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Reference ( gi|3 ) : TGTTTACAAGCAACATTC-TGATTTGTATATAT-TACACCTGGAGA-AA-GGTT-AAG--TG--C--C--CTC-TGA-AT-TTTTCCAC---AAATTTAGCG-----CG---AC---AA---C---TGCAATTTCTAAAAT-T----GT-----TTTGG----C-AATGGTA--------AGA---A--------C-AT-TA-----TAAT----AAT-G-G-TAA---G------CA---------C-------TG-CACA-----------GAGAATGGTAA-ATTTTATTCCAGGACCTCAG--CT--GACTTCTTACTGGTGGCAT---GAGGAGGAGGGTTAAGGCTGTCACCTGGGTACGCGGAGGCTATTCACGTTATTGAAAATTGTGT-----CTCAGTATGTCATGTCAG-TGTAATACCCGTCATTTTTAGT------AAAAA-AT-ATCCACTTGGAAACCCCTTTTAAACTCCACAGCTCCATAC-TT-AATATATATATA-TTTTTGCTAA--A---ATA--A---ACAC---------TTGTGC------TT------CGATACTTTGATTAGAAGGTACACTAAACTGATAACTGTGCATG-TTTCT--C-ATTG--TTGAAG-------------------------GGT-TCTCACTACA------CATCACA-TTAG--T--TT---TT---TTCTTAGCCCAATTTGTCAGTCATC----TTATGAC-AGCAT---TTATGTTGTCATTCATTGTC--AAAT---TTCC--------G-AG----------G--G-GC------ACTT-AAC-TTTTTCC---CAGGTGTATAT
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gi|11 : ATTGTGGGAAAT---T--C--------A-GG----------G--A-GT------GCTT-AAC-CTTTTCC----AGGTGTATATt
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gi|26 : ATTG-C--AAACATATTCA--------G-GG----------G--G-GC------ACTT-AAC-TTTTT-C---CAGGTGCATAttctaaaatcgttttggtaatggtagtaagataataataatgttaagctcatttcattacagca
gi|2 : --AAAA---TTC-----------AG----------G--G-TC------GCTT-AAC-TTTTT-C---AAGGTGTATATgaaac
gi|4 : ttatttttcaagaatattccattatgatatgatagtataatgtaatctaa--AAAT---T--C--------A-GG----------G--A-GC------GCTT-AAC-TTTTTTC---CAAATGTATAtcctcaattttagcgcgaccacaactgtaatttctaaaatcgttttggtaatagtaagaacattataattatggtaagctctgcactgagaatagtaaaatttactccgggacctcacccgacgttttattggtggcatgaggaagagagttgaggctgtcatccgggtacgtggaggttattcacgttaatgaagattgtgccaagatatgtcatatgttgtaatacccgtcatttttagttaaaaaatccacttgaaaacgcatttaaaactttacagctccatacttaaaaaaatgtatagttttgctaaaacagcacttgtgcttgtgatttgacattatgattagaaggaacactaaactgatgactgtgcatatttctgagtgtttaagggttctcgttacacatcatcatcacattagtttttcttagctcaatttgtcggtcatctcatgacagcacttgtgttatcattcattgtaaaatatctagtgggagcgtttaactttttccaggtgtat
gi|1 : tattttttctaagcatataacttgacatttaagcatgaaataaagatttaaaggtaacg--AAAT---T--C--------A-GG----------G--G-GT------GCTT-AAC-TTTTTTC---CAGGTGTATATttccataattttagcgccaccacaattgcaatttctaaaatcgtttaggtaatggtaaaaacatcaaattatggtaagatcagaccgagaatgacaaaacttaccccaggagcttatccgacatctttctggtggcattaggaagtgagtttaggctgttatccgggtacgcgtaggctattaacgtcattaacaattgcgccacagtcatgtttgggtaatacccgtcatgtttagtaaaacatgtccacttggaaacgctttttaaactctacagcccaattcttagaacatgtatatatttggtaaaaaaaactacacttgtgcttcgatattatgataggaaggcacatttaattgatatctgtgcatgtttctgattatttaaggcttctcgctacgctacgcattagtttattttagctcaatgggaattggtcgg
