lowQualScore : 111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 555555555555555 1 111 11 11 4444444444444444444444 2 222222222 11111111 1 11 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333 111111
lowQualScore : 000000 7 4 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 888888 7777777 33 3333333 22 9 2 8 3 6 777777777777777 0 000 44 55 0 77777777 5555555555555555555555 2 88 0 2 888 4 1 1 555555555 88888888 7777 333 5 333 555 00 777777 22 888 1 3 1 22 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 111 5 444444
lowQualScore : ...... . . . ........................................................................... . ...... ....... .. ....... .. . . . . . ............... . ... .. .. . ........ ...................... . .. . . ... . . . ......... ........ .... ... . ... ... .. ...... .. ... . . . .. . ....................................................................... . ... . ......
lowQualScore : 555555 4 0 9 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 222222 1111111 44 6666666 55 4 2 7 8 0 000000000000000 2 333 99 88 3 66666666 3333333333333333333333 1 11 3 0 000 0 9 8 000000000 00000000 1111 000 6 222 222 33 444444 55 999 9 8 9 99 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 222 5 666666
consensus : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATG---------A-AA--A--TAA----A---AN-CGC--A-AAAA----ATA-----------------GAGA---AAAA------AAGN---G--AT--TGG------GGG-ATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGAGGCTAAAANGTNNNTNGGGTTTGATAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGC-TGTAA--------AA----TAAGT-T------TC---T-GTGT-ATTTTTGC-ATGTG--AACGTACA-TTTTGCTCAATCATC-A--TAT---TGACCCATGAG-TAA---T---AGCTGTAAATATGTCTTGAAATG---CA--CCAGAAGCCACC-ATTT--CA--A--G--TTCA-TATTT-A-AAA--A-ATGTAT-----GGGGA-------G---CATG---C-CCCN-AGACC---CC-N-------T-------------ACACTGCCCGTGCCTACAC-ATCCAACTTAAGCCAG----CTACGCC
Reference ( gi|1 ) : TGTAGGCCCGGGCCTA------CATCTTT-CTCCGAAAAATG---------ATAA--A--TAA----A---AC-CGT--A-AAAA----ATA-----------------GAGA---AAAA------AAAA---G--AT--TGA------GGG-ATATGCCTAAGGGGT-AAAATGAGACGAGAAGCTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGAGACGAGAANNNNNNNNNNGTTTGATAATGAGACGAGAAGCCGTGTTTATTGTGTTTGATAATGC-GGTAA--------AA---ATAAGT-T------GT---T-GTGT-GTTTTAGC-ATGTG--GACGTATA-TTTTGCTCAATCATC-A--CAT---TGACTCTTGGA-TAG---T---AGCTGTAAATATGTCTAGAAATG---CA--TCAGAAGCCACC-GTTT--GA--A--G--CTCA-TATTT-A-AAA--A-ATGTTT---TAGGGGA-------A---CATG---C-CCTA-AGACC---CC-A-------T-------------ACACTGCCCGCGCCTACTA-ATCCAACTTAAGTCAG----TCACGCC
gi|2 : TGTAGGCCCGGGCCTA------AAT
gi|4 : tataaataaaggtcagaggcgtagcaccttaaggccTGTATGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTGCGAAAAA-----------A-AA--A--TAA----A---AA-CGC--C-AAAA----ATG-----------------CA---------------ATAA---T--AT--TGG------AGG-ATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGATAAGTTGAGTTAATTGCGTTTGATATTGattttctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggaaaaggcaaaaggagaaaaatgaggcgagaagctgtgtttattatgtttgagaggcttgtttattgagtttgataatgctgttaaatgtttttaaaactgtgtatatttgcatgtgaacgtacagtttactcaatcatcacatgacccatgagtaaaagctgtaaccatgtcttgaaatgcaccggaagccactttttcaagagttcatatttaaggaatgccacagaccccgtcgttcccacaacacggcccgtaccttcacatctaacttaagcaagctatgct
gi|5 : atcagaggcatatctgccttaaggccgTGTATGCCCGAGCCTAGAGCCTTACCTTT-TTCCAAAAGGTGGAAAAAACAATAACAA--TAA----A---AA-CGC--CCAAAA----AT--------------------GC---AATA------AAAA---GTTAT--TGA------GTT-ATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGTCGAGAAGCTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGctgtaaaataagtttctttgtatctttgcttgttaatgtacattttgctcaatcgtcatacgacccatgcgtaatagctgtaaatatgttttgaaatgacccatttcagtcattttaagttcatatttgaaaactgtatgatggagcatgtccccagatcccctacaccgaccgt
gi|10 : aaaatcagaggcgtagctgccttaaggtcgTGTTGGCCCGGGCCTT------CACCTTT-CCCTGAAAATTG---------AAAA--A--AAA----A---ATGCGC--A-CAAA----AGAAACAACAACCAAAGCCCGACA---AAAATACAATAAAATGTG--AA--TGG------GGG-ATAGGCATAAAGGGT-AAAATGTGGCGAGAAGTTTTGATTATTGTGTTTGATAATGctgttaaataagtttctagaactgtgtagttttgcatgttaacgtaccttttgctcaaacatcatatgacccatgagttaaaactgtaagtatgtcttaaatgcaccgtaagccacctatttaatagttcatattaaaaa
gi|8 : ctaaatcagaggcgtaactgccttaaggccgGTAGACCCGGGCCTA------CACCTTA-CTCTCAACAATG-----------AA--A--TAAGGACA---ACTCG---A-AAAA----ATGC----------------GAGA---Attgtaaaataagtgtttgtgaactttagcatatgacccataagtaatagctgtaaatatatcttgaaatgcatcaaaagccaccatttcaagtatatatttaaaaaatg
gi|2 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagcctaTAGGCCCGGGCCTA------CAATTTT-CTCNNNNNNNNN---------NNNN--N--NNN----N---NN-NNN--N-NNNN----NNN-----------------NNNN---NNNN------NNNN---N--NN--NNNNNNNNNGGA-AAAGGCAAAAGGAGA-AAAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTATGTTTGA----GAGGCT----TGTTTATTGAGTTTGATAATG---C---------TGTTAAATGT-TTT-----------TAA--------AA------------------C---T-GTGT-ATATTTGC-ATGTG--AACGTACA-GTTTACTCAATCATC-A--CA----TGACCCATGAG-TAA---A---AGCTGTAACCATGTCTTGAAATG---CA--CCGGAAGCCACT-TTTT--CAAGA--G--TTCA-TATTT-A-AGG--A-ATGCC------------------A---CAGA---C-CCCGTCGTTC---CC-A-------CA------------ACACGGCCCGTACCTTCAC-ATCTAACTTAAGCAAG----CTATGCgttgtgtttattgtgtttgataatgctgtaaaataagtttctgtgtattttgcatgtgcaggtatatattttgctcagtcatcatatgatccatatatagaaataggtgtaaatatgttttgaaatgcaagttcatatttaataggtgtatgactatagatccccacccaacactgcctgtgcctacacatccaactttggtcagcta
gi|21 : tataaataaaggtcagaggcgtagcaccttaaggccattTAGGCCCAGGC-TA------TACCTTT-CTCGGAAAGATG---------A-A-------AA----A---ACACGTCAA-AAAA----ACA-----------------AAGA---AAt
gi|3 : caaaccgagttcataatgaaatatggatctgaatctatgttgaaccacaggcgcagctgccttaaggccgtcGGTCCCAGCCTA------CACCATT-CTCCGAAAAGAA---------A-AA--A--GAA----A---AA-CAC--C-AAAA----AT------------------GCAA---TAAA------AAGT---G--AT--TG-------GGG-ATAGGCCTAATGGTT-ACAATAAGCTGGGAAGCTGTGTTCACTGAGTTTGATAATGcgtaattggtggatagacc
gi|12 : GGGCCTA------CA-CTTT-CTCCTATAAATG---------A-----A---AA----A---A-------A-AAAA----AT------------------GCAA---TAAA------AAGT---G--AT--TGA------GG--------TT------T-AAAATGAG--GAGTAG---TGTTTATTGTATTTGATAATGctctaaattaagtttctgtgtatttttgcatgtgaacgcgctcaatcatcgtatgaatgatccaggagtaatagctgtaaagatgtcttgaaaatcactggaagcaccattttcagggtttatatttaaatttttatataggggtgcatgctcccaagaccacaccccctctacactgcccatcccttcacatcctacttaagccagctatg
gi|15 : tCCTA------CATCTTT-CTACGAAAAGTG---------AAAA--AAATAA----A---AA-CGC--C-AAAA----ATA-----------------AAAATGCAATT------AAAA---GTAGT--TGG------GG---TATGCCTAAGGCGT-AAAATGTAGTGAGAAGTTGTTTTTATTGTGTTTGATAATGctgtaaaataattttctgtgtatttttgcatgtgaacctacatttctctcaatcatcatatggacccataaggaatagccataaatatgccttgaaatgcatcagaagccacaatttcaagttcatattaaaaatgtatgcccccagaccactctaacactttcagtgcctacacatccaacttgagccagctacgccc
gi|6 : TA------CACCTTTTCTCAGAAAAAGG---------GAAA--AAGTAA----ACATAT-CAT--A-AAA-------------------------GAAA---TAAA------AAGT---G--AT--TGC------GAG-ATATGCCTTAGGGTT-GAAATGAGGCGAGActgtaagtgtattttagcatgtgtacgtacacattgctcaatcatcatatggaacaatagtattagctgtaaatatgtctagaaaccaccatttcaagttcatatttaa
gi|7 : tAA----A---A---GT--A-AAAACGCCATA-----------------ATGA---AATA------AAAA---G---TGATAA------GAG-GTAGTCCAAAGAAAT-AAAACGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATtgattctgtacaataagtgtccgtgtatgtttgcatgtgtacgtacactttgcttaatcatcaatcatatgacccatgagtacttgctgtaaatatgtcttgtaatgcaccagaagacaccatttcaagttcatatttaccaaatgtatggggggaggaggggatatgcccccagaacccctacactgcccgcgcttacacatcaaacttaagccagctc
gi|13 : tagaAAA------AAGT---G--AT--TGG------GGATATATGTCTTAGGAGT-AAAACAATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATGATtctgtaaaataagtttctttgtagttttgcatatgaacgtatattatgctcaatcatcatatgacccatgagtagtaactgtaaatatgttttgaaatacaccagaagccaccatttcaagttcatgtttacaaaatgtagggggagggtatgccctaaaccaactacactgcccgtgcctatacatccaacttatgccagctacgc
gi|14 : AAA------AAGT---G--AC--TGG------GGG-ATAGGCCTTAGGGAA-GAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTAATGTGTTTGATAATactgtaaagtaactttctgtgtatgtttgcatgtgaacgtatattttttctcaaccatcatgtgtaccatgagttatagctgtaaaaatgtcttaacatgcaccagaagccacatttcaagttcatattaaaaaaattgccccgcgacccctctacactgcccatacctacacacccaacttaagccagca
gi|18 : caatAAA------AAAG---G--AT--TGG------AGG-ATAGGCGTAAGGGGT-ATGACGAGGCGAGAAACTGTGCTTTTTGTGTTTGATAATGcttgtaaaataagcttctgtgaatatttgcacgtaaacgtacattttgctcagtcagtacatgccccaagagtaatagctgcaaatatgttttgaaatgcatcagaagccaccatttcatattcatttttaaaaaaatatatgggtagcattactacagaccc
gi|16 : tA------AAAA---G------TGAT-----GGG-GTAGGTCTAAGGGGT-AAAATGAAGTGATTCGTTGTGTTTATTATGTTTGATAATGctgttaaacacggttagaactgtatatatttgtatattaacgtacattttgtttaataatcatatgacctatgaataaaagctgtaactatgccttcaaatgcaccggaagtcatgttttaagaattcatatttaaagacatg
gi|20 : A------AATA---A--AT--TGG------GGA-ACATGCCCAAGGGGT-AAAGTGAGATGAGAAGTTGTATTTATTGTATTTGATAActgtgaaataagtttctgtgtaattttgcatgtgaacgtacgttttgcttaataatcatatgacccatgagtaatagctgtaaatatgtcttgaaatgcaccagaagccaccattccatatttaaaaaaatgtatcggggagcacgtccccagacatctc
gi|19 : ttg---G--AT--TGT------GGG-ATAGGCCTAAGGGATGAAAATGATGCGAGAAGTTGTGTTTAT--TGTTTGATACTGagttgtaaagttagtttctgtgtatttttgcatgtgaatgtacattttgctcaatcatcattttgacccatgagtaaaaactgtaaatatgacttgaaatgcaccagaagccatcatttcatgttcatattta
gi|17 : gcaatgaaatgt--AT--T-A------GGG-ATAGGCTTAGGGGGT-ATAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTGAGTTTGATAATGctgtgagattagtttctttgtagttttgcatgtggacgtacatgttgctcaatcatcatttgacccatgagtaatagctgtaaatatgtcttgaaatgcaccagaagccgccatttcaagtgttcatttttaaaaaatg
gi|9 : caataataagttGG------GGG-ATCGGCTCAAGGGGT-AAAATGGGGCGCGAA-----ATTAATTGTGTTTGATAATctgtaaaatacgtagataactgtgtatttttgcatgtgaacgtgcatattgcacaatcatcatatgtcctatgagtaatagctgaaaatatgtcttgaaatgcaccggaagccatctttttaagagtccatatttataacaat
gi|8 : aatgcaattaaatgtgac-AAAATG---CGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGactgtaatataatataaaaaaatatatctgtgtatttttgtttgcgaacaaacattttgttcaatcatcctatgacccatgagtaatagttgtaaatatgtcttgaaatgcgccagaagtcactatttcaagttcattactaaaatatctatgaaggagcatgccccagaccccatccctacactgcccgtccctacacatccaacttaaggcagaacttcacgcaact
gi|12 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagcctagtagacccgggcctacaccttactctcaacaatgaaataaggacaactcgaaAAAAAGTGATTGAGGTTTAA-AATGAG--GAGTAG---TGTTTATTGTATTTGATAATGC-TGTAA--------AA----TAATT-T------TC---T-GTGT-ATTTTTGC-ATGTG--AACCTACA-TTTCTCTCAATCATC-A--TAT---GGACCCATAAG-GAA---T---AGCCATAAATATGCCTTGAAATG---CA--TCAGAAGCCACA-ATTT--CA--A--G--TTCA-TATT----AAA--A-ATGT------------------------ATG---C-CCCC-AGACCACTCT-A---------------------ACACTTTCAGTGCCTACAC-ATCCAACTTGAGCCAG----CTACGCCctgtaaaataagtttctgtgtattttgcatgtgcaggtatatattttgctcagtcatcatatgatccatatatagaaataggtgtaaatatgttttgaaatgcaagttcatatttaataggtgtatgactatagatccccacccaacactgcctgtgcctacacatccaactttggtcagcta
gi|11 : tgggcctacactttctcctataaatgaaaaaaaaaaaatgcaatGTTTGA----GGGA-GAGAAAATGTGATTACTGTGTTCGATAAAGC-TGTAA--------AA----TAA-T-T------GT---TTGTGT-ATTTTTGCCACTTA--AACATACA-TTTTGCTCAATCATC-A--TAT----GACTTGCGAG-TAG---T---AGCTGTAA-TATGTCTTGAAATG---CA--TCAGAAGCCACC-ATTT--CA--A--G--TTCA-TATTT-A-AAAATA-ATG------TACGAGG-------A---CATG---C-CCCC-ACCCC---CC-C-------CCCCCCCCCTCGCGACACTGTCCGGGACTACAC-ATCCAACTTATGCCAG----c
gi|19 : aaatgaaaataataaaatggcaaaaatttaataaaaagtTGAAAATGATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGT--TTGATACTGC-TGTGA--------GA---TTA-GT-T------TC---T-TTGTAGTTTT-GC-ATGTG--GACGTACA-TGTTGCTCAATCATC-A--T-T---TGACCCATGAG-TAA---T---AGCTGTAAATATGTCTTGAAATG---CA--CCAGAAGCCGCC-ATTT--CA--AGTG--TTCA-TTTTT-A-AAA--A-ATGctaaac
gi|13 : gcaatgaaatgtgattgtgggataggcctaagggaACAATG---CGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATGATAC-TGTAA--------AG----TAACT-T------TC---T-GTGT-ATGTTTGC-ATGTG--AACGTATATTTTTTCTCAACCATC-A--TGT---GTAC-CATGAG-TTA---T---AGCTGTAAAAATGTCTTAACATG---CA--CCAGAAGCCA-C-ATTT--CA--A--G--TTCA-TATTA-A-AAA--A-AT---------------------------TG---C-CCCG-CGACC---CCTC-------T-------------ACACTGCCCATACCTACAC-ACCCAACTTAAGCCAG----
gi|3 : aaaaagtgattggggatatatgtcttaggagtaaaACAATAAGCTGGGAAGCTGTGTTCACTGAGTTTGATAATGC-TCT-A--------AA---TTAAGT-T------TC---T-GTGT-ATTTTTGC-ATGTG--AACG--------CGCTCAATCATC-G--TATGAATGA-TCCAGGAGTAA---T---AGCTGTAAAGATGTCTTGAAAAT---CA--CTGGAAG-CACC-ATTTTCAG--G--G--TTTA-TATTT-----A--A-ATTTTTATATAGGGGT-------G---CATG---CTCCCA-AGACC---AC-ACCCCCTCT-------------ACACTGCCCATCCCTTCAC-ATCCTACTTAAGCCAG----CTATGca
gi|17 : ggtcccagcctacaccattctccgaaaagaaaaaagaaaaacaccaaaaatgcaataaaaagtgattggggataggcctaatggttATAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTGAGTTTGATAATGC-TGTAA--------AATACGTAGAT-A------AC---T-GTGT-ATTTTTGC-ATGTG--AACGTGCA-TATTGCACAATCATC-A--TA----TGTCCTATGAG-TAA---T---AGCTGAAAATATGTCTTGAAATG---CA--CCGGAAGCCATC-TTTT--TAAGA--G--TCCA-TATTT-ATAAC--A-AT
gi|18 : caataataagttattagggataggcttagggggtATGACGAGGCGAGAAACTGTGCTTTTTGTGTTTGATAATGCTGTTAA--------AC---AC-GGT-TAGA---AC---T-GTAT-ATATTTGT-ATATT--AACGTACA-TTTTGTTTAATAATC-A--TA----TGACCTATGAA-TAA---A---AGCTGTAACTATGCCTTCAAATG---CA--CCGGAAGTCA-T-GTTT--TA--A--GAATTCA-TATTT-A-AAG--ACATG
gi|7 : taaaaaaggattggaggataggcgtaaggggtAACGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATTC-TGTAA--------AA----TAAGT-T------TC---T-TTGTAGTTTT-GC-ATATG--AACGTATA-TTATGCTCAATCATC-A--TAT----GACCCATGAG-TAG---T---AACTGTAAATATGTTTTGAAATA---CA--CCAGAAGCCACC-ATTT--CA--A--G--TTCA-TGTTT-A-CAA--A-ATG------TAGGGGG-------AGGGTATG---C-CCTA-A-ACC---AA-C-------T-------------ACACTGCCCGTGCCTA-TACATCCAACTTATGCCAG----CTACGC
gi|9 : tagaaaaagtaaaaacgccataatgaaataaaaagtgataagaggtagtccaaagaaataaAATGGGGCGCGAAA-----TTAATTGTGTTTGATAATAC-TGTAATATAATATAA---AAAAATAT------ATC--T-GTGT-ATTTTTGT-TTGCG--AACAAACA-TTTTGTTCAATCATC-C--TAT----GACCCATGAG-TAA---T---AGTTGTAAATATGTCTTGAAATG---CG--CCAGAAGTCACT-ATTT--CA--A--G--TTCATTACT-----AA--A-ATATCTA--TGAAGGA-------G---CATG---C-CCC--AGACC---CC-ATCCC---T-------------ACACTGCCCGTCCCTACAC-ATCCAACTTAAGGCAGAACTTCACGC
gi|20 : aatgcaattaaatgtgacgggggatcggctcaaggggtaaAGTGAGATGAGAAGTTGTATTTATTGTATTTGATAAAGT-TGTAA--------AG---TTA-GT-T------TC---T-GTGT-ATTTTTGC-ATGTG--AATGTACA-TTTTGCTCAATCATC-A--TTT---TGACCCATGAG-TAA---A---AACTGTAAATATGACTTGAAATG---CA--CCAGAAGCCATC-ATTT--CA--T--G--TTCA-TATTT-A-aact
gi|8 : ttgaaataaattggggaacatgcccaaggggtaaAATG---CGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGC-TGT-A--------AA---ATAAGT-T------TC---T-GTGT-ATTTT-GC-ATGTGCAGGTATATA-TTTTGCTCAGTCATC-A--TA----TGATCCATATA-TAGAAAT---AGGTGTAAATATGTTTTGAAATG---C-----------------------A--A--G--TTCA-TATTT-A-ATA--G-GTGTAT--------GA-------C---TATAGATC-CCCA-----C---CC-A---------------------ACACTGCCTGTGCCTACAC-ATCCAACTTTGGTCAG----
gi|14 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagcctagtagacccgggcctacaccttactctcaacaatgaaataaggacaactcgaaaaAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTAATGTGTTTGATAATCT-TGTAA--------AA----TAAGC-T------TC---T-GTGA-ATATTTGC-ACGTA--AACGTACA-TTTTGCTCAGTCAGT-A--CAT----GCCCCAAGAG-TAA---T---AGCTGCAAATATGTTTTGAAATG---CA--TCAGAAGCCACC-ATTT--CA--T--A--TTCA-TTTTTAA-AAA--A-ATATAT-----GGGTA-------G---CAT----T-ACTACAGACC---Ccta
gi|4 : caataaaaagtgactgggggataggccttagggaagaAATGAGGCGATAAGTTGAGTTAATTGCGTTTGATATTGC-TGTAA--------AA----TAAGT-T------TC---T-TTGT-ATCTTTGC-TTGTT--AATGTACA-TTTTGCTCAATCGTC-A--TA----CGACCCATGCG-TAA---T---AGCTGTAAATATGTTTTGAAATGACCCATTTCAG------TC-ATTT--TA--A--G--TTCA-TATTT-G-AAA--A-CTGTAT---GA-TGGA-------G---CATG---T-CCCC-AGATC---CC-C-------T-------------ACACCGACCG
gi|5 : atcagaggcatatctgccttaaggccgtgtatgcccgggcctacacctttctgcgaaaaaaaaataaaaacgccaaaaatgcaataatattggaggataggcctaaggggtaaAATGAGTCGAGAAGCTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGC-TGT-T--------AA---ATAAGT-TTCTAGAAC---T-GTGTAGTTTT-GC-ATGTT--AACGTACC-TTTTGCTCAAACATC-A--TA----TGACCCATG----AG---TTAAAACTGTAAGTATGTCT-TAAATG---CA--CCGTAAGCCACCTATTT--AAT-A--G--TTCA-TA-TT-A-AAA--A-t
gi|15 : aaaatcagaggcgtagctgccttaaggtcgtgtatgcccgagcctagagccttacctttttccaaaaggtggaaaaaacaataacaataaaaacgcccaaaaatgcaataaaaagttattgagttataggcctaaggggtaaAATGTAGTGAGAAGTTGTTTTTATTGTGTTTGATAATGC-TGTAA----------------------------------GTGT-ATTTTAGC-ATGTG--TACGTACA-CATTGCTCAATCATC-A--TAT---GGAACAATAG--TAT---T---AGCTGTAAATATGTCTAGAAA----------------CCACC-ATTT--CA--A--G--TTCA-TATTT-A-A
gi|10 : cctacatctttctacgaaaagtgaaaaaaataaaaacgccaaaaataaaaatgcaattaaaagtagttggggtatgcctaaggcgtaaAATGTGGCGAGAAGTTTTGATTATTGTGTTTGATAATGT-TGTAA--------AA----TAAGT--------------------GTTT-------GTG--AAC-------TTT--------AGC-A--TAT----GACCCATAAG-TAA---T---AGCTGTAAATATATCTTGAAATG---CA--TCAAAAGCCACC-ATTT--CA--A--G--TATA-TATTT-A-AAA--A-ATG
gi|16 : ctaaatcagaggcgtaactgccttaaggccgtgttggcccgggccttcacctttccctgaaaattgaaaaaaaaaatgcgcacaaaagaaacaacaaccaaagcccgacaaaaatacaataaaatgtgaatgggggataggcataaagggtaaGTGTTTATTATGTTTGATAATGC-TGTGA--------AA----TAAGT-T------TC---T-GTGT-AATTTTGC-ATGTG--AACGTACG-TTTTGCTTAATAATC-A--TAT----GACCCATGAG-TAA---T---AGCTGTAAATATGTCTTGAAATG---CA--CCAGAAGCCACC-ATT--------------CCA-TATTTAA-AAA--A-ATGTAT---C-GGGGA-------G---CACG---T-CCCC-AGAC
gi|6 : aaaaagtgatggggtaggtctaaggggtaaaatgaagtgattcgttGATGATTC-TGTAC--------AA----TAAGT--------GTCCGT-GTAT-GTTT--GC-ATGTG--TACGTACA-CTTTGCTTAATCATC-AATCATA--TGACCCATGAG-TAC---T---TGCTGTAAATATGTCTTGTAATG---CA--CCAGAAGACACC-ATTT--CA--A--G--TTCA-TATTT-A-CCA--A-ATGTAT---GGGGGGAGGAGGGGA---TATG---C-CCCC-AGAAC---CC-C-------T-------------ACACTGCCCGCGCTTACAC-ATCAAACTTAAGCCAG----atctc
gi|25 : ttacaccttttctcagaaaaagggaaaaagtaaacatatcataaaagaaataaaaagtgattgcgagatatgccttagggttgaaatgaggcgaC-ATGTG--AA-GTATA-TTTTGCTCATTCATCTT--CATG--TGACCCATGAG-TGA---T---AGCTGctc
gi|23 : aGTG--AACATACA-TTTTGCTCAATCATC-A--TA----TGACCAATGAG-TAA---T---AGCTGTAAATGTGTT--GACATG---CA--CCAGAAGCCACC--T--------A--A--TTCA-GATTT-A-AAA--A-ATG
gi|22 : TGCTCAGTCAT------AT----GACCCATGAA-TGA---T---AGCTGTAAATATGTTTAGAAATG---CA--TCAGAAGCCACC-ATTT--CA--A--G--TTCA-TATTT-A-AAA--G-ATGTAT-----GGGGG-------A---CATG---C-CCAC-AGACT---CC-C-------T-------------ATGCTGCCCGTACCTACAC-ATCC-ACTTA
gi|24 : ---AGCTGTAACTATGTCTTGAAATG---CA--CCAAAAGCCACC-TTTT--CA--A--G--cgcc
gi|27 : CC---CC-AC------T-------------GCACTGCCCGTGCCTACAC-ATCCAACTTAAGCCAG----agtccatggcaccacatggcacatgcctacacatccaacttaagccagctacg
gi|24 : GCACATGCCTACAC-ATCCAACTTAAGCCAG----CTACGctatac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TCTGCTTAATACGTGTATAACCACAGGCGTAGCTGTCTTAAGGCCGTGTAGAC
Alignments
lowQualScore : 111111 3333333333333333333333333333333333333333333333 22222 44444444444444444444444444 1111111111111111111111111 22222 2222222222222222222222 3333333333333333
lowQualScore : 000000 3 0 3 9999999999999999999999999999999999999999999999 555 33 77777777 555 6666666 33 2 0 0 0 2 00000 88888888888888888888888888 2 4444444444444444444444444 1 22 1 22 1 22222 333 1 222 88 22 22 3 1 333 22 1 5555555555555555555555 33 2 6 8888888 8888 3333333333333333
lowQualScore : ...... . . . .............................................. ... .. ........ ... ....... .. . . . . . ..... .......................... . ......................... . .. . .. . ..... ... . ... .. .. .. . . ... .. . ...................... .. . . ....... .... ................
