unaligned ( gi|55 ): TTTTATTAAATAATGTATACTGTCAAAACATCCGACCTAAGTGCTGGGTGGCG
Unaligned ( gi|60 ): GAAAGCTTGTTCTGATTTGCTCGAGAATAAAATAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                11111111111       222222222222                         3333333333                                                             333333333333333333                                    1111                                                                               
lowQualScore                  :                                                                                                       4        44444444444   55  999999999999 1  5      5555          1111111111 44 4 3   1     1   1        2222    222 333   222 11   222  222222222222222222 11   5555555   333           3 1 1 6666      0 0  0 222222  0 0  0   222222  0 0  11 22222 1  2222  1 11     1 2      
lowQualScore                  :                                                                                                       .        ...........   ..  ............ .  .      ....          .......... .. . .   .     .   .        ....    ... ...   ... ..   ...  .................. ..   .......   ...           . . . ....      . .  . ......  . .  .   ......  . .  .. ..... .  ....  . ..     . .      
lowQualScore                  :                                                                                                       4        22222222222   00  000000000000 0  8      0000          5555555555 00 8 2   4     4   3        7777    222 999   222 77   111  333333333333333333 44   7777777   333           5 0 0 5555      9 9  8 444444  8 8  8   666666  9 9  33 44444 0  0000  0 33     2 5      
consensus                     :                                                                                                 TCAATA-AAACCGAG----T-CTGCTATT--TT-C-TN-T-TTG-ANTGCGTTCTG----TGCTTCCAAG-TG--G----C--C-T-TTT-ATCAG-ATA-TTATTGAC----TATC---A---CAA---C--AGC---AG---T------A-------C--GTG----C--TGT---GTGGCGGCCGTAA-A-A-AT-GTCGCC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
Reference ( family-1424 )     :                                                                                                 TCAATA-AAACCGAG----T-CTGCTATT--TT-C-TN-TNTTG-ANTGCGTTCTG----TGCTTCCAAG-TG--G----C--C-T-TTT-ATCAG-ATA-TTATTGAC----TATC---A---CAA---C--AGC---AG---T------A-------C--GTG----C--TGT---GTGGCGGCCGTAA-A-A-AT-GTCGCC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
gi|1                          :                                                                                                                           ATT--TT-C-CC-C--TA-ACTGCGTTATG----TGCTTTCAA--TA--AAT--C--C-T-TCT-ATCAG-ATG-CCACTGAC----TTTCCAAA---CAA---C--AGT---CT---T------A-------A--GTG----T--CTT---GTAGCGACCGT-G-G-A-AT-GTCTCA-T-CG-T------AT-T-TT-AATTGGAAATA-A-GT--G-----T-TT----TT-A--TTATA-T-CTGAT
gi|10                         : tttgatatatgaaactccctgagtgttggtcgaaaacagaaaacaattaggggcggtgctagagagcgttatgggtgttgcataaatcccacataaacAATT-AACCCGAG----T-TT--CATT--TC-T-TG-TA--G-AATA---TCTGCGGCTGCTTTCGAA-GG--G----T--C-C-TTT-ACTAGGATA-TTATTGGC----TGAC---A---CAA---C--AGC---AGTCTT------A-------C--GTG----T--GGG---ATGGCGGCCGT-T-A-G-AT-GTCGCT-C-CG-T------GT-T-TT-GGC------TC-A-GT--GATGGAT-TG----TA-A--TACTT-T-CTGATTccttaatttattt
gi|11                         :                                                                                                 TCAACA-AAACCGAG----T-CTGCTAGT--TT-C-TG-TATTG-ATTGCGATCGG----TGCTTCTAAG-TG--G----T--C-T-TTT-ATCAG-GTA-TTACTTAC----TATC---T---CAA---C--AAC---AG---T------A-------T--GTG----A--TGT---GTGGCGGCTGTAA-A-A-AG-GTCGCC-C-TG-T------AT-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-TTGATTgc
gi|12                         :                                                                                                                                                              GCTTCCAAA--G--A----TAAC-T-TCT-ATCAG-ATA-GTATTGAC----TATC---A---CAA---TTGAGT---AT---T------A-------C--GTG----T--TTT---GTGGTGGTCGT-A-A-A-AT-GTCGTC-T-CG-C------AC-T-TC-GAC------T
gi|13                         :                                                                                                 TCAATA-ACACCGAG----TTCCGGTATTAGTT---TA-TGTTATAGTA-----TG----TGTTTCTAAG--G--GAC--C--C-T-TTT-ATCAT-ATA-GTATTGAC----TGCC---A---TAA---C--GGC---AGTATT------A-------C--GTG----T--TGA---ATGGCGGAAGT-A-A-A-AC-GTCGCC-T-TG-T------GC-G-TT-GAC------TC-A-GA--G-----T-TG----aaagtaattttttttttatactttcttggaaactcattttgtataattgtccgaaaatagaatat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                               agaaTA-TTATTGAC----TTAC---G---CAA---T--ATC---AG---T------------------TT----CG-TGT---GTGGAGGTCCAAA-A-A-AA-GTCGCA-C-CG-C------AC-T-TT-GAT------TC-A-GT--C-----T-TT----TC-A--ATATT-T-CT
gi|15                         :                                                                                                                       aatcttacataat-TT-TCTTG-AACGCGTTCTG----AATTTCAAGG-TG--A----C--CCT-TTT-ATTTT-GCA-TTATTGAC----TACC---A-------------GC---TG---TTTT---A-------A--ATG----C--TGT---GTTGTGGTTGTAA-A-A--T-GTCGCT-T-CG-T------AA-T-TT-GAC------TC-A-GT--T-----T-TG----TT-A--CTAAT-T-cgttctttggaatagtggaggacattcagtgttgttggaaaat
gi|16                         :                                                                                                                                                                               ttatct-T-TTC-ATTAT-TTA-TTATTGAC----TTTA---A---CAG---C--ATC---AG---T--------------T--GTGGATAC--TGT---GTGACCGCTGAGA-A-G-AC-ATCACC-T-AG-T------AA-C-CT-GAG------TC-A-AT--G-----T-CA----TT-C--TTATT-T-CCAATaa
gi|17                         :                                                                                                                                                            gtgttctagttttaaatgggtctttttcatT-ATCAG-ATG-TGTTTTAC----TTTC---A---TAA---C--AGC---AG----------A-------C--GTG----CG-TGTTAAGTGGCGGCCGTAA-ATA-AT-ATCTCC-----------------------------------AT--G-----T-TG----TT----TTAAT-T-CTGATT
gi|18                         :                                                                                                                                                  tgTTTTA----TGCTTCCAAG-AG--A----T--TAT-TGT-ATCAG-ATAGTTA-AGAC----TATC---A---CGAATTC--ATT---CT---T------A-------G--GTG----A--TGT---GTGACAACCGC---A-A-AT--TTGTC-C-TG-T------AC-T-TT-GCC------TC-A-GT--A-----G-TG----TC-A--TTATT-T-TTgctaaatataatggagctccattagtgttgctcgagaatata
gi|2                          :                                                                                                                                                                     AG-TGCAG----T--C-T-TT-----AA-ATG-GTATTGAC----TATG---A---CAA---C--GTC---AG---TCTA---A-------T--ATG----A--TGT---ATGGCGGCTGTAT-A-A-A--GTTGCC-C-CG-T------AC-T-TT-GAT------TC-A-GT--G-----T-TG----TC-A--TTAtactccttg
gi|20                         :                                                                                                                                atcaatgtttcaggcttgaaaagac----TGTTTCCA-G-TG--GAA--CG-T-T-TTT-ATGAG-ATG-TCATTGAT----CACC---A---CAG---C--AGT---AA---T------ATTG----C--GTG----C--TGT---GTTGCGACCGTAA-A-A--T-TTCGCC-T-CG-T------GC-T-TT-GAT------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--CTAGT-T-CTGATTacttatcacttcttattccttaacctgaatcctggaagaaattcaggattttcgtaaatgaaacaatactttatctggtctttaagagcgtgattggtgttgagtatttcattatctctaattaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 --GTG----C--CAT---GTGGCGTCTGCAG-A-C-AG-GTCACT-C-AA--------AC-T-TT-TAT------TC-A-GCTGG-----TATG----TT-G--TTATT-T-CTGGTTtc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                      gtagtctattG-AGA-TT-TTGAC----TATC---A---CGA---C--AGC---TG---TCCA---A-------C--GAG----C--TGT---GTGACGTCAGCAA-A-A----GTCGCC-C-CG-TATCTTGAC-T-CT-GAC------TC-G-GT--G-----T-TA----AT-A--TCATT-T-CAGATTctaatgcattcttaaagccattcagtgtgcctcgaaaatag
gi|24                         :                                                                                    agaaagtatgggtTCAATA-AAACCAAG----T---G----T--TT-C----------ACTGTGTTTTG----TGCTTTGAAG------------------------AG-ATC-CTGTT---------TC---A---CAG---A--AGC---AG------------------C--TTC----A--TTT---ATGGTGGTCGCAA-A-ACAT-A---------G-T------AT-T-TT-GAC------AT-A-GT--G-----T-TG----TT-A--c
gi|25                         :                                                                                                                                                                tTCCAA--TG--AAT--C--C-T-TTT-ATCAG-CTA-TTATTGAC----TCT-----------------AGT---TG---TCTC---G-------C--GTT----C--TAT---GTGGCAATCTTAA-A-A-G--GTCGTC-T-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-AT--G-----T-C-----TT----TTATT-T-CTGATTg
gi|26                         :                                                                                                                                                                             ----C--T-T-TTT-ATCAG-ATA-TTGCAGAG----TATC---AGTACAA---C--AGT---CT---T------A-------C--GTA----A--TGT---ATGGCGGTTGTAA-G-A-AT-A--GCC-C-CT-T------AC-T-CT-AAA------CC---GT--G-----T-AA----TA-A--ATATT-T-CTGATT
gi|27                         :                                                                                                                                                                          tat----C--C-T-TTT--TCTG-ATA-TTATT-AT----TATC---A---TAG---C--AGC---AG---T------ATAGATAAC--ATG----G--TGT---GTGGCGACCATAA-A-A--T-GTCGCC-C-CG-A------AC-T-TT-GAC------TT-T-GT--G-----T-TT----TT-A--TTATT-
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                         gagat---T------A-------T--ATG----T--CAT---ATGGTCGCTGTGA-A-A-AG-GTCGTC-C-AG-T------AC-T-TT-TAC------TC-A-TT--G-----C-TT----TC-A--TTA
gi|29                         :                                                                                                       tgcagtatgtaatatggtgccatgacatactcaatatttgtagtctTCTG----TACTTTCAAA-TT--A----C--CCT-TTT-ATCAA-ACA-GTGTTGAC----T-TC---TTT-CAA---C--AGA---AG---TCGC---A-------C--GTG----C--TGT---GTGGCGACCGTAA-A-A-G--GTCGAT-C-CG-T------AA-T-TT-GA