gi|10 : atatatggaagttcataatatgcatatG----------G--G-GC------CCTT-AAC-TTTTTTC---CAAGTGTATATttccccaattttaatttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatataaaaaagaagaaaatctgcaaaaacaggtacaccttttgcaccgagaattgcacaatttaccacaggagcggatccgacgtcttacttgtggtatagggaggtgagttgaagctgtcatctgggcacaaggcggctatacacgctaatgacgattgtgtcacagaatatctggtaatacccgtcattttaagtaaaaacttatcacttgaaaacttattttaaattctacagctccatatttaaaacattatattttaataaagaatcggcacttgtgctttcgtttcgatattttgattaaaatgtacactaaattgatatccataaagacttttgattgttgaaaggtgctcgctacacatcacaacatttatttcttagctcaatttgtccgtcatctcacgacagcacttgtgttgtcatagtgaaaattctggggcggtgcttaactttttccaggtgtata
gi|18 : ttattaaattgttaCTT-AAC-TTTTTCC----AGGTGTATATctgacttttccacaattttagcgcggcaaaaactgtcatttctaaaattgttttggcaatgataagaacattattatattggtaaactcttcaccgattatggcaaaatttatccaaagccctcatccgatgtcttactggctgtatgtggaggaggattaaggctgttaacgttattgaagaatgtgtcacagctcaatttgtcagtcatgtcatgacagcacttgttgtgttgtcattcatcgtcaaatttccagtggaatggggttggcgcttaacttttttccaggtgtatatgtaaaaagttgtat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAGCACGCCCGAAATGTCCAACCAATTTTAGCGCGACCTCAACTGTAAATTATAGGACAACTTGGGTTGTAAGATACATACACTGGAACCAAAAGTAGCCATTCTTCAAGAAATGGCACATTTTGCACT
Alignments
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lowQualScore : ... . ... .. . .. ... . .. . ... ........... ....... . .. . .... . ...... . ........ ................................ ... . ............................. . . . .. ... . . . . . . .... ...... .. . . ...... . .. . .. . . . .. .. ... ...... .... ...... .... . . . . ... .. .... . . . . ......................... ...... . ....... ... ... .... . ... ... .................................................. . .. ...
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Reference ( family-1415 ) : NNNNNNNNNNNAACATCNATAATTTGTANATAT-TACACCTGGAAA-AA-AGTTAAG---CGCCCCC-TGA-ATTTTTCCA--CAATTTTAGCGCG---A---C---AA---C---TGCAANCTCTA--AAATC----GTTTTGG----C-AATGGTA--------AGA---A--------C-AT-TA-----TAAT----AAT-G-G-TAA---G------CA---------C-------TGCACCGAGAAT-GGCAAAATTTACCCC-AGGACCTCATCCGACGTCTTACTGGTGGCAT---GAGGAGGAGAGTTGAAGCTGTCATCCGGGCACGCGGCGGCTATACACGTTACTGACGATTGCGTCACAG---NAT------GTC--ATGTTAGGGTAATACCCGTCATTTTTAGT------AAAANA-TATCCACTTGAAAACGTATTTTAAACTCTACAGCTCCATAC-TT-AAAACATGTATA-TTTTTGGTAA--A---AAA--A---AC----ACTTGTGC------TTCGAT----AT-TTTGATTAGAAGGTACACTNAACTGATAACCGTGCATG-TTTCTGA---TTG--TTG----A-AGGGT-T-------------------------CTCGCTACA------CATCACA-TTAG--T--TT---TT---TTCTTAGCTCAATTTGTCGGTCATC----TCATGAC-AGCAC---TTGTGTTGTCATTCATTGTCAAAT---TTCC--------G--G--G----------G--G-G------------C------GCTT-AAC-TTTTTTC---CAGGTGTATAT