lowQualScore : 555555 6 9 3 6666666666666666666666666666666666666666666666 444 11 66666666 444 8888888 88 2 8 2 1 8 99999 44444444444444444444444444 0 0000000000000000000000000 9 55 8 44 7 11111 000 7 333 33 44 44 5 7 333 66 9 9999999999999999999999 77 7 2 1111111 3333 2222222222222222
consensus : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATGA-AAA---TAAA---AA--CG-C----AAAAAATA-------------GANA---AA--AA--------AA-GTGATTGG-------GGG-ATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGAGGCTAAAAAGTNNTTGGGGTT--------TG----------AN---AATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-AAAATAA-----------GT---T-T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---A--A-ATGTAT--G-G-GGA--G---------CAT--GC-CCCCAGA-------CC----CC-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACGCC
Reference ( family-142 ) : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATGA-AAA---TAAA---AN--CG-C----AAAAAATA-------------GAGA---AA--AA--------AA-GNGATTGG-------GGG-ATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGAGGCTAAAANGTNNNTNGGGTT--------TG----------AT---AATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-AAAATAA-----------GT---T-T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---A--A-ATGTAT--G-G-GGA--G---------CAT--GC-CCCNAGA-------CC----CC-NT-------------ACACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACGCC
gi|1 : TGTAGGCCCGGGCCTA------CATCTTT-CTCCGAAAAATGATAAA---TAAA---AC--CG-T----AAAAAATA-------------GAGA---AA--AA--------AA-AAGATTGA-------GGG-ATATGCCTAAGGGGT-AAAATGAGACGAGAAGCTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGAGACGAGAANNNNNNNNNNGTT--------TG----------AT---AATGAGACGAGAAGCCGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCGGTAAAAATAA-----------GT---T-G------TTGTGTGTTTTAGC-ATGTGGACG--TATA-TTTTGCTCAATCATCA--C-AT---TGACTCTTG---GATAGTAGCTGTAAATATGTCTAGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-G-TTTGA--A--G--CTCATATTT-A-AA---A--A-ATGTTTTAG-G-GGA--A---------CAT--GC-CCTAAGA-------CC----CC-AT-------------ACACTGCCCGCGCCTACTAATCCAACTTAAGTCAGTCACGCC
gi|10 : TGTTGGCCCGGGCCTT------CACCTTT-CCCTGAAAATTGA-AAA---AAAA---AATGCG-CACAAAAGAAACAACAACCAAAGCCCGACA---AA--AATACAATAAAATGTGAATGG-------GGG-ATAGGCATAAAGGGT-AAAATGTGGCGAGAAGTTTTGATTATTGTGTTTGATAATG
gi|10 : ctaaatcagaggcgtaactgccttaaggccg---AATGTGGCGAGAAGTTTTGATTATTGTGTTTGATAATGTTGT-AAAATAA-----------GT------------------GTTT-------GTGAAC---------TTT--------AGCA--T-AT----GACCCATA---AGTAATAGCTGTAAATATATCTTGAAATGCATCAAAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TATATATTT-A-AA---A--A-ATGttgtaaaataagtgtttgtgaactttagcatatgacccataagtaatagctgtaaatatatcttgaaatgcatcaaaagccaccatttcaagtatatatttaaaaaatg
gi|11 : ctaaatcagaggcgtaactgccttaaggccgtgttggcccgggccttcacctttccctgaaaattgaaaaaaaaaatgcgcacaaaagaaacaacaaccaaagcccgacaaaaatacaataaaatgtgaatgggggataggcataaagggtaaTAAAAAGT-------GTT--------TG----------A--------GGGAGAGAAAATGTGATTACTGTGTTCGATAAAGCTGT-AAAATAA-----------TT---G-T------TTGTGTATTTTTGCCACTTAAACA--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT----GACTTGCG---AGTAGTAGCTGTAA-TATGTCTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AATA-ATGTAC--G-A-GGA------------CAT--GC-CCCCACC-------CC----CC-CCCCCCCCCCTCGCGACACTGTCCGGGACTACACATCCAACTTATGCCAGCTA
gi|12 : aaatgaaaataataaaatggcaaaaatttaaGGGCCTA------CAC-TTT-CTCCTATAAATGA-AAA----AA----------------AAAAAAT--------------GCAA---TA--AA--------AA-GTGATTG---------------------AGGTTT-AAAATGAGG-----AGTAGTGTTTATTGTATTTGATAATGaac
gi|12 : tTAAAAAGTGATTGAGGTT--------TA----------A----AATGAGG-----AGTAGTGTTTATTGTATTTGATAATGCTGT-AAAATAA-----------TT---T-T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACC--TACA-TTTCTCTCAATCATCA--T-AT---GGACCCATA---AGGAATAGCCATAAATATGCCTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CA-A-TTTCA--A--G--TTCATATT----AA---A--A-ATGT------------------------AT--GC-CCCCAGA-------CCA---CT-CTA------------ACACTTTCAGTGCCTACACATCCAACTTGAGCCAGCTACGCCctgtaaaataattttctgtgtatttttgcatgtgaacctacatttctctcaatcatcatatggacccataaggaatagccataaatatgccttgaaatgcatcagaagccacaatttcaagttcatattaaaaatgtatgcccccagaccactctaacactttcagtgcctacacatccaacttgagccagctacgccc
gi|13 : tgggcctacactttctcctataaatgaaaaaaaaaaaatgcaaA--AA--------AA-GTGATTGG-------GGATATATGTCTTAGGAGT-AAAACAATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATGATc
gi|13 : GCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATGATACTGT-AAAGTAA-----------CT---T-T------CTGTGTATGTTTGC-ATGTGAACG--TATATTTTTTCTCAACCATCA--T-GT---GTA-CCATG---AGTTATAGCTGTAAAAATGTCTTAACATGCACCAGAAGCCA--C-A-TTTCA--A--G--TTCATATTA-A-AA---A--A-AT---------------------------T--GC-CCCGCGA-------CC----CCTCT-------------ACACTGCCCATACCTACACACCCAACTTAAGCCAGCactgtaaagtaactttctgtgtatgtttgcatgtgaacgtatattttttctcaaccatcatgtgtaccatgagttatagctgtaaaaatgtcttaacatgcaccagaagccacatttcaagttcatattaaaaaaattgccccgcgacccctctacactgcccatacctacacacccaacttaagccagca
gi|14 : aaaaagtgattggggatatatgtcttaggagtaaaacaatA--AA--------AA-GTGACTGG-------GGG-ATAGGCCTTAGGGAA-GAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTAATGTGTTTGATAATa
gi|14 : caat---AATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTAATGTGTTTGATAATCTTGT-AAAATAA-----------GC---T-T------CTGTGAATATTTGC-ACGTAAACG--TACA-TTTTGCTCAGTCAGTA--C-A----TGCCCCAAG---AGTAATAGCTGCAAATATGTTTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--T--A--TTCATTTTTAA-AA---A--A-ATATAT--G-G-GTA--G---------CAT--TA-CTACAGA-------CC----Ccttgtaaaataagcttctgtgaatatttgcacgtaaacgtacattttgctcagtcagtacatgccccaagagtaatagctgcaaatatgttttgaaatgcatcagaagccaccatttcatattcatttttaaaaaaatatatgggtagcattactacagaccc
gi|15 : caataaaaagtgactgggggataggccttagggaagaCCTA------CATCTTT-CTACGAAAAGTGA-AAAAAATAAA---AA--CG-C----CAAAAATA-------------AAAATGCAATTAA--------AA-GTAGTTGG-------GGT-AT--GCCTAAGGCGT-AAAATGTAGTGAGAAGTTGTTTTTATTGTGTTTGATAATG
gi|15 : AAAAGTAGTTGGGGTA--------TGCCTAAGGCGTAA---AATGTAGTGAGAAGTTGTTTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-AA--------------------------------GTGTATTTTAGC-ATGTGTACG--TACA-CATTGCTCAATCATCA--T-AT---GGAACAAT----AGTATTAGCTGTAAATATGTCT-----------AGAAACCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-Actgtaagtgtattttagcatgtgtacgtacacattgctcaatcatcatatggaacaatagtattagctgtaaatatgtctagaaaccaccatttcaagttcatatttaa
gi|16 : cctacatctttctacgaaaagtgaaaaaaataaaaacgccaaaaataaaaatgcaattA--AA--------AA-GTGAT----------GGG-GTAGGTCTAAGGGGT-AAAATGAAGTGATTCGTTGTGTTTATTATGTTTGATAATG
gi|16 : AGGTCTAAGGGGT---------------------AA---AATGAAGTGATTCGTTGTGTTTATTATGTTTGATAATGCTGT-GAAATAA-----------GT---T-T------CTGTGTAATTTTGC-ATGTGAACG--TACG-TTTTGCTTAATAATCA--T-A----TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-T------------TCCATATTTAA-AA---A--A-ATGTATC-G-G-GGA--G---------CAC--GT-CCCCAGA-------Cctgtgaaataagtttctgtgtaattttgcatgtgaacgtacgttttgcttaataatcatatgacccatgagtaatagctgtaaatatgtcttgaaatgcaccagaagccaccattccatatttaaaaaaatgtatcggggagcacgtccccagacatctc
gi|17 : aaaaagtgatggggtA--AT--------AA-GTTATTAG-------GG--ATAGGCTTAGGGGGT-ATAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTGAGTTTGATAATGatctc
gi|17 : caatGGGT---------------------AT---AATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTGAGTTTGATAATGCTGT-AAAATAC-----------GTAGATAA------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TGCA-TATTGCACAATCATCA--T-A----TGTCCTATG---AGTAATAGCTGAAAATATGTCTTGAAATGCACCGGAAGCCA-TC-T-TTTTAAGA--G--TCCATATTT-ATAA---C--A-ATctgtaaaatacgtagataactgtgtatttttgcatgtgaacgtgcatattgcacaatcatcatatgtcctatgagtaatagctgaaaatatgtcttgaaatgcaccggaagccatctttttaagagtccatatttataacaat
gi|18 : caataataagttattagggataggcttagg---AA--AA--------AA-G-GATTGG-------AGG-ATAGGCGTAAGGGGT-ATGACGAGGCGAGAAACTGTGCTTTTTGTGTTTGATAATGCTGTTAAA
gi|18 : tGGGT---------------------AT---GACGAGGCGAGAAACTGTGCTTTTTGTGTTTGATAATGCTGT-TAAACAC-----------GG---T-TAGAA--CTGTATATATTTGT-ATATTAACG--TACA-TTTTGTTTAATAATCA--T-A----TGACCTATG---AATAAAAGCTGTAACTATGCCTTCAAATGCACCGGAAGTCA--T-G-TTTTA--A--GAATTCATATTT-A-AA---G--ACATGcacggttagaactgtatatatttgtatattaacgtacattttgtttaataatcatatgacctatgaataaaagctgtaactatgccttcaaatgcaccggaagtcatgttttaagaattcatatttaaagacatg
gi|19 : taaaaaaggattggaggataggcgtaag--AA--------AT-GTGATTGT-------GGG-ATAGGCCTAAGGGATGAAAATGATGCGAGAAGTTGTGTTTAT--TGTTTGATACTG
gi|19 : gcaatg--------TG----------AA---AATGATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGT--TTGATACTGCTGT-GAGATTA-----------GT---T-T------CTTTGTAGTTTTGC-ATGTGGACG--TACA-TGTTGCTCAATCATCA--T--T---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCG-CC-A-TTTCA--AGTG--TTCATTTTT-A-AA---A--A-ATGctgtgagattagtttctttgtagttttgcatgtggacgtacatgttgctcaatcatcatttgacccatgagtaatagctgtaaatatgtcttgaaatgcaccagaagccgccatttcaagtgttcatttttaaaaaatg
gi|2 : gcaatgaaatgtgattgtgggataggcctaagggaTAGGCCCGGGCCTA------CAATTTT-CTCNNNNNNNNNN-NNN---NNNN---NN--NN-N----NNNNNNNN-------------NNNN---NN--NN--------NN-NNNNNNNNNNNNNNNGGA-AAAGGCAAAAGGAGA-AAAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTATGTTTGA----GAGGCT----TGTTTATTGAGTT--------TG----------AT---AAT---GC---------TGTTAAATGT-TTT----------T-AAAA----------------------------CTGTGTATATTTGC-ATGTGAACG--TACA-GTTTACTCAATCATCA--C-A----TGACCCATG---AGTAAAAGCTGTAACCATGTCTTGAAATGCACCGGAAGCCA-CT-T-TTTCAAGA--G--TTCATATTT-A-A---------------------GGA-------------AT--GC-CAC-AGA-------CC----CC-GTCGTTCCCACA---ACACGGCCCGTACCTTCACATCTAACTTAAGCAAGCTATGC
gi|20 : tataaataaaggtcagaggcgtagcaccttaaggccattA--------AA-TAAATTGG-------GGA-ACATGCCCAAGGGGT-AAAGTGAGATGAGAAGTTGTATTTATTGTATTTGATAAt
gi|20 : ttg---AGTGAGATGAGAAGTTGTATTTATTGTATTTGATAAAGTTGT-AAAGTTA-----------GT---T-T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAATG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-TT---TGACCCATG---AGTAAAAACTGTAAATATGACTTGAAATGCACCAGAAGCCA-TC-A-TTTCA--T--G--TTCATATTT-A-agttgtaaagttagtttctgtgtatttttgcatgtgaatgtacattttgctcaatcatcattttgacccatgagtaaaaactgtaaatatgacttgaaatgcaccagaagccatcatttcatgttcatattta
gi|21 : ttgaaataaattggggaacatgcccaaggggtaaTAGGCCCAGGC-TA------TACCTTT-CTCGGAAAGATGA-AA-----AAA---CA--CGTC----AAAAAA----------------ACA---AA--GA--------AACGTAATTGG-------TGG-ATAGACC
gi|22 : caaaccgagttcataatgaaatatggatctgaatctatgttgaaccacaggcgcagctgccttaaggccgtcTGCTCAGTCAT------AT----GACCCATG---AATGATAGCTGTAAATATGTTTAGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---A--G-ATGTAT--G-G-GGG--A---------CAT--GC-CCACAGA-------CT----CC-CT-------------ATGCTGCCCGTACCTACACATCC-ACTTACGCC
gi|23 : GTGAACA--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-A----TGACCAATG---AGTAATAGCTGTAAATGTG--TTGACATGCACCAGAAGCCA-CC---T------A--A--TTCAGATTT-A-AA---A--A-ATG
gi|24 : AGCTGTAACTATGTCTTGAAATGCACCAAAAGCCA-CC-T-TTTCA--A--G----------------------A-GTCCAT--G--------G---------CA----C-CACATGG-------C-----------------------ACA-TGCC------TACACATCCAACTTAAGCCAGCTACG
gi|25 : C-ATGTGAA-G--TATA-TTTTGCTCATTCATCT--TCATG--TGACCCATG---AGTGATAGCTG
gi|27 : a-------CC----CA-CT-------------GCACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTA
gi|3 : cGGTCCCAGCCTA------CACCATT-CTCCGAAAAGAAA-AAA---GAAA---AA--CA-C----CAAAAAT--------------GCAA---TA--AA--------AA-GTGATTGG-------GG--ATAGGCCTAATGGTT-ACAATAAGCTGGGAAGCTGTGTTCACTGAGTTTGATAATGtac
gi|3 : TAAAAAGTGATTGGGGATAGGCCTAATG----------GTTACAATAAGCTGGGAAGCTGTGTTCACTGAGTTTGATAATGCTCT-AAATTAA-----------GT---T-T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG----------CGCTCAATCATCG--T-ATGAATGATCCAGG---AGTAATAGCTGTAAAGATGTCTTGAAAATCACTGGAAG-CA-CC-ATTTTCAG-G--G--TTTATATTT-A-AATTTT--T-ATATA---G-G-GGT--G---------CAT--GCTCCCAAGACCACACCCC----CT-CT-------------ACACTGCCCATCCCTTCACATCCTACTTAAGCCAGCTATGctctaaattaagtttctgtgtatttttgcatgtgaacgcgctcaatcatcgtatgaatgatccaggagtaatagctgtaaagatgtcttgaaaatcactggaagcaccattttcagggtttatatttaaatttttatataggggtgcatgctcccaagaccacaccccctctacactgcccatcccttcacatcctacttaagccagctatg
gi|4 : ggtcccagcctacaccattctccgaaaagaaaaaagaaaaacaccaaaaatgcaaTGTATGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTGCGAAAAA--A-AAA---TAAA---AA--CG-C----CAAAAAT----------------GC---AA--TA--------A----TATTGG-------AGG-ATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGATAAGTTGAGTTAATTGCGTTTGATATTG
gi|4 : atcagaggcatatctgccttaaggccg---AATGAGGCGATAAGTTGAGTTAATTGCGTTTGATATTGCTGT-AAAATAA-----------GT---T-T------CTTTGTATCTTTGC-TTGTTAATG--TACA-TTTTGCTCAATCGTCA--T-A----CGACCCATG---CGTAATAGCTGTAAATATGTTTTGAAATG-ACC-CATTTCAGTC-A-TTTTA--A--G--TTCATATTT-G-AA---A--A-CTGTAT--G-ATGGA--G---------CAT--GT-CCCCAGA-------TC----CC-CT-------------ACACCGACCGTctgtaaaataagtttctttgtatctttgcttgttaatgtacattttgctcaatcgtcatacgacccatgcgtaatagctgtaaatatgttttgaaatgacccatttcagtcattttaagttcatatttgaaaactgtatgatggagcatgtccccagatcccctacaccgaccgt
gi|5 : atcagaggcatatctgccttaaggccgtgtatgcccgggcctacacctttctgcgaaaaaaaaataaaaacgccaaaaatgcaataatattggaggataggcctaaggggtaaTGTATGCCCGAGCCTAGAGCCTTACCTTT-TTCCAAAAGGTGG-AAA----------------------AAACAATA--------------ACA---AT--AA--------AA----------------------ACGCCCAA-------AAATGCAATAAAAAGTT------ATTGAGTT-----ATAGGCCTAA---------GGGGT---------------------AA---AATGAGTCGAGAAGCTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-TAAATAA-----------GT---T-TCTAGAACTGTGTAGTTTTGC-ATGTTAACG--TACC-TTTTGCTCAAACATCA--T-A----TGACCCATG---AGTTAAAACTGTAAGTATGTCTT-AAATGCACCGTAAGCCA-CCTA-TTTAAT-A--G--TTCATA-TT-A-AA---A--A-
gi|6 : aaaatcagaggcgtagctgccttaaggtcgTA------CACCTTTTCTCAGAAAAAGGG-AAAAAGTAAACATAT--CA-T----AAAA-----------------GAAA---TA--AA--------AA-GTGATTGC-------GAG-ATATGCCTTAGGGTT-GAAATGAGGCGAGA
gi|6 : tGATGATTCTGT-ACAATAA-----------GT---G-T------CCGTGTATGTTTGC-ATGTGTACG--TACA-CTTTGCTTAATCATCAATC-ATA--TGACCCATG---AGTACTTGCTGTAAATATGTCTTGTAATGCACCAGAAGACA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-CC---A--A-ATGTAT--G-G-GGG--GAGGAGGGGATAT--GC-CCCCAGA-------AC----CC-CT-------------ACACTGCCCGCGCTTACACATCAAACTTAAGCCAGCTtgattctgtacaataagtgtccgtgtatgtttgcatgtgtacgtacactttgcttaatcatcaatcatatgacccatgagtacttgctgtaaatatgtcttgtaatgcaccagaagacaccatttcaagttcatatttaccaaatgtatggggggaggaggggatatgcccccagaacccctacactgcccgcgcttacacatcaaacttaagccagctc
gi|7 : ttacaccttttctcagaaaaagggaaaaagtaaacatatcataaaagaaataaaaagtgattgcgagatatgccttagggttgaaatgaggcgaA-AAG---TAAA---AA--CG-C----CATAA-T--------------GAAA---TA--AA--------AA-GTGATAAG-------AGG--TAGTCCAAAGAAAT-AAAACGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATc
gi|7 : tagaa---AACGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATTCTGT-AAAATAA-----------GT---T-T------CTTTGTAGTTTTGC-ATATGAACG--TATA-TTATGCTCAATCATCA--T-A----TGACCCATG---AGTAGTAACTGTAAATATGTTTTGAAATACACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATGTTT-A-CA---A--A-ATGTAG--G-G-GGAGGG---------TAT--G--CCCTAAA-------CC----AA-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTATACATCCAACTTATGCCAGCTACGCtctgtaaaataagtttctttgtagttttgcatatgaacgtatattatgctcaatcatcatatgacccatgagtagtaactgtaaatatgttttgaaatacaccagaagccaccatttcaagttcatgtttacaaaatgtagggggagggtatgccctaaaccaactacactgcccgtgcctatacatccaacttatgccagctacgc