gi|3                          :                                                                                                   AATA-AAACCGAG----T-TT----TC--TT-C--A-TCTT--AATGTGTTCTT----TGTTTC-AAG--G--GAT--C--C-T-TTT-ATTAT-ATA-TTATTGAC----TA-----A---CAG---C--AGC---AG---TC-----A-------TTTGTG----C--CAT---ATGATGGCCATAA-C-A--T-ATTACC-T-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----C-CG----TT-A--GTATT-T-CCGATT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                               ctg------A-------C--GTG----C--TGT---ATGGCGGCTGTAA-A-A-A--GTTGCT-T-CC-T------AT-A-TC-GGT------TC-A-GT--G-----T-TG----TA-A--TTGTT-CACTGAccctgcaataatggagccattaagtgtatctcgggaatagattaccgtttagccggtggtagtggggtgggggattcgttaggggtgttgtat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               aacctctgtctcCGTAA-A-A-A--GTCGCC-T-TG-T------AC-T-CT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTTGT-T-TTGATTgctcatttcataagctaaa
gi|32                         :                                                                                                                                                                                         TC-ATCAT-ATG-TTGTTGAC----CATG---T---CAT---C--AGC---AGTCTT------A-------C--GTAAT--CAGTAT---GTGACAGTCATAA-A-A-A--GTCACC-T-CG-T------GC-T-TT-ccttggaatcatgcaactcattaagttttgtttgtgaatagaaaat
gi|33                         :                                                                                                                                                                                 tttgcaagggatcacc-ATA-CTATT-ACATAATACC---A---CAG---C--AGC---AG---TCTCGATA-------C--GTG----C--TGT---GTGGTTGC-GCAA--------------------C------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-TACCGATT
gi|34                         :                                                                                                                                                                                     attaTT-ATCAG-ATA-GTATTAAC----AATC---A---CAA---C--AACCCTAC---T------G-------C--TTG----C--TCT---TTGGCGGCCGT-T-A-A-AT-GTCGAC-A-CG-T------AT-A-TC-TAC------TC-A-CT--G-----T-TG----CT-A--T
gi|36                         :                                                                                                                                                                             ----C--C-T-TTT-CTCAG-ATG-TTAATGAC----TATC---A---CAT---C--AGC---AA---TCTA---A-------A--GTG----T--TGT---AAGGCGGCCGTAATA-A-CT-CCCGCT-C-AGAT------GT-TATT-GAC------T
gi|37                         :                                                                                                                                                                     AG-TG--GAT--C--C-C-TTT-GCCAG-ATA-AAATTGAC----TATT---A---CGA---C--AGC---AGCCTC------A-------C--GCC----C--AGT---GTGGCGGCCCTGA-C-A-A--GTCGC
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                           ttttgtatg--AGC---AG---TCTA---A-------C--GCG----C--TGC---GAGGCGACCTTAA-A-A--T-GTCGGC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TA-A-AT--C-----T-TG----TT-T--TGATT-T-CTGATT
gi|39                         :                                                                                                 TCGATA-AAACCGAA----C-CTG--ATT--TTGT-TT-TGATG-GATGCTTTCTG----CACTTCAAAG-TG--AT---C--C-T-TTT-ATCAG-ATA-TTAtct
gi|4                          :                                                                                                 gacATATAAACTAAG----T-CTGCTATT--TT-C-TTCTTTTG-GATGAACTCTT----TGCTTCCAAGATA--GATATC--C-T-TTT-ATCAG-AGA-TTTTTGAC----TATC---A---TAA---C--AGT---AGCCAT------A-------C--GTG----C--TGT---TCGGCGACCGT-A-A-A-TT-GTCA-C-C-AG-T------AC-T-TG-AAC------TC---------------------TT-A--TTATT-T-CTGACTc
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                    at---A---CAA---C--AAT---AG---TCTT---A-------T--GTG----C--TGT---ATGTCATCCGC-A-A-A-AC-GTCACC-T-CC-T------TC-T-TT-GAT------TC-A-GT--G-----G-TG----TT-A--ATAccttggagtcaaagagaatcttcggtattgctagagaatatattaaactagtgataggcataagagtgtttgcatatctt
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                         tgtgG---T------A-------C--GTG----C--TGC---GCGATGGCTGTAA-A-A-G--ATCGGC-A-CA-T------AG-T-TT-GAC------CC-A-GT--G-----T-TATGTTTT-G--TTGTT-T-a
gi|43                         :                                                                                             acaatCAGTA-AAACCAAG----T-CTGCTATT--TT-T-----------ATGCGGTCTG----TGCTTTCAAG-GGA-G----C--C-TATTT-ATt
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            tcatgaaaagaaaTCGCC-C-CG-T------GC-T-TA-CAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TCAAC-T-CTGtt
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  ttTA----C--TGT---ATGGTGACTGTAG-A-T--T-GTCTCC-C-TA-T------AC-T-TT-GAC------TC-AAGC--G-----T-TG----TT-A--CTATT-T-CTGACTgctacttggactcgtggagatcattcaatatt
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                           ata---T------A-------T--GTG----A--TGTCG-GTGGCGGCTGTAA-A-A--------CA-C-TG-T------ACAT-TT-GAC------CG-A-GT--G-----T-AA----TT-A--TTATc
gi|47                         :                                                                                                                                                                                               aagatA-TT-TTGAT----TATC---A---AAA---C--AGC---TG---TCTG---A-------C--GTA----C--TGT---ATTGCGGCTGTAG-A-A--T-GTCGAT-C-GG-T------TC-T-TT-Ggattc
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aCGTC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGAT
gi|49                         :                                                                                                                                                         ----TACTTTCAAGGTA--G----C--C-A-TTT-ATCAA-ATA-TTATTTAC----CAAC---A---TAA---C--AGC---AGTCTT------A-------C--GTcccttgtaatcatggggtcacatta
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                              ---T------A-------C--GTG----A--CGT---GTAACTGTCTTAC-A-A--T-GTCGCC-C-CA-T------AC-T-TT-GAC------TC-G-GT--G-----C-TG----TT-A--CTATata
gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAA-A-A-A--GTTGCC-C-CG-T------AG-T-AT-GAC------TC-A-GT--G-----C-TG----TT-C--TT-TT-T-TTG
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -GTCGTC-T-CG-C------AC-T-TT-AAA------TC-A-TT--G-----T-TG----TT-ATTTTTTT-T-CTGATTttactatttggaat
gi|53                         :                                                                                                                                                   taagga----TGCTTCTAAG--G--GAA--C--C-T-TTT-ATTAG-ATT-TTATAAAC----TATC---A---CAA---C--GGT---AGTCTT------A-------C--GTccttggga
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      T-GCCGGC-C-CG-T------AC-T-CT-GAC------TG-A-TT--G-----T-TG----TT-A--TAAT
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ac-A-A-ATAGTTGCC-C-CG-T------AT-T-TC-GGC------TC-A-GT--A-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTAATTacgtgatcctttggaatca
gi|57                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -GTCGCC-T-CG-T------AG-T-TT-GAC------TC-A-GC--G-----T-TG----TG-A--TTTTT-T-CTGATT
gi|58                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   aTGGCGGCCTTAA-A-A--T-GTTACC-T-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-G
gi|59                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aca-T------AC-T-TTTGAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                       TATTGGC----TATT---T---CAA---T--TGC---AG---TCTA---A-------C--GTT----A--TGA---GTGGCGCTCGTAA-A-G--T--TCTCC-C-CG-A------AC-T-TT-GAC------TC-G-GT--G-----T-TG----GT-A--TTTTG-T-CTGATTcctggt
gi|7                          :                                                                                               ggTTAATA-AAACTGAGATCAT-TTACAGTT--TC-C-TC-T-TTG-GTTGTGTTATT----TGCTTCCAAG-GG--A----C--T-TGTTT-GTCAG-ATA-TTGTAAAC-----AGC---A---CAA---C--ATT---AT---T------A-------C--CTT----C--AGT---GTGGCGGGCGTTA-A----T-ATTGCC-CTCG-T------AT-T-TT-GAT------TC-A-TT--G-----T-TG----TT-T--TTATT-T-CTGATTcattgaaatcattggaatcaaagagttcccaaggttctgttagataatatgtagaatatttataaaatcggtgctaaaggacgtcaacggttttgcctttttaattagcctaattga
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           caC-C-CG-A------AC-T-TT-GAC------TCAA-GA--G-----T-TG----TT-A--TTATTGT-CTGATTtcgtggagtcctgtgagtcattcagtgttgc
gi|9                          :                                                                                                            tGAA----T-CCACTTTT--GT-CGTA-TTTCG-GTTCTTTTTTG----TACATCCGAG-GA--A----C--C-C-TTCGATCAG-AAA-GTATTGAC----TATC---A---CAA---C--AGC---AG---CCTA---A-------C--GTA----C--TTT---GTAGTGTCCGT-A-A-T-AT-GTCGCCAT-CG--------GC-T-TT-GGC------TC-------G-----T-AG----TTAA--TTATT-T-CTGAccttggaatcacggagccgctttgacagtggtcctcgaacccaaactaccgcttaagtcggtatgagagtgcatgatgggtgttgcataggccactagccttaatgaacagattcaataaaacttagtctggtttgtttt
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTATTCTTATTGTTATTTTCCCGATTTCTTTAAATCATGGAACACAGTCAGTCATGGTCGTAAATAGAATACCGCTTAAGCGAATGCCAATGAGTGTAATGAGTGTTGCATGTTTTAATATCCCGCATAAACAAATTCAAAATAAAATCAAGTCTTCTAGTTTTATTCGATGCTTTCGTTATATCCTTTCCTCAGATACCATTATAAATA
Unaligned ( gi|19 ): CATTTACTTTTGTTATTTCTTTTTTATTAAAATAATGGAGCATATTCATTGTTGGTCAAGCAATTGGAATAGAAAACCGCTAAATCGAGTGTGATGCATGAGGGGTGTTGAATGCTGCACTGTATTA
Unaligned ( gi|22 ): TATCAAATAATATATACTTTCAAAACATTAGTTTTAACATGCTGAATAGCGGATGTTAACAGTTGCCTCTGCTTTCATTCACTAACTTAATGTTGTGCTAATAACTTATCTGTACTTC
Unaligned ( gi|35 ): CCCGAATTCTACTCGAACATCATAATTGGTCATTACTCGGAATCATGGCACCCGTGCAGTGTTGCTCGAAAACAAAATACCGCTTAAG
Unaligned ( gi|40 ): ACATTAGCAGTCATTAGAGTAATGTACGTATAATATCGCCTCGTAATTTGACACAGTGTCAGTTAATATTTCAGACT
Unaligned ( gi|55 ): TTTTATTAAATAATGTATACTGTCAAAACATCCGACCTAAGTGCTGGGTGGCG
Unaligned ( gi|60 ): GAAAGCTTGTTCTGATTTGCTCGAGAATAAAATAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                22222222222222222222222222222222                          3333333333                                                             333333333333333333                                    1111                                                                               
lowQualScore                  :                                                                                                       4        22222222222222222222222222222222  1  5      5555          1111111111 44 4 3   1     1   1        2222    222 333   222 11   222  222222222222222222 11   5555555   333           3 1 1 6666      0 0  0 222222  0 0  0   222222  0 0  11 22222 1  2222  1 11     1 2      
lowQualScore                  :                                                                                                       .        ................................  .  .      ....          .......... .. . .   .     .   .        ....    ... ...   ... ..   ...  .................. ..   .......   ...           . . . ....      . .  . ......  . .  .   ......  . .  .. ..... .  ....  . ..     . .      