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gi|3 : AACATTC-TGATTTGTATATAT-TACACCTGGAGA-AA-GGTTAAG---TGCCCTC-TGA-ATTTTTCCA--CAAATTTAGCGCG---A---C---AA---C---TGCAATTTCTA--AAATT----GTTTTGG----C-AATGGTA--------AGA---A--------C-AT-TA-----TAAT----AAT-G-G-TAA---G------CA---------C-------TGCACAGAGAAT-GGTAAATTTTATTCC-AGGACCTCAGCTGACTTCTTACTGGTGGCAT---GAGGAGGAGGGTTAAGGCTGTCACCTGGGTACGCGGAGGCTATTCACGTTATTGAAAATTGTGTCTCAG---TAT------GTC--ATGTCAGTGTAATACCCGTCATTTTTAGT------AAAAAA-TATCCACTTGGAAACCCCTTTTAAACTCCACAGCTCCATAC-TT-AATATATATATA-TTTTTGCTAA--A---ATA--A---AC----ACTTGTGC------TTCGAT----AC-TTTGATTAGAAGGTACACTAAACTGATAACTGTGCATG-TTTCTCA---TTG--TTG----A-AGGGT-T-------------------------CTCACTACA------CATCACA-TTAG--T--TT---TT---TTCTTAGCCCAATTTGTCAGTCATC----TTATGAC-AGCAT---TTATGTTGTCATTCATTGTCAAAT---TTCC--------G--A--G----------G--G-G------------C------ACTT-AAC-TTTTTCC---CAGGTGTATAT
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gi|8 : ttcattattgtgacataatcttctttataaagtcactaCTGTACACG-TTACTGA---CGA--TTGCGTCACAGGATGT-------------------------CATGCTACA------CATCACA-TTA------TT---TG---TTTTTATTTCATTTTGTCGGTCATC----TCATGAC-AGCAC---TTGTGTGGTCATTCATTGTCAAAT---TTCC--------G--G--G----------G--ATA------------T------ACTT-AAC--TTTTCC---CAGGTGTATATcacatcacattatttgtttttatttcattttgtcggtcatctcatgacagcacttgtgtggtcattcattgtcaaatttccggggatatacttaacttttcccaggtgtatat
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Alignments
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Reference ( family-1415 ) : NNNNNNNNNNNAACATTCATAATTTGTANATAT-TACACCTGGAAA-AA-AGTTAAG---CGCCCCC-TGA-ATTTTTCCA--CAATTTTAGCGCG---A---C---AA---C---TGCAANCTCTA--AAATC----GTTTTGG----C-AATGGTA--------AGA---A--------C-AT-TA-----TAAT----AAT-G-G-TAA---G------CA---------C-------TGCACCGAGAAT-GGCAAAATTTACCCC-AGGACCNGATCCGACGTCTTACTGGTGGCAT---GAGGAGGAGAGTTGAAGCTGTCATCCGGGCACGCGGCGGCTATACACGTTACTGACGATTGCGTCACAG---A-AT------GTC--ATGTTAGGGTAATACCCGTCATTTTTAGT------AAAANA-TATCCACTTGAAAACGCATTTTAAACTCTACAGCTCCATAC-TT-AAAACATGTATA-TTTTTGGTAA--A---AAA--A---AC----ACTTGTGC------TTCGAT----AT-TTTGATTAGAAGGTACACTNAACTGATAACCGTGCATG-TTTCTGA---TTG--TTG----A-AGGGT-T-------------------------CTCGCTACA------CATCACA-TTAG--T--TT---TT---TTCTTAGCTCAATTTGTCGGTCATC----TCATGAC-AGCAC---TTGTGTTGTCATTCATTGTCAAAT---TTCC--------G--G--G----------G--G-G------------C------GCTT-AAC-TTTTTTC---CAGGTGTATAT