gi|8 : tagaaaaagtaaaaacgccataatgaaataaaaagtgataagaggtagtccaaagaaataaGTAGACCCGGGCCTA------CACCTTA-CTCTCAACAATG--AAA---TAAGGACAA--CT-CG---AAAAAATGC------------GAGA---A
gi|8 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagcctaGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-AAAATAA-----------GT---T-T------CTGTGTA-TTTTGC-ATGTGCAGGTATATA-TTTTGCTCAGTCATCA--T-A----TGATCCATATATAGAAATAGGTGTAAATATGTTTTGAAATG---------------------CA--A--G--TTCATATTT-A-AT---A--G-GTGTAT-------GA--C---------TATAGAT-CCCCA----------C----CC-A--------------ACACTGCCTGTGCCTACACATCCAACTTTGGTCAGCTAgttgtgtttattgtgtttgataatgctgtaaaataagtttctgtgtattttgcatgtgcaggtatatattttgctcagtcatcatatgatccatatatagaaataggtgtaaatatgttttgaaatgcaagttcatatttaataggtgtatgactatagatccccacccaacactgcctgtgcctacacatccaactttggtcagcta
gi|9 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagcctagtagacccgggcctacaccttactctcaacaatgaaataaggacaactcgaaaaaat--AA--------AT-GTGAC-GG-------GGG-ATCGGCTCAAGGGGT-AAAATGGGGCGCGAAATTA-----ATTGTGTTTGATAAT
gi|9 : aatgcaatt---AATGGGGCGCGAAATTA-----ATTGTGTTTGATAATACTGT-AATATAATATAAAAAAATAT---A-T------CTGTGTATTTTTGT-TTGCGAACA--AACA-TTTTGTTCAATCATCC--T-AT----GACCCATG---AGTAATAGTTGTAAATATGTCTTGAAATGCGCCAGAAGTCA-CT-A-TTTCA--A--G--TTCATTACT-A-AA---A--T-ATCTAT--GAA-GGA--G---------CAT--GC-CCC-AGA-------CCCCATCC-CT-------------ACACTGCCCGTCCCTACACATCCAACTTAAGGCAGactgtaatataatataaaaaaatatatctgtgtatttttgtttgcgaacaaacattttgttcaatcatcctatgacccatgagtaatagttgtaaatatgtcttgaaatgcgccagaagtcactatttcaagttcattactaaaatatctatgaaggagcatgccccagaccccatccctacactgcccgtccctacacatccaacttaaggcagaacttcacgcaact
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TCTGCTTAATACGTGTATAACCACAGGCGTAGCTGTCTTAAGGCCGTGTAGAC
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222222222222222222222 3333333333333333 11111111 1111 66666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111111 22222 2222222222222222222222 3333333333333
lowQualScore : 000000 3 0 3 777777777777777777777777777 5555555555555555 1 555 33 00000000 5 0 88888888 3 2 7777 77 77 22 444 55555555555555555555555555555555555555555 2 44444444444444444444444 1 22 1 22 1 22222 333 1 333 88 22 22 3 1 333 44 9999999999999999999999 33 4 2 8888888 8888 2 1111111111111
lowQualScore : ...... . . . ........................... ................ . ... .. ........ . . ........ . . .... .. .. .. ... ......................................... . ....................... . .. . .. . ..... ... . ... .. .. .. . . ... .. ...................... .. . . ....... .... . .............
lowQualScore : 555555 6 9 6 777777777777777777777777777 4444444444444444 0 888 99 44444444 7 2 88888888 8 9 5555 33 88 99 111 22222222222222222222222222222222222222222 0 00000000000000000000000 9 55 8 44 7 11111 000 7 333 33 44 44 5 7 333 55 1111111111111111111111 77 9 7 1111111 3333 9 1111111111111
consensus : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATGA-AAA---TAA--A---AACG-C------A--AAAAATA-------------GANA---AA--AA--------AA-GTGATTGG-------GGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGNNGCTAAA--AAGTGATTG--GG---G-------TT--------T---G-----------AA------AATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-AAAATAA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AA--ATGTAT--G-G-GGA--G---------CAT--GCCCCC-AGA-------CC----CC-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACGCC
Reference ( family-142 ) : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATGA-AAA---TAA--A---AACG-C------A--AAAAATA-------------GANA---AA--AA--------AA-GTGATTGG-------GGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGAGGCTAAA--AAGTNNTTG--GG---G-------TT--------T---G-----------AN------AATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-AAAATAA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AA--ATGTAT--G-G-GGA--G---------CAT--GCCCCC-AGA-------CC----CC-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACGCC
gi|1 : TGTAGGCCCGGGCCTA------CATCTTT-CTCCGAAAAATGATAAA---TAA--A---ACCG-T------A--AAAAATA-------------GAGA---AA--AA--------AA-AAGATTGA-------GGGATATGCCTAAGGGGT-AAAATGAGACGAGAAGCTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGAGACGAGA--ANNNNNNNN--NN---G-------TT--------T---G-----------AT------AATGAGACGAGAAGCCGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCGGTAAAAATAA-----------GTT--G------TTGTGTGTTTTAGC-ATGTGGACG--TATA-TTTTGCTCAATCATCA--C-AT---TGACTCTTG---GATAGTAGCTGTAAATATGTCTAGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-G-TTTGA--A--G--CTCATATTT-A-AA---AA--ATGTTTTAG-G-GGA--A---------CAT--GCCCTA-AGA-------CC----CC-AT-------------ACACTGCCCGCGCCTACTAATCCAACTTAAGTCAGTCACGCC
gi|10 : TGTTGGCCCGGGCCTT------CACCTTT-CCCTGAAAATTGA-AAA---AAA--A---AATG-CGCACAAA--AGAAACAACAACCAAAGCCCGACA---AA--AATACAATAAAATGTGAATGG-------GGGATAGGCATAAAGGGT-AAAATGTGGCGAGAAGTTTTGATTATTGTGTTTGATAATGTTG-TAAAATAAGTGTTTG--
gi|10 : ctaaatcagaggcgtaactgccttaaggccg--GG---G-------T-------------------------AA------AATGTGGCGAGAAGTTTTGATTATTGTGTTTGATAATGTTGT-AAAATAA-----------GT----------------GTTT-------GTGAAC---------TTT--------AGCA--T-AT----GACCCATA---AGTAATAGCTGTAAATATATCTTGAAATGCATCAAAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TATATATTT-A-AA---AA--ATGtgaactttagcatatgacccataagtaatagctgtaaatatatcttgaaatgcatcaaaagccaccatttcaagtatatatttaaaaaatg
gi|11 : ctaaatcagaggcgtaactgccttaaggccgtgttggcccgggccttcacctttccctgaaaattgaaaaaaaaaatgcgcacaaaagaaacaacaaccaaagcccgacaaaaatacaataaaatgtgaatgggggataggcataaaTAAA--AAGT------------G-------TT--------T---G-----------AG-----------GGAGAGAAAATGTGATTACTGTGTTCGATAAAGCTGT-AAAATAA-----------TTG--T------TTGTGTATTTTTGCCACTTAAACA--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT----GACTTGCG---AGTAGTAGCTGTAA-TATGTCTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AATAATGTAC--G-A-GGA------------CAT--GCCCCC-ACC-------CC----CC-CCCCCCCCCCTCGCGACACTGTCCGGGACTACACATCCAACTTATGCCAGCTA
gi|12 : aaatgaaaataataaaatggcaaaaatttaaGGGCCTA------CAC-TTT-CTCCTATAAATGA-AAA----AA------------------A--AAAAAT--------------GCAA---TA--AA--------AA-GTGATTG--------------------AGGTTT-AAAATGAGG-----AGTAGTGTTTATTGTATTTGATAAT---GCTGTA--AAATAATTaac
gi|12 : tTAAA--AAGTGATTG--AG---G-------TT--------T---------------AA------AATGAGG-----AGTAGTGTTTATTGTATTTGATAATGCTGT-AAAATAA-----------TTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACC--TACA-TTTCTCTCAATCATCA--T-AT---GGACCCATA---AGGAATAGCCATAAATATGCCTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CA-A-TTTCA--A--G--TTCATATT----AA---AA--ATGT------------------------AT--GCCCCC-AGA-------CCA---CT-CTA------------ACACTTTCAGTGCCTACACATCCAACTTGAGCCAGCTACGCCttctgtgtatttttgcatgtgaacctacatttctctcaatcatcatatggacccataaggaatagccataaatatgccttgaaatgcatcagaagccacaatttcaagttcatattaaaaatgtatgcccccagaccactctaacactttcagtgcctacacatccaacttgagccagctacgccc
gi|13 : tgggcctacactttctcctataaatgaaaaaaaaaaaatgcaaAAA--AAGTGATTG--GG---G-------ATATA-----T---GTCTTAGGAGT-AA------AACAATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATGATACTGT-AAAGTAA-----------CTT--T------CTGTGTATGTTTGC-ATGTGAACG--TATATTTTTTCTCAACCATCA--T-GT---GTA-CCATG---AGTTATAGCTGTAAAAATGTCTTAACATGCACCAGAAGCCA--C-A-TTTCA--A--G--TTCATATTA-A-AA---AA--AT---------------------------T--GCCCCG-CGA-------CC----CCTCT-------------ACACTGCCCATACCTACACACCCAACTTAAGCCAGCc
gi|14 : TAAA--AAGTGACTG--GG---GGATAGGCCT--------TAGGG-----------AAGA----AATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTAATGTGTTTGATAATCTTGT-AAAATAA-----------GCT--T------CTGTGAATATTTGC-ACGTAAACG--TACA-TTTTGCTCAGTCAGTA--C-A----TGCCCCAAG---AGTAATAGCTGCAAATATGTTTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--T--A--TTCATTTTTAA-AA---AA--ATATAT--G-G-GTA--G---------CAT--TACTAC-AGA-------CC----Ca
gi|15 : caaCCTA------CATCTTT-CTACGAAAAGTGA-AAAAAATAA--A---AACG-C------C--AAAAATA-------------AAAATGCAATTAA--------AA-GTAGTTGG-------GGTAT--GCCTAAGGCGT-AAAATGTAGTGAGAAGTTGTTTTTATTGTGTTTGATAATG
gi|15 : AA--AAGTAGTTG--GG---G-------TA--------T---GCCTAAGGCGT-AA------AATGTAGTGAGAAGTTGTTTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-AA------------------------------GTGTATTTTAGC-ATGTGTACG--TACA-CATTGCTCAATCATCA--T-AT---GGAACAAT----AGTATTAGCTGTAAATATGTCT-----------AGAAACCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-Actgtaagtgtattttagcatgtgtacgtacacattgctcaatcatcatatggaacaatagtattagctgtaaatatgtctagaaaccaccatttcaagttcatatttaa
gi|16 : cctacatctttctacgaaaagtgaaaaaaataaaaacgccaaaaataaaaatgcaattAAA--AAGTGATGG--GGTAGG-------TC--------T---A-----------AGGGGTAAAATGAAGTGATTCGTTGTGTTTATTATGTTTGATAATGCTGT-GAAATAA-----------GTT--T------CTGTGTAATTTTGC-ATGTGAACG--TACG-TTTTGCTTAATAATCA--T-A----TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-T------------TCCATATTTAA-AA---AA--ATGTATC-G-G-GGA--G---------CAC--GTCCCC-AGA-------C
gi|17 : A--AT--------AA-GTTATTAG-------GG-ATAGGCTTAGGGGGT-ATAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTGAGTTTGATAATGatctc
gi|17 : caatG--GG---G-------T-------------------------AT------AATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTGAGTTTGATAATGCTGT-AAAATAC-----------GTAGATAA----CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TGCA-TATTGCACAATCATCA--T-AT----GTCCTATG---AGTAATAGCTGAAAATATGTCTTGAAATGCACCGGAAGCCA-TC-T-TTTTAAGA--G--TCCATATTT-ATAA---CA--ATctgtaaaatacgtagataactgtgtatttttgcatgtgaacgtgcatattgcacaatcatcatatgtcctatgagtaatagctgaaaatatgtcttgaaatgcaccggaagccatctttttaagagtccatatttataacaat
gi|18 : caataataagttattagggataggcttag---AA--AA--------AA-G-GATTGG-------AGGATAGGCGTAAGGGGT-ATGACGAGGCGAGAAACTGTGCTTTTTGTGTTTGATAATGCTGTTAAA--
gi|18 : tG--GG---G-------TA--------T---G-----------AC---------GAGGCGAGAAACTGTGCTTTTTGTGTTTGATAATGCTGT-TAAACAC-----------GGT--TAGAA--CTGTATATATTTGT-ATATTAACG--TACA-TTTTGTTTAATAATCA--T-AT----GACCTATG---AATAAAAGCTGTAACTATGCCTTCAAATGCACCGGAAGTCA--T-G-TTTTA--A--GAATTCATATTT-A-AA---GAC-ATGcacggttagaactgtatatatttgtatattaacgtacattttgtttaataatcatatgacctatgaataaaagctgtaactatgccttcaaatgcaccggaagtcatgttttaagaattcatatttaaagacatg
gi|19 : taaaaaaggattggaggataggcgtaa--AA--------AT-GTGATTGT-------GGGATAGGCCTAAGGGATGAAAATGATGCGAGAAGTTGTGTTTAT--TGTTTGATACTG
gi|19 : gcaatg--------T---G-----------AA------AATGATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGT--TTGATACTGCTGT-GAGATTA-----------GTT--T------CTTTGTAGTTTTGC-ATGTGGACG--TACA-TGTTGCTCAATCATCA--T--T---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCG-CC-A-TTTCA--AGTG--TTCATTTTT-A-AA---AA--ATGctgtgagattagtttctttgtagttttgcatgtggacgtacatgttgctcaatcatcatttgacccatgagtaatagctgtaaatatgtcttgaaatgcaccagaagccgccatttcaagtgttcatttttaaaaaatg
gi|2 : gcaatgaaatgtgattgtgggataggcctaagggaTAGGCCCGGGCCTA------CAATTTT-CTCNNNNNNNNNN-NNN---NNN--N---NNNN-N------N--NNNNNNN-------------NNNN---NN--NN--------NN-NNNNNNNNNNNNNNNGGAAAAGGCAAAAGGAGA-AAAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTATGTTTGA----GAGGCT--------TGTTTATTGA---G-------TT--------T---G-----------AT------AAT---GC---------TGTTAAATGT-TTT----------T-AAAA--------------------------CTGTGTATATTTGC-ATGTGAACG--TACA-GTTTACTCAATCATCA--C-A----TGACCCATG---AGTAAAAGCTGTAACCATGTCTTGAAATGCACCGGAAGCCA-CT-T-TTTCAAGA--G--TTCATATTT-A-AG---GA--ATG-------------------------------CCAC-AGA-------CC----CC-GTCGTTCCCACA---ACACGGCCCGTACCTTCACATCTAACTTAAGCAAGCTATGC
gi|20 : tataaataaaggtcagaggcgtagcaccttaaggccattATTGG-------GGAACATGCCCAAGGGGT-AAAGTGAGATGAGAAGTTGTATTTATTGTATTTGATAAt
gi|20 : ttgaaataaG--GG---G-------T-------------------------AA------AGTGAGATGAGAAGTTGTATTTATTGTATTTGATAAAGTTGT-AAAGTTA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAATG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-TT---TGACCCATG---AGTAAAAACTGTAAATATGACTTGAAATGCACCAGAAGCCA-TC-A-TTTCA--T--G--TTCATATTT-A-agttgtaaagttagtttctgtgtatttttgcatgtgaatgtacattttgctcaatcatcattttgacccatgagtaaaaactgtaaatatgacttgaaatgcaccagaagccatcatttcatgttcatattta
gi|21 : ttgaaataaattggggaacatgcccaaTAGGCCCAGGC-TA------TACCTTT-CTCGGAAAGATGA-AA-----AA--A---CACGTC------A--AAAAA----------------ACA---AA--GA--------AACGTAATTGG-------TGGATAGACC
gi|22 : caaaccgagttcataatgaaatatggatctgaatctatgttgaaccacaggcgcagctgccttaaggccgtcTGCTCAGTCAT------AT----GACCCATG---AATGATAGCTGTAAATATGTTTAGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AG--ATGTAT--G-G-GGG--A---------CAT--GCCCAC-AGA-------CT----CC-CT-------------ATGCTGCCCGTACCTACACATCC-ACTTACGCC
gi|23 : GTGAACA--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-A----TGACCAATG---AGTAATAGCTGTAAATGTG--TTGACATGCACCAGAAGCCA-CC---T------A--A--TTCAGATTT-A-AA---AA--ATG
gi|24 : AGCTGTAACTATGTCTTGAAATGCACCAAAAGCCA-CC----TT----------TTCA---------A---GA--GTCCAT--G-G--------------------------C-A------------------CC-------------ACATGGCACATGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACG
gi|25 : C-ATGTGAA-G--TATA-TTTTGCTCATTCATCT--TCATG--TGACCCATG---AGTGATAGCTG
gi|27 : a-------CC----CA-CT-------------GCACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTA
gi|3 : cGGTCCCAGCCTA------CACCATT-CTCCGAAAAGAAA-AAA---GAA--A---AACA-C------C--AAAAAT--------------GCAA---TA--AA--------AA-GTGATTGG-------GG-ATAGGCCTAATGGTT-ACAATAAGCTGGGAAGCTGTGTTCACTGAGTTTGATAATG-CTCTAAATTAAGTTTCTG--tac
gi|3 : TAAA--AAGTGATTG--GG---G-------ATAGGCCTAAT---GGTT--------AC------AATAAGCTGGGAAGCTGTGTTCACTGAGTTTGATAATGCTCT-AAATTAA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG----------CGCTCAATCATCG--T-ATGAATGATCCAGG---AGTAATAGCTGTAAAGATGTCTTGAAAATCACTGGAAG-CA-CC-ATTTTCAG-G--G--TTTATATTT-A-AATTTTT--ATATA---G-G-GGT--G---------CAT--GCTCCCAAGACCACACCCC----CT-CT-------------ACACTGCCCATCCCTTCACATCCTACTTAAGCCAGCTATGtgtatttttgcatgtgaacgcgctcaatcatcgtatgaatgatccaggagtaatagctgtaaagatgtcttgaaaatcactggaagcaccattttcagggtttatatttaaatttttatataggggtgcatgctcccaagaccacaccccctctacactgcccatcccttcacatcctacttaagccagctatg
gi|4 : ggtcccagcctacaccattctccgaaaagaaaaaagaaaaacaccaaaaatgcaaTGTATGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTGCGAAAAA--A-AAA---TAA--A---AACG-C------C--AAAAATG---------------CA---AT--AA------------T-ATTGG-------AGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGATAAGTTGAGTTAATTGCGTTTGATATTG
gi|4 : atcagaggcatatctgccttaaggccgG--GG---G-------T-------------------------AA------AATGAGGCGATAAGTTGAGTTAATTGCGTTTGATATTGCTGT-AAAATAA-----------GTT--T------CTTTGTATCTTTGC-TTGTTAATG--TACA-TTTTGCTCAATCGTCA--T-A----CGACCCATG---CGTAATAGCTGTAAATATGTTTTGAAATG-ACC-CATTTCAGTC-A-TTTTA--A--G--TTCATATTT-G-AA---AA--CTGTAT--G-ATGGA--G---------CAT--GTCCCC-AGA-------TC----CC-CT-------------ACACCGACCGTctgtaaaataagtttctttgtatctttgcttgttaatgtacattttgctcaatcgtcatacgacccatgcgtaatagctgtaaatatgttttgaaatgacccatttcagtcattttaagttcatatttgaaaactgtatgatggagcatgtccccagatcccctacaccgaccgt