lowQualScore                  :                                                                                                       4        00000000000000000000000000000000  0  8      0000          5555555555 00 8 2   4     4   3        7777    222 999   222 77   111  333333333333333333 44   7777777   333           5 0 0 5555      9 9  8 444444  8 8  8   666666  9 9  33 44444 0  0000  0 33     2 5      
consensus                     :                                                                                                 TCAATA-AAACCGAG----T-CTGCTATT---TTC-TN--T-T--T-GANTGCGTTCTG----TGCTTCCAAG-TG--G----C--C-T-TTT-ATCAG-ATA-TTATTGAC----TATC---A---CAA---C--AGC---AG---T------A-------C--GTG----C--TGT---GTGGCGGCCGTAA-A-A-AT-GTCGCC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
Reference ( family-1424 )     :                                                                                                 TCAATA-AAACCGAG----T-CTGCTATT---TTC-TN--T-T--T-GANTGCGTTCTG----TGCTTCCAAG-TG--G----C--C-T-TTT-ATCAG-ATA-TTATTGAC----TATC---A---CAA---C--AGC---AG---T------A-------C--GTG----C--TGT---GTGGCGGCCGTAA-A-A-AT-GTCGCC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
gi|1                          :                                                                                                                           ATT---TTC-CC--C-T----AACTGCGTTATG----TGCTTTCAA--TA--AAT--C--C-T-TCT-ATCAG-ATG-CCACTGAC----TTTCCAAA---CAA---C--AGT---CT---T------A-------A--GTG----T--CTT---GTAGCGACCGT-G-G-A-AT-GTCTCA-T-CG-T------AT-T-TT-AATTGGAAATA-A-GT--G-----T-TT----TT-A--TTATA-T-CTGAT
gi|10                         : tttgatatatgaaactccctgagtgttggtcgaaaacagaaaacaattaggggcggtgctagagagcgttatgggtgttgcataaatcccacataaacAATT-AACCCGAG----T-TT--CATT---T-C-TT--G-T--A-GAATA---TCTGCGGCTGCTTTCGAA-GG--G----T--C-C-TTT-ACTAGGATA-TTATTGGC----TGAC---A---CAA---C--AGC---AGTCTT------A-------C--GTG----T--GGG---ATGGCGGCCGT-T-A-G-AT-GTCGCT-C-CG-T------GT-T-TT-GGC------TC-A-GT--GATGGAT-TG----TA-A--TACTT-T-CTGATTccttaatttattt
gi|11                         :                                                                                                 TCAACA-AAACCGAG----T-CTGCTAGT---TTC-TG--TAT--T-GATTGCGATCGG----TGCTTCTAAG-TG--G----T--C-T-TTT-ATCAG-GTA-TTACTTAC----TATC---T---CAA---C--AAC---AG---T------A-------T--GTG----A--TGT---GTGGCGGCTGTAA-A-A-AG-GTCGCC-C-TG-T------AT-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-TTGATTgc
gi|12                         :                                                                                                                                                                 GCTTCCAAA--G--A----TAAC-T-TCT-ATCAG-ATA-GTATTGAC----TATC---A---CAA---TTGAGT---AT---T------A-------C--GTG----T--TTT---GTGGTGGTCGT-A-A-A-AT-GTCGTC-T-CG-C------AC-T-TC-GAC------T
gi|13                         :                                                                                                 TCAATA-ACACCGAG----TTCCGGTATTAGTTTA-TG--T-T--A-TAGTA-----TG----TGTTTCTAAG--G--GAC--C--C-T-TTT-ATCAT-ATA-GTATTGAC----TGCC---A---TAA---C--GGC---AGTATT------A-------C--GTG----T--TGA---ATGGCGGAAGT-A-A-A-AC-GTCGCC-T-TG-T------GC-G-TT-GAC------TC-A-GA--G-----T-TG----aaagtaattttttttttatactttcttggaaactcattttgtataattgtccgaaaatagaatat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                  agaaTA-TTATTGAC----TTAC---G---CAA---T--ATC---AG---T------------------TT----CG-TGT---GTGGAGGTCCAAA-A-A-AA-GTCGCA-C-CG-C------AC-T-TT-GAT------TC-A-GT--C-----T-TT----TC-A--ATATT-T-CT
gi|15                         :                                                                                                             aatcttacataatTATC---TTT-TC--T-T----GAACGCGTTCTG----AATTTCAAGG-TG--A----C--CCT-TTT-ATTTT-GCA-TTATTGAC----TACC---A-------------GC---TG---TTTT---A-------A--ATG----C--TGT---GTTGTGGTTGTAA-A-A--T-GTCGCT-T-CG-T------AA-T-TT-GAC------TC-A-GT--T-----T-TG----TT-A--CTAAT-T-cgttctttggaatagtggaggacattcagtgttgttggaaaat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                       t-T-TTC-ATTAT-TTA-TTATTGAC----TTTA---A---CAG---C--ATC---AG---T--------------T--GTGGATAC--TGT---GTGACCGCTGAGA-A-G-AC-ATCACC-T-AG-T------AA-C-CT-GAG------TC-A-AT--G-----T-CA----TT-C--TTATT-T-CCAATaa
gi|17                         :                                                                                                                                                               gtgttctagttttaaatgggtctttttcatT-ATCAG-ATG-TGTTTTAC----TTTC---A---TAA---C--AGC---AG----------A-------C--GTG----CG-TGTTAAGTGGCGGCCGTAA-ATA-AT-ATCTCC-----------------------------------AT--G-----T-TG----TT----TTAAT-T-CTGATT
gi|18                         :                                                                                                                                                     tgTTTTA----TGCTTCCAAG-AG--A----T--TAT-TGT-ATCAG-ATAGTTA-AGAC----TATC---A---CGAATTC--ATT---CT---T------A-------G--GTG----A--TGT---GTGACAACCGC---A-A-AT--TTGTC-C-TG-T------AC-T-TT-GCC------TC-A-GT--A-----G-TG----TC-A--TTATT-T-TTgctaaatataatggagctccattagtgttgctcgagaatata
gi|2                          :                                                                                                                                                                        AG-TGCAG----T--C-T-TT-----AA-ATG-GTATTGAC----TATG---A---CAA---C--GTC---AG---TCTA---A-------T--ATG----A--TGT---ATGGCGGCTGTAT-A-A-A--GTTGCC-C-CG-T------AC-T-TT-GAT------TC-A-GT--G-----T-TG----TC-A--TTAtactccttg
gi|20                         :                                                                                                                                   atcaatgtttcaggcttgaaaagac----TGTTTCCA-G-TG--GAA--CG-T-T-TTT-ATGAG-ATG-TCATTGAT----CACC---A---CAG---C--AGT---AA---T------ATTG----C--GTG----C--TGT---GTTGCGACCGTAA-A-A--T-TTCGCC-T-CG-T------GC-T-TT-GAT------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--CTAGT-T-CTGATTacttatcacttcttattccttaacctgaatcctggaagaaattcaggattttcgtaaatgaaacaatactttatctggtctttaagagcgtgattggtgttgagtatttcattatctctaattaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    --GTG----C--CAT---GTGGCGTCTGCAG-A-C-AG-GTCACT-C-AA--------AC-T-TT-TAT------TC-A-GCTGG-----TATG----TT-G--TTATT-T-CTGGTTtc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                         gtagtctattG-AGA-TT-TTGAC----TATC---A---CGA---C--AGC---TG---TCCA---A-------C--GAG----C--TGT---GTGACGTCAGCAA-A-A----GTCGCC-C-CG-TATCTTGAC-T-CT-GAC------TC-G-GT--G-----T-TA----AT-A--TCATT-T-CAGATTctaatgcattcttaaagccattcagtgtgcctcgaaaatag
gi|24                         :                                                                                    agaaagtatgggtTCAATA-AAACCAAG----T-----------------G--T-T--T-CACTGTGTTTTG----TGCTTTGAAG------------------------AG-ATC-CTGTT---------TC---A---CAG---A--AGC---AG------------------C--TTC----A--TTT---ATGGTGGTCGCAA-A-ACAT-A---------G-T------AT-T-TT-GAC------AT-A-GT--G-----T-TG----TT-A--c
gi|25                         :                                                                                                                                                                   tTCCAA--TG--AAT--C--C-T-TTT-ATCAG-CTA-TTATTGAC----TCT-----------------AGT---TG---TCTC---G-------C--GTT----C--TAT---GTGGCAATCTTAA-A-A-G--GTCGTC-T-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-AT--G-----T-C-----TT----TTATT-T-CTGATTg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                ----C--T-T-TTT-ATCAG-ATA-TTGCAGAG----TATC---AGTACAA---C--AGT---CT---T------A-------C--GTA----A--TGT---ATGGCGGTTGTAA-G-A-AT-A--GCC-C-CT-T------AC-T-CT-AAA------CC---GT--G-----T-AA----TA-A--ATATT-T-CTGATT
gi|27                         :                                                                                                                                                                             tat----C--C-T-TTT--TCTG-ATA-TTATT-AT----TATC---A---TAG---C--AGC---AG---T------ATAGATAAC--ATG----G--TGT---GTGGCGACCATAA-A-A--T-GTCGCC-C-CG-A------AC-T-TT-GAC------TT-T-GT--G-----T-TT----TT-A--TTATT-
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                            gagat---T------A-------T--ATG----T--CAT---ATGGTCGCTGTGA-A-A-AG-GTCGTC-C-AG-T------AC-T-TT-TAC------TC-A-TT--G-----C-TT----TC-A--TTA
gi|29                         :                                                                                                          tgcagtatgtaatatggtgccatgacatactcaatatttgtagtctTCTG----TACTTTCAAA-TT--A----C--CCT-TTT-ATCAA-ACA-GTGTTGAC----T-TC---TTT-CAA---C--AGA---AG---TCGC---A-------C--GTG----C--TGT---GTGGCGACCGTAA-A-A-G--GTCGAT-C-CG-T------AA-T-TT-GA
gi|3                          :                                                                                                   AATA-AAACCGAG----T-TT----TC---TTCATC--T-T-----AATGTGTTCTT----TGTTTC-AAG--G--GAT--C--C-T-TTT-ATTAT-ATA-TTATTGAC----TA-----A---CAG---C--AGC---AG---TC-----A-------TTTGTG----C--CAT---ATGATGGCCATAA-C-A--T-ATTACC-T-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----C-CG----TT-A--GTATT-T-CCGATT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                  ctg------A-------C--GTG----C--TGT---ATGGCGGCTGTAA-A-A-A--GTTGCT-T-CC-T------AT-A-TC-GGT------TC-A-GT--G-----T-TG----TA-A--TTGTT-CACTGAccctgcaataatggagccattaagtgtatctcgggaatagattaccgtttagccggtggtagtggggtgggggattcgttaggggtgttgtat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  aacctctgtctcCGTAA-A-A-A--GTCGCC-T-TG-T------AC-T-CT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTTGT-T-TTGATTgctcatttcataagctaaa
gi|32                         :                                                                                                                                                                                            TC-ATCAT-ATG-TTGTTGAC----CATG---T---CAT---C--AGC---AGTCTT------A-------C--GTAAT--CAGTAT---GTGACAGTCATAA-A-A-A--GTCACC-T-CG-T------GC-T-TT-ccttggaatcatgcaactcattaagttttgtttgtgaatagaaaat