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Alignments
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Reference ( family-1415 ) : NNNNNNNNNNNAACATTCATAATTTGTANATAT-TACACCTGGAAA-AA-AGTTAAG---CGCCCCC-TGA-ATTTTTCCA--CAATTTTAGCGCG---A---C---AA---C---TGCAANCTCTA--AAATC----GTTTTGG----C-AATGGTA--------AGA---A--------C-AT-TA-----TAAT----AAT-G-G-TAA---G------CA---------C-------TGCACCGAGAAT-GGCAAAATTTACCCC-AGGACCNGATCCGACGTCTTACTGGTGGCAT---GAGGAGGAGAGTTGAAGCTGTCATCCGGGCACGCGGCGGCTATACACGTTACTGACGATTGCGTCACAG---A-AT------GTC--ATGTTAGGGTAATACCCGTCATTTTTAGT------AAAANA-TATCCACTTGAAAACGCATTTTAAACTCTACAGCTCCATAC-TT-AAAACATGTATA-TTTTTGGTAA--A---AAA--A---AC----ACTTGTGC------TTCGAT----AT-TTTGATTAGAAGGTACACTNAACTGATAACCGTGCATG-TTTCTGA---TTG--TTG----A-AGGGT-T-------------------------CTCGCTACA------CATCACA-TTAG--T--TT---TT---TTCTTAGCTCAATTTGTCGGTCATC----TCATGAC-AGCAC---TTGTGTTGTCATTCATTGTCAAAT---TTCC--------G--G--G----------G--G-G------------C------GCTT-AAC-TTTTTTC---CAGGTGTATAT
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gi|6 : aagcacccccgtgacttcccctcagttttagtgcgacaacatctgcaaactctgggacatcctttgtcgaaagatacacaagctggactcacatgtaacagtagctaatctgcaagaaagggtttgcacataattggtaaattctaccccaggagcggattcgatgtatcattggtggcacgaggaagagaattgaagttgtcatccgggtacgcggttgctatacacgtaactgacaattacgtcagagaaCCAAGAAT-AGTAAACTTTACCCC-AGGACCTGATCCGACGACTTAGTGGTGACAT---GAGGAGG---------------------GCACGCGGTGGCTGTACACATTACTAACAATTCAATCACAG---A-AT------GTC--ATGTTAAGGTAATACCCGTCA--TTTAGTA-----AAAACA-TGTTCACTTAAAAAC-----TTAAACTCTACAGCCCCATAC-TT-AAAACATGTATA-TTTTGGGTAA--A---GAAACA---AC----ACGTGTCC------TTTG-T----AT-TTCGATTAAAATATACACTAA----ATAACCGTGTAGG-CCTTTGA---TTG--TAG----A-A-GGT-T-------------------------CTCGCTACA------CATCACA-ATAT--T--TA---TT---TCCTT-GCTCAATCAGTCGTTCATC----TCAGGAC-AGCAC---TTGTGTTGTCATTCATTGTC-AAT---TATC--------A--GTTG----------G--G-T------------T------GCTT-ATT-TTTTTTC---CAGGTGTATATcttata
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gi|8 : ttcattattgtgacataatcttctttataaagtcactaCTGTACACG-TTACTGA---CGA--TTGCGTCACAGGATGT-------------------------CATGCTACA------CATCACA-TTA------TT---TG---TTTTTATTTCATTTTGTCGGTCATC----TCATGAC-AGCAC---TTGTGTGGTCATTCATTGTCAAAT---TTCC--------G--G--G----------G--ATA------------T------ACTT-AAC--TTTTCC---CAGGTGTATATcacatcacattatttgtttttatttcattttgtcggtcatctcatgacagcacttgtgtggtcattcattgtcaaatttccggggatatacttaacttttcccaggtgtatat