gi|5 : atcagaggcatatctgccttaaggccgtgtatgcccgggcctacacctttctgcgaaaaaaaaataaaaacgccaaaaatgcaataatattggaggataggcctaaTGTATGCCCGAGCCTAGAGCCTTACCTTT-TTCCAAAAGGTGG-AAA--------A---AAC---------------AATA--------------ACA---AT--AA--------AA---------------------ACGCCCAA-------AAATGCAATAAAAAGTT------ATTGAGTT-----ATAGGCCTAA-----------G--GG---G-------T-------------------------AA------AATGAGTCGAGAAGCTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-TAAATAA-----------GTT--TCTAGAACTGTGTAGTTTTGC-ATGTTAACG--TACC-TTTTGCTCAAACATCA--T-A----TGACCCATG---AGTTAAAACTGTAAGTATGTCTT-AAATGCACCGTAAGCCA-CCTA-TTTAAT-A--G--TTCATA-TT-A-AA---AA--
gi|6 : aaaatcagaggcgtagctgccttaaggtcgTA------CACCTTTTCTCAGAAAAAGGG-AAA----AAGTA---AACA-T------ATCATAAA-A-------------GAAA---TA--AA--------AA-GTGATTGC-------GAGATATGCCTTAGGGTT-GAAATGAGGCGAGA
gi|6 : tGATGATTCTGT-ACAATAA-----------GTG--T------CCGTGTATGTTTGC-ATGTGTACG--TACA-CTTTGCTTAATCATCAATC-ATA--TGACCCATG---AGTACTTGCTGTAAATATGTCTTGTAATGCACCAGAAGACA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-CC---AA--ATGTAT--G-G-GGG--GAGGAGGGGATAT--GCCCCC-AGA-------AC----CC-CT-------------ACACTGCCCGCGCTTACACATCAAACTTAAGCCAGCTtgattctgtacaataagtgtccgtgtatgtttgcatgtgtacgtacactttgcttaatcatcaatcatatgacccatgagtacttgctgtaaatatgtcttgtaatgcaccagaagacaccatttcaagttcatatttaccaaatgtatggggggaggaggggatatgcccccagaacccctacactgcccgcgcttacacatcaaacttaagccagctc
gi|7 : ttacaccttttctcagaaaaagggaaaaagtaaacatatcataaaagaaataaaaagtgattgcgagatatgccttagggttgaaatgaggcgaATAATGAAA-TAAA--AAGTGATAA--GA---G-------GT--------A---GTCCAAAGAAATAA------AACGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATTCTGT-AAAATAA-----------GTT--T------CTTTGTAGTTTTGC-ATATGAACG--TATA-TTATGCTCAATCATCA--T-A----TGACCCATG---AGTAGTAACTGTAAATATGTTTTGAAATACACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATGTTT-A-CA---AA--ATGTAG--G-G-GGAGGG---------TAT--G-CCCT-AAA-------CC----AA-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTATACATCCAACTTATGCCAGCTACGCc
gi|8 : tagaaaaagtaaaaacgccGTAGACCCGGGCCTA------CACCTTA-CTCTCAACAATG--AAA---TAA--GGACAACT-CG-----A--AAAAATGC------------GAGA---A
gi|8 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagcctaT--------C---G-----------AA------AA-AATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-AAAATAA-----------GTT--T------CTGTGTA-TTTTGC-ATGTGCAGGTATATA-TTTTGCTCAGTCATCA--T-A----TGATCCATATATAGAAATAGGTGTAAATATGTTTTGAAATG---------------------CA--A--G--TTCATATTT-A-AT---AG--GTGTAT-------GA--C---------TATAGATCCCC-A---------------CC-CA-------------ACACTGCCTGTGCCTACACATCCAACTTTGGTCAGCTAgttgtgtttattgtgtttgataatgctgtaaaataagtttctgtgtattttgcatgtgcaggtatatattttgctcagtcatcatatgatccatatatagaaataggtgtaaatatgttttgaaatgcaagttcatatttaataggtgtatgactatagatccccacccaacactgcctgtgcctacacatccaactttggtcagcta
gi|9 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagcctagtagacccgggcctacaccttactctcaacaatgaaataaggacaac--AA--------AT-GTGAC-GG-------GGGATCGGCTCAAGGGGT-AAAATGGGGCGCGAAATTA-----ATTGTGTTTGATAAT
gi|9 : aatgcaattG--GG---G-------T-------------------------AA------AATGGGGCGCGAAATTA-----ATTGTGTTTGATAATACTGT-AATATAATATAAAAAAATATA--T------CTGTGTATTTTTGT-TTGCGAACA--AACA-TTTTGTTCAATCATCC--T-AT----GACCCATG---AGTAATAGTTGTAAATATGTCTTGAAATGCGCCAGAAGTCA-CT-A-TTTCA--A--G--TTCATTACT-A-AA---AT--ATCTAT--GAA-GGA--G---------CAT--G-CCCC-AGA-------CCCCATCC-CT-------------ACACTGCCCGTCCCTACACATCCAACTTAAGGCAGactgtaatataatataaaaaaatatatctgtgtatttttgtttgcgaacaaacattttgttcaatcatcctatgacccatgagtaatagttgtaaatatgtcttgaaatgcgccagaagtcactatttcaagttcattactaaaatatctatgaaggagcatgccccagaccccatccctacactgcccgtccctacacatccaacttaaggcagaacttcacgcaact
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TCTGCTTAATACGTGTATAACCACAGGCGTAGCTGTCTTAAGGCCGTGTAGAC
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222222222222222222222 3333333333333333 11111111 2222 11111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111111 22222 2222222222222222222222 3333333333333
lowQualScore : 000000 3 0 3 777777777777777777777777777 5555555555555555 1 555 33 00000000 5 0 88888888 3 2 2222 55 777 22222222222222 333 2222222222222222222222222222222222222222222 2 44444444444444444444444 1 22 1 22 1 22222 333 1 333 88 22 22 3 1 333 44 9999999999999999999999 33 4 2 8888888 8888 2 1111111111111
lowQualScore : ...... . . . ........................... ................ . ... .. ........ . . ........ . . .... .. ... .............. ... ........................................... . ....................... . .. . .. . ..... ... . ... .. .. .. . . ... .. ...................... .. . . ....... .... . .............
lowQualScore : 555555 6 9 6 777777777777777777777777777 4444444444444444 0 888 99 44444444 7 2 88888888 8 9 2222 55 999 44444444444444 999 3333333333333333333333333333333333333333333 0 00000000000000000000000 9 55 8 44 7 11111 000 7 333 33 44 44 5 7 333 55 1111111111111111111111 77 9 7 1111111 3333 9 1111111111111
consensus : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATGA-AAA---TAA--A---AACG-C------A--AAAAATA-------------GANA---AA--AA--------AA-GTGATTGG-------GGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTG-TAAA--AAGTG---ATTG--------------GG---G-------TT--------T---G-----------A------A--AATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-AAAATAA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AA--ATGTAT--G-G-GGA--G---------CAT--GCCCCC-AGA-------CC----CC-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACGCC
Reference ( family-142 ) : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATGA-AAA---TAA--A---AACG-C------A--AAAAATA-------------GANA---AA--AA--------AA-GTGATTGG-------GGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGNNGCTAAA--AAGTG---ATTG--------------GG---G-------TT--------T---G-----------A------A--AATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-AAAATAA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AA--ATGTAT--G-G-GGA--G---------CAT--GCCCCC-AGA-------CC----CC-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACGCC
gi|1 : TGTAGGCCCGGGCCTA------CATCTTT-CTCCGAAAAATGATAAA---TAA--A---ACCG-T------A--AAAAATA-------------GAGA---AA--AA--------AA-AAGATTGA-------GGGATATGCCTAAGGGGT-AAAATGAGACGAGAAGCTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGAGACGAGA--ANNNN---NNNN--------------NN---G-------TT--------T---G-----------A------T--AATGAGACGAGAAGCCGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCGGTAAAAATAA-----------GTT--G------TTGTGTGTTTTAGC-ATGTGGACG--TATA-TTTTGCTCAATCATCA--C-AT---TGACTCTTG---GATAGTAGCTGTAAATATGTCTAGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-G-TTTGA--A--G--CTCATATTT-A-AA---AA--ATGTTTTAG-G-GGA--A---------CAT--GCCCTA-AGA-------CC----CC-AT-------------ACACTGCCCGCGCCTACTAATCCAACTTAAGTCAGTCACGCC
gi|10 : TGTTGGCCCGGGCCTT------CACCTTT-CCCTGAAAATTGA-AAA---AAA--A---AATG-CGCACAAA--AGAAACAACAACCAAAGCCCGACA---AA--AATACAATAAAATGTGAATGG-------GGGATAGGCATAAAGGGT-AAAATGTGGCGAGAAGTTTTGATTATTGTGTTTGATAATGTTG-TAAAATAAGTG---TTTG--------------
gi|10 : ctaaatcagaggcgtaactgccttaaggccg--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AATGTGGCGAGAAGTTTTGATTATTGTGTTTGATAATGTTGT-AAAATAA-----------GT----------------GTTT-------GTGAAC---------TTT--------AGCA--T-AT----GACCCATA---AGTAATAGCTGTAAATATATCTTGAAATGCATCAAAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TATATATTT-A-AA---AA--ATGtgaactttagcatatgacccataagtaatagctgtaaatatatcttgaaatgcatcaaaagccaccatttcaagtatatatttaaaaaatg
gi|11 : ctaaatcagaggcgtaactgccttaaggccgtgttggcccgggccttcacctttccctgaaaattgaaaaaaaaaatgcgcacaaaagaaacaacaaccaaagcccgacaaaaatacaataaaatgtgaatgggggataggcataaaTAAA--AAGTG----------------------------------TT--------T---G-----------A------G-------GGAGAGAAAATGTGATTACTGTGTTCGATAAAGCTGT-AAAATAA-----------TTG--T------TTGTGTATTTTTGCCACTTAAACA--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT----GACTTGCG---AGTAGTAGCTGTAA-TATGTCTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AATAATGTAC--G-A-GGA------------CAT--GCCCCC-ACC-------CC----CC-CCCCCCCCCCTCGCGACACTGTCCGGGACTACACATCCAACTTATGCCAGCTA
gi|12 : aaatgaaaataataaaatggcaaaaatttaaGGGCCTA------CAC-TTT-CTCCTATAAATGA-AAA----AA------------------A--AAAAAT--------------GCAA---TA--AA--------AA-GTGATTG--------------------AGGTTT-AAAATGAGG-----AGTAGTGTTTATTGTATTTGATAATGCTG-TAAA--Aaac
gi|12 : tAATGCAA-TAAA--AAGTG---ATTG--------------AG---G-------TT--------T---------------A------A--AATGAGG-----AGTAGTGTTTATTGTATTTGATAATGCTGT-AAAATAA-----------TTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACC--TACA-TTTCTCTCAATCATCA--T-AT---GGACCCATA---AGGAATAGCCATAAATATGCCTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CA-A-TTTCA--A--G--TTCATATT----AA---AA--ATGT------------------------AT--GCCCCC-AGA-------CCA---CT-CTA------------ACACTTTCAGTGCCTACACATCCAACTTGAGCCAGCTACGCCtaattttctgtgtatttttgcatgtgaacctacatttctctcaatcatcatatggacccataaggaatagccataaatatgccttgaaatgcatcagaagccacaatttcaagttcatattaaaaatgtatgcccccagaccactctaacactttcagtgcctacacatccaacttgagccagctacgccc
gi|13 : tgggcctacactttctcctataaatgaaaaaaaaaaAAA--AAGTG---ATTG--------------GG---G-------ATATA-----T---GTCTTAGGAGT-A------A--AACAATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATGATACTGT-AAAGTAA-----------CTT--T------CTGTGTATGTTTGC-ATGTGAACG--TATATTTTTTCTCAACCATCA--T-GT---GTA-CCATG---AGTTATAGCTGTAAAAATGTCTTAACATGCACCAGAAGCCA--C-A-TTTCA--A--G--TTCATATTA-A-AA---AA--AT---------------------------T--GCCCCG-CGA-------CC----CCTCT-------------ACACTGCCCATACCTACACACCCAACTTAAGCCAGCc
gi|14 : TAAA--AAGTG---ACTG--------------GG---GGATAGGCCT--------TAGGG-----------A------AGAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTAATGTGTTTGATAATCTTGT-AAAATAA-----------GCT--T------CTGTGAATATTTGC-ACGTAAACG--TACA-TTTTGCTCAGTCAGTA--C-A----TGCCCCAAG---AGTAATAGCTGCAAATATGTTTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--T--A--TTCATTTTTAA-AA---AA--ATATAT--G-G-GTA--G---------CAT--TACTAC-AGA-------CC----Ca
gi|15 : caaCCTA------CATCTTT-CTACGAAAAGTGA-AAAAAATAA--A---AACG-C------C--AAAAATA-------------AAAATGCAATTAA--------AA-GTAGTTGG-------GGTAT--GCCTAAGGCGT-AAAATGTAGTGAGAAGTTGTTTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT------AAGTGT--ATT
gi|15 : AATGCAATTAAA--A-GTA---GTTG--------------GG---G-------TA--------T---GCCTAAGGCGT-A------A--AATGTAGTGAGAAGTTGTTTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-AA------------------------------GTGTATTTTAGC-ATGTGTACG--TACA-CATTGCTCAATCATCA--T-AT---GGAACAAT----AGTATTAGCTGTAAATATGTCT-----------AGAAACCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-Attagcatgtgtacgtacacattgctcaatcatcatatggaacaatagtattagctgtaaatatgtctagaaaccaccatttcaagttcatatttaa
gi|16 : cctacatctttctacgaaaagtgaaaaaaataaaaacgccaaaaataaaAAA--AAGTG---ATGG--------------GGTAGG-------TC--------T---A-----------AGGGGTAA--AATGAAGTGATTCGTTGTGTTTATTATGTTTGATAATGCTGT-GAAATAA-----------GTT--T------CTGTGTAATTTTGC-ATGTGAACG--TACG-TTTTGCTTAATAATCA--T-A----TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-T------------TCCATATTTAA-AA---AA--ATGTATC-G-G-GGA--G---------CAC--GTCCCC-AGA-------C
gi|17 : A--AT--------AA-GTTATTAG-------GG-ATAGGCTTAGGGGGT-ATAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTGAGTTTGATAATGCTG-TAAA--Aatctc
gi|17 : caatG--------------GG---G-------TA--------T-------------------------AATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTGAGTTTGATAATGCTGT-AAAATAC-----------GTAGATAA----CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TGCA-TATTGCACAATCATCA--T-AT----GTCCTATG---AGTAATAGCTGAAAATATGTCTTGAAATGCACCGGAAGCCA-TC-T-TTTTAAGA--G--TCCATATTT-ATAA---CA--ATtacgtagataactgtgtatttttgcatgtgaacgtgcatattgcacaatcatcatatgtcctatgagtaatagctgaaaatatgtcttgaaatgcaccggaagccatctttttaagagtccatatttataacaat
gi|18 : caataataagttattagggataggcttag---AA--AA--------AA-G-GATTGG-------AGGATAGGCGTAAGGGGT-ATGACGAGGCGAGAAACTGTGCTTTTTGTGTTTGATAATGCTGTTAAA--
gi|18 : tG--------------GG---G-------TA--------T---G-----------A-----------CGAGGCGAGAAACTGTGCTTTTTGTGTTTGATAATGCTGT-TAAACAC-----------GGT--TAGAA--CTGTATATATTTGT-ATATTAACG--TACA-TTTTGTTTAATAATCA--T-AT----GACCTATG---AATAAAAGCTGTAACTATGCCTTCAAATGCACCGGAAGTCA--T-G-TTTTA--A--GAATTCATATTT-A-AA---GAC-ATGcacggttagaactgtatatatttgtatattaacgtacattttgtttaataatcatatgacctatgaataaaagctgtaactatgccttcaaatgcaccggaagtcatgttttaagaattcatatttaaagacatg
gi|19 : taaaaaaggattggaggataggcgtaa--AA--------AT-GTGATTGT-------GGGATAGGCCTAAGGGATGAAAATGATGCGAGAAGTTGTGTTTAT--TGTTTGATACTGCTG
gi|19 : gcaatg--------T---G-----------A------A--AATGATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGT--TTGATACTGCTGT-GAGATTA-----------GTT--T------CTTTGTAGTTTTGC-ATGTGGACG--TACA-TGTTGCTCAATCATCA--T--T---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCG-CC-A-TTTCA--AGTG--TTCATTTTT-A-AA---AA--ATGtgagattagtttctttgtagttttgcatgtggacgtacatgttgctcaatcatcatttgacccatgagtaatagctgtaaatatgtcttgaaatgcaccagaagccgccatttcaagtgttcatttttaaaaaatg
gi|2 : gcaatgaaatgtgattgtgggataggcctaagggaTAGGCCCGGGCCTA------CAATTTT-CTCNNNNNNNNNN-NNN---NNN--N---NNNN-N------N--NNNNNNN-------------NNNN---NN--NN--------NN-NNNNNNNNNNNNNNNGGAAAAGGCAAAAGGAGA-AAAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTATGTTTGA----GAGGCT--------TGTTTATT---------------GA---G-------TT--------T---G-----------A------T--AAT---GC---------TGTTAAATGT-TTT----------T-AAAA--------------------------CTGTGTATATTTGC-ATGTGAACG--TACA-GTTTACTCAATCATCA--C-A----TGACCCATG---AGTAAAAGCTGTAACCATGTCTTGAAATGCACCGGAAGCCA-CT-T-TTTCAAGA--G--TTCATATTT-A-AG---GA--ATG-------------------------------CCAC-AGA-------CC----CC-GTCGTTCCCACA---ACACGGCCCGTACCTTCACATCTAACTTAAGCAAGCTATGC
gi|20 : tataaataaaggtcagaggcgtagcaccttaaggccattATTGG-------GGAACATGCCCAAGGGGT-AAAGTGAGATGAGAAGTTGTATTTATTGTATTTGATAAAGTTG-TAAA--t
gi|20 : ttgaaataaG--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AGTGAGATGAGAAGTTGTATTTATTGTATTTGATAAAGTTGT-AAAGTTA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAATG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-TT---TGACCCATG---AGTAAAAACTGTAAATATGACTTGAAATGCACCAGAAGCCA-TC-A-TTTCA--T--G--TTCATATTT-A-gttagtttctgtgtatttttgcatgtgaatgtacattttgctcaatcatcattttgacccatgagtaaaaactgtaaatatgacttgaaatgcaccagaagccatcatttcatgttcatattta
gi|21 : ttgaaataaattggggaacatgcccaaTAGGCCCAGGC-TA------TACCTTT-CTCGGAAAGATGA-AA-----AA--A---CACGTC------A--AAAAA----------------ACA---AA--GA--------AACGTAATTGG-------TGGATAGACC
gi|22 : caaaccgagttcataatgaaatatggatctgaatctatgttgaaccacaggcgcagctgccttaaggccgtcTGCTCAGTCAT------AT----GACCCATG---AATGATAGCTGTAAATATGTTTAGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AG--ATGTAT--G-G-GGG--A---------CAT--GCCCAC-AGA-------CT----CC-CT-------------ATGCTGCCCGTACCTACACATCC-ACTTACGCC
gi|23 : GTGAACA--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-A----TGACCAATG---AGTAATAGCTGTAAATGTG--TTGACATGCACCAGAAGCCA-CC---T------A--A--TTCAGATTT-A-AA---AA--ATG
gi|24 : AGCTGTAACTATGTCTTGAAATGCACCAAAAGCCA-CC----TT----------TTCA---------A---GA--GTCCAT--G-G--------------------------C-A------------------CC-------------ACATGGCACATGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACG
gi|25 : C-ATGTGAA-G--TATA-TTTTGCTCATTCATCT--TCATG--TGACCCATG---AGTGATAGCTG
gi|27 : a-------CC----CA-CT-------------GCACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTA
gi|3 : cGGTCCCAGCCTA------CACCATT-CTCCGAAAAGAAA-AAA---GAA--A---AACA-C------C--AAAAAT--------------GCAA---TA--AA--------AA-GTGATTGG-------GG-ATAGGCCTAATGGTT-ACAATAAGCTGGGAAGCTGTGTTCACTGAGTTTGATAATGCT-CTAAATTAAGTtac
gi|3 : AATGCAA-TAAA--AAGTG---ATTG--------------GG---G-------ATAGGCCTAAT---GGTT--------A------C--AATAAGCTGGGAAGCTGTGTTCACTGAGTTTGATAATGCTCT-AAATTAA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG----------CGCTCAATCATCG--T-ATGAATGATCCAGG---AGTAATAGCTGTAAAGATGTCTTGAAAATCACTGGAAG-CA-CC-ATTTTCAG-G--G--TTTATATTT-A-AATTTTT--ATATA---G-G-GGT--G---------CAT--GCTCCCAAGACCACACCCC----CT-CT-------------ACACTGCCCATCCCTTCACATCCTACTTAAGCCAGCTATGttctgtgtatttttgcatgtgaacgcgctcaatcatcgtatgaatgatccaggagtaatagctgtaaagatgtcttgaaaatcactggaagcaccattttcagggtttatatttaaatttttatataggggtgcatgctcccaagaccacaccccctctacactgcccatcccttcacatcctacttaagccagctatg
gi|4 : ggtcccagcctacaccattctccgaaaagaaaaaagaaaaacaccaaaTGTATGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTGCGAAAAA--A-AAA---TAA--A---AACG-C------C--AAAAATG---------------CA---AT--AA------------T-ATTGG-------AGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGATAAGTTGAGTTAATTGCGTTTGATATTGCTG-TAAA--A
gi|4 : atcagaggcatatctgccttaaggccgG--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AATGAGGCGATAAGTTGAGTTAATTGCGTTTGATATTGCTGT-AAAATAA-----------GTT--T------CTTTGTATCTTTGC-TTGTTAATG--TACA-TTTTGCTCAATCGTCA--T-A----CGACCCATG---CGTAATAGCTGTAAATATGTTTTGAAATG-ACC-CATTTCAGTC-A-TTTTA--A--G--TTCATATTT-G-AA---AA--CTGTAT--G-ATGGA--G---------CAT--GTCCCC-AGA-------TC----CC-CT-------------ACACCGACCGTtaagtttctttgtatctttgcttgttaatgtacattttgctcaatcgtcatacgacccatgcgtaatagctgtaaatatgttttgaaatgacccatttcagtcattttaagttcatatttgaaaactgtatgatggagcatgtccccagatcccctacaccgaccgt
gi|5 : atcagaggcatatctgccttaaggccgtgtatgcccgggcctacacctttctgcgaaaaaaaaataaaaacgccaaaaatgcaataatattggaggataggcctaaTGTATGCCCGAGCCTAGAGCCTTACCTTT-TTCCAAAAGGTGG-AAA--------A---AAC---------------AATA--------------ACA---AT--AA--------AA---------------------ACGCCCAA-------AAATGCAATAAAAAGTT------ATTGAGTT-----ATAGGCCTAA--------------G--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AATGAGTCGAGAAGCTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-TAAATAA-----------GTT--TCTAGAACTGTGTAGTTTTGC-ATGTTAACG--TACC-TTTTGCTCAAACATCA--T-A----TGACCCATG---AGTTAAAACTGTAAGTATGTCTT-AAATGCACCGTAAGCCA-CCTA-TTTAAT-A--G--TTCATA-TT-A-AA---AA--
gi|6 : aaaatcagaggcgtagctgccttaaggtcgTA------CACCTTTTCTCAGAAAAAGGG-AAA----AAGTA---AACA-T------ATCATAAA-A-------------GAAA---TA--AA--------AA-GTGATTGC-------GAGATATGCCTTAGGGTT-GAAATGAGGCGAGA
gi|6 : tTAAA--AAGTG---ATTGCGAGATATGCCTTAGG---G-------TT------------------------G------A--AATGAGGCGAGA---------------------TGATTCTGT-ACAATAA-----------GTG--T------CCGTGTATGTTTGC-ATGTGTACG--TACA-CTTTGCTTAATCATCAATC-ATA--TGACCCATG---AGTACTTGCTGTAAATATGTCTTGTAATGCACCAGAAGACA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-CC---AA--ATGTAT--G-G-GGG--GAGGAGGGGATAT--GCCCCC-AGA-------AC----CC-CT-------------ACACTGCCCGCGCTTACACATCAAACTTAAGCCAGCTtgattctgtacaataagtgtccgtgtatgtttgcatgtgtacgtacactttgcttaatcatcaatcatatgacccatgagtacttgctgtaaatatgtcttgtaatgcaccagaagacaccatttcaagttcatatttaccaaatgtatggggggaggaggggatatgcccccagaacccctacactgcccgcgcttacacatcaaacttaagccagctc
gi|7 : ttacaccttttctcagaaaaagggaaaaagtaaacatatcataaaagaaaATAATGAAA-TAAA--AAGTG---ATAA--------------GA---G-------GT--------A---GTCCAAAGAAATA------A--AACGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATTCTGT-AAAATAA-----------GTT--T------CTTTGTAGTTTTGC-ATATGAACG--TATA-TTATGCTCAATCATCA--T-A----TGACCCATG---AGTAGTAACTGTAAATATGTTTTGAAATACACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATGTTT-A-CA---AA--ATGTAG--G-G-GGAGGG---------TAT--G-CCCT-AAA-------CC----AA-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTATACATCCAACTTATGCCAGCTACGCc
gi|8 : tagaaaaagtaaaaacgccGTAGACCCGGGCCTA------CACCTTA-CTCTCAACAATG--AAA---TAA--GGACAACT-CG-----A--AAAAATGC------------GAGA---A
gi|8 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagcctaT--------C---G-----------A------A--AA-AATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGT-AAAATAA-----------GTT--T------CTGTGTA-TTTTGC-ATGTGCAGGTATATA-TTTTGCTCAGTCATCA--T-A----TGATCCATATATAGAAATAGGTGTAAATATGTTTTGAAATG---------------------CA--A--G--TTCATATTT-A-AT---AG--GTGTAT-------GA--C---------TATAGATCCCC-A---------------CC-CA-------------ACACTGCCTGTGCCTACACATCCAACTTTGGTCAGCTAgttgtgtttattgtgtttgataatgctgtaaaataagtttctgtgtattttgcatgtgcaggtatatattttgctcagtcatcatatgatccatatatagaaataggtgtaaatatgttttgaaatgcaagttcatatttaataggtgtatgactatagatccccacccaacactgcctgtgcctacacatccaactttggtcagcta
gi|9 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagcctagtagacccgggcctacaccttactctcaacaatgaaataaggacaac--AA--------AT-GTGAC-GG-------GGGATCGGCTCAAGGGGT-AAAATGGGGCGCGAAATTA-----ATTGTGTTTGATAATACTG-TAA
gi|9 : aatgcaattG--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AATGGGGCGCGAAATTA-----ATTGTGTTTGATAATACTGT-AATATAATATAAAAAAATATA--T------CTGTGTATTTTTGT-TTGCGAACA--AACA-TTTTGTTCAATCATCC--T-AT----GACCCATG---AGTAATAGTTGTAAATATGTCTTGAAATGCGCCAGAAGTCA-CT-A-TTTCA--A--G--TTCATTACT-A-AA---AT--ATCTAT--GAA-GGA--G---------CAT--G-CCCC-AGA-------CCCCATCC-CT-------------ACACTGCCCGTCCCTACACATCCAACTTAAGGCAGtataatataaaaaaatatatctgtgtatttttgtttgcgaacaaacattttgttcaatcatcctatgacccatgagtaatagttgtaaatatgtcttgaaatgcgccagaagtcactatttcaagttcattactaaaatatctatgaaggagcatgccccagaccccatccctacactgcccgtccctacacatccaacttaaggcagaacttcacgcaact
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TCTGCTTAATACGTGTATAACCACAGGCGTAGCTGTCTTAAGGCCGTGTAGAC
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222222222222222222222 333333333333333333 11111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111111111111 22222 2222222222222222222222 3333333333333
lowQualScore : 000000 3 0 3 666666666666666666666666666 777777777777777777 66666 33 99999999 5 88888888 2 0 2 333 22 55 11111111111111 333 7777777777777777777777777777777777777777777 2 44444444444444444444444 1 22 1 22 1 22222 333 1 333 88 22 22 3 1 333 44 9999999999999999999999 33 4 2 8888888 8888 2 1111111111111
lowQualScore : ...... . . . ........................... .................. ..... .. ........ . ........ . . . ... .. .. .............. ... ........................................... . ....................... . .. . .. . ..... ... . ... .. .. .. . . ... .. ...................... .. . . ....... .... . .............
lowQualScore : 555555 6 1 3 999999999999999999999999999 111111111111111111 00000 77 77777777 3 66666666 9 9 7 999 66 22 88888888888888 777 5555555555555555555555555555555555555555555 0 00000000000000000000000 9 55 8 44 7 11111 000 7 333 33 44 44 5 7 333 55 1111111111111111111111 77 9 7 1111111 3333 9 1111111111111
consensus : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATGA-AAA---TAA--A---AACG-C------A--AAAAATA-------------GANA---A-A--AA--------AA-GTGATTGG-------GGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATG---C-TGTAAA--AAGTGATTG--------------GG---G-------TT--------T---G-----------A------A--AATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AA--ATGTAT--G-G-GGA--G---------CAT--GCCCCC-AGA-------CC----CC-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACGCC
Reference ( family-142 ) : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATGA-AAA---TAA--A---AACG-C------A--AAAAATA-------------GANA---A-A--AA--------AA-GTGATTGG-------GGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATG---C-TGTAAA--AAGTGATTG--------------GG---G-------TT--------T---G-----------A------A--AATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AA--ATGTAT--G-G-GGA--G---------CAT--GCCCCC-AGA-------CC----CC-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACGCC
gi|1 : TGTAGGCCCGGGCCTA------CATCTTT-CTCCGAAAAATGATAAA---TAA--A---ACCG-T------A--AAAAATA-------------GAGA---A-A--AA--------AA-AAGATTGA-------GGGATATGCCTAAGGGGT-AAAATGAGACGAGAAGCTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGAGAC--G-AGA--ANNNNNNNN--------------NN---G-------TT--------T---G-----------A------T--AATGAGACGAGAAGCCGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCGGTAAAAATAA-----------GTT--G------TTGTGTGTTTTAGC-ATGTGGACG--TATA-TTTTGCTCAATCATCA--C-AT---TGACTCTTG---GATAGTAGCTGTAAATATGTCTAGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-G-TTTGA--A--G--CTCATATTT-A-AA---AA--ATGTTTTAG-G-GGA--A---------CAT--GCCCTA-AGA-------CC----CC-AT-------------ACACTGCCCGCGCCTACTAATCCAACTTAAGTCAGTCACGCC
gi|10 : TGTTGGCCCGGGCCTT------CACCTTT-CCCTGAAAATTGA-AAA---AAA--A---AATG-CGCACAAA--AGAAACAACAACCAAAGCCCGACA---A-A--AATACAATAAAATGTGAATGG-------GGGATAGGCATAAAGGGT-AAAATGTGGCGAGAAGTTTTGATTATTGTGTTTGATAATG---T-TGTAAAATAAGTGTTTG--------------
gi|10 : ctaaatcagaggcgtaactgccttaaggccg--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AATGTGGCGAGAAGTTTTGATTATTGTGTTTGATAATGTTGTAAAA-TAA-----------GT----------------GTTT-------GTGAAC---------TTT--------AGCA--T-AT----GACCCATA---AGTAATAGCTGTAAATATATCTTGAAATGCATCAAAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TATATATTT-A-AA---AA--ATGtgaactttagcatatgacccataagtaatagctgtaaatatatcttgaaatgcatcaaaagccaccatttcaagtatatatttaaaaaatg
gi|11 : ctaaatcagaggcgtaactgccttaaggccgtgttggcccgggccttcacctttccctgaaaattgaaaaaaaaaatgcgcacaaaagaaacaacaaccaaagcccgacaaaaatacaataaaatgtgaatgggggataggcataaaAAATGA-AAA---TAATAA---AATGGC------A--AAAATT----------------TA---ATA--AA--------AA-GTGTTTGA-------GGGA-------------------------GAGAAAATGTGATTACTGTGTTCGATAAAG---C-TGTAAA--A--TAATT--------------------G-------TT--------T---G-----------
gi|11 : TAAA--AAGTG-------------------------------TT--------T---G-----------A------G-------GGAGAGAAAATGTGATTACTGTGTTCGATAAAGCTGTAAAA-TAA-----------TTG--T------TTGTGTATTTTTGCCACTTAAACA--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT----GACTTGCG---AGTAGTAGCTGTAA-TATGTCTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AATAATGTAC--G-A-GGA------------CAT--GCCCCC-ACC-------CC----CC-CCCCCCCCCCTCGCGACACTGTCCGGGACTACACATCCAACTTATGCCAGCTAtgtatttttgccacttaaacatacattttgctcaatcatcatatgacttgcgagtagtagctgtaatatgtcttgaaatgcatcagaagccaccatttcaagttcatatttaaaaataatgtacgaggacatgcccccacccccccccccccccctcgcgacactgtccgggactacacatccaacttatgccagctaaac
gi|12 : aaatgaaaataataaaatggcaaaaatttaaGGGCCTA------CAC-TTT-CTCCTATAAATGA-AAA----AA------------------A--AAAAAT--------------GCAA---T-A--AA--------AA-GTGATTG--------------------AGGTTT-AAAATGAGG-----AGTAGTGTTTATTGTATTTGATAATG---C-TGTAAA--Aaac
gi|12 : tAATG---C-AATAAA--AAGTGATTG--------------AG---G-------TT--------T---------------A------A--AATGAGG-----AGTAGTGTTTATTGTATTTGATAATGCTGTAAAA-TAA-----------TTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACC--TACA-TTTCTCTCAATCATCA--T-AT---GGACCCATA---AGGAATAGCCATAAATATGCCTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CA-A-TTTCA--A--G--TTCATATT----AA---AA--ATGT------------------------AT--GCCCCC-AGA-------CCA---CT-CTA------------ACACTTTCAGTGCCTACACATCCAACTTGAGCCAGCTACGCCtaattttctgtgtatttttgcatgtgaacctacatttctctcaatcatcatatggacccataaggaatagccataaatatgccttgaaatgcatcagaagccacaatttcaagttcatattaaaaatgtatgcccccagaccactctaacactttcagtgcctacacatccaacttgagccagctacgccc
gi|13 : tgggcctacactttctcctataaatgaaaaaaaaaaAAA--AAGTGATTG--------------GG---G-------ATATA-----T---GTCTTAGGAGT-A------A--AACAATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATGATACTGTAAAG-TAA-----------CTT--T------CTGTGTATGTTTGC-ATGTGAACG--TATATTTTTTCTCAACCATCA--T-GT---GTA-CCATG---AGTTATAGCTGTAAAAATGTCTTAACATGCACCAGAAGCCA--C-A-TTTCA--A--G--TTCATATTA-A-AA---AA--AT---------------------------T--GCCCCG-CGA-------CC----CCTCT-------------ACACTGCCCATACCTACACACCCAACTTAAGCCAGCc
gi|14 : TAAA--AAGTGACTG--------------GG---GGATAGGCCT--------TAGGG-----------A------AGAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTAATGTGTTTGATAATCTTGTAAAA-TAA-----------GCT--T------CTGTGAATATTTGC-ACGTAAACG--TACA-TTTTGCTCAGTCAGTA--C-A----TGCCCCAAG---AGTAATAGCTGCAAATATGTTTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--T--A--TTCATTTTTAA-AA---AA--ATATAT--G-G-GTA--G---------CAT--TACTAC-AGA-------CC----Ca
gi|15 : caaCCTA------CATCTTT-CTACGAAAAGTGA-AAAAAATAA--A---AACG-C------C--AAAAATA-------------AAAATGCA-ATTAA--------AA-GTAGTTGG-------GGTAT--GCCTAAGGCGT-AAAATGTAGTGAGAAGTTGTTTTTATTGTGTTTGATAATG---C-TGTAA
gi|15 : AATG---C-AATTAA--AAGTAGTTG--------------GG---G-------TA--------T---GCCTAAGGCGT-A------A--AATGTAGTGAGAAGTTGTTTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTAA-------------------------------GTGTATTTTAGC-ATGTGTACG--TACA-CATTGCTCAATCATCA--T-AT---GGAACAAT----AGTATTAGCTGTAAATATGTCT-----------AGAAACCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-Agtgtattttagcatgtgtacgtacacattgctcaatcatcatatggaacaatagtattagctgtaaatatgtctagaaaccaccatttcaagttcatatttaa
gi|16 : cctacatctttctacgaaaagtgaaaaaaataaaaacgccaaaaataaaAAA--AAGTGATGG--------------GGTAGG-------TC--------T---A-----------AGGGGTAA--AATGAAGTGATTCGTTGTGTTTATTATGTTTGATAATGCTGTGAAA-TAA-----------GTT--T------CTGTGTAATTTTGC-ATGTGAACG--TACG-TTTTGCTTAATAATCA--T-A----TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-T------------TCCATATTTAA-AA---AA--ATGTATC-G-G-GGA--G---------CAC--GTCCCC-AGA-------C
gi|17 : -A--AT--------AA-GTTATTAG-------GG-ATAGGCTTAGGGGGT-ATAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTGAGTTTGATAATG---C-TGTAAA--Aatctc
gi|17 : caatG--------------GG---G-------TA--------T-------------------------AATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTGAGTTTGATAATGCTGTAAAA-TAC-----------GTAGATAA----CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TGCA-TATTGCACAATCATCA--T-AT----GTCCTATG---AGTAATAGCTGAAAATATGTCTTGAAATGCACCGGAAGCCA-TC-T-TTTTAAGA--G--TCCATATTT-ATAA---CA--ATtacgtagataactgtgtatttttgcatgtgaacgtgcatattgcacaatcatcatatgtcctatgagtaatagctgaaaatatgtcttgaaatgcaccggaagccatctttttaagagtccatatttataacaat
gi|18 : caataataagttattagggataggcttag---A-A--AA--------AA-G-GATTGG-------AGGATAGGCGTAAGGGGT-ATGACGAGGCGAGAAACTGTGCTTTTTGTGTTTGATAATG---C-TGTTAA--A
gi|18 : tG--------------GG---G-------TA--------T---G-----------A-----------CGAGGCGAGAAACTGTGCTTTTTGTGTTTGATAATGCTGTTAAA-CAC-----------GGT--TAGAA--CTGTATATATTTGT-ATATTAACG--TACA-TTTTGTTTAATAATCA--T-AT----GACCTATG---AATAAAAGCTGTAACTATGCCTTCAAATGCACCGGAAGTCA--T-G-TTTTA--A--GAATTCATATTT-A-AA---GAC-ATGcacggttagaactgtatatatttgtatattaacgtacattttgtttaataatcatatgacctatgaataaaagctgtaactatgccttcaaatgcaccggaagtcatgttttaagaattcatatttaaagacatg
gi|19 : taaaaaaggattggaggataggcgtaa--AA--------AT-GTGATTGT-------GGGATAGGCCTAAGGGATGAAAATGATGCGAGAAGTTGTGTTTAT--TGTTTGATACTG---C-TGTGAG--A
gi|19 : gcaatg--------T---G-----------A------A--AATGATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGT--TTGATACTGCTGTGAGA-TTA-----------GTT--T------CTTTGTAGTTTTGC-ATGTGGACG--TACA-TGTTGCTCAATCATCA--T--T---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCG-CC-A-TTTCA--AGTG--TTCATTTTT-A-AA---AA--ATGttagtttctttgtagttttgcatgtggacgtacatgttgctcaatcatcatttgacccatgagtaatagctgtaaatatgtcttgaaatgcaccagaagccgccatttcaagtgttcatttttaaaaaatg
gi|2 : gcaatgaaatgtgattgtgggataggcctaagggaTAGGCCCGGGCCTA------CAATTTT-CTCNNNNNNNNNN-NNN---NNN--N---NNNN-N------N--NNNNNNN-------------NNNN---N-N--NN--------NN-NNNNNNNNNNNNNNNGGAAAAGGCAAAAGGAGA-AAAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTATGTTTGA-GAGG---CTTGT--------TTATT---------------GA---G-------TT--------T---G-----------A------T--AAT---GC---------TGTTAAATGT-TTT----------TAAAA---------------------------CTGTGTATATTTGC-ATGTGAACG--TACA-GTTTACTCAATCATCA--C-A----TGACCCATG---AGTAAAAGCTGTAACCATGTCTTGAAATGCACCGGAAGCCA-CT-T-TTTCAAGA--G--TTCATATTT-A-AG---GA--ATG-------------------------------CCAC-AGA-------CC----CC-GTCGTTCCCACA---ACACGGCCCGTACCTTCACATCTAACTTAAGCAAGCTATGC
gi|20 : tataaataaaggtcagaggcgtagcaccttaaggccattATTGG-------GGAACATGCCCAAGGGGT-AAAGTGAGATGAGAAGTTGTATTTATTGTATTTGATAAAG---T-TGTAAA--t
gi|20 : ttgaaataaG--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AGTGAGATGAGAAGTTGTATTTATTGTATTTGATAAAGTTGTAAAG-TTA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAATG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-TT---TGACCCATG---AGTAAAAACTGTAAATATGACTTGAAATGCACCAGAAGCCA-TC-A-TTTCA--T--G--TTCATATTT-A-gttagtttctgtgtatttttgcatgtgaatgtacattttgctcaatcatcattttgacccatgagtaaaaactgtaaatatgacttgaaatgcaccagaagccatcatttcatgttcatattta
gi|21 : ttgaaataaattggggaacatgcccaaTAGGCCCAGGC-TA------TACCTTT-CTCGGAAAGATGA-AA-----AA--A---CACGTC------A--AAAAA----------------ACA---A-A--GA--------AACGTAATTGG-------TGGATAGACC
gi|22 : caaaccgagttcataatgaaatatggatctgaatctatgttgaaccacaggcgcagctgccttaaggccgtcTGCTCAGTCAT------AT----GACCCATG---AATGATAGCTGTAAATATGTTTAGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AG--ATGTAT--G-G-GGG--A---------CAT--GCCCAC-AGA-------CT----CC-CT-------------ATGCTGCCCGTACCTACACATCC-ACTTACGCC
gi|23 : GTGAACA--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-A----TGACCAATG---AGTAATAGCTGTAAATGTG--TTGACATGCACCAGAAGCCA-CC---T------A--A--TTCAGATTT-A-AA---AA--ATG
gi|24 : AGCTGTAACTATGTCTTGAAATGCACCAAAAGCCA-CC----TT----------TTCA---------A---GA--GTCCAT--G-G--------------------------C-A------------------CC-------------ACATGGCACATGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACG
gi|25 : C-ATGTGAA-G--TATA-TTTTGCTCATTCATCT--TCATG--TGACCCATG---AGTGATAGCTG
gi|27 : a-------CC----CA-CT-------------GCACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTA
gi|3 : cGGTCCCAGCCTA------CACCATT-CTCCGAAAAGAAA-AAA---GAA--A---AACA-C------C--AAAAAT--------------GCAA---T-A--AA--------AA-GTGATTGG-------GG-ATAGGCCTAATGGTT-ACAATAAGCTGGGAAGCTGTGTTCACTGAGTTTGATAATG---C-TCTAAATTAAGTtac
gi|3 : AATG---C-AATAAA--AAGTGATTG--------------GG---G-------ATAGGCCTAAT---GGTT--------A------C--AATAAGCTGGGAAGCTGTGTTCACTGAGTTTGATAATGCTCTAAAT-TAA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG----------CGCTCAATCATCG--T-ATGAATGATCCAGG---AGTAATAGCTGTAAAGATGTCTTGAAAATCACTGGAAG-CA-CC-ATTTTCAG-G--G--TTTATATTT-A-AATTTTT--ATATA---G-G-GGT--G---------CAT--GCTCCCAAGACCACACCCC----CT-CT-------------ACACTGCCCATCCCTTCACATCCTACTTAAGCCAGCTATGttctgtgtatttttgcatgtgaacgcgctcaatcatcgtatgaatgatccaggagtaatagctgtaaagatgtcttgaaaatcactggaagcaccattttcagggtttatatttaaatttttatataggggtgcatgctcccaagaccacaccccctctacactgcccatcccttcacatcctacttaagccagctatg
gi|4 : ggtcccagcctacaccattctccgaaaagaaaaaagaaaaacaccaaaTGTATGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTGCGAAAAA--A-AAA---TAA--A---AACG-C------C--AAAAATG---------------CA---A-T--AA------------T-ATTGG-------AGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGATAAGTTGAGTTAATTGCGTTTGATATTG---C-TGTAAA--A
gi|4 : atcagaggcatatctgccttaaggccgG--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AATGAGGCGATAAGTTGAGTTAATTGCGTTTGATATTGCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CTTTGTATCTTTGC-TTGTTAATG--TACA-TTTTGCTCAATCGTCA--T-A----CGACCCATG---CGTAATAGCTGTAAATATGTTTTGAAATG-ACC-CATTTCAGTC-A-TTTTA--A--G--TTCATATTT-G-AA---AA--CTGTAT--G-ATGGA--G---------CAT--GTCCCC-AGA-------TC----CC-CT-------------ACACCGACCGTtaagtttctttgtatctttgcttgttaatgtacattttgctcaatcgtcatacgacccatgcgtaatagctgtaaatatgttttgaaatgacccatttcagtcattttaagttcatatttgaaaactgtatgatggagcatgtccccagatcccctacaccgaccgt
gi|5 : atcagaggcatatctgccttaaggccgtgtatgcccgggcctacacctttctgcgaaaaaaaaataaaaacgccaaaaatgcaataatattggaggataggcctaaTGTATGCCCGAGCCTAGAGCCTTACCTTT-TTCCAAAAGGTGG-AAA--------A---AAC---------------AATA--------------ACA---A-T--AA--------AA---------------------ACGCCCAA-------AAATGCAATAAAAAGTT------ATTGAGTT--ATAG-G---C-C-TAA-----------G--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AATGAGTCGAGAAGCTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTTAAA-TAA-----------GTT--TCTAGAACTGTGTAGTTTTGC-ATGTTAACG--TACC-TTTTGCTCAAACATCA--T-A----TGACCCATG---AGTTAAAACTGTAAGTATGTCTT-AAATGCACCGTAAGCCA-CCTA-TTTAAT-A--G--TTCATA-TT-A-AA---AA--
gi|6 : aaaatcagaggcgtagctgccttaaggtcgTA------CACCTTTTCTCAGAAAAAGGG-AAA----AAGTA---AACA-T------ATCATAAA-A-------------GAAA---T-A--AA--------AA-GTGATTGC-------GAGATATGCCTTAGGGTT-GAAATGAGGCGAGA
gi|6 : tTAAA--AAGTGATTGCGAGATATGCCTTAGG---G-------TT------------------------G------A--AATGAGGCGAGA---------------------TGATTCTGTACAA-TAA-----------GTG--T------CCGTGTATGTTTGC-ATGTGTACG--TACA-CTTTGCTTAATCATCAATC-ATA--TGACCCATG---AGTACTTGCTGTAAATATGTCTTGTAATGCACCAGAAGACA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-CC---AA--ATGTAT--G-G-GGG--GAGGAGGGGATAT--GCCCCC-AGA-------AC----CC-CT-------------ACACTGCCCGCGCTTACACATCAAACTTAAGCCAGCTtgattctgtacaataagtgtccgtgtatgtttgcatgtgtacgtacactttgcttaatcatcaatcatatgacccatgagtacttgctgtaaatatgtcttgtaatgcaccagaagacaccatttcaagttcatatttaccaaatgtatggggggaggaggggatatgcccccagaacccctacactgcccgcgcttacacatcaaacttaagccagctc
gi|7 : ttacaccttttctcagaaaaagggaaaaagtaaacatatcataaaagaaaATAATG---A-AATAAA--AAGTGATAA--------------GA---G-------GT--------A---GTCCAAAGAAATA------A--AACGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATTCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CTTTGTAGTTTTGC-ATATGAACG--TATA-TTATGCTCAATCATCA--T-A----TGACCCATG---AGTAGTAACTGTAAATATGTTTTGAAATACACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATGTTT-A-CA---AA--ATGTAG--G-G-GGAGGG---------TAT--G-CCCT-AAA-------CC----AA-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTATACATCCAACTTATGCCAGCTACGCc
gi|8 : tagaaaaagtaaaaacgccGTAGACCCGGGCCTA------CACCTTA-CTCTCAACAATG--AAA---TAA--GGACAACT-CG-----A--AAAAATGC------------GAGA---A-
gi|8 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagcctaT--------C---G-----------A------A--AA-AATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CTGTGTA-TTTTGC-ATGTGCAGGTATATA-TTTTGCTCAGTCATCA--T-A----TGATCCATATATAGAAATAGGTGTAAATATGTTTTGAAATG---------------------CA--A--G--TTCATATTT-A-AT---AG--GTGTAT-------GA--C---------TATAGATCCCC-A---------------CC-CA-------------ACACTGCCTGTGCCTACACATCCAACTTTGGTCAGCTAgttgtgtttattgtgtttgataatgctgtaaaataagtttctgtgtattttgcatgtgcaggtatatattttgctcagtcatcatatgatccatatatagaaataggtgtaaatatgttttgaaatgcaagttcatatttaataggtgtatgactatagatccccacccaacactgcctgtgcctacacatccaactttggtcagcta
gi|9 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagcctagtagacccgggcctacaccttactctcaacaatgaaataaggacaac--AA--------AT-GTGAC-GG-------GGGATCGGCTCAAGGGGT-AAAATGGGGCGCGAAATTA-----ATTGTGTTTGATAATA---C-TGTAA
gi|9 : aatgcaattG--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AATGGGGCGCGAAATTA-----ATTGTGTTTGATAATACTGTAATA-TAATATAAAAAAATATA--T------CTGTGTATTTTTGT-TTGCGAACA--AACA-TTTTGTTCAATCATCC--T-AT----GACCCATG---AGTAATAGTTGTAAATATGTCTTGAAATGCGCCAGAAGTCA-CT-A-TTTCA--A--G--TTCATTACT-A-AA---AT--ATCTAT--GAA-GGA--G---------CAT--G-CCCC-AGA-------CCCCATCC-CT-------------ACACTGCCCGTCCCTACACATCCAACTTAAGGCAGtataatataaaaaaatatatctgtgtatttttgtttgcgaacaaacattttgttcaatcatcctatgacccatgagtaatagttgtaaatatgtcttgaaatgcgccagaagtcactatttcaagttcattactaaaatatctatgaaggagcatgccccagaccccatccctacactgcccgtccctacacatccaacttaaggcagaacttcacgcaact
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TCTGCTTAATACGTGTATAACCACAGGCGTAGCTGTCTTAAGGCCGTGTAGAC
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222222222222222222222 333333333333333333 11111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111111111111 22222 2222222222222222222222 3333333333333
lowQualScore : 000000 3 0 3 666666666666666666666666666 777777777777777777 66666 33 99999999 5 88888888 2 0 2 333 22 55 11111111111111 333 7777777777777777777777777777777777777777777 2 44444444444444444444444 1 22 1 22 1 22222 333 1 333 88 22 22 3 1 333 44 9999999999999999999999 33 4 2 8888888 8888 2 1111111111111
lowQualScore : ...... . . . ........................... .................. ..... .. ........ . ........ . . . ... .. .. .............. ... ........................................... . ....................... . .. . .. . ..... ... . ... .. .. .. . . ... .. ...................... .. . . ....... .... . .............
lowQualScore : 555555 6 1 3 999999999999999999999999999 111111111111111111 00000 77 77777777 3 66666666 9 9 7 999 66 22 88888888888888 777 5555555555555555555555555555555555555555555 0 00000000000000000000000 9 55 8 44 7 11111 000 7 333 33 44 44 5 7 333 55 1111111111111111111111 77 9 7 1111111 3333 9 1111111111111
consensus : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATGA-AAA---TAA--A---AACG-C------A--AAAAATA-------------GANA---A-A--AA--------AA-GTGATTGG-------GGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATG---C-TGTAAA--AAGTGATTG--------------GG---G-------TT--------T---G-----------A------A--AATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AA--ATGTAT--G-G-GGA--G---------CAT--GCCCCC-AGA-------CC----CC-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACGCC
Reference ( family-142 ) : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATGA-AAA---TAA--A---AACG-C------A--AAAAATA-------------GANA---A-A--AA--------AA-GTGATTGG-------GGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATG---C-TGTAAA--AAGTGATTG--------------GG---G-------TT--------T---G-----------A------A--AATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AA--ATGTAT--G-G-GGA--G---------CAT--GCCCCC-AGA-------CC----CC-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACGCC
gi|1 : TGTAGGCCCGGGCCTA------CATCTTT-CTCCGAAAAATGATAAA---TAA--A---ACCG-T------A--AAAAATA-------------GAGA---A-A--AA--------AA-AAGATTGA-------GGGATATGCCTAAGGGGT-AAAATGAGACGAGAAGCTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGAGAC--G-AGA--ANNNNNNNN--------------NN---G-------TT--------T---G-----------A------T--AATGAGACGAGAAGCCGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCGGTAAAAATAA-----------GTT--G------TTGTGTGTTTTAGC-ATGTGGACG--TATA-TTTTGCTCAATCATCA--C-AT---TGACTCTTG---GATAGTAGCTGTAAATATGTCTAGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-G-TTTGA--A--G--CTCATATTT-A-AA---AA--ATGTTTTAG-G-GGA--A---------CAT--GCCCTA-AGA-------CC----CC-AT-------------ACACTGCCCGCGCCTACTAATCCAACTTAAGTCAGTCACGCC
gi|10 : TGTTGGCCCGGGCCTT------CACCTTT-CCCTGAAAATTGA-AAA---AAA--A---AATG-CGCACAAA--AGAAACAACAACCAAAGCCCGACA---A-A--AATACAATAAAATGTGAATGG-------GGGATAGGCATAAAGGGT-AAAATGTGGCGAGAAGTTTTGATTATTGTGTTTGATAATG---T-TGTAAAATAAGTGTTTG--------------
gi|10 : ctaaatcagaggcgtaactgccttaaggccg--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AATGTGGCGAGAAGTTTTGATTATTGTGTTTGATAATGTTGTAAAA-TAA-----------GT----------------GTTT-------GTGAAC---------TTT--------AGCA--T-AT----GACCCATA---AGTAATAGCTGTAAATATATCTTGAAATGCATCAAAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TATATATTT-A-AA---AA--ATGtgaactttagcatatgacccataagtaatagctgtaaatatatcttgaaatgcatcaaaagccaccatttcaagtatatatttaaaaaatg
gi|11 : ctaaatcagaggcgtaactgccttaaggccgtgttggcccgggccttcacctttccctgaaaattgaaaaaaaaaatgcgcacaaaagaaacaacaaccaaagcccgacaaaaatacaataaaatgtgaatgggggataggcataaaAAATGA-AAA---TAATAA---AATGGC------A--AAAATT----------------TA---ATA--AA--------AA-GTGTTTGA-------GGGA-------------------------GAGAAAATGTGATTACTGTGTTCGATAAAG---C-TGTAAA--A--TAATT--------------------G-------TT--------T---G-----------
gi|11 : TAAA--AAGTG-------------------------------TT--------T---G-----------A------G-------GGAGAGAAAATGTGATTACTGTGTTCGATAAAGCTGTAAAA-TAA-----------TTG--T------TTGTGTATTTTTGCCACTTAAACA--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT----GACTTGCG---AGTAGTAGCTGTAA-TATGTCTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AATAATGTAC--G-A-GGA------------CAT--GCCCCC-ACC-------CC----CC-CCCCCCCCCCTCGCGACACTGTCCGGGACTACACATCCAACTTATGCCAGCTAtgtatttttgccacttaaacatacattttgctcaatcatcatatgacttgcgagtagtagctgtaatatgtcttgaaatgcatcagaagccaccatttcaagttcatatttaaaaataatgtacgaggacatgcccccacccccccccccccccctcgcgacactgtccgggactacacatccaacttatgccagctaaac
gi|12 : aaatgaaaataataaaatggcaaaaatttaaGGGCCTA------CAC-TTT-CTCCTATAAATGA-AAA----AA------------------A--AAAAAT--------------GCAA---T-A--AA--------AA-GTGATTG--------------------AGGTTT-AAAATGAGG-----AGTAGTGTTTATTGTATTTGATAATG---C-TGTAAA--Aaac
gi|12 : tAATG---C-AATAAA--AAGTGATTG--------------AG---G-------TT--------T---------------A------A--AATGAGG-----AGTAGTGTTTATTGTATTTGATAATGCTGTAAAA-TAA-----------TTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACC--TACA-TTTCTCTCAATCATCA--T-AT---GGACCCATA---AGGAATAGCCATAAATATGCCTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CA-A-TTTCA--A--G--TTCATATT----AA---AA--ATGT------------------------AT--GCCCCC-AGA-------CCA---CT-CTA------------ACACTTTCAGTGCCTACACATCCAACTTGAGCCAGCTACGCCtaattttctgtgtatttttgcatgtgaacctacatttctctcaatcatcatatggacccataaggaatagccataaatatgccttgaaatgcatcagaagccacaatttcaagttcatattaaaaatgtatgcccccagaccactctaacactttcagtgcctacacatccaacttgagccagctacgccc
gi|13 : tgggcctacactttctcctataaatgaaaaaaaaaaAAA--AAGTGATTG--------------GG---G-------ATATA-----T---GTCTTAGGAGT-A------A--AACAATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATGATACTGTAAAG-TAA-----------CTT--T------CTGTGTATGTTTGC-ATGTGAACG--TATATTTTTTCTCAACCATCA--T-GT---GTA-CCATG---AGTTATAGCTGTAAAAATGTCTTAACATGCACCAGAAGCCA--C-A-TTTCA--A--G--TTCATATTA-A-AA---AA--AT---------------------------T--GCCCCG-CGA-------CC----CCTCT-------------ACACTGCCCATACCTACACACCCAACTTAAGCCAGCc
gi|14 : TAAA--AAGTGACTG--------------GG---GGATAGGCCT--------TAGGG-----------A------AGAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTAATGTGTTTGATAATCTTGTAAAA-TAA-----------GCT--T------CTGTGAATATTTGC-ACGTAAACG--TACA-TTTTGCTCAGTCAGTA--C-A----TGCCCCAAG---AGTAATAGCTGCAAATATGTTTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--T--A--TTCATTTTTAA-AA---AA--ATATAT--G-G-GTA--G---------CAT--TACTAC-AGA-------CC----Ca
gi|15 : caaCCTA------CATCTTT-CTACGAAAAGTGA-AAAAAATAA--A---AACG-C------C--AAAAATA-------------AAAATGCA-ATTAA--------AA-GTAGTTGG-------GGTAT--GCCTAAGGCGT-AAAATGTAGTGAGAAGTTGTTTTTATTGTGTTTGATAATG---C-TGTAA
gi|15 : AATG---C-AATTAA--AAGTAGTTG--------------GG---G-------TA--------T---GCCTAAGGCGT-A------A--AATGTAGTGAGAAGTTGTTTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTAA-------------------------------GTGTATTTTAGC-ATGTGTACG--TACA-CATTGCTCAATCATCA--T-AT---GGAACAAT----AGTATTAGCTGTAAATATGTCT-----------AGAAACCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-Agtgtattttagcatgtgtacgtacacattgctcaatcatcatatggaacaatagtattagctgtaaatatgtctagaaaccaccatttcaagttcatatttaa
gi|16 : cctacatctttctacgaaaagtgaaaaaaataaaaacgccaaaaataaaAAA--AAGTGATGG--------------GGTAGG-------TC--------T---A-----------AGGGGTAA--AATGAAGTGATTCGTTGTGTTTATTATGTTTGATAATGCTGTGAAA-TAA-----------GTT--T------CTGTGTAATTTTGC-ATGTGAACG--TACG-TTTTGCTTAATAATCA--T-A----TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-T------------TCCATATTTAA-AA---AA--ATGTATC-G-G-GGA--G---------CAC--GTCCCC-AGA-------C
gi|17 : -A--AT--------AA-GTTATTAG-------GG-ATAGGCTTAGGGGGT-ATAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTGAGTTTGATAATG---C-TGTAAA--Aatctc
gi|17 : caatG--------------GG---G-------TA--------T-------------------------AATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTGAGTTTGATAATGCTGTAAAA-TAC-----------GTAGATAA----CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TGCA-TATTGCACAATCATCA--T-AT----GTCCTATG---AGTAATAGCTGAAAATATGTCTTGAAATGCACCGGAAGCCA-TC-T-TTTTAAGA--G--TCCATATTT-ATAA---CA--ATtacgtagataactgtgtatttttgcatgtgaacgtgcatattgcacaatcatcatatgtcctatgagtaatagctgaaaatatgtcttgaaatgcaccggaagccatctttttaagagtccatatttataacaat
gi|18 : caataataagttattagggataggcttag---A-A--AA--------AA-G-GATTGG-------AGGATAGGCGTAAGGGGT-ATGACGAGGCGAGAAACTGTGCTTTTTGTGTTTGATAATG---C-TGTTAA--A
gi|18 : tG--------------GG---G-------TA--------T---G-----------A-----------CGAGGCGAGAAACTGTGCTTTTTGTGTTTGATAATGCTGTTAAA-CAC-----------GGT--TAGAA--CTGTATATATTTGT-ATATTAACG--TACA-TTTTGTTTAATAATCA--T-AT----GACCTATG---AATAAAAGCTGTAACTATGCCTTCAAATGCACCGGAAGTCA--T-G-TTTTA--A--GAATTCATATTT-A-AA---GAC-ATGcacggttagaactgtatatatttgtatattaacgtacattttgtttaataatcatatgacctatgaataaaagctgtaactatgccttcaaatgcaccggaagtcatgttttaagaattcatatttaaagacatg
gi|19 : taaaaaaggattggaggataggcgtaa--AA--------AT-GTGATTGT-------GGGATAGGCCTAAGGGATGAAAATGATGCGAGAAGTTGTGTTTAT--TGTTTGATACTG---C-TGTGAG--A
gi|19 : gcaatg--------T---G-----------A------A--AATGATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGT--TTGATACTGCTGTGAGA-TTA-----------GTT--T------CTTTGTAGTTTTGC-ATGTGGACG--TACA-TGTTGCTCAATCATCA--T--T---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCG-CC-A-TTTCA--AGTG--TTCATTTTT-A-AA---AA--ATGttagtttctttgtagttttgcatgtggacgtacatgttgctcaatcatcatttgacccatgagtaatagctgtaaatatgtcttgaaatgcaccagaagccgccatttcaagtgttcatttttaaaaaatg
gi|2 : gcaatgaaatgtgattgtgggataggcctaagggaTAGGCCCGGGCCTA------CAATTTT-CTCNNNNNNNNNN-NNN---NNN--N---NNNN-N------N--NNNNNNN-------------NNNN---N-N--NN--------NN-NNNNNNNNNNNNNNNGGAAAAGGCAAAAGGAGA-AAAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTATGTTTGA-GAGG---CTTGT--------TTATT---------------GA---G-------TT--------T---G-----------A------T--AAT---GC---------TGTTAAATGT-TTT----------TAAAA---------------------------CTGTGTATATTTGC-ATGTGAACG--TACA-GTTTACTCAATCATCA--C-A----TGACCCATG---AGTAAAAGCTGTAACCATGTCTTGAAATGCACCGGAAGCCA-CT-T-TTTCAAGA--G--TTCATATTT-A-AG---GA--ATG-------------------------------CCAC-AGA-------CC----CC-GTCGTTCCCACA---ACACGGCCCGTACCTTCACATCTAACTTAAGCAAGCTATGC
gi|20 : tataaataaaggtcagaggcgtagcaccttaaggccattATTGG-------GGAACATGCCCAAGGGGT-AAAGTGAGATGAGAAGTTGTATTTATTGTATTTGATAAAG---T-TGTAAA--t
gi|20 : ttgaaataaG--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AGTGAGATGAGAAGTTGTATTTATTGTATTTGATAAAGTTGTAAAG-TTA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAATG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-TT---TGACCCATG---AGTAAAAACTGTAAATATGACTTGAAATGCACCAGAAGCCA-TC-A-TTTCA--T--G--TTCATATTT-A-gttagtttctgtgtatttttgcatgtgaatgtacattttgctcaatcatcattttgacccatgagtaaaaactgtaaatatgacttgaaatgcaccagaagccatcatttcatgttcatattta
gi|21 : ttgaaataaattggggaacatgcccaaTAGGCCCAGGC-TA------TACCTTT-CTCGGAAAGATGA-AA-----AA--A---CACGTC------A--AAAAA----------------ACA---A-A--GA--------AACGTAATTGG-------TGGATAGACC
gi|22 : caaaccgagttcataatgaaatatggatctgaatctatgttgaaccacaggcgcagctgccttaaggccgtcTGCTCAGTCAT------AT----GACCCATG---AATGATAGCTGTAAATATGTTTAGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AG--ATGTAT--G-G-GGG--A---------CAT--GCCCAC-AGA-------CT----CC-CT-------------ATGCTGCCCGTACCTACACATCC-ACTTACGCC
gi|23 : GTGAACA--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-A----TGACCAATG---AGTAATAGCTGTAAATGTG--TTGACATGCACCAGAAGCCA-CC---T------A--A--TTCAGATTT-A-AA---AA--ATG
gi|24 : AGCTGTAACTATGTCTTGAAATGCACCAAAAGCCA-CC----TT----------TTCA---------A---GA--GTCCAT--G-G--------------------------C-A------------------CC-------------ACATGGCACATGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACG
gi|25 : C-ATGTGAA-G--TATA-TTTTGCTCATTCATCT--TCATG--TGACCCATG---AGTGATAGCTG
gi|27 : a-------CC----CA-CT-------------GCACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTA
gi|3 : cGGTCCCAGCCTA------CACCATT-CTCCGAAAAGAAA-AAA---GAA--A---AACA-C------C--AAAAAT--------------GCAA---T-A--AA--------AA-GTGATTGG-------GG-ATAGGCCTAATGGTT-ACAATAAGCTGGGAAGCTGTGTTCACTGAGTTTGATAATG---C-TCTAAATTAAGTtac
gi|3 : AATG---C-AATAAA--AAGTGATTG--------------GG---G-------ATAGGCCTAAT---GGTT--------A------C--AATAAGCTGGGAAGCTGTGTTCACTGAGTTTGATAATGCTCTAAAT-TAA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG----------CGCTCAATCATCG--T-ATGAATGATCCAGG---AGTAATAGCTGTAAAGATGTCTTGAAAATCACTGGAAG-CA-CC-ATTTTCAG-G--G--TTTATATTT-A-AATTTTT--ATATA---G-G-GGT--G---------CAT--GCTCCCAAGACCACACCCC----CT-CT-------------ACACTGCCCATCCCTTCACATCCTACTTAAGCCAGCTATGttctgtgtatttttgcatgtgaacgcgctcaatcatcgtatgaatgatccaggagtaatagctgtaaagatgtcttgaaaatcactggaagcaccattttcagggtttatatttaaatttttatataggggtgcatgctcccaagaccacaccccctctacactgcccatcccttcacatcctacttaagccagctatg
gi|4 : ggtcccagcctacaccattctccgaaaagaaaaaagaaaaacaccaaaTGTATGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTGCGAAAAA--A-AAA---TAA--A---AACG-C------C--AAAAATG---------------CA---A-T--AA------------T-ATTGG-------AGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGATAAGTTGAGTTAATTGCGTTTGATATTG---C-TGTAAA--A
gi|4 : atcagaggcatatctgccttaaggccgG--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AATGAGGCGATAAGTTGAGTTAATTGCGTTTGATATTGCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CTTTGTATCTTTGC-TTGTTAATG--TACA-TTTTGCTCAATCGTCA--T-A----CGACCCATG---CGTAATAGCTGTAAATATGTTTTGAAATG-ACC-CATTTCAGTC-A-TTTTA--A--G--TTCATATTT-G-AA---AA--CTGTAT--G-ATGGA--G---------CAT--GTCCCC-AGA-------TC----CC-CT-------------ACACCGACCGTtaagtttctttgtatctttgcttgttaatgtacattttgctcaatcgtcatacgacccatgcgtaatagctgtaaatatgttttgaaatgacccatttcagtcattttaagttcatatttgaaaactgtatgatggagcatgtccccagatcccctacaccgaccgt
gi|5 : atcagaggcatatctgccttaaggccgtgtatgcccgggcctacacctttctgcgaaaaaaaaataaaaacgccaaaaatgcaataatattggaggataggcctaaTGTATGCCCGAGCCTAGAGCCTTACCTTT-TTCCAAAAGGTGG-AAA--------A---AAC---------------AATA--------------ACA---A-T--AA--------AA---------------------ACGCCCAA-------AAATGCAATAAAAAGTT------ATTGAGTT--ATAG-G---C-C-TAA-----------G--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AATGAGTCGAGAAGCTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTTAAA-TAA-----------GTT--TCTAGAACTGTGTAGTTTTGC-ATGTTAACG--TACC-TTTTGCTCAAACATCA--T-A----TGACCCATG---AGTTAAAACTGTAAGTATGTCTT-AAATGCACCGTAAGCCA-CCTA-TTTAAT-A--G--TTCATA-TT-A-AA---AA--
gi|6 : aaaatcagaggcgtagctgccttaaggtcgTA------CACCTTTTCTCAGAAAAAGGG-AAA----AAGTA---AACA-T------ATCATAAA-A-------------GAAA---T-A--AA--------AA-GTGATTGC-------GAGATATGCCTTAGGGTT-GAAATGAGGCGAGA
gi|6 : tTAAA--AAGTGATTGCGAGATATGCCTTAGG---G-------TT------------------------G------A--AATGAGGCGAGA---------------------TGATTCTGTACAA-TAA-----------GTG--T------CCGTGTATGTTTGC-ATGTGTACG--TACA-CTTTGCTTAATCATCAATC-ATA--TGACCCATG---AGTACTTGCTGTAAATATGTCTTGTAATGCACCAGAAGACA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-CC---AA--ATGTAT--G-G-GGG--GAGGAGGGGATAT--GCCCCC-AGA-------AC----CC-CT-------------ACACTGCCCGCGCTTACACATCAAACTTAAGCCAGCTtgattctgtacaataagtgtccgtgtatgtttgcatgtgtacgtacactttgcttaatcatcaatcatatgacccatgagtacttgctgtaaatatgtcttgtaatgcaccagaagacaccatttcaagttcatatttaccaaatgtatggggggaggaggggatatgcccccagaacccctacactgcccgcgcttacacatcaaacttaagccagctc
gi|7 : ttacaccttttctcagaaaaagggaaaaagtaaacatatcataaaagaaaATAATG---A-AATAAA--AAGTGATAA--------------GA---G-------GT--------A---GTCCAAAGAAATA------A--AACGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATTCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CTTTGTAGTTTTGC-ATATGAACG--TATA-TTATGCTCAATCATCA--T-A----TGACCCATG---AGTAGTAACTGTAAATATGTTTTGAAATACACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATGTTT-A-CA---AA--ATGTAG--G-G-GGAGGG---------TAT--G-CCCT-AAA-------CC----AA-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTATACATCCAACTTATGCCAGCTACGCc
gi|8 : tagaaaaagtaaaaacgccGTAGACCCGGGCCTA------CACCTTA-CTCTCAACAATG--AAA---TAA--GGACAACT-CG-----A--AAAAATGC------------GAGA---A-
gi|8 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagcctaT--------C---G-----------A------A--AA-AATGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CTGTGTA-TTTTGC-ATGTGCAGGTATATA-TTTTGCTCAGTCATCA--T-A----TGATCCATATATAGAAATAGGTGTAAATATGTTTTGAAATG---------------------CA--A--G--TTCATATTT-A-AT---AG--GTGTAT-------GA--C---------TATAGATCCCC-A---------------CC-CA-------------ACACTGCCTGTGCCTACACATCCAACTTTGGTCAGCTAgttgtgtttattgtgtttgataatgctgtaaaataagtttctgtgtattttgcatgtgcaggtatatattttgctcagtcatcatatgatccatatatagaaataggtgtaaatatgttttgaaatgcaagttcatatttaataggtgtatgactatagatccccacccaacactgcctgtgcctacacatccaactttggtcagcta
gi|9 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagcctagtagacccgggcctacaccttactctcaacaatgaaataaggacaac--AA--------AT-GTGAC-GG-------GGGATCGGCTCAAGGGGT-AAAATGGGGCGCGAAATTA-----ATTGTGTTTGATAATA---C-TGTAA
gi|9 : aatgcaattG--------------GG---G-------T-------------------------A------A--AATGGGGCGCGAAATTA-----ATTGTGTTTGATAATACTGTAATA-TAATATAAAAAAATATA--T------CTGTGTATTTTTGT-TTGCGAACA--AACA-TTTTGTTCAATCATCC--T-AT----GACCCATG---AGTAATAGTTGTAAATATGTCTTGAAATGCGCCAGAAGTCA-CT-A-TTTCA--A--G--TTCATTACT-A-AA---AT--ATCTAT--GAA-GGA--G---------CAT--G-CCCC-AGA-------CCCCATCC-CT-------------ACACTGCCCGTCCCTACACATCCAACTTAAGGCAGtataatataaaaaaatatatctgtgtatttttgtttgcgaacaaacattttgttcaatcatcctatgacccatgagtaatagttgtaaatatgtcttgaaatgcgccagaagtcactatttcaagttcattactaaaatatctatgaaggagcatgccccagaccccatccctacactgcccgtccctacacatccaacttaaggcagaacttcacgcaact
blockSeqs : GAGCCT T . AAAAAATGCGCACAAA CAACAACCAAAGCCCGAC TGCA TT TACAATAA T NNNNNNNN G G . TT AT CGAGATATGCCTTA TAG ATATATGTCTTAGGAGTAA . TATAAAAAAATATAT C TA T AT C TGAAT TAT G AT AG GT AA A T TTT TA TGGGGGGAGGAGGGGA AG C A CCACACC CCAT T CCCCCCCCTCGCG
blockSeqs : . . . TAAGGACAACTCGA TGCGAG AT . . C G G . . T TT . . GATAGGCCTTAGGGAAGA . GTTTCTAGAA . . . . . TGT . . TA AG . . A . . C GGGGGAGGG . C . . A . CGTTCCCACA
blockSeqs : . . . TAATAAAATGGCA TAAAA A . . . A T . . T . . . ATAGGCCTAATGGTTAC . GTAGATAA . . . . . TAT . . A G . . . . . . TCGGGGAG . C . . . . A
blockSeqs : . . . AAATAAAAACGCC NNNNN T . . . G G . . T . . . GTAGTCCAAAGAAATAA . GGTTAGAA . . . . . TG . . A T . . . . . . TGATGGAG . A . . . . .
blockSeqs : . . . AAGTAAACATATC TGCA A . . . G G . . A . . . TATGCCTAAGGCGTAA . TTGT . . . . . TG . . A . . . . . . . TGAAGGAG . T . . . . .
blockSeqs : . . . NNNNNNNNNN TGCA N . . . G A . . T . . . TCTAAGGGGTAA . TTTT . . . . . TG . . A . . . . . . . TGGGTAG . C . . . . .
blockSeqs : . . . AAACACGTCA TAAC A . . . T A . . A . . . TTTGAG . CTTT . . . . . TT . . A . . . . . . . TGGGGGA . C . . . . .
blockSeqs : . . . GAAAAACACC AGAA T . . . G G . . T . . . TTTGAT . GCTT . . . . . TT . . A . . . . . . . CGAGGA . T . . . . .
blockSeqs : . . . TAAAAACGCC TGC A . . . G G . . T . . . TTTAA . GTTT . . . . . T . . A . . . . . . . GGGGTG . C . . . . .
blockSeqs : . . . AAAC TT A . . . G G . . T . . . TATGA . GTTT . . . . . T . . T . . . . . . . TGAC . T . . . . .
blockSeqs : . AAA AC T . . . G G . . T . . . TTGA . GTTT . . . . . T . . G . . . . . . . TGG . . . . . . .
blockSeqs : A . . . C . . . T . . . TAA . GTTT . . . . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . A . . . TAT . GTTT . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . TAA . GTGT . . . . . T . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . TAA . GTTT . . . . . T . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . TAA . GTTT . . . . . T . . A . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . TAA . GT . . . . . T . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . .
blockSeqCons : TGCA************** *** T* TAA**************************************** T**** TGGGGGA***************
originalCons : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATGA-AAA---TAA--A---AACG-C------A--AAAAATA-------------GANA---A-A--AA--------AA-GTGATTGG-------GGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATG---C-TGTAAA--AAGTGATTG--------------GG---G-------TT--------T---G-----------A------A--AATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT---TGACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AA--ATGTAT--G-G-GGA--G---------CAT--GCCCCC-AGA-------CC----CC-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACGCC
finalCons : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATGA-AAA---TAA--A---AACG-C------A--AAAAATGCA--------------A---A-A--AA--------AA-GTGATTGG-------GGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATG---CT-GTAAA--AAGTGATTG--------------GG---GTAA----------------------------------------AATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CTGTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TACA-TTTTGCTCAATCATCA--T-AT----GACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AA---AA--ATGTATGGGGGA---------------CAT--GCCCCC-AGA-------CC----CC-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TCTGCTTAATACGTGTATAACCACAGGCGTAGCTGTCTTAAGGCCGTGTAGAC
Alignments
lowQualScore : 111111 44444444444444444444444444444444444444 111111111 1 1111111111111111111111111111 555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111111111 111111 333333333333333333333 1111111111111
lowQualScore : 000000 3 0 3 999999 88888888888888888888888888888888888888 333333333 55 0 3 999999999 0 2 444 0 55 4444444444444444444444444444 999999999999999999999999999999999999999999 7777777777777777777777 2 99999999999 22 222222 555555 1 22 1 333 5555 3333 5 333 1 333 88 22 22 3 1 44 4444 0 333333333333333333333 2 33 3 33 2 1 8888888 8888 2 8888888888888
lowQualScore : ...... . . . ...... ...................................... ......... .. . . ......... . . ... . .. ............................ .......................................... ...................... . ........... .. ...... ...... . .. . ... .... .... . ... . ... .. .. .. . . .. .... . ..................... . .. . .. . . ....... .... . .............
lowQualScore : 555555 6 1 3 666666 44444444444444444444444444444444444444 333333333 99 4 3 666666666 9 7 111 9 22 9999999999999999999999999999 111111111111111111111111111111111111111111 8888888888888888888888 0 55555555555 88 888888 888888 9 55 8 000 4444 7777 2 000 7 333 33 44 44 5 7 55 2222 9 333333333333333333333 7 77 2 77 7 1 1111111 3333 9 6666666666666
consensus : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATGA-A------AA---T---------AA--A---AACG-----C-----A-AA---------AAAT-GCAATAAAAAGTGATTGG--------GGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATG---CTGTAAA--AAGTGAT----------T--G--------------GGG----------------T---A-------------A-------AATGAGGCGAGAAGTTG----------------------TGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CT------GTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TACA-TTTTGCTCAATCATC---A----T----AT-GACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AAAA--A----TGTAT--G---------GG--GG-A-C-AT--GCCCC--C-AGA-------CC----CC-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACGCC
Reference ( family-142 ) : TGTAGGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTCCGAAAAATGA-A------AA---T---------AA--A---AACG-----C-----A-AA---------AAAT-GCAAAAAAAAGTGATTGG--------GGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGATAATG---CTGTAAA--AAGTGAT----------T--G--------------GGG----------------T---A-------------A-------AATGAGGCGAGAAGTTG----------------------TGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CT------GTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TACA-TTTTGCTCAATCATC---A----T----AT-GACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AAAA--A----TGTAT--G---------GG--GG-A-C-AT--GCCCC--C-AGA-------CC----CC-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACGCC
gi|1 : TGTAGGCCCGGGCCTA------CATCTTT-CTCCGAAAAATGATA------AA---T---------AA--A---ACCG-----T-----A-AA---------AAATAGAGAAAAAAAAAGATTGA--------GGGATATGCCTAAGGGGT-AAAATGAGACGAGAAGCTGTGTTTATTGTGTTTGATAATGAGAC-G-AGA--ANNNNNN----------N--N--------------NNG----------------TTTGA-------------T-------AATGAGACGAGAAGCCG----------------------TGTTTATTGTGTTTGATAATGCGGTAAAAATAA-----------GTT--G------TT------GTGTGTTTTAGC-ATGTGGACG--TATA-TTTTGCTCAATCATC---A----C----ATTGACTCTTG---GATAGTAGCTGTAAATATGTCTAGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-G-TTTGA--A--G--CTCATATTT-A-AAAA--A----TGTTTTAG---------GG--GA-A-C-AT--GCCCT--A-AGA-------CC----CC-AT-------------ACACTGCCCGCGCCTACTAATCCAACTTAAGTCAGTCACGCC
gi|10 : TGTTGGCCCGGGCCTT------CACCTTT-CCCTGAAAATTGA-AAAAAAAAA---TGCGCACAAAAG--A---AACAACAACC-----A-AAGCCCGACAAAAAT-ACAATAAAATGTGAATGG--------GGGATAGGCATAAAGGGT-AAAATGTGGCGAGAAGTTTTGATTATTGTGTTTGATAATG---TTGTAAAATAAGTGTT----------T--G--------------
gi|10 : ctaaatcagaggcgtaactgccttaaggccg--------------GGG----------------T---A-------------A-------AATGTGGCGAGAAGTTT----------------------TGATTATTGTGTTTGATAATGTTGTAAAA-TAA-----------GT----------------------GTTT-------GTGAAC---------TTT--------AGC---A----T----AT-GACCCATA---AGTAATAGCTGTAAATATATCTTGAAATGCATCAAAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TATATATTT-A-AAAA--A----TGtgaactttagcatatgacccataagtaatagctgtaaatatatcttgaaatgcatcaaaagccaccatttcaagtatatatttaaaaaatg
gi|11 : ctaaatcagaggcgtaactgccttaaggccgtgttggcccgggccttcacctttccctgaaaattgaaaaaaaaaatgcgcacaaaagaaacaacaaccaaagcccgacaaaaatacaataaaatgtgaatgggggataggcataaaAAATGA-A------AA---T---------AATAA---AATG-----G-----C-AA---------AAAT-TTAATAAAAAGTGTTTGA--------GGGA-------------------------GAGAAAATGTGATTACTGTGTTCGATAAAG---CTGTAAA--A--TAAT----------T--G--------------
gi|11 : TAAA--AAGTGTT----------T--G--------------AGG---------------------------------------------GAG---AGAAAATG----------------------TGATTACTGTGTTCGATAAAGCTGTAAAA-TAA-----------TTG--T------TT------GTGTATTTTTGCCACTTAAACA--TACA-TTTTGCTCAATCATC---A----T----AT-GACTTGCG---AGTAGTAGCTGTAA-TATGTCTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AAAATAA----TGTAC--G---------AG--G--A-C-AT--GCCCC--C-ACC-------CC----CC-CCCCCCCCCCTCGCGACACTGTCCGGGACTACACATCCAACTTATGCCAGCTAtttgtgtatttttgccacttaaacatacattttgctcaatcatcatatgacttgcgagtagtagctgtaatatgtcttgaaatgcatcagaagccaccatttcaagttcatatttaaaaataatgtacgaggacatgcccccacccccccccccccccctcgcgacactgtccgggactacacatccaacttatgccagctaaac
gi|12 : aaatgaaaataataaaatggcaaaaatttaaGGGCCTA------CAC-TTT-CTCCTATAAATGA-A------AA---------------------AA-------------A-AA---------AAAT-GCAATAAAAAGTGATTG---------------------AGGTTT-AAAATGAGG-----AGTAGTGTTTATTGTATTTGATAATG---CTGTAAA--Aaac
gi|12 : tAATG---CAATAAA--AAGTGAT----------T--G--------------AGG----------------TTT-A-------------A-------AATGAGG-----AGTAG----------------------TGTTTATTGTATTTGATAATGCTGTAAAA-TAA-----------TTT--T------CT------GTGTATTTTTGC-ATGTGAACC--TACA-TTTCTCTCAATCATC---A----T----ATGGACCCATA---AGGAATAGCCATAAATATGCCTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CA-A-TTTCA--A--G--TTCATATT----AAAA--A----TGT-------------------------AT--GCCCC--C-AGA-------CCA---CT-CTA------------ACACTTTCAGTGCCTACACATCCAACTTGAGCCAGCTACGCCtaattttctgtgtatttttgcatgtgaacctacatttctctcaatcatcatatggacccataaggaatagccataaatatgccttgaaatgcatcagaagccacaatttcaagttcatattaaaaatgtatgcccccagaccactctaacactttcagtgcctacacatccaacttgagccagctacgccc
gi|13 : tgggcctacactttctcctataaatgaaaaaaaaaaAAA--AAGTGAT----------T--G--------------GGGATATATGTCTTAGGAGT---A-------------A-------AACAATGCGAGAAGTTG----------------------TGTTTATTGTGTTTGATGATACTGTAAAG-TAA-----------CTT--T------CT------GTGTATGTTTGC-ATGTGAACG--TATATTTTTTCTCAACCATC---A----T----GT-GTACCATG---AGTTATAGCTGTAAAAATGTCTTAACATGCACCAGAAGCCA--C-A-TTTCA--A--G--TTCATATTA-A-AAAA--A----T----------------------------T--GCCCC--G-CGA-------CC----CCTCT-------------ACACTGCCCATACCTACACACCCAACTTAAGCCAGCc
gi|14 : TAAA--AAGTGAC----------T--G--------------GGGGATAGGCCT-------T---AGGGAAG-------A-------AATGAGGCGAGAAGTTG----------------------TGTTTAATGTGTTTGATAATCTTGTAAAA-TAA-----------GCT--T------CT------GTGAATATTTGC-ACGTAAACG--TACA-TTTTGCTCAGTCAGT---A----C----AT-GCCCCAAG---AGTAATAGCTGCAAATATGTTTTGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--T--A--TTCATTTTTAA-AAAA--A----TATAT--G---------GG--TA-G-C-AT--TACTA--C-AGA-------CC----Ca
gi|15 : caaCCTA------CATCTTT-CTACGAAAAGTGA-A------AAAAAT---------AA--A---AACG-----CCAAAAATAA---------AAAT-GCAATTAAAAGTAGTTGG--------GGTAT--GCCTAAGGCGT-AAAATGTAGTGAGAAGTTGTTTTTATTGTGTTTGATAATG---CTGTAA
gi|15 : AATG---CAATTAA--AAGTAGT----------T--G--------------GGG----------------T---ATGCCTAAGGCGTAA-------AATGTAGTGAGAAGTTG----------------------TTTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTAA-------------------------------------GTGTATTTTAGC-ATGTGTACG--TACA-CATTGCTCAATCATC---A----T----ATGGAACAAT----AGTATTAGCTGTAAATATGTCT-----------AGAAACCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-Agtgtattttagcatgtgtacgtacacattgctcaatcatcatatggaacaatagtattagctgtaaatatgtctagaaaccaccatttcaagttcatatttaa
gi|16 : cctacatctttctacgaaaagtgaaaaaaataaaaacgccaaaaataaaAAA--AAGTGATGGGGTAGGTCTAAG--------------GGG----------------T---A-------------A-------AATGAAGTGATTCGTTG----------------------TGTTTATTATGTTTGATAATGCTGTGAAA-TAA-----------GTT--T------CT------GTGTAATTTTGC-ATGTGAACG--TACG-TTTTGCTTAATAATC---A----T----AT-GACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCA-CC-A-T------------TCCATATTTAA-AAAA--A----TGTAT--C---------GG--GG-AGC-AC--GTCCC--C-AGA-------C
gi|17 : CAATAATAAGTTATTAG--------GG-ATAGGCTTAGGGGGT-ATAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTGAGTTTGATAATG---CTGTAAA--Aatctc
gi|17 : --G--------------GGG----------------T---A-------------T-------AATGAGGCGAGAAGCTG----------------------TGTTTATTGAGTTTGATAATGCTGTAAAA-TAC-----------GTAGATAA----CT------GTGTATTTTTGC-ATGTGAACG--TGCA-TATTGCACAATCATC---A----T----AT-GTCCTATG---AGTAATAGCTGAAAATATGTCTTGAAATGCACCGGAAGCCA-TC-T-TTTTAAGA--G--TCCATATTT-ATAACA--A----Ttacgtagataactgtgtatttttgcatgtgaacgtgcatattgcacaatcatcatatgtcctatgagtaatagctgaaaatatgtcttgaaatgcaccggaagccatctttttaagagtccatatttataacaat
gi|18 : caataataagttattagggataggcttagAAAAAAG-GATTGG--------AGGATAGGCGTAAGGGGT-ATGACGAGGCGAGAAACTGTGCTTTTTGTGTTTGATAATG---CTGTTAA--A
gi|18 : t--G--------------GGG----------------T---A-------------T-------GACGAGGCGAGAAACTG----------------------TGCTTTTTGTGTTTGATAATGCTGTTAAA-CAC-----------GGT--TAGAA--CT------GTATATATTTGT-ATATTAACG--TACA-TTTTGTTTAATAATC---A----T----AT-GACCTATG---AATAAAAGCTGTAACTATGCCTTCAAATGCACCGGAAGTCA--T-G-TTTTA--A--GAATTCATATTT-A-AAGAC-A----TGcacggttagaactgtatatatttgtatattaacgtacattttgtttaataatcatatgacctatgaataaaagctgtaactatgccttcaaatgcaccggaagtcatgttttaagaattcatatttaaagacatg
gi|19 : taaaaaaggattggaggataggcgtaa-GCAATGAAATGTGATTGT--------GGGATAGGCCTAAGGGATGAAAATGATGCGAGAAGTTGTGTTTAT--TGTTTGATACTG---CTGTGAG--A
gi|19 : --G--------------GGA----------------TG--A-------------A-------AATGATGCGAGAAGTTG----------------------TGTTTATTGT--TTGATACTGCTGTGAGA-TTA-----------GTT--T------CT------TTGTAGTTTTGC-ATGTGGACG--TACA-TGTTGCTCAATCATC---A----T----TT-GACCCATG---AGTAATAGCTGTAAATATGTCTTGAAATGCACCAGAAGCCG-CC-A-TTTCA--AGTG--TTCATTTTT-A-AAAA--A----TGttagtttctttgtagttttgcatgtggacgtacatgttgctcaatcatcatttgacccatgagtaatagctgtaaatatgtcttgaaatgcaccagaagccgccatttcaagtgttcatttttaaaaaatg
gi|2 : gcaatgaaatgtgattgtgggataggcctaaTAGGCCCGGGCCTA------CAATTTT-CTCNNNNNNNNNN-N------NN---N---------NN--N---NNNN-----N-----N-NN---------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGAAAAGGCAAAAGGAGA-AAAATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTATGTTTGA
gi|2 : tataaataaaggtcagaggcgtagcaccttaaggccattAAA--AGGCAAA----------A--G--------------GAG----------------A---A-------------A-------AATGAGGCGAGAAGCTGTGTTTATTATGTTTGAGAGGCTTGTTTATTGAGTTTGATAATGCTGTTAAA-T-------------GTT--TTTAAAACT------GTGTATATTTGC-ATGTGAACG--TACA-GTTTACTCAATCATC---A----C----AT-GACCCATG---AGTAAAAGCTGTAACCATGTCTTGAAATGCACCGGAAGCCA-CT-T-TTTCAAGA--G--TTCATATTT-A-AGGA--A----TGC-------------------C-A-C-AG--ACCCCGTC-GTT-------CC----CA-CA-------------ACACGGCCCGTACCTTCACATCTAACTTAAGCAAGCTATGCgaggcttgtttattgagtttgataatgctgttaaatgtttttaaaactgtgtatatttgcatgtgaacgtacagtttactcaatcatcacatgacccatgagtaaaagctgtaaccatgtcttgaaatgcaccggaagccactttttcaagagttcatatttaaggaatgccacagaccccgtcgttcccacaacacggcccgtaccttcacatctaacttaagcaagctatgct
gi|20 : tataaataaaggtcagaggcgtagcaccttaaggccatttaggcccgggcctacaattttctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggATTGG--------GGAACATGCCCAAGGGGT-AAAGTGAGATGAGAAGTTGTATTTATTGTATTTGATAAAG---TTGTAAA--t
gi|20 : ttgaaataa--G--------------GGG----------------T---A-------------A-------AGTGAGATGAGAAGTTG----------------------TATTTATTGTATTTGATAAAGTTGTAAAG-TTA-----------GTT--T------CT------GTGTATTTTTGC-ATGTGAATG--TACA-TTTTGCTCAATCATC---AT---T----TT-GACCCATG---AGTAAAAACTGTAAATATGACTTGAAATGCACCAGAAGCCA-TC-A-TTTCA--T--G--TTCATATTT-A-gttagtttctgtgtatttttgcatgtgaatgtacattttgctcaatcatcattttgacccatgagtaaaaactgtaaatatgacttgaaatgcaccagaagccatcatttcatgttcatattta
gi|21 : ttgaaataaattggggaacatgcccaaTAGGCCCAGGC-TA------TACCTTT-CTCGGAAAGATGA-A------A--------------AA--A---CACGT----C-----A-AA---------AAA--ACAAAGAAACGTAATTGG--------TGGATAGACC
gi|22 : caaaccgagttcataatgaaatatggatctgaatctatgttgaaccacaggcgcagctgccttaaggccgtcTGCTCAGTCAT--------------AT-GACCCATG---AATGATAGCTGTAAATATGTTTAGAAATGCATCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-AAAG--A----TGTAT--G---------GG--GG-A-C-AT--GCCCA--C-AGA-------CT----CC-CT-------------ATGCTGCCCGTACCTACACATCC-ACTTACGCC
gi|23 : GTGAACA--TACA-TTTTGCTCAATCATC---A----T----AT-GACCAATG---AGTAATAGCTGTAAATGTG--TTGACATGCACCAGAAGCCA-CC---T------A--A--TTCAGATTT-A-AAAA--A----TG
gi|24 : AGCTGTAACTATGTCTTGAAATGCACCAAAAGCCA-CC----TT----------TTCA---------AGA--G----TCCAT--G---------G---------------------C-A------------------CC-------------ACATGGCACATGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTACG
gi|25 : C-ATGTGAA-G--TATA-TTTTGCTCATTCATCTTCA----T----GT-GACCCATG---AGTGATAGCTG
gi|27 : a-------CC----CA-CT-------------GCACTGCCCGTGCCTACACATCCAACTTAAGCCAGCTA
gi|3 : cGGTCCCAGCCTA------CACCATT-CTCCGAAAAGAAA-A------AA---G---------AA--A---AACA-----C-----C-AA---------AAAT-GCAATAAAAAGTGATT-G--------GGGATAGGCCTAATGGTT-ACAATAAGCTGGGAAGCTGTGTTCACTGAGTTTGATAATG---CTCTAAATTAAGTtac
gi|3 : AATG---CAATAAA--AAGTGAT----------T--G--------------GGGATAGGCC---------T---A-------------ATGGTTACAATAAGCTGGGAAGCTG----------------------TGTTCACTGAGTTTGATAATGCTCTAAAT-TAA-----------GTT--T------CT------GTGTATTTTTGC-ATGTGAACG----------CGCTCAATCATC---G----TATGAAT-GATCCAGG---AGTAATAGCTGTAAAGATGTCTTGAAAATCACTGGAAG-CA-CC-ATTTTCAG-G--G--TTTATATTT-----AA--ATTTTTATAT--A---------GG--GGTG-C-AT--GCTCC--CAAGACCACACCCC----CT-CT-------------ACACTGCCCATCCCTTCACATCCTACTTAAGCCAGCTATGttctgtgtatttttgcatgtgaacgcgctcaatcatcgtatgaatgatccaggagtaatagctgtaaagatgtcttgaaaatcactggaagcaccattttcagggtttatatttaaatttttatataggggtgcatgctcccaagaccacaccccctctacactgcccatcccttcacatcctacttaagccagctatg
gi|4 : ggtcccagcctacaccattctccgaaaagaaaaaagaaaaacaccaaaTGTATGCCCGGGCCTA------CACCTTT-CTGCGAAAAA--A-A------AA---T---------AA--A---AACG-----C-----C-AA---------AAAT-GCAATAA----T-ATTGG--------AGGATAGGCCTAAGGGGT-AAAATGAGGCGATAAGTTGAGTTAATTGCGTTTGATATTG---CTGTAAA--A
gi|4 : atcagaggcatatctgccttaaggccg--G--------------GGG----------------T---A-------------A-------AATGAGGCGATAAGTTG----------------------AGTTAATTGCGTTTGATATTGCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CT------TTGTATCTTTGC-TTGTTAATG--TACA-TTTTGCTCAATCGTC---A----T----AC-GACCCATG---CGTAATAGCTGTAAATATGTTTTGAAATG-ACC-CATTTCAGTC-A-TTTTA--A--G--TTCATATTT-G-AAAA--C----TGTAT--G---------AT--GG-AGC-AT--GTCCC--C-AGA-------TC----CC-CT-------------ACACCGACCGTtaagtttctttgtatctttgcttgttaatgtacattttgctcaatcgtcatacgacccatgcgtaatagctgtaaatatgttttgaaatgacccatttcagtcattttaagttcatatttgaaaactgtatgatggagcatgtccccagatcccctacaccgaccgt
gi|5 : atcagaggcatatctgccttaaggccgtgtatgcccgggcctacacctttctgcgaaaaaaaaataaaaacgccaaaaatgcaataatattggaggataggcctaaTGTATGCCCGAGCCTAGAGCCTTACCTTT-TTCCAAAAGGTGG-A------AA-----------------A---AAC--------------AA---------TAA---CAATAAAA----------------------ACGCCCAA-------AAATGCAATAAAAAGTT------ATTGAGTT--ATAG-G---CC-TAA-----------------------G--------------GGG----------------T---A-------------A-------AATGAGTCGAGAAGCTG----------------------TGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTTAAA-TAA-----------GTT--T------CTAGAACTGTGTAGTTTTGC-ATGTTAACG--TACC-TTTTGCTCAAACATC---A----T----AT-GACCCATG---AGTTAAAACTGTAAGTATGTCTT-AAATGCACCGTAAGCCA-CCTA-TTTAAT-A--G--TTCATA-TT-A-AAAA--
gi|6 : aaaatcagaggcgtagctgccttaaggtcgTA------CACCTTTTCTCAGAAAAAGGG-A------AA-------------AAGTA---AACATAT--C-----A-TA---------AAA--GAAATAAAAAGTGATTGC--------GAGATATGCCTTAGGGTT-GAAATGAGGCGAGA
gi|6 : tTAAA--AAGTGAT----------T--GCGAGATATGCCTTAGGG----------------TT--G-------------A-------AATGAGGCGAGA-------------------------------------------TGATTCTGTACAA-TAA-----------GTG--T------CC------GTGTATGTTTGC-ATGTGTACG--TACA-CTTTGCTTAATCATC---AATCAT----AT-GACCCATG---AGTACTTGCTGTAAATATGTCTTGTAATGCACCAGAAGACA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATATTT-A-CCAA--A----TGTAT--GGGGGGAGGAGG--GG-A-T-AT--GCCCC--C-AGA-------AC----CC-CT-------------ACACTGCCCGCGCTTACACATCAAACTTAAGCCAGCTtgattctgtacaataagtgtccgtgtatgtttgcatgtgtacgtacactttgcttaatcatcaatcatatgacccatgagtacttgctgtaaatatgtcttgtaatgcaccagaagacaccatttcaagttcatatttaccaaatgtatggggggaggaggggatatgcccccagaacccctacactgcccgcgcttacacatcaaacttaagccagctc
gi|7 : ttacaccttttctcagaaaaagggaaaaagtaaacatatcataaaagaaaATAATG---AAATAAA--AAGTGAT----------A--A--------------GAGGTAGTCCAAAGAAA--T---A-------------A-------AACGAGGCGAGAAGTTG----------------------TGTTTATTGTGTTTGATAATTCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CT------TTGTAGTTTTGC-ATATGAACG--TATA-TTATGCTCAATCATC---A----T----AT-GACCCATG---AGTAGTAACTGTAAATATGTTTTGAAATACACCAGAAGCCA-CC-A-TTTCA--A--G--TTCATGTTT-A-CAAA--A----TGTAG--G---------GGGAGG-G-T-AT--G-CCC--T-AAA-------CC----AA-CT-------------ACACTGCCCGTGCCTATACATCCAACTTATGCCAGCTACGCc
gi|8 : tagaaaaagtaaaaacgccGTAGACCCGGGCCTA------CACCTTA-CTCTCAACAATG--A------AA---T---------AA--GGACAACT-----CG----A-AA---------AAAT-GCGAGAA
gi|8 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagccta---A-------------A-------AATG---CGAGAAGTTG----------------------TGTTTATTGTGTTTGATAATGCTGTAAAA-TAA-----------GTT--T------CT------GTGTA-TTTTGC-ATGTGCAGGTATATA-TTTTGCTCAGTCATC---A----T----AT-GATCCATATATAGAAATAGGTGTAAATATGTTTTGAAATG---------------------CA--A--G--TTCATATTT-A-ATAG--G----TGTAT-----------------G-A-CTATAGATCCC--C-A---------------CC-CA-------------ACACTGCCTGTGCCTACACATCCAACTTTGGTCAGCTAgttgtgtttattgtgtttgataatgctgtaaaataagtttctgtgtattttgcatgtgcaggtatatattttgctcagtcatcatatgatccatatatagaaataggtgtaaatatgttttgaaatgcaagttcatatttaataggtgtatgactatagatccccacccaacactgcctgtgcctacacatccaactttggtcagcta
gi|9 : acatgtgaagaggcgaagctaccttaagcctagtagacccgggcctacaccttactctcaacaatgaaataaggacaactcgaaAAT-GCAATTAAATGTGAC-GG--------GGGATCGGCTCAAGGGGT-AAAATGGGGCGCGAAATTA-----ATTGTGTTTGATAATA---CTGTAA
gi|9 : --G--------------GGG----------------T---A-------------A-------AATGGGGCGCGAAATTA---------------------------ATTGTGTTTGATAATACTGTAATA-TAATATAAAAAAATATA--T------CT------GTGTATTTTTGT-TTGCGAACA--AACA-TTTTGTTCAATCATC---C----T----AT-GACCCATG---AGTAATAGTTGTAAATATGTCTTGAAATGCGCCAGAAGTCA-CT-A-TTTCA--A--G--TTCATTACT-A-AAAT--A----TCTAT--G---------AA--GG-AGC-AT--G-CCC--C-AGA-------CCCCATCC-CT-------------ACACTGCCCGTCCCTACACATCCAACTTAAGGCAGtataatataaaaaaatatatctgtgtatttttgtttgcgaacaaacattttgttcaatcatcctatgacccatgagtaatagttgtaaatatgtcttgaaatgcgccagaagtcactatttcaagttcattactaaaatatctatgaaggagcatgccccagaccccatccctacactgcccgtccctacacatccaacttaaggcagaacttcacgcaact
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TCTGCTTAATACGTGTATAACCACAGGCGTAGCTGTCTTAAGGCCGTGTAGAC