gi|33                         :                                                                                                                                                                                    tttgcaagggatcacc-ATA-CTATT-ACATAATACC---A---CAG---C--AGC---AG---TCTCGATA-------C--GTG----C--TGT---GTGGTTGC-GCAA--------------------C------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-TACCGATT
gi|34                         :                                                                                                                                                                                        attaTT-ATCAG-ATA-GTATTAAC----AATC---A---CAA---C--AACCCTAC---T------G-------C--TTG----C--TCT---TTGGCGGCCGT-T-A-A-AT-GTCGAC-A-CG-T------AT-A-TC-TAC------TC-A-CT--G-----T-TG----CT-A--T
gi|36                         :                                                                                                                                                                                ----C--C-T-TTT-CTCAG-ATG-TTAATGAC----TATC---A---CAT---C--AGC---AA---TCTA---A-------A--GTG----T--TGT---AAGGCGGCCGTAATA-A-CT-CCCGCT-C-AGAT------GT-TATT-GAC------T
gi|37                         :                                                                                                                                                                        AG-TG--GAT--C--C-C-TTT-GCCAG-ATA-AAATTGAC----TATT---A---CGA---C--AGC---AGCCTC------A-------C--GCC----C--AGT---GTGGCGGCCCTGA-C-A-A--GTCGC
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                              ttttgtatg--AGC---AG---TCTA---A-------C--GCG----C--TGC---GAGGCGACCTTAA-A-A--T-GTCGGC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TA-A-AT--C-----T-TG----TT-T--TGATT-T-CTGATT
gi|39                         :                                                                                                 TCGATA-AAACCGAA----C-CTG--ATT---TTG-TT--T-TGAT-GGATGCTTTCTG----CACTTCAAAG-TG--AT---C--C-T-TTT-ATCAG-ATA-TTAtct
gi|4                          :                                                                                                 gacATATAAACTAAG----T-CTGCTATT---TTC-TTCTT-T--T-GGATGAACTCTT----TGCTTCCAAGATA--GATATC--C-T-TTT-ATCAG-AGA-TTTTTGAC----TATC---A---TAA---C--AGT---AGCCAT------A-------C--GTG----C--TGT---TCGGCGACCGT-A-A-A-TT-GTCA-C-C-AG-T------AC-T-TG-AAC------TC---------------------TT-A--TTATT-T-CTGACTc
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                       at---A---CAA---C--AAT---AG---TCTT---A-------T--GTG----C--TGT---ATGTCATCCGC-A-A-A-AC-GTCACC-T-CC-T------TC-T-TT-GAT------TC-A-GT--G-----G-TG----TT-A--ATAccttggagtcaaagagaatcttcggtattgctagagaatatattaaactagtgataggcataagagtgtttgcatatctt
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                            tgtgG---T------A-------C--GTG----C--TGC---GCGATGGCTGTAA-A-A-G--ATCGGC-A-CA-T------AG-T-TT-GAC------CC-A-GT--G-----T-TATGTTTT-G--TTGTT-T-a
gi|43                         :                                                                                             acaatCAGTA-AAACCAAG----T-CTGCTATT---TTT--------------ATGCGGTCTG----TGCTTTCAAG-GGA-G----C--C-TATTT-ATt
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               tcatgaaaagaaaTCGCC-C-CG-T------GC-T-TA-CAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TCAAC-T-CTGtt
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                     ttTA----C--TGT---ATGGTGACTGTAG-A-T--T-GTCTCC-C-TA-T------AC-T-TT-GAC------TC-AAGC--G-----T-TG----TT-A--CTATT-T-CTGACTgctacttggactcgtggagatcattcaatatt
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                              ata---T------A-------T--GTG----A--TGTCG-GTGGCGGCTGTAA-A-A--------CA-C-TG-T------ACAT-TT-GAC------CG-A-GT--G-----T-AA----TT-A--TTATc
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                  aagatA-TT-TTGAT----TATC---A---AAA---C--AGC---TG---TCTG---A-------C--GTA----C--TGT---ATTGCGGCTGTAG-A-A--T-GTCGAT-C-GG-T------TC-T-TT-Ggattc
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aCGTC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGAT
gi|49                         :                                                                                                                                                            ----TACTTTCAAGGTA--G----C--C-A-TTT-ATCAA-ATA-TTATTTAC----CAAC---A---TAA---C--AGC---AGTCTT------A-------C--GTcccttgtaatcatggggtcacatta
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                 ---T------A-------C--GTG----A--CGT---GTAACTGTCTTAC-A-A--T-GTCGCC-C-CA-T------AC-T-TT-GAC------TC-G-GT--G-----C-TG----TT-A--CTATata
gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                TAA-A-A-A--GTTGCC-C-CG-T------AG-T-AT-GAC------TC-A-GT--G-----C-TG----TT-C--TT-TT-T-TTG
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -GTCGTC-T-CG-C------AC-T-TT-AAA------TC-A-TT--G-----T-TG----TT-ATTTTTTT-T-CTGATTttactatttggaat
gi|53                         :                                                                                                                                                      taagga----TGCTTCTAAG--G--GAA--C--C-T-TTT-ATTAG-ATT-TTATAAAC----TATC---A---CAA---C--GGT---AGTCTT------A-------C--GTccttggga
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T-GCCGGC-C-CG-T------AC-T-CT-GAC------TG-A-TT--G-----T-TG----TT-A--TAAT
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ac-A-A-ATAGTTGCC-C-CG-T------AT-T-TC-GGC------TC-A-GT--A-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTAATTacgtgatcctttggaatca
gi|57                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -GTCGCC-T-CG-T------AG-T-TT-GAC------TC-A-GC--G-----T-TG----TG-A--TTTTT-T-CTGATT
gi|58                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      aTGGCGGCCTTAA-A-A--T-GTTACC-T-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-G
gi|59                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aca-T------AC-T-TTTGAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                          TATTGGC----TATT---T---CAA---T--TGC---AG---TCTA---A-------C--GTT----A--TGA---GTGGCGCTCGTAA-A-G--T--TCTCC-C-CG-A------AC-T-TT-GAC------TC-G-GT--G-----T-TG----GT-A--TTTTG-T-CTGATTcctggt
gi|7                          :                                                                                               ggTTAATA-AAACTGAGATCAT-TTACAGTT---TCC-TC--T-T--T-GGTTGTGTTATT----TGCTTCCAAG-GG--A----C--T-TGTTT-GTCAG-ATA-TTGTAAAC-----AGC---A---CAA---C--ATT---AT---T------A-------C--CTT----C--AGT---GTGGCGGGCGTTA-A----T-ATTGCC-CTCG-T------AT-T-TT-GAT------TC-A-TT--G-----T-TG----TT-T--TTATT-T-CTGATTcattgaaatcattggaatcaaagagttcccaaggttctgttagataatatgtagaatatttataaaatcggtgctaaaggacgtcaacggttttgcctttttaattagcctaattga
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              caC-C-CG-A------AC-T-TT-GAC------TCAA-GA--G-----T-TG----TT-A--TTATTGT-CTGATTtcgtggagtcctgtgagtcattcagtgttgc
gi|9                          :                                                                                                            tGAA----T-CCACTTTT---GTCGTA--T-T--TCGGTTCTTTTTTG----TACATCCGAG-GA--A----C--C-C-TTCGATCAG-AAA-GTATTGAC----TATC---A---CAA---C--AGC---AG---CCTA---A-------C--GTA----C--TTT---GTAGTGTCCGT-A-A-T-AT-GTCGCCAT-CG--------GC-T-TT-GGC------TC-------G-----T-AG----TTAA--TTATT-T-CTGAccttggaatcacggagccgctttgacagtggtcctcgaacccaaactaccgcttaagtcggtatgagagtgcatgatgggtgttgcataggccactagccttaatgaacagattcaataaaacttagtctggtttgtttt
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTATTCTTATTGTTATTTTCCCGATTTCTTTAAATCATGGAACACAGTCAGTCATGGTCGTAAATAGAATACCGCTTAAGCGAATGCCAATGAGTGTAATGAGTGTTGCATGTTTTAATATCCCGCATAAACAAATTCAAAATAAAATCAAGTCTTCTAGTTTTATTCGATGCTTTCGTTATATCCTTTCCTCAGATACCATTATAAATA
Unaligned ( gi|19 ): CATTTACTTTTGTTATTTCTTTTTTATTAAAATAATGGAGCATATTCATTGTTGGTCAAGCAATTGGAATAGAAAACCGCTAAATCGAGTGTGATGCATGAGGGGTGTTGAATGCTGCACTGTATTA
Unaligned ( gi|22 ): TATCAAATAATATATACTTTCAAAACATTAGTTTTAACATGCTGAATAGCGGATGTTAACAGTTGCCTCTGCTTTCATTCACTAACTTAATGTTGTGCTAATAACTTATCTGTACTTC
Unaligned ( gi|35 ): CCCGAATTCTACTCGAACATCATAATTGGTCATTACTCGGAATCATGGCACCCGTGCAGTGTTGCTCGAAAACAAAATACCGCTTAAG
Unaligned ( gi|40 ): ACATTAGCAGTCATTAGAGTAATGTACGTATAATATCGCCTCGTAATTTGACACAGTGTCAGTTAATATTTCAGACT
Unaligned ( gi|55 ): TTTTATTAAATAATGTATACTGTCAAAACATCCGACCTAAGTGCTGGGTGGCG
Unaligned ( gi|60 ): GAAAGCTTGTTCTGATTTGCTCGAGAATAAAATAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                22222222222222222222222222222222                          3333333333                                                             333333333333333333                                    1111                                                                               
lowQualScore                  :                                                                                                       4        22222222222222222222222222222222  1  5      5555          1111111111 44 4 3   1     1   1        2222    222 333   222 11   222  222222222222222222 11   5555555   333           3 1 1 6666      0 0  0 222222  0 0  0   222222  0 0  11 22222 1  2222  1 11     1 2      
lowQualScore                  :                                                                                                       .        ................................  .  .      ....          .......... .. . .   .     .   .        ....    ... ...   ... ..   ...  .................. ..   .......   ...           . . . ....      . .  . ......  . .  .   ......  . .  .. ..... .  ....  . ..     . .      
lowQualScore                  :                                                                                                       4        00000000000000000000000000000000  0  8      0000          5555555555 00 8 2   4     4   3        7777    222 999   222 77   111  333333333333333333 44   7777777   333           5 0 0 5555      9 9  8 444444  8 8  8   666666  9 9  33 44444 0  0000  0 33     2 5      
consensus                     :                                                                                                 TCAATA-AAACCGAG----T-CTGCTATT---TTC-TN--T-T--T-GANTGCGTTCTG----TGCTTCCAAG-TG--G----C--C-T-TTT-ATCAG-ATA-TTATTGAC----TATC---A---CAA---C--AGC---AG---T------A-------C--GTG----C--TGT---GTGGCGGCCGTAA-A-A-AT-GTCGCC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
Reference ( family-1424 )     :                                                                                                 TCAATA-AAACCGAG----T-CTGCTATT---TTC-TN--T-T--T-GANTGCGTTCTG----TGCTTCCAAG-TG--G----C--C-T-TTT-ATCAG-ATA-TTATTGAC----TATC---A---CAA---C--AGC---AG---T------A-------C--GTG----C--TGT---GTGGCGGCCGTAA-A-A-AT-GTCGCC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
gi|1                          :                                                                                                                           ATT---TTC-CC--C-T----AACTGCGTTATG----TGCTTTCAA--TA--AAT--C--C-T-TCT-ATCAG-ATG-CCACTGAC----TTTCCAAA---CAA---C--AGT---CT---T------A-------A--GTG----T--CTT---GTAGCGACCGT-G-G-A-AT-GTCTCA-T-CG-T------AT-T-TT-AATTGGAAATA-A-GT--G-----T-TT----TT-A--TTATA-T-CTGAT
gi|10                         : tttgatatatgaaactccctgagtgttggtcgaaaacagaaaacaattaggggcggtgctagagagcgttatgggtgttgcataaatcccacataaacAATT-AACCCGAG----T-TT--CATT---T-C-TT--G-T--A-GAATA---TCTGCGGCTGCTTTCGAA-GG--G----T--C-C-TTT-ACTAGGATA-TTATTGGC----TGAC---A---CAA---C--AGC---AGTCTT------A-------C--GTG----T--GGG---ATGGCGGCCGT-T-A-G-AT-GTCGCT-C-CG-T------GT-T-TT-GGC------TC-A-GT--GATGGAT-TG----TA-A--TACTT-T-CTGATTccttaatttattt
gi|11                         :                                                                                                 TCAACA-AAACCGAG----T-CTGCTAGT---TTC-TG--TAT--T-GATTGCGATCGG----TGCTTCTAAG-TG--G----T--C-T-TTT-ATCAG-GTA-TTACTTAC----TATC---T---CAA---C--AAC---AG---T------A-------T--GTG----A--TGT---GTGGCGGCTGTAA-A-A-AG-GTCGCC-C-TG-T------AT-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-TTGATTgc
gi|12                         :                                                                                                                                                                 GCTTCCAAA--G--A----TAAC-T-TCT-ATCAG-ATA-GTATTGAC----TATC---A---CAA---TTGAGT---AT---T------A-------C--GTG----T--TTT---GTGGTGGTCGT-A-A-A-AT-GTCGTC-T-CG-C------AC-T-TC-GAC------T
gi|13                         :                                                                                                 TCAATA-ACACCGAG----TTCCGGTATTAGTTTA-TG--T-T--A-TAGTA-----TG----TGTTTCTAAG--G--GAC--C--C-T-TTT-ATCAT-ATA-GTATTGAC----TGCC---A---TAA---C--GGC---AGTATT------A-------C--GTG----T--TGA---ATGGCGGAAGT-A-A-A-AC-GTCGCC-T-TG-T------GC-G-TT-GAC------TC-A-GA--G-----T-TG----aaagtaattttttttttatactttcttggaaactcattttgtataattgtccgaaaatagaatat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                  agaaTA-TTATTGAC----TTAC---G---CAA---T--ATC---AG---T------------------TT----CG-TGT---GTGGAGGTCCAAA-A-A-AA-GTCGCA-C-CG-C------AC-T-TT-GAT------TC-A-GT--C-----T-TT----TC-A--ATATT-T-CT
gi|15                         :                                                                                                             aatcttacataatTATC---TTT-TC--T-T----GAACGCGTTCTG----AATTTCAAGG-TG--A----C--CCT-TTT-ATTTT-GCA-TTATTGAC----TACC---A-------------GC---TG---TTTT---A-------A--ATG----C--TGT---GTTGTGGTTGTAA-A-A--T-GTCGCT-T-CG-T------AA-T-TT-GAC------TC-A-GT--T-----T-TG----TT-A--CTAAT-T-cgttctttggaatagtggaggacattcagtgttgttggaaaat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                       t-T-TTC-ATTAT-TTA-TTATTGAC----TTTA---A---CAG---C--ATC---AG---T--------------T--GTGGATAC--TGT---GTGACCGCTGAGA-A-G-AC-ATCACC-T-AG-T------AA-C-CT-GAG------TC-A-AT--G-----T-CA----TT-C--TTATT-T-CCAATaa
gi|17                         :                                                                                                                                                               gtgttctagttttaaatgggtctttttcatT-ATCAG-ATG-TGTTTTAC----TTTC---A---TAA---C--AGC---AG----------A-------C--GTG----CG-TGTTAAGTGGCGGCCGTAA-ATA-AT-ATCTCC-----------------------------------AT--G-----T-TG----TT----TTAAT-T-CTGATT
gi|18                         :                                                                                                                                                     tgTTTTA----TGCTTCCAAG-AG--A----T--TAT-TGT-ATCAG-ATAGTTA-AGAC----TATC---A---CGAATTC--ATT---CT---T------A-------G--GTG----A--TGT---GTGACAACCGC---A-A-AT--TTGTC-C-TG-T------AC-T-TT-GCC------TC-A-GT--A-----G-TG----TC-A--TTATT-T-TTgctaaatataatggagctccattagtgttgctcgagaatata
gi|2                          :                                                                                                                                                                        AG-TGCAG----T--C-T-TT-----AA-ATG-GTATTGAC----TATG---A---CAA---C--GTC---AG---TCTA---A-------T--ATG----A--TGT---ATGGCGGCTGTAT-A-A-A--GTTGCC-C-CG-T------AC-T-TT-GAT------TC-A-GT--G-----T-TG----TC-A--TTAtactccttg
gi|20                         :                                                                                                                                   atcaatgtttcaggcttgaaaagac----TGTTTCCA-G-TG--GAA--CG-T-T-TTT-ATGAG-ATG-TCATTGAT----CACC---A---CAG---C--AGT---AA---T------ATTG----C--GTG----C--TGT---GTTGCGACCGTAA-A-A--T-TTCGCC-T-CG-T------GC-T-TT-GAT------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--CTAGT-T-CTGATTacttatcacttcttattccttaacctgaatcctggaagaaattcaggattttcgtaaatgaaacaatactttatctggtctttaagagcgtgattggtgttgagtatttcattatctctaattaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    --GTG----C--CAT---GTGGCGTCTGCAG-A-C-AG-GTCACT-C-AA--------AC-T-TT-TAT------TC-A-GCTGG-----TATG----TT-G--TTATT-T-CTGGTTtc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                         gtagtctattG-AGA-TT-TTGAC----TATC---A---CGA---C--AGC---TG---TCCA---A-------C--GAG----C--TGT---GTGACGTCAGCAA-A-A----GTCGCC-C-CG-TATCTTGAC-T-CT-GAC------TC-G-GT--G-----T-TA----AT-A--TCATT-T-CAGATTctaatgcattcttaaagccattcagtgtgcctcgaaaatag
gi|24                         :                                                                                    agaaagtatgggtTCAATA-AAACCAAG----T-----------------G--T-T--T-CACTGTGTTTTG----TGCTTTGAAG------------------------AG-ATC-CTGTT---------TC---A---CAG---A--AGC---AG------------------C--TTC----A--TTT---ATGGTGGTCGCAA-A-ACAT-A---------G-T------AT-T-TT-GAC------AT-A-GT--G-----T-TG----TT-A--c
gi|25                         :                                                                                                                                                                   tTCCAA--TG--AAT--C--C-T-TTT-ATCAG-CTA-TTATTGAC----TCT-----------------AGT---TG---TCTC---G-------C--GTT----C--TAT---GTGGCAATCTTAA-A-A-G--GTCGTC-T-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-AT--G-----T-C-----TT----TTATT-T-CTGATTg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                ----C--T-T-TTT-ATCAG-ATA-TTGCAGAG----TATC---AGTACAA---C--AGT---CT---T------A-------C--GTA----A--TGT---ATGGCGGTTGTAA-G-A-AT-A--GCC-C-CT-T------AC-T-CT-AAA------CC---GT--G-----T-AA----TA-A--ATATT-T-CTGATT
gi|27                         :                                                                                                                                                                             tat----C--C-T-TTT--TCTG-ATA-TTATT-AT----TATC---A---TAG---C--AGC---AG---T------ATAGATAAC--ATG----G--TGT---GTGGCGACCATAA-A-A--T-GTCGCC-C-CG-A------AC-T-TT-GAC------TT-T-GT--G-----T-TT----TT-A--TTATT-
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                            gagat---T------A-------T--ATG----T--CAT---ATGGTCGCTGTGA-A-A-AG-GTCGTC-C-AG-T------AC-T-TT-TAC------TC-A-TT--G-----C-TT----TC-A--TTA
gi|29                         :                                                                                                          tgcagtatgtaatatggtgccatgacatactcaatatttgtagtctTCTG----TACTTTCAAA-TT--A----C--CCT-TTT-ATCAA-ACA-GTGTTGAC----T-TC---TTT-CAA---C--AGA---AG---TCGC---A-------C--GTG----C--TGT---GTGGCGACCGTAA-A-A-G--GTCGAT-C-CG-T------AA-T-TT-GA
gi|3                          :                                                                                                   AATA-AAACCGAG----T-TT----TC---TTCATC--T-T-----AATGTGTTCTT----TGTTTC-AAG--G--GAT--C--C-T-TTT-ATTAT-ATA-TTATTGAC----TA-----A---CAG---C--AGC---AG---TC-----A-------TTTGTG----C--CAT---ATGATGGCCATAA-C-A--T-ATTACC-T-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----C-CG----TT-A--GTATT-T-CCGATT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                  ctg------A-------C--GTG----C--TGT---ATGGCGGCTGTAA-A-A-A--GTTGCT-T-CC-T------AT-A-TC-GGT------TC-A-GT--G-----T-TG----TA-A--TTGTT-CACTGAccctgcaataatggagccattaagtgtatctcgggaatagattaccgtttagccggtggtagtggggtgggggattcgttaggggtgttgtat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  aacctctgtctcCGTAA-A-A-A--GTCGCC-T-TG-T------AC-T-CT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTTGT-T-TTGATTgctcatttcataagctaaa
gi|32                         :                                                                                                                                                                                            TC-ATCAT-ATG-TTGTTGAC----CATG---T---CAT---C--AGC---AGTCTT------A-------C--GTAAT--CAGTAT---GTGACAGTCATAA-A-A-A--GTCACC-T-CG-T------GC-T-TT-ccttggaatcatgcaactcattaagttttgtttgtgaatagaaaat
gi|33                         :                                                                                                                                                                                    tttgcaagggatcacc-ATA-CTATT-ACATAATACC---A---CAG---C--AGC---AG---TCTCGATA-------C--GTG----C--TGT---GTGGTTGC-GCAA--------------------C------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-TACCGATT
gi|34                         :                                                                                                                                                                                        attaTT-ATCAG-ATA-GTATTAAC----AATC---A---CAA---C--AACCCTAC---T------G-------C--TTG----C--TCT---TTGGCGGCCGT-T-A-A-AT-GTCGAC-A-CG-T------AT-A-TC-TAC------TC-A-CT--G-----T-TG----CT-A--T
gi|36                         :                                                                                                                                                                                ----C--C-T-TTT-CTCAG-ATG-TTAATGAC----TATC---A---CAT---C--AGC---AA---TCTA---A-------A--GTG----T--TGT---AAGGCGGCCGTAATA-A-CT-CCCGCT-C-AGAT------GT-TATT-GAC------T
gi|37                         :                                                                                                                                                                        AG-TG--GAT--C--C-C-TTT-GCCAG-ATA-AAATTGAC----TATT---A---CGA---C--AGC---AGCCTC------A-------C--GCC----C--AGT---GTGGCGGCCCTGA-C-A-A--GTCGC
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                              ttttgtatg--AGC---AG---TCTA---A-------C--GCG----C--TGC---GAGGCGACCTTAA-A-A--T-GTCGGC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TA-A-AT--C-----T-TG----TT-T--TGATT-T-CTGATT
gi|39                         :                                                                                                 TCGATA-AAACCGAA----C-CTG--ATT---TTG-TT--T-TGAT-GGATGCTTTCTG----CACTTCAAAG-TG--AT---C--C-T-TTT-ATCAG-ATA-TTAtct
gi|4                          :                                                                                                 gacATATAAACTAAG----T-CTGCTATT---TTC-TTCTT-T--T-GGATGAACTCTT----TGCTTCCAAGATA--GATATC--C-T-TTT-ATCAG-AGA-TTTTTGAC----TATC---A---TAA---C--AGT---AGCCAT------A-------C--GTG----C--TGT---TCGGCGACCGT-A-A-A-TT-GTCA-C-C-AG-T------AC-T-TG-AAC------TC---------------------TT-A--TTATT-T-CTGACTc
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                       at---A---CAA---C--AAT---AG---TCTT---A-------T--GTG----C--TGT---ATGTCATCCGC-A-A-A-AC-GTCACC-T-CC-T------TC-T-TT-GAT------TC-A-GT--G-----G-TG----TT-A--ATAccttggagtcaaagagaatcttcggtattgctagagaatatattaaactagtgataggcataagagtgtttgcatatctt
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                            tgtgG---T------A-------C--GTG----C--TGC---GCGATGGCTGTAA-A-A-G--ATCGGC-A-CA-T------AG-T-TT-GAC------CC-A-GT--G-----T-TATGTTTT-G--TTGTT-T-a
gi|43                         :                                                                                             acaatCAGTA-AAACCAAG----T-CTGCTATT---TTT--------------ATGCGGTCTG----TGCTTTCAAG-GGA-G----C--C-TATTT-ATt
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               tcatgaaaagaaaTCGCC-C-CG-T------GC-T-TA-CAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TCAAC-T-CTGtt
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                     ttTA----C--TGT---ATGGTGACTGTAG-A-T--T-GTCTCC-C-TA-T------AC-T-TT-GAC------TC-AAGC--G-----T-TG----TT-A--CTATT-T-CTGACTgctacttggactcgtggagatcattcaatatt
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                              ata---T------A-------T--GTG----A--TGTCG-GTGGCGGCTGTAA-A-A--------CA-C-TG-T------ACAT-TT-GAC------CG-A-GT--G-----T-AA----TT-A--TTATc
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                  aagatA-TT-TTGAT----TATC---A---AAA---C--AGC---TG---TCTG---A-------C--GTA----C--TGT---ATTGCGGCTGTAG-A-A--T-GTCGAT-C-GG-T------TC-T-TT-Ggattc
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aCGTC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGAT
gi|49                         :                                                                                                                                                            ----TACTTTCAAGGTA--G----C--C-A-TTT-ATCAA-ATA-TTATTTAC----CAAC---A---TAA---C--AGC---AGTCTT------A-------C--GTcccttgtaatcatggggtcacatta
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                 ---T------A-------C--GTG----A--CGT---GTAACTGTCTTAC-A-A--T-GTCGCC-C-CA-T------AC-T-TT-GAC------TC-G-GT--G-----C-TG----TT-A--CTATata
gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                TAA-A-A-A--GTTGCC-C-CG-T------AG-T-AT-GAC------TC-A-GT--G-----C-TG----TT-C--TT-TT-T-TTG
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -GTCGTC-T-CG-C------AC-T-TT-AAA------TC-A-TT--G-----T-TG----TT-ATTTTTTT-T-CTGATTttactatttggaat
gi|53                         :                                                                                                                                                      taagga----TGCTTCTAAG--G--GAA--C--C-T-TTT-ATTAG-ATT-TTATAAAC----TATC---A---CAA---C--GGT---AGTCTT------A-------C--GTccttggga
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T-GCCGGC-C-CG-T------AC-T-CT-GAC------TG-A-TT--G-----T-TG----TT-A--TAAT
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ac-A-A-ATAGTTGCC-C-CG-T------AT-T-TC-GGC------TC-A-GT--A-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTAATTacgtgatcctttggaatca
gi|57                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -GTCGCC-T-CG-T------AG-T-TT-GAC------TC-A-GC--G-----T-TG----TG-A--TTTTT-T-CTGATT
gi|58                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      aTGGCGGCCTTAA-A-A--T-GTTACC-T-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-G
gi|59                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aca-T------AC-T-TTTGAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                          TATTGGC----TATT---T---CAA---T--TGC---AG---TCTA---A-------C--GTT----A--TGA---GTGGCGCTCGTAA-A-G--T--TCTCC-C-CG-A------AC-T-TT-GAC------TC-G-GT--G-----T-TG----GT-A--TTTTG-T-CTGATTcctggt
gi|7                          :                                                                                               ggTTAATA-AAACTGAGATCAT-TTACAGTT---TCC-TC--T-T--T-GGTTGTGTTATT----TGCTTCCAAG-GG--A----C--T-TGTTT-GTCAG-ATA-TTGTAAAC-----AGC---A---CAA---C--ATT---AT---T------A-------C--CTT----C--AGT---GTGGCGGGCGTTA-A----T-ATTGCC-CTCG-T------AT-T-TT-GAT------TC-A-TT--G-----T-TG----TT-T--TTATT-T-CTGATTcattgaaatcattggaatcaaagagttcccaaggttctgttagataatatgtagaatatttataaaatcggtgctaaaggacgtcaacggttttgcctttttaattagcctaattga
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              caC-C-CG-A------AC-T-TT-GAC------TCAA-GA--G-----T-TG----TT-A--TTATTGT-CTGATTtcgtggagtcctgtgagtcattcagtgttgc
gi|9                          :                                                                                                            tGAA----T-CCACTTTT---GTCGTA--T-T--TCGGTTCTTTTTTG----TACATCCGAG-GA--A----C--C-C-TTCGATCAG-AAA-GTATTGAC----TATC---A---CAA---C--AGC---AG---CCTA---A-------C--GTA----C--TTT---GTAGTGTCCGT-A-A-T-AT-GTCGCCAT-CG--------GC-T-TT-GGC------TC-------G-----T-AG----TTAA--TTATT-T-CTGAccttggaatcacggagccgctttgacagtggtcctcgaacccaaactaccgcttaagtcggtatgagagtgcatgatgggtgttgcataggccactagccttaatgaacagattcaataaaacttagtctggtttgtttt


blockSeqs                     :                                                                                                       T        TTCCGGTATTAGTTTATGTTA             A  C      CGGC          ATAGATAT   AA C A   G     G   G        ATAA    .   GTA   ATT TG   CCT  TATAGATAA          TT   GATAC     TAA           A     CAT              ATCTTG           .            TG ATGGA    TGTT    TT     G A
blockSeqs                     :                                                                                                       .        ATCATTTACAGTTTCCTCTTT             T  C      .             TGCAG      G  A G   .     .   .        .       .   TT    .   .    .    TCTCGATA           .    ATCAG     CG            A     ATA              .                .            .  .        .       .      . A
blockSeqs                     :                                                                                                       .        TCTGCTATTTTCTTCTTTT               G  T      .             TGGAA      .  C .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TCTTA              .    CG        .             A     AT               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                       .        TCCACTTTTGTCGTATTTC               A  T      .             TGAAT      .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TATTA              .    CG        .             G     AG               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                       .        TCTGCTAGTTTCTGTATT                C  C      .             TGGAT      .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TTTTA              .    T         .             A     AT               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                       .        CCTGATTTTGTTTTGAT                 A  A      .             GGAC       .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TCTAA              .    A         .             A     AC               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                       .        TTTTCTTCATCTT                     A  C      .             GGAT       .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TATTG              .    T         .             A     AA               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                       .        TCTGCTATTTTT                      A  T      .             TGAT       .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TCCAA              .    T         .             A     AC               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                TGTTT                             A  T      .             GGAG       .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TCTCG              .    C         .             A     AT               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  T  .      .             GTAG       .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TCGCA              .    A         .             A     AT               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  T  .      .             GGAA       .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TCTTA              .    A         .             A     AG               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .             GGG        .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TCTAA              .    C         .             A     AT               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .             TGG        .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    CCTCA              .    C         .             A     AG               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .             TGA        .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TCTAA              .    C         .             G     AT               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .             AGA        .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    CCATA              .    A         .             A     CT               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .             TTA        .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TCTTA              .    C         .             A     TT               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                          GGA        .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TCTGA              .    A         .             A     AC               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                          GAA        .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TCTTA              .    G         .             A     AT               .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                          GA         .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TCTTA              .    T         .             A     T                .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                          .          .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TCTAA              .    C         .             A     A                .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    CCTAA              .    C         .             A     T                .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TCA                .    C         .             G     G                .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .  . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TA                 .    C         .             A     T                .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                        . .   .     .   .        .       .   .     .   .    .    TA                 .    C         .             A     G                .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                              .     .   .        .       .   .     .   .    .    TA                 .    T         .             A     T                .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                              .     .   .        .       .   .     .   .    .    TA                 .    C         .             A     A                .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                              .     .   .        .       .   .     .   .    .    TA                 .    C         .             A     A                .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                    .   .        .       .   .     .   .    .    TG                 .    C         .             A     A                .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .        .       .   .     .   .    .    TA                 .    C         .             A     A                .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .        .       .   .     .   .    .    TA                 .    C         .             A     T                .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                         .   .     .   .    .    TA                 .    C         .             A     G                .                .            .  .        .       .      . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .    .    TA                 .    A         .             T     T                .                .            .  .        .       .      .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 T                  .    C         .             .     T                .                .            .  .        .       .         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 T                  .    A         .             .     T                .                .            .  .        .       .         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 A                  .    A         .             .     A                .                .            .  .        .       .         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .                  .    C         .             .     T                .                .            .  .        .       .         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                    .    C         .             .     T                .                .            .  .        .       .         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                    .                            .     T                .                .            .  .        .       .         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .     .                .                .            .  .        .       .         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .     .                .                .            .  .        .       .         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                .                .            .  .        .                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .                .                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .                .                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .                .                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .                                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                                TCCGCTATTTTCTTNTNTT*************                          GGA*******                                     ***                     TCTNA*************                                    AT**                              ******
originalCons                  :                                                                                                 TCAATA-AAACCGAG----T-CTGCTATT---TTC-TN--T-T--T-GANTGCGTTCTG----TGCTTCCAAG-TG--G----C--C-T-TTT-ATCAG-ATA-TTATTGAC----TATC---A---CAA---C--AGC---AG---T------A-------C--GTG----C--TGT---GTGGCGGCCGTAA-A-A-AT-GTCGCC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
finalCons                     :                                                                                                 TCAATA-AAACCGAGTCCGCTATTTTCTTNTNTT-------------GANTGCGTTCTG----TGCTTCCAAGGGA-------C--C-T-TTT-ATCAG-ATA-TTATTGAC----TATC---A---CAA---C--AGC---AGTCTNA-------------C--GTG----C--TGT---GTGGCGGCCGTAA-A-AAT--GTCGCC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTATTCTTATTGTTATTTTCCCGATTTCTTTAAATCATGGAACACAGTCAGTCATGGTCGTAAATAGAATACCGCTTAAGCGAATGCCAATGAGTGTAATGAGTGTTGCATGTTTTAATATCCCGCATAAACAAATTCAAAATAAAATCAAGTCTTCTAGTTTTATTCGATGCTTTCGTTATATCCTTTCCTCAGATACCATTATAAATA
Unaligned ( gi|19 ): CATTTACTTTTGTTATTTCTTTTTTATTAAAATAATGGAGCATATTCATTGTTGGTCAAGCAATTGGAATAGAAAACCGCTAAATCGAGTGTGATGCATGAGGGGTGTTGAATGCTGCACTGTATTA
Unaligned ( gi|22 ): TATCAAATAATATATACTTTCAAAACATTAGTTTTAACATGCTGAATAGCGGATGTTAACAGTTGCCTCTGCTTTCATTCACTAACTTAATGTTGTGCTAATAACTTATCTGTACTTC
Unaligned ( gi|35 ): CCCGAATTCTACTCGAACATCATAATTGGTCATTACTCGGAATCATGGCACCCGTGCAGTGTTGCTCGAAAACAAAATACCGCTTAAG
Unaligned ( gi|40 ): ACATTAGCAGTCATTAGAGTAATGTACGTATAATATCGCCTCGTAATTTGACACAGTGTCAGTTAATATTTCAGACT
Unaligned ( gi|55 ): TTTTATTAAATAATGTATACTGTCAAAACATCCGACCTAAGTGCTGGGTGGCG
Unaligned ( gi|60 ): GAAAGCTTGTTCTGATTTGCTCGAGAATAAAATAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                 222222222      2222222222                               1111111                                                                                    1111                                                                               
lowQualScore                  :                                                                                                       4         666666666      0000000000 1  6      4444           44 1 5555555 3   1     1   1        2222     11            66666     33333   11           2 1 1 7777      0 0  0 222222  0 0  0   222222  0 0  11 22222 1  2222  1 11     1 2      
lowQualScore                  :                                                                                                       .         .........      .......... .  .      ....           .. . ....... .   .     .   .        ....     ..            .....     .....   ..           . . . ....      . .  . ......  . .  .   ......  . .  .. ..... .  ....  . ..     . .      
lowQualScore                  :                                                                                                       4         111111111      3333333333 0  5      7777           33 8 9999999 2   5     4   3        7777     77            44444     11111   44           3 0 0 1111      9 9  8 444444  8 8  8   666666  9 9  33 44444 0  0000  0 33     2 5      
consensus                     :                                                                                                 TCAATA-AAACCGAGT-CCGCT---ATTTTCTTN-TNTTG-ANTGCGTTCTG----TGCTTCCAAGG--G-A---CC--T-TTT-ATCAG-ATA-TTATTGAC----TATCA--CAACAGCAGTCTT----ACGTG--C--TGT--GTGGCGGCCGTAA-A-A-AT-GTCGCC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
Reference ( family-1424 )     :                                                                                                 TCAATA-AAACCGAGT-CCGCT---ATTTTCTTN-TNTTG-ANTGCGTTCTG----TGCTTCCAAGG--G-A---CC--T-TTT-ATCAG-ATA-TTATTGAC----TATCA--CAACAGCAGTCTN----ACGTG--C--TGT--GTGGCGGCCGTAA-A-A-AT-GTCGCC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
gi|1                          :                                                                                                                       ---ATTTTCCCC-TA----ACTGCGTTATG----TGCTTTCAATA--A-AT--CC--T-TCT-ATCAG-ATG-CCACTGAC----TTTCC--AAACAACAGTCTT----AAGTG--T--CTT--GTAGCGACCGT-G-G-A-AT-GTCTCA-T-CG-T------AT-T-TT-AATTGGAAATA-A-GT--G-----T-TT----TT-A--TTATA-T-CTGAT
gi|10                         : tttgatatatgaaactccctgagtgttggtcgaaaacagaaaacaattaggggcggtgctagagagcgttatgggtgttgcataaatcccacataaacAATT-AACCCGAGT-TT--C---ATTT-CTTG-TA--G-AATA---TCTGCGGCTGCTTTCGAAG--G-G---TC--C-TTT-ACTAGGATA-TTATTGGC----TGACA--CAACAGCAGTCTT----ACGTG--T--GGG--ATGGCGGCCGT-T-A-G-AT-GTCGCT-C-CG-T------GT-T-TT-GGC------TC-A-GT--GATGGAT-TG----TA-A--TACTT-T-CTGATTccttaatttattt
gi|11                         :                                                                                                 TCAACA-AAACCGAGT-CTGCT---AGTTTCT-G-TATTG-ATTGCGATCGG----TGCTTCTAAGT--G-G---TC--T-TTT-ATCAG-GTA-TTACTTAC----TATCT--CAACAACAGT-------ATGTG--A--TGT--GTGGCGGCTGTAA-A-A-AG-GTCGCC-C-TG-T------AT-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-TTGATTgc
gi|12                         :                                                                                                                                                          GCTTCCAAAG--ATA---AC--T-TCT-ATCAG-ATA-GTATTGAC----TATCA--CAATTG-AGTATT----ACGTG--T--TTT--GTGGTGGTCGT-A-A-A-AT-GTCGTC-T-CG-C------AC-T-TC-GAC------T
gi|13                         :                                                                                                 TCAATA-ACACCGAGTTCCGGT---ATTAGTTTA-TGTTATAGTA-----TG----TGTTTCTAAGG--G-A---CCC-T-TTT-ATCAT-ATA-GTATTGAC----TGCCA--TAACGGCAGTATT----ACGTG--T--TGA--ATGGCGGAAGT-A-A-A-AC-GTCGCC-T-TG-T------GC-G-TT-GAC------TC-A-GA--G-----T-TG----aaagtaattttttttttatactttcttggaaactcattttgtataattgtccgaaaatagaatat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                         agaaTA-TTATTGAC----TTACG--CAATATCAGTTT------CGTG-------T--GTGGAGGTCCAAA-A-A-AA-GTCGCA-C-CG-C------AC-T-TT-GAT------TC-A-GT--C-----T-TT----TC-A--ATATT-T-CT
gi|15                         :                                                                                                              aatcttacataatTTATCTTT-TCTTG-AACGCGTTCTG-----AATTTCAAGGT-G-A---CCC-T-TTT-ATTTT-GCA-TTATTGAC----TACCA-------GCTGTTTT----AAATG--C--TGT--GTTGTGGTTGTAA-A-A--T-GTCGCT-T-CG-T------AA-T-TT-GAC------TC-A-GT--T-----T-TG----TT-A--CTAAT-T-cgttctttggaatagtggaggacattcagtgttgttggaaaat
gi|16                         :                                                                                                                             TTCTAG-TTTTA-AATGGGTCTT--------TTTCA------------T--T-TTC-ATTAT-TTA-TTATTGAC----TTTAA--CAGCATCAGTTGT----GGATA--C--TGT--GTGACCGCTGAGA-A-G-AC-ATCACC-T-AG-T------AA-C-CT-GAG------TC-A-AT--G-----T-CA----TT-C--TTATT-T-CCAATaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                 gtgT-ATCAG-ATG-TGTTTTAC----TTTCA--TAACAGCAGACGT----GCGTG--T--TAA--GTGGCGGCCGTAA-ATA-AT-ATCTCC-----------------------------------AT--G-----T-TG----TT----TTAAT-T-CTGATT
gi|18                         :                                                                                                                                              tgTTTTA----TGCTTCCAAGA--G-A---TTA-T-TGT-ATCAG-ATAGTTAA-GAC----TATCA--CGAATTCATTCTT----AGGTG--A--TGT--GTGACAACCGCAA-A----T--TTGTC-C-TG-T------AC-T-TT-GCC------TC-A-GT--A-----G-TG----TC-A--TTATT-T-TTgctaaatataatggagctccattagtgttgctcgagaatata
gi|2                          :                                                                                                                                                                                       TTAA-ATG-GTATTGAC----TATGA--CAACGTCAGTCTA----ATATG--A--TGT--ATGGCGGCTGTAT-A-A-A--GTTGCC-C-CG-T------AC-T-TT-GAT------TC-A-GT--G-----T-TG----TC-A--TTAtactccttg
gi|20                         :                                                                                                                  atcaatgtttcaggcttgaaaagacagtgcagtct----TGTTTCCAGTG--G-A---ACGTT-TTT-ATGAG-ATG-TCATTGAT----CACCA--CAGCAGTAATATT----GCGTG--C--TGT--GTTGCGACCGTAA-A-A--T-TTCGCC-T-CG-T------GC-T-TT-GAT------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--CTAGT-T-CTGATTacttatcacttcttattccttaacctgaatcctggaagaaattcaggattttcgtaaatgaaacaatactttatctggtctttaagagcgtgattggtgttgagtatttcattatctctaattaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                        GTAGTCTA----TTGTG--C--CAT--GTGGCGTCTGCAG-A-C-AG-GTCACT-C-AA--------AC-T-TT-TAT------TC-A-GCTGG-----TATG----TT-G--TTATT-T-CTGGTTtc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                          G-AGA-TT-TTGAC----TATCA--CGACAGCTGTCCA----ACGAG--C--TGT--GTGACGTCAGCAA-A-A----GTCGCC-C-CG-TATCTTGAC-T-CT-GAC------TC-G-GT--G-----T-TA----AT-A--TCATT-T-CAGATTctaatgcattcttaaagccattcagtgtgcctcgaaaatag
gi|24                         :                                                                                    agaaagtatgggtTCAATA-AAACCAAGT---G-------TTTC----------ACTGTGTTTTG----TGCTTTGAAG----------------------AG-ATC-CTGTT---------TCA--CAGAAGCAGCTTC----A---------TTT--ATGGTGGTCGCAA-A-ACAT-A---------G-T------AT-T-TT-GAC------AT-A-GT--G-----T-TG----TT-A--c
gi|25                         :                                                                                                                                                            tTCCAATG--A-AT--CC--T-TTT-ATCAG-CTA-TTATTGAC----TCT--------AGTTGTCTC----GCGTT--C--TAT--GTGGCAATCTTAA-A-A-G--GTCGTC-T-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-AT--G-----T-C-----TT----TTATT-T-CTGATTg
gi|26                         :                                                                                                                                                                         ---CT--T-TTT-ATCAG-ATA-TTGCAGAG----TATCA--GTACAACAGTCTT----ACGTA--A--TGT--ATGGCGGTTGTAA-G-A-AT-A--GCC-C-CT-T------AC-T-CT-AAA------CC---GT--G-----T-AA----TA-A--ATATT-T-CTGATT
gi|27                         :                                                                                                                                                                      tat---CC--T-TTT--TCTG-ATA-TTATT-AT----TATCA--TAGCAGCAGTATAGATAACATG--G--TGT--GTGGCGACCATAA-A-A--T-GTCGCC-C-CG-A------AC-T-TT-GAC------TT-T-GT--G-----T-TT----TT-A--TTATT-
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                   gagatGTAGTCTT----ATATG--T--CAT--ATGGTCGCTGTGA-A-A-AG-GTCGTC-C-AG-T------AC-T-TT-TAC------TC-A-TT--G-----C-TT----TC-A--TTA
gi|29                         :                                                                                                          tgcagtatgtaatatggtgccatgacatactcaatatttTCTG----TACTTTCAAAT--T-A---CCC-T-TTT-ATCAA-ACA-GTGTTGAC----T-TCTTTCAACAGAAGTCGC----ACGTG--C--TGT--GTGGCGACCGTAA-A-A-G--GTCGAT-C-CG-T------AA-T-TT-GA
gi|3                          :                                                                                                   AATA-AAACCGAGT-----------TTTCTTCATCTT--AATGTGTTCTT----TGTTTC-AAGG--G-AT--CC--T-TTT-ATTAT-ATA-TTATTGAC----TA--A--CAGCAGCAGTCAT----TTGTG--C--CAT--ATGATGGCCATAA-C-A--T-ATTACC-T-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----C-CG----TT-A--GTATT-T-CCGATT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                        ctgGTCTC----ACGTG--C--TGT--ATGGCGGCTGTAA-A-A-A--GTTGCT-T-CC-T------AT-A-TC-GGT------TC-A-GT--G-----T-TG----TA-A--TTGTT-CACTGAccctgcaataatggagccattaagtgtatctcgggaatagattaccgtttagccggtggtagtggggtgggggattcgttaggggtgttgtat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                    aacctctCGTAA-A-A-A--GTCGCC-T-TG-T------AC-T-CT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTTGT-T-TTGATTgctcatttcataagctaaa
gi|32                         :                                                                                                                                                            TTGCAAGG--G-A---TCA-C-CTC-ATCAT-ATG-TTGTTGAC----CATGT--CATCAGCAGTCTT----ACGTAATCAGTAT--GTGACAGTCATAA-A-A-A--GTCACC-T-CG-T------GC-T-TT-ccttggaatcatgcaactcattaagttttgtttgtgaatagaaaat
gi|33                         :                                                                                                                                                                                          t-ATA-CTATT-ACATAATACCA--CAGCAGCAGTCTCGAT-ACGTG--C--TGT--GTGGTTGC-GCAA--------------------C------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-TACCGATT
gi|34                         :                                                                                                                                                                               attaTT-ATCAG-ATA-GTATTAAC----AATCA--CAACAACCCTACT----GCTTG--C--TCT--TTGGCGGCCGT-T-A-A-AT-GTCGAC-A-CG-T------AT-A-TC-TAC------TC-A-CT--G-----T-TG----CT-A--T
gi|36                         :                                                                                                                                                                         ---CC--T-TTT-CTCAG-ATG-TTAATGAC----TATCA--CATCAGCAATCTA----AAGTG--T--TGT--AAGGCGGCCGTAATA-A-CT-CCCGCT-C-AGAT------GT-TATT-GAC------T
gi|37                         :                                                                                                                                                                   G--G-AT--CC--C-TTT-GCCAG-ATA-AAATTGAC----TATTA--CGACAGCAGCCTC----ACGCC--C--AGT--GTGGCGGCCCTGA-C-A-A--GTCGC
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                           ttttgtatgagtAGCAGTCTA----ACGCG--C--TGC--GAGGCGACCTTAA-A-A--T-GTCGGC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TA-A-AT--C-----T-TG----TT-T--TGATT-T-CTGATT
gi|39                         :                                                                                                 TCGATA-AAACCGAAC-CTG-----ATTTTGTTT-TGATG-GATGCTTTCTG----CACTTCAAAGT--G-AT--CC--T-TTT-ATCAG-ATA-TTAtct
gi|4                          :                                                                                                 gacATATAAACTAAGT-CTGCT---ATTTTCTTC-TTTTG-GATGAACTCTT----TGCTTCCAAGATAG-ATATCC--T-TTT-ATCAG-AGA-TTTTTGAC----TATCA--TAACAGTAGCCAT----ACGTG--C--TGT--TCGGCGACCGT-A-A-A-TT-GTCA-C-C-AG-T------AC-T-TG-AAC------TC---------------------TT-A--TTATT-T-CTGACTc
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                              atA--CAACAATAGTCTT----ATGTG--C--TGT--ATGTCATCCGC-A-A-A-AC-GTCACC-T-CC-T------TC-T-TT-GAT------TC-A-GT--G-----G-TG----TT-A--ATAccttggagtcaaagagaatcttcggtattgctagagaatatattaaactagtgataggcataagagtgtttgcatatctt
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                            tgtg----ACGTG--C--TGC--GCGATGGCTGTAA-A-A-G--ATCGGC-A-CA-T------AG-T-TT-GAC------CC-A-GT--G-----T-TATGTTTT-G--TTGTT-T-a
gi|43                         :                                                                                           acaatgtCAGTA-AAACCAAGT-CTGCT---ATTTTT-----------ATGCGGTCTG----TGCTTTCAAGG--G-AG--CC--TATTT-ATt
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                            tcatgaaaagaaaTCGCC-C-CG-T------GC-T-TA-CAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TCAAC-T-CTGtt
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                     ttTA--C--TGT--ATGGTGACTGTAG-A-T--T-GTCTCC-C-TA-T------AC-T-TT-GAC------TC-AAGC--G-----T-TG----TT-A--CTATT-T-CTGACTgctacttggactcgtggagatcattcaatatt
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                           ataTT----ATGTG--A--TGTCGGTGGCGGCTGTAA-A-A--------CA-C-TG-T------ACAT-TT-GAC------CG-A-GT--G-----T-AA----TT-A--TTATc
gi|47                         :                                                                                                                                                                                          aagaA-TT-TTGAT----TATCA--AAACAGCTGTCTG----ACGTA--C--TGT--ATTGCGGCTGTAG-A-A--T-GTCGAT-C-GG-T------TC-T-TT-Ggattc
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         aCGTC-C-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGAT
gi|49                         :                                                                                                                                                     ----TACTTTCAAGG--T-AG--CC--A-TTT-ATCAA-ATA-TTATTTAC----CAACA--TAACAGCAGTCTT----ACGTcccttgtaatcatggggtcacatta
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                ----ACGTG--A--CGT--GTAACTGTCTTAC-A-A--T-GTCGCC-C-CA-T------AC-T-TT-GAC------TC-G-GT--G-----C-TG----TT-A--CTATata
gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                            tTAA-A-A-A--GTTGCC-C-CG-T------AG-T-AT-GAC------TC-A-GT--G-----C-TG----TT-C--TT-TT-T-TTG
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                       -GTCGTC-T-CG-C------AC-T-TT-AAA------TC-A-TT--G-----T-TG----TT-ATTTTTTT-T-CTGATTttactatttggaat
gi|53                         :                                                                                                                                               taagga----TGCTTCTAAGG--G-AA--CC--T-TTT-ATTAG-ATT-TTATAAAC----TATCA--CAACGGTAGTCTT----ACGTccttggga
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      T-GCCGGC-C-CG-T------AC-T-CT-GAC------TG-A-TT--G-----T-TG----TT-A--TAAT
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                              ac-A-A-ATAGTTGCC-C-CG-T------AT-T-TC-GGC------TC-A-GT--A-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTAATTacgtgatcctttggaatca
gi|57                         :                                                                                                                                                                                                                                                                       -GTCGCC-T-CG-T------AG-T-TT-GAC------TC-A-GC--G-----T-TG----TG-A--TTTTT-T-CTGATT
gi|58                         :                                                                                                                                                                                                                                                   aTGGCGGCCTTAA-A-A--T-GTTACC-T-CG-T------AC-T-TT-GAC------TC-A-G
gi|59                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                aca-T------AC-T-TTTGAC------TC-A-GT--G-----T-TG----TT-A--TTATT-T-CTGATT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                 TATTGGC----TATTT--CAATTGCAGTCTA----ACGTT--A--TGA--GTGGCGCTCGTAA-A-G--T--TCTCC-C-CG-A------AC-T-TT-GAC------TC-G-GT--G-----T-TG----GT-A--TTTTG-T-CTGATTcctggt
gi|7                          :                                                                                               ggTTAATA-AAACTGAGA-TCATTTACAGTTTCCTC-T-TTG-GTTGTGTTATT----TGCTTCCAAGG--G-A---CT--TGTTT-GTCAG-ATA-TTGTAAAC-----AGCA--CAACATTA---TT----ACCTT--C--AGT--GTGGCGGGCGTTA-A----T-ATTGCC-CTCG-T------AT-T-TT-GAT------TC-A-TT--G-----T-TG----TT-T--TTATT-T-CTGATTcattgaaatcattggaatcaaagagttcccaaggttctgttagataatatgtagaatatttataaaatcggtgctaaaggacgtcaacggttttgcctttttaattagcctaattga
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                           caC-C-CG-A------AC-T-TT-GAC------TCAA-GA--G-----T-TG----TT-A--TTATTGT-CTGATTtcgtggagtcctgtgagtcattcagtgttgc
gi|9                          :                                                                                                            tGAAT-CCACT---TTTGTCGTA-TTTCG-GTTCTTTTTTG----TACATCCGAGG--A-A---CC--C-TTCGATCAG-AAA-GTATTGAC----TATCA--CAACAGCAGCCTA----ACGTA--C--TTT--GTAGTGTCCGT-A-A-T-AT-GTCGCCAT-CG--------GC-T-TT-GGC------TC-------G-----T-AG----TTAA--TTATT-T-CTGAccttggaatcacggagccgctttgacagtggtcctcgaacccaaactaccgcttaagtcggtatgagagtgcatgatgggtgttgcataggccactagccttaatgaacagattcaataaaacttagtctggtttgtttt
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTATTCTTATTGTTATTTTCCCGATTTCTTTAAATCATGGAACACAGTCAGTCATGGTCGTAAATAGAATACCGCTTAAGCGAATGCCAATGAGTGTAATGAGTGTTGCATGTTTTAATATCCCGCATAAACAAATTCAAAATAAAATCAAGTCTTCTAGTTTTATTCGATGCTTTCGTTATATCCTTTCCTCAGATACCATTATAAATA
Unaligned ( gi|19 ): CATTTACTTTTGTTATTTCTTTTTTATTAAAATAATGGAGCATATTCATTGTTGGTCAAGCAATTGGAATAGAAAACCGCTAAATCGAGTGTGATGCATGAGGGGTGTTGAATGCTGCACTGTATTA
Unaligned ( gi|22 ): TATCAAATAATATATACTTTCAAAACATTAGTTTTAACATGCTGAATAGCGGATGTTAACAGTTGCCTCTGCTTTCATTCACTAACTTAATGTTGTGCTAATAACTTATCTGTACTTC
Unaligned ( gi|35 ): CCCGAATTCTACTCGAACATCATAATTGGTCATTACTCGGAATCATGGCACCCGTGCAGTGTTGCTCGAAAACAAAATACCGCTTAAG
Unaligned ( gi|40 ): ACATTAGCAGTCATTAGAGTAATGTACGTATAATATCGCCTCGTAATTTGACACAGTGTCAGTTAATATTTCAGACT
Unaligned ( gi|55 ): TTTTATTAAATAATGTATACTGTCAAAACATCCGACCTAAGTGCTGGGTGGCG
Unaligned ( gi|60 ): GAAAGCTTGTTCTGATTTGCTCGAGAATAAAATAC