gi|9 : ttcattattgtgacataatcttctttataaagtcactaatatacacatcgacacaacagttaagcaacccttaatgtttcctcaactttagcgcgaacacaactgcaaactctgtcacattctggatcgcaaggcacaagctagacctaccagtagtcaaactgcaagaaatgacacgttttgcaccgagaatagcaaaatttaccccaggaccggatctggcgtcatactggtggtatgaagaggaaggtcgaagctatcatccgggcacgcggcggTCAGATGTCTTACTGGTGGCAA---GGGATGGTGAGTTGAAGCTGTCATCCGGGCACAAGGCGGCTATACACGTTAC----GGTTGTGTCACAG---A-AT------TTT--ATGATAGGGTAATACCCGTCATTTTAAGT------TAAACA-TATTCTCTTGAAAACGTATTTAATATTCTACTGCTCCATAC-TT-AAAACATATATA-TTTTTCGTAAGGA---AAC--A---GC----ACTTGTGCTTTCGTTTCGAT----AT-TTTGA-TAAAAGGTACACGAAACTGATCAATATGAACG-CTTTTGA---TTG--TTT----A-AAGGT-T-------------------------CATGTTACA------CATCACA----------TT---TT---TTCTGAGCTCGATTTGTAGGTCATC----TCATGACAAGCAC----TGTGTTGTCATTCATTTTCAAAA---TTCT--------G--A--G----------G--G-G------------T------GCTTCAAC-ATTTTTC---CAGGTGTATAT
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blockSeqs : . . . . . . . .
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Reference ( family-1415 ) : NNNNNNNNNNNAACATTCATAATTTG--TANATAT-ACACCTGGAAA-AA-AGTTAAG---CGCCCCC-TGA-ATTTTTCCA--CAATTTTAGCGCGACCACAACTGCAANCTCTA--AAATC----GTTTTGG----C-AATGGTA--------AGA---A--------C-AT----C-A-TAAT----AAT-G-G-TAA---G------CA---------C-------TGCACCGAGAAT-GGCAAAATTTACCCC-AGGACCNGATCCGACGTCTTACTGGTGGCAT---GAGGAGGAGAGTTGAAGCTGTCATCCGGGCACGCGGCGGCTATACACGTTACTGACGATTGCGTCACAG---A-AT------GTC--ATGTTAGGGTAATACCCGTCATTTTTAGT------AAAANA-TATCCACTTGAAAACGCATTTTAAACTCTACAGCTCCATAC-TT-AAAACATGTATA-TTTTTGGTAA--A---AAA--A---AC----ACTTGTGC------TTCGAT----AT-TTTGATTAGAAGGTACACTNAACTGATAACCGTGCATG-TTTCTGA---TTG--TTG----A-AGGGT-T-------------------------CTCGCTACA------CATCACA-TTAG--T--TT---TT---TTCTTAGCTCAATTTGTCGGTCATC----TCATGAC-AGCAC---TTGTGTTGTCATTCATTGTCAAAT---TTCC--------G--G--G----------G--G-G------------C------GCTT-AAC-TTTTTTC---CAGGTGTATAT
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gi|21 : TA-TTTTTGGTAT--A---AAC--ACC-ACTTGTACTTGTGC------TTCGAT----AC-TATGATTAGAAGGTACACTTAACTAATAACTGTGTATG-TTTCTGA---TTG--TTG----A-AGTGT-T-------------------------CTCGCTACA------CATCACA-TTacactggaaccaaaagtagccattcttcaagaaatggcacattttgcact
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gi|25 : ATTAGAAGGTACACTTACCTGAAAACTGTGTATG-TTTCTGA---TTG--TTG----A-AGGAT-T-------------------------CTCGt
gi|26 : acATTG-CAAACATATTCA--------G--G--G----------G--G-G------------C------ACTT-AAC-T-TTTTC---CAGGTGCATA